BR112014025384B1 - Sistema e métodos para executar ensaio automatizado e teste reflexivo em amostras a partir dos respectivos exemplares - Google Patents

Abstract

Método e Sistema Para Executar Ensaio Automatizado e Métodos Para Executar Teste Reflexivo em Vários Exemplares As concretizações reveladas neste documento referem-se a métodos e sistemas para realizar ensaios automatizados e, mais especificamente, para realizar ensaios sequenciais em uma amostra em instrumento automatizado.

Description

RELATÓRIO DESCRITIVO ANTECEDENTES Campo Técnico

[001] As modalidades reveladas neste documento se referem a métodos e sistema para realizar ensaios sequenciais automatizados, tais como ensaios de testes de ácidos nucleicos.

Descrição da Técnica Relacionada

[002] A automação do teste molecular de amostras vem se popularizando cada vez mais em parte porque a automação é capaz de diminuir o tempo desde a coleta de uma amostra até a obtenção dos resultados, de minimizar a variabilidade experimental e de diminuir a necessidade por técnicos altamente treinados. Além dos benefícios no campo dos diagnósticos, a automação no processamento e teste de amostras promove a alta produtividade de testes. Dispositivos automatizados para o processamento de exemplares ou amostras normalmente incluem hardware e artigos de consumo. Portanto, é desejável maximizar a automação dos testes moleculares e, ao mesmo tempo, minimizar a quantidade de artigos de consumo usados.

[003] As modalidades descritas propõem um teste automatizado de exemplares e/ou amostras aprimorado que pode ser vantajosamente usado em configurações clínicas e de pesquisa.

SUMÁRIO

[004] A presente tecnologia refere-se a métodos e sistemas para realizar ensaios sequenciais automatizados, tais como ensaios de testes de ácidos nucleicos. Algumas modalidades referem-se a ensaios sequenciais de um ou mais exemplares realizados em um instrumento automatizado. Em algumas modalidades da tecnologia apresentada neste documento, propõem-se métodos para executar um ensaio automatizado de várias amostras que permitem maior confiabilidade e simplicidade de uso ao examinar vários exemplares em um instrumento automatizado. Os métodos podem incluir: a) providenciar um instrumento automatizado configurado para receber e processar várias amostras retiradas dos vários exemplares quanto a um ou mais analitos almejados de acordo com um ou mais respectivos fluxos de trabalho de ensaio; b) providenciar várias amostras para ser testadas; c) transferir automaticamente uma primeira fração de cada uma das várias amostras que serão testadas a respectivos vários primeiros vasos com reagentes para um primeiro teste quanto a um primeiro analito almejado; d) executar automaticamente o primeiro teste na fração das várias amostras a fim de determinar a presença de um primeiro analito almejado de acordo com um primeiro fluxo de trabalho de ensaio; e) selecionar um subconjunto de amostras dentre as várias amostras nas quais ficou determinada a presença do primeiro analito almejado; f) transferir automaticamente uma segunda fração do subconjunto de amostras selecionado em e) a um segundo vaso com reagentes para um segundo teste a fim de determinar a presença de um segundo analito almejado de acordo com um segundo fluxo de trabalho de ensaio; e g) executar automaticamente o segundo teste na segunda fração do subconjunto de amostras selecionado.

[005] Em algumas modalidades, cada uma das várias amostras compreende uma solução pré-processada de ácidos nucleicos isolados a partir de respectivos vários exemplares. Em algumas modalidades, o instrumento automatizado processa automaticamente os vários exemplares para obter as respectivas várias amostras com ácidos nucleicos isolados.

[006] Em algumas modalidades, para cada amostra, a amostra e o primeiro vaso com reagentes para um primeiro teste são dispostos em uma primeira tira de teste, de tal modo que a etapa f) compreenda ainda transferir automaticamente a segunda fração da amostra para o segundo vaso com reagentes para o segundo teste disposto em uma segunda tira de teste.

[007] Em algumas modalidades, a etapa e) compreende ainda: e1) identificar um subconjunto das várias primeiras tiras de teste para o segundo teste; e e2) para cada primeira tira de teste no subconjunto, providenciar uma segunda tira de teste correspondente contendo um vaso com reagentes para um segundo teste quanto a um segundo analito.

[008] Em algumas modalidades, a segunda tira de teste compreende ao menos uma ponta de pipeta. Em algumas modalidades, o método compreende, antes da etapa f), adicionar líquido extra à amostra.

[009] Em algumas modalidades, para cada amostra, a amostra, o primeiro vaso e um receptáculo para o segundo vaso são dispostos em uma mesma tira de teste. Em algumas modalidades, o método compreende, antes da etapa d), as etapas de d1) identificar um subconjunto das várias primeiras tiras de teste para testar quanto à presença do segundo analito; e d2) para cada tira de teste no subconjunto, providenciar um segundo vaso com reagentes para o segundo teste no receptáculo.

[0010] Em algumas modalidades, o método compreende, antes da etapa f), a etapa de providenciar uma ponta de pipeta configurada para transferir a segunda fração da amostra ao segundo vaso com reagentes para o segundo teste.

[0011] Em algumas modalidades, a ponta de pipeta pode ser, por exemplo, uma ponta de pipeta sem uso ou uma ponta de pipeta lavada. Em algumas modalidades, o método compreende, antes da etapa f), a etapa de adicionar líquido extra à amostra.

[0012] Em algumas modalidades, o primeiro teste compreende uma reação selecionada dentre o grupo composto por: Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), Amplificação Mediada por Transcrição (TMA), Ensaio de Ligação de Oligonucleotídeos (OLA), Reação em Cadeias da Ligase (LCR), Amplificação por Círculo Rolante (RCA), Amplificação por Deslocamento de Fita (SDA) e uma reação de hibridização.

[0013] Em algumas modalidades, o método compreende ainda a etapa de comparar indícios de identificação em uma tira de teste a um conjunto de dados de identificação específicos ao ensaio armazenados no instrumento.

[0014] Também é proposto neste documento um sistema para executar um ensaio automatizado em várias amostras retiradas de respectivos vários exemplares, o sistema compreendendo um instrumento automatizado configurado para receber e processar várias amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho de ensaio; o instrumento compreendendo várias tiras de teste; um processador; um espaço de armazenamento; e um programa para executar um ensaio automatizado, o programa compreendendo instruções para a) providenciar um instrumento automatizado configurado para receber e processar várias amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho de ensaio, o instrumento compreendendo várias tiras de teste; b) transferir automaticamente uma primeira fração de cada amostra a respectivos vários primeiros vasos com reagentes para um primeiro teste; c) executar o primeiro teste para determinar a presença de um primeiro analito almejado; d) transferir automaticamente uma segunda fração das amostras, ou um subconjunto selecionado das amostras, a respectivos segundos vasos com reagentes para um segundo teste; e e) executar um segundo teste na segunda fração das amostras, ou subconjunto selecionado de amostras, para determinar a presença de um segundo analito almejado.

[0015] Em algumas modalidades do sistema acima, o programa compreende ainda instruções para isolar automaticamente ácidos nucleicos a partir dos vários exemplares a fim de obter respectivas várias amostras com ácidos nucleicos isolados.

[0016] Em algumas modalidades do sistema acima, para cada amostra, as amostras e o primeiro vaso com reagentes para o primeiro teste são situados em uma primeira tira de teste, em que a etapa e) compreende transferir automaticamente uma fração da solução de ácidos nucleicos extraídos a um segundo tubo de mistura mestra situado em uma segunda tira de teste.

[0017] Em algumas modalidades do sistema acima, para cada amostra, a amostra, o primeiro vaso e um receptáculo para o segundo vaso são dispostos em uma mesma tira de teste, em que o programa compreende instruções para as etapas de d1) identificar um subconjunto das várias primeiras tiras de teste para testar quanto ao segundo analito; e d2) para cada tira de teste no subconjunto, providenciar um segundo vaso correspondente com reagentes para o segundo teste no receptáculo.

[0018] Também é proposto neste documento um método para executar testes reflexivos em vários exemplares, o método compreendendo a) providenciar vários exemplares para ser testados; b) processar os vários exemplares a fim de obter respectivas várias amostras; c) transferir uma primeira fração de cada uma das várias amostras que serão testadas a respectivos vários primeiros vasos com reagentes para um primeiro teste quanto a um primeiro analito almejado; d) executar o primeiro teste na fração das várias amostras a fim de determinar a presença de um primeiro analito almejado; e) selecionar um subconjunto de amostras dentre as várias amostras nas quais foi determinada a presença do primeiro analito almejado para o teste reflexivo; f) transferir uma segunda fração do subconjunto de amostras selecionado na etapa e) a um segundo vaso com reagentes para um segundo teste a fim de determinar a presença de um segundo analito almejado; e g) executar o segundo teste na segunda fração do subconjunto de amostras selecionado.

[0019] Em algumas modalidades dos métodos acima, o primeiro teste compreende um teste para a detecção simultânea do Staphylococcus aureus resistente à meticilina e do Staphylococcus aureus, em que o segundo teste compreende um teste para a detecção de um determinante de resistência à mupirocina. Em algumas modalidades, o determinante de resistência à mupirocina compreende o gene mupA.

[0020] Também é proposto neste documento um método para executar testes reflexivos em um exemplar, o método compreendendo a) providenciar um exemplar para ser testado; b) processar o exemplar para obter uma respectiva amostra; c) transferir uma primeira fração da amostra que será testada a um primeiro vaso com reagentes para um primeiro teste quanto a um primeiro analito almejado; d) executar o primeiro teste na primeira fração da amostra a fim de determinar a presença do primeiro analito almejado; f) transferir uma segunda fração da amostra a um segundo vaso com reagentes para um segundo teste a fim de determinar a presença de um segundo analito almejado se o primeiro analito almejado for detectado na primeira fração da amostra; e g) executar o segundo teste na segunda fração da amostra.

[0021] Em algumas modalidades do método acima, o primeiro teste compreende um teste para a detecção simultânea do Staphylococcus aureus resistente à meticilina e do Staphylococcus aureus, em que o segundo teste compreende um teste para a detecção de um determinante de resistência à mupirocina. Em algumas modalidades, o determinante de resistência à mupirocina compreende o gene mupA.

BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS

[0022] A FIG. 1 ilustra uma tira de teste de acordo com uma modalidade.

[0023] A FIG. 2 ilustra uma tira de teste de acordo com uma modalidade.

[0024] A FIG. 3 ilustra várias tiras de teste dispostas em um suporte de tiras de acordo com uma modalidade.

DESCRIÇÃO DETALHADA

[0025] Os títulos das seções usados neste documento servem somente para fins de organização e não devem ser interpretados de modo a limitar a matéria inventiva descrita de maneira alguma. Toda a literatura e materiais semelhantes citados neste pedido incluindo, entre outros, patentes, pedidos de patente, artigos, livros, tratados e páginas da Internet, independentemente do formato da referida literatura, e materiais semelhantes incorporam-se expressamente por referência ao presente documento na íntegra para qualquer finalidade. No caso em que uma ou mais literaturas e materiais semelhantes incorporados definirem ou usarem um termo de modo que contradiga a definição no presente pedido, este prevalecerá. Embora os presentes ensinamentos sejam descritos junto com várias modalidades, não há intenção de que eles se limitem às referidas modalidades. Pelo contrário, os presentes ensinamentos abrangem várias alternativas, modificações e equivalentes, conforme os versados na técnica perceberão.

[0026] Instrumentos diagnósticos automatizados capazes de processar e testar vários exemplares e/ou amostras em paralelo já foram descritos. Esses dispositivos podem ser usados vantajosamente com alto produtividade para facilitar o preparo e o teste de exemplares e/ou amostras. À guisa de exemplo, instrumentos diagnósticos automatizados podem preparar amostras para ensaios diagnósticos, tais como ensaios de amplificação de ácidos nucleicos, e executar a amplificação e a detecção.

[0027] Os testes diagnósticos são, por natureza, orientados por hipótese. Ao realizar um teste orientado por hipótese, tal como o teste de uma amostra em busca de um analito específico, o resultado do teste pode levar ao desejo de testar outro alvo, isto é, um teste reflexivo. No entanto, muitas vezes, só vale a pena testar um subconjunto das amostras originais, e não seria nada econômico testar todas as amostras. À guisa de exemplo, em uma configuração clínica, pode ser desejável testar um exemplar quanto à presença de um ou mais patógenos. Se o teste revelar a presença de um patógeno específico, pode ser desejável executar outros testes, por exemplo, para determinar a presença de determinantes de resistência a antibióticos. Obter outro exemplar para um novo teste, por exemplo, a partir de um paciente cujo exemplar deu positivo para um analito indicativo da presença de um patógeno específico, pode ser difícil e retardar ainda mais o teste desejado. Além da possível dificuldade em obter vários exemplares para teste, se vários exemplares forem testados, abordagens manuais para transferência de exemplares do paciente, ou de amostras preparadas a partir dos exemplares para teste (por exemplo, testes de ácidos nucleicos), a um novo vaso de reação pode ser propensa a erros, bem como ineficiente e laboriosa. Ademais, quando os exemplares precisam ser processados antes do teste, é desejável minimizar os custos associados a processamento (por exemplo, com reagentes e seus semelhantes). Sendo assim, existe uma grande necessidade por métodos aprimorados para executar testes reflexivos de maneira automatizada.

[0028] Logo, um “teste reflexivo” refere-se a um teste subsequente (por exemplo, um segundo teste) a ser realizado com base nos resultados de um teste anterior (por exemplo, um primeiro teste). Exemplos não limitantes de primeiros testes e testes reflexivos incluem, por exemplo, um primeiro teste quanto à presença do Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) e do S. aureus sensível à meticilina (MSSA). No caso de amostras com resultado positivo para MRSA ou MSSA, também pode ser desejável determinar se elas contêm determinantes de resistência à mupirocina (um antibiótico). Como, por via de regra, a resistência à mupirocina só é relevante no caso de amostras com resultado positivo para MRSA ou MSSA, em geral não seria nada econômico testar amostras com resultado negativo para MRSA e MSSA quanto à resistência à mupirocina. Vários testes e testes reflexivos úteis às modalidades reveladas neste documento são discutidos em mais detalhes abaixo.

[0029] Os métodos e sistemas propostos neste documento utilizam vantajosamente material residual do teste original em vez de exigir que um novo exemplar seja obtido do paciente. Por exemplo, pode ser especialmente vantajoso utilizar material residual que foi altamente processado e requer pouco esforço adicional para realizar o teste reflexivo.

Exemplares e Amostras

[0030] As modalidades reveladas neste documento podem ser usadas para testar exemplares usando ensaios moleculares automatizados. Conforme usado neste documento, o termo “exemplar” refere-se a um exemplar ou amostra clínica de uma ou mais fontes, incluindo, entre outras, fluidos corporais (inclusive, entre outros, sangue, urina, soro, linfa, saliva, secreções anais e vaginais, perspiração, fluido peritoneal, fluido pleural, efusões, ascites, secreções purulentas, fluidos de lavagem, fluidos drenados, exemplares de citologia com escova, tecido de biópsia, dispositivos médicos removidos, cateteres infectados, pus, biofilmes e sêmen) de praticamente qualquer organismo, com amostras de mamíferos, em especial amostras de seres humanos, e amostras ambientais (incluindo, entre outros, amostras de ar, agricultura, água e solo) que encontrem uso na invenção. Além disso, é possível retirar amostras do processamento de alimentos, que podem incluir tanto amostras de entrada (por exemplo, grãos, leite ou carcaças de animais), quanto amostras em etapas de processamento intermediárias, além de alimentos acabados prontos para consumo.

[0031] Em algumas modalidades, amostras são preparadas a partir dos exemplares, e testes são realizados nas amostras. Por exemplo, em algumas modalidades, os exemplares podem ser processados para obter amostras adequadas a testes moleculares. Em algumas modalidades, os exemplares podem ser analisados diretamente e não são pré-processados antes do teste. Por exemplo, uma “amostra direta” é um exemplar coletado de um paciente e testado usando os métodos revelados neste documento sem isolar ou cultivar bactérias do exemplar, ou sem processar o exemplar para isolar ácidos nucleicos antes do teste. Como tais, as amostras diretas geralmente só são minimamente processadas antes da triagem. Em algumas modalidades, os exemplares revelados neste documento são processados para obter amostras adequadas para teste. Por exemplo, exemplares contendo células podem ser processados para lisar as células e liberar os componentes celulares, tais como ácidos nucleicos, proteínas e seus semelhantes, antes do teste. Em algumas modalidades, os exemplares podem ser processados para produzir amostras com ácidos nucleicos isolados. Conforme usado neste documento, o sintagma “ácidos nucleicos isolados” referem-se à purificação de ácidos nucleicos a partir de um ou mais componentes celulares. Os versados na técnica perceberão que amostras processadas para “isolar ácidos nucleicos” a partir delas podem incluir componentes e impurezas diferentes dos ácidos nucleicos. Amostras com ácidos nucleicos isolados podem ser preparadas a partir de exemplares usando qualquer método aceitável conhecido na técnica. Por exemplo, as células podem ser lisadas usando agentes lisantes conhecidos, e os ácidos nucleicos podem ser purificados ou parcialmente purificados a partir de outros componentes celulares. Reagentes e protocolos adequados para extrações de DNA e RNA podem ser encontrados, respectivamente, nas Publicações de Pedido de Patente dos EUA no US 2010-0009351 e US 2009-0131650, cada uma das quais incorpora-se ao presente documento na íntegra por referência. Em testes de ácidos nucleicos (por exemplo, métodos de amplificação e hibridização discutidos em mais detalhes abaixo), a solução de ácidos nucleicos extraídos pode ser adicionada diretamente a um reagente (por exemplo, ou em líquido, vinculado a um substrato, em forma liofilizada ou algo do gênero, conforme discutido em mais detalhes abaixo) necessário para executar um teste de acordo com as modalidades reveladas neste documento.

[0032] Em algumas modalidades, os testes, por exemplo, os primeiros testes e os testes reflexivos descritos neste documento são testes usados para determinar a presença de um analito almejado em um exemplar ou amostra. Conforme usado neste documento, o termo “analito almejado” pode se referir a vários tipos de analitos de interesse, incluindo, por exemplo, ácidos nucleicos almejados, proteínas almejadas ou outras moléculas almejadas de interesse. Em algumas modalidades, os dispositivos e métodos descritos neste documento são usados para executar testes reflexivos para determinar a presença de ácidos nucleicos almejados, embora os versados na técnica percebam que as modalidades reveladas neste documento podem ser prontamente adaptadas para outros tipos de analitos almejados.

