PT1781814E - Métodos e kit para o prognóstico do cancro da mama - Google Patents
Métodos e kit para o prognóstico do cancro da mama Download PDFInfo
- Publication number
- PT1781814E PT1781814E PT05763127T PT05763127T PT1781814E PT 1781814 E PT1781814 E PT 1781814E PT 05763127 T PT05763127 T PT 05763127T PT 05763127 T PT05763127 T PT 05763127T PT 1781814 E PT1781814 E PT 1781814E
- Authority
- PT
- Portugal
- Prior art keywords
- expression
- level
- genes
- molecular
- cancer
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 60
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 58
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 58
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title claims abstract description 38
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 79
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 claims abstract description 52
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 49
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 41
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 claims abstract description 12
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 12
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 78
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 51
- -1 MET Proteins 0.000 claims description 33
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 claims description 17
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 11
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 9
- 101000836148 Homo sapiens Transforming acidic coiled-coil-containing protein 2 Proteins 0.000 claims description 8
- 101000997835 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase JAK1 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100027044 Transforming acidic coiled-coil-containing protein 2 Human genes 0.000 claims description 8
- 102100033438 Tyrosine-protein kinase JAK1 Human genes 0.000 claims description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 8
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 7
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 7
- 102000015735 Beta-catenin Human genes 0.000 claims description 6
- 108060000903 Beta-catenin Proteins 0.000 claims description 6
- 102100040836 Claudin-1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100021337 Gap junction alpha-1 protein Human genes 0.000 claims description 6
- 101000749331 Homo sapiens Claudin-1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101001044883 Homo sapiens Interleukin-22 receptor subunit alpha-1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101001064779 Homo sapiens Plexin domain-containing protein 2 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000710013 Homo sapiens Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs Proteins 0.000 claims description 6
- 101000617130 Homo sapiens Stromal cell-derived factor 1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000626153 Homo sapiens Tensin-3 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100022723 Interleukin-22 receptor subunit alpha-1 Human genes 0.000 claims description 6
- 241000797947 Paria Species 0.000 claims description 6
- 102100031889 Plexin domain-containing protein 2 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100023087 Protein S100-A4 Human genes 0.000 claims description 6
- 108010085149 S100 Calcium-Binding Protein A4 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100029563 Somatostatin Human genes 0.000 claims description 6
- 102100021669 Stromal cell-derived factor 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100024548 Tensin-3 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100024991 Tetraspanin-12 Human genes 0.000 claims description 6
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 claims description 6
- 102100023580 Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4 Human genes 0.000 claims description 5
- 101000905743 Homo sapiens Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4 Proteins 0.000 claims description 5
- 108090000654 Bone morphogenetic protein 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102000004152 Bone morphogenetic protein 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100032912 CD44 antigen Human genes 0.000 claims description 4
- 102000007590 Calpain Human genes 0.000 claims description 4
- 108010032088 Calpain Proteins 0.000 claims description 4
- 102100022123 Hepatocyte nuclear factor 1-beta Human genes 0.000 claims description 4
- 101000868273 Homo sapiens CD44 antigen Proteins 0.000 claims description 4
- 101001045758 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 1-beta Proteins 0.000 claims description 4
- 101000990912 Homo sapiens Matrilysin Proteins 0.000 claims description 4
- 101000643391 Homo sapiens Serine/arginine-rich splicing factor 11 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000632994 Homo sapiens Somatostatin Proteins 0.000 claims description 4
- 101000642347 Homo sapiens Splicing factor 45 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000628497 Homo sapiens StAR-related lipid transfer protein 3 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000596772 Homo sapiens Transcription factor 7-like 1 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000666382 Homo sapiens Transcription factor E2-alpha Proteins 0.000 claims description 4
- 102100030417 Matrilysin Human genes 0.000 claims description 4
- 101100323108 Mus musculus Amot gene Proteins 0.000 claims description 4
- 102100035486 Nectin-4 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710043865 Nectin-4 Proteins 0.000 claims description 4
- 108700020797 Parathyroid Hormone-Related Proteins 0.000 claims description 4
- 102000043299 Parathyroid hormone-related Human genes 0.000 claims description 4
- 102100030908 Protein shisa-5 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710205495 Protein shisa-5 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100022127 Radixin Human genes 0.000 claims description 4
- 102100034634 Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs Human genes 0.000 claims description 4
- 102100036374 Splicing factor 45 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100026719 StAR-related lipid transfer protein 3 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100038313 Transcription factor E2-alpha Human genes 0.000 claims description 4
- 102100032452 Transmembrane protease serine 6 Human genes 0.000 claims description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 4
- 239000013068 control sample Substances 0.000 claims description 4
- 108010047374 matriptase 2 Proteins 0.000 claims description 4
- 108010048484 radixin Proteins 0.000 claims description 4
- 239000011435 rock Substances 0.000 claims description 4
- 102000004373 Actin-related protein 2 Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000963 Actin-related protein 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100028726 Bone morphogenetic protein 10 Human genes 0.000 claims description 3
- 101150042405 CCN1 gene Proteins 0.000 claims description 3
- 101000695367 Homo sapiens Bone morphogenetic protein 10 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000759882 Homo sapiens Tetraspanin-12 Proteins 0.000 claims description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 2
- 108010070600 Glucose-6-phosphate isomerase Proteins 0.000 claims 2
- 101000785517 Homo sapiens Tight junction protein ZO-3 Proteins 0.000 claims 2
- 102100026640 Tight junction protein ZO-3 Human genes 0.000 claims 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 16
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 16
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 8
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 34
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 16
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 10
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 8
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 208000037819 metastatic cancer Diseases 0.000 description 5
- 208000011575 metastatic malignant neoplasm Diseases 0.000 description 5
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 101000941138 Homo sapiens Small subunit processome component 20 homolog Proteins 0.000 description 4
- 101001017896 Homo sapiens U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm1 Proteins 0.000 description 4
- 102100031321 Small subunit processome component 20 homolog Human genes 0.000 description 4
- 102100033314 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm1 Human genes 0.000 description 4
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 4
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 230000002380 cytological effect Effects 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 230000009452 underexpressoin Effects 0.000 description 4
- 108010075348 Activated-Leukocyte Cell Adhesion Molecule Proteins 0.000 description 3
- 102100024210 CD166 antigen Human genes 0.000 description 3
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 3
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100022900 Actin, cytoplasmic 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 2
- 102100040356 Angio-associated migratory cell protein Human genes 0.000 description 2
- 102000043902 Angiomotin Human genes 0.000 description 2
- 108700020509 Angiomotin Proteins 0.000 description 2
- 101000942941 Arabidopsis thaliana DNA ligase 6 Proteins 0.000 description 2
- 102100025215 CCN family member 5 Human genes 0.000 description 2
- 101150046985 CREBL2 gene Proteins 0.000 description 2
- 102000004172 Cathepsin L Human genes 0.000 description 2
- 108090000624 Cathepsin L Proteins 0.000 description 2
- 102000005600 Cathepsins Human genes 0.000 description 2
- 108010084457 Cathepsins Proteins 0.000 description 2
- 108010058544 Cyclin D2 Proteins 0.000 description 2
- 206010061819 Disease recurrence Diseases 0.000 description 2
- 102100031480 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100032045 E3 ubiquitin-protein ligase AMFR Human genes 0.000 description 2
- 102000000509 Estrogen Receptor beta Human genes 0.000 description 2
- 108010041356 Estrogen Receptor beta Proteins 0.000 description 2
- 102100024185 G1/S-specific cyclin-D2 Human genes 0.000 description 2
- 241000237858 Gastropoda Species 0.000 description 2
- WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N Haematoxylin Chemical compound C12=CC(O)=C(O)C=C2CC2(O)C1C1=CC=C(O)C(O)=C1OC2 WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000964180 Homo sapiens Angio-associated migratory cell protein Proteins 0.000 description 2
- 101000934220 Homo sapiens CCN family member 5 Proteins 0.000 description 2
- 101001014196 Homo sapiens Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000776154 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase AMFR Proteins 0.000 description 2
- 101000840577 Homo sapiens Insulin-like growth factor-binding protein 7 Proteins 0.000 description 2
- 101001043809 Homo sapiens Interleukin-7 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 2
- 101001054921 Homo sapiens Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 Proteins 0.000 description 2
- 101001047090 Homo sapiens Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000667821 Homo sapiens Rho-related GTP-binding protein RhoE Proteins 0.000 description 2
- 101001087372 Homo sapiens Securin Proteins 0.000 description 2
- 102100029228 Insulin-like growth factor-binding protein 7 Human genes 0.000 description 2
- 102000003815 Interleukin-11 Human genes 0.000 description 2
- 108090000177 Interleukin-11 Proteins 0.000 description 2
- 102100021593 Interleukin-7 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 2
- 108010028275 Leukocyte Elastase Proteins 0.000 description 2
- 102000016799 Leukocyte elastase Human genes 0.000 description 2
- 102100026849 Lymphatic vessel endothelial hyaluronic acid receptor 1 Human genes 0.000 description 2
- 101100165563 Mus musculus Bmp8a gene Proteins 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 108010067372 Pancreatic elastase Proteins 0.000 description 2
- 102000016387 Pancreatic elastase Human genes 0.000 description 2
- 102100022807 Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 Human genes 0.000 description 2
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 2
- 102100039640 Rho-related GTP-binding protein RhoE Human genes 0.000 description 2
- 102100031029 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710089108 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 Proteins 0.000 description 2
- 102100033004 Securin Human genes 0.000 description 2
- 102100038388 Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710137655 Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 Proteins 0.000 description 2
- 108010036639 WW Domain-Containing Oxidoreductase Proteins 0.000 description 2
- 102000012163 WW Domain-Containing Oxidoreductase Human genes 0.000 description 2
- 108010062653 Wiskott-Aldrich Syndrome Protein Family Proteins 0.000 description 2
- 102100037103 Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 2 Human genes 0.000 description 2
- 238000011366 aggressive therapy Methods 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 101150006966 bmp3 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150067309 bmp4 gene Proteins 0.000 description 2
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 2
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 2
- 238000009607 mammography Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 108010027883 protein kinase C eta Proteins 0.000 description 2
- JFINOWIINSTUNY-UHFFFAOYSA-N pyrrolidin-3-ylmethanesulfonamide Chemical compound NS(=O)(=O)CC1CCNC1 JFINOWIINSTUNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- 238000007473 univariate analysis Methods 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 102000015427 Angiotensins Human genes 0.000 description 1
- 108010064733 Angiotensins Proteins 0.000 description 1
- 102100032412 Basigin Human genes 0.000 description 1
- 108010064528 Basigin Proteins 0.000 description 1
- 102100022544 Bone morphogenetic protein 7 Human genes 0.000 description 1
- 102100025423 Bone morphogenetic protein receptor type-1A Human genes 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 102000004162 Claudin-1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000600 Claudin-1 Proteins 0.000 description 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040892 Growth/differentiation factor 2 Human genes 0.000 description 1
- 101000899361 Homo sapiens Bone morphogenetic protein 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000934638 Homo sapiens Bone morphogenetic protein receptor type-1A Proteins 0.000 description 1
- 101000893585 Homo sapiens Growth/differentiation factor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000853009 Homo sapiens Interleukin-24 Proteins 0.000 description 1
- 101000998011 Homo sapiens Keratin, type I cytoskeletal 19 Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102100036671 Interleukin-24 Human genes 0.000 description 1
- 102100033420 Keratin, type I cytoskeletal 19 Human genes 0.000 description 1
- 238000012313 Kruskal-Wallis test Methods 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 238000000585 Mann–Whitney U test Methods 0.000 description 1
- 102100027240 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710137278 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 101100165560 Mus musculus Bmp7 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100437777 Mus musculus Bmpr1a gene Proteins 0.000 description 1
- 101100477443 Mus musculus Sfrp2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 102100023181 Neurogenic locus notch homolog protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108700037638 Neurogenic locus notch homolog protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 108700037064 Neurogenic locus notch homolog protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100025246 Neurogenic locus notch homolog protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 108010070047 Notch Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005650 Notch Receptors Human genes 0.000 description 1
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 108010016731 PPAR gamma Proteins 0.000 description 1
- 102100038825 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma Human genes 0.000 description 1
- 102100035846 Pigment epithelium-derived factor Human genes 0.000 description 1
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 102100032446 Protein S100-A7 Human genes 0.000 description 1
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 1
- 102000042463 Rho family Human genes 0.000 description 1
- 108091078243 Rho family Proteins 0.000 description 1
- 108010005256 S100 Calcium Binding Protein A7 Proteins 0.000 description 1
- 241000251131 Sphyrna Species 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 102000003970 Vinculin Human genes 0.000 description 1
- 108090000384 Vinculin Proteins 0.000 description 1
- SXEHKFHPFVVDIR-UHFFFAOYSA-N [4-(4-hydrazinylphenyl)phenyl]hydrazine Chemical compound C1=CC(NN)=CC=C1C1=CC=C(NN)C=C1 SXEHKFHPFVVDIR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 230000000712 assembly Effects 0.000 description 1
- 238000000429 assembly Methods 0.000 description 1
- 229960000074 biopharmaceutical Drugs 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- QKSKPIVNLNLAAV-UHFFFAOYSA-N bis(2-chloroethyl) sulfide Chemical compound ClCCSCCCl QKSKPIVNLNLAAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000017455 cell-cell adhesion Effects 0.000 description 1
- 230000023549 cell-cell signaling Effects 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000005352 clarification Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 1
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012303 cytoplasmic staining Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000009429 distress Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 201000007741 female breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000002276 female breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 230000002175 menstrual effect Effects 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 108090000102 pigment epithelium-derived factor Proteins 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 229940030793 psoriasin Drugs 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 238000007670 refining Methods 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 102000011843 rho-Specific Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitors Human genes 0.000 description 1
- 108010036036 rho-Specific Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitors Proteins 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 210000003606 umbilical vein Anatomy 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Prostheses (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
DESCRIÇÃO "Métodos e kit para o prognóstico do cancro da mama"
Campo da invenção A presente invenção refere-se a um método e kit, incluindo suas partes, para o prognóstico do cancro da mama. Em particular, o método envolve identificar um padrão de expressão de genes que indica a probabilidade de sobrevivência de um paciente com cancro da mama e/ou a probabilidade de recorrência da doença e/ou o carácter metastático do cancro num paciente que está a ser tratado, ou que foi tratado para cancro da mama.
Antecedentes da invenção 0 cancro da mama é o cancro mais comum na mulher no Reino Unido, Estados Unidos e Dinamarca. É também a forma de cancro mais comum que afecta as mulheres do mundo industrializado. A incidência do cancro da mama tem aumentado gradualmente e nos estados Unidos é a segunda causa de morte mais comum devida a cancro. De facto, em 1997, foi estimado que 181 000 novos casos foram relatados nos Estados Unidos e foi estimado que 40 000 pessoas morrem de cancro da mama todos os anos. Apesar dos esforços globais que foram feitos para combater esta condição, tem havido pouca variação na incidência do cancro da mama, embora a detecção precoce e novas terapias tenham melhorado marginalmente a sobrevivência ao longo das últimas décadas.
Apesar do mecanismo de tumorigénese para a maioria dos carcinomas ser largamente desconhecido, há vários factores que podem predispor algumas mulheres para o desenvolvimento de cancro da mama. Estes incluem o historial de nascimento, condição menstrual, grau do tumor, estado de RE, tamanho do tumor e envolvimento de nódulos linfáticos na altura do diagnóstico e cirurgia. Adicionalmente, o prognóstico pode ser determinado em vários graus utilizando mamografia ou outros métodos de imagiologia por raios-X. No entanto, a mamografia não é isenta de riscos e o tumor da mama pode ser induzido 2 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ pelas propriedades ionizantes da radiação utilizada durante o teste. Adicionalmente, estes processos são dispendiosos e os resultados podem ser interpretados de forma diferente por diferentes técnicos. Por exemplo, um estudo mostrou grandes discordâncias clinicas em cerca de um terço de um conjunto de mamografias que foram interpretadas por um grupo de radiologistas. Além disso, para muitas mulheres, ser submetido a uma mamografia é uma experiência dolorosa.
Na prática clinica, o prognóstico da doença é importante pois determina o tratamento que será administrado. Um prognóstico exacto poderá permitir ao oncologista, por exemplo, favorecer a administração de terapia hormonal ou quimioterapia e recomendar apenas cirurgia nos casos mais agressivos de cancro.
No entanto, o diagnóstico precoce tem-se tornado uma caracteristica regular no cancro da mama dado que mais e mais pacientes se apresentam com a doença numa fase muito precoce. Isto tornou os métodos convencionais para determinar o resultado do cancro mais difíceis e tornou-se cada vez mais evidente que é não só o tipo de cancro, mas também a altura de realização do tratamento que são os factores chave para determinar quão bem, ou não, o paciente responde. Por exemplo, muitos pacientes poderão actualmente estar a receber tratamento desnecessário que muitas vezes causa efeitos secundários tóxicos, enquanto que outros pacientes podem ser colocados sob estratégias de regimes de tratamento conservadores, quando, na realidade o cancro é mais avançado do que se supunha. Deste modo, poderá ser de importância vital que se faça um prognóstico correcto e preciso numa fase precoce.
Até agora, não foram identificados factores de previsão satisfatórios baseados apenas na informação clínica. Como resultado, a pesquisa tem-se focado em assinaturas moleculares que permitam fazer o diagnóstico e prognóstico do cancro. 0 documento WO 02/103320 descreve milhares de marcadores genéticos cuja expressão está correlacionada com o prognóstico clínico e que podem ser utilizados para distinguir pacientes com um bom prognóstico dos que têm um prognóstico fraco. 0 método para determinar a expressão envolve comparar o padrão 3 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ de expressão de uma amostra de teste de tecido retirada de um paciente, com o de uma amostra de tecido retirada de um paciente com um bom prognóstico e também com o de uma amostra retirada de um paciente com um mau prognóstico conhecido e determinar com qual destas amostras a amostra de teste tem maior correspondência. 0 documento WO 03/083141 refere-se à correlação da assinatura molecular de uma ou mais células de um espécime citológico com o fenótipo de uma ou mais células de uma amostra histológica. Estes métodos de correlacionamento são realizados comparando a assinatura molecular das células de um espécime citológico com a assinatura molecular de células que correspondem a um fenótipo particular. A equivalência entre as duas assinaturas indica que a célula(s) do espécime tem o fenótipo da amostra. Em particular, o documento WO 03/083141 proporciona comparações de assinaturas moleculares de espécimes citológicos com assinaturas histológicas de "referência" de diferentes subtipos de condições benignas, bem como vários subtipos de condições malignas de cancro da mama. O documento WO 03/083141 proporciona além disso comparações de assinaturas moleculares de espécimes citológicos com assinaturas histológicas de prognóstico de doença ou fenótipos de resultado, ao nível da célula, tecido, sistema e/ou organismo, como observado em indivíduos com células que possuem a assinatura numa amostra histológica. Isto inclui taxas de mortalidade, esperança de vida sob várias condições, sensibilidade ou resistência a um agente terapêutico ou tratamento particulares.
Embora esta metodologia represente uma melhoria em relação aos métodos clínicos de prognóstico tradicionais, apresenta no entanto algumas desvantagens. Por exemplo, a análise de centenas de marcadores genéticos demora um tempo considerável e não é prática. Além disso, não é claro se uma amostra que expressa alguns dos marcadores de bom prognóstico e alguns dos marcadores de mau prognóstico daria um prognóstico de uma ou da outra opção. Deste modo, devido à complexidade da metodologia, poderá ser inexacto, no sentido em que os pacientes são colocados no grupo de prognóstico errado devido a expressarem mais dos genes num grupo que no outro, ou poderá ser incapaz de proporcionar uma resposta definitiva. Como explicado anteriormente, um prognóstico precoce e preciso é vital para um tratamento adequado e 4 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ eficaz. Deste modo, torna-se óbvia a necessidade de uma assinatura molecular mais simples, mais definitiva.
Deste modo, desenvolvemos um método para determinar o prognóstico de um determinado cancro da mama, que é de realização relativamente linear, eficiente e proporciona uma indicação precisa do resultado provável da doença. 0 nosso método utiliza uma amostra de marcadores pequena mas altamente representativa que são, portanto, particularmente precisos na determinação do resultado provável de um determinado cancro. Além disso, o nosso método pode ser dividido em três componentes: um primeiro componente que prevê a sobrevivência provável de um indivíduo que tem cancro da mama; um segundo componente que prevê a probabilidade de recorrência de cancro num indivíduo que tem cancro da mama; e um terceiro componente que prevê o carácter metastático do cancro. Como será evidente para os peritos na arte, o segundo componente indica portanto a probabilidade de sobrevivência livre de incidência de um paciente com cancro da mama e o terceiro componente indica a natureza agressiva da doença. Em resumo, identificámos uma pluralidade de assinaturas moleculares que têm relevância na determinação do prognóstico de um determinado cancro da mama. Cada assinatura molecular compreende vários marcadores genéticos cuja expressão, quer elevada, quer baixa, em relação ao tecido de um paciente com prognóstico moderado (ver a seguir), é indicativa de um determinado resultado. Adicionalmente, analisámos cada assinatura molecular de modo a identificar quais os marcadores genéticos que são os melhores indicadores do resultado de uma determinada doença, por outra palavras os que contribuem mais para a capacidade preditiva da assinatura molecular. Este subconjunto de marcadores é conhecido, em conjunto, como assinatura molecular refinada.
Por exemplo, proporciona-se uma primeira assinatura molecular, que compreende dois conjuntos de marcadores moleculares cuja expressão elevada se correlaciona com uma taxa de sobrevivência baixa; 0 primeiro conjunto compreende os marcadores moleculares que são os indicadores mais estatisticamente significativos de uma taxa de sobrevivência baixa, estes são aqui designados, em conjunto, como a primeira assinatura molecular primária [conjunto (A)]: 5 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ AMF, ATF4, Cyrôl, RE, Matriptase2, MET, MLN64, MMP7, Nectina4, PARIA, Psoriason, Pttgl, Rho-C, Scotin, SDF1, SEMP1, SPF45, SSTl, ST15, TACC2, TBD10, TCF2, TEM6, TEM7R, ZO-3; e o segundo conjunto compreende os anteriores, mais pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares, aqui designado, em conjunto, como a primeira assinatura molecular secundária [Conjunto (B)]:
Basigina, Beta-catenina, BMP1, BMP10, Calpaína grande, CD44, CX43, ciclina D2, EHMS, FAK, FAP, GIRK, HAVR1, Isótopo3, JAK1, L0X12, NET-2, PAR1A2, PTHrP, Rho-G, S100A4, SPARC, TCF3, VECAD, Vilip, Wave2. A referência aqui feita ao acima e a seguir descrito é referência a uma nomeada proteína, cuja identidade completa está disponível na base de dados www.NCBI.LM.NIH.gov, ou é bem conhecida dos peritos na arte. A referência aqui feita a expressão elevada ou baixa é relativa ao nível de expressão do mesmo marcador em pacientes que se considerou terem um prognóstico moderado, i.e. pacientes com um índice de prognóstico padrão de Nottingham Prognosis Index (NPI) = 3,4-5,4, em que NPI = 0,2 x tamanho do tumor + grau do tumor + estado nodal, em que NPI (baixo) é <3,4 e 86% dos pacientes sobrevivem 15 anos, NPI (moderado) é 3,4-5,4 e 42% dos pacientes sobrevivem 15 anos, NPI (elevado) é >5,4 e 13% dos pacientes sobrevivem 15 anos.
Também é proporcionada uma segunda assinatura molecular, que compreende dois conjuntos de marcadores moleculares cuja expressão baixa se correlaciona com taxas de sobrevivência baixas; o primeiro conjunto compreende os marcadores moleculares que são os indicadores estatisticamente mais significativos de uma taxa de sobrevivência baixa, estes são designados em conjunto como segunda assinatura molecular primária [conjunto (C)]: ARP2, Atf-3, HuR, MEN1, Paracelina, PTP-RK Radixina, razão RH08/gdiG; e 6 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ ο segundo conjunto compreende os acima referidos, mais pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares, agui designados, em conjunto, como segunda assinatura molecular secundária [Conjunto (D)]: aMOT, Atf-1, Claudina-1, IL22R, Rock 2 Vegl.
Também é proporcionada uma terceira assinatura molecular gue compreende dois conjuntos de marcadores moleculares cuja expressão elevada se correlaciona com uma incidência baixa de sobrevivência livre de cancro; o primeiro conjunto compreende os marcadores moleculares gue são os indicadores estatisticamente mais significativos de uma incidência baixa de sobrevivência livre de cancro, sendo estes aqui designados, em conjunto, como terceira assinatura molecular primária [conjunto (E)]: AAMP, AMFR, Bmp8, BMP9, Beta-catenina, CAR, Crebl2, DRIM, EHMS, Endomuscina2, FAK, FAP, Isotopol, Kissl/ckl9, Notchl, PARIA, ParlA2, PLC-delta, Psoriasina, PTTG1, RhoC, Rockl, SDFl, SST1, ST15, TEM6, TEM7R; e o segundo conjunto compreende os acima referidos, mais pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares, aqui designados em conjunto como terceira assinatura molecular secundária [conjunto (F)]:
Angiotensina2Rl, ATF 4, BmplO, CASM, catepsinaS, CX43, Elastase PMN, GIRK, HAVR1, HIN, Isoótopo3, Kissl, L0X12, N0S3, PMSA, S100A4, SEMP1, TACC2, Ubiquitina, WISP2.
Também se proporciona uma quarta assinatura molecular que compreende dois conjuntos de marcadores moleculares cuja expressão baixa se correlaciona com uma baixa incidência de sobrevivência livre de cancro; o primeiro conjunto compreende os marcadores moleculares que são os indicadores estatisticamente mais significativos de uma baixa incidência de sobrevivência livre de cancro, estes são aqui designados, em conjunto, por quarta assinatura molecular primária [conjunto (G)]:
Bmp3, IL22R, IL24, JAK1, PTP-RK, Rho8/GdiG, Snail, WASP; e 7 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ ο segundo conjunto compreende os acima referidos, mais pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares, aqui designados, em conjunto, como a quarta assinatura molecular secundária [conjunto (H)]: ATF3, Bmp4, BMPR1A, MEN1, Paracelina.
Também se proporciona uma quinta assinatura molecular que compreende dois conjuntos de marcadores moleculares cuja expressão elevada se correlaciona com cancro metastático; o primeiro conjunto compreende os marcadores moleculares que são os indicadores estatisticamente mais significativos de um cancro metastático, estes são aqui designados em conjunto como a quinta assinatura molecular primária [conjunto (I)]: BAF57, BNDF, CARI, CASM, Catepsina-L, Crebl/2, CXCR10, DRIM, HERG, IL7R, IL-11, Kissl, MKK1, PMN-elastase, PTTP1, SDF 5, TACC2, Ubiquitina, VIPR1, VUDP; e o segundo conjunto compreende os acima referidos, mais pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares aqui designados, em conjunto, como a quinta assinatura molecular secundária [conjunto (J)]:
Angiomotina, BMP7, ciclinaDl, ADN ligase-1, IGFBP7, LYVE1, NET2, RH08, SRBC, Stath4, TGAse-3, Vinculina, WAVE2.
Por fim, proporciona-se uma sexta assinatura molecular que compreende dois conjuntos de marcadores moleculares cuja expressão baixa se correlaciona com cancro metastático; o primeiro conjunto compreende os marcadores moleculares que são os indicadores estatisticamente mais significativos de um cancro metastático, estes são aqui designados, em conjunto, como a sexta assinatura molecular primária [conjunto (K)]:
Paracelina; e o segundo conjunto compreende os acima referidos, mais pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares aqui designados, em conjunto, como a sexta assinatura molecular secundária [conjunto (L)]: ALCAM, Eplin, ERbeta, Glypic3, JAKl, MAGI-1, PEDF, PKC-eta, Stathlin, WWOX.
Deste modo, determinámos pelo menos seis assinaturas moleculares, que compreendem doze conjuntos de marcadores moleculares (seis primários e seis secundários), que têm utilidade no prognóstico do cancro da mama. A elucidação destas assinaturas envolveu mais de uma década de trabalho, tendo nós durante esse tempo examinado sistemática e cuidadosamente centenas de amostras de tecido de cancro da mama e outras tantas centenas de marcadores moleculares genéticos. No entanto, tendo completado esta árdua tarefa verificámos, surpreendentemente, que de facto é apenas necessário analisar muito poucos genes para se obter um prognóstico preciso para uma determinada amostra de tecido de cancro da mama. De forma ainda mais surpreendente, também fomos capazes de reduzir ainda mais este número identificando os marcadores moleculares que contribuem mais para o resultado preditivo das nossas assinaturas moleculares, pelo que, por exemplo, no caso da assinatura molecular referente a cancro metastático, apenas é necessário analisar 20/21 genes. Isto significa que a nossa metodologia tem aplicação imediata e pode ser realizada de forma rápida e rotineira num contexto clínico. De facto, sugerimos que a nossa metodologia faça parte do regime de tratamento convencional de um paciente com cancro da mama, de modo a que o oncologista relevante possa, numa fase precoce, determinar o resultado de uma doença particular e assim adaptar o tratamento em concordância. Deste modo, por exemplo, no caso de um indivíduo que apresenta uma assinatura indicativa de uma sobrevivência baixa, ou metástases nodais (i.e. em que há probabilidade de o cancro se espalhar) poderá prescrever-se uma forma de terapia imediata e agressiva. De igual modo, quando um indivíduo apresenta uma assinatura indicativa de uma baixa sobrevivência livre de doença e tem portanto mais probabilidade de ter recorrência da doença, poderão ser necessárias visitas de acompanhamento e testes mais frequentes. Pelo contrário, se um indivíduo tem uma assinatura indicativa de ausência de metástases, o oncologista pode prescrever um tratamento menos invasivo e agressivo, poupando assim ao paciente angústias desnecessárias e efeitos secundários indesejados. O nosso método serve, portanto, não só para assegurar que os indivíduos recebem um tratamento adaptado à sua composição genética, mas também pode melhorar a qualidade de vida do paciente durante o tratamento, 9 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ assegurando que uma terapia agressiva é apenas prescrita nos casos em que é necessária.
Deste modo, num aspecto da invenção proporciona-se um método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamíferos, que compreende: (a) analisar uma amostra de tecido de cancro da mama de um indivíduo de forma a determinar o nível de expressão de genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (A), e; (b) quando é determinado um nível de expressão elevado para estes marcadores; (c) concluir que o indivíduo de quem se recolheu a amostra de tecido tem uma baixa probabilidade de sobrevivência.
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a referida metodologia, na sua parte (a), compreende adicionalmente determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (B), de modo a determinar se estes genes têm um nível de expressão elevado; e/ou o nível de expressão dos genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (C) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos; e/ou determinar o nível de expressão dos genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (D) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos e, se os padrões de expressão acima são identificados, concluir que o indivíduo tem uma baixa probabilidade de sobrevivência.
Ainda noutro aspecto da invenção proporciona-se um método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) analisar uma amostra de tecido de cancro da mama de um indivíduo de forma a determinar o nível de expressão de genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (C), e; (b) quando é determinado um nível de expressão elevado para estes marcadores; (c) concluir que o indivíduo de quem se recolheu a amostra de tecido tem uma baixa probabilidade de sobrevivência. 10 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a referida metodologia, na sua parte (a) , compreende adicional ou alternativamente determinar o nivel de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (D) de modo a determinar se estes genes são sub- expressos e, caso sejam, concluir que o indivíduo tem uma baixa probabilidade de sobrevivência.
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a referida metodologia, na sua parte (a) compreende adicionalmente determinar o nível de expressão de genes no conjunto (A) e/ou pelo menos um gene no conjunto (B) de modo a determinar se estes genes são sobre-expressos e, caso sejam, concluir que o indivíduo tem uma baixa probabilidade de sobrevivência.
Ainda noutro aspecto da invenção proporciona-se um método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) analisar uma amostra de tecido de cancro da mama de um indivíduo de forma a determinar o nível de expressão de genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (E), e; (b) quando é determinado um nível de expressão elevado para estes marcadores; (c) concluir que o indivíduo de quem se recolheu a amostra de tecido tem uma probabilidade elevada de recorrência do cancro. A referência a recorrência do cancro inclui referência à recorrência de cancro localmente, na mama, ou num sítio remoto, ou referência a metástases.
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a metodologia compreende adicionalmente na sua parte (a) determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (F) , de modo a determinar se estes genes têm um nível de expressão elevado; e/ou determinar o nível de expressão de genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (G) , de modo a 11 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ determinar se estes genes são sub-expressos; e/ou determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (H) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos, e se os padrões de expressão acima são identificados, concluir que o indivíduo tem uma probabilidade elevada de o cancro recorrer.
Ainda noutro aspecto da invenção proporciona-se um método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) analisar uma amostra de tecido de cancro da mama de um indivíduo de forma a determinar o nível de expressão de genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (G), e; (b) quando é determinado um nível de expressão baixo para estes marcadores; (c) concluir que o indivíduo de quem se recolheu a amostra de tecido tem uma probabilidade elevada de recorrência do cancro.
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a referida metodologia compreende adicional ou alternativamente na sua parte (a) determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (H) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos e, caso sejam, concluir que o indivíduo tem uma probabilidade elevada de o cancro recorrer.
Ainda noutra concretização preferida deste aspecto da invenção a referida metodologia, na sua parte (a), compreende adicionalmente determinar o nível de expressão de genes no conjunto (E) e/ou pelo menos um gene no conjunto (F) de modo a determinar se estes genes são sobre-expressos e, caso sejam, concluir que o indivíduo tem uma probabilidade elevada de recorrência do cancro.
Ainda noutro aspecto da invenção proporciona-se um método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) analisar uma amostra de tecido de cancro da mama de um indivíduo de forma a determinar o nível de expressão de 12 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (I), e; (b) quando é determinado um nível de expressão elevado para estes marcadores; (c) concluir que o indivíduo de quem se recolheu a amostra de tecido tem uma forma metastática de cancro.
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a metodologia compreende adicionalmente na sua parte (a), determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (J) , de modo a determinar se estes genes têm um nível de expressão elevado; e/ou determinar o nível de expressão de genes que codificam para os marcadores moleculares no conjunto (K) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos; e/ou determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (L) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos, e se os padrões de expressão acima são identificados, concluir que o indivíduo tem uma forma metastática de cancro.
Ainda noutro aspecto da invenção proporciona-se um método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) analisar uma amostra de tecido de cancro da mama de um indivíduo, de forma a determinar o nível de expressão de genes que codificam para o marcador molecular no conjunto (K), e; (b) quando é determinado um nível de expressão baixo para este marcador; (c) concluir que o indivíduo de quem se recolheu a amostra de tecido tem uma forma metastática de cancro.
Ainda noutra concretização preferida da invenção, a referida metodologia compreende adicional ou alternativamente na sua parte (a) determinar o nível de expressão de genes que codificam para pelo menos um marcador molecular no conjunto (L) , de modo a determinar se estes genes são sub-expressos e, caso sejam, concluir que o indivíduo tem uma forma metastática de cancro. 13 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Ainda noutra concretização preferida deste aspecto da invenção, a referida metodologia compreende adicionalmente na sua parte (a) determinar o nível de expressão de genes no conjunto (I), e/ou pelo menos um marcador molecular no conjunto (J) de modo a determinar se estes genes são sobre-expressos e, caso sejam, concluir que o indivíduo tem uma forma metastática de cancro.
Noutro aspecto da invenção proporciona-se qualquer combinação seleccionada de todos os métodos acima referidos.
Em cada um dos métodos da invenção acima referidos, o ensaio é, idealmente, realizado para tecido de cancro da mama humano e, mais preferencialmente, tecido de cancro da mama de humano feminino.
Em cada um dos métodos da invenção acima, idealmente a amostra de tecido que é analisada é testada quanto à presença de ARN, de preferência ARN total e, mais preferencialmente, a quantidade de ARNm. Será evidente para os peritos na arte que as técnicas disponíveis para medir o teor de ARN são bem conhecidas e, de facto, praticadas de forma rotineira no campo do diagnóstico clínico.
Numa concretização alternativa da invenção o método envolve testar quanto à proteína codificada por cada um dos marcadores moleculares e deste modo, envolve típica, mas não exclusivamente a utilização de agentes que se ligam às proteínas relevantes e portanto identificam as mesmas. Os agentes comuns são anticorpos e, muito idealmente anticorpos monoclonais que, com vantagem, foram marcados com um marcador adequado em que existência do anticorpo ligado pode ser determinada. As técnicas de ensaio para identificar proteínas são bem conhecidas na arte e de facto utilizadas diariamente por quem trabalha na área do diagnóstico clínico.
Adicionalmente, a metodologia da invenção poderá envolver a amplificação de um marcador seleccionado antes da identificação do mesmo e neste caso, tipicamente, a amplificação será realizada utilizando uma reacção de PCR em que se utilizam sondas de oligonucleótido especificas para o marcador molecular de interesse, de forma a amplificar o mesmo 14 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ antes de determinar a sua presença e, em relação ao grau de amplificação, a sua quantidade.
Noutros métodos de trabalho da invenção preferidos, o nível de expressão de um determinado marcador molecular é determinado em relação a uma amostra de controlo, em que a amostra de controlo é uma amostra de tecido da mama que é livre de cancro, ou de um paciente com um prognóstico moderado, como aqui definido. Mais idealmente, esta amostra de tecido da mama é recolhida de um indivíduo que não apresenta a doença. Alternativamente ainda, o controlo é um padrão de expressão reconhecido de cada gene relevante, num indivíduo saudável.
0 nível de expressão de genes pode ser medido por PCR quantitativa em tempo real, utilizando um método descrito em Jiang et al. 2003a, ou Parr e Jiang 2004. A probabilidade de sobrevivência significa que o paciente estará vivo nos próximos 10 anos. A probabilidade de recorrência significa a probabilidade do cancro recorrer no espaço de 10 anos. Uma forma metastática de cancro significa que o cancro se espalhou desde o órgão ou tecido de origem, para outra parte do corpo.
De acordo ainda com outro aspecto da invenção, proporciona-se um kit para realizar qualquer um ou mais dos métodos acima referidos, em que o referido kit compreende: (a) uma pluralidade de sondas para detectar pelo menos um conjunto dos marcadores moleculares especificados nos métodos acima referidos; e (b) opcionalmente, reagentes e instruções referentes à utilização das referidas sondas.
Ainda noutro aspecto preferido da invenção, proporciona-se um kit para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um transcrito de cada um dos genes no conjunto (A); e 15 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam, ou mostram como se determina o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
Ainda noutro aspecto da invenção, o referido kit compreende adicionalmente: (a) uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um transcrito de cada um dos genes no conjunto (C) ; e/ou pelo menos um transcrito para pelo menos um dos genes no conjunto (B) ou (D), e; (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam, ou mostram como determinar o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
Ainda noutro aspecto preferido da invenção, proporciona-se um kit para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero que compreende: (a) uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um transcrito de cada um dos genes no conjunto (E); e (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam ou mostram como se determina o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
Ainda noutro aspecto preferido da invenção, o referido kit compreende adicionalmente: (a) uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um transcrito de cada um dos genes no conjunto (G) ; e/ou pelo menos um transcrito para pelo menos um dos genes no conjunto (F) ou (H), e; (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam, ou mostram como determinar o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
Ainda noutro aspecto preferido da invenção, proporciona-se um kit para determinar o prognóstico do cancro da mama que compreende: (a) uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um transcrito de cada um dos genes no conjunto (I); e 16 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam ou mostram como se determina o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
Ainda noutro aspecto preferido da invenção, o referido kit compreende adicionalmente: (a) uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um transcrito de cada um dos genes no conjunto (K) ; e/ou pelo menos um transcrito para pelo menos um dos genes no conjunto (J) ou (L), e; (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam, ou mostram como se determina o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
Noutro aspecto da invenção proporciona-se um kit que compreende qualquer combinação seleccionada dos conjuntos de sondas acima referidos para identificar os conjuntos de marcadores moleculares acima referidos.
De acordo ainda com outro aspecto da invenção, proporciona-se um microarray que compreende qualquer um ou mais dos conjuntos de sondas acima referidos, para identificar o nível de expressão de qualquer um ou mais dos conjuntos de marcadores moleculares acima referidos.
Noutro aspecto da invenção, proporciona-se um kit para determinar a probabilidade de sobrevivência e/ou recorrência do cancro da mama e/ou a natureza metastática de um cancro num paciente, o qual compreende: (a) pelo menos um microarray compreendendo uma pluralidade de sondas para identificar pelo menos um conjunto dos marcadores moleculares descritos nos métodos acima; e opcionalmente, (b) um segundo microarray que compreende uma pluralidade de sondas para identificar o mesmo conjunto de marcadores moleculares num padrão interno que representa o nível de expressão normal dos referidos marcadores. A invenção também proporciona um microarray ou conjunto de sondas, como descrito acima. 17 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ A presente invenção será em seguida descrita através dos exemplos seguintes, com referência às tabelas 1-3 e figuras 1-4 em que: A Figura 1 mostra uma curva de sobrevivência de Kaplan-Meier para todos os marcadores na Tabela 1. A Figura 2 mostra uma curva de sobrevivência de Kaplan-Meier para os marcadores identificados com um * na Tabela 1. A Figura 3 mostra uma curva de sobrevivência de Kaplan-Meier para todos os marcadores da Tabela 2. A Figura 4 mostra uma curva de sobrevivência de Kaplan-Meier para os marcadores identificados com um * na tabela 2.
Tecidos e células
Os tecidos de tumor da mama e tecidos normais associados foram recolhidos imediatamente após cirurgia e congelados até serem utilizados. Isto foi com a aprovação de um comité de ética local e ocorreu essencialmente entre 1991-1994, tendo sido recolhido um número limitado entre 1995-1996. A análise actual baseia-se num acompanhamento mediana de 10 anos, até Junho de 2004. O estudo actual utilizou tecidos de cancro da mama (n=120) e tecidos de ruído de fundo normais (n=32). As linhas celulares de cancro da mama humano MCF-7 e MDA MB 231, linha celular de fibroblastos humanos MRC-5 foram adquiridas da European Collection of Animal Cell Cultures (ECACC, Salisbury, Inglaterra). As células endoteliais da veia umbilical humana (HUVEC) foram adquiridas da TCS Biologicals (Oxford, Inglaterra). A informação sobre a patologia, informação clínica durante a após a cirurgia, resultados clínicos do paciente foi obtida pouco depois da cirurgia, ou na altura do acompanhamento.
Processamento dos tecidos
Os tecidos da mama foram congelados seccionados. As secções foram divididas nas seguintes três partes: uma porção para histologia de rotina, uma porção para imuno-histoquímica e outra porção foi para a preparação de ARN. 18 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Extracção de ARN a partir de células e tecidos e síntese de ADNc
As secções de tecido congeladas foram cortadas a uma espessura de 5-10pm e foram mantidas para imuno-histoquimica e histologia de rotina (Jiang et al. 2003a). Homogeneizaram-se mais 15-20 secções utilizando um homogeneizador manuseado manualmente, em solução de extracção de ADN arrefecida em gelo. A concentração de ARN foi determinada utilizando um espectrómetro de UV. A transcrição inversa foi realizada utilizando um kit de RT com um iniciador oligo-dt ancorado, fornecido pela AbGene™, utilizando lpg de ARN total numa placa de 96 poços. A qualidade do ADNc foi verificada utilizando iniciadores de β-actina. O kit de extracção de ARN e o kit de RT foram obtidos da AbGene Ltd, Surrey, Inglaterra, RU. Os iniciadores de PCR foram concebidos utilizando Beacon Designer (Califórnia, EUA) e sintetizados pela Invitrogen™ Ltd (Paisley, Escócia, RU) . A agarose de grau de biologia molecular e escada de ADN eram da Invitrogen. O Mastermix para PCR de rotina e PCR quantitativa era da AbGene.
Análise quantitativa de marcadores genéticos O nivel de moléculas transcritas dos membros da familia de CCN do ADNc acima preparado foi determinado utilizando PCR quantitativa em tempo real, baseada na tecnologia Amplifuor™ (Nazarenko et al. 1997), modificada a partir de um método previamente descrito (Jiang et al. 2003a e 2003b). Em resumo, concebeu-se um par de iniciadores de PCR utilizando o programa Beacon Designer (versão 2, Califórnia, EUA). A um dos iniciadores (rotineiramente ao iniciador de sentido inverso no nosso laboratório), adicionou-se uma sequência adicional conhecida como sequência Z (5'actgaacctgaccgtaca'3) que é complementar à sonda Z universal (Nazarenko et al. 1997) (Intergen Inc., Inglaterra, RU). Um kit de detecção Taqman™ para a β-actina foi adquirido da Perkin-Elmer™. A reacção foi realizada utilizando o seguinte: Hot-start Q-master mix (Abgene), lOpmol de iniciador directo especifico, lpmol de iniciador inverso que tem a sequência Z, lOpmol de sonda marcada com FAM (Intergen Inc.), e ADNc de aproximadamente 5 0ng de ARN (calculado a partir do ARN de partida na reacção pela RT) . A reacção foi realizada 19 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ utilizando IcyclerlQ™ (Bio-Rad™) que está equipado com uma unidade óptica que permite a detecção em tempo real de 96 reacções, utilizando as seguintes condições: 94°C durante 12 minutos, 50 ciclos de 94°C durante 15 segundos, 55°C durante 40 segundos e 72°C durante 20 segundos (Jiang et ai. 2003b, 2003c, Parr e Jiang 2004). Os níveis das moléculas transcritas foram gerados a partir de um padrão interno (Jiang et al. 2003a) que foi simultaneamente amplificado com as amostras. Os resultados são apresentados aqui de dois modos: níveis de moléculas transcritas baseados em quantidades iguais de ARN, ou como uma razão alvo/CK19.
Coloração imuno-histoquímica das moléculas, quando adequado
As secções congeladas de tumor da mama e tecido de ruído de fundo foram cortadas a uma espessura de 6 pm, utilizando um crióstato (Jiang et al. 2003c). As secções foram montadas em lâminas de microscópio Superfrost plus, secas ao ar e em seguida fixadas numa mistura de 50% de acetona e 50% de metanol. As secções foram em seguida colocadas em tampão de lavagem "Optimax" durante 5-10 minutos para reidratar. As secções foram incubadas durante 20 min numa solução bloqueadora de BSA a 0,6% e analisadas com sonda com um anticorpo primário. Após lavagens extensivas, as secções foram incubadas durante 30 minutos num anticorpo secundário biotinilado (imunoglobulina de suíno anti-cabra/ratinho/coelho Multilink, Dako Inc.). Após lavagens, aplicou-se o complexo Avidina-Biotina (Vector Laboratories) às secções, seguido de lavagens extensivas. Adicionou-se o cromogénio diaminobenzidina (Vector Labs) às secções que foram incubadas no escuro, durante 5 minutos. As secções foram em seguida contra-coradas em hematoxilina de Gill e desidratadas em graus crescentes de metanol, antes de clarificação em xileno e montagem sob uma lamela. A coloração citoplasmática das proteínas respectivas foi quantificada utilizando o programa Óptimas 6.0, como anteriormente descrito (Davies et al. 2000, King et al. 2004) e é aqui apresentada como intensidade de coloração relativa.
Análise estatística A análise estatística foi realizada utilizando o teste U de Mann-Whitney e o teste de Kruskal-Wallis. A análise de 20 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ sobrevivência foi realizada utilizando a curva de sobrevivência de Kaplan-Meier e análise Univariável (SPSS11).
RESULTADOS
Moléculas pesquisadas
Quantificámos 453 moléculas contra a informação clinica completa que inclui um acompanhamento de 10 anos. Após a análise das taxas de sobrevivência e incidência de recorrência da doença, desenvolvemos três assinaturas, a assinatura molecular de sobrevivência e a assinatura molecular de previsão de incidência e a assinatura molecular metastática.
Assinatura molecular de sobrevivência
Como se pode ver na tabela 1, verificou-se que 51 moléculas tinham uma correlação positiva com uma sobrevivência baixa e 14 tinham uma correlação inversa com sobrevivência baixa. A Figura 1 mostra que se prevê que 92,2% dos indivíduos que tem o que aqui se designa por uma "boa assinatura" (isto é, que não tem uma expressão elevada das moléculas na coluna da esquerda da tabela 1 e que não têm uma sub-expressão das moléculas da coluna do lado direito da tabela 1), sobrevivem até 148,9 meses, enquanto que se prevê que apenas 8,3% dos indivíduos que têm o que se designa aqui por uma "má assinatura" (isto é, têm expressão elevada das moléculas da coluna do lado esquerdo da tabela 1, e sub-expressão das moléculas da coluna do lado direito da tabela 1) sobrevivem durante até 40 meses. Este resultado é estatisticamente significativo, com um valor de p <0,00001.
Utilizando a curva de sobrevivência de Kaplan-Meier e uma análise univariável, refinámos a assinatura molecular identificando as moléculas que contribuem mais para a precisão estatística (identificadas por * na Tabela 1). Verificámos que 33 marcadores moleculares primários, 25 dos quais têm uma correlação positiva com uma sobrevivência baixa e 8 dos quais têm uma correlação negativa com uma sobrevivência baixa, são responsáveis pela maioria da significância estatística. A Figura 2 mostra a curva de sobrevivência prevista utilizando a primeira assinatura molecular primária e a segunda assinatura molecular primária, em que se prevê que 93,2% dos indivíduos 21 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ que têm uma boa assinatura sobrevivem até 149,69 meses e apenas 14,4% dos indivíduos que têm uma má assinatura sobrevivem durante até 52,3 meses (p < 0,000001).
