PL243634B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL243634B1 PL243634B1 PL438757A PL43875721A PL243634B1 PL 243634 B1 PL243634 B1 PL 243634B1 PL 438757 A PL438757 A PL 438757A PL 43875721 A PL43875721 A PL 43875721A PL 243634 B1 PL243634 B1 PL 243634B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- avena
- pair
- pendek
- avena sativa
- subline
- Prior art date
Links
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title claims abstract description 39
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 24
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 24
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 9
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 5
- 235000004535 Avena sterilis Nutrition 0.000 title abstract description 14
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title abstract description 14
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title description 35
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title description 19
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 18
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 12
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims abstract description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 5
- 241000209763 Avena sativa Species 0.000 claims abstract 8
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 10
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 10
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 10
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 6
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 5
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 5
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000003750 conditioning effect Effects 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000012447 hatching Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 230000029553 photosynthesis Effects 0.000 description 1
- 238000010672 photosynthesis Methods 0.000 description 1
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 239000010902 straw Substances 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa 'Pendek' x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem wynalazku jest ponadto sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa 'Pendek' x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 370. W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 55 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest para oligonukleotydowych starterów inicjujących amplifikację markera molekularnego pozwalającego na wykrycie obecności allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 oraz sposób detekcji tego markera w łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR).
Rdza koronowa to jedna z najgroźniejszych chorób grzybowych owsa zwyczajnego będąca skutkiem porażenia roślin przez Puccinia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd. (Chong, J., 2003. Disease of Oat. W: Bailey, K., Gossen, B., Gugel, R., Morrall, R. (Red.), Diseases of Field Crops. The Canadian Phytotpathological Society, ss. 74-88). W Polsce występuje każdego roku, powodując istotne straty w wysokości i jakości plonów. Proces chorobowy obejmuje głównie liście, przez co zaburza transport produktów fotosyntezy do rosnącego ziarna, negatywnie oddziałując na jego jakość. Choroba obniża również jakość słomy i sprzyja wylęganiu roślin. (Simons, M.D., 1985. Crown rust. W: Roelfs, A.P., Bushnel, W.R. (Red.), The cereal rust Vol 2 Diseases, Distribution, Epidemiology, and Control. Academic Press, Orlando, ss. 131-172).
Zapobieganie porażeniu przez P. coronata opiera się głównie na stosowaniu fungicydów, jednak pożądaną alternatywę stanowi hodowla odpornościowa. Z przeprowadzonych badań wynika, iż odporność na rdzę koronową polskich odmian owsa kształtuje się na bardzo niskim poziomie (Sowa, S., Paczos-Grzęda, E., 2020. A study of crown rust resistance in historical and modern oat cultivars representing 120 years of Polish oat breeding. Euphytica 216, 1-10), dlatego celowe są prace nad wprowadzaniem efektywnych źródeł odporności do polskich materiałów hodowlanych. Gen odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 charakteryzuje się dużą efektywnością warunkując odporność zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej. Gen ten może być z powodzeniem wykorzystywany w hodowli odpornościowej owsa, stanowiąc obiecujący pod względem efektywności i trwałości komponent piramid genowych. Wyhodowanie takich odmian jest jednak trudne i czasochłonne. Dotychczas selekcja roślin odpornych odbywała się w oparciu o obserwację fenotypu z użyciem izolatów o zdefiniowanych profilach porażenia. Znaczący wpływ na skrócenie czasu hodowli odpornościowej ma wykorzystanie markerów molekularnych. Silnie sprzężone markery molekularne zapewniają obiektywną, niezależną od czynników środowiskowych, ocenę fenotypu i dają możliwość eliminacji niepożądanych genotypów już na etapie siewki (Niedziela, A., Jarska, W., Bednarek, PT, 2015. Wybrane elementy nowoczesnych rozwiązań wpływające na skuteczność programów hodowlanych. Biul. Inst. Hod. i Aklim. Roślin 275, 3-16).
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χAvena sterilis CW-486. Allel dominujący tego genu warunkuje odporność roślin owsa na rdzę koronową zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej. Marker do identyfikacji allelu recesywnego jest niezbędny do wykluczenia z procesu hodowlanego heterozygot, które zawierają zarówno allel dominujący, jak i recesywny. Z uwagi na pełną dominację tego genu identyfikacja fenotypowa allelu recesywnego nie jest możliwa w obecności allelu dominującego w heterozygocie. Stąd fenotypowo heterozygota oraz homozygota dominująca są identyczne. W pracach hodowlanych pożądany genotyp stanowi homozygota dominująca, która gwarantuje odporność potomstwa, w przeciwieństwie do heterozygoty, która segreguje na formy odporne i wrażliwe na porażenie.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony zbadanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 370, przedstawiony na Fig. 1, o długości 55 pz związany z obecnością allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
PL 243634 Β1
Μ - marker wielkości GeneRulerTM 100 bp Plus DNA Ladder;
P1 - ‘Kasztan’, P2 - Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 - formy rodzicielskie badanej populacji;
19-244 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono populację mieszańcową ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486), w której dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano 36 roślin homozygotycznych, dominujących - odpornych oraz 36 roślin homozygotycznych, recesywnych - wrażliwych na porażenie. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do projektowania odpowiednich par starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji uzyskano dominujący marker 370 (Fig. 1), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allel recesywny genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486. Marker 370 będący przedmiotem niniejszego zgłoszenia patentowego został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu 370 o masie 55 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z locus genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 370 wykazały, że jest on znacznikiem allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 w owsie zwyczajnym. Zastosowanie markera 370 może być przydatne do identyfikacji genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis C\N486 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Sposób identyfikacji markera 370
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase Chain rection):
| DNA | 10-50 ng |
| 2x JumpStart™ Taq ReadyMix™ | lx |
| Starter 370 FI (sekwencja nr 1) | 0,1 -0,5 μΜ |
| Starter 370 Rlb (sekwencja nr 2) | 0,1 - 0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1: 370_F1 5’ TGCAGGAGAGGAATGCACG 3’
Sekwencja nr 2: 370_Rlb 5’ GCCCAACAACCCCGCAAATG 3’
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA:
Reakcję PCR przeprowadzono w termocyklerach: Biometra T1 (Biometra) lub Biometra Proffesional (Biometra).
Profil termiczny reakcji PCR: 94°C - 2 min., 38 cykli (94°C - 30s., 62°C - 30s., 72°C - 1 min.), 72°C - 7 min.
PL 243634 Β1
Identyfikacja markera 370:
Rozdział elektroforetyczny w 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 ąg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™ 100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 370 na osobnikach populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486) wykazało wysoką zgodność segregacji markera z odpornością na rdzę koronową owsa (Fig. 1). Na 140 testowanych roślin ilość niedopasowań wyniosła 3, czyli 2,14% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów na podstawie detekcji markera 370. Na elektroforegramie przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486.
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr 1 (starter 370 F1)
5’ TGCAGGAGAGGAATGCACG 3’
Sekwencja nr 2 (starter 370_Rlb)
5’ GCCCAACAACCCCGCAAATG 3’
Sekwencja nr 3
5’TGCAGGAGAGGAATGCACGAACCAGATGGGAACCACATTTGCGGG
GTTGTTGGGC 3’
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji.
2. Sposób identyfikacji allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ xAvena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 370, przedstawiony na Fig. 1.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 55 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL438757A PL243634B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL438757A PL243634B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL438757A1 PL438757A1 (pl) | 2023-02-20 |
| PL243634B1 true PL243634B1 (pl) | 2023-09-18 |
Family
ID=85225406
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL438757A PL243634B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL243634B1 (pl) |
-
2021
- 2021-08-16 PL PL438757A patent/PL243634B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL438757A1 (pl) | 2023-02-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Yang et al. | Rapid development of molecular markers by next-generation sequencing linked to a gene conferring phomopsis stem blight disease resistance for marker-assisted selection in lupin (Lupinus angustifolius L.) breeding | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| US20160265070A1 (en) | Copy number detection and methods | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| AU2010336389B2 (en) | Genetic markers associated with drought tolerance in maize | |
| Jermstad et al. | Comparative mapping in Pinus: sugar pine (Pinus lambertiana Dougl.) and loblolly pine (Pinus taeda L.) | |
| CN116179755A (zh) | 一种大豆粒重主效QTLqSW20-1及其开发的Indel分子标记和应用 | |
| US20170022574A1 (en) | Molecular markers associated with haploid induction in zea mays | |
| Güngör et al. | Genetic diversity and population structure of Barley cultivars released in Turkey and Bulgaria using iPBS-retrotransposon and SCoT markers | |
| Antonova et al. | Genetic diversity of potato varieties bred in Russia and its neighboring countries based on the polymorphism of SSR-loci and markers associated with resistance R-genes | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| US10172305B2 (en) | Diagnostic molecular markers for seed lot purity traits in soybeans | |
| US20190241981A1 (en) | Plant breeding using next generation sequencing | |
| PL243634B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| KR102680459B1 (ko) | 개선된 내병성을 갖는 토마토 식물 | |
| WO2023129057A2 (en) | Multiplex pcr method for identifying the resistance gene tsw of tomato spotted wilt virus (tswv), and resistance 5 gene l4 of pepper mild mottle virus (pmmov) in pepper (capsicum annuum) | |
| CN118785808A (zh) | 与自发染色体加倍相关的标志物 | |
| PL243743B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| US11319554B2 (en) | Cucumber mosaic virus resistant pepper plants | |
| PL243632B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania obecności allelu dominującego i recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244888B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243631B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |