CN102021235B - 甘蓝型油菜粒重主效QTLs的分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于油菜分子育种和分子标记制备技术领域,具体涉及一种甘蓝型油菜粒重主效QTLs位点特异性分子标记的制备,该标记可用于在甘蓝型油菜粒重性状改良中的分子标记辅助选择以及在粒重性状位点精细定位和图位克隆。本发明的特征是,以甘蓝型油菜甲A254(大粒纯系材料)为母本与甘蓝型油菜甲A177(小粒纯系材料)为父本杂交构建双单倍体(DH),对该DH群体基因型和千粒重数据进行分析获得了与粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记,将其命名为I0509和J0609。对该分子标记标记进行了相关验证应用。本发明为油菜粒重的分子育种提供了一种新的遗传标记,也为甘蓝型油菜的千粒重性状位点的精细定位和相关基因的图位克隆提供了有用信息。
Description
技术领域
本发明属于油菜分子育种和生物技术领域,具体涉及甘蓝型油菜粒重有关QTL的发现和分离,以及有关分子标记的开发和应用。
背景技术
甘蓝型油菜(Brassica napus L.,以下简称油菜)是世界上最重要的油料作物之一。油菜的种子不仅是油和蛋白质的储藏器官,同时也是植物生命周期延续的器官。种子大小或重量是非常重要的经济性状。首先粒重是构成植物单株产量的三大因素之一(单株有效角果数、每角果粒数、粒重),因此也决定着产量(Clarke and Simpson,1978;Butruille et al.,1999;Shi et al.,2009);其次,种子大小也与含油量和蛋白质含量有关系(Morgan et al.,1998;Lionneton et al.,2004);再次,大种子通常在萌发过程中有更好的适应性。因此,弄清种子大小或重量形成的遗传基础,对油菜产量和品质的改良十分重要。此外,从进化的角度来看,弄清种子大小的变化也有着非常重要的意义。
尽管油菜的种子大小非常重要,但目前对其遗传控制仍缺乏深入的了解。和其它产量相关性状相比,粒重的遗传力较高(Liu et al.,1987;Qi et al.,2004;Shi et al.,2009)。随着分子标记技术的发展,目前也定位了一些油菜粒重的数量性状位点(Quantitative Trait Loci,QTL)。Quijada et al.(2006)利用四个群体的二年二点试验定位了三个和粒重有关的QTLs(位于N7,N17和N19),但在不同群体间没有相同的QTL存在;Udall et al.(2006)分别在Hua Double Haploid(DH)群体、SYN DH群体和测交群体等三个不同群体间分别检测到6个、4个和5个粒重有关的QTLs,只有一个位于N14上的QTL能在不同群体和不同环境间稳定检测到;最近,Shi et al.(2009)利用油菜的二个群体在10个不同环境下一共检测到159个粒重QTLs,这些QTLs分布在除了C1以外的其它所有染色体上。
利用模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana),在过去的十多年中利用突变体分析等手段,对种子大小的分子调控机理进行了研究。Alonson-Blanco et al.,(1999)定位了11个和种子大小有关的QTLs,第一次揭示了这个性状在不同材料间的遗传复杂性。最近,对大量突变体的分析,进一步阐明了许多决定种子大小的分子机理。例如TTG2(Transparent Testa Glabrous 2)基因突变体,影响种皮中的类黄酮素的积累,通常会减少粒重(Debeaujon et al.,2000,2003)。而AP2(APETELA2)或者ARF2(Auxin Response Factor 2)等转录因子的突变可使种子变大(Jofuku et al.,2005;Ohto et al.,2005;Schruffet al.,2005)。Luo et al.(2005)鉴定了二个小种子突变体IKU2(HAIKU2)和MINI3(MINISEED3),并首次提出种子大小遗传控制的可能代谢途径。鉴于油菜和拟南芥非常相近的同源关系,预期可以利用拟南芥的信息,从油菜基因组中获得有关控制种子大小的同源基因。
过去的几年中,利用不同类型的标记构建了多张遗传连锁图谱。但由于缺乏足够的共线性标记,图谱的整合目前尚进展缓慢。目前,多个从事芸薹属(Brassica)研究的团体在致力于微卫星标记(SSR marker)的开发。运用SSR标记可使遗传连锁图的构建更加容易并增强可重复性(Lowe et al.,2004;Plieske and Struss,2001;Suwabe等,2002;Chen等.,2009)。但是目前为止,由于SSR标记的数目仍有限,使得QTL定位研究在不同群体间的横向对比还比较困难。
目前在油菜中未见能在不同遗传背景下稳定检测到的粒重有关的主效QTLs的报道,对粒重有关基因的克隆和分析的报道也非常少。鉴于粒重性状的重要性,对油菜中粒重有关的QTLs的鉴定,以及紧密连锁分子标记的开发对促进油菜产量和品质育种是十分必要的。
发明内容