Assinatura molecular de previsão de ausência de incidência
Como se pode ver na tabela 2, verificou-se que 48 moléculas têm uma correlação positiva com a ocorrência de incidência (recorrência e metástases) e 13 correlacionam-se inversamente com a ocorrência de incidência. A Figura 3 mostra que se prevê que 94,5% dos indivíduos com uma boa assinatura (isto é, que não têm uma expressão elevada das moléculas da coluna do lado esquerdo da tabela 2, e que não têm sub-expressão das moléculas da coluna do lado direito da Tabela 2) não têm recorrência da doença (i.e. sobrevivência livre de doença) durante até 150,4 meses, enquanto que se prevê que apenas 34,5% dos indivíduos com uma má assinatura (isto é, com uma expressão elevada das moléculas da coluna do lado esquerdo da Tabela 2, e sub-expressão das moléculas da coluna do lado direito da tabela 2) vivem sem doença durante apenas até 72,4 meses (p <0,00001).
Tal como com a assinatura de sobrevivência acima, também refinámos esta assinatura e verificámos que 36 marcadores moleculares primários (indicados por * na Tabela 2), 28 dos quais têm uma correlação positiva com a recorrência, e 8 dos quais têm uma correlação negativa com a recorrência, são responsáveis pela maioria da significância estatística. A Figura 4 mostra que a curva de sobrevivência prevista utilizando a terceira assinatura molecular primária e a quarta assinatura molecular primária, em que se prevê que 91,7% dos indivíduos com uma boa assinatura não têm recorrência da doença durante até 148,4 meses e se prevê que apenas 5,88% dos indivíduos com uma má assinatura sobrevivem, sem qualquer recorrência da doença durante até 44,2 meses (p < 0,000001).
Assinatura molecular de metástases nodais
Como se mostra na tabela 3, verificou-se que 37 moléculas têm uma correlação positiva com metástases nodais e 10 têm uma correlação inversa com metástases nodais. A combinação destas 37 moléculas mostrou que 91% dos tumores com uma má assinatura (isto é, com uma expressão elevada das moléculas no lado 22 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ esquerdo da coluna da tabela 3 e sub-expressão das moléculas da coluna do lado direito da tabela 3) desenvolveram metástases nodais. Além disso, 88,9% dos tumores com uma boa assinatura (isto é que não têm uma expressão elevada das moléculas da coluna do lado esquerdo da tabela 3, e não têm sub-expressão das moléculas da coluna do lado direito da tabela 3) não tinham metástases nodais (p = 0,00024).
Tal como acima, modificámos esta assinatura refinando a combinação e verificámos que uma combinação de 21 genes primários, 20 dos quais estão positivamente correlacionados com metástases nodais e 1 dos quais está negativamente correlacionado com metástases nodais (indicado por * na tabela 3), também proporciona uma boa previsão. 89,1% dos tumores com uma má assinatura tinham metástases nodais e 86,8% dos tumores com uma boa assinatura não tinham metástases nodais (p = 0,0000205).
Referências
Davies et al. 2000: Davies G, Jiang WG, Mason MD. Cell-cell adhesion and signalling intermediates in human prostate câncer. Journal of Urology, 2000, 163, 985-992
Jiang et al 2003a: Jiang WG, Watkins G, Lane J, Douglas-Jones A, Cunnick GH, Mokbel M, Mansel RE. Prognostic value of Rho family and and rho-GDIs in breast câncer. Clinicai Câncer Research, 2003, 9 (17), 6432-6440
Jiang et al 2003b: Jiang WG , Douglas-Jones A, e Mansel RE. Levei of expression of PPAR-gamma and its co-activator (PPAR-GCA) in human breast câncer. International Journal of Câncer, 2003, 106, 752-757
Jiang et al 2003c: Jiang WG, Grimshaw D, Lane J, Martin TA, Parr C, Davies G, Laterra J, e Mansel RE. Retroviral hammerhead transgenes to cMET and HGF/SF inhibited growth of breast tumour, induced by fibroblasts. Clinicai Câncer Research, 2003, 9, 4274-4281
King et al 2004: King JAC, Ofori-Acquah AF, Stevens T, Al-Mehdi AB, Fodstad O, Jiang WG. Prognostic value of ALCAM in human breast câncer. Breast Câncer Research, 2004, R478-487 23 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Nazarenko et al 1997: Nazarenko IA, Bhatnagar SK, Hohman RJ. A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer. Nucleic Acids Res 1997;25: 2516-21
Parr e Jiang 2004: Parr C e Jiang WG. The Notch receptors, Notch-1 and Notch-2, in human breast cancers. International Journal of Molecular Medicine, 2004 Nov;14(5): 779-786
Tabela 1. Assinatura molecular para sobrevivência global
Elevada com incidência Baixa com incidência Kit Original (curva de sobrevivência é a figura 1) Kit modificado (genes (indicados por *, curva de sobrevivência é a figura 2) Kit original (figura 1) Kit modificado (genes (indicados por *, figura 2) AMF * aMOT ATF4 * ARP2 ~k Basigina Atf-1 Beta-catenina Atf-3 ~k BMP1 Claudina-1 BMP 10 HuR (0.05) ~k Calpaina grande IL22R CD44 MEN1 (0.02) ~k CX43 Paracelina ~k ciclinaD2 PTP-RK * Cyr61 ~k Radixina * EHMS Razão RH08/gdiG * RE ~k Rock 2 FAK VEG1 FAP GIRK HAVR1 Isótopo3 JAK1 LOX12 Matriptase2 ~k MET ~k MLN64 ~k 24 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Elevada com incidência Baixa com incidência Kit Original (curva de sobrevivência é a figura 1) Kit modificado (genes (indicados por *, curva de sobrevivência é a figura 2) Kit original (figura 1) Kit modificado (genes (indicados por *, figura 2) MMP7 * Nectina4 ~k NET-2 PARIA ~k PAR1A2 Psoriason ~k PTHrP Pttgl ~k Rho-C ~k Rho-G S100A4 Scotin ~k SDF1 * SEMP1 * SPARC SPF45 ~k SST1 ~k ST15 ~k TACC2 * TBD10 * TCF2 * TCF3 TEM6 * TEM7R * VECAD Vilip Wave2 ZO-3 * 25 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Tabela 2. Assinatura molecular para sobrevivência livre de incidência em cancro da mama humano kit original, genes =61 kit modificado, genes =36 Elevada com incidência Baixa com incidência Kit Original (curva de sobrevivência é a figura 3) Kit modificado (genes (indicados por *, figura 4) Kit original (figura 3) Kit modificado (genes (indicados por *, figura 4) AAMP k ATF3 AMFR k Bmp3 * Angiotensina2Rl Bmp4 ATF4 BMPR1A Bmp8 k IL22R ~k BMP 9 k IL2 4 ~k BmplO JAK1 ~k Beta-catenina k MEN1 CAR k Paracelina CASM PTP-RK * catepsinaS Rho8/GdiG * Crebl2 k Snail ~k CX43 WASP k DRIM * EHMS * Elastase PMN Endomuscina2 * FAK * FAP k GIRK HAVR1 HIN Isótopo 1 k Isótopo3 Kissl Kissl/ckl9 k LOX12 NOS 3 Notchl k PARIA ~k ParlA2 ~k 26 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ kit original, genes =61 kit modificado, genes =36 Elevada com incidência Baixa com incidência Kit Original (curva de sobrevivência é a figura 3) Kit modificado (genes (indicados por *, figura 4) Kit original (figura 3) Kit modificado (genes (indicados por *, figura 4) PLC-delta * PMSA Psoriasina * PTTG1 * RhoC * Rockl * S100A4 SDF1 * SEMP1 SST1 * ST15 * TACC2 TEM6 * TEM7R ~k Ubiquitina WISP2
Tabela 3. Assinatura molecular para prever metástases nodais
Significativamente elevado com metástases nodais Significativamente baixo com incidência Preenchimento Assinatura Preenchimento Assinatura inicial modificada (*) inicial modificada (*) Angiomotina ALCAM BAF57 * Eplina BMP 7 ERbeta BNDF ~k Glypic3 CARI ~k JAK1 CASM ~k MAGI-1 Catepsina-L ~k Paracelina * Crebl/2 ~k PE DF CXCR10 ~k PKC-eta ciclinaDl Stathlin ADN-ligase-1 WWOX 27 ΕΡ 1 781 814/ΡΤ
Significativamente elevado com metástases nodais Significativamente baixo com incidência Preenchimento Assinatura Preenchimento Assinatura inicial modificada (*) inicial modificada (*) DRIM * HERG * IGFBP7 IL7R * IL-11 ~k Kissl ~k LYVE1 MKK1 ~k NET2 PMN-elastase ~k PTTP1 ~k RH08 SDF 5 ~k SRBC Stath4 TACC2 ~k TGAse-3 Ubiquitina * Vinculina VIPR1 * VUDP * WAVE2
Lisboa, 2010-04-05
Claims (18)
- ΕΡ 1 781 814/ΡΤ 1/4 REIVINDICAÇÕES 1. Método para determinar o prognóstico do cancro da mama de mamífero, que compreende: (a) examinar uma amostra de tecido de cancro da mama a partir de um indivíduo de modo a determinar o nível de expressão dos genes que codificam para os seguintes marcadores moleculares: AMF, ATF4, Cyr61, RE, Matriptase2, MET, MLN64, MMP 7, Nectina4, PARIA, Psoriason, Pttgl, Rho-C, Scotin, SDF1, SEMP1, SPF45, SST1, ST15, TACC2, TBD10, TCF2, TEM6, TEM7R e ZO-3; e (b) quando é determinado um nível de expressão elevado para estes marcadores, em relação ao nível de expressão dos mesmos marcadores em pacientes considerados como tendo um prognóstico moderado; (c) concluir que o indivíduo do qual a amostra de tecido foi recolhida tem uma probabilidade baixa de sobrevivência que é inferior a 20% dos indivíduos sobreviverem mais de cinco anos.
- 2. Método de acordo com a reivindicação 1, em que a parte (a) compreende adicionalmente determinar o nível de expressão dos genes que codificam para pelo menos um dos seguintes marcadores moleculares: Basigina, Beta-catenina, BMP1, BMP10, Calpaína grande, CD44, CX43, ciclinaD2, EHMS, FAK, FAP, GIRK, HAVR1, ISÓtopo3, JAK1, LOX12, NET-2, PAR1A2, PTHrP, Rho-G, S100A4, SPARC, TCF3, VECAD, Vilip, Wave2 .
- 3. Método de acordo com a reivindicação 1 ou a reivindicação 2, em que a parte (a) compreende adicionalmente determinar o nível de expressão dos genes que codificam para os seguintes marcadores moleculares: ARP2, Atf-3, HuR, MEN1, Paracelina, PTP-RK Radixina e razão RH08/gdiG; e (b) quando é determinado um nível de expressão baixo para estes marcadores; (c) concluir que o indivíduo do qual se recolheu a amostra de tecido tem uma probabilidade de sobrevivência baixa.
- 4. Método de acordo com a reivindicação 3, em que a parte (a) compreende adicionalmente determinar o nível de expressão dos genes que codificam para pelo menos um dos ΕΡ 1 781 814/ΡΤ 2/4 seguintes marcadores moleculares: aMOT, Atf-1, Claudina-1, IL22R, Rock 2, Vegl.
- 5. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, em que o tecido de cancro é de um ser humano.
- 6. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, em que o tecido de cancro é de uma fêmea.
- 7. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, em que o nível de expressão é determinado testando quanto à presença de ARN ou ARNm.
- 8. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1-7, em que o nível de expressão é determinado testando quanto à(s) proteína(s) codificada(s) pelo(s) marcador(es) molecular(es).
- 9. Método de acordo com a reivindicação 8, em que o método envolve a utilização de agentes que se ligam à(s) proteína(s) relevante(s), identificando deste modo as mesmas.
- 10. Método de acordo com a reivindicação 9, em que os agentes são anticorpos.
- 11. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1-6, em que antes de realizar a parte (a) , o marcador seleccionado é amplificado.
- 12. Método de acordo com a reivindicação 11, em que o marcador é amplificado por PCR.
- 13. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, em que o nível de expressão de um determinado marcador molecular é determinado em relação a uma amostra de controlo, sendo a amostra de controlo qualquer uma das seguintes: uma amostra de tecido da mama que está livre de cancro, uma amostra de tecido da mama retirado de um indivíduo que não apresenta cancro, ou um padrão reconhecido para expressão de cada marcador molecular relevante num indivíduo saudável. ΕΡ 1 781 814/ΡΤ 3/4
- 14. Kit para determinar o prognóstico do cancro da mama num mamífero que consiste em: (a) uma pluralidade de sondas limitadas às que identificam pelo menos um transcrito de cada um dos genes no seguinte conjunto de marcadores: AMF, ATF4, Cyr61, RE, Matriptase2, MET, MLN64, MMP7, Nectina4, PARIA, Psoriason, Pttgl, Rho-C, Scotin, SDF1, SEMP1, SPF45, SST1, ST15, TACC2, TBD10, TCF2, TEM6, TEM7R e ZO-3; e (b) reagentes opcionais e instruções que determinam, ou mostram como determinar, o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
- 15. Kit de acordo com a reivindicação 14, em que o referido kit consiste adicionalmente em: (a) uma pluralidade de sondas capazes de identificar pelo menos um transcrito de pelo menos um dos genes no seguinte conjunto de marcadores: Basigina, Beta-catenina, BMP1, BMP10, Calpaína grande, CD44, CX43, ciclinaD2, EHMS, FAK, FAP, GIRK, HAVR1, IsÓtopo3, JAK1, L0X12, NET-2, PAR1A2, PTHrP, Rho-G, S100A4, SPARC, TCF3, VECAD, Vilip, Wave2, e/ou pelo menos um transcrito de cada um dos genes no seguinte conjunto de marcadores ARP2, Atf-3, HuR, MEN1, Paracelina, PTP-RK Radixina e razão RH08/gdiG, e/ou pelo menos um transcrito de pelo menos um do seguinte conjunto de marcadores: aMOT, Atf-1, Claudina-1, IL22R, Rock 2, e; (b) opcionalmente, reagentes e instruções que determinam o nível de expressão de cada um dos referidos genes.
- 16. Kit para determinar a probabilidade de sobrevivência e/ou de recorrência do cancro da mama e/ou a natureza metastática de um cancro num paciente, kit este que consiste em: (a) pelo menos um microarray que consiste em pelo menos um conjunto de sondas limitadas às que identificam os conjuntos de marcadores moleculares que consistem nas assinaturas moleculares descritas nas reivindicações 1-4; e, opcionalmente, (b) um microarray secundário que compreende uma pluralidade de sondas para identificar o mesmo conjunto de marcadores ΕΡ 1 781 814/ΡΤ 4/4 moleculares num padrão interno que representa o nível de expressão dos referidos marcadores, quer num indivíduo livre de cancro, quer num paciente com um prognóstico moderado.
- 17. Microarray de acordo com a reivindicação 16.
- 18. Conjunto de sondas de acordo com as reivindicações 14-15. Lisboa, 2010-04-05
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GB0417740A GB0417740D0 (en) | 2004-08-10 | 2004-08-10 | Methods and kit for the prognosis of breast cancer |
| GB0426777A GB0426777D0 (en) | 2004-12-07 | 2004-12-07 | Methods and kit for the prognosis of breast cancer |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PT1781814E true PT1781814E (pt) | 2010-04-12 |
Family
ID=35044601
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PT05763127T PT1781814E (pt) | 2004-08-10 | 2005-07-27 | Métodos e kit para o prognóstico do cancro da mama |
Country Status (15)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20100035240A1 (pt) |
| EP (1) | EP1781814B3 (pt) |
| JP (2) | JP5117852B2 (pt) |
| CN (1) | CN102443627B (pt) |
| AT (1) | ATE454474T1 (pt) |
| AU (1) | AU2005271113B2 (pt) |
| CA (1) | CA2576113A1 (pt) |
| DE (1) | DE602005018789D1 (pt) |
| DK (1) | DK1781814T3 (pt) |
| ES (1) | ES2339132T7 (pt) |
| GB (1) | GB2430741A (pt) |
| HK (1) | HK1103422A1 (pt) |
| MX (1) | MX2007001640A (pt) |
| PT (1) | PT1781814E (pt) |
| WO (1) | WO2006016110A1 (pt) |
Families Citing this family (37)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US8497292B2 (en) | 2005-12-28 | 2013-07-30 | Translational Therapeutics, Inc. | Translational dysfunction based therapeutics |
| KR100786759B1 (ko) * | 2006-07-07 | 2007-12-18 | 김현기 | Ｈｃｃｒ-1을 포함하는 유방암 예후 마커 및 비만 유도조성물 |
| CN1919874B (zh) * | 2006-09-18 | 2010-09-08 | 中国人民解放军军事医学科学院生物工程研究所 | 一种抗尿激酶型纤溶酶激活剂受体的抗体样分子ATF-Fc融合蛋白及其用途 |
| JP2010505123A (ja) * | 2006-09-29 | 2010-02-18 | トランスレーショナル セラピューティクス，インク． | ｅＩＦ４Ｅレギュロン・ベースの診断薬 |
| WO2008138868A2 (en) * | 2007-05-09 | 2008-11-20 | Traslational Cancer Drugs Pharma, S.L. | In vitro diagnosis and/or prognosis of cancer by the analysis of gtpase protein expression |
| WO2008150512A2 (en) * | 2007-06-04 | 2008-12-11 | University Of Louisville Research Foundation, Inc. | Methods for identifying an increased likelihood of recurrence of breast cancer |
| ES2338843B1 (es) * | 2008-07-02 | 2011-01-24 | Centro De Investigaciones Energeticas, Medioambientales Y Tecnologicas | Huella genomica de cancer de mama. |
| WO2010009171A2 (en) * | 2008-07-14 | 2010-01-21 | Wyeth | Src activation for determining cancer prognosis and as a target for cancer therapy |
| EP2687609B1 (en) | 2008-11-10 | 2017-01-04 | The United States of America, as represented by The Secretary, Department of Health and Human Services | Method for treating solid tumor |
| GB0821787D0 (en) * | 2008-12-01 | 2009-01-07 | Univ Ulster | A genomic-based method of stratifying breast cancer patients |
| EP2427494B1 (en) * | 2009-05-08 | 2017-10-18 | Novartis AG | Methods of modulating fibrosis using bone morphogenetic protein-9 (bmp-9) modulators |
| WO2011122857A2 (ko) * | 2010-03-30 | 2011-10-06 | 서울대학교 산학협력단 | 유방암 예후 예측을 위한 조성물 및 이를 포함하는 키트 |
| KR101621036B1 (ko) * | 2011-03-27 | 2016-05-13 | 온코스템 다이아그노틱스 (모리셔스) 프라이빗 리미티드 | 종양 세포를 동정하기 위한 마커, 그의 방법 및 키트 |
| WO2012178128A1 (en) * | 2011-06-22 | 2012-12-27 | Oncocyte Corporation | Methods and compositions for the treatment and diagnosis of cancer |
| EP2751570A4 (en) * | 2011-08-31 | 2015-08-12 | Oncocyte Corp | METHOD AND COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT AND DIAGNOSIS OF CANCER |
| AU2013209477B2 (en) * | 2012-01-20 | 2016-12-08 | The Ohio State University | Breast cancer biomarker signatures for invasiveness and prognosis |
| FR2988479B1 (fr) * | 2012-03-23 | 2014-12-19 | Hospices Civils Lyon | Procede de determination de la susceptibilite aux infections nosocomiales |
| KR101672531B1 (ko) * | 2013-04-18 | 2016-11-17 | 주식회사 젠큐릭스 | 조기 유방암 예후 예측 진단용 유전자 마커 및 이의 용도 |
| CN103235141A (zh) * | 2013-04-27 | 2013-08-07 | 上海交通大学医学院附属新华医院 | Atf3用于预测膀胱癌转移和判断预后的应用 |
| KR101548830B1 (ko) * | 2013-12-30 | 2015-08-31 | 가천대학교 산학협력단 | 줄기세포 배양방법을 이용하여 발굴된 유방암 줄기세포 마커를 이용한 유방암 예후 예측용 조성물 |
| JP6711968B2 (ja) * | 2014-01-10 | 2020-06-17 | 学校法人順天堂 | 子宮体がんのリンパ節転移能の評価方法 |
| PT3137595T (pt) * | 2014-04-29 | 2019-06-19 | Novartis Ag | Novas células de vertebrados e métodos para expressão de forma recombinante de um polipéptido de interesse |
| CN105986024B (zh) * | 2015-02-27 | 2019-10-25 | 复旦大学附属肿瘤医院 | 一组用于三阴性乳腺癌预后的基因及其应用 |
| CN104725488A (zh) * | 2015-04-06 | 2015-06-24 | 苏州普罗达生物科技有限公司 | 关于紧密连接蛋白抑制剂多肽及其应用 |
| CN104725487A (zh) * | 2015-04-06 | 2015-06-24 | 苏州普罗达生物科技有限公司 | 紧密连接蛋白抑制剂多肽及其应用 |
| BR112017021484A2 (pt) | 2015-06-05 | 2018-07-03 | Novartis Ag | anticorpos de direcionamento à proteína morfogenética óssea 9 (bmp9) e métodos para os mesmos |
| CN106295244B (zh) * | 2015-06-05 | 2019-09-17 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 | 肿瘤诊断标志物的筛选方法、以该方法获得的乳腺癌肺转移相关基因及其应用 |
| EP3321683A4 (en) * | 2015-07-09 | 2018-11-21 | Juntendo Educational Foundation | Method for evaluating lymph node metastatic potential of endometrial cancer |
| CN106337081B (zh) * | 2016-02-02 | 2020-01-21 | 中国医学科学院肿瘤医院 | FABP4基因的SNP位点rs1054135与三阴型乳腺癌预后的相关性 |
| WO2018074865A2 (ko) * | 2016-10-21 | 2018-04-26 | 서울대학교병원 | 유방암 예후 예측용 조성물 및 방법 |
| EP3364190A1 (en) * | 2017-02-20 | 2018-08-22 | Panka Cancer Research AG | Method of detecting cancer or cancer cells |
| JPWO2018159808A1 (ja) * | 2017-03-03 | 2019-12-26 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 抗ｉｌ−７ｒ抗体の抗体薬物コンジュゲートと、がんまたは炎症を処置することに用いるための、抗ｉｌ−７ｒ抗体と細胞傷害剤との抗体薬物コンジュゲートを含む医薬組成物 |
| CN108504726B (zh) * | 2018-03-28 | 2021-10-26 | 华南农业大学 | 采用amf单个孢子微量dna进行pcr预处理的方法 |
| WO2020008097A2 (es) * | 2018-07-03 | 2020-01-09 | Universidad De Granada | Método de obtención de datos útiles para predecir o pronosticar la supervivencia global y la supervivencia libre de recaídas en el cáncer y composición capaz de modular la actividad de atf4 para el tratamiento del cáncer |
| CN109620832B (zh) * | 2019-01-14 | 2021-01-01 | 大连大学 | 甘氨胆酸在制备抗乳腺增生药物中的应用 |
| KR102280672B1 (ko) * | 2019-12-20 | 2021-07-23 | 주식회사 베르티스 | 암의 진단용 조성물 |
| CN114758773A (zh) * | 2022-05-25 | 2022-07-15 | 四川大学华西医院 | 一种膀胱癌免疫治疗生物标志物、免疫风险模型及其应用 |
Family Cites Families (12)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5759791A (en) * | 1989-01-17 | 1998-06-02 | The Johns Hopkins University | Cancer related antigen |
| CA2164498C (en) * | 1993-07-09 | 2007-09-11 | Paul A. Price | Assay for ykl-40 as a marker for degradation of mammalian connective tissue matrices |
| DE69726884T2 (de) * | 1997-02-06 | 2004-06-03 | Genetics Institute, LLC, Cambridge | Menschliches sdf-5 protein und diesbezügliche zusammensetzungen |
| WO1999038500A2 (en) * | 1998-01-30 | 1999-08-05 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | The human calcium-sensing receptor in the detection and treatment of cancer |
| ES2226467T5 (es) * | 1998-11-13 | 2009-08-27 | Stryker Corporation | Aliviamiento de los sintomas del cancer de prostata. |
| EP1425302A2 (en) * | 2001-01-24 | 2004-06-09 | Protein Design Labs | Methods of diagnosis of breast cancer, compositions and methods of screening for modulators of breast cancer |
| US20030064384A1 (en) * | 2001-04-02 | 2003-04-03 | Mien-Chie Hung | Beta-catenin is a strong and independent prognostic factor for cancer |
| US20040086504A1 (en) * | 2001-06-21 | 2004-05-06 | Deepak Sampath | Cyr61 as a target for treatment and diagnosis of breast cancer |
| AU2002232563A1 (en) * | 2001-12-05 | 2003-06-23 | Genzyme Corporation | Compounds for therapy and diagnosis and methods for using same |
| AU2002366712A1 (en) * | 2001-12-20 | 2003-07-09 | The Regents Of The University Of California | Genetic markers and methods for the diagnosis, treatment and prevention of tumor metastasis |
| US20030186248A1 (en) * | 2002-03-29 | 2003-10-02 | Erlander Mark G. | Interpreting cytological specimens via molecular histological signatures |
| US20040231909A1 (en) * | 2003-01-15 | 2004-11-25 | Tai-Yang Luh | Motorized vehicle having forward and backward differential structure |
-
2005
- 2005-07-27 US US11/573,487 patent/US20100035240A1/en not_active Abandoned
- 2005-07-27 CA CA002576113A patent/CA2576113A1/en not_active Abandoned
- 2005-07-27 ES ES05763127T patent/ES2339132T7/es active Active
- 2005-07-27 EP EP05763127A patent/EP1781814B3/en not_active Not-in-force
- 2005-07-27 WO PCT/GB2005/002971 patent/WO2006016110A1/en active Application Filing
- 2005-07-27 AT AT05763127T patent/ATE454474T1/de not_active IP Right Cessation
- 2005-07-27 CN CN201110315370.0A patent/CN102443627B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2005-07-27 JP JP2007525333A patent/JP5117852B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2005-07-27 AU AU2005271113A patent/AU2005271113B2/en not_active Ceased
- 2005-07-27 DE DE602005018789T patent/DE602005018789D1/de active Active
- 2005-07-27 MX MX2007001640A patent/MX2007001640A/es active IP Right Grant
- 2005-07-27 DK DK05763127.7T patent/DK1781814T3/da active
- 2005-07-27 PT PT05763127T patent/PT1781814E/pt unknown
-
2007
- 2007-01-30 GB GB0701676A patent/GB2430741A/en not_active Withdrawn
- 2007-10-12 HK HK07111076.7A patent/HK1103422A1/xx not_active IP Right Cessation
-
2011
- 2011-09-12 JP JP2011198276A patent/JP5634360B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2012024095A (ja) | 2012-02-09 |
| AU2005271113A1 (en) | 2006-02-16 |
| AU2005271113B2 (en) | 2010-12-09 |
| EP1781814B1 (en) | 2010-01-06 |
| CN102443627A (zh) | 2012-05-09 |
| CN102443627B (zh) | 2014-10-29 |
| WO2006016110A1 (en) | 2006-02-16 |
| DE602005018789D1 (de) | 2011-05-26 |
| JP5634360B2 (ja) | 2014-12-03 |
| GB2430741A (en) | 2007-04-04 |
| EP1781814B3 (en) | 2011-08-31 |
| MX2007001640A (es) | 2007-07-25 |
| ATE454474T1 (de) | 2010-01-15 |
| JP2008508895A (ja) | 2008-03-27 |
| ES2339132T3 (es) | 2010-05-17 |
| CA2576113A1 (en) | 2006-02-16 |
| DK1781814T3 (da) | 2010-05-03 |
| GB0701676D0 (en) | 2007-03-14 |
| EP1781814A1 (en) | 2007-05-09 |
| US20100035240A1 (en) | 2010-02-11 |
| HK1103422A1 (en) | 2007-12-21 |
| WO2006016110A8 (en) | 2006-08-24 |
| ES2339132T7 (es) | 2012-03-16 |
| JP5117852B2 (ja) | 2013-01-16 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| PT1781814E (pt) | Métodos e kit para o prognóstico do cancro da mama | |
| ES2754434T3 (es) | Métodos de pronóstico de cáncer de próstata | |
| CN101014720B (zh) | 用于乳腺癌的预后的方法和试剂盒 | |
| ES2691404T3 (es) | Diagnóstico no invasivo del cáncer | |
| US20130344481A1 (en) | Molecular diagnosis and classification of malignant melanoma | |
| BRPI0709397A2 (pt) | propagação de células primárias | |
| Lerebours et al. | Hemoglobin overexpression and splice signature as new features of inflammatory breast cancer? | |
| CN109402252A (zh) | 急性髓系白血病风险评估基因标志物及其应用 | |
| Kosari et al. | Shared gene expression alterations in prostate cancer and histologically benign prostate from patients with prostate cancer | |
| ES2914727T3 (es) | Algoritmos y métodos para evaluar los criterios clínicos tardíos en el cáncer de próstata | |
| GB2519830A (en) | Methods for monitoring treatment response and relapse in ovarian cancer | |
| RU2383339C1 (ru) | Способ прогнозирования эффективности неоадъювантной химиотерапии при местнораспространенном раке яичников | |
| US20120184452A1 (en) | Methods for diagnosing follicular thyroid cancer | |
| US20090326333A1 (en) | Assessing outcomes for breast cancer patients | |
| JP4827025B2 (ja) | 舌癌の悪性度の判定方法 | |
| US20150011411A1 (en) | Biomarkers of cancer | |
| US20120289416A1 (en) | Methods and kits used in assessing cancer risk | |
| Sun et al. | BRCA1 single nucleotide polymorphisms and microsatellite instability in endometrial cancer and their association with patient prognosis in a Chinese population | |
| Elfeky et al. | FABP4, GINS2 and CBX7 Expression in Cancer Cervix Tissues: Clinical, Pathological and Prognostic Implications | |
| WO2021234594A1 (en) | Method for carrying out in vitro molecular diagnosis of ovarian tumor and kit | |
| Stuckless | The impact of screening on the clinical course of lynch syndrome | |
| WO2009047274A2 (en) | Ptpl1 as a biomaker of survival in breast cancer |