CN103180737A - 鉴定响应抗癌疗法的可能性升高的患者的方法 - Google Patents

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S.L.德哈斯
R.埃利奥特
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G.D.普洛曼
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Abstract

本发明提供用于鉴定会受益于包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法治疗的患者的方法。本发明还提供用于监测患者对抗癌疗法的响应的方法。本发明还提供用于所述方法的试剂盒和制品。

Description

鉴定响应抗癌疗法的可能性升高的患者的方法
相关申请
本申请涉及2010年7月19日提交的EP10170004.5和EP10170008.6及2010年11月17日提交的美国临时申请No.61/414,853；61/414,859；和61/414,861，通过述及将每一篇的公开内容完整收入本文用于所有目的。
发明领域
本申请致力于用于鉴定哪些患者会最多地受益于抗癌剂治疗及对患者监测他们对抗癌剂治疗的敏感性和响应性的方法。
发明背景
癌症是对人类健康的最致命威胁之一。仅在美国，癌症每年影响近130万新患者，而且是位于心血管疾病之后的第二位死因，占4例死亡中的大约1例。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗中已经取得了重大进步，但是所有癌症的总体5年存活率在最近20年里只改进了约10%。癌症（或称作恶性肿瘤）以不受控制的方式快速生长和转移，使得及时检测和处理极端困难。
根据癌症类型，患者通常有数个治疗选项可用，包括化疗、辐射和基于抗体的药物。对于预测不同治疗方案的临床结果有用的诊断方法会大大有利于对这些患者进行临床安排。
如此，需要更有效的手段来确定哪些患者会响应哪种治疗、并且将此确定纳入到对患者更有效的抗癌剂疗法治疗方案，无论用作单一药剂或是与其它药剂组合。
发明概述
本发明提供用于鉴定会响应抗癌剂，例如VEGF-A拮抗剂诸如例如贝伐单抗治疗的患者的方法。
本发明的一个实施方案提供鉴定会受益于包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法治疗的患者的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平（例如与参照样品相比）指示该患者会受益于该抗癌疗法的治疗。在一些实施方案中，所述癌症选自下组：结肠直肠癌，成胶质细胞瘤，肾癌，卵巢癌，乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌），胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），胃癌和肺癌。在一些实施方案中，所述自患者获得的样品是选自下组的成员：全血，血浆，血清，及其组合。在一些实施方案中，所述VEGF121水平是蛋白质水平。在一些实施方案中，所述VEGF121蛋白质水平是通过测量VEGF121血浆蛋白质水平而测定的。在一些实施方案中，血浆VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者会受益于该抗癌疗法，更有可能响应该抗癌疗法，或具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，该方法进一步包括对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，所述VEGF-A拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）且所述第二抗癌疗法是多西他赛(docetaxel)。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），所述第二抗癌疗法是吉西他滨（gemcitabine），且所述第三抗癌疗法是厄洛替尼（erlotinib）。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌，所述第二抗癌疗法是卡培他滨（capecitabine），且所述第三抗癌疗法是顺铂（cisplatin）。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌，所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。
本发明的又一个实施方案提供预测患有癌症的患者对包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法治疗的响应性的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平（例如与参照样品相比）指示该患者更有可能响应该抗癌疗法的治疗。在一些实施方案中，所述癌症选自下组：结肠直肠癌，成胶质细胞瘤，肾癌，卵巢癌，乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌），胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），胃癌，和肺癌。在一些实施方案中，所述自患者获得的样品是选自下组的成员：全血，血浆，血清，及其组合。在一些实施方案中，所述VEGF121蛋白质水平是通过测量VEGF121血浆蛋白质水平而测定的。在一些实施方案中，血浆VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者会受益于该抗癌疗法，更有可能响应该抗癌疗法，或具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，该方法进一步包括对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，所述VEGF-A拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）且所述第二抗癌疗法是多西他赛。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是厄洛替尼。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌，所述第二抗癌疗法是卡培他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌，所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。
本发明的还有另一个实施方案提供用于确定有癌症的患者会展现出受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的可能性的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平（例如与参照样品相比）指示该患者具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，所述癌症选自下组：结肠直肠癌，成胶质细胞瘤，肾癌，卵巢癌，乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌），胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），胃癌，和肺癌。在一些实施方案中，所述自患者获得的样品是选自下组的成员：全血，血浆，血清，及其组合。在一些实施方案中，所述VEGF121蛋白质水平是通过测量VEGF121血浆蛋白质水平而测定的。在一些实施方案中，血浆VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者会受益于该抗癌疗法，更有可能响应该抗癌疗法，或具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，该方法进一步包括对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，所述VEGF-A拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）且所述第二抗癌疗法是多西他赛。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是厄洛替尼。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌，所述第二抗癌疗法是卡培他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌，所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。
本发明的甚至另一个实施方案提供用于优化包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗功效的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平（例如与参照样品相比）指示该患者具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，所述癌症选自下组：结肠直肠癌，成胶质细胞瘤，肾癌，卵巢癌，乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌），胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），胃癌，和肺癌。在一些实施方案中，所述自患者获得的样品是选自下组的成员：全血，血浆，血清，及其组合。在一些实施方案中，所述VEGF121蛋白质水平是通过测量VEGF121血浆蛋白质水平而测定的。在一些实施方案中，血浆VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者会受益于该抗癌疗法，更有可能响应该抗癌疗法，或具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，该方法进一步包括对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，所述VEGF-A拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）且所述第二抗癌疗法是多西他赛。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是厄洛替尼。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌，所述第二抗癌疗法是卡培他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌，所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。
本发明的又一个实施方案提供用于治疗患者中的癌症的方法，该方法包括：确定自患者获得的样品具有处于或高于VEGF121参照水平的水平（例如与参照样品相比），并对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法，由此所述癌症得到治疗。在一些实施方案中，所述癌症选自下组：结肠直肠癌，成胶质细胞瘤，肾癌，卵巢癌，乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌），胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），胃癌，和肺癌。在一些实施方案中，所述自患者获得的样品是选自下组的成员：全血，血浆，血清，及其组合。在一些实施方案中，所述VEGF121蛋白质水平是通过测量VEGF121血浆蛋白质水平而测定的。在一些实施方案中，血浆VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者会受益于该抗癌疗法，更有可能响应该抗癌疗法，或具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，该方法进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。在一些实施方案中，所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。在一些实施方案中，所述VEGF-A拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述抗体是贝伐单抗。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）且所述第二抗癌疗法是多西他赛。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌），所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是厄洛替尼。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌，所述第二抗癌疗法是卡培他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌，所述第二抗癌疗法是吉西他滨，且所述第三抗癌疗法是顺铂。
本发明的另一个实施方案提供用于确定患者是否会受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法治疗的试剂盒，该试剂盒包含用于测定至少一种生物标志物水平的化合物套组来预测患者对包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法治疗的响应性，其中VEGF121水平处于或高于参照水平（例如参照样品中的VEGF121水平）指示该患者会受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗。在一些实施方案中，所述化合物是蛋白质。在一些实施方案中，所述蛋白质是抗体。
本发明的又一个实施方案提供用于检测VEGF121的水平的化合物套组，该套组包含至少一种能够特异性结合VEGF121的化合物。优选地，所述化合物套组用于预测患者对包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗的响应性。在一些实施方案中，所述化合物是蛋白质。在一些实施方案中，所述蛋白质是抗体。
通过下面的详述来进一步描述这些和其它实施方案。
附图简述
图1：在正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（低或高剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，总体生物标志物群的无进展存活的Kaplan Meier曲线。短虚线代表安慰剂加多西他赛。实线代表低剂量贝伐单抗（每3周7.5mg/kg）加多西他赛。长虚线代表高剂量贝伐单抗（每3周15mg/kg）加多西他赛。
图2：正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（低剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，生物标志物在后续抗瘤疗法开始之前无进展存活的危害比Forest图（安慰剂和低剂量贝伐单抗），一项两分分析。
图3：正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（高剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，生物标志物在后续抗瘤疗法开始之前无进展存活的危害比Forest图（安慰剂和高剂量贝伐单抗），一项两分分析。
图4：正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（低或高剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，低VEGFA表达水平（<125pg/ml）（图4A）和高VEGFA表达水平（≥125pg/ml）（图4B）在后续抗瘤疗法开始之前无进展存活的Kaplan Meier曲线。短虚线代表安慰剂加多西他赛。实线代表低剂量贝伐单抗（7.5mg/kg每3周）加多西他赛。长虚线代表高剂量贝伐单抗（15mg/kg每3周）加多西他赛。
图5：正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（低或高剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，低VEGFR2表达水平（<11ng/ml）（图5A）和高VEGFR2表达水平（≥11ng/ml）（图5B）在后续抗瘤疗法开始之前无进展存活的Kaplan Meier曲线。短虚线代表安慰剂加多西他赛。实线代表低剂量贝伐单抗（7.5mg/kg每3周）加多西他赛。长虚线代表高剂量贝伐单抗（15mg/kg每3周）加多西他赛。
图6：正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（低或高剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，VEGFA和VEGFR2的低组合表达水平（公式1<-0.132）和高组合表达水平（公式1≥-0.132）在后续抗瘤疗法开始之前无进展存活的Kaplan Meier曲线。实线代表安慰剂加多西他赛。长虚线代表低剂量贝伐单抗（7.5mg/kg每3周）加多西他赛。短虚线代表高剂量贝伐单抗（15mg/kg每3周）加多西他赛。
图7：正在为局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗（低或高剂量）加多西他赛疗法较之安慰剂加多西他赛疗法，VEGFA和PLGF的低组合表达水平（公式2<-0.006）和高组合表达水平（公式2≥-0.006）在后续抗瘤疗法开始之前无进展存活的Kaplan Meier曲线。实线代表安慰剂加多西他赛。长虚线代表低剂量贝伐单抗（7.5mg/kg每3周）加多西他赛。短虚线代表高剂量贝伐单抗（15mg/kg每3周）加多西他赛。
图8：SEQ ID NO：1，VEGFA的示例性氨基酸序列。
图9：SEQ ID NO：2，VEGFR2的示例性氨基酸序列。
图10：SEQ ID NO：3，PLGF的示例性氨基酸序列。
图11：提高VEGF111、VEGF121、VEGF165和VEGF189浓度的测量，如在IMPACT芯片上测量的。
图12：提高VEGF110、VEGF121和VEGF165浓度的测量，如在自动化分析仪上使用
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测定法测量的。
图13：正在为不能手术的局部晚期/转移性胃/胃-食道腺癌接受治疗的患者中，对贝伐单抗加卡培他滨/顺铂疗法较之对照安慰剂加卡培他滨/顺铂疗法，标志物VEGFA高（>111pg/ml）和低（≤111pg/ml）表达水平的总体存活（图13A）无进展存活（图13B）的Kaplan Meier曲线。
图14：正在为不能手术的局部晚期/转移性胃/胃-食道腺癌接受治疗的来自亚太地区的患者中，对贝伐单抗加卡培他滨/顺铂疗法较之对照安慰剂加卡培他滨/顺铂疗法，标志物pVEGFA高（>111pg/ml）和低（≤111pg/ml）表达水平与总体存活（图14A）和无进展存活（图14B）方面治疗效果的关联的Kaplan Meier曲线。
图15：正在为不能手术的局部晚期/转移性胃/胃-食道腺癌接受治疗的来自非亚太地区的患者中，对贝伐单抗加卡培他滨/顺铂疗法较之对照安慰剂加卡培他滨/顺铂疗法，标志物VEGFA高（>111pg/ml）和低（≤111pg/ml）表达水平与总体存活（图15A）无进展存活（图15B）方面治疗效果的关联的Kaplan Meier曲线。
图16：正在为转移性胰腺癌接受治疗的患者中，贝伐单抗加吉西他滨/厄洛替尼疗法较之对照安慰剂加吉西他滨/厄洛替尼疗法的总体存活（图16A）无进展存活（图16B）的Kaplan Meier曲线。在图中，实线代表贝伐单抗/吉西他滨-厄洛替尼治疗，而虚线代表安慰剂/吉西他滨-厄洛替尼治疗。
图17：对正在为转移性胰腺癌接受治疗的患者，关于贝伐单抗加吉西他滨-厄洛替尼疗法对对照安慰剂加吉西他滨-厄洛替尼疗法，对于标志物VEGFA高表达水平（≥152.9pg/ml）和低表达水平（<152.9pg/ml），标志物VEGFA（图17A）与总体存活方面治疗效果的关联及标志物VEGFA（图17B）与无进展存活方面治疗效果的关联的Kaplan Meier曲线。在图中，实线代表贝伐单抗/吉西他滨-厄洛替尼治疗，而虚线代表安慰剂/吉西他滨-厄洛替尼治疗。
图18：对正在为转移性胰腺癌接受治疗的患者，关于贝伐单抗加吉西他滨-厄洛替尼疗法对对照安慰剂加吉西他滨-厄洛替尼疗法，标志物VEGFA和VEGFR2的组合表达水平高（公式1≥-0.1）和低（公式1<-0.1）表达水平（图18A）及VEGFA和PLGF的组合表达水平高（公式2≥-0.042）和低（公式2<-0.042）表达水平（图18B）与总体存活方面治疗效果的关联的Kaplan Meier曲线。在图中，实线代表贝伐单抗/吉西他滨-厄洛替尼治疗，而虚线代表安慰剂/吉西他滨-厄洛替尼治疗。
图19：对正在为转移性胰腺癌接受治疗的患者，关于贝伐单抗加吉西他滨-厄洛替尼疗法对对照安慰剂加吉西他滨-厄洛替尼疗法，标志物VEGFA和VEGFR2的组合表达水平高（公式1≥-0.1）和低（公式1<-0.1）表达水平（图19A）及VEGFA和PLGF的组合表达水平高（公式2≥-0.042）和低（公式2<-0.042）表达水平（图19B）与无进展存活方面治疗效果的关联的Kaplan Meier曲线。在图中，实线代表贝伐单抗/吉西他滨-厄洛替尼治疗，而虚线代表安慰剂/吉西他滨-厄洛替尼治疗。
图20：对正在为转移性胰腺癌接受治疗的患者，关于贝伐单抗加吉西他滨-厄洛替尼疗法对对照安慰剂加吉西他滨-厄洛替尼疗法，标志物VEGFA、VEGFR2和PLGF的组合表达水平高（公式3≥0.837）和低（公式3<0.837）表达水平与总体存活（图20A）方面治疗效果的关联及标志物VEGFA、VEGFR2和PLGF的组合表达水平高（公式3≥0.837）和低（公式3<0.837）表达水平与无进展存活（图20B）方面治疗效果的关联的Kaplan Meier曲线。在图中，实线代表贝伐单抗/吉西他滨-厄洛替尼治疗，而虚线代表安慰剂/吉西他滨-厄洛替尼治疗。
图21：来自相同患者的EDTA和柠檬酸盐样品、用IMPACT测定法测量两次的数据。EDTA血浆的VEGFA浓度比柠檬酸盐要高约40%，其中EDTA-柠檬酸盐方法比较的Spearman相关性为约0.8。
发明详述
I.导言
本发明提供用于鉴定响应包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法的可能性升高或经历转移的可能性升高的患者的方法。
II.定义
在某些实施方案中，术语“升高”或“高于”指高于参照水平的水平或通过本文所述方法检测的、VEGF121水平与来自参照样品的VEGF121水平相比5%、10%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、100%或更大的总体升高。在某些实施方案中，术语“升高”指VEGF121水平的升高，其中所述“升高”是与例如自参照样品预先测定的VEGF121水平相比高至少约1.5、1.75、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、75、80、90、或100倍。在一个优选的实施方案中，术语“升高的水平”指处于或高于参照水平的值。
在某些实施方案中，术语“降低”或“低于”在本文中指低于参照水平的水平或通过本文所述方法检测的、VEGF121和/或VEGF110水平与来自参照样品的VEGF121水平相比5%、10%、20%、25%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的总体降低。在某些实施方案中，术语“降低”指通过本文所述方法检测的，VEGF121水平的降低，其中“降低”的水平是来自参照样品的VEGF121水平的至多约0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.05、或0.01倍或更低。
在某些实施方案中，术语“处于参照水平”指与参照样品中通过本文所述方法检测的VEGF121水平相同的水平。
在某些实施方案中，术语“参照水平”在本文中指预定值。如技术人员会领会的，参照水平预定和设置为在例如特异性和/或灵敏度方面达到要求。这些要求可以变化，例如在不同管理机构之间。它可以是例如测定法灵敏度或特异性分别要设置成某些限制，例如80%、90%或95%。这些要求也可以在阳性或阴性预测值方面限定。无论如何，基于本发明中给出的教导，总是会有可能到达达到那些要求的参照水平。在一个实施方案中，参照水平是在健康个体中确定的。在一个实施方案中，参照水平是在患者所属疾病实体中预定的。在某些实施方案中，参照值可以例如设置为自调查的疾病实体中的值的总体分布的25%和75%之间的任何百分位。在其它实施方案中，参照水平可以例如设置为自调查的疾病实体中的值的总体分布确定的中值、三分位或四分位。在一个实施方案中，参照水平设置为自调查的疾病实体中的值的总体分布确定的中值。
在本发明的语境中，“VEGF”、“VEGFA”、或“VEGF-A”指血管内皮生长因子蛋白A，以SEQ ID NO：1例示，在图8中显示（Swiss Prot登录号P15692，Gene ID（NCBI）：7422）。术语“VEGFA”涵盖具有氨基酸序列SEQID NO：1的蛋白质及其同源物和同等型。术语“VEGF-A”还涵盖VEGF-A的已知的同等型，例如剪接同等型，例如VEGF121、VEGF145、VEGF165、VEGF189和VEGF206，及其天然发生等位和加工形式，包括纤溶酶切割VEGF165生成的110个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子，如记载于Ferrara,Mol.Biol.Cell21:687(2010);Leung et al.,Science246:1306(1989);及Houck et al.,Mol.Endocrin.5:1806(1991)。在本发明的语境中，术语“VEGF-A”还涵盖其变体和/或同源物，以及VEGF-A的片段，前提是变体蛋白质（包括同等型）、同源物蛋白质和/或片段受到一种或多种VEGF-A特异性抗体识别，诸如抗体克隆3C5和26503（它们分别可得自Bender Relia Tech和R&D Systems）和A4.6.1（如记载于Kim et al.,Growth Factors7(1):53-64(1992)）。在本发明的语境中，VEGF、VEGFA、或VEGF-A的术语“同等型”（isoform）指剪接同等型和通过酶促切割（例如通过纤溶酶）生成的形式二者。
在本发明的语境中，“VEGFR2”指血管内皮生长因子受体2，以SEQ IDNO：2例示，在图9中显示（Swiss Prot登录号P35968，Gene ID（NCBI）：3791）。术语“VEGFR2”涵盖具有氨基酸序列SEQ ID NO：2的蛋白质及其同源物和同等型。在本发明的语境中，术语“VEGFR2”还涵盖与氨基酸序列SEQ IDNO：2，或与其变体和/或同源物的氨基酸序列，以及该序列的片段具有至少85%、至少90%或至少95%同源性的蛋白质，前提是变体蛋白质（包括同等型）、同源物蛋白质和/或片段受到一种或多种VEGFR2特异性抗体识别，诸如抗体克隆89115和89109，它们可得自R&D Systems。
在本发明的语境中，“PLGF”指胎盘生长因子，以SEQ ID NO：3例示，在图10中显示（Swiss Prot登录号P49763，Gene ID（NCBI）：5228）。术语“PLGF”涵盖具有氨基酸序列SEQ ID NO：3的蛋白质及其同源物和同等型。在本发明的语境中，术语“PLGF”还涵盖与氨基酸序列SEQ ID NO：3，或与其变体和/或同源物的氨基酸序列，以及该序列的片段具有至少85%、至少90%或至少95%同源性的蛋白质，前提是变体蛋白质（包括同等型）、同源物蛋白质和/或片段受到一种或多种PLGF特异性抗体识别，诸如抗体克隆2D6D5和6A11D2，它们可得自Roche Diagnostics GmbH。
术语“VEGF”还指来自非人物种诸如小鼠、大鼠或灵长类动物的VEGF。有时，来自特定物种的VEGF表示如下，hVEGF表示人VEGF，mVEGF表示小鼠VEGF，等等。术语“VEGF”还用于指包含165个氨基酸的人血管内皮细胞生长因子的氨基酸8至109或1至109的截短形式多肽。本申请中可能通过例如“VEGF(8-109)”、“VEGF(1-109)”或“VEGF165”来鉴别任何此类形式VEGF的提及。截短的”天然VEGF的氨基酸位置如天然VEGF序列中所示编号。例如，截短的天然VEGF中的第17位氨基酸（甲硫氨酸）也是天然VEGF中的第17位（甲硫氨酸）。截短的天然VEGF具有与天然VEGF相当的对KDR和Flt-1受体的结合亲和力。依照一个优选的实施方案，VEGF是人VEGF。
“VEGF生物学活性”包括对任何VEGF受体的结合或任何VEGF信号传导活性，调节诸如对正常的和异常的血管发生(angiogenesis)和脉管发生(vasculogenesis)(Ferrara and Davis-Smyth(1997)Endocrine Rev.18:4-25;Ferrara(1999)J.Mol.Med.77:527-543)；促进胚胎脉管发生和血管发生(Carmeliet et al.(1996)Nature380:435-439;Ferrara et al.(1996)Nature380:439-442)；及调控雌性生殖道中的和为了骨生长和软骨形成的周期性血管增殖(Ferrara et al.(1998)Nature Med.4:336-340;Gerber et al.(1999)NatureMed.5:623-628)。在作为血管发生和脉管发生中的血管发生因子之外，VEGF，作为多效生长因子，在生理过程诸如内皮细胞存活、血管通透性和血管舒张、单核细胞趋化性和钙内流中展现出多种生物学效应(Ferrara andDavis-Smyth(1997),supra,及Cebe-Suarez et al.,Cell.Mol.Life Sci.63:601-615(2006))。此外，最近的研究报道了VEGF对少数非内皮细胞类型诸如视网膜色素上皮细胞、胰导管细胞、和许旺(Schwann)细胞的促有丝分裂效应(Guerrin et al.(1995)J.Cell Physiol.164:385-394;Oberg-Welsh et al.(1997)Mol.Cell.Endocrinol.126:125-132;Sondell et al.(1999)J.Neurosci.19:5731-5740)。
“VEGF拮抗剂”或“VEGF特异性拮抗剂”指能够结合VEGF，降低VEGF表达水平，或者中和、阻断、抑制、消除、降低或干扰VEGF生物学活性（包括但不限于VEGF与一种或多种VEGF受体的结合及由VEGF介导的血管发生和内皮细胞存活或增殖）的分子。在本发明的方法中有用的VEGF特异性拮抗剂包括特异性结合VEGF的多肽、特异性结合VEGF受体的多肽、抗VEGF抗体及其抗原结合片段、特异性结合VEGF由此使其隔绝与一种或多种受体结合的受体分子和衍生物、融合蛋白（例如VEGF-Trap(Regeneron)）、和VEGF121-白树毒素(Peregrine)。VEGF特异性拮抗剂还包括VEGF多肽的拮抗性变体、针对VEGF的反义核碱基寡聚物、针对VEGF的小RNA分子、RNA适体、肽体、和针对VEGF的核酶、在严格条件下与编码VEGF或VEGF受体的核酸序列杂交的核酸（例如RNAi）、免疫粘附素、抗VEGF受体抗体和VEGF受体拮抗剂诸如VEGFR酪氨酸激酶的小分子抑制剂。依照一个优选的实施方案，所述VEGF拮抗剂结合VEGF并抑制VEGF诱导的体外内皮细胞增殖。依照一个优选的实施方案，所述VEGF拮抗剂以大于非VEGF或非VEGF受体的亲和力结合VEGF或VEGF受体。依照一个优选的实施方案，所述VEGF拮抗剂以介于1uM和1pM之间的Kd结合VEGF或VEGF受体。依照另一个优选的实施方案，所述VEGF拮抗剂以介于500nM和1pM之间的Kd结合VEGF或VEGF受体。VEGF特异性拮抗剂还包括结合VEGF且能够阻断、抑制、消除、降低、或干扰VEGF生物学活性的非肽小分子。如此，术语“VEGF活性”明确包括VEGF介导的VEGF生物学活性。在某些实施方案中，VEGF拮抗剂将VEGF的表达水平或生物学活性降低或抑制了至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。
依照一个优选的实施方案，所述VEGF拮抗剂选自：多肽诸如抗体、肽体、免疫粘附素、小分子或适体。在一个优选的实施方案中，所述抗体是抗VEGF抗体诸如贝伐单抗（
Figure BDA00002934634300131
）或抗VEGF受体抗体诸如抗VEGFR2或抗VEGFR3抗体。VEGF拮抗剂的其它例子包括：VEGF-Trap、Mucagen、PTK787、SU11248、AG-013736、Bay439006(sorafenib)、ZD-6474、CP632、CP-547632、AZD-2171、CDP-171、SU-14813、CHIR-258、AEE-788、SB786034、BAY579352、CDP-791、EG-3306、GW-786034、RWJ-417975/CT6758和KRN-633。
“抗VEGF抗体”指以足够亲和力和特异性结合VEGF的抗体。在某些实施方案中，所选择的抗体通常会具有足够的对VEGF的结合亲和力，例如，该抗体可以以介于100nM-1pM之间的Kd值结合hVEGF。抗体亲和力可通过例如基于表面等离振子共振的测定法（诸如PCT申请公开文本No.WO2005/012359中所记载的BIAcore测定法）；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；和竞争测定法（例如RIA）来测定。优选地，本发明的抗VEGF抗体可用作治疗剂，用于靶向和干扰其中牵涉VEGF活性的疾病或疾患。抗VEGF抗体通常不会结合其它VEGF同系物，诸如VEGF-B或VEGF-C，也不会结合其它生长因子，诸如PlGF、PDGF或bFGF。一种优选的抗VEGF抗体是与杂交瘤ATCCHB10709所生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位的单克隆抗体。更优选地，抗VEGF抗体是依照Presta et al.(1997)Cancer Res.57:4593-4599生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体，包括但不限于称作贝伐单抗(Bevacizumab,BV;
Figure BDA00002934634300141
)的抗体。依照另一个实施方案，可以使用的抗VEGF抗体包括但不限于WO2005/012359中披露的抗体。依照一个实施方案，所述抗VEGF抗体包含WO2005/012359的图24、25、26、27和29中披露的任一抗体（例如G6、G6-23、G6-31、G6-23.1、G6-23.2、B20、B20-4和B20.4.1）的重链可变区和轻链可变区。在另一个优选的实施方案中，称为ranibizumab的抗VEGF抗体是为了眼病诸如糖尿病神经病变和AMD而施用的VEGF拮抗剂。
在某些实施方案中，抗VEGF抗体可用作治疗剂，用于靶向和干扰其中牵涉VEGF活性的疾病或疾患。还有，该抗体可进行其它生物学活性测定法，例如为了评估其作为治疗剂的效力。此类测定法是本领域已知的，而且取决于抗体的靶抗原和预定用途。例子包括HUVEC抑制测定法；肿瘤细胞生长抑制测定法（如例如WO89/06692中所记载的）；抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)和补体介导的细胞毒性(CDC)测定法(美国专利5,500,362)；及激动活性或造血测定法(参见WO95/27062)。抗VEGF抗体通常不会结合其它VEGF同系物，诸如VEGF-B或VEGF-C，也不会结合其它生长因子，诸如PlGF、PDGF或bFGF。在一个实施方案中，抗VEGF抗体是与杂交瘤ATCC HB10709所生成的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位的单克隆抗体。在另一个实施方案中，抗VEGF抗体是依照Presta et al.(1997)Cancer Res.57:4593-4599生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体，包括但不限于称作贝伐单抗(Bevacizumab,BV;)的抗体。
抗VEGF抗体“贝伐单抗（BV）”，也称作“rhuMAb VEGF”或
Figure BDA00002934634300152
是一种依照Presta et al.(1997)Cancer Res.57:4593-4599生成的重组人源化抗VEGF单克隆抗体。它涵盖突变的人IgG1框架区和来自鼠抗hVEGF单克隆抗体A.4.6.1（其阻断人VEGF对其受体的结合）的抗原结合互补决定区。贝伐单抗大约93%的氨基酸序列，包括大部分框架区，衍生自人IgG1，而大约7%的序列衍生自小鼠抗体A4.6.1。贝伐单抗具有约149,000道尔顿的分子量，而且是糖基化的。贝伐单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步记载于美国专利No.6,884,879及WO2005/044853。
抗VEGF抗体Ranibizumab或
Figure BDA00002934634300153
抗体或rhuFab V2是人源化的、亲和力成熟的抗人VEGF Fab片段。Ranibizumab是通过标准重组技术在大肠杆菌表达载体和细菌发酵中生成的。Ranibizumab是未糖基化的且分子量为约48,000道尔顿。参见WO98/45331和US20030190317。
两种表征最全面的VEGF受体是VEGFR1（也称作Flt-1）和VEGFR2（鼠同系物也称作KDR和FLK-1）。每一种受体对每一种VEGF家族成员的特异性有所不同，但是VEGF-A结合Flt-1和KDR二者。全长Flt-1受体包括具有七个Ig结构域的胞外结构域、跨膜结构域、和具有酪氨酸激酶活性的胞内结构域。胞外结构域涉及VEGF结合，而胞内结构域涉及信号转导。
特异性结合VEGF的VEGF受体分子或其片段可以在本发明的方法中用作结合和隔绝VEGF蛋白，由此阻止它发信号的VEGF抑制剂。在某些实施方案中，VEGF受体分子或其VEGF结合片段是可溶性形式，诸如sFlt-1。受体的可溶性形式发挥对VEGF蛋白生物学活性的抑制效应，其通过结合VEGF，由此阻止它结合其在靶细胞表面上存在的天然受体来实现。还包括VEGF受体融合蛋白，下文描述了它们的例子。
嵌合VEGF受体蛋白指具有自至少两种不同蛋白质（其中至少一种是VEGF受体蛋白，例如flt-1或KDR受体）衍生的氨基酸序列且能够结合并抑制VEGF生物学活性的受体分子。在某些实施方案中，本发明的嵌合VEGF受体蛋白由自只有两种不同VEGF受体分子衍生的氨基酸序列组成；然而，可以将包含一个、两个、三个、四个、五个、六个、或所有七个来自flt-1和/或KDR受体胞外配体结合区的Ig样结构域的氨基酸序列连接至来自其它无关蛋白质的氨基酸序列，例如免疫球蛋白序列。与Ig样结构域组合的其它氨基酸序列对于本领域普通技术人员会是显而易见的。嵌合VEGF受体蛋白的例子包括但不限于可溶性Flt-1/Fc、KDR/Fc、或Flt-1/KDR/Fc（也称作VEGFTrap）(参见例如PCT申请公开文本No.WO97/44453)。
可溶性VEGF受体蛋白或嵌合VEGF受体蛋白包括没有经跨膜结构域而固定至细胞表面的VEGF受体蛋白。因此，VEGF受体（包括嵌合受体蛋白）的可溶性形式，虽然能够结合并灭活VEGF，但是不包含跨膜结构域，并如此一般不会变成与该分子在其中表达的细胞的细胞膜相结合。
别的VEGF抑制剂记载于例如WO99/24440,PCT国际申请PCT/IB99/00797,WO95/21613,WO99/61422,美国专利No.6,534,524,美国专利No.5,834,504,WO98/50356,美国专利No.5,883,113,美国专利No.5,886,020,美国专利No.5,792,783,美国专利No.6,653,308,WO99/10349,WO97/32856,WO97/22596,WO98/54093,WO98/02438,WO99/16755,及WO98/02437，通过述及将它们都完整收入本文。
如本文中使用的，术语“B20系列多肽”指包括结合VEGF的抗体的多肽。B20系列多肽包括但不限于自B20抗体的序列衍生的抗体或美国公开文本No.20060280747,美国公开文本No.20070141065和/或美国公开文本No.20070020267中记载的B20衍生抗体，通过述及明确将这些专利申请的内容收入本文。在一个实施方案中，B20系列多肽是美国公开文本No.20060280747,美国公开文本No.20070141065和/或美国公开文本No.20070020267中记载的B20-4.1。在另一个实施方案中，B20系列多肽是美国专利申请60/991,302中记载的B20-4.1.1，通过述及将其完整公开内容收入本文。
如本文中使用的，术语“G6系列多肽”指包括结合VEGF的抗体的多肽。G6系列多肽包括但不限于自G6抗体的序列衍生的抗体或美国公开文本No.20060280747,美国公开文本No.20070141065和/或美国公开文本No.20070020267中记载的G6衍生抗体。美国公开文本No.20060280747,美国公开文本No.20070141065和/或美国公开文本No.20070020267中记载的G6系列多肽包括但不限于G6-8,G6-23和G6-31。
对于别的抗体，参见美国专利No.7,060,269,6,582,959,6,703,020;6,054,297;WO98/45332;WO96/30046;WO94/10202;EP0666868B1;美国专利申请公开No.2006/009360,2005/0186208,2003/0206899,2003/0190317,2003/0203409,和2005/0112126;及Popkov et al.,Journal of ImmunologicalMethods288:149-164(2004)。在某些实施方案中，其它抗体包括那些结合人VEGF上包含残基F17,M18,D19,Y21,Y25,Q89,I91,K101,E103,和C104或者包含残基F17,Y21,Q22,Y25,D63,I83和Q89的功能性表位的。
还知道其它抗VEGF抗体，而且记载于例如Liang et al.,J Biol Chem281,951-961(2006)。
患者对抗癌剂治疗的“有效响应”(effective response)或患者对VEGF拮抗剂治疗的“响应性”(responsiveness)或“敏感性”(sensitivity)指源自用抗癌剂（诸如例如抗VEGF-A抗体）进行的治疗或作为该治疗的结果，给予患者（有癌症风险或患有癌症）的临床或治疗受益。此类受益包括细胞或生物学应答、完全响应、部分响应、稳定的病情（没有进展或复发）、或源自用该拮抗剂进行的治疗或作为该治疗的结果的患者响应及稍后复发。例如，有效响应可以是缩小的肿瘤尺寸、延长的无进展存活、或总体存活。
如本文中使用的，“拮抗剂”指抑制或降低它们所结合的分子的生物学活性的化合物或药剂。拮抗剂包括结合VEGF的抗体、合成或天然序列肽、免疫粘附素、和小分子拮抗剂，任选偶联有或融合至另一分子。“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体指抑制或降低它所结合的抗原的生物学活性的抗体。
如本文中使用的，“激动性抗体”指部分或完全模拟感兴趣多肽的至少一种功能活性的抗体。
术语“抗体”在本文中以最广义使用，明确覆盖单克隆抗体、多克隆抗体、由至少两种完整抗体形成的多特异性抗体（例如双特异性抗体）、及抗体片段，只要它们展现出期望的生物学活性。
在某些实施方案中，在本文提供的方法中作为VEGF拮抗剂使用的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对VEGF，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可结合VEGF的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达VEGF的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达（Milstein,C.and Cuello,A.C.,Nature305(1983)537-540,WO93/08829,及Traunecker,A.et al.,EMBO J.10(1991)3655-3659）和“结-入-穴”(knob-in-hole)工程化（见例如美国专利No.5,731,168）。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004)；交联两个或更多个抗体或片段（见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan,M.et al.,Science229(1985)81-83）；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体（见例如Kostelny,S.A.et al.,J.Immunol.148(1992)1547-1553）；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术（见例如Holliger,P.et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90(1993)6444-6448）；及使用单链Fv(sFv)二聚体（见例如Gruber,M et al.,J.Immunol.152(1994)5368-5374）；及如例如Tutt,A.et al.,J.Immunol.147(1991)60-69中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”（见例如US2006/0025576）。
本文中的抗体或片段还包括包含结合VEGF及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”（见例如US2008/0069820）。
在本文提供的方法中作为VEGF拮抗剂使用的抗体或抗体片段还包括多特异性抗体，如记载于WO2009/080251,WO2009/080252,WO2009/080253,WO2009/080254,WO2010/112193,WO2010/115589,WO2010/136172,WO2010/145792,及WO2010/145793。双特异性VEGF抗体的例子记载于例如WO2010/040508(VEGF-ANG2),PCT/EP2011/054504(VEGF-ANG2),WO2005/087812(VEGF-PDGF),WO2009120922(VEGF-PDGFRβ),WO2011/039370(VEGF-DII4)。
“分离的”抗体指已经鉴定且自其天然环境的成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分指将会干扰该抗体的研究、诊断或治疗用途的物质，可包括酶、激素、和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在有些实施方案中，将抗体纯化至(1)根据例如Lowry法的测定，抗体重量超过95%，而在有些实施方案中，重量超过99%，(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N-末端或内部氨基酸序列的程度，或(3)根据还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE及使用例如考马斯蓝或银染色，达到同质。既然抗体天然环境的至少一种成分不会存在，那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而，分离的抗体通常将通过至少一个纯化步骤来制备。
“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间有变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫键。每条重链在一端具有一个可变域(VH)，接着是多个恒定域。每条轻链在一端具有一个可变域(VL)，而另一端是一个恒定域。轻链的恒定域与重链的第一恒定域排列在一起，而轻链的可变域与重链的可变域排列在一起。认为特定的氨基酸残基在轻链与重链可变域之间形成界面。
抗体的“可变区”或“可变域”指抗体重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变域可以称为“VH”。轻链的可变域可以称为“VL”。这些结构域一般是抗体的最易变部分且包含抗原结合位点。
术语“可变的”指可变域中的某些部分在抗体间序列差异广泛且用于每种特定抗体对其特定抗原的结合和特异性的实情。然而，变异性并非均匀分布于抗体的整个可变域。它集中于轻链和重链可变域中称作高变区(HVR)的三个区段。可变域中更加高度保守的部分称作框架区(FR)。天然重链和轻链的可变域各自包含四个FR区，它们大多采取β-折叠片构象，通过形成环状连接且在有些情况中形成β-折叠片结构一部分的三个HVR连接。每条链中的HVR通过FR区非常接近的保持在一起，并与另一条链的HVR一起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins ofImmunological Interest,第5版,National Institute of Health,Bethesda,MD.(1991))。恒定域不直接参与抗体与抗原的结合，但展现出多种效应器功能，诸如抗体在抗体依赖性细胞的细胞毒性中的参与。
根据其恒定域的氨基酸序列，来自任何脊椎动物物种的抗体（免疫球蛋白）的“轻链”可归入两种截然不同的型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
根据其重链恒定域的氨基酸序列，抗体（免疫球蛋白）可归入不同的类。免疫球蛋白有五大类：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可进一步分为亚类（同种型），例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。将与不同类的免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、γ和μ。不同类别免疫球蛋白的亚基结构和三维构造是众所周知的，一般性描述于例如Abbas et al.Cellular and Mol.Immunology,4th ed.(W.B.Saunders,Co.,2000)。抗体可以是抗体与一种或多种其它蛋白质或肽共价或非共价关联而形成的更大融合分子的一部分。
术语“全长抗体”和“完整抗体”在本文中可互换使用，指基本上完整形式的抗体而非如下文所定义的抗体片段。该术语具体指重链包含Fc区的抗体。
“裸抗体（裸露的抗体）”为本发明目的指未偶联细胞毒性模块或放射性标记物的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；双抗体(diabody)；线性抗体；单链抗体分子；及由抗体片段形成的多特异性抗体。
用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，各自具有一个抗原结合位点，及一个剩余的“Fc”片段，其名称反映了它易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab')2片段，它具有两个抗原结合位点且仍能够交联抗原。
“Fv”是包含完整抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv种类由紧密、非共价结合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中，一个重链可变域和一个轻链可变域可以通过柔性肽接头共价相连接，使得轻链和重链可以在与双链Fv种类类似的“二聚体”结构中相结合。正是在这种构造中，每个可变域的三个HVR相互作用而在VH-VL二聚体表面上限定了一个抗原结合位点。六个HVR一起赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使是单个可变域（或是只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv）也具有识别和结合抗原的能力，只是亲和力低于完整结合位点。
Fab片段包含重链和轻链可变域，而且还包含轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于重链CH1结构域的羧基末端增加了少数残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文中对其中恒定域半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab'的称谓。F(ab')2抗体片段最初是作为在Fab'片段之间有铰链半胱氨酸的成对Fab'片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于一条多肽链上。一般而言，scFv多肽在VH与VL结构域之间进一步包含多肽接头，其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见例如Pluckthun，于《The Pharmacology of Monoclonal Antibodies》，第113卷，Rosenburg和Moore编，Springer-Verlag，New York，1994，第269-315页。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的抗体片段，该片段在同一条多肽链（VH-VL）中包含相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对，迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对，从而产生两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的记载于例如EP404,097;WO1993/01161;Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003);及Hollinger et al.,PNAS USA90:6444-6448(1993)。三抗体(Triabody)和四抗体(tetrabody)也记载于Hudsonet al.,Nat.Med.9:129-134(2003)。
术语“单克隆抗体”在用于本文时指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同，除了可能以极小量存在的可能的突变，例如天然存在的突变。如此，修饰语“单克隆”表明抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中，此类单克隆抗体典型的包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中靶物结合多肽序列是通过包括从众多多肽序列中选择单一靶物结合多肽序列在内的过程得到的。例如，选择过程可以是从众多克隆诸如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的集合中选择独特克隆。应当理解，所选择的靶物结合序列可进一步改变，例如为了提高对靶物的亲和力、将靶物结合序列人源化、提高其在细胞培养物中的产量、降低其在体内的免疫原性、创建多特异性抗体等，而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与典型的包含针对不同决定簇（表位）的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性外，单克隆抗体制备物的优势在于它们通常未受到其它免疫球蛋白的污染。
修饰语“单克隆”表明抗体从基本上同质的抗体群获得的特征，不应解释为要求通过任何特定方法来生产抗体。例如，将依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成，包括例如杂交瘤法(例如Kohler and Milstein,Nature,256:495-497(1975);Hongo et al.,Hybridoma,14(3):253-260(1995);Harlow et al.,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor LaboratoryPress,second ed.(1988);Hammerling et al.,In:Monoclonal Antibodies andT-Cell Hybridomas,563-681(Elsevier,N.Y.,1981))、重组DNA法(参见例如美国专利No.4,816,567)、噬菌体展示技术(参见例如Clackson et al.,Nature,352:624-628(1991);Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597(1992);Sidhu et al.,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004);Lee et al.,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004);Fellouse,PNAS USA101(34):12467-12472(2004);及Lee et al.,J.Immunol.Methods284(1-2):119-132(2004))、及用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO1998/24893;WO1996/34096;WO1996/33735;WO1991/10741;Jakobovits et al.,PNAS USA90:2551-2555(1993);Jakobovits etal.,Nature362:255-258(1993);Bruggemann et al.,Year in Immunol.7:33(1993);美国专利No.5,545,807;5,545,806;5,569,825;5,625,126;5,633,425;和5,661,016;Marks et al.,Bio/Technology10:779-783(1992);Lonberg et al.,Nature368:856-859(1994);Morrison,Nature368:812-813(1994);Fishwild etal.,Nature Biotechnol.14:845-851(1996);Neuberger,Nature Biotechnol.14:826(1996);及Lonberg and Huszar,Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995))。
单克隆抗体在本文中明确包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性(例如美国专利No.4,816,567;Morrison et al.,PNAS USA81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括“灵长类化”抗体，其中抗体的抗原结合区衍生自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体。
非人（例如鼠）抗体的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗体。在一个实施方案中，人源化抗体指人免疫球蛋白（受体抗体）中的HVR残基用具有期望特异性、亲和力和/或能力的非人物种（供体抗体）诸如小鼠、大鼠、家兔、或非人灵长类动物的HVR残基替换的免疫球蛋白。在有些情况中，将人免疫球蛋白的FR残基用相应的非人残基替换。此外，人源化抗体可包含在受体抗体或供体抗体中没有找到的残基。可以进行这些修饰来进一步改进抗体的性能。一般而言，人源化抗体将包含至少一个、通常两个基本上整个如下可变域，其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还将包含至少部分免疫球蛋白恒定区(Fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定区。更多细节参见例如Jones et al.,Nature321:522-525(1986);Riechmann et al.,Nature332:323-329(1988);及Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992)。还可参见例如Vaswani and Hamilton,Ann.Allergy,Asthma&Immunol.1:105-115(1998);Harris,Biochem.Soc.Transactions23:1035-1038(1995);Hurle and Gross,Curr.Op.Biotech.5:428-433(1994);及美国专利No.6,982,321和7,087,409。
“人抗体”指拥有与由人生成的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列和/或使用本文所公开的用于生成人抗体的任何技术生成的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。人抗体可使用本领域已知的多种技术来生成，包括噬菌体展示文库(Hoogenboom and Winter,J.Mol.Biol.,227:381(1991);Marks et al.,J.Mol.Biol.,222:581-597(1991))。还可用于制备人单克隆抗体的是以下文献中记载的方法：Cole et al.,MonoclonalAntibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,p.77(1985);Boerner et al.,J.Immunol.147(1):86-95(1991)。还可参见van Dijk and van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.,5:368-74(2001)。可通过给已经修饰以应答抗原性刺激而生成人抗体但其内源基因组已经失能的转基因动物例如经过免疫的异种小鼠(xenomice)施用抗原来制备人抗体(参见例如6,075,181和6,150,584，关于XENOMOUSETM技术)。还可参见例如Li et al.,PNAS USA,103:3557-3562(2006)，关于经人B-细胞杂交瘤技术生成的人抗体。
术语“高变区”、“HVR”或“HV”在用于本文时指抗体可变域中序列上高度可变和/或形成结构上定义的环的区域。通常，抗体包含六个HVR：三个在VH中（H1、H2、H3），三个在VL中（L1、L2、L3）。在天然抗体中，H3和L3展示这六个HVR的最大多样性，而且认为特别是H3在赋予抗体以精密特异性中发挥独特作用。参见例如Xu et al.,Immunity13:37-45(2000);Johnsonand Wu,In:Methods in Molecular Biology,248:1-25(Lo,ed.,Human Press,Totowa,NJ,2003)。事实上，仅由重链组成的天然存在camelid抗体在缺乏轻链时是有功能的且稳定的。参见例如Hamers-Casterman et al.,Nature363:446-448(1993),及Sheriff et al.,Nature Struct.Biol.3:733-736(1996)。
本文中使用且涵盖许多HVR的叙述。作为Kabat互补决定区(CDR)的HVR是以序列变异性为基础的，而且是最常用的(Kabat et al.,Sequences ofProteins of Immunological Interest,5th ed.,Public Health Service,NationalInstitutes of Health,Bethesda,MD(1991))。Chothia改为指结构环的位置(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbM HVR代表KabatCDR与Chothia结构环之间的折衷，而且得到Oxford Molecular的AbM抗体建模软件的使用。“接触”HVR是以对可获得的复合物晶体结构的分析为基础的。下文记录了这些HVR中每一个的残基。
Figure BDA00002934634300241
HVR可包括如下“延伸的HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。对于这些延伸的HVR定义中的每一个，可变域残基是依照Kabat等,见上文编号的。
“框架”或“FR”残基指可变域中除本文中所定义的HVR残基外的那些残基。
表述“依照Kabat的可变域残基编号方式”或“依照Kabat的氨基酸位置编号方式”及其变体指Kabat et al.,见上文中的抗体编辑用于重链可变域或轻链可变域的编号系统。使用此编号系统，实际的线性氨基酸序列可包含较少或另外的氨基酸，对应于可变域FR或HVR的缩短或插入。例如，重链可变域可包含H2残基52后的单一氨基酸插入（依照Kabat为残基52a）及重链FR残基82后的插入残基（例如依照Kabat为残基82a、82b和82c等）。给定抗体的Kabat残基编号方式可通过将抗体序列与“标准”Kabat编号序列对比同源区来确定。
“亲和力成熟的”抗体指在抗体的一个或多个HVR中具有一处或多处改变、导致该抗体对抗原的亲和力与没有这些改变的亲本抗体相比有所改进的抗体。在一个实施方案，亲和力成熟的抗体具有纳摩尔或甚至皮摩尔量级的对靶抗原的亲和力。亲和力成熟的抗体可通过本领域已知规程来生成。例如，Marks et al.,Bio/Technology10:779-783(1992)记载了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。以下文献记载了HVR和/或框架残基的随机诱变：例如Barbas et al.,Proc Nat.Acad.Sci.USA91:3809-3813(1994);Schier et al.,Gene169:147-155(1995);Yelton et al.,J.Immunol.155:1994-2004(1995);Jackson et al.,J.Immunol.154(7):3310-9(1995);及Hawkins et al.,J.Mol.Biol.226:889-896(1992)。
“生长抑制性”抗体指那些阻止或降低表达抗体所结合之抗原的细胞增殖的抗体。
“诱导凋亡”的抗体指那些根据标准凋亡测定法的测定，诱导程序性细胞死亡的抗体，所述测定法诸如膜联蛋白V结合、DNA断裂、细胞收缩、内质网膨胀、细胞破裂、和/或膜囊（称作凋亡小体）形成。
抗体“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区（天然序列Fc区或氨基酸序列变体Fc区）且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体（例如B细胞受体）下调；和B细胞活化。
术语“Fc区”在本文中用于定义免疫球蛋白重链的C-端区域，包括天然序列Fc区和变异Fc区。虽然免疫球蛋白重链Fc区的边界可以变化，但是人IgG重链Fc区通常定义为自其Cys226或Pro230位置的氨基酸残基至羧基末端的区段。Fc区的C-末端赖氨酸（残基447，依照EU编号系统）可以消除，例如在生产或纯化抗体的过程中，或者通过对编码抗体重链的核酸进行重组工程改造。因而，完整抗体组合物可以包括所有K447残基都被消除的抗体群、无一K447残基被消除的抗体群、或者混合了有K447残基的抗体和没有K447残基的抗体的抗体群。
除非本文另有说明，免疫球蛋白重链的残基编号方式是如Kabat et al.,见上文中的EU索引的编号方式。“如Kabat中的EU索引”指人IgG1EU抗体的残基编号方式。
“功能性Fc区”拥有天然序列Fc区的“效应器功能”。例示性的“效应器功能”包括C1q结合；CDC；Fc受体结合；ADCC；吞噬作用；细胞表面受体（例如B细胞受体；BCR）下调等。此类效应器功能一般要求Fc区与结合结构域（例如抗体可变域）联合，而且可以使用多种测定法来评估，例如本文定义中所公开的。
“天然序列Fc区”包含与在自然界中找到的Fc区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。天然序列人Fc区包括天然序列人IgG1Fc区（非A和A同种异型）；天然序列人IgG2Fc区；天然序列人IgG3Fc区；和天然序列人IgG4Fc区；及其天然存在变体。
“变异Fc区”包含由于至少一处氨基酸修饰（优选一处或多处氨基酸替代）而与天然序列Fc区有所不同的氨基酸序列。优选的是，变异Fc区与天然序列Fc区相比或与亲本多肽的Fc区相比具有至少一处氨基酸替代，例如在天然序列Fc区中或在亲本多肽的Fc区中具有约1处至约10处氨基酸替代，优选约1处至约5处氨基酸替代。变异Fc区在本文中优选与天然序列Fc区和/或亲本多肽的Fc区拥有至少约80%的同源性，最优选与它们具有至少约90%的同源性，更优选与它们具有至少约95%的同源性。
“含Fc区的抗体”指包含Fc区的抗体。Fc区的C-末端赖氨酸（依照EU编号系统的残基447）可以消除，例如在纯化抗体的过程中或者通过重组改造编码抗体的核酸。因此，依照本发明包含具有Fc区的抗体的组合物可包含具有K447的抗体、消除了所有K447的抗体、或具有与没有K447残基的抗体的混合物。
“Fc受体”或“FcR”描述结合抗体Fc区的受体。在有些实施方案中，FcR是天然人FcR。在有些实施方案中，FcR是结合IgG抗体的FcR（γ受体），包括属于FcγRI、FcγRII和FcγRIII亚类的受体，包括那些受体的等位变体和可变剪接形式。FcγRII受体包括FcγRIIA（“活化受体”）和FcγRIIB（“抑制受体”），它们具有相似的氨基酸序列，区别主要在于其胞质结构域。活化受体FcγRIIA在其胞质结构域中包含免疫受体基于酪氨酸的活化基序(ITAM)。抑制受体FcγRIIB在其胞质结构域中包含免疫受体基于酪氨酸的抑制基序(ITIM)(参见例如
Figure BDA00002934634300261
,Annu.Rev.Immunol.15:203-234(1997))。FcR的综述见例如Ravetch and Kinet,Annu.Rev.Immunol9:457-92(1991);Capel et al.,Immunomethods4:25-34(1994);and de Haas et al.,J.Lab.Clin.Med.126:330-41(1995))。术语“FcR”在本文中涵盖其它FcR，包括那些未来将会鉴定的。
术语“Fc受体”或“FcR”还包括新生儿受体，FcRn，它负责将母体IgG转移给胎儿(Guyer et al.,J.Immunol.117:587(1976)及Kim et al.,J.Immunol.24:249(1994))并调节免疫球蛋白的体内稳态。测量对FcRn的结合的方法是已知的(参见例如Ghetie and Ward,Immunology Today,18:592-8(1997);Ghetie etal.,Nature Biotechnology,15(7):637-640(1997);Hinton et al.,J.Biol.Chem.,279(8):6213-6(2004);WO2004/92219,Hinton et al.)。
可测定人FcRn高亲和力结合多肽与人FcRn的体内结合和血清半衰期，例如在表达人FcRn的转基因小鼠或经转染人细胞系中，或者在施用了具有变异Fc区的多肽的灵长类动物中。WO00/42072(Presta)记载了对FcR的结合提高或降低的抗体变体。还可参见例如Shields et al.,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。
“结合亲和力”通常指分子（例如抗体）的单一结合位点与其结合配偶体（例如抗原）之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有说明，在用于本文时，“结合亲和力”指反映结合对的成员（例如抗体与抗原）之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可用解离常数(Kd)来表述。亲和力可通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的那些。低亲和力抗体通常缓慢地结合抗原且趋于容易解离，而高亲和力抗体通常更快速地结合抗原且趋于保持更长时间的结合。本领域知道测量结合亲和力的多种方法，其中任一种都可用于本发明的目的。下文描述了具体的、示例性和例示性的、用于测量结合亲和力的实施方案。
在一个实施方案中，依照本发明的“Kd”或“Kd值”是通过如下测定法所述使用Fab型式的目的抗体及其抗原进行的放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的：通过在存在未标记抗原的滴定系列的条件下，用最小浓度的（125I）标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被的平板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参见例如Chen et al.,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了确定测定条件，用50mM碳酸钠(pH9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被微量滴定板(DYNEX Technologies,Inc.)过夜，随后用PBS中的2%(w/v)牛血清清蛋白在室温（约23°C）封闭2-5小时。在非吸附平板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的目的Fab混合（例如与Presta et al.,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致）。然后将目的Fab保温过夜；不过，保温可持续更长时间（例如约65个小时）以保证达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板以进行室温保温（例如1小时）。然后除去溶液，并用含0.1%Tween-20TM表面活性剂的PBS洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM;Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20%的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一实施方案，Kd或Kd值是通过表面等离振子共振测定法使用
Figure BDA00002934634300281
-2000或-3000仪器(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)在25°C使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)测量的。简而言之，依照供应商的说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIAcore Inc.)。用10mM乙酸钠pH4.8将抗原稀释至5μg/ml（约0.2μM），然后以5μl/分钟的流速注入至获得约十个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，在25°C以约25μl/分钟的流速注入在含0.05%TWEEN20TM表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab（0.78nM至500nM）。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(Evaluation Software version3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。参见例如Chen et al.,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1s-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(a stop-flow equipped spectrophometer)(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的条件下，测量PBS,pH7.2中的20nM抗抗原抗体（Fab形式）在25°C的荧光发射强度（激发=295nm；发射=340nm，16nm带通）的升高或降低。
依照本发明的“结合速率”（on-rate,rate of association,association rate）或“kon”也可如上所述使用
Figure BDA00002934634300284
-2000或
Figure BDA00002934634300285
-3000系统(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)来测定。
短语“基本上相似”或“基本上相同”在用于本文时表示两个数值（例如，一个涉及本发明的抗体而另一个涉及参照/比较抗体）之间足够高的相似程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值（例如Kd值）所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有很小的或没有生物学和/或统计学显著性。作为参照/比较值的函数，所述两个数值之间的差异例如小于约50%，小于约40%，小于约30%，小于约20%，和/或小于约10%。
短语“实质性降低”或“实质性不同”在用于本文时表示两个数值（通常一个与某分子有关而另一个与参照/比较分子有关）之间足够高的差异程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值（例如Kd值）所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有统计学显著性。作为参照/比较分子该数值的函数，所述两个数值之间的差异例如大于约10%，大于约20%，大于约30%，大于约40%，和/或大于约50%。
在某些实施方案中，本文中有用的人源化抗体进一步包含IgG Fc中的氨基酸改变且展现超出具有野生型IgG Fc的抗体升高至少60倍、至少70倍、至少80倍、更优选至少100倍、优选至少125倍、甚至更优选至少150倍至约170倍的对人FcRn的结合亲和力。
“病症”或“疾病”指将受益于本发明物质/分子或方法的治疗的任何状况。这包括慢性和急性病症或疾病，包括使哺乳动物易患所讨论病症的病理状况。本文中待治疗的病症的非限制性例子包括癌症（例如恶性和良性肿瘤；非白血病和淋巴样恶性肿瘤）；神经元、神经胶质、星形胶质细胞、下丘脑和其它腺体、巨噬细胞、上皮、基质和囊胚腔的病症；及炎性病症、免疫学病症和其它血管发生相关病症。
术语“细胞增殖性病症”和“增殖性病症”指与一定程度的异常细胞增殖有关的病症。在一个实施方案中，细胞增殖性病症指癌症。在一个实施方案中，细胞增殖性病症是血管发生。
“肿瘤”在用于本文时指所有赘生性(neoplastic)细胞生长和增殖，无论是恶性的还是良性的，及所有癌前(pre-cancerous)和癌性细胞和组织。术语“癌症”、“癌性”、“细胞增殖性病症”、“增殖性病症”和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。
术语“癌症”和“癌性”指或描述哺乳动物中特征通常为细胞增殖不受调控的生理疾患。癌症的例子包括但不限于癌、淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤、和白血病。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌、肺癌（包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺的腺癌、和肺的鳞癌）、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌(gastric orstomach cancer)（包括例如胃肠癌）、胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌）、成胶质细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌(liver cancer or hepatic carcinoma)、膀胱癌、肝瘤(hepatoma)、乳腺癌（包括局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌(kidneyor renal cancer)、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、及各种类型的头和颈癌，以及B细胞淋巴瘤（包括低级/滤泡性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)、小淋巴细胞性(SL)NHL、中级/滤泡性NHL、中级弥漫性NHL、高级成免疫细胞性NHL、高级成淋巴细胞性NHL、高级小无核裂细胞性NHL、贮积病(bulky disease)NHL、套细胞淋巴瘤、AIDS相关淋巴瘤、和瓦尔登斯特伦氏(Waldenstrom)巨球蛋白血症）、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、毛细胞性白血病、慢性成髓细胞性白血病、和移植后淋巴增殖性病症(PTLD)、以及与瘢痣病(phakomatoses)、水肿（诸如与脑瘤有关的）和梅格斯氏(Meigs)综合征有关的异常血管增殖。
术语“抗肿瘤组合物”或“抗癌组合物”或“抗癌剂”指可用于治疗癌症的组合物，其包含至少一种活性治疗剂，例如“抗癌剂”。治疗剂（抗癌剂）的例子包括但不限于例如化疗剂、生长抑制剂、细胞毒剂、放射疗法中所使用的药剂、抗血管发生剂、抗淋巴管发生剂、凋亡剂、抗微管蛋白剂、和其它用于治疗癌症的药剂诸如抗HER-2抗体、抗CD20抗体、表皮生长因子受体(EGFR)拮抗剂（例如酪氨酸激酶抑制剂）、HER1/EGFR抑制剂（例如厄洛替尼(TarcevaTM)、血小板衍生生长因子抑制剂（例如GleevecTM(ImatinibMesylate)）、COX-2抑制剂（例如塞来考昔(celecoxib)）、干扰素、细胞因子、能与ErbB2、ErbB3、ErbB4、PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA、VEGF或VEGF受体中的一种或多种靶物结合的拮抗剂（例如中和性抗体）、TRAIL/Apo2、及其它生物活性和有机化学剂等。本发明还包括它们的组合。
在用于本文时，“治疗”或“处理”指试图改变所治疗个体或细胞的自然进程的临床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括预防疾病的发生或复发、缓解症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、防止转移、减缓疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态、及免除或改善预后。在有些实施方案中，本发明的抗体用于延迟疾病或病症的发生/发展。
“有效量”指在必需的剂量和时间上有效实现期望的治疗或预防效果的量。
本发明的物质/分子、拮抗剂或激动剂的“治疗有效量”可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重及该物质/分子、激动剂或拮抗剂在个体中引发期望应答的能力等因素而变化。治疗有效量还指该物质/分子、激动剂或拮抗剂的治疗有益效果胜过任何有毒或有害后果的量。术语“治疗有效量”指在哺乳动物（aka患者）中有效“治疗”疾病或紊乱的本发明抗体、多肽、或拮抗剂的数量。在癌症的情况中，药物的治疗有效量可减少癌细胞数；缩小肿瘤体积或重量；抑制（即一定程度的减缓，优选停止）癌细胞浸润到周围器官中；抑制（即一定程度的减缓，优选停止）肿瘤转移；一定程度的抑制肿瘤生长；和/或一定程度的减轻与癌症有关的一种或多种症状。就药物可预防癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度而言，它可以是抑制细胞的和/或毒害细胞的。在一个实施方案中，治疗有效量是生长抑制量。在另一个实施方案中，治疗有效量是延长患者存活的量。在另一个实施方案中，治疗有效量是改进患者无进展存活的量。如本文中使用的，“无进展存活”指治疗期间和之后依照主治医师或调查人员的评估，患者的疾病没有恶化，即没有进展的时间的长度。
“预防有效量”指在必需的剂量和时间上有效实现期望的预防效果的量。通常而非必然，由于预防剂量是在疾病发作之前或在疾病的早期用于受试者的，因此预防有效量低于治疗有效量。
术语“细胞毒剂”在用于本文时指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞破坏的物质。该术语意图包括：放射性同位素，例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素；化疗剂，例如甲氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamycin)、长春花生物碱类(vinca alkaloids)（长春新碱(vincristine)、长春碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide)）、多柔比星(doxorubicin)、美法仑(melphalan)、丝裂霉素(mitomycin)C、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；和毒素，诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体；及下文披露的各种抗肿瘤药或抗癌药。下文记载了其它细胞毒剂。杀肿瘤药引起肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂类(alkylating agents)，诸如塞替派(thiotepa)和
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环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates)，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa)和乌瑞替派(uredepa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)（尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone)）；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)（屈大麻酚(dronabinol)，
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）；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinicacid)；喜树碱(camptothecin)（包括合成类似物托泊替康(topotecan)（）、CPT-11（伊立替康(irinotecan)，
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）、乙酰喜树碱、东莨菪亭(scopoletin)和9-氨基喜树碱）；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065（包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物）；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素类(cryptophycins)（特别是隐藻素1和隐藻素8）；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin（包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1）；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine)；抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(enediyne)（如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1（参见例如Agnew,Chem.Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994)）；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团）、阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(anthramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸、
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多柔比星(doxorubicin)（包括吗啉代多柔比星、氰基吗啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星）、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤、蝶酰三谷氨酸(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(folinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defosfamide)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和美登醇(maytansinol)；安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；
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多糖复合物（JHS Natural Products,Eugene,OR）；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2''-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)（尤其是T-2毒素、疣孢菌素(verrucarin)A、杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidin)）；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)（
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）；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)（“Ara-C”）；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoids)，例如
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紫杉醇(paclitaxel)（Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.）、ABRAXANETM不含克列莫佛(Cremophor)，清蛋白改造的纳米颗粒剂型紫杉醇（American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,Illinois）和
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多西他塞(doxetaxel)（
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-Poulenc Rorer,Antony,France）；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；吉西他滨(gemcitabine)（
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）；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)（
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）；铂；依托泊苷(etoposide)（VP-16）；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)（
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）；奥沙利铂(oxaliplatin)；亚叶酸(leucovorin)；长春瑞滨(vinorelbine)（
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）；能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类维A酸(retinoids)，诸如维A酸(retinoic acid)；卡培他滨(capecitabine)（
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）；任何上述物质的药学可接受盐、酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合，诸如CHOP（环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写）和FOLFOX（奥沙利铂（ELOXATINTM）联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写）。别的化疗剂包括可用作抗体药物偶联物的细胞毒剂，诸如美登木生物碱（例如DM1）和auristatin（例如MMAE和MMAF）。
“化疗剂”还包括作用为调节、降低、阻断、或抑制可促进癌生长的激素效果的抗激素剂，且常常是系统或全身治疗的形式。它们自身可以是激素。实例包括抗雌激素类和选择性雌激素受体调节剂类(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)（包括
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他莫昔芬）、
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雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奥那司酮(onapristone)和托瑞米芬(toremifene)；抗孕酮类；雌激素受体下调剂类(ERD)；功能为抑制或关闭卵巢的药剂，例如促黄体生成激素释放激素(LHRH)激动剂，诸如
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和
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醋酸亮丙瑞林(leuprolide acetate)、醋酸戈舍瑞林(goserelin acetate)、醋酸布舍瑞林（buserelin acetate）和曲普瑞林(triptorelin)；其它抗雄激素类，诸如氟他米特(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide)；及抑制在肾上腺中调节雌激素生成的芳香酶的芳香酶抑制剂，诸如例如4(5)-咪唑、氨鲁米特(aminoglutethimide)、
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醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)、
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依西美坦(exemestane)、福美坦(formestane)、法倔唑(fadrozole)、
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伏罗唑(vorozole)、
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来曲唑(letrozole)和
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阿那曲唑(anastrozole)。另外，化疗剂的这种定义包括二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)（例如
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或
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）、
Figure BDA000029346343003513
依替膦酸钠(etidronate)、NE-58095、
Figure BDA000029346343003514
唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)、
Figure BDA000029346343003515
阿伦膦酸盐(alendronate)、
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帕米膦酸盐(pamidronate)、替鲁膦酸盐(tiludronate)或
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利塞膦酸盐(risedronate)；以及曲沙他滨(troxacitabine)（1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物）；反义寡核苷酸，特别是抑制牵涉粘着细胞增殖的信号途经中的基因表达的反义寡核苷酸，诸如例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如
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疫苗和基因疗法疫苗，例如疫苗、
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疫苗和
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疫苗；拓扑异构酶1抑制剂；
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lapatinib ditosylate（ErbB-2和EGFR双重酪氨酸激酶小分子抑制剂，也称为GW572016）；及任何上述物质的药学可接受盐、酸或衍生物。
“生长抑制剂”在用于本文时指抑制细胞生长和/或增殖的化合物或组合物。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进（处于S期以外的位置）的药剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药类(vincas)（长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine)）、紫杉烷类(taxanes)、和拓扑异构酶II抑制剂诸如蒽环类抗生素多柔比星(doxorubicin)（(8S-顺式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-吡喃己糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-萘二酮，即(8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-trideoxy-α-L-lyxo-hexapyranosyl)oxy]-7,8,9,10-tetrahydro-6,8,11-trihydroxy-8-(hydroxyacetyl)-1-methoxy-5,12-naphthacenedione）、表柔比星(epirubicin)、柔红霉素(daunorubicin)、依托泊苷(etoposide)和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞，例如DNA烷化剂类诸如他莫昔芬(tamoxifen)、泼尼松(prednisone)、达卡巴嗪(dacarbazine)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、顺铂(cisplatin)、甲氨蝶呤(methotrexate)、5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)和ara-C。更多信息可参见The Molecular Basis of Cancer,Mendelsohn and Israel编,Chapter1,题为"Cell cycle regulation,oncogenes,andanti-neoplastic drugs",Murakami et al.(W.B.Saunders:Philadelphia,1995)，尤其是第13页。紫杉烷类（帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel)）是衍生自紫杉树的抗癌药。衍生自欧洲紫杉的多西他赛(
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Rhone-Poulenc Rorer)是紫杉醇(
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Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。紫杉醇和多西他赛促进由微管蛋白二聚体装配成微管并通过防止解聚使微管稳定，导致对细胞中有丝分裂的抑制。
如本文中所使用的，术语“患者”指想要治疗的任何单一动物，更优选哺乳动物（包括非人动物，诸如例如犬、猫、马、家兔、动物园动物、牛、猪、绵羊、和非人灵长类）。最优选的是，本文中的患者是人。
“受试者”在本文中指任何单一人类受试者，包括适于接受治疗的患者，他正经受或者已经经受血管发生性病症的一种或多种体征、症状、或其它指标。意图包括作为受试者的是参与临床研究试验且未显示疾病的任何临床体征的任何受试者，或参与流行病学研究的受试者，或曾经用作对照的受试者。所述受试者可以先前用抗癌剂治疗过，或者没有这样治疗过。受试者可以是在开始本文中的治疗时未用过所用另一药剂的，即该受试者在“基线”（即在本文中治疗方法中施用第一剂抗癌剂之前的一个设定点，诸如开始治疗之前筛选受试者的日子）时可以没有用例如抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒剂治疗过。这样的“未接触（药物）”受试者一般认为是用所述另一药剂进行治疗的候选人。
术语“药物配制剂”指其形式容许药物的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的无菌制备物。
“无菌”配制剂是无菌的或不含所有活的微生物及其孢子。
“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品或药物的商业包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品或药物应用的适应征、用法、剂量、施用、禁忌症、与该包装产品联合的其它治疗用产品和/或警告等的信息。
“试剂盒”指包含至少一种试剂（例如用于治疗血管发生性病症的药物，或用于特异性检测本发明的生物标志物基因或蛋白的探针）的任何制品（例如包装或容器）。所述制品优选以用于实施本发明方法的单位来宣传、分发、或销售。
就对药物没有响应而言，因先前的或当前的一种或多种药物的治疗而经历“临床上不可接受的高水平毒性”的受试者经历一种或多种与该药物有关的、有经验的临床医师认为是重大的负面副作用或不良事件，诸如例如严重感染、充血性心力衰竭、脱髓鞘（引起多发性硬化）、显著的超敏感性、神经病理性事件、高度的自身免疫、癌症（诸如子宫内膜癌、非何杰金氏淋巴瘤、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、卵巢癌、或黑素瘤）、结核病(TB)、等。
“降低负面副作用的风险”指将源自本文中拮抗剂治疗的副作用的风险降低至比源自用先前施用的药物治疗同一患者或另一患者所观察到的风险要低的程度。此类副作用包括上文关于毒性所列出的副作用，而且优选是感染、癌症、心力衰竭、或脱髓鞘。
“关联”或“联系”指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以将第一分析或方案的结果用于实施第二分析或方案，和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就本发明的各个实施方案而言，可以使用分析性测定法的结果来决定是否应当实施使用抗癌剂，诸如抗VEGF抗体的特定治疗方案。
III.方法
本发明提供用于鉴定会受益于包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法的治疗的患者的方法，预测患有癌症的患者对包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗的响应性的方法，用于确定具有癌症的患者会展现出受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的可能性的方法，和用于优化包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗功效的方法。
该等方法包括测定自患者获得的样品中的VEGF121表达水平，其中自患者获得的样品中处于或高出参照水平的VEGF121水平指示该患者会受益于包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法的治疗，该患者具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性，或该患者更有可能响应该抗癌疗法。在一些实施方案中，该等方法进一步包括将包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法施用于患者。
本发明进一步提供用于治疗患者中癌症的方法。该等方法包括确定自患者的获得的样品具有处于或高出参照水平的VEGF121水平，并将有效量的包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法施用于所述患者，由此治疗癌症。在一些实施方案中，该等方法进一步包括将有效量的别的药剂（例如第二、第三、或第四药剂）施用于该患者。
A.检测方法
所公开的方法和测定法提供方便、有效、且潜在划算的手段来获得可用于评估治疗患者的适宜或有效疗法的数据和信息。例如，依照本发明的方法，患者可以在包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法的治疗之前提供血液样品，并且可以测定样品中的VEGF121水平并分别与参照样品中的VEGF121水平或与预定的参照值比较。将具有升高的VEGF121水平的患者鉴定会响应包含VEGF拮抗剂（诸如抗VEGF抗体）的抗癌疗法的患者。该方法可以多种测定法形式进行，包括检测蛋白质表达的测定法（诸如酶免疫测定法）和检测适宜活性的生物化学测定法。样品中此类生物标志物的表达或存在的确定预示提供样品的患者会对VEGF拮抗剂的生物学效应敏感。通常，自患者获得的样品中处于或超出参照水平的VEGF121表达水平指示患者会响应VEGF拮抗剂治疗或对VEGF拮抗剂治疗敏感。
医学领域（特别是关于诊断测试和治疗剂治疗的应用）技术人员会认识到，生物学系统有些易变，而且并非总是全然可预测的，而且因此许多好的诊断测试或治疗剂偶尔无效。如此，最终由主治内科医师的判断来为患者个体决定最适宜治疗过程，这基于测试结果、患者状况和历史、及他或她自己的经验来做出。例如，甚至会有这样的情况，即使根据来自诊断测试的或来自其它标准的数据，没有预测出患者会对VEGF拮抗剂特别敏感，内科医师也会选择用VEGF拮抗剂来治疗患者，特别是如果所有或大多数其它明显的治疗选项已经失败，或者如果与另一种治疗一起给予时预见有一些协同性。
在别的表述的实施方案中，本发明提供一种预测患者对包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法的治疗的敏感性，或预测患者是否会有效响应包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法的治疗的方法，包括评估样品中的VEGF121水平；并预测患者对VEGF拮抗剂的抑制作用的敏感性，其中处于或超出参照水平的的VEGF121表达水平与患者有效响应VEGF拮抗剂治疗的高敏感性有关联。
样品可以取自怀疑具有或诊断具有癌症（包括例如结肠直肠癌、成胶质细胞瘤、肾癌、卵巢癌、乳腺癌（包括例如局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌）、胰腺癌（包括例如转移性胰腺癌）、胃癌、和肺癌），因此有可能需要治疗的患者或没有怀疑具有任何病症的正常个体。为了评估标志物表达，可以在本发明的方法中使用患者样品（诸如那些含有细胞的，或由这些细胞生成的蛋白质或核酸）。在本发明的方法中，生物标志物的水平可通过评估样品中标志物的量（例如绝对量或浓度）来确定，优选在含有可检测水平的生物标志物的体液或分泌物中评估的。可用作本发明中样品的体液或分泌物包括例如血液、淋巴液、痰、腹水、或任何其它身体分泌物或其衍生物。词语血液意图包括全血、血浆、血清、或任何血液衍生物。此类体液或分泌物中生物标志物的评估在侵入性取样方法不适宜或不方便的情况中有时可以是优选的。然而，本文中要测试的样品优选血液，最优选血浆。在一个实施方案中，样品是EDTA-血浆。在一个实施方案中，样品是柠檬酸盐-血浆。
上述样品可以是冷冻的、新鲜的、固定的（例如福尔马林固定的）、离心的、和/或包埋的（例如石蜡包埋的）、等。当然，细胞样品可以在评估样品中标志物的量之前进行多种公知的收集后制备和保存技术（例如核酸和/或蛋白质提取、固定、保存、冷冻、超滤、浓缩、蒸发、离心、等）。同样，活检物也可进行收集后准备和保存技术，例如固定。
A.VEGF121的检测
VEGF121蛋白或核酸可以使用本领域已知的任何适宜方法来检测。例如，可以使用Western、ELISA方便地对来自哺乳动物的组织或细胞样品测定例如来自感兴趣遗传生物标志物的蛋白，或使用Northern、点印迹、或聚合酶链式反应(PCR)分析、阵列杂交、RNA酶保护测定法、或使用商品化的DNA SNP芯片微阵列（包括DNA微阵列snapshot）测定mRNA或DNA。例如，实时-PCR(RT-PCR)测定法（诸如定量PCR测定法）是本领域众所周知的。在本发明的一个例示性实施方案中，用于检测生物学样品中的来自感兴趣遗传生物标志物的mRNA的方法包括使用至少一种引物通过逆转录自样品生成cDNA；扩增如此生成的cDNA；并检测所扩增cDNA的存在。另外，此类方法可以包括一个或多个如下步骤，其容许测定生物学样品中mRNA的水平（例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平）。任选的是，可以测定所扩增靶cDNA的序列。
许多参考文献是可获得的，它们提供了应用上述技术的指导(Kohler etal.,Hybridoma Techniques,Cold Spring Harbor Laboratory,New York(1980);Tijssen,Practice and Theory of Enzyme Immunoassays,Elsevier,Amsterdam(1985);Campbell,Monoclonal Antibody Technology,Elsevier,Amsterdam(1984);Hurrell,Monoclonal Hybridoma Antibodies:Techniques andApplications,CRC Press,Boca Raton,FL(1982);及Zola,MonoclonalAntibodies:A Manual of Techniques,CRC Press,Inc.(1987)pp.147-158)。
如果提及VEGF121的检测或水平的话，这表示测量VEGF121。至于VEGF121蛋白质的检测，可得到多种测定法。例如，可以将样品与优先或特异性结合短VEGF-A同等型VEGF121的抗体或抗体组合（例如在夹心式测定法中）接触。优选地，短同等型以与更长同等型相比，尤其是与VEGF165相比要高至少3倍的灵敏度得到检测。在一个实施方案中，使用与VEGF165相比对VEGF121具有要高至少3倍的灵敏度的抗体。通过使用相同的试剂比较VEGF165（根据SDS-PAGE和通过OD280nm测定的浓度，纯度至少90%）和同等型VEGF121（根据SDS-PAGE和通过OD280nm测定的浓度，纯度至少90%）来评估此类对VEGF121要高至少3倍的灵敏度。如果在此比较中，对VEGF165获得的信号只有用VEGF121获得的信号的三分之一或更小，那么VEGF121以高至少3倍的灵敏度得到检测。本领域技术人员会领会，优选在最大信号约50%处读取信号。还优选对短同等型VEGF121的灵敏度与长同等型相比，尤其与VEGF165相比要高至少4倍、5倍、6倍、7倍、8倍或9倍。
在一个优选的实施方案中，特异性检测VEGF121。此类特异性检测是可能的，例如，如果使用和采用分别结合通过连接VEGF121中外显子4和8生成的序列的抗体，尤其是单克隆抗体的话。结合通过连接VEGF121中外显子4和8生成的序列的单克隆抗体不会结合更长VEGF同等型165和189中包含的氨基酸序列，因为其中因连接外显子4和外显子7及外显子4和外显子5而存在其它氨基酸序列（参见Ferrara，N.，Mol.Biol.of the Cell21（2010）687-690）。如果所使用的抗体对那些不包含通过连接外显子4和8生成的序列的同等型（例如VEGF165）展现小于10%的交叉反应性，那么承认上述意义对VEGF121的特异性结合。还优选对于不具有通过连接外显子4和8生成的序列的VEGF同等型（例如VEGF165），交叉反应性会小于5%、4%、3%、2%和1%。
只结合短VEGF同等型VEGF121的适宜特异性抗体可依照标准规程来获得。通常，会合成呈现或包含VEGF121氨基酸115C端和N端至少5、6、7、8、9、10或更多个氨基酸的肽，任选与载体偶联，并用于免疫接种。优选地，此类肽会是长至少六个氨基酸且至少包含VEGF121氨基酸115和116。还优选它会至少包含VEGF121氨基酸114、115、116和117。正如技术人员会领会的，包含例如VEGF121氨基酸115和116之间外显子连接N和C端3、4或更多个氨基酸的更长肽也可用于获得特异性结合VEGF121的抗体。
特异性多克隆抗体可通过适宜免疫吸附步骤来获得。可以容易地对单克隆抗体筛选与VEGF121的反应性及适宜的低交叉反应性。在VEGF121特异性抗体方面的低交叉反应性可以使用含有连接外显子4和外显子7及连接外显子4和外显子5时形成的氨基酸序列的VEGF-同等型来评估。
各种测量方法是可获得的，而且，例如，可以使样品在足以形成抗体-VEGF121复合物的条件下接触对VEGF121特异性的抗体，然后检测此类复合物。VEGF121蛋白的存在可以以许多方式来检测，诸如通过用于测定多种组织和样品（包括血浆或血清）的Western印迹（含或不含免疫沉淀）、2维SDS-PAGE、免疫沉淀、荧光激活细胞分拣(FACS)、流式细胞术、和ELISA规程。使用此类测定法形式的一系列免疫测定技术是可获得的，参见例如美国专利No.4,016,043、4,424,279及4,018,653。这些包括非竞争类型的单个位点和两个位点或“三明治”/“夹心式”测定法，以及传统的竞争性结合测定法二者。这些测定法也包括经标记抗体对靶生物标志物的直接结合。
三明治测定法是最有用且最常用的测定法之一。三明治测定技术存在许多变化形式，本发明意图涵盖所有的变化形式。简言之，在一种典型的正向测定法(forward assay)中，将未标记的抗体固定化于固体基片上，并使待检测的样品与所结合分子接触。此捕捉抗体的固定化可以通过对固相的直接吸附或间接地，例如经特异性结合对，例如经链霉亲合素-生物素结合对。优选地，固定化的抗体会结合VEGF121。温育合适的一段时间后，即足以容许抗体-抗原复合体形成的一段时间，然后添加对抗原（即VEGF121）特异性、用能够生成可检测信号的报告分子标记的第二抗体，并温育，容许足以形成抗体-抗原-经标记抗体的另一种复合体的时间。在一个实施方案中，用报告分子标记检测抗体。洗掉任何未反应的物质，并通过观察由所述报告分子所产生的信号来测定VEGF121的存在。结果可以是定性的（通过对可视信号的简单观察进行），或者可以是定量的（通过与含有已知量生物标志物的对照样品比较来进行）。在一种备选设置中，对VEGF121特异性的抗体固定化，而且可以使用结合VEGF121、任选携带报告分子的抗体来检测靶分子。
正向测定法上的变化包括同时测定法(simultaneous assay)，其中同时将样品和经标记的抗体两者添加至所结合的抗体。这些技术对本领域技术人员是公知的，包括会容易明白的任何微小变化。在一种典型的正向三明治测定法中，将第一抗体或是共价地或是被动地结合至固体表面。典型地，所述固体表面是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固体支持物可以采用试管、珠、微量板盘的形式，或者适于进行免疫测定法的任何其它表面。结合方法是本领域公知的，并且一般包括交联、共价结合、或物理吸附，清洗聚合物-抗体复合体以为测试样品做好准备。然后将测试样品的等分试样添加至固相复合体，并在合适的条件（例如从室温至40°C，诸如包括端点在内的25°C和32°C之间）下培养足够的一段时间（例如2-40分钟或者过夜，如果更方便的话），所述条件和时间适于或足以容许第一或捕捉抗体和相应抗原之间的结合。温育期后，清洗包含第一或捕捉抗体和与其结合的抗原的固相，并与结合抗原上另一表位的第二或经标记抗体一起温育。所述第二抗体连接有用于指示第二抗体对第一抗体和感兴趣抗原的复合物结合的报告分子。
一种备选的竞争性方法包括：将VEGF121在固相上固定化，然后使固定化的靶物与样品一起暴露于对VEGF121特异性的抗体，该特异性抗体可以是或不是经报告分子标记的。根据靶物的量和报告分子信号的强度，可以经此类经标记抗体，使靶物分子的竞争变成可检测的。或者，使对第一抗体特异性的经标记第二抗体暴露于靶物-第一抗体复合体以形成靶物-第一抗体-第二抗体三元复合体。通过报告分子所发出的信号检测所述复合体。“报告分子”在用于本说明书时指通过其化学性质提供分析上可鉴定的信号的分子，所述信号容许结合至抗原的抗体的检测。这种类型的测定法中最常用的报告分子是酶、荧光团、或含发射性核素的分子（即放射性同位素）和化学发光分子。
在酶免疫测定法的情况中，酶是偶联至第二抗体的，一般藉戊二醛或高碘酸盐进行。然而，会容易认可的是，存在极其多种不同的偶联技术，它们对技术人员是轻易可获得的。常用的酶包括辣根过氧化物酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶、和碱性磷酸酶等。一般选择与特定酶一起使用的底物以在相应酶的水解作用后产生可检测的颜色变化。合适酶的例子包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。还可能采用产生荧光产物的荧光底物而不是上文所记录的显色底物。在所有情况中，将酶标记的抗体添加至第一抗体-分子标志物复合体，容许结合，然后洗掉过量的试剂。然后将含有合适底物的溶液添加至抗体-抗原-抗体复合体。底物会与连接至第二抗体的酶起反应，给出定性的视觉信号，其可以被进一步地定量（通常通过分光光度法）以给出存在于样品中的VEGF121量的指标。或者，荧光化合物（诸如荧光素和罗丹明）可以以化学方法偶联至抗体，而不改变所述抗体的结合能力。通过使用特定波长的光线光照来激发时，荧光染料标记的抗体吸收光能，在分子中诱导激发态，接着发出光线，其特征性颜色是用光学显微镜在视觉上可检测的。如在EIA中那样，容许荧光标记的抗体结合至第一抗体-分子标志物复合体。洗掉未结合的试剂后，然后使剩余的三元复合体暴露于适当波长的光线，观察到的荧光表明VEGF121的存在。免疫荧光和EIA技术在本领域中都是非常完善建立的。然而，还可以采用其它报告分子，诸如放射性同位素、化学发光或生物发光分子。用于检测VEGF的免疫测定法记载于例如美国专利No.6,855,508和7,541,160及美国专利公开文本No.2010/0255515。适用于检测VEGF的平台记载于例如EP0939319和EP1610129。
在某些实施方案中，使用Northern、点印迹、或聚合酶链式反应(PCR)分析、阵列杂交、RNA酶保护测定法、或使用商品化的DNA微阵列（包括DNA微阵列snapshot）检测来自感兴趣VEGF同等型的mRNA或DNA。例如，实时-PCR(RT-PCR)测定法（诸如定量PCR测定法）是本领域众所周知的。在本发明的一个例示性实施方案中，用于检测生物学样品中的来自感兴趣VEGF同等型的mRNA的方法包括使用至少一种引物通过逆转录自样品生成cDNA；扩增如此生成的cDNA；并检测所扩增cDNA的存在。另外，此类方法可以包括一个或多个如下步骤，其容许测定生物学样品中mRNA的水平（例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平）。任选的是，可以测定所扩增靶cDNA的序列。Northern印迹分析是本领域公知的一种便利的技术，记载于例如Molecular Cloning,aLaboratory Manual,第2版,1989,Sambrook,Fritch,Maniatis,Cold SpringHarbor Press,10Skyline Drive,Plainview,NY11803-2500。用于评估基因和基因产物的状态的典型方案可见于例如Ausubel et al.编,1995,CurrentProtocols In Molecular Biology,单元2（Northern印迹）、单元4（Southern印迹）、单元15（免疫印迹）和单元18（PCR分析）。
B.试剂盒
为了用于检测VEGF121，本发明还提供了试剂盒或制品。此类试剂盒可用于确定受试者是否会对包含VEGF拮抗剂的抗癌剂疗法产生有效响应。这些试剂盒可包括载体手段，其隔室化以接纳紧密排列的一个或多个容器，诸如管形瓶、管等，每个容器装有本发明方法中要使用的不同成分之一。例如，所述容器之一可以装有可检测标记的或可以可检测标记的探针。此类探针可以是对VEGF121蛋白质或信使特异性的抗体或多核苷酸。若试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸，则试剂盒还可具有装有用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或装有报告手段（诸如结合至报告分子诸如酶、荧光、或放射性同位素标记物的生物素结合蛋白，例如亲合素或链霉亲合素）的容器。
此类试剂盒通常会包括上文所述容器和一个或多个其它容器，其中装有从商业和使用者观点看有需要的材料，包括缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、注射器、和印有使用说明的包装插页。容器上可存在标签，以指示该组合物用于具体的应用，而且还可指示体内或体外使用的说明，诸如上文所描述的那些。
本发明的试剂盒有许多实施方案。一个典型的实施方案是一种试剂盒，包括容器、所述容器上的标签、和装在所述容器内的组合物，其中所述组合物包括优先结合短VEGF-A同等型VEGF121的抗体，而且所述容器上的标签指示该组合物可用于评估样品中VEGF121的存在，且其中所述试剂盒包括说明书，其关于使用该抗体来评估特定样品类型中VEGF121的存在。所述试剂盒可进一步包括一套用于制备样品并将抗体应用于样品的说明书和材料。所述试剂盒可以包括一抗(primary antibody)和二抗(secondary antibody)二者，其中所述二抗偶联有标记物，例如酶标记物。
另一个实施方案是一种试剂盒，包括容器、所述容器上的标签、和装在所述容器内的组合物，其中所述组合物包括一种或多种在严格条件下与VEGF111的互补物发生杂交的多核苷酸，而所述容器上的标签指示该组合物可用于评估样品中VEGF111的存在情况，且其中所述试剂盒包括说明书，其关于使用该多核苷酸来评估特定样品类型中生物标志物RNA或DNA的存在情况。
试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液（例如封闭缓冲液、清洗缓冲液、底物缓冲液等）、其它试剂（诸如可以被酶标记物化学改变的底物，例如色原）、表位修复液、对照样品（阳性和/或阴性对照）、对照载玻片等。试剂盒还可包括用于解释使用该试剂盒获得的结果的说明。
在又一个具体的实施方案中，对于基于抗体的试剂盒，所述试剂盒可包括例如：(1)第一抗体（例如附着至固体支持物的或能够结合至固体支持物的），其结合VEGF121；和(2)第二不同抗体，其优先结合短VEGF-A同等型VEGF121。优选地，后一种抗体标记有相同报告分子。当然，在设计此类测定法时，也有可能用第一抗体交换第二抗体，反之亦然。
对于基于寡核苷酸的试剂盒，所述试剂盒可包括例如：(1)寡核苷酸，例如可检测标记的寡核苷酸，其与编码生物标志物蛋白的核酸序列发生杂交，或(2)一对引物，其可用于扩增生物标志物核酸分子。所述试剂盒还可包括例如缓冲剂、防腐剂、或蛋白质稳定剂。所述试剂盒可进一步包括检测可检测标记物所必需的成分（例如酶或底物）。所述试剂盒还可包括对照样品或一系列对照样品，其能被测定并与测试样品进行比较。所述试剂盒的每种成分可以封装在单独的容器内，而各个容器都可与说明书（用于解释使用该试剂盒实施的测定的结果）一起在单个包装内。
B.治疗方法
本发明的一些方法进一步包括将VEGF拮抗剂施用于VEGF121水平与参照样品相比升高的患者。本发明的其它实施方案提供用包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法治疗患者的方法。可调整剂量方案来提供最佳的期望响应（例如治疗响应）。例如，可施用一剂，可以在一段时间里施用多个分剂，或者可以根据治疗情况的紧急事件成比例地降低或提高剂量。
根据诸如具体抗癌剂类型等因素，具有本领域普通技术的内科医师能容易地确定所需要的药物组合物的有效量和开出这样的处方。例如，内科医师可以以多剂此类抗癌剂（诸如抗VEGF-A抗体）开始，其在药物组合物中以低于实现期望的治疗效果所需要的水平的水平使用，并逐渐提高剂量，直至实现期望的效果。拮抗剂的给定剂量或治疗方案的功效可通过例如使用标准功效度量评估患者中的体征和症状来测定。
在又一个实施方案中，至少两次用相同的抗癌剂，诸如抗VEGF-A抗体治疗受试者。如此，第一次和第二次拮抗剂暴露优选用相同的拮抗剂，更优选所有拮抗剂暴露用相同的拮抗剂，即头两次暴露、优选所有暴露的处理用一种类型的抗癌剂，例如结合VEGF的拮抗剂，诸如抗VEGF抗体，例如都用贝伐单抗。
在本文中所列出的所有本发明方法中，所述抗癌剂（诸如结合VEGF的抗体）可以是未偶联的，诸如裸抗体，或者可以是为了进一步的功效（诸如例如延长半衰期）而偶联有另一分子的。
本文中的一种优选抗癌剂是嵌合、人源化、或人抗体，例如抗VEGF抗体，优选贝伐单抗。
在另一个实施方案中，VEGF拮抗剂（例如抗VEGF抗体）是对受试者施用的唯一药物。
在一个实施方案中，拮抗剂是抗VEGF抗体，以每1、2、3、或4周约100或400mg的剂量施用或者以每1、2、3、或4周约1、3、5、7.5、10、15、或20mg/kg的剂量施用。剂量可以作为单剂或作为多剂（例如2或3剂）施用，诸如输注。
在又一个方面，在诊断步骤之后，本发明提供了确定是否要继续给诊断有癌症的受试者施用抗癌剂（例如抗VEGF抗体）的方法，包括使用成像技术诸如放射照相术和/或MRI测量第一次施用拮抗剂之后肿瘤尺寸的缩小，使用成像技术诸如放射照相术和/或MRI测量第二次施用拮抗剂之后受试者肿瘤尺寸的缩小，比较第一次和第二次时受试者的成像发现，如果第二次的得分比第一次少，那么继续施用所述拮抗剂。
在又一个实施方案中，治疗方法包括检验给药步骤之后受试者对治疗的响应的步骤，用于确定该响应水平对于治疗血管发生性病症是否有效。例如，包括检验给药之后的成像（放射照相术和/或MRI）得分并与给药以前获得的基线成像结果比较的步骤，用于通过测量是否发生变化和变化了多少来确定治疗是否有效。此检验可以在给药之后以多种有安排的或未安排的时间间隔重复，用于确定任何部分或完全消退的维持。
在本发明的一个实施方案，在VEGF拮抗剂诸如抗-VEGF抗体以外没有给受试者施用其它药物来治疗癌症。
在本文中的任何方法中，抗癌剂可以与有效量的另一药剂组合施用。合适的另一药剂包括例如抗淋巴管发生剂、抗血管发生剂、抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒剂、或其组合。
所有这些另一药剂可以彼此组合或者单独与第一药物一起使用，因此表述“另一药剂”在用于本文时不意味着它是VEGF拮抗剂以外的唯一药物。如此，另一药剂不必是一种药剂，而是可以包含超过一种上述药物。
本文所列的这些另一药剂通常以与上文所用相同的剂量和施用途径或者迄今所用剂量的大约1-99%使用。如果确实使用此类另一药剂，那么优选它们以低于不存在第一药物时的量使用，尤其是在第一药物的初始服药之后的后续给药中，以便消除或降低由此引起的副作用。
对于本文所述复治方法，其中另一药剂以有效量与拮抗剂暴露一起施用，它可以与任何暴露一起施用，例如，只与一次暴露或者与超过一次暴露一起施用。在一个实施方案中，另一药剂与初始暴露一起施用。在另一个实施方案中，另一药剂与初始和第二暴露一起施用。在又一个实施方案中，另一药剂与所有暴露一起施用。优选的是，在初始暴露（诸如类固醇的）之后，降低或清除此类另一药剂的量以减少受试者对具有副作用的药剂诸如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、和环磷酰胺的暴露。
另一药剂的联合施用包括使用分开的配制剂或单一的药用配制剂的共施用（同时施用），以及任一次序的序贯施用，其中优选有一段时间所有（两种或更多种）活性剂（药物）同时发挥其生物学活性。
抗癌疗法以任何合适手段施用，包括胃肠外、表面、皮下、腹膜内、肺内、鼻内和/或损伤内施用。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内(i.v.)、动脉内、腹膜内或皮下施用。还涵盖鞘内施用。另外，还可合适地通过脉冲输注来施用抗癌剂，例如用剂量逐渐减少的抗癌剂。优选的是，通过静脉内或皮下，更优选通过静脉内输注来给予剂量给药。
如果提供多次抗癌剂暴露，那么每次暴露可以使用相同的或不同的施用手段来提供。在一个实施方案中，每次暴露通过静脉内施用。在另一个实施方案中，每次暴露通过皮下施用给予。在又一个实施方案中，所述暴露通过静脉内和皮下施用二者给予。
在一个实施方案中，以缓慢的静脉内输注而非静脉内推注或快速注射来施用抗癌剂诸如抗VEGF抗体。例如，在抗VEGF抗体的任何输注之前约30分钟施用类固醇诸如泼尼松龙或甲泼尼龙（例如静脉内约80-120毫克，更具体静脉内约100毫克）。所述抗VEGF抗体是通过例如专用线路输注的。
对于多剂抗VEGF抗体暴露的初始剂，或者对于所述暴露只包括一剂的单剂，此类输注优选以约50毫克/小时的速率开始。这可逐步提高，例如，每约30分钟速率提高约50毫克/小时直至约400毫克/小时的最大值。然而，如果受试者正发生输注相关反应，那么输注速率优选降低至例如当前速率的一半，例如从100毫克/小时降低至50毫克/小时。优选的是，抗VEGF抗体此类剂（例如约1000毫克总剂量）的输注用约255分钟（4小时15分钟）完成。优选的是，受试者在开始输注前大约30至60分钟通过口接受醋氨酚/对乙酰氨基酚（例如约1克）和盐酸苯海拉明(diphenhydramine HCl)（例如约50毫克或相似药剂的等效剂量）的预防性处理。
如果给予超过一次的抗VEGF抗体输注（剂）以完成整个暴露，那么优选在此输注实施方案中以高于初始输注的速率开始第二或随后的抗VEGF抗体输注，例如约100毫克/小时。此速率可以逐步提高，例如每约30分钟速率提高约100毫克/小时直至约400毫克/小时的最大值。发生输注相关反应的受试者优选将输注速率降低至该速率的一半，例如从100毫克/小时降低至50毫克/小时。优选的是，此类第二剂或随后剂的抗VEGF抗体（例如约1000毫克总剂量）的输注用约195分钟（3小时15分钟）完成。
在一个优选的实施方案中，抗癌剂是抗VEGF抗体，而且以约0.4至4克的剂量施用，而且更优选的是，抗体以约0.4至1.3克的剂量、约1个月的时段内1至4剂的频率施用。还更优选的是，剂量是约500mg至1.2g，而且在其它实施方案中，是约750mg至1.1g。在此类方面，拮抗剂优选以2至3剂施用，和/或在约2至3周的时段内施用。
在一个实施方案中，受试者先前从未施用用于治疗癌症的任何药物。在另一个实施方案中，受试者或患者先前曾经施用用于治疗癌症的一种或多种药物。在又一个实施方案中，受试者或患者对先前施用的一种或多种药物没有响应。受试者对其可没有响应的此类药物包括例如抗肿瘤剂、化疗剂、细胞毒剂、和/或生长抑制剂。更具体的说，受试者对其可没有响应的药物包括VEGF拮抗剂（诸如抗VEGF抗体）。在又一个方面，此类抗癌剂包括抗体或免疫粘附素，使得复治涵盖受试者以前对其没有响应的、本发明的一种或多种抗体或免疫粘附素。
IV.抗癌剂治疗
一旦鉴定出对VEGF拮抗剂治疗最响应或敏感的患者群，用VEGF拮抗剂单独地或与其它药物联合地进行处理对具有癌症的患者产生治疗受益。例如，此类治疗可导致肿瘤尺寸缩小或无进展存活延长。此外，用抗癌剂与至少一种另一药剂的组合进行的治疗优选导致对患者产生累加的、更优选协同的（或大于累加的）治疗受益。优选的是，在此组合方法中，另一药剂的至少一次施用与本文中的抗癌剂的至少一次施用之间的时间安排是大约一个月或更短、更优选大约两周或更短。
医学领域技术人员会领会，在诊断得出患者有可能对抗癌剂有响应后对所述患者施用治疗有效量的抗癌剂的确切方式由主治医师判断。施用的模式包括剂量、与其它药剂的组合、施用的时间安排和频率、等等，可受到患者有可能对此类抗癌剂有响应的诊断以及患者的状况和历史的影响。如此，甚至预测对抗癌剂相对不敏感的诊断有病症的患者仍可受益于其治疗，特别是在与其它药剂（包括可改变患者对抗癌剂的响应性的药剂）的组合中。
会以与优良医学实践一致的方式配制、剂量给药和施用包含本发明抗癌剂的组合物。在此内容中考虑的因素包括所治疗的病症的具体类型、所治疗的具体哺乳动物、患者个体的临床状况、血管发生性病症的起因、投递药剂的部位、可能的副作用、拮抗剂的类型、施药的方法、施药的日程安排、和医学从业人员知道的其它因素。要施用的抗癌剂的有效量会取决于此类考量。
作为一般提议，胃肠外施用的抗癌剂的每剂有效量会在约20mg至约5000mg的范围里，通过一个或多个剂量来实现。用于抗体（诸如抗VEGF抗体）的例示性剂量方案包括每1、2、3、或4周100或400mg，或者每1、2、3、或4周施用约1、3、5、7.5、10、15、或20mg/kg的一剂。该剂量可以作为单剂或作为多剂（例如2或3剂）施用，诸如输注。
然而，如上面指出的，对于抗癌剂的这些建议量要加以诸多治疗上的考量。在选择合适剂量和进度安排中，关键的因素是所得的结果，如上文提示的。在一些实施方案中，尽可能接近病症的首次体征、诊断、表现或出现，施用抗癌剂。
抗癌剂以任何合适手段施用，包括胃肠外、表面、皮下、腹膜内、肺内、鼻内和/或损伤内施用。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。还涵盖鞘内施用。另外，可合适地通过脉冲输注来施用拮抗剂，例如用剂量逐渐减少的拮抗剂。最优选地，通过静脉内注射来给予剂量给药。
可以与本文中的抗癌剂一起施用如上所述的另一药剂。联合施用包括使用分开的配制剂或单一的药用配制剂的共施用，以及任一次序的序贯施用，其中优选有一段时间所有（两种或更多种）活性剂同时发挥其生物学活性。
除了通过上文所述传统路径将抗癌剂施用于患者，本发明涵盖通过基因疗法进行的施用。编码抗癌剂的核酸的此类施用涵盖在表述“施用有效量的抗癌剂”中。可参见例如WO1996/07321，其关注使用基因疗法来产生胞内抗体。
主要有两种方法使核酸（任选包含在载体中）进入患者的细胞，即体内(in vivo)和回体(ex vivo)。对于体内投递，通常在需要拮抗剂的部位将核酸直接注射入患者。对于回体治疗，采集患者的细胞，将核酸导入这些分离的细胞，并将经过修饰的细胞直接施用于患者，或是例如装入多孔膜再植入患者（参见例如美国专利No.4,892,538和5,283,187）。有多种技术可用于将核酸导入活细胞。这些技术根据是将核酸转移至目的宿主的体外培养的细胞还是体内细胞而有所变化。适于在体外将核酸转移入哺乳动物细胞的技术包括使用脂质体、电穿孔、显微注射、细胞融合、DEAE-右旋糖苷、磷酸钙沉淀法等。常用于回体投递基因的载体是逆转录病毒。
目前优选的体内核酸转移技术包括用病毒载体（诸如腺病毒、I型单纯疱疹病毒或腺伴随病毒）和基于脂质的系统（例如，可用于脂质介导的基因转移的脂质有DOTMA、DOPE和DC-Chol）进行转染。在有些情况中希望与对靶细胞特异性的药剂一起提供核酸来源，诸如对靶细胞上的细胞表面膜蛋白特异性的抗体、针对靶细胞上受体的配体等。若采用脂质体，则可以使用与胞吞作用有关的细胞表面膜蛋白结合的蛋白质靶向和/或促进摄取，例如对特定细胞类型有向性的衣壳蛋白或其片段、针对在循环中经历内在化的蛋白质的抗体、和靶向胞内定位并延长胞内半衰期的蛋白质。受体介导的胞吞作用的技术记载于例如Wu et al.,J.Biol.Chem.262:4429-4432(1987);及Wagner et al.,PNAS USA87:3410-3414(1990)。基因标记和基因治疗方案记载于例如Anderson,Science256:808-813(1992);及WO1993/25673。
可以将抗癌剂与至少一种别的具有抗癌特性的化合物在药物组合配制剂中组合或作为组合疗法以给药方案组合。所述药物组合配制剂或给药方案中的至少一种别的化合物优选具有对VEGF拮抗剂组合物的补充活性，使得它们彼此不会产生不利影响。
所述至少一种别的化合物可以为化疗剂、细胞毒剂、细胞因子、生长抑制剂、抗激素剂、抗血管发生剂、抗淋巴管发生剂、及其组合。此类分子以对指定目的有效的量适当地组合存在。含有VEGF拮抗剂（例如抗VEGF抗体）的药物组合物还可以包含治疗有效量的抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、细胞毒剂、或其组合。
一方面，所述第一化合物是抗VEGF抗体，而且所述至少一种别的化合物是抗VEGF抗体以外的治疗性抗体。在一个实施方案中，所述至少一种别的化合物是结合癌细胞表面标志物的抗体。在一个实施方案中，所述至少一种别的化合物是抗HER2抗体，曲妥单抗（例如
Figure BDA00002934634300511
Genentech,Inc.,South San Francisco,CA）。在一个实施方案中，所述至少一种别的化合物是抗HER2抗体，pertuzumab(OmnitargTM,Genentech,Inc.,South San Francisco,CA,参见US6,949,245)。在一个实施方案中，所述至少一种别的化合物是抗体（裸抗体或ADC），而且所述别的抗体是第二种、第三种、第四种、第五种、第六种抗体或更多，使得此类第二种、第三种、第四种、第五种、第六种、或更多种抗体（裸的或作为ADC的）的组合有效治疗血管发生性病症。
依照本发明的其它治疗方案可包括施用VEGF拮抗剂抗癌剂，而且包括但不限于放射疗法和/或骨髓和外周血移植和/或细胞毒剂、化疗剂或生长抑制剂。在一个这样的实施方案中，化疗剂是以下药剂或药剂组合，诸如例如环磷酰胺、羟基柔红霉素、阿霉素、多柔比星、长春新碱(ONCOVINTM)、泼尼松龙、CHOP、CVP或COP，或者免疫治疗剂，诸如PSCA、抗HER2（例如OMNITARGTM）。组合疗法可以作为同时或序贯方案施用。当序贯施用时，可以以两次或更多次施用来施用所述组合。组合施用包括使用分开的配制剂或单一药物配制剂的共施用，和任意次序的序贯施用，其中优选有一段时间所有活性剂同时发挥其生物学活性。
在一个实施方案中，使用抗VEGF抗体的治疗涉及组合施用本文中所鉴定的抗癌剂和一种、两种或更多种化疗剂或生长抑制剂，包括共施用不同化疗剂鸡尾酒样混合物。化疗剂包括紫杉烷类（诸如帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel)）和/或蒽环类抗生素。熟练从业人员可以按照制造商的说明书或凭经验确定地使用此类化疗剂的制备和剂量给药方案。此类化疗剂的制备和剂量给药方案还记载于“Chemotherapy Service”,(1992)M.C.Perry编,Williams&Wilkins,Baltimore,Md。
任何上述共施用的药剂的合适剂量就是那些当前使用的剂量，而且可以由于新鉴定的药剂和其它化疗剂或治疗的联合作用（协同作用）而降低。
组合疗法可以提供“协同作用”并且证实是“协同性”的，即当一起使用活性组分时所实现的效果大于分开使用所述化合物时所产生的效果之和。当活性组分为如下情况时可以获得协同效应：(1)共同配制和施用或在合并的单位剂量配制剂中同时投递；(2)作为分开的配制剂交替或平行投递；或(3)通过一些其它方案。当在交替疗法中投递时，在序贯施用或投递所述化合物时，例如通过不同注射器中的不同注射，可以获得协同效应。一般而言，在交替疗法中，序贯地，即依序地施用每种活性组分的有效剂量，而在组合疗法中，一起施用两种或更多活性组分的有效剂量。
对于疾病的预防或治疗，所述别的治疗剂的适宜剂量将取决于待治疗疾病的类型、抗体的类型、疾病的严重程度和进程、施用VEGF拮抗剂和别的药剂是出于预防还是治疗目的、先前的疗法、患者的临床病史和对VEGF拮抗剂和别的药剂的响应、及主治医师的判断。合适的是，一次性或通过一系列治疗将VEGF拮抗剂和别的药剂施用于患者。VEGF拮抗剂通常如上文所述施用。根据疾病的类型和严重程度，施用于患者的初始候选剂量是约20mg/m2至600mg/m2别的药剂，例如或是通过一次或多次分开施药或是通过连续输注。根据上文所述因素，典型日剂量的范围可以是约20mg/m2、85mg/m2、90mg/m2、125mg/m2、200mg/m2、400mg/m2、500mg/m2或更多。对于持续数天或更长的重复施药，根据状况，持续治疗直至疾病症状发生期望的抑制。如此，可对患者施用约20mg/m2、85mg/m2、90mg/m2、125mg/m2、200mg/m2、400mg/m2、500mg/m2、600mg/m2（或其任意组合）的一剂或多剂。这些剂量可间歇施用，例如每周或每两、三、四、五、或六周（例如使得患者接受约2剂至约20剂，例如约6剂别的药剂）。可施用一剂较高的初始加载剂量，后续一剂或多剂较低剂量。然而，其它剂量方案也可能是有用的。这种疗法的进程易于通过常规技术和测定法来监测。
V.药物配制剂
依照本发明使用的拮抗剂的治疗用配制剂通过将具有期望纯度的拮抗剂与任选的药剂学可接受的载体、赋形剂或稳定剂混合，以冻干配制剂或水溶液的形式制备供贮存。关于配制剂的一般信息参见例如Gilman et al.(eds.)(1990),The Pharmacological Bases of Therapeutics,8th Ed.,Pergamon Press;Gennaro(ed.),Remington's Pharmaceutical Sciences,18th Ed.,(1990),MackPublishing Co.,Eastori,Pennsylvania;Avis et al.(eds.)(1993)PharmaceuticalDosage Forms:Parenteral Medications Dekker,New York;Lieberman et al.(eds.)(1990)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets,Dekker,New York;及Liebermanet al.(eds.)(1990),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems,Dekker,New York;Kenneth A.Walters(ed.)(2002)Dermatological and TransdermalFormulations(Drugs and the Pharmaceutical Sciences),vol119,Marcel Dekker。
可接受的载体、赋形剂或稳定剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，包括缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂（诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵、苯索氯铵；苯酚、丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚）；低分子量（少于约10个残基）多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐反荷离子，诸如钠；金属复合物（例如Zn-蛋白质复合物）；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。
例示性的抗VEGF抗体配制剂记载于美国专利No.6,884,879。在某些实施方案中，抗VEGF抗体在单次使用管形瓶中以25mg/mL配制。在某些实施方案中，在240mgα,α-海藻糖二水合物、23.2mg钠的磷酸盐（一碱基的，一水合物）、4.8mg钠的磷酸盐（二碱基的，无水的）、1.6mg聚山梨酯20、和注射用水(USP)中配制100mg抗VEGF抗体。在某些实施方案中，在960mgα,α-海藻糖二水合物、92.8mg钠的磷酸盐（单碱基的，一水合物）、19.2mg钠的磷酸盐（二碱基的，无水的）、6.4mg聚山梨酯20、和注射用水(USP)中配制400mg抗VEGF抗体。
适于皮下施用的冻干配制剂记载于例如美国专利No.6,267,958(Andyaet al.)。此类冻干配制剂可以用合适的稀释剂重建至高蛋白质浓度，重建的配制剂可皮下施用于本文中待治疗的哺乳动物。
还涵盖拮抗剂的结晶形式。参见例如US2002/0136719A1(Shenoy et al.)。
本文中的配制剂还可含有超过一种活性化合物（上文提到的另一药剂），优选那些活性互补且彼此没有不利影响的。此类治疗药物的类型和有效量取决于例如配制剂中存在的VEGF拮抗剂的量和类型，以及受试者的临床参数。优选的此类另一药剂如上所述。
活性成分还可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中（例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊）、在胶状药物投递系统中（例如脂质体、清蛋白微球体、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊）、或在粗滴乳状液中。此类技术公开于例如Remington'sPharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.Ed.(1980)。
可制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适例子包括含有所述拮抗剂的固体疏水性聚合物半透性基质，该基质是定型产品的形式，例如薄膜或微胶囊。持续释放基质的例子包括聚酯、水凝胶（例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇)）、聚交酯(美国专利No.3,773,919)、L-谷氨酸与L-谷氨酸γ乙酯的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯共聚物、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTJTM（由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球体）及聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的配制剂必须是无菌的。这可容易地通过使用无菌滤膜过滤来实现。
VI.试剂盒
为了用于检测VEGF121，本发明提供了试剂盒或制品。此类试剂盒可用于确定患有癌症的受试者是否会对包含VEGF拮抗剂（包括例如抗VEGF抗体，诸如贝伐单抗）的抗癌剂疗法产生有效响应。这些试剂盒可包括载体手段，其隔室化以接纳紧密排列的一个或多个容器，诸如管形瓶、管等，每个容器装有本发明方法中要使用的不同成分之一。例如，所述容器之一可以装有特异性结合VEGF121的化合物。
此类试剂盒通常会包括上文所述容器和一个或多个其它容器，其中装有从商业和使用者观点看有需要的材料，包括缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、注射器、和印有使用说明的包装插页。容器上可存在标签，以指示该组合物用于具体的应用，而且还可指示体内或体外使用的说明，诸如上文所描述的那些。
本发明的试剂盒有许多实施方案。一个典型的实施方案是一种试剂盒，包括容器、所述容器上的标签、和装在所述容器内的组合物，其中所述组合物包括特异性结合VEGF121的化合物，而且所述容器上的标签指示该组合物可用于检测VEGF121，且其中所述试剂盒包括说明书，其关于使用该化合物来检测VEGF121。所述试剂盒可进一步包括一套用于制备并使用该化合物的说明书和材料。
试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液（例如稀释缓冲液等）、其它试剂（诸如载体，例如、葡聚糖/右旋糖酐、清蛋白）。试剂盒还可包括用于解释使用该试剂盒获得的结果的说明。
实施例
提供下述实施例以例示但非限制当前要求保护的发明。
实施例1：
在AVADO试验（BO17708），将具有未治疗的局部晚期、复发性或转移性HER-2阴性乳腺癌的患者随机分至多西他赛100mg/m2加贝伐单抗每3周7.5mg/kg（n=248）、贝伐单抗每3周15mg/kg（n=247）或安慰剂（n=241）。参见Miles，J.Clin.Oncol.，24May2010（电子出版）。
自这项试验中的396名患者可得到血浆基线样品。
一项关于与血管发生和肿瘤发生有关的生物标志物的状态的调查揭示了相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，三种生物标志物的表达水平与改善的治疗参数有关。特别地，相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGF-A表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至多西他赛疗法而表现出延长的无进展存活。相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFR2表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至多西他赛疗法而表现出延长的无进展存活。还有，相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGF-A和VEGFR2组合表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至多西他赛疗法而表现出延长的无进展存活。另外，相对于在整个患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGF-A和PLGF组合表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至多西他赛疗法而表现出延长的无进展存活。
患者和免疫化学方法
总共736名患者参与了BO17708研究，而且可得到来自396名参与者的血浆样品进行生物标志物分析。表1A和表1B中提供生物标志物分析中的396名患者和不可能进行生物标志物分析的剩余患者的基线特征。
表1A：基线特征
Figure BDA00002934634300561
n 396 334
人种
白种人 375(95％) 234(70％)
黑种人 4(1％) 3(<1％)
其他 17(4％) 97(29％)
n 396 334
重量(kg)
均值 68．79 67．23
SD 14．097 14．185
SEM 0．708 0．780
中值 67．00 66．70
最小-最大 42．8-135．6 37．5-121．2
n 396 331
高度(cm)
均值 161．79 160．41
SD 7．158 7．351
SEM 0．360 0．402
中值 162．00 160．0
最小-最大 137．0-189．0 140．0-184．0
n 396 334
吸烟状态
从不吸烟 252(64％) 232(70％)
过去吸烟 99(25％) 61(18％)
当前吸烟 44(11％) 38(11％)
n 395 331
吸烟-包年
均值 24．06 33．63
SD 79．907 81．309
SEM 7．294 8．925
中值 10．00 15．00
最小-最大 0．3-860．0 0．5-720．0
n 120 83
表lB：基线特征
Figure BDA00002934634300581
无疾病间隔
<=24个月 138(35％) 118(35％)
>24个月 255(65％) 216(65％)
n 393 334
激素受体ER状态
阴性 104(26％) 103(31％)
阳性 290(73％) 229(69％)
未知 2(<1％) 2(<1％)
n 396 334
ER/PgR组合状态
阴性 81(21％) 82(25％)
阳性 314(79％) 250(75％)
n 395 332
转移部位数目
<3 209(53％) 175(53％)
>=3 183(47％) 156(47％)
n 392 331
血浆分析
在随机化之后且在施用任何研究治疗之前收集了血浆样品。所有样品得自随后用多西他赛100mg/m2加贝伐单抗每3周7．5mg/kg、贝伐单抗每3周15mg/kg或安慰剂处理直至疾病进展的患者。
将总共4．9 mL血液吸入一个
Figure BDA00002934634300591
(EDTA)管(或对于16名接受抗凝剂疗法的患者，柠檬酸盐血浆管)中。其后立即通过将管温和颠倒将它们混合，并在30分钟内在离心机中以大约1500g离心(室温10分钟)。此后立即将血浆上清液在一个透明聚丙烯5mL转移管中等分。其后，将血浆等分入2个塑料保存管中(每个大约1．25 ml)。将样品以竖直位置保存于-70℃。在有些情况中，将样品于-20℃保存长达1个月，然后转移至-70℃。
使用来自Roche Diagnostics GmbH的免疫学多参数芯片技术（IMPACT），将样品用于测量VEGF-A、VEGF受体-1（VEGFR1）、VEGFR2、PLGF和E-SELECTIN的水平。
IMPACT多重测定法技术
Roche Professional Diagnostics（Roche Diagnostics GmbH）正在开发一种多标志物平台，工作名称为IMPACT（Immunological MultiParameter ChipTechnology）。该技术用于上文“血浆分析”部分中蛋白质标志物的测量。该技术基于通过EP0939319和EP1610129中公开的规程制造的一种聚苯乙烯小芯片。芯片表面包被有链霉亲合素层，然后上面点生物素化抗体进行每一种测定法。对于每一种标志物，以垂直线将抗体的点加载到芯片上。在测定期间，用含有特定分析物的标本样品探查阵列。
用于在一块芯片上测量所有标志物的标本每份需要的血浆体积为8μL，与32μL温育缓冲液（50mM HEPES pH7.2，150mM NaCl，0.1%Thesit，0.5%牛血清清蛋白和0.1%作为防腐剂的Oxypyrion）一起应用。在温育12分钟并使用清洗缓冲液（5mM Tris pH7.9，0.01%Thesit和0.001%Oxypyrion）之后，添加地高辛配基化单克隆抗体混合物（包括用地高辛配基标记的分析物特异性抗体混合物的40μL温育缓冲液）并再温育6分钟以结合到被捕获的分析物上。最终用包括与荧光胶乳偶联的抗地高辛配基抗体偶联物的40μL试剂缓冲液（62.5mM TAPS pH8.7，1.25M NaCl，0.5%牛血清清蛋白，0.063%Tween20和0.1%Oxypyrion）检测二抗。使用这种标志物，在单个点中能检测到10例个别结合事件，产生下至fmol/L浓度的很高的灵敏度。将芯片传送入检测单元中，并且电荷耦合器件（CCD）相机产生图像，使用专用软件转换成信号强度。个别点自动定位于预先限定的位置并通过图像分析来量化。对每一种标志物，在芯片上加载多行，每行10-12个点，并且样品的浓度均值需要最少5个点。该技术的优点是以夹心式或竞争性形式多路复用上至10个参数的能力。一式两份测量校准物和患者样品。一次运行设计成含有总共100项测定，包括2份多重对照作为运行对照。由于一些选定分析物彼此反应（即VEGFA和PLGF与VEGFR1或VEGRF2或VEGFA与PLGF形成异二聚体），因此如下将5种分析物分到三块不同芯片上：
芯片1：VEGFA
芯片2：VEGFR1，VEGFR2，E-选择蛋白
芯片3：PLGF
使用了下述抗体进行不同测定法：
统计分析
使用样品中值将生物标志物值二分为低(低于中值)或高(处于或高于中值)。
用比例危害cox回归分析评估了具有高或低生物标志物水平的患者亚组中治疗效果的危害比。
另外，使用比例危害cox回归评估了生物标志物水平和治疗效果之间的关联。该模型包括下述共变量：试验治疗，生物标志物水平，二元分层因子(在基线时、在辅助紫杉烷疗法之前的可测量疾病，ER/PgR状态)，治疗对生物标志物水平的交互项(interaction term)。使用用于交互项的Wald检验确定了生物标志物水平和治疗效果之间的关联。低于0．05的P值认为是显著的。
结果
血浆标志物
表2中呈现生物标志物的基线描述统计。
表2：生物标志物值的描述统计(基线)
VEGFA(pg/mL) VEGFR2(ng/mL) PLGF(pg/mL)
最小 20．0 0．1 5．8
25％四分位 64．5 9．1 17．04
中值 125．0 11．O 21．31
75％四分位 240．5 13．4 27．02
最大 3831．1 72．4 282．10
均值 216．5 11．6 24．58
sd 322．63 4．58 20．38
表3呈现VEGFA或VEGFR2与无进展存活方面治疗效果的关联分析的结果。
表3：
Figure BDA00002934634300621
在此分析中，对VEGFA使用低VEGFA<125 pg/ml和高VEGFA≥125pg/ml，而对VEGFR2使用低VEGFR2<11 ng/ml和高VEGFRA≥11 ng/ml。
这些结果显示具有高VEGFA的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA的患者相比显著更好。这些结果还显示具有高VEGFR2的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFR2的患者相比显著更好。在比较低和高剂量贝伐单抗与安慰剂时观察到相同的趋势，高和低生物标志物亚群之间的差异的统计证据在用低剂量贝伐单抗治疗的患者中更强。因此，VEGFA和VEGFR2每一项是贝伐单抗无进展存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
表4呈现对于低剂量(每3周7．5 mg/kg)贝伐单抗和高剂量(每3周15mg/kg)贝伐单抗，生物标志物组合与无进展存活方面治疗效果的关联的分析。
对此分析
公式1：norm(VEGFA)+1．3*norm(VEGFR2)
等效公式：0．71*log2(VEGFA)+3．16*log2(VEGFR2)-15．6
和
公式2：0．25*norm(VEGFA)+0．21*norm(PLGF)
等效公式：0．18*log2(VEGFA)+0．42*log2(PLGF)-3．1
其中我们使用log2变换和
x i &RightArrow; norm ( x i ) = log 2 ( x i ) - median ( log 2 ( x ) ) mad ( log 2 ( x ) )
其中mad为以因子1.4826调整的中值绝对偏差。
表4：对于低剂量（每3周7.5mg/kg）贝伐单抗和高剂量（每3周15mg/kg）贝伐单抗，与无进展存活方面治疗效果的关联（双标志物分析）
Figure BDA00002934634300632
在此分析中，VEGFA和VEGFR2的高组合表达水平为公式1≥-0.132而VEGFA和VEGFR2的低组合表达为公式1<-0.132，而且VEGFA和PLGF的高组合表达水平为公式2≥-0.006而VEGFA和PLGF的低组合表达为公式2<-0.006。
这些结果显示具有高VEGFA和VEGFR2组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和VEGFR2组合的患者相比显著更好。这些结果还显示具有高VEGA和PLGF组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和PLGF组合的患者相比显著更好。在比较低和高剂量贝伐单抗与安慰剂时观察到相同的趋势，高和低生物标志物亚群之间的差异的统计证据在用低剂量贝伐单抗治疗的患者中更强。因此，VEGFA和VEGFR2组合和VEGFA和PLGF组合中的每一组合是贝伐单抗无进展存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
通过依照VEGF-A水平将分组细分成四分位，进一步探索了VEGF-A在贝伐单抗15mg/kg分支中的预测价值。所有四分位的95%置信区间有交叠。在第一四分位（<64pg/ml）中，观察到很有限的治疗效果（危害比0.86）。在最高四分位（>240pg/ml）中，PFS的危害比为0.39（95%CI：0.19-0.77），而且中值PFS的差异比其它组更加突出。总之，各四分位的点估计随VEGF-A水平升高在危害比方面显示一致的改善。这些结果显示于下文表5。
表5：依照VEGF-A四分位的PFS
Figure BDA00002934634300641
实施例2：VEGF-A的更短同等型使用IMPACT测定法的检测
基于用于在IMPACT平台上检测VEGF-A的抗体，此实施例证明VEGF-A的更短同等型与VEGF-A的更长同等型相比得到优先测量。
使用“统计分析”部分前面的表中列举的抗体如上文涉及IMPACT技术的部分下面所述实施了测定法。
四种不同VEGF-A形式，即VEGF111，VEGF121，VEGF165和VEGF189是可得到的且用于分析。VEGF111、VEGF121和VEGF165购自R&D Systems，Minneapolis，USA而VEGF189得自Reliatech，Germany。如图11中所示，具有111或121个氨基酸的更短同等型分别与具有165和189个氨基酸的更长同等型相比得到更好的检测。在此时得不到生物学感兴趣的纤溶酶切割产物VEGF110来进行测试，但是预期这种同等型的检测会与对具有111个氨基酸的VEGF分子看到的相当。
不想束缚于理论，假定短VEGF同等型像VEGF110和VEGF121各自在此测定法中的优先结合能解释为什么在本文所述研究中观察到统计学显著的预测价值，而先前VEGF-A的测量在该方面产生矛盾的结果。
实施例3：短VEGF同等型使用
Figure BDA00002934634300643
分析仪的检测
此实施例描述证明使用分析仪的测定法可用于检测人血浆中短VEGF同等型的实验。
将VEGF-A测定法从IMPACT转移至自动化体外诊断系统
Figure BDA00002934634300651
（Roche Diagnostics GmbH，Mannheim）。与IMPACT测定法使用相同的捕捉抗体，<hVEGF-A>-m3C5（Reliatech，
Figure BDA00002934634300652
），但是在IMPACT系统上使用的捕捉抗体<hVEGF-A>-m25603（R&D Systems，Minneapolis）用<hVEGF-A>-mA4.6.1（Genentech，South San Francisco）替换。
在自动化
Figure BDA00002934634300653
系统上运行的免疫测定法是使用电化学发光（ECLIA）作为信号产生技术的免疫测定法。在本夹心式测定法中，生物素化捕捉抗体结合经链霉亲合素包被的磁性微粒而钌化检测抗体容许产生信号。将反应缓冲液（50mM Tris（pH7.4），2mM EDTA，0.1%thesit，0.2%牛IgG，1.0%牛血清清蛋白）中的75μl1.5μg/ml生物素化<VEGF-A>-m3C5和75μl2μg/ml钌化<VEGF-A>M-A.4.6.1二者与20μl样品一起温育9分钟。在第一个9分钟温育后添加30μl微粒悬浮液，然后将整个混合物再温育9分钟。在这些温育步骤期间，形成结合至微粒的抗体-分析物-抗体夹心物。最后，将微粒转移至Elecsys系统的检测室进行信号产生和读取。
用纯化的重组蛋白：VEGF110（在Genentech，South San Francisco通过纤溶酶切割而生成），VEGF121和VEGF165（二者由R&D Systems，Minneapolis供应）评估了
Figure BDA00002934634300654
VEGF-A测定法的切割产物/同等型偏好。用测定法看到的对短VEGF同等型的优先结合在Elecsys测定法中得到了确认。如图12中所示，在
Figure BDA00002934634300656
测定法中，同等型VEGF121和纤溶酶切割产物VEGF110二者以比VEGF165要高大约5倍的灵敏度得到检测。
实施例4：
一项贝伐单抗与化疗组合在一线不可切除的、局部晚期、转移性胃癌中的III期随机化试验
此实施例关注对自在AVAGAST临床试验中治疗的具有一线转移性胃癌的患者获得的结果的分析。该研究的主要目的是测定将贝伐单抗添加至化疗对于治疗胃癌的临床受益，如通过总体存活(OS)测量的。次要终点包括无进展存活(PFS)、总体响应率和响应持续时间。此试验中使用的化疗是卡培他滨或5-氟尿嘧啶(5-FU)和顺铂的组合。
研究设计
774名患者登记参加AVAGAST试验，并以1:1随机分至下述两分支：
分支A（387）：
·口服卡培他滨，1,000mg/m2，每天两次，持续2周，继以1周休息，每3周，直至疾病进展或难处理的毒性，或对于认为不适合采取口服卡培他滨的患者（因为例如吞咽困难、吸收障碍或其它可能影响口服卡培他滨药疗摄取的状况），可以改为施用5-氟尿嘧啶，剂量800mg/m2/天，作为连续静脉内输注，5天（每个周期的第1至5天），每3周；和
·顺铂，80mg/m2，作为2小时静脉内输注，带有水合和前驱给药（类固醇和止吐药），每3周，直至疾病进展或难处理的毒性，最多6个周期。
分支B（387）：
·口服卡培他滨，1,000mg/m2，每天两次，持续2周，继以1周休息，每3周，直至疾病进展或难处理的毒性，或对于认为不适合采取口服卡培他滨的患者（因为例如吞咽困难、吸收障碍或其它可能影响口服卡培他滨药疗摄取的状况），可以改为施用5-氟尿嘧啶，剂量800mg/m2/天，作为连续静脉内输注，5天（每个周期的第1至5天），每3周；和
·顺铂，80mg/m2，作为2小时静脉内输注，带有水合(hyperhydration)和前驱给药（类固醇和止吐药），每3周，直至疾病进展或难处理的毒性，最多6个周期；和
·贝伐单抗，7.5mg/kg，每3周，直至疾病进展或难处理的毒性。
关于各分层变量平衡各治疗分支，晚期疾病除外（2%对5%）。大约95%的患者为转移性的，三分之二为男性，49%来自亚太，32%来自欧洲，而19%来自美洲。
贝伐单抗(
Figure BDA00002934634300661
)以两种管形瓶大小作为准备好胃肠外施用的清澈的至轻微乳白色的无菌液体供应：每个100mg（25mg/ml-4ml装填）玻璃管形瓶装有贝伐单抗及磷酸盐、海藻糖、聚山梨酯20和无菌注射用水，USP，而每个400mg（25mg/ml-16ml装填）玻璃管形瓶装有贝伐单抗及磷酸盐、海藻糖、聚山梨酯20、和无菌注射用水，USP。如下施用
Figure BDA00002934634300662
取出5mg/kg的一剂必需的量并在总体积100ml的0.9%氯化钠注射液，USP中稀释，之后静脉内施用。
方法
入选的受试者/患者具有下述关键入选标准：年龄>18岁，ECOG0、1或2（ECOG性能状态量表）。所有受试者都具有经组织学确认的胃或胃-食管连接处腺癌及不可手术的、局部晚期或转移性疾病，不适合治愈性疗法。受试者可以具有可测量的或不可测量的但可评估的疾病（按照实体瘤响应评估标准(Response Evaluation Criteria in Solid Tumors,RECIST)）。没有正在接受抗凝药疗的受试者在随机化之前7天内具有小于或等于1.5的INR和小于或等于1.5x ULN的PTT。
排除标准包括下述：先前为局部晚期或转移性胃癌的化疗（患者可以接受过在先新辅助或辅助化疗，只要它在随机化之前至少6个月完成）；先前铂或抗血管发生疗法（即抗VEGF或VEGFR酪氨酸激酶抑制剂等）；患者具有局部晚期疾病，是治愈性疗法（包括手术和/或化疗和/或放疗）的候选人；随机化28天内有放疗；随机化之前28天内有大手术、开放式活检或重大外伤损伤，或研究治疗过程期间预期需要大手术（计划的任选手术）；随机化之前2天内有小手术；基线时有CNS转移的证据；体格/神经学检查时与癌症无关的CNS疾病的历史或证据，除非得到了标准医学疗法的充分治疗，例如不受控制的癫痫发作；骨髓功能、肝功能或肾功能不全；不受控制的高血压或临床显著的（即活动性）心血管疾病；随机化时有需要静脉内抗生素的活动性感染；有出血风险的凝血病或遗传性出血素质的历史或证据；严重的或不愈合的伤口、消化性溃疡、或（未完全愈合的）骨折；活动性胃肠出血；随机化6个月内有腹瘘、胃肠穿孔、或腹内脓肿的历史；依照CTCAEv3.0的、≥II级的神经病（例如听觉和平衡受损）；阿司匹林或氯吡格雷的长期日常治疗；口服皮质类固醇的长期日常治疗（吸入类固醇和短期口服类固醇用于止吐或作为食欲刺激剂是允许的）；已知的二氢嘧啶脱氢酶(DPD)缺陷；和已知的急性或慢性-活动性HBV或HCV感染。
该研究的主要终点是总体存活(OS)，定义为自随机化直至任何起因的死亡的时间。使用分层时序检验在各治疗分支之间比较了时间-对-事件数据。使用Kaplan-Meier方法来评估持续时间-对-事件数据。使用Brookmeyer-Crowley方法计算了中值时间-对-事件的95%置信区间。使用分层Cox回归模型评估了时间-对-事件数据的HR。
次要终点包括无进展存活(PFS)、客观响应率(RR)、响应持续时间、和安全性。无进展存活(PFS)定义为基于调查人员的评估，自随机化至疾病进展或死亡的时间。使用Kaplan-Meier方法来评估每个治疗分支的中值PFS。在某些实施方案中，使用分层Cox回归模型来评估PFS的危害比，分层因子与分层时序检验中使用的相同。以双侧α=0.05水平实施每个分组的PFS的分析。使用分层时序检验在各治疗分支之间比较了时间-对-事件数据。使用Kaplan-Meier方法来评估持续时间-对-事件数据。使用Brookmeyer-Crowley方法计算了中值时间-对-事件的95%置信区间。使用分层Cox回归模型评估了时间-对-事件数据的HR。RR定义为最初响应记录后≥28天实现了经确认的完全或部分响应的患者的百分比。使用分层Mantel-Haenszelχ2检验比较了基线时有可测量疾病的患者中的RR。所有分层分析中都包括随机化分层因子。
自参与一项随机化III期研究的患者收集血浆样品，该研究比较将贝伐单抗添加至卡培他滨-顺铂疗法来治疗不能手术的局部晚期/转移性胃/胃-食道腺癌的结果（BO20904研究，参见Kang et al，J.Clin.Oncol.2010；28(18S)：LBA4007）。
一项关于与血管发生和肿瘤发生有关的生物标志物的状态的调查揭示了相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，一种血浆生物标志物的表达水平与改善的治疗参数有关。特别地，相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFA表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至卡培他滨-顺铂疗法而表现出延长的总体存活和延长的无进展存活。
患者、样品和免疫化学方法
总共774名患者参与了BO20904研究，并在方案中预先说明了用于分析血浆VEGF-A的血浆取样。
所有样品得自用卡培他滨/顺铂加贝伐单抗或安慰剂治疗的患者。在4.9mL EDTA S-
Figure BDA00002934634300681
血液收集管中收集总共4.9ml。
在血液收集30-60分钟内，将血液管放置入离心机中并于4°C1500g旋转15分钟，直至细胞和血浆分开。离心后立即使用塑料移液器将血浆小心转移入丙烯转移管中，小心不要吸取管底处含有血小板的界面。然后使用移液器将血浆等分入2个保存管中（每个一半体积，大约1.25mL）。
一旦分离血浆，将样品以竖直位置保存于-70°C。在取血后一个月内将只能保存于-20°C的样品运输至Roche中心样品室(CSO)。在Roche DiagnosticsGmbH(Penzberg,Germany)分析所有样品。
将所有样品融化并以每批72份以40μl等分试样分配入384孔REMP微管板中。将管用铝隔膜密封并保存于设置为维持-85至-55°C温度的冰箱中直至分析。对样品分析VEGFA浓度。
可得到来自712名参与者的血浆样品进行生物标志物分析。表6中提供生物标志物分析中的712名患者的基线特征。
表6：基线特征：生物标志物群体（n=712）
Figure BDA00002934634300691
Figure BDA00002934634300701
n代表对汇总统计作出贡献的患者数目。
百分比基于n（有效值的数目）。若n<10，则不计算百分比。
血浆分析
在随机化之后且对患者给予任何研究治疗之前收集了血浆样品。使用实施例1中描述的多重IMPACT ELISA测定法测量了VEGFA。
统计分析
使用样品中值将生物标志物值二分为低（低于中值）或高（高于中值）。
用比例危害COX回归分析评估了具有高或低生物标志物水平的患者亚组中治疗效果的危害比。
另外，使用比例危害COX回归评估了生物标志物水平和治疗效果之间的关联。该模型包括下述共变量：试验治疗，生物标志物水平，治疗对生物标志物水平的交互项。使用用于交互项的Wald检验确定了生物标志物水平和治疗效果之间的关联。低于0.05的P值认为是显著的。
在定量下限(LLQ)值处及在定量上限(ULQ)值处输入报告为低于定量限(BLQ)或高于定量限(ALQ)的数值。在分析中使用浓度水平的对数换算。若分析需要截留，则使用样品中值。
结果
血浆标志物
表7中呈现生物标志物的基线描述统计。
表7：生物标志物值的描述统计（基线）
Figure BDA00002934634300711
表8呈现选定生物标志物与总体存活方面治疗效果的关联的单变量分析。
表8：与总体存活方面的治疗效果的关联（单变量分析）
Figure BDA00002934634300721
在此分析中，对VEGFA使用低VEGFA≤111pg/ml和高VEGFA>111pg/ml。
对VEGFA，按照预先确定的分析计划，截留水平确定为样品数据中值，使得50%的患者具有高表达且50%的患者具有低表达。
此结果表显示具有高VEGFA的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA的患者相比显著更好。因此，VEGFA是贝伐单抗总体存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
表9呈现选定生物标志物与无进展存活方面治疗效果的关联的单变量分析。
表9：与无进展存活方面治疗效果的关联（单变量分析）
Figure BDA00002934634300722
在此分析中，对VEGFA使用低VEGFA≤111pg/ml和高VEGFA>111pg/ml。
对VEGFA，按照预先确定的分析计划，截留水平确定为样品数据中值，使得50%的患者具有高表达且50%的患者具有低表达。
此结果表显示具有高VEGFA的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA的患者相比显著更好。因此，VEGFA是贝伐单抗无进展存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
实施例5：
一项贝伐单抗与化疗组合在转移性胰腺癌中的III期随机化试验
将具有转移性胰腺癌的患者随机分至吉西他滨-厄洛替尼加贝伐单抗（n=306）或安慰剂（n=301）。
自参与一项随机化III期研究的患者收集血浆样品，该研究比较将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法来治疗转移性胰腺癌的结果（BO17706研究，参见Van Cutsem，J.Clin.Oncol.200927：2231-2237）。将具有转移性胰腺癌的患者随机分至吉西他滨-厄洛替尼加贝伐单抗（n=306）或安慰剂（n=301）。给具有转移性胰腺癌的患者随机指派接受吉西他滨（1,000mg/m2/周）、厄洛替尼（100mg/天）和贝伐单抗（5mg/kg每2周）或吉西他滨、厄洛替尼和安慰剂。
一项关于与血管发生和肿瘤发生有关的生物标志物的状态的调查揭示了相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，三种生物标志物的表达水平与改善的治疗参数有关。特别地，相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFA表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法而表现出延长的总体存活和延长的无进展存活。相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFR2表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法而表现出延长的总体存活。相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高PLGF表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法而表现出延长的无进展存活。还有，相对于在整个生物标志物患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFA和VEGFR2组合表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法而表现出延长的总体存活和延长的无进展存活。另外，相对于在整个患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFA和PLGF组合表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法而表现出延长的总体存活和延长的无进展存活。相对于在整个患者群体中测定的对照水平，展现更高VEGFA、VEGFR2和PLGF组合表达水平的患者响应将贝伐单抗添加至吉西他滨-厄洛替尼疗法而表现出延长的总体存活和延长的无进展存活。
患者和免疫化学方法
总共607名患者参与了BO17706研究，而且可得到来自224名参与者的血浆样品进行生物标志物分析。表10中提供生物标志物分析中的224名患者的基线特征。
表10。基线特征：生物标志物群体（n=224）
Figure BDA00002934634300741
VAS：疼痛直观模拟标度尺
KPS：Karnofsky性能得分
血浆分析
在随机化之后且对患者给予任何研究治疗之前收集了血浆样品，并使用上文实施例1中描述的IMPACT测定法测量了VEGFA、血管内皮生长因子受体1（VEGFR1）、VEGFR2、PLGF和E-SELECTIN。
统计分析
使用样品中值将生物标志物值二分为低（低于中值）或高（高于中值）。
用比例危害cox回归分析评估了具有高或低生物标志物水平的患者亚组中治疗效果的危害比。
另外，使用比例危害cox回归评估了生物标志物水平和治疗效果之间的关联。该模型包括下述共变量：试验治疗，生物标志物水平，治疗对生物标志物水平的交互项。使用用于交互项的Wald检验确定了生物标志物水平和治疗效果之间的关联。低于0.05的P值认为是显著的。
结果
血浆标志物
表11中呈现生物标志物的基线描述统计。
表11：生物标志物值的描述统计（基线）
表12呈现选定生物标志物与总体存活方面治疗效果的关联的单变量分析。
表12：与总体存活方面的治疗效果的关联（单变量分析）
Figure BDA00002934634300752
Figure BDA00002934634300761
在此分析中，对VEGFA使用低VEGFA<152.9pg/ml和高VEGFA≥152.9pg/ml，对VEGFR2使用低VEGFR2<9.9ng/ml和高VEGFRA≥9.9ng/ml，而对PLGF使用低PLGF<36.5pg/ml和高PLGF≥36.5pg/ml。
对VEGFA和VEGFR2，按照预先确定的分析计划，截留水平确定为样品数据中值，使得50%的患者具有高表达且50%的患者具有低表达。PLGF截留水平确定为数据的第42百分位。因而，58%的患者具有高PLGF表达且42%具有低表达。确定该截留是为了提高高和低水平亚组中治疗效果之间的统计差异。
此结果表显示具有高VEGFA的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA的患者相比显著更好。此结果表还显示具有高VEGFR2的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFR2的患者相比显著更好。因此，VEGFA和VEGFR2每一项是贝伐单抗总体存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
表13呈现选定生物标志物与无进展存活方面治疗效果的关联的单变量分析。
表13：与无进展存活方面治疗效果的关联（单变量分析）
在此分析中，对VEGFA使用低VEGFA<152.9pg/ml和高VEGFA≥152.9pg/ml，对VEGFR2使用低VEGFR2<9.9ng/ml和高VEGFRA≥9.9ng/ml，而对PLGF使用低PLGF<36.5pg/ml和高PLGF≥36.5pg/ml。对VEGFA和VEGFR2，按照预先确定的分析计划，截留水平确定为样品数据中值，使得50%的患者具有高表达且50%的患者具有低表达。PLGF截留水平确定为数据的第42百分位。因而，58％的患者具有高PLGF表达且42％具有低表达。确定该截留是为了提高高和低水平亚组中治疗效果之间的统计差异。
此结果表显示具有高VEGFA的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA的患者相比显著更好。此结果表还显示具有高PLGF的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低PLGF的患者相比显著更好。因此，VEGFA和PLGF每一项是贝伐单抗无进展存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
表14呈现生物标志物组合与总体存活方面治疗效果的关联的分析。
对此分析，使用了下述方程式：
公式1：norm(VEGFA)+1．3*norm(VEGFR2)。割点=中值或0
等效公式：VEGFA+3．3*VEGFR2。割点=中值或0
和
公式2：0．25*norm(VEGFA)+0．21*norm(PLGF)，割点=中值或0
等效公式：0．19*VEGFA+0．67*PLGF，割点=中值或4．8
其中我们使用1og2变换和
x i &RightArrow; norm ( x i ) = log 2 ( x i ) - median ( log 2 ( x ) ) mad ( log 2 ( x ) )
表14:  与总体存活方面治疗效果的关联(双标志物分析)
HR(95％CI) 交互P值
VEGFA和VEGFR2低 1．317(0．89．1．94) 0．0002
VEGFA和VEGFR2高 0．42(0．28．0．64)
VEGFA和PLGF低 1．101(0．74．1．64) 0．0096
VEGFA和PLGF高 0．546(0．37，0．81)
在此分析中，VEGFA和VEGFR2的高组合表达水平为(公式1≥-0．10)而VEGFA和VEGFR2的低组合表达为(公式1<-0．10)，而且VEGFA和PLGF的高组合表达水平为(公式2≥-0．042)而VEGFA和PLGF的低组合表达为(公式2<-0．042)。
此结果表显示具有高VEGFA和VEGFR2组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和VEGFR2组合的患者相比显著更好。此结果表还显示具有高VEGA和PLGF组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和PLGF组合的患者相比显著更好。因此，VEGFA和VEGFR2组合和VEGFA和PLGF组合中的每一组合是贝伐单抗总体存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
表15呈现生物标志物组合与无进展存活方面治疗效果的关联的分析。
对此分析，使用了下述方程式：
公式1：norm（VEGFA）+1.3*norm（VEGFR2）。割点=中值或0
等效公式：VEGFA+3.3*VEGFR2。割点=中值或0
和
公式2：0.25*norm（VEGFA）+0.21*norm（PLGF），割点=中值或0
等效公式：0.19*VEGFA+0.67*PLGF，割点=中值或4.8
其中我们使用log2变换和
x i &RightArrow; norm ( x i ) = log 2 ( x i ) - median ( log 2 ( x ) ) mad ( log 2 ( x ) )
表15：  与无进展存活方面治疗效果的关联（双标志物分析）
HR（95% CI） 交互P值
VEGFA和VEGFR2低 0.984（0.68,1.43） 0.0040
VEGFA和VEGFR2高 0.411（0.26,0.64）
VEGFA和PLGF低 0.936（0.64,1.37） 0.0011
VEGFA和PLGF高 0.426（0.28,0.64）
在此分析中，VEGFA和VEGFR2的高组合表达水平为（公式1≥-0.10）而VEGFA和VEGFR2的低组合表达为（公式1<-0.10），而且VEGFA和PLGF的高组合表达水平为（公式2≥-0.042）而VEGFA和PLGF的低组合表达为（公式2<-0.042）。
此结果表显示具有高VEGFA和VEGFR2组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和VEGFR2组合的患者相比显著更好。此结果表还显示具有高VEGA和PLGF组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和PLGF组合的患者相比显著更好。因此，VEGFA和VEGFR2组合和VEGFA和PLGF组合中的每一组合是贝伐单抗无进展存活方面治疗效果的独立预测生物标志物。
表16和表17分别呈现生物标志物组合VEGFA、VEGFR2和PLGF与总体存活和无进展存活方面治疗效果的关联的分析。
在此分析中，使用了下述方程式：
公式3：0.0127 * ln（PLGF+1）+0.144 * ln（VEGFR2+1）+0.0949 * ln（VEGFA+1）
其中ln = 以e为底的对数
表16： 与总体存活方面的治疗效果的关联（三标志物分析）
总体存活 HR（95% CI） 交互P值
VEGFA和VEGFR2和PLGF低 1.051（0.71,1.55） 0.0033
VEGFA和VEGFR2和PLGF高 0.554（0.38，0.8）
表17： 与无进展存活方面治疗效果的关联（三标志物分析）
无进展存活 HR（95% CI） 交互P值
VEGFA和VEGFR2和PLGF低 0.974（0.64,1.48） 0.0096
VEGFA和VEGFR2和PLGF高 0.488（0.34,0.71）
在此分析中，对总体存活，VEGFA、VEGFR2和PLGF的高组合表达水平为（公式3≥0.837）而VEGFA、VEGFR2和PLGF的低组合表达为（公式3<0.837），而对无进展存活，VEGFA、VEGFR2和PLGF的高组合表达水平为（公式3≥0.837）而VEGFA、VEGFR2和PLGF的低组合表达为（公式3<0.837）。
此结果表显示具有高VEGFA和VEGFR2和PLGF组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和VEGFR2和PLGF组合的患者相比显著更好。因此，VEGFA和VEGFR2和PLGF组合是贝伐单抗无进展存活方面治疗效果的预测生物标志物。
此结果表还显示对总体存活，具有高VEGFA和VEGFR2和PLGF组合的患者亚群的治疗效果的危害比与具有低VEGFA和VEGFR2和PLGF组合的患者相比显著更好。因此，VEGFA和VEGFR2和PLGF组合是贝伐单抗总体存活治疗效果的预测生物标志物。
实施例6：
其它的血浆样品的VEGFA分析
用实施例1中描述的IMPACT测定法还分析了来自AVF2107g（一项用于评估重组人源化单抗（贝伐单抗）与标准化疗组合在具有转移性结肠直肠癌的受试者中的功效和安全性的III期、多中心、随机化、活性对照临床试验）、AVAiL（一项在具有晚期或复发性非鳞状非小细胞肺癌、未接受在先化疗的患者中贝伐单抗与顺铂和吉西他滨组合较之安慰剂、顺铂和吉西他滨随机化、双盲、多中心III期研究）、和AVOREN（一项评估贝伐单抗与干扰素阿尔法-2a(roferon)组合较之干扰素阿尔法-2a和安慰剂作为一线治疗施用于具有转移性透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma)的肾切除患者的功效和安全性的随机化、双盲、III期研究）的基线样品。
在研究AVF2107g中，380份样品(47%)可供重测试用。新的VEGF-A数据确认了VEGF-A的预后价值，但是没有显示潜在的预测价值。具有转移性结肠直肠癌、具有高水平VEGF-A（通过IMPACT ELISA测量）的患者对PFS（VEGF-A高为0.52较之VEGF-A低为0.64）和OS（VEGF-A高为0.68较之VEGF-A低为0.70）具有相似的危害比。
在852份AVAIL样品(52%)的重测试中看到了相似的预后价值。然而，在7.5-mg/kg组中具有非小细胞肺癌、具有高水平VEGF-A的患者也显示与具有低水平VEGF-A的患者相比相似的危害比（PFS为0.75比0.77，OS为0.89比0.92）。15-mg/kg剂量组，具有高水平VEGF-A的患者（PFS为0.76，OS为0.98）也显示与具有低水平的患者（PFS为0.96，OS为0.97）相比相似的危害比。
同样，在AVOREN试验中，重测试400份基线血浆样品(62%)没有揭示VEGF-A在具有肾细胞癌的患者中的潜在预测价值，尽管看到了该生物标志物的预后价值。具有高水平VEGF-A的患者显示PFS危害比0.67，比较而言，具有低水平VEGF-A的患者PFS危害比为0.49。
表18中呈现来自六项不同Avastin研究的，VEGF-A生物标志物与临床结果的关联。
表18
贝伐单抗研究中VEGF-A生物标志物与临床结果的关联
Figure BDA00002934634300801
Figure BDA00002934634300811
Figure BDA00002934634300821
Bev=贝伐单抗；Chemo=化疗；MBC=转移性乳腺癌；
mCRC=转移性结肠直肠癌；PFS=无进展存活；RCC=肾细胞癌；
VEGF-A=血管内皮生长因子A。
三项研究都确认了血浆VEGF-A的预后价值，正如先前以先前VEGF-A测定法显示的。然而，在别的试验中在三种不同适应症中未能确认潜在预测价值（如在AVADO、AVITA、和AVAGAST中显示的）。应当注意，在AVF2107g、AVAiL、和AVOREN试验中收集的样品的操作与在AVADO、AVAGAST、和AVITA中收集的样品相比有点不同（即柠檬酸盐对EDTA，12%-16%的样品中更多冻融循环、更长的保存时间）。正如下文实施例7中证明的，将血浆收集入柠檬酸盐或EDTA中会影响VEGF-A测定法的灵敏度。下文表19中显示了样品间的确切差异。
表19：样品保存条件
Figure BDA00002934634300822
因此，这三项研究中预测价值的缺乏并不否定VEGF-A可能作为MBC中预测标志物的可能性。它也不能排除该发现是适应症特异性的。两种测定法之间的差异揭示了第二代测定法对较短VEGF同等型（VEGF110和VEGF121）的灵敏度差异。不限于理论，不同适应症中不同同等型可能有不同生物学效应和丰度。例如，VEGF121在经转染异种移植物模型中显示出比其它通常表达的165和189同等型更强地诱导肿瘤发生(Zhang,H.T.et al.,Brit.J.Cancer83(2000)63-68)。血管内皮生长因子的121个氨基酸的同等型在体内在肿瘤发生方面比其它剪接变体更强(Zhang,H.T.et al.,Brit.J.Cancer83(2000)63-68)。鉴于121同等型显示为原发性人乳腺癌中的优势同等型的事实，这是特别有意义的(Relf,M.et al.,Cancer Res.57(1997)963-969)。
总之，IMPACT测定法显示了血浆VEGF-A在测试适应症间的一致预后价值。另外，此测试在AVADO、AVITA、和AVAGAST中产生一致的结果，证明贝伐单抗在这些适应症中的预测价值，虽然重测试AVF2107g、AVAiL、和AVOREN试验中的血浆样品没有显示此类关联，提示血浆VEGF-A表达在这三种其它适应症中没有潜在预测价值。然而，应当注意。样品的差异可能影响结果中的这些差异；下文实施例7中证明了一种这样的差异。不限于理论，鉴于IMPACT测定法偏好较短同等型VEGF110和VEGF121，不同适应症中不同同等型可能也有不同生物学效应和丰度。
实施例7：
在柠檬酸钠盐和EDTA中收集的血浆中短VEGF同等型的检测
在EDTA Monovette(5mL)和柠檬酸盐Monovette收集管(5mL)二者中收集来自具有HER2+局部复发性或转移性乳腺癌的患者的成对血浆样品。在血液收集30分钟内，将血液管放置入离心机中并于室温1500g旋转10分钟，直至细胞和血浆分开。离心后立即将血浆小心转移入丙烯转移管中，然后使用移液器平均地等分入2个保存管中（每个一半体积，大约1.25mL）。使用上文所述IMPACT测定法测量样品中的VEGF-A水平。如图21所示，在EDTA中收集和保存的血浆样品的VEGFA浓度比在柠檬酸盐中收集和保存的血浆样品要高约40%，其中对于在处理前收集的基线样品，EDTA-柠檬酸盐方法比较的Spearman相关性为约0.8。
虽然为了清楚理解的目的已经经由例示和实施例较为详细地描述了前述发明，但是说明书和实施例不应解释为限制本发明的范围。通过述及明确完整收录本文中引用的所有专利、专利申请、科学参考文献、和Genbank登录号的公开内容用于所有目的，就像通过述及具体和个别收录每一篇专利、专利申请、科学参考文献、和Genbank登录号。
Figure IDA00002934634800011
Figure IDA00002934634800031
Figure IDA00002934634800041
Figure IDA00002934634800051
Figure IDA00002934634800061
Figure IDA00002934634800071

Claims (33)

1.一种鉴定会受益于包含VEGF拮抗剂的抗癌疗法治疗的患者的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者会受益于该抗癌疗法的治疗。
2.一种预测患有癌症的患者对包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法治疗的响应性的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者更有可能响应该抗癌疗法的治疗。
3.一种用于确定有癌症的患者会展现出受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的可能性的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。
4.一种优化包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗功效的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中VEGF121的表达水平，其中自患者获得的样品中的VEGF121水平处于或高于参照水平指示该患者具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。
5.一种用于治疗患者中的癌症的方法，该方法包括：确定自患者获得的样品具有处于或高于参照样品中VEGF121水平的VEGF121水平，并对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法，由此该癌症得到治疗。
6.权利要求1至5任一项的方法，其中所述癌症选自下组：结肠直肠癌，成胶质细胞瘤，肾癌，卵巢癌，乳腺癌，胰腺癌，胃癌，和肺癌。
7.权利要求1至5任一项的方法，其中所述自患者获得的样品选自下组：全血，血浆，血清，及其组合。
8.权利要求1至5任一项的方法，其中所述VEGF121水平是蛋白质水平。
9.权利要求8的方法，其中所述蛋白质水平是通过测量血浆蛋白质水平而测定的。
10.权利要求9的方法，其中自患者获得的样品中VEGF121的血浆水平处于或高于参照样品中的VEGF121水平指示该患者会受益于该抗癌疗法、更有可能响应该抗癌疗法、或具有升高的受益于该抗癌疗法的可能性。
11.权利要求1至4任一项的方法，进一步包括对所述患者施用有效量的包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法。
12.权利要求11的方法，其中所述VEGF-A拮抗剂是抗体。
13.权利要求12的方法，其中所述抗体是贝伐单抗。
14.权利要求11的方法，进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。
15.权利要求14的方法，其中所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。
16.权利要求14的方法，其中所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。
17.权利要求14的方法，进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。
18.权利要求17的方法，其中所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。
19.权利要求17的方法，其中所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。
20.权利要求5的方法，其中所述VEGF-A拮抗剂是抗体。
21.权利要求20的方法，其中所述抗体是贝伐单抗。
22.权利要求5的方法，其中所述抗癌疗法进一步包括施用有效量的选自下组的第二抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。
23.权利要求19的方法，其中所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。
24.权利要求19的方法，其中所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。
25.权利要求19的方法，其中所述抗癌疗法进一步包括施用有效量的选自下组的第三抗癌疗法：细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，和抗血管发生剂，及其组合。
26.权利要求25的方法，其中所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂并行施用。
27.权利要求25的方法，其中所述第三抗癌疗法、所述第二抗癌疗法和所述VEGF-A拮抗剂序贯施用。
28.一种用于确定患者是否会受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗的试剂盒，该试剂盒包括：能够特异性结合VEGF121的化合物套组，和使用所述化合物来测定至少一种生物标志物的水平以预测患者对包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗的响应性的说明，其中VEGF121水平处于或高于参照样品中的VEGF121水平指示该患者会受益于包含VEGF-A拮抗剂的抗癌疗法的治疗。
29.权利要求28的试剂盒，其中所述化合物是蛋白质。
30.权利要求29的试剂盒，其中所述蛋白质是抗体。
31.一种用于检测VEGF121的水平的化合物套组，该套组包括能够特异性结合VEGF121的至少一种化合物。
32.权利要求31的化合物套组，其中所述化合物是蛋白质。
33.权利要求32的化合物套组，其中所述蛋白质是抗体。
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