PL245140B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL245140B1 PL245140B1 PL440931A PL44093122A PL245140B1 PL 245140 B1 PL245140 B1 PL 245140B1 PL 440931 A PL440931 A PL 440931A PL 44093122 A PL44093122 A PL 44093122A PL 245140 B1 PL245140 B1 PL 245140B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- sativa
- pair
- sterilis
- tam
- subline
- Prior art date
Links
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title claims abstract description 47
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title claims abstract description 30
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title claims abstract description 26
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 23
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 20
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 14
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 9
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title description 15
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title description 2
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 16
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 13
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 6
- 108700003861 Dominant Genes Proteins 0.000 abstract 1
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 13
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 13
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 5
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 4
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 4
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N Ibuprofen Chemical compound CC(C)CC1=CC=C(C(C)C(O)=O)C=C1 HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001144479 Puccinia coronata var. avenae f. sp. avenae Species 0.000 description 1
- 241000219100 Rhamnaceae Species 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008659 phytopathology Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 239000004476 plant protection product Substances 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000005070 ripening Effects 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000009331 sowing Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000010399 three-hybrid screening Methods 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot zgłoszenia stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem zgłoszenia jest ponadto sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 821 przedstawiony na Fig. 1 - 3. W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 61 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
W Polsce rdza koronowa owsa powodowana przez grzyb Puccinia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd. pojawia się każdego roku, a jej nasilenie zależne jest od warunków pogodowych. Istnieją cztery główne metody ograniczania strat w produkcji spowodowanych porażeniem przez tę chorobę. Pierwsza z nich to wczesny siew lub stosowanie odmian wcześnie dojrzewających. Zaawansowane stadium rozwoju rośliny w kontakcie z urediniosporami P. coronata wpływa na zmniejszenie skutków infekcji. Pewnym rozwiązaniem możne być również usuwanie krzewów szakłaku będących żywicielem pośrednim, których obecność jest niezbędna do zajścia pełnego cyklu rozwojowego patogenu i wytworzenia nowych ras o zrekombinowanym materiale genetycznym. Jest to jednak trudne i pracochłonne, a co więcej, nie sprzyja zachowaniu bioróżnorodności biocenoz. Inną z metod wykorzystywanych w walce z chorobą jest stosowanie chemicznych środków ochrony roślin, jednak stanowią one zagrożenie dla środowiska naturalnego. Ponadto wysokie koszty fungicydów w porównaniu z niską ceną ziarna owsa czynią ten zabieg nieopłacalnym (McCallum, B.D., Fetch, T., Chong, J., 2007. Cerealrust control in Canada. Aust. J. Agric. Res. 58(6), 639-647). Pożądaną alternatywą i najkorzystniejszym rozwiązaniem jest hodowla oparta na odporności genetycznej. Taka odporność podnosi wartość ekologiczną rośliny, a także sprzyja uzyskaniu wysokiego i stabilnego plonu, przez co jest obecnie jednym z ważniejszych celów hodowlanych owsa w Polsce i na świecie.
Gen odporności pochodzący z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAMO-312 ulega ekspresji zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej i pozostaje efektywny w stosunku do większości ras rdzy koronowej występujących w Polsce. (Paczos-Grzęda, E., Róg, S., Koroluk. A., Okoń, S., Ostrowska, A., Ociepa, T., Erdzik, P., Chrząstek, M., Kowalczyk K., 2014. Virulence structure of Puccinia coronata f. sp. avenae in Central and South Eastern Poland 2020; Paczos-Grzęda, Sowa, S., 2019. Virulence structure and diversity of Puccinia coronata f. sp. avenue P. syd. & syd. in Poland during 2013 to 2015. Plant Dis. 103, 1559-1564; Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2017. Puccinia coronata f. sp. avenae virulence in south-eastern Poland in 2014. Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin., Agric., Aliment. Pisc., Zootech. 336:43, 157-166; Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2021. Virulence structure of Puccinia coronata f. sp. avenae and effectiveness of Pc resistance genes in Poland during 2017-2019. Phytopathology Vol. III, No. 7 s. 1158-1165). Gen ten może stanowić cenny komponent piramid genowych w nowo powstających odmianach, jednak niezbędne do efektywnego procesu hodowlanego jest wykorzystanie markerów molekularnych umożliwiających poprawną selekcję pożądanych genotypów.
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. saliva TAM-O-312 zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 821, przedstawiony na Fig. 1-3, o długości 65 pz związany z obecnością allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszań cowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
- 90 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
PL 245140 Β1
Fig. 2 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 990 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. satA/a TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
- 125 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
Fig. 3 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707.2 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
- 154 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono 3 populacje mieszańcowe 707, 707.2 oraz 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)), w których dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano rośliny homozygotyczne, dominujące - odporne; rośliny homozygotyczne, recesywne - wrażliwe na porażenie oraz rośliny heterozygotyczne - segregujące pod względem odporności na rdzę koronową. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do zaprojektowania odpowiednich par starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, uzyskano dominujący marker 821 (Fig. 1-3), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel dominujący genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Marker 821 został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu 821 o masie 65 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z locus genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 821 wykazały, że jest on znacznikiem allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w owsie zwyczajnym. Zastosowanie markera 821 może być przydatne do identyfikacji genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu Identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Sposób identyfikacji markera 821
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase Chain reellem):
| DNA | l0-50ng |
| 2x JumpStart™ Taq ReadyMix™ | lx |
| Starter 821_F2 (sekwencja nr 1) | 0,1 -0,5 μΜ |
| Starter 821_R2b (sekwencja nr 2) | 0,1 -0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
PL 245140 Β1
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1: 821_F2 5' AGATTCATCTTTGGAGTCG 3’
Sekwencja nr 2: 821_R2b 5’ TCGGCCAAGATGCCTTT 3’
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA
Reakcję POR przeprowadzono w termocyklerach: SimpliAmp (Applied Biosystems) lub ProFlex (Applied Biosystems)
Profil termiczny reakcji PCR: 94°C - 4 min., 37 cykli (94°C - 30 s., 54°C - 30 s., 72°C - 45 s.), 72°C-7 min.
Identyfikacja markera 821:
Elektroforeza na 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 μg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100 V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 821 na osobnikach populacji 707 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wykazało wysoką zgodność segregacji z allelem dominującym odporności na rdzę koronową owsa. Na 44 testowane rośliny 4 (9,1%) zostały niewłaściwie zakwalifikowane (Fig. 1). Spośród 94 osobników populacji 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) liczba niedopasować wyniosła 8, co daje 8,5% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów (Fig. 2). W populacji 707.2 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wśród 46 testowanych genotypów, 5 (10,9%) zostało zakwalifikowanych niewłaściwie (Fig. 3). Na elektroforegramach przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312.
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr l (Starter 821 _F2)
5’ AGATTCATCTTTGGAGTCG 3'
Sekwencja nr 2 (Starter 82 l_R2b)
5’ TCGGCCAAGATGCCTTT 3’
Sekwencja nr 3
5’AGATTCATCTTTGGAGTCGAAAGGAAAAGCGGCGGAGGGTGAAATGA
GAAAGGCATCTTGGCCGA 3'
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
2. Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifiko
PL 245140 Β1 wany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 821, przedstawiony na Fig. 1-3.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 65 par zasad o sekwencji nr 3, przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440931A PL245140B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440931A PL245140B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL440931A1 PL440931A1 (pl) | 2023-10-16 |
| PL245140B1 true PL245140B1 (pl) | 2024-05-20 |
Family
ID=88372930
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL440931A PL245140B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL245140B1 (pl) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL450070A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450068A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450064A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450062A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL422535A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 |
| PL422536A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL422537A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
-
2022
- 2022-04-13 PL PL440931A patent/PL245140B1/pl unknown
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL422535A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 |
| PL422536A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL422537A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| SOWA, S., PACZOS-GRZĘDA, E.: "Phytopathology, 2021, 111(7):1158-1165", "VIRULENCE STRUCTURE OF PUCCINIA CORONATA F. SP. AVENAE AND EFFECTIVENESS OF PC RESISTANCE GENES IN POLAND DURING 2017-2019" * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL440931A1 (pl) | 2023-10-16 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Yang et al. | Rapid development of molecular markers by next-generation sequencing linked to a gene conferring phomopsis stem blight disease resistance for marker-assisted selection in lupin (Lupinus angustifolius L.) breeding | |
| CN103820476B (zh) | 与小麦千粒重相关的基因、功能标记及其应用 | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Coll et al. | Lack of repeatable differential expression patterns between MON810 and comparable commercial varieties of maize | |
| McGrann et al. | Genomic and genetic analysis of the wheat race-specific yellow rust resistance gene Yr5 | |
| Talukdar et al. | Cytogenomics and mutagenomics in plant functional biology and breeding | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233478B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR101922420B1 (ko) | 남평벼 유래 dna 마커를 포함하는 키다리병 저항성 벼 품종 선별용 조성물 및 상기 dna 마커를 이용한 키다리병 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| CN107177667B (zh) | 小麦穗密度qtl连锁的hrm分子标记及其应用 | |
| Leng et al. | Characterization of sugarcane mosaic virus Scmv1 and Scmv2 resistance regions by regional association analysis in maize | |
| Sovetgul et al. | A combinatorial approach of biparental QTL mapping and genome-wide association analysis identifies candidate genes for phytophthora blight resistance in sesame | |
| Chunwongse et al. | Development of di-nucleotide microsatellite markers and construction of genetic linkage map in mango (Mangifera indica L.). | |
| CN113046461B (zh) | 鉴定水稻粒长QTL qGL5-27.3上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用 | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| Luo et al. | Transcriptome analysis of near-isogenic lines for glume hairiness of wheat | |
| Liu et al. | Analysis of DNA methylation patterns and levels in maize hybrids and their parents | |
| Al-Doss et al. | Impact of'Cre'and peroxidase genes of selected new wheat lines on cereal cyst nematode ('Heterodera Avenae'Woll) resistance | |
| CN103409417B (zh) | 稻瘟病抗性基因Pi-d2的功能型分子标记及其专用引物序列与应用 | |
| BR112021012597A2 (pt) | Métodos e composições para selecionar e/ou prever plantas de algodão resistentes à resistência ao fusarium race-4 em algodão | |
| PL244887B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244888B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |