PL244887B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL244887B1 PL244887B1 PL440928A PL44092822A PL244887B1 PL 244887 B1 PL244887 B1 PL 244887B1 PL 440928 A PL440928 A PL 440928A PL 44092822 A PL44092822 A PL 44092822A PL 244887 B1 PL244887 B1 PL 244887B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- sativa
- pair
- sterilis
- tam
- subline
- Prior art date
Links
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title claims abstract description 52
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title claims abstract description 28
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title claims abstract description 24
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 21
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 14
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims 2
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title description 21
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 15
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 12
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 6
- 108700003861 Dominant Genes Proteins 0.000 abstract description 2
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 13
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 13
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 5
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 5
- 241001144479 Puccinia coronata var. avenae f. sp. avenae Species 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N Ibuprofen Chemical compound CC(C)CC1=CC=C(C(C)C(O)=O)C=C1 HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 230000003203 everyday effect Effects 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000008659 phytopathology Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000010399 three-hybrid screening Methods 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot zgłoszenia stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem zgłoszenia jest ponadto sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 127 przedstawiony na Fig. 1 - 3. W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 61 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Owies (Avena sativa L.) reprezentuje całą gamę zastosowań i ma coraz większe znaczenie gospodarcze w życiu codziennym. Podwyższając efektywność uprawy owsa Polska, jako jeden z głównych producentów tego zboża na świecie może stać się czołowym eksporterem ziarna oraz wysoko przetworzonych produktów owsianych. Szereg czynników stresowych oddziałuje negatywnie na wysokość i jakość plonowania. Wśród nich istotną rolę odgrywają chorobotwórcze patogeny, pasożyty i szkodniki. W przypadku owsa, najgroźniejszą, pojawiającą się rokrocznie chorobą grzybową powodującą znaczące straty w plonach jest rdza koronowa powodowana przez grzyb Puccinia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd. Polskie odmiany owsa, pomimo że wysoko plonujące, charakteryzują się niską odpornością na rdzę koronową (Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2020. A study of crown rust resistance in historical and modern oat cultivars representing 120 years of Polish oat breeding. Euphytica 216, 1-10). Gen odporności z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 może być z powodzeniem wykorzystywany w hodowli odpornościowej owsa, stanowiąc obiecujący pod względem efektywności i trwałości komponent piramid genowych (Paczos-Grzęda, E., Róg, S., Koroluk, A., Okoń, S., Ostrowska, A., Ociepa, T, Erdzik, P, Chrząstek, M., Kowalczyk, K, 2014. Virulence structure of Puccinia coronata f. sp. avenae in Central and South Eastern Poland 2020; Paczos-Grzęda, E., Sowa, S., 2019. Virulence structure and diversity of Puccinia coronata f. sp. avenae P. syd. & syd. in Poland during 2013 to 2015. Plant Dis. 103, 1559-1564; Sowa, S., Paczos-Grzęda, E, 2017. Puccinia coronata f. sp. avenae virulence in south-eastern Poland in 2014. Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin., Agric., Aliment. Pisc., Zootech. 336:43, 157-166; Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2021. Virulence structure of Puccinia coronata f. sp. avenae and effectiveness of Pc resistance genes in Poland during 2017-2019. Phytopathology Vol. 111, No. 7 s. 1158-1165). Proces wprowadzenia odporności warunkowanej genetycznie do materiałów hodowlanych można znacząco przyspieszyć wykorzystując markery molekularne bazujące na reakcji PCR. Markery DNA są kluczowym elementem współczesnej genomiki. Stanowią również użyteczne narzędzie w hodowli odpornościowej umożliwiając pewną i szybką identyfikację form zawierających określone geny na wczesnym etapie rozwoju rośliny.
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony zbadanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 127, przedstawiony na Fig. 1-3, o długości 61 pz związany z obecnością allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji; 1-90 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
Fig. 2 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 990 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
PL 244887 Β1
1-125 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A sterilis PI 296244 xA. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
Fig. 3 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707.2 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K-A. sterilis PI 296244 xA. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji; 2-154 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono 3 populacje mieszańcowe 707, 707.2 oraz 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)), w których dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano rośliny homozygotyczne, dominujące - odporne; rośliny homozygotyczne, recesywne - wrażliwe na porażenie oraz rośliny heterozygotyczne -segregujące pod względem odporności na rdzę koronową. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do zaprojektowania odpowiednich par starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, uzyskano dominujący marker 127 (Fig. 1-3), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel dominujący genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Marker 127 został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu 127 o masie 61 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z locus genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 127 wykazały, że jest on znacznikiem allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w owsie zwyczajnym.
Zastosowanie markera 127 może być przydatne do identyfikacji genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Sposób identyfikacji markera 127
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase chain rection):
| DNA | 10 - 50 ng |
| 2x PCR Master Mix | lx |
| Starter 127 F1 a (sekwencja nr 1) | 0,1 -0,5 μΜ |
| Starter 127R1 (sekwencja nr 2) | 0,1 -0,5 μΜ |
| HjO | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1: 127_Fla 5' CCTGCAGGAGGGCCG 3‘
Sekwencja nr 2: 127 R 1 5’ACAGTGAGAAATTTCAAGTGTCAAC 3’
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
PL 244887 Β1
Warunki amplifikacji DNA
Reakcję PCR przeprowadzono w termocyklerach: SimpliAmp (Applied Biosystems) lub ProFlex (Applied Biosystems).
Profil termiczny reakcji PCR: 94°C - 4 min., 37 cykli (94°C - 30 s, 64°C - 30 s, 72°C - 45 s), 72°C -7 min. Identyfikacja markera 127:
Elektroforeza na 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 μg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100 V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 127 na osobnikach populacji 707 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A sativa TAM-O-312)) wykazało wysoką zgodność segregacji z allelem dominującym odporności na rdzę koronową owsa. Na 44 testowane rośliny 100% zostało właściwie zakwalifikowanych (Fig. 1). Spośród 94 osobników populacji 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) liczba niedopasować wyniosła 1, co daje 1% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów (Fig. 2). W populacji 707.2 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wśród 46 testowanych genotypów, 2 (4,3%) zostały zakwalifikowane niewłaściwie (Fig. 3). Na elektroforegramach przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312.
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr 1 (Starter 127_Fla)
5' CCTGCAGGAGGGCCG 3’
Sekwencja nr 2 (Starter 127 R1)
5’ ACAGTGAGAAATTTCAAGTGTCAAC 3’
Sekwencja nr 3
5' CCTGCAGGAGGGCCGTCCTGGCACTTATAGAAGTATGTTGACACTTGAAATTTCTCACTGT 3'
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
2. Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 127, przedstawiony na Fig. 1-3.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 61 par zasad o sekwencji nr 3, przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440928A PL244887B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440928A PL244887B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL440928A1 PL440928A1 (pl) | 2023-10-16 |
| PL244887B1 true PL244887B1 (pl) | 2024-03-18 |
Family
ID=88372938
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL440928A PL244887B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL244887B1 (pl) |
-
2022
- 2022-04-13 PL PL440928A patent/PL244887B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL440928A1 (pl) | 2023-10-16 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Hashmi et al. | RAPD analysis of somaclonal variants derived from embryo callus cultures of peach | |
| Sattarzadeh et al. | Single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping as basis for developing a PCR-based marker highly diagnostic for potato varieties with high resistance to Globodera pallida pathotype Pa2/3 | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| RU2748688C2 (ru) | Генетический локус, ассоциированный с гнилью корня и стебля, обусловленной phytophthora, у сои | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| CN109628627A (zh) | 水稻广谱抗稻瘟病基因Pigm的SNP标记开发和应用 | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| He et al. | Genetic diversity and genetic relationships among Chinese sweetpotato landraces revealed by RAPD and AFLP markers | |
| Kunert et al. | Techniques for determination of true-to-type date palm (Phoenix dactylifera L.) plants: a literature review | |
| KR102081973B1 (ko) | 벼 키다리병 저항성 벼 판별용 snp 마커 | |
| KR20060023379A (ko) | 들깨 속 식물에서 분리된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 | |
| CN102471802B (zh) | 用于鉴定甘蔗属植物品种/品系的标记物及其用途 | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| PL244887B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| JP4775945B2 (ja) | Ｐｂ１遺伝子と連鎖する分子マーカーを指標にイネの穂いもち抵抗性を識別する方法 | |
| Staniaszek et al. | Identification of RAPD markers linked to the ps gene and their usefulness for purity determination of breeding lines and F1 tomato hybrids | |
| Pang et al. | Identification of genes that were differentially expressed and associated with fiber yield and quality using cDNA-AFLP and a backcross inbred line population | |
| AB RAZAK et al. | Microsatellite markers for the molecular characterisation of potentially commercial mango (Mangifera Indica) progenies | |
| PL244888B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| CN112218524B (zh) | 高粱细胞质雄性不育标记和基因座 | |
| PL245141B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| AL-MUSAWI et al. | Molecular Characterization Based on Genetic Diversity Analysis For Fertility Restorer Genes in Rice (Oryza Sativa, L.) Using Microsatellite Markers. | |
| CN107012253B (zh) | 一种鉴定栽培燕麦母本的方法 |