RU2009136452A - Культуры с повышенной устойчивостью к фагам - Google Patents

Культуры с повышенной устойчивостью к фагам Download PDF

Info

Publication number
RU2009136452A
RU2009136452A RU2009136452/10A RU2009136452A RU2009136452A RU 2009136452 A RU2009136452 A RU 2009136452A RU 2009136452/10 A RU2009136452/10 A RU 2009136452/10A RU 2009136452 A RU2009136452 A RU 2009136452A RU 2009136452 A RU2009136452 A RU 2009136452A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
bacteriophage
specified
crispr
strain
resistant
Prior art date
Application number
RU2009136452/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2531343C2 (ru
Inventor
Родольф БАРРАНГУ (US)
Родольф БАРРАНГУ
Кристоф ФРЕМО (FR)
Кристоф ФРЕМО
Филипп ХОРВАТ (FR)
Филипп ХОРВАТ
Деннис РОМЕРО (US)
Деннис РОМЕРО
Патрик БУАЙАВАЛЬ (FR)
Патрик БУАЙАВАЛЬ
Original Assignee
Даниско А/С (Dk)
Даниско А/С
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Даниско А/С (Dk), Даниско А/С filed Critical Даниско А/С (Dk)
Publication of RU2009136452A publication Critical patent/RU2009136452A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2531343C2 publication Critical patent/RU2531343C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • C12N15/746—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for lactic acid bacteria (Streptococcus; Lactococcus; Lactobacillus; Pediococcus; Enterococcus; Leuconostoc; Propionibacterium; Bifidobacterium; Sporolactobacillus)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23C—DAIRY PRODUCTS, e.g. MILK, BUTTER OR CHEESE; MILK OR CHEESE SUBSTITUTES; MAKING THEREOF
    • A23C9/00—Milk preparations; Milk powder or milk powder preparations
    • A23C9/12—Fermented milk preparations; Treatment using microorganisms or enzymes
    • A23C9/123—Fermented milk preparations; Treatment using microorganisms or enzymes using only microorganisms of the genus lactobacteriaceae; Yoghurt
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23C—DAIRY PRODUCTS, e.g. MILK, BUTTER OR CHEESE; MILK OR CHEESE SUBSTITUTES; MAKING THEREOF
    • A23C9/00—Milk preparations; Milk powder or milk powder preparations
    • A23C9/12—Fermented milk preparations; Treatment using microorganisms or enzymes
    • A23C9/123—Fermented milk preparations; Treatment using microorganisms or enzymes using only microorganisms of the genus lactobacteriaceae; Yoghurt
    • A23C9/1238—Fermented milk preparations; Treatment using microorganisms or enzymes using only microorganisms of the genus lactobacteriaceae; Yoghurt using specific L. bulgaricus or S. thermophilus microorganisms; using entrapped or encapsulated yoghurt bacteria; Physical or chemical treatment of L. bulgaricus or S. thermophilus cultures; Fermentation only with L. bulgaricus or only with S. thermophilus
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23C—DAIRY PRODUCTS, e.g. MILK, BUTTER OR CHEESE; MILK OR CHEESE SUBSTITUTES; MAKING THEREOF
    • A23C2220/00—Biochemical treatment
    • A23C2220/20—Treatment with microorganisms
    • A23C2220/202—Genetic engineering of microorganisms used in dairy technology
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23V—INDEXING SCHEME RELATING TO FOODS, FOODSTUFFS OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES AND LACTIC OR PROPIONIC ACID BACTERIA USED IN FOODSTUFFS OR FOOD PREPARATION
    • A23V2400/00—Lactic or propionic acid bacteria
    • A23V2400/21—Streptococcus, lactococcus
    • A23V2400/249—Thermophilus
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2795/00—Bacteriophages
    • C12N2795/00011—Details

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Polymers & Plastics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Fodder In General (AREA)
  • Food Preservation Except Freezing, Refrigeration, And Drying (AREA)

Abstract

1. Способ генерирования, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, включающий стадии: ! (а) воздействия на материнский бактериальный штамм, содержащий, по меньшей мере, от части локуса CRISPR, по меньшей мере, до одной последовательности нуклеиновой кислоты для получения смеси бактерий, содержащей, по меньшей мере, один устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, содержащий модифицированный локус CRISPR; ! (b) выбора указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма из указанной смеси бактерий; ! (с) выбора указанных устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR из указанных устойчивых к бактериофагам штаммов, выбранных на стадии (b); и ! (d) выделения указанного, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, где штамм содержит дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR. !2. Способ по п.1, где указанный способ дополнительно включает стадию сравнения указанного локуса CRISPR или его части указанного материнского бактериального штамма и указанного модифицированного локуса CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма для идентификации устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих, по меньшей мере, один дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR, который отсутствует в указанном локусе CRISPR материнского бактериального штамма. ! 3. Способ по п.2, дополнительно включающий стадию выбора указанных устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержа�

Claims (64)

1. Способ генерирования, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, включающий стадии:
(а) воздействия на материнский бактериальный штамм, содержащий, по меньшей мере, от части локуса CRISPR, по меньшей мере, до одной последовательности нуклеиновой кислоты для получения смеси бактерий, содержащей, по меньшей мере, один устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, содержащий модифицированный локус CRISPR;
(b) выбора указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма из указанной смеси бактерий;
(с) выбора указанных устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR из указанных устойчивых к бактериофагам штаммов, выбранных на стадии (b); и
(d) выделения указанного, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, где штамм содержит дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR.
2. Способ по п.1, где указанный способ дополнительно включает стадию сравнения указанного локуса CRISPR или его части указанного материнского бактериального штамма и указанного модифицированного локуса CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма для идентификации устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих, по меньшей мере, один дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR, который отсутствует в указанном локусе CRISPR материнского бактериального штамма.
3. Способ по п.2, дополнительно включающий стадию выбора указанных устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR.
4. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм подвергается воздействию двух или более последовательностей нуклеиновых кислот.
5. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм подвергается одновременному воздействию двух или более последовательностей нуклеиновых кислот.
6. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм последовательно подвергается воздействию двух или более последовательностей нуклеиновых кислот.
7. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм подвергается воздействию указанной последовательности нуклеиновых кислот посредством инфекции, по меньшей мере, одним бактериофагом, содержащим указанную последовательность нуклеиновой кислоты.
8. Способ по п.7, где указанный, по меньшей мере, один бактериофаг выбран из группы семейств вирусов, состоящей из: Corticoviridae, Cystoviridae, Inoviridae, Leviviridae, Microviridae, Myoviridae, Podoviridae, Siphoviridae и Tectiviridae.
9. Способ по п.7, где указанный, по меньшей мере, один бактериофаг представляет собой естественно встречающийся бактериофаг.
10. Способ по п.7, где указанный, по меньшей мере, один бактериофаг представляет собой мутированный бактериофаг, полученный посредством селективного давления с использованием устойчивой к бактериофагам бактерии.
11. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм подвергается воздействию указанной нуклеиновой кислоты посредством естественного механизма захвата нуклеиновых кислот.
12. Способ по п.11, где указанный естественный механизм захвата нуклеиновых кислот включает естественную компетентность.
13. Способ по п.11, где указанный естественный механизм захвата нуклеиновых кислот материнского бактериального штамма осуществляется конъюгацией или трансформацией.
14. Способ по п.1, где указанный устойчивый к бактериофагам штамм представляет собой нечувствительный к бактериофагам мутант.
15. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм представляет собой нечувствительный к бактериофагам мутант.
16. Способ по п.1, где конец 5' и/или конец 3' указанного локуса CRISPR материнского бактериального штамма сравнивается с указанным модифицированным локусом CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма.
17. Способ по п.1, где конец 5' и/или конец 3', по меньшей мере, первого повтора CRISPR или, по меньшей мере, первого спейсера CRISPR локуса CRISPR указанного материнского бактериального штамма сравнивается с указанным модифицированным локусом CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма.
18. Способ по п.1, где указанный устойчивый к бактериофагам вариантный штамм содержит, по меньшей мере, один дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в модифицированном локусе CRISPR.
19. Способ по п.1, где указанная, по меньшей мере, часть указанного локуса CRISPR указанного материнского бактериального штамма и, по меньшей мере, часть указанного модифицированного локуса CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма сравниваются амплификацией, по меньшей мере, части указанного локуса CRISPR и, по меньшей мере, части указанного модифицированного локуса CRISPR, для получения амплифицированной последовательности локуса CRISPR и амплифицированной последовательности модифицированного локуса CRISPR.
20. Способ по п.19, где указанная амплификация проводится с использованием полимеразной цепной реакции.
21. Способ по п.1, где указанная, по меньшей мере, часть указанного локуса CRISPR указанного материнского бактериального штамма и, по меньшей мере, часть указанного модифицированного локуса CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма сравниваются секвенированием, по меньшей мере, части указанного локуса CRISPR и, по меньшей мере, части указанного модифицированного локуса CRISPR.
22. Способ по п.19, дополнительно включающий стадию секвенирования указанной амплифицированной последовательности локуса CRISPR и указанной амплифицированной последовательности модифицированного локуса CRISPR.
23. Способ по п.1, где указанный дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR представляет собой дополнительный элемент повтора-спейсера.
24. Способ по п.1, где указанный дополнительный элемент повтора-спейсера содержит, по меньшей мере, примерно 44 нуклеотида.
25. Способ по п.1, где указанный дополнительный элемент повтора-спейсера содержит от примерно 44 до примерно 119 нуклеотидов.
26. Способ по п.1, где указанный дополнительный элемент повтора-спейсера содержит, по меньшей мере, одну нуклеотидную последовательность, которая имеет, по меньшей мере, 95% идентичность с повтором CRISPR в указанном локусе CRISPR указанного материнского бактериального штамма.
27. Способ по п.1, где указанный дополнительный элемент повтора-спейсера содержит, по меньшей мере, одну нуклеотидную последовательность, которая имеет, по меньшей мере, 95% идентичность с нуклеотидной последовательностью в геноме, по меньшей мере, одного бактериофага.
28. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм представляет собой промышленно применимый штамм.
29. Способ по п.28, где указанный материнский бактериальный штамм восприимчив к инфекции, по меньшей мере, одним бактериофагом.
30. Способ по п.28, где указанный материнский бактериальный штамм содержит штамм, полученный из культуры, выбранной из заквасочных культур, пробиотических культур и культур пищевых добавок.
31. Способ по п.1, где указанный материнский бактериальный штамм выбран из Escherichia, Shigella, Salmonella, Erwinia, Yersinia, Bacillus, Vibrio, Legionella, Pseudomonas, Neisseria, Bordetella, Helicobacter, Listeria, Agrobacterium, Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Clostridium, Corynebacterium, Mycobacterium, Treponema, Borrelia, Francisella, Brucella, Campylobacter, Klebsiella, Frankia, Bartonella, Rickettsia, Shewanella, Serratia, Enterobacter, Proteus, Providencia, Brochothrix, Bifidobacterium, Brevibacterium, Propionibacterium, Lactococcus, Lactobacillus, Pediococcus, Leuconostoc и Oenococcus.
32. По меньшей мере, один устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, полученный с использованием способа по п.1.
33. Устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, полученный способом по п.1, где указанный устойчивый к бактериофагам вариантный штамм представляет собой промышленно применимый штамм.
34. Устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, полученный способом по п.1, где указанный устойчивый к бактериофагам вариантный штамм выбран из заквасочных культур, пробиотических культур и культур пищевой добавки.
35. Композиция, содержащая устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, полученный с использованием способа по п.1.
36. Композиция, содержащая, по меньшей мере, два устойчивых к бактериофагам вариантных штамма, полученных способом по п.1.
37. Пищевой продукт или корм, содержащий композицию по п.35 или 36.
38. Способ получения пищевого продукта или корма, включающий добавление указанной композиции по п.35 или 36 к указанной пище или корму.
39. Заквасочная культура, пробиотическая культура или культура пищевой добавки, содержащая композицию по п.35 или 36.
40. Способ ферментации, включающий добавление композиции по п.35 или 36 к заквасочной культуре.
41. Способ ферментации, включающий добавление композиции по п.35 или 36 к среде ферментации в условиях, при которых происходит брожение компонентов указанной среды ферментации.
42. Способ по п.41, где на указанное брожение не воздействует присутствие бактериофагов.
43. Способ по п.41, где указанная среда ферментации представляет собой пищевой продукт.
44. Способ по п.43, где указанный пищевой продукт представляет собой диетический продукт.
45. Способ по п.44, где указанный диетический продукт представляет собой молоко.
46. Способ по п.41, где, по меньшей мере, две различные композиции, содержащие два или более устойчивых к бактериофагам вариантных штамма, последовательно подвергаются воздействию указанной среды ферментации.
47. Способ уменьшения вредной популяции бактериофагов в среде ферментации, включающий воздействие на среду ферментации, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, полученного с использованием способа по п.1, в условиях, при которых уменьшается популяция бактериофагов.
48. Способ генерирования, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, включающий стадии:
(а) воздействие на материнский бактериальный штамм, содержащий, по меньшей мере, от части локуса CRISPR, по меньшей мере, до одной последовательности нуклеиновой кислоты для получения смеси бактерий, содержащей, по меньшей мере, один устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, содержащий модифицированный локус CRISPR;
(b) выбора устойчивого к бактериофагам вариантного штамма из указанной смеси бактерий;
(с) сравнения указанного локуса CRISPR или его части указанного материнского бактериального штамма и указанного модифицированного локуса CRISPR указанного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма, для идентификации устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих, по меньшей мере, один дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR, который отсутствует в указанном локусе CRISPR указанного материнского бактериального штамма;
(d) выбора указанных устойчивых к бактериофагам вариантных штаммов, содержащих дополнительный фрагмент нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR;
(е) анализа указанного, по меньшей мере, одного дополнительного фрагмента нуклеиновой кислоты в указанном модифицированном локусе CRISPR для идентификации указанного, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма; и
(f) выделения указанного, по меньшей мере, одного устойчивого к бактериофагам вариантного штамма.
49. Способ генерирования мутантов фагов, избегающих CRISPR, включающий:
(а) получение, по меньшей мере, одного материнского фага и устойчивого к фагам бактериального штамма, содержащего, по меньшей мере, один локус CRISPR, где указанный локус CRISPR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая, по меньшей мере, примерно на 95% идентична, по меньшей мере, одной протоспейсерной последовательности в геноме указанного, по меньшей мере, одного материнского фага;
(b) воздействие на указанный, по меньшей мере, один материнский фаг устойчивого к фагам бактериального штамма в таких условиях, чтобы был получен, по меньшей мере, один вариант фага; и
(с) отбор, по меньшей мере, одного варианта фага, где указанный, по меньшей мере, один вариант фага проявляет способность инфицировать указанный устойчивый к фагам бактериальный штамм и представляет собой мутант фага, избегающий CRISPR.
50. Способ по п.49, где указанный устойчивый к фагам бактериальный штамм представляет собой устойчивый к бактериофагам вариантный штамм, полученный с использованием способа по п.48.
51. Способ по п.49, дополнительно включающий стадию сравнения, по меньшей мере, части указанной, по меньшей мере, одной протоспейсерной последовательности и мотива CRISPR, расположенного около указанной, по меньшей мере, одной протоспейсерной последовательности в указанном варианте фага, по меньшей мере, с одной протоспейсерной последовательностью и мотивом CRISPR указанного материнского фага.
52. Способ по п.51, дополнительно включающий стадию выбора указанных вариантных фагов, которые инфицируют указанный устойчивый к фагам бактериальный штамм, где указанные вариантные фаги содержат указанные мутанты фагов, избегающих CRISPR, и где указанные фаги, избегающие CRISPR, содержат, по меньшей мере, одну мутацию в указанной, по меньшей мере, одной протоспейсерной последовательности и/или в мотиве CRISPR указанных мутантов фагов, избегающих CRISPR.
53. Способ по п.49, где указанный способ повторяется один или несколько раз с использованием указанных мутантов фагов, избегающих CRISPR, и другого устойчивого к фагам CRISPR бактериального штамма, содержащего, по меньшей мере, один локус CRISPR, где указанный локус CRISPR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая, по меньшей мере, на 95% идентична, по меньшей мере, одной протоспейсерной последовательности в геноме указанных мутантов фагов, избегающих CRISPR.
54. Способ по п.49, где указанный, по меньшей мере, один бактериофаг выбран из группы семейств вирусов, состоящей из Corticoviridae, Cystoviridae, Inoviridae, Leviviridae, Microviridae, Myoviridae, Podoviridae, Siphoviridae и Tectiviridae.
55. Способ по п.49, где указанный устойчивый к фагам бактериальный штамм выбран из Escherichia, Shigella, Salmonella, Erwinia, Yersinia, Bacillus, Vibrio, Legionella, Pseudomonas, Neisseria, Bordetella, Helicobacter, Listeria, Agrobacterium, Staphylococcus, Enterococcus, Clostridium, Corynebacterium, Mycobacterium, Treponema, Borrelia, Francisella, Brucella, Campylobacter, Klebsiella, Frankia, Bartonella, Rickettsia, Shewanella, Serratia, Enterobacter, Proteus, Providencia, Brochothrix, Bifidobacterium, Brevibacterium, Propionibacterium, Lactococcus, Lactobacillus, Pediococcus, Leuconostoc, Streptococcus и Oenococcus.
56. Мутант фага, избегающий CRISPR, полученный с использованием способа по п.49.
57. Мутант фага, избегающий CRISPR, по п.56, где две или более мутации присутствуют, по меньшей мере, в двух протоспейсерных последовательностях и/или в указанном мотиве CRISPR.
58. Мутант фага, избегающий CRISPR, где геном мутанта фага, избегающий CRISPR, создан методом генной инженерии для включения мутаций, по меньшей мере, в одном протоспейсере и/или указанном мотиве CRISPR.
59. Мутант фага, избегающий CRISPR, где, по меньшей мере, один указанный мотив CRISPR мутирован.
60. Мутант фага, избегающий CRISPR, где, по меньшей мере, один указанный мотив CRISPR подвергнут делеции.
61. Композиция, содержащая, по меньшей мере, один мутант фага, избегающий CRISPR, по п.56.
62. Способ регулирования бактериальных популяций в продукте, включающий воздействие на композиции по п.61, среды ферментации, где указанная среда ферментации содержит, по меньшей мере, одну популяцию нежелательных бактерий, в таких условиях, что популяция указанных нежелательных бактерий уменьшается, и среда ферментации используется для генерирования указанного продукта.
63. Способ по п.62, где указанный продукт выбран из пищевых продуктов, кормов, косметических изделий, продуктов для личного ухода, гигиенических продуктов, ветеринарных продуктов и пищевых добавок.
64. Способ по п.62, где указанный способ повторяется, по меньшей мере, однократно, и указанные другие композиции по п.61 используются при ротации.
RU2009136452/10A 2007-03-02 2008-02-29 Способ генерирования заквасочной культуры, заквасочная культура и способ ферментации с ее использованием RU2531343C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US90472107P 2007-03-02 2007-03-02
US60/904,721 2007-03-02
PCT/US2008/002714 WO2008108989A2 (en) 2007-03-02 2008-02-29 Cultures with improved phage resistance

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014133027A Division RU2687148C1 (ru) 2007-03-02 2014-08-11 Культуры с повышенной устойчивостью к фагам

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2009136452A true RU2009136452A (ru) 2011-04-10
RU2531343C2 RU2531343C2 (ru) 2014-10-20

Family

ID=39736496

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009136452/10A RU2531343C2 (ru) 2007-03-02 2008-02-29 Способ генерирования заквасочной культуры, заквасочная культура и способ ферментации с ее использованием
RU2014133027A RU2687148C1 (ru) 2007-03-02 2014-08-11 Культуры с повышенной устойчивостью к фагам

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2014133027A RU2687148C1 (ru) 2007-03-02 2014-08-11 Культуры с повышенной устойчивостью к фагам

Country Status (20)

Country Link
US (2) US20110002889A1 (ru)
EP (3) EP2489275B1 (ru)
JP (2) JP5932207B2 (ru)
CN (2) CN104531672B (ru)
AU (1) AU2008223544B2 (ru)
BR (1) BRPI0808704B1 (ru)
CY (1) CY1116417T1 (ru)
DK (2) DK2860267T3 (ru)
ES (2) ES2719789T3 (ru)
HK (1) HK1142930A1 (ru)
HR (1) HRP20150676T1 (ru)
HU (1) HUE025412T2 (ru)
MX (1) MX2009009071A (ru)
NZ (2) NZ579002A (ru)
PL (1) PL2126130T3 (ru)
PT (1) PT2126130E (ru)
RU (2) RU2531343C2 (ru)
SI (1) SI2126130T1 (ru)
TR (1) TR201905633T4 (ru)
WO (1) WO2008108989A2 (ru)

