KR20200121800A - 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환의 치료를 위한 화합물, 조성물 및 방법 - Google Patents

산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환의 치료를 위한 화합물, 조성물 및 방법 Download PDF

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다니엘 리차드 마샬
요하나 마리 크셍게리
달튼 킹
로버트 에이. 볼크만
야나 레세트니아크
올레그 안드리브
돈 엥글레만
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싸이브렉사 1, 인크.
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Abstract

산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직을 갖는 질환의 치료를 위한 화합물 및 상기 화합물을 포함하는 약제학적 조성물 뿐만 아니라 상기 화합물 및 조성물의 제조 및 사용 방법.

Description

산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환의 치료를 위한 화합물, 조성물 및 방법
본 발명은 암, 심혈관 질환, 예컨대 뇌졸중 및 심근 경색증, 및 장기 신경퇴행성 질환을 포함한 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환의 치료를 위한 치료 화합물 및 약제학적 조성물, 및 이들의 사용 및 제조 방법에 관한 것이다.
저산소증과 산증은 암을 포함한 많은 질환 과정의 생리적 마커이다. 암에서, 저산소증은 고형 종양 내에서 산 환경의 발달을 담당하는 하나의 메커니즘이다. 결과적으로, 수소 이온은 세포 내에서 정상 pH를 유지하기 위해 (예를 들어, 양성자 펌프에 의해) 세포로부터 제거되어야 한다. 이러한 수소 이온을 빼낸 결과로서, 암 세포는 정상 세포와 비교할 때 세포막 지질 이중층에 걸쳐 증가된 pH 구배를 갖고 세포외 환경에서 더 낮은 pH를 갖는다.
암은 세포 성장의 비정상적 제어를 특징으로 하는 질환 군이다. 암의 연간 발병률은 미국에서만 160만명을 넘는 것으로 추정된다. 수술, 방사선, 화학 요법 및 호르몬이 암 치료를 위해 사용되지만, 미국에서 두 번째 주요 사망 원인으로 남아있다. 약 60만명의 미국인이 암으로 매년 사망할 것으로 추정된다.
약제학적 제제의 전신 투여에 의한 인간의 암 치료는 종종 암 세포의 특징인 제어되지 않은 복제를 늦추거나 종료함으로써 기능한다. 그러한 제제의 한 부류는 DNA 복구 억제제이다. 그러나, 그러한 둔화 또는 종료는 암 세포의 복제뿐만 아니라 비-암성 세포의 복제에도 영향을 미치므로, 그러한 암 치료의 잘 알려진 바람직하지 않은 부작용을 초래한다. 그러한 제제를 표적 암 세포에 선택적으로 전달하고 전신 투여에 의해 야기되는 부작용을 최소화하거나 피하는 것이 매우 바람직할 것이다.
폴리(ADP-리보스) 폴리머라제 (PARP-1) 및 관련 효소 PARP-2 및 PARP-3 (통칭하여 "PARP")을 포함한 PARP 효소 패밀리는, 특히 염기 절제 복구 경로에 의한 DNA 단일 가닥 절단의 복구에 중요한 요소이다. DNA 복제 전에 단일 가닥 절단이 복구되지 않으면, 이중 가닥 절단이 형성될 수 있다. 증가하는 이중 가닥 절단의 수를 갖는 세포는 상동성 재조합과 같은 다른 복구 경로에 더 의존하게 되고 (단일 가닥 절단이 계속 복구되지 않으면) 세포는 죽는다.
PARP 억제제가 개발되어 항암제로 계속 개발되고 있다. 이들 억제제는 DNA 단일 가닥 절단의 복구를 방지하기 때문에, 암 치료에서 다양한 역할을 한다. (예를 들어, Nicola J. Curtin and Ricky A. Sharma - "PARP Inhibitors for Cancer Treatment", Cancer Drug Discovery and Development, vol 83, Humana Press 2015 참조)
PARP 억제제는 정상 세포보다 PARP에 더 의존적인 암 형태 (소위 "PARP-민감성" 암)의 치료를 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, BRCA1 및 BRCA2 유전자에 관련된 것과 같은 상동성 재조합 결핍 (HRD: homologous recombination deficiency)을 갖는 환자는 단일요법으로서 또는 다른 제제와 함께 PARP 억제제로 유리하게 치료된다. DNA 복구 및 PARP 억제된 세포의 생존은 HR에 크게 의존하기 때문에, (HRD를 나타내는) BRCA 관련 돌연변이를 갖는 환자는 PARP 억제제를 사용한 치료에 매우 적합하다.
PARP 억제제가 암 치료에 유용하지만, 화합물은 또한 부작용을 나타낸다. 심각한 혈액학적 및 위장관 부작용 및 잠재적으로 치명적인 급성 골수성 백혈병을 포함하는 PARP 부작용은 매우 바람직하지 않다.
암 치료제를 억제하는 다른 DNA 복구는 전신 투여될 때 원치않는 부작용을 유사하게 나타낼 것으로 예상된다. 그러한 다른 DNA 복구 억제 암 치료제는 단백질 키나제 운동실조-모세혈관확장증 돌연변이 (ATM), ATM-Rad3-관련 단백질 키나제 (ATR) 및 핵 세린/트레오닌 단백질 키나제 DNA-PK를 표적으로 하는 것들을 포함한다. 이러한 메커니즘에 의해 작용하는 화합물이 암 호출에 선택적으로 전달될 수 있고 따라서 정상 세포에 바람직하지 않은 영향을 피할 수 있다면, 암 요법은 상당히 유익할 것이다.
또한, PARP 억제제는 아폽토시스-유도 인자 (AIF)의 미토콘드리아-대-핵 전좌 조절에 관여하거나 염증에 연루된 단백질의 발현 조절에 관여하는 것과 같은, DNA 복구 이외의 기능에서 PARP에 대한 가능한 역할을 통해 심혈관 및 염증성 질환을 포함한 암 이외의 다른 질환의 치료에 효용 가능성을 갖는다. (예를 들어, Pacher and Szabo - "Role of Poly(ADP-ribose) polymerase 1 (PARP-1) in Cardiovascular Diseases: The Therapeutic Potential of PARP Inhibitors, Cardiovasc Drug Rev. 2007; 25(3): 235-260 참조). PARP 억제제의 이러한 질환에 걸린 조직으로의 우선적 전달이 마찬가지로 유리할 것이다.
본 발명은 특히, 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염을 제공한다:
[화학식 I]
Figure pct00001
상기 식에서,
구성 변수는 본원에 정의되어 있다.
광범위하게 말하면, 본 발명은 (1) 치료 분자 (예를 들어, R7) 및 디설파이드-함유 링커 또는 세포내 환경에서 절단될 다른 링커에 의한 것과 같은 함께 연결된 pH-민감성 (또는 pH-의존적) 펩타이드 (예를 들어, R8)를 포함하는 화합물, (2) 이들 화합물 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약제학적 조성물, (3) 산성 및/또는 저산소성 세포에 관련된 인간 및 다른 포유동물에서 질환 및 병태의 치료에서 이들 화합물 및 조성물을 사용하는 방법 및 (4) 상기 방법에 유용한 화합물 및 조성물, 및 중간체를 제조하는 방법을 제공한다.
본 발명은 또한 본 개시내용의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염 및 적어도 하나의 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다.
본 발명은 또한 치료학적 유효량의 본 발명의 화합물을 그러한 치료를 필요로 하는 인간 또는 다른 포유동물에게 투여함으로써 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환 또는 병태를 치료하는 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 이온화 방사선 또는 세포독성제의 투여와 관련된 골수 독성을 감소시키는 방법을 제공하며, 이는 치료학적 유효량의 본 발명의 화합물을 이온화 방사선 또는 세포독성제와 조합하여 인간 또는 다른 포유동물에게 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명은 또한 요법에 사용하기 위한 약제의 제조에서 본원에 기재된 화합물의 용도를 제공한다. 본 발명은 또한 요법에 사용하기 위한 본원에 기재된 화합물을 제공한다.
본 발명은 또한 본 발명의 화합물을 합성하기 위한 방법 및 이들 방법에 유용한 중간체를 제공한다.
도 1은 BRCA-/- 마우스에서 R8H-15 및 실시예 12의 종양 성장 지연을 나타낸다.
도 2는 BRCA-/- 마우스에서 R8H-15 및 실시예 12의 생존을 나타낸다.
도 3은 BRCA-/- 마우스에서 R8H-16 및 실시예 18의 종양 성장 지연을 나타낸다.
도 4는 뮤린 DLD-1 BRCA2-/- 이종이식편 모델에서 종양 파릴화 (PARylation)에 대한 실시예 18 및 R8H-16의 9일 복강내 투여의 효과를 나타낸다.
도 5는 누드 마우스로의 테모졸로마이드 (TMZ)의 경구 투여와 조합하여 실시예 12의 정맥내 투여 또는 R8H-15의 경구 투여 후 골수 세포에서의 파릴화를 나타낸다.
도 6은 누드 마우스로의 실시예 18 또는 R8H-16의 복강내 투여 후 골수 세포에서의 파릴화를 나타낸다.
본원에는 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이 제공된다:
화학식 I
Figure pct00002
상기 식에서,
R7은 펩타이드이고;
R8은 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:
Figure pct00003
Figure pct00004
Figure pct00005
Figure pct00006
Figure pct00007
Figure pct00008
Figure pct00009
Figure pct00010
Figure pct00011
Figure pct00012
Figure pct00013
Q는 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:
Figure pct00014
Figure pct00015
Figure pct00016
Figure pct00017
Figure pct00018
Figure pct00019
R1, R2, R3, R4, R5, R6, R9, R10, R11, 및 R12는 각각 독립적으로 H, C1-4 알킬, C1-4 알케닐, C6-10 아릴, 5 내지 10원 헤테로아릴, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 선택되고, 여기서, 상기 C1-4 알킬, C1-4 알케닐, C6-10 아릴 및 5 내지 10원 헤테로아릴은 각각 할로 CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환되거나;
R1 및 R2는 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하거나;
R1 및 R3은 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하거나;
R3 및 R4는 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하거나;
R5 및 R6은 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하고;
R13은 H 또는 C1-6 알킬이고;
A는 H 또는 C1-4 알킬이고;
Figure pct00020
는 C6-10 아릴 또는 5 내지 10원 헤테로아릴이고; 여기서, 5 내지 10원 헤테로아릴은 적어도 하나의 고리-형성 탄소 원자, 및 N, O, 및 S로부터 독립적으로 선택된 1, 2, 3 또는 4개의 고리-형성 헤테로원자를 가지고;
[N, O, S]는 NH, O 또는 S이고;
[N, O]는 NH 또는 O이고;
[C, N, O]는 CRXRY, NH 또는 O이고;
각각의 RX 및 RY는 독립적으로 H 및 C1-4 알킬로부터 선택되고;
[AA]X는 효소 작용에 의해 절단될 수 있는 펩타이드이고;
S1은
Figure pct00021
이고;
각각의 Ra, Rb, Rc, 및 Rd는 독립적으로 H, C1-4 알킬, ORa2, CO2Ra2, 및 OC(=O)Ra2로부터 선택되고, 여기서, 상기 C1-4 알킬은 ORa2, CO2Ra2, 및 OC(=O)Ra2로 임의로 치환되고;
Ra1, Rb1, Rc1, 및 Rd1은 각각 독립적으로 H, C1-6 알킬, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, C1-6 할로알킬, OH, CN, NO2, 및 CO2CH3으로부터 선택되고; 여기서, 상기 C1-6 알킬 및 C2-6 알케닐은 각각 OH, CN, NO2, 또는 CO2CH3으로 임의로 치환되고;
Ra2는 H 또는 C1-4 알킬이고;
n은 0 또는 1이다.
일부 구현예에서, Q의 좌측은 R8에 부착되고, Q의 우측은 R7에 부착된다.
일부 구현예에서, Q의 디설파이드 모이어티의 황 원자는 R7의 시스테인 잔기의 일부이다.
R7로서 사용하기에 적합한 펩타이드는, 예를 들어, 미국 특허 제8,076,451호 및 제9,289,508호 (이는 그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재되어 있지만, 그러한 선택적 삽입이 가능한 다른 펩타이드가 사용될 수 있다. 다른 적합한 펩타이드는, 예를 들어, 그 전문이 본원에 참조로 또한 포함된 문헌 (Weerakkody, et al., PNAS 110 (15), 5834-5839 (April 9, 2013))에 기재되어 있다. 이론에 구속되지 않고, R7 펩타이드는 가역적으로 접히고 pH 변화에 반응하여 세포막에 걸쳐 삽입되는 것으로 여겨진다. R7 펩타이드는 산성 조직을 표적화하고 낮은 세포외 pH에 반응하여 세포막에 걸쳐 극성의 세포-불투과성 분자를 선택적으로 전위시킬 수 있다. 일부 구현예에서, R7은 약 6.0 미만의 pH를 갖는 산성 또는 저산소 성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 R8Q-를 선택적으로 전달할 수 있는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 약 6.5 미만의 pH를 갖는 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 R8Q-를 선택적으로 전달할 수 있는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 약 5.5 미만의 pH를 갖는 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 R8Q-를 선택적으로 전달할 수 있는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 5.0 내지 약 6.0의 pH를 갖는 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 R8Q-를 선택적으로 전달할 수 있는 펩타이드이다.
일부 구현예에서, R7은 R7의 시스테인 잔기를 통해 Q에 부착된다. 일부 구현예에서, 시스테인 잔기의 황 원자는 디설파이드 결합-함유 링커의 디설파이드 결합의 일부를 형성할 수 있다.
일부 구현예에서, R7은 하기 서열 중 적어도 하나를 포함하는 펩타이드이고, R7은 R7의 시스테인 잔기를 통해 Q에 부착된다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1),
AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2) 및
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3);
Ac-AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTKCG (서열번호 4; Pv4); 및
AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTC (서열번호 5; Pv5).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열 중 적어도 하나를 포함하는 펩타이드이고, R7은 R7의 시스테인 잔기를 통해 Q에 부착된다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1),
AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2), 및
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
Ac-AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTKCG (서열번호 4; Pv4).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTC (서열번호 5; Pv5).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
Ac-AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTKCG (서열번호 4; Pv4).
일부 구현예에서, R7은 하기 서열을 포함하는 펩타이드이다:
AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTC (서열번호 5; Pv5).
일부 구현예에서, R7은 표 1에 나타낸 바와 같이 서열번호 6 내지 서열번호 311로부터 선택된 적어도 하나의 서열을 포함하는 펩타이드이다.
일부 구현예에서, R7은 표 1에 나타낸 바와 같이 서열번호 6 내지 서열번호 311로부터 선택된 서열로 이루어진 펩타이드이다.
[표 1] 추가 R7 서열
Figure pct00022
Figure pct00023
Figure pct00024
Figure pct00025
Figure pct00026
Figure pct00027
Figure pct00028
Figure pct00029
Figure pct00030
일부 구현예에서, R7은 10 내지 50개의 아미노산을 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 20 내지 40개의 아미노산을 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 20 내지 40개의 아미노산을 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 10 내지 20개의 아미노산을 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 20 내지 30개의 아미노산을 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, R7은 30 내지 40개의 아미노산을 갖는 펩타이드이다.
본 발명에 사용하기에 적합한 치료 분자 (예를 들어, R8)는 정상 조직에 대한 이들의 유해한 영향 때문에 전신으로 전달될 때 바람직하지 않은 부작용을 갖는 것을 포함한다. 치료 분자의 예는 PARP, ATR, DNK-PK 및 ATM의 억제제와 같은 DNA 복구 억제 화합물이다. 그러한 DNA 복구 억제 화합물은 DNA 복구의 억제가 바람직한 암 및 다른 질환의 치료에 유용하다.
3개의 PARP 억제제 (오랄파립, 루카파립 및 니라파립)는 현재 시판중이며, 다른 것들, 예컨대 AG-014699 (Agouron/Pfizer), KU-0059436 (KuDOS/AstraZeneca), INO-1001 (Inotek/Genentech), NT-125 (현재 E-7449; Eisai; 3H-피리다지노[3,4,5-de]퀴나졸린-3-온, 8-[(1,3-디하이드로-2H-이소인돌-2-일)메틸]-1,2-디하이드로-), 2X-121 (2X Oncology; 3H-피리다지노[3,4,5-de]퀴나졸린-3-온, 8-[(1,3-디하이드로-2H-이소인돌-2-일)메틸]-1,2-디하이드로-), 및 ABT-888 (Abbvie)이 개발 중에 있다. PARP 억제제는 (예를 들어) 미국 특허 제6,100,283호; 제6,310,082호; 제6,495,541호; 제6,548,494호; 제6,696,437호; 제7,151,102호; 제7,196,085호; 제7,449,464호; 제7,692,006호; 제7,781,596호; 제8,067,613호; 제8,071,623호; 및 제8,697,736호 개시되어 있으며, 이들 특허들은 이들의 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 구현예에서, R1 및 R2는 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택되고, R3 , R4, R5, 및 R6은 각각 수소이다.
일부 구현예에서, R1 및 R2는 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택된다.
몇몇 구현예에서, R1 및 R2는 각각 H이다.
일부 구현예에서, R3 및 R4는 각각 H이다.
일부 실시형태에서, R5 및 R6은 각각 H이다.
일부 구현예에서, R9, R10, R11, 및 R12는 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택된다.
일부 구현예에서, [AA]x를 절단할 수 있는 효소는 카텝신 B, 매트릭스-메탈로프로테이나제 (MMP), DPPIV, 당 단백질, 펩티다제 또는 카스파제이다. 일부 구현예에서, [AA]x는 2 내지 12개 (x는 2 내지 12) 아미노산 (AA) 잔기를 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, [AA]x는 2 내지 10개 (x는 2 내지 10) 아미노산 (AA) 잔기를 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, [AA]x는 2 내지 5개 (x는 2 내지 5) 아미노산 (AA) 잔기를 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, [AA]x는 6 내지 9개 (x는 6 내지 9) 아미노산 (AA) 잔기를 갖는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, [AA]x는 3 내지 8개 (x는 3 내지 8) 아미노산 (AA) 잔기를 갖는 펩타이드이다.
단백질에 의해 절단될 수 있는 펩타이드 링커 (예를 들어, [AA]x)는 문헌 (Yang, Y., Acta Pharmaceutica Sinica B 2011, 1(3), 143-159; Choi, K., Theranostics 2012, 2, 156-178; and Anderson, C., Ind. Eng. Chem. Res. 2017, 56, 4761-5777)에 기재되어 있다.
DPPIV에 의해 절단될 수 있는 펩타이드 링커 (예를 들어, [AA]x)는 문헌 (Diez-Torrubia, A., J. Med. Chem. 2010, 53, 559-572; Garcia-Aparicio, C., J. Med. Chem. 2006, 49, 5339-5351; Diez-Torrubia, A., ChemMedChem 2012, 7, 618-628; Dahan, A., Mol. Pharmaceutics 2014, 11, 4385-4394; Wickstrom, M., Oncotarget 2017, 8, 66641-66655; and Simplicio, A. L., Molecules, 2008, 13, 519-547)에 기재되어 있다.
카텝신 B에 의해 절단될 수 있는 펩타이드 링커 (예를 들어, [AA]x)는 문헌 (Caculitan, N., Cancer Res. 2017, 77(24), 7027-7037; Zhong, Y-J, International Journal of Oncology 2013, 42, 373-383; and Fan, P., Drug Metabolism and Disposition 2016, 44, 1253-1261)에 기재되어 있다.
MMP (예를 들어, MMP-9)에 의해 절단될 수 있는 펩타이드 링커 (예를 들어, [AA]x)는 문헌 (Kalafatovic, D., Biomaterials 98 (2016), 192-202; Kim, HS, Gene Therapy 2013, 20, 378-385; and Yao, W., Trends in Pharmacological Sciences 2018, 39, 766-781)에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, [AA]x는 -Pro_Gly-; -Val_Cit-, -Gly_Pro_Leu_Gly_Leu_Ala_Gly_Asp_Asp-, -Gly_Pro_GLeu_Gly_Val_Arg_Gly, 또는 -Ser_Ser_Lys_Leu_Gly-이다.
일부 구현예에서, S1은 하기 구조를 갖는 기이다:
Figure pct00031
일부 구현예에서, S1은 하기 구조를 갖는 기이다:
Figure pct00032
S1 기는 글루쿠로니다제에 의해 절단될 수 있는 탄수화물일 수 있다. 그러한 탄수화물 기는 당업계에서 글루쿠로나이드 프로드럭으로서 사용되고, 문헌 (Grinda, M. Med. Chem. Commun. 2012, 3, 68-70; Herceg, V., Biorganic Chemistry 2018, 78, 372-380; Adiyala P., Bioorganic Chemistry 2018, 76, 288-293; and Kolakowski, R., Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 7948-7951)에 기재되어 있다.
또한, 본원에는 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이 제공된다:
화학식 I
Figure pct00033
상기 식에서,
R8은 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
Figure pct00037
Figure pct00038
Figure pct00039
Q는 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:
Figure pct00040
여기서, R1, R2, R3 , R4, R5, 및 R6은 독립적으로 H, 임의로 치환된 C1-C4 알킬, 임의로 치환된 C1-C4 알케닐, 임의로 치환된 C1-C4 알콕시, 1 또는 2개의 C1-C4 알킬 치환기, 할로, 니트로 또는 하이드록실로 임의로 치환된 아미노로부터 선택되고, 여기서, [NH,O,S}는 연결 NH, O 또는 S 모이어티를 의미하고,
R7은 pH 의존적 방식으로 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 R8Q를 선택적으로 전달할 수 있는 펩타이드이다.
일부 구현예에서, R7은 하기로 이루어진 군으로부터 선택된 구성원이고, R7 및 Q는 시스테인 잔기를 통해 부착된다:
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1),
AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2), 및
ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3).
일부 구현예에서, R1 및 R2는 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택되고, R3, R4, R5, 및 R6은 각각 수소이다.
일부 구현예에서, R7은 ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1)이다.
일부 구현예에서, R7은 AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2)이다.
일부 구현예에서, R7은 ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3)이다.
일부 구현예에서, 화학식 I의 화합물은 하기로부터 선택된다:
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
본 발명의 분자는, 예를 들어, 형광단, 방사성 동위원소 등과 같은 프로브로 태그될 수 있다. 일부 구현예에서, 프로브는 LICOR과 같은 형광 프로브이다. 형광 프로브는 광 여기 (예를 들어, 형광단)시 광을 다시 방출할 수 있는 임의의 모이어티를 포함할 수 있다.
아미노산은 다음과 같이 IUPAC 약어로 표시된다: 알라닌 (Ala; A), 알르기닌 (Arg; R), 아스파라긴 (Asn; N), 아스파르트산 (Asp; D), 시스테인 (Cys; C); 글루타민 (Gln; Q), 글루탐산 (Glu; E), 글리신 (Gly; G); 히스티딘 (His; H), 이소류신 (Ile; I), 류신 (Leu; L), 리신 (Lys; K), 메티오닌 (Met; M), 페닐알라닌 (Phe; F), 프롤린 (Pro; P), 세린 (Ser; S), 트레오닌 (Thr; T), 트립토판 (Trp; W), 티로신 (Tyr; Y), 발린 (Val; V). 용어 "Pv1"은 서열번호 1의 펩타이드인 ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG를 의미한다. 용어 "Pv2"는 서열번호 2의 펩타이드인 AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG를 의미한다. 용어 "Pv3"은 서열번호 3의 펩타이드인 ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG를 의미한다. 용어 "Pv4"는 서열번호 4의 펩타이드인 Ac-AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTKCG를 의미한다. 용어 "Pv5"는 서열번호 5의 펩타이드인 AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTC를 의미한다. 본 발명의 화합물에서, 펩타이드 R7은 시스테인 모이어티에 의해 디설파이드에 부착된다.
용어 "산성 및/또는 저산소성 맨틀"은 7.0 미만, 바람직하게는 6.5 미만의 pH를 갖는 당해 질환이 있는 조직에서 세포의 환경을 지칭한다. 산성 또는 저산소 성 맨틀은 더욱 바람직하게는 약 5.5의 pH, 가장 바람직하게는 약 5.0의 pH를 갖는다. 화학식 I의 화합물은 pH 의존적 방식으로 산성 및/또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 삽입하여 R8Q를 세포에 삽입하고, 그 결과 디설파이드 링커는 절단되어 유리 R8H를 전달한다. 화학식 I의 화합물은 pH-의존적이므로, 이들은 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖지 않는 "정상" 세포의 세포막을 거치지 않고 세포를 둘러싼 산성 또는 저산소성 맨틀의 존재하에서만 세포막에 걸쳐 우선적으로 삽입한다.
펩타이드 R7, 또는 펩타이드 R7 또는 세포막에 걸쳐 본 발명의 화합물의 삽입 방식을 지칭하기 위해 본원에 사용된 용어 "pH-민감성" 또는 "pH-의존적"이란, 펩타이드가 중성 pH에서 막 지질 이중층보다 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막 지질 이중층에 대해 더 높은 친화성을 갖는 것을 의미한다. 따라서, 본 발명의 화합물은 세포막 지질 이중층이 산성 또는 저산소성 맨틀 ("질환에 걸린" 세포)을 가질 경우 세포막을 통해 우선적으로 삽입하여 R8Q를 세포의 내부에 삽입 (따라서 상기 기재된 바와 같이 R8H를 전달함)하지만, 맨틀 (세포막 지질 이중층의 환경)이 산성 또는 저산소성이 아닌 경우 ("정상" 세포) 세포막을 통해 삽입되지 않는다. 이러한 우선적인 삽입은 나선형 배열을 형성하여 막 삽입을 용이하게 하는 펩타이드 R7의 결과로서 달성된다고 여겨진다.
또한, 명확성을 위해서, 개별 구현예의 맥락에서 기술된, 본 발명의 특정 특징은 또한, 단일 구현예에서 조합하여 제공될 수 있다는 것으로 이해된다 (그러나, 구현예는 다양하게 의존적 형태로 작성된 것처럼 조합되도록 의도됨). 반대로, 간략화를 위해, 단일 구현예의 맥락에서 기술된, 본 발명의 다양한 특징은 또한, 개별적으로 또는 임의의 적합한 하위조합으로 제공될 수 있다. 따라서, 화학식 I의 화합물의 구현예로서 기재된 특징이 임의의 적합한 조합으로 조합될 수 있는 것으로 고려된다.
본 명세서의 다양한 곳에서, 화합물의 특정 특징은 그룹 또는 범위로 개시된다. 구체적으로는, 그러한 개시내용은 그러한 그룹 및 범위의 구성원 각각 및 모든 개별 하위조합을 포함하는 것으로 의도된다. 예를 들어, 용어 "C1-6 알킬"은 구체적으로 (제한 없이) 메틸, 에틸, C3 알킬, C4 알킬, C5 알킬 및 C6 알킬을 개별적으로 개시하도록 의도된다.
n이 정수인 "n원"이란 용어는 전형적으로 고리-형성 원자의 수가 n인 모이어티에서 고리-형성 원자의 수를 기술한다. 예를 들어, 피페리디닐은 6원 헤테로사이클로알킬 고리의 예이고, 피라졸릴은 5원 헤테로아릴 고리의 예이고, 피리딜은 6원 헤테로아릴 고리의 예이고, 1,2,3,4-테트라하이드로-나프탈렌은 10원 사이클로알킬기의 예이다.
본 명세서의 다양한 곳에서, 2가 연결기를 정의하는 변수가 기술될 수 있다. 구체적으로는, 각 연결 치환기는 그 연결 치환기의 정방향 형태와 역방향 형태 둘 다를 포함하는 것으로 의도된다. 예를 들어, -NR(CR'R")n-은 -NR(CR'R")n-과 -(CR'R")nNR- 둘 다를 포함하고, 각각의 형태를 개별적으로 개시하도록 의도된다. 구조에 연결기가 필요한 경우, 그 기에 대해 나열된 마쿠쉬 변수는 연결기인 것으로 이해된다. 예를 들어, 구조가 그 변수 목록 "알킬" 또는 "아릴"에 대한 연결기 및 마쿠쉬 기 정의를 필요로 하는 경우, "알킬" 또는 "아릴"은 각각 연결 알킬 렌기 또는 아릴렌기를 나타내는 것으로 이해된다.
용어 "치환된"은 원자 또는 원자들의 기가 또 다른 기에 부착된 "치환기"로서 수소를 형식적으로 대체하는 것을 의미한다. 용어 "치환된"은, 달리 지시하지 않는 한, 그러한 치환이 허용되는 경우 임의의 치환 수준, 예를 들어, 일-, 이-, 삼-, 사- 또는 오-치환을 지칭한다. 치환기는 독립적으로 선택되고, 임의의 화학적으로 접근 가능한 위치에서 치환될 수 있다. 주어진 원자에서의 치환은 원자가에 의해 제한되는 것으로 이해되어야 한다. 주어진 원자에서의 치환은 화학적으로 안정한 분자를 초래하는 것으로 이해되어야 한다. 문구 "임의로 치환된"은 비치환 또는 치환되는 것을 의미한다. 용어 "치환된"은 수소 원자가 제거되고 치환기로 대체되는 것을 의미한다. 단일 2가 치환기, 예를 들어, 옥소는 2개의 수소 원자를 대체할 수 있다.
용어 "Cn-m"은 종말점을 포함하는 범위를 나타내며, 여기서, n 및 m은 정수이고 탄소 수를 나타낸다. 예는 C1-4, C1-6 등을 포함한다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "알킬"은 직쇄 또는 분지형일 수 있는 포화 탄화수소기를 지칭한다. 용어 "Cn-m 알킬"은 n 내지 m개의 탄소 원자를 갖는 알킬기를 지칭한다. 알킬기는 형식적으로, 하나의 C-H 결합이 알킬기의 나머지 화합물에 대한 부착점에 의해 대체된 알칸에 해당한다. 일부 구현예에서, 알킬기는 1 내지 6개의 탄소 원자, 1 내지 4개의 탄소 원자, 1 내지 3개의 탄소 원자, 또는 1 내지 2개의 탄소 원자를 함유한다. 알킬 모이어티의 예는 화학적 기, 예컨대 메틸, 에틸, n-프로필, 이소프로필, n-부틸, tert-부틸, 이소부틸, sec-부틸; 고급 동족체, 예컨대 2-메틸-1-부틸, n-펜틸, 3-펜틸, n-헥실, 1,2,2-트리메틸프로필 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "알케닐"은 하나 이상의 이중 탄소-탄소 결합을 갖는 알킬기에 해당하는 직쇄 또는 분지형 탄화수소기를 지칭한다. 알케닐기는 형식적으로, 하나의 C-H 결합이 알케닐기의 나머지 화합물에 대한 부착점에 의해 대체된 알켄에 해당한다. 용어 "Cn-m 알케닐"은 n 내지 m개의 탄소를 갖는 알케닐기를 지칭한다. 일부 구현예에서, 알케닐 모이어티는 2 내지 6개, 2 내지 4개, 또는 2 내지 3개의 탄소 원자를 함유한다. 알케닐기의 예는 에테닐, n-프로페닐, 이소프로페닐, n-부테닐, sec-부테닐 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "알키닐"은 하나 이상의 삼중 탄소-탄소 결합을 갖는 알킬기에 해당하는 직쇄 또는 분지형 탄화수소기를 지칭한다. 알키닐기는 형식적으로, 하나의 C-H 결합이 알킬기의 나머지 화합물에 대한 부착점에 의해 대체된 알킨에 해당한다. 용어 "Cn-m 알키닐"은 n 내지 m개의 탄소를 갖는 알키닐기를 지칭한다. 예시적인 알키닐기는 에티닐, 프로핀-1-일, 프로핀-2-일 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 알키닐 모이어티는 2 내지 6개, 2 내지 4개, 또는 2 내지 3개의 탄소 원자를 함유한다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "알킬렌"은 2가 알킬 연결기를 지칭한다. 알킬렌기는 형식적으로, 두 개의 C-H 결합이 알킬렌기의 나머지 화합물에 대한 부착점에 의해 대체된 알칸에 해당한다. 용어 "Cn-m 알킬렌"은 n 내지 m개의 탄소를 갖는 알킬렌기를 지칭한다. 알킬렌기의 예는 에탄-1,2-디일, 에탄-1,1-디일, 프로판-1,3-디일, 프로판-1,2-디일, 프로판-1,1-디일, 부탄-1,4-디일, 부탄-1,3-디일, 부탄-1,2-디일, 2-메틸-프로판-1,3-디일 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
용어 "아미노"는 화학식 -NH2의 기를 지칭한다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "카보닐"은 -C(=O)- 기를 지칭하며, 또한 C(O)로 표기될 수 있다.
용어 "시아노" 또는 "니트릴"은 화학식 -C≡N의 기를 지칭하며, 또한 -CN으로 표기될 수 있다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "할로" 또는 "할로겐"은 플루오로, 클로로, 브로모 및 요오드를 지칭한다. 일부 구현예에서, "할로"는 F, Cl, 또는 Br로부터 선택된 할로겐 원자를 지칭한다. 일부 구현예에서, 할로기는 F이다.
본원에 사용되는 용어 "할로알킬"은 수소 원자들 중 하나 이상이 할로겐 원자로 대체되는 알킬기를 지칭한다. 용어 "Cn-m 할로알킬"은 동일하거나 상이할 수 있는 n 내지 m개의 탄소 원자 및 적어도 1개 내지 {2(n 내지 m)+1}개의 할로겐 원자를 갖는 Cn-m 알킬기를 지칭한다. 일부 구현예에서, 할로겐 원자는 플루오로 원자이다. 일부 구현예에서, 할로알킬기는 1 내지 6개 또는 1 내지 4개의 탄소 원자를 갖는다. 할로알킬기의 예는 CF3, C2F5, CHF2, CH2F, CCl3, CHCl2, C2Cl5 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 할로알킬기는 플루오로알킬기이다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "할로알콕시"는 화학식 -O-할로알킬기를 지칭하며, 여기서, 할로알킬기는 상기 정의된 바와 같다. 용어 "Cn-m 할로알콕시"는 할로알콕시기를 지칭하고, 이의 할로알킬기는 n 내지 m개의 탄소를 갖는다. 할로알콕시기의 예는 트리플루오로메톡시 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 할로알콕시기는 1 내지 6개, 1 내지 4개, 또는 1 내지 3개의 탄소 원자를 갖는다.
용어 "옥소"는 탄소에 부착될 때 카보닐기를 형성하거나, 헤테로원자에 부착될 때 설폭사이드 또는 설폰기, 또는 N-옥사이드기를 형성하는, 2가 치환기로서 산소 원자를 지칭한다. 일부 구현예에서, 헤테로사이클릭기는 1 또는 2개의 옥소 (=O) 치환기에 의해 임의로 치환될 수 있다.
고리-형성 N 원자와 관련하여 용어 "산화된"은 고리-형성 N-옥사이드를 지칭한다.
고리-형성 S 원자와 관련하여 용어 "산화된"은 고리-형성 설포닐 또는 고리-형성 설피닐을 지칭한다.
용어 "방향족"은 방향족 특성을 갖는 (즉, n이 정수인 (4n+2)개의 비편재화된 π (파이) 전자를 갖는) 하나 이상의 다중불포화 고리를 갖는 카보사이클 또는 헤테로사이클을 지칭한다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "아릴"은 모노사이클릭 또는 폴리사이클릭 (예를 들어, 2개의 융합된 고리를 갖는)일 수 있는 방향족 탄화수소기를 지칭한다. 용어 "Cn-m 아릴"은 n 내지 m개의 고리 탄소 원자를 갖는 아릴기를 지칭한다. 아릴기는, 예를 들어, 페닐, 나프틸 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 아릴기는 6 내지 약 10개의 탄소 원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 아릴기는 6개의 탄소 원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 아릴기는 10개의 탄소 원자를 갖는다. 일부 구현예에서, 아릴기는 페닐이다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "헤테로아릴" 또는 "헤테로방향족"은 황, 산소 및 질소로부터 선택된 적어도 하나의 헤테로원자 고리 구성원을 갖는 모노사이클릭 또는 폴리사이클릭 방향족 헤테로사이클을 지칭한다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴 고리는 질소, 황 및 산소로부터 독립적으로 선택된 1, 2, 3 또는 4개의 헤테로원자 고리 구성원을 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴 모이어티에서 임의의 고리-형성 N은 N-옥사이드일 수 있다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴은 탄소 원자를 포함하는 5 내지 14개의 고리 원자, 및 질소, 황 및 산소로부터 독립적으로 선택된 1, 2, 3 또는 4개의 헤테로원자 고리 구성원을 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴은 탄소 원자를 포함하는 5 내지 10개의 고리 원자, 및 질소, 황 및 산소로부터 독립적으로 선택된 1, 2, 3 또는 4개의 헤테로원자 고리 구성원을 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴은 5 내지 6개의 고리 원자, 및 질소, 황 및 산소로부터 독립적으로 선택된 1 또는 2개의 헤테로원자 고리 구성원을 갖는다. 일부 구현예에서, 헤테로아릴은 5원 또는 6원 헤테로아릴 고리이다. 다른 구현예에서, 헤테로아릴은 8원, 9원 또는 10원 융합된 바이사이클릭 헤테로아릴 고리이다.
5원 헤테로아릴 고리는 하나 이상 (예를 들어, 1, 2 또는 3개)의 고리 원자가 독립적으로 N, O 및 S로부터 선택된 5개의 고리 원자를 갖는 헤테로아릴기이다.
6원 헤테로아릴 고리는 하나 이상 (예를 들어, 1, 2 또는 3개)의 고리 원자가 독립적으로 N, O 및 S로부터 선택된 6개의 고리 원자를 갖는 헤테로아릴기이다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "사이클로알킬"은 환형 알킬 및 알케닐기를 포함하는 비-방향족 탄화수소 고리 시스템 (모노사이클릭, 바이사이클릭 또는 폴리사이클릭)을 지칭한다. 용어 "Cn-m 사이클로알킬"은 n 내지 m개의 고리 구성원 탄소 원자를 갖는 사이클로알킬을 지칭한다. 사이클로알킬기는 모노- 또는 폴리사이클릭 (예를 들어, 2, 3 또는 4개의 융합된 고리를 갖는) 기 및 스피로사이클을 포함할 수 있다. 사이클로알킬기는 3, 4, 5, 6 또는 7개의 고리-형성 탄소 (C3-7)를 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 사이클로알킬기는 3 내지 6개의 고리 구성원, 3 내지 5개의 고리 구성원, 또는 3 내지 4개의 고리 구성원을 갖는다. 일부 구현예에서, 사이클로알킬기는 모노사이클릭이다. 일부 구현예에서, 사이클로알킬기는 모노사이클릭 또는 바이사이클릭이다. 일부 구현예에서, 사이클로알킬기는 C3-6 모노사이클릭 사이클로알킬기이다. 사이클로알킬기의 고리-형성 탄소 원자는 임의로 산화되어 옥소 또는 설피도기를 형성할 수 있다. 사이클로알킬기는 또한 사이클로알킬리덴을 포함한다. 일부 구현예에서, 사이클로알킬은 사이클로프로필, 사이클로부틸, 사이클로펜틸 또는 사이클로헥실이다. 또한, 사이클로알킬의 정의에는 사이클로알킬 고리에 융합된 (즉, 공통 결합을 갖는) 하나 이상의 방향족 고리를 갖는 모이어티, 예를 들어, 사이클로펜탄, 사이클로헥산 등의 벤조 또는 티에닐 유도체가 포함된다. 사이클로알킬기 함유 융합된 방향족 고리는 융합된 방향족 고리의 고리-형성용 원자를 포함하는 임의의 고리-형성 원자를 통해 부착될 수 있다. 사이클로알킬기의 예는 사이클로프로필, 사이클로부틸, 사이클로펜틸, 사이클로헥실, 사이클로헵틸, 사이클로펜테닐, 사이클로헥세닐, 사이클로헥사디에닐 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 사이클로알킬기는 사이클로프로필, 사이클로부틸, 사이클로펜틸, 또는 사이클로헥실이다.
단독으로 또는 다른 용어와 함께 사용되는 용어 "헤테로사이클로알킬"은 비-방향족 고리 또는 고리 시스템을 지칭하는 것으로, 이는 고리 구조의 일부로서 하나 이상의 알케닐렌기를 임의로 함유할 수 있고, 이는 질소, 황, 산소 및 인으로부터 독립적으로 선택된 적어도 하나의 헤테로원자 고리 구성원을 갖고 4 내지 10개의 고리 구성원, 4 내지 7개의 고리 구성원, 또는 4 내지 6개의 고리 구성원을 갖는다. 용어 "헤테로사이클로알킬"에는 모노사이클릭 4원, 5원, 6원 및 7원 헤테로사이클로알킬기가 포함된다. 헤테로사이클로알킬기는 모노- 또는 바이사이클릭 (예를 들어, 2개의 융합 또는 브릿지된 고리를 갖는) 또는 스피로사이클릭 고리 시스템을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 헤테로사이클로알킬기는 질소, 황 및 산소로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 헤테로원자를 갖는 모노사이클릭 기이다. 헤테로사이클로알킬기의 고리-형성 탄소 원자 및 헤테로원자는 임의로 산화되어 옥소 또는 설피도기 또는 다른 산화된 연결기 (예를 들어, C(O), S(O), C(S) 또는 S(O)2, N-옥사이드 등)를 형성하거나, 질소 원자는 4급화될 수 있다. 헤테로사이클로알킬기는 고리-형성 탄소 원자 또는 고리-형성 헤테로원자를 통해 부착될 수 있다. 일부 구현예에서, 헤테로사이클로알킬기는 0 내지 3개의 이중 결합을 함유한다. 일부 구현예에서, 헤테로사이클로알킬기는 0 내지 2개의 이중 결합을 함유한다. 또한, 헤테로사이클로알킬의 정의에는 헤테로사이클로알킬 고리에 융합된 (즉, 공통 결합을 갖는) 하나 이상의 방향족 고리를 갖는 모이어티, 예를 들어, 피페리딘, 모르폴린, 아제핀 등의 벤조 또는 티에닐 유도체가 포함된다. 헤테로사이클로알킬기 함유 융합된 방향족 고리는 융합된 방향족 고리의 고리-형성 원자를 포함하는 임의의 고리-형성 원자를 통해 부착될 수 있다. 헤테로사이클로알킬기의 예는 2 피롤리디닐; 모르폴리눌; 아제티디닐; 및 피페라지닐을 포함한다.
특정 곳에서, 정의 또는 구현예는 특정 고리 (예를 들어, 아제티딘 고리, 피리딘 고리 등)를 지칭한다. 달리 지시되지 않는 한, 이들 고리는 원자의 원자가가 초과되지 않는 조건으로 임의의 고리 구성원에 부착될 수 있다. 예를 들어, 아제티딘 고리는 고리의 임의의 위치에 부착될 수 있는 반면, 아제티딘-3-일 고리는 3-위치에 부착된다.
본원에 기재된 화합물은 (예를 들어, 하나 이상의 입체중심을 갖는) 비대칭일 수 있다. 모든 입체이성체, 예컨대, 에난티오머 및 부분입체이성체는 달리 지시되지 않는 한 의도된다. 비대칭적으로 치환된 탄소 원자를 함유하는 본 발명의 화합물은 광학적으로 활성인 또는 라세미 형태로 단리될 수 있다. 라세미 혼합물의 분할에 의해 또는 입체선택적 합성에 의한 것과 같은 광학적으로 불활성인 출발 물질로부터 광학적으로 활성인 형태를 어떻게 제조하는지에 대한 방법은 당업계에 공지되어 있다. 올레핀의 많은 기하 이성체, C=N 이중 결합 등이 또한 본원에 기재된 화합물에 존재할 수 있고, 모든 그러한 안정한 이성체가 본 발명에 고려된다. 본 발명의 화합물의 시스 및 트랜스 기하 이성체가 기재되어 있고, 이성체의 혼합물로서 또는 분리된 이성체 형태로서 단리될 수 있다.
화합물의 라세미 혼합물의 분할은 당업계에 공지된 임의의 수많은 방법들에 의해 수행될 수 있다. 하나의 방법은 광학적으로 활성인 염-형성 유기산인 키랄 분할 산을 사용한 분별 재결정화를 포함한다. 분별 재결정화 방법에 적합한 분할제는, 예를 들어, 광학적으로 활성인 산, 예컨대, 타르타르산, 디아세틸타르타르산, 디벤조일타르타르산, 만델산, 말산, 락트산의 D 및 L 형태, 또는 다양한 광학적으로 활성인 캄포르설폰산, 예컨대 β-캄포르설폰산이다. 분별 결정화 방법에 적합한 기타 분할제는 입체이성체적으로 순수한 형태의 α-메틸-벤질아민 (예를 들어, S 및 R 형태 또는 부분입체이성체적으로 순수한 형태), 2-페닐글리시놀, 노르에페드린, 에페드린, N-메틸에페드린, 사이클로헥실에틸아민, 1,2-디아미노사이클로헥산 등을 포함한다.
라세미 혼합물의 분할은 또한 광학적으로 활성인 분할제 (예를 들어, 디니트로벤조일페닐글리신)로 충전된 컬럼에서 용리에 의해 수행될 수 있다. 적합한 용리 용매 조성물은 당업자에 의해 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명의 화합물은 (R)-배열을 갖는다. 다른 구현예에서, 화합물은 (S)-배열을 갖는다. 하나 초과의 키랄 중심을 갖는 화합물에서, 화합물에서 키랄 중심 각각은 달리 지시되지 않는 한, 독립적으로 (R) 또는 (S)일 수 있다.
본 발명의 화합물은 또한 호변이성체 형태를 포함한다. 호변이성체 형태는 양성자의 동반 이동과 함께 인접한 이중 결합을 갖는 단일 결합의 교환 (swapping)으로부터 초래된다. 호변이성체 형태는 동일한 실험식 및 총 전하를 갖는 이성체성 양성자화 상태인 양성자성 호변이성체를 포함한다. 양성자성 호변이성체의 예는 케톤 - 에놀 쌍, 아미드 - 이미드산 쌍, 락탐 - 락팀 쌍, 엔아민 - 이민 쌍, 및 양성자가 헤테로사이클릭 시스템의 2개 이상의 위치를 차지할 수 있는 환형 형태, 예를 들어, 1H- 및 3H-이미다졸, 1H-, 2H- 및 4H-1,2,4-트리아졸, 1H- 및 2H-이소인돌 및 1H- 및 2H-피라졸을 포함한다. 호변이성체 형태는 평형 상태이거나 적절한 치환에 의해 하나의 형태로 입체적으로 고정될 수 있다.
본 발명의 화합물은 또한 중간체 또는 최종 화합물에서 발생하는 원자의 모든 동위원소를 포함할 수 있다. 동위원소는 원자 번호는 동일하지만 질량수가 상이한 원자를 포함한다. 예를 들어, 수소의 동위원소는 삼중수소 및 중수소를 포함한다. 본 발명의 화합물의 하나 이상의 구성 원자는 자연에 또는 비자연에 풍부한 원자의 동위원소로 대체 또는 치환될 수 있다. 일부 구현예에서, 화합물은 적어도 하나의 중수소 원자를 포함한다. 예를 들어, 본 발명의 화합물에서 하나 이상의 수소 원자는 중수소에 의해 대체 또는 치환될 수 있다. 일부 구현예에서, 화합물은 2개 이상의 중수소 원자를 포함한다. 일부 구현예에서, 화합물은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개의 중수소 원자를 포함한다. 유기 화합물에 동위 원소를 포함시키는 합성 방법은 당업계에 공지되어 있다 (Deuterium Labeling in Organic Chemistry by Alan F. Thomas (New York, N.Y., Appleton-Century-Crofts, 1971; The Renaissance of H/D Exchange by Jens Atzrodt, Volker Derdau, Thorsten Fey and Jochen Zimmermann, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 7744-7765; The Organic Chemistry of Isotopic Labelling by James R. Hanson, Royal Society of Chemistry, 2011). 동위원소 표지된 화합물은 NMR 분광법, 대사 실험 및/또는 분석과 같은 다양한 연구에서 사용될 수 있다.
더 무거운 동위원소, 예컨대 중수소로의 치환은 더 큰 대사 안정성, 예를 들어, 증가된 생체내 반감기 또는 감소된 투여량 요건으로부터 초래되는 특정 치료 이점을 제공할 수 있고, 따라서 일부 상황에서 바람직할 수 있다. (A. Kerekes et.al. J. Med. Chem. 2011, 54, 201-210; R. Xu et.al. J. Label Compd. Radiopharm. 2015, 58, 308-312).
본원에 사용된 용어 "화합물"은 도시된 구조의 모든 입체이성체, 기하 이성체, 호변이성체 및 동위원소를 포함하는 것을 의미한다. 상기 용어는 또한, 예를 들어, 합성적으로, 생물학적 과정 (예를 들어, 대사 또는 효소 전환) 또는 이들의 조합을 통해 제조되는 방법에 관계없이 본 발명의 화합물을 지칭한다.
모든 화합물 및 이의 약제학적으로 허용되는 염은 물 및 용매 (예를 들어, 수화물 및 용매화물)와 같은 다른 물질과 함께 발견될 수 있거나, 단리될 수 있다. 고체 상태인 경우, 본원에 기재된 화합물 및 이의 염은 다양한 형태로 발생할 수 있고, 예를 들어, 수화물을 포함한 용매화물의 형태를 취할 수 있다. 화합물은 임의의 고체 상태 형태, 예컨대 다형체 또는 용매화물일 수 있으므로, 달리 명확하게 지시되지 않는 한, 본 명세서에서 화합물 및 이의 염에 대한 언급은 화합물의 임의의 고체 상태 형태를 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
일부 구현예에서, 본 발명의 화합물 또는 이의 염은 실질적으로 단리된다. "실질적으로 단리된"이란, 화합물이 형성되거나 검출되었던 환경으로부터 적어도 부분적으로 또는 실질적으로 분리되는 것을 의미한다. 부분 분리는, 예를 들어, 본 발명의 화합물이 풍부한 조성물을 포함할 수 있다. 실질적인 분리는 본 발명의 화합물 또는 이의 염을 적어도 약 50 중량%, 적어도 약 60 중량%, 적어도 약 70 중량%, 적어도 약 80 중량%, 적어도 약 90 중량%, 적어도 약 95 중량%, 적어도 약 97 중량%, 또는 적어도 약 99 중량% 함유하는 조성물을 포함할 수 있다.
문구 "약제학적으로 허용되는"은, 건전한 의학적 판단의 범위 내에서, 합리적인 유익성/위험성 비율에 상응하는 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응 또는 기타 문제 또는 합병증 없이 인간 및 동물의 조직과의 접촉시 사용하기에 적합한 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투여 형태를 지칭하기 위해 본원에 사용된다.
본원에 사용된 표현 "주변 온도" 및 "실온"은 당업계에서 이해되고, 일반적으로 온도, 예를 들어, 반응 온도, 즉 대략 반응이 수행되는 방의 온도, 예를 들어, 약 20℃ 내지 약 30℃의 온도를 지칭한다.
본 발명은 또한 본원에 기재된 화합물의 약제학적으로 허용되는 염을 포함한다. 용어 "약제학적으로 허용되는 염"은 기존의 산 또는 염기 모이어티를 이의 염 형태로 전환시킴으로써 모 화합물이 변형된 개시된 화합물의 유도체를 지칭한다. 약제학적으로 허용되는 염의 예는 아민과 같은 염기성 잔기의 무기 또는 유기 산 염; 카복실산과 같은 산성 잔기의 알칼리 또는 유기 염; 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 본 발명의 약제학적으로 허용되는 염은, 예를 들어, 비독성 무기 또는 유기산으로부터 형성된 모 화합물의 비독성 염을 포함한다. 본 발명의 약제학적으로 허용되는 염은 종래의 화학적 방법에 의해 염기성 또는 산성 모이어티를 함유하는 모 화합물로부터 합성될 수 있다. 일반적으로, 그러한 염은 이들 화합물의 유리 산 또는 염기 형태를 화학량론적 양의 적절한 염기 또는 산과 물 또는 유기 용매, 또는 상기 두 가지의 혼합물 중에서 반응시킴으로써 제조될 수 있고; 일반적으로, 비수성 매질, 예컨대 에테르, 에틸 아세테이트, 알코올 (예를 들어, 메탄올, 에탄올, 이소-프로판올 또는 부탄올) 또는 아세토니트릴 (MeCN)이 바람직하다. 적합한 염의 목록은 문헌 (Remington's Pharmaceutical Sciences, 17th　Ed., (Mack Publishing Company, Easton, 1985), p. 1418, Berge et al., J. Pharm. Sci., 1977, 66(1), 1-19 and in Stahl et al., Handbook of Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use, (Wiley, 2002))에서 발견되었다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 화합물은 N-옥사이드 형태를 포함한다.
당업계에서 이해되는 바와 같이, 기호
Figure pct00046
는 구조식에 사용되어 이를 함유하는 모이어티가 화합물의 인접 부분에 부착되는 지점인 결합을 나타낸다. 유사한 관례에 따르면, 펜던트 탄소 원자 및 이들의 부착된 수소 원자는 명시적으로 표현되지 않을 수 있다. 따라서, 기호
Figure pct00047
는 메틸기를 나타내고, 기호
Figure pct00048
는 에틸기를 나타내고, 기호
Figure pct00049
는 사이클로펜틸기 등을 나타낸다. 분자 또는 모이어티에서 치환기 기의 방향은 기호
Figure pct00050
가 기가 페이지의 평면에서 독자쪽으로 돌출하는 결합을 나타내는 관례에 의해 표현되는 반면, 기호
Figure pct00051
는 기가 독자로부터 떨어져 페이지의 평면 뒤에 돌출하는 결합을 나타내고, 기호
Figure pct00052
는 기가 불확실한 배향을 갖는 결합을 나타낸다 (즉, 화합물은 부분 입체이성체이다).
본 명세서에서 본원에 사용된 모든 용어는, 달리 언급되지 않는 한, 당업계에 공지된 일반적인 의미로 이해될 것이다. 예를 들어, "C1-4 알킬"은 1 내지 4개의 탄소를 함유하는 포화 지방족 탄화수소 1가 라디칼, 예컨대 메틸, 에틸, n-프로필, 1-메틸에틸 (이소프로필), n-부틸 또는 t-부틸이고; "C1-4 알콕시"는 말단 산소를 갖는 C1-4 알킬, 예컨대 메톡시, 에톡시, 프로폭시, 부톡시이다. 모든 알킬, 알케닐 및 알키닐기는 구조적으로 가능한 경우 그리고 달리 명시되지 않는 한, 분지형 또는 비분지형, 고리형 또는 비고리형인 것으로 이해되어야 한다. 다른 보다 구체적인 정의는 다음과 같다:
단독으로 또는 또 다른 라디칼과 함께, n이 2 내지 6의 정수인 "C1-n-알킬"이라는 용어는 1 내지 n개의 C 원자를 갖는 비환식, 포화, 분지형 또는 선형 탄화수소 라디칼을 나타낸다. 예를 들어, 용어 C1-5-알킬은 라디칼 H3C-, H3C-CH2-, H3C-CH2-CH2-, H3C-CH(CH3)-, H3C-CH2-CH2-CH2-, H3C-CH2-CH(CH3)-, H3C-CH(CH3)-CH2-, H3C-C(CH3)2-, H3C-CH2-CH2-CH2-CH2-, H3C-CH2-CH2-CH(CH3)-, H3C-CH2-CH(CH3)-CH2-, H3C-CH(CH3)-CH2-CH2-, H3C-CH2-C(CH3)2-, H3C-C(CH3)2-CH2-, H3C-CH(CH3)-CH(CH3)- 및 H3C-CH2-CH(CH2CH3)-을 포함한다.
단독으로 또는 또 다른 라디칼과 함께, n이 4 내지 7의 정수인 "C3-n-사이클로알킬"이란 용어는 3 내지 n개의 C 원자를 갖는 사이클릭, 포화, 비분지형 탄화수소 라디칼을 나타낸다. 예를 들어, 용어 C3-7-사이클로알킬은 사이클로프로필, 사이클로부틸, 사이클로펜틸, 사이클로헥실 및 사이클로헵틸을 포함한다.
본원에 사용된 용어 "헤테로원자"는 O, N, S 및 P와 같은 탄소 이외의 원자를 의미하는 것으로 이해될 것이다.
일부 구현예에서, 알킬기 또는 탄소 사슬, 하나 이상의 탄소 원자는 헤테로원자: O, S 또는 N으로 임의로 대체될 수 있다. N이 치환된 것으로 나타내지 않으면 이는 NH이고, 헤테로원자는 분지형 또는 비분지형 탄소 사슬 내의 말단 탄소 원자 또는 내부 탄소 원자를 대체할 수 있음을 이해해야 한다. 그러한 기는 옥소와 같은 기로 본원에 상기 기재된 바와 같이 치환되어 알콕시카보닐, 아실, 아미도 및 티옥소와 같은 그러나 이에 제한되지 않은 정의를 초래할 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 사용된 용어 "아릴"은 단독으로 또는 또 다른 라디칼과 함께, 방향족, 포화 또는 불포화일 수 있는 제2의 5원 또는 6원 카보사이 클릭기에 추가로 융합될 수 있는 6개의 탄소 원자를 함유하는 카보사이클릭 방향족 모노사이클릭기를 나타낸다. 아릴은 페닐, 인다닐, 인데닐, 나프틸, 안트라세닐, 페난트레닐, 테트라하이드로나프틸 및 디하이드로나프틸을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
일부 구현예에서, 용어 "헤테로아릴" (때때로 "헤트아릴"로 약칭됨)은 방향족 5 내지 6원 모노사이클릭 헤테로아릴 또는 방향족 7 내지 11원 헤테로아릴 바이사이클릭 고리를 의미하고, 이때 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 여기서, 헤테로아릴 고리는 N, O 및 S와 같은 1 내지 4개의 헤테로원자를 함유한다. 5 내지 6원 모노사이클릭 헤테로아릴 고리의 비제한적인 예는 푸라닐, 옥사졸릴, 이속사졸릴, 옥사디아졸릴, 티아졸릴, 피라졸릴, 피롤릴, 이미다졸릴, 테트라졸릴, 트리아졸릴, 티에닐, 티아디아졸릴, 피리디닐, 피리미디닐, 피리다지닐, 피라지닐, 트리아지닐 및 푸리닐을 포함한다. 7 내지 11원 헤테로아릴 바이사이클릭 헤테로아릴 고리의 비제한적인 예는 벤즈이미다졸릴, 퀴놀리닐, 디하이드로-2H-퀴놀리닐, 테트라하이드로퀴놀리닐, 이소퀴놀리닐, 퀴나졸리닐, 인다졸릴, 티에노[2,3-d]피리미디닐, 인돌릴, 이소인돌릴, 벤조푸라닐, 디하이드로벤조푸라닐, 벤조피라닐, 벤조디옥솔릴, 벤족사졸릴 및 벤조티아졸릴을 포함한다.
Q에서 사용된 "아릴 및 헤트아릴"의 정의는 상기 기재된 바와 같다. 이들은 바람직하게는, 아래 기술된 바와 같이 R8H를 방출하기 위해 [NH,O,S]와 함께 화학적으로 희생되는 하기 모이어티와 같은 페닐 또는 이미다조일이다.
Figure pct00053
일부 구현예에서, 용어 "헤테로사이클릴"은 안정한 비방향족 4 내지 8원 모노사이클릭 헤테로사이클릭 라디칼 또는 안정한 비방향족 6 내지 11원 융합된 바이사이클릭, 브릿지된 바이사이클릭 또는 스피로사이클릭 헤테로사이클릭 라디칼을 의미한다. 5 내지 11원 헤테로사이클은 탄소 원자, 및 질소, 산소 및 황으로부터 선택된 하나 이상, 바람직하게는 1 내지 4개의 헤테로원자로 구성된다. 헤테로사이클은 포화 또는 부분 불포화일 수 있다. 비방향족 4 내지 8원 모노사이클릭 헤테로사이클릭 라디칼의 비제한적인 예는 테트라하이드로푸라닐, 아제티디닐, 피롤리디닐, 피라닐, 테트라하이드로피라닐, 디옥사닐, 티오모르폴리닐, 1,1-디옥소-1λ6-티오모르폴리닐, 모르폴리닐, 피페리디닐, 피페라지닐 및 아제피닐을 포함한다. 비방향족 6 내지 11원의 융합된 바이사이클릭 라디칼의 비제한적인 예는 옥타하이드로 인돌릴, 옥타하이드로벤조푸라닐 및 옥타하이드로벤조티오페닐을 포함한다. 비방향족 6 내지 11원의 가교된 바이사이클릭 라디칼의 비제한적인 예는 2-아자바이사이클로[2.2.1]헵타닐, 3-아자바이사이클로[3.1.0]헥사닐, 및 3-아자바이사이클로[3.2.1]옥타닐을 포함한다. 비방향족 6 내지 11원 스피로사이클릭 헤테로사이클릭 라디칼의 비제한적인 예는 7-아자-스피로[3,3]헵타닐, 7-스피로[3,4]옥타닐, 및 7-아자-스피로[3,4]옥타닐을 포함한다. 용어 "헤테로사이클릴"은 모든 가능한 이성체 형태를 포함하는 것으로 의도된다.
본 명세서에서 사용된 용어 "할로겐" 및 상응하는 용어 "할로"는 브롬, 염소, 불소 또는 요오드, 또는 상응하는 브로모, 클로로, 플루오로 또는 요오도를 의미하는 것으로 이해될 것이다. 정의 "할로겐화된", "부분적으로 또는 완전히 할로겐화된"; 부분적으로 완전히 불화된; "하나 이상의 할로겐 원자로 치환된"은, 예를 들어, 하나 이상의 탄소 원자 상의 모노, 디 또는 트리 할로 유도체를 포함한다. 알킬의 경우, 비제한적인 예는 -CH2CHF2, -CF3 등일 것이다.
본원에 기재된 각각의 알킬, 사이클로알킬, 헤테로사이클, 아릴 또는 헤테로 아릴 또는 이의 유사체는 임의로 부분적으로 또는 완전히 할로겐화된 것으로 이해될 것이다.
본원에 사용된 "질소" 또는 "N" 및 "황" 또는 "S"는 임의의 산화된 형태의 질소 및 황, 및 4급화된 형태의 임의의 염기성 질소를 포함한다. 예를 들어, -S-C1-6 알킬 라디칼의 경우, 달리 명시되지 않는 한, 이는 -S(O)-C1-6 알킬 및 -S(O)2-C1-6 알킬을 포함하는 것으로 이해될 것이고, 마찬가지로, Ra가 페닐인 경우 -S-Ra가 페닐-S(O)m-으로 표시될 수 있고, 여기서, m은 0, 1 또는 2이다.
구체적으로 지시되지 않는 한, 명세서 및 첨부된 청구범위 전체에 걸쳐, 주어진 화학식 또는 명칭은 호변이성체 및 모든 입체, 광학 및 기하 이성체 (예를 들어, 에난티오머, 부분입체이성체, E/Z 이성체 등) 및 이의 라세미체 뿐만 아니라 상이한 비율의 개별 에난티오머의 혼합물, 부분입체이성체의 혼합물 또는 그러한 이성체 및 에난티오머가 존재하는 임의의 상기 형태의 혼합물뿐만 아니라 이의 약제학적으로 허용되는 염을 포함하는 염 및 이의 용매화물, 예컨대 유리 화합물의 용매화물 또는 상기 화합물의 염의 용매화물을 포함하는 수화물을 포함한다. 펩타이드 R7에서, 아미노산은 모두 L 배열, 모두 D 배열, 또는 D와 L 배열의 혼합물일 수 있다.
본 발명의 화합물은 또한 이들의 동위원소로-표지된 형태를 포함한다. 본 발명의 화합물의 동위원소로-표지된 형태는 상기 화합물의 하나 이상의 원자가 일반적으로 자연에서 발견되는 상기 원자의 원자 질량 또는 질량 수와 상이한 원자 질량 또는 질량 수를 갖는 원자 또는 원자들로 대체되었다는 사실을 제외하고는, 상기 활성제와 동일하다. 상업적으로 쉽게 입수할 수 있고 잘 확립된 절차에 따라 본 발명의 화합물에 혼입될 수 있는 동위원소의 예는 수소, 탄소, 질소, 산소, 인, 불소 및 염소의 동위원소들, 예를 들어, 2H (중수소 또는 "D"), 3H, 13C, 14C, 15N, 18O, 17O, 31P, 32P, 35S, 18F, 및 36Cl이 각각 포함된다. 상기 언급된 동위원소 및/또는 다른 원자의 다른 동위원소를 하나 이상을 함유하는 본 발명의 화합물, 이의 프로드럭 또는 약제학적으로 허용되는 염은 본 발명의 범위 내에 있는 것으로 고려된다.
본 발명은 화학식 I의 화합물의 약제학적으로 허용되는 유도체를 포함한다. 용어 "약제학적으로 허용되는 유도체"는 환자에게 투여시 (직접적으로 또는 간접적으로) 본 발명에 유용한 화합물 또는 이의 약리학적 활성 대사산물 또는 약리학적 활성 잔기를 제공할 수 있는 임의의 약제학적으로 허용되는 염 또는 에스테르 또는 임의의 다른 화합물을 지칭한다. 약리학적 활성 대사산물은 효소적으로 또는 화학적으로 대사될 수 있는 본 발명의 임의의 화합물을 의미하는 것으로 이해될 것이다. 이는, 예를 들어, 화학식 I의 하이드록실화된 또는 산화된 유도체 화합물을 포함한다.
