PL243631B1 - Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) - Google Patents
Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) Download PDFInfo
- Publication number
- PL243631B1 PL243631B1 PL438754A PL43875421A PL243631B1 PL 243631 B1 PL243631 B1 PL 243631B1 PL 438754 A PL438754 A PL 438754A PL 43875421 A PL43875421 A PL 43875421A PL 243631 B1 PL243631 B1 PL 243631B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- avena
- pair
- pendek
- subline
- avena sativa
- Prior art date
Links
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 title claims abstract description 39
- 235000004535 Avena sterilis Nutrition 0.000 title claims abstract description 23
- 241001647031 Avena sterilis Species 0.000 title claims abstract description 23
- JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N iron(III) oxide Inorganic materials O=[Fe]O[Fe]=O JEIPFZHSYJVQDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 22
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims abstract description 13
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 title claims abstract description 8
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 5
- 108700003861 Dominant Genes Proteins 0.000 title abstract description 3
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 title description 33
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 title description 14
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 22
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 17
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims abstract description 13
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract description 5
- 241000209763 Avena sativa Species 0.000 claims abstract 8
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 10
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 9
- 235000014036 Castanea Nutrition 0.000 description 5
- 241001070941 Castanea Species 0.000 description 5
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 241001123561 Puccinia coronata Species 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 3
- 241000209761 Avena Species 0.000 description 2
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 2
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000025254 Cannabis sativa Species 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 description 1
- 101150057615 Syn gene Proteins 0.000 description 1
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 244000037666 field crops Species 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 1
- 239000000417 fungicide Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008121 plant development Effects 0.000 description 1
- 230000008635 plant growth Effects 0.000 description 1
- 239000004476 plant protection product Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa 'Pendek' × Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji. Przedmiotem wynalazku jest ponadto sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa 'Pendek' × Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa, w którym polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, a parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2 przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 978. W wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 57 par zasad o sekwencji nr 3 przedstawionej na liście sekwencji.
Description
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest para oligonukleotydowych starterów inicjujących amplifikację markera molekularnego pozwalającego na wykrycie obecności allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 oraz sposób detekcji tego markera w łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR).
Produkcja owsa stanowi 1% światowej produkcji zbóż, w 2019 było to około 23,1 m In ton, a jednym z czołowych producentów tego zboża jest Polska [www.fao.org]. Rdza koronowa, jest jedną z najczęściej występujących chorób grzybowych owsa, powodującą rokrocznie bardzo duże straty plonów. Czynnikiem wywołującym chorobę jest grzyb Puccinia coronata Cda. f. sp. avenae P. Syd. & Syd. atakujący wiele gatunków traw, ale nie porażający innych, poza owsem, gatunków zbóż (Chong, J., 2003. Disease of Oat. W: Bailey, K., Gossen, B., Gugel, R., Morrall, R. (Red.), Diseases of Field Crops. The Canadian Phytotpathological Society, ss. 74-88).
Najprostszą metodą walki z rdzą koronową jest stosowanie fungicydów, jednak chemiczne środki ochrony roślin stanowią poważne zagrożenie dla środowiska naturalnego, a ich wysokie koszty w porównaniu z ceną ziarna owsa czynią ten zabieg nieopłacalnym. Pożądaną alternatywą, zarówno tańszą, jak i przyjazną dla środowiska jest genetycznie dziedziczona odporność na porażenie rdzą koronową, która sprzyja nie tylko uzyskaniu wysokiego i stabilnego plonu, ale także podnosi wartość ekologiczną rośliny. Odporność na określoną rasę rdzy koronowej jest zazwyczaj warunkowana jednogenowo. Dotychczas opisano ponad 100 genów odporności na różne rasy fizjologiczne P. coronata (Cabral, A.L., Gnanesh, B.N., Fetch, J.M., McCartney, C., Fetch, T., Park R.F., Menzies, J.G., McCallum, B., Nanaiah, G.K., Goyal, A., 2014. Oat fungal diseases and the application of molecular marker technology for their control, in: Goyal, A., Manoharachary, C. (Eds.), Future Challenges in Crop Protection Against Fungal Pathogens. Springer Science+Business Media, New York, 343-358). W mieszańcach kombinacji Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 zidentyfikowano dotychczas gen Pc50, jednak porównanie profilu odpornościowego wyselekcjonowanej przez nas sublinii z profilem linii referencyjnej dla genu Pc50 wykazało, że każda z linii zawiera inny gen odporności na rdzę koronową. Oznacza to, że w mieszańcach kombinacji Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 zdiagnozowano występowanie nowego genu odporności.
