RU2019108294A - Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк - Google Patents

Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк Download PDF

Info

Publication number
RU2019108294A
RU2019108294A RU2019108294A RU2019108294A RU2019108294A RU 2019108294 A RU2019108294 A RU 2019108294A RU 2019108294 A RU2019108294 A RU 2019108294A RU 2019108294 A RU2019108294 A RU 2019108294A RU 2019108294 A RU2019108294 A RU 2019108294A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
region
adapters
genomic dna
sample
dna
Prior art date
Application number
RU2019108294A
Other languages
English (en)
Inventor
Кристофер К. РЭЙМОНД
Ли П. ЛИМ
Дженнифер ЭРНАНДЕС
Original Assignee
Резолюшн Байосайенс, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Резолюшн Байосайенс, Инк. filed Critical Резолюшн Байосайенс, Инк.
Publication of RU2019108294A publication Critical patent/RU2019108294A/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/10—Ploidy or copy number detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/40—Population genetics; Linkage disequilibrium
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
    • C12Q2523/30—Characterised by physical treatment
    • C12Q2523/301—Sonication
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/191—Modifications characterised by incorporating an adaptor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/16—Assays for determining copy number or wherein the copy number is of special importance
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2545/00—Reactions characterised by their quantitative nature
    • C12Q2545/10—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis
    • C12Q2545/114—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis involving a quantitation step
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • C40B40/08—Libraries containing RNA or DNA which encodes proteins, e.g. gene libraries
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2570/00—Omics, e.g. proteomics, glycomics or lipidomics; Methods of analysis focusing on the entire complement of classes of biological molecules or subsets thereof, i.e. focusing on proteomes, glycomes or lipidomes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/70—Mechanisms involved in disease identification
    • G01N2800/7023—(Hyper)proliferation
    • G01N2800/7028—Cancer

Claims (162)

1. Способ проведения генетического анализа целевой области ДНК из тестируемого образца, включающий
(a) создание библиотеки геномной ДНК, содержащей множество фрагментов библиотеки ДНК, причем каждый из фрагментов указанной библиотеки ДНК содержит фрагмент геномной ДНК из указанного тестируемого образца и адаптер;
(b) приведение в контакт указанной библиотеки геномной ДНК с множеством зондов захвата, которые
к указанному фрагменту геномной ДНК; и
при этом указанный генетический анализ выполняют для обнаружения генетического изменения, указывающего на состояние патологии (заболевания).
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что генетическое изменение, указывающее на состояние патологии, выбирают из однонуклеотидной вариации (ОНВ/SNV), инсерции длиной менее 40 нуклеотидов, делеции участка ДНК длиной менее 40 нуклеотидов и/или изменения количества копий.
3. Способ специфически связываются с целевой областью ДНК, таким образм формируя комплексы между указанными зондами захвата и фрагментами библиотеки ДНК, содержащими целевую область ДНК; и
(c) проведение количественного генетического анализа указанных фрагментов геномной ДНК, содержащих целевую область ДНК;
причем указанный адаптер представляет собой полинуклеотид ДНК, который содержит область амплификации, область тэга образца и якорную область;
при этом указанная область амплификации содержит полинуклеотидную последовательность, способную служить в качестве сайта узнавания праймера для ПЦР амплификации;
при этом тэг образца содержит полинуклеотидную последовательность, которая кодирует идентичность уникального фрагмента библиотеки ДНК и кодирует идентичность тестируемого образца;
при этом указанная якорная область содержит полинуклеотидную последовательность, которая кодирует идентичность тестируемого образца, и при этом указанная якорная область способна присоединяться по п. 1, отличающийся тем, что генетическое изменение, указывающее на состояние патологии, представляет собой изменение количества копий.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что тестируемый образец представляет собой биопсию ткани.
5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что биопсию ткани берут из опухоли или ткани, предположительно являющейся опухолью.
6. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что геномная ДНК представляет собой внеклеточную ДНК (вкДНК) или клеточную ДНК.
7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что геномная ДНК представляет собой вкДНК, выделенную из указанного тестируемого образца; и при этом указанный тестируемый образец представляет собой биологический образец, выбранный из группы, состоящей из амниотической жидкости, крови, плазмы, сыворотки, спермы, лимфатической жидкости, церебральной спинномозговой жидкости, глазной жидкости, мочи, слюны, стула, секрета слизистой и пота.
8. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что фрагменты геномной ДНК получают с помощью стадий, включающих
(i) выделение клеточной ДНК из тестируемого образца;
(ii) фрагментирование клеточной ДНК для получения фрагментов геномной ДНК.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что стадию (ii) осуществляют путем контактирования клеточной ДНК по меньшей мере с одним расщепляющим ферментом.
10. Способ по п. 8, отличающийся тем, что стадию (ii) выполняют путем приложения механического усилия (стресса) к клеточной ДНК.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что механическое усилие прикладывают путем обработки ультразвуком клеточной ДНК.
12. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что тэг образца дополнительно содержит уникальный идентификатор молекулы (UMI), который облегчает идентификацию уникального фрагмента геномной ДНК.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная область амплификации имеет длину от 10 до 50 нуклеотидов.
14. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная область амплификации имеет длину от 20 до 30 нуклеотидов.
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная область амплификации имеет длину 25 нуклеотидов.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что тэг образца имеет длину от 5 до 50 нуклеотидов.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что тэг образца имеет длину от 5 до 15 нуклеотидов.
18. Способ по п. 16, отличающийся тем, что тэг образца имеет длину 8 нуклеотидов.
19. Способ по любому из пп. 12-18, отличающийся тем, что UMI мультипликатор примыкает к/или содержится в области тэга образца.
20. Способ по п. 19, отличающийся тем, что UMI мультипликатор имеет длину от 1 до 5 нуклеотидов.
21. Способ по п. 19, отличающийся тем, что UMI мультипликатор имеет длину 3 нуклеотида и включает одну из 64 возможных нуклеотидных последовательностей.
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что якорная область имеет длину от 1 до 50 нуклеотидов.
23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что якорная область имеет длину от 5 до 25 нуклеотидов.
24. Способ по п. 22 или 23, отличающийся тем, что якорная область имеет длину 10 нуклеотидов.
25. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что стадия (а) включает присоединение фрагментов геномной ДНК к множеству адаптеров.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что фрагменты геномной ДНК восстанавливают на концах перед присоединением указанных фрагментов геномной ДНК с множеством адаптеров.
27. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанные области амплификации каждого адаптера из множества адаптеров содержат идентичную нуклеотидную последовательность.
28. Способ по п. 26 или 27, отличающийся тем, что область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из от 2 до 1000 нуклеотидных последовательностей.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из от 50 до 500 нуклеотидных последовательностей.
30. Способ по п. 28, отличающийся тем, что область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из от 100 до 400 нуклеотидных последовательностей.
31. Способ по п. 28, отличающийся тем, что область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из от 200 до 300 нуклеотидных последовательностей.
32. Способ по п. 28, отличающийся тем, что область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину 8 нуклеотидов.
33. Способ по любому из пп. 28-32, отличающийся тем, что каждая последовательность из указанных нуклеотидных последовательностей является отличной от любой другой последовательности из 240 нуклеотидных последовательностей на расстояние Хэмминга, равное по меньшей мере двум.
34. Способ по любому из пп. 26-33, отличающийся тем, что каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к или содержится в области тэга образца.
35. Способ по любому из пп. 26-34, отличающийся тем, что каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к области тэга образца.
36. Способ по п. 34 или 35, отличающийся тем, что UMI мультипликатор каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину от 1 до 5 нуклеотидов.
37. Способ по п. 36, отличающийся тем, что UMI мультипликатор каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину три нуклеотида.
38. Способ по пп. 26-37, отличающийся тем, что область якорного тэга каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из четырех нуклеотидных последовательностей, и при этом каждая область образца определенной последовательности сопряжена только с одной из четырех якорных областей определенной последовательности.
39. Способ по п. 25 или 26, отличающийся тем, что области амплификации каждого адаптера из множества адаптеров содержат идентичную нуклеотидную последовательность;
причем область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину 8 нуклеотидов, при этом нуклеотидная последовательность каждого тэга образца является отличной от любой другой нуклеотидной последовательности тэгов образца из множества адаптеров на расстояние Хэмминга, равное по меньшей мере двум,
при этом каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к или содержится в пределах области тэга образца, при этом UMI мультипликатор каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину три нуклеотида, и при этом UMI мультипликатор каждой из возможных нуклеотидных последовательностей спарен с каждой областью тэга образца из множества адаптеров,
при этом область якорного тэга каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из четырех нуклеотидных последовательностей, и при этом каждая область образца определенной последовательности сопряжена только с одной из четырех якорных областей определенной последовательности.
40. Способ по любому из пп. 25-39, отличающийся тем, что стадия присоединения фрагментов геномной ДНК к множеству адаптеров включает
(i) присоединение олигонуклеотида, содержащего, по меньшей мере, часть якорной области, к каждому фрагменту геномной ДНК, причем олигонуклеотид, содержащий, по меньшей мере, часть якорной области, представляет собой ДНК дуплекс, содержащий 5'-фосфорилированную цепь присоединения, спаренную с партнерской цепью, причем партнерская цепь является заблокированной от присоединения посредством химической модификации на ее 3'-конце, и при этом указанная цепь присоединения прикреплена к указанному фрагменту геномной ДНК;
(ii) приведение в контакт указанных фрагментов геномной ДНК, прикрепленных к олигонуклеотидам, содержащим, по меньшей мере, часть указанной якорной области, с олигонуклеотидами ДНК, кодирующими полноразмерные адаптерные последовательности для каждой нуклеотидной последовательности адаптера из множества адаптеров; и
(iii) приведение в контакт указанных фрагментов геномной ДНК и олигонуклеотидов ДНК, кодирующих полноразмерную адаптерную последовательность, с полинуклеотидкиназой Т4, Taq ДНК-лигазой и полноразмерной Bst-полимеразой в условиях, подходящих для лигирования ДНК;
тем самым осуществляя прикрепление множества адаптеров к фрагментам геномной ДНК.
41. Способ по любому из пп. 25-40, отличающийся тем, что фрагменты геномной ДНК представляют собой вкДНК.
42. Способ по любому из пп. 25-41, отличающийся тем, что целевую область ДНК анализируют на предмет изменения количества копий.
43. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что стадия (с) включает очистку комплексов, образованных между зондами захвата и фрагментами библиотеки ДНК, содержащими целевую область ДНК.
44. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что стадия (с) включает очистку комплексов, образованных между зондами захвата и фрагментами библиотеки ДНК, содержащими целевую область ДНК, осуществление удлинения праймера и/или амплификации фрагментов библиотеки ДНК, содержащих область, представляющую интерес, из библиотеки геномной ДНК.
45. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что стадия (с) включает очистку комплексов, образованных между зондами захвата и фрагментами библиотеки ДНК, содержащими целевую область ДНК, осуществление удлинения праймера и амплификации фрагментов библиотеки ДНК, содержащих область, представляющую интерес, из библиотеки геномной ДНК.
46. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что стадия (с) включает сиквенирование ДНК фрагментов библиотеки ДНК, содержащих целевую область ДНК, для создания множества ридов (прочтений) сиквенирования.
47. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что геномный анализ включает определение изменения количества копий в интересующей области ДНК, при этом стадия (с) включает
(i) определение количества копий интересующей области, присутствующей в библиотеке геномной ДНК, полученной из тестируемого образца, и
(ii) сравнение количества копий, определенного на стадии (i), с количеством копий интересующей области, присутствующей в библиотеке геномной ДНК, полученной из контрольного образца, причем контрольный образец содержит известное количество копий целевой области ДНК.
48. Способ по п. 47, отличающийся тем, что определение количества копий в интересующей области включает сиквенирование ДНК фрагментов библиотеки ДНК, содержащих целевую область ДНК, для создания множества ридов сиквенирования, причем каждый рид сиквенирования содержит уникальный элемент молекулярной идентификации (UMIE).
49. Способ по п. 48, отличающийся тем, что UMIE содержит информацию о последовательности из адаптера и, по меньшей мере, часть последовательности геномной ДНК.
50. Способ по п. 49, отличающийся тем, что риды сиквенирования, содержащие идентичные UMIE, идентифицируются как уникальная геномная последовательность (УГП/UGS).
51. Способ по любому из пп. 47-50, дополнительно включающий определение необработанного покрытия генома (RGD - raw genomic depth) для каждого из зондов захвата, контактирующего с библиотекой геномной ДНК.
52. Способ по п. 51, отличающийся тем, что определение RGD включает определение среднего количества УГП, связанных с каждой последовательностью зондов захвата в группе повторов образца.
53. Способ по п. 52, отличающийся тем, что зонды захвата, связанные с сильно изменяющимся количеством УГП, идентифицируются как зонды с шумом и удаляются из дальнейших расчетов.
54. Способ по п. 52, дополнительно включающий вычисление RGD для образца, включающее вычисление среднего числового значения всех RGD для всех зондов захвата в образце.
55. Способ по п. 52, отличающийся тем, что значения RGD для зондов с шумом не включены в расчет RGD для образца.
56. Способ по любому из пп. 51-55, отличающийся тем, что RGD для зондов захвата нормализуют по всем образцам в экспериментальной группе путем преобразования RGD для каждого зонда захвата в зонд-специфичное нормализованное количество ридов, включающий
(i) умножение каждого RGD зонда захвата в образце на константу нормализации, причем константа нормализации включает любое действительное число; и
(ii). деление результата (i) на RGD, рассчитанного для соответствующего образца; или
(iii) деление результата (i) на среднюю RGD, рассчитанного для подгруппы зондов.
57. Способ по п. 56, отличающийся тем, что подгруппа зондов представляет собой набор контрольных зондов.
58. Способ по п. 57, отличающийся тем, что зонд-специфическое нормализованное количество ридов преобразуют в значение количества копий, включающий
(i) умножение зонд-специфического нормализованного количества ридов зондов, направленных на аутосомные и/или X-связанные области, на 2 в образцах, полученных от особей женского пола;
(ii) умножение зонд-специфических нормированных ридов зондов, направленных на Y-связанные и/или X-связанные области, на 1 в образцах, полученных от особей мужского пола;
(iii) усреднение продуктов (i) и/или (ii) по всем образцам в эксперименте; и
(iv). деление произведения (i) и/или (ii) на среднее значение (iii).
59. Способ по п. 58, отличающийся тем, что приблизительные значения количества копий для всех зондов, которые нацелены на конкретный ген, усредняются.
60. Способ высокочувствительного обнаружения увеличения количества копий и уменьшения количества копий, включающий
(i) определение RGD для зонда захвата;
(ii) нормализацию RGD для зонда захвата по всем образцам в экспериментальной группе путем преобразования RGD для зонда захвата в зонд-специфическое нормированное количество ридов;
(iii) вычисление приблизительного значения количества копий для каждого зонд-специфического нормированного количества ридов; и
(iv) усреднение приблизительных значений количества копий для всех зондов, нацеленных на конкретный ген.
61. Способ измерения стабильности хромосом, включающий
(i) разработку и валидацию набора из одного или более зондов хромосомной стабильности, причем зонды хромосомной стабильности равномерно распределены по хромосомам человека;
(ii) выполнение целевого сиквенирования на образцах пациентов с использованием одного или более зондов хромосомной стабильности;
(iii) определение приблизительного значения количества копий для каждого хромосомного зонда;
(iv) определение геномного фенотипа образца пациента, причем колебания значений количества копий для одного или более хромосомных зондов в образце пациента указывают на нестабильность генома.
62. Способ лечения рака у субъекта, нуждающегося в этом, в котором субъект был идентифицирован как имеющий дестабилизированный геном согласно способу по п. 61, в котором указанный способ лечения рака включает введение фармацевтически эффективного количества ингибитора PARP.
63. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что область, представляющая интерес, представляет собой ген или часть гена.
64. Способ по п. 63, отличающийся тем, что ген является ассоциированным с заболеванием.
65. Способ по п. 64, отличающийся тем, что заболевание представляет собой рак.
66. Способ по п. 63, отличающийся тем, что указанный ген представляет собой BRCA2, ATM, BRCA1, BRIP1, CHEK2, FANCA, HDAC2 и/или PALB2.
67. Библиотека геномной ДНК, содержащая множество фрагментов библиотеки ДНК, причем каждый из фрагментов библиотеки ДНК содержит адаптер и фрагмент геномной ДНК;
при этом указанный адаптер представляет собой полинуклеотид ДНК, который содержит область амплификации, область тэга образца и якорную область;
при этом указанная область амплификации содержит полинуклеотидную последовательность, способную служить в качестве сайта узнавания праймера для ПЦР амплификации;
при этом указанный тэг образца содержит полинуклеотидную последовательность, которая кодирует идентичность уникального фрагмента библиотеки ДНК и кодирует идентичность тестируемого образца; и
при этом указанная якорная область содержит полинуклеотидную последовательность, которая кодирует идентичность тестируемого образца, и при этом указанная якорная область способна присоединяться к фрагменту геномной ДНК.
68. Библиотека геномной ДНК по п. 67, отличающаяся тем, что тэг образца дополнительно содержит уникальный идентификатор молекулы (UMI), причем UMI облегчает идентификацию уникального фрагмента геномной ДНК.
69. Библиотека геномной ДНК по п. 67 или 68, отличающаяся тем, что указанная область амплификации имеет длину от 10 до 50 нуклеотидов.
70. Библиотека геномной ДНК по п. 69, отличающаяся тем, что указанная область амплификации имеет длину 25 нуклеотидов.
71. Библиотека геномной ДНК по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанный тэг образца имеет длину от 5 до 50 нуклеотидов.
72. Библиотека геномной ДНК по п. 71, отличающаяся тем, что указанный тэг образца имеет длину 8 нуклеотидов.
73. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-72, отличающаяся тем, что UMI мультипликатор примыкает к или содержится в области тэга образца.
74. Библиотека геномной ДНК по п. 73, отличающаяся тем, что UMI мультипликатор имеет длину от 1 до 5 нуклеотидов.
75. Библиотека геномной ДНК по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что якорная область имеет длину от 1 до 50 нуклеотидов.
76. Библиотека геномной ДНК по п.75, отличающаяся тем, что якорная область имеет длину 10 нуклеотидов.
77. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-76, отличающаяся тем, что области амплификации каждого адаптера из множества адаптеров содержат идентичную нуклеотидную последовательность.
78. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-77, отличающаяся тем, что каждая нуклеотидная последовательность тэгов образца является отличной от любой другой последовательности нуклеотидных последовательностей образца на расстояние Хэмминга, равное по меньшей мере двум.
79. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-78, отличающаяся тем, что каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к или содержится в области тэга образца.
80. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-78, отличающаяся тем, что каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к области тэга образца.
81. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-78, отличающаяся тем, что область якорного тэга каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из четырех нуклеотидных последовательностей, и при этом каждая область образца определенной последовательности сопряжена только с одной из четырех якорных областей определенной последовательности.
82. Библиотека геномной ДНК по п. 67, отличающаяся тем, что области амплификации каждого адаптера из множества адаптеров содержат идентичную нуклеотидную последовательность,
причем указанная область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину 8 нуклеотидов, при этом указанная область тэга образца каждого адаптера из множества адаптеров содержит нуклеотидную последовательность, которая является отличной от любой другой нуклеотидной последовательности тэгов образца из множества адаптеров на расстояние Хэмминга, равное по меньшей мере двум;
при этом каждый из указанного множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к или содержится в пределах указанной области тэга образца, при этом указанний UMI мультипликатор каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину три нуклеотида, и при этом указанный UMI мультипликатор каждой из возможных нуклеотидных последовательностей спарен с каждой областью тэга образца из множества адаптеров,
при этом указанная область якорного тэга каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из четырех нуклеотидных последовательностей; и при этом каждая область образца определенной последовательности сопряжена только с одной из четырех якорных областей определенной последовательности.
83. Библиотека геномной ДНК по любому из пп. 67-82, отличающаяся тем, что указанный фрагмент геномной ДНК представляет собой вкДНК.
84. Множество библиотек геномной ДНК, содержащее более одной геномной библиотеки по любому из пп. 67-83.
85. Множество библиотек геномной ДНК по п. 84, отличающееся тем, что последовательности нуклеиновых кислот областей тэгов образцов библиотеки геномной ДНК, принадлежащих множеству библиотек геномной ДНК, отличаются от последовательностей нуклеиновых кислот областей тэгов образцов других библиотек геномной ДНК, принадлежащих множеству геномных ДНК библиотек.
86. Множество библиотек геномной ДНК по п. 84 или 85, отличающееся тем, что последовательности нуклеиновых кислот указанных областей амплификации библиотеки геномной ДНК, принадлежащих указанному множеству библиотек геномной ДНК, идентичны последовательностям нуклеиновых кислот указанных областей амплификации других библиотек геномной ДНК, принадлежащих указанному множеству библиотек геномной ДНК.
87. Способ генетического анализа целевой области ДНК внеклеточной ДНК (вкДНК), включающий
(a) создание библиотеки ДНК по любому из пп. 67-86;
(b) приведение в контакт указанной библиотеки вкДНК с множеством зондов захвата, которые специфически связываются с целевой областью ДНК, таким образм формируя комплексы между указанными зондами захвата и фрагментами библиотеки ДНК, содержащими указанную целевую область ДНК; и
(c) проведение количественного генетического анализа указанных фрагментов вкДНК, содержащих указанную целевую область ДНК;
тем самым осуществляя генетический анализ указанной целевой области ДНК.
88. Способ прогнозирования, диагностики или мониторинга генетического заболевания у субъекта, включающий
(a) получение тестового образца от субъекта;
(b) выделение геномной ДНК из указанного тестируемого образца;
(c) создание библиотеки ДНК, содержащей множество фрагментов библиотеки ДНК, причем каждый из указанных фрагментов библиотеки ДНК содержит фрагмент геномной ДНК из указанного тестируемого образца и адаптер;
(d) приведение в контакт указанной библиотеки вкДНК с множеством зондов захвата, которые специфически связываются с целевой областью ДНК, таким образм формируя комплексы между указанными зондами захвата и фрагментами библиотеки ДНК, содержащими указанную целевую область ДНК; и
(e) проведение количественного генетического анализа одного или более целевых генетических локусов, ассоциированных с генетическим заболеванием, в библиотеке клонов вкДНК, при этом идентификация или обнаружение одного или более генетических повреждений в одном или более целевых генетических локусах является прогностической для, диагностической для или позволяет отслеживать прогрессирование генетического заболевания.
89. Способ по п. 87 или 88, отличающийся тем, что количественный генетический анализ включает сиквенирование ДНК для создания множества ридов секвенирования.
90. Набор адаптеров, которые кодируют идентичность уникального фрагмента геномной ДНК и идентичность тестового образца, для использования при создании библиотеки геномной ДНК, причем каждый адаптер в указанном наборе адаптеров представляет собой полинуклеотид ДНК, который содержит область амплификации, область тэга образца и якорную область;
при этом указанная область амплификации содержит полинуклеотидную последовательность, способную служить в качестве сайта узнавания праймера для ПЦР амплификации;
при этом указанный тэг образца содержит полинуклеотидную последовательность, которая кодирует идентичность уникального фрагмента библиотеки ДНК и кодирует идентичность тестируемого образца; и
при этом указанная якорная область содержит полинуклеотидную последовательность, которая кодирует идентичность тестируемого образца, и при этом указанная якорная область способна присоединяться к фрагменту геномной ДНК.
91. Набор адаптеров по п. 90, отличающийся тем, что тэг образца дополнительно содержит уникальный идентификатор молекулы (UMI), причем указанный UMI облегчает идентификацию указанного уникального фрагмента геномной ДНК.
92. Набор адаптеров по п. 90 или 91, отличающийся тем, что указанная область амплификации имеет длину от 10 до 50 нуклеотидов.
93. Набор адаптеров по любому из пп. 90-92, отличающийся тем, что указанная область амплификации имеет длину 25 нуклеотидов.
94. Набор адаптеров по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный тэг образца имеет длину от 5 до 50 нуклеотидов.
95. Набор адаптеров по п. 94, отличающийся тем, что указанный тэг образца имеет длину 8 нуклеотидов.
96. Набор адаптеров по любому из пп. 90-95, отличающийся тем, что указанный UMI мультипликатор примыкает к или содержится в области указанного тэга образца.
97. Набор адаптеров по п. 96, отличающийся тем, что указанный UMI мультипликатор имеет длину от 1 до 5 нуклеотидов.
98. Набор адаптеров по пп. 90-97, отличающийся тем, что указанная якорная область имеет длину от 1 до 50 нуклеотидов.
99. Набор адаптеров по п. 98, отличающийся тем, что указанная якорная область имеет длину 10 нуклеотидов.
100. Набор адаптеров по любому из пп. 90-99, отличающийся тем, что области амплификации каждого адаптера из множества адаптеров содержат идентичную нуклеотидную последовательность.
101. Набор адаптеров по п. 100, отличающийся тем, что каждая нуклеотидная последовательность тэгов образца является отличной от любой другой нуклеотидной последовательности тэгов образца набора адаптеров на расстояние Хэмминга, равное по меньшей мере двум.
102. Набор адаптеров по любому из пп. 90-101, отличающийся тем, что каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к или содержится в области тэга образца.
103. Набор адаптеров по любому из пп. 90-101, отличающийся тем, что каждый из множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к области тэга образца.
104. Набор адаптеров по п. 103, отличающийся тем, что указанная область якорного тэга каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из четырех нуклеотидных последовательностей, и при этом каждая область образца определенной последовательности сопряжена только с одной из четырех якорных областей определенной последовательности.
105. Набор адаптеров по любому из пп. 90-104, отличающийся тем, что указанные области амплификации каждого адаптера из множества адаптеров содержат идентичную нуклеотидную последовательность;
причем указанная область тэга образца каждого адаптера имеет длину 8 нуклеотидов, при этом каждая нуклеотидная последовательность тэгов образца является отличной от любой другой нуклеотидной последовательности тэгов образца из набора адаптеров на расстояние Хэмминга, равное по меньшей мере двум,
при этом каждый из указанного множества адаптеров содержит UMI мультипликатор, который примыкает к или содержится в пределах области тэга образца, при этом UMI мультипликатор каждого адаптера из множества адаптеров имеет длину три нуклеотида, при этом UMI мультипликатор содержит одну из 64 возможных нуклеотидных последовательностей, и при этом UMI мультипликатор каждой из 64 возможных нуклеотидных последовательностей спарен с каждой областью тэга образца из множества адаптеров,
при этом указанная область якорного тэга каждого адаптера из множества адаптеров содержит одну из четырех нуклеотидных последовательностей; и при этом каждая область образца определенной последовательности сопряжена только с одной из четырех якорных областей определенной последовательности.
RU2019108294A 2016-08-25 2017-08-24 Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк RU2019108294A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662379593P 2016-08-25 2016-08-25
US62/379,593 2016-08-25
US201762481538P 2017-04-04 2017-04-04
US62/481,538 2017-04-04
PCT/US2017/048434 WO2018039463A1 (en) 2016-08-25 2017-08-24 Methods for the detection of genomic copy changes in dna samples

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2019108294A true RU2019108294A (ru) 2020-09-25

Family

ID=61245331

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019108294A RU2019108294A (ru) 2016-08-25 2017-08-24 Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк

Country Status (12)

Country Link
US (2) US11319594B2 (ru)
EP (1) EP3504347A4 (ru)
JP (3) JP7217224B2 (ru)
KR (2) KR20230035431A (ru)
CN (2) CN109804080B (ru)
AU (1) AU2017315769B2 (ru)
BR (1) BR112019003704A2 (ru)
CA (1) CA3034649A1 (ru)
MX (1) MX2019002093A (ru)
RU (1) RU2019108294A (ru)
SG (1) SG11201901371XA (ru)
WO (1) WO2018039463A1 (ru)

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP6913089B2 (ja) 2015-11-11 2021-08-04 レゾリューション バイオサイエンス， インコーポレイテッド Ｄｎａライブラリーの高効率構築
RU2019108294A (ru) * 2016-08-25 2020-09-25 Резолюшн Байосайенс, Инк. Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк
JP2021514663A (ja) * 2018-03-08 2021-06-17 セント・ジョーンズ・ユニバーシティＳｔ． Ｊｏｈｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ 循環性血清無細胞ｄｎａバイオマーカー及び方法
AU2019351130A1 (en) 2018-09-27 2021-04-08 Grail, Llc Methylation markers and targeted methylation probe panel
CN111118610A (zh) * 2018-10-31 2020-05-08 深圳华大基因股份有限公司 用于基因突变高深度测序的基因芯片及其制备方法和应用
CN112930407A (zh) * 2018-11-02 2021-06-08 加利福尼亚大学董事会 使用非人类核酸诊断和治疗癌症的方法
KR102452413B1 (ko) * 2019-08-19 2022-10-11 주식회사 지씨지놈 핵산 단편간 거리 정보를 이용한 염색체 이상 검출 방법
US20230178182A1 (en) * 2019-08-19 2023-06-08 Green Cross Genome Corporation Method for detecting chromosomal abnormality by using information about distance between nucleic acid fragments
KR102184277B1 (ko) * 2020-01-16 2020-11-30 성균관대학교산학협력단 초음파 진단 및 dna 검사 일체형 ai 자가 건강 관리 장치 및 이를 이용한 원격 의료 진단 방법
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
CN113496760B (zh) * 2020-04-01 2024-01-12 深圳华大基因科技服务有限公司 基于第三代测序的多倍体基因组组装方法和装置
CN113113085B (zh) * 2021-03-15 2022-08-19 杭州杰毅生物技术有限公司 基于智能宏基因组测序数据肿瘤检测的分析系统及方法
GB202108237D0 (en) * 2021-06-09 2021-07-21 Univ London Cancer methods
CN114649094B (zh) * 2022-03-30 2022-11-15 广东省人民医院 一种基于核磁共振的乳腺癌多参数临床决策辅助装置
CA3230267A1 (en) 2022-08-04 2024-02-08 Nam Hoon Hur Battery pack

Family Cites Families (105)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5591582A (en) 1985-07-23 1997-01-07 The Board Of Rijks Universiteit Leiden Methods for detecting activated RAS oncogenes
US5888731A (en) 1995-08-30 1999-03-30 Visible Genetics Inc. Method for identification of mutations using ligation of multiple oligonucleotide probes
CA2268368A1 (en) 1997-08-28 1999-03-11 The Perkin-Elmer Corporation Improved detection of mutations in nucleic acids by chemical cleavage
US6480791B1 (en) 1998-10-28 2002-11-12 Michael P. Strathmann Parallel methods for genomic analysis
US6812341B1 (en) 2001-05-11 2004-11-02 Ambion, Inc. High efficiency mRNA isolation methods and compositions
AU2002365028A1 (en) 2001-07-17 2003-06-30 Stratagene Methods for detection of a target nucleic acid using multi-subunit probes
AU2002322518A1 (en) 2001-08-31 2003-03-18 Rosetta Inpharmactis Llc Methods for preparing nucleic acid samples
US7361821B2 (en) 2002-09-20 2008-04-22 Intel Corporation Controlled alignment of nanobarcodes encoding specific information for scanning probe microscopy (SPM) reading
AU2003284420A1 (en) 2002-12-11 2004-06-30 Keio University Method of constructing assigned molecule and library comprising the same and method of using the same
TW200506052A (en) 2003-05-07 2005-02-16 Takara Bio Inc Method of analyzing DNA region
US7393665B2 (en) 2005-02-10 2008-07-01 Population Genetics Technologies Ltd Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides
EP2476761A3 (en) 2005-07-07 2012-10-17 Athlomics Pty Ltd Polynucleotide marker genes and their expression, for diagnosis of endotoxemia
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
EP1989318B1 (en) 2006-01-06 2014-07-30 Agilent Technologies, Inc. Reaction buffer composition for nucleic acid replication with packed dna polymerases
US7537897B2 (en) 2006-01-23 2009-05-26 Population Genetics Technologies, Ltd. Molecular counting
US8383338B2 (en) 2006-04-24 2013-02-26 Roche Nimblegen, Inc. Methods and systems for uniform enrichment of genomic regions
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
EP2076609A1 (en) 2006-10-10 2009-07-08 Illumina Inc. Compositions and methods for representational selection of nucleic acids fro complex mixtures using hybridization
US20100112590A1 (en) 2007-07-23 2010-05-06 The Chinese University Of Hong Kong Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment
US8067164B2 (en) 2007-08-12 2011-11-29 Integrated Dna Technologies, Inc. Microarray system with improved sequence specificity
US9388457B2 (en) 2007-09-14 2016-07-12 Affymetrix, Inc. Locus specific amplification using array probes
EP2227563B1 (en) 2007-12-05 2012-06-06 Complete Genomics, Inc. Efficient base determination in sequencing reactions
WO2009091798A1 (en) 2008-01-16 2009-07-23 Helicos Biosciences Corporation Quantitative genetic analysis
US8202691B2 (en) 2008-01-25 2012-06-19 Illumina, Inc. Uniform fragmentation of DNA using binding proteins
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
WO2010038042A1 (en) 2008-10-02 2010-04-08 Illumina Cambridge Ltd. Nucleic acid sample enrichment for sequencing applications
WO2010068856A1 (en) 2008-12-11 2010-06-17 Trustees Of Boston University Isolation of rna
CN103952482A (zh) 2009-04-02 2014-07-30 弗卢伊蒂格姆公司 用于对目标核酸进行条形码化的多引物扩增方法
WO2010127186A1 (en) 2009-04-30 2010-11-04 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
US20110003301A1 (en) 2009-05-08 2011-01-06 Life Technologies Corporation Methods for detecting genetic variations in dna samples
ES2595055T3 (es) 2009-08-25 2016-12-27 Illumina, Inc. Métodos para seleccionar y amplificar polinucleótidos
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US9315857B2 (en) 2009-12-15 2016-04-19 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags
US10388403B2 (en) 2010-01-19 2019-08-20 Verinata Health, Inc. Analyzing copy number variation in the detection of cancer
US10378064B1 (en) 2010-04-16 2019-08-13 Chronix Biomedical Analyzing circulating nucleic acids to identify a biomarker representative of cancer presented by a patient population
US9677118B2 (en) 2014-04-21 2017-06-13 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US8828688B2 (en) 2010-05-27 2014-09-09 Affymetrix, Inc. Multiplex amplification methods
US20110319290A1 (en) 2010-06-08 2011-12-29 Nugen Technologies, Inc. Methods and Compositions for Multiplex Sequencing
EP2426217A1 (en) 2010-09-03 2012-03-07 Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Analytical methods for cell free nucleic acids and applications
EP3572528A1 (en) 2010-09-24 2019-11-27 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
KR102040307B1 (ko) 2010-11-30 2019-11-27 더 차이니즈 유니버시티 오브 홍콩 암과 연관된 유전적 또는 분자적 이상들의 검출
AU2011352070A1 (en) 2010-12-30 2013-07-18 Foundation Medicine, Inc. Optimization of multigene analysis of tumor samples
AU2011358564B9 (en) 2011-02-09 2017-07-13 Natera, Inc Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
WO2012129363A2 (en) 2011-03-24 2012-09-27 President And Fellows Of Harvard College Single cell nucleic acid detection and analysis
HUE050032T2 (hu) 2011-04-12 2020-11-30 Verinata Health Inc Genomfrakciók feloldása polimorfizmus-szám alkalmazásával
EP3246416A1 (en) 2011-04-15 2017-11-22 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
WO2013056178A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Foundation Medicine, Inc. Novel estrogen receptor mutations and uses thereof
CN103103624B (zh) 2011-11-15 2014-12-31 深圳华大基因科技服务有限公司 高通量测序文库的构建方法及其应用
US10227587B2 (en) 2012-01-10 2019-03-12 Berry Genomics Co., Ltd. Method for constructing a plasma DNA sequencing library
US9892230B2 (en) 2012-03-08 2018-02-13 The Chinese University Of Hong Kong Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma
ES2828661T3 (es) 2012-03-20 2021-05-27 Univ Washington Through Its Center For Commercialization Métodos para reducir la tasa de error de la secuenciación de ADN masiva en paralelo mediante el uso de la secuenciación de secuencia consenso bicatenaria
US20130288915A1 (en) 2012-04-27 2013-10-31 Htg Molecular Diagnostics, Inc. Compositions and methods for alk molecular testing
WO2013181170A1 (en) 2012-05-31 2013-12-05 Board Of Regents, The University Of Texas System Method for accurate sequencing of dna
AU2013286635B2 (en) 2012-07-03 2018-11-08 Foundation Medicine, Inc. Tm-enhanced blocking oligonucleotides and baits for improved target enrichment and reduced off-target selection
WO2014020502A2 (en) 2012-07-31 2014-02-06 Novartis Ag Markers associated with human double minute 2 inhibitors
WO2014022830A2 (en) 2012-08-03 2014-02-06 Foundation Medicine, Inc. Human papilloma virus as predictor of cancer prognosis
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US20160040229A1 (en) 2013-08-16 2016-02-11 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
KR102028375B1 (ko) 2012-09-04 2019-10-04 가던트 헬쓰, 인크. 희귀 돌연변이 및 카피수 변이를 검출하기 위한 시스템 및 방법
CA2886605A1 (en) 2012-09-28 2014-04-03 Cepheid Two-primer pcr for microrna multiplex assay
EP2904534B1 (en) * 2012-10-04 2021-12-15 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US10482994B2 (en) * 2012-10-04 2019-11-19 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
US20150291953A1 (en) 2012-11-02 2015-10-15 Enzymatics Inc. Methods and kits for nucleic acid sample preparation for sequencing
CA2890207A1 (en) 2012-11-05 2014-05-08 Foundation Medicine, Inc. Novel ntrk1 fusion molecules and uses thereof
US9932576B2 (en) 2012-12-10 2018-04-03 Resolution Bioscience, Inc. Methods for targeted genomic analysis
EP2931922B1 (en) 2012-12-14 2018-10-17 Chronix Biomedical Personalized biomarkers for cancer
US11158425B2 (en) 2013-01-05 2021-10-26 Foundation Medicine, Inc. System and method for managing genomic information
WO2014116881A1 (en) 2013-01-23 2014-07-31 Reproductive Genetics And Technology Solutions, Llc Compositions and methods for genetic analysis of embryos
WO2014122288A1 (en) 2013-02-08 2014-08-14 Qiagen Gmbh Method for separating dna by size
ES2946689T3 (es) 2013-03-15 2023-07-24 Univ Leland Stanford Junior Identificación y uso de marcadores tumorales de ácido nucleico circulante
US10017807B2 (en) 2013-03-15 2018-07-10 Verinata Health, Inc. Generating cell-free DNA libraries directly from blood
EP2994847A4 (en) 2013-05-10 2017-04-19 Foundation Medicine, Inc. Analysis of genetic variants
US20150072344A1 (en) 2013-09-10 2015-03-12 Imdaptive Incorporated Barcoded Universal Marker Indicator (BUMI) Tags
US10851414B2 (en) 2013-10-18 2020-12-01 Good Start Genetics, Inc. Methods for determining carrier status
WO2015073711A1 (en) 2013-11-13 2015-05-21 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
CN103668471B (zh) 2013-12-19 2015-09-30 上海交通大学 一种构建dna高通量测序文库的方法及其配套试剂盒
AU2014369841B2 (en) 2013-12-28 2019-01-24 Guardant Health, Inc. Methods and systems for detecting genetic variants
JP6723929B2 (ja) 2014-01-31 2020-07-15 スウィフト バイオサイエンシズ， インク．Ｓｗｉｆｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｉｎｃ． Ｄｎａ基質を処理するための改善された方法
WO2015134552A1 (en) 2014-03-03 2015-09-11 Swift Biosciences, Inc. Enhanced adaptor ligation
US10975371B2 (en) * 2014-04-29 2021-04-13 Illumina, Inc. Nucleic acid sequence analysis from single cells
KR20170026383A (ko) 2014-06-26 2017-03-08 10엑스 제노믹스, 인크. 핵산 서열의 분석
CN107075581B (zh) 2014-08-06 2022-03-18 纽亘技术公司 由靶向测序进行数字测量
US20160053301A1 (en) 2014-08-22 2016-02-25 Clearfork Bioscience, Inc. Methods for quantitative genetic analysis of cell free dna
CA2957657A1 (en) * 2014-08-22 2016-02-25 Resolution Bioscience, Inc. Methods for quantitative genetic analysis of cell free dna
CN106661636A (zh) 2014-09-05 2017-05-10 凯杰有限公司 衔接子连接的扩增子的制备
ES2925014T3 (es) 2014-09-12 2022-10-13 Univ Leland Stanford Junior Identificación y uso de ácidos nucleicos circulantes
US9890375B2 (en) 2014-09-12 2018-02-13 Bgi Shenzhen Co., Limited Isolated oligonucleotide and use thereof in nucleic acid sequencing
CA2967447A1 (en) 2014-12-05 2016-06-09 Foundation Medicine, Inc. Multigene analysis of tumor samples
MA40939A (fr) 2014-12-12 2017-10-18 Verinata Health Inc Utilisation de la taille de fragments d'adn acellulaire pour déterminer les variations du nombre de copies
EP3766986B1 (en) 2014-12-31 2022-06-01 Guardant Health, Inc. Detection and treatment of disease exhibiting disease cell heterogeneity and systems and methods for communicating test results
PT3256605T (pt) 2015-02-10 2022-03-17 Univ Hong Kong Chinese Deteção de mutações para rastreio de cancro e análise fetal
TWI730973B (zh) 2015-07-23 2021-06-21 香港中文大學 游離ｄｎａ(ｃｅｌｌ-ｆｒｅｅ ｄｎａ)之片段化模式分析
CN108474040B (zh) 2015-10-09 2023-05-16 夸登特健康公司 使用无细胞dna的基于群体的治疗推荐
EP3359695B1 (en) 2015-10-10 2020-04-15 Guardant Health, Inc. Methods and applications of gene fusion detection in cell-free dna analysis
JP6913089B2 (ja) 2015-11-11 2021-08-04 レゾリューション バイオサイエンス， インコーポレイテッド Ｄｎａライブラリーの高効率構築
US10095831B2 (en) 2016-02-03 2018-10-09 Verinata Health, Inc. Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations
MX2018010362A (es) 2016-02-29 2019-03-28 Found Medicine Inc Metodos y sistemas para evaluar carga mutacional de tumores.
WO2017214557A1 (en) 2016-06-10 2017-12-14 Counsyl, Inc. Nucleic acid sequencing adapters and uses thereof
RU2019108294A (ru) 2016-08-25 2020-09-25 Резолюшн Байосайенс, Инк. Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк
CA3027919C (en) 2016-09-30 2023-02-28 Guardant Health, Inc. Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids
US9850523B1 (en) 2016-09-30 2017-12-26 Guardant Health, Inc. Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids
IL266654B2 (en) 2016-11-17 2024-03-01 Lgc Clinical Diagnostics Inc Methods for preparing reference material for DNA and controls
EP3551769A4 (en) 2016-12-09 2020-10-28 Boreal Genomics, Inc. LINKED LIGATURE
CA3057163A1 (en) 2017-04-14 2018-10-18 Guardant Health, Inc. Methods of attaching adapters to sample nucleic acids
JP2022513124A (ja) 2018-11-21 2022-02-07 アヴィダ バイオメッド， インコーポレイテッド 標的化された核酸ライブラリー形成のための方法

Also Published As

Publication number Publication date
EP3504347A1 (en) 2019-07-03
SG11201901371XA (en) 2019-03-28
AU2017315769A1 (en) 2019-03-21
JP2019526257A (ja) 2019-09-19
JP7217224B2 (ja) 2023-02-02
WO2018039463A1 (en) 2018-03-01
CA3034649A1 (en) 2018-03-01
JP7304393B2 (ja) 2023-07-06
KR102505122B1 (ko) 2023-03-08
EP3504347A4 (en) 2020-04-29
JP2023078336A (ja) 2023-06-06
JP2022023213A (ja) 2022-02-07
US20220325353A1 (en) 2022-10-13
CN109804080A (zh) 2019-05-24
CN109804080B (zh) 2023-07-21
BR112019003704A2 (pt) 2019-05-28
AU2017315769B2 (en) 2024-02-01
KR20190041510A (ko) 2019-04-22
KR20230035431A (ko) 2023-03-13
US11319594B2 (en) 2022-05-03
US20180163272A1 (en) 2018-06-14
CN117286217A (zh) 2023-12-26
MX2019002093A (es) 2019-06-20

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019108294A (ru) Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк
JP2019526257A5 (ru)
US11111541B2 (en) Diagnostic MiRNA markers for Parkinson's disease
RU2018121254A (ru) Высокоэффективное построение библиотек днк
JP2019504618A5 (ru)
CN108138227A (zh) 使用具有独特分子索引(umi)的冗余读段在测序dna片段中抑制误差
ES2385828T3 (es) Sondas, bibliotecas y kits para análisis de mezclas de ácidos nucleicos y procedimientos para construirlos
EP2227568A1 (en) Molecular in vitro diagnosis of breast cancer
CN105793438B (zh) 未知序列的双股线性核酸的全长扩增方法
CN108949992B (zh) 一种与食管鳞癌及其分级相关的生物标志物
EP3638787A1 (en) Diagnostic, prognostic and therapeutic uses of long noncoding rnas for pathologies and toxicities inducing heart disorders
US20160040253A1 (en) Method for manufacturing gastric cancer prognosis prediction model
US20130178389A1 (en) Composite assay for developmental disorders
US20150292013A1 (en) Novel mirnas as diagnostic markers
JP2010531147A (ja) フュージョン遺伝子マイクロアレイ
CN114599797A (zh) 基于保守基因座的哺乳动物dna甲基化测量
JP2021531016A (ja) 無細胞ｄｎａ損傷分析およびその臨床応用
KR20150014937A (ko) Rna 완전성을 결정하는 방법
CN110777199B (zh) 干癣性关节炎的诊断及治疗及其相应的试剂盒
KR101388702B1 (ko) Ｅｇｆｒ 돌연변이 검출을 위한 다중 ｐｃｒ 용 프라이머 세트 및 이를 포함하는 키트
JP6623548B2 (ja) 膵管内乳頭粘液性腫瘍検出用マーカーとキット
CN108103064A (zh) 长链非编码rna及其应用
JP7362901B2 (ja) 塩基のメチル化度の算出方法及びプログラム
RU2738752C1 (ru) Способ идентификации личности и установления родства с помощью InDel полиморфизмов и набор синтетических олигонуклеотидов для их генотипирования
CN112813168B (zh) 一种与口腔鳞癌相关的生物标志物

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20200825