PL233477B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.)Info
- Publication number
- PL233477B1 PL233477B1 PL422536A PL42253617A PL233477B1 PL 233477 B1 PL233477 B1 PL 233477B1 PL 422536 A PL422536 A PL 422536A PL 42253617 A PL42253617 A PL 42253617A PL 233477 B1 PL233477 B1 PL 233477B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- pair
- gene
- detecting
- plants
- oat
- Prior art date
Links
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 27
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 22
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 13
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 12
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title claims description 21
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title claims description 21
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title claims description 16
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title description 3
- 230000036039 immunity Effects 0.000 title description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 title description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 25
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 16
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims abstract description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 4
- 241000209763 Avena sativa Species 0.000 claims 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 abstract description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 9
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 7
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 4
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 description 2
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 2
- 108700005079 Recessive Genes Proteins 0.000 description 2
- 102000052708 Recessive Genes Human genes 0.000 description 2
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000004535 Avena sterilis Nutrition 0.000 description 1
- 101150093222 CTTN gene Proteins 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 241000221535 Pucciniales Species 0.000 description 1
- 102100023706 Steroid receptor RNA activator 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710187693 Steroid receptor RNA activator 1 Proteins 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 230000001143 conditioned effect Effects 0.000 description 1
- 239000013256 coordination polymer Substances 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 244000037666 field crops Species 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000012447 hatching Effects 0.000 description 1
- 235000001497 healthy food Nutrition 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 239000002417 nutraceutical Substances 0.000 description 1
- 235000021436 nutraceutical agent Nutrition 0.000 description 1
- 230000008775 paternal effect Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000029553 photosynthesis Effects 0.000 description 1
- 238000010672 photosynthesis Methods 0.000 description 1
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 239000004476 plant protection product Substances 0.000 description 1
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000010902 straw Substances 0.000 description 1
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiotem zgłoszenia jest para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Zgłoszenie obejmuje ponadto, sposób identyfikacji allelu recesywnego genu Pc39 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker RAPD-SCAR_H11. W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 1111 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest para oligonukleotydowych starterów inicjujących amplifikację markera molekularnego umożliwiającego wykrycie obecności allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) oraz sposób detekcji tego markera w łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR).
Rdza koronowa, powodowana przez grzyb Puccicnia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd należący do rzędu Uredinales, gromady Basidiomycotina, to powszechnie występująca choroba grzybowa owsa, pojawiająca się rokrocznie z różnym nasileniem w każdym rejonie uprawy tego zboża (ChongJ., 2003. Disease ofOat. W: Bailey K., Gossen B., Gugel R., Morrall R. (Red.), Diseases of Field Crops. The Canadian Phytotpathological Society; ss. 74-88). Proces chorobowy obejmuje głównie liście, przez co zaburza transport produktów fotosyntezy do rosnącego ziarna negatywnie oddziałując na jego jakość (Simons M.D., 1985. Crown rust. I/I/: RoelfsA.P., Bushnel W.R. (Red.), The cereal rust Vol. 2 Diseases, Distribution, Epidemiology, and Control. Academic Press, Orlando, ss. 131-172). Choroba obniża również jakość słomy i sprzyja wylęganiu roślin.
Najczęściej stosowanym sposobem walki z rdzą koronową jest wykorzystywanie fungicydów, jednak chemiczne środki ochrony roślin stanowią poważne zagrożenie dla środowiska naturalnego, a ich wysokie koszty w porównaniu z ceną ziarna owsa czynią ten zabieg nieopłacalnym. Owies z uwagi na swoje właściwości stanowi również bardzo dobry surowiec do produkcji „zdrowej żywności” i nutraceutyków, dlatego stosowanie chemicznej ochrony nie jest wskazane w procesie produkcyjnym. Pożądaną alternatywą jest odporność warunkowana genetycznie, która sprzyja uzyskaniu wysokiego i stabilnego plonu, a także podnosi wartość ekologiczną rośliny, przez co jest obecnie jednym z ważniejszych celów hodowlanych owsa.
Odporność na określoną rasę rdzy koronowej jest zazwyczaj cechą dominującą warunkowaną monogenicznie, specyficzną w stosunku do rasy patogenu. Dotychczas opisano ponad 100 genów odporności na różne rasy fizjologiczne P. coronata, w tym również gen Pc39 zidentyfikowany w dzikim gatunku Avena sterilis (Fleischmann G., McKenzie R.I.H., 1968. Inheritance of crown rust resistance in Avena sterilis. Crop Sci. 8, 710-713) i przez lata skutecznie wykorzystywany w hodowli owsa (McMullen M.S., Patterson F.L, 1992. Oat cultivar development in the USA and Canada. Agron.) Wykazano, że gen Pc39 jest nadal wysoce efektywny w polskich warunkach (Sowa S., Paczos-Grzęda E. 2017. Puccinia coronata fsp. avenae virulence in South Eastern Poland. Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin., Agric., Aliment., Pisc., Zootech w druku).
Próbę identyfikacji markera DNA dla allelu dominującego genu Pc39 podjęli Wight i in. (Wight
C.P., 0’Donoughue L.S., ChongJ., Tinker N. A., Molna S.J., 0’Donoughue L.S., ChongJ., Tinker N. a., Molnar S.J., 2004. Discovery, localization, and sequence characterization of molecular markers for the crown rust resistance genes Pc38, Pc39, and Pc48 in cultivated oat (Avena sativa L). Mol. Breed. 14, 349-361). Opracowany marker segregował zgodnie z odpornością jedynie w populacji, dla której został opracowany. Niestety segregował również w populacjach nie posiadających tego genu w związku z czym nie może być wykorzystywany w hodowli odpornościowej. Dotychczas nie opracowano żadnego markera dla allelu recesywnego genu pc39.
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu recesywnego genu Pc39. Allel dominujący tego genu (Pc39) warunkuje odporność roślin owsa na rdzę koronową zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej. Marker do identyfikacji allelu recesywnego jest niezbędny do wykluczenia z procesu hodowlanego heterozygot, które zawierają zarówno allel dominujący, jak i recesywny. Z uwagi na pełną dominację allelu Pc39 identyfikacja fenotypowa allelu pc39 nie jest możliwa w obecności allelu Pc39 w heterozygocie. Stąd fenotypowo heterozygota Pc39pc39 oraz homozygota dominująca Pc39Pc39 są identyczne. W pracach hodowlanych pożądany genotyp stanowi homozygota dominująca, która gwarantuje odporność potomstwa, w przeciwieństwie do heterozygoty, która segreguje na formy odporne i porażone.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 w roślinach owsa o sekwencjach:
F1_H11 CTTCCGCAGTCTTACCTATTTG (sekwencja nr 1)
R1H11 CTTCCGCAGTGGTGTGGT (sekwencja nr 2)
PL 233 477 Β1
Sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach:
F1_H11 CTTCCGCAGTCTTACCTATTTG
R1JH11 CTTCCGCAGTGGTGTGGT, przy czym stosuje się marker RAPD-SCAR_H11, przedstawiony na Fig. 1, o długości 1111 pz związany z obecnością allelu recesywnego genu Pc39 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji ‘Celer’ x STH9210 po włączeniu do reakcji pary starterów F1_H11+R1_H11.
M - marker wielkości GeneRulerTM 100 bp Plus DNA Ladder;
Celer, STH9210 - formy rodzicielskie badanej populacji;
19-244 - numery roślin populacji ‘Celer’ x STH9210 opisane pod względem fenotypu:
O - homozygoty odporne;
P - homozygoty wrażliwe;
H - heterozygoty.
Strzałką zaznaczono produkt prążek markera RAPD-SCAR_H11 związany z obecnością allelu recesywnego genu Pc39 o masie ok. 1111 pz.
W pierwszym etapie wytworzono populację mieszańcową ‘Celer’ x STH9210, w której dawcą genu Pc39 jest odmiana ‘Celer’, zaś allel recesywny pc39 dziedziczony jest po formie ojcowskiej STH9210. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano 40 roślin homozygotycznych Pc39Pc39 - odpornych oraz 40 roślin pc39pc39 - porażonych. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach połączono je w pule zbiorcze i dokonano amplifikacji w obecności 520 starterów SRAP. Produkt różnicujący uzyskano z wykorzystaniem startera H11. W celu konwersji na marker specyficzny różnicujący pule zbiorcze produkt PCR uzyskany z udziałem startera H11 wyizolowano z żelu agarozowego i poddano klonowaniu, a następnie sekwencjonowaniu. Na podstawie uzyskanej sekwencji produktu zaprojektowano startery specyficzne.
F1 _H 11 CTTCCGCAGTCTTACCTATTTG
R1H11 CTTCCGCAGTGGTGTGGT
Z udziałem oligonukleotydowych starterów F1_H11 oraz F2 H11 uzyskano kodominujący marker RAPD-SCAR H11 (Fig. 1), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel recesywny genu Pc39. Marker RAPD- SCAR_H11 będący przedmiotem niniejszego zgłoszenia patentowego został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu RAPD-SCAR_H11 o długości 1111 pz i wykazywał sprzężenie genetyczne 2,7 cM z locus genu Pc39. Marker ten ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera RAPD-SCAR_H11 wykazały, że jest on znacznikiem allelu recesywnego genu Pc39 w owsie zwyczajnym.
Zastosowanie markera RAPD-SCAR_H11 może być przydatne do identyfikacji allelu recesywnego genu Pc39 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Marker do identyfikacji allelu recesywnego jest niezbędny do wykluczenia z procesu hodowlanego heterozygot, które zawierają zarówno allel dominujący, jak i recesywny. Z uwagi na pełną dominację allelu Pc39 identyfikacja fenotypowa allelu pc39 nie jest możliwa w obecności allelu Pc39 w heterozygocie. Stąd fenotypowo heterozygota Pc39pc39 oraz homozygota dominująca Pc39Pc39 są identyczne. W pracach hodowlanych pożądany genotyp stanowi homozygota dominująca, która gwarantuje odporność potomstwa, w przeciwieństwie do heterozygoty, która segreguje na formy odporne i porażone. Jedynym sposobem weryfikacji genotypu jest przeprowadzenie testu DNA.
Ważną zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
PL 233 477 Β1
Sposób identyfikacji markera RAPD-SCAR_H11
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
| DNA | 10-50ng |
| 10 x Tag bufor (200 mM Tris-HCl, 200 mM KC1) | lx |
| dNTP | 0,2 mM |
| MgCh | 1-2 mM |
| Polimeraza Taq | 0,5-1,0 U |
| Starter FI11 | 0,1-0,5 μΜ |
| Starter R1 Hll | 0,1-0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
Sekwencje starterów:
F1_H11 CTTCCGCAGTCTTACCTATTTG
R1 Hll CTTCCGCAGTGGTGTGGT
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA
Reakcję PCR przeprowadzono w termocyklerach: Biometra T1 (Biometra) lub Biometra Proffesional (Biometra).
Profil termiczny reakcji PCR: 95°C - 3 min, 37 cykli (94°C - 30 s, 59°C - 30 s, 72°C - 1 min), 72°C-7 min.
Identyfikacja markera RAPD-SCAR H11:
Elektroforeza na 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 μg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100 V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bpDNA Ladder (Fermentas). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera RAPD-SCAR_H11 na osobnikach populacji STH9210 x ‘Celer’ wykazało wysoką zgodność segregacji markera z obecnością allelu recesywnego genu Pc39 (Wzór 1). Na 130 testowanych roślin ilość niedopasować wyniosła 7, czyli 5,38% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów na podstawie detekcji markera RAPD-SCAR_H11. Na elektroforegramie przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów F1 H11 oraz R1_H11, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu recesywnego genu Pc39.
PL 233 477 Β1
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr 1
5’ CTTCCGCAGTCTTACCTATTTG3’
Sekwencja nr 2
5’ CTTCCGCAGTGGTGTGGT 3’
Sekwencja nr 3
5’CTTCCGCAGTCTTACCTATTTTGTAGTCACATTTATTTCGTTTGGAAA
AGCTACCTCTACCATGTGCACCAAGTACTGCACCTACTATGCCTGTTTCTTT
CGGCATGTAAAAGAACAACTCAGGTAAGTACGTACGTACTGTACGTGCTA
GCTGAAGATGATCGTGGTTGTGTGCGTCGCCATGATATCCTCGGTCTCGTC
TTCACCGGGTGCGTAGTCTTTGCGCTTGTATACTTTCACCACGAGTTGCTA
GGGAGTTGCCGAACACGCCCTACGTTCTAATTGCCCTCCCAAGCTATCACC
CTCCTTCCTTCCTGAGACAGAATCTTTAATCGACACCTAAAAATCTTTAATT
GGCCAGATGAATAGTACATCTTAAACAAAGTCTACACACATTATCTCTCTAC CTTn,TATTTTGAAAAGAATATGGATGTCCCTATCACCGATCTATTTTTAAGC
TAACTAGCAGCGACTCGGTGCACTGAATACCAACGAAGCCAAGAGCGAG
GAGTACGTAGGAAACGCACCGCCTACGATGCGTGTTGTCCTAGCAAACCG
ATAAGTAATGGAACATGTGCCGTTTATAACAGTCATAGTACTATGTACAATA
GTTTACACGTATACATTAACATTATCTTCACATATGGAACTCAGTTGACACC
TAGCTAAAATTCTTGAATTTGTCAGATGAATAGTTACATCTTAAACAAAGTC
TACACGCAATATCTGCCTACCTTTTATTTTAAAAAAGAATATTGTCATTGAT
GTTACACTCATGCCCCCATCACCGATCTATCTTTATTTTGAGAAAGAATATA
TTGTCATATCGACTCGATGCACTGAATTCCAACCAAGCTGCCAAGACCAA
GAGTGAGGAGTAGGATGCACCACGTATGTACGATAAGTAATAAAATACGTG
CCATTTATAATAATATTCGTAGATTACACGTGTACATTAACATTATCTTCATGT
TTGGAACTCGGTACTGCTAGTCAATCGTAGCCTAATAAATTAGGCAGAGGT
TGCTTGTTTGACCTGATCGCATCCACTCTCTATAAAATACGGCACCCTACTG
ATGCCKCCTTGTACAAACCACACCACTGCGGAAG3’
Claims (3)
- Zastrzeżenia patentowe1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji.PL 233 477 Β1
- 2. Sposób identyfikacji allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker RAPD-SCAR_H11, przedstawiony na Fig. 1.
- 3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment NA o długości 1111 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL422536A PL233477B1 (pl) | 2017-08-11 | 2017-08-11 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL422536A PL233477B1 (pl) | 2017-08-11 | 2017-08-11 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL422536A1 PL422536A1 (pl) | 2019-02-25 |
| PL233477B1 true PL233477B1 (pl) | 2019-10-31 |
Family
ID=65431168
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL422536A PL233477B1 (pl) | 2017-08-11 | 2017-08-11 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL233477B1 (pl) |
Families Citing this family (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL245141B1 (pl) * | 2022-04-13 | 2024-05-20 | Univ Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL245142B1 (pl) * | 2022-04-13 | 2024-05-20 | Univ Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL245140B1 (pl) * | 2022-04-13 | 2024-05-20 | Univ Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450067A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450063A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450071A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450069A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
-
2017
- 2017-08-11 PL PL422536A patent/PL233477B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL422536A1 (pl) | 2019-02-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR102509906B1 (ko) | 향상된 질환 내성을 갖는 고추류 식물 | |
| Fondevilla et al. | Identification and validation of RAPD and SCAR markers linked to the gene Er3 conferring resistance to Erysiphe pisi DC in pea | |
| PL233478B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| JP2015231359A (ja) | ホウレンソウにおけるペロノスポラ耐性のための組成物及び方法 | |
| US10383295B2 (en) | Methods of creating drought tolerant corn plants using markers linked to cold shock domain-containing proteins and compositions thereof | |
| Bansal et al. | Mapping of a new stem rust resistance gene Sr49 in chromosome 5B of wheat | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| CN101914531A (zh) | 水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记及其应用 | |
| Padaliya et al. | Marker assisted characterization of chickpea genotypes for wilt resistance | |
| JP7407112B2 (ja) | べと病抵抗性の花蕾または頭部を有するＢｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ植物 | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| JP7094681B2 (ja) | Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ抵抗性のＢｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ植物 | |
| ES2711627T3 (es) | Marcadores genéticos para resistencia a orobanca en girasol | |
| KR102203989B1 (ko) | 개선된 내병성을 갖는 토마토 식물 | |
| JP7351592B2 (ja) | メロンにおけるウドンコ病抵抗性のｑｔｌ | |
| Ilyushko et al. | In vitro cultures | |
| Khan et al. | Genetic variability in mutated population of sugarcane clone NIA-98 through molecular markers (RAPD and TRAP) | |
| KR20220007592A (ko) | 흰가루병 저항성 고추류 식물 | |
| CN115811936B (zh) | 对疮痂病、蚜虫和白粉病具有抗性的甜瓜植物 | |
| Kwon et al. | Genetic analysis of seed-shattering genes in rice using an F | |
| KR102680459B1 (ko) | 개선된 내병성을 갖는 토마토 식물 | |
| Ahmad et al. | RAPD and protein analyses revealed polymorphism in mutated potato cultivars |