RU2020113072A - Многоэффекторные диагностические системы на основе crispr - Google Patents

Многоэффекторные диагностические системы на основе crispr Download PDF

Info

Publication number
RU2020113072A
RU2020113072A RU2020113072A RU2020113072A RU2020113072A RU 2020113072 A RU2020113072 A RU 2020113072A RU 2020113072 A RU2020113072 A RU 2020113072A RU 2020113072 A RU2020113072 A RU 2020113072A RU 2020113072 A RU2020113072 A RU 2020113072A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
rna
spp
virus
crispr
amplification
Prior art date
Application number
RU2020113072A
Other languages
English (en)
Inventor
Фенг ЧЖАНГ
Джонатан ГУТЕНБЕРГ
Омар АБУДАЙЙЕХ
Original Assignee
Зе Броад Институт, Инк.
Массачусеттс Институт Оф Технолоджи
Президент Энд Фелловс Оф Харвард Колледж
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Зе Броад Институт, Инк., Массачусеттс Институт Оф Технолоджи, Президент Энд Фелловс Оф Харвард Колледж filed Critical Зе Броад Институт, Инк.
Publication of RU2020113072A publication Critical patent/RU2020113072A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6823—Release of bound markers
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/508—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes rigid containers not provided for above
    • B01L3/5085—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes rigid containers not provided for above for multiple samples, e.g. microtitration plates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/12—Specific details about materials
    • B01L2300/123—Flexible; Elastomeric
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/12—Specific details about materials
    • B01L2300/126—Paper
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/10—Applications; Uses in screening processes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Clinical Laboratory Science (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (131)

1. Система обнаружения нуклеиновой кислоты, содержащая:
a) систему обнаружения CRISPR, содержащую:
i. эффекторный белок,
ii. одну или более направляющих РНК, предназначенных для связывания с соответствующими молекулами-мишенями, и
iii. один или более эффекторных белков амплификации сигнала CRISPR; и
b) одну или более маскирующих конструкций на основе РНК.
2. Система обнаружения полипептидов, содержащая:
a) систему обнаружения CRISPR, содержащую:
i. эффекторный белок,
ii. одну или более направляющих РНК, предназначенных для связывания с триггерной РНК, и
iii. один или более эффекторных белков амплификации сигнала CRISPR;
b) одну или более маскирующих конструкций на основе РНК и
c) один или более аптамеров обнаружения, содержащих сайт связывания промотора маскированной РНК-полимеразы или сайт связывания маскированного праймера.
3. Система по п. 1 или 2, в которой один или более эффекторных белков амплификации сигнала CRISPR включают в себя белок CRISPR типа IIIа.
4. Система по п. 3, в которой белок CRISPR типа III представляет собой белок Csm6.
5. Система по п. 4, в которой белок Csm6 выбран из EiCsm6 и LsCsm6.
6. Система по п. 3, в которой один или более эффекторных белков амплификации сигнала CRISPR включают в себя Csx28 или Csx27.
7. Система по п. 3, в которой один или более эффекторных белков амплификации сигнала CRISPR включают в себя один или более из Csm6, Csx28, Csx27 или любую их комбинацию.
8. Система по п. 3, дополнительно содержащая реагенты для амплификации нуклеиновых кислот.
9. Система по п. 1, в которой молекула-мишень представляет собой ДНК-мишень, и система дополнительно содержит праймер, который связывает ДНК-мишень и содержит промотор РНК-полимеразы.
10. Система по п. 1, в которой эффекторный белок системы CRISPR представляет собой нацеленный на РНК эффекторный белок.
11. Система по п. 10, в которой нацеленный на РНК эффекторный белок содержит один или более доменов HEPN.
12. Система по п. 11, в которой один или более доменов HEPN содержат последовательность мотива RxxxxH.
13. Система по п. 12, в которой мотив RxxxH содержит последовательность R{N/H/K]X1X2X3H.
14. Система по п. 13, в которой X1 представляет собой R, S, D, Е, Q, N, G или Y, и Х2 независимо представляет собой I, S, Т, V или L, и Х3 независимо представляет собой L, F, N, Y, V, I, S, D, Е или А.
15. Система по п. 10, в которой нацеленный на РНК эффекторный белок CRISPR представляет собой С2с2.
16. Система по п. 15, в которой С2с2 находится в пределах 20 т.п.н. от гена Cas 1.
17. Система по п. 16, в которой эффекторный белок С2с2 происходит из организма рода, выбранного из группы, состоящей из Leptotrichia, Listeria, Corynebacter, Sutterella, Legionella, Treponema, Filifactor, Eubacterium, Streptococcus, Lactobacillus, Mycoplasma, Bacteroides, Flaviivola, Flavobacterium, Sphaerochaeta, Azospirillum, Gluconacetobacter, Neisseria, Roseburia, Parvibaculum, Staphylococcus, Nitratifractor, Mycoplasma, Campylobacter и Lachnospira.