本发明的目的是提供甘蓝型油菜粒重主效QTLs及其紧密连锁的分子标记及用于甘蓝型油菜粒重性状的选育。本发明为油菜粒重育种提供新手段,加速油菜粒重性状改良进程,提高育种的准确性和选择效率。
本发明是通过以下方案实现的。
a)用甘蓝型油菜甲A254(该材料的种子已于2009年11月20日送交湖北省武汉市武汉大学内的中国典型培养物保藏中心保藏,其保藏号为CCTCC NO:P200909)与甘蓝型油菜甲A177(该材料的种子已于2009年11月20日送交湖北省武汉市武汉大学内的中国典型培养物保藏中心保藏,其保藏号为CCTCC NO:P200908)杂交,得到F1;
b)种植步骤a)的F1,从所述的F1植株的花蕾中通过小孢子培养(余凤群等,1997)获得分离的双单倍体(DH)系群体;
c)对DH系群体的每一个株系进行分子标记分析,并对每个株系的基因型进行描述;具体方法:分离DH群体每一个系的基因组DNA,采用SSR引物进行PCR扩增,扩增产物在6%(100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有5.7克丙烯酰胺和0.3克甲叉-双丙烯酰胺)的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,经银染、显影后,获得每个株系基因型;
d)基于孟德尔和摩尔根遗传连锁和分离规律,用步骤c)中得到的每个株系基因型构建甘蓝型油菜遗传连锁图,遗传连锁图的构建采用MAPMAKER 3.0(Lincoln et al.,1992)软件进行;
e)测定DH群体每个系的成熟种子的千粒重数值;
f)将DH群体每个株系的千粒重与甘蓝型油菜遗传连锁图中的分子标记进行连锁和QTL分析,QTL检测采用QTL Cartographer V2.0(Wang et al.,2007)软件中的复合区间作图法(CIM)进行,以2.0为LOD阈值,大于2.0说明存在一个QTL位点,从而确定和粒重主效QTLs连锁的SSR分子标记BnEMS1044和BrGMS554,其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6以及SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示;
g)对上述DH群体检测到的粒重主效QTLs的验证:利用和甲A254、甲A177不同遗传背景和来源的大粒材料甲7046和小粒材料甲7005杂交,得到F1;由杂种F1套袋自花授粉获得F2代,获得F2群体;利用和上述DH群体同样方法检测粒重QTL;发现和在DH群体中检测到的二个粒重主效QTLs在不同来源和遗传背景下均能稳定存在;
h)利用上述步骤f)的二个QTLs峰值最近的标记即BnEMS1044和BrGMS554搜寻白菜数据库(http://www.brassica-rapa.org/BGP/blast.jsp)的同源区段,得到白菜A7上的二个BAC:KBrB084P16和KBrH001J06;利用在线软件Batchprimer3设计二对BAC特异性SSR标记;根据序列表SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的引物对进行PCR扩增,分别得到能够区分甘蓝型油菜大粒种子与小粒种子的共显性SSR分子标记,即I0509和J0609,所述的分子标记I0509和J0609的核苷酸序列分别如序列表SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2以及SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示。
i)利用分子标记I0509、J0609对DH系的基因型进行分析,同时存在I0509、J0609标记基因型和甲A254带纹一致的判定为大粒材料;同时存在I0509、J0609标记基因型和甲A177带纹一致的判定为小粒材料。
在上述方法中,所用分子标记引物对的核苷酸序列如下所示:
引物对(1),编号为I0509:
正向引物5′-ATCATGATGACTTTTGCAATG-3′,
反向引物5′-GCTCTTGGTAACATAAAATCG-3′。
引物对(2)编号为J0609:
正向引物5′-GTTGGTTAAAATCGTGTATGC-3′,
反向引物5′-CCTACAAAAAGCAATAACGTG-3′。
其中,引物对I0509是序列表中SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列,引物对J0609是序列表中SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列。
本发明的积极效果:
本发明的油菜粒重主效QTLs及其位点特异性标记与现有技术报道的不同,运用这些标记可鉴别甘蓝型油菜粒重主效QTLs位点,从而可以克服传统育种中依靠表型进行选择的缺点。利用本发明制备的分子标记可进行甘蓝型油菜粒重性状的分子标记辅助选择,其中本发明设计的两对引物I0509和J0609还可以用于甘蓝型油菜粒重性状的精细定位和图位克隆,可以明显减少育种工作量,缩短育种年限,加快油菜育种的进程。
更详细的技术方案如《具体实施方式》所述。
附图说明
图1:本发明的技术流程图。
图2:利用引物对I0509、J0609在甘蓝型油菜甲A254和甘蓝型油菜甲A177及其F1的基因组DNA中的扩增结果。I0509和J0609引物对的PCR扩增产物是在6%(100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有5.7克丙烯酰胺和0.3克甲叉-双丙烯酰胺)的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离的图片。
图3:不同群体间A7连锁群上粒重QTL的定位结果。左图为本发明涉及的DH群体的A7遗传连锁图和粒重QTL的定位结果;右图为Shi et al.(2009)报道的TN群体上A7遗传连锁群上的粒重QTL区间qSW.A7-2的定位结果。图中带下划线的标记为不同群体间的共同标记,虚线为不同群体间的共线性关系。
具体实施方式
实施例1:甘蓝型油菜中粒重主效QTLs位点特异性分子标记的获得
(1)甘蓝型油菜粒重定位群体甲A254/甲A177的DH群体的构建及田间试验和千粒重分析采用以甘蓝型油菜甲A254(大粒纯系)为母本,甘蓝型油菜甲A177(小粒纯系)为父本进行杂交得到F1,种植F1,从F1植株上取花蕾进行小孢子培养得到双单倍体(DH)分离群体,共得到238个系的DH系,随机选取190个系用于全基因组的遗传连锁图的构建和粒重QTL的定位。
将上述得到的DH系和其亲本甲A254/甲A177及F1,于2007-2008年度和2008-2009年度种植到田间,田间试验采取完全随机区组设计,三次重复,每一个系种二行,每行11-12个单株,株距平均24cm左右,行间距30cm。所有材料种植于武汉华中农业大学油菜试验田,为冬油菜种植环境。田间管理按一般育种大田管理。
每年5月份从田间收割回成熟的试验材料,从自由授粉的单株上脱下种子,清理掉杂质和不饱满的种子,至少放置4周以上,在空气中自然干燥。每个单株随机取500粒饱满种子,三次重复,单株内误差不超过0.1g,超过后放回混匀再取,然后算取平均值折算成千粒重(1000粒种子的重量)数值,亲本、F1和DH每个系取10-15个单株,算取平均值为其千粒重值(相关数据见表1)。
(2)DH群体的遗传连锁图构建和粒重QTL分析
选取在二个亲本间具有扩增多态性的SSR引物对190个DH系根据已有方法(Plieske and Struss,2001;Suwabe et al.,2002;Lowe et al.,2004;Chen et al.,2009)进行分析,分离每个DH系的基因组DNA,采用上述筛选得到的有多态性的SSR引物进行PCR扩增,扩增产物在6%(100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有5.7克丙烯酰胺和0.3克甲叉-双丙烯酰胺)的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,经银染、显影后,获得每个株系基因型和群体的分子标记多态性数据,将获得的群体基因型数据构建甘蓝型油菜遗传连锁图。遗传连锁图的构建采用MAPMAKER 3.0(Lincoln et al.,1992)软件进行,连锁群划分的参数设置为LOD值为9.0,最大距离为30cM,每一个连锁群的确定利用order,try和ripple等命令。作图群体中连锁群中的共同标记和锚定标记来自Parkin et al.(1995),Lowe et al.(2004),Piquemal et al.(2005),Qiu et al.(2006)and Chen et al.(2009)等文章中的信息,二个位点间的遗传距离的计算采用“Kosambi”参数(Lincoln等,1992;Lowe等,2004;Chen等,2009)。
将DH群体每个株系的千粒重数据与甘蓝型油菜遗传连锁图中的分子标记进行连锁和QTL分析,QTL的检测采用QTL Cartographer V2.0(Wang et al.,2007)软件中的复合区间作图法(CIM)进行,QTL检测前,其参数设定为:选择“forward-backward stepwise regression”模式,检测间隔的窗口大小选择10cM,参数设定为模式6:Pin=0.05,Pout=0.05,检测时,LOD值默认为2.0,QTL的置信区间的确定以在峰值所在的LOD-1所包含的峰值二端所对应在遗传连锁图上的位置。置信区间有重叠部分认为是在不同的环境和群体间有相似位置的QTL。
在二年的试验中,一共在6条染色体上(A1,A2,A5,A7,A10和C4)检测到9个千粒重的QTLs,这些QTLs分别能解释3.66-20.76%的表型变异(表2)。特别指出的是,在A7染色体上的TSW7a和TSW7b,在二年中都能检测到,而且表现出最大的效应,一共能解释所有粒重变异的27.64-37.90%。TSW7a的QTL位点位于BoGMS715-BnEMS858区间内,在2007年能解释千粒重性状的17.14%,在2008年能解释18%左右。二年的QTL峰值有些微移动,但都共同的置信区间。在二年中来自甲A254的等位基因能对千粒重增加0.14-0.17g。TSW7b位点同样有相当大的效应,在2007年能解释20.76%的变异,2008年能解释9.86%的变异,来自甲A254的等位基因能对千粒重增加0.12-0.15g,在二年中此QTL的位点都稳定的存在于101.1cM处。除此之外仍然还有7个QTLs仅在其中的一年能检测到,这些QTLs位点的效应都非常的小,仅能解释表型变异的3.66%到8.86%。来自甲A254的等位基因对TSW5a,TSW5b,TSW5c,TSW10和TSW14起正向作用,对TSW1和TSW2起负向作用。
(3)对DH群体中发现的粒重主效QTLs位点的验证
搜寻粒重定位有关的文献和最近的文章(Shi et al.,2009),有一些粒重QTLs定位在A7染色体上,其中有一个在共同的标记sR0282R上,和本研究中发现的TSW7b的QTL位点吻合(见图3)。
以上的结果说明在不同的遗传背景下均能在A7染色体上检测到千粒重的主效QTLs,说明A7染色体上的千粒重位点是保守的,可以用来后续的粒重主效QTLs位点特异性的标记开发。
(4)粒重主效QTLs位点特异性标记的获得
为了开发A7连锁群上离粒重主效QTLs位点连锁更加紧密的标记,利用离这二个粒重主效QTLs峰值最近的二个标记BnEMS1044和BrGMS554搜寻白菜数据库(http://www.brassica-rapa.org/BGP/blast.jsp)的同源区段,位于白菜A7上的二个BAC:KBrB084P16和KBrH001J06分别位于TSW7a和TSW7b二个主效QTLs区段附近。因此利用在线软件(http://probes.pw.usda.gov/cgi-bin/batchprimer3/batchprimer3.cgi)设计了二对BAC特异性SSR标记。来自KBrB084P16的I0509和来自KBrH001J06的J0609通过按上述同样的方法重新构建遗传连锁图和QTL扫描,发现这二个标记分别定位在这二个粒重主效QTLs位点峰值处。I0509和J0609分别和这二个粒重主效QTLs位点紧密连锁;结果还显示这二个标记分别对TSW7a(从10.36增加到11.43)和TSW7b(从10.37增加到11.13)的LOD值有所增加。
实施例2:甘蓝型油菜中粒重主效QTLs位点特异性标记的有效性验证
(1)甘蓝型油菜中粒重主效QTLs位点特异性标记的验证
为了检测在表型变异上I0509和J0609二个标记的主要效果,在DH群体中,每一个系以这二个位点的基因型进行分组,并进行千粒重的平均值进行计算。对于I0509位点,在AA基因型(来自于甲A254的等位基因位点)组里,在二年中包含来自于甲A254的正向加性效应的等位基因数目明显比来自于甲A177的要高。对于J0609有同样的趋势(表3)。从表中的结果可以看出,在甘蓝型油菜中位于A7的二个位点是决定粒重的主要因子。
(2)甘蓝型油菜中粒重QTLs位点的组合效应验证
在DH群体中检测粒重QTLs位点的组合效应,DH群体的系以A5和A7上的QTLs的基因型进行分组并比较其粒重的变化(表4)。由于A5上的三个QTLs紧密的连锁在一起,在DH群体中很少获得重组系,则将A5上的三个位点简化为一个位点用于基因型的分类。从而三个位点在DH群体中应有8种基因型的组合(表4)。从表4的数据可以看出,当三个正向加性等位基因同时存在时,粒重明显高于当仅有一个A7的主要位点和A5位点存在与否时,非常清楚的说明二个A7位点的重要性和其效应大小。通过表4的数据可以看出,第一组的千粒重数据(包含所有的三个正向加性等位基因)比其它所有组的数值都要高。
利用I0509、J0609对DH系的基因型进行分析,同时存在I0509、J0609标记基因型和甲A254带纹一致的为大粒材料;相反同时存在I0509、J0609标记基因型和甲A177带纹一致的为小粒材料。
通过检查DH群体所有千粒重QTLs位点的基因型,第75#系拥有所有正向效应的QTLs位点,其在二年的表型值中都具有最大的千粒重数值(表5)。相反,第87#系拥有所有反向效应的QTLs位点,其在二年中都具有最小的千粒重数值。
以上的结果说明可以利用这些标记的信息用于粒重的分子标记辅助选择,并且应用这些标记对粒重的基因型选择也是非常准确的。
表1:亲本、F1和分离群体的千粒重数据
备注:1)P1=母本,P2=父本;数值后的大写字母和小写字母是指在t测验下亲本间分别在0.01水平和0.05水平下的差异显著性。
2)hB 2:为广义遗传力。
表2:在DH群体中检测到的粒重QTLs位点信息
备注:1)QTL的命名是根据性状名的初始大写字母加上其所在连锁群的数字;如果在一个连锁群上检测到多于1个QTL时,在其后面按顺序加上字母a或者b;
2)区间:离峰值最近的二侧标记;峰值:LOD值峰值所在的图谱位置(cM);标记:离峰值最近的标记;
3)A:加性效应;正向效应是指来自母本的等位基因能够增加千粒重的值;
4)QTL能够解释的表型变异比例。
表3:DH群体中二年的二个粒重位点的基因型和千粒重标记相关信息
备注:1)AA和BB是指分别和甲A254和甲A177相同的基因型。括号里的数值时每一类基因型的系的数目。χ2=3.84是在0.05水平自由度为1的情况下的值;
2)大写字母和小写字母是指分别在0.01和0.05水平下的差异显著性。
表4:DH群体的等位基因标记在A5和A7连锁群上的粒重QTLs位点的组合效应
备注:1)AA和BB是指分别和甲A254和甲A177相同的基因型。A5上紧密连锁的三个QTLs位点被看做是一个基因型位点进行分类;
2)N:此基因型种类所包括的样本量;
3)小写字母是指在0.05水平下的邓肯测验的差异显著性。
表5:检测到的所有粒重QTLs位点的所有正向效应和负向效应聚合的二个DH系的粒重表现
备注:AA和BB是指分别和甲A254和甲A177相同的基因型。
表6:本发明设计的分子标记引物对的编号及其核苷酸序列
备注:SSR:简单序列重复多态性标记。
参考文献:
Clarke,JM,Simpson GM(1978)Influence of irrigation and seeding rates on yield and yield components ofBrassica napus cv.Tower.Can J of Plant Sci 58:731-737
Butruille DV,Guries RP,Osborn TC(1999)Linkage analysis of molecular markers and quantitative trait loci inpopulations of inbred backcross lines of Brassica napus L.Genetics 153:949-964
Jiaqin Shi,Ruiyuan Li,Dan Qiu,et al.(2009)Unraveling the Complex Trait of Crop Yield With Quantitative TraitLoci Mapping in Brassica napus.Genetics 182:851-861
Morgan CL,Arthur AE,Rawsthorne S(1998)Influence of testa colour and seed size on storage productcomposition in Brassica juncea.Plant Varieties Seeds 11:73-81
Lionneton E,Aubert G,Ochatt S,Merah O(2004)Genetic analysis of agronomic and quality traits in mustard(Brassica juncea).Theor Appl Genet 109:792-799
Liu DF,Liu HL(1987)Studies on genetic variation of quantitical traits in Brassica napus L.Acta Genetica Sinica,14:31-36
Qi CK,Gai JY,Fu SZ,Pu HM,Zhang JF,Chen XJ,Gao JQ(2004)Analysis of genetic system of 1,000seedweight in Brassica napus L.Acta Agronomica Sinica,30:1274-1277
Quijada PA,Udall JA,Lambert B,Osborn TC(2006)Quantitative trait analysis of seed yield and other complextraits in hybrid spring oilseed rape(Brassica napus L.):1.Identification of genomic regions from wintergermplasm.Theor Appl Genet 113:549-561
Udall JA,Quijada PA,Lambert B,Osborn TC(2006)Quantitative trait analysis of seed yield and other complextraits in hybrid spring oilseed rape(Brassica napus L.):2.Identification of alleles from unadaptedgermplasm.Theor Appl Genet 113:597-609
Alonso-Blanco C,Blankestijn-De VH,Hanhart CJ,KoornneefM(1999)Natural allelic variation at seed size lociin relation to other life history traits of Arabidopsis thaliana.Proc Natl Acad Sci USA 96:4710-4717
Debeaujon I,Le′on-Kloosterziel KM,Koorneef M(2000)Influence of the testa on seed dormancy,germinationand longevity in Arabidopsis.Plant Physiol 122:403-413
