TW202015719A - 新抗原及其用途 - Google Patents

新抗原及其用途 Download PDF

Info

Publication number
TW202015719A
TW202015719A TW108121383A TW108121383A TW202015719A TW 202015719 A TW202015719 A TW 202015719A TW 108121383 A TW108121383 A TW 108121383A TW 108121383 A TW108121383 A TW 108121383A TW 202015719 A TW202015719 A TW 202015719A
Authority
TW
Taiwan
Prior art keywords
hla
allele
peptide
mutant ras
sequence
Prior art date
Application number
TW108121383A
Other languages
English (en)
Inventor
維克藍 朱內賈
Original Assignee
美商尼恩醫療公司
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 美商尼恩醫療公司 filed Critical 美商尼恩醫療公司
Publication of TW202015719A publication Critical patent/TW202015719A/zh

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/82—Translation products from oncogenes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001154—Enzymes
    • A61K39/001164—GTPases, e.g. Ras or Rho
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4632—T-cell receptors [TCR]; antibody T-cell receptor constructs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464401—Neoantigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464454—Enzymes
    • A61K39/464464—GTPases, e.g. Ras or Rho
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/06—Organic compounds, e.g. natural or synthetic hydrocarbons, polyolefins, mineral oil, petrolatum or ozokerite
    • A61K47/20—Organic compounds, e.g. natural or synthetic hydrocarbons, polyolefins, mineral oil, petrolatum or ozokerite containing sulfur, e.g. dimethyl sulfoxide [DMSO], docusate, sodium lauryl sulfate or aminosulfonic acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/06—Organic compounds, e.g. natural or synthetic hydrocarbons, polyolefins, mineral oil, petrolatum or ozokerite
    • A61K47/26—Carbohydrates, e.g. sugar alcohols, amino sugars, nucleic acids, mono-, di- or oligo-saccharides; Derivatives thereof, e.g. polysorbates, sorbitan fatty acid esters or glycyrrhizin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/04—Antineoplastic agents specific for metastasis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/575—Hormones
    • C07K14/62—Insulins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C12N5/0638—Cytotoxic T lymphocytes [CTL] or lymphokine activated killer cells [LAK]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A61K2039/55561—CpG containing adjuvants; Oligonucleotide containing adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/575—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 humoral response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/64—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the architecture of the carrier-antigen complex, e.g. repetition of carrier-antigen units
    • A61K2039/645—Dendrimers; Multiple antigen peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Oil, Petroleum & Natural Gas (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Toxicology (AREA)

Abstract

本文所揭示的係關於免疫治療組合物，其包含下列：含有新抗原決定基之免疫治療肽、編碼該等免疫治療肽之聚核苷酸、含有該等免疫治療肽或該等聚核苷酸之抗原呈現細胞、或對該等新抗原決定基具有特異性的T細胞受體。本文亦揭示該等免疫治療組合物之用途。

Description

新抗原及其用途
癌症免疫療法為使用免疫系統來治療癌症。免疫療法利用以下事實：癌細胞通常在其表面上具有可由免疫系統偵測到之分子，稱為腫瘤抗原，其通常為蛋白質或其他大分子(例如碳水化合物)。主動免疫療法藉由靶向腫瘤抗原引導免疫系統攻擊腫瘤細胞。被動免疫療法增強現有抗腫瘤反應且包括使用單株抗體、淋巴球及細胞介素。腫瘤疫苗典型地由腫瘤抗原及免疫刺激分子(例如佐劑、細胞介素或TLR配位體)構成，其一起起作用以誘導識別且裂解腫瘤細胞之抗原特異性細胞毒性T細胞(CTL)。開發治癒性及腫瘤特異性免疫療法之關鍵障礙之一為鑑別及選擇可避免自體免疫的高度特異性及限制性腫瘤抗原。
由於惡性細胞內之基因改變(例如倒位、易位、缺失、錯義突變、剪接位點突變等)出現的腫瘤新抗原表示抗原之大部分腫瘤特異性種類且可為患者特異性或共用的。腫瘤新抗原為腫瘤細胞特有的，因為突變及其對應蛋白質僅存在於腫瘤中。其亦避免中樞耐受性且因此更可能為免疫原性的。因此，腫瘤新抗原提供用於包括藉由體液免疫及細胞免疫兩者之免疫識別之極佳目標。然而，由於鑑別腫瘤新抗原、選擇最佳化抗原及產生用於疫苗或免疫原性組合物中之新抗原存在技術上的困難，癌症疫苗或免疫原性組合物中已很少使用腫瘤新抗原。因此，仍需要研發額外癌症治療劑。 以引用之方式併入
本說明書中所提及之所有公開案、專利及專利申請案均以引用之方式併入本文中，其引用的程度如同各單獨的公開案、專利或專利申請案經特定及單獨地表明以引用之方式併入一般。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含至少一個多肽，該至少一個多肽包含選自由以下組成之群的兩個或更多個突變RAS肽序列：KLVVVGADGV、KLVVVGACGV、KLVVVGAVGV、LVVVGADGV、LVVVGACGV、LVVVGAVGV；GADGVGKSAL、GACGVGKSAL、GAVGVGKSAL、GADGVGKSA、GACGVGKSA、GAVGVGKSA；及/或VVGADGVGK、VVGACGVGK、VVGAVGVGK、VVVGADGVGK、VVVGACGVGK、VVVGAVGVGK；編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
在一些實施例中，該組合物包含該三個或更多個突變RAS肽序列之混合物。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含：包含兩個或更多個突變RAS肽序列之至少一個多肽，該兩個或更多個突變RAS肽序列各自包含：在G12處含有突變之突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸及在G12處之該突變；及另外其中對於該突變RAS蛋白係異源性的三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列的N端或C端連接，其中該三個或更多個胺基酸殘基增強細胞中的該等突變RAS肽序列的加工及/或增強該等突變RAS肽序列的抗原決定基的呈遞；或編碼該至少一個多肽的至少一種聚核苷酸。
在一些實施例中，對於該突變RAS蛋白係異源性之該三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，該兩個或更多個突變RAS肽序列包含CMV之蛋白質(諸如pp65、HIV或MART-1)的胺基酸序列。
在一些實施例中，對於該突變RAS蛋白係異源性之該三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，該兩個或更多個突變RAS肽序列包含至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個胺基酸。
在一些實施例中，對於該突變RAS蛋白係異源性之該三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，該兩個或更多個突變RAS肽序列包含至多5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、50、60、70、80、90或100個胺基酸。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含式(XaaN )N -(XaaRAS )P -(XaaC )C 之至少一個多肽，其中P為大於7之整數；(XaaRAS)P 為包含突變RAS蛋白之至少8個連續胺基酸之突變RAS肽序列；該至少8個連續胺基酸包含序列Lys1 Leu2 Val3 Val4 Val5 Gly6 Ala7 Xaa8 Gly9 Val10 Gly11 Lys12 Ser13 Ala14 Leu15之至少8個連續胺基酸，N為(i) 0或(ii)大於2之整數；(XaaN )N 為對於該突變RAS蛋白係異源性的任何胺基酸序列；C為(i) 0或(ii)大於2的整數；(XaaC )C 為對於該突變RAS蛋白係異源性的任何胺基酸序列；Xaa8係選自由以下組成之群：Asp、Val、Cys、Ala、Arg及Ser；該多肽不為KLVVVGAVGVGKSALTIQL；及N及C兩者均不為0；或編碼該至少一個多肽的至少一種聚核苷酸。
在一些實施例中，(Xaa)N 及/或(XaaC )C 包含CMV之蛋白質(諸如pp65、HIV或MART-1)之胺基酸序列。
在一些實施例中，N及/或C為大於3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40之整數。
在一些實施例中，N及/或C為小於5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、50、60、70、80、90或100之整數。
在一些實施例中，N為0。
在一些實施例中，C為0。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含至少一個多肽，該至少一個多肽包含Xaa1 -Xaa2 -Val3 -Val4 -Val5 -Gly6 -Ala7 -Xaa8 -Gly9 -Xaa10 之胺基酸序列，其中Xaa1 不為Ala，其限制條件為當Xaa1 不為Lys時，Xaa2 為Leu及/或Xaa10 為Gly；Xaa2 不為Glu，其限制條件為當Xaa2 不為Leu時，Xaa1 為Lys及/或Xaa10 為Gly；Xaa8 係選自由以下組成之群：Asp、Val、Cys、Ala、Arg及Ser，其限制條件為當Xaa8 為Glu時，Xaa1不為Tyr及/或Xaa2 不為Leu，且限制條件為當Xaa8 為Val時，Xaa1 不為Lys；Xaa10 為任何胺基酸，其限制條件為當Xaa10 不為Gly時，Xaa1 為Lys及/或Xaa2 為Leu；及該多肽包含HLA-A02:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A03:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A11:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A03:02限制性T細胞抗原決定基、HLA-A30:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A31:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A33:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A33:03限制性T細胞抗原決定基、HLA-A68:01限制性T細胞抗原決定基或HLA-A74:01限制性T細胞抗原決定基，該限制性T細胞抗原決定基與HLA-A02:01、HLA-A03:01、HLA-A11:01、HLA-A03:02、HLA-A30:01、HLA-A31:01、HLA-A33:01、HLA-A33:03、HLA-A68:01及/或HLA-A74:01分子結合；及誘導HLA-A02:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A02:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A03:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A11:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A03:02限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A30:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A31:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A33:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A33:03限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A68:01限制性細胞毒性T細胞反應或HLA-A74:01限制性細胞毒性T細胞反應；及與HLA-A02:01、HLA-A03:01、HLA-A11:01、HLA-A03:02、HLA-A30:01、HLA-A31:01、HLA-A33:01、HLA-A33:03、HLA-A68:01及/或HLA-A74:01結合；或編碼該至少一個多肽的至少一種聚核苷酸。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含含有一或多個突變RAS肽序列之至少一個多肽，該一或多個突變RAS肽序列各自包含：含有G12A、G12C、G12D、G12R、G12S或G12V突變之突變RAS蛋白之至少8個連續胺基酸，及該G12A、G12C、G12D、G12R、G12S或G12V突變；及另外其中該肽：包含不由癌細胞的基因組編碼的突變且對於HLA-A02:01等位基因具有150 nM或更少的親和力或預測親和力及/或2小時或更長的半衰期，或具有2小時或更長的半衰期及對於以下各者150 nM或更少的親和力或預測親和力：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因；或編碼該至少一個多肽的至少一種聚核苷酸。
在一些實施例中，該組合物進一步包含(i)肽，其包含表3至表14中之任一者中之肽序列；或(ii)編碼該肽之聚核苷酸，該肽包含表3至表14中的序列。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含：(a)至少一個多肽，其包含選自由以下組成之群之一或多個突變RAS肽序列：DTAGHEEY、TAGHEEYSAM、DILDTAGHE、DILDTAGH、ILDTAGHEE、ILDTAGHE、DILDTAGHEEY、DTAGHEEYS、LLDILDTAGH、DILDTAGRE、DILDTAGR、ILDTAGREE、ILDTAGRE、CLLDILDTAGR、TAGREEYSAM、REEYSAMRD、DTAGKEEYSAM、CLLDILDTAGK、DTAGKEEY、LLDILDTAGK、ILDTAGKE、ILDTAGKEE、DTAGLEEY、ILDTAGLE、DILDTAGL、ILDTAGLEE、GLEEYSAMRDQY、LLDILDTAGLE、LDILDTAGL、DILDTAGLE、DILDTAGLEEY、AGVGKSAL、GAAGVGKSAL、AAGVGKSAL、CGVGKSAL、ACGVGKSAL、DGVGKSAL、ADGVGKSAL、DGVGKSALTI、GARGVGKSA、KLVVVGARGV、VVVGARGV、SGVGKSAL、VVVGASGVGK、GASGVGKSAL、VGVGKSAL、VVVGAGCVGK、KLVVVGAGC、GDVGKSAL、DVGKSALTI、VVVGAGDVGK、TAGKEEYSAM、DTAGHEEYSAM、TAGHEEYSA、DTAGREEYSAM、TAGKEEYSA、AAGVGKSA、AGCVGKSAL、AGDVGKSAL、AGKEEYSAMR、AGVGKSALTI、ARGVGKSAL、ASGVGKSA、ASGVGKSAL、AVGVGKSA、CVGKSALTI、DILDTAGK、DILDTAGREEY、DTAGHEEYSAMR、DTAGKEEYS、DTAGKEEYSAMR、DTAGLEEYS、DTAGLEEYSA、DTAGLEEYSAMR、DTAGREEYS、DTAGREEYSAMR、GAAGVGKSA、GACGVGKSA、GACGVGKSAL、GADGVGKS、GAGDVGKSA、GAGDVGKSAL、GASGVGKSA、GCVGKSAL、GCVGKSALTI、GHEEYSAM、GKEEYSAM、GLEEYSAMR、GREEYSAM、GREEYSAMR、HEEYSAMRD、KEEYSAMRD、KLVVVGASG、LDILDTAGR、LEEYSAMRD、LVVVGARGV、LVVVGASGV、REEYSAMRDQY、RGVGKSAL、TAGLEEYSA、TEYKLVVVGAA、VGAAGVGKSA、VGADGVGK、VGASGVGKSA、VGVGKSALTI、VVVGAAGV、VVVGAVGV、YKLVVVGAC、YKLVVVGAD、YKLVVVGAR及DILDTAGKE；或(b)編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
在一些實施例中，該組合物進一步包含(i)肽，其包含表1至表14中之任一者中之肽序列；或(ii)編碼該肽之聚核苷酸，該肽包含表1至表14中的序列。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之至少一者包含至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個胺基酸之N端或C端胺基酸序列延伸部分，其中該N端或C端延伸部分為野生型RAS胺基酸序列或非異源性RAS胺基酸序列。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含至少3、4、5、6、7、8、9或10個突變RAS肽序列。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含至少兩個多肽，或該至少一種聚核苷酸包含至少兩種聚核苷酸。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之至少一者包含突變RAS蛋白之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之至少2、3、4、5、6、7、8、9或10個包含突變RAS蛋白之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之每一者或該兩個或更多個RAS肽序列中之每一者包含突變RAS蛋白之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因及HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因；HLA-A02:01等位基因及HLA-C08:02等位基因；HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因及HLA-C08:02等位基因；或HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因，及HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列包含：第一突變RAS肽序列，其結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因；及第二RAS肽序列，其結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因；其中該第一突變RAS肽序列結合或經預測結合由不同於該第二突變RAS肽序列之HLA等位基因所編碼的蛋白質。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列以小於10 µM、小於1 µM、小於500 nM、小於400 nM、小於300 nM、小於250 nM、小於200 nM、小於150 nM、小於100 nM或小於50 nM之親和力與由HLA等位基因所編碼之蛋白質結合。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列以大於24小時、大於12小時、大於9小時、大於6小時、大於5小時、大於4小時、大於3小時、大於2小時、大於1小時、大於45分鐘、大於30分鐘、大於15分鐘或大於10分鐘之穩定性與由HLA等位基因所編碼之蛋白質結合。
在一些實施例中，該HLA等位基因係選自由以下組成之群：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因及其任何組合。
在一些實施例中，該至少一個多肽包含以下序列中之至少一者：LVVVGACGV、KLVVVGACGV、LVVVGADGV、KLVVVGADGV、LVVVGAVGV、KLVVVGAVGV、VVGACGVGK、VVVGACGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGAVGVGK、VVVGAVGVGK、VVGACGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGAVGVGK 及VVVGAVGVGK。
在一些實施例中，該突變RAS肽序列包含以下序列中之至少一者或兩者：KLVVVGACGV、FLVVVGACGL、FMVVVGACGI、FLVVVGACGI、FMVVVGACGV、FLVVVGACGV、MLVVVGACGV、FMVVVGACGL、YLVVVGACGV、KMVVVGACGV、YMVVVGACGV 及MMVVVGACGV。
在一些實施例中，該突變RAS肽序列包含以下序列至少一者或兩者：TEYKLVVVGAVGV、WQAGILARKLVVVGAVGVQGQNLKYQ、HSYTTAEKLVVVGAVGVILGVLLLI、PLTEEKIKKLVVVGAVGVEKEGKISK、GALHFKPGSRKLVVVGAVGVAASDFIFLVT、RRANKDATAEKLVVVGAVGVKELKQVASPF、KAFISHEEKRKLVVVGAVGVKKKLINEKKE、TDLSSRFSKSKLVVVGAVGVKKCDISLQFF、FDLGGGTFDVKLVVVGAVGVKSTAGDTHLG 或CLLLHYSVSKKLVVVGAVGVATFYVAVTVP。
在一些實施例中，(Xaa)N 包含以下之胺基酸序列：IDIIMKIRNA、FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIFFIFFWMC、FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAAFWFW、IFFIFFIIFFFFFFFFFFFFIIIIIIIWEC、FIFFFIIFFFFFIFFFFFIFIIIIIIFWEC、TEY、WQAGILAR、HSYTTAE、PLTEEKIK、GALHFKPGSR、RRANKDATAE、KAFISHEEKR、TDLSSRFSKS、FDLGGGTFDV、CLLLHYSVSK或MTEYKLVVV。
在一些實施例中，(XaaC )C 包含以下之胺基酸序列：KKNKKDDIKD、AGNDDDDDDDDDDDDDDDDDKKDKDDDDDD、AGNKKKKKKKNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN、AGRDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD、GKSALTIQL、GKSALTI、QGQNLKYQ、ILGVLLLI、EKEGKISK、AASDFIFLVT、KELKQVASPF、KKKLINEKKE、KKCDISLQFF、KSTAGDTHLG、ATFYVAVTVP、LTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDG 或TIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE。
在一些實施例中，第一突變RAS肽序列包含突變RAS蛋白之第一新抗原決定基，且第二突變RAS肽序列包含突變RAS蛋白之第二新抗原決定基，其中該第一突變RAS肽序列不同於該突變RAS肽序列，且其中該第一新抗原決定基包含至少一個突變胺基酸且該第二新抗原決定基包含相同的突變胺基酸。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之至少一者包含不由個體之癌細胞之基因組編碼的突變胺基酸。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之每一者以至少1 μg/mL、至少10 μg/mL、至少25 μg/mL、至少50 μg/mL或至少100 μg/mL之濃度存在。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之每一者以至多5000 μg/mL、至多2500 μg/mL、至多1000 μg/mL、至多750 μg/mL、至多500 μg/mL、至多400 μg/mL或至多300 μg/mL之濃度存在。
在一些實施例中，該等突變RAS肽序列中之每一者以10 μg/mL至5000 μg/mL、10 μg/mL至4000 μg/mL、10 μg/mL至3000 μg/mL、10 μg/mL至2000 μg/mL、10 μg/mL至1000 μg/mL、25 μg/mL至500 μg/mL或50 μg/mL至300 μg/mL之濃度存在。
在一些實施例中，該組合物進一步包含與G13A、G13C、G13D、G13R、G13S、G13V、G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V或Q61突變不同的突變RAS肽序列。
在一些實施例中，該組合物進一步包含免疫調節劑或佐劑。
在一些實施例中，該佐劑為聚ICLC。
在一些態樣中，本文提供一種醫藥組合物，其包含本文所描述之組合物及醫藥學上可接受之賦形劑。
在一些實施例中，該醫藥組合物包含以小於1 mM或大於1 mM之濃度存在之pH調節劑。
在一些實施例中，該醫藥組合物為疫苗組合物。
在一些實施例中，該醫藥組合物為水性的。
在一些實施例中，該至少一個多肽中之一或多者係由以下限定：pI＞5且HYDRO ＞-6；pI＞8且HYDRO ＞-8；pI＜5且HYDRO ＞-5；pI＞9且HYDRO ＜-8；pI ＞7且HYDRO值＞-5.5；pI ＜ 4.3且-4≥HYDRO≥-8；pI＞0且HYDRO＜-8，pI＞0且HYDRO ＞-4，或pI＞4.3且-4≥HYDRO≥-8；pI＞0且HYDRO＞-4，或pI＞4.3且HYDRO≤-4，pI＞0且HYDRO＞-4，或pI＞4.3且-4≥HYDRO≥-9；5≥pI ≥12且-4≥HYDRO≥-9。
在一些實施例中，該pH調節劑為鹼。
在一些實施例中，該pH調節劑為弱酸之共軛鹼。
在一些實施例中，該pH調節劑為醫藥學上可接受之鹽。
在一些實施例中，該pH調節劑為二羧酸鹽或三羧酸鹽。
在一些實施例中，該pH調節劑為檸檬酸及/或檸檬酸鹽。
在一些實施例中，該檸檬酸鹽為檸檬酸二鈉及/或檸檬酸三鈉。
在一些實施例中，該pH調節劑為丁二酸及/或丁二酸鹽。
在一些實施例中，該丁二酸鹽為丁二酸二鈉及/或丁二酸單鈉。
在一些實施例中，該丁二酸鹽為丁二酸二鈉六水合物。
在一些實施例中，該pH調節劑以0.1 mM-1 mM之濃度存在。
在一些實施例中，該醫藥學上可接受之載劑包含液體。
在一些實施例中，該醫藥學上可接受之載劑包含水。
在一些實施例中，該醫藥學上可接受之載劑包含糖。
在一些實施例中，該糖包含右旋糖或甘露醇。
在一些實施例中，該右旋糖以1-10% w/v之濃度存在。
在一些實施例中，該糖包含海藻糖。
在一些實施例中，該糖包含蔗糖。
在一些實施例中，該醫藥學上可接受之載劑包含二甲亞碸(DMSO)。
在一些實施例中，DMSO以0.1%至10%、0.5%至5%或1%至3%之濃度存在。
在一些實施例中，該醫藥學上可接受之載劑不包含二甲亞碸(DMSO)。
在一些實施例中，該醫藥組合物為可凍乾的。
在一些實施例中，該醫藥組合物進一步包含免疫調節劑或佐劑。
在一些實施例中，該免疫調節劑或佐劑係選自由以下組成之群：聚-ICLC、1018 ISS、鋁鹽、Amplivax、AS15、BCG、CP-870,893、CpG7909、CyaA、ARNAX、STING促效劑、dSLIM、GM-CSF、FLT-3L、IC30、IC31、咪喹莫特(Imiquimod)、ImuFact IMP321、IS貼片、ISS、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、MF59、單磷醯基脂質A、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA-51、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、PepTel®、載體系統、PLGA微粒、雷西莫特(resiquimod)、SRL172、病毒顆粒及其他病毒樣顆粒、YF-17D、VEGF捕獲劑、R848、β-葡聚糖、Pam3Cys及Aquila之QS21刺激子。
在一些實施例中，該免疫調節劑或佐劑包含聚-ICLC。
在一些實施例中，該醫藥組合物中之聚-ICLC與肽之比率為2:1至1:10 v:v。
在一些實施例中，該醫藥組合物中之聚-ICLC與肽之比率為約1:1、1:2、1:3、1:4或1:5 v:v。
在一些實施例中，該醫藥組合物中之聚-ICLC與肽之比率為1:3 v:v。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與本文所描述之醫藥組合物。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與具有VVGADGVGK、VVGACGVGK、VVGAVGVGK、VVVGADGVGK、VVVGACGVGK、VVVGAVGVGK之序列的肽，其中該個體表現由以下編碼的蛋白質：該個體的基因組的HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因或HLA-C08:02等位基因。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與突變RAS肽或編碼該突變RAS肽之核酸，其中該突變RAS肽包含在G12處含有突變之突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸，其中該肽包含在G12處的該突變且與HLA-A11:01或HLA-A03:01結合，其中該個體鑑別為表現由以下編碼的蛋白質：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與包含序列GADGVGKSAL、GACGVGKSAL、GAVGVGKSAL、GADGVGKSA、GACGVGKSA或GAVGVGKSA的肽，其中該個體表現以下由該個體基因組的等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因或HLA-C08:02等位基因，該蛋白質會與該肽結合。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與第一肽及第二肽或編碼該第一肽及該第二肽之核酸，其中該第一肽及該第二肽包含以下中之至少兩者：(1) KLVVVGADGV、KLVVVGACGV、KLVVVGAVGV、LVVVGADGV、LVVVGACGV、LVVVGAVGV；(2) GADGVGKSAL、GACGVGKSAL、GAVGVGKSAL、GADGVGKSA、GACGVGKSA、GAVGVGKSA；及(3) VVGADGVGK、VVGACGVGK、VVGAVGVGK、VVVGADGVGK、VVVGACGVGK、VVVGAVGVGK；其中該個體之HLA等位基因表現在投與時為未知的。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與突變RAS肽或編碼該突變RAS肽之核酸，其中該突變RAS肽包含含有G12C突變的突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸，其中該肽包含該G12C突變，且另外其中該肽包含不由癌細胞的基因組編碼的穩定化突變，其中該個體表現由以下編碼的蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因或HLA-C08:02等位基因。
在一些態樣中，本文提供一種鑑別患有癌症之個體為治療劑候選者的方法，該方法包含鑑別該個體為表現由以下編碼的蛋白質的個體：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因，其中該治療劑為突變RAS肽或編碼該突變RAS肽的核酸，其中該突變RAS肽包含在G12處含有突變的突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸，其中該肽包含在G12處的該突變且結合由以下等位基因所編碼的蛋白質：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
在一些實施例中，該方法進一步包含向該個體投與另一治療劑。
在一些態樣中，本文提供一種治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：(a)鑑別由該個體表現之第一蛋白質，其中該第一蛋白質由該個體的第一HLA等位基因編碼，且其中該第一HLA等位基因為表1至表14中之任一者中提供的HLA等位基因；及(b)向該個體投與(i)第一突變RAS肽，其中該第一突變RAS肽為表1至表14中之任一者中提供的第一HLA等位基因的肽，或(ii)編碼該第一突變RAS肽的聚核酸。
在一些實施例中，該方法進一步包含鑑別由該個體表現之第二蛋白質，其中該第二蛋白質係由該個體之第二HLA等位基因編碼，且其中該第二HLA等位基因為表1至表14中之任一者中提供的HLA等位基因。
在一些實施例中，該方法進一步包含向該個體投與(i)第二突變RAS肽，其中該第二突變RAS肽為表1至表14中之任一者中提供的該第二HLA等位基因的肽，或(ii)編碼該第二突變RAS肽的聚核酸。
在一些實施例中，該第一HLA等位基因不同於該第二HLA等位基因。
在一些實施例中，該第一突變RAS肽不同於該第二突變RAS肽。
舉例而言，在一些實施例中，由個體表現之該第一蛋白質係由如例如表11中所提供之HLA-A03:01編碼，且該方法包含向該個體投與包含VVGASGVGK之序列的第一突變RAS肽或編碼該第一突變RAS肽的聚核酸。
舉例而言，在一些實施例中，由個體表現之該第一蛋白質係由如例如表5中所提供之HLA-A03:01編碼，且該方法包含向該個體投與包含CLLDILDTAGK之序列的第一突變RAS肽或編碼該第一突變RAS肽的聚核酸。
另外舉例而言，在一些實施例中，由個體表現之該第二蛋白質係由如例如表11中所提供之HLA-A11:01編碼，且該方法包含向該個體投與包含VVVGASGVGK之序列的第二突變RAS肽或編碼該第二突變RAS肽的聚核酸。
又另舉例而言，在一些實施例中，由個體表現之該第二蛋白質係由如例如表9中所提供之HLA-C08:02編碼，且該方法包含向該個體投與包含GADGVGKSAL之序列的第二突變RAS肽或編碼該第二突變RAS肽的聚核酸。
在一些實施例中，在該個體中引起免疫反應。
在一些實施例中，該免疫反應為體液反應。
在一些實施例中，該突變RAS肽序列係同時、單獨或依序投與。
在一些實施例中，該第一肽係在對於該第二肽活化第二T細胞足夠的時間段之後依序投與。
在一些實施例中，該癌症選自由以下組成之群：肺癌、非小細胞肺癌、胰臟癌、結腸直腸癌、子宮癌及肝癌。
在一些實施例中，該方法進一步包含投與至少一種額外治療劑或治療模式。
在一些實施例中，該至少一種額外治療劑或治療模式為手術、檢查點抑制劑、抗體或其片段、化學治療劑、輻射、疫苗、小分子、T細胞、載體及APC、聚核苷酸、溶瘤病毒或其任何組合。
在一些實施例中，該至少一種額外治療劑為抗PD-1藥劑及抗PD-L1藥劑、抗CTLA-4藥劑或抗CD40藥劑。
在一些實施例中，該額外治療劑係在投與該突變RAS肽序列之前、同時或之後投與。
交叉參考
本申請案主張2018年6月19日申請之美國臨時申請案第62/687,188號及2019年2月4日申請之美國臨時申請案第62/800,735號之優先權，該等文獻以全文引用之方式併入本文中。
本文描述基於由個體腫瘤特有的突變事件產生之新抗原之發現的新穎免疫治療劑及其用途。因此，本文所描述之本發明提供可用於例如刺激對腫瘤相關抗原或新抗原決定基之免疫反應以產生用於治療疾病之免疫原性組合物或癌症疫苗的肽、編碼該等肽之聚核苷酸及肽結合劑。
以下描述及實例詳細說明本發明之實施例。應理解，本發明不限於本文所描述之特定實施例且因此可改變。熟習此項技術者應認識到，本發明存在多種變化及修改，其涵蓋在本發明之範疇內。
所有術語均意欲理解為熟習此項技術者所理解之含義。除非另外定義，否則本文所用之所有技術及科學術語均具有與本發明所屬領域之一般熟習此項技術者通常所理解相同之含義。
本文所用之章節標題僅出於組織目的且不應被視為限制所描述之主題。
儘管本發明之各種特徵可描述於單個實施例之上下文中，但該等特徵亦可分開或以任何適合組合形式提供。相反地，儘管為了清楚起見可在本文中之單獨實施例之上下文中描述本發明，但本發明亦可實施於單個實施例中。
以下定義係對此項技術中該等定義之補充且係針對本申請案，而不應歸於任何相關或不相關情形，例如任何共同擁有之專利或申請案。儘管類似或等效於本文所描述之彼等方法及材料之任何方法及材料可用於本發明之實踐或測試中，但本文描述較佳方法及材料。因此，本文所用之術語僅出於描述特定實施例的目的且並不意欲為限制性的。I. 定義
本文所用之術語僅用於描述特定情況之目的且並不意欲為限制性的。在本申請案中，除非另外特定陳述，否則單數之使用包括複數。如本文所用，除非上下文另外清楚地指示，否則單數形式「一(a/an)」及「該(the)」意欲包括複數形式。
在本申請案中，除非另外陳述，否則使用「或」意謂「及/或」。如本文所用，術語「及/或」及「其任何組合」及其文法等效物可互換地使用。此等術語可表達，尤其涵蓋任何組合。僅出於說明之目的，以下片語「A、B及/或C」或「A、B、C或其任何組合」可意謂「單獨地A；單獨地B；單獨地C；A及B；B及C；A及C；及A、B及C」。除非上下文特異性地指分開使用，否則術語「或」可結合或分開使用。
術語「約」或「大致」可意謂在如藉由一般熟習此項技術者所判定的特定值之可接受誤差範圍內，其將部分地視該值如何量測或測定(亦即，量測系統之限制)而定。舉例而言，根據此項技術中之實踐，「約」可意謂在1或大於1個標準偏差內。可替代地，「約」可意謂既定值之至多20%、至多10%、至多5%或至多1%之範圍。可替代地，尤其就生物系統或方法而言，該術語可意謂在某一值之一個數量級範圍內，在5倍範圍內且更佳在2倍範圍內。若特定值描述於本申請案及申請專利範圍中，除非另外陳述，否則應假設術語「約」意謂在特定值之可接受誤差範圍內。
如本說明書及申請專利範圍中所用，詞語「包含(comprising)」(及包含之任何形式，諸如「包含(comprise)」及「包含(comprises)」)、「具有(having)」(及具有之任何形式，諸如「具有(have)」及「具有(has)」)、「包括(including)」(及包括之任何形式，諸如「包括(includes)」及「包括(include)」)或「含有(containing)」(及含有之任何形式，諸如「含有(contains)」及「含有(contain)」為包括性或開放的且不排除額外未列出之要素或方法步驟。預期在本說明書中論述之任何實施例可利用本發明之任何方法或組合物實施，且反之亦然。此外，本發明之組合物可用於達成本發明之方法。
在本說明書中提及「一些實施例」、「一實施例」、「一個實施例」或「其他實施例」意謂結合實施例描述之特定特徵、結構或特性包括於本發明之至少一些實施例，但不一定所有實施例中。為了促進對本發明的理解，在下文中定義多個術語及片語。
「主要組織相容複合物」或「MHC」為在控制引起生理學免疫反應之細胞相互作用方面起作用之基因集群。在人體內，MHC複合物亦稱為人類白細胞抗原(HLA)複合物。對於MHC及HLA複合物之實施方式，參見Paul, Fundamental Immunology,第3版, Raven Press, New York (1993)。「主要組織相容複合物(MHC)之蛋白質或分子」、「MHC分子」、「MHC蛋白」或「HLA蛋白」應理解為意謂能夠結合由蛋白質抗原之蛋白質裂解產生之肽且代表潛在淋巴球抗原決定基(例如T細胞抗原決定基及B細胞抗原決定基)、將其轉運至細胞表面且在彼處向特異性細胞，尤其細胞毒性T淋巴球、T-輔助細胞或B細胞呈遞其之蛋白質。基因組中之主要組織相容複合物包含表現於細胞表面上之基因產物對於結合及呈遞內源性及/或外來抗原且因此用於調整免疫過程而言重要的基因區域。主要組織相容複合物分為編碼不同蛋白質之兩個基因群組，亦即，MHC I類分子及MHC II類分子。兩個MHC類別之細胞生物學及表現模式適於此等不同作用。
「人類白細胞抗原」或「HLA」為人類I類或II類主要組織相容複合物(MHC)蛋白(參見例如Stites等人, Immunology,第8版, Lange Publishing, Los Altos, Calif. (1994)。
如本文所用，「多肽」、「肽」及其文法等效物係指通常由α-胺基與相鄰胺基酸之羧基之間的肽鍵彼此連接的胺基酸殘基(通常L-胺基酸)聚合物。多肽及肽包括(但不限於)突變肽、「新抗原肽」及「新抗原性肽」。多肽或肽可為多種長度，呈其中性(不帶電)形式或呈鹽形式，且不含修飾，諸如糖基化、側鏈氧化或磷酸化或含有此等修飾，經受不破壞如本文所描述之多肽之生物活性的修飾的條件。「成熟蛋白」為全長及視情況包括給定細胞環境中蛋白質之典型的糖基化或其他修飾之蛋白質。本文所揭示之多肽及蛋白質(包括其功能性部分及功能變體)可包含合成胺基酸而非一或多種天然存在的胺基酸。此類合成胺基酸為此項技術中已知的，且包括例如胺基環己烷甲酸、正白胺酸、α-胺基正癸酸、高絲胺酸、S-乙醯胺基甲基-半胱胺酸、反式-3-羥脯胺酸及反式-4-羥脯胺酸、4-胺基苯丙胺酸、4-硝基苯丙胺酸、4-氯苯丙胺酸、4-羧基苯丙胺酸、β-苯基絲胺酸β-羥基苯基丙胺酸、苯基甘胺酸、α-萘基丙胺酸、丙胺酸環己酯、環己基甘胺酸、吲哚啉-2-甲酸、1,2,3,4-四氫異喹啉-3-甲酸、胺基丙二酸、胺基丙二酸單醯胺、N'-苯甲基-N'-甲基-離胺酸、N',N'-二苯甲基-離胺酸、6-羥基離胺酸、鳥胺酸、α-胺基環戊烷甲酸、α-胺基環己烷甲酸、α-胺基環庚烷甲酸、α-(2-胺基-2-降冰片烷)-甲酸、α,γ-二胺基丁酸、α,β-二胺基丙酸、高苯丙胺酸及α-第三丁基甘胺酸。本發明進一步涵蓋，本文所描述之多肽在工程改造細胞中之表現可能與多肽構築體之一或多個胺基酸之轉譯後修飾相關。轉譯後修飾之非限制性實例包括磷酸化、醯化(包括乙醯化及甲醯化)、糖基化(包括N-連接及O-連接)、醯胺化、羥基化、烷基化(包括甲基化及乙基化)、泛素化、添加吡咯啶酮甲酸、形成二硫橋鍵、硫酸化、豆蔻醯化、棕櫚醯化、異戊烯化、法呢基化、香葉基化、糖基磷脂醯肌醇化、脂化及碘化。
肽或多肽可包含至少一個側接序列。如本文所用，術語「側接序列」係指肽中不為抗原決定基部分之片段或區域。
「免疫原性」肽或「免疫原性」抗原決定基或「肽抗原決定基」為包含等位基因特異性基元以使得肽將結合HLA分子且誘導細胞介導的反應或體液反應，例如細胞毒性T淋巴球(CTL (例如CD8+ ))、輔助TT淋巴球(Th (例如CD4+ ))及/或B淋巴球反應的肽。因此，本文所描述之免疫原性肽能夠與適當的HLA分子結合且其後誘導對肽之CTL (細胞毒性)反應或HTL (及體液)反應。
「新抗原」意謂由蛋白質中之腫瘤特異性變化產生之一類腫瘤抗原。新抗原涵蓋但不限於由例如蛋白質序列取代、框移突變、融合多肽、框內缺失、插入、內源性反轉錄病毒多肽表現及多肽之腫瘤特異性過度表現產生的腫瘤抗原。
術語「殘基」係指藉由醯胺鍵或醯胺鍵模擬物或編碼胺基酸或胺基酸模擬物之核酸(DNA或RNA)併入肽或蛋白質中之胺基酸殘基或胺基酸模擬物殘基。
「新抗原決定基」、「腫瘤特異性新抗原決定基」或「腫瘤抗原」係指不存在於參考物，諸如非病變細胞，例如非癌細胞或生殖系細胞中，但可見於病變細胞，例如癌細胞中之抗原決定基或抗原決定子區域。此包括對應抗原決定基可見於正常非病變細胞或生殖系細胞中的情形，但歸因於病變細胞，例如癌細胞中之一或多種突變，改變抗原決定基之序列以產生新抗原決定基。如本文所用，術語「新抗原決定基」係指肽或新抗原肽內之抗原決定子區域。新抗原決定基可包含至少一個「錨殘基」及「至少一個」錨殘基側接區域。新抗原決定基可進一步包含「分離區域」。術語「錨殘基」係指與HLA上之特異性袋結合，從而產生與HLA之相互作用之特異性的胺基酸殘基。在一些情況下，錨殘基可在典型錨位置處。在其他情況下，錨殘基可在非典型錨位置處。新抗原決定基可經由突出至肽結合槽中之袋中之一級及二次錨殘基與HLA分子結合。在肽結合槽中，特異性胺基酸構成容納所展現之新抗原決定基之錨殘基之對應側鏈的袋。肽結合優選項存在於HLA I及HLA II分子兩者之不同等位基因中。HLA I類分子結合短新抗原決定基，其N端及C端錨定至位於新抗原決定基結合槽之端處的袋中。儘管大部分HLA I類結合新抗原決定基具有約9個胺基酸，但可藉由凸出其中心部分容納更長新抗原決定基，產生具有約8至12個胺基酸之結合新抗原決定基。與HLA II類蛋白結合之新抗原決定基不受尺寸限制，且可在約16至25個胺基酸範圍內變化。HLA II類分子中之新抗原決定基結合槽在兩端敞開，其使得能夠結合具有相對較長長度之肽。儘管核心9個胺基酸殘基長區段大部分有助於識別新抗原決定基，但錨殘基側接區域對於肽對HLA II類等位基因之特異性亦為重要的。在一些情況下，錨殘基側接區域為N端殘基。在另一情況下，錨殘基側接區域為C端殘基。在又一情況下，錨殘基側接區域為N端殘基及C端殘基兩者。在一些情況下，錨殘基側接區域側接至少兩個錨殘基。側接錨殘基之錨殘基側接區域為「分隔區域」。
「參考物」可用於與本發明之方法自腫瘤樣品中所獲得之結果進行關聯及比較。通常，「參考物」可基於一或多種正常樣品，尤其不受癌症疾病影響之樣品(獲自患者或一或多個不同個體，例如健康個體，尤其相同物種之個體)獲得。「參考物」可憑經驗藉由測試足夠大量數目之正常樣品測定。
「抗原決定基」為一起形成由例如免疫球蛋白、T細胞受體、HLA分子或嵌合抗原受體識別之位點的分子，諸如一級、二級及三級肽結構及電荷之集合特徵。可替代地，抗原決定基可定義為涉及由特定免疫球蛋白識別之一組胺基酸殘基，或在T細胞之情形下，由T細胞受體蛋白質、嵌合抗原受體及/或主要組織相容複合物(MHC)受體識別所需的彼等殘基。「T細胞抗原決定基」應理解為意謂可由呈肽呈遞MHC分子或MHC複合物形式且隨後以此形式由T細胞，諸如T淋巴球或T-輔助細胞識別且結合的I或II類MHC分子結合的肽序列。抗原決定基可藉由自天然來源分離製備，或其可根據此項技術中之標準方案合成。合成抗原決定基可包含人工胺基酸殘基「胺基酸模擬物」，諸如天然存在之L胺基酸殘基或非天然存在之胺基酸殘基(諸如丙胺酸環己酯)之D異構體。在整個本發明中，抗原決定基可在一些情況下稱作肽或肽抗原決定基。應瞭解，包含本文所描述之抗原決定基或類似物以及額外胺基酸之蛋白質或肽仍在本發明之界限內。在某些實施例中，肽包含抗原片段。在某些實施例中，對本發明之肽之長度存在限制。當包含本文所描述之抗原決定基之蛋白質或肽包含與天然序列具有100%一致性之區域(亦即，一系列連續胺基酸殘基)時，發生長度限制實施例。為了避免例如在整個天然分子上由讀取界定抗原決定基，與天然肽序列具有100%一致性之任何區域之長度存在限制。因此，對於包含本文所描述之抗原決定基之肽及與天然肽序列具有100%一致性之區域，與天然序列具有100%一致性之區域一般具有以下長度：小於或等於600個胺基酸殘基，小於或等於500個胺基酸殘基，小於或等於400個胺基酸殘基，小於或等於250個胺基酸殘基，小於或等於100個胺基酸殘基，小於或等於個85胺基酸殘基，小於或等於75個胺基酸殘基，小於或等於65個胺基酸殘基，及小於或等於50個胺基酸殘基。在某些實施例中，具有與天然肽序列(以任何增量降至5個胺基酸殘基；例如50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個胺基酸殘基)具有100%一致性之具有小於51個胺基酸殘基的區域的肽包含本文所描述之「抗原決定基」。
用於描述肽或蛋白質之命名法遵循習知慣例，其中胺基存在於每一胺基酸殘基左側(胺基端或N端)且羧基存在於每一胺基酸殘基右側(羧基端或C端)。當提及肽抗原決定基中之胺基酸殘基位置時，其在胺基至羧基方向上，用位於抗原決定基、或肽或肽可為其一部分之蛋白質的胺基端處之殘基的位置進行編號。在代表本發明之所選特定實施例之式中，除非另外規定，否則胺基端及羧基端基團(儘管未具體顯示)呈其在生理學pH值下將呈現之形式。在胺基酸結構式中，每一殘基一般由標準三個字母或單個字母名稱表示。胺基酸殘基之L-形式由單個大寫字母或三個字母符號之首個大寫字母表示，且具有D-形式之彼等胺基酸殘基之D-形式由單個小寫字母或三個小寫字母符號表示。然而，當無大寫字母之情況下使用三個字母符號或全名時，其可指L胺基酸殘基。甘胺酸不具有不對稱碳原子且簡稱為「Gly」或「G」。本文所闡述之肽之胺基酸序列通常使用標準單個字母符號指定。( A，丙胺酸；C，半胱胺酸；D，天冬胺酸；E，麩胺酸；F，苯丙胺酸；G，甘胺酸；H，組胺酸；I，異白胺酸；K，離胺酸；L，白胺酸；M，甲硫胺酸；N，天冬醯胺；P，脯胺酸；Q，麩醯胺酸；R，精胺酸；S，絲胺酸；T，蘇胺酸；V，纈胺酸；W，色胺酸；及Y，酪胺酸。)
術語「突變」係指相較於參考物，核酸序列之變化或差異(核苷酸取代、添加或缺失)。「體細胞突變」可發生在除生殖細胞(精子及卵子)外之任何身體細胞中且因此不傳給子代。此等改變可(但不總是)引起癌症或其他疾病。在一些實施例中，突變為非同義突變。術語「非同義突變」係指確實導致轉譯產物中之胺基酸改變，諸如胺基酸取代之突變，例如核苷酸取代。「框移」在突變干擾基因密碼子週期性(亦稱為「閱讀框」)之正相，從而導致轉譯非天然蛋白質序列時發生。基因中之不同突變有可能達成相同改變的閱讀框。
「保守性」胺基酸取代為一個胺基酸殘基經具有類似側鏈之另一個胺基酸殘基置換之取代。此項技術中已定義具有類似側鏈之胺基酸殘基家族，包括鹼性側鏈(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電極性側鏈(例如甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β分支側鏈(例如蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳族側鏈(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。舉例而言，用苯丙胺酸取代酪胺酸為保守性取代。鑑別不消除肽功能之核苷酸及胺基酸保守性取代的方法在此項技術中已熟知。
如本文所用，術語「親和力」係指結合對，例如HLA-結合肽及I或II類HLA之兩個成員之間的結合強度之量度。KD 為解離常數且具有莫耳濃度之單位。親和力常數為解離常數之倒數。親和力常數有時用作描述此化學實體之通用術語。其為結合能量之直接量度。可以實驗方式，例如藉由表面電漿子共振(SPR)，使用市售Biacore SPR單位測定親和力。親和力亦可表示為置換50%肽所處之濃度的抑制性濃度50 (IC50 )。同樣地，ln(IC50 )係指IC50 之自然對數。Koff 係指解離速率常數，例如對於HLA-結合肽及I或II類HLA之解離。在整個本發明中，「結合資料」結果可用「IC50 」表示。IC50 為觀測到標記參考肽之結合之50%抑制所處的結合分析中的測試肽的濃度。給定進行分析之條件(亦即，限制HLA蛋白及經標記參考肽濃度)，此等值近似KD 值。用於測定結合之分析為此項技術中所熟知的且詳細描述於例如PCT公開案WO 94/20127及WO 94/03205及其他公開案中，諸如Sidney等人, Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998)；Sidney等人, J. Immunol. 154:247 (1995)；及Sette等人, Mol. Immunol. 31:813 (1994)。可替代地，結合可相對於同參考標準肽之結合表示。舉例而言，相對於參考標準肽之IC50 ，可基於其IC50 。結合亦可使用包括使用以下之彼等者之其他分析系統測定：活細胞(例如Ceppellini等人, Nature 339:392 (1989)；Christnick等人, Nature 352:67 (1991)；Busch等人, Int. Immunol. 2:443 (1990)；Hill等人, J. Immunol. 147:189 (1991)；del Guercio等人, J. Immunol. 154:685 (1995))；使用清潔劑裂解物之無細胞系統(例如Cerundolo等人, J. Immunol. 21:2069 (1991))；固定化純化MHC (例如Hill等人, J. Immunol. 152, 2890 (1994)；Marshall等人, J. Immunol. 152:4946 (1994))；ELISA系統(例如Reay等人, EMBO J. 11:2829 (1992))；表面電漿子共振(例如Khilko等人, J. Biol. Chem. 268:15425 (1993))；高通量可溶相分析(Hammer等人, J. Exp. Med. 180:2353 (1994))；及I類MHC穩定或組裝之量測(例如Ljunggren等人, Nature 346:476 (1990)；Schumacher等人, Cell 62:563 (1990)；Townsend等人, Cell 62:285 (1990)；Parker等人, J. Immunol. 149:1896 (1992))。「交叉反應結合」指示肽與多於一種HLA分子結合；同義詞為簡併結合。
術語「衍生」及其文法等效物在用於論述抗原決定基時為「製備」及其文法等效物之同義詞。衍生抗原決定基可自天然來源分離，或其可根據此項技術中之標準方案合成。合成抗原決定基可包含人工胺基酸殘基「胺基酸模擬物」，諸如天然存在之L胺基酸殘基或非天然存在之胺基酸殘基(諸如丙胺酸環己酯)之D異構體。衍生或製備的抗原決定基可為天然抗原決定基之類似物。
「天然」或「野生型」序列係指自然界中發現之序列。此類序列可包含自然界中之較長序列。
「受體」應理解為意謂能夠結合配位體的生物分子或分子群。受體可用於傳輸細胞、細胞形成物或生物體中之資訊。受體包含至少一個受體單元，例如其中每一受體單元可由蛋白質分子組成。受體具有與配位體結構互補的結構且可與作為結合搭配物的配位體複合。該資訊尤其藉由在細胞表面上之配位體複合之後受體之構形變化傳輸。在一些實施例中，受體應理解為尤其意謂能夠與配位體形成受體/配位體複合物之MHC I及II類之蛋白質，特定言之，適合長度之肽或肽片段。
「配位體」應理解為意謂具有與受體結構互補之結構且能夠與此受體形成複合物的分子。在一些實施例中，配位體應理解為意謂在其胺基酸序列中具有適合的長度及適合的結合基元，以使得肽或肽片段能夠與MHC I類或MHC II類之蛋白質形成複合物的肽或肽片段。
在一些實施例中，「受體/配位體複合物」亦應理解為意謂「受體/肽複合物」或「受體/肽片段複合物」，包括呈遞肽或肽片段之I類或II類MHC分子。
「合成肽」係指獲自非天然來源，例如人造的肽。此類肽可使用諸如化學合成或重組DNA技術之方法產生。「合成肽」包括「融合蛋白」。
術語「基元」係指經界定長度之胺基酸序列中之殘基圖案，例如小於約15個胺基酸殘基長或小於約13個胺基酸殘基長，例如約8至約13個胺基酸殘基(例如8、9、10、11、12或13) (對於I類HLA基元)及約6至約25個胺基酸殘基(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25) (對於II類HLA基元)的肽，其由特定HLA分子識別。對於由給定人類HLA等位基因所編碼之每一HLA蛋白，基元通常不同。此等基元之不同之處在於其一級及二級錨殘基之圖案。在一些實施例中，MHC I類基元識別9、10或11個胺基酸殘基長之肽。
如本文所用，術語「天然存在」及其文法等效物係指在自然界中可見的物體之事實。舉例而言，存在於生物體(包括病毒)中且可自自然界中之來源分離且人類尚未在實驗室中有意修飾之肽或核酸為天然存在的。
根據本發明，術語「疫苗」係指在投與後誘導免疫反應，例如細胞或體液免疫反應(其識別且攻擊病原體或病變細胞，諸如癌細胞)之醫藥製劑(醫藥組合物)或產品。疫苗可用於預防或治療疾病。術語「個體化癌症疫苗」或「個性化癌症疫苗」涉及特定癌症患者，且意謂癌症疫苗適於個體癌症患者之需求或特定情況。
「保護性免疫反應」或「治療性免疫反應」係指對於來源於病原性抗原(例如腫瘤抗原)之抗原的CTL及/或HTL反應，其以某些方式預防或至少部分地停滯疾病症狀、副作用或進展。免疫反應亦可包括已藉由刺激輔助T細胞促進之抗體反應。
「抗原加工」或「加工」及其文法等效物係指多肽或抗原降解成加工產物，其為該多肽或抗原之片段(例如多肽降解成肽)，及此等片段中之一或多者與MHC分子(例如經由結合)締合以用於藉由細胞(例如抗原呈遞細胞)呈遞至特異性T細胞。
「抗原呈遞細胞」(APC)為呈遞與其細胞表面上之MHC分子締合之蛋白質抗原的肽片段的細胞。某些APC可活化抗原特異性T細胞。專職抗原呈遞細胞藉由吞噬作用或藉由受體介導之內吞作用，且隨後在其膜上展示與II類MHC分子結合之抗原片段而在內化抗原方面極其有效。T細胞識別抗原呈遞細胞膜上之抗原-II類MHC分子複合物且與其相互作用。隨後，由抗原呈遞細胞產生額外共刺激信號，導致T細胞活化。共刺激分子之表現為專職抗原呈遞細胞之限定特徵。專職抗原呈遞細胞之主要類型為具有最寬抗原呈遞範圍之樹突狀細胞，且很可能為最重要的抗原呈遞細胞、巨噬細胞、B細胞及某些活化上皮細胞。樹突狀細胞(DC)為經由MHC II及I類抗原呈遞路徑兩者將在周邊組織中捕獲之抗原呈遞至T細胞的白細胞群體。眾所周知的是，樹突狀細胞為免疫反應之強效誘導劑，且此等細胞之活化為用於誘導抗腫瘤免疫性之關鍵步驟。樹突狀細胞適宜地分成「未成熟」及「成熟」細胞，其可用作在兩種良好表徵表型之間辨別的簡單方式。然而，此命名法不應視為排除所有可能的分化中間階段。未成熟樹突狀細胞表徵為具有高能力之抗原吸收及加工之抗原呈遞細胞，該高能力與Fc受體(FcR)及甘露糖受體之高表現相關。成熟表型之特徵通常在於此等標記物之較低表現，但引起T細胞活化之細胞表面分子，諸如I類及II類MHC、黏附分子(例如CD54及CD11)及共刺激分子(例如CD40、CD80、CD86及4-1 BB)之高表現。
如本文所用，術語「一致性」及其文法等效物，或在多肽之兩個核酸序列或胺基酸序列之上下文中的「序列一致性」，係指當經由指定比較窗進行最大一致性比對時兩個序列中相同的殘基。如本文所用，「比較窗」係指至少約20個連續位置，通常約50至約200，更通常約100至約150的區段，其中在最佳比對兩個序列之後，可將序列與相同數目之連續位置的參考序列比較。用於比較之序列比對的方法為此項技術中熟知的。用於比較之最佳序列比對可藉由Smith及Waterman, Adv. Appl. Math., 2:482 (1981)之局部同源性演算法；藉由Needleman及Wunsch, J. Mol. Biol., 48:443 (1970)之比對演算法；藉由Pearson及Lipman, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 85:2444 (1988)之相似性方法搜索；藉由此等演算法之電腦化實施方案(包括(但不限於) Intelligentics, Mountain View Calif.之PC/基因程式中之CLUSTAL；Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, Wis., U.S.A.中之GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA及TFASTA)；Higgins及Sharp, Gene, 73:237-244 (1988)及Higgins及Sharp, CABIOS, 5:151-153 (1989)中充分描述之CLUSTAL程式；Corpet等人, Nucleic Acids Res., 16:10881-10890 (1988)；Huang等人, Computer Applications in the Biosciences, 8:155-165 (1992)；及Pearson等人, Methods in Molecular Biology, 24:307-331 (1994)進行。比對亦通常藉由檢測及手動比對進行。在一類實施例中，本文中之多肽與參考多肽或其片段具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性，例如如藉由BLASTP (或CLUSTAL或任何其他可用的比對軟體)使用預設參數所量測。類似地，核酸亦可參考起始核酸描述，例如其可與參考核酸或其片段具有50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、98%、99%或100%序列一致性，例如如藉由BLASTN (或CLUSTAL或任何其他可用的比對軟體)使用預設參數所量測。當一個分子據稱與較大分子具有一定百分比之序列一致性時，其意謂當兩個分子最佳比對時，根據兩個分子最佳比對之順序，較小分子中該百分比之殘基與較大分子中之殘基匹配。
適用於核酸或胺基酸序列之術語「實質上一致」及其文法等效物意謂，核酸或胺基酸序列包含相較於使用上文所描述之程式，例如BLAST，使用標準參數之參考序列具有至少90%或更多、至少95%、至少98%及至少99%序列一致性的序列。舉例而言，BLASTN程式(就核苷酸序列而言)使用如下預設值：字長(W)為11，期望值(E)為10，M=5，N=-4及兩股之比較。對於胺基酸序列而言，BLASTP程式使用以下作為預設值：字長(W)為3、期望值(E)為10及BLOSUM62評分矩陣(參見Henikoff及Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915 (1992))。序列一致性百分比藉由在比較窗上比較兩個最佳比對序列來測定，其中聚核苷酸序列在比較窗中之部分相較於參考序列(不包含添加或缺失)可包含添加或缺失(亦即空隙)以用於對兩個序列進行最佳比對。藉由測定兩個序列中存在之一致核酸鹼基或胺基酸殘基的位置數獲得匹配位置數，將匹配位置數除以比較窗中之總位置數且將結果乘以100獲得序列一致性百分比，來計算序列一致性百分比。在實施例中，實質上一致性在至少約50個殘基長之序列區域上，在至少約100個殘基之區域上存在，且在實施例中，序列在至少約150個殘基上實質上一致。在實施例中，序列在編碼區之整個長度上實質上一致。
如本文所用，術語「載體」意謂能夠遞送且通常在宿主細胞中表現一或多個所關注之基因或序列的構築體。載體之實例包括(但不限於)病毒載體、裸DNA或RNA表現載體、質體、黏質體或噬菌體載體、與陽離子縮合劑相關之DNA或RNA表現載體及囊封在脂質體中之DNA或RNA表現載體。
「經分離」之多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物為呈自然界中未發現之形式的多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物。經分離之多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物包括已在一定程度上純化，使得其不再呈自然界中所發現之形式的彼等物。在一些實施例中，經分離之多肽、抗體、聚核苷酸、載體、細胞或組合物實質上為純的。在一些實施例中，「經分離之聚核苷酸」涵蓋PCR或定量PCR反應物，其包含在PCR或定量PCR反應中擴增之聚核苷酸。
術語「經分離」、「生物上純的」或其文法等效物係指實質上或基本上不含組分的材料，該等組分在該材料天然狀態下發現時通常伴隨該材料。因此，本文所描述之經分離之肽並不含有通常與其原位環境中之肽締合之材料中之一些或全部。「經分離」之抗原決定基係指不包括抗原決定基所衍生之抗原之整個序列的抗原決定基。通常，「經分離」之抗原決定基不具有附著於其上、產生在天然序列之整個長度上具有100%一致性之序列的額外胺基酸殘基。天然序列可為抗原決定基所衍生的序列，諸如腫瘤相關抗原。因此，術語「經分離」意謂自其初始環境(例如若其為天然存在的，則為天然環境)移出該材料。「經分離」之核酸為自其天然環境移出之核酸。舉例而言，活動物中存在之天然存在的聚核苷酸或肽為未分離的，但與天然系統中之共存材料中之一些或全部分離的相同聚核苷酸或肽為經分離的。此類聚核苷酸可為載體之一部分，及/或此類聚核苷酸或肽可為組合物之一部分，且因為此類載體或組合物不為其天然環境之一部分而仍然為「經分離」的。經分離之RNA分子包括本文所描述之DNA分子之活體內或活體外RNA轉錄物，且進一步包括以合成方式產生之此類分子。
如本文所使用之術語「實質上純化」及其文法等效物係指基本上不含，亦即大於約50%不含，大於約70%不含，大於約90%不含與核酸、多肽、蛋白質或其他化合物自然締合的聚核苷酸、蛋白質、多肽及其他分子的核酸序列、多肽、蛋白質或其他化合物。
如本文所使用之術語「實質上純的」係指至少50%純(亦即，不含雜質)、至少90%純、至少95%純、至少98%純或至少99%純的材料。
術語「聚核苷酸」、「核苷酸」、「核酸」、「聚核酸」或「寡核苷酸」及其文法等效物在本文中可互換使用，且係指任何長度之核苷酸聚合物，且包括DNA及RNA，例如mRNA。因此，此等術語包括雙股及單股DNA、三股螺旋DNA以及雙股及單股RNA。其亦包括例如藉由甲基化及/或藉由封端經修飾及未經修飾之聚核苷酸形式。該術語亦意欲包括：包括非天然存在或合成核苷酸以及核苷酸類似物之分子。本文中所揭示或涵蓋之核酸序列及載體可藉由例如轉染、轉化或轉導引入至細胞中。核苷酸可為去氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾之核苷酸或鹼基及/或其類似物或可藉由DNA或RNA聚合酶併入聚合物中之任何受質。在一些實施例中，聚核苷酸及核酸可為活體外轉錄之mRNA。在一些實施例中，使用本發明之方法投與之聚核苷酸為mRNA。
如本文所使用之「轉染」、「轉化」或「轉導」係指藉由使用物理或化學方法將一或多種外源聚核苷酸引入至宿主細胞中。許多轉染技術為此項技術中已知的且包括例如磷酸鈣DNA共沈澱(參見例如Murray E.J. (編), Methods in Molecular Biology, 第7卷, Gene Transfer and Expression Protocols, Humana Press (1991))；DEAE-葡聚糖；電穿孔；陽離子脂質體介導之轉染；鎢粒子輔助之微粒轟擊(Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990))；及磷酸鍶DNA共沈澱(Brash等人, Mol. Cell Biol, 7: 2031-2034 (1987))。在感染性顆粒於適合的封裝細胞(其中許多為市售的)中生長之後，可將噬菌體或病毒載體引入至宿主細胞中。
當核酸及/或核酸序列天然或人工地來源於共同上代核酸或核酸序列時，該等核酸及/或核酸序列為「同源」的。當編碼蛋白質及/或蛋白質序列之DNA天然或人工地來源於共同上代核酸或核酸序列時，該等蛋白質及/或蛋白質序列為「同源」的。同源分子可稱為同系物。舉例而言，如本文所描述之任何天然存在之蛋白質可藉由任何可用的突變誘發方法進行修飾。當表現時，此突變誘發核酸編碼與由初始核酸編碼之蛋白質同源之多肽。同源性一般由兩個或更多個核酸或蛋白質(或其序列)之間的序列一致性推斷。適用於確立同源性之序列之間的一致性之精確百分比隨所研究之核酸及蛋白質而變化，但常規地使用小至25%序列一致性來確立同源性。較高水準之序列一致性，例如30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%或更高亦可用於確立同源性。用於測定序列一致性百分比(例如BLASTP及BLASTN，使用預設參數)之方法描述於本文中且一般為可用的。
術語「個體」係指任何動物(例如哺乳動物)，包括(但不限於)人類、非人類靈長類動物、犬科動物、貓科動物、嚙齒動物及其類似者，其為特定治療之接受者。通常，術語「個體」及「患者」在本文中提及人類個體時可互換使用。
術語「有效量」或「治療有效量」或「治療效果」係指有效地「治療」個體或哺乳動物之疾病或病症之治療劑的量。藥物之治療有效量具有治療效果，且因此可預防疾病或病症發展；減緩疾病或病症發展；減緩疾病或病症進展；在一定程度上緩解與疾病或病症相關之症狀中之一或多者；降低發病率及死亡率；改良生活品質；或此類效果之組合。
術語「治療(treating/treatment)」或「為了治療(to treat)」或「緩解(alleviating)」或「為了減輕(to alleviate)」係指以下兩者：(1)治癒、減緩、減輕診斷病理病狀或病症的症狀及/或中斷其進展之治療措施；及(2)預防或減緩靶向的病理病狀或病症之發展之預防性或防治性措施。因此，需要治療的彼等者包括已經患病之彼等者；易於患該病症之彼等者；及其中待預防該病症之彼等者。
「醫藥學上可接受」係指一般無毒、惰性及/或生理相容組合物或組合物之組分。
「醫藥賦形劑」或「賦形劑」包含諸如佐劑、載劑、pH調節劑及緩衝劑、張力調節劑、潤濕劑、防腐劑及其類似者的材料。「醫藥賦形劑」為醫藥學上可接受之賦形劑。II. 新抗原及其用途
開發治癒性及腫瘤特異性免疫療法之關鍵障礙之一為鑑別及選擇可避免自體免疫的高度特異性及限制性腫瘤抗原。由於惡性細胞內之基因改變(例如倒位、易位、缺失、錯義突變、剪接位點突變等)出現的腫瘤新抗原表示抗原的大部分腫瘤特異性類別。由於鑑別新抗原、選擇最佳化抗原及產生用於疫苗或免疫原性組合物中之新抗原存在技術上的困難，癌症疫苗或免疫原性組合物中已很少使用新抗原。此等問題可藉由以下來解決：鑑別以DNA水準存在於腫瘤中但不存在於來自大比例患有癌症之個體之匹配生殖系樣本中之贅瘤/腫瘤中之突變；用一或多種肽-MHC結合預測演演算法分析所鑑別之突變以產生複數個在贅瘤/腫瘤內表現且與大比例患者HLA等位基因結合之新抗原T細胞抗原決定基；及合成選自用於適用於治療大比例患有癌症之個體之癌症疫苗或免疫原性組合物中之所有新抗原肽及預測結合肽之組的複數個新抗原肽。
舉例而言，將肽定序資訊轉移至治療疫苗中可包括預測可與大比例個體之HLA分子結合之突變肽。高效選擇哪些特定突變用作免疫原需要預測哪些突變肽將與大比例患者之HLA等位基因有效結合的能力。最近，基於神經網路之學習方法配合驗證結合肽及非結合肽已使針對主要HLA-A及HLA-B等位基因之預測演算法的準確度提高。然而，即使使用基於高級神經網路之演算法來編碼HLA-肽結合規則，但若干因素限制預測HLA等位基因上呈遞之肽的能力。
將肽定序資訊轉移至治療疫苗中之另一實例可包括將藥物調配為長肽之多抗原決定基疫苗。在實際上靶向儘可能多的突變型抗原決定基利用免疫系統的巨大容量，藉由下調免疫靶向基因產物來阻止免疫逃避機會，且彌補抗原決定基預測方法的已知不準確性。合成肽為有效製備多種免疫原及將所鑑別的突變抗原決定基快速轉化成有效疫苗提供適用的方式。使用不含雜質性細菌或動物物質的試劑可容易地以化學方式合成肽且容易地進行純化。小尺寸允許在蛋白質之突變區域上產生明確焦點且亦減少其他組分(未突變的蛋白質或病毒載體抗原)的無關抗原競爭。
將肽定序資訊轉移至治療疫苗中之又一實例可包括與強疫苗佐劑之組合。有效疫苗可能需要強佐劑來起始免疫反應。舉例而言，聚-ICLC (一種TLR3促效劑)及MDA5及RIG3之RNA解螺旋酶域已顯示疫苗佐劑的若干所需特性。此等特性包括活體內誘導免疫細胞局域及全身性活化、產生刺激性趨化介素及細胞介素及刺激DC之抗原呈遞。此外，聚-ICLC能誘導人體中產生持久的CD4+ 及CD8+ 反應。重要的是，在疫苗接種聚-ICLC的個體中及在已接受高度有效、複製勝任型黃熱病疫苗的自願者中發現在轉錄及信號轉導路徑之上調方面存在驚人的相似性。此外，在近期的1期研究中，用聚-ICLC與NYESO-1肽疫苗(除孟塔納(Montanide)之外)組合免疫之卵巢癌患者中＞90%顯示誘導CD4+ 及CD8+ T細胞，以及對於肽的抗體反應。同時，迄今為止，聚-ICLC已在多於25次臨床試驗中進行廣泛測試且呈現相對良性的毒性概況。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含：包含蛋白質之第一新抗原決定基的第一肽及包含相同蛋白質之第二新抗原決定基的第二肽；編碼第一肽及第二肽的聚核苷酸；包含第一肽及第二肽的一或多種APC；或對具有HLA蛋白質之複合物中之第一新抗原決定基具有特異性的第一T細胞受體(TCR)及對具有HLA蛋白質之複合物中之第二新抗原決定基具有特異性的第二TCR；其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。
在一些態樣中，本文提供一種組合物，其包含：包含蛋白質之區域之第一新抗原決定基的第一肽及包含相同蛋白質之區域之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一新抗原決定基及第二新抗原決定基包含相同區域之至少一個胺基酸；編碼第一肽及第二肽的聚核苷酸；包含第一肽及第二肽的一或多種APC；或對具有HLA蛋白質之複合物中之第一新抗原決定基具有特異性的第一T細胞受體(TCR)及對具有HLA蛋白質之複合物中之第二新抗原決定基具有特異性的第二TCR；其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。
在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。在一些實施例中，第一肽及第二肽為不同分子。在一些實施例中，第一新抗原決定基包含相同蛋白質之區域之第一新抗原決定基，其中第二新抗原決定基包含相同蛋白質之區域之第二新抗原決定基。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基包含相同區域之至少一個胺基酸。在一些實施例中，蛋白質之區域包含蛋白質之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900或1,000個連續胺基酸。在一些實施例中，蛋白質之區域包含蛋白質之至多10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900或1,000個連續胺基酸。在一些實施例中，第一新抗原決定基與I類HLA蛋白結合以形成I類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第二新抗原決定基與II類HLA蛋白結合以形成II類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第二新抗原決定基與I類HLA蛋白結合以形成I類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第一新抗原決定基與II類HLA蛋白結合以形成II類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第一新抗原決定基為由第一肽加工之第一新抗原決定基肽，及/或第二新抗原決定基為由第二肽加工之第二新抗原決定基肽。在一些實施例中，第一新抗原決定基長度比第一肽短，及/或第二新抗原決定基長度比第二肽短。在一些實施例中，第一新抗原決定基肽由包含第一肽之抗原呈現細胞(APC)處理及/或第二新抗原決定基肽由包含第二肽之APC處理。在一些實施例中，第一新抗原決定基活化CD8+ T細胞。在一些實施例中，第二新抗原決定基活化CD4+ T細胞。在一些實施例中，第二新抗原決定基活化CD8+ T細胞。在一些實施例中，第一新抗原決定基活化CD4+ T細胞。在一些實施例中，CD4+ T細胞之TCR與包含第一或第二肽之II類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD8+ T細胞之TCR與包含第一或第二肽之I類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD4+ T細胞之TCR與包含第一或第二肽之I類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD8+ T細胞之TCR與包含第一或第二肽之II類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，一或多種APC包含：包含第一肽之第一APC及包含第二肽之第二APC。在一些實施例中，突變係選自由以下組成之群：點突變、剪接位點突變、框移突變、通讀突變、基因融合突變及其任何組合。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基包含由表1或表2之基因編碼之序列。在一些實施例中，蛋白質由表1或表2之基因編碼。在一些實施例中，突變為表1或表2之第2行之突變。在一些實施例中，突變為表3至表14之第1行之突變。在一些實施例中，蛋白質為KRAS。在一些實施例中，單一多肽包含第一肽及第二肽，或單一聚核苷酸編碼第一肽及第二肽。在一些實施例中，第一肽及第二肽由自相同轉錄起始位點轉錄之序列編碼。在一些實施例中，第一肽由自第一轉錄起始位點轉錄之序列編碼，且第二肽由自第二轉錄起始位點轉錄之序列編碼。在一些實施例中，單一多肽具有至少18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900、1,000、1,500、2,000、2,500、3,000、4,000、5,000、7,500或10,000個胺基酸之長度。在一些實施例中，多肽包含與對應第一野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性的第一序列；及與對應第二野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性的第二序列。在一些實施例中，多肽包含與對應第一野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之至少8個或9個連續胺基酸的第一序列；及與對應第二野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之至少16或17個連續胺基酸的第二序列。在一些實施例中，第二肽比第一肽長。在一些實施例中，第一肽比第二肽長。在一些實施例中，第一肽具有至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900、1,000、1,500、2,000、2,500、3,000、4,000、5,000、7,500或10,000個胺基酸之長度。在一些實施例中，第二肽具有至少17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900、1,000、1,500、2,000、2,500、3,000、4,000、5,000、7,500或10,000個胺基酸之長度。在一些實施例中，第一肽包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性之至少9個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，第二肽包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性之至少17個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，第二新抗原決定基比第一新抗原決定基長。在一些實施例中，第一新抗原決定基具有至少8個胺基酸之長度。在一些實施例中，第一新抗原決定基具有8至12個胺基酸之長度。在一些實施例中，第一新抗原決定基包含至少8個連續胺基酸之序列，其中8個連續胺基酸中之至少2個在野生型序列之對應位置處不同。在一些實施例中，第二新抗原決定基具有至少16個胺基酸之長度。在一些實施例中，第二新抗原決定基具有16至25個胺基酸之長度。在一些實施例中，第二新抗原決定基包含至少16個連續胺基酸之序列，其中16個連續胺基酸中之至少2個在野生型序列之對應位置處不同。
在一些實施例中，第一肽包含至少一種額外突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者不為第一新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者為第一新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，第二肽包含至少一種額外突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者不為第二新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者為第二新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，第一肽、第二肽或兩者包含至少一個側接序列，其中至少一個側接序列在新抗原決定基之上游或下游。在一些實施例中，至少一個側接序列與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性。在一些實施例中，至少一個側接序列包含非野生型序列。在一些實施例中，至少一個側接序列為N端側接序列。在一些實施例中，至少一個側接序列為C端側接序列。在一些實施例中，第一肽之至少一個側接序列與第二肽之至少一個側接序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性。在一些實施例中，第一肽之至少一個側接區域與第二肽之至少一個側接區域不同。在一些實施例中，至少一個側接殘基包含突變。在一些實施例中，第一新抗原決定基、第二新抗原決定基或兩者包含至少一個錨殘基。在一些實施例中，第一新抗原決定基之至少一個錨殘基在典型錨位置處。在一些實施例中，第一新抗原決定基之至少一個錨殘基在非典型錨位置處。在一些實施例中，第二新抗原決定基之至少一個錨殘基在典型錨位置處。在一些實施例中，第二新抗原決定基之至少一個錨殘基在非典型錨位置處。在一些實施例中，第一新抗原決定基之至少一個錨殘基與第二新抗原決定基之至少一個錨殘基不同。在一些實施例中，至少一個錨殘基為野生型殘基。在一些實施例中，至少一個錨殘基為取代。在一些實施例中，第一新抗原決定基及/或第二新抗原決定基以比不具有取代之對應新抗原決定基更高之親和力與HLA蛋白結合。在一些實施例中，第一新抗原決定基及/或第二新抗原決定基以比不具有取代之對應野生型序列更高之親和力與HLA蛋白結合。在一些實施例中，至少一個錨殘基不包含突變。在一些實施例中，第一新抗原決定基、第二新抗原決定基或兩者包含至少一個錨殘基側接區域。在一些實施例中，新抗原決定基包含至少一個錨殘基。在一些實施例中，至少一個錨殘基包含至少兩個錨殘基。在一些實施例中，至少兩個錨殘基由包含至少1個胺基酸之分隔區域分隔開。在一些實施例中，至少一個錨殘基側接區域不在分隔區域內。在一些實施例中，至少一個錨殘基側接區域在至少兩個錨殘基之N端錨殘基之上游，在至少兩個錨殘基(a)及(b)兩者之C端錨殘基之下游。
在一些實施例中，組合物包含佐劑。在一些實施例中，該組合物包含一或多種額外肽，其中一或多種額外肽包含第三新抗原決定基。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以比對應野生型序列更高之親和力與HLA蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以小於1000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以小於1000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA I類蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以小於1000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA II類蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基與由個體所表現之HLA等位基因編碼之蛋白質結合。在一些實施例中，突變不存在於個體之非癌細胞中。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基由個體癌細胞之基因或表現基因編碼。在一些實施例中，組合物包含第一T細胞，其包含第一TCR。在一些實施例中，組合物包含第二T細胞，其包含第二TCR。在一些實施例中，第一TCR包含非天然胞內域，及/或第二TCR包含非天然胞內域。在一些實施例中，第一TCR為可溶性TCR，及/或第二TCR為可溶性TCR。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為細胞毒性T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為γ δ T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為輔助T細胞。在一些實施例中，第一T細胞為用第一新抗原決定基刺激、擴增或誘導之T細胞，及/或第二T細胞為用第二新抗原決定基刺激、擴增或誘導之T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為自體T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為同種異體T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為工程改造T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二T細胞為細胞株之T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二TCR以小於1000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA-肽複合物結合。在一些態樣中，本文提供一種載體，其包含編碼本文所描述之第一及第二肽之聚核苷酸。在一些實施例中，聚核苷酸可操作地與啟動子連接。在一些實施例中，載體為自擴增RNA複製子、質體、噬菌體、轉位子、黏質體、病毒或病毒粒子。在一些實施例中，載體為病毒載體。在一些實施例中，載體來源於反轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒、疱疹病毒、痘病毒、α病毒、牛痘病毒、B型肝炎病毒、人類乳突狀瘤病毒或其假模式標本。在一些實施例中，載體為非病毒載體。在一些實施例中，非病毒載體為奈米粒子、陽離子脂質、陽離子聚合物、金屬奈米聚合物、奈米棒、脂質體、微胞、微泡、細胞穿透肽或脂質球。
在一些態樣中，本文提供一種醫藥組合物，其包含：本文所描述之組合物或本文所描述之載體；及醫藥學上可接受之賦形劑。
在一些實施例中，複數個細胞為自體細胞。在一些實施例中，複數個APC細胞為自體細胞。在一些實施例中，複數個T細胞為自體細胞。在一些實施例中，醫藥組合物進一步包含免疫調節劑或佐劑。在一些實施例中，免疫調節劑為細胞介素。在一些實施例中，佐劑為希托洛(Hiltonol)。
在一些態樣中，本文提供一種治療癌症之方法，該方法包含向有需要之個體投與本文所描述之醫藥組合物。
在一些態樣中，本文提供一種預防對癌症療法之耐受性的方法，該方法包含向有需要之個體投與本文所描述之醫藥組合物。
在一些態樣中，本文提供一種誘導免疫反應之方法，該方法包含向有需要之個體投與本文所描述之醫藥組合物。
在一些實施例中，該免疫反應為體液反應。在一些實施例中，第一肽及第二肽係同時、單獨或依序投與。在一些實施例中，第一肽在第二肽之後依序投與。在一些實施例中，第二肽在第一肽之後依序投與。在一些實施例中，第一肽係在對於第二肽活化T細胞足夠的時間段之後依序投與。在一些實施例中，第二肽係在對於第一肽活化T細胞足夠的時間段之後依序投與。在一些實施例中，第一肽係在第二肽再刺激T細胞之後依序投與。在一些實施例中，第二肽係在第一肽再刺激T細胞之後依序投與。在一些實施例中，投與第一肽以刺激T細胞，且第二肽在第一肽再刺激T細胞之後投與。在一些實施例中，投與第二肽以刺激T細胞，且第一肽在第二肽再刺激T細胞之後投與。在一些實施例中，個體患有癌症，其中癌症選自由以下組成之群：黑素瘤、卵巢癌、肺癌、前列腺癌、乳癌、結腸直腸癌、子宮內膜癌及慢性淋巴球性白血病(CLL)。在一些實施例中，個體患有對抗雌激素療法具有耐受性之乳癌。在一些實施例中，乳癌表現具有突變之雌激素受體。在一些實施例中，個體患有對依魯替尼(ibrutinib)療法具有耐受性之CLL。在一些實施例中，CLL表現具有突變，諸如C481S突變之布魯東(Bruton)酪胺酸激酶。在一些實施例中，個體患有對酪胺酸激酶抑制劑具有耐受性之肺癌。在一些實施例中，肺癌表現具有突變，諸如T790M、L792F或C797S突變之表皮成長因數受體(EGFR)。在一些實施例中，複數個包含第一肽之APC細胞及複數個包含第二肽之APC細胞同時、單獨或依序投與。在一些實施例中，複數個包含第一TCR之T細胞及複數個包含第二TCR之T細胞同時、單獨或依序投與。在一些實施例中，該方法進一步包含投與至少一種額外治療劑或治療模式。在一些實施例中，該至少一種額外治療劑或治療模式為手術、檢查點抑制劑、抗體或其片段、化學治療劑、輻射、疫苗、小分子、T細胞、載體及APC、聚核苷酸、溶瘤病毒或其任何組合。在一些實施例中，該至少一種額外治療劑為抗PD-1藥劑及抗PD-L1藥劑、抗CTLA-4藥劑或抗CD40藥劑。在一些實施例中，額外治療劑在投與根據本文所描述之醫藥組合物之前、同時或之後投與。III. 肽
在態樣中，本發明提供經分離之肽，其包含來自表 1 至表 14 之腫瘤特異性突變。此等肽及多肽在本文中被稱作「新抗原肽」或「新抗原多肽」。多肽或肽可為多種長度，呈其中性(不帶電)形式或呈鹽形式，且不含修飾，諸如糖基化、側鏈氧化或磷酸化或含有此等修飾，經受不破壞如本文所描述之多肽之生物活性的修飾的條件。表 1 1 加底線的胺基酸表示非天然胺基酸2 加粗的胺基酸表示由兩個融合基因中之第二個編碼之胺基酸序列之天然胺基酸3 加粗且加底線的胺基酸表示歸因於框移由兩個融合基因中之第二個編碼之胺基酸序列之非天然胺基酸。表 2
在上表中，對於例示性融合體中之一或多者，在第一個「:」之前出現的序列屬於由第一基因編碼之多肽之外顯子序列，在第二個「:」之後出現的序列屬於由第二基因編碼之多肽之外顯子序列，且在「:」符號之間出現的胺基酸由第一基因所編碼之多肽之外顯子序列與第二基因所編碼之多肽之外顯子序列之間分離的密碼子編碼。
然而，在一些實施例中，舉例而言，NAB:STAT6，NAB外顯子與STAT6之5'UTR連接，且在接合點之後出現的第一胺基酸為STAT6之常用起始密碼子(在此位點處不存在閱讀框(因為其通常不轉譯))。
在一些實施例中，亦可考慮上表中之AR-V7，其為編碼缺乏全長AR中發現之配位體結合域之蛋白質的AR基因的剪接變體。
在一些實施例中，使用定序方法來鑑別腫瘤特異性突變。可根據本發明使用任何適合的定序方法，例如下一代定序(Next Generation Sequencing，NGS)技術。未來第三代定序方法可取代NGS技術以加速方法之定序步驟。出於澄清目的：在本發明之情形下，術語「下一代定序」或「NGS」意謂與稱為桑格化學(Sanger chemistry)之「習知」定序方法對比，藉由將整個基因組破碎成小塊，同時沿整個基因組任意讀取核酸範本之所有新穎的高通量定序技術。此類NGS技術(亦稱為大規模平行定序技術)能夠在極短時間段內，例如在1至2週內，例如在1至7天內或在小於24小時內遞送全基因組、外顯子組、轉錄組(基因組之所有經轉錄序列)或甲基化基因組(基因組之所有甲基化序列)之核酸序列資訊且原則上允許單一細胞定序方法。市售或文獻中提及之多個NGS平台可用於本發明之上下文中，例如詳細描述於WO 2012/159643中之彼等者。
在某些實施例中，本文所描述之肽可包含(但不限於)約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30、約31、約32、約33、約34、約35、約36、約37、約38、約39、約40、約41、約42、約43、約44、約45、約46、約47、約48、約49、約50、約60、約70、約80、約90、約100、約110、約120、約150、約200、約300、約350、約400、約450、約500、約600、約700、約800、約900、約1,000、約1,500、約2,000、約2,500、約3,000、約4,000、約5,000、約7,500、約10,000個胺基酸或更多個胺基酸殘基及其中可導出之任何範圍。在特定實施例中，新抗原肽分子等於或小於100個胺基酸。
在一些實施例中，肽可為約8至約50個胺基酸殘基長，或約8至約30，約8至約20，約8至約18，約8至約15，或約8至約12個胺基酸殘基長。在一些實施例中，肽可為約8至約500個胺基酸殘基長，或約8至約450，約8至約400，約8至約350，約8至約300，約8至約250，約8至約200，約8至約150，約8至約100，約8至約50，或約8至約30個胺基酸殘基長。
在一些實施例中，肽可為至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50或更多個胺基酸殘基長。在一些實施例中，肽可為至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500或更多個胺基酸殘基長。在一些實施例中，肽可為至多8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50或更少個胺基酸殘基長。在一些實施例中，肽可為至多8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500或更少個胺基酸殘基長。
在一些實施例中，肽具有至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24、至少25、至少26、至少27、至少28、至少29、至少30、至少40、至少50、至少60、至少70、至少80、至少90、至少100、至少150、至少200、至少250、至少300、至少350、至少400、至少450或至少500個胺基酸之全長。
在一些實施例中，肽具有至多8、至多9、至多10、至多11、至多12、至多13、至多14、至多15、至多16、至多17、至多18、至多19、至多20、至多21、至多22、至多23、至多24、至多25、至多26、至多27、至多28、至多29、至多30、至多40、至多50、至多60、至多70、至多80、至多90、至多100、至多150、至多200、至多250、至多300、至多350、至多400、至多450或至多500個胺基酸之全長。
較長肽可以若干方式進行設計。在一些實施例中，當HLA-結合肽已預測或已知時，較長肽包含(1)朝向每一對應基因產物之N端及C端具有2-5個胺基酸之延伸部分的單獨結合肽；或(2)各自具有延伸序列之結合肽中之一些或全部之序連。在其他實施例中，當定序展現腫瘤中呈現之長(＞10個殘基)新抗原決定基序列(例如歸因於產生新穎肽序列之框移、通讀或內含子包含物)時，較長肽可由呈單一較長肽或若干重疊較長肽形式之新穎腫瘤特異性胺基酸之整個序列段組成。在一些實施例中，假定使用較長肽以允許藉由患者細胞進行內源性加工且可引起更有效的抗原呈遞且誘導T細胞反應。在一些實施例中，可使用兩個或更多個肽，其中肽重疊且平鋪在長新抗原肽上。
在一些實施例中，肽可具有約0.5至約12、約2至約10或約4至約8之pI值。在一些實施例中，肽可具有至少4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5或更高之pI值。在一些實施例中，肽可具有至多4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5或更低之pI值。
在一些實施例中，本文所描述之肽可呈溶液、凍乾形式或可呈結晶形式。在一些實施例中，本文所描述之肽可藉由重組DNA技術或化學合成以合成方式製備，或可自天然來源，諸如天然腫瘤或病原性生物體分離。新抗原決定基可單獨地合成或直接地或間接地接合在肽中。儘管本文所描述之肽可實質上不含其他天然存在之宿主細胞蛋白質及其片段，但在一些實施例中，肽可以合成方式共軛以與天然片段或粒子接合。
在一些實施例中，本文所描述之肽可以廣泛多種方式製備。在一些實施例中，肽可根據習知技術在溶液中或在固體載體上合成。各種自動合成器為市售的且可根據已知方案使用。參見例如Stewart及Young, Solid Phase Peptide Synthesis,第2版, Pierce Chemical Co., 1984。此外，單獨的肽可使用化學連接接合以產生仍在本發明之界限內的較大肽。
可替代地，可採用重組DNA技術，其中編碼插入表現載體中、經轉化或轉染至適當宿主細胞中且在適合於表現之條件下培養的肽的核苷酸序列。此等程式一般為此項技術中已知的，一般如Sambrook等人, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)中所描述。因此，包含本文所描述之一或多種新抗原肽之重組肽可用於呈遞適當的T細胞抗原決定基。
在一些實施例中，肽由具有導致天然肽之胺基酸取代之點突變的基因編碼。在一些實施例中，肽由具有導致框移突變之點突變的基因編碼。框移在突變干擾基因密碼子週期性(亦稱為「閱讀框」)之正相，從而導致轉譯非天然蛋白質序列時發生。基因中之不同突變有可能達成相同改變的閱讀框。在一些實施例中，肽由具有導致融合多肽、框內缺失、插入、內源性反轉錄病毒多肽表現及多肽之腫瘤特異性過度表現之突變的基因編碼。在一些實施例中，肽由第一基因與第二基因之融合物編碼。在一些實施例中，肽由第一基因與第二基因之框內融合物編碼。在一些實施例中，肽由第一基因與第一基因之剪接變體之外顯子的融合物編碼。在一些實施例中，肽由第一基因與第一基因之隱藏外顯子之融合物編碼。在一些實施例中，肽由第一基因與第二基因之融合物編碼，其中肽包含由融合物所產生之框外序列編碼之胺基酸序列。
在一些態樣中，本發明提供一種組合物，其包含至少兩個或多於兩個肽。在一些實施例中，本文所描述之組合物含有至少兩個不同肽。在一些實施例中，本文所描述之組合物含有包含第一新抗原決定基的第一肽及包含第二新抗原決定基的第二肽。在一些實施例中，第一及第二肽來源於相同蛋白質。至少兩個不同肽可在長度、胺基酸序列或兩者上不同。肽可來源於已知或已發現含有腫瘤特異性突變之任何蛋白質。在一些實施例中，本文所描述之組合物包含：含有蛋白質之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。在一些實施例中，本文所描述之組合物包含：含有蛋白質之第一區域之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二區域之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一區域包含第二區域之至少一個胺基酸，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。在一些實施例中，突變係選自由以下組成之群：點突變、剪接位點突變、框移突變、通讀突變、基因融合突變及其任何組合。
在一些實施例中，肽可來源於具有取代突變，例如KRAS G12C、G12D、G12V、Q61H或Q61L突變或NRAS Q61K或Q61R突變之蛋白質。取代可位於沿著肽之長度之任何地方。舉例而言，其可位於肽之N端三分之一、肽之中央三分之一或肽之C端三分之一中。在另一實施例中，經取代之殘基位於距N端之2-5個殘基或距C端之2-5個殘基處。肽可類似地來源於腫瘤特異性插入突變，其中該肽包含一或多個或所有插入殘基。
在一些實施例中，第一肽包含至少一種額外突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者不為第一新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者為第一新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，第二肽包含至少一種額外突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者不為第二新抗原決定基中之突變。在一些實施例中，至少一種額外突變中之一或多者為第二新抗原決定基中之突變。
在一些態樣中，本發明提供一種組合物，其包含單一多肽，該單一多肽包含第一肽及第二肽；或編碼第一肽及第二肽之單一聚核苷酸。在一些實施例中，本文所提供之組合物包含一或多種額外肽，其中該一或多種額外肽包含第三新抗原決定基。在一些實施例中，第一肽及第二肽由自相同轉錄起始位點轉錄之序列編碼。在一些實施例中，第一肽由自第一轉錄起始位點轉錄之序列編碼，且第二肽由自第二轉錄起始位點轉錄之序列編碼。在一些實施例中，其中多肽具有至少26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900、1,000、1,500、2,000、2,500、3,000、4,000、5,000、7,500或10,000個胺基酸之長度。在一些實施例中，多肽包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性的第一序列；及與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性的第二序列。在一些實施例中，多肽包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之至少8個或9個連續胺基酸的第一序列；及與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之至少16或17個連續胺基酸的第二序列。
在一些實施例中，第二肽比第一肽長。在一些實施例中，第一肽比第二肽長。在一些實施例中，第一肽具有至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900、1,000、1,500、2,000、2,500、3,000、4,000、5,000、7,500或10,000個胺基酸之長度。在一些實施例中，第二肽具有至少17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900、1,000、1,500、2,000、2,500、3,000、4,000、5,000、7,500或10,000個胺基酸之長度。在一些實施例中，第一肽包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性之至少9個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，第二肽包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之至少17個連續胺基酸的序列。
在一些實施例中，第一肽、第二肽或兩者包含至少一個側接序列，其中至少一個側接序列在新抗原決定基之上游或下游。在一些實施例中，至少一個側接序列與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性。在一些實施例中，至少一個側接序列包含非野生型序列。在一些實施例中，至少一個側接序列為N端側接序列。在一些實施例中，至少一個側接序列為C端側接序列。在一些實施例中，第一肽之至少一個側接序列與第二肽之至少一個側接序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性。在一些實施例中，第一肽之至少一個側接區域與第二肽之至少一個側接區域不同。在一些實施例中，至少一個側接殘基包含突變。
在一些實施例中，肽包含新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個非突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸上游之非突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸下游之非突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸；至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸上游之非突變胺基酸；及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸下游之非突變胺基酸。
在一些實施例中，肽包含表 1 至 表 14 中描繪之新抗原肽序列。在一些實施例中，肽包含表 1 至 表 14 中描繪之新抗原決定基序列。在一些實施例中，肽包含新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)。在一些實施例中，肽包含新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個突變胺基酸(加底線的胺基酸)。在一些實施例中，肽包含新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及至少一個加粗的胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個非突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸上游之非突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸下游之非突變胺基酸。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)、至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸上游之非突變胺基酸及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個該至少一個突變胺基酸下游之非突變胺基酸。
在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及該至少一個突變胺基酸上游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及該至少一個突變胺基酸下游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸，該至少一個突變胺基酸上游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列，及該至少一個突變胺基酸下游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及該至少一個突變胺基酸上游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸及該至少一個突變胺基酸下游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含至少一個突變胺基酸，該至少一個突變胺基酸上游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列，及該至少一個突變胺基酸下游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列。
在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及該至少一個突變胺基酸上游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及該至少一個突變胺基酸下游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)，該至少一個突變胺基酸上游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列，及該至少一個突變胺基酸下游之與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。
在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及該至少一個突變胺基酸上游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)及該至少一個突變胺基酸下游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列。在一些實施例中，肽包含來源於蛋白質之新抗原決定基序列，該新抗原決定基序列包含如表 1 至 表 14 中所描繪之至少一個突變胺基酸(加底線的胺基酸)，該至少一個突變胺基酸上游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列，及該至少一個突變胺基酸下游之包含與對應野生型序列具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之最少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多個連續胺基酸的序列。
在一些實施例中，包含KRAS G12C突變之肽包含MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETC LLDILDTAGQE之序列。在一些實施例中，包含KRAS G12C突變之肽包含KLVVVGACGV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12C突變之肽包含LVVVGACGV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12C突變之肽包含VVGACGVGK之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12C突變之肽包含VVVGACGVGK之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含KRAS G12D突變之肽包含MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE之序列。在一些實施例中，包含KRAS G12D突變之肽包含VVGADGVGK之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12D突變之肽包含VVVGADGVGK之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12D突變之肽包含KLVVVGADGV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12D突變之肽包含LVVVGADGV之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含KRAS G12V突變之肽包含MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE之序列。在一些實施例中，包含KRAS G12V突變之肽包含KLVVVGAVGV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12V突變之肽包含LVVVGAVGV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12V突變之肽包含VVGAVGVGK之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS G12V突變之肽包含VVVGAVGVGK之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含KRAS Q61H突變之肽包含AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM之序列。在一些實施例中，包含KRAS Q61H突變之肽包含ILDTAGHEEY之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含KRAS Q61L突變之肽包含AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM之序列。在一些實施例中，包含KRAS Q61L突變之肽包含ILDTAGLEEY之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含KRAS Q61L突變之肽包含LLDILDTAGL之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含NRAS Q61K突變之肽包含AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM之序列。在一些實施例中，包含NRAS Q61K突變之肽包含ILDTAGKEEY之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含NRAS Q61R突變之肽包含AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGREEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM之序列。在一些實施例中，包含NRAS Q61R突變之肽包含ILDTAGREEY之新抗原決定基序列。
在一些實施例中，包含TMPRSS2:ERG融合物之突變之肽包含MALNS::EALSVVSEDQSLFECAYGTPHLAKTEMTASSSSDYGQTSKMSPRVPQQDWALNSEALSV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含TMPRSS2:ERG融合物之突變之肽包含ALNSEALSVV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含TMPRSS2:ERG融合物之突變之肽包含MALNSEALSV之新抗原決定基序列。在一些實施例中，包含RAS Q61H突變之肽包含TCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYM之序列。
在一些實施例中，包含RAS Q61H突變之肽包含表3中提供之序列。在一些實施例中，表3中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表3中之緊鄰肽序列的對應行中。 表3.包含RAS Q61H突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0001
在一些實施例中，包含RAS Q61R突變之肽包含TCLLDILDTAGREEYSAMRDQYM之序列。在一些實施例中，包含RAS Q61R突變之肽包含表4中提供之序列。在一些實施例中，表4中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表4中之緊鄰肽序列的對應行中。 表4.包含RAS Q61R突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0002
在一些實施例中，包含RAS Q61K突變之肽包含TCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYM之序列。在一些實施例中，包含RAS Q61K突變之肽包含表5中提供之序列。在一些實施例中，表5中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表5中之緊鄰肽序列的對應行中。 表5.包含RAS Q61K突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0003
在一些實施例中，包含RAS Q61L突變之肽包含TCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYM之序列。在一些實施例中，包含RAS Q61L突變之肽包含表6中提供之序列。在一些實施例中，表6中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表6中之緊鄰肽序列的對應行中。 表6.包含RAS Q61L突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0004
在一些實施例中，包含RAS G12A突變之肽包含MTEYKLVVVGAAGVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G12A突變之肽包含表7中提供之序列。在一些實施例中，表7中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表7中之緊鄰肽序列的對應行中。 表7.包含RAS G12A突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0005
在一些實施例中，包含RAS G12C突變之肽包含MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G12C突變之肽包含表8中提供之序列。在一些實施例中，表8中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表8中之緊鄰肽序列的對應行中。 表8.包含RAS G12C突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0006
在一些實施例中，包含RAS G12D突變之肽包含MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G12D突變之肽包含表9中提供之序列。在一些實施例中，表9中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表9中之緊鄰肽序列的對應行中。 表9.包含RAS G12D突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0007
在一些實施例中，包含RAS G12R突變之肽包含MTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G12R突變之肽包含表10中提供之序列。在一些實施例中，表10中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表10中之緊鄰肽序列的對應行中。 表10.包含RAS G12R突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0008
在一些實施例中，包含RAS G12S突變之肽包含MTEYKLVVVGASGVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G12S突變之肽包含表11中提供之序列。在一些實施例中，表11中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表11中之緊鄰肽序列的對應行中。 表11.包含RAS G12S突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0009
在一些實施例中，包含RAS G12V突變之肽包含MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G12V突變之肽包含表12中提供之序列。在一些實施例中，表12中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表12中之緊鄰肽序列的對應行中。 表12.包含RAS G12V突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0010
在一些實施例中，包含RAS G13C突變之肽包含MTEYKLVVVGAGCVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G13C突變之肽包含表13中提供之序列。在一些實施例中，表13中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表13中之緊鄰肽序列的對應行中。 表13.包含RAS G13C突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0011
