PL243632B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL243632B1 PL243632B1 PL438755A PL43875521A PL243632B1 PL 243632 B1 PL243632 B1 PL 243632B1 PL 438755 A PL438755 A PL 438755A PL 43875521 A PL43875521 A PL 43875521A PL 243632 B1 PL243632 B1 PL 243632B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- avena
- pair
- pendek
- avena sativa
- subline
- Prior art date
Links
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title claims abstract description 45
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 27
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 24
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 20
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 10
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 7
- 235000004535 Avena sterilis Nutrition 0.000 title abstract description 13
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title abstract description 13
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title description 40
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 16
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 14
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 5
- 241000209763 Avena sativa Species 0.000 claims abstract 8
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 16
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 10
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 4
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 4
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 4
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 2
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000209761 Avena Species 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 241000221785 Erysiphales Species 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 239000004476 plant protection product Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000005068 transpiration Effects 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
- 230000003313 weakening effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów d wykrywania allelu dominującego i allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa 'Pendek' × Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem wynalazku jest ponadto sposób identyfikacji allelu dominującego i allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa 'Pendek' × Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa, w którym polimorficzne fragmenty DNA sprzężone z badanym genem amplifikowane są w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktów amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 643. W wyniku PCR amplifikowane są fragmenty DNA o długości 66 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji oraz o długości 674 par zasad o sekwencji nr 4 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest para oligonukleotydowych starterów inicjujących amplifikację dwóch markerów molekularnych pozwalających na wykrycie obecności alleli dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χAvena sterilis CW-486 oraz sposób detekcji tych markerów w łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR).
Owies postrzegany jest jako odporny na wiele chorób, jednak porażenie przez patogeny znacząco wpływa na obniżenie jakości i ilości jego plonu. Do najbardziej rozpowszechnionych chorób owsa można zaliczyć mączniaka prawdziwego, wirusa żółtej karłowatości, głownię, zgorzel podstawy źdźbła, a także rdzę koronową powodowaną przez Puccinia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd. (Chong, J., 2003. Disease of Oat. W: Bailey, K., Gossen, B., Gugel, R., Morrall, R. (Red.), Diseases of Field Crops. The Canadian Phytotpathological Society, ss. 74-88). Objawem rdzy koronowej na liściach owsa są widoczne, gęsto ułożone, rdzawo zabarwione uredinia. Ograniczają one powierzchnię asymilacyjną liści owsa oraz niekorzystnie wpływają na proces transpiracji prowadząc do osłabienia rośliny i zmniejszenia plonu ziarna (Simons, M.D., 1985. Crown rust. W: Roelfs, A.P., Bushnel, W.R. (Red.), The cereal rust Vol. 2 Diseases, Distribution, Epidemiology, and Control. Academic Press, Orlando, ss. 131-172).
Wykorzystywanie fungicydów jest najczęściej stosowanym sposobem walki z rdzą koronową, jednak chemiczne środki ochrony roślin stanowią poważne zagrożenie dla środowiska naturalnego, a ich wysokie koszty w porównaniu z ceną ziarna owsa czynią ten zabieg nieopłacalnym. Pożądaną alternatywą jest uprawa odmian z odpornością warunkowaną genetycznie. Przeprowadzone badania potwierdzają, że w obrębie testowanych, polskich odmian owsa liczba genotypów odpornych na rdzę koronową jest bardzo mała (Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2020. A study of crown rust resistance in historical and modern oat cultivars representing 120 years of Polish oat breeding. Euphytica 216, 1-10), dlatego tak ważne jest wyprowadzanie nowych materiałów hodowlanych z efektywnymi genami odporności. Odporność na określoną rasę rdzy koronowej jest warunkowana monogenicznie i ma charakter dominujący. Dotychczas opisano ponad 100 genów odporności na rdzę koronową owsa, jednak większość z nich jest nieefektywna bądź ich wprowadzenie obarczone jest licznymi trudnościami wynikającymi z barier krzyżowalności (Cabral, A.L., Gnanesh, B.N., Fetch, J.M., McCartney, C., Fetch, T., Park, R.F., Menzies, J.G., McCallum, B., Nanaiah, G.K., Goyal, A., 2014. Oat fungal diseases and the application of molecular marker technology for their control, in: Goyal, A., Manoharachary C. (Eds.), Future Challenges in Crop Protection Against Fungal Pathogens. Springer Science+Business Media, New York, 343-358). Gen odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ x Avena sterilis CW-486 jest genem wysoce efektywnym w polskich warunkach i może być wykorzystany w hodowli odpornościowej Avena sativa. Wykorzystywanie markerów DNA na etapie selekcji roślin posiadających ten gen znacznie ułatwi i przyspieszy proces otrzymania nowych, wysoko plonujących odmian owsa zwyczajnego odpornych na rdzę koronową.
Celem wynalazku było znalezienie pary oligonukleotydów, która umożliwiłaby wykrycie obecności alleli dominującego i recesywnego z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji układu alleli dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzne fragmenty DNA sprzężone z badanym genem amplifikowane są w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktów amplifikacji, polega na tym, że stosuje się parę starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 643, przedstawiony na Fig. 1, o długości 66 pz związany z obecnością allelu dominującego (sekwencja nr 3) oraz o długości 674 pz związany z obecnością allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa (sekwencja nr 4).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji. M - marker wielkości GeneRulerTM 100 bp Plus DNA Ladder;
PL 243632 Β1
Ρ1 - ‘Kasztan’, Ρ2 - Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 - formy rodzicielskie badanej populacji;
19-244 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono populację mieszańcową ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486), w której dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano 36 roślin homozygotycznych, dominujących - odpornych oraz 36 roślin homozygotycznych, recesywnych - wrażliwych na porażenie. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do projektowania pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji uzyskano kodominujący marker 643 (Fig. 1), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel dominujący i allel recesywny genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486. Marker 643 będący przedmiotem niniejszego zgłoszenia patentowego został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktów o wielkości 66 pz oraz 674 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z allelem dominującym i recesywnym genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 643 wykazały, że jest on znacznikiem allelu dominującego i allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w owsie zwyczajnym.
Zastosowanie markera 643 może być przydatne do identyfikacji genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Kolejną zaletą jest brak konieczności stosowania żmudnych testów żywiciel patogen wymagających dysponowania określonym izolatem Puccinia coronata umożliwiającym identyfikację określonego genu odporności.
Sposób identyfikacji markera 643
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase Chain rection):
| DNA | 10-50ng |
| 2x JumpStart™ Taq ReadyMix™ | lx |
| Starter 643 FI (sekwencjanr 1) | 0,1-0,5 μΜ |
| Starter 643 R1 (sekwencja nr 2) | 0,1-0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1: 643JF1 5’ TGCAGCCTACAGGCAAGTG 3’
Sekwencja nr 2: 643_R25’ TCGATGTCCAGAGTAGCGTTC 3’ Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA:
Reakcję PCR przeprowadzono w termocyklerach: Biometra T1 (Biometra) lub Biometra Proffesional (Biometra).
Profil termiczny reakcji PCR: 94°C - 4 min., 38 cykli (94°C - 30s., 62°C - 45s., 72°C - 1 min.), 72°C - 7 min.
Identyfikacja markera 643:
Elektroforeza na 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 μg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 643 na osobnikach populacji STH9210x’Celer’ wykazało wysoką zgodność segregacji markera z odpornością na rdzę koronową owsa (Wzór 1). Na 140 testowanych roślin ilość niedopasowań wyniosła 4, czyli 2,86% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów na podstawie detekcji markera 643. Na elektroforegramie przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ x Avena sterilis CW-486.
PL 243632 Β1
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr 1 (starter 643_F 1)
5’ TGCAGCCTACAGGCAAGTG 3’
Sekwencja nr 2 (starter 643_R2)
5’ TCGATGTCCAGAGTAGCGTTC 3’
Sekwencja nr 3
5’TGCAGCCTACAGGCAAGTGGTGGAGTGGATACTACAGCCCACAGGGAA
CGCTACTCTGGACATCGA3 ’
Sekwencja nr 4 ’ TGC AGCCTAAGGC AAGTGGTGGAGTGG ATACGATCG ATACGACGGACC A
TGAATCCATGAGGATCCCTGCAAGTTGGGTCGCGGCCGTGCGTGAGAG
GAGATCCTCCTCGGAAAGACGTGAACGGATCACGGACAGGAAGYATTC
TATCGCGGCAGCATGCATGCCACGCTTTTCTTTCTCTTCACCGAATCAAC
AAAAAGCACAGGGGAAAGTATACTGCTTTGGTGAAGTGGGATCGAATC
GTATCCCGTGGCACGAGCTGACGAGCGATTAGATCAATCCCAAATGCAT
GGAAAGCGACCGGGATTATTAGGGATATTATAWGAGCAAGAACSATAGT
ATAGCTAGCAGKTGGCTAYATGATGCCGTAATGTTAACTTGCACAGTAG
GRTTGGCTATAAGATTGACTATTAGATTAGTGTTATCTTCTCTCTTTCTTT
TTCCTCTCGTTTAATGTTTTTTGTCTAGGAGCAAGTGTAGAGCTGACTCT
TGCATGAGAGYCAGCAACTCGTAGTTTTGTTTATCTCTCTCTTTTACATA
GACAAAAATGCCTAATCAGCAGGCTTATAGTCCACTATTGTACTTGCTCT
AACTGGAACAAGAGGGACCACCGCTTGCTTTCAGTGCCACAATGGGCC
AAATTGTCCCTAGGGAACGCTACTCTGGACATCGA3’
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego i allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji.
PL 243632 Β1
2. Sposób identyfikacji allelu dominującego i allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzne fragmenty DNA sprzężone z badanym genem amplifikowane są w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktów amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 643, przedstawiony na Fig. 1.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 66 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji oraz o długości 674 par zasad o sekwencji nr 4 przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL438755A PL243632B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL438755A PL243632B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL438755A1 PL438755A1 (pl) | 2023-02-20 |
| PL243632B1 true PL243632B1 (pl) | 2023-09-18 |
Family
ID=85225407
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL438755A PL243632B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL243632B1 (pl) |
-
2021
- 2021-08-16 PL PL438755A patent/PL243632B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL438755A1 (pl) | 2023-02-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Dweikat et al. | Identification of RAPD markers for 11 Hessian fly resistance genes in wheat | |
| Roy et al. | Identification of a microsatellite on chromosomes 6B and a STS on 7D of bread wheat showing an association with preharvest sprouting tolerance | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| CN113046462B (zh) | 与玉米穗长主效qtl紧密连锁的分子标记、引物及应用 | |
| PL233478B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR101816573B1 (ko) | 수박의 덩굴마름병 저항성 또는 감수성 판별용 마커 | |
| Barakat et al. | Assessment of genetic diversity among wheat doubled haploid plants using TRAP markers and morpho-agronomic traits | |
| US20030194730A1 (en) | Novel FISSR-PCR primers and methods of identifying genotyping diverse genomes of plant and animal systems including rice varieties, a kit thereof | |
| KR101922420B1 (ko) | 남평벼 유래 dna 마커를 포함하는 키다리병 저항성 벼 품종 선별용 조성물 및 상기 dna 마커를 이용한 키다리병 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| Sonkar et al. | Molecular marker based genetic diversity analysis in rice (Oryza sativa L.) using SSR markers | |
| Dweikat et al. | Development of STS markers linked to Hessian fly resistance gene H6 in wheat | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| US10172305B2 (en) | Diagnostic molecular markers for seed lot purity traits in soybeans | |
| PL243632B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| US20150067912A1 (en) | Molecular Markers Associated With Yellow Flash in Glyphosate Tolerant Soybeans | |
| Agrawal et al. | Validation of chickpea-STMS markers and DNA fingerprinting in lentil (Lens culinaris subsp. culinaris) cultivars of India | |
| Bibi et al. | Molecular marker assisted selection for drought tolerant wheat genotypes | |
| PL243631B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243634B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244888B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243743B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |