CN103498002A - 一种达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物及检测方法 - Google Patents
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Abstract
一种达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物及检测方法,它涉及一种瓦氏雅罗鱼的检测引物及检测方法。达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物为一对微卫星标记引物,正向检测引物核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,反向检测引物核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。检测方法:一、样本DNA提取;二、PCR扩增;三、毛细管凝胶电泳,扩增出148bp条带的样品鱼为达里湖流域瓦氏雅罗鱼,否则样品鱼不是达里湖流域瓦氏雅罗鱼。本发明可用于渔业检测和动物资源保护领域。
Description
技术领域
本发明涉及一种瓦氏雅罗鱼的检测引物及检测方法。
背景技术
瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii)亦称东北雅罗鱼,俗称华子鱼、滑鱼、白鱼,隶属于鲤形目、鲤科、雅罗鱼亚科的雅罗鱼属,是一种小型的冷水性经济鱼类。瓦氏雅罗鱼全长约40厘米,体长,侧扁,腹圆,无腹棱,吻端钝,稍隆起;口端位,上颌略长于下颌,上颌骨后延至眼前缘下方;唇薄,无角质边缘,无须;眼较大,鳞中等大,侧线完全,微向腹面弯下,向后延至尾柄正中轴;背鳍无硬刺;体背部灰褐色,腹部银白色;鳞片基部有明显的放射线纹,后缘灰色;各鳍灰白色,胸鳍、腹鳍和臀鳍有时呈浅黄色。
瓦氏雅罗鱼主要分布于黑龙江流域各水系,也有少量分布于辽河、黄河以及内蒙古的一些内陆湖泊等。生活在内蒙古达里湖流域的野生瓦氏雅罗鱼被国家环保部门认证为有机食品,其味鲜美更是优于其它水系的瓦氏雅罗鱼,因此遭到过度捕捞,种群规模日趋减小,现入选国家级水产种质资源保护区名列,这也导致达里湖流域野生瓦氏雅罗鱼的市场价格一路上涨。而且达里湖流域的野生瓦氏雅罗鱼可耐受碱度53.57mmol/L,pH值高达9.69的恶劣水域条件,是我国特有的渔业资源品种,具有极高的经济、生态和科研价值。
达里湖起源于古辽河,而古辽河曾经是黑龙江水系的主要支流之一,最后一次冰川作用和地质下陷致使达里湖成为无出口的封闭型内陆高原湖泊。虽然栖居于达里湖的瓦氏雅罗鱼与黑龙江水系的瓦氏雅罗鱼由于地理隔离至少分开了1万年,形成了独特的地理种群,但由于二者亲缘关系非常近,遗传相似性达90%,表型差异不明显,肉眼难以辨别。因此,现在市场上用其它水系瓦氏雅罗鱼冒充达里湖流域瓦氏雅罗鱼的现象时常发生。而且,也对我国保护特有野生渔业资源带来了困难。
发明内容
本发明为了解决其它水系瓦氏雅罗鱼冒充达里湖流域瓦氏雅罗鱼肉眼难以辨别,海关及相关检查部门保护我国野生渔业资源的工作需要,而提供的一种达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物及检测方法。
达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物为一对微卫星标记引物,正向检测引物核苷酸序列为5'-ACTTTACATTGGTGCTA-3',反向检测引物核苷酸序列为5'-GATTTGGTCAAAGAAGA-3'。
达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测方法按以下步骤进行:
一、样本鱼DNA提取:
取样本鱼鳍置于1.5ml离心管中再依次加入600μl裂解液和10μl蛋白酶K,混匀后将离心管置于55℃水浴锅中过夜消化;消化后加入10μl RNA酶混匀后置于37℃水浴锅中水浴1h;然后加入600μl苯酚与氯仿混合液,混匀后常温下12000r/min离心10min;取离心上层清液置于一个新离心管中,再加入1ml无水酒精混匀,常温下12000r/min离心10min;离心后旋转倒出酒精再加入500μl浓度为70%的乙醇,常温下12000r/min离心5min;之后用移液枪将乙醇移出,白色DNA沉淀再经12000r/min离心1min,离心结束将残留的酒精倒出后置于室温下干燥10min,然后加入30μl~50μl1×TE溶液于-40℃下保存备用,即完成样本DNA提取;
二、PCR扩增:
PCR反应体系为15μl,由10.8μl自制混合buffer、0.5μl带有蓝色荧光标记的正向检测引物、0.5μl反向检测引物、2μl样本DNA、0.2μl酶活为1U的Taq DNA聚合酶和1μl去离子无菌水组成;PCR的扩增条件为:94℃预变性5min,94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸60s,共30个循环,最后72℃延伸7min;
三、取步骤二PCR扩增产物1μl,再加入9μl的去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的混合物,之后在PCR仪上95℃变性5min,然后置于4℃环境中保温10min以上,再用基因分析仪进行毛细管凝胶电泳;电泳结束后用软件GeneMapper3.7及LIZ-500分子量内标对片段大小进行判别,扩增出148bp条带的样品鱼为达里湖流域瓦氏雅罗鱼,否则样品鱼不是达里湖流域瓦氏雅罗鱼;
其中,步骤一中苯酚与氯仿混合液中苯酚与氯仿的体积比为1:1;
步骤二PCR反应体系中带有蓝色荧光标记的正向检测引物浓度为10mmol/L,反向检测引物浓度为10mmol/L,2μl样本DNA中含步骤一获得的样本DNA50ng,自制混合buffer中含有KCl、Tris-HCl、Triton X-100、MgCl2、NP-40明胶和4种dNTP,其中KCl的浓度为50mmol/L、Tris-HCl的浓度为10mmol/L、Triton X-100的体积浓度为0.1%、MgCl2的浓度为1.5mmol/L、NP-40的体积浓度为0.1%、明胶的体积浓度为0.01%;
步骤二PCR反应体系中正向检测引物的5'端添加蓝色荧光基团FAM,序列为5'-FAMACTTTACATTGGTGCTA-3',反向检测引物核苷酸序列为5'-GATTTGGTCAAAGAAGA-3';
步骤三去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的混合物中去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的体积比为30:1。
本发明检测引物和检测方法可以有效的区分被检测样品是否为达里湖流域瓦氏雅罗鱼,具有准确率高,检测步骤简单,可操作性强等优点。
具体实施方式
本发明技术方案不局限于以下所列举具体实施方式,还包括各具体实施方式间的任意组合。
具体实施方式一:本实施方式达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物为一对微卫星标记引物,正向检测引物核苷酸序列为5'-ACTTTACATTGGTGCTA-3',反向检测引物核苷酸序列为5'-GATTTGGTCAAAGAAGA-3'。
具体实施方式二:本实施方式达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测方法按以下步骤进行:
一、样本鱼DNA提取:
取样本鱼鳍置于1.5ml离心管中再依次加入600μl裂解液和10μl蛋白酶K,混匀后将离心管置于55℃水浴锅中过夜消化;消化后加入10μl RNA酶混匀后置于37℃水浴锅中水浴1h;然后加入600μl苯酚与氯仿混合液,混匀后常温下12000r/min离心10min;取离心上层清液置于一个新离心管中,再加入1ml无水酒精混匀,常温下12000r/min离心10min;离心后旋转倒出酒精再加入500μl浓度为70%的乙醇,常温下12000r/min离心5min;之后用移液枪将乙醇移出,白色DNA沉淀再经12000r/min离心1min,离心结束将残留的酒精倒出后置于室温下干燥10min,然后加入30μl~50μl1×TE溶液于-40℃下保存备用,即完成样本DNA提取;
二、PCR扩增:
PCR反应体系为15μl,由10.8μl自制混合buffer、0.5μl带有蓝色荧光标记的正向检测引物、0.5μl反向检测引物、2μl样本DNA、0.2μl酶活为1U的Taq DNA聚合酶和1μl去离子无菌水组成;PCR的扩增条件为:94℃预变性5min,94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸60s,共30个循环,最后72℃延伸7min;
三、取步骤二PCR扩增产物1μl,再加入9μl的去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的混合物,之后在PCR仪上95℃变性5min,然后置于4℃环境中保温10min以上,再用基因分析仪进行毛细管凝胶电泳;电泳结束后用软件GeneMapper3.7及LIZ-500分子量内标对片段大小进行判别,扩增出148bp条带的样品鱼为达里湖流域瓦氏雅罗鱼,否则样品鱼不是达里湖流域瓦氏雅罗鱼;
其中,步骤一中苯酚与氯仿混合液中苯酚与氯仿的体积比为1:1;
步骤二PCR反应体系中带有蓝色荧光标记的正向检测引物浓度为10mmol/L,反向检测引物浓度为10mmol/L,2μl样本DNA中含步骤一获得的样本DNA50ng,自制混合buffer中含有KCl、Tris-HCl、Triton X-100、MgCl2、NP-40明胶和4种dNTP,其中KCl的浓度为50mmol/L、Tris-HCl的浓度为10mmol/L、Triton X-100的体积浓度为0.1%、MgCl2的浓度为1.5mmol/L、NP-40的体积浓度为0.1%、明胶的体积浓度为0.01%;
步骤二PCR反应体系中正向检测引物的5'端添加蓝色荧光基团FAM,序列为5'-FAMACTTTACATTGGTGCTA-3',反向检测引物核苷酸序列为5'-GATTTGGTCAAAGAAGA-3';
步骤三去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的混合物中去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的体积比为30:1。
本实施方式步骤三中使用ABI公司的3730XL基因分析仪。
具体实施方式三:本实施方式与具体实施方式二的不同点在于:将步骤三扩增出的148bp条带进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,然后回收纯化并转入到感受态细胞E.coli DH5α中,然后提取质粒进行测序获得碱基序列如SEQ ID NO:3所示。其他步骤和参数与具体实施方式二相同。
将148bp条带的胶条回收置于1.5ml离心管中然后加50μl无菌水,沸水浴15~30min后12000r/min离心10~15min(此时DNA将会从胶条中析出)。以回收产物作为模板,用具体实施方式一中检测引物再次进行PCR扩增,扩增体系以及扩增条件与具体实施方式二相同。PCR扩增结束后进行载体连接反应:1μl PMD-18T、4μl SolutionⅠ、5μl PCR扩增产物,4℃连接过夜。然后将10μl连接反应液转化到感受态细胞E.coli DH5α中,37℃过夜培养。参照菌斑PCR验证结果提取质粒,并将提取到的质粒送测序公司完成测序。
实例1
以达里湖流域和黑龙江流域2个流域中的瓦氏雅罗鱼进行检测试验。达里湖流域包括达里湖(DL)及其邻近的刚更湖(GG)两个群体,黑龙江流域包括呼伦湖(HL)、黑龙江(HLJ)、松花江(SHJ)和乌苏里江(WSL)四个群体,6个群体共计151个样品。每个群体的具体采样信息如表1所示。
表1
群体 | 采样地 | 样本数 | 东经 | 北纬 |
DL | 达里湖流域 | 30 | 116°26′ | 43°13′ |
GG | 达里湖流域 | 29 | 116°58′ | 43°20′ |
HL | 黑龙江流域 | 20 | 117°25′ | 49°08′ |
HLJ | 黑龙江流域 | 27 | 134°18′ | 48°22′ |
SHJ | 黑龙江流域 | 30 | 131°52′ | 47°16′ |
WSL | 黑龙江流域 | 15 | 134°39′ | 48°10′ |
检测方法与具体实施方式二相同,本发明检测引物在6个群体151个个体中共扩增出4种大小不同的DNA片段(148bp、152bp、156bp和158bp),每个群体中各种大小DNA片段出现的频率表2所示。
表2
根据本发明的检测方法达里湖流域的两个群体中的所有个体全部都扩增出148bp的条带;而黑龙江流域4个群体没有任何一个个体扩增出148bp的条带。说明本发明检测引物特异性好,检测方法准确率高,达到100%。
Claims (3)
1.一种达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物,其特征在于达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测引物为一对微卫星标记引物,正向检测引物核苷酸序列为5'-ACTTTACATTGGTGCTA-3',反向检测引物核苷酸序列为5'-GATTTGGTCAAAGAAGA-3'。
2.一种达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测方法,其特征在于达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测方法按以下步骤进行:
一、样本鱼DNA提取:
取样本鱼鳍置于1.5ml离心管中再依次加入600μl裂解液和10μl蛋白酶K,混匀后将离心管置于55℃水浴锅中过夜消化;消化后加入10μl RNA酶混匀后置于37℃水浴锅中水浴1h;然后加入600μl苯酚与氯仿混合液,混匀后常温下12000r/min离心10min;取离心上层清液置于一个新离心管中,再加入1ml无水酒精混匀,常温下12000r/min离心10min;离心后旋转倒出酒精再加入500μl浓度为70%的乙醇,常温下12000r/min离心5min;之后用移液枪将乙醇移出,白色DNA沉淀再经12000r/min离心1min,离心结束将残留的酒精倒出后置于室温下干燥10min,然后加入30μl~50μl1×TE溶液于-40℃下保存备用,即完成样本DNA提取;
二、PCR扩增:
PCR反应体系为15μl,由10.8μl自制混合buffer、0.5μl带有蓝色荧光标记的正向检测引物、0.5μl反向检测引物、2μl样本DNA、0.2μl酶活为1U的Taq DNA聚合酶和1μl去离子无菌水组成;PCR的扩增条件为:94℃预变性5min,94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸60s,共30个循环,最后72℃延伸7min;
三、取步骤二PCR扩增产物1μl,再加入9μl的去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的混合物,之后在PCR仪上95℃变性5min,然后置于4℃环境中保温10min以上,再用基因分析仪进行毛细管凝胶电泳;电泳结束后用软件GeneMapper3.7及LIZ-500分子量内标对片段大小进行判别,扩增出148bp条带的样品鱼为达里湖流域瓦氏雅罗鱼,否则样品鱼不是达里湖流域瓦氏雅罗鱼;
其中,步骤一中苯酚与氯仿混合液中苯酚与氯仿的体积比为1:1;
步骤二PCR反应体系中带有蓝色荧光标记的正向检测引物浓度为10mmol/L,反向检测引物浓度为10mmol/L,2μl样本DNA中含步骤一获得的样本DNA50ng,自制混合buffer中含有KCl、Tris-HCl、Triton X-100、MgCl2、NP-40明胶和4种dNTP,其中KCl的浓度为50mmol/L、Tris-HCl的浓度为10mmol/L、Triton X-100的体积浓度为0.1%、MgCl2的浓度为1.5mmol/L、NP-40的体积浓度为0.1%、明胶的体积浓度为0.01%;
步骤二PCR反应体系中正向检测引物的5'端添加蓝色荧光基团FAM,序列为5'-FAMACTTTACATTGGTGCTA-3',反向检测引物核苷酸序列为5'-GATTTGGTCAAAGAAGA-3';
步骤三去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的混合物中去离子甲酰胺与LIZ-500分子量内标的体积比为30:1。
3.一种达里湖流域瓦氏雅罗鱼检测方法,其特征在于将步骤三扩增出的148bp条带进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,然后回收纯化并转入到感受态细胞E.coli DH5α中,然后提取质粒进行测序获得碱基序列如SEQ ID NO:3所示。
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