18. Система по п. 17, в которой эффекторный белок С2с2 или Cas13b происходит из организма, выбранного из группы, состоящей из Leptotrichia shahii; Leptotrichia wadei (Lw2); Listeria seeligeri; Lachnospiraceae bacterium MA2020; Lachnospiraceae bacterium NK4A179; [Clostridium] aminophilum DSM 10710; Carnobacterium gallinarum DSM 4847; Carnobacterium gallinarum DSM 4847 (второй локус CRISPR); Paludibacter propionicigenes WB4; Listeria weihenstephanensis FSL R9-0317; Listeriaceae bacterium FSL M6-0635; Leptotrichia wadei F0279; Rhodobacter capsulatus SB 1003; Rhodobacter capsulatus R121; Rhodobacter capsulatus DE442; Leptotrichia buccalis C-1013-b; Herbinix hemicellulosilytica; [Eubacterium] rectale; Eubacteriaceae bacterium CHKCI004; Blautia sp.Marseille-P2398; Leptotrichia sp.oral taxon 879 str. F0557; Lachnospiraceae bacterium NK4A144; Chloroflexus aggregans; Demequina aurantiaca; Thalassospira sp.TSL5-1; Pseudobutyrivibrio sp. OR37; Butyrivibrio sp.YAB3001; Blautia sp.Marseille-P2398; Leptotrichia sp.Mar seille-P3007; Bacteroides ihuae; Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA; Listeria riparia и Insolitispirillum peregrinum.
19. Система по п. 18, в которой эффекторный белок С2с2 представляет собой эффекторный белок С2с2 L. wadei F0279 или L. wadei F0279 (Lw2).
20. Система по п. 3, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК подавляют производство обнаруживаемого положительного сигнала.
21. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК подавляют производство обнаруживаемого положительного сигнала путем маскирования обнаруживаемого положительного сигнала или производства вместо этого обнаруживаемого отрицательного сигнала.
22. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат молчащую РНК, которая подавляет образование генного продукта, кодируемого сообщающей конструкцией, причем генный продукт производит обнаруживаемый положительный сигнал при экспрессии.
23. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК представляет собой рибозим, который производит отрицательный обнаруживаемый сигнал, и причем положительный обнаруживаемый сигнал производится, когда рибозим деактивируется.
24. Система по п. 23, в которой рибозим преобразует субстрат в первый цвет, и причем субстрат преобразуется во второй цвет, когда рибозим деактивирован.
25. Система по п. 20, в которой маскирующее средство на основе РНК представляет собой РНК-аптамер и/или содержит РНК-связанный ингибитор.
26. Система по п. 25, в которой аптамер или РНК-связанный ингибитор изолирует фермент, причем фермент производит обнаруживаемый сигнал при высвобождении из аптамера или РНК-связанного ингибитора, воздействуя на субстрат.
27. Система по п. 25, в которой аптамер представляет собой ингибирующий аптамер, который ингибирует фермент и препятствует тому, чтобы фермент катализировал производство обнаруживаемого сигнала из субстрата, или причем РНК-связанный ингибитор ингибирует фермент и препятствует тому, чтобы фермент катализировал производство обнаруживаемого сигнала из субстрата.
28. Система по п. 27, в которой фермент представляет собой тромбин, белок С, нейтрофильную эластазу, субтилизин, пероксидазу хрена, бета-галактозидазу или щелочную фосфатазу теленка.
29. Система по п. 28, в которой фермент представляет собой тромбин, а субстрат представляет собой пара-нитроанилид, ковалентно связанный с пептидным субстратом для тромбина, или 7-амино-4-метилкумарин, ковалентно связанный с пептидным субстратом для тромбина.
30. Система по п. 25, в которой аптамер изолирует пару средств, которые при высвобождении из аптамеров объединяются для производства обнаруживаемого сигнала.
31. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат олигонуклеотид РНК, к которому присоединены обнаруживаемый лиганд и маскирующий компонент.
32. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат наночастицу, удерживаемую в совокупности с помощью мостиковых молекул, причем по меньшей мере часть мостиковых молекул содержит РНК, и причем раствор претерпевает сдвиг цвета, когда наночастица распределяется в растворе.
33. Система по п. 32, в которой наночастица представляет собой коллоидный металл.
34. Система по п. 33, в которой коллоидный металл представляет собой коллоидное золото.
35. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат квантовую точку, связанную с одной или более молекулами-гасителями связывающей молекулой, причем по меньшей мере часть связывающей молекулы содержит РНК.
36. Система по п. 20, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат РНК в комплексе с интеркалирующим средством, причем интеркалирующее средство изменяет абсорбцию при расщеплении РНК.
37. Система по п. 36, в которой интеркалирующее средство представляет собой пиронин-Y или метиленовый синий.
38. Система по п. 31, в которой обнаруживаемый лиганд представляет собой флуорофор, а маскирующий компонент представляет собой молекулу-гаситель.
39. Система по п. 3, в которой одну или более маскирующих конструкций на основе РНК можно расщеплять с помощью нацеленного на РНК эффекторного белка CRISPR и белка CRISPR типа IIIа.
