PL245142B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL245142B1 PL245142B1 PL440934A PL44093422A PL245142B1 PL 245142 B1 PL245142 B1 PL 245142B1 PL 440934 A PL440934 A PL 440934A PL 44093422 A PL44093422 A PL 44093422A PL 245142 B1 PL245142 B1 PL 245142B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- sativa
- pair
- sterilis
- tam
- subline
- Prior art date
Links
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title claims abstract description 55
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title claims abstract description 30
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title claims abstract description 24
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 24
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 22
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 15
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 3
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title description 22
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 14
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 13
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 6
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 13
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 13
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 5
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 4
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 4
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 241000221785 Erysiphales Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N Ibuprofen Chemical compound CC(C)CC1=CC=C(C(C)C(O)=O)C=C1 HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 101150005926 Pc gene Proteins 0.000 description 1
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 239000002537 cosmetic Substances 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 244000037666 field crops Species 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000010399 three-hybrid screening Methods 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot zgłoszenia stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem zgłoszenia jest ponadto sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 853 przedstawiony na Fig. 1 - 3, W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 60 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Owies (Avena sativa L.) to ważna roślina zbożowa wykorzystywana na wiele sposobów, m.in. w przemyśle spożywczym, farmaceutycznym, kosmetycznym, czy chemicznym. Roczna produkcja owsa sięga 23 mln ton, przy czym największymi krajami produkującymi owies są Rosja, Kanada, Australia i Polska (www.fao.org). Jednym z podstawowych kierunków hodowli owsa jest odporność na czynniki stresowe. Owies postrzegany jest jako odporny na wiele chorób porażających zboża, jednak porażenie przez patogeny znacząco wpływa na obniżenie jakości i ilości jego plonu. Do najbardziej rozpowszechnionych chorób owsa można zaliczyć mączniaka prawdziwego, wirusa żółtej karłowatości, głownię, zgorzel podstawy źdźbła, jednak najpowszechniej występuje rdza koronowa powodowana przez grzyb Puccinia coronata Cda. f. sp. avenue P. Syd. & Syd. Stosowanie fungicydów w uprawie owsa może być nieuzasadnione ekonomicznie i potencjalnie szkodliwe dla środowiska. Uprawa odmian odpornych na choroby jest najskuteczniejszą strategią zwalczania rdzy koronowej, dlatego ważne jest wyprowadzenie odmian odpornych genetycznie (Chong, J., 2003. Disease of Oat. W: Bailey, K., Gossen, B., Gugel, R., Morrall, R. (Red), Diseases of Field Crops. The Canadian Phytotpathological Society, ss. 74-88).
Odporność na określoną rasę rdzy koronowej jest zazwyczaj warunkowana jednogenowo. Dotychczas opisano ponad 100 genów odporności na różne rasy fizjologiczne P. coronata (Cabral, A.L., Gnanesh, B.N., Fetch, J.M., McCartney, C., Fetch, T., Park, R.F., Menzies, J.G., McCallum, B., Nanaiah, G. K., Goyal, A., 2014. Oat fungal diseases and the application of molecular marker technology for their control, in: Goyal, A., Manoharachary, C. (Eds.), Future Challenges in Crop Protection Against Fungal Pathogens. Springer Science+Business Media, New York, 343-358), odporność warunkowana pojedynczym genem jest jednak stosunkowo nietrwała i łatwo przełamywana przez stale ewoluujące populacje grzyba. Jednym ze sposobów zwiększenia trwałości i spektrum odporności opartej na genach głównych, w przypadku rdzy koronowej genach Pc, jest ich piramidyzacja. W mieszańcach kombinacji A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 zidentyfikowano efektywny gen Pc, który może stanowić potencjalny komponent takich piramid genowych. Wyhodowanie odmian ze spiramidyzowanymi genami odporności jest jednak praco- i czasochłonne. Znaczący wpływ na skrócenie czasu hodowli odpornościowej ma wykorzystanie silnie sprzężonych markerów molekularnych zapewniających obiektywną, niezależną od czynników środowiskowych, ocenę fenotypu i dających możliwość eliminacji niepożądanych genotypów już na etapie siewki.
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 853, przedstawiony na Fig. 1-3, o długości 60 pz związany z obecnością allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
- 90 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
PL 245142 Β1
Fig. 2 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 990 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. satA/a TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Fc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
- 125 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
Fig. 3 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji 707.2 ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
‘Kasztan’, Pc59K - A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 - formy rodzicielskie badanej populacji;
- 154 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono 3 populacje mieszańcowe 707, 707.2 oraz 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)), w których dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano rośliny homozygotyczne, dominujące - odporne; rośliny homozygotyczne, recesywne - wrażliwe na porażenie oraz rośliny heterozygotyczne - segregujące pod względem odporności na rdzę koronową. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do zaprojektowania odpowiednich par starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, uzyskano recesywny marker 853 (Fig. 1-3), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel recesywny genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312. Marker 853 został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu 853 o masie 60 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z locus genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 853 wykazały, że jest on znacznikiem allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAMO-312 w owsie zwyczajnym. Zastosowanie markera 853 może być przydatne do identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Sposób identyfikacji markera 853
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase Chain rection)
| DNA | 10 - 50 ng |
| 2x PCR Master Μίχ | lx |
| Starter 853 F2 (sekwencja nr 1) | 0,1 -0,5 μΜ |
| Starter 853 R2 (sekwencja nr 2) | 0,1-0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
PL 245142 Β1
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1: 853_F2 5’ GCTTCCAGCTGGAACATA 3’
Sekwencja nr 2: 853_R2 5’AAACAGGAGCAGCAAG 3’
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA
Reakcję POR przeprowadzono w termocyklerach: SimpliAmp (Applied Biosystems) lub ProFlex (Applied Biosystems).
Profil termiczny reakcji PCR: 94°C - 4 min., 37 cykli (94°C - 30 s., 60°C - 30 s., 72°C - 45 s.), 72°C-7 min.
Identyfikacja markera 853:
Elektroforeza na 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 μg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100 V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 853 na osobnikach populacji 707 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wykazało wysoką zgodność segregacji z allelem recesywnym odporności na rdzę koronową owsa. Na 44 testowane rośliny, 4 (9,1%) zostały niewłaściwie zakwalifikowane (Fig. 1). Spośród 94 osobników populacji 990 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) liczba niedopasować wyniosła 10, czyli 10,6% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów (Fig. 2). W populacji 707.2 (‘Kasztan’ x (A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312)) wśród 46 testowanych genotypów, 4 (9,1%) zostały zakwalifikowane niewłaściwie (Fig. 3). Na elektroforegramach przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312.
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr i (Starter 853_F2)
5’ GCTTCCAGCTGGAACATA 3’
Sekwencja nr 2 (Starter 853_R2)
5’ AAACAGGAGCAGCAAG 3’
Sekwencja nr 3
5' GCTTCCAGCTGGAACATATTGAAGTGGATAGCATCTCAGCGGTGCTTGCTGCTCCTGTTT 3'
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji.
2. Sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-3122 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 853, przedstawiony na Fig. 1-3.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 60 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440934A PL245142B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL440934A PL245142B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL440934A1 PL440934A1 (pl) | 2023-10-16 |
| PL245142B1 true PL245142B1 (pl) | 2024-05-20 |
Family
ID=88372931
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL440934A PL245142B1 (pl) | 2022-04-13 | 2022-04-13 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL245142B1 (pl) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL450067A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450063A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450071A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL450069A1 (pl) * | 2024-10-17 | 2025-08-04 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc101 pochodzącego z Avena sterilis PI 334961 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL422535A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 |
| PL422536A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL422537A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
-
2022
- 2022-04-13 PL PL440934A patent/PL245142B1/pl unknown
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL422535A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 |
| PL422536A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
| PL422537A1 (pl) * | 2017-08-11 | 2019-02-25 | Uniwersytet Przyrodniczy W Lublinie | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| SOWA, S., PACZOS-GRZĘDA, E.: "Phytopathology, 2021, 111(7):1158-1165", VIRULENCE STRUCTURE OF PUCCINIA CORONATA F. SP. AVENAE AND EFFECTIVENESS OF PC RESISTANCE GENES IN POLAND DURING 2017-2019" * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL440934A1 (pl) | 2023-10-16 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Pandey et al. | QTL‐seq approach identified genomic regions and diagnostic markers for rust and late leaf spot resistance in groundnut (A rachis hypogaea L.) | |
| Bastien et al. | Genome wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean with a genotyping‐by‐sequencing approach | |
| Kim | Identification of novel recessive gene xa44 (t) conferring resistance to bacterial blight races in rice by QTL linkage analysis using an SNP chip | |
| Collard et al. | Development of molecular markers for crown rot resistance in wheat: mapping of QTLs for seedling resistance in a ‘2‐49’בJanz’population | |
| Yang et al. | Rapid development of molecular markers by next-generation sequencing linked to a gene conferring phomopsis stem blight disease resistance for marker-assisted selection in lupin (Lupinus angustifolius L.) breeding | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Wight et al. | Discovery, localization, and sequence characterization of molecular markers for the crown rust resistance genes Pc38, Pc39, and Pc48 in cultivated oat (Avena sativa L.) | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233478B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| McGrann et al. | Genomic and genetic analysis of the wheat race-specific yellow rust resistance gene Yr5 | |
| KR101922420B1 (ko) | 남평벼 유래 dna 마커를 포함하는 키다리병 저항성 벼 품종 선별용 조성물 및 상기 dna 마커를 이용한 키다리병 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| Leng et al. | Characterization of sugarcane mosaic virus Scmv1 and Scmv2 resistance regions by regional association analysis in maize | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| US10172305B2 (en) | Diagnostic molecular markers for seed lot purity traits in soybeans | |
| Fei et al. | Microsatellite mapping of a powdery mildew resistance gene in wheat landrace Xiaobaidong | |
| KR102024212B1 (ko) | ＤＮＡ 마커를 포함하는 벼 키다리병 저항성 유전자 qBK1WD를 가진 벼 품종 선별용 조성물 및 이를 이용한 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| Tirnaz et al. | The importance of plant pan-genomes in breeding. | |
| PL243632B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Kwon et al. | Genetic analysis of seed-shattering genes in rice using an F | |
| PL243631B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244888B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245141B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |