RU2020124203A - Мультиплексная диагностика на основе эффекторной системы crispr - Google Patents

Мультиплексная диагностика на основе эффекторной системы crispr Download PDF

Info

Publication number
RU2020124203A
RU2020124203A RU2020124203A RU2020124203A RU2020124203A RU 2020124203 A RU2020124203 A RU 2020124203A RU 2020124203 A RU2020124203 A RU 2020124203A RU 2020124203 A RU2020124203 A RU 2020124203A RU 2020124203 A RU2020124203 A RU 2020124203A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
species
rna
virus
spp
molecule
Prior art date
Application number
RU2020124203A
Other languages
English (en)
Inventor
Фенг ЧЖАНГ
Бернд ЗЕТСЧЕ
Джонатан ГУТЕНБЕРГ
Омар АБУДАЙЙЕХ
Original Assignee
Зе Броад Институт, Инк.
Массачусеттс Институт Оф Технолоджи
Президент Энд Фелловс Оф Харвард Колледж
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Зе Броад Институт, Инк., Массачусеттс Институт Оф Технолоджи, Президент Энд Фелловс Оф Харвард Колледж filed Critical Зе Броад Институт, Инк.
Publication of RU2020124203A publication Critical patent/RU2020124203A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6823—Release of bound markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/301—Endonuclease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/205—Aptamer
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Claims (159)

1. Система обнаружения нуклеиновой кислоты, включающая:
i) две или более систем CRISPR, при этом каждая система CRISPR содержит белок Cas и направляющую молекулу, содержащую направляющую последовательность, способную связывать соответствующую целевую молекулу и предназначенную для образования комплекса с белком Cas; и
ii) набор детектирующих конструкций, при этом каждая детектирующая конструкция содержит последовательность мотива разрезания, которая предпочтительно разрезается одним из белков Cas,
где белок Cas каждой системы CRISPR проявляет коллатеральную активность в отношении расщепления нуклеиновой кислоты и предпочтительно расщепляет последовательность мотивов разрезания одной или более из набора детектирующих конструкций.
2. Система для обнаружения наличия двух или более целевых полипептидов в пробе in vitro, содержащая:
i) набор детектирующих конструкций, при этом каждая детектирующая конструкция содержит последовательность мотива разрезания, которая предпочтительно разрезается одним из белков Cas;
ii) набор детектирующих аптамеров, каждый из которых предназначен для связывания с одним из двух или более целевых полипептидов, и при этом каждый детектирующий аптамер содержит последовательность мотивов разрезания, которая предпочтительно разрезается белком Cas одной из двух или более систем CRISPR; сайт связывания маскированного промотора РНК-полимеразы или сайт связывания маскированного праймера; и шаблон последовательности запуска, кодирующий последовательность запуска;
iii) две или более систем CRISPR, при этом каждая система CRISPR содержит белок Cas и направляющий полинуклеотид, содержащий направляющую последовательность, способную связывать триггерную последовательность, кодируемую шаблоном триггерной последовательности;
где белок Cas проявляет коллатеральную активность в отношении расщепления нуклеиновой кислоты и расщепляет нецелевую последовательность маскирующей конструкции на основе нуклеиновой кислоты после активации триггерной последовательностью.
3. Система по п. 1, дополнительно содержащая реагенты для амплификации нуклеиновых кислот для амплификации целевой последовательности.
4. Система по п. 2, дополнительно содержащая реагенты для амплификации нуклеиновых кислот для амплификации целевой последовательности.
5. Система по любому из предыдущих пунктов, в которой две или более систем CRISPR представляют собой РНК-нацеленные белки Cas, ДНК-нацеленные белки Cas или их комбинацию.
6. Система по п. 5, в которой РНК-нацеленные белки Cas содержат один или более доменов HEPN.
7. Система по п. 6, в которой один или более доменов HEPN содержат последовательность мотива RxxxxH.
8. Система по п. 7, в которой мотив RxxxH содержит последовательность R{N/H/K]X1X2X3H.
9. Система по п. 8, в которой X1 представляет собой R, S, D, Е, Q, N, G или Y, и Х2 независимо представляет собой I, S, Т, V или L, и Х3 независимо представляет собой L, F, N, Y, V, I, S, D, Е или А.
10. Система по любому из пп. 19, в которой белок Cas представляет собой РНК-нацеленный белок CRISPR Cas13.
11. Система по п. 10, в которой белок Cas13 представляет собой белок Cas13a, Cas13b или Cas13c.
12. Система по п. 11, в которой белок Cas13 представляет собой белок Cas13a.
13. Система по п. 12, в которой белок Cas13a получен из организма рода, выбранного из группы, состоящей из: Leptotrichia, Listeria, Corynebacter, Sutterella, Legionella, Treponema, Filifactor, Eubacterium, Streptococcus, Lactobacillus, Mycoplasma, Bacteroides, Flaviivola, Flavobacterium, Sphaerochaeta, Azospirillum, Gluconacetobacter, Neisseria, Roseburia, Parvibaculum, Staphylococcus, Nitratifr actor, Mycoplasma, Campylobacter и Lachnospira.
14. Система по n. 12, в которой белок Cas13a выбран из таблицы 1, таблицы 2 или их комбинации.
15. Система по п. 11, в которой белок Cas13 представляет собой белок Cas13b.
16. Система по п. 15, в которой белок Cas13b получен из организма рода, выбранного из группы, состоящей из: Bergeyella, Prevotella, Porphyromonas, Bacterioides, Alistipes, Riemerella, Myroides, Capnocytophaga, Porphyromonas, Flavobacterium, Porphyromonas, Chryseobacterium, Paludibacter, Psychroflexus, Riemerella, Phaeodactylibacter, Sinomicrobium, Reichenbachiella.
17. Система по п. 15, в которой белок Cas13b выбран из таблицы 4, 5 или их комбинации.
18. Система по п. 11, в которой белок Cas 13 представляет собой белок Cas13c.
19. Система по п. 18, в которой белок Cas13c получен из организма рода, выбранного из группы, состоящей из: Fusobacterium и Anaerosalibacter.
20. Система по п. 18, в которой белок Cas13c выбран из таблицы 6.
21. Система по п. 5, в которой ДНК-нацеленный белок Cas представляет собой белок Cas12.
22. Система по п. 21, в которой белок Cas12 представляет собой белок Cpf1.
23. Система по п. 22, в которой Cpf1 выбран из организма рода, выбранного из:
Streptococcus, Campylobacter, Nitratifractor, Staphylococcus, Parvibaculum, Roseburia, Neisseria, Gluconacetobacter, Azospirillum, Sphaerochaeta, Lactobacillus, Eubacterium, Corynebacter, Carnobacterium, Rhodobacter, Listeria, Paludibacter, Clostridium, Lachnospiraceae, Clostridiaridium, Leptotrichia, Francisella, Legionella, Alicyclobacillus, Methanomethyophilus, Porphyromonas, Prevotella, Bacteroidetes, Helcococcus, Letospira, Desulfovibrio, Desulfonatronum, Opitutaceae, Tuheribacillus, Bacillus, Brevibacilus, Methylobacterium или Acidaminococcus; например, химерный белок Cas, содержащий первый фрагмент и второй фрагмент, причем каждый из первого и второго фрагментов выбран из Cpfl организма, включающего Streptococcus, Campylobacter, Nitratifr actor, Staphylococcus, Parvibaculum, Roseburia, Neisseria, Gluconacetobacter, Azospirillum, Sphaerochaeta, Lactobacillus, Eubacterium, Corynebacter, Carnobacterium, Rhodobacter, Listeria, Paludibacter, Clostridium, Lachnospiraceae, Clostridiaridium, Leptotrichia, Francisella, Legionella, Alicyclobacillus, Methanomethyophilus, Porphyromonas, Prevotella, Bacteroidetes, Helcococcus, Letospira, Desulfovibrio, Desulfonatronum, Opitutaceae, Tuberibacillus, Bacillus, Brevibacilus, Methylobacterium или Acidaminococcus.
24. Система по п. 23, в которой Cpf1 выбран из одного или более из следующих: вида Acidaminococcus BV3L6 Cpf1 (AsCpf1); подвида Francisella tularensis Novicida U112 Cpf1 (FnCpf1); L. bacterium MC2017 Cpf1 (Lb3Cpf1); Butyrivibrio proteoclasticus Cpf1 (BpCpf1); Parcubacteria bacterium GWC2011GWC2 44 17 Cpf1 (PbCpf1); Peregrinibacteria bacterium GW2011_GWA_33_10_Cpf1 (PeCpf1); Leptospira inadai Cpf1 (LiCpf1); вида Smithella SC K08D17 Cpf1 (SsCpf1); L. bacterium MA2020 Cpf1 (Lb2Cpf1); Porphyromonas crevioricanis Cpf1 (PeCpf1); Porphyromonas macacae Cpf1 (PmCpf1); Candidatus Methanoplasma termitum Cpf1 (CMtCpf1); Eubacterium eligens Cpf1 (EeCpf1); Moraxella bovoculi 237 Cpf1 (MbCpf1); Prevotella disiens Cpf1 (PdCpf1); или L., bacterium ND2006 Cpf1 (LbCpf1).
25. Система по п. 21, в котором система Cas12 представляет собой систему C2c1.
26. Система по п. 25, в которой С2с1 выбран из организма из рода, выбранного из:
Alicyclobacillus, Desulfovibrio, Desulfonatronum, Opitutaceae, Tuberibacillus, Bacillus, Brevibacillus, Candidatus, Desulfatirhabdium, Elusimicrobia, Citrobacter, Methylobacterium, Omnitrophicai, Phycisphaerae, Planctomycetes, Spirochaetes и Verrucomicrobiaceae.
27. Система по п. 26, в которой C2c1 выбран из одного или более из: Alicyclobacillus acidoterrestris (например, АТСС 49025), Alicyclobacillus contaminans (например, DSM 17975), Alicyclobacillus macrosporangiidus (например DSM 17980), Bacillus hisashii штамм С4, Candidatus Lindowbacteria bacterium RIFCSPLOWO2, Desulfovibrio inopinatus (например, DSM 10711), Desulfonatronum thiodismutans (например, штамм MLF-1), Elusimicrobia bacterium RIFOXYA12, Omnitrophica WOR_2 bacterium RIFCSPHIGHO2, Opitutaceae bacterium TAV5, Phycisphaerae bacterium ST-NAGAB-D1, Planctomycetes bacterium RBG_13_46_10, Spirochaetes bacterium GWB1_27_13, Verrucomicrobiaceae bacterium UBA2429, Tuberibacillus calidus (например, DSM 17572), Bacillus thermoamylovorans (например, штамм B4166), вид Brevibacillus CF112, вид Bacillus NSP2.1, Desulfatirhabdium butyrativorans (например, DSM 18734), Alicyclobacillus herbarius (например, DSM 13609), Citrobacter freundii (например, ATCC 8090), Brevibacillus agri (например, В AB-2500), Methylobacterium nodularis (например, ORS 2060).
28. Система по п. 1, в которой две или более систем CRISPR содержат два или более белков Cas13, два или более белков Cas12 или комбинацию белков Cas13 и Cas12.
29. Система по п. 128, в которой маскирующая конструкция подавляет генерацию детектируемого положительного сигнала до тех пор, пока он не будет расщеплен активированным белком Cas CRISPR.
30. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция подавляет генерацию детектируемого положительного сигнала, маскируя детектируемый положительный сигнал или генерируя вместо этого детектируемый отрицательный сигнал.
31. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция содержит подавляющую РНК, которая подавляет генерацию генного продукта, кодируемого репортерной конструкцией, причем генный продукт при экспрессии генерирует обнаруживаемый положительный сигнал.
32. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция представляет собой рибозим, который генерирует отрицательный детектируемый сигнал, и в котором позитивный детектируемый сигнал генерируется при деактивации рибозима.
33. Система по п. 32, в которой рибозим окрашивает подложку в первый цвет, и при этом подложка окрашивается во второй цвет при деактивации рибозима.
34. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция представляет собой аптамер ДНК или РНК и/или содержит ингибитор, связанный с ДНК или РНК.
35. Система по п. 34, в которой аптамер или связанный с ДНК или РНК ингибитор секвестирует фермент, причем фермент генерирует детектируемый сигнал при высвобождении из аптамера связанного с или ДНК или РНК ингибитора, воздействуя на подложку.
36. Система по п. 34, в которой аптамер представляет собой аптамер-ингибитор, который ингибирует фермент и препятствует катализации ферментом генерации детектируемого сигнала из вещества, или в котором связанный с ДНК или РНК ингибитор ингибирует фермент и препятствует катализации ферментом генерации детектируемого сигнала от подложки.
37. Система по п. 36, в которой фермент представляет собой тромбин, а подложка представляет собой пара-нитроанилид, ковалентно связанный с пептидной подложкой для тромбина, или 7-амино-4-метилкумарин, ковалентно связанный с пептидной подложкой для тромбина.
38. Система по п. 34, в которой аптамер секвестирует пару агентов, которые при высвобождении из аптамеров объединяются для генерации детектируемого сигнала.
39. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция содержит олигонуклеотид ДНК или РНК, к которому присоединены детектирумый лиганд и маскирующий компонент.
40. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция содержит наночастицу, удерживаемую в совокупности с помощью мостиковых молекул, где по меньшей мере часть мостиковых молекул содержит ДНК или РНК, и где раствор претерпевает изменение цвета при выделении наночастицы в растворе.
41. Система по п. 40, в которой наночастица представляет собой коллоидный металл.
42. Система по п. 41, в которой коллоидный металл представляет собой коллоидное золото.
43. Система по п. 29, в которой маскирующая конструкция содержит квантовую точку, связанную с одной или более молекулами-гасителями связывающей молекулой, где по меньшей мере часть связывающей молекулы содержит ДНК или РНК.
44. Система по п. 43, в которой маскирующая конструкция содержит ДНК или РНК в комплексе с интеркалирующим агентом, где интеркалирующий агент изменяет абсорбцию при расщеплении ДНК или РНК.
45. Система по п. 44, в которой интеркалирующий агент представляет собой пиронин-Y или метиленовый синий.
46. Система по п. 39, в которой детектируемый лиганд представляет собой флуорофор, а маскирующий компонент представляет собой молекулу-гаситель.
47. Система по любому из пп. 1-46, в которой одна или более направляющих молекул, сконструированных для связывания с соответствующими целевыми молекулами, содержат (синтетическое) несовпадение.
48. Система по п. 47, в которой указанное несовпадение расположено выше или ниже по потоку относительно ОНП или другой однонуклеотидной вариации в указанной целевой молекуле.
49. Система по любому из пп. 1-48, в которой одна или более направляющих молекул сконструированы для обнаружения однонуклеотидного полиморфизма в целевой РНК или целевой ДНК, или варианта сплайсинга РНК-транскрипта.
50. Система по любому из пп. 1-49, в которой одна или более направляющих молекул сконструированы для связывания с одной или более целевыми молекулами, которые являются диагностическими в отношении болезненного состояния.
51. Система по п. 50, в котором болезненное состояние представляет собой онкологическое заболевание.
52. Система по п. 50, в котором болезненное состояние представляет собой аутоиммунное заболевание.
53. Система по п. 50, в котором болезненное состояние представляет собой инфекцию.
54. Система по п. 53, в котором инфекция вызвана вирусом, бактерией, грибком, простейшим организмом или паразитом.
55. Система по п. 53, в которой инфекция является вирусной инфекцией.
56. Система по п. 55, в которой вирусная инфекция вызвана ДНК-вирусом.
57. Система по п. 56, в которой ДНК-вирус представляет собой Myoviridae, Podoviridae, Siphoviridae, Alloherpesviridae, Herpesviridae (включая вирус герпеса человека и вирус ветряной оспы), Malocoherpesviridae, Lipothrixviridae, Rudiviridae, Adenoviridae, Ampullaviridae, Ascoviridae, Asfarviridae (включая вирус африканской чумы свиней), Baculoviridae, Cicaudaviridae, Clavaviridae, Corticoviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Hytrosaviridae, Iridoviridae, Maseilleviridae, Mimiviridae, Nudiviridae, Nimaviridae, Pandoraviridae, Papillomaviridae, Phycodnaviridae, Plasmaviridae, Polydnaviruses, Polyomaviridae (включая вирус обезьян 40, вирус JC, вирус BK), Poxviridae (включая коровью оспу и черную оспу), Sphaerolipoviridae, Tectiviridae, Turriviridae, Dinodnavirus, Salterprovirus или Rhizido virus.
58. Система по п. 55, в которой вирусная инфекция вызвана вирусом, содержащим двухцепочечную РНК, вирусом, содержащим положительно-полярную РНК, вирусом, содержащим отрицательно-полярную РНК, ретровирусом или их комбинацией.
59. Система по п. 58, в которой вирусная инфекция вызвана коронавирусом, пикорнавирусом, калицивирусом, флавивирусом, тогавирусом, борнавирусом, филовирусом, парамиксовирусом, пневмовирусом, рабдовирусом, аренавирусом, буньявирусом, ортомиксовирусом или дельтавирусом.
60. Система по п. 59, в которой вирусная инфекция вызвана коронавирусом, коронавирусом человека, полиовирусом, риновирусом, вирусом гепатита А, вирусом Норуолк, вирусом желтой лихорадки, вирусом Западного Нила, вирусом гепатита С, вирусом лихорадки Денге, вирусом Зика, вирусом краснухи, вирусом Росс-ривер, вирусом Синдбис, вирусом Чикунгунья, вирусом болезни Борна, вирусом Эбола, вирусом Марбург, вирусом кори, вирусом свинки, вирусом Нипах, вирусом Хендра, вирусом ньюкаслской болезни, респираторным синцитиальным вирусом человека, вирусом бешенства, вирусом Ласса, хантавирусом, вирусом конго-крымской геморрагической лихорадки, вирусом гриппа или вирусом гепатита D.
61. Система по п. 60, в которой вирусная инфекция вызвана вирусом лихорадки Денге.
62. Система по п. 54, в которой инфекция является бактериальной инфекцией.
63. Система по п. 62, в которой бактерия, вызывающая бактериальную инфекцию, представляет вид Acinetobacter, вид Actinobacillus, вид Actinomycetes, вид Actinomyces, Aerococcus species вид Aeromonas, вид Anaplasma, вид Alcaligenes, вид Bacillus, вид Bacteriodes, вид Bartonella, вид Bifidobacterium, вид Bordetella, вид Borrelia, вид Brucella, вид Burkholderia, вид Campylobacter, вид Capnocytophaga, вид Chlamydia, вид Citrobacter, вид Coxiella, вид Corynbacterium speces, вид Clostridium, вид Eikenella, вид Enterobacter, вид Escherichia, вид Enterococcus, вид Ehlichia, вид Epidermophyton, вид Erysipelothrix, вид Eubacterium, вид Francisella, вид Fusobacterium, вид Gardnerella, вид Gemella, вид Haemophilus, вид Helicobacter, вид Kingella, вид Klebsiella, вид Lactobacillus, вид Lactococcus, вид Listeria, вид Leptospira, вид Legionella, вид Leptospira, Leuconostoc, вид Mannheimia, вид Microsporum, вид Micrococcus, вид Moraxella, вид Morganell, вид Mobiluncus, вид Micrococcus, Mycobacterium, вид Mycoplasm, вид Nocardia, вид Neisseria, вид Pasteurelaa, вид Pediococcus, вид Peptostreptococcus, вид Pityrosporum, вид Plesiomonas, вид Prevotella, вид Porphyromonas, вид Proteus, вид Providencia, вид Pseudomonas, вид Propionibacteriums, вид Rhodococcus, вид Rickettsia, вид Rhodococcus, вид Serratia, вид Stenotrophomonas, вид Salmonella, вид Serratia, вид Shigella, вид Staphylococcus, вид Streptococcus, вид Spirillum, вид Streptobacillus, вид Treponema, вид Tropheryma, вид Trichophyton, вид Ureaplasma, вид Veillonella, вид Vibrio, вид Yersinia, вид Xanthomonas или их комбинацию.
64. Система по п. 54, в которой инфекция вызвана грибком.
65. Система по п. 64, в которой грибок представляет собой Aspergillus, Blastomyces, Candidiasis, Coccidiodomycosis, Cryptococcus neoformans, вид Cryptococcus gatti, вид Histoplasma (такой как Histoplasma capsulatum), вид Pneumocystis (такой как Pneumocystis jirovecii), Stachybotrys (такой как Stachybotrys chartarum), Mucroymcosis, Sporothrix, глазные грибковые инфекции, трихофитию, Exserohilum, Cladosporium, Geotrichum, Saccharomyces, вид Hansenula, вид Candida, вид Kluyveromyces, вид Debaryomyces, вид Pichia, вид Penicillium, вид Cladosporium, вид Byssochlamys или их комбинацию.
66. Система по п. 54, в которой инфекция вызвана простейшим организмом.
67. Система по п. 66, в которой простейший организм представляет собой Euglenozoa, Heterolobosea, Diplomonadida, Amoebozoa, Blastocystic, Apicomplexa или их комбинацию.
68. Система по п. 54, в которой инфекция вызвана паразитом.
69. Система по п. 68, в которой паразит представляет собой Trypanosoma cruzi (болезнь Шагаса), Т. brucei gambiense, Т. brucei rhodesiense, Leishmania braziliensis, L. infantum, L. mexicana, L. major, L. tropica, L. donovani, Naegleria fowleri, Giardia intestinalis (G. lamblia, G. duodenalis), canthamoeba castellanii, Balamuthia madrillaris, Entamoeba histolytica, Blastocystic hominis, Babesia microti, Cryptosporidium parvum, Cyclospora cayetanensis, Plasmodium falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malariae и Toxoplasma gondii или их комбинацию.
70. Система по любому из пп. 1-69, в которой реагенты для амплификации целевых молекул РНК включают амплификацию на основе последовательностей нуклеиновых кислот (NASBA), рекомбиназную полимеразную амплификацию (РПА), петлеопосредованную изотермическую амплификацию (LAMP), амплификацию с замещением цепей (SDA), геликазо-зависимую амплификацию (HDA), реакцию амплификации с ферментом, создающим одноцепочечный разрыв (NEAR), ПЦР, амплификацию с множественным замещением (MDA), амплификацию по типу катящегося кольца (RCA), лигазную цепную реакцию (LCR) или рамификационный метод амплификации (RAM).
71. Система по любому из пп. 1-70, дополнительно содержащая систему обогащения CRISPR, в которой система обогащения CRISPR предназначена для связывания соответствующих целевых молекул перед обнаружением системой для обнаружения CRISPR.
72. Система по п. 71, в которой система обогащения CRISPR содержит каталитически неактивный белок CRISPR Cas.
73. Система по п. 72, в которой каталитически неактивный белок CRISPR Cas представляет собой каталитически неактивный С2с2.
74. Система по любому из пп. 71-73, в которой белок Cas системы обогащения CRISPR дополнительно содержит метку, причем метка используется для специфического выделения системы обогащения CRISPR Cas или для связывания системы обогащения CRISPR с твердой подложкой.
75. Система по п. 74, в которой твердая подложка представляет собой проточную кювету.
76. Диагностическое устройство, содержащее один или более отдельных дискретных объемов, при этом каждый отдельный дискретный объем состоит из системы CRISPR по любому из пп. 1-75.
77. Диагностическое устройство по п. 76, в котором каждый отдельный дискретный объем дополнительно содержит один или более детектирующих аптамеров, содержащих маскированный сайт связывания промотора РНК-полимеразы или маскированный сайт связывания праймера.
78. Устройство по п. 76 или 77, в котором каждый отдельный дискретный объем дополнительно содержит реагенты для амплификации нуклеиновых кислот.
79. Устройство по п. 76, в котором целевой молекулой является целевая ДНК, и указанные отдельные дискретные объемы дополнительно содержат праймер, который связывает целевую ДНК и содержит промотор РНК-полимеразы.
80. Устройство по любому из пп. 76-79, в котором указанные отдельные дискретные объемы представляют собой капли.
81. Устройство по любому из пп. 76-80, в котором указанные отдельные дискретные объемы определены на твердой подложке.
82. Устройство по п. 81, в котором указанные отдельные дискретные объемы представляют собой микролунки.
83. Диагностическое устройство по любому из пп. 76-82, в котором указанные отдельные дискретные объемы представляют собой пятна, определенные на подложке.
84. Устройство по п. 83, в котором подложка представляет собой подложку из гибкого материала.
85. Устройство по п. 84, в котором подложка из гибкого материала представляет собой бумажную подложку или подложку на основе гибкого полимера.
86. Способ выявления целевых нуклеиновых кислот в образцах, включающий:
распределение образца или набора образцов по одному или более отдельным дискретным объемам, причем отдельные дискретные объемы содержат систему CRISPR по любому из пп. 1-75;
инкубацию образца или набора образцов в условиях, достаточных для обеспечения связывания одной или более направляющих молекул с одной или более целевыми молекулами;
активацию белка CRISPR Cas посредством связывания одной или более направляющих молекул с одной или более целевыми молекулами, причем активация белка CRISPR Cas приводит к модификации маскирующей конструкции на основе РНК так, чтобы происходила генерация обнаруживаемого положительного сигнала; и
обнаружение одного или более детектируемого положительного сигнала, при этом обнаружение детектируемого положительного сигнала указывает на присутствие одной или более целевых молекул в образце.
87. Способ обнаружения полипептидов в образцах, включающий:
распределение образца или набора образцов в набор отдельных дискретных объемов, причем отдельные дискретные объемы содержат аптамеры для обнаружения пептидов, систему CRISPR по любому из пп. 1-75;
инкубацию образца или набора образцов в условиях, достаточных для связывания аптамеров для обнаружения пептидов с одной или более целевыми молекулами, где связывание аптамера с соответствующей целевой молекулой открывает сайт связывания РНК-полимеразы или сайт связывания праймера, в результате чего происходит генерация триггерной РНК;
активацию белка РНК Cas посредством связывания одной или более направляющих молекул с триггерной РНК, причем активация белка РНК Cas приводит к модификации маскирующей конструкции на основе РНК, так что вырабатывается детектируемый положительный сигнал; и
обнаружение детектируемого положительного сигнала, при этом обнаружение детектируемого положительного сигнала указывает на присутствие одной или более целевых молекул в образце.
88. Способ выявления целевых нуклеиновых кислот в образцах, включающий:
приведение в контакт одного или более образцов с
i) двумя или более системами CRISPR, при этом каждая система CRISPR содержит белок Cas и направляющую молекулу, содержащую направляющую последовательность, способную связывать соответствующую целевую молекулу и предназначенную для образования комплекса с белком Cas; и
ii) набор детектирующих конструкций, при этом каждая детектирующая конструкция содержит последовательность мотива разрезания, которая предпочтительно разрезается одним из белков Cas,
где белок Cas каждой системы CRISPR проявляет коллатеральную активность в отношении расщепления нуклеиновой кислоты и предпочтительно расщепляет последовательность мотивов разрезания одной или более из набора детектирующих конструкций; и
обнаружение сигнала вследствие расщепления последовательности мотива разрезания конструкции обнаружения, тем самым обнаруживая одну или более последовательностей целевой нуклеиновой кислоты в образце.
89. Способ выявления целевых нуклеиновых кислот в образцах, включающий:
приведение в контакт одного или более образцов с
i) набором детектирующих конструкций, при этом каждая детектирующая конструкция содержит последовательность мотива разрезания, которая предпочтительно разрезается одним из белков Cas;
ii) набором детектирующих аптамеров, каждый из которых предназначен для связывания с одним из двух или более целевых полипептидов, и каждый детектирующий аптамер содержит последовательность мотивов разрезания, которая предпочтительно разрезается белком Cas одной из двух или более систем CRISPR;
сайт связывания маскированного промотора РНК-полимеразы или сайт связывания маскированного праймера; и шаблон последовательности запуска, кодирующий последовательность запуска;
iii) двумя или более системами CRISPR, при этом каждая система CRISPR содержит белок Cas и направляющий полинуклеотид, содержащий направляющую последовательность, способную связывать триггерную последовательность, кодируемую шаблоном триггерной последовательности;
где белок Cas проявляет коллатеральную активность в отношении расщепления нуклеиновой кислоты и расщепляет нецелевую последовательность маскирующей конструкции на основе нуклеиновой кислоты после активации триггерной последовательностью; и
обнаружение сигнала вследствие расщепления последовательности мотива разрезания конструкции обнаружения, тем самым обнаруживая одну или более последовательностей целевой нуклеиновой кислоты в образце.
90. Способ по любому из пп. 86-89, в котором целевая молекула представляет собой целевую ДНК, и способ дополнительно включает связывание целевой ДНК с праймером, содержащим сайт РНК-полимеразы.
91. Способ по любому из пп. 86-89, дополнительно включающий амплификацию образца нуклеиновой кислоты или триггерной нуклеиновой кислоты.
92. Способ по п. 91, в котором амплификация нуклеиновой кислоты включает амплификацию с помощью NASBA.
93. Способ по п. 91, в котором амплификация нуклеиновой кислоты включает амплификацию с помощью РПА.
94. Способ по любому из пп. 88-93, в котором образец представляет собой биологический образец или образец окружающей среды.
95. Способ по п. 94, в котором биологический образец представляет собой кровь, плазму, сыворотку, мочу, кал, мокроту, слизь, лимфатическую жидкость, синовиальную жидкость, желчь, асциты, плевральный выпот, серому, слюну, цереброспинальную жидкость, внутриглазную жидкость или стекловидное тело или любые выделения организма, транссудат, экссудат (например, жидкость, полученную из абсцесса или любого другого участка инфекции или воспаления) или жидкость, полученную из сустава (например, нормального сустава или сустава, пораженного заболеванием, таким как ревматоидный артрит, остеоартрит, подагра или септический артрит), или мазок с поверхности кожи или слизистой оболочки.
96. Способ по п. 94, в котором образец окружающей среды получен из пробы пищи, бумажной поверхности, ткани, металлической поверхности, деревянной поверхности, пластиковой поверхности, пробы почвы, пробы свежей воды, пробы сточной воды, пробы соленой воды, или их комбинации.
97. Способ по любому из пп. 88-96, в котором одна или более направляющих молекул сконструированы для обнаружения однонуклеотидного полиморфизма в целевой РНК или целевой ДНК, или варианта сплайсинга РНК-транскрипта.
98. Способ по любому из пп. 88-97, в котором одна или более направляющих молекул сконструированы для связывания с одной или более целевыми молекулами, которые являются диагностическими в отношении болезненного состояния.
99. Способ по любому из пп. 97 или 98, в котором одна или более направляющих молекул сконструированы для связывания с внеклеточными нуклеиновыми кислотами.
100. Способ по п. 98, в котором болезненное состояние представляет собой инфекцию, заболевание органа, заболевание крови, заболевание иммунной системы, рак, заболевание головного мозга и нервной системы, эндокринное заболевание, заболевание, связанное с беременностью или рождением ребенка, наследственное заболевание или приобретенное вследствие влияния окружающей среды заболевание.
101. Система по п. 50, в котором указанное болезненное состояние характеризуется наличием или отсутствием гена, или транскрипта, или полипептида устойчивости или чувствительности к антибиотику или лекарственному препарату, предпочтительно в патогене или клетке.
102. Система по п. 50, в которой указанной целевой молекулой является ген, или транскрипт, или полипептид устойчивости или чувствительности к антибиотику или лекарственному препарату.
103. Система по п. 47, в которой синтетическое несовпадение в указанной направляющей молекуле находится в позиции 3, 4, 5 или 6 спейсера, предпочтительно в позиции 3.
104. Система по п. 47 или 48, в которой указанное несовпадение указанной направляющей молекулы находится в позиции 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или 9 спейсера, предпочтительно в позиции 5.
105. Система по п. 47, в которой указанное несовпадение составляет 1, 2, 3, 4 или 5 нуклеотидов выше или ниже по потоку, предпочтительно 2 нуклеотида, предпочтительно ниже по потоку от указанного ОНП или другой однонуклеотидной вариации в указанной направляющей молекуле.
106. Система по любому из пп. 1-69 или 101-105, в которой указанная направляющая молекула содержит спейсер, который усечен относительно спейсера дикого типа.
107. Система по любому из пп. 1-69 или 101-106, в которой указанная направляющая молекула содержит спейсер, который содержит менее 28 нуклеотидов, предпочтительно от 20 до 27 нуклеотидов включительно.
108. Система по любому из пп. 1-69 или 101-106, в которой указанная направляющая молекула содержит спейсер, который состоит из 20 25 нуклеотидов или 20 23 нуклеотидов, такой как предпочтительно 20 или 23 нуклеотида.
109. Система по любому из пп. 1-69 или 101-108, в которой указанная маскирующая конструкция содержит олигонуклеотид РНК, сконструированный для связывания последовательности, образующей G-квадруплекс, где структура G-квадруплекса образована последовательностью, образующей G-квадруплекс, после расщепления маскирующей конструкции, и где структура G-квадруплекса генерирует детектируемый положительный сигнал.
110. Способ по любому из пп. 86-100, дополнительно содержащий сравнение детектируемого положительного сигнала с (синтетическим) стандартным сигналом.
111. Способ выявления целевой нуклеиновой кислоты в образце, включающий:
приведение в контакт образца с системой обнаружения нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-75; и
подвергание указанного контактирующего образца иммунохроматографическому анализу латерального потока.
112. Способ по п. 111, в котором указанная система обнаружения нуклеиновой кислоты содержит маскирующую конструкцию на основе РНК, содержащую первую и вторую молекулу, и где указанный иммунохроматографический анализ латерального потока включает обнаружение указанной первой и второй молекулы, предпочтительно в отдельных точках обнаружения на тест-полоске с технологией латеральной диффузии.
113. Способ по п. 112, в котором указанная первая молекула и указанная вторая молекула обнаруживаются путем связывания с антителом, распознающим указанную первую или вторую молекулу, и обнаружения указанной связанной молекулы, предпочтительно с применением сэндвич-антител.
114. Способ по п. 112 или 113, в котором указанная тест-полоска латерального потока содержит первое антитело выше по потоку, направленное против указанной первой молекулы, и второе антитело ниже по потоку, направленное против указанной второй молекулы, и в котором нерасщепленная маскирующая конструкция на основе нерасщепленной РНК связывается с указанным первым антителом, если целевая нуклеиновая кислота отсутствует в указанном образце, и где маскирующая конструкция на основе расщепленной РНК связывается как с указанным первым антителом, так и с указанным вторым антителом, если целевая нуклеиновая кислота присутствует в указанном образце.
115. Латеральное проточное устройство, содержащее подложку, содержащую первый конец, причем первый конец содержит часть для загрузки образцов и первую область, в которую загружают детектируемый лиганд, две или более систем CRISPR Cas, две или более конструкций для обнаружения, одну или более первых областей захвата, каждая из которых содержит первый связывающий агент, две или более вторых областей захвата, каждая из которых содержит второй связывающий агент, причем каждая из двух или более систем CRISPR Cas содержит белок CRISPR Cas и одну или более направляющих последовательностей, при этом каждая направляющая последовательность сконструирована для связывания одной или более целевых молекул.
116. Латеральное проточное устройство по п. 115, в котором каждая из двух или более конструкций для обнаружения содержит РНК- или ДНК-олигонуклеотид, содержащий первую молекулу на первом конце и вторую молекулу на втором конце.
117. Латеральное проточное устройство по п. 116, содержащее две системы CRISPR Cas и две конструкции для обнаружения.
118. Латеральное проточное устройство по п. 117, содержащее четыре системы CRISPR Cas и четыре конструкции для обнаружения.
119. Латеральное проточное устройство по любому из пп. 115-118, в котором часть для загрузки образцов дополнительно содержит один или более амплификационных реагентов для амплификации одной или более целевых молекул.
120. Латеральное проточное устройство по п. 117, в котором первая конструкция для обнаружения содержит ФАМ в качестве первой молекулы и биотин в качестве второй молекулы или наоборот, а вторая конструкция для обнаружения содержит ФАМ в качестве первой молекулы и дигоксигенин (ДИГ) в качестве второй молекулы или наоборот.
121. Латеральное проточное устройство по п. 116, в котором белок CRISPR Cas представляет собой РНК-нацеленный белок Cas.
122. Латеральное проточное устройство по п. 121, в котором РНК-нацеленный белок Cas представляет собой С2с2.
123. Латеральное проточное устройство по п. 121, в котором РНК-нацеленный белок Cas представляет собой Cas13b.
124. Латеральное проточное устройство по п. 119, в котором первая конструкция для обнаружения содержит Туе665 в качестве первой молекулы и Alexa-fluor-488 в качестве второй молекулы или наоборот; причем вторая конструкция для обнаружения содержит Туе665 в качестве первой молекулы и ФАМ в качестве второй молекулы или наоборот; причем третья конструкция для обнаружения содержит Туе665 в качестве первой молекулы и биотин в качестве второй молекулы или наоборот; и при этом четвертая конструкция для обнаружения содержит Туе665 в качестве первой молекулы и ДИГ в качестве второй молекулы или наоборот.
125. Латеральное проточное устройство по п. 124, в котором белок CRISPR Cas представляет собой РНК-нацеленный или ДНК-нацеленный белок Cas.
126. Латеральное проточное устройство по п. 125, в котором РНК-нацеленный белок Cas представляет собой С2с2.
127. Латеральное проточное устройство по п. 125, в котором РНК-нацеленный белок Cas представляет собой Cas13b.
128. Латеральное проточное устройство по п. 125, в котором ДНК-нацеленный белок Cas представляет собой Cas12a.
RU2020124203A 2017-12-22 2018-12-20 Мультиплексная диагностика на основе эффекторной системы crispr RU2020124203A (ru)

Applications Claiming Priority (9)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762610066P 2017-12-22 2017-12-22
US62/610,066 2017-12-22
US201862623546P 2018-01-29 2018-01-29
US62/623,546 2018-01-29
US201862630814P 2018-02-14 2018-02-14
US62/630,814 2018-02-14
US201862741501P 2018-10-04 2018-10-04
US62/741,501 2018-10-04
PCT/US2018/066940 WO2019126577A2 (en) 2017-12-22 2018-12-20 Crispr effector system based multiplex diagnostics

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2020124203A true RU2020124203A (ru) 2022-01-24

Family

ID=66995080

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020124203A RU2020124203A (ru) 2017-12-22 2018-12-20 Мультиплексная диагностика на основе эффекторной системы crispr

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20210108267A1 (ru)
EP (1) EP3728613A4 (ru)
JP (1) JP2021508460A (ru)
KR (1) KR20200111180A (ru)
CN (1) CN111836903A (ru)
AU (1) AU2018392709A1 (ru)
BR (1) BR112020012696A2 (ru)
CA (1) CA3086550A1 (ru)
IL (1) IL275597A (ru)
RU (1) RU2020124203A (ru)
WO (1) WO2019126577A2 (ru)

Families Citing this family (73)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2403964B1 (en) 2009-03-02 2021-09-08 Massachusetts Institute of Technology Methods and products for in vivo enzyme profiling
US10006916B2 (en) 2011-03-15 2018-06-26 Massachusetts Institute Of Technology Multiplexed detection with isotope-coded reporters
ES2828985T3 (es) 2013-06-07 2021-05-28 Massachusetts Inst Technology Detección basada en la afinidad de biomarcadores sintéticos codificados por ligando
US10584358B2 (en) * 2013-10-30 2020-03-10 North Carolina State University Compositions and methods related to a type-II CRISPR-Cas system in Lactobacillus buchneri
EP3440013A4 (en) 2016-04-08 2021-03-17 Massachusetts Institute of Technology METHOD FOR SPECIFIC PROFILING OF PROTEASE ACTIVITY ON LYMPH NODES
WO2017193070A1 (en) 2016-05-05 2017-11-09 Massachusetts Institute Of Technology Methods and uses for remotely triggered protease activity measurements
US10337051B2 (en) 2016-06-16 2019-07-02 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for detecting a target RNA
EP3523426A4 (en) 2016-09-30 2020-01-22 The Regents of The University of California RNA GUIDED NUCLEIC ACID MODIFYING ENZYMES AND METHOD FOR USE THEREOF
GB2569734B (en) 2016-09-30 2022-09-07 Univ California RNA-guided nucleic acid modifying enzymes and methods of use thereof
CA3059358A1 (en) 2017-04-07 2018-10-11 Massachusetts Institute Of Technology Methods to spatially profile protease activity in tissue and sections
JP2020537121A (ja) 2017-10-04 2020-12-17 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド Ｃｒｉｓｐｒエフェクター系に基づく診断
US11970719B2 (en) 2017-11-01 2024-04-30 The Regents Of The University Of California Class 2 CRISPR/Cas compositions and methods of use
AU2018358051A1 (en) 2017-11-01 2020-05-14 The Regents Of The University Of California CasZ compositions and methods of use
WO2020028729A1 (en) 2018-08-01 2020-02-06 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease compositions and methods of use thereof
AU2019379160A1 (en) * 2018-11-14 2021-06-24 Massachusetts Institute Of Technology CRISPR system based droplet diagnostic systems and methods
EP3931313A2 (en) 2019-01-04 2022-01-05 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease improvements and compositions and methods for nucleic acid amplification and detection
US11835522B2 (en) 2019-01-17 2023-12-05 Massachusetts Institute Of Technology Sensors for detecting and imaging of cancer metastasis
WO2020186231A2 (en) 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex diagnostics
WO2020186223A1 (en) 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Sherlock assays for tick-borne diseases
CA3143923A1 (en) * 2019-07-04 2021-01-07 Riken Method and kit for detecting target nucleic acid fragment
US20220364159A1 (en) * 2019-07-26 2022-11-17 Mammoth Biosciences, Inc. Compositions for detection of dna and methods of use thereof
US20220333208A1 (en) * 2019-09-03 2022-10-20 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex cancer diagnostics
CN115175996A (zh) * 2019-09-20 2022-10-11 博德研究所 新颖vi型crispr酶和系统
CN110894557A (zh) * 2019-09-20 2020-03-20 武汉大学 基于CRISPR方式检测非洲猪瘟病毒的crRNA及试剂盒
WO2021056302A1 (en) * 2019-09-26 2021-04-01 Syngenta Crop Protection Ag Methods and compositions for dna base editing
GB201914568D0 (en) * 2019-10-09 2019-11-20 Governing Council Of The Univ Of Toronto A molecular sensing platform and methods of use
US11844800B2 (en) 2019-10-30 2023-12-19 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for predicting and preventing relapse of acute lymphoblastic leukemia
CN110628955B (zh) * 2019-11-04 2023-04-07 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种用于检测埃博拉病毒的crRNA靶点及CRISPR-Cas13a系统
EP4073262A4 (en) * 2019-12-02 2023-12-27 Council of Scientific & Industrial Research METHOD AND KIT FOR DETECTING POLYNUCLEOTIDE
MX2022009212A (es) * 2020-01-27 2022-11-09 Sherlock Biosciences Inc Ensayos de deteccion mejorados.
WO2021167687A1 (en) 2020-02-18 2021-08-26 Massachusetts Institute Of Technology Multiplexed in vivo disease sensing with nucleic acid-barcoded reporters
EP3875602A1 (en) 2020-03-05 2021-09-08 Nederlandse Organisatie voor toegepast- natuurwetenschappelijk Onderzoek TNO Nucleic acid fluorescence detection
EP4121558A4 (en) * 2020-03-17 2023-11-29 Detect, Inc. QUICK DIAGNOSTIC TEST
US11453907B2 (en) 2020-03-23 2022-09-27 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based coronavirus diagnostics
CN111363842B (zh) * 2020-04-13 2021-02-02 广州医科大学附属第一医院 用于快速检测烟曲霉的序列、试剂盒、方法及应用
RU2745637C1 (ru) * 2020-04-15 2021-03-29 Федеральное бюджетное учреждение науки "Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) Способ получения препарата рибонуклеопротеинового комплекса CRISPR/Cas и препарат для выявления гена антибиотикоустойчивости bla VIM-2 (металло-бета-лактамаза класс B VIM-2) Pseudomonas aeruginosa в ультранизких концентрациях
WO2021222267A1 (en) * 2020-04-28 2021-11-04 President And Fellows Of Harvard College Systems and methods for determining viruses or other pathogens
EP3954783A1 (en) * 2020-08-13 2022-02-16 Deutsches Krebsforschungszentrum Polynucleotide detection by cas nucleases
CN111394490B (zh) * 2020-05-15 2020-12-29 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 用于土拉杆菌的CRISPR-Cas12a检测引物组及其应用
CN111996236B (zh) * 2020-05-29 2021-06-29 山东舜丰生物科技有限公司 基于crispr技术进行靶核酸检测的方法
CN111534624A (zh) * 2020-06-17 2020-08-14 台州市中心医院（台州学院附属医院） 一种基于rpa对解脲脲原体的快速检测方法
CN111876512A (zh) * 2020-07-29 2020-11-03 深圳市疾病预防控制中心 等温扩增检测两种利什曼原虫的试剂、试剂盒及其应用
CN111781363A (zh) * 2020-08-12 2020-10-16 江苏省农业科学院 一种检测非洲猪瘟病毒黏膜sIgA抗体的量子点微球免疫层析试纸条及其应用