Cited By (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2687451C1 (ru) * 2012-12-12 2019-05-13 Те Брод Инститьют, Инк. Системы crispr-cas и способы изменения экспрессии продуктов генов
RU2694316C1 (ru) * 2013-12-06 2019-07-11 Хейнекен Сэпплай Чэйн Б.В. Новая система изменения генома для микроорганизмов
RU2701850C2 (ru) * 2012-12-12 2019-10-01 Те Брод Инститьют, Инк. Конструирование систем, способы и оптимизированные направляющие композиции для манипуляции с последовательностями
US10494621B2 (en) 2015-06-18 2019-12-03 The Broad Institute, Inc. Crispr enzyme mutations reducing off-target effects
US10550372B2 (en) 2013-12-12 2020-02-04 The Broad Institute, Inc. Systems, methods and compositions for sequence manipulation with optimized functional CRISPR-Cas systems
US10577630B2 (en) 2013-06-17 2020-03-03 The Broad Institute, Inc. Delivery and use of the CRISPR-Cas systems, vectors and compositions for hepatic targeting and therapy
US10696986B2 (en) 2014-12-12 2020-06-30 The Board Institute, Inc. Protected guide RNAS (PGRNAS)
US10711285B2 (en) 2013-06-17 2020-07-14 The Broad Institute, Inc. Optimized CRISPR-Cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
US10781444B2 (en) 2013-06-17 2020-09-22 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using CRISPR-Cas systems, compositions, methods, screens and applications thereof
US10851357B2 (en) 2013-12-12 2020-12-01 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods of use of CRISPR-Cas systems in nucleotide repeat disorders
US10930367B2 (en) 2012-12-12 2021-02-23 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for Cas enzymes or CRISPR-Cas systems for target sequences and conveying results thereof
US10946108B2 (en) 2013-06-17 2021-03-16 The Broad Institute, Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the CRISPR-Cas systems and compositions for targeting disorders and diseases using viral components
US11008588B2 (en) 2013-06-17 2021-05-18 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of tandem guide systems, methods and compositions for sequence manipulation
US11041173B2 (en) 2012-12-12 2021-06-22 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
US11155795B2 (en) 2013-12-12 2021-10-26 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems, crystal structure and uses thereof
US11407985B2 (en) 2013-12-12 2022-08-09 The Broad Institute, Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the CRISPR-Cas systems and compositions for genome editing
US11578312B2 (en) 2015-06-18 2023-02-14 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods, enzymes and guide scaffolds of CAS9 orthologs and variants for sequence manipulation

Families Citing this family (161)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9404098B2 (en) 2008-11-06 2016-08-02 University Of Georgia Research Foundation, Inc. Method for cleaving a target RNA using a Cas6 polypeptide
CN102264895B (zh) 2008-12-12 2015-01-28 杜邦营养生物科学有限公司 用于乳品发酵的具有独特流变性质的嗜热链球菌菌株的遗传簇
EA201390586A1 (ru) 2010-10-20 2014-11-28 ДюПон НЬЮТРИШН БАЙОСАЙЕНСИЗ АпС Последовательности crispr-cas lactococcus
US10111913B2 (en) 2011-02-04 2018-10-30 Joseph E. Kovarik Method of reducing the likelihood of skin cancer in an individual human being
US11951140B2 (en) 2011-02-04 2024-04-09 Seed Health, Inc. Modulation of an individual's gut microbiome to address osteoporosis and bone disease
US10085938B2 (en) 2011-02-04 2018-10-02 Joseph E. Kovarik Method and system for preventing sore throat in humans
US10512661B2 (en) 2011-02-04 2019-12-24 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing liver cancer in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US10583033B2 (en) 2011-02-04 2020-03-10 Katherine Rose Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US11523934B2 (en) 2011-02-04 2022-12-13 Seed Health, Inc. Method and system to facilitate the growth of desired bacteria in a human's mouth
US11419903B2 (en) 2015-11-30 2022-08-23 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of osteoporosis
US11951139B2 (en) 2015-11-30 2024-04-09 Seed Health, Inc. Method and system for reducing the likelihood of osteoporosis
US11191665B2 (en) 2011-02-04 2021-12-07 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a porphyromonas gingivalis infection in a human being
US10245288B2 (en) 2011-02-04 2019-04-02 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing NASH in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US10010568B2 (en) 2011-02-04 2018-07-03 Katherine Rose Kovarik Method and system for reducing the likelihood of a spirochetes infection in a human being
US10086018B2 (en) 2011-02-04 2018-10-02 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of colorectal cancer in a human being
US11357722B2 (en) 2011-02-04 2022-06-14 Seed Health, Inc. Method and system for preventing sore throat in humans
US10835560B2 (en) 2013-12-20 2020-11-17 Joseph E. Kovarik Reducing the likelihood of skin cancer in an individual human being
US10842834B2 (en) 2016-01-06 2020-11-24 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing liver cancer in an individual diagnosed with non-alcoholic fatty liver disease
US11844720B2 (en) 2011-02-04 2023-12-19 Seed Health, Inc. Method and system to reduce the likelihood of dental caries and halitosis
US11273187B2 (en) 2015-11-30 2022-03-15 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of developing depression in an individual
US10548761B2 (en) 2011-02-04 2020-02-04 Joseph E. Kovarik Method and system for reducing the likelihood of colorectal cancer in a human being
US10687975B2 (en) 2011-02-04 2020-06-23 Joseph E. Kovarik Method and system to facilitate the growth of desired bacteria in a human's mouth
US9987224B2 (en) 2011-02-04 2018-06-05 Joseph E. Kovarik Method and system for preventing migraine headaches, cluster headaches and dizziness
WO2012164565A1 (en) 2011-06-01 2012-12-06 Yeda Research And Development Co. Ltd. Compositions and methods for downregulating prokaryotic genes
EP2734621B1 (en) 2011-07-22 2019-09-04 President and Fellows of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US11021737B2 (en) 2011-12-22 2021-06-01 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for analyte detection
GB201122458D0 (en) 2011-12-30 2012-02-08 Univ Wageningen Modified cascade ribonucleoproteins and uses thereof
US9637739B2 (en) 2012-03-20 2017-05-02 Vilnius University RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex
WO2013141680A1 (en) * 2012-03-20 2013-09-26 Vilnius University RNA-DIRECTED DNA CLEAVAGE BY THE Cas9-crRNA COMPLEX
DE202013012242U1 (de) 2012-05-25 2016-02-02 Emmanuelle Charpentier Zusammensetzungen für die durch RNA gesteuerte Modifikation einer Ziel-DNA und für die durch RNA gesteuerte Modulation der Transkription
DE202013012597U1 (de) 2012-10-23 2017-11-21 Toolgen, Inc. Zusammensetzung zum Spalten einer Ziel-DNA, umfassend eine für die Ziel-DNA spezifische guide-RNA und eine Cas-Protein-codierende Nukleinsäure oder ein Cas-Protein, sowie deren Verwendung
PL3138910T3 (pl) 2012-12-06 2018-01-31 Sigma Aldrich Co Llc Oparta na CRISPR modyfikacja i regulacja genomu
US20140189896A1 (en) 2012-12-12 2014-07-03 Feng Zhang Crispr-cas component systems, methods and compositions for sequence manipulation
JP6552965B2 (ja) 2012-12-12 2019-07-31 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 配列操作のための改善された系、方法および酵素組成物のエンジニアリングおよび最適化
WO2014093694A1 (en) 2012-12-12 2014-06-19 The Broad Institute, Inc. Crispr-cas nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation in eukaryotes
PL2931898T3 (pl) 2012-12-12 2016-09-30 Le Cong Projektowanie i optymalizacja systemów, sposoby i kompozycje do manipulacji sekwencją z domenami funkcjonalnymi
WO2014099744A1 (en) 2012-12-17 2014-06-26 President And Fellows Of Harvard College Rna-guided human genome engineering
EP3919505B1 (en) 2013-01-16 2023-08-30 Emory University Uses of cas9-nucleic acid complexes
US10660943B2 (en) 2013-02-07 2020-05-26 The Rockefeller University Sequence specific antimicrobials
US11135273B2 (en) 2013-02-07 2021-10-05 The Rockefeller University Sequence specific antimicrobials
US10138509B2 (en) 2013-03-12 2018-11-27 President And Fellows Of Harvard College Method for generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
WO2014150624A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 Caribou Biosciences, Inc. Compositions and methods of nucleic acid-targeting nucleic acids
US9234213B2 (en) 2013-03-15 2016-01-12 System Biosciences, Llc Compositions and methods directed to CRISPR/Cas genomic engineering systems
KR102210319B1 (ko) 2013-03-15 2021-02-01 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 특정 게놈 좌위에 대한 유전적 및 후성적 조절 단백질의 rna-안내 표적화
US10760064B2 (en) 2013-03-15 2020-09-01 The General Hospital Corporation RNA-guided targeting of genetic and epigenomic regulatory proteins to specific genomic loci
WO2014204578A1 (en) 2013-06-21 2014-12-24 The General Hospital Corporation Using rna-guided foki nucleases (rfns) to increase specificity for rna-guided genome editing
US9902973B2 (en) 2013-04-11 2018-02-27 Caribou Biosciences, Inc. Methods of modifying a target nucleic acid with an argonaute
US20140356956A1 (en) 2013-06-04 2014-12-04 President And Fellows Of Harvard College RNA-Guided Transcriptional Regulation
WO2014197568A2 (en) 2013-06-04 2014-12-11 President And Fellows Of Harvard College Rna-guideded transcriptional regulation
SG10201913015XA (en) 2013-07-10 2020-02-27 Harvard College Orthogonal cas9 proteins for rna-guided gene regulation and editing
EP2826379A1 (en) * 2013-07-17 2015-01-21 Dupont Nutrition Biosciences ApS Streptococcus thermophilus strains
US11306328B2 (en) 2013-07-26 2022-04-19 President And Fellows Of Harvard College Genome engineering
CN103388006B (zh) * 2013-07-26 2015-10-28 华东师范大学 一种基因定点突变的构建方法
US9163284B2 (en) 2013-08-09 2015-10-20 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a Cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US9526784B2 (en) 2013-09-06 2016-12-27 President And Fellows Of Harvard College Delivery system for functional nucleases
US9340799B2 (en) 2013-09-06 2016-05-17 President And Fellows Of Harvard College MRNA-sensing switchable gRNAs
US9388430B2 (en) 2013-09-06 2016-07-12 President And Fellows Of Harvard College Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
DE202014010413U1 (de) 2013-09-18 2015-12-08 Kymab Limited Zellen und Organismen
WO2015065964A1 (en) 2013-10-28 2015-05-07 The Broad Institute Inc. Functional genomics using crispr-cas systems, compositions, methods, screens and applications thereof
WO2015066119A1 (en) 2013-10-30 2015-05-07 North Carolina State University Compositions and methods related to a type-ii crispr-cas system in lactobacillus buchneri
DK3066201T3 (en) 2013-11-07 2018-06-06 Editas Medicine Inc CRISPR-RELATED PROCEDURES AND COMPOSITIONS WITH LEADING GRADES
US10787684B2 (en) 2013-11-19 2020-09-29 President And Fellows Of Harvard College Large gene excision and insertion
US9074199B1 (en) 2013-11-19 2015-07-07 President And Fellows Of Harvard College Mutant Cas9 proteins
US11053481B2 (en) 2013-12-12 2021-07-06 President And Fellows Of Harvard College Fusions of Cas9 domains and nucleic acid-editing domains
KR20160097327A (ko) 2013-12-12 2016-08-17 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 유전자 산물, 구조 정보 및 유도성 모듈형 ｃａｓ 효소의 발현의 변경을 위한 ｃｒｉｓｐｒ-ｃａｓ 시스템 및 방법
US11839632B2 (en) 2013-12-20 2023-12-12 Seed Health, Inc. Topical application of CRISPR-modified bacteria to treat acne vulgaris
US11826388B2 (en) 2013-12-20 2023-11-28 Seed Health, Inc. Topical application of Lactobacillus crispatus to ameliorate barrier damage and inflammation
US11980643B2 (en) 2013-12-20 2024-05-14 Seed Health, Inc. Method and system to modify an individual's gut-brain axis to provide neurocognitive protection
US11833177B2 (en) 2013-12-20 2023-12-05 Seed Health, Inc. Probiotic to enhance an individual's skin microbiome
US11969445B2 (en) 2013-12-20 2024-04-30 Seed Health, Inc. Probiotic composition and method for controlling excess weight, obesity, NAFLD and NASH
US10787654B2 (en) 2014-01-24 2020-09-29 North Carolina State University Methods and compositions for sequence guiding Cas9 targeting
US10041135B2 (en) 2014-02-20 2018-08-07 Dsm Ip Assets B.V. Phage insensitive Streptococcus thermophilus
EP3613854A1 (en) 2014-03-05 2020-02-26 National University Corporation Kobe University Genomic sequence modification method for specifically converting nucleic acid bases of targeted dna sequence, and molecular complex for use in same
WO2015134812A1 (en) 2014-03-05 2015-09-11 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating usher syndrome and retinitis pigmentosa
US11141493B2 (en) 2014-03-10 2021-10-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US9938521B2 (en) 2014-03-10 2018-04-10 Editas Medicine, Inc. CRISPR/CAS-related methods and compositions for treating leber's congenital amaurosis 10 (LCA10)
US11339437B2 (en) 2014-03-10 2022-05-24 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating CEP290-associated disease
US11242525B2 (en) 2014-03-26 2022-02-08 Editas Medicine, Inc. CRISPR/CAS-related methods and compositions for treating sickle cell disease
JP2017512481A (ja) 2014-04-08 2017-05-25 ノースカロライナ ステート ユニバーシティーＮｏｒｔｈ Ｃａｒｏｌｉｎａ Ｓｔａｔｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｃｒｉｓｐｒ関連遺伝子を用いた、ｒｎａ依存性の転写抑制のための方法および組成物
ES2888976T3 (es) 2014-06-23 2022-01-10 Massachusetts Gen Hospital Identificación no sesgada pangenómica de DSBs evaluada por secuenciación (GUIDE-Seq.)
US10077453B2 (en) 2014-07-30 2018-09-18 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
WO2016033298A1 (en) 2014-08-28 2016-03-03 North Carolina State University Novel cas9 proteins and guiding features for dna targeting and genome editing
PT3216867T (pt) 2014-11-04 2020-07-16 Univ Kobe Nat Univ Corp Método para modificar a sequência de genoma para introduzir mutação específica a sequência de adn alvo por reação de remoção de bases, e complexo molecular nele utilizado
WO2016084088A1 (en) 2014-11-26 2016-06-02 Ramot At Tel-Aviv University Ltd. Targeted elimination of bacterial genes
KR101761581B1 (ko) 2014-12-30 2017-07-26 주식회사 인트론바이오테크놀로지 신규한 장침입성 대장균 박테리오파지 Ｅｓｃ-ＣＯＰ-4 및 이의 장침입성 대장균 증식 억제 용도
KR101649851B1 (ko) * 2014-12-30 2016-08-30 주식회사 인트론바이오테크놀로지 신규한 시가독소생산 F18형 대장균 박테리오파지 Ｅｓｃ-ＣＯＰ-1 및 이의 시가독소생산 F18형 대장균 증식 억제 용도
LT3250691T (lt) 2015-01-28 2023-09-11 Caribou Biosciences, Inc. Crispr hibridiniai dnr/rnr polinukleotidai ir naudojimo būdai
EP3858990A1 (en) 2015-03-03 2021-08-04 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases with altered pam specificity
JP2018522249A (ja) 2015-04-24 2018-08-09 エディタス・メディシン、インコーポレイテッド Ｃａｓ９分子／ガイドｒｎａ分子複合体の評価
IL310108A (en) 2015-05-06 2024-03-01 Snipr Tech Ltd Changing bacterial populations and microbiota adaptation
EA201792663A1 (ru) 2015-05-29 2018-04-30 Норт Каролина Стейт Юниверсити Способы скрининга бактерий, архей, водорослей и дрожжей с использованием нуклеиновых кислот crispr
EP3307872B1 (en) 2015-06-15 2023-09-27 North Carolina State University Methods and compositions for efficient delivery of nucleic acids and rna-based antimicrobials
US9926546B2 (en) 2015-08-28 2018-03-27 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
WO2017040348A1 (en) 2015-08-28 2017-03-09 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases
US9512446B1 (en) 2015-08-28 2016-12-06 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
WO2017043656A1 (ja) 2015-09-09 2017-03-16 国立大学法人神戸大学 標的化したｄｎａ配列の核酸塩基を特異的に変換する、グラム陽性菌のゲノム配列の変換方法、及びそれに用いる分子複合体
JP2018530536A (ja) 2015-09-11 2018-10-18 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション ヌクレアーゼＤＳＢの完全照合およびシーケンシング（ＦＩＮＤ−ｓｅｑ）
WO2017058751A1 (en) 2015-09-28 2017-04-06 North Carolina State University Methods and compositions for sequence specific antimicrobials
EP3356526B1 (en) 2015-09-30 2021-08-25 The General Hospital Corporation Comprehensive in vitro reporting of cleavage events by sequencing (circle-seq)
IL310721A (en) 2015-10-23 2024-04-01 Harvard College Nucleobase editors and their uses
CN108474022A (zh) 2015-11-03 2018-08-31 哈佛学院董事及会员团体 用于包含三维核酸的基质容积成像的设备和方法
CN108495932B (zh) 2015-11-27 2022-08-09 国立大学法人神户大学 用于特异性转换靶向dna序列的核酸碱基的单子叶植物的基因组序列的转换方法、及其使用的分子复合体
US10933128B2 (en) 2015-11-30 2021-03-02 Joseph E. Kovarik Method and system for protecting honey bees from pesticides
US10568916B2 (en) 2015-11-30 2020-02-25 Joseph E. Kovarik Method and system for protecting honey bees, bats and butterflies from neonicotinoid pesticides
US10086024B2 (en) 2015-11-30 2018-10-02 Joseph E. Kovarik Method and system for protecting honey bees, bats and butterflies from neonicotinoid pesticides
US11529412B2 (en) 2015-11-30 2022-12-20 Seed Health, Inc. Method and system for protecting honey bees from pesticides
US10675347B2 (en) 2015-11-30 2020-06-09 Joseph E. Kovarik Method and system for protecting honey bees from fipronil pesticides
US11542466B2 (en) 2015-12-22 2023-01-03 North Carolina State University Methods and compositions for delivery of CRISPR based antimicrobials
CN105567218A (zh) * 2015-12-25 2016-05-11 哈尔滨工业大学 红色发光材料铕配位聚合物、其制备方法及基于该聚合物的复合光能转换薄膜的制备方法
EP3433364A1 (en) 2016-03-25 2019-01-30 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for treating alpha 1-antitrypsin (a1at) deficiency
CA3022290A1 (en) 2016-04-25 2017-11-02 President And Fellows Of Harvard College Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection
KR20190039473A (ko) * 2016-05-15 2019-04-12 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 여드름 치료를 위한 조성물 및 방법
CA3209273A1 (en) 2016-06-02 2017-12-07 Sigma-Aldrich Co. Llc Using programmable dna binding proteins to enhance targeted genome modification
GB201609811D0 (en) 2016-06-05 2016-07-20 Snipr Technologies Ltd Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits
EP3494220A1 (en) 2016-08-02 2019-06-12 Editas Medicine, Inc. Compositions and methods for treating cep290 associated disease
CA3032699A1 (en) 2016-08-03 2018-02-08 President And Fellows Of Harvard College Adenosine nucleobase editors and uses thereof
AU2017308889B2 (en) 2016-08-09 2023-11-09 President And Fellows Of Harvard College Programmable Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
WO2018039438A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
CA3040481A1 (en) 2016-10-14 2018-04-19 The General Hospital Corporation Epigenetically regulated site-specific nucleases
CN110214180A (zh) 2016-10-14 2019-09-06 哈佛大学的校长及成员们 核碱基编辑器的aav递送
WO2018119359A1 (en) 2016-12-23 2018-06-28 President And Fellows Of Harvard College Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection
US10966752B2 (en) 2017-03-08 2021-04-06 Conmed Corporation Single lumen gas sealed trocar for maintaining stable cavity pressure without allowing instrument access therethrough during endoscopic surgical procedures
EP3592853A1 (en) 2017-03-09 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Suppression of pain by gene editing
US11542496B2 (en) 2017-03-10 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Cytosine to guanine base editor
EP3596217A1 (en) 2017-03-14 2020-01-22 Editas Medicine, Inc. Systems and methods for the treatment of hemoglobinopathies
CN118006597A (zh) 2017-03-22 2024-05-10 国立大学法人神户大学 一种改变细胞中dna的靶向部位的方法以及用于该方法的复合体
CN110914426A (zh) 2017-03-23 2020-03-24 哈佛大学的校长及成员们 包含核酸可编程dna结合蛋白的核碱基编辑器
CA3059956A1 (en) 2017-04-21 2018-10-25 The General Hospital Corporation Variants of cpf1 (cas12a) with altered pam specificity
BR112019022201A2 (pt) * 2017-04-24 2020-05-12 Dupont Nutrition Biosciences Aps Métodos para modular a atividade de uma endonuclease cas, para aumentar a especificidade de uma endonuclease cas e complexo polinucleotídico guia, para aumentar a frequência de recombinação homóloga e para ativação ou repressão gênica, célula e célula vegetal
WO2018209158A2 (en) 2017-05-10 2018-11-15 Editas Medicine, Inc. Crispr/rna-guided nuclease systems and methods
WO2018209320A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation
WO2018218166A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 The General Hospital Corporation Using split deaminases to limit unwanted off-target base editor deamination
CN111801345A (zh) 2017-07-28 2020-10-20 哈佛大学的校长及成员们 使用噬菌体辅助连续进化(pace)的进化碱基编辑器的方法和组合物
US11286468B2 (en) 2017-08-23 2022-03-29 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificity
US11319532B2 (en) 2017-08-30 2022-05-03 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising Gam
WO2019075197A1 (en) 2017-10-11 2019-04-18 The General Hospital Corporation METHODS OF DETECTION OF INDIVIDUAL SITE-SPECIFIC PARASITE GENOMIC DEAMINATION BY BASE EDITING TECHNOLOGIES
AU2018352592A1 (en) 2017-10-16 2020-06-04 Beam Therapeutics, Inc. Uses of adenosine base editors
CN107723280B (zh) * 2017-11-10 2019-09-17 扬州大学 波罗的海希瓦氏菌噬菌体SppYZU01及其用途
US10760075B2 (en) 2018-04-30 2020-09-01 Snipr Biome Aps Treating and preventing microbial infections
CN112313241A (zh) 2018-04-17 2021-02-02 总医院公司 核酸结合、修饰、和切割试剂的底物偏好和位点的灵敏体外试验
CN108588245A (zh) * 2018-04-19 2018-09-28 上海市质量监督检验技术研究院 乳酸菌饮料中嗜酸乳杆菌成分的荧光定量pcr检测方法、检测试剂盒及应用
EP3788152A4 (en) * 2018-05-04 2022-03-09 Locus Biosciences, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR KILLING A TARGET BACTERIA
EP3861120A4 (en) 2018-10-01 2023-08-16 North Carolina State University RECOMBINANT TYPE I CRISPR-CAS SYSTEM
US11851663B2 (en) 2018-10-14 2023-12-26 Snipr Biome Aps Single-vector type I vectors
US20220099672A1 (en) * 2019-01-31 2022-03-31 Locus IP Company,LLC Method for Treating and/or Preventing Bacteriophage Lysis During Fermentation
WO2020163396A1 (en) 2019-02-04 2020-08-13 The General Hospital Corporation Adenine dna base editor variants with reduced off-target rna editing
JP2022524037A (ja) * 2019-03-07 2022-04-27 ザ トラスティーズ オブ コロンビア ユニバーシティー イン ザ シティー オブ ニューヨーク Ｔｎ７様トランスポゾンを用いたＲＮＡ誘導ＤＮＡ組込み
AU2020242032A1 (en) 2019-03-19 2021-10-07 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for editing nucleotide sequences
CN110129279B (zh) * 2019-04-24 2022-02-18 昆明理工大学 一种粪肠球菌噬菌体及其分离、纯化、富集和应用
JP2022548735A (ja) * 2019-09-18 2022-11-21 アンシリア， インコーポレイテッド マイクロバイオーム調節のための組成物及び方法
CN110904054A (zh) * 2019-09-29 2020-03-24 中国科学院大学 一种沙门氏菌噬菌体see-1及其应用
WO2021151972A1 (en) * 2020-01-30 2021-08-05 Dsm Ip Assets B.V. Rotation scheme for bacterial cultures in food product fermentation
IL295306A (en) * 2020-02-03 2022-10-01 Technion Res & Dev Foundation A method for isolating a microorganism
CA3177481A1 (en) 2020-05-08 2021-11-11 David R. Liu Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
CN112063593B (zh) * 2020-09-17 2021-08-31 扬州大学 一种致病性弧菌噬菌体VmYZU10474及其应用
US20240067935A1 (en) * 2020-12-23 2024-02-29 Locus Biosciences, Inc. Altering the normal balance of microbial populations
WO2023006883A1 (en) 2021-07-29 2023-02-02 Dupont Nutrition Biosciences Aps Compositions and methods for producing fermented dairy compositions having cream flavor
EP4376627A1 (en) 2021-07-29 2024-06-05 International N&H Denmark ApS Compositions and methods for producing fermented plant-based compositions having cream flavor
WO2023082047A1 (en) 2021-11-09 2023-05-19 Dupont Nutrition Biosciences Aps Compositions and methods for producing fermented dairy prod-ucts for storage at ambient temperature
US20230279442A1 (en) 2021-12-15 2023-09-07 Versitech Limited Engineered cas9-nucleases and method of use thereof

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US2225783A (en) 1939-04-07 1940-12-24 Lloyd B Jensen Sausage treatment
US3024116A (en) 1959-02-24 1962-03-06 Libby Mcneill And Libby Food processing
US3403032A (en) * 1967-10-04 1968-09-24 Agriculture Usa Pure culture fermentation process for pickled cucumbers
US3897307A (en) 1974-10-23 1975-07-29 Hansens Lab Inc Stabilized dry cultures of lactic acid-producing bacteria
US3932674A (en) 1974-11-29 1976-01-13 The United States Of America Controlled bulk vegetable fermentation
US4140800A (en) 1977-06-13 1979-02-20 Leo Kline Freeze-dried natural sour dough starter
SU823423A1 (ru) * 1979-06-18 1981-04-23 Алтайский Филиал Всесоюзного Научно- Исследовательского Института Масло-Дельной И Сыродельной Промышленности Штамм 122-АНТАгОНиСТ пОСТОРОННЕй МиКРОфлОРыСыРА
US4423079A (en) 1980-07-14 1983-12-27 Leo Kline Growth promoting compositions for Lactobacillus sanfrancisco and method of preparation
US4621058A (en) 1983-04-11 1986-11-04 Mid-America Dairymen, Inc. Method of preparing cheese starter media
NZ239639A (en) * 1990-09-05 1993-05-26 Univ North Carolina State Phage resistant fermentations using a bacterial culture of isogenic strains carrying different phage defense mechanisms
US20030219778A1 (en) 2000-08-29 2003-11-27 Universidade Federal De Minas Gerais - Ufmg Method for the diagnosis, identification and characterization of M. tuberculosis and other mycobacteria by shift mobility assay
US20060153811A1 (en) * 2005-01-10 2006-07-13 Jackson Lee E Use of viruses and virus-resistant microorganisms for controlling microorganism populations
ES2398918T3 (es) * 2005-08-26 2013-03-22 Dupont Nutrition Biosciences Aps Un método y una ordenación para soportar verticalmente elementos de resistencia eléctrica pendientes
DK2426220T3 (en) * 2006-05-19 2016-09-26 Dupont Nutrition Biosci Aps Labeled microorganisms, and methods for labeling

Cited By (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10930367B2 (en) 2012-12-12 2021-02-23 The Broad Institute, Inc. Methods, models, systems, and apparatus for identifying target sequences for Cas enzymes or CRISPR-Cas systems for target sequences and conveying results thereof
RU2701850C2 (ru) * 2012-12-12 2019-10-01 Те Брод Инститьют, Инк. Конструирование систем, способы и оптимизированные направляющие композиции для манипуляции с последовательностями
RU2687451C1 (ru) * 2012-12-12 2019-05-13 Те Брод Инститьют, Инк. Системы crispr-cas и способы изменения экспрессии продуктов генов
US11041173B2 (en) 2012-12-12 2021-06-22 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
US11597949B2 (en) 2013-06-17 2023-03-07 The Broad Institute, Inc. Optimized CRISPR-Cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
US10577630B2 (en) 2013-06-17 2020-03-03 The Broad Institute, Inc. Delivery and use of the CRISPR-Cas systems, vectors and compositions for hepatic targeting and therapy
US10711285B2 (en) 2013-06-17 2020-07-14 The Broad Institute, Inc. Optimized CRISPR-Cas double nickase systems, methods and compositions for sequence manipulation
US10781444B2 (en) 2013-06-17 2020-09-22 The Broad Institute, Inc. Functional genomics using CRISPR-Cas systems, compositions, methods, screens and applications thereof
US11008588B2 (en) 2013-06-17 2021-05-18 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of tandem guide systems, methods and compositions for sequence manipulation
US10946108B2 (en) 2013-06-17 2021-03-16 The Broad Institute, Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the CRISPR-Cas systems and compositions for targeting disorders and diseases using viral components
RU2694316C1 (ru) * 2013-12-06 2019-07-11 Хейнекен Сэпплай Чэйн Б.В. Новая система изменения генома для микроорганизмов
US11155795B2 (en) 2013-12-12 2021-10-26 The Broad Institute, Inc. CRISPR-Cas systems, crystal structure and uses thereof
US10851357B2 (en) 2013-12-12 2020-12-01 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods of use of CRISPR-Cas systems in nucleotide repeat disorders
US10550372B2 (en) 2013-12-12 2020-02-04 The Broad Institute, Inc. Systems, methods and compositions for sequence manipulation with optimized functional CRISPR-Cas systems
US11407985B2 (en) 2013-12-12 2022-08-09 The Broad Institute, Inc. Delivery, use and therapeutic applications of the CRISPR-Cas systems and compositions for genome editing
US11591581B2 (en) 2013-12-12 2023-02-28 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods of use of CRISPR-Cas systems in nucleotide repeat disorders
US11597919B2 (en) 2013-12-12 2023-03-07 The Broad Institute Inc. Systems, methods and compositions for sequence manipulation with optimized functional CRISPR-Cas systems
US10696986B2 (en) 2014-12-12 2020-06-30 The Board Institute, Inc. Protected guide RNAS (PGRNAS)
US11624078B2 (en) 2014-12-12 2023-04-11 The Broad Institute, Inc. Protected guide RNAS (pgRNAS)
US10876100B2 (en) 2015-06-18 2020-12-29 The Broad Institute, Inc. Crispr enzyme mutations reducing off-target effects
US11578312B2 (en) 2015-06-18 2023-02-14 The Broad Institute Inc. Engineering and optimization of systems, methods, enzymes and guide scaffolds of CAS9 orthologs and variants for sequence manipulation
US10494621B2 (en) 2015-06-18 2019-12-03 The Broad Institute, Inc. Crispr enzyme mutations reducing off-target effects

Also Published As

Publication number Publication date
EP2860267B1 (en) 2019-01-16
CN101688241A (zh) 2010-03-31
RU2687148C1 (ru) 2019-05-07
WO2008108989A2 (en) 2008-09-12
HK1142930A1 (en) 2010-12-17
NZ579002A (en) 2012-03-30
CY1116417T1 (el) 2017-02-08
NZ592231A (en) 2012-07-27
DK2860267T3 (en) 2019-04-23
SI2126130T1 (sl) 2015-10-30
JP5932207B2 (ja) 2016-06-08
ES2719789T3 (es) 2019-07-16
AU2008223544A2 (en) 2009-09-17
EP2860267A1 (en) 2015-04-15
MX2009009071A (es) 2009-09-24
EP2489275A1 (en) 2012-08-22
HRP20150676T1 (hr) 2015-09-25
JP2013027395A (ja) 2013-02-07
AU2008223544A1 (en) 2008-09-12
HUE025412T2 (en) 2016-02-29
AU2008223544B2 (en) 2014-06-05
CN101688241B (zh) 2015-01-21
BRPI0808704B1 (pt) 2022-01-18
BRPI0808704A2 (pt) 2021-04-13
US9951342B2 (en) 2018-04-24
CN104531672B (zh) 2020-01-10
RU2531343C2 (ru) 2014-10-20
ES2541693T3 (es) 2015-07-23
PL2126130T3 (pl) 2015-10-30
DK2126130T3 (en) 2015-06-29
JP2010519929A (ja) 2010-06-10
US20110002889A1 (en) 2011-01-06
EP2489275B1 (en) 2016-09-21
WO2008108989A3 (en) 2009-03-05
CN104531672A (zh) 2015-04-22
TR201905633T4 (tr) 2019-05-21
EP2126130B1 (en) 2015-03-25
US20150093473A1 (en) 2015-04-02
PT2126130E (pt) 2015-08-03
EP2126130A2 (en) 2009-12-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2009136452A (ru) Культуры с повышенной устойчивостью к фагам
Owen et al. Characterization of the prophage repertoire of African Salmonella Typhimurium ST313 reveals high levels of spontaneous induction of novel phage BTP1
García-Fernández et al. Characterization of plasmids harbouring qnrS1, qnrB2 and qnrB19 genes in Salmonella
Hidalgo-Cantabrana et al. Characterization and exploitation of CRISPR loci in Bifidobacterium longum
Steyert et al. Comparative genomics and stx phage characterization of LEE-negative Shiga toxin-producing Escherichia coli
Makarova et al. Evolutionary genomics of lactic acid bacteria
EP3041498B1 (en) Tuning microbial populations with programmable nucleases
Ackermann Frequency of morphological phage descriptions in the year 2000
Kutter et al. Bacteriophages: biology and applications
Petty et al. Citrobacter rodentium is an unstable pathogen showing evidence of significant genomic flux
Beutin et al. Spread of a distinct Stx2-encoding phage prototype among Escherichia coli O104: H4 strains from outbreaks in Germany, Norway, and Georgia
Guinane et al. Host specific diversity in Lactobacillus johnsonii as evidenced by a major chromosomal inversion and phage resistance mechanisms
Strauch et al. Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157: H7
Yue et al. High temperature in combination with UV irradiation enhances horizontal transfer of stx 2 gene from E. coli O157: H7 to non-pathogenic E. coli
Park et al. Evolution of the Stx2-encoding prophage in persistent bovine Escherichia coli O157: H7 strains
Mikalová et al. Novel temperate phages of Salmonella enterica subsp. salamae and subsp. diarizonae and their activity against pathogenic S. enterica subsp. enterica isolates
Tóth et al. Virulence genes and molecular typing of different groups of Escherichia coli O157 strains in cattle
Wu et al. Molecular characterization of Salmonella enterica Serovar Aberdeen negative for H2S production in China
Kelly et al. Genome sequence of the phage clP1, which infects the beer spoilage bacterium Pediococcus damnosus
Sváb et al. Identification and characterization of new broad host-range rV5-like coliphages C203 and P206 directed against enterobacteria
Yu et al. Comparative genome analysis of Lactobacillus casei: insights into genomic diversification for niche expansion
Mekadim et al. Evaluation of the infB and rpsB gene fragments as genetic markers intended for identification and phylogenetic analysis of particular representatives of the order Lactobacillales
Panya et al. Sequencing and analysis of three plasmids from Lactobacillus casei TISTR1341 and development of plasmid-derived Escherichia coli–L. casei shuttle vectors
Huan et al. The Role of O-antigen in P1 Transduction of Shigella flexneri and Escherichia coli with its Alternative S'Tail Fibre
Riipinen et al. The genomes and comparative genomics of Lactobacillus delbrueckii phages

Legal Events

Date Code Title Description
HZ9A Changing address for correspondence with an applicant