KR20160048196A - 교모세포종의 치료를 위한 진단 방법 및 조성물 - Google Patents

Abstract

본 발명은 VEGF 길항제 치료제에 반응할 가능성이 있는 교모세포종을 가지는 환자를 확인하고 치료하기 위한 1개 이상의 바이오마커의 발현을 검출하기 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 본 발명은 상기 방법에서 사용하기 위한 키트 및 제조 물품을 또한 제공한다.

Description

교모세포종의 치료를 위한 진단 방법 및 조성물{DIAGNOSTIC METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATMENT OF GLIOBLASTOMA}

본 발명은 VEGF 길항제, 예를 들어 항-VEGF 항체에 의한 치료로부터 이익을 받는 교모세포종(glioblastoma)을 가지는 환자를 확인하는 방법에 관한 것이다.

신경교종은 모든 악성 뇌 및 CNS 종양의 81%를 차지한다. 교모세포종(다형성 교모세포종(glioblastoma multiforme: GBM); 세계 보건 기구(World Health Organization: WHO) IV 등급 성상세포종)은 특히 악성 신경교종의 60% 내지 70%를 차지하고, 신경교종의 가장 공격적인 아형으로 남아 있다. 이것은 성인(진단 시 평균 나이: 64세)에서 대부분 발생하고, 이의 발병률은 미국에서 100,000명당 3.05명인 것으로 추정된다. 각각 29% 및 3%의 1년 및 5년 전체 생존율에 의해, 교모세포종의 예후는 특히 빈약하다(미국의 중앙 뇌 종양 등록기관(Central Brain Tumor Registry of the United States)(2005)(CBTRUS; http://www.cbtrus.org)).

바이오마커의 발현 수준의 측정은 예를 들어 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 의한 치료를 포함하는 특정한 치료제에 반응하는 교모세포종을 가지는 환자를 확인하기 위한 효과적인 수단일 수 있다.

교모세포종을 가지는 환자가 어떠한 치료에 반응할지를 결정하기 위한 효과적인 수단, 및, 단일 물질로서 사용되든 또는 다른 물질과 조합되든, VEGF 길항제 치료제에 의한 환자에 대한 효과적인 치료 섭생에 대한 이러한 결정의 포함을 위한 수요가 존재한다.

본 발명은 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 교모세포종을 가지는 환자를 확인하는 방법을 제공한다. 이들 환자는 하기 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현 수준에 기초하여 확인된다.

제1 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계; (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함); 및 (c) 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것을 환자에게 통지하는 단계를 포함한다.

제2 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 효능을 최적화하는 방법을 또한 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계; (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함); 및 (c) 환자에게 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고를 제공하는 단계를 포함한다.

상기 기재된 방법에서, 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있을 수 있고, 기준 수준은 환자의 집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 이들 방법의 다른 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다.

상기 기재된 방법에서, 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 기준 수준에 대한 증가 또는 감소일 수 있다.

환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현은 예를 들어 mRNA 수준 및/또는 혈장 단백질 수준을 측정함으로써 검출될 수 있다.

생물학적 샘플은 예를 들어 종양 조직, 예컨대 종양 조직 생검 또는 혈액 혈장 샘플일 수 있다.

본 발명의 이 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 2개, 3개, 4개 이상의 유전자의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 본 발명의 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 유전자 중 적어도 제4 또는 적어도 제3의 유전자의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

상기 기재된 방법에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체일 수 있다. 항-VEGF 항체는 예를 들어 A4.6.1 에피토프에 결합하는 항-VEGF 항체, 베바시주맙일 수 있거나, 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가진다.

상기 기재된 방법은 환자에게 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 투여된 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체, 예를 들어 A4.6.1 에피토프에 결합하는 항-VEGF 항체, 베바시주맙일 수 있거나, 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가진다.

상기 기재된 방법은 (ⅰ) 항종양성 물질(anti-neoplastic agent), 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, (ⅱ) 방사선치료제, 또는 (ⅲ) 이들의 조합을 사용하여 치료를 수행하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 상기 기재된 방법은 환자에게 화학치료제, 예컨대 테모졸로마이드(temozolomide: TMZ)를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

상기 기재된 방법에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 전체 생존(overall survival: OS)의 증가 또는 연장일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 무진행 생존(progression-free survival: PFS)의 증가 또는 연장일 수 있다.

상기 기재된 방법에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 예를 들어 전신경(proneural: PN) 유형(전신경 아형)의 교모세포종을 가질 수 있다.

제3 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 임의의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계; (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함); 및 (c) 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 VEGF 길항제를 포함하는 치료제를 선택하는 단계 및, 임의로, VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제를 환자에게 권고하는 단계를 포함한다.

이들 방법에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지는 환자의 집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 이들 방법의 몇몇 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다.

이들 방법에서, 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 기준 수준에 대한 증가 또는 감소일 수 있다. 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현은 예를 들어 mRNA 수준 및/또는 혈장 단백질 수준을 측정함으로써 검출될 수 있다. 생물학적 샘플은 예를 들어 종양 조직, 예컨대 종양 조직 생검 또는 혈액 혈장 샘플일 수 있다.

본 발명의 이 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 2개, 3개, 4개 이상의 유전자의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 이들 방법의 몇몇 실시형태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플에서 유전자 중 적어도 제4 또는 적어도 제3의 유전자의 발현의 추가의 검출.

이들 방법에서, 단계 (c)의 치료제는 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, 방사선치료제, 또는 이들의 조합일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 이들 방법은 환자에게 화학치료제, 예컨대 TMZ를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

이들 방법은 (d) 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 환자에게 유효량의 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 투여된 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체, 예를 들어 A4.6.1 에피토프에 결합하는 항-VEGF 항체, 베바시주맙일 수 있거나, 항-VEGF 항체는 VH 및 VL을 포함하되, VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가진다. 몇몇 실시형태에서, 상기 방법은 유효량의 적어도 제2 물질을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 제2 물질은 예를 들어 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제, 세포독성제, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 제2 물질은 TMZ이다.

이들 방법에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 OS의 증가 또는 연장일 수 있다. 이들 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 PFS의 증가 또는 연장일 수 있다.

이들 방법에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 예를 들어 PN 유형(PN 아형)의 교모세포종을 가질 수 있다.

제1 양상, 제2 양상 및 제3 양상의 임의의 방법에서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 적어도 1개의 유전자가 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택될 때, 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 기준 수준에 대한 증가일 수 있다.

제4 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계(여기서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택됨); (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함); 및 (c) 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것을 환자에게 통지하는 단계를 포함한다.

제5 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계(여기서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택됨); (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함); 및 (c) 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고를 환자에게 제공하는 단계를 포함한다.

제6 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계(여기서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택됨); (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함); 및 (c) 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 VEGF 길항제를 포함하는 치료제를 선택하는 단계 및, 임의로, VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제를 환자에게 권고하는 단계를 포함한다.

제4 양상, 제5 양상 및 제6 양상의 임의의 방법에서, 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있을 수 있고, 기준 수준은 환자의 집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 이들 방법의 다른 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다.

제7 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계; 및 (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함)를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 제7 양상의 방법은 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것을 환자에게 통지하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

제8 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 효능을 최적화하는 방법을 또한 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계; 및 (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함)를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 제8 양상의 방법은 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고를 환자에게 제공하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있을 수 있고, 기준 수준은 환자의 집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 이들 방법의 다른 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 기준 수준에 대한 증가 또는 감소일 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현은 예를 들어 mRNA 수준 및/또는 혈장 단백질 수준을 측정함으로써 검출될 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, 생물학적 샘플은 예를 들어 종양 조직, 예컨대 종양 조직 생검 또는 혈액 혈장 샘플일 수 있다.

본 발명의 제7 양상 및 제8 양상의 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 2개, 3개, 4개 이상의 유전자의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 본 발명의 제7 양상 및 제8 양상의 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 유전자 중 적어도 제4 또는 적어도 제3의 유전의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체일 수 있다. 항-VEGF 항체는 예를 들어 A4.6.1 에피토프에 결합하는 항-VEGF 항체, 베바시주맙일 수 있거나, 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가진다.

본 발명의 제7 양상 및 제8 양상의 방법은 환자에게 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 투여된 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체, 예를 들어 A4.6.1 에피토프에 결합하는 항-VEGF 항체, 베바시주맙일 수 있거나, 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가진다.

몇몇 실시형태에서, 제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법은 (ⅰ) 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, (ⅱ) 방사선치료제, 또는 (ⅲ) 이들의 조합을 사용하여 치료를 수행하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 상기 기재된 방법은 환자에게 화학치료제, 예컨대 테모졸로마이드(TMZ)를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 전체 생존(OS)의 증가 또는 연장일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 무진행 생존(PFS)의 증가 또는 연장일 수 있다.

제7 양상 및 제8 양상의 임의의 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 예를 들어 전신경(PN) 유형(전신경 아형)의 교모세포종을 가질 수 있다.

제9 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법을 특징으로 하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 임의의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계; 및 (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함)를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 제9 양상의 방법은 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 VEGF 길항제를 포함하는 치료제를 선택하는 단계 및, 임의로, VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제를 환자에게 권고하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지는 환자의 집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다.

제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 기준 수준에 대한 증가 또는 감소일 수 있다. 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현은 예를 들어 mRNA 수준 및/또는 혈장 단백질 수준을 측정함으로써 검출될 수 있다. 생물학적 샘플은 예를 들어 종양 조직, 예컨대 종양 조직 생검 또는 혈액 혈장 샘플일 수 있다.

본 발명의 제9 양상의 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 2개, 3개, 4개 이상의 유전자의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 이들 방법의 몇몇 실시형태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플에서 유전자 중 적어도 제4 또는 적어도 제3의 유전자의 발현의 추가의 검출.

제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, 단계 (d)의 치료제는 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, 방사선치료제, 또는 이들의 조합일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 이들 방법은 환자에게 화학치료제, 예컨대 TMZ를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

본 발명의 제9 양상의 방법은 (e) 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 환자에게 유효량의 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 투여된 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체, 예를 들어 A4.6.1 에피토프에 결합하는 항-VEGF 항체, 베바시주맙일 수 있거나, 항-VEGF 항체는 VH 및 VL를 포함하되, VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가진다.

제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, 상기 방법은 유효량의 적어도 제2 물질을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 제2 물질은 예를 들어 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제, 세포독성제, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 제2 물질은 TMZ이다.

제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 OS의 증가 또는 연장일 수 있다. 이들 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 예를 들어 PFS의 증가 또는 연장일 수 있다.

제9 양상의 방법의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 예를 들어 PN 유형(PN 아형)의 교모세포종을 가질 수 있다.

제7 양상, 제8 양상 및 제9 양상의 임의의 방법에서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 적어도 1개의 유전자가 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택될 때, 환자 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 기준 수준에 대한 증가일 수 있다.

제10 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계(여기서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택됨); 및 (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함)를 포함한다.

제11 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계(여기서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택됨); 및 (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함)를 포함한다.

제12 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 (a) 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계(여기서, 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택됨); 및 (b) 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계(여기서, 기준 수준에 대한 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인함)를 포함한다.

제10 양상, 제11 양상 및 제12 양상의 임의의 방법에서, 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있을 수 있고, 기준 수준은 환자의 집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 이들 방법의 다른 실시형태에서, 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다.

제13 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능의 최적화에서 사용하기 위한 VEGF 길항제를 포함하고, 여기서 환자는, VEGF 길항제의 임의의 투여 전에, 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대한 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 상이한 수준(예를 들어, 증가 수준 또는 감소 수준)을 발현한다. 제13 양상의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제는 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대해 상이한 수준(예를 들어, 증가 수준 또는 감소 수준)으로 발현된 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자를 가지는 환자에게 투여되어야 한다.

제14 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자의 치료에서 사용하기 위한 VEGF 길항제를 포함하고, 여기서 환자는, VEGF 길항제의 투여 전에, 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 상이한 수준(예를 들어, 증가 수준 또는 감소 수준)을 발현한다.

제15 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능의 최적화에서 사용하기 위한 VEGF 길항제를 포함하고, 여기서 환자는, VEGF 길항제의 임의의 투여 전에, 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대한 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자의 증가 수준을 발현한다. 제15 양상의 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제는 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대해 증가 수준으로 발현된 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 가지는 환자에게 투여되어야 한다.

제16 양상에서, 본 발명은 교모세포종을 가지는 환자의 치료에서 사용하기 위한 VEGF 길항제를 포함하고, 여기서 환자는, VEGF 길항제의 투여 전에, NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자의 증가 수준을 발현한다. 또 다른 양상에서, 본 발명은 환자가 VEGF1 길항제에 의한 치료로부터 이익을 얻을 수 있는지를 결정하기 위한 키트를 특징으로 하고, 상기 키트는 (a) 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현 수준을 결정할 수 있는 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드; 및 (b) 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드의 사용에 대한 설명서를 포함하고, 기준 수준에 대한 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료로부터 이익을 얻을 수 있다는 것을 나타낸다.

도 1은 연장된 108개의 분류자(classifier) 유전자의 발현에 따라 k=3 그룹으로의 아바글리오(AvaGlio) 샘플의 비지도 분석(unsupervised analysis)(PAM 클러스터링)의 결과를 보여주는 온도지도이다. 음의 실루엣 폭이 배정된 샘플을 "비분류"로 표지하였다. 열 주석은 서명 유전자를 강조한다. 행 주석은 샘플에 대한 PAM 클러스터/유전자 발현 아형 배정을 표시한다.
도 2는 2개의 아바글리오 치료 암(베바시주맙 치료 암: 파선; 위약 치료 암: 실선)에서 비지도 분석(PAM)을 이용하여 전신경(PN) 아형에 배정된 환자의 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 생존 곡선이다. 위험에 있는 환자의 수는 베바시주맙 치료(상부 열) 및 위약 치료 암(하부 열)에 대해 그래프 아래에 표시된다.
도 3은 PAMR 알고리즘(한계치 값 = 4)에 의해 얻은 축소된 중심(shrunken centroid)을 보여준다. 유전자 방식 점수는 비-PN 및 PN 중심에 대해 도시되어 있다. 왼쪽 및 오른쪽을 가르치는 선은 각각 음 및 양의 유전자 점수를 나타낸다. 선 길이는 중심에 대해 각각이 기여하는 유전자 방식 가중의 규모를 나타낸다.
도 4는 2개의 아바글리오 치료 암(베바시주맙 치료 암: 파선; 위약 치료 암: 실선)에서 축소된 중심 분류(PAMR)를 이용하여 전신경(PN) 아형에 배정된 환자의 카플란-마이어 생존 곡선이다. 위험에 있는 환자의 수는 베바시주맙 치료(상부 열) 및 위약 치료 암(하부 열)에 대해 그래프 아래에 표시된다.
도 5는 비지도 분석(PAM)에 의해 확인된 아형에 걸친 연속 전신경 점수의 분포를 보여주는 박스도면이다. 전신경 점수는 각각의 환자에 대해 하기 10개의 유전자에 걸쳐 평균 z 점수로서 계산된다: NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2.
도 6A는 중앙에서 연속 전신경 점수의 분할에 기초하여 "바이오마커-하이(high)" 하위그룹에 배정된 2개의 아바글리오 치료 암(베바시주맙 치료 암: 파선; 위약 치료 암: 실선)에서의 환자의 카플란-마이어 생존 곡선이다. 위험에 있는 환자의 수는 베바시주맙 치료(상부 열) 및 위약 치료 암(하부 열)에 대해 그래프 아래에 표시된다.
도 6B는 중앙에서 연속 전신경 점수의 분할에 기초하여 "바이오마커-로우(low)" 하위그룹에 배정된 2개의 아바글리오 치료 암(베바시주맙 치료 암: 파선; 위약 치료 암: 실선)에서의 환자의 카플란-마이어 생존 곡선이다. 위험에 있는 환자의 수는 베바시주맙 치료(상부 열) 및 위약 치료 암(하부 열)에 대해 그래프 아래에 표시된다.

I. 도입

본 발명은 VEGF 길항제, 예를 들어 항-VEGF 항체에 의한 치료에 감수성 또는 반응성인 교모세포종을 가지는 환자를 모니터링하고/하거나 확인하기 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 본 발명은 VEGF 길항제(예컨대, 항-VEGF 항체)에 의한 치료 전에 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개개 이상의 유전자(들)의 발현 수준의 결정이 VEGF 길항제, 예를 들어 항-VEGF 항체에 의한 치료에 감수성 또는 반응성인 환자를 확인하는 데 유용하다는 발견에 기초한다. 임의로, VEGF 길항제 치료제는 이후 환자에 대해 선택될 수 있고, 추가로, VEGF 길항제 치료제는 환자에게 임의로 투여될 수 있다.

II. 정의

"항혈관형성 물질" 또는 "혈관형성 저해제"는, 직접적으로 또는 간접적으로 혈관형성, 맥관형성 또는 바람직하지 않은 혈관 투과성을 저해하는, 소분자량 물질, 폴리뉴클레오타이드, 폴리펩타이드, 단리된 단백질, 재조합 단백질, 항체, 또는 이들의 접합체 또는 융합 단백질을 의미한다. 항혈관형성 물질이 혈관신생 인자 또는 이의 수용체에 결합하고 이의 혈관신생 활성을 차단하는 물질을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 항혈관형성 물질은 VEGF-A 또는 VEGF-A 수용체(예를 들어, KDR 수용체 또는 Flt-1 수용체)에 대한 항체, VEGF-트랩, 항-PDGFR 저해제, 예컨대 글리벡(Gleevec)(상표명)(이마티닙 메실레이트)(이들로 제한되지는 않음)과 같은 명세서에 걸쳐 정의되거나 당해 분야에 공지된 혈관신생 물질에 대한 항체 또는 다른 길항제이다. 항혈관형성 물질은 또한 자연적 혈관형성 저해제, 예를 들어 안지오스타틴, 엔도스타틴 등을 포함한다. 예를 들어, 문헌[Klagsbrun and D'Amore, Annu. Rev. Physiol., 53:217-39 (1991); Streit and Detmar, Oncogene, 22:3172-3179 (2003)(예를 들어, 악성 흑색종에서 항혈관신생 치료제를 기재한 표 3); Ferrara & Alitalo, Nature Medicine 5:1359-1364 (1999); Tonini et al., Oncogene, 22:6549-6556 (2003)(예를 들어, 공지된 항혈관신생 인자를 기재한 표 2); 및 Sato. Int. J. Clin. Oncol., 8:200-206 (2003)(예를 들어, 임상 실험에 사용된 항혈관신생 물질을 기재한 표 1)]을 참조한다.

본 명세서에 용어 "항체"는 광의로 사용되고, 원하는 항원 결합 활성을 나타내는 한, 단일클론 항체, 다중클론 항체, 다중특이적 항체(예를 들어, 이중특이적 항체) 및 항체 단편(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는, 다양한 항체 구조를 포함한다.

용어 "VEGF" 또는 "VEGF-A"는, 천연 발생 대립유전자 형태 및 이의 프로세싱된 형태와 함께, 예를 들어 문헌[Leung et al. Science, 246:1306 (1989), 및 Houck et al. Mol. Endocrin., 5:1806 (1991)]에 기재된 바대로 165번 아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자 및 관련 121번, 145번, 189번 및 206번 아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자를 의미하도록 사용된다. VEGF-A는 VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D, VEGF-E, VEGF-F 및 PlGF를 포함하는 유전자 패밀리의 일부이다. VEGF-A는 주로 VEGFR-1(Flt-1) 및 VEGFR-2(Flk-1/KDR)인 2개의 고친화도 수용체 타이로신 키나제에 결합하고, 후자는 VEGF-A의 혈관 내피 세포 미토겐 신호의 주요 전달물질이다. 추가로, 뉴로필린-1은 헤파린 결합 VEGF-A 아이소폼에 대한 수용체로서 확인되었고, 혈관 발생에서 역할을 할 수 있다. 용어 "VEGF" 또는 "VEGF-A"는 또한 비인간 종, 예컨대 마우스, 랫트 또는 원시류로부터의 VEGF를 의미한다. 때때로, 특이적 종으로부터의 VEGF는 인간 VEGF에 대한 hVEGF 또는 쥣과 VEGF에 대한 mVEGF와 같은 용어에 의해 표시된다. 통상적으로, VEGF는 인간 VEGF를 의미한다. 용어 "VEGF"는 165번 아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자의 8번 내지 109번 또는 1번 내지 109번 아미노산을 포함하는 폴리펩타이드의 절두된 형태 또는 단편을 의미하도록 또한 사용된다. VEGF의 임의의 이러한 형태에 대한 언급은 예를 들어 "VEGF(8-109)", "VEGF(1-109)" 또는 "VEGF165"에 의해 본원에서 확인될 수 있다. "절두된" 자연적 VEGF에 대한 아미노산 위치는 자연적 VEGF 서열에서 확인된 것처럼 넘버링된다. 예를 들어, 절두된 자연적 VEGF에서의 17번 아미노산 위치(메티오닌)는 또한 자연적 VEGF에서 17번 위치(메티오닌)이다. 절두된 자연적 VEGF는 자연적 VEGF와 비교 가능한 KDR 및 Flt-1 수용체에 대한 결합 친화도를 가진다.

"항-VEGF 항체"는 충분한 친화도 및 특이성으로 VEGF에 결합하는 항체이다. 선택된 항체는 보통 VEGF에 대한 결합 친화도를 가질 것이고, 예를 들어 항체는 100 nM^-1pM 사이의 Kd 값으로 hVEGF에 결합할 수 있다. 항체 친화도는 예를 들어 표면 플라즈몬 공명 기반 검정(surface plasmon resonance based assay)(예컨대, PCT 출원 공보 제WO2005/012359호에 기재된 바와 같은 비아코어(BIAcore) 검정); 효소 결합 면역흡착 검정(ELISA); 및 경쟁 검정(예를 들어, RIA)에 의해 결정될 수 있다. 소정의 실시형태에서, 본 발명의 항-VEGF 항체는 질환 또는 병증을 표적화하고 방해하는 치료 물질로서 사용될 수 있고, VEGF 활성이 포함된다. 또한, 상기 항체는 예를 들어 치료제로서의 이의 효과를 평가하기 위해 다른 생물학적 활성 검정으로 처리될 수 있다. 이러한 검정은 당해 분야에 공지되어 있고, 표적 항원 및 항체에 의도되는 용도에 따라 달라진다. 예는 HUVEC 저해 검정; 종양 세포 성장 저해 검정(예를 들어, WO 89/06692에 기재된 바와 같음); 항체 의존적 세포 독성(antibody-dependent cellular cytotoxicity: ADCC) 및 보체 매개 세포독성(complement-mediated cytotoxicity: CDC) 검정(미국 특허 제5,500,362호); 및 효현 활성 또는 조혈작용 검정(WO 제95/27062호 참조)을 포함한다. 항-VEGF 항체는 보통 다른 VEGF 동족체, 예컨대 VEGF-B 또는 VEGF-C에 결합하지 않고, 다른 성장 인자, 예컨대 PlGF, PDGF 또는 bFGF에도 결합하지 않을 것이다.

본 발명에 따르면 "B20 시리즈 항체"는 PCT 공보 제WO2005/012359호(이의 전체 개시내용은 본 명세서에 참조문헌으로 명확히 포함됨)의 도 27 내지 도 29 중 임의의 하나에 따라 B20 항체 또는 B20 유래 항체의 서열로부터 유래한 항-VEGF 항체이다. PCT 공보 제WO2005/044853호, 및 미국 특허 출원 제60/991,302호(이 특허 출원의 내용은 본 명세서에 참조문헌으로 명확히 포함됨)를 또한 참조한다. 일 실시형태에서, B20 시리즈 항체는 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, I91, K101, E103 및 C104 잔기를 포함하는 인간 VEGF에서 작용성 에피토프에 결합한다.

본 발명에 따르면 "G6 시리즈 항체"는 PCT 공보 제WO2005/012359호(이의 전체 개시내용은 본 명세서에 참조문헌으로 명확히 포함됨)의 도 7, 도 24 내지 도 26 및 도 34 내지 도 35 중 임의의 하나에 따라 G6 항체 또는 G6 유래 항체의 서열로부터 유래한 항-VEGF 항체이다. 공보 제WO2005/044853호(이의 전체 개시내용은 본 명세서에 참조문헌으로 명확히 포함됨)를 또한 참조한다. 일 실시형태에서, G6 시리즈 항체는 F17, Y21, Q22, Y25, D63, I83 및 Q89 잔기를 포함하는 인간 VEGF에서 작용성 에피토프에 결합한다.

"rhuMAb VEGF" 또는 "아바스틴(Avastin)(등록상표)"으로 또한 공지된 항-VEGF 항체 "베바시주맙(BV 또는 Bev)"은 문헌[Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)]에 따라 생성된 재조합 인간화 항-VEGF 단일클론 항체이다. 이것은, 수용체에 대한 인간 VEGF의 결합을 차단하는, 쥣과 항-hVEGF 단일클론 항체 A.4.6.1로부터의 항원 결합 상보성 결정 구역 및 돌연변이된 인간 IgG1 프레임워크 구역을 포함한다. 프레임워크 구역의 대부분을 포함하는 베바시주맙의 아미노산 서열의 대략 93%는 인간 IgG1로부터 유래하고, 서열의 약 7%는 쥣과 항체 A4.6.1로부터 유래한다. 베바시주맙은 약 149,000달톤의 분자량을 가지고 글라이코실화된다. 다른 항-VEGF 항체는 미국 특허 제6,884,879호 및 WO 제2005/044853호에 기재된 항체를 포함한다.

"에피토프 A4.6.1"은 항-VEGF 항체 베바시주맙(아바스틴(등록상표))에 의해 인식된 에피토프를 의미한다(문헌[Muller et al. Structure. 6: 1153-1167, 1998] 참조). 본 발명의 소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 하이브리도마 ATCC HB 10709에 의해 생성된 단일클론 항-VEGF 항체 A4.6.1과 동일한 에피토프에 결합하는 단일클론 항체; 프레스타(Presta) 등의 문헌(Cancer Res. 57: 4593-4599, 1997)에 따라 생성된 재조합 인간화 항-VEGF 단일클론 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.

"작용성 에피토프"는 본 발명에 따르면 항체의 결합에 에너지상 기여하는 항원의 아미노산 잔기를 의미한다. 항원의 임의의 하나의 에너지상 기여하는 잔기의 돌연변이(예를 들어, 알라닌에 의한 야생형 VEGF의 돌연변이 또는 동족체 돌연변이)는 항체의 결합을 파괴하여서, 항체의 상대 친화도 비율(IC50돌연변이체 VEGF/IC50야생형 VEGF)은 5를 초과할 것이다(WO2005/012359의 실시예 2 참조). 일 실시형태에서, 상대 친화도 비율은 용액 결합 파지 디스플레이하는 ELISA에 의해 결정된다. 간단하게, 96웰 맥시소프(Maxisorp) 면역플레이트(NUNC)를 PBS 중의 2㎍/㎖의 농도에서 시험하고자 하는 항체의 Fab 형태에 의해 4℃에서 밤새 코팅하고, 실온에서 2시간 동안 PBS, 0.5%의 BSA 및 0.05%의 트윈(Tween)20(PBT)에 의해 차단하였다. PBT 중의 파지 디스플레이하는 hVEGF 알라닌 점 돌연변이체(8-109번 잔기 형태) 또는 야생형 hVEGF(8-109번 잔기 형태)의 연속 희석물을 처음에 Fab 코팅된 플레이트에서 실온에서 15분 동안 항온처리하고, 플레이트를 PBS, 0.05%의 트윈20(PBST)에 의해 세척하였다. 결합 파지를 PBT 중에 1:5000 희석된 항-M13 단일클론 항체 겨자무과산화효소(아머샴 파마시아(Amersham Pharmacia)) 접합체에 의해 검출하고, 대략 5분 동안 3,3',5,5'-테트라메틸벤지딘(TMB, Kirkegaard & Perry Labs, 메릴랜드주 가이더스버그) 기질에 의해 전개하고, 1.0M H3PO4에 의해 급냉시키고, 450㎚에서 분광학적으로 판독하였다. IC50 값의 비율(IC50, ala/IC50,wt)은 결합 친화도(상대 결합 친화도)의 감소의 배수를 나타낸다.

항-VEGF 항체 라니비주맙 또는 루센티스(Lucentis)(등록상표) 항체 또는 rhuFab V2는 인간화, 친화도 성숙된 항-인간 VEGF Fab 단편이다. 라니비주맙은 에스체리치아 콜라이 발현 벡터에서의 표준 재조합 기술 방법 및 박테리아 발효에 의해 생성된다. 라니비주맙은 글라이코실화되지 않고, 약 48,000달톤의 분자량을 가진다. WO 제98/45331호 및 US 제2003/0190317호를 참조한다.

"단리된" 항체는 확인되고 천연 환경의 성분으로부터 분리되고/되거나 또는 회수된 것이다. 천연 환경의 오염물질 성분은 항체의 연구, 진단적 또는 치료적 사용을 방해하는 재료이고, 효소, 호르몬, 및 다른 단백질성 또는 비단백질성 용질을 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 항체는 (1) 예를 들어 로이리(Lowry) 방법에 의해 확인된 것처럼 항체의 95중량% 초과로, 몇몇 실시형태에서 99중량% 초과로; (2) 예를 들어 회전 컵 서열분석기(spinning cup sequenator)의 사용에 의해 N 말단 또는 내부 아미노산 서열의 적어도 15개의 잔기를 얻기에 충분한 정도로, 또는 (3) 예를 들어 쿠마시 블루(Coomassie blue) 또는 은 염색을 사용하는 환원 또는 비환원 조건 하에 SDS-PAGE에 의해 균일성으로 정제된다. 단리된 항체는 항체의 천연 환경의 적어도 하나의 성분이 존재하지 않으므로, 재조합 세포 내에 인시츄로 항체를 포함한다. 그러나, 보통 단리된 항체는 적어도 하나의 정제 단계에 의해 제조될 것이다.

"자연적 항체"는 보통 2개의 동일한 경쇄(L) 및 2개의 동일한 중쇄(H)로 이루어진 약 150,000달톤의 이종사합체 당단백질이다. 각각의 경쇄는 하나의 공유 다이설파이드 결합에 의해 중쇄에 연결되는 반면, 다이설파이드 연결의 수는 상이한 면역글로불린 아이소타입의 중쇄 중에서 변한다. 각각의 중쇄 및 경쇄는 또한 규칙적으로 떨어진 사슬간 다이설파이드 브릿지를 가진다. 각각의 중쇄는 일 말단에서 가변 도메인(V_H), 이어서 다수의 불변 도메인을 가진다. 각각의 경쇄는 일 말단에서 가변 도메인(V_L) 및 이의 다른 말단에서 불변 도메인을 가지고; 경쇄의 불변 도메인은 중쇄의 제1 불변 도메인이 배정되고, 경쇄 가변 도메인은 중쇄의 가변 도메인이 배정된다. 특정한 아미노산 잔기는 경쇄 가변 도메인과 중쇄 가변 도메인 사이에 인터페이스를 형성하는 것으로 생각된다.

항체의 "가변 구역" 또는 "가변 도메인"은 항체의 중쇄 또는 경쇄의 아미노 말단 도메인을 의미한다. 중쇄의 가변 도메인은 "VH"라 칭해질 수 있다. 경쇄의 가변 도메인은 "VL"이라 칭해질 수 있다. 이 도메인은 일반적으로 항체의 가장 가변적인 부분이고, 항원 결합 부위를 함유한다.

용어 "가변"은 가변 도메인의 소정의 부분이 항체 중에서 서열이 광범위하게 다르고 이의 특정한 항원에 대해 각각의 특정한 항체의 결합 및 특이성에서 사용된다는 사실을 의미한다. 그러나, 가변성은 항체의 가변 도메인에 걸쳐 균등하게 분포되지 않는다. 이것은 경쇄 가변 도메인 및 중쇄 가변 도메인 둘 다에서 초가변 구역(hypervariable region: HVR)이라 불리는 3개의 분절에 집중된다. 가변 도메인의 더 매우 보존된 부분은 프레임워크 구역(framework region: FR)이라 불린다. 자연적 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인은 각각, 베타 시트 구조를 연결하는 루프를 형성하고, 몇몇 경우에는 이 구조의 일부를 형성하는, 3개의 HVR에 의해 연결된, 베타 시트 구성을 주로 채택하는, 4개의 FR 구역을 포함한다. 각각의 사슬에서의 HVR은 FR 구역에 의해 매우 근접하게 함께 보유되고, 다른 사슬로부터의 HVR과 함께, 항체의 항원 결합 부위의 형성에 기여한다(문헌[Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, National Institute of Health, Bethesda, MD (1991)] 참조). 불변 도메인은 항원에 대한 항체의 결합에 직접 관여하지 않지만, 항체 의존적 세포 독성에서 항체의 참여와 같은 다양한 이팩터 기능(effector function)을 나타낸다.

임의의 척추동물 종으로부터의 항체(면역글로불린)의 "경쇄"는, 이의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여, 카파(κ) 및 람다(λ)라 불리는, 2개의 확실히 명확한 유형 중 하나로 배정될 수 있다.

중쇄의 불변 도메인의 아미노산 서열에 따라, 항체(면역글로불린)는 상이한 종류로 배정될 수 있다. IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM의 면역글로불린의 5개의 주요한 종류가 있고, 이들 중 몇몇은 IgG₁, IgG₂, IgG₃, IgG₄, IgA₁ 및 IgA₂와 같은 하위종류(아이소타입)로 추가로 분류될 수 있다. 상이한 종류의 면역글로불린에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ 및 μ라 불린다. 상이한 종류의 면역글로불린의 하위유닛 구조 및 3차원 구성은 널리 공지되어 있고, 일반적으로 예를 들어 문헌[Abbas et al., Cellular and Mol . Immunology, 4th ed. (W. B. Saunders, Co., 2000)]에 기재되어 있다. 항체는, 항체와 1종 이상의 다른 단백질 또는 펩타이드와의 공유 또는 비공유 회합에 의해 형성된, 더 큰 융합 분자의 일부일 수 있다.

용어 "전장 항체", "온전한 항체" 및 "전체 항체"는 하기 정의된 바와 같은 항체 단편이 아니라 실질적으로 온전한 형태의 항체를 의미하도록 본 명세서에서 상호교환적으로 사용된다. 상기 용어는 특히 Fc 구역을 함유하는 중쇄를 가지는 항체를 의미한다.

"항체 단편"은, 바람직하게는 항원 결합 구역을 포함하는, 온전한 항체의 일부를 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')₂ 및 Fv 단편; 다이바디; 선형 항체; 단쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.

항체의 파파인 분해는, 각각 단일 항원 결합 부위 및 잔존 "Fc" 단편(이의 이름은 쉽게 결정화하는 이의 능력을 반영함)을 갖는, "Fab" 단편이라 불리는, 2개의 동일한 항원 결합 단편을 생성한다. 펩신 처리는 F(ab')₂ 단편을 생성하고, 이 단편은 2개의 항원 조합 부위를 가지고 여전히 항원을 가교결합시킬 수 있다.

"Fv"는 완전한 항원 결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 일 실시형태에서, 2개의 사슬 Fv 종은 단단한 비공유 회합에서 1개의 중쇄 가변 도메인 및 1개의 경쇄 가변 도메인의 이합체로 이루어진다. 단쇄 Fv(scFv) 종에서, 1개의 중쇄 가변 도메인 및 1개의 경쇄 가변 도메인은 가요성 펩타이드 링커에 의해 공유 연결될 수 있어서, 경쇄 및 중쇄는 2개의 사슬 Fv 종에서의 것과 유사한 "이합체" 구조로 회합할 수 있다. 이 구성에서만 각각의 가변 도메인의 3개의 HVR이 상호작용하여 VH-VL 이합체의 표면에서 항원 결합 부위를 한정한다. 총체적으로, 6개의 HVR은 항체에 항원 결합 특이성을 부여한다. 그러나, 심지어 단일 가변 도메인(또는 항원에 특이적인 오직 3개의 HVR을 포함하는 Fv의 절반)은, 전체 결합 부위보다 더 낮은 친화도에서도, 항원을 인식하고 이에 결합하는 능력을 가진다.

Fab 단편은 중쇄 및 경쇄 가변 도메인을 함유하고, 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인(CH1)을 또한 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 구역으로부터 1개 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카복시 말단에서의 몇몇 잔기의 첨가에 의해 Fab 단편과 다르다. Fab'-SH는 Fab'에 대한 본 명세서에서의 지칭이고, 여기서 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)는 유리 티올기를 보유한다. F(ab')₂ 항체 단편은 힌지 시스테인을 사이에 가지는 Fab' 단편의 쌍으로서 원래 생성된다. 항체 단편의 다른 화학 커플링이 또한 공지되어 있다.

"단쇄 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하고, 이 도메인은 단일 폴리펩타이드 사슬에 존재한다. 일반적으로, scFv 폴리펩타이드는, scFv가 항원 결합에 대해 원하는 구조를 형성하게 하는, VH 도메인과 VL 도메인 사이의 폴리펩타이드 링커를 추가로 포함한다. scFv의 검토를 위해, 예를 들어 문헌[

, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds. (Springer-Verlag, New York: 1994), pp 269-315]을 참조한다.

용어 "다이바디(diabody)"는 2개의 항원 결합 부위를 가지는 항체 단편을 의미하고, 단편은 동일한 폴리펩타이드 사슬(VH-VL)에서 경쇄 가변 도메인(VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인(VH)을 포함한다. 동일한 사슬에서 2개의 도메인 사이의 쌍 지음을 허용하기에 너무 짧은 링커를 사용함으로써, 도메인은 또 다른 사슬의 상보성 도메인과 쌍 짓고, 2개의 항원 결합 부위를 생성하도록 강제된다. 다이바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있다. 다이바디는 예를 들어 EP 제404,097호; WO 제1993/01161호; 문헌[Hudson et al., Nat . Med . 9:129-134 (2003); 및 Hollinger et al ., PNAS USA 90: 6444-644 8(1993)]에 더 완전히 기재되어 있다. 트라이바디 및 테트라바디는 또한 문헌[Hudson et al ., Nat . Med. 9:129-134 (2003)]에 또한 기재되어 있다.

본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "단일클론 항체"는 실질적으로 균일한 항체의 집단으로부터 얻어진 항체를 의미하고, 즉 집단을 포함하는 개별 항체는 가능한 돌연변이, 예를 들어 소량으로 존재할 수 있는 천연 발생 돌연변이를 제외하고 동일하다. 따라서, 수식어 "단일클론"은 별개의 항체의 혼합물이 아닌 것으로서 항체의 특성을 표시한다. 소정의 실시형태에서, 이러한 단일클론 항체는 통상적으로 표적에 결합하는 폴리펩타이드 서열을 포함하는 항체를 포함하고, 표적 결합 폴리펩타이드 서열은 복수의 폴리펩타이드 서열로부터의 단일 표적 결합 폴리펩타이드 서열의 선택을 포함하는 과정에 의해 얻어진다. 예를 들어, 선택 과정은 복수의 클론으로부터의 독특한 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파지 클론 또는 재조합 DNA 클론의 풀(pool)의 선택일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열이 예를 들어 표적에 대한 친화도를 개선하고, 표적 결합 서열을 인간화하고, 세포 배양에서 이의 제조를 개선하고, 생체내 이의 면역원성을 감소시키고, 다중특이적 항체를 생성하는 등을 위해 추가로 변경될 수 있고, 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체가 또한 본 발명의 단일클론 항체라는 것이 이해되어야 한다. 상이한 결정부위(에피토프)에 대해 지향된 상이한 항체를 통상적으로 포함하는 다중클론 항체 제제와 반대로, 단일클론 항체 제제의 각각의 단일클론 항체는 항원에서 단일 결정부위에 대해 지향된다. 이의 특이성 이외에, 단일클론 항체 제제가 통상적으로 다른 면역글로불린에 의해 오염되지 않는다는 점에서 이것은 유리하다.

수식어 "단일클론"은 항체의 실질적으로 균일한 집단으로 얻어진 것으로서 항체의 특성을 표시하고, 임의의 특정한 방법에 의한 항체의 생성을 요하는 것으로서 해석되지 않아야 한다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용되는 단일클론 항체는 예를 들어 하이브리도마 방법(예를 들어, 문헌[Kohler and Milstein., Nature 256:495-497 (1975); Hongo et al ., Hybridoma 14 (3):253-260 (1995), Harlow et al ., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2^nd ed. 1988); Hammerling et al ., in: Monoclonal Antibodies and T- Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)]), 재조합 DNA 방법(예를 들어, 미국 특허 제4,816,567호 참조), 파지-디스플레이 기술(예를 들어, 문헌[Clackson et al., Nature 352:624-628 (1991); Marks et al., J. Mol . Biol . 222:581-597 (1992); Sidhu et al., J. Mol . Biol . 338(2):299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5):1073-1093 (2004); Fellouse, PNAS USA 101(34):12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2):119-132 (2004)] 참조)을 포함하는 다양한 기법, 및 인간 면역글로불린 좌위 또는 인간 면역글로불린 서열을 코딩하는 유전자의 일부 또는 전부를 가지는 동물에서 인간 또는 인간 유사 항체를 생성하기 위한 기술(예를 들어, WO 제1998/24893호; WO 제1996/34096호; WO 제1996/33735호; WO 제1991/10741호; 문헌[Jakobovits et al ., PNAS USA 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993); Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993)]; 미국 특허 제5,545,807호; 제5,545,806호; 제5,569,825호; 제5,625,126호; 제5,633,425호; 및 제5,661,016호; 문헌[Marks et al., Bio / Technology 10:779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368:856-859 (1994); Morrison, Nature 368:812-813 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14:845-851 (1996); Neuberger, Nature Biotechnol. 14:826 (1996); 및 Lonberg and Huszar, Intern . Rev . Immunol. 13:65-93 (1995)] 참조)에 의해 제조될 수 있다.

단일클론 항체는 본 명세서에서 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정한 종으로부터 유래하거나 특정한 항체 종류 또는 하위종류에 속하는 항체에서의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이지만, 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한, 사슬(들)의 나머지가 또 다른 종으로부터 유래하거나 또 다른 항체 종류 또는 하위종류에 속하는 항체, 및 이러한 항체의 단편에서의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체를 구체적으로 포함한다(예를 들어, 미국 특허 제4,816,567호 및 문헌[Morrison et al ., PNAS USA 81:6851-6855 (1984)]). 키메라 항체는 프리마타이즈드(PRIMATIZED)(등록상표) 항체를 포함하고, 이 항체의 항원 결합 구역은 예를 들어 마카크 원숭이(macaque monkey)를 관심 있는 항원에 의해 면역화함으로써 생성된 항체로부터 유래한다.

비인간(예를 들어, 쥣과) 항체의 "인간화" 형태는 비인간 면역글로불린으로부터 유래한 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 일 실시형태에서, 인간화 항체는, 수혜자의 HVR로부터의 잔기가 원하는 특이성, 친화도 및/또는 역량을 가지는 비인간 종(도너 항체), 예컨대 마우스, 랫트, 래빗 또는 비인간 원시류의 HVR로부터의 잔기에 의해 대체된, 인간 면역글로불린(수혜자 항체)이다. 몇몇 경우에, 인간 면역글로불린의 FR 잔기는 상응하는 비인간 잔기에 의해 대체된다. 더욱이, 인간화 항체는 수혜자 항체 또는 도너 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이 변형은 항체 성능을 추가로 개선하기 위해 이루어질 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 실질적으로 적어도 1개 및 통상적으로 2개의 가변 도메인의 전부를 포함할 것이고, 모든 또는 실질적으로 모든 초가변 루프는 비인간 면역글로불린의 초가변 루프에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 면역글로불린 서열의 FR이다. 인간화 항체는 면역글로불린 불변 구역(Fc), 통상적으로 인간 면역글로불린의 Fc의 적어도 일부를 또한 임의로 포함할 것이다. 추가의 상세내용을 위해, 예를 들어 문헌[Jones et al ., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al ., Nature 332:323-329 (1988); 및 Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)]을 참조한다. 또한, 예를 들어 문헌[Vaswani and Hamilton, Ann . Allergy , Asthma & Immunol. 1:105-115(1998); Harris, Biochem . Soc. Transactions 23:1035-1038(1995); Hurle and Gross, Curr . Op . Biotech. 5:428-433 (1994)]; 및 미국 특허 제6,982,321호 및 제7,087,409호를 참조한다.

"인간 항체"는 인간에 의해 생성된 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 보유하고/하거나, 본 명세서에 개시된 바와 같은 인간 항체를 제조하기 위한 임의의 기법을 이용하여 제조된 것이다. 인간 항체의 이 정의는 비인간 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 구체적으로 배제한다. 인간 항체는 파지-디스플레이 라이브러리를 포함하는 당해 분야에 공지된 다양한 기법을 이용하여 생성될 수 있다. Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol. 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222:581 (1991). 문헌[Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985); Boerner et al ., J. Immunol. 147(1):86-95(1991)]에 기재된 방법은 인간 단일클론 항체의 제조를 위해 또한 이용 가능하다. 또한 문헌[van Dijk and van de Winkel, Curr . Opin . Pharmacol. 5:368-374 (2001)]을 참조한다. 인간 항체는 항원 시험접종에 반응하여 이러한 항체를 생성하도록 변형되지만 내인성 좌위가 불가능한, 형질전환 동물, 예를 들어 면역화된 제노마우스(예를 들어, 제노마우스(XENOMOUSE)(상표명) 기술과 관련하여 미국 특허 제6,075,181호 및 제6,150,584호 참조)에 항원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 예를 들어, 인간 B 세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체와 관련하여 문헌[Li et al., PNAS USA 103:3557-3562 (2006)]을 또한 참조한다.

용어 "초가변 구역", "HVR" 또는 "HV"는 본 명세서에서 사용될 때 서열이 초가변이고/이거나 구조적으로 한정된 루프를 형성하는 항체-가변 도메인의 구역을 의미한다. 일반적으로, 항체는 VH에서 3개(H1, H2, H3), 및 VL에서 3개(L1, L2, L3)인 6개의 HVR을 포함한다. 자연적 항체에서, H3 및 L3은 6개의 HVR의 가장 큰 다양성을 나타내고, H3은 특히 항체에 괜찮은 특이성을 부여하는 데 있어서 독특한 역할을 하는 것으로 생각된다. 예를 들어, 문헌[Xu et al., Immunity 13:37-45 (2000); Johnson and Wu in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003)]을 참조한다. 실제로, 중쇄만으로 이루어진 천연 발생 카멜리드 항체는 경쇄의 부재 하에 작용성이고 안정하다. 예를 들어, 문헌[Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993) 및 Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996)]을 참조한다.

다수의 HVR 서술이 본 명세서에서 사용되고 있고 포함된다. 카밧 상보성 결정 구역(complementarity-determining region: CDR)인 HVR은 서열 가변성에 기초하고 가장 흔히 사용된다(Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)). 쵸티아는 대신에 구조 루프의 위치를 언급한다(Chothia and Lesk, J. Mol . Biol. 196:901-917 (1987)). AbM HVR은 카밧 CDR과 쵸티아 구조 루프 사이의 절충을 나타내고, 옥스포드 모레큘러(Oxford Molecular)의 AbM 항체 모델링 소프트웨어에 의해 사용된다. "접촉" HVR은 이용 가능한 복잡한 결정 구조의 분석에 기초한다. 각각의 이들 HVR로부터의 잔기가 하기 기재되어 있다.

HVR은 하기한 바대로 "연장된 HVR"을 포함할 수 있다: VL에서 24-36 또는 24-34(L1), 46-56 또는 50-56(L2), 및 89-97 또는 89-96(L3), 및 VH에서 26-35(H1), 50-65 또는 49-65(H2), 및 93-102, 94-102, 또는 95-102(H3). 가변 도메인 잔기는 이들 연장된 HVR 정의의 각각에 대해 상기 카밧 등에 따라 넘버링된다.

"프레임워크" 또는 "FR" 잔기는 본 명세서에 정의된 바와 같은 HVR 잔기 이외의 가변 도메인 잔기이다.

표현 "카밧에서와 같은 가변 도메인 잔기 넘버링" 또는 "카밧에서와 같은 아미노산 위치 넘버링" 및 이의 변형어는 상기 카밧 등에서 항체의 모음의 중쇄 가변 도메인 또는 경쇄 가변 도메인에 사용된 넘버링 시스템을 의미한다. 이 넘버링 시스템을 이용하여, 실제 선형 아미노산 서열은 가변 도메인의 FR 또는 HVR의 단축 또는 이들에 대한 삽입에 상응하는 소수의 또는 추가의 아미노산을 함유할 수 있다. 예를 들어, 중쇄 가변 도메인은 H2의 52번 잔기 뒤에 단일 아미노산 삽입체(카밧에 따른 52a번 잔기) 및 중쇄 FR 82번 잔기 뒤에 삽입된 잔기(예를 들어, 카밧에 따른 82a번, 82b번 및 82c번 잔기 등)를 포함할 수 있다. 잔기의 카밧 넘버링은 항체의 서열의 상동성의 구역에서의 "표준" 카밧 넘버링된 서열에 의한 정렬에 의해 소정의 항체에 대해 결정될 수 있다.

"친화도 성숙" 항체는, 변경(들)을 보유하지 않는 모 항체와 비교하여, 항원에 대한 항체의 친화도를 개선하는, 하나 이상의 HVR에서의 하나 이상의 변경을 가지는 것이다. 일 실시형태에서, 친화도 성숙 항체는 표적 항원에 대해 나노몰 또는 심지어 피코몰 친화도를 가진다. 친화도 성숙 항체는 당해 분야에 공지된 절차에 의해 생성된다. 예를 들어, 문헌[Marks et al ., Bio / Technology 10:779-783 (1992)]은 VH 및 VL 도메인 셔플링에 의한 친화도 성숙을 기재한다. HVR 및/또는 프레임워크 잔기의 무작위 돌연변이유발은 예를 들어 문헌[Barbas et al ., Proc Nat. Acad . Sci . USA 91:3809-3813 (1994); Schier et al ., Gene 169:147-155 (1995); Yelton et al ., J. Immunol. 155:1994-2004 (1995); Jackson et al ., J. Immunol. 154(7):3310-3319 (1995); 및 Hawkins et al ., J. Mol . Biol . 226:889-896 (1992)]에 의해 기재되어 있다.

본 명세서에 사용되는 바와 같은 "길항제"는 이것이 결합하는 분자의 생물학적 활성을 저해하거나 감소시키는 화합물 또는 물질을 의미한다. 길항제는, 임의로 또 다른 분자와 공액되거나 이에 융합된, VEGF에 결합하는, 항체, 합성 또는 자연적 서열 펩타이드, 면역접합체 및 소분자 길항제를 포함한다. "차단" 항체 또는 "길항제" 항체는 이것이 결합하는 항원의 생물학적 활성을 저해하거나 감소시키는 것이다.

"VEGF 길항제"는 VEGF 또는 하나 이상의 VEGF 수용체 또는 이를 코딩하는 핵산에 대한 이의 결합을 포함하는, VEGF 활성을 중화시키거나, 차단하거나, 저해하거나, 무효화하거나, 감소시키거나, 방해할 수 있는 분자를 의미한다. 바람직하게는, VEGF 길항제는 VEGF 또는 VEGF 수용체에 결합한다. VEGF 길항제는 항-VEGF 항체 및 이의 항원 결합 단편, VEGF 및 VEGF 수용체에 결합하고 리간드-수용체 상호작용을 차단하는 폴리펩타이드(예를 들어, 면역접합체, 펩티바디), 항-VEGF 수용체 항체 및 VEGF 수용체 길항제, 예컨대 VEGFR 타이로신 키나제의 소분자 저해제, VEGF에 결합하는 압타머 및 엄격한 조건 하에 VEGF 또는 VEGF 수용체를 코딩하는 핵산 서열에 하이브리드화하는 핵산(예를 들어, RNAi)을 포함한다. 바람직한 일 실시형태에 따르면, VEGF 길항제는 VEGF에 결합하고, 실험실내 VEGF 유도된 내피 세포 증식을 저해한다. 바람직한 일 실시형태에 따르면, VEGF 길항제는 비-VEGF 또는 비-VEGF 수용체보다 고친화도로 VEGF 또는 VEGF 수용체에 결합한다. 바람직한 일 실시형태에 따르면, VEGF 길항제는 1uM과 1pM 사이의 Kd로 VEGF 또는 VEGF 수용체에 결합한다. 또 다른 바람직한 실시형태에 따르면, VEGF 길항제는 500nM과 1pM 사이로 VEGF 또는 VEGF 수용체에 결합한다.