在一些實施例中，包含RAS G13D突變之肽包含MTEYKLVVVGAGDVGKSALTIQL之序列。在一些實施例中，包含RAS G13D突變之肽包含表14中提供之序列。在一些實施例中，表14中提供之肽序列結合或經預測結合由HLA等位基因所編碼之蛋白質，該等位基因提供於表14中之緊鄰肽序列的對應行中。 表14.包含RAS G13D突變之肽序列、對應HLA等位基因及結合潛能之排名
Figure 108121383-A0304-0012
 A. 肽修飾
在一些實施例中，本發明包括經修飾之肽。修飾可包括不改變抗原肽自身之一級胺基酸序列之共價化學修飾。修飾可產生具有所需特性之肽，所需特性例如延長活體內半衰期，提高穩定性，降低清除率，改變免疫原性或過敏原性，使得能夠提高特定抗體、細胞靶向、抗原吸收、抗原加工、HLA親和力、HLA穩定性或抗原呈遞。在一些實施例中，肽可包含藉由APC來增強抗原決定基之加工及呈遞，例如以用於產生免疫反應之一或多個序列。
在一些實施例中，肽可經修飾以提供所需屬性。舉例而言，肽誘導CTL活性之能力可藉由與含有能夠誘導T輔助細胞反應之至少一個抗原決定基的序列連接來增強。在一些實施例中，免疫原性肽/T輔助共軛物藉由間隔子分子連接。在一些實施例中，間隔子包含相對較小的中性分子，諸如胺基酸或胺基酸模擬物，其在生理條件下實質上不帶電。間隔子可選自例如Ala、Gly或非極性胺基酸或中性極性胺基酸之其他中性間隔子。應理解，視情況存在之間隔子不一定包含相同殘基，且因此可為雜寡聚物或均寡聚物。新抗原肽可直接或經由在肽之胺基或羧基端處的間隔子與T輔助肽連接。新抗原肽或T輔助肽之胺基端可經醯化。T輔助肽之實例包括破傷風類毒素殘基830-843、流感殘基307-319及瘧疾環子孢子殘基382-398與殘基378-389。
本發明之肽序列可視情況經由在DNA水準下之變化改變，尤其藉由使預選的鹼基處之編碼肽的DNA突變以使得產生將轉換成所需胺基酸的密碼子。
在一些實施例中，本文所描述之肽可含有取代以改變所得肽之物理特性(例如穩定性或溶解性)。舉例而言，肽可藉由用α-胺基丁酸(「B」)取代半胱胺酸(C)來進行修飾。歸因於其化學性質，半胱胺酸具有形成二硫橋鍵之傾向且足夠在結構上改變肽以便減少結合力。用α-胺基丁酸取代C不僅解決此問題，但實際上在某些情況下改良結合及交叉結合能力。用α-胺基丁酸取代半胱胺酸可在新抗原肽之任何殘基處，例如在肽內抗原決定基或類似物之錨或非錨位置處或在肽之其他位置處出現。
肽亦可藉由延長或減少化合物之胺基酸序列(例如藉由添加或缺失胺基酸)來進行修飾。肽或類似物亦可藉由改變某些殘基之順序或組成而經修飾。熟練技術人員應瞭解，生物活性必需之某些胺基酸殘基，例如關鍵接觸位點處之彼等胺基酸殘基或保守性殘基一般不能改變，而對生物活性無不良影響。非關鍵性胺基酸無需限於蛋白質中天然存在的彼等者，諸如L-α-胺基酸或其D-異構體，但可同樣包括非天然胺基酸，諸如β-γ-δ-胺基酸以及L-α-胺基酸之多種衍生物。
在一些實施例中，肽可使用具有單胺基酸取代之一系列肽進行修飾以測定靜電電荷、疏水性等對HLA結合之影響。舉例而言，可沿著肽長度進行一系列帶正電(例如Lys或Arg)或帶負電(例如Glu)的胺基酸取代，展現對各種HLA分子及T細胞受體之不同的敏感模式。另外，可採用使用較小相對中性部分，諸如Ala、Gly、Pro或類似殘基之多個取代。取代可為均寡聚物或雜寡聚物。取代或添加之殘基之數目及類型視必需接觸點及探尋之某些功能性屬性(例如疏水性與親水性)之間所需的間距而定。相較於母體肽之親和力，針對HLA分子或T細胞受體之提高的結合親和力亦可藉由此類取代來達成。在任何情況下，此類取代應採用所選胺基酸殘基或其他分子片段以避免例如可能破壞結合之空間及電荷干擾。胺基酸取代通常具有單個殘基。取代、缺失、插入或其任何組合可進行組合以獲得最終肽。
在一些實施例中，本文所描述之肽可包含胺基酸模擬物或非天然胺基酸殘基，例如D-或L-萘基丙胺酸；D-或L-苯基甘胺酸；D-或L-2-噻嗯基丙胺酸；D-或L-1、-2、3-或4-芘基丙胺酸；D-或L-3噻嗯基丙胺酸；D-或L-(2-吡啶基)-丙胺酸；D-或L-(3-吡啶基)-丙胺酸；D-或L-(2-吡嗪基)-丙胺酸；D-或L-(4-異丙基)-苯基甘胺酸；D-(三氟甲基)-苯基甘胺酸；D-(三氟甲基)-苯丙胺酸；D-ρ-氟苯丙胺酸；D-或L-ρ-聯苯基-苯丙胺酸；D-或L-ρ-甲氧基聯苯基苯基丙胺酸；D-或L-2-吲哚(烯丙基)丙胺酸；及D-或L-烷基丙胺酸，其中烷基可為經取代或未經取代之甲基、乙基、丙基、己基、丁基、戊基、異丙基、異丁基、第二異丁基、異戊基，或非酸性胺基酸殘基。非天然胺基酸之芳環包括例如噻唑基、噻吩基、吡唑基、苯并咪唑基、萘基、呋喃基、吡咯基及吡啶基芳環。具有多種胺基酸模擬物或非天然胺基酸殘基之經修飾之肽可具有增加的活體內穩定性。此類肽亦可具有改良的儲存期限或製造特性。
在一些實施例中，本文所描述之肽可藉由末端-NH2 醯化(例如藉由烷醯基(C1 -C20 )或巰基羥乙醯基乙醯化)、末端-羧基醯胺化(例如氨、甲胺等)進行修飾。在一些實施例中，此等修飾可提供用於與載體或其他分子連接之位點。在一些實施例中，本文所描述之肽可含有修飾，諸如(但不限於)糖基化、側鏈氧化、生物素標記、磷酸化、添加表面活性材料，例如脂質，或可經化學修飾，例如乙醯化等。另外，肽中之鍵可不為肽鍵，例如共價鍵、酯或醚鍵、二硫鍵、氫鍵、離子鍵等。
在一些實施例中，本文所描述之肽可包含載體，諸如此項技術中熟知之彼等者，例如甲狀球蛋白；白蛋白，諸如人類血清白蛋白；破傷風類毒素；聚胺基酸殘基，諸如聚L-離胺酸及聚L-麩胺酸；流感病毒蛋白質；B型肝炎病毒核心蛋白及其類似者。
肽可進一步經修飾以含有不為蛋白質之通常部分之額外化學部分。彼等者衍生部分可改良蛋白質之溶解性、生物半衰期、吸收率或結合親和力。該等部分亦可減少或消除肽及其類似物之任何所需副作用。關於彼等部分之概述可見於Remington's Pharmaceutical Sciences, 第20版, Mack Publishing Co., Easton, PA (2000)中。舉例而言，具有所需活性之新抗原肽可視需要經修飾以提供某些所需屬性，例如改良的藥理學特徵，同時提高或至少保留未經修飾之肽結合所需HLA分子及活化適當T細胞的實質上全部生物活性。舉例而言，肽可經受各種變化，諸如保守性或非保守性取代，其中此類變化可能在其用途中提供某些優點，諸如改良的HLA結合。此類保守性取代可涵蓋用生物及/或化學類似之另一胺基酸殘基置換胺基酸殘基，例如用一個疏水性殘基置換另一個，或用一個極性殘基置換另一個。單胺基酸取代之效果亦可使用D-胺基酸探測。此類修飾可使用熟知的肽合成程式進行，如Merrifield, Science 232:341-347 (1986), Barany及Merrifield, The Peptides, Gross及Meienhofer編 (N.Y., Academic Press), 第1-284頁 (1979)；及Stewart及Young, Solid Phase Peptide Synthesis, (Rockford, III., Pierce), 第2版 (1984)中所描述。
在一些實施例中，本文所描述之肽可與以下共軛：較大緩慢代謝大分子，諸如蛋白質；多醣，諸如瓊脂糖凝膠、瓊脂糖、纖維素、纖維素珠粒；聚合胺基酸，諸如聚麩胺酸、聚離胺酸；胺基酸共聚物；滅活病毒粒子；滅活細菌毒素，諸如來自白喉、破傷風、霍亂、白細胞毒素分子之類毒素；滅活細菌；及樹突狀細胞。
肽變化可包括(但不限於)與載體蛋白共軛、與配位體共軛、與抗體共軛、PEG化、聚唾液酸化HES化、重組PEG模擬物、Fc融合、白蛋白融合、奈米粒子附著、奈米顆粒包封、膽固醇融合、鐵融合、醯化、醯胺化、糖基化、側鏈氧化、磷酸化、生物素標記、添加表面活性材料、添加胺基酸模擬物或添加非天然胺基酸。
糖基化可影響蛋白質之物理特性，且亦可在蛋白質穩定性、分泌及次細胞定位方面為重要的。適當糖基化可對生物活性而言為重要的。實際上，當在缺乏用於糖基化蛋白質之細胞過程之細菌(例如大腸桿菌)中表現時，來自真核生物體之一些基因產生藉助於其缺乏糖基化以極小或沒有活性回收之蛋白質。添加糖基化位點可藉由改變胺基酸序列實現。可例如藉由添加一或多個絲胺酸或蘇胺酸殘基(或取代O -連接糖基化位點)或天冬醯胺殘基(或取代N -連接糖基化位點)進行肽或蛋白質改變。N -連接及O -連接寡醣及每一類型中發現之糖殘基之結構可不同。兩者上通常發現之一種糖類型為N -乙醯基神經胺糖酸(下文被稱作唾液酸)。唾液酸通常為N -連接及O -連接寡醣之末端殘基，且藉助於其負電荷，可賦予糖蛋白酸性特性。本發明之實施例包含產生及使用N -糖基化變體。移除碳水化合物可以化學或酶促方式或藉由編碼經糖基化之胺基酸殘基之密碼子之取代實現。化學去糖基化技術已知，且可藉由使用多種內及外糖苷酶來達成多肽上碳水化合物部分之酶促裂解。
用於共軛之額外適合的組分及分子包括例如用於靶向淋巴系統之分子、甲狀球蛋白；白蛋白，諸如人類血清白蛋白(HAS)；破傷風類毒素；白喉類毒素；聚胺基酸，諸如聚(D-離胺酸:D-麩胺酸)；輪狀病毒之VP6多肽；流感病毒血球凝集素、流感病毒核蛋白；匙孔螺血氰蛋白(KLH)；及B型肝炎病毒核心蛋白及表面抗原；或前述之任何組合。
另一類型之修飾為在多肽序列之N及/或C端處共軛(例如連接)一或多種額外組分或分子，諸如另一蛋白質(例如具有個體蛋白質異源性之胺基酸序列的蛋白質)或載體分子。因此，例示性多肽序列可以與另一組分或分子之共軛物形式提供。在一些實施例中，白蛋白與本發明之肽或蛋白質之融合可例如藉由基因操控來達成，以使得編碼HSA或其片段之DNA與編碼一或多種多肽序列之DNA接合。其後，適合的宿主可用呈例如適合的質體形式之融合核苷酸序列轉化或轉染，以便表現融合多肽。表現可由例如原核或真核細胞活體外實現，或由例如轉殖基因生物體活體內實現。在本發明之一些實施例中，融合蛋白之表現係在哺乳動物細胞株，例如CHO細胞株中進行。此外，白蛋白自身可經修飾以延長其循環半衰期。經修飾之白蛋白與一或多種多肽之融合可藉由上文所描述之基因操控技術或藉由化學共軛獲得；所得融合分子之半衰期超過與未經修飾之白蛋白之融合物的半衰期(參見例如WO2011/051489)。已開發出若干白蛋白結合策略作為直接融合之替代方案，包括經由結合脂肪酸鏈(醯化)之白蛋白結合。因為血清白蛋白為脂肪酸之轉運蛋白質，所以具有白蛋白結合活性之此等天然配位體已用於較小蛋白質治療劑之半衰期延長。
用於共軛之額外候選組分及分子包括適用於分離或純化之彼等者。非限制性實例包括結合分子，諸如生物素(生物素-抗生物素蛋白特異性結合對)、抗體、受體、配位體、凝集素或包含固體載體之分子，包括例如塑膠或聚苯乙烯珠粒、片材或珠粒、磁珠、測試條及膜。諸如陽離子交換層析之純化方法可用於藉由電荷差分離共軛物，其有效地將共軛物分成其各種分子量。藉由陽離子交換層析獲得之級分之含量可藉由分子量，使用習知方法，例如質譜分析、SDS-PAGE或用於藉由分子量分離分子實體之其他已知的方法鑑別。
在一些實施例中，本發明之肽或蛋白質序列之胺基端或羧基端可與免疫球蛋白Fc區(例如人類Fc)融合以形成融合共軛物(或融合分子)。Fc融合共軛物已顯示提高生物藥劑之系統性半衰期，且因此生物藥劑產物可能需要不太頻繁的投與。Fc與血管內襯之內皮細胞中之新生兒Fc受體(FcRn)結合，且在結合後，保護Fc融合分子免受降解且再釋放至循環中，從而保持分子在循環中時間更長。咸信此Fc結合為內源性IgG保持其長血漿半衰期之機制。最新的Fc-融合技術將生物藥劑之單個複本與抗體之Fc區連接以使生物藥劑相較於傳統的Fc-融合共軛物之藥物動力學及藥效動力學特性最佳化。
本發明涵蓋使用目前已知或將來研發之肽之其他修飾以改良一或多個特性。用於延長本發明之肽之循環半衰期、提高穩定性、降低清除率或改變免疫原性或過敏原性之一個此類方法涉及藉由羥乙基澱粉化修飾肽序列，其利用與其他分子連接以便改變分子之特徵之羥乙基澱粉衍生物。羥乙基澱粉化之各種態樣描述於例如美國專利申請案第2007/0134197號及第2006/0258607號中。
肽穩定性可以多種方式加以分析。舉例而言，肽酶及各種生物介質(諸如人類血漿及血清)已用於測試穩定性。參見例如Verhoef等人, Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11:291 (1986)。本文所描述之肽之半衰期宜使用25%人類血清(v/v)分析來測定。方案如下：在使用之前，藉由離心廢棄混合人類血清(類型AB，非熱滅活)。隨後，血清用RPMI-1640或另一適合的組織培養基稀釋至25%。在預定時間間隔下，將少量反應物溶液移出且將其添加至6%三氯乙酸(TCA)水溶液或乙醇中。將混濁的反應樣本冷卻(4℃) 15分鐘，且隨後旋轉，集結沈澱的血清蛋白。隨後使用穩定性特異性層析條件藉由逆相HPLC來判定肽之存在。
與短血漿半衰期或對蛋白酶降解之易感性相關的問題可藉由各種修飾克服，包括將肽或蛋白質序列與多種非蛋白質聚合物共軛或連接，該等非蛋白質聚合物例如聚乙二醇(PEG)、聚丙二醇或聚氧化烯(參見例如通常經由與蛋白質及非蛋白質聚合物兩者共價結合之連接部分，例如PEG)中之任一者。已顯示此類PEG共軛生物分子具有臨床上適用的特性，包括較佳的物理及熱穩定性、針對酶促降解易感性之保護措施、增加的溶解性、較長活體內循環半衰期及降低的清除率、降低的免疫原性及抗原性及降低的毒性。
適合於與多肽或蛋白質序列共軛之PEG一般在室溫下可溶於水中，且具有通式R-(O-CH2 -CH2 )n-O-R，其中R為氫或保護基，諸如烷基或烷醇基，且其中n為1至1000之整數。當R為保護基時，其一般具有1至8個碳。與多肽序列共軛之PEG可為直鏈或分支鏈的。本發明涵蓋分支鏈PEG衍生物、「星形PEG」及多臂PEG。本發明亦涵蓋共軛物之組合物，其中PEG具有不同n值，且因此各種不同PEG以特定比率存在。舉例而言，一些組合物包含共軛物之混合物，其中n=l、2、3及4。在一些組合物中，共軛物(其中n=1)之百分比為18-25%，共軛物(其中n=2)之百分比為50-66%，共軛物(其中n=3)之百分比為12-16%，且共軛物(其中n=4)之百分比高達5%。此類組合物可藉由此項技術中已知之反應條件及純化方法產生。舉例而言，陽離子交換層析可用於分離共軛物，且隨後鑑別含有共軛物、連接例如所需數目之PEG的級分，經純化不含未經修飾之蛋白質序列及不含連接其他數目之PEG的共軛物。
PEG可經由末端反應性基團(「間隔子」)與本發明之肽或蛋白質結合。間隔子為例如末端反應性基團，其介導多肽序列中之一或多者之游離胺基或羧基與PEG之間的鍵。具有可與游離胺基結合之間隔子之PEG包括N-羥基丁二醯亞胺PEG，其可藉由用N-羥基丁二醯亞胺活化PEG之丁二酸酯製備。可與游離胺基結合之另一活化PEG為2,4-雙(O-甲氧基聚乙二醇)-6-氯-s-三嗪，其可藉由使PEG單甲醚與三聚氯化氰反應製備。與游離羧基結合之活化PEG包括聚氧基乙二胺。
本發明之肽或蛋白質序列中之一或多者與具有間隔子之PEG共軛可藉由各種習知方法進行。舉例而言，共軛反應可在溶液中在5至10之pH下，在4℃至室溫之溫度下進行30分鐘至20小時，利用4:1至30:1之反應劑與肽/蛋白質之莫耳比。可選擇反應條件以引導朝向主要產生所需取代度反應。一般而言，低溫、低pH (例如pH=5)及短反應時間往往會減少連接PEG之數目，而高溫、中等至較高pH (例如pH＞7)及較長反應時間往往會提高連接PEG之數目。此項技術中已知之各種手段可用於終止反應。在一些實施例中，藉由酸化反應混合物且冷凍在例如-20℃下來終止反應。
本發明亦涵蓋使用PEG模擬物。已開發出保留PEG之屬性(例如增強的血清半衰期)，同時賦予若干額外有利特性之重組PEG模擬物。藉助於實例，能夠形成類似於PEG之延展構形之簡單多肽鏈(包含例如Ala、Glu、Gly、Pro、Ser及Thr)可以重組方式產生，已與所關注之肽或蛋白質藥物融合(例如Amunix XTEN技術；Mountain View, CA)。此避免在製造程式期間對額外共軛步驟之需求。此外，已確立之分子生物學技術實現多肽鏈之側鏈組合物之控制，允許免疫原性及製造特性之最佳化。 B. 新抗原決定基
新抗原決定基包含新抗原肽或新抗原多肽中由免疫系統識別之新抗原決定子部分。新抗原決定基係指在參考物，諸如非病變細胞，例如非癌細胞或生殖系細胞中不存在，但在病變細胞，例如癌細胞中可見之抗原決定基。此包括對應抗原決定基可見於正常非病變細胞或生殖系細胞中的情形，但歸因於病變細胞，例如癌細胞中之一或多種突變，改變抗原決定基之序列以產生新抗原決定基。術語「新抗原決定基」可在本說明書中與「腫瘤特異性新抗原決定基」互換使用以指代通常藉由α-胺基與相鄰胺基酸之羧基之間的肽鍵彼此連接的一系列殘基，通常L-胺基酸。新抗原決定基可為多種長度，呈其中性(不帶電)形式或呈鹽形式，且不含修飾，諸如糖基化、側鏈氧化或磷酸化或含有此等修飾，經受不破壞如本文所描述之多肽之生物活性的修飾的條件。本發明提供包含來自表 1 至 表 14 之腫瘤特異性突變之經分離之新抗原決定基。
在一些實施例中，本文針對HLA I類所描述之新抗原決定基為13個殘基長或更短，且通常由約8至約12個殘基，尤其9或10個殘基組成。在一些實施例中，本文針對HLA II類所描述之新抗原決定基為25個殘基長或更短，且通常由約16至約25個殘基組成。
在一些實施例中，本文所描述之組合物包含：含有蛋白質之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。在一些實施例中，本文所描述之組合物包含：含有蛋白質之第一區域之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二區域之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一區域包含第二區域之至少一個胺基酸，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。在一些實施例中，突變係選自由以下組成之群：點突變、剪接位點突變、框移突變、通讀突變、基因融合突變及其任何組合。
在一些實施例中，第一新抗原決定基與I類HLA蛋白結合以形成I類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第二新抗原決定基與II類HLA蛋白結合以形成II類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第二新抗原決定基與I類HLA蛋白結合以形成I類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第一新抗原決定基與II類HLA蛋白結合以形成II類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第一新抗原決定基活化CD8+ T細胞。在一些實施例中，第一新抗原決定基活化CD4+ T細胞。在一些實施例中，第二新抗原決定基活化CD4+ T細胞。在一些實施例中，第二新抗原決定基活化CD8+ T細胞。在一些實施例中，CD4+ T細胞之TCR與II類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD8+ T細胞之TCR與II類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD8+ T細胞之TCR與I類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD4+ T細胞之TCR與I類HLA-肽複合物結合。
在一些實施例中，第二新抗原決定基比第一新抗原決定基長。在一些實施例中，第一新抗原決定基具有至少8個胺基酸之長度。在一些實施例中，第一新抗原決定基具有8至12個胺基酸之長度。在一些實施例中，第一新抗原決定基包含至少8個連續胺基酸之序列，其中8個連續胺基酸中之至少1個在野生型序列之對應位置處不同。在一些實施例中，第一新抗原決定基包含至少8個連續胺基酸之序列，其中8個連續胺基酸中之至少2個在野生型序列之對應位置處不同。在一些實施例中，第二新抗原決定基具有至少16個胺基酸之長度。在一些實施例中，第二新抗原決定基具有16至25個胺基酸之長度。在一些實施例中，第二新抗原決定基包含至少16個連續胺基酸之序列，其中16個連續胺基酸中之至少1個在野生型序列之對應位置處不同。在一些實施例中，第二新抗原決定基包含至少16個連續胺基酸之序列，其中16個連續胺基酸中之至少2個在野生型序列之對應位置處不同。
在一些實施例中，新抗原決定基包含至少一個錨殘基。在一些實施例中，第一新抗原決定基、第二新抗原決定基或兩者包含至少一個錨殘基。在一個實施例中，第一新抗原決定基之至少一個錨殘基在典型錨位置或非典型錨位置處。在另一實施例中，第二新抗原決定基之至少一個錨殘基在典型錨位置或非典型錨位置處。在又一實施例中，第一新抗原決定基之至少一個錨殘基與第二新抗原決定基之至少一個錨殘基不同。
在一些實施例中，至少一個錨殘基為野生型殘基。在一些實施例中，至少一個錨殘基為取代。在一些實施例中，至少一個錨殘基不包含突變。
在一些實施例中，第二新抗原決定基或兩者包含至少一個錨殘基側接區域。在一些實施例中，新抗原決定基包含至少一個錨殘基。在一些實施例中，至少一個錨殘基包含至少兩個錨殘基。在一些實施例中，至少兩個錨殘基由包含至少1個胺基酸之分隔區域分隔開。在一些實施例中，至少一個錨殘基側接區域不在分隔區域內。在一些實施例中，至少一個錨殘基側接區域：(a)在至少兩個錨殘基之N端錨殘基之上游；(b)在至少兩個錨殘基之C端錨殘基之下游；或(a)及(b)兩者。
在一些實施例中，新抗原決定基結合HLA蛋白質(例如HLA I類或HLA II類)。在一些實施例中，新抗原決定基以比對應野生型肽更高之親和力結合HLA蛋白。在一些實施例中，新抗原決定基具有小於5,000 nM，小於1,000 nM，小於500 nM，小於100 nM，小於50 nM或或更小之IC50 。
在一些實施例中，新抗原決定基可具有約1 pM與約1 mM，約100 pM與約500 µM，約500 pM與約10 µM，約1 nM與約1 µM，或約10 nM與約1 µM之間的HLA結合親和力。在一些實施例中，新抗原決定基可具有至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、700、800、900或1,000 nM或更大之HLA結合親和力。在一些實施例中，新抗原決定基可具有至多2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、700、800、900或1,000 nM之HLA結合親和力。
在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以比對應野生型新抗原決定基更高之親和力與HLA蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以小於1,000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以小於1,000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA I類蛋白結合。在一些實施例中，第一及/或第二新抗原決定基以小於2,000 nM、1,500 nM、1,000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA II類蛋白結合。
在一態樣中，第一及/或第二新抗原決定基與由個體所表現之HLA等位基因所編碼之蛋白質結合。在另一態樣中，突變不存在於個體之非癌細胞中。在又另一態樣中，第一及/或第二新抗原決定基由個體之癌細胞之基因或表現基因編碼。
在一些實施例中，第一新抗原決定基包含如表 1 或表 2 之第2行或表 3 至表 14 之第1行中所描繪之突變。在一些實施例中，第二新抗原決定基包含如表 1 或表 2 之第2行或表 3 至表 14 之第1行中所描繪之突變。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於TMPRSS2:ERG融合蛋白。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於TMPRSS2:ERG融合蛋白，其包含來自序列MALNS::EALSVVSEDQSLFECAYGTPHLAKTEMTASSSSDYGQTSKMSPRVPQQDWALNSEALSV之序列S::E。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列ALNSEALSVV。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列MALNSEALSV。
在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於KRAS蛋白。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於NRAS蛋白。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於包含G12C、G12D、G12V、Q61H或Q61L取代之突變之KRAS蛋白。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於包含Q61K或Q61R取代之突變之NRAS蛋白。在一些實施例中，新抗原決定基包含取代突變，例如KRAS G12C、G12D、G12V、Q61H或Q61L突變或NRAS Q61K或Q61R突變。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列KLVVVGACGV。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列LVVVGACGV。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列VVGACGVGK。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列VVVGACGVGK。在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEVVGADGVGK之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列VVVGADGVGK。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列KLVVVGADGV。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列LVVVGADGV。
在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列KLVVVGAVGV。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列LVVVGAVGV。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列VVGAVGVGK。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列VVVGAVGVGK。
在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列ILDTAGHEEY。
在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列ILDTAGLEEY。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列LLDILDTAGL。
在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列ILDTAGKEEY。
在一些實施例中，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基來源於AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGREEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM之KRAS或NRAS蛋白序列。舉例而言，第一新抗原決定基及第二新抗原決定基可包含序列ILDTAGREEY。
在一些實施例中，新抗原決定基包含選自由以下組成之群之序列：DTAGHEEY、TAGHEEYSAM、DILDTAGHE、DILDTAGH、ILDTAGHEE、ILDTAGHE、DILDTAGHEEY、DTAGHEEYS、LLDILDTAGH、DILDTAGRE、DILDTAGR、ILDTAGREE、ILDTAGRE、CLLDILDTAGR、TAGREEYSAM、REEYSAMRD、DTAGKEEYSAM、CLLDILDTAGK、DTAGKEEY、LLDILDTAGK、ILDTAGKE、ILDTAGKEE、DTAGLEEY、ILDTAGLE、DILDTAGL、ILDTAGLEE、GLEEYSAMRDQY、LLDILDTAGLE、LDILDTAGL、DILDTAGLE、DILDTAGLEEY、AGVGKSAL、GAAGVGKSAL、AAGVGKSAL、CGVGKSAL、ACGVGKSAL、DGVGKSAL、ADGVGKSAL、DGVGKSALTI、GARGVGKSA、KLVVVGARGV、VVVGARGV、SGVGKSAL、VVVGASGVGK、GASGVGKSAL、VGVGKSAL、VVVGAGCVGK、KLVVVGAGC、GDVGKSAL、DVGKSALTI、VVVGAGDVGK、TAGKEEYSAM、DTAGHEEYSAM、TAGHEEYSA、DTAGREEYSAM、TAGKEEYSA、AAGVGKSA、AGCVGKSAL、AGDVGKSAL、AGKEEYSAMR、AGVGKSALTI、ARGVGKSAL、ASGVGKSA、ASGVGKSAL、AVGVGKSA、CVGKSALTI、DILDTAGK、DILDTAGREEY、DTAGHEEYSAMR、DTAGKEEYS、DTAGKEEYSAMR、DTAGLEEYS、DTAGLEEYSA、DTAGLEEYSAMR、DTAGREEYS、DTAGREEYSAMR、GAAGVGKSA、GACGVGKSA、GACGVGKSAL、GADGVGKS、GAGDVGKSA、GAGDVGKSAL、GASGVGKSA、GCVGKSAL、GCVGKSALTI、GHEEYSAM、GKEEYSAM、GLEEYSAMR、GREEYSAM、GREEYSAMR、HEEYSAMRD、KEEYSAMRD、KLVVVGASG、LDILDTAGR、LEEYSAMRD、LVVVGARGV、LVVVGASGV、REEYSAMRDQY、RGVGKSAL、TAGLEEYSA、TEYKLVVVGAA、VGAAGVGKSA、VGADGVGK、VGASGVGKSA、VGVGKSALTI、VVVGAAGV、VVVGAVGV、YKLVVVGAC、YKLVVVGAD、YKLVVVGAR及DILDTAGKE。
取代可位於沿著新抗原決定基之長度之任何地方。舉例而言，其可位於肽之N端三分之一、肽之中央三分之一或肽之C端三分之一中。在另一實施例中，經取代之殘基位於距N端之2-5個殘基或距C端之2-5個殘基處。肽可類似地來源於腫瘤特異性插入突變，其中該肽包含一或多個或所有插入殘基。
在一些實施例中，如本文所描述之肽可利用不含雜質細菌或動物物質之試劑而容易地以化學方式合成(Merrifield RB: Solid phase peptide synthesis. I. The synthesis of a tetrapeptide. J. Am. Chem. Soc.85:2149-54, 1963)。在一些實施例中，肽如下製備：(1)使用均一合成及裂解條件在多通道儀器上進行並行固相合成；(2)在利用管柱剝離之RP-HPLC管柱上進行純化；及再洗滌，但肽之間無置換；隨後(3)利用一組有限的提供最多資訊的分析進行分析。優良藥品製造規範(Good Manufacturing Practices；GMP)的覆蓋範圍可圍繞個別患者之該組肽來定義，因此用於不同患者之肽合成之間僅需要程式轉換套件。 C. 聚核苷酸
可替代地，編碼本發明之肽之核酸(例如聚核苷酸)可用於活體外產生新抗原肽。聚核苷酸可為例如DNA、cDNA、PNA、CNA、RNA、單股及/或雙股或天然或穩定化形式之聚核苷酸，諸如具有硫代磷酸酯主鏈之聚核苷酸，或其組合，且其可含有或可不含有內含子，只要其編碼肽即可。在一些實施例中，使用活體外轉譯來產生肽。
本文提供編碼本發明中所描述之新抗原肽中之每一者的新抗原聚核苷酸。術語「聚核苷酸」、「核苷酸」或「核酸」可與本發明中之「突變聚核苷酸」、「突變核苷酸」、「突變核酸」、「新抗原聚核苷酸」、「新抗原核苷酸」或「新抗原突變核酸」互換使用。歸因於遺傳密碼之冗餘，多種核酸序列可編碼相同肽。此等核酸中之每一者屬於本發明之範疇內。編碼肽之核酸可為DNA或RNA，例如mRNA或DNA及RNA之組合。在一些實施例中，編碼肽之核酸為自擴增mRNA (Brito等人, Adv. Genet. 2015; 89:179-233)。編碼本文所描述之肽之任何適合的聚核苷酸屬於本發明之範疇內。
術語「RNA」包括「mRNA」且在一些實施例中係指「mRNA」。術語「mRNA」意謂「信使-RNA」且係指藉由使用DNA範本產生且編碼肽或多肽之「轉錄物」。通常，mRNA包含5'-UTR、蛋白質編碼區及3'-UTR。mRNA在細胞中及活體外僅僅具有有限半衰期。在一些實施例中，mRNA為自擴增mRNA。在本發明之上下文中，mRNA可藉由自DNA範本進行活體外轉錄來產生。活體外轉錄方法為熟習此項技術者已知。舉例而言，存在多種市售活體外轉錄套組。
可視需要修改RNA之穩定性及轉譯效率。舉例而言，可藉由具有穩定化作用及/或提高RNA之轉譯效率的一或多種修飾來使RNA穩定及提高其轉譯。此類修飾描述於例如PCT/EP2006/009448中，其以引用之方式併入本文中。為了提高根據本發明使用之RNA之表現，其可在編碼區(亦即，編碼表現之肽或蛋白質之序列)內經修飾，而不改變表現之肽或蛋白質之序列以便增加GC含量以提高mRNA穩定性且進行密碼子優化且因此增強細胞中之轉譯。
在本發明中使用之RNA之上下文中，術語「修飾」包括該RNA中不天然存在之RNA之任何修飾。在一些實施例中，RNA不具有未封端5'-三磷酸。移除此類未封端5'-三磷酸可藉由用磷酸酶處理RNA來達成。在其他實施例中，RNA可具有經修飾之核糖核苷酸以便提高其穩定性及/或減少細胞毒性。在一些實施例中，在RNA中可部分或完全地用5-甲基胞苷取代胞苷。可替代地，部分或完全用假尿苷取代尿苷。
在一些實施例中，術語「修飾」係只提供具有5'-帽或5'-帽類似物之RNA。術語「5'-帽」係指mRNA分子之5'-端上可見之帽結構且一般由經由不常見5'至5'三磷酸鍵與mRNA連接之鳥苷核苷酸組成。在一些實施例中，此鳥苷在7-位處經甲基化。術語「習知5'-帽」係指7-甲基鳥苷帽(m G)之天然存在之RNA 5'-帽。在本發明之上下文中，術語「5'-帽」包括類似RNA帽結構之5'-帽類似物，且經修飾以具有活體內及/或在細胞中使RNA (若與其連接)穩定及/或增強RNA轉譯之能力。
在某些實施例中，向有需要之個體投與編碼本發明之新抗原肽之mRNA。在一些實施例中，本發明提供RNA、寡核糖核苷酸及包含經修飾之核苷之聚核糖核苷酸分子、包含其之基因療法載體、包含其之基因治療方法及基因轉錄靜默方法。在一些實施例中，待投與mRNA包含至少一種經修飾之核苷。
編碼本文所描述之肽的聚核苷酸可藉由化學技術，例如Matteucci等人, J. Am. Chem. Soc. 103:3185 (1981)之磷酸三酯方法合成。編碼包含類似物或由類似物組成之肽之聚核苷酸可僅藉由用適當及所需核酸鹼基取代編碼天然抗原決定基之彼等核酸鹼基製得。
本文所描述之聚核苷酸可在經轉錄之區域中包含一或多種合成或天然存在之內含子。包括mRNA穩定序列及用於哺乳動物細胞中之複製之序列亦可考慮用於提高聚核苷酸表現。另外，本文所描述之聚核苷酸可包含免疫刺激序列(ISS或CpG)。此等序列可包括於載體中，在增強免疫原性之聚核苷酸編碼序列外部。
在一些實施例中，聚核苷酸可包含在相同閱讀框中與有助於例如肽或蛋白質自宿主細胞表現及分泌之聚核苷酸(例如充當用於控制多肽自細胞轉運之分泌序列的前導序列)融合的肽或蛋白質之編碼序列。具有前導序列之多肽為前蛋白且可具有由宿主細胞裂解以形成多肽之成熟形式的前導序列。
在一些實施例中，聚核苷酸可包含在相同閱讀框中與允許例如純化所編碼之肽之標記序列(其可隨後併入個體化疾病疫苗或免疫原性組合物中)融合的肽或蛋白質之編碼序列。舉例而言，在細菌宿主之情況下，標記序列可為pQE-9載體所供應的六組胺酸標籤以便對與該標記融合之成熟多肽進行純化，或當使用哺乳動物宿主(例如COS-7細胞)時，標記序列可為來源於流感血球凝集素蛋白質的血球凝集素(HA)標籤。額外標籤包括(但不限於)調鈣蛋白標籤、FLAG標籤、Myc標籤、S標籤、SBP標籤、Softag 1、Softag 3、V5標籤、Xpress標籤、Isopeptag、SpyTag、生物素羧基載體蛋白(BCCP)標籤、GST標籤、螢光蛋白標籤(例如綠色螢光蛋白標籤)、麥芽糖結合蛋白標籤、Nus標籤、鏈黴素標籤、硫氧還蛋白標籤、TC標籤、Ty標籤及其類似物。
在一些實施例中，聚核苷酸可包含一或多種目前所描述之肽或蛋白質之編碼序列，其在相同閱讀框中融合以產生能夠產生多種新抗原肽的單一串聯化新抗原肽構築體。
在一些實施例中，使用重組技術，藉由分離或合成編碼所關注之野生型蛋白質的DNA序列來構築DNA序列。視情況，可藉由位點特異性突變誘發誘導序列突變以提供其功能類似物。參見例如Zoeller等人, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 81:5662-5066 (1984)及美國專利第4,588,585號。在另一實施例中，編碼所關注之肽或蛋白之DNA序列將藉由化學合成，使用寡核苷酸合成器構築。可基於所需肽之胺基酸序列及選擇偏好於在其中產生所關注之重組多肽之宿主細胞之彼等密碼子設計此類寡核苷酸。可應用標準方法合成編碼經分離之所關注多肽的經分離之聚核苷酸序列。舉例而言，可利用完整胺基酸序列構築回復轉譯之基因。此外，可合成含有編碼特定經分離之多肽之核苷酸序列的DNA寡聚物。舉例而言，可合成編碼所需多肽之各部分的若干小寡核苷酸且隨後接合。個別寡核苷酸通常含有5'或3'突出端以用於互補性組裝。
一經組裝(例如藉由合成、定點突變誘發或另一種方法)，編碼所關注之特定經分離多肽的聚核苷酸序列即插入至表現載體中，且視情況與適合於在所需宿主中表現蛋白質的表現控制序列可操作地連接。正確組裝可藉由核苷酸定序、限制酶圖譜及/或生物活性多肽在適合宿主中之表現來確認。如此項技術中所熟知，為了獲得經轉染基因在宿主中之高表現量，基因可與在所選表現宿主中具有功能性之轉錄及轉譯表現控制序列可操作地連接。
因此，本發明亦關於適用於產生及投與本文所描述之新抗原肽及新抗原決定基的載體及表現載體，及包含此類載體之宿主細胞。 IV. 載體
在一些實施例中，亦可製備能夠表現如本文所描述之肽或蛋白質之表現載體。不同細胞類型之表現載體在此項技術中已熟知且無需過度實驗便可選擇。一般而言，將DNA以適當取向插入至表現載體(諸如質體)中且校正閱讀框以用於表現。必要時，可將DNA與由所需宿主(例如細菌)識別之適當轉錄及轉譯調節控制核苷酸序列連接，但此類控制通常可在表現載體中獲得。隨後將載體引入宿主細菌中以便利用標準技術進行選殖(參見例如Sambrook等人(1989)Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.)。
適合於產生及投與本文所描述之新抗原肽之大量載體及宿主系統為熟習此項技術者已知且為市售的。藉助於實例提供以下載體。細菌性：pQE70、pQE60、pQE-9 (Qiagen)、pBS、pD10、phagescript、psiX174、pBluescript SK、pbsks、pNH8A、pNH16a、pNH18A、pNH46A (Stratagene); ptrc99a、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、pRIT5 (Pharmacia)；pCR (Invitrogen)。真核性：pWLNEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1、pSG (Stratagene) pSVK3、pBPV、pMSG、pSVL (Pharmacia)；p75.6 (Valentis)；pCEP (Invitrogen)；pCEI (Epimmune)。然而，可使用任何其他質體或載體，只要其在宿主中可複製且有活力即可。
為了表現本文所描述之新抗原肽，編碼序列將可操作地連接起始及終止密碼子、啟動子及終止子區域(且在一些實施例中)以及複製系統，以提供用於在所需細胞宿主中表現之表現載體。舉例而言，與細菌宿主相容之啟動子序列提供於含有用於插入所需編碼序列之適宜限制位點之質體中。將所得表現載體轉化至適合的細菌宿主中。
哺乳動物表現載體將包含複製起點、適合的啟動子及增強子以及任何所需核糖體結合位點、聚腺苷酸化位點、剪接供體及受體位點、轉錄終止序列及5'側接非轉錄序列。此類啟動子亦可來源於病毒來源，諸如人類細胞巨大病毒(CMV-IE啟動子)或單純疱疹病毒1型(HSV TK啟動子)。來源於SV40剪接及聚腺苷酸化位點之核酸序列可用於提供所需非轉錄遺傳元件。
重組表現載體可用於擴增及表現編碼如本文所描述之肽或蛋白質的DNA。重組表現載體為可複製的DNA構築體，其具有編碼肽或生物等效類似物的合成或cDNA衍生DNA片段，該等片段與來源於哺乳動物、微生物、病毒或昆蟲基因之適合的轉錄或轉譯調節元件可操作地連接。轉錄單元一般包含以下之組裝體：(1)在基因表現時具有調節作用之一或多個遺傳元件，例如轉錄啟動子或增強子；(2)轉錄成mRNA且轉譯成蛋白質的結構或編碼序列；及(3)適當的轉錄及轉譯起始及終止序列，如本文中詳細描述。此類調節元件可包括控制轉錄的操縱序列。可另外併入通常由複製起點賦予之在宿主中複製之能力及促進識別轉化體之選擇基因。當DNA區域在功能上彼此相關時，其可操作地連接。舉例而言，若信號肽(分泌前導序列)之DNA表現為參與多肽分泌之前體，則該DNA與該多肽之DNA可操作地連接；若啟動子控制編碼序列之轉錄，則該啟動子與該編碼序列可操作地連接；或若核糖體結合位點經定位從而准許轉譯，則該核糖體結合位點與編碼序列可操作地連接。一般而言，可操作地連接意謂鄰接且在分泌性前導序列的情況下，意謂鄰接且處於閱讀框中。意欲用於酵母表現系統中之結構元件包括使得能夠使轉譯蛋白質由宿主細胞在細胞外分泌之前導序列。可替代地，在不經由前導序列或轉運序列來表現重組蛋白質的情況下，其可包括N端甲硫胺酸殘基。此殘基可視情況隨後自表現之重組蛋白質裂解以提供最終產物。
一般而言，重組表現載體將包括准許宿主細胞轉化之複製起點及可選擇標記物，例如大腸桿菌(E. coli )及釀酒酵母(S. cerevisiae )TRP1 基因之胺苄青黴素(ampicillin)耐受性基因；及來源於高度表現基因之啟動子以引導下游結構序列之轉錄。此類啟動子可尤其來源於編碼糖酵解酶，諸如3-磷酸甘油酸激酶(PGK)、酸性磷酸酶或熱休克蛋白之操縱子。異源性結構序列在適當的階段中與轉譯起始及終止序列及在一些實施例中能夠引導轉譯蛋白質分泌至周質空隙或胞外介質中之前導序列組裝。視情況，異源性序列可編碼融合蛋白，該融合蛋白包括賦予所需特徵，例如所表現重組產物之穩定或簡化純化之N端鑑別肽。
編碼本文所描述之新抗原肽之聚核苷酸亦可包含泛素化信號序列及/或靶向序列，諸如內質網(ER)信號序列以促進所得肽移動至內質網中。
在一些實施例中，本文所描述之新抗原肽亦可投與及/或由病毒或細菌載體表現。表現載體之實例包括減毒病毒宿主，諸如牛痘或鳥痘。作為此方法之一實例，牛痘病毒用作表現編碼本文所描述之新抗原肽之核苷酸序列的載體。適用於免疫方案中之牛痘載體及方法描述於例如美國專利第4,722,848號中。另一種載體為BCG (Bacille Calmette Guerin)。Stover等人, Nature 351:456-460 (1991)描述BCG載體。
由本文中之實施方式熟習此項技術者將顯而易知，適用於治療投與或免疫接種本文所描述之新抗原多肽之廣泛多種其他載體，例如腺及腺相關病毒載體、反轉錄病毒載體、鼠傷寒沙門桿菌(Salmonella Typhimurium )載體、解毒化炭疽毒素載體、仙台病毒載體、痘病毒載體、金絲雀痘載體及鳥痘載體及其類似者。在一些實施例中，載體為改良型安卡拉痘苗病毒(Vaccinia Ankara；VA) (例如Bavarian Noridic (MVA-BN))。
在可用於實踐本發明之載體當中，利用反轉錄病毒基因轉移方法整合至細胞宿主基因組中係可能的，此通常引起所插入轉殖基因的長期表現。在一些實施例中，反轉錄病毒為慢病毒。另外，已在許多不同的細胞類型及目標組織中觀測到高轉導效率。反轉錄病毒之趨向性可藉由併入外來包膜蛋白、擴增目標細胞之可能目標群體來改變。反轉錄病毒亦可經工程改造以允許所插入之轉殖基因進行條件表現，使得僅某些細胞類型受慢病毒感染。可使用細胞類型特異性啟動子靶向特定細胞類型中之表現。慢病毒載體為反轉錄病毒載體(且因此慢病毒與反轉錄病毒載體均可用於本發明之實踐)。此外，慢病毒載體能夠轉導或感染非分裂細胞且通常產生高病毒效價。因此反轉錄病毒基因轉移系統之選擇可視目標組織而定。反轉錄病毒載體包含順式作用長末端重複序列，其具有封裝至多6-10 kb外來序列的能力。最小順式作用LTR足以用於載體之複製及封裝，其隨後用於將所需核酸整合至目標細胞中以提供永久性表現。可用於實踐本發明之廣泛使用的反轉錄病毒載體包括基於小鼠白血病病毒(MuLV)、長臂猿白血病病毒(GaLV)、猿猴免疫缺乏病毒(SIV)、人類免疫不全病毒(HIV)及其組合之彼等者(參見例如Buchscher等人, (1992) J. Virol. 66:2731-2739；Johann等人, (1992) J. Virol.66:1635-1640；Sommnerfelt等人, (1990) Virol.176:58-59；Wilson等人, (1998) J. Virol.63:2374-2378；Miller等人, (1991) J. Virol.65:2220-2224；PCT/US94/05700)。
亦適用於實踐本發明的為最小非靈長類動物慢病毒載體，諸如基於馬科動物感染性貧血病毒(EIAV)的慢病毒載體。載體可具有驅動目標基因表現之細胞巨大病毒(CMV)啟動子。因此，在適用於實踐本發明之載體中，本發明涵蓋：病毒載體，包括反轉錄病毒載體及慢病毒載體。
亦適用於實踐本發明的為腺病毒載體。一個優點為重組腺病毒能夠活體外及活體內有效轉移且在多種哺乳動物細胞及組織中表現重組基因，從而引起所轉移核酸的高表現。此外，高效感染靜態細胞之能力擴大重組腺病毒載體的效用。另外，高表現量確保，核酸之產物將表現至足以產生免疫反應之水準(參見例如美國專利第7,029,848號，其以引用之方式併入本文中)。
就適用於實踐本發明之腺病毒載體而言，提及美國專利第6,955,808號。所用腺病毒載體可選自由以下組成之群：Ad5、Ad35、Ad11、C6及C7載體。腺病毒5 (「Ad5」)基因組之序列已公開。(Chroboczek, J., Bieber, F.及Jacrot, B. (1992) The Sequence of the Genome of Adenovirus Type 5 and Its Comparison with the Genome of Adenovirus Type 2, Virology 186, 280-285；其內容以引用之方式併入本文中)。Ad35載體描述於美國專利第6,974,695號、第6,913,922號及第6,869,794號中。Ad11載體描述於美國專利第6,913,922號中。C6腺病毒載體描述於美國專利第6,780,407號、第6,537,594號、第6,309,647號、第6,265,189號、第6,156,567號、第6,090,393號、第號5,942,235及第5,833,975號中。C7載體描述於美國專利第6,277,558號中。亦可使用缺乏或缺失E1、缺乏或缺失E3及/或缺乏或缺失E4的腺病毒載體。由於缺乏E1的腺病毒突變體在非容許細胞中為複製缺陷型或至少為高度減弱的，因此E1區域中具有突變的某些腺病毒具有經改良之安全界限。E3區域中具有突變的腺病毒可藉由破壞腺病毒藉以下調MHC I類分子之機制而具有增強的免疫原性。具有E4突變之腺病毒由於晚期基因表現受到抑制而使得腺病毒載體之免疫原性降低。當需要使用相同載體重複進行疫苗再接種時，此類載體可為特別適用的。根據本發明，可使用E1、E3、E4；E1及E3；及E1及E4缺失或突變的腺病毒載體。
此外，根據本發明亦可使用其中所有病毒基因均缺失的「空殼」腺病毒載體。此類載體需要輔助病毒用於其複製且需要表現E1a與Cre (不存在於天然環境中的狀態)的特定人類293細胞株。此類「空殼」載體無免疫原性且因此可接種載體多次用於疫苗再接種。「空殼」腺病毒載體可用於插入異源性插入序列/基因，諸如本發明之轉殖基因，且甚至可用於許多異源性插入序列/基因的共遞送。
在一些實施例中，遞送係經由腺病毒，其可在單一加強劑量下。在一些實施例中，腺病毒係經由多次劑量遞送。就活體內遞送而言，AAV優於其他病毒載體，原因在於毒性低及由於其未整合至宿主基因組中而引起插入型突變誘發之機率低。AAV具有4.5或4.75 Kb之封裝限制。大於4.5或4.75 Kb之構築體導致病毒產生顯著減少。存在可用於驅動核酸分子表現之多種啟動子。AAV ITR可充當啟動子且有利於消除對額外啟動子元件之需求。
對於廣泛表現而言，可使用以下啟動子：CMV、CAG、CBh、PGK、SV40、鐵蛋白重鏈或輕鏈等。對於腦表現而言，可使用以下啟動子：用於所有神經元之突觸蛋白I、用於激動性神經元之CaMK II α、用於GABA能神經元之GAD67或GAD65或VGAT等。用於驅動RNA合成之啟動子可包括：Pol III啟動子，諸如U6或H1。Pol II啟動子及內含子卡匣之使用可用於表現導引RNA (gRNA)。關於適用於實踐本發明之AAV載體，可提及美國專利第5658785號、第7115391號、第7172893號、第6953690號、第6936466號、第6924128號、第6893865號、第6793926號、第6537540號、第6475769號及第6258595號，及其中所引用之文獻。就AAV而言，AAV可為AAV1、AAV2、AAV5或其任何組合。吾人可根據所靶向之細胞來選擇AAV；例如吾人可選擇AAV血清型1、2、5或雜交衣殼AAV1、AAV2、AAV5或其任何組合來靶向腦或神經元細胞；且吾人可選擇AAV4來靶向心臟組織。AAV8適用於遞送至肝臟。在一些實施例中，遞送係經由AAV。可調節劑量以平衡治療益處與任何副作用。
在一些實施例中，在目前所描述之組合物中使用痘病毒。此等病毒包括正痘病毒、禽痘、牛痘、MVA、NYVAC、金絲雀痘、ALVAC、禽痘、TROVAC等 (參見例如Verardi等人, Hum. Vaccin. Immunother. 2012年7月;8(7):961-70；及Moss, Vaccine. 2013; 31(39): 4220-4222)。痘病毒表現載體在1982年已有描述且快速廣泛用於疫苗開發以及多領域研究。載體之優點包括構築簡單、能夠容納大量外來DNA及表現量高。關於可用於實踐本發明之痘病毒(諸如脊椎動物痘病毒亞科(Chordopoxvirinae)痘病毒(脊椎動物之痘病毒)，例如正痘病毒屬及禽痘病毒屬，例如牛痘病毒(例如惠氏病毒株(Wyeth Strain)、WR病毒株(例如ATCC® VR-1354)、哥本哈根病毒株(Copenhagen Strain)、NYVAC、NYVAC.1、NYVAC.2、MVA、MVA-BN)、金絲雀痘病毒(例如Wheatley C93病毒株、ALVAC)、鳥痘病毒(例如FP9病毒株、韋伯斯特病毒株(Webster Strain)、TROVAC)、鴿痘(dovepox)、鴿痘(pigeonpox)、鵪鶉痘及浣熊痘，尤其其合成或非天然存在之重組體、其用途及製備及使用此類重組體之方法)的資訊可見於科學及專利文獻中。
在一些實施例中，牛痘病毒用於疾病疫苗或免疫原性組合物中以表現抗原。(Rolph等人, Recombinant viruses as vaccines and immunological tools. Curr. Opin. Immunol. 9:517-524, 1997)。重組牛痘病毒能夠在所感染宿主細胞之細胞質內複製，且所關注多肽可因此誘導免疫反應。此外，痘病毒不僅由於能夠藉由直接感染免疫細胞(特定而言，抗原呈遞細胞)而靶向所編碼之抗原以便藉由主要組織相容複合物I類路徑處理，而且由於能夠具自佐劑性，因此痘病毒已廣泛用作疫苗或免疫原性組合物載體。
在一些實施例中，ALVAC用作疾病疫苗或免疫原性組合物中之載體。ALVAC為可經修飾以表現外來轉殖基因且已用作一種用於針對原核及真核抗原進行疫苗接種之方法的金絲雀痘病毒(Horig H, Lee DS, Conkright W等人. Phase I clinical trial of a recombinant canarypoxvirus (ALVAC) vaccine expressing human carcinoembryonic antigen and the B7.1 co-stimulatory molecule. Cancer Immunol. Immunother. 2000;49:504-14；von Mehren M, Arlen P, Tsang KY等人. Pilot study of a dual gene recombinant avipox vaccine containing both carcinoembryonic antigen (CEA) and B7.1 transgenes in patients with recurrent CEA-expressing adenocarcinomas. Clin. Cancer. Res. 2000; 6:2219-28；Musey L, Ding Y, Elizaga M,等人. HIV-1 vaccination administered intramuscularly can induce both systemic and mucosal T cell immunity in HIV-1-uninfected individuals. J. Immunol. 2003;171:1094-101；Paoletti E. Applications of pox virus vectors to vaccination: an update. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 1996;93:11349-53；美國專利第7,255,862號)。在階段I臨床試驗中，表現腫瘤抗原CEA之ALVAC病毒顯示極佳的安全概況且在所選患者中導致CEA特異性T細胞反應提高；然而，未觀測到客觀臨床反應(Marshall JL, Hawkins MJ, Tsang KY等人. Phase I study in cancer patients of a replication-defective avipox recombinant vaccine that expresses human carcinoembryonic antigen. J. Clin. Oncol. 1999;17:332-7)。
在一些實施例中，改良型安卡拉痘苗病毒(MVA)病毒可用作用於抗原疫苗或免疫原性組合物之病毒載體。MVA為正痘病毒家族成員且已藉由牛痘病毒(CVA)之安卡拉病毒株在雞胚纖維母細胞上連續繼代約570次來產生(參見例如Mayr, A.等人, Infection 3, 6-14, 1975)。由於此等繼代，所得MVA病毒含有相比於CVA少31千鹼基的基因組資訊且對宿主細胞具有高度限制性(Meyer, H.等人, J. Gen. Virol. 72, 1031-1038, 1991)。MVA之特徵在於其毒性大幅降低，亦即毒力或感染能力減弱，但仍然保持極佳免疫原性。當在多種動物模型中測試時，MVA經證實為無毒的，甚至在免疫抑制的個體中。另外，MVA-BN®-HER2為針對治療HER-2-陽性乳癌所設計的候選免疫療法且當前正處於臨床試驗中。(Mandl等人, Cancer Immunol. Immunother. 2012年1月; 61(1): 19-29)。已描述製備及使用重組MVA之方法(例如參見美國專利第8,309,098號及第5,185,146號，其以全文引用之方式併入本文中)。
適用於表現多肽之宿主細胞包括處於適當啟動子控制下的原核生物、酵母、昆蟲或較高等真核細胞。原核生物包括革蘭氏陰性或革蘭氏陽性生物體，例如大腸桿菌或桿菌。較高等真核細胞包括哺乳動物來源的現有細胞株。亦可採用無細胞之轉譯系統。與細菌、真菌、酵母及哺乳動物細胞宿主一起使用之適當的選殖及表現載體為此項技術中眾所周知的(參見Pouwels等人, Cloning Vectors: A Laboratory Manual, Elsevier, N.Y., 1985)。
多種哺乳動物或昆蟲細胞培養系統亦有利地用於表現重組蛋白。由於重組蛋白質一般正確摺疊、經適當修飾且具有完全功能，因此此類蛋白質可在哺乳動物細胞中表現。適合的哺乳動物宿主細胞株之實例包括Gluzman (Cell 23:175, 1981)所描述之猴腎COS-7細胞株，及能夠表現適當載體的其他細胞株，包括例如L細胞、C127、3T3、中國倉鼠卵巢(CHO)、293、海拉(HeLa)及BHK細胞株。哺乳動物表現載體可包含非轉錄元件，諸如複製起點、與待表現基因連接之適合啟動子及增強子，及其他5'或3'側接非轉錄序列，以及5'或3'非轉譯序列，諸如必需的核糖體結合位點、聚腺苷酸化位點、剪接供體及受體位點以及轉錄終止序列。用於在昆蟲細胞中產生異源性蛋白質的桿狀病毒系統回顧於Luckow及Summers, Bio/Technology 6:47 (1988)中。
宿主細胞用可例如為選殖載體或表現載體之載體進行基因工程改造(經轉導或轉化或轉染)。載體可例如呈質體、病毒顆粒、噬菌體等形式。工程改造宿主細胞可在經改良而適於活化啟動子、選擇轉化體或擴增聚核苷酸之習知養分培養基中培養。培養條件(諸如溫度、pH及類似條件)為先前用於經選擇用於表現之宿主細胞之培養條件，且對於一般熟習此項技術者而言將顯而易見。
可提及以下作為適當宿主之代表性實例：細菌細胞，諸如大腸桿菌、枯草桿菌(Bacillus subtilis)、鼠傷寒沙門桿菌及假單胞菌屬、鏈黴菌屬與葡萄球菌屬內之各種物種；真菌細胞，諸如酵母；昆蟲細胞，諸如果蠅及Sf9；動物細胞，諸如猴腎臟成纖維細胞之COS-7株，由Gluzman, Cell 23:175 (1981)所描述；及能夠表現相容性載體之其他細胞株，例如C127、3T3、CHO、海拉及BHK細胞株或Bowes黑素瘤；植物細胞等。根據本文中之教示內容選擇適當的宿主被認為在熟習此項技術者之範疇內。
亦可使用酵母、昆蟲或哺乳動物細胞宿主，採用適合的載體及控制序列。哺乳動物表現系統之實例包括Gluzman, Cell 23:175 (1981)所描述之猴腎臟成纖維細胞之COS-7株及能夠表現相容性載體之其他細胞株，例如C127、3T3、CHO、海拉及BHK細胞株。
本文所描述之聚核苷酸可在人類細胞(例如免疫細胞，包括樹突狀細胞)中投與及表現。使用人類密碼子使用表來導引各胺基酸的密碼子選擇。此類聚核苷酸包含抗原決定基及/或類似物(諸如上文所描述之彼等者)之間的間隔子胺基酸殘基，或可包含鄰近於抗原決定基及/或類似物(及/或CTL (例如CD8+ )、Th (例如CD4+ )及B細胞抗原決定基)之天然存在的側接序列。
載體中包括熟習此項技術者熟知的標準調節序列以確保在人類目標細胞中表現。需要若干載體元件：具有用於聚核苷酸之下游選殖位點，例如小型基因插入之啟動子；用於有效轉錄終止之聚腺苷酸化信號；大腸桿菌複製起點；及大腸桿菌可選標記物(例如胺苄青黴素或康黴素耐受性)。多種啟動子可用於此目的，例如人類細胞巨大病毒(hCMV)啟動子。關於其他適合的啟動子序列，參見例如美國專利第5,580,859號及第5,589,466號。在一些實施例中，啟動子為CMV-IE啟動子。
適用於真核宿主，尤其哺乳動物或人類之表現載體包括例如包含來自SV40、牛科動物乳頭狀瘤病毒、腺病毒及細胞巨大病毒之表現控制序列的載體。適用於細菌宿主之表現載體包括已知細菌質體，諸如來自大腸桿菌之質體，包括pCR1、pBR322、pMB9及其衍生物；較寬宿主範圍質體，諸如M13及絲狀單股DNA噬菌體。
可藉由多種不同方法將載體引入動物組織中。兩種最流行方法為使用標準皮下注射針注射含DNA之生理鹽水及基因槍遞送。藉由此等兩種方法構築DNA疫苗質體及隨後遞送其至宿主中的示意性概述說明於Scientific American (Weiner等人, (1999) Scientific American 281(1): 34-41)中。於生理鹽水中注射通常在骨骼肌肌肉內(IM)進行，或皮內(ID)進行，其中DNA遞送至細胞外空間。此可藉由電穿孔、藉由肌肉毒素(諸如布比卡因(bupivacaine))暫時性損傷肌纖維或藉由使用高滲壓生理鹽水或蔗糖溶液來促進(Alarcon等人, (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410)。此遞送方法之免疫反應可能受多種因素影響，包括針頭類型、針頭對準、注射速度、注射體積、所注射之動物之肌肉類型及年齡、性別及生理條件(Alarcon等人, (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410)。
基因槍遞送(另一常用遞送方法)以彈道形式加快已吸附於金或鎢微米粒子上之質體DNA (pDNA)進入目標細胞中，使用壓縮氦氣作為加速劑(Alarcon等人, (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410；Lewis等人, (1999). Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88)。
替代遞送方法可包括以氣溶膠將裸DNA滴入黏膜表面(諸如鼻及肺黏膜) (Lewis等人, (1999). Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88)及局部投與pDNA至眼睛及陰道黏膜(Lewis等人, (1999) Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88)。黏膜表面遞送亦已使用以下達成：陽離子脂質體-DNA製劑、生物可降解微球體、減毒志賀桿菌(Shigella)或李斯特菌(Listeria)載體用於經口投與至腸黏膜，及重組腺病毒載體。DNA或RNA亦可在暫時滲透細胞之細胞膜之溫和機械破壞之後遞送至細胞。膜之此類溫和機械破壞可藉由輕輕地迫使細胞通過較小孔口實現(Sharei等人, Ex Vivo Cytosolic Delivery of Functional Macromolecules to Immune Cells, PLOS ONE (2015))。
將聚核苷酸引入宿主細胞中之化學方式包括膠態分散系統，諸如大分子複合物、奈米膠囊、微球體、珠粒及基於脂質之系統，包括水包油乳液、微胞、混合微胞及脂質體。用作活體外及活體內遞送媒劑之例示性膠態系統為脂質體(例如人工膜泡)。在利用非病毒遞送系統之情況下，例示性遞送媒劑為脂質體。「脂質體」為通用術語，其涵蓋藉由產生經圍封之脂質雙層或聚集物而形成的多種單層及多層脂質媒劑。脂質體之特徵可為具有囊泡結構，其具有磷脂雙層膜及內部水性介質。多層脂質體具有由水性介質分隔開之多個脂質層。其在磷脂懸浮於過量水溶液中時自發地形成。脂質組分在形成封閉結構之前進行自身重組且在脂質雙層之間捕獲水及所溶解之溶解物(Ghosh等人, Glycobiology 5: 505-10 (1991))。然而，亦涵蓋在溶液中具有與正常囊泡結構不同之結構的組合物。舉例而言，脂質可呈現微胞結構或僅以脂質分子之非均勻聚集物形式存在。亦涵蓋脂染胺-核酸複合物。
涵蓋使用脂質調配物將核酸引入宿主細胞中(活體外、離體或活體內)。在另一態樣中，可使核酸與脂質締合。與脂質締合之核酸可囊封於脂質體之水性內部中，穿插於脂質體之脂質雙層內，經由與脂質體及寡核苷酸締合之連接分子與脂質體連接、包覆於脂質體中，與脂質體複合，分散於含有脂質之溶液中，與脂質混合，與脂質合併，以懸浮液形式含於脂質中，含有微胞或與微胞複合，或以其他方式與脂質締合。與脂質、脂質/DNA或脂質/表現載體締合的組合物不限於溶液中之任何特定結構。舉例而言，其可存在於雙層結構中，以微胞形式存在或具有「塌陷」結構。其亦可簡單地穿插於溶液中，可能形成大小或形狀上不均勻的聚集物。脂質為脂肪物質，其可為天然存在或合成脂質。舉例而言，脂質包括細胞質中天然存在之脂肪滴以及含有長鏈脂族烴及其衍生物之化合物類別(諸如脂肪酸、醇、胺、胺基醇及醛)。
適用之脂質可獲自商業來源。舉例而言，二肉豆蔻基磷脂醯膽鹼(「DMPC」)可獲自Sigma, St. Louis, Mo.；磷酸三十二烷基酯(「DCP」)可獲自K & K Laboratories (Plainview, N.Y.)；膽固醇(「Choi」)可獲自Calbiochem-Behring；二肉豆蔻基磷脂醯甘油(「DMPG」)及其他脂質可獲自Avanti Polar Lipids, Inc. (Birmingham, Ala.)。脂質於氯仿或氯仿/甲醇中之儲備溶液可儲存在約-20℃下。氯仿用作唯一溶劑，因為其比甲醇更容易蒸發。
在一些實施例中，載體包含編碼含有第一新抗原決定基的第一肽及含有第二新抗原決定基的第二肽的聚核苷酸。在一些實施例中，第一及第二肽來源於相同蛋白質。至少兩個不同肽可在長度、胺基酸序列或兩者上不同。肽來源於已知或已發現含有腫瘤特異性突變之任何蛋白質。在一些實施例中，載體包含含有蛋白質之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。在一些實施例中，載體包含含有蛋白質之第一區域之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二區域之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一區域包含第二區域之至少一個胺基酸，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。在一些實施例中，突變係選自由以下組成之群：點突變、剪接位點突變、框移突變、通讀突變、基因融合突變及其任何組合。
在一些實施例中，載體包含可操作地與啟動子連接之聚核苷酸。在一些實施例中，載體為自擴增RNA複製子、質體、噬菌體、轉位子、黏質體、病毒或病毒粒子。在一些實施例中，載體來源於反轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒、疱疹病毒、痘病毒、α病毒、牛痘病毒、B型肝炎病毒、人類乳突狀瘤病毒或其假模式標本。在一些實施例中，載體為非病毒載體。在一些實施例中，非病毒載體為奈米粒子、陽離子脂質、陽離子聚合物、金屬奈米聚合物、奈米棒、脂質體、微胞、微泡、細胞穿透肽或脂質球。 V. T 細胞受體
在一個態樣中，本發明提供表現使免疫反應性細胞活化之新抗原識別受體(例如T細胞受體(TCR)或嵌合抗原受體(CAR))之細胞，及使用此類細胞來治療需要增強的免疫反應之疾病之方法。此類細胞包括表現抗原識別受體(例如TCR或CAR)之經基因修飾之免疫反應性細胞(例如T細胞、自然殺手(NK)細胞、細胞毒性T淋巴球(CTL (例如CD8+ ))細胞、輔助T淋巴球(Th (例如CD4+ ))細胞)，其結合本文所描述之新抗原肽中之一者，及因此用於治療贅瘤及需要提高抗原特異性免疫反應之其他病變的使用方法。T細胞活化由靶向抗原之TCR或CAR介導。
本發明提供表現使免疫反應性細胞活化之抗原識別受體(例如TCR、CAR)及嵌合共刺激性受體(CCR)之組合之細胞；及使用此類細胞來治療需要增強的免疫反應之疾病之方法。在一些實施例中，腫瘤抗原特異性T細胞、NK細胞、CTL細胞或其他免疫反應性細胞用作選擇性富集一或多種用於治療或預防贅瘤之共刺激配位體之穿梭子。向有需要之人類個體投與此類細胞以用於治療或預防特定癌症。
在一些實施例中，可用於本發明之方法中之腫瘤抗原特異性人類淋巴球包括(但不限於)經基因修飾以表現嵌合抗原受體(CAR)之周邊供體淋巴球(Sadelain, M.等人 2003 Nat Rev Cancer 3:35-45)；經基因修飾以表現包含a及p雜二聚體之全長腫瘤抗原識別T細胞受體複合物之周邊供體淋巴球(Morgan, R. A.,等人 2006 Science 314:126-129)；來源於腫瘤活檢體中之腫瘤浸潤性淋巴球(TIL)之淋巴球培養物(Panelli, M. C.,等人 2000 J Immunol 164:495-504；Panelli, M. C.,等人 2000 J Immunol 164:4382-4392)；及採用人工抗原呈遞細胞(AAPC)或脈衝式樹突狀細胞之選擇性活體外擴增抗原特異性周邊血液白血球(Dupont, J.,等人 2005 Cancer Res 65:5417-5427；Papanicolaou, G. A.,等人 2003 Blood 102:2498-2505)。T細胞可為自體、同種異體或活體外來源於經工程改造之祖細胞或幹細胞。
在一些實施例中，免疫治療為經工程改造之受體。在一些實施例中，經工程改造之受體為嵌合抗原受體(CAR)、T細胞受體(TCR)或B細胞受體(BCR)、過繼T細胞療法(ACT)或其衍生物。在其他態樣中，經工程改造之受體為嵌合抗原受體(CAR)。在一些態樣中，CAR為第一代CAR。在其他態樣中，CAR為第二代CAR。在又其他態樣中，CAR為第三代CAR。在一些態樣中，CAR包含胞外部分、跨膜部分及胞內部分。在一些態樣中，胞內部分包含至少一個T細胞共刺激域。在一些態樣中，T細胞共刺激域係選自由以下組成之群：CD27、CD28、TNFRS9 (4-1BB)、TNFRSF4 (OX40)、TNFRSF8 (CD30)、CD40LG (CD40L)、ICOS、ITGB2 (LFA-1)、CD2、CD7、KLRC2 (NKG2C)、TNFRS18 (GITR)、TNFRSF14 (HVEM)或其任何組合。
在一些態樣中，經工程改造之受體結合目標。在一些態樣中，結合對同罹患疾病或病狀之一或多個個體具有特異性之肽具有特異性。
在一些態樣中，免疫治療為如本文中詳細描述之細胞。在一些態樣中，免疫治療為包含特異性結合本文所描述之肽或新抗原決定基之受體的細胞。在一些態樣中，免疫治療為與本發明之肽/核酸組合使用的細胞。在一些實施例中，細胞為患者細胞。在一些實施例中，細胞為T細胞。在一些實施例中，細胞為腫瘤浸潤性淋巴球。
在一些態樣中，基於個體之T細胞受體譜，治療患有病狀或疾病之個體。在一些實施例中，基於個體之T細胞受體譜，選擇肽或新抗原決定基。在一些實施例中，用表現對如本文所描述之肽或新抗原決定基具有特異性之TCR之T細胞治療個體。在一些實施例中，用對TCR，例如個體特異性TCR具有特異性的肽或新抗原決定基治療個體。在一些實施例中，用對表現TCR，例如個體特異性TCR之T細胞具有特異性的肽或新抗原決定基治療個體。在一些實施例中，用對個體特異性TCR具有特異性的肽或新抗原決定基治療個體。
在一些實施例中，基於一或多種個體中鑑別到之TCR，選擇如本文所描述之組合物。在一些實施例中，鑑別T細胞譜系及測試功能分析用於測定待投與至一或多個患有病狀或疾病之個體的組合物。在一些實施例中，組合物為包含一或多種如本文所描述之肽或蛋白質之抗原疫苗。在一些實施例中，疫苗包含個體特異性新抗原肽。在一些實施例中，基於與新抗原決定基結合之個體特異性TCR之定量，選擇疫苗中包括之肽。在一些實施例中，基於肽對TCR之結合親和力，選擇肽。在一些實施例中，選擇係基於數量及結合親和力兩者之組合。舉例而言，在功能分析中與新抗原決定基強烈結合，但在TCR譜中未高度展現之TCR可為抗原疫苗之良好候選者，此係因為表現TCR之T細胞將有利地擴增。
在一些實施例中，基於與TCR結合選擇肽或蛋白質以向一或多個個體投與。在一些實施例中，T細胞，諸如來自患有疾病或病狀之個體的T細胞可擴增。表現對新抗原肽或新抗原決定基具有特異性之TCR的擴增T細胞可返投與至個體。在一些實施例中，適合的細胞，例如PBMC，用聚核苷酸轉導或轉染以用於表現對新抗原肽或新抗原決定基具有特異性的TCR，且將其向個體投與。表現對新抗原肽或新抗原決定基具有特異性之TCR的T細胞可進行擴增且返投與至個體。在一些實施例中，表現對與自體患病組織一起培育時產生溶胞活性之新抗原肽或新抗原決定基具有特異性之TCR的T細胞可進行擴增且向個體投與。在一些實施例中，使得與新抗原肽或新抗原決定基結合、在功能分析中使用之T細胞可進行擴增且向個體投與。在一些實施例中，已測定出與個體特異性新抗原肽或新抗原決定基結合之TCR可在T細胞中表現且向個體投與。
在一些實施例中，本發明提供一種組合物，其包含：含有第一新抗原決定基的第一肽及含有第二新抗原決定基的第二肽，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。在一些實施例中，如本文所提供之組合物包含：第一T細胞，其包含對第一新抗原決定基具有特異性的第一T細胞受體(TCR)；及第二T細胞，其包含對第二新抗原決定基具有特異性的第二TCR。在一些實施例中，第一及第二肽來源於相同蛋白質。
在另一實施例中，本發明提供一種組合物，其包含：含有蛋白質之第一區域之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二區域之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一區域包含第二區域之至少一個胺基酸，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。在一些實施例中，如本文所提供之組合物包含：第一T細胞，其包含對第一新抗原決定基具有特異性的第一T細胞受體(TCR)；及第二T細胞，其包含對第二新抗原決定基具有特異性的第二TCR。在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。
在一些實施例中，第一新抗原決定基與I類HLA蛋白結合以形成I類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第一新抗原決定基與II類HLA蛋白結合以形成II類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第二新抗原決定基與II類HLA蛋白結合以形成II類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第二新抗原決定基與I類HLA蛋白結合以形成I類HLA-肽複合物。在一些實施例中，第一新抗原決定基活化CD8+ T細胞。在一些實施例中，第一新抗原決定基活化CD4+ T細胞。在一些實施例中，第二新抗原決定基活化CD4+ T細胞。在一些實施例中，第二新抗原決定基活化CD8+ T細胞。在一些實施例中，CD4+ T細胞之TCR與II類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD8+ T細胞之TCR與II類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD8+ T細胞之TCR與I類HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，CD4+ T細胞之TCR與I類HLA-肽複合物結合。
在一些實施例中，第一TCR為對第一新抗原決定基具有特異性的第一嵌合抗原受體，且第二TCR為對第二新抗原決定基具有特異性的第二嵌合抗原受體。在一些實施例中，第一T細胞為細胞毒性T細胞。在一些實施例中，第一T細胞為γ δ T細胞。在一些實施例中，第二T細胞為輔助T細胞。在一些實施例中，第一及/或第二TCR以小於1,000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA-肽複合物結合。在一些實施例中，第一及/或第二TCR以小於1,000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA I類-肽複合物結合。在一些實施例中，第一及/或第二TCR以小於2,000、1,500、1,000 nM、900 nM、800 nM、700 nM、600 nM、500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 ，與HLA II類-肽複合物結合。VI. 抗原呈遞細胞
新抗原肽或蛋白質可以含有如本文所描述之此類肽、蛋白質或聚核苷酸之抗原呈遞細胞(例如樹突狀細胞)形式提供。在其他實施例中，此類抗原呈遞細胞用於刺激供患者使用之T細胞。因此，本發明之一個實施例為一種組合物，其含有經脈衝或負載有一或多種本文所描述之新抗原肽或聚核苷酸的至少一種抗原呈遞細胞(例如樹突狀細胞)。在一些實施例中，此類APC為自體的(例如自體樹突狀細胞)。可替代地，自患者分離之周邊血液單核細胞(PBMC)可離體負載有新抗原肽或聚核苷酸。在相關實施例中，將此類APC或PBMC返注射回患者。在一些實施例中，抗原呈遞細胞為樹突狀細胞。在相關實施例中，樹突狀細胞為用新抗原肽或核酸脈衝之自體樹突狀細胞。新抗原肽可為產生適當的T細胞反應之任何適合的肽。使用經來自腫瘤相關抗原之肽脈衝之自體樹突狀細胞的T細胞療法揭示於Murphy等人 (1996) The Prostate 29, 371-380及Tjua等人 (1997) The Prostate 32, 272-278中。在一些實施例中，T細胞為CTL (例如CD8+ )。在一些實施例中，T細胞為輔助T淋巴球(Th (例如CD4+ ))。
在一些實施例中，本發明提供一種組合物，其包含亦可向個體投與之基於細胞之免疫原性醫藥組合物。舉例而言，適當時且如此項技術中所理解，可使用熟知技術、載劑及賦形劑中之任一者調配基於抗原呈遞細胞(APC)之免疫原性醫藥組合物。APC包括單核球、單核球衍生細胞、巨噬細胞及樹突狀細胞。有時，基於APC之免疫原性醫藥組合物可為基於樹突狀細胞之免疫原性醫藥組合物。
基於樹突狀細胞之免疫原性醫藥組合物可藉由此項技術中熟知之任何方法製備。在一些情況下，基於樹突狀細胞之免疫原性醫藥組合物可經由離體或活體內方法製備。離體方法可包含使用經本文所描述之多肽離體脈衝之自體DC，以在向患者投與之前活化或負載DC。活體內方法可包含使用與本文所描述之多肽偶合之抗體靶向特異性DC受體。基於DC之免疫原性醫藥組合物可進一步包含DC活化劑，諸如TLR3、TLR-7-8及CD40促效劑。基於DC之免疫原性醫藥組合物可進一步包含佐劑及醫藥學上可接受之載劑。
抗原呈遞細胞(APC)可由包括人類及非人類靈長類動物、其他哺乳動物及脊椎動物之多種來源製備。在某些實施例中，APC可由人類或非人類脊椎動物之血液製備。APC亦可自白血球之富集群體分離。白血球群體可藉由熟習此項技術者已知之方法製備。此類方法通常包括採集肝素化血液、血球分離術或白細胞去除、製備白血球層、玫瑰花簇(rosetting)、離心、密度梯度離心(例如使用Ficoll、膠態二氧化矽顆粒及蔗糖)、差異裂解非白血球及過濾。白血球群體亦可藉由自個體採集血液、去纖維顫動移除血小板及使紅血球裂解來製備。白血球群體可視情況富集單核球性樹突狀細胞前體。
血球群體可根據白血球之富集群體之所需用途獲自多種個體。個體可為健康個體。替代地，血細胞可獲自需要免疫刺激之個體，諸如癌症患者或免疫刺激將有利的其他患者。同樣地，血細胞可獲自需要免疫抑制之個體，諸如患有自體免疫病症(例如類風濕性關節炎、糖尿病、狼瘡、多發性硬化及其類似者)之患者。白血球群體亦可獲自HLA匹配的健康個體。
當血液用作APC來源時，血液白血球可使用維持其活力之習知方法獲得。根據本發明之一個態樣，血液可稀釋至可含有或可不含有肝素或其他適合的抗凝血劑之培養基中。血液與培養基之體積可為約1比1。可藉由在4℃下以約1,000 rpm (150 g)離心含血液之培養基來濃縮細胞。可藉由使細胞再懸浮於將裂解紅血球之此項技術中已知之任何數目之溶液(例如氯化銨)中來使血小板及紅血球耗盡。舉例而言，混合物可為按體積計約1:1之培養基及氯化銨。可藉由離心及在所需溶液中洗滌直至獲得實質上不含血小板及紅血球之白血球群體來濃縮細胞。組織培養物中常用之任何等張溶液可用作用於將血液白血球與血小板及紅血細胞分離之培養基。此類等張溶液之實例可為磷酸鹽緩衝鹽水、漢克斯(Hanks)平衡鹽溶液及完全生長培養基。APC及/或APC前體細胞亦可藉由淘析純化。
在一個實施例中，在發炎性或以其他方式活化之條件下，APC可為非標稱APC。舉例而言，非標稱APC可包括用藉由誘導APC活性之因數或條件活化之干擾素-γ、T細胞、B細胞及/或單核球刺激之上皮細胞。此類非標稱APC可根據此項技術中已知之方法製備。
APC可按需要根據APC之類型培養、擴增、分化及/或成化。可在任何適合的培養容器，諸如培養盤、燒瓶、培養袋及生物反應器中培養APC。
在某些實施例中，可在適合的培養物或生長培養基中培養APC以維持及/或擴增製劑中之APC之數目。可根據分離之APC之類型選擇培養基。舉例而言，可在適合於其維持及擴增之生長培養基中培養成熟APC，諸如成熟樹突狀細胞。培養基可補充有胺基酸、維生素、抗生素、二價陽離子及其類似者。另外，生長培養基可包括細胞介素、生長因數及/或激素。舉例而言，為了維持及/或擴增成熟樹突狀細胞，可添加細胞介素，諸如粒細胞/巨噬細胞群落刺激因數(GM-CSF)、FMS樣酪胺酸激酶3配位體(FLT-3L)及/或介白素4 (IL-4)。在其他實施例中，可培養及/或擴增不成熟APC。不成熟樹突狀細胞可保留其吸收目標mRNA及處理新穎抗原之能力。在一些實施例中，可在適合於其維持及培養之培養基中培養不成熟樹突狀細胞。培養基可補充有胺基酸、維生素、抗生素、二價陽離子及其類似者。另外，生長培養基可包括細胞介素、生長因數及/或激素。
可類似地培養或擴增其他不成熟APC。不成熟APC製劑可成化以形成成熟APC。APC之成熟可在暴露於新抗原肽期間或之後發生。在某些實施例中，不成熟樹突狀細胞製劑可成化。適合的成熟因數包括例如細胞介素TNF-α、細菌產物(例如BCG)及其類似者。在另一態樣中，經分離之APC前體可用於製備不成熟APC製劑。APC前體可培養、分化及/或成化。在某些實施例中，單核球性樹突狀細胞前體可在補充有胺基酸、維生素、細胞介素及/或二價陽離子之適合的培養基存在下培養，以促進單核球性樹突狀細胞前體分化成不成熟樹突狀細胞。在一些實施例中，自PBMC分離APC前體。PBMC可獲自供體，例如人類供體，且可新鮮使用或冷凍備用。在一些實施例中，APC由一或多種APC製劑製備。在一些實施例中，APC包含：負載有包含第一及第二新抗原決定基之第一及第二新抗原肽或編碼包含第一及第二新抗原決定基之第一及第二新抗原肽之聚核苷酸的APC。在一些實施例中，APC為自體APC、同種異體APC或人工APC。
在一些實施例中，本發明提供一種組合物，其包含：包含含有第一新抗原決定基的第一肽及含有第二新抗原決定基的第二肽的APC，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。在一些實施例中，第一及第二肽來源於相同蛋白質。在另一實施例中，本發明提供一種組合物，其包含：包含含有蛋白質之第一區域之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二區域之第二新抗原決定基的第二肽的APC，其中第一區域包含第二區域之至少一個胺基酸，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。VII. 佐劑
佐劑可用於增強接受如本文所提供之組合物之患者中引起之免疫反應(體液及/或細胞免疫反應)。有時，佐劑可引起Th1類型反應。其他時間，佐劑可引起Th2類型反應。Th1類型反應之特徵可在於產生諸如IFN-γ之細胞介素，與此相反，Th2類型反應之特徵可在於產生諸如IL-4、IL-5及IL-10之細胞介素。
在一些態樣中，基於脂質之佐劑，諸如MPLA及MDP可與本文所揭示之免疫原性醫藥組合物一起使用。舉例而言，單磷醯基脂質A (MPLA)為使得向特異性T淋巴球呈遞脂質體抗原增加的佐劑。另外，胞壁醯二肽(MDP)亦可用作適合與本文所描述之免疫原性醫藥調配物結合的佐劑。
適合的佐劑為此項技術中已知的(參見WO 2015/095811)且包括(但不限於) 聚(I:C)、聚-ICLC、希托洛(Hiltonol)、STING促效劑、1018 ISS、鋁鹽、Amplivax、AS15、BCG、CP-870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM-CSF、FLT-3L、IC30、IC31、咪喹莫特、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、單磷醯基脂質A、孟塔納IMS 1312、孟塔納ISA 206、孟塔納ISA 50V、孟塔納ISA-51、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、PepTel®、載體系統、PLG微粒、雷西莫特、SRL172、病毒顆粒及其他病毒樣粒子、YF-17D、VEGF捕獲劑、R848、β-葡聚糖、Pam3Cys、Pam3CSK4、Aquila之QS21刺激子(Aquila Biotech, Worcester, Mass., USA)，其來源於皂素、分支桿菌提取物及合成細菌細胞壁模擬物；及其他專用佐劑，諸如Ribi's Detox. Quil或Superfos。佐劑亦包括不完全弗氏或GM-CSF。先前已描述對樹突狀細胞具有特異性的若干免疫學佐劑(例如MF59)及其製備(Dupuis M,等人, Cell Immunol. 1998; 186(1):18-27; Allison A C; Dev. Biol. Stand. 1998; 92:3-11) (Mosca等人 Frontiers in Bioscience, 2007; 12:4050-4060) (Gamvrellis等人 Immunol & Cell Biol. 2004; 82: 506-516)。亦可使用細胞介素。數種細胞介素已直接關聯於：影響樹突狀細胞遷移至淋巴組織(例如TNF-α)、加速樹突狀細胞成熟變為T淋巴球之有效抗原呈遞細胞(例如GM-CSF、FLT-3L、PGE1、PGE2、IL-1、IL-1b、IL-4、IL-6及CD40L) (美國專利第5,849,589號，其以全文引用的方式特別併入本文中)及充當免疫佐劑(例如IL-12) (Gabrilovich D I,等人, J Immunother Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6):414-418)。
佐劑亦可包含刺激分子，諸如細胞介素。細胞介素之非限制性實例包括：CCL20、a-干擾素(IFN-a)、β-干擾素(IFN-β)、γ-干擾素、血小板衍生生長因數(PDGF)、TNFα、TNFβ (淋巴毒素α (LTα))、GM-CSF、FLT-3L、表皮生長因數(EGF)、皮膚T細胞吸引趨化細胞素(CTACK)、上皮胸腺表現趨化細胞素(TECK)、黏膜相關上皮趨化細胞素(MEC)、IL-12、IL-15、IL-28、MHC、CD80、CD86、IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-18、MCP-1、MIP-la、MIP-1-、IL-8、L-選擇素、P-選擇蛋白、E-選擇蛋白、CD34、GlyCAM-1、MadCAM-1、LFA-1、VLA-1、Mac-1、pl50.95、PECAM、ICAM-1、ICAM-2、ICAM-3、CD2、LFA-3、M-CSF、G-CSF、IL-18之突變形式、CD40、CD40L、血管生長因數、纖維母細胞生長因數、IL-7、神經生長因數、血管內皮生長因數、Fas、TNF受體、Fit、Apo-1、p55、WSL-1、DR3、TRAMP、Apo-3、AIR、LARD、NGRF、DR4、DRS、KILLER、TRAIL-R2、TRICK2、DR6、半胱天冬酶ICE、Fos、c-jun、Sp-1、Ap-1、Ap-2、p38、p65Rel、MyD88、IRAK、TRAF6、IκB、失活NIK、SAP K、SAP-I、JNK、干擾素反應基因、NFκB、Bax、TRAIL、TRAILrec、TRAILrecDRC5、TRAIL-R3、TRAIL-R4、RANK、RANK LIGAND、Ox40、Ox40 LIGAND、NKG2D、MICA、MICB、NKG2A、NKG2B、NKG2C、NKG2E、NKG2F、TAPI及TAP2。
額外佐劑包括：MCP-1、MIP-la、MIP-lp、IL-8、RANTES、L-選擇蛋白、P-選擇蛋白、E-選擇蛋白、CD34、GlyCAM-1、MadCAM-1、LFA-1、VLA-1、Mac-1、pl50.95、PECAM、ICAM-1、ICAM-2、ICAM-3、CD2、LFA-3、M-CSF、G-CSF、IL-4、IL-18之突變形式、CD40、CD40L、血管生長因數、纖維母細胞生長因數、IL-7、IL-22、神經生長因數、血管內皮生長因數、Fas、TNF受體、Fit、Apo-1、p55、WSL-1、DR3、TRAMP、Apo-3、AIR、LARD、NGRF、DR4、DR5、KILLER、TRAIL-R2、TRICK2、DR6、半胱天冬酶ICE、Fos、c-jun、Sp-1、Ap-1、Ap-2、p38、p65Rel、MyD88、IRAK、TRAF6、IκB、失活NIK、SAP K、SAP-1、JNK、干擾素反應基因、NFκB、Bax、TRAIL、TRAILrec、TRAILrecDRC5、TRAIL-R3、TRAIL-R4、RANK、RANK LIGAND、Ox40、Ox40 LIGAND、NKG2D、MICA、MICB、NKG2A、NKG2B、NKG2C、NKG2E、NKG2F、TAP1、TAP2 及其功能片段。
在一些態樣中，佐劑可為toll樣受體之調節劑。toll樣受體之調節劑之實例包括TLR-9促效劑且不限於toll樣受體之小分子調節劑，諸如咪喹莫特。與本文所描述之免疫原性醫藥組合物組合使用之佐劑之其他實例可包括且不限於皂素、CpG ODN及其類似者。有時，佐劑係選自細菌類毒素、聚氧化丙烯-聚氧化乙烯嵌段共聚物、鋁鹽、脂質體、CpG聚合物、水包油乳液或其組合。有時，佐劑為水包油乳液。水包油乳液可包括至少一種油狀物及至少一種界面活性劑，其中油狀物及界面活性劑為生物可降解(可代謝)及生物相容的。乳液中之小油滴直徑可小於5 μm，且可甚至具有亞微米直徑，用微流化床裝置達成之此等較小尺寸提供穩定乳液。尺寸小於220 nm之液滴可經受過濾器滅菌。VIII. 治療方法及醫藥組合物
本文所描述之新抗原治療劑(例如肽、聚核苷酸、TCR、CAR、含有TCR或CAR之細胞、含有多肽之APC或樹突狀細胞、含有聚核苷酸之樹突狀細胞、抗體等)適用於多種應用中，包括(但不限於)治療性治療方法，諸如癌症治療。在一些實施例中，治療性治療方法包含免疫療法。在某些實施例中，新抗原肽適用於活化、促進、提高及/或增強免疫反應，再引導針對新目標之現有免疫反應，提高腫瘤免疫原性，抑制腫瘤生長，減小腫瘤體積，提高腫瘤細胞凋亡及/或降低腫瘤致瘤性。使用方法可為活體外、離體或活體內方法。
在一些態樣中，本發明提供使用本文所描述之新抗原肽或蛋白質活化個體之免疫反應的方法。在一些實施例中，本發明提供使用本文所描述之新抗原肽促進個體之免疫反應的方法。在一些實施例中，本發明提供使用本文所描述之新抗原肽提高個體之免疫反應的方法。在一些實施例中，本發明提供使用新抗原肽增強免疫反應之方法。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含提高細胞介導的免疫性。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含提高T細胞活性或體液免疫。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含提高CTL或Th活性。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含提高NK細胞活性。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含提高T細胞活性及提高NK細胞活性。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含提高CTL活性及提高NK細胞活性。在一些實施例中，免疫反應之活化、促進、增加及/或增強包含抑制或降低T調節(Treg)細胞之抑制活性。在一些實施例中，免疫反應為抗原刺激之結果。在一些實施例中，抗原刺激為腫瘤細胞。在一些實施例中，抗原刺激為癌症。
在一些實施例中，本發明提供使用本文所描述之新抗原肽活化、促進、增加及/或增強免疫反應之方法。在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之新抗原肽，其將新抗原肽或聚核苷酸遞送至腫瘤細胞。在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之由腫瘤細胞內化之新抗原肽。在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之由腫瘤細胞內化的新抗原肽，且該新抗原肽由該細胞處理。在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之由腫瘤細胞內化之新抗原多肽，且新抗原決定基呈遞於腫瘤細胞之表面上。在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之由腫瘤細胞內化、由該細胞處理的新抗原多肽，且抗原肽呈遞於腫瘤細胞之表面上。
在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原肽或聚核苷酸，該方法將包含至少一種新抗原肽之外源性多肽遞送至腫瘤細胞，其中來源於新抗原肽之至少一種新抗原決定基呈遞於腫瘤細胞之表面上。在一些實施例中，抗原肽以與MHC I類分子之複合物之形式呈遞於腫瘤細胞之表面上。在一些實施例中，新抗原決定基以與MHC II類分子之複合物之形式呈遞於腫瘤細胞之表面上。
在一些實施例中，一種方法包含使腫瘤細胞與本文所描述之新抗原多肽或聚核苷酸接觸，其將包含至少一種新抗原肽之外源性多肽遞送至抗腫瘤細胞，其中來源於至少一種新抗原肽之至少一種新抗原決定基呈遞於腫瘤細胞之表面上。在一些實施例中，新抗原決定基以與MHC I類分子之複合物之形式呈遞於腫瘤細胞之表面上。在一些實施例中，新抗原決定基以與MHC II類分子之複合物之形式呈遞於腫瘤細胞之表面上。
在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原多肽或聚核苷酸，其將包含至少一種抗原肽之外源性多肽遞送至腫瘤細胞，其中新抗原決定基呈遞於腫瘤細胞之表面上，且誘導針對腫瘤細胞之免疫反應。在一些實施例中，提高針對腫瘤細胞之免疫反應。在一些實施例中，新抗原多肽或聚核苷酸將包含至少一種新抗原肽之外源性多肽遞送至腫瘤細胞，其中新抗原決定基呈遞於腫瘤細胞之表面上，且抑制腫瘤生長。
在一些實施例中，一種方法包含向有需要之個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原多肽或聚核苷酸，其將包含至少一種新抗原肽之外源性多肽遞送至腫瘤細胞，其中來源於至少一種新抗原肽之新抗原決定基呈遞於腫瘤細胞之表面上，且誘導針對腫瘤細胞之T細胞殺傷。在一些實施例中，增強針對腫瘤細胞之T細胞殺傷。在一些實施例中，提高針對腫瘤細胞之T細胞殺傷。
在一些實施例中，一種提高個體之免疫反應之方法包含向該個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原治療劑，其中藥劑為特異性結合本文所描述之新抗原之抗體。在一些實施例中，一種提高個體之免疫反應之方法包含向該個體投與治療有效量之抗體。
本發明提供再引導針對腫瘤之現有免疫反應之方法。在一些實施例中，一種再引導針對腫瘤之現有免疫反應之方法包含向個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原治療劑。在一些實施例中，現有免疫反應係針對病毒。在一些實施例中，病毒係選自由以下組成之群：麻疹病毒、水痘-帶狀疱疹病毒(VZV；水痘病毒)、流感病毒、腮腺炎病毒、脊髓灰白質炎病毒、德國麻疹病毒、輪狀病毒、A型肝炎病毒(HAV)、B型肝炎病毒(HBV)、埃-巴二氏病毒(Epstein Barr virus；EBV)及細胞巨大病毒(CMV)。在一些實施例中，病毒為水痘-帶狀疱疹病毒。在一些實施例中，病毒為細胞巨大病毒。在一些實施例中，病毒為麻疹病毒。在一些實施例中，已在天然病毒感染之後獲得現有免疫反應。在一些實施例中，已在針對病毒之疫苗接種之後獲得現有免疫反應。在一些實施例中，現有免疫反應為細胞介導之反應。在一些實施例中，現有免疫反應包含細胞毒性T細胞(CTL)或Th細胞。
在一些實施例中，一種再引導個體中針對腫瘤之現有免疫反應之方法包含投與融合蛋白，該融合蛋白包含(i)特異性結合新抗原之抗體及(ii)本文所描述之至少一種新抗原肽，其中(a)在與腫瘤相關抗原或新抗原決定基結合之後融合蛋白由腫瘤細胞內化；(b)新抗原肽由與MHC I類分子相關之腫瘤細胞處理且呈遞於其表面上；及(c)新抗原肽/MHC I類複合物由細胞毒性T細胞識別。在一些實施例中，細胞毒性T細胞為記憶T細胞。在一些實施例中，記憶T細胞為用新抗原肽疫苗接種之結果。
本發明提供提高腫瘤之免疫原性之方法。在一些實施例中，一種提高腫瘤之免疫原性之方法包含使腫瘤或腫瘤細胞與有效量之本文所描述之新抗原治療劑接觸。在一些實施例中，一種提高腫瘤免疫原性之方法包含向個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原治療劑。
本發明亦提供使用本文所描述之新抗原治療劑抑制腫瘤生長之方法。在某些實施例中，一種抑制腫瘤生長之方法包含活體外使細胞混合物與新抗原治療劑接觸。舉例而言，在添加新抗原肽之培養基中培養與免疫細胞(例如T細胞)混合之永生化細胞株或癌細胞株。在一些實施例中，腫瘤細胞自患者樣本，例如組織切片、肋膜積液或血液樣本分離，與免疫細胞(例如T細胞)混合，且在添加新抗原治療劑之培養基中培養。在一些實施例中，新抗原治療劑提高、促進及/或增強免疫細胞之活性。在一些實施例中，新抗原治療劑抑制腫瘤細胞生長。在一些實施例中，新抗原治療劑活化腫瘤細胞之殺傷。
在某些實施例中，個體為人類。在某些實施例中，個體具有腫瘤或個體具有至少部分已被移除之腫瘤。
在一些實施例中，一種抑制腫瘤生長之方法包含再引導針對新目標之現有免疫反應，其包含向個體投與治療有效量之新抗原治療劑，其中現有免疫反應係針對藉由新抗原肽遞送至腫瘤細胞之抗原肽。
在某些實施例中，腫瘤包含癌症幹細胞。在某些實施例中，藉由投與新抗原治療劑降低腫瘤中之癌症幹細胞之頻率。在一些實施例中，提供一種降低個體之腫瘤中之癌症幹細胞之頻率的方法，其包含向個體投與治療有效量之新抗原治療劑。
另外，在一些態樣中，本發明提供一種降低個體之腫瘤之致瘤性的方法，其包含向個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原治療劑。在某些實施例中，腫瘤包含癌症幹細胞。在一些實施例中，藉由降低腫瘤中之癌症幹細胞之頻率來降低腫瘤之致瘤性。在一些實施例中，方法包含使用本文所描述之新抗原治療劑。在某些實施例中，藉由投與本文所描述之新抗原治療劑降低腫瘤中之癌症幹細胞之頻率。
在一些實施例中，腫瘤為實體腫瘤。在某些實施例中，腫瘤為選自由以下組成之群的腫瘤：結腸直腸腫瘤、胰臟腫瘤、肺腫瘤、卵巢腫瘤、肝臟腫瘤、乳房腫瘤、腎臟腫瘤、前列腺腫瘤、神經內分泌腫瘤、胃腸道腫瘤、黑素瘤、宮頸腫瘤、膀胱腫瘤、神經膠母細胞瘤及頭頸部腫瘤。在某些實施例中，腫瘤為結腸直腸腫瘤。在某些實施例中，腫瘤為卵巢腫瘤。在一些實施例中，腫瘤為乳房腫瘤。在一些實施例中，腫瘤為肺腫瘤。在某些實施例中，腫瘤為胰臟腫瘤。在某些實施例中，腫瘤為黑素瘤腫瘤。在一些實施例中，腫瘤為實體腫瘤。
本發明進一步提供用於治療個體之癌症之方法，其包含向個體投與治療有效量之本文所描述之新抗原治療劑。
在一些實施例中，一種治療癌症之方法包含再引導針對新目標之現有免疫反應，該方法包含向個體投與治療有效量之新抗原治療劑，其中現有免疫反應係針對藉由新抗原肽遞送至癌細胞之抗原肽。
本發明提供治療癌症之方法，其包含向個體(例如需要治療之個體)投與治療有效量之本文所描述之新抗原治療劑。在某些實施例中，個體為人類。在某些實施例中，個體具有癌性腫瘤。在某些實施例中，個體具有至少部分已被移除之腫瘤。
個體可為例如哺乳動物、人類、妊娠期婦女、老年人、成人、青少年、少年、兒童、幼童、嬰兒、新生兒或初生兒。個體可為患者。在一些情況下，個體可為人類。在一些情況下，個體可為兒童(亦即，青春期年齡以下之年輕人類)。在一些情況下，個體可為嬰兒。在一些情況下，個體可為配方餵養嬰兒。在一些情況下，個體可為參與臨床研究之個體。在一些情況下，個體可為實驗室動物，例如哺乳動物或嚙齒動物。在一些情況下，個體可為小鼠。在一些情況下，個體可為肥胖或超重個體。
在一些實施例中，個體先前已用一或多種不同癌症治療模式治療。在一些實施例中，個體先前已用放射線療法、化學療法或免疫療法中之一或多者治療。在具體例中，個體已用一種、兩種、三種、四種或五種線路之先前療法治療。在一些實施例中，先前療法為細胞毒性療法。
在某些實施例中，癌症為選自由以下組成之群的癌症：結腸直腸癌、胰臟癌、肺癌、卵巢癌、肝癌、乳癌、腎癌、前列腺癌、胃腸癌、黑素瘤、宮頸癌、神經內分泌癌症、膀胱癌、神經膠母細胞瘤及頭頸癌。在某些實施例中，癌症為胰臟癌。在某些實施例中，癌症為卵巢癌。在某些實施例中，癌症為結腸直腸癌。在某些實施例中，癌症為乳癌。在某些實施例中，癌症為前列腺癌。在某些實施例中，癌症為肺癌。在某些實施例中，癌症為黑素瘤。在一些實施例中，癌症為實體癌症。在一些實施例中，癌症包含實體腫瘤。
在一些實施例中，癌症為血液癌。在一些實施例中，癌症係選自由以下組成之群：急性骨髓性白血病(AML)、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、多發性骨髓瘤、T細胞急性淋巴母細胞白血病(T-ALL)、慢性淋巴球性白血病(CLL)、毛細胞白血病、慢性骨髓性白血病(CML)、非霍奇金淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、套細胞淋巴瘤(MCL)及皮膚T細胞淋巴瘤(CTCL)。
在一些實施例中，新抗原治療劑以組合療法形式投與。具有兩種或更多種治療劑之組合療法使用藉由不同作用機制起作用之藥劑，儘管此不為所需的。使用具有不同作用機制之藥劑之組合療法可導致加成或協同效果。組合療法可允許比單藥療法中所用之劑量低的每一藥劑劑量，從而降低藥劑的毒副作用及/或增加其治療指數。組合療法可降低將產生之耐受性癌細胞之可能性。在一些實施例中，組合療法包含影響免疫反應(例如增強或活化反應)之治療劑及影響(例如抑制或殺滅)腫瘤/癌細胞之治療劑。
在一些情況下，免疫原性醫藥組合物可與額外藥劑一起投與。額外藥劑之選擇可至少部分地視所治療之病狀而定。額外藥劑可包括例如檢查點抑制劑，諸如抗PD1、抗CTLA4、抗PD-L1、抗CD40或抗TIM3藥劑(例如抗PD1、抗CTLA4、抗PD-L1、抗CD40或抗TIM3抗體)；或具有病原體感染(例如病毒感染)之治療效果之任何試劑，包括例如用於治療發炎病狀，諸如NSAID之藥物，例如布洛芬(ibuprofen)、萘普生(naproxen)、乙醯胺苯酚、酮基布洛芬或阿司匹林(aspirin)。舉例而言，檢查點抑制劑可為選自由以下組成之群的PD-1/PD-L1拮抗劑：納武單抗(nivolumab) (ONO-4538/BMS-936558、MDX1 106、OPDIVO)、帕博利珠單抗(pembrolizumab) (MK-3475、KEYTRUDA)、皮立珠單抗(pidilizumab) (CT-011)及MPDL328OA (ROCHE)。作為另一實例，調配物可另外含有一或多種補充物，諸如維生素C、E或其他抗氧化劑。
本發明之方法可用於治療此項技術中已知之任何類型的癌症。藉由本發明之方法治療之癌症之非限制性實例可包括黑素瘤(例如轉移性惡性黑素瘤)、腎癌(例如透明細胞癌瘤)、前列腺癌(例如激素頑固性前列腺癌)、胰臟腺癌、乳癌、結腸癌、肺癌(例如非小細胞肺癌)、食道癌、頭頸部鱗狀細胞癌、肝癌、卵巢癌、宮頸癌、甲狀腺癌、神經膠母細胞瘤、神經膠瘤、白血病、淋巴瘤及其他贅生性惡性病。
另外，本文所提供之疾病或病狀包括頑固性或復發性惡性病，其生長可使用本發明之治療方法抑制。在一些實施例中，藉由本發明之治療方法治療之癌症係選自由以下組成之群：癌瘤、鱗狀癌瘤、腺癌、肉瘤、子宮內膜癌、乳癌、卵巢癌、宮頸癌、輸卵管癌、原發性腹膜癌、結腸癌、結腸直腸癌、肛門與生殖器區域之鱗狀細胞癌、黑素瘤、腎細胞癌、肺癌、非小細胞肺癌、肺臟之鱗狀細胞癌、胃癌、膀胱癌、膽囊癌、肝癌、甲狀腺癌、喉癌、唾液腺癌、食道癌、頭頸癌、神經膠母細胞瘤、神經膠瘤、頭頸部鱗狀細胞癌、前列腺癌、胰臟癌、間皮瘤、肉瘤、血液癌症、白血病、淋巴瘤、神經瘤及其組合。在一些實施例中，藉由本發明之方法治療之癌症包括例如癌瘤、鱗狀癌(例如子宮頸管、眼瞼、結膜、陰道、肺臟、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉及食道)及腺癌(例如前列腺、小腸、子宮內膜、宮頸管、大腸、肺臟、胰臟、食道、直腸、子宮、胃、乳腺及卵巢)。在一些實施例中，藉由本發明之方法治療之癌症進一步包括肉瘤(例如肌源性肉瘤)、白血病、神經瘤、黑素瘤及淋巴瘤。在一些實施例中，藉由本發明之方法治療之癌症為乳癌。在一些實施例中，藉由本發明之治療方法治療之癌症為三陰性乳癌(TNBC)。在一些實施例中，藉由本發明之治療方法治療之癌症為卵巢癌。在一些實施例中，藉由本發明之治療方法治療之癌症為結腸直腸癌。
在一些實施例中，用本發明之醫藥組合物治療之患者或患者群體具有實體腫瘤。在一些實施例中，實體腫瘤為黑素瘤、腎細胞癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、宮頸癌、結腸癌、膽囊癌、喉癌、肝癌、甲狀腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰臟癌或梅克爾細胞癌(Merkel cell carcinoma)。在一些實施例中，用本發明之醫藥組合物治療之患者或患者群體患有血液癌症。在一些實施例中，患者患有血液癌症，諸如瀰漫性大B細胞淋巴瘤(「DLBCL」)、霍奇金氏淋巴瘤(「HL」)、非霍奇金氏淋巴瘤(「NHL」)、濾泡性淋巴瘤(「FL」)、急性骨髓性白血病(「AML」)或多發性骨髓瘤(「MM」)。在一些實施例中，待治療之患者或患者群體患有選自由卵巢癌、肺癌及黑素瘤組成之群的癌症。
可根據本發明預防及/或治療之癌症之具體實例包括(但不限於)以下：腎癌、腎癌、多形性膠質母細胞瘤、轉移性乳癌；乳癌；乳房肉瘤；神經纖維瘤；神經纖維瘤；兒科腫瘤；神經母細胞瘤；惡性黑素瘤；表皮層癌瘤；白血病，諸如(但不限於)急性白血病、急性淋巴球性白血病、急性骨髓細胞性白血病(諸如骨髓母細胞性、前髓細胞性、骨髓單核細胞性、單核球性)紅白血病及骨髓增生異常症候群、慢性白血病(諸如(但不限於)慢性骨髓細胞性(顆粒球性)白血病、慢性淋巴球性白血病)、毛細胞白血病；真性紅血球增多症；淋巴瘤，諸如(但不限於)霍奇金氏病、非霍奇金氏病；多發性骨髓瘤，諸如(但不限於)鬱積型多發性骨髓瘤、非分泌型骨髓瘤、骨硬化性骨髓瘤、漿細胞白血病、孤立性漿細胞瘤及髓外漿細胞瘤；瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症(Waldenstrom's macroglobulinemia)；意義未明之單株球蛋白症；良性單株球蛋白症；重鏈疾病；骨癌及結締組織肉瘤，諸如(但不限於)骨骼肉瘤、骨髓瘤骨骼疾病、多發性骨髓瘤、膽脂瘤誘發的骨骼骨肉瘤、佩吉特氏骨骼病(Paget's disease of bone)、骨肉瘤、軟骨肉瘤、尤文氏肉瘤(Ewing's sarcoma)、惡性巨細胞瘤、骨骼纖維肉瘤、脊索瘤、骨膜肉瘤、軟組織肉瘤、血管肉瘤(angiosarcoma/hemangiosarcoma)、纖維肉瘤、卡堡氏肉瘤(Kaposi's sarcoma)、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、淋巴管肉瘤、神經鞘瘤、橫紋肌肉瘤及滑膜肉瘤；腦瘤，諸如(但不限於)神經膠瘤、星形細胞瘤、腦幹神經膠瘤、室管膜瘤、寡樹突神經膠質瘤、非神經膠質腫瘤、聽神經鞘瘤、顱咽管瘤、神經管胚細胞瘤、腦膜瘤、松果體細胞瘤、成松果體細胞瘤及原發性腦淋巴瘤；乳癌，包括(但不限於)腺癌、小葉(小細胞)癌瘤、管內癌瘤、髓質乳癌、黏液性乳癌、乳管癌、乳頭狀乳癌、佩吉特氏病(包括幼年型佩吉特氏病)及炎性乳癌；腎上腺癌，諸如(但不限於)嗜鉻細胞瘤及腎上腺皮質癌；甲狀腺癌，諸如(但不限於)乳頭狀或卵泡甲狀腺癌、髓質甲狀腺癌及多形性甲狀腺癌；胰臟癌，諸如(但不限於)胰島素瘤、胃泌素瘤、升糖素瘤、血管活性腸肽瘤、生長抑素分泌腫瘤及類癌或胰島細胞腫瘤；垂體癌，諸如(但不限於)庫欣氏病(Cushing's disease)、催乳素分泌腫瘤、肢端肥大症及糖尿病尿崩症；眼癌，諸如(但不限於)眼部黑素瘤(諸如虹膜黑素瘤、脈絡膜黑素瘤及睫狀體黑素瘤)及視網膜母細胞瘤；陰道癌，諸如鱗狀細胞癌、腺癌及黑素瘤；外陰癌，諸如鱗狀細胞癌、黑素瘤、腺癌、基底細胞癌、肉瘤及佩吉特氏病；宮頸癌，諸如(但不限於)鱗狀細胞癌及腺癌；子宮癌，諸如(但不限於)子宮內膜癌及子宮肉瘤；卵巢癌，諸如(但不限於)卵巢上皮癌、交界性腫瘤、生殖細胞腫瘤及基質腫瘤；子宮頸癌；食管癌，諸如(但不限於)鱗狀癌、腺癌、腺樣囊性癌瘤、黏液表皮樣癌瘤、腺鱗癌、肉瘤、黑素瘤、漿細胞瘤、疣狀癌及燕麥細胞(小細胞)癌瘤；胃癌，諸如(但不限於)腺癌、蕈樣(息肉樣)癌、潰瘍型癌、表面擴散性癌、瀰漫性擴散性癌、惡性淋巴瘤、脂肪肉瘤、纖維肉瘤及癌肉瘤；結腸癌；結腸直腸癌、KRAS突變型結腸直腸癌；結腸癌；直腸癌；肝癌，諸如(但不限於)肝細胞癌及肝母細胞瘤；膽囊癌，諸如腺癌；膽管癌，諸如(但不限於)乳頭狀、結狀及瀰漫性膽管癌；肺癌，諸如KRAS突變型非小細胞肺癌、非小細胞肺癌、鱗狀細胞癌瘤(表皮樣癌瘤)、腺癌、大細胞癌瘤及小細胞肺癌；肺癌瘤；睾丸癌，諸如(但不限於)胚胎腫瘤、精原細胞瘤、多形性、典型(classic/typical)、精母細胞型、非精原細胞瘤、胚胎性癌、畸胎癌瘤、絨膜癌瘤(卵黃囊腫瘤)；前列腺癌，諸如(但不限於)非雄激素依賴性前列腺癌、雄激素依賴性前列腺癌、腺癌、平滑肌肉瘤及橫紋肌肉瘤；陰莖癌；口腔癌，諸如(但不限於)鱗狀細胞癌；基底癌；唾液腺癌，諸如(但不限於)腺癌、黏液表皮樣癌瘤及腺樣囊性癌瘤；咽癌，諸如(但不限於)鱗狀細胞癌及疣狀；皮膚癌，諸如(但不限於)基底細胞癌瘤、鱗狀細胞癌瘤及黑素瘤、淺表擴散性黑素瘤、節狀黑素瘤、雀斑惡性黑素瘤、肢端雀斑痣性黑素瘤；腎臟癌，諸如(但不限於)腎細胞癌、腺癌、腎上腺樣瘤、纖維肉瘤、移行細胞癌(腎盂及/或輸尿管)；腎癌瘤；威爾姆斯氏腫瘤(Wilms' tumor)；膀胱癌，諸如(但不限於)移行細胞癌、鱗狀細胞癌、腺癌、癌肉瘤。另外，癌症包括黏液肉瘤、骨原性肉瘤、內皮肉瘤、淋巴內皮肉瘤、間皮瘤、滑膜瘤、血管母細胞瘤、上皮癌、囊腺癌、支氣管癌、汗腺癌瘤、皮脂腺癌瘤、乳頭狀癌瘤及乳頭狀腺癌瘤。
癌症包括(但不限於) B細胞癌症，例如多發性骨髓瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症；重鏈疾病，諸如α鏈疾病、γ鏈疾病及μ鏈疾病；良性單株球蛋白症；及免疫細胞澱粉樣變性病、黑素瘤、乳癌、肺癌、支氣管癌、結腸直腸癌、前列腺癌(例如轉移性、激素頑固性前列腺癌)、胰臟癌、胃癌、卵巢癌、膀胱癌、大腦或中樞神經系統癌症、周邊神經系統癌症、食道癌、宮頸癌、子宮或子宮內膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、腎癌、睪丸癌、膽道癌、小腸癌或闌尾癌、唾液腺癌、甲狀腺癌、腎上腺癌、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血液組織癌症及其類似者。適用於本發明所涵蓋之方法之癌症類型之其他非限制性實例包括：人類肉瘤及癌瘤，例如纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴內皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤文氏腫瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、結腸癌、結腸直腸癌、胰臟癌、乳癌、卵巢癌、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌瘤、皮脂腺癌瘤、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、囊腺癌、髓質癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝腫瘤、膽管癌瘤、肝癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性瘤、威爾姆斯氏腫瘤、宮頸癌、骨癌、腦瘤、睪丸癌、肺癌瘤、小細胞肺癌瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠瘤、星形細胞瘤、神經管胚細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠質瘤、腦膜瘤、黑素瘤、神經母細胞瘤、視網膜胚細胞瘤；白血病，例如急性淋巴球性白血病及急性骨髓細胞性白血病(骨髓母細胞性、前髓細胞性、骨髓單核細胞性、單核球性及紅白血病)；慢性白血病(慢性骨髓細胞性(顆粒球性)白血病及慢性淋巴球性白血病)；及真性紅細胞增多症、淋巴瘤(霍奇金氏病及非霍奇金氏病)、多發性骨髓瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血症及重鏈疾病。在一些實施例中，表型藉由本發明之方法測定之癌症為上皮癌症，諸如(但不限於)膀胱癌、乳癌、宮頸癌、結腸癌、婦科癌、腎癌、喉癌、肺癌、口腔癌、頭頸癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌或皮膚癌。在其他實施例中，癌症為乳癌、前列腺癌、肺癌或結腸癌。在另其他實施例中，上皮癌症為非小細胞肺癌、非乳頭狀腎細胞癌、宮頸癌、卵巢癌瘤(例如漿液性卵巢癌瘤)或乳癌。上皮癌症之特徵可在於各種其他方面，包括(但不限於)漿液性、子宮內膜樣、黏液性、透明細胞、勃倫那或未分化的。在一些實施例中，本發明用於淋巴瘤或其子類型(包括(但不限於)套細胞淋巴瘤)之治療、診斷及/或預後。淋巴增生病症亦視為增生性疾病。
在一些實施例中，本文所描述之藥劑與至少一種額外治療劑之組合產生加成或協同結果。在一些實施例中，組合療法引起藥劑之治療指數提高。在一些實施例中，組合療法引起額外治療劑之治療指數提高。在一些實施例中，組合療法引起藥劑之毒性及/或副作用降低。在一些實施例中，組合療法引起額外治療劑之毒性及/或副作用降低。
在某些實施例中，除了投與本文所描述之新抗原治療劑之外，方法或治療進一步包含投與至少一種額外治療劑。額外治療劑可在投與藥劑之前、同時及/或之後投與。在一些實施例中，至少一種額外治療劑包含1種、2種、3種或更多種額外治療劑。
可與本文所描述之新抗原治療劑組合投與之治療劑包括化學治療劑。因此，在一些實施例中，方法或治療涉及與化學治療劑組合或與化學治療劑混合物組合投與本文所描述之藥劑。藥劑治療可在投與化學療法之前、同時或之後進行。組合投藥可包括以單一醫藥調配物或使用單獨調配物共同投藥，或以任一次序但通常在一段時間內連續投與以使得所有活性劑可同時發揮其生物活性。此類化學治療劑之製備及給藥時程可根據製造商說明書使用或由熟習此項技術者根據經驗來判定。此類化學療法之製備及給藥時程亦描述於The Chemotherapy Source Book,第4版, 2008, M. C. Perry, Editor, Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PA中。
適用類別之化學治療劑包括例如抗微管蛋白劑、奧瑞他汀(auristatins)、DNA小溝結合劑、DNA複製抑制劑、烷基化劑(例如鉑複合物，諸如順鉑、單(鉑)、雙(鉑)及三-核鉑複合物及卡鉑)、蒽環黴素、抗生素、抗葉酸劑、抗代謝物、化學治療增感劑、倍癌黴素、依讬泊苷(etoposide)、氟化嘧啶、離子載體、萊克希托普森(lexitropsin)、亞硝基脲、順氯氨鉑(platinol)、嘌呤抗代謝物、嘌呤黴素(puromycin)、輻射增感劑、類固醇、紫杉烷、拓樸異構酶抑制劑、長春花生物鹼或其類似物。在某些實施例中，第二治療劑為烷基化劑、抗代謝物、抗有絲分裂劑、拓樸異構酶抑制劑或血管生成抑制劑。
