RU2016126512A - Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием днк-полимеразы с ингибированной 5'-флэп-эндонуклеазной активностью - Google Patents

Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием днк-полимеразы с ингибированной 5'-флэп-эндонуклеазной активностью Download PDF

Info

Publication number
RU2016126512A
RU2016126512A RU2016126512A RU2016126512A RU2016126512A RU 2016126512 A RU2016126512 A RU 2016126512A RU 2016126512 A RU2016126512 A RU 2016126512A RU 2016126512 A RU2016126512 A RU 2016126512A RU 2016126512 A RU2016126512 A RU 2016126512A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
chain reaction
mutant gene
real
probe
flap
Prior art date
Application number
RU2016126512A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2016126512A3 (ru
Inventor
Чжэ Чжон КИМ
Сун Хо ЧА
Си Кю ЛИМ
Original Assignee
Генотек Корп.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Генотек Корп. filed Critical Генотек Корп.
Publication of RU2016126512A publication Critical patent/RU2016126512A/ru
Publication of RU2016126512A3 publication Critical patent/RU2016126512A3/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/48—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving transferase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1252—DNA-directed DNA polymerase (2.7.7.7), i.e. DNA replicase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
    • C12Q2521/101—DNA polymerase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/301—Endonuclease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/307—Single strand endonuclease

Claims (21)

1. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени, содержащий ингибирование или устранение 5'-флэп-эндонуклеазной активности ДНК-полимераз, обладающих 5'-флэп-эндонуклеазной активностью.
2. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 1, отличающийся тем, что ДНК-полимераза является термостабильной ДНК-полимеразой.
3. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 1, отличающийся тем, что ингибирование или устранение 5'-флэп-эндонуклеазной активности осуществляют посредством по меньшей мере одного процесса, выбранного из следующих процессов:
a) регулирование условий ферментативной реакции;
b) использование рекомбинантной ДНК-полимеразы, 5'-флэп-эндонуклеазная активность которой ингибирована или устранена;
c) добавление ингибиторов 5'-флэп-эндонуклеазной активности; и
d) регулирование расположения по меньшей мере одного участка связывания праймера и зонда относительно ДНК-полимеразы.
4. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 3, отличающийся тем, что в процессе d) 5'-флэп-эндонуклеазная активность ДНК-полимеразы ингибируют путем расположения 5'-флэп-эндонуклеазы в специфическом месте таким образом, что 5'-конец прямого праймера для амплификации и 5'-конец зонда для детектирования находятся в пределах 24-38 оснований от ДНК-полимеразы.
5. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 3, отличающийся тем, что зонд имеет 5'-концевой флэп-участок.
6. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 3, отличающийся тем, что 5'-конец зонда имеет непрерывную флэп-структуру или прерывистую флэп-структуру из одного или нескольких оснований.
7. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 1, отличающийся тем, что мутантный ген содержит по меньшей мере один элемент, выбранный из однонуклеотидного полиморфизма (SNP), делеции, замещения и инсерции одного или нескольких оснований.
8. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием ДНК-полимераз, обладающих 5'-флэп-эндонуклеазной активностью, в котором определение мутантного гена осуществляют с использованием зонда, способного ингибировать 5'-флэп-эндонуклеазную активность ДНК-полимеразы.
9. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием ДНК-полимераз, обладающих 5'-флэп-эндонуклеазной активностью, по п. 8, отличающийся тем, что зонд содержит сайт генетической мутации, расположенный на 5'-конце зонда.
10. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием ДНК-полимераз, обладающих 5'-флэп-эндонуклеазной активностью, по п. 8, отличающийся тем, что мутантный ген содержит по меньшей мере один элемент, выбранный из однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), делеции, замещения и инсерции одного или нескольких оснований.
11. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием ДНК-полимераз, обладающих 5'-флэп-эндонуклеазной активностью, по п. 8, отличающийся тем, что зонд имеет 5'-концевую флэп-структуру, индуцируемую в зависимости от аллелей и ингибирующую 5'-флэп-эндонуклеазную активность ДНК-полимеразы.
12. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием ДНК-полимераз, обладающих 5'-флэп-эндонуклеазной активностью, по п. 11, отличающийся тем, что зонд, имеющий индуцируемую 5'-концевую флэп-структуру, способную ингибировать 5'-флэп-эндонуклеазную активность ДНК-полимеразы, содержит структуру, в которой 5'-флэп имеет одно основание, структуру, в которой 5'-флэп имеет два основания, или прерывистую активируемую структуру, в которой 5'-флэп имеет два основания, а одно концевое основание является сочетаемым (Mis+3(1)).
13. Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием ДНК-полимеразы, обладающей 5'-флэп-эндонуклеазной активностью, по п. 10, отличающийся тем, что мутантный ген, содержащий по меньшей мере один элемент, выбранный из делеции, замещения и инсерции одного или нескольких оснований, расположен у 5'-конца зонда, способного ингибировать FEN-активность ДНК-полимеразы.
14. Набор для полимеразной цепной реакции в режиме реального времени для определения мутантного гена, содержащий матричную ДНК, двухцепочечный прямой праймер, двухцепочечный обратный праймер, зонд и термостабильную ДНК-полимеразу, при этом зонд ингибирует FEN-активность ДНК-полимеразы.
15. Набор для полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 14, отличающийся тем, что зонд представляет собой зонд с двумя метками, модифицированный одновременно красителем-репортером и красителем-гасителем, или немодифицированный зонд.
16. Набор для полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 14, отличающийся тем, что каждый из двухцепочечного прямого праймера и двухцепочечного обратного праймера содержит комплементарно связывающуюся последовательность, а зонд является зондом с двумя метками, модифицированным одновременно красителем-репортером и красителем-гасителем.
17. Набор для полимеразной цепной реакции в режиме реального времени по п. 15, отличающийся тем, что, при использовании немодифицированных зондов, добавлен связывающийся с поверхностью агент или интеркалирующий агент, способный присоединяться к двойным связям ДНК.
RU2016126512A 2014-01-08 2015-01-08 Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием днк-полимеразы с ингибированной 5'-флэп-эндонуклеазной активностью RU2016126512A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020140002306A KR101598398B1 (ko) 2014-01-08 2014-01-08 5''-플랩 엔도뉴클레이즈 활성의 억제를 이용하여 실시간 중합효소 연쇄반응으로 돌연변이 유전자를 검사하는 방법
KR10-2014-0002306 2014-01-08
PCT/KR2015/000167 WO2015105336A1 (ko) 2014-01-08 2015-01-08 5'-플랩 엔도뉴클레이즈 활성이 억제된 dna 폴리머레이즈를 이용하여 실시간 중합효소 연쇄반응으로 돌연변이 유전자를 검사하는 방법

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2016126512A true RU2016126512A (ru) 2018-12-06
RU2016126512A3 RU2016126512A3 (ru) 2019-02-19

Family

ID=53524113

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016126512A RU2016126512A (ru) 2014-01-08 2015-01-08 Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием днк-полимеразы с ингибированной 5'-флэп-эндонуклеазной активностью

Country Status (12)

Country Link
US (2) US10337052B2 (ru)
EP (1) EP3093349B1 (ru)
JP (1) JP6312277B2 (ru)
KR (1) KR101598398B1 (ru)
CN (1) CN106068329B (ru)
AU (1) AU2015205143B2 (ru)
BR (1) BR112016015895A2 (ru)
CA (1) CA2936063C (ru)
MX (1) MX2016009008A (ru)
RU (1) RU2016126512A (ru)
SG (1) SG11201605088WA (ru)
WO (1) WO2015105336A1 (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108531561A (zh) * 2017-03-01 2018-09-14 云南序源生物技术开发有限公司 一种快速检测用于鉴定y染色体单倍型谱系的snp特征位点的试剂盒及方法
WO2019168261A1 (ko) * 2018-02-28 2019-09-06 (주)제노텍 정성적 또는 정량적 돌연변이 유전형 분석방법 및 이 방법을 수행하기 위한 실시간 pcr 키트
CN110408679B (zh) * 2019-07-30 2022-12-16 江西师范大学 一种基于酶辅助循环信号放大的电化学急性白血病基因Pax-5a检测方法

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2002002823A2 (en) * 2000-07-03 2002-01-10 Applera Corporation Polynucleotide sequence assay
CN1318606C (zh) * 2002-09-19 2007-05-30 阿普里拉股份有限公司 检测靶序列的方法和组合物
EP1556510A2 (en) * 2002-10-21 2005-07-27 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues for detecting and analyzing nucleic acids
WO2005092038A2 (en) * 2004-03-22 2005-10-06 The Johns Hopkins University Methods for the detection of nucleic acid differences
WO2006011253A1 (ja) * 2004-07-23 2006-02-02 National Institute Of Advanced Industrial Science And Technology フラップエンドヌクレアーゼ変異体
JP2008067649A (ja) * 2006-09-14 2008-03-27 Osaka Univ 妊孕性診断キット、変異検出方法、ポリヌクレオチド、及びポリペプチド
EP2274448B1 (en) * 2008-03-15 2013-09-18 Hologic, Inc. Compositions and methods for analysis of nucleic acid molecules during amplification reactions
CN101440407A (zh) * 2008-12-12 2009-05-27 深圳华大基因科技有限公司 一种核苷酸突变位点的检测方法
CN101671674B (zh) * 2009-03-27 2010-09-22 郑立谋 一种用于核酸扩增的环形引物及其应用
EP2534263B1 (en) * 2010-02-09 2020-08-05 Unitaq Bio Methods and compositions for universal detection of nucleic acids
KR101164172B1 (ko) * 2010-02-12 2012-07-11 중앙대학교 산학협력단 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 아만타딘 내성 인플루엔자 ａ 바이러스 변이체의 검출 방법
KR20120046018A (ko) * 2010-10-04 2012-05-09 삼성테크윈 주식회사 단일 뉴클레오티드 다형성의 실시간 ｐｃｒ 검출
CN102140509B (zh) * 2010-12-28 2014-05-28 中国人民解放军第四军医大学 一种基于固相载体上核酸扩增的基因突变检测方法
KR20130091939A (ko) * 2012-02-09 2013-08-20 주식회사 씨젠 뉴클레오타이드 변이 검출 방법

Also Published As

Publication number Publication date
RU2016126512A3 (ru) 2019-02-19
CN106068329A (zh) 2016-11-02
AU2015205143A1 (en) 2016-07-21
CA2936063C (en) 2019-02-19
EP3093349A1 (en) 2016-11-16
KR101598398B1 (ko) 2016-02-29
JP6312277B2 (ja) 2018-04-18
AU2015205143B2 (en) 2017-12-14
KR20150082848A (ko) 2015-07-16
US20190316188A1 (en) 2019-10-17
US10337052B2 (en) 2019-07-02
WO2015105336A1 (ko) 2015-07-16
BR112016015895A2 (pt) 2017-09-19
SG11201605088WA (en) 2016-07-28
CA2936063A1 (en) 2015-07-16
US20160326577A1 (en) 2016-11-10
EP3093349B1 (en) 2019-02-20
EP3093349A4 (en) 2017-09-06
MX2016009008A (es) 2017-06-06
JP2017501735A (ja) 2017-01-19
CN106068329B (zh) 2020-03-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7318072B2 (ja) バリアント検出のための方法
JP2010535480A5 (ru)
WO2010141390A3 (en) Nucleotide transient binding for sequencing methods
WO2012093262A3 (en) Mutational analysis
MX2007009809A (es) Amplificacion de sonda por seleccion.
WO2005112544A3 (en) Leptin promoter polymorphisms and uses thereof
RU2016126512A (ru) Способ определения мутантного гена посредством полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием днк-полимеразы с ингибированной 5'-флэп-эндонуклеазной активностью
JP2013515458A5 (ru)
JP2016512041A5 (ru)
Garafutdinov et al. Polymerase chain reaction with nearby primers
WO2011104695A3 (en) Detection of kras mutation in exon 2 by allele specific real time quantitative pcr (as-qpcr)
US20090286251A1 (en) Enzyme Reagents for Amplification of Polynucleotides in the Presence of Inhibitors
RU2016136727A (ru) Набор олигонуклеотидных праймеров, зондов и способ выявления мутации 35delg гена gjb2 методом аллель-специфическая пцр амплификации при наследственной несиндромальной глухоте
Taki et al. A simple ABO genotyping by PCR using sequence-specific primers with mismatched nucleotides
WO2011104694A3 (en) Detection of braf v600e mutation by allele specific real time quantitative pcr (as-qpcr) using locked nucleic acids primers and beacon probes
Park et al. Detection of single-base mutation in RNA using T4 RNA ligase-based nick-joining or DNAzyme-based nick-generation
ES2533732T3 (es) Método para lisis celular en un tampón de reacción de RT-PCR
WO2008093336A3 (en) Genome determination assay
JP6964900B2 (ja) 核酸増幅の特異的抑制方法
Guan et al. Development of cost-effective tetra-ARMS PCR for detection of FecB genotype in sheep
NZ576349A (en) Equine performance test
de Azevedo et al. Analysis of Y chromosome SNPs in Alagoas, northeastern Brazil
Yakimowski et al. Isolation and characterization of 11 microsatellite markers from Sagittaria latifolia (Alismataceae)
EP4219769A3 (en) Compositions, methods and kits to detect rhinovirus nucleic acid
JP7306722B2 (ja) プライマー及びその使用

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20190604