바람직한 실시형태에 따르면, VEGF 길항제는 폴리펩타이드, 예컨대 항체, 펩티바디, 면역접합체, 소분자 또는 압타머로부터 선택된다. 바람직한 실시형태에서, 항체는 항-VEGF 항체, 예컨대 아바스틴(AVASTIN)(등록상표) 항체 또는 항-VEGF 수용체 항체, 예컨대 항-VEGFR2 또는 항-VEGFR3 항체이다. VEGF 길항제의 다른 예는 VEGF-트랩, 뮤카젠(Mucagen), PTK787, SU11248, AG-013736, Bay 439006(소라페닙), ZD-6474, CP632, CP-547632, AZD-2171, CDP-171, SU-14813, CHIR-258, AEE-788, SB786034, BAY579352, CDP-791, EG-3306, GW-786034, RWJ-417975/CT6758 및 KRN-633을 포함한다.

용어 "항종양성 조성물" 또는 "항암 조성물" 또는 "항암제"는 적어도 1종의 활성 치료 물질, 예를 들어 "항암제"를 포함하는 암을 치료하는 데 유용한 조성물을 의미한다. 치료 물질(항암제)의 예는 예를 들어 화학치료제, 성장 저해제, 세포독성제, 방사선 치료에 사용되는 물질, 항혈관형성 물질, 세포사멸 물질, 항튜불린 물질, 및 암을 치료하는 다른 물질, 예컨대 항-HER-2 항체, 항-CD20 항체, 상피 성장 인자 수용체(epidermal growth factor receptor: EGFR) 길항제(예를 들어, 타이로신 키나제 저해제), HER1/EGFR 저해제(예를 들어, 에를로티닙(타르세바(Tarceva)(상표명)), 혈소판 유래 성장 인자 저해제(예를 들어, 글리벡(상표명)(이마티닙 메실레이트)), COX-2 저해제(예를 들어, 콜레콕십), 인터페론, 사이토카인, 표적 ErbB2, ErbB3, ErbB4, PDGFR-베타, BlyS, APRIL, BCMVEGF, 또는 VEGF 수용체(들), TRAIL/Apo2 중 하나 이상에 결합하는 길항제(예를 들어, 중화 항체), 및 다른 생물활성 및 유기 화학 물질 등을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 이들의 조합은 본 발명에 또한 포함된다.

"화학치료제"는 암의 치료에 유용한 화학 화합물이다. 화학치료제의 예는 암의 치료에 유용한 화학 화합물을 포함한다. 화학치료제의 예는 알킬화 물질, 예를 들어 테모졸로마이드(TMZ), 알킬화 물질 다카바진의 이미다조테트라진 유도체를 포함한다. 화학치료제 물질의 추가의 예는 예를 들어 파클리탁셀 또는 토포테칸 또는 페길화 리포솜 독소루비신(pegylated liposomal doxorubicin: PLD)을 포함한다. 화학치료제의 다른 예는 알킬화 물질, 예컨대 티오테파 및 사이톡산(CYTOXAN)(등록상표) 사이클로스포스파마이드; 알킬 설포네이트, 예컨대 부술판, 임프로술판 및 피포술판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카르보퀀, 메투레도파 및 유레도파; 에틸렌이민 및 메틸라멜라민, 예컨대 알트레타민, 트라이에틸렌멜라민, 트라이에틸렌포스포르아마이드, 트라이에틸렌티오포스포르아마이드 및 트라이메틸롤로멜라민; 아세토제닌스(특히 불라타신 및 불라타시논); 캄프토테신; 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065(이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 동족체 포함); 크립토피신(특히 크립토피신 1 및 크립토피신 8); 돌라스타틴; 듀오카르마이신(합성 동족체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘레우테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕틴; 스폰지스타틴; 질소 머스타드, 예컨대 클로르암부실, 클로르나파진, 클로로포스파마이드, 에스트라무스틴, 이포스파마이드, 메클로르에타민, 메클로르에타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벤비신, 페네스터린, 프레드니무스틴, 트로포스파마이드, 유라실 머스타드; 니트로소유레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴 및 라님누스틴; 항생제, 예컨대 엔다이엔 항생제(예를 들어, 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 감마1I 및 칼리케아미신 오메가I1(예를 들어, 문헌[Agnew, Chem. Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)] 참조); 디네미신, 예컨대 디네미신 A; 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트; 에스퍼라미신; 및 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소 단백질 엔다이엔 항생제 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-다이아조-5-옥소-L-노르류신, 아드리아마이신(ADRIAMYCIN)(등록상표) 독소루비신(모르폴리노-독소루비신, 사이아노모르폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신 포함), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 펩로마이신, 포트피로마이신, 퓨로마이신, 퀼라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 대사길항물질, 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로유라실(5-FU); 엽산 유사체, 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-머캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 사이타라빈, 다이데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐, 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항아드레날린제, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트리로스탄; 엽산 보충제, 예컨대 프로린산; 아세글라톤; 알도포스파마이드 글라이코사이드; 아미노레뷸린산; 에닐유라실; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트라세이트; 데포파민; 데메콜신; 다이아지퀀; 엘포르미틴; 엘리프티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 질산갈륨; 하이드록시유레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드, 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK(등록상표) 폴리사카라이드 착체(JHS Natural Products, 오리건주 유진); 라족산; 리족신; 시조퓨란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지퀀; 2,2',2''-트라이클로로트라이에틸아민; 트리코테센(특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가사이토신; 아라비노사이드("Ara-C"); 사이클로포스파마이드; 티오테파; 탁소이드, 예를 들어 탁솔(TAXOL)(등록상표) 파클리탁셀(Bristol-Myers Squibb Oncology, 뉴저지주 프린스톤), 아브락산(ABRAXANE)(등록상표) 파클리탁셀의 크레모포어 비함유, 알부민-조작된 나노입자 제형(American Pharmaceutical Partners, 샤움베르크, Ill.), 및 탁소테레(TAXOTERE)(등록상표) 도세탁셀(Rhone-Poulenc Rorer, 프랑스 안토니); 클로르안부실; 젬자(GEMZAR)(등록상표) 젬시타빈; 6-티오구아닌; 머캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 유사체, 예컨대 시스플라틴, 옥살리플라틴 및 카보플라틴; 빈블라스틴; 백금; 에토포사이드(VP-16); 이포스파마이드; 미톡산트론; 빈크리스틴; 나벨빈(NAVELBINE)(등록상표) 비노렐빈; 노반트론; 테니포사이드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 젤로다; 이반드로네이트; 이리노테칸(Camptosar, CPT-11)(이리노테칸과 5-FU 및 류코보린의 치료 섭생 포함); 토포아이소머라제 저해제 RFS 2000; 다이플루오로메틸로르니틴(DMFO); 레티노이드, 예컨대 레티노산; 카페시타빈; 콤브레타스타틴; 류코보린(LV); 옥살리플라틴, 예컨대 옥살리플라틴 치료 섭생(FOLFOX); 라파티닙(타이커브(Tykerb)(등록상표)); PKC-알파, Raf, H-Ras, EGFR의 저해제(예를 들어, 에를로티닙(타르세바(Tarceva)(등록상표))) 및 세포 증식을 감소시키는 VEGF-A 및 임의의 상기의 약제학적으로 허용되는 염, 산 또는 유도체를 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바와 같은 용어 "세포독성제"는 세포의 기능을 저해하거나 예방하고/하거나, 세포를 파괴하는 물질을 의미한다. 상기 용어는 방사능 동위원소(예를 들어, At²¹¹, I¹³¹, I¹²⁵, Y⁹⁰, Re¹⁸⁶, Re¹⁸⁸, Sm¹⁵³, Bi²¹², P³² 및 Lu의 방사능 동위원소), 화학치료제, 예를 들어 메토트렉세이트, 아드리아미신, 빈카 알칼로이드(빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포사이드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로르암부실, 다우노루비신 또는 다른 끼어들기 물질(intercalating agent), 효소 및 이의 단편, 예컨대 핵산분해 효소, 항생제, 및 독소, 예컨대 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 소분자 독소 또는 효소 활성 독소(이들의 단편 및/또는 변이체를 포함), 및 하기 개시된 다양한 항종양 또는 항암 물질을 포함하는 것으로 의도된다. 다른 세포독성제는 하기 기재되어 있다. 종양파괴 물질은 종양 세포를 파괴한다.

"성장 저해제"는, 본 명세서에 사용될 때, 실험실내 또는 생체내 세포(예를 들어, Robo4를 발현하는 세포)의 성장 및/또는 증식을 저해하는 화합물 또는 조성물을 의미한다. 따라서, 성장 저해제는 S상에서 Robo4 발현 세포의 백분율을 상당히 감소시키는 것일 수 있다. 성장 저해제의 예는 블록 (S상 이외의 장소에서) 세포 주기 진행을 차단하는 물질, 예컨대 G1 정지 및 M상 정지를 유도하는 물질을 포함한다. 전통적인 M상 차단제는 빈카(빈크리스틴 및 빈블라스틴), 탁산, 및 토포아이소머라제 II 저해제, 예컨대 안트라사이클린 항생제 독소루비신((8S-시스)-10-[(3-아미노-2,3,6-트라이데옥시-α-L-릭소-헥사피라노실)옥시]-7,8,9,10-테트라하이드로-6,8,11-트라이하이드록시-8-(하이드록시아세틸)-1-메톡시-5,12-나프타센다이온), 에피루비신, 다우노루비신, 에토포사이드 및 블레오마이신을 포함한다. G1을 정지시키는 이 물질, 예를 들어 DNA 알킬화 물질, 예컨대 타목시펜, 프레드니솔론, 다카바진, 메클로르에타민, 시스플라틴, 메토트렉세이트, 5-플루오로유라실 및 ara-C는 또한 S상 정지로 번진다. 추가의 정보는 문헌[The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn and Israel, eds., Chapter 1, 제목 "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" 저자 Murakami et al . (WB Saunders: Philadelphia, 1995), 특히 p. 13]에서 발견될 수 있다. 탁산(파클리탁셀 및 도세탁셀)은 둘 다 주목나무(yew tree)로부터 유래한 항암 약물이다. 유럽 주목으로부터 유래한 도세탁셀(탁소테레(등록상표), Rhone-Poulenc Rorer)은 파클리탁셀의 반합성 유사체이다(탁솔(등록상표), Bristol-Myers Squibb). 파클리탁셀 및 도세탁셀은 튜불린 이합체로부터 미세소관의 조립을 촉진하고 탈중합을 억제함으로써 미세소관을 안정시켜서, 세포에서 유사분열을 저해시킨다.

용어 "바이오마커" 및 "마커"는 DNA, RNA, 단백질, 탄수화물 또는 당지질 기반 분자 마커를 의미하도록 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되고, 이의 발현 또는 존재는 대상체 또는 환자의 샘플에서 표준 방법(또는 본 명세서에 개시된 방법)에 의해 검출될 수 있고, VEGF 길항제에 대한 포유동물 대상체의 반응성 또는 감수성을 모니터링하기에 유용하다. 이러한 바이오마커는 표 1, 표 2 및 표 3에 기재된 유전자를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 이러한 바이오마커의 발현은 기준 수준(예를 들어, 교모세포종을 갖고, VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험된 환자와 같은 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 평균 발현 수준; 교모세포종을 갖고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자와 같은 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 평균 발현 수준; 이전 시간에 개체로부터 이전에 얻은 샘플에서의 수준; 또는 1차 종양 환경에서 이전의 VEGF 길항제(예컨대, 항-VEGF 항체)에 의한 치료를 받고, 이제 전이를 경험할 수 있는 환자로부터의 샘플에서의 수준 포함)보다 VEGF 길항제에 대해 감수성 또는 반응성인 환자로부터 얻은 샘플에서 더 높거나 더 낮은 것으로 결정될 수 있다. 적어도 1개의 유전자, 예컨대 표 1, 표 2 및 표 3에 기재된 유전자의 기준 발현 수준보다 크거나 적은 발현 수준을 가지는 개체는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 대상체/환자로서 확인될 수 있다. 예를 들어, 기준 수준(예컨대, 상기 기재된 평균 수준)에 비해 가장 극도의 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(즉, 더 높거나 더 낮은)에서 유전자 발현 수준을 나타내는 이러한 대상체/환자는 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 대상체/환자(예를 들어, 교모세포종을 가지는 환자)로서 확인될 수 있다.

용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 생물학적 샘플에서 폴리뉴클레오타이드 또는 아미노산 생성물 또는 단백질의 양을 의미하도록 상호교환적으로 및 일반적으로 사용된다. "발현"은 일반적으로 유전자 코딩된 정보가 세포에 존재하고 운영되는 구조로 변환되는 과정을 의미한다. 따라서, 본 발명에 따르면 유전자의 "발현"은 폴리뉴클레오타이드로의 전사, 단백질로의 번역 또는 심지어 단백질의 번역 후 변형을 의미할 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오타이드, 번역된 단백질 또는 번역 후 변형된 단백질의 단편은 이것이 대안적인 스플라이싱에 생성된 전사체 또는 분해 전사체, 또는 예를 들어 단백분해에 의한 단백질의 번역 후 과정으로부터 기원하는지로 표현되는 것으로 또한 생각되어야 한다. "발현된 유전자"는 mRNA로서 폴리뉴클레오타이드로 전사되고 이후 단백질로 번역된 것, 및 또한 RNA로 전사되지만 단백질로 번역되지 않은 것(예를 들어, 운반 및 리보솜 RNA)을 포함한다.

용어 "샘플" 및 "생물학적 샘플"은 체액, 신체 조직(예를 들어, 종양 조직), 세포, 또는 다른 공급원을 포함하는 개인으로부터 얻은 임의의 생물학적 샘플을 의미하도록 상호교환적으로 사용된다. 체액은 예를 들어 림프, 혈청, 새로운 전혈, 말초 혈액 단핵 세포, 냉동 전혈, 혈장(새것 또는 냉동된 것 포함), 뇨, 타액, 정액, 활액 및 척수액이다. 샘플은 또한 유방 조직, 신장 조직, 대장 조직, 뇌 조직, 근육 조직, 윤활 조직, 피부, 모공, 골수 및 종양 조직을 포함한다. 포유동물로부터 조직 생검 및 체액을 얻는 방법이 당해 분야에 널리 공지되어 있다.

본 명세서에 사용되는 바대로, "치료"(및 "치료한다" 또는 "치료하는"과 같은 문법상 이의 변형어)는 치료되는 개체의 자연 과정을 바꾸려는 시도에서의 임상학적 중재를 의미하고, 예방을 위해 또는 임상학적 병리학의 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접 또는 간접 병리학적 결과의 감소, 전이 예방, 전체 생존(OS) 증가, 무진행 생존(PFS) 증가, 질환 진행의 감소, 질환 상태의 경감 또는 완화, 및 관해 또는 예후 개선을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.

치료와 관련하여, 본 명세서에 사용되는 바대로, 구절 "환자에게 통지하는" 또는 "환자에게 권고를 제공하는"은 치료제에 의해 적합하게 치료되거나 적합하게 치료되지 않는 것으로 환자를 확인하기 위해 환자의 샘플에서의 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 수준 또는 존재에 관해 생성된 정보 또는 데이터를 이용하는 것을 의미한다. 몇몇 실시형태에서, 치료제는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 권고는 투여되는 유효량의 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 채택을 요하는 환자의 확인을 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 치료제의 권고는 투여되는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 양이 채택된다는 권고를 포함한다. 치료와 관련하여, 본 명세서에 사용되는 바대로, 구절 "환자에게 통지하는" 또는 "환자에게 권고를 제공하는"은 VEGF 길항제를 포함하는 치료제에 더 또는 덜 반응할 가능성이 있는 것으로 확인되거나 선택된 환자에 대해 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함하는 치료제를 제안하거나 선택하기 위해 생성된 정보 또는 데이터를 이용하는 것을 또한 의미할 수 있다. 이용되거나 생성된 정보 또는 데이터는 서면, 구두 또는 전자의 임의의 형태일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 생성된 정보 또는 데이터를 이용하는 것은 통신, 제시, 보고, 저장, 전송, 전달, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합을 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 통신, 제시, 보고, 저장, 전송, 전달, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합은 컴퓨팅 장치, 분석장치 유닛 또는 이들의 조합에 의해 수행된다. 몇몇 추가의 실시형태에서, 통신, 제시, 보고, 저장, 전송, 전달, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합은 실험실 또는 의학 전문가에 의해 수행된다. 몇몇 실시형태에서, 정보 또는 데이터는 기준 수준에 대한 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 수준의 비교를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 정보 또는 데이터는 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자가 샘플에서 존재하거나 부재한다는 표시를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 정보 또는 데이터는 환자가 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함하는 치료제에 의해 적합하게 치료되거나 적합하게 치료되지 않는다는 표시를 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바와 같은 구절 "환자를 확인하는" 또는 "환자를 확인한다"는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함하는 치료제로부터 더 이익을 받거나 덜 이익을 받을 것 같은 것으로서 환자를 확인하거나 선택하기 위해 환자의 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 수준 또는 존재와 관해 생성된 정보 또는 데이터를 이용하는 것을 의미한다. 이용되거나 생성된 정보 또는 데이터는 서면, 구두 또는 전자의 임의의 형태일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 생성된 정보 또는 데이터를 이용하는 것은 통신, 제시, 보고, 저장, 전송, 전달, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합을 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 통신, 제시, 보고, 저장, 전송, 전달, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합은 컴퓨팅 장치, 분석장치 유닛 또는 이들의 조합에 의해 수행된다. 몇몇 추가의 실시형태에서, 통신, 제시, 보고, 저장, 전송, 전달, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합은 실험실 또는 의학 전문가에 의해 수행된다. 몇몇 실시형태에서, 정보 또는 데이터는 기준 수준에 대한 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 수준의 비교를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 정보 또는 데이터는 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자가 샘플에서 존재하거나 부재한다는 표시를 포함한다. 몇몇 실시형태에서, 정보 또는 데이터는 환자가 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함하는 치료제에 의해 더 또는 덜 반응하는지의 표시를 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바대로 구절 "치료제를 선택하는"은 또한 환자에 대한 치료제를 확인하거나 선택하기 위해 환자의 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 수준 또는 존재에 관해 생성된 정보 또는 데이터를 이용하는 것을 의미한다. 몇몇 실시형태에서, 치료제는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 구절 "치료제를 선택하는"은 투여되는 유효량의 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 채택을 요하는 환자의 확인을 포함한다.

"단일치료"란, 치료 기간의 과정에 걸쳐 암 또는 종양의 치료를 위해 단일 치료 물질만을 포함하는 치료적 섭생을 의미한다. VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 사용하는 단일치료는 VEGF 길항제가 치료 기간 동안 추가의 항암 치료의 부재 하에 투여된다는 것을 의미한다.

용어 "유효량"은 대상체 또는 환자, 예컨대 포유동물, 예를 들어 인간에서 질환 또는 장애, 예컨대 교모세포종을 치료하기에 효과적인 약물의 양을 의미한다. 암의 경우에, 치료적 유효량의 약물은 암 세포의 수를 감소시키고/시키거나; 종양 크기를 감소시키고/시키거나; 말초 장기로의 암 세포 침윤을 저해하고/하거나(즉, 약간의 정도로 느리게 하고 바람직하게는 중지시킴); 종양 전이를 저해하고/하거나(즉, 약간의 정도로 느리게 하고 바람직하게는 중지시킴); 약간의 정도로 종양 성장을 저해하고/하거나; 약간의 정도로 장애와 연관된 하나 이상의 증상을 경감시킬 수 있다. 약물이 성장을 예방하고/하거나, 존재하는 암 세포를 사멸할 수 있는 정도로, 이것은 세포분열정지 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 치료제의 경우, 생체내 효능은 예를 들어 생존 기간, 무진행 생존(PFS) 기간, 전체 생존(OS), 반응률(RR), 반응 기간 및/또는 삶의 품질을 평가함으로써 측정될 수 있다.

VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료에 대한 환자의 "효과적인 반응" 또는 환자의 "반응성" 또는 "감수성"은 VEGF 길항제에 의한 치료의 결과로부터 또는 결과로서 교모세포종의 위험이 있거나 이를 가지는 환자에게 부여되는 임상학적 또는 치료적 이익을 의미한다. 이러한 이익은 세포 또는 생물학적 반응, 완전 반응, 부분 반응, 안정한 질환(진행 또는 재발 없음), 또는 길항제에 의한 치료의 결과로부터 또는 결과로서 환자의 나중의 재발을 동반하는 반응을 포함한다. 예를 들어, 효과적인 반응은 기준 수준(예를 들어, VEGF 길항제에 대한 반응성이 시험된 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커의 평균 발현 수준; 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커의 평균 발현 수준; 이전 시간에 개체로부터 이전에 얻은 샘플에서의 수준; 또는 1차 종양 환경에서 이전의 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료를 받고, 이제 전이를 경험할 수 있는 환자로부터의 샘플에서의 수준을 포함)과 비교하여 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 1개 이상의 바이오마커의 더 높거나 더 낮은 수준을 발현하는 것으로 진단된 환자에서의 종양 크기 감소, 무진행 생존(PFS) 증가 및/또는 전체 생존(OS) 증가일 수 있다. 유전자 바이오마커(들)의 발현은 이러한 효과적인 반응을 효과적으로 예견하거나 높은 감수성으로 예견한다.

"생존"은 살아 있는 대상체를 의미하고, 무진행 생존(PFS) 및 전체 생존(OS)을 포함한다. 생존은 카플란-마이어 방법에 의해 예측될 수 있고, 임의의 생존 차이는 계층적 로그 랭크 시험(stratified log-rank test)을 이용하여 산출된다.

"전체 생존" 또는 "OS"는 치료의 개시 또는 초기 진단으로부터 약 1년, 약 2년, 약 3년, 약 4년, 약 5년, 약 10년 등과 같은 한정된 시간 기간 동안 살아 있는 대상체를 의미한다. 본 발명에 기초한 연구에서, 생존 분석에 사용된 사건은 임의의 원인으로부터의 사망이다.

"무진행 생존" 또는 "PFS"는 치료(또는 무작위)로부터 제1 질환 진행 또는 사망으로의 시간을 의미한다. 예를 들어, 이것은 치료의 개시 또는 초기 진단으로부터 예를 들어 약 1개월, 약 2개월, 약 3개월, 약 4개월, 약 5개월, 약 6개월, 약 7개월, 약 8개월, 약 9개월, 약 1년, 약 2년, 약 3년 등과 같은 한정된 시간 기간 동안 암으로 복귀하지 않으면서 대상체가 살이 있는 시간이다. 본 발명의 일 양상에서, PFS는 문헌[MacDonald et al . (J. Clin. Oncol . 1990;8: 1277-80, 1990)]에 기재된 바대로 맥도날드 반응 기준(MacDonald Response Criteria)에 의해 평가될 수 있다.

"전체 반응률" 또는 "객관적 반응률"(ORR)은 최소 시간 동안 암(예를 들어, 교모세포종)의 크기 또는 양의 감소를 경험하는 사람의 백분율을 의미하고, ORR은 완전 반응률과 부분 반응률의 합으로 표현될 수 있다.

"생존의 연장" 또는 "생존의 가능성의 증가"란, 각각 치료되지 않은 대상체(예를 들어, VEGF 항체에 의해 치료되지 않은 대상체) 또는 치료되지 않은 대상체의 집단에 비해, 또는 대조군 치료 프로토콜, 예컨대 방사선치료제와 함께 또는 이것 없이 예를 들어 테모졸로마이드(TMZ)와 같은 교모세포종에 대한 관리 표준에서 사용하는 것과 같은 오직 화학치료제에 의한 치료에 비해, 치료된 대상체(예를 들어, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의해 치료된 대상체) 또는 치료된 대상체의 집단에서 PFS 및/또는 OS를 증가시키는 것을 의미한다. 치료의 개시 이후 또는 초기 진단 이후 적어도 약 1개월, 약 2개월, 약 4개월, 약 6개월, 약 9개월, 또는 적어도 약 1년, 또는 적어도 약 2년, 또는 적어도 약 3년, 또는 적어도 약 4년, 또는 적어도 약 5년, 또는 적어도 약 10년 등 동안 생존을 모니터링한다.

위험비(hazard ratio: HR)는 사건의 발생률에 대한 통계학적 정의이다. 본 발명의 목적을 위해, 위험비는 시간에 따른 임의의 특정 시점에서 대조 암에서의 사건의 확률로 나눈 실험 암에서의 사건의 확률을 표시하는 것으로서 정의된다. 무진행 생존 분석에서의 "위험비"는 2개의 무진행 생존 곡선 사이의 차이의 요약이어서, 추적관찰의 기간에 걸쳐 대조군과 비교하여 치료에서 사망의 위험의 감소를 나타낸다.

본 명세서에서 "환자" 또는 "대상체"는 교모세포종(GBM)과 같은 질환 또는 장애의 하나 이상의 징후, 증상, 또는 다른 표시를 경험하고 있거나 경험한, 치료에 적격인, 임의의 단일 동물(예를 들어, 포유동물, 예컨대 개, 고양이, 말, 래빗, 동물원 동물, 소, 돼지, 양, 비인간 원시류 및 인간 포함), 예컨대 인간을 의미한다. 질환의 임의의 임상학적 징후를 나타내지 않는 임상학적 연구 실험에 포함된 임의의 환자, 또는 유행병학 연구에 포함된 환자, 또는 대조군으로서 한번 사용된 환자가 환자로서 포함되도록 의도된다. 환자는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙) 또는 또 다른 약물에 의해 이전에 치료되거나, 이렇게 치료되지 않을 수 있다. 환자는 본 명세서에의 치료가 시작될 때 사용되는 추가의 약물(들)에 미경험일 수 있고, 즉 환자는 예를 들어 "기준치"에서(즉, 본 명세서에서의 치료 방법에서 제1 용량의 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 투여 전에 시간에 따른 설정 값에서, 예컨대 치료가 시작되기 전에 대상체의 스크리닝의 날에) VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙) 이외의 치료제에 의해 이전에 치료되지 않을 수 있다. 이러한 "미경험" 환자 또는 대상체는 일반적으로 이러한 추가의 약물(들)에 의한 치료에 대한 후보자인 것으로 생각된다.

용어 "암" 및 "암성"은 통상적으로 제어되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리학적 병증을 의미하거나 기술한다. 양성 및 악성 암, 및 휴면 종양 또는 미소전이가 이 정의에 포함된다. 암의 예는 암종, 림프종, 아세포종, 육종 및 백혈병을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 이러한 암의 더 특정한 예는 예를 들어 전신경 GBM, 신경 GBM, 전형적 GBM 및 중간엽 GBM을 포함하는 교모세포종(GBM)을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. GBM은 새로 진단되거나, 진단되거나, 재발성일 수 있다. 다른 암은 예를 들어 유방암, 편평 세포 암, 폐암(소세포 폐암, 비소세포 폐암, 폐의 선암 및 폐의 편평 암종 포함), 복막의 암, 간세포암, 위장암 또는 위암(위장관암 포함), 췌장암, 난소암, 자궁경부암, 간암, 방광암, 간세포암, 대장암, 대장직장암, 자궁내막암 또는 자궁 암종, 침샘 암종, 신암 또는 신장암, 간암, 전립선암, 음문암, 갑상선암, 간 암종 및 다양한 유형의 두경부암, 및 B 세포 림프종(저등급/여포성 비호지킨 림프종(non-Hodgkin's lymphoma: NHL); 소림프성(small lymphocytic: SL) NHL; 중등급/여포성 NHL; 중등급 미만성 NHL; 고등급 면역아구성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비분할 세포 NHL; 벌키 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS 관련 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프성 백혈병(chronic lymphocytic leukemia: CLL); 급성 림프아구성 백혈병(acute lymphoblastic leukemia: ALL); 모발 세포 백혈병; 만성 골수아구성 백혈병; 및 이식 후 림프증식성 장애(post-transplant lymphoproliferative disorder: PTLD), 및 모반증과 연관된 이상 혈관 증식, 부종(예컨대, 뇌 종양과 연관된 것), 및 메이그스 증후군(Meigs' syndrome)을 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바와 같은 "종양"은 모든 신생 세포 성장 및 증식(악성이든 또는 양성이든), 및 모든 전암성 및 암성 세포 및 조직을 의미한다. 용어 "암", "암성", "세포 증식성 장애", "증식성 장애" 및 "종양"은 본 명세서에 언급되는 것으로 상호 배타적이지 않다.

용어 "약제학적 제형"은, 약제의 생물학적 활성이 효과적이게 허용하는 형태이고, 제형이 투여되는 대상체에게 허용되지 않게 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는, 무균 제제를 의미한다.

"약제학적으로 허용되는 담체"는 대상체에 비독성인 활성 성분 이외의 약제학적 제형에서의 성분을 의미한다. 약제학적으로 허용되는 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 보존제를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.

"키트"는 적어도 1종의 시약, 예를 들어 교모세포종을 가지는 환자의 치료를 위한 약제 또는 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브를 포함하는 임의의 제조품(예를 들어, 패키지 또는 용기)이다. 상기 제조품은 바람직하게는 본 발명의 방법을 수행하기 위한 유닛으로서 판매촉진되거나, 배포되거나, 판매된다.

본 명세서에 사용되는 바대로 용어 "공변량"은 환자와 관련한 소정의 변수 또는 정보를 의미한다. 임상 종점은 흔히 회귀 모델에서 고려되고, 여기서 종점은 독립 변수를 나타내고, 바이오마커는 주요 또는 표적 독립 변수(회귀변인)를 나타낸다. 임상학적 데이터 풀로부터의 추가의 변수가 고려되는 경우, 이들은 (임상학적) 공변량으로 표시된다.

용어 "임상 공변량"은 기준치에서 일반적으로 이용 가능한 환자에 대한 모든 임상학적 정보를 기술하도록 본 명세서에서 사용된다. 이 임상 공변량은 성별, 나이 등과 같은 인구학적 정보, 다른 기왕성 정보, 공존 질환, 공존 치료, 신체 검사의 결과, 얻은 일반 실험실 매개변수, 혈관신생 장애의 공지된 특성, 임상학적 질환 병기, 전치료의 시기 및 결과, 질환 병력, 및 치료에 대한 임상학적 반응과 연관될 수 있는 모든 유사한 정보를 포함한다.

본 명세서에 사용되는 바대로, 용어 "원 분석(raw analysis)" 또는 "비조정 분석"은 회귀 분석을 의미하고, 고려되는 바이오마커 이외에, 추가의 임상 공변량은 독립적인 인자로서도, 계층화 공변량으로서도 회귀 모델에서 사용되지 않는다.

본 명세서에 사용되는 바대로, 용어 "공변량에 의해 조정된"은 회귀 분석을 의미하고, 고려되는 바이오마커 이외에, 추가의 임상 공변량은 독립 인자로서 또는 계층화 공변량으로서 회귀 모델에서 사용된다.

본 명세서에 사용되는 바대로, 용어 "일도량"은 회귀 모델 또는 그래프 접근법을 의미하고, 독립 변수로서, 표적 바이오마커 중 오직 하나가 모델의 일부이다. 이 일도량 모델은 추가의 임상 공변량과 함께 및 이것 없이 고려될 수 있다.

본 명세서에 사용되는 바대로, 용어 "다변량"은 회귀 모델 또는 그래프 접근법을 의미하고, 독립 변수로서, 1개 초과의 표적 바이오마커는 모델의 일부이다. 이 다변량 모델은 추가의 임상 공변량과 함께 및 이것 없이 고려될 수 있다.

III . VEGF 길항제에 반응성인 환자를 확인하는 방법

본 발명은 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙) 치료제에 반응성일 것 같은 환자를 확인하고/하거나 모니터링하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 환자에 대한 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 투여가 효과적일 것 같은 가능성을 증가시키기 위해 특히 유용하다. 상기 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 1개 이상의 유전자 바이오마커의 발현을 검출하는 단계를 포함하고, 1개 이상의 이러한 바이오마커의 발현은 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 감수성 또는 반응성인지를 표시한다.

더욱 특히, 환자로부터의 샘플에서의 하기 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현 수준의 결정은 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 반응성 또는 감수성인지를 모니터링하는 데 유용하다. 본 명세서에 기재된 임의의 방법을 위해, 예를 들어 표 3에 기재된 유전자로부터 선택된 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개 유전자의 임의의 조합의 발현 수준을 결정할 수 있다. 대안적으로, 본 명세서에 기재된 임의의 방법을 위해, 표 3에 기재된 모든 10개의 유전자(NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2)의 발현 수준을 결정할 수 있다.

일 예에서, 환자로부터의 샘플에서의 적어도 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자)의 발현 수준의 결정은 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 반응성 또는 감수성인지를 모니터링하는 데 유용하다. 일 예에서, 환자로부터의 샘플에서의 적어도 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자)의 발현 수준의 결정은 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 반응성 또는 감수성인지를 모니터링하는 데 유용하다. 일 예에서, 환자로부터의 샘플에서의 표 1에 기재된 모든 108개의 유전자의 발현 수준의 결정은 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 반응성 또는 감수성인지를 모니터링하는 데 유용하다.

몇몇 경우에, 본 명세서에 기재된 임의의 방법을 위해, 전체에서 적어도 10개의 유전자(예를 들어, 10개, 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개, 50개 이상의 유전자)의 발현 수준을 결정할 수 있다. 다른 경우에, 본 명세서에 기재된 임의의 방법을 위해, 전체에서 65개 이상의 유전자(예를 들어, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개 또는 105개 이상의 유전자)의 발현 수준을 결정할 수 있다.

개시된 방법 및 검정은 환자를 치료하기 위한 적절한 또는 효과적인 치료제를 평가하는 데 있어서 유용한 데이터 및 정보를 얻기 위한 편리하고 효과적이고 잠재적으로 비용 효과적인 방식을 제공한다. 예를 들어, 환자는 VEGF 길항제에 의한 치료 전에 및/또는 후에 조직 샘플(예를 들어, 종양 생검 또는 혈액 샘플)을 제공할 수 있고, 샘플은 환자의 세포가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 감수성인지를 결정하기 위해 다양한 실험실내 검정에 의해 검사될 수 있다.

본 발명은 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 대한 환자의 감수성 또는 반응성을 모니터링하는 방법을 또한 제공한다. 상기 방법은 유전자 또는 단백질 발현을 검출하는 검정(예컨대, PCR 및 효소 면역검정) 및 적절한 활성을 검출하는 생화학 검정을 포함하는 다양한 검정 포맷으로 수행될 수 있다. 환자 샘플에서의 이러한 바이오마커의 발현 또는 존재의 결정은 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙의 생물학적 효과에 감수성인지를 예측한다. 본 명세서에 출원인의 발명은 기준 수준(예를 들어, VEGF 길항에 대한 반응성에 대해 시험된 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커의 평균 발현 수준 또는 교모세포종을 가지고, VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커의 평균 발현 수준을 포함)에 대한 교모세포종을 가지는 환자로부터의 샘플에서의 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자)의 발현의 차이 또는 변화(즉, 증가 또는 감소)가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 의한 이러한 환자의 치료에 관련된다는 것이다.

실시예 5는 적어도 1개의 평가된 바이오마커의 기준 수준에 대한 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2 중 적어도 1개(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자)의 발현 수준 증가가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인시킨다는 것을 보여준다. 임의로, 적어도 1개의 평가된 바이오마커의 기준 수준에 대한 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 1개 이상의 유전자와 조합되어 결정된 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2 중 적어도 1개(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자)의 발현 수준이 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는 데 또한 유용할 수 있다. 통상적으로, 기준 수준(예를 들어, 교모세포종을 가지고, VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험된 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커(들)의 평군 발현 수준(들) 또는 교모세포종을 가지고, VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자의 그룹/집단으로부터의 샘플에서의 바이오마커(들)의 평균 발현 수준(들))에 대한 적어도 1개의 유전자에서의 적어도 약 1.5배, 1.6배, 1.8배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 또는 10배 발현의 차이 또는 변화(즉, 감소 또는 증가) 또는 측정된 유전자(들)의 평균 발현 수준(들)으로부터 적어도 약 -2, -3, -4, -5 또는 -6 표준 편차의 평균 로그 비율의 차이 또는 변화(즉, 감소 또는 증가)는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응하거나 감수성일 것이라는 것을 표시한다.

본 발명의 방법에 따르면, 특정한 개체(예를 들어, 환자)가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 가능성은 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현 수준을 검출하고, 기준 발현 수준에 대해 유전자의 발현 수준을 비교함으로써 결정될 수 있다. 예를 들어, 상기 기재된 바대로, 기준 발현 수준은 교모세포종을 가지고, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 대한 반응성에 대해 시험된 환자의 그룹/집단에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준일 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 기준 발현 수준은 교모세포종을 가지고, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙) 치료에 대해 반응하지 않는 것으로서 확인된 환자에서의 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준이다. 몇몇 실시형태에서, 기준 발현 수준은 이전의 시간에 개체로부터 이전에 얻은 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 수준이다. 다른 실시형태에서, 개체는 1차 종양 환경에서 이전의 VEGF 길항제에 의한 치료를 받은 환자이다. 몇몇 실시형태에서, 개체는 전이를 경험하는 환자이다. 본 명세서에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 바이오마커 유전자의 기준 발현 수준보다 크거나 낮은 발현 수준을 가지는 개체는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 대상체/환자로서 확인된다. 예를 들어, 평균에 대해 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(즉, 더 높거나 더 낮음)에서 유전자 발현 수준을 나타내는 대상체/환자는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자로서 확인된다. 대상체/환자는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것이 통지되고/되거나, 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고가 제공될 수 있다. 유전자 발현 수준은 당해 분야에 공지되고 예를 들어, 문헌[Sokal R.R. and Rholf, F.J. (1995) "Biometry: the principles and practice of statistics in biological research," W.H. Freeman and Co. New York, NY]에 기재된 방법을 이용하여 본 명세서에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 바이오마커 유전자, 또는 본 명세서에 기재된 바와 같은 바이오마커 유전자의 임의의 선형 조합(예를 들어, 평균, 가중 평균 또는 중앙)을 이용하여 결정될 수 있다.

일 양상에서, 본 발명은 (ⅰ) 임의의 VEGF 길항제가 환자에게 투여되기 전에, 또는 (ⅱ) 이러한 치료 전에 및 후에 얻은 환자로부터의 샘플에서, 바이오마커로서, 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 평가하는 단계를 포함하는, 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 의한 치료에 반응할지를 결정하는 방법을 제공한다. 기준 수준(상기 참조)에 대한 적어도 1개의 유전자의 발현의 변화(즉, 증가 또는 감소)는 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 의한 치료에 반응할 것 같다는 것을 표시한다. 환자는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것이 통지되고/되거나, 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고가 제공될 수 있다.

또 다른 양상에서, 본 발명은 (ⅰ) 임의의 VEGF 길항제가 환자에게 투여되기 전에, 또는 (ⅱ) 이러한 치료 전에 및 후에 얻은 환자로부터의 샘플에서, 바이오마커로서, 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계를 포함하는, 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법을 제공한다. 기준 수준(상기 참조)에 대한 적어도 1개의 유전자의 발현의 변화(즉, 증가 또는 감소)는 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 의한 치료에 반응할 것 같다는 것을 표시한다. 환자는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것이 통지되고/되거나, 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고가 제공될 수 있다.

또 다른 양상에서, 본 발명은 (ⅰ) 임의의 VEGF 길항제가 환자에게 투여되기 전에, 또는 (ⅱ) 이러한 치료 전에 및 후에 얻은 환자로부터의 샘플에서, 바이오마커로서, 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현을 검출하는 단계를 포함하는, 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법을 제공한다. 기준 수준(상기 참조)에 대한 적어도 1개의 유전자의 발현의 변화(즉, 증가 또는 감소)는 환자가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 의한 치료에 반응할 것 같다는 것을 표시한다. VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 포함하는 치료제는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 선택될 수 있고, 환자는 VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제의 권고가 제공될 수 있다.

또 다른 실시형태에서, 본 발명은 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 대한 환자의 감수성 또는 반응성을 모니터링하는 방법을 제공한다. 이 방법은 환자 샘플로부터 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 유전자 발현을 평가하는 단계 및 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 대한 환자의 감수성 또는 반응성을 예측하는 단계를 포함하고, 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현의 변화(즉, 증가 또는 감소)는 VEGF 길항제에 의한 효과적인 치료에 대한 환자의 감수성 또는 반응성과 상관된다. 이 방법의 일 실시형태에 따르면, 생물학적 샘플은 임의의 VEGF 길항제의 투여 전에 환자로부터 얻어지고, 샘플에서의 적어도 1개의 유전자의 발현 생성물의 수준을 평가하기 위해 검정으로 처리된다. 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현이 기준 수준(예를 들어, 상기 참조)에 대해 변화(즉, 증가 또는 감소)할 때, 환자는 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 의한 치료에 감수성 또는 반응성인 것으로 결정된다. 환자는 VEGF 길항제에 의한 치료에 감수성 또는 반응성인 가능성이 증가한다는 것이 통지되고/되거나, 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고가 제공될 수 있다. 이 방법의 또 다른 실시형태에서, 생물학적 샘플은 본 명세서에 기재된 바대로 VEGF 길항제의 투여 전에 및 후에 환자로부터 얻어진다.

특히 진단적 시험 및 치료제에 의한 치료의 분야에 속하는 의학 분야에서의 당업자는 생물학적 시스템이 다소 변하고, 항상 전부 예측 가능하지 않고, 따라서 많은 우수한 진단적 시험 또는 치료제가 때때로 비효과적이라는 것을 인식할 것이다. 따라서, 이것은 시험 결과, 환자 병증 및 병력, 및 이들 자체의 경험에 기초하여 개별 환자에 대한 치료의 가장 적절한 과정을 결정하기 위해 전적으로 주치의의 판단에 따른다. 특히 모든 또는 대부분의 다른 명확한 치료 옵션이 실패할 경우, 또는 또 다른 치료가 제공될 때 약간의 상승효과가 기대될 경우, 진단적 시험 또는 다른 기준으로부터의 데이터에 기초하여, 예를 들어 의사가 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 의해 환자를 치료하는 것을 선택할 수 있을 때, 심지어 환자가 VEGF 길항제에 특히 감수성인 것으로 예측되지 않을 때의 경우가 심지어 존재할 수 있다.

추가로 표현된 실시형태에서, 본 발명은 샘플에서 발현된 본 명세서에서 확인된 1개 이상의 유전자 바이오마커의 수준을 평가하는 단계; 및 VEGF 길항제에 의한 저해에 대해 환자의 감수성을 예측하는 단계를 포함하는, VEGF 길항제에 의한 치료, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 대한 환자의 감수성을 예측하는 방법, 또는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 효과적으로 반응할지를 예측하는 방법을 제공하고, 1개 이상의 이 유전자 바이오마커의 발현 수준은 VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 효과적인 반응에 대한 환자의 높은 감수성과 상관된다.

교모세포종을 가질 것으로 의심되거나, 가지는 것으로 진단되고, 따라서 치료를 요할 것 같은 환자, 또는 임의의 장애를 가질 것으로 의심되지 않는 정상 개체로부터 샘플을 얻을 수 있다. 마커 발현의 평가를 위해, 환자 샘플, 예컨대 세포, 또는 이 세포에 의해 생성된 단백질 또는 핵산을 함유하는 것을 본 발명의 방법에서 사용할 수 있다. 본 발명의 방법에서, 바이오마커의 수준은 샘플, 바람직하게는 조직 샘플(예를 들어, 종양 조직 샘플, 예컨대 생검)에서의 마커의 양(예를 들어, 절대 양 또는 농도)을 평가함으로써 측정될 수 있다. 또한, 바이오마커의 수준은 바이오마커의 검출 가능한 수준을 함유하는 체액 또는 배설물에서 평가될 수 있다. 본 발명에서 샘플로서 유용한 체액 또는 배설물은 예를 들어 혈액, 뇨, 타액, 대변, 흉수, 림프액, 가래, 복수, 전립샘분비액, 뇌척수액(cerebrospinal fluid: CSF), 또는 임의의 다른 신체 배설물 또는 이들의 유도체를 포함한다. 단어 "혈액"은 전혈, 혈장, 혈청, 또는 혈액의 임의의 유도체를 포함하도록 의도된다. 이러한 체액 또는 배설물에서의 바이오마커의 평가는 침습적 샘플링 방법이 비적절하거나 불편한 상황에서 때때로 바람직할 수 있다. 그러나, 체액인 샘플의 경우에, 본 명세서에서 시험하고자 하는 샘플은 바람직하게는 혈액, 윤활 조직 또는 활액, 가장 바람직하게는 혈액이다.

샘플은 냉동되고/되거나, 새롭게 되고/되거나, 고정(예를 들어, 포르말린 고정)되고/되거나, 원심분리되고/되거나, 포매(예를 들어, 파라핀 포매) 등이 될 수 있다. 세포 샘플은 물론 샘플에서 마커의 양의 평가 전에 다양한 널리 공지된 수집 후 제조 및 저장 기법(예를 들어, 핵산 및/또는 단백질 추출, 고정, 저장, 냉동, 한외여과, 농축, 증발, 원심분리 등)으로 처리될 수 있다. 마찬가지로, 생검은 또한 수집 후 제조 및 저장 기법, 예를 들어 고정으로 처리될 수 있다.

본 명세서에 기재된 임의의 방법에서, 개체(예를 들어, 환자/대상체)는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료에 대한 감수성 또는 반응성인 가능성의 증가 또는 감소가 통지되고; 항암 치료(예를 들어, VEGF 길항제를 포함하거나 포함하지 않는 항암 치료제)의 권고가 제공되고/되거나, 적합한 치료제(예를 들어, VEGF 길항제 및/또는 다른 항혈관신생 물질)가 선택될 수 있다.

A. 유전자 발현의 검출

본 명세서에 기재된 유전자 바이오마커는 당해 분야에 공지된 임의의 방법을 이용하여 검출될 수 있다. 예를 들어, 포유동물로부터의 조직 또는 세포 샘플은 편리하게는 노던(Northern), 도트 블롯, 또는 중합사슬 사슬 반응(PCR) 분석, 어레이 하이브리드화, RNase 보호 검정을 사용하여, 또는 DNA 마이크로어레이 스냅샷을 포함하는 상업적으로 구입 가능한, DNA SNP 칩 마이크로어레이를 사용하여 예를 들어 관심 있는 유전자 바이오마커로부터 mRNA 또는 DNA에 대해 평가될 수 있다. 예를 들어, 실시간 PCR(RT-PCR) 검정, 예컨대 정량적 PCR 검정은 당해 분야에 널리 공지되어 있다. 본 발명의 예시적인 실시형태에서, 생물학적 샘플, 예컨대 종양 샘플(예를 들어, 교모세포종 종양 샘플)에서 관심 있는 유전자 바이오마커로부터 mRNA를 검출하는 방법은 적어도 1개의 프라이머를 사용하여 역전사에 의해 샘플로부터 cDNA를 생성하는 단계; 이렇게 생성된 cDNA를 증폭시키는 단계; 및 증폭된 cDNA의 존재를 검출하는 단계를 포함한다. 또한, 이러한 방법은 생물학적 샘플에서의 mRNA의 수준을 결정하게 하는 1개 이상의 단계(예를 들어, "하우스키핑" 유전자, 예컨대 액틴 패밀리 구성원의 비교 대조 mRNA 서열의 수준을 동시에 검사함으로써)를 포함할 수 있다. 임의로, 증폭된 cDNA의 서열을 결정할 수 있다.

1. 핵산의 검출

하나의 특정한 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 바와 같은 바이오마커 유전자의 발현은 RT-PCR 기술에 의해 수행될 수 있다. PCR에 사용된 프로브는 검출 가능한 마커, 예를 들어 방사선 동위원소, 형광 화합물, 생물발광 화합물, 화학발광 화합물, 금속 킬레이터 또는 효소 등에 의해 표지될 수 있다. 이러한 프로브 및 프라이머는 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 발현된 유전자의 존재를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 것처럼, 표 1, 표 2 및 표 3에 기재된 1개 이상의 유전자의 존재 및/또는 발현된 수준을 효과적으로 증폭하고/하거나, 클로닝하고/하거나 결정하기 위해 아주 많은 상이한 프라이머 및 프로브를 제조하고 사용할 수 있다.

다른 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직(예를 들어, 종양 조직, 예를 들어 교모세포종 종양 조직) 또는 세포 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))로부터의 mRNA를 조사하거나 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 이용하여, 시험으로부터의 시험 및 대조 mRNA 샘플 및 대조 조직 샘플을 역전사하고 표지하여 cDNA 프로브를 생성한다. 이후, 프로브를 고체 지지체에 부동화된 핵산의 어레이에 하이브리드화한다. 어레이는 어레이의 각각의 구성원의 서열 및 위치가 알려지도록 구성된다. 예를 들어, 소정의 질환 상태에서 발현될 가능성을 가지는 유전자의 선택은 고체 지지체에서 배열될 수 있다. 특정한 어레이 구성원에 의한 표지된 프로브의 하이브리드화는 프로브가 유래한 샘플이 그 유전자를 발현한다는 것을 표시한다. 질환 조직의 차등 유전자 발현 분석은 귀중한 정보를 제공할 수 있다. 마이크로어레이 기술은 단일 실험 내에 수천 개의 유전자의 mRNA 발현 프로파일을 평가하기 위해 핵산 하이브리드화 기법 및 컴퓨팅 기술을 이용한다(예를 들어, WO 제2001/75166호 참조). 어레이 제작의 토의를 위해, 예를 들어 미국 특허 제5,700,637호, 미국 특허 제5,445,934호 및 미국 특허 제5,807,522, 문헌[Lockart, Nature Biotechnology 14:1675-1680 (1996); 및 Cheung et al ., Nature Genetics 21(Suppl):15-19 (1999)]을 참조한다.

또한, EP 제1753878호에 기재된 마이크로어레이를 이용하는 DNA 프로파일링 및 검출 방법을 이용할 수 있다. 이 방법은 짧은 탬던 반복(short tandem repeat: STR) 분석 및 DNA 마이크로어레이를 이용하여 상이한 DNA 서열을 신속히 확인하고 이들 사이를 구별한다. 일 실시형태에서, 표지된 STR 표적 서열은 상보성 프로브를 보유하는 DNA 마이크로어레이로 하이브리드화한다. 이 프로브는 길이가 다양하여 가능한 STR의 범위를 포괄한다. DNA 하이브리드의 표지된 단일 가닥 구역은 하이브리드화 후 효소 분해를 이용하여 마이크로어레이 표면으로부터 선택적으로 제거된다. 미지 표적에서의 반복부의 수는 마이크로어레이에 하이브리드화한 채 있는 표적 DNA의 패턴에 기초하여 추론된다.

마이크로어레이 프로세서의 일 예는 상업적으로 구입 가능하고 유리 표면에서 올리고뉴클레오타이드의 직접 합성에 의해 제작된 어레이를 포함하는 아피메트릭스 젠칩(Affymetrix GENECHIP)(등록상표) 시스템이다. 당해 분야의 당업자에게 공지된 바대로 다른 시스템을 사용할 수 있다.

RT-PCR 또는 또 다른 PCR 기반 방법 이외에 바이오마커의 수준을 결정하는 다른 방법은 단백질체학 기법, 및 분자 수준에서 환자 반응에 기초하여 혈관신생 장애를 치료하는 데 필요한 개별화된 유전자 프로파일을 포함한다. 본 명세서에서의 특수 마이크로어레이, 예를 들어 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이 또는 cDNA 마이크로어레이는 1개 이상의 항-VEGF 항체에 대한 감수성 또는 내성과 상관되는 발현 프로파일을 가지는 1개 이상의 바이오마커를 포함할 수 있다. 본 발명에서 사용하기 위한, 핵산을 검출하기 위해 사용될 수 있는 다른 방법은 RNA 기반 게놈 분석, 예를 들어 RNASeq 등을 포함하는 고속 RNA 서열 발현 분석을 포함한다.

상기 기법을 적용하는 데 있어서 지도를 제공하기 위해 많은 참조문헌이 이용 가능하다(Kohler et al., Hybridoma Techniques (Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1980); Tijssen, Practice and Theory of Enzyme Inimunoassays (Elsevier, Amsterdam, 1985); Campbell, Monoclonal Antibody Technology (Elsevier, Amsterdam, 1984); Hurrell, Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications (CRC Press, Boca Raton, FL, 1982); 및 Zola, Monoclonal Antibodies : A Manual of Techniques, pp. 147-1 58 (CRC Press, Inc., 1987)). 노던 블롯 분석은 당해 분야에 널리 공지된 종래의 기법이고, 예를 들어 문헌[Molecular Cloning , a Laboratory Manual , second edition, 1989, Sambrook, Fritch, Maniatis, Cold Spring Harbor Press, 10 Skyline Drive, Plainview, NY 11803-2500]에 기재되어 있다. 유전자 및 유전자 생성물의 상태를 평가하기 위한 통상적인 프로토콜은, 예를 들어 문헌[Ausubel et al., eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Units 2(노던 블로팅), 4(서던 블로팅), 15(면역블로팅) 및 18(PCR 분석)]에서 발견된다.

2. 단백질의 검출

단백질 바이오마커, 예컨대 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))에 상응하는 단백질 바이오마커의 검출과 관련하여, 예를 들어 항체 기반 방법, 및 질량 분광법 및 당해 분야에 공지된 다른 유사한 수단을 포함하는, 예를 들어 다양한 단백질 검정이 이용 가능하다. 항체 기반 방법의 경우에, 예를 들어 샘플은 항체-바이오마커 착체가 형성되기에 충분한 조건 하에 상기 바이오마커에 특이적인 항체와 접촉할 수 있고, 이후 상기 착제를 검출할 수 있다. 단백질 바이오마커의 존재의 검출은 다수의 방식에서, 예컨대 웨스턴 블로팅(면역침전 유 또는 무), 2차원 SDS-PAGE, 면역침전, 형광 활성화 세포 분류(fluorescence activated cell sorting: FACS), 유세포분석법, 및 혈장 또는 혈청을 포함하는 매우 다양한 조직 및 샘플을 평가하기 위한 ELISA 절차에 의해 성취될 수 있다. 이러한 검정 포맷을 이용한 넓은 범위의 면역검정 기법이 이용 가능하고, 예를 들어 미국 특허 제4,016,043호, 제4,424,279호 및 제4,018,653호를 참조한다. 이들은 단일 부위 및 2개 부위 둘 다 또는 비경쟁적 유형의 "샌드위치" 검정, 및 전통적인 경쟁적 결합 검정을 포함한다. 이들 검정은 표적 바이오마커에 대한 표지된 항체의 직접 결합을 또한 포함한다.

가장 유용하고 흔히 이용되는 검정 중에 샌드위치 검정이 있다. 샌드위치 검정 기법의 다수의 변동이 존재하고, 모두는 본 발명에 의해 포함되는 것으로 의도된다. 간단하게, 통상적인 정방향 검정에서, 비표지된 항체는 고체 기질에 부동화되고, 시험되는 샘플은 결합 분자와 접촉한다. 적합한 기간의 항온처리 후, 항체-항원 착체의 형성을 허용하기에 충분한 시간 기간 동안, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 리포터 분자로 표지된, 항원에 특이적인 제2 항체를 이후 첨가하고 항온처리하여, 항체-항원 표지된 항체의 또 다른 착체의 형성을 위해 충분한 시간을 허용한다. 임의의 반응하지 않은 재료를 세척하고, 항원의 존재를 리포터 분자에 의해 생성된 신호의 관찰에 의해 결정한다. 결과는 시각적 신호의 단순한 관찰에 의해 정성적일 수 있거나, 공지된 양의 바이오마커를 함유하는 대조 샘플과 비교함으로써 정량화될 수 있다.

정방향 검정에서의 변동은 동시 검정을 포함하고, 여기서 샘플 및 표지된 항체 둘 다를 결합 항체에 동시에 첨가한다. 용이하게 명확한 것처럼 임의의 적은 변동을 포함하여, 이 기법은 당해 분야의 당업자에게 널리 공지되어 있다. 통상적인 정방향 샌드위치 검정에서, 바이오마커에 대해 특이성을 가지는 제1 항체는 고체 표면에 공유로 또는 수동 결합한다. 고체 표면은 통상적으로 유리 또는 중합체이고, 가장 흔히 사용되는 중합체는 셀룰로스, 폴리아크릴아마이드, 나일론, 폴리스타이렌, 폴리비닐 클로라이드 또는 폴리프로필렌이다. 고체 지지체는 관, 비드, 마이크로플레이트의 디스크의 형태, 또는 면역검정을 수행하기에 적합한 임의의 다른 표면일 수 있다. 결합 과정은 당해 분야에 널리 공지되어 있고, 일반적으로 가교결합 공유 결합 또는 물리적 흡착으로 이루어지고, 중합체-항체 착체는 시험 샘플을 위한 제제에서 세척된다. 이후, 시험되는 샘플의 분액을 고상 착체에 첨가하고, 충분한 시간의 기간(예를 들어, 2-40분 또는 더 편리한 경우 밤새) 동안 및 적합한 환경(예를 들어, 실온 내지 40℃, 예컨대 25℃ 내지 32℃(포함)) 하에 항온처리하여, 항체에 존재하는 임의의 하위유닛의 결합을 허용한다. 항온처리 기간 후, 항체 하위유닛 고상을 세척하고 건조하고, 바이오마커의 일부에 특이적인 제2 항체와 항온처리한다. 제2 항체는 리포터 분자에 연결되고, 이것은 분자 마커에 대한 제2 항체의 결합을 표시하도록 사용된다.

대안적인 방법은 샘플에서 표적 바이오마커를 부동화하는 단계 및 이후 리포터 분자에 의해 표지되거나 표지되지 않을 수 있는 특이적 항체에 부동화된 표적을 노출시키는 단계를 포함한다. 표적의 양 및 리포터 분자 신호의 강도에 따라, 결합 표적은 항체에 의한 직접 표지화에 의해 검출 가능해질 수 있다. 대안적으로, 제1 항체에 특이적인 제2 표지 항체는 표적-제1 항체 착체에 노출되어 표적-제1 항체-제2 항체의 3차 착제를 형성한다. 착체는 리포터 분자에 의해 방출된 신호에 의해 검출된다. 본 명세서에서 사용되는 "리포터 분자"란 이의 화학 성질에 의해 항원 결합 항체의 검출을 허용하는 분석적으로 확인 가능한 신호를 제공하는 분자를 의미한다. 이 유형의 검정에서 가장 흔히 사용되는 리포터 분자는 효소, 형광단 또는 방사선 핵종 함유 분자(즉, 방사선 동위원소) 및 화학발광 분자이다.

효소 면역검정의 경우에, 효소는 일반적으로 글루타르알데하이드 또는 페리오데이트에 의해 제2 항체에 접합된다. 그러나, 용이하게 인식되는 것처럼, 당업자에게 용이하게 이용 가능한 매우 다양한 상이한 접합 기법이 존재한다. 흔히 사용되는 효소는 무엇보다도 겨자무과산화효소, 글루코스 옥시다제, 베타-갈락토시다제 및 알칼리 포스파타제를 포함한다. 특이적 효소와 사용되는 기질은 일반적으로, 상응하는 효소에 의한 가수분해 시, 검출 가능한 색상 변화의 생성에 대해 선택된다. 적합한 효소의 예는 알칼리 포스파타제 및 퍼옥시다제를 포함한다. 상기 기재된 발색 기질보다는 형광 생성물을 생성하는 형광원 기질을 또한 이용할 수 있다. 모든 경우에, 효소 표지된 항체를 제1 항체-분자 마커 착체에 첨가하여, 결합하게 허용하고, 이후 과량의 시약을 세척한다. 이후, 적절한 기질을 함유하는 용액을 항체-항원-항체의 착체에 첨가한다. 기질은 제2 항체에 연결된 효소와 반응하여, 정성적 시각적 신호를 제공할 것이고, 보통 분광학적으로 추가로 정량화되어, 샘플에 존재하는 바이오마커의 양의 표시를 제공할 수 있다. 대안적으로, 형광 화합물, 예컨대 플루오레세인 및 로다민을, 이의 결합 능력을 변경하지 않으면서, 항체에 화학 커플링시킬 수 있다. 특정한 파장의 광에 의한 조명에 의해 활성화될 때, 형광색소 표지된 항체는 광 에너지를 흡수하여, 분자에서 여기성능(excitability)으로의 상태와, 이후 광학 현미경에 의해 시각적으로 검출 가능한 특징적인 색상에서의 광의 방출을 유도한다. EIA에서처럼, 형광 표지된 항체는 제1 항체-분자 마커 착에에 결합하도록 허용된다. 비결합 시약을 세척한 후, 남은 3차 착체를 이후 적절한 파장의 광에 노출시키고, 관찰된 형광은 관심 있는 분자 마커의 존재를 표시한다. 면역형광 및 EIA 기법은 당해 분야에서 둘 다 매우 잘 확립되어 있다. 그러나, 다른 리포터 분자, 예컨대 방사선 동위원소, 화학발광 또는 생물발광 분자를 또한 사용할 수 있다.

B. 키트

바이오마커의 검출에서 사용하기 위해, 키트 또는 제조 물품은 본 발명에 의해 또한 제공된다. 이러한 키트는 환자가 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료로부터 이익을 얻을 수 있는지를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 이 키트는 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자(예를 들어, 표 3에 기재된 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 유전자 및/또는 표 2에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개 또는 60개 이상의 상이한 유전자) 및/또는 표 1에 기재된 적어도 1개의 상이한 유전자(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 40개, 50개, 60개, 70개, 80개, 90개 또는 100개 이상의 상이한 유전자))의 발현 수준을 결정할 수 있는 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드 및 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드의 사용을 위한 설명서를 포함할 수 있다. 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현이 기준 수준(예를 들어, 상기 참조)에 대해 변하거나(즉, 증가 또는 감소) 다른 경우, 환자는 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 의한 치료로부터 이익을 얻을 수 있다. 환자는 후속하여 VEGF 길항제에 의한 치료에 감수성 또는 반응성인 가능성이 증가한다는 것이 통지되고/되거나, 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고가 제공될 수 있다.

이 키트는 밀폐 감금으로 1개 이상의 용기 수단, 예컨대 바이알, 관 등을 수용하도록 구획화된 캐리어 수단을 포함할 수 있고, 각각의 용기 수단은 상기 방법에서 사용되는 별개의 화합물 또는 원소 중 하나를 포함한다. 예를 들어, 용기 수단 중 하나는 검출 가능하게 표지되거나 표지될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 프로브는 각각 단백질 또는 메시지에 특이적인 폴리펩타이드(예를 들어, 항체) 또는 폴리뉴클레오타이드일 수 있다. 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 하이브리드화를 이용할 때, 키트는 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오타이드(들)를 함유하는 용기 및/또는 리포터 분자, 예컨대 효소, 형광, 또는 방사선 동위원소 라벨에 결합된 아비딘 또는 스트렙타비딘과 같은 비오틴 결합 단백질과 같은 리포터 수단을 포함하는 용기를 또한 가질 수 있다.

이러한 키트는 통상적으로, 완충제, 희석제, 필터, 주사침, 주사기, 및 사용 설명서와 함께 패키지 인서트를 포함하는 상업용 및 사용자 관점으로부터 바람직한 자료를 포함하는 상기 기재된 용기 및 1개 이상의 다른 용기를 포함할 것이다. 라벨은 조성물이 특정 분야에 사용된다는 것을 표시하기 위해 용기에 존재할 수 있고, 생체내 또는 실험실내 사용을 위해, 예컨대 상기 기재된 것을 위한 방향을 또한 표시할 수 있다.

본 발명의 키트는 다수의 실시형태를 가진다. 통상적인 실시형태는 용기, 상기 용기 상의 라벨, 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하는 키트이고, 조성물은 단백질 또는 자가항체 바이오마커에 결합하는 1차 항체를 포함하고, 상기 용기 상의 라벨은 샘플에서의 이러한 단백질 또는 항체의 존재를 평가하기 위해 조성물이 사용될 수 있다는 것을 나타내고, 키트는 특정한 샘플 유형에서 바이오마커 단백질의 존재를 평가하기 위해 항체를 사용하기 위한 설명서를 포함한다. 키트는 샘플을 제조하고 항체를 샘플에 적용하기 위한 일련의 설명서 및 자료를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 1차 항체 및 2차 항체 둘 다를 포함할 수 있고, 2차 항체는 라벨, 예를 들어 효소 라벨에 접합한다.

또 다른 실시형태는 용기, 상기 용기 상의 라벨 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하는 키트이고, 상기 조성물은 엄격한 조건 하에 본 명세서에 기재된 바와 같은 바이오마커의 보체에 하이브리드화하는 1개 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하고, 상기 용기 상의 라벨은 샘플에서의 본 명세서에 기재된 바와 같은 바이오마커의 존재를 평가하기 위해 조성물이 사용될 수 있다는 것을 나타내고, 키트는 특정한 샘플 유형에서 바이오마커 RNA 또는 DNA의 존재를 평가하기 위한 폴리뉴클레오타이드(들)를 사용하기 위한 설명서를 포함한다.

키트의 다른 임의의 성분은 1종 이상의 완충제(예를 들어, 차단 완충제, 세척 완충제, 기질 완충제 등), 효소 라벨에 의해 화학적으로 변경된 기질(예를 들어, 색소원)과 같은 다른 시약, 에피토프 회수 용액, 대조군 샘플(양성 및/또는 음성 대조군), 제어 슬라이드(들) 등을 포함한다. 키트는 키트를 사용하여 얻은 결과를 해석하기 위한 설명서를 또한 포함할 수 있다.

추가의 특정한 실시형태에서, 항체 기반 키트를 위해, 키트는 예를 들어 (1) 바이오마커 단백질에 결합하는 제1 항체(예를 들어, 고체 지지체에 부착); 및 임의로, (2) 단백질 또는 제1 항체에 결합하고 검출 가능한 라벨에 접합된 제2의 상이한 항체를 포함할 수 있다.

올리고뉴클레오타이드 기반 키트를 위해, 키트는 예를 들어 (1) 바이오마커 단백질을 코딩하는 핵산 서열에 하이브리드화하는 올리고뉴클레오타이드, 예를 들어 검출 가능하게 표지된 올리고뉴클레오타이드 또는 (2) 바이오마커 핵산 분자를 증폭하는 데 유용한 한 쌍의 프라이머를 포함할 수 있다. 키트는 예를 들어 완충 물질, 보존제 또는 단백질 안정화 물질을 또한 포함할 수 있다. 키트는 검출 가능한 라벨을 검출하기 위해 필요한 성분(예를 들어, 효소 또는 기질)을 추가로 포함할 수 있다. 키트는 평가되고 시험 샘플과 비교될 수 있는 대조 샘플 또는 일련의 대조 샘플을 또한 함유할 수 있다. 키트의 각각의 성분은 개별 용기 내에 밀폐될 수 있고, 모든 다양한 용기는 키트를 사용하여 수행된 검정의 결과를 해석하기 위한 설명서와 함께 단일 패키지 내에 있을 수 있다.

C. 통계

본 명세서에 사용되는 바대로, 예측 규칙(prediction rule)의 일반 형태는 반응 또는 비반응을 예측하거나, 더 일반적으로, 적합하게 한정된 임상 종점의 면에서 이익 또는 이익의 결여를 예측하기 위해 가능하게는 임상 공변량을 포함하는 하나 또는 다수의 바이오마커의 기능의 규정으로 이루어진다.

가장 단순한 예측 규칙 형태는 컷오프 또는 한계치에 의해 예측이 결정되는, 공변량이 없는 일도량 모델(univariate model)로 이루어진다. 이는 특정 컷오프(c) 및 바이오마커 측정(x)에 대한 헤비사이드(Heaviside) 함수의 면으로 표현될 수 있고, 2원 예측 A 또는 B가 만들어지고, H (x-c)=0인 경우, A를 예측하고, H (x-c)=1인 경우, B를 예측한다.

이는 예측 규칙에서 일도량 바이오마커 측정을 이용하는 가장 단순한 방식이다. 이러한 단순한 규칙이 충분하지만, 이것은 효과의 방향의 단순한 확인을 허용하고, 즉 높거나 낮은 발현 수준이 환자에 유리하다.

임상 공변량이 고려될 필요가 있는 경우 및/또는 다변량 예측 규칙에서 다수의 바이오마커가 사용되는 경우 상황은 더 복잡해질 수 있다. 하기 2개의 가설 예는 포함된 문제를 예시한다:

공변량 조정( 가설예 ):

바이오마커 X의 경우, 높은 발현 수준이 나쁜 임상학적 반응과 연관된다는 것(일도량 분석)이 임상 실험 집단에서 발견되었다. 더 자세한 분석은 집단에서 2개의 유형의 임상학적 반응이 존재한다는 것을 보여주고, 제1 그룹은 제2 그룹보다 나쁜 반응을 보유하고, 동시에 제1 그룹에 대한 바이오마커 발현은 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 적어도 하나의 용량의 투여 이후 일반적으로 더 높다. 조정된 공변량 분석은 각각의 그룹에 대해 임상 이익 및 임상학적 반응의 관계가 역전된다는 것을 밝혀냈고, 즉, 그룹 내에, 더 낮은 발현 수준은 더 우수한 임상학적 반응과 연관된다. 전체 반대의 효과가 공변량 유형에 의해 가려지고, 예측 규칙의 일부로서 공변량 조정된 분석은 방향을 역전시킨다.

다변량 예측( 가설예 ):

바이오마커 X의 경우, 임상 실험 집단에서 높은 발현 수준이 나쁜 임상학적 반응과 약간 연관되는 것(일도량 분석)으로 밝혀졌다. 제2 바이오마커 Y의 경우, 일도량 분석에 의해 유사한 관찰이 만들어진다. X와 Y의 조합은 바이오마커 둘 다가 낮은 경우 우수한 임상학적 반응이 보인다는 것을 밝혔다. 이것은 바이오마커 둘 다가 몇몇 컷오프(및 헤비사이드 예측 함수의 연결) 아래에 있는 경우 규칙이 이익을 예측하게 한다. 조합 규칙의 경우, 단순한 규칙은 일도량 의미에서 더 이상 적용되지 않고; 예를 들어, X에서 낮은 발현 수준을 가지는 것은 더 우수한 임상학적 반응을 자동으로 예측하지 않을 것이다.

이 단순한 예는 공변량을 갖고 갖지 않는 예측 규칙이 각각의 바이오마커의 일도량 수준에서 판단될 수 없다는 것을 보여준다. 다수의 바이오마커와 공변량에 의한 가능한 조정의 조합은 단일 바이오마커에 단순한 관계를 배정하는 것을 허용하지 않는다. 특히 혈청에서 마커 유전자가 가능하게는 다른 임상 공변량을 포함하는 다수의 마커 예측 모델에서 사용될 수 있으므로, 이러한 모델 내의 단일 마커 유전자의 유리한 효과의 방향은 단순한 방식으로 결정될 수 없고, 일도량 분석에서 발견되는 방향, 즉 단일 마커 유전자에 대해 기재된 것과 같은 상황을 부정할 수 있다.

임상의는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 특정한 투약량 계획의 효과를 측정하기 위해 당해 분야에 공지된 임의의 몇몇 방법을 이용할 수 있다. 예를 들어, 종양 크기를 결정하고 임의의 전이를 확인하여 치료제에 대한 관련 효과적인 반응성을 결정하기 위해 생체내 영상화(예를 들어, MRI)를 이용할 수 있다. 투약량 섭생은 최적 원하는 반응(예를 들어, 치료적 반응)을 제공하기 위해 조정될 수 있다. 예를 들어, 용량이 투여될 수 있거나, 몇몇 분할 용량이 시간에 걸쳐 투여될 수 있거나, 용량이 치료적 상황의 응급상황에 의해 표시된 바대로 비례하여 감소하거나 증가할 수 있다.

IV. VEGF 길항제에 의한 치료

A. 투약량 및 투여

본 명세서에 기재된 바와 같은 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의한 치료에 대해 반응성 또는 감수성인 환자가 확인되면, 단독의 또는 다른 약제와 조합된, VEGF 길항제에 의한 치료를 수행할 수 있다. 이러한 치료는 예를 들어 종양 크기(예를 들어, 교모세포종 종양 크기)를 감소시키거나 무진행 생존(PFS) 및/또는 전체 생존(OS)을 증가시킬 수 있다. 더구나, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)와 적어도 하나의 제2 약제(들)의 조합에 의한 치료는 바람직하게는 환자에게 상가, 더 바람직하게는 상승의(또는 상가를 넘는) 치료적 이익을 발생시킨다. 바람직하게는, 이 병용 방법에서 제2 약제의 적어도 하나의 투여와 길항제의 적어도 하나의 투여 사이의 시기는 본 명세서에서 약 1개월 미만, 더 바람직하게는 약 2주 미만이다.

VEGF 길항제에 대한 반응 가능성의 진단 이후에 환자에게 치료적 유효량의 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 투여하는 정확한 방식은 주치의의 결정에 의하는 것으로 의학 분야에서 당업자에 의해 이해될 것이다. 투약량, 다른 물질과의 병용, 투여 시기 및 빈도 등을 포함하는 투여 방식은 이러한 VEGF 길항제에 대한 환자의 반응 가능성의 진단, 및 환자의 병증 및 병력에 의해 영향을 받을 수 있다. 따라서, 심지어 VEGF 길항제에 비교적 비감수성인 것으로 예측된 교모세포종을 가지는 환자는 길항제에 대한 환자의 반응성을 변경할 수 있는 물질을 포함하여, 특히 다른 물질과 조합되어, 이에 의한 치료로부터 여전히 이익을 얻을 수 있다.

VEGF 길항제를 포함하는 조성물은 우수 의학 관리기준(good medical practice)과 일치하는 방식으로 제제화되고 투약되고 투여될 것이다. 이러한 맥락에서 고려되는 인자는 치료되는 교모세포종의 특정한 유형(예를 들어, 새로 진단된 교모세포종 또는 재발성 교모세포종, 전신경 유형의 교모세포종, 중간엽 유형의 교모세포종 또는 증식성 유형의 교모세포종), 치료되는 특정한 포유동물(예를 들어, 인간), 개별 환자의 임상학적 병증, 교모세포종의 원인, 물질의 전달 부위, 가능한 부작용, 길항제의 유형, 투여 방법, 투여 스케줄, 및 의학 실행자에게 공지된 다른 인자를 포함한다. 투여되는 VEGF 길항제의 유효량은 이러한 고려사항에 의해 좌우될 것이다.

당해 분야에서 통상적인 지식을 가지는 의사는 특정한 길항제 유형과 같은 인자에 따라 필요한 약제학적 조성물의 유효량을 용이하게 결정하고 처방할 수 있다. 예를 들어, 의사는 원하는 치료 효과를 달성하고 원하는 효과가 달성될 때까지 투약량을 점진적으로 증가시키기 위해 필요한 것보다 낮은 수준으로 약제학적 조성물에서 사용되는 이러한 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 용량에 의해 시작할 수 있다. 길항제의 소정의 용량 또는 치료 섭생의 효율은 예를 들어 효능의 표준 측정을 이용하여 환자에서의 징후 및 증상을 평가함으로써 결정될 수 있다.

소정의 예에서, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)는 대상체에게 투여되는 유일한 약제(즉, 단일치료로서)일 수 있다.

소정의 예에서, 환자는 적어도 2회 동일한 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 의해 치료된다. 따라서, 초기 및 제2 VEGF 길항제 노출은 바람직하게는 동일한 길항제에 의하고, 더 바람직하게는 모든 VEGF 길항제 노출은 동일한 VEGF 길항제, 즉 제1의 2의 노출에 대한 치료에 의하고, 바람직하게는 모든 노출은 일 유형의 VEGF 길항제, 예를 들어 VEGF에 결합하는 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체에 의하고, 예를 들어 모두는 베바시주맙에 의한다.

일반적인 제안으로서, 용량마다 비경구로 투여되는 VEGF 길항제의 유효량은 하나 이상의 투약량만큼 약 20㎎ 내지 약 5000㎎의 범위일 것이다. 항체, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)에 대한 예시적인 투약량 섭생은 1주, 2주, 3주 또는 4주마다 100 또는 400㎎을 포함하거나, 1주, 2주, 3주 또는 4주마다 약 1, 3, 5, 10, 15, 또는 20㎎/㎏의 용량으로 투여된다. 예를 들어, 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)의 유효량은 임의로 정맥내(i.v.) 투여에 의해 2주마다 10㎎/㎏으로 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 항-VEGF 항체의 유효량은 임의로 i.v. 투여에 의해 3주마다 15㎎/㎏으로 투여될 수 있다. 용량은 단일 용량으로서 또는 다수의 용량(예를 들어, 2회 또는 3회 용량), 예컨대 점적주사로서 투여될 수 있다.

몇몇 경우에, 질환의 유형 및 중증도에 따라, 예를 들어 하나 이상의 별개의 투여에 의하든 또는 연속 점적주사에 의하든, 대상체에 대한 투여를 위한 초기 후보 투약량으로서 약 1㎍/㎏ 내지 100㎎/㎏(예를 들어, 0.1 내지 20㎎/㎏)의 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)이다. 일 실시형태에서, 바람직한 투약량은 예를 들어 6㎎/㎏, 8㎎/㎏, 10㎎/㎏, 및 15㎎/㎏을 포함한다. 수일 이상에 걸친 반복 투여 또는 사이클의 경우, 병증에 따라, 상기 기재되거나, 당해 분야에 공지된 방법에 의해 측정된 것처럼, 암이 치료될 때까지 치료가 지속된다. 그러나, 다른 투약량 섭생이 유용할 수 있다. 일 예에서, 항-VEGF 항체는 6㎎/㎏, 8㎎/㎏, 10㎎/㎏ 또는 15㎎/㎏(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는 약 6㎎/㎏ 내지 약 15㎎/㎏의 용량 범위로 매주, 매 2주 또는 매 3주 투여된다. 본 발명의 치료제의 진행은 종래의 기법 및 검정에 의해 용이하게 모니터링된다. 다른 실시형태에서, 이러한 투약 섭생은 교모세포종에서의 화학치료제 섭생과 조합되어 이용된다.

VEGF 길항제의 다수의 노출이 제공되는 경우, 각각의 노출은 동일한 또는 상이한 투여 수단을 이용하여 제공될 수 있다. 일 실시형태에서, 각각의 노출은 정맥내 투여에 의한다. 또 다른 실시형태에서, 각각의 노출은 피하 투여에 의해 제공된다. 훨씬 또 다른 실시형태에서, 노출은 정맥내 투여 및 피하 투여 둘 다에 의해 제공된다.

일 실시형태에서, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)는 정맥내 푸시(push) 또는 볼루스보다는 느린 정맥내 점적주사로서 투여된다. 예를 들어, 스테로이드, 예컨대 프레드니솔론 또는 메틸프레드니솔론(예를 들어, 약 80-120㎎의 i.v., 더 구체적으로 약 100㎎의 i.v.)은 항-VEGF 항체의 임의의 점적주사 약 30분 전에 투여된다. 예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙은 전용 라인을 통해 점적주사될 수 있다.

VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)에 대한 다용량 노출의 초기 용량의 경우, 또는 노출이 오직 하나의 용량을 포함할 때 단일 용량의 경우, 이러한 점적주사는 바람직하게는 약 50㎎/시간의 속도로 시작한다. 이는 예를 들어 약 400㎎/시간의 최대로 매 약 30분마다 약 50㎎/시간 증분의 속도로 상승할 수 있다. 그러나, 대상체가 점적주사 관련 반응을 경험하는 경우, 점적주사 속도는 바람직하게는 예를 들어 100㎎/시간으로부터 50㎎/시간으로, 예를 들어 현재의 속도의 반으로 감소한다. 예를 들어, VEGF 길항제의 이러한 용량(예를 들어, 약 1000㎎의 전체 용량)의 점적주사는 약 255분(4시간 15분)에 완료된다. 임의로, 대상체는 점적주사의 시작 약 30분 내지 60분 전에 구강으로 아세트아미노펜/파라세타몰(예를 들어, 약 1g) 및 다이펜하이드라민 HCl(예를 들어, 약 50㎎ 또는 등가 용량의 유사한 물질)의 예방적 치료를 받는다.

VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 하나 초과의 점적주사(용량)가 전체 노출을 달성하도록 제공될 경우, 제2 또는 후속하는 VEGF 길항제 점적주사는 이 실시형태에서 예를 들어 약 100㎎/시간에서 초기 점적주사보다 더 높은 속도에서 시작한다. 이 속도는 예를 들어 약 400㎎/시간의 최대로 매 약 30분마다 약 100㎎/시간 증분의 속도로 상승할 수 있다. 점적주사 관련 반응을 경험한 대상체는 바람직하게는 예를 들어, 100㎎/시간으로부터 50㎎/시간으로, 그 속도의 반으로 감소한 점적주사 속도를 가진다. 바람직하게는, VEGF 길항제의 이러한 제2 또는 후속하는 용량(예를 들어, 약 1000㎎의 전체 용량)의 점적주사는 약 195분(3시간 15분)에 완료된다.

일 실시형태에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)이고, 약 0.4 내지 4그램의 용량으로 투여되고, 더 바람직하게는 항체는 약 1개월의 기간 내에 1회 내지 4회 용량의 빈도로 약 0.4 내지 1.3그램의 용량으로 투여된다. 훨씬 더 바람직하게는, 용량은 약 500㎎ 내지 1.2그램이고, 다른 실시형태에서 약 750㎎ 내지 1.1그램이다. 이러한 양상에서, VEGF 길항제는 바람직하게는 2회 내지 3회 용량으로 투여되고/되거나, 약 2주 내지 3주의 기간 내에 투여된다.

치료 기간은 의학적으로 표시된 만큼 오랫동안 또는 원하는 치료 효과(예를 들어, 본 명세서에 기재된 것)가 달성될 때까지 계속될 수 있다. 소정의 실시형태에서, 치료는 1개월, 2개월, 4개월, 6개월, 8개월, 10개월, 1년, 2년, 3년, 4년, 5년, 또는 대상체의 수명까지인 년의 기간 동안 계속된다.

그러나, 상기 기재된 바대로, VEGF 길항제의 이 제안된 양은 아주 많은 치료적 결정으로 처리된다. 적절한 용량을 선택하고 스케줄을 잡는 데 중요한 인자는 상기 기재된 바대로 얻어진 결과이다. 몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제는 가능한 한 교모세포종의 제1 징후, 진단, 출현 또는 발생과 가깝게 투여된다.

1. 투여 경로

VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)는 비경구, 국소, 피하, 복강내, 폐내, 비강내 및/또는 병변내 투여를 포함하는 임의의 적합한 수단에 의해 투여될 수 있다. 비경구 점적주사는 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 척추강내 투여가 또한 고려된다. 또한, VEGF 길항제는 펄스 점적주사에 의해, 예를 들어 VEGF 길항제의 감소 용량에 의해 적합하게 투여될 수 있다. 가장 바람직하게는, 투약은 정맥내 주사에 의해 제공된다.

항-VEGF 항체의 다수의 노출이 제공되는 경우, 각각의 노출은 동일한 또는 상이한 투여 수단을 이용하여 제공될 수 있다. 일 실시형태에서, 각각의 노출은 정맥내(i.v.) 투여에 의한다. 예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙은 전용 라인을 통해 점적주사될 수 있다. 예를 들어, 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙은 초기에 약 90분에 걸쳐 정맥내 투여될 수 있고, 후속하는 점적주사는 약 60분에 걸치고, 이후 약 30분이다. 또 다른 실시형태에서, 각각의 노출은 피하(s.c.) 투여에 의해 제공된다. 훨씬 또 다른 실시형태에서, 노출은 i.v. 및 s.c. 투여 둘 다에 의해 제공된다.

상기 기재된 전통적인 경로에 의한 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 이외에, 본 발명은 유전자 치료제에 의한 투여를 포함한다. 세포내 항체를 생성하기 위한 유전자 치료의 사용에 관해 예를 들어 WO 제1996/07321호를 참조한다.

(임의로 벡터에 함유된) 핵산을 생체내 및 생체외 환자의 세포로 모으기 위한 2개의 주요 접근법이 존재한다. 생체내 전달을 위해, 보통 길항제가 필요한 부위에서 핵산은 환자에게 직접적으로 주사된다. 생체외 치료를 위해, 환자의 세포가 제거되고, 핵산은 이 단리된 세포로 도입되고, 변형된 세포는 직접적으로 또는 예를 들어 환자로 이식되는 다공성 막 내에 캡슐화되어 환자에게 투여된다(예를 들어, 미국 특허 제4,892,538호 및 제5,283,187호 참조). 생존가능 세포로 핵산을 도입하기 위해 이용 가능한 다양한 기법이 존재한다. 이 기법은 핵산이 실험실내 또는 생체내 의도된 숙주의 세포에서 배양된 세포로 전달되는지에 따라 달라진다. 실험실내 포유동물 세포로 핵산을 전달하기에 적합한 기법은 리포솜의 사용, 전기천공, 마이크로주사, 세포 융합, DEAE-덱스트란, 인산칼슘 침전 방법 등을 포함한다. 유전자의 생체외 전달을 위해 흔히 사용되는 벡터는 레트로바이러스이다.

현재 바람직한 생체내 핵산 전달 기법은 바이러스 벡터(예컨대, 아데노바이러스, 단순 포진 I 바이러스 또는 아데노 관련 바이러스) 및 지질 기반 시스템(유전자의 지질 매개 전달에 유용한 지질은 예를 들어 DOTMA, DOPE 및 DC-Chol이다)에 의한 형질감염을 포함한다. 몇몇 상황에서, 표적 세포에 특이적인 물질, 예컨대 표적 세포에서 세포 표면 막 단백질에 특이적인 항체, 표적 세포에서 수용체에 대한 리간드 등을 핵산 공급원에 제공하는 것이 바람직하다. 리포솜을 사용할 때, 내포작용과 연관된 세포 표면 막 단백질에 결합하는 단백질, 예를 들어 특정한 세포 유형에 국소적인 캡시드 단백질 또는 이의 단편, 순환에서 내재화를 겪는 단백질에 대한 항체, 및 세포내 국소화를 표적화하고 세포내 반감기를 증대시키는 단백질은 표적화를 위해 및/또는 흡수를 수월하게 하도록 사용될 수 있다. 수용체 매개 내포작용의 기법은 예를 들어 문헌[Wu et al., J. Biol. Chem. 262:4429-4432 (1987); 및 Wagner et al., PNAS USA 87:3410-3414 (1990)]에 기재되어 있다. 유전자 마킹 및 유전자 치료 프로토콜은 예를 들어 문헌[Anderson et al., Science 256:808-813 (1992)] 및 WO 제1993/25673호에 기재되어 있다.

2. 병용 치료

몇몇 실시형태에서, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)는 1종 이상의 추가의 항암제 또는 치료제와 병용되어 사용될 수 있다. 항암 치료제의 예는 제한 없이 수술, 방사선 치료제(방사선치료제), 생물요법, 면역치료제, 화학치료제(예를 들어, 테모졸로마이드(TMZ)에 의한), 또는 이들 치료제의 병용을 포함한다. 또한, 세포독성제, 항혈관신생 및 항증식성 물질은 항-VEGF 항체와 병용되어 사용될 수 있다. 1종 이상의 추가의 항암제 또는 치료제는 바람직하게는 VEGF 길항제에 대한 상보성 활성을 가져서, 서로에 부정적으로 영향을 미치지 않는다. 병용 투여는 별개의 제형 또는 단일 약제학적 제형을 이용한 동시투여 및 어느 한 순서의 연속 투여를 포함하고, 바람직하게는 시간 기간이 존재하는 반면, 활성 물질 둘 다(또는 모두) 이의 생물학적 활성을 동시에 발휘한다.

1종 이상의 추가의 항암제는 화학치료제, 세포독성제, 사이토카인, 성장 저해제, 항호르몬 물질 및 이들의 조합일 수 있다. 이러한 분자는 의도되는 목적에 효과적인 양으로 적합하게 병용물질에 존재한다. VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)를 함유하는 약제학적 조성물은 치료적 유효량의 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제, 세포독성제, 또는 이들의 조합을 또한 포함할 수 있다.

일 양상에서, 제1 화합물은 항-VEGF 항체이고, 적어도 1종의 추가의 화합물은 항-VEGF 항체 이외의 치료적 항체이다. 일 실시형태에서, 적어도 1종의 추가의 화합물은 암 세포 표면 마커에 결합하는 항체이다. 일 실시형태에서, 적어도 1종의 추가의 화합물은 항-HER2 항체, 트라투주맙(예를 들어, 허셉틴(Herceptin)(등록상표), Genentech, Inc., 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코)이다. 일 실시형태에서, 적어도 1종의 추가의 화합물은 항-HER2 항체, 페르투주맙(옴니타그(Omnitarg)(상표명), Genentech, Inc., 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코, USPN 6,949,245 참조)이다. 일 실시형태에서, 적어도 1종의 추가의 화합물은 항체(네이키드 항체 또는 ADC)이고, 추가의 항체는 제2, 제3, 제4, 제5, 제6 항체 또는 이것 초과이어서, 이러한 제2, 제3, 제4, 제5, 제6 또는 이것 초과의 항체(네이키드 또는 ADC)의 병용물질은 혈관신생 장애를 치료하는 데 효과적이다.

본 발명에 따른 다른 치료적 섭생은 항암제의 투여를 포함할 수 있고, 제한 없이 방사선 치료제 및/또는 골수 및 말초 혈액 이식 및/또는 세포독성제, 화학치료제 또는 성장 저해제를 포함한다. 이러한 실시형태 중 하나에서, 화학치료제는 예를 들어 사이클로포스파마이드, 하이드록시다우노루비신, 아드리아마이신, 독소루비신, 빈크리스틴(온코빈(ONCOVIN)(상표명)), 프레드니솔론, CHOP, CVP, 또는 COP, 또는 면역치료제, 예컨대 항-PSCA, 항-HER2(예를 들어, 허셉틴(등록상표), 옴니타그(상표명))와 같은 물질 또는 물질들의 조합이다. 또 다른 실시형태에서, 병용물질은 도세탁셀, 독소루비신 및 사이클로포스파마이드를 포함한다. 병용 치료는 동시 섭생 또는 순차적 섭생으로서 투여될 수 있다. 순차적으로 투여될 때, 병용물질은 2회 이상의 투여로 투여될 수 있다. 병용 투여는 별개의 제형 또는 단일 약제학적 제형을 이용한 동시투여 및 어느 한 순서의 연속 투여를 포함하고, 바람직하게는 시간 기간이 존재하는 반면, 활성 물질 둘 다(또는 모두) 이의 생물학적 활성을 동시에 발휘한다.

일 실시형태에서, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체)에 의한 치료는 상이한 화학치료제의 칵테일의 동시투여를 포함하는 본 명세서에서 확인된 항암제, 및 1종 이상의 화학치료제 또는 성장 저해제의 병용 투여를 포함한다. 화학치료제는 탁산(예컨대, 파클리탁셀 및 도세탁셀) 및/또는 안트라사이클린 항생제를 포함한다. 이러한 화학치료제에 대한 조제 및 투약 스케줄은 제조업자의 설명서 또는 숙련된 실행자에 의해 경험적으로 결정된 바대로 사용될 수 있다. 이러한 화학치료제에 대한 조제 및 투약 스케줄은 또한 문헌["Chemotherapy Service," (1992) Ed., M.C. Perry, Williams & Wilkins, Baltimore, Md.]에 기재되어 있다.

임의의 상기 동시 투여된 물질에 대한 적합한 투약량은 이전에 사용된 것이고, VEGF 길항제 및 다른 화학치료제 또는 치료의 합동 작용(상승효과)으로 인해 감소할 수 있다.

병용 치료는 "상승효과"를 제공하고, "상승작용", 즉 함께 사용된 활성 성분이 별개로 화합물을 사용하는 것으로부터 생긴 효과의 합을 초과할 때 성취되는 효과를 입증할 수 있다. 상승 효과는 활성 성분이 (1) 동시조제되고 병용된 단위 투약량 제형으로 동시에 투여되거나 전달되거나; (2) 교대로 또는 별개의 제형으로 동시에 전달되거나; (3) 몇몇 다른 섭생에 의할 때 획득될 수 있다. 교대 치료로 전달될 때, 상승 효과는 화합물이 순차적으로, 예를 들어 별개의 주사기에서 상이한 주사에 의해 투여되거나 전달될 때 달성될 수 있다. 일반적으로, 교대 치료 동안, 각각의 활성 성분의 효과적인 투약량은 순차적으로, 즉 연속적으로 투여되는 반면, 병용 치료에서, 2종 이상의 활성 성분의 효과적인 투약량은 함께 투여된다.

일반적으로, 질환의 예방 또는 치료를 위해, 추가의 치료 물질의 적절한 투약량은 치료하고자 하는 질환의 유형, 항체의 유형, 질환의 중증도 및 경과, VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙) 및 추가의 물질(예를 들어, TMZ)이 예방 또는 치료 목적을 위해 치료되는지의 여부, 이전의 치료, 환자의 임상 병력, 및 VEGF 길항제 및 추가의 물질에 대한 반응, 및 주치의의 결정에 따라 달라질 것이다. VEGF 길항제 및 추가의 물질은 일시에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에게 적합하게 투여된다. VEGF 길항제는 통상적으로 상기 기재된 바대로 투여된다. 질환의 유형 및 중증도에 따라, 약 20㎎/㎡ 내지 600㎎/㎡의 추가의 물질은 예를 들어 하나 이상의 별개의 투여에 의하든, 또는 연속 점적주사에 의하든, 환자에 대한 투여를 위한 초기 후보물질 투약량이다. 하나의 통상적인 일일 투약량은 상기 언급된 인자에 따라 약 20㎎/㎡, 85㎎/㎡, 90㎎/㎡, 125㎎/㎡, 200㎎/㎡, 400㎎/㎡, 500㎎/㎡ 이상의 범위이다. 수일 이상에 걸친 반복 투여를 위해, 병증에 따라, 질환 증상의 원하는 억제가 발생할 때까지 치료는 지속한다. 따라서, 약 20㎎/㎡, 85㎎/㎡, 90㎎/㎡, 125㎎/㎡, 200㎎/㎡, 400㎎/㎡, 500㎎/㎡, 600㎎/㎡(또는 임의의 이들의 조합)의 1회 이상의 용량이 환자에게 투여될 수 있다. 이러한 용량은 간헐적으로, 예를 들어 매주 또는 2주마다, 3주마다, 4주마다, 5주마다 또는 6주마다 투여될 수 있다(예를 들어, 그래서 환자는 약 2회 내지 약 20회, 예를 들어 약 6회 용량의 추가의 물질을 받는다). 초기 더 높은 로딩 용량에서, 후행하는 1회 이상의 하위 용량이 투여될 수 있다. 그러나, 다른 투약량 섭생이 유용할 수 있다. 이 치료의 진행은 종래의 기법 및 검정에 의해 용이하게 모니터링된다.

일 실시형태에서, 대상체는 교모세포종을 치료하기 위해 어떠한 약물(들)도 이전에 결코 투여되지 않는다. 또 다른 실시형태에서, 대상체 또는 환자는 교모세포종을 치료하기 위해 1종 이상의 약제(들)가 이전에 투여된다. 추가의 실시형태에서, 대상체 또는 환자는 이전에 투여된 1종 이상의 약제에 반응하지 않는다. 대상체가 비반응성일 수 있는 이러한 약물은 예를 들어 항종양성 물질, 화학치료제, 세포독성제 및/또는 성장 저해제를 포함한다. 더욱 특히, 대상체가 비반응성일 수 있는 약물은 VEGF 길항제, 예컨대 항-VEGF 항체(예를 들어, 베바시주맙)를 포함한다. 추가의 양상에서, 이러한 VEGF 길항제는 항체 또는 면역접합체를 포함하여서, 대상체가 이전에 비반응성인 1종 이상의 항체 또는 면역접합체에 의한 전치료가 고려된다.

B. VEGF 길항제

본 명세서에 기재된 모든 방법에서, VEGF 길항제는 항-VEGF 항체일 수 있다.

소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 키메라 항체일 수 있다. 소정의 키메라 항체는 예를 들어 미국 특허 제4,816,567호; 및 문헌[Morrison et al., PNAS USA, 81:6851-6855 (1984)]에 기재되어 있다. 일 예에서, 키메라 항체는 비인간 가변 구역(예를 들어, 마우스, 랫트, 햄스터, 래빗 또는 비인간 원시류, 예컨대 원숭이로부터 유래한 가변 구역) 및 인간 불변 구역을 포함한다. 추가의 예에서, 키메라 항체는 종류 또는 하위종류가 모 항체로부터 변한 "종류 전환(class switched)" 항체이다. 키메라 항체는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.

소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 인간화 항체일 수 있다. 통상적으로, 비인간 항체는 인간화되어 부모 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유하면서 인간에 대한 면역원성을 감소시킨다. 일반적으로, 인간화 항체는 HVR, 예를 들어 CDR(또는 이의 일부)이 비인간 항체로부터 유래하고, FR(또는 이의 일부)이 인간 항체 서열로부터 유래한 1개 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화 항체는 임의로 인간 불변 구역의 적어도 일부를 또한 포함할 것이다. 몇몇 실시형태에서, 인간화 항체에서의 몇몇 FR 잔기는 비인간 항체(예를 들어, HVR 잔기가 유래한 항체)로부터의 상응하는 잔기에 의해 치환되어, 예를 들어 항체 특이성 또는 친화도를 복원하거나 개선한다. 인간화 항체 및 이를 제조하는 방법은 예를 들어 문헌[Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)]에 검토되어 있고, 예를 들어 문헌[Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)]; 미국 특허 제5, 821,337호, 제7,527,791호, 제6,982,321호 및 제7,087,409호; 문헌[Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)(SDR(a-CDR) 그래프팅을 기술); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)("리서페이싱(resurfacing)"을 기술); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005)("FR 셔플링"을 기술); 및 Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)(FR 셔플링에 대한 "지도된 선택" 접근법을 기술)]에 추가로 기재되어 있다.

소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 인간 항체일 수 있다. 인간 항체는 당해 분야에 공지된 다양한 기법을 이용하여 생성될 수 있다. 인간 항체는 문헌[van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)]에 일반적으로 기재되어 있다. 인간 항체는 항원 시험접종에 반응하여 온전한 인간 항체 또는 인간 가변 구역을 가지는 온전한 항체를 생성하도록 변형된 형질전환 동물에게 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이러한 동물은, 내인성 면역글로불린 좌위를 대체하거나, 염색체 외에 존재하거나 동물의 염색체로 무작위로 통합된, 인간 면역글로불린 좌위의 전부 또는 일부를 통상적으로 함유한다. 이러한 형질전환 마우스에서, 내인성 면역글로불린 좌위는 일반적으로 불활화된다. 형질전환 동물로부터 인간 항체를 얻는 방법의 검토를 위해, 문헌[Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)]을 참조한다. 또한, 예를 들어 제노마우스(상표명) 기술을 기재하는 미국 특허 제6,075,181호 및 제6,150,584호; 휴맵(HUMAB)(등록상표) 기술을 기재하는 미국 특허 제5,770,429호; K-M 마우스(등록상표) 기술을 기재하는 미국 특허 제7,041,870호, 및 벨로시마우스(VELOCIMOUSE)(등록상표) 기술을 기재하는 미국 특허 출원 공보 제US 2007/0061900호를 참조한다. 이러한 동물에 의해 생성된 온전한 항체로부터의 인간 가변 구역은 예를 들어 상이한 인간 불변 구역과 조합함으로써 추가로 변형될 수 있다. 인간 항체는 하이브리도마 기반 방법에 의해 또한 제조될 수 있다. 인간 단일클론 항체의 제조를 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되어 있다. (예를 들어, 문헌[Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조.) 인간 B 세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체는 또한 문헌[Li et al., PNAS USA, 103:3557-3562 (2006)]에 기재되어 있다. 추가의 방법은 예를 들어 미국 특허 제7,189,826호(하이브리도마 세포주로부터의 단일클론 인간 IgM 항체의 제조를 기재) 및 문헌[Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)(인간-인간 하이브리도마를 기재)]에 기재된 것을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술(트리오마(Trioma) 기술)은 문헌[Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)]에 또한 기재되어 있다.

소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 원하는 활성 또는 활성들을 가지는 항체에 대해 조합 라이브러리를 스크리닝함으로써 단리될 수 있거나 단리된다. 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 원하는 결합 특징을 보유하는 항체에 대해 이러한 라이브러리를 스크리닝하기 위한 다양한 방법이 당해 분야에 공지되어 있다. 이러한 방법은 예를 들어 문헌[Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)]에 검토되어 있고, 예를 들어 문헌[McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, PNAS USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)]에 추가로 기재되어 있다.

몇몇 파지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레퍼토리가 중합사슬 사슬 반응(PCR)에 의해 별도로 클로닝되고, 파지 라이브러리에서 무작위로 재조합되고, 이 라이브러리는 이후 문헌[Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)]에 기재된 바대로 항원 결합 파지에 대해 스크리닝될 수 있다. 파지는 통상적으로 단쇄 Fv(scFv) 단편으로서 또는 Fab 단편으로서 항체 단편을 디스플레이한다. 면역화된 공급원으로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 구축하는 요건 없이 고친화도 항체에 면역원을 제공한다. 대안적으로, 나이브 레퍼토리는 (예를 들어, 인간으로부터) 클로닝되어 문헌[Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734(1993)]에 기재된 바대로 임의의 면역화 없이 항체의 단일 공급원에 넓은 범위의 비자기 및 또한 자기 항원을 제공할 수 있다. 마지막으로, 나이브 라이브러리는 매우 가변적인 CDR3 구역을 코딩하고 문헌[Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)]에 기재된 바대로 실험실내 재배열을 달성하기 위해 줄기 세포로부터 비재배열된 V-유전자 분절을 클로닝하고, 무작위 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용함으로써 합성에 의해 또한 만들어질 수 있다. 인간 항체 파지 라이브러리를 기재한 특허 공보는 예를 들어 미국 특허 제5,750,373호 및 미국 특허 공보 제2005/0079574호, 제2005/0119455호, 제2005/0266000호, 제2007/0117126호, 제2007/0160598호, 제2007/0237764호, 제2007/0292936호 및 제2009/0002360호를 포함한다.

몇몇 실시형태에서, 본 발명의 방법에서 유용한 항-VEGF 항체는, VEGF에 충분한 친화도 및 특이성으로 결합하고, VEGF의 생물학적 활성을 감소시키거나 저해할 수 있는, 임의의 항체, 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다. 항-VEGF 항체는 보통 다른 VEGF 동족체, 예컨대 VEGF-B 또는 VEGF-C에 결합하지 않고, 다른 성장 인자, 예컨대 PlGF, PDGF, 또는 bFGF에 결합하지 않는다. 예를 들어, 본 발명의 소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 하이브리도마 ATCC HB 10709에 의해 생성된 단일클론 항-VEGF 항체 A4.6.1과 동일한 에피토프에 결합하는 단일클론 항체; 문헌[Presta et al. (1997) Cancer Res. 57:4593-4599]에 따라 생성된 재조합 인간화 항-VEGF 단일클론 항체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 일 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 "rhuMAb VEGF" 또는 "아바스틴(등록상표)"으로 또한 공지된 베바시주맙(BV 또는 Bev)이다. 이것은 수용체에 대한 인간 VEGF의 결합을 차단하는 쥣과 항-hVEGF 단일클론 항체 A.4.6.1로부터의 항원 결합 상보성 결정 구역 및 돌연변이된 인간 IgG1 프레임워크 구역을 포함한다. 대부분의 프레임워크 구역을 포함하는, 베바시주맙의 아미노산 서열의 대략 93%는 인간 IgG1로부터 유래하고, 서열의 약 7%는 쥣과 항체 A4.6.1로부터 유래한다. 베바시주맙 및 다른 인간화 항-VEGF 항체는 미국 특허 제6,884,879호(2005년 2월 26일 등록)에 기재되어 있다. 추가의 항체는 PCT 공보 제WO2005/012359호, PCT 공보 제WO2005/044853호 및 미국 특허 출원 제60/991,302호(이들 특허 출원의 내용은 본 명세서에 참조문헌으로 명확히 포함됨)에 기재된 바대로 G6 또는 B20 시리즈 항체(예를 들어, G6-31, B20-4.1)를 포함한다. 추가의 항체를 위해, 미국 특허 제7,060,269호, 제6,582,959호, 제6,703,020호; 제6,054,297호; WO98/45332; WO 제96/30046호; WO 제94/10202호; EP 제0666868B1호; 미국 특허 출원 공보 제2006009360호, 제20050186208호, 제20030206899호, 제20030190317호, 제20030203409호 및 제20050112126호; 및 문헌[Popkov et al., Journal of Immunological Methods 288:149-164 (2004)]을 참조한다. 다른 항체는 잔기 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, I191, K101, E103, 및 C104를 포함하거나, 대안적으로 잔기 F17, Y21, Q22, Y25, D63, I83 및 Q89를 포함하는, 인간 VEGF에서 작용성 에피토프에 결합하는 것을 포함한다.

몇몇 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 방법 중 임의의 하나에서 유용한 항-VEGF 항체는 하기 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 구역: 및

하기 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 구역:

을 가질 수 있다.

본 명세서에 항-VEGF 항체는 키메라, 인간화 또는 인간 항체일 수 있고, 예를 들어 베바시주맙일 수 있다.

훨씬 다른 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 비접합될 수 있거나(예컨대, 네이키드 항-VEGF 항체), 반감기의 개선과 같은 추가의 효과를 위해 또 다른 분자와 접합될 수 있다.

V. 약제학적 제형

본 발명에 따라 사용된 길항제의 치료적 제형은 원하는 정도의 순도를 가지는 길항제를 임의의 약제학적으로 허용되는 담체, 부형제 또는 안정화제를 동결건조 제형 또는 수성 용액의 형태로 혼합함으로써 저장에 준비된다. 제형에 관한 일반적인 정보를 위해, 예를 들어 문헌[Gilman et al., (eds.) (1990), The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8th Ed., Pergamon Press; A. Gennaro (ed.), Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Edition, (1990), Mack Publishing Co., Eastori, Pennsylvania.; Avis et al., (eds.) (1993) Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, New York; Lieberman et al., (eds.) (1990) Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, New York; and Lieberman et al., (eds.) (1990), Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, New York, Kenneth A. Walters (ed.) (2002) Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol 119, Marcel Dekker]을 참조한다.

허용되는 담체, 부형제 또는 안정화제는 사용된 투약량 및 농도에서 수혜자에게 비독성이고, 완충제, 예컨대 인산염, 시트르산염 및 다른 유기산; 항산화제, 예컨대 아스코르빈산 및 메티오닌; 보존제(예컨대, 옥타데실다이메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤즈알코늄 클로라이드, 벤즈에토늄 클로라이드; 페놀, 뷰틸 또는 벤질 알콜; 알킬 파라벤, 예컨대 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레소르시놀; 사이클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레솔); 저분자량(약 10개 미만의 잔기) 폴리펩타이드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로불린; 친수성 중합체, 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산, 예컨대 글라이신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌, 또는 라이신; 단당류, 이당류 및 다른 탄수화물, 예컨대 글루코스, 만노스 또는 덱스트린; 킬레이트화 물질, 예컨대 EDTA; 당, 예컨대 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염 형성 반대이온, 예컨대 나트륨; 금속 착체(예를 들어, Zn-단백질 착체); 및/또는 비이온성 계면활성제, 예컨대 트윈(상표명), 플루오닉스(PLURONICS)(상표명), 또는 폴리에틸렌 글라이콜(PEG)을 포함한다.

예시적인 항-VEGF 항체 제형은 미국 특허 제6,884,879호에 기재되어 있다. 소정의 실시형태에서, 항-VEGF 항체는 단일 사용 바이알에서 25㎎/㎖로 제형화된다. 소정의 실시형태에서, 100㎎의 항-VEGF 항체는 240㎎의 α,α-트레할로스 이수화물, 23.2㎎의 인산나트륨(일염기성, 일수화물), 4.8㎎의 인산나트륨(이염기성 무수), 1.6㎎의 폴리소르베이트 20 및 주사용수(USP) 중에 제형화된다. 소정의 실시형태에서, 400㎎의 항-VEGF 항체는 960㎎의 α,α-트레할로스 이수화물, 92.8㎎의 인산나트륨(일염기성, 일수화물), 19.2㎎의 인산나트륨(이염기성 무수), 6.4㎎의 폴리소르베이트 20 및 주사용수(USP) 중에 제형화된다.

피하 투여에 적합한 동결건조 제형은 예를 들어 미국 특허 제6,267,958호에 기재되어 있다. 이러한 동결건조 제형은 높은 단백질 농도로 적합한 희석제에 의해 재구성될 수 있고, 재구성된 제형은 본 명세서에서 처리하고자 하는 포유동물에게 피하로 투여될 수 있다.

길항제의 결정화 형태가 또한 고려된다. 예를 들어, US 제2002/0136719호 A1을 참조한다.

본 명세서에서 제형은 1종 초과의 활성 화합물(상기 기재된 바와 같은 제2 약제), 바람직하게는 서로에 부정적으로 영향을 미치지 않는 상보 활성을 가지는 것을 또한 함유할 수 있다. 이러한 약제의 유형 및 유효량은 예를 들어 제형에 존재하는 VEGF 길항제(예를 들어, 항-VEGF 항체, 예를 들어 베바시주맙)의 양 및 유형, 및 대상체의 임상학적 매개변수에 따라 달라진다. 바람직한 이러한 제2 약제는 상기 기재되어 있다.

활성 성분은 예를 들어 코아세르베이션(coacervation) 기법 또는 계면 중합에 의해 제조된 마이크로캡슐, 예를 들어 각각 하이드록시메틸셀룰로스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타실레이트) 마이크로캡슐에서, 콜로이드 약물 전달 시스템(예를 들어, 리포솜, 알부민 마이크로구, 마이크로에멀션, 나노입자 및 나노캡슐) 또는 마크로에멀션에서 또한 포획될 수 있다. 이러한 기법은 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)]에 개시되어 있다.

서방 제제를 제조할 수 있다. 서방 제제의 적합한 예는 매트릭스가 성형 물품의 형태, 예를 들어 필름 또는 마이크로캡슐인 길항제를 함유하는 고체 소수성 중합체의 반투과성 매트릭스를 포함한다. 서방 매트릭스의 예는 폴리에스터, 하이드로겔(예를 들어, 폴리(2-하이드록시에틸-메타크릴레이트) 또는 폴리(비닐알콜)), 폴리락타이드(미국 특허 제3,773,919호), L-글루탐산과 γ-에틸-L-글루타메이트의 공중합체, 비분해성 에틸렌-비닐 아세테이트, 분해성 락트산-글라이콜산 공중합체, 예컨대 루프론 데포(LUPRON DEPOT)(상표명)(락트산-글라이콜산 공중합체 및 류프롤라이드 아세테이트로 이루어진 주사용 마이크로구), 및 폴리-D-(-)-3-하이드록시뷰티르산을 포함한다.

생체내 투여에 사용되는 제형은 무균이어야 한다. 이는 무균 여과 막을 통해 여과에 의해 용이하게 성취된다.

실시예

하기 실시예는 현재 청구된 발명을 예시하지만 제한하지 않도록 제공된다.

실시예 1. 통계학적 방법 및 마이크로어레이 분석

통계학적 방법

통계학적 업무는 일반적으로 하기 단계를 포함할 수 있다:

1. 후보 바이오마커의 예비선택

2. 관련 임상 효능 반응 예측 공변량의 예비선택

3. 일도량 수준에서의 바이오마커 예측 함수의 선택

4. 일도량 수준에서의 임상 공변량을 포함하는 바이오마커 예측 함수의 선택

5. 다변량 수준에서의 바이오마커 예측 함수의 선택

6. 다변량 수준에서의 임상 공변량을 포함하는 바이오마커 예측 함수의 선택

하기 업무는 상이한 단계를 상세설명한다:

1. 후보 바이오마커의 예비선택

후보 바이오마커의 통계학적 예비선택은 임상 이익의 측정과의 연관의 강도를 향해 배향된다. 이 목적을 위해, 상이한 임상 종점은 예를 들어 감시된 관찰을 피하는 TTP와 관련한 임상 이익 점수의 정도의 순서 배정으로서 추론된 대리 점수에서 변환될 수 있다. 이 대리 변환 측정은 예를 들어 비모수 스피어만(Spearman) 순위 상관관계 접근법에 의해 단순한 상관관계 분석에 대해 용이하게 사용될 수 있다. 대안은 시간 대 사건 회귀 모델에서 미터 공변량으로서, 예를 들어 Cox 비례 위험 회귀로서 바이오마커 측정을 사용하는 것이다. 바이오마커 값의 통계학적 분포에 따라, 이 단계는 예를 들어 변화량 안정화 변환 및 적합한 스케일의 사용으로서 몇몇 전처리 또는 대안적으로 예컨대 원 측정값 대신에 백분위의 이용과 같은 표준화 단계를 요할 수 있다. 추가의 접근법은 예를 들어 단일 환자 기준으로 (x축 = 바이오마커 값, y축 = 임상 이익의 측정)의 산점을 디스플레이함으로써 이변량 산점도의 검사이다. 예를 들어, 스플라인을 평활하게 함으로써 달성되는 몇몇 비모수 회귀 라인은 바이오마커 및 임상 이익의 연관을 시각화하는 데 유용할 수 있다.

이 상이한 접근법의 목표는 이용된 이익 측정값 중 적어도 하나에서 임상 이익과 몇몇 연관을 보여주는 바이오마커 후보물질의 예비선택이지만, 다른 측정에 대한 결과는 반대가 아니다. 이용 가능한 대조군이 존재할 때, 상이한 암에서의 바이오마커와 임상 이익의 연관에서의 차이는 바이오마커(들)가 추가의 고려에 적격이게 만드는 차이 예측의 징후일 수 있다.

2. 관련 임상 효능 반응 예측 공변량의 예비선택

본 명세서에 정의된 바와 같은 임상 공변량의 통계학적 예비선택은 바이오마커를 예비선택하는 접근법과 유사하고, 임상 이익의 측정과의 연관의 강도를 향해 또한 배향된다. 그래서, 원칙적으로 동일한 방법은 상기 1 하에 고려되는 것처럼 적용된다. 통계학적 기준 이외에, 임상 경험 및 이론적 지식으로부터의 기준은 관련 임상 공변량을 예비선택하도록 적용될 수 있다.

임상 공변량의 예측값은 바이오마커의 예측값과 상호작용할 수 있다. 이것은 필요한 경우 개선된 예측 규칙에 고려될 것이다.

3. 일도량 수준에서의 바이오마커 예측 함수의 선택

용어 "예측 함수"는 일반적인 의미로 표적 예측을 의미하도록 비율조정된 수를 발생시키는 바이오마커 측정의 숫자 함수를 의미하도록 사용될 것이다.

단순한 예는 특정 컷오프(c) 및 바이오마커 측정(x)에 대한 헤비사이드 함수의 선택이고, 2원 예측 A 또는 B가 만들어지고, H (x-c)=0인 경우, A를 예측하고, H (x-c)=1인 경우, B를 예측한다.

이것은 아마도 예측 규칙에서 일도량 바이오마커 측정을 이용하는 가장 흔한 방식이다. 상기 기재된 바와 같은 "예측 함수"의 정의는 예측 확률을 조사하기 위해 이용될 수 있는 기존의 훈련 데이터 세트에 대한 소개를 포함한다. 훈련 세트로부터 적합한 컷오프(c)를 달성하기 위해 상이한 경로가 취해질 수 있다. 처음에, 1 하에 언급된 평활 스플라인을 가지는 산란도는 컷오프를 정의하기 위해 사용될 수 있다. 대안적으로, 중앙 또는 사분위수와 같은 분포의 몇몇 백분위가 선택될 수 있다. 컷오프는 임상 이익의 측정과 관련하여 이의 예측 가능성에 따라 모든 가능한 컷오프를 조사함으로써 체계적으로 또한 추출될 수 있다. 이후, 이 결과는 매뉴얼 선택을 허용하기 위해, 또는 최적화를 위한 몇몇 조사 알고리즘을 이용하기 위해 작도될 수 있다. 이는 Cox 모델을 이용하여 소정의 임상 종점에 기초하여 실현될 수 있고, 각각의 시험 컷오프에서 바이오마커는 이원 공변량으로서 사용된다. 이후, 임상 종점에 대한 결과는 종점 둘 다와 비슷한 예측을 보여주는 컷오프를 선택하도록 함께 고려될 수 있다.

예측 함수를 선택하기 위한 또 다른 흔치 않은 접근법은 공변량으로서 (가능하게는 변환된) 바이오마커 값을 가지는 훈련 세트로부터 얻은 고정 매개변수 Cox 회귀 모델에 기초할 수 있다. 추가의 가능성은 몇몇 우도 비율(또는 이의 단조 변환)에 대한 결정에 기반하는 것이고, 표적 확률 밀도는 예측 상태의 분리에 대한 훈련 세트에서 미리 결정된다. 이후, 바이오마커는 예측 기준의 몇몇 함수로 확장사용될 것이다.

4. 일도량 수준에서의 임상 공변량을 포함하는 바이오마커 예측 함수의 선택

일도량은 임상 공변량과 관련하여 오직 1개의 바이오마커를 이용하는 것을 의미하고, 이것은 다변량 모델일 수 있다. 이 접근법은, 이 방법이 관련 공변량 정보를 편입하는 것을 허용해야 한다는 것을 제외하고는, 임상 공변량이 없는 조사와 유사하다. 컷오프를 선택하는 것의 산점도 방법은 공변량의 오직 제한된 사용을 허용하고, 예를 들어 이원 공변량은 도면 내에 코딩된 색상일 수 있다. 분석이 몇몇 회귀 접근법에 의존하는 경우, 공변량(또한 일시에 이들 대부분)의 사용은 보통 수월해진다. 상기 3 하에 기재된 Cox 모델에 기초한 컷오프 조사는 용이한 공변량 편입을 허용하고, 이로써 공변량 조정된 일도량 컷오프 조사를 발생시킨다. 공변량에 의한 조정은 모델에서의 공변량으로서 또는 계층화 분석에서의 포함을 통해 수행될 수 있다.

또한, 예측 함수의 다른 선택은 공변량의 포함을 허용한다.

이는 예측 함수로서 Cox 모델 선택에 간단하다. 이것은 상호작용 수준의 공변량의 영향을 예상하는 옵션을 포함하고, 이것은 예를 들어 상이한 연령 그룹의 경우 상이한 예측 기준이 적용된다는 것을 의미한다.

예측 함수의 우도 비율 유형의 경우, 공변량을 포함하는 예측 밀도가 예상되어야 한다. 이 목적을 위해, 다변량 패턴 인식의 방법론이 사용될 수 있거나, 바이오마커 값은 (밀도 예상 전에) 공변량에서 다수의 회귀에 의해 조정될 수 있다.

CART 기술(Classification and Regression Trees; Breiman et al. (Wadsworth, Inc.: New York, 1984)은 바이오마커(원 측정 수준)와 임상 공변량을 이용하여 그리고 반응으로서 임상 이익 측정을 이용하여 이 목적에 사용될 수 있다. 컷오프는 조사되고, 함수의 결정 나무 유형은 예측에 대한 공변량을 포함하는 것으로 발견될 것이다. CART에 의해 선택된 컷오프 및 알고리즘은 흔히 최적에 가깝고, 상이한 임상 이익 측정을 고려하여 조합되고 통합될 수 있다.

5. 다변량 수준에서의 바이오마커 예측 함수의 선택

상이한 일도량 예측 함수 선택 내에 이의 예측 가능성을 유지시키는 몇몇 바이오마커 후보물질이 존재할 때, 바이오마커의 조합에 의해, 즉 다변량 예측 함수를 고려하여 추가의 개선이 달성될 수 있다.

단순한 헤비사이드 함수 모델에 기초하여, 바이오마커의 조합은 예를 들어 최적 컷오프가 표시된 바이오마커 값의 이변량 산점도를 고려함으로써 평가될 수 있다. 이후, 바이오마커의 조합은 예측 개선을 달성하기 위해 논리적 "및(AND)" 및 "또는(OR)" 연산자에 의해 상이한 헤비사이드 함수를 조합함으로써 달성될 수 있다.

CART 기술은 반응으로서 다수의 바이오마커(원 측정 수준) 및 임상 이익 측정을 이용하여 이 목적에 사용될 수 있어서, 바이오마커에 대한 컷오프 및 예측에 대한 함수의 결정 나무 유형을 달성한다. CART에 의해 선택된 컷오프 및 알고리즘은 흔히 최적에 가깝고, 상이한 임상 이익 측정을 고려함으로써 조합되고 통합될 수 있다.

Cox 회귀는 상이한 수준에서 이용될 수 있다. 제1 방법은 이원 방식으로(즉, 몇몇 컷오프를 가지는 헤비사이드에 기초하여) 다수의 바이오마커를 편입하는 것이다. 다른 옵션은 (적합한 변환 후) 미터 방식으로 바이오마커, 또는 이원 접근법 및 미터 접근법의 혼합을 이용하는 것이다. 전개 다변량 예측 함수는 상기 3 하에 기재된 바와 같은 Cox 유형이다.

다변량 우도 비율 접근법은 실행하기 어렵지만, 다변량 예측 함수에 대한 또 다른 옵션을 제시한다.

6. 다변량 수준에서의 임상 공변량을 포함하는 바이오마커 예측 함수의 선택

관련 임상 공변량이 존재할 때, 추가의 개선은 다수의 바이오마커를 다수의 임상 공변량과 조합함으로써 달성될 수 있다. 상이한 예측 함수 선택은 임상 공변량을 포함할 가능성과 관련하여 평가될 것이다.

바이오마커에 대한 헤비사이드 함수의 단순한 논리 조합에 기초하여, 추가의 공변량은 훈련 세트에서 얻은 논리적 회귀 모델에 기초하여 예측 함수에 포함될 수 있다.

CART 기술 및 전개 결정 나무는 예측 알고리즘에서 이들을 포함하는 추가의 공변량에 의해 용이하게 사용될 수 있다.

Cox 회귀에 기초한 모든 예측 함수는 추가의 임상 공변량을 이용할 수 있다. 상호작용 수준의 공변량의 영향을 예상하는 옵션이 존재하고, 이것은 예를 들어 상이한 연령 그룹의 경우 상이한 예측 기준이 적용된다는 것을 의미한다.

다변량 우도 비율 접근법은 추가의 공변량의 사용에 직접적으로 연장 가능하지 않다.

마이크로어레이 분석

모든 분석 단계를 오픈 점수 프로그래밍 언어 R(R Core Team (2013) R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, 오스트리아 비엔나)을 이용하여 수행하였다. 모든 아피메트릭스 마이크로어레이로부터의 원 데이터를 레프플러스(RefPlus) R 패키지(Harbron et al. Bioinformatics. 23(18): 2493-2494, 2007)를 이용하여 공통 기준 분포로 정규화하였다.

실시예 2. 아바글리오 연구

아바글리오 실험은 새로 진단된 교모세포종에 대해 병용 테모졸로마이드 및 방사선치료제에서 베바시주맙의 효능 및 안전성을 평가하였다. 이 연구는 화학치료제 단독에 대해 베바시주맙과 화학치료제의 전향적, 무작위, 이중 맹검, 위약 조절 III상 평가로서 설계되었다. 적격이게 하도록, 환자는 수술 절제 또는 생검 이후 확립된 조직 진단에 의해 새로 진단된 교모세포종을 가져야 한다. 베바시주맙을 화학치료제 및 방사선치료제에 첨가함으로써, 아바글리오 실험은 제한된 치료적 옵션을 가지고 특히 불량한 예후에 직면한 환자의 이 그룹에 대해 전체 생존(OS) 및 무진행 생존(PFS)을 개선하는 것에 목표한다. 1차 목적은 테모졸로마이드(TMZ) 및 방사선치료제 단독, 또는 테모졸로마이드 및 방사선치료제와 베바시주맙으로 무작위된 환자의 OS 및 PFS를 비교하는 것이다.

아바글리오 연구의 개관

이 실험은 3개의 단계(동시발생, 유지, 및 단일치료) 및 두 개(2)의 치료 암으로 이루어진다: TMZ 및 방사선치료제(암 1), 및 TMZ 및 방사선치료제와 베바시주맙(암 2). 환자를 어느 한 암에 무작위로 (1:1) 배정하였다.

암 1(화학치료제 및 방사선치료제 단독): 적격인 환자는 6주 동안 주마다 5일 2Gy 방사선치료제 및 2주마다 10㎎/㎏의 베바시주맙 i.v.와 병용하여 방사선치료제의 첫날로부터 마지막 날까지 6주 동안 매일 경구로 75㎎/㎡의 TMZ를 받았다. 4주 치료 휴식 후, 적격인 환자는 2주마다 10㎎/㎏의 위약 i.v.와 병용하여 매 4주의 스케줄의 1-5일에 150-200㎎/㎡의 TMZ의 6 사이클을 받았다. TMZ는 상승할 수 있는 150㎎/㎡의 용량으로 시작하여 경구로 투여되었다. 이후, 위약 단일치료제(3주마다 15㎎/㎏)를 질환 진행까지 진행하였다. 질환 진행 시, 환자를 조사자의 결정에 따라 치료하였다.

암 2(TMZ 및 방사선치료제와 베바시주맙): 적격인 환자는 6주 동안 주마다 5일 2Gy 방사선치료제 및 2주마다 10㎎/㎏의 베바시주맙 i.v.와 병용하여 방사선치료제의 첫날로부터 마지막 날까지 6주 동안 매일 경구로 75㎎/㎡의 TMZ를 받았다. 4주 치료 휴식 후, 적격인 환자는 2주마다 10㎎/㎏의 베바시주맙 i.v.와 병용하여 매 4주의 스케줄의 1-5일에 150-200㎎/㎡의 TMZ의 6 사이클을 받았다. TMZ는 상승할 수 있는 150㎎/㎡의 용량으로 시작하여 경구로 투여되었다. 이후, 베바시주맙 단일치료제(3주마다 15㎎/㎏)를 질환 진행까지 진행하였다. 질환 진행 시, 환자를 조사자의 결정에 따라 치료하였다.

초기 베바시주맙 점적주사는 90분에 걸치고, 후속하는 점적주사는 관용되는 것처럼 60분, 이후 30분에 걸쳤다. 베바시주맙을 방사선치료제 및 TMZ 치료의 마지막 날, 즉 TMZ 치료 휴식의 시작 전날에 투여하였다.

PFS의 분석은 맥도날드 등의 문헌(J. Clin. Oncol. 8: 1277-80, 1990)에 기재된 바대로 신경학적 평가 및 뇌의 MRI를 이용하여 종양 평가 맥도날드 반응 기준(변형 WHO 기준)에 기초하였다. 종양 평가를 기준치에, 4주 치료 휴식의 종료 시, 이후 8주마다 수행하였다.

연구 집단 - 포함 기준

수술 절제 또는 생검 후 확립된 조직 진단에 의해 새로 진단된 천막상 교모세포종(GBM)을 가지는 18세 이상의 환자가 포함되었다. 이것은 조직학적으로 검증된 GBM로 승격되는 더 낮은 등급의 성상세포종의 이전의 진단에 의한 치료 미경험 화학치료제 및 방사선치료제 환자를 포함한다. 환자는 2 이하의 WHO 성능 상태를 가져야 한다.

연구 집단 - 배제 기준

뇌의 수술 후 MRI에서 최근의 출혈의 증거는 후보 환자를 배제하였다. 그러나, 헤모시데린(hemosiderin)의 임상학적 무증상 존재, 수술과 연관된 용해 출혈 변화 및 종양에서 점 출혈의 존재를 가지는 환자가 연구의 등록에 허용되었다. 임상 실험의 등록을 위해 MGMT 상태에 대해 이전의 중앙 스크리닝; 교모세포종 및 저등급 성상세포종에 대한 임의의 이전의 화학치료제(카르무스틴 함유 웨이퍼(글리아델(Gliadel)(등록상표)) 포함) 또는 면역치료제(백신 치료제 포함); 임의의 이전의 뇌의 방사선치료제 또는 방사선 장의 잠재적 중첩을 발생시키는 이전의 방사선치료제; 고혈압성 위기 또는 고혈압성 뇌증의 이전의 병력; 무작위 전의 1개월 내의 NCI-CTC 기준에 따른 2등급 이상의 객혈의 병력; (치료적 항응고요법의 부재 시) 출혈 체질 또는 응고장애의 증거; 무작위 전의 28일 내의 대수술 시술, 개방 생검, 두개내 생검, 뇌실복막강 단락 또는 상당한 외상 손상; 무작위 전의 7일 내의 코어 생검(두개내 생검 배제) 또는 다른 소수술 절차는 또한 환자를 배제하였다. 베바시주맙/위약 투여 전의 2일 내에 수행되는 경우 중앙 혈관 접근 장치(central vascular access device: CVAD)의 배치; 무작위 전의 6개월 내의 복부 누공 또는 위장관 천공의 병력, 무작위 전의 6개월 내의 두개내 절제의 병력; 심각한 비치유 상처, 활성 궤양 또는 비치료 골 골절은 또한 환자를 배제하였다. 임신 또는 수유 여성과 관련하여, 연구 치료 시작 전의 7일 내에 또는 14일 내에(연구 치료 시작 전의 7일 내의 확증 뇨 임신 시험을 가짐) 혈청 임신 시험을 평가하였다. 가임 여성(마지막 월경 후 2년 미만으로 정의되고 수술로 불임이 아님) 및 매우 효과적인 피임의 호르몬 또는 비호르몬 수단(즉, 자궁내 피임 장치)을 사용하지 않는 남성; 무작위 전의 6개월 이하 내의 뇌졸중 또는 일시적 허혈성 발작(transient ischemic attack: TIA), 무작위 전의 6개월 이하 내의 수술 보수를 요하는 대동맥류 또는 최근의 말초 동맥 혈전을 포함하는, 비적절하게 제어되는 고혈압(수축기 150mmHg 초과 및/또는 확장기 100mmHg 초과 지속) 또는 심각한 혈관 질환의 병력을 가지는 환자가 또한 배제되었다. 무작위 전의 6개월 이하 내의 심근경색 또는 불안정 협심증, 뉴욕 심장 협회(New York Heart Association: NYHA) II 이상 등급의 울혈성 심부전(congestive heart failure: CHF) 또는 임의의 연구 약물 또는 부형제에 대한 공지된 과민증을 가지는 환자가 또한 배제되었다.

실시예 3. 유전자 발현 아형의 비지도 확인

아바글리오 실험으로부터의 샘플에 문헌[Phillips et al. (Cancer Cell. 9(3): 157-173, 2006)]에 의해 원래 기재된 유전자 발현 아형을 배정하는 것에 대한 대안적인 접근법에서, 본 발명자들은 나노스트링 유전자 발현 데이터의 비지도 분석을 수행하였다. 35개 프로브 서명 이외에, 필립스 등은 556개의 독특한 주석 달린 유전자 기호에 상응하는 667개의 엔트레즈(Entrez) 유전자 식별자로 맵핑된 라이팅(writing)의 시간에 일련의 넓은 725개의 아피메트릭스 마이크로어레이 프로브를 또한 확인하였다. 상기 표 1에 기재된 이 유전자 중 108개를 나노스트링 플랫폼에서 평가하였다.

다음에, 본 발명자들은 아바글리오 데이터의 비지도 분석을 수행하기 위해 아형 특이적 유전자의 이 연장된 목록을 이용하였다. 문헌에 보고된 바대로, IDH1 유전자에서 기능 획득 돌연변이(R132MUT)를 보유하는 GBM 환자는 IDH1 야생형 유전자를 가지는 환자보다 현저히 우수한 예후를 가졌다(Lai et al. J. Clin . Oncol . 29(34): 4482-90, 2011). 아바글리오 바이오마커 이용 가능한 집단(n=349)으로부터의 10명의 환자는 IDH1(R132MUT) 기능 획득 변이체를 보유하였다. 이 환자는 하기 분석으로부터 배제되었다.

nCounter 분석된 소프트웨어로부터 얻은 원 나노스트링 카운트는 log2 변환되고, 모든 평가된 프로브에 걸친 발현의 평균 및 표준 편차를 동일한 기준 값으로 조정함으로써 샘플에 걸쳐 정규화되었다. 이 108개의 유전자에 대한 유전자 발현 점수의 z 점수로의 정규화 및 변환 후, 본 발명자들은 메도이드 주위 분할(Partitioning around medoid: PAM, Kaufman and Rousseeuw. Clustering by Means of Medoids. Reports of the Faculty of Mathematics and Informatics, Delft University of Technology, 1987)을 이용하여 k=3 클러스터로의 아바글리오 샘플의 비지도 분석("클러스터링")을 수행하였다. 클러스터는 예비 규정되지 않지만, 대신에 알고리즘에 의해 자동으로 결정되었다. 적은 수의 샘플을 음의 실루엣 폭에 의해 클러스터링하여, 이의 발현이 최종 클러스터 배정과 일치하지 않는다는 것을 나타내고; 이 샘플을 "비분류"로 표지하였다(도 1). 본 발명자들은 필립스 등의 서명 유전자의 가장 높은 발현에 기초하여 "전신경," "중간엽," 및 "증식성"의 라벨을 PAM 클러스터로 배정하였다(도 1, 열 주석).

85개의 샘플로 이루어진 전신경(PN) 클러스터 배정의 예측값에 대해 시험하기 위해, 본 발명자들은 주요 공지된 임상 공변량(예를 들어, 연령, 코티코스테로이드, 절제의 정도, 성별, 카르노프스키(Karnofsky) 성능 점수(KPS), O-6-메틸구아닌-DNA 메틸전환효소(MGMT) 프로모터의 메틸화 상태, 최소 정신 상태 검사 점수(mini-mental state examination score: MMSE), 반복 분할 분석(recursive partitioning analysis: RPA) 종류 및 WHO 성능 점수))을 차지하는, 이 하위그룹에서의 RT 및 화학치료제와 병용된 항-VEGF 치료제(예를 들어, 항-VEGF 항체 치료제, 예를 들어 베바시주맙 치료제)의 OS에 대한 효과의 다변량 분석을 수행하였다. 다변량 Cox PH는 항-VEGF 치료제가 비-PN 아형 교모세포종을 가지는 환자가 아니라 PN 아형 교모세포종을 가지는 환자에 대해 상당한 OS 이익을 생성시킨다는 것을 나타낸다(도 2). 구체적으로, PN 아형 교모세포종을 가지는 환자의 경우, 치료 암에서의 중앙 OS는, 0.42인 HR로, 위약 암에서의 12.2개월과 비교하여 17.1개월이었다(95%의 CI = 0.23-0.78; p = 0.006).

3개의 아형에 대한 나노스트링 특이적 중심을 한정하기 위해, 본 발명자들은 3개의 PAM 클러스터/아형의 각각에 대해 각각의 분류자 유전자에 대한 평균 발현을 계산하였다(표 4).

실시예 4. 축소된 중심 아형 분류자의 한정

축소된 중심은 새로운 샘플을 분류하는 데 있어서 경쟁 방법보다 더 정확한 것으로 나타났다(Tibshirani et al. PNAS. 99(10): 6567-6572, 2002). (각각의 유전자에 대한 종류 내 표준 편차에 의한 정규화 후) 전체 중심에 대한 각각의 종류에 대해 중심을 축소함으로써, 발현이 동일한 종류의 샘플 내에 안정한 유전자에 더 높은 가중이 배정된다. 동시에, 예를 들어 사용자 한정된 한계치 아래로 가중이 축소된 유전자를 제거함으로써, 감소한 일련의 분류자 특징이 얻어질 수 있다. 여기서, 본 발명자들은 아바글리오 실험으로부터 비-PN 샘플로부터의 PN을 구별하는 축소된 중심 분류자를 얻는 PAMR 알고리즘을 이용하였다.

실시예 3에 기재된 바대로, 아형 라벨을 예비 처리된 아바글리오 유전자 발현 데이터의 비지도 분석에 의해 얻었다. PAMR 알고리즘에 대한 훈련 세트로서, 본 발명자들은 비-PN 샘플(증식성 또는 중간엽 샘플)을 단일 비-PN 카테고리로 조합하였다(표 5).

입력으로서 나노스트링 플랫폼에서 평가된 모든 753개의 독특한 유전자로부터 모든 발현 데이터를 이용하여 축소된 중심을 훈련하였다. 10배 교차 검정을 이용하여 종류별 오류율을 예상하였다. 여기서, 본 발명자들은 4.0의 축소 한계치를 선택하여, 65개의 분류자 유전자를 선택하고 9%의 평균 분류 오류율을 달성한다(표 6 및 도 3 참조).

훈련 데이터에서 축소된 중심 분류자의 성능을 시험하기 위해, 본 발명자들은 PAMR에 의해 배정된 후방 종류 확률에 기초하여 모든 아바글리오 샘플을 PN 또는 비-PN 하위그룹으로 재분류하였다. 본 발명자들은 훈련 데이터(91%의 리콜)에 대한 분류자의 우수한 성능을 관찰하였고, PN 하위그룹에 71개의 샘플을 배정하였다.

이 하위그룹 분류 결과의 예측값에 대해 시험하기 위해, 본 발명자들은 주요 공지된 임상 공변량(예를 들어, 연령, 코티코스테로이드, 절제의 정도, 성별, 카르노프스키 성능 점수(KPS), O-6-메틸구아닌-DNA 메틸전환효소(MGMT) 프로모터의 메틸화 상태, 최소 정신 상태 검사 점수(MMSE), 반복 분할 분석(RPA) 종류 및 WHO 성능 점수))을 차지하는, 이 하위그룹에서의 RT 및 화학치료제와 병용된 항-VEGF 치료제(예를 들어, 항-VEGF 항체 치료제, 예를 들어 베바시주맙 치료제)의 OS에 대한 효과의 다변량 분석을 수행하였다. 다변량 Cox PH는 항-VEGF 치료제가 비-PN 아형 교모세포종을 가지는 환자가 아니라 PN 아형 교모세포종을 가지는 환자에 대해 상당한 OS 이익을 생성시킨다는 것을 나타낸다(도 4). 구체적으로, PN 아형 교모세포종을 가지는 환자의 경우, 치료 암에서의 중앙 OS는, 0.42인 HR로, 위약 암에서의 12.0개월과 비교하여 15.1개월이었다(95%의 CI = 0.24-0.75; p = 0.003).

실시예 5. 연속 예측 전신경 점수의 추론

이전의 실시예에서, 본 발명자들은 환자가 유전자 발현 아형으로 분류될 수 있고, 전신경(PN) 아형에 대한 배정이 이 하위그룹에서의 RT 및 화학치료제와 병용된 항-VEGF 치료제(예를 들어, 항-VEGF 항체 치료제, 예를 들어 베바시주맙 치료제)의 OS에 대해 예측한다는 것을 입증하였다. 여기서, 본 발명자들은 각각의 환자에 대한 정량적 PN 점수를 계산하기 위해 축소된 중심 분류자(실시예 4)로부터의 상위 10개의 가장 매우 가중된 예측자 유전자를 사용하였다.

하기 10개의 유전자는 PAMR 알고리즘에 따라 PN 샘플과 비-PN 샘플 사이를 가장 잘 구별하고(표 6), 최고 점수를 받았다: NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2. 모든 이들 유전자는 비-PN 샘플에서보다 PN 샘플에서 더 높은 상대 발현을 나타냈다(표 6). 본 발명자들은 따라서 아바글리오 바이오마커 이용 가능한 집단(IDH1 야생형 환자 단독; n=339)에서 각각의 환자에 대해 모든 10개의 유전자에 걸쳐 평균 z 점수를 계산함으로써 이들의 발현을 요약하였다.

예상된 것처럼, 이 연속 요약 점수는 비지도 분석으로부터 추론된 필립스의 유전자 발현 아형 배정과 매우 상관되었다(PAM, 실시예 3). "전신경"으로 분류된 환자는 높은 연속 전신경 점수를 나타내고, "중간엽"으로 분류된 환자는 낮은 연속 전신경 점수를 나타내고, "증식성"으로 분류된 환자는 중간 점수를 나타냈다(도 5).

이 하위그룹 분류 결과의 예측값에 대해 시험하기 위해, 본 발명자들은 주요 공지된 임상 공변량(예를 들어, 연령, 코티코스테로이드, 절제의 정도, 성별, 카르노프스키 성능 점수(KPS), O-6-메틸구아닌-DNA 메틸전환효소(MGMT) 프로모터의 메틸화 상태, 최소 정신 상태 검사 점수(MMSE), 반복 분할 분석(RPA) 종류 및 WHO 성능 점수))을 차지하는, 완전 바이오마커 이용 가능한 집단(IDH1 야생형 환자; n=339)에서의 RT 및 화학치료제와 병용된 항-VEGF 치료제(예를 들어, 항-VEGF 항체 치료제, 예를 들어 베바시주맙 치료제)의 OS에 대한 효과의 다변량 분석을 수행하였다. 다변량 Cox PH는 연속 전신경 점수의 상당한 예후(바이오마커 주요 효과에 대해 p = 0.004) 및 예측(치료/바이오마커 상호작용 효과에 대해 p=0.005) 값 둘 다를 나타냈다.

연속 전신경 점수의 예측값을 시각화하기 위해, 본 발명자들은 환자를 중앙 연속 전신경 점수에서 분할함으로써(예를 들어, 각각 최고 점수 및 최저 점수를 가지는 환자의 50%를 분리) "바이오마커 로우" 및 "바이오마커 하이" 집단으로 이원화하였다. 도 6A에 도시된 것처럼, "바이오마커 하위" 하위그룹에서의 환자에 대한, 치료 암에서의 중앙 OS는, 0.51인 HR로 위약 암에서의 13.0개월과 비교하여 15.7개월이었다(95%의 CI = 0.35-0.75; p = 0.0006, 다변량 CoxPH는 바이오마커 하이 집단 내에 일치함). 치료 암 사이의 상당한 차이가 "바이오마커 로우" 집단에 대해 관찰되지 않았다(도 6B).

상시 발명이 이해의 명확성의 목적을 위해 예시 및 예의 방식으로 약간 자세히 기재되어 있지만, 설명 및 예는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로서 해석되지 않아야 한다. 각각의 특허, 특허 출원, 과학 문헌 및 진뱅크 수탁 번호가 구체적으로 및 개별적으로 참조문헌으로 포함된 것처럼, 본 명세서에 인용된 모든 특허, 특허 출원, 과학 문헌 및 진뱅크 수탁 번호의 개시내용은 모든 목적을 위해 그 전문이 명확히 참조문헌으로 포함된다. 이러한 특허 출원은 본원이 이익을 청구하는 2013년 8월 30일에 출원된 미국 가특허 출원 제61/872,346호를 구체적으로 포함한다.

SEQUENCE LISTING <110> Genentech, Inc. <120> DIAGNOSTIC METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATMENT OF GLIOBLASTOMA <130> WO2015/031808 <140> PCT/US2014/053500 <141> 2014-08-29 <150> US 61/872,346 <151> 2013-08-30 <160> 2 <170> PatentIn version 2.0 <210> 1 <211> 108 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 1 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Ser Ala Ser Gln Asp Ile Ser Asn Tyr 20 25 30 Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Val Leu Ile 35 40 45 Tyr Phe Thr Ser Ser Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Ser Thr Val Pro Trp 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg 100 105 <210> 2 <211> 123 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 2 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Gly Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Gly Trp Ile Asn Thr Tyr Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Ala Asp Phe 50 55 60 Lys Arg Arg Phe Thr Phe Ser Leu Asp Thr Ser Lys Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Lys Tyr Pro His Tyr Tyr Gly Ser Ser His Trp Tyr Phe Asp Val 100 105 110 Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 120

Claims (122)

1. 교모세포종(glioblastoma)을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법으로서,
   (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계;
   (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계; 및
   (c) 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것을 상기 환자에게 통지하는 단계를 포함하는, 방법.
2. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법으로서,
   (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계;
   (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계; 및
   (c) 상기 환자에게 상기 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고를 제공하는 단계를 포함하는, 방법.
3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있고, 상기 기준 수준은 상기 환자의 집단에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 증가인, 방법.
6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 감소인, 방법.
7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현은 mRNA를 측정함으로써 검출되는, 방법.
8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현은 혈장 단백질 수준을 측정함으로써 검출되는, 방법.
9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 종양 조직인, 방법.
10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 2개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
11. 제10항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 3개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
12. 제11항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 4개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
13. 제12항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제4의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
14. 제13항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제3의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
16. 제15항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 에피토프에 결합하는, 방법.
17. 제15항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
18. 제15항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가지는, 방법.
19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자에게 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
20. 제19항에 있어서, 투여된 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
21. 제20항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 에피토프에 결합하는, 방법.
22. 제20항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
23. 제20항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가지는, 방법.
24. 제19항에 있어서, (ⅰ) 항종양성 물질(anti-neoplastic agent), 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, (ⅱ) 방사선치료제, 또는 (ⅲ) 이들의 조합을 사용하여 치료를 수행하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
25. 제19항에 있어서, 상기 환자에게 테모졸로마이드(temozolomide: TMZ)를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
26. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 전체 생존의 증가인, 방법.
27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 전신경 유형(proneural type)의 교모세포종을 가지는, 방법.
28. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 임의의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계;
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는 단계; 및
    (c) 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 VEGF 길항제를 포함하는 치료제를 선택하고, VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제를 상기 환자에게 권고하는 단계를 포함하는, 방법.
29. 제28항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지는 환자의 집단에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
30. 제28항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
31. 제28항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 증가인, 방법.
32. 제28항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 감소인, 방법.
33. 제28항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 2개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
34. 제33항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 3개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
35. 제34항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 4개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
36. 제35항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제4의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
37. 제36항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제3의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
38. 제28항에 있어서, 상기 (c)의 치료제는 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, 방사선치료제, 또는 이들의 조합인, 방법.
39. 제28항에 있어서, 상기 (c)의 치료제는 테모졸로마이드(TMZ)인, 방법.
40. 제28항에 있어서,
    (d) 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 상기 환자에게 유효량의 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
41. 제40항에 있어서, 투여된 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
42. 제41항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 에피토프에 결합하는, 방법.
43. 제41항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
44. 제41항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가지는, 방법.
45. 제40항에 있어서, 유효량의 적어도 제2 물질을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
46. 제45항에 있어서, 상기 제2 물질은 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제, 세포독성제, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
47. 제45항에 있어서, 상기 제2 물질은 테모졸로마이드(TMZ)인, 방법.
48. 제28항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 전체 생존의 증가인, 방법.
49. 제28항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 전신경 유형의 교모세포종을 가지는, 방법.
50. 제28항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
51. 제50항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 증가인, 방법.
52. 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계로서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 상기 검출하는 단계;
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것을 환자에게 통지하는 단계를 포함하는, 방법.
53. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계로서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 상기 검출하는 단계;
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 환자에게 상기 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고를 제공하는 단계를 포함하는, 방법.
54. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계로서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 상기 검출하는 단계;
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계; 및
    (c) 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 VEGF 길항제를 포함하는 치료제를 선택하고, VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제를 상기 환자에게 권고하는 단계를 포함하는, 방법.
55. 제52항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있고, 상기 기준 수준은 상기 환자의 집단에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
56. 제52항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
57. 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
58. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법으로서,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
59. 제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있고, 상기 기준 수준은 상기 환자의 집단에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
60. 제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
61. 제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 증가인, 방법.
62. 제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 감소인, 방법.
63. 제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현은 mRNA를 측정함으로써 검출되는, 방법.
64. 제57항 또는 제58항에 있어서, 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현은 혈장 단백질 수준을 측정함으로써 검출되는, 방법.
65. 제57항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 종양 조직인, 방법.
66. 제57항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 2개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
67. 제66항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 3개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
68. 제67항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 4개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
69. 제68항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제4의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
70. 제69항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제3의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
71. 제57항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
72. 제71항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 에피토프에 결합하는, 방법.
73. 제71항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
74. 제71항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가지는, 방법.
75. 제57항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자에게 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
76. 제75항에 있어서, 투여된 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
77. 제76항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 에피토프에 결합하는, 방법.
78. 제76항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
79. 제76항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가지는, 방법.
80. 제75항에 있어서, (ⅰ) 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, (ⅱ) 방사선치료제, 또는 (ⅲ) 이들의 조합을 사용하여 치료를 수행하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
81. 제75항에 있어서, 상기 환자에게 테모졸로마이드(TMZ)를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
82. 제57항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 전체 생존의 증가인, 방법.
83. 제57항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 전신경 유형의 교모세포종을 가지는, 방법.
84. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은,
    (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 임의의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계; 및
    (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
85. 제84항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지는 환자의 집단에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
86. 제84항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
87. 제84항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 증가인, 방법.
88. 제84항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 감소인, 방법.
89. 제84항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 2개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
90. 제89항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 3개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
91. 제90항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 4개의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
92. 제91항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제4의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
93. 제92항에 있어서, 상기 환자로부터의 생물학적 샘플에서 상기 유전자 중 적어도 제3의 발현을 검출하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
94. 제84항에 있어서, 상기 치료제는 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제 및 세포독성제로 이루어진 군으로부터 선택된 물질, 방사선치료제, 또는 이들의 조합인, 방법.
95. 제84항에 있어서, 상기 치료는 테모졸로마이드(TMZ)인, 방법.
96. 제84항에 있어서, 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 상기 환자에게 유효량의 VEGF 길항제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
97. 제96항에 있어서, 투여된 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체인, 방법.
98. 제97항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 에피토프에 결합하는, 방법.
99. 제97항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙인, 방법.
100. 제97항에 있어서, 투여된 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH) 및 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 서열 번호 2의 아미노산 서열을 가지고, 상기 VL은 서열 번호 1의 아미노산 서열을 가지는, 방법.
101. 제96항에 있어서, 유효량의 적어도 제2 물질을 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
102. 제101항에 있어서, 상기 제2 물질은 항종양성 물질, 화학치료제, 성장 저해제, 세포독성제, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
103. 제101항에 있어서, 상기 제2 물질은 테모졸로마이드(TMZ)인, 방법.
104. 제84항 내지 제103항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 대한 반응성은 전체 생존의 증가인, 방법.
105. 제84항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 밝혀진 환자는 전신경 유형의 교모세포종을 가지는, 방법.
106. 제84항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
107. 제106항에 있어서, 상기 환자 샘플에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 기준 수준에 대한 증가인, 방법.
108. 제57항에 있어서, 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가한다는 것을 상기 환자에게 통지하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
109. 제58항에 있어서, 상기 환자에게 상기 항암 치료제가 VEGF 길항제를 포함한다는 권고를 제공하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
110. 제84항에 있어서, 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된 경우 VEGF 길항제를 포함하는 치료제를 선택하고, VEGF 길항제를 포함하는 선택된 치료제를 상기 환자에게 권고하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
111. 교모세포종을 가지는 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는지를 결정하는 방법으로서,
     (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계로서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 상기 검출하는 단계; 및
     (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 대한 상기 상기 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
112. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능을 최적화하는 방법으로서,
     (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계로서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 상기 검출하는 단계; 및
     (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
113. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 치료제를 선택하는 방법으로서, 상기 방법은,
     (a) 상기 환자에 대한 VEGF 길항제의 투여 전에 상기 환자로부터 얻은 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 유전자의 발현을 검출하는 단계로서, 상기 적어도 1개의 유전자는 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택되는, 상기 검출하는 단계; 및
     (b) 상기 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준과 비교하는 단계로서, 상기 기준 수준에 비해서 상기 환자 샘플에서의 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및/또는 PFN2의 발현 수준의 증가는 VEGF 길항제에 의한 치료에 반응할 가능성이 있는 환자를 확인하는, 상기 비교하는 단계를 포함하는, 방법.
114. 제111항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자는 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 집단에 있고, 상기 기준 수준은 상기 환자의 집단에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
115. 제111항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기준 수준은 교모세포종을 가지고 VEGF 길항제 치료에 반응하지 않는 것으로 확인된 환자에서의 상기 적어도 1개의 유전자의 평균 발현 수준인, 방법.
116. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능의 최적화에 사용하기 위한 VEGF 길항제로서, 상기 환자는, VEGF 길항제의 임의의 투여 전에, 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대해 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 상이한 수준을 발현하는, VEGF 길항제.
117. 제116항에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대해 상이한 수준으로 발현된 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 상기 적어도 1개의 유전자를 가지는 환자에게 투여되는, VEGF 길항제.
118. 교모세포종을 가지는 환자의 치료에서 사용하기 위한 VEGF 길항제로서, 상기 환자는, VEGF 길항제의 투여 전에, 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 상이한 수준을 발현하는, VEGF 길항제.
119. 교모세포종을 가지는 환자에 대한 항암 치료제의 치료 효능의 최적화에 사용하기 위한 VEGF 길항제로서, 상기 환자는, VEGF 길항제의 임의의 투여 전에, 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대해 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자의 증가 수준을 발현하는, VEGF 길항제.
120. 제119항에 있어서, 상기 VEGF 길항제는 상기 적어도 1개의 유전자의 기준 발현 수준에 대해 증가 수준으로 발현된 NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자를 가지는 환자에게 투여되는, VEGF 길항제.
121. 교모세포종을 가지는 환자의 치료에서 사용하기 위한 VEGF 길항제로서, 상기 환자는, VEGF 길항제의 투여 전에, NCAM1, OMG, PRKCZ, GALNT13, GPR17, DNM3, FERMT1, SNAP91, ABHD6 및 PFN2로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 1개의 유전자의 증가 수준을 발현하는, VEGF 길항제.
122. 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료로부터 이익을 얻을 수 있는지를 결정하기 위한 키트로서,
     (a) 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 결정할 수 있는 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드; 및
     (b) 표 1, 표 2 또는 표 3에 기재된 적어도 1개의 유전자의 발현 수준을 결정하기 위한 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드의 사용을 위한 설명서로서, 기준 수준에 대한 적어도 1개의 유전자의 발현 수준의 변화는 상기 환자가 VEGF 길항제에 의한 치료로부터 이익을 얻을 수 있다는 것을 나타내는, 상기 설명서를 포함하는, 키트.

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