CN102239260A - 通过抑制针对载脂蛋白-a1的天然反义转录物治疗载脂蛋白-a1相关疾病 - Google Patents

Abstract

寡核苷酸化合物调节载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸及其编码产物的表达和/或功能。用于治疗与载脂蛋白-A1（ApoA1）相关的疾病的方法包括给患者施用设计为抑制Apo-A1天然反义转录物的一种或多种寡核苷酸化合物。

Description

通过抑制针对载脂蛋白-A1的天然反义转录物治疗载脂蛋白-A1相关疾病

与相关申请的交叉参考

本申请要求于2008年10月3日提交的美国临时专利申请号61/102,681、于2009年2月12日提交的美国临时专利申请号61/152,236和于2009年5月7日提交的美国临时专利申请号61/176,267的优先权，其各自整体引入本文作为参考。

发明领域

本发明的实施方案包括调节载脂蛋白和相关分子的表达和/或功能的寡核苷酸。

发明背景

DNA-RNA和RNA-RNA杂交对于核酸功能的许多方面是重要的，包括DNA复制、转录和翻译。杂交对于检测特定核酸或改变其表达的各种技术也是关键的。反义核苷酸例如通过与靶RNA杂交破坏基因表达，从而干扰RNA剪接、转录、翻译和复制。反义DNA具有DNA-RNA杂交物充当用于通过核糖核酸酶H消化的底物的附加特征，其是在大多数细胞类型中存在的活性。反义分子可以递送到细胞内，如对于寡聚脱氧核苷酸（ODNs）的情况，或它们可以由内源基因表达为RNA分子。FDA近期批准了反义药物VITRAVENE?（用于治疗巨细胞病毒视网膜炎），反映反义物具有治疗效用。

概述

提供这个概述以呈现本发明的概述，以简要指出本发明的性质和主旨。它提出将不用于解释或限制权利要求范围或含义的理解。

在一个实施方案中，本发明提供了用于抑制天然反义转录物的作用的方法，通过使用靶向天然反义转录物的任何区域的一种或多种反义寡核苷酸，导致相应正义基因的上调。本文还考虑天然反义转录物的抑制可以通过siRNA、核酶和小分子来达到，这被视为在本发明的范围内。

一个实施方案提供了在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（apolipoprotein，ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，其中所述寡核苷酸与多核苷酸的反向互补体具有至少50％序列同一性，所述多核苷酸包括在SEQ ID NO：2的核苷酸1-932内的5 - 30个连续核苷酸（图8）；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸靶向ApoA1多核苷酸的天然反义序列，例如如SEQ ID NO：2中所示的多核苷酸，以及关于其的任何变体、等位基因、同系物、突变体、衍生物、片段和互补序列。反义寡核苷酸的例子如SEQ ID NO：81-173中所示。

另一个实施方案提供了在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，其中所述寡核苷酸与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义的反向互补体具有至少50％序列同一性；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

另一个实施方案提供了在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，其中所述寡核苷酸与针对载脂蛋白（ApoA1）反义多核苷酸的反义寡核苷酸具有至少50％序列同一性；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

在一个优选实施方案中，组合物包括与正义和/或反义载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸结合的一种或多种反义寡核苷酸。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸包括一个或多个修饰的或取代的核苷酸。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸包括一个或多个修饰的键。

在另外一个实施方案中，修饰的核苷酸包括包含硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、肽核酸或锁核酸（LNA）分子的修饰的碱基。优选地，修饰的核苷酸是锁核酸分子，包括α-L-LNA。

在另一个优选实施方案中，将寡核苷酸皮下、肌内、静脉内或腹膜内施用于患者。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸在药物组合物中施用。治疗方案包括给患者施用至少一次反义化合物，然而，这种治疗可以修改为包括经过一段时间的多个剂量。治疗可以与一种或多种其他类型的疗法组合。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸封装在脂质体中。

其他方面在下文描述。

附图简述

图1是实时PCR结果的图表，显示在用针对ApoA1反义DA327409ext的一些反义寡核苷酸处理后，在HepG2细胞中的ApoA1 mRNA水平显著增加。条RH3-RH597与用SEQ ID NO:81-158处理的样品对应。

图2是实时PCR结果的图表，显示与对照比较，在用裸露LNA或硫代磷酸酯寡核苷酸处理HepG2细胞经过7天后，在ApoA1 mRNA（上图）和ApoA1天然反义DA327409ext RNA（下图）中的倍数变化。指示为#6LNA、#11LNA、#6PS和#11PS的条分别代表SEQ ID NO:159、160、161、162。

图3是实时PCR结果的图表，显示在用LNA寡核苷酸处理HepG2细胞后，在ApoA1 mRNA（橙色条）和ApoA1天然反义DA327409ext RNA（蓝色条）中的倍数变化。指示为6-11的条对应于SEQ ID NO 159、167-170、160。

图4显示在用寡核苷酸处理HepG2细胞后，在ApoA1 mRNA（下图）和蛋白质（上图）中的剂量依赖性增加。指示CUR-4806和CUR-4811的条分别对应于SEQ ID NO 159和160。

图5是实时PCR结果的图表，显示在用针对天然ApoA1反义DA327409ext的寡核苷酸处理后，在原代非洲绿猴肝细胞中ApoA1 mRNA的上调。指示CUR-4816和CUR-4811的条分别对应于SEQ ID NO 173和160。

图6是显示如分别通过实时PCR和ELISA测定的，与基线水平比较，在用CUR-962（针对ApoA1反义DA327409ext设计的寡核苷酸）处理后，在猴肝脏活组织检查中增加的ApoA1 mRNA和蛋白质水平的图表（右图）。在用在体外显示对ApoA1水平没有作用的寡核苷酸（CUR-963）给药的对照组中相同时间段后，ApoA1 mRNA或蛋白质水平不改变（左图）。指示CUR-962和CUR-963的条分别对应于SEQ ID NO:170和171。

图7显示来自2006年3月UCSC基因组组装的SEQ ID NO 1，ApoA1 mRNA和SEQ ID NO 1a，ApoA1基因组序列（http://genome.ucsc.edu/index.html?org=Human&db=hg18&hgsid=144980821，外显子以大写字母显示，内含子以小写字母显示）。

图8显示SEQ ID NO：2。

图9A-D显示SEQ ID NO：3-158。

图10显示SEQ ID NO：159-173。*指出硫代磷酸酯键，+指出LNA修饰。

图11显示人和恒河猴ApoA1天然反义序列的并排比对以及用于靶向这些序列的一些寡核苷酸的位置。

发明详述

下文就用于举例说明的示例应用而言描述了本发明的几个方面。应当理解阐述了众多具体细节、关系和方法，以提供本发明的全面了解。然而，相关领域普通技术人员将容易认识到本发明可以无需一个或多个具体细节或用其他方法进行实践。本发明不受举例说明的动作或事件排序限制，因为一些动作可以以不同次序和/或与其他动作或事件同时发生。此外，并非需要所有举例说明的动作或事件来实现依照本发明的方法。

本文公开的所有基因、基因名称和基因产物预期对应于来自任何物种的同系物，本文公开的组合物和方法可应用于所述任何物种。因此，该术语包括但不限于来自人和小鼠的基因和基因产物。应当理解当公开了来自特定物种的基因或基因产物时，这个公开内容预期仅是示例性的，并且不解释为限制，除非它在其中出现的上下文明确指出。因此，例如，对于本文公开的基因，这在一些实施方案中涉及哺乳动物核酸和氨基酸序列，预期包括来自其他动物同源和/或直向同源基因和基因产物，包括但不限于其他哺乳动物、鱼类、两栖类、爬行类和鸟类。在优选实施方案中，基因或核酸序列是人的。

定义

本文使用的术语仅用于描述具体实施方案的目的，并且不预期限制本发明。如本文使用的，单数形式“a”、“an”和“the”也预期包括复数形式，除非上下文另有明确说明。此外，就术语“包括”、“具有”、“含有”或其变化用于详述和/或权利要求来说，此类术语预期以类似于术语“包含”的方式是包括在内的。

术语“约”或“大约”意指如通过本领域普通技术人员确定的，在关于具体值的可接受误差范围内，这将部分依赖于值如何进行测量或测定，即测量系统的局限性。例如，“约”可以意指根据本领域的实践在1或超过1个标准差内。可替代地，“约”可以意指直到给定值20％、优选直到10％、更优选直到5％且更优选直到1％的范围。可替代地，特别就生物系统或过程而言，该术语可以意指在值的一个数量级内，优选在5倍内，且更优选在2倍内。当具体值在申请和权利要求中描述时，除非另有说明，否则应假定术语“约”意指在关于具体值的可接受误差范围内。

如本文使用的，术语“mRNA”意指目前已知的靶基因的一种或多种mRNA转录物，以及可以阐明的任何进一步转录物。

“反义寡核苷酸”或“反义化合物”意指与另一种RNA或DNA（靶RNA、DNA）结合的RNA或DNA分子。例如，如果它是RNA寡核苷酸，那么它借助于RNA-RNA相互作用与另一种RNA靶结合，并且改变靶RNA的活性（Eguchi等人，1991 Ann. Rev. Biochem. 60，631-652）。反义寡核苷酸可以上调或下调特定多核苷酸的表达和/或功能。该定义意欲包括从治疗、诊断或其他观点看来有用的任何外来RNA或DNA分子。此类分子包括例如反义RNA或DNA分子、干扰RNA（RNAi）、微小RNA、诱饵RNA分子、siRNA、酶促RNA、治疗编辑RNA和激动剂和拮抗剂RNA、反义寡聚化合物、反义寡核苷酸、外部指导序列（EGS）寡核苷酸、可变剪接物、引物、探针和与靶核酸的至少部分杂交的其他寡聚化合物。像这样，这些化合物可以以单链、双链、部分单链或环状寡聚化合物的形式引入。

在本发明的背景中，术语“寡核苷酸”指核糖核酸（RNA）或脱氧核糖核酸（DNA）或其模拟物的寡聚物或聚合物。术语“寡核苷酸”还包括天然和/或修饰单体或键合的线性或环状寡聚物，包括脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、其置换和α-异头物形式、肽核酸（PNA）、锁核酸（LNA）、硫代磷酸酯、甲基膦酸酯等。寡核苷酸能够通过单体间相互作用的规律模式与靶多核苷酸特异性结合，例如沃森-克里克（Watson-Crick）型碱基配对、Ho?gsteen或反向Ho?gsteen型碱基配对等。

寡核苷酸可以是“嵌合的”，即由不同区域组成。在本发明的背景中，“嵌合”化合物是寡核苷酸，其包含2个或更多个化学区域，例如一个或多个DNA区域、一个或多个RNA区域、一个或多个PNA区域等。每个化学区域由至少一个单体单位构成，即在寡核苷酸化合物的情况下核苷酸。这些寡核苷酸一般包括其中寡核苷酸进行修饰的至少一个区域，以便显示出一种或多种所需性质。寡核苷酸的所需性质包括但不限于例如对核酸酶降解的抗性增加、细胞摄取增加、和/或对于靶核酸的结合亲和力增加。寡核苷酸的不同区域因此可以具有不同性质。本发明的嵌合寡核苷酸可以作为2种或更多种如上所述的寡核苷酸、修饰寡核苷酸、寡核苷和/或寡核苷酸类似物的混合结构形成。

寡核苷酸可以由可以以“记录器（register）”连接的区域组成，即当单体连续连接时，如在天然DNA中，或经由间隔物连接。间隔物预期构成区域之间的共价“桥”，并且在优选情况下具有不超过约100个碳原子的长度。间隔物可以携带不同功能性，例如具有正或负电荷，携带特定核酸结合性质（插入剂、槽沟结合剂、毒素、荧光团，是亲脂的，诱导特定二级结构如例如诱导α-螺旋的含丙氨酸肽。

如本文使用的，“载脂蛋白”和“载脂蛋白A”包括所有家族成员、突变体、等位基因、片段、种类、编码和非编码序列、正义和反义多核苷酸链等在内。

如本文使用的，术语“对……具有特异性的寡核苷酸”或“寡核苷酸靶”指具有下述序列的寡核苷酸：（i）能够与靶基因的部分形成稳定复合物，或（ii）能够与靶基因的mRNA转录物的部分形成稳定双链体。复合物和双链体的稳定性可以通过理论计算和/或体外测定进行测定。用于测定杂交复合物和双链体的稳定性的示例性测定在下文实施例中描述。

如本文使用的，术语“靶核酸”包含DNA、由此类DNA转录的RNA（包括mRNA前体和mRNA）、以及衍生自此类RNA的cDNA、编码、非编码序列、正义或反义多核苷酸。寡聚化合物与其靶核酸的特异性杂交干扰核酸的正常功能。通过与之特异性杂交的化合物的这种靶核酸功能调节，一般被称为“反义”。待干扰的DNA功能包括例如复制和转录。待干扰的RNA功能包括所有重大功能例如RNA易位至蛋白质翻译位点、由RNA翻译蛋白质、RNA剪接以获得一种或多种mRNA种类、和可以与RNA衔接或由RNA促进的催化活性。此类靶核酸功能干扰的总体效应是调节编码产物或寡核苷酸的表达。

RNA干扰“RNAi”通过双链RNA（dsRNA）分子介导，其与其“靶”核酸序列具有序列特异性同源性（Caplen，N. J.,等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:9742-9747（2001））。在本发明的特定实施方案中，调节物是5-25核苷酸“小干扰”RNA双链体（siRNAs）。siRNAs衍生自通过称为Dicer的RNA酶的dsRNA加工（Bernstein，E.,等人，Nature 409:363-366（2001））。将siRNA双链体产物召募到命名为RISC（RNA诱导的沉默复合体）的多蛋白质siRNA复合体内。不希望受任何具体理论束缚，RISC随后被认为导向靶核酸（适当地mRNA），当siRNA双链体以序列特异性方式相互作用，以催化形式介导切割（Bernstein，E.,等人，Nature 409:363-366（2001）；Boutla，A.,等人，Curr. Biol. 11:1776-1780（2001））。可以根据本领域众所周知和普通技术人员熟悉的操作合成且使用可以依照本发明使用的小干扰RNAs。用于在本发明的方法中使用的小干扰RNAs适当地包括约1 – 约50个核苷酸（nt）。在非限制性实施方案的例子中，siRNAs可以包括约5 - 约40 nt、约5 - 约30 nt、约10 - 约30 nt、约15 - 约25 nt、或约20-25个核苷酸。

合适寡核苷酸的选择通过使用计算机程序得到促进，所述计算机程序自动比对核酸序列且指出同一性或同源性区域。此类程序用于比较获得的核酸序列，例如通过搜索数据库例如GenBank或通过测序PCR产物。来自一系列物种的核酸序列的比较允许选择展示物种之间的合适同一性程度的核酸序列。在未测序的基因的情况下，执行DNA印迹以允许测定靶物种和其他物种中在基因之间的同一性程度。通过在各种严格程度下执行DNA印迹，如本领域众所周知的，可以获得同一性的近似测量。这些操作允许选择这样的寡核苷酸，其显示出与待控制受试者中的靶核酸序列的高度互补性和其他物种中的相应核酸序列的较低程度互补性。技术人员将认识到在选择用于在本发明中使用的基因的合适区域中存在相当大的活动余地。

“酶促RNA”意指具有酶促活性的RNA分子（Cech，1988 J. American. Med. Assoc. 260，3030-3035）。酶促核酸（核酶）通过首先与靶RNA结合起作用。此类结合通过酶促核酸的靶结合部分发生，所述酶促核酸与分子的酶促部分保持紧密接近，所述分子作用于切割靶RNA。因此，酶促核酸首先识别且随后通过碱基配对结合靶RNA，并且一旦与正确位点结合，就酶促作用以切割靶RNA。

“诱饵RNA”意指模拟关于配体的天然结合结构域的RNA分子。诱饵RNA因此与天然结合靶竞争结合特异性配体。例如，已显示HIV反式激活应答（TAR）RNA的超表达可以充当“诱饵”并且有效结合HIV tat蛋白质，从而阻止其与HIV RNA中编码的TAR序列结合（Sullenger等人，1990，Cell，63，601-608）。这意欲是特定例子。技术人员将认识到这仅是一个例子，并且其他实施方案可以使用本领域一般已知的技术容易地生成。

如本文使用的，术语“单体”一般指示通过磷酸二酯键或其类似物连接的单体，以形成大小范围从几个单体单位例如约3-4个到约数百个单体单位的寡核苷酸。磷酸二酯键的类似物包括：硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、甲基磷酸酯、硒代磷酸酯、氨基磷酸酯等，如下文更全面描述的。

在本文背景中，术语“核碱基”和“核苷酸”或“核苷”在本文中可互换使用，并且该术语涵盖天然存在的核碱基以及非天然存在的核碱基。对于本领域技术人员应明确的是先前已视为“非天然存在的”各种核碱基已随后在自然界中发现。因此，“核碱基”不仅包括已知嘌呤和嘧啶杂环，还包括其杂环类似物和互变异构体。核碱基的举例说明性例子是腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、尿嘧啶、嘌呤、黄嘌呤、二氨基嘌呤、8-氧代-N⁶-甲基腺嘌呤、7-脱氮杂黄嘌呤、7-脱氮杂鸟嘌呤、N⁴,N⁴-乙醇胞嘧啶（ethanocytosin）、N⁶,N⁶-乙醇-2,6-二氨基嘌呤、5-甲基胞嘧啶、5-（C³-C⁶）-炔基胞嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、假异胞嘧啶、2-羟基-5-甲基-4-三唑吡啶、异胞嘧啶、异鸟嘌呤、肌苷和Benner等人，美国专利号5,432,272 中描述的“非天然存在的”核碱基。术语“核碱基”预期涵盖这些例子以及其类似物和互变异构体中的每一个和全部。特别有利的核碱基是腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和尿嘧啶，这被视为与在人中的治疗和诊断应用有关的天然存在的核碱基。核苷包括天然核苷，包括2'-脱氧和2'-羟基形式，例如如Kornberg和Baker，DNA Replication，第二版（Freeman，San Francisco，1992）中所述。

提及核苷的“类似物”包括具有修饰的碱基部分和/或修饰的糖部分的合成核苷，例如由下述一般描述的：Scheit，Nucleotide Analogs，John Wiley，New York，1980；Freier和Altmann，Nucl. Acid. Res.，1997，25（22），4429-4443，Toulmé，J.J.，Nature Biotechnology 19:17-18（2001）；Manoharan M.，Biochemica et Biophysica Acta 1489:117-139（1999）；Freier S. M.，Nucleic Acid Research，25:4429-4443（1997），Uhlman，E.，Drug Discovery & Development，3：203-213（2000），Herdewin P.，Antisense & Nucleic Acid Drug Dev.，10:297-310（2000）,）；2'-O，3`-C-连接的[3.2.0]二环阿糖核苷（参见例如，N.K Christiensen.，等人，J. Am. Chem. Soc.，120：5458-5463（1998）。此类类似物包括设计为增强结合性质的合成核苷，所述结合性质例如双链体或三链体稳定性、特异性等。

如本文使用的，“杂交”意指寡聚化合物的基本上互补链的配对。一种配对机制涉及在寡聚化合物链的互补核苷或核苷酸碱基（核碱基）之间的氢键合，这可以是沃森-克里克、Ho?gsteen或反向Ho?gsteen氢键合。例如，腺嘌呤和胸腺嘧啶是通过形成氢键而配对的互补核碱基。杂交可以在各种情况下发生。

反义化合物是“可特异性杂交的”，当化合物与靶核酸的结合干扰靶核酸的正常功能以引起功能和/或活性调节时，并且存在足够程度的互补性，以避免在其中需要特异性结合的条件下反义化合物与非靶核酸序列的非特异性结合，即在体内测定或治疗性处理情况下在生理条件下，和其中在体外测定情况下执行测定的条件下。

如本文使用的，短语“严格杂交条件”或“严格条件”指在其下本发明的化合物将与其靶序列杂交但与最低限度数目的其他序列杂交的条件。严格条件是序列依赖性的，并且在不同情况中和在本发明的背景中将是不同的，在其下寡聚化合物与靶序列杂交的“严格条件”由寡聚化合物的性质和组成以及它们待在其中研究的测定决定。一般而言，严格杂交条件包括具有无机阳离子例如Na⁺⁺或K⁺⁺（即低离子强度）的低浓度（<0.15M）的盐，高于20℃ - 25℃的温度，低于寡聚化合物:靶序列复合物的Tm，和变性剂例如甲酰胺、二甲基甲酰胺、二甲基亚砜或去污剂十二烷基硫酸钠（SDS）的存在。例如，杂交速率对于每1％甲酰胺下降1.1％。高严格杂交条件的例子是在60℃下0.1X氯化钠-柠檬酸钠缓冲液（SSC）/0.1％（w/v）SDS共30分钟。

如本文使用的，“互补性”指关于在一条或两条寡聚链上的2个核碱基之间精确配对的能力。例如，如果在反义化合物的特定位置上的核碱基能够与在靶核酸的特定位置上的核碱基氢键合，所述靶核酸是DNA、RNA或寡核苷酸分子，那么在寡核苷酸和靶核酸之间氢键合的位置被视为互补位置。当每种分子中足够数目的互补位置由可以彼此氢键合的核碱基占据时，寡聚化合物和进一步地DNA、RNA或寡核苷酸分子彼此互补。因此，“可特异性杂交的”和“互补的”是用于指出在足够数目的核碱基上足够程度的精确配对或互补性的术语，从而使得稳定和特异性结合在寡聚化合物和靶核酸之间发生。

本领域应当理解寡聚化合物的序列无需与其靶核酸100％互补以是可特异性杂交的。此外，寡核苷酸可以在一个或多个区段上杂交，从而使得插入或邻近区段不涉及杂交事件（例如，环结构、错配或发夹结构）。本发明的寡聚化合物包括与在它们靶向其的靶核酸序列内的靶区域至少约70％、或至少约75％、或至少约80％、或至少约85％、或至少约90％、或至少约95％、或至少约99％的序列互补性。例如，其中反义化合物的20个核苷酸中的18个与靶区域互补且因此将特异性杂交的反义化合物，将代表90％互补性。在这个例子中，其余非互补核苷酸可以聚簇或由互补核苷酸间断，并且与彼此或互补核苷酸无需是邻接的。像这样，具有4（四）个非互补核苷酸的长度18个核苷酸的反义化合物将与靶核酸具有77.8％总体互补性，并且因此将属于本发明的范围内，所述非互补核苷酸侧面为与靶核酸完全互补性的2个区域。使用本领域已知的BLAST程序（碱基局部比对搜索工具）和PowerBLAST程序（Altschul等人，J. Mol. Biol.，1990，215，403-410；Zhang和Madden，Genome Res.，1997，7，649-656），可以照常规测定反义化合物与靶核酸区域的互补性百分比。同源性百分比、序列同一性或互补性可以通过例如Gap程序（Wisconsin Sequence Analysis Package，Version 8 for Unix，Genetics Computer Group，University Research Park，Madison Wis.）使用缺省设置进行测定，所述Gap程序使用Smith和Waterman的算法（Adv. Appl. Math.，1981，2，482-489）。

如本文使用的，术语“热解链温度（Tm）”指在限定离子强度、pH和核酸浓度下的温度，在其下与靶序列互补的50％寡核苷酸在平衡状态中与靶序列杂交。因为靶序列一般以过量存在，所以在Tm下，50％的寡核苷酸在平衡状态中占据。一般地，严格条件将是对于短寡核苷酸（例如，10 – 50个核苷酸），其中盐浓度是在pH 7.0 - 8.3下至少约0.01 - 1.0 M Na离子浓度（或其他盐）并且温度是至少约30℃的那些。严格条件还可以用添加去稳定剂例如甲酰胺来达到。

如本文使用的，“调节”意指基因表达中的增加（刺激）或减少（抑制）。

当在多核苷酸序列的背景中使用时，术语“变体”可以包含与野生型基因有关的多核苷酸序列。这个定义还可以包括例如“等位基因”、“剪接”、“物种”或“多态性”变体。剪接变体可以与参考分子具有显著同一性，但由于在mRNA加工过程中外显子的可变剪接，一般将具有更多或更少数目的多核苷酸。相应多肽可以具有另外功能结构域或结构域的不存在。物种变体是从一个物种到另一个不同的多核苷酸序列。在本发明中具有特别效用的是野生型基因产物的变体。变体可以起因于核酸序列中的至少一个突变，且可能导致改变mRNAs或其结构或功能可能改变或不改变的多肽。任何给定天然或重组基因可以具有无一、一个或许多个等位基因形式。引起变体的常规突变改变一般归于核苷酸的天然缺失、添加或置换。这些类型改变各自可以单独或与其他组合在给定序列中发生一次或多次。

所得到的多肽一般将具有相对于彼此显著的氨基酸同一性。多态性变体是在给定物种的个体之间特定基因的多核苷酸序列中的变异。多态性变体还可以包含“单核苷酸多态性”（SNPs）或其中多核苷酸序列通过一个碱基改变的单碱基突变。SNPs的存在可以指示例如对于疾病状态具有倾向的特定群体，即易感性与抗性比较。

衍生多核苷酸包括实施化学修饰的核酸，例如通过烷基、芳基或氨基基团替换氢。衍生物例如衍生寡核苷酸可以包括非天然存在的部分，例如改变的糖部分或糖间键合。在这些中示例性的是硫代磷酸酯和本领域已知的其他含硫种类。衍生核酸还可以包含标记，包括核糖核苷酸、酶、荧光剂、化学发光剂、显色剂、底物、辅因子、抑制剂、磁性颗粒等。

“衍生”多肽或肽是例如通过糖基化、聚乙二醇化、磷酸化、硫酸化、还原/烷基化、酰化、化学偶联或弱福尔马林处理修饰的那种。衍生物还可以直接或间接进行修饰，以包含可检测标记，包括但不限于放射性同位素、荧光和酶标记。

如本文使用的，术语“动物”或“患者”意欲包括例如人、绵羊、麋鹿、鹿、黑尾鹿、貂、哺乳动物、猴、马、牛、猪、山羊、犬、猫、大鼠、小鼠、鸟类、鸡、爬行类、鱼类、昆虫和蛛形类。

“哺乳动物”涵盖一般在医疗护理下的温血动物（例如人和驯养动物）。例子包括猫、犬、马、牛和人，以及仅仅人。

“治疗”或“处理”涵盖哺乳动物中疾病状态的治疗，并且包括：（a）预防哺乳动物中的疾病状态发生，特别是当此类哺乳动物有疾病状态倾向但仍未被诊断为具有其时；（b）抑制疾病状态，例如阻止其发展；和/或（c）缓解疾病状态，例如促使疾病状态消退直到达到所需终末点。治疗还包括疾病症状的改善（例如减轻疼痛或不适），其中此类改善可以直接或不直接影响疾病（例如，引起、传染、表达等）。

多核苷酸和寡核苷酸组合物和分子

高密度脂蛋白（HDL）挑选出血液中的额外胆固醇且使其返回到肝脏。低密度脂蛋白（或LDL）是体内胆固醇的主要转运蛋白。但经过多年太多的LDL可以导致动脉粥样硬化（动脉变窄和硬化），且导致心脏病或心脏病发作。比值通过LDL胆固醇除HDL胆固醇决定。例如，如果个人具有50 mg/dL的HDL胆固醇和150 mg/dL的LDL胆固醇，那么HDL/LDL比值将是0.33。目的是使HDL/LDL比值维持超过0.3，其中理想HDL/LDL比值是超过0.4。

靶：在一个实施方案中，靶包括载脂蛋白（ApoA1）的核酸序列，包括但不限于与ApoA相关的正义和/或反义非编码和/或编码序列。人载脂蛋白A-I（ApoA-I）是高密度脂蛋白（HDL）和淋巴乳糜微粒的主要蛋白质组成成分。在人血浆中，已命名了4种主要循环脂蛋白：乳糜微粒（CM）、极低密度脂蛋白（VLDL）、低密度脂蛋白（LDL）、和高密度脂蛋白（HDL）。HDL涉及通过将其转运至肝脏或其他脂蛋白从外周组织中去除胆固醇。

HDL在肝脏和小肠中作为富含蛋白质的盘形颗粒从头合成。HDL的主要脱辅基蛋白是apoA-I、apoA-II、apoC-I、apoC-II和apoE。新近发现的HDL包含极少胆固醇和胆固醇酯。通过胆固醇酯在脂蛋白颗粒中性核心中的累积，HDL由其最初盘状形状转变成球状脂蛋白颗粒。胆固醇通过HDL由乳糜颗粒残留部分VLDL残留部分（也称为中间密度脂蛋白或IDL）和直接由细胞表面膜累积。胆固醇通过HDL相关酶卵磷脂:胆固醇酰基转移酶（"LCAT"）的作用得到酯化。对于将脂肪酸从卵磷脂（磷脂酰胆碱）转移到胆固醇的C-3-OH基团的LCAT，需要与在HDL表面上发现的ApoA-I的相互作用。核心胆固醇酯的累积将新生HDL转变为HDL₂和HDL₃。参见R. I. Levy等人，"The structure，function and metabolism of high-density lipoproteins：A status report," Circulation，第62卷，第IV4-8页（1980）；和D. I. Silverman等人，"High-density lipoprotein subfractions," Am. J. Med.，第94卷，第636-45页（1993）。

HDL通常通过超速离心从血浆中分离。正常HDL密度范围是1.063 g/mL - 1.21 g/mL，这大致分成2个范围HDL₂（1.063 g/mL - 1.125 g/mL）和HDL3（1.125 g/mL - 1.21 g/mL）。最近，通过双向电泳随后为免疫印迹和酶联差异抗体免疫吸附测定，已鉴定了HDL中的2个主要颗粒群体。这些群体之一包含具有单独的apoA-I的颗粒，并且另一种包含具有apoA-I和apoA-II的颗粒。apoA-I颗粒的相对比例在HDL₂部分中最高，而HDL₃更多是apoA-I和apoA-II的组合。参见J. C. Fruchart等人，"Apolipoprotein A-containing lipoprotein particles：physiological role，quantification，and clinical significance," Clin. Chem.，第38卷，第793-7页（1992）；和B. F. Asztalos等人，"Normolipidemic subjects with low HDL cholesterol levels have altered HDL subpopulations," Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol.，第17卷，第1885-1893页（1997）。

人载脂蛋白A-I（ApoA-I）是HDL和淋巴乳糜微粒的主要蛋白质组成成分。ApoA-I主要在肝脏和小肠中作为前体蛋白（preproapo A-I）合成。Preproapo A-I在细胞内切割，以形成proapo A-I，分泌到血浆和淋巴内的形式。在血浆中，6个氨基酸从proapo A-I中切割，以形成成熟ApoA-I。

成熟ApoA-I是由已知序列的243个氨基酸组成的单个非糖基化多肽。ApoA-I充当血浆酶（卵磷脂-胆固醇酰基转移酶（LCAT））的辅因子，负责形成血浆中的大多数胆固醇酯。减少水平的ApoA-I可以导致血浆脂质转运系统的病症和冠心病的发展。低水平的ApoA-I和HDL已显示为心脏病发作和其他动脉粥样硬化血管疾病的强烈危险因素。参见美国专利号5,059,528和6,258,596。

在优选实施方案中，反义寡核苷酸用于预防或治疗与载脂蛋白、高密度脂蛋白相关的疾病或病症。可以用反义化合物治疗的疾病的例子包括高胆固醇、HDL/LDL比值、关节炎、心脏病、丹吉尔（Tangier）病、全身性非神经源性淀粉样变性、其他淀粉样蛋白病、阿尔茨海默氏病、帕金森氏病、糖尿病、心血管疾病、癌症、肥胖、动脉粥样硬化、抑制依赖于血管发生的肿瘤生长、和减少由肿瘤形成的现有血管。它在治疗非癌性疾病中也将是有效的，所述疾病症状包括血管发生中的增加，例如银屑病、早产儿视网膜病变、新生血管性青光眼、糖尿病视网膜病变、类风湿性关节炎、肥胖和银屑病。

在一个优选实施方案中，寡核苷酸对于ApoA的多核苷酸特异，其包括但不限于非编码区。ApoA1靶包括ApoA的变体；ApoA的突变体，包括SNPs；ApoA的非编码序列；等位基因、片段等。优选地，寡核苷酸是反义RNA分子。

依照本发明的实施方案，靶核酸分子不限于单独的ApoA1多核苷酸，还延伸至ApoA的同种型、受体、同系物、非编码区等中的任何。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸靶向ApoA1靶的天然反义序列（对于编码和非编码区天然反义），包括但不限于关于其的变体、等位基因、同系物、突变体、衍生物、片段和互补序列。优选地，寡核苷酸是反义RNA分子。

在另一个优选实施方案中，本发明的寡聚化合物还包括其中不同碱基存在于化合物中的一个或多个核苷酸位置上的变体。例如，如果第一个核苷酸是腺苷，那么可以产生在这个位置上包含胸苷、鸟苷或胞苷的变体。这可以在反义化合物的任何位置上完成。这些化合物随后使用本文描述的方法进行测试，以测定其抑制靶核酸表达的能力。

在一些实施方案中，在反义化合物和靶之间的同源性、序列同一性或互补性是约50％到约60％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约60％到约70％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约70％到约80％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约80％到约90％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约90％、约92％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％。

反义化合物是可特异性杂交的，当化合物与靶核酸的结合干扰靶核酸的正常功能以引起活性丧失时，并且存在足够程度的互补性，以避免在其中需要特异性结合的条件下反义化合物与非靶核酸序列的非特异性结合。此类条件包括即在体内测定或治疗性处理情况下的生理条件，和其中在体外测定情况下执行测定的条件。

反义化合物无论是DNA、RNA、嵌合、置换的等是可特异性杂交的，当化合物与靶DNA或RNA分子的结合干扰靶DNA或RNA的正常功能以引起效用丧失时，并且存在足够程度的互补性，以避免在其中需要特异性结合的条件下反义化合物与非靶核酸序列的非特异性结合，即在体内测定或治疗性处理情况下在生理条件下，和在体外测定情况下在其中执行测定的条件下。

在另一个优选实施方案中，ApoA1的靶向包括但不限于使用例如PCR、杂交等鉴定且扩增的反义序列，如SEQ ID NO：81 - 173所示的一个或多个序列等，调节ApoA的表达或功能。在一个实施方案中，与对照比较，表达或功能是上调的。在另一个优选实施方案中，与对照比较，表达或功能是下调的。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸包括如SEQ ID NO：81 - 173所示的核酸序列，包括使用例如PCR、杂交等鉴定且扩增的反义序列。这些寡核苷酸可以包括一个或多个修饰的核苷酸、较短或较长片段、修饰键等。修饰键或核苷酸间键合的例子包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等。在另一个优选实施方案中，核苷酸包括磷衍生物。在本发明的修饰寡核苷酸中可以与糖或糖类似物部分附着的磷衍生物（或修饰磷酸基）可以是单磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、磷酸烷基酯、磷酸链烷酯、硫代磷酸酯等。上述磷酸酯类似物的制备，及其掺入核苷酸、修饰的核苷酸和寡核苷酸内本身也是已知的，并且无需在本文中描述。

反义的特异性和敏感性也由本领域技术人员用于治疗用途。反义寡核苷酸已在动物和人中的疾病状态治疗中用作治疗部分。反义寡核苷酸已安全有效地施用于人，并且众多临床试验目前在进行中。因此确定寡核苷酸可以是有用的治疗模式，其可以配置为在用于治疗细胞、组织和动物特别是人的治疗方案中有用。

在本发明的一个实施方案中，寡聚反义化合物特别是寡核苷酸与靶核酸分子结合，并且调节由靶基因编码的分子的表达和/或功能。待干扰的DNA功能包括例如复制和转录。待干扰的RNA功能包括所有重大功能例如RNA易位至蛋白质翻译位点、由RNA翻译蛋白质、RNA剪接以获得一种或多种mRNA种类、和可以与RNA衔接或由RNA促进的催化活性。依赖于所需功能，此类功能可以是上调或抑制的。

反义化合物包括反义寡聚化合物、反义寡核苷酸、外部指导序列（EGS）寡核苷酸、可变剪接物、引物、探针和与靶核酸的至少部分杂交的其他寡聚化合物。像这样，这些化合物可以以单链、双链、部分单链或环状寡聚化合物的形式引入。

在本发明的背景中，使反义化合物靶向特定核酸分子可以是多步过程。该过程通常以其功能待调节的靶核酸的鉴定开始。这种靶核酸可以是例如细胞基因（或由基因转录的mRNA），其表达与特定病症或疾病状态相关，或来自传染剂的核酸分子。在本发明中，靶核酸编码载脂蛋白（ApoA1）。

靶向过程通常还包括测定在靶核酸内用于反义相互作用发生的至少一个靶区域、区段或位点，从而使得将产生所需效应，例如表达的调节。在本发明的背景内，术语“区域”被定义为具有至少一个可鉴定结构、功能或特征的靶核酸的部分。在靶核酸的区域内是区段。“区段”被定义为在靶核酸内的较小或亚部分区域。如在本发明中使用的，“位点”被定义为在靶核酸内的位置。

在一个优选实施方案中，反义寡核苷酸与载脂蛋白（ApoA1）的天然反义序列结合，并且调节载脂蛋白（ApoA1）（SEQ ID NO：1）的表达和/或功能。反义序列的例子包括SEQ ID NO：2，81-173（ApoA1）。其他例子包括包含核心序列gctagt（SEQ ID NO：175）的反义寡核苷酸，例如SEQ ID NO 60-69和172的寡核苷酸。

在另一个优选实施方案中，反义寡核苷酸与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的一个或多个区段结合，并且调节载脂蛋白（ApoA1）的表达和/或功能。区段包括载脂蛋白（ApoA1）正义或反义多核苷酸的至少5个连续核苷酸。

在另一个优选实施方案中，反义寡核苷酸对于载脂蛋白（ApoA1）的天然反义序列具有特异性，其中寡核苷酸与载脂蛋白（ApoA1）的天然反义序列的结合调节载脂蛋白（ApoA1）的表达和/或功能。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸化合物包括如SEQ ID NO：3 - 173所示序列，使用例如PCR、杂交等鉴定且扩增的反义序列。这些寡核苷酸可以包括一个或多个修饰的核苷酸、较短或较长片段、修饰键等。修饰的键或核苷酸间键合的例子包括硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等。在另一个优选实施方案中，核苷酸包括磷衍生物。在本发明的修饰寡核苷酸中可以与糖或糖类似物部分附着的磷衍生物（或修饰的磷酸基）可以是单磷酸酯、二磷酸酯、三磷酸酯、磷酸烷基酯、磷酸链烷酯、硫代磷酸酯等。上述磷酸酯类似物的制备，及其掺入核苷酸、修饰的核苷酸和寡核苷酸内本身也是已知的，并且无需在本文中描述。

因为如本领域已知的，翻译起始密码子一般是5'-AUG（在转录的mRNA分子中；在相应DNA分子中为5'-ATG），所以翻译起始密码子也被称为“AUG密码子”、“起始密码子”或“AUG起始密码子”。少数基因具有含RNA序列5'-GUG、5'-UUG或5'-CUG的翻译起始密码子；并且5'-AUA、5'-ACG和5'-CUG已显示在体内起作用。因此，术语“翻译起始密码子”和“起始密码子”可以包含许多密码子序列，即使每种情况下的起始子氨基酸一般是甲硫氨酸（在真核生物中）或甲酰甲硫氨酸（在原核生物中）。真核生物和原核生物基因可以具有2个或更多个可变起始密码子，其中任何一个都可以优先用于在特定细胞类型或组织中或在特定条件组下的翻译起始。在本发明的背景中，“起始密码子”和“翻译起始密码子”指这样的一个或多个密码子，其在体内用于起始由编码载脂蛋白（ApoA1）的基因转录的mRNA的翻译，与此类密码子的一种或多种序列无关。基因的翻译终止密码子（或“终止密码子”）可以具有三种序列之一，即5'-UAA、5'-UAG和5'-UGA（相应DNA序列分别是5'-TAA、5'-TAG和5'-TGA）。

术语“起始密码子区”和“翻译起始密码子区”指此类mRNA或基因的部分，其包含从翻译起始密码子开始在任一方向中（即，5'或3'）的约25到约50个邻接核苷酸。类似地，术语“终止密码子区”和“翻译终止密码子区”指此类mRNA或基因的部分，其包含从翻译终止密码子开始在任一方向中（即，5'或3'）的约25到约50个邻接核苷酸。因此，“起始密码子区”（或“翻译起始密码子区”）和“终止密码子区”（或“翻译终止密码子区”）是可以用本发明的反义化合物有效靶向的所有区域。

本领域已知的、指翻译起始密码子和翻译终止密码子之间的区域的开放读码框（ORF）或“编码区”也是可以有效靶向的区域。在本发明的背景内，靶向区域是包含基因开放读码框（ORF）的翻译起始或终止密码子的基因内区域。

另一种靶区域包括本领域已知的5'非翻译区（5'UTR），指从翻译起始密码子开始在5'方向中的mRNA部分，并且因此包括在mRNA的5'加帽位点和翻译起始密码子之间的核苷酸（或基因上的相应核苷酸）。另外一种靶区域包括本领域已知的3'非翻译区（3'UTR），指从翻译终止密码子开始在3'方向中的mRNA部分，并且因此包括在mRNA的翻译终止密码子和3'末端之间的核苷酸（或基因上的相应核苷酸）。mRNA的5'加帽位点包括经由5'-5'三磷酸键与mRNA的5'最末端残基邻接的N7-甲基化鸟苷残基。mRNA的5'加帽位点被视为包括5'加帽结构其自身以及与加帽位点相邻的前50个核苷酸。关于本发明的另一种靶区域是5'加帽区。

尽管一些真核生物mRNA转录物是直接翻译的，但许多包含称为“内含子”的一个或多个区域，这在其翻译前从转录物中切除。其余（和因此翻译的）区域称为“外显子”，并且一起剪接以形成连续mRNA序列。在一个实施方案中，靶向剪接位点即内含子-外显子连接或外显子-内含子连接在下述情况下是特别有用的，当异常剪接牵涉疾病时，或当特定剪接产物的生产过剩牵涉疾病时。由于重排或缺失的异常融合连接是靶位点的另一个实施方案。经由来自不同基因来源的2种（或更多种）mRNAs的剪接过程产生的mRNA转录物称为“融合转录物”。内含子可以使用靶向例如DNA或mRNA前体的反义化合物有效靶向。

在另一个优选实施方案中，反义寡核苷酸与靶多核苷酸的编码和/或非编码区结合，并且调节靶分子的表达和/或功能。

在另一个优选实施方案中，反义寡核苷酸与天然反义多核苷酸结合，并且调节靶分子的表达和/或功能。

在另一个优选实施方案中，反义寡核苷酸与正义多核苷酸结合，并且调节靶分子的表达和/或功能。

可变RNA转录物可以由DNA的相同基因组区域产生。这些可变转录物一般称为“变体”。更具体而言，“mRNA前体变体”是由相同基因组DNA产生的转录物，其在其起始或终止位置中不同于由相同基因组DNA产生的其他转录物，并且包含内含子和外显子序列。

在剪接过程中一个或多个外显子或内含子区域或其部分切除后，mRNA前体变体产生更小的“mRNA变体”。因此，mRNA变体是经加工的mRNA前体变体，并且由于剪接，每种独特mRNA前体变体必须一直产生独特mRNA变体。这些mRNA变体也称为“可变剪接变体”。如果不发生mRNA前体变体的剪接，那么mRNA前体变体等同于mRNA变体。

变体可以通过使用可变信号产生以起始或终止转录。mRNAs前体和mRNAs可以具有超过一个起始密码子或终止密码子。源于使用可变起始密码子的mRNA前体或mRNA的变体称为那种mRNA前体或mRNA的“可变起始变体”。使用可变终止密码子的这些转录物称为那种mRNA前体或mRNA的“可变终止变体”。一个具体类型的可变终止变体是“多聚腺苷酸变体”，其中所产生的多个转录物起因于通过转录机制的“多聚腺苷酸终止信号”之一的可变选择，从而产生在独特多聚腺苷酸位点上终止的转录物。在本发明的背景内，本文描述的变体类型也是靶核酸的实施方案。

反义化合物与之杂交的靶核酸上的定位被定义为活性反义化合物靶向其的靶区域的至少5-核碱基部分。

尽管在本文中阐述了特定示例性靶区段的具体序列，但本领域技术人员将认识到这些用来举例说明且描述在本发明范围内的特定实施方案。另外靶区段可由本领域普通技术人员考虑到本公开内容容易地鉴定。

包括选自举例说明性优选的靶区段内的至少五（5）个连续核苷酸段的长度5-100个核苷酸的靶区段被视为也适合于靶向。

靶区段可以包括DNA或RNA序列，其包括从举例说明性优选的靶区段之一的5'末端开始的至少5个连续核苷酸（其余核苷酸是紧在靶区段的5'末端上游开始且继续直至DNA或RNA包含约5到约100个核苷酸的相同DNA或RNA连续段）。类似优选的靶区段由DNA或RNA序列表示，其包括从举例说明性优选的靶区段之一的3'末端开始的至少5个连续核苷酸（其余核苷酸是紧在靶区段的3'末端下游开始且继续直至DNA或RNA包含约5到约100个核苷酸的相同DNA或RNA连续段）。无需过度实验，用本文举例说明的靶区段准备的本领域技术人员将能够鉴定进一步优选的靶区段。

一旦已鉴定一个或多个靶区域、区段或位点，就选择与靶充分互补的反义化合物，即充分良好且具有足够特异性杂交，以给出所需效应。

在本发明的一个实施方案中，寡核苷酸与特定靶的反义链结合。寡核苷酸长度是至少5个核苷酸，并且可以如此合成每个寡核苷酸靶重叠序列，从而使得合成覆盖靶多核苷酸的完整长度的寡核苷酸。靶还包括编码以及非编码区。

在一个实施方案中，优选通过反义寡核苷酸靶向特异性核酸。使反义化合物靶向特定核酸是多步过程。该过程通常以其功能待调节的核酸序列的鉴定开始。这可以是例如表达与特定病症或疾病状态相关的细胞基因（或由基因转录的mRNA），或非编码多核苷酸例如非编码RNA（ncRNA）。

RNAs可以分类成（1）翻译成蛋白质的信使RNAs（mRNAs），和（2）非蛋白质编码RNAs（ncRNAs）。ncRNAs包括微小RNAs、反义转录物和包含高密度终止密码子且缺乏任何广泛“开放读码框”的其他转录单位（TU）。许多ncRNAs看起来从蛋白质编码基因座的3'非翻译区（3'UTRs）中的起始位点开始。ncRNAs通常是罕见的，并且已通过FANTOM协会测序的至少一半ncRNAs看起来不是多聚腺苷酸化的。由于显而易见的原因，大多数研究者集中于被加工且输出到细胞质的多聚腺苷酸化mRNAs。近来，已显示非多聚腺苷酸化的核RNAs组可以是极大的，并且许多此类转录物起于所谓的基因间区域（Cheng，J. 等人（2005）Transcriptional maps of 10 human chromosomes at 5-nucleotide resolution. Science 308（5725），1149-1154；Kapranov，P. 等人（2005）。通过RACE和高密度镶嵌（tiling）阵列揭示人转录组的复杂体系结构的例子。ncRNAs通过其调节基因表达的最常见机制是通过与靶转录物的碱基配对。通过碱基配对起作用的RNAs可以分组成（1）顺式编码RNAs，其在相同基因定位上编码，但在针对RNAs的相反链上，它们作用于且因此展示出与其靶的完美互补性，和（2）反式编码的RNAs，其在与它们作用于其的RNAs不同的染色体定位上编码，并且一般不显示出与其靶的完美碱基配对潜力。

不希望受理论束缚，通过本文描述的反义寡核苷酸干扰反义多核苷酸，可以改变相应正义信使RNAs的表达。然而，这种调节可以是不协调（反义击倒导致正义转录物升高）或协调的（反义击倒导致伴随的正义转录物减少）。在这些情况下，反义寡核苷酸可以靶向反义链的重叠或非重叠部分，导致靶的击倒。编码以及非编码反义可以以等同方式靶向，并且任一范畴都能够调节相应正义转录物 – 以协调或不协调方式。在鉴定用于针对靶使用的新寡核苷酸中采用的策略可以基于反义RNA转录物的击倒，通过反义寡核苷酸或用于调节所需靶的任何其他方式。

策略1：在不协同调节的情况下，击倒反义转录物升高常规（正义）基因的表达。后面一种基因应编码已知或假定药物靶，然后其反义配对物的击倒可以想得到地模拟受体激动剂或酶刺激物的作用。

策略2：在协同调节的情况下，可以伴随地击倒反义和正义转录物且从而达到常规（正义）基因表达的调节。如果例如反义寡核苷酸用于达到击倒，那么这种策略可以用于应用靶向针对正义转录物的一种反义寡核苷酸，和对于相应反义转录物的另一种反义寡核苷酸，或同时靶向重叠正义和反义转录物的单个有力地对称的反义寡核苷酸。

根据本发明，反义化合物包括反义寡核苷酸、核酶、外部指导序列（EGS）寡核苷酸、siRNA化合物、单或双链RNA干扰（RNAi）化合物例如siRNA化合物、和与靶核酸的至少部分杂交且调节其功能的其他寡聚化合物。像这样，它们可以是DNA、RNA、DNA样、RNA样或其混合物，或可以是这些中的一种或多种的模拟物。这些化合物可以是单链、双链、环状或发夹寡聚化合物，并且可以包含结构元件例如内部或末端凸起、错配或环。反义化合物可以照常规线性制备，但可以连接或以其他方式制备，以是环状和/或分支的。反义化合物可以包括构建体例如杂交的2条链，以形成完全或部分双链的化合物，或具有足够自我互补性的单链，以允许杂交和形成全部或部分双链的化合物。2条链可以内部连接，留下游离3'或5'末端，或可以连接以形成连续发夹结构或环。发夹结构可以包含在5'或3'末端上的突出端，产生单链特征的延长部分。双链化合物任选可以包括在末端上的突出端。进一步的修饰可以包括与末端之一、选择的核苷酸位置、糖位置或核苷间键合之一附着的缀合物基团。可替代地，2条链可以经由非核酸部分或接头基团连接。当由仅1条链形成时，dsRNA可以采取自身互补的发夹型分子形式，其在其自身上对折以形成双链体。因此，dsRNAs可以是全部或部分双链的。基因表达的特异性调节可以通过dsRNA发夹在转基因细胞系中的稳定表达来达到，然而，在一些实施方案中，基因表达或功能是上调的。当由2条链或单链形成时，所述单链采取在其自身上对折以形成双链体的自身互补的发夹型分子形式，2条链（或单链的双链体形成区域）是以沃森-克里克形式碱基配对的互补RNA链。

一旦引入系统中，本发明的化合物就可以引发一种或多种酶或结构蛋白质的作用，以实现靶核酸的切割或其他修饰，或可以经由基于占据机制工作。一般而言，核酸（包括寡核苷酸）可以描述为“DNA样的”（即，一般具有一个或多个2'-脱氧糖，并且一般是T而不是U碱基）或“RNA样的”（即，一般具有一个或多个2'-羟基或2'-修饰的糖，并且一般是U而不是T碱基）。核酸螺旋可以采用超过一种类型的结构，最通常A和B形。一般而言，认为具有B形样结构的寡核苷酸是“DNA样的”，并且具有A形样结构的寡核苷酸是“RNA样的”。在一些（嵌合）实施方案中，反义化合物可以包含A和B形区域。

在另一个优选实施方案中，所需寡核苷酸或反义化合物包括下述至少一种：反义RNA、反义DNA、嵌合反义寡核苷酸、包括修饰的键合的反义寡核苷酸、干扰RNA（RNAi）、小干扰RNA（siRNA）；微小、干扰RNA（miRNA）；小、瞬时RNA（stRNA）；或小、发夹RNA（shRNA）；小RNA诱导的基因激活（RNAa）；小激活RNAs（saRNAs）或其组合。

dsRNA还可以激活基因表达，已命名为“小RNA诱导的基因激活”或RNAa的机制。靶向基因启动子的dsRNAs诱导相关基因的有效转录激活。RNAa使用合成dsRNAs在人细胞中进行证实，命名为“小激活RNAs”（saRNAs）。目前未知RNAa在其他生物中是否是保守的。

小双链RNA（dsRNA）例如小干扰RNA（siRNA）或微小RNA（miRNA）已发现是称为RNA干扰（RNAi）的进化保守机制的触发物。RNAi总是导致经由重塑染色质的基因沉默，以从而阻遏转录、降解互补mRNA、或阻断蛋白质翻译。然而，在下文实施例节段中详细描述的情况下，寡核苷酸显示增加载脂蛋白多核苷酸及其编码产物的表达和/或功能。dsRNAs还可以充当小激活RNAs（saRNA）。不希望受理论束缚，通过靶向基因启动子中的序列，saRNAs将在被称为dsRNA诱导转录激活（RNAa）的现象中诱导靶基因表达。

在一个进一步的实施方案中，本文鉴定的“优选靶区段”可以用于筛选调节载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸表达的另外化合物。“调节剂”是这样的化合物，其减少或增加编码载脂蛋白（ApoA1）的核酸分子表达，并且包括与优选靶区段互补的至少5-核苷酸部分。筛选方法包括步骤使编码载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的核酸分子的优选靶区段与一种或多种候选调节剂接触，且选择减少或增加编码载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的核酸分子表达的一种或多种候选调节剂，所述核酸分子例如SEQ ID NO：81-173。一旦显示一种或多种候选调节剂能够调节（例如减少或增加）编码载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的核酸分子表达，调节剂随后就可以用于载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能的进一步调查研究，或用于用作依照本发明的研究、诊断或治疗剂。

靶向反义序列优选调节靶基因的功能。例如，载脂蛋白A-1基因（NM_000039；UCSC基因组数据库）。在一个优选实施方案中，靶是载脂蛋白A-1基因的反义多核苷酸。在一个优选实施方案中，反义寡核苷酸靶向载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸（例如，登记号NM_000039）的正义和/或天然反义序列，关于其的变体、等位基因、同种型、同系物、突变体、衍生物、片段和互补序列。优选地寡核苷酸是反义分子，并且靶包括反义和/或正义ApoA1多核苷酸的编码和非编码区。

本发明的优选靶区段还可以与其分别的本发明的互补反义化合物组合，以形成稳定双链（双链体）寡核苷酸。

此类双链寡核苷酸部分在本领域中已显示调节靶表达，且经由反义机制调节翻译以及RNA加工。此外，可以对双链部分实施化学修饰（Fire等人，Nature，1998，391，806-811；Timmons和Fire，Nature 1998，395，854；Timmons等人，Gene，2001，263，103-112；Tabara等人，Science，1998，282，430-431；Montgomery等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA，1998，95，15502-15507；Tuschl等人，Genes Dev.，1999，13，3191-3197；Elbashir等人，Nature，2001，411，494-498；Elbashir等人，Genes Dev. 2001，15，188-200）。例如，此类双链部分已显示通过双链体的反义链与靶的典型杂交抑制靶，从而触发靶的酶促降解（Tijsterman等人，Science，2002，295，694-697）。

在一个优选实施方案中，反义寡核苷酸靶向载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸（例如，登记号NM_000039）、关于其的变体、等位基因、同种型、同系物、突变体、衍生物、片段和互补序列。优选地，寡核苷酸是反义分子。

依照本发明的实施方案，靶核酸分子不限于单独的载脂蛋白（ApoA1），还延伸至载脂蛋白（ApoA1）分子的同种型、受体、同系物等中的任何。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸靶向ApoA1多核苷酸的天然反义序列，例如如SEQ ID NO：2-165所示的多核苷酸，以及关于其的任何变体、等位基因、同系物、突变体、衍生物、片段和互补序列。反义寡核苷酸的例子如SEQ ID NO：81 - 173所示。

在一个实施方案中，寡核苷酸与载脂蛋白（ApoA1）反义的核酸序列互补或结合，包括但不限于与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸相关的非编码正义和/或反义序列，且调节载脂蛋白（ApoA1）分子的表达和/或功能。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸与如SEQ ID NO：2、173所示的ApoA1天然反义的核酸序列互补或结合，且调节ApoA1分子的表达和/或功能。

在一个优选实施方案中，寡核苷酸包括SEQ ID NO：81 - 173的至少5个连续核碱基的序列，且调节载脂蛋白（ApoA1）分子的表达和/或功能。

多核苷酸靶包括ApoA，包括其家族成员、ApoA的变体；ApoA的突变体，包括SNPs；ApoA的非编码序列；ApoA的等位基因；物种变体、片段等。优选地，寡核苷酸是反义分子。

在另一个优选实施方案中，靶向载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的寡核苷酸包括：反义RNA、干扰RNA（RNAi）、小干扰RNA（siRNA）；微小干扰RNA（miRNA）；小、瞬时RNA（stRNA）；或小、发夹RNA（shRNA）；小RNA诱导的基因激活（RNAa）；或小激活RNA（saRNA）。

在另一个优选实施方案中，载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸例如SEQ ID NO：81 - 173的靶向调节这些靶的表达或功能。在一个实施方案中，与对照比较，表达或功能是上调的。在另一个优选实施方案中，与对照比较，表达或功能是下调的。

在另一个优选实施方案中，反义化合物包括如SEQ ID NO：81 – 173所示序列。这些寡核苷酸可以包括一个或多个修饰的核碱基、较短或较长片段、修饰的键等。

在另一个优选实施方案中，SEQ ID NO：81 – 173包括一个或多个LNA核苷酸。

所需靶核酸的调节可以以本领域已知的数种方式执行。例如，反义寡核苷酸、siRNA等。酶促核酸分子（例如，核酶）是能够催化各种反应中的一种或多种的核酸分子，包括以核苷酸碱基序列特异性方式重复切割其他分开核酸分子的能力。此类酶促核酸分子可以例如用于靶向事实上任何RNA转录物（Zaug等人，324，Nature 429 1986；Cech，260 JAMA 3030，1988；和Jefferies等人，17 Nucleic Acids Research 1371，1989）。

因为其序列特异性，所以反式切割的酶促核酸分子显示作为用于人疾病的治疗剂的希望（Usman和McSwiggen，1995 Ann. Rep. Med. Chem. 30，285-294；Christoffersen和Marr，1995 J. Med. Chem. 38，2023-2037）。酶促核酸分子可以设计为切割在细胞RNA背景内的特异性RNA靶。此类切割事件致使mRNA无功能且取消来自那种RNA的蛋白质表达。以这种方式，可以选择性抑制与疾病状态相关的蛋白质合成。

一般而言，具有RNA切割活性的酶促核酸通过首先与靶RNA结合起作用。此类结合通过酶促核酸的靶结合部分发生，所述酶促核酸与分子的酶促部分保持紧密接近，所述分子作用于切割靶RNA。因此，酶促核酸首先识别且随后通过互补碱基配对结合靶RNA，并且一旦与正确位点结合，就酶促作用以切割靶RNA。此类靶RNA的策略性切割将破坏其指导编码蛋白质合成的能力。在酶促核酸已结合且切割其RNA靶后，它从那种RNA中释放以搜索另一个靶，并且可以重复结合且切割新靶。

几种方法例如体外选择（进化）策略（Orgel，1979，Proc. R. Soc. London，B 205，435）已用于进化能够催化各种反应的新核酸催化剂，例如磷酸二酯键和酰胺键的切割和连接（Joyce，1989，Gene，82，83-87；Beaudry等人，1992，Science 257，635-641；Joyce，1992，Scientific American 267，90-97；Breaker等人，1994，TIBTECH 12，268；Bartel等人，1993，Science 261:1411-1418；Szostak，1993，TIBS 17，89-93；Kumar等人，1995，FASEB J.，9，1183；Breaker，1996，Curr. Op. Biotech.，7，442）。

对于催化活性最佳的核酶的开发将显著促成采用RNA切割核酶用于调节基因表达目的的任何策略。锤头核酶例如在饱和（10 mM）浓度的Mg²⁺辅因子的存在下以约1分钟^-1的催化速率（k_cat）起作用。人工“RNA连接酶”核酶已显示以约100分钟^-1的速率催化相应自我修饰反应。此外，已知具有由DNA制成的底物结合臂的特定修饰的锤头核酶催化RNA切割，具有达到100分钟^-1的多重周转率。最后，用特定核苷酸类似物替换在锤头的催化核心内的特定残基给出在催化速率中显示多达10倍改善的修饰核酶。这些发现证实核酶可以促进化学转化，其催化速率明显大于由大多数天然自我切割性核酶在体外展示出的那些。随后可能可以最佳化特定自我切割性核酶的结构，以给出最大限度催化活性，或可以制备完全新的RNA基序，其展示出对于RNA磷酸二酯切割明显更快的速率。

RNA底物通过拟合“锤头”模型的RNA催化剂的分子间切割首先在1987年显示（Uhlenbeck，O. C.（1987）Nature，328：596-600）。RNA催化剂恢复且与多种RNA分子反应，证实它是真正催化性的。

基于“锤头”基序设计的催化RNAs已用于切割特异性靶序列，通过在催化RNA中进行合适的碱基改变，以维持与靶序列的必需碱基配对（Haseloff和Gerlach，Nature，334，585（1988）；Walbot和Bruening，Nature，334，196（1988）；Uhlenbeck，O. C.（1987）Nature，328：596-600；Koizumi，M.，Iwai，S.和Ohtsuka，E.（1988）FEBS Lett.，228：228-230）。这已允许使用催化RNA以切割特异性靶序列，且指出根据“锤头”模型设计的催化RNA可以在体内可能地切割特异性底物RNAs。（参见Haseloff和Gerlach，Nature，334，585（1988）；Walbot和Bruening，Nature，334，196（1988）；Uhlenbeck，O. C.（1987）Nature，328：596-600）。

RNA干扰（RNAi）已成为用于调节哺乳动物和哺乳动物细胞中的基因表达的有力工具。这种方法要求作为RNA其自身或作为DNA的小干扰RNA（siRNA）递送，使用表达质粒或病毒和用于加工为siRNAs的小发夹RNAs的编码序列。这个系统使得siRNAs前体能够有效转运至它们在其中活跃的细胞质，且允许使用调节和组织特异性启动子用于基因表达。

在一个优选实施方案中，寡核苷酸或反义化合物包括核糖核酸（RNA）和/或脱氧核糖核酸（DNA），或其模拟物、嵌合体、类似物或同系物的寡聚物或聚合物。这个术语包括由天然存在的核苷酸、糖和共价核苷间（主链）键合组成的寡核苷酸，以及类似地起作用的具有非天然存在部分的寡核苷酸。通常需要此类修饰的或取代的寡核苷酸超过天然形式，由于所需性质例如细胞摄取增强、对于靶核酸的亲和力增强和在核酸酶的存在下的稳定性增加。

根据本发明，寡核苷酸或“反义化合物”包括反义寡核苷酸（例如，RNA、DNA、其模拟物、嵌合体、类似物或同系物）、核酶、外部指导序列（EGS）寡核苷酸、siRNA化合物、单或双链RNA干扰（RNAi）化合物例如siRNA化合物、saRNA、aRNA、和与靶核酸的至少部分杂交且调节其功能的其他寡聚化合物。像这样，它们可以是DNA、RNA、DNA样、RNA样或其混合物，或可以是这些中的一种或多种的模拟物。这些化合物可以是单链、双链、环状或发夹寡聚化合物，并且可以包含结构元件例如内部或末端凸起、错配或环。反义化合物可以照常规线性制备，但可以连接或以其他方式制备，以是环状和/或分支的。反义化合物可以包括构建体例如杂交的2条链，以形成完全或部分双链的化合物，或具有足够自我互补性的单链，以允许杂交和形成全部或部分双链的化合物。2条链可以内部连接，留下游离3'或5'末端，或可以连接以形成连续发夹结构或环。发夹结构可以包含在5'或3'末端上的突出端，产生单链特征的延长部分。双链化合物任选可以包括在末端上的突出端。进一步的修饰可以包括与末端之一、选择的核苷酸位置、糖位置或核苷间键合之一附着的缀合物基团。可替代地，2条链可以经由非核酸部分或接头基团连接。当由仅1条链形成时，dsRNA可以采取自身互补的发夹型分子形式，其在其自身上对折以形成双链体。因此，dsRNAs可以是全部或部分双链的。基因表达的特异性调节可以通过dsRNA发夹在转基因细胞系中的稳定表达来达到（Hammond等人，Nat. Rev. Genet.，1991，2，110-119；Matzke等人，Curr. Opin. Genet. Dev.，2001，11，221-227；Sharp，Genes Dev.，2001，15，485-490）。当由2条链或单链形成时，所述单链采取在其自身上对折以形成双链体的自身互补的发夹型分子形式，2条链（或单链的双链体形成区域）是以沃森-克里克形式碱基配对的互补RNA链。

一旦引入系统中，本发明的化合物就可以引发一种或多种酶或结构蛋白质的作用，以实现靶核酸的切割或其他修饰，或可以经由基于占据机制工作。一般而言，核酸（包括寡核苷酸）可以描述为“DNA样的”（即，一般具有一个或多个2'-脱氧糖，并且一般是T而不是U碱基）或“RNA样的”（即，一般具有一个或多个2'-羟基或2'-修饰的糖，并且一般是U而不是T碱基）。核酸螺旋可以采用超过一种类型的结构，最通常A和B形。一般而言，认为具有B形样结构的寡核苷酸是“DNA样的”，并且具有A形样结构的寡核苷酸是“RNA样的”。在一些（嵌合）实施方案中，反义化合物可以包含A和B形区域。

依照本发明的反义化合物可以包括长度约5 – 约80个核苷酸（即约5 – 约80个连接核苷）的反义部分。这是指反义化合物的反义链或部分的长度。换言之，本发明的单链反义化合物包括5 – 约80个核苷酸，并且本发明的双链反义化合物（例如dsRNA）包括长度5 – 约80个核苷酸的反义链或部分。本领域普通技术人员应当理解这种锤头反义部分长度5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79或80个核苷酸，或其内的任何范围。

在一个实施方案中，本发明的反义化合物具有长度10 – 50个核苷酸的反义部分。本领域普通技术人员应当理解这体现了具有长度10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个核苷酸，或其内的任何范围的反义部分的寡核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸长度是15个核苷酸。

在一个实施方案中，本发明的反义或寡核苷酸化合物具有长度12或13 – 30个核苷酸的反义部分。本领域普通技术人员应当理解这体现了具有长度12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸，或其内的任何范围的反义部分的反义化合物。

在一个优选实施方案中，靶向任何一种或多种载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的至少一种寡核苷酸的施用可预防或治疗与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸及其编码产物的异常表达或功能相关的疾病，或其他相关疾病。可以用反义寡核苷酸治疗的疾病的例子包括：高胆固醇、心血管疾病、心脏病、丹吉尔病、关节炎、炎症、自身免疫、炎性疾病、神经性疾病或病症（例如阿尔茨海默氏病、帕金森氏病）；神经变性，癌症，由外来生物例如病毒、细菌、寄生虫、真菌等引起的疾病或病症。

在另一个优选实施方案中，本发明的寡聚化合物还包括其中不同碱基存在于化合物中的一个或多个核苷酸位置上的变体。例如，如果第一个核苷酸是腺苷，那么可以产生在这个位置上包含胸苷、鸟苷或胞苷的变体。这可以在反义或dsRNA化合物的任何位置上完成。这些化合物随后使用本文描述的方法进行测试，以测定其抑制靶核酸表达的能力。

在一些实施方案中，在反义化合物和靶之间的同源性、序列同一性或互补性是约40％到约60％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约60％到约70％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约70％到约80％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约80％到约90％。在一些实施方案中，序列同一性或互补性是约90％、约92％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％。

在另一个优选实施方案中，反义寡核苷酸例如SEQ ID NO: 3 - 172中所示的核酸分子包括一种或多种置换或修饰。在一个实施方案中，核苷酸由锁核酸（LNA）置换。

在另一个优选实施方案中，寡核苷酸靶向与ApoA1和如SEQ ID NO：1、2所示序列相关的核酸分子正义和/或反义编码和/或非编码序列的一个或多个区域。寡核苷酸还靶向SEQ ID NO：1、2的重叠区域。

本发明的特定优选寡核苷酸是嵌合寡核苷酸。在本发明背景中的“嵌合寡核苷酸”或“嵌合体”是包含2个或更多个化学上不同区域的寡核苷酸，各自由至少一个核苷酸构成。这些寡核苷酸一般包含赋予一种或多种有利性质（例如，核酸酶抗性增加、进入细胞内的摄取增加、对于靶的结合亲和力增加）的修饰的核苷酸的至少一个区域，和其为关于能够切割RNA:DNA或RNA:RNA杂交物的酶的底物的区域。例如，RNA酶H是细胞核酸内切酶，其切割RNA:DNA双链体的RNA链。RNA酶H的激活因此导致RNA靶的切割，从而极大增强基因表达的反义调节效率。因此，当使用嵌合寡核苷酸时，与和相同靶区域的硫代磷酸酯脱氧寡核苷酸比较，用较短寡核苷酸通常可以获得可比较结果。RNA靶的切割可以照常规通过凝胶电泳进行检测，和需要时，本领域已知的相关核酸杂交技术。在一个优选实施方案中，嵌合寡核苷酸包括修饰为增加靶结合亲和力的至少一个区域，和通常充当关于RNA酶H的底物的区域。寡核苷酸对于其靶（在这种情况下，编码ras的核酸）的亲和力照常规进行测定：通过测量寡核苷酸/靶对的T_m，这是在其下寡核苷酸和靶解离的温度；分光光度计测量地检测解离。T_m越高，寡核苷酸对于靶的亲和力越大。

本发明的嵌合反义化合物可以作为如上所述的2种或更多种寡核苷酸、修饰寡核苷酸、寡核苷和/或寡核苷酸模拟物的复合结构形成。此类化合物在本领域中已被称为杂交物或gapmer。教导此类杂交物结构制备的代表性美国专利包括但不限于，美国专利号5,013,830；5,149,797；5,220,007；5,256,775；5,366,878；5,403,711；5,491,133；5,565,350；5,623,065；5,652,355；5,652,356和5,700,922；其各自引入本文作为参考。

在另一个优选实施方案中，修饰的寡核苷酸区域包括在糖的2'位置上修饰的至少一个核苷酸，最优选2'-O-烷基、2'-O-烷基-O-烷基或2'-氟-修饰的核苷酸。在其他优选实施方案中，RNA修饰包括在RNA的3'末端上在嘧啶、脱碱基残基或倒转碱基的核糖上的2'-氟、2'-氨基和2' O-甲基修饰。此类修饰照常规掺入寡核苷酸内，并且这些寡核苷酸已显示具有高于2'-脱氧寡核苷酸针对给定靶的T_m（即，更高的靶结合亲和力）。此类增加的亲和力的效应是极大增强基因表达的RNAi寡核苷酸抑制。RNA酶H是切割RNA:DNA双链体的RNA链的细胞核酸内切酶；这种酶的激活因此导致RNA靶的切割，并且因此可以极大增强RNAi抑制的效率。RNA靶的切割可以照常规通过凝胶电泳加以证实。在另一个优选实施方案中，嵌合寡核苷酸也进行修饰，以增强核酸酶抗性。细胞包含可以降解核酸的各种核酸外切和内切酶。许多核苷酸和核苷修饰已显示使得它们引入其的寡核苷酸比天然寡聚脱氧核苷酸对核酸酶降解更有抵抗力。核酸酶抗性照常规进行测量：通过使寡核苷酸与细胞提取物或分离核酸酶溶液一起孵育，且通常通过凝胶电泳测量随着时间过去剩下的完整寡核苷酸程度。已进行修饰以增强其核酸酶抗性的寡核苷酸比未修饰寡核苷酸保持完整更长时间。各种寡核苷酸修饰已证实增强或赋予核酸酶抗性。包含至少一种硫代磷酸酯修饰的寡核苷酸目前是更优选的。在某些情况下，增强靶结合亲和力的寡核苷酸修饰也独立地能够增强核酸酶抗性。一些希望修饰可以在De Mesmaeker 等人Acc. Chem. Res. 1995，28:366-374中找到。

设想用于本发明的一些优选寡核苷酸的具体例子包括包含修饰主链的那些，例如硫代磷酸酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、短链烷基或环烷基糖间键合或短链杂原子或杂环糖间键合。最优选的是具有硫代磷酸酯主链的寡核苷酸和具有杂原子主链的那些，特别是CH₂ --NH--O--CH₂、CH,--N（CH₃）--O--CH₂ [称为亚甲基（甲基亚氨基）或MMI 主链]、CH₂ --O--N（CH₃）--CH₂、CH₂ --N（CH₃）--N（CH₃）--CH₂和O--N（CH₃）--CH₂ --CH₂主链，其中天然磷酸二酯主链表示为O--P--O--CH,）。由De Mesmaeker 等人Acc. Chem. Res. 1995，28:366-374）公开的酰胺主链也是优选的。还优选的是具有吗啉代主链结构的寡核苷酸（Summerton和Weller，美国专利号5,034,506）。在其他优选实施方案中，例如肽核酸（PNA）主链，寡核苷酸的磷酸二酯主链由聚酰胺主链替换，核苷酸与聚酰胺主链的氮杂氮原子直接或间接结合（Nielsen 等人Science 1991，254，1497）。寡核苷酸还可以包括一个或多个取代糖部分。优选寡核苷酸在2'位置上包括下述之一：OH、SH、SCH₃、F、OCN、OCH₃ OCH₃、OCH₃ O（CH₂）_n CH₃、O（CH₂）_n NH₂或O（CH₂）_n CH₃，其中n是1 – 约10；C₁ - C₁₀低级烷基、烷氧基烷氧基、取代的低级烷基、烷芳基或芳烷基；Cl；Br；CN；CF₃；OCF₃；O--、S--或N-烷基；O--、S--或N-烯基；SOCH₃；SO₂ CH₃；ONO₂；NO₂；N₃；NH₂；杂环烷基；杂环烷芳基；氨基烷基氨基；聚烷基氨基；取代的甲硅烷基；RNA切割基团；报道基团；插入剂；用于改善寡核苷酸的药代动力学性质的基团；或用于改善寡核苷酸的药效性质的基团和具有相似性质的其他取代物。优选修饰包括2'-甲氧基乙氧基[2'-O-CH₂ CH₂ OCH₃，也称为2'-O-（2-甲氧基乙基）]（Martin等人，Helv. Chim. Acta，1995，78，486）。其他优选修饰包括2'-甲氧基（2'-O--CH₃）、2'-丙氧基（2'-OCH₂ CH₂CH₃）和2'-氟（2'-F）。相似修饰还可以在寡核苷酸上的其他位置上进行，特别是在3'末端核苷酸上的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。寡核苷酸还可以具有糖模拟物例如环丁基代替戊呋喃糖基。

寡核苷酸还可以另外或可替代地包括核碱基（在本领域中通常被简称为“碱基”）修饰的或取代的。如本文使用的，“未修饰”或“天然”核碱基包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）和尿嘧啶（U）。修饰核碱基包括仅在天然核酸中罕见地或暂时地发现的核碱基，例如次黄嘌呤、6-甲基腺嘌呤、5-Me嘧啶特别是5-甲基胞嘧啶（也被称为5-甲基-2'脱氧胞嘧啶，且在本领域中通常被称为5-Me-C）、5-羟甲基胞嘧啶（HMC）、糖基HMC和龙胆二糖基HMC，以及合成核碱基，例如2-氨基腺嘌呤、2-（甲基氨基）腺嘌呤、2-（咪唑基烷基）腺嘌呤、2-（氨基烷基氨基）腺嘌呤或其他杂取代的烷基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-羟甲基尿嘧啶、8-氮杂鸟嘌呤、7-脱氮杂鸟嘌呤、N₆（6-氨基己基）腺嘌呤、和2,6-二氨基嘌呤。Kornberg，A.，DNA Replication，W. H. Freeman & Co.，San Francisco，1980，第75-77页；Gebeyehu，G.，等人Nucl. Acids Res. 1987，15:4513）。可以包括本领域已知的“通用”碱基例如肌苷。5-Me-C置换已显示使核酸双链体稳定性增加0.6-1.2℃。（Sanghvi，Y. S.，in Crooke，S. T.和Lebleu，B.，编辑，Antisense Research and Applications，CRC Press，Boca Raton，1993，第276-278页），并且是目前优选的碱基置换。

本发明的寡核苷酸的另一种修饰涉及使寡核苷酸与一种或多种部分或缀合物化学连接，所述部分或缀合物增强寡核苷酸的活性或细胞摄取。此类部分包括但不限于脂质部分，例如胆固醇部分、胆固醇基部分（Letsinger等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989，86，6553）、胆酸（Manoharan 等人Bioorg. Med. Chem. Let. 1994，4，1053）、硫醚例如己基-S-三苯甲硫醇（Manoharan 等人Ann. N.Y. Acad. Sci. 1992，660，306；Manoharan 等人Bioorg. Med. Chem. Let. 1993，3，2765）、巯基胆固醇（Oberhauser等人，Nucl. Acids Res. 1992，20，533）、脂肪族链例如十二烷二醇或十一烷基残基（Saison-Behmoaras 等人EMBO J. 1991，10，111；Kabanov 等人FEBS Lett. 1990，259，327；Svinarchuk 等人Biochimie 1993，75，49）、磷脂例如二-十六烷基-消旋-甘油或三乙基1,2-二-O-十六烷基-消旋-甘油-3-H-膦酸铵（Manoharan 等人Tetrahedron Lett. 1995，36，3651；Shea 等人Nucl. Acids Res. 1990，18，3777）、聚胺或聚乙二醇链（Manoharan 等人Nucleosides & Nucleotides 1995，14，969）、或金刚烷乙酸（Manoharan 等人Tetrahedron Lett. 1995，36，3651）。包括亲脂部分的寡核苷酸和用于制备此类寡核苷酸的方法是本领域已知的，例如美国专利号5,138,045、5,218,105和5,459,255。

给定寡核苷酸中的所有位置不一定一致地修饰，并且事实上超过一个上述修饰可以掺入单个寡核苷酸中，并且甚至在寡核苷酸内的单个核苷上。本发明还包括了其为如上文定义的嵌合寡核苷酸的寡核苷酸。

在另一个实施方案中，本发明的核酸分子与另一种部分缀合，所述另一种部分包括但不限于脱碱基核苷酸、聚醚、聚胺、聚酰胺、肽、碳水化合物、脂质或聚烃化合物。本领域技术人员将认识到这些分子可以在糖、碱基或磷酸基上的几个位置上与包括任何核苷酸中的一个或多个的核酸分子连接。

依照本发明使用的寡核苷酸可以方便地且照常规通过众所周知的固相合成技术进行制备。用于此类合成的设备由几个厂商包括Applied Biosystems销售。还可以采用用于此类合成的任何其他方法；寡核苷酸的实际合成完全在本领域普通技术人员的才能内。还众所周知的是使用相似技术以制备其他寡核苷酸，例如硫代磷酸酯和烷基化衍生物。还众所周知的是使用相似技术和商购可得的修饰的亚胺（amidites）和可控孔度玻璃（CPG）产物，例如生物素、荧光素、吖啶或补骨脂素修饰的亚胺（amidites）和/或CPG（可从Glen Research，Sterling VA获得），以合成荧光标记的、生物素化的或其他修饰的寡核苷酸，例如胆固醇修饰的寡核苷酸。

依照本发明，使用修饰例如使用LNA单体以增强寡核苷酸的效力、特异性和作用持续时间且拓宽施用途径包括目前化学，例如MOE、ANA、FANA、PS等（参考：Recent advances in the medical chemistry of antisense oligonucleotide by Uhlman，Current Opinions in Drug Discovery & Development 2000年第3卷No 2）。这可以通过经由LNA单体置换目前寡核苷酸中的一些单体来达到。LNA修饰的寡核苷酸可以具有类似于母体化合物的大小或可以更大或优选更小。优选此类LNA修饰的寡核苷酸包含小于约70％、更优选小于约60％、最优选小于约50％的LNA单体，并且其大小为约5 – 25个核苷酸、更优选约12 – 20个核苷酸。

优选修饰的寡核苷酸主链包括但不限于硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、甲基和其他烷基膦酸酯包括3'烯基膦酸酯和手性膦酸酯、次磷酸酯、氨基磷酸酯包括3'-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基氨基磷酸酯、硫羰氨基磷酸酯、硫羰烷基磷酸酯、硫羰烷基磷酸三酯和具有正常3'-5'键合的硼磷酸酯（boranophosphates），这些的2'-5'连接类似物，和具有倒转极性的那些，其中核苷单位的相邻对3'-5'与5'-3'或2'-5'与5'-2'连接。还包括各种盐、混合盐和游离酸形式。

教导上述含磷键合制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号3,687,808；4,469,863；4,476,301；5,023,243；5,177,196；5,188,897；5,264,423；5,276,019；5,278,302；5,286,717；5,321,131；5,399,676；5,405,939；5,453,496；5,455，233；5,466,677；5,476,925；5,519,126；5,536,821；5,541,306；5,550,111；5,563,253；5,571,799；5,587,361；和5,625,050，其各自引入本文作为参考。

其中不包括磷原子的优选修饰寡核苷酸主链具有这样的主链，其通过短链烷基或环烷基核苷间键合、混合杂原子和烷基或环烷基核苷间键合、或一种或多种短链杂原子或杂环核苷间键合形成。这些包括具有吗啉代键合的那些（部分由核苷的糖部分形成）；硅氧烷主链；硫化物、亚砜和砜主链；甲酰基（formacetyl）和硫代甲酰基（thioformacetyl）主链；亚甲基甲酰基（methylene formacetyl）和硫代甲酰基（thioformacetyl）主链；含链烃主链；氨基磺酸酯主链；亚甲基亚氨基和亚甲基肼基主链；磺酸酯和氨苯磺胺主链；酰胺主链；和具有混合的N、O、S和CH₂组分部分的其他。

教导上述寡核苷制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号5,034,506；5,166,315；5,185,444；5,214,134；5,216,141；5,235,033；5,264,562；5，264,564；5,405,938；5,434,257；5,466,677；5,470,967；5,489,677；5,541,307；5,561,225；5,596,086；5,602,240；5,610,289；5,602,240；5,608,046；5,610,289；5,618,704；5,623,070；5,663,312；5,633,360；5,677,437；和5,677,439，其各自引入本文作为参考。

在其他优选的寡核苷酸模拟物中，核苷酸单位的糖和核苷间键合即主链由新型基团替换。维持这些碱基单位用于与合适的核酸靶化合物杂交。一种此类寡聚化合物，已显示具有极佳杂交性质的寡核苷酸模拟物，被称为肽核酸（PNA）。在PNA化合物中，寡核苷酸的糖主链由含酰胺主链替换，特别是氨乙基甘氨酸主链。核碱基被保留且与主链的酰胺部分的氮杂氮原子直接或间接结合。教导PNA化合物制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号5,539,082；5,714,331；和5,719,262，其各自引入本文作为参考。PNA化合物的进一步教导可以在o Nielsen等人，Science，1991，254，1497-1500中找到。

在本发明的另一个优选实施方案中，具有硫代磷酸酯主链的寡核苷酸和具有杂原子主链的寡核苷，且特别是称为亚甲基（甲基亚氨基）或MMI 主链的-CH₂-NH-O-CH₂-,-CH₂-N（CH₃）-O-CH₂-、-CH₂-O-N（CH₃）-CH₂-,-CH₂N（CH₃）-N（CH₃）CH₂-和-O-N（CH₃）-CH₂-CH₂-，其中天然磷酸二酯主链表示为上文提及的美国专利号5,489,677的O-P-O-CH₂-，和上文提及的美国专利号5,602,240的酰胺主链。还优选的是具有上文提及的美国专利号5,034,506的吗啉代主链结构的寡核苷酸。

修饰寡核苷酸还可以包括一个或多个取代糖部分。优选寡核苷酸在2'位置上包括下述之一：OH；F；O-、S-或N-烷基；O-、S-或N-烯基；O-、S-或N-炔基；或O 烷基-O-烷基，其中烷基、烯基和炔基可以是取代或未取代的C至CO烷基或C₂至CO烯基和炔基。特别优选的是O（CH₂）_n O_mCH₃、O（CH₂）_n,OCH₃、O（CH₂）_nNH₂、O（CH₂）nCH₃、O（CH₂）_nONH₂和O（CH_2nON（CH₂）nCH₃）₂，其中n和m可以是1 – 约10。其他优选寡核苷酸在2'位置上包括下述之一：C至CO、低级烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH₃、OCN、Cl、Br、CN、CF₃、OCF₃、SOCH₃、SO₂CH₃、ONO₂、NO₂、N₃、NH₂、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报道基团、插入剂、用于改善寡核苷酸的药代动力学性质的基团、或用于改善寡核苷酸的药效性质的基团、和具有相似性质的其他取代物。优选修饰包括2'-甲氧基乙氧基（2'-O-CH₂CH₂OCH₃，也称为2'-O-（2-甲氧基乙基）或2'-MOE）（Martin等人，Helv. Chim. Acta，1995，78，486-504），即烷氧基烷氧基基团。进一步优选的修饰包括2'-二甲基氨基氧代乙氧基，即O（CH₂）₂ON（CH₃）₂基团，也称为2'-DMAOE，如本文下文实施例中所述，和2'-二甲基氨基乙氧基乙氧基（本领域也称为2'-O-二甲基氨基乙氧基乙基或2'-DMAEOE），即2'-O-CH₂-O-CH₂-N（CH₂）₂。

其他优选修饰包括2'-甲氧基（2'-O CH₃）、2'-氨基丙氧基（2'-O CH₂CH₂CH₂NH₂）和2'-氟（2'-F）。相似修饰还可以在寡核苷酸上的其他位置上进行，特别是在3'末端核苷酸上或在2'-5'连接寡核苷酸中的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。寡核苷酸还可以具有糖模拟物例如环丁基部分代替戊呋喃糖基基团。教导此类修饰糖结构物制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号4,981,957；5,118,800；5,319,080；5,359,044；5,393,878；5,446,137；5,466,786；5,514,785；5,519,134；5,567,811；5,576,427；5,591,722；5,597,909；5,610,300；5,627,053；5,639,873；5,646,265；5,658,873；5,670,633；和5,700,920，其各自引入本文作为参考。

寡核苷酸还可以包括核碱基（在本领域中通常被简称为“碱基”）修饰的或取代的。如本文使用的，“未修饰”或“天然”核碱基包括嘌呤碱基腺嘌呤（A）和鸟嘌呤（G），以及嘧啶碱基胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）和尿嘧啶（U）。修饰核碱基包括其他合成和天然核碱基，例如5-甲基胞嘧啶（5-Me-C）、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其他烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其他烷基衍生物、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-卤素尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶（假尿嘧啶）、4-硫尿嘧啶、8-卤素、8-氨基、8-硫醇、8-硫烷基、8-羟基和其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤素特别是5-溴、5-三氟甲基和其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤（methylquanine）和7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮杂鸟嘌呤和7-脱氮杂腺嘌呤、以及3-脱氮杂鸟嘌呤和3-脱氮杂腺嘌呤。

进一步地，核碱基包括公开于美国专利号3,687,808中的那些，公开于'The Concise Encyclopedia of Polymer Science And Engineering'，第858-859页，Kroschwitz，J.I.，ed. John Wiley和Sons，1990中的那些，由Englisch等人，'Angewandle Chemie，International Edition'，1991，30，第613页公开的那些，和由Sanghvi，Y.S.，第15章，'Antisense Research and Applications'，第289-302页，Crooke，S.T.和Lebleu，B. ea.，CRC Press，1993公开的那些。这些核碱基中的一些特别用于增加本发明的寡聚化合物的结合亲和力。这些包括5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶和N-2、N-6和0-6取代的嘌呤，包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶取代已显示使核酸双链体稳定性增加0.6-1.2℃（Sanghvi，Y. S.，Crooke，S. T.和Lebleu，B.，编辑，'Antisense Research and Applications'，CRC Press，Boca Raton，1993，第276-278页），并且是目前优选的碱基置换，更加特别当与2'-O-甲氧基乙基糖修饰组合时。

教导上述修饰核碱基以及其他修饰核碱基制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号3,687,808以及4,845,205；5,130,302；5,134,066；5,175,273；5,367,066；5,432,272；5,457,187；5,459,255；5,484,908；5,502,177；5,525,711；5,552,540；5,587,469；5,596,091；5,614,617；5,750,692和5,681,941，其各自引入本文作为参考。

本发明的寡核苷酸的另一种修饰涉及使寡核苷酸与一种或多种部分或缀合物化学连接，所述部分或缀合物增强寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄取。

此类部分包括但不限于脂质部分例如胆固醇部分（Letsinger等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA，1989，86，6553-6556）、胆酸（Manoharan等人，Bioorg.Med. Chem. Let.，1994，4，1053-1060）、硫醚例如己基-S-三苯甲硫醇（Manoharan等人，Ann. N. Y. Acad. Sci.，1992，660，306-309；Manoharan等人，Bioorg. Med. Chem. Let.，1993，3，2765-2770）、巯基胆固醇（Oberhauser等人，Nucl. Acids Res.，1992，20，533-538）、脂肪族链例如十二烷二醇或十一烷基残基（Kabanov等人，FEBS Lett.，1990，259，327-330；Svinarchuk等人，Biochimie，1993，75，49-54）、磷脂例如二-十六烷基-消旋-甘油或三乙基1,2-二-O-十六烷基-消旋-甘油-3-H-膦酸铵（Manoharan等人，Tetrahedron Lett.，1995，36，3651-3654；Shea等人，Nucl. Acids Res.，1990，18，3777-3783）、聚胺或聚乙二醇链（Manoharan 等人Nucleosides & Nucleotides 1995，14，969-973）、或金刚烷乙酸（Manoharan等人，Tetrahedron Lett.，1995，36，3651-3654）、棕榈酰基部分（Mishra等人，Biochim. Biophys. Acta，1995，1264，229-237）、或十八胺或己基氨基-羰基-t羟胆固醇部分（Crooke等人，J. Pharmacol. Exp. Ther.，1996，277，923-937）。

教导此类寡核苷酸缀合物制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号4,828,979；4,948,882；5,218,105；5,525,465；5,541,313；5,545,730；5,552，538；5,578,717，5,580,731；5,580,731；5,591,584；5,109,124；5,118,802；5,138,045；5,414,077；5,486，603；5,512,439；5,578,718；5,608,046；4,587,044；4,605,735；4,667,025；4,762,779；4,789,737；4,824,941；4,835,263；4,876,335；4,904,582；4,958,013；5,082，830；5,112,963；5,214,136；5,082,830；5,112,963；5,214,136；5,245,022；5,254,469；5,258,506；5,262,536；5,272,250；5,292,873；5,317,098；5,371,241，5,391,723；5,416,203，5,451,463；5,510,475；5,512,667；5,514,785；5,565,552；5,567,810；5,574,142；5,585,481；5,587,371；5,595,726；5,597,696；5,599,923；5,599,928和5,688,941，其各自引入本文作为参考。

药物开发：本发明的化合物还可以应用于药物开发和靶确认领域。本发明包含在药物开发努力中使用本文鉴定的化合物和优选靶区段，以阐明在载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸和疾病状态、表型或病状之间存在的关系。这些方法包括检测或调节载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸，其包括使样品、组织、细胞或生物与本发明的化合物接触，在治疗后某时测量载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的核酸或蛋白质水平和/或相关表型或化学终末点，和任选地使测量值与非处理样品或用本发明的进一步化合物处理的样品比较。这些方法还可以与其他实验平行或组合执行，以测定未知基因的功能用于靶确认过程，或测定特定基因产物作为用于治疗或预防特定疾病、病状或表型的靶的有效性。

评估基因表达的上调或抑制：

外源核酸转移到宿主细胞或生物内可以通过直接检测细胞或生物中核酸的存在进行评估。此类检测可以通过本领域众所周知的几种方法来达到。例如，外源核酸的存在可以通过DNA印迹或通过聚合酶链反应（PCR）技术进行检测，使用特异性扩增与核酸相关的核苷酸序列的引物。外源核酸的表达还可以使用常规方法进行测量，包括基因表达分析。例如，由外源核酸产生的mRNA可以使用RNA印迹和逆转录PCR（RT-PCR）进行检测且定量。

来自外源核酸的RNA表达也可以通过测量酶促活性或报道蛋白质活性进行检测。例如，反义调节活性可以作为靶核酸表达中的减少或增加间接地进行测量，作为外源核酸产生效应子RNA的指示。基于序列保守性，可以设计引物且用于扩增靶基因的编码区。最初，来自每种基因最高度表达的编码区可以用于构建模型对照基因，尽管可以使用任何编码或非编码区。每种对照基因通过将每个编码区插入报道编码区及其多聚腺苷酸信号之间进行装配。这些质粒将产生具有在基因上游部分中的报道基因和在3'非编码区中的潜在RNAi靶的mRNA。个别反义寡核苷酸的有效性将通过报道基因的调节进行评估。在本发明的方法中有用的报道基因包括乙酰羟酸合酶（AHAS）、碱性磷酸酶（AP）、β半乳糖苷酶（LacZ）、β葡糖醛酸酶（GUS）、氯霉素乙酰转移酶（CAT）、绿色荧光蛋白（GFP）、红色荧光蛋白（RFP）、黄色荧光蛋白（YFP）、蓝色荧光蛋白（CFP）、辣根过氧化物酶（HRP）、萤光素酶（Luc）、胭脂碱合酶（NOS）、章鱼碱合酶（OCS）及其衍生物。多重可选标记是可获得的，其赋予对于氨苄青霉素、博来霉素、氯霉素、庆大霉素、潮霉素、卡那霉素、林可霉素、氨甲蝶呤、草胺膦、嘌呤霉素和四环素的抗性。测定报道基因调节的方法是本领域众所周知的，并且包括但不限于荧光法（例如荧光光谱法、荧光激活细胞分选（FACS）、荧光显微镜检查）、抗生素抗性测定。

试剂盒、研究试剂、诊断和治疗

本发明的化合物可以用于诊断、治疗和预防，并且用作研究试剂和试剂盒组分。此外，能够以强烈特异性抑制基因表达的反义寡核苷酸通常由本领域普通技术人员用于阐明特定基因的功能，或区分生物途径的各种成员的功能。

对于在试剂盒和诊断中以及在各种生物系统中的使用，本发明的化合物单独或与其他化合物或治疗剂组合用作区分和/或组合分析中的工具，以阐明在细胞和组织内表达的基因的部分或完整互补体的表达模式。

如本文使用的，术语“生物系统”或“系统”定义为任何生物、细胞、细胞培养或组织，其表达或使得能够表达载脂蛋白（ApoA1）基因的产物。这些包括但不限于人、转基因动物、细胞、细胞培养、组织、异种移植物、移植物及其组合。

作为一个非限制性例子，在用一种或多种反义化合物处理的细胞或组织内的表达模式与未用反义化合物处理的对照细胞或组织比较，并且产生的模式就基因表达的差异水平进行分析，因为它们例如涉及被检查基因的疾病相关、信号途径、细胞定位、表达水平、大小、结构或功能。这些分析可以对刺激或未刺激细胞并且在影响表达模式的其他化合物的存在或不存在下执行。

本领域已知的基因表达分析的方法的例子包括DNA阵列或微阵列（Brazma和Vilo，FEBS Lett.，2000 480，17-24；Celis,等人，FEBS Lett.，2000 480，2-16）、SAGE（基因表达的系列分析（Madden,等人，Drug Discov. Today，2000，5，415-425）、READS（消化cDNAs的限制性酶扩增）（Prashar和Weissman，Methods Enzymol.，1999，303，258-72）、TOGA（总基因表达分析）（Sutcliffe,等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.，2000，97，1976-81）、蛋白质阵列和蛋白质组学（Celis,等人，FEBS Lett.，2000，480，2-16；Jungblut,等人，Electrophoresis，1999，20，2100-10）、已表达序列标记（EST）测序（Celis,等人，FEBS Lett.，2000，480，2-16；Larsson,等人，J. Biotechnol.，2000，80，143-57）、消减RNA指纹法（SuRF）（Fuchs,等人，Anal. Biochem.，2000，286，91-98；Larson,等人，Cytometry，2000，41，203-208）、消减克隆、差异显示（DD）（Jurecic和Belmont，Curr. Opin. Microbiol.，2000，3，316-21）、比较基因组杂交（Carulli,等人，J. Cell Biochem. Suppl.，1998，31，286-96）、FISH（荧光原位杂交）技术（Going和Gusterson，Eur. J. Cancer，1999，35，1895-904）和质谱法（To，Comb. Chem. High Throughput Screen，2000，3，235-41）。

本发明的化合物对于研究和诊断有用，因为这些化合物与编码载脂蛋白（ApoA1）的核酸杂交。例如，以此类效率且在如本文公开的此类条件下杂交以成为有效载脂蛋白（ApoA1）调节剂的寡核苷酸，在有利于基因扩增或检测的条件下分别是有效引物或探针。这些引物和探针用于要求编码载脂蛋白（ApoA1）的核酸分子的特异性检测的方法，和用于所述核酸分子的扩增用于检测或用于在载脂蛋白（ApoA1）的进一步研究中使用。本发明的反义寡核苷酸特别是引物和探针与编码载脂蛋白（ApoA1）的核酸的杂交可以通过本领域已知的方法进行检测。此类方法可以包括酶与寡核苷酸的缀合、寡核苷酸的放射性标记、或任何其他合适的检测方法。还可以制备使用此类检测方法用于检测样品中的载脂蛋白（ApoA1）水平的试剂盒。

反义的特异性和敏感性也由本领域技术人员用于治疗用途。反义化合物已在动物包括人中的疾病状态治疗中用作治疗部分。反义寡核苷酸药物已安全有效地施用于人，并且众多临床试验目前在进行中。因此确定反义化合物可以是有用的治疗模式，其可以配置为在用于治疗细胞、组织和动物特别是人的治疗方案中有用。

对于治疗，怀疑具有可以通过调节载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸表达进行治疗的疾病或病症的动物优选人通过施用依照本发明的反义化合物进行治疗。例如，在一个非限制性实施方案中，该方法包括步骤给需要治疗的动物施用治疗有效量的载脂蛋白（ApoA1）调节剂。本发明的载脂蛋白（ApoA1）调节剂有效调节载脂蛋白（ApoA1）蛋白质的活性，或调节载脂蛋白（ApoA1）蛋白质的表达。在一个实施方案中，与对照比较，在动物中载脂蛋白（ApoA1）的活性或表达被抑制约10％。优选地，在动物中载脂蛋白（ApoA1）的活性或表达被抑制约30％。更优选地，在动物中载脂蛋白（ApoA1）的活性或表达被抑制50％或更多。因此，与对照比较，寡聚化合物使载脂蛋白（ApoA1）mRNA的表达调节至少10％、至少50％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％。

在一个实施方案中，与对照比较，在动物中载脂蛋白（ApoA1）的活性或表达增加约10％。优选地，在动物中载脂蛋白（ApoA1）的活性或表达增加约30％。更优选地，在动物中载脂蛋白（ApoA1）的活性或表达增加50％或更多。因此，与对照比较，寡聚化合物使载脂蛋白（ApoA1）mRNA的表达调节至少10％、至少50％、至少25％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％。

例如，载脂蛋白（ApoA1）的表达减少可以在血清、血液、脂肪组织、肝脏或动物的任何其他体液、组织或器官中进行测量。优选地，在待分析的所述液体、组织或器官中包含的细胞包含编码载脂蛋白（ApoA1）肽的核酸分子和/或载脂蛋白（ApoA1）蛋白质其自身。

通过将有效量的化合物加入合适的药学上可接受的稀释剂或载体中，本发明的化合物可以用于药物组合物中。本发明的化合物和方法的使用也可以是预防上有用的。

缀合物

本发明的寡核苷酸的另一种修饰涉及使寡核苷酸与一种或多种部分或缀合物化学连接，所述部分或缀合物增强寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄取。这些部分或缀合物可以包括与官能团例如伯或仲醇羟基共价结合的缀合物基团。本发明的缀合物基团包括插入剂、报道分子、聚胺、聚酰胺、聚乙二醇、聚醚、增强寡聚物的药效性质的基团、和增强寡聚物的药代动力学性质的基团。一般的缀合物基团包括胆固醇、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素和染料。在本发明的背景中，增强药效性质的基团包括改善摄取、增强对降解的抗性、和/或加强与靶核酸的序列特异性杂交的基团。在本发明的背景中，增强药代动力学性质的基团包括改善本发明的化合物的摄取、分布、代谢或排出的基团。代表性缀合物基团公开于1992年10月23日提交的国际专利申请号PCT/US92/09196和美国专利号6,287,860中，其引入本文作为参考。缀合物部分包括但不限于脂质部分例如胆固醇部分、胆酸、硫醚例如己基-S-三苯甲硫醇、巯基胆固醇、脂肪族链例如十二烷二醇或十一烷基残基、磷脂例如二-十六烷基-消旋-甘油或三乙基1,2-二-O-十六烷基-消旋-甘油-3-H-膦酸铵、聚胺或聚乙二醇链、或金刚烷乙酸、棕榈酰基部分或十八胺或己基氨基-羰基-羟胆固醇部分。本发明的寡核苷酸还可以与活性原料药缀合，例如阿司匹林、华法林、保泰松、布洛芬、舒洛芬、芬布芬、酮洛芬、（S）-（+）-普拉洛芬、卡洛芬、丹肌氨酸、2,3,5-三碘苯甲酸、氟芬那酸、亚叶酸、苯并噻二嗪、氯噻嗪、二氮杂草、吲哚美辛（indomethicin）、巴比妥酸盐、头孢菌素、磺胺药、抗糖尿病药、抗菌剂或抗生素。

教导此类寡核苷酸缀合物的代表性美国专利包括但不限于美国专利号4,828,979; 4,948,882; 5,218,105; 5,525,465; 5,541,313; 5,545,730; 5,552,538; 5,578,717, 5,580,731; 5,580,731; 5,591,584; 5,109,124; 5,118,802; 5,138,045; 5,414,077; 5,486,603; 5,512,439; 5,578,718; 5,608,046; 4,587,044; 4,605,735; 4,667,025; 4,762,779; 4,789,737; 4,824,941; 4,835,263; 4,876,335; 4,904,582; 4,958,013; 5,082,830; 5,112,963; 5,214,136; 5,082,830; 5,112,963; 5,214,136; 5,245,022; 5,254,469; 5,258,506; 5,262,536; 5,272,250; 5,292,873; 5,317,098; 5,371,241, 5,391,723; 5,416,203, 5,451,463; 5,510,475; 5,512,667; 5,514,785; 5,565,552; 5,567,810; 5,574,142; 5,585,481; 5,587,371; 5,595,726; 5,597,696; 5,599,923; 5,599,928和5,688,941。

制剂

本发明的化合物还可以与其他分子、分子结构或化合物混合物混合、封装、缀合或以其他方式结合，作为例如脂质体，受体靶向分子，经口、直肠、局部或其他制剂，用于帮助摄取、分布和/或吸收。教导此类摄取、分布和/或吸收辅助制剂制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利号5,108,921；5,354,844；5,416,016；5,459,127；5,521,291；5,543,165；5,547,932；5,583,020；5,591,721；4,426,330；4,534,899；5,013,556；5,108,921；5,213,804；5,227,170；5,264,221；5,356,633；5,395,619；5,416,016；5,417,978；5,462,854；5,469,854；5,512,295；5,527,528；5,534,259；5,543,152；5,556,948；5,580,575；和5,595,756，其各自引入本文作为参考。

尽管反义寡核苷酸无需在载体的背景中施用，以便调节靶表达和/或功能，但本发明的实施方案涉及用于表达反义寡核苷酸的表达载体构建体，包括启动子、杂合启动子基因序列，且具有强组成型启动子活性，或可以在所需情况下诱导的启动子活性。

在一个实施方案中，本发明实践涉及用合适的核酸递送系统施用前述反义寡核苷酸中的至少一种。在一个实施方案中，该系统包括与多核苷酸可操作地连接的非病毒载体。此类非病毒载体的例子包括单独（例如，SEQ ID NO：81 – 173中的任何一个或多个）或与合适蛋白质、多糖或脂质制剂组合的寡核苷酸。

另外合适的核酸递送系统包括病毒载体，一般是来自下述中的至少一种的序列：腺病毒、腺相关病毒（AAV）、辅助病毒依赖型腺病毒、逆转录病毒、或血凝病毒的日本脂质体（HVJ）复合物。优选地，病毒载体包括与多核苷酸可操作地连接的强真核启动子，例如巨细胞病毒（CMV）启动子。

另外优选的载体包括病毒载体、融合蛋白和化学缀合物。逆转录病毒载体包括莫洛尼鼠类白血病病毒和基于HIV的病毒。一种优选的基于HIV的病毒载体包括至少2种载体，其中gag和pol基因来自HIV基因组，并且env基因来自另一种病毒。DNA病毒载体是优选的。这些载体包括痘病毒载体例如正痘病毒或鸡痘病毒载体、疱疹病毒载体例如单纯疱疹I病毒（HSV）载体[Geller，A.I.等人，J. Neurochem，64：487（1995）；Lim，F.,等人，in DNA Cloning：Mammalian Systems，D. Glover，Ed.（Oxford Univ. Press，Oxford England）（1995）；Geller，A.I.等人，Proc Natl. Acad. Sci.：U.S.A.:90 7603（1993）；Geller，A.I.,等人，Proc Natl. Acad. Sci USA：87:1149（1990）]、腺病毒载体[LeGal LaSalle等人，Science，259:988（1993）；Davidson,等人，Nat. Genet. 3： 219（1993）；Yang,等人，J. Virol. 69： 2004（1995）]和腺相关病毒载体[Kaplitt，M.G.,等人，Nat. Genet. 8:148（1994）]。

本发明的反义化合物包含任何药学上可接受的盐、酯或此类酯的盐、或任何其他化合物，其在施用于动物包括人后，能够提供（直接或间接地）生物学活性代谢产物或其残余。

术语“药学上可接受的盐”指本发明化合物的生理学和药学上可接受的盐：即保留母体化合物的所需生物活性且不对其赋予不希望有的毒理学效应的盐。对于寡核苷酸，药学上可接受的盐的优选例子及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述，其引入本文作为参考。

本发明还包括包含本发明的反义化合物的药物组合物和制剂。本发明的药物组合物可以以许多方式施用，依赖于是需要局部还是全身性治疗和依赖于待治疗的区域。施用可以是局部的（包括眼和至粘膜包括阴道和直肠递送）、肺的例如通过粉剂或气溶胶的吸入或吹入，包括通过喷雾器；气管内、鼻内、表皮和经皮）、经口或肠胃外的。肠胃外施用包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内或肌内注射或输注；或颅内，例如鞘内或心室内施用。具有至少一个2'-O-甲氧基乙基修饰的寡核苷酸被认为对于经口施用特别有用。用于局部施用的药物组合物和制剂可以包括经皮贴剂、软膏、洗剂、乳膏、凝胶、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体和粉剂。常规药学载体，水、粉末或油基，增稠剂等可以是需要或希望的。包被避孕套、手套等也可以是有用的。

可以方便地以单位剂型呈现的本发明的药物制剂可以根据医药工业中众所周知的常规技术进行制备。此类技术包括使活性成分与一种或多种药学载体或赋形剂达到结合的步骤。一般而言，制剂通过下述进行制备：使活性成分与液体载体或精细分开的固体载体或两者均匀地且紧密地达到结合，并且随后在需要时使产物成形。

本发明的组合物可以配制成许多可能剂型中的任何，例如但不限于片剂、胶囊、凝胶胶囊、液体糖浆剂、软凝胶、栓剂和灌肠剂。本发明的组合物还可以在水、非水或混合介质中配制为栓剂。水悬浮液可以进一步包含增加悬浮液粘度的物质，包括例如羧甲基纤维素钠、山梨糖醇和/或右旋糖酐。悬浮液还可以包含稳定剂。

本发明的药物组合物包括但不限于溶液、乳状液、泡沫和含脂质体制剂。本发明的药物组合物和制剂可以包括一种或多种穿透促进剂、载体、赋形剂或其他活性或非活性成分。

乳状液一般是一种液体在以直径通常超过0.1 μm的小滴形式的另一种中分散的非均匀系。乳状液可以包含另外组分加上分散相，以及可以作为在水相、油相中的溶液或其自身作为分离相存在的有效药。微乳液包括作为本发明的一个实施方案。乳状液及其用途是本领域众所周知的，并且在美国专利号6,287,860中进一步描述。

本发明的制剂包括脂质体制剂。如在本发明中使用的，术语“脂质体”意指由在一个或多个球状双层或双层中排列的两亲脂质组成的囊泡。脂质体是单层或多层囊泡，其具有由亲脂材料形成的膜和包含待递送组合物的水内部。阳离子脂质体是带正电的脂质体，其被认为与带负电的DNA分子相互作用，以形成稳定复合物。其为pH敏感或带负电的脂质体被认为诱陷DNA而不是与之复合。阳离子和非阳离子脂质体已用于将DNA递送至细胞。

脂质体还包括“立体稳定的”脂质体，如本文使用的，指包括一种或多种专门脂质的脂质体的术语。当掺入脂质体内时，这些专门脂质导致相对于缺乏此类专门脂质的脂质体，具有增强的循环寿命的脂质体。立体稳定的脂质体的例子是其中脂质体的囊泡形成脂质部分的部分包括一种或多种糖脂，或由一种或多种亲水聚合物例如聚乙二醇（PEG）部分衍生的那些。脂质体及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述。

本发明的药物制剂和组合物还可以包括表面活性剂。表面活性剂在药物产品、制剂和乳状液中的用途是本领域众所周知的。表面活性剂及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述，其引入本文作为参考。

在一个实施方案中，本发明采用各种穿透促进剂，以实现核酸特别是寡核苷酸的有效递送。除帮助非亲脂药物扩散越过细胞膜外，穿透促进剂还增强亲脂药物的渗透性。穿透促进剂可以分类为属于5个广泛范畴之一，即表面活性剂、脂肪酸、胆汁盐、螯合剂、和非螯合非表面活性剂。穿透促进剂及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述，其引入本文作为参考。

本领域技术人员将认识到照常规根据其预期用途即施用途径来设计制剂。

用于局部施用的优选制剂包括其中本发明的寡核苷酸与局部递送试剂混合的那些，所述局部递送试剂例如脂质、脂质体、脂肪酸、脂肪酸酯、类固醇、螯合剂和表面活性剂。优选脂质和脂质体包括中性（例如二油酰-磷脂酰DOPE乙醇胺、二肉豆蔻酰磷脂酰胆碱DMPC、二硬脂酰磷脂酰胆碱）、阴性（例如二肉豆蔻酰磷脂酰甘油DMPG）和阳离子的（例如二油酰四甲基氨基丙基DOTAP和二油酰磷脂酰乙醇胺DOTMA）。

对于局部或其他施用，本发明的寡核苷酸可以封装在脂质体内或可以与其特别是与阳离子脂质体形成复合物。可替代地，寡核苷酸可以与脂质特别是与阳离子脂质复合。优选脂肪酸和酯、其药学上可接受的盐及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述。

用于经口施用的组合物和制剂包括粉剂或颗粒剂、微粒、纳米颗粒、在水或非水介质中的悬浮液或溶液、胶囊、凝胶胶囊、囊剂、片剂或小片。增稠剂、调味剂、稀释剂、乳化剂、分散助剂或结合剂可能是希望的。优选经口制剂是其中本发明的寡核苷酸与一种或多种穿透促进剂、表面活性剂和螯合剂结合施用的那些。优选表面活性剂包括脂肪酸和/或其酯或盐、胆汁酸和/或其盐。优选胆汁酸/盐和脂肪酸及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述，其引入本文作为参考。还优选的是穿透促进剂的组合，例如与胆汁酸/盐组合的脂肪酸/盐。特别优选的组合是月桂酸的钠盐、癸酸和UDCA。进一步的穿透促进剂包括聚氧乙烯-9-月桂醚、聚氧乙烯-20-鲸蜡醚。本发明的寡核苷酸可以以颗粒形式包括喷雾干燥颗粒经口递送，或复合以形成微粒或纳米颗粒。寡核苷酸络合剂及其用途在美国专利号6,287,860中进一步描述，其引入本文作为参考。

用于肠胃外、鞘内或心室内施用的组合物和制剂可以包括无菌水溶液，其还可以包含缓冲剂、稀释剂和其他合适添加剂，例如但不限于穿透促进剂、载体化合物和其他药学上可接受的载体或赋形剂。

本发明的特定实施方案提供包含一种或多种寡聚化合物和一种或多种其他化学治疗剂的药物组合物，所述其他化学治疗剂通过非反义机制起作用。此类化学治疗剂的例子包括但不限于癌症化学治疗药，例如柔红霉素、道诺霉素、更生霉素、多柔比星、表柔比星、依达比星、依索比星、博来霉素、马磷酰胺、异环磷酰胺、胞嘧啶阿糖核苷、双-氯乙基-亚硝基脲、白消安、丝裂霉素C、放线菌素D、光辉霉素、泼尼松、羟孕酮、睾酮、它莫西芬、达卡巴嗪、丙卡巴肼、六甲蜜胺、五甲蜜胺、米托蒽醌、安吖啶、苯丁酸氮芥、甲基环己基亚硝基脲、氮芥、美法仑、环磷酰胺、6-巯嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷、5-氮杂胞苷、羟基脲、喷司他丁、4-羟基过氧环磷酰胺、5-氟尿嘧啶（5-FU）、5-氟脱氧尿苷（5-FUdR）、氨甲蝶呤（MTX）、秋水仙碱、泰素、长春新碱、长春碱、依托泊苷（VP-16）、三甲曲沙、依立替康、托泊替康、吉西他滨、替尼泊苷、顺铂和己烯雌酚（DES）。当与本发明的化合物一起使用时，此类化学治疗剂可以个别（例如5-FU和寡核苷酸）、顺次（例如5-FU和寡核苷酸一段时间，随后为MTX和寡核苷酸）、或与一种或多种其他此类化学治疗剂组合（例如5-FU、MTX和寡核苷酸，或5-FU放射疗法和寡核苷酸）使用。抗炎药包括但不限于非甾体抗炎药和皮质类固醇，和抗病毒药包括但不限于利巴韦林、阿糖腺苷、阿昔洛韦和更昔洛韦，也可以在本发明的组合物中组合。反义化合物和其他非反义药物的组合也在本发明的范围内。2种或更多种组合化合物可以一起或顺次使用。

在另一个相关实施方案中，本发明的组合物可以包含靶向第一种核酸的一种或多种反义化合物特别是寡核苷酸，和靶向第二种核酸靶的一种或多种另外反义化合物。例如，第一种靶可以是载脂蛋白（ApoA1）的特定反义序列，并且第二种靶可以是来自另一种核酸序列的区域。可替代地，本发明的组合物可以包含靶向相同载脂蛋白（ApoA1）核酸靶的不同区域的2种或更多种反义化合物。反义化合物的众多例子在本文中举例说明，并且其他可以选自本领域已知的合适化合物。2种或更多种组合化合物可以一起或顺次使用。

给药：

治疗组合物的配制及其后续施用（给药）被认为在本领域技术内。给药依赖于待治疗疾病状态的严重度和应答性，连同持续数天到数月的治疗过程，或直至实现治愈或达到疾病状态的缩减。最佳给药方案可以由患者体内的药物蓄积测量进行计算。普通技术人员可以容易地决定最佳剂量、给药方法和重复速率。最佳剂量可以依赖于个别寡核苷酸的相对功效而变，并且一般可以基于发现在体外和体内动物模型中有效的EC_50s进行估计。一般而言，剂量是0.01 μg - 100 g/kg体重，并且可以每天、每周、每月或每年给予一次或多次，或甚至每2 – 20年给予一次。本领域普通技术人员可以容易地估计关于给药的重复速率，基于在体液或组织中测量的药物停留时间和浓度。在成功治疗后，可以希望使患者经历维持疗法以预防疾病状态复发，其中寡核苷酸以维持剂量施用，范围为0.01 μg - 100 g/kg体重，每天一次或多次，到每20年一次。

尽管已在上文描述了本发明的各种实施方案，但应当理解它们仅作为例子而不是限制呈现。依照本文公开内容可以进行对于公开实施方案的众多改变，而不背离本发明的精神或范围。因此，本发明的广度和范围不应受上述实施方案中的任何限制。

本文提及的所有文件引入本文作为参考。本申请中引用的所有出版物和专利文件为了所有目的引入作为参考，其程度与每个个别出版物或专利文件如此个别指出相同。通过其在本文件的各种参考文献中的引用，申请人不承认任何具体参考文献是其发明的“现有技术”。本发明组合物和方法的实施方案在下述实施例中举例说明。

实施例

下述非限制性实施例用来举例说明本发明的选择实施方案。应当理解在所示组分元件中的比例和可替代物中的变化对于本领域技术人员将是显而易见的，并且在本发明的实施方案的范围内。

实施例1：对于载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的核酸分子反义和/或正义链特异的反义寡核苷酸的设计

如上所述，术语“对于特异的寡核苷酸”或“寡核苷酸靶”指具有下述序列的寡核苷酸：（i）能够与靶基因的部分形成稳定复合物，或（ii）能够与靶基因的mRNA转录物的部分形成稳定双链体。

合适寡核苷酸的选择通过使用计算机程序得到促进，所述计算机程序自动比对核酸序列且指出同一性或同源性区域。此类程序用于比较获得的核酸序列，例如通过搜索数据库例如GenBank或通过测序PCR产物。来自一系列物种的核酸序列的比较允许选择展示物种之间的合适同一性程度的核酸序列。在未测序的基因的情况下，执行DNA印迹以允许测定靶物种和其他物种中在基因之间的同一性程度。通过在各种严格程度下执行DNA印迹，如本领域众所周知的，可以获得同一性的近似测量。这些操作允许选择这样的寡核苷酸，其显示出与待控制受试者中的靶核酸序列的高度互补性和其他物种中的相应核酸序列的较低程度互补性。技术人员将认识到在选择用于在本发明中使用的基因的合适区域中存在相当大的活动余地。

反义化合物是“可特异性杂交的”，当化合物与靶核酸的结合干扰靶核酸的正常功能以引起功能和/或活性调节时，并且存在足够程度的互补性，以避免在其中需要特异性结合的条件下反义化合物与非靶核酸序列的非特异性结合，即在体内测定或治疗性处理情况下在生理条件下，和其中在体外测定情况下执行测定的条件下。

本文描述的寡核苷酸的杂交性质可以通过如本领域已知的一种或多种体外测定进行测定。例如，使用解链曲线测定，通过测定靶天然反义和潜在药物分子之间的结合强度可以获得本文描述的寡核苷酸的性质。

使用测量分子间相互作用强度的任何确定方法例如解链曲线测定，可以估计靶天然反义和潜在药物分子（分子）之间的结合强度。

解链曲线测定确定在其下对于天然反义/分子复合物发生从双链到单链构象的快速转变的温度。这个温度被广泛公认为2种分子之间的相互作用强度的可靠测量。

使用实际天然反义RNA分子的cDNA拷贝或与分子的结合位点对应的合成DNA或RNA核苷酸，可以执行解链曲线测定。包含执行这种测定的所有必需试剂的多重试剂盒是可获得的（例如Applied Biosystems Inc. MeltDoctor试剂盒）。这些试剂盒包括包含双链DNA（dsDNA）结合染料（例如ABI HRM染料、SYBR Green、SYTO等）之一的合适缓冲溶液。dsDNA染料的性质是这样的，使得它们以游离形式几乎不发出荧光，但在与dsDNA结合时是高度荧光的。

为了执行测定，使cDNA或相应寡核苷酸与分子以由具体制造商的方案限定的浓度混合。使混合物加热至95℃，以解离所有预形成的dsDNA复合物，随后缓慢冷却至室温或由试剂盒制造商限定的其他较低温度，以允许DNA分子退火。新近形成的复合物随后缓慢加热至95℃，伴随关于由反应产生的荧光量的同时连续数据收集。荧光强度与反应中存在的dsDNA量成反比。数据可以使用与试剂盒相容的实时PCR仪器（例如ABI’s StepOne Plus Real Time PCR System或LightTyper仪器，Roche Diagnostics，Lewes，UK）进行收集。

使用合适软件（例如LightTyper（Roche）或SDS Dissociation Curve，ABI），通过针对温度（x轴）标绘就温度而言的荧光负衍生物（在y轴上的-d（荧光）/dT）构建解链峰。分析数据以鉴定从dsDNA复合物到单链分子的快速转变的温度。这个温度被称为Tm，并且与2种分子之间的相互作用强度成正比。一般地，Tm将超过40℃。

实施例2：ApoA1多核苷酸的调节

材料与方法：

细胞用下述方法中的任一进行处理：

方法1：用裸露反义寡核苷酸处理HepG2细胞：

使来自ATCC的HepG2细胞（目录号HB-8065）在生长培养基（MEM/EBSS（Hyclone 目录号SH30024或Mediatech 目录号MT-10-010-CV）+10％FBS（Mediatech 目录号MT35-011-CV）+ 青霉素/链霉素（Mediatech 目录号MT30-002-CI））中在37℃和5％CO₂下生长。在实验前一天，使细胞以0.5 × 10⁴/ml的密度再铺平板到6孔板内，并且在37℃和5％CO₂下孵育。在实验当天，将6孔板中的培养基替换为1.5 ml/孔新鲜生长培养基。

所有反义寡核苷酸在水中稀释至20 μM的浓度。使2 μl这种溶液与400 μl新鲜生长培养基混合，并且应用于具有HepG2细胞的6孔板的每个孔。包括2 μl水代替寡核苷酸溶液的相似混合物用于模拟处理对照。在37℃和5％CO₂下孵育3-18小时后，将培养基换成新鲜生长培养基。在加入反义寡核苷酸后72小时，如上文中所述使细胞再次给药。在第二次给药后48-72小时，去除培养基，并且使用来自Promega的SV Total RNA Isolation System（目录号Z3105）或来自Qiagen的RNeasy Total RNA Isolation试剂盒（目录号74181），根据制造商的说明书从细胞中提取RNA。将600 ng RNA加入使用来自Thermo Scientific的Verso cDNA试剂盒（目录号AB1453B）执行的逆转录反应中，如制造商的方案中所述。来自这种逆转录反应的cDNA用于通过实时PCR监控基因表达，使用ABI Taqman Gene Expression Mix（目录号4369510）和由ABI设计的引物/探针（用于18S 目录号4319413E，用于ApoA1 Hs00163641_m1，Applied Biosystems Inc.，Foster City CA）。使用下述PCR循环：使用Mx4000热循环仪（Stratagene）的50℃2分钟，95℃10分钟，40个循环（95℃15秒，60℃1分钟）。基于处理和模拟转染样品之间在18S标准化dCt中的差异，计算在用反义寡核苷酸处理后在基因表达中的倍数变化。

方法2：用反义寡核苷酸处理HepG2细胞：

使来自ATCC的HepG2细胞（目录号HB-8065）在生长培养基（MEM/EBSS（Hyclone 目录号SH30024或Mediatech 目录号MT-10-010-CV）+10％FBS（Mediatech 目录号MT35-011-CV）+ 青霉素/链霉素（Mediatech 目录号MT30-002-CI））中在37℃和5％CO₂下生长。在实验前一天，使细胞以1.5 × 10⁵/ml的密度再铺平板到6孔板内，并且在37℃和5％CO₂下孵育。在实验当天，将6孔板中的培养基替换为新鲜生长培养基。所有反义寡核苷酸稀释至20 μM的浓度。使2 μl这种溶液与400 μl Opti-MEM培养基（Gibco 目录号31985-070）和4 μl Lipofectamine 2000（Invitrogen 目录号11668019）在室温下孵育20分钟，并且应用于具有HepG2细胞的6孔板的每个孔。包括2 μl水代替寡核苷酸溶液的相似混合物用于模拟转染对照。在37℃和5％CO₂下孵育3-18小时后，将培养基换成新鲜生长培养基。在加入反义寡核苷酸后48小时，去除培养基，并且使用来自Promega的SV Total RNA Isolation System（目录号Z3105）或来自Qiagen的RNeasy Total RNA Isolation试剂盒（目录号74181），根据制造商的说明书从细胞中提取RNA。

将600 ng RNA加入使用来自Thermo Scientific的Verso cDNA试剂盒（目录号AB1453B）执行的逆转录反应中，如制造商的方案中所述。来自这种逆转录反应的cDNA用于通过实时PCR监控基因表达，使用ABI Taqman Gene Expression Mix（目录号4369510）和由ABI设计的引物/探针（用于18S 目录号4319413E，用于ApoA1 Hs00163641_m1，Applied Biosystems Inc.，Foster City CA）。使用下述PCR循环：使用Mx4000热循环仪（Stratagene）的50℃2分钟，95℃10分钟，40个循环（95℃15秒，60℃1分钟）。基于处理和模拟转染样品之间在18S标准化dCt中的差异，计算在用反义寡核苷酸处理后在基因表达中的倍数变化。

结果：

实时PCR结果显示在HepG2细胞中在用针对ApoA1反义DA327409ext的反义寡核苷酸处理后48小时，在HepG2细胞中的ApoA1 mRNA水平显著增加（图1）。

实施例3：ApoA基因表达的调节

材料与方法

细胞用下述方法中的任一进行处理：

方法1：用裸露反义寡核苷酸处理HepG2细胞：

使HepG2细胞在MEM/EBSS（Hyclone 目录号SH30024）+10％FBS + 青霉素/链霉素中在37℃和5％CO₂下生长。在实验前一天，使细胞以1.5 × 10⁴/ml的密度再铺平板到6孔板内，并且留在37℃和5％CO₂下。在实验当天，将6孔板中的培养基替换为新鲜MEM/EBSS  +10％FBS。由IDT制造的所有反义寡核苷酸稀释至20 μM的浓度。使2 μl这种溶液与400 μl Opti-MEM培养基（Gibco 目录号31985-070）孵育，并且应用于具有HepG2细胞的6孔板的每个孔。包括2 μl水代替寡核苷酸溶液的相似混合物用于模拟转染对照。在加入反义寡核苷酸后72小时，去除培养基，并且如上文中所述重复给药操作。

在重复给药后48-72小时，使用来自Promega的SV Total RNA Isolation System（目录号Z3105）或来自Qiagen的RNeasy Total RNA Isolation试剂盒（目录号74181），根据制造商的说明书从细胞中提取RNA。将600 ng RNA加入使用来自Thermo Scientific的Verso cDNA试剂盒（目录号AB1453B）执行的逆转录反应中，如制造商的方案中所述。来自这种逆转录反应的cDNA用于通过实时PCR监控基因表达，使用ABI Taqman Gene Expression Mix（目录号4369510）和由ABI设计的引物/探针（用于18S 目录号4319413E，用于ApoA1 Hs00163641_m1，和用于ApoA1反义DA327409ext的用户定制设计测定，全部由Applied Biosystems Inc.，Foster City CA提供）。使用下述PCR循环：使用Mx4000热循环仪（Stratagene）的50℃2分钟，95℃10分钟，40个循环（95℃15秒，60℃1分钟）。

基于处理和模拟转染样品之间在18S标准化dCt中的差异，计算在用反义寡核苷酸处理后在基因表达中的倍数变化。

用于ApoA1天然反义DA327409ext的用户定制设计Taqman测定的引物和探针。大写字母指示未修饰的脱氧核糖核苷酸：

正向引物序列CTCCTCCTGCCACTTCTTCTG（SEQ ID NO：163）

反向引物序列CTGGTGGATGAAGAAGGTTTGC（SEQ ID NO：164）

探针序列（FAM标记的）TTTGGATCTGGACGACTTC（SEQ ID NO：165）。

方法2：用反义寡核苷酸处理HepG2细胞：

使来自ATCC的HepG2细胞（目录号HB-8065）在生长培养基（MEM/EBSS（Hyclone 目录号SH30024或Mediatech 目录号MT-10-010-CV）+10％FBS（Mediatech 目录号MT35-011-CV）+ 青霉素/链霉素（Mediatech 目录号MT30-002-CI））中在37℃和5％CO₂下生长。在实验前一天，使细胞以1.5 × 10⁵/ml的密度再铺平板到6孔板内，并且在37℃和5％CO₂下孵育。在实验当天，将6孔板中的培养基替换为新鲜生长培养基。所有反义寡核苷酸稀释至20 μM的浓度。使2 μl这种溶液与400 μl Opti-MEM培养基（Gibco 目录号31985-070）和4 μl Lipofectamine 2000（Invitrogen 目录号11668019）在室温下孵育20分钟，并且应用于具有HepG2细胞的6孔板的每个孔。包括2 μl水代替寡核苷酸溶液的相似混合物用于模拟转染对照。在37℃和5％CO₂下孵育3-18小时后，将培养基换成新鲜生长培养基。在加入反义寡核苷酸后48小时，去除培养基，并且使用来自Promega的SV Total RNA Isolation System（目录号Z3105）或来自Qiagen的RNeasy Total RNA Isolation试剂盒（目录号74181），根据制造商的说明书从细胞中提取RNA。

将600 ng RNA加入使用来自Thermo Scientific的Verso cDNA试剂盒（目录号AB1453B）执行的逆转录反应中，如制造商的方案中所述。来自这种逆转录反应的cDNA用于通过实时PCR监控基因表达，使用ABI Taqman Gene Expression Mix（目录号4369510）和由ABI设计的引物/探针（用于18S 目录号4319413E，用于ApoA1 Hs00163641_m1，和用于ApoA1反义DA327409ext的用户定制设计测定，全部由Applied Biosystems Inc.，Foster City CA）。使用下述PCR循环：使用Mx4000热循环仪（Stratagene）的50℃2分钟，95℃10分钟，40个循环（95℃15秒，60℃1分钟）。基于处理和模拟转染样品之间在18S标准化dCt中的差异，计算在用反义寡核苷酸处理后在基因表达中的倍数变化。基于处理和模拟转染样品之间在18S标准化dCt中的差异，计算在用反义寡核苷酸处理后在基因表达中的倍数变化。

用于ApoA1天然反义DA327409ext的用户定制设计Taqman测定的引物和探针。大写字母指示未修饰的脱氧核糖核苷酸。

正向引物序列CTCCTCCTGCCACTTCTTCTG（SEQ ID NO：163）

反向引物序列CTGGTGGATGAAGAAGGTTTGC（SEQ ID NO：164）

探针序列（FAM标记的）TTTGGATCTGGACGACTTC（SEQ ID NO：165）。

原代猴肝细胞的处理。通过RxGen Inc.将原代猴肝细胞引入培养，并且在6孔板中铺平板。它们如下用寡核苷酸进行处理。将6孔板中的培养基替换为由William’s Medium E（Sigma 目录号W4128）组成的新鲜生长培养基，其补充有5％FBS、50 U/ml青霉素和50 ug/ml链霉素、4 ug/ml胰岛素、1 uM地塞米松、10 ug/ml菌纤维素（InVivogen，San Diego CA）。所有反义寡核苷酸稀释至20 μM的浓度。使2 μl这种溶液与400 μl Opti-MEM培养基（Gibco 目录号31985-070）和4 μl Lipofectamine 2000（Invitrogen 目录号11668019）在室温下孵育20分钟，并且应用于具有细胞的6孔板的每个孔。包括2 μl水代替寡核苷酸溶液的相似混合物用于模拟转染对照。在37℃和5％CO₂下孵育3-18小时后，将培养基换成新鲜生长培养基。在加入反义寡核苷酸后48小时，去除培养基，并且使用来自Promega的SV Total RNA Isolation System（目录号Z3105）或来自Qiagen的RNeasy Total RNA Isolation试剂盒（目录号74181），根据制造商的说明书从细胞中提取RNA。

将600 ng RNA加入使用来自Thermo Scientific的Verso cDNA试剂盒（目录号AB1453B）执行的逆转录反应中，如制造商的方案中所述。来自这种逆转录反应的cDNA用于通过实时PCR监控基因表达，使用ABI Taqman Gene Expression Mix（目录号4369510）和由ABI设计的引物/探针（用于18S 目录号4319413E，用于ApoA1 Hs00163641_m1，和用于ApoA1反义DA327409ext的用户定制设计测定，全部由Applied Biosystems Inc.，Foster City CA）。使用下述PCR循环：使用Mx4000热循环仪（Stratagene）的50℃2分钟，95℃10分钟，40个循环（95℃15秒，60℃1分钟）。基于处理和模拟转染样品之间在18S标准化dCt中的差异，计算在用反义寡核苷酸处理后在基因表达中的倍数变化。

根据制造商的说明书，使用MabTech Inc. ApoA1 ELISA试剂盒目录号3710-11-6执行ELISA。

结果显示于图2、3、4和5中。图2显示如通过检测到的ApoA1 mRNA（上图）和ApoA1反义DA327409ext RNA（下图）量测量的，具有硫代磷酸酯主链即核苷酸间键合的2种寡核苷酸和LNA寡核苷酸在调节靶基因表达中是有效的。图3显示在用针对DA327409ext设计的寡核苷酸处理的HepG2细胞中的ApoA1 mRNA（橙色条）和ApoA1反义DA327409ext RNA（蓝色条）水平。图4显示在用针对DA327409ext设计的寡核苷酸处理的HepG2培养物中ApoA1 mRNA（下图）和蛋白质（上图）的剂量依赖性上调。图5显示在用针对DA327409ext设计的寡核苷酸处理后，在原代非洲绿猴肝细胞中ApoA1 mRNA的上调。

实施例4：在原代非洲绿猴中CUR-962的功效和作用持续时间研究

这个研究的目的是评估且比较不协调非编码反义序列的反义击倒效应，所述不协调非编码反义序列在非人灵长类模型中在静脉内施用后调节APOA1基因。设计为抑制ApoA1调节序列的反义寡核苷酸测试物品命名为CUR-962。

CUR-962：+G*+C*T* A*G*T* C*T*G* +T*+T*+G（SEQ ID NO：170）。

CUR-963（对照）：+G*+T*C* T*G*A* T*G*G* +A*+G*+A（SEQ ID NO：171）。

调节测试指导

这个研究依照公认的毒理学原理且遵照International Conference of Harmonization（ICH）Harmonized Tripartite Guidelines（Non-Clinical Safety Studies for the Conduct of Human Clinical Trials for Pharmaceuticals ICH M3（m），2000 November 9）和一般公认用于治疗剂测试的操作进行设计。

测试和对照物品

测试物品鉴定和制备

测试物品CUR-962是化学上稳定的反义寡核苷酸。用于静脉内递送的载体是磷酸盐缓冲盐水（PBS）。

载体表征

对于PBS载体，组成、批号、有效期限和贮存条件（温度和光/暗）得自供应商。

测试物品贮存和处理

测试物质和载体根据相应地由发起人和制造商提供的公认贮存条件进行贮存。

测试物品制剂的分析

测试物品制剂的样品将冷冻保存用于分析测试物质制剂的浓度、稳定性和同质性。

测试系统原理

灵长类是对于管理当局可接受作为潜在危害指示剂的合适非啮齿类物种，并且关于其的广泛背景信息是可获得的。非洲绿猴特别是多种人生理学和疾病状态的高度临床相关模型。

静脉内施用途径与可能的人治疗途径对应。测试物品的剂量基于先前在非洲绿猴中执行的类似化合物的剂量发现研究的结果。

选择非洲绿猴作为选择的灵长类，因为测试物品的靶序列跨越物种是保守的，在灵长类中具有100％同源性。另外，测试物质是合成寡核苷酸。因此，在灵长类中给药允许这些化合物功效的优良评估，所述化合物将比在任何其他物种中更反映在人中可能可见的摄取。

动物

物种

Chlorocebus sabaeus，非人灵长类。

品种

St. Kitts本土非洲绿猴。

来源

RxGen，Lower Bourryeau，St. Kitts，West Indies。

期望年龄

测试动物是成年的。

期望体重

猴重量约3-4 kg。实际范围可以改变但将记录在数据中。

性别

测试动物是成年雌性。

动物数目

筛选10只动物以确保适合于加入研究中的8只动物的鉴定。

研究数目

雌性：8。

关于研究数目的论证

这个研究设计为使用最少可能数目的动物，与评估测试物品在非洲绿猴中的治疗功效的主要目标和这类寡核苷酸在这个物种中的全身性施用的先前研究一致。

动物规格

在研究中采用重量范围3 – 4 kg的10只成年非洲绿猴。猴是从居住于岛的野生群体中人道捕获的首次用于药物的成年动物。被捕获猴用驱肠虫剂（antihelminthics）处理，以消除任何可能的肠寄生虫负荷，并且在就研究加入筛选前隔离观察最低限度4周。被捕获猴的年龄通过大小和齿形结构进行估计，从研究中排除年长动物。在研究加入前，对每只猴执行临床检查，包括移动和灵巧评估。获得血样且送往Antech Diagnostics（Memphis，TN），用于综合临床化学和全血细胞计数和脂肪谱（参见关于规格的节段9.2和319567928）。如通过与在St. Kitts集落中对于猴确定的正常范围比较测定的，从研究中排除具有异常实验室值的猴。为了鉴定满足这个标准的8只猴，筛选10只猴，根据需要筛选另外动物。在研究开始前，将选择的猴转移至个别笼，以适应个别饲养一周时期。仅认为适合于实验的动物将加入研究。在研究开始时的实际（或估计）年龄和重量范围将在原始数据和最后报告中详述。

动物健康与福利

遵循最高标准的动物福利且坚持由St. Kitts农业部（Department of Agriculture）和美国卫生和公众服务部（U.S. Department of Health and Human Services）规定的指导。所有研究将依照这些要求以及用于实验动物管理和饲养的所有可应用实践规范进行。关于兽医学管理、操作和审查的所有可应用标准如NIH动物管理和使用指导（Guide for the Care and Use of Animals）中包含的。St. Kitts设施保持如由指导要求的审查方案且检查设施的动物研究委员会。基金会具有由实验动物福利局（Office of Laboratory Animal Welfare）提交的批准保证，如由指导#A4384-01（Axion研究基金会（Research Foundation）/St. Kitts生物医学基金会（Biomedical Foundation））要求的。不存在由这个研究中指定的研究提出的专门非人灵长类兽医学管理内容和生物危害内容。

饲养和环境

为了允许检测任何处理相关临床体征，在手术前和手术后动物个别饲养直至处死时。个别笼位于其中的灵长类建筑物完全由环境光照明，如U.S. D.H.H.S指导中推荐的，这在北纬17度约12小时:12小时光-暗周期。RxGen灵长类建筑物完全通风至室外。另外的空气流动通过吊扇确保，以维持23-35℃的恒定靶温度，如St. Kitts全年一般的。每天测量24小时温度极端和相对湿度（这也将不受控制）。在研究过程中，笼定期进行清洁。

饮食和水

每只动物提供约90克/天的标准猴食物饮食（TekLad，Madison，WI）。记录饮食的具体营养组成。水定期分析微生物纯度。关于常备饮食和水供应中可接受水平的污染物标准分别在由饮食制造商确定的分析规格和定期设施水评估内。水符合对于证明为可接受用于人消耗所需的所有标准。

实验设计

动物标识和随机化

借助于基于体重和血浆胆固醇谱的分层随机化操作完成分配。在分配至组前和后，每只动物通过腹部上的纹身进行鉴定。纹身置于所有集落动物上，作为在常规健康检查过程中的鉴定方法。拟定笼计划以鉴定在内饲养的个体，并且个别猴通过与其分别笼附着的标记标签进一步鉴定。

组大小、剂量和标识号

动物分配至2个处理组，由每个组中的4只猴组成。根据设施编号系统，对每只猴提供专门动物标识号。这个系统通过字母随后为3个阿拉伯数字例如Y032独特地鉴定每只猴。

施用途径和频率

在静脉内递送的第1、3和5天时，动物通过手动输注经过~10分钟每天给药一次。输注率将是24 mL/kg/小时。在给药操作前和过程中，动物用氯胺酮和赛拉嗪进行镇静。将静脉导管（Terumo微型静脉输液装置，20号针，或相似的合适输液装置）插入隐静脉内。给药在每只猴中在8:00和10:00 a.m之间发生，在动物醒来后不久且在进食前。如下文血液化学节段中所述，仅在每次输注前收集血样，以评估血浆胆固醇和其他脂质水平。采血在2次取样间隔时的进食前，以使饮食对胆固醇测量的作用降到最低。

临床观察

在每天给药时记录治疗反应的所有可见体征。此外，动物就物理属性例如外表和一般状况每周检查至少一次。

体重

在处理过程中和处理后时期以每周间隔记录体重。

食物消耗

不定量个体食物消耗。然而，监控进食方式且作出任何较大改变的备注。

死亡率和发病率

将记录死亡率和发病率。在研究负责人和可能的发起人的监控科学家商量后，作出关于过早处死的任何决定。将对发现死亡或被过早杀死的动物实施尸检，收集肝脏、肾、心脏和脾肺组织用于组织病理学。在过早处死的事件中，还将获取血样（可能时）且测定参数。在固定工作时间后发现死亡的动物将冷冻过夜，且在下一个工作日开始时执行尸检。如果动物状况需要过早处死，那么它将通过静脉内过剂量的戊巴比妥钠实施安乐死。所有研究受动物使用原则（Principles for Use of Animals）控制。RxGen由法律要求遵照美国卫生和公众服务部灵长类设施标准，这指示必须遵守在这个研究内指定为温和的操作的严重性水平。

临床实验室研究

血样

在处理前从所有动物获得3个血样，以确定血浆胆固醇基线。在处理后收集血样且经由浅表静脉穿刺获取。在任何一个取样时间点时收集的体积不超过8 ml，这代表成年猴的约4％总血容量。

动物在2个基线时间点时以及在研究第1、3、5、7、9、11、13和15天时具有抽血，伴随如果意识到扰动那么其后继续的～每周收集，直至组1中的血浆胆固醇标准化（ApoA1）。在第1、6和11天时收集8毫升血液，以允许评估临床化学、脂质谱和凝固谱。在所有其他天数时，仅收集足够用于临床化学和脂质谱的5毫升血液。

在进行化学和血液学测量当天将血样分成3份。将一个样品收集到包含25μl肝素的血浆收集管内，并且标记有研究编号、剂量水平、天数、日期、独特动物标识号。在分离后，取出1毫升血浆至携带上述细节的无菌冻存管，且适当贮存直至运送用于血液化学分析。取出一个血液等分试样（0.5毫升）至标记有上述细节的无菌冻存管，且适当贮存直至运送用于血浆胆固醇分布和载脂蛋白分析。使另外1毫升和0.5毫升血浆等分试样速冻且贮存于液氮中，以充当备份样品用于可能的另外分析。

2个另外的全血样等分试样（各2.5毫升）用酸性柠檬酸盐葡萄糖（ACD）抗凝剂处理且标记，并且贮存于4℃直至运送用于下文详述的凝固和CBC测量。

运送样品以在取样24小时内达到，或在稳定条件下贮存用于在确定合适的时间时运送。

仅在取样方法或测定方法被认为超出正常质量限制范围时获取重复样品。将样品获取到标记管内。

血液学

对在第1、6和11天时（以及如果在这些时间点中的任何时检测到扰动的另外天时）收集的所有样品测量全血细胞计数（CBC）、凝血酶原时间、PTT、纤维蛋白原和D-二聚体。对在包含EDTA的真空采血管中收集的1毫升全血评估血细胞计数。对在包含酸性柠檬酸盐葡萄糖（ACD）抗凝剂的真空采血管中收集的约2.0毫升血液执行凝固谱测定。

血液化学

葡萄糖、血尿素氮、肌酸酐、总蛋白质、白蛋白、总胆红素、碱性磷酸酶、丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（AST）、胆固醇、钙、磷、钠、钾、氯化物、A/G比值、BUN/肌酸酐（计算的）、球蛋白（计算的）、脂肪酶、淀粉酶、甘油三酯、CPK、乳酸脱氢酶、γ谷氨酰转移酶（GGT）、镁、总胆固醇LDL、VLDL、HDL、ApoA1、ApoA2、ApoB、ApoE、ApoLp（a）。对每一个血浆样品进行超化学（superchemistries）以及LDL和HDL测量。在评估LDL和HDL数据后，对选择样品进行载脂蛋白测量。

对约1.0 mL血浆执行测定用于超化学测量，且对0.5ml血浆执行测定用于胆固醇分布和载脂蛋白测量。收集另外的血浆等分试样且贮存用于可能的未来分析。

肝脏活组织检查

在基线时以及在第7和17天时，对所有猴执行经皮肝脏穿刺活组织检查。将采用14号活组织检查针（INRAD），以获得来自肝脏右和左叶的2个中心活组织检查（长度~1.0 cm）。在如下所述的再分前，通过在活组织检查针上的活组织检查样品的目视检查证实成功的活组织检查。

合并样品且随后以下述方式分开。将来自左叶的一个活组织检查的一半（~0.5 cm）浸入多聚甲醛中，用于切片用于组织病理学和原位分析。紧将每个分开活组织检查的其余一半以及其他2个完整的活组织检查浸入包含2 mls RNAlater（Qiagen）的标记冻存管中，并且在4℃下孵育过夜，这之后抽吸RNAlater且使样品管在液氮中速冻。在液氮中转运后，采用Trizol或TriReagent法分离总RNA，具有~40 μg/1.0 cm 14 g中心活组织检查的期望得率（对于衍生自来自单只猴的所有4个合并中心活组织检查的合并RNA总共~80-100 μg，不存在保存用于组织病理学和原位的组分）。5μg RNA馏分用于靶特异性实时qPCR（TaqMan miRNA测定，ABI）。其余RNA馏分保存用于可能的全基因组表达分析。

处理固定组织用于石蜡包埋。切片染色用于H&E和在肉眼组织学发现下报告的组织病理学发现。在这个工作中生成的所有载玻片携带具有研究编号、剂量水平、天数、日期、独特动物标识号的标记。

统计分析

统计学

执行关于血液学、临床化学和脂质谱的描述统计学。对表达数据进行合适生物信息学分析。

样本大小

基于给非洲绿猴施用修饰反义寡核苷酸且产生临床化学和脂质谱改变的先前实验和相关变异性进行样本大小测定。用于功效评估的受试者总数目是20只加入的（enrolled）动物，其中4只动物/处理组，和4只另外筛选的动物。

结果：

结果显示于下述图中。图6：如分别通过实时PCR和ELISA测定的（2个左图），与基线水平比较，在用CUR-962针对ApoA1反义DA327409ext设计的寡核苷酸处理后，在猴肝脏活组织检查中增加的ApoA1 mRNA（上图）和蛋白质（下图）水平。在用在体外显示对ApoA1水平没有作用的寡核苷酸（CUR-963，2个右图）给药的对照组中相同时间段后，ApoA1 mRNA和蛋白质水平不改变。

尽管本发明已就一个或多个实现而言举例说明且描述，但在阅读和理解本说明书和附图后，本领域技术人员将想到等价改变和修饰。此外，虽然本发明的特定特征可以就几个实现中的唯一一个而言公开，但此类特征可以与其他实现的一个或多个其他特征组合，如对于任何给定或特定应用可以是所需和有利的。

公开内容的摘要将允许读者快速确定技术公开内容的性质。在理解上认为它将不用于解释或限制下述权利要求范围或含义。

Claims (36)

1.一种在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（apolipoprotein，ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括：

使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，其中所述寡核苷酸与多核苷酸的反向互补体具有至少50％序列同一性，所述多核苷酸包括在SEQ ID NO：2的核苷酸1-932内的5 - 30个连续核苷酸（图8）；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

2.一种在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括：

使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，其中所述寡核苷酸与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义的反向互补体具有至少50％序列同一性；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

3.一种在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括：

使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，其中所述寡核苷酸与针对载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义寡核苷酸具有至少50％序列同一性；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

4.一种在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达的方法，其包括：

使所述细胞或组织与靶向载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的天然反义的区域的反义寡核苷酸接触；从而在体内或体外调节患者细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸功能和/或表达。

5.权利要求4的方法，其中相对于对照，所述载脂蛋白（ApoA1）的表达和/或功能在体内或体外增加。

6.权利要求4的方法，其中所述反义寡核苷酸靶向载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的天然反义序列。

7.权利要求4的方法，其中所述反义寡核苷酸靶向包括载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的编码和/或非编码核酸序列的核酸序列。

8.权利要求4的方法，其中所述反义寡核苷酸靶向载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的重叠和/或非重叠序列。

9.权利要求4的方法，其中所述反义寡核苷酸包括一种或多种修饰，其包括：修饰的糖部分、修饰的核苷间键合、修饰的核苷酸和/或其组合。

10.权利要求9的方法，其中所述修饰的糖部分包括2'-O-甲氧基乙基修饰的糖部分、2'-甲氧基修饰的糖部分、2'-O-烷基修饰的糖部分或二环糖部分。

11.权利要求9的方法，其中所述修饰的核苷间键合包括硫代磷酸酯、2'-O-甲氧基乙基（MOE）、2'-氟、烷基膦酸酯、二硫代磷酸酯、烷基硫代膦酸酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯、碳酸酯、磷酸三酯、亚氨酸乙酯、羧甲基酯和/或其组合。

12.权利要求9的方法，其中所述寡核苷酸任选具有至少一种修饰的核苷酸，其包括肽核酸、锁核酸（LNA）分子、阿糖核酸（FANA）、肽核酸（PNAs）、其类似物或衍生物。

13.权利要求1的方法，其中所述反义寡核苷酸包括核心序列gctagt（SEQ ID NO：172）。

14.权利要求1的方法，其中所述寡核苷酸包括如SEQ ID NO：81 - 173所示的至少一个寡核苷酸序列。

15.一种在体内或体外调节哺乳动物细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）基因表达和/或功能的方法，其包括：

使所述细胞或组织与长度5 – 30个核苷酸的小干扰RNA（siRNA）寡核苷酸接触，所述寡核苷酸对于载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义多核苷酸具有特异性，其中所述寡核苷酸与所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义和/或正义核酸分子的至少约5个连续核酸的互补序列具有至少50％序列同一性；和，

在体内或体外调节哺乳动物细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）基因表达和/或功能。

16.权利要求15的方法，其中所述寡核苷酸与所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义和/或正义核酸分子的至少约5个连续核酸的互补序列具有至少80％序列同一性。

17.一种在体内或体外调节哺乳动物细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）基因表达和/或功能的方法，其包括：

使所述细胞或组织与长度约5 – 30个核苷酸的反义寡核苷酸接触，所述反义寡核苷酸对于编码载脂蛋白（ApoA1）分子的多核苷酸的正义和/或天然反义链的非编码和/或编码序列具有特异性，其中所述反义寡核苷酸与如SEQ ID NO：81 - 173所示的至少一个核酸序列具有至少50％序列同一性；和，

在体内或体外调节哺乳动物细胞或组织中的载脂蛋白（ApoA1）基因表达和/或功能。

18.一种包括至少一种修饰的合成的、修饰的寡核苷酸，其中所述修饰包括下述中的至少一种核苷酸间键合：烷基膦酸酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、烷基硫代膦酸酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯、碳酸酯、磷酸三酯、亚氨酸乙酯、羧甲基酯或其组合，其中与正常对照比较，所述寡核苷酸是在体内或体外与载脂蛋白（ApoA1）分子杂交，且调节其表达和/或功能的反义化合物。

19.权利要求18的寡核苷酸，其包括硫代磷酸酯核苷酸间键合和选自下述的至少一个核苷酸间键合的组合：烷基膦酸酯、二硫代磷酸酯、烷基硫代膦酸酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯、碳酸酯、磷酸三酯、亚氨酸乙酯、羧甲基酯和/或其组合。

20.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括至少一个硫代磷酸酯核苷酸间键合。

21.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括硫代磷酸酯核苷酸间键合的主链。

22.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸任选包括至少一种修饰的核苷酸，其包括肽核酸，锁核酸（LNA）分子，其类似物、衍生物和/或组合。

23.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括修饰的糖部分，其包括2'-O-甲氧基乙基修饰的糖部分、2'-甲氧基修饰的糖部分、2'-O-烷基修饰的糖部分或二环糖部分。

24.权利要求18的寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸长度至少约5 – 30个核苷酸，并且与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的正义和/或反义链杂交，其中所述寡核苷酸与所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义和/或正义编码和/或非编码核酸序列的至少约5个连续核酸的互补序列具有至少约20％序列同一性。

25.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸与所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的反义和/或正义编码和/或非编码核酸序列的至少约5个连续核酸的互补序列具有至少约80％序列同一性。

26.权利要求18的寡核苷酸，其中与正常对照比较，所述寡核苷酸在体内或体外与至少一种载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸杂交，且调节其表达和/或功能。

27.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括核心序列gctagt（SEQ ID NO：172）。

28.权利要求18的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包括如SEQ ID NO：81 - 173所示的序列。

29.一种组合物，其包括对于载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸具有特异性的一种或多种寡核苷酸，所述多核苷酸包括其反义序列、互补序列、等位基因、同系物、同种型、变体、衍生物、突变体或片段。

30.权利要求29的组合物，其中所述寡核苷酸包括与如SEQ ID NO：81 - 173所示的任何一个核苷酸序列比较至少约40％的核苷酸序列同一性。

31.权利要求29的组合物，其中所述寡核苷酸包括如SEQ ID NO：1 - 173所示的寡核苷酸序列。

32.权利要求28的组合物，其中如SEQ ID NO：81 - 173所示的所述寡核苷酸序列包括一种或多种修饰的或取代的核苷酸。

33.权利要求29的组合物，其中所述修饰的核苷酸包括修饰的碱基，其包括硫代磷酸酯、甲基膦酸酯、肽核酸、锁核酸（LNA）分子。

34.一种预防或治疗与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸和/或其编码产物相关的疾病的方法，其包括：

给患者施用治疗有效剂量的至少一种反义寡核苷酸，其与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的天然反义序列结合，且调节所述载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸的表达；从而预防或治疗与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸和/或其编码产物相关的疾病。

35.权利要求34的方法，其中与载脂蛋白（ApoA1）多核苷酸相关的疾病包括：心血管病症、胆固醇、糖尿病、心脏病、关节炎、炎症、神经性疾病或病症、自身免疫疾病、癌症或肥胖。

36.一种鉴定和选择寡核苷酸用于体内施用的方法，其包括选择与疾病状态相关的靶多核苷酸；

鉴定包括至少5个连续核苷酸的寡核苷酸，其与所述鉴定的多核苷酸互补或处于反义方向；和

在严格杂交条件下测量在反义寡核苷酸和靶多核苷酸结合之间的热解链温度；和，

鉴定和选择寡核苷酸用于体内施用。

Images