適用於本發明之化學治療劑包括(但不限於)：烷基化劑，諸如噻替派(thiotepa)及環磷醯胺(CYTOXAN)；磺酸烷基酯，諸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，諸如苯唑多巴、卡波醌(carboquone)、米特多巴(meturedopa)及尤利多巴(uredopa)；伸乙亞胺及甲基三聚氰胺，包括六甲蜜胺、三伸乙基三聚氰胺、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫代磷醯胺及三羥甲基三聚氰胺；氮芥，諸如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷醯胺、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺、甲基二(氯乙基)胺、甲基二(氯乙基)胺氧化物鹽酸鹽、美法侖(melphalan)、新氮芥、苯芥膽甾醇、潑尼氮芥(prednimustine)、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亞硝基脲，諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷莫司汀(ranimustine)；抗生素，諸如阿克拉黴素、放射菌素、安麯黴素(authramycin)、偶氮絲胺酸、博來黴素(bleomycins)、放線菌素C、卡奇黴素(calicheamicin)、卡拉比辛(carabicin)、洋紅黴素(caminomycin)、嗜癌菌素、色黴素、放線菌素、道諾黴素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、小紅莓(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、艾達黴素(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(mitomycins)、黴酚酸(mycophenolic acid)、諾加黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycins)、培洛黴素(peplomycin)、潑非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素、奎那黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌素、鏈脲菌素、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他丁(zinostatin)、左柔比星(zorubicin)；抗代謝物，諸如甲胺喋呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如迪諾特寧(denopterin)、甲胺喋呤、蝶羅呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鳥嘌呤(thioguanine)；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、胞嘧啶阿拉伯糖苷、二去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷、5-FU；雄激素，諸如卡魯睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾內酯(testolactone)；抗腎上腺，諸如胺魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如醛葉酸；醋葡醛內酯；醛磷醯胺糖苷；胺基乙醯丙酸；安吖啶(amsacrine)；貝斯布西(bestrabucil)；比山群(bisantrene)；艾達曲克(edatraxate)；得弗伐胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；艾福米辛(elformithine)；依利醋銨(elliptinium acetate)；依託格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥基脲；磨菇多糖(lentinan)；氯尼達明(lonidamine)；丙脒腙；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidamol)；二胺硝吖啶；噴司他汀(pentostatin)；苯來美特(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；鬼臼酸；2-乙基醯肼；丙卡巴肼；PSK；雷佐生(razoxane)；西佐喃(sizofuran)；螺旋鍺；細交鏈孢菌酮酸；三亞胺醌；2,2',2"-三氯三乙胺；尿烷；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴衛矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿拉伯糖苷(arabinoside；Ara-C)；類紫杉醇(taxoids)，例如太平洋紫杉醇(paclitaxel) (TAXOL)及多烯紫杉醇(docetaxel) (TAXOTERE)；苯丁酸氮芥；吉西他濱(gemcitabine)；6-硫代鳥嘌呤；巰基嘌呤；鉑類似物，諸如順鉑及卡鉑；長春鹼(vinblastine)；鉑；依託泊苷(etoposide) (VP-16)；異環磷醯胺；絲裂黴素C；米托蒽醌(mitoxantrone)；長春新鹼(vincristine)；長春瑞濱(vinorelbine)；溫諾平(navelbine)；諾安托(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；道諾黴素；胺基喋呤；伊班膦酸鹽(ibandronate)；CPT11；拓樸異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；視黃酸；埃斯波黴素(esperamicins)；卡培他濱(capecitabine) (XELODA)；及以上中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。化學治療劑亦包括用於調節或抑制激素對腫瘤之作用之抗激素劑，諸如抗雌激素，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)、雷諾昔酚(raloxifene)、芳香酶抑制4(5)-咪唑、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、雷洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奧那司酮(onapristone)及托瑞米芬(toremifene) (FARESTON)；及抗雄激素，諸如氟他胺(flutamide)、尼魯胺(nilutamide)、比卡魯胺(bicalutamide)、亮丙立德(leuprolide)及戈舍瑞林(goserelin)；及以上中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。在某些實施例中，額外治療劑為順鉑。在某些實施例中，額外治療劑為卡鉑。
在某些實施例中，化學治療劑為拓樸異構酶抑制劑。拓樸異構酶抑制劑為干擾拓樸異構酶(例如拓樸異構酶I或II)之作用之化學療法劑。拓樸異構酶抑制劑包括(但不限於)鹽酸小紅莓、檸檬酸道諾黴素、鹽酸米托蒽醌、放線菌素D、依託泊苷、鹽酸拓朴替康、替尼泊甙(VM-26)及伊立替康(irinotecan)以及此等中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。在一些實施例中，額外治療劑為伊立替康。
在某些實施例中，化學治療劑為抗代謝物。抗代謝物為具有與正常生物化學反應所需之代謝物類似的結構，但不同足以干擾細胞之一或多種正常功能，諸如細胞分裂之化學物質。抗代謝物包括(但不限於)吉西他濱、氟尿嘧啶、卡培他濱、甲胺喋呤鈉、雷替曲塞(ralitrexed)、培美曲唑(pemetrexed)、喃氟啶(tegafur)、胞嘧啶阿拉伯糖苷、硫鳥嘌呤、5-氮雜胞苷、6巰基嘌呤、硫唑嘌呤、6-硫鳥嘌呤、噴司他丁、磷酸氟達拉濱及克拉屈濱(cladribine)以及此等中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。在某些實施例中，額外治療劑為吉西他濱。
在某些實施例中，化學治療劑為抗有絲分裂劑，包括(但不限於)結合微管蛋白之藥劑。在一些實施例中，藥劑為紫杉烷。在某些實施例中，藥劑為太平洋紫杉醇或多烯紫杉醇或太平洋紫杉醇或多烯紫杉醇之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。在某些實施例中，藥劑為太平洋紫杉醇(TAXOL)、多烯紫杉醇(TAXOTERE)、結合白蛋白之太平洋紫杉醇(ABRAXANE)、DHA-太平洋紫杉醇或PG-太平洋紫杉醇。在某些替代實施例中，抗有絲分裂劑包含長春花生物鹼，諸如長春新鹼、長春鹼、長春瑞濱或長春地辛或其醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。在一些實施例中，抗有絲分裂劑為驅動蛋白Eg5之抑制劑或有絲分裂激酶之抑制劑，諸如奧洛拉(Aurora) A或Plk1。在某些實施例中，額外治療劑為太平洋紫杉醇。在一些實施例中，額外治療劑為結合白蛋白之太平洋紫杉醇。
在一些實施例中，額外治療劑包含藥劑，諸如小分子。舉例而言，治療可涉及本發明之藥劑與充當針對腫瘤相關抗原之抑制劑之小分子之組合投與，該等腫瘤相關抗原包括(但不限於) EGFR、HER2 (ErbB2)及/或VEGF。在一些實施例中，本發明之藥劑與選自由以下組成之群的蛋白激酶抑制劑組合投與：吉非替尼(gefitinib) (IRESSA)、埃羅替尼(erlotinib) (TARCEVA)、舒尼替尼(sunitinib) (SUTENT)、拉帕替尼(lapatanib)、凡德他尼(vandetanib) (ZACTIMA)、AEE788、CI-1033、西地尼布(cediranib) (RECENTIN)、索拉非尼(sorafenib) (NEXAVAR)及帕唑帕尼(pazopanib) (GW786034B)。在一些實施例中，額外治療劑包含mTOR抑制劑。在另一實施例中，額外治療劑為減少Treg細胞之數目之化學療法或其他抑制劑。在某些實施例中，治療劑為環磷醯胺或抗CTLA4抗體。在另一實施例中，額外治療劑減少骨髓衍生之抑制細胞之存在。在又一實施例中，額外治療劑為卡鉑紫杉酚(carbotaxol)。在另一實施例中，額外治療劑將細胞移向T輔助1反應。在又一實施例中，額外治療劑為依魯替尼。
在一些實施例中，額外治療劑包含生物學分子，諸如抗體。舉例而言，治療可涉及本發明之藥劑與針對腫瘤相關抗原之抗體之組合投與，該等抗體包括(但不限於)結合EGFR、HER2/ErbB2及/或VEGF之抗體。在某些實施例中，額外治療劑為對癌症幹細胞標記物具有特異性之抗體。在某些實施例中，額外治療劑為血管生成抑制劑之抗體(例如抗VEGF或VEGF受體抗體)。在某些實施例中，額外治療劑為貝伐單抗(bevacizumab) (AVASTIN)、雷莫蘆單抗(ramucirumab)、曲妥珠單抗(trastuzumab) (HERCEPTIN)、帕妥珠單抗(pertuzumab) (OMNITARG)、帕尼單抗(panitumumab) (VECTIBIX)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、紮魯姆單抗(zalutumumab)或西妥昔單抗(cetuximab) (ERBITUX)。
本文所提供之藥劑及組合物可單獨或與習知治療方案組合使用，該等方案諸如手術、照射、化學療法及/或骨髓移植(自體、同基因型、同種異體或不相關)。一組腫瘤抗原可例如適用於大部分癌症患者。
在一些實施例中，除了包含免疫原性疫苗之組合物之外，可投與至少一或多種化學治療劑。在一些實施例中，一或多種化學治療劑可屬於不同類別之化學治療劑。
化學療法劑之實例包括(但不限於)烷基化劑，諸如氮芥(例如甲基二(氯乙基)胺(氮芥(nitrogen mustard))、氯芥苯丁酸、環磷醯胺(Cytoxan®)、異環磷醯胺及美法侖)；亞硝基脲(例如N-亞硝基-N-甲基脲、鏈脲菌素、卡莫司汀(BCNU)、洛莫司汀及司莫司汀)；磺酸烷基酯(例如白消安)；四嗪(例如達卡巴嗪(DTIC)、米托唑胺(mitozolomide)及替莫唑胺(temozolomide) (Temodar®))；氮丙啶(例如噻替派、絲裂黴素及地吖醌)；及鉑藥物(例如順鉑、卡鉑及奧沙利鉑)；非經典烷基化劑，諸如丙卡巴肼及六甲蜜胺(六甲三聚氰胺)；抗代謝劑，諸如5-氟尿嘧啶(5-FU)、6-巰基嘌呤(6-MP)、卡培他濱(Xeloda®)、克拉屈濱、氯法拉濱、阿糖胞苷(Ara-C®)、地西他濱(decitabine)、氟尿苷、氟達拉濱(fludarabine)、奈拉濱(nelarabine)、吉西他濱(Gemzar®)、羥基脲、甲胺喋呤、培美曲唑(Alimta®)、噴司他丁、硫鳥嘌呤、維達紮(Vidaza)；抗微管劑，諸如長春花生物鹼(例如長春新鹼、長春鹼、長春瑞濱、長春地辛及長春氟寧)；紫杉烷(例如太平洋紫杉醇(Taxol®)、多烯紫杉醇(Taxotere®))；鬼臼毒素(podophyllotoxin) (例如依託泊苷及替尼泊甙)；埃博黴素(epothilones) (例如伊沙匹隆(ixabepilone) (Ixempra®))；雌莫司汀(Emcyt®)；抗腫瘤抗生素，諸如蒽環黴素(例如道諾黴素、小紅莓(Adriamycin®、表柔比星、艾達黴素)；放射菌素-D；及博萊黴素(bleomycin)；拓樸異構酶I抑制劑，諸如拓朴替康及伊立替康(CPT-11)；拓樸異構酶II抑制劑，諸如依託泊苷(VP-16)、替尼泊苷、米托蒽醌、新生黴素、麥爾巴隆(merbarone)及阿克拉黴素(aclarubicin)；皮質類固醇，諸如潑尼松(prednisone)、甲基潑尼龍(Solumedrol®)及地塞米松(dexamethasone) (Decadron®)；L-天冬醯胺酶；硼替佐米(bortezomib) (Velcade®)；免疫治療劑，諸如利妥昔單抗(rituximab) (Rituxan®)、阿侖妥珠單抗(alemtuzumab) (Campath®)、沙立度胺(thalidomide)、來那度胺(lenalidomide) (Revlimid®)、BCG、介白素-2、干擾素-α；及癌症疫苗，諸如Provenge®；激素治療劑，諸如氟維司群(fulvestrant) (Faslodex®)、他莫昔芬、托瑞米芬(Fareston®)、阿那曲唑(anastrozole) (Arimidex®)、依西美坦(exemestan) (Aromasin®)、來曲唑(letrozole) (Femara®)、乙酸甲地孕酮(Megace®)、雌激素、比卡魯胺(bicalutamide) (Casodex®)、氟他胺(flutamide) (Eulexin®)、尼魯胺(nilutamide) (Nilandron®)、亮丙立德(Lupron®)及戈舍瑞林(Zoladex®)；分化劑，諸如類視黃素、維甲酸(ATRA或Atralin®)、貝瑟羅汀(bexarotene) (Targretin®)及三氧化二砷(Arsenox®)；及靶向治療劑，諸如伊馬替尼(imatinib) (Gleevec®)、吉非替尼(Iressa®)及舒尼替尼(Sutent®)。在一些實施例中，化學療法為混合物療法。混合物療法之實例包括(但不限於) CHOP/R-CHOP (美羅華(rituxan)、環磷醯胺、羥基小紅莓、長春新鹼及潑尼松)、EPOCH (依託泊苷、潑尼松、長春新鹼、環磷醯胺、羥基小紅莓)、Hyper-CVAD (環磷醯胺、長春新鹼、羥基小紅莓、地塞米松)、FOLFOX (氟尿嘧啶(5-FU)、甲醯四氫葉酸、奧沙利鉑)、ICE (異環磷醯胺、卡鉑、依託泊苷)、DHAP (高劑量阿糖胞苷[ara-C]、地塞米松、順鉑)、ESHAP (依託泊苷、甲基潑尼龍、阿糖胞苷[ara-C]、順鉑)及CMF (環磷醯胺、甲胺喋呤、氟尿嘧啶)。
在某些實施例中，額外治療劑包含第二免疫治療劑。在一些實施例中，額外免疫治療劑包括(但不限於)群落刺激因數、介白素、阻斷免疫抑制功能之抗體(例如抗CTLA-4抗體、抗CD28抗體、抗CD3抗體、抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗TIGIT抗體)、增強免疫細胞功能之抗體(例如抗GITR抗體、抗OX-40抗體、抗CD40抗體或抗4-1BB抗體)、toll樣受體(例如TLR4、TLR7、TLR9)、可溶性配位體(例如GITRL、GITRL-Fc、OX-40L、OX-40L-Fc、CD40L、CD40L-Fc、4-1BB配位體或4-1BB配位體-Fc)或B7家族成員(例如CD80、CD86)。在一些實施例中，額外免疫治療劑靶向CTLA-4、CD28、CD3、PD-1、PD-L1、TIGIT、GITR、OX-40、CD-40或4-1BB。
在一些實施例中，額外治療劑為免疫檢查點抑制劑。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑為抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗CTLA-4抗體、抗CD28抗體、抗TIGIT抗體、抗LAG3抗體、抗TIM3抗體、抗GITR抗體、抗4-1BB抗體或抗OX-40抗體。在一些實施例中，額外治療劑為抗TIGIT抗體。在一些實施例中，額外治療劑為選自由以下組成之群的抗PD-1抗體：納武單抗(OPDIVO)、帕博利珠單抗(KEYTRUDA)、皮立珠單抗、MEDI0680、REGN2810、BGB-A317及PDR001。在一些實施例中，額外治療劑為選自由以下組成之群的抗PD-L1抗體：BMS935559 (MDX-1105)、阿特力單抗(atexolizumab) (MPDL3280A)、德瓦魯單抗(durvalumab) (MEDI4736)及阿維魯單抗(avelumab) (MSB0010718C)。在一些實施例中，額外治療劑為選自由以下組成之群的抗CTLA-4抗體：伊派利單抗(ipilimumab) (YERVOY)及曲美單抗(tremelimumab)。在一些實施例中，額外治療劑為選自由以下組成之群的抗LAG-3抗體：BMS-986016及LAG525。在一些實施例中，額外治療劑為選自由以下組成之群的抗OX-40抗體：MEDI6469、MEDI0562及MOXR0916。在一些實施例中，額外治療劑為選自由以下組成之群的抗4-1BB抗體：PF-05082566。
在一些實施例中，新抗原治療劑可與選自由以下組成之群的生物分子組合投與：腎上腺髓素(AM)、血管生成素(Ang)、BMP、BDNF、EGF、紅血球生成素(EPO)、FGF、GDNF、粒細胞群落刺激因數(G-CSF)、顆粒球巨噬細胞群落刺激因數(GM-CSF)、FLT-3L、巨噬細胞群落刺激因數(M-CSF)、幹細胞因數(SCF)、GDF9、HGF、HDGF、IGF、遷移刺激因數、肌肉抑制素(GDF-8)、NGF、神經營養素、PDGF、血小板生成素、TGF-α、TGF-β、TNF-α、VEGF、PlGF、γ-IFN、IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12、IL-15及IL-18。
在一些實施例中，本文所描述之新抗原治療劑之治療可伴有手術移除腫瘤、移除癌細胞或治療醫師認為必需的任何其他手術療法。
在某些實施例中，治療涉及與輻射療法組合投與本文所描述之新抗原治療劑。藥劑治療可在投與輻射療法之前、同時或之後進行。此類輻射療法之給藥時程可藉由熟練的行醫者決定。
組合投藥可包括以單一醫藥調配物或使用單獨調配物共同投藥，或以任一次序但通常在一段時間內連續投與以使得所有活性劑可同時發揮其生物活性。
應瞭解，本文所描述之新抗原治療劑與至少一種額外治療劑之組合可按任何次序投與或同時投與。在一些實施例中，將向此前經受第二治療劑治療之患者投與藥劑。在某些其他實施例中，新抗原治療劑及第二治療劑將實質上同時或並行投與。舉例而言，個體可給予藥劑，同時經受第二治療劑(例如化學療法)治療療程。在某些實施例中，將在第二治療劑治療1年內投與新抗原治療劑。將進一步瞭解，可在約數小時或分鐘(亦即，實質上同時)內向個體投與兩種(或更多種)藥劑或治療。
為了治療疾病，本文所描述之新抗原治療劑之適當劑量視待治療之疾病類型、疾病之嚴重程度及病程、疾病反應性、是出於治療還是出於預防目的投與藥劑、先前療法、患者之臨床病史等而定，全部由治療醫師酌情處理。新抗原治療劑可一次性投與或在持續數日至數月的一系列治療期間投與，或直至實現治癒或達成疾病狀態之減弱(例如腫瘤尺寸減小)為止。最佳給藥時程可由患者體內藥物積聚之量測結果來計算，且將視個別藥劑之相對效能而變化。投與醫師可決定最佳劑量、給藥方法及重複率。
在一些實施例中，新抗原治療劑可以初始較高「起始」劑量，繼而一或多個較低劑量投與。在一些實施例中，亦可改變投與頻率。在一些實施例中，給藥方案可包含投與初始劑量，繼而一週一次、每兩週一次、每三週一次或每月一次額外劑量(或「維持」劑量)。舉例而言，給藥方案可包含投與初始起始劑量，繼而例如二分之一初始劑量之每週一次維持劑量。或給藥方案可包含投與初始起始劑量，繼而例如每隔一週二分之一初始劑量之維持劑量。或給藥方案可包含投與三個初始劑量持續3週，繼而例如每隔一週相同量之維持劑量。
如熟習此項技術者已知，投與任何治療劑會引起副作用及/或毒性。在一些情況下，副作用及/或毒性如此嚴重以至於妨礙以治療學上有效劑量投與特定藥劑。在一些情況下，療法必須中斷，且可嘗試其他試劑。然而，相同治療劑種類中之多種試劑呈現類似副作用及/或毒性，意謂患者必須中止療法，或若可能，則遭受與治療劑相關之不適副作用。
在一些實施例中，給藥時程可限於投與或「循環」之特定數目。在一些實施例中，投與藥劑3、4、5、6、7、8或更多個循環。舉例而言，每2週投與藥劑6個循環、每3週投與藥劑6個循環、每2週投與藥劑4個循環、每3週投與藥劑4個循環等。給藥時程可由熟習此項技術者決定且隨後修改。
本發明提供向個體投與本文所描述之新抗原治療劑之方法，其包含使用間歇性給藥策略以用於投與一或多種試劑，其可減少與投與藥劑、化學治療劑等相關之副作用及/或毒性。在一些實施例中，一種用於治療人類個體之癌症之方法包含向該個體投與治療學上有效劑量之新抗原治療劑以及治療學上有效劑量之化學治療劑，其中藥劑中之一者或兩者根據間歇性給藥策略投與。在一些實施例中，一種用於治療人類個體之癌症之方法包含向該個體投與治療學上有效劑量之新抗原治療劑以及治療學上有效劑量之第二免疫治療劑，其中藥劑中之一者或兩者根據間歇性給藥策略投與。在一些實施例中，間歇性給藥策略包含向該個體投與初始劑量之新抗原治療劑，及約每2週一次投與後續劑量之藥劑。在一些實施例中，間歇性給藥策略包含向該個體投與初始劑量之新抗原治療劑，及約每3週一次投與後續劑量之藥劑。在一些實施例中，間歇性給藥策略包含向個體投與初始劑量之新抗原治療劑，及約每4週一次投與後續劑量之藥劑。在一些實施例中，使用間歇性給藥策略投與藥劑且每週一次投與額外治療劑。
本發明提供包含本文所描述之新抗原治療劑之組合物。本發明亦提供包含本文所描述之新抗原治療劑及醫藥學上可接受之媒劑的醫藥組合物。在一些實施例中，醫藥組合物可用於免疫療法中。在一些實施例中，組合物可用於抑制腫瘤生長。在一些實施例中，醫藥組合物可用於抑制個體(例如人類患者)之腫瘤生長。在一些實施例中，組合物可用於治療癌症。在一些實施例中，醫藥組合物可用於治療個體(例如人類患者)之癌症。
藉由將本發明之新抗原治療劑與醫藥學上可接受之媒劑(例如載劑或賦形劑)組合來製備用於儲存及使用之調配物。熟習此項技術者一般將醫藥學上可接受之載劑、賦形劑及/或穩定劑考慮為調配物或醫藥組合物之非活性成分。例示性調配物在WO 2015/095811中列出。
適合的醫藥學上可接受之媒劑包括(但不限於)：無毒性緩衝液，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；鹽，諸如氯化鈉；抗氧化劑，包括抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑，諸如氯化十八烷基二甲基苯甲基銨、氯化六羥季銨、苯紮氯銨、苄索氯銨、酚、丁醇或苯甲醇、對羥基苯甲酸烷基酯(諸如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯)、兒茶酚、間苯二酚、環己醇、3-戊醇及間甲酚；低分子量多肽(例如小於約10個胺基酸殘基)；蛋白質，諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；碳水化合物，諸如單醣、雙醣、葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA；糖，諸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成鹽反離子，諸如鈉；金屬錯合物，諸如Zn-蛋白質複合物；及非離子界面活性劑，諸如吐溫(TWEEN)或聚乙二醇(PEG)。(Remington: The Science and Practice of Pharmacy,第22版, 2012, Pharmaceutical Press, London.)。在一些實施例中，媒劑為含5%右旋糖之水。
本文所描述之醫藥組合物可以任何多種方式投與以用於局部或全身性治療。投與可為局部的，藉由表皮或經皮貼片、軟膏、洗劑、乳霜、凝膠、滴劑、栓劑、噴霧、液體及粉劑；經肺的，藉由吸入或吹入粉劑或氣霧劑，包括藉由噴霧器；氣管內及鼻內；經口；或非經腸，包括靜脈內、動脈內、腫瘤內、皮下、腹膜內、肌肉內(例如注射或輸注)或顱內(例如鞘內或室內)。
治療調配物可呈單位劑型。此類調配物包括錠劑、丸劑、膠囊、粉劑、粒劑、於水或非水性介質中之溶液或懸浮液或栓劑。
本文所描述之新抗原肽亦可包埋在微膠囊中。此類微膠囊例如藉由凝聚技術或藉由介面聚合製備，例如分別在膠體藥物遞送系統(例如脂質體、白蛋白微球體、微乳液、奈米粒子及奈米膠囊)或巨乳液中之羥基甲基纖維素或明膠微膠囊及聚-(甲基丙烯酸甲酯)微膠囊，如Remington: The Science and Practice of Pharmacy,第22版, 2012, Pharmaceutical Press, London中所描述。
在某些實施例中，醫藥調配物包括與脂質體複合之本文所描述之新抗原治療劑。產生脂質體之方法為熟習此項技術者已知。舉例而言，一些脂質體可藉由反相蒸發，用包含膽鹼磷脂、膽固醇及PEG衍生之磷脂醯乙醇胺(PEG-PE)之脂質組合物產生。脂質體可經具有界定孔徑之過濾器擠出，以產生具有所需直徑之脂質體。
在某些實施例中，可產生包含本文所描述之新抗原肽之持續釋放製劑。持續釋放製劑之適合實例包括含有固體疏水性聚合物之藥劑的半可滲透基質，其中基質呈成形物品(例如膜或微膠囊)形式。持續釋放基質之實例包括：聚酯；水凝膠，諸如聚(2-羥乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇)；聚乳酸交酯；L-麩胺酸與L-麩胺酸7-乙酯之共聚物；非可降解的乙烯-乙酸乙烯酯；可降解的乳酸-乙醇酸共聚物，諸如LUPRON DEPOTTM (由乳酸-乙醇酸共聚物及乙酸亮丙立德構成之可注射微球體)；蔗糖乙酸酯異丁酸鹽；及聚-D-(-)-3-羥基丁酸。
本發明提供包含免疫原性疫苗之治療方法。提供疾病(諸如癌症或病毒感染)治療方法。一種方法可包含向個體投與有效量之包含免疫原性抗原之組合物。在一些實施例中，抗原包含病毒抗原。在一些實施例中，抗原包含腫瘤抗原。
可製備之疫苗之非限制性實例包括基於肽之疫苗、基於核酸之疫苗、基於抗體之疫苗、基於T細胞之疫苗及基於抗原呈遞細胞之疫苗。
可使用一或多種生理學上可接受之載劑，包括促進將活性劑加工成可在醫藥學上使用之製劑的賦形劑及助劑來調配疫苗組合物。適當調配物可視所選投與途徑而定。適當時且如此項技術中所理解，可使用熟知技術、載劑及賦形劑中之任一者。
在一些情況下，將疫苗組合物調配為基於肽之疫苗、基於核酸之疫苗、基於抗體之疫苗或基於細胞之疫苗。舉例而言，疫苗組合物可包括含裸cDNA之陽離子脂質調配物；脂肽(例如Vitiello, A.等人, J. Clin. Invest. 95:341, 1995)；例如囊封於聚(DL-丙交酯-共-乙交酯) (「PLG」)微球體中之中裸cDNA或肽(參見例如Eldridge,等人, Molec. Immunol. 28:287-294, 1991: Alonso等人, Vaccine 12:299-306, 1994；Jones等人, Vaccine 13:675-681, 1995)；含於免疫刺激複合物(ISCOMS)中之肽組合物(例如Takahashi等人, Nature 344:873-875, 1990；Hu等人, Clin. Exp. Immunol. 113:235-243, 1998)；或多個抗原肽系統(MAP) (參見例如Tam, J. P., Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 85:5409-5413, 1988; Tarn, J.P., J. Immunol. Methods 196:17-32, 1996)。有時，將疫苗調配為基於肽之疫苗或基於核酸之疫苗，其中核酸編碼多肽。有時，將疫苗調配為基於抗體之疫苗。有時，將疫苗調配為基於細胞之疫苗。
可使用所鑑別之疾病特異性免疫原性新抗原肽之胺基酸序列來研發醫藥學上可接受之組合物。抗原來源可為(但不限於)天然或合成蛋白質，包括醣蛋白、肽及超抗原；抗體/抗原複合物；脂蛋白；RNA或其轉譯產物；及DNA或由該DNA編碼之多肽。抗原來源亦可包含未轉化、經轉化、經轉染或經轉導之細胞或細胞株。可使用可用於表現重組抗原之一般熟習此項技術者已知的多種表現或反轉錄病毒載體中之任一者轉化、轉染或轉導細胞。亦可在已用含有編碼重組抗原之DNA分子之表現或反轉錄病毒載體轉化、轉染或轉導之任何適當宿主細胞中達成表現。可使用此項技術中彼等者已知的任何數目之轉染、轉化及轉導方案。重組牛痘載體及用牛痘載體感染之細胞可用作抗原來源。
組合物可包含合成疾病特異性免疫原性新抗原肽。組合物可包含兩種或更多種疾病特異性免疫原性新抗原肽。組合物可包含疾病特異性免疫原性肽之前體(諸如蛋白質、肽、DNA及RNA)。可產生疾病特異性免疫原性肽之前體，或針對所鑑別之疾病特異性免疫原性新抗原肽產生。在一些實施例中，治療性組合物包含免疫原性肽之前體。疾病特異性免疫原性肽之前體可為前藥。在一些實施例中，包含疾病特異性免疫原性新抗原肽之組合物可進一步包含佐劑。舉例而言，新抗原肽可用作疫苗。在一些實施例中，免疫原性疫苗可包含醫藥學上可接受之免疫原性新抗原肽。在一些實施例中，免疫原性疫苗可包含免疫原性新抗原肽之醫藥學上可接受之前體(諸如蛋白質、肽、DNA及RNA)。在一些實施例中，治療方法包含向個體投與有效量之特異性識別免疫原性新抗原肽之抗體。在一些實施例中，治療方法包含向個體投與有效量之特異性識別免疫原性新抗原肽之可溶性TCR或TCR類似物。
本文所描述之方法尤其適用於個體化用藥情境，其中免疫原性新抗原肽用於研發針對相同個體之治療劑(諸如疫苗或治療抗體)。因此，治療個體之疾病之方法可包含根據本文所描述之方法鑑別個體之免疫原性新抗原肽；及合成肽(或其前驅體)；以及向個體投與肽或特異性識別該肽之抗體。在一些實施例中，免疫原性新抗原之表現模式可充當用於產生患者特異性疫苗之必需基礎。在一些實施例中，免疫原性新抗原之表現模式可充當用於產生患有特定疾病之患者群組之疫苗之必需基礎。因此，可在患者群組中選擇性地治療特定疾病，例如特定腫瘤類型。
在一些實施例中，本文所描述之肽為可由較大患者群組中之自體抗疾病T細胞識別之結構上常用的抗原。在一些實施例中，測定患病個體群組之抗原表現模式，該患病個體群組之疾病在結構上表現常用新抗原。
在一些實施例中，本文所描述之肽包含：含有蛋白質之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含突變且第二新抗原決定基包含相同突變。在一些實施例中，本文所描述之肽包含：含有蛋白質之第一區域之第一新抗原決定基的第一肽及含有相同蛋白質之第二區域之第二新抗原決定基的第二肽，其中第一區域包含第二區域之至少一個胺基酸，其中第一肽與第二肽不同，且其中第一新抗原決定基包含第一突變且第二新抗原決定基包含第二突變。在一些實施例中，第一突變及第二突變相同。在一些實施例中，突變係選自由以下組成之群：點突變、剪接位點突變、框移突變、通讀突變、基因融合突變及其任何組合。
存在多種產生免疫原性新抗原之方式。蛋白質或肽可藉由熟習此項技術者已知的任何技術製得，包括經由標準分子生物技術表現蛋白質、多肽或肽；自天然來源中分離蛋白質或肽；活體外轉譯；或化學合成蛋白質或肽。一般而言，此類疾病特異性新抗原可在活體外或活體內產生。免疫原性新抗原可在活體外作為肽或多肽產生，其可隨後調配成個體化疫苗或免疫原性組合物且向個體投與。免疫原性新抗原之活體外產生可包含肽合成或自多種細菌、真核或病毒重組表現系統中之任一者中之DNA或RNA分子表現肽/多肽，繼而純化所表現之肽/多肽。可替代地，可藉由將編碼免疫原性新抗原之分子(例如DNA、RNA及病毒表現系統)引入至個體中，之後表現所編碼之免疫原性新抗原，來活體內產生免疫原性新抗原。在一些實施例中，編碼免疫原性新抗原肽之聚核苷酸可用於活體外產生新抗原肽。
在一些實施例中，聚核苷酸包含與編碼免疫原性新抗原之聚核苷酸具有至少60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的序列。
聚核苷酸可為例如DNA、cDNA、PNA、CNA、RNA、單股及/或雙股、天然或穩定形式之聚核苷酸或其組合。編碼免疫原性新抗原肽之核酸可含有或可不含有內含子，只要其編碼肽即可。在一些實施例中，使用活體外轉譯來產生肽。
亦涵蓋包含編碼新抗原之序列之表現載體以及含有該表現載體之宿主細胞。適用於本發明中之表現載體可包含與核酸序列可操作地連接之至少一種表現控制元件。將表現控制元件插入於載體中以控制及調節核酸序列之表現。表現控制元件之實例為此項技術中眾所周知的，且包括例如lac系統、噬菌體λ之操縱子及啟動子區域、酵母啟動子及來源於多瘤病毒、腺病毒、反轉錄病毒或SV40之啟動子。額外操作元件包括(但不限於)前導序列、終止密碼子、聚腺苷酸化信號及宿主系統中之核酸序列之適當的轉錄及後續轉譯所需或較佳的任何其他序列。熟習此項技術者應理解，表現控制元件之正確組合將視所選宿主系統而定。將進一步理解，表現載體應含有用於轉移及後續在宿主系統中複製含有核酸序列之表現載體所需的額外元件。此類元件之實例包括(但不限於)複製起點及可選擇標記。
新抗原肽可以編碼所需新抗原肽之RNA或cDNA分子形式提供。本發明之一或多種新抗原肽可由單一表現載體編碼。一般而言，將DNA以適當取向插入表現載體，諸如質體中，且必要時校正閱讀框用於表現，DNA可與由所需宿主(例如細菌)識別之適當的轉錄及轉譯調節控制核苷酸序列連接，但此類控制一般可在表現載體中獲得。隨後使用標準技術將載體引入用於選殖之宿主細菌中。適用於真核宿主，尤其哺乳動物或人類之表現載體包括例如包含來自SV40、牛科動物乳頭狀瘤病毒、腺病毒及細胞巨大病毒之表現控制序列的載體。適用於細菌宿主之表現載體包括已知之細菌質體，諸如來自大腸桿菌之質體，包括pCR 1、pBR322、pMB9及其衍生物；較寬宿主範圍質體，諸如M13及絲狀單股DNA噬菌體。
在實施例中，可使用寡核苷酸合成器，藉由化學合成來構築編碼所關注多肽的DNA序列。可基於所需多肽之胺基酸序列及選擇偏好於在其中產生所關注之重組多肽之宿主細胞之彼等密碼子設計此類寡核苷酸。可應用標準方法合成編碼經分離之所關注多肽的經分離之聚核苷酸序列。
適用於表現多肽之宿主細胞包括處於適當啟動子控制下的原核生物、酵母、昆蟲或較高等真核細胞。原核生物包括革蘭氏陰性或革蘭氏陽性生物體，例如大腸桿菌或桿菌。較高等真核細胞包括哺乳動物來源的現有細胞株。亦可採用無細胞轉譯系統。適用於與細菌、真菌、酵母及哺乳動物細胞宿主一起使用的選殖及表現載體為此項技術中眾所周知的。多種哺乳動物或昆蟲細胞培養系統亦可用於表現重組蛋白。例示性哺乳動物宿主細胞株包括(但不限於) COS-7、L細胞、C127、3T3、中國倉鼠卵巢(CHO)、293、海拉及BHK細胞株。哺乳動物表現載體可包含非轉錄元件，諸如複製起點、與待表現基因連接之適合啟動子及增強子，及其他5'或3'側接非轉錄序列，以及5'或3'非轉譯序列，諸如必需的核糖體結合位點、聚腺苷酸化位點、剪接供體及受體位點以及轉錄終止序列。
經轉化之宿主所產生之蛋白質可根據任何適合方法純化。此類標準方法包括層析(例如離子交換、親和性及篩分管柱層析法及類似層析)、離心、差異溶解或用於蛋白質純化的任何其他標準技術。可使親和標籤(諸如六組胺酸、麥芽糖結合域、流感外殼序列、麩胱甘肽-S-轉移酶及其類似物)與蛋白質連接，以藉由通過適當親和管柱而容易純化。經分離之蛋白質亦可使用諸如蛋白分解、核磁共振及x射線結晶學之技術進行物理表徵。
疫苗可包含結合本文所描述之多肽序列之實體。實體可為抗體。適當時且如此項技術中所理解，可使用熟知技術、載劑及賦形劑中之任一者調配基於抗體之疫苗。在一些實施例中，本文所描述之肽可用於製備新抗原特異性治療劑，諸如抗體療法。舉例而言，新抗原可用於提高及/或鑑別特異性識別新抗原之抗體。此等抗體可用作治療劑。抗體可為天然抗體、嵌合抗體、人類化抗體或可為抗體片段。抗體可識別本文所描述之多肽中之一或多者。在一些實施例中，抗體可識別具有與本文所描述之多肽具有至多40%、50%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列的多肽。在一些實施例中，抗體可識別具有與本文所描述之多肽具有至少40%、50%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之序列的多肽。在一些實施例中，抗體可識別長度為本文所描述之多肽之至少30%、40%、50%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的多肽序列。在一些實施例中，抗體可識別長度為本文所描述之多肽之至多30%、40%、50%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的多肽序列。
本發明亦涵蓋使用核酸分子作為用於以例如DNA/RNA疫苗形式向有需要之個體活體內遞送新抗原肽/多肽之媒劑。
在一些實施例中，疫苗為核酸疫苗。在一些實施例中，可藉由使用質體向個體投與新抗原。可藉由多種不同方法，例如在黏膜表面上，諸如經鼻及肺黏膜，注射或氣溶膠滴注裸DNA來將質體引入動物組織中。在一些實施例中，可使用物理遞送，諸如利用「基因槍」。表現載體之準確選擇可視待表現之肽/多肽而定，且完全在一般技術人員之技術範圍內。
在一些實施例中，核酸編碼免疫原性肽或肽前體。在一些實施例中，核酸疫苗包含側接編碼免疫原性肽或肽前體之序列的序列。在一些實施例中，核酸疫苗包含多於一種免疫原性抗原決定基。在一些實施例中，核酸疫苗為基於DNA之疫苗。在一些實施例中，核酸疫苗為基於RNA之疫苗。在一些實施例中，基於RNA之疫苗包含mRNA。在一些實施例中，基於RNA之疫苗包含裸mRNA。在一些實施例中，基於RNA之疫苗包含經修飾之mRNA (例如使用含有經修飾之5'CAP結構之魚精蛋白.mRNA或含有經修飾之核苷酸之mRNA保護免受降解之mRNA)。在一些實施例中，基於RNA之疫苗包含單股mRNA。
聚核苷酸可為實質上純的或含於適合的載體或遞送系統中。適合的載體及遞送系統包括病毒，諸如基於腺病毒、牛痘病毒、反轉錄病毒、疱疹病毒、腺相關病毒之系統或含有多於一種病毒元件之雜合體。非病毒遞送系統包括陽離子脂質及陽離子聚合物(例如陽離子脂質體)。
一或多種新抗原肽可使用基於病毒之系統來活體內編碼及表現。病毒載體可用作本發明中之重組載體，其中在不破壞病毒感染力之情況下，缺失病毒基因組之一部分來引入新基因。本發明之病毒載體為非病原病毒。在一些實施例中，病毒載體具有針對哺乳動物中之特異性細胞類型之趨向性。在另一實施例中，本發明之病毒載體能夠感染專職抗原呈遞細胞，諸如樹突狀細胞及巨噬細胞。在本發明之又一實施例中，病毒載體能夠感染哺乳動物中之任何細胞。病毒載體亦可感染腫瘤細胞。本發明中使用之病毒載體包括(但不限於)痘病毒，諸如牛痘病毒、禽痘病毒、鳥痘病毒及高度減毒牛痘病毒(安卡拉(Ankara)或MVA)、反轉錄病毒、腺病毒、桿狀病毒及其類似者。
疫苗可經由多種途徑遞送。遞送途徑可包括經口(包括頰內及舌下)、經直腸、經鼻、局部、經皮貼片、經肺、經陰道、栓劑或非經腸(包括肌肉內、動脈內、鞘內、皮內、腹膜內、皮下及靜脈內)投與或呈適合於藉由氣溶膠化、吸入或吹入投與之形式。關於藥物遞送系統之一般資訊可見於Ansel等人, Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (Lippencott Williams & Wilkins, Baltimore Md. 1999)中。本文所描述之疫苗可投與至肌肉，或可經由皮內或皮下注射或經皮，諸如藉由離子導入來投與。可採用疫苗之表皮投與。
在一些情況下，亦可調配疫苗以用於經由鼻腔通道投與。適合於經鼻投與之調配物(其中載劑為固體)可包括粗粉劑，其具有例如約10至約500微米範圍內之粒徑，其以鼻吸方式投與，亦即，經過鼻孔自保持在靠近鼻腔之粉劑容器中快速吸入。調配物可為鼻用噴霧、鼻滴劑或藉由噴霧器之氣溶膠投與。調配物可包括疫苗之水性或油性溶液。
疫苗可為液體製劑，諸如懸浮液、糖漿或酏劑。疫苗亦可為用於非經腸、皮下、皮內、肌肉內或靜脈內投與(例如可注射投與)之製劑，諸如無菌懸浮液或乳液。
疫苗可包括用於單次免疫接種之材料，或可包括用於多次免疫接種之材料(亦即，「多次劑量」套組)。在多次劑量配置中較佳包括防腐劑。作為在多次劑量組合物中包括防腐劑之替代方案(或另外)，組合物可含於具有用於移出材料之無菌轉接器之容器中。
疫苗可以約0.5 mL之劑量體積投與，但可向兒童投與一半劑量(亦即，約0.25 mL)。有時，疫苗可以較高劑量，例如約1 ml投與。
疫苗可以1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多次劑量時程方案投與。有時，疫苗以1、2、3或4次劑量時程方案投與。有時，疫苗以1次劑量時程方案投與。有時，疫苗以2次劑量時程方案投與。
第一劑量及第二劑量之投與可間隔約0天、1天、2天、5天、7天、14天、21天、30天、2個月、4個月、6個月、9個月、1年、1.5年、2年、3年、4年或更久。
本文所描述之疫苗可每1、2、3、4、5、6、7、8、9、10年投與或更久。有時，本文所描述之疫苗每2、3、4、5、6、7年投與或更久。有時，本文所描述之疫苗每4、5、6、7年投與或更久。有時，本文所描述之疫苗投與一次。
劑量實例不受限制且僅用於例證投與本文所描述之疫苗之特定給藥方案。用於人類中之有效量可自動物模型測定。舉例而言，可調配人類劑量以達到已發現在動物中有效之循環、肝臟、局部及/或胃腸道濃度。基於動物資料及其他類型之類似資料，熟習此項技術者可測定適合於人類之疫苗組合物之有效量。
當提及藥劑或藥劑組合時，有效量將一般意謂醫學或醫藥領域的任一不同監管或諮詢組織(例如FDA、AMA)或製造商或供應商建議或批准的劑量範圍、投與模式、調配物等。
在一些態樣中，本文所描述之疫苗及套組可儲存於2℃至8℃下。在一些情況下，疫苗不冷凍儲存。在一些情況下，疫苗儲存於諸如-20℃或-80℃之溫度下。在一些情況下，疫苗避開日光儲存。IX. 套組
本文所描述之新抗原治療劑可與投與說明書一起以套組形式提供。通常，套組將包括含於容器、單位劑型中之所需新抗原治療劑及投與說明書。在套組中亦可包括額外治療劑，例如細胞介素、淋巴介質、檢查點抑制劑、抗體。亦可能需要的其他套組組件，包括例如無菌注射器、增強劑量及其他所需賦形劑。
本文亦提供與本文所描述之一或多種方法一起使用的套組及製品。套組可含有包含一或多種新抗原決定基之一或多種新抗原多肽。套組亦可含有編碼本文所描述之肽或蛋白質中之一或多者的核酸、識別本文所描述之肽中之一或多者的抗體或用本文所描述之肽中之一或多者活化的基於APC的細胞。套組可進一步含有組成及遞送疫苗所需之佐劑、試劑及緩衝液。
套組亦可包括載劑、封裝或經分隔以容納一或多個容器(諸如小瓶、管及其類似者)之容器，各容器包含用於本文所描述之方法中之各別元件(諸如肽及佐劑)中之一者。合適的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器及試管。容器可由諸如玻璃或塑膠之多種材料形成。
本文所提供之製品含有封裝材料。醫藥封裝材料之實例包括(但不限於)泡殼封裝、瓶子、管、袋、容器、瓶子及適於所選調配物及預期投與及處理模式的任何封裝材料。套組通常包括列出含量之標籤及/或使用說明書，及藥品說明書與使用說明書。通常亦包括一組說明書。
將藉助於具體實例更詳細地描述本發明。出於說明之目的提供以下實例，且不意欲以任何方式限制本發明。熟習此項技術者將容易地識別可改變或修改以產生根據本發明之替代實施例的多種非關鍵參數。本文中所列出之所有專利、專利申請案及列印公開案均以全文引用之方式併入本文中。實例
此等實例僅出於說明之目的提供且不限制本文所提供之申請專利範圍之範疇。實例 1 - 誘導 CD4+ 及 CD8+ T 細胞 反應
活體外T細胞誘導用於擴增新抗原特異性T細胞。按以下方式製備成熟專職APC用於此等分析。單核球使用基於珠粒之套組(Miltenyi)自健康人類供體PBMC富集。將富集細胞塗鋪於GM-CSF及IL-4中以誘導不成熟DC。亦可使用FLT-3L及IL-4來塗鋪富集細胞，以誘導不成熟DC。在5天之後，在添加細胞介素成熟混合物(GM-CSF、IL-1β、IL-4、IL-6、TNFα、PGE1β)之前，在37℃下，將不成熟DC與肽庫一起培育1小時。在一些情況下，成熟混合物可包括FLT-3L、IL-1β、IL-4、IL-6、TNFα、PGE1β。肽庫可包括多個突變，其分別具有縮短子及增長子兩者以擴增CD8+ 及CD4+ T細胞。長肽亦用於證實在此情境中刺激CD8+細胞之可能性，亦顯示於圖3C中。在37℃下培育細胞至成熟DC。
在DC成熟之後，將PBMC (成批或富集T細胞)添加至具有增殖細胞介素之成熟樹突狀細胞中。使用功能分析及/或四聚體染色之組合監測培養物之肽特異性T細胞。具有經修飾肽及母體肽之平行免疫原性分析允許比較肽擴增之肽特異性T細胞之相對效率。實例 2 - 四聚體染色分析
購買MHC四聚體或現場製造，且在免疫原性分析中用於量測肽特異性T細胞擴增。為了評定，根據製造商之說明書，將四聚體添加至含1 × 105 個細胞之PBS中，該PBS含有1% FCS及0.1%疊氮化鈉(FACS緩衝液)。在暗處在室溫下培育細胞20分鐘。隨後添加對T細胞標記物，諸如CD8具有特異性的抗體至製造商建議之最終濃度，在暗處在4℃下培育細胞20分鐘。細胞用冷FACS緩衝液洗滌且再懸浮於含有1%甲醛之緩衝液中。在FACS Calibur (Becton Dickinson)儀器上獲得細胞，且藉由使用Cellquest軟體(Becton Dickinson)進行分析。為了分析四聚體陽性細胞，淋巴球門取自正向及側向散點圖。資料報導為呈CD8+ /四聚物+ 之細胞之百分比。實例 3 - 胞內細胞介素染色分析
在不存在鑑別抗原特異性T細胞群體之公認四聚體染色之情況下，可使用細胞介素產量之評定，使用公認流式細胞測量術分析來評估抗原特異性。簡言之，用所關注之肽刺激T細胞且與對照組進行比較。在刺激之後，藉由胞內染色評定由CD4+ T細胞產生之細胞介素(例如IFNγ及TNFα)之產量。此等細胞介素，尤其IFNγ，可用於鑑別經刺激之細胞。進行來自用APC (負載有或未負載有突變RAS肽)刺激之健康供體之CD4+細胞之IFNγ及TNFα水準之抗原特異性誘導的FACS分析。實例 4 - ELISPOT 分析
使用ELISPOT分析(BD Biosciences)在功能上計數肽特異性T細胞，該分析在單一細胞基礎上量測自T細胞之IFNγ釋放。在37℃下，目標細胞(T2或HLA-A0201轉染之C1R)經10 μM肽脈衝1小時，且洗滌三次。在ELISPOT盤孔中，將1 × 105 個經肽脈衝之目標細胞與變化濃度之獲自免疫原性培養物之T細胞(5 × 102 至2 × 103 )共培養。根據製造商之方案發展培養盤，且在具有隨附軟體之ELISPOT讀取器(Cellular Technology Ltd.)上進行分析。對應於產生IFNγ之T細胞之數目的斑點報導為斑點絕對數/所塗鋪T細胞之數目。不僅測試經修飾之肽擴增之T細胞之識別經經修飾之肽脈衝之目標細胞的能力，且亦測試其識別經母體肽脈衝之目標細胞的能力。測定假擬轉導或用編碼突變RAS肽之慢病毒表現載體轉導之樣本的IFNγ水準。實例 5 - CD107 染色分析
在用同源肽活化之後，CD107a及b表現於CD8+ T細胞之細胞表面上。T細胞之裂解顆粒劑具有含有溶酶體相關膜醣蛋白(「LAMP」)之脂質雙層，該等溶酶體相關膜醣蛋白包括分子CD107a及b。當經由T細胞受體活化細胞毒性T細胞時，此等裂解顆粒劑之膜使T細胞之質膜移動且與其融合。釋放顆粒內容物，且此導致目標細胞死亡。因為顆粒膜與質膜融合，使C107a及b暴露於細胞表面上，且因此為去顆粒之標記物。因為在單一細胞基礎上報導如藉由CD107a及b染色所量測之去顆粒，該分析用於在功能上計數肽特異性T細胞。為了執行分析，將肽添加至經HLA-A02:01轉染之細胞C1R中至20 μM之最終濃度，在37℃下培育細胞1小時且洗滌三次。將1×105 個經肽脈衝之C1R細胞等分至管中，且添加對CD107a及b具有特異性的抗體至製造商(Becton Dickinson)建議之最終濃度。在添加T細胞之前添加抗體以便「捕捉」CD107分子，因為其在分析過程期間暫時出現在表面上。隨後添加來自免疫原性培養物之1×105 個T細胞，且在37℃下培育樣本4小時。進一步染色T細胞之額外細胞表面分子，諸如CD8，且在FACS Calibur儀器(Becton Dickinson)上獲得。使用隨附Cellquest軟體分析資料，且結果報導為CD8+ /CD107a及b+ 細胞之百分比。實例 6 - 細胞毒性分析
使用鉻釋放分析來量測細胞毒活性。在37℃下用Na51 Cr標記目標T2細胞1小時且洗滌，隨後向變化數目之來自免疫原性培養物之T細胞中添加5×103 個目標T2細胞。在37℃下培育4小時之後收穫的上清液中量測鉻釋放。特異性裂解之百分比計算為：實驗釋放-自發釋放/總釋放-自發釋放 × 100。
利用藉由流式細胞測量術偵測目標細胞中之經裂解半胱天冬酶3來量測細胞毒性活性。工程改造目標癌細胞以表現突變肽與適當MHC-I等位基因。假擬轉導目標細胞(亦即，不表現突變肽)用作陰性對照。細胞用CFSE標記以將其與用作效應細胞之受激PBMC區分開。在收穫之前，將目標細胞與效應細胞一起共培養6小時。進行胞內染色以偵測CFSE陽性目標癌細胞中之裂解形式之半胱天冬酶3。特異性裂解之百分比計算為：半胱天冬酶3之實驗裂解/半胱天冬酶3之自發裂解(在不存在突變肽表現下所量測) × 100。
在一些實例中，細胞毒性活性藉由以下來評定：將在特異性HLA上表現對突變RAS肽具有特異性之TCR的T細胞與表現對應HLA之突變RAS肽轉導的目標癌細胞一起共培養，及藉由測定目標細胞之相對生長，以及特異性量測目標癌細胞中之凋亡標記物磷脂結合蛋白V。工程改造目標癌細胞以表現突變肽與適當MHC-I等位基因。假擬轉導目標細胞(亦即，不表現突變肽)用作陰性對照。亦轉導細胞以穩定地表現GFP，從而允許追蹤目標細胞生長。轉導用作效應細胞之來自健康供體之PBMC，以表現對突變RAS肽具有特異性之TCR。假擬轉導的細胞用作陰性對照。在含有磷脂結合蛋白V偵測試劑之培養基中，將目標細胞與不同量之效應細胞一起共培養72 h。用IncuCyte S3設備，量測隨著時間推移之GFP信號及磷脂結合蛋白-V信號。藉由尺寸排阻濾除來源於效應細胞之磷脂結合蛋白V信號。目標細胞生長及死亡分別表示為隨著時間推移之GFP及磷脂結合蛋白-V面積(mm2 )。實例 7 - 依序使用增長子及縮短子之活體內增強的 CD8+ T 細胞 反應
增長子肽疫苗接種可誘導CD4+ 及CD8+ T細胞反應兩者，視肽之加工及呈遞而定。極少縮短子抗原決定基疫苗接種集中於產生CD8+ T細胞反應，但在抗原呈遞之前不需要肽加工。因此，任何細胞可容易地呈遞抗原決定基，不僅僅是專職抗原呈遞細胞(APC)。此會引起T細胞之耐受性，其與呈遞抗原之健康細胞接觸作為周邊耐受性之部分。為了避開此，增長子初始免疫接種允許僅藉由可加工及呈遞肽之APC引發CD8+ T細胞。後續免疫接種增強初始CD8+ T細胞反應。活體內免疫原性分析
十九隻8-12週齡雌性C57BL/6小鼠(Taconic Biosciences)在到達時隨機地且預期性地分配給處理組。在研究開始之前使動物適應三(3)天。使動物任意取用LabDietTM 5053無菌嚙齒動物食物及所提供的無菌水。第1組中之動物充當僅疫苗接種佐劑對照，且在第0天、第7天及第14天以100 μg，以經由皮下注射(s.c.)投與之0.1 mL之體積單獨投與聚肌苷酸:聚胞苷酸(聚I:C)。在第0天、第7天及第14天，以100 μg，以0.1 mL之體積s.c.投與第2組中之動物50 μg六個增長子肽(下文所描述)中之每一者以及聚I:C。在第0天，以100 μg，以0.1 mL之體積s.c.投與第3組中之動物50 μg六個增長子肽(下文所描述)中之每一者以及聚I:C，且在第7天及第14天，以100 μg，以0.1 mL之體積s.c.投與莫耳匹配當量之對應縮短子肽(下文所描述)以及聚I:C。稱重動物且每天監測一般健康狀況。若動物體重相較於第0天之重量損失＞30%；或若發現動物瀕死，則在研究完成第21天藉由CO2過度劑量使動物安樂死。在處死時，採集脾臟且使用標準方案處理成單細胞懸浮液。簡言之，經由70 μM過濾器機械降解脾臟，粒化，且在再懸浮於細胞培養基中之前用ACK裂解緩衝液(Sigma)裂解。肽
基於其展現誘導CD8+ T細胞反應之能力使用六個此前鑑別之小鼠新抗原。對於每一新抗原，已定義對應於極少抗原決定基之縮短子(8-11個胺基酸)。使用對應於突變周圍20-27個胺基酸之增長子。ELISPOT
根據套組方案，進行ELISPOT分析(小鼠IFNγ ELISPOT Reasy-SET-Go；EBioscience)。簡言之，在分析日之前一天，將96孔過濾板(0.45 μm孔徑，疏水性PVDF膜；EMD Millipore)活化(35% EtOH)，洗滌(PBS)且用捕捉抗體(1:250；4℃ O/N)塗覆。在分析當天，洗滌孔且封閉(培養基；2小時，在37℃下)。向孔中添加大致100 μL 2 × 105 個細胞與100 μL 10 mM測試肽庫(縮短子)、或PMA/離子黴素陽性對照抗原或媒劑。將細胞與抗原一起在37℃下培育隔夜(16-18小時)。次日，丟棄細胞懸浮液，且孔用PBS洗滌一次，且用去離子水洗滌兩次。對於分析其餘部分中之所有洗滌步驟，在每一洗滌步驟使孔浸泡3分鐘。隨後用洗滌緩衝液(PBS + 0.05%吐溫-20)洗滌孔三次，且向所有孔中添加偵測抗體(1:250)。在室溫下培育培養盤兩小時。丟棄偵測抗體溶液，且用洗滌緩衝液洗滌孔三次。將抗生物素蛋白-HRP (1:250)添加至所有孔中，且在室溫下培育培養盤一小時。丟棄共軛物溶液，且孔用洗滌緩衝液洗滌三次，隨後用PBS洗滌一次。將受質(3-胺基-9-乙基-咔唑，0.1 M乙酸酯緩衝液，H2 O2 )添加至所有孔中，且監測斑點發展(大致10分鐘)。藉由用水洗滌孔終止受質反應，且使培養盤空氣乾燥隔夜。在具有隨附軟體之ELISPOT讀取器(Cellular Technology Ltd.)上分析培養盤。對應於產生IFNγ之T細胞之數目的斑點報導為斑點絕對數/所塗鋪T細胞之數目。實例 8 - 藉由質譜分析偵測突變 RAS 肽
293T細胞用編碼突變RAS肽之各種區之慢病毒載體轉導。培養4300萬經轉導的表現由突變RAS肽編碼之肽的細胞，且使用酸洗液，自HLA-肽複合物溶離出該等肽。隨後，藉由MS/MS分析所溶離出之肽。對於表現HLA-A11:01蛋白之293T細胞，藉由質譜法偵測肽VVVGACGVGK (圖2)。對於表現HLA-A11:01蛋白之293T細胞，藉由質譜法偵測肽VVVGAVGVGK及VVGAVGVGK (圖2)。實例 9 - 突變 KRAS 肽在多個等位基因上產生強力抗原決定基。
下表中之含有新抗原決定基之多個肽表現或負載於抗原呈遞細胞(APC)上。隨後，進行質譜法，且測定新抗原決定基針對所指示HLA等位基因之親和力及新抗原決定基與HLA等位基因之穩定性。實例 10 - 多個新抗原決定基引起 CD8+ T 細胞反應
來自人類供體之PBMC樣本用於執行抗原特異性T細胞誘導。在產生T細胞之後，分析CD8+ T細胞誘導。可在不同時間點取出細胞樣本以用於分析。pMHC多聚體用於監測誘導培養物中之抗原特異性CD8+ T細胞之分率。圖 3A 至圖 3C 描繪顯示用RAS G12V、RAS G12C及RAS G12D突變肽誘導之抗原特異性CD8+ T細胞之分率的例示性結果。長肽亦用於證實刺激CD8+細胞之可能性，如圖3C中所示。
Figure 108121383-A0304-0013
 實例 11 - 所 誘導 T 細胞 之細胞毒性分析
細胞毒性分析用於評定所誘導之T細胞培養物是否能夠殺死表現抗原之腫瘤株。在此實例中，量測活及死的腫瘤細胞上的活性半胱天冬酶3的表現來量化早期細胞死亡及死亡的腫瘤細胞。在圖 4B 中，所誘導的CD8+ 反應能夠殺死表現抗原之腫瘤目標。顯示假擬轉導或用編碼突變RAS肽之慢病毒表現載體轉導之樣本的活的半胱天冬酶-A陽性目標細胞百分比。實例 12 - 突變 KRAS 肽穩定聚體在多個等位基因上產生強力抗原決定基
下表中之含有新抗原決定基之多個肽表現或負載於抗原呈遞細胞(APC)上。隨後，進行質譜法，且測定新抗原決定基針對所指示HLA等位基因之親和力及新抗原決定基與HLA等位基因之穩定性。
Figure 108121383-A0304-0014
本發明之特徵在所附申請專利範圍中細緻地闡述。將參考闡述利用本發明之原理及其附圖之說明性實施例之以下實施方式獲得對本發明之特徵及優點的較佳理解：圖 1 說明用於測定可誘導CD8+及/或CD4+ T細胞之RAS抗原決定基的例示性工作流程。圖 2A 及圖 2B 說明顯示預測可由質譜法偵測之HLA-A11:01之RAS G12C抗原決定基(左側)及HLA-A11:01之RAS G12V抗原決定基(右側)的實驗的概述。圖 3A 及圖 3B 描繪RAS突變特異性CD8+ T細胞反應之說明性多聚體圖。圖 3C 描繪顯示對於含有針對HLA-A11:01上之KRAS G12V之極少抗原決定基的長肽的抗原特異性CD8+ T細胞反應的實例結果。指示用於刺激反應之長肽的序列，以及用於多聚體染色之極少抗原決定基的序列。圖 4A 為顯示IFNγ之抗原特異性誘導之圖。顯示假擬轉導或用編碼突變RAS肽之慢病毒表現載體轉導之樣本的IFNγ水準。圖 4B 為顯示目標細胞上之活性半胱天冬酶3之上調的圖。顯示假擬轉導或用編碼突變RAS肽之慢病毒表現載體轉導之樣本的活的半胱天冬酶-A陽性目標細胞百分比。圖 5A 為顯示藉由表現對突變RAS肽具有特異性之TCR的T細胞與9聚體或11聚體突變RAS肽轉導的目標細胞共培養，IL-2的抗原特異性誘導的圖。資料顯示，RAS特異性T細胞識別經突變細胞且上調細胞毒性機制。圖 5B 為顯示藉由表現對9聚體或11聚體突變RAS肽具有特異性之TCR的T細胞與負載有增加濃度之突變RAS肽的目標細胞共培養，IL-2的抗原特異性誘導的圖。資料顯示，RAS特異性T細胞識別經突變細胞且上調細胞毒性機制。圖 5C 為顯示藉由表現對突變RAS肽具有特異性之TCR的T細胞與9聚體突變RAS肽轉導的目標細胞共培養，IL-2的抗原特異性誘導的圖。資料顯示，RAS特異性T細胞識別經突變細胞且上調細胞毒性機制。圖 5D 為顯示藉由表現對9聚體突變RAS肽具有特異性之TCR的T細胞與負載有增加濃度之突變RAS肽的目標細胞共培養，IL-2的抗原特異性誘導的圖。資料顯示，RAS特異性T細胞識別經突變細胞且上調細胞毒性機制。圖 5E 至圖 5H 表明表現對突變RAS肽具有特異性之TCR之T細胞的抗原特異性細胞毒性活性。資料顯示，RAS特異性TCR可引起特異性識別攜帶經突變肽及適當MHC-I之細胞，且上調細胞毒性機制。圖 6 描繪來自用負載有或未負載有突變RAS肽之APC刺激之健康供體之CD4+細胞的IFNγ水準的抗原特異性誘導的FACS分析。

Claims (96)

  1. 一種組合物，其包含 (a)    至少一個多肽或其醫藥學上可接受之鹽，其包含選自由以下組成之群的兩個或更多個突變RAS肽序列； (i)  KLVVVGADGV、KLVVVGACGV、KLVVVGAVGV、LVVVGADGV、LVVVGACGV、LVVVGAVGV； (ii) GADGVGKSAL、GACGVGKSAL、GAVGVGKSAL、GADGVGKSA、GACGVGKSA、GAVGVGKSA；及/或 (iii)    VVGADGVGK、VVGACGVGK、VVGAVGVGK、VVVGADGVGK、VVVGACGVGK、VVVGAVGVGK；或 (b)    編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
  2. 如請求項1之組合物，其中該組合物包含該三個或更多個突變RAS肽序列之混合物。
  3. 一種組合物，其包含： (a)    至少一個多肽或其醫藥學上可接受之鹽，其包含兩個或更多個突變RAS肽序列，該兩個或更多個突變RAS肽序列各自包含： (i)  在G12處包含突變之突變RAS蛋白之至少8個連續胺基酸，及 (ii) 在G12處之突變；及 另外其中對於該突變RAS蛋白係異源性之三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，其中該三個或更多個胺基酸殘基增強細胞中之該等突變RAS肽序列的加工及/或增強該等突變RAS肽序列的抗原決定基的呈遞；或 (b)    編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
  4. 如請求項3之組合物，其中對於該突變RAS蛋白係異源性之該三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，該兩個或更多個突變RAS肽序列包含CMV之蛋白質(諸如pp65、HIV或MART-1)的胺基酸序列。
  5. 如請求項3或4之組合物，其中對於該突變RAS蛋白係異源性之該三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，該兩個或更多個突變RAS肽序列包含至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個胺基酸。
  6. 如請求項3至5中任一項之組合物，其中對於該突變RAS蛋白係異源性之該三個或更多個胺基酸殘基與該兩個或更多個突變RAS肽序列之N端或C端連接，該兩個或更多個突變RAS肽序列包含至多5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、50、60、70、80、90或100個胺基酸。
  7. 一種組合物，其包含： (a)    下式之至少一個多肽或其醫藥學上可接受之鹽 (XaaN )N -(XaaRAS )P -(XaaC )C 其中 P為大於7之整數； (XaaRAS )P 為包含突變RAS蛋白之至少8個連續胺基酸的突變RAS肽序列；該至少8個連續胺基酸包含以下序列之至少8個連續胺基酸 Lys1 Leu2 Val3 Val4 Val5 Gly6 Ala7 Xaa8 Gly9 Val10 Gly11 Lys12 Ser13 Ala14 Leu15 N為(i) 0或(ii)大於2之整數； (XaaN )N 為對於該突變RAS蛋白係異源性之任何胺基酸序列； C為(i) 0或(ii)大於2之整數； (XaaC )C 為對於該突變RAS蛋白係異源性之任何胺基酸序列； Xaa8 係選自由以下組成之群：Asp、Val、Cys、Ala、Arg及Ser； 該多肽不為KLVVVGAVGVGKSALTIQL；及 其中若N為0，則C不為0，及若C為0，則N不為0；或 (b)    編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
  8. 如請求項7之組合物，其中(Xaa)N 及/或(XaaC )C 包含CMV之蛋白質(諸如pp65、HIV或MART-1)之胺基酸序列。
  9. 如請求項7或8之組合物，其中N及/或C為大於3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40之整數。
  10. 如請求項7至9中任一項之組合物，其中N及/或C為小於5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、50、60、70、80、90或100之整數。
  11. 如請求項7至10中任一項之組合物，其中N為0。
  12. 如請求項7至10中任一項之組合物，其中C為0。
  13. 一種組合物，其包含： (a)    至少一個多肽或其醫藥學上可接受之鹽，其包含以下之胺基酸序列： Xaa1 -Xaa2 -Val3 -Val4 -Val5 -Gly6 -Ala7 -Xaa8 -Gly9 -Xaa10 其中 Xaa1 不為Ala； 其限制條件為當Xaa1 不為Lys時，Xaa2 為Leu及/或Xaa10 為Gly； Xaa2 不為Glu； 其限制條件為當Xaa2 不為Leu時，Xaa1 為Lys及/或Xaa10 為Gly； Xaa8 係選自由以下組成之群：Asp、Val、Cys、Ala、Arg及Ser； 其限制條件為當Xaa8 為Glu時，Xaa1 不為Tyr及/或Xaa2 不為Leu，及 其限制條件為當Xaa8 為Val時，Xaa1 不為Lys； Xaa10 為任何胺基酸； 其限制條件為當Xaa10 不為Gly時，Xaa1 為Lys及/或Xaa2 為Leu；及 該多肽包含HLA-A02:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A03:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A11:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A03:02限制性T細胞抗原決定基、HLA-A30:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A31:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A33:01限制性T細胞抗原決定基、HLA-A33:03限制性T細胞抗原決定基、HLA-A68:01限制性T細胞抗原決定基或HLA-A74:01限制性T細胞抗原決定基，該限制性T細胞抗原決定基與HLA-A02:01、HLA-A03:01、HLA-A11:01、HLA-A03:02、HLA-A30:01、HLA-A31:01、HLA-A33:01、HLA-A33:03、HLA-A68:01及/或HLA-A74:01分子結合；及 誘導HLA-A02:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A02:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A03:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A11:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A03:02限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A30:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A31:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A33:01限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A33:03限制性細胞毒性T細胞反應、HLA-A68:01限制性細胞毒性T細胞反應或HLA-A74:01限制性細胞毒性T細胞反應；及 與HLA-A02:01、HLA-A03:01、HLA-A11:01、HLA-A03:02、HLA-A30:01、HLA-A31:01、HLA-A33:01、HLA-A33:03、HLA-A68:01及/或HLA-A74:01結合；或 (b)    編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
  14. 一種組合物，其包含 (a)    至少一個多肽或其醫藥學上可接受之鹽，其包含一或多個突變RAS肽序列，該一或多個突變RAS肽序列各自包含： (i) 突變RAS蛋白之至少8個連續胺基酸，其包含G12A、G12C、G12D、G12R、G12S或G12V突變，及 (ii)     G12A、G12C、G12D、G12R、G12S或G12V突變；及 另外其中該肽： (i) 包含非由癌細胞基因組所編碼之突變，且對於HLA-A02:01等位基因具有150 nM或更少之親和力或預測親和力及/或2小時或更長的半衰期，或 (j) 具有2小時或更長之半衰期及對於以下各者具有150 nM或更少之親和力或預測親和力：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因；或 (b)    編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
  15. 如請求項1至14中任一項之組合物，其中該組合物進一步包含(i)肽，其包含表3至表14中之任一者中之肽序列；或(ii)編碼該肽之聚核苷酸，該肽包含表3至表14中之序列。
  16. 一種組合物，其包含： (a)    至少一個多肽或其醫藥學上可接受之鹽，其包含選自由以下組成之群之一或多個突變RAS肽序列：DTAGHEEY、TAGHEEYSAM、DILDTAGHE、DILDTAGH、ILDTAGHEE、ILDTAGHE、DILDTAGHEEY、DTAGHEEYS、LLDILDTAGH、DILDTAGRE、DILDTAGR、ILDTAGREE、ILDTAGRE、CLLDILDTAGR、TAGREEYSAM、REEYSAMRD、DTAGKEEYSAM、CLLDILDTAGK、DTAGKEEY、LLDILDTAGK、ILDTAGKE、ILDTAGKEE、DTAGLEEY、ILDTAGLE、DILDTAGL、ILDTAGLEE、GLEEYSAMRDQY、LLDILDTAGLE、LDILDTAGL、DILDTAGLE、DILDTAGLEEY、AGVGKSAL、GAAGVGKSAL、AAGVGKSAL、CGVGKSAL、ACGVGKSAL、DGVGKSAL、ADGVGKSAL、DGVGKSALTI、GARGVGKSA、KLVVVGARGV、VVVGARGV、SGVGKSAL、VVVGASGVGK、GASGVGKSAL、VGVGKSAL、VVVGAGCVGK、KLVVVGAGC、GDVGKSAL、DVGKSALTI、VVVGAGDVGK、TAGKEEYSAM、DTAGHEEYSAM、TAGHEEYSA、DTAGREEYSAM、TAGKEEYSA、AAGVGKSA、AGCVGKSAL、AGDVGKSAL、AGKEEYSAMR、AGVGKSALTI、ARGVGKSAL、ASGVGKSA、ASGVGKSAL、AVGVGKSA、CVGKSALTI、DILDTAGK、DILDTAGREEY、DTAGHEEYSAMR、DTAGKEEYS、DTAGKEEYSAMR、DTAGLEEYS、DTAGLEEYSA、DTAGLEEYSAMR、DTAGREEYS、DTAGREEYSAMR、GAAGVGKSA、GACGVGKSA、GACGVGKSAL、GADGVGKS、GAGDVGKSA、GAGDVGKSAL、GASGVGKSA、GCVGKSAL、GCVGKSALTI、GHEEYSAM、GKEEYSAM、GLEEYSAMR、GREEYSAM、GREEYSAMR、HEEYSAMRD、KEEYSAMRD、KLVVVGASG、LDILDTAGR、LEEYSAMRD、LVVVGARGV、LVVVGASGV、REEYSAMRDQY、RGVGKSAL、TAGLEEYSA、TEYKLVVVGAA、VGAAGVGKSA、VGADGVGK、VGASGVGKSA、VGVGKSALTI、VVVGAAGV、VVVGAVGV、YKLVVVGAC、YKLVVVGAD、YKLVVVGAR及DILDTAGKE；或 (b)    編碼該至少一個多肽之至少一種聚核苷酸。
  17. 如請求項16之組合物，其中該組合物進一步包含： (i) 肽，其包含表1至表14中之任一者中之肽序列，或 (ii) 編碼該肽之聚核苷酸，該肽包含表1至表14中之序列。
  18. 如請求項1至17中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之至少一者包含至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個胺基酸之N端或C端胺基酸序列延伸部分，其中該N端或C端延伸部分為野生型RAS胺基酸序列或非異源性RAS胺基酸序列。
  19. 如請求項1至18中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含至少3、4、5、6、7、8、9或10個突變RAS肽序列。
  20. 如請求項1至19中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含至少兩個多肽，或該至少一種聚核苷酸包含至少兩種聚核苷酸。
  21. 如請求項1至20中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之至少一者包含突變RAS蛋白之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。
  22. 如請求項1至21中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之至少2、3、4、5、6、7、8、9或10個包含突變RAS蛋白之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。
  23. 如請求項1至22中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之每一者或該兩個或更多個RAS肽序列中之每一者包含突變RAS蛋白之至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個連續胺基酸。
  24. 如請求項1至23中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因。
  25. 如請求項1至24中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質： (a)    HLA-A02:01等位基因及HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因； (b)    HLA-A02:01等位基因及HLA-C08:02等位基因； (c)    HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因及HLA-C08:02等位基因；或 (d)    HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因，及HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
  26. 如請求項1至25中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列包含： (a)    第一突變RAS肽序列，其結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因；及 (b)    第二RAS肽序列，其結合或經預測結合由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因； 其中，該第一突變RAS肽序列結合或經預測結合由不同於該第二突變RAS肽序列之HLA等位基因所編碼之蛋白質。
  27. 如請求項1至26中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列以小於10 µM、小於1 µM、小於500 nM、小於400 nM、小於300 nM、小於250 nM、小於200 nM、小於150 nM、小於100 nM或小於50 nM之親和力與由HLA等位基因所編碼之蛋白質結合。
  28. 如請求項1至27中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含至少一個突變RAS肽序列，該至少一個突變RAS肽序列以大於24小時、大於12小時、大於9小時、大於6小時、大於5小時、大於4小時、大於3小時、大於2小時、大於1小時、大於45分鐘、大於30分鐘、大於15分鐘或大於10分鐘之穩定性與由HLA等位基因所編碼之蛋白質結合。
  29. 如請求項27或28之組合物，其中該HLA等位基因係選自由以下組成之群：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因及/或HLA-C08:02等位基因及其任何組合。
  30. 如請求項1至29中任一項之組合物，其中該至少一個多肽包含以下序列中之至少一者：LVVVGACGV、KLVVVGACGV、LVVVGADGV、KLVVVGADGV、LVVVGAVGV、KLVVVGAVGV、VVGACGVGK、VVVGACGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGAVGVGK、VVVGAVGVGK、VVGACGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGAVGVGK及VVVGAVGVGK。
  31. 如請求項1至30中任一項之組合物，其中該突變RAS肽序列包含以下序列中之至少一者或兩者：KLVVVGACGV、FLVVVGACGL、FMVVVGACGI、FLVVVGACGI、FMVVVGACGV、FLVVVGACGV、MLVVVGACGV、FMVVVGACGL、YLVVVGACGV、KMVVVGACGV、YMVVVGACGV及MMVVVGACGV。
  32. 如請求項1至31中任一項之組合物，其中該突變RAS肽序列包含以下序列中之至少一者或兩者： (a)    TEYKLVVVGAVGV； (b)    WQAGILARKLVVVGAVGVQGQNLKYQ； (c)    HSYTTAEKLVVVGAVGVILGVLLLI； (d)    PLTEEKIKKLVVVGAVGVEKEGKISK； (e)    GALHFKPGSRKLVVVGAVGVAASDFIFLVT； (f)    RRANKDATAEKLVVVGAVGVKELKQVASPF； (g)    KAFISHEEKRKLVVVGAVGVKKKLINEKKE； (h)    TDLSSRFSKSKLVVVGAVGVKKCDISLQFF； (i)    FDLGGGTFDVKLVVVGAVGVKSTAGDTHLG；或 (j)    CLLLHYSVSKKLVVVGAVGVATFYVAVTVP。
  33. 如請求項1至32中任一項之組合物，其中(Xaa)N 包含以下之胺基酸序列：IDIIMKIRNA、FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIFFIFFWMC、FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAAFWFW、IFFIFFIIFFFFFFFFFFFFIIIIIIIWEC、FIFFFIIFFFFFIFFFFFIFIIIIIIFWEC、TEY、WQAGILAR、HSYTTAE、PLTEEKIK、GALHFKPGSR、RRANKDATAE、KAFISHEEKR、TDLSSRFSKS、FDLGGGTFDV、CLLLHYSVSK或MTEYKLVVV。
  34. 如請求項1至33中任一項之組合物，其中(XaaC )C 包含以下之胺基酸序列：KKNKKDDIKD、AGNDDDDDDDDDDDDDDDDDKKDKDDDDDD、AGNKKKKKKKNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN、AGRDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD、GKSALTIQL、GKSALTI、QGQNLKYQ、ILGVLLLI、EKEGKISK、AASDFIFLVT、KELKQVASPF、KKKLINEKKE、KKCDISLQFF、KSTAGDTHLG、ATFYVAVTVP、LTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDG，或TIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE。
  35. 如請求項1至34中任一項之組合物，其中第一突變RAS肽序列包含突變RAS蛋白之第一新抗原決定基，且第二突變RAS肽序列包含突變RAS蛋白之第二新抗原決定基，其中該第一突變RAS肽序列不同於該突變RAS肽序列，且其中該第一新抗原決定基包含至少一個突變胺基酸且該第二新抗原決定基包含相同的突變胺基酸。
  36. 如請求項1至35中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之至少一者包含非由個體癌細胞之基因組編碼的突變胺基酸。
  37. 如請求項1至36中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之每一者以至少1 μg/mL、至少10 μg/mL、至少25 μg/mL、至少50 μg/mL或至少100 μg/mL之濃度存在。
  38. 如請求項1至36中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之每一者以至多5000 μg/mL、至多2500 μg/mL、至多1000 μg/mL、至多750 μg/mL、至多500 μg/mL、至多400 μg/mL或至多300 μg/mL之濃度存在。
  39. 如請求項1至36中任一項之組合物，其中該等突變RAS肽序列中之每一者以10 μg/mL至5000 μg/mL、10 μg/mL至4000 μg/mL、10 μg/mL至3000 μg/mL、10 μg/mL至2000 μg/mL、10 μg/mL至1000 μg/mL、25 μg/mL至500 μg/mL或50 μg/mL至300 μg/mL之濃度存在。
  40. 如請求項1至39中任一項之組合物，其中該組合物進一步包含與G13A、G13C、G13D、G13R、G13S、G13V、G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V或Q61突變不同的突變RAS肽序列。
  41. 如請求項1至40中任一項之組合物，其中該組合物進一步包含免疫調節劑或佐劑。
  42. 如請求項41之組合物，其中該佐劑為聚ICLC。
  43. 一種醫藥組合物，其包含： (a)    如請求項1至42中任一項之組合物，及 (b)    醫藥學上可接受之賦形劑。
  44. 如請求項43之醫藥組合物，其中該醫藥組合物包含以小於1 mM或大於1 mM之濃度存在之pH調節劑。
  45. 如請求項43或44之醫藥組合物，其中該醫藥組合物為疫苗組合物。
  46. 如請求項43至45中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥組合物為水性的。
  47. 如請求項43至46中任一項之醫藥組合物，其中該至少一個多肽中之一或多者受以下限定： (a)    pI＞5且HYDRO ＞-6， (b)    pI＞8且HYDRO ＞-8， (c)    pI＜5且HYDRO ＞-5， (d)    pI＞9且HYDRO ＜-8， (e)    pI ＞7且HYDRO值＞ -5.5， (f)    pI ＜ 4.3且-4≥HYDRO≥-8， (g)    pI＞0且HYDRO＜-8，pI＞0且HYDRO ＞-4，或pI＞4.3且-4≥HYDRO≥-8， (h)    pI＞0且HYDRO＞-4，或pI＞4.3且HYDRO≤-4， (i)    pI＞0且HYDRO＞-4，或pI＞4.3且-4≥HYDRO≥-9， (j)    5≥pI ≥12且-4≥HYDRO≥-9。
  48. 如請求項43至47中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑為鹼。
  49. 如請求項43至48中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑為弱酸之共軛鹼。
  50. 如請求項43至49中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑為醫藥學上可接受之鹽。
  51. 如請求項43至50中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑為二羧酸鹽或三羧酸鹽。
  52. 如請求項43至50中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑為檸檬酸及/或檸檬酸鹽。
  53. 如請求項52之醫藥組合物，其中該檸檬酸鹽為檸檬酸二鈉及/或檸檬酸三鈉。
  54. 如請求項43至50中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑為丁二酸及/或丁二酸鹽。
  55. 如請求項54之醫藥組合物，其中該丁二酸鹽為丁二酸二鈉及/或丁二酸單鈉。
  56. 如請求項55之醫藥組合物，其中該丁二酸鹽為丁二酸二鈉六水合物。
  57. 如請求項43至55中任一項之醫藥組合物，其中該pH調節劑以0.1 mM至1 mM之濃度存在。
  58. 如請求項43至57中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之載劑包含液體。
  59. 如請求項43至58中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之載劑包含水。
  60. 如請求項43至59中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之載劑包含糖。
  61. 如請求項60之醫藥組合物，其中該糖包含右旋糖。
  62. 如請求項61之醫藥組合物，其中該右旋糖以1至10% w/v之濃度存在。
  63. 如請求項60至62中任一項之醫藥組合物，其中該糖包含海藻糖。
  64. 如請求項60至63中任一項之醫藥組合物，其中該糖包含蔗糖。
  65. 如請求項43至64中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之載劑包含二甲亞碸(DMSO)。
  66. 如請求項65之醫藥組合物，其中該DMSO以0.1%至10%、0.5%至5%或1%至3%之濃度存在。
  67. 如請求項43至64中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之載劑不包含二甲亞碸(DMSO)。
  68. 如請求項43至67中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥組合物為可凍乾的。
  69. 如請求項43至68中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥組合物進一步包含免疫調節劑或佐劑。
  70. 如請求項69之醫藥組合物，其中該免疫調節劑或佐劑係選自由以下組成之群：聚-ICLC、1018 ISS、鋁鹽、Amplivax、AS15、BCG、CP-870,893、CpG7909、CyaA、ARNAX、STING促效劑、dSLIM、GM-CSF、FLT-3L、IC30、IC31、咪喹莫特(Imiquimod)、ImuFact IMP321、IS貼片、ISS、ISCOMATRIX、Juvlmmune、LipoVac、MF59、單磷醯基脂質A、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA-51、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、PepTel®、載體系統、PLGA微粒、雷西莫特(resiquimod)、SRL172、病毒顆粒及其他病毒樣顆粒、YF-17D、VEGF捕獲劑、R848、β-葡聚糖、Pam3Cys及Aquila之QS21刺激子。
  71. 如請求項69或70之醫藥組合物，其中該免疫調節劑或佐劑包含聚-ICLC。
  72. 如請求項71之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中聚-ICLC與肽之體積：體積的比率為2:1至1:10。
  73. 如請求項72之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中聚-ICLC與肽之體積：體積的比率為約1:1、1:2、1:3、1:4或1:5。
  74. 如請求項73之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中聚-ICLC與肽之體積：體積的比率為1:3。
  75. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與如請求項43至74中任一項之醫藥組合物。
  76. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與具有VVGADGVGK、VVGACGVGK、VVGAVGVGK、VVVGADGVGK、VVVGACGVGK、VVVGAVGVGK之序列的肽，其中該個體表現以下由該個體基因組之等位基因所編碼的蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因或HLA-C08:02等位基因。
  77. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與突變RAS肽或編碼該突變RAS肽之核酸，其中該突變RAS肽包含在G12處含有突變之突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸，其中該肽包含在G12處的突變且與HLA-A11:01或HLA-A03:01結合，其中該個體經鑑別為表現由以下等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
  78. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包含 向該個體投與包含序列GADGVGKSAL、GACGVGKSAL、GAVGVGKSAL、GADGVGKSA、GACGVGKSA或GAVGVGKSA之肽； 其中該個體表現以下由該個體基因組之等位基因所編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因或HLA-C08:02等位基因，該蛋白質會與肽結合。
  79. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與第一肽及第二肽或編碼該第一肽及該第二肽之核酸，其中該第一肽及該第二肽包含以下中之至少兩者：(1) KLVVVGADGV、KLVVVGACGV、KLVVVGAVGV、LVVVGADGV、LVVVGACGV、LVVVGAVGV；(2) GADGVGKSAL、GACGVGKSAL、GAVGVGKSAL、GADGVGKSA、GACGVGKSA、GAVGVGKSA；及(3) VVGADGVGK、VVGACGVGK、VVGAVGVGK、VVVGADGVGK、VVVGACGVGK、VVVGAVGVGK；其中該個體之HLA等位基因表現在投與時為未知的。
  80. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包含向該個體投與突變RAS肽或編碼該突變RAS肽之核酸，其中該突變RAS肽包含含有G12C突變之突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸，其中該肽包含該G12C突變，且另外其中該肽包含非由癌細胞的基因組編碼的穩定化突變，其中該個體表現由以下等位基因所編碼的蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因、HLA-A74:01等位基因或HLA-C08:02等位基因。
  81. 一種鑑別患有癌症之個體為治療劑候選者的方法，該方法包含鑑別該個體為表現由以下等位基因所編碼的蛋白質的個體：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因，其中該治療劑為突變RAS肽或編碼該突變RAS肽的核酸，其中該突變RAS肽包含在G12處含有突變的突變RAS蛋白的至少8個連續胺基酸，其中該肽包含在G12處的該突變且結合以下等位基因所編碼的蛋白質：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
  82. 如請求項81之方法，其中該方法進一步包含向該個體投與該治療劑。
  83. 一種治療患有癌症之個體之方法，該方法包含： (a)    鑑別由該個體表現之第一蛋白質，其中該第一蛋白質係由該個體之第一HLA等位基因編碼，且其中該第一HLA等位基因為表1至表14中之任一者中提供的HLA等位基因；及 (b)    向該個體投與(i)第一突變RAS肽，其中該第一突變RAS肽為表1至表14中之任一者中提供的第一HLA等位基因的肽，或(ii)編碼該第一突變RAS肽的聚核酸。
  84. 如請求項83之方法，其進一步包含鑑別由該個體表現之第二蛋白質，其中該第二蛋白質係由該個體之第二HLA等位基因編碼，且其中該第二HLA等位基因為表1至表14中之任一者中提供的HLA等位基因。
  85. 如請求項84之方法，其進一步包含向該個體投與(i)第二突變RAS肽，其中該第二突變RAS肽為表1至表14中之任一者中提供的該第二HLA等位基因的肽，或(ii)編碼該第二突變RAS肽的聚核酸。
  86. 如請求項84或85之方法，其中該第一HLA等位基因不同於該第二HLA等位基因。
  87. 如請求項84或85之方法，其中該第一突變RAS肽不同於該第二突變RAS肽。
  88. 如請求項75至87中任一項之方法，其中在該個體中引起免疫反應。
  89. 如請求項88之方法，其中該免疫反應為體液反應。
  90. 如請求項75至89中任一項之方法，其中該突變RAS肽序列係同時、單獨或依序投與。
  91. 如請求項90之方法，其中該第一肽係在對於該第二肽活化第二T細胞足夠的時間段之後依序投與。
  92. 如請求項75至91中任一項之方法，其中該癌症選自由以下組成之群：肺癌、非小細胞肺癌、胰臟癌、結腸直腸癌、子宮癌及肝癌。
  93. 如請求項75至92中任一項之方法，其進一步包含投與至少一種額外治療劑或治療模式。
  94. 如請求項93之方法，其中該至少一種額外治療劑或治療模式為手術、檢查點抑制劑、抗體或其片段、化學治療劑、輻射、疫苗、小分子、T細胞、載體及APC、聚核苷酸、溶瘤病毒或其任何組合。
  95. 如請求項94之方法，其中該至少一種額外治療劑為抗PD-1藥劑及抗PD-L1藥劑、抗CTLA-4藥劑或抗CD40藥劑。
  96. 如請求項94或95之方法，其中該額外治療劑係在投與該等突變RAS肽序列之前、同時或之後投與。
TW108121383A 2018-06-19 2019-06-19 新抗原及其用途 TW202015719A (zh)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862687188P 2018-06-19 2018-06-19
US62/687,188 2018-06-19
US201962800735P 2019-02-04 2019-02-04
US62/800,735 2019-02-04

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TW202015719A true TW202015719A (zh) 2020-05-01

Family

ID=68983073

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW108121383A TW202015719A (zh) 2018-06-19 2019-06-19 新抗原及其用途

Country Status (14)

Country Link
US (1) US20210268091A1 (zh)
EP (1) EP3810182A4 (zh)
JP (2) JP7534962B2 (zh)
KR (1) KR20210032393A (zh)
CN (1) CN112638404A (zh)
AU (1) AU2019290127A1 (zh)
BR (1) BR112020025764A2 (zh)
CA (1) CA3103983A1 (zh)
IL (1) IL279458A (zh)
MX (1) MX2020014243A (zh)
PH (1) PH12020500677A1 (zh)
SG (1) SG11202012653XA (zh)
TW (1) TW202015719A (zh)
WO (1) WO2019246286A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TWI812288B (zh) * 2022-06-16 2023-08-11 財桂生物股份有限公司 Pcr綜合診斷儀之液體處理模組

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019126186A1 (en) 2017-12-18 2019-06-27 Neon Therapeutics, Inc. Neoantigens and uses thereof
IL300565A (en) * 2020-08-13 2023-04-01 Biontech Us Inc RAS neoantigens and their uses
EP4211172A4 (en) * 2020-09-11 2024-10-09 Janssen Biotech Inc MULTISPECIFIC IMMUNE TARGETING MOLECULES AND THEIR USES
UY39415A (es) 2020-09-11 2022-03-31 Janssen Biotech Inc Métodos y composiciones para modular la inmunidad mediada por cadenas beta
EP4247401A1 (en) * 2020-11-20 2023-09-27 Think Therapeutics, Inc. Compositions and methods for optimized peptide vaccines
US11421015B2 (en) 2020-12-07 2022-08-23 Think Therapeutics, Inc. Method of compact peptide vaccines using residue optimization
US11058751B1 (en) 2020-11-20 2021-07-13 Think Therapeutics, Inc. Compositions for optimized RAS peptide vaccines
WO2022111451A1 (zh) * 2020-11-24 2022-06-02 上海吉倍生物技术有限公司 Ras突变体表位肽及识别ras突变体的t细胞受体
US11464842B1 (en) 2021-04-28 2022-10-11 Think Therapeutics, Inc. Compositions and method for optimized peptide vaccines using residue optimization
WO2023081655A1 (en) * 2021-11-02 2023-05-11 Fred Hutchinson Cancer Center T cell immunotherapy for hematologic malignancies having an sf3b1 mutation
WO2023086435A1 (en) * 2021-11-10 2023-05-19 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center T cell receptors targeting q61-comprising ras mutations and uses thereof
KR20240102892A (ko) * 2022-12-23 2024-07-03 한미약품 주식회사 복수 kras 변이 펩티드가 연결된 항원 펩티드, 이를 코딩하는 핵산 및 이의 용도

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2016127327A (ru) * 2013-12-09 2018-01-23 Тарговакс Аса Смесь пептидов
WO2016085904A1 (en) 2014-11-26 2016-06-02 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Anti-mutated kras t cell receptors
EP3297660A2 (en) 2015-05-20 2018-03-28 The Broad Institute Inc. Shared neoantigens
SG10201913868XA (en) 2015-09-15 2020-03-30 The United States Of America As Represented By The Secretary T cell receptors recognizing hla-cw8 restricted mutated kras
US9872894B2 (en) * 2016-02-25 2018-01-23 Timothy Andrew Erickson Immunogenic polypeptide cocktail for the treatment of medullary thyroid carcinoma
CR20180519A (es) * 2016-03-31 2019-03-05 Neon Therapeutics Inc Neoantígenos y métodos de su uso
WO2018026691A1 (en) * 2016-08-02 2018-02-08 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Anti-kras-g12d t cell receptors

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TWI812288B (zh) * 2022-06-16 2023-08-11 財桂生物股份有限公司 Pcr綜合診斷儀之液體處理模組

Also Published As

Publication number Publication date
PH12020500677A1 (en) 2021-10-04
CN112638404A (zh) 2021-04-09
AU2019290127A1 (en) 2021-01-28
SG11202012653XA (en) 2021-01-28
BR112020025764A2 (pt) 2021-05-11
EP3810182A1 (en) 2021-04-28
KR20210032393A (ko) 2021-03-24
JP7534962B2 (ja) 2024-08-15
IL279458A (en) 2021-01-31
EP3810182A4 (en) 2022-08-24
JP2021527426A (ja) 2021-10-14
JP2024045776A (ja) 2024-04-02
CA3103983A1 (en) 2019-12-26
US20210268091A1 (en) 2021-09-02
MX2020014243A (es) 2021-05-12
WO2019246286A1 (en) 2019-12-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7491965B2 (ja) ネオ抗原およびその使用方法
JP7534962B2 (ja) ネオ抗原およびその使用
US11793867B2 (en) Neoantigens and uses thereof
JP7514189B2 (ja) ネオ抗原およびそれらの使用
US20240317830A1 (en) Multi-domain protein vaccine
US20230000960A1 (en) Neoantigen compositions and uses thereof
RU2805196C2 (ru) Неоантигены и их применение
RU2813924C2 (ru) Неоантигены и их применение
RU2773273C2 (ru) Неоантигены и способы их использования