RU2015150098A - Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь - Google Patents

Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь Download PDF

Info

Publication number
RU2015150098A
RU2015150098A RU2015150098A RU2015150098A RU2015150098A RU 2015150098 A RU2015150098 A RU 2015150098A RU 2015150098 A RU2015150098 A RU 2015150098A RU 2015150098 A RU2015150098 A RU 2015150098A RU 2015150098 A RU2015150098 A RU 2015150098A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
oligonucleotide
sequence
specified
target nucleotide
seq
Prior art date
Application number
RU2015150098A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2673733C2 (ru
Inventor
Санна ФИЛЕН
Original Assignee
Орион Диагностика Ой
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Орион Диагностика Ой filed Critical Орион Диагностика Ой
Publication of RU2015150098A publication Critical patent/RU2015150098A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2673733C2 publication Critical patent/RU2673733C2/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (19)

1. Способ обнаружения целевой нуклеотидной последовательности токсикогенной C. difficile в образце, причем указанный способ включает приведение указанного образца в контакт с по меньшей мере одним прямым праймером, по меньшей мере одним обратным праймером и по меньшей мере одним внедряющимся в цепь олигонуклеотидом в условиях, способствующих амплификации указанной целевой нуклеотидной последовательности,
где каждый указанный праймер и указанный внедряющийся в цепь олигонуклеотид содержит участок, комплементарный указанной целевой нуклеотидной последовательности, и
где указанный внедряющийся в цепь олигонуклеотид переводит по меньшей мере часть целевой нуклеотидной последовательности в одноцепочечное состояние, что позволяет связаться указанным прямому праймеру и обратному праймеру.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что целевая нуклеотидная последовательность присутствует в гене, локализованном в патогенном локусе (PaLoc) C. difficile, при этом, необязательно, указанный ген C. difficile является геном tcdB или tcdA.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что содержание GC-nap в целевой нуклеотидной последовательности составляет по меньшей мере 30%.
4. Способ по п. 2, отличающийся тем, что указанный ген C. difficile является геном tcdB, и указанная целевая нуклеотидная последовательность содержит последовательность SEQ ID NO: 1 или вариант указанной последовательности.
5. Способ по п. 2, отличающийся тем, что указанный ген C. difficile является геном tcdA, и указанная целевая нуклеотидная последовательность содержит последовательность SEQ ID NO: 6 или вариант указанной последовательности.
6. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанный прямой праймер является олигонуклеотидом длиною менее 30 нуклеотидов, содержащим последовательность SEQ ID NO: 2 или вариант указанной последовательности, и/или отличающийся тем, что указанный обратный праймер является олигонуклеотидом длиною менее 30 нуклеотидов, содержащим последовательность SEQ ID NO: 3 или вариант указанной последовательности, и/или отличающийся тем, что указанный внедряющийся в цепь олигонуклеотид является олигонуклеотидом длиною более 30 нуклеотидов, содержащим последовательность SEQ ID NO: 4 или вариант указанной последовательности и дополнительно содержащим один или более модифицированных нуклеотидов в своей 3'-области.
7. Способ по п. 5, отличающийся тем, что указанный прямой праймер является олигонуклеотидом длиною менее 30 нуклеотидов, содержащим последовательность SEQ ID NO: 7 или вариант указанной последовательности, и/или отличающийся тем, что указанный обратный праймер является олигонуклеотидом длиною менее 30 нуклеотидов, содержащим последовательность SEQ ID NO: 8 или вариант указанной последовательности, и/или отличающийся тем, что указанный внедряющийся в цепь олигонуклеотид является олигонуклеотидом длиною более 30 нуклеотидов, содержащим последовательность SEQ ID NO: 9 или вариант указанной последовательности и дополнительно содержащим один или более модифицированных нуклеотидов в своей 3'-области.
8. Способ по любому из пп. 1-2 и 4-7, отличающийся тем, что дополнительно включает приведение указанного образца в контакт с рекомбиназой.
9. Способ по любому из пп. 1-2 и 4-7, отличающийся тем, что указанный способ осуществляется при изотермических условиях, способствующих амплификации указанной целевой нуклеотидной последовательности.
10. Композиция, содержащая по меньшей мере два олигонуклеотида, выбранные из (a) прямого праймера, (b) обратного праймера и (c) внедряющегося в цепь олигонуклеотида,
где каждый указанный олигонуклеотид определен по п. 6, или где каждый указанный олигонуклеотид определен по п. 7.
11. Набор, содержащий по меньшей мере два олигонуклеотида, выбранные из (a) прямого праймера, (b) обратного праймера и (c) внедряющегося в цепь олигонуклеотида,
где каждый указанный олигонуклеотид определен по п. 6, или где каждый указанный олигонуклеотид определен по п. 7.
12. Композиция по п. 10 или набор по п. 11, содержащая по меньшей мере один олигонуклеотид из пункта (a), по меньшей мере один олигонуклеотид из пункта (b), и по меньшей мере один олигонуклеотид из пункта (c).
13. Композиция или набор по п. 12, дополнительно содержащая ДНК-полимеразу и/или рекомбиназу.
14. Применение прямого праймера, обратного праймера и, необязательно, внедряющегося в цепь олигонуклеотида, каждый из которых определен по п. 6 или каждый из которых определен по п.7, в способе обнаружения токсикогенной C. difficile.
15. Способ диагностики инфекции, вызванной C. difficile, у пациента, включающий осуществление способа, который определен по любому из пп. 1-9, в образце от указанного пациента.
RU2015150098A 2013-04-25 2014-04-23 Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь RU2673733C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP13275100 2013-04-25
EP13275100.9 2013-04-25
PCT/EP2014/058257 WO2014173963A1 (en) 2013-04-25 2014-04-23 Strand-invasion based dna amplification method

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2015150098A true RU2015150098A (ru) 2017-05-29
RU2673733C2 RU2673733C2 (ru) 2018-11-29

Family

ID=48190428

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015150098A RU2673733C2 (ru) 2013-04-25 2014-04-23 Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь

Country Status (10)

Country Link
US (1) US10227660B2 (ru)
EP (1) EP2989212B1 (ru)
JP (1) JP2016518130A (ru)
KR (1) KR20160036528A (ru)
CN (1) CN105358711A (ru)
AU (1) AU2014257553A1 (ru)
CA (1) CA2908877A1 (ru)
ES (1) ES2687468T3 (ru)
RU (1) RU2673733C2 (ru)
WO (1) WO2014173963A1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2729983C2 (ru) * 2014-06-05 2020-08-13 Орион Диагностика Ой Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь

Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9926596B2 (en) 2011-05-27 2018-03-27 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
JP6193252B2 (ja) 2011-12-01 2017-09-06 ジナプシス インコーポレイテッド 高効率電子配列決定及び検出のためのシステム並びに方法
KR102324117B1 (ko) 2013-11-22 2021-11-10 오리온 디아그노스티카 오와이 가닥 침입에 기초한 증폭에 의한 핵산 검출
WO2015161054A2 (en) * 2014-04-18 2015-10-22 Genapsys, Inc. Methods and systems for nucleic acid amplification
GB201618035D0 (en) 2016-10-25 2016-12-07 Orion Diagnostica Oy Method
EP3530755B1 (de) * 2018-02-26 2020-08-26 AGCT GmbH Verfahren zum anzeigen des fortschrittes der amplifikation von nukleinsäuren und kit zu dessen durchführung
EP3530756A1 (de) * 2018-02-26 2019-08-28 AGCT GmbH Verfahren zur selektiven amplifikation von nukleinsäuren und kit zu dessen durchführung
GB202018125D0 (en) 2020-11-18 2020-12-30 Aidian Oy Method

