本揭露提供用HBV蛋白質表現抑制劑及抗HBV抗體用於治療B型肝炎病毒(HBV)感染之方法及組成物,及相關套組。組合療法可用於治療慢性B型肝炎(CHB)。
在一些具體實施例中,方法包括藉由以下方式治療有其需要之個體的慢性HBV感染:(i)向個體投予HBV基因表現抑制劑;及(ii)向個體投予抗HBV抗體。在特定具體實施例中,至少一種HBV基因的表現在投予HBV基因表現抑制劑之後降低,並當至少一種HBV基因的表現降低時向個體投予抗HBV抗體。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑係抑制HBV轉錄物的表現之RNAi劑。在特定具體實施例中,RNAi劑係siRNA(本文中亦稱為「雙股RNA」或「dsRNA」),其靶向並抑制由HBV的X基因所編碼之mRNA的表現。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體辨識HBV基因型A、B、C、D、E、F、G、H、I、及J;且/或係人類抗體。在特定具體實施例中,抗HBV抗體係選自:HBC34野生型抗體、HBC34抗體的非天然變體、及/或HBC24抗體。
在本文中所述之一些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑與抗HBV抗體協同作用以降低病毒負載及循環之HBsAg。此組合療法可為慢性HBV提供功能性治癒,且可允許投予較低劑量之抗體,導致抗體誘發毒性之可能性降低。
I.詞彙表
以下章節提供HBV組合療法的詳細說明,其包括:HBV蛋白質表現抑制劑;抗HBV抗體;使用HBV蛋白質表現抑制劑與抗HBV抗體的組合治療個體之方法;及與組合療法相關之套組。在更詳細列本揭露前,先提供本文中所使用之某些術語的定義可能有助於其理解。額外定義經列在整個本揭露中。
在本說明中,術語「約(about)」意指指定範圍、值、或結構的+ 20%,除非另有指示。
術語「包含(comprise)」意指如請求項中提及之陳述表徵、整數、步驟、或組分的存在,但不排除一或多個其他特徵、整數、步驟、組分、或其群組的存在或添加。術語「基本上由...所組成(consisting essentially of)」將請求項之範疇限制於指定材料或步驟,且實際上不影響所請求保護之發明的基本及新穎特徵之材料或步驟。
應理解的是,如本文中所使用,術語「一(a/an)」係指所列舉組分中之「一或多個」。替代地(例如「或(or)」)的使用應理解為意指替代物中之任一個、兩個、或其任何組合,且可與「及/或(and/or)」同義地使用。如本文中所使用,術語「包括(include)」及「具有(have)」係同義地使用,該術語及其變體係意欲解釋為非限制性。
字詞「實質上(substantially)」不排除「完全(completely)」;例如「實質上不含」Y的組成物可能完全不含Y。必要時,字詞「實質上」可自本文中提供之定義中省略。
如本文中所使用,術語「疾病(disease)」係意欲為與術語「病症(disorder)」及「病況(condition)」(如在醫學病況中)大致上同義的,且可互換使用,其所有皆反映出人體或動物體或其一個部位損害正常功能的異常情況,一般藉由明顯的徵象及症狀來顯現,並使得人類或動物的壽命或生活品質下降。
如本文中所使用,術語「肽(peptide)」、「多肽(polypeptide)」、及「蛋白質(protein)」及此等術語之變型係指分子,特定而言分別係肽、寡肽、多肽、或包括融合蛋白之蛋白質,其包含藉由正常肽鍵、或藉由經修飾之肽鍵(諸如例如在等排肽(isosteric peptide)的情況下)彼此接合的至少兩個胺基酸。例如,肽、多肽、或蛋白質可由選自由遺傳密碼所定義之20種胺基酸的胺基酸組成,該胺基酸藉由正常肽鍵彼此連接(「經典的」多肽)。肽、多肽、或蛋白質可由L胺基酸及/或D胺基酸所組成。特定而言,術語「肽(peptide)」、「多肽(polypeptide)」、及「蛋白質(protein)」亦包括「肽擬似物(peptidomimetic)」,其定義為含有非肽結構元素之肽類似物,該肽能夠模擬或拮抗天然親本肽之(一或多種)生物學作用。肽擬似物缺乏經典的肽特徵,諸如酶易切割之肽鍵(enzymatically scissile peptide bond)。特定而言,肽、多肽、或蛋白質除此等胺基酸以外,可包含除遺傳密碼所定義之20個胺基酸以外的胺基酸,或其可由除遺傳密碼所定義之20種胺基酸以外的胺基酸所組成。特定而言,在本揭露之背景下,肽、多肽、或蛋白質可同樣地由藉由天然過程(諸如轉譯後之成熟過程)或藉由化學過程所修飾之胺基酸所組成,該些過程係所屬技術領域中具有通常知識者熟知的。此類修飾在文獻中均有完整描述。此等修飾可出現在多肽中之任何地方:在肽主鏈中、在胺基酸鏈中、或甚至在羧基端末(terminal end)或胺基端末處。特定而言,肽或多肽在泛蛋白化之後係分支的或可在分支或不分支之情況下係環狀的。此等類型之修飾可為所屬技術領域中具有通常知識者熟知之天然或合成轉譯後過程之結果。在本揭露之背景下,術語「肽(peptide)」、「多肽(polypeptide)」、及「蛋白質(protein)」特定而言亦包括經修飾之肽、多肽、及蛋白質。例如,肽、多肽、或蛋白質修飾可包括乙醯化、醯化、ADP核糖基化、醯胺化、核苷酸或核苷酸衍生物的共價固定、脂質或脂質衍生物的共價固定、磷脂酸肌醇的共價固定、共價或非共價交聯、環化、雙硫鍵形成、去甲基化、醣基化(包括聚乙二醇化)、羥基化、碘化、甲基化、肉荳蔻醯化、氧化、蛋白分解過程、磷酸化、異戊烯基化、外消旋化、硒基化、硫酸化、胺基酸加成(諸如精胺醯基化或泛蛋白化)。此類修飾在文獻中有完整描述(Proteins Structure and Molecular Properties, 2nd Ed., T. E. Creighton, New York(1993); Post-translational Covalent Modifications of Proteins, B. C. Johnson, Ed., Academic Press, New York(1983); Seifter, et al., Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol. 182: 626-46(1990); and Rattan, et al., Protein Synthesis: Post-translational Modifications and Aging, Ann NY Acad Sci 663:48-62(1992))。因此,術語「肽(peptid)」、「多肽(polypeptide)」、及「蛋白質(protein)」包括例如脂肽、脂蛋白、醣肽、醣蛋白、及類似者。
如本文中所使用「(多)肽((poly)peptide)」包含如上所解釋之藉由肽鍵所連接之胺基酸單體的單鏈。如本文中所使用,「蛋白質(protein)」包含一或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個)(多)肽,即如上所解釋之藉由肽鍵所連接之胺基酸單體之一或多條鏈。在特定具體實施例中,根據本揭露之蛋白質包含1、2、3、或4個多肽。
如本文中所使用,術語「重組體(recombinant)」(例如重組抗體、重組蛋白、重組核酸等)係指藉由重組方式製備、表現、創建、單離、且其不是天然存在之任何分子(抗體、蛋白質、核酸、siRNA等)。如本文中所使用,術語「核酸(nucleic acid)」、「核酸分子(nucleic acid molecule)」、及「多核苷酸(polynucleotide)」可互換使用且意欲包括DNA分子及RNA分子。核酸分子可係單股或雙股的。在特定具體實施例中,核酸分子係雙股RNA。
如本文中所使用,術語「細胞(cell)」、「細胞株(cell line)」、及「細胞培養物(cell culture)」可互換使用且所有此類名稱均包括子代。因此,字詞「轉形體(transformant)」及「轉形之細胞(transformed cell)」包括初代個體細胞(primary subject cell)及衍生自其且與轉移次數無關之培養物。亦應理解的是,由於有意或無意的突變,所有子代在DNA含量方面可能不是精確地同一(identical)。與在原始轉形之細胞中篩選出具有相同功能或生物活性之變體子代被包括在內。當意欲用不同名稱時,其根據上下文將是清楚的。
如本文中所使用,術語「序列變體(sequence variant)」係指與參考序列相比具有一或多種變更之任何序列,其中參考序列係序列表中列出之任何序列,即SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:104。因此,術語「序列變體(sequence variant)」包括核苷酸序列變體及胺基酸序列變體。對於在核苷酸序列之背景下的序列變體,參考序列亦係核苷酸序列,而對於在胺基酸序列之背景下的序列變體,參考序列亦係胺基酸序列。如本文中所使用,「序列變體」與參考序列為至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、或至少99%同一性。序列同一性通常對於參考序列(即本申請中列出之序列)之全長來計算,除非另有說明。如本文中提及,同一性百分比(Percentage identity)可例如使用BLAST使用由NCBI所指定之內定參數來判定(the National Center for Biotechnology Information; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)[Blosum 62 matrix; gap open penalty=1 1 and gap extension penalty=1]。在核酸(核苷酸)序列之背景下,「序列變體」具有變更的序列,其中該參考序列中之一或多個核苷酸經刪除、或取代、或一或多個核苷酸經插入參考核苷酸序列的序列中。核苷酸在本文中藉由標準的一個字母名稱(A、C、G、或T)來指稱。由於遺傳密碼之簡併性,核苷酸序列之「序列變體」可導致各自參考胺基酸序列之改變(即胺基酸「序列變體」)或不改變。在某些具體實施例中,核苷酸序列變體係不導致胺基酸序列變體之變體(即沉默突變)。然而,導致「非沉默」突變之核苷酸序列變體亦在本範疇內,特定而言,此類核苷酸序列變體,其導致與參考胺基酸序列為至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、或至少99%同一性的胺基酸序列。在胺基酸序列之背景下,「序列變體」具有變更的序列,其中與參考胺基酸序列相比,一或多個胺基酸經刪除、取代、或插入。因為變更,此種序列變體與參考胺基酸序列為至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、或至少99%同一性的胺基酸序列。舉例而言,每100個參考序列的胺基酸中,具有不超過10個變更(即刪除、插入、或取代之任何組合)之變體序列係與參考序列為「至少90%同一性」。
雖然可能具有非保守性胺基酸取代,但在某些具體實施例中,取代係保守性胺基酸取代,其中經取代之胺基酸與參考序列中對應之胺基酸具有類似的結構或化學性質。舉例而言,保守性胺基酸取代涉及一種脂族或疏水性胺基酸(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、及異白胺酸)與另一種的取代;一種含羥基胺基酸(例如絲胺酸及蘇胺酸)與另一種的取代;一種酸性殘基(例如麩胺酸或天冬胺酸)與另一種的取代;一種含醯胺之殘基(例如天冬醯胺及麩醯胺酸)與另一種的置換;一種芳族殘基(例如苯丙胺酸及酪胺酸)與另一種的置換;一種鹼性殘基(例如離胺酸、精胺酸、及組胺酸)與另一種的置換;及一種小胺基酸(例如丙胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、甲硫胺酸、及甘胺酸)與另一種的置換。
胺基酸序列插入包括長度範圍自一個殘基至含有一百個或更多個殘基之多肽的胺基末端及/或羧基末端融合,以及單一個或多個胺基酸殘基的序列內插入。末端插入的實例包括胺基酸序列的N端或C端與報導子分子或酶之融合。
除非另有陳述,否則序列變體中之變更不會消除各自參考序列的功能性,例如,在此情況下,抗HBV抗體或HBV基因表現抑制劑(例如siRNA)的序列功能性分別充分地中和HBV的感染或降低HBV蛋白質表現。判定哪些核苷酸及胺基酸殘基可分別經取代、插入、或刪除而不消除此種功能性之指導可藉由所屬技術領域中熟知的電腦程式找出。
如本文中所使用,「衍生自(derived from)」指定核酸、肽、多肽、或蛋白質之核酸序列或胺基酸序列係指該核酸、肽、多肽、或蛋白質之起源。在一些具體實施例中,衍生自特定序列之核酸序列或胺基酸序列具有與其所衍生自之該序列或其部分基本上同一性的胺基酸序列,藉此「基本上同一性(essentially identical)」包括如上所定義之序列變體。在某些具體實施例中,衍生自特定肽或蛋白質之核酸序列或胺基酸序列係衍生自該特定肽或蛋白質中之對應結構域。因此,「對應(corresponding)」特定而言係指相同功能性。例如,「胞外結構域」對應於(另一種蛋白質的)另一種「胞外結構域」、或「跨膜結構域」對應於(另一種蛋白質的)另一種「跨膜結構域」。因此,肽、蛋白質、及核酸的「對應」部分對所屬技術領域具有通常知識者係可辨識的。同樣地,「衍生自(derived from)」其他序列之序列對所屬技術領域具有通常知識者通常係可辨識的,因序列中具有其起源。
在一些具體實施例中,「衍生自(derived from)」另一核酸、肽、多肽、或蛋白質之核酸序列或胺基酸序列可與(其所衍生自之)該起始核酸、肽、多肽、或蛋白質同一性。然而,衍生自另一核酸、肽、多肽、或蛋白質之核酸序列或胺基酸序列亦可具有相對於(其所衍生自之)起始核酸、肽、多肽、或蛋白質的一或多個突變,特定而言,衍生自另一核酸、肽、多肽、或蛋白質之核酸序列或胺基酸序列可為(其所衍生自之)起始核酸、肽、多肽、或蛋白質的如上所述之功能序列變體。例如,在肽/蛋白質中,一或多個胺基酸殘基可經其他胺基酸殘基取代或一或多個胺基酸殘基可發生插入或刪除。
如本文中所使用,術語「突變(mutation)」係關於與參考序列(例如對應基因組序列)相比,核酸序列及/或胺基酸序列中之改變。例如與基因組序列相比,突變可為例如(天然存在)體細胞突變、自發突變、誘發突變(例如藉由酶、化學物質、或輻射所誘發)、或藉由定點誘變(用於在核酸序列及/或胺基酸序列中製造特異性及刻意之改變的分子生物學方法)所獲得之突變。因此,術語「突變(mutation)或(mutating)」應理解為亦包括例如在核酸序列或胺基酸序列中物理地製造突變。突變包括一或多個核苷酸或胺基酸之取代、刪除、及插入,以及數個連續核苷酸或胺基酸的倒位(inversion)。為達成在胺基酸序列中之突變,可將突變引入編碼該胺基酸序列之核苷酸序列中以表現(重組)突變之多肽。突變可藉由例如藉由變更(例如藉由定點誘變)編碼一種胺基酸之核酸分子的密碼子以產生編碼不同胺基酸之密碼子、或在無需使核酸分子之一或多個核苷酸突變之情況下,藉由合成序列變體(例如藉由了解編碼多肽之核酸分子的核苷酸序列,並藉由設計包含編碼該多肽變體之核苷酸序列的核酸分子之合成)來達成。
如本文中所使用,術語「編碼序列」係意指多核苷酸分子,其編碼蛋白質產物的胺基酸序列。編碼序列的邊界通常由開放閱讀框架來判定,其通常以ATG起始密碼子開始。
如本文中所使用,術語「表現(expression)」係指涉及產生多肽的任何步驟,包括轉錄、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後修飾、分泌、或類似者。
在一些態樣中,本揭露係關於HBV基因表現抑制劑之用途。如本文中所使用,「HBV基因表現抑制劑(inhibitor of HBV gene expression)」係導致HBV基因表現至少部分降低之任何劑,如藉由可自第一細胞或細胞群(其中HBV基因係經轉錄且已用HBV基因表現抑制劑處理使得該HBV基因的表現已被抑制)中單離或偵測到之HBV mRNA量與第二細胞或細胞群(與第一細胞或細胞群實質上同一但未經如此處理)(對照細胞)相比的降低來顯現。在一些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑係RNAi劑(例如siRNA)。HBV基因表現可藉由所屬技術領域中已知之方法來測量。除非另有陳述,否則如本文中所使用之「HBV基因表現(HBV gene expression)」係使用rtPCR或藉由使用酶聯免疫吸附檢測法(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA)或免疫組織化學法測量蛋白質表現來判定。
在一些態樣中,本揭露係關於降低HBV抗原負載之劑的用途。如本文中所使用,「降低HBV抗原負載之劑(agent that reduces HBV antigenic load)」係指導致可自第一細胞或細胞群(已用該劑處理)中單離或偵測到之HBV抗原量如與第二細胞或細胞群(與第一細胞或細胞群實質上同一但未經如此處理)(對照細胞)相比降低之任何劑。在一些具體實施例中,降低HBV抗原負載之劑係RNAi劑(例如siRNA)。抗原負載可藉由所屬技術領域中已知之方法來測量。除非另有陳述,否則如本文中所使用,「HBV抗原負載(HBV antigenic load)」係藉由使用ELISA藉由測量抗原的量(例如HBsAg)來判定。
本揭露提供治療HBV之組合療法,其包括抗HBV抗體。在某些具體實施例中,抗HBV抗體或其抗原結合片段結合至HBsAg的抗原環區域並中和B型肝炎病毒之感染。
如本文中所使用,術語「抗體(antibody)」涵蓋各種形式的抗體,包括但不限於全長抗體、抗體片段、抗原結合片段、人類抗體、嵌合抗體、人源化抗體、重組抗體、及經遺傳工程改造之抗體(變體或突變抗體),只要保留該抗體之特徵性質。在一些具體實施例中,抗體係人類抗體及/或單株抗體。在特定具體實施例中,抗體係人類單株抗體。在某些具體實施例中,抗體係重組人類單株抗體。如本文中所使用,術語「抗原結合片段(antigen binding fragment)」、「片段(fragment)」、及「抗體片段(antibody fragment)」可互換使用,係指組合療法的抗體之任何片段,其保留抗體的抗原結合活性。抗體片段的實例包括但不限於單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、或scFv。更進一步來說,如本文中所使用,術語「抗體(antibody)」包括抗體及其抗原結合片段二者。
如本文中所使用,「中和抗體(neutralizing antibody)」係可中和,即預防、抑制、降低、阻礙、或干擾病源體在宿主中引發及/或持續感染之能力的抗體。術語「中和抗體(neutralizing antibody)」及「中和...之抗體群(an antibody that neutralizes/antibodies that neutralize)」可在本文中可互換使用。此等抗體可單獨或組合使用、在適當調製後作為預防劑或治療劑、與主動疫苗接種聯合、作為診斷工具、或作為本文中所述之生產工具。
人類抗體係現有所屬技術技術領域中熟知的(van Dijk, M. A., and van de Winkel, J. C, Curr. Opin. Chem. Biol. 5: 368-74(2001))。人類抗體亦可在基因轉殖動物(例如小鼠)中產生,該等基因轉殖動物能夠在免疫後,在沒有內源性免疫球蛋白產生之前提下產生全譜(full repertoire)或選擇之人類抗體。在此類生殖細胞株突變體小鼠中轉移人類生殖細胞株免疫球蛋白基因陣列將導致在抗原挑戰後產生人類抗體(參見例如Jakobovits, A., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551-55(1993); Jakobovits, A., et al., Nature 362:255-258(1993); Bruggemann, M., et al., Year Immunol. 7: 3340(1993))。人類抗體亦可在噬菌體呈現基因庫中產生(Hoogenboom, H. R., and Winter, G., Mol.Biol. 227: 381-88 (1992); Marks, J. D., et al., Mol Biol. 222:581-97(1991))。Cole等人及Boerner等人之技術亦可用於製備人類單株抗體(Cole, et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77(1985); Boerner, P., et al., Immunol. 147: 86-95(1991))。在一些具體實施例中,人類單株抗體係藉由使用如在Traggiai, E.等人(Nat Med. 10(8):871-5(2004))中所述改良之EBV-B細胞永生化來製備。如本文中所使用,術語「人類抗體(human antibody)」亦包含例如在可變區域中經修飾以生成如本文中所述之性質的此類抗體。
組合療法之抗體可屬於任何同型(例如IgA、IgG、IgM,即κ、γ、或μ重鏈),但在某些特定具體實施例中,抗體係IgG。在IgG同型內,抗體可係IgG1、IgG2、IgG3、或IgG4子類別。在特定具體實施例中,抗體係IgG1。組合療法之抗體可具有κ或λ輕鏈。基於IgG通過FcRN-IgG受體進入肝細胞的抗原非依賴性攝取,IgG類型的HBsAg特異性抗體亦可有利地阻斷HBV及HBsAg自受感染之細胞的釋放。因此,IgG類型的HBsAg特異性抗體可細胞內結合,從而阻斷HBV病毒粒子及HBsAg的釋放。
如本文中所使用,術語「可變區域(variable region)」(輕鏈可變區域(V
L
),重鏈可變區域(V
H
))表示抗體輕鏈(LC)或重鏈(HC)之部分(一般約在成熟抗體重鏈或輕鏈的105至120個胺基末端胺基酸附近),其包含互補性決定區域(complementarity determining region,「CDR」)及架構區域(framework region,「FR」),並直接參予抗體與抗原之接合。術語「互補性決定區域(complementarity determining region)」及「CDR」與「高度變異區域(hypervariable region)」或「HVR」同義且係所屬技術領域中已知指抗體可變區域內之胺基酸的非相鄰序列,其賦予抗原特異性及/或結合親和力。通常,在免疫球蛋白結合蛋白的各可變區域中有三個CDR;例如對於抗體,V
H
及V
L
區域通常包含六個CDR(CDRH1,CDRH2,CDRH3;CDRL1,CDRL2,CDRL3)。可將免疫球蛋白序列與編號方案(例如卡巴(kabat)、EU、國際免疫遺傳學資訊系統(international immunogenetics information system, IMGT)、及Aho)進行比對,此可允許使用抗原受體編號及受體分類(antigen receptor numbering and receptor classification, ANARCI)軟體工具(Bioinformatics 15:298-300(2016))標註等效殘基位置及對不同分子進行比較。應理解的是,在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段可包含所有或部分之重鏈(HC)、輕鏈(LC)、或二者。例如,全長完整IgG抗體單體一般包括V
H
、CH1、CH2、CH3、V
L
、及CL。
在某些具體實施例中,根據本揭露之組合療法的抗HBV抗體、或其抗原結合片段係純化之抗體、單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、或scFv。因此組合療法的抗體可為人類抗體、單株抗體、人類單株抗體、重組抗體、及/或純化之抗體。本揭露亦提供抗體的片段,特別是保留抗體的抗原結合活性之片段。此類片段的實例包括但不限於單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、或scFv。儘管在一些地方,本揭露可明確係指抗原結合片段群、抗體片段群、抗體的變體群及/或衍生物群,但如本文中所使用,術語「抗體(antibody)」或「組合療法的抗體(antibody of the combination therapy)」包括所有類別之抗體,即,抗體的抗原結合片段群、抗體片段群、抗體的變體群及/或衍生物群。
抗體的片段可自抗體藉由包括用酶(諸如胃蛋白酶或木瓜酶)消化、及/或藉由化學還原切割雙硫鍵之方法來獲得。替代地,抗體的片段可藉由重鏈或輕鏈之部分序列的選殖及表現來獲得。本揭露亦涵蓋衍生自本揭露之抗體的重鏈及輕鏈之單鏈Fv片段(scFv)。例如,本揭露包括scFv,其包含來自本揭露之抗體的CDR。亦包括的係重鏈或輕鏈單體及二聚體、單結構域重鏈抗體、單結構域輕鏈抗體、以及單鏈抗體,例如單鏈Fv,在該單鏈Fv中之重鏈及輕鏈可變結構域係藉由肽連接子接合。
本揭露之抗體片段可賦予單價或多價交互作用並含在如上述之各種結構中。例如,可合成scFv分子以產生三價之「三鏈抗體(triabody)」或四價之「四鏈抗體(tetrabody)」。scFv分子可包括導致二價微型抗體之Fc區域的結構域。此外,抗體/抗體片段的序列可係多特異性分子的組分,其中該序列靶向如本文中所述之表位,且該多特異性分子的其他區域與其他標的結合。例示性多特異性分子包括但不限於雙特異性Fab2、三特異性Fab3、雙特異性scFv、及雙鏈抗體(Holliger and Hudson, Nature Biotechnology 9:1126-36(2005))。
根據本揭露之抗體可以純化形式提供。一般而言,抗體將存在於實質上不含其他多肽之組成物中,例如其中少於90%(按重量計)、通常少於60%、且更通常少於50%之組成物係由其他多肽構成。
在具體實施例中,本揭露之抗體及抗原結合片段可係多特異性的(例如雙特異性、三特異性、四特異性、或類似者),且可如本文中所揭示之以任何多特異性形式提供。在某些具體實施例中,本揭露之抗體及抗原結合片段係多特異性抗體,諸如雙特異性或三特異性抗體。雙特異性抗體的形式係揭示於,例如Spiess等人(Mol. Immunol. 67 (2):95(2015))及Brinkmann and Kontermann(mAbs 9(2): 182-212(2017))中,該等雙特異性形式及製造其之方法係以引用方式併入本文中,且包括,例如雙特異性T細胞接合子(bispecific T cell engager, BiTE)、DART、洞中癤(knob-into-hole, KIH)組裝、scFv-CH3-KIH組裝、KIH共同輕鏈抗體(KIH common light-chain antibody)、TandAbs、三重體、TriBi微型體(TriBi minibody)、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv2、四價HCab、胞內抗體(intrabody)、CrossMab、雙重作用Fab(dual action Fab, DAF)(二合一或四合一)、DutaMab、DT-IgG、電荷配對、Fab臂交換(Fab-arm exchange)、股交換工程改造體(SEEDbody)、三功能抗體(Triomab)、LUZ-Y組裝、Fcab、κλ體、正交Fab、DVD-IgG、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody、及DVI-IgG(四合一)。雙特異性或多特異性抗體可包含本揭露之HBV及/或HDV特異性結合結構域與本揭露之另一種此種結合結構域的組合、或與HBV及/或HDV(例如在相同或不同表位處)特異性結合之不同結合結構域的組合,或與不同抗原特異性結合之結合結構域的組合。
如本文中所使用,術語「疫苗(vaccine)」一般理解為預防性或治療性物質,其提供至少一種抗原或免疫原。抗原或免疫原可衍生自適用於疫苗接種之任何物質。例如,抗原或免疫原可衍生自病源體,諸如來自細菌或病毒粒子等,或來自腫瘤或癌性組織。抗原或免疫原刺激身體的後天免疫系統(adaptive immune system)以提供後天免疫反應。特定而言,「抗原(antigen)」或「免疫原(immunogen)」一般係指可被免疫系統(例如後天免疫系統)辨識、且其能夠觸發抗原特異性免疫反應(例如藉由形成抗體及/或抗原特異性T細胞作為後天免疫系統的一部份)之物質。一般而言,抗原可係或可包含由MHC呈遞至T-cell之肽或蛋白質。
劑量經常以相較於體重之方式表示。因此,表現為[g、mg、或其他單位]/kg(或g、mg等)之劑量通常係指[g、mg、或其他單位]「每kg(或g、mg等)體重」,即使術語「體重(bodyweight)」未明確提及。
如本文中所使用,與術語「HBV」可互換使用之「B型肝炎病毒(hepatitis B virus)」係指屬於肝病毒科(hepadnaviridae family)之熟知的非細胞病變、肝向性DNA病毒。HBV基因組係部分雙股、具有下列四個重疊閱讀框架(其在本文中可稱為「基因」、「開放閱讀框架」、或「轉錄物」)之環狀DNA:C、X、P、及S。核心蛋白質(HBcAg)係由基因C編碼。B型肝炎e抗原(HBeAg)係藉由前核心(pre-C)蛋白質的蛋白水解處理來產生。DNA聚合酶係由基因P所編碼。基因S係編碼表面抗原(HBsAg)之基因。HBsAg基因係一個長的開放閱讀框架,其在框內含有三個「起始」(ATG)密碼子,產生三種不同大小的多肽,稱為大的、中的、及小的S抗原(pre-S1+pre-S2+S、pre-S2+S、或S)。表面抗原除裝飾HBV的包膜以外,亦係次病毒粒子的一部分,該等次病毒粒子與病毒粒子相比呈過量產生,並在免疫耐受性及螯合抗HBsAg抗體中發揮作用。從而允許感染性粒子逃避免疫偵測。由基因X編碼之非結構蛋白的功能並未完全了解,但其在轉錄轉活化及複製中發揮作用,並與肝癌的發展相關。已判定HBV的八個基因型(指定為A至H)並提出額外二個基因型I及J,其各自具有不同地理分布。術語「HBV」包括HBV的任何基因型(A至J)。HBV基因組之參考序列的完整編碼序列可在例如GenBank登錄號GI:21326584及GI:3582357中找到。C、X、P、及S蛋白質之胺基酸序列可在例如NCBI登錄號YP_009173857.1(C蛋白質);YP_009173867.1及BAA32912.1 (X蛋白質);YP_009173866.1及BAA32913.1(P蛋白質);及YP_009173869.1、YP_009173870.1、YP_009173871.1、及BAA32914.1(S蛋白質)中找到。HBV mRNA序列的額外實例可使用公開可得的數據庫輕易取得,例如GenBank、UniProt、及OMIM。可在http://www.hpa-bioinformatics.org.uk/HepSEQ/main.php進入國際B型肝炎病毒菌株數據資料庫(The International Repository for Hepatitis B Virus Strain Data)。如本文中所使用,術語「HBV」亦指HBV基因組的天然存在之DNA序列變異,即,基因型A至J及其變體。
II. HBV蛋白質表現抑制劑及遞送系統
本揭露提供供使用於治療HBV之組合療法的HBV蛋白質表現抑制劑。在一些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑係RNAi劑。如本文中所使用,術語「RNA干擾劑(RNA interference agent)」或「RNAi劑(RNAi agent)」係指含有本文中所定義之術語RNA之劑,且其經由RNA誘導沉默複合物(RNA-induced silencing complex, RISC)途徑介導RNA轉錄物的靶向切割。在一些具體實施例中,本文中所述之RNAi劑影響HBV基因表現的抑制。
在一個態樣中,RNA干擾劑包括單股RNA,其與標的RNA序列交互作用以定向該標的RNA的切割。不希望受限於特定理論,引入至植物及無脊椎動物中之長雙股RNA (dsRNA)係藉由第III型核酸內切酶(已知為切酶(dicer))而斷成siRNA(Sharp, et al., Genes Dev. 15:485 (2001))。切酶,一種核糖核酸酶III樣酶(ribonuclease-III-like enzyme),將dsRNA處理成具有特徵性二個鹼基3’突出段之19至23個鹼基對之短干擾RNA(siRNA)(Bernstein, et al., Nature 409:363(2001))。然後將該siRNA併入至RNA誘導沉默複合物(RISC)中,於此一或多個解旋酶將該siRNA雙股螺旋解開,而使該互補之反義股能夠引導標的之辨識(Nykanen, et al., Cell 107:309(2001))。當結合至適合的標的mRNA時,RISC內之一或多個核酸內切酶會切割該標的以誘發沉默(silencing)(Elbashir, et al, Genes Dev. 15:188 (2001))。因此,在本文中所述之技術的一個態樣中係關於一種單股RNA,其促進RISC複合體的形成以影響標的基因的沉默。
只要其指HBV基因,術語「沉默(silence)」、「抑制其表現(inhibit the expression of)」、「向下調控其表現(down-regulate the expression of)」、「壓制其表現(suppress the expression of)」、及類似者在本文中係指HBV基因表現的至少部分降低,如藉由可自第一細胞或細胞群(其中HBV基因係經轉錄且已用HBV基因表現抑制劑處理使得該HBV基因的表現已被抑制)中單離或偵測到之HBV mRNA量與第二細胞或細胞群(與第一細胞或細胞群實質上同一但未經如此處理)(對照細胞)相比的降低來顯現。抑制程度可藉由例如對照細胞中mRNA表現程度減去處理細胞中mRNA表現程度當中之差異來測量。替代地,抑制程度可以與HBV基因表達功能性聯繫之參數的降低給出,例如,由HBV基因所編碼之蛋白質的量、或展示某些表型之細胞的數目(例如HBV感染表型(諸如HBV感染)、HBV蛋白質表現(諸如B型肝炎表面抗原,HBsAg))、或反映HBV基因表現之細胞基因表現變化(例如Smc5/6表現及定位化)。抑制程度亦可使用經工程改造以表現反映HBV RNA表現之報告基因的細胞來測量。理論上,HBV基因沉默可在表現HBV基因之任何細胞(例如受HBV感染之細胞或經工程改造以表現HBV基因之細胞)中,並藉由任何適當的檢測來測定。
由細胞或細胞群所表現之HBV RNA的水平或循環之HBV RNA的水平可使用所屬技術領域中已知用於評估mRNA表現之任何方法測定,諸如國際申請公開案第WO 2016/077321A1號的實例2及美國專利申請案第US2017/0349900A1號中所提供之rtPCR方法,該等方法以引用方式併入本文中。在一些具體實施例中,樣本中之HBV基因表現水平(例如總HBV RNA、HBV轉錄物例如HBV 3.5 kb轉錄物)係藉由偵測經轉錄之多核苷酸、或其部分(例如HBV基因的RNA)來測定。RNA可使用RNA萃取技術自細胞中萃取,包括例如使用酸酚/胍異硫氰酸酯萃取法(RNAzol B; Biogenesis)、RNeasy RNA製備套組(Qiagen®)、或PAXgene(PreAnalytix, Switzerland)。採用核糖核酸雜交之一般檢測形式包括核轉錄活性檢測法(nuclear run-on assay)、RT-PCR法、RNase保護檢測法(Melton
et al.
,
Nuc. Acids Res
. 12:7035)、北方墨點法、原位雜交法、及微陣列分析法。循環之HBV mRNA可使用在國際申請公開案第WO 2012/177906A1號及美國專利申請案第US2014/0275211A1號中所述之方法測定,該等方法係以引用方式併入本文中。
如本文中所使用,「標的序列(target sequence)」係指在HBV基因的轉錄期間所形成之mRNA分子的核苷酸序列之相鄰部分,包括初級轉錄產物之RNA處理產物的mRNA。序列之標的部分將至少足夠長以作為在該部分處或附近進行RNAi定向切割之受質。例如,標的序列度將通常係9至36個核苷酸長,例如15至30個核苷酸長,包括其間所有子範圍。作為非限制性實例,標的序列可為15至30個核苷酸、15至26個核苷酸、15至23個核苷酸、15至22個核苷酸、15至21個核苷酸、15至20個核苷酸、15至19個核苷酸、15至18個核苷酸、15至17個核苷酸、18至30個核苷酸、18至26個核苷酸、18至23個核苷酸、18至22個核苷酸、18至21個核苷酸、18至20個核苷酸、19至30個核苷酸、19至26個核苷酸、19至23個核苷酸、19至22個核苷酸、19至21個核苷酸、19至20個核苷酸、20至30個核苷酸、20至26個核苷酸、20至25個核苷酸、20至24個核苷酸、20至23個核苷酸、20至22個核苷酸、20至21個核苷酸、21至30個核苷酸、21至26個核苷酸、21至25個核苷酸、21至24個核苷酸、21至23個核苷酸、或21至22個核苷酸。
如本文中所使用,術語「包含序列之股(strand comprising a sequence)」意指包含核苷酸鏈之寡核苷酸,其係藉由使用標準核苷酸命名法指稱之序列來描述。
如本文中所使用,且除非另有指示,術語「互補(complementary)」當用以描述第一核苷酸序列與第二核苷酸序列相關時,係指包含該第一核苷酸序列之寡核苷酸或多核苷酸在某些條件下與包含該第二核苷酸序列之寡核苷酸或多核苷酸雜交並形成雙股螺旋結構的能力,如熟悉本技術領域者所理解。此類條件可例如為嚴格條件,其中嚴格條件可包括:400 mM NaCl、40 mM PIPES pH 6.4、1 mM EDTA、50℃或70℃,持續12至16小時,接著洗滌。可應用其他條件,諸如於生物體內可能發生之生理上相關條件。熟悉本技術領域者將能夠根據該雜交核苷酸的最終應用來判定兩序列的互補性測試之最適當條件的設定。
RNAi劑內之互補序列(例如,如本文中所述之siRNA內)包括在一或二個核苷酸序列的整體長度上,包含第一核苷酸序列之寡核苷酸或多核苷酸與包含第二核苷酸序列之寡核苷酸或多核苷酸的鹼基配對。此類序列在本文中可稱為相對於彼此「完全互補(fully complementary)」。然而,當本文中第一序列相對於第二序列被稱為「實質上互補」時,兩個序列可為完全互補、或彼等可與多達30個鹼基對之雙股螺旋雜交後形成一或多個,但通常不超過5個、4個、3個或2個誤配鹼基對,同時保留在對其最終應用(例如經由RISC路徑之基因表現的抑制)最相關之條件下的雜交能力。然而,當兩個寡核苷酸經設計為在雜交後形成一或多個單股突出段時,對於測定互補性而言,不應認為此類突出段係誤配。例如,包含一個21個核苷酸長之寡核苷酸及另一個23個核苷酸長之寡核苷酸的siRNA,其中,該較長之寡核苷酸包含與該較短之寡核苷酸完全互補之21個核苷酸的序列,對於本文中所述之目的,該siRNA仍可稱為「完全互補」。
如本文中所使用,「互補(complementary)」序列亦可包括、或完全形成自非瓦生克立克(non-Watson-Crick)鹼基對及/或形成自非天然及經修飾之核苷酸的鹼基對,只要滿足以上關於其雜交能力之要求即可。此類非瓦生克立克鹼基對包括但不限於G:U搖擺(G:U Wobble)鹼基配對或胡思町(Hoogstein)鹼基配對。
術語「互補(complementary)」、「完全互補(fully complementary)」、及「實質上互補(substantially Complementary)」在本文中可用於關於siRNA的正義股與反義股之間的鹼基配對、或RNAi劑的反義股與標的序列之間的鹼基配對,由其使用的上下文中將可以理解。
如本文中所使用,與傳訊者RNA(mRNA)的至少部分「實質上互補」之多核苷酸係指與令人感興趣之mRNA(例如編碼HBV蛋白質之mRNA)的一段相鄰部分實質上互補之多核苷酸。例如,若序列係與HBV mRNA的不中斷部分實質上互補,則多核苷酸係與HBV mRNA的至少一部分互補。
a. siRNA
在一些具體實施例中,RNAi劑包含siRNA。如本文中所使用,術語「siRNA」係指包括具有雜交雙股螺旋區域之RNA分子或分子複合體之RNAi,該雜交雙股螺旋區域包含兩個反向平行且實質上互補之核酸股,其將被稱為相對於標的RNA具有「正義」及「反義」方向。雙股螺旋區域可具有允許所欲標的RNA透過RISC路徑的特異性降解之任何長度,但一般範圍為9至36個鹼基對長,例如15至30個鹼基對長。考慮到雙股螺旋在9與36個鹼基對之間,該雙股螺旋可為在此範圍中之任何長度,例如9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、或36個及其間任何子範圍,包括但不限於15至30個鹼基對、15至26個鹼基對、15至23個鹼基對、15至22個鹼基對、15至21個鹼基對、15至20個鹼基對、15至19個鹼基對、15至18個鹼基對、15至17個鹼基對、18至30個鹼基對、18至26個鹼基對、18至23個鹼基對、18至22個鹼基對、18至21個鹼基對、18至20個鹼基對、19至30個鹼基對、19至26個鹼基對、19至23個鹼基對、19至22個鹼基對、19至21個鹼基對、19至20個鹼基對、20至30個鹼基對、20至26個鹼基對、20至25個鹼基對、20至24個鹼基對、20至23個鹼基對、20至22個鹼基對、20至21個鹼基對、21至30個鹼基對、21至26個鹼基對、21至25個鹼基對、21至24個鹼基對、21至23個鹼基對、及21至22個鹼基對。在細胞中藉由用切酶及類似酶處理所產生之siRNA通常係在19至22個鹼基對長的範圍內。術語「雙股RNA (double-stranded RNA)」或「dsRNA」在本文中亦同義地用於指如上述之siRNA。
siRNA之雙股螺旋區域的一股包含與標的RNA的區域實質上互補之序列。形成雙股螺旋結構之兩股可為來自具有至少一個自身互補區域之單一RNA分子,或可形成自二或更多個不同的RNA分子。當雙股螺旋區域係形成自單一分子的二股時,該分子可具有被單股核苷酸鏈(本文中稱為「髮夾環(hairpin loop)」)所隔開之雙股螺旋區域,該單股核苷酸鏈在一股的3’端與形成雙股螺旋結構之相應另一股的5’端之間。髮夾環可包含至少一個未配對核苷酸;在一些具體實施例中,髮夾環可包含至少3個、至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個、至少20個、至少23個、或更多個未配對核苷酸。當siRNA的二條實質上互補之股係由不同RNA分子組成時,彼等分子不需要,但可為共價連接。當該等二股係以除髮夾環以外之方式共價連接時,該連接結構被稱為「連接子(linker)」。
術語「反義股(antisense strand)」或「引導股(guide strand)」係指RNAi劑(例如siRNA)的股,其包括與標的序列實質上互補之區域。如本文中所使用,術語「互補性區域(region of complementarity)」係指在反義股上與如本文中所定義之序列(例如標的序列)實質上互補之區域。當互補性區域與標的序列不完全互補時,錯配可在分子的內部區域或末端區域中。
通常,最可容忍的錯配係位於末端區域中,例如在5’端及/或3’端的5、4、3、或2個核苷酸內。
如本文中所使用,「正義股(sense strand)」或「過客股(passenger strand)」係指RNAi的股,其包括與反義股(如該術語在本文中所定義)的區域實質上互補之區域。
在另一態樣中,劑係單股反義RNA分子。該反義RNA分子可具有與標的互補之15至30個核苷酸。例如,該反義RNA分子可具有來自本文中所揭示之反義序列中之一者至少15、16、17、18、19、20、21、或更多個相鄰核苷酸的序列。
熟習本領域技藝者應了解,術語「RNA分子(RNA molecule)」或「核糖核酸分子(ribonucleic acid molecule)」不僅涵蓋在天然界中表現或發現之RNA分子,亦涵蓋RNA的類似物及衍生物,其包含一或多種如本文中所述或如所屬技術領域中已知的核糖核苷酸/核糖核苷類似物或衍生物。嚴格來說,「核糖核苷(ribonucleoside)」包括核苷鹼基及核糖(ribose sugar),而「核糖核苷酸(ribonucleotide)」係具有一個、二個、或三個磷酸酯部分之核糖核苷。然而,術語「核糖核苷(ribonucleoside)」及「核糖核苷酸(ribonucleotide)」如本文中所使用可被認為係相等的。可在核鹼基結構中或在核糖磷酸酯主鏈結構中修飾RNA,例如下文更詳細之描述。然而,包含核糖核苷類似物或衍生物之siRNA分子保留形成雙股螺旋之能力。作為非限制性實例,RNA分子亦可包括至少一個經修飾之核糖核苷,包括但不限於2’-O-甲基修飾之核苷、包含5’硫代磷酸酯基團之核苷、連接至膽固醇基衍生物或十二酸雙癸醯胺基團之末端核苷、鎖核苷(locked nucleoside)、無鹼基核苷(abasic nucleoside)、2’-去氧-2’-氟修飾之核苷、2’-胺基修飾之核苷、2’-烷基修飾之核苷、N-嗎啉基核苷、磷醯胺酸酯(phosphoramidate)、或包含核苷之非天然鹼基、或其任何組合。替代地,RNA分子可包含至少兩個經修飾之核糖核苷、至少3個、至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個、至少15個、至少20個、或更多個、直到該siRNA分子的整個長度。對於RNA分子中此類複數個經修飾之核糖核苷之各者而言,修飾不需是相同的。在一些具體實施例中,考慮供使用於本文中所述之方法及組成物中的經修飾之RNA係肽核酸(peptide nucleic acid, PNA),其具有形成所需雙螺旋結構之能力且其允許或介導標的RNA經由RISC路徑的特異性降解。
在一些具體實施例中,經修飾之核糖核苷包括去氧核糖核苷。例如,RNAi劑可包含一或多個去氧核糖核苷,包括例如(一或多個)去氧核糖核苷突出段、或在siRNA的雙股部分內之一或多個去氧核糖核苷。然而,如本文中所使用,術語「RNAi劑(RNAi agent)」不包括完全DNA分子。
如本文中所使用,術語「核苷酸突出段(nucleotide overhang)」係指從RNAi劑(例如siRNA)的雙股螺旋結構凸出之至少一個未配對的核苷酸。例如,當siRNA中的一股的3’端延伸超過另一股的5’端時(或反之亦然)時,則存在核苷酸突出段。siRNA可包含至少一個核苷酸的突出段,替代地該突出段可包含至少兩個核苷酸、至少三個核苷酸、至少四個核苷酸、至少五個核苷酸、或更多個。核苷酸突出段可包含核苷酸/核苷類似物或由其所組成,該核苷酸/核苷類似物包括去氧核苷酸/核苷。(一或多個)突出段可位於正義股、反義股、或其任何組合上。再者,突出段的(一或多個)核苷酸可存在於siRNA的反義股或正義股的5’端、3’端、或兩端上。
在一些具體實施例中,siRNA的反義股在3’端及/或5’端處具有1至10個核苷酸之突出段。在一些具體實施例中,siRNA的正義股在3’端及/或5’端處具有1至10個核苷酸之突出段。在一些具體實施例中,突出段中之一或多個核苷酸經核苷硫代磷酸酯置換。
在一些具體實施例中,siRNA的至少一端具有1至4個單股核苷酸之突出段,通常為1或2個核苷酸。具有至少一個核苷酸之突出段的siRNA相對於其鈍端對應物可具有意外傑出之抑制性質。
如本文中參照siRNA所使用,術語「鈍端(blunt)」或「鈍端化(blunt ended)」意指在siRNA的給定端末無未配對之核苷酸或核苷酸類似物,即無核苷酸突出段。siRNA的一端或二端可為鈍端。當siRNA的兩端皆係鈍端時,則該siRNA被稱為「鈍端化」。「鈍端化」siRNA係在二端皆係鈍端之siRNA,即在該分子的任一端均無核苷酸突出段。最常見的是此種分子在其整體長度上將皆為雙股。
在某些具體實施例中,本文中所述之組合療法包括一或多種抑制HBV基因的表現之RNAi劑。在一些具體實施例中,將包括短干擾核糖核酸(short interfering ribonucleic acid, siRNA)之RNAi劑用於抑制哺乳動物之HBV基因的表現(例如受HBV感染之人類),其中該siRNA包括具有互補性區域之反義股,該互補性區域與HBV基因表現中所形成之mRNA的至少一部分互補,且其中該互補性區域係30個核苷酸長或更少,通常為19至24個核苷酸長,且如藉由例如PCR或基於分支鏈DNA(bDNA)之方法、或藉由基於蛋白質之方法諸如藉由西方墨點法來檢測,當該siRNA與表現該HBV基因之細胞接觸後,抑制該HBV基因的表現至少10%。HBV基因在細胞培養物中的表現或作為HBV基因表現替代物(
例如
Smc5/6)之細胞基因的表現(諸如在COS細胞中、HeLa細胞中、初代肝細胞中、HepG2細胞中、初代培養之細胞中、或來自個體之生化樣本中)可藉由測量HBV mRNA 水平(諸如藉由bDNA或TaqMan檢測法)或藉由測量蛋白質水平(諸如藉由免疫螢光分析法,使用例如西方墨點法或流式細胞術)來檢測。
siRNA包括二股RNA股,該等二股係互補且在使用該siRNA之條件下雜交以形成雙股螺旋結構。siRNA的一股(反義股)包括互補性區域,該區域係與標的序列實質上互補,且通常為完全互補。標的序列可衍生自在HBV基因的表現期間所形成之mRNA的序列。另一股(正義股)包括與該反義股互補之區域,使得當在適合的條件下合併該兩股時,兩股雜交並形成雙股螺旋結構。通常,雙股螺旋結構係在15與30個之間(包括端值)、更通常在18與25個之間(包括端值)、又更通常在19與24個之間(包括端值)、且最通常在19與21個鹼基對長之間(包括端值)。同樣地,標的序列之互補性區域係在15與30個之間(包括端值)、更通常在18與25個之間(包括端值)、又更通常在19與24個之間(包括端值)、且最通常在19與21個核苷酸長之間(包括端值)。在一些具體實施例中,siRNA係在15與20個核苷酸長之間(包括端值),且在其他具體實施例中,siRNA係在25與30個核苷酸長之間(包括端值)。如具有該技藝通常知識者應了解,靶向切割之RNA的靶向區域最常見係較大RNA分子(經常為mRNA分子)的一部分。相關地,mRNA標的之「一部分(part)」係具有足夠長度以成為用於RNAi定向切割(即經過RISC路徑之切割)之受質的mRNA標的之相鄰序列。在一些情況下,具有短至9個鹼基對之雙股螺旋的siRNA可介導RNAi定向之RNA切割。最常見的標的將係至少15個核苷酸長。在某些具體實施例中,標的係15至30個核苷酸長。
熟識該技藝者亦應了解的是,該雙股螺旋區域係siRNA的主要功能性部分,例如9至36個(例如15至30個)鹼基對的雙股螺旋區域。因此,在一些具體實施例中,為了達到經處理成靶向所欲RNA切割的功能性雙股螺旋(例如15至30個鹼基對)之程度,所以具有大於30個鹼基對之雙股螺旋區域的RNA分子或RNA分子之複合物係siRNA。因此,那時,具有該技藝通常知識者應了解到在一些具體實施例中,miRNA係siRNA。在一些其他具體實施例中,siRNA係非天然存在之miRNA。在一些具體實施例中,可用於靶向HBV基因的表現之RNAi劑不是在標的細胞中藉由切割較大雙股RNA來產生。
本文中所述之siRNA可藉由所屬技術領域中已知的標準方法合成,例如藉由使用自動DNA合成儀,諸如可自例如Biosearch, Applied Biosystems, Inc商購者。
在一些具體實施例中,RNAi劑包含靶向且抑制HBV mRNA表現之siRNA。在一些具體實施例中,RNAi包含靶向且抑制由根據NCBI參考序列NC_003977.2(GenBank登錄號GI:21326584)(SEQ ID NO:1)之HBV基因組所編碼之mRNA的表現之siRNA。HBV基因組的轉錄產生多順反子、重複的RNA,因此,在一些具體實施例中,靶向單一HBV基因之組合療法的siRNA可導致大多數或所有HBV轉錄物表現的顯著抑制。在一些具體實施例中,siRNA的mRNA標的可係由下列基因所編碼之mRNA:P基因,NC_003977.1的核苷酸2309至3182及1至1625;S基因(編碼L、M、及S蛋白質),NC_003977的核苷酸2850至3182及1至837;X基因,NC_003977的核苷酸1376至1840;及/或C基因,NC_003977的核苷酸1816至2454。
在一些具體實施例中,siRNA靶向且抑制由HBV的X基因所編碼之mRNA的表現。在一些具體實施例中,RNAi劑或siRNA靶向由HBV基因組的一部分所編碼之mRNA,該HBV基因組包含序列GTGTGCACTTCGCTTCAC (SEQ ID NO:2),其對應於NC_003977.2(GenBank登錄號GI:21326584)(SEQ ID NO:1)的核苷酸1579至1597。
在又進一步具體實施例中,siRNA具有包含5’-GUGUGCACUUCGCUUCACA-3’(SEQ ID NO:3)之正義股及包含5’-UGUGAAGCGAAGUGCACACUU-3’(SEQ ID NO:4)之反義股。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含含有正義股及反義股之siRNA,其中該正義股包含SEQ ID NO:3、或與SEQ ID NO:3差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸的序列;且其中該反義股包含SEQ ID NO:4、或與SEQ ID NO:4差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸之序列。
在一個態樣中,siRNA將包括至少二個核苷酸序列,正義及反義序列,藉此:正義序列包含SEQ ID NO:3,且對應之反義序列包含SEQ ID NO:4。在此態樣中,兩個序列中之一者係與該等兩個序列中之另一者互補,且該序列中之一者係與HBV基因表現中所產生之mRNA的序列實質上互補。因此,在此態樣中,siRNA將包括兩個寡核苷酸,其中一個寡核苷酸係描述為正義股,而第二個寡核苷酸係描述為該正義股的對應反義股。如本文中他處所述及所屬技術領域中已知,與位在分開之寡核苷酸上相反,siRNA的互補序列亦可含有作為單一核酸分子的自身互補區域。
在又進一步具體實施例中,siRNA具有包含5’-GGUGGACUUCUCUCAAUUUUA-3’(SEQ ID NO:106)之正義股及包含5’-UAAAAUUGAGAGAAGUCCACCAC-3’(SEQ ID NO:107)之反義股。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含含有正義股及反義股之siRNA,其中該正義股包含SEQ ID NO:106、或與SEQ ID NO:106差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸的序列;且其中該反義股包含SEQ ID NO:107、或與SEQ ID NO:107差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸的序列。
在一個態樣中,siRNA將包括至少二個核苷酸序列,正義及反義序列,藉此:正義序列包含SEQ ID NO:106,且對應之反義序列包含SEQ ID NO:107。在此態樣中,兩個序列中之一者係與該等兩個序列中之另一者互補,且該序列中之一者係與HBV基因表現中所產生之mRNA的序列實質上互補。因此,在此態樣中,siRNA將包括兩個寡核苷酸,其中一個寡核苷酸係描述為正義股,而第二個寡核苷酸係描述為正義股的對應反義股。如本文中他處所述及所屬技術領域中已知,與位分開之寡核苷酸上相反,siRNA的互補序列亦可含有作為單一核酸分子的自身互補區域。
熟悉本技術領域者應了解,具有在約20與23個之間,但特別是21個的鹼基對之雙股螺旋結構的siRNA已被譽為在誘發RNA干擾中特別有效(Elbashir, et al., EMBO 20: 6877-88(2001))。然而,其他人已發現較短或較長之RNA雙股螺旋結構亦可為有效的。在上述之具體實施例中,本文中所述之siRNA可包括至少一個長度最短為21個核苷酸的股。在一些具體實施例中,具有SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:106、或SEQ ID NO:107中之一個序列,在一端或兩端上僅減去幾個核苷酸之較短雙股螺旋如與上述siRNA相比係類似地有效。因此,siRNAs具有來自SEQ ID NO:3及SEQ ID NO:4中之一或二者至少15、16、17、18、19、20、或更多個相鄰核苷酸的部分序列,且根據本文中所述之技術,預期其抑制HBV基因表現之能力與包含全長序列之siRNA的抑制差異不超過5、10、15、20、25、或30%。亦在本揭露內的是具有來自SEQ ID NO:106及SEQ ID NO:107中之一或二者的至少15、16、17、18、19、20個、或更多個相鄰核苷酸的部分序列之siRNA,且根據本文中所述之技術,預期其抑制HBV基因表現之能力與包含全長序列之siRNA的抑制差異不超過5、10、15、20、25、或30%。
此外,本文中提供之siRNA鑑別出在HBV基因轉錄物中易受RISC介導之切割影響的位點。就此,本文中所述之技術進一步表徵靶向此類序列中之一者內的RNAi劑。如本文中所使用,若RNAi促進轉錄物在特定位點內任何地方的切割,則稱RNAi劑靶向RNA轉錄物內的特定位點。在一些具體實施例中,RNAi劑包括來自SEQ ID NO:3及SEQ ID NO:4的序列中之一或二者至少15個相鄰核苷酸,該相鄰核苷酸與自HBV基因中之所選序列相鄰的區域取得之額外核苷酸序列偶合。在一些具體實施例中,RNAi劑包括來自SEQ ID NO:106及SEQ ID NO:107的序列中之一或二者至少15個相鄰核苷酸,該相鄰核苷酸與HBV基因中所選序列之相鄰的區域所取得之額外核苷酸序列偶合。
儘管標的序列通常係15至30個核苷酸長,但是在此範圍內之特定序列對定向切割任何給定標的RNA的適用性存在廣泛變異。本文中列出不同套裝軟體及指導原則提供針對任何給定基因標的鑑別最佳標的序列的指導,但亦可採用經驗方法,其中將給定大小(作為非限制性實例,21個核苷酸)的「視窗」或「罩」被照字面地或象徵性地(包括例如,電腦模擬)放置於標的RNA序列上,以鑑別可作為標的序列之大小範圍內的序列。藉由沿初始標的序列位置的上游或下游逐步地移動該序列「視窗」一個核苷酸,可以鑑定到下一個潛在標的序列,直到針對所選擇之任何給定標的大小被鑑別出可能序列的全套為止。此過程,再加上所鑑別序列的系統性合成及測試(使用如本文中所述或如所屬技術領域中已知之檢測)以鑑別出最佳執行之彼等序列,可鑑別出當用RNAi劑靶向時介導標的基因表現的最佳抑制之彼等RNA序列。預期的是,抑制效率的進一步最佳化可藉由沿給定序列的上游或下游逐步地「視窗步移」一個核苷酸以鑑別出具有相等或更好抑制特性之序列來達成。
此外,預期的是,對於鑑別之任何序列(例如SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:106、或SEQ ID NO:107)可藉由系統地添加或移除核苷酸以產生更長或更短之序列,並測試藉由從這點開始沿標靶RNA上或下步移該更長或更短序列視窗所產生之彼等序列,以達成進一步最佳化。再次,將此方法與產生之新候選標的聯結,且在如所屬技術領域中已知或如本文中所述之抑制檢測中基於彼等標的序列進行RNAi劑的有效性測試,可導致進一步改善抑制的效率。又進一步,此類最佳化之序列可藉由例如引入如本文中所述或如所屬技術領域中已知的經修飾之核苷酸、添加或改變突出端、或如所屬技術領域中已知及/或本文中所討論之其他修飾來調整,以進一步最佳化作為表現抑制劑之該分子(例如增加血清穩定性或循環之半衰期、增加熱穩定性、增強跨膜遞送、靶向特定位置或細胞類型、增加與沉默路徑酶之交互作用、增加自胞內體之釋出等)。
如本文中所述之RNAi劑可含有一或多個與標的序列之錯配。在一些具體實施例中,如本文中所述之RNAi劑含有不超過3個錯配。在一些具體實施例中,若RNAi劑的反義股含有與標的序列之錯配,則該錯配區不會位於互補性區域的中心。在特定具體實施例中,若RNAi劑的反義股含有與標的序列之錯配,則該錯配被局限於在距互補性區域的5’或3’端之最末5個核苷酸內。例如,對於與HBV基因的一區域互補之23個核苷酸RNAi劑的RNA股而言,RNA股在中央13個核苷酸內不可含有任何錯配。可使用本文中所述之方法或所屬技術領域中已知之方法判定含有與標的序列錯配的RNAi劑是否有效抑制HBV基因表現。考量具有錯配之RNAi劑在抑制HBV基因之表現中的功效係重要的,尤其是若已知在HBV基因中之特定的互補性區域具有多形態序列變異時。
b.化學修飾之RNAi劑
在一些具體實施例中,RNAi劑(例如siRNA)的RNA經化學修飾以增強穩定性或其他有益特性。在本文所述技術中表徵之核酸可藉由所屬技術領域中充分建立之方法合成及/或修飾,諸如在"Current protocols in nucleic acid chemistry,”Beaucage, S.L., et al.(Edrs.), John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA中所述者,該方法以引用方式併入本文中。
修飾包括,例如(a)端修飾(end modification),例如5’端修飾(磷酸化、共軛、倒位鍵聯等)、3’端修飾(共軛、DNA核苷酸、倒位鍵聯等);(b)鹼基修飾,例如置換為穩定化之鹼基、去穩定化之鹼基、或與擴充的配偶物庫(repertoire of partner)進行鹼基配對之鹼基、移除的鹼基(無鹼基核苷酸)、或共軛之鹼基;(c)糖修飾(例如位於2’位置或4’位置)或糖的置換、以及(d)主鏈修飾,包括磷酸二酯鍵聯的修飾或置換。可用於本文中所述具體實施例之RNA化合物的具體實例包括但不限於含有經修飾之主鏈或沒有天然核苷酸間鍵聯之RNA。具有經修飾之主鏈之RNA尤其包括主鏈中不具有磷原子者。對於本說明書之目的,且如有時所屬技術領域中提及,亦可將在其核苷間主鏈中不具有磷原子之經修飾之RNA視為寡核苷。在特定具體實施例中,經修飾之RNA將在其核苷間主鏈中具有磷原子。
給定化合物中所有位置並不需一律經修飾,且事實上,可在單一化合物中或甚至在RNAi劑內之單一核苷處將超過一種前述之修飾併入。本文中所述之技術亦包括為嵌合化合物之RNAi劑化合物。在本揭露之背景下,「嵌合(chimeric)」RNAi劑化合物或「嵌合體(chimeras)」係RNAi劑化合物,諸如siRNA,其含有二或更多個化學上不同之區域,每個由至少一個單體單元構成,即在siRNA化合物之情況下之核苷酸)。此等RNAi劑一般含有至少一個區域,其中該RNA係經修飾以授予該iRNA劑增加之核酸酶降解抗性、增加之細胞攝取、及/或增加之標的核酸結合親和力。RNAi劑的額外區域可作為能夠切割RNA:DNA或RNA:RNA雜種(hybrids)之酶的基質。舉例而言,RNase H係一種細胞核酸內切酶,其切割RNA:DNA雙股螺旋的RNA股。Rnase H的活化,因而導致該RNA標的的切割,從而大幅增強RNAi劑抑制基因表現的效率。所以,與雜交至相同標的區域之硫代磷酸酯去氧siRNA相比,當使用嵌合siRNA時,用更短之RNAi劑經常可獲得可相比的結果。RNA標的的切割可藉由凝膠電泳法及(如有需求)所屬技術領域中已知之相關核酸雜交技術常規地偵測。
經修飾之RNA主鏈包括,例如具有正常3’至5’鍵聯之硫代磷酸酯、掌性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、胺基烷基磷酸三酯、甲基及其他烷基膦酸酯(包括3’-伸烷基膦酸酯及掌性膦酸酯)、亞磷酸酯(phosphinate)、磷醯胺酸酯(包括3’-胺基磷醯胺酸酯及胺基烷基磷醯胺酸酯)、硫代磷醯胺酸酯、硫代烷基膦酸酯(thionoalkylphosphonate)、硫代烷基磷酸三酯、及硼烷磷酸酯、此等酯的2’-5’連接之類似物、及具有反極性(inverted polarity)之彼等酯,其中核苷酸單元的相鄰對係連接3’-5’至5’-3’或2’-5’至5’-2’。亦包括各種鹽、混合鹽、及游離酸形式。
教示製備上述含磷鍵聯的代表性美國專利案,包括但不限於,美國專利案第3,687,808;4,469,863;4,476,301;5,023,243;5,177,195;5,188,897;5,264,423;5,276,019;5,278,302;5,286,717;5,321,131;5,399,676;5,405,939;5,453,496;5,455,233;5,466,677;5,476,925;5,519,126;5,536,821;5,541,316;5,550,111;5,563,253;5,571,799;5,587,361;5,625,050;6,028,188;6,124,445;6,160,109;6,169,170;6,172,209;6,239,265;6,277,603;6,326,199;6,346,614;6,444,423;6,531,590;6,534,639;6,608,035;6,683,167;6,858,715;6,867,294;6,878,805;7,015,315;7,041,816;7,273,933;7,321,029號;及美國專利案RE39464;該等專利之各者特此以引用方式併入本文中。
不包括磷原子之經修飾之RNA主鏈,於其中具有藉由短鏈烷基或環烷基之核苷間鍵聯、混合雜原子及烷基或環烷基之核苷間鍵聯、或一或多個短鏈雜原子或雜環之核苷間鍵聯所形成之主鏈。此等包括具有N-嗎啉基鍵聯(部分由核苷的糖部分形成);矽氧烷主鏈;硫化物、亞碸、及碸主鏈;甲醯基(formacetyl)及硫甲醯基(thioformacetyl)主鏈;亞甲基甲醯基及硫甲醯基主鏈;含伸烷基之主鏈;胺基磺酸酯主鏈;亞甲基亞胺基及亞甲基肼基(methylenehydrazino)主鏈;磺酸酯及磺醯胺主鏈;醯胺主鏈;及其他具有混合氮、氧、硫、及CH2組分部分之主鏈。
教示製備上述寡核苷的代表性美國專利案,包括但不限於,美國專利案第5,034,506;5,166,315;5,185,444;5,214,134;5,216,141;5,235,033;5,64,562;5,264,564;5,405,938;5,434,257;5,466,677;5,470,967;5,489,677;5,541,307;5,561,225;5,596,086;5,602,240;5,608,046;5,610,289;5,618,704;5,623,070;5,663,312;5,633,360;5,677,437;及5,677,439號;該等專利之各者特此以引用方式併入本文中以用於與此類製備方法有關之教示。
在其他具體實施例中,適合之RNA擬似物被考慮用於RNAi劑中,其中該核苷酸單元的糖及核苷間鍵聯(即主鏈)二者經新穎基團置換。該等鹼基單元被保持以供與適當核酸標的化合物雜交。一個此種寡聚物,已顯示為具有優異雜交特性之RNA擬似物,被稱為肽核酸(PNA)。在PNA化合物中,RNA的糖主鏈經含醯胺之主鏈置換,特定而言,係胺基乙基甘胺酸主鏈。核酸鹼基被保留並直接地或間接地與該主鏈之醯胺部分的氮雜氮原子鍵結。教示製備PNA化合物的代表性美國專利,包括但不限於,美國專利案第5,539,082;5,714,331;及5,719,262號;其各自以引用方式併入本文中以用於與此類製備方法有關之教示。PNA化合物的進一步教示可在,例如Nielsen等人(Science, 254: 1497-1500(1991))中找到。
在本文所述技術中表徵之一些具體實施例,包括具有硫代磷酸酯主鏈之RNA及具有雜原子主鏈之寡核苷,且該主鏈特定而言係美國專利案第5,489,677號的之-CH
2
-NH-CH
2
-、 -CH
2
-N(CH
3
)-O-CH
2
-[已知為亞甲基(甲基亞胺基)或MMI主鏈]、-CH
2
-O-N(CH
3
)-CH
2
-、-CH
2
-N(CH
3
)-N(CH
3
)-CH
2
-、及 -N(CH
3
)-CH
2
-CH
2
-[其中天然磷酸二酯主鏈表示為-O-P-O-CH
2
-];及美國專利案第5,602,240號中的醯胺主鏈。在一些具體實施例中,本文中表徵之RNA具有美國專利案第5,034,506號中之N-嗎啉基主鏈結構。
經修飾之RNA亦可含有一或多個經取代之糖部分。本文中表徵之RNAi劑(例如siRNA)可在2’位置處包括下列中之一者:OH;F;O-、S-、或N-烷基;O-、S-、或N-烯基;O-、S-、或N-炔基;或O-烷基-O-烷基;其中該烷基、烯基、及炔基可為經取代或不經取代之C
1
至C
10
烷基或C
2
至C
10
烯基及炔基。例示性適合之修飾包括O[(CH
2
)
n
O]
m
CH
3
、 O(CH
2
).
n
OCH
3
、O(CH
2
)
n
NH
2
、O(CH
2
)
n
CH
3
、O(CH
2
)
n
ONH
2
、及O(CH
2
)
n
ON[(CH
2
)
n
CH
3
)]
2
,其中n及m係自1至約10。在其他具體實施例中,siRNA在2’位置處包括下列中之一者:C
1
至C
10
低級烷基、經取代之低級烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH
3
、OCN、CI、Br、CN、CF
3
、OCF
3
、SOCH
3
、SO
2
CH
3
、ONO
2
、NO
2
、N
3
、NH
2
、雜環烷基、雜環烷芳基、胺基烷基胺基、聚烷基胺基、經取代之矽基、RNA切割基團、報導子基團、嵌入劑、改善RNAi劑的藥物動力學特性之基團、或改善RNAi劑的藥效動力學特性之基團、及其他具有類似性質之取代基。在一些具體實施例中,修飾包括2’-甲氧基乙氧基(2’-O-CH
2
CH
2
OCH
3
,亦已知為2’-O-(2-甲氧基乙基)或2’-MOE(Martin, et al., Helv. Chim. Acta 78:486-504 (1995)),即烷氧基-烷氧基。另一例示性修飾係2’-二甲基胺基氧基乙氧基,即O(CH
2
)
2
ON(CH
3
)
2
基團,亦已知為2’-DMAOE、及2’-二甲基胺基乙氧基乙氧基(所屬技術領域中亦已知為2
*
-O-二甲基胺基乙氧基乙基或2
*
-DMAEOE),即2
*
-O-CH
2
-O-CH
2
-N(CH
2
)
2
。
其他例示性修飾包括2’-甲氧基(2’-OCH
3
)、2’-胺基丙氧基(2-OCH
2
CH
2
CH
2
NH
2
)、及2’-氟(2’-F)。亦可在RNAi劑的RNA上之其他位置處製作類似之修飾,特別是在3’末端核苷酸之糖或2’-5’連接siRNA中的3’位置及在5’末端核苷酸的5’位置。RNAi劑亦可具有糖擬似物,諸如環丁基部分代替呋喃戊糖基糖(pentofuranosyl sugar)。
教示製備此種經修飾之糖結構的代表性美國專利案,包括但不限於,美國專利案第4,981,957;5,118,800;5,319,080;5,359,044;5,393,878;5,446,137;5,466,786;5,514,785;5,519,134;5,567,811;5,576,427;5,591,722;5,597,909;5,610,300;5,627,053;5,639,873;5,646,265;5,658,873;5,670,633;及5,700,920號;其各自以引用方式併入本文中以用於與此類製備方法有關之教示。
RNAi劑亦可包括核酸鹼基(在所屬技術領域中經常簡稱為「鹼基」)修飾或取代。如本文中所使用,「未經修飾(unmodified)」或「天然(natural)」核酸鹼基包括嘌呤鹼基:腺嘌呤(A)及鳥糞嘌呤(G),及嘧啶鹼基:胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、及尿嘧啶(U)。經修飾之核酸鹼基包括其他合成及天然核酸鹼基,諸如5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羥基甲基胞嘧啶、黃嘌呤(xanthine)、次黃嘌呤(hypoxanthine)、2-胺基腺嘌呤、腺嘌呤及鳥糞嘌呤的6-甲基及其他烷基衍生物、腺嘌呤及鳥糞嘌呤的2-丙基及其他烷基衍生物、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶及2-硫胞嘧啶、5-鹵素尿嘧啶及5-鹵素胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶及5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶及6-偶氮胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(偽尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、經8-鹵素、8-胺基、8-硫醇基、8-硫烷基、8-羥基及其他8-取代之腺嘌呤及鳥糞嘌呤、5-鹵素、特別是經5-溴、5-三氟甲基、及其他5-取代之尿嘧啶及胞嘧啶、7-甲基鳥糞嘌呤及7-甲基腺嘌呤、8-氮雜鳥糞嘌呤及8-氮雜腺嘌呤、7-去氮雜鳥糞嘌呤及7-去氮雜腺嘌呤、及3-去氮雜鳥糞嘌呤及3-去氮雜腺嘌呤。進一步核酸鹼基包括在美國專利案第3,687,808號中揭示者、於Modified Nucleosides in Biochemistry, Biotechnology and Medicine(Herdewijn, P. ed. Wiley-VCH,(2008))中揭示者;在The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering(pages 858-859, Kroschwitz, J. L, ed. John Wiley & Sons(1990))中揭示者、由Englisch et al.(Angewandte Chemie, International Edition, 30, 613 (1991))所揭示者、及由Sanghvi, Y S.(Chapter 15, dsRNA Research and Applications, pages 289-302, Crooke, S. T. and Lebleu, B., Ed., CRC Press(1993))所揭示者。此等核酸鹼基的某些係特別適用於增加本文所述技術中表徵之寡聚化合物的結合親和力。此等包括5-取代之嘧啶、6-氮雜嘧啶及N-2、N-6、及O-6取代之嘌呤,包括2-胺基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶、及5-丙炔基胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶取代已顯示使核酸雙股螺旋穩定性增加0.6至1.2℃(Sanghvi, Y. S., Crooke, S. T. and Lebleu, B., Eds., dsRNA Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, pp. 276-278 (1993))且係例示性的鹼基取代,甚至特別的是當與2’-O-甲氧基乙基糖修飾組合時。
教示製備上述記載的某些經修飾之核酸鹼基以及其他經修飾之核酸鹼基的代表性美國專利案,包括但不限於美國專利案第3,687,808號;美國專利案第4,845,205;5,130,30;5,134,066;5,175,273;5,367,066;5,432,272;5,457,187;5,459,255;5,484,908;5,502,177;5,525,711;5,552,540;5,587,469;5,594,121;5,596,091;5,614,617;5,681,941;5,750,692;6,015,886;6,147,200;6,166,197;6,222,025;6,235,887;6,380,368;6,528,640;6,639,062;6,617,438;7,045,610;7,427,672;及7,495,088號;其各自以引用方式併入本文中以用於與此類製備方法有關之教示。
RNAi劑的RNA亦可經修飾以包括一或多個鎖核酸(LNA)。鎖核酸係具有經修飾之核糖部分的核苷酸,其中該核糖部分包含連接該2’碳及4’碳之額外橋。此結構有效地將該核糖「鎖定」在3’內(3’-endo)結構構型中。向siRNA添加鎖核酸已顯示增加siRNA在血清中之穩定性並減少脫靶效應(off-target effect)(Elmen, J., et al., Nucleic Acids Research 33(l):439-47(2005); Mook, O.R., et al., Mol Cane Ther 6(3):833-43(2007); Grunweller, A., et al, Nucleic Acids Research 31(12): 3185-93(2003))。
教示製備鎖核酸核苷酸的代表性美國專利案,包括但不限於,如下:美國專利案第6,268,490;6,670,461;6,794,499;6,998,484;7,053,207;7,084,125;及7,399,845號;其各自以引用方式併入本文中以用於與此類製備方法有關之教示。
在某些具體實施例中,組合療法包括經修飾以包括一或多個腺苷-二醇核酸(glycol nucleic acid,「GNA」)之siRNA。腺苷-GNA的說明可在,例如Zhang等人(JACS 127 (12):4174-75(2005))中找到。
在一些具體實施例中,本揭露提供方法及相關組成物,其中RNAi係包含寡核苷酸序列之siRNA,該寡核苷酸序列具有一或多個經修飾之核苷酸。表1中提供如本文中所使用之經修飾之核酸序列中核苷酸單體的縮寫。
在一些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含siRNA,其中該siRNA具有包含5’-gsusguGfcAfCfUfucgcuucacaL96 -3’(SEQ ID NO:5)之正義股及包含5’-usGfsugaAfgCfGfaaguGfcAfcacsusu-3’(SEQ ID NO:6)之反義股。
在又進一步具體實施例中,siRNA具有包含5’-gsusguGfcAfCfUfucgcuucacaL96-3’(SEQ ID NO:7)之正義股及包含5’-usGfsuga(Agn)gCfGfaaguGfcAfcacsusu-3’(SEQ ID NO:8)之反義股。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含含有正義股及反義股之siRNA,其中該正義股包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7、或分別與SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸的序列。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含含有正義股及反義股之siRNA,其中該反義股包含SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:8、或分別與SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:8差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸的序列。
在一些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含siRNA,其中該siRNA具有包含5’-gsgsuggaCfuUfCfUfcucaAfUfuuuaL96-3’(SEQ ID NO:108)之正義股及包含5’-usAfsaaaUfuGfAfgagaAfgUfccaccsasc-3’(SEQ ID NO:109)之反義股。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑包含含有正義股及反義股之siRNA,其中該正義股包含SEQ ID NO:108、或與SEQ ID NO:108差異不超過4個、不超過3個、不超過2個、或不超過1個核苷酸的序列;
c.配體共軛之RNAi劑
在一些具體實施例中,RNAi劑包括涉及將RNA與增強RNAi劑的活性、細胞分佈、或細胞攝取之一或多個配體、部分、或共軛物化學連接之修飾。此類部分包括但不限於脂質部分,諸如膽固醇部分(Letsinger, et al., Proc. Natl. Acid. Sci. USA 86:6553-56(1989))、膽酸(Manoharan, et al., Biorg. Med. Chem. Let. 4:1053-60(1994))、硫醚,例如綠寶石-S-三苯甲基硫醇(beryl-S-tritylthiol)(Manoharan, et al., Ann. N.Y. Acad.Sci. 660:306-9(1992); Manoharan, et al., Biorg. Med. Chem. Let.3:2765-70(1993))、硫膽固醇(Oberhauser, et al., Nucl. Acids Res. 20:533-38(1992))、脂族鏈,例如十二烷二醇或十一烷基殘基(Saison-Behmoaras, et al., EMBO J 10:1111-18(1991); Kabanov, et al., FEBS Lett. 259:327-30(1990); Svinarchuk, et al., Biochimie 75: 49-54(1993))、磷脂質,例如二-十六烷基-rac-甘油或三乙基銨l,2-二-O-十六烷基-rac-甘油-3-膦酸酯(Manoharan, et al., Tetrahedron Lett. 36:3651-54(1995); Shea, et al., Nucl. Acids Res. 18:3777-83(1990))、多胺或聚乙二醇鏈(Manoharan, et al., Nucleosides & Nucleotides 14:969 -73 (1995))、或金剛烷乙酸(Manoharan, et al., Tetrahedron Lett. 36:3651-54(1995))、棕櫚基部分(Mishra, et al., Biochim. Biophys. Acta 1264:229-37(1995))、或十八烷基胺或己基胺基-羰基-氧基膽固醇部分(Crooke, et al., J. Pharmacol. Exp. Ther. 277:923-37(1996))。
在一些具體實施例中,配體變更了將該配體併入內之RNAi劑的分佈、靶向、或壽命。在一些具體實施例中,如例如與不存在此種配體之物種相比,配體提供對所選之標的例如分子、細胞、細胞類型、區室(例如細胞或器官之區室、身體的組織、器官、或區域)增強之親和力。在此種具體實施例中,配體將不參予雙股螺旋核酸中之雙股螺旋配對。
配體可包括天然存在之物質,諸如蛋白質(例如人類血清白蛋白(HSA)、低密度脂蛋白(LDL)、或球蛋白);碳水化合物(例如葡聚糖、聚三葡萄糖、殼糖、殼聚醣、菊糖、環糊精、或玻尿酸);或脂質。配體亦可係重組或合成之分子,諸如合成之聚合物,例如合成之聚胺基酸。聚胺基酸的實例包括聚胺基酸係聚離胺酸(PLL)、聚L-天冬胺酸、聚L-麩胺酸、聚苯乙烯-馬來酸酐共聚物、聚(L-乳交酯-共-乙交酯)共聚物、二乙烯醚馬來酸酐共聚物、N-(2-羥基丙基)甲基丙烯醯胺共聚物(HMPA)、聚乙二醇(PEG)、聚乙烯醇(PVA)、聚氨酯、聚(2-乙基丙烯酸)、N-異丙基丙烯醯胺聚合物、聚膦嗪(polyphosphazine)。多胺的實例包括:聚乙烯亞胺、聚離胺酸(PLL)、精胺、亞精胺、多胺、偽肽-多胺、肽擬似物多胺、樹枝狀多胺、精胺酸、脒、魚精蛋白、陽離子性脂質(cationic lipid)、陽離子性卟啉(cationic porphyrin)、多胺的四級鹽或α螺旋形肽。
配體可包括靶向基團,例如與指定細胞類型(諸如肝細胞)結合之細胞或組織靶向劑,例如凝集蛋白、醣蛋白、脂質或蛋白質(例如抗體)。靶向基團可為促甲狀腺素、促黑素、凝集蛋白、醣蛋白、界面活性劑蛋白A、黏蛋白碳水化合物、多價乳糖、多價半乳糖、N-乙醯-半乳胺糖、N-乙醯-葡萄糖胺多價甘露糖、多價岩藻醣、醣化聚胺基酸、多價半乳糖、運鐵蛋白、雙膦酸鹽、聚麩胺酸鹽、聚天冬胺酸鹽、脂質、膽固醇、類固醇、膽酸、葉酸鹽、維生素B12、維生素A、生物素、或RGD肽或RGD肽擬似物。配體的其他實例包括染劑、嵌入劑(例如吖啶)、交聯劑(例如補骨脂素(psoralene)、絲裂黴素C)、卟啉(TPPC4、德克薩卟啉(texaphyrin)、撒卟啉(Sapphyrin))、多環芳香烴(例如啡
、二氫啡
)、人工合成之核酸內切酶(例如EDTA)、親脂性分子(膽固醇、膽酸、金剛烷乙酸、1-芘丁酸、二氫睪固酮、1,3-雙-0(十六烷基)甘油、香葉基氧基己基基團、十六基甘油、冰片、薄荷醇、1,3-丙二醇、十七基基團、棕櫚酸、肉豆蔻酸、03-(油醯基)石膽酸、03-(油醯基)膽烯酸、二甲氧基三苯甲、或啡
)、肽共軛物(例如觸角足肽、Tat肽)、烷化劑、磷酸酯、胺基、巰基、PEG(例如PEG-40K)、MPEG、[MPEG]2、聚胺基、烷基、經取代之烷基、放射標定標記、酶、輔抗原(例如生物素)、運輸/吸收促進劑(例如阿斯匹林、維生素E、葉酸)、合成之核糖核酸(例如咪唑、二咪唑、組織胺、咪唑簇、吖啶-咪唑共軛物、四氮雜大環之Eu3+錯合物(Eu3+ complexes of tetraazamacrocycles)、2,4-二硝基苯基、HRP、或AP。
配體可為蛋白質(例如醣蛋白)、或肽(例如對共配體具有特異性親和力之分子)、或抗體(例如與特定細胞類型(如肝細胞)結合之抗體)。配體亦可包括激素及激素受體。彼等亦可包括非肽物種,諸如脂質、凝集蛋白、碳水化合物、維生素、輔因子、多價乳糖、多價半乳糖、N-乙醯-半乳胺糖、N-乙醯-葡萄糖胺多價甘露糖、及多價岩藻醣。配體可為,例如脂多醣、p38 MAP激酶的活化劑、NF-KB的活化劑。
該配體可為例如藥物的物質,其可例如藉由破壞細胞的細胞骨架(例如藉由破壞細胞的微管、微絲及/或中間絲),增加RNAi劑進入細胞的攝取。藥物可為,例如泰素(taxon)、長春新鹼、長春鹼、細細胞鬆弛素、諾考達唑(nocodazole)、促微絲聚合劑(japlakinolide)、拉春庫林A(latrunculin A)、毒傘素(phalloidin)、海洋苔藓素A (swinholide A)、茚達諾辛(indanocine)、或邁爾素(myoservin)。
在另一態樣中,配體係由標的細胞(例如肝細胞)攝取之部分,例如維生素。例示性維生素包括維生素A、E、及K。其他例示性維生素包括維生素B,例如葉酸、B12、核黃素、生物素、吡哆醛(pyridoxal)、或由標的細胞(諸如肝細胞)攝取之其他維生素或營養素。亦包括HSA及低密度脂蛋白(LDL)。
在一些具體實施例中,與本文中所述之RNAi劑附接之配體作用為藥物動力學(PK)調節劑。如本文中所使用,「PK調節劑(PK modulator)」係指藥物動力學調節劑。PK調節劑包括親脂物質、膽酸、類固醇、磷脂類似物、肽、蛋白質結合劑、PEG、維生素等。例示性PK調節劑包括但不限於膽固醇、脂肪酸、膽酸、石膽酸、二烷基甘油酯、二醯基甘油酯、磷脂、神經脂質、萘普生(naproxen)、伊布洛芬(ibuprofen)、維生素E、生物素等。包含數個硫代磷酸酯鍵聯之寡核苷酸亦已知與血清蛋白結合,因此在主鏈中包含多個硫代磷酸酯鍵聯之短寡核苷酸(例如約5個鹼基、10個鹼基、15個鹼基、或20個鹼基的寡核苷酸)亦適用於本文中所述之技術作為配體(例如作為PK調節配體)。此外,結合血清組分(例如,血清蛋白)之適配體亦適合用作本文中所述之具體實施例中的PK調節配體。
(i) 脂質共軛物。
在一些具體實施例中,配體或共軛物係脂質或基於脂質之分子。脂質或基於脂質之配體可(a)增加共軛物降解之抗性、(b)增加靶向或轉運至標的細胞或細胞膜中,及/或(c)可使用於調整與血清蛋白(例如HSA)之結合性。此種脂質或基於脂質之分子可結合血清蛋白,例如人類血清蛋白(HSA)。結合HSA之配體允許該共軛物分佈至例如身體的非腎標的組織之標的組織。例如,標的組織可為肝,包含肝的實質細胞。亦可使用可結合HSA之其他分子作為配體。例如,可使用萘普生(neproxin)或阿斯匹靈。
基於脂質之配體可用於抑制(例如控制)共軛物與標的組織的結合性。例如,與HSA結合更強之脂質或基於脂質之配體時,將不大可能靶向至腎,因此也不大可能自身體清除。與HSA結合較不強之脂質或基於脂質之配體可用於使共軛物靶向至腎。
在一些具體實施例中,基於脂質之配體結合HSA。基於脂質之配體可以足夠的親和力與HSA結合,使得共軛物將會分佈至非腎組織。在某些特定具體實施例中,HSA配體結合係不可逆的。
在一些其他具體實施例中,基於脂質之配體弱結合HSA或根本不結合HSA,使得共軛物將會分佈至腎。代替基於脂質之配體或除其以外,亦可使用靶向至腎細胞之其他部分。
(ii) 細胞滲透肽及細胞滲透劑。
在另一態樣中,配體係細胞滲透劑,諸如螺旋形細胞滲透劑。在一些具體實施例中,該劑係兩性的。一種例示性之劑係諸如tat或觸角足之肽。若該劑係肽,則其可為經修飾的,包括肽基擬似物(peptidylmimetic)、反轉異構體(invertomer)、非肽或偽肽鍵聯、及使用D-胺基酸。在一些具體實施例中,螺旋形劑係α螺旋形劑。在某些特定具體實施例中,螺旋形劑具有親脂性相及疏脂性相。
「細胞滲透肽(cell permeation peptide)」能夠滲透細胞,例如微生物細胞(諸如細菌或真菌細胞)、或哺乳動物細胞(諸如人類細胞)。滲透性微生物細胞肽可為,例如α-螺旋形線性肽(例如LL-37或Ceropin PI)、含雙硫鍵之肽(例如α-防禦素、β-防禦素、或抗菌肽(bactenecin))、或僅含有一種或兩種主要胺基酸之肽(例如PR-39或吲哚抗西汀(indolicidin))。
配體可為肽或肽擬似物。肽擬似物(本文中亦稱為寡肽擬似物)係能夠折疊成類似天然肽之限定三度空間結構之分子。肽及肽擬似物與RNAi劑的附接可影響RNAi之藥物動力學分佈,諸如藉由增強細胞辨識與吸收。肽或肽擬似物部分可為約5至50個胺基酸長,例如約5、10、15、20、25、30、35、40、45、或50個胺基酸長。
肽或肽擬似物可為例如細胞滲透肽、陽離子性肽、兩性肽、或疏水性肽(例如主要由Tyr、Trp、或Phe所組成)。肽部分可為樹枝狀肽、拘束肽、或交聯肽。在另一個替代方案中,肽部分可包括疏水性膜移位序列(MTS)。例示性含疏水性MTS肽係具有胺基酸序列AAVALLPAVLLALLAP (SEQ ID NO:9)之RFGF。含有疏水性MTS之RFGF類似物(例如胺基酸序列AALLPVLLAAP(SEQ ID NO:10))亦可為靶向部分。肽部分可以為「遞送」肽,該遞送肽可攜帶包含肽、寡核苷酸、及蛋白質之大的極性分子穿越細胞膜。例如,已發現來自HIV Tat蛋白質(GRKKRRQRRRPPQ (SEQ ID NO:11))及果蠅觸角足蛋白質(RQIKIWFQNRRMKWK (SEQ ID NO:12))之序列能夠作用為遞送肽。肽或肽擬似物可由隨機DNA序列所編碼,諸如從噬菌體展示庫或一珠一化合物(OBOC)組合庫鑑別出之肽((Lam, et al., Nature 354:82-84(1991))。
細胞滲透肽亦可包括核定位信號(NLS)。例如,細胞滲透肽可為二重兩性肽,諸如MPG,其係衍生自HIV-1 gp41的融合肽結構域及SV40大T抗原的NLS (Simeoni, et al., Nucl. Acids Res. 31:2717-24 (2003))。
(iii) 碳水化合物共軛物。
在一些具體實施例中,本文中所述之RNAi劑寡核苷酸進一步包含碳水化合物共軛物。碳水化合物共軛物對於體內核酸的遞送以及適用於體內治療用途之組成物而言可為有利的。如本文中所使用,「碳水化合物(carbohydrate)」係指一種化合物,其本身由具有至少6個碳原子之一或多個單糖單位所構成之碳水化合物(其可為線性、分支的、或環狀),其中氧、氮、或硫原子與各碳原子鍵結;或係具有以下碳水化合物作為其一部分之化合物,該碳水化合物係由各具有至少6個碳原子之一或多個單糖單位所構成(其可為線性、分支的、或環狀),其中氧、氮、或硫原子與每個碳原子鍵結。代表性碳水化合物包括糖類(單糖、雙糖、三糖、及含有自約4至9個單糖單位之寡醣)、及多醣類,諸如澱粉、肝醣、纖維素、及多醣膠質。具體之單糖包括C5及更多碳(在一些具體實施例中,C5至C8)之糖類;而且雙糖及三糖包括具有兩或三個單糖單位之糖類(在一些具體實施例中,C5至C8)。
在一些具體實施例中,碳水化合物共軛物係選自由下列所組成之群組:
。
本文中所述之具體實施例中所使用之另一代表性碳水化合物共軛物,包括但不限於,
(式XXII),其中當X或Y中之一者係寡核苷酸時,另一個係氫。
在一些具體實施例中,碳水化合物共軛物進一步包含另一配體,諸如但不限於PK調節劑、核內體溶解配體、或細胞滲透肽。
(iv) 連接子。
在一些具體實施例中,本文中所述之共軛物可用各種連接子與RNAi劑寡核苷酸附接,該等連接子可為可切割或不可切割的。
術語「連接子(linker)」或「連接基團(linking group)」意指連接化合物的兩個部分之有機部分。連接子一般包含一種直接鍵(direct bond)或原子(諸如氧或硫)、單元(諸如如:NR8、C(O)、C(O)NH、SO、SO2、SO2NH、或原子鏈),諸如但不限於:經取代或未經取代之烷基、經取代或未經取代之烯基、經取代或未經取代之炔基、芳基烷基、芳基烯基、芳基炔基、雜芳基烷基、雜芳基烯基、雜芳基炔基、雜環基烷基、雜環基烯基、雜環基炔基、芳基、雜芳基、雜環基、環烷基、環烯基、烷基芳基烷基、烷基芳基烯基、烷基芳基炔基、烯基芳基烷基、烯基芳基烯基、烯基芳基炔基、炔基芳基烷基、炔基芳基烯基、炔基芳基炔基、烷基雜芳基烷基、烷基雜芳基烯基、烷基雜芳基炔基、烯基雜芳基烷基、烯基雜芳基烯基、烯基雜芳基炔基、炔基雜芳基烷基、炔基雜芳基烯基、炔基雜芳基炔基、烷基雜環基烷基、烷基雜環基烯基、烷基雜環基炔基、烯基雜環基烷基、烯基雜環基烯基、烯基雜環基炔基、炔基雜環基烷基、炔基雜環基烯基、炔基雜環基炔基、烷基芳基、烯基芳基、炔基芳基、烷基雜芳基、烯基雜芳基、及炔基雜芳基,其中一或多個亞甲基可被以下穿插或封端:O、S、S(O)、SO2、N(R8)、C(O)、經取代或未經取代之芳基、經取代或未經取代之雜芳基、經取代或未經取代之雜環;其中R8係氫、醯基、脂族、或經取代之脂族。在某些具體實施例中,連接子係在1至24個原子之間、在4至24個原子之間、在6至18個原子之間、在8至18個原子之間、或在8至16個原子之間。
可切割連接基團係在細胞外充份穩定的基團,但其在進入標的細胞時該基團經切割以釋放該連接子固定在一起之兩個部分。在某些具體實施例中,可切割連接基團在標的細胞中或在第一參考條件(其可例如選擇為模擬或代表胞內條件)下之切割比在個體血液中或在第二參考條件(其可例如選擇為模擬或代表血液或血清中存在之條件)下快至少約10倍、或至少快約100倍。
可切割連接基團易受切割劑(例如pH、氧化還原電位、或降解性分子的存在)之影響。通常,切割劑在細胞內部比在血清或血液中更普遍或發現水平或活性更高。此類降解劑的實例包括:經選擇用於特定受質或不具有受質專一性之氧化還原劑,包括例如氧化性或還原性酶或存在於細胞中之還原劑(諸如硫醇),其可藉由還原作用降解可氧化還原切割連接基團;酯酶;胞內體或可產生酸性環境之劑,例如導致pH為5或較低者;可藉由作用為廣義酸來水解或降解可酸切割連接基團的酶、肽酶(其可為受質專一性)、及磷酸酶。諸如雙硫鍵之可切割鍵聯基團可為易受pH影響。人類血清的pH係7.4,而平均胞內pH係稍低的,範圍自約7.1至7.3。胞內體具有更酸性之pH,在5.5至6.0的範圍內,而溶小體具有甚至更酸性之pH,約5.0。有些連接子會具有在特定pH被切割之可切割連接基團,從而將陽離子性脂質自配體釋放至細胞內,或釋放至所欲細胞的區室中。
連接子可包括可藉由特定酶切割之可切割連接基團。併入連接子中之可切割基團的類型視待靶向之細胞而定。例如,肝靶向之配體可通過包括酯基團之連接子與陽離子性脂質連接。肝細胞富含酯酶,因此該連接子在肝細胞中將比在不富含酯酶之細胞類型中被更有效地切割。其他富含酯酶之細胞類型包括肺、腎皮質、及睪丸的細胞。
當靶向富含肽酶之細胞類型(諸如肝細胞及滑液膜細胞)時,可使用含有肽鍵之連接子。
通常,候選可切割連接基團的適合性可藉由測試降解劑(或條件)切割該候選連接基團的能力來評估。可為所欲的是亦測試該候選可切割連接基團對在血液中或當與其他非標的組織接觸時抵抗切割之能力。因此,可以判定在第一與第二條件之間進行切割之相對敏感性,其中該第一條件選擇為指示在標的細胞中之切割且該第二條件選擇為指示在其他組織或生物流體(例如血液或血清)中之切割。該等評估可在無細胞株統中、在細胞中、在細胞培養物中、在器官或組織培養物中、或在整個動物中進行。可為有用的是,在無細胞或培養條件下作出初步評估並藉由在整個動物中進一步評估來確認。在某些具體實施例中,在細胞(或在選擇為模擬胞內條件之體外條件下)中切割適用的候選化合物如與血液或血清(或在選擇為模擬胞外條件之體外條件下)相比快至少2、至少4、至少10、或至少100倍。
一個類別之可切割連接基團係可氧化還原切割之連接基團,其在還原或氧化時被切割。可還原切割連接基團的實例係雙硫化物連接基團(-S-S-)。為了判定候選可切割連接基團是否係適合之「可還原切割連接基團」,或例如是否適合與特定RNAi部分及特定靶向劑一起使用,可參見本文中所述之方法。例如,候選物可藉由與二硫蘇糖醇(DTT)或使用所屬技術領域中已知之試劑的其他還原劑進行培養來評估,其模擬會在細胞(例如標的細胞)中觀察到之切割速率。候選物亦可在經選擇為模擬血液或血清之條件下來評估。在一些具體實施例中,候選化合物在血液中被切割最多10%。在某些具體實施例中,在細胞(或在選擇為模擬胞內條件之體外條件下)中降解適用的候選化合物如與血液(或在選擇為模擬胞外條件之體外條件下)相比快至少2、至少4、至少10、或至少100倍。候選化合物之切割速度可使用標準酶動力學檢測法,在選擇的模擬胞內基質之條件下測定,並與選擇的模擬胞外基質之條件的結果相比。
基於磷酸酯之可切割連接基團係藉由降解或水解該磷酸酯基團之劑來切割。在細胞中切割磷酸酯基團之劑的實例係酶,諸如細胞中之磷酸酶。基於磷酸酯之連接基團的實例係-O-P(O)(ORk)-O-、-O-P(S)(ORk)-O-、 -O-P(S)(SRk)-O-、-S-P(O)(ORk)-O-、-O-P(O)(ORk)-S-、 -S-P(O)(ORk)-S-、-O-P(S)(ORk)-S-、-S-P(S)(ORk)-O-、 -O-P(O)(Rk)-O-、-O-P(S)(Rk)-O-、-S-P(O)(Rk)-O-、 -S-P(S)(Rk)-O-、-S-P(O)(Rk)-S-、-O-P(S)( Rk)-S-。在某些具體實施例中,基於磷酸酯之連接基團係選自: -O-P(O)(OH)-O-、-O-P(S)(OH)-O-、-O-P(S)(SH)-O-、 -S-P(O)(OH)-O-、-O-P(0)(OH)-S-、-S-P(O)(OH)-S-、 -O-P(S)(OH)-S-、-S-P(S)(OH)-O-、-O-Ρ(O)(Η)-O-、 -O-P(S)(H)-O-、-S-P(O)(H)-O-、-S-P(S)(H)-O-、-S-P(O)(H)-S-、 及-O-P(S)(H)-S-。在特定具體實施例中,磷酸酯連接基團係-O-P(O)(OH)-O-。此等候選物可使用與上述者類似之方法來評估。
可酸切割連接基團係在酸性條件下被切割之連接基團。在一些具體實施例中,可酸切割連接基團係在具有pH為約6.5或更低(例如約6.0、5.5、5.0、或更低)之酸性環境中被切割、或藉由可作用為廣義酸之劑(諸如酶)來切割。在細胞中,特定之低pH細胞器(諸如胞內體及溶小體)可提供針對可酸切割連結基團的切割環境。可酸切割連接基團的實例包括但不限於腙、酯、及胺基酸的酯。可酸切割基團可具有通式-C=N-、C(O)O、或-OC(O)。在一些具體實施例中,與酯的氧附接之碳(烷氧基)係芳基、經取代之烷基、或三級烷基諸如二甲基戊基或三級丁基。此等候選物可使用與上述者類似之方法來評估。
基於酯之可切割連接基團係藉由酶(諸如在細胞中之酯酶及醯胺酶)來切割。基於酯之可切割連接基團的實例包括但不限於伸烷基、伸烯基、及伸炔基的酯。可酯切割連接基團可具有通式-C(O)O-、或-OC(O)-。此等候選物可使用與上述者類似之方法來評估。
基於肽之可切割連接基團係藉由酶(諸如在細胞中之肽酶及蛋白酶)來切割。基於肽之可切割連接基團係在胺基酸之間形成以產生寡肽(例如二肽、三肽等)及多肽之肽鍵。基於肽之可切割基團不包括醯胺基(-C(O)NH-)。醯胺基可在任何伸烷基、伸烯基、及伸炔基之間形成。肽鍵係在胺基酸之間形成醯胺鍵的特別類型,以產生肽或蛋白質。基於肽之可切割基團通常限於在胺基酸之間形成產生肽及蛋白質的肽鍵(即醯胺鍵),且不包括整體醯胺官能基。基於肽之可切割基團具有通式-NHCHRAC(O)NHCHRBC(O)-,其中RA及RB係兩個相鄰胺基酸的R基團。此等候選物可使用與上述者類似之方法來評估。
具有連接子之代表性碳水化合物共軛物包括但不限於,
其中當X或Y中之一者係寡核苷酸時,另一個係氫。
在組成物及方法的某些具體實施例中,配體係透過二價或三價分支連接子附接之一或多個「GalNAc」(N-乙醯基半乳糖胺)衍生物。例如,在一些具體實施例中,siRNA係與GalNAc配體共軛,如下列結構所示:
其中X係O或S。
在一些具體實施例中,siRNA的正義股透過連接子與附接在該正義股的3’端處之配體共軛,如下列結構所示:
其中X係O或S。
在一些具體實施例中,組合療法包括與二價或三價分支連接子共軛之siRNA,該連接子選自式(XXXI)至(XXXIV)中任一式所示結構的群組:
其中:
q2A、q2B、q3A、q3B、q4A、q4B、q5A、q5B、及q5C每次出現時獨立地表示0至20,且其中重複單元可為相同或不同;
P
2A
、P
2B
、P
3A
、P
3B
、P
4A
、P
4B
、P
5A
、P
5B
、P
5C
、T
2A
、T
2B
、T
3A
、T
3B
、T
4A
、T
4B
、T
4A
、T
5B
、及T
5C
每次出現時各獨立地為不存在、CO、NH、O、S、OC(O)、NHC(O)、CH
2
、CH
2
NH、或CH
2
O;
Q
2A
、Q
2B
、Q
3A
、Q
3B
、Q
4A
、Q
4B
、Q
5A
、Q
5B
、及Q
5C
每次出現時獨立地為不存在、伸烷基、或經取代之伸烷基,其中一或多個亞甲基可被下列一或多者穿插或封端:O、S、S(O)、SO
2
、N(R
N
)、C(R’)=C(R”)、C≡C、或C(O);
R
2A
、R
2B
、R
3A
、R
3B
、R
4A
、R
4B
、R
5A
、R
5B
、及R
5C
每次出現時各獨立地為不存在、NH、O、S、CH
2
、C(O)O、C(O)NH、NHCH(R
a
)C(O)、-C(O)-CH(R
a
)-NH-、CO、CH=N-O、
、
、
、
、
、或雜環基;
L
2A
、L
2B
、L
3A
、L
3B
、L
4A
、L
4B
、L
5A
、L
5B
、及L
5C
表示配體;即每次出現時各獨立地為單糖(諸如GalNAc)、雙糖、三糖、四糖、寡醣或多醣;且R
a
係H或胺基酸側鏈。三價共軛GalNAc衍生物特別適用於與RNAi藥劑一起使用以供抑制標的基因的表現,諸如式(XXXIV)者:
,
其中L
5A
、L
5B
、及L
5C
表示單糖,諸如GalNAc衍生物。
適合之二價及三價分支連接子基團共軛GalNAc衍生物的實例包括但不限於,以上列出如式I、VI、X、IX、及XII之結構。
教示製備RNA共軛物的代表性美國專利包括美國專利案第4,828,979;4,948,882;5,218,105;5,525,465;5,541,313;5,545,730;5,552,538;5,578,717, 5,580,731;5,591,584;5,109,124;5,118,802;5,138,045;5,414,077;5,486,603;5,512,439;5,578,718;5,608,046;4,587,044;4,605,735;4,667,025;4,762,779;4,789,737;4,824,941;4,835,263;4,876,335;4,904,582;4,958,013;5,082,830;5,112,963;5,214,136;5,082,830;5,112,963;5,214,136;5,245,022;5,254,469;5,258,506;5,262,536;5,272,250;5,292,873;5,317,098;5,371,241, 5,391,723;5,416,203, 5,451,463;5,510,475;5,512,667;5,514,785;5,565,552;5,567,810;5,574,142;5,585,481;5,587,371;5,595,726;5,597,696;5,599,923;5,599,928及5,688,941;6,294,664;6,320,017;6,576,752;6,783,931;6,900,297;及7,037,646號;其各自以引用方式併入本文中以用於與此類製備方法有關之教示。
在某些例子中,RNAi劑的RNA可藉由非配體基團來修飾。數種非配體分子已與RNAi劑共軛以增強該RNAi劑的活性、細胞分布或細胞攝取,而用於進行此類共軛之程序在科學文獻中係可得的。此類非配體部分包括脂質部分,諸如膽固醇(Kubo, T., et al., Biochem. Biophys. Res. Comm. 365(1):54-61(2007); Letsinger, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6553(1989))、膽酸(Manoharan, et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 4:1053 (1994))、硫醚,例如己基-S-三苯甲基硫醇(Manoharan, et al., Ann. N. Y. Acad. Sci. 660:306 (1992); Manoharan, et al., Bioorg. Med. Chem. Let. 3:2765(1993))、硫膽固醇(Oberhauser, et al., Nucl. Acids Res.20:533(1992))、脂族鏈,例如十二烷二醇或十一烷基殘基(Saison-Behmoaras, et al., EMBO J. 10:111(1991); Kabanov, et al., FEBS Lett. 259:327(1990); Svinarchuk, et al., Biochimie 75:49(1993))、磷脂質,例如二-十六烷基-rac-甘油或三乙基銨l,2-二-O-十六烷基-rac-甘油-3-H-膦酸酯(Manoharan, et al., Tetrahedron Lett. 36:3651 (1995); Shea, et al., Nucl. Acids Res. 18:3777(1990))、多胺或聚乙二醇鏈(Manoharan, et al., Nucleosides & Nucleotides 14:969 (1995))、或金剛烷乙酸(Manoharan, et al., Tetrahedron Lett.36:3651(1195))、棕櫚基部分(Mishra, et al., Biochim. Biophys. Acta 1264:229 (1995))、或十八烷基胺或己基胺基-羰基-氧基膽固醇部分(Crooke, et al., J. Pharmacol. Exp. Ther. 277:923 (1996))。
一般共軛程序涉及在序列的一或多個位置帶有胺基連接子之RNA的合成。然後使用適當的偶合試劑或活化試劑使胺基與待共軛之分子反應。該共軛反應可在RNA仍結合在固體支持物上之情況下進行或可在RNA的切割之後,在溶液相中進行。藉由HPLC純化RNA共軛物,一般得到純共軛物。
d.RNAi劑遞送
「引入細胞中(Introducing into a cell)」,當指RNAi劑時,意指促進或有效攝取或吸收進入細胞中,如所屬技術領域中具有通常知識者所理解。
RNAi劑的吸收或攝取可透過獨立擴散(unaided diffusive)或主動細胞過程(active cellular processe)、或藉由輔助劑或裝置來發生。此術語的含義並不限於體外細胞;RNAi劑亦可被「引入細胞中」,其中該細胞為活生物體的一部分。在此種情況中,引入細胞中將包括遞送至生物體。例如,對體內遞送而言,可將RNAi劑注射至組織部位中或全身性投予。體內遞送亦可藉由β-葡聚糖遞送系統進行,諸如於美國專利案號5,032,401及5,607,677、及美國公開號2005/0281781中所述者,其以引用方式併入本文中以用於與此類遞送系統有關之教示
。
體外引入細胞中包括所屬技術領域中已知之方法,諸如電穿孔(electroporation)及脂質體轉染(lipofection)。更進一步的方法係在下文中描述或係所屬技術領域中已知的。
將RNAi劑向有其需要之個體遞送可以數種不同方式來達成。體內遞送可藉由向個體投予包含RNAi劑(例如siRNA)之組成物直接進行。替代地,遞送可藉由投予編碼並引導RNAi劑的表現之一或多種載體間接進行。此等替代方案於下文進一步說明。
通常,任何遞送核酸分子之方法可經調適以用於與RNAi劑一起使用(參見例如Akhtar S.及Julian RL., Trends Cell. Biol. 2(5):139-44(1992)及WO94/02595,其以引用方式併入本文中以用於與此類遞送之方法有關之教示)。在體內成功遞送RNAi劑中特別重要之三個因素為:(a)所遞送之分子的生物穩定性、(2)防止非特異性效應、及(3)所遞送之分子在標的組織中的累積。RNAi劑的非特異性效應可藉由局部投予降至最低,例如藉由直接注射或植入至組織(作為非限制實例,腫瘤)中或局部投予該製劑。局部投予至治療部位使該劑的局部濃度增至最大、限制該劑對全身組織的曝露(否則全身組織可能受到該劑傷害或可使該劑降解)、並允許投予較低總劑量之RNAi劑。數項研究已顯示,當局部投予RNAi劑時使基因產物成功減量。例如,藉由在馬來猴中水晶體內注射(Tolentino, M. J., et al., Retina 24:132-38(2004))及在小鼠中視網膜下注射(Reich, S. J., et al., Mol. Vis. 9:210-16(2003))來眼內遞送VEGF siRNA,均顯示在年齡相關之黃斑病變的實驗模型中預防血管新生。此外,在小鼠中直接腫瘤內注射siRNA縮減了腫瘤體積(Pille, J., et al., Mol. Ther. 11: 267-74(2005)),並可延長帶腫瘤小鼠的存活(Kim, W. J., et al., Mol. Ther. 14: 343-50(2006); Li, S., et al., Mol. Ther. 15:515-23(2007))。RNA干擾亦已顯示可藉由直接注射成功局部遞送至CNS (Dorn, G., et al., Nucleic Acids 32:e49(2004); Tan, P. H., et al., Gene Ther. 12:59-66(2005); Makimura, H., et al., BMC Neurosci. 3:18 (2002); Shishkina, G. T., et al., Neuroscience 129:521-28 (2004); Thakker, E. R., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101:17270-75(2004); Akaneya, Y., et al., J. Neurophysiol. 93:594-602(2005))及藉由鼻腔投予成功遞送至肺(Howard, K. A., et al., Mol. Ther. 14:476-84 (2006); Zhang, X., et al., J. Biol. Chem. 279:10677-84 (2004); Bitko, V., et al., Nat. Med. 11:50-55(2005))。對於全身性投予RNAi劑以供治療疾病而言,RNA可經修飾或替代地使用藥物遞送系統來遞送;兩種方法均對預防siRNA被體內核酸內切酶及核酸外切酶的快速降解起作用。RNA或醫藥載劑的修飾亦可允許RNAi劑組成物靶向標的組織並避免非所欲之脫靶效應。RNAi劑可藉由與親脂性基團(諸如膽固醇)化學共軛來修飾以增強細胞攝取並預防降解。例如,將定向對抗與親脂性膽固醇部分共軛之ApoB的RNAi劑全身性注射至小鼠中,並導致在肝及空腸二者中apoB mRNA的減量(Soutschek, J., et al., Nature 432:173-78(2004))。在一些具體實施例中,RNAi劑可使用藥物遞送系統來遞送,諸如奈米粒子、樹狀物、聚合物、脂質體、或陽離子性遞送系統。帶正電荷之陽離子性遞送系統一般可進RNAi劑(帶負電荷)的結合,並在帶負電荷之細胞膜處增強交互作用,以允許RNAi劑由細胞有效攝取。陽離子性脂質、樹狀物、或聚合物可與RNAi劑結合,或經誘發形成包埋RNAi劑之囊泡或微胞(參見Kim, S, H., et al., Journal of Controlled Release 129(2):107-16 (2008))。當全身性投予時,形成囊泡或微胞進一步預防RNAi劑的降解。用於製造及投予陽離子性RNAi劑複合物之方法完全在所屬技術領域中具有通常知識者之能力範圍內(參見例如Sorensen, D. R., et al., J. Mol. Biol 327:761-66(2003); Verma, U. N., et al., Clin. Cancer Res. 9:1291-1300(2003); Arnold, A. S. et al., J. Hypertens. 25:197-205(2007);該等方法以引用方式併入本文中)。適用於全身性遞送RNAi劑之藥物遞送系統的一些非限制性實例包含DOTAP(Sorensen, D. R., et al. 2003),同上;Verma, U. N., et al.,(2003),同上)、寡染胺,"固體核酸脂質粒子" (Zimmermann, T. S., et al., Nature 441:111-14(2006))、心磷脂(Chien, P. Y., et al., Cancer Gene Ther. 12:321-28(2005); Pal, A., et al., Int J. Oncol. 26: 1087-91(2005))、聚乙烯亞胺(Bonnet, M.E., et al., Pharm. Res. 25(12):2972-82; Aigner, A., J. Biomed. Biotechnol. 2006(4):71659(2006))、Arg-Gly-Asp(RGD)肽(Liu, S., Mol. Pharm. 3:472-487 (2006))、及聚醯胺基胺(Tomalia, D. A., et al., Biochem. Soc. Trans. 35:61-7(2007); Yoo, H., et al., Pharm. Res. 16:1799-1804(1999))。
如本文中所使用,術語「SNALP」係指一種穩定之核酸-脂質粒子。SNALP代表包覆一縮小之水性內部(reduced aqueous interior)的脂質囊泡,該囊泡包含諸如RNAi劑之核酸或來自轉錄RNAi劑之質粒。SNALP係例如在美國專利申請案公開號US2006/0240093及US2007/0135372、及於國際申請公開號WO 2009/082817中描述。此等申請案以引用方式併入本文中以用於與SNALP有關之教示。
在一些具體實施例中,RNAi與環糊精形成複合物以用於全身性投予。RNAi及環糊精之投予方法及醫藥組成物可在美國專利案第7,427,605號中找到,其以引用方式併入本文中以用於與此類組成物及方法有關之教示。在一些具體實施例中,編碼RNAi之基因係自表現載體編碼及表現。載體的實例及其在遞送RNAi中之用途係在美國專利申請號US2017/0349900A1中描述,該等實例以引用方式併入本文中。
e.RNAi劑的醫藥組成物及劑型
在一些具體實施例中,本文中所提供者係醫藥組成物,其含有如本文中所述之RNAi劑、及醫藥上可接受之載劑或賦形劑。含有RNAi劑之醫藥組成物可用於組合療法中以治療個體之HBV感染或降低個體之HBV病毒負載。此類醫藥組成物係基於遞送的模式調配。例如,組成物可經調配以用於經由非經腸(例如藉由靜脈內(IV)遞送)之全身性投予、或經調配以用於直接遞送至腦實質(例如藉由輸注至腦中,諸如藉由連續幫浦輸注)中。
「醫藥上可接受之載劑」或「賦形劑」係用於將一或多種核酸遞送至動物之醫藥上可接受之溶劑、懸浮劑、或任何其他藥理學上惰性載體。當與核酸及給定醫藥組成物的其他組分組合時,該賦形劑可為液體或固體,並慮及投予的計畫方式來選擇,以便提供所欲體積、稠度等。一般醫藥上可接受之載劑或賦形劑包括但不限於黏合劑(例如預膠化之玉米澱粉、聚乙烯吡咯啶酮、羥基丙基甲基纖維素);填料(例如乳糖及其他糖類、微晶纖維素、果膠、明膠、硫酸鈣、乙基纖維素、聚丙烯酸酯、或磷酸氫鈣);潤滑劑(例如硬脂酸鎂、滑石、矽石、膠體二氧化矽、硬脂酸、金屬硬脂酸鹽、氫化植物油、玉米澱粉、聚乙二醇、苯甲酸鈉、醋酸鈉);崩解劑(例如澱粉、羥基乙酸澱粉鈉);及潤濕劑(例如月桂基硫酸鈉)。
亦可使用不與核酸發生有害反應之醫藥上可接受之適用於經腸投予的有機或無機賦形劑來調製本揭露之組成物。適合之醫藥上可接受之載劑包括但不限於水、鹽溶液、醇、聚乙二醇、明膠、乳糖、直鏈澱粉、硬脂酸鎂、滑石、矽酸、黏性石蠟、羥基甲基纖維素、聚乙烯吡咯啶酮、及類似者。
用於局部投予核酸之製劑可包括滅菌及非滅菌水溶液、於一般溶劑(諸如醇)中之非水溶液、或核酸於液體或固體油基底中的溶液。溶液亦可含有緩衝劑、稀釋劑、及其他適合之添加劑。可使用不與發生核酸有害反應之醫藥上可接受之適用於經腸投予的有機或無機賦形劑。
適合之醫藥上可接受之賦形劑包括但不限於水、鹽溶液、醇、聚乙二醇、明膠、乳糖、直鏈澱粉、硬脂酸鎂、滑石、矽酸、黏性石蠟、羥基甲基纖維素、聚乙烯吡咯啶酮、及類似者。
在一些具體實施例中,含有本文中所述之RNAi劑的醫藥組成物係以足以抑制HBV基因表現之劑量投予。大致上,RNAi劑的適合劑量將係在每位接受者每天每公斤體重0.001至200.0毫克的範圍內、且更一般在每天每公斤體重1至50 mg的範圍內。例如,siRNA可以每單一劑量0.01 mg/kg、0.05 mg/kg、0.5 mg/kg、1 mg/kg、1.5 mg/kg、2 mg/kg、3 mg/kg、10 mg/kg、20 mg/kg、30 mg/kg、40 mg/kg、或50 mg/kg投予。該醫藥組成物可每天投予一次,或該RNAi劑可在一整天內以適當間隔投予二、三、更多次次劑量,或甚至使用連續輸注或透過控制釋放劑型遞送投予。在此情況下,於各自次劑量中所含有之RNAi劑必須相應地更少以達到每天總劑量。對遞送超過數天而言,亦可將劑量單位組合,例如使用習知緩釋劑型(sustained release formulation),其提供RNAi超過數天期間的持續釋放。緩釋劑型係所屬技術領域中熟知並特別適用於在特定部位遞送劑,諸如可與本文中所述之技術的劑一起使用。在此具體實施例中,劑量單位含有相應之多種每日劑量。
單一劑量對HBV基因表現水平的影響可為持續性,使得下一個劑量以不超過3、4、或5天之間隔,或以不超過1、2、3、或4週之間隔投予。
熟習本領域技藝者應同意某些因子可影響有效治療個體所需之劑量及時間,包括但不限於疾病或病症的嚴重程度、之前之治療、個體的總體健康狀況及/或年齡,及其他存在之疾病。此外,用治療有效量之組成物治療個體可包括單次治療或一系列治療。估計本文所述技術中所涵蓋之個別RNAi劑之有效劑量及體內半衰期可使用習知方法或在體內試驗的基礎上使用適當之之動物模型來完成,如本文中他處所述。
小鼠模型可用於HBV感染的研究,且此類模型可用於RNAi的體內試驗,以及用於測定有效降低HBV基因表現之劑量。
在一些具體實施例中,本文中投予所述之醫藥組成物製劑可為局部的(例如藉由經皮貼片)、肺的(例如藉由粉末或氣溶膠的吸入或吹入,包括藉由霧化器);氣管內的;鼻內的;表皮的、及經皮的;口服的;或非經腸的。非經腸投予包括靜脈內、動脈內、皮下、腹膜內、及肌內注射或輸注;真皮下投予(例如經由植入裝置);或顱內投予(例如藉由腦實質內、鞘內、或腦室內投予)。
在某些具體實施例中,如本文中所揭示之治療HBV的組合療法中所使用之RNAi劑係皮下遞送的。
在一些具體實施例中,RNAi劑可以靶向特定組織之方式遞送,諸如靶向肝(例如肝的肝細胞)。
醫藥組成物及用於局部投予之劑型可包括經皮貼片、軟膏、乳液、乳膏、凝膠、滴劑、栓劑、噴霧、液體、及粉末。習知醫藥載劑、水溶液、粉末或油基、增稠劑、及類似者可為必需或所欲的。經塗佈之保險套、手套、及類似者亦可為有用的。適合之局部劑型包括在其中將本文所述技術中表徵之RNAi與局部遞送劑諸如脂質、脂質體、脂肪酸、脂肪酸酯、類固醇、螫合劑、及界面活性劑混合者。適合之脂質及脂質體包含中性(例如二油醯磷脂醯乙醇胺(dioleoylphosphatidyl ethanolamine, DOPE)、二肉豆蔻醯磷脂醯膽鹼(dimyristoylphosphatidyl choline, DMPC)、二硬脂醯磷脂醯膽鹼、帶負電(例如,二肉豆蔻醯磷脂醯甘油(dimyristoylphosphatidyl glycerol, DMPG)、及陽離子性(例如,二油醯四甲基胺基丙基(dioleoyltetramethylaminopropyl, DOTAP)及二油醯磷脂醯乙醇胺(dioleoylphosphatidyl ethanolamine, DOTMA))。RNAi劑可經包覆於脂質體內或可與其、特定而言與陽離子性脂質體形成複合物。替代地,RNAi劑可與脂質、特定而言與陽離子性脂質複合。適合之脂肪酸及酯包含但不限於花生四烯酸、油酸、二十酸、月桂酸、辛酸、癸酸、肉豆蔻酸、棕櫚酸、硬脂酸、亞麻油酸、次亞麻油酸、二癸酸酯、三癸酸酯、單油酸甘油酯、甘油二月桂酸酯、1-單癸酸甘油酯、1-十二烷基氮雜環庚-2-酮、醯基肉鹼、醯基膽鹼、或C
1-20
烷基酯(例如異丙基肉豆蔻酸酯(isopropylmyristate, IPM))、單甘油酯、二甘油酯、或其醫藥上可接受之鹽。局部製劑的實例在美國專利案號6,747,014中詳細描述,其以引用方式併入本文中以用於與此類局部製劑有關之教示。
囊泡(諸如脂質體)可用於遞送本文中所揭示之RNAi劑的製劑中;此種劑型可具有所欲之性質,諸如特異性及作用持續時間。如本文中所使用,術語「脂質體(liposome)」意指由兩性脂質排列成一層球形雙層或多層球形雙層所組成之囊泡。
微脂質包括單層及多層囊泡,其具有形成自親脂性材質之膜及水性內部。該水性部分含有待遞送之組成物。陽離子性脂質體可擁有能夠與細胞壁融合之優勢。非陽離子性脂質體儘管不能夠有效地與細胞壁融合,但是可能在體內被巨噬細胞攝取。在製備脂質體劑型中之重要考量係脂質表面電荷、囊泡大小、及脂質體的水性體積。
在一些具體實施例中,脂質體之遞送可具有下列有利特性:高度可變形性並能夠通過皮膚中細小的孔洞;生物相容性及生物可降解性;併入廣泛範圍之水溶性及脂溶性藥物之能力;在其內部區室中保護所包覆之藥物免受新陳代謝及降解之能力(Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker(Eds.), Marcel Dekker, Inc., New York, N. Y., volume 1, p. 245(1998));對於局部遞送而言,減少與投予藥物的高全身性吸收相關之副作用、增加投予藥物在所欲標的之累積、及投予各種藥物(親水性及疏水性二者)至皮膚中之能力;及遞送包括高分子量核酸、止痛劑、抗體、及激素之劑至皮膚之能力。
脂質體可分成兩大類別。陽離子性脂質體係帶正電荷之脂質體,其與帶負電荷之核酸分子交互作用以形成穩定之複合物。帶正電荷之DNA/脂質體複合物與帶負電荷之細胞表面結合並被內化於胞內體中。由於在胞內體內之酸性pH,以致脂質體破裂、將其內容物釋放至細胞質中(Wang, et al., Biochem. Biophys. Res. Commun.147, 980-985(1987))。
pH敏感性或帶負電荷之脂質體捕獲核酸而不與彼等複合。由於DNA及脂質二者均帶類似電荷,故會發生互斥而非形成複合物。儘管如此,在此等脂質體的水性內部內卻捕獲一些DNA。pH敏感性之脂質體已被用於遞送核酸至培養之細胞單層中(例如Zhou, et al., Journal of Controlled Release 19, 269-74(1992))。
在一些具體實施例中,脂質體組成物係形成自磷脂醯膽鹼(phosphatidylcholine, PC),諸如例如大豆PC及蛋黃PC。在一些具體實施例中,脂質體組成物包括除天然衍生之磷脂醯膽鹼之外的磷脂質。中性脂質體組成物,例如可形成自二肉豆蔻醯基磷脂醯膽鹼(DMPC)或二棕櫚醯基磷脂醯膽鹼(dipalmitoyl phosphatidylcholine, DPPC)。陰離子性脂質體組成物可形成自二肉豆蔻醯基磷脂醯膽鹼,而陰離子融合脂質體則形成自二油醯基磷脂醯乙醇胺(DOPE)。在又其他具體實施例中,脂質體組成物係形成自磷脂質及/或磷脂醯膽鹼及/或膽固醇的混合物。
在一些具體實施例中,脂質體藥物劑型係對皮膚局部遞送的。
在一些具體實施例中,本文中所述之組合療法中所使用之RNAi劑係完全包覆在脂質製劑中,例如以形成SPLP、pSPLP、SNALP、或其他核酸-脂質粒子。如本文中所使用,術語「SNALP」係指穩定之核酸-脂質粒子,包括SPLP。如本文中所使用,術語「SPLP」係指核酸-脂質粒子,其包含經包覆在脂質囊泡內之質粒DNA。SNALP及SPLP一般含有陽離子性脂質、非陽離子性脂質、及預防粒子聚集之脂質(例如PEG-脂質共軛物)。SNALP及SPLP可用於全身性應用,因為彼等展現在靜脈內(i.v.)注射之後延長之循環壽命並在遠端部位累積(例如生理上與投予部位分開之部位)。SPLP包括「pSPLP」,其包括經包覆之縮合劑-核酸複合物,如國際申請公開號WO 00/03683中所列者。本文所述技術中的粒子一般具有約50 nm至約150 nm、更一般約60 nm至約130 nm、更一般約70 nm至約110 nm、及最一般約70 nm至約90 nm的平均直徑,並且實質上係無毒的。此外,在一些具體實施例中,核酸當存在於核酸-脂質粒子中時,在水溶液中對核酸酶之降解具有抗性。核酸-脂質粒子及相關製備方法係描述於例如美國專利號5,976,567;5,981,501;6,534,484;6,586,410;6,815,432;及國際申請公開案號WO 96/40964中。
在一些具體實施例中,RNAi劑經由脂質體或其他脂質製劑遞送,其中脂質對藥物之比例(質量/質量比)(例如脂質對siRNA之比例)係在自約1:1至約50:1、自約1:1至約25:1、自約3:1至約5:1、自約4:1至約10:1、自約5:1至約9:1、或約6:1至約9:1的範圍內。
III. 抗HBV抗體
本揭露提供供使用於治療HBV之組合療法的抗HBV抗體。
a.與HBV蛋白質結合之抗體
在一些具體實施例中,組合療法的抗HBV抗體、或其抗原結合片段與HBsAg的抗原環區域結合。B型肝炎病毒的包膜含有三個「HBV包膜蛋白」(亦已知為「HBsAg」、「B型肝炎表面抗原」):S蛋白質(對於「小的」,亦稱為S-HBsAg)、M蛋白質(對於「中的」,亦稱為M-HBsAg)、及L蛋白質(對於「大的」,亦稱為L-HBsAg)。S-HBsAg、M-HBsAg、及L-HBsAg共享相同之C極端(亦稱為「S結構域」,226個胺基酸),其對應於S蛋白質(S-HBsAg)並涉及病毒之組裝及感染力。S-HBsAg、M-HBsAg、及L-HBsAg係在內質網(ER)中合成、組裝、並透過高基氏體分泌為粒子。S結構域包含四個預測之跨膜(TM)結構域,其中S結構的N-端及C-端二者皆暴露於腔(lumen)。跨膜結構域TMl及TM2都是將共翻譯蛋白整合至ER膜中所必需的,且跨膜結構域TM3及TM4係位於S結構域的C末端三分之一處。HBsAg的「抗原環區域」係位於HBsAg的S結構域預測之TM3與TM4跨膜結構域之間,其中抗原環區域包含S結構域的胺基酸101至172(Salisse J., and Sureau C. Journal of Virology 83:9321-8(2009))。感染力的重要決定因子存在於HBV包膜蛋白的抗原環區域中。特定而言,在HBsAg的119與125之間的殘基含有CXXC基序,其已被證明係HBV的感染力所需之最重要序列(Jaoude, G. A., and Sureau, C., Journal of Virology 79:10460-6(2005))。
如本文中所使用,HBsAg的S結構域係指如SEQ ID NO:13(如下所示)中所列之胺基酸序列或其天然或人工序列變體。
(SEQ ID NO:13;胺基酸101至172加底線顯示)
例如,表達「S結構域的胺基酸101至172」係指來自根據SEQ ID NO:13之多肽的位置101至172之胺基酸殘基。然而,所屬技術領域中具有通常知識者應理解,突變或變體(包括但不限於取代、刪除、及/或添加,例如,如本文中所述之不同基因型的HBsAg或不同HBsAg突變)可在HBsAg的S結構域的胺基酸序列中天然發生或經人工引入至HBsAg的S結構域的胺基酸序列中而不影響其生物性質。因此,術語「HBsAg的S結構域(S domain of HBsAg)」包含所有此類多肽,例如包括根據SEQ ID NO:13之多肽及其天然或人工變體。此外,當在本文中描述的HBsAg的S結構域的序列片段(例如HBsAg的S結構域的胺基酸101至172或胺基酸120至130)時,彼等不僅包括SEQ ID NO:13的對應序列片段,而且包括其天然或人工突變體的對應序列片段。例如,表現「來自HBsAg的S結構域的位置101至172的胺基酸殘基」包括來自SEQ ID NO:13的位置101至172的胺基酸殘基及其突變體(天然或人工突變體)的對應片段。
如本文中所使用,表現「對應序列片段」或「對應片段」係指當序列經受最佳比對,即序列經比對以獲得最高同一性百分比時,位於序列的同等位置中之片段。M蛋白(M-HBsAg)對應於被55個胺基酸的N端結構域(稱為「pre-S2」)所延長之S蛋白質。L蛋白(L-HBsAg)對應於被108個胺基酸的N端結構域(稱為「pre-S1」(基因型D))所延長之M蛋白。L蛋白的pre-S1及pre-S2結構域可存在於在病毒組裝中發揮關鍵作用之病毒粒子的內表面(在ER的細胞質側上)、也可存在於可用於與標的細胞相互作用之外表面(在ER的腔側上)上,且為病毒感染力所必需的。此外,HBV表面蛋白(HBsAg)不僅被併入病毒粒子包膜中而且亦自ER-高基氏體中間區室膜自發性出芽以形成空的「次病毒粒子」(SVP),其藉由分泌自細胞中釋放。
由於所有三個HBV包膜蛋白質S-HBsAg、M-HBsAg、及L-HBsAg均包含S結構域,所以所有三個HBV包膜蛋白質S-HBsAg、M-HBsAg、及L-HBsAg亦包含「抗原環區域」。因此,與HBsAg的抗原環區域結合之抗體或其抗原結合片段與所有三個HBV包膜蛋白質:S-HBsAg、M-HBsAg、及L-HBsAg結合。
此外,在一些具體實施例中,組合療法的抗HBV抗體、或其抗原結合片段中和B型肝炎病毒之感染。換言之,該抗體或其抗原結合片段可降低B型肝炎病毒的病毒感染力。
為了在實驗室中研究並定量病毒感染力(或「中和」),所屬技術領域中具有通常知識者知曉各種標準之「中和檢測」。對於中和檢測,動物病毒一般係在細胞及/或細胞株中增殖。在本揭露之背景下,對於中和檢測,培養之細胞可在待測抗體存在(或不存在)之情況下與固定量之HBV培育。可使用分泌至細胞培養物上清液中之B型肝炎表面抗原(HBsAg)或B型肝炎e抗原(HBeAg)的水平作為讀數及/或可評估HBcAg染色。在HBV中和檢測的一個具體實施例中,將培養之細胞(例如HepaRG細胞,特定而言是分化之HepaRG細胞)在存在或不存在待測抗體之情況下與固定量之HBV培育,例如在37下持續16小時。該培育可在培養基(例如補充有4% PEG 8000)中進行。在培育之後,可洗滌細胞並進一步培養。為測量病毒感染力,分泌至細胞培養物上清液中(例如感染後第7天至第11天)之B型肝炎表面抗原(HBsAg)或B型肝炎e抗原(HBeAg)的水平可藉由酶聯免疫吸附檢測法(ELISA)測定。此外,HBcAg染色可在免疫螢光檢測法中評估。
在一些具體實施例中,抗體及抗原結合片段具有高中和效價。對於B型肝炎病毒(HBV)的50%中和所需之本揭露之抗體濃度係例如約10 pg/ml或更低。在某些具體實施例中,HBV的50%中和所需之本揭露之抗體濃度係約5 pg/ml、約1 pg/ml、或約750 ng/ml。在某些具體實施例中,HBV的50%中和所需之本揭露之抗體濃度係500 ng/ml或更低,例如450、400、350、300、250、200、175、150、125、100、90、80、70、60、或約50 ng/ml或更低。此意指HBV的50%中和僅需低濃度抗體即可。特異性及效價可使用如所屬技術領域中具有通常知識者已知之標準檢測來測量。
在一些具體實施例中,抗HBV抗體作為組合療法的組分,在B型肝炎的預防及/或治療中係有用的。
在一些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段促進HBsAg及HBV的清除。特定而言,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段可促進HBV及B型肝炎病毒的次病毒粒子(SVP)二者的清除。HBsAg或次病毒粒子的清除可藉由測量例如血液樣本(例如來自B型肝炎患者)中之HBsAg的水平來評估。同樣地,HBV的清除可藉由測量例如血液樣本(例如來自B型肝炎患者)中之HBV的水平來評估。
在感染HBV患者的血清中,除感染性粒子(HBV)以外,一般存在過量(一般1,000至100,000倍)之空的次病毒粒子(SVP),其僅由以相對較小的球形及可變長度的絲之形式的HBV包膜蛋白質(HBsAg)所組成。已顯示次病毒粒子強烈地增強HBV的胞內病毒複製及基因表現(Bruns, M., et al., J Virol 72(2):1462-8(1998))。此在含有HBV之血清的感染力之背景下亦為重要,因為感染力不僅取決於病毒的數目,而且亦取決於SVP的數目(Bruns, M., et al., J Virol 72(2):1462-8(1998))。此外,過量之次病毒粒子可作用為誘餌,其藉由吸附中和抗體從而延遲感染的清除。一般而言,達成B型肝炎表面抗原(HBsAg)消失因而被視為治療的理想終點及治癒慢性B型肝炎(CHB)的最接近結果。因此,在一些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段可促進HBsAg的清除,且特定而言,促進B型肝炎病毒的次病毒粒子及HBV的清除,其能夠改善B型肝炎的治療,特定而言係在慢性B型肝炎之背景下。所以,由於較少的抗體被充當誘餌之SVP吸附,因此根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段可有效地中和HBV。此外,在某些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段促進B型肝炎病毒之次病毒粒子的清除,並減輕HBV在血清中的感染力。
根據基因組序列,HBV分化成許多基因型。迄今為止,已定義HBV基因組的八種熟知基因型(A至H)。此外,亦已鑑別兩種新的基因型I及J(Sunbul, M., World J Gastroenterol 20(18):5427-34(2014))。基因型已知影響疾病的進展,且在對應於抗病毒治療之基因型之間的差異已被測定。例如,基因型A具有慢性之傾向,而在基因型C中頻繁地發生病毒突變。在基因型D中常見到慢性及頻繁突變二者。此外,HBV的基因型不同程度地在全世界分佈(Sunbul, M., 2014,同上)。在某些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與HBsAg基因型A、B、C、D、E、F、G、H、I、及J中之至少6、至少8、或所有10種結合。在某些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與HBsAg基因型A、B、C、D、E、F、G、H、I、及J中之1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、或10種結合。HBsAg的不同基因型的實例包括下列:GenBank登錄號J02203(HBV-D, ayw3)、GenBank 登錄號FJ899792.1(HBV-D, adw2)、GenBank登錄號AM282986 (HBV-A)、GenBank登錄號D23678(HBV-B1日本)、GenBank登錄號AB1 1 7758(HBV-C1柬埔寨)、GenBank登錄號AB205192(HBV-E迦纳)、GenBank登錄號X69798 (HBV-F4巴西)、GenBank登錄號AF160501(HBV-G美國)、GenBank登錄號AY090454 (HBV-H尼加拉瓜)、GenBank登錄號AF241409(HBV-I越南)、及GenBank登錄號AB486012 (HBV-J婆羅洲)。不同基因型的HBsAg的S結構域的抗原環區域胺基酸序列係顯示於表2中(SEQ ID NO:14至42)。
在某些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與下列在抗原環區域中具有突變之1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、或18個HBsAg突變體結合:HBsAg Y100C/P120T、HBsAg P120T、HBsAg P120T/S143L、HBsAg C121 S、HBsAg R122D、HBsAg R122I、HBsAg T123N、HBsAg Q129H、HBsAg Q129L、HBsAg M133H、HBsAg M133L、HBsAg M133T、HBsAg K141 E、HBsAg P142S、HBsAg S143K、HBsAg D144A、HBsAg G145R、及HBsAg N146A。此等突變體係基於HBsAg基因型D((SEQ ID NO:43),Genbank登錄號FJ899792)的S結構域的天然存在突變體(其中突變之(一或多種)胺基酸殘基在名稱中指示)。
(SEQ ID NO:43)(抗原環區域(即胺基酸101至172)加底線顯示)。
在特定具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與下列在抗原環區域中具有突變之至少12個、至少15個、或所有18個感染性HBsAg突變體結合:HBsAg Y100C/P120T、HBsAg P120T、HBsAg P120T/S143L、HBsAg C121 S、HBsAg R122D、HBsAg R122I、HBsAg T123N、HBsAg Q129H、HBsAg Q129L、HBsAg M1 33H、HBsAg M133L、HBsAg M1 33T、HBsAg K141 E、HBsAg P142S、HBsAg S143K、HBsAg D144A、HBsAg G145R、及HBsAg N146A。
在某些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與包含HBsAg的抗原環區域至少一個、至少二個、至少三個胺基酸、或至少四個胺基酸之表位結合,其中該至少二個、至少三個、或至少四個胺基酸選自HBsAg的S結構域的胺基酸115至133、HBsAg的S結構域的胺基酸120至133、或HBsAg的S結構域的胺基酸120至130。值得注意的是,胺基酸的位置(例如115至133、120至133、120至130)係指如上所述之HBsAg的S結構域,其存在於所有三種HBV包膜蛋白質S-HBsAg、M-HBsAg、及L-HBsAg中。
在特定具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與在HBsAg的抗原環區域中之表位結合,其中該表位係由位於選自HBsAg的S結構域的胺基酸位置115至133、胺基酸位置120至133、或胺基酸位置120至130之位置的一或多個胺基酸形成。
在表位之背景下,如本文中所使用,術語「由...形成(formed by)」意指與本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之表位可為線性(連續的)或構象(不連續的)的。線性或連續性表位(sequential epitope)係一種藉由抗體辨識其胺基酸的線性序列、或一級結構之表位。相比之下,構象表位具有特定之三維形狀及蛋白質結構。因此,若表位係線性表位且包含位於選自HBsAg的S結構域的胺基酸位置115至133、或胺基酸位置120至133之位置的多於一個胺基酸,則由該表位所包含之胺基酸可位於一級結構的相鄰位置(即在胺基酸序列中之連續胺基酸)中。在構象表位(3D結構)之情況下,相比之下,胺基酸序列一般形成3D結構作為表位,且因此形成表位之胺基酸(或由表位「所包含之」胺基酸)可位於或可不位於一級結構的相鄰位置中(即在胺基酸序列中可係或可不係連續胺基酸)。在某些具體實施例中,與本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之表位僅由選自HBsAg的S結構域的胺基酸位置115至133、胺基酸位置120至133、或胺基酸位置120至130之(一或多個)胺基酸形成。在特定具體實施例中,不需要位於位置115至133、位置120至133、或位置120至130之外的(其他)胺基酸來形成與本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之表位。
在某些具體實施例中,與本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之HBsAg的抗原環區域中之表位係由位於選自HBsAg的S結構域的胺基酸位置115至133、胺基酸位置120至133、或胺基酸位置120至130之位置的二或多個胺基酸形成。在某些具體實施例中,與本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之HBsAg的抗原環區域中之表位係由位於選自HBsAg的S結構域的胺基酸位置115至133、胺基酸位置120至133、或胺基酸位置120至130之位置的三或多個胺基酸形成。在某些具體實施例中,與本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之HBsAg的抗原環區域中之表位係由位於選自HBsAg的S結構域的胺基酸位置115至133、胺基酸位置120至133、或胺基酸位置120至130之位置的四或多個胺基酸形成。就此,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段可與選自HBsAg的S結構域的胺基酸115至133、HBsAg的S結構域的胺基酸120至133、或HBsAg的S結構域的胺基酸120至130之HBsAg的抗原環區域的至少一個、至少二個、至少三個胺基酸、或至少四個胺基酸結合。在特定具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段與包含HBsAg的抗原環區域的至少二個、至少三個、或至少四個胺基酸之表位結合,其中該至少二個、至少三個、或至少四個胺基酸選自HBsAg的S結構域的胺基酸120至133、或胺基酸120至130,且其中該至少二個、至少三個、或至少四個胺基酸位於相鄰位置(即為胺基酸序列/一級結構中之連續序列)中。
在某些具體實施例中,與根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段結合之表位係構形表位。因此,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段可與包含HBsAg的抗原環區域的至少二個、至少三個、或至少四個胺基酸之表位結合,其中該至少二個、至少三個、或至少四個胺基酸選自HBsAg的S結構域的胺基酸120至133、或胺基酸120至130,且其中至少二個、或至少三個、或至少四個胺基酸不位於(一級結構的)相鄰位置中。
在某些特定具體實施例中,本揭露之抗體係雙特異性抗體,其具有對HBsAg之第一特異性及具有刺激免疫效應細胞之第二特異性(例如藉由靶向T細胞表面蛋白質,諸如例如CD3蛋白質胞外部分)。第二特異性可引起例如細胞毒性效應或疫苗接種效應。
b. Fc部分
在一些具體實施例中,結合蛋白質(例如抗體或其抗原結合片段)包含Fc部分。在某些具體實施例中,Fc部分可衍生自人類來源,例如來自人類IgG1、IgG2、IgG3、及/或IgG4。在特定具體實施例中,抗體或抗原結合片段可包含衍生自人類IgG1之Fc部分。
如本文中所使用,術語「Fc部分(Fc moiety)」係指包含或衍生自免疫球蛋白重鏈的一部分之序列,該部分開始於鉸鍊區域,就在木瓜酶切割位點(例如在天然IgG中之殘基216,使得重鏈恆定區域的第一個殘基為114)的上游並終止於免疫球蛋白重鏈的C端處。因此,Fc部分可為完整的Fc部分或其一部分(例如結構域)。在某些具體實施例中,完整的Fc部分包含鉸鏈結構域、CH2結構域、及CH3結構域(例如EU胺基酸位置216至446)。額外的離胺酸殘基(K)有時存在於Fc部分的極C端處,但經常自成熟抗體切割下來。Fc部分內之胺基酸位置已根據卡巴(Kabat)的EU編號系統編號(參見例如Kabat, et al., "Sequences of Proteins of Immunological Interest", U. S. Dept. Health and Human Services, 1983 and 1987)。Fc部分的胺基酸位置亦可根據IMGT編號系統(包括針對C結構域之獨特編號及外顯子編號)及卡巴編號系統編號。
在一些具體實施例中,Fc部分包含下列中之至少一者:鉸鏈(例如上、中、及/或下鉸鏈區域)結構域、CH2結構域、CH3結構域、或其變體、部分、或片段。在一些具體實施例中,Fc部分至少包含鉸鏈結構域、CH2結構域、或CH3結構域。在進一步具體實施例中,Fc部分係完整的Fc部分。人類IgG1同型的例示性Fc部分的胺基酸序列提供於SEQ ID NO:96中。Fc部分亦可包含相對於天然存在之Fc部分的一或多個胺基酸插入、刪除、或取代。例如,可刪除鉸鏈結構域、CH2結構域、或CH3結構域中之至少一者、或其一部分。例如,Fc部分可包含下列或由其所組成:(i)融合至CH2結構域(或其一部分)之鉸鏈結構域(或其一部分)、(ii)融合至CH3結構域(或其一部分)之鉸鏈結構域(或其一部分)、(iii)融合至CH3((或其一部分))結構域之CH2結構域(或其一部分)、(iv)鉸鏈結構域(或其一部分)、(v)CH2結構域(或其一部分)、或(vi)CH3結構域或其一部分。
本揭露之Fc部分可經修飾使得其胺基酸序列與天然存在之免疫球蛋白分子的完整的Fc部分有所不同,同時保留(或增強)由天然存在之Fc部分所賦予的至少一種所欲功能。此類功能包括例如,Fc受體(FcR)結合、抗體半衰期調節(例如藉由與FcRn結合)、ADCC功能、蛋白質A結合、蛋白質G結合、及補體結合。與此類功能有關之天然存在之Fc部分的部分已在所屬技術領域中描述。
例如,當(一或多個)免疫球蛋白分子與抗原標的附接時,為了活化補體級聯,C1q蛋白質複合物可與至少二個分子之IgG1或一個分子之IgM結合(Ward, E. S.,及Ghetie, V., Ther. Immunol. 277-94(1995))。包含胺基酸殘基318至337之重鏈區域參予補體固定(Burton, D. R., Mol. Immunol. 22:161-206(1985))。Duncan, A. R.及Winter, G.(Nature 332: 738-40(1988)),使用定點誘變,報導了Glu318、Lys320、及Lys322形成與C1q之結合位點。Glu318、Lys320、及Lys322殘基在C1q的結合中的作用係藉由含有此等殘基之短合成肽抑制補體介導之溶解的能力來確認。
例如,FcR結合可藉由(抗體的)Fc部分與Fc受體(FcR)的交互作用來介導,Fc受體係包括造血細胞之細胞上特化的細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族,並顯示為介導下列二者:藉由免疫複合物的吞噬作用移除經抗體包覆之病源體、及經由抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC;Van de Winkel, J. G.,及Anderson, C. L., J. Leukoc. Biol.
49:511-24(1991))來溶解紅血球及塗佈有對應抗體之各種其他細胞標的(例如腫瘤細胞)。FcR係藉由其對免疫球蛋白類別之特異性來定義;IgG抗體之Fc受體被稱為FcγR、對於IgE為FcεR、對於IgA為FcαR,依此類推,而初生受體被稱為FcRn。Fc受體結合係在例如Ravetch, J. V.及Kinet, J. P., Annu. Rev. Immunol.
9:457-92(1991);Capel, P. J.等人
Immunomethods
4:25-34(1994);de Haas, M.,等人J Lab. Clin. Med. 126:330-41(1995);及Gessner, J. E.,等人,Ann. Hematol. 76:231-48(1998)中描述。
藉由天然IgG抗體的Fc結構域之受體(FcγR)的交聯觸發各種效應子功能,包括吞噬作用、抗體依賴性細胞性細胞毒性(antibody-dependent cellular cytotoxicity)、及發炎介質的釋放、以及免疫複合物清除及抗體產生的調控。本文中考慮提供受體(例如FcγR)交聯之Fc部分。在人類中,FcγR的三種類別已特徵化:(i)FcγRI(CD64),其以高親和力結合單聚體IgG,並在巨噬細胞、單核球、嗜中性球、及嗜酸性球上表現;(ii)FcγRII(CD32),其以中至低親和力結合複合之IgG,且係廣泛地表現(特定而言在白血球上),據信為抗體介導之免疫力中之主要參予者,且其可被分成FcγRIIA、FcγRIIB、及FcγRIIC,彼等在免疫系統中執行不同功能。但以類似之低親和力與IgG-Fc結合,且此等受體的外區域(ectodomain)係高度同源的;及(iii)FcγRIII(CD16),其以中至低親和力結合IgG且已發現呈兩種形式:FcγRIIIA,其已在NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性球、及一些單核球及T細胞上發現,且據信介導ADCC;及FcγRIIIB,其在嗜中性球上高度表現。
FcγRIIA在許多參予殺滅之細胞(例如巨噬細胞、單核球、嗜中性球)上發現且似乎能夠活化殺滅過程。FcγRIIB似乎在抑制過程中發揮作用並在B細胞、巨噬細胞上及在肥大細胞及嗜酸性球上發現。已顯示所有FcγRIIB的75%在肝中發現(Ganesan, L. P., et al., Journal of Immunology 189:4981-8(2012))。FcγRIIB在被稱為LSEC之肝竇狀內皮細胞(liver sinusoidal endothelium)上及在肝中之庫弗氏細胞中豐富地表現,且LSEC係小免疫複合物清除的主要位點(Ganesan, L. P. et al., 2012,同上)。
在一些具體實施例中,本文中所揭示之抗體及其抗原結合片段包含與FcγRIIb結合之Fc部分,特定而言為Fc區域,諸如例如IgG類型抗體。此外,可以藉由引入突變S267E及L328F來工程改造Fc部分以增強FcγRIIB結合,如由Chu, S. Y等人(Molecular Immunology 45:3926-33(2008))所述。因此,可增強免疫複合物的清除(Chu, S., et al., Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts(2014))。在一些具體實施例中,本揭露之抗體、或其抗原結合片段包含具有突變S267E及L328F之經工程改造之Fc部分,特定而言如由Chu, S. Y等人(2008,同上)所述。
在B細胞上,FcγRIIB似乎對進一步壓制免疫球蛋白產生及同型轉換至例如IgE類別起作用。在巨噬細胞上,FcγRIIB被認為抑制透過FcγRIIA所介導之吞噬作用。在嗜酸性球及肥大細胞上,該b形式可有助於透過IgE與其獨立之受體結合來壓制此等細胞的活化。
關於FcγRI結合,在天然IgG中之E233至G236、P238、D265、N297、A327、及P3295中的至少一者之修飾降低與FcγRI的結合。將在位置233至236處之IgG2殘基取代至對應之IgG1及IgG4位置中,使IgG1及IgG4與FcγRI的接合降低10
3
倍並消除人類單核球對經抗體敏化之紅血球細胞之反應(Armour, K. L., et al., Eur. Immunol. 29:2613-2624(1999))。
關於FcγRII結合,發現例如對於E233至G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292、及K414中之至少一者的IgG突變降低對於FcγRIIA之結合。
關於FcγRIII結合,發現例如對於E233至G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338、及D376中之至少一者的突變降低對於FcγRIII之結合。
在人類IgG1上針對Fc受體之結合位點的定位,上文提及之突變位點、及用於測量與FcγRI及FcγRIIA結合之方法係在Shields, R. L等人(J. Biol. Chem. 276: 6591-6604 (2001))中描述。
關於與FcγRII結合,天然IgG Fc中有二區域似乎參予在FcγRII與IgG之間的交互作用,即(i)IgG Fc的下鉸鏈位點,特定而言為胺基酸殘基L、L、G、及G(234至237,EU標號)、及(ii)IgG Fc的CH2結構域的相鄰區域,特定而言在鄰近於下鉸鏈區域之上CH2結構域中(例如在P331區域中)之環及鏈(Wines, B. D., et al., J. Immunol. 164:5313-8 (2000))。此外,FcγRI似乎與IgG Fc上相同的位點結合,而FcRn及蛋白質A與IgG Fc上之不同位點結合,該等位點似乎在CH2至CH3界面處(Wines, B. D., et al., 2000,同上)。
亦考慮增加本揭露之Fc部分與(即一或多個)Fcγ受體的結合親和力之突變(例如,如與不包含(一或多種)突變之參考Fc部分或抗體相比)。參見例如Delillo and Ravetch, Cell 161(5):1035-45(2015)及Ahmed et al., J. Struc. Biol. 194 (1):78(2016),該Fc突變及其技術以引用方式併入本文中。在任何本文中揭示之具體實施例中,結合蛋白質可包含Fc部分,其包含選自G236A;S239D;A330L;及I332E;或包含其之組合;例如S239D/I332E;S239D/A330L/I332E;G236A/S239D/I332E;G236A/A330L/I332E;及G236A/S239D/A330L/I332E。
在某些具體實施例中,Fc部分可包含參予與FcRn結合之Fc部分的至少一部分或由其所組成。在某些具體實施例中,Fc部分包含一或多個胺基酸修飾,其改善對於FcRn之結合親和力且,在一些具體實施例中,從而延長包含Fc部分之分子的體內半衰期(例如,如與不包含(一或多種)突變之參考Fc部分或抗體相比)。在某些具體實施例中,Fc部分包含或衍生自IgG Fc且半衰期延長之突變包含下列中任一者或多者:M428L;N434S;N434H;N434A;N434S;M252Y;S254T;T256E;T250Q;P257I;Q311I;D376V;T307A;及E380A(EU編號)。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含M428L/N434S。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含M252Y/S254T/T256E。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含T250Q/M428L。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含P257I/Q311I。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含P257I/N434H。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含D376V/N434H。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含T307A/E380A/N434A。
在特定具體實施例中,結合蛋白質包括包含取代突變之Fc部分:M428L/N434S及G236A/A330L/I332E。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代突變之Fc部分:M428L/N434S及G236A/S239D/A330L/I332E。
在特定具體實施例中,結合蛋白質包括包含取代突變之Fc部分:G236A/A330L/I332E。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代突變之Fc部分:G236A/S239D/A330L/I332E。
替代地或額外地,本揭露之結合蛋白質的Fc部分可包含至少所屬技術領域中已知對蛋白質A結合所需之部分;及/或本揭露之抗體的Fc部分包含至少所屬技術領域中已知對蛋白質G結合所需之Fc分子的部分。在一些具體實施例中,保留之功能包含HBsAg及HBVg的清除。因此,在某些具體實施例中,Fc部分包含至少所屬技術領域中已知對FcγR結合所需之對部分。如上所概述,Fc部分可因此至少包含(i)天然IgG Fc的下鉸鏈位點,特定而言胺基酸殘基L、L、G、及G(234至237,EU標號)、及(ii)天然IgG Fc的CH2結構域的相鄰區域,特定而言與下鉸鏈區相鄰之上CH2結構域中,例如在P331區域中,例如在P331周圍(例如在天然IgG Fc的胺基酸320與340(EU標號)之間)之天然IgG Fc的上CH2結構域中至少3、4、5、6、7、8、9、或10個連續胺基酸的區域中之環及鏈。
在一些具體實施例中,根據本揭露之結合蛋白質包含Fc區域。如本文中所使用,術語「Fc區域(Fc region)」係指由抗體重鏈的二或多個Fc部分所形成之免疫球蛋白的部分。例如,Fc區域可為單聚體或「單鏈」Fc區域(即scFc區域)。單鏈Fc區域由在單一多肽鏈(例如以單一連續核酸序列所編碼)內連接之Fc部分所組成。例示性scFc區域在WO 2008/143954 A2中揭示,且以引用方式併入本文中。Fc區域可為或包含二聚之Fc區域。「二聚之Fc區域」或「dcFc」係指由兩個單獨免疫球蛋白重鏈的Fc區域所形成之二聚物。二聚之Fc區域可為兩個同一之Fc部分的同源二聚體(例如天然存在之免疫球蛋白的Fc區域)或兩個非同一之Fc部分的異源二聚體(例如二聚之Fc的一個Fc單體包含至少不存在於另一個Fc單體中之胺基酸修飾(例如取代、刪除、插入、或化學修飾)、或一個Fc單體如與另一個單體相比可為被截短的)。
本揭示之Fc部分可包含相同或不同類別及/或子類別的Fc序列或區域。例如Fc部分可衍生自IgG1、IgG2、IgG3、或IgG4子類別的免疫球蛋白(例如人類免疫球蛋白)或衍生自其任何組合。在某些具體實施例中,Fc區域的Fc部分係屬於相同類別及子類別。然而,Fc區域(或Fc區域的一或多個Fc部分)亦可為嵌合的,其中嵌合Fc區域可包含衍生自不同免疫球蛋白類別及/或子類別之Fc部分。例如,二聚或單鏈Fc區域的至少二個Fc部分可來自不同免疫球蛋白類別及/或子類別。在某些具體實施例中,二聚之Fc區域可包含來自二或更多種同型或亞型之序列;例如SEEDbody (「股交換工程改造結構域(strand-exchange engineered domains)」(參見Davis, et al., Protein Eng. Des. Sel. 23(4):195(2010))。
額外地或替代地,嵌合Fc區域可包含一或多個嵌合Fc部分。例如,嵌合Fc區域或部分可包含衍生自第一子類別的免疫球蛋白之一或多個部分(例如IgG1、IgG2、或IgG3子類別),同時Fc區域或部分的其餘部分屬於不同子類別。例如,Fc多肽的Fc區域或部分可包含衍生自第一子類別的免疫球蛋白之CH2及/或CH3結構域(例如IgG1、IgG2、或IgG4子類別)及衍生自第二子類別的免疫球蛋白之鉸鏈區域(例如IgG3子類別)。例如,Fc區域或部分可包含衍生自第一子類別的免疫球蛋白之鉸鏈及/或CH2結構域(例如IgG4子類別)及衍生自第二子類別的免疫球蛋白之CH3結構域(例如IgG1、IgG2、或IgG3子類別)。例如,嵌合Fc區域分可包含來自第一子類別的免疫球蛋白(例如IgG4子類別)之Fc部分(例如完整的Fc部分)及來自第二子類別(例如IgG1、IgG2、或IgG3子類別)的免疫球蛋白之Fc部分。例如,Fc區域或部分可包含來自IgG4免疫球蛋白之CH2結構域及來自IgG1免疫球蛋白之CH3結構域。例如,Fc區域或部分可包含來自IgG4分子之CH1結構域及CH2結構域及來自IgG1分子之CH3結構域。例如,Fc區域或部分可包含來自抗體的特定子類別之CH2結構域的一部分,例如CH2結構域的EU位置292至340。例如,Fc區域或部分可包含衍生自IgG4部分之CH2的位置292至340處之胺基酸且CH2的其餘部分衍生自IgG1部分(替代地,CH2的292至340可衍生自IgG1部分且CH2的剩餘部分衍生自IgG4部分)。
此外,Fc區域或部分可(額外地或替代地)例如包含嵌合鉸鏈區域。例如,嵌合鉸鏈可例如部分衍生自IgG1、IgG2、IgG4分子(例如中上及中下鉸鏈序列)且部分衍生自IgG3分子(例如中鉸鏈序列)。在另一實例中,Fc區域或部分可包含部分衍生自IgG1分子及部分衍生自IgG4分子之嵌合鉸鏈。在另一實例中,嵌合鉸鏈可包含來自IgG4分子之上及下鉸鏈結構域及來自IgG1分子之中鉸鏈結構域。此種嵌合鉸鏈可例如藉由在IgG4鉸鏈區域的中鉸鏈結構域中之EU位置228處引入脯胺酸取代(Ser228Pro)來製造。在一些其他具體實施例中,嵌合鉸鏈可在EU位置233至236處包含來自IgG2抗體之胺基酸及/或Ser228Pro突變,其中鉸鏈的其餘胺基酸係來自IgG4分子(例如序列ESKYGPPCPPCPAPPVAGP(SEQ ID NO:105)的嵌合鉸鏈)。根據本揭露可在抗體的Fc部分中所使用之其他嵌合鉸鏈係在US 2005/0163783 A1中描述。
在一些具體實施例中,Fc部分或Fc區域包含衍生自人類免疫球蛋白序列之胺基酸序列或由其所組成(例如來自衍生自人類IgG分子之Fc區域或Fc部分)。然而,多肽可包含來自另一哺乳動物物種之一或多個胺基酸。例如,靈長類Fc部分或靈長類結合位點可被包括在對象多肽(subject polypeptide)內。替代地,一或多個鼠類胺基酸可存在於Fc部分中或Fc區域中。
c. HBC34及HBC24抗體
在某些具體實施例中,抗HBV抗體係HBC34或其經工程改造之變體,或係HBC24或其經工程改造之變體。HBC34及HBC24係具有高中和活性之抗HBsAg人類抗體。HBC34以高親和力(在pM範圍內)與HBsAg的抗原環結合,其辨識所有10種HBV基因型及18種突變體,並以低化學劑量與球形SVP結合。如以免疫檢測法診斷地測量,HBC34的活性係5000 IU/mg。作為比較,HBIG的活性係~1IU/mg。
如本文所指,術語「HBC34抗體(HBC34 antibody)」及「HBC抗體(HBC antibody)」可包括野生型HBC34抗體或其經工程改造之變體(例如在表3中所述之HBC34及HBC34變體),除非另有說明。
表3顯示HBC34的CDR、重鏈可變區域(V
H
)、及輕鏈可變區域(V
L
)及其經工程改造之變體(「HBC34v7」、「HBC34v23」、「HBC34v31」、「HBC34v32」、「HBC34v33」、「HBC34v34」、及「HBC34v35」)的胺基酸序列,以及「HBC24」的胺基酸序列。亦顯示本揭露之例示性抗體的全長重鏈(HC)及輕鏈(LC)胺基酸序列。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體係HBC34、或HBC34抗體的非天然變體。HBC34抗體的非天然變體之實例包括,例如「HBC34v7」、「HBC34v23」、「HBC34v31」、「HBC34v32」、「HBC34v33」、「HBC34v34」、及「HBC34v35」。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含如表3中所列之一或多個胺基酸序列。在某些具體實施例中,根據本揭露之抗體、或其抗原結合片段包含與如表3中所示之CDR序列、V
H
序列、V
L
序列、HC序列、及/或LC序列具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少88%、至少90%、至少92%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列。在任何目前揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段可包含如表3中所列之CDR、V
H
、V
L
、HC、及/或LC序列。
在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(i)分別根據SEQ ID NO:44、45或46、及47之CDRH1、CDRH2、及CDRH3胺基酸序列;及(ii)分別根據SEQ ID NO:48、49或50、及51或52之CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。
所以,在一些具體實施例中,CDRH1、CDRH2、及CDRH3係分別根據SEQ ID NO:44、45、及47。在一些具體實施例中,CDRH1、CDRH2、及CDRH3係分別根據SEQ ID NO:44、46、及47。在一些具體實施例中,CDRL1、CDRL2、及CDRL3係分別根據SEQ ID NO:48、49、及51。在一些具體實施例中,CDRL1、CDRL2、及CDRL3係分別根據SEQ ID NO:48、49、及52。在一些具體實施例中,CDRL1、CDRL2、及CDRL3係分別根據SEQ ID NO:48、50、及51。在一些具體實施例中,CDRL1、CDRL2、及CDRL3係分別根據SEQ ID NO:48、50、及52。
應理解的是,本揭露之抗體或抗原結合片段可包含根據SEQ ID NO:44至52之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列的任何組合。
在特定具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段,包含:分別根據SEQ ID NO:44、45、及47之CDRH1、CDRH2、及CDRH3胺基酸序列;及分別根據SEQ ID NO:48、49、及51之CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。在其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:分別根據SEQ ID NO:44、45、及47之CDRH1、CDRH2、及CDRH3胺基酸序列;及分別根據SEQ ID NO:48、49、及52之CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:55至69中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53或54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:
(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:55至63中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:
(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與如SEQ ID NO:55至57或64至69中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:
(i)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:55中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(ii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:55中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(iii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:56中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(iv)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:56中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(v)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:57中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(vi)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:57中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(vii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:58中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(viii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:59中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(ix)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:60中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(x)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:61中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xi)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:62中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:63中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xiii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:64中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xiv)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:65中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xv)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:66中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xvi)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:67中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xvii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:68中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
(xviii)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其包含與SEQ ID NO:69中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其包含與SEQ ID NO:54中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:
(a)輕鏈,其包含與如SEQ ID NO:73中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈,其包含與SEQ ID NO:70至72及97中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;或
(a)輕鏈,其包含與SEQ ID NO:74中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;及(b)重鏈,其包含與SEQ ID NO:70至72及97中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成;或
(a)輕鏈,其包含與SEQ ID NO:83至95中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含與SEQ ID NO:70至72、97、及98中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性之胺基酸序列或由其所組成。
在特定具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:73中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:70中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在特定具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:73中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:71中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:73中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:72中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:73中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:97中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在又其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:74中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:70中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在又其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:74中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:71中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在更其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:74中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:72中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在又其他具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)輕鏈,其包含SEQ ID NO:74中所列之胺基酸序列或由其所組成,及(b)重鏈,其包含SEQ ID NO:97中所列之胺基酸序列或由其所組成。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含具有分別根據SEQ ID NO:77至82之胺基酸序列的CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3。在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含:(a)根據SEQ ID NO:76之胺基酸序列的輕鏈可變結構域(VL);及(b)根據SEQ ID NO:75之胺基酸序列的重鏈可變結構域(VH)。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其與SEQ ID NO:76中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其與SEQ ID NO:75中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
d.醫藥組成物
在一些具體實施例中,組合療法的抗體或其抗原結合片段係以醫藥組成物提供,該醫藥組成物包括抗HBV抗體及可選的醫藥上可接受之載劑。在一些具體實施例中,組成物可包括抗HBV抗體,其中該抗體可佔組成物中總蛋白質的至少50重量%(例如60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、或更多)。在此種組成物中,抗體可為純化形式。
抗HBV抗體的醫藥組成物可包括抗微生物劑,特別是若以多劑量形式包裝時。彼等可包含清潔劑,例如Tween(聚山梨醇酯),諸如Tween 80。當存在時,清潔劑一般係以低水平存在,例如少於0.01%。組成物亦可包括用於滲壓性之鈉鹽(例如氯化鈉)。例如,在一些具體實施例中,醫藥組成物包含濃度為10±2 mg/ml之NaCl。
此外,醫藥組成物可包含例如約15至30 mg/ml(例如25 mg/ml)之糖醇(例如甘露醇)或雙糖(例如蔗糖或海藻糖),特別是若彼等係待冷凍乾燥或若彼等包括已自冷凍乾燥材料回溶之材料。在冷凍乾燥前,可將冷凍乾燥之組成物的pH調整至在5與8之間、或在5.5與7之間、或約6.1。
本揭露之抗體組成物亦可包含一或多種免疫調節劑。在一些具體實施例中,一或多種該免疫調節劑包括佐劑。
製備抗HBV抗體的醫藥組成物之方法可包括下列步驟:(i)製備抗體;並(ii)將該純化抗體與一或多種醫藥上可接受之載劑混合。
IV. 使用組合療法治療之方法
在一些具體實施例中,本揭露提供用於治療HBV感染或與B型肝炎病毒相關之疾病。
如本文中所使用,「個體(subject)」係動物,諸如哺乳動物,包括可感染HBV之任何哺乳動物,例如長類(諸如人類、非人類靈長類,例如猴子、或黑猩猩)、或被認為係可接受的HBV感染臨床模型,HBV-AAV小鼠模型之動物(參見例如Yang等人,Cell and Mol Immunol 11:71 (2014))或HBV 1.3xfs基因轉殖小鼠模型(Guidotti等人,J. Virol. 69:6158(1995))。在一些具體實施例中,個體患有B型肝炎病毒(HBV)感染。在一些其他具體實施例中,個體同時患有B型肝炎病毒(HBV)感染及D型肝炎病毒(HDV)感染。在一些其他具體實施例中,個體係諸如患有HBV感染人類,尤其是患有慢性B型肝炎病毒(CHBV)感染之人類。
如本文中所使用,術語「治療(treating/treatment)」係指下列有利或所欲之結果,包括但不限於:減輕或改善與不期望之HBV基因表現或HBV複製相關之一或多種徵象或症狀,例如存在血清或肝HBV cccDNA、存在血清HBV DNA、存在血清或肝HBV抗原(例如HBsAg或HBeAg)、升高之ALT、升高之AST(一般認為正常範圍係約10至34 U/L)、不存在或低水平抗HBV抗體;肝損傷;肝硬化;D型肝炎(delta hepatitis);急性B型肝炎;急性猛爆性B型肝炎;慢性B型肝炎;肝纖維化;末期肝病;肝細胞癌;類血清病症候群(serum sickness-like syndrome);厭食;噁心;嘔吐、輕度發燒(low-grade fever);肌痛;易疲勞性;味覺敏銳度及嗅覺感受度失調(對食物及香煙厭惡);或右上腹部疼痛及上腹部疼痛(間歇性,輕度至中度);肝性腦病變;嗜睡;睡眠模式紊亂;精神錯亂;昏迷;腹水;胃腸出血;凝血功能障礙;黃疸;肝腫大(輕度增大、軟肝);脾腫大;手掌紅斑;蜘蛛痣;肌肉消瘦;蜘蛛血管瘤;血管炎;靜脈曲張出血;周邊水腫;男性女乳症;睪丸萎縮;腹部側支靜脈(臍周靜脈曲張(caput medusa));ALT水平高於AST水平;升高之γ麩胺醯基轉肽酶(GGT)(一般認為正常範圍係約8至65 U/L)及鹼性磷酸(ALP)水平(一般認為正常範圍約44至147 IU/L (每公升國際單位),不超過ULN之3倍);略低之白蛋白水平;升高之血清鐵水平;白血球減少症(即顆粒球減少症);淋巴球增多症;增加之紅血球沉降率(ESR);縮短之紅血球存活期;溶血;血小板減少症;延長國際標準化比值(INR);存在血清或肝HBsAg、HBeAg、B型肝炎核心抗體(抗-HBc)、免疫球蛋白M(IgM);B型肝炎表面抗體(抗-HBs)、B型肝炎e抗體(抗-HBe)、或HBV DNA;增加之膽紅素水平;高球蛋白血症;存在組織非特異性抗體,諸如抗平滑肌抗體(ASMA)或抗核抗體(ANA)(10至20%);存在組織特異性抗體,諸如抗甲狀腺抗體(10至20%);升高之類風濕因子(RF)水平;低血小板及白血球計數;小葉具有退化性及再生性肝細胞變化,且併發發炎;及主要小葉中心壞死,不論可偵測到或不可偵測到。降低發展成例如肝纖維化的可能性,例如:當個體具有一或多種肝纖維化之危險因子(例如慢性B型肝炎感染)時,其將不會發展成肝纖維化或相對於具有相同危險因子但未接受如本文中所述之治療的族群,其發展成肝纖維化之嚴重程度較低。與沒有接受治療之預期存活期相比,「治療」亦可意指延長存活期。
如本文中所使用,術語「防止(preventing)」或「預防(prevention)」係指不會發展成疾病、病症、或病況,或減輕與此種疾病、病症、或病況相關之徵象或症狀的發展(例如藉由臨床上相關的量)、或展現延緩之徵象或症狀延緩(例如數天、數週、數個月、或數年)。預防可能需要投予超過一劑。
在一些具體實施例中,治療HBV感染導致「功能性治癒(functional cure)」B型肝炎。如本文中所使用,應理解功能性治癒為清除循環之HBsAg並可能伴隨轉換為使用臨床上相關檢測,HBsAg抗體變成可偵測到之狀態。例如,可偵測到之抗體可包括如藉由化學發光微粒免疫分析法(chemiluminescent microparticle immunoassay, CMIA)或任何其他免疫分析法測量之信號高於10 mIU/ml。功能性治癒不需要清除所有複製型HBV(例如來自肝之cccDNA)。每年約0.2至1%之慢性受感染患者自發性發生抗HBs血清轉換。然而,即使在抗HBs血清轉換之後,數十年來仍經常觀察到低水平HBV持續存在,此指示發生功能性治癒而非完全治癒。在不受特定機制限制下,在功能性治癒已達成之情況下,免疫系統能夠控制HBV。功能性治癒容許終止HBV感染之任何治療。然而,應理解的是,HBV感染之「功能性治癒」可能不足以預防或治療由HBV感染所造成之疾病或病況,例如肝纖維化、HCC、或肝硬化。在一些具體實施例中,「功能性治癒」可係指開始治療方案或完成治療方案之後至少3個月、至少6個月、或至少一年的血清HBsAg持續降低,諸如<1 IU/mL。
如本文中所使用,術語「B型肝炎病毒相關之疾病(hepatitis B virus-associated disease)」或「HBV相關之疾病(HBV-associated disease)」係由HBV感染或複製所引起、或與HBV感染或複製相關之疾病或病症。術語「HBV相關之疾病(HBV-associated disease)」包括可自HBV基因表現或複製降低而受益之疾病、病症、或病況。HBV相關之疾病的非限制性實例包括,例如D型肝炎病毒感染、D型肝炎、急性B型肝炎;急性猛爆性B型肝炎;慢性B型肝炎;肝纖維化;末期肝病;及肝細胞癌。
在一些具體實施例中,HBV相關之疾病係D型肝炎病毒感染。D型肝炎病毒(hepatitis D virus或hepatitis delta virus,(HDV))係人類病原體。然而,該病毒有缺陷,且依賴由B型肝炎病毒(HBV)所提供之義務助手功能進行傳播;事實上,HDV需要聯合或預先存在之HBV感染而變成有傳染性並茁壯成長,特定而言,該病毒包膜含有B型肝炎的表面抗原。HDV會導致與HBV相關之嚴重急性及慢性型式的肝疾病。D型肝炎感染或D型肝炎在幾個非洲國家、亞馬遜河流域、及中亞地區域高度流行,但在除了地中海地區域以外的工業化國家中,其流行率低。
HDV的傳播可經由同時感染HBV(共感染)或疊加在慢性B型肝炎或B型肝炎帶原者狀態(重覆感染)下來發生。重覆感染及共感染HDV二者與單純感染HBV相比導致更嚴重之併發症。此等併發症包括在急性感染時經歷肝衰竭之可能性更高,並迅速惡化成肝硬化,且在慢性感染時發展成肝癌的機會增加。在與B型肝炎病毒結合下,D型肝炎具有所有肝炎感染中之最高的死亡率,佔20%。
在一些具體實施例中,HBV相關之疾病係急性B型肝炎。急性B型肝炎包括持續少於6個月之肝發炎。急性B型肝炎的典型症狀係疲勞、厭食、噁心、及嘔吐。經常觀察到非常高之胺基轉移酶值(>1000U/L)及高膽紅素血症。嚴重的急性B型肝炎病例可能迅速惡化成急性肝衰竭,其以肝臟合成功能不良來表示。在沒有既往肝疾病之前提下,此經常以16秒的凝血酶原時間(PT)或1.5的國際標準化比值(INR)來界定。急性B型肝炎可能演變成慢性B型肝炎。
在一些具體實施例中,HBV相關疾病係之慢性肝炎。慢性B型肝炎(CHB)包括肝發炎持續超過6個月。患有CHB之個體係HBsAg陽性且具有高病毒血症(≥10
4
HBV-DNA拷貝/ml血液)或低病毒血症(<10
3
HBV-DNA拷貝/血液)。在某些具體實施例中,個體已感染HBV至少五年。在某些具體實施例中,個體已感染HBV至少十年。在某些具體實施例中,個體在出生時即感染HBV。患有慢性B型肝炎疾病之個體可為免疫耐受的或在沒有任何活性疾病的證據下具有無活性慢性感染,且彼等亦無症狀。罹患慢性活性肝炎,特別在複製狀態期間之患者,可能具有類似於急性肝炎患者之症狀。患有慢性B型肝炎疾病之個體可具有活性慢性感染並併發壞死性發炎(necroinflammatory)肝疾病,在沒有可偵測到之壞死性發炎的前提下具有增加之肝細胞轉換率、或在沒有任何活性疾病證據之情況下患有無活性慢性感染,且彼等亦沒有症狀。CHB個體持續HBV感染係cccHBV DNA所致。在一些具體實施例中,患有CHB之個體係HBeAg陽性。在一些其他具體實施例中,患有CHB之個體係HBeAg陰性。患有CHB之個體具有低於10
5
的血清HBV DNA水平,且轉胺酶(例如ALT、AST、及γ麩胺醯基轉移酶)持續升高。患有CHB之個體可具有小於4的肝生檢指數(liver biopsy score)(例如壞死性發炎指數)。
在一些具體實施例中,HBV相關之疾病係急性猛爆性B型肝炎。患有急性猛爆性B型肝炎之個體具有急性肝炎的症狀及意識混亂或昏迷之額外症狀(因為肝無法排除化學毒物)、及淤血或出血(因為缺少凝血因子)。
患有HBV感染(例如CHB)之個體可能發展成肝纖維化。因此,在一些具體實施例中,HBV相關之疾病係肝纖維化。肝纖維化(或肝硬化)之組織學定義為彌漫性肝過程,其特徵在於纖維化(過量纖維結締組織)並將正常肝構造轉化成結構異常之結節。
患有HBV感染(例如CHB)之個體可能發展成末期肝病。因此,在一些具體實施例中,HBV相關之疾病係末期肝病。例如,由於肝纖維化可能發展至身體可能無法代償之程度,例如肝功能降低造成肝纖維化(即失償性肝),並導致例如心智及神經的症狀及肝衰竭。
患有HBV感染(例如CHB)之個體可能發展成肝細胞癌(HCC),亦稱為惡性肝癌。因此,在一些具體實施例中,HBV相關之疾病係HCC。HCC通常在患有CHB之個體中發展,且可能為纖維層狀、偽腺體(腺樣體)、多形(巨細胞)、或透明細胞。
「HDV相關之病症」或「D型肝炎病毒相關之病症」係一種與HDV表現相關之疾病或病症。例示性HDV相關之病症包括B型肝炎病毒感染、急性B型肝炎、急性D型肝炎;急性猛爆性D型肝炎;慢性D型肝炎;肝纖維化;末期肝病;及肝細胞癌。
如本文中所使用,「治療有效量(therapeutically effective amount)」意指包括RNAi劑或抗HBV抗體的量,當向患者投予以治療患有HBV感染及/或HBV相關之疾病的個體時,其量足以有效治療疾病(例如藉由減少或維持現有疾病或疾病的一或多種症狀)。「治療有效量」可能隨RNAi劑及/或抗HBV抗體、彼等投予之方式、疾病及其嚴重程度、及待接受治療之患者的病史、年齡、體重、家庭病史、基因組態、由HBV基因所介導之病理過程階段、先前或併行治療的類型(若有的話)、及其他個體特徵而有所不同。治療有效量可能需要投予超過一劑。
「治療有效量」亦包括在可適用於任何治療之合理的利益/危險比下,產生一些所欲效應之RNAi劑或抗HBV抗體的量。本揭露之方法中所使用之治療劑(例如RNAi劑、抗HBV抗體)可投予足夠量以產生可適用於此類治療之合理的利益/危險比。
如本文中所使用,術語「樣本(sample)」包括收集單離自個體之類似流體、細胞、或組織,以及存在於個體內之流體、細胞或組織。生物流體的實例包括血液、血清及漿膜液、血漿、淋巴液、尿液、唾液、及類似者。組織樣本可包括來自組織、器官或局部區域之樣本。例如,樣本可能衍生自特定器官、器官的一部分、或彼等器官內之流體或細胞。在某些具體實施例中,樣本可能衍生自肝(例如整個肝、或肝的某些部分、或肝中的某些細胞類型,諸如例如肝細胞)。在某些具體實施例中,「衍生自個體之樣本」係指自該個體抽血所獲得之血液、或血漿、或血清。在進一步具體實施例中,「衍生自個體之樣本」係指衍生自該個體之肝組織(或其次組分)或血液組織(或其次組分,例如血清)。
本揭露之一些具體實施例提供治療有其需要之個體的慢性HBV感染或HBV相關之疾病之方法,其包含:(i)向個體投予降低HBV抗原負載之劑;及(ii)向個體投予抗HBV抗體。在某些具體實施例中,降低HBV抗原負載之劑係在抗HBV抗體之前投予。在某些具體實施例中,在抗HBV抗體之前先投予HBV基因表現抑制劑,造成當投予抗HBV抗體時病毒負載成為降低的。在某些具體實施例中,組合療法的抗HBV抗體的治療有效量係少於當未向個體投予降低HBV抗原負載之劑時所遞送之抗HBV抗體的治療有效量(例如當抗HBV抗體係作為單一療法單獨投予時)。在一些具體實施例中,降低HBV抗原負載之劑係抑制HBV轉錄物的表現之RNAi劑(例如siRNA)。
在某些具體實施例中,本揭露提供治療有其需要之個體的慢性HBV感染或HBV相關之疾病之方法,其包含:向個體投予降低HBV抗原負載之劑;及向個體投予抗HBV抗體;且進一步包含在投予降低HBV抗原負載之劑之前及之後自個體之血液樣本中測量HBsAg存在量,其中HBsAg之減少指示至少一種HBV基因的表現降低。
在一些具體實施例中,本揭露提供一種供使用於治療個體之慢性HBV感染或HBV相關之疾病的降低HBV抗原負載之劑,其中該個體隨後經投予抗HBV抗體。在某些其他具體實施例中,本揭露提供一種供使用於治療個體之慢性HBV感染或HBV相關之疾病的抗HBV抗體,且該個體先前已經投予降低HBV抗原負載之劑。在進一步具體實施例中,至少一種HBV基因的表現在投予降低HBV抗原負載之劑之後降低,且當該至少一種HBV基因的表現降低時向該個體投予抗HBV抗體。
在某些具體實施例中,本揭露提供降低HBV抗原負載之劑及/或抗HBV抗體在製造用於治療慢性HBV感染或HBV相關之疾病的藥劑之用途。
本揭露之一些具體實施例提供治療有其需要之個體的慢性HBV感染或HBV相關之疾病之方法,其包含:(i)向個體投予HBV基因表現抑制劑;及(ii)向個體投予抗HBV抗體。在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑係在抗HBV抗體之前投予。在某些具體實施例中,在抗HBV抗體之前先投予HBV基因表現抑制劑,造成當投予抗HBV抗體時病毒負載成為降低的。在某些具體實施例中,組合療法的抗HBV抗體的治療有效量係少於當未向個體投予HBV基因表現抑制劑時所遞送之抗HBV抗體的治療有效量(例如當抗HBV抗體係作為單一療法單獨投予時)。
在特定具體實施例中,至少一種HBV基因的表現在投予HBV基因表現抑制劑之後降低,且當該至少一種HBV基因的表現降低時向該個體投予抗HBV抗體。在特定具體實施例中,該至少一種HBV基因係HBV X基因及/或HBsAg。
在某些具體實施例中,本揭露提供治療有其需要之個體的慢性HBV感染或HBV相關之疾病之方法,其包含:向個體投予HBV基因表現抑制劑;及向個體投予抗HBV抗體;且進一步包含在投予HBV因表現抑制劑之前及之後自個體之血液樣本中測量HBsAg存在量,其中HBsAg減少指示至少一種HBV基因的表現降低。
在一些具體實施例中,本揭露提供一種供使用於治療個體之慢性HBV感染或HBV相關之疾病的HBV基因表現抑制劑,其中該個體隨後經投予抗HBV抗體。在某些其他具體實施例中,本揭露提供一種供使用於治療個體之慢性HBV感染或HBV相關之疾病的抗HBV抗體,且該個體先前已經投予基因表現抑制劑。在特定具體實施例中,至少一種HBV基因的表現在投予HBV基因表現抑制劑之後降低,並當該至少一種HBV基因的表現降低時向該個體投予抗HBV抗體。
在某些具體實施例中,本揭露提供HBV基因表現抑制劑及/或抗HBV抗體在製造用於治療慢性HBV感染或HBV相關之疾病的藥劑之用途。
在任何以上方法、供使用之組成物、或製造之用途中,該方法及組成物可用於治療慢性HBV感染。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑係以單劑、二劑、三劑、四劑、或五劑投予。在某些特定具體實施例中,在投予抗HBV抗體之前,至少先投予第一劑之HBV基因表現抑制劑。
在某些具體實施例中,HBV基因表現抑制劑係以單劑、二劑、三劑、四劑、或五劑、六劑、七劑、或八劑投予。可投予一劑或多劑,例如每天兩次、每天一次、每天兩次、每天一次、每兩天一次、每三天一次、每週兩次;每週一次、每隔一週一次、每四週一次、或每月一次。
在某些具體實施例中,投予抗HBV抗體包含每週兩次、每週一次、每隔一週一次、每兩週一次、或每月一次投予抗HBV抗體。
在某些具體實施例中,投予抗HBV抗體包含投予至少兩劑治療有效量的抗HBV抗體。在某些進一步具體實施例中,該至少兩劑係每週兩次、每週一次、每隔一週一次、每兩週一次、或一個月一次投予。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體在投予HBV基因表現抑制劑之後至少1週開始投予。在某些具體實施例中,抗HBV抗體在投予HBV基因表現抑制劑之後2週開始投予。在某些具體實施例中,抗HBV抗體在投予HBV基因表現抑制劑之後8週開始投予。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體及HBV基因表現抑制劑係各自皮下投予。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體可辨識HBV基因型A、B、C、D、E、F、G、H、I、及J。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體可為人類抗體;單株抗體;或雙特異性抗體,其具有對HBsAg之第一特異性及具有刺激免疫效應子之第二特異性(例如刺激細胞毒性或疫苗接種效應之第二特異性)。在本文中所揭示之以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的某些其他具體實施例中,抗HBV抗體係單株抗體。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體可為HBC34或HBC34的非天然變體,如本文中所揭示。例如,在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含具有下列胺基酸序列之CDR:(i)根據SEQ ID NO:44、45、47至49、及51;或(ii)根據SEQ ID NO:44、45、47至49、及52。在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含具有根據SEQ ID NO:44、45、47、48、49、及51之胺基酸序列之CDR。在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含具有根據SEQ ID NO:44、45、47、48、49、及52之胺基酸序列之CDR。在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含:(1)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其與如SEQ ID NO:55至63中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其與如SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;或(2)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其與如SEQ ID NO:55至57及64至69中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其與如SEQ ID NO:54所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含:(1)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其與如SEQ ID NO:55至69中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其與如SEQ ID NO:53中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;或(2)(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其與如SEQ ID NO:55至69中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其與如SEQ ID NO:54所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)根據SEQ ID NO:59之輕鏈可變結構域(V
L
)序列;及(b)根據SEQ ID NO:53之重鏈可變結構域(V
H
)序列。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)根據SEQ ID NO:58之輕鏈可變結構域(V
L
)序列;及(b)根據SEQ ID NO:53之重鏈可變結構域(V
H
)序列。
在方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)輕鏈,其與如SEQ ID NO:73中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈,其與如SEQ ID NO:70至72及97中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
在方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)輕鏈,其與如SEQ ID NO:74中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈,其與如SEQ ID NO:70至72及97中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
在方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)輕鏈,其與如SEQ ID NO:83至95中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈,其與如SEQ ID NO:70至72、97、及98中任一者所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
在方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)根據SEQ ID NO:73之輕鏈胺基酸序列,及(b)根據SEQ ID NO:70之重鏈胺基酸序列。
在方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)根據SEQ ID NO:73之輕鏈胺基酸序列,及(b)根據SEQ ID NO:71之重鏈胺基酸序列。
在方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抗HBV抗體包含:(a)根據SEQ ID NO:74之輕鏈胺基酸序列,及(b)根據SEQ ID NO:70之重鏈胺基酸序列。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的某些其他具體實施例中,抗HBV抗體包含具有根據SEQ ID NO:77至82之胺基酸序列之CDR。在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的某些具體實施例中,抗HBV抗體包含(a)根據SEQ ID NO:76之胺基酸序列的輕鏈可變結構域(VL);及(b)根據SEQ ID NO:75之胺基酸序列的重鏈可變結構域(VH)。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的某些具體實施例中,抗HBV抗體包含(a)輕鏈可變結構域(V
L
),其與如SEQ ID NO:76中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性;及(b)重鏈可變結構域(V
H
),其與如SEQ ID NO:75中所列之胺基酸序列為至少90%、至少95%、或100%同一性。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體的治療有效量係少於當未向個體投予HBV基因表現抑制劑時所遞送之抗HBV抗體的治療有效量。例如,如與單獨投予抗HBV抗體相比,組合療法可降低抗HBV抗體的有效劑量。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體係以至少兩個單獨之劑投予。在特定具體實施例中,該至少兩劑係每週兩次、每週一次、每隔一週一次、每兩週一次、或一個月一次投予。
在某些具體實施例中,個體係人類並投予治療有效量之抗HBV抗體,其中該治療有效量係自約3 mg/kg至約30 mg/kg。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,抑制劑係抑制HBV轉錄物的表現之RNAi劑。在一些具體實施例中,HBV轉錄物表現的抑制係藉由rtPCR來測量。在一些具體實施例中,HBV轉錄物表現的抑制係藉由ELISA測量蛋白質水平之降低來測量。
在某些具體實施例中,RNAi劑包含形成雙股區域之正義股及反義股,其中該正義股包含至少15個相鄰核苷酸,其與SEQ ID NO:1的核苷酸1579至1597差異不超過3個核苷酸。在某些具體實施例中,RNAi劑包含正義股及反義股,其中正義股包含SEQ ID NO:1的核苷酸1579至1597。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑的至少一股包含至少1個核苷酸或至少2個核苷酸的3’突出段。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑的雙股區域可為15至30個核苷酸對長;17至23個核苷酸對長;17至25個核苷酸對長;23至27個核苷酸對長;19至21個核苷酸對長;或21至23個核苷酸對長。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑的各股可為15至30個核苷酸或19至30個核苷酸。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係siRNA。在特定具體實施例中,siRNA抑制編碼HBsAg蛋白質、HBcAg蛋白質、及HBx蛋白質、或HBV DNA聚合酶蛋白質之HBV轉錄物的表現。在某些具體實施例中,siRNA與由下列所編碼之標的至少15個相鄰核苷酸結合:P基因,NC_003977.2的核苷酸2309至3182及1至1625;S基因(編碼L、M、及S蛋白質),NC_003977.2的核苷酸2850至3182及1至837;HBx,NC_003977.2的核苷酸1376至1840;或C基因,NC_003977.2的核苷酸1816至2454。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係siRNA,且該siRNA的反義股包含5’-UGUGAAGCGAAGUGCACACUU-3’(SEQ ID NO:4)的核苷酸序列的至少15個相鄰核苷酸或19個相鄰核苷酸。在一些具體實施例中,siRNA的反義股包含5’-UGUGAAGCGAAGUGCACACUU-3’(SEQ ID NO:4)的核苷酸序列。在一些具體實施例中,該反義股由5’-UGUGAAGCGAAGUGCACACUU-3’(SEQ ID NO:4)的核苷酸序列所組成。在一些具體實施例中,siRNA的正義股包含5’- GUGUGCACUUCGCUUCACA-3’(SEQ ID NO:3)的核苷酸序列。在一些具體實施例中,siRNA的正義股由5’- GUGUGCACUUCGCUUCACA-3’(SEQ ID NO:3)的核苷酸序列所組成。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係siRNA,且該siRNA的反義股包含5’-UAAAAUUGAGAGAAGUCCACCAC-3’(SEQ ID NO:107)的核苷酸序列的至少15個相鄰核苷酸或19個相鄰核苷酸。在一些具體實施例中,siRNA的反義股包含5’-UAAAAUUGAGAGAAGUCCACCAC-3’(SEQ ID NO:107)的核苷酸序列。在一些具體實施例中,siRNA的反義股由5’-UAAAAUUGAGAGAAGUCCACCAC-3’(SEQ ID NO:107)的核苷酸序列所組成。在一些具體實施例中,siRNA的正義股包含5’-GGUGGACUUCUCUCAAUUUUA-3’(SEQ ID NO:106)的核苷酸序列。在一些具體實施例中,siRNA的正義股由5’-GGUGGACUUCUCUCAAUUUUA-3’(SEQ ID NO:106)的核苷酸序列所組成。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係siRNA,其中該正義股的實質上所有核苷酸及該反義股的實質上所有核苷酸係經修飾之核苷酸,且該正義股係與附接在3’端之配體共軛。在特定具體實施例中,配體係透過單價連接子、二價分支連接子、或三價分支連接子所附接之一或多個GalNAc衍生物。在某些具體實施例中,透過連接子所附接之GalNAc衍生物係下列或包含下列:
。
在特定具體實施例中,siRNA與配體共軛係如下圖所示(即透過連接子所附接之GalNAc衍生物係):
其中X係O或S。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係siRNA,其中siRNA的至少一個核苷酸係經修飾之核苷酸,其包括去氧核苷酸、3’-端去氧胸腺嘧啶(dT)核苷酸、2’-O-甲基修飾之核苷酸、2’-氟修飾之核苷酸、2’-去氧修飾之核苷酸、鎖核苷酸、解鎖核苷酸、組態限制之核苷酸(conformationally restricted nucleotide)、約束性乙基核苷酸(constrained ethyl nucleotide)、無鹼基核苷酸、2’-胺基修飾之核苷酸、2’-O-烯丙基修飾之核苷酸、2’-C-烷基修飾之核苷酸、2’-羥基修飾之核苷酸、2’-甲氧基乙基修飾之核苷酸、2’-O-烷基修飾之核苷酸、N-嗎啉基核苷酸、磷醯胺酸酯(phosphoramidate)、包含非天然鹼基之核苷酸、四氫吡喃修飾之核苷酸、1,5-無水己糖醇修飾之核苷酸、環己烯基修飾之核苷酸、包含硫代磷酸酯基之核苷酸、包含甲基膦酸酯基之核苷酸、包含5’-磷酸酯之核苷酸、腺苷-二醇核酸、或包含5’-磷酸酯擬似物之核苷酸。在某些具體實施例中,siRNA包含磷酸酯主鏈修飾、2’核糖修飾、5’三磷酸酯修飾、或GalNAc共軛修飾。在某些具體實施例中,磷酸酯主鏈修飾包含硫代磷酸酯鍵。在某些具體實施例中,2”核糖修飾包含氟或-O-甲基取代。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係具有包含5’-gsusguGfcAfCfUfucgcuucacaL96-3’(SEQ ID NO:5)之正義股及包含5’-usGfsugaAfgCfGfaaguGfcAfcacsusu-3’(SEQ ID NO:6)之反義股的siRNA,
其中a、c、g、及u分別係2’-O-甲基腺苷-3’-磷酸酯、2’-O-甲基胞苷-3’-磷酸酯、2’-O-甲基鳥苷-3’-磷酸酯、及2’-O-甲基尿苷-3’-磷酸酯;
Af、Cf、Gf、及Uf分別係2’-氟腺苷-3’-磷酸酯、2’-氟胞苷-3’-磷酸酯、2’-氟鳥苷-3’-磷酸酯、及2’-氟尿苷-3’-磷酸酯;
s係硫代磷酸酯鍵聯;且
L96係N-[參(GalNAc-烷基)-醯胺基癸醯基)]-4-羥基脯胺醇。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係具有包含5’-gsusguGfcAfCfUfucgcuucacaL96-3’(SEQ ID NO:7)之正義股及包含5’-usGfsuga(Agn)gCfGfaaguGfcAfcacsusu-3’(SEQ ID NO:8)之反義股的siRNA,
其中a、c、g、及u分別係2’-O-甲基腺苷-3’-磷酸酯、2’-O-甲基胞苷-3’-磷酸酯、2’-O-甲基鳥苷-3’-磷酸酯、及2’-O-甲基尿苷-3’-磷酸酯;
Af、Cf、Gf、及Uf分別係2’-氟腺苷-3’-磷酸酯、2’-氟胞苷-3’-磷酸酯、2’-氟鳥苷-3’-磷酸酯、及2’-氟尿苷-3’-磷酸酯;
(Agn)係腺苷-二醇核酸(adenosine-glycol nucleic acid, GNA);
s係硫代磷酸酯鍵聯;且
L96係N-[參(GalNAc-烷基)-醯胺基癸醯基)]-4-羥基脯胺醇。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,RNAi劑係具有包含5’-gsgsuggaCfuUfCfUfcucaAfUfuuuaL96-3’(SEQ ID NO:108)之正義股及包含5’-usAfsaaaUfuGfAfgagaAfgUfccaccsasc-3’ (SEQ ID NO:109)之反義股的siRNA,
其中a、c、g、及u分別係2’-O-甲基腺苷-3’-磷酸酯、2’-O-甲基胞苷-3’-磷酸酯、2’-O-甲基鳥苷-3’-磷酸酯、及2’-O-甲基尿苷-3’-磷酸酯;
Af、Cf、Gf、及Uf分別係2’-氟腺苷-3’-磷酸酯、2’-氟胞苷-3’-磷酸酯、2’-氟鳥苷-3’-磷酸酯、及2’-氟尿苷-3’-磷酸酯;
s係硫代磷酸酯鍵聯;且
L96係N-[參(GalNAc-烷基)-醯胺基癸醯基)]-4-羥基脯胺醇。
在以上方法、供使用之組成物、或製造之用途的特定具體實施例中,個體係人類,並向該個體投予治療有效量之RNAi或siRNA,且其中該RNAi或siRNA的有效量係自約1 mg/kg至約8 mg/kg。
在本文中所揭示之方法、供使用之組成物、或用途的一些具體實施例中,siRNA係每天兩次、每天一次、每兩天一次、每三天一次、每週兩次;每週一次、每隔一週一次、每四週一次、或每月一次向個體投予。在一些具體實施例中,其中siRNA係每四週一次向個體投予。
在某些具體實施例中,該方法包括投予兩種HBV基因表現抑制劑與抗HBV抗體。兩種HBV基因表現抑制劑可為兩種siRNA,諸如靶向不同HBV基因之兩種siRNA。兩種不同HBV基因可為例如HBsAg、及HBV X。該兩種HBV基因表現抑制劑可同時投予。在某些具體實施例中,兩種各自定向至HBV基因之siRNA經投予,且第一siRNA具有反義股,其包含SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、或SEQ ID NO:8;而該第二siRNA包含具有正義股之siRNA,該正義股包含SEQ ID NO:1的核苷酸2850至3182的至少15個相鄰核苷酸。在某些具體實施例中,兩種各自定向至HBV基因之siRNA經投予,且第一siRNA具有反義股,其包含SEQ ID NO:107、或SEQ ID NO:109;而第二siRNA包含具有正義股之siRNA,該正義股包含SEQ ID NO:1的核苷酸2850至3182的至少15個相鄰核苷酸。在某些具體實施例中,兩種各自定向至HBV基因之siRNA經投予,且第一siRNA具有反義股,其包含SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、或SEQ ID NO:8;而第二siRNA具有反義股,其包含SEQ ID NO:107或SEQ ID NO:109。在某些具體實施例中,第一siRNA具有正義股,其包含SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、或SEQ ID NO:7;而第二siRNA具有正義股,其包含SEQ ID NO:106或SEQ ID NO:108。
在某些具體實施例中,抗HBV抗體及HBV基因表現抑制劑展現協同治療效應(synergistic therapeutic effect)。術語「協同(synergy)]係用於描述二或更多種活性劑的組合效應係大於每個各別活性劑的單獨效應的總和。因此,當二或更多種劑的組合效應導致活性或過程的「協同抑制」,則意指該活性或過程的抑制係大於每個各別活性劑的抑制效應的總和。術語「協同治療效應(synergistic therapeutic effect)」係指用二或更多種療法的組合所觀察到之治療效應,其中該治療效應(如藉由數個參數中之任一者來衡量)係大於用各別單獨療法所觀察到之單獨治療效應的總和。
在一些具體實施例中,向患有HBV感染、及/或HBV相關之疾病之個體投予靶向HBV mRNA之RNAi劑,使得一或多種HBV基因的表現性、HBV ccc DNA水平、HBV抗原水平、HBV病毒負載水平、ALT、及/或AST(例如在個體的細胞、組織、血液、或流體中)降低至少約10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、62%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或99%、或更多。
在一些具體實施例中,向患有HBV感染、及/或HBV相關之疾病之個體投予靶向HBV mRNA之RNAi劑,並抑制HBV基因表現至少約5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或99%、或約100%(即低於檢測的偵測水平)。
在一些具體實施例中,根據本揭露之組合療法包含投予作為第三組分之核苷(酸)類似物。如本文中所使用,術語「核苷(酸)類似物(nucelot(s)ide analog)」(或「聚合酶抑制劑(polymerase inhibitor)」或「反轉錄酶抑制劑(reverse transcriptase inhibitor)」)係DNA複製的抑制劑,其結構上類似於核苷酸或核苷並特異性地抑制HBV cccDNA的複製且不會明顯抑制宿主(例如人類)DNA的複製。此類抑制劑包括諾福韋二吡呋酯(tenofovir disoproxil fumarate, TDF)、替諾福韋艾拉酚胺(tenofovir alafenamide, TAF)、拉米夫定(lamivudine)、阿德福韋酯(adefovir dipivoxil)、恩替卡韋(entecavir、ETV)、替比夫定(telbivudine)、AGX-1009、恩曲他濱(emtricitabine)、FTC、克拉夫定(clevudine)、利托那韋(ritonavir)、迪夫昔(dipivoxil)、洛布卡韋(lobucavir)、泛維爾(famvir)、N-乙醯基-半胱胺酸(N-acetyl-cysteine、NAC)、PC1323、特拉奇-HBV(theradigm-HBV)、胸腺素-α(thymosin-alpha)、及更昔洛韋(ganciclovir)、貝斯福韋(besifovir)(ANA-380/LB-80380)、及替諾福韋-抑利德斯(tenofvir-exaliades)(TLX/CMX157)。在某些具體實施例中,核苷(酸)類似物係恩替卡韋(ETV)。核苷(酸)類似物可自數個來源商業購得且在HBV的治療中係根據其藥標適應症(label indication)(例如,一般以特定劑量口服投予)或如由熟練行醫者判定用於本文中所提供之方法中。
抗HBV抗體或HBV基因表現抑制劑可存在於與第三活性組分相同之醫藥組成物中,或抗HBV抗體、HBV基因表現抑制劑、及第三活性組分可存在於三種不同之醫藥組成物中。此類不同之醫藥組成物可組合/同時、或以不同時間、或以不同位置(例如身體的不同部分)投予。
V. HBV組合療法之套組
本文中所提供之套組包括HBV療法的組分。在一些具體實施例中,套組包括一或多種抗HBV抗體、一或多種HBV基因表現抑制劑、及視需要地HBV組合療法的第三組分(例如核苷(酸)類似物)。套組可額外地包括用於準備及/或投予HBV組合療法的組分之說明書。
實例
實例1
抗體及HBV靶向之siRNA的組合療法減少AAV-HBV小鼠中HBV感染的標記。
為了判定siRNA-抗體組合療法是否可有效治療HBV感染,將受AAV/HBV感染之C57BL/6小鼠投予下列十四種不同治療中之一者:(1)HBV特異性siRNA(HBV02,具有SEQ ID NO:8的反義股);(2)至(5)抗HBV抗體(HBC34抗體的小鼠嵌合形式HBC34v7,HBC34-v7-mu-IgG2a),以四種劑量之一;(6至7)HBV02 siRNA及HBC34-v7-mu-IgG2a抗體(以二種抗體劑量之一);(8至11)投予HBV02 siRNA、HBC34-v7-mu-IgG2a抗體、恩替卡韋(ETV),以四種抗體劑量之一;(12)對照siRNA及對照抗體;(13)僅恩替卡韋;或(14)僅鹽水(參見表4)。
HBV02係化學合成之雙股寡核苷酸,其與包含三個GalNAc殘基之配體共價連接。所有核苷經2’-OMe或2’-F修飾且反義股的一個核苷經(S)-1-(2,3-羥基丙基)腺苷(Agn)置換。正義股及反義股的核苷係透過3’-5’磷酸二酯鍵聯或3’-5’硫代磷酸酯(phosphorothioate)鍵聯而連接,形成該寡核苷酸的糖-磷酸酯主鏈。
HBC34係對HBV表面抗原(PreS1、PreS2、及S)高度中和單株抗體。除結合HBV表面抗原之Fab片段部分之外,在此實驗中所使用之HBC34抗體係完全鼠源化HBC34v7。人類HBC34v7具有如SEQ ID NO:53中所列之V
H
序列及如SEQ ID NO:56中所列之V
L
序列。用於此實驗之HBC34-v7-mu-IgG2a抗體中所使用之HBC34v7序列的小鼠嵌合形式分別具有如SEQ ID NO:99及100中所列之重鏈及輕鏈胺基酸序列。
將靶向人類甲狀腺素運載蛋白(transthyretin)基因之siRNA用作對照siRNA,乃因預計其不會造成血清中感染之HBV標記減少。
在此實例中所使用之對照單株抗體(mAb)係對呼吸道融合病毒(respiratory syncytial virus)具有特異性之抗體,且預計不會造成血清中感染之HBV標記減少。
將小鼠(C57BL/6品系)接種下列量之rAAV8-1.3 HBV品系ayw,D型:對每隻老鼠經由尾靜脈注射於200 μl體積中之1.0X10
11
個病毒基因組。在病毒接種之後四週,開始以測試化合物治療。
投藥排程係顯示於圖1中。恩替卡韋係每天口服投予一次。HBV特異性siRNA係在研究開始時皮下投予一次,而抗HBV抗體係在研究的第三週及第四週期間每週腹膜內投予兩次。在第四週犧牲一小組小鼠,而在研究的第六週犧牲另一小組小鼠。
每週兩次自血清樣本中測量病毒負載、HBsAg、及游離HBC34抗體。亦進行血清HBeAg、血清丙胺酸轉移酶(ALT)、肝HBcAg、肝HBsAg、及肝之總HBV DNA(藉由qPCR)、及血清抗HBV抗體的測量。檢測肝淋巴球、脾細胞、及淋巴結(門靜脈/腹腔對腹股溝)以測定HBV特異性IFNg
+
CD4
+
細胞及IFNg
+
CD8
+
細胞的比例。
治療組之平均HBsAg值係顯示於表5中。
圖2A及2B顯示藉由HBV DNA拷貝數所測量之病毒負載,而圖3A及3B顯示血清HBsAg量。圖2A及3A分別顯示當將HBV02 siRNA或HBC34抗體(15 mg/kg)各自單獨投予時之病毒負載及HBsAg量。相對於鹽水對照,HBV02 siRNA使血清HBV DNA及HBsAg分別降低~0.5-對數
10
及1-對數
10
。相對於鹽水對照,單獨HBC34抗體對HBV DNA沒有影響,但使血清HBsAg降低<1-對數
10
。圖2B及圖3B證實相對於鹽水對照,以HBV02 siRNA及HBC34抗體(15 mg/kg)二者治療使病毒負載及HBsAg量降低~3-對數
10
。相對於個別以任一分子治療,當將HBV02 siRNA與HBC34抗體組合使用時,血清HBV DNA及HBsAg的降低明顯更強,且組合效應超過單一療法效應的總合。組合療法比單獨以恩替卡韋治療亦更能降低病毒負載及HbsAg量。不論是否亦投予恩替卡韋,均觀察到HBV02 siRNA及HBC34抗體的組合效應。此等結果證實HBV02 siRNA及HBC34抗體在降低病毒負載及HBsAg中具有協同作用之潛力,且此效應與恩替卡韋治療無關。
圖4繪示在第1天研究開始之後第14天與第42天之間所測量之游離HBC34抗體量(第1天= siRNA 投予至選擇治療組)。相對於以HBC34單獨治療,以HBV02 siRNA 及HBC34抗體組合治療導致高得多的初始游離抗體量,其可維持超過28天,不論治療是否包括恩替卡韋。結果顯示於圖4中,結合病毒負載及血清HBsAg量,指示治療的效應與游離循環之HBC34抗體的量相關,且隨著HBsAg負載減少,低劑量抗體可能變得有效。例如,基於在抗體治療前HBsAg負載的至少部分降低,組合療法可允許以下列之有效治療:較少劑量之抗體、較低劑量之抗體、及/或更少侵入性投予途徑(例如皮下代替靜脈內)。
總而言之,此研究證實,投予靶向HBV之siRNA、然後投予靶向HBV之抗體有效地減少血清HBV DNA及HBsAg。此外,個別組分似乎協同地交互作用,使得此組合療法的效應係大於各組分單獨的效應,且大於若效應僅為相加時所預期者。最後,結果提示,投予siRNA降低血清HBsAg,使抗體更為有效。
實例2
以二種抗HBV抗體之一及HBV靶向之siRNA的組合療法
為了判定使用siRNA及抗HBV抗體HBC24之siRNA-抗體組合療法是否有效治療HBV感染,將受AAV/HBV感染之C57BL/6小鼠投予下列十一種不同治療中之一者:(1)腹膜內投予HBV特異性siRNA(HBV02,具有SEQ ID NO:8的反義股;參見實例1中之說明);(2)至(3)抗HBV抗體(完全鼠源化HBC24),以二種劑量之一腹膜內投予;(4)至(5)HBV02 siRNA(以一種劑量腹膜內投予),及完全鼠源化HBC24(以二種劑量之一腹膜內投予);(6至9) HBV02 siRNA(以二種劑量之一腹膜內投予),及完全鼠源化抗HBV抗體HBC34(HBC34-v35-mu-IgG2a)(以三種抗體劑量之一腹膜內投予);(10)腹膜內投予對照siRNA及對照抗體;或(11)腹膜內僅投予PBS(參見表6)。
除結合HBV表面抗原之Fab片段部分之外,在此實驗中所使用之HBC24及HBC34抗體係完全鼠源化。人類HBC24具有如SEQ ID NO:75中所列之V
H
胺基酸序列及如SEQ ID NO:76中所列之V
L
胺基酸序列。此實驗之抗體中所使用之HBC24序列的鼠源化形式分別具有包含如SEQ ID NO:103及104中所列之胺基酸序列的重鏈及輕鏈。HBC34抗體係鼠源化HBC34v35變體,HBC34-v35-mu-IgG2a。人類HBC34v35具有如SEQ ID NO:70中所列之重鏈胺基酸序列及如SEQ ID NO:73中所列之輕鏈胺基酸序列。此實驗之HBC34-v35-mu-IgG2a抗體中所使用之HBC34v35序列的鼠源化形式具有分別包含SEQ ID NO:101及102中所列之胺基酸序列的重鏈及輕鏈。
對照siRNA係靶向人類甲狀腺素運載蛋白基因,且預計不會造成血清中感染之HBV標記減少。
對照單株抗體(mAb)係對呼吸道融合病毒特異性之抗體,預計不會造成血清中感染之HBV標記減少。
治療係向WuXi免疫功能不全HBV小鼠投予。此鼠類模式係藉由在免疫活性小鼠中用包含HBV基因組之腺相關病毒轉導肝細胞來產生。使用此模型時,HBV蛋白質產生受內源性HBV啟動子控制,且小鼠發展出HBV特異性細胞及體液性T細胞反應。但是,沒有HBV感染發生、沒有產生cccDNA、複製係暫時的,且免疫反應受載體驅動之干擾阻礙。
小鼠(C57BL/6品系)係用rAAV8-1.3HBV品系ayw,D型,由尾靜脈對每隻小鼠注射200 μl體積之包含1.0X10
11
個病毒基因組來進行接種。
每個治療組包括5隻小鼠。HBV特異性siRNA係在研究開始時皮下投予一次,而抗HBV抗體係在研究的第二週及第三週期間每週腹膜內投予兩次。研究的第六週犧牲小鼠。
在整個研究過程中定期收集血清樣本、並測量病毒負載、HBsAg、及游離HBC34抗體。亦進行血清HBeAg、血清丙胺酸轉移酶(ALT)、肝HBcAg、肝HBsAg、及肝之總HBV DNA(藉由qPCR)、及血清抗HBV抗體的測量。檢測肝淋巴球、脾細胞、及淋巴結(門靜脈/腹腔對腹股溝)以測定HBV特異性IFNg
+
CD4
+
細胞及IFNg
+
CD8
+
細胞的比例。
實驗結果係顯示在圖5A及圖5B(血清HBV DNA 濃度)、圖6A及圖6B(血清HBsAg濃度)、及圖7A及圖7B(血清HBeAg濃度)。相對於僅以siRNA及對照組治療之小鼠,以HBV02及抗HBV抗體中之一者治療之小鼠的血清HBV DNA濃度、HBsAg濃度、及HBeAg濃度均下降。HBC34及HBC24抗體均觀察到此效應。此外,在較高劑量之HBV02下效應更大,且當使用較高劑量之HBV02時,在較低抗體劑量下即達成降低HBsAg。此等結果提供進一步的證據,使用HBV02及靶向HBV之單株抗體的組合治療比HBV02單一療法更能降低HBsAg及HBeAg。此等結果亦指示,在投予抗體前,較高劑量之siRNA可在較低劑量之抗體下提供類似之HBsAg減少。
實例3
小鼠模式中之HBsAG的血清清除及病毒進入抑制
將具有移殖人類肝細胞之免疫缺陷小鼠用於測試HBV特異性siRNA及抗HBV抗體的組合療法在清除HBsAg之有效性。PXB-Mouse
®
模式(PhoenixBio, Japan)使用uPA/SCID小鼠以產生具有≥70%小鼠肝繁殖有人類肝細胞之小鼠(Ohshita H and Tateno C, Methods Mol Biol. 1506:91-100,(2017))。與AAV-HBV模式不同,cccDNA已建立並可能發生HBV的肝內傳播。
將初代人類肝細胞移殖至SCID小鼠中,這些小鼠肝細胞先前已經酵素處理破壞。小鼠係T細胞及B細胞不足。此模式可用於研究HBV感染,包括進入、傳播、cccDNA調控、肝細胞固有免疫反應、及病毒整合進入宿主基因組。此模式亦可用於研究人類IFNa對感染的效應。然而,此模式不包括後天免疫反應的誘導。經由尾靜脈給每隻小鼠注射有1.0X10
7
個病毒基因組之HBV基因型C對小鼠進行接種。治療在感染後八週開始。
將受HBV感染之小鼠(
n
=4/治療組)投予下列七種不同治療中之一者:(1)僅投予PBS;(2至4)抗HBV抗體(完全鼠源化HBC34v35抗體,HBC34-v35-mu-IgG2a),在第二週與第三週期間以三種劑量之一每週腹膜內投予兩次;或(5至7)HBV特異性siRNA(HBV02,具有SEQ ID NO:8的反義股;參見實例1之說明)(在研究開始時皮下投予一次),及完全鼠源化HBC34v35(在第二週與第三週期間以三種抗體劑量之一每週腹膜內投予兩次)(參見表7)。小鼠在第六週犧牲。研究設計亦顯示於圖8中。
除結合HBV表面抗原之Fab片段部分之外,在此實驗中所使用之HBC34抗體(HBC34v35)係完全鼠源化。人類HBC34v35具有如SEQ ID NO:70中所列之重鏈胺基酸序列及如SEQ ID NO:73中所列之輕鏈胺基酸序列。此實驗之HBC34-v35-mu-IgG2a抗體中所使用之HBC34v35序列的鼠源化形式具有分別包含SEQ ID NO:101及102中所列之胺基酸序列的重鏈及輕鏈。
在整個研究過程中定期收集血清樣本、並測量病毒負載、HBsAg、及游離HBC34抗體。亦進行血清HBeAg、血清丙胺酸轉移酶(ALT)、肝HBcAg、肝HBsAg、及肝之總HBV DNA(藉由qPCR)、及血清抗HBV抗體的測量。檢測肝淋巴球、脾細胞、及淋巴結(門靜脈/腹腔對腹股溝)以測定HBV特異性IFNg
+
CD4
+
細胞及IFNg
+
CD8
+
細胞的比例。
相對於以相同劑量之抗體投予,投予siRNA及抗HBV抗體的組合降低血清HBV DNA濃度(圖9)及血清HBsAg濃度(圖10)。血清HBeAg濃度(圖11)及血清HBcrAg濃度(圖12)皆觀察到類似趨勢。此外,在此模式系統中,抗體亦作用為病毒進入肝細胞之抑制劑;當將HBC34抗體以15 mg/kg之單一療法(即,不與siRNA組合)投予時,血清HBV DNA濃度(圖9)及血清HBsAg濃度(圖10)亦較低。
此研究在一個真實的感染模式中提供了實驗支持,當將HBV02 siRNA及HBC34抗體組合投予時,HBV DNA及HBsAg量減少之程度比HBC34單一療法更大。
實例4
siRNA抗體組合療法治療慢性HBV感染的臨床評估
進行siRNA抗體組合療法的第2期臨床研究以評估該組合療法在罹患慢性HBV感染之人類患者中的療效。表8顯示研究之治療方案。該研究可包括額外同群(cohort)以測試額外療法對組合療法的效應(例如若測試二個額外療法,則為9位同群)。每個組/同群包括十五位患者
圖13顯示為第2期研究所設計之治療排程該研究包括二十四週的治療,及二十四週的追蹤。所有患者在進入研究後係非肝硬化且經NUC壓制(以核苷(酸)類似物治療)。所有患者同群在整個研究過程中均可接受NUC療法(例如每天口服投予替諾福韋(tenofivir)或恩替卡韋)。該研究以所有同群接受以HBV02 siRNA之八週導入治療開始。HBV02的劑量可為例如每四週皮下投予400mg的二劑量。然而,適當劑量可在第2期試驗前先藉由單一療法試驗來判定。在八週的研究之後,所有同群均繼續以HBV02治療;同類2、4、及6開始以低劑量之HBC34抗體(HBC34v35)治療;同群3、5、及7開始以較高劑量之HBC34抗體治療;而同群1不接受HBC34抗體治療。低劑量之HBC34v35可為例如每二週靜脈內投予0.5克;而較高劑量可為例如每二週靜脈內投予2克。適當劑量可在第2期試驗前用單一療法試驗來驗證。在研究的第十二週時,同群1至3可接受每週一次之額外治療。此外,一些同群(例如同群6及同群7)可接受又另一治療。在24週的治療之後,對患者進行監測及評估以判定是否達成功能性治癒,其藉由可偵測之血清HBsAg及/或抗HBs血清抗體轉換的消失來指示。
雖然已示出並描述特定具體實施例,但應了解的是可組合上述各種具體實施例以提供進一步具體實施例,並可於其中進行各種改變而不脫離本發明之精神及範疇。
本說明書中提及、或申請資料表單中列出之所有美國專利案、美國專利申請公開案、美國專利申請案、國外專利案、國外專利申請案、及非專利刊物,包括2018年12月20日申請之美國臨時專利申請案第62/782,896號,係以其全文引用方式併入本文中,除非另有陳述。若需要利用各種專利、申請案、及公開案的概念,則可修改具體實施例的態樣以提供又進一步具體實施例。
根據上面的詳細描述,可對該等具體實施例做出此等及其他的改變。通常,在下面的申請專利範圍中,所使用之術語不應該被解釋為將申請專利範圍限制在說明書及申請專利範圍中所揭示之特定具體實施例,而是應該被解釋為包括所有可能的具體實施例以及給予這樣的申請專利範圍的等同物的全部範圍。因此,申請專利範圍不受本揭露之限制。