Identyfikacja tego genu z wykorzystaniem testów fizjologicznych, podobnie jak innych genów odporności, jest trudna i czasochłonna, a często wręcz niemożliwa, ze względu na brak izolatów P. coronata o odpowiednich profilach porażenia, które wykorzystywane są w testach żywiciel-patogen. Przeprowadzenie testu fizjologicznego wymaga posiadania specjalistycznych pomieszczeń, zestawu linii referencyjnych z genami Pc, zestawu izolatów P. coronata oraz doświadczonego i wyspecjalizowanego personelu, w celu identyfikacji wyników testu. Spełnienie powyższych warunków jest bardzo trudne i na terenie kraju tego typu testy przeprowadzane są tylko w jednym miejscu, na Uniwersytecie Przyrodniczym w Lublinie. Selekcja przy udziale markerów DNA zapewnia obiektywną, niezależną od czynników środowiskowych, ocenę fenotypu i może z powodzeniem zastąpić żmudne testy fizjologiczne.
Celem wynalazku było znalezienie takiej pary oligonukleotydów, które umożliwiłyby identyfikację allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 zarówno w stadium siewki, jak i rośliny dorosłej.
Przedmiot wynalazku stanowi para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony zbadanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, charakteryzuje się tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 978, przedstawiony na Fig. 1, o długości 57 pz związany z obecnością allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa (sekwencja nr 3).
Fig. 1 przedstawia produkty PCR uzyskane w wyniku amplifikacji DNA roślin pokolenia F2 populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486) po włączeniu do reakcji pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
M - marker wielkości GeneRulerTM 100 bp Plus DNA Ladder;
PL 243631 Β1
Ρ1 - ‘Kasztan’, Ρ2 -Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 - formy rodzicielskie badanej populacji;
19-244 - numery roślin populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486) zaznaczone pod względem fenotypu: litera A - homozygoty odporne; litera B - homozygoty wrażliwe na porażenie; litera C - heterozygoty.
W pierwszym etapie wytworzono populację mieszańcową ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486), w której dawcą genu odporności na rdzę koronową owsa jest forma mieszańcowa Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486. Następnie za pomocą testu fizjologicznego zidentyfikowano 36 roślin homozygotycznych, dominujących - odpornych oraz 36 roślin homozygotycznych, recesywnych - wrażliwych na porażenie. Po wyizolowaniu DNA roślin o przeciwstawnych fenotypach poddano je komercyjnej analizie polimorfizmu DArTseq polegającej na sekwencjonowaniu zredukowanej reprezentacji genomu. Wyniki uzyskano w postaci macierzy binarnych. Po przyporządkowaniu segregacji fenotypów i genotypów zidentyfikowano sekwencje silicoDArT, które stały się podstawą do zaprojektowania odpowiednich par starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
Z udziałem oligonukleotydowych starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, uzyskano dominujący marker 978 (Fig. 1), który w prosty i szybki sposób identyfikuje rośliny owsa posiadające allei dominujący genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486. Marker 978 został opracowany w oparciu o wyniki analizy segregacji produktu 978 o masie 57 pz, wykazywał sprzężenie genetyczne z locus genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486, ma charakter specyficzny, bazuje na reakcji PCR oraz generuje łatwe w interpretacji i powtarzalne wyniki umożliwiając jego zastosowanie w selekcji wspomaganej markerami.