본원에 사용된 "약제학적으로 허용되는 염"은 모 화합물이 이의 산 또는 염기 염을 제조함으로써 변형된 개시된 화합물의 유도체를 지칭한다. 약제학적으로 허용되는 염의 예는 아민과 같은 염기성 잔기의 무기 또는 유기산 염; 카복실산과 같은 산성 잔기의 알칼리 또는 유기 염 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 예를 들어, 그러한 염은 아세테이트, 아스코르베이트, 벤젠설포네이트, 벤조에이트, 베실레이트, 바이카보네이트, 바이타르트레이트, 브로마이드/하이드로브로마이드, 에데테이트, 캄실레이트, 카보네이트, 클로라이드/하이드로클로라이드, 시트레이트, 에디실레이트, 에탄 디설포네이트, 에스톨레이트 에실레이트, 푸마레이트, 글루셉테이트, 글루코네이트, 글루타메이트, 글리코실레이트, 글리콜릴아르스닐레이트, 헥실레조르시네이트, 하이드라바민, 하이드록시말레에이트, 하이드록시나프토에이트, 요오다이드, 이소티오네이트, 락테이트, 락토비오네이트, 말레이트, 말레에이트, 만델레이트, 메탄설포네이트, 메틸브로마이드, 메틸니트레이트, 메틸설페이트, 무케이트, 납실레이트, 니트레이트, 옥살레이트, 파모에이트, 판토테네이트, 페닐아세테이트, 포스페이트/디포스페이트, 폴리갈락투로네이트, 프로피오네이트, 살리실레이트, 스테아레이트, 서브아세테이트, 석시네이트, 설파미드, 설페이트, 탄네이트, 타르트레이트, 테오클레이트, 톨루엔설포네이트, 트리에티오다이드, 암모늄, 벤자틴, 클로로프로카인, 콜린, 디에탄올아민, 에틸렌디아민, 메글루민 및 프로카인을 포함한다. 추가의 약제학적으로 허용되는 염은 금속, 에컨대 알루미늄, 칼슘, 리튬, 마그네슘, 칼륨, 나트륨, 아연 등으로부터의 양이온으로 형성될 수 있다. (예를 들어, Pharmaceutical Salts, Birge, S.M. et al., J. Pharm. Sci., (1977), 66, 1-19 참조).
본 발명의 약제학적으로 허용되는 염은 통상적인 화학적 방법에 의해 염기성 또는 산성 모이어티를 함유하는 모 화합물로부터 합성될 수 있다. 일반적으로, 그러한 염은 유리 산 또는 염기 형태의 이들 화합물을 충분한 양의 적절한 염기 또는 산과 물 또는 유기 희석제, 예컨대 에테르, 에틸 아세테이트, 에탄올, 이소프로판올 또는 아세토니트릴 또는 이들의 혼합물에서 반응시킴으로써 제조될 수 있다.
예를 들어, 본 발명의 화합물을 정제 또는 단리하는데 유용한 상기 언급된 것 이외의 다른 산의 염 (예를 들어, 트리플루오로 아세테이트 염) 또한 본 발명의 일부를 포함한다.
또한, 본 발명의 범위 내에 화학식 I의 화합물의 프로드럭이 있다. 프로드럭은 간단한 화학적 변형시 본 발명의 화합물을 생성하도록 변형된 화합물을 포함한다. 간단한 화학적 변형은 가수분해, 산화 및 환원을 포함한다. 구체적으로, 프로드럭이 환자에게 투여될 경우, 프로드럭은 상기 개시된 화합물로 변형되어 원하는 약리학적 효과를 부여할 수 있다. 범위에 따라 또는 임의의 유사한 방식으로 청구될 수 있는, 그룹 내 임의의 하위 범위 또는 하위 범위의 조합을 포함하여 임의의 그러한 그룹의 임의의 개별 구성원을 제공하거나 배제할 권리를 보유함으로써, 본 개시내용의 전체 측정치 미만이 어떤 이유로든 청구될 수 있다. 또한, 이의 임의의 개별 치환기, 유사체, 화합물, 리간드, 구조 또는 그룹, 또는 청구된 그룹의 임의의 구성원을 제공하거나 배제할 권리를 보유함으로써, 본 개시내용의 전체 측정치 미만이 어떤 이유로든 청구될 수 있다.
용어 "a", "an" 및 "the"는 달리 명시되지 않는 한, 복수의 대안, 예를 들어, 적어도 하나를 포함하는 것으로 의도된다. 예를 들어, "치료제" 또는 "화합물"의 개시는 각각 하나의 치료제 또는 화합물, 또는 하나 초과의 치료제 또는 화합물의 혼합물 또는 조합을 포함하는 것을 의미한다.
조성물 및 방법이 다양한 성분 또는 단계를 "포함하는" 관점에서 설명되지만, 조성물 및 방법은 또한 다양한 성분 또는 단계로 "본질적으로 이루어질 수" 있거나 "이루어질 수" 있다. 예를 들어, 본원에 기재된 약제학적 조성물은 대안적으로, (i) 치료학적 유효량의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염, 및 (ii) 약제학적으로 허용되는 희석제, 부형제 또는 담체로 본질적으로 이루어질 수 있거나; 또는 대안적으로, 이들로 이루어질 수 있다.
합성
이의 염을 포함하여 본 발명의 화합물은 공지된 유기 합성 기술을 사용하여 제조될 수 있고, 이하의 반응식에서의 경로와 같은 임의의 수많은 가능한 합성 경로에 따라 합성될 수 있다.
본 발명의 화합물을 제조하기 위한 반응은 유기 합성 분야에서 당업자에 의해 용이하게 선택될 수 있는 적합한 용매에서 수행될 수 있다. 적합한 용매는 반응이 수행되는 온도, 예를 들어, 용매의 동결 온도로부터 용매의 비등 온도에 이를 수 있는 온도에서 출발 물질 (반응물), 중간체 또는 생성물과 실질적으로 비반응성 일 수 있다. 주어진 반응은 1종의 용매 또는 1종 초과의 용매의 혼합물에서 수행될 수 있다. 특정 반응 단계에 따라서, 특정 반응 단계에 적합한 용매는 당업자에 의해 선택될 수 있다.
본 발명의 화합물의 제조는 각종 화학기의 보호 및 탈보호를 포함할 수 있다. 보호 및 탈 보호의 필요성, 및 적절한 보호기의 선택은 당업자에 의해 용이하게 결정될 수 있다. 보호기의 화학은, 예를 들어, 문헌 [Kocienski, Protecting Groups, (Thieme, 2007); Robertson, Protecting Group Chemistry, (Oxford University Press, 2000); Smith et al., March's Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure, 6th Ed. (Wiley, 2007); Peturssion et al., "Protecting Groups in Carbohydrate Chemistry," J. Chem. Educ., 1997, 74(11), 1297; and Wuts et al., Protective Groups in Organic Synthesis, 4th Ed., (Wiley, 2006)]에 기재되어 있다.
반응은 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법에 따라 모니터링될 수 있다. 예를 들면, 생성물 형성은 분광학적 수단, 예컨대 핵자기 공명 분광법 (예를 들면, 1H 또는 13C), 적외선 분광법, 분광광도법 (예를 들면, UV-가시성), 질량 분석법에 의해, 또는 크로마토그래피 방법, 예컨대 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 또는 박층 크로마토그래피(TLC)에 의해 모니터링될 수 있다.
이하의 반응식은 본 발명의 화합물의 제조와 관련된 일반적인 지침을 제공한다. 당업자라면, 반응식에 나타낸 제조가 본 발명의 다양한 화합물을 제조하기 위하여 유기 화학의 일반적인 지식을 사용해서 변형되거나 최적화될 수 있음을 이해할 것이다.
화학식 I의 화합물은, 예를 들어, 하기 반응식에 도시된 과정을 사용하여 제조될 수 있다.
반응식 1에 나타낸 바와 같이, 직교 (orthogonal) 이탈기가 측면에 있는 중간체 II는 친핵성 R8H 화합물과 반응하여 중간체 III을 제공할 수 있다. 이어서, 중간체 III을 디설파이드 교환 반응에 참여하는 티올 함유 펩타이드 (HS-R7)와 반응시켜 최종 화합물을 제공한다. 적합한 이탈기는 아래에 기재되어 있다.
반응식 1: 카보네이트 및 카바메이트 연결된 화합물의 합성
Figure pct00054
아민 연결된 화합물의 합성은 반응식 2에 나타낸다. 친핵성 R8H 화합물을 브로모아세트산 유도체와 반응시켜 중간체 IV를 제공한다. 이 에스테르 함유 중간체는 염기성 조건하에 가수분해되어 중간체 산 V를 제공한다. 생성된 산은 아실 아지드 중간체로 변형시킨 다음, 커티우스 재배열 조건 (Curtius rearrangement condition)에 적용시킨다. 상응하는 일시적인 이소시아네이트는 하이드록시 함유 중간체 I로 포획되어 중간체 VII를 제공한다. 이어서, 중간체 VII를 디설파이드 교환 반응에 참여하는 티올 함유 펩타이드 (HS-R7)와 반응시켜 최종 화합물을 제공한다.
반응식 2: 아민 연결된 화합물의 합성
Figure pct00055
아민 연결된 컨쥬게이트의 대안적인 합성은 반응식 3에 나타낸다. 보호기 (PG)를 포함할 수 있는 친핵성 R8-H를 사전-설치된 연결된 이탈기 2를 갖는 AcO-헤미-아민 카바메이트 VIII과 반응시켜 중간체 IX를 제공한다. 이 화합물을 보호기를 제거하기 위한 조건으로 처리하고, 생성된 화합물 VII를 R7-SH와 반응시켜 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 3: 아민 연결된 컨쥬게이트의 합성 2
Figure pct00056
아민 연결된 컨쥬게이트의 추가의 대안적인 합성은 반응식 4에 나타낸다. 사전-설치된 연결된 이탈기 2를 갖는 1차 카바메이트 X를 카보닐 화합물 및 p-톨루엔 설피네이트 나트륨 염과 반응시켜 설포닐 카바메이트 XI를 제공한다. 이것은 보호기 (PG)를 갖는 친핵성 R8-H로 추가로 처리하여 IX를 제공한다. 이 화합물을 전술한 바와 같이 처리하여 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 4: 아민 연결된 컨쥬게이트의 합성 3
Figure pct00057
티오프로피오네이트 연결된 컨쥬게이트의 예시적인 합성은 반응식 5에 나타낸다. 사전 설치된 이탈기 1 및 2를 갖는 프로피오네이트 디설파이드 XII를 친핵성 R8-H와 선택적으로 반응시켜 XII를 제공한다. 이 화합물을 R7-SH와 추가로 반응시켜 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 5: 티오프로피오네이트 연결된 컨쥬게이트의 합성 1
Figure pct00058
티오프로피오네이트 연결된 컨쥬게이트의 대안적인 합성은 반응식 6에 나타낸다. 티오노에스테르 XIV를 친핵성 R8-H와 반응시켜 프로피오네이트 티올 XV를 제공한다. 이 화합물은 디설파이드 교환 반응에 관여하여 XIII을 제공한다. 이 화합물을 R7-SH로 처리하여 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 6: 티오프로피오네이트 연결된 컨쥬게이트의 합성 2
Figure pct00059
파라 벤조산-연결된 컨쥬게이트의 합성은 반응식 7에 도시되어 있다. 파라 아미노 벤조산 알코올 XVI는 산소에서 선택적으로 보호되어 XVII를 제공한다. 이어서, 이것은 아닐린 위치에서 II와 반응하여 아릴 카바메이트 XVIII을 제공한다. 보호기를 제거하여 유리 OH XIX를 제공하고 이를 활성화제로 처리하여 직교 이탈기를 함유하는 XX를 제공한다. XX를 R8-H와 반응시켜 XXI를 제공하고, 이어서 R7-SH와 반응시켜 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 7: 파라 벤조산-연결된 컨쥬게이트의 합성 1
Figure pct00060
파라 벤조산-연결된 컨쥬게이트의 대안적인 합성은 반응식 8에 나타낸다. 4-머캅토 벤조산 알코올 XXII를 디설파이드 교환 반응에서 반응시켜 이탈기 2를 함유하는 4-머캅토 벤조산 알코올 디설파이드 XXI를 제공한다. 나머지 벤질 알코올을 처리하여 활성화된 화합물 XXIV를 제공한다. 이를 친핵성 R8-H와 선택적으로 추가로 반응시키고 생성된 XXV를 R7-SH와 반응시켜 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 8: 파라 벤조산-연결된 컨쥬게이트의 합성 2
Figure pct00061
오르토 벤조산-연결된 컨쥬게이트의 합성은 반응식 9에 나타낸다. 2-머캅토 벤조산 알코올 XXVIII을 반응식 8에 대해 전술한 바와 같이 반응시켜 원하는 컨쥬게이트를 제공한다.
반응식 9: 오르토 벤조산-연결된 컨쥬게이트의 합성
Figure pct00062
아미노산 벤조산 카바메이트-연결된 컨쥬게이트의 합성은 반응식 10에 나타낸다. 파라 아미노 벤조산/헤테로벤조산 알코올 XVI을 N-보호된 아미노산 또는 펩타이드 XXX에 선택적으로 커플링시켜 XXXI를 제공할 수 있다. 보호기를 제거하여 XXXII를 제공한 다음, II와 반응시켜 이탈기 2가 설치된 카바메이트 XXXIII을 제공할 수 있다. 알코올을 선택적으로 반응시켜 이탈기 1을 갖는 카보네이트 XXXIV를 제공할 수 있다. 이후 이탈기 1을 R8-H로 대체하여 XXXV를 제공하고, 이를 R7-SH와 반응시켜 원하는 아미노산 벤조산 카바메이트-연결된 컨쥬게이트를 제공할 수 있다.
반응식 10: 아미노산 벤조산 카바메이트-연결된 컨쥬게이트의 합성
Figure pct00063
아미노산-연결된 컨쥬게이트의 합성은 반응식 11에 나타낸다. N-보호된 아미노산 또는 펩타이드 XXX를 R8-H에 커플링시켜 XXXVI를 제공할 수 있다. 보호기를 제거하여 XXXVII를 제공할 수 있고, 이는 이후 II와 반응시켜 이탈기 1을 대체하여 XXXVIII을 제공할 수 있다. 이어서, 이 중간체를 R7-SH로 처리하여 컨쥬게이트를 제공할 수 있다.
반응식 11: 아노산-연결된 컨쥬게이트의 합성
Figure pct00064
벤조산 알코올-연결된, 글루쿠로나이드 컨쥬게이트의 합성은 반응식 12에 나타낸다. 2-니트로 페놀 XXXIX를 보호된 글루쿠로나이드 XL과 커플링시켜 XLI를 제공할 수 있다. 이 중간체를 카보닐에서 선택적으로 환원시켜 알코올 XLII를 제공할 수 있고, 이어서 니트로기를 환원시켜 아닐린 XLIII을 제공할 수 있다. 이 중간체를 프로피온산 유도체 XLIV와 추가로 커플링시켜 이탈기 2를 함유하는 아미드 XLV를 제공할 수 있다. 이어서, XLV를 알코올에서 반응시켜 이탈기 2를 설치하여 XLVI를 제공할 수 있다. 이탈기 1을 R8-H로 선택적으로 대체하여 XLVII를 제공할 수 있다. 글루쿠로나이드 상의 보호기는 제거될 수 있고 XLVIII은 R7-SH와 반응하여 컨쥬게이트를 제공할 수 있다.
반응식 12: 벤조산 알코올-연결된, 글루코로나이드 컨쥬게이트의 합성
Figure pct00065
Figure pct00066
R8H를 방출하기 위한 최종 화합물의 절단은 37℃에서 항온처리하면서 완충액에서 과량의 글루타티온 (GSH)으로 화합물을 처리함으로써 달성될 수 있다. 절단 과정을 따르기 위해 원하는 시간 경과에서 역상 HPLC 분석을 사용한다.
반응식 13: 펩타이드 컨쥬게이트의 절단
Figure pct00067
펩타이드 R7은, 비록 다른 공지된 방법이 사용될 수도 있지만 Merrifield에 의해 문헌 [JACS, Vol. 85, pgs. 2149-2154 (1963)]에 먼저 기재된 고상 합성 방법을 사용하여 제조될 수 있다. Merrifield 기술은 잘 이해되고 펩타이드 제조를 위한 일반적인 방법이다. 고상 펩타이드 합성에 유용한 기술은 여러 책, 예컨대 문헌 ("Principles of Peptide Synthesis" by Bodanszky, Springer Verlag 1984)에 기재되어 있다. 이 합성 방법은 고체 수지 입자에 공유 결합에 의해 결합된 성장하는 펩타이드 사슬에 보호된 아미노산의 단계적 첨가를 포함한다. 이 절차에 의해, 시약 및 부산물은 여과에 의해 제거되므로, 중간체를 정제할 필요가 없다. 이 방법의 일반적인 개념은 공유 결합에 의해 사슬의 첫 번째 아미노산을 고체 중합체에 부착에 이어, 원하는 서열이 조립될 때까지 후속되는 보호된 아미노산을 단계적 방식으로 한번에 하나씩 첨가하는 것에 달려 있다. 마지막으로, 보호된 펩타이드는 고체 수지 지지체로부터 제거되고, 보호기는 절단 제거된다.
아미노산은 임의의 적합한 중합체에 부착될 수 있다. 중합체는 사용된 용매에 불용성이어야 하고, 여과가 용이하도록 안정된 물리적 형태를 가져야 하고, 제 1 보호된 아미노산이 공유 결합에 의해 견고하게 연결될 수 있는 작용기를 함유해야 한다. 셀룰로오스, 폴리비닐 알코올, 폴리메틸메타크릴레이트 및 폴리스티렌과 같은 다양한 중합체가 이 목적에 적합하다.
사용 방법
본 발명의 또 다른 측면은 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환, 예컨대 암, 뇌졸중, 심근 경색증 또는 장기 신경퇴행성 질환의 치료에서 화학식 I의 화합물의 용도이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 PARP-민감성이다. 일부 구현예에서, 암은 ATM의 비정상적 발현 또는 활성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 암은 ATM의 비정상적 발현 또는 활성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 암은 DNA-PK의 비정상적 발현 또는 활성과 관련이 있다. 일부 구현예에서, 암은 BRCA-돌연변이 유방암이다. 일부 구현예에서, 암은 생식선 BRCA-돌연변이 난소암이다.
3. 이들 치료 방법에서, 치료학적-유효량의 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염은 단일 제제로서 또는 암의 경우 이온화 방사선 또는 세포독성제와 같은 요법의 다른 형태와 조합하여 투여될 수 있다. 병용 요법에서, 화학식 I의 화합물은 당업자에 의해 이해될 수 있듯이, 다른 치료 양식 전, 이와 동시에 또는 이후에 투여될 수 있다. 치료 방법 (단일 제제 또는 다른 형태의 요법과의 조합) 중 어느 하나는 일정 기간에 걸쳐 다중 용량 또는 치료를 수반하는 치료 과정으로서 투여될 수 있다. 또한, 본원에는 치료학적 유효량의 본 발명의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염을 이온화 방사선 또는 세포독성제와 조합하여 인간 또는 다른 포유동물에 투여하는 단계를 포함하여, 이온화 방사선 또는 세포독성제의 투여와 관련된 골수 독성을 감소시키는 방법이 제공된다. 골수 독성의 감소는 이온화 방사선 또는 세포독성제가 동일한 R8을 갖는 본 발명의 화합물 대신에 R8H와 함께 투여될 때 관찰되는 골수 독성에 대한 것일 수 있다 (예를 들어, R8H 화합물은 본 발명의 R8-Q-R7 화합물의 양성자화된 R8 모이어티에 해당한다). 일부 구현예에서, 독성은 골수 조직에서의 파릴화에 의해 측정될 수 있다. 일부 구현예에서, 독성은 총 핵형성 골수 세포에 따라 측정될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포독성제는 본원에 열거된 것 중 임의의 것일 수 있다. 일부 구현예에서, 세포독성제는 테모졸로마이드 (TMZ)이다.
본 발명의 화합물을 사용하여 치료 가능한 암의 예는 골암, 췌장암, 피부암, 두경부암, 피부 또는 안내 악성 흑색종, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문암, 위암, 고환암, 자궁암, 난관 암종, 자궁내막 암종, 자궁내막 암, 자궁경부 암종, 질 암종, 외음부 암종, 호지킨병, 비호지킨 림프종, 식도암, 소장암, 내분비계 암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연조직의 육종, 요도암, 음경암, 급성 골수성 백혈병을 포함한 만성 또는 급성 백혈병, 만성 급수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병, 만성 림프모구성 백혈병, 아동기의 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장 또는 요도암, 신우 암종, 중추 신경계 (CNS)의 신생물, 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관신생, 척추축 종양, 뇌간 신경교종, 뇌하수체 선종, 카포시 육종, 표피암, 편평 세포암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것을 포함하여 환경적으로 유도된 암, 및 상기 암의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
일부 구현예에서, 본 발명의 화합물로 치료 가능한 암은 흑색종 (예를 들어, 전이성 악성 흑색종), 신장암 (예를 들어, 투명 세포 암종), 전립선암 (예를 들어, 호르몬 난치성 전립선 선암종), 유방암, 삼중 음석 유방암, 대장암 및 폐암(예를 들어, 비소세포 폐암 및 소세포 폐암)을 포함한다. 또한, 본 발명은, 본 발명의 화합물을 사용해서 그 성장이 억제될 수 있는 난치성 또는 재발성 악성종양을 포함한다.
일부 구현예에서, 본 발명의 화합물을 사용하여 치료 가능한 암은 고형 종양 (예를 들어, 전립선암, 대장암, 식도암, 자궁내막암, 난소암, 자궁암, 신장암, 간암, 췌장암, 위암, 유방암, 폐암, 두경부암, 갑상선암, 교모세포종, 육종, 방광암 등), 혈액암 (예를 들어, 림프종, 백혈병, 예컨대 급성 림프모구성 백혈병 (ALL), 급성 골수성 백혈병 (AML), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 만성 골수성 백혈병 (CML), DLBCL, 맨틀 세포 림프종, 비호지킨 림프종 (재발성 또는 불응성 NHL 및 재발성 모낭 포함), 호지킨 림프종 또는 다발성 골수종) 및 상기 암의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
특정 구현예에서, 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염은 화학요법제, 표적화된 암 요법, 면역요법 또는 방사선 요법과 조합하여 사용될 수 있다. 상기 제제는 단일 투여 형태로 본 발명의 화합물과 조합될 수 있거나, 상기 제제는 별도의 투여 형태로서 동시에 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 화학요법제, 표적화된 암 요법, 면역요법 또는 방사선 요법은 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염과 함께 투여될 때, 본원에 기재된 PARP, ATR, DNK-PK 또는 ATM의 억제제와 같은 상응하는 유리 DNA 복구 억제 화합물 (예를 들어, R8-H)과 조합하여 투여될 때와 비교하여, 감소된 골수 독성을 나타내는 것과 같이 환자에게 덜 독성이다
적합한 화학요법제 또는 다른 항암제는, 예를 들어, 알킬화제 (제한 없이, 질소 머스타드, 에틸렌이민 유도체, 알킬 설포네이트, 니트로소우레아 및 트리아젠 포함), 예컨대 우라실 머스타드, 클로르메틴, 사이클로포스파미드 (CytoxanTM), 이포스파미드, 멜팔란, 클로람부실, 피포브로만, 트리에틸렌-멜라민, 트리에틸렌티오포스포르아민, 부설판, 카르무스틴, 로무스틴, 스트렙토조신, 다카르바진, 및 테모졸로마이드를 포함한다.
본 발명의 화합물과 조합하여 사용하기에 적합한 다른 제제는 다음을 포함한다: 임의로, 다른 화학요법 약물, 예컨대 카르무스틴(BCNU) 및 시스플라틴과 함께 다카르바진 (DTIC); DTIC, BCNU, 시스플라틴 및 타목시펜으로 이루어진 "다트머스 용법 (Dartmouth regimen); 시스플라틴, 빈블라스틴 및 DTIC의 조합; 또는 테모졸로마이드. 본 발명에 따른 화합물은 또한 사이토카인, 예컨대 인터페론 알파, 인터류킨 2, 및 종양 괴사 인자 (TNF)를 포함하는 면역요법 약물과 조합될 수 있다.
적합한 화학요법제 또는 다른 항암제는, 예를 들어, 항대사물질 (제한 없이, 엽산 길항제, 피리미딘 유사체, 퓨린 유사체 및 아데노신 데아미나제 억제제 포함), 예컨대 메토트렉세이트, 5-플루오로우라실, 플록스우리딘, 시타라빈, 6-머캅토퓨린, 6-티오구아닌, 플루다라빈 포스페이트, 펜토스타틴 및 젬시타빈을 포함한다.
적합한 화학요법제 또는 다른 항암제는, 예를 들어, 특정 천연 생성물 및 이들의 유도체 (예를 들어, 빈카 알칼로이드, 항종양 항생제, 효소, 림포카인 및 에피도필로독신), 예컨대 빈블라스틴, 빈크리스틴, 빈데신, 블레오마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 독소루비신, 에피루비신, 이다루비신, 아라-C, 파클리탁셀 (TAXOLTM), 미트라마이신, 데옥시코포르마이신, 미토마이신-C, L-아스파라기나제, 인터페론 (특히 IFN-a), 에토포시드 및 테니포시드를 추가로 포함한다.
본 발명의 화합물과 조합하여 투여될 수 있는 다른 세포독성제는, 예를 들어, 나벨벤, CPT-11, 아나스트라졸, 레트라졸, 카페시타빈, 렐록사핀, 사이클로포스파미드, 이포사미드 및 드롤록사핀을 포함한다.
또한 세포독성제, 예컨대 에피도필로톡신; 항신생물 효소; 토포이소머라제 억제제; 프로카바진; 미톡산트론; 백금 배위 착물, 예컨대 시스-플라틴 및 카보플라틴; 생물학적 반응 조절제; 성장 억제제; 항호르몬 치료제; 류코보린; 테가푸르; 및 조혈 성장 인자가 적합하다.
다른 항암제(들)는 항체 치료제, 예컨대 트라스투주맙 (헤르셉틴 (Herceptin)), 공동자극 분자, 예컨대 CTLA-4, 4-1BB 및 PD-1에 대한 항체, 또는 사이토카인 (IL-10, TGF-α 등)에 대한 항체를 포함한다.
다른 항암제는 또한 CCR2 및 CCR4를 포함하는 케모카인 수용체에 대한 길항제와 같은 면역 세포 이동을 차단하는 것들을 포함한다.
다른 항암제는 또한 애주번트 또는 양자 (adoptive) T 세포 전달과 같은 면역계를 증강시키는 것을 포함한다.
본 발명의 화합물과 조합하여 투여될 수 있는 항암 백신은, 예를 들어, 수지상 세포, 합성 펩타이드, DNA 백신 및 재조합 바이러스를 포함한다.
본 발명의 화합물과 조합하여 사용하기에 적합한 다른 제제는 화학요법 조합제, 예컨대 폐암 및 다른 고형 종양에 사용되는 백금-기반 이중 약물 (시스플라틴 또는 카보플라틴 + 젬시타빈; 시스플라틴 또는 카보플라틴 + 도세탁셀; 시스플라틴 또는 카보플라틴 + 파클리탁셀; 시스플라틴 또는 카보플라틴 + 페메트렉시드) 또는 젬시타빈 + 파클리탁셀 결합 입자 (Abraxane®)를 포함한다.
본 발명의 화합물은 유방암 및 다른 종양의 치료를 위한 항호르몬제와 조합하여 효과적일 수 있다. 적합한 예는 타목시펜 및 토레미펜을 포함하지만 이에 제한되지 않는 항에스트로겐제, 레트로졸, 아나스트로졸 및 엑세메스탄, 아드레노코르티코스테로이드 (예를 들어, 프레드니손), 프로게스틴 (예를 들어, 메가스트롤 아세테이트) 및 에스트로겐 수용체 길항제 (예를 들어, 풀베스트란트)를 포함하지만 이에 제한되지 않는 아로마타제 억제제이다. 전립선 암 및 다른 암의 치료에 사용되는 적합한 항호르몬제는 또한 본 발명의 화합물과 조합될 수 있다. 이에는 플루타미드, 바이칼루타미드 및 닐루타미드를 포함하지만 이에 제한되지 않는 항안드로겐, 류프롤리드, 고세렐린, 트립토렐린 및 히스트렐린을 포함하는 황체형성호르몬-방출 호르몬 (LHRH) 유사체, LHRH 길항제 (예를 들어, 데가렐릭스) 및 안드로겐 수용체 차단제 (예를 들어, 엔잘루타미드) 및 안드로겐 생성을 억제하는 제제 (예를 들어, 아비라테론)를 포함한다.
본 발명의 화합물은 특히 표적 요법에 대한 1차 또는 후천성 내성이 발달한 환자의 경우 막 수용체 키나제에 대한 다른 제제와 조합되거나 순서대로 투여될 수 있다. 이들 치료제는 EGFR, Her2, VEGFR, c-Met, Ret, IGFR1 또는 Flt-3에 대한 억제제 또는 항체 및 Bcr-Abl 및 EML4-Alk와 같은 암-관련 융합 단백질 키나제에 대한 억제제 또는 항체를 포함한다. EGFR에 대한 억제제는 게피티닙 및 에를로티닙을 포함하고, EGFR/Her2에 대한 억제제는 다코미티닙, 아파티닙, 라피티닙 및 네라티닙을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. EGFR에 대한 항체는 세툭시맙, 파니투무맙 및 넥시투무맙을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. c-Met 억제제는 본 발명의 화합물과 조합하여 사용될 수 있다. 이들은 오나르투주맙, 티반트닙 및 INC-280을 포함한다. Abl (또는 Bcr-Abl)에 대한 제제는 이마티닙, 다사티닙, 닐로티닙 및 포나티닙을 포함하고, Alk (또는 EML4-ALK)에 대한 제제는 크리조티닙을 포함한다.
혈관신생 억제제는 본 발명의 화합물과 조합하여 일부 종양에서 효과적일 수 있다. 이에는 VEGF 또는 VEGFR에 대한 항체 또는 VEGFR의 키나제 억제제를 포함한다. VEGF에 대한 항체 또는 다른 치료학적 단백질은 베바시주맙 및 아플리버셉트를 포함한다. VEGFR 키나제 억제제 및 다른 항혈관신생 억제제는 수니티닙, 소라 페닙, 악시티닙, 세디라닙, 파조파닙, 레고라페닙, 브리바닙 및 반데타닙을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
세포내 신호전달 경로의 활성화는 암에서 빈번하고, 이들 경로의 구성요소를 표적으로 하는 제제는 효능을 강화하고 저항을 감소시키기 위해 수용체 표적화제와 조합되어 왔다. 본 발명의 화합물과 조합될 수 있는 제제의 예는 PI3K-AKT-mTOR 경로 억제제, Raf-MAPK 경로 억제제, JAK-STAT 경로 억제제 및 단백질 샤페론 및 세포 주기 진행 억제제를 포함한다.
PI3 키나제에 대한 제제는 토필아랄리시브, 이델랄리시브, 부파릴리시브를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. mTOR 억제제, 예컨대 라파마이신, 시롤리무스, 템시롤리무스 및 에베롤리무스는 본 발명의 화합물과 조합될 수 있다. 다른 적합한 예는 베무라페닙 및 다브라페닙 (Raf 억제제) 및 트라메티닙, 셀루메티닙 및 GDC-0973 (MEK 억제제)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 하나 이상의 JAK (예를 들어, 룩솔리티닙, 바리시티닙, 토파시티닙), Hsp90 (예를 들어, 타네 스피마이신), 사이클린 의존성 키나제 (예를 들어, 팔보시클립), HDAC (예를 들어, 파노비노스타트), PARP (예를 들어, 올라파립) 및 프로테아좀 (예를 들어, 보르테조밉, 카르필조밉) 억제제 또한 본 발명의 화합물과 조합될 수 있다.
대부분의 이들 화학치료제의 안전하고 효과적인 투여를 위한 방법은 당업자에게 공지되어 있다. 또한, 이들의 투여는 표준 문헌에 기재되어 있다. 예를 들어, 다수의 화학치료제의 투여는 문헌 ["Physicians' Desk Reference" (PDR, 예를 들어, 1996 edition, Medical Economics Company, Montvale, NJ)]에 기재되어 있고, 그 개시내용은 그 전문이 제시하는 바와 같이 본원에 참조로 포함된다.
"치료학적 유효량"의 화합물 (치료제, 활성 성분, 약물 등)이라는 문구는 치료될 장애 또는 병태에 대한 임상적으로 허용되는 표준에 따라, 증상을 완화시키거나 병태를 개선시키거나 질환 상태의 발병을 늦추는 요법 또는 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여될 화합물의 양을 지칭한다. 예를 들어, 치료학적 유효량은 시험관내 분석, 생체내 동물 분석 또는 임상 시험에서 원하는 치료 효과를 갖는 것으로 입증되었던 양일 수 있다. 치료학적 유효량은 수많은 다른 요인들 중에서도 특정 투여 형태, 투여 방법, 치료 프로토콜, 치료될 특정 질환 또는 병태, 유익성/위험성 비율 등에 기초하여 달라질 수 있다.
상기 치료학적 유효량은 임상 시험, 동물 모델 또는 시험관내 세포 배양 분석으로부터 얻을 수 있다. 인간 사용에 적합한 유효량은 동물 모델 또는 시험관내 세포 배양 분석으로부터 결정된 유효량으로부터 계산될 수 있다는 것이 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, 문헌 [Reagan-Shaw et al., FASEB J. 2008: 22(3) 659-61]에 의해 보고된 바와 같이, "μg/ml" (시험관내 세포 배양 분석에 기초한 유효량) = "mg/kg 체중/일" (마우스에 대한 유효량). 또한, 인간에 대한 유효량은 마우스의 대사율이 인간의 대사율보다 6배 빠르다는 사실에 기초하여 마우스에 대한 유효량으로부터 계산될 수 있다.
단독요법으로서 화학식 I의 화합물을 사용한 치료의 예로서, R8H가 PARP 억제제인 치료학적 유효 투여량의 화학식 I의 화합물은, PARP 의존성 암을 앓고 있는 환자, 예컨대 BRCA-돌연변이 유방암, 생식선 BRCA-돌연변이 난소암 또는 난관암을 앓고 있는 여성, 원발성 복막암, 편평 세포 폐암 또는 비소세포 폐암을 앓고 있는 환자, 또는 뇌졸중, 심근 경색증 또는 장기 신경퇴행성 질환을 앓고 있는 환자에게 투여될 수 있다. 또 다른 예로서, R8H가 단백질 키나제 운동실조-모세혈관확장증 돌연변이 (ATM), ATM-Rad3-관련 단백질 키나제 (ATR), 또는 핵 세린/트레오닌 단백질 키나제 DNA-PK를 표적으로 하는 DNA 복구 억제제인 치료학적 유효 투여량의 화학식 I의 화합물은, 하나 이상의 상기 단백질의 억제가 치료학적으로 유용할 암을 앓고 있는 환자에게 투여될 수 있다.
세포독성제와 조합하여 화학식 I의 화합물을 사용한 치료의 예로서, 치료학적 유효량의 화학식 I의 화합물은 또한 치료학적 유효량의 이온화 방사선 또는 세포독성제를 포함하는 치료 용법의 일부로서 암을 앓고 있는 환자에게 투여될 수 있다. 이 치료 용법의 맥락에서, 용어 "치료학적으로 유효한"은 병용 요법에서 효과적인 것을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. 암-치료 분야의 숙련가는 최적의 치료 결과를 달성하기 위해 투여량을 조정하는 방법을 이해할 것이다.
유사하게, 비암성 질환 또는 병태 (예컨대 심혈관 질환)의 치료를 위한 본 발명의 화합물의 적절한 투여량은 의약 분야의 숙련가에 의해 용이하게 결정될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "치료하는"은 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환, 예컨대 암, 뇌졸중, 심근 경색증, 또는 장기 신경퇴행성 질환의 빈도를 감소시키거나, 이의 발병을 지연시키거나, 이의 증상의 진행을 감소시키는 화합물 또는 조성물을 투여받지 않은 대상체와 비교하여 대상체에서 상기 화합물 또는 조성물의 투여를 포함한다. 이것은 대상체의 병태를 개선하거나 안정화시키는 방식으로 증상, 임상 증후 또는 병태의 근본적인 병리를 반전, 감소 또는 억제하는 것을 포함할 수 있다 (예를 들어, 암에 대한 종양 성장의 퇴행, 또는 심근 경색증, 뇌졸중, 심혈관 질환 등에서 심근 허혈 재관류 손상의 감소 또는 개선). 용어 "억제하는" 또는 "감소하는"은 치료되지 않은 대조군 집단과 비교하여 집단에서 종양 성장을 억제하거나 감소시키는 (예를 들어, 종양의 크기를 감소시키는) 방법과 관련하여 암에 대해 사용된다.
본원에 언급된 모든 간행물 (특허 포함)은, 예를 들어, 간행물에 기재된 구성 및 방법론을 기술하고 개시하기 위한 목적으로 본원에 참조로 포함되고, 이는 본원에 기술된 개시내용과 관련하여 사용될 수 있다. 본 명세서 전반에 걸쳐 논의된 간행물은 본 출원의 출원일 이전에 이들의 공개만을 위해 제공된다.
여러 유형의 범위가 본원에 개시된다. 임의의 유형의 범위가 개시되거나 청구되는 경우, 범위의 종료점 및 이에 포함된 임의의 하위 범위 및 하위 범위의 조합을 포함하여 그러한 범위가 합리적으로 포함할 수 있는 각각의 가능한 수를 개별적으로 개시하거나 청구하기 위한 것이다. 예를 들어, 치료학적 유효량의 활성 성분의 범위가 개시되거나 청구되는 경우, 본원의 개시내용과 일치하여 그러한 범위가 포괄할 수 있는 모든 가능한 수를 개별적으로 개시하거나 청구하기 위한 것이다. 예를 들어, 치료학적 유효량의 화합물은 (대상체의 체중의) 약 1 mg/kg 내지 약 50 mg/kg의 범위일 수 있다는 개시내용에 의해, 치료학적 유효량이 약 1 mg/kg, 약 2 mg/kg, 약 3 mg/kg, 약 4 mg/kg, 약 5 mg/kg, 약 6 mg/kg, 약 7 mg/kg, 약 8 mg/kg, 약 9 mg/kg, 약 10 mg/kg, 약 11 mg/kg, 약 12 mg/kg, 약 13 mg/kg, 약 14 mg/kg, 약 15 mg/kg, 약 16 mg/kg, 약 17 mg/kg, 약 18 mg/kg, 약 19 mg/kg, 약 20 mg/kg, 약 21 mg/kg, 약 22 mg/kg, 약 23 mg/kg, 약 24 mg/kg, 약 25 mg/kg, 약 26 mg/kg, 약 27 mg/kg, 약 28 mg/kg, 약 29 mg/kg, 약 30 mg/kg, 약 31 mg/kg, 약 32 mg/kg, 약 33 mg/kg, 약 34 mg/kg, 약 35 mg/kg, 약 36 mg/kg, 약 37 mg/kg, 약 38 mg/kg, 약 39 mg/kg, 약 40 mg/kg, 약 41 mg/kg, 약 42 mg/kg, 약 43 mg/kg, 약 44 mg/kg, 약 45 mg/kg, 약 46 mg/kg, 약 47 mg/kg, 약 48 mg/kg, 약 49 mg/kg, 또는 약 50 mg/kg과 같을 수 있다는 것을 열거하기 위한 것이다. 또한, 치료학적 유효량은 약 1 mg/kg 내지 약 50 mg/kg 내에 포함된 임의의 하위 범위 내에 있을 수 있고 (예를 들어, 양은 약 2 mg/kg 내지 약 10 mg/kg의 범위 내에 있을 수 있다), 이는 또한 약 1 mg/kg 내지 약 50 mg/kg 범위의 임의의 조합을을 포함한다 (예를 들어, 양은 약 1 mg/kg 내지 약 5 mg/kg 또는 약 20 mg/kg 내지 약 35 mg/kg의 범위 내에 있을 수 있다). 마찬가지로, 본원에 개시된 모든 다른 범위는이 예와 유사한 방식으로 해석되어야 한다.
제형, 투여 형태 및 투여
본 발명의 약제학적 조성물을 제조하기 위해, 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염은 통상적인 약제학적 배합 기술에 따라 약제학적 담체와 친밀한 혼합물로 활성 성분으로서 배합되고, 담체는 투여에 바람직한 제제 형태에 따라 매우 다양한 형태, 예를 들어, 경구 또는 비경구를 취할 수 있다. 경구 투여 형태로 조성물을 제조할 때, 예를 들어, 현탁액, 엘릭시르 및 용액과 같은 경구 액체 제제의 경우, 예를 들어, 물, 글리콜, 오일, 알코올, 향미제, 보존제, 착색제 등; 또는, 예를 들어, 분말, 캡슐제 및 정제와 같은 경구 고형 제제의 경우 전분, 당, 희석제, 과립화제, 윤활제, 결합제, 붕해제 등과 같은 담체와 같은 임의의 통상적인 약제학적 매질이 사용될 수 있다. 이들의 투여 용이성 때문에, 정제 및 캡슐제는 가장 유리한 경구 투여 단위 형태를 나타내며, 이 경우 고체 약제학적 담체가 명백히 사용된다. 원한다면, 정제는 표준 기술에 의해 당 코팅되거나 장용 코팅될 수 있다. 비경구의 경우, 담체는 일반적으로 멸균수를 포함할 것이나, 예를 들어, 용해성을 돕기 위해 또는 보존 목적을 위해 다른 성분이 포함될 수 있다. 주사 가능한 현탁액이 또한 제조될 수 있고, 이 경우에 적절한 액체 담체, 현탁화제 등이 사용될 수 있다. 약제 및 의학 분야의 숙련가는 치료될 특정 질환 또는 병태에 대한 본 발명의 약제학적 조성물의 적합한 투여량을 용이하게 결정할 수 있을 것이다.
실시예
본원에 사용된 모든 약어, 기호 및 규칙은 현대 과학 문헌에 사용된 것들과 일치한다. 예를 들어, 문헌 [Janet S. Dodd, ed.,　The ACS Style Guide: A Manual for Authors and Editors,　2nd Ed., Washington, D.C.: American Chemical Society, 1997]을 참조한다. 하기 정의는 본원에 사용된 용어 및 약어를 기술한다:
ㆍ 염수: 물 중 포화 NaCl 용액
ㆍ DCM: 디클로로메탄
ㆍ TFA: 트리플루오로아세트산
ㆍ DIPEA: 디이소프로필에틸아민
ㆍ DMA: 디메틸아세트아미드
ㆍ DME: 디메톡시에탄
ㆍ DMF: 디메틸포름아미드
ㆍ DMSO: 메틸설폭사이드
ㆍ DTT: 디티오트레이톨
ㆍ MSD: 질량 분광 분석기
ㆍ ET2O: 에틸 에테르
ㆍ EtOAc: 에틸 아세테이트
ㆍ EtOH: 에틸 알코올
ㆍ HATU: O-(7-아자벤조트리아졸-1-일)-N,N,N',N'-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트
ㆍ HOBt: 1-하이드록시벤조트리아졸
ㆍ RP: 역상
ㆍ HPLC: 고성능 액체 크로마토그래피
ㆍ IPA: 이소프로판올
ㆍ LAH: 수소화알루미늄 리튬
ㆍ N-BuLi: n-부틸 리튬
ㆍ LC-MS: 액체 크로마토그래피-질량 분석법
ㆍ LDA: 리튬 디이소프로필아미드
ㆍ Me: 메틸
ㆍ MeOH: 메탄올
ㆍ MTBE: 메틸 t-부틸 에테르
ㆍ NMP: N-메틸피롤리돈
ㆍ Ph: 페닐
ㆍ PNPC: 파라-니트로페닐클로로포르메이트
ㆍ RT 또는 rt: 실온
ㆍ SFC: 초임계 유체 크로마토그래피
ㆍ TBAI: 테트라부틸암모늄 요오다이드
ㆍ TBME: tert-부틸메틸 에테르
ㆍ tBu: 3급 부틸
ㆍ THF: 테트라하이드로푸란
ㆍ TEA: 트리에틸아민
ㆍ TMEDA: 테트라메틸에틸렌디아민
ㆍ GSH: 글루타티온
ㆍ GS: 황에 결합된 글루타티온
ㆍ LiOH: 수산화리튬
ㆍ DPPA: 디페닐 포스포릴 아지드
ㆍ Sn(Bu)2(라우레이트)2: 디부틸틴 디라우레이트
ㆍ PBS: 포스페이트 완충 식염수
ㆍ ACN: 아세토니트릴
ㆍ AcOH: 아세트산
ㆍ EEDQ: N-에톡시카보닐-2-에톡시-1,2-디하이드로퀴놀린
ㆍ DMAP: 4-디메틸아미노피리딘
ㆍ EDC: 1-에틸-3-(3-디메틸아미노프로필)카보디이미드
HPLC 방법
모든 HPLC 방법은 역상 조건을 사용한다: TFA 개질제 (0.05%)를 갖는 H2O/아세토니트릴; 유량: 1 mL/분; 파장 = 217 nm. 컬럼 조건은 다음과 같다:
A: Sunfire C18 150×4.6 mm
B: Ace Equivalence 250×4.6 mm
C: Sunfire C18 150×30 mm
R 8 H 중간체
실시예 전체에 걸쳐 사용된 R8H 기를 구입하거나 표 2에 나타낸 바와 같이 합성하였다.
[표 2] R8H 중간체
Figure pct00068
Figure pct00069
Figure pct00070
Figure pct00071
Figure pct00072
Figure pct00073
링커
본원에 사용된 링커는 하기 표 3에 나타낸 바와 같이 구입 또는 합성되었다:
[표 3] 시판되는 링커
Figure pct00074
Figure pct00075
Figure pct00076
링커 L4: (2R)-2-설파닐프로판-1-올
Figure pct00077
단계 1: 메틸 (2R)-2-아세틸설파닐프로파노에이트
Figure pct00078
티오아세트산 (2.24 g, 29.4 mmol) 및 탄산세슘 (7.98 g, 24.5 mmol)을 40 mL의 건조 DMF에 용해시켰다. 메틸 (2S)-2-클로로프로파노에이트 (3.00 g, 24.5 mmol)를 첨가하기 전에 혼합물을 실온에서 30분 동안 교반하였다. 이어서, 혼합물을 추가의 3시간 동안 교반하였다. 디에틸 에테르 (150 mL) 및 물 (150 mL)을 첨가하고, 층을 분리하였다. 수성 층을 추가의 에테르로 세척하고, 합한 유기층을 Na2SO4 상에서 건조시켰다. 유기층을 농축시키고, 잔류물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-10% EtOAc/헥산)로 정제하여 3.50 g의 88% 메틸 (2R)-2-아세틸설파닐프로파노에이트를 제공하였다.
단계 2: (2R)-2-설파닐프로판-1-올
Figure pct00079
THF (30 mL) 중 메틸 (2R)-2-아세틸설파닐프로파노에이트 (3.50 g, 21.6 mmol)의 용액을 0℃에서 THF (60 mL) 중 LAH (4.10 g, 108 mmol)의 현탁액에 적가하였다. 첨가가 완료된 후, 혼합물을 실온에서 3시간 동안 교반하였다. 반응을 0℃로 냉각시킨 다음, 2N HCl (~ 75 mL)을 적가하여 켄칭시켰다. 첨가 완료 후, 혼합물을 실온에서 1시간 동안 교반하였다. 혼합물을 CH2Cl2 (5×100 mL)로 추출하고, Na2SO4로 건조시켰다. 조악한 (2R)-2-설파닐프로판-1-올 1.60 g, 81%를 추가 정제없이 수행하였다.
링커 XXII-2: (3-메틸-4-설파닐-페닐)메탄올
Figure pct00080
단계 1: 4-((3-((2-에틸헥실)옥시)-3-옥소프로필)티오)-3-메틸벤조에이트
Figure pct00081
1,4-디옥산 (2 mL) 중 메틸 4-브로모-3-메틸벤조에이트 (0.20 g, 0.88 mmol) 및 2-에틸헥실 3-머캅토프로파노에이트 (0.21 g, 0.96 mmol)의 교반된 용액에, DIPEA (0.32 mL, 1.80 mmol), 크산트포스 (0.005 g, 0.009 mmol)를 첨가하였다. 반응 혼합물을 아르곤으로 5분 동안 퍼징하였다. Pd(dba)3 (0.008 g, 0.009 mmol)을 첨가하고, 반응 혼합물을 100℃에서 6시간 동안 가열하였다. 반응 완료 후, 반응 혼합물을 물 (10 mL)로 켄칭시키고, 에틸 아세테이트 (20 mL)로 추출하였다. 유기층을 염화나트륨 용액 (20 mL)으로 세척하고, Na2SO4 상에서 건조시켜 조악한 생성물을 제공하였다. 조악한 생성물을 플래쉬 크로마토그래피 (SiO2, 0-5% 에틸 아세테이트/헥산)으로 정제하여 4-((3-((2-에틸헥실)옥시)-3-옥소프로필)티오)-3-메틸벤조에이트를 황색 액체로서 제공하였다 (0.2 g, 62% 수율). MS m/z 367.1 [M+H]+.
단계 2: 에틸 4-머캅토-3-메틸벤조에이트
Figure pct00082
THF (5 mL) 중 메틸 4-((3-((2-에틸헥실)옥시)-3-옥소프로필)티오)-3-메틸벤조에이트 (0.20 g, 0.54 mmol)의 교반된 용액을 0℃로 냉각시켰다. 나트륨 에톡사이드 (35 wt.%, 2 mL)를 첨가하고, 혼합물을 실온에서 4시간 동안 교반하였다. 반응 완료 후, 반응 혼합물을 2N HCl (10 mL)로 산성화하고, 농축시켰다. 생성된 잔류물을 에틸 아세테이트 (20 mL)로 추출하였다. 유기층을 물 (20 mL), 포화 염화나트륨 용액 (20 mL)으로 세척하고, Na2SO4 상에서 건조시켜 에틸 4-머캅토-3-메틸벤조에이트를 무색 액체로서 제공하였다 (80 mg, 80% 수율). MS m/z 197.1 [M+H]+.
단계 3: (3-메틸-4-설파닐-페닐)메탄올
Figure pct00083
0℃로 유지된 THF (20 mL) 중 에틸 4-머캅토-3-메틸벤조에이트 (0.60 g, 3.07 mmol)의 교반된 용액에 THF 중 LAM의 1 M 용액 (7.80 mL, 7.80 mmol)을 서서히 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 3시간 동안 교반하였다. 반응 완료 후, 반응 혼합물을 0℃로 냉각시키고, 물 (20 mL)로 켄칭시켰다. 켄칭 동안 온도를 20℃ 미만으로 유지하였다. 켄칭 완료 후, 2 N HCl를 사용하여 pH를 2 내지 3으로 조정하였다. 생성된 잔류물을 에틸 아세테이트 (20 mL)로 추출하고, 유기층을 염화나트륨 용액 (20 mL)으로 세척하였다. 유기 상을 Na2SO4 상에서 건조시켜 조악한 생성물을 제공하였다. 조악한 생성물을 플래쉬 크로마토그래피 (SiO2, 0-20% 에틸 아세테이트/헥산)로 정제하여 (3-메틸-4-설파닐-페닐)메탄올을 무색 액체로서 제공하였다 (0.45 g, 90% 수율). MS m/z 153.0 [M-H]-.
아래 표 4에 나타낸 바와 같이 XXII-3 및 XXII-4는 링커 XXII-2와 유사한 방식으로 합성되었다.
[표 4]: 추가 링커
Figure pct00084
중간체
중간체 I-1: 2-(2-피리딜디설파닐)에탄올
Figure pct00085
탈기된 (N2) 40 ml의 MeOH 중 2-(2-피리딜디설파닐)피리딘 (4.693 g, 21.3mmol)에 2-설파닐에탄올 (0.498 mL, 7.10mmol)을 적가 방식으로 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 2 내지 20시간 동안 교반하였다. 혼합물을 농축 건조시키고, 직접 정제하여 (SiO2, 0-5% EtOAc/CH2Cl2) 3개 분획을 제공하였다; (F1 혼합 SM A 및 생성물; F2 생성물; F3 2-티오피리딘/생성물 혼합). 불순한 물질을 다시 정제하여 (SiO2, 0-50% EtOAc/헥산) 1.17 g의 88% 수율의 2-(2-피리딜디설파닐)에탄올을 제공하였다. MS m/z 실측치 188.4 [M+H]+
표 5에 나타낸 하기 중간체는 중간체 I-1과 유사하게 제조되었다.
[표 5] 중간체
Figure pct00086
중간체 I-3: 2-메틸-2-[(5-니트로-2-피리딜)디설파닐]프로판-1-올
Figure pct00087
SO2Cl2 (0.382 mL, 4.71 mmol)를 N2 분위기하에 4℃에서 건조 DCM (15 mL) 중 5-니트로피리딘-2-티올 (668 mg, 4.28 mmol)의 교반된 현탁액에 적가하였다. 반응 혼합물이 황색 현탁액에서 황색 용액으로 바뀌고 2시간 동안 교반하면서 실온으로 가온되도록 하고, 이 시간 후 혼합물을 농축시켜 황색 고체를 제공하였다. 고체를 DCM (15 mL)에 재용해시키고, N2 대기하에 4℃에서 건조 DCM (10 mL) 중 2-메틸-2-설파닐-프로판-1-올 (454 mg, 4.28 mmol)의 용액으로 적가 처리하였다. 반응 혼합물을 실온으로 가온되도록 하고, 20시간 동안 교반하였다. 원하는 생성물 질량에 대해 LC/MS에 의해 반응을 모니터링하였다. 혼합물에 50 mL의 H2O를 첨가하고, 희석된 혼합물을 수산화암모늄 용액으로 처리하였다. 반응 혼합물을 50 mL의 EtOAc로 희석시키고, 분할하고, 분리하였다. 유기 상을 MgSO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켜 조악한 생성물을 제공하였다. 조악한 혼합물을 정제하여 (SiO2, 0-50% EtOAc/헥산) 721 mg의 65% 수율의 2-메틸-2-[(5-니트로-2-피리딜)디설파닐]프로판-1-올을 제공하였다. MS m/z 실측치 261.7 [M+H]+.
중간체 I-4: (2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로판-1-올
Figure pct00088
N2로 탈기된 40 ml의 MeOH 중 2-(2-피리딜디설파닐)피리딘 (5.00 g, 22.7 mmol)에 (2R)-2-설파닐프로판-1-올 (0.75 g, 8.14 mmol)을 적가 방식으로 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 2시간 동안 교반하였다. 혼합물을 농축 건조시키고, SiO2 플래쉬 컬럼에 직접 로딩하고, 0 내지 50% EtOAc/헥산으로 용리시켜 1.17 g의 71%의 (2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로판-1-올을 제공하였다. MS m/z 실측치 202.1 [M+H]+
중간체 I-5:
Figure pct00089
중간체 I-5는 L-5로부터 중간체 I-4와 유사한 방식으로 제조되었다.
중간체 I-6:
Figure pct00090
중간체 I-6은 링커 L-6으로부터 중간체 I-3과 유사하게 제조되었다.
중간체 XII의 합성
[표 6] 중간체 XII
Figure pct00091
중간체 XII-1의 합성: 4-(2-피리딜디설파닐)부탄산
Figure pct00092
탈기된 (N2) 20 ml의 MeOH 중 2-(2-피리딜디설파닐)피리딘 (1120 mg, 5.08 mmol)에 4-설파닐부탄산 (500 mg, 4.16 mmol)을 적가 방식으로 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 16시간 동안 교반하였다. 혼합물을 농축 건조시키고, 역상 크로마토그래피 (Sunfire C18, 30×150 mm, 5-95% CH3CN/H2O, 0.05% TFA)로 정제하여 187 ㎎의 19.6%의 4-(2피리딜디설파닐)부탄산을 제공하였다. MS m/z 실측치 230.0 [M+H]+.
중간체 XIX-1: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-(하이드록시메틸)페닐]카바메이트
Figure pct00093
단계 1: 4-[[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시메틸]아닐린의 합성
Figure pct00094
무수 DMF (10 mL) 중 (4-아미노페닐)메탄올 (5.00 g, 40.6 mmol)의 용액을 30분 내에 무수 DMF (40 mL) 중 tert-부틸-클로로-디메틸-실란 (7.34 g, 48.7 mmol) 및 이미다졸 (7.90 mL, 81.2 mmol)의 교반된 용액에 적가하였다. 실온에서 16시간 동안 교반한 후, 반응 혼합물을 물 (400 mL)에 붓고, CH2Cl2 (3×100 mL)로 추출하였다. 합한 유기층을 물 (2×100 mL)로 세척하고, MgSO4 상에서 건조시켰다. 진공에서 휘발물을 제거한 후, 잔류물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-25% EtOAc/헥산)로 정제하여 4-[[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시메틸]아닐린 (7.91 mg, 33.3 mmol, 수율: 82.1%)을 제공하였다.
단계 2: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-[[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시메틸]페닐]카바메이트의 합성
Figure pct00095
2 mL의 DMF 중 (4-니트로페닐) 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트 (200 mg, 0.57 mmol)에　4-[[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시메틸]아닐린 (202 mg, 0.85 mmol), 1-하이드록시벤조트리아졸 수화물 (104 mg, 0.68 mmol) 및 200 mg의 활성화된 4 A 분자체를 첨가하였다. 혼합물을 18시간 동안 교반하였다. 고체를 여과 제거하고, 셀라이트 플러그를 2 mL의 DMF로 헹구었다. 여액을 농축 건조시키고, 잔류물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-50% EtoAc/헥산)로 정제하여 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-[[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시메틸]페닐]카바메이트를 제공하였다 (244 mg, 0.54 mmol, 수율: 95.4%).
단계 3: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-(하이드록시메틸)페닐]카바메이트
Figure pct00096
2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-[[tert-부틸(디메틸)실릴]옥시메틸]페닐]-카바메이트 (194 ㎎, 0.430 mmol)를 2 mL의 THF에 용해시키고, N2하에 0℃로 냉각시켰다. HF-피리딘 (780 μL, 8.89 mmol)을 첨가하고, 용액을 0℃에서 1시간 동안 계속 교반하였다. 물 (3 mL)을 첨가하고, 반응을 포화 NaHCO3으로 중화시키고, CH2Cl2 (3×50 mL)로 추출하였다. 유기층을 농축시키고, 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-75% EtOAc/헥산)로 정제하여 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-(하이드록시메틸)페닐]카바메이트를 제공하였다 (99.1 mg, 0.29 mmol, 수율: 68.4%).
중간체 XXIII-1: [4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메탄올
Figure pct00097
AcOH:에탄올 (5 mL, 1:10) 용매의 혼합물 중 1,2-디(피리딘-2-일)디설판 (2.68 g, 12.1 mmol)의 교반된 용액을 N2하에 탈기시켰다. 이어서, AcOH/에탄올 (5 mL) 용매의 혼합물 중 4-머캅토페닐)메탄올 (0.74 g, 5.2 mmol)을 20분에 걸쳐 적가하고, N2 분위기하에 실온에서 12시간 동안 교반하였다. 반응물을 감압하에 농축시켜 조악한 생성물을 제공하고, 이를 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 60-70% EtOAc/헥산)로 정제하여 [4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메탄올을 무색 액체로서 제공하였다 (800 mg, 61% 수율).
중간체 XXIII-2: [3-메틸-4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메탄올
Figure pct00098
아세트산/에탄올 (1:10, 37 mL)에 용해된 1,2-디(피리딘-2-일)디설판 (1.10 g, 4.90 mmol)의 교반된 용액을 N2로 5분 동안 퍼징하였다. 여기에, 아세트산/에탄올 (1:10, 18 mL) 중 4-머캅토-3-메틸페닐)메탄올 (0.51 g, 3.30 mmol)의 용액을 20분의 기간에 걸쳐 적가하였다. 생성된 반응 혼합물을 실온에서 16시간 동안 교반하였다. 반응 완료 후, 혼합물을 감압하에 농축시켜 조악한 생성물을 제공하였다. 조악한 생성물을 플래쉬 크로마토그래피 (SiO2, 0-70% EtOAc/헥산 구배)로 정제하여 [3-메틸-4-(2-피리딜 디설파닐)페닐]메탄올을 무색 액체로서 제공하였다 (0.69 g, 80% 수율). MS m/z 실측치 264.0 [M+H]+.
중간체 XXIII-3 및 XXIII-4
표 7에 나타낸 바와 같이 중간체 XXIII-3 및 XXIII-4는 XXIII-2와 유사하게 제조되었다.
[표 7] 중간체 XXIII
Figure pct00099
중간체 XXXII로부터의 중간체 XXXIII
Figure pct00100
[표 8] 중간체 XXXIII
Figure pct00101
중간체 XXXIII-1의 합성: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[(1S)-1-[[(1S)-1-[[4-(하이드록시메틸)페닐]카바모일]-4-우레이도-부틸]카바모일]-2-메틸-프로필]카바메이트
Figure pct00102
N2하에 2 mL의 건조 DMF 중 (2S)-2-[[(2S)-2-아미노-3-메틸-부타노일]아미노]-N-[4-(하이드록시메틸)페닐]-5-우레이도-펜탄아미드 (100 mg, 0.264 mmol)에 N,N-디이소프로필에틸아민 (0.122 mL, 0.659 mmol) 및 (4-니트로페닐) 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트 (92.9 mg, 0.264)를 첨가한다. 혼합물을 N2하에 16시간 동안 교반한다. 혼합물을 고체로 농축시킨다. 조악한 잔류물을 SiO2 컬럼 (12 g, 0-10% MeOH/CH2Cl2) 상에서 정제하여 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[(1S)-1-[[(1S)-1-[[4-(하이드록시메틸)페닐]카바모일]-4-우레이도-부틸]카바모일]-2-메틸-프로필]카바메이트를 제공하였다 (149 mg, 0.251 mmol, 수율: 95.4%). MS m/z 실측치 593.2 [M+H]+.
XLI-1의 합성: 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-(4-포르밀-2-니트로-페녹시)테트라하이드로피란-2-카복실레이트
Figure pct00103
표제 화합물은 US 2017/0145044 A1에 요약된 바와 같이 제조되었다.
XLII-1의 합성: 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-[4-(하이드록시메틸)-2-니트로-페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트
Figure pct00104
표제 화합물은 WO 2011/066418 A1에 요약된 바와 같이 제조되었다.
XLIII-1의 합성: 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-[2-아미노-4-(하이드록시메틸)페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트
Figure pct00105
메틸 (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-트리아세톡시-6-[4-(하이드록시메틸)-2-니트로-페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트 (361 mg, 0.74 mmol)를 MeOH에 용해시키고, 여기에 Pd/C (50.0 mg, 0.47 mmol)에 이어서 NaBH4 (84.4 mg, 2.23 mmol)를 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 15분 동안 교반하였다. LC-MS는 원하는 생성물이 형성되었음을 나타내었다. 반응 혼합물을 셀라이트를 통해 여과한 다음, 포화 NH4Cl로 켄칭시켰다. 생성물을 DCM, EtOAc로 추출하고, 유기층을 합하였다. 이들을 염수로 세척하고, 농축시켰다. 조악한 생성물을 반으로 분할하고, 한 부분을 RP HPLC (20-95% ACN/H2O)로 정제하여 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-[2-아미노-4-(하이드록시메틸)페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트를 제공하였다 (180 mg, 0.40 mmol, 53.1% 수율). MS m/z 실측치 456.2 [M+H]+.
XLV-1의 합성: 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-[3-R10-2-R11-4-(하이드록시메틸)-6-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트
Figure pct00106
EEDQ (130 mg, 0.527 mmol)를 DCM에 용해된 3-(2-피리딜디설파닐)프로판산 (56.7 mg, 0.263 mmol)에 첨가하고, N2하에 20분 동안 교반하였다. 메틸 (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-트리아세톡시-6-[2-아미노-4-(하이드록시메틸)페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트 (120 mg, 0.263 mmol)을 DCM에 용해시키고, 혼합물에 첨가하고, 밤새 교반하였다. LC-MS는 원하는 생성물이 형성되었음을 나타내었다.반응 혼합물을 농축시키고, 역상 크로마토그래피 (20-95% ACN/H2O)로 정제하여 63 mg의 메틸 (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-트리아세톡시-6-[4-(하이드록시메틸)-2-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트를 제공하였다 (63.0 mg, 0.0965 mmol, 수율: 36.6%). MS m/z 실측치 653.2 [M+H]+.
중간체 II-1: (4-니트로페닐) 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트
Figure pct00107
N2하에 4℃에서 20 ml CH2Cl2 중 2-(2-피리딜디설파닐)에탄올 (517 mg, 2.76 mmol)에 N,N-디이소프로필에틸아민 (1.02 mL, 5.52 mmol) 및 (4-니트로페닐) 카보노콜리데이트 (834 mg, 4.14 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 16시간 동안 교반하였다. 혼합물을 40 mL의 EtOAc에 용해시키고, 20 mL의 포화 NH4Cl로 켄칭시켰다. 혼합물을 2×20 mL H2O 및 1×20 mL 포화 염수로 세척하였다. 조악한 혼합물을 0-50% EtOAc/헥산으로부터 용리시키는 SiO2 컬럼을 통해 정제하여 (4-니트로페닐) 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트 (482 mg, 50% 수율)를 제공하였다.
중간체 II-2, II-3 및 II-5
중간체 II-2, II-3 및 II-5는 아래에 나타낸 바와 같이 적절한 중간체 I-2, I-3 및 I-5를 사용하여 중간체 II-1과 유사하게 제조되었다:
[표 9] 추가 중간체
Figure pct00108
중간체 II-4: (4-니트로페닐) [(2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로필] 카보네이트
Figure pct00109
N2하에 THF 중 (2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로판-1-올 (0.39 g, 1.94 mmol)에 피리딘 (0.16 mL, 1.94 mmol) 및 (4-니트로페닐) 카보노콜리데이트 (0.59 g, 2.91 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 16시간 동안 교반하였다. 혼합물을 EtOAc로 희석시키고, 20 mL의 포화 NH4Cl로 켄칭시켰다. 혼합물을 물 및 염수로 세척하고, 유기층을 농축시켰다. 조악한 혼합물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-50% EtOAc/헥산)로 정제하여 0.59 g의 83% (4-니트로페닐) [(2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로필] 카보네이트를 제공하였다. MS m/z 실측치 367.1 [M+H]+.
중간체 II-6 내지 II-9
중간체 II-6, II-7, II-8 및 II-9는 하기 표 10에 나타낸 바와 같이 중간체 II-4와 유사하게 제조되었다:
[표 10] 추가 중간체
Figure pct00110
중간체 XXVII-1의 합성
중간체 XXVII-1은 중간체 XXII와 유사하게 제조된다.
[표 11] 중간체 XXVII
Figure pct00111
중간체 XX-1: (4-니트로페닐) [4-[2-(2-피리딜디설파닐)에톡시카보닐아미노]페닐]메틸 카보네이트
Figure pct00112
N2하에 5 ml CH2Cl2 중 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[4-(하이드록시메틸)페닐]카바메이트 (136 ㎎, 0.41 mmol)에 DIPEA (0.15 mL, 0.81 mmol) 및 (4-니트로페닐)카보노콜리데이트 (122 mg, 0.61 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 16시간 동안 교반하였다. 혼합물을 20 mL의 EtOAc에 용해시키고, 20 mL의 포화 NH4Cl로 켄칭시켰다. 혼합물을 2×20 mL H2O 및 1×20 mL 포화 염수로 세척하였다. 조악한 혼합물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-25% EtOAc/헥산)를 통해 정제하여 (4-니트로페닐) [4-[2-(2-피리딜디설파닐)에톡시카보닐아미노]페닐]메틸 카보네이트를 제공하였다 (44.2 mg, 0.09 mmol, 수율: 21.8%).
중간체 XXIV-1: (4-니트로페닐) [4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메틸 카보네이트
Figure pct00113
CH2Cl2 (10 mL) 중 (4-(피리딘-2-일디설파닐)페닐)메탄올 (0.40 g, 1.60 mmol)의 교반된 용액에 0℃에서 4-니트로페닐 클로로포르메이트 (0.65 g, 3.2 mmol), 피리딘 (0.25 mL, 3.20 mmol), 촉매량의 DMAP (0.005 g)를 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반되도록 하였다. 반응 혼합물을 1.5 N HCl 용액으로 켄칭시켰다. 유기층을 분리하고, 염수로 세척하고, 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 농축시켰다. 조악한 생성물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 20-30%의 EtOAc/헥산)로 정제하여 (4-니트로페닐) [4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메틸 카보네이트를 무색 액체로서 제공하였다 (600 mg, 91% 수율); MS m/z 415.0 [M+H]+
중간체 XXIV-2: [3-메틸-4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메틸 (4-니트로페닐) 카보네이트
Figure pct00114
CH2Cl2 (10 mL)에 용해된 (3-메틸-4-(피리딘-2-일디설파닐)페닐)메탄올 (0.69 g, 2.60 mmol)의 교반된 용액에 0℃에서 4-니트로페닐 클로로포르메이트 (1.05 g, 5.2 mmol), 피리딘 (0.43 mL, 5.2 mmol), 및 촉매량의 DMAP (0.005 g)를 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 2시간 동안 교반되도록 하였다. 반응 완료 후, 반응 혼합물을 1.5 N HCl로 켄칭시켰다. 유기층을 분리하고, 염화나트륨 용액 (10 mL)으로 세척하고, 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 농축시켰다. 조악한 생성물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 20-30% EtOAc/헥산)로 정제하여 [3-메틸-4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메틸 (4-니트로페닐) 카보네이트를 제공하였다 (700 mg, 62% 수율). MS m/z 429.0 [M+H]+.
하기 중간체는 하기 표 12에 나타낸 바와 같이 중간체 XXIV-1 및 XXIV-2와 유사하게 제조되었다.
[표 12] 추가 중간체
Figure pct00115
중간체 XXVIII
[표 13] 중간체 XXVIII
Figure pct00116
중간체 XXVIII-1은 중간체 XXIV와 유사하게 제조되었다.
중간체 XXXIV
[표 14] 중간체 XXXIV
Figure pct00117
XXXIV-1의 합성: [4-[[(2S)-2-[[(2S)-3-메틸-2-[2-(2-피리딜디설파닐)-에톡시카보닐아미노]부타노일]아미노]-5-우레이도-펜타노일]아미노]페닐]메틸 (4-니트로페닐) 카보네이트
Figure pct00118
2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[(1S)-1-[[(1S)-1-[[4-(하이드록시메틸)페닐]카바모일]-4-우레이도-부틸]카바모일]-2-메틸-프로필]카바메이트 (149 ㎎, 0.251 mmol)를 2 mL의 건조 DMF에 용해시키고, 4℃로 냉각시켰다. 여기에 비스(4-니트로페닐) 카보네이트 (153 ㎎, 0.503 mmol) 및 N,N-디이소프로필에틸아민 (0.0928 mL, 0.503 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 실온에서 2시간에 걸쳐 가온되도록 하였다. 반응의 진행을 LC-MS로 모니터링하였다. 혼합물을 농축시키고, 정제하여 (25 g SiO2, 0-10% MeOH/CH2Cl2)　[4-[[(2S)-2-[[(2S)-3-메틸-2-[2-(2-피리딜디설파닐)에톡시카보닐아미노]부타노일]아미노]-5-우레이도-펜타노일]아미노]페닐]메틸 (4-니트로페닐) 카보네이트를 제공하였다 (139 mg, 수율: 73.1%). MS m/z 실측치 758.2 [M+H]+.
XLVI-1의 합성: 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-[2-R11-4-[(4-니트로페녹시)카보닐옥시메틸]-6-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]-페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트
Figure pct00119
메틸 (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-트리아세톡시-6-[4-(하이드록시메틸)-2-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트 (102 mg, 0.15 mmol)를 THF에 용해시키고, 여기에 피리딘 (0.02 mL, 0.19 mmol)에 이어서 (4-니트로페닐) 카보노콜리데이트 (63.0 mg, 0.313 mmol)를 첨가하였다. 반응 혼합물을 N2하에 밤새 교반하였다. LC-MS는 반응 완료를 나타냈다. 혼합물을 100 mL EtOAc로 희석시키고, 50 mL의 포화 NH4Cl로 켄칭시켰다. 혼합물을 50 mL의 포화 염수로 세척하였다. 유기층을 MgSO4로 건조시키고, 농축시켰다. 조악한 혼합물을 컬럼 크로마토그래피 (50-100% EtOAc/헥산)로 정제하여 (58.0 mg, 0.07 mmol, 45.4%)을 제공하였다. MS m/z 실측치 818.2 [M+H]+.
중간체 III-1: [4-(4-카바모일-1H-벤즈이미다졸-2-일)페닐]메틸 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트
Figure pct00120
N2하에 4 mL의 건조 DMF 중 2-[4-(하이드록시메틸)페닐]-1~{H}-벤즈이미다졸-4-카복스아미드 (150 mg, 0.561 mmol)에 N,N-디이소프로필에틸아민 (0.207 mL, 1.12 mmol), DMAP (68.6 mg, 0.561 mmol) 및 (4-니트로페닐) 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트 (241 mg, 0.684 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 16시간 동안 교반 한 다음, 50 ml의 EtOAc로 희석시키고, 1×20 mL의 포화 NH4Cl, 3×30 mL의 포화 NaHCO3, 3×30 mL의 H2O 및 1×20 mL의 포화 염수로 연속적으로 세척하였다. 유기상을 MgSO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 조악한 잔류물을 정제 (SiO2, 50-100% EtOAc/헥산)하여 260 mg의 97% 수율의 [4-(4-카바모일-1H-벤즈이미다졸-2-일)페닐]메틸2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트를 제공하였다.
중간체 III-4: [(2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로필] N-[[4-(6-플루오로-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트
Figure pct00121
5 mL의 무수 DMF 중 HOBt (48.0 mg, 0.31 mmol), 피리딘 (0.11 mL, 1.31 mmol), 미세 분쇄된 분자체 4Å (250 mg) 및 6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-9-온 포스페이트 (110 mg, 0.26 mmol)의 혼합물에 (4-니트로페닐) [(2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로필] 카보네이트 [중간체 II-4] (105 mg, 0.29 mmol)를 첨가하였다. 실온에서 16시간 동안 교반한 후, 분자체를 여과 제거하고, 용매를 진공에서 제거하였다. 이어서, 잔류물을 SiO2 상에 흡착시키고, 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-10% MeOH/CH2Cl2)로 정제하여 [(2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로필] N-[[4-(6-플루오로-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트를 제공하였다 (115 mg, 80% 수율). MS m/z 551.1 (M+H)+.
중간체 III-2, III-3, 및 III-5 내지 III-15
하기 중간체는 아래 표 15에 나타낸 바와 같이 중간체 III-1 및 III-4와 유사하게 제조되었다.
[표 15] 추가 중간체
Figure pct00122
Figure pct00123
에스테르 연결된 중간체 XIII
[표 16] 중간체 XIII
Figure pct00124
XIII-1의 합성: [4-(4-카바모일-1H-벤즈이미다졸-2-일)페닐]메틸 4-(2-피리딜디설파닐)부타노에이트
Figure pct00125
2 mL의 DMF 중 4-(2-피리딜디설파닐)부탄산 TFA 염 (81.2 mg, 0.236 mmol), EDC HCl (47.8 mg, 0.250 mmol) 및 DIEA (0.0986 mL, 0.576 mmol)의 혼합물에 2-[4-(하이드록시메틸)페닐]-1H-벤즈이미다졸-4-카복스아미드 (51.3 mg, 0.192 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 밤새 교반하고, LC-MS로 모니터링하였다. 혼합물을 농축시키고, SiO2 크로마토그래피 (0-10% MeOH/CH2Cl2)로 정제하여 (83.1 mg, 0.17 mmol, 수율: 90.4%)을 제공하였다. MS m/z 실측치 479.0 [M+H]+.
중간체 VII-1: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[[(11S,12R)-7-플루오로-11-(4-플루오로페닐)-12-(2-메틸-1,2,4-트리아졸-3-일)-4-옥소-2,3,10-트리아자트리사이클로[7.3.1.05,13]트리데카-1,5,7,9(13)-테트라엔-10-일]메틸]카바메이트
Figure pct00126
2-[(11S,12R)-7-플루오로-11-(4-플루오로페닐)-12-(2-메틸-1,2,4-트리아졸-3-일)-4-옥소-2,3,10-트리아자트리사이클로[7.3.1.05,13]트리데카-1,5,7,9(13)-테트라엔-10-일]아세틸 아지드, V-1, (170 mg, 0.367 mmol)을 건조 DMF (2 mL)에 용해시키고, 2-(2-피리딜디설파닐)에탄올 (137 mg, 0.734 mmol)을 첨가하였다. 반응물을 2시간 동안 65℃로 가열하였다. 촉매 디부틸주석 디라우레이트 (40 uL)를 첨가하고, 반응 혼합물을 65℃에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 농축시키고, 컬럼 크로마토그래피 (0-10% MeOH/DCM)로 정제하여 3개의 피크를 제공하였다. NMR은 피크 2가 원하는 생성물임을 나타내었다. MALDI는 624 (원하는 생성물), 646 (생성물+23) 및 380 (BMN)의 3개의 질량을 나타내었다. 수율: 80 mg의 중간체 VII-1: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[[(11S,12R)-7-플루오로-11-(4-플루오로페닐)-12-(2-메틸-1,2,4-트리아졸-3-일)-4-옥소-2,3,10-트리아자트리사이클로[7.3.1.05,13]트리데카-1,5,7,9(13)-테트라엔-10-일]메틸]카바메이트.
중간체 VII-2 내지 VII-5
중간체 VII-2, VII-3 및 VII-4는 각각 R8H-15 및 중간체 II-4, II-5 및 II-6을 사용하여 제조되었다. 중간체 VII-5는 표 17에 나타낸 바와 같이 R8H-17 및 중간체 II-1을 사용하여 제조되었다.
[표 17] 추가 중간체
Figure pct00127
중간체 VII-6: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[[6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-3-일]메틸]카바메이트
Figure pct00128
단계 1: (((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)메틸 아세테이트
Figure pct00129
아세트산 (0.59 mL) 중 2-(피리딘-2-일디설파닐)에틸 카바메이트 (0.10 g, 0.43 mmol)의 교반된 용액에 파라포름알데히드 (0.01 g, 0.47 mmol) 및 아세트산 무수물 (1.78 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 75℃에서 3시간 동안 가열하였다. 반응 완료 후, 반응물을 물 (20 mL)로 켄칭시키고, 에틸 아세테이트 (20 mL×2)로 추출하였다. 합한 유기층을 물 (20 mL) 및 염수 용액 (20 mL)으로 세척하였다. 유기상을 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 농축시켰다. 조악한 생성물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 40-50% 에틸 아세테이트/헥산)로 정제하여 (((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)메틸 아세테이트를 황색 액체로서 제공하였다 (120 mg, 70%). MS m/z 303.3 (M+H)+
단계 2: (9H-플루오렌-9-일)메틸 (4-(8-플루오로-1-옥소-6-((((2-(피리딘-2 일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)메틸)-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸)카바메이트
Figure pct00130
아세톤 (1.0 mL) 중 (9H-플루오렌-9-일)메틸 (4-(8-플루오로-1-옥소-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸)카바메이트의 교반된 용액 (0.05 g, 0.09 mmol)에 탄산세슘 (0.06 g, 0.18 mmol)을 첨가하고, N2 분위기하에 실온에서 5분 동안 교반하였다. 이어서, (((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)메틸 아세테이트 (0.03 g, 0.09 mmol) 및 DMF (0.1 mL)를 첨가하고, 실온에서 30분 동안 추가로 교반하였다. 반응물을 물 (25 mL)로 켄칭시킨 다음, 10%의 MeOH/CH2Cl2 혼합물 (50 mL×2)로 추출하였다. 합한 유기층을 무수 황산나트륨 상에서 건조시키고, 감압하에 농축시켜 조악한 생성물을 제공하고, 이를 60-70%의 EtOAc/헥산 혼합물을 사용하여 플래쉬 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 (9H-플루오렌-9-일)메틸(4-(8-플루오로-1-옥소-6-((((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)메틸)-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸)카바메이트를 제공하였다 (12 mg, 17% 수율); MS m/z 788.8 (M+H)+.
단계 3: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[[6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-3-일]메틸]카바메이트
Figure pct00131
(9H-플루오렌-9-일)메틸(4-(8-플루오로-1-옥소-6-((((2-(피리딘-2일디설파 닐)에톡시)카보닐)아미노)메틸)-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸)카바메이트 (0.15 g, 0.19 mmol)를 N2하에 실온에서 1시간 동안 DMF (1.4 mL) 중 20%의 디에틸아민과 교반하였다. 반응 혼합물을 농축 건조시키고, 예비-HPLC [컬럼: Inertsil ODS 3V (250 mm×20 mm×5 mic); H2O 중 이동상-A-0.1% 암모니아: 이동상-B-ACN]로 정제하여 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[[6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-3-일]메틸]카바메이트를 무색 고체로서 제공하였다 (30 mg, 28% 수율). MS m/z 566.4 (M+H)+.
중간체 VII-7: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[1-[6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-3-일]-3-메틸-부틸]카바메이트
Figure pct00132
단계 1: 2-(피리딘-2-일디설파닐)에틸 (3-메틸-1-(페닐설포닐)부틸)카바메이트
Figure pct00133
THF:물 (19 mL, 1:1) 중 2-(피리딘-2-일디설파닐)에틸 카바메이트 (2.50 g, 0.01 mol)의 교반된 용액에 나트륨 p-톨루엔설피네이트 (1.93 g, 0.01 mol), 3-메틸부타날 (1.26 mL, 0.01 mol)에 이어서 포름산 (2.5 mL)을 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 실온에서 16시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 농축 건조시킨 다음, 플래쉬 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 40-70% EtOAc/헥산)로 정제하여 2-(피리딘-2-일디설파닐)에틸 (3-메틸-1-(페닐설포닐)부틸)카바메이트 (1.7 g, 41% 수율)를 제공하였다. MS m/z 455.1 [M+H]+.
단계 2: (9H-플루오렌-9-일)메틸 (4-(8-플루오로-6-(3-메틸-1-(((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)부틸)-1-옥소-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸) 카바메이트
Figure pct00134
CH2Cl2:DMF (5:1, 12 mL) 중 (9H-플루오렌-9-일)메틸(4-(8-플루오로-1-옥소-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5일)벤질)(메틸)카바메이트 (0.5 g, 0.92 mmol) 및 탄산세슘 (0.89 g, 2.74 mmol)의 교반 현탁액에 2-(피리딘-2-일디설파닐)에틸 (3-메틸-1-(페닐설포닐)부틸)카바메이트 (0.80 g, 1.83 mmol)를 4시간에 걸쳐 부분적으로 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 실온에서 추가 2시간 동안 교반하였다. 반응물을 TLC로 모니터링하였다. 반응 혼합물을 물 (25 mL) 및 DCM (100 mL)으로 희석시켰다. 유기층을 분리하고, 물 및 염수로 세척하였다. 유기상을 무수 Na2SO4 상에서 건조시키고, 농축시켰다. 조악한 생성물을 플래쉬 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 90-100% EtOAc/헥산)로 정제하여 (9H-플루오렌-9-일)메틸 (4-(8-플루오로-6-(3-메틸-1-(((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)부틸)-1-옥소-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸) 카바메이트를 제공하였다 (0.35 g, 45% 수율). MS m/z 844.1 [M+H]+.
단계 3: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[1-[6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-3-일]-3-메틸-부틸]카바메이트
Figure pct00135
(9H-플루오렌-9-일)메틸 (4-(8-플루오로-6-(3-메틸-1-(((2-(피리딘-2-일디설파닐)에톡시)카보닐)아미노)부틸)-1-옥소-2,3,4,6-테트라하이드로-1H-아제피노[5,4,3-cd]인돌-5-일)벤질)(메틸) 카바메이트 (0.30 g, 0.355 mmol)를 N2하에 실온에서 20분 동안 DMF (1.4 mL) 중 10% 피페리딘과 교반하였다. 반응 혼합물을 농축 건조시킨 다음, 디에틸 에테르로 연화 처리하여 무색 고체를 수득하였다. 생성된 고체를 분취용 HPLC [컬럼: Inertsil ODS 3V (250 mm×20 mm×5 mic), H2O 중 이동상-A-0.1% 암모니아: 이동상-B-ACN]로 추가로 정제하여 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[1-[6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-3-일]-3-메틸-부틸]카바메이트를 제공하였다 (0.07 g, 30% 수율). MS m/z 622.0 [M+H]+.
중간체 XXI-1: [4-[2-(2-피리딜디설파닐)에톡시카보닐아미노]페닐]메틸 N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4(13),5,7-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트
Figure pct00136
N2하에 2 mL의 건조 DMF 중 2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4(13),5,7-테트라엔-9-온;인산 (36.0 mg, 0.09 mmol)에 DIPEA (0.03 mL, 0.18 mmol), DMAP (10.9 mg, 0.09 mmol) 및 (4-니트로페닐) [4-[2-(2-피리딜디설파닐)에톡시카보닐 아미노]페닐]메틸 카보네이트 (44.8 mg, 0.09 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 16시간 동안 교반하였다. 혼합물을 20 ml의 EtOAc로 희석시키고, 1×20 mL의 포화 NH4Cl, 2×20 mL의 포화 NaHCO3, 3×30 mL의 H2O 및 1×20 mL의 포화 염수로 세척하였다. 혼합물을 MgSO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 조악한 잔류물을 컬럼 크로마토그래피 (SiO2, 0-5% MeOH/CH2Cl2)로 정제하여 [4-[2-(2-피리딜디설파닐)에톡시카보닐아미노]페닐]메틸 N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4(13),5,7-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트를 제공하였다. (44.2 mg, 0.06 mmol, 수율: 75.4%).
중간체 XXV-1: [4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메틸 N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트
Figure pct00137
N2하에 THF (20 mL) 중 2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4(13),5,7-테트라엔-9-온;인산 (1.00 g, 3.09 mmol)의 교반된 용액에 TEA (1.40 mL, 3.04 mmol), HOBt (0.21 g, 1.50 mmol) 및 4-니트로 페닐 (4-(피리딘-2-일디설파닐)벤질) 카보네이트 (1.40 g, 3.40 mmol)를 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 실온에서 16시간 동안 교반하였다. 반응 혼합물을 농축시키고, 조악한 물질을 플래쉬 크로마토그래피 (SiO2, 0-5% MeOH/CH2Cl2)로 정제하여 [4-(2-피리딜디설파닐)페닐]메틸 N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트를 무색 고체로서 제공하였다 (1.13 g, 59% 수율). MS m/z 599.0 (M+H)+.
중간체 XXV-2 내지 XXV-5
중간체 XXV-2 내지 XXV-5는 아래 표 18에 나타낸 바와 같이 적절한 R8-H 화합물 및 중간체 XXIV-2 내지 XXIV-5를 사용하여 중간체 XXV-1과 유사하게 제조되었다.
[표 18] 추가 중간체
Figure pct00138
XXVII로부터 중간체 XXVIX의 합성
[표 19] 중간체 XXVIX
Figure pct00139
중간체 XXVIX-1은 중간체 XXV-1과 유사하게 중간체 XXVIII-1로부터 제조되었다.
XXXIV로부터 중간체 XXXV
[표 20] 중간체 XXXV
Figure pct00140
중간체 XXXV-1은 중간체 XXV-1과 유사하게 중간체 XXXIV-1로부터 제조되었다.
XXX로부터 중간체 XXXVII
[표 21] 중간체 XXXVII
Figure pct00141
XXXVII-1의 합성: (2S)-1-(2-아미노아세틸)-N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-피롤리딘-2-카복스아미드
Figure pct00142
단계 1. tert-부틸-N-[2-[(2S)-2-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸-메틸-카바모일]피롤리딘-1-일]-2-옥소-에틸]카바메이트의 합성
1-[2-(tert-부톡시카보닐아미노)아세틸]피롤리딘-2-카복실산 (0.16 g, 0.59 mmol)을 DMF에 용해시키고, 여기에 1-하이드록시벤조트리아졸 수화물 (80.0%, 114 mg, 0.59 mmol) 및 EDC HCl (114 mg, 0.59 mmol)을 첨가하였다. 용액을 실온에서 15분 동안 교반한 후 6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-9-온;인산 (200 mg, 0.475 mmol) 및 N,N-디이소프로필에틸아민 (0.44 mL, 2.37 mmol)을 첨가하였다. 이어서, 용액을 65℃로 밤새 가열하였다. LC-MS는 반응 완료를 나타냈다. 반응 혼합물을 EtOAc로 희석시키고, 포화 NH4Cl, 물 및 염수로 세척하였다. 조악한　[1-[2-(t-부톡시카보닐아미노)아세틸]피롤리딘-2-일] N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트 (141 mg, 0.24 mmol, 수율: 50.0%)를 있는 그대로 수행하였다. MS m/z 478.2 (M+H - BOC)+.
단계 2. (2S)-1-(2-아미노아세틸)-N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-피롤리딘-2-카복스아미드의 합성
tert-부틸-N-[2-[2-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸-메틸-카바모일]피롤리딘-1-일]-2-옥소-에틸]카바메이트 (141 mg, 0.24 mmol)를 DCM에 용해시키고, 디옥산 중 1 mL HCl (4.00 M, 0.12 mL, 0.48 mmol)을 첨가하였다. 반응 혼합물을 실온에서 밤새 교반하였다. LC-MS는 반응 완료를 나타냈다. 반응 혼합물을 농축시키고, 역상 크로마토그래피 (20-85% ACN/H2O)로 정제하여 68 mg의　1-(2-아미노아세틸)-N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-피롤리딘-2-카복스아미드를 수득하였다 (68.0 mg, 0.142 mmol, 수율: 58.3%). 질량 m/z 478.2 [M+H]+.
중간체 XXXVIII
[표 22] 중간체 XXXVIII
Figure pct00143
XXXVIII-1의 합성: 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[2-[(2S)-2-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸-메틸-카바모일]피롤리딘-1-일]-2-옥소-에틸]카바메이트
Figure pct00144
2 mL의 건조 DMF 중 1-(2-아미노아세틸)-N-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-피롤리딘-2-카복스아미드 (68.0 mg, 0.142 mmol)에 DMAP (17.4 mg, 0.142 mmol), (4-니트로페닐) 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트 (50.2 mg, 0.142 mmol) 및 N,N-디이소프로필에틸아민 (27.6 mg, 0.214 mmol)을 첨가하였다.　 혼합물을 16시간 동안 교반한 다음, 50 ml의 EtOAc로 희석시키고, 1×20 mL의 포화 NH4Cl, 3×30 mL의 H2O 및 1×20 mL의 포화 염수로 세척하였다. 혼합물을 MgSO4로 건조시키고, 여과하고, 농축시켰다. 조악한 잔류물을 SiO2 컬럼 (0-3% MeOH/DCM) 상에서 정제하여 30 mg의 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 N-[2-[2-[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸-메틸-카바모일]피롤리딘-1-일]-2-옥소-에틸]카바메이트를 제공하였다 (30.0 mg, 0.0434 mmol, 수율: 30.5%). MS m/z 691.2 (M+H)+.
XLVI로부터 중간체 XLVIII
[표 23] 중간체 XLVIII
Figure pct00145
XLVII-1의 합성: 메틸 (2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-트리아세톡시-6-[3-R10-2-R11-4-[[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸-메틸-카바모일]옥시메틸]-6-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트
Figure pct00146
2 mL의 무수 DMF 중 1-하이드록시벤조트리아졸 수화물 (13.0 mg, 0.0851 mmol), 미세 분쇄된 분자체 4Å (100 mg) 및　6-플루오로-2-[4-(메틸아미노메틸)페닐]-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-9-온;인산 (35.9 mg, 0.0851 mmol)의 혼합물에 메틸 (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-트리아세톡시-6-[4-[(4-니트로페녹시)카보닐옥시메틸]-2-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트 (58.0 mg, 0.0709 mmol)를 첨가하였다.　 실온에서 16시간 동안 교반한 후, 분자체를 여과 제거하고, 용매를 진공에서 제거하였다. 반응 혼합물을 EtOAc로 희석시키고, 포화 NH4Cl, 물 및 염수로 세척하였다. 유기층을 MgSO4로 건조시키고, 농축시켰다. 조악한 잔류물을 컬럼 크로마토그래피 (0-3% MeOH/DCM)로 정제하여 약간의 불명확한 불순물을 갖는 35 mg의 메틸 (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-트리아세톡시-6-[4-[[[4-(6-플루오로-9-옥소-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸-메틸-카바모일]옥시메틸]-2-[3-(2-피리딜디설파닐)프로파노일아미노]페녹시]테트라하이드로피란-2-카복실레이트를 제공하였다 (43.0 mg, 0.0429 mmol, 수율: 60.5%). MS m/z 1002.1 (M+H)+.
컨쥬게이션된 화합물
실시예 3
Figure pct00147
PBS를 함유하는 하나의 8 mL 바이알 및 DMF를 함유하는 하나의 8 mL 바이알을 N2 버블링으로 1시간 동안 탈기시켰다. 별도의 바이알에 펩타이드 변형체 3 ( "Pv3", 50.0 mg, 1.31e-5 mol)을 넣었다. 탈기된 1.0 mL의 PBS 및 3.0 mL 부분의 DMF를 [4-(4-카바모일-1H-벤즈이미다졸-2-일)페닐]메틸 2-(2-피리딜디설파닐)에틸 카보네이트 (18.9 mg, 3.92e-5 mol)에 첨가하였다. 혼합물에 CH3CO2H (0.05 mL 0.000873 mol)를 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 두고 실온에서 16시간 동안 교반하였다. 출발 펩타이드 및 잔류 피리딜 디설파이드의 소모가 완료될 때까지, RP HPLC (Ace Equivalence 250×4.6 mm, 50% 등용매, 25분 실행)를 사용하여 진행에 대해 혼합물을 모니터링하였다. 조악한 반응 혼합물을 분취용 RP HPLC (Sunfire 30×150 mm; CH3CN/H2O (0.1% TFA) 구배, 16분 실행)로 정제하여 28.6 mg을 실시예 3의 54% 수율로 제공하였다.
실시예 18
Figure pct00148
PBS 및 DMF를 각각 함유하는 2개의 별개의 8 mL 바이알을 1시간 동안 N2 버블링으로 탈기시켰다. 별도의 바이알에 Pv1 (50.0 mg, 0.02 mmol)을 넣었다. 이 바이알에 [(2R)-2-(2-피리딜디설파닐)프로필] N-[[4-(6-플루오로-3,10-디아자트리사이클로[6.4.1.04,13]트리데카-1,4,6,8(13)-테트라엔-2-일)페닐]메틸]-N-메틸-카바메이트 [중간체 III-4] (16.2 mg, 0.03 mmol), 1.33　mL의 PBS 및 4 mL의 DMF에 이어서 아세트산 (4.2 μL, 0.08 mmol)을 첨가하였다. 혼합물을 N2하에 두고, 실온에서 밤새 교반하였다. 혼합물을 분취용 HPLC (40-72% CH3CN/H2O, 15분)로 정제하여 29.0 ㎎, 0.008 mmol을 실시예 18의 53%로 제공하였다.
하기 화합물은 적절한 중간체 및 펩타이드를 사용하여 실시예 18과 유사하게 제조되었다.
[표 24] 예시 화합물
Figure pct00149
Figure pct00150
Figure pct00151
Figure pct00152
Figure pct00153
Figure pct00154
Figure pct00155
하기 화합물은 적절한 VII 중간체 및 펩타이드로부터 실시예 18과 유사하게 제조되었다.
[표 25] 예시 화합물
Figure pct00156
Figure pct00157
Figure pct00158
Figure pct00159
중간체 XII로부터 최종 화합물의 합성
하기 화합물은 중간체 XII-1로부터 합성되었다.
[표 26] 추가 예
Figure pct00160
실시예 32
Figure pct00161
실시예 32는 중간체 XXI 및 펩타이드 Pv2로부터 합성되었다. MS (Maldi-TOF)는 4582.9로 밝혀졌다. 화합물은 11분 및 8.3분에서 용리되는 조건 3에서 물 중 30-50% 아세토니트릴을 사용하여 정제되었다.
중간체 XXV로부터 화합물의 합성
하기 화합물은 중간체 XXV로부터 실시예 18과 유사하게 합성되었다.
[표 27] 예시 화합물
Figure pct00162
Figure pct00163
중간체 XXV로부터 최종 화합물의 합성
하기 화합물은 중간체 XXV로부터 실시예 18과 유사하게 합성되었다.
[표 28] 예시 화합물
Figure pct00164
중간체 XXXV로부터 최종 화합물의 합성
하기 화합물은 중간체 XXXV-1로부터 실시예 18과 유사하게 합성되었다.
[표 29] 예시 화합물
Figure pct00165
중간체 XXXVIII로부터 최종 화합물의 합성
하기 화합물은 중간체 XXXVIII-1로부터 실시예 18과 유사하게 합성되었다.
[표 30] 예시 화합물
Figure pct00166
실시예 A. 화합물의 절단
Figure pct00167
(2S)-2-아미노-5-[[(1R)-2-(카복시메틸아미노)-2-옥소-1-(설파닐메틸)에틸] 아미노]-5-옥소-펜탄산 (4.90 mg, 0.0159 mmol)에 2 mL의 1M 트리스 HCl 완충액 (pH 7.0)을 첨가하여 8 mM 용액을 생성하였다. 이 용액 1 mL의 분취량을 실시예 3 (0.400 mg, 9.81×10-5 mmol)에 첨가하여 100 μM 용액을 생성하였다. 이 혼합물을 15분 간격으로 취한 시점으로 37℃에서 가열하여 컨쥬게이트 완전성에 대해 측정하였다. 컨쥬게이트의 지속적인 손실은　2-[4-(하이드록시메틸)페닐]-1~{H}-벤즈이미다졸-4-카복스아미드의 동등한 외관으로 관찰된다. 절단은 MSD에 의해 관찰/확인된 바와 같이 60분 시점까지 완료되었다. HPLC 조건: ES Industries Sonoma 4.6×50 mm; 5-100% CH3CN/H2O (0.1% TFA); 5.5분 실행 컨쥬게이트 RT: 3.71 생성물 RT: 2.24.
다른 화합물을 유사하게 절단하여 적절한 R8H 분자를 제공하였다.
본 발명의 절단된 화합물을 함유하는 조악한 절단 용액을 아래 실시예 B 및 C에 기재된 바와 같이 분석하여 절단된 R8H의 양을 평가하였다. 절단된 화합물 이외에, 표 2에 제시된 몇몇 R8 출발 물질에 대해 분석을 또한 수행하였다.
실시예 B. 절단된 화합물 (PARP)의 효소 분석 1
분석은 다음과 같이 Trevigen의 HT F 균질 PARP 억제 분석 키트 (#4690-096-K)를 사용하여 수행되었다: 정제된 PARP 효소를 2회 연속 희석된 PARP 억제제 (예를 들어, 실시예 A에 따라 절단된 실시예의 화합물) 및 1 uM NAD에서 실온에서 30분 동안 검은색 환저 96-웰 플레이트에서 항온처리하였다. 동일한 부피의 사이클링 혼합물을 각 웰에 첨가하고, 반응을 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. 정지액 (Stop Solution)을 첨가하여 반응을 정지시키고, 플레이트를 형광 (544 nm 여기 및 590 nm 방출) 종점을 사용하여 BioTek Cytation 5 플레이트 판독기에서 판독하였다. 결과는 GraphPad Prism으로 플롯팅하고, 아래에 제공되었다.
[표 31] 절단된 화합물의 HT F 균질 PARP 억제 분석
Figure pct00168
실시예 C. 절단된 화합물 (PARP)의 효소 분석 2
분석은 다음과 같이 Trevigen의 HT 범용 화학발광 PARP 분석 키트 (#4676-096-K)를 사용하여 수행되었다: 정제된 PARP 효소를 2회 연속 희석된 PARP 억제제 (예를 들어, 실시예 A에 따라 절단된 실시예의 화합물)의 존재하에 실온에서 10분 동안 결합된 히스톤을 함유하는 재수화된 96-웰 스트립웰에서 항온처리하였다. 활성화된 DNA를 함유하는 동일한 부피의 1x PARP 칵테일을 각 웰에 첨가하고, 반응을 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. 웰을 1x PBS + 0.1% Triton X-100으로 2회 세척하고 PBS로 2회 세척하였다. 50 ul/웰의 희석된 스트렙타비딘-HRP를 첨가하고, 웰을 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. 웰을 1x PBS + 0.1% Triton X-100으로 2회 세척하고 PBS로 2회 세척하였다. 액체를 제거하고, 100 ul/웰 1:1 PeroxyGlow A/PeroxyGlow B를 첨가하고, 발광 섬유 종점을 사용하여 BioTek Cytation 5 플레이트 판독기에서 화학발광 판독치를 측정하였다. 결과는 GraphPad Prism으로 플롯팅하고, 아래에 나타낸다.
[표 32] 절단된 화합물의 HT 범용 화학발광 PARP 분석
Figure pct00169
Figure pct00170
실시예 D. Elisa 파릴화 분석
12-웰 조직 배양 플레이트에 HeLa 세포를 시딩하고, 5% CO2에서 37℃에서 항온처리하여 다음날 80% 컨플루언트 세포 단층을 수득하였다. 단층을 37℃에서 1시간 동안 원하는 pH에서 3배 희석한 일련의 유리 약물 또는 컨쥬게이트로 처리하였다. 단층을 흡인하고, 각 웰에 프로테아제 및 포스파타제 억제제가 보충된 150 ul의 RIPA 용해 완충액을 수용하였다. 플레이트를 얼음 위에서 10분 동안 항온처리한 다음, 동결시켰다. 해동시, 용해물에 Mg가 보충되고, 37℃에서 90분 동안 DNAse와 함께 항온처리하였다. 샘플을 4℃에서 5분 동안 12,000 x g에서 원심분리하여 정화하고, 정화된 용해물을 깨끗한 튜브로 옮기고, BCA 단백질 분석을 사용하여 단백질 측정을 수행하였다.
분석은 다음과 같이 Trevigen의 HT PARP 생체내 약력학적 분석 II (#4520-096-K)를 사용하여 수행하였다: 듀플리케이트 25 ul 샘플 용해물을 사전 코팅된/사전 차단된 ELISA 스트립웹 상에 로딩하고, 연속적으로 희석시켜 정제된 PAR 표준물과 함께 4℃에서 16시간 동안 항온처리하였다. 웰을 PBST로 4회 세척하고, 항체 희석액 중 50 ul/웰의 PAR 폴리클로날 검출 항체와 함께 실온에서 2시간 동안 항온처리하였다. 웰을 PBST로 4회 세척하고, 항체 희석액 중 50 ul/웰 염소 항-래빗 IgG-HRP 컨쥬게이트와 함께 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. 웰을 PBST로 4회 세척하고, 100 ul/웰의 1:1 PARP PeroxyGlow A 및 PARP PeroxyGlow B와 함께 항온처리하고, 발광 섬유 종점을 사용하여 BioTek Cytation 5에서 판독하였다. 결과를 표준 곡선으로부터 계산된 값을 사용하여 원래 발광 단위로서 또는 PAR (pg/ml)로 플롯팅하고 아래에 제시하였다.
[표 33] 파릴화 분석 결과
Figure pct00171
세포를 pH 7.4에서 전술한 바와 같이 처리하고, 16시간 동안 항온처리하였다.
[표 34] 파릴화 분석 결과
Figure pct00172
실시예 E. 성장 지연 분석
10% FBS를 함유하는 성장 배지에서 세포, 웰당 2500 세포로 DLD-1 WT 세포, 웰당 5000 세포로 DLD-1 BRCA2-/-를 96 웰 검정색 벽-투명 바닥 플레이트 (Griener)에서 플레이팅하였다. 세포를 실온에서 60분 동안 부착시킨 후, 37C, 5% CO2 항온처리기로 되갖다 놓았다. 24시간 후, 배지를 제거하고, 다양한 약물 농도를 함유하는 새로운 성장 배지로 교체하였다. 각 약물 농도를 3회 첨가하였다. 비-약물 처리 대조군은 성장 배지만을 함유하였다. 세포를 항온처리기로 되갖다 놓았다. 약물 첨가 96시간 후, 세포를 4% 파라포름알데히드로 20분 동안 고정시키고, 1 ug/mL에서 Hoechst로 염색하였다. 플레이트를 Cytation 5 자동 이미저 (BioTek)에서 이미지화하고, 세포를 CellProfiler (http://cellprofiler.org)를 사용하여 계수하였다. 세포 성장 지연 백분율을 계산하고, 데이터를 GraphPad Prism을 사용하여 플롯팅 하였다.
[표 35] 성장 지연 분석 요약
Figure pct00173
상기 결과는 본 발명의 화합물이 세포 내에서 이들을 복제하는 조건에 노출될 때 유리 R8H를 방출하도록 절단되고 생물학적 표적의 억제를 나타내며, 이는 이러한 특정 분석에서 PARP라는 것을 입증한다. 이러한 결과에 기초하여, 당업자는 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환의 치료, 특히 PARP 돌연변이 암의 치료에 유용한 본 발명의 화합물을 쉽게 인식할 것이다.
실시예 F. 생체내 종양 성장 지연
연구 설계 (R 8 H-15, 실시예 12)
암컷 누드 마우스는 6주령에 시설에 도착하여 일회용 IVC 케이지 시스템 (Innovive)에서 알파-드라이 베딩 (Alpha-Dri bedding) 위에 케이지당 5마리를 수용하였다. 5 내지 10일의 적응 기간 후, DLD-1 BRACA2-/- 세포를 페놀 레드-프리 (Phenol Red-free) Matrigel에 1:1로 희석시키고, 100 μL에서 5×106 세포 밀도로 각 마우스의 왼쪽 옆구리에 피하 이식하였다. 이종이식편 종양 성장을 모니터링하고, 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었다. 이종이식편이 100 mm3의 최소 부피에 도달하면, 마우스에 복강내 (IP) 용량의 비히클, 실시예 12 (6.4, 20 또는 50 mg/kg), 또는 경구 용량의 R8H-15 (0.3 mg/kg)를 8일 동안 매일 1회 투여하였다. 모든 마우스에 투약 직후 20% 글루코스에서 제조된 경구 용량의 10 mg/kg 테모졸로마이드 (TMZ)를 투여하였다. 종양 성장에 대한 화합물 효과를 평가하기 위해 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었다. 8일의 투약 기간 후에 또 다른 7주 동안 (세척 제거 기간) 종양 성장의 모니터링을 계속하였다. 체중 감소가 20%를 초과하거나 종양 부피가 원래 크기의 4배로 증가한 경우 마우스를 안락사시켰다. 카플란-마이어 (Kaplan-Meier) 분석을 사용하여 사망 또는 연구로부터 제거에 기초하여 생존율을 평가하였다.
연구 설계 (R 8 H-16, 실시예 18)
암컷 누드 마우스는 6주령에 시설에 도착하여 일회용 IVC 케이지 시스템 (Innovive)에서 알파-드라이 베딩 위에 케이지당 5마리를 수용하였다. 5 내지 10일의 적응 기간 후, DLD-1 BRACA2-/- 세포를 페놀 레드-프리 Matrigel에 1:1로 희석시키고, 100 μL에서 5×106 세포 밀도로 각 마우스의 왼쪽 옆구리에 피하 이식하였다. 이종이식편 종양 성장을 모니터링하고, 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었다. 이종이식편이 100 mm3의 최소 부피에 도달하면, 마우스에 복강내 (IP) 용량의 비히클, 실시예 18 (8.8, 17.7 또는 44.2 mg/kg), 또는 R8H-16 (1, 2, 5 mg/kg)을 8일 동안 매일 1회 투여하였다. 모든 마우스에 5일 동안의 투약 직후 20% 글루코스에서 제조된 경구 용량의 10 mg/kg 테모졸로마이드 (TMZ)를 투여하였다. 종양 성장에 대한 화합물 효과를 평가하기 위해 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었다. 8일의 투약 기간 후에 또 다른 8일 동안 (세척 제거 기간) 종양 성장의 모니터링을 계속하였다. 체중 감소가 20%를 초과하거나 종양 부피가 원래 크기의 4배로 증가한 경우 마우스를 안락사시켰다.
이식을 위한 DLD-1 BRCA2 -/- 세포 준비 (R 8 H-15, 실시예 12; R 8 H-16, 실시예 18)
Matrigel을 DLD-1 BRCA2-/- 세포 이식을 준비하기 전에 4℃에서 얼음 위에서 밤새 해동시키고, 모든 준비 단계 동안 얼음 위에 유지시켰다. 이식 준비 전 1일에서 3일 사이에 세포를 계대시켰다. 성장 배지는 세포 생존력을 유지하기 위해 필요에 따라 2 내지 3일마다 교체하였다. 이식 당일, 세포를 트립신처리하고, 완전한 배지로 세척하고, 5분 동안 1200 rpm에서 원심분리하여 펠렛화하였다. 상청액을 따라 내고, 세포를 멸균 PBS로 3회 세척하고, 원심분리로 펠렛화하였다. 최종 원심분리 동안, 트리판 블루 배제를 사용하여 생존력을 결정하였다. 세포를 5×106 세포/50 μL의 농도로 멸균 PBS에 재현탁시켰다. 이식 전에, 세포를 5×106 세포/100 μL의 최종 농도를 위해 Matrigel과 1:1로 혼합하였다. Matrigel/세포 혼합물을 이식에 사용될 때까지 원뿔형 튜브에서 얼음 위에 유지시켰다.
DLD-1 BRCA2 -/- 세포 이식 (R 8 H-15, 실시예 12; R 8 H-16, 실시예 18)
원뿔형 튜브에 얼음 위에 유지시킨 Matrigel/DLD-1 BRCA2-/- 세포 (5×106 세포/100 μL)를 멸균 27-게이지 바늘이 장착된 멸균 1 cc 주사기에 끌어들였다. 과잉 Matrigel/세포 혼합물을 원뿔형 튜브로 다시 방출시켜 각 주사기 내에 100μL의 주입량을 남겼다. 주사기 내 Matrigel의 중합을 피하기 위해, 이식 시점까지 충전된 주사기를 얼음 위에 유지시켰다. 세포를 각 마우스의 왼쪽 옆구리에 피하 이식하고, 촉진 가능한 이종이식편의 발달에 따라, 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었다. 이종이식편이 100 mm3의 최소 부피에 도달했을 때 화합물 평가가 진행되었다.
화합물 투여 (R 8 H-15, 실시예 12)
복강내 용량의 6.4, 20 및 50 mg/kg 실시예 12를 상기 기재된 바와 같이 PBS 중 8% PEG400 + 2% 트윈 80에서 제조하고, 8일 동안 매일 1회 투여하였다. 마우스에 12 mL/kg (25 g 마우스당 300 μL)의 부피로 투여하였다. 경구 용량의 0.3 mg/kg R8H-15 (BMN673)를 0.5% 메틸 셀룰로오스에서 제조하고, 비교를 위해 10 mL/kg (25 g 마우스당 250 μL)의 부피로 8일 동안 매일 1회 투여하였다. 화합물 투여 직후, 모든 마우스에 20% 글루코오스에서 경구 용량의 10 mg/kg 테모졸로마이드 (TMZ)를 투여하였다.
화합물 투여 (R 8 H-16, 실시예 18)
실시예 18을 100% 디메틸 설폭사이드 (DMSO)에 용해시켜 0.1 mg/μL 스톡 용액을 수득하였다. 8.83, 17.66 또는 44.15 mg/kg의 복강내 (IP) 용량을 PBS 중 8% PEG400 + 2% 트윈 80으로 구성된 1950 μL의 비히클로 각각 14, 29 또는 72 μL의 스톡을 희석시킴으로써 매일 신선한 상태로 제조하였다. 용량을 볼텍싱하여 균질한 현탁액을 달성하고 12 mg/mL (25 g 마우스당 300μL)의 농도로 8일 동안 매일 1회 투여하였다. 매일, 2.5 mg의 R8H-16을 PBS 중 8% PEG400 + 2% 트윈 80으로 구성된 6 mL의 비히클에 현탁시켰다. 현탁액을 10분 동안 초음파 처리하여 균질한 5 mg/kg 복강내 용량을 생성하였고, 이를 비히클로 1 내지 5 및 1 내지 2.5로 추가로 희석시켜 각각 1 및 2 mg/kg 용량을 생성하였다. 모든 용량을 볼텍싱하고 12 mL/kg (25 g 마우스당 300 μL)의 농도로 8일 동안 매일 1회 투여하였다. 경구 용량의 50 mg/kg의 테모졸로마이드 (TMZ)를 14 mL의 20% 글루코스 비히클에 70 mg의 화합물을 현탁시킴으로써 매일 신선한 상태로 제조하였다. 최종 5 mg/mL 용량을 균질한 현탁액을 달성할 때까지 15분 동안 초음파 처리하였다. 마우스에 실시예 18 또는 R8H-16의 투여 직후에 5일 동안 매일 1회 10 mL/kg (25 g 마우스당 250 μL)으로 TMZ를 경구 투여하였다.
종양 성장
종양 성장을 모니터링하고, 캘리퍼 측정을 종양 성장 속도에 대한 화합물 효능을 평가하기 위해 8일의 투약 기간에 걸쳐 매주 2회 얻었다. 투약이 중단된 후 추가 7주 동안 성장 측정이 계속되었다. 종양 부피가 원래 크기의 4배를 초과하면 마우스를 연구에서 제거하였다.
통계 분석
분산 분석 (ANOVA)을 사용하여 그룹 간의 유의한 차이를 시험하였다. 사후 본페로니 다중 비교 시험 분석 (Post-hoc Bonferroni multiple comparison test analysis)을 사용하여 평균 간의 유의한 차이를 결정하였다. 모든 통계 분석은 Graph Pad Prism 7.03 소프트웨어를 사용하여 달성되었다. 카플란-마이어 분석 (Kaplan-Meier analysis)은, 체중 감소가 초기 체중으로부터 20%를 초과한 경우, 사망 또는 연구로부터 제거에 기초하여 생존율을 평가하기 위해 사용하였다.
도 1은 BRCA-/- 마우스에서 R8H-15 및 실시예 12의 종양 성장 지연을 나타낸다.
도 2는 BRCA-/- 마우스에서 R8H-15 및 실시예 12의 생존을 나타낸다.
도 3은 BRCA-/- 마우스에서 R8H-16 및 실시예 18의 종양 성장 지연을 나타낸다.
실시예 G. 종양 파릴화
연구 설계 (R 8 H-16, 실시예 18)
암컷 누드 마우스는 6주령에 시설에 도착하여 일회용 IVC 케이지 시스템 (Innovive)에서 알파-드라이 베딩 위에 케이지당 5마리를 수용하였다. 인간 DLD-1 BRACA2-/- 세포를 페놀 레드-프리 Matrigel에 1:1로 희석시키고, 100 μL에서 5×106 세포 밀도로 각 마우스의 왼쪽 옆구리에 피하 이식하였다. 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었고, 이종이식편이 250 mm3의 최소 부피에 도달했을 때 치료를 시작하였다. 실시예 18 (8.83, 17.66 또는 44.15 mg/kg) 또는 R8H-16 (2 또는 10 mg/kg)의 복강내 (IP) 용량을 8% PEG400 + 2% 트윈 80 비히클에서 9일 동안 매일 1회 투여하였다. 마우스에 또한 경구 용량의 20% 글루코스를 투여하였다. 제8 용량은 제9 용량 약 12시간 전에 저녁에 투여하였다. 제9 용량의 투여 2시간 후에 혈청 및 조직 샘플을 수집하였다. 파릴화에 대한 화합물 효과는 종양 및 골수에서 결정되었다.
화합물 투여 (R 8 H-16, 실시예 18)
실시예 18을 100% 디메틸 설폭사이드 (DMSO)에 용해시켜 0.1 mg/μL 스톡 용액을 수득하였다. 8.8, 17.7 또는 44.2 mg/kg의 복강내 (IP) 용량을 PBS 중 8% PEG400 + 2% 트윈 80으로 구성된 1800 μL의 비히클로 각각 13, 26 또는 66 μL의 스톡을 희석시킴으로써 매일 신선한 상태로 제조하였다. 용량을 볼텍싱하여 균질한 현탁액을 달성하였다. 10 mg/kg R8H-16의 복강내 (IP) 용량을 PBS 중 8% PEG400 + 2% 트윈 80으로 구성된 6 mL의 비히클에 5 mg의 R8H-16을 현탁시킴으로써 매일 신선한 상태로 제조하였다. 용량을 볼텍싱하여 균질한 현탁액을 달성하였다. IP 용량의 2 mg/kg은 10 mg/kg 용량을 비히클로 1:5로 희석함으로써 제조하였다. 실시예 18 또는 R8H-16의 복강내 (IP) 용량을 12 mL/kg (25 g 마우스당 300μL)의 부피로 9일 동안 매일 1회 투여하였다.
조직 수집 (R 8 H-16, 실시예 18)
혈액 수집 후, 마취하에 자궁 전위로 마우스를 안락사시켰다. 이종이식편 종양을 제거하고, 칭량하고, 메스용 블레이드 (scalpel blade)로 더 작은 조각으로 절단하였다. 무작위 100 mg의 종양 샘플을 동결 튜브에 수집하고, 액체 질소에서 급속 냉동시키고, 처리될 때까지 -80℃에서 보관하였다. 파릴화 측정은 종양 균질물에서 이루어졌다.
종양 균질물에서의 파릴화 (R 8 H-16, 실시예 18)
프로테아제 및 포스파타제 억제제 (1 mg/mL)를 함유하는 RIPA 완충액에서 동결된 종양 샘플을 균질화하고, 300 μL 분취량을 1% SDS 최종 농도로 만들었다. 샘플 100℃에서 5분 동안 가열하고, 얼음 위에서 켄칭시키고, 5분 동안 14,000 x g에서 원심분리하여 정화하였다. Pierce Rapid Gold BCA 단백질 분석 키트를 사용하여 단백질 정량을 위해 종양 샘플을 RIPA/HALT 완충액에서 1:10으로 희석시켰다. 샘플을 샘플 완충액에서 200 ㎍/mL (10 ㎍/웰)로 희석시키고 50 ㎕ 분취량 (10 ㎍/웰)을 사전 코팅된/사전 차단된 ELISA 스트립 웰 상에 로딩하였다. 4℃에서 16시간 항온처리 후, 샘플을 PBST (1L PBS + 1 mL 트윈 20)로 4회 세척하고, 50 μL PAR 검출 항체와 함께 실온에서 2시간 동안 항온처리하였다. 샘플을 PBST로 4회 세척하고, 50 μL 염소 항-래빗 IgG-HRP 컨쥬게이트와 함께 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. PBST로 최종 4회 세척한 후, 100 μL의 PeroxyGlowTM를 각 샘플에 첨가하고, 발광 섬유 종점 및 스트립 웰 영역 플레이트 정의를 사용하여 BioTek Cytation 5에서 발광을 결정하였다.
도 4는 뮤린 DLD-1 BRCA2-/- 이종이식편 모델에서 종양 파릴화에 대한 실시예 18 및 R8H-16의 9일 복강내 투여의 효과를 나타낸다.
실시예 H. 골수 선택도
연구 설계 (R 8 H-15, 실시예 12)
암컷 누드 마우스는 6주령에 시설에 도착하여 일회용 IVC 케이지 시스템 (Innovive)에서 알파-드라이 베딩 위에 케이지당 5마리를 수용하였다. 5 내지 10일의 적응 기간 후, DLD-1 BRACA2-/- 종양 세포를 페놀 레드-프리 (Phenol Red-free) Matrigel에 1:1로 희석시키고, 100 μL에서 5×106 세포 밀도로 각 마우스의 왼쪽 옆구리에 피하 이식하였다. 종양 성장을 모니터링하고, 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었다. 종양이 100 mm3의 최소 부피에 도달하면, 마우스에 2일 동안 매일 1회 경구 용량의 50 mg/kg 테모졸로마이드 (TMZ)를 단독으로 또는 경구 용량의 0.3 mg/kg R8H-15 또는 정맥내 용량의 10 mg/kg 실시예 12와 조합하여 투여하였다. 3일 째에, 공급된 마우스를 마취하에 자궁 전위로 안락사시키고, 종양을 제거하고, 칭량하고, 액체 질소에서 급속 냉동시켰다. 대퇴골을 제거하고, 원심분리에 의해 골수 세포를 단리시키기 위해 PBS로 골수를 50 mL 원뿔형 튜브 내로 밀어넣었다. 골수독성은 골수 세포 카운트에 의해 그리고 Elisa에 의해 결정된 바와 같이 파릴화 억제에 의해 평가되었다. 종양 세포 생존력에 대한 화합물 효과는 엘리사 파릴화 분석에 의해 결정되었다.
연구 설계 (R 8 H-16, 실시예 18)
암컷 누드 마우스는 6주령에 시설에 도착하여 일회용 IVC 케이지 시스템 (Innovive)에서 알파-드라이 베딩 위에 케이지당 5마리를 수용하였다. 인간 DLD-1 BRACA2-/- 세포를 페놀 레드-프리 Matrigel에 1:1로 희석시키고, 100 μL에서 5×106 세포 밀도로 각 마우스의 왼쪽 옆구리에 피하 이식하였다. 캘리퍼 측정을 매주 2회 얻었고, 이종이식편이 250 mm3의 최소 부피에 도달했을 때 치료를 시작하였다. 실시예 18의 복강내 (IP) 용량 (8.83, 17.66 또는 44.15 mg/kg) 또는 R8H-16 (2 또는 10 mg/kg)을 8% PEG400 + 2% Tween 80 비히클에서 9일 동안 매일 1회 투여하였다. 마우스에 또한 경구 용량의 20% 글루코스를 투여하였다. 제8 용량은 제9 용량 약 12시간 전에 저녁에 투여하였다. 혈청 및 조직 샘플은 제9 용량의 투여 2시간 후에 수집하였다. 파릴화에 대한 화합물 효과는 골수에서 결정되었다.
화합물 투여 (R 8 H-15, 실시예 12)
실시예 12의 5 mg을 50 μL의 100% 디메틸 설폭사이드 (DMSO)에 용해시켜 0.1 mg/μL 스톡 용액을 수득하였다. 최종 10 mg/kg 정맥내 용량을 25 μL의 스톡을 2475 μL의 멸균 PBS로 희석시켜 제조하였다. 용량을 부드럽게 혼합하여 투명한 주사 가능한 1 mg/mL의 투약 용액을 생성하였다. 용량을 10 mL/kg (20 g 마우스당 200 μL)으로 꼬리 정맥 주사로 2일 동안 매일 1회 투여하였다. 마우스에 경구 50 g/kg 용량의 테모졸로마이드와 조합하여 투여하였다. 경구 용량의 3 mg/kg R8-H 15를 5 mL의 10% 디메틸 아세트아미드 (DMAc) + 6% Solutol + 84% PBS 비히클에 1.5 mg의 화합물을 현탁시킴으로써 제조하였다. 현탁액을 비히클에서 1:10으로 추가로 희석시켰다. 최종 0.3 mg/kg 용량을 균질한 0.3 mg/mL 현탁액이 달성될 때까지 15분 동안 초음파 처리하였다. 마우스에 경구 50 mg/kg 용량의 테모졸로마이드와 조합하여 2일 동안 매일 1회 10 mL/kg (20 g 마우스당 200 μL)을 경구 투여하였다.
화합물 투여 (R 8 H-16, 실시예 18)
화합물 투여는 실시예 F의 화합물 투여 (R8H-16, 실시예 18) 섹션에 기재된 바와 같았다.
골수 수집 (R 8 H-15, 실시예 12)
종양 수집 후, 대퇴골을 제거하고, 골수를 RPMI + 2% 태아 소 혈청 (FBS)을 함유하는 5 cc 주사기에 장착된 23-게이지 바늘로 골을 플러싱하여 50 mL 원뿔형 튜브 내로 밀어넣었다. 부드럽게 피펫팅하여 골수를 균질화하고 100 μm 나일론 메쉬 필터를 통해 여과하였다. 골수 세포를 4℃에서 5분 동안 1200 rpm으로 원심분리하여 펠렛화하였다. 세포를 5 mL의 PBE (PBS + 0.2% 소 혈청 알부민 + 2 mM EDTA)로 세척하고, 상기 기재된 바와 같이 원심분리에 의해 재펠렛화하였다. 세포를 3 mL 1X RBC 용해 완충액에 재현탁시키고, 실온에서 2 내지 5분 동안 항온처리하였다. PBE를 최종 부피 25 mL에 첨가하고, 세포를 원심분리에 의해 펠렛화하였다. 세포를 5 mL PBE에 재현탁시키고, 40 μm 나일론 메쉬 필터를 통과시키고, 원심분리에 의해 수확하였다. 세포를 1 mL PBE에 재현탁시켰다. 세포 농도 및 생존력은 파릴화 분석을 준비하기 전에 TC-20 세포 계수기 (Biorad) 상에서 트리판 블루 배제를 사용하여 결정하였다. 세포 계수 후, 1.5 mL 골수 세포를 4℃에서 5분 동안 1200 rpm (300 rcf)에서 원심분리에 의해 펠렛화하였다. 약물 농도의 가능한 분석을 위해 상청액을 수집하고 -80℃에서 보관하였다. 나머지 2.5 mL의 세포를 1200 rpm (300 rcf)에서 5분 동안 4℃에서 원심분리에 의해 펠렛화하였다. 펠렛화된 세포를 프로테아제 및 포스파타제 억제제를 함유하는 RIPA 완충액 (106 세포당 100 μL 완충액)에 용해시키고, Elisa 파릴화 분석에 의해 결정된 바와 같이 골수 세포에서 파릴화를 측정하기 위해 -20℃에서 보관하였다.
골수 세포에서의 파릴화 (R 8 H-15, 실시예 12)
3일 째에 대퇴골로부터 단리된 골수 세포를 프로테아제/포스파타제 억제제를 함유하는 RIPA 완충액에 용해시켰다. 균질화된 샘플을 1% SDS 최종 농도로 만들고, 100℃에서 5분 동안 가열하고, 얼음 위에서 켄칭시키고, 4℃에서 5분 동안 12,000 x g에서 원심분리하여 정화하였다. Trevigen의 HT PARP 생체내 약력학적 분석 II를 사용하여 파릴화 분석을 수행하였다. 간단히, 듀플리케이트 10 μg 샘플을 샘플 완충액에 사전 코팅된/사전 차단된 ELISA 스트립 웰 상에 50 μL 부피로 로딩하고, 연속적으로 희석된 정제된 PAR 표준물과 함께 4℃에서 16시간 동안 항온처리하였다. 웰을 PBST로 4회 세척하고, 항체 희석액 중 50 μL/웰의 PAR 폴리클로날 검출 항체와 함께 실온에서 2시간 동안 항온처리하였다. 웰을 PBST로 4회 세척하고, 항체 희석액 중 50 μL/웰 염소 항-래빗 IgG-HRP 컨쥬게이트와 함께 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. 웰을 PBST로 4회 세척하고, 100 μg/웰의 1:1 PARP PeroxyGlow A 및 PARP PeroxyGlow B와 함께 항온처리하고, 발광 섬유 종점을 사용하여 BioTek Cytation 5에서 판독하였다. 데이터는 표준 곡선으로부터 계산된 값을 사용하여 PAR (pg/mL)로 플롯팅하였다.
골수 수집 (R 8 H-16, 실시예 18)
종양 수집 후, 대퇴골을 제거하고, 골수를 PBS + 2% 태아 소 혈청 (FBS)을 함유하는 5 cc 주사기에 장착된 23-게이지 바늘로 골을 플러싱하여 50 mL 원뿔형 튜브 내로 밀어넣었다. 부드럽게 피펫팅하여 골수를 균질화하고 100 μm 나일론 메쉬 필터를 통해 여과하고, 세포를 4℃에서 5분 동안 1200 rpm으로 원심분리하여 펠렛화하였다. 적혈구를 3 mL의 용해 완충액으로 실온에서 2분 동안 용해시켰다. PBS를 25 mL의 부피에 첨가하고, 상기 기재된 바와 같이 원심분리하여 세포를 재펠렛화하였다. 세포 펠렛을 5 mL의 PBS에 현탁시키고, TC-20 세포 계수기 (BioRad)에서 트리판 블루 배제에 의해 세포 계수를 평가하였다. 각 샘플로부터 2.5×106 세포의 서브세트를 파릴화 측정을 위해 마이크로퓨지 튜브에 수집하였다.
골수 세포에서의 파릴화 (R 8 H-16, 실시예 18)
골수 세포 (펠렛당 2.5×106 세포)를 500 μL의 RIPA/HALT 완충액에 용해시키고, 주기적 볼텍싱으로 15분 동안 얼음 위에서 항온처리하였다. 세포 용해물을 최대 1% SDS 최종 농도로 만들고, 100℃에서 5분 동안 가열하고, 얼음 상에서 켄칭시켰다. 세포 파편을 4℃에서 5분 동안 14,000 x g에서 원심분리하여 제거하고, 펠렛화된 세포를 250,000 세포/50 μL의 농도로 완충액에 재현탁시켰다. 골수 세포 샘플을 사전 코팅된/사전 차단된 ELISA 스트립 웰에 로딩하고, 4℃에서 16시간 동안 항온처리하였다. 샘플을 PBST (1L PBS + 1 mL 트윈 20)로 4회 세척하고, 50 μL PAR 검출 항체와 함께 실온에서 2시간 동안 항온처리하였다. 샘플을 PBST로 4회 세척하고, 50 μL 염소 항-래빗 IgG-HRP 컨쥬게이트와 함께 실온에서 1시간 동안 항온처리하였다. PBST로 최종 4회 세척한 후, 100 μL의 PeroxyGlowTM를 각 샘플에 첨가하고, 발광 섬유 종점 및 스트립 웰 영역 플레이트 정의를 사용하여 BioTek Cytation 5에서 발광을 결정하였다.
통계 분석
분산 분석 (ANOVA)을 사용하여 그룹 간의 유의한 차이를 시험하였다. 사후 본페로니 다중 비교 시험 분석을 사용하여 평균 간의 유의한 차이를 결정하였다. 모든 통계 분석은 Graph Pad Prism 7.03 소프트웨어를 사용하여 달성되었다.
도 5는 누드 마우스로의 테모졸로마이드 (TMZ)의 경구 투여와 조합하여 실시예 12의 정맥내 투여 또는 R8H-15의 경구 투여 후 골수 세포에서의 파릴화를 나타낸다.
도 6은 누드 마우스로의 실시예 18 또는 R8H-16의 복강내 투여 후 골수 세포에서의 파릴화를 나타낸다.
본원에 기술된 것 이외에, 본 발명의 다양한 변형이 상기 설명으로부터 당업자에게 명백할 것이다. 그러한 변형은 또한 첨부된 청구범위의 범주 내에 속하는 것으로 의도된다. 본 출원에 인용된 모든 특허, 특허 출원 및 공보를 제한 없이 포함하는 각각의 참조 문헌은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> Cybrexa, Inc. <120> COMPOUNDS, COMPOSITIONS, AND METHODS FOR TREATMENT OF DISEASES INVOLVING ACIDIC OR HYPOXIC DISEASED TISSUES <130> 43236-0003WO1 <150> 62/758,264 <151> 2018-11-09 <150> 62/613,931 <151> 2018-01-05 <160> 311 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 28 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic peptide <400> 1 Ala Asp Asp Gln Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Asp Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Leu Leu Trp Cys Gly 20 25 <210> 2 <211> 35 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic peptide <400> 2 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala Asp 20 25 30 Glu Cys Gly 35 <210> 3 <211> 32 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic peptide <400> 3 Ala Asp Asp Gln Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Asp Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Leu Leu Trp Asp Ala Asp Glu Cys Gly 20 25 30 <210> 4 <211> 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Synthetic polypeptide <400> 44 Ala Cys Glu Asp Gln Asn Pro Tyr Trp Arg Ala Tyr Ala Asp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Pro Leu Thr Leu Leu Asp Leu Leu Ala Leu Trp Asp Gly 20 25 30 <210> 45 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 45 Ala Cys Asp Asp Gln Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Asp Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Leu Leu Trp 20 25 <210> 46 <211> 34 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 46 Thr Glu Asp Ala Asp Val Leu Leu Ala Leu Asp Leu Leu Leu Leu Pro 1 5 10 15 Thr Thr Phe Leu Trp Asp Ala Tyr Arg Ala Trp Tyr Pro Asn Gln Glu 20 25 30 Cys Ala <210> 47 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 47 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu 20 <210> 48 <211> 21 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 48 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Cys Leu 20 <210> 49 <211> 21 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 49 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu 20 <210> 50 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 50 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Phe Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu 20 <210> 51 <211> 21 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 51 Lys Glu Asp Gln Asn Pro Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Thr Leu Ala Trp 20 <210> 52 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 52 Ala Cys Glu Asp Gln Asn Pro Trp Ala 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Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 97 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asp 20 25 30 Ala Asp Glu Cys Thr 35 <210> 98 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 98 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Gly 35 <210> 99 <211> 35 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 99 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Thr 35 <210> 100 <211> 36 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 100 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile 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Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 110 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asn Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asn Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Gly 35 <210> 111 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 111 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala His Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asn 20 25 30 Ala Asn Glu Cys Thr 35 <210> 112 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 112 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala His Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asn 20 25 30 Ala Asp Glu Cys Thr 35 <210> 113 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 113 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile 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Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (37)..(37) <223> Lys(rhodamine) <220> <221> MOD_RES <222> (38)..(38) <223> Cys(phalloidin) <400> 208 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Glu Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Lys Cys Gly 35 <210> 209 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 209 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Asp Leu Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Leu Ala Leu Leu Val 20 25 30 Asp Ala Asp Glu Gly Thr 35 <210> 210 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 210 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Ala Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Cys Gly 35 <210> 211 <211> 38 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Sequence: Synthetic polypeptide <400> 214 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Glu Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Cys Gly 35 <210> 215 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 215 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Glu Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Glu Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Cys Gly 35 <210> 216 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 216 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Ala Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Cys Gly 35 <210> 217 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 217 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr 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<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(18) <223> Peptide nucleic acid <400> 235 cctctgacct catttaca 18 <210> 236 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(18) <223> Peptide nucleic acid <400> 236 cctcttacct cagttaca 18 <210> 237 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(18) <223> Peptide nucleic acid <400> 237 cctctgacct catttaca 18 <210> 238 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1)..(18) <223> Peptide nucleic acid <400> 238 cctcttacct cagttaca 18 <210> 239 <211> 38 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: pH-sensitive membrane polypeptide <400> 239 Ala Ala Glu Gln 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Synthetic polypeptide <400> 246 Ala Glu Asp Gln Asn Asp Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Gly 20 25 30 <210> 247 <211> 34 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 247 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Phe Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala Asp 20 25 30 Glu Thr <210> 248 <211> 34 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 248 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Phe Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala Asp 20 25 30 Glu Thr <210> 249 <211> 34 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 249 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Phe Ala Arg Tyr Ala Asp Phe Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu 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Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 253 Ala Cys Glu Glu Gln Asn Pro Trp Ala Arg Tyr Leu Glu Trp Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Glu Thr Leu Leu Leu Glu Leu 20 25 <210> 254 <211> 35 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 254 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala Asp 20 25 30 Glu Gly Thr 35 <210> 255 <211> 32 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 255 Ala Lys Glu Asp Gln Asn Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Gly 20 25 30 <210> 256 <211> 32 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 256 Ala Lys Glu Asp Gln Asn Asp Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu 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Synthetic polypeptide <400> 260 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr 35 <210> 261 <211> 32 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 261 Ala Cys Glu Asp Gln Asn Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Gly 20 25 30 <210> 262 <211> 30 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 262 Ala Cys Glu Asp Gln Asn Pro Tyr Trp Arg Ala Tyr Ala Asp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Pro Leu Thr Leu Leu Asp Leu Leu Ala Leu Trp Asp Gly 20 25 30 <210> 263 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 263 Ala Cys Asp Asp Gln Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Asp Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Leu Leu 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Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 279 Ala Cys Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asn Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asn Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr 35 <210> 280 <211> 36 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 280 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asp 20 25 30 Ala Asp Glu Thr 35 <210> 281 <211> 36 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 281 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asp 20 25 30 Ala Asp Glu Thr 35 <210> 282 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 282 Cys Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala His 1 5 10 15 Trp Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val 20 25 30 Asp Ala Asp Glu Thr 35 <210> 283 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 283 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala His Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asp 20 25 30 Ala Asp Glu Gly Thr 35 <210> 284 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 284 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala His Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asn 20 25 30 Ala Asp Glu Gly Thr 35 <210> 285 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 285 Asp Asp Asp Glu Asp Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala His Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu His Gly Ala Leu Leu Val Asn 20 25 30 Ala Asn Glu Gly Thr 35 <210> 286 <211> 32 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 286 Ala Lys Glu Asp Gln Asn Asp Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Gly 20 25 30 <210> 287 <211> 31 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 287 Ala Glu Asp Gln Asn Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Glu Leu Ala Leu Leu Val Cys Gly 20 25 30 <210> 288 <211> 28 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 288 Ala Lys Asp Asp Gln Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Asp Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Leu Leu Trp Cys 20 25 <210> 289 <211> 27 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 289 Ala Cys Glu Glu Gln Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Glu Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Glu Thr Leu Leu Leu Glu Leu Leu Trp 20 25 <210> 290 <211> 25 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 290 Ala Cys Asp Asp Gln Asn Pro Trp Ala Arg Tyr Leu Asp Trp Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Leu 20 25 <210> 291 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 291 Cys Asp Asn Asn Asn Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Asp Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Asp Thr Leu Leu Leu Asp Trp 20 <210> 292 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 292 Cys Glu Glu Gln Gln Pro Trp Ala Gln Tyr Leu Glu Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Glu Thr Leu Leu Leu Glu Trp 20 <210> 293 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 293 Cys Glu Glu Gln Gln Pro Trp Arg Ala Tyr Leu Glu Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Glu Thr Leu Leu Leu Glu Trp 20 <210> 294 <211> 37 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 294 Cys Asp Asp Asp Asp Asp Asn Pro Asn Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asn 1 5 10 15 Trp Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asn Gly Ala Leu Leu Val 20 25 30 Glu Ala Glu Glu Thr 35 <210> 295 <211> 36 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 295 Cys Asp Asp Asp Asp Asp Asn Pro Asn Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Pro 1 5 10 15 Trp Leu Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Pro Gly Ala Leu Leu Val 20 25 30 Glu Ala Glu Glu 35 <210> 296 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 296 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Phe Ala Arg Tyr Ala Asp Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Thr Leu Ala Trp 20 <210> 297 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 297 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Thr Leu Ala Phe 20 <210> 298 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 298 Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Leu Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Thr Leu Ala Trp 20 <210> 299 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 299 Lys Glu Asp Gln Asn Pro Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Leu Leu Phe Pro 1 5 10 15 Thr Thr Leu Trp 20 <210> 300 <211> 24 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 300 Ala Cys Glu Glu Gln Asn Pro Gln Ala Glu Tyr Ala Glu Trp Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Thr Leu Leu Leu Leu Glu 20 <210> 301 <211> 25 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 301 Ala Ala Glu Glu Gln Asn Pro Trp Ala Arg Tyr Leu Glu Trp Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Glu Thr Leu Leu Leu Glu Leu 20 25 <210> 302 <211> 25 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 302 Ala Lys Glu Glu Gln Asn Pro Trp Ala Arg Tyr Leu Glu Trp Leu Phe 1 5 10 15 Pro Thr Glu Thr Leu Leu Leu Glu Leu 20 25 <210> 303 <211> 38 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Wild-type pH-sensitive membrane polypeptide <400> 303 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Gly Gly 35 <210> 304 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(1) <223> Ala or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (2)..(2) <223> Ala, Asp or Cys <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(4) <223> Gln or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (11)..(11) <223> Arg or Gln <220> <221> MOD_RES <222> (12)..(12) <223> Tyr or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Ala, Asp or Tyr <220> <221> MOD_RES <222> (14)..(14) <223> Asp, Asn, Glu, His, Lys, Ala or Trp <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(15) <223> Trp or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Thr or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (20)..(20) <223> Pro, Gly or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (24)..(24) <223> Leu or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(25) <223> Asp, Leu, Asn, Glu, His, Lys or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (26)..(26) <223> Leu, Asp or Gly <220> <221> MOD_RES <222> (31)..(31) <223> Asp or Asn <220> <221> MOD_RES <222> (33)..(33) <223> Asp or Asn <220> <221> MOD_RES <222> (34)..(34) <223> Glu or Gln <220> <221> MOD_RES <222> (35)..(35) <223> Gly or Cys <220> <221> MOD_RES <222> (37)..(37) <223> Gly or Cys <400> 304 Xaa Xaa Glu Xaa Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Leu 1 5 10 15 Phe Thr Xaa Xaa Leu Leu Leu Xaa Xaa Xaa Ala Leu Leu Val Xaa Ala 20 25 30 Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Gly 35 <210> 305 <211> 42 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(1) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(21) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (29)..(29) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (40)..(40) <223> May or may not be present <400> 305 Asp Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp 1 5 10 15 Leu Phe Thr Thr Leu Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Leu Ala Leu Leu 20 25 30 Val Asp Ala Asp Glu Gly Thr Lys Gly Gly 35 40 <210> 306 <211> 38 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Wild-type pH-sensitive membrane polypeptide <400> 306 Gly Gly Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Gly Gly 35 <210> 307 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(1) <223> Gly, Asp or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (2)..(2) <223> Gly, Asp or Cys <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(4) <223> Gln or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (11)..(11) <223> Arg or Gln <220> <221> MOD_RES <222> (12)..(12) <223> Tyr or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (13)..(13) <223> Ala, Asp or Tyr <220> <221> MOD_RES <222> (14)..(14) <223> Asp, Asn, Glu, His, Lys, Ala or Trp <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(15) <223> Trp or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Thr or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (20)..(20) <223> Pro, Gly or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (24)..(24) <223> Leu or Asp <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(25) <223> Asp, Leu, Asn, Glu, His, Lys or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (26)..(26) <223> Leu, Asp or Gly <220> <221> MOD_RES <222> (31)..(31) <223> Asp or Asn <220> <221> MOD_RES <222> (33)..(33) <223> Asp or Asn <220> <221> MOD_RES <222> (34)..(34) <223> Glu or Gln <220> <221> MOD_RES <222> (35)..(35) <223> Gly or Cys <400> 307 Xaa Xaa Glu Xaa Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Leu 1 5 10 15 Phe Thr Xaa Xaa Leu Leu Leu Xaa Xaa Xaa Ala Leu Leu Val Xaa Ala 20 25 30 Xaa Xaa Xaa Thr Gly Gly 35 <210> 308 <211> 44 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <220> <221> MOD_RES <222> (1)..(1) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (7)..(7) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (22)..(22) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (30)..(30) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (40)..(40) <223> May or may not be present <220> <221> MOD_RES <222> (42)..(42) <223> Lys, Cys or absent <400> 308 Asp Gly Gly Glu Gln Asn Asp Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp 1 5 10 15 Trp Leu Phe Thr Thr Leu Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Leu Ala Leu 20 25 30 Leu Val Asp Ala Asp Glu Gly Cys Thr Xaa Gly Gly 35 40 <210> 309 <211> 38 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic polypeptide,which is modified at the CYS, residue 37 of the peptide, with a S-S-linker attqached to the nitrogen of amino-phalloidin <400> 309 Ala Ala Glu Gln Asn Pro Ile Tyr Trp Ala Arg Tyr Ala Asp Trp Leu 1 5 10 15 Phe Thr Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Ala 20 25 30 Asp Glu Gly Thr Cys Gly 35 <210> 310 <211> 31 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> modification of Cys residue 30 with a S-S linker attached to 2-amino phalloidin, Lys residue 29 modified with an alkyl linker attached to rhodamine, and Alanine residue 1 modified with a COCH3 group. <400> 310 Ala Glu Asp Gln Asn Pro Tyr Trp Ala Arg Tyr Asp Trp Leu Phe Thr 1 5 10 15 Thr Pro Leu Leu Leu Leu Asp Leu Ala Leu Leu Val Asp Cys Gly 20 25 30 <210> 311 <211> 34 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic peptide <400> 311 Gly Leu Ala Gly Leu Ala Gly Leu Leu Gly Leu Glu Gly Leu Leu Gly 1 5 10 15 Leu Pro Leu Gly Leu Leu Glu Gly Leu Trp Leu Gly Leu Glu Leu Glu 20 25 30 Gly Asn

