WO2003010336A2 - Molekulare marker beim hepatozellulären karzinom - Google Patents

Molekulare marker beim hepatozellulären karzinom Download PDF

Info

Publication number
WO2003010336A2
WO2003010336A2 PCT/EP2002/008305 EP0208305W WO03010336A2 WO 2003010336 A2 WO2003010336 A2 WO 2003010336A2 EP 0208305 W EP0208305 W EP 0208305W WO 03010336 A2 WO03010336 A2 WO 03010336A2
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
sequence
hcc
genes
iii
protein
Prior art date
Application number
PCT/EP2002/008305
Other languages
English (en)
French (fr)
Other versions
WO2003010336A3 (de
Inventor
Sabine Debuschewitz
Jürgen Jobst
Stephan Kaiser
Original Assignee
Sabine Debuschewitz
Jobst Juergen
Stephan Kaiser
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Sabine Debuschewitz, Jobst Juergen, Stephan Kaiser filed Critical Sabine Debuschewitz
Priority to EP02790191A priority Critical patent/EP1507871A2/de
Publication of WO2003010336A2 publication Critical patent/WO2003010336A2/de
Priority to AU2003253329A priority patent/AU2003253329A1/en
Priority to EP03771105A priority patent/EP1525477A2/de
Priority to PCT/EP2003/008243 priority patent/WO2004011945A2/de
Publication of WO2003010336A3 publication Critical patent/WO2003010336A3/de

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value

Definitions

  • the present invention relates to molecular markers that occur in hepatocellular carcinoma.
  • it encompasses gene sequences or peptides encoded therefrom which are up or down-regulated in the expression of non-malignant or normal liver cells in liver cell carcinoma (HCC), and the use of these sequences for diagnosis or / and therapy of HCC and for screening for identification new active ingredients for HCC.
  • HCC liver cell carcinoma
  • the invention further relates to an HCC-specific cluster as a unique diagnostic agent for HCC.
  • HCC Primary liver cell carcinoma
  • AFP alpha-fetoprotein
  • PIVKA II des- carboxy prothrombin
  • Neoplastic changes in the liver are often not clearly recognizable and sometimes very difficult or impossible to differentiate from other pathological changes such as regenerated nodes in cirrhosis or liver cell adenomas.
  • assessment of histological specimens is dependent on the examiner and is therefore subject to significant variability.
  • nucleic acid which (i) is shown in Table 1 or in Table 2, (ii) corresponds to a sequence from (i) in the context of the degeneration of the genetic code, (iii) a partial sequence of a Sequence of (i) or / and (ii) with a length of at least 25, preferably at least 50 and more preferably at least 100 nucleotides, (iv) with a sequence of (i), (ii) or / and (iii) hybridizes under stringent conditions or / and (v) has a sequence complementary to a sequence from (i), (ii), (iii) or / and (iv), or a polypeptide encoded by such a nucleic acid as a target for hepatocellular carcinoma (HCC).
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • a stringent hybridization according to the present invention is preferably present if, after washing for 1 hour with 1 ⁇ SSC and 0.1% SDS at 50 ° C., preferably at 55 ° C., more preferably at 62 ° C. and most preferably at 68 ° C and more preferably for 1 hour with 0.2 x SSC and 0.1% SDS at 50 ° C, preferably at 55 ° C, more preferably at 62 ° C and most preferably at 68 ° C, a positive hybridization signal was also observed becomes .
  • the genes identified in the context of the present invention represent effective targets for HCC.
  • the genes are particularly preferred Genes of Table 1A or / and the genes of Table 2A are used, in which an increase or decrease in expression has been found in 100% of the patients examined.
  • the use of the genes which are shown in Tables 1B or / and 2B is somewhat more preferred, these being genes which were up or down-regulated in at least 80% of the patients examined.
  • genes are preferably used which, compared to non-cancerous or normal liver cells, are down-regulated or up-regulated by a factor of at least 1.5, more preferably by a factor of at least 2, even more preferably by a factor of at least 3 and most preferably by a factor of at least 4.
  • the genes found according to the invention are preferably combined into groups which are specific for HCC and allow a clear differentiation from HCC to other cells, including other pathologically modified cells.
  • At least 1550 genes are used with which particularly good differentiation can be achieved, namely genes Nos. 1 to 55 in Table 1A, genes Nos. 46 to 75 in Table 1B and genes No. 1 to 63 in Table 2A and gene numbers 64 to 75 in Table 2B.
  • 75 up-regulated and 75 down-regulated genes are used, whereby a 100% differentiation between tumor liver tissue and non-malignant liver tissue is possible by means of cluster analysis.
  • all the genes listed in Tables 1A, 1B, 1C and 2A, 2B and 2C are used.
  • genes listed in Tables 1A, 1B, 2A and 2B are used and in a further preferred embodiment the genes listed in Tables 1A and 1B, i.e. all genes up or down regulated in 100% of cases.
  • nucleic acids provided as target according to the invention or their amount, for example the amount expressed in a cell can be determined by means of suitable assays and thus used for diagnosis.
  • probes are preferably provided or formed which are connected to the in bind the nucleic acids shown in the tables.
  • sequences complementary to the specified genes or complementary sequence sections can be used.
  • At least one of the sequences used is not selected from N33920, Y00705, AA6101 16, AA055896, AA430032, Z37987, J03464, W45320, M94250, AA4281 72, AA620881, D51 276, AA1 561 87, D31 094, AA429472, AA1 49889, AA452724, AA401 965, AA620553, AA3931 39, H81 070, AA007395, T48075, N801 29, AA01 0605, W88946, T9581 3, H58692, R9741 9, H73901, M2969 T67931, K031 92, AA448002, R8981 1, M 14777, H20543, N54053 and R40395.
  • clusters for discriminating different tumors of the liver e.g. benign-malignant (e.g. liver adenoma-liver carcinoma) or malignant-malignant (liver carcinoma metastases of colon cancer) or clusters for differentiating different stages of individual tumors
  • benign-malignant e.g. liver adenoma-liver carcinoma
  • malignant-malignant liver carcinoma metastases of colon cancer
  • clusters for differentiating different stages of individual tumors can be created, the genes in each case Tables 1 A to C and 2A to C, in which a particularly clear or particularly consistent change can be observed.
  • HCC cholangiocellular carcinoma
  • CCC cholangiocellular carcinoma
  • HCC which are specific to HCC are used as targets.
  • the genes shown in Table 4 can also be used to differentiate the CCC from normal tissue of non-malignant tissue.
  • both HCC and CCC can be differentiated by non-malignant or normal liver tissue.
  • the presence of a consistent pattern of genetic changes in HCC offers the possibility of examining different stages, causes or / and subgroups of HCC with regard to specific genetic patterns. For example, an indication of the probability of developing a malignant tumor from previously damaged tissue can be given here. Such a pattern also offers the possibility of clearly differentiating in the histological differentiation between tumor cells and non-malignant transformed cells.
  • a diagnosis that is largely independent of the examiner can be made (GenCluster Analysis - genome pathology, gene profile pathology).
  • overexpressed genes or the proteins they encode
  • the selected genes can also be used as a coupling site for potential therapeutic targets.
  • the AFP positive can be distinguished from the AFP negative HCC.
  • hepatitis B-related HCC and hepatitis C-related HCC can be carried out in the case of virus hepatitis-related HCCs. This is particularly important because these two diseases are the main risk factors for the development of HCC. Genetic clusters, which are preferably used to distinguish between HCC-related hepatitis B and hepatitis C, are shown in Tables 3A, 3B, 3C and 3D. A clear assignment of virus-hepatitis-related HCCs is particularly important due to the importance of hepatitis B and C as risk factors and the relatively poor 5-year survival rates of the HCC. Only early tumor stages can be treated with surgical therapy.
  • Another advantage that can be obtained with the present invention is that a risk group diagnosis can be carried out with the genes provided according to the invention.
  • hepatitis B or hepatitis C sufferers are examined and divided into appropriate risk groups based on the overexpressed or underexpressed genes.
  • Genes from Table 3 are preferably used to determine subgroups of HCC. By determining the genes listed in Table 3, a distinction can be made in particular between HCV-related HCC, HBV-related HCC and alcohol-toxic HCC.
  • Table 3A shows genes that are up-regulated in HCV-related HCC
  • Table 3B shows genes that are up-regulated in HCV-related HCC and down-regulated in HBV-related HCC (true differential regulation)
  • Table 3C shows genes that are in HBV-related HCC are up-regulated
  • Table 3D shows genes that are up-regulated in HBC-related HCC and down-regulated in HCV-related HCC (true differential regulation).
  • An assay is used for subgroup diagnosis, which can preferably determine at least one, in particular at least 10, more preferably at least 20 and up to all of the genes listed in Table 3.
  • fetal-expressed genes are of particular interest as tumor markers.
  • Genes that code for receptors and oncogenes as well as genes involved in the cell cycle (cdc) and signal transduction elements are particularly suitable for therapeutic approaches.
  • the invention thus encompasses gene sequences as a diagnostic detection method and as potential therapeutic targets in connection with an HCC and an HCC-specific cluster from e.g. 1 50 genes (indicator genes - genome pathology) as a unique diagnostic tool.
  • the invention further relates to a method for diagnosing HCC, in which the amount of at least one nucleic acid shown in Table 1 and / or Table 2 or a protein encoded therein is determined in a sample.
  • the amount of at least one nucleic acid is determined which is not N33920, Y00705, AA61 01 16, AA055896, AA430032, Z37987, J03464, W45320, M94250, AA4281 72, AA620881, D51 276, AA1 561 87, D31 094 , AA429472, AA1 49889, AA452724, AA401 965, AA620553, AA3931 39, H81070, AA007395, T48075, N801 29, AA01 0605, W88946, T9581 3, H58692, R9741 9, H80901, M29873, U5681 4, T67931, K031 92, AA448002, R8981 1, M 1
  • the invention further relates to a method for the therapy of HCC, in which the amount of at least one nucleic acid shown in Table 1 and / or in Table 2 or a protein encoded therein is influenced.
  • the influencing can include an increase or decrease in the amount, for example by adding the at least one nucleic acid or a protein encoded thereby or by trapping genes produced in excess, for example by antisense molecules or suitable antibodies.
  • the amount of at least one nucleic acid is influenced which is not N33920, Y00705, AA61 01 16, AA055896, AA430032, Z37987, J03464, W45320, M94250, AA4281 72, AA620881, D51 276, AA1 561 87, D31094, AA429472, AA149889, AA452724, AA401 965, AA620553, AA3931 39, H81 070, AA007395, T48075, N801 29, AA01 0605, W88946, T9581 3, H58692, R9741 9, H80901, M29873, U531, K4, T5 R8981 1, M 1 4777, H20543, N54053 or R40395.
  • the invention further comprises an HCC-specific cluster or an expression profile associated with HCC, which has at least 30, in particular at least 40 and up to all of the genes Nos. 1 to 55 of Table 1A and / or Nos. 1 to 63 of Table 2A includes.
  • the genes identified by means of gene chip analysis are shown in Tables 1 and 2.
  • the tables contain the database access numbers of the genes and the name of the genes or the polypeptide or EST number encoded by them.
  • Table 1A shows genes that are upregulated in a human primary HCC compared to non-cancerous liver cells in 1 00% of the examined patients by at least 1.5 times. The extent of the up-regulation is also indicated.
  • Table 1B shows genes that were up-regulated in 80% of the patients examined in human primary HCC compared to non-cancerous liver cells and
  • Table 1C shows genes that were up-regulated in human primary HCC compared to non-cancerous liver cells in 60% of the cells examined.
  • Table 2A shows genes that are downregulated in 100% of the HCC patients examined compared to normal liver tissue.
  • Table 2B shows genes that are downregulated by at least 1.5 times in human primary HCC compared to non-cancerous liver cells in 80% of patients.
  • Table 2C shows genes that are down-regulated in 60% of patients in human primary HCC compared to non-cancerous liver cells.
  • the genes shown in Tables 1 and 2 are up or down regulated at least 1.5 times.
  • Table 3A shows genes that are upregulated in 100% of HCV-related HCCs.
  • Table 3B shows genes that are up-regulated in HCV-related HCC and down-regulated in HBV-related HCC (true differential regulation).
  • Table 3C shows genes that are upregulated in 100% of HBV-related HCCs.
  • Table 3D shows genes that are up-regulated in HBV-related HCC and down-regulated in HCV-related HCC (true differential regulation).
  • Table 4 shows genes that are up-regulated in the CCC and are not differentially regulated in the HCC.
  • the gene expression analyzes are a selection of the significantly over- (red tones) and under-expressed (green tones) genes (applied vertically) from the respective tissue samples (shown horizontally).
  • FIG. 1 shows a gene cluster analysis of a liver cell adenoma in comparison to the HCC.
  • Each track in the figure shows a tissue sample, the individual color pixels per track each a gene or a hybridization signal.
  • HCC tumor tissue (T) and adenoma tissue (A) are plotted in the individual tracks.
  • a red color pixel means that the corresponding gene is overexpressed in the sample, a green color pixel means that the corresponding gene is underexpressed.
  • the aim of the investigation was to obtain the clearest possible differentiation between the two entities in the simplest possible way. It can be clearly seen from FIG. 1 that a distinction between the different cell types is possible in a simple manner, even for a layperson or untrained personnel
  • FIG. 2 shows the subclassification of various masses of the liver by means of two-dimensional cluster analysis.
  • FIG. 2 shows an illustration of the principle of the methodology of the two-dimensional cluster analysis.
  • the gene clusters of 1 3 masses were created.
  • the cluster analysis can differentiate the clusters and show the intensity of the relationships between the clusters.
  • FIG. 3 shows a gene cluster analysis of AFP-positive and AFP-negative HCC tissue samples.
  • FIG. 3 shows a differentiation between two different forms of the HCC, namely the AFP positive (lane 2, 3 in the upper cluster) and the AFP negative (lane 2, 3 in the lower cluster) HCC.
  • AFP a gene cluster analysis of AFP-positive and AFP-negative HCC tissue samples.
  • FIG. 3 shows a differentiation between two different forms of the HCC, namely the AFP positive (lane 2, 3 in the upper cluster) and the AFP negative (lane 2, 3 in the lower cluster) HCC.
  • AFP positive lane 2, 3 in the upper cluster
  • AFP negative lane 2, 3 in the lower cluster
  • FIG. 4 shows a differentiation between non-virally induced and HCV-induced HCC.
  • FIG. 4 shows a differentiation between two different forms of HCC, namely the virally induced (in each case lane 2.5) and the non-virally induced (in each case lane 1, 3, 4, 6) HCC.
  • specific gene clusters are overexpressed in the virally induced HCC.
  • the aim of the investigation was to show that specific gene groups are overexpressed in virally induced HCC compared to non-virally induced HCC.
  • FIG. 5 shows a two-dimensional cluster analysis of the HCC on the basis of a representation of the 700 most differentially expressed genes and ESTs, which are at least simply overexpressed or underexpressed.
  • FIG. 1 shows a differentiation between non-virally induced and HCV-induced HCC.
  • FIG. 4 shows a differentiation between two different forms of HCC, namely the virally induced (in each case lane 2.5) and the non-virally induced (in each case lane 1, 3,
  • the aim of the cluster analysis is the fact that it is possible with the methodology to identify a cluster with a certain amount of genes, which clearly differentiates it from other entities of the same tissue type (here: liver tissue ) allowed.
  • the exact number of genes recorded is irrelevant, since even slight differences with a large number of genes allow such differentiation, which is not possible with individual analyzes of genes using conventional methods.
  • Part of Table 1 -2 shown 1 1 44 genes are included in the cluster analysis.
  • the principle of the cluster is independent of the expression level of individual genes, but is primarily based on the co-regulation of gene groups.
  • FIG. 6 shows a gene cluster analysis of colonic metastases in comparison to HCC tissue (in the case of colon colitis to the adenoma).
  • FIG. 7 shows a gene cluster analysis of HCV versus HBV-induced HCC (in HBV and HCV idem for adenoma).
  • Example 1 Determination of genes which are up-regulated or down-regulated in human primary HCC. A chip with 7000 human genes was used, the selection being carried out by specific hybridization with highly purified liver cancer tissue (RNA). Attention was paid to high stringency, high robustness and high consistency as well as specificity. The primarily digital preparation of the data enables a cluster analysis with high specificity. This is the basis for the final selection (using stringent selection criteria) of individual genes from the basis of several thousand genes examined.
  • Example 2 Specificity of the genes
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • HCC primary human hepatocellular carcinoma
  • HCC primary human hepatocellular carcinoma
  • HCC primary human hepatocellular carcinoma
  • Chip Ident No Accession No. Gen name avg. Change x times
  • HCC Primary Human Hepatocellular Carcinoma
  • Chip Ident No Accession No. Gene name new avg.
  • HCC primary human hepatocellular carcinoma
  • HCC primary human hepatocellular carcinoma
  • Chip Ident No Accession No. Gen name avg.
  • proteasome (prosome, macropain) subunit 47 202243_s_at NM_002796.1 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 4 2.1
  • profilin 2 isoform b NM_053024 profilin 2 isoform a 3.3
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • CCC cholangiocellular carcinoma
  • Consensus includes erythrocyte membrane protein band 4.1-like 1 5.1
  • Consensus includes Homo sapiens ELISC-1 mRNA, partial cds 3,4
  • Consensus includes ribosomal protein L13a 2.8 0
  • Consensus includes Homo sapiens clone 23570 mRNA sequence 2.0
  • Consensus includes Human DNA sequence from clone LA16-358B7 on chromosome 16 1, 8
  • Consensus includes ... protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 1, 6

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft molekulare Marker, die beim hepatozellulären Karzinom auftreten. Sie umfasst insbesondere Gensequenzen bzw. davon codierte Peptide, die beim Leberzellkarzinom (HCC) gegenüber gesunden, normalen Leberzellen in der Expression herauf- oder herabreguliert sind, sowie die Verwendung dieser Sequenzen zur Diagnose oder/und Therapie von HCC sowie zum Screening zur Identifizierung neuer Wirkstoffe für HCC. Weiterhin betrifft die Erfindung ein HCC-spezifisches Cluster als einzigartiges diagnostisches Mittel für HCC.

Description

Molekulare Marker beim hepatozellülären Karzinom
Beschreibung
Die vorliegende Erfindung betrifft molekulare Marker, die beim hepatozellülären Karzinom auftreten. Sie umfasst insbesondere Gensequenzen bzw. davon codierte Peptide, die beim Leberzellkarzinom (HCC) gegenüber nicht malignen bzw. normalen Leberzellen in der Expression herauf- oder herabreguliert sind, sowie die Verwendung dieser Sequenzen zur Diagnose oder/und Therapie von HCC sowie zum Screening zur Identifizierung neuer Wirkstoffe für HCC. Weiterhin betrifft die Erfindung ein HCC-spezifisches Cluster als einzigartiges diagnostisches Mittel für HCC.
Das primäre Leberzellkarzinom (HCC) (siehe z.B. M. Sterneck, Ätiologie des hepatozellülären Karzinoms, Der Internist, 41 (2000) 1 85- 1 90; K. Okuda, Heptacellular carcinoma, J. Hepatology 32 (suppl. 1 ) (2000) 225-237) steht weltweit an fünfter Stelle innerhalb aller malignen Tumoren. 1 990 wurde die Inzidenz dieses Tumors auf ca. 500.000 Fälle weltweit geschätzt. Das HCC-Vorkommen steigt nach wie vor in vielen Ländern sehr stark an, vor allem in Japan und in westlichen Ländern wie den USA (H. El- Serag, The New England Journal of Medicine, 340 ( 1 0) (1 999) 745-750) und in Europa, hier vor allem in Südeuropa. Der Anstieg ist hauptsächlich durch die weltweit zunehmende Verbreitung der wesentlichen Ursachen für HCC - der Virushepatitis B und C - bedingt.
Die molekularen Mechanismen der Hepatokarzinogenese sind bislang nur unvollständig verstanden. Genetische Veränderungen sind zwar beschrieben worden, deren Relevanz aber bis heute trotz zahlreicher Untersuchungen nicht exakt einzuordnen ist. Die Früherkennung eines HCC ist von entscheidender Bedeutung für das Überleben der betroffenen Patienten. Die 5-Jahresüberlebensrate bei diesem Tumor liegt weltweit bei nur 2 % . Die Prognose des primären Leberzellkarzinoms ist direkt von seiner Größe und Tumorknotenanzahl bei Diagnosestellung abhängig . Die schlechte Überlebensrate und die späte Diagnosestellung sind vor allem auf die relativ unspezifischen diagnostischen Möglichkeiten, die bisher zur Verfügung stehen, und die damit oft zu späte Tumorerkennung zurückzuführen.
Die bisherige Diagnostik beruht vor allem auf drei Verfahren (siehe z.B. K.P. Maier, Hepatitis-Hepatitisfolgen, Kap. 1 4.6 "Hepatozelluläres Karzinom (HCC) " , Thieme Verlag, S. 339-363; A. Aguayo et al., "Liver Cancer" in Current and Future Treatment Therapies for Liver Disease, Clinics in Liver Disease, Vol. 5 (2), 2001 , S. 479-502) .
1 . Serologie
Die serologische Bestimmung erfolgt mit Alpha-Fetoprotein (AFP), eines in 30 % aller Leberkarzinome überexprimierten und ins Blut sezernierten Proteins. Jedoch produzieren zwei Drittel der HCCs kein AFP bzw. zeigen keine erhöhten AFP-Werte. Somit ist der AFP-Marker ein ineffizienter Marker für die Früherkennung. Neuere Ansätze wie Enzymtests mit Des- - carboxy Prothrombin (PIVKA II), haben keinen entscheidenden Vorteil gebracht und sich nicht etablieren können.
2. Bildgebende Verfahren
Bei den bildgebenden Verfahren stehen vor allem Ultraschall und Computertomografie zur Verfügung. Diese Diagnostik ist jedoch relativ unspezifisch und führt erst in fortgeschrittenen Stadien des Tumors zu sichtbaren und damit richtungsweisenden Veränderungen. 3. Histologie
Es besteht die Möglichkeit der invasiven Diagnostik mit Gewinnung einer Gewebeprobe mittels Feinnadelpunktion der Leber zur histologischen Analyse. Neoplastische Veränderungen in der Leber sind häufig nicht eindeutig erkennbar und bisweilen gegenüber anderweitigen pathologischen Veränderungen wie Regeneratknoten bei Zirrhose oder Leberzelladenomen sehr schwer oder überhaupt nicht abgrenzbar. Weiterhin ist die Beurteilung von histologischen Präparaten untersucherabhängig und unterliegt damit einer deutlichen Variabilität.
Alle diagnostischen Verfahren zeigen deutliche Mängel und sind für das späte Erkennen eines Leberzellkarzinoms mitverantwortlich. Somit besteht von medizinisch-klinischer Seite ein eindeutiger Bedarf an Tumormarkern mit sehr hoher Sensitivität und Spezifität für HCC.
Parallel zur problematischen Situation in der Diagnostik sind auch bisher bekannte Therapien des HCC weitgehend ineffektiv (siehe z.B. A. Grothey, Systemische Therapie des hepatozellülären Karzinoms, Der Onkologe, 6 (2000) 327-335) . Die klassischen Verfahren der Radiochemotherapie zeigen keinen Effekt beim HCC. Invasive Verfahren wie die Chemoembolisation, die Ethanolinjektion oder Radiofrequenzablation sind aufwendig und führen nur extrem selten zu einer Heilung dieses Tumors. Chirurgische Interventionen wie Leberteilresektionen zeigen insbesondere bei kleinen Tumoren bessere 5-Jahresüberlebensraten, jedoch bleibt die einzige definitive kurative Therapie die Lebertransplantation. Nicht zuletzt aufgrund des Mangels an Spenderorganen kann diese therapeutische Option nur sehr selten zur Therapie von Tumoren eingesetzt werden.
Deshalb sind für die Therapie des HCC dringend neue und innovative A n sätze n otwen d ig . Es exi sti eren mittl erweil e i nte n s ive Forschungsaktivitäten im Bereich der Gentherapie, diese Entwicklung schreitet aber nur sehr langsam voran und wird in naher Zukunft klinisch nicht zur Verfügung stehen . Neue molekulare Ansätze können diesen Forschungsbereich entscheidend vorantreiben und somit gentherapeutische und tumorimmunologische Ansätze auch klinisch realisierbar machen.
Es ist bekannt, dass das Entstehen von Krebs ein Prozess ist, bei welchem sehr viele und verschiedene genetische Veränderungen stattfinden und miteinander interagieren. Dies zeigt sich z.B. in der Aktivierung oder Überexpression von Onkogenen und Inaktivierung bzw. komplettem Verlust von Tumorsuppressorgenen in den entsprechenden Tumorzellen. Zahlreiche Untersuchungen konnten Veränderungen in Onkogenen und Anti- Onkogenen sowie den Verlust von Heterozygosität von Chromosomen beim HCC zeigen, jedoch ist bislang kein kohärentes Muster solcher genetischen Veränderungen beim HCC definiert worden.
Eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung war es deshalb, neue Tumormarker für HCC bereitzustellen, sowie neue Möglichkeiten für die Therapie von HCC aufzuzeigen.
Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß gelöst durch die Verwendung mindestens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle 1 oder in Tabelle 2 gezeigt ist, (ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht, (iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens 1 00 Nukleotiden aufweist, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten Bedingungen hybridisiert oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids als Target für das hepatozelluläre Karzinom (HCC) . Der Ausdruck "Hybridisierung unter stringenten Bedingungen" wird hierin verwendet, wie bei Sambrook et al. (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press ( 1 989), 1 .101 -1 .1 04) verwendet. Bevorzugt liegt eine stringente Hybridisierung gemäß der vorliegenden Erfindung vor, wenn nach Waschen für eine Stunde mit 1 x SSC und 0, 1 % SDS bei 50 °C, bevorzugt bei 55 °C, mehr bevorzugt bei 62 °C und am meisten bevorzugt bei 68 °C und mehr bevorzugt für 1 Stunde mit 0,2 x SSC und 0, 1 % SDS bei 50 °C, bevorzugt bei 55 °C, mehr bevorzugt bei 62 °C und am meisten bevorzugt bei 68 °C noch ein positives Hybridisierungssignal beobachtet wird .
Im Rahmen der vorliegenden Erfindung wurde ein neues Verfahren der modernen Genomforschung benutzt, um über- und unterexprimierte Gene bei Leberkarzinomen zu identifizieren.
Mit Hilfe dieser erst jüngst etablierten DNA Chip-Technologie (siehe z.B. P. Brown et al., Nature Genetics Supplement, 21 ( 1 999) 33-37; K. Cole et al., Nature Genetics Supplement, 21 ( 1 999) 38-41 ; R. Lipshulz et al., Nature Genetics Supplement, 21 ( 1 999) 20-24) ist es gelungen, mehrere tausend Gene zu ermitteln, die in Lebertumoren von verschiedenen Patienten signifikant über- oder unterexprimiert waren. Durch die anschließende Softwareanalyse ließen sich Gruppen von mehreren hundert Genen bestimmen, die konsistent, d.h. in sämtlichen ( 1 00 %) oder den meisten (80 % bzw. 60 %) der Leberkarzinome über- oder unterexprimiert sind (siehe hierzu auch die Tabellen 1 und 2) . Sämtliche dieser mit Hilfe der Genchipanalyse identifizierten Gene werden bei Vorliegen eines HCC häufiger und konsistenter überexprimiert bzw. unterexprimiert als der derzeit klinisch zur Verfügung stehende und routinemäßig angewandte AFP Marker.
Deshalb stellen die im Rahmen der vorliegenden Erfindung identifizierten Gene wirkungsvolle Targets für HCC dar. Besonders bevorzugt werden die Gene der Tabelle 1 A oder/und die Gene der Tabelle 2A verwendet, bei denen eine Expressionserhöhung bzw. Expressionserniedrigung in 100 % der untersuchten Patienten festgestellt worden ist. Für viele Anwendungen ist es jedoch bereits ausreichend, mindestens ein Gen der Tabelle 1 C oder/und 2C einzusetzen, also Gene, bei denen eine erhöhte bzw. verminderte Expression in mindestens 60 % der untersuchten Patienten festgestellt worden ist. Etwas mehr bevorzugt ist die Verwendung der Gene, die in den Tabellen 1 B oder/und 2B dargestellt sind, wobei es sich hier um Gene handelt, die bei mindestens 80 % der untersuchten Patienten herauf- oder herabreguliert waren.
Erfindungsgemäß bevorzugt werden Gene eingesetzt, die, verglichen mit nicht krebsartigen bzw. normalen Leberzellen um einen Faktor von mindestens 1 ,5 herab- bzw. heraufreguliert sind, mehr bevorzugt um einen Faktor von mindestens 2, noch mehr bevorzugt um einen Faktor von mindestens 3 und am meisten bevorzugt um einen Faktor von mindestens 4.
Während bereits durch die Verwendung eines einzigen, in der vorliegenden Erfindung identifizierten Gens in Zusammenhang mit HCC Verbesserungen erhalten werden, können weitere vorteilhafte Wirkungen durch Verwendung von mehreren der erfindungsgemäß aufgefundenen Gene, insbesondere von mindestens 1 0, mehr bevorzugt von mindestens 50, noch mehr bevorzugt von mindestens 1 00, noch mehr bevorzugt von mindestens 1 50 und am meisten bevorzugt von mindestens 200 Genen erzielt werden. Erfindungsgemäß bevorzugt werden die aufgefundenen Gene zu Gruppen zusammengefasst, die für HCC spezifisch sind und eine eindeutige Unterscheidung von HCC zu anderen Zellen, auch anderen pathologisch veränderten Zellen erlauben.
Mit diesen identifizierten Gruppen von Genen lassen sich eindeutige Erkennungsmerkmale für die Diskriminierung von verschiedenen (Leber- )Tumoren identifizieren. So konnte durch Clusteranalyse ein HCC - spezifisches Muster für die Diagnostik von HCC positiven Gewebeproben gegenüber anderen Gewebemustern der Leber identifiziert werden.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform werden mindestens 1 50 Gene eingesetzt, mit denen eine besonders gute Differenzierung erreichbar ist, nämlich die Gene Nr. 1 bis 55 in Tabelle 1 A, die Gene Nr. 46 bis 75 in Tabelle 1 B sowie die Gene Nr. 1 bis 63 in Tabelle 2A sowie die Gene Nr. 64 bis 75 in Tabelle 2B. Bei diesem Satz werden 75 heraufregulierte und 75 herabregulierte Gene eingesetzt, wobei mittels Clusteranalyse eine 100 %-ige Differenzierung zwischen Tumorlebergewebe und nicht malignem Lebergewebe möglich ist. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform werden alle in den Tabellen 1 A, 1 B, 1 C und 2A, 2B und 2C aufgeführten Gene eingesetzt.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform werden die in den Tabellen 1 A, 1 B, 2A und 2B aufgeführten Gene eingesetzt und in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform die in den Tabellen 1 A und 1 B aufgeführten Gene, d.h. alle in 100 % der Fälle herauf- bzw. herabregulierten Gene.
Weiterhin ist es bevorzugt, mindestens 10, insbesondere mindestens 20 und noch mehr bevorzugt mindestens 30 Gene der Tabelle 1 A oder/und der Tabelle 2A einzusetzen und gegebenenfalls zusätzlich weitere, insbesondere mindestens 10, bevorzugt mindestens 20 und noch mehr bevorzugt mindestens 30 Gene aus den Tabellen 1 B oder/und 2B und gegebenenfalls weitere Gene aus den Tabellen 1 C oder/und 2C.
Die erfindungsgemäß als Target bereitgestellte Nukleinsäuren bzw. deren Menge, beispielsweise die in einer Zelle exprimierte Menge, können mittels geeigneter Assays bestimmt und somit zur Diagnose herangezogen werden. Bevorzugt werden ausgehend von den hierin gelieferten Sequenzinformationen Sonden bereitgestellt oder gebildet, welche an die in den Tabellen gezeigten Nukleinsäuren binden. Hierzu können beispielsweise zu den angegebenen Gene komplementäre Sequenzen bzw. komplementäre Sequenzabschnitte verwendet werden.
Besonders bevorzugt wird mindestens ein Gen verwendet, ausgewählt aus
Figure imgf000009_0001
In einer weiteren Ausführungsform ist mindestens eine der verwendeten Sequenzen (vgl. Schritt (i)) nicht ausgewählt aus N33920, Y00705, AA6101 1 6, AA055896, AA430032, Z37987, J03464, W45320, M94250, AA4281 72, AA620881 , D51 276, AA1 561 87, D31 094, AA429472, AA1 49889, AA452724, AA401 965, AA620553, AA3931 39, H81 070, AA007395, T48075, N801 29, AA01 0605, W88946, T9581 3, H58692, R9741 9, H80901 , M29873, U56814, T67931 , K031 92, AA448002, R8981 1 , M 14777, H20543, N54053 und R40395.
Für spezielle Anwendungen können weitere Gengruppierungen oder Gencluster zusammengestellt werden, um spezifische analytische Fragestellungen zu lösen. Auf diese Weise können beispielsweise Cluster zur Diskriminierung verschiedener Tumore der Leber, z.B. gutartig-bösartig (z.B. Leberadenom-Leberkarzinom) oder bösartig-bösartig (Leberkarzinom- Metastasen des Darmkrebs) oder Cluster zur Unterscheidung verschiedener Stadien einzelner Tumore erstellt werden, wobei jeweils die Gene aus den Tabellen 1 A bis C und 2A bis C herangezogen werden, bei denen eine besonders deutliche oder besonders konsistente Änderung beobachtet werden kann. Diese Differenzierungen sind heute mit den aktuell zur Verfügung stehenden Methoden oft nicht oder nur sehr schwierig zu bewerkstelligen.
Neben dem HCC, das als Karzinom von den "echten" Leberzellen, den Hepatocyten, ausgeht, gibt es in der Leber noch das cholangiozelluläre Karzinom (CCC), das von den Zellen der Gallengänge, den Cholangiocyten, ausgeht. Erfindungsgemäß konnten Expressionsmuster festgestellt werden, die eine eindeutige Diskriminierung dieser beiden Tumore ermöglichen. Gene, die eine Differenzierung zwischen den beiden Karzinomen HCC und CCC ermöglichen, sind in Tabelle 4, dargestellt. So wurden spezifische Cluster identifiziert mit Genen, die nur im CCC heraufreguliert sind . Zur Unterscheidung der beiden Cluster wird somit bevorzugt ein diagnostisches Mittel verwendet, welche mindestens eine, insbesondere mindestens 10, mehr bevorzugt mindestens 30 und bis zu alle in der Tabelle 4 dargestellten Gene, die für CCC spezifisch sind sowie den in der Tabelle 1 dargestellten Genen, die für HCC spezifisch sind als Targets nutzt. Die in Tabelle 4 dargestellten Gene können aber auch genutzt werden, um das CCC im Gegensatz zu Normalgewebe der nicht-malignen Gewebe zu unterscheiden. Gemeinsam mit den in Tabelle 1 , insbesondere in Tabelle 1 A dargestellten Genen können sowohl HCC als auch CCC um nicht-malignen bzw. normalen Lebergewebe unterschieden werden.
Das Vorhandensein eines konsistenten Musters genetischer Veränderungen beim HCC, wie es erfindungsgemäß festgestellt worden ist, bietet prinzipiell die Möglichkeit, verschiedene Stadien, Ursachen oder/und Subgruppen des HCC im Hinblick auf bestimmte genetische Muster zu untersuchen. So kann hier z.B. ein Hinweis auf die Wahrscheinlichkeit der Entstehung eines bösartigen Tumors aus bereits vorgeschädigtem Gewebe gegeben werden. Ein solches Muster bietet zudem auch die Möglichkeit, bei der histologischen Unterscheidung zwischen Tumorzellen und nicht malignen transformierten Zellen eindeutig zu differenzieren. So kann eine weitgehend untersucherunabhängige Diagnose gestellt werden (GenCluster- Analyse - Genompathologie, Genprofilpathologie) . Weiterhin können anhaltend überexprimierte Gene (bzw. die von ihnen codierten Proteine) als wesentlich spezifischere und - wenn sie bereits in frühen Stadien der Tumorentstehung auftauchen - sensitivere Tumormarker als die bislang bekannten und angewandten fungieren. Die selektierten Gene können auch als Kopplungsstelle für potenzielle therapeutische Targets benutzt werden.
Erfindungsgemäß ist es weiterhin möglich, zwischen verschiedenen Formen bzw. Subgruppen von HCC zu differenzieren. So kann beispielsweise das AFP positive vom AFP negativen HCC unterschieden werden.
Weiterhin kann erfindungsgemäß bei Virus Hepatitis-bedingten HCCs eine eindeutige Subgruppeninformation hinsichtlich Hepatitis B-bedingten HCC und Hepatitis C-bedingten HCC vorgenommen werden . Dies ist insbesondere deshalb von Bedeutung, da diese beiden Erkrankungen die Hauptrisikofaktoren für die Entstehung eines HCCs darstellen. Gencluster, die bevorzugt zur Unterscheidung zwischen Hepatitis B- und Hepatitis C- bedingtem HCC eingesetzt werden, sind in den Tabellen 3A, 3B, 3C und 3D dargestellt. Eine eindeutige Zuordnung von Virus-Hepatitis-bedingten HCCs ist aufgrund der Bedeutung der Hepatitis B und C als Risikofaktoren sowie der relativen schlechten 5-Jahresüberlebensraten des HCCs von besonderer Bedeutung . Nur frühe Tumorstadien können einer chirurgischen Therapie zugeführt werden. Frühzeitige Prognoseparameter für Virus- Hepatitis-Patienten, wie durch die erfindungsgemäßen Gene und insbesondere die erfindungsgemäßen Clusteranalysen bereitgestellt sind hier für eine erfolgreiche Therapie von essenzieller Wichtigkeit. Weiterhin kann erfindungsgemäß ein gezieltes Screening von Risikogruppen mit Hilfe der hierin bereitgestellten Daten erfolgen. Weiterhin hervorzuheben ist die Möglichkeit, einen Serummarker für die Entstehung eines HCCs bereitzustellen sowie die Möglichkeit eines auf den hierin präsentierten Daten basierenden Anti-HCC-lmpfstoffes für die genannten Risikogruppen. Erfindungsgemäß ist es weiterhin möglich neben Hepatitis B- und Hepatitis C-bedingter HCC auch die Alkohol-toxisch bedingte HCC zu differenzieren.
Ein weiterer Vorteil der mit der vorliegenden Erfindung erhalten werden kann, ist, dass mit den erfindungsgemäß bereitgestellten Genen eine Risikogruppendiagnose durchgeführt werden kann. Hierzu werden beispielsweise Hepatitis B oder Hepatitis C Erkrankte untersucht und anhand der über- oder unterexprimierten Gene in entsprechende Risikogruppen eingeteilt.
Zur Bestimmung von Subgruppen von HCC werden bevorzugt Gene aus der Tabelle 3 verwendet. Durch Bestimmung der in Tabelle 3 angegebenen Gene kann insbesondere zwischen HCV-bedingtem HCC, HBV-bedingtem HCC und Alkohol-toxisch-bedingtem HCC unterschieden werden. Tabelle 3A zeigt Gene, die bei HCV-bedingter HCC heraufreguliert sind, Tabelle 3B zeigt Gene, die bei HCV-bedingtem HCC heraufreguliert und bei HBV- bedingtem HCC herabreguliert sind (echte differenzielle Regulation), Tabelle 3C zeigt Gene, die bei HBV-bedingtem HCC heraufreguliert sind und Tabelle 3D zeigt Gene, die bei HBC-bedingtem HCC heraufreguliert und bei HCV-bedingtem HCC herabreguliert (echte differenzielle Regulation) sind. Zur Subgruppendiagnose wird ein Assay eingesetzt, welcher bevorzugt mindestens eines, insbesondere mindestens 10, mehr bevorzugt mindestens 20 und bis zu alle in der Tabelle 3 angegebenen Gene ermitteln kann.
Aus den in den Tabellen dargestellten Gene sind foetal exprimierte Gene als Tumormarker von besonderem Interesse. Für Therapieansätze eignen sich insbesondere Gene, die für Rezeptoren codieren sowie Onkogene als auch in den Zellzyklus involvierte Gene (cdc) und Signaltransduktionselemente.
Werden die Genprodukte (Proteine) oder ein Teil davon ins Blut sezerniert, so besteht ein enorm hohes Potenzial für ein einfaches Detektionsverfahren für die Entstehung eines HCC. Mit Hilfe dieser Marker bzw. dieses Detektionsverfahrens können beispielsweise in Form eines einfachen Serumbluttests Risikopatienten auf die Entstehung eines HCC problemlos, sicher und schnell getestet werden. In der Folge könnte bei einem positiven Detektionstest dann eine weitere spezifisch auf das Ergebnis dieses Tests abgestimmte Diagnostik oder/und Therapie durchgeführt werden. Eine Detektion von tumorspezifischen Zelloberflächenproteinen ist damit ebenso möglich.
Die Erfindung umfasst somit Gensequenzen als diagnostisches Nachweisverfahren und als potenzielle therapeutische Angriffspunkte im Zusammenhang mit einem HCC sowie ein HCC-spezifisches Cluster aus z.B. 1 50 Genen (Indikatorgene - Genompathologie) als einzigartiges diagnostisches Instrument.
Der wirtschaftliche Nutzen ergibt sich einerseits z.B. in der Benutzung der Expressionsmuster als Detektionsverfahren für die molekulare Tumoridentifikation (spezifische Serummarker, spezifische GenCluster, immunhistochemische Marker), andererseits können jene Gene, welche als geeignet für therapeutische Ansätze für molekulare Therapien wie Gentherapie und/oder Tumorvakzinierung angesehen werden, entsprechend geprüft und zur Therapieentwicklung herangezogen werden.
Die Erfindung betrifft weiterhin ein Verfahren zur Diagnose von HCC, bei den man in einer Probe die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, die in Tabelle 1 oder/und Tabelle 2 gezeigt sind bzw. eines davon codierten Proteins bestimmt. In einer speziellen Ausführungsform wird die Menge an mindestens einer Nukleinsäure bestimmt, die nicht N33920, Y00705, AA61 01 1 6, AA055896, AA430032, Z37987, J03464, W45320, M94250, AA4281 72, AA620881 , D51 276, AA1 561 87, D31 094, AA429472, AA1 49889, AA452724, AA401 965, AA620553, AA3931 39, H81070, AA007395, T48075, N801 29, AA01 0605, W88946, T9581 3, H58692, R9741 9, H80901 , M29873, U5681 4, T67931 , K031 92, AA448002, R8981 1 , M 1 4777, H20543, N54053 oder R40395 ist.
Weiterhin betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Therapie von HCC, bei dem man die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, die in Tabelle 1 oder/und in Tabelle 2 gezeigt sind oder eines davon codierten Proteins beeinflusst. Die Beeinflussung kann eine Erhöhung oder Verminderung der Menge umfassen, beispielweise durch Zugabe der mindestens einen Nukleinsäure bzw. eines davon codierten Proteins oder durch Abfangen von in Überschuss produzierten Genen, beispielsweise durch Antisense- Moleküle oder geeignete Antikörper. In einer speziellen Ausführungsform wird die Menge an mindestens einer Nukleinsäure beeinflusst, die nicht N33920, Y00705, AA61 01 1 6, AA055896, AA430032, Z37987, J03464, W45320, M94250, AA4281 72, AA620881 , D51 276, AA1 561 87, D31094, AA429472, AA149889, AA452724, AA401 965, AA620553, AA3931 39, H81 070, AA007395, T48075, N801 29, AA01 0605, W88946, T9581 3, H58692, R9741 9, H80901 , M29873, U56814, T67931 , K031 92, AA448002, R8981 1 , M 1 4777, H20543, N54053 oder R40395 ist.
Die Erfindung umfasst weiterhin ein HCC-spezifisches Cluster bzw. ein mit HCC assoziiertes Expressionsprofil, welches mindestens 30, insbesondere mindestens 40 und bis zu alle der Gene Nr. 1 bis 55 der Tabelle 1 A und/oder Nr. 1 bis 63 der Tabelle 2A umfasst.
Die mittels Genchipanalyse identifizierten Gene sind in den Tabellen 1 und 2 dargestellt. In den Tabellen sind die Datenbankzugangsnummern der Gene sowie die Bezeichnung der Gene bzw. das von ihnen codierte Polypeptid bzw. EST Nummer angegeben.
Die Tabelle 1 A zeigt Gene, die in einem humanen primären HCC, verglichen mit nicht krebsartigen Leberzellen heraufreguliert sind, und zwar in 1 00 % der untersuchten Patienten um mindestens das 1 ,5fache. Ebenfalls angegeben ist das Ausmaß der Heraufregulierung .
Tabelle 1 B zeigt Gene, die beim humanen primären HCC, verglichen mit nicht krebsartigen Leberzellen, bei 80 % der untersuchten Patienten heraufreguliert waren und
Tabelle 1 C zeigt Gene, die in humanem primärem HCC, verglichen zu nicht krebsartigen Leberzellen, bei 60 % der untersuchten Zellen heraufreguliert waren.
Tabelle 2A zeigt Gene, die bei 100 % der untersuchten HCC-Patienten im Vergleich zu normalem Lebergewebe herabreguliert sind.
Tabelle 2B zeigt Gene, die beim humanen primären HCC im Vergleich zu nicht krebsartigen Leberzellen bei 80 % der Patienten um mindestens das 1 ,5fache herabreguliert sind.
Tabelle 2C zeigt Gene, die beim humanen primären HCC, verglichen mit nicht krebsartigen Leberzellen, bei 60 % der Patienten herabreguliert sind.
Die in den Tabellen 1 und 2 angegebenen Gene werden jeweils mindestens 1 ,5-fach herauf- bzw. herunterreguliert.
Alle in den Tabellen 1 und 2 gezeigten Gene erfüllen stringentere Kriterien als AFP und IGFII und sind den bekannten Markern deutlich überlegen.
Tabelle 3A zeigt Gene, die in 1 00 % der HCV-bedingten HCCs heraufreguliert sind.
Tabelle 3B zeigt Gene, die bei HCV-bedingtem HCC heraufreguliert und bei HBV-bedingtem HCC herabreguliert sind (echte differenzielle Regulation). Tabelle 3C zeigt Gene, die in 100 % der HBV-bedingten HCCs heraufreguliert sind .
Tabelle 3D zeigt Gene, die bei HBV-bedingtem HCC heraufreguliert und bei HCV-bedingtem HCC herabreguliert sind (echte differenzielle Regulation) .
Tabelle 4 zeigt Gene, die im CCC heraufreguliert und im HCC nicht differenziell reguliert sind.
Die Erfindung wird durch folgende Beispiele und Figuren weiter erläutert.
Bei den Genexpressionsanalysen handelt es sich um eine Auswahl der signifikant über- (Rottöne) und unterexprimierten (Grüntöne) Gene (vertikal aufgetragen) aus den jeweiligen Gewebeproben (horizontal dargestellt) . Die Farben verdeutlichen die signifikanten Unterschiede in den Aktivitäten der Gene. Eindrucksvoll kann nicht nur Tumorgewebe von "normalem" Lebergewebe unterschieden werden, sondern ebenso eine eindeutige Differenzierung zwischen gutartigen Leberveränderungen (Adenomen) oder Metastasen eines Kolonkarzinoms und dem hepatozellülären Karzinom (Tumor = HCC) vorgenommen werden.
Figur 1 zeigt eine Genclusteranalyse eines Leberzelladenoms im Vergleich zum HCC. Jede Spur in der Figur zeigt eine Gewebeprobe, die einzelnen Farbpixel pro Spur jeweils ein Gen bzw. ein Hybridisierungssignal. In den einzelnen Spuren sind HCC-Tumorgewebe (T) bzw. Adenomgewebe (A) aufgetragen. Ein roter Farbpixel bedeutet, dass das entsprechende Gen in der Probe überexprimiert ist, ein grüner Farbpixel, dass das entsprechende Gen unterexprimiert ist. Eingesetzt wurde eine Subgruppe an Genen aus dem Gesamtkollektiv, welche die stärkste differenzielle Differenzierung zwischen den beiden Entitäten "Leberzelladenom = gutartige Neubildung" und " HCC = bösartige Neubildung" erlaubte. Aufgrund der Analyse ist eine 100 %ige Differenzierung (siehe rechte Seite) möglich. Ziel der Untersuchung war es, eine möglichst eindeutige Differenzierung der beiden Entitäten auf möglichst einfachem Wege zu erhalten. Aus Figur 1 kann man deutlich ersehen, dass auf einfache Weise eine Unterscheidung der verschiedenen Zelltypen, selbst für einen Laien oder ungeschultes Personal, möglich ist.
Figur 2 zeigt die Subklassifizierung verschiedener Raumforderungen der Leber mittels zweidimensionaler Clusteranalyse. Insbesondere zeigt Figur 2 eine Darstellung des Prinzips der Methodik der zweidimensionalen Clusteranalyse. Es wurden die Gencluster von 1 3 Raumforderungen erstellt. Wie erkennbar, kann die Clusteranalyse die Cluster differenzieren und die Intensität der Beziehungen der Cluster zueinander darstellen.
Figur 3 zeigt eine Genclusteranalyse von AFP-positiven und AFP- negativen HCC-Gewebeproben. Insbesondere zeigt Figur 3 eine Differenzierung zwischen zwei verschiedenen Formen des HCC, nämlich des AFP positiven (Bahn 2, 3 im oberen Cluster) vom AFP negativen (Bahn 2,3 im unteren Cluster) HCC. Wie ersichtlich sind neben dem AFP auch mehrere weitere Gene koreguliert. Ziel der Untersuchung war es, zu zeigen, dass weitere Gene mit dem AFP korrelieren und welche Gene diese sind (z.B. weitgehend fetal überexprimierte Gene) .
Figur 4 zeigt eine Differenzierung zwischen nicht viral induziertem und HCV induziertem HCC. Insbesondere zeigt Figur 4 eine Differenzierung zwischen zwei verschiedenen Formen des HCC, nämlich des viral induzierten (jeweils Bahn 2,5) vom nicht-viral induzierten (jeweils Bahn 1 ,3,4,6) HCC. Wie ersichtlich, sind spezifische Gencluster in dem viral- induzierten HCC überexprimiert. Ziel der Untersuchung war es, zu zeigen, dass spezifische Gengruppen im viral-induzierten HCC im Vergleich zum nicht viral induzierten HCC überexprimiert sind . Figur 5 zeigt eine zweidimensionale Clusteranalyse des HCC anhand einer Darstellung der 700 am stärksten differenziell exprimierten Gene und ESTs, die mindestens einfach über- bzw. unterexprimiert sind . Insbesondere zeigt Figur 5 das Prinzip der zweidimensionalen Clusteranalyse: Ziel der Clusteranalyse ist die Tatsache, dass es mit der Methodik möglich ist, mit einer bestimmten Menge an Genen einen Cluster zu identifizieren, welcher eine eindeutige Differenzierung zu anderen Entitäten des gleichen Gewebetyps (hier: Lebergewebe) erlaubt. Dabei ist die exakte Anzahl der erfassten Gene unerheblich, da selbst geringfügige Unterschiede bei sehr vielen Genen eine solche Differenzierung erlauben, was bei Einzelanalysen von Genen mit konventioneller Methodik gerade nicht möglich ist. Ein Teil der Tabelle 1 -2 dargestellten 1 1 44 Gene sind in der Clusteranalyse enthalten. Das Prinzip des Clusters ist unabhängig vom Expressionslevel einzelner Gene, sondern beruht in erster Linie auf der Koregulation von Gengruppen.
Figur 6 zeigt eine Genclusteranalyse von Kolonmetastasen im Vergleich zu HCC-Gewebe (bei Kolon-Ca idem zum Adenom) .
Figur 7 zeigt eine Genclusteranalyse von HCV gegenüber HBV induziertem HCC (bei HBV und HCV idem zum Adenom) .
Beispiel 1 Bestimmung von Genen, die in humanem primären HCC herauf- oder herabreguliert sind Es wurde ein Chip mit 7000 menschlichen Genen eingesetzt, wobei die Selektion durch spezifische Hybridisierung mit hochgereinigtem Leberkrebsgewebe (RNA) erfolgte. Dabei wurde auf hohe Stringenz, hohe Robustheit und hohe Konsistenz sowie Spezifität geachtet. Durch die primär digitale Aufbereitung der Daten ist eine Clusteranalyse mit hoher Spezifität möglich . Darauf beruht die letztendliche Selektion (durch stringente Auswahlkriterien) einzelner Gene aus der Basis von mehreren tausend untersuchten Genen . Beispiel 2 Spezifität der Gene
In diesem Beispiel wird die wesentlich höhere Spezifität und Sensitivität von zwei Genen aus den Tabellen 1 und 2 im Vergleich zu bekannten, derzeit in der Klinik benutzten Markern zum Nachweis eines hepatozellülären Karzinoms (HCC) gezeigt. In der Tabelle A ist der bekannte AFP-Marker dargestellt, welcher bei einigen HCC-Tumoren hoch-, bei anderen herunterreguliert ist. Dies entspricht der klinischen Erfahrung, wonach der AFP-Marker in ca. 1 /3 aller HCCs überexprimiert ist und somit keine hohe Sensitivität besitzt. Auch der bekannte Marker IGF II (Insulin growth factor II) zeigt eine vergleichbar geringe Sensitivität.
Im Vergleich dazu sind die beiden erfindungsgemäß bereitgestellten Gene RAIF (M691 48.1 ; Nr. 3 in Tabelle 1 A) und HMG (NM_0021 31 .1 ; Nr. 7 in Tabelle 1 A) in jedem der HCCs eindeutig überexprimiert (mindestens um das 3-fache) . Deshalb sind diese Gene als potenzielle Marker den bekannten Markern deutlich überlegen und können auch als therapeutische Targets herangezogen werden.
Tabelle A:
Figure imgf000019_0001
AFP 52 71 1 2 -1,3 -2 -1,4 1,8 7 49 1,4 2,1
I GF I I -4 2,3 24 25 -1,6 -2,3 —
-1,5 -> 3,4 -1,2 2,6 -8
Tabelle 1A
Gene die im primären menschlichen Hepatozellülären Karzinom (HCC) heraufreguliert sind im Vergleich zu "Nichttumorleberzellen".
>1.5 fach heraufregulierte Gene in 100% der Patienten Chip Ident No Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn.
Veränderung x-fach
CD
Figure imgf000020_0001
Figure imgf000021_0001
Tabelle 1B
Gene die im primären menschlichen Hepatozellülären Karzinom (HCC) heraufreguliert sind im Vergleich zu "Nichttumorleberzellen".
>1.5 fach heraufregulierte Gene in 80% der Patienten Chip Ident No Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn.
Veränderung x-fach
N
Figure imgf000022_0001
t
Figure imgf000023_0001
t
Figure imgf000024_0001
Figure imgf000025_0001
Figure imgf000026_0001
t
Figure imgf000027_0001
Tabelle 1C
Gene die im primären menschlichen Hepatozellülären Karzinom (HCC) heraufreguliert sind im Vergleich zu "Nichttumorleberzellen"
>1.5 fach heraufregulierte Gene in 60% der Patienten
Chip Ident No Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn. Veränderung x-fach
ro
Figure imgf000028_0001
t c
Figure imgf000029_0001
t C
Figure imgf000030_0001
Figure imgf000031_0001
Figure imgf000032_0001
r
Figure imgf000033_0001
Figure imgf000034_0001
Figure imgf000035_0001
Figure imgf000036_0001
C
Figure imgf000037_0001
Figure imgf000038_0001
Figure imgf000039_0001
Tabelle 2A
Gene die im primären menschlichen Hepatozellülären Karzinom (HCC) herabreguliert sind im Vergleich zu "Nichttumorleberzellen"
>1.5 fach herabregulierte Gene in 100% der Patienten
Chip Ident No Accession Nr. Gene name neu durchschn.
Veränderung x-fach
Figure imgf000040_0001
Figure imgf000041_0001
Figure imgf000042_0001
Tabelle 2B
Gene die im primären menschlichen Hepatozellülären Karzinom (HCC) herabreguliert sind im Vergleich zu "Nichttumorleberzellen".
>1.5 fach herabregulierte Gene in 80% der Patienten Chip Ident No Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn.
Veränderung x-fach
Figure imgf000043_0001
Figure imgf000044_0001
Figure imgf000045_0001
Figure imgf000046_0001
-
Figure imgf000047_0001
-
Figure imgf000048_0001
Figure imgf000049_0001
Figure imgf000050_0001
Figure imgf000051_0001
c
Figure imgf000052_0001
c f
Figure imgf000053_0001
Tabelle 2C
Gene die im primären menschlichen Hepatozellülären Karzinom (HCC) herabreguliert sind im Vergleich zu "Nichttumorleberzellen".
>1.5 fach herabreguiierte Gene in 60% der Patienten
Chip Ident No Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn.
Veränderung x-fach
C
Figure imgf000054_0001
•
Figure imgf000055_0001
c c
Figure imgf000056_0001
c
Figure imgf000057_0001
Figure imgf000058_0001
cn
03
Figure imgf000059_0001
Figure imgf000060_0001
C
Figure imgf000061_0001
Figure imgf000062_0001
Figure imgf000063_0001
Figure imgf000064_0001
Figure imgf000065_0001
c
Figure imgf000066_0001
Tabelle 3 A
Untergruppe von Genen, die in HCV bedingten HCCs heraufreguliert sind
Anzahl Chip Ident. Nr. Accession Nr. Gene Name neu durchschnittl.
Veränderung x-fach
1 206239_s_at NM_003122.1 serine protease inhibitor, Kazal type 1 32,2
2 217294_s_at U88968.1 enolase 1 NM_005945 7,6
3 209220_at L47125.1 glypican 3 6,5
4 208699_x_at BF696840 transketolase 5,1
5 212554_at NM_006366.1 adenylyl cyclase-associated protein 2 3,5
6 209218_at AF098865.1 squalene monooxygenase 3,4
7 208698 s at L14599.1 non-Pou domain-containing octamer (ATGCAAAT) binding protein 3,4
8 213562_s_at AA639705 squalene monooxygenase 3,2
9 208700_s_at L12711.1 transketolase 3,1
10 210460_s_at AB033605.1 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 4 3,0
11 214359_s_at AI218219 heat shock 90kD protein 1 , beta 3.0
12 201266_at NM_003330.1 thioredoxin reductase 1 3,0
13 216593_s_at AB000359 2.9
14 211714_x_at BC005838.1 FK506-binding protein 1A NM_054014 FK506-binding protein 1A 2,8
15 201377_at NM_014847.1 KIAA0144 gene product 2,8
16 210470 x at BC003129.1 non-Pou domain-containing octamer (ATGCAAAT) binding protein 2,1
17 200617_at NM_014730.1 KIAA0152 gene product 2,1
18 208962_s_at BE540552 fatty acid desaturase 1 2,6
19 201618_x_at NM_003801.2 anchor attachment protein 1 2,6
20 210732_s_at AF342816.1 lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8) 2,5
21 210859_x_at AF077973.1 Batte'n disease protein CLN3 2,5
22 209026_x_at AF141349.1 FK506-binding protein 1A NM_054014 FK506-binding protein 1A 2.5
23 218728_s_at NM_014184.1 HSPC163 protein 2.4
24 211060 x at BC006383.1 anchor attachment protein 1 2.4
25 201471_s_at NM_003900.1 sequestosome 1 2,4
26 201985_at NM_014846.1 KIAA0196 gene product 2,4
27 202667_s_at NM_006979.1 HLA class II region expressed gene KE4 2,3
28 211126_s_at U46006.1 cysteine and glycine-rich protein 2 2,3
29 214290_s_at AA451996 H2A histone family, member O 2,3
30 201946_s_at AL545982 chaperonin containing TCP1 , subunit 2 (beta) 2,3
31 211609_x_at U51007.1 2,3
32 200052_s_at NM_004515.1 interleukin enhancer binding factor 2, 45kD 2,3
33 200604_s_at M18468.1 protein kinase, cAMP-dependent, regulatory, type I, alpha 2,3
34 200787_s_at BC002426.1 phosphoprotein enriched in astrocytes 15 NM_013287 2,3
35 201264_at NM_007263.1 coatomer protein complex, subunit epsilon 2,3
36 209478_at U95006.1 2,3
37 201577_at NM_000269.1 non-metastatic cells 1 protein 2,2
38 200910_at NM_005998.1 chaperonin containing TCP1 , subunit 3 (gamma) 2,2
39 209093_s_at K02920.1 glucosidase, beta; acid (includes glucosylceramidase) 2,2
40 208675_s_at D29643.1 dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferase 2,2
41 200872_at NM_002966.1 S100 calcium-binding protein A10 2,2
42 207030_s_at NM_001321.1 cysteine and glycine-rich protein 2 2,2
43 210541_s_at AF230394.1 ret fmger protein isoform alpha NM_030950 ret finger protein, isoform 2,1 beta
44 218280_x_at NM_003516.1 H2A histone family, member O 2,1
45 209398_at BC002649.1 H1 histone family, member 2 2,1
46 200064_at AF275719.1 heat shock 90kD protein 1 , beta 2,1
47 202243_s_at NM_002796.1 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 4 2,1
48 214774_x_at AK027006.1 2,1
49 205661_s_at NM_025207.1 hypothetical protein PP591 2,0
50 208684_at U24105.1 coatomer protein complex, subunit alpha 2,0
51 209406_at AF095192.1 BCL2-associated athanogene 2 2,0
52 209899_s_at AF217197.1 fuse-binding protein-interacting repressor isoform b NM_078480 fuse 2,0 binding protein-interacting repressor isoform a
53 219037_at NM_016052.1 CGI-115 protein 2.0
54 200616_s_at BC000371.1 KIAA0152 gene product 2,0
55 200806_s_at BE256479 heat shock 60kD protein 1 (chaperonin) 2,0
56 200882 s at NM 002810.1 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 4 2,0
57 210213_s_at AF022229.1 integrin beta 4 binding protein 2,0
58 218185_s_at NM_018120.1 hypothetical protein FLJ10511 2,0
59 200638_s_at BC003623.1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation 2,0 protein, zeta pol
60 33323_r_at X57348 stratifin 2,0
61 217861_s_at NM_013388.1 prolactin regulatory element binding 2,0
62 208852_s_at AI761759 calnexin 2,0
63 218679_s_at NM_016208.1 VPS28 protein 2,0
64 208853_s_at L18887.1 calnexin 1 ,9
65 201390_s_at NM_001320.1 casein kinase 2, beta polypeptide 1 ,9
66 208608_s_at NM_021021.1 basic beta 1 syntrophin 1 ,9
67 201570_at NM_015380.1 CGI-51 protein 1 ,9
68 204427_s_at NM_006815.1 coated vesicle membrane protein 1 ,9
69 209275_s_at AF015593.1 Batten disease protein CLN3 1 ,9
70 209382_at U93867.1 polymerase (RNA) III (DNA directed) (62kD) 1 ,9
71 218059_at NM_016096.1 HSPC038 protein 1 ,9
72 202139_at NM_003689.1 aldo-keto reductase family 7, member A2 (aflatoxin aldehyde 1 ,9 reductase)
73 200843_s_at NM_004446.1 glutamyl-prolyl tRNA synthetase 1 ,8
74 202824_s_at NM_005648.1 elongin C 1.8
75 203714_s_at NM_003193.2 beta-tubulin cofactor E 1.8
76 218229_s_at NM_017542.1 KIAA1513 protein 1 ,8
77 222067_x_at AL353759 1 ,8
78 208886_at BC000145.1 H1 histone family, member 0 1 ,8
79 200641 _s_at U28964.1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation 1 ,7 protein, zeta pol
80 201797_s_at NM_006295.1 valyl-tRNA synthetase 2 1.7
81 202189_x_at NM_002819.1 polypyrimidine tract binding protein, 1 ,7
82 203843 at AA906056 ribosomal protein S6 kinase, 90kD, polypeptide 3 1,6
Tabelle 3 B
Untergruppe von Genen, die in HCV bedingten HCCs heraufreguliert sind, und in HBV bedingten HCCs gleichzeitig herabreguliert sind
Anzahl Chip Ident. Nr. Accession Nr. Gene Name neu durchschnittl.
Veränderung x-fach
1 221305_s_at NM_019076.1 UDP glycosyltransferase 1 family, polypeptide A8 2,2
2 205923 at NM 005045.1 reelin 2,0
Tabelle 3 C
Untergruppe von Genen, die in HBV bedingten HCCs heraufreguliert sind
Anzahl Chip Ident. Nr. Accession Nr. Gene Name neu durchschnittl.
Veränderung x-fach
1 204351_at NM_005980.1 aspartylglucosaminidase precursor 24,4
2 206291 _at NM_006183.2 transmembrane 4 superfamily member 5 24,4
3 211708_s_at BC005807.1 17,1
4 203213_at AL524035 NADH dehydrogenase (ubiquinone) Fe-S protein 8 15,3
5 219918_s_at NM_018123.1 chromosome 21 open reading frame 4 12,8
6 203819_s_at AU 160004 CGI-60 protein 12.7
7 204641_at NM_002497.1 isopentenyl-diphosphate delta isomerase 12,0
8 205830_at NM_004362.1 3-hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A synthase 1 (soluble) 10,3
9 218542_at NM_018131.1 aprataxin 10,3
10 220437_at NM_018687.1 hypothetical protein FLJ 11269 10,3
11 213915_at NM_005601.1 H2A histone family, member Z 8,6
12 209773_s_at BC001886.1 CD24 antigen (small cell lung carcinoma cluster 4 antigen) 8,4
13 201291_s_at NM_001067.1 farnesyl diphosphate synthase 8,3
14 206239_s_at NM_003122.1 calmegin 7,7
15 215214_at H53689 7,6
16 204540_at NM_001958.1 coated vesicle membrane protein 7,5
17 210337_s_at U18197.1 HIV-1 Tat interactive protein 2, 30 kD 7,4
18 203820_s_at NM_006547.1 IGF-II mRNA-binding protein 3 7,2
19 205220_at NM_006018.1 activating transcription factor 5 6,4
20 201890_at NM_001034.1 heat shock 27kD protein 1 6,2
21 209230_s_at AF135266.1 squalene monooxygenase 6,1
22 212094_at BE858180 ATPase, H+ transporting, lysosomal, V0 subunit D, isoform 1 5,6
23 215949_x_at BF002659 adaptor-related protein complex 1 , gamma 1 subunit 5,4
24 206561 s at NM 020299.1 N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein, alpha 5,1
25 200966_x_at NM_000034.1 ubiquitin-activating enzyme E1 4,9
26 205462_s_at NM_002149.1 H2A histone family, member X 4,9
27 201292_at NM_001067.1 DNA topoisomerase II, alpha isozyme 4,8
28 200755_s_at BF939365 protein kinase C substrate 80K-H 4,8
29 209772_s_at X69397.1 CD24 antigen (small cell lung carcinoma cluster 4 antigen) 4,8
30 215867_x_at AL050025.1 4,8
31 207165_at NM_012485.1 aldo-keto reductase family 1 , member B10 (aldose reductase) 4,7
32 200831_s_at AA678241 oxygen regulated protein precursor 4,1
33 200671_s_at NM_003128.1 4,6
34 211548_s_at J05594.1 major histocompatibility complex, class I, G precursor 4,6
35 214290_s_at AA451996 myotubularin related protein 4 4,6
36 218225_at NM_016581.1 translocase of inner mitochondrial membrane 13 homolog 4,6
37 205476_at NM_004591.1 hippocalcin-like 1 NM_134421 hippocalcin-like 1 4,6
38 210519_s_at BC000906.1 major histocompatibility complex, class I, G precursor 4,4
39 203913_s_at AL574184 IGF-II mRNA-binding protein 3 4,3
40 207828_s_at NM_005196.1 protein disulfide isomerase-related protein 4,2
41 209218_at AF098865.1 caltractin 4,1
42 212186_at BE855983 tRNA exportin 4,1
43 203963_at NM_001218.2 matrix metalloproteinase 9 preproprotein 4,0
44 214687_x_at AK026577.1 H2A histone family, member O 4,0
45 203669_s_at NM_012079.2 pituitary tumor-transforming protein 1 4,0
46 200890_s_at AIO 16620 signal sequence receptor, alpha 3.9
47 200646_s_at NM_006184.1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase 3,9 activation protein, zeta pol
48 201468_s_at NM_000903.1 BUB3 budding uninhibited by benzimidazoles 3 homolog 3,9
49 203189_s_at NM_002496.1 wolframin 3,9
50 212246_at BE880828 3,8
51 201388_at NM_002809.1 DNA topoisomerase II, alpha isozyme 3,8
52 218302_at NM_018468.1 H2A histone family, member O 3,8
53 218280_x_at NM_003516.1 hypothetical protein MGC2594 3,7
54 203914_x_at NM_000860.1 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) 3,7
55 210559_s_at D88357.1 3,7
56 203278 s at NM 016621.1 tumor suppressor deleted in oral cancer-related 1 3,7
57 202218_s_at NM_004265.1 cullin 4B 3,6
58 211549_s_at U63296.1 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) 3,6
59 204333_s_at NM_000027.1 mitochondrial ribosomal protein S12 precursor N 3,5
60 208308_s_at NM_000175.1 mannosidase, alpha, class 1A, member 1 3,5
61 204039_at NM_004364.1 ZW10 interactor NM 032997 ZW10 interactor 3,5
62 217294_s_at U88968.1 3.5
63 216591_s_at AF080579 3,4
64 201251_at NM_002654.1 sterol regulatory element binding transcription factor 2 3,4
65 204567_s_at NM_004915.2 eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 2 3,4
66 208962_s_at BE540552 p21 (CDKNIA)-activated kinase 2 3,4
67 204998_s_at NM_012068.2 profilin 2 isoform b NM_053024 profilin 2 isoform a 3,3
68 202411_at NM_005532.1 tripartite motif protein TRIM2 3,3
69 205753_at NM_000567.1 small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys), member 20 3,3
70 222369_at AW971254 3,3
71 208677_s_at AL550657 CD24 antigen (small cell lung carcinoma cluster 4 antigen) 3,3
72 202638_s_at NM_000201.1 intercellular adhesion molecule 1 precursor 3,2
73 209162_s_at U82756.1 aldo-keto reductase family 1 , member C3 (3-alpha 3,2 hydroxysteroid dehydrogenase r
74 204427_s_at NM_006815.1 coated vesicle membrane protein 3.2
75 209546_s_at AF323540.1 HIV-1 Tat interactive protein 2, 30 kD 3,2
76 209040_s_at U17496.1 FK506-binding protein 1A NM_054014 FK506-binding protein 3,2
1A
77 208650_s_at BG327863 farnesyl-diphosphate farnesyltransferase 1 3.2
78 208750_s_at AA580004 major histocompatibility complex, class I, B precursor 3,2
79 216449_x_at AK025862.1 3,2
80 221524_s_at AF272036.1 3,2
81 222067_x_at AL353759 chromosome 20 open reading frame 18, 3,1
82 208579_x_at NM_017445.1 glucose phosphate isomerase 3,1
83 202736_s_at NM_012321.1 glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase 3.1
84 204159_at NM_001262.1 T-cell, immune regulator 1 , isoform T-cell, immune regulator 1 , 3,1 isoform b
85 206364_at NM_014875.1 neurotensin precursor 3,1
86 222138_s_at AF158978.1 Rac GTPase activating protein 1 3,1
87 266 s at L33930 3,1
88 204999_s_at BC005174.1 activating transcription factor 5 3,1
89 208678_at BC004443.1 basigin 3,0
90 209398_at BC002649.1 p8 protein (candidate of metastasis 1 ) 3,0
91 201082_s_at NM_004082.2 cytochrome c-1 3,0
92 202722_s_at NM_002056.1 glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase 3,0
93 213222_at AL049593 DNA directed RNA polymerase II polypeptide J, 3,0
94 200598_s_at AI582238 3,0
95 200935_at NM_004343.2 galectin 3 binding protein 2,9
96 218172_s_at NM_018630.1 chromosome 20 open reading frame 97 2,9
97 211714_x_at BC005838.1 stearoyl-CoA desaturase (delta-9-desaturase) 2,9
98 216379_x_at AK000168.1 2,9
99 217871_s_at NM_002415.1 signal sequence receptor, gamma (translocon-associated 2,9 protein gamma)
100 209026_x_at AF141349.1 tubulin, beta, 2 2,9
101 201469_s_at AI809967 NAD(P)H menadione oxidoreductase 1 , dioxin-inducible 2,8
102 209135_at AF289489.1 hypothetical protein FLJ20452 2,8
103 209631_s_at U87460.1 2,8
104 204948_s_at NM_013409.1 H1 histone family, member X 2,8
105 200664_s_at BG537255 procollagen-proline, 2-oxoglutarate 4-dioxygenase (proline 4- 2,8 hydroxylase), beta
106 209160_at AB018580.1 aspartate beta-hydroxylase, 2,8
107 218039_at NM_016359.1 mitochondrial ribosomal protein L15 2,8
108 200649_at BC002356.1 nucleobindin 1 2.8
109 208729_x_at D83043.1 2,8
110 216640_s_at AK026926.1 2,8
111 218679_s_at NM_016208.1 hypothetical protein FLJ 10540 2,8
112 200632_s_at NM_006096.1 unactive progesterone receptor, 23 kD 2,1
113 201118_at NM_002631.1 karyopherin alpha 2 2,1
114 208852_s_at AI761759 2',3'-cyclic nucleotide 3' phosphodiesterase 2,1
115 200832_s_at AB032261.1 stearoyl-CoA desaturase (delta-9-desaturase) 2.7
116 202023_at NM_004428.1 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma, 3 2,1
117 222077_s_at AU 153848 2,1
1 8 208079_s_at NM_003158.1 2,1
119 211527 x at M27281.1 cleft lip and palate associated transmembrane protein 1 2,1
120 219410_at NM_018004.1 opsin 3 (encephalopsin, panopsin) 2,6
121 216557_x_at U92706 2,6
122 218772_x_at NM_018112.1 similar to yeast Upf3, variant B, isoform 2 NM_080632 similar to 2,6 yeast Upf3, variant B, isoform 1
123 220528_at NM_018399.1 ancient ubiquitous protein 1 2,6
124 202558_s_at NM_006948.1 2,6
125 209771_x_at AA761181 G protein-coupled receptor 37 2,6
126 213330_s_at BE886580 2,6
127 218728_s_at NM_014184.1 VPS28 protein 2,6
128 201825_s_at AL572542 similar to S. cerevisiae SSM4 2,5
129 200616_s_at BC000371.1 tumor rejection antigen (gp96) 1 2,5
130 204284_at N26005 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 9 (large 2,5 multifunctional pro
131 210010_s_at U25147.1 butyrophilin, subfamily 3, member A2 2,5
132 209417_s_at BC001356.1 H1 histone family, member 2 2,5
133 209448_at BC002439.1 2,5
134 215071 s at AL353759 SHC (Src homology 2 domain-containing) transforming protein 2,5
1
135 220864 s at NM 015965.1 vanin 3, isoform 1 precursor NM_078625 vanin 3, isoform 2 2,5 precursor
136 200638_s_at BC0O3623.1 N-myc downstream regulated gene 1 2,5
137 202859_x_at NM_000584.1 ralA binding protein 1 2,5
138 204331_s_at NM_021107.1 protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 5 2,5
139 201641_at NMJ304335.2 non-metastatic cells 1 protein 2,4
140 204992_s_at NM_002628.1 follistatin isoform FST317 precursor NM_013409 follistatin 2,4 isoform FST344 precursor
141 209806_at BC000893.1 ribonucleotide reductase M2 polypeptide 2,4
142 214095_at AW190316 gamma-glutamyl carboxylase 2,4
143 202581_at NM_005346.2 stress 70 protein chaperone, microsome-associated, 60kD 2,4
144 202779_s_at NM_014501.1 DKFZP586B0519 protein 2,4
145 203936_s_at NM_004994.1 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) 2,4
146 200825 s at NM 006389.2 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 8 2,4
147 202737_s_at NM_012321.1 U6 snRNA-associated Sm-like protein 4 2,4
148 213226_at AI346350 2,4
149 204026_s_at NM_007057.1 carbonic anhydrase XII precursor 2,4
150 203755_at NM_001211.2 thymine-DNA glycosylase 2,3
151 200641 s at U28964.1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase 2,3 activation protein, zeta pol
152 202637 s at AI608725 procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (lysine 2,3 hydroxylase) 2
153 208964_s_at AL512760.1 fatty acid desaturase 1 2,3
154 219032_x_at NM_014322.1 hypothetical protein FLJ 10493 2,3
155 203675_at NM_005013.1 diacylglycerol O-acyltransferase homolog 1 2,3
156 209132_s_at BE313890 ring finger protein 5 2,3
157 204426_at NM_006815.1 S100 calcium-binding protein P 2,3
158 208808_s_at BC000903.1 2,3
159 214853_s_at AI091079 2,3
160 220235_s_at NM_018372.1 2,3
161 221827_at BE788439 3-hydroxy-3-methyiglutaryl-Coenzyme A synthase 1 (soluble) 2,3
162 200968_s_at NM_000942.1 peptidylprolyl isomerase B (cyclophilin B) 2,3
163 208829_at AF029750.1 high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 2 2,3
164 200837_at NM_005745.3 stearoyl-CoA desaturase (delta-9-desaturase) 2,2
165 203252_at NM_005851.1 cell division cycle 2 protein, isoform 1, cell division cycle 2 2,2 protein, isoform 2
166 220525_s_at NM_012103.1 chromosome 20 open reading frame 30 2,2
167 200656_s_at NM_000918.1 Signal sequence receptor, beta precursor 2,2
168 200707_at NM_002743.1 spectrin, beta, non-erythrocytic 1 2,2
169 202214_s_at NM_003588.1 cargo selection protein (mannose 6 phosphate receptor binding 2,2 pr
170 202342_s_at NM_015271.1 sterol regulatory element binding transcription factor 1 2,2
171 211136_s_at BC004865.1 2,2
172 212160_at AI984005 nuclear receptor co-repressor 1 2,2
173 217790_s_at NM_007107.1 hypothetical protein HSPC152 2,2
174 200766_at NM_001909.1 calumenin precursor 2,2
175 202748_at NM_004120.2 U6 snRNA-associated Sm-like protein 4 2,2
176 202308 at NM 004176.1 transforming, acidic coiled-coil containing protein 2 2,2
177 218313 s at NM 017423.1 uncharacterized hematopoietic stem/progenitor cells protein 2,2
MDS033
178 200046_at NM_001344.1 defender against cell death 1 2,2
179 200639_s_at NM_003406.1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase 2,2 activation protein
180 201066_at NM_001916.1 general transcription factor II, i, 2,2
181 208116_s_at NM_005907.1 serine/threonine kinase 6 2,2
182 211911_x_at L07950.1 2,2
183 200627_at BC003005.1 KIAA0152 gene product 2,1
184 200812_at NM_006429.1 chromosome 5 open reading frame 8 2,1
185 200862_at NM_014762.1 protein phosphatase 1 , catalytic subunit, alpha isoform 2,1
186 200889_s_at AI016620 seladin-1 2,1
187 202839_s_at NM_004146.2 hypothetical protein FLJ21919 2,1
188 202887_s_at NM_019058.1 protein phosphatase 2 (formerly 2A), regulatory subunit A (PR 2,1
65), beta isoform
189 208639_x_at BC001312.1 2,1
190 211752_s_at BC005954.1 FK506-binding protein 1A NM_054014 FK506-binding protein 2,1
1A
191 216194_s_at AD001527 aspartylglucosaminidase precursor 2,1
192 216483_s_at AC005339 2,1
193 221523_s_at AL138717 hypothetical protein MGC1223 2,1
194 202655_at NM_006010.1 intercellular adhesion molecule 1 precursor 2,1
195 208699_x_at BF696840 coatomer protein complex, subunit alpha 2,1
196 209111_at BC004155.1 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 8 (large 2,1 multifunctional pro
197 215735_s_at AC005600 2,1
198 200640_at NM_003406.1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase 2,1 activation protein, zeta pol
199 205822_s_at NM_002130.1 C-reactive protein, pentraxin-related 2,1
200 207668_x_at NM_005742.1 follistatin isoform FST317 precursor NM_013409 follistatin 2,1 isoform FST344 precursor
201 210371_s_at BC003092.1 ATP citrate lyase 2,1
202 200846_s_at NM_002708.1 accessory proteins BAP31/BAP29 2,1
203 210253 at AF092095.1 integrin beta 4 binding protein 2,1
204 205436_s_at NM_002105.1 putative chemokine receptor; GTP-binding protein 2,1
205 213322_at AL031778 polymyositis/scleroderma autoantigen 1 (75kD) 2,1
206 213892_s_at AA927724 2,1
207 207345_at NM_006350.2 HIV-1 Tat interactive protein 2, 30 kD 2,1
208 220892_s_at NM_021154.1 cell death-regulatory protein GRIM19 2,1
209 215952_s_at AF090094.1 2,1
210 201841_s_at NM_001540.2 CAAX box 1 2,0
211 204059_s_at NM_002395.2 CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), alpha 2,0
212 204279_at NM_002800.1 cydin-dependent kinase inhibitor 2C NM_078626 cyclin- 2,0 dependent kinase inhibitor 2C
213 202454_s_at NM_001982.1 interferon, alpha-inducible protein 27 2,0
214 201247_at BE513151 hypothetical protein FLJ20113 2,0
215 201441_at NM_001863.2 translocating chain-associating membrane protein 2,0
216 201936_s_at NM_003760.2 ribonucleotide reductase M2 polypeptide 2,0
217 208703_s_at BC000373.1 transketolase 2,0
218 216064_s_at W27131 2,0
219 218237_s_at NM_030674.1 ECSIT 2,0
220 218260_at NM_024050.1 RNA polymerase I 16 kDa subunit 2,0 ~
221 200923_at NM_005567.2 signal sequence receptor, alpha 2,0
222 201456_s_at AU 160695 cytochrome c oxidase subunit Vlb 2,0
223 203391_at NM_004470.1 BRAF35/HDAC2 complex 2,0
224 212155_at AA085748 2,0
225 218145_at NM_021158.1 clone HQ0310 PRO0310p1 NM_018454 nucleolar protein 2,0
ANKT
226 200617_at NM_014730.1 KIAA0152 gene product 2,0
227 211048_s_at BC006344.1 cell division cycle 2 protein, isoform 1 NM_033379 cell division 2,0 cycle 2 protein, isoform 2
228 202667_s_at NM_006979.1 arginine-rich protein 2,0
229 206242_at NM_003963.1 serine protease inhibitor, Kazal type 1 2,0
230 206491_s_at NM_003827.1 KIAA0042 gene product 2,0
231 208612_at D83485.1 spectrin, alpha, non-erythrocytic 1 (alpha-fodrin) 2,0
232 201826_s_at NM_016002.1 CGI-49 protein 2,0
233 202721 _s_at BE645771 HLA class II region expressed gene KE4 2,0
234 207180 s at NM 006410.1 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) 2,0
235 209194_at BC005334.1 cytochrome b-561 2,0
236 209846_s_at BC002832.1 H2B histone family member 2,0
237 210514_x_at AF226990.2 2,0
238 214774_x_at AK027006.1 2,0
239 51228_at N36928 D215 tissue specific transplantation antigen P35B 2,0
240 200652_at NM_003145.2 nucleobindin 1 1,9
241 203190_at NM_002496.1 NADH dehydrogenase (ubiquinone) Fe-S protein 8 (23kD) 1 ,9
(NADH-coenzyme Q reductase
242 204158_s_at NM_006019.1 cytosolic malic enzyme 1 1 ,9
243 210213_s_at AF022229.1 barrier to autointegration factor 1 ,9
244 208625_s_at AF104913.1 glucose regulated protein, 58kD 1 ,9
245 208638_at BE910010 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma, 1 1,9
246 210396_s_at AF271775.1 retinoblastoma-binding protein 4 1 ,9
247 202263_at NM_016243.1 ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein 1.9
248 202619_s_at AI754404 heat shock 70kD protein 1 B 1 ,9
249 204805_s_at NM_006026.1 NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 2 1 ,9
250 212277_at AB014547.1 1 ,9
251 200805_at NM_006816.1 cathepsin D (lysosomal aspartyl protease) 1 ,9 •
252 201662_s_at D89053.1 bone marrow stromal cell antigen 2 1 ,9
253 212245_at BE880828 acetyl-Coenzyme A carboxylase alpha 1 ,9
254 212774_at AJ223321 1 ,9
255 213911_s_at BF718636 adenine phosphoribosyltransferase 1 ,9
256 214005_at BE326952 natural killer cell group 7 sequence 1 ,9
257 214801_at W88821 1 ,9
258 200964_at NM_003334.1 calreticulin precursor 1 ,9
259 201245_s_at AL523776 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1 ,9
13
260 202233_s_at NM_006004.1 fatty acid desaturase 2 1 ,9
261 208611_s_at U83867.1 H2B histone family, member S 1 ,9
262 208977_x_at BC004188.1 fatty acid desaturase 1 1 ,9
263 212296_at NM_005805.1 myotubularin related protein 4 1 ,9
264 221452 s at NM 030969.1 phosphoserine aminotransferase, isoform 2 NM_058179 1 ,9 phosphoserine aminotransferase, isoform 1
265 200052 s at NM 004515.1 interleukin enhancer binding factor 2, 45kD 1 ,9
266 201088_at NM_002266.1 dynactin 1 , isoform 1 NM_023019 dynactin 1 , isoform 2 1 ,9
267 201736_s_at BF000409 ubiquitin specific protease 14 1 ,9
268 201275_at NM_002004.1 pyruvate kinase, muscle 1.9
269 204615_x_at NM_004508.1 ATP-binding cassette sub-family G member 1 1 ,9
270 211762 s at BC005978.1 dehydrogenase (ubiquinone) Fe-S protein 7 (20kD) (NADH- 1.9 coenzyme Q reductase
271 203554_x_at NM_004219.2 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 5 1 ,9
272 200967_at NM_000942.1 aldolase A 1 ,8
273 219539_at NM_024775.1 hypothetical protein FLJ10134 1 ,8
274 36936_at U58766 CD24 antigen (small cell lung carcinoma cluster 4 antigen) 1 ,8
275 201231_s_at NM_001428.1 ATP citrate lyase 1 ,8
276 201399_s_at NM_014294.1 casein kinase 2, beta polypeptide 1 ,8
277 202475_at NM_006326.1 v-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 3 1 ,8
278 217729_s_at NM_001130.3 CGI-120 protein 1 ,8
279 218027_at NM_014175.1 macrophage migration inhibitory factor (glycosylation-inhibiting 1 ,8 factor)
280 200599_s_at NM_003299.1 tumor rejection antigen (gp96) 1 1.8
281 201232_s_at NM_002817.1 enolase 1 NM_005945 1 ,8
282 203763 at NM_016008.1 BUB1 budding uninhibited by benzimidazoles 1 homolog beta 1 ,8
283 208777_s_at AF001212.1 ADP-ribosylation factor 1 1 ,8
284 201128_s_at NM_001096.1 heme-regulated initiation factor 2-alpha kinase 1 ,8
285 211098 x at AF277194.1 protein disulfide isomerase related protein (calcium-binding pro 1 ,8
286 218258_at NM_015972.1 amino acid transporter System A1 1 ,8
287 221750_at BG035985 1,8
288 201828_x_at NM_003928.1 CGI-49 protein 1 ,8
289 202845_s_at NM_006788.1 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 beta subcomplex, 7 1 ,8
(18kD, B18)
290 203743_s_at NM_003211.1 zinc finger protein 217 1 ,8
291 208647_at AA872727 protein disulfide isomerase-related protein 1 ,8
292 202620 s at NM 000935.1 procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (lysine 1 ,8 hydroxylase) 2
293 208785 s at BE893893 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1,8
11
294 211529_x_at M90684.1 major histocompatibility complex, class I, G precursor 1 ,8
295 221739_at AL524093 Rag D protein 1.8
296 201119_s_at NM_004074.1 phosphogluconate dehydrogenase 1.8
297 203447_at AU 157008 FK506-binding protein 2 precursor NM_057092 FK506-binding 1 ,8 protein 2 precursor
298 211623_s_at M30448.1 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) 1 ,8
299 212428_at AB002366.1 1 ,8
300 214268_s_at AL042220 ferritin, heavy polypeptide 1 1 ,8
301 200820_at NM_002812.1 chaperonin containing TCP1 , subunit 7 (eta) 1,7
302 201065_s_at NM_001518.1 transmembrane protein (63kD), endoplasmic reticulum/Golgi 1 ,7 interm
303 201389 at NM 002205.1 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3 1 J
304 208877_at AF092132.1 p21 (CDKNIA)-activated kinase 2
305 212725_s_at N37081 RBP1-Iike protein, isoform 1 NM_031371 RBP1-Iike protein, isoform 2
306 200001_at NM_001749.1 calpain, small subunit 1
307 211799_x_at U62824.1 karyopherin alpha 2
308 213624_at AA873600 stress-induced-phosphoprotein 1 (Hsp70/Hsp90-organizing protein)
309 218527_at NM_017692.1 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7
310 210125_s_at AF044773.1
311 218188_s_at NM_012458.1 hypothetical protein PR02577
312 208684_at U24105.1 ATPase, H+ transporting, lysosomal 31 kD, V1 subunit E
313 211528_x_at M90685.1 vascular endothelial growth factor
314 217749_at NM_016128.1 amino-terminal enhancer of split
315 217774_s_at NM_016404.1 coat protein gamma-cop
316 208714_at AF092131.1 amyloid beta (A4) precursor-like protein 2 NM_016160
317 208716_s_at AB020980.1
318 212782_x_at BG335629
319 216623_x_at AK025084.1
320 220477 s at NM 014145.1 hepatocellular carcinoma-associated gene TD26
321 200998_s_at AW029619 tetraspan 3 1.7
322 201390_s_at NM_001320.1 integrin alpha 5 precursor 1.7
323 209163_at AL514271 PRP4/STK WD splicing factor 1.7
324 212041_at AL566172 1.7
325 212320_at BC001002.1 26S proteasome-associated padl homolog 1,7
326 201489_at BC005020.1 SHC (Src homology 2 domain-containing) transforming protein 1.7
1
327 201671_x_at BC003556.1 SMC4 structural maintenance of chromosomes 4-like 1 1.7
328 202122_s_at NM_005817.1 ephrin A1 precursor 1.7
329 202809_s_at NM_023015.1 ubiquitin carrier protein 1.7
330 212591_at AA887480 1.7
331 218757_s_at NM_023010.1 HSPC163 protein 1.7
332 219600_s_at NMJD06134.2 gemin 6 1,7
333 202289_s_at NM_006997.1 cytochrome b5 reductase 1 (B5R.1 ) 1 ,6
334 200011_s_at NM_001659.1 ADP-ribosylation factor 3 1 ,6
335 212132_at AL117499.1 paternally expressed 10 1.6
336 203739_at NM_006526.1 nucleobindin 2 1.6
337 217480_x_at M20812 1 ,6
338 201663_s_at NM_005496.1 long-chain fatty-acid-Coenzyme A ligase 3 1 ,6
339 208875_s_at AF092132.1 calnexin 1 ,6
340 217436_x_at M80469 enolase 1 NM_005945 1,6
341 202908_at NM_006005.2 RTP801 1 ,6
342 214096_s_at AW190316 serine hydroxymethyltransferase 2 (mitochondrial) 1,6
343 200972_at BC000704.1 peptidylprolyl isomerase B (cyclophilin B) 1 ,6
344 201500_s_at NM_021959.1 peptidylprolyl isomerase F (cyclophilin F) 1.6
345 201577_at NM_000269.1 protein phosphatase 1 , regulatory (inhibitor) subunit 11 1 ,6
346 212136_at AW517686 1.6
347 217726_at NM_016057.1 1 ,6
348 200087_s_at AK024976.1 1 ,5
349 214211_at AA083483 serine hydroxymethyltransferase 2 (mitochondrial) 1 ,5
350 202757_at NM_015456.1 guanylate binding protein 2, interferon-inducible 1 ,5
351 202883 s at T79584 interleukin 8 1 ,5
Tabelle 3 D
Untergruppe von Genen, die in HBV bedingten HCCs heraufreguliert sind, und in HCV bedingten HCCs gleichzeitig herabreguliert sind
Anzahl Chip Ident. Nr. Accession Nr. Gene Name neu durchschnittl.
Veränderung x-fach
1 206291_at NM_006183.2 neurotensin precursor 24,4
2 211548_s_at J05594.1 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) 4,6
3 203914_x_at NM_000860.1 hydroxyprostaglandin dehydrogenase 15-(NAD) 3.7
4 204998_s_at NM 012068.2 activating transcription factor 5 3,3
5 209546_s_at AF323540.1 3,2
6 219410_at NM_018004.1 hypothetical protein FLJ10134 2,6
7 201489_at BC005020.1 peptidylprolyl isomerase F (cyclophilin F) 1.7
8 202883 s at T79584 protein phosphatase 2 (formerly 2A), regulatory subunit A (PR 65), beta isoform 1 ,5
Tabelle 4
Gene die im Hepatozellülären Karzinom (HCC) nicht differentiell reguliert sind und gleichzeitig im Cholangiozellulärem Karzinom (CCC) in 100 % der Fälle heraufreguliert sind.
Anzahl Chip Ident Nr. Accession Nr. Gen Bezeichnung durchschn.
Veränderung x-fach
1 201650_at NM_002276.1 keratin 19 110,4
2 202826_at NM_003710.1 hepatocyte growth factor activator inhibitor precursor 24,5
3 209524_at NM_016073.1 CGI-142 16,6
4 204990_s_at NM_000213.1 integrin, beta 4 13,8
5 203397_s_at BF063271 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 3 12,4
6 211184_s_at AB006955.1 PDZ-73 protein 11 ,0
7 219564_at NM_018658.1 potassium inwardly-rectifying Channel, subfamily J, member 16 10,8
8 219513_s_at NM_005490.1 SH2 domain-containing 3A 9,7
9 212256_at BE906572 hypothetical protein DKFZp586H0623 9,6 ,
10 201462_at NM_014766.1 KIAA0193 gene product 9,2 0
11 219850_s_at NM_012153.1 ets homologous factor 9,0
12 209153_s_at M31523.1 Human transcription factor (E2A) mRNA, 8,4
13 205137_x_at NM_005709.1 PDZ-73 protein 8,1
14 202267_at NM_005562.1 laminin, gamma 2, isoform a precursor 8,1
15 209215_at L11669.1 tetracycline transporter-like protein 7,8
16 221173_at NM_025034.1 hypothetical protein FLJ21290 7,3
17 220468_at NM_025047.1 hypothetical protein FLJ22595 7,1
18 218376_s_at NM_022765.1 CasL interacting molecule 6,5
19 204202_at NM_017604.1 hypothetical protein DKFZp434l0118 6,4
20 31845_at U32645 E74-Iike factor 4 (ets domain transcription factor) 6.3
21 209369_at M63310.1 annexin A3 6,0
22 210715_s_at AF027205.1 serine protease inhibitor, Kunitz type, 2 5,7
23 209270_at L25541.1 laminin subunit beta 3 precursor 5J
24 209675_s_at BC004242.1 E1B-55kDa-associated protein 5 5,6
25 211657_at M18728.1 Human nonspecific crossreacting antigen mRNA, complete cds. 5,6
26 209892 at AF305083.1 ConHomo sapiens alpha(1 ,3)-fucosyltransferase IV (FUTIV) gene, 5,5
27 204718_at NM_004445.1 ephrin receptor EphB6 precursor 5,4
28 1007_s_at U48705 discoidin receptor tyrosine kinase isoform b 5,4
29 212336_at AB002336.1 Consensus includes erythrocyte membrane protein band 4.1-like 1 5,1
30 208779_x_at L20817.1 discoidin receptor tyrosine kinase isoform b 4,8
31 210150_s_at BC003355.1 laminin alpha 5 4,3
32 210749_x_at L11315.1 discoidin receptor tyrosine kinase isoform b 4,3
33 215287_at AA975427 Consensus includes Homo sapiens ELISC-1 mRNA, partial cds 3,4
34 210933_s_at BC004908.1 hypothetical protein MGC4655 3,4
35 222240_s_at AL137749.1 myo-inositol 1-phosphate synthase A1 3,4
36 214705_at AJ001306.1 PDZ domain protein (Drosophila inaD-like) 3,3
37 218456_at NM_023925.1 hypothetical protein FLJ22569 3,3
38 213244_at AI207792 secretory carrier membrane protein 4 3,2
39 208540_x_at NM_021039.1 calgizzarin 3,1
40 210910_s_at BC000487.1 POM (POM121 rat homolog) and ZP3 fusion 2,9
41 211066_x_at BC006439.1 protocadherin gamma subfamily C, 3, isoform 1 2,9
42 210260_s_at BC005352.1 TNF-induced protein 2,8
43 201406_at NM_021029.1 ribosomal protein L36a 2,8
44 211942_x_at BF979419 Consensus includes ribosomal protein L13a 2,8 0
45 201412_at NM_014045.1 DKFZP564C1940 protein 2,8
46 205328_at NM_006984.1 claudin 10 2,1
47 212079_s_at NM_005933.1 myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); trän 2,1
48 201411_s_at NM_017958.1 hypothetical protein FLJ20783 2,1
49 208161_s_at NM_020037.1 ATP-binding cassette, sub-family C, member 3, 2,6
50 201746_at NM_000546.2 tumor protein p53 2,5
51 44654_at AI669655 Cluster Ind. Homo sapiens cDNA, 3 end /clone 2,5
52 219359_at NM_025092.1 hypothetical protein FLJ22635 2,5
53 207966_s_at NM_012201.1 golgi apparatus protein 1 2,5
54 221580_s_at BC001972.1 hypothetical protein MGC5306 2,4
55 213720_s_at AI831675 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin a4 2,3
56 213890_x_at AI200589 ribosomal protein S16 2,3
57 203688_at NM_000297.1 polycystin 2 2,3
58 209549_s_at BC001121.1 deoxyguanosine kinase, isoform c precursor 2,3
59 203286_at NM_014901.1 KIAA1100 protein 2,2
60 212537 x at BE733979 ribosomal protein L17 2,2
61 201410_at AI983043 hypothetical protein FLJ20783 /FL=gb:NM_017958.1 2,2
62 201874_at BF978611 hypothetical protein FLJ21047 2,1
63 212790_x_at BF942308 ribosomal protein L13a 2,1
64 201871_s_at NMJD15853.1 unknown protein LOC51035 2,1
65 217986_s_at NM_013448.1 bromodomain adjacent to zinc finger domain, 1 A 2,1
66 201080_at BF338509 phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type II beta, 2,0
67 203407_at NM_002705.1 periplakin 2,0
68 212799_at AF038202.1 Consensus includes Homo sapiens clone 23570 mRNA sequence 2,0
69 201049_s_at NM_022551.1 ribosomal protein S18 2,0
70 222380_s_at AI907083 Consensus includes gb:AI907083 /FEA=EST /DB_XREF=gi:6497611 /DB_XREF=est:PM- 2,0
BT134-050499-650 /UG=Hs.124620 ESTs
71 213396_s_at AA456929 A kinase (PRKA) anchor protein 10 1 ,9
72 201023_at NM 005642.1 TATA box-binding protein-associated factor 2F 1 ,9
73 201850_at NM_001747.1 capping protein (actin filament), gelsolin-like 1 ,9
74 201928_at NM_003628.2 plakophilin 4 1 ,9
75 202421_at AB007935.1 immunoglobulin superfamily, member 3 1 ,9
76 213084_x_at BF125158 ribosomal protein S2 1,9
77 212037_at Y09703.1 pinin, desmosome associated protein 1 ,9
Figure imgf000086_0001
78 212377_s_at AU 158495 Notch homolog 2 1 ,8
79 208760 at NM_003345.1 Consensus includes Human DNA sequence from clone LA16-358B7 on chromosome 16 1 ,8
80 217720_at NM_016139.1 16.7Kd protein 1.8
81 201665_x_at NM_001021.1 ribosomal protein S17 1.8
82 211487_x_at BC004886.1 ribosomal protein S17 1 ,8
83 213883_s_at AA012917 beta-amyloid binding protein precursor 1 ,8
84 200809_x_at NM_000976.1 ribosomal protein L12 1 ,8
85 210210_at AF181660.1 myelin protein zero-like 1 1 ,7
86 200088_x_at AK026491.1 FLJ22838 fis, clone KAIA4494, highly similar to HUML12A Human ribosomal protein L12 1 ,7 mRNA.
87 204366_s_at NM_001521.1 general transcription factor IIIC, polypeptide 2 (beta subunit, 110kD) 1 ,7
88 220467_at NM_025032.1 hypothetical protein FLJ21272 1 ,6
89 213392 at AW070229 Consensus includes ... protein-coupled receptor, family C, group 5, member B 1 ,6

Claims

Ansprüche
1. Verwendung mindestens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle 1 oder in Tabelle 2 gezeigt ist,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht,
(iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer
Länge von mindestens 20, insbesondere mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweist,
(iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisiert oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids als Target für das hepatozelluläre Karzinom (HCC).
2. Verwendung nach Anspruch 1 zur Diagnose von HCC.
3. Verwendung nach Anspruch 1 zur Therapie von HCC.
4. Verwendung nach Anspruch 1 in einem Screeningverfahren zur Identifizierung neuer Wirkstoffe für HCC.
5. Verwendung nach einem der vorhergehenden Ansprüche, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n et , dass mindestens 10 Nukleinsäuren eingesetzt werden.
Verwendung nach einem der vorhergehenden Ansprüche, d a d u rc h g e k en n z ei c h n et , dass mindestens 10 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die (i) in Tabelle 1 gezeigt sind,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen, (iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
1 00 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisieren oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und davon codierten Polypeptiden sowie mindestens 1 0 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die (i) in Tabelle 2 gezeigt sind,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen,
(iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens 1 00 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten Bedingungen hybridisieren oder/und
(v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und davon codierten Polypeptiden eingesetzt werden.
Verwendung nach Anspruch 6, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n e t , dass mindestens 10 Targets, insbesondere mindestens 20 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die
(i) in Tabelle 1 A gezeigt sind, (ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen, (iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
1 00 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten Bedingungen hybridisieren oder/und
(v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und/oder davon codierten Polypeptiden sowie mindestens 1 0 Targets, insbesondere mindestens 20 Targets, ausgewählt aus Nukleinsäuren, die
(i) in Tabelle 2A gezeigt sind,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entsprechen, (iii) Teilsequenzen davon mit einer Länge von mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
1 00 Nukleotiden aufweisen, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisieren oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweisen und/oder davon codierten Polypeptiden eingesetzt werden.
8. Verwendung nach Anspruch 6 oder 7, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n e t , dass ein HCC-spezifisches Muster mindestens bestehend aus den
Genen Nr. 1 -55 der Tabelle 1 A, Nr. 46-75 der Tabelle 1 B, Nr. 1 -63 der Tabelle 2A und Nr. 64-75 der Tabelle 2A eingesetzt wird.
9. Verwendung mindestens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle 3 gezeigt ist,
(ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht, (iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer Länge von mindetens 20, insbesondere mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens 1 00 Nukleotiden aufweist, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisiert oder/und
(v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids zur Diagnose von Subgruppen des hepatozellülären Karzinoms (HCC) .
0. Verwendung nach Anspruch 9 zur Differenzierung zwischen Hepatitis B-bedingtem HCC und Hepatitis C-bedingtem HCC.
1 . Verwendung mindetens einer Nukleinsäure, die (i) in Tabelle 4 gezeigt ist, (ii) einer Sequenz aus (i) im Rahmen der Degeneration des genetischen Codes entspricht, (iii) eine Teilsequenz einer Sequenz aus (i) oder/und (ii) mit einer Länge von mindestens 20, insbesondere mindestens 25, vorzugsweise mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens
100 Nukleotiden aufweist, (iv) mit einer Sequenz aus (i), (ii) oder/und (iii) unter stringenten
Bedingungen hybridisiert oder/und (v) eine zu einer Sequenz aus (i), (ii), (iii) oder/und (iv) komplementäre Sequenz aufweist, oder eines von einer solchen Nukleinsäure codierten Polypeptids zur Differenzierung zwischen cholangiozellulärem Karzinom (CCC) und hepatozellulärem Karzinom (HCC) .
2. Verfahren zur Diagnose von HCC, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n e t , dass man in einer Probe die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, die in Tabelle 1 oder/und Tabelle 2 gezeigt sind, bestimmt.
13. Verfahren nach Anspruch 12, d a d u r c h g e ke n n ze i c h n et , dass man die Menge an mindestens 10, insbesondere mindestens 20, vorzugsweise mindestens 50 Nukleinsäuren, die in Tabelle 1 oder in Tabelle 2 gezeigt sind, bestimmt.
14. Verfahren zur Therapie von HCC, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n et , dass man die Menge an mindestens einer Nukleinsäure, die in Tabelle 1 oder/und in Tabelle 2 gezeigt sind, beeinflusst.
15. Verfahren nach Anspruch 14, d a d u r c h g e ke n n ze i c h n et , dass man eine Nukleinsäure beeinflusst ausgewählt aus Genen für Rezeptoren, Onkogenen, in den Zellzyklus involvierten Genen (cdc) oder/und Signaltransduktionselementen.
16. HCC-spezifischer Cluster, umfassend mindestens 30 der Gene Nr.1 - 55 der Tabelle 1 A, und mindestens 30 Gene der Nr.1-63 der Tabelle 2A.
17. Expressionsprofil, insbesondere zur Verwendung als diagnostisches Mittel, assoziiert mit HCC, d a d u r c h g e k e n n z e i c h n e t , dass es mindestens 30 der Gene Nr. 1-55 der Tabelle 1A um mindestens das 1 ,5fache erhöht und mindestens 30 der Gene Nr.1 -
63 der Tabelle 2A um mindestens das 1 ,5fache verringert gegenüber nicht krebsartigen oder normalen Leberzellen aufweist.
PCT/EP2002/008305 2001-07-25 2002-07-25 Molekulare marker beim hepatozellulären karzinom WO2003010336A2 (de)

Priority Applications (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP02790191A EP1507871A2 (de) 2001-07-25 2002-07-25 Molekulare marker beim hepatozellulären karzinom
AU2003253329A AU2003253329A1 (en) 2002-07-25 2003-07-25 Molecular markers for cholangiolar carcinoma
EP03771105A EP1525477A2 (de) 2002-07-25 2003-07-25 Molekulare marker für das cholangioläre karzinom
PCT/EP2003/008243 WO2004011945A2 (de) 2002-07-25 2003-07-25 Molekulare marker für das cholangioläre karzinom

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE2001136273 DE10136273A1 (de) 2001-07-25 2001-07-25 Molekulare Marker beim hepatozellulären Karzinom
DE10136273.0 2001-07-25

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO2003010336A2 true WO2003010336A2 (de) 2003-02-06
WO2003010336A3 WO2003010336A3 (de) 2004-12-29

Family

ID=7693073

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/EP2002/008305 WO2003010336A2 (de) 2001-07-25 2002-07-25 Molekulare marker beim hepatozellulären karzinom

Country Status (3)

Country Link
EP (1) EP1507871A2 (de)
DE (1) DE10136273A1 (de)
WO (1) WO2003010336A2 (de)

Cited By (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004022739A1 (ja) * 2002-09-04 2004-03-18 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Gpc3の血中可溶化ｎ端ペプチドまたはｃ端ペプチドに対する抗体
EP1496928A1 (de) * 2002-04-08 2005-01-19 Ciphergen Biosystems, Inc. Serum-biomarker bei hepatozellulärem karzinom
EP1664718A2 (de) * 2003-09-05 2006-06-07 Thomas Jefferson University Diagnose und überwachung von hepatozellulärem karzinom
JP2006308533A (ja) * 2005-05-02 2006-11-09 Mcbi:Kk 新規肝がんバイオマーカーおよび該バイオマーカーを用いた肝がんの検出方法
EP1758994A2 (de) * 2004-06-21 2007-03-07 Exelixis, Inc. Aldos als modifikatoren des igf-weges und verwendungsverfahren
WO2007039550A2 (en) * 2005-09-29 2007-04-12 Proyecto De Biomedicina Cima, S.L. Molecular markers of hepatocellular carcinoma and their applications
WO2007053659A2 (en) * 2005-11-01 2007-05-10 Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Method of screening for hepatocellular carcinoma
CN100376687C (zh) * 2004-09-10 2008-03-26 香港中文大学 与肝细胞癌相关的乙型肝炎病毒基因组标志物
JP2009178057A (ja) * 2008-01-29 2009-08-13 Miyazakiken Sangyo Shien Zaidan インターフェロンとリバビリンとの併用治療効果の検出方法および検出キット
WO2009126271A1 (en) * 2008-04-11 2009-10-15 China Synthetic Rubber Corporation Methods, agents and kits for the detection of cancer
EP2138589A1 (de) * 2008-06-27 2009-12-30 Institut Pasteur Molekulare Signatur des Lebertumorgrades und Verwendung zur Bewertung der Prognose und therapeutischen Durchführung
WO2009156858A1 (en) * 2008-06-27 2009-12-30 Institut Pasteur Molecular signature of liver tumor grade and use to evaluate prognosis and therapeutic regimen
WO2010151731A1 (en) * 2009-06-26 2010-12-29 University Of Utah Research Foundation Materials and methods for the identification of drug-resistant cancers and treatment of same
EP2333112A2 (de) 2004-02-20 2011-06-15 Veridex, LLC Brustkrebsprognose
CN102656456A (zh) * 2009-12-16 2012-09-05 积水医疗株式会社 恶性肿瘤的诊断方法
US8815240B2 (en) 2008-03-19 2014-08-26 China Synthetic Rubber Corporation Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
US8821880B2 (en) 2008-10-29 2014-09-02 China Synthetic Rubber Corporation Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
US9028831B2 (en) 2009-09-02 2015-05-12 Fundació Institut de Recerca Hospital Universitari Vall d'Hebron, Fundació Privado Markers for selecting personalized therapies for the treatment of cancer
WO2015093932A1 (es) * 2013-12-18 2015-06-25 Instituto Nacional De Medicina Genómica Método de diagnóstico temprano de carcinoma hepatocelular
US9975966B2 (en) 2014-09-26 2018-05-22 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Cytotoxicity-inducing theraputic agent
US10400026B2 (en) 2013-11-15 2019-09-03 Circular Commitment Company Therapeutic biologic for treatment of hepatocellular carcinoma

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
KAWAI HIROSHI F ET AL: "alpha-Fetoprotein-producing hepatoma cell lines share common expression profiles of genes in various categories demonstrated by cDNA microarray analysis." HEPATOLOGY, Bd. 33, Nr. 3, M{rz 2001 (2001-03), Seiten 676-691, XP009018388 ISSN: 0270-9139 *
OHMACHI YOSHITAKA ET AL: "Expression of the pancreatic secretory trypsin inhibitor gene in the liver infected with hepatitis B virus." JOURNAL OF HEPATOLOGY, Bd. 21, Nr. 6, 1994, Seiten 1012-1016, XP009018381 ISSN: 0168-8278 *
OHMACHI YOSHITAKA ET AL: "Specific expression of the pancreatic-secretory-trypsin-inhibitor (PSTI) gene in hepatocellular carcinoma." INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER, Bd. 55, Nr. 5, 1993, Seiten 728-734, XP009018365 ISSN: 0020-7136 *

Cited By (45)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1496928A1 (de) * 2002-04-08 2005-01-19 Ciphergen Biosystems, Inc. Serum-biomarker bei hepatozellulärem karzinom
EP1496928A4 (de) * 2002-04-08 2005-08-10 Ciphergen Biosystems Inc Serum-biomarker bei hepatozellulärem karzinom
EP1795592A2 (de) * 2002-09-04 2007-06-13 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Antikörper gegen im Blut vorhandene sekretierte N-terminale Peptide von GPC3 oder C-terminale Peptide von GPC3
WO2004022739A1 (ja) * 2002-09-04 2004-03-18 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Gpc3の血中可溶化ｎ端ペプチドまたはｃ端ペプチドに対する抗体
EP1795592A3 (de) * 2002-09-04 2007-10-03 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Antikörper gegen im Blut vorhandene sekretierte N-terminale Peptide von GPC3 oder C-terminale Peptide von GPC3
EP1664718A2 (de) * 2003-09-05 2006-06-07 Thomas Jefferson University Diagnose und überwachung von hepatozellulärem karzinom
EP1664718B1 (de) * 2003-09-05 2009-12-09 Thomas Jefferson University Diagnose und überwachung von hepatozellulärem karzinom
EP2333112A2 (de) 2004-02-20 2011-06-15 Veridex, LLC Brustkrebsprognose
US7927872B2 (en) 2004-06-21 2011-04-19 Exelixis, Inc. ALDOs as modifiers of the IGF pathway and methods of use
EP1758994A2 (de) * 2004-06-21 2007-03-07 Exelixis, Inc. Aldos als modifikatoren des igf-weges und verwendungsverfahren
EP1758994A4 (de) * 2004-06-21 2008-04-16 Exelixis Inc Aldos als modifikatoren des igf-weges und verwendungsverfahren
CN101255473B (zh) * 2004-09-10 2010-12-15 香港中文大学 与肝细胞癌相关的乙型肝炎病毒基因组标志物
CN100376687C (zh) * 2004-09-10 2008-03-26 香港中文大学 与肝细胞癌相关的乙型肝炎病毒基因组标志物
JP2006308533A (ja) * 2005-05-02 2006-11-09 Mcbi:Kk 新規肝がんバイオマーカーおよび該バイオマーカーを用いた肝がんの検出方法
ES2324128A1 (es) * 2005-09-29 2009-07-30 Proyecto De Biomedicina Cima, S.L. Metodo para el diagnostico de carcinoma hepatocelular mediante el empleo de marcadores moleculares.
WO2007039550A3 (en) * 2005-09-29 2007-08-09 Proyecto Biomedicina Cima Sl Molecular markers of hepatocellular carcinoma and their applications
WO2007039550A2 (en) * 2005-09-29 2007-04-12 Proyecto De Biomedicina Cima, S.L. Molecular markers of hepatocellular carcinoma and their applications
WO2007053659A3 (en) * 2005-11-01 2007-08-09 Us Gov Health & Human Serv Method of screening for hepatocellular carcinoma
WO2007053659A2 (en) * 2005-11-01 2007-05-10 Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Method of screening for hepatocellular carcinoma
JP2009178057A (ja) * 2008-01-29 2009-08-13 Miyazakiken Sangyo Shien Zaidan インターフェロンとリバビリンとの併用治療効果の検出方法および検出キット
US11339217B2 (en) 2008-03-19 2022-05-24 Circular Commitment Company Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
US10370445B2 (en) 2008-03-19 2019-08-06 Circular Commitment Company Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
US9545443B2 (en) 2008-03-19 2017-01-17 China Synthetic Rubber Corporation Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
US8815240B2 (en) 2008-03-19 2014-08-26 China Synthetic Rubber Corporation Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
JP2011516077A (ja) * 2008-04-11 2011-05-26 チャイナ シンセティック ラバー コーポレイション 癌を検出するための方法、薬剤、およびキット
WO2009126271A1 (en) * 2008-04-11 2009-10-15 China Synthetic Rubber Corporation Methods, agents and kits for the detection of cancer
US9347088B2 (en) 2008-06-27 2016-05-24 Institut Pasteur Molecular signature of liver tumor grade and use to evaluate prognosis and therapeutic regimen
WO2009156858A1 (en) * 2008-06-27 2009-12-30 Institut Pasteur Molecular signature of liver tumor grade and use to evaluate prognosis and therapeutic regimen
EP2138589A1 (de) * 2008-06-27 2009-12-30 Institut Pasteur Molekulare Signatur des Lebertumorgrades und Verwendung zur Bewertung der Prognose und therapeutischen Durchführung
US9394359B2 (en) 2008-10-29 2016-07-19 China Synthetic Rubber Corporation Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
US8821880B2 (en) 2008-10-29 2014-09-02 China Synthetic Rubber Corporation Methods and agents for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
WO2010151731A1 (en) * 2009-06-26 2010-12-29 University Of Utah Research Foundation Materials and methods for the identification of drug-resistant cancers and treatment of same
US9028831B2 (en) 2009-09-02 2015-05-12 Fundació Institut de Recerca Hospital Universitari Vall d'Hebron, Fundació Privado Markers for selecting personalized therapies for the treatment of cancer
EP2515114A4 (de) * 2009-12-16 2012-12-05 Sekisui Medical Co Ltd Verfahren zur diagnose bösartiger tumore
AU2010331291B2 (en) * 2009-12-16 2016-04-14 Sekisui Medical Co., Ltd. Method for diagnosing malignant tumor
US9097714B2 (en) 2009-12-16 2015-08-04 Sekisui Medical Co., Ltd. Method for diagnosing malignant tumor
CN102656456B (zh) * 2009-12-16 2015-04-08 积水医疗株式会社 恶性肿瘤的诊断方法
EP2515114A1 (de) * 2009-12-16 2012-10-24 Sekisui Medical Co., Ltd. Verfahren zur diagnose bösartiger tumore
CN102656456A (zh) * 2009-12-16 2012-09-05 积水医疗株式会社 恶性肿瘤的诊断方法
US10400026B2 (en) 2013-11-15 2019-09-03 Circular Commitment Company Therapeutic biologic for treatment of hepatocellular carcinoma
US10906959B2 (en) 2013-11-15 2021-02-02 Circular Commitment Company Therapeutic biologic for treatment of hepatocellular carcinoma
US11485771B2 (en) 2013-11-15 2022-11-01 Circular Commitment Company Therapeutic biologic for treatment of hepatocellular carcinoma
WO2015093932A1 (es) * 2013-12-18 2015-06-25 Instituto Nacional De Medicina Genómica Método de diagnóstico temprano de carcinoma hepatocelular
US9975966B2 (en) 2014-09-26 2018-05-22 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Cytotoxicity-inducing theraputic agent
US11001643B2 (en) 2014-09-26 2021-05-11 Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha Cytotoxicity-inducing therapeutic agent

Also Published As

Publication number Publication date
EP1507871A2 (de) 2005-02-23
WO2003010336A3 (de) 2004-12-29
DE10136273A1 (de) 2003-02-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2003010336A2 (de) Molekulare marker beim hepatozellulären karzinom
DE112005002742B4 (de) Verbindungen und Methoden zur Behandlung, Diagnose und Prognose bei Pankreaserkrankungen
DE60126592T2 (de) Verfahren, zusammensetzungen und kits zur identifizierung und überwachung von brustkrebs
CN109825586B (zh) 用于肺癌检测的DNA甲基化qPCR试剂盒及使用方法
CN109112216B (zh) 三重qPCR检测DNA甲基化的试剂盒和方法
CN107674916B (zh) 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN111560435A (zh) 一种用于结直肠癌检测的dna甲基化试剂盒及使用方法、应用
CN109055555B (zh) 一种肺癌早期转移诊断标志物及其试剂盒和应用
CN110964823A (zh) 用于结直肠癌检测的dna甲基化试剂盒和检测方法
CN109055564B (zh) 用于慢性淋巴细胞白血病诊断及预后评估的CircRNA标志物
CN117568481A (zh) 一组与肝癌相关的血浆外泌体tsRNAs标志物及其应用
KR102623368B1 (ko) 엑소좀 유래 miRNA를 이용한 아토피성 피부염 상관 스트레스 진단기술
Bozinov et al. Candidate genes for the progression of malignant gliomas identified by microarray analysis
CN111334577A (zh) 喉鳞癌分子标记物hsa_circ_0004547及检测方法和应用
EP2092087A2 (de) Prognostische marker für die klassifizierung von kolorektalen karzinomen basierend auf expressionsprofilen von biologischen proben
EP2603604A1 (de) Verfahren und kit zur diagnose und/oder prognose der toleranz bei lebertransplantationen
CN107674915B (zh) 一种环状rna在结直肠癌生物标志物中的应用
CN115161402A (zh) 血液microRNA作为前列腺癌筛查或诊断标志物的用途、检测引物和试剂盒
CN107326092A (zh) 大肠癌相关的miRNA作为生物标志物的应用及大肠癌检测试剂盒
DE102010043541B4 (de) Verfahren und Mittel zur Vorhersage der Überlebensdauer beim Pankreaskarzinom durch Analyse von Biomarkern
CN111850129A (zh) 检测微卫星nr21位点稳定性的引物对、试剂盒及方法
CN108753931A (zh) 一种cdx2基因表达荧光定量pcr检测试剂盒和方法
WO2023120524A1 (ja) 結核感染試料のスクリーニング方法及びこれに用いるプローブセット
CN114182012B (zh) 检测微卫星mono27位点稳定性的引物对、试剂盒及方法
WO2022019326A1 (ja) 脳腫瘍の検出を補助する方法

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): AE AG AL AM AT AU AZ BA BB BG BY BZ CA CH CN CO CR CU CZ DE DM DZ EC EE ES FI GB GD GE GH HR HU ID IL IN IS JP KE KG KP KR LC LK LR LS LT LU LV MA MD MG MN MW MX MZ NO NZ OM PH PL PT RU SD SE SG SI SK SL TJ TM TN TR TZ UA UG US UZ VN YU ZA ZM

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): AE AG AL AM AT AU AZ BA BB BG BR BY BZ CA CH CN CO CR CU CZ DE DK DM DZ EC EE ES FI GB GD GE GH GM HR HU ID IL IN IS JP KE KG KP KR KZ LC LK LR LS LT LU LV MA MD MG MK MN MW MX MZ NO NZ OM PH PL PT RO RU SD SE SG SI SK SL TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VN YU ZA ZM ZW

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): GH GM KE LS MW MZ SD SL SZ TZ UG ZM ZW AM AZ BY KG KZ MD RU TJ TM AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR IE IT LU MC NL PT SE SK TR BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): GH GM KE LS MW MZ SD SL SZ UG ZM ZW AM AZ BY KG KZ RU TJ TM AT BE BG CH CY CZ DK EE ES FI FR GB GR IE IT LU MC PT SE SK TR BF BJ CF CG CI GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG US

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application
DFPE Request for preliminary examination filed prior to expiration of 19th month from priority date (pct application filed before 20040101)
WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2002790191

Country of ref document: EP

REG Reference to national code

Ref country code: DE

Ref legal event code: 8642

WWP Wipo information: published in national office

Ref document number: 2002790191

Country of ref document: EP

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: JP

WWW Wipo information: withdrawn in national office

Country of ref document: JP

WWW Wipo information: withdrawn in national office

Ref document number: 2002790191

Country of ref document: EP