Przeprowadzone badania markera 978 wykazały, że jest on znacznikiem allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w owsie zwyczajnym.
Zastosowanie markera 978 może być przydatne do identyfikacji genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 obecnego w materiałach hodowlanych owsa. Podstawową zaletą opracowanego systemu identyfikacji jest możliwość analizy roślin w bardzo wczesnym stadium rozwojowym, a wynik uzyskiwany jest w krótkim czasie i jest niezależny od warunków środowiska wzrostu i rozwoju rośliny.
Sposób identyfikacji markera 978
Materiał:
DNA izolowane z liści owsa przy wykorzystaniu komercyjnie dostępnych zestawów.
Skład mieszaniny reakcji PCR (Polymerase Chain rection):
| DNA | 10 - 50 ng |
| 2x JumpStart™ Taq ReadyMix™ | lx |
| Starter 978 FI (sekwencja nr 1) | 0,1-0,5 μΜ |
| Starter 978 R2 (sekwencja nr 2) | 0,1-0,5 μΜ |
| H2O | W zależności od objętości końcowej mieszaniny PCR |
Sekwencje starterów:
Sekwencja nr 1: 978_F1 5’ TGCAGGTATATCCTCTCCG 3’
Sekwencja nr 2: 978_R25’ GAATTCTCCTCCACTGTCGT 3’
Startery projektowano przy użyciu programu Primer 3.0.
Warunki amplifikacji DNA:
Reakcję PCR przeprowadzono w termocyklerach: Biometra T1 (Biometra) lub Biometra Proffesional (Biometra).
Profil termiczny reakcji PCR:
94°C - 4 min, 38 cykli (94°C - 30 s, 67°C - 45 s, 72°C - 1 min), 72°C - 7 min.
Identyfikacja markera 978:
Elektroforeza na 1,5% żelu agarozowym zawierającym 0,5 pg/ml bromku etydyny w buforze TBE (pH 8,0) przy napięciu 100 V przez 2 godziny. Jako wzorzec długości fragmentów DNA użyto GeneRuler™
PL 243631 Β1
100 bp plus DNA Ladder (ThermoFisher). Wizualizacji markera dokonano wykorzystując system DigiGeminus (Syngene).
Wyniki:
Testowanie markera 978 na osobnikach populacji ‘Kasztan’ χ (Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486) wykazało wysoką zgodność segregacji markera z odpornością na rdzę koronową owsa (Fig. 1). Na 140 testowanych roślin ilość niedopasowań wyniosła 2, czyli 1,43% niewłaściwie zakwalifikowanych genotypów na podstawie detekcji markera 978. Na elektroforegramie przedstawiono amplifikowane fragmenty DNA po włączeniu do analizy pary starterów nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, świadczące o obecności w badanych genotypach allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486.
LISTA SEKWENCJI
Sekwencja nr 1 (Starter 978_F1)
5’ TGCAGGTATATCCTCTCCG 3’
Sekwencja nr 2 (Starter 978_R2)
5’ GAATTCTCCTCCACTGTCGT3’
Sekwencja nr 3
5’TGCAGGTATATCCTCTCCGAAGGAGTCGCTCAACGCCACGACAGTG
GAGGAGAATTC3’
Claims (3)
1. Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji.
2. Sposób identyfikacji allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‘Pendek’ χ Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego, w którym to sposobie polimorficzny fragment DNA sprzężony z badanym genem amplifikowany jest w reakcji PCR z zastosowaniem pary starterów, po czym dokonuje się detekcji produktu amplifikacji, znamienny tym, że parę starterów stanowi para oligonukleotydowych starterów o sekwencjach nr 1 i 2, przedstawionych na liście sekwencji, przy czym stosuje się marker 978, przedstawiony na Fig. 1.
3. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że w wyniku PCR amplifikowany jest fragment DNA o długości 57 par zasad o sekwencji nr 3, przedstawionej na liście sekwencji.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL438754A PL243631B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL438754A PL243631B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL438754A1 PL438754A1 (pl) | 2023-02-20 |
| PL243631B1 true PL243631B1 (pl) | 2023-09-18 |
Family
ID=85225410
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL438754A PL243631B1 (pl) | 2021-08-16 | 2021-08-16 | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL243631B1 (pl) |
-
2021
- 2021-08-16 PL PL438754A patent/PL243631B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL438754A1 (pl) | 2023-02-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Bastien et al. | Genome wide association mapping of Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean with a genotyping‐by‐sequencing approach | |
| Randhawa et al. | Molecular mapping of stripe rust resistance gene Yr51 in chromosome 4AL of wheat | |
| Pandey et al. | QTL‐seq approach identified genomic regions and diagnostic markers for rust and late leaf spot resistance in groundnut (A rachis hypogaea L.) | |
| Sundaram et al. | Identification of informative SSR markers capable of distinguishing hybrid rice parental lines and their utilization in seed purity assessment | |
| Yang et al. | Rapid development of molecular markers by next-generation sequencing linked to a gene conferring phomopsis stem blight disease resistance for marker-assisted selection in lupin (Lupinus angustifolius L.) breeding | |
| PL245142B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL244512B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ’Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL245140B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej A. sterilis PI 296244 x A. sativa TAM-O-312 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL243633B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Prunier et al. | Gene copy number variations in adaptive evolution: the genomic distribution of gene copy number variations revealed by genetic mapping and their adaptive role in an undomesticated species, white spruce (Picea glauca) | |
| PL233477B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu recesywnego genu Pc39 odporności na rdzę koronową w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| PL233478B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| CN109337998A (zh) | 与玉米株高紧密连锁的InDel6和SSR229标记及其应用 | |
| KR101922420B1 (ko) | 남평벼 유래 dna 마커를 포함하는 키다리병 저항성 벼 품종 선별용 조성물 및 상기 dna 마커를 이용한 키다리병 저항성 벼 품종 선별 방법 | |
| US11319599B2 (en) | Genetic loci associated with reproductive growth phenotypes in soybean and methods of use | |
| Liu et al. | Mapping of quantitative trait loci for cold tolerance at the early seedling stage in landrace rice Xiang 743 | |
| CN105907884A (zh) | 水稻抗稻瘟病基因Pita特异性分子标记引物及应用 | |
| Abdel-Rahman et al. | Identification of molecular markers linked to Fusarium ear rot genes in maize plants Zea mays L | |
| Antonova et al. | Genetic diversity of potato varieties bred in Russia and its neighboring countries based on the polymorphism of SSR-loci and markers associated with resistance R-genes | |
| Khalekar et al. | Identification of simple sequence repeat markers associated with wilt resistance in pigeonpea | |
| Chunwongse et al. | Development of di-nucleotide microsatellite markers and construction of genetic linkage map in mango (Mangifera indica L.). | |
| PL233476B1 (pl) | Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania obecności alleli dominującego lub recesywnego genu odporności na rdzę koronową Pc39 w genomie owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), kombinacja dwóch par starterów oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pc39 | |
| PL243631B1 (pl) | Para oligonukleotydowych starterów do wykrywania oraz sposób wykrywania allelu dominującego genu odporności na rdzę koronową z sublinii formy mieszańcowej Avena sativa ‚Pendek’ x Avena sterilis CW-486 w roślinach owsa zwyczajnego (Avena sativa L.) | |
| Książkiewicz et al. | Molecular marker resources supporting the Australian lupin breeding program | |
| KR102024212B1 (ko) | ＤＮＡ 마커를 포함하는 벼 키다리병 저항성 유전자 qBK1WD를 가진 벼 품종 선별용 조성물 및 이를 이용한 저항성 벼 품종 선별 방법 |