Claims (31)

  1. 화학식 I의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    화학식 I
    Figure pct00174

    상기 식에서,
    R7은 펩타이드이고;
    R8은 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:
    Figure pct00175

    Figure pct00176

    Figure pct00177

    Figure pct00178

    Figure pct00179

    Figure pct00180

    Figure pct00181

    Figure pct00182

    Figure pct00183

    Figure pct00184

    Figure pct00185

    Figure pct00186

    Q는 하기로 이루어진 군으로부터 선택되고:
    Figure pct00187

    Figure pct00188

    Figure pct00189

    Figure pct00190

    Figure pct00191

    Figure pct00192

    Figure pct00193

    R1, R2, R3, R4, R5, R6, R9, R10, R11, 및 R12는 각각 독립적으로 H, C1-4 알킬, C1-4 알케닐, C6-10 아릴, 5 내지 10원 헤테로아릴, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 선택되고, 여기서, 상기 C1-4 알킬, C1-4 알케닐, C6-10 아릴 및 5 내지 10원 헤테로아릴은 각각 할로 CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환되거나;
    R1 및 R2는 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하거나;
    R1 및 R3은 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하거나;
    R3 및 R4는 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하거나;
    R5 및 R6은 이들이 부착되어 있는 탄소 원자와 함께, 할로, CN, NO2, ORa1, SRa1, C(O)Rb1, C(O)NRc1Rd1, C(O)ORa1, OC(O)Rb1, OC(O)NRc1Rd1, NRc1Rd1, NRc1C(O)Rb1, NRc1C(O)ORa1, 및 NRc1C(O)NRc1Rd1로부터 독립적으로 선택된 1, 2 또는 3개의 치환기로 임의로 치환된 C3-7 사이클로알킬기를 형성하고;
    R13은 H 또는 C1-6 알킬이고;
    A는 H 또는 C1-4 알킬이고;
    Figure pct00194
    는 C6-10 아릴 또는 5 내지 10원 헤테로아릴이고; 여기서, 5 내지 10원 헤테로아릴은 적어도 하나의 고리-형성 탄소 원자, 및 N, O, 및 S로부터 독립적으로 선택된 1, 2, 3 또는 4개의 고리-형성 헤테로원자를 가지고;
    [N, O, S]는 NH, O 또는 S이고;
    [N, O]는 NH 또는 O이고;
    [C, N, O]는 CRXRY, NH 또는 O이고;
    각각의 RX 및 RY는 독립적으로 H 및 C1-4 알킬로부터 선택되고;
    [AA]X는 효소 작용에 의해 절단될 수 있는 펩타이드이고;
    S1은
    Figure pct00195
    이고;
    각각의 Ra, Rb, Rc, 및 Rd는 독립적으로 H, C1-4 알킬, ORa2, CO2Ra2, 및 OC(=O)Ra2로부터 선택되고, 여기서, 상기 C1-4 알킬은 ORa2, CO2Ra2, 및 OC(=O)Ra2로 임의로 치환되고;
    Ra1, Rb1, Rc1, 및 Rd1은 각각 독립적으로 H, C1-6 알킬, C2-6 알케닐, C2-6 알키닐, C1-6 할로알킬, OH, CN, NO2, 및 CO2CH3으로부터 선택되고; 여기서, 상기 C1-6 알킬 및 C2-6 알케닐은 각각 OH, CN, NO2, 또는 CO2CH3으로 임의로 치환되고;
    Ra2는 H 또는 C1-4 알킬이고;
    n은 0 또는 1이다.
  2. 청구항 1에 있어서, R7이 약 6.0 미만의 pH를 갖는 산성 또는 저산소성 맨틀을 갖는 세포막에 걸쳐 R8Q-를 선택적으로 전달할 수 있는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  3. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열 중 적어도 하나를 포함하는 펩타이드이고, R7이 R7의 시스테인 잔기를 통해 Q에 부착되는, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1);
    AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2);
    ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3);
    Ac-AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTKCG (서열번호 4; Pv4); 및
    AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTC (서열번호 5; Pv5).
  4. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열 중 적어도 하나를 포함하는 펩타이드이고, R7이 R7의 시스테인 잔기를 통해 Q에 부착되는, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1),
    AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2), 및
    ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3).
  5. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열을 포함하는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWCG (서열번호 1; Pv1).
  6. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열을 포함하는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    AEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADECG (서열번호 2; Pv2).
  7. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열을 포함하는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    ADDQNPWRAYLDLLFPTDTLLLDLLWDADECG (서열번호 3; Pv3).
  8. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열을 포함하는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    Ac-AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTKCG (서열번호 4; Pv4).
  9. 청구항 1에 있어서, R7이 하기 서열을 포함하는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    AAEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADEGTC (서열번호 5; Pv5).
  10. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, R1 및 R2가 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택되고, R3 , R4, R5, 및 R6이 각각 H인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  11. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, R1 및 R2가 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택되는, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  12. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, R1 및 R2가 각각 H인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  13. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, R3 및 R4가 각각 H인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  14. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, R5 및 R6이 각각 H인, 화합물, 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  15. 청구항 1 내지 14 중 어느 한 항에 있어서, R9, R10, R11, 및 R12가 각각 독립적으로 H 및 메틸로부터 선택되는, 화합물, 또는 이의 약학적으로 허용되는 염.
  16. 청구항 1 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, [AA]x를 절단할 수 있는 효소가 카텝신 B, MMPXX, DPPIV, 당 단백질, 펩티다제 또는 카스파제인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  17. 청구항 1 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, [AA]x가 2 내지 10개의 아미노산 잔기를 갖는 펩타이드인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  18. 청구항 1 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, [AA]x가 -Pro_Gly-; -Val_Cit-, -Gly_Pro_Leu_Gly_Leu_Ala_Gly_Asp_Asp-, -Gly_Pro_GLeu_Gly_Val_Arg_Gly, 또는 -Ser_Ser_Lys_Leu_Gly-인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염.
  19. 청구항 1 내지 18 중 어느 한 항에 있어서, S1이 하기 구조를 갖는 기인, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    Figure pct00196
  20. 청구항 1에 있어서, 하기로부터 선택되는, 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염:
    Figure pct00197

    Figure pct00198

    Figure pct00199

    Figure pct00200

    Figure pct00201

    Figure pct00202

    Figure pct00203

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    Figure pct00205

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    Figure pct00208

    Figure pct00209

    Figure pct00210

    Figure pct00211

    Figure pct00212

    Figure pct00213

    Figure pct00214

    Figure pct00215
  21. 청구항 1 내지 20 중 어느 한 항의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염을 포함하는 약제학적 조성물.
  22. 치료학적으로 유효한 양의 청구항 1 내지 20 중 어느 한 항의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염을 고통받는 인간 또는 다른 포유동물에게 투여하는 단계를 포함하여, 그러한 치료를 필요로 하는 고통받는 인간 또는 다른 포유동물에서 산성 또는 저산소성 질환에 걸린 조직에 관련된 질환 또는 병태를 치료하는 방법.
  23. 청구항 22에 있어서, 상기 질환 또는 병태가 암, 뇌졸중, 심근 경색증 및 장기 신경퇴행성 질환으로부터 선택되는, 방법.
  24. 청구항 23에 있어서, 상기 질환 또는 병태가 암인, 방법.
  25. 청구항 24에 있어서, 상기 암이 PARP-민감성인, 방법.
  26. 청구항 24에 있어서, 상기 암이 ATM의 비정상적 발현 또는 활성과 관련되는, 방법.
  27. 청구항 24에 있어서, 상기 암이 DNA-PK의 비정상적 발현 또는 활성과 관련되는, 방법.
  28. 청구항 24에 있어서, 상기 암이 BRCA-돌연변이 유방암인, 방법.
  29. 청구항 24에 있어서, 상기 암이 생식선 BRCA-돌연변이 난소암인, 방법.
  30. 청구항 23에 있어서, 치료학적 유효량의 이온화 방사선 또는 세포독성제를 상기 고통받는 인간 또는 다른 포유동물에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  31. 치료학적 유효량의 청구항 1 내지 20 중 어느 한 항의 화합물 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염을 이온화 방사선 또는 세포독성제와 조합하여 인간 또는 다른 포유동물에게 투여하는 단계를 포함하여, 이온화 방사선 또는 세포독성제의 투여와 관련된 골수 독성을 감소시키는 방법.
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