[0033] De acordo com o disposto acima, as modalidades reveladas neste documento vantajosamente propõem métodos aprimorados para testar automaticamente exemplares e amostras quanto à presença de analitos almejados. Os métodos para executar um ensaio automatizado em várias amostras. Em algumas modalidades, o método pode a) providenciar um instrumento automatizado configurado para receber e processar várias amostras retiradas dos referidos vários exemplares quanto a um ou mais analitos almejados de acordo com um ou mais respectivos fluxos de trabalho de ensaio; b) providenciar várias amostras para ser testadas; c) transferir automaticamente uma primeira fração de cada uma das referidas várias amostras que serão testadas a respectivos vários primeiros vasos com reagentes para um primeiro teste quanto a um primeiro analito almejado; d) executar automaticamente o primeiro teste na fração das referidas várias amostras a fim de determinar a presença de um primeiro analito almejado de acordo com um primeiro fluxo de trabalho de ensaio; e) selecionar um subconjunto de amostras dentre as várias amostras nas quais ficou determinada a presença do primeiro analito almejado; f) transferir automaticamente uma segunda fração do subconjunto de amostras selecionado em e) a um segundo vaso com reagentes para um segundo teste a fim de determinar a presença de um segundo analito almejado de acordo com um segundo fluxo de trabalho de ensaio; e g) executar automaticamente o segundo teste na segunda fração do subconjunto de amostras selecionado.

[0034] Instrumentos automatizados que podem ser usados nas modalidades reveladas neste documento incluem, por exemplo, os descritos na Patente dos EUA no 8.133.671 e no Pedido de Patente dos EUA no 2009-01 1 1059, os quais se incorporam ao presente documento por referência na íntegra. Os versados na técnica perceberão, contudo, que as modalidades reveladas neste documento podem ser prontamente adaptáveis a qualquer sistema automatizado adequado para o processamento e teste de exemplares e/ou amostras. De maneira desejável, os sistemas automatizados são configurados para permitir o processamento e teste de várias amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho. Conforme usados neste documento, os termos “fluxo de trabalho”, “fluxo de trabalho de ensaio”, “ensaio”, “protocolo de ensaio”, “teste” e termos semelhantes referem-se a um procedimento para processar um exemplar e/ou amostra. Em modalidades típicas, um fluxo de trabalho inclui etapas para o preparo de amostras, tais como lise celular, extração de ácidos nucleicos, purificação de ácidos nucleicos, digestão de ácidos nucleicos, modificação de ácidos nucleicos, extração de proteínas, purificação de proteínas e seus semelhantes. Vários métodos para extração de ácidos nucleicos úteis nas modalidades reveladas neste documento são conhecidos na técnica. Discussões exemplificativas sobre extração de ácidos nucleicos podem ser encontradas, por exemplo, na Publicação de Pedido de Patente dos EUA no 2009-0131650, na Publicação de Pedido de Patente dos EUA no 2010-0009351 e na Publicação de Pedido de Patente dos EUA no 200601662331 1/281.247, as quais se incorporam ao presente documento por referência na íntegra. À semelhança, discussões exemplificativas sobre a extração de proteínas podem ser encontradas, por exemplo, nas Patentes dos EUA no 8.053.239 e 6.864.100, ambas as quais se incorporam ao presente documento na íntegra por referência.

[0035] Em algumas modalidades típicas, um fluxo de trabalho também pode incluir reações de amplificação de ácidos nucleicos. Em algumas modalidades típicas, um fluxo de trabalho pode incluir ainda procedimentos de análise de dados.

[0036] Conforme descrito acima, em algumas modalidades, uma fração (por exemplo, uma primeira fração e, em alguns casos, uma segunda fração) da amostra sendo examinada ou analisada é transferida a um vaso com reagentes para um teste. Conforme usado neste documento, o termo “vaso” refere-se a qualquer tipo de objeto capaz de conter uma amostra, incluindo, entre outros, tubos, vasos em placas de microtitulação e seus semelhantes. Em algumas modalidades, o vaso é localizado dentro de uma tira de teste. Conforme usados neste documento, os termos “tira de teste” ou “tira de reagentes” referem-se a um pacote que contém um ou mais componentes consumíveis para um ensaio automatizado. As tiras de teste podem, portanto, ser configuradas para uso por um aparelho que realiza o preparo automatizado de exemplares e/ou amostras, aparelho esse descrito, por exemplo, na Publicação de Pedido de Patente Internacional no WO 09/054870, a qual se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0037] Em modalidades típicas, uma tira de teste pode compreender um vaso, tal como um tubo, cavidade ou algo do gênero, para conter uma amostra ou solução pré-processada com ácidos nucleicos isolados obtidos de um exemplar. Normalmente, a tira de teste também pode compreender um vaso para conter reagentes para um teste molecular, tal como um teste de ácidos nucleicos (por exemplo, reagentes usados na amplificação de ácidos nucleicos, conforme discutido em mais detalhes em outras partes neste documento). Em algumas modalidades, a tira de teste pode incluir outros vasos para realizar o preparo de amostras e para conter reagentes e outros artigos de consumo, tais como pontas de pipeta. Em algumas modalidades, a tira de teste ou tira de reagentes inclui um ou mais receptáculos ou aberturas configurados para receber vasos de reação com reagentes de ensaio. Logo, em algumas modalidades, os vasos que contêm reagentes para uso nos ensaios descritos neste documento são unitários ou integrais à tira de teste, ao passo que, em algumas modalidades, os vasos que contêm reagentes para uso nos ensaios descritos neste documento não são integrais à tira de teste, mas são adaptados para encaixar em um receptáculo ou abertura nesta. Exemplos não limitantes de tiras de teste ou tiras de reagentes que podem ser usados nas modalidades reveladas neste documento são definidos nas Figuras 1 e 2, nas Patentes dos EUA D618820 e D637737 e no Pedido de Patente Provisório dos EUA no 61/541.991, depositado no dia 30 de setembro de 2011 e intitulado “UNITZED REAGENT STRIP”, cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra. A Figura 1 e a Figura 2 ilustram tiras de teste/tiras de reagentes exemplificativas que podem ser usadas nas modalidades reveladas neste documento.

[0038] Um instrumento automatizado pode compreender ou ser configurado para receber, por exemplo, em uma doca, um ou mais suportes de tiras, cada suporte ou prateleira de tiras capaz de conter várias tiras de teste e, como opção, tubos, por exemplo, tubos para transporte de exemplares. Em modalidades típicas, as tiras de teste são posicionadas em um ou mais suportes ou prateleiras de tiras acomodados no instrumento automatizado. Suportes e prateleiras de tiras exemplificativos que podem ser usados nas modalidades reveladas neste documento são revelados, por exemplo, na Publicação de Pedido de Patente no 2009-0136386, embora os versados na técnica contemplem que várias outras configurações de suportes ou prateleiras de tiras adequadas para uso com um sistema automatizado conforme descrito neste documento possam ser usadas. Em algumas modalidades, os suportes ou prateleiras de tiras de teste são configurados para conter várias tiras de teste ou tiras de reagentes, por exemplo, em várias fileiras. Por exemplo, o suporte de tiras de teste pode conter 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou mais fileiras configuradas para acomodar qualquer número de 2 a 24 respectivas tiras de teste ou tiras de reagentes.

[0039] Nos métodos discutidos neste documento, dependendo dos resultados do primeiro teste realizado na amostra, realiza-se um teste reflexivo. Se os resultados do primeiro teste revelarem a desejabilidade de executar o teste reflexivo (subsequente), de acordo com os métodos revelados neste documento, uma segunda fração (residual) da amostra remanescente do primeiro procedimento de teste é automaticamente transferida a um segundo vaso com reagentes para o teste reflexivo (subsequente). A transferência automática da segunda fração da amostra pode ser realizada por qualquer uma de várias metodologias. Por exemplo, em algumas modalidades, o vaso que contém a fração remanescente ou residual da amostra após o primeiro teste pode ser transferido a uma segunda tira de teste, depois do quê, ao menos uma fração da amostra é, então, transferida automaticamente a um segundo vaso com reagentes para um segundo teste. Em algumas modalidades, a segunda fração da amostra é automaticamente transferida diretamente da primeira tira de teste a um segundo tubo de mistura mestra disposto em uma segunda tira de teste. Em algumas modalidades, a segunda fração da amostra é automaticamente transferida diretamente da primeira tira de teste a um segundo vaso disposto na primeira tira de teste. Perceber-se-á que, embora várias modalidades sejam descritas em mais detalhes abaixo, qualquer metodologia adequada para transferir automaticamente a solução de ácidos nucleicos extraídos a um segundo tubo de mistura mestra pode ser executada de acordo com os métodos propostos neste documento.

Transferência a uma nova tira de teste

[0040] Em certas modalidades, para cada amostra, a amostra e um vaso ou tubo com reagentes para o primeiro teste são situados em uma mesma tira de teste, por exemplo, uma primeira tira de teste, e a etapa de transferir automaticamente uma fração da amostra envolve transferir automaticamente uma segunda fração da amostra a um segundo tubo de mistura mestra situado em uma segunda tira de teste distinta.

[0041] Em algumas modalidades, as tiras de teste primeira e segunda situam-se em suportes ou prateleiras de tiras diferentes. Como exemplo não limitante, as primeiras tiras de teste podem ser posicionadas nas fileiras de 1 a 6 de um primeiro suporte de tiras, e as segundas tiras de teste podem ser posicionadas nas fileiras de 1 a 6 de um segundo suporte de tiras. Um exemplo de tiras de teste posicionadas em um suporte de tiras é ilustrado na Figura 3.

[0042] Em algumas modalidades, as tiras de teste primeira e segunda situam-se no mesmo suporte de tiras. Em um exemplo não limitante, as primeiras tiras de teste são posicionadas nas fileiras 1, 3, 5, 7, 9 e 11 e segundas tiras de teste correspondentes são dispostas nas fileiras 2, 4, 6, 8, 10 e 12 do mesmo suporte de tiras. Em outro exemplo não limitante, as primeiras tiras de teste são posicionadas nas fileiras de 1 a 6 e as segundas tiras de teste correspondentes são posicionadas nas fileiras de 7 a 12 do mesmo suporte de tiras. Perceber-se-á que qualquer configuração adequada para posicionar as tiras de teste primeiras e segundas pode ser usada. Em algumas modalidades, o instrumento automatizado pode utilizar indícios de identificação, tais como código de barras, código RFID ou seus semelhantes, em cada tira de teste para identificar a posição da primeira e/ou segunda tira de teste. Em algumas modalidades, o método compreende ainda a etapa de comparar indícios de identificação em uma tira de teste, um vaso dentro de uma tira de teste ou um tubo de exemplares a um conjunto de dados de identificação específicos ao ensaio armazenados no instrumento.

[0043] Sendo assim, em algumas modalidades, o usuário pode selecionar uma ou mais primeiras tiras de teste para um segundo teste reflexivo e transferir as uma ou mais tiras de teste selecionadas a uma nova prateleira que contém segundas tiras de teste com vasos contendo reagentes para o segundo teste reflexivo. Em algumas modalidades, o usuário pode selecionar uma ou mais das primeiras tiras de teste para um segundo teste reflexivo, e o instrumento automatizado ou usuário pode transferir uma segunda fração da amostra a uma segunda tira de teste localizada em um segundo suporte ou prateleira de tiras de teste diferente. Em algumas modalidades, os indícios de identificação em tubos de exemplares ou tiras de teste usados no primeiro teste podem ser acessados pelo instrumento automatizado, e essas informações ser usadas para monitorar as amostras à medida que elas são processadas durante um segundo teste reflexivo. Logo, em algumas modalidades dos métodos descritos acima, o método pode compreender, antes de transferir uma segunda fração da amostra a um segundo vaso, identificar um subconjunto das várias primeiras tiras de teste para novo teste, por exemplo, para um segundo teste; e, para cada primeira tira de teste no subconjunto, providenciar uma segunda tira de teste correspondente. A segunda tira de teste pode incluir o segundo vaso com reagentes para o segundo teste. Em certas modalidades, a segunda tira de teste inclui também ao menos uma ponta de pipeta.

Transferência para a mesma tira de teste

[0044] Em certas modalidades, para cada amostra, a solução de amostra e o primeiro vaso com reagentes para o primeiro teste são situados em uma primeira tira de teste, e a etapa de transferir uma fração da solução de ácidos nucleicos extraídos compreende transferir uma fração da solução de ácidos nucleicos extraídos a um segundo vaso com reagentes para um segundo teste também localizado na primeira tira de testes.

[0045] Em algumas modalidades dos métodos descritos acima, o método pode incluir, antes de transferir uma segunda fração da amostra a um segundo vaso, as etapas de: identificar um subconjunto das várias amostras para novo teste, por exemplo, para um segundo teste reflexivo; e, para cada uma das amostras identificadas para novo teste, providenciar um segundo vaso correspondente com reagentes para o segundo teste reflexivo na primeira tira de testes. Em uma modalidade típica, as primeiras tiras de teste são configuradas com uma posição aberta, por exemplo, um receptáculo ou vaso, adequada para adicionar um tubo de mistura mestra extra à tira. Por exemplo, a tira de teste pode ser uma tira com 4 encaixes, conforme ilustra a Figura 2, que permite ao usuário adicionar a mistura mestra reflexiva na posição aberta. Em algumas modalidades, as tiras de teste são organizadas pelo usuário em um novo suporte ou prateleira de tiras de teste antes de realizar o segundo teste reflexivo.

[0046] Os versados na técnica perceberão que é desejável minimizar o risco de contaminação cruzada entre reagentes do primeiro teste e reagentes do segundo teste reflexivo. Logo, em algumas modalidades, os artigos consumíveis, tais como pontas de pipeta, podem ser substituídos e/ou limpos usando tampões residuais na tira de teste antes de realizar o teste reflexivo. Assim, em certas modalidades, o método compreende, antes de transferir a segunda fração da amostra ao segundo vaso, a etapa de providenciar uma ponta de pipeta. Em algumas modalidades, a ponta de pipeta é uma ponta de pipeta sem uso. Em algumas modalidades, a ponta de pipeta é uma ponta usada que foi lavada para diminuir ou evitar a contaminação de transferências líquidas anteriores. Em certas modalidades, o método compreende, antes de transferir a segunda fração da amostra ao segundo vaso, a etapa de lavar uma ponta de pipeta usada durante o primeiro teste.

[0047] Durante o processamento e/ou teste das amostras antes de um segundo teste reflexivo, pode ocorrer a evaporação da amostra. Como tal, a evaporação da amostra pode diminuir o desempenho de um teste reflexivo. As modalidades reveladas neste documento propõem uma solução para a evaporação usando um tampão de volume fixo, por exemplo, um tampão de lavagem ou tampão de eluição de ácidos nucleicos, para adicionar à amostra residual a fim de garantir que haja volume suficiente para um novo processamento da amostra residual, por exemplo, em um segundo teste reflexivo. Logo, em algumas modalidades, o método compreende, antes de realizar um segundo teste reflexivo, a etapa de adicionar líquido extra à amostra residual. À guisa somente de exemplo, em algumas modalidades, o volume inicial de uma amostra pode variar de 1 μl a 1 ml e, de preferência, tem entre 10 μl e 200 μl, por exemplo, de 25 μl a 75 μl. Em algumas modalidades, uma primeira fração de cerca de 5 μl a 25 μl, por exemplo, de 10 μl a 20 μl, da amostra é removida para o primeiro teste. À guisa de exemplo, em algumas modalidades, 12,5 μl da amostra inicial são usados no primeiro teste. A fim de garantir a disponibilidade de um volume suficiente da amostra para o segundo teste, em algumas modalidades, um volume extra de 0,5 μl, 1 μl, 2 μl, 3 μl, 4 μl, 5 μl, 6 μl, 7 μl, 8 μl, 9 μl, 10 μl, 12 μl, 14 μl, 16 μl, 18 μl, 20 μl, 25 μl, 30 μl, 35 μl, 40 μl, 45 μl, 50 μl, 55 μl, 60 μl, 65 μl, 70 μl, 75 μl, 80 μl, 85 μl, 90 μl, 95 μl, 100 μl, 120 μl, 140 μl, 160 μl, 180 μl, 200 μl, 300 μl, 400 μl, 500 μl ou mais de 500 μl de líquido extra pode ser adicionado para aumentar o volume líquido antes da transferência de uma segunda fração da amostra a um vaso com reagentes para um segundo teste reflexivo. Logo, a adição de solução à amostra remanescente ou residual pode compensar a evaporação arriscada de acontecer antes de transferir a solução à segunda mistura mestra. Em algumas modalidades, um volume igual a 0,1%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 120%, 140%, 160%, 180%, 200%, 250%, 300%, 350%, 400% ou mais em relação ao volume da solução de ácidos nucleicos extraídos remanescente após a primeira alíquota ser transferida à primeira mistura mestra pode ser adicionado para aumentar o volume líquido e compensar a evaporação arriscada de acontecer antes de transferir a solução ao vaso com reagentes para um segundo teste.

Ensaios de Testes de Ácidos Nucleicos (NAT) e Reagentes para NAT

[0048] Conforme discutido acima, os testes descritos neste documento podem incluir, por exemplo, testes de ácidos nucleicos. Em algumas modalidades, os testes incluem testes quanto à presença de sequências de ácidos nucleicos almejadas em uma amostra. Várias formas de testes de ácidos nucleicos podem ser usadas nas modalidades reveladas neste documento, incluindo, entre outras, testes que envolvem reações de amplificação de ácidos nucleicos. Várias reações de amplificação de ácidos nucleicos são conhecidas e podem ser usadas para determinar a presença de ácidos nucleicos almejados de acordo com as modalidades reveladas neste documento. Métodos de amplificação de ácidos nucleicos podem incluir, entre outros: reação em cadeia da polimerase (PCR), amplificação por deslocamento de fita (SDA), por exemplo, amplificação por deslocamento múltiplo (MDA), amplificação isotérmica mediada por laço (LAMP), reação em cadeia da ligase (LCR), imunoamplificação, e vários procedimentos de amplificação baseados em transcrição, incluindo amplificação mediada por transcrição (TMA), amplificação baseada em sequência de ácidos nucleicos (NASBA), replicação de sequências independentes (3Sr) e amplificação por círculo de rolagem. Vide, por exemplo, Mullis, “Process for Amplifying, Detecting, and/or Cloning Nucleic Acid Sequences”, Patente dos EUA no 4.683;195; Walker, “ Strand Displacement Amplification”, Patente dos EUA no 5.455.166; Dean et al., “Multiple displacement amplification”, Patente dos EUA no 6.977.148; Notomi et al., “Process for Synthesizing Nucleic Acid’, Patente dos EUA no 6.410.278; Landegren et al., Patente dos EUA no 4.988.617, “Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids”; Birkenmeyer, “Amplification of Target Nucleic Acids Using Gap Filling Ligase Chain Reaction”, Patente dos EUA no 5.427.930; Cashman, “ Blocked- Polymerase Polynucleotide Immunoassay Method and Kit”, Patente dos EUA no 5.849,478; Kacian et al., “Nucleic Acid Sequence Amplification Methods”, Patente dos EUA no 5.399.491; Malek et al., “Enhanced Nucleic Acid Amplification Process ”, Patente dos EUA no 5.130.238; Lizardi et al., BioTechnology, 6: 1.197 (1988); Lizardi et al., Patente dos EUA no 5.854.033, “Rolling circle replication reporter systems”. Em algumas modalidades, realizam-se dois ou mais dos métodos de amplificação de ácidos nucleicos listados, por exemplo, em sequência.

[0049] Conforme discutido acima, em algumas modalidades, frações de uma amostra são transferidas a um vaso com reagentes para um teste. Por exemplo, em algumas modalidades, as amostras são transferidas a um vaso que contém uma “mistura mestra” para um teste ou reação, tal como uma reação de amplificação ou algo do gênero. A “mistura mestra” pode incluir algum dos ou todos os componentes necessários para uma reação, incluindo, entre outros, enzimas, oligonucleotídeos, sondas, sais, trifosfatos de deoxinucleotídeos, que compreendem uma enzima da polimerase e vários nucleotídeos. Em algumas modalidades, a mistura mestra compreende ainda sondas de hibridização com grupamentos detectáveis, em que as sondas hibridizam especificamente para mirar ácidos nucleicos (e/ou mirar por controle positivo sequências de ácidos nucleicos). Em algumas modalidades, providencia-se uma mistura mestra a uma concentração mais alta do que será usada em uma reação. Em algumas modalidades, providencia-se uma mistura mestra em forma liofilizada e reconstituída a uma concentração mais alta do que será usada na reação. Em algumas modalidades, uma mistura mestra inclui reagentes a uma concentração de ao menos cerca de 2x a concentração da reação, por exemplo, 2x, 2,5x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 25x, 40x, 50x, 100x, 200x, 250x ou 500x.

[0050] Em algumas modalidades, a mistura mestra pode ser na forma de um ou mais grânulos liofilizados, conforme armazenados em um tubo reagente na tira de testes, e o método pode incluir ainda reconstituir um grânulo reagente com líquido, por exemplo, uma fração de uma amostra conforme descrita acima neste documento para criar uma solução de mistura reação/reagente adequada para o processamento, por exemplo, teste.

[0051] Em algumas modalidades, uma “mistura mestra” é incluída em um vaso com indícios de identificação, tais como um código de barras, código RFID ou algo do gênero, que oferecem informações de identificação sobre os reagentes contidos nela, por exemplo, indícios que identificam que o vaso contém reagentes para a detecção de um analito almejado específico.

Instrumentos e Sistemas

[0052] Também é proposto neste documento um sistema para executar um ensaio automatizado, o sistema compreendendo um instrumento automatizado configurado para receber e processar vários exemplares ou amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho de ensaio descritos neste documento acima.

[0053] O sistema também pode incluir um processador; um espaço de armazenamento; e um programa para executar um ensaio automatizado. Por exemplo, o programa pode incluir instruções para um instrumento automatizado configurado para receber e processar várias amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho de ensaio conforme descritos neste documento. O programa pode incluir instruções para receber e processar várias amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho, em que as amostras são dispostas em várias tiras de teste; transferir automaticamente uma primeira fração de cada amostra a respectivos vários primeiros vasos com reagentes para um primeiro teste; executar o primeiro teste para determinar a presença de um primeiro analito almejado; transferir automaticamente uma segunda fração das amostras, ou um subconjunto selecionado das amostras, a respectivos segundos vasos com reagentes para um segundo teste; e executar um segundo teste na segunda fração das amostras, ou subconjunto selecionado de amostras, para determinar a presença de um segundo analito almejado.

[0054] Instrumentos automatizados que podem executar vários protocolos de ensaio ao mesmo tempo são conhecidos pelos versados na técnica e incluem, entre outros, BD MAX® (Becton Dickinson and Co., Franklin Lakes, NJ), VIPER® (Becton Dickinson and Co., Franklin Lakes, NJ), VIPER LT® (Becton Dickinson and Co., Franklin Lakes, NJ), SMARTCYLCER® (Cepheid, Sunnyvale, CA), ABI PRISM 7700® (Applied Biosystems, Foster City, CA), ROTOR-GENE™ (Corbett Research, Sydney, Austrália), LIGHTCYCLER® (Roche Diagnostics Corp, Indianapolis, IN), ICYCLER® (BioRad Laboratories, Hercules, CA), IMX4000® (Stratagene, La Jolla, CA), Sistema de PCR em Tempo Real CFX96™ (Bio-Rad Laboratories Inc) e seus semelhantes. Discussões exemplificativas de instrumentos automatizados típicos para uso com os métodos propostos neste documento podem ser encontradas, por exemplo, na Patente dos EUA no 8.133.671, a qual se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0055] Perceber-se-á que os métodos e sistemas descritos neste documento podem se aplicar a instrumentos com 2, 3, 4 ou mais estações de trabalho, em que ao menos duas das estações de trabalho são respaldadas por um recurso de serviço em comum. Por exemplo, um instrumento com quatro estações de trabalho e uma única cabeça de pipeta ainda poderia ser controlado com base na compatibilidade pelo conceito de dois índices descrito neste documento.

[0056] Conforme usados neste documento, os termos “espaço de armazenamento”, “dispositivo de armazenamento”, “armazenamento” e seus semelhantes referem-se a qualquer meio, dispositivo ou mídia para armazenamento de informações. O armazenamento pode incluir, entre outros, um dispositivo de unidade de disco, tal como uma unidade de disco rígido, disquete, disco óptico ou disco óptico magnético, memória, tal como chips de RAM ou ROM, e quaisquer outros meios usados para gravar ou armazenar dados. Em algumas modalidades, um espaço de armazenamento conecta-se a um processador, o qual envia informações para ser gravadas no espaço de armazenamento depois de adquiri-las. Em modalidades específicas, os dados são adquiridos por um sistema e gravados em um espaço de armazenamento. Em outras modalidades, os dados são adquiridos por um sistema e as informações são, primeiramente, processadas e, depois, essas informações processadas são gravadas em um espaço de armazenamento.

[0057] Os arquivos e programas propostos neste documento podem ser em qualquer linguagem de programação adequada. Em certas modalidades, o ADF utiliza XML como mecanismo para formatar arquivos. Ademais, em certas modalidades, o ADF utiliza Python como linguagem de script para prover um mecanismo para executar lógica de resultado usando tecnologias em comum disponíveis no instrumento. Perceber-se-á que qualquer formato de arquivo e linguagem de programação adequados podem ser usados com os métodos e sistemas propostos neste documento. Em certas modalidades, os arquivos podem ser criptografados para protegê-los contra o uso de reagentes falsificados e para controlar detalhes de parâmetros específicos em operações de ensaio.

[0058] Conforme usado neste documento, uma “entrada” pode incluir, por exemplo, dados recebidos por intermédio de um teclado, caneta, mouse, sistema de reconhecimento de voz ou outro dispositivo capaz de transmitir informações do usuário ao computador. O dispositivo de entrada também pode ser uma tela sensível ao toque associada ao meio de exibição, caso esse em que o usuário responde a comandos no meio de exibição tocando a tela. O usuário pode inserir informações textuais por meio de um dispositivo de entrada, tal como um teclado ou tela sensível ao toque.

[0059] As modalidades reveladas neste documento são operacionais com vários ambientes ou configurações diferentes de sistema de computação de uso geral ou específico. Exemplos de sistemas, ambientes e/ou configurações computacionais bem conhecidos que podem ser adequados para uso com a invenção incluem, entre outros, microcontroladores, computadores pessoais, computadores servidores, dispositivos portáteis, dispositivos portáteis ou laptops, sistemas multiprocessadores, sistemas baseados em microprocessador, componentes eletrônicos programados pelo consumidor, PCs de rede, microcomputadores, computadores de grande porte, ambientes de computação distribuída que incluam qualquer um dos sistemas ou dispositivos acima, entre outros.

[0060] Conforme usado neste documento, “instruções” refere-se a etapas implementadas por computador para processar informações no sistema. As instruções podem ser implementadas em software, firmware ou hardware e incluem qualquer tipo de etapa programada realizada por componentes do sistema.

[0061] Um “microprocessador” ou “processador” pode ser qualquer microprocessador de uso geral com um ou mais núcleos, tal como um processador Pentium®, um processador Intel® Core™, um processador 8051, um processador MIPS® ou um processador ALPHA®. Além disso, o microprocessador pode ser qualquer microprocessador de uso específico convencional, tal como um processador de sinais digitais ou um processador de vídeo. “Processador” também pode se referir, entre outros, a microcontroladores, arranjos de portas programáveis em campo (FPGAs), circuitos integrados para aplicações específicas (ASICs), dispositivos lógicos programáveis complexos (CPLDs), arranjos de lógica programável (PLAs), microprocessadores ou outros dispositivos de processamento semelhantes.

[0062] O sistema é composto por vários módulos conforme discutido em detalhes neste documento. Como os versados na técnica perceberão, cada um dos módulos compreende várias sub-rotinas, procedimentos, instruções de definição e macros. Cada um dos métodos costuma ser compilado à parte e vinculado a um mesmo programa executável. Logo, a descrição a seguir de cada um dos módulos serve para fins de conveniência ao descrever a funcionalidade do sistema preferido. Sendo assim, os processos executados por cada um dos módulos podem ser redistribuídos de maneira arbitrária a um dos outros módulos, combinados em um mesmo módulo, ou disponibilizados, por exemplo, em uma biblioteca de elos dinâmicos compartilháveis.

[0063] Certas modalidades do sistema podem ser usadas com relação a vários sistemas operacionais como SNOW LEOPARD®, iOS®, LINUX, UNIX ou MICROSOFT WINDOWS®.

[0064] Certas modalidades do sistema podem ser escritas em qualquer linguagem de programação convencional como Assembly, C, C++, BASIC, Pascal ou Java, e ser executadas em um sistema operacional convencional.

[0065] Além disso, os módulos e instruções podem ser armazenados em um ou mais dispositivos de armazenamento programáveis, tais como unidades FLASH, CD-ROMs, unidades de disco rígido e DVDs. Certa modalidade inclui um dispositivo de armazenamento programável com instruções armazenadas nele.

[0066] Em algumas modalidades do sistema acima, o sistema compreende ainda um dispositivo para ler indícios de identificação em pacotes de reagentes, por exemplo, em tiras de testes, vasos contendo reagentes, bem como indícios de identificação presentes em vasos que contêm amostras ou exemplares. Perceber-se-á que qualquer dispositivo adequado para ler indícios de identificação pode ser usado nos sistemas propostos neste documento. À semelhança, é possível usar quaisquer indícios de identificação que sejam compatíveis com o dispositivo no instrumento. Exemplos incluem códigos de barras, códigos QR, etiquetas RFID, códigos coloridos e seus semelhantes. Em modalidades típicas, o dispositivo pode ser um leitor de código de barras e os indícios de identificação podem compreender um código de barras.

Ensaios Reflexivos Exemplificativos

[0067] À guisa de outro exemplo, depois de um ensaio de MRSA positivo, um ensaio reflexivo por determinantes de resistência à vancomicina, determinantes da leucocidina Panton-Valentine (PVL) ou para classificar o MRSA por tipagem por spa, ou teste por tipagem do cromossomo mec do staphylococcal cassette (SCCmec), podem ser realizados em exemplares cujo resultado para MRSA foi positivo. Testes adequados por determinantes de resistência à vancomicina, determinantes da Panton-Valentina leucocidina (PVL) ou para classificar o MRSA por tipagem por spa, ou teste do SCCmec são conhecidos na técnica, conforme exemplificado por Mak et al., J. Clin. Microbiol. (2009) 12:4.136; Reischl et al., Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. (2007) 26: 131 a 135; Narukawa et al., Tohoku J. Exp. Med. (2009) 218: 207 a 213; Chongtrakool et al., Antimicrob. Agents Chemother. (2006) 50: 1 .001 a 1.012; cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0068] À guisa de outro exemplo, usando um exemplar de fezes de pacientes com diarreia aguda primeiramente testados quanto ao Clostridium difficile, um ensaio reflexivo poderia ser realizado nos positivos para determinar o subtipo da toxina ou nos negativos para testar a presença de um organismo causador diferente. O inverso também é verdade quando exemplares de fezes testados para um painel entérico podem ser refletidos a um teste quanto à presença do Clostridium difficile. Testes adequados quanto à presença do Clostridium difficile e para subtipos de toxina são conhecidos na técnica, conforme exemplificados de Kvach et al., J. Clin. Microbiol. (2010) 48: 109 a 114; e Northey et al., J. Med. Microbio. (2005) 54: 543 a 547; cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0069] À guisa de outro exemplo, usando um exemplar fluido cérebro-espinhal de pacientes com febre alta, os exemplares ou amostras podem ser primeiramente testados quanto a uma infecção viral usando um teste de ácidos nucleicos completo e um segundo teste pode ser realizado nos negativos para procurar por alvos bacterianos. Testes adequados para infecções virais e bacterianas são conhecidos na técnica, conforme os exemplos de Mahoney et al., J. Clin. Microbiol. (2007) 45: 2.965 a 2.970 e Melendez et al., Clin. Microbiol. Infect. (2010) 16: 1.762 a 1.769; cada um dos quais se incorporam ao presente documento por referência na íntegra.

[0070] À guisa de outro exemplo, usando exemplares de saliva, os exemplares ou amostras podem ser primeiramente testados quanto ao complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) e quanto à resistência à rifampicina. Se houver positivos, pode-se realizar um teste reflexivo quanto à resistência à Isoniazida e à fluroquinolona a fim de determinar se a linhagem é MDR ou XDR. Testes adequados quanto à resistência ao MTBC, à rifampicina, à isoniazida e à fluroquinolona são conhecidos na técnica, conforme os exemplos de Somoskovi et al., J. Clin. Microbiol. (2003) 41: 2.822 a 2.826; Saribas et al., J. Clin. Microbiol. (2003) 41: 816 a 818; Rindi et al., J. Microbiol. Methods (2003) 55: 797 a 800; Ip et al., J. Clin. Microbiol. (2006) 4: 970 a 975; cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0071] À guisa de outro exemplo, usando aspirados bronco- alveolares em pacientes na UTI, realiza-se uma triagem inicial por carbapenemases KPC/OXA/NDM. Se forem encontrados negativos, realiza-se uma triagem por VIM/IMP. Testes adequados para a detecção de KPC/OXA/NDM e para a triagem de VIM/IMP são conhecidos na técnica, conforme os exemplos de Nordmann et al., Clin. Microbiol. Infect. (2002) 8: 321 a 331; e Monteiro et al., J. Antimicrob. Chemother. (2012); cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0072] À guisa de outro exemplo, usando uma amostra, e após uma identificação por linhagem Gram ou por maldi, pode-se realizar um ensaio em um painel de marcadores de resistência para painel Gram- positivo (se Gram for positivo) ou um painel Gram-negativo (se Gram for negativo). Neste caso, a estratégia reflexiva descrita se dá depois de outro sistema ou teste para identificação. Testes adequados para triagem Gram-positiva e Gram-negativa são conhecidos na técnica, conforme exemplificado por Carroll et al., J. Clin. Microbiol. (2000) 5: 1.753 a 1.757; que se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0073] À guisa de outro exemplo, usando amostras alimentícias ou amostras ambientais, pode-se realizar primeiramente uma triagem pela Listeria spp. Se forem identificados positivos, um ensaio reflexivo específico quanto à L. monocytogenes pode ser realizado. Testes adequados para detectar a Listeria spp. e a L. monocytogenes são conhecidos na técnica, conforme exemplificativo por Bubert A. App. Environ. Microbiol. (1999) 10: 4.688 a 4.692; e Borucki et al., J. Clin. Microbiol. (2003) 41: 5.537 a 5.540; cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0074] À guisa de outro exemplo, usando amostras de água ou amostras de ambiente farmacêutico, um ensaio TVC pode ser realizado. Se o ensaio inicial for positivo, um ensaio reflexivo pode ser realizado por Gram-positivo ou Gram-negativo ou um ensaio específico quanto à E. coli ou enterococci ou bacillus. Testes adequados para TVC e para triagem Gram-positiva e Gram-negativa são conhecidos na técnica, conforme exemplificado por Ereveeval et al., J. Clin. Microbiol. (2003) 41: 5.466 a 5.472; e Carroll et al., J. Clin. Microbiol. (2000) 5: 1.753 a 1.757; cada um dos quais se incorpora ao presente documento por referência na íntegra.

[0075] Outra modalidade exemplificativa refere-se ao teste de exemplares de pacientes com ou com suspeita de fibrose cística. Por exemplo, um primeiro teste pode ser realizado em amostras ou exemplares de um paciente para testar a presença de analitos almejados, por exemplo, sequências de ácidos nucleicos almejadas, associados à Psuedomonas aeruginosa e/ou à Burkholderia cepacia. Exemplos não limitantes de ensaios para a detecção da P. aeruginosa e/ou da B. cepacia que podem ser usados nas modalidades reveladas neste documento incluem, por exemplo, os descritos em Spilker et al. (2004), J. Clin. Microbiol. 42(5): 2.074 a 2.079, e Vonberg et al, (2006), J. Med. Micriobiol. 55 (Pt. 6): 721 a 727. No caso de amostras com resultado positivo para qualquer patógeno, testes reflexivos por determinantes de resistência antibiótica podem ser executados, por exemplo, testes para determinar ácidos nucleicos almejados indicativos da presença de tetraciclina, ácido nalidíxico, norfloacina, cloranfenicol, ciprofloxacina ou algo do gênero.

[0076] Perceber-se-á que a lista acima destina-se apenas a dar exemplos dos métodos e sistemas propostos neste documento e que qualquer ensaio reflexivo adequado pode ser executado com base no resultado de um ensaio inicial.

EXEMPLOS

[0077] Tendo descrito a presente invenção em termos gerais, um entendimento mais amplo pode ser obtido com referência a certos exemplos específicos dados neste documento para fins de elucidação somente, e de maneira alguma limitantes.

EXEMPLO 1 IDENTIFICAÇÃO DE AMOSTRAS PARA ANÁLISE REFLEXIVA

[0078] Este exemplo descreve a identificação de amostras para análise reflexiva ao fim de uma PCR usando um instrumento automatizado para preparo, processamento e análise de amostras. Um painel com 12 exemplares biológicos, cada um em um tubo de ensaio diferente, é processado para obter respectivas amostras de solução contendo ácidos nucleicos isolados. Cada tira de teste inclui um tubo para lise celular, indicado por “Tubo de Reação” na Figura 1. A tira de teste também inclui posições para três outros tubos, indicados pelas posições 1, 2 e 3 na Figura 1. Na posição 3, há um tubo cônico configurado para conter a solução de ácidos nucleicos extraídos final, ou solução da amostra que inclui ácidos nucleicos isolados. Conforme ilustra a Figura 1, a tira de teste também compreende outras posições de reservatório nela para conter soluções de extração, uma câmara de rejeitos para conter líquido residual e várias bainhas para conter pipetas descartáveis. A tira de teste também é configurada com indícios de identificação, tais como um código de barras em uma extremidade da tira.

[0079] O usuário posiciona um tubo de extração na posição 1 e uma mistura mestra para detecção e/ou identificação do Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) e do S. aureus (incluindo S. aureus sensível à meticilina), por exemplo, os reagentes de ensaio BD GENEOHM™ StaphSR™ (Becton Dickinson, Franklin Lakes, NJ), na posição 2 de cada uma das 12 tiras de teste. Cada exemplar é processado automaticamente com tampão de lise no tubo de reação, e uma fração do líquido resultante é automaticamente transferida ao tubo de extração, onde a extração de ácidos nucleicos baseada em contas é realizada usando as soluções de extração, e a amostra de solução de ácidos nucleicos extraídos final é transferida ao tubo cônico na posição 3. O volume total da amostra de solução de ácidos nucleicos extraídos no tubo cônico de cada tira de teste é de 25 μl. Uma alíquota de 12,5 da solução de ácidos nucleicos extraídos é automaticamente transferida com pipeta ao tubo de mistura mestra adjacente para reconstituir a mistura mestra StaphSR™. A mistura mestra é transferida a um cartucho de reação para análise por PCR. Depois da PCR, 6 das 12 amostras são indicadas como positivas para MRSA ou S. aureus, identificadas como candidatas à resistência à mupirocina e, portanto, são selecionadas para nova análise conforme definido nos exemplos abaixo.

EXEMPLO 2 TRANSFERÊNCIA MANUAL DE SOLUÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS EXTRAÍDOS PARA NOVA TIRA DE TESTE E TRANSFERÊNCIA AUTOMÁTICA PARA UM NOVO TUBO DE MISTURA MESTRA PARA ANÁLISE REFLEXIVA POR PCR

[0080] O preparo e processamento de amostras usando análise por PCR quanto à presença do MRSA e do S. aureus são realizados conforme descrito acima no Exemplo 1. Cada uma das 6 tiras de teste usadas correspondentes às amostras identificadas para análise reflexiva quanto à resistência à mupirocina são reposicionadas nas fileiras de 1 a 6 de uma nova prateleira. Novas tiras de teste são posicionadas nas fileiras de 1 a 6 de uma prateleira diferente. Mais 15 μl de tampão de eluição são adicionados à solução de ácidos nucleicos extraídos remanescente em cada tira de testes associada a amostras positivas com base no teste StaphSR™ realizado no Exemplo 1 acima. Uma fração da amostra residual ou remanescente contendo ácidos nucleicos isolados obtida a partir do exemplar é transferida à posição 3 de uma nova tira de teste. O usuário posiciona uma mistura mestra para análise por PCR da resistência à mupirocina na posição 2 de cada uma das 6 novas tiras de teste. Uma alíquota de 12,5 da solução de ácidos nucleicos extraídos é transferida automaticamente por pipeta ao novo tubo de mistura mestra adjacente para reconstituir a mistura mestra para análise por PCR quanto à resistência à mupirocina usando uma nova pipeta situada na nova tira de teste.

[0081] A análise por PCR reflexiva indica que um subconjunto das amostras selecionadas para o teste reflexivo é positivo quanto à resistência à mupirocina.

EXEMPLO 3 TRANSFERÊNCIA AUTOMÁTICA DE SOLUÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS EXTRAÍDOS PARA UM NOVO TUBO DE MISTURA MESTRA EM UMA NOVA TIRA DE TESTE PARA ANÁLISE POR PCR REFLEXIVA

[0082] O processamento e teste de amostras usando o ensaio StaphSR™ são realizados conforme descrito acima no Exemplo 1. Cada uma das 6 tiras de teste usadas correspondentes às amostras identificadas para análise reflexiva quanto à resistência à mupirocina são reposicionadas nas fileiras de 1 a 6 de uma nova prateleira. Novas tiras de teste são posicionadas nas fileiras de 1 a 6 de uma prateleira diferente. Mais 15 μlde tampão de eluição são adicionados à solução de ácidos nucleicos extraídos remanescente em cada tira de teste nas fileiras de 1 a 6. Uma alíquota de 12,5 da solução de ácidos nucleicos extraídos é transferida automaticamente por pipeta a um tubo de mistura mestra na nova tira de teste correspondente para reconstituir a mistura mestra para análise por PCR quanto à resistência à mupirocina usando uma nova pipeta situada na nova tira de teste.

[0083] A análise por PCR reflexiva indica que um subconjunto das amostras selecionadas para o teste reflexivo é positivo quanto à resistência à mupirocina.

EXEMPLO 4 TRANSFERÊNCIA AUTOMÁTICA DE SOLUÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS EXTRAÍDOS PARA UM NOVO TUBO DE MISTURA MESTRA NA MESMA TIRA DE TESTE PARA ANÁLISE REFLEXIVA POR PCR

[0084] O processamento e a análise por PCR quanto à MRSA são realizados conforme descrito acima no Exemplo 1, salvo que uma tira com 4 encaixes é usada, conforme ilustra a Figura 2. Mais especificamente, a tira com 4 encaixes é configurada de maneira semelhante à tira de teste usada nos Exemplos de 1 a 3, mas compreende uma posição extra (a “posição 4”) para o posicionamento opcional de um tubo de mistura mestra extra. Para cada uma das 6 amostras identificadas para análise reflexiva quanto à resistência à mupirocina, mais 15 μl de tampão de eluição são adicionais à solução de ácidos nucleicos extraídos remanescente em cada tira de teste. O usuário posiciona uma mistura mestra para análise por PCR quanto à resistência à mupirocina na posição 4 de cada uma das 6 tiras de teste identificadas para análise reflexiva. Uma alíquota de 12,5 μl da solução de ácidos nucleicos extraídos é transferida automaticamente por pipeta ao tubo de mistura mestra na posição 4 para reconstituir a mistura mestra para análise por PCR quanto à resistência à mupirocina usando uma nova pipeta situada na nova tira de teste. A amplificação de ácidos nucleicos é realizada conforme descrito acima.

[0085] A análise por PCR reflexiva indica que um subconjunto das amostras selecionadas para o teste reflexivo é positivo quanto à resistência à mupirocina.

[0086] Deve-se ter em mente que a presente invenção não se limita às modalidades específicas descritas, visto que estas podem, decerto, variar. Também deve-se ter em mente que a terminologia usada no presente documento serve apenas à finalidade de descrever modalida- des específicas sem o intuito de limitar a invenção.

[0087] Salvo indicação em contrário, todos os termos técnicos e científicos usados neste documento têm o mesmo significado comumente reconhecido pelos versados na técnica à qual pertencem as modalidades. Embora quaisquer métodos e materiais similares ou equivalentes aos descritos neste documento também possam ser usados na prática ou no teste das modalidades, os métodos e materiais preferidos são aqui descritos.

[0088] O termo “compreender”, conforme usado neste documento, é sinônimo de “incluir”, “conter” ou “caracterizado por”, é inclusivo e aberto, e não exclui elementos ou etapas metódicas adicionais não citadas.

[0089] Vale salientar também que, conforme usadas neste Relatório Descritivo e nas Reivindicações anexas, as formas no singular “um”, “uma”, “o” e “a” incluem suas flexões no plural, salvo quando o contexto ditar claramente o contrário. Sendo assim, por exemplo, uma referência a “um método” inclui vários métodos do tipo e equivalentes a este de conhecimento dos versados na técnica, e assim por diante.

[0090] Todas as referências citadas neste documento, incluindo, entre outras, pedidos publicados e não publicados, patentes e referências à literatura, incorporam-se ao presente documento na íntegra por referência e, por meio deste, constituem parte deste Relatório Descritivo. Na medida em que publicações e patentes ou pedidos de patente incorporados por referência contradigam a revelação contida neste Relatório Descritivo, tenciona-se que este suplante e/ou tenha prioridade sobre qualquer material contraditório do tipo.

[0091] As etapas de um método ou algoritmo descritos neste documento com relação às modalidades reveladas neste documento podem ser concretizados diretamente em hardware, em um módulo de software executado por um processador ou em uma combinação de ambos. Um módulo de software pode residir em memória RAM, memória flash, memória ROM, memória EPROM, memória EEPROM, registros, uma unidade de disco rígido, um disco removível, um CD- ROM ou qualquer outra forma de meio de armazenamento conhecida na técnica. Um meio de armazenamento exemplificativo pode ser acoplado ao processador para que este possa ler informações no meio de armazenamento ou gravar informações no meio de armazenamento. Como alternativa, o meio de armazenamento pode ser integral ao processador. O processador e o meio de armazenamento podem residir em um ASIC. O ASIC pode residir em um terminal do usuário. Como alternativa, o processador e o meio de armazenamento podem residir na forma de componentes distintos em um terminal do usuário.

Claims (24)

1. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, caracterizado por que o método compreende: a) proporcionar um instrumento automatizado configurado para receber e processar amostras a partir dos citados exemplares quanto a um ou mais analitos alvo de acordo com um ou mais respectivos fluxos de trabalho de ensaios; b) proporcionar amostras a serem testadas; c) transferir automaticamente uma primeira parte de cada uma das referidas amostras que serão testadas para os respectivos primeiros vasos que compreendem reagentes para um primeiro teste quanto a um primeiro analito alvo; d) executar automaticamente o primeiro teste na parte das referidas amostras a fim de determinar a presença de um primeiro analito alvo de acordo com um primeiro fluxo de trabalho de ensaio; e) selecionar um subconjunto de amostras a partir das amostras na qual ficou determinada a presença do primeiro analito alvo; f) transferir automaticamente uma segunda parte do subconjunto de amostras selecionado a partir de e) para um segundo vaso que compreende reagentes para um segundo teste a fim de determinar a presença de um segundo analito alvo diferente do primeiro analito alvo de acordo com um segundo fluxo de trabalho de ensaio, em que o segundo vaso que compreende reagentes para o segundo teste está localizado na mesma tira de teste que um respectivo primeiro vaso ou está localizado em uma tira de teste diferente do respectivo primeiro vaso; e g) executar automaticamente o segundo teste na segunda parte do subconjunto de amostras selecionado.

2. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 1, caracterizado por que cada uma das amostras compreende uma solução pré-processada de ácidos nucleicos isolados a partir de respectivos exemplares.

3. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 2, caracterizado por que o instrumento automatizado processa automaticamente os exemplares para obter as respectivas amostras que compreende ácidos nucleicos isolados.

4. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 1, caracterizado por que, para cada amostra, a referida amostra e o referido primeiro vaso que compreende reagentes para um primeiro teste são dispostos em uma primeira tira de testes e em que a etapa f) compreende ainda transferir automaticamente a segunda parte da amostra para o segundo vaso que compreende reagentes para o segundo teste disposto em uma segunda tira de testes.

5. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 4, caracterizado por que a etapa e) compreende ainda e1) identificar um subconjunto das referidas primeiras tiras de teste para o segundo teste; e e2) para cada primeira tira de testes no referido subconjunto, proporcionar uma segunda tira de testes correspondente compreendendo um vaso que compreende reagentes para um segundo teste quanto a um segundo analito.

6. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 4 ou 5, caracterizado por que a referida segunda tira de testes compreende pelo menos uma ponta de pipeta.

7. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 4 ou 5, caracterizado por que compreende, antes da etapa f), adicionar líquido extra à referida amostra.

8. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 1, caracterizado por que, para cada amostra, a referida amostra, o referido primeiro vaso e um receptáculo para o referido segundo vaso são dispostos em uma única tira de testes.

9. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 8, caracterizado por que compreende, antes da etapa e), as etapas de: d1) identificar um subconjunto das referidas primeiras tiras de testes para testar quanto ao segundo analito; e d2) para cada tira de testes no referido subconjunto, proporcionar o segundo vaso que compreende reagentes para o segundo teste no receptáculo.

10. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com qualquer uma das Reivindicações 8 e 9, caracterizado por que compreende, antes da etapa f), a etapa de proporcionar uma ponta de pipeta configurada para transferir a referida segunda parte da amostra ao segundo vaso que compreende reagentes para o segundo teste.

11. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 10, caracterizado por que a referida ponta de pipeta é uma ponta de pipeta não usada.

12. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 10, caracterizado por que a referida ponta de pipeta é uma ponta de pipeta lavada.

13. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com qualquer uma das Reivindicações de 8 a 12, caracterizado por que compreende, antes da etapa f), a etapa de adicionar líquido extra à referida amostra.

14. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com qualquer uma das Reivindicações de 1 a 13, caracterizado por que o referido primeiro teste ou referido segundo teste compreende uma reação selecionada a partir do grupo selecionado por: Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), Amplificação Mediada por Transcrição (TMA), Ensaio de Ligação de Oligonucleotídeos (OLA), Reação em Cadeia da Ligase (LCR), Amplificação por Círculo Rolante (RCA), Amplificação por Deslocamento de Fita (SDA) e uma reação de hibridização.

15. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com qualquer uma das Reivindicações de 1 a 14, caracterizado por que compreende ainda a etapa de comparar indícios de identificação em uma tira de testes a um conjunto de dados de identificação específicos ao ensaio armazenados no instrumento.

16. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com qualquer uma das Reivindicações de 1 a 15, caracterizado por que o primeiro teste compreende um teste para a detecção simultânea do Staphylococcus aureus resistente à meticilina e do Staphylococcus aureus e em que o segundo teste compreende um teste para a detecção de um determinante de resistência à mupirocina.

17. Método Para Executar Ensaio Automatizado em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 16, caracterizado por que o determinante de resistência à mupirocina compreende o gene mupA.

18. Sistema Para Executar Ensaio Automatizado em Amostras a Partir de Respectivos Exemplares, caracterizado por que o sistema compreende: um instrumento automatizado configurado para receber e processar amostras de acordo com um ou mais fluxos de trabalho de ensaios; o referido instrumento compreendendo tiras de teste; um processador; uma capacidade de armazenamento de informações que armazena instruções para execução pelo processador, as instruções compreendendo: a) transferir automaticamente uma primeira parte de cada amostra aos respectivos primeiros vasos que compreendem reagentes para um primeiro teste; b) executar o primeiro teste para determinar a presença de um primeiro analito alvo de acordo com um primeiro fluxo de trabalho de ensaio; c) transferir automaticamente uma segunda parte das amostras, ou um subconjunto selecionado das amostras, para respectivos segundos vasos que compreendem reagentes para um segundo teste, em que um segundo vaso dos respectivos segundos vasos está localizado em uma mesma tira de teste que um respectivo primeiro vaso ou está localizado em uma tira de teste diferente do respectivo primeiro vaso; e d) executar um segundo teste na segunda parte das amostras, ou subconjunto selecionado de amostras, para determinar a presença de um segundo analito alvo diferente do primeiro analito, de acordo com um segundo fluxo de trabalho de ensaio.

19. Sistema Para Executar Ensaio Automatizado em Amostras a Partir de Respectivos Exemplares, de acordo com a Reivindicação 18, caracterizado por que as instruções compreendem ainda instruções para isolar automaticamente ácido nucleico a partir de exemplares, a fim de obter respectivas amostras que compreendem ácidos nucleicos isolados.

20. Sistema Para Executar Ensaio Automatizado em Amostras a Partir de Respectivos Exemplares, de acordo com a Reivindicação 18, caracterizado por que, para cada amostra, a referida amostra e o citado primeiro vaso compreendendo reagentes para o primeiro teste são situados em uma primeira tira de testes das tiras de testes e em que a etapa (c) compreende transferir automaticamente uma parte de cada uma das amostras no subconjunto selecionado de amostras para um respectivo segundo tubo de mistura mestra situado em uma segunda tira discreta de testes de tiras de testes.

21. Sistema Para Executar Ensaio Automatizado em Amostras a Partir de Respectivos Exemplares, de acordo com a Reivindicação 18, caracterizado por que, para cada amostra, a referida amostra, o citado primeiro vaso e um receptáculo para o dito segundo vaso são dispostos em uma única tira de testes das tiras de testes, em que as referidas instruções compreendem instruções para as etapas de: c1) identificar um subconjunto das referidas primeiras tiras de teste para testar quanto à presença do segundo analito; e c2) para cada tira de testes no referido subconjunto, proporcionar um segundo vaso correspondente que compreende reagentes para o segundo teste no receptáculo.

22. Método Para Executar Teste Reflexivo em Exemplares, caracterizado por que o método compreende: a) proporcionar exemplares a serem testados; b) processar exemplares para obter as respectivas amostras, cada amostra mantida em um respectivo vaso de amostra; c) transferir uma primeira parte das referidas amostras a ser testada a partir do respectivo vaso de amostra para os respectivos primeiros vasos que compreendem reagentes para um primeiro teste quanto a um primeiro analito alvo; d) executar automaticamente o primeiro teste na parte das referidas amostras para determinar a presença ou ausência de um primeiro analito alvo de acordo com um primeiro fluxo de trabalho de ensaio; e) selecionar um subconjunto de amostras a partir das amostras nas quais a presença do primeiro analito alvo foi determinada para o teste reflexivo; f) transferir automaticamente uma segunda parte do subconjunto selecionado de amostras de (e) a partir do respectivo vaso de amostra para um segundo vaso que compreende reagentes para um segundo teste a fim de determinar a presença ou ausência de um segundo analito alvo de acordo com um segundo fluxo de trabalho de ensaio, em que o segundo analito alvo é diferente do primeiro analito, em que o segundo vaso compreendendo reagentes para o segundo teste está disposto na mesma tira de teste que o respectivo primeiro vaso ou está disposto em uma tira de teste diferente do respectivo primeiro vaso; e g) executar automaticamente o segundo teste na segunda parte do subconjunto de amostras selecionado de acordo com um segundo fluxo de trabalho de ensaio, o segundo teste fornecendo um resultado indicando, para uma amostra individual incluída no subconjunto de amostras, a presença do segundo analito alvo no exemplar a partir da qual a amostra individual foi processada.

23. Método Para Executar Teste Reflexivo em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 22, caracterizado por que o primeiro teste compreende um teste para a detecção simultânea do Staphylococcus aureus resistente à meticilina e do Staphylococcus aureus e em que o segundo teste compreende um teste para a detecção de um determinante de resistência à mupirocina.

24. Método Para Executar Teste Reflexivo em Exemplares, de acordo com a Reivindicação 23, caracterizado por que o determinante de resistência à mupirocina compreende o gene mupA.

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