JP2017525369A - アダプター連結アンプリコンの調製 - Google Patents
アダプター連結アンプリコンの調製 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017525369A JP2017525369A JP2017509737A JP2017509737A JP2017525369A JP 2017525369 A JP2017525369 A JP 2017525369A JP 2017509737 A JP2017509737 A JP 2017509737A JP 2017509737 A JP2017509737 A JP 2017509737A JP 2017525369 A JP2017525369 A JP 2017525369A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- dna
- amplicon
- polymerase
- dna ligase
- adapter
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
Abstract
Description
本発明は、分子生物学の分野に、より詳細には、アダプター連結アンプリコンの調製に、および具体的には、標的DNAの配列決定ライブラリーの調製に、それぞれ関する。
アダプター連結された、増幅されたDNAフラグメントは、現代分子生物学技術における多くの適用のために必要とされる。例えば、アダプター連結アンプリコンは、配列決定分析が意図された標的DNAのライブラリーを構成する。DNAサンプル中の標的領域は、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって、増幅手順に供される。PCRから生じるアンプリコンは、その後、アダプター分子へと連結される。標的DNAのアダプター連結アンプリコンもしくはフラグメントは、次いで、配列決定反応へと供される。DNAアダプター分子は、従って、配列決定プライマーに対して特異的であるヌクレオチド配列とともに提供され得る。アダプター連結アンプリコンの生じる集団は、いわゆるライブラリー、特に、アンプリコン配列決定ライブラリーといわれる。
本発明は、アダプター連結アンプリコンを調製するための方法を提供し、上記方法は、
(i)2本鎖アンプリコンと、
−少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
−少なくとも1つのDNAリガーゼ、および
−DNAアダプター分子
とを接触させて、反応混合物を得る工程、
(ii)上記反応混合物を、
−上記ポリヌクレオチドキナーゼによる上記2本鎖アンプリコンの5’リン酸化、および
−上記DNAリガーゼによる上記2本鎖アンプリコンのうちの少なくとも一方の末端への上記DNAアダプター分子の連結、
を同時に可能にする条件下でインキュベートして、アダプター連結アンプリコンを得る工程、
を包含する。
(i)上記標的DNAを、上記標的DNAの2本鎖PCRアンプリコンを生じる条件下でPCRに供する工程、
(ii)上記2本鎖PCRアンプリコンと、
−少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
−少なくとも1つのDNAリガーゼ、および
−DNAアダプター分子、
とを接触させて、反応混合物を得る工程、
(iii)上記反応混合物を、
−上記ポリヌクレオチドキナーゼによる上記2本鎖PCRアンプリコンの5’リン酸化、および
−上記DNAリガーゼによる上記2本鎖PCRアンプリコンのうちの少なくとも一方の末端への上記DNAアダプター分子の連結、
を同時に可能にする条件下でインキュベートして、上記標的DNAの配列決定ライブラリーを得る工程、
を包含する。
(i)少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
(ii)少なくとも1つのDNAリガーゼ、
(iii)DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
(vi)上記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼおよび上記少なくとも1つのDNAリガーゼが酵素として機能することを同時に可能にするように構成された反応緩衝液、ならびに
(v)本発明に従うアダプター連結アンプリコンを調製するための方法を行うためのマニュアル、
を含む。
(i)少なくとも1つのDNAポリメラーゼ、好ましくは、末端アデニリルトランスフェラーゼ活性を含む少なくとも1つのDNAポリメラーゼ、
(ii)少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
(iii)少なくとも1つのDNAリガーゼ、
(iv)DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
(v)PCR緩衝液、
(vi)上記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼおよび上記少なくとも1つのDNAリガーゼが酵素として機能することを同時に可能にするように構成された反応緩衝液、ならびに
(vi)本発明に従う標的DNAの配列決定ライブラリーを調製するための方法を行うためのマニュアル、
を含む。
1.本発明の原理
本発明の目的は、アンプリコン配列決定のための次世代ライブラリー調製作業フローにおける面倒でありかつ時間を浪費する末端修復およびA付加工程を回避することである。本発明者らは、PCRポリメラーゼの末端アデニリルトランスフェラーゼ活性を利用して、PCRの間にアンプリコンの3’末端にA突出部を生成する。PCRの後に、アンプリコンを、組み合わされたリン酸化および連結反応に供する。この反応において、A突出部を有するアンプリコンを、それぞれの鎖の3’末端にT突出部を含む配列決定アダプター、ポリヌクレオチドキナーゼ(PNK)(例えば、T4 PNK)、DNAリガーゼと混合し、リガーゼおよびキナーゼの両方にとって機能する反応緩衝液中でインキュベートする;図1を参照のこと。このスキームにおいて、gDNAは、ゲノムDNAを表し、Piは、無機ホスフェート残基を表す。
本発明の原理を証明するために、本発明者らは、上記の方法を使用して、Taqポリメラーゼを使用するPCRを行い、次いで、T突出部を有するIllumina(登録商標) TruSeq配列決定アダプターへとアンプリコンを直接連結した。簡潔には、4つの同一の50μl PCR反応を、各々テンプレートとして、10ngのヒトゲノムDNA、1×最終濃度でのQIAGEN(登録商標) HotStar Plus Master Mix(化学改変されたTaqポリメラーゼを含む)、ならびに各々0.2μMのヒトIL1R2遺伝子、IL1R2 F(配列1)およびIL1R2 R(配列2)を特異的に認識するPCRプライマーで設定した。PCRサイクリング条件は、以下のとおりであった:最初の変性のために95℃、5分間;次いで、94℃、30秒;60℃、30秒;および72℃、60秒を35サイクル;続いて、最終伸長およびA付加のために72℃、20分間。PCRが完了したら、PCR反応を、QIAGEN(登録商標) MinElute PCR Purification Kitできれいにし、各反応からのPCR生成物を、20μl RNase非含有水中に溶離し、一緒にプールした。次いで、精製したPCR生成物(サンプル1およびサンプル2)のうちの19μlの1つの複製物を、組み合わされたリン酸化および連結反応に、1×Rapid Ligation Buffer(Enzymatics(登録商標))、二重鎖を形成するために2つのオリゴをアニールすることによって生成した1μMのIllumina(登録商標)配列決定アダプター(IDT, 配列3および配列4)、3μlのT4 DNAリガーゼ(T4 DNA Ligase Rapid、600U/μl、Enzymatics(登録商標))および2μlのT4ポリヌクレオチドキナーゼ(T4 PNK、10U/μl、New England Biolabs(登録商標))とともに供した。精製したPCR生成物(サンプル3およびサンプル4)のうちの19μlの別の複製物を、T4ポリヌクレオチドキナーゼなしであるが上記の成分とのみ連結反応に供した;表1を参照のこと。全4つの反応は、50μlの反応容積を有し、室温で30分間行った。
本発明者らはさらに、本発明の原理を、QIAGEN(登録商標) GeneReadTM DNAseq Targeted Panelを使用するアンプリコン配列決定実験で証明した。QIAGEN(登録商標) GeneReadTM DNAseq Targeted Panelは、多重PCRを使用して、目的の遺伝子のエキソンを選択的に増幅する。多重PCRの後、アンプリコンは、配列決定のために、プラットフォーム特異的配列決定アダプターと連結される必要がある。
まとめると、本発明に従う新規な1工程アンプリコン配列決定ライブラリー調製法は、良好な品質を伴って、配列決定ライブラリーを生成することにおいて有効であると示された。さらに、1工程方法はまた、ライブラリー調製作業フローを顕著に能率的にし、プロトコルにおける多重酵素工程および取り扱い工程を除去することによって、潜在的に変動を低減し得る。
まとめると、本発明に従う新規な1工程アンプリコン配列決定ライブラリー調製法は、
良好な品質を伴って、配列決定ライブラリーを生成することにおいて有効であると示され
た。さらに、1工程方法はまた、ライブラリー調製作業フローを顕著に能率的にし、プロ
トコルにおける多重酵素工程および取り扱い工程を除去することによって、潜在的に変動
を低減し得る。
である。
本発明は、例えば以下を提供する。
(項目1)
アダプター連結アンプリコンを調製する方法であって、前記方法は、
(i)2本鎖アンプリコンと、
−少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
−少なくとも1つのDNAリガーゼ、および
−DNAアダプター分子
とを接触させて、反応混合物を得る工程、
(ii)前記反応混合物を、
−前記ポリヌクレオチドキナーゼによる前記2本鎖アンプリコンの5’リン酸化、および
−前記DNAリガーゼによる前記2本鎖アンプリコンのうちの少なくとも一方の末端への前記DNAアダプター分子の連結、
を同時に可能にする条件下でインキュベートして、アダプター連結アンプリコンを得る工程、
を包含する、方法。
(項目2)
前記2本鎖アンプリコンは、2本鎖PCRアンプリコンであるという点で特徴付けられる、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記2本鎖PCRアンプリコンは、末端アデニリルトランスフェラーゼ活性を含むDNAポリメラーゼを使用するPCRから生じるという点で特徴付けられる、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記DNAポリメラーゼは、Taqポリメラーゼ、クレノウフラグメント、TopTaqポリメラーゼ、Tfl−ポリメラーゼ、Tma−ポリメラーゼ、Tne−ポリメラーゼおよびTth−ポリメラーゼからなる群より選択されるという点で特徴付けられる、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記DNAアダプター分子は、T突出部を含むという点で特徴付けられる、項目1〜4のいずれかに記載の方法。
(項目6)
前記ポリヌクレオチドキナーゼは、T4ポリヌクレオチドキナーゼ、T4ポリヌクレオチドキナーゼ(3’ホスファターゼマイナス)からなる群より選択されるという点で特徴付けられる、項目1〜5のいずれかに記載の方法。
(項目7)
前記DNAリガーゼは、T4 DNAリガーゼ、T3 DNAリガーゼ、T7 DNAリガーゼ、E. coli DNAリガーゼ、Taq DNAリガーゼ、および9°N DNAリガーゼからなる群より選択されるという点で特徴付けられる、項目1〜6のいずれかに記載の方法。
(項目8)
前記DNAアダプター分子は、配列決定DNAアダプター分子、好ましくは、次世代配列決定(NGS)のためのDNAアダプター分子であるという点で特徴付けられる、項目1〜7のいずれかに記載の方法。
(項目9)
工程(i)において、前記接触させる工程は、前記2本鎖アンプリコン、前記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、前記少なくとも1つのDNAリガーゼ、および前記DNAアダプター分子を、1つの単一反応容器へと供することによって実現されるという点で特徴付けられる、項目1〜8のいずれかに記載の方法。
(項目10)
工程(ii)の後に、以下の工程:
(iii)アダプター連結PCRアンプリコンを単離する工程、
が行われるという点で特徴付けられる、項目1〜9のいずれかに記載の方法。
(項目11)
標的DNAの配列決定ライブラリーを調製する方法であって、前記方法は、
(i)前記標的DNAを、前記標的DNAの2本鎖PCRアンプリコンを生じる条件下でPCRに供する工程、
(ii)前記2本鎖PCRアンプリコンと、
−少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
−少なくとも1つのDNAリガーゼ、および
−DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
とを接触させて、反応混合物を得る工程、
(iii)前記反応混合物を、
−前記DNAリガーゼによる前記2本鎖PCRアンプリコンの5’リン酸化、および
−前記DNAリガーゼによる前記2本鎖PCRアンプリコンのうちの少なくとも一方の末端への前記DNAアダプター分子の連結、
を同時に可能にする条件下でインキュベートして、前記標的DNAの配列決定ライブラリーを得る工程、
を包含する、方法。
(項目12)
アダプター連結PCRアンプリコンを調製するためのキットであって、前記キットは、
(i)少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
(ii)少なくとも1つのDNAリガーゼ、
(iii)DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
(vi)前記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼおよび前記少なくとも1つのDNAリガーゼが酵素として機能することを同時に可能にするように構成された反応緩衝液、ならびに
(v)項目1〜10のいずれかに記載の方法を行うためのマニュアル、
を含む、キット。
(項目13)
標的DNAの配列決定ライブラリーを調製するためのキットであって、前記キットは、
(i)少なくとも1つのDNAポリメラーゼ、好ましくは、末端アデニリルトランスフェラーゼ活性を含む、少なくとも1つのDNAポリメラーゼ、
(ii)少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
(iii)少なくとも1つのDNAリガーゼ、
(iv)DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
(v)PCR緩衝液、
(vi)前記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼおよび前記少なくとも1つのDNAリガーゼが酵素として機能することを同時に可能にするように構成された反応緩衝液、ならびに
(vi)項目9に記載の方法を行うためのマニュアル、
を含む、キット。
(項目14)
前記DNAポリメラーゼは、Taqポリメラーゼであるという点で特徴付けられる、項目13に記載のキット。
(項目15)
前記ポリヌクレオチドキナーゼは、T4ポリヌクレオチドキナーゼ、クレノウフラグメント、TopTaqポリメラーゼ、Tfl−ポリメラーゼ、Tma−ポリメラーゼ、Tne−ポリメラーゼおよびTth−ポリメラーゼからなる群より選択され、好ましくは、前記DNAリガーゼは、T4 DNAリガーゼ、T3 DNAリガーゼ、T7 DNAリガーゼ、E. coli DNAリガーゼ、Taq DNAリガーゼ、および9°N DNAリガーゼからなる群より選択されるという点で特徴付けられる、項目10〜12のいずれかに記載のキット。
Claims (15)
- アダプター連結アンプリコンを調製する方法であって、前記方法は、
(i)2本鎖アンプリコンと、
−少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
−少なくとも1つのDNAリガーゼ、および
−DNAアダプター分子
とを接触させて、反応混合物を得る工程、
(ii)前記反応混合物を、
−前記ポリヌクレオチドキナーゼによる前記2本鎖アンプリコンの5’リン酸化、および
−前記DNAリガーゼによる前記2本鎖アンプリコンのうちの少なくとも一方の末端への前記DNAアダプター分子の連結、
を同時に可能にする条件下でインキュベートして、アダプター連結アンプリコンを得る工程、
を包含する、方法。 - 前記2本鎖アンプリコンは、2本鎖PCRアンプリコンであるという点で特徴付けられる、請求項1に記載の方法。
- 前記2本鎖PCRアンプリコンは、末端アデニリルトランスフェラーゼ活性を含むDNAポリメラーゼを使用するPCRから生じるという点で特徴付けられる、請求項2に記載の方法。
- 前記DNAポリメラーゼは、Taqポリメラーゼ、クレノウフラグメント、TopTaqポリメラーゼ、Tfl−ポリメラーゼ、Tma−ポリメラーゼ、Tne−ポリメラーゼおよびTth−ポリメラーゼからなる群より選択されるという点で特徴付けられる、請求項3に記載の方法。
- 前記DNAアダプター分子は、T突出部を含むという点で特徴付けられる、請求項1〜4のいずれかに記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドキナーゼは、T4ポリヌクレオチドキナーゼ、T4ポリヌクレオチドキナーゼ(3’ホスファターゼマイナス)からなる群より選択されるという点で特徴付けられる、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記DNAリガーゼは、T4 DNAリガーゼ、T3 DNAリガーゼ、T7 DNAリガーゼ、E. coli DNAリガーゼ、Taq DNAリガーゼ、および9°N DNAリガーゼからなる群より選択されるという点で特徴付けられる、請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
- 前記DNAアダプター分子は、配列決定DNAアダプター分子、好ましくは、次世代配列決定(NGS)のためのDNAアダプター分子であるという点で特徴付けられる、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。
- 工程(i)において、前記接触させる工程は、前記2本鎖アンプリコン、前記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、前記少なくとも1つのDNAリガーゼ、および前記DNAアダプター分子を、1つの単一反応容器へと供することによって実現されるという点で特徴付けられる、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
- 工程(ii)の後に、以下の工程:
(iii)アダプター連結PCRアンプリコンを単離する工程、
が行われるという点で特徴付けられる、請求項1〜9のいずれかに記載の方法。 - 標的DNAの配列決定ライブラリーを調製する方法であって、前記方法は、
(i)前記標的DNAを、前記標的DNAの2本鎖PCRアンプリコンを生じる条件下でPCRに供する工程、
(ii)前記2本鎖PCRアンプリコンと、
−少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
−少なくとも1つのDNAリガーゼ、および
−DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
とを接触させて、反応混合物を得る工程、
(iii)前記反応混合物を、
−前記DNAリガーゼによる前記2本鎖PCRアンプリコンの5’リン酸化、および
−前記DNAリガーゼによる前記2本鎖PCRアンプリコンのうちの少なくとも一方の末端への前記DNAアダプター分子の連結、
を同時に可能にする条件下でインキュベートして、前記標的DNAの配列決定ライブラリーを得る工程、
を包含する、方法。 - アダプター連結PCRアンプリコンを調製するためのキットであって、前記キットは、
(i)少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
(ii)少なくとも1つのDNAリガーゼ、
(iii)DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
(vi)前記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼおよび前記少なくとも1つのDNAリガーゼが酵素として機能することを同時に可能にするように構成された反応緩衝液、ならびに
(v)請求項1〜10のいずれかに記載の方法を行うためのマニュアル、
を含む、キット。 - 標的DNAの配列決定ライブラリーを調製するためのキットであって、前記キットは、
(i)少なくとも1つのDNAポリメラーゼ、好ましくは、末端アデニリルトランスフェラーゼ活性を含む、少なくとも1つのDNAポリメラーゼ、
(ii)少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼ、
(iii)少なくとも1つのDNAリガーゼ、
(iv)DNAアダプター分子、好ましくは、T突出部を含むDNAアダプター分子、
(v)PCR緩衝液、
(vi)前記少なくとも1つのポリヌクレオチドキナーゼおよび前記少なくとも1つのDNAリガーゼが酵素として機能することを同時に可能にするように構成された反応緩衝液、ならびに
(vi)請求項9に記載の方法を行うためのマニュアル、
を含む、キット。 - 前記DNAポリメラーゼは、Taqポリメラーゼであるという点で特徴付けられる、請求項13に記載のキット。
- 前記ポリヌクレオチドキナーゼは、T4ポリヌクレオチドキナーゼ、クレノウフラグメント、TopTaqポリメラーゼ、Tfl−ポリメラーゼ、Tma−ポリメラーゼ、Tne−ポリメラーゼおよびTth−ポリメラーゼからなる群より選択され、好ましくは、前記DNAリガーゼは、T4 DNAリガーゼ、T3 DNAリガーゼ、T7 DNAリガーゼ、E. coli DNAリガーゼ、Taq DNAリガーゼ、および9°N DNAリガーゼからなる群より選択されるという点で特徴付けられる、請求項10〜12のいずれかに記載のキット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP14183695.7 | 2014-09-05 | ||
EP14183695 | 2014-09-05 | ||
PCT/EP2015/069211 WO2016034433A1 (en) | 2014-09-05 | 2015-08-21 | Preparation of adapter-ligated amplicons |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017525369A true JP2017525369A (ja) | 2017-09-07 |
Family
ID=51483331
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017509737A Pending JP2017525369A (ja) | 2014-09-05 | 2015-08-21 | アダプター連結アンプリコンの調製 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US10648031B2 (ja) |
EP (3) | EP3842544A1 (ja) |
JP (1) | JP2017525369A (ja) |
CN (1) | CN106661636A (ja) |
AU (1) | AU2015311099A1 (ja) |
WO (1) | WO2016034433A1 (ja) |
Families Citing this family (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2018121254A (ru) * | 2015-11-11 | 2019-12-16 | Резолюшн Байосайенс, Инк. | Высокоэффективное построение библиотек днк |
CN117286217A (zh) | 2016-08-25 | 2023-12-26 | 分析生物科学有限公司 | 用于检测dna样品中基因组拷贝变化的方法 |
US10982351B2 (en) | 2016-12-23 | 2021-04-20 | Grail, Inc. | Methods for high efficiency library preparation using double-stranded adapters |
US20180216183A1 (en) * | 2017-01-31 | 2018-08-02 | Counsyl, Inc. | High concentration reagents for sample preparation in small well format |
US11274344B2 (en) | 2017-03-30 | 2022-03-15 | Grail, Inc. | Enhanced ligation in sequencing library preparation |
US11118222B2 (en) | 2017-03-31 | 2021-09-14 | Grail, Inc. | Higher target capture efficiency using probe extension |
US20210071240A1 (en) | 2018-04-19 | 2021-03-11 | Massachusetts Institute Of Technology | Single-stranded break detection in double-stranded dna |
WO2020219816A1 (en) * | 2019-04-24 | 2020-10-29 | Co-Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for next generation sequencing (ngs) library preparation |
CN111363784A (zh) * | 2020-03-04 | 2020-07-03 | 北京良芯生物科技发展有限公司 | 一种构建测序文库的方法及试剂盒 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009072972A1 (en) * | 2007-12-03 | 2009-06-11 | Karolinska Institutet Innovations Ab | A method for enzymatic joining of a dsrna adapter to a dsrna molecule |
US20110319299A1 (en) * | 2010-06-24 | 2011-12-29 | Robert Osborne | Methods and compositions for polynucleotide library production, immortalization and region of interest extraction |
WO2012092265A1 (en) * | 2010-12-27 | 2012-07-05 | Ibis Biosciences, Inc. | Nucleic acid sample preparation methods and compositions |
JP2013529472A (ja) * | 2010-06-30 | 2013-07-22 | 深▲せん▼華大基因科技有限公司 | Dna分子タグ技術及びdna不完全断片化技術に基づいたpcrシークエンシング法のhla遺伝子タイピングにおける適用 |
JP2014517688A (ja) * | 2011-05-06 | 2014-07-24 | ニユー・イングランド・バイオレイブス・インコーポレイテツド | ライゲーションの促進 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6013445A (en) * | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
CZ397998A3 (cs) * | 1996-06-06 | 1999-07-14 | Lynx Therapeutics, Inc. | Způsob sekvenční analýzy ligací kódovaného adaptoru |
WO2013082164A1 (en) | 2011-11-28 | 2013-06-06 | Life Technologies Corporation | Enhanced ligation reactions |
-
2015
- 2015-08-21 JP JP2017509737A patent/JP2017525369A/ja active Pending
- 2015-08-21 EP EP21150551.6A patent/EP3842544A1/en not_active Withdrawn
- 2015-08-21 CN CN201580045347.0A patent/CN106661636A/zh active Pending
- 2015-08-21 AU AU2015311099A patent/AU2015311099A1/en not_active Abandoned
- 2015-08-21 EP EP18153059.3A patent/EP3330386A1/en not_active Ceased
- 2015-08-21 WO PCT/EP2015/069211 patent/WO2016034433A1/en active Application Filing
- 2015-08-21 EP EP15753052.8A patent/EP3189157A1/en not_active Withdrawn
- 2015-08-21 US US15/508,251 patent/US10648031B2/en active Active
-
2017
- 2017-11-09 US US15/808,565 patent/US20180057876A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009072972A1 (en) * | 2007-12-03 | 2009-06-11 | Karolinska Institutet Innovations Ab | A method for enzymatic joining of a dsrna adapter to a dsrna molecule |
US20110319299A1 (en) * | 2010-06-24 | 2011-12-29 | Robert Osborne | Methods and compositions for polynucleotide library production, immortalization and region of interest extraction |
JP2013529472A (ja) * | 2010-06-30 | 2013-07-22 | 深▲せん▼華大基因科技有限公司 | Dna分子タグ技術及びdna不完全断片化技術に基づいたpcrシークエンシング法のhla遺伝子タイピングにおける適用 |
WO2012092265A1 (en) * | 2010-12-27 | 2012-07-05 | Ibis Biosciences, Inc. | Nucleic acid sample preparation methods and compositions |
JP2014517688A (ja) * | 2011-05-06 | 2014-07-24 | ニユー・イングランド・バイオレイブス・インコーポレイテツド | ライゲーションの促進 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2015311099A1 (en) | 2017-02-16 |
WO2016034433A1 (en) | 2016-03-10 |
CN106661636A (zh) | 2017-05-10 |
US10648031B2 (en) | 2020-05-12 |
US20170283869A1 (en) | 2017-10-05 |
EP3189157A1 (en) | 2017-07-12 |
EP3330386A1 (en) | 2018-06-06 |
EP3842544A1 (en) | 2021-06-30 |
AU2015311099A2 (en) | 2017-03-16 |
US20180057876A1 (en) | 2018-03-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10648031B2 (en) | Preparation of adapter-ligated amplicons | |
US10301660B2 (en) | Methods and compositions for repair of DNA ends by multiple enzymatic activities | |
CN107922967B (zh) | 用于下一代基因组步移的方法以及相关的组合物和试剂盒 | |
US10988795B2 (en) | Synthesis of double-stranded nucleic acids | |
US8034568B2 (en) | Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions | |
JP2018524988A (ja) | Rnaシークエンシングライブラリーを生成する方法 | |
JP7240337B2 (ja) | ライブラリー調製方法ならびにそのための組成物および使用 | |
JP2006519621A (ja) | Dna重合プロセスにより生成される全ゲノムおよび全トランスクリプトームライブラリーの増幅および分析 | |
CN113106145A (zh) | 用于制备核酸文库的组合物和方法 | |
KR20150089987A (ko) | 염기 특이 반응성 프라이머를 이용한 핵산 증폭방법 | |
WO2016170319A1 (en) | Nucleic acid sample enrichment | |
US20150099670A1 (en) | Method of preparing post-bisulfite conversion DNA library | |
JP6876785B2 (ja) | 単分子配列決定のための一本鎖環状dnaライブラリーを生成するための方法 | |
US20160355870A1 (en) | Generation of ligation-ready dna amplicons | |
CN110468179B (zh) | 选择性扩增核酸序列的方法 | |
US20210310061A1 (en) | Dna amplification method for probe generation | |
JP2022546485A (ja) | 腫瘍高精度アッセイのための組成物および方法 | |
US20210355519A1 (en) | Demand synthesis of polynucleotide sequences | |
EP3673084B1 (en) | Method for introducing mutations | |
CN117625739A (zh) | 同时进行基因组和甲基化组测序的测序接头组合物、建库方法和测序方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170308 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180528 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20190327 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190419 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190531 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20190716 |