PL244888B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL244888B1 PL244888B1 PL440930A PL44093022A PL244888B1 PL 244888 B1 PL244888 B1 PL 244888B1 PL 440930 A PL440930 A PL 440930A PL 44093022 A PL44093022 A PL 44093022A PL 244888 B1 PL244888 B1 PL 244888B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- sativa
- pair
- sterilis
- tam
- subline
- Prior art date
Links
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title claims abstract description 53
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title claims abstract description 28
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 27
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title claims abstract description 26
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 22
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 13
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 10
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 4
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title description 19
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 15
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 15
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 6
- 108700003861 Dominant Genes Proteins 0.000 abstract 1
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 13
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 13
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 6
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 4
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 241001144479 Puccinia coronata var. avenae f. sp. avenae Species 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000025254 Cannabis sativa Species 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 241000221785 Erysiphales Species 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N Ibuprofen Chemical compound CC(C)CC1=CC=C(C(C)C(O)=O)C=C1 HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 230000035558 fertility Effects 0.000 description 1
- 244000037666 field crops Species 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008659 phytopathology Effects 0.000 description 1
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000010399 three-hybrid screening Methods 0.000 description 1
- 230000005068 transpiration Effects 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot zgłoszenia stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem zgłoszenia jest ponadto sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 127+853 przedstawiony na Fig. 1 - 3. W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 520 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Rdza koronowa jest obok mączniaka prawdziwego i rdzy źdźbłowej najpowszechniej występującą chorobą grzybową owsa. Patogenem wywołującym chorobę jest grzyb Puccinia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd. infekujący wiele gatunków traw, ale nie porażający innych, poza owsem, gatunków zbóż (Chong, J, 2003, Disease of Oat, W: Bailey, K., Gossen, B., Gugel, R., Morrall, R. (Red), Diseases of Field Crops, The Canadian Phytotpathological Society, ss. 74-88). Rdza koronowa atakuje głównie liście, na których pojawiają się rdzawo zabarwione uredinia ograniczające powierzchnię asymilacyjną rośliny i niekorzystnie wpływające na proces transpiracji znacząco zmniejszając plon (Simons, M.D., 1985, Crown rust. W: Roelfs, A.P., Bushnel, W.R. (Red.), The cereal rust Vol. 2 Diseases, Distribution, Epidemiology, and Control. Academic Press, Orlando, 131-172).
Polskie odmiany owsa charakteryzują się wysoką plennością, jednak ich odporność na rdzę koronową jest bardzo niska (Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2020. A study of crown rust resistance in historical and modern oat cultivars representing 120 years of Polish oat breeding. Euphytica 216, 1-10). Wprowadzanie genetycznie warunkowanej odporności do polskich materiałów hodowlanych jest obecnie jednym z ważniejszych celów, proces ten jest jednak pracochłonny i wymaga długoletniego procesu selekcji. Gen odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 jest genem wysoce efektywnym w polskich warunkach i może być wykorzystany w hodowli odpornościowej A. sativa. (Paczos-Grzęda, E., Róg, S., Koroluk. A., Okoń, S., Ostrowska. A., Ociepa, T., Erdzik, P., Chrząstek, M., Kowalczyk, K., 2014. Virulence structure of Puccinia coronata f. sp. avenae in Central and South Eastern Poland 2020; Paczos-Grzęda, E., Sowa, S., 2019. Virulence structure and diversity of Puccinia coronata f sp. avenae P. syd. & syd, in Poland during 2013 to 2015. Plant Dis. 103, 1559-1564; Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2017, Puccinia coronata f. sp. avenue virulence in southeastern Poland in 2014. Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin., Agric., Aliment. Pisc., Zootech, 336:43, 157—166; Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2021. Virulence structure of Puccinia coronata f. sp. avenae and effectiveness of Pc resistance genes in Poland during 2017-2019, Phytopathology Vol. 111, No. 7 s. 1158-1165). Efektywne wprowadzenie tego genu do polskiej hodowli wymaga wykorzystywania markerów molekularnych. Silnie sprzężone markery DNA zapewnią obiektywną ocenę fenotypu, ułatwią i przyspieszą proces otrzymania nowych, wysoko plonujących odmian owsa zwyczajnego odpornych na rdzę koronową (Niedziela, A., Jarska, W., Bednarek, P.T., 2015. Wybrane elementy nowoczesnych rozwiązań wpływające na skuteczność programów hodowlanych. Biul. Inst. Hod. i Aklim. Roślin 275, 3-16).
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 127+853, przedstawiony na Fig. 1-3, o długości 520 pz związany z obecnością allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji; 1-90 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
PL 244888 Β1
Fig. 2 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 990 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K-A. sterilis PI 296244 x A sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji; 1-125 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
Fig. 3 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707.2 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K-A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji; 2-154 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono 3 populacje mieszańcowe 707, 707.2 oraz 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)), w których dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano rośliny homozygotyczne, dominujące - odporne; rośliny homozygotyczne, recesywne - wrażliwe na porażenie oraz rośliny heterozygotyczne - segregujące pod względem odporności na rdzę koronową. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do zaprojektowania odpowiednich par starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, uzyskano dominujący marker 127+853 (Fig.1-3), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel dominujący genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Marker 127+853 został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu 127+853 o masie 520 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z locus genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 127+853 wykazały, że jest on znacznikiem allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w owsie zwyczajnym.
Zastosowanie markera 127+853 może być przydatne do identyfikacji genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Sposób identyfikacji markera 127+853
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase chain rection):
| DNA | 10-50 ng |
| 2x JumpStart™Taq ReadyMix™ | lx |
| Starter l27_F2a (sekwencja nr 1) | 0,1-0,5 μΜ |
| Starter 853 R3 (sekwencja nr 2) | 0,1-0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
PL 244888 Β1
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1:127 _F2a 5’ CTTCCTGCAGGAGGGCC 3’
Sekwencja nr 2: 853_R3 5’ CAAACAGGAGCAGCAAGC 3’
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA
Reakcję PCR przeprowadzono w termocyklerach: SimpliAmp (Applied Biosystems) lub ProFlex (Applied Biosystems).
Profil termiczny reakcji PCR: 94°C-4min., 37 cykli (94°C-30 s, 62°C-30 s, 72°C-45s), 72°C-7 min. Identyfikacja markera 127+853:
Elektroforeza na 1,5 % żelu agarozowym zawierającym 0,5 μg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100 V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 127+853 na osobnikach populacji 707 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wykazało wysoką zgodność segregacji markera z odpornością na rdzę koronową owsa (Fig. 1). Na 44 testowane rośliny 100% zostało właściwie zakwalifikowanych na podstawie detekcji markera 127+853. Spośród 94 osobników populacji 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) liczba niedopasować wyniosła 3, czyli 3,2% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów (Fig. 2). W populacji 707.2 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wśród 46 testowanych genotypów 3 (6,5%) zostały zakwalifikowane niewłaściwie (Fig. 3). Na elektroforegramach przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312.
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr 1 (Starter 127_F2a)
5’ CTTCCTGCAGGAGGGCC 3’
Sekwencja nr 2 (Starter 853 R3)
5’ CAAACAGGAGCAGCAAGC 3’
Sekwencja nr 3
5’
TCTTCCTGCAGGAGGGCCGTCCTGGCACTTATAGAAGTATGTTGACACTTGAA ATTTCTCACTGTCCTAAGTTGTTTCTGCCTCACACTTCCACGGTAACTCATATTG ATGTGCCTGCTAGTCCTTCGGGGAGTGCCGGTGCATTTCAAGCTGGATCAAAA ATCCCATGGGTGCAGGCACAACTCCCAATGCTGACCTCCCTCAGGGAACTTAC GATTAGGGGAGAGCCAAGATTTATGTCAATGGCCCTGCTCTCGAATCTTGCAT CTCTCACCTGTCTAGAACTAGTGGATTGCAAGAATTTAACAGTAGATGGGTTC AATCCTCTCATCACAGCTGTCAGACTCAAGAAATTTAAAGTCTACAACTGGGA
ATATGGTCCTCGCTCTGTAGCTGCGAATCTTCTCTCGGAATTGGTGGTGGCAAG
TAGTGCCAAACTATTGTCACCTTCTGCAGGCTGCTTCCAGCTGGAATATCTTGA
AGTGGATAGCATCGCAGCGGTGCTTGCTGCTCCTGTTTG 3 ’
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
2. Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 127+853, przedstawiony na Fig. 1-3.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 520 par zasad o sekwencji nr 3, przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440930A PL244888B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440930A PL244888B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL440930A1 PL440930A1 (pl) | 2023-10-16 |
| PL244888B1 true PL244888B1 (pl) | 2024-03-18 |
Family
ID=88372925
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL440930A PL244888B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL244888B1 (pl) |
-
2022
- 2022-04-13 PL PL440930A patent/PL244888B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL440930A1 (pl) | 2023-10-16 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Hashmi et al. | RAPD analysis of somaclonal variants derived from embryo callus cultures of peach | |
| Gill et al. | Development of sex-linked PCR markers for gender identification in Actinidia | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR102358788B1 (ko) | 저온 내성 양배추 품종 선별용 분자마커 및 이의 용도 | |
| PL233478B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR101922420B1 (ko) | 남평벼 유래 dna 마커를 포함하는 키다리병 저항성 벼 품종 선별용 조성물 및 상기 dna 마커를 이용한 키다리병 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| Moodley et al. | Development of Potato virus Y (PVY) resistant pepper (Capsicum annuum L.) lines using marker-assisted selection (MAS) | |
| CN107201395B (zh) | 水稻抗褐飞虱主效基因Bph30的分子标记及其应用 | |
| Patzak | Assessment of somaclonal variability in hop (Humulus lupulus L.) in vitro meristem cultures and clones by molecular methods | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| CN113046461B (zh) | 鉴定水稻粒长QTL qGL5-27.3上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用 | |
| RU2718584C2 (ru) | Молекулярные маркеры гена rlm4 резистентности к черной ножке brassica napus и способы их применения | |
| PL244888B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR102024212B1 (ko) | ＤＮＡ 마커를 포함하는 벼 키다리병 저항성 유전자 qBK1WD를 가진 벼 품종 선별용 조성물 및 이를 이용한 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| Liu et al. | Analysis of DNA methylation patterns and levels in maize hybrids and their parents | |
| PL244887B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243632B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243634B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| AL-MUSAWI et al. | Molecular Characterization Based on Genetic Diversity Analysis For Fertility Restorer Genes in Rice (Oryza Sativa, L.) Using Microsatellite Markers. | |
| PL245141B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| RU2740404C1 (ru) | ДНК-маркер для селекции сортов ярового ячменя, устойчивых к темно-бурой пятнистости |