Debeaujon I,Nesi N,Perez P,Devic M,Grandjean O,Caboche M,Lepiniec L(2003)
Proanthocyanidin-accumulating cells in Arabidopsis testa:Regulation of differentiation and role in seeddevelopment.Plant Cell 15:2514-2531
Jofuku KD,Omidyar PK,Gee Z and Okamuro JK(2005)Control of seed mass and seed yield by the floralhomeotic gene APETALA2.Proc Natl Acad Sci USA 102:3123-3128
Ohto MA,Fischer RL,Goldberg RB,Nakamura K and Harada JJ(2005)Control of seed mass by APETALA2.Proc Natl Acad Sci USA 102:3117-3122
Schruff MC,Spielman M,Tiwari S,Adams S,Fenby N,Scott RJ(2005)The AUXIN RESPONSE FACTOR 2gene of Arabidopsis links auxin signaling,cell division,and the size of seeds and other organs.Development133:251-261
Luo M,Dennis ES,Berger F,Peacock WJ and Chandhury A(2005)MINISEED3(MINI3),a WRKY family gene,and HAIKU2(IKU2),a leucine-rich repeat(LRR)KINASE gene,are regulators of seed size in Arabidopsis.Proc Natl Acad Sci USA 102:17531-17536
Lowe A,Moule C,Trick M,Edwards K(2004)Efficient large-scale development of microsatellites for markerand mapping applications in Brassica crop species.Theor Appl Genet 108:1103-1112
Plieske J,Struss D(2001)Microsatellite markers for genome analysis in Brassica.I.Development in Brassicanapus and abundance in Brassicaceae species.Theor Appl Genet 102:689-694
Suwabe K,Iketani H,Nunome T,Kage T,Hirai M(2002)Isolation and characterization of microsatellites inBrassica rapa L.Theor Appl Genet 104:1092-1098
Cheng XM,Xu JS,Xia S,Gu JX,Yang Y,Fu J,Qian XJ,Zhang SC,Wu JS,Liu KD(2009)Development andgenetic mapping of microsatellite markers from genome survey sequences in Brassica napus.Theor ApplGenet 118:1121-1131
余风群等,提高甘蓝型油菜小孢子胚状体成苗率的某些培养因素研究,作物学报,1997,23(2):165-168(关于甘蓝型油菜小孢子的培养方法)
序列表
<110>华中农业大学
<120>甘蓝型油菜粒重主效QTLs的分子标记及其应用
<130>
<141>2010-03-08
<160>8
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>21
<212>DNA
<213>甘蓝型油菜(Brassica napus)
<220>
<221>gene
<222>(1)..(21)
<223>
<400>1
atcatgatga cttttgcaat g 21
<210>2
<211>21
<212>DNA
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<213>甘蓝型油菜(Brassica napus)
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<222>(1)..(21)
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tcatgtagta gtgttaaagg ggca 24
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caaaagcgtg agttgtgatt gt 22
Claims (8)
1.一种与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记I0509,其特征在于通过如下方法获得:用核苷酸序列如SEQID NO:1和SEQID NO:2所示的引物对对甘蓝型油菜甲A254和甲A177叶片分离的DNA进行PCR扩增,扩增产物在6%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,获得与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记I0509。
2.一种与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记J0609,其特征在于通过如下方法获得:用核苷酸序列如SEQ ID NO:3和SEQID NO:4所示的引物对对甘蓝型油菜甲A254和甲A177叶片分离的DNA进行PCR扩增,扩增产物在6%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,获得与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记J0609。
3.用于扩增与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记I0509的引物对,其特征在于,该引物对的核苷酸序列如SEQID NO:1和SEQ ID NO:2所示。
4.用于扩增与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记J0609的引物对,其特征在于,该引物对的核苷酸序列如SEQID NO:3和SEQ ID NO:4所示。
5.一种与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记的制备方法,按照以下步骤:
a)用甘蓝型油菜甲A254为母本与甲A177为父本杂交,得到F1;
b)种植步骤a)的F1,从所述的F1花蕾中分离小孢子,进行培养,获得分离的双单倍体(DH)群体;
c)对DH群体中的每一个株系进行分子标记分析,分离DH群体每一个株系的基因组DNA,采用SSR引物进行PCR扩增,扩增产物用6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,经银染、显影后,获得每个株系的基因型;
d)用步骤c)中获得的基因型构建甘蓝型油菜遗传连锁图;
e)测定DH群体每个株系的成熟种子的千粒重数值;
f)将步骤e)中DH群体每个株系的千粒重与步骤d)中甘蓝型油菜遗传连锁图中的分子标记进行连锁和QTL分析,得到粒重主效QTLs连锁的SSR分子标记BnEMS1044和BrGMS554,分子标记BnEMS1044的引物对的核苷酸序列如SEQID NO:5和SEQID NO:6所示;分子标记BrGMS554的引物对的核苷酸序列如SEQID NO:7和SEQ ID NO:8所示;
g)用步骤f)中的分子标记BnEMS1044和BrGMS554搜寻白菜数据库的同源区段,找到白菜A7上的两个BAC,即KBrB084P16和KBrH001J06;
h)利用在线软件Batchprimer3设计两个BAC的特异性SSR引物对,用核苷酸序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO :2所示的引物对对甘蓝型油菜甲A254和甲A177叶片分离的DNA进行PCR扩增,扩增产物在6%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,获得与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记I0509;用核苷酸序列如SEQ ID NO:3和SEQID NO:4所示的引物对对甘蓝型油菜甲A254和甲A177叶片分离的DNA进行PCR扩增,扩增产物在6%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,获得与甘蓝型油菜粒重主效QTLs紧密连锁的分子标记J0609。
6.权利要求1或2所述的分子标记在甘蓝型油菜粒重性状标记辅助选择中的应用。
7.权利要求3或4所述的引物对在甘蓝型油菜粒重性状标记辅助选择中的应用。
8.权利要求7的应用为在甘蓝型油菜粒重性状的精细定位和图位克隆中的应用。
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CN101255461A (zh) * | 2007-09-25 | 2008-09-03 | 华中农业大学 | 甘蓝型油菜自交不亲和的显性scar分子标记及应用 |
CN101250524A (zh) * | 2008-04-07 | 2008-08-27 | 华中农业大学 | 甘蓝型油菜自交不亲和保持系的分子标记及制备方法与应用 |
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