EP4200250A1 (en) * 2020-08-18 2023-06-28 Regenacellx.SL Compositions and methods for detecting sars-cov-2 spike protein
KR20220059418A (ko) * 2020-11-02 2022-05-10 주식회사 이지다이아텍 다중 진단을 위한 핵산 분리 및 검출용 미세입자 프로브
CN113881652B (zh) * 2020-11-11 2022-11-22 山东舜丰生物科技有限公司 新型Cas酶和系统以及应用
CN112501268B (zh) * 2020-11-23 2023-04-07 广州市达瑞生物技术股份有限公司 一种基于纳米孔测序的快速鉴别呼吸道微生物引物组、试剂盒及其应用
CN113308451B (zh) * 2020-12-07 2023-07-25 中国科学院动物研究所 工程化的Cas效应蛋白及其使用方法
WO2022120520A1 (en) * 2020-12-07 2022-06-16 Institute Of Zoology, Chinese Academy Of Sciences Engineered cas effector proteins and methods of use thereof
CN112813179B (zh) * 2020-12-09 2023-04-18 广州市第一人民医院（广州消化疾病中心、广州医科大学附属市一人民医院、华南理工大学附属第二医院） 一种用于尿路感染病原菌检测的试剂盒及其使用方法
CN112522444A (zh) * 2020-12-22 2021-03-19 中国农业科学院兰州兽医研究所 一种非洲猪瘟病毒lamp-crispr检测用组合物、检测试剂盒和检测方法
CN112881352B (zh) * 2021-01-07 2022-07-29 青岛农业大学 用于沙门氏菌检测和消杀的核酸适配体-量子点生物传感器、其制备方法及应用
CN115335536A (zh) * 2021-01-08 2022-11-11 武汉大学 用于即时核酸检测的组合物和方法
NO347409B1 (no) * 2021-04-11 2023-10-23 Glomsroed Mikkel Ante Fremgangsmåte for påvisning av mikroorganismer eller genfeil
CN113046355B (zh) * 2021-04-20 2023-04-07 上海交通大学 一种中温原核Argonaute蛋白PbAgo表征及应用
CN113234856B (zh) * 2021-04-27 2024-02-20 华南理工大学 一种基于CRISPR/Cas12a和恒温扩增的DENV一步法核酸检测方法
CN113322308B (zh) * 2021-04-29 2022-10-11 重庆医科大学 一种检测hbv的荧光传感器及其制备与应用
WO2022266849A1 (zh) * 2021-06-22 2022-12-29 中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心 新型CRISPR-Cas13蛋白的筛选及其应用
CN113403412A (zh) * 2021-06-24 2021-09-17 中国农业科学院兰州兽医研究所 一种基于等温扩增-CRISPR/Cas12a技术检测弓形虫的试剂盒及其应用
US20230052518A1 (en) 2021-07-12 2023-02-16 Labsimply, Inc. Nuclease cascade assay
EP4373963A2 (en) 2021-07-21 2024-05-29 Montana State University Nucleic acid detection using type iii crispr complex
CN113667723B (zh) * 2021-08-17 2023-08-25 西北工业大学 一种基于CRISPR/Cas12a与链置换扩增反应的PSA检测方法
CN114280545B (zh) * 2021-12-08 2023-04-25 电子科技大学 一种基于低秩Hankel矩阵补全的稀疏线阵雷达布阵方法
CN114350662A (zh) * 2021-12-10 2022-04-15 武汉大学 基于crispr的多色、正交、高灵敏度的rna成像方法
US20230279375A1 (en) 2021-12-13 2023-09-07 Labsimply, Inc. Signal boost cascade assay
WO2023114052A1 (en) 2021-12-13 2023-06-22 Labsimply, Inc. Tuning cascade assay kinetics via molecular design
CN114058679B (zh) * 2022-01-11 2022-05-20 深圳大学 一种crispr级联核酸检测系统及其检测方法与应用
CN114075564B (zh) * 2022-01-17 2022-04-22 广东华美众源生物科技有限公司 马拉色菌的检测组合物、试剂盒及其检测方法
CN114921419B (zh) * 2022-02-21 2024-05-17 武汉格瑞农生物科技有限公司 一种鸭疫里氏杆菌噬菌体
WO2023196973A1 (en) * 2022-04-08 2023-10-12 The Broad Institute, Inc. Amplification assays using crispr-cas based detection
CN114836579B (zh) * 2022-06-02 2024-05-07 昆明理工大学 中枢神经系统感染性病原体的多重荧光定量pcr检测引物组合
CN115725743A (zh) * 2022-08-03 2023-03-03 湖南工程学院 一组检测肿瘤外泌体的探针组、试剂盒和检测体系及应用
WO2024076473A1 (en) 2022-10-02 2024-04-11 Vedabio, Inc. Dimerization screening assays

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE102015115836A1 (de) * 2015-09-18 2017-03-23 Biotype Diagnostic Gmbh Bestätigungstest für primäre Nukleinsäure-Amplifikate in einem kontinuierlichen Reaktionsansatz und unmittelbare Auswertung mittels immunchromatographischer Verfahren
CN116814590A (zh) * 2015-10-22 2023-09-29 布罗德研究所有限公司 Vi-b型crispr酶和系统
WO2017184768A1 (en) * 2016-04-19 2017-10-26 The Broad Institute Inc. Novel crispr enzymes and systems
CA3026112A1 (en) * 2016-04-19 2017-10-26 The Broad Institute, Inc. Cpf1 complexes with reduced indel activity
KR20190019168A (ko) * 2016-06-17 2019-02-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 제vi형 crispr 오솔로그 및 시스템
US11174515B2 (en) * 2017-03-15 2021-11-16 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics

Also Published As

Publication number Publication date
AU2018392709A1 (en) 2020-07-16
WO2019126577A2 (en) 2019-06-27
IL275597A (en) 2020-08-31
EP3728613A2 (en) 2020-10-28
WO2019126577A3 (en) 2019-08-08
US20210108267A1 (en) 2021-04-15
CN111836903A (zh) 2020-10-27
EP3728613A4 (en) 2022-01-12
BR112020012696A2 (pt) 2020-11-24
KR20200111180A (ko) 2020-09-28
CA3086550A1 (en) 2019-06-27
JP2021508460A (ja) 2021-03-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2020124203A (ru) Мультиплексная диагностика на основе эффекторной системы crispr
RU2020113072A (ru) Многоэффекторные диагностические системы на основе crispr
RU2020128413A (ru) Диагностика на основе эффекторной системы crispr
RU2020115264A (ru) Диагностика на основе эффекторной системы crispr
JP2020537121A5 (ru)
EP3596218B1 (en) Crispr effector system based diagnostics for virus detection
JP7228514B2 (ja) Ｃｒｉｓｐｒエフェクターシステムベースの診断法
US10378010B2 (en) Methods and systems for construction of normalized nucleic acid libraries
JP2019525136A5 (ru)
JP2014513557A5 (ru)
WO2009100449A1 (en) Dynamic array assay methods
JPWO2019148206A5 (ru)
US20190285620A1 (en) Low-Cost Detection of Norovirus Using Paper-Based Cell-Free Systems And Synbody-Based Viral Enrichment
WO2011069029A3 (en) Lateral flow assays
US20240102115A1 (en) Crispr effector system based diagnostics for virus detection
Kim et al. Loop-mediated isothermal amplification-based nucleic acid lateral flow assay for the specific and multiplex detection of genetic markers
JP2018518162A5 (ru)
JP2021121809A (ja) 溶血試薬
US20170260566A1 (en) Analyte Detection on a Solid Support by Nucleic Acid Amplification Coupled to an Immunoassay
JP2017529062A (ja) ２個のリガンドと１個のレセプタとからなる高親和性錯体の特定方法と該方法を実行する装置及び該方法に用いられる自己集合型ケミカルライブラリ
Farooq et al. Applications of phage-based biosensors in the diagnosis of infectious diseases, food safety, and environmental monitoring
AU2004217724B2 (en) Use of a virus expressing a binding moiety to measure analytes in a sample
JP2022501005A (ja) アッセイを改善する為の化合物、組成物、及び方法
JP6598315B2 (ja) 小麦アレルゲンに結合する核酸分子およびその用途
JP6687264B2 (ja) 核酸分子およびその用途