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU3671099A (en) 1998-04-29 1999-11-16 Trustees Of Boston University Methods and compositions pertaining to pd-loops
US6432642B1 (en) 1999-01-15 2002-08-13 Pe Corporation (Ny) Binary probe and clamp composition and methods for a target hybridization detection
CA2384838C (en) 1999-09-13 2006-07-18 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for linear isothermal amplification of polynucleotide sequences
US7399590B2 (en) 2002-02-21 2008-07-15 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
KR20040032588A (ko) * 2002-10-10 2004-04-17 주식회사 에스제이하이테크 클로스트리듐 디피실에 특이적 올리고뉴크레오타이드시발체, 프로브 및 클로스트리듐 디피실의 검출 방법
US7807802B2 (en) * 2002-11-12 2010-10-05 Abbott Lab Polynucleotides for the amplification and detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae
WO2006051988A1 (ja) 2004-11-15 2006-05-18 Riken 核酸の増幅方法
JP4899009B2 (ja) * 2005-06-02 2012-03-21 財団法人ヒューマンサイエンス振興財団 LAMP法を用いたクロストリディウム・ディフィシルtoxinB遺伝子検出方法およびこの方法に用いるプライマーセット
EP1929049B1 (en) 2005-07-25 2013-04-10 Alere San Diego, Inc. Methods for multiplexing recombinase polymerase amplification
EP2029782B1 (en) 2006-05-04 2014-11-26 Alere San Diego, Inc. Recombinase polymerase amplification
US9096638B2 (en) 2007-09-06 2015-08-04 Geneohm Sciences Canada, Inc. Detection of toxigenic strains of Clostridium difficile
US9062344B2 (en) * 2008-06-11 2015-06-23 Geneform Technologies Limited Isothermal nucleic acid amplification
CN103764850B (zh) * 2011-09-01 2015-11-25 株式会社益力多本社 毒素产生性艰难梭菌的检测方法

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2729983C2 (ru) * 2014-06-05 2020-08-13 Орион Диагностика Ой Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь

Also Published As

Publication number Publication date
CA2908877A1 (en) 2014-10-30
AU2014257553A1 (en) 2015-11-12
EP2989212A1 (en) 2016-03-02
ES2687468T3 (es) 2018-10-25
JP2016518130A (ja) 2016-06-23
EP2989212B1 (en) 2018-07-18
US20160102343A1 (en) 2016-04-14
KR20160036528A (ko) 2016-04-04
CN105358711A (zh) 2016-02-24
RU2673733C2 (ru) 2018-11-29
US10227660B2 (en) 2019-03-12
WO2014173963A1 (en) 2014-10-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2015150098A (ru) Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь
AR119062A2 (es) Evento de maíz mon 87411
RU2016138585A (ru) Композиции и способы для количественного определения последовательности нуклеиновой кислоты в образце
JP2016195614A5 (ru)
WO2015081229A3 (en) Selective amplification of nucleic acid sequences
JP2015096066A5 (ru)
WO2009102896A3 (en) Isothermal nucleic acid amplification methods and compositions
JP2013055956A5 (ru)
MX2010004984A (es) Uso de oligonucleotidos con bases modificadas en hibridacion de acidos nucleicos.
EP1845160A4 (en) NUCLEOTIDE-amplification
ES2531055T3 (es) Cebadores de polinucleótidos para detectar mutaciones de PIK3CA
MX2007009809A (es) Amplificacion de sonda por seleccion.
JP2016537005A5 (ru)
RU2016116333A (ru) Определение нуклеиновых кислот путем амплификации, основанной на встраивании в цепь
BRPI0816047A2 (pt) conjunto de oligonucleotídeos para detecção de um ácido nucleico alvo, métodos para detecção da presença ou ausência de um ácido nucleico alvo e de pelo menos dois ácidos nucleicos alvo, kit, mistura de reação e amplicon identificado por fluorescência
RU2016112354A (ru) Нуклеиново-кислотный зонд
WO2014052487A8 (en) Two-primer pcr for microrna multiplex assay
CN107075585A8 (zh) 具有锁核酸的序列转换和信号扩增dna以及使用其的检测方法
WO2015148218A3 (en) Isothermal amplification under low salt condition
JP2017532044A5 (ru)
JP2016540517A5 (ru)
MY184632A (en) A method of identifying parentage in freshwater prawn macrobrachium rosenbergii
RU2018113750A (ru) Улучшенное выявление коротких гомополимерных повторов
AR090558A1 (es) Evento de maiz dp-004114-3 y metodos para su deteccion
WO2009090311A3 (en) Nucleic acid probes and broad-range primers