40. Система по п. 39, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат маскирующую конструкцию на основе РНК, которая может расщепляться нацеленным на РНК эффекторным белком CRISPR.
41. Система по п. 40, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат маскирующую конструкцию на основе РНК, которая может расщепляться белком CRISPR типа IIIа.
42. Система по п. 40, в которой одна или более маскирующих конструкций на основе РНК содержат одну маскирующую конструкцию на основе РНК, которая может расщепляться нацеленным на РНК эффекторным белком CRISPR, и одну маскирующую конструкцию на основе РНК, которая может расщепляться белком CRISPR типа IIIа.
43. Система по п. 42, в которой маскирующая конструкция на основе РНК, которая может расщепляться белком CRISPR типа IIIа, содержит гомополимерную А или С-РНК.
44. Система по п. 3, в которой одна или более направляющих РНК, разработанных для связывания с соответствующими молекулами-мишенями, содержат (синтетическое) несоответствие.
45. Система по п. 44, в которой указанное несоответствие находится выше против хода транскрипции или ниже по ходу транскрипции от SNP или другого однонуклеотидного варианта в указанной молекуле-мишени.
46. Система по п. 3, в которой одна или более направляющих РНК разработаны для выявления однонуклеотидного полиморфизма в РНК-мишени или ДНК-мишени или варианта сплайсинга транскрипта РНК.
47. Система по п. 1, в которой одна или более направляющих РНК разработаны для обнаружения молекулы-мишени или триггерной РНК, которая производит гексаденилаты, содержащие 2'3'-циклический фосфат на конце, при расщеплении нацеленным на РНК эффекторным белком CRISPR.
48. Система по п. 1, в которой одна или более направляющих РНК разработаны для обнаружения молекулы-мишени или триггерной РНК, которая содержит участок поли А.
49. Система по п. 3, в которой одна или более направляющих РНК разработаны для связывания с одной или более молекулами-мишенями, которые являются диагностическими для патологического состояния.
50. Система по п. 49, причем патологическое состояние представляет собой рак.
51. Система по п. 49, причем патологическое состояние представляет собой аутоиммунное заболевание.
52. Система по п. 49, причем патологическое состояние представляет собой инфекцию.
53. Система по п. 52, причем инфекция вызвана вирусом, бактерией, грибом, простейшим или паразитом.
54. Система по п. 53, причем инфекция представляет собой вирусную инфекцию.
55. Система по п. 54, причем вирусная инфекция вызвана ДНК-вирусом.
56. Система по п. 55, причем ДНК-вирус представляет собой Myoviridae, Podoviridae, Siphoviridae, Alloherpesviridae, Herpesviridae (включая в себя вирус герпеса человека и вирус Varicella Zoster), Malocoherpesviridae, Lipothrixviridae, Rudiviridae, Adenoviridae, Ampullaviridae, Ascoviridae, Asfarviridae (включая в себя вирус африканской лихорадки свиней), Baculoviridae, Cicaudaviridae, Clavaviridae, Corticoviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Hytrosaviridae, Iridoviridae, Maseilleviridae, Mimiviridae, Nudiviridae, Nimaviridae, Pandoraviridae, Papillomaviridae, Phycodnaviridae, Plasmaviridae, Polydnaviruses, Polyomaviridae (включая в себя обезьяний вирус 40, JC вирус, вирус ВК), Poxviridae (включая в себя вирус коровьей оспы и натуральной оспы), Sphaerolipoviridae, Tectiviridae, Turriviridae, Dinodnavirus, Salterprovirus, Rhizidovirus.
57. Система по п. 54, причем вирусная инфекция вызвана двухцепочечным РНК-вирусом, РНК-вирусом с положительно-полярной нитью, РНК-вирусом с отрицательно-полярной нитью, ретровирусом или их комбинацией.
58. Система по п. 57, причем вирусная инфекция вызывается вирусом Coronaviridae, вирусом Picornaviridae, вирусом Caliciviridae, вирусом Flaviviridae, вирусом Togaviridae, Bornaviridae, Filoviridae, Paramyxoviridae, Pneumoviridae, Rhabdoviridae, Arenaviridae, Bunyaviridae, Orthomyxoviridae или Deltavirus.
59. Система по п. 58, причем вирусная инфекция вызывается коронавирусом, SARS, полиовирусом, риновирусом, вирусом гепатита А, вирусом Норуолка, вирусом желтой лихорадки, вирусом Западного Нила, вирусом гепатита С, вирусом лихорадки денге, вирусом Зика, вирусом краснухи, вирусом Росс-ривер, вирусом Синдбис, вирусом чикунгуньи, вирусом болезни Борна, вирусом Эбола, вирусом Марбург, вирусом кори, вирусом эпидемического паротита, вирусом Нипах, вирусом Хендра, вирусом ньюкаслской болезни, респираторно-синцитиальным вирусом человека, вирусом бешенства, вирусом Ласса, хантавирусом, вирусом конго-крымской геморрагической лихорадки, вирусом гриппа или вирусом гепатита D.
60. Система по п. 53, причем инфекция представляет собой бактериальную инфекцию.
61. Система по п. 60, причем бактерией, вызывающей бактериальную инфекцию, является вид Acinetobacter, вид Actinobacillus, вид Actinomycetes, вид Actinomyces, вид Aerococcus, вид Aeromonas, вид Anaplasma, вид Alcaligenes, вид Bacillus, вид Bacteriodes, вид Bartonella, вид Bifidobacterium, вид Bordetella, вид Borrelia, вид Brucella, вид Burkholderia, вид Campylobacter, вид Capnocytophaga, вид Chlamydia, вид Citrobacter, вид Coxiella, вид Corynbacterium, вид Clostridium, вид Eikenella, вид Enterobacter, вид Escherichia, вид Enterococcus, вид Ehlichia, вид Epidermophyton, вид Erysipelothrix, вид Eubacterium, вид Francisella, вид Fusobacterium, вид Gardnerella, вид Gemella, вид Haemophilus, вид Helicobacter, вид Kingella, вид Klebsiella, вид Lactobacillus, вид Lactococcus, вид Listeria, вид Leptospira, вид Legionella, вид Leptospira, виды Leuconostoc, вид Mannheimia, вид Microsporum, вид Micrococcus, вид Moraxella, вид Morganell, вид Mobiluncus, вид Micrococcus, виды Mycobacterium, вид Mycoplasm, вид Nocardia, вид Neisseria, вид Pasteurelaa, вид Pediococcus, вид Peptostreptococcus, вид Pityrosporum, вид Plesiomonas, вид Prevotella, вид Porphyromonas, вид Proteus, вид Providencia, вид Pseudomonas, вид Propionibacteriums, вид Rhodococcus, вид Rickettsia, вид Rhodococcus, вид Serratia, вид Stenotrophomonas, вид Salmonella, вид Serratia, вид Shigella, вид Staphylococcus, вид Streptococcus, вид Spirillum, вид Streptobacillus, вид Treponema, вид Tropheryma, вид Trichophyton, вид Ureaplasma, вид Veillonella, вид Vibrio, вид Yersinia, вид Xanthomonas или их комбинация.
62. Система по п. 53, причем инфекция вызвана грибом.
63. Система по п. 62, причем гриб представляет собой Aspergillus, Blastomyces, Candidiasis, Coccidiodomycosis, Cryptococcus neoformans, Cryptococcus gatti, sp. Histoplasma sp. (например, Histoplasma capsulatum), Pneumocystis sp. (например, Pneumocystis jirovecii), Stachybotrys (например, Stachybotrys chartarum), Mucroymcosis, Sporothrix, грибковые инфекции глазной стригущий лишай, Exserohilum, Cladosporium, Geotrichum, Saccharomyces, вид Hansenula, вид Candida, вид Kluycesomy, вид Kluyomy, вид Penicillium, вид Cladosporium, вид Byssochlamys или их комбинации.
64. Система по п. 53, причем инфекция вызвана простейшим.
65. Система по п. 64, причем простейшее представляет собой Euglenozoa, Heterolobosea, Diplomonadida, Amoebozoa, Blastocystic, Apicomplexa или их комбинацию.
66. Система по п. 53, причем инфекция вызвана паразитом.
67. Система по п. 66, причем паразит представляет собой Trypanosoma cruzi (Chagas disease), Т. brucei gambiense, Т. brucei rhodesiense, Leishmania braziliensis, L. infantum, L. mexicana, L. major, L. tropica, L. donovani, Naegleria fowleri, Giardia intestinalis (G. lamblia, G. duodenalis), canthamoeba castellanii, Balamuthia madrillaris, Entamoeba histolytica, Blastocystic hominis, Babesia microti, Cryptosporidium parvum, Cyclospora cayetanensis, Plasmodium falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malariae и Toxoplasma gondii или их комбинации.
68. Система по любому из пп. 1-67, в которой реагенты для амплификации молекул-мишеней РНК включают в себя амплификацию на основе последовательности нуклеиновой кислоты (NASBA), рекомбиназную полимеразную амплификацию (RPA), опосредованную образованием петель изотермическую амплификацию (LAMP), амплификацию с замещением нити (SDA), геликаза-зависимую амплификацию (HDA) или реакцию амплификации с помощью никующего фермента (NEAR), ПЦР, амплификацию с множественным замещением (MDA), амплификацию по типу катящегося кольца (RCA), лигазную цепную реакцию (LCR) или способ амплификации ветвлением (RAM).
69. Система по любому из пп. 1-68, дополнительно включающая в себя систему обогащения CRISPR, причем система обогащения CRISPR разработана для связывания соответствующих молекул-мишеней до обнаружения системой обнаружения CRISPR.
70. Система по п. 69, в которой система обогащения CRISPR содержит каталитически неактивный эффекторный белок CRISPR.
71. Система по п. 70, в которой каталитически неактивный эффекторный белок CRISPR представляет собой каталитически неактивный С2с2.
72. Система по любому из пп. 69-71, в которой эффекторный белок обогащения CRISPR дополнительно содержит метку, причем метка используется для отделения эффекторной системы обогащения CRISPR или для связывания системы обогащения CRISPR с твердым субстратом.
73. Система по п. 72, в которой твердым субстратом является проточная ячейка.
74. Диагностическое устройство, содержащее один или более отдельных дискретных объемов, причем каждый отдельный дискретный объем содержит систему CRISPR по любому из пп. 1-73.
75. Диагностическое устройство по п. 74, в котором каждый отдельный дискретный объем дополнительно содержит один или более аптамеров обнаружения, содержащих сайт связывания маскированного промотора РНК-полимеразы или сайт связывания маскированного праймера.
76. Устройство по п. 74 или 75, в котором каждый отдельный дискретный объем дополнительно содержит реагенты для амплификации нуклеиновых кислот.
77. Устройство по п. 74, в котором молекула-мишень представляет собой ДНК-мишень, а отдельные дискретные объемы дополнительно содержат праймер, который связывает ДНК-мишень и содержит промотор РНК-полимеразы.
78. Устройство по любому из пп. 74-77, в котором отдельные дискретные объемы представляют собой капли.
79. Устройство по любому из пп. 74-78, в котором отдельные дискретные объемы определены на твердом субстрате.
80. Устройство по п. 79, в котором отдельные дискретные объемы представляют собой микролунки.
81. Диагностическое устройство по любому из пп. 74-78, в котором отдельные дискретные объемы представляют собой пятна, определенные на субстрате.
82. Устройство по п. 81, в котором субстрат представляет собой субстрат из гибких материалов.
83. Устройство по п. 82, в котором субстрат из гибких материалов представляет собой бумажный субстрат или субстрат на основе гибкого полимера.
84. Способ обнаружения нуклеиновых кислот-мишеней в образцах, предусматривающий:
распределение образца или набора образцов в один или более отдельных дискретных объемов, причем отдельные дискретные объемы составляют систему CRISPR по любому из пп. 1 или 3-73;
инкубацию образца или набора образцов в условиях, достаточных для связывания одной или более направляющих РНК с одной или более молекулами-мишенями;
активацию эффекторного белка CRISPR посредством связывания одной или более направляющих РНК с одной или более молекулами-мишенями, причем активация эффекторного белка CRISPR приводит к модификации маскирующей конструкции на основе РНК, так что производится обнаруживаемый положительный сигнал; и
обнаружение обнаруживаемого положительного сигнала, причем обнаружение обнаруживаемого положительного сигнала указывает на присутствие одной или более молекул-мишеней в образце.
85. Способ обнаружения полипептидов в образцах, предусматривающий:
распределение образца или набора образцов в наборе отдельных дискретных объемов, причем отдельные дискретные объемы содержат аптамеры для обнаружения пептидов, систему CRISPR по любому из пп. 2-73;
инкубацию образца или набора образцов в условиях, достаточных для связывания аптамеров для обнаружения пептидов с одной или более молекулами-мишенями, причем связывание аптамера с соответствующей молекулой-мишенью обнажает сайт связывания РНК-полимеразы или сайт связывания праймера, что приводит к образованию триггерной РНК;
активацию эффекторного белка РНК посредством связывания одной или более направляющих РНК с триггерной РНК, причем активация эффекторного белка РНК приводит к модификации маскирующей конструкции на основе РНК, так что производится обнаруживаемый положительный сигнал; и
обнаружение обнаруживаемого положительного сигнала, причем обнаружение обнаруживаемого положительного сигнала указывает на присутствие одной или более молекул-мишеней в образце.
86. Способ по п. 84, при котором молекула-мишень представляет собой ДНК-мишень, и способ дополнительно предусматривает связывание ДНК-мишени с праймером, содержащим сайт РНК-полимеразы.
87. Способ по любому из пп. 84-86, дополнительно предусматривающий амплификацию образца РНК или триггерной РНК.
88. Способ по п. 87, при котором амплификация РНК предусматривает амплификацию с помощью NASBA.
89. Способ по п. 87, при котором амплификация РНК предусматривает амплификацию с помощью RPA.
90. Способ по любому из пп. 84-89, при котором образец представляет собой биологический образец или образец окружающей среды.
91. Способ по п. 90, при котором биологический образец представляет собой кровь, плазму, сыворотку, мочу, стул, мокроту, слизистую, лимфатическую жидкость, синовиальную жидкость, желчь, асцит, плевральный выпот, серому, слюну, спинномозговую жидкость, водянистую влагу или стекловидное тело или любой секрет тела, транссудат, экссудат (например, жидкость, полученную из абсцесса или любого другого места инфекции или воспаления), или жидкость, полученную из сустава (например, нормальный сустав или сустав, пораженный заболеванием, таким как ревматоидный артрит, остеоартрит подагра или септический артрит), или мазок кожи или поверхности слизистой оболочки.
92. Способ по п. 90, при котором образец окружающей среды получают из образца пищи, поверхности бумаги, ткани, поверхности металла, поверхности дерева, пластмассы, образца почвы, образца пресной воды, образца сточных вод, образца соленой воды или их комбинации.
93. Способ по любому из пп. 84 или 86-92, при котором одна или более направляющих РНК разработаны для обнаружения однонуклеотидного полиморфизма в РНК-мишени или ДНК-мишени или в варианте сплайсинга транскрипта РНК.
94. Способ по любому из пп. 84-93, при котором одна или более направляющих РНК разработаны для связывания с одной или более молекулами-мишенями, которые являются диагностическими для патологического состояния.
95. Способ по любому из пп. 85-94, при котором одна или более направляющих РНК разработаны для связывания с бесклеточными нуклеиновыми кислотами.
96. Способ по п. 94, при котором патологическое состояние представляет собой инфекцию, заболевание органов, заболевание крови, заболевание иммунной системы, рак, заболевание головного мозга и нервной системы, эндокринное заболевание, заболевание, связанное с беременностью или родами, наследственное заболевание или приобретенное благодаря окружающей среде заболевание.
97. Система по п. 49, причем указанное патологическое состояние характеризуется наличием или отсутствием гена устойчивости или чувствительности к антибиотику или лекарственному средству, а также транскрипта или полипептида, предпочтительно в патогене или клетке.
98. Система по п. 49, причем указанная молекула-мишень представляет собой ген, транскрипт или полипептид устойчивости или чувствительности к антибиотику или лекарственному средству.
99. Система по п. 45, в которой синтетическое несоответствие в указанной направляющей РНК находится в положении 3, 4, 5 или 6 спейсера, предпочтительно в положении 3.
100. Система по п. 44 или 45, в которой указанное несоответствие в указанной направляющей РНК находится в положении 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или 9 спейсера, предпочтительно в положении 5.
101. Система по п. 45 или 100, в которой указанное несоответствие находится на 1, 2, 3, 4 или 5 нуклеотидов выше против хода транскрипции или ниже по ходу транскрипции, предпочтительно на 2 нуклеотида, предпочтительно ниже по ходу транскрипции от указанного SNP или другой однонуклеотидной вариации в указанной направляющей РНК.
102. Система по любому из пп. 1-73 или 97-101, в которой указанная направляющая РНК содержит спейсер, который усечен относительно спейсера дикого типа.
103. Система по любому из пп. 1-73 или 97-102, в которой указанная направляющая РНК содержит спейсер, который содержит менее чем 28 нуклеотидов, предпочтительно и включительно от 20 до 27 нуклеотидов.
104. Система по любому из пп. 1-73 или 97-103, в которой указанная направляющая РНК содержит спейсер, который состоит из 20-25 нуклеотидов или 20-23 нуклеотидов, например, предпочтительно из 20 или 23 нуклеотидов.
105. Система по любому из пп. 1-73 или 97-104, в которой указанная маскирующая конструкция содержит олигонуклеотид РНК, разработанный для связывания последовательности, образующей G-квадруплекс, причем структура G-квадруплекса образована последовательностью, образующей G-квадруплекс при расщеплении маскирующей конструкции, и причем структура G-квадруплекса производит обнаруживаемый положительный сигнал.
106. Способ по любому из пп. 85-96, дополнительно предусматривающий сравнение обнаруживаемого положительного сигнала с (синтетическим) стандартным сигналом.
107. Способ обнаружения нуклеиновой кислоты-мишени в образце, предусматривающий:
контактирование образца с системой обнаружения нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-73 и
применение указанного контактирующего образца к иммунохроматографическому анализу.
108. Способ по п. 107, при котором указанная система обнаружения нуклеиновой кислоты содержит маскирующую конструкцию на основе РНК, содержащую первую и вторую молекулу, и при котором указанный иммунохроматографический анализ предусматривает обнаружение указанной первой и второй молекулы, предпочтительно в дискретных местах обнаружения на тест-полоске.
109. Способ по п. 108, при котором указанную первую молекулу и указанную вторую молекулу обнаруживают путем связывания с антителом, распознающим указанную первую или вторую молекулу, и обнаруживания указанной связанной молекулы предпочтительно с помощью сэндвич-антител.
110. Способ по п. 108 или 109, при котором указанная тест-полоска иммунохроматографического анализа содержит расположенное раньше первое антитело, направленное против указанной первой молекулы, и расположенное далее второе антитело, направленное против указанной второй молекулы, и причем нерасщепленная маскирующая конструкция на основе РНК связывается указанным первым антителом, если нуклеиновая кислота-мишень не присутствует в указанном образце, и причем расщепленная маскирующая конструкция на основе РНК связывается как указанным первым антителом, так и указанным вторым антителом, если нуклеиновая кислота-мишень присутствует в указанном образце.
RU2020113072A 2017-09-09 2018-09-07 Многоэффекторные диагностические системы на основе crispr RU2020113072A (ru)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762556408P 2017-09-09 2017-09-09
US62/556,408 2017-09-09
US201762610121P 2017-12-22 2017-12-22
US62/610,121 2017-12-22
US201862630808P 2018-02-14 2018-02-14
US62/630,808 2018-02-14
PCT/US2018/050091 WO2019051318A1 (en) 2017-09-09 2018-09-07 DIAGNOSTIC SYSTEMS BASED ON MULTI-EFFECT CRISPRASE

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2020113072A true RU2020113072A (ru) 2021-10-11

Family

ID=65635263

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020113072A RU2020113072A (ru) 2017-09-09 2018-09-07 Многоэффекторные диагностические системы на основе crispr

Country Status (10)

Country Link
US (1) US11898142B2 (ru)
EP (1) EP3679130A4 (ru)
KR (1) KR20200062198A (ru)
CN (1) CN111448311A (ru)
AU (1) AU2018329947A1 (ru)
BR (1) BR112020004740A2 (ru)
CA (1) CA3075303A1 (ru)
IL (1) IL273191A (ru)
RU (1) RU2020113072A (ru)
WO (1) WO2019051318A1 (ru)

Families Citing this family (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2020028729A1 (en) 2018-08-01 2020-02-06 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease compositions and methods of use thereof
EP3833761A1 (en) * 2018-08-07 2021-06-16 The Broad Institute, Inc. Novel cas12b enzymes and systems
WO2020142754A2 (en) 2019-01-04 2020-07-09 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease improvements and compositions and methods for nucleic acid amplification and detection
WO2020220013A1 (en) * 2019-04-26 2020-10-29 Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University Proximity-driven activation of crispr-cas systems for detection of diverse molecular analytes
CN110396557B (zh) * 2019-04-30 2023-06-02 广州普世利华科技有限公司 一种基于CRISPR/Cas12a的特异性HPV核酸检测方法
WO2021046257A1 (en) 2019-09-03 2021-03-11 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex cancer diagnostics
EP4031660A1 (en) * 2019-09-20 2022-07-27 The Broad Institute, Inc. Novel type vi crispr enzymes and systems
US11844800B2 (en) 2019-10-30 2023-12-19 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for predicting and preventing relapse of acute lymphoblastic leukemia
CN111235313A (zh) * 2020-03-08 2020-06-05 深圳市创新医学科技有限公司 一种快速检测新型冠状病毒的CRISPR-Cas13方法
CN111334610B (zh) * 2020-03-20 2023-11-14 广东省妇幼保健院 一种登革病毒通用型rt-raa-lfd扩增引物及检测方法
US11851702B2 (en) 2020-03-23 2023-12-26 The Broad Institute, Inc. Rapid diagnostics
WO2021222130A2 (en) * 2020-04-27 2021-11-04 Montana State University Engineered crispr-cas systems and methods for sensitive and specific diagnostics
CN112195164B (zh) * 2020-12-07 2021-04-23 中国科学院动物研究所 工程化的Cas效应蛋白及其使用方法
KR102597362B1 (ko) * 2021-01-19 2023-11-06 한국표준과학연구원 SARS-CoV-2 RNA 절단용 CRISPR-Cas13 조성물 및 PCR 키트
EP4291643A1 (en) * 2021-02-09 2023-12-20 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nucleases and methods of use
CN112725539B (zh) * 2021-02-24 2023-05-23 遵义医科大学珠海校区 一种呼吸合胞病毒的RPA/Cas12a/IF试剂盒及其检测方法
WO2022221590A1 (en) * 2021-04-15 2022-10-20 Amazon Technologies, Inc. Nucleases for signal amplification
DE102021110607A1 (de) * 2021-04-26 2022-10-27 Semikron Elektronik Gmbh & Co. Kg Gerät mit Funktionskomponente und Kunststoffgehäuseelement und Verfahren zur Überprüfung der Echtheit eines solches Geräts
CN113186253B (zh) * 2021-04-27 2022-06-21 福州大学 一种用于检测路易体病标志物的Cas12a-DNAzyme传感器及其制备方法
US20230052518A1 (en) 2021-07-12 2023-02-16 Labsimply, Inc. Nuclease cascade assay
WO2023004391A2 (en) 2021-07-21 2023-01-26 Montana State University Nucleic acid detection using type iii crispr complex
CN113791207A (zh) * 2021-08-06 2021-12-14 南方科技大学 高灵敏度的免疫检测方法及其应用
CN113528686B (zh) * 2021-08-20 2022-05-03 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 用于布氏杆菌的detectr核酸检测的试剂和试剂盒
CN113999921B (zh) * 2021-11-23 2023-06-27 中国医学科学院输血研究所 快速可视化检测福氏志贺氏菌的方法和试剂盒
US11820983B2 (en) 2021-12-13 2023-11-21 Labsimply, Inc. Tuning cascade assay kinetics via molecular design
WO2023114090A2 (en) 2021-12-13 2023-06-22 Labsimply, Inc. Signal boost cascade assay
US11982677B2 (en) 2022-10-02 2024-05-14 Vedabio, Inc. Dimerization screening assays
US11965205B1 (en) 2022-10-14 2024-04-23 Vedabio, Inc. Detection of nucleic acid and non-nucleic acid target molecules
KR102576803B1 (ko) * 2022-10-14 2023-09-12 주식회사 풀무원 CRISPR-Cas 기반의 리스테리아 모노사이토제네스 검출용 조성물 및 이를 이용한 리스테리아 모노사이토제네스 검출방법

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20100128340A (ko) 2008-03-27 2010-12-07 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 종이 기반 마이크로유체 시스템
US20120238008A1 (en) 2011-03-15 2012-09-20 Colorado State University Research Foundation Rapid Detection of Pathogens Using Paper Devices
WO2013071301A1 (en) 2011-11-10 2013-05-16 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Paper based diagnostic test
RU2716420C2 (ru) * 2013-06-17 2020-03-11 Те Брод Инститьют Инк. Доставка и применение систем crispr-cas, векторов и композиций для целенаправленного воздействия и терапии в печени
US9850525B2 (en) * 2014-01-29 2017-12-26 Agilent Technologies, Inc. CAS9-based isothermal method of detection of specific DNA sequence
DK3189140T3 (en) 2014-09-05 2020-02-03 Univ Vilnius Programmerbar RNA-fragmentering ved hjælp af TYPE III-A CRISPR-Cas-systemet af Streptococcus thermophilus
WO2016123243A1 (en) * 2015-01-28 2016-08-04 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for labeling a single-stranded target nucleic acid
EP3365441A1 (en) * 2015-10-22 2018-08-29 The Broad Institute Inc. Type vi-b crispr enzymes and systems
PT3551753T (pt) * 2016-12-09 2022-09-02 Harvard College Diagnósticos baseados num sistema efetor de crispr
US11021740B2 (en) 2017-03-15 2021-06-01 The Broad Institute, Inc. Devices for CRISPR effector system based diagnostics

Also Published As

Publication number Publication date
IL273191A (en) 2020-04-30
WO2019051318A1 (en) 2019-03-14
CA3075303A1 (en) 2019-03-14
BR112020004740A2 (pt) 2020-09-24
US11898142B2 (en) 2024-02-13
KR20200062198A (ko) 2020-06-03
US20200277600A1 (en) 2020-09-03
AU2018329947A1 (en) 2020-04-02
EP3679130A4 (en) 2021-06-30
CN111448311A (zh) 2020-07-24
EP3679130A1 (en) 2020-07-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2020113072A (ru) Многоэффекторные диагностические системы на основе crispr
RU2020124203A (ru) Мультиплексная диагностика на основе эффекторной системы crispr
FI3746568T3 (fi) Crispr-efektorijärjestelmään perustuva diagnostiikka
RU2020115264A (ru) Диагностика на основе эффекторной системы crispr
JP2020537121A5 (ru)
Jauset-Rubio et al. Advances in aptamers-based lateral flow assays
Wu et al. A sensitive lateral flow biosensor for Escherichia coli O157: H7 detection based on aptamer mediated strand displacement amplification
CN106834295B (zh) 一种特异识别细菌脂多糖的广谱核酸适配体及其定向筛选方法
US9322024B2 (en) Aptamers screening method based on graphene without target immobilization and the aptamers obtained from the method
Liu et al. Signaling-probe displacement electrochemical aptamer-based sensor (SD-EAB) for detection of nanomolar kanamycin A
Mishra et al. A novel colorimetric competitive aptamer assay for lysozyme detection based on superparamagnetic nanobeads
WO2011062933A2 (en) Array-based proximity ligation association assays
US20080293051A1 (en) proximity ligation assay
Pourhassan-Moghaddam et al. Protein detection through different platforms of immuno-loop-mediated isothermal amplification
WO2011069029A3 (en) Lateral flow assays
Qin et al. Visual detection of thrombin using a strip biosensor through aptamer-cleavage reaction with enzyme catalytic amplification
Kim et al. Loop-mediated isothermal amplification-based nucleic acid lateral flow assay for the specific and multiplex detection of genetic markers
WO2020220013A1 (en) Proximity-driven activation of crispr-cas systems for detection of diverse molecular analytes
Guo et al. Thrombin-linked aptamer assay for detection of platelet derived growth factor BB on magnetic beads in a sandwich format
CN114127282A (zh) 适体的筛选方法和使用适体的免疫分析方法
Cao et al. Highly sensitive chemiluminescence technology for protein detection using aptamer-based rolling circle amplification platform
JP7365513B2 (ja) 近接検出アッセイのための制御
Xue et al. Aptamer-based exonuclease protection and enzymatic recycling cleavage amplification homogeneous assay for the highly sensitive detection of thrombin
CN112189139A (zh) 用于改进测定的化合物、组合物和方法
Jung et al. A signal-on, colorimetric determination of deoxyribonuclease I activity utilizing the photoinduced synthesis of gold nanoparticles