KR20100132086A - 클라미디아 감염을 치료 및 진단하기 위한 조성물 및 이를 포함하는 약제학적 조성물 및 진단 키트 - Google Patents
클라미디아 감염을 치료 및 진단하기 위한 조성물 및 이를 포함하는 약제학적 조성물 및 진단 키트 Download PDFInfo
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Abstract
클라미디아 감염을 진단 및 치료하기 위한 조성물 및 방법이 기술되어 있다. 제공된 화합물은 클라미디아 항원의 하나 이상의 항원성 부분을 함유하는 폴리펩타이드 및 이러한 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열을 포함한다. 또한, 이러한 폴리펩타이드에 대해 유도된 항체와 함께, 이러한 폴리펩타이드 또는 DNA 서열을 포함하는 약제학적 조성물 및 백신이 제공된다. 이러한 폴리펩타이드 또는 DNA 서열 및 적합한 검출 시약을 함유하는 진단 키트는 환자 및 생물학적 샘플중에서 클라미디아 감염을 탐지하는데 사용될 수 있다.
Description
본 발명은 일반적으로 클라미디아 감염의 탐지 및 치료에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 클라미디아 항원을 포함한 폴리펩타이드 및 이러한 폴리펩타이드의 클라미디아 감염의 혈청진단 및 치료를 위한 용도에 관한 것이다.
클라미디아는 사람 및 동물의 각종 중요한 감염을 일으키는 세포내 세균성 병원균이다. 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis)는 성행위에 의해 전염되는 질환의 가장 흔한 원인중 하나이며, 난관 폐쇄 및 불임을 초래하는 골반염증 질환(PID)을 일으킬 수 있다. 클라미디아 트라코마티스는 또한 남성 불임에도 관련이 있다. 1990년에 미국에서 PID를 치료하는데 드는 비용이 40억 달러로 추산되었다. 클라미디아 트라코마티스에 의한 안구 감염으로 인한 트라코마는 전세계적으로 예방가능한 실명의 주요 병인이다. 클라미디아 뉴모니아(Chlamydia pneumonia)는 사람의 급성 기도 감염의 주요 병인이며, 또한 아테롬성 동맥경화증, 특히 관상 심장 질환의 발병에도 관련이 있다고 여겨진다. 클라미디아 뉴모니아에 대한 고 역가의 항체를 지닌 사람은 혈청이 음성인 사람에 비해 관상 심장 질환을 거의 2배 이상 앓고 있는 것으로 나타났다. 따라서, 클라미디아 감염은 미국을 포함한 전세계적으로 중요한 건강 문제로 대두되고 있다.
클라미디아 감염은 흔히 무증상적이다. 예를 들면, 여성이 PID에 대해 의사의 치료를 받고자 할 즈음에 이미 비가역적 손상이 일어나 불임을 초래한다. 따라서, 당업계에서는 클라미디아 감염을 예방 및 치료하기 위한 향상된 백신 및 약제학적 조성물이 필요하다. 본 발명은 이와 같은 필요성을 충족시켜 주며 또한 다른 연관된 이점을 제공한다.
본 발명은 클라미디아 감염의 진단 및 치료를 위한 조성물 및 방법을 제공한다. 한 가지 관점으로서, 본 발명은 클라미디아 항원의 면역원성 부분 또는 이러한 항원의 변이체를 포함하는 폴리펩타이드를 제공한다. 특정 부분 및 다른 변이체는 항원-특이적 항혈청과 반응하는 능력이 실질적으로 감소되지 않을 정도로 면역원성을 갖는다. 특정 양태로서, 폴리펩타이드는 (a) 서열 1, 15, 21-25, 44-64, 66-76, 79-88, 110-119, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 169-174, 181-188, 263, 265 및 267-290의 서열; (b) 상기 서열의 상보서열 및 (c) 적당히 엄격한 조건하에서 (a) 또는 (b)의 서열과 하이브리드를 형성하는 서열로 이루어진 그룹중에서 선택된 폴리뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 특정 양태로서, 본 발명의 폴리펩타이드는 서열 5-14, 17-20, 26, 28, 30-32, 34, 39-43, 65, 89-109, 138-158, 167, 168, 224-262, 246, 247, 254-256 및 292의 서열 및 이의 변이체로 이루어진 그룹중에서 선택된 아미노산 서열을 포함하는 클라미디아 단백질의 전부 내지 일부를 포함한다.
또한, 본 발명은 상기된 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이의 일부분(예, 클라미디아 단백질의 15개 이상의 아미노산 잔기를 암호화하는 부분), 이러한 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 발현 벡터, 및 이러한 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염된 숙주 세포를 제공한다.
연관된 관점으로서, 상기 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열, 이들 폴리뉴클레오타이드 서열중 하나 이상을 포함하는 재조합 발현 벡터, 및 이러한 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염된 숙주 세포가 또한 제공된다.
또 다른 관점으로서, 본 발명은 약제학적 조성물 및 백신으로서 사용하기 위해 생리학적으로 허용되는 담체 또는 면역자극제와 배합되는, 본 발명의 폴리펩타이드 또는 달리 본 발명의 폴리펩타이드와 공지된 클라미디아 항원을 포함하는 융합 단백질 및 이러한 융합 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 클라미디아 단백질과 특이적으로 결합하는 폴리클로날 및 모노클로날 항체 또는 이의 항원-결합 단편 및 (b) 생리학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다. 다른 관점으로서, 본 발명은 본원에 기술된 하나 이상의 클라미디아 폴리펩타이드 또는 이러한 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 분자 및 생리학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다. 또한, 본 발명은, 상기 폴리펩타이드를 암호화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 및 본원에 정의된 면역자극제를 포함하는 백신과 함께, 하나 이상의 상기된 폴리펩타이드 및 본원에 정의된 면역자극제를 포함하는 예방 및 치료용 백신을 제공한다.
또 다른 관점으로서, 유효량의 하나 이상의 상기 약제학적 조성물 또는 백신을 환자에게 투여함을 포함하여, 환자에게 보호 면역성을 유도하는 방법이 제공된다.
또 다른 관점으로서, 클라미디아 감염 환자를 치료하는 방법이 제공되는데, 이 방법은 환자로부터 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)를 채취하고, PBMC를 본 발명의 폴리펩타이드(또는 이러한 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드)와 함께 항온배양(incubation)하여 항온배양된 T 세포를 제공하며, 항온배양된 T 세포를 환자에게 투여함을 포함한다. 부가적으로, 본 발명은 항원-제시 세포를 본 발명의 폴리펩타이드(또는 이러한 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드)와 함께 항온배양하여 항온배양된 항원-제시 세포를 제공하며, 항온배양된 항원-제시 세포를 환자에게 투여함을 포함하여 클라미디아 감염을 치료하는 방법을 제공한다. 증식된 세포는 반드시 그럴 필요는 없지만 환자에게 투여하기 전에 클로닝될 수 있다. 특정 양태로서, 항원-제시 세포는 수지상 세포, 대식세포, 단핵세포, B-세포 및 섬유아세포로 이루어진 그룹중에서 선택된다. 또한, 본 발명의 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드와 함께 항온배양된 T 세포 또는 항원-제시 세포를 포함하는 클라미디아 감염 치료용 조성물이 제공된다. 연관된 관점으로서, (a) 상기된 폴리펩타이드를 발현하는 항원-제시 세포 및 (b) 면역자극제를 포함하는 백신이 제공된다.
다른 관점으로서, 본 발명은, 생물학적 샘플로부터 단백질을 발현하는 세포를 제거하기에 충분한 조건 및 시간하에, 클라미디아 단백질과 특이적으로 반응하는 T 세포와 생물학적 샘플을 접촉시킴을 포함하여, 생물학적 샘플로부터 클라미디아-감염된 세포를 제거하는 방법을 제공한다.
연관된 관점으로서, 상기된 바와 같이 처리된 생물학적 샘플을 환자에게 투여함을 포함하여, 환자에게서 클라미디아 감염의 진행을 억제하는 방법이 제공된다. 본 발명의 추가의 관점으로서, 환자에게서 클라미디아 감염을 탐지하기 위한 방법 및 진단 키트가 제공된다. 한 가지 양태로서, 이 방법은 (a) 생물학적 샘플을 본원에 기술된 폴리펩타이드 또는 융합 단백질의 하나 이상과 접촉시키고 (b) 폴리펩타이드 또는 융합 단백질과 결합하는 결합제의 존재를 샘플중에서 탐지함으로써 생물학적 샘플중의 클라미디아 감염을 탐지함을 포함한다. 적합한 생물학적 샘플로서는 전혈, 객담, 혈청, 혈장, 타액, 뇌척수액 및 뇨가 포함된다. 한 가지 양태로서, 진단 키트는 본원에 기술된 하나 이상의 폴리펩타이드 또는 융합 단백질을 검출 시약과 함께 포함한다. 또 다른 양태로서, 진단 키트는 본 발명의 폴리펩타이드와 결합하는 모노클로날 항체 또는 폴리클로날 항체를 포함한다.
또한, 본 발명은 (a) 환자로부터 생물학적 샘플을 채취하고, (b) 샘플을 중합효소 연쇄 반응에서의 두 개 이상의 올리고뉴클레오타이드 프라이머(당해 올리고뉴클레오타이드 프라이머의 하나 이상은 본원에 기술된 폴리뉴클레오타이드 서열에 대해 특이적이다)와 접촉시키며, (c) 올리고뉴클레오타이드 프라이머의 존재하에 증폭하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 샘플중에서 검출함을 포함하여, 클라미디아 감염을 탐지하는 방법을 제공한다. 한 가지 양태로서, 올리고뉴클레오타이드 프로브는 본원에 기술된 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이와 하이브리드를 형성하는 서열중 약 10개 이상의 연속 뉴클레오타이드를 포함한다.
또 다른 관점으로서, 본 발명은 (a) 환자로부터 생물학적 샘플을 채취하고, (b) 본원에 기술된 폴리뉴클레오타이드 서열에 대해 특이적인 올리고뉴클레오타이드 프로브와 샘플을 접촉시키며, (c) 올리고뉴클레오타이드 프로브와 하이브리드를 형성하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 샘플중에서 검출함을 포함하여, 환자에게서 클라미디아 감염을 탐지하는 방법을 제공한다. 한 가지 양태로서, 올리고뉴클레오타이드 프로브는 본원에 기술된 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 이와 하이브리드를 형성하는 서열중 약 15개 이상의 연속 뉴클레오타이드를 포함한다.
본 발명의 이러한 관점 및 기타 관점은 이하의 상세한 설명을 참고로 할 때 명백할 것이다. 본원에 기술된 모든 참고 문헌은 이들의 각 전체 내용이 본원에 참고로 원용된다.
서열 동정 목록
서열 1은 클라미디아 트라코마티스 클론 1-B1-66에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 2는 클라미디아 트라코마티스 클론 4-D7-28에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 3은 클라미디아 트라코마티스 클론 3-G3-10에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 4는 클라미디아 트라코마티스 클론 10-C10-31에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 5는 1-B1-66에 대한 추정 아미노산 서열이다.
서열 6은 4-D7-28에 대한 추정 아미노산 서열이다.
서열 7은 3-G3-10에 대한 제1 추정 아미노산 서열이다.
서열 8은 3-G3-10에 대한 제2 추정 아미노산 서열이다.
서열 9는 3-G3-10에 대한 제3 추정 아미노산 서열이다.
서열 10은 3-G3-10에 대한 제4 추정 아미노산 서열이다.
서열 11은 3-G3-10에 대한 제5 추정 아미노산 서열이다.
서열 12는 10-C10-31에 대한 추정 아미노산 서열이다.
서열 13은 합성 펩타이드 1-B1-66/48-67의 아미노산 서열이다.
서열 14는 합성 펩타이드 1-B1-66/58-77의 아미노산 서열이다.
서열 15는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 LGV II 클론 2C7-8에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 16은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 D로부터의 제1 추정 개방형 판독 프레임에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 17은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 D로부터의 제1 추정 개방형 판독 프레임에 의해 암호화된 추정 아미노산 서열이다.
서열 18은 합성 펩타이드 CtC7.8-12의 아미노산 서열이다.
서열 19는 합성 펩타이드 CtC7.8-13의 아미노산 서열이다.
서열 20은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 D로부터의 제2 추정 개방형 판독 프레임에 의해 암호화된 추정 아미노산 서열이다.
서열 21은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 클론 4C9-18에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 22는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 리포아미드 데하이드로게나제와 상동성인 결정된 DNA 서열이다.
서열 23은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 가정 단백질과 상동성인 결정된 DNA 서열이다.
서열 24는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 유비퀴논 메틸트랜스퍼라제와 상동성인 결정된 DNA 서열이다.
서열 25는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 클론 4C9-18#2 BL21 pLysS에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 26은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 4C9-18#2에 대해 추정된 아미노산 서열이다.
서열 27은 클라미디아 뉴모니아 균주 TWAR로부터의 Cp-SWIB에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 28은 클라미디아 뉴모니아 균주 TWAR로부터의 Cp-SWIB에 대해 추정된 아미노산 서열이다.
서열 29는 클라미디아 뉴모니아 균주 TWAR로부터의 Cp-S13에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 30은 클라미디아 뉴모니아 균주 TWAR로부터의 Cp-S13에 대해 추정된 아미노산 서열이다.
서열 31은 CtC7.8-12 및 CtC7.8-13으로부터의 10량체 컨센서스(consensus) 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 32는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 클론 2C7-8에 대해 추정된 아미노산 서열이다.
서열 33은 클론 2C7-8과 상동성을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 D로부터의 클론의 결정된 DNA 서열이다.
서열 34는 서열 33의 서열에 의해 암호화된 추정 아미노산 서열이다.
서열 35는 클라미디아 뉴모니아로부터의 C.p. SWIB Nde (5' 프라이머)에 대한 DNA 서열이다.
서열 36은 클라미디아 뉴모니아로부터의 C.p. SWIB EcoRI (3' 프라이머)에 대한 DNA 서열이다.
서열 37은 클라미디아 뉴모니아로부터의 C.p. S13 Nde (5' 프라이머)에 대한 DNA 서열이다.
서열 38은 클라미디아 뉴모니아로부터의 C.p. S13 EcoRI (3' 프라이머)에 대한 DNA 서열이다.
서열 39는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 CtSwib 52-67 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 40은 클라미디아 뉴모니아로부터의 CpSwib 53-68 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 41은 사람 SWI 도메인으로부터의 HuSwib 288-302 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 42는 클라미디아 트라코마티스의 토포이소머라제-SWIB 융합물로부터의 CpSWI-T 822-837 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 43은 클라미디아 뉴모니아의 토포이소머라제-SWIB 융합물로부터의 CtSWI-T 828-842 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 44는 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19783.3,jen.seq(1>509)CTL2#11-3'에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 45는 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19783.4,jen.seq(1>481)CTL2#11-5'에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 46은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19784CTL2_12컨센서스.seq(1>427)CTL2#12에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 47는 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19785.4,jen.seq(1>600)CTL2#16-5'에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 48은 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19786.3,jen.seq(1>600)CTL2#18-3'에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 49는 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19786.4,jen.seq(1>600)CTL2#18-5'에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 50은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19788CTL2_21컨센서스.seq(1>406)CTL2#21에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 51은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19790CTL2_23컨센서스.seq(1>602)CTL2#23에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 52는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19791CTL2_24컨센서스.seq(1>145)CTL2#24에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 53은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CTL2#4에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 54는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CTL2#8b에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 55는 리포아미드 데하이드로게나제 유전자 CT557과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 15-G1-89에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 56은 티올 특이적 산화방지 유전자 CT603과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 14-H1-4에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 57은 가정 단백질 CT622와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 12-G3-83에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 58은 리포아미드 데하이드로게나제 유전자 CT557과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 12-B3-95에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 59는 dnaK 유전자 CT396과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 11-H4-28에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 60은 PGP6-D 독성 단백질 및 L1 리보좀 유전자 CT318과 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 11-H3-68에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 61은 말레이트 데하이드로게나제 유전자 CT376 및 글리코겐 하이드롤라제 유전자 CT042와 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 11-G1-34에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 62는 가정 단백질 CT610과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 11-G10-46에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 63은 OMP2 유전자 CT443과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 11-C12-91에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 64는 HAD 상위계열 유전자 CT103과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 11-A3-93에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 65는 티올 특이적 산화방지 유전자 CT603과 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 14-H1-4에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 66은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2#9에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 67은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2#7에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 68은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2#6에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 69는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2#5에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 70은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2#2에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 71은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2#1에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 72는 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 23509.2CtL2#3-5'에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 73은 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 23509.1CtL2#3-3'에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 74는 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 22121.2CtL2#10-5'에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 75는 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 22121.1CtL2#10-3'에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 76은 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19787.6CtL2#19-5'에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 77은 클라미디아 뉴모니아 LGV II 클론 CpS13-His에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 78은 클라미디아 뉴모니아 LGV II 클론 Cp_SWIB-His에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 79는 L11, L10 및 L1 리보좀 단백질과 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 23-G7-68에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 80은 pmpC 유전자와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 22-F8-91에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 81은 CT610-CT613 유전자와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 21-E8-95에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 82는 CT858 및 recA 유전자와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19-F12-57에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 83은 글루타밀 tRNA 신테타제를 암호화하는 CT445 유전자와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19-F12-53에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 84는 잠재(cryptic) 플라스미드 유전자와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 19-A5-54에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 85는 OppC 2 및 pmpD 유전자와 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 17-E11-72에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 86은 CT857 및 CT858 개방형 판독 프레임과 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 17-C1-77에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 87은 pmpD 및 SycE 유전자 및 CT089 ORF와 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 15-H2-76에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 88은 CT858 ORF와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 15-A3-26에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 89는 클라미디아 뉴모니아 클론 Cp_SWIB-His에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 90은 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2_LPDA_FL에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 91은 클라미디아 뉴모니아 클론 CpS13-His에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 92는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 CtL2_TSA_FL에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 93은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 Ct-Swib 43-61 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 94는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 Ct-Swib 48-67 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 95는 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 Ct-Swib 52-71 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 96은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 Ct-Swib 58-77 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 97은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 Ct-Swib 63-82 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 98은 클라미디아 트라코마티스 LGV II로부터의 Ct-Swib 51-66 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 99는 클라미디아 뉴모니아로부터의 Cp-Swib 52-67 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 100은 클라미디아 뉴모니아로부터의 Cp-Swib 37-51 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 101은 클라미디아 뉴모니아로부터의 Ct-Swib 32-51 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 102는 클라미디아 뉴모니아로부터의 Cp-Swib 37-56 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 103은 클라미디아 트라코마티스로부터의 Ct-Swib 36-50 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 104는 클라미디아 트라코마티스로부터의 Ct-S13 46-65 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 105는 클라미디아 트라코마티스로부터의 Ct-S13 60-80 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 106은 클라미디아 트라코마티스로부터의 Ct-S13 1-20 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 107은 클라미디아 트라코마티스로부터의 Ct-S13 46-65 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 108은 클라미디아 트라코마티스로부터의 Ct-S13 56-75 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 109는 클라미디아 뉴모니아로부터의 Cp-S13 56-75 펩타이드에 대한 아미노산 서열이다.
서열 110은 가정 단백질 CT875, CT229 및 CT228에 대한 부분 개방형 판독 프레임을 함유하는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 21-G12-60에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 111은 GroEL의 CT110 ORF와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 22-B3-53에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 112는 CT660 및 CT659 ORF와 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 22-A1-49에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 113은 CT611 및 CT610 ORF와 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 17-E2-9에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 114는 CT858 ORF와 부분 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 17-C10-31에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 115는 dnaK-유사 유전자와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 21-C7-66에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 116은 pmpB 유전자 CT413의 일부를 함유하는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 20-G3-45에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 117은 S1 리보좀 단백질 ORF와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 18-C5-2에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 118은 CT431 및 CT430에 대한 ORF의 일부를 함유하는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 17-C5-19에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 119는 포유류 세포내에서의 성장을 위한 플라스미드의 ORF3 및 ORF4의 부분 서열을 함유하는 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 16-D4-22에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 120은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 LGV II Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 121은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 LGV II Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 122는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 E Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 123은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 E Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 124는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 1A Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 125는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 1A Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 126는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 G Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 127은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 G Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 128은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 F1 NII Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 129는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 F1 NII Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 130은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L1 Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 131은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L1 Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 132는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L3 Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 133은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L3 Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 134는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 Ba Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 135는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 Ba Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 136은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 MOPN Cap1 유전자 CT529에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 137은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 MOPN Cap1 유전자 CT529에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 138은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #124-139에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 139는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #132-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 140은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #138-155에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 141은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #146-163에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 142는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #154-171에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 143은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #162-178에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 144는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #138-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 145는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #139-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 146은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #140-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 147은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #138-146에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 148은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #138-145에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 149는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 #F140->I에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 150은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 # #S139>Ga에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 151은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 Cap1 CT529 ORF 펩타이드 # #S139>Gb에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 152는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 216aa ORF의 펩타이드 #2C7.8-6에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 153은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 펩타이드 #2C7.8-7에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 154는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 216aa ORF의 펩타이드 #2C7.8-8에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 155는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 216aa ORF의 펩타이드 #2C7.8-9에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 156는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 216aa ORF의 펩타이드 #2C7.8-10에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 157은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 클론 2C7.8내 216aa ORF의 53개 아미노산 잔기 펩타이드에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 158은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2의 클론 2C7.8내 CT529 ORF의 52개 아미노산 잔기 펩타이드에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 159는 전체 길이 CT529 혈청형 L2를 클로닝하기 위한 5'(정방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 160은 전체 길이 CT529 혈청형 L2를 클로닝하기 위한 5'(역방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 161은 L2 및 MOPN 이외의 혈청형에 대한 전체 길이 CT529를 클로닝하기 위한 5'(정방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 162는 L2 및 MOPN 이외의 전체 길이 CT529 혈청형을 클로닝하기 위한 5'(역방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 163은 전체 길이 CT529 혈청형 MOPN을 클로닝하기 위한 5'(정방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 164는 전체 길이 CT529 혈청형 MOPN을 클로닝하기 위한 5'(역방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 165는 pBIB-KS에 대한 5'(정방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 166은 pBIB-KS에 대한 5'(역방향) 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 167은 혈청형 L2로부터의 9량체 에피토프 펩타이드 Cap1#139-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 168은 혈청형 D로부터의 9량체 에피토프 펩타이드 Cap1#139-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 169는 클라미디아 트라코마티스 pmpI 유전자에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 170은 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 171은 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 172는 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 173은 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 174는 클라미디아 트라코마티스 pmpB 유전자에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 175는 클라미디아 트라코마티스 pmpI 유전자에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 176은 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 177은 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 178은 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 179는 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 180은 클라미디아 트라코마티스 pmpB 유전자에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 181은 클라미디아 트라코마티스 pmpI 유전자에 대해 시그날 서열을 제외하고 결정된 DNA 서열이다.
서열 182는 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자에 대한 연속적으로 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 183은 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자에 대해 시그날 서열을 제외하고 결정된 DNA 서열이다.
서열 184는 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자에 대해 카르복시 말단을 나타내는 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 185는 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자에 대해 시그날 서열을 제외한 아미노 말단을 나타내는 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 186은 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자에 대해 카르복시 말단을 나타내는 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 187은 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자에 대해 시그날 서열을 제외한 아미노 말단을 나타내는 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 188은 Ra12와의 융합 분자에서 클라미디아 뉴모니아 혈청형 MOMPS pmp 유전자를 나타내는 결정된 DNA 서열이다.
서열 189는 클라미디아 트라코마티스 pmpI 유전자에 대한 시그날 서열을 제외한 추정 아미노산 서열이다.
서열 190은 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자에 대한 연속 추정 아미노산 서열이다.
서열 191은 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자에 대한 시그날 서열을 제외한 추정 아미노산 서열이다.
서열 192는 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자에 대한 카르복시 말단을 나타내는 제1의 추정 아미노산 서열이다.
서열 193은 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자에 대한 시그날 서열을 제외한 아미노 말단을 나타내는 제2의 추정 아미노산 서열이다.
서열 194는 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자에 대한 카르복시 말단을 나타내는 제1의 추정 아미노산 서열이다.
서열 195는 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자에 대한 아미노 말단을 나타내는 제2의 추정 아미노산 서열이다.
서열 196은 Ra12와의 융합 분자에서 클라미디아 뉴모니아 혈청형 MOMPS pmp 유전자를 나타내는 추정 아미노산 서열이다.
서열 197은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 198은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 199는 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자를 클로닝하기 위한 삽입 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 200은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 201은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 202는 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자를 클로닝하기 위한 삽입 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 203은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 204는 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 205는 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 206은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 207은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자의 아미노 말단 부분을 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 208은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자의 아미노 말단 부분을 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 209는 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자의 카르복시 말단 부분을 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 210은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpC 유전자의 카르복시 말단 부분을 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 211은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자의 아미노 말단 부분을 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 212는 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자의 아미노 말단 부분을 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 213은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자의 카르복시 말단 부분을 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 214는 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpD 유전자의 카르복시 말단 부분을 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 215는 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 216은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 217은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자를 클로닝하기 위한 삽입 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 218은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpE 유전자를 클로닝하기 위한 삽입 서열에 대한 아미노산 서열이다.
서열 219는 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 220은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 221은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpG 유전자를 클로닝하기 위한 삽입 서열에 대한 아미노산 서열이다.
서열 222는 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpI 유전자를 클로닝하기 위한 5' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 223은 pET17b 벡터에 클라미디아 트라코마티스 pmpI 유전자를 클로닝하기 위한 3' 올리고 프라이머에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 224는 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 1-20에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 225는 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 6-25에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 226은 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 12-31에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 227은 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 17-36에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 228은 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 22-41에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 229는 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 27-46에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 230은 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 42-61에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 231은 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 46-65에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 232는 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 51-70에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 233은 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 56-75에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 234는 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 61-80에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 235는 클라미디아 뉴모니아 Swib 펩타이드 66-87에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 236은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 103-122에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 237은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 108-127에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 238은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 113-132에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 239는 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 118-137에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 240은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 123-143에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 241은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 128-147에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 242는 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 133-152에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 243은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 137-156에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 244는 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 142-161에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 245는 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 147-166에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 246은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 152-171에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 247은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 157-176에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 248은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 162-181에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 249는 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 167-186에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 250은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 171-190에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 251은 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 171-186에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 252는 클라미디아 트라코마티스 OMCB 펩타이드 175-186에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 253은 클라미디아 뉴모니아 OMCB 펩타이드 185-198에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 254는 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 96-115에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 255는 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 101-120에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 256은 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 106-125에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 257은 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 111-130에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 258은 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 116-135에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 259는 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 121-140에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 260은 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 126-145에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 261은 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 131-150에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 262는 클라미디아 트라코마티스 TSA 펩타이드 136-155에 대해 결정된 아미노산 서열이다.
서열 263은 클라미디아 트라코마티스 CT529/Cap 1 유전자 혈청형 I에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 264는 클라미디아 트라코마티스 CT529/Cap 1 유전자 혈청형 I에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 265는 클라미디아 트라코마티스 CT529/Cap 1 유전자 혈청형 K에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 266은 클라미디아 트라코마티스 CT529/Cap 1 유전자 혈청형 K에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 267은 serD내의 DNA-의존성 RNA 폴리머라제 베타 아단위-CT315의 ORF의 일부와 상동성을 갖는 클라미디아 트라코마티스 클론 17-G4-36에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 268은 클론 2E10에서 클라미디아 트라코마티스 CT016 유전자의 부분 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 269는 클론 2E10에서 클라미디아 트라코마티스 tRNA 신타제 유전자의 부분 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 270은 클론 2E10에서 클라미디아 트라코마티스 clpX 유전자의 부분 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 271은 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-30에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 272는 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-30에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 273은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-28에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 274는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-27에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 275는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-26에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 276은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-24에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 277은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-23에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 278은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-21에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 279는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-18에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 280은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-17에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 281은 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-15에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 282는 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-15에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 283은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-13에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 284는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-10에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 285는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-8에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 286은 5' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-6에 대한 제1의 결정된 DNA 서열이다.
서열 287은 3' 말단을 나타내는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-6에 대한 제2의 결정된 DNA 서열이다.
서열 288은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-5에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 289는 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-2에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 290은 클라미디아 트라코마티스 클론 CtL2gam-1에 대해 결정된 DNA 서열이다.
서열 291은 CT529 유전자의 클라미디아 뉴모니아 상동체에 대해 결정된 전체 길이 DNA 서열이다.
서열 292는 CT529 유전자의 클라미디아 뉴모니아 상동체에 대한 추정 전체 길이 아미노산 서열이다.
서열 293은 SKB 백신 벡터에 클라미디아 pmpG 유전자를 클로닝하기 위한 삽입 서열에 대해 결정된 DNA 서열이다.
본 발명에 따라, 클라미디아 항원 및 이의 하나 이상의 항원성 부분을 함유하는 폴리펩타이드 및 이러한 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열이 제공된다. 또한, 이들을 포함하는 클라미디아 감염을 진단 및 치료하기 위한 방법이 제공된다. 또한, 이러한 폴리펩타이드에 대해 유도된 항체와 함께, 이러한 폴리펩타이드 또는 DNA 서열을 포함하는 약제학적 조성물 및 백신이 제공된다.
도 1은 클론 4C9-18#2를 발현하는 표적 세포에 의해 활성화된 클라미디아-특이적 T 세포주로부터 INF-γ의 유도를 도해한 것이다.
도 2는 Kosak 해독 개시 부위 및 종결 코돈을 함유하도록 변형된 레트로바이러스 벡터 pBIB-KS1,2,3을 도해한 것이다.
도 3은 클라미디아 펩타이드 CtC7.8-12(서열 18) 및 CtC7.8-13(서열 19)로 펄스처리된 P815 세포의 크롬 방출 검정에서의 특이적 용해를 보여준다.
도 4는 클라미디아 트라코마티스 SWIB 단백질로 면역화된 C57B1/6 마우스에서의 항체 이소타입 역가를 보여준다.
도 5는 클라미디아 트라코마티스 SWIB 단백질로 면역화된 C3H 마우스로부터의 비장세포에서의 클라미디아-특이적 T-세포 증식 반응을 보여준다.
도 6은 클라미디아 뉴모니아로부터 SWIB 및 S13 유전자를 분리하는데 사용된 클라미디아 뉴모니아로부터 고안된 5' 및 3' 프라이머 서열을 도해한 것이다.
도 7A 및 7B는 클라미디아 단백질을 발현하는 단핵세포-유래된 수지상 세포에 의한 활성화시, 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아와 교차 반응할 수 있는 사람 항-클라미디아 T-세포주(TCL-8)로부터 IFN-γ의 유도를 보여준다.
도 8은 T-세포주 TCL 8 EB/DC를 이용한, 클라미디아 리보좀 S13 단백질내 T 세포 에피토프의 동정을 보여준다.
도 9는 클라미디아 트라코마티스 SWIB 단백질에 대한 것이 아닌, 재조합 클라미디아 뉴모니아-SWIB 단백질에 대한 클라미디아 뉴모니아-감염된 수지상 세포에 대해 발생된 CP-21 T-세포의 증식 반응을 도해한 것이다.
도 10은 무증상의 공여자로부터의 일차 T-세포주(TCT-10 EB)의 클라미디아 트라코마티스-특이적 SWIB 증식 반응을 보여준다.
도 11은 항원-특이적 T-세포주(TCL-10 EB)를 이용한, 클라미디아 트라코마티스 SWIB내 T-세포 에피토프의 동정을 도해한 것이다.
도 2는 Kosak 해독 개시 부위 및 종결 코돈을 함유하도록 변형된 레트로바이러스 벡터 pBIB-KS1,2,3을 도해한 것이다.
도 3은 클라미디아 펩타이드 CtC7.8-12(서열 18) 및 CtC7.8-13(서열 19)로 펄스처리된 P815 세포의 크롬 방출 검정에서의 특이적 용해를 보여준다.
도 4는 클라미디아 트라코마티스 SWIB 단백질로 면역화된 C57B1/6 마우스에서의 항체 이소타입 역가를 보여준다.
도 5는 클라미디아 트라코마티스 SWIB 단백질로 면역화된 C3H 마우스로부터의 비장세포에서의 클라미디아-특이적 T-세포 증식 반응을 보여준다.
도 6은 클라미디아 뉴모니아로부터 SWIB 및 S13 유전자를 분리하는데 사용된 클라미디아 뉴모니아로부터 고안된 5' 및 3' 프라이머 서열을 도해한 것이다.
도 7A 및 7B는 클라미디아 단백질을 발현하는 단핵세포-유래된 수지상 세포에 의한 활성화시, 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아와 교차 반응할 수 있는 사람 항-클라미디아 T-세포주(TCL-8)로부터 IFN-γ의 유도를 보여준다.
도 8은 T-세포주 TCL 8 EB/DC를 이용한, 클라미디아 리보좀 S13 단백질내 T 세포 에피토프의 동정을 보여준다.
도 9는 클라미디아 트라코마티스 SWIB 단백질에 대한 것이 아닌, 재조합 클라미디아 뉴모니아-SWIB 단백질에 대한 클라미디아 뉴모니아-감염된 수지상 세포에 대해 발생된 CP-21 T-세포의 증식 반응을 도해한 것이다.
도 10은 무증상의 공여자로부터의 일차 T-세포주(TCT-10 EB)의 클라미디아 트라코마티스-특이적 SWIB 증식 반응을 보여준다.
도 11은 항원-특이적 T-세포주(TCL-10 EB)를 이용한, 클라미디아 트라코마티스 SWIB내 T-세포 에피토프의 동정을 도해한 것이다.
상기 주지된 바와 같이, 본 발명은 일반적으로 클라미디아 감염의 진단 및 치료를 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다. 한 가지 관점으로서, 본 발명의 조성물은 클라미디아 항원의 면역원성 부분 또는 이의 변이체의 하나 이상을 포함하는 폴리펩타이드를 포함한다.
특이적 양태로서, 본 발명은 (a) 서열 1, 15, 21-25, 44-64, 66-76, 79-88, 110-119, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 169-174, 181-188, 263, 265 및 267-290로 기술된 뉴클레오타이드 서열, (b) 상기 뉴클레오타이드 서열의 상보서열 및 (c) 상기 서열의 변이체로 이루어진 그룹중에서 선택된 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드 분자에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는 클라미디아 항원의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 기술하고 있다.
본원에 사용된 용어 "폴리펩타이드"는 전체 길이 단백질(즉, 항원)을 포함하고 아미노산 잔기가 공유 펩타이드 결합에 의해 연결되어 있는 임의의 길이의 아미노산 쇄를 의미한다. 따라서, 본 발명의 항원중 하나의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드는 전적으로 면역원성 부분으로 이루어지거나, 추가의 서열을 함유할 수 있다. 추가의 서열이 천연 클라미디아 항원으로부터 유래되거나 이종성일 수 있으며, 이러한 서열은 반드시 그러한 것은 아니지만 면역원성일 수 있다.
본원에 사용된 용어 "폴리뉴클레오타이드(들)"는 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드 염기의 일본쇄 또는 이본쇄 중합체를 의미하며, 센스 및 안티센스 본쇄에 상관없이 HnRNA 및 mRNA 분자를 포함하여 DNA 및 상응하는 RNA 분자를 포함하고, cDNA, 게놈 DNA 및 재조합 DNA는 물론 완전히 또는 부분적으로 합성된 폴리뉴클레오타이드를 포괄한다. HnRNA 분자는 인트론을 함유하며 일반적으로 일대일 방식으로 DNA 분자에 상응한다. mRNA 분자는 인트론이 제거된 HnRNA 및 DNA 분자에 상응한다. 폴리뉴클레오타이드는 전체 유전자 또는 이의 임의의 부분으로 이루어질 수 있다. 작동가능한 안티-센스 폴리뉴클레오타이드는 상응하는 폴리뉴클레오타이드의 단편을 포함할 수 있으며, 이에 따라 "폴리뉴클레오타이드"의 정의는 이러한 모든 작동가능한 안티-센스 단편을 포함한다.
항원의 "면역원성 부분"은 클라미디아-감염된 개체로부터 채취된 혈청과 반응할 수 있는(즉, 본원에 기술된 대표적인 ELISA 검정에서 감염되지 않은 개체로부터의 혈청에 의해 수득된 흡광도 이상으로 3회 이상 표준 편차를 보이는 감염된 개체로부터의 혈청에 의한 흡광도 판독을 유발하는) 부분이다. 이와 같은 면역원성 부분은 일반적으로 약 5개 이상의 아미노산 잔기, 더욱 바람직하게는 약 10개 이상의 아미노산 잔기, 가장 바람직하게는 약 20개 이상의 아미노산 잔기를 포함한다. 공지된 서열의 항원의 면역원성 부분을 제조하고 동정하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며 문헌[Paul, Fundamental Immunology, 3rd ed., Raven Press, 1993, pp. 243-247]에 요약되어 있는 방법을 포함한다. 상기 문헌의 내용은 본원에 참고로 원용된다. 이와 같은 기술은 항원-특이적 항체, 항혈청 및/또는 T-세포주 또는 클론과 반응할 수 있는 능력에 대해 폴리펩타이드를 스크리닝하는 것을 포함한다. 본원에 사용된 항혈청 및 항체는 이들이 항원과 특이적으로 결합한다면(즉, 이들이 ELISA 또는 다른 면역검정에서 단백질과 반응하고 무관한 단백질과 검출될 정도로 반응하지 않는다면) "항원-특이적"이다. 이러한 항혈청 및 항체는 본원에 기술된 바와 같이 제조하거나 널리 알려진 기술을 사용하여 제조할 수 있다. 천연 클라미디아 단백질의 면역원성 부분은 (예, ELISA 및/또는 T-세포 반응성 검정에서) 상기 항혈청 및/또는 T-세포와 전체 길이 폴리펩타이드의 반응성보다 실질적으로 낮지 않은 수준으로 반응하는 부분이다. 이러한 면역원성 부분은 상기 검정에서 전체 길이 폴리펩타이드의 반응성과 유사하거나 그 이상인 수준으로 반응할 수 있다. 이와 같은 스크리닝은 일반적으로 당업자에게 잘 알려져 있는 방법, 예를 들면 문헌[Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988]에 기술된 방법을 사용하여 실시할 수 있다. 예를 들면, 폴리펩타이드를 고체 지지체상에 고정하고 환자의 혈청과 접촉시켜 혈청내의 항체가 고정된 폴리펩타이드와 결합되도록 할 수 있다. 그런 다음 미결합된 혈청을 제거하고 결합된 항체를 예를 들면 125I-표지된 단백질 A를 사용하여 검출할 수 있다.
본 발명에 따른 항원의 면역원성 부분의 예로는 서열 9, 10, 18, 19, 31, 39, 93-96, 98, 100-102, 106, 108, 138-140, 158, 167, 168, 246, 247 및 254-256으로 기술된 T 세포 자극 에피토프를 들 수 있다. 본원에 기술된 하나 이상의 클라미디아 항원중 적어도 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 일반적으로 단독으로 또는 함께 사용하여 환자의 클라미디아 감염을 탐지할 수 있다.
또한, 본 발명의 조성물 및 방법은 상기 폴리펩타이드 및 폴리뉴클레오타이드 분자의 변이체를 포함한다. 이러한 변이체는 이들로 한정되는 것은 아니지만 본 발명 서열의 천연 대립형질 변이체를 포함한다. 특히, 변이체는 혈청형 D, E 및 F와 같은 다른 클라미디아 혈청형 뿐만 아니라 본원에 기술된 본 발명의 폴리펩타이드 및 폴리뉴클레오타이드 분자와 상동성을 갖는 수개의 LGV 혈청형을 포함한다. 바람직하게는, 혈청형 상동체는 본원에 기술된 상응하는 폴리펩타이드 서열과 95 내지 99%의 상동성을 나타낸다.
본원에 사용된 폴리펩타이드 "변이체"는 상기된 폴리펩타이드와 단지 보존성 치환 및/또는 변형에서 상이하여 폴리펩타이드의 항원 특성이 유지되는 폴리펩타이드이다. 바람직한 양태로서, 변이 폴리펩타이드는 5개 이하의 아미노산이 치환, 결실 또는 부가되어 상기된 서열과 상이하다. 이러한 변이체는 일반적으로 상기 폴리펩타이드 서열중 하나를 변형시키고, 예를 들면 본원에 기술된 대표적인 방법을 이용하여 변형된 폴리펩타이드의 항원 특성을 평가함으로써 동정할 수 있다. 달리 말해서, 변이체가 항원-특이적 항혈청과 반응하는 능력은 천연 단백질에 비해 증가되거나 불변일 수 있거나, 천연 단백질에 비해 50% 미만, 바람직하게는 20% 미만까지 감소될 수 있다. 이러한 변이체는 일반적으로 상기 폴리펩타이드 서열중 하나를 변형시키고, 변형된 폴리펩타이드와 항원-특이적 항체 또는 항혈청과의 반응성을 본원에 기술된 바와 같이 평가함으로써 동정할 수 있다. 바람직한 변이체로는 N-말단 리더 서열 또는 막관통(transmembrane) 도메인과 같은 부분이 하나 이상 제거된 변이체가 포함된다. 다른 바람직한 변이체로는 적은 부분(예, 1 내지 30개 아미노산, 바람직하게는 5 내지 15개 아미노산)이 성숙 단백질의 N- 및/또는 C-말단으로부터 제거된 변이체가 포함된다. 폴리펩타이드 변이체는 바람직하게는 본 발명의 폴리펩타이드와 약 70% 이상, 더욱 바람직하게는 약 90% 이상, 가장 바람직하게는 약 95% 이상의 동일성(하기된 바와 같이 결정됨)을 나타낸다.
본원에 사용된 "보존성 치환"은 아미노산이 유사한 특성을 갖는 다른 아미노산으로 치환되어 펩타이드 화학분야의 당업자가 폴리펩타이드의 이차 구조 및 수치료성이 실질적으로 변하지 않을 것으로 예상할 수 있는 치환이다. 아미노산 치환은 일반적으로 잔기의 극성, 하전, 용해성, 소수성, 친수성 및/또는 양쪽성에서의 유사성을 기준으로 이루어질 수 있다. 예를 들면, 음하전된 아미노산으로는 아스파트산 및 글루탐산이 포함되고, 양하전된 아미노산으로는 라이신 및 아르기닌이 포함되며, 유사한 친수성 값을 갖는 하전되지 않은 극성 헤드 그룹을 갖는 아미노산으로는 류신, 이소류신 및 발린, 글리신 및 알라닌, 아스파라긴 및 글루타민, 및 세린, 트레오닌, 페닐알라닌 및 티로신이 포함된다. 보존성 변화를 나타낼 수 있는 아미노산의 다른 그룹으로는 (1) ala, pro, gly, glu, asp, gln, asn, ser, thr; (2) cys, ser, tyr, thr; (3) val, ile, leu, met, ala, phe; (4) lys, arg, his; 및 (5) phe, tyr, trp, his가 포함된다. 달리, 변이체는 또한 비보존성 변화를 함유할 수 있다. 바람직한 양태로서, 변이체 폴리펩타이드는 5개 이하의 아미노산이 치환, 결실 또는 부가되어 천연 서열과 상이하다. 달리, 변이체는 또한 예를 들면 폴리펩타이드의 면역원성, 이차 구조 및 수치료성에 최소로 영향을 미치는 아미노산의 결실 또는 부가에 의해 변형될 수 있다. 달리, 변이체는 또한 폴리펩타이드의 항원 특성, 이차 구조 및 수치료성에 최소로 영향을 미치는 아미노산의 결실 또는 부가를 포함하는 다른 변형을 함유할 수 있다. 예를 들면, 폴리펩타이드는, 단백질의 이동을 해독과 동시에 또는 해독 후에 유도하는 N-말단의 시그날 (또는 리더) 서열에 접합될 수 있다. 또한, 폴리펩타이드는 이의 합성, 정제 또는 동정을 편리하게 하기 위해 링커 또는 다른 서열(예, 폴리-His)에 접합되거나, 폴리펩타이드의 결합을 증가시키기 위해 고체 지지체에 접합될 수 있다. 예를 들면, 폴리펩타이드는 면역글로불린 Fc 영역에 접합될 수 있다.
폴리뉴클레오타이드 "변이체"는 암호화된 폴리펩타이드의 면역원성이 천연 단백질에 비해 감소하지 않도록 하나 이상의 뉴클레오타이가 결실, 치환 또는 부가된 점에서 상기된 뉴클레오타이드 서열과 상이한 서열이다. 암호화된 폴리펩타이드의 면역원성에 미치는 영향은 일반적으로 본원에 기술된 바와 같이 평가할 수 있다. 이러한 변형은 예를 들면 문헌[Adelman et al., DNA, 2:183, 1983]에 교시된 바와 같이 올리고뉴클레오타이드-지시 부위-특이적 돌연변이유도와 같은 표준 돌연변이유도 기술을 사용하여 쉽게 도입할 수 있다. 뉴클레오타이드 변이체는 하기된 바와 같이 천연 대립형질 변이체이거나 비천연 변이체일 수 있다. 변이체 뉴클레오타이드 서열은 바람직하게는 상기된 서열과 약 70% 이상, 더욱 바람직하게는 약 80% 이상, 가장 바람직하게는 약 90% 이상의 동일성(하기된 바와 같이 측정됨)을 나타낸다.
본 발명에 의해 제공된 폴리펩타이드로는 본원에 특정적으로 기술된 폴리뉴클레오타이드 서열중 하나 이상과 실질적으로 상동성인 폴리뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 변이체가 포함된다. 본원에 사용된 "실질적인 상동성"은 적당히 엄격한 조건하에서 하이브리드를 형성할 수 있는 폴리뉴클레오타이드 서열을 가리킨다. 적합한 적당히 엄격한 조건은 5X SSC, 0.5% SDS, 1.0 mM EDTA (pH 8.0)의 용액중에서 예비세척하고; 50℃-65℃하에 5X SSC에서 밤새 하이브리드화하거나, 교차-종 상동성의 경우에 45℃하에 0.5X SSC에서 하이브리드화한 후; 0.1% SDS를 함유한 2X, 0.5X 및 0.2X SSC로 매회 65℃하에 20분 동안 2회 세척함을 포함한다. 이러한 하이브리드 형성 폴리뉴클레오타이드 서열은 본 발명의 범위에 속하고, 또한 유전암호 축퇴성(degeneracy)으로 인해 본 발명의 폴리펩타이드와 동일한 폴리펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드도 마찬가지이다.
두 개의 뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열은, 양 서열에서 뉴클레오타이드 또는 아미노산 잔기의 서열이 이하에 기술된 바와 같이 최대 상응하게 배열되었을 때 동일한 경우라면 "동일하다" 라고 한다. 두 서열사이의 비교는 전형적으로 비교창에서 양 서열을 비교하여 서열 유사성의 국소 영역을 확인 및 비교하는 방법으로 실시한다. 본원에 사용된 "비교창"은 서열이 연속 위치의 동일한 수의 참조 서열과 양 서열이 최적으로 배열된 후 비교될 수 있는 약 20개 이상의 연속 위치, 보통 30 내지 약 75개, 40 내지 약 50개의 연속 위치의 단편을 가리킨다.
비교를 위한 서열의 최적 배열은 데폴트 변수를 이용하여 바이오인포매틱스 소프트웨어(위스콘신 매디슨 소재 DNASTAR, Inc.)의 Lasergene 세트중의 메갈라인(Megalign) 프로그램으로 실시할 수 있다. 이 프로그램은 다음과 같은 참조 문헌에 기술된 수 가지의 배열안을 구현한다: Dayhoff, M.O. (1978) A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships. In Dayhoff, M.O. (ed.) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington DC Vol. 5, Suppl. 3, pp. 345-358; Hein J. (1990) Unified Approach to Alignment and Phylogenes pp. 626-645 Methods in Enzymology vol. 183, Academic Press, Inc., San Diego, CA; Higgins, D. G. and Sharp, P.M. (1989) Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer CABIOS 5:151-153; Myers, E.W. and Muller W. (1988) Optimal alignments in linear space CABIOS 4:11-17; Robinson, E.D. (1971) Comb. Theor 11:105; Santou, N. Nes. M. (1987) The neighbor joining method. A new method for reconstructing phylogenetic trees Mol. Biol. Evol. 4:406-425; Sneath, P.H.A. and Sokal, R.R. (1973) Numerical Taxanomy - the Principles and Practice of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisco, CA; Wilbur, W.J. and Lipman, D.J. (1983) Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:726-730.
바람직하게는 "서열 동일성의 비율"은 최적으로 배열된 2개의 서열을 20개 이상의 위치의 비교창(비교창에서 폴리뉴클레오타이드 서열의 부분은 두 서열의 최적 배열을 위해 부가 또는 결실을 포함하지 않는 참조 서열과 비교했을 때 20% 이하, 보통 5 내지 15%, 또는 10 내지 12%의 부가 또는 결실(즉, 갭)을 포함할 수 있다)에서 비교함으로써 결정된다. 비율은 양 서열에서 동일한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기가 존재하는 위치의 수를 결정하여 정합된 위치의 수를 얻고, 정합된 위치의 수를 참조 서열내 위치의 총수(즉 창 크기)로 나누고, 이 결과치에 100을 곱하여 서열 동일성의 비율을 얻는 방법으로 산정한다.
또한, 본원에 기술된 뉴클레오타이드 서열을 암호화하는 유전자의 대립형질 또한 본 발명의 범위에 속한다. 본원에 사용된 "대립형질" 또는 대립형질 서열"은 핵산 서열에서 한 개 이상의 돌연변이로부터 발생될 수 있는 또 다른 형태의 유전자이다. 대립형질은 구조 또는 기능이 변형되거나 변형되지 않을 수 있는 변형된 mRNA 또는 폴리펩타이드를 제공할 수 있다. 어떠한 주어진 유전자도 대립형질 형태를 전혀 갖지 않거나 한 개 또는 다수의 대립형질 형태를 가질 수 있다. 대립형질을 일으키는 일반적인 돌연변이에 의한 변화는 일반적으로 뉴클레오타이드의 자연 결실, 부가 또는 치환에 기인한다. 이러한 유형의 변화는 각각 주어진 서열에서 단독으로 또는 다른 유형과 함께 1회 이상 발생할 수 있다. 특정 양태로서, 본 발명은 (a) 서열 1-4, 15, 21-25, 44-64, 66-76 및 79-88로 이루어진 그룹중에서 선택된 폴리뉴클레오타이드 서열, (b) 상기 DNA 서열의 상보서열, 또는 (c) (a) 또는 (b)의 서열과 실질적으로 상동성인 DNA 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열중 하나 이상을 포함하는 클라미디아 항원의 면역원성 부분(또는 이러한 항원의 변이체)을 적어도 포함하는 폴리펩타이드를 제공한다. 하기 실시예에 기술된 바와 같이, 본원에 기술된 클라미디아 항원중 수개는 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 둘다에 감염된 단핵세포-유래된 수지상 세포를 인식하는 T 세포주를 인식하며, 이는 이들 항원이 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아에 공유된 면역반응성 에피토프를 나타낼 수 있다는 것을 암시한다. 따라서, 이들 항원은 클라미디아 트라코마티스 생식기 감염 및 클라미디아 뉴모니아의 감염 모두를 위한 백신에 사용할 수 있다. 교차 반응성의 정도를 결정하기 위한 것으로 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아로부터의 상기 클라미디아 항원에 대한 추가의 특성확인은 실시예 6에 제공되고 있다. 추가로, 실시예 4에는 클라미디아-특이적 쥐 CD8+ T 세포주를 자극할 수 있는 단백질(서열 17-19 및 32)을 암호화하는 클라미디아 트라코마티스로부터 분리된 cDNA 단편(서열 15, 16 및 33)이 기술되어 있다.
일반적으로, 클라미디아 항원 및 이러한 항원을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 여러 방법중 어느 하나를 이용하여 제조할 수 있다. 예를 들면, 클라미디아 항원을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 분자는 하기된 바와 같이 클라미디아-특이적 T 세포주로 스크리닝하여 클라미디아 게놈 또는 cDNA 발현 라이브러리로부터 분리하고, 당업자에게 잘 알려진 기술을 이용하여 서열분석할 수 있다. 추가로, 폴리뉴클레오타이드는 아래에 보다 상세히 기술되어 있는 바와 같이 클라미디아-연관된 발현(즉, 본원에 제공된 대표적인 검정을 사용하여 결정했을 때 대조군과 비교하여 클라미디아-감염된 세포에서 2배 이상 많이 발현됨)에 대한 마이크로배열의 cDNA를 스크리닝함으로써 동정할 수 있다. 이러한 스크리닝은 제조업자의 지침( 및 필수적으로 문헌[Schena et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:10614-10619, 1996 및 Heller et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:2150-2155, 1997]에 기술된 바와 같이)에 따라 신테니(Synteni) 마이크로배열(캘리포니아 팔로 알토)을 이용하여 실시할 수 있다. 다른 방도로서, 폴리펩타이드는 본원에 기술된 단백질을 발현하는 세포로부터 제조된 cDNA로부터 증폭시킬 수 있다. 이러한 폴리뉴클레오타이드는 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 통해 증폭시킬 수 있다. 이 방법을 위해, 서열-특이적 프라이머를 본원에 제공된 서열을 기초로 고안할 수 있으며 이들은 구입하거나 합성할 수 있다.
항원은 하기된 바와 같이 항원을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 발현 벡터내로 삽입하고 적절한 숙주에서 항원을 발현시킴으로써 재조합적으로 제조될 수 있다. 항원은 목적하는 특성, 예를 들면 클라미디아-감염된 개체로부터 채취된 혈청과 반응하는 능력에 대해 본원에 기술된 바와 같이 평가할 수 있으며, 예를 들면 전통적인 에드만(Edman) 화학을 이용하여 서열분석할 수 있다(참조: Edman and Berg, Eur. J. Biochem. 80:116-132, 1967).
항원을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열은 또한 분리된 항원의 부분적인 아미노산 서열로부터 유도된 축퇴성 올리고뉴클레오타이드와 하이브리드를 형성하는 폴리뉴클레오타이드 서열에 대해 적절한 클라미디아 cDNA 또는 게놈 DNA 라이브러리를 스크리닝함으로써 얻을 수 있다. 이러한 스크리닝에 사용하기위한 축퇴성 올리고뉴클레오타이드 서열을 설계하고 합성할 수 있으며, 스크리닝은 예를 들면 문헌[Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY] 및 본원에 인용된 참조 문헌에 기술된 바와 같이 실시할 수 있다. 또한, 당업계에 잘 알려진 방법에 따라 상기 올리고뉴클레오타이드를 사용하여 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 실시하여 cDNA 또는 게놈 라이브러리로부터 핵산 프로브를 분리할 수 있다. 그런 다음 라이브러리 스크리닝을 분리된 프로브를 사용하여 실시할 수 있다.
증폭된 부분을 사용하여 널리 알려진 기술에 따라 적합한 라이브러리(예, 클라미디아 cDNA 라이브러리)로부터 전체 길이 유전자를 분리할 수 있다. 이러한 기술내에서, 증폭에 적합한 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 프로브 또는 프라이머를 사용하여 라이브러리(cDNA 또는 게놈)를 스크리닝한다. 바람직하게는, 라이브러리를 크기별로 선별하여 더 큰 분자를 포함하도록 한다. 또한, 랜덤 프라임된 라이브러리가 유전자의 5' 및 상류 영역을 동정하는데 바람직할 수 있다. 게놈 라이브러리는 인트론을 수득하고 5' 서열을 연장하는데 바람직하다.
하이브리드화 기술의 경우, 부분 서열은 잘 알려진 기술을 사용하여 예를 들면 니크(nick)-해독 또는 32P로의 말단-표지에 의해 표지할 수 있다. 그런 다음 변성된 세균 콜로니를 함유하는 필터(또는 파아지 플라그를 함유하는 로운(lawn))를 표지된 프로브와 하이브리드를 형성시킴으로써 세균 또는 박테리오파아지 라이브러리를 스크리닝한다(참조: Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, 1989). 하이브리드화 콜로니 또는 플라그를 선별 및 증대시키고 추가 분석을 위해 DNA를 분리한다. 예를 들면 부분 서열로부터의 프라이머 및 벡터로부터의 프라이머를 사용한 PCR에 의해 cDNA 클론을 분석하여 추가 서열의 양을 결정할 수 있다. 제한 지도 및 부분 서열을 제조하여 하나 이상의 중첩 클론을 동정할 수 있다. 그런 다음 일련의 결실 클론을 생성시키는 것을 포함하는 표준 기술을 사용하여 완전한 서열을 결정할 수 있다. 이어서, 생성된 중첩 서열을 하나의 연속 서열로 조립한다. 전체 길이 cDNA 분자는 적합한 단편을 잘 알려진 기술을 이용하여 연결시켜 생성시킬 수 있다.
다른 방도로서, 부분적인 cDNA 서열로부터 전체 길이 암호 서열을 수득하기 위한 수 많은 증폭 기술이 있다. 이러한 기술내에서, 증폭은 일반적으로 PCR을 통해 수행한다. 다양한 시판품 키트를 사용하여 증폭 단계를 수행할 수 있다. 프라이머는 당업계에 잘 알려진 기술[참조: Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263, 1987; Erlich ed., PCR Technology, Stockton Press, NY, 1989]을 사용하여 설계할 수 있으며, 또한 당업계에 잘 알려진 소프트웨어를 사용할 수 있다. 프라이머는 바람직하게는 길이가 22 내지 30개의 뉴클레오타이드이고, 50% 이상의 GC 함량을 가지며, 약 68℃ 내지 72℃의 온도에서 표적 서열에 어닐링한다. 증폭된 영역은 상기한 바와 같이 서열분석할 수 있으며, 중첩 서열을 연속 서열로 조립한다.
이러한 한 가지 증폭 기술로는 역 PCR[참조: Triglia et al., Nucl. Acids Res. 16:8186, 1988]이 있는데, 이는 제한 효소를 사용하여 유전자의 공지 영역내의 단편을 생성한다. 그런 다음, 당해 단편을 분자내 연결에 의해 환형으로 만들고 이를 사용하여 공지 영역으로부터 유도된 분지성 프라이머를 이용한 PCR에서 주형으로서 사용한다. 또 다른 방법으로서, 부분 서열에 인접한 서열은 링커 서열에 대한 프라이머 및 공지 영역에 특이적인 프라이머로 증폭시킴으로 보상될 수 있다. 증폭된 서열을, 전형적으로 동일한 링커 프라이머 및 공지 영역에 특이적인 제2 프라이머를 사용하여 이차 증폭에 적용시킨다. 공지 서열로부터 반대 방향으로 연장을 개시하는 2개의 프라이머를 사용하는 상기 절차의 변형이 WO 96/38591에 기술되어 있다. 추가의 기술로서 포획(capture) PCR[Lagerstrom et al., PCR Methods Applic. 1:111-19, 1991] 및 워킹(walking) PCR[Parker et al., Nucl. Acids. Res. 19:3055-60, 1991]이 포함된다. 전사-매개된 증폭(TMA)은 국제특허공개 PCT/US91/03184에 기술된 바와 같이 DNA, rRNA 또는 mRNA의 증폭을 위해 사용될 수 있는 또 다른 방법이다. 이 자가촉매성 및 등온성 비-PCR계 방법은 2개의 프라이머와 2개의 효소(RNA 폴리머라제 및 역전사효소)를 사용한다. 한 가지 프라이머는 RNA 폴리머라제를 위한 프로모터 서열을 함유한다. 일차 증폭에서, 프로모터-프라이머가 정해진 부위에서 표적 rRNA와 하이브리드를 형성한다. 역전사효소는 프로모터-프라이머의 3' 말단으로부터 연장함으로써 표적 rRNA의 DNA 복제물을 형성한다. 생성된 복합체에서 RNA는 제거되고 제2 프라이머는 DNA 복제물에 결합한다. DNA의 새로운 본쇄가 이본쇄 DNA를 형성하는 역전사효소에 의해 프라이머의 말단으로부터 합성된다. RNA 폴리머라제는 DNA 주형에서 프로모터 서열을 인식하며 전사를 개시한다. 새로이 합성된 RNA 앰플리콘(amplicon) 각각은 TMA 과정에 재도입되어 RNA 앰플리콘의 지수적 증가를 유도하는 새로운 차수의 복제를 위한 주형으로서 작용한다. 증폭을 사용하는 다른 방법이 또한 전체 길이의 cDNA 서열을 수득하는데 사용될 수 있다.
특정 예로서, GenBank에서 입수할 수 있는 것과 같은 발현된 서열 태그(EST) 데이터베이스에서 제공된 서열을 분석하여 전체 길이 cDNA 서열을 수득할 수 있다. 중첩 EST에 대한 조사는 일반적으로 널리 알려진 프로그램(예, NCBI BLAST 조사)을 사용하여 실시할 수 있으며 이러한 EST를 사용하여 연속적인 전체 길이 서열을 생성할 수 있다. 또한, 게놈 단편을 분석하여 전체 길이 cDNA 서열을 수득할 수 있다.
폴리뉴클레오타이드 변이체는 일반적으로 예를 들면 고체상 포스포아미다이트 화학 합성에 의한 화학 합성을 포함하여 당업계에 공지된 방법에 의해 제조할 수 있다. 폴리뉴클레오타이드 서열의 변형은 또한 올리고뉴클레오타이드-지시 부위-특이적 돌연변이유도(참조: Adelman et al., DNA 1:183, 1983)와 같은 표준 돌연변이유도 기술을 이용하여 도입할 수 있다. 다른 방도로서, 클라미디아 단백질을 암호화하는 DNA 서열 또는 이의 일부가 적합한 RNA 폴리머라제 프로모터(예, T7 또는 SP6)를 갖는 벡터내로 삽입되는 한, 그 DNA를 시험관내 또는 생체내에서 전사시켜 RNA 분자를 생성할 수 있다. 본원에 기술된 바와 같이 특정 부분을 사용하여 암호화된 폴리펩타이드를 제조할 수 있다. 또한, 다른 방도로서, 예를 들면 항원-제시 세포(예, 수지상 세포)를 클라미디아 폴리펩타이드를 암호화하는 cDNA 작제물로 형질감염시키고 형질감염된 세포를 환자에게 투여함으로써 암호화된 폴리펩타이드가 생체내에서 생성되도록 일부분을 환자에게 투여할 수 있다.
또한, 암호 서열에 상보적인 서열(즉, 안티센스 폴리뉴클레오타이드)의 부분을 프로브로서 또는 유전자 발현을 조절하기 위해 사용할 수 있다. 또한 안티센스 RNA로 전사될 수 있는 cDNA 작제물을 조직의 세포내로 도입하여 안티센스 RNA의 생성을 촉진시킬 수 있다. 본원에 기술된 바와 같이 안티센스 폴리뉴클레오타이드를 사용하여 클라미디아 단백질의 발현을 억제할 수 있다. 안티센스 기술을 사용하여, 이중 나선이 폴리머라제, 전사 인자 또는 조절 분자와의 결합을 위해 충분히 개열할 수 있는 능력을 저해하는 삼중-나선 형성을 통해 유전자 발현을 조절할 수 있다[참조: Gee et al., In Huber and Carr, Molecular and Immunologic Approaches, Futura Publishing Co. (Mt. Kisco, NY; 1994)]. 다른 방도로서, 유전자의 조절 영역(예, 프로모터, 인핸서 또는 전사개시 부위)과 하이브리드를 형성하고 유전자의 전사를 차단하거나, 리보좀에 전사물의 결합을 억제시킴으로써 해독이 차단되도록 안티센스 분자를 설계할 수 있다.
암호 서열 또는 상보 서열의 일부를 또한 유전자 발현을 탐지하기 위한 프로브 또는 프라이머로서 설계할 수 있다. 프로브는 다양한 리포터 그룹(예, 방사성핵종 및 효소)으로 표지시킬 수 있으며 바람직한 길이는 10개 이상의 뉴클레오타이드, 더욱 바람직하게는 20개 이상의 뉴클레오타이드, 훨씬 더 바람직하게는 30개 이상의 뉴클레오타이드이다. 위에서 주지된 바와 같이, 프라이머의 바람직한 길이는 22 내지 30개의 뉴클레오타이드이다.
어떠한 폴리뉴클레오타이드도 추가로 생체내 안정성을 증가시키기 위해 변형시킬 수 있다. 가능한 변형으로는 이들로 한정되는 것은 아니지만 5' 및/또는 3' 말단에서 플랭킹 서열의 부가; 주쇄에서 포스포디에스터라제 연결이 아닌 포스포로티오에이트 또는 2' O-메틸의 사용; 및/또는 이노신, 큐에오신 및 와이부토신과 같은 비전통적인 염기 뿐만 아니라 아데닌, 시티딘, 구아닌, 티민 및 우리딘의 아세틸-, 메틸-, 티오- 및 기타 변형된 형태의 함유가 포함된다.
본원에 기술된 뉴클레오타이드 서열은 확립된 재조합 DNA 기술을 이용하여 여러 다른 뉴클레오타이드 서열에 연결시킬 수 있다. 예를 들면, 폴리뉴클레오타이드는 플라스미드, 파아지미드, 람다 파아지 유도체 및 코스미드를 포함한 여러 클로닝 벡터중 어느 하나 내로 클로닝시킬 수 있다. 특정 바람직한 벡터로는 발현 벡터, 복제 벡터, 프로브 형성 벡터 및 서열분석 벡터가 포함된다. 일반적으로, 벡터는 하나 이상의 유기체내에서 작용하는 복제원, 편리한 제한 엔도뉴클레아제 부위 및 하나 이상의 선별성 마커를 함유한다. 다른 요소는 목적하는 용도에 의해 결정되며, 이는 당업자에게는 자명한 것이다.
약 100개 이하의 아미노산, 일반적으로 약 50개 이하의 아미노산을 갖는 합성 폴리펩타이드는 당업계에 잘 알려진 기술을 사용하여 생성할 수 있다. 예를 들면, 이러한 폴리펩타이드는 아미노산이 연속적으로 성장하는 아미노산 쇄에 부가되는 메리필드(Merrifield) 고체상 합성 방법과 같이 상업적으로 이용되는 고체상 기술중 어느 하나를 사용하여 합성할 수 있다[참조: Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 85:2149-2146, 1963]. 폴리펩타이드의 자동 합성 장비는 퍼킨 엘머/어플라이드 바이오시스템스 디비젼(Perkin Elmer/Applied BioSystems Division)(캘리포니아 포스터 시티)과 같은 업체로부터 구입가능하며 제조업체의 지침에 따라 작동시킬 수 있다.
상기 주지된 바와 같이, 클라미디아 항원의 면역원성 부분은 문헌[Paul, Fundamental Immunology, 3d ed., Raven Press, 1993, pp. 243-247] 및 본원에 인용된 참조문헌에 요약된 기술과 같은 널리 알려진 기술을 사용하여 제조 및 동정할 수 있다. 이러한 기술로는 면역원성에 대해 천연 항원의 폴리펩타이드 부분을 스크리닝하는 것이 포함된다. 이들 스크리닝에 본원에 기술된 대표적인 ELISA가 일반적으로 사용될 수 있다. 폴리펩타이드의 면역원성 부분은 상기 대표적인 검정내에서 전체 길이 항원에 의해 발생된 것과 실질적으로 유사한 상기 검정에서의 시그날을 발생하는 부분이다. 달리 말해서, 클라미디아 항원의 면역원성 부분은 본원에 기술된 바와 같이 모델 ELISA에서 전체 길이 항원에 의해 유도된 시그날의 약 20% 이상, 바람직하게는 약 100%를 발생한다.
클라미디아 항원의 부분 및 다른 변이체는 합성 또는 재조합 수단에 의해 생성될 수 있다. 천연 항원의 변이체는 일반적으로 올리고뉴클레오타이드-지시 부위-특이적 돌연변이유도와 같은 표준 돌연변이유도 기술을 사용하여 제조할 수 있다. 폴리뉴클레오타이드 서열의 단편을 또한 표준 기술을 사용하여 제거하여 절두된(truncated) 폴리펩타이드를 제조할 수 있다.
천연 항원의 부분 및/또는 변이체를 함유하는 재조합 폴리펩타이드는 당업자에게 잘 알려진 여러 기술을 사용하여 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열로부터 쉽게 제조할 수 있다. 예를 들면, 배양 배지내로 재조합 단백질을 분비하는 적합한 숙주/벡터 시스템으로부터의 상층액을 일차로 시판되고 있는 필터를 사용하여 농축시킬 수 있다. 농축 후, 농축물은 친화성 매트릭스와 같은 적합한 정제 매트릭스 또는 이온 교환 수지에 적용할 수 있다. 마지막으로, 1회 이상의 역상 HPLC 단계를 사용하여 추가로 재조합 단백질을 정제할 수 있다.
당업자에게 알려진 여러 발현 벡터중 어느 하나를 사용하여 본원에 기술된 바와 같이 재조합 폴리펩타이드를 발현시킬 수 있다. 발현은 재조합 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 분자를 함유하는 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염된 적절한 숙주 세포에서 달성될 수 있다. 적합한 숙주 세포로는 원핵세포, 효모 및 고등 진핵세포가 포함된다. 바람직하게는, 사용된 숙주 세포는 이. 콜라이, 효모 또는 포유류 세포주(예, COS 또는 CHO)이다. 이러한 방식으로 발현되는 DNA 서열은 천연 항원, 천연 항원의 일부 또는 이들의 변이체를 암호화할 수 있다.
일반적으로, 제조 방법과 상관없이, 본원에 기술된 폴리펩타이드는 분리된, 실질적으로 순수한 형태로 제조된다. 바람직하게는, 폴리펩타이드의 순도는 약 80% 이상, 더욱 바람직하게는 약 90% 이상, 가장 바람직하게는 약 99% 이상이다.
특정한 특이적 양태로서, 폴리펩타이드는 본원에 기술된 바와 같이 복수의 폴리펩타이드를 포함하거나 본원에 기술된 하나 이상의 폴리펩타이드 및 공지된 클라미디아 단백질과 같이 관련이 없는 서열을 포함하는 융합 단백질일 수 있다. 융합 파트너는 예를 들면 T 헬퍼 에피토프(면역학적 융합 파트너), 바람직하게는 사람에 의해 인식되는 T 헬퍼 에피토프를 제공하는 데 보조 역할을 하거나, 천연 재조합 단백질 보다 높은 수율로 단백질(발현 인핸서)을 발현시키는데 보조 역할을 할 수 있다. 특정한 바람직한 융합 파트너는 면역학적 및 발현 강화 융합 파트너이다. 단백질의 용해성을 증가시키거나 단백질이 목적하는 세포내 구획으로 표적화될 수 있도록 다른 융합 파트너가 선택될 수 있다. 또 다른 융합 파트너로는 단백질의 정제를 촉진하는 친화성 태그가 포함된다. 본 발명의 융합 단백질을 암호화하는 DNA 서열은, 예를 들면 제1 및 제2 폴리펩타이드를 암호화하는 별도의 DNA 서열을 적절한 발현 벡터내에 조립하는 공지된 재조합 DNA 기술을 사용하여 작제할 수 있다. 제1 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열의 3' 말단은, 서열의 판독 프레임이 두개의 DNA 서열의 제1 및 제2 폴리펩타이드의 생물학적 활성을 유지하는 단일 융합 단백질로의 당해 두 개의 DNA 서열의 mRNA 해독을 가능케하는 상내에 있도록, 펩타이드 링커의 존재 또는 부재하에 제2 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열의 5' 말단에 연결된다.
각각의 폴리펩타이드가 이의 이차 및 삼차 구조로 확실히 폴딩하기에 충분한 간격으로 제1 및 제2 폴리펩타이드가 분리되도록 펩타이드 링커 서열을 사용할 수 있다. 이러한 펩타이드 링커 서열은 당업계에 널리 알려진 표준 기술을 사용하여 융합 단백질내로 삽입한다. 적합한 펩타이드 링커 서열은 다음의 요소를 기준으로 선택될 수 있다: (1) 변동가능한 연장된 형태를 수용할 수 있는 능력; (2) 제1 및 제2 폴리펩타이드상의 작용상 에피토프와 상호작용할 수 있는 이차 구조를 수용할 수 없는 능력; 및 (3) 폴리펩타이드 작용성 에피토프와 반응할 수 있는 소수성 또는 하전된 잔기의 결여. 바람직한 펩타이드 링커 서열은 Gly, Asn 및 Ser 잔기를 함유한다. 또한, Thr 및 Ala와 같은 거의 중성의 다른 아미노산이 링커 서열에 사용될 수 있다. 링커로서 유용하게 사용될 수 있는 아미노산 서열로는 문헌[Maratea et al., Gene 40:39-46, 1985; Murphy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258-8562, 1986] 및 미국특허 제4,935,233 및 미국특허 제4,751,180호에 기술된 것이 포함된다. 링커 서열의 길이는 1 내지 약 50개의 아미노산일 수 있다. 펩타이드 링커 서열의 사용에 대한 대안으로서(필요한 경우), 제1 및 제2 폴리펩타이드상에 비필수적인 N-말단 아미노산 영역(존재하는 경우)을 사용하여 작용성 도메인을 분리하고 입체 장애를 방지할 수 있다.
연결된 DNA 서열은 적합한 전사 또는 해독 조절 요소에 작동가능하게 연결된다. DNA의 발현에 관여하는 조절 요소는 제1 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열의 5'에만 위치한다. 유사하게, 해독을 종료하는데 필요한 정지 코돈 및 전사 종결 시그날이 제2 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 서열의 3'에만 존재한다.
또한, 본 발명의 폴리펩타이드를 관련이 없는 면역원성 단백질과 함께 포함하는 융합 단백질이 제공된다. 바람직하게는, 면역원성 단백질은 리콜(recall) 반응을 유도할 수 있다. 이러한 단백질의 예로는 파상풍, 결핵 및 간염 단백질이 포함된다[참조: Stoute et al., New Engl. J. Med., 336:86-91, 1997].
바람직한 양태로서, 면역학적 융합 파트너는 그람-음성 세균 해모필러스 인플루엔자(Haemophilus influenza) B의 표면 단백질인 단백질 D로부터 유래된다(WO 91/18926). 바람직하게는, 단백질 D 유도체는 단백질의 최초 약 1/3(예, 최초 N-말단 100-110개 아미노산)을 포함하며, 단백질 D 유도체는 지질화될 수 있다. 특정한 바람직한 양태로서, 지단백질 D 융합 파트너의 최초 109개 잔기가 N-말단에 포함되어 추가의 외인성 T-세포 에피토프를 갖는 폴리펩타이드를 제공하고 이. 콜라이에서 발현 수준을 증가시킨다(따라서, 발현 인핸서로서 작용함). 지질 테일(tail)은 항원-제시 세포에 항원의 최적의 제시를 보장한다. 다른 융합 파트너는 인플루엔자 바이러스로부터의 비구조적 단백질인 NS1(헤마글루티닌)이 포함된다. 전형적으로, T-헬퍼 에피토프를 포함하는 상이한 단편이 사용될 수 있을 지라도 N-말단 81개 아미노산이 사용된다.
다른 양태로서, 면역학적 융합 파트너는 LYTA로서 알려진 단백질 또는 이의 일부(바람직하게는 C-말단 부분)이다. LYTA는 LytA 유전자(Gene 43:265-292, 1986)에 의해 암호화된 아미다제 LYTA로서 알려진 N-아세틸-L-알라닌 아미다제를 합성하는 스트렙토코커스 뉴모니아(Streptococcus pneumoniae)로부터 유래된다. LYTA는 펩티도글리칸 주쇄에서 특정 결합을 특이적으로 분해하는 자가용해소이다. LYTA 단백질의 C-말단 도메인은 콜린에 대한 친화성 또는 DEAE와 같은 몇몇 콜린 동족체에 대한 친화성을 담당하고 있다. 이 특성은 융합 단백질의 발현에 유용한 이. 콜라이 C-LYTA 발현 플라스미드를 개발하는데 이용되어 왔다. 아미노 말단에 C-LYTA 단편을 함유하는 하이브리드 단백질의 정제는 공지되었다(참조: Biotechnology 10:795-798, 1992). 바람직한 양태내에서, LYTA의 반복 부분이 융합 단백질내로 삽입될 수 있다. 반복 부분은 잔기 178에서 시작하는 C-말단 영역에서 발견된다. 특히 바람직한 반복 부분은 잔기 188-305를 함유한다. 추가로, 융합 단백질 Ra12는 본 발명의 폴리뉴클레오타이드에 연결되어 단백질 발현을 촉진시킬 수 있다.
다른 관점으로서, 본 발명은 상기 폴리펩타이드 또는 융합 단백질(또는 이러한 폴리펩타이드 또는 융합 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드)중 하나 이상을 사용하여 환자에게서 클라미디아 감염에 대한 보호 면역성을 유도하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 "환자"는 모든 온혈 동물, 바람직하게는 사람을 가리킨다. 환자는 질환을 앓고 있거나 탐지가능한 질환 및/또는 감염이 부재할 수 있다. 다시 말해서, 보호 면역성을 유도하여 클라미디아 감염을 예방 또는 치료할 수 있다.
이러한 관점에서, 폴리펩타이드, 융합 단백질 또는 폴리뉴클레오타이드 분자는 일반적으로 약제학적 조성물 또는 백신내에 존재한다. 약제학적 조성물은 하나 이상의 폴리펩타이드(이의 각각은 상기 서열(또는 이의 변이체)중 하나 이상을 함유할 수 있다) 및 생리학적으로 허용되는 담체를 포함할 수 있다. 백신은 하나 이상의 상기 폴리펩타이드 및 면역자극제, 예로써 애주번트 또는 리포좀(이 안에 폴리펩타이드가 혼입된다)를 포함할 수 있다. 이러한 약제학적 조성물 및 백신은 또한 다른 클라미디아 항원을 함유할 수 있으며, 이 항원은 배합 폴리펩타이드내로 혼입되거나 별도의 폴리펩타이드로 존재할 수 있다.
다른 방도로서, 백신은 상기된 바와 같은 하나 이상의 폴리펩타이드 또는 융합 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 함유할 수 있으며, 이에 따라 폴리펩타이드가 백신 자체내에서 생성된다. 이러한 백신에서, 폴리뉴클레오타이드는 핵산 발현 시스템, 세균 및 바이러스 발현 시스템을 포함하여 당업자에게 알려져 있는 다양한 전달 시스템내에 존재할 수 있다. 적절한 핵산 발현 시스템은 환자내에서의 발현을 위해 필요한 폴리뉴클레오타이드 서열(예, 적절한 프로모터 및 종결 시그날)을 함유한다. 세균 전달 시스템은 폴리펩타이드의 면역원성 부분을 세포 표면상에서 발현하는 세균(예, 바실러스-칼메테-구에린(Bacillus - Calmette - Guerrin))의 투여를 포함한다. 바람직한 양태로서, 폴리뉴클레오타이드는 비병원성(결손) 바이러스의 사용을 포함할 수 있는 바이러스 발현 시스템(예, 백시니아(vaccinia) 또는 기타 폭스(pox) 바이러스, 레트로바이러스 또는 아데노바이러스)을 사용하여 도입할 수 있다. 이러한 발현 시스템내로 폴리뉴클레오타이드를 삽입하기 위한 기술은 당업자에게 잘 알려져 있다. 폴리뉴클레오타이드는 또한 예를 들면 문헌[Ulmer et al., Science 259:1745-1749, 1993] 및 [Cohen, Science 259:1691-1692, 1993]에 기술된 바와 같이 "나상(naked)" 플라스미드 벡터로서 투여할 수 있다. 이와 같은 벡터내로 DNA를 삽입하는 기술은 당업자에게 잘 알려져 있다. 추가로, 레트로바이러스 벡터는(형질도입된 세포의 동정 또는 선별을 보조하기 위한) 선별 마커용 유전자 및/또는 특정 표적 세포상의 수용체에 대한 리간드를 암호화하는 유전자와 같은 표적 잔기를 이전시키거나 삽입하여 벡터 표적이 특이적이 되도록 할 수 있다. 표적화는 또한 당업자에게 알려진 방법에 따라 항체를 사용하여 달성할 수 있다.
치료 목적을 위한 다른 제형은 거대분자 복합체, 나노캡슐, 미소구, 비드 및 지질계 시스템(수중유 에멀젼, 미셀, 혼합 미셀 및 리포좀을 포함)과 같은 교질성 분산 시스템을 포함한다. 시험관내 및 생체내에서 전달 비히클로서 사용하기에 바람직한 교질성 시스템은 리포좀(즉, 인공막 소포체)이다. 나상 폴리뉴클레오타이드의 흡수는, 세포내로 효율적으로 이송되는 생체분해성 비드의 안으로 및/또는 표면에 폴리뉴클레오타이드를 도입시킴으로써 증가될 수 있다. 이와 같은 시스템의 제조 및 사용은 당업계에 잘 알려져 있다.
관련된 관점으로서, 상기된 폴리뉴클레오타이드 백신은 본 발명의 폴리펩타이드 또는 공지된 클라미디아 항원과 동시에 또는 순차적으로 투여할 수 있다. 예를 들면, 상기된 바와 같이 "나상" 또는 전달 시스템을 통한 본 발명의 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드의 투여에 이어 백신의 보호 면역 효과를 증가시키기 위해 항원을 투여할 수 있다.
또한, 본원에 기술된 폴리펩타이드 및 폴리뉴클레오타이드는 클라미디아 감염의 치료를 위해 입양(adoptive) 면역요법에 사용될 수 있다. 입양 면역요법은 광범위하게 능동 또는 수동 면역요법으로 분류될 수 있다. 능동 면역요법에서, 치료는 면역 반응-개질제(예, 백신, 세균 애주번트 및/또는 사이토킨)의 투여에 의한 내인성 숙주 면역 시스템의 생체내 자극에 의존한다.
수동 면역요법에서는, 치료는 항-클라미디아 효과를 직간접적으로 매개할 수 있는 확립된 면역 반응성을 갖는 생물학적 시약(예, 효과기 세포 또는 항체)의 전달을 포함하며, 반드시 온전한 숙주 면역 시스템에 의해 좌우되지 않는다. 효과기 세포의 예로는 상기된 항원을 발현하는 T 임파구(예, CD8+ 세포독성 T-임파구, CD4+ T-헬퍼), 킬러 세포(예, 천연 킬러 세포, 림포카인-활성화된 킬러 세포), B 세포 또는 항원-제시 세포(예, 수지상 세포 및 대식세포)가 포함된다. 또한, 수동 면역요법을 위해, 본원에 기술된 폴리펩타이드를 사용하여 항체 또는 항-유전자형(anti-idiotype) 항체(미국특허 제4,918,164호에서와 같이)를 생성할 수 있다.
입양 면역요법을 위해 적절한 수의 T-세포를 획득하기 위한 주된 방법은 시험관내에서 면역 T-세포를 성장시키는 것이다. 생체내에서 항원 인식을 유지하면서 하나의 항원-특이적 T-세포를 수십 억개로 증대시키기 위한 배양 조건은 당업계에 잘 알려져 있다. 이들 시험관내 배양 조건은 전형적으로 흔히 사이토킨(예, IL-2) 및 비분열 영양 세포(non-dividing feeder cell)의 존재하에서 항원으로의 간헐적 자극을 이용한다. 상기 주지된 바와 같이, 면역요법에 충분한 수의 세포를 생성하기 위해 본원에 기술된 면역반응성 폴리펩타이드를 사용하여 항원-특이적 T 세포 배양물을 급속히 증대시킬 수 있다. 특히, 당업계에 잘 알려진 다양한 표준 기술을 사용하여 수지상 세포, 대식세포, 단핵세포, 섬유아세포 또는 B-세포와 같은 항원-제시 세포를 면역반응성 폴리펩타이드로 펄스시키거나, 폴리뉴클레오타이드 서열(들)을 항원-제시 세포내로 도입할 수 있다. 예를 들면, 항원-제시 세포를, 발현을 증가시키기에 적절한 프로모터 영역을 함유하고 재조합 바이러스 또는 다른 발현 시스템의 일부로서 발현될 수 있는 폴리뉴클레오타이드 서열로 형질감염 또는 형질도입시킬 수 있다. 폭스 바이러스, 백시니아 바이러스 및 아데노바이러스를 포함한 수 가지의 바이러스 벡터를 사용하여, 항원-제시 세포를 형질도입시킬 수 있다. 또한, 항원-제시 세포를, 유전자-총 기술, 지질-매개된 전달, 전기천공, 삼투압 쇼크 및 미립자 전달 기전을 포함하여 여러 수단에 의해 본원에 기술된 폴리뉴클레오타이드 서열로 형질감염시켜 당업자에 의해 측정한 바, 효율적이고 허용되는 발현 수준을 얻을 수 있다. 배양된 T-세포가 치료에서 효과적이기 위해서는 이들 T-세포는 성장하고 폭넓게 분포할 수 있으며 생체내에서 장기간 생존할 수 있어야 한다. 연구 결과, 배양된 T-세포는 IL-2로 보충된 항원으로 반복된 자극을 받았을 때 생체내에서 성장하고 상당한 수를 유지하면서 장기간 생존하도록 유도될 수 있는 것으로 증명되었다(참조: Cheever, M., et al., "Therapy With Cultured T Cells: Principles Revisited", Immunological Reviews, 157:177, 1997).
본원에 기술된 폴리펩타이드는 또한 클라미디아-반응성 T-세포를 생성하고/하거나 분리하는데 사용될 수 있으며 이후 분리된 T-세포는 환자에게 투여될 수 있다. 한 가지 기술로서, 항원-특이적 T-세포주는 본 발명의 폴리펩타이드의 면역원성 부분에 상응하는 짧은 펩타이드로 생체내 면역화하여 생성할 수 있다. 생성된 항원-특이적 CD8+ 또는 CD4+ T-세포 클론을 환자로부터 분리하고 표준 조직 배양 기술을 사용하여 증대시킨 다음 환자에게 재공급할 수 있다.
다른 방도로서, 폴리펩타이드의 면역원성 부분에 상응하는 펩타이드를 사용하여 자가 T 세포의 시험관내 선택적 자극 및 증대에 의해 클라미디아 반응성 T 세포 서브세트를 생성하여 항원-특이적 T 세포를 제공하고 이어서 이들 세포를 문헌[Chang et al., Crit. Rev. Oncol. Hematol., 22(3), 213, 1996]에 기술된 바와 같이 환자에게 주입할 수 있다. T 세포와 같은 면역 시스템의 세포는 캘리포니아 어어빈 소재 Nexell Therapeutics, Inc.로부터 입수가능한 이소렉스(Isolex)TM 시스템과 같은 세포 분리 시스템 시판품을 사용하여 환자의 말초 혈액으로부터 분리할 수 있다. 분리된 세포는 미소구와 같은 전달 비히클내에 함유된 면역반응성 폴리펩타이드중 하나 이상으로 자극시켜 항원-특이적 T 세포를 제공한다. 그런 다음 표준 기술을 사용하여 항원-특이적 T 세포군을 증대시키고 세포를 환자에게 다시 투여한다.
다른 양태로서, 본원에 기술된 폴리펩타이드에 대해 특이적인 T-세포 및/또는 항체 수용체를 입양 면역요법에 사용하기 위해 클로닝시키고, 중식시켜 다른 벡터 또는 효과기 세포내로 전이시킬 수 있다. 특히, T 세포를 세포외 인식 요소로서 클라미디아 특이적 모노클로날 항체로부터의 가변 도메인을 발현시키기에 적절한 유전자로 형질감염시키고 T 세포 수용체 신호전달 쇄에 연결시켜 T 세포 활성화, 특이적 용해 및 사이토킨 방출로 될 수 있다. 이것은 T 세포가 이의 특이성을 MHC-독립 방식으로 수정할 수 있도록 해 준다[참조: Eshhar, Z., Cancer Immunol Immunother, 45(3-4):131-6, 1997 및 Hwu, P., et al., Cancer Res, 55(15):3369-73, 1995]. 다른 양태는 문헌[Cole, DJ, et al., Cancer Res., 55(4):748-52, 1995]에서와 같이 다른 T 세포내로 클라미디아 항원-특이적 알파 및 베타 T 세포 수용체 쇄의 형질감염을 포함할 수 있다.
추가의 양태로서, 유전적 동계 또는 자가 수지상 세포를 본원에 기술된 폴리펩타이드의 적어도 면역원성 부분에 상응하는 펩타이드로 펄스처리시킬 수 있다. 생성된 항원-특이적 수지상 세포를 환자내로 전달시키거나 이를 사용하여 T 세포를 자극시켜 항원-특이적 T 세포를 제공할 수 있으며 이 세포를 차례로 환자에게 투입할 수 있다. 항원-특이적 T 세포를 생성하기 위해 펩타이드-펄스된 수지상 세포를 사용하고 이어서 그러한 항원-특이적 T 세포를 쥐 모델에서 질환을 퇴치하기 위해 사용하는 것은 문헌[Cheever et al., Immunological Reviews, 157:177, 1997]에 기술되어 있다. 추가로, 본 발명의 폴리펩타이드를 발현하는 벡터를 환자로부터 채취된 줄기(stem) 세포내로 도입하고 동일한 환자내로의 자가 이식을 위해 시험관내에서 클론에 의해 증식시킬 수 있다.
특정 관점내에서, 본원에 기술된 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, T 세포 및/또는 결합제는 약제학적 조성물 또는 면역원성 조성물(즉, 백신)내로 혼입될 수 있다. 약제학적 조성물은 하나 이상의 상기 화합물 및 생리학적으로 허용되는 담체를 포함한다. 백신은 하나 이상의 상기 화합물 및 면역자극제를 포함할 수 있다. 면역자극제는 외래 항원에 대해 면역 반응을 증진 또는 강화시켜 주는 물질은 어떠한 것도 가능하다. 면역자극제의 예로는 애주번트, 생체분해성 미소구(예, 폴리락틱 갈락티드) 및 리포좀이 포함되며, 화합물은 이들내로 혼입된다(참조: Fullerton의 미국특허 제4,235,877호). 백신 제제는 일반적으로 예를 들면 문헌[M. F. Powell and M. J. Newman, eds., "Vaccine Design (the subunit and adjuvant approach)", Plenum Press (NY, 1995)]에 기술되어 있다. 본 발명의 범위내에 속하는 약제학적 조성물 및 백신은 또한 생물학적으로 활성을 나타내거나 불활성일 수 있는 다른 화합물을 함유할 수 있다. 예를 들면, 다른 클라미디아 항원의 하나 이상의 면역원성 부분이 조성물 또는 백신내에서 융합 폴리펩타이드내로 혼입되어 있거나 별도의 화합물로서 존재할 수 있다.
약제학적 조성물 또는 백신은 상기된 하나 이상의 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA를 함유할 수 있으며 이에 따라 폴리펩타이드는 조성물 또는 백신내에서 생성된다. 상기 주지된 바와 같이, DNA는 핵산 발현 시스템, 세균 및 바이러스 발현 시스템을 포함하여 당업자에게 알려진 여러 전달 시스템내에 존재할 수 있다. 많은 유전자 전달 기술이 당업계에 잘 알려져 있으며 예로서 문헌[Rolland, Crit. Rev. Therap. Drug Carrier Systems 15:143-198, 1998] 및 본원에 인용된 참조문헌에 기술된 것을 들 수 있다. 적절한 핵산 발현 시스템은 환자에게서 발현하는데 필요한 DNA 서열(예, 적합한 프로모터 및 종결 시그날)을 함유한다. 세균 전달 시스템은 세포 표면상에 폴리펩타이드의 면역원성 부분을 발현하거나 이러한 에피토프를 분비하는 세균(예, 바실러스-칼메테-구에린)의 투여를 포함한다. 바람직한 양태로서, DNA는 비병원성(결손) 복제 컴피턴트(competent) 바이러스의 사용을 포함할 수 있는 바이러스 발현 시스템(예, 백시니아 또는 다른 폭스 바이러스, 레트로바이러스 또는 아데노바이러스)을 사용하여 도입할 수 있다. 적합한 시스템은 예를 들면 문헌[Fisher-Hoch et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:317-321, 1989; Flexner et al., Ann. N. Y. Acad. Sci. 569:86-103, 1989; Flexner et al., Vaccine 8:17-21, 1990; 미국특허 제4,603,112호, 제4,769,330호 및 제5,017,487호; WO 89/01973; 미국특허 제4,777,127호; GB 2,200,651; EP 0,345,242; WO 91/02805; Berkner, Biotechniques 6:616-627, 1988; Rosenfeld et al., Science 252:431-434, 1991; Kolls et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:215-219, 1994; Kass-Eisler et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:11498-11502, 1993; Guzman et al., Circulation 88:2838-2848, 1993; 및 Guzman et al., Cir. Res. 73:1202-1207, 1993]에 기술되어 있다. DNA를 상기 발현 시스템내로 도입시키는 기술은 당업자에게 잘 알려져 있다. 또한, DNA는 예를 들면 문헌[Ulmer et al., Science 259:1745-1749, 1993] 및 [Cohen, Science 259:1691-1692, 1993]에 기술된 바와 같이 "나상"일 수 있다. 나상 DNA의 흡수는, 세포내로 효율적으로 이송되는 생체분해성 비드상에 DNA를 피복시킴으로써 증가될 수 있다.
당업자에게 알려진 어떠한 적합한 담체도 본 발명의 약제학적 조성물에 사용될 수 있는 한편, 담체의 유형은 투여 방식에 따라 다양할 수 있다. 본 발명의 조성물은 예를 들면 국소, 경구, 비내, 정맥내, 두개골내, 복강내, 피하 또는 근육내 투여를 포함하여 적절한 투여 방식을 위해 제형될 수 있다. 피하 주사와 같은 비경구 투여의 경우, 담체는 바람직하게는 물, 염수, 알코올, 지방, 왁스 또는 완충액을 포함한다. 경구 투여의 경우에는 상기 담체 또는 고체 담체(예, 만니톨, 락토즈, 전분, 마그네슘 스테아레이트, 나트륨 삭카린, 탈쿰, 셀룰로즈, 글루코즈, 수크로즈 및 탄산마그네슘)가 사용될 수 있다. 또한 본 발명의 약제 조성물을 위한 담체로서 생체분해성 미소구(예, 폴리락테이트 폴리글리콜레이트)가 사용될 수 있다. 적합한 생체분해성 미소구는 예를 들면 미국특허 제4,897,268호 및 제5,075,109호에 기술되어 있다.
이러한 조성물은 또한 완충액(예, 중성 완충 염수 또는 인산염 완충 염수), 탄수화물(예, 글루코즈, 만노즈, 수크로즈 또는 덱스트란), 만니톨, 단백질, 폴리펩타이드 또는 아미노산(예, 글리신), 산화방지제, 킬레이트화제(예, EDTA 또는 글루타티온), 애주번트(예, 수산화알루미늄) 및/또는 보존제를 포함할 수 있다. 달리, 본 발명의 조성물은 동결건조물로서 제형화될 수 있다. 화합물은 또한 잘 알려진 기술을 사용하여 리포좀내로 캡슐화시킬 수 있다.
본 발명의 백신에 다양한 면역자극제가 사용될 수 있다. 예를 들면, 애주번트가 포함될 수 있다. 대부분의 애주번트는 수산화알루미늄 또는 광유와 같이 급속한 이화작용으로부터 항원을 보호하도록 고안된 물질 및 면역 반응의 자극제(예, 지질 A, 보르타델라 페르투시스(Bortadella pertussis) 또는 마이코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis) 유래된 단백질)을 함유한다. 적합한 애주번트는 예를 들면 프로인트 불완전 애주번트 및 완전 애주번트(미시간 디트로이트 소재 디프코 레보라토리즈); 머크 애주번트 65(뉴저지 라웨이 소재 머크 앤드 컴퍼니, 인코포레이티드); 수산화알루미늄 겔(alum) 또는 인산알루미늄과 같은 알루미늄 염; 칼슘, 철 또는 아연의 염; 아실화 티로신의 불용성 현탁액; 아실화 당; 양이온 또는 음이온으로 유도체화된 다당류; 폴리포스파젠; 생체분해성 미소구; 모노포스포릴 지질 A 및 퀼 A로서 시판되고 있다. GM-CSF 또는 인터루킨-2, -7 또는 -12와 같은 사이토킨이 또한 애주번트로서 사용될 수 있다.
본원에 제공된 백신내에서, 특정 환경하에 애주번트 조성물은 Th1 유형 또는 Th2 유형의 면역 반응을 우세적으로 유도하도록 고안될 수 있다. 고수준의 Th1-유형 사이토킨(예, IFN-γ, TNFα, IL-2 및 IL-12)이 투여된 항원에 대한 세포 매개된 면역 반응의 유도를 조력하는 경향이 있다. 대조적으로, 고수준의 Th2-유형 사이토킨(예, IL-4, IL-5, IL-6 및 IL-10)은 체액성 면역 반응의 유도를 조력하는 경향이 있다. 본원에 제공된 백신의 적용 후, 환자는 Th1- 및 Th2-유형 반응을 포함하는 면역 반응을 유지할 것이다. 바람직한 양태로서, Th1-유형이 우세한 반응에서 Th1-유형 사이토킨의 수준은 Th2-유형 사이토킨의 수준보다 큰 정도로 증가될 것이다. 이들 사이토킨의 수준은 표준 검정을 사용하여 쉽게 평가할 수 있다. 사이토킨의 부류는 문헌[Mosmann and Coffman, Ann. Rev. Immunol. 7:145-173, 1989]을 참조할 수 있다.
우세한 Th1-유형 반응을 유도하는데 사용하기에 바람직한 애주번트로는 예를 들면 알루미늄 염과 함께 모노포스포릴 지질 A, 바람직하게는 3-데-O-아실화 모노포스포릴 지질 A(3D-MPL)의 배합물이 포함된다. MPL 애주번트는 리비 이뮤노켐 리써치 인코포레이티드(Ribi ImmunoChem Research Inc.)(몬타나 하밀톤)로부터 구입가능하다(참조: 미국특허 제4,436,727호; 제4,877,611호; 제4,866,034호 및 제4,912,094호). CpG 디뉴클레오타이드가 비메틸화된 CpG-함유 올리고뉴클레오타이드가 또한 우세한 Th1 반응을 유도한다. 이러한 올리고뉴클레오타이드는 잘 알려져 있으며 예를 들면 WO 96/02555에 기술되어 있다. 다른 바람직한 애주번트는 다른 애주번트와 함께 또는 단독으로 사용될 수 있는 사포닌, 바람직하게는 QS21이다. 예를 들면, 증가된 시스템은 모노포스포릴 지질 A와 사포닌 유도체의 배합물, 예를 들면 WO 94/00153에 기술된 바와 같은 QS21과 3D-MPL의 배합물 또는 WO 96/33739에 기술된 바와 같이 QS21이 콜레스테롤로 억제된 보다 낮은 반응원성 조성물을 포함한다. 다른 바람직한 제형물은 수중유 에멀젼 및 토코페롤을 포함한다. 수중유 에멀젼중에 QS21, 3D-MPL 및 토코페롤을 포함한 특히 강력한 애주번트 제형물은 WO 95/17210에 기술되어 있다. 본원에 제공된 어떠한 백신도 항원, 면역 반응 인핸서 및 적합한 담체 또는 부형제의 배합을 제공하는 잘 알려진 방법을 사용하여 제조할 수 있다.
본원에 기술된 조성물은 서방성 제형물(즉, 투여 후 화합물을 서서히 방출시켜 주는, 예를 들어 다당류로 이루어진 캡슐, 스폰지 또는 겔과 같은 제형물)의 일부로서 투여될 수 있다. 이러한 제형물은 일반적으로 잘 알려진 기술을 이용하여 제조할 수 있으며 예를 들면 경구, 직장 또는 피하 이식에 의해 또는 목적하는 표적 부위에의 이식에 의해 투여될 수 있다. 서방성 제형물은 담체 매트릭스에 분산되고/되거나 속도 조절 막에 의해 둘러싸인 보관소내에 함유된 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드 또는 항체를 함유할 수 있다. 이러한 제형물내에 사용하기 위한 담체는 생체적합성이며 또한 생체분해성일 수 있다. 바람직하게는, 제형물은 비교적 일정한 수준의 활성 성분 방출을 제공한다. 서방성 제형물내에 함유된 활성 화합물의 양은 이식 부위, 방출 속도 및 예상된 지속성 및 치료 또는 예방하고자 하는 상태의 성질에 의존한다.
클라미디아-감염된 세포를 표적화하는 항원-특이적 면역 반응의 생성을 용이하게 하기 위해 약제 조성물 및 백신내에 여러 전달 비히클을 사용할 수 있다. 전달 비히클로는 항원-제시 세포(APC), 예를 들면 수지상 세포, 대식세포, B 세포, 단핵세포, 및 효율적인 APC가 되도록 공학적으로 조작될 수 있는 기타 세포가 포함된다. 이러한 세포는 반드시 필요한 것은 아니지만 항원을 제시하는 능력을 증가시키고, T 세포 반응의 활성화 및/또는 유지를 향상시키며, 항-클라미디아 효과 자체를 갖고/갖거나 수용자에게 면역학적으로 적합할 수 있도록(즉, 정합된 HLA 일배체형) 유전적으로 변형시킬 수 있다. APC는 일반적으로 여러 생물학적 체액 및 기관으로부터 분리될 수 있으며 자가, 동종이형, 유전적 동계 또는 이종 세포일 수 있다.
본 발명의 특정한 바람직한 양태는 항원-제시 세포로서 수지상 세포 또는 이의 선조 세포를 이용한다. 수지상 세포는 고도로 효능적인 APC이며(Banchereau and Steinman, Nature 392:245-251, 1998), 예방 또는 치료 면역성을 유도하기 위한 생리학적 보조제로서 효과적인 것으로 제시되어 왔다(참조: Timmerman and Levy, Ann. Rev. Med. 50:507-529, 1999). 일반적으로, 수지상 세포는 이들의 전형적인 모양[시험관내에서 뚜렷하게 보이는 세포질 돌기(수지상 돌기)를 갖는 방사상], 고 효율로 항원을 포획하고 처리하며 제공하는 능력, 및 천연 T 세포 반응을 활성화하는 능력을 기초로 하여 동정할 수 있다. 수지상 세포는 물론 생체내 또는 생체외에서 수지상 세포에서 흔히 발견되지 않는 특이적 세포-표면 수용체 또는 리간드를 발현하도록 공학적으로 조작할 수 있으며 이렇게 변형된 수지상 세포는 본 발명에 포함된다. 수지상 세포의 대안으로서, 분비된 소포 항원-적재된 수지상 세포(소위 엑소좀)가 백신내에 사용될 수 있다(참조: Zitvogel et al., Nature Med. 4:594-600, 1998).
수지상 세포 및 선조 세포는 말초 혈액, 골수, 림프절, 비장, 피부, 제대 혈액 또는 기타 다른 적합한 조직 또는 체액으로부터 채취할 수 있다. 예를 들면, 수지상 세포는 말초 혈액으로부터 수거된 단핵세포의 배양물에 GM-CSF, IL-4, IL-13 및/또는 TNFα와 같은 사이토킨의 배합물을 가함으로써 생체외에서 분화될 수 있다. 다른 방도로서, 말초 혈액, 제대 혈액 또는 골수로부터 수거된 CD34 양성 세포를 GM-CSF, IL-3, TNFα, CD40 리간드, LPS, flt3 리간드 및/또는 수지상 세포의 분화, 성숙 및 증식을 유도하는 기타 화합물의 배합물을 배양 배지에 첨가함으로써 수지상 세포로 분화시킬 수 있다.
수지상 세포는 통상적으로 "미성숙" 및 "성숙" 세포로 분류되는데, 이러한 분류는 두 개의 익히 특성확인된 표현형을 서로 구분할 수 있는 간단한 방법을 제공해 준다. 그러나, 이러한 분류법이 분화의 모든 가능한 중간 단계를 배제하는 것으로 해석되어서는 안된다. 미성숙 수지상 세포는 항원 흡수 및 처리에 대한 고도의 능력을 가진 APC로서 특징지워지며, 이는 Fcγ 수용체 및 만노즈 수용체의 고도의 발현과 상관관계가 있다. 성숙 표현형은 전형적으로 이들 마커의 발현이 낮다는 특징을 갖는 반면, 부류 I 및 부류 II MHC, 흡착 분자(예, CD54 및 CD11) 및 보조자극 분자(예, CD40, CD80, CD86 및 4-1BB)와 같이 T 세포 활성화에 관여하는 세포 표면 분자의 발현이 높다는 특징을 갖는다.
APC는 일반적으로 클라미디아 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드(또는 이의 일부 또는 기타 변이체)로 형질감염될 수 있으며 이에 따라 클라미디아 폴리펩타이드 또는 이의 면역원성 부분이 세포 표면상에서 발현된다. 이와 같은 형질감염은 생체외에서 일어날 수 있으며, 이러한 형질감염 세포를 포함한 조성물 또는 백신은 본원에 기술된 바와 같이 치료용으로 사용할 수 있다. 다른 방도로서, 수지상 또는 다른 항원-제시 세포를 표적으로 하는 유전자 전달 비히클을 환자에게 투여할 수 있으며, 결과적으로 생체내에서 형질감염이 이루어진다. 수지상 세포의 생체내 또는 생체외 형질감염은 예를 들면 일반적으로 WO 97/24447에 기술된 방법 또는 문헌[Mahvi et al., Immunology and cell Biology 75:456-460, 1997]에 기술된 유전자 총 방법과 같은 당업계에 공지된 방법을 이용하여 실시할 수 있다. 수지상 세포의 항원 적재는 수지상 세포 또는 선조 세포를 클라미디아 폴리펩타이드, DNA(나상 또는 플라스미드 벡터내) 또는 RNA와 항온배양하거나, 항원-발현 재조합 세균 또는 바이러스(예, 백시니아, 포울폭스(fowlpox), 아데노바이러스 또는 렌티바이러스 벡터)와 항온배양하여 달성할 수 있다. 적재하기 전에, 폴리펩타이드는 T 세포 헬퍼를 제공하는 면역학적 파트너(예, 담체 분자)에 공유적으로 접합시킬 수 있다. 다른 방도로서, 수지상 세포를 비-접합된 면역학적 파트너로 별도로 또는 폴리펩타이드의 존재하에서 펄스시킬 수 있다.
약제학적 조성물 및 백신의 투여 경로 및 횟수뿐만 아니라 투여량은 사람에 따라 다양하다. 일반적으로, 약제학적 조성물 및 백신은 주사(예, 피부내, 근육내, 정맥내 또는 피하), 비내(예, 흡입) 또는 경구로 투여할 수 있다. 1 내지 3회 복용량이 1 내지 36주 기간동안 투여될 수 있다. 바람직하게는 3회 복용량이 3 내지 4개월의 간격으로 투여되며 이후에 주기적으로 추가 예방접종이 이루어질 수 있다. 또 다른 프로토콜이 개개의 환자에 따라 적합할 수 있다. 적합한 복용량은 상기된 바와 같이 투여되었을 때 적어도 1 내지 2 년동안 클라미디아 감염으로부터 환자를 보호하기에 충분한 면역화된 환자에게서 면역 반응을 일으킬 수 있는 폴리펩타이드 또는 DNA의 양이다. 일반적으로, 복용량에 존재하는(또는 복용량중의 DNA에 의해 생성되는) 폴리펩타이드의 양은 숙주의 kg당 약 1 pg 내지 약 100 mg, 전형적으로 약 10 pg 내지 약 1 mg, 바람직하게는 약 100 pg 내지 약 1 μg이다. 적당한 복용량의 정도는 환자의 체격에 따라 다양하지만 전형적인 범위는 약 0.1 mL 내지 약 5 mL이다.
당업자에게 알려진 어떠한 적합한 담체도 본 발명의 약제학적 조성물에 사용될 수 있는 한편, 담체의 유형은 투여 방식에 따라 다양할 수 있다. 피하 주사와 같은 비경구 투여의 경우, 담체는 바람직하게는 물, 염수, 알코올, 지방, 왁스 또는 완충액을 포함한다. 경구 투여의 경우에는 상기 담체 또는 고체 담체(예, 만니톨, 락토즈, 전분, 마그네슘 스테아레이트, 나트륨 삭카린, 탈쿰, 셀룰로즈, 글루코즈, 수크로즈 및 탄산마그네슘)가 사용될 수 있다. 또한 본 발명의 약제 조성물을 위한 담체로서 생체분해성 미소구(예, 폴리락틱 갈락티드)가 사용될 수 있다. 적합한 생체분해성 미소구는 예를 들면 미국특허 제4,897,268호 및 제5,075,109호에 기술되어 있다.
일반적으로, 적절한 복용량 및 치료 방법은 활성 화합물을 치료 및/또는 예방 효과를 제공하기에 충분한 양으로 제공한다. 이러한 반응은 비치료된 환자에 비하여 치료된 환자에게서 향상된 임상 결과를 확립함으로써 모니터링될 수 있다. 클라미디아 단백질에 대해 이미 존재하는 면역 반응의 증가는 일반적으로 향상된 임상 결과와 상관관계가 있다. 이러한 면역 반응은 일반적으로 치료 전 및 후에 환자로부터 채취된 샘플을 사용하여 실시할 수 있는 표준 증식, 세포독성 또는 사이토킨 검정을 사용하여 평가할 수 있다.
다른 관점으로서, 본 발명은 상기된 폴리펩타이드를 사용하여 클라미디아 감염을 진단하는 방법을 제공한다. 이 관점에서, 상기 폴리펩타이드중 하나 이상을 단독으로 또는 함께 사용하여 생물학적 샘플에서 클라미디아 감염을 탐지하는 방법이 제공된다. 명백히 하기 위해 용어 "폴리펩타이드"는 본 발명의 진단 방법의 특정 양태를 기술할 때 사용된다. 그러나, 이와 같은 방법에 본 발명의 융합 단백질이 또한 사용될 수 있음은 당업자에게는 자명하다.
본원에 사용된 "생물학적 샘플"은 환자로부터 채취된 항체-함유 샘플이다. 바람직하게는, 상기 샘플은 전혈, 객담, 혈청, 혈장, 타액, 뇌척수액 또는 뇨이다. 더욱 바람직하게는, 샘플은 환자로부터 채취된 혈액, 혈청 또는 혈장 샘플이다. 이하에 기술된 바와 같이 검정에서 폴리펩타이드를 사용하여 샘플중의 폴리펩타이드에 대한 항체의 존재 여부를 예정된 컷오프 값에 대해 상대적으로 결정한다. 이러한 항체의 존재는 클라미디아-감염을 나타낼 수 있는 클라미디아 항원에 대한 이전의 감작을 가리킨다.
하나 이상의 폴리펩타이드가 사용되는 양태에서, 사용된 폴리펩타이드는 바람직하게는 상보적이다(즉, 한 가지 성분의 폴리펩타이드는 감염이 다른 성분의 폴리펩타이드에 의해 검출되지 않은 샘플에서 감염을 검출하는 경향이 있다). 상보적인 폴리펩타이드는 일반적으로 각 폴리펩타이드를 개별적으로 사용하여 클라미디아에 감염된 것으로 알려진 일련의 환자들로부터 채취된 혈청 샘플을 평가함으로써 동정할 수 있다. 각 폴리펩타이드에 의해 시험한 결과 양성으로 나타나는 샘플을 결정한 후(이하에 기술되어 있음), 시험된 샘플 가운데 대부분 또는 전부에서 감염을 탐지할 수 있는 둘 이상의 폴리펩타이드의 배합물을 제형할 수 있다.
하나 이상의 폴리펩타이드를 사용하여 샘플중의 항체를 탐지하기 위한 여러 검정 방법이 당업자에게 알려져 있다[참조: Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988]. 상기 문헌의 내용은 본원에 참고로 인용된다. 바람직한 양태로서, 검정은 고체 지지체상에 고정된 폴리펩타이드를 사용하여 이를 샘플중의 항체와 결합시켜 항체를 제거하는 것을 포함한다. 이어서, 수용체 그룹을 함유한 검출 시약을 사용하여 결합된 항체를 검출할 수 있다. 적합한 검출 시약은 항체/폴리펩타이드 복합체 및 리포터 그룹으로 표지된 유리 폴리펩타이드(예, 반경쟁 검정에서)에 결합하는 항체를 포함한다. 다른 방도로서, 폴리펩타이드와 결합하는 항체를 리포터 그룹으로 표지시키고 항원을 샘플과 항온배양한 후 고정된 항원과 결합이 이루어지도록 하는 경쟁 검정을 사용할 수 있다. 샘플의 성분이 폴리펩타이드에 표지된 항체의 결합을 억제하는 정도가 고정된 폴리펩타이드와 샘플의 반응성을 나타낸다.
고체 지지체는 항원이 연결될 수 있는 것으로 당업자에게 알려진 어떠한 고체 물질도 가능하다. 예를 들면, 고체 지지체는 미소역가 평판내의 시험 웰 또는 니트로셀룰로즈 또는 다른 적합한 막일 수 있다. 다른 방도로서, 지지체는 유리, 섬유유리, 라텍스 또는 플라스틱 물질(예, 폴리스티렌 또는 폴리비닐클로라이드)와 같은 비드 또는 디스크일 수 있다. 지지체는 또한 예를 들면 미국특허 제5,359,681호에 기술된 것과 같은 자석 입자 또는 섬유 광학 센서일 수 있다.
폴리펩타이드는 당업자에게 알려진 여러 기술을 사용하여 고체 지지체에 결합시킬 수 있다. 본 발명에 있어서, 용어 "결합된"은 흡착과 같은 비공유 결합 및 공유 결합(항원과 지지체상의 작용 그룹사이의 직접적인 연결이거나 가교제를 통한 연결일 수 있다)을 가리킨다. 미소역가 평판중의 웰 또는 막에 대한 흡착으로서의 결합이 바람직하다. 이러한 경우, 흡착은 적합한 완충액중의 폴리펩타이드를 고체 지지체와 적합한 시간 동안 접촉시킴으로써 달성될 수 있다. 접촉 시간은 온도에 따라 다양하지만 전형적으로는 약 1시간 내지 1일이다. 일반적으로, 약 10 ng 내지 약 1 μg, 바람직하게는 약 100 ng의 폴리펩타이드의 양으로 플라스틱 미소역가 평판의 웰(예, 폴리스티렌 또는 폴리비닐클로라이드)에 접촉시키는 것이 적당한 양의 항원과 결합시키기에 충분하다.
고체 지지체에 대한 폴리펩타이드의 공유 결합은 일반적으로 지지체를 폴리펩타이드상에서 하이드록실 또는 아미노 그룹과 같은 작용그룹 및 지지체 둘다와 반응하는 이작용성 시약과 우선 반응시킴으로써 달성될 수 있다. 예를 들면, 폴리펩타이드는, 벤조퀴논을 사용하거나 지지체상의 알데하이드 그룹을 폴리펩타이드상의 활성 수소 및 아민과 축합시킴으로써 적절한 중합체 피복물을 갖는 지지체에 결합될 수 있다(참조: Pierce Immunotechnology Catalog and Handbook, 1991, at A12-A13).
특정 양태로서, 검정은 효소 연결된 면역흡착 검정(ELISA)이다. 이 검정은 우선 고체 지지체, 흔히 미소역가 평판의 웰상에 고정시킨 폴리펩타이드 항원을 샘플과 먼저 접촉시켜 샘플내의 폴리펩타이드에 대한 항체가 고정된 폴리펩타이드와 결합되도록 실시할 수 있다. 그런 다음, 미결합된 샘플을 고정된 폴리펩타이드로부터 제거하고 고정된 항체-폴리펩타이드 복합체에 결합할 수 있는 검출 시약을 첨가한다. 이어서, 고체 지지체상에 결합된 채로 남아 있는 검출 시약의 양을 특정 검출 시약에 알맞은 방법을 사용하여 결정한다.
보다 자세하게는, 일단 폴리펩타이드가 상기된 바와 같이 지지체상에 고정되면 지지체상의 남은 단백질 결합 부위가 전형적으로 차단된다. 소혈청 알부민(BSA) 또는 트윈 20TM(미조리 세인트 루이스 소재 시그마 케미칼 컴퍼니: Sigma Chemical Co.)과 같이 당업자에게 알려진 어떠한 적합한 차단제도 사용될 수 있다. 이어서, 고정된 폴리펩타이드를 샘플과 항온배양하고 항체는 항원과 결합이 이루어지도록 한다. 샘플은 항온배양하기 전에 인산염-완충 염수(PBS)와 같은 적합한 희석제로 희석시킬 수 있다. 일반적으로 적절한 접촉 시간(즉, 항온배양 시간)은 HGE-감염된 샘플내에 항체의 존재를 검출하기에 충분한 시간이다. 바람직하게는, 접촉 시간은 결합된 항체와 미결합된 항체사이에 평형에 도달된 결합 수준의 95% 이상인 결합 수준에 도달하기에 충분하다. 당업자는 평형에 도달하기에 필요한 시간이 일정 시간에 발생하는 결합의 수준을 검정함으로써 쉽게 측정할 수 있음을 인식할 것이다. 실온에서, 약 30분의 항온배양 시간이 일반적으로 충분하다.
그런 다음 미결합된 샘플은 고체 지지체를 0.1% 트윈 20TM이 함유된 PBS와 같은 적절한 완충액으로 세척함으로써 제거할 수 있다. 이어서, 검출 시약을 고체 지지체에 첨가할 수 있다. 적절한 검출 시약은 고정된 항체-폴리펩타이드 복합체와 결합하며 당업자에게 알려진 여러 수단 중 어느 하나에 의해 검출될 수 있는 화합물은 어느 것도 가능하다. 바람직하게는, 검출 시약은 리포터 그룹에 접합된 결합제(예, 단백질 A, 단백질 G, 면역글로불린, 렉틴 또는 유리 항원)를 함유한다. 바람직한 리포터 그룹으로는 효소(예, 양고추냉이 퍼옥시다제), 기질, 보조인자, 억제제, 염료, 방사성핵종, 발광 그룹, 형광 그룹 및 바이오틴이 포함된다. 리포터 그룹에 결합제의 접합은 당업자에게 알려진 표준 방법을 사용하여 달성할 수 있다. 통상의 결합제는 여러 리포터 그룹에 접합된 채로 많은 제조업체(예, 캘리포니아 샌 프랜시스코 소재 지메드 레보라토리즈(Zymed Laboratories) 및 일리노이 록포드 소재 피어스(Pierce))로부터 구입할 수 있다.
이어서, 검출 시약을 고정된 항체-폴리펩타이드 복합체와 결합된 항체를 검출하기에 충분한 시간동안 항온배양한다. 적당한 시간 양은 일반적으로 제조업체의 지침에 따라 또는 일정 시간동안 발생하는 결합 수준을 검정함으로써 측정될 수 있다. 이어서, 미결합된 검출 시약을 제거하고 결합된 검출 시약을 리포터 그룹을 사용하여 검출한다. 리포터 그룹을 검출하기 위해 사용된 방법은 리포터 그룹의 특성에 의해 좌우된다. 방사성 그룹의 경우, 신틸레이션 계수 또는 자가방사기록 방법이 일반적으로 적절하다. 분광 방법을 사용하여 염료, 발광 그룹 및 형광 그룹을 검출할 수 있다. 바이오틴은 다른 리포터 그룹(흔히 방사성 또는 형광 그룹 또는 효소)에 연결된 아비딘을 사용하여 검출할 수 있다. 효소 리포터 그룹은 일반적으로 기질을 (일반적으로 특정 기간 동안) 첨가한 후 반응 산물을 분광분석하거나 기타 다르게 분석함으로써 검출할 수 있다.
샘플중의 항-클라미디아 항체의 존재 유무를 탐지하기 위해, 고체 지지체에 결합되어 있는 리포터 그룹으로부터 검출된 시그날을 일반적으로 예정된 컷오프 값에 상응하는 시그날과 비교한다. 한 가지 바람직한 양태로서, 컷오프 값은 고정된 항원을 미감염 환자로부터의 샘플과 항온배양시켰을 때 얻은 평균 시그날이다. 일반적으로, 예정된 컷오프 값이상으로 3회의 표준 편차를 보이는 시그날을 발생하는 샘플은 클라미디아-감염에 대해 양성인 것으로 판단된다. 또 다른 바람직한 양태로서, 컷오프 값은 문헌[Sackett et al., Clinical Epidemiology: A Basic Science for Clinical Medicine, Little Brown and Co., 1985, pp. 106-107]의 방법에 따라 리씨버 오퍼레이터 커브(Receiver Operator Curve)를 사용하여 결정한다. 요약하면, 이 양태에서, 컷오프 값은 진단 시험 결과에 대해 각각의 가능한 컷오프 값에 상응하는 진정 양성 비율(즉, 민감성) 및 허위 양성 비율(100%-특이성)의 한 쌍의 플롯으로부터 결정될 수 있다. 상부 우측 코너에 가장 근접한 플롯상의 컷오프 값(즉, 가장 큰 면적을 차지하는 값)이 가장 정확한 컷오프 값이며 이 방법에 의해 결정된 컷오프 값보다 큰 시그날을 발생하는 샘플은 양성으로 고려될 수 있다. 다른 방도로서, 컷오프 값은 허위 양성 비율을 최소화할 경우 플롯을 따라 좌측으로 이동하거나 허위 음성 비율을 최소화할 경우엔 우측으로 이동할 수 있다. 일반적으로, 이 방법에 의해 결정된 컷오프 값보다 큰 시그날을 발생하는 샘플은 클라미디아 감염에 대해 양성으로 판단된다.
관련된 양태로서, 검정은 항원이 니트로셀룰로즈와 같은 막에 고정되는 급속 병류(flow-through) 또는 스트립 시험 포맷으로 실시한다. 병류 시험에서, 샘플내의 항체는 샘플이 막을 통과하면서 고정된 폴리펩타이드에 결합한다. 이어서, 검출 시약(예, 단백질 A-교질성 금)을 함유한 용액이 막을 통과하면서 검출 시약이 항체-폴리펩타이드 복합체에 결합한다. 그런 다음, 결합된 검출 시약의 검출을 상기된 바와 같이 실시할 수 있다. 스트립 시험 포맷에서, 폴리펩타이드가 결합되는 막의 한쪽 끝이 샘플을 함유한 용액에 침지된다. 샘플은 검출 시약을 함유하는 영역을 통하여 막을 따라 고정된 폴리펩타이드의 영역으로 이동한다. 폴리펩타이드에서의 검출 시약의 농도는 샘플중의 항-클라미디아 항체의 존재를 가리킨다. 전형적으로, 그 부위에 검출 시약의 농도는 시각적으로 판독할 수 있는 선과 같은 패턴을 형성한다. 이와 같은 패턴의 부재는 음성 결과를 가리킨다. 일반적으로, 막에 고정된 폴리펩타이드의 양은 생물학적 샘플이 상기된 바와 같이 ELISA에서 양성 시그날을 발생하기에 충분한 항체의 수준을 함유할 때 시각적으로 식별가능한 패턴을 형성하도록 선택된다. 바람직하게는, 막상에 고정된 폴리펩타이드의 양은 약 25 ng 내지 약 1 μg이며 더욱 바람직하게는 약 50 ng 내지 약 500 ng이다. 이러한 시험은 전형적으로 극소량(예, 한 방울)의 환자 혈청 또는 혈액으로 실시할 수 있다.
물론, 본 발명의 폴리펩타이드와 사용하기에 적합한 많은 다른 검정 프로토콜이 있다. 상기 기술 내용은 단지 예시하는데 불과하다. 이와 같은 방법에서 유용하게 사용될 수 있는 또 다른 검정 프로토콜의 한 가지 예는 웨스턴 블롯이며 여기서 생물학적 샘플에 존재하는 단백질은 결합제에 노출되기 전에 겔상에서 분리된다. 이러한 기술은 당업자에게 잘 알려져 있다.
또한, 본 발명은 클라미디아 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 및 이의 항원-결합 단편과 같은 제제를 제공한다. 본원에 사용된 항체 또는 이의 항원-결합 단편은, 이것이 검출가능한 수준으로(예를 들면 ELISA에서) 클라미디아 단백질과 반응하고 유사한 조건하에서 무관한 단백질과 검출가능하게 반응하지 않는다면, 클라미디아 단백질과 "특이적으로 결합한다"라고 말한다. 본원에 사용된 "결합"은 복합체가 형성되도록 별개의 두 분자간의 비공유 결합을 가리킨다. 결합 능력은 예를 들면 복합체의 형성에 대한 결합 상수를 결정함으로써 평가될 수 있다. 결합 상수는 복합체의 농도를 성분 농도의 결과로 나누었을 때 얻은 값이다. 일반적으로, 두 성분은 본 발명에서 복합체 형성에 대한 결합 상수가 약 103 L/mol을 초과할 때 "결합한다"라고 말한다. 결합 상수는 당업계에 잘 알려진 방법을 사용하여 결정할 수 있다.
결합제는 또한 본원에 제공된 대표적인 검정을 사용하여 클라미디아 감염 환자 및 클라미디아 감염되지 않은 환자사이를 구별할 수 있다. 다시 말해서, 클라미디아 단백질에 결합하는 항체 또는 다른 결합제는 질환을 앓고 있는 환자중 약 20% 이상에서 클라미디아 감염의 존재를 나타내는 시그날을 발생하며, 감염되지 않은 개체의 약 90% 이상에서 질환의 부재를 나타내는 음성 시그날을 발생할 것이다. 결합제가 이러한 요건을 충족하는 지를 측정하기 위해, 클라미디아 감염된 환자 및 클라미디아 미감염된 환자(표준 임상 시험으로 측정했을 때)로부터의 생물학적 샘플(예, 혈액, 혈청, 객담, 뇨 및/또는 조직 생검)을 본원에 기술된 바와 같이 결합제에 결합하는 폴리펩타이드의 존재에 대해 검정할 수 있다. 질환을 지닌 샘플과 지니지 않은 샘플의 통계상 유의적 수를 검정해야 한다는 것은 자명하다. 각 결합제는 상기 기준을 충족해야 한다. 그러나, 당업자는 민감성을 향상시키기 위해 결합제를 배합하여 사용할 수 있음을 이해할 것이다.
상기 요건을 충족하는 어떠한 제제도 결합제가 될 수 있다. 예를 들면, 결합제는 펩타이드 성분이 존재 또는 부재하는 리보좀, RNA 분자 또는 폴리펩타이드일 수 있다. 바람직한 양태로서, 결합제는 항체 또는 이의 항원-결합 단편일 수 있다. 항체는 당업자에게 알려진 다양한 기술로 제조할 수 있다(참조: Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988). 일반적으로, 항체는 본원에 기술된 바와 같은 모노클로날 항체의 생성을 포함한 세포 배양 기술에 의해 또는 재조합 항체의 생성을 위해 적합한 세균 또는 포유류 세포 숙주내로 항체 유전자를 형질감염시킴으로써 생성될 수 있다. 한 가지 기술로서, 폴리펩타이드를 포함한 면역원은 처음에 여러 포유류(예, 마우스, 랫트, 토끼, 양 또는 염소)내로 주사한다. 이 단계에서, 본 발명의 폴리펩타이드는 변형되지 않고 면역원으로서 작용할 수 있다. 다른 방도로서, 특히 비교적 짧은 폴리펩타이드의 경우, 폴리펩타이드가 소 혈청 알부민 또는 키홀 림펫 헤모시아닌과 같은 담체 단백질에 연결되는 경우 우수한 면역 반응이 유도될 수 있다. 면역원은 바람직하게는 1회 이상의 추가 면역화를 포함하여 예정된 일정에 따라 동물 숙주내로 주사하고 동물로부터 주기적으로 채혈한다. 이어서, 폴리펩타이드에 대해 특이적인 폴리클로날 항체를 예를 들면 적합한 고체 지지체에 연결된 폴리펩타이드를 사용하여 친화성 크로마토그래피에 의해 항혈청으로부터 정제할 수 있다.
해당 항원성 폴리펩타이드에 대해 특이적인 모노클로날 항체는 예를 들면 문헌[Kohler and Milstein, Eur. J. Immunol. 6:511-519, 1976]의 기술 및 이의 개선된 기술을 이용하여 제조할 수 있다. 요약하면, 이들 방법은 목적하는 특이성(즉, 해당 폴리펩타이드와의 반응성)을 갖는 항체를 생성할 수 있는 불멸 세포주의 제조를 포함한다. 이러한 세포주는 예를 들면 상기된 바와 같이 면역화된 동물로부터 수득된 비장 세포로부터 생성될 수 있다. 그런 다음, 비장 세포를 예를 들면 골수종 세포 융합 파트너, 바람직하게는 면역화 동물과 유전적 동계인 것과의 융합에 의해 불멸화할 수 있다. 다양한 융합 기술을 사용할 수 있다. 예를 들면, 비장 세포 및 골수종 세포를 수분 동안 비이온성 세제와 배합한 다음 골수종 세포가 아닌 하이브리드 세포의 성장을 유지케하는 선별 배지에 저밀도로 플레이팅할 수 있다. 바람직한 선별 기술은 HAT(하이포크산틴, 아미노프테린, 티미딘) 선별을 사용한다. 충분한 시간 후, 보통 약 1 내지 2주 후 하이브리드의 콜로니가 관찰된다. 단일 콜로니를 선별하고 이들의 배양 상층액을 폴리펩타이드에 대한 결합 활성에 대해 시험한다. 높은 반응성 및 특이성을 갖는 하이브리도마가 바람직하다.
모노클로날 항체는 성장하는 하이브리도마 콜로니의 상층액으로부터 분리할 수 있다. 또한, 마우스와 같은 적합한 척추동물 숙주의 복강내로 하이브리도마 세포주를 주사하는 것과 같이 여러 기술을 이용하여 수율을 증대시킬 수 있다. 이어서, 복수액 또는 혈액으로부터 모노클로날 항체를 수거할 수 있다. 오염물은 크로마토그래피, 겔 여과, 침전 및 추출과 같은 통상적인 기술에 의해 항체로부터 제거될 수 있다. 본 발명의 폴리펩타이드는 예를 들면 친화성 크로마토그래피 단계의 정제 과정에 사용될 수 있다.
특정한 양태로서, 항체의 항원-결합 단편을 사용하는 것이 바람직할 수 있다. 이러한 단편으로는 표준 기술을 사용하여 제조할 수 있는 Fab 단편이 포함된다. 요약하면, 면역글로불린을 단백질 A 비드 컬럼상에서 친화성 크로마토그래피(Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988)하여 토끼 혈청으로부터 정제하고 파파인으로 분해시켜 Fab 및 Fc 단편을 수득할 수 있다. Fab 및 Fc 단편은 단백질 A 비드 컬럼상에서 친화성 크로마토그래피하여 분리할 수 있다.
본 발명의 모노클로날 항체는 하나 이상의 치료제에 접합시킬 수 있다. 이러한 관점에서 적합한 제제로는 방사성핵종, 분화 유도제, 약물, 독소 및 이들의 유도체가 포함된다. 바람직한 방사성핵종으로는 90Y, 123I, 125I, 131I, 186Re, 188Re, 211At 및 212Bi가 포함된다. 바람직한 약물로는 메토트렉세이트 및 피리미딘 및 퓨린 동족체가 포함된다. 바람직한 분화 유도제로는 포르볼 에스테르 및 부티르산이 포함된다. 바람직한 독소로는 리신, 아브린, 디프테리아 독소, 콜레라 독소, 젤로닌, 슈도모나스 외독소, 쉬겔라 독소 및 미국자리공 항바이러스 단백질이 포함된다.
치료제는 적합한 모노클로날 항체에 직접적으로 또는 간접적으로(예, 링커 그룹을 통해) 접합될 수 있다(예, 공유 결합). 제제와 항체사이의 직접적인 반응은 각각이 다른 것과 반응할 수 있는 치환체를 소유할 때 가능하다. 예를 들면, 한쪽 상의 아미노 또는 설프하이드릴 그룹과 같은 친핵성 그룹은 다른 쪽 상의 양호한 이탈 그룹(예, 할라이드)을 함유한 알킬 그룹 또는 무수물 또는 산 할라이드와 같은 카르보닐-함유 그룹과 반응할 수 있다.
다른 방도로서, 치료제와 항체는 링커 그룹을 통해 결합시키는 것이 바람직할 수 있다. 링커 그룹은 결합가능물간의 간섭을 피하기 위해 제제로부터 항체를 분리시키기 위한 스페이서로서 작용할 수 있다. 또한, 링커 그룹은 제제 또는 항체상의 치환체의 화학적 반응성을 증대시키는 작용을 할 수 있으며 이에 따라 접합 효율을 증가시켜 준다. 화학 반응성의 증가는 또한 제제 또는 제제상의 작용그룹의 사용을 용이하게 할 수 있으나, 그렇지 않은 경우 불가능하다.
호모 작용성 및 헤테로 작용성에 상관없이 다양한 이작용성 또는 다작용성 시약(예, 일리노이 락포드 소재 피어스 케미칼 컴퍼니의 카달로그에 기술되어 있는 것)이 링커 그룹으로 사용될 수 있음은 당업자에게는 자명하다. 결합은 예를 들면 아미노 그룹, 카르복실 그룹, 설프하이드릴 그룹 또는 산화된 탄수화물 잔기를 통해 이루어질 수 있다. 이와 같은 방법에 관한 참고문헌은 많이 있으며 예로서 로드웰 등의 미국특허 제4,671,958호를 들 수 있다.
치료제가 본 발명의 면역결합제의 항체 부분으로부터 유리될 때 보다 더 효능적인 경우, 세포내로 내화하는 동안 또는 내화할 때 분해될 수 있는 링커 그룹을 사용하는 것이 바람직할 수 있다. 많은 다른 절단가능한 링커 그룹이 공개되어 있다. 이들 링커 그룹으로부터 제제의 세포내 방출에 대한 기전은 디설파이드 결합의 환원(예, 스피틀러의 미국특허 제4,489,710), 광불안정성 결합의 방사선조사(예, 센터 등의 미국특허 제4,625,014호), 유도체화된 아미노산 측쇄의 가수분해(예, 콘(Kohn) 등의 미국특허 제4,638,045호), 혈청 보체-매개된 가수분해(예, 로드웰 등의 미국특허 제4,671,958호) 및 산-촉매된 가수분해(예, 블라틀러 등의 미국특허 제4,569,789호)에 의한 분해를 포함한다.
하나 이상의 제제를 항체에 결합시키는 것이 바람직할 수 있다. 한가지 양태로서, 제제의 복수 분자가 하나의 항체 분자에 결합된다. 다른 양태로서, 제제의 한가지 이상의 유형이 하나의 항체에 연결될 수 있다. 특정 양태와 상관없이, 하나 이상의 제제를 가진 면역결합체는 다양한 방법에 의해 제조될 수 있다. 예를 들면, 하나 이상의 제제가 항체 분자에 직접 결합되거나 다수의 결합 부위를 제공하는 링커가 사용될 수 있다. 다른 방도로서, 담체가 사용될 수 있다.
담체는 직접적으로 또는 링커 그룹을 통해 공유 결합을 포함한 여러 방법으로 제제를 보유할 수 있다. 적합한 담체로는 알부민(예, 카토 등의 미국특허 제4,507,234호)과 같은 단백질, 펩타이드 및 아미노덱스트란과 같은 다당류(예, 시흐 등의 미국특허 제4,699,784호)가 포함된다. 담체는 또한 리포좀 소포내에서와 같은 캡슐화(예, 미국특허 제4,429,008호 및 제4,873,088호) 또는 비공유 결합에 의해 제제를 보유할 수 있다. 방사성핵종 제제에 특이적인 담체로는 방사능할로겐화 소분자 및 킬레이트화 화합물이 포함된다. 예를 들면, 미국특허 제4,735,792호에는 대표적인 방사능할로겐화 소분자 및 이들의 합성이 기술되어 있다. 방사성핵종 킬레이트는 금속 또는 금속 산화물, 방사성핵종을 결합시키기 위한 공여 원자로서 질소 및 황 원자를 함유하는 것을 포함하는 킬레이트 화합물로부터 형성될 수 있다. 예를 들면, 데이비슨 등의 미국특허 제4,673,562호에는 대표적인 킬레이트 화합물 및 이들의 합성이 기술되어 있다.
항체 및 면역접합체를 투여하기 위한 여러 경로가 사용될 수 있다. 전형적으로, 투여는 정맥내, 근육내, 피하 또는 적절한 방법에 의한 부위-특이적 영역내일 수 있다. 항체/면역접합체의 정확한 복용량은 사용된 항체, 항원 밀도 및 항체의 소거율에 따라 변할 수 있음은 명백하다.
항체를 진단 시험에 이용하여 상기된 바와 유사한 검정 및 기타 당업자에게 알려진 기술을 사용하여 클라미디아 항원의 존재를 검출할 수 있으며, 이에 따라 환자에게서 클라미디아 감염을 탐지하는 방법을 제공한다.
또한, 본 발명의 진단 시약은 상기 하나 이상의 폴리펩타이드 또는 이의 하나 이상의 일부분을 암호화하는 DNA 서열을 포함할 수 있다. 예를 들면, 두 개이상의 올리고뉴클레오타이드 프라이머(여기서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머의 하나 이상은 본 발명의 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 분자에 대해 특이적이다)를 중합효소 연쇄 반응(PCR)계 검정에 사용하여 생물학적 샘플로부터 유래된 클라미디어-특이적 cDNA를 증폭시킬 수 있다. 이어서, 겔 전기영동과 같은 당업계에 잘 알려진 기술을 사용하여 증폭된 cDNA의 존재를 검출한다. 유사하게, 본 발명의 폴리펩타이드를 암호화하는 DNA 분자에 대해 특이적인 올리고뉴클레오타이드 프로브를 하이브리드화 검정에 사용하여 생물학적 샘플에서 본 발명에 따른 폴리펩타이드의 존재를 검출할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "DNA 분자에 대해 특이적인 올리고뉴클레오타이드 프라이머/프로브"는 해당 DNA 분자와 약 80% 이상, 바람직하게는 약 90% 이상, 더욱 바람직하게는 약 95% 이상의 동일성을 갖는 올리고뉴클레오타이드 서열을 의미한다. 본 발명의 진단 방법에서 유용하게 사용될 수 있는 올리고뉴클레오타이드 프라이머 및/또는 프로브는 적어도 약 10 내지 40개의 뉴클레오타이드를 갖는다. 바람직한 양태로서, 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 본원에 기술된 폴리펩타이드중 하나를 암호화하는 DNA 분자중 약 10개 이상의 연속 뉴클레오타이드를 포함한다. 바람직하게는, 본 발명의 진단 방법에 사용하기 위한 올리고뉴클레오타이드 프로브는 본원에 기술된 폴리펩타이드중 하나를 암호화하는 DNA 분자중 약 15개 이상의 연속 올리고뉴클레오타이드를 포함한다. PCR계 검정 및 하이브리드화 검정 모두를 위한 기술은 당업계에 잘 알려져 있다(참조: Mullis 등의 인용문헌 및 Ehrlich의 인용문헌). 따라서, 프라이머 또는 프로브를 사용하여 생물학적 샘플중에서 클라미디아-특이적 서열을 검출할 수 있다. 상기된 올리고뉴클레오타이드 서열을 포함하는 DNA 프로브 또는 프라이머는 단독으로 또는 함께 사용할 수 있다.
하기 실시예로 본 발명을 예시한다. 그러나, 이들 실시예가 본 발명을 한정하는 것은 아니다.
실시예
1
클라미디아 항원을 암호화하는
DNA
서열의 분리
본 발명의 클라미디아 항원은 문헌[Sanderson et al., J. Exp. Med., 1995, 182:1751-1757]에 기술된 바와 같이 클라미디아 트라코마티스 LGV II의 게놈 DNA 라이브러리의 발현 클로닝에 의해 분리되었고 면역반응성 T 세포주에서 PBMC 증식 및 IFN-γ를 유도하는 것으로 나타났다.
생식기가 클라미디아에 감염된 병력이 없는 정상적인 공여자로부터의 PBMC를 클라미디아 트라코마티스 LGV II의 기본소체로 자극시킴으로써 클라미디아-특이적 T 세포주가 발생하였다. TCL-8로 명명된 이 T 세포주는 클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 뉴모니아 둘다로 감염된 단핵세포-유래된 수지상 세포를 인식하는 것으로 밝혀졌다.
클라미디아 트라코마티스 LGV II의 무작위 전단된 게놈 라이브러리를 람다 ZAP(캘리포니아 라 졸라 소재 스트라타젠: Stratagene)에서 작제하고 증폭된 라이브러리를 96 웰 미소역가 평판에 30개 클론/웰의 밀도로 플레이팅하였다. 세균을, 2 mM IPTG의 존재하에 재조합 단백질을 발현하도록 3시간동안 유도한 다음 펠렛팅하고 200 μl의 RPMI 10% FBS중에 재현탁시켰다. 10 μl의 유도된 세균 현탁액을 자가 단핵세포-유래된 수지상 세포를 함유하는 96 웰 평판으로 옮겼다. 2시간 동안 항온배양 후, 수지상 세포를 세척하여 유리된 이. 콜라이를 제거하고 클라미디아-특이적 T 세포를 첨가하였다. 이. 콜라이 풀(pool)에 반응하는 T 세포의 증식 및 IFN-γ 생성을 측정함으로써 양성 이. 콜라이 풀을 동정하였다.
4개의 양성 풀을 동정하고 이들을 분쇄시켜 4개의 순수한 클론을 수득하였다. 이들은 각각 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 및 10-C10-31로 명명하였고 삽입체 크기는 각각 481 bp, 183 bp, 110 bp 및 1400 bp였다. 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 및 10-C10-31에 대해 결정된 DNA 서열은 각각 서열 1 내지 4로 제공된다. 클론 1-B1-66은 대략 클라미디아 트라코마티스 게놈의 영역 536690에 위치한다(NCBI C. trachomatis database). 클론 1-B1-66에서, 이전에 동정된 9 kDa 단백질을 암호화하는 개방형 판독 프레임(ORF)(Stephens, et al. 진뱅크 입수번호 AE001320)이 동정되었으며(뉴클레오타이드 115-375), 이의 서열은 서열 5로 제공되고 있다. 클론 4-D7-28은 동일한 ORF의 보다 작은 영역이다(1-B1-66의 아미노산 22-82). 클론 3-G3-10은 대략 클라미디아 트라코마티스 게놈의 영역 74559에 위치한다. 삽입체는 게놈내 배향과 관련하여 안티센스 배향으로 클로닝된다. 클론 10-C10-31은 클라미디아 트라코마티스로부터의 S13 리보좀 단백질에 대해 이전에 공개된 서열(Gu, L. et al. J. Bacteriology, 177:2594-2601, 1995)에 상응하는 개방형 판독 프레임을 함유한다. 4-D7-28 및 10-C10-31에 대해 추정된 단백질 서열은 각각 서열 6 및 12로 제공되고 있다. 3-G3-10에 대해 추정된 단백질 서열은 서열 7 내지 11로 제공된다.
관련된 일련의 스크리닝 연구에서, 추가의 T 세포주를 사용하여 상기된 클라미디아 트라코마티스 LGV II의 게놈 DNA 라이브러리를 스크리닝하였다. 클라미디아 트라코마티스 LGV II의 기본소체로 감염된 자가 단핵세포-유래된 수지상 세포로 환자 PBMC를 자극시키는 방법으로, 생식기가 클라미디아에 의해 감염된 환자로부터 클라미디아-특이적 T 세포주(TCT-1)를 유도하였다. 1256 bp 삽입체를 함유한 한 가지 클론 4C9-18(서열 21)은 표준 증식 검정으로 측정한 결과 클라미디아-특이적 T 세포주 TCT-1로부터 특이적 면역 반응을 유도하였다. 후속적인 분석 결과 이 클론은 3개의 공지된 서열을 함유하는 것으로 나타났다: 서열 22로 기술된 리포아미드 데하이드로게나제(진뱅크 입수번호 AE001326); 서열 23으로 기술된 가정 단백질 CT429(진뱅크 입수번호 AE001316); 및 서열 24로 기술된 유비퀴논 메틸트란스퍼라제 CT428(진뱅크 입수번호 AE001316)의 개방형 판독 프레임의 일부.
클론 4C9-18(서열 21)에 관한 추가의 연구에서, 클라미디아 트라코마티스(LGV II)로부터의 리포아미드 데하이드로게나제에 대한 전체 길이 아미노산 서열(서열 22)은 서열 90에 기술된 클론 CtL2-LPDA-FL에서 발현되었다.
T 세포 자극 에피토프를 함유한 개방형 판독 프레임을 추가로 특성확인하기 위해 아미노 말단에 6X-히스티딘 태그를 암호화하는 cDNA 서열를 갖는 클론 4C9-18의 뉴클레오타이드 1-695를 함유하는 cDNA 단편을 pET176b 벡터(위스콘신 매디슨 소재 노바겐: Novagen)의 NdeI/EcoRI 부위내로 서브클로닝시켰다. 이를 클론 4C9-18#2BL21 pLysS(서열 25, 상응하는 아미노산 서열은 서열 26으로 제공되고 있다)로 명명하고 이. 콜라이내로 형질전환시켰다. 형질전환된 이. 콜라이를 2 mM IPTG로 3시간동안 선별 유도한 결과 클론 4C9-18#2 BL21 pLysS로부터 26 kDa 단백질이 발현되었으며 이 결과는 쿠마시-염색된 SDS-PAGE에 의해 입증되었다. 클론 4C9-18#2 BL21 pLysS에 의해 암호화된 단백질의 면역원성을 결정하기 위해, 26 kDa 단백질을 발현하는 이. 콜라이를 1 x 104 단핵세포-유래된 수지상 세포상에 적가하고 2시간동안 항온배양하였다. 수지상 세포 배양물을 세척하고 2.5 x 104 T 세포(TCT-1)를 첨가한 후 추가로 72시간동안 항온배양하고, 이 시간대에서 배양물 상층액중의 IFN-γ의 수준을 ELISA에 의해 측정하였다. 도 1에 도시된 바와 같이, T-세포주 TCT-1은 IFN-g에 의해 측정된 바와 같이 유도된 배양물에 반응하는 것으로 밝혀졌으며 이는 리포아미드 데하이드로게나제 서열에 대한 클라미디아-특이적 T-세포 반응을 가리킨다. 유사하게, 클론 4C9-18#2 BL21 pLysS에 의해 암호화된 단백질은 표준 증식 검정에서 TCT-1 T-세포주를 자극하는 것으로 나타났다.
상기된 CD4+ T-세포 발현 클로닝 기술을 사용하여 추가의 클라미디아 트라코마티스 항원을 동정하는 연구 결과, 추가의 클론을 수득하였다. TCT-1 및 TCL-8 클라미디아-특이적 T-세포주뿐만 아니라 TCP-21 T-세포주를 사용하여 클라미디아 트라코마티스 LGVII 게놈 라이브러리를 스크리닝하였다. TCP-21 T-세포주는 클라미디아 뉴모니아에 대한 체액성 면역 반응을 갖는 환자로부터 유래되었다. TCT-1 세포주로부터 37개의 양성 풀이 동정되었고, TCT-3 세포주로부터 41개의 양성 풀이 동정되었고, TCP-21 세포주로 부터 2개의 양성 풀이 동정되었다. 이들 양성 풀가운데 10개로부터 다음의 클론이 유도되었다. TCP-21 세포주로부터 동정된 클론 11-A3-93(서열 64)는 HAD 상위계열(CT103)과 상동성을 나타내는 1339 bp 게놈 단편이다. 동일한 클론에서 제2의 삽입체는 상보적 본쇄에 존재하는 fab I 유전자(CT104)와 상동성을 나타낸다. TCP-21 세포주를 사용하여 동정된 클론 11-C12-91(서열 63)은 OMP2 유전자(CT443)의 일부인 269 bp 삽입체를 가지며, 클라미디아 뉴모니아의 60 kDa 시스테인-풍부한 외막 단백질과 상동성을 나타낸다.
TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 11-G10-46(서열 62)은 가정 단백질 CT610과 상동성을 나타내는 688 bp 삽입체를 함유한다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 11-G1-34(서열 61)는 1215 bp의 삽입체 크기를 갖는 두 개의 부분적인 개방형 판독 프레임(ORF)을 갖는다. 한 개의 ORF는 말레이트 데하이드로게나제 유전자(CT376)와 상동성을 나타내며, 다른 ORF는 글리코겐 하이드롤라제 유전자(CT042)와 상동성을 나타낸다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 11-H3-68(서열 60)은 삽입체의 전체 크기가 1180 bp인 두 개의 ORF를 갖는다. 하나의 부분적인 ORF는 플라스미드-암호화된 PGP6-D 독성 단백질을 암호화하는 한편 다른 ORF는 L1 리보좀 유전자(CT318)에 대한 완전한 ORF이다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 11-H4-28(서열 59)는 552 bp의 삽입체 크기를 가지며 dnaK 유전자(CT396)에 대한 ORF의 일부이다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 12-B3-95(서열 58)는 463 bp의 삽입체 크기를 가지며 리포아미드 데하이드로게나제 유전자(CT557)에 대한 ORF의 일부이다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 15-G1-89 및 12-B3-95은 동일하며(각각 서열 55 및 58) 463bp의 삽입체 크기를 가지며, 리포아미드 데하이드로게나제 유전자(CT557)에 대한 ORF의 일부이다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 12-G3-83(서열 57)은 삽입체의 크기가 1537 bp이며 가정 단백질 CT622에 대한 ORF의 일부를 갖는다.
TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 23-G7-68(서열 79)은 950 bp 삽입체를 함유하며 L11 리보좀 ORF의 작은 부분, L1 리보좀 단백질의 전체 ORF 및 L10 리보좀 단백질에 대한 ORF의 일부분을 함유한다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 22-F8-91(서열 80)은 클론의 상보적 본쇄에서 pmpC ORF의 일부를 함유하는 395 bp 삽입체를 함유한다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 21-E8-95(서열 81)는 CT613 ORF의 일부, CT612에 대한 완전한 ORF, CT611에 대한 완전한 ORF 및 CT610에 대한 ORF의 일부를 함유하는 2,085bp 삽입체를 함유한다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 19-F12-57(서열 82)는 CT858 ORF의 일부 및 recA ORF의 작은 부분을 함유하는 405 bp 삽입체를 함유한다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 19-F12-53(서열 83)은 글루타밀 tRNA 신테타제를 암호화하는 CT455에 대한 ORF의 일부인 379 bp 삽입체를 함유한다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 19-A5-54(서열 84)는 잠재 플라스미드의 ORF3(클론의 상보적 본쇄)의 일부인 715 bp 삽입체를 함유한다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 17-E11-72(서열 85)는 Opp_2 및 pmpD에 대한 ORF의 일부인 476 bp 삽입체를 함유한다. 이 클론의 pmpD 영역은 클론 15-H2-76의 pmpD 영역에 의해 커버된다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 17-C1-77(서열 86)은 CT857 ORF의 일부뿐만 아니라 CT858 ORF의 일부인 1551 bp 삽입체를 함유한다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 15-H2-76(서열 87)은 pmpD ORF의 대부분, CT089 ORF의 일부 및 SycE에 대한 ORF의 일부를 함유하는 3,031 bp 삽입체를 함유한다. 클론 15-A3-26(서열 88)은 CT858에 대한 ORF의 일부를 함유하는 976 bp 삽입체를 함유한다. TCT-10 세포주를 사용하여 동정된 클론 17-G4-36(서열 267)은 플라스미드내에서 베타-gal과 프레임을 유지하며 DNA-의존 RNA 폴리머라제 베타 아단위(SerD내 CT315)에 대한 ORF의 일부와 상동성을 나타내는 680 bp 삽입체를 함유한다.
상기된 클론중 수개는 다양한 다형성 막 단백질과 상동성을 나타낸다. 클라미디아 트라코마티스의 게놈 서열은 pmp로 불리는 9개의 다형성 막 단백질 유전자의 계열을 함유한다. 이들 유전자는 pmpA, pmpB, pmpC, pmpD, pmpE, pmpF, pmpG, pmpH 및 pmpI로 명명되었다. 이들 유전자로부터 발현된 단백질은 클라미디아 감염에 대한 보호적 면역 반응을 일으키는데 생물학적으로 관련이 있는 것으로 믿어진다. 특히, pmpC, pmpD, pmpE 및 pmpI는 예측가능한 시그날 펩타이드를 함유하며, 이는 이들이 외막 단백질이며 이에 따라 잠재적인 면역학적 표적임을 시사한다.
클라미디아 트라코마티스 LGVII 혈청형 서열을 기초로 하여, 프라이머 쌍을 설계하여 pmpC, pmpD, pmpE, pmpG, pmpH 및 pmpI의 전체 길이 단편을 PCR 증폭시켰다. 생성된 단편을 DNA 백신 벡터 JA4304 또는 변형된 링커를 갖는 JA4304인 JAL(영국 런던 소재 스미스클라인 비참, SmithKline Beecham)내로 서브클로닝시켰다. 특이적으로, PmpC를 각각 서열 197 및 198로 기술된 바와 같이 5' 올리고 GAT AGG CGC GCC GCA ATC ATG AAA TTT ATG TCA GCT ACT GCT G 및 3' 올리고 CAG AAC GCG TTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC A를 사용하여 JAL 벡터내로 서브클로닝시켰다. ATG 상류에 짧은 뉴클레오타이드 서열 GCAATC(서열 199)를 삽입시켜 Kozak-유사 서열을 형성한 후, 당업계에 잘 알려진 조건하에서 유전자를 PCR 증폭시키고 JAL 벡터의 5' ASCI/3' MluI 부위내로 연결시켰다. 생성된 발현 벡터는 187 kD 단백질(서열 179)을 암호화하는 가정 시그날 서열을 함유한 5325개 뉴클레오타이드를 포함하는 전체 길이 pmpC 유전자(서열 173)을 함유하였다. pmpD 유전자를 5' 올리고- TGC AAT CAT GAG TTC GCA GAA AGA TAT AAA AAG C(서열 200) 및 3' 올리고- CAG AGC TAG CTT AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TC(서열 201)을 사용하여 PCR 증폭한 후 JA4304 백신 벡터내로 서브클로닝시켰다. 유전자를 당업계에 잘 알려진 표준 기술을 사용하여 JA4304 백신 벡터의 5' 평활 HIII/3' MluI 부위내로 연결시켰다. CAATC(서열 202)를 ATG의 상류에 삽입시켜 Kozak-유사 서열을 형성하였다. 이 클론은 HindIII 부위의 마지막 트레오닌이 Kozak-유사 서열의 마지막 글리신과 마찬가지로 평활화 절차로 인해 상실된다는 점에서 독특하다. 삽입체 4593 뉴클레오타이드 단편(서열 172)은 161 kD 단백질(서열 178)을 암호화하는 가정 시그날 서열을 함유하는 pmpD에 대한 전체 길이 유전자이다. PmpE를 5' 올리고-TGC AAT CAT GAA AAA AGC GTT TTT CTT TTT C(서열 203) 및 3' 올리고- CAG AAC GCG TCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C(서열 204)를 사용하여 JA4304 벡터내로 서브클로닝시켰다. PCT 증폭 후, 유전자를 JA4304의 5' 평활 HIII/3' MluI 부위내로 연결시켰다. 이를 용이하게 하기 위해, 짧은 뉴클레오타이드 서열 TGCAATC(서열 293)를 Kozak-유사 서열을 생성하고 HindIII 부위를 재구성하기 위한 개시 코돈의 상류에 첨가하였다. 삽입체는 가정 시그날 서열을 함유하는 전체 길이 pmpE 유전자(서열 171)이다. pmpE 유전자는 105 kD 단백질(서열 177)을 암호화한다. pmpG 유전자는 5' 올리고-GTG CAA TCA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG(서열 205) 및 3' 올리고-CAG AAC GCG TTT AGA ACC GGA CTT TAC TTC C(서열 206)을 사용하여 PCR 증폭시키고 JA4304 벡터내로 서브클로닝시켰다. 유사한 클로닝 전략을 pmpI 및 pmpK 유전자에 대해 실시하였다. 또한, 프라이머 쌍을 설계하여 pmp 유전자의 전체 길이 또는 중첩 단편을 PCR 증폭시킨 다음, pET17b 벡터(위스콘신 매디슨 소재 노바젠)내에 단백질 발현을 위해 서브클로닝시킨 다음 발현을 위해 이. 콜라이 BL21 pLysS 속으로 형질감염시킨 후, 노바젠(Novagen)에 의해 제공된 히스티딘-니켈 크로마토그래피 방법을 이용하여 정제하였다. 하기된 재조합 단백질을 암호화하는 유전자중 수개는 천연 시그날 서열이 결여되어 단백질의 발현이 촉진된다. pmpC의 전체 길이 단백질 발현은 아미노 및 카르복시 말단을 나타내는 두 개의 중첩 단편의 발현을 통해 달성되었다. 시그날 서열이 없는 pmpC-아미노 말단 부분(서열 187, 상응하는 아미노산 서열은 서열 195로 제공되어 있다)의 서브클로닝은, 벡터의 5' NdeI/3' KPN 클로닝 부위내로 5' 올리고-CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGA GGC GAG CTC GAT CCA AGA TC(서열 207) 및 3' 올리고- CAG AGG TAC CTC AGA TAG CAC TCT CTC CTA TTA AAG TAG G(서열 208)을 사용하여 이루어졌다. 유전자의 카르복시 말단 부분, pmpC-카르복시 말단 단편(서열 186, 상응하는 아미노산 서열은 서열 194로 제공되고 있다)을 프라이머 5' 올리고- CAG AGC TAG CAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGT TAA GAT TGA GAA CTT CTC TGG C(서열 209) 및 프라이머 3' 올리고- CAG AGG TAC CTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC AG(서열 210)를 사용하여 발현 벡터의 5' NheI/3' KPN 클로닝 부위내로 서브클로닝시켰다. PmpD는 또한 두 개의 중첩 단백질로서 발현되었다. 시그날 서열이 없는 pmpD-아미노 말단 부분(서열 185, 상응하는 아미노산 서열은 서열 193으로 제공되고 있다)은 pET17b의 개시 코돈을 함유하며 80 kD 단백질로서 발현된다. 단백질 발현 및 정제의 목적을 위해, 개시 코돈 뒤에 6-히스티딘 태그가 존재하며 이 태그는 유전자의 28번째 아미노산(뉴클레오타이드 84)에 융합된다. 프라이머 5' 올리고 CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG GTT AGC(서열 211) 및 프라이머 3' 올리고- CAG AGG TAC CTC AGC TCC TCC AGC ACA CTC TCT TC(서열 212)를 사용하여 벡터의 5' NdeI/3' KPN 클로닝 부위내로 스플라이싱하였다. pmpD-카르복시 말단 부분(서열 184)은 92 kD 단백질(서열 192)로서 발현되었다. 발현 및 후속 정제를 위해, 추가의 메티오닌, 알라닌 및 세린이 포함되었으며 이들은 pET17b 벡터로부터의 개시 코돈 및 최초 2개의 아미노산을 나타낸다. 메티오닌, 알라닌 및 세린 하류의 6-히스티딘 태그가 유전자의 691번째 아미노산(뉴클레오타이드 2073)에 융합된다. 5' 올리고-CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG TGC TAT TTC TTG CTT ACG TGG(서열 213) 및 3' 올리고- CAG AGG TAC TTn AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TCG(서열 214)를 사용하여 삽입체를 발현 벡터의 5' NheI/3' KPN 클로닝 부위내로 서브클로닝시켰다. PmpE는 106 kD 단백질로서 발현되었다(서열 183, 상응하는 아미노산 서열은 서열 191로 제공되고 있다). pmpE 삽입체는 또한 천연 시그날 서열이 없다. 당업계에 잘 알려진 조건하에서 유전자의 PCR 증폭을 프라이머 5' 올리고- CAG AGG ATC CAC ATC ACC ATC ACC ATC ACG GAC TAG CTA GAG AGG TCC(서열 215) 및 프라이머 3' 올리고- CAG AGA ATT CCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C(서열 216)을 사용하여 실시하였고 증폭된 삽입체를 JA4304의 5' BamHI/3' EcoRI 부위내로 연결시켰다. 서열 217로 제공된 짧은 뉴클레오타이드 서열을 Kozak-유사 서열을 형성하고 HindIII 부위를 재구성하기 위해 개시 코돈의 상류에 삽입하였다. 발현된 단백질은 개시 코돈 및 pET17b 발현 벡터로부터의 하류 21개 아미노산, 즉 MASMTGGQQMGRDSSLVPSSDP(서열 218)를 함유한다. 또한, 6-히스티딘 태그는 상기된 서열의 상류에 포함되고 유전자의 28번째 아미노산(뉴클레오타이드 84)에 융합되며 이는 가정 시그날 펩타이드를 없앤다. 서열 183으로 제공된 서열(상응하는 아미노산 서열은 서열 191로 제공되고 있다)은 상기 추가의 서열을 함유하지 않는다. pmpG 유전자(서열 182, 상응하는 아미노산 서열은 서열 190으로 제공되고 있다)를 프라이머 5' 올리고- CAG AGG TAC CGC ATC ACC ATC ACC ATC ACA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG(서열 219) 및 3' 올리고- CAG AGC GGC CGC TTA GAA CCG GAC TTT ACT TCC(서열 220)을 사용하여 당업계에 잘 알려진 조건하에서 PCR 증폭시키고 발현 벡터의 5' KPN/3' NotI 클로닝 부위내로 연결시켰다. 발현된 단백질은 아미노 말단에 추가의 아미노산 서열, 즉 MASMTGGQQNGRDSSLVPHHHHHH(서열 221)를 함유하며 이는 개시 코돈 및 pET17b 발현 벡터로부터의 추가 서열을 포함한다. pmpI 유전자(서열 181, 상응하는 아미노산 서열은 서열 189로 제공되고 있다)를 프라이머 5' 올리고- CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CCT CTT TGG CCA GGA TCC C(서열 222) 및 3' 올리고- CAG AAC TAG TCT AGA ACC TGT AAG TGG TCC(서열 223)을 사용하여 당업계에 잘 알려진 조건하에서 PCR 증폭시키고 발현 벡터의 5'NheI/3' SpeI 클로닝 부위에 연결시켰다. 95 kD 발현된 단백질은 단백질의 아미노 말단에 개시 코돈 및 pET17b 벡터로부터의 추가의 알라닌 및 세린을 함유한다. 또한, 6-히스티딘 태그가 유전자의 21번째 아미노산에 융합되며 이는 가정 시그날 펩타이드를 없앤다.
TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 14Hl-4(서열 56)는 TSA 유전자, 즉 티올 특이적 산화방지제 유전자에 대한 완전한 ORF-CT603(CT603 ORF는 클라미디아 뉴모니아로부터의 CPn0778의 상동체이다)를 함유한다. 클론 14-H1-4내의 TSA 개방형 판독 프레임을 증폭시켰으며 이에 따라 발현된 단백질은 추가의 메티오닌 및 6x 히스티딘 태그(아미노 말단)를 함유한다. 이 증폭된 삽입체를 pET17b 벡터의 Nde/EcoRI 부위내로 서브클로닝시켰다. 이 클론을 IPTG로 유도한 후, Ni-NTA 아가로즈 친화성 크로마토그래피하여 22.6 kDa 단백질을 정제하였다. 클론 14-H1-4 암호화 TSA 유전자의 195 아미노산 ORF에 대해 결정된 아미노산 서열은 서열 65로 제공되고 있다. 추가의 분석 결과 CTL2-TSA-FL이라고 명명된 TSA 유전자에 대한 전체 길이 클론이 수득되었으며 전체 길이 아미노산 서열은 서열 92로 제공되어 있다.
추가의 연구 결과, 상기된 바와 같은 TCT-1 및 TCT-3 T-세포주에 의해 동정된 10개의 추가 클론이 수득되었다. TCT-1 세포주에 의해 동정된 클론은 16-D4-22, 17-C5-19, 18-C5-2, 20-G3-45 및 21-C7-66이며; TCT-3 세포주에 의해 동정된 클론은 17-C10-31, 17-E2-9, 22-A1-49 및 22-B3-53이다. 클론 21-G12-60은 TCT-1 및 TCT-3 T 세포주 둘 다에 의해 인식되었다. TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 클론 16-D4-22(서열 119)는 2개의 유전자, 포유류 세포내에서 성장을 위한 클라미디아 트라코마티스 플라스미드의 개방형 판독 프레임 3(ORF3) 및 ORF4의 일부를 함유하는 953 bp 삽입체를 함유한다. 클론 17-C5-19(서열 118)은 clpP_1 프로테아제를 암호화하는 DT431에 대한 ORF의 일부 및 CT430(디아미노피멜레이트 에피머라제)에 대한 ORF의 일부를 함유하는 951 bp 삽입체를 함유한다. 클론 18-C5-2(서열 117)은 TCT-1 세포주를 사용하여 동정된 446 bp 삽입체를 갖는 S1 리보좀 단백질에 대한 ORF의 일부이다. TCT-1 세포주에 의해 동정된 클론 20-G3-45(서열 116)은 pmpB 유전자(CT413)의 일부인 437 bp 삽입체를 함유한다. TCT-1 세포주에 의해 동정된 클론 21-C7-66(서열 115)는 dnaK 유사 단백질의 일부를 암호화하는 995 bp 삽입체를 함유한다. 이 클론의 삽입체는 dnaK 유전자 CT396의 일부인 것으로 나타난 TCT-3 클론 11-H4-28(서열 59)의 삽입체와 중첩하지 않는다. TCT-3 세포주에 의해 동정된 클론 17-C10-31(서열 114)는 976 bp 삽입체를 함유한다. 이 클론은 IRBP 및 DHR 도메인을 함유한 프로테아제인 CT858에 대한 ORF의 일부를 함유한다. 클론 17-E2-9(서열 113)은 1142 bp 삽입체에 해당하는 두 유전자 CT611 및 CT610에 대한 ORF의 일부를 함유한다. TCT-3 세포주를 사용하여 동정된 클론 22-A1-49(서열 112)는 또한 698 bp 삽입체내에 두 유전자를 함유한다. CT660(DNA 자이라제{gyrA_2})에 대한 ORF의 일부는, 가정 단백질 CT659에 대한 완전한 ORF가 상보적 본쇄에 존재하는 경우에 상부 본쇄에 존재한다. TCT-1 세포주에 의해 동정된 클론 22-B3-53(서열 111)은 GroEL(CT110)에 대한 ORF의 일부를 암호화하는 267 bp 삽입체를 갖는다. TCT-1 및 TCT-3 세포주 둘다에 의해 동정된 클론 21-G12-60(서열 110)은 가정 단백질 CT875, CT229 및 CT228에 대한 부분적인 ORF를 함유하는 1461 bp 삽입체를 함유한다.
람다 스크린-1 벡터(위스콘신 매디슨 소재 노바젠)내의 클라미디아 트라코마티스(LGV II 혈청형)의 게놈 발현 라이브러리를 당업계에 잘 알려진 기술을 사용하여 수 명의 클라미디아-감염된 개체로부터 수집된 혈청으로 스크리닝하여, 추가의 클라미디아 항원을 수득하였다. 다음의 면역반응성 클론을 동정하고 클라미디아 유전자를 함유한 삽입체를 서열분석하였다: CTL2#1(서열 71); CTL2#2(서열 70); CTL2#3-5'(서열 74, 서열 72, 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열); CTL2#3-3'(서열 73, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열); CTL2#4(서열 53); CTL2#5(서열 69); CTL2#6(서열 68); CTL2#7(서열 67); CTL2#8b(서열 54); CTL2#9(서열 66); CTL2#10-5'(서열 74, 서열 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열); CTL2#10-3'(서열 75, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열); CTL2#11-5'(서열 45, 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열); CTL2#11-3'(서열 44, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열); CTL2#2-12(서열 46); CTL2#16-5'(서열 47); CTL2#18-5'(서열 49, 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열); CTL2#18-3'(서열 48, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열); CTL2#19-5'(서열 76, 5' 말단을 나타내는 결정된 게놈 서열); CTL2#21(서열 50); CTL2#23(서열 51) 및 CTL2#24(서열 52).
혈청학적 발현 클로닝에 의해 추가의 클라미디아 트라코마티스 항원을 동정하였다. 이들 연구는 상기된 바와 같이 수 명의 클라미디아-감염된 개체로부터 채취된 혈청을 사용하였으나 IgG이외에 IgA 및 IgM 항체를 제2의 항체로서 사용하였다. 이 방법에 의해 스크리닝된 클론은 점막성 체액성 면역 반응인 클라미디아 감염에 대한 초기 면역 반응에 의해 인식된 항원의 검출을 증가시켜 준다. 다음과 같은 면역반응성 클론의 특성이 확인되었으며 클라미디아 유전자를 함유한 삽입체가 서열분석되었다: CTL2gam-1(서열 290), CTL2gam-2(서열 289), CTL2gam-5(서열 288), CTL2gam-6-3'(서열 287, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열), CTL2gam-6-5'(서열 286, 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열), CTL2gam-8(서열 285), CTL2gam-10(서열 284), CTL2gam-13(서열 283), CTL2gam-15-3'(서열 282, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열), CTL2gam-15-5'(서열 281, 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열), CTL2gam-17(서열 280), CTL2gam-18(서열 279), CTL2gam-21(서열 278), CTL2gam-23(서열 277), CTL2gam-24(서열 276), CTL2gam-26(서열 275), CTL2gam-27(서열 274), CTL2gam-28(서열 273), CTL2gam-30-3'(서열 272, 3' 말단을 나타내는 제2의 결정된 게놈 서열) 및 CTL2gam-30-5'(서열 271, 5' 말단을 나타내는 제1의 결정된 게놈 서열).
실시예
2
클라미디아
트라코마티스
항원에 의한 T 세포 증식 및 인터페론-γ 생성의 유도
재조합 클라미디아 트라코마티스 항원이 T 세포 증식 및 인터페론-γ 생성을 유도하는 능력은 다음과 같이 결정한다.
단백질을 IPTG로 유도하고 Ni-NTA 아가로즈 친화성 크로마토그래피하여 정제한다(Webb et al., J. Immunology 157:5034-5041, 1996). 그런 다음 정제된 폴리펩타이드를 PBMC 제제에서 T-세포 증식을 유도하는 능력에 대해 스크리닝한다. 클라미디아 트라코마티스 환자뿐만 아니라 T-세포가 클라미디아 항원에 반응하여 증식하는 것으로 알려진 정상적인 공여자로부터의 PBMC를 10% 수집된 사람 혈청 및 50 μg/ml 젠타미신이 보충된 RPMI 1640을 포함한 배지에서 배양한다. 정제된 폴리펩타이드를 0.5 내지 10 μg/mL의 농도로 이중으로 첨가한다. 200 μl의 용량으로 96-웰 환저 평판에서 6일간 배양한 후, 하기된 바와 같이 IFN-γ 수준을 결정하기 위해 각 웰로부터 50 μl의 배지를 제거한다. 그런 다음, 평판을 추가로 18시간동안 1 μCi/웰의 삼중수소화 티미딘으로 펄스시키고 수거한 다음 가스 신틸레이션 계수기를 사용하여 삼중수소의 흡수율을 측정한다. 단독의 배지에서 배양된 세포에서 관찰된 증식보다 3배 이상으로 양쪽 복제물에서 증식되는 분획은 양성으로 고려된다.
효소-연결된 면역흡착 검정(ELISA)을 사용하여 IFN-γ를 측정한다. ELISA 평판을 실온에서 4시간동안 PBS중에서 사람 IFN-γ에 대한 마우스 모노클로날 항체(캘리포니아 샌 디에고 소재 파민젠: PharMingen)로 피복시킨다. 이어서, 웰을 실온에서 1시간동안 5%(W/V) 탈지분유가 함유된 PBS로 차단시킨다. 평판을 PBS/0.2% TWEEN-20중에서 6회 세척하고 ELISA 평판중의 배양 배지에 1:2 희석된 샘플을 실온에서 밤새 항온배양한다. 재차 평판을 세척하고 각 웰에 PBS/10% 정상 염소 혈청중에 1:3000 희석된 폴리클로날 토끼 항-사람 IFN-γ 혈청을 첨가한다. 이어서, 평판을 실온에서 2시간 동안 항온배양하고, 세척한 다음 양고추냉이 퍼옥시다제-결합된 항-토끼 IgG(미조리 세인트 루이즈 소재 시그마 케미칼 컴퍼니)을 PBS/5% 탈지분유중에 1:2000 희석도로 첨가한다. 실온에서 추가로 2시간 더 항온배양한 후, 평판을 세척하고 TMB 기질을 첨가한다. 20분 후 1 N 황산으로 반응을 정지시킨다. 참조 파장으로서 570 nm를 사용하여 450 nm에서 흡광도를 결정한다. 단독의 배지에서 배양된 세포로부터 평균 OD보다 2배 이상으로 OD를 제공(3회 표준 편차)하는 양쪽 복제물이 수득되는 분획은 양성으로 고려된다.
상기 방법을 사용하여, 재조합 1B1-66 단백질(서열 5)뿐만 아니라 서열 5의 아미노산 잔기 48-67(서열 13; 1-B1-66/48-67로 명명) 및 58-77(서열 14, 1B1-66/58-77로 명명)에 상응하는 두 개의 합성 펩타이드가 클라미디아 트라코마티스 LGV II의 게놈 라이브러리를 스크리닝하기 위해 사용된 클라미디아-특이적 T 세포주에서의 증식 반응 및 IFN-γ 생성을 유도하는 것으로 밝혀졌다.
추가의 연구로 리보좀 S13 단백질내의 클라미디아 트라코마티스-특이적 T-세포 에피토프가 동정되었다. 당업계에 잘 알려진 표준 에피토프 지도작성 기술을 사용하여, 공여자 CL-8로부터의 클라미디아-특이적 T-세포주(T-세포주 TCL-8 EB/DC)로 리보좀 S13 단백질(rS13)에서 두 개의 T-세포 에피토프를 동정하였다. 도 8은 제1 펩타이드 rS13 1-20(서열 106)이 상응하는 클라미디아 뉴모니아 서열과 100% 동일함을 입증해 주는데, 이는 재조합 클라미디아 트라코마티스-rS13 및 클라미디아 뉴모니아-rS13에 대한 T-세포주의 교차 반응성을 시사한다. 제2 펩타이드 rS13 56-75(서열 108)에 대한 반응은 클라미디아 트라코마티스-특이적이며, 이는 이 건강한 무증상 공여자에서의 rS13 반응이 클라미디아 뉴모니아 또는 기타 다른 미생물 감염에 의한 것이 아니라 클라미디아 트라코마티스에 노출되어 유도된 것임을 가리킨다.
실시예 1에 기술된 바와 같이, TCP-21 세포주를 사용하여 동정된 클론 11-C12-91(서열 63)은 OMP2 유전자(CT443)의 일부인 269 bp 삽입체를 가지며 OMCB로 명명된 클라미디아 뉴모니아의 60 kDa 시스테인-풍부한 외막 단백질과 상동성을 나타낸다. 반응성 에피토프를 좀더 규명하기 위해, 상기된 일련의 중첩 펩타이드 및 면역검정을 사용하여 에피토프 지도를 작성하였다. 요약하면, 1 x 104 단핵세포-유래된 수지상 세포의 존재하에 2.5 x 104 TCP-21 T-세포를 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아로부터 유래된 비감염성 기본소체 또는 클라미디아 트라코마티스 또는 클라미디아 뉴모니아 OMCB 단백질(0.1 μg/ml)의 단백질 서열로부터 유도된 펩타이드로 자극시킴으로써 증식 반응을 결정하였다. TCP-21 T-세포는 에피토프 CT-OMCB #167-186, CT-OMCB #171-190, CT-OMCB #171-186에 반응하였고 좀더 적은 정도로 CT-OMCB #175-186(서열 249-252)에 반응하였다. 특히, TCP-21 T-세포주는 또한 상동성 클라미디아 뉴모니아 펩타이드 CP-OMCB #171-186(서열 253)에 증식 반응을 제공하였으며 이 반응은 클라미디아 트라코마티스 펩타이드에 대한 반응과 동일하거나 컸다. 위치 2에서의 아미노산 치환(Glu 대신 Asp) 및 위치 4에서의 아미노산 치환(Ser 대신 Cys)은 T-세포의 증식 반응을 변경시키지 못했으며, 이는 이 에피토프가 클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 뉴모니아간의 교차 반응 에피토프임을 증명하는 것이다.
상기된 에피토프를 좀더 규명하기 위해, 에피토프 지도작성 실험에 추가의 T-세포주 TCT-3을 사용하였다. 클라미디아 트라코마티스로부터의 펩타이드만을 시험한 것을 제외하고 면역검정을 상기한 바와 같이 실시하였다. T-세포는 두 펩타이드 CT-OMCB #152-171 및 CT-OMCB #157-176 (각각, 서열 246 및 247)에 대한 증식 반응을 제공하였으며, 이에 따라 클라미디아 트라코마티스의 시스테인-풍부한 외막 단백질내에 추가의 면역원성 에피토프가 규명된 것이다.
전술된 CD4 T-세포 발현 클로닝 시스템에서 TCT-3 세포주를 사용하여 클론 14H1-4(서열 56, 상응하는 전체 길이 아미노산 서열은 서열 92로 제공된다)을 동정하였으며, 이는 TSA로 명명된 티올 특이적 산화방지 유전자(CT603)에 대한 완전한 ORF를 함유하는 것으로 나타났다. 이 에피토프를 좀더 규명하기 위해 상기된 바와 같이 에피토프 지도작성 면역검정을 실시하였다. TCT-3 T-세포주는 중첩 펩타이드 CT-TSA #96-115, CT-TSA #101-120 및 CT-TSA #106-125(서열 254-256)에 대해 강력한 증식 반응을 나타냈으며, 이는 클라미디아 트라코마티스 혈청형 LGVII의 티올 특이적 산화방지 유전자내에 면역반응성 에피토프를 입증한다.
실시예
3
합성
폴리펩타이드의
제조
HPTU(O-벤조트리아졸-N,N,N',N'-테트라메틸우로늄 헥사플루오로포스페이트) 활성화와 함께 FMOC 화학반응을 이용하여 밀리포어(Millipore) 9050 펩타이드 합성기로 폴리펩타이드를 합성할 수 있다. 펩타이드의 아미노 말단에 Gly-Cys-Gly 서열을 연결시켜 펩타이드를 접합 또는 표지하는 방법을 제공할 수 있다. 고체 지지체로부터 펩타이드를 절단하는 것은 다음과 같은 절단 혼합물을 사용하여 실시할 수 있다: 트리플루오로아세트산:에탄디티올:티오아니솔:물:페놀(40:1:2:2:3). 2시간 동안 절단한 후, 펩타이드를 차가운 메틸-t-부틸-에테르중에 침전시킬 수 있다. 이어서, 펩타이드 펠렛을 0.1% 트리플루오로아세트산(TFA)을 함유한 물중에 용해시키고 C18 역상 HPLC로 정제하기에 앞서 동결건조시킬 수 있다. 물(0.1% TFA를 함유)중의 0-60% 아세토니트릴(0.1% TFA를 함유)의 구배를 사용하여 펩타이드를 용출시킬 수 있다. 순수한 분획의 동결건조 후, 펩타이드를 전기분무 질량분석 및 아미노산 분석에 의해 특성을 확인할 수 있다.
실시예
4
레트로바이러스 발현 벡터시스템을 이용하여 클라미디아 항원을 암호화하는 DNA 서열의 분리 및 특성확인 및 후속된 면역학적 분석
BamHI, BglII, BstYi 및 MboI 제한 효소를 사용한 제한 분해물로 클라미디아 트라코마티스 LGV II의 게놈 라이브러리를 작제하였다. 이어서, 제한 분해 단편을 레트로바이러스 벡터 pBIB-KS1,2,3의 BamHI 부위에 연결시켰다. 이 벡터 세트는 Kozak 해독 개시 부위와 종결 코돈을 함유하여 도 2에 도시된 바와 같이 짧은 DNA 게놈 단편 유래의 단백질을 발현할 수 있도록 변형시켰다. 80개 클론의 DNA 풀을 제조하고, 이것을 이용하여 문헌[Pear,W.S., Scott,M.L. and Nolan,G.P., Generation of High Titre, Helpe r-free Retroviruses by Transient Transfection. Methods in Molecular Medicine: Gene Therapy Protocols, Humana Press, Totowa, NJ, pp.41-57]에 기재된 바와 같이 레트로바이러스 패키징 라인 페닉스-암포(Phoenix-Ampho)를 형질감염시켰다. 그 다음, 레트로바이러스 형태 중의 클라미디아 라이브러리를 H2-Ld 발현 P815 세포내로 형질도입시킨 후, 항원-특이적 T-세포주를 자극하기 위한 표적 세포로서 사용하였다.
클라미디아 특이적인 쥐 H2d 제한 CD8+ T-세포주를, 문헌[Starnbach,M., J.Immunol., 153:5183, 1994]에 기재된 바와 같이 방사선조사된 클라미디아 트라코마티스 감염된 J774 세포와 방사선조사된 유전적동계의 비장 세포로 반복하여 자극을 가하여 배양물내에서 증대시켰다. 이와 같은 클라미디아 특이적 T-세포주를 사용하여 레트로바이러스에 의해 형질도입된 P815 세포에 의해 발현되는 상기 클라미디아 게놈 라이브러리를 스크리닝하였다. 양성 DNA 풀은 엘리스폿(Elispot) 분석으로 IFN-γ생산을 측정하여 확인하였다(Lalvani et al., J.Experimental Medicine 186:859-865, 1997).
IFN-γ 엘리스폿 분석으로 2C7 및 2E10이라 불리는 2개의 양성 풀을 동정하였다. 풀 2C7에서 얻어지는 P815 세포의 안정한 형질도입체를 한계 희석법으로 클로닝하고, 각 클론이 클라미디아 특이적 CTL주로부터 IFN-γ생산을 유도할 수 있는 능력에 기초하여 클론을 선별하였다. 이러한 스크리닝 과정으로부터 4개의 양성 클론, 즉 2C7-8, 2C7-9, 2C7-19 및 2C7-21을 선별하였다. 이와 비슷하게, 양성 풀 2E10 이 추가 스크리닝되어, 3개의 삽입체를 함유하는 추가 양성 클론을 얻었다. 3개의 삽입체는 CT016 유전자, tRNA 신타제 유전자 및 clpX 유전자의 단편들이다(각각 서열 268-270에 기재).
이러한 4종의 양성 2C7.8 클론으로부터 얻어지는 유전자전이된(transgenic) DNA는 pBIB-KS 특이적 프라이머를 사용하여 PCR 증폭시켜 클라미디아 DNA 삽입체를 선택적으로 증폭시켰다. 증폭된 삽입체를 겔 정제하고 서열분석하였다. 1가지 면역반응성 클론인 2C7-8(서열 15, 추정 아미노산 서열은 서열 32에 제시함)은 클라미디아 트라코마티스 혈청형 D의 뉴클레오타이드 597304-597145와 상동성이 있는 160bp 단편이다(NCBI, BLASTN 조사; 서열 33, 추정 아미노산 서열은 서열 34에 제시함). 클론 2C7-8의 서열은 상기 높은 상동성의 영역으로부터 2개의 추정상의 개방형 판독 프레임내에 위치하였으며, 특히 298 아미노산 단편(서열 16, 예상 아미노산 서열은 서열 17에 제시함)으로 이루어진 상기 추정상의 개방 판독 프레임 중 하나는 면역학적 활성을 나타내는 것으로 입증되었다.
상기 혈청형 L2 유래의 298 아미노산 단편의 전체 길이 클로닝은 주형으로서 정제된 클라미디아 트라코마티스 L2 게놈 DNA를 사용하고 프라이머로서 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg(정방향)(서열 159) 및 5'-ttaagaaatttaaaaaatccctta(역방향)(서열 160)을 사용하여 PCR 증폭시켜 얻었다. 이 PCR 생성물을 겔 정제하고, 서열분석을 위하여 pCRBlunt(캘리포니아 칼스배드 소재 인비트로겐: Invitrogen)내에 클로닝한 뒤, 발현시키기 위하여 pBIB-KS의 유도체인 pBIB-KMS의 EcoRI 부위에 서브클로닝하였다. CT529의 클라미디아 뉴모니아 동족체는 서열 291에 제시하고, 상응하는 아미노산 서열은 서열 292에 제시하였다.
다양한 CT529 혈청형을 암호화하는 전체 길이 DNA는 대부분 문헌[Denamur,E., C.Sayada, A.Souriau, J.Orfila, A.Rodolakis and J.Elion. 1991. J.Gen.Microbiol. 137:2525]에 기재된 바와 같이 105 IFU를 함유하는 박테리아 용해물을 사용하여 PCR로 증폭시켰다. 다음과 같은 혈청형이 증폭되었다: Ba(서열 134, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 135에 제시함), E(BOUR) 및 E(MTW447)(서열 122, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 123에 제시함), F(NI1)(서열 128, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열번호 129에 제시함), G(서열 126, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 127에 제시함), Ia(서열 124, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 125에 제시함), L1(서열 130, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 131에 제시함), L3(서열 132, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 133에 제시함), I(서열 263, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열번호 264에 제시함), K(서열 265, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 266에 제시함) 및 MoPn(서열 136, 상응하는 추정 아미노산 서열은 서열 137에 제시함). PCR 반응은 혈청형 L2 DNA(ORF의 외부)에 특이적인 프라이머를 사용하여 Advantage Genomic PCR 키트(Clontech, Palo Alto, CA)로 실시하였다. 사용된 프라이머 서열은 다음과 같다: 5'-ggtataatatctctctaaattttg(정방향-서열 161) 및 5'-agataaaaaaggctgtttc'(역방향-서열 162), 단 MoPn에 대해서는 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg(정방향-서열 163) 및 5'-tttacaataagaaaagctaagcactttgt(역방향-서열 164)을 사용하였다. PCR 증폭된 DNA는 QIAquick PCR 정제 키트(Qiagen, Valencia, CA)로 정제하여 서열분석을 위해서 pCR2.1(Invitrogen, Carlsbad, CA)에 클로닝하였다.
면역반응성 클론의 PCR 증폭된 삽입체로부터 유도되는 DNA의 서열분석은 pBIB-KS 특이적인 정방향 프라이머 5'-ccttacacagtcctgctgac(서열 165) 및 역방향 프라이머 3'-gtttccgggccctcacattg(서열 166)를 사용하여 자동 서열분석기(ABI377)로 실시하였다. CT529 혈청형 L2를 암호화하는 PCRBlunt 클로닝된 DNA 및 CT529 혈청형 Ba, E(BOUR), E(MTW447), F(NI1), G, Ia, K, L1, L3 및 MoPn을 암호화하는 pCR2.1 클로닝된 DNA는 T7 프로모터 프라이머 및 만능(universal) M13 정방향 및 M13 역방향 프라이머를 사용하여 서열분석하였다.
이와 같은 2개의 추정상의 개방형 판독 프레임(서열 16 및 20)이 관련 면역학적 기능이 있는 단백질을 암호화하는지를 측정하기 위하여, 2개의 개방형 판독 프레임의 길이 상에 존재하는 중첩 펩타이드(아미노산 길이 17 내지 20)를 실시예 3에 기재된 바와 같이 합성하였다. 표준 크롬 방출 검정을 사용하여, 펩타이드-펄스처리된 H2d 제한 표적 세포의 비용해율(%)을 측정하였다. 이 검정에서, 분액의 P815세포(H2d)는 소정의 펩타이드 1㎍/㎖의 존재 또는 부재하에 51Cr 100μCi를 사용하여 37℃에서 1시간 동안 표지하였다. 이와 같이 항온배양한 후, 표지된 P815 세포를 세척하여 과량의 51Cr과 펩타이드를 제거하고, 미량배양 평판에 1,000세포/웰의 농도로 중복하여 플레이팅하였다. 효과인자(effector) CTL(클라미디아 특이적 CD8 T 세포)을 소정의 효과인자:표적 비율로 첨가하였다. 4시간 동안 항온배양한 후, 상층액을 수거하여, 상층액내로 방출된 51Cr을 감마 계수기로 측정하였다. 298개의 아미노산 개방형 판독 프레임 유래의 2개의 중첩 펩타이드는 CTL 세포주를 특이적으로 자극하였다. 서열 138 내지 156에 제시된 펩타이드들이 합성되었는데, 이 서열들은 216개 아미노산 개방형 판독 프레임 및 CT529의 혈청형 D 개방형 판독 프레임(Cap1 유전자)의 L2 상동체를 해독한 것이다. 도 3에 도시한 바와 같이, 펩타이드 CtC7.8-12(서열 18, Cap1#132-147로도 지칭함, 서열 139) 및 CtC7.8-13(서열 19, Cap1#138-155로도 지칭함, 서열번호 140)은 효과인자:표적인자 비율이 10:1에서 각각 38% 내지 52%의 비용해율을 유도할 수 있었다. 주목할만한 점은 이러한 2개의 펩타이드 사이의 중첩부에 추정된 H2d(Kd 및 Ld) 결합 펩타이드가 함유되어 있다는 점이다. 이러한 중첩 서열에 상응하는 10개의 아미노산 펩타이드를 합성하였고(서열 31), 엘리스폿 검정 결과 항클라미디아 CTL 세포주로부터 강한 면역반응을 일으키는 것을 발견하였다. 특히, 가장 최근의 진뱅크 데이터베이스를 조사한 결과, 이 유전자에 대하여 종래 기술된 단백질은 발견하지 못하였다. 따라서, 클론 2C7-8을 암호화하는 추정상의 개방형 판독 프레임(서열 15)은 MHC-1 제한 방식으로 항원-특이적 CD8+ T-세포를 자극할 수 있는 클라미디아 유래의 항원을 포함하는 유전자를 나타내는 것으로, 이 항원이 클라미디아에 대한 백신을 개발하는데 사용될 수 있다는 것을 입증한다.
이러한 결과를 확인하고 또한 에피토프를 지도작성하기 위하여, 평활말단된 펩타이드(서열 138-156)를 제조하고, IFN-g ELISPOT 검정에서 T-세포에 의한 인식에 대하여 시험하였다. Ser139의 평활말단화(Cap1# 140-147, 서열 146) 또는 Leu147의 평활말단화(Cap1#138-146, 서열 147)는 T-세포 인식을 차단시킨다. 이러한 결과는 9량체 펩타이드 Cap1#139-147(SFIGGITYL, 서열 145)가 클라미디아-특이적 T-세포에 의해 인식되는 최소 에피토프라는 것을 시사한다.
클라미디아 트라코마티스의 선택된 혈청형 유래의 Cap1(CT529)의 서열(서열 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137 및 139)을 정렬해보면, 제안된 에피토프의 위치 2번에 하나의 아미노산 차이가 발견되는 것을 볼수 있다. 상동성 혈청형 D 펩타이드는 SIIGGITYL(서열 168)이다. 클라미디아-특이적 T-세포를 인식하는데 있어서 표적 세포에 대한 SFIGGITYL 및 SIIGGITYL의 활성을 비교하였다. 각 펩타이드를 연속 희석하여 이 희석물과 P815 세포를 항온배양하고, 전술한 51Cr 방출 분석으로 T-세포의 인식력을 시험하였다. 클라미디아-특이적 T-세포는 최소 1nM의 농도에서 혈청형 L2 펩타이드를 인식하였고, 최소 10nM의 농도에서 혈청형 D 펩타이드를 인식하였다.
다른 연구를 통해 Cap1#139-147 특이적 T-세포 클론이 클라미디아 트라코마티스로 감염된 세포를 인식한다는 것을 확인하였다. 클라미디아로 감염된 세포의 표면 상에 Cap1139 -147이 존재하는지를 확인하기 위하여, Balb-3T3(H-2d)세포를 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2로 감염시키고, 이 세포가 Cap1#139-147 에피토프(서열 145)에 특이적인 CD8+ T-세포 클론에 의해 인식되는지 여부를 결정하도록 시험하였다. Cap1#139-147 에피토프에 특이적인 T-세포 클론은 69 T-세포주를 한계 희석하여 얻었다. 이 T-세포 클론은 클라미디아로 감염된 세포를 특이적으로 인식하였다. 이 실험에서, 표적 세포는 클라미디아 트라코마티스로 감염된 Balb/3T3 세포(양성 대조군) 또는 클라미디아 트라코마티스로 감염되지 않은 Balb/3T3 세포로서, 효과인자:표적 세포비가 각각 30:1, 10:1 및 3:1일 때 비용해율이 45%, 36% 및 30%로 나타나거나; 표적 세포가 Cap1#139-147 에피토프(서열 145)로 피복된 P815 세포 또는 비처리된 P815 세포인 경우에는 효과인자:표적 세포비가 각각 30:1, 10:1 및 3:1일 때 83%, 75% 및 58%의 비용해율을 나타내었다(어떤 경우에서든지 음성 대조군은 5% 미만의 용해율을 나타냄). 이 데이터는 감염 동안 에피토프가 제시되었음을 암시한다.
생체내 연구에서는 클라미디아 트라코마티스로 쥐를 감염시키면 Cap1#139-147 에피토프-특이적 T-세포가 초회항원 자극(primed)된다는 것을 시사하였다. 클라미디아 트라코마티스로의 감염이 Cap1#139-147 에피토프 특이적 T-세포 반응을 초회항원 자극하는지를 측정하기 위하여 마우스에게 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2를 108 IFU만큼 복강내 주사하여 감염시켰다. 감염 2주 후, 마우스를 희생시키고, 비장 세포를 취해 Cap1#139-147 에피토프 펩타이드로 펄스처리된 방사선조사된 유전적동계의 비장 세포로 자극시켰다. 5일간 자극시킨 후, Cap1#139-147 에피토프 특이적인 T-세포가 배양물 중에 존재하는지를 측정하기 위하여 배양물을 이용하여 표준 51Cr 방출 분석을 실시하였다. 구체적으로, 클라미디아 트라코마티스 혈청형 L2 면역화된 마우스 유래의 비장 세포 또는 PBS 주사한 대조용 마우스는 Cap1#139-147 펩타이드 피복된 유전적동계 비장 세포 및 Cap1#139-147 에피토프를 특이적으로 인식할 수 있는 CD8+ T-세포와 5일간 배양한 후 30:1, 10:1 및 3:1의 효과인자:표적세포 비율에서 각각 73%, 60% 및 32%의 비용해율을 나타내었다. 대조군 마우스는 30:1의 효과인자:표적세포 비율에서 약10%의 용해율을 나타내었고, E:T의 비율이 감소함에 따라 용해율도 점차 감소하였다. 표적세포로는 Cap1#139-147 펩타이드 피복된 P815 세포 또는 미처리된 P815 세포를 사용하였다. 이와 같은 데이터는 Cap1#139-147 펩타이드 특이적 T-세포가 클라미디아 트라코마티스로 쥐가 감염되는 동안 초회항원 자극된다는 것을 암시한다.
실시예
5
클라미디아 항원으로 면역화된 마우스에서의 항체 생성 및 T-세포 반응
몬타니드(Montanide) 애주번트로 제형화된 정제된 SWIB 또는 S13 단백질로 면역화시키거나 또는 SWIB 또는 S13의 DNA 서열을 함유하는 pcDNA-3 발현 벡터를 이용한 DNA계 면역화로 면역화시킨 마우스에서 항체와 CD4+ T 세포 반응을 측정하기 위하여 면역원성 연구를 실시하였다. SWIB는 또한 클론 1-B1-66(서열 1, 상응하는 아미노산 서열은 서열 5에 제시함)로도 지칭되고, S13 리보솜 단백질은 클론 10-C10-31(서열 4, 상응하는 아미노산 서열은 서열 12에 제시함)로도 지칭된다. 1차 실험으로서, 3마리의 C57BL/6 마우스 그룹을 2회 면역화시키고 항체와 CD4+ T-세포 반응에 대하여 모니터링하였다. DNA 면역화는 꼬리 기부에 피내 투여하여 실시하고 폴리펩타이드 면역화는 경피 경로로 투여하여 실시하였다. 면역화된 마우스 유래의 비장 세포를 표준 3H-혼입률 분석으로 조사한 결과, 정제된 재조합 SWIB 폴리펩타이드(서열 5)로 면역화된 그룹에서 강한 증식 반응이 나타났다. 전술한 바와 같은 사이토킨 유도 검정에 의한 추가 분석은 SWIB 폴리펩타이드로 면역화시킨 그룹이 측정가능한 IFN-γ 및 IL-4 반응을 산출한다는 결과를 입증하였다. 이어서, SWIB 폴리펩타이드로 면역화된 실험 그룹에서 주요 항체 이소형 반응을 측정하기 위하여 ELISA계 검정을 실시하였다. 도 4는 SWIB 면역화된 그룹이 주로 IgG1인 체액 반응을 나타낸다는 것을 보여준다.
2차 실험으로서, C3H 마우스를 PBS 또는 몬타니드로 제형화된 정제된 SWIB 단백질(클론 1-B1-66으로도 지칭됨, 서열 5) 10㎍으로 3주 간격으로 3회 면역시키고, 3차 면역한지 2주 후에 실험하였다. SWIB 단백질에 대하여 유발된 항체 역가는 당해 기술분야에 공지된 표준 ELISA계 기법으로 측정하였고, 그 결과 몬타니드 애주번트로 제형화된 SWIB 단백질이 강한 체액성 면역 반응을 유도한다는 것을 입증하였다. T-세포 증식 반응은 XTT계 분석(Scudiero et al., Cancer Research, 1988, 48:4827)으로 측정하였다. 도 5에 도시된 바와 같이, SWIB 폴리펩타이드와 몬타니드로 면역화된 마우스 유래의 비장세포가 항원-특이적 증식 반응을 유도하였다. 또한, 면역화된 동물 유래의 비장세포가 가용성 재조합 SWIB 폴리펩타이드에 대한 반응에서 IFN-γ를 분비하는 능력을 전술한 사이토킨 유도 검정을 사용하여 측정하였다. 몬타니드 애주번트로 제형화된 SWIB 폴리펩타이드로 면역화시킨 그룹의 모든 마우스 유래의 비장세포는 SWIB 클라미디아 항원에 대한 노출 반응에서 IFN-γ를 분비하였고, 이는 클라미디아 특이적 면역 반응을 유발하는 것으로 입증되었다.
또 다른 실험으로서, C3H 마우스를 SBAS2 애주번트(SmithKline Beecham, London, England)로 제형화된 정제된 SWIB 또는 S13 단백질(클라미디아 트라코마티스, SWIB 단백질, 클론 1-B1-66, 서열 5 및 S13 단백질, 클론 10-C10-31, 서열 4) 10㎍으로 꼬리의 기부에서 시간차를 두고 3회 면역시켰다. 항원-특이적 항체 역가는 ELISA로 측정하였는데, 그 결과 두 개의 폴리펩타이드 모두 1x10-4 내지 1x10-5 역가 범위의 강한 IgG 반응을 유도하였다. 이 반응의 IgG1 및 IgG2a 성분은 거의 동일한 양으로 존재하였다. 면역화된 마우스로부터 분리한 비장 세포에 대하여 표준 3H-혼입률 검정으로 측정한 항원-특이적 T-세포 증식 반응은 SWIB의 경우 상당히 강력하였고(음성 대조군에 비해 50,000cpm), s13의 경우 훨씬 더 강력하였다(음성 대조군에 비해 100,000cpm). IFNγ생성은 증식 배양물 유래의 상층액으로부터 표준 ELISA 기법으로 검정하였다. 배양물을 S13 단백질로 시험관내에서 재자극한 결과, IFNγ생성률이 음성 대조군 2 ng/㎖에 비해 약 25ng/㎖로 크게 증가하였다. 또한, SWIB 단백질로의 재자극 역시 그 정도는 더 적지만 IFNγ를 유도하였다.
이와 관련된 실험으로서, C3H 마우스를 콜레라 독소 10㎍와 혼합한 정제된 SWIB 또는 S13 단백질(클라미디아 트라코마티스, SWIB 단백질, 클론 1-B1-66, 서열 5 및 S13 단백질, 클론 10-C10-31, 서열번호 4) 10㎍으로 시간차를 두고 3회 면역시켰다. 비내 접종을 통해 점막 면역화를 실시하였다. 항원-특이적 항체 반응은 표준 ELISA 기법으로 측정하였다. 항원-특이적 IgG 항체는 SWIB로 면역화된 마우스의 혈액에 1x10-3 내지 1x10-4의 역가 범위로 존재하였지만, S13으로 면역화된 마우스에서는 검출되지 않았다. 분리한 비장세포 유래의 항원-특이적 T-세포 반응을 IFNγ 생성으로 측정한 결과 전신 면역화에 대하여 전술한 바와 유사한 결과를 나타내었다.
H2-Kd 제한된 CTL 에피토프로서 동정된 CT529 10량체 컨센서스 펩타이드(CSFIGGITYL-서열 31)인 CT529 혈청형 LGVII CTL 에피토프의 면역원성을 측정하기 위하여 동물 연구를 실시하였다. BALB/c 마우스(그룹 당 마우스 3마리)를, 다양한 애주번트와 배합한 펩타이드 25㎍으로 3회 면역시켰다. 펩타이드는 SKB 애주번트 시스템 SBAS-2", SBAS-7(SmithKline Beecham, London, England) 또는 몬타니드를 사용하여 꼬리의 기부를 통해 전신 투여하였다. 또한, 당해 펩타이드를 콜레라 독소(CT) 10㎍과 혼합하여 비내로도 투여하였다. 천연 마우스는 대조군으로서 사용하였다. 3차 면역한 지 4주 후에, 비장 세포를 1x106 세포/㎖에서 CT529 10량체 컨센서스 펩타이드 10㎍/㎖로 펄스 처리된 LPS-아세포로 3가지 다른 효과인자:LPS 아세포 비율이 6, 1.5 및 0.4에서 재자극하였다. 2회 재자극한 후, 효과기 세포를 가지고 표준 크롬 방출 검정을 사용하여 펩타이드 펄스 처리된 P815 세포를 용해시키는 활성에 대하여 시험하였다. 음성 대조군으로는 계란의 오브알부민 유래의 관련이 없는 펩타이드를 사용하였다. 분석 결과, CT529 10량체 컨센서스 펩타이드에 대하여 상당한 면역 반응이 유도되고 당해 펩타이드를 이용한 면역화 반응으로 펩타이드 펄스 처리된 표적 세포를 용해시킬 수 있는 항원-특이적 T-세포가 유도되었다. 구체적으로, SBAS-7 및 CT 보조화된 그룹에서는 항원-특이적 용해 활성이 발견된 반면, 몬타니드와 SBAS-2"는 CTL 에피토프 면역화의 애주번트로서 역할을 하지 못하였다.
실시예
6
클라미디아
뉴모니아
유전자의 발현 및 특성확인
실시예 1에 기재된 사람 T-세포주, TCL-8은 클라미디아 트라코마티스 뿐만 아니라 클라미디아 뉴모니아로 감염된 단핵세포-유래의 수지상 세포를 인식하는데, 이것은 클라미디아 트라코마티스와 뉴모니아가 교차반응성 T-세포 에피토프를 암호할 수 있다는 것을 암시한다. 클라미디아 트라코마티스 LGV II 클론 1B1-66(SWIB로도 지칭, 서열 1) 및 클론 10C10-31(S13 리보솜 단백질로도 불림, 서열 4)과 상동성인 클라미디아 뉴모니아 유전자를 분리하기 위하여, HeLa229 세포를 클라미디아 뉴모니아 균주 TWAR(CDC/CWL-029)로 감염시켰다. 3일간 항온배양한 후, 클라미디아 뉴모니아로 감염된 헬라 세포를 수거하고, 세척하여 물 200㎕에 재현탁시킨 다음, 비등 수조에서 20분 동안 가열하였다. 붕괴된 세포 현탁액 10㎕를 PCR 주형으로서 사용하였다.
5'말단에 6x-히스티딘 태그와 NdeI 부위가 삽입되고 3' 말단에 종결 코돈과 BamHI 부위가 포함되도록 클론 1B1-66 및 10C10-31에 대하여 클라미디아 뉴모니아- 특이적 프라이머를 설계하였다(도 6). PCR 생성물은 당해 기술 분야에 공지된 표준 기법을 사용하여 증폭 및 서열분석하였다. 클라미디아 뉴모니아 특이적 PCR 생성물은 발현 벡터 pET17B(Novagen, Madison, WI)에 클로닝하고, 발현을 위해 이. 콜라이 BL21 pLysS 속에 형질감염시킨 뒤, 노바겐에서 제공하는 히스티딘-니켈 크로마토그래피 방법을 사용하여 정제하였다. 따라서 클라미디아 뉴모니아로부터 2가지 단백질, 즉 CpSWIB(서열 27, 6X His 태그를 가진 것은 서열 78, 상응하는 아미노산 서열은 서열 28에 제시함)로 지칭되는 10 내지 11kDa 단백질과 CpS13(서열 29, 6X His 태그를 가진 것은 서열 77, 상응하는 아미노산 서열은 서열 30과 91에 각각 제시함)으로 지칭되는 15kDa 단백질이 생성되었다.
실시예
7
클라미디아
뉴모니아
항원에 의한 T 세포 증식 및 인터페론-γ 생산의 유도
T 세포 증식 및 인터페론-γ 생산을 유도하는 재조합 클라미디아 뉴모니아 항원의 활성은 다음과 같이 측정하였다.
단백질은 IPTG로 유도하고 Ni-NTA 아가로즈 친화성 크로마토그래피로 정제하였다(Webb et al., J.Immunology 157:5034-5041, 1996). PBMC 제조물에서 T-세포 증식을 유도하는 활성에 대해 상기 정제된 폴리펩타이드를 스크리닝하였다. 클라미디아 항원에 대한 반응으로 T-세포가 증식하는 것으로 알려진 정상인 공여자 유래의 PBMC 뿐만 아니라 클라미디아 뉴모니아 환자 유래의 PBMC를 10% 수집된 사람 혈청과 50㎍/㎖ 젠타미신이 보충된 RPMI 1640을 포함하는 배지에서 배양하였다. 정제된 폴리펩타이드를 0.5 내지 10㎍/㎖의 농도로 중복하여 첨가하였다. 200㎕의 부피로 96웰 환저 평판에서 6일간 배양한 후, 각 웰로부터 배지 50㎕를 취하여 하기 기술되는 바와 같이 IFN-γ 수준을 측정하였다. 그 다음, 평판을 삼중수소화 티미딘 1μCi/웰로 18시간 동안 더 펄스처리하고, 수거한 뒤 가스 신틸레이션 계수기를 사용하여 3중수소의 흡수율을 측정하였다. 양 복제물에서의 증식률이 단독의 배지에서 배양된 세포에서 관찰되는 증식률보다 3배 이상인 분획을 양성으로 간주하였다.
IFN-γ는 효소 결합된 면역흡착 분석법(ELISA)으로 측정하였다. ELISA 평판을, PBS 중에 용해시킨 사람 IFN-γ(PharMingen, San Diego, CA)에 의해 유도된 마우스 모노클로날 항체로 실온에서 4시간 동안 피복하였다. 그 다음, 웰을 실온에서 1시간 동안 5%(W/V) 탈지분유를 함유하는 PBS로 차단시켰다. 당해 평판을 PBS/0.2% TWEEN-20으로 6회 세척하고, ELISA 평판에서 배양 배지로 1:2 희석한 샘플을 실온에서 밤새 항온배양하였다. 평판을 다시 세척하고, PBS/10% 정상 염소 혈청 중에 1:3000으로 희석한 폴리클로날 토끼 항사람 IFN-γ혈청을 각 웰에 첨가하였다. 평판을 그 다음 실온에서 2시간 동안 항온배양하고, 세척한 뒤, 양고추냉이 퍼옥시다제 결합된 항토끼 IgG(Sigma Chemical Co., St.Louis,MO)를 PBS/5% 탈지분유에 1:2000의 희석도로 첨가하였다. 실온에서 2시간 동안 더 항온배양한 후, 평판을 세척하고 TMB 기질을 첨가하였다. 20분 후 1N 황산으로 반응을 정지시켰다. 참조 파장으로서 570 nm를 사용하여 450nm에서 광학 밀도를 측정하였다. 단독의 배지에서 배양된 세포로부터 평균 OD보다 2배 이상으로 OD를 제공(3회 표준 편차)하는 양쪽 복제물이 수득되는 분획은 양성으로 고려된다.
클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 뉴모니아와 교차반응할 수 있는 사람 항-클라미디아 T-세포주(TCL-8)를 사용하여 전술한 실시예에서 발현된 단백질[즉, CpSWIB(서열 27, 6X His 태그를 가진 것은 서열 78, 상응하는 아미노산 서열은 서열 28에 제시함)과 CpS13(서열 29, 6X His 태그를 가진 것은 서열번호 77, 상응하는 아미노산 서열은 각각 서열 30과 91에 제시함)으로 지칭되는 15kDa 단백질]이 클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 뉴모니아 둘 다에 공통적인 T-세포 에피토프를 갖고 있는지를 측정하였다. 간략히 설명하면, 1x104 단핵세포 유래의 수지상 세포 상에 이. 콜라이가 발현하는 클라미디아 단백질을 첨가하였다. 2시간 후, 수지상 세포 배양물을 세척하고, 2.5x104 T 세포(TCL-8)을 첨가한 뒤 72시간 더 항온배양하였다. 배양 상층액 중의 INF-γ의 양을 ELISA로 측정하였다. 도 7a 및 7b에 도시된 바와 같이 TCL-8 T-세포주는 항원-특이적 IFN-γ 유도를 통해 증명되듯이 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 양자 유래의 S13 리보좀 단백질을 특이적으로 인식한 반면, 당해 T 세포주는 클라미디아 트라코마티스 유래의 SWIB 단백질만을 인식하였다. 이러한 결과를 입증하기 위하여, 클라미디아 트라코마티스 SWIB의 T 세포 에피토프를 일련의 중첩 펩타이드로 펄스처리된 표적 세포와 T-세포주 TCL-8을 이용한 에피토프 지도작성으로 동정하였다. 3H-티미딘 혼입률 검정 역시 C.t.SWIB52-67(서열 39)로 지칭되는 펩타이드가 TCL-8 세포주를 가장 강력하게 증식시킨다는 것을 증명하였다. 클라미디아 뉴모니아 서열의 SWIB(서열 40), 클라미디아 뉴모니아의 토포아이소머라제-SWIB 융합체(서열 43) 및 클라미디아 트라코마티스(서열 42) 뿐만 아니라 사람 SWI 도메인(서열 41)에 상응하는 상동성 펩타이드를 합성하고, 전술한 검정으로 시험하였다. T-세포주 TCL-8은 서열 39의 클라미디아 트라코마티스 펩타이드 만을 인식하고 상응하는 클라미디아 뉴모니아 펩타이드(서열 40) 또는 기타 상응하는 전술한 펩타이드(서열 41 내지 43)는 인식하지 못하였다.
클라미디아 특이적인 T 세포주는, 공여체 PBMC를 클라미디아 트라코마티스 또는 클라미디아 뉴모니아로 감염된 단핵세포 유래의 수지상 세포로 각각 자극하여 클라미디아 뉴모니아에 대하여 양성 혈청 역가를 가진 공여체 CP-21로부터 발생시켰다. 클라미디아 뉴모니아에 대하여 유발된 T-세포는 재조합체 클라미디아 뉴모니아-SWIB와는 반응하지만, 클라미디아 트라코마티스-SWIB와는 반응하지 않은 반면, 클라미디아 트라코마티스에 대하여 유발된 T-세포주는 클라미디아 트라코마티스-SWIB 또는 클라미디아 뉴모니아-SWIB와 모두 반응하지 않았다(도 9 참조). 공여체 CP-21의 클라미디아 뉴모니아 SWIB 특이적인 면역 반응은 클라미디아 뉴모니아 감염을 확인시켜 주고 생체내 클라미디아 뉴모니아 감염 동안 클라미디아 뉴모니아-SWIB 특이적인 T-세포가 유도된다는 것을 나타낸다.
클라미디아 뉴모니아-SWIB에 대한 T-세포 반응의 에피토프 지도작성은 Cp-SWIB 특이적인 T-세포가 중첩 펩타이드 Cp-SWIB 32-51(서열 101)과 Cp-SWIB 37-56(서열 102)에 반응하므로, 이는 클라미디아 뉴모니아-SWIB 특이적인 T-세포 에피토프 Cp-SWIB 37-51(서열 100)가 있음을 확인시켜 주었다.
또 다른 실험으로서, PBMC를 각각 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 유래의 비감염성 기본소체로 자극하여 공여체 CP1(클라미디아 뉴모니아 혈청 양성 공여체)로부터 T-세포주를 발생시켰다. 구체적으로, 증식 반응은 1x104 단핵세포 유래의 수지상 세포 및 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 유래의 비감염성 기본소체 또는 재조합체 클라미디아 트라코마티스 또는 클라미디아 뉴모니아 SWIB 단백질의 존재하에 2.5x104 T-세포를 자극하여 측정하였다. SWIB에 대한 T-세포 반응은 클라미디아 트라마코티스-SWIB가 아닌 클라미디아 뉴모니아-SWIB 만이 클라미디아 뉴모니아 T-세포주에 의한 반응을 유도한다는 점에서 CP-21 유래의 T-세포주로 얻어지는 데이터와 유사하였다. 또한, 클라미디아 트라코마티스 T-세포주는 CT 및 CP 기본소체 둘 다에 대한 반응으로 증식하였지만, 클라미디아 트라코마티스 SWIB 또는 클라미디아 뉴모니아 SWIB에 대해서는 증식하지 않았다. 실시예 1에 기재하였듯이, TCP-21 세포주를 사용하여 동정한 클론 11-C12-91(서열 63)은 OMP2 유전자(CT443)의 일부이며 OMCB라고도 지칭되는 클라미디아 뉴모니아의 60kDa 시스테인-풍부한 외막 단백질과 상동성이 있는 269bp 삽입체를 가진다. 반응성 에피토프를 추가 규명하기 위하여 전술한 면역분석법과 일련의 중첩 펩타이드를 사용하여 에피토프 지도작성을 실시하였다. 간략히 설명하면, 1x104 단핵세포 유래의 수지상 세포의 존재하에 2.5x104 TCP-21 T-세포를 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 유래의 비감염성 기본소체 또는 클라미디아 트라코마티스 또는 클라미디아 뉴모니아 OMCB 단백질의 단백질 서열에서 유래되는 펩타이드(0.1㎍/㎖)로 자극하여 증식 반응을 측정하였다. TCP-21 T-세포는 에피토프 CT-OMCB #167-186, CT-OMCB#171-190, CT-OMCB#171-186 및 이보다는 적은 정도로 CT-OMCB#175-186(각각 서열 249-252)과 반응하였다. 특히, TCP-21 T-세포주는 상동성이 있는 클라미디아 뉴모니아 펩타이드 CP-OMCB#171-186(서열 253)에 대해서도 클라미디아 트라코마티스 펩타이드에 대한 반응과 동일하거나 그 이상의 반응으로 증식 반응을 제공하였다. 위치 2번(즉, Glu 대신 Asp) 및 위치 4번(즉, Ser 대신 Cys)에서의 아미노산 치환은 T-세포의 증식 반응을 변경시키지 않았고, 이는 상기 에피토프가 클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 뉴모니아 간의 교차반응성 에피토프라는 것을 입증하였다.
실시예
8
클라미디아 항원에 대한 사람
PBMC
와 T-세포주의 면역 반응
본 실시예는 클라미디아 트라코마티스로 감염된 일반 개체군 중에서 클라미디아 트라코마티스 감염을 제어하는 보호적 면역반응을 일으키는 건강한 공여체 집단이 있음을 확인하기 위한 것이다. 이러한 공여체들은 클라미디아 트라코마티스에 대하여 임상적으로 무증상이고 혈청음성인 상태를 유지하였다. CD4 발현 클로닝으로 동정된 클라미디아 항원에 대한 정상 공여체의 면역반응을 규명하기 위하여, 12명의 건강한 공여체에서 얻은 PBMC를 클라미디아 트라코마티스-SWIB, 클라미디아 뉴모니아-SWIB 및 클라미디아 트라코마티스-S13, 클라미디아 뉴모니아-S13을 비롯한 재조합 클라미디아 항원의 패널에 대하여 시험하였다. 그 시험 결과는 표 1에 요약하였다. 모든 공여체는 클라미디아 트라코마티스에 대하여 혈청음성인 반면, 6/12은 양성의 클라미디아 뉴모니아 역가를 나타내었다. 4 초과의 자극 지수를 양성 반응으로 간주할 때, 클라미디아 트라코마티스 기본소체에 대해서는 11/12의 피검체가 반응하였고, 클라미디아 뉴모니아 기본소체에 대해서는 12/12의 피검체가 반응하였다. 공여체 AD104는 재조합 클라미디아 뉴모니아-S13 단백질에 대하여 반응하였지만, 재조합 클라미디아 트라코마티스-S13 단백질에 대해서는 반응하지 않아서, 클라미디아 뉴모니아 특이적 반응임을 시사한다. 클라미디아 뉴모니아-SWIB에 대해서는 특이적으로 반응하지 않지만, 클라미디아 트라코마티스-SWIB에 대해서는 12명의 공여체 중 3명이 특이적으로 반응하므로, 클라미디아 트라코마티스에 감염되었음을 확인시켜 준다. 클라미디아 트라코마티스-S13 및 클라미디아 뉴모니아-S13은 8/12 공여체 중에서 반응을 유도하였으며, 이는 클라미디아 감염을 시사하였다. 이상의 결과는 정상 시험 피검체의 PBMC에서 T-세포 반응을 유도하는 SWIB와 S13의 활성을 입증한 것이다.
CT=클라미디아 트라코마티스; CP=클라미디아 뉴모니아; EB=클라미디아 기본소체; Swib=재조합 클라미디아 Swib 단백질; S13=재조합 클라미디아 S13 단백질; lpdA=재조합 클라미디아 lpdA 단백질; TSA=재조합 클라미디아 TSA 단백질. 결과값은 표준 증식 검정의 결과를 나타낸 것이다. 증식 반응은 PBMC 3x105을 각각의 재조합 항원이나 기본소체(EB)와 예비 항온배양된 단핵세포-유래된 수지상 세포 1x104으로 자극시켜 측정하였다. 6일 후 최후 18시간 동안의 3H-티미딘 펄스처리를 이용하여 분석물을 수거하였다.
SI:자극 지수
+/- : SI~ 4
+ : SI> 4
++: SI 10-30
+++: SI> 30
1차 일련의 실험에서, T-세포주는 T-세포를 전술한 바와 같이 클라미디아 트라코마티스 LGV II 기본소체로 자극함으로써, 생식기가 클라미디아 트라코마티스에 감염된 병력이 있는 건강한 여성 개체(CT-10)로부터 발생하였다. 시험 피검체가 클라미디아 트라마코티스에 노출되었어도, 혈청형이 변화되지 않았고, 임상 증후도 발현되지 않았으므로, 공여체 CT-10은 클라미디아 트라코마티스에 대하여 보호적 면역반응을 일으킨 것이라 할 수 있다. 도 10에 도시된 바와 같이, 공여체 CT-10으로부터 유래된 1차 클라미디아 특이적 T-세포주는 클라미디아 트라코마티스-SWIB에는 반응하지만, 클라미디아 뉴모니아-SWIB 재조합 단백질에는 반응하지 않는 바, 이는 CT-10이 클라미디아 트라코마티스에 노출되었음을 확인시켜준다. 클라미디아 트라코마티스-SWIB에 대한 T-세포 반응의 에피토프 지도작성은, 이 공여체가 도 11에 도시된 바와 같이 T-세포주 TCL-8과 동일한 에피토프 Ct-SWIB 52-67(서열 39)과도 반응함을 보여준다.
각종 클라미디아 트라코마티스 환자에 대해서도 전술한 바와 같이 또 다른 T-세포주가 발생하였다. 환자의 임상 이력과 각종 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 기본소체 및 재조합 단백질에 대한 증식 반응의 결과를 표 2에 요약하였다.
NGU=비임균성 요도염; BV=세균성 질증; CT=클라미디아 트라코마티스; CP=클라미디아 뉴모니아; EB=클라미디아 기본소체; Swib=재조합 클라미디아 Swib 단백질; S13=재조합 클라미디아 S13 단백질; lpdA=재조합 클라미디아 lpdA 단백질; TSA=재조합 클라미디아 TSA 단백질
결과값은 표준 증식 분석의 결과를 나타낸 것이다. 증식 반응은 PBMC 3x105을 각각의 재조합 항원이나 기본소체(EB)와 예비항온배양된 단핵세포-유래된 수지상 세포 1x104으로 자극시켜 측정하였다. 6일 후, 최후 18시간 동안의 3H-티미딘 펄스 처리를 이용하여 분석물을 수거하였다.
SI:자극 지수
+/-: SI~ 4
+: SI> 4
++: SI 10-30
+++: SI> 30
표 1 및 II에 요약한 바와 같이 무증상성(전술함) 시험 피검체 및 클라미디아 트라코마티스 환자의 패널을 사용하여 이 두 그룹 유래의 PBMC에 대한 면역 반응의 포괄적 연구를 시행하였다. 간략히 설명하면, 클라미디아 뉴모니아 환자 유래의 PBMC 뿐만 정상 공여체의 PBMC를 10% 수집된 사람 혈청 및 50㎍/㎖ 젠타미신 보충된 RPMI 1640을 포함하는 배지에서 배양하였다. 정제된 폴리펩타이드, 클라미디아 트라코마티스 lpdA 및 TSA 뿐만 아니라 클라미디아 트라코마티스-SWIB, 클라미디아 뉴모니아-SWIB 및 클라미디아 트라코마티스-S13, 클라미디아 뉴모니아-S13을 비롯한 재조합 클라미디아 항원 패널을 0.5 내지 10㎍/㎖의 농도로 중복하여 첨가하였다. 200㎕의 용적으로 96웰 환저 평판에서 6일간 배양한 후, 각 웰로부터 배지 50㎕를 취하여 하기 기술되는 바와 같이 IFN-γ수준을 측정하였다. 그 다음, 평판을 삼중수소화 티미딘 1μCi/웰로 18시간 동안 더 펄스처리하고, 수거한 뒤 가스 신틸레이션 계수기를 사용하여 3중수소의 흡수율을 측정하였다. 양 복제물에서의 증식률이 단독의 배지에서 배양된 세포에서 관찰되는 증식률보다 3배 이상인 분획을 양성으로 간주한다.
재조합 클라미디아 항원에 대한 증식 반응은 무증상성 공여체 및 클라미디아 트라코마티스 환자의 대다수가 클라미디아 트라코마티스 S13 항원(8/12)을 인식하고, 다수의 클라미디아 트라코마티스 환자가 클라미디아 뉴모니아 S13 항원을 인식하며(8/12), 4/12 무증상성 공여체가 클라미디아 뉴모니아 S13 항원을 인식한다는 것을 입증하였다. 또한, 클라미디아 트라코마티스 환자 12명 중 6명과 무증상성 공여체 12명 중 4명은 클라미디아 트라코마티스의 lpdA 항원에 대하여 증식 반응을 나타내었다. 이와 같은 결과는 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 S13항원, 클라미디아 트라코마티스 Swib 항원 및 클라미디아 트라코마티스 lpdA 항원이 무증상성 공여체에 의해 인식되는 바, 이 항원들은 클라미디아에 노출된 동안 인식되어 이 항원들에 대하여 면역 반응이 유도된다는 것을 입증하였다. 이러한 결과는 상기 항원들이 사람 숙주에게 보호 면역성을 부여하는데 중요한 역할을 할 수 있음을 암시하는 것이다. 또한, 클라미디아 트라코마티스 및 클라미디아 뉴모니아 S13 항원은 클라미디아 트라코마티스 환자 중에서 동일하게 인식되는 바, S13 단백질에는 클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 뉴모니아 간에 공유되는 에피토프가 존재한다는 것을 시사한다. 표 3은 본 실험의 결과를 요약한 것이다.
무증상성 공여체 및 클라미디아 트라코마티스 환자에게서 얻은 단기간 T-세포주에 대한 세포 면역 반응을 측정하기 위한 일련의 실험을 개시하였다. 세포 면역 반응은 실시예 7에 기재한 바와 같이 표준 증식 분석 및 IFN-γ로 측정하였다. 구체적으로, 본 분석에는 일부 재조합 단백질도 사용하였지만, 대부분의 항원은 클라미디아 항원을 발현하는 단일 이. 콜라이 클론의 형태를 사용하였다. 단일 이. 콜라이 클론을 1x104 단핵세포 유래의 수지상 세포에 첨가하고, 2시간 후, 배양물을 세척하고, 2.5x104 T-세포를 첨가하였다. 재조합 단백질을 이용한 분석은 전술한 바와 같이 실시하였다. 증식을, 4일 후 최후 18시간 동안의 표준 3H-티미딘 펄스 처리를 이용하여 측정하였다. IFN-γ의 유도는 4일후 수거한 배양 상층액으로부터 전술한 바와 같이 표준 ELISA 분석법을 사용하여 측정하였다. 그 결과, C.T.Swib를 제외한 시험된 모든 클라미디아 트라코마티스 항원이 클라미디아 트라코마티스 환자 유래의 1종 이상의 상이한 T-세포주로부터 증식 반응을 유도한다는 것을 확인하였다. 또한, 증식 반응은 다음과 같은 클라미디아 유전자, CT622, groEI, pmpD, CT610 및 rS13에 대하여 클라미디아 트라코마티스 환자 및 무증상성 공여체 둘 다로부터 유도되었다.
또한, 12G3-83 클론은 CT622 외에도 CT734 및 CT764에 대한 서열을 함유하며, 따라서 이 유전자 서열은 면역반응성 에피토프를 또한 가질 수 있다. 이와 유사하게, 클론 21G12-60은 CT875 외에도 가정 단백질 유전자 CT229 및 CT228에 대한 서열을 함유하며; 15H2-76 역시 sycE 유전자에 대해 상동성을 가질 뿐 아니라 CT812 및 CT088 유래의 서열을 함유한다. 클론 11H3-61 역시 PGP6-D 독성 단백질에 대한 상동성을 가지는 서열을 포함한다.
실시예
9
클라미디아 항원을 이용한 보호 연구
보호 연구는 클라미디아 항원을 이용한 면역이 클라미디아 접종 후 유발되는 생식기 질환에 영향을 미칠 수 있는지를 측정하기 위하여 마우스에 대하여 실시하였다. 2가지 모델, 즉 클라미디아 프시타시(C. psittaci)(MTW447) 균주를 함유하는 사람 분리물을 사용한 질내 접종 모델 및 클라미디아 트라코마티스 혈청형 F(균주 NI1)로서 동정된 사람 분리물을 포함하는 자궁내 접종 모델을 사용하였다. 양 균주는 여성에게 있어 클라미디아 트라코마티스에 의해 발병되는 자궁내막염 및 난관염과 유사하게 모두 생식기 상부에 염증을 유도한다. 1차 실험으로서, C3H 마우스(그룹당 4마리)를 클라미디아 트라코마티스 SWIB DNA(서열 1, 상응하는 아미노산 서열은 서열 5에 제시함)를 함유하는 pcDNA-3 발현 벡터 100㎍으로 3회 면역시켰다. 전신 면역을 위해 꼬리의 기부에서 접종하였다. 최종 면역화 2주 후에 동물에게 프로제스테론을 처리하고 질을 통해 또는 자궁내 접종물의 주사를 통해 감염시켰다. 감염 2주 후, 마우스를 희생시키고 생식기를 절개한 뒤, 염색하여 조직병리학적 검사를 실시하였다. 염증 정도를 측정하였다(+는 매우 약함이고, +++++는 매우 심함이다). 그룹의 평균 염증 점수를 얻기 위하여 각각의 한쪽 난관/난소에 대하여 측정한 점수를 총합하여 조사한 기관의 수로 나누었다. 자궁 접종 모델에서, 공(empty) 벡터를 투여한 음성 대조군의 면역화된 동물은 난소/난관 평균 염증 점수가 6.12로 일정한 염증을 보여주는 반면, DNA 면역화된 그룹에서는 2.72로 나타났다. 질내 접종 및 상승 감염 모델에서는 음성 대조군-면역화된 마우스는 난소/난관 평균 염증 점수가 8.37인 반면 DNA-면역화된 그룹에서는 5.00으로 나타났다. 또한, 상기 후자 모델에서 음성 대조군으로 예방접종된 그룹은 난관의 내강에서 염증 세포가 나타나는 반면 예방접종된 마우스는 난관 폐색의 증후를 전혀 나타내지 않았다.
2차 실험으로서, C3H 마우스(그룹 당 4마리)를, 폴리락타이드 코글리콜라이드(Poly Lactide co-Glycolide) 미소구(PLG)에 캡슐화된 클라미디아 트라코마티스 SWIB DNA(서열 1, 상응하는 아미노산 서열은 서열 5에 제시함)를 함유하는 pcDNA-3 발현 벡터 50㎍으로 3회 면역시켰다. 이 때, 면역화는 복강내 주사로 실시하였다. 최종 면역화 2주 후, 동물에게 프로제스테론을 처리하고, 질내에 클라미디아 프시타시를 접종하여 감염시켰다. 감염 2주 후, 마우스를 희생시키고 생식기를 절제한 뒤 염색하고 조직병리학적 검사를 실시하였다. 염증 정도는 전술한 바와 같이 측정하였다. 그룹의 평균 염증 점수를 얻기 위하여 각각의 한쪽 난관/난소에 대하여 측정한 점수를 총합하여 조사한 기관의 수로 나누었다. PLG-캡슐화된 공 벡터를 투여한 음성 대조군으로 면역화된 동물은 난소/난관 평균 염증 점수가 7.28로 일정한 염증을 보여주는 반면, PLG-캡슐화된 DNA로 면역화된 그룹에서는 5.71로 나타났다. 복강내 염증은 예방접종된 그룹에서는 1.75였고, 대조군에서는 3.75였다.
3차 실험으로서, C3H 마우스(그룹당 4마리)를, 콜레라 독소(CT)와 혼합한 정제된 재조합 단백질, SWIB(서열 1, 상응하는 아미노산 서열은 서열 5에 제시함) 또는 S13(서열 4, 상응하는 아미노산 서열은 서열 12에 제시함) 10㎍으로 3회 면역시켰다. 이 제제를 마취하에 20㎕의 용적으로 비내로 투여하였다. 최종 면역화 2주 후에, 동물에게 프로제스테론을 처리하고, 클라미디아 프시타시를 질내 접종하거나 클라미디아 트라코마티스 혈청형 F를 자궁내 접종하여 감염시켰다. 감염 2주 후, 마우스를 희생시키고 생식기를 절제하여 염색하고 조직병리학적 검사를 실시하였다. 염증 정도는 전술한 바와 같이 측정하였다. 그룹의 평균 염증 점수를 얻기 위하여 각각의 한쪽 난관/난소에 대하여 측정한 점수를 총합하여 조사한 기관의 수로 나누었다. 자궁 접종 모델에서, 콜레라 독소만을 투여한 음성 대조군으로 면역화된 동물은 난소/난관 평균 염증 점수가 4.25(단지 2마리 마우스에 대해서만 분석됨; 다른 2마리 사망함)를 보여주는 반면, s13+콜레라 독소로 면역화된 그룹에서는 5.00, SWIB+콜레라 독소로 면역화된 그룹에서는 1.00으로 나타났다. 처리되지 않은 감염된 동물은 난소/난관 평균 염증 점수가 7이었다. 질내 접종 및 상승 감염 모델에서는 음성 대조군으로 면역화된 마우스는 난소/난관 평균 염증 점수가 7.37인 반면 s13+콜레라 독소로 면역화된 그룹에서는 6.75이고, SWIB+콜레라 독소로 면역화된 그룹에서는 5.37로 나타났다. 처리되지 않은 감염된 동물에서는 난소/난관 평균 염증 점수가 8이었다.
전술한 3가지 실험은 SWIB 특이적 보호가 얻어질 수 있다는 것을 암시하였다. 이러한 보호 효과는 동종의 감염 모델에서 상당히 현저하였고 클라미디아 프시타시에 의한 이종 챌린지 감염시에도 유지되었다.
이상, 본 발명을 명료하게 이해할 수 있도록 하기 위하여 예시와 실시예를 통해 약간 상세하게 설명하였지만, 본 발명은 본 발명의 범위를 한정하기 위해 첨부되는 청구의 범위의 영역내에서 다양한 변화와 수정을 실시할 수 있다.
<110> Corixa Corporation
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<150> US 09/410,568
<151> 1999-10-01
<150> US 09/426,571
<151> 1999-10-22
<160> 303
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 481
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 1
ctgaagactt ggctatgttt tttattttga cgataaacct agttaaggca taaaagagtt 60
gcgaaggaag agccctcaac ttttcttatc accttcttta actaggagtc atccatgagt 120
caaaataaga actctgcttt catgcagcct gtgaacgtat ccgctgattt agctgccatc 180
gttggtgcag gacctatgcc tcgcacagag atcattaaga aaatgtggga ttacattaag 240
gagaatagtc ttcaagatcc tacaaacaaa cgtaatatca atcccgatga taaattggct 300
aaagtttttg gaactgaaaa acctatcgat atgttccaaa tgacaaaaat ggtttctcaa 360
cacatcatta aataaaatag aaattgactc acgtgttcct cgtctttaag atgaggaact 420
agttcattct ttttgttcgt ttttgtgggt attactgtat ctttaacaac tatcttagca 480
g 481
<210> 2
<211> 183
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 2
atcgttggtg caggacctat gcctcgcaca gagatcatta agaaaatgtg ggattacatt 60
aaggagaata gtcttcaaga tcctacaaac aaacgtaata tcaatcccga tgataaattg 120
gctaaagttt ttggaactga aaaacctatc gatatgttcc aaatgacaaa aatggtttct 180
caa 183
<210> 3
<211> 110
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 3
gctgcgacat catgcgagct tgcaaaccaa catggacatc tccaatttcc ccttctaact 60
cgctctttgg aactaatgct gctaccgagt caatcacaat cacatcgacc 110
<210> 4
<211> 555
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 4
cggcacgagc ctaagatgct tatactactt taagggaggc ccttcgtatg ccgcgcatca 60
ttggaataga tattcctgcg aaaaagaaat taaaaataag tcttacatat atttatggaa 120
tagggccagc tctttctaaa gagattattg ctagattgca gttgaatccc gaagctagag 180
ctgcagagtt gactgaggaa gaggttggtc gactaaacgc tcttttacag tcggattacg 240
ttgttgaagg ggatttgcgc cgtcgtgtgc aatctgatat caaacgtctg attactatcc 300
atgcttatcg tggacaaaga catagacttt ctttgcctgt tcgtggtcag agaacaaaaa 360
caaattctcg cacgcgtaag ggtaaacgta aaactattgc aggtaagaag aaataataat 420
ttttaggaga gagtgttttg gttaaaaatc aagcgcaaaa aagaggcgta aaaagaaaac 480
aagtaaaaaa cattccttcg ggcgttgtcc atgttaaggc tacttttaat aatacaattg 540
taaccataac agacc 555
<210> 5
<211> 86
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 5
Met Ser Gln Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met Gln Pro Val Asn Val Ser
1 5 10 15
Ala Asp Leu Ala Ala Ile Val Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu
20 25 30
Ile Ile Lys Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gln Asp
35 40 45
Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val
50 55 60
Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met Phe Gln Met Thr Lys Met Val
65 70 75 80
Ser Gln His Ile Ile Lys
85
<210> 6
<211> 61
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 6
Ile Val Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Ile Lys Lys Met
1 5 10 15
Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gln Asp Pro Thr Asn Lys Arg
20 25 30
Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys
35 40 45
Pro Ile Asp Met Phe Gln Met Thr Lys Met Val Ser Gln
50 55 60
<210> 7
<211> 36
<212> PRT
<213> Chlamyida trachomatis
<400> 7
Ala Ala Thr Ser Cys Glu Leu Ala Asn Gln His Gly His Leu Gln Phe
1 5 10 15
Pro Leu Leu Thr Arg Ser Leu Glu Leu Met Leu Leu Pro Ser Gln Ser
20 25 30
Gln Ser His Arg
35
<210> 8
<211> 18
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 8
Leu Arg His His Ala Ser Leu Gln Thr Asn Met Asp Ile Ser Asn Phe
1 5 10 15
Pro Phe
<210> 9
<211> 5
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 9
Leu Ala Leu Trp Asn
1 5
<210> 10
<211> 11
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 10
Cys Cys Tyr Arg Val Asn His Asn His Ile Asp
1 5 10
<210> 11
<211> 36
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 11
Val Asp Val Ile Val Ile Asp Ser Val Ala Ala Leu Val Pro Lys Ser
1 5 10 15
Glu Leu Glu Gly Glu Ile Gly Asp Val His Val Gly Leu Gln Ala Arg
20 25 30
Met Met Ser Gln
35
<210> 12
<211> 122
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 12
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys
1 5 10 15
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile Gly Pro Ala Leu Ser Lys Glu
20 25 30
Ile Ile Ala Arg Leu Gln Leu Asn Pro Glu Ala Arg Ala Ala Glu Leu
35 40 45
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gln Ser Asp Tyr
50 55 60
Val Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gln Ser Asp Ile Lys Arg
65 70 75 80
Leu Ile Thr Ile His Ala Tyr Arg Gly Gln Arg His Arg Leu Ser Leu
85 90 95
Pro Val Arg Gly Gln Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly
100 105 110
Lys Arg Lys Thr Ile Ala Gly Lys Lys Lys
115 120
<210> 13
<211> 20
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 13
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys
1 5 10 15
Val Phe Gly Thr
20
<210> 14
<211> 20
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 14
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met
1 5 10 15
Phe Gln Met Thr
20
<210> 15
<211> 161
<212> DNA
<213> Chlymidia trachomatis
<400> 15
atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa 60
ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg 120
cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a 161
<210> 16
<211> 897
<212> DNA
<213> Chlymidia trachomatis
<400> 16
atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60
acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120
attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180
gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240
actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300
caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360
ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420
atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480
aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540
agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600
gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660
gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720
ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780
gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840
ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897
<210> 17
<211> 298
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 17
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gln Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gln Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gln Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg
65 70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gln Ser Ala Gln Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gln
100 105 110
Lys Thr Gln Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gln Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 18
<211> 18
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 18
Arg Ala Ala Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr
1 5 10 15
Tyr Leu
<210> 19
<211> 18
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 19
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile
1 5 10 15
Arg Pro
<210> 20
<211> 216
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 20
Met Arg Gly Ser Gln Gln Ile Phe Val Cys Leu Ile Ser Ala Glu Arg
1 5 10 15
Leu Arg Leu Ser Val Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His
20 25 30
Ser Glu Leu Ser Val Arg Phe Cys Leu Ser Thr Lys Cys Trp Gln Asn
35 40 45
Arg Phe Phe Leu Pro Lys Leu Lys Gln Ile Trp Asp Leu Leu Leu Ala
50 55 60
Ile Leu Trp Arg Leu Thr Met Gln Arg Leu Trp Trp Val Leu Asp Ser
65 70 75 80
Leu Ser Val Arg Lys Glu Gln Ile Ala Lys Pro Ala Ala Leu Val Leu
85 90 95
Arg Glu Lys Ser Arg Tyr Ser Lys Cys Arg Glu Arg Lys Met Leu Ala
100 105 110
Arg Arg Lys Ser Leu Glu Arg Lys Pro Arg Arg Ser Arg Ala Ser Ser
115 120 125
Met His Ser Ser Leu Cys Ser Arg Ser Phe Trp Asn Ala Leu Pro Thr
130 135 140
Phe Ser Asn Trp Cys Arg Cys Leu Leu Gln Trp Val Phe Val Arg Leu
145 150 155 160
Trp Leu Leu Asp Val Arg Ser Leu Leu Gln Leu Leu Asp Cys Ala Leu
165 170 175
Ser Ala Pro Glu His Lys Gly Phe Phe Lys Phe Leu Lys Lys Lys Ala
180 185 190
Val Ser Lys Lys Lys Gln Pro Phe Leu Ser Thr Lys Cys Leu Ala Phe
195 200 205
Leu Ile Val Lys Ile Val Phe Leu
210 215
<210> 21
<211> 1256
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 21
ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga 60
tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag 120
caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat 180
tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag 240
gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat 300
ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg 360
atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg 420
ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca 480
ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtcccttctg 540
tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac 600
atctccttct tcgcttactt tttctgaaaa atttgataca gaagaagaat tcctcgcaca 660
cttgcgagga ggagggcgtc tggaagacca gttgaattta gctaagtttt ctgagcgttt 720
tgattctttg cgagaattat ccgctaagct tggttacgat agcgatggag agactgggga 780
tttcttcaac gaggagtacg acgacgaaga agaggaaatc aaaccgaaga aaactacgaa 840
acgtggacgt aagaagagcc gttcataagc cttgctttta aggtttggta gttttacttc 900
tctaaaatcc aaatggttgc tgtgccaaaa agtagtttgc gtttccggat agggcgtaaa 960
tgcgctgcat gaaagattgc ttcgagagcg gcatcgcgtg ggagatcccg gatactttct 1020
ttcagatacg aataagcata gctgttccca gaataaaaac ggccgacgct aggaacaaca 1080
agatttagat agagcttgtg tagcaggtaa actgggttat atgttgctgg gcgtgttagt 1140
tctagaatac ccaagtgtcc tccaggttgt aatactcgat acacttccct aagagcctct 1200
aatggatagg ataagttccg taatccatag gccatagaag ctaaacgaaa cgtatt 1256
<210> 22
<211> 601
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 22
ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga 60
tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag 120
caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat 180
tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag 240
gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat 300
ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg 360
atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg 420
ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca 480
ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtcccttctg 540
tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac 600
a 601
<210> 23
<211> 270
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 23
acatctcctt cttcgcttac tttttctgaa aaatttgata cagaagaaga attcctcgca 60
cacttgcgag gaggagggcg tctggaagac cagttgaatt tagctaagtt ttctgagcgt 120
tttgattctt tgcgagaatt atccgctaag cttggttacg atagcgatgg agagactggg 180
gatttcttca acgaggagta cgacgacgaa gaagaggaaa tcaaaccgaa gaaaactacg 240
aaacgtggac gtaagaagag ccgttcataa 270
<210> 24
<211> 363
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 24
ttacttctct aaaatccaaa tggttgctgt gccaaaaagt agtttgcgtt tccggatagg 60
gcgtaaatgc gctgcatgaa agattgcttc gagagcggca tcgcgtggga gatcccggat 120
actttctttc agatacgaat aagcatagct gttcccagaa taaaaacggc cgacgctagg 180
aacaacaaga tttagataga gcttgtgtag caggtaaact gggttatatg ttgctgggcg 240
tgttagttct agaataccca agtgtcctcc aggttgtaat actcgataca cttccctaag 300
agcctctaat ggataggata agttccgtaa tccataggcc atagaagcta aacgaaacgt 360
att 363
<210> 25
<211> 696
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 25
gctcgtgccg gcacgagcaa agaaatccct caaaaaatgg ccattattgg cggtggtgtg 60
atcggttgcg aattcgcttc cttattccat acgttaggct ccgaagtttc tgtgatcgaa 120
gcaagctctc aaatccttgc tttgaataat ccagatattt caaaaaccat gttcgataaa 180
ttcacccgac aaggactccg tttcgtacta gaagcctctg tatcaaatat tgaggatata 240
ggagatcgcg ttcggttaac tatcaatggg aatgtcgaag aatacgatta cgttctcgta 300
tctataggac gccgtttgaa tacagaaaat attggcttgg ataaagctgg tgttatttgt 360
gatgaacgcg gagtcatccc taccgatgcc acaatgcgca caaacgtacc taacatttat 420
gctattggag atatcacagg aaaatggcaa cttgcccatg tagcttctca tcaaggaatc 480
attgcagcac ggaatatagg tggccataaa gaggaaatcg attactctgc tgtcccttct 540
gtgatcttta ccttccctga agtcgcttca gtaggcctct ccccaacagc agctcaacaa 600
catctccttc ttcgcttact ttttctgaaa aatttgatac agaagaagaa ttcctcgcac 660
acttgcgagg aggagggcgt ctggaagacc agttga 696
<210> 26
<211> 231
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 26
Ala Arg Ala Gly Thr Ser Lys Glu Ile Pro Gln Lys Met Ala Ile Ile
1 5 10 15
Gly Gly Gly Val Ile Gly Cys Glu Phe Ala Ser Leu Phe His Thr Leu
20 25 30
Gly Ser Glu Val Ser Val Ile Glu Ala Ser Ser Gln Ile Leu Ala Leu
35 40 45
Asn Asn Pro Asp Ile Ser Lys Thr Met Phe Asp Lys Phe Thr Arg Gln
50 55 60
Gly Leu Arg Phe Val Leu Glu Ala Ser Val Ser Asn Ile Glu Asp Ile
65 70 75 80
Gly Asp Arg Val Arg Leu Thr Ile Asn Gly Asn Val Glu Glu Tyr Asp
85 90 95
Tyr Val Leu Val Ser Ile Gly Arg Arg Leu Asn Thr Glu Asn Ile Gly
100 105 110
Leu Asp Lys Ala Gly Val Ile Cys Asp Glu Arg Gly Val Ile Pro Thr
115 120 125
Asp Ala Thr Met Arg Thr Asn Val Pro Asn Ile Tyr Ala Ile Gly Asp
130 135 140
Ile Thr Gly Lys Trp Gln Leu Ala His Val Ala Ser His Gln Gly Ile
145 150 155 160
Ile Ala Ala Arg Asn Ile Gly Gly His Lys Glu Glu Ile Asp Tyr Ser
165 170 175
Ala Val Pro Ser Val Ile Phe Thr Phe Pro Glu Val Ala Ser Val Gly
180 185 190
Leu Ser Pro Thr Ala Ala Gln Gln His Leu Leu Leu Arg Leu Leu Phe
195 200 205
Leu Lys Asn Leu Ile Gln Lys Lys Asn Ser Ser His Thr Cys Glu Glu
210 215 220
Glu Gly Val Trp Lys Thr Ser
225 230
<210> 27
<211> 264
<212> DNA
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 27
atgagtcaaa aaaataaaaa ctctgctttt atgcatcccg tgaatatttc cacagattta 60
gcagttatag ttggcaaggg acctatgccc agaaccgaaa ttgtaaagaa agtttgggaa 120
tacattaaaa aacacaactg tcaggatcaa aaaaataaac gtaatatcct tcccgatgcg 180
aatcttgcca aagtctttgg ctctagtgat cctatcgaca tgttccaaat gaccaaagcc 240
ctttccaaac atattgtaaa ataa 264
<210> 28
<211> 87
<212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 28
Met Ser Gln Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile
1 5 10 15
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr
20 25 30
Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gln
35 40 45
Asp Gln Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys
50 55 60
Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gln Met Thr Lys Ala
65 70 75 80
Leu Ser Lys His Ile Val Lys
85
<210> 29
<211> 369
<212> DNA
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 29
atgccacgca tcattggaat tgatattcct gcaaagaaaa agttaaaaat aagtctgaca 60
tatatttatg gaataggatc agctcgttct gatgaaatca ttaaaaagtt gaagttagat 120
cctgaggcaa gagcctctga attaactgaa gaagaagtag gacgactgaa ctctctgcta 180
caatcagaat ataccgtaga aggggatttg cgacgtcgtg ttcaatcgga tatcaaaaga 240
ttgatcgcca tccattctta tcgaggtcag agacatagac tttctttacc agtaagagga 300
caacgtacaa aaactaattc tcgtactcga aaaggtaaaa gaaaaacagt cgcaggtaag 360
aagaaataa 369
<210> 30
<211> 122
<212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 30
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys
1 5 10 15
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile Gly Ser Ala Arg Ser Asp Glu
20 25 30
Ile Ile Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu
35 40 45
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ser Leu Leu Gln Ser Glu Tyr
50 55 60
Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gln Ser Asp Ile Lys Arg
65 70 75 80
Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly Gln Arg His Arg Leu Ser Leu
85 90 95
Pro Val Arg Gly Gln Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly
100 105 110
Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys Lys
115 120
<210> 31
<211> 10
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in the lab
<400> 31
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
1 5 10
<210> 32
<211> 53
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 32
Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe
1 5 10 15
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile
20 25 30
Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala Gln Pro Phe Leu Ser Ser Gln Thr
35 40 45
Lys Ala Asn Met Gly
50
<210> 33
<211> 161
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 33
atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa 60
ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg 120
caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a 161
<210> 34
<211> 53
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 34
Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile
1 5 10 15
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile
20 25 30
Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gln Thr
35 40 45
Lys Ala Asn Met Gly
50
<210> 35
<211> 55
<212> DNA
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 35
gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgagtcaaa aaaaataaaa actct 55
<210> 36
<211> 33
<212> DNA
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 36
ctcgaggaat tcttatttta caatatgttt gga 33
<210> 37
<211> 53
<212> DNA
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 37
gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgccacgca tcattggaat gat 53
<210> 38
<211> 30
<212> DNA
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 38
ctcgaggaat tcttatttct tcttacctgc 30
<210> 39
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in the lab
<400> 39
Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr
1 5 10 15
<210> 40
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> made in the lab
<400> 40
Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser
1 5 10 15
<210> 41
<211> 15
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> made in the lab
<400> 41
Lys Glu Tyr Ile Asn Gly Asp Lys Tyr Phe Gln Gln Ile Phe Asp
1 5 10 15
<210> 42
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> made in the lab
<400> 42
Lys Lys Ile Ile Ile Pro Asp Ser Lys Leu Gln Gly Val Ile Gly Ala
1 5 10 15
<210> 43
<211> 15
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> made in the lab
<400> 43
Lys Lys Leu Leu Val Pro Asp Asn Asn Leu Ala Thr Ile Ile Gly
1 5 10 15
<210> 44
<211> 509
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 44
ggagctcgaa ttcggcacga gagtgcctat tgttttgcag gctttgtctg atgatagcga 60
taccgtacgt gagattgctg tacaagtagc tgttatgtat ggttctagtt gcttactgcg 120
cgccgtgggc gatttagcga aaaatgattc ttctattcaa gtacgcatca ctgcttatcg 180
tgctgcagcc gtgttggaga tacaagatct tgtgcctcat ttacgagttg tagtccaaaa 240
tacacaatta gatggaacgg aaagaagaga agcttggaga tctttatgtg ttcttactcg 300
gcctcatagt ggtgtattaa ctggcataga tcaagcttta atgacctgtg agatgttaaa 360
ggaatatcct gaaaagtgta cggaagaaca gattcgtaca ttattggctg cagatcatcc 420
agaagtgcag gtagctactt tacagatcat tctgagagga ggtagagtat tccggtcatc 480
ttctataatg gaatcggttc tcgtgccgg 509
<210> 45
<211> 481
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (23)
<223> n=A,T,C or G
<400> 45
gatccgaatt cggcacgagg cantatttac tcccaacatt acggttccaa ataagcgata 60
aggtcttcta ataaggaagt taatgtaaga ggctttttta ttgcttttcg taaggtagta 120
ttgcaaccgc acgcgattga atgatacgca agccatttcc atcatggaaa agaacccttg 180
gacaaaaata caaaggaggt tcactcctaa ccagaaaaag ggagagttag tttccatggg 240
ttttccttat atacacccgt ttcacacaat taggagccgc gtctagtatt tggaatacaa 300
attgtcccca agcgaatttt gttcctgttt cagggatttc tcctaattgt tctgtcagcc 360
atccgcctat ggtaacgcaa ttagctgtag taggaagatc aactccaaac aggtcataga 420
aatcagaaag ctcataggtg cctgcagcaa taacaacatt cttgtctgag tgagcgaatt 480
g 481
<210> 46
<211> 427
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (20)
<223> n=A,T,C or G
<400> 46
gatccgaatt cggcacgagn tttttcctgt tttttcttag tttttagtgt tcccggagca 60
ataacacaga tcaaagaacg gccattcagt ttaggctctg actcaacaaa acctatgtcc 120
tctaagccct gacacattct ttgaacaacc ttatgcccgt gttcgggata agccaactct 180
cgcccccgaa acatacaaga aacctttact ttatttcctt tctcaataaa ggctctagct 240
tgctttgctt tcgtaagaaa gtcgttatca tcgatattag gcttaagctt aacctctttg 300
atacgcactt ggtgctgtgc tttcttacta tctttttctt ttttagttat gtcgtaacga 360
tacttcccgt agtccatgat tttgcacaca ggaggctctg agtttgaagc aacctcgtgc 420
cgaattc 427
<210> 47
<211> 600
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (522)
<223> n=A,T,C or G
<400> 47
gatccgaatt cggcacgaga tgcttctatt acaattggtt tggatgcgga aaaagcttac 60
cagcttattc tagaaaagtt gggagatcaa attcttggtg gaattgctga tactattgtt 120
gatagtacag tccaagatat tttagacaaa atcacaacag acccttctct aggtttgttg 180
aaagctttta acaactttcc aatcactaat aaaattcaat gcaacgggtt attcactccc 240
aggaacattg aaactttatt aggaggaact gaaataggaa aattcacagt cacacccaaa 300
agctctggga gcatgttctt agtctcagca gatattattg catcaagaat ggaaggcggc 360
gttgttctag ctttggtacg agaaggtgat tctaagccct acgcgattag ttatggatac 420
tcatcaggcg ttcctaattt atgtagtcta agaaccagaa ttattaatac aggattgact 480
ccgacaacgt attcattacg tgtaggcggt ttagaaagcg gngtggtatg ggttaatgcc 540
ctttctaatg gcaatgatat tttaggaata acaaatcttc taatgtatct tttttggagg 600
<210> 48
<211> 600
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 48
ggagctcgaa ttcggcacga gctctatgaa tatccaattc tctaaactgt tcggataaaa 60
atgatgcagg aattaggtcc acactatctt tttttgtttc gcaaatgatt gattttaaat 120
cgtttgatgt gtatactatg tcgtgtaagc ctttttggtt acttctgaca ctagccccca 180
atccagaaga taaattggat tgcgggtcta ggtcagcaag taacactttt ttccctaaaa 240
attgggccaa gttgcatccc acgtttagag aaagtgttgt ttttccagtt cctcccttaa 300
aagagcaaaa aactaaggtg tgcaaatcaa ctccaacgtt agagtaagtt atctattcag 360
ccttggaaaa catgtctttt ctagacaaga taagcataat caaagccttt tttagcttta 420
aactgttatc ctctaatttt tcaagaacag gagagtctgg gaataatcct aaagagtttt 480
ctatttgttg aagcagtcct agaattagtg agacactttt atggtagagt tctaagggag 540
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<210> 49
<211> 600
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 49
gatccgaatt cggcacgaga tgcttctatt acaattggtt tggatgcgga aaaagcttac 60
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gatagtacag tccaagatat tttagacaaa atcacaacag acccttctct aggtttgttg 180
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agctctggga gcatgttctt agtctcagca gatattattg catcaagaat ggaaggcggc 360
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ctttctaatg gcaatgatat tttaggaata acaaatactt ctaatgtatc ttttttggag 600
<210> 50
<211> 406
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 50
gatccgaatt cggcacgagt tcttagcttg cttaattacg taattaacca aactaaaggg 60
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<210> 51
<211> 602
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 51
gatccgaatt cggcacgaga tattttagac aaaatcacaa cagacccttc tctaggtttg 60
ttgaaagctt ttaacaactt tccaatcact aataaaattc aatgcaacgg gttattcact 120
cccaggaaca ttgaaacttt attaggagga actgaaatag gaaaattcac agtcacaccc 180
aaaagctctg ggagcatgtt cttagtctca gcagatatta ttgcatcaag aatggaaggc 240
ggcgttgttc tagctttggt acgagaaggt gattctaagc cctacgcgat tagttatgga 300
tactcatcag gcgttcctaa tttatgtagt ctaagaacca gaattattaa tacaggattg 360
actccgacaa cgtattcatt acgtgtaggc ggtttagaaa gcggtgtggt atgggttaat 420
gccctttcta atggcaatga tattttagga ataacaaata cttctaatgt atcttttttg 480
gaggtaatac ctcaaacaaa cgcttaaaca atttttattg gatttttctt ataggtttta 540
tatttagaga aaaaagttcg aattacgggg tttgttatgc aaaataaact cgtgccgaat 600
tc 602
<210> 52
<211> 145
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 52
gatccgaatt cggcacgagc tcgtgccgat gtgttcaaca gcatccatag gatgggcagt 60
caaatatact ccaagtaatt ctttttctct tttcaacaac tccttaggag agcgttggat 120
aacattttca gctcgtgccg aattc 145
<210> 53
<211> 450
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 53
gatccgaatt cggcacgagg taatcggcac cgcactgctg acactcatct cctcgagctc 60
gatcaaaccc acacttggga caagtaccta caacataacg gtccgctaaa aacttccctt 120
cttcctcaga atacagctgt tcggtcacct gattctctac cagtccgcgt tcctgcaagt 180
ttcgatagaa atcttgcaca atagcaggat gataagcgtt cgtagttctg gaaaagaaat 240
ctacagaaat tcccaatttc ttgaaggtat ctttatgaag cttatgatac atgtcgacat 300
attcttgata ccccatgcct gccaactctg cattaagggt aattgcgatt ccgtattcat 360
cagaaccaca aatatacaaa acctctttgc cttgtagtct ctgaaaacgc gcataaacat 420
ctgcaggcaa ataagcctcg tgccgaattc 450
<210> 54
<211> 716
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 54
gatcgaaatt cggcacgagc ggcacgagtt ttctgatagc gatttacaat cctttattca 60
acttttgcct agagaggcac actatactaa gaagtttctt gggtgtgtgg cacagtcctg 120
tcgtcagggg attctgctag aggggtaggg gaaaaaaccc ttattactat gaccatgcgc 180
atgtggaatt acattccata gactttcgca tcattcccaa catttacaca gctctacacc 240
tcttaagaag aggtgacgtg gattgggtgg ggcagccttg gcaccaaggg attccttttg 300
agcttcggac tacctctgct ctctacaccc attaccctgt agatggcaca ttctggctta 360
ttcttaatcc caaagatcct gtactttcct ctctatctaa tcgtcagcga ttgattgctg 420
ccatccaaaa ggaaaaactg gtgaagcaag ctttaggaac acaatatcga gtagctgaaa 480
gctctccatc tccagaggga atcatagctc atcaagaagc ttctactcct tttcctggga 540
aaattacttt gatatatccc aataatatta cgcgctgtca gcgtttggcc gaggtatcca 600
aaaaatgatc gacaaggagc acgctaaatt tgtacatacc ccaaaatcaa tcagccatct 660
aggcaaatgg aatatcaaag taaacagtat acaactgggg atctcgtgcc gaattc 716
<210> 55
<211> 463
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 55
tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc 60
cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat 120
cgcgttcggt taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg attacgttct cgtatctata 180
ggacgccgtt tgaatacaga aaatattggc ttggataaag ctggtgttat ttgtgatgaa 240
cgcggagtca tccctaccga tgccacaatg cgcacaaacg tacctaacat ttatgctatt 300
ggagatatca caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt ctcatcaagg aatcattgca 360
gcacggaata taggtggcca taaagaggaa atcgattact ctgctgtccc ttctgtgatc 420
tttaccttcc ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa cag 463
<210> 56
<211> 829
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 56
gtactatggg atcattagtt ggaagacagg ctccggattt ttctggtaaa gccgttgttt 60
gtggagaaga gaaagaaatc tctctagcag actttcgtgg taagtatgta gtgctcttct 120
tttatcctaa agattttacc tatgtttgtc ctacagaatt acatgctttt caagatagat 180
tggtagattt tgaagagcat ggtgcagtcg tccttggttg ctccgttgac gacattgaga 240
cacattctcg ttggctcact gtagcgagag atgcaggagg gatagaggga acagaatatc 300
ctctgttagc agacccctct tttaaaatat cagaagcttt tggtgttttg aatcctgaag 360
gatcgctcgc tttaagagct actttcctta tcgataaaca tggggttatt cgtcatgcgg 420
ttatcaatga tcttccttta gggcgttcca ttgacgagga attgcgtatt ttagattcat 480
tgatcttctt tgagaaccac ggaatggttt gtccagctaa ctggcgttct ggagagcgtg 540
gaatggtgcc ttctgaagag ggattaaaag aatacttcca gacgatggat taagcatctt 600
tgaaagtaag aaagtcgtac agatcttgat ctgaaaagag aagaaggctt tttaattttc 660
tgcagagagc cagcgaggct tcaataatgt tgaagtctcc gacaccaggc aatgctaagg 720
cgacgatatt agttagtgaa gtctgagtat taaggaaatg aaggccaaag aaatagctat 780
caataaagaa gccttcttcc ttgactctaa agaatagtat gtcgtatcc 829
<210> 57
<211> 1537
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 57
acatcaagaa atagcggact cgcctttagt gaaaaaagct gaggagcaga ttaatcaagc 60
acaacaagat attcaaacga tcacacctag tggtttggat attcctatcg ttggtccgag 120
tgggtcagct gcttccgcag gaagtgcggc aggagcgttg aaatcctcta acaattcagg 180
aagaatttcc ttgttgcttg atgatgtaga caatgaaatg gcagcgattg caatgcaagg 240
ttttcgatct atgatcgaac aatttaatgt aaacaatcct gcaacagcta aagagctaca 300
agctatggag gctcagctga ctgcgatgtc agatcaactg gttggtgcgg atggcgagct 360
cccagccgaa atacaagcaa tcaaagatgc tcttgcgcaa gctttgaaac aaccatcagc 420
agatggttta gctacagcta tgggacaagt ggcttttgca gctgccaagg ttggaggagg 480
ctccgcagga acagctggca ctgtccagat gaatgtaaaa cagctttaca agacagcgtt 540
ttcttcgact tcttccagct cttatgcagc agcactttcc gatggatatt ctgcttacaa 600
aacactgaac tctttatatt ccgaaagcag aagcggcgtg cagtcagcta ttagtcaaac 660
tgcaaatccc gcgctttcca gaagcgtttc tcgttctggc atagaaagtc aaggacgcag 720
tgcagatgct agccaaagag cagcagaaac tattgtcaga gatagccaaa cgttaggtga 780
tgtatatagc cgcttacagg ttctggattc tttgatgtct acgattgtga gcaatccgca 840
agcaaatcaa gaagagatta tgcagaagct cacggcatct attagcaaag ctccacaatt 900
tgggtatcct gctgttcaga attctgtgga tagcttgcag aagtttgctg cacaattgga 960
aagagagttt gttgatgggg aacgtagtct cgcagaatct caagagaatg cgtttagaaa 1020
acagcccgct ttcattcaac aggtgttggt aaacattgct tctctattct ctggttatct 1080
ttcttaacgt gtgattgaag tttgtgaatt gagggggagc caaaaaagaa tttctttttt 1140
ggctcttttt tcttttcaaa ggaatctcgt gtctacagaa gtcttttcaa taataagttc 1200
ttagttccaa aagaagaaaa tatataaaag aaaaaactcc taattcattt aaaaagtgct 1260
cggcagactt cgtggaaaat gtctgtaaag ctggagggga atcagcagaa agatgcaaga 1320
tatccgagaa aaaaggctca ggctcgtgcc gaattcggca cgagactacg aaagaaaggt 1380
cttttctttc ggaatctgtc attggatctg cgtaagactt aaagttcggc aacacaggct 1440
ctgtcttctc tttaggtttc ttgcgcgaga aaaattttct caagtaacaa gaagatttct 1500
ttttacagcc ggcatccggc ttctcgcgaa gtataac 1537
<210> 58
<211> 463
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 58
tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc 60
cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat 120
cgcgttcggt taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg attacgttct cgtatctata 180
ggacgccgtt tgaatacaga aaatattggc ttggataaag ctggtgttat ttgtgatgaa 240
cgcggagtca tccctaccga tgccacaatg cgcacaaacg tacctaacat ttatgctatt 300
ggagatatca caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt ctcatcaagg aatcattgca 360
gcacggaata taggtggcca taaagaggaa atcgattact ctgctgtccc ttctgtgatc 420
tttaccttcc ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa cag 463
<210> 59
<211> 552
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 59
acattcctcc tgctcctcgc ggccatccac aaattgaggt aaccttcgat attgatgcca 60
acggaatttt acacgtttct gctaaagatg ctgctagtgg acgcgaacaa aaaatccgta 120
ttgaagcaag ctctggatta aaagaagatg aaattcaaca aatgatccgc gatgcagagc 180
ttcataaaga ggaagacaaa caacgaaaag aagcttctga tgtgaaaaat gaagccgatg 240
gaatgatctt tagagccgaa aaagctgtga aagattacca cgacaaaatt cctgcagaac 300
ttgttaaaga aattgaagag catattgaga aagtacgcca agcaatcaaa gaagatgctt 360
ccacaacagc tatcaaagca gcttctgatg agttgagtac tcgtatgcaa aaaatcggag 420
aagctatgca ggctcaatcc gcatccgcag cagcatcttc tgcagcgaat gctcaaggag 480
ggccaaacat taactccgaa gatctgaaaa aacatagttt cagcacacga cctccagcag 540
gaggaagcgc ct 552
<210> 60
<211> 1180
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 60
atcctagcgg taaaactgct tactggtcag ataaaatcca tacagaagca acacgtactt 60
cttttaggag aaaaaatcta taatgctaga aaaatcctga gtaaggatca cttctcctca 120
acaacttttt catcttggat agagttagtt tttagaacta agtcttctgc ttacaatgct 180
cttgcatatt acgagctttt tataaacctc cccaaccaaa ctctacaaaa agagtttcaa 240
tcgatcccct ataaatccgc atatattttg gccgctagaa aaggcgattt aaaaaccaag 300
gtcgatgtga tagggaaagt atgtggaatc tcgtgccgaa ttcggcacga gcggcacgag 360
gatgtagagt aattagttaa agagctgcat aattatgaca aagcatggaa aacgcattcg 420
tggtatccaa gagacttacg atttagctaa gtcgtattct ttgggtgaag cgatagatat 480
tttaaaacag tgtcctactg tgcgtttcga tcaaacggtt gatgtgtctg ttaaattagg 540
gatcgatcca agaaagagtg atcagcaaat tcgtggttcg gtttctttac ctcacggtac 600
aggtaaagtt ttgcgaattt tagtttttgc tgctggagat aaggctgcag aggctattga 660
agcaggagcg gactttgttg gtagcgacga cttggtagaa aaaatcaaag gtggatgggt 720
tgacttcgat gttgcggttg ccactcccga tatgatgaga gaggtcggaa agctaggaaa 780
agttttaggt ccaagaaacc ttatgcctac gcctaaagcc ggaactgtaa caacagatgt 840
ggttaaaact attgcggaac tgcgaaaagg taaaattgaa tttaaagctg atcgagctgg 900
tgtatgcaac gtcggagttg cgaagctttc tttcgatagt gcgcaaatca aagaaaatgt 960
tgaagcgttg tgtgcagcct tagttaaagc taagcccgca actgctaaag gacaatattt 1020
agttaatttc actatttcct cgaccatggg gccaggggtt accgtggata ctagggagtt 1080
gattgcgtta taattctaag tttaaagagg aaaaatgaaa gaagagaaaa agttgctgct 1140
tcgcgaggtt gaagaaaaga taaccgcttc tcggcacgag 1180
<210> 61
<211> 1215
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 61
attacagcgt gtgcaggtaa cgacatcatt gcatgatgct tttgatggca ttgatgcggc 60
attccttata gggtcagttc ctagaggccc aggaatggag agaagagatc ttctaaagaa 120
aaatggggag attgttgcta cgcaaggaaa agctttgaac acaacagcca agcgggatgc 180
aaagattttt gttgttggga accctgtgaa taccaattgc tggatagcaa tgaatcatgc 240
tcccagatta ttgagaaaga actttcatgc gatgctacga ttggaccaga atcgtatgca 300
tagcatgtta tcgcatagag cagaagtacc tttatcggct gtatcacaag ttgtggtttg 360
gggaaatcac tccgccaaac aagtgcctga ttttacgcaa gctctgatta atgaccgtcc 420
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gagtcgtggt agtgcagtaa ttgaagcacg agggaagtct tcggcagctt ctgcagcacg 540
agctttagca gaggctgctc gatcaatata tcagccaaaa gaaggactcg tgccgaattc 600
ggcacgagta tcgaaattgc aggcatttct agtgaatggt cgtatgctta taaactacgt 660
ggtacagact tgagctctca aaagtttgct acagattctt acatcgcaga cccttattct 720
aagaatatct actcccctca actatttgga tcccctaaac aagaaaagga ttacgcattt 780
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gaaaattact tcatttatga aatgcatgtt cggtcattca cccgagatcc gtcttcccag 900
gtttcccatc ctggaacttt ccttggtatc atcgaaaaaa tagaccacct caaacaacta 960
ggcgttcatg cagttgaact ccttcctatt ttcgaattcg atgaaaccgt ccatccattt 1020
aaaaatcagg acttccccca cctgtgtaac tattgggggt attcttcggt gaattttttc 1080
tgcccctctc gccgttatac ttatggggca gacccttgcg ctccggcccg agagttcaag 1140
actcttgtca aagcgttaca ccgtgcggga atcgaagtca ttctcgatgt cgttttcaat 1200
catacaggct ttgaa 1215
<210> 62
<211> 688
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 62
gtggatccaa aaaagaatct aaaaagccat acaaagattg cgttacttct tgcgatgcct 60
ctaacacttt atcagcgtca tctttgagaa gcatctcaat gagcgctttt tcttctctag 120
catgccgcac atccgcttct tcatgttctg tgaaatatgc atagtcttca ggattggaaa 180
atccaaagta ctcagtcaat ccacgaattt tctctctagc gatacgtgga atttgactct 240
cataagaata caaagcagcc actcctgcag ctaaagaatc tcctgtacac caccgcatga 300
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cttcatccat caagttatct aacaataact tacgcgcctc taaatcatcg caacgactat 480
gaatcgcaga taaatattta ggaaaggctt tgatatgtaa ataatagtct ttggcacgag 540
cctgtaattg ctctttagta agctccccct tcgaccattt cacataaaac gtgtgttcta 600
gcatatgctt attttgaata attaaatcta actgatctaa aaaattcata aacacctcca 660
tcatttcttt tcttgactcc acgtaacc 688
<210> 63
<211> 269
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 63
atgttgaaat cacacaagct gttcctaaat atgctacggt aggatctccc tatcctgttg 60
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<210> 64
<211> 1339
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 64
cttttattat ggcttctggg gatgatgtca acgatatcga cctgctatct cgaggagatt 60
ttaaaattgt tatacagacg gctccagagg agatgcatgg attagcggac tttttggctc 120
ccccggcgaa ggatcttggt attctctccg cctgggaagc tggtgagctg cgttacaaac 180
agctagttaa tccttaggaa acatttctgg acctatgccc atcacattgg ctccgtgatc 240
cacatagaga gtttctcccg taattgcgct agctagggga gagactaaga aggctgctgc 300
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caccattctc tcaataaatc caatagcttt tcctgcacgg ctagctaatg gccctgccga 420
gatagtattc actcggactc cccaacgtcg gccggcttcc caagccagta cttttgtatc 480
actttctaaa gcagcttttg ctgcgttcat tcctccgcca taccctggaa cagcacgcat 540
ggaagcaaga taagttagag agatggtgct agctcctgca ttcataattg ggccaaaatg 600
agagagaagg ctgataaagg agtagctgga tgtacttaag gcggcaagat agcctttacg 660
agaggtatca agtaatggtt tagcaatttc cggactgttt gctaaagagt gaacaagaat 720
atcaatgtgt ccaaaatctt ttttcacctg ttctacaact tcggatacag tgtacccaga 780
aagatctttg taacgtttat tttccaaaat ttcctgagga atatcttctg gggtgtcgaa 840
actggcatcc atgggataga ttttagcgaa agttagcaat tctccattgg agagttcacg 900
agatgcattg aattttccta actcccaaga ttgagagaaa attttataga taggaaccca 960
ggtccccaca agtatggttg cgcctgcttc tgctaacatt ttggcaatgc cccagccata 1020
cccgttatca tcgcctatgc cggctatgaa agcaattttt cctgttaaat caattttcaa 1080
catgagctaa ccccattttg tcttcttgag agaggagagt agcagattct ttattattga 1140
gaaacgggcc tcataataca taaggagtag attcactggc tggatccagg tttctagagt 1200
aaagagtttc cttgtcaaat tcttatatgg gtagagttaa tcaactgttt tcaagtgatt 1260
tatgtttatt ttaaaataat ttgttttaac aactgtttaa tagttttaat ttttaaagtg 1320
tgaaaaacag gttttatat 1339
<210> 65
<211> 195
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 65
Met Gly Ser Leu Val Gly Arg Gln Ala Pro Asp Phe Ser Gly Lys Ala
5 10 15
Val Val Cys Gly Glu Glu Lys Glu Ile Ser Leu Ala Asp Phe Arg Gly
20 25 30
Lys Tyr Val Val Leu Phe Phe Tyr Pro Lys Asp Phe Thr Tyr Val Cys
35 40 45
Pro Thr Glu Leu His Ala Phe Gln Asp Arg Leu Val Asp Phe Glu Glu
50 55 60
His Gly Ala Val Val Leu Gly Cys Ser Val Asp Asp Ile Glu Thr His
65 70 75 80
Ser Arg Trp Leu Thr Val Ala Arg Asp Ala Gly Gly Ile Glu Gly Thr
85 90 95
Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe
100 105 110
Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu
115 120 125
Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro
130 135 140
Leu Gly Arg Ser Ile Asp Glu Glu Leu Arg Ile Leu Asp Ser Leu Ile
145 150 155 160
Phe Phe Glu Asn His Gly Met Val Cys Pro Ala Asn Trp Arg Ser Gly
165 170 175
Glu Arg Gly Met Val Pro Ser Glu Glu Gly Leu Lys Glu Tyr Phe Gln
180 185 190
Thr Met Asp
195
<210> 66
<211> 520
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 66
gatccgaatt cggcacgagg aggaatggaa gggccctccg attttaaatc tgctaccatg 60
ccattcacta gaaactccat aacagcggtt ttctctgatg gcgagtaaga agcaagcatt 120
tgatgtaaat tagcgcaatt agagggggat gaggttactt ggaaatataa ggagcgaagc 180
gatgaaggag atgtatttgc tctggaagca aaggtttctg aagctaacag aacattgcgt 240
cctccaacaa tcgcctgagg attctggctc atcagttgat gctttgcctg aatgagagcg 300
gacttaagtt tcccatcaga gggagctatt tgaattagat aatcaagagc tagatccttt 360
attgtgggat cagaaaattt acttgtgagc gcatcgagaa tttcgtcaga agaagaatca 420
tcatcgaacg aatttttcaa tcctcgaaaa tcttctccag agacttcgga aagatcttct 480
gtgaaacgat cttcaagagg agtatcgcct ttttcctctg 520
<210> 67
<211> 276
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 67
gatccgaatt cggcacgagg tattgaagga gaaggatctg actcgatcta tgaaatcatg 60
atgcctatct atgaagttat gaatatggat ctagaaacac gaagatcttt tgcggtacag 120
caagggcact atcaggaccc aagagcttca gattatgacc tcccacgtgc tagcgactat 180
gatttgccta gaagcccata tcctactcca cctttgcctt ctagatatca gctacagaat 240
atggatgtag aagcagggtt ccgtgaggca gtttat 276
<210> 68
<211> 248
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 68
gatccgaatt cggcacgagg tgttcaagaa tatgtccttc aagaatgggt taaattgaaa 60
gatctaccgg tagaagagtt gctagaaaaa cgatatcaga aattccgaac gataggtcta 120
tatgaaactt cttctgaaag cgattctgag gcataagaag catttagttt tattcggttt 180
ttctctttta tccatattag ggctaacgat aacgtctcaa gcagaaattt tttctctagg 240
tcttattg 248
<210> 69
<211> 715
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (34)
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<400> 69
gatccgaatt cggcacgaga aggtagatcc gatntcagca aaagtgctcc taaaggaaga 60
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attttcatat agttttcgac ggaactcttt attaaactcc caaaaccgaa tgttagtcgt 180
gtgggtgatg cctatatggt aagggaggtt tttggcttcg agaatattgg tgatcatttt 240
ttgtacgaca aaattagcta atgcagggac ctctgggggg aagtatgcat ctgatgttcc 300
atcttttcgg atgctagcaa cagggacaaa ataatctcct atttggtagt gggatcttaa 360
gcctccgcac atgcccaaca tgatcgctgc tgtagcattg ggaaggaaag aacacagatc 420
tacggtaaga gctgctcctg gagagcctaa tttaaaatcg atgattgagg tgtgaatttg 480
aggcgcatgc gctgccgaaa acatggatcc tcgagaaaca gggacctgat agatttcagc 540
gaaaacatcc acggtaatac ccmaaattag taagaaggag atagggctgg aactcttgaa 600
tggtagagcc ggtatagcgc tctagcatgt cacaggcgat tgtttcttcg ctgatttttt 660
tatgttgatg ggtcataaat cacagatatt ataatggtta gagaatcttt ttttc 715
<210> 70
<211> 323
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 70
gatccgaatt cggcacgagc agaacgtaaa cagcacactt aaaccgtgta tgaggtttaa 60
cactgtttgg caagcaaaca accattcctc tttccacatc gttcttacca atacctctga 120
ggagcaatcc aacattctct cctgcacgac cttctgggag ttcttttctg aacatttcaa 180
ccccagtaac aatcgtttct ttagtatctc taagaccgac caactgaact ttatcggaaa 240
ctttaacaat tccacgctca atacgtccag ttactacagt tcctcgtccg gagatagaga 300
acacgtcctc aatgggcatt aag 323
<210> 71
<211> 715
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 71
gatccgaatt cggcacgagg aaaaaaagat tctctaacca ttataatatc tgtgatttat 60
gacccatcaa cataaaaaaa tcagcgaaga aacaatcgcc tgtgacatgc tagagcggct 120
ataccggctc taccattcaa gagttccagc cctatctcct tcttactaat tttgggtatt 180
acgtggatgt tttcgctgaa atctatcagg tccctgtttc tcgaggatcc atgttttcgg 240
gcagcgcatg cgcctcaaat tcacacctca atcatcgatt ttaaattagg ctctccagga 300
gcagctctta ccgtagatct gtgttctttc cttcccaatg ctacagcagc gatcatgttg 360
ggcatgtgcg gaggcttaag atcccactac caaataggag attattttgt ccctgttgct 420
agcatccgaa aagatggaac atcagatgca tacttccccc cagaggtccc tgcattagct 480
aattttgtcg tacaaaaaat gatcaccaat attctcgaag ccaaaaacct cccttaccat 540
ataggcatca cccacacgac taacattcgg ttttgggagt ttaataaaga gttccgtcga 600
aaactatatg aaaataaagc tcaaactgtc gagatggagt gtgccacctt atttgctgca 660
ggataccgaa ggaatcttcc tttaggagca cttttgctga tatcggatct acctt 715
<210> 72
<211> 641
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (550)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (559)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (575)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (583)
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<221> unsure
<222> (634)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (638)
<223> n=A,T,C or G
<400> 72
gatccgaatt cggcacgaga tctcctcgag ctcgatcaaa cccacacttg ggacaagtac 60
ctacaacata acggtccgct aaaaacttcc cttcttcctc agaatacagc tgttcggtca 120
cctgattctc taccagtccg cgttcctgca agtttcgata gaaatcttgc acaatagcag 180
gatgataagc gttcgtagtt ctggaaaaga aatctacaga aattcccaat ttcttgaagg 240
tatctttatg aagcttatga tacatgtcga catattcttg ataccccatg cctgccaact 300
ctgcattaag ggtaattgcg attccgtatt catcagaacc acaaatatac aaaacctctt 360
tgccttgtag tctctgaaaa cgcgcataaa catctgcagg caaataagca ccggtaatat 420
gtccaaaatg caaaggacca tttgcgtaag gcaacgcaga agtaataaga atacgggaag 480
attccactat ttcacgtcgc tccagttgta cagagaagga tcttttcttc tggatgttcc 540
gaaaccttgn tctcttcgnc tctctcctgt agcanacaaa tgnctctctc gacatctctt 600
tcagcgtatt cggactgatg ccctaaagat cccnggangt t 641
<210> 73
<211> 584
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (460)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (523)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (541)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (546)
<223> n=A,T,C or G
<400> 73
gaattcggca cgagacattt ctagaatgga accggcaaca aacaaaaact ttgtatctga 60
agatgacttt aagcaatctt tagataggga agattttttg gaatgggtct ttttatttgg 120
gacttattac ggaacgagta aggcggagat ttctagagtt ctgcaaaagg gtaagcactg 180
catagccgtg attgatgtac aaggagcttt ggctctgaag aagcaaatgc cggcagtcac 240
tatttttatt caagctccct ctcaagaaga acttgagcgc cgtttgaatg ctcgggattc 300
agagaaagat ttccagaaga aagaaagatt agagcatagc gctgtcgaaa ttgctgccgc 360
tagcgaattt gattatgttg tggttaatga tgatttgatt acagcatatc aagttttaag 420
aagtattttt atagctgaag aacataggat gagtcatggn tagaaaagat cgtttaacta 480
atgaaagact gaataagcta tttgatagcc cctttagttt ggntaattac gtaattaagc 540
nagctnagaa caaaattgct agaggagatg ttcgttcttc taac 584
<210> 74
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 74
gatccgaatt cggcacgagc tcgtgccgtt tgggatcgtg taatcgcatc ggagaatggt 60
taagaaatta ttttcgagtg aaagagctag gcgtaatcat tacagatagc catactactc 120
caatgcggcg tggagtactg ggtatcgggc tgtgttggta tggattttct ccattacaca 180
actatatagg atcgctagat tgtttcggtc gtcccttaca gatgacgcaa agtaatcttg 240
tagatgcctt agcagttgcg gctgttgttt gtatgggaga ggggaatgag caaacaccgt 300
tagcggtgat agagcaggca cctaatatgg tctaccattc atatcctact tctcgagaag 360
agtattgttc tttgcgcata gatgaaacag aggacttata cggacctttt ttgcaagcgg 420
ttaccgtgga gtcaagaaaa gaaatgatgg aggtgtttat gaatt 465
<210> 75
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 75
gaattcggca cgagatgaaa agttagcgtc acaggggatt ctcctaccaa agaattccga 60
aaagttttct tccaaaaacc tcttcctctc ttgattagtg atccctctgc aactacttta 120
ctatatgttc tgtgaaatat gcatagtctt caggattgga aaatccaaag tactcagtca 180
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caaactgctt ccacaaatca atatgattag ggtaaccgtt ctcttcatcc atcaagttat 420
ctaacaataa cttacgcgcc tctaaatcat cgcaacgact atgaatcgca gataaatatt 480
taggaaaggc tttgatatgt aaataatagt ctttggcata cgcctgtaat tgctctttag 540
taagc 545
<210> 76
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> unsure
<222> (788)
<223> n=A,T,C or G
<221> unsure
<222> (789)
<223> n=A,T,C or G
<400> 76
gatccgaatt cggcacgaga tacgctagat gcgataaatg cggataatga ggattatcct 60
aaaccaggtg acttcccacg atcttccttc tctagtacgc ctcctcatgc tccagtacct 120
caatctgaga ttccaacgtc acctacctca acacagcctc catcacccta acttgtaaaa 180
actgtaataa aaagagcgcg cttcctttat gcaaaatcaa tttgaacaac tccttactga 240
attagggact caaatcaaca gccctcttac tcctgattcc aataatgcct gtatagttcg 300
ctttggatac aacaatgttg ctgtacaaat tgaagaggat ggtaattcag gatttttagt 360
tgctggagtc atgcttggaa aacttccaga gaataccttt agacaaaaaa ttttcaaagc 420
tgctttgtct atcaatggat ctccgcaatc taatattaaa ggcactctag gatacggtga 480
aatctctaac caactctatc tctgtgatcg gcttaacatg acctatctaa atggagaaaa 540
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aaagttgnng gggaata 797
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<212> DNA
<213> Chlamydia
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catatgcatc accatcacca tcacatgcca cgcatcattg gaattgatat tcctgcaaag 60
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<212> DNA
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atgcatcacc atcaccatca catgagtcaa aaaaataaaa actctgcttt tatgcatccc 60
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attgtaaaga aagtttggga atacattaaa aaacacaact gtcaggatca aaaaaataaa 180
cgtaatatcc ttcccgatgc gaatcttgcc aaagtctttg gctctagtga tcctatcgac 240
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<212> DNA
<213> Chlamydia
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aaattaactc gagcacaaat tacggcaatt gctgagcaaa agatgaagga catggatgtc 60
gttcttttag agtccgccga gagaatggtt gaagggactg cccgaagcat gggtgtagat 120
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<212> DNA
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tttcaaggat tttgttttcc cgatcatctt actaaatgca gctccaacaa tcacatcatg 60
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 81
atttggcgaa ggagtttggg ctacggctat taataaatca ttcgtgttcg ctgcctccaa 60
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<210> 82
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 82
ttcatcggtc tagttcgcta ttctactctc caatggttcc gcatttttgg gcagagcttc 60
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<212> DNA
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tataccattc gtttgaaagt gcctttgacg ggagaaagtg tttttgaaga tcaatgcaaa 60
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 84
tcaatcctgt attaataatt ctggttctta gactacataa attaggaacg cctgatgagt 60
atccataact aatcgcgtag ggcttagaat caccttctcg taccaaagct agaacaacgc 120
cgccttccat tcttgatgca ataatatctg ctgagactaa gaacatgctc ccagagcttt 180
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 85
ctcgtgccgc tcgtgccgct cgtgccggtc ttttagaaga gcgtgaagct ttaaataatt 60
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 86
gcgtatcgat atttcttctg ttacattctt tatagggatt ctgttggctg ttaatgcgct 60
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 87
atgtaggccc tcaagcggtt ttattgttag accaaattcg agatctattc gttgggtcta 60
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cttctctagg caccgttctt ttgcaaggga atcacgggat aacttgtgat aataatgagt 960
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cagtggtttt cagagatagt acagcttgct taggaggagg cgctattgca gctcaagaaa 1080
ttgtttctat tcagaacaat caggctggga tttccttcga gggaggtaag gctagtttcg 1140
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ttgatatttc gaagaattta ggcgcgattt cgttctctcg tactttatgt acgacctcag 1260
atttaggaca aatggagtac cagggaggag gagctctatt tggtgaaaat atttctcttt 1320
ctgagaatgc tggtgtgctc acctttaaag acaacattgt gaagactttt gcttcgaatg 1380
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gagcgatttt aggaagagaa gtagctattc tccacaacgc tgcagtagta tttgagcaaa 1620
atcgtttgca gtgcagcgaa gaagaagcga cattattagg ttgttgtgga ggaggcgctg 1680
ttcatgggat ggatagcact tcgattgttg gcaactcttc agtaagattt ggtaataatt 1740
acgcaatggg acaaggagtc tcaggaggag ctcttttatc taaaacagtg cagttagctg 1800
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ctaaaacctt cttacaatta gtagaagata aattcccttc ctcttccaaa gctcaaaagg 2280
cattaaatga actggtaggc ccagatactg gtcctcaaac tgaagtttta aacttattct 2340
tccgcgctct taatggctgt tcgcctagaa tattctctgg agctgaaaaa aaacagcagc 2400
tggcatcggt tatcacaaat acgctagatg cgataaatgc ggataatgag gattatccta 2460
aaccaggtga cttcccacga tcttccttct ctagtacgcc tcctcatgct ccagtacctc 2520
aatctgagat tccaacgtca cctacctcaa cacagcctcc atcaccctaa cttgtaaaaa 2580
ctgtaataaa aagagcgcgc ttcctttatg caaaatcaat ttgaacaact ccttactgaa 2640
ttagggactc aaatcaacag ccctcttact cctgattcca ataatgcctg tatagttcgc 2700
tttggataca acaatgttgc tgtacaaatt gaagaggatg gtaattcagg atttttagtt 2760
gctggagtca tgcttggaaa acttccagag aataccttta gacaaaaaat tttcaaagct 2820
gctttgtcta tcaatggatc tccgcaatct aatattaaag gcactctagg atacggtgaa 2880
atctctaacc aactctatct ctgtgatcgg cttaacatga cctatctaaa tggagaaaag 2940
ctcgcccgtt acttagttct tttttcgcag catgccaata tctggatgca atctatctca 3000
aaaggagaac ttccagattt acatgctcta g 3031
<210> 88
<211> 976
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 88
aggtggatgg ggcgcctgtc caagatgtgc tcgctactct atatggaagc aatcacaaag 60
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ggcacaaagt accttctggg cgcactactt taaagattcg tcgtcctttt ggtactacga 180
gagaagttcg tgtgaaatgg cgttatgttc ctgaaggtgt aggagatttg gctaccatag 240
ctccttctat cagggctcca cagttacaga aatcgatgag aagctttttc cctaagaaag 300
atgatgcgtt tcatcggtct agttcgctat tctactctcc aatggttccg catttttggg 360
cagagcttcg caatcattat gcaacgagtg gtttgaaaag cgggtacaat attgggagta 420
ccgatgggtt tctccctgtc attgggcctg ttatatggga gtcggagggt cttttccgcg 480
cttatatttc ttcggtgact gatggggatg gtaagagcca taaagtagga tttctaagaa 540
ttcctacata tagttggcag gacatggaag attttgatcc ttcaggaccg cctccttggg 600
aagaatttgc taagattatt caagtatttt cttctaatac agaagctttg attatcgacc 660
aaacgaacaa cccaggtggt agtgtccttt atctttatgc actgctttcc atgttgacag 720
accgtccttt agaacttcct aaacatagaa tgattctgac tcaggatgaa gtggttgatg 780
ctttagattg gttaaccctg ttggaaaacg tagacacaaa cgtggagtct cgccttgctc 840
tgggagacaa catggaagga tatactgtgg atctacaggt tgccgagtat ttaaaaagct 900
ttggacgtca agtattgaat tgttggagta aaggggatat cgagttatca acacctattc 960
ctctttttgg ttttga 976
<210> 89
<211> 94
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 89
Met His His His His His His Met Ser Gln Lys Asn Lys Asn Ser Ala
5 10 15
Phe Met His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly
20 25 30
Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr
35 40 45
Ile Lys Lys His Asn Cys Gln Asp Gln Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu
50 55 60
Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp
65 70 75 80
Met Phe Gln Met Thr Lys Ala Leu Ser Lys His Ile Val Lys
85 90
<210> 90
<211> 474
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 90
Met Ala Ser His His His His His His Met Asn Glu Ala Phe Asp Cys
5 10 15
Val Val Ile Gly Ala Gly Pro Gly Gly Tyr Val Ala Ala Ile Thr Ala
20 25 30
Ala Gln Ala Gly Leu Lys Thr Ala Leu Ile Glu Lys Arg Glu Ala Gly
35 40 45
Gly Thr Cys Leu Asn Arg Gly Cys Ile Pro Ser Lys Ala Leu Leu Ala
50 55 60
Gly Ala Glu Val Val Thr Gln Ile Arg His Ala Asp Gln Phe Gly Ile
65 70 75 80
His Val Glu Gly Phe Ser Ile Asn Tyr Pro Ala Met Val Gln Arg Lys
85 90 95
Asp Ser Val Val Arg Ser Ile Arg Asp Gly Leu Asn Gly Leu Ile Arg
100 105 110
Ser Asn Lys Ile Thr Val Phe Ser Gly Arg Gly Ser Leu Ile Ser Ser
115 120 125
Thr Glu Val Lys Ile Leu Gly Glu Asn Pro Ser Val Ile Lys Ala His
130 135 140
Ser Ile Ile Leu Ala Thr Gly Ser Glu Pro Arg Ala Phe Pro Gly Ile
145 150 155 160
Pro Phe Ser Ala Glu Ser Pro Arg Ile Leu Cys Ser Thr Gly Val Leu
165 170 175
Asn Leu Lys Glu Ile Pro Gln Lys Met Ala Ile Ile Gly Gly Gly Val
180 185 190
Ile Gly Cys Glu Phe Ala Ser Leu Phe His Thr Leu Gly Ser Glu Val
195 200 205
Ser Val Ile Glu Ala Ser Ser Gln Ile Leu Ala Leu Asn Asn Pro Asp
210 215 220
Ile Ser Lys Thr Met Phe Asp Lys Phe Thr Arg Gln Gly Leu Arg Phe
225 230 235 240
Val Leu Glu Ala Ser Val Ser Asn Ile Glu Asp Ile Gly Asp Arg Val
245 250 255
Arg Leu Thr Ile Asn Gly Asn Val Glu Glu Tyr Asp Tyr Val Leu Val
260 265 270
Ser Ile Gly Arg Arg Leu Asn Thr Glu Asn Ile Gly Leu Asp Lys Ala
275 280 285
Gly Val Ile Cys Asp Glu Arg Gly Val Ile Pro Thr Asp Ala Thr Met
290 295 300
Arg Thr Asn Val Pro Asn Ile Tyr Ala Ile Gly Asp Ile Thr Gly Lys
305 310 315 320
Trp Gln Leu Ala His Val Ala Ser His Gln Gly Ile Ile Ala Ala Arg
325 330 335
Asn Ile Gly Gly His Lys Glu Glu Ile Asp Tyr Ser Ala Val Pro Ser
340 345 350
Val Ile Phe Thr Phe Pro Glu Val Ala Ser Val Gly Leu Ser Pro Thr
355 360 365
Ala Ala Gln Gln Gln Lys Ile Pro Val Lys Val Thr Lys Phe Pro Phe
370 375 380
Arg Ala Ile Gly Lys Ala Val Ala Met Gly Glu Ala Asp Gly Phe Ala
385 390 395 400
Ala Ile Ile Ser His Glu Thr Thr Gln Gln Ile Leu Gly Ala Tyr Val
405 410 415
Ile Gly Pro His Ala Ser Ser Leu Ile Ser Glu Ile Thr Leu Ala Val
420 425 430
Arg Asn Glu Leu Thr Leu Pro Cys Ile Tyr Glu Thr Ile His Ala His
435 440 445
Pro Thr Leu Ala Glu Val Trp Ala Glu Ser Ala Leu Leu Ala Val Asp
450 455 460
Thr Pro Leu His Met Pro Pro Ala Lys Lys
465 470
<210> 91
<211> 129
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 91
Met His His His His His His Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile
5 10 15
Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile
20 25 30
Gly Ser Ala Arg Ser Asp Glu Ile Ile Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro
35 40 45
Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn
50 55 60
Ser Leu Leu Gln Ser Glu Tyr Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg
65 70 75 80
Val Gln Ser Asp Ile Lys Arg Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly
85 90 95
Gln Arg His Arg Leu Ser Leu Pro Val Arg Gly Gln Arg Thr Lys Thr
100 105 110
Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys
115 120 125
Lys
<210> 92
<211> 202
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 92
Met His His His His His His Met Gly Ser Leu Val Gly Arg Gln Ala
5 10 15
Pro Asp Phe Ser Gly Lys Ala Val Val Cys Gly Glu Glu Lys Glu Ile
20 25 30
Ser Leu Ala Asp Phe Arg Gly Lys Tyr Val Val Leu Phe Phe Tyr Pro
35 40 45
Lys Asp Phe Thr Tyr Val Cys Pro Thr Glu Leu His Ala Phe Gln Asp
50 55 60
Arg Leu Val Asp Phe Glu Glu His Gly Ala Val Val Leu Gly Cys Ser
65 70 75 80
Val Asp Asp Ile Glu Thr His Ser Arg Trp Leu Thr Val Ala Arg Asp
85 90 95
Ala Gly Gly Ile Glu Gly Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser
100 105 110
Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu
115 120 125
Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg His
130 135 140
Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly Arg Ser Ile Asp Glu Glu Leu
145 150 155 160
Arg Ile Leu Asp Ser Leu Ile Phe Phe Glu Asn His Gly Met Val Cys
165 170 175
Pro Ala Asn Trp Arg Ser Gly Glu Arg Gly Met Val Pro Ser Glu Glu
180 185 190
Gly Leu Lys Glu Tyr Phe Gln Thr Met Asp
195 200
<210> 93
<211> 19
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> made in a lab
<400> 93
Glu Asn Ser Leu Gln Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp
1 5 10 15
Asp Lys Leu
<210> 94
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 94
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys
1 5 10 15
Val Phe Gly Thr
20
<210> 95
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 95
Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr
1 5 10 15
Glu Lys Pro Ile
20
<210> 96
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 96
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met
1 5 10 15
Phe Gln Met Thr
20
<210> 97
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 97
Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met Phe Gln Met Thr Lys
1 5 10 15
Met Val Ser Gln
20
<210> 98
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 98
Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly
1 5 10 15
Thr Glu Lys Pro
20
<210> 99
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 99
Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly
1 5 10 15
<210> 100
<211> 15
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 100
Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gln Asp Pro Thr
1 5 10 15
<210> 101
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 101
Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys
1 5 10 15
Gln Asp Gln Lys
20
<210> 102
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 102
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gln Asp Gln Lys Asn
1 5 10 15
Lys Arg Asn Ile
20
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<211> 15
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 103
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gln Asp Gln Lys
1 5 10 15
<210> 104
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 104
Ala Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gln
1 5 10 15
Ser Asp Tyr Val
20
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<211> 21
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 105
Leu Gln Ser Asp Tyr Val Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gln
1 5 10 15
Ser Asp Ile Lys Arg
20
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<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 106
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys
1 5 10 15
Ile Ser Leu Thr
20
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<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 107
Ala Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gln
1 5 10 15
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<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 108
Leu Asn Ala Leu Leu Gln Ser Asp Tyr Val Val Glu Gly Asp Leu Arg
1 5 10 15
Arg Arg Val Gln
20
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<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 109
Leu Asn Ser Leu Leu Gln Ser Glu Tyr Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg
1 5 10 15
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20
<210> 110
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 110
ctatctatga agttatgaat atggatctag aaacacgaag atcttttgcg gtacagcaag 60
ggcactatca ggacccaaga gcttcagatt atgacctccc acgtgctagc gactatgatt 120
tgcctagaag cccatatcct actccacctt tgccttctag atatcagcta cagaatatgg 180
atgtagaagc agggttccgt gaggcagttt atgcttcttt tgtagcagga atgtacaatt 240
atgtagtgac acagccgcaa gagcgtattc ccaatagtca gcaggtggaa gggattctgc 300
gtgatatgct taccaacggg tcacagacat ttagcaacct gatgcagcgt tgggatagag 360
aagtcgatag ggaataaact ggtatctacc ataggtttgt atcaaaaaac taagcccacc 420
aagaagaaat tctctttggt gggcttcttt ttttattcaa aaaagaaagc cctcttcaag 480
attatctcgt gccgctcgtg ccgaattcgg cacgagcggc acgaggagct gtaagtaagt 540
attgccaaga gttggaagaa aaaatattag atttgtgtaa gcgtcatgcc gcaacaattt 600
gctccattga ggaggatgct aaacaagaaa ttcgtcatca gacagaaagg tttaaacagc 660
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ctgagaataa ggcattatcg gagcggctgc aggtgcaggc atcccgtcgt aaaaaataat 780
taaagactcc tcagatattg catctgagag ttaggggttc cttttgctta cggcgcttta 840
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tccgctttaa aaataaaaag gtggaaaaat gagtactact attagcggag acgcttcttc 960
tttaccgttg ccaacagctt cctgcgtaga gacaaaatct acttcgtctt caacaaaagg 1020
gaatacttgt tccaaaattt tggatatagc tttagctatc gtaggcgctt tagttgttgt 1080
cgctggggta ttagctttgg ttttgtgcgc tagcaatgtc atatttactg taataggtat 1140
tcctgcatta attattggat ctgcttgtgt gggtgcggga atatctcgtc ttatgtatcg 1200
atcctcttat gctagcttag aagcaaaaaa tgttttggct gagcaacgtt tgcgtaatct 1260
ttcagaagag aaggacgctt tggcctccgt ctctttcatt aataagatgt ttctgcgagg 1320
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<210> 111
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<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 111
gtcctcttct tattatagca gaagacattg aaggcgaagc tttagctact ttggtcgtga 60
acagaattcg tggaggattc cgggtttgcg cagttaaagc tccaggcttt ggagatagaa 120
gaaaagctat gttggaagac atcgctatct taactggcgg tcaactcatt agcgaagagt 180
tgggcatgaa attagaaaac gctaacttag ctatgttagg taaagctaaa aaagttatcg 240
tttctaaaga agacacgacc atcgtcg 267
<210> 112
<211> 698
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 112
tgataagcaa gcaaccgctc aactagcagc tctaactatt aaaaaaatcc tctgttttga 60
tgaaaattcc tacgagaagg agctggcatg cttagaaaag aaacgcagta gcgtacaaaa 120
agatctgagc caactgaaaa aatacacagt tctctacatc aagaagctgc tcgaaaccta 180
cagacaactc gggcatcgaa agacaaaaat tgcaaaattt gatgacctac ctaccgagag 240
agtctccgct cataagaaag caaaagaact cgctgcgctc gatcaagaag agaacttcta 300
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gagaagaaaa acggtgttag aaaatacgcg cgctaagact ttctctaaca atgactcaaa 420
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cctgcacctc tttcagatgc acttcctctg gcttatcaac aagatttttt acaatgtacg 660
ctaaaaactc tttcatgcga agcaaatcct acacaagc 698
<210> 113
<211> 1142
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 113
ctcttcaaag attgtgagtt tatgtgaagg cgctgtcgct gatgcaagaa tgtgcaaagc 60
agagttgata aaaaaagaag cggatgctta tttgttttgt gagaaaagcg ggatatatct 120
aacgaaaaaa gaaggtattt tgattccttc tgcagggatt gatgaatcga atacggacca 180
gccttttgtt ttatatccta aagatatttt gggatcgtgt aatcgcatcg gagaatggtt 240
aagaaattat tttcgagtga aagagctagg cgtaatcatt acagatagcc atactactcc 300
aatgcggcgt ggagtactgg gtatcgggct gtgttggtat ggattttctc cattacacaa 360
ctatatagga tcgctagatt gtttcggtcg tcccttacag atgacgcaaa gtaatcttgt 420
agatgcctta gcagttgcgg ctgttgtttg tatgggagag gggaatgagc aaacaccgtt 480
agcggtgata gagcaggcac ctaatatggt ctaccattca tatcctactt ctcgagaaga 540
gtattgttct ttgcgcatag atgaaacaga ggacttatac ggaccttttt tgcaagcggt 600
tacgtggagt caagaaaaga aatgatggag gtgtttatga attttttaga tcagttagat 660
ttaattattc aaaataagca tatgctagaa cacacgtttt atgtgaaatg gtcgaagggg 720
gagcttacta aagagcaatt acaggcgtat gccaaagact attatttaca tatcaaagcc 780
tttcctaaat atttatctgc gattcatagt cgttgcgatg atttagaggc gcgtaagtta 840
ttgttagata acttgatgga tgaagagaac ggttacccta atcatattga tttgtggaag 900
cagtttgtgt ttgctctagg agttactcca gaagagttag aggctcatga gcctagtgaa 960
gcagcaaaag cgaaagtagc tactttcatg cggtggtgta caggagattc tttagctgca 1020
ggagtggctg ctttgtattc ttatgagagt caaattccac gtatcgctag agagaaaatt 1080
cgtggattga ctgagtactt tggattttcc aatcctgaag actatgcata tttcacagaa 1140
ca 1142
<210> 114
<211> 976
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 114
aggtggatgg ggcgcctgtc caagatgtgc tcgctactct atatggaagc aatcacaaag 60
ggactgcagc tgaagagtcg gctgctttaa gaacactatt ttctcgcatg gcctctttag 120
ggcacaaagt accttctggg cgcactactt taaagattcg tcgtcctttt ggtactacga 180
gagaagttcg tgtgaaatgg cgttatgttc ctgaaggtgt aggagatttg gctaccatag 240
ctccttctat cagggctcca cagttacaga aatcgatgag aagctttttc cctaagaaag 300
atgatgcgtt tcatcggtct agttcgctat tctactctcc aatggttccg catttttggg 360
cagagcttcg caatcattat gcaacgagtg gtttgaaaag cgggtacaat attgggagta 420
ccgatgggtt tctccctgtc attgggcctg ttatatggga gtcggagggt cttttccgcg 480
cttatatttc ttcggtgact gatggggatg gtaagagcca taaagtagga tttctaagaa 540
ttcctacata tagttggcag gacatggaag attttgatcc ttcaggaccg cctccttggg 600
aagaatttgc taagattatt caagtatttt cttctaatac agaagctttg attatcgacc 660
aaacgaacaa cccaggtggt agtgtccttt atctttatgc actgctttcc atgttgacag 720
accgtccttt agaacttcct aaacatagaa tgattctgac tcaggatgaa gtggttgatg 780
ctttagattg gttaaccctg ttggaaaacg tagacacaaa cgtggagtct cgccttgctc 840
tgggagacaa catggaagga tatactgtgg atctacaggt tgccgagtat ttaaaaagct 900
ttggacgtca agtattgaat tgttggagta aaggggatat cgagttatca acacctattc 960
ctctttttgg ttttga 976
<210> 115
<211> 995
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 115
ttatcctaga aatttggtgt tcaatatgag cgaaaaaaga aagtctaaca aaattattgg 60
tatcgaccta gggacgacca actcttgcgt ctctgttatg gaaggtggcc aacctaaagt 120
tattgcctct tctgaaggaa ctcgtactac tccttctatc gttgctttta aaggtggcga 180
aactcttgtt ggaattcctg caaaacgtca ggcagtaacc aatcctgaaa aaacattggc 240
ttctactaag cgattcatcg gtagaaaatt ctctgaagtc gaatctgaaa ttaaaacagt 300
cccctacaaa gttgctccta actcgaaagg agatgcggtc tttgatgtgg aacaaaaact 360
gtacactcca gaagaaatcg gcgctcagat cctcatgaag atgaaggaaa ctgctgaggc 420
ttatctcgga gaaacagtaa cggaagcagt cattaccgta ccagcttact ttaacgattc 480
tcaaagagct tctacaaaag atgctggacg tatcgcagga ttagatgtta aacgcattat 540
tcctgaacca acagcggccg ctcttgctta tggtattgat aaggaaggag ataaaaaaat 600
cgccgtcttc gacttaggag gaggaacttt cgatatttct atcttggaaa tcggtgacgg 660
agtttttgaa gttctctcaa ccaacgggga tactcacttg ggaggagacg acttcgacgg 720
agtcatcatc aactggatgc ttgatgaatt caaaaaacaa gaaggcattg atctaagcaa 780
agataacatg gctttgcaaa gattgaaaga tgctgctgaa aaagcaaaaa tagaattgtc 840
tggtgtatcg tctactgaaa tcaatcagcc attcatcact atcgacgcta atggacctaa 900
acatttggct ttaactctaa ctcgcgctca attcgaacac ctagcttcct ctctcattga 960
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<212> DNA
<213> Chlamydia
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ggaaccctta cttgtaaaaa ctctcaccgt ctacaatttt tgaaaaactc ttccgataaa 180
caaggtggag gaatctacgg agaagacaac atcaccctat ctaatttgac agggaagact 240
ctattccaag agaatactgc caaaaaagag ggcggtggac tcttcataaa aggtacagat 300
aaagctctta caatgacagg actggatagt ttctgtttaa ttaataacac atcagaaaaa 360
catggtggtg gagcctttgt taccaaagaa atctctcaga cttacacctc tgatgtggaa 420
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<212> DNA
<213> Chlamydia
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aggtttgtga gttcaaaatt ctcaaaatca acgtggatcg tcggaacgtt gttgtatcta 300
gaagagaact tctcgaagct gaacgcattt ctaagaaagc agagttgatc gagcaaatca 360
ctatcggtga acgtcgcaaa ggtatcgtta agaatatcac agatttcgga gtattcttgg 420
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<212> DNA
<213> Chlamydia
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agtattgcga aatattactg tgagaagcaa tgctgagagc ggttctagta aaagtgaggg 60
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<212> DNA
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agaaaaaagt tcgaattacg gggtttgtta tgcaaaataa aagcaaagtg agggacgatt 840
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ttttgaagca ggtaggtgaa tatg 24
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tcttcctcat ctggagatag cgctggagac tctgaaggac cgactgagcc agaagctggt 2460
tctacaacag aaactcctac tttaatagga ggaggtgcta tctatggaga aactgttaag 2520
attgagaact tctctggcca aggaatattt tctggaaaca aagctatcga taacaccaca 2580
gaaggctcct cttccaaatc taacgtcctc ggaggtgcgg tctatgctaa aacattgttt 2640
aatctcgata gcgggagctc tagacgaact gtcaccttct ccgggaatac tgtctcttct 2700
caatctacaa caggtcaggt tgctggagga gctatctact ctcctactgt aaccattgct 2760
actcctgtag tattttctaa aaactctgca acaaacaatg ctaataacgc tacagatact 2820
cagagaaaag acacctttgg aggagctatc ggagctactt ctgctgtttc tctatcagga 2880
ggggctcatt tcttagaaaa cgttgctgac ctcggatctg ctattgggtt ggtgccagac 2940
acacaaaata cagaaacagt gaaattagag tctggctcct actactttga aaaaaataaa 3000
gctttaaaac gagctactat ttacgcacct gtcgtttcca ttaaagccta tactgcgaca 3060
tttaaccaaa acagatctct agaagaagga agcgcgattt actttacaaa agaagcatct 3120
attgagtctt taggctctgt tctcttcaca ggaaacttag taaccccaac gctaagcaca 3180
actacagaag gcacaccagc cacaacctca ggagatgtaa caaaatatgg tgctgctatc 3240
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ggaacctcta ctttctgtag tattgcggga gatgttaaat taaccatgca agctgcaaaa 3420
gggaaaacga tcagtttctt tgatgcaatc cggacctcta ctaagaaaac aggtacacag 3480
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ttaagatccg accaacaaat ctccttgtta gtgctcccta cagactcatc aaaaatgcaa 4200
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tctcaaatgt caatggtcac agtcaaacaa ggcttgctca acgataaaat gaatctagct 4440
cgctttgatg aagttagcta taacaacctg tggatatcag gactaggaac gatgctatcg 4500
caagtaggaa cacctacttc tgaagaattc acttattaca gcagaggagc ttctgttgcc 4560
ttagatgcta aaccagccca tgatgtgatt gttggagctg catttagtaa gatgatcggg 4620
aaaacaaaat ccttgaaaag agagaataac tacactcaca aaggatccga atattcttac 4680
caagcatcgg tatacggagg caaaccattc cactttgtaa tcaataaaaa aacggaaaaa 4740
tcgctaccgc tattgttaca aggagtcatc tcttacggat atatcaaaca tgatacagtg 4800
actcactatc caacgatccg tgaacgaaac caaggagaat gggaagactt aggatggctg 4860
acagctctcc gtgtctcctc tgtcttaaga actcctgcac aaggggatac taaacgtatc 4920
actgtttacg gagaattgga atactccagt atccgtcaga aacaattcac agaaacagaa 4980
tacgatcctc gttacttcga caactgcacc tatagaaact tagcaattcc tatggggtta 5040
gcattcgaag gagagctctc tggtaacgat attttgatgt acaacagatt ctctgtagca 5100
tacatgccat caatctatcg aaattctcca acatgcaaat accaagtgct ctcttcagga 5160
gaaggcggag aaattatttg tggagtaccg acaagaaact cagctcgcgg agaatacagc 5220
acgcagctgt acccgggacc tttgtggact ctgtatggat cctacacgat agaagcagac 5280
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<210> 174
<211> 5265
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 174
gcaatcatga aatggctgtc agctactgcg gtgtttgctg ctgttctccc ctcagtttca 60
gggttttgct tcccagaacc taaagaatta aatttctctc gcgtagaaac ttcttcctct 120
accactttta ctgaaacaat tggagaagct ggggcagaat atatcgtctc tggtaacgca 180
tctttcacaa aatttaccaa cattcctact accgatacaa caactcccac gaactcaaac 240
tcctctagct ctagcggaga aactgcttcc gtttctgagg atagtgactc tacaacaacg 300
actcctgatc ctaaaggtgg cggcgccttt tataacgcgc actccggagt tttgtccttt 360
atgacacgat caggaacaga aggttcctta actctgtctg agataaaaat gactggtgaa 420
ggcggtgcta tcttctctca aggagagctg ctatttacag atctgacaag tctaaccatc 480
caaaataact tatcccagct atccggagga gcgatttttg gaggatctac aatctcccta 540
tcagggatta ctaaagcgac tttctcctgc aactctgcag aagttcctgc tcctgttaag 600
aaacctacag aacctaaagc tcaaacagca agcgaaacgt cgggttctag tagttctagc 660
ggaaatgatt cggtgtcttc ccccagttcc agtagagctg aacccgcagc agctaatctt 720
caaagtcact ttatttgtgc tacagctact cctgctgctc aaaccgatac agaaacatca 780
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gaaacaaaaa aaatcacttt accttcttta aaagctcaag catctgcagg aaatgcagat 1200
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gcaatccttc acaacggaac tttagttctt aaagagaaaa cagaactcca cgtagtctct 3720
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aacatagcta acggagctct agctatcaat gggttaacga ttgatctttc cagtatgggg 3840
actcctcaag caggggaaat cttctctcct ccagaattac gtatcgttgc cacgacctct 3900
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gcagcagtgc cttcaggttc tgccgcaact actccaacta tgagcgagaa caaagttttc 4020
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
Cys Ser Ser Lys Glu Ser Ser Pro Ser Ile Ile His Gln Lys Asn Gly
115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
His Asn Tyr Leu Phe Thr Ala Phe Glu Glu Asn Ser Ser Lys Gly Asn
165 170 175
Gly Gly Ala Ile Gln Ala Gln Thr Phe Ser Leu Ser Arg Asn Val Ser
180 185 190
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210 215 220
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Leu Asn Thr Ser Glu Lys Gly Ser Leu Ser Leu Ala Cys Asn Gln Glu
245 250 255
Thr Leu Phe Ala Ser Asn Ser Ala Lys Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr
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275 280 285
Asn Ser Ala Lys Ile Gly Gly Ala Ile Ala Ile Gln Ser Gly Gly Ser
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305 310 315 320
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340 345 350
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Asp Arg Ala Val Leu Ser Ala Pro Ser Leu Ser Gln Asp Pro Gln Ala
435 440 445
Leu Leu Ile Met Glu Ala Gly Thr Ser Leu Lys Thr Ser Ser Asp Leu
450 455 460
Lys Leu Ala Thr Leu Ser Ile Pro Leu His Ser Leu Asp Thr Glu Lys
465 470 475 480
Ser Val Thr Ile His Ala Pro Asn Leu Ser Ile Gln Lys Ile Phe Leu
485 490 495
Ser Asn Ser Gly Asp Glu Asn Phe Tyr Glu Asn Val Glu Leu Leu Ser
500 505 510
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515 520 525
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565 570 575
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580 585 590
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Ala Ala Gly Gln Leu Leu Gly Lys Ser Ser Asp Ser Phe Ile Thr Ser
660 665 670
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675 680 685
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755 760 765
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<213> Chlamydia
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<221> VARIANT
<222> (1)...(982)
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<400> 176
Met Ile Pro Gln Gly Ile Tyr Asp Gly Glu Thr Leu Thr Val Ser Phe
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195 200 205
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Gly Gln Gln Gly Val Ser Ser Ser Thr Ser Thr Glu Asp Pro Val Val
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275 280 285
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290 295 300
Gly Asp Gly Gly Ala Ile Phe Cys Lys Asn Gly Ala Gln Ala Gly Ser
305 310 315 320
Asn Asn Ser Gly Ser Val Ser Phe Asp Gly Glu Gly Val Val Phe Phe
325 330 335
Ser Ser Asn Val Ala Ala Gly Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Lys
340 345 350
Leu Ser Val Ala Asn Cys Gly Pro Val Gln Phe Leu Arg Asn Ile Ala
355 360 365
Asn Asp Gly Gly Ala Ile Tyr Leu Gly Glu Ser Gly Glu Leu Ser Leu
370 375 380
Ser Ala Asp Tyr Gly Asp Ile Ile Phe Asp Gly Asn Leu Lys Arg Thr
385 390 395 400
Ala Lys Glu Asn Ala Ala Asp Val Asn Gly Val Thr Val Ser Ser Gln
405 410 415
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450 455 460
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Gly Thr Ser Thr Phe Cys Ser Ile Ala Gly Asp Val Lys Leu Thr Met
1125 1130 1135
Gln Ala Ala Lys Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp Ala Ile Arg Thr
1140 1145 1150
Ser Thr Lys Lys Thr Gly Thr Gln Ala Thr Ala Tyr Asp Thr Leu Asp
1155 1160 1165
Ile Asn Lys Ser Glu Asp Ser Glu Thr Val Asn Ser Ala Phe Thr Gly
1170 1175 1180
Thr Ile Leu Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro
1185 1190 1195 1200
Gln Asn Val Val Leu His Ser Gly Ser Leu Val Leu Lys Pro Asn Thr
1205 1210 1215
Glu Leu His Val Ile Ser Phe Glu Gln Lys Glu Gly Ser Ser Leu Val
1220 1225 1230
Met Thr Pro Gly Ser Val Leu Ser Asn Gln Thr Val Ala Asp Gly Ala
1235 1240 1245
Leu Val Ile Asn Asn Met Thr Ile Asp Leu Ser Ser Val Glu Lys Asn
1250 1255 1260
Gly Ile Ala Glu Gly Asn Ile Phe Thr Pro Pro Glu Leu Arg Ile Ile
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Asp Thr Thr Thr Ser Gly Ser Gly Gly Thr Pro Ser Thr Asp Ser Glu
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Ser Asn Gln Asn Ser Asp Asp Thr Lys Glu Gln Asn Asn Asn Asp Ala
1300 1305 1310
Ser Asn Gln Gly Glu Ser Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro Ala Val Ala
1315 1320 1325
Ala Ala His Thr Ser Arg Thr Arg Asn Phe Ala Ala Ala Ala Thr Ala
1330 1335 1340
Thr Pro Thr Thr Thr Pro Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ser Asn Gln Val
1345 1350 1355 1360
Ile Leu Gly Gly Glu Ile Lys Leu Ile Asp Pro Asn Gly Thr Phe Phe
1365 1370 1375
Gln Asn Pro Ala Leu Arg Ser Asp Gln Gln Ile Ser Leu Leu Val Leu
1380 1385 1390
Pro Thr Asp Ser Ser Lys Met Gln Ala Gln Lys Ile Val Leu Thr Gly
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Asp Ile Ala Pro Gln Lys Gly Tyr Thr Gly Thr Leu Thr Leu Asp Pro
1410 1415 1420
Asp Gln Leu Gln Asn Gly Thr Ile Ser Ala Leu Trp Lys Phe Asp Ser
1425 1430 1435 1440
Tyr Arg Gln Trp Ala Tyr Val Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ala Asn
1445 1450 1455
Ser Ile Leu Gly Ser Gln Met Ser Met Val Thr Val Lys Gln Gly Leu
1460 1465 1470
Leu Asn Asp Lys Met Asn Leu Ala Arg Phe Asp Glu Val Ser Tyr Asn
1475 1480 1485
Asn Leu Trp Ile Ser Gly Leu Gly Thr Met Leu Ser Gln Val Gly Thr
1490 1495 1500
Pro Thr Ser Glu Glu Phe Thr Tyr Tyr Ser Arg Gly Ala Ser Val Ala
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Leu Asp Ala Lys Pro Ala His Asp Val Ile Val Gly Ala Ala Phe Ser
1525 1530 1535
Lys Met Ile Gly Lys Thr Lys Ser Leu Lys Arg Glu Asn Asn Tyr Thr
1540 1545 1550
His Lys Gly Ser Glu Tyr Ser Tyr Gln Ala Ser Val Tyr Gly Gly Lys
1555 1560 1565
Pro Phe His Phe Val Ile Asn Lys Lys Thr Glu Lys Ser Leu Pro Leu
1570 1575 1580
Leu Leu Gln Gly Val Ile Ser Tyr Gly Tyr Ile Lys His Asp Thr Val
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1605 1610 1615
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1620 1625 1630
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1635 1640 1645
Ser Ser Ile Arg Gln Lys Gln Phe Thr Glu Thr Glu Tyr Asp Pro Arg
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<210> 180
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<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 180
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<211> 2601
<212> DNA
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<400> 181
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aattcctact gttggttcgt atctaaactc catatcacgg accccaaaga ggctcttttt 240
aaagaaaaag gagatctttc cattcaaaac tttcgcttcc tttccttcac agattgctct 300
tccaaggaaa gctctccttc tattattcat caaaagaatg gtcagttatc cttgcgcaat 360
aatggtagca tgagtttctg tcgaaatcat gctgaaggct ctggaggagc catctctgcg 420
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ctgttccaga ataactccca acgcacctcc gaccaaggtc tagtaagaaa cgccatctac 960
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cagtcgatga ttaatacaac agcgcacgga ggagcctatc tatttggaac gtggggatct 1800
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cctattgtat ccaatggttc cggactgttc agctccttct ctattttctc taaactgcaa 2220
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gggaccactt acaggttcta g 2601
<210> 182
<211> 3021
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 182
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catcaccatc acatgattcc tcaaggaatt tacgatgggg agacgttaac tgtatcattt 120
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accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180
ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240
ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300
gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360
ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt cccgctagta 420
cctagaggtt caccgctgcc tgtggggaat ccagctgaac caagtttatt aatcgatggc 480
actatgtggg aaggtgcttc aggagatcct tgcgatcctt gcgctacttg gtgtgacgcc 540
attagcatcc gcgcaggata ctacggagat tatgttttcg atcgtgtatt aaaagttgat 600
gtgaataaaa cttttagcgg catggctgca actcctacgc aggctatagg taacgcaagt 660
aatactaatc agccagaagc aaatggcaga ccgaacatcg cttacggaag gcatatgcaa 720
gatgcagagt ggttttcaaa tgcagccttc ctagccttaa acatttggga tcgcttcgac 780
attttctgca ccttaggggc atccaatgga tacttcaaag caagttcggc tgcattcaac 840
ttggttgggt taatagggtt ttcagctgca agctcaatct ctaccgatct tccaatgcaa 900
cttcctaacg taggcattac ccaaggtgtt gtggaatttt atacagacac atcattttct 960
tggagcgtag gtgcacgtgg agctttatgg gaatgtggtt gtgcaacttt aggagctgag 1020
ttccaatacg ctcaatctaa tcctaagatt gagatgctca acgtcacttc aagcccagca 1080
caatttgtga ttcacaaacc aagaggctat aaaggagcta gctcgaattt tcctttacct 1140
ataacggctg gaacaacaga agctacagac accaaatcag ctacaattaa ataccatgaa 1200
tggcaagtag gcctcgccct gtcttacaga ttgaatatgc ttgttccata tattggcgta 1260
aactggtcaa gagcaacttt tgatgctgat actatccgca ttgctcaacc taaattaaaa 1320
tcggagattc ttaacattac tacatggaac ccaagcctta taggatcaac cactgctttg 1380
cccaataata gtggtaagga tgttctatct gatgtcttgc aaattgcttc gattcagatc 1440
aacaaaatga agtctagaaa agcttgtggt gtagctgttg gtgcaacgtt aatcgacgct 1500
gacaaatggt caatcactgg tgaagcacgc ttaatcaatg aaagagctgc tcacatgaat 1560
gcacaattcc gcttctaa 1578
<210> 189
<211> 866
<212> PRT
<213> Chlamydia
<220>
<221> VARIANT
<222> (1)...(866)
<223> Xaa = Any Amino Acid
<400> 189
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1 5 10 15
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Phe Phe Glu Asp Cys Thr Met Glu Ser Leu Phe Pro Ala Leu Cys Ala
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His Ala Ser Gln Asp Asp Pro Leu Tyr Val Leu Gly Asn Ser Tyr Cys
50 55 60
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65 70 75 80
Lys Glu Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gln Asn Phe Arg Phe Leu Ser Phe
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Asn His Ala Glu Gly Ser Gly Gly Ala Ile Ser Ala Asp Ala Phe Ser
130 135 140
Leu Gln His Asn Tyr Leu Phe Thr Ala Phe Glu Glu Asn Ser Ser Lys
145 150 155 160
Gly Asn Gly Gly Ala Ile Gln Ala Gln Thr Phe Ser Leu Ser Arg Asn
165 170 175
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180 185 190
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210 215 220
Ser Asp Leu Asn Thr Ser Glu Lys Gly Ser Leu Ser Leu Ala Cys Asn
225 230 235 240
Gln Xaa Thr Leu Phe Ala Ser Asn Ser Ala Lys Glu Lys Gly Gly Ala
245 250 255
Ile Tyr Ala Lys His Met Val Leu Arg Tyr Asn Gly Pro Val Ser Phe
260 265 270
Ile Asn Asn Ser Ala Lys Ile Gly Gly Ala Ile Ala Ile Gln Ser Gly
275 280 285
Gly Ser Leu Ser Ile Leu Ala Gly Glu Gly Ser Val Leu Phe Gln Asn
290 295 300
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305 310 315 320
Leu Glu Lys Asp Ala Ile Leu Ser Ser Leu Glu Ala Arg Asn Gly Asp
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Ile Leu Phe Phe Asp Pro Ile Val Gln Glu Ser Ser Ser Lys Glu Ser
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865
<210> 190
<211> 1006
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 190
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225 230 235 240
Gly Gly Ile Ala Ala Val Gln Asp Gly Gln Gln Gly Val Ser Ser Ser
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355 360 365
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Gly Glu Ser Gly Glu Leu Ser Leu Ser Ala Asp Tyr Gly Asp Ile Ile
405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
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Ser Leu Trp Gly Ser Ile Leu Asp Ile Arg Ser Ala His Ser Ala Ile
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725 730 735
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740 745 750
Tyr Arg Tyr Ile Ser Gly Gly Tyr Ser Leu Gly Ala Asn Ser Tyr Phe
755 760 765
Gly Ser Ser Met Phe Gly Leu Ala Phe Thr Glu Val Phe Gly Arg Ser
770 775 780
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<210> 191
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<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 191
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Asn Asn Cys Asp Leu Phe Phe Ile Asn Asn Ala Cys Cys Ala Gly Gly
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Pro Thr Tyr Phe Ile Asn Asn Ile Ala Asn Asn Lys Gly Gly Ala Ile
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Tyr Ile Asp Gly Thr Ser Asn Ser Lys Ile Ser Ala Asp Arg His Ala
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740 745 750
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770 775 780
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820 825 830
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Phe
<210> 192
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<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 192
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20 25 30
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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435 440 445
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565 570 575
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580 585 590
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cagaggtact taaaagatca atcgcaatcc agtattcg 38
<210> 215
<211> 48
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 215
cagaggatcc acatcaccat caccatcacg gactagctag agaggttc 48
<210> 216
<211> 31
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 216
cagagaattc ctagaatcgc agagcaattt c 31
<210> 217
<211> 7
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 217
tgcaatc 7
<210> 218
<211> 22
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 218
Met Ala Ser Met Thr Gly Gly Gln Gln Met Gly Arg Asp Ser Ser Leu
1 5 10 15
Val Pro Ser Ser Asp Pro
20
<210> 219
<211> 51
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 219
cagaggtacc gcatcaccat caccatcaca tgattcctca aggaatttac g 51
<210> 220
<211> 33
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 220
cagagcggcc gcttagaacc ggactttact tcc 33
<210> 221
<211> 24
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 221
Met Ala Ser Met Thr Gly Gly Gln Gln Asn Gly Arg Asp Ser Ser Leu
1 5 10 15
Val Pro His His His His His His
20
<210> 222
<211> 46
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 222
cagagctagc catcaccatc accatcacct ctttggccag gatccc 46
<210> 223
<211> 30
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 223
cagaactagt ctagaacctg taagtggtcc 30
<210> 224
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 224
Met Ser Gln Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile
1 5 10 15
Ser Thr Asp Leu
20
<210> 225
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 225
Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala
1 5 10 15
Val Ile Val Gly
20
<210> 226
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 226
His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly
1 5 10 15
Pro Met Pro Arg
20
<210> 227
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 227
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr
1 5 10 15
Glu Ile Val Lys
20
<210> 228
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 228
Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys
1 5 10 15
Val Trp Glu Tyr
20
<210> 229
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 229
Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile
1 5 10 15
Lys Lys His Asn
20
<210> 230
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 230
Ile Lys Lys His Asn Cys Gln Asp Gln Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu
1 5 10 15
Pro Asp Ala Asn
20
<210> 231
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 231
Asn Cys Gln Asp Gln Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn
1 5 10 15
Leu Ala Lys Val
20
<210> 232
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 232
Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe
1 5 10 15
Gly Ser Ser Asp
20
<210> 233
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 233
Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro
1 5 10 15
Ile Asp Met Phe
20
<210> 234
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 234
Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gln
1 5 10 15
Met Thr Lys Ala
20
<210> 235
<211> 22
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 235
Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gln Met Thr Lys Ala Leu
1 5 10 15
Ser Lys His Ile Val Lys
20
<210> 236
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 236
Val Glu Ile Thr Gln Ala Val Pro Lys Tyr Ala Thr Val Gly Ser Pro
1 5 10 15
Tyr Pro Val Glu
20
<210> 237
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 237
Ala Val Pro Lys Tyr Ala Thr Val Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile
1 5 10 15
Thr Ala Thr Gly
20
<210> 238
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 238
Ala Thr Val Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys
1 5 10 15
Arg Asp Cys Val
20
<210> 239
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 239
Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp
1 5 10 15
Val Ile Ile Thr
20
<210> 240
<211> 21
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 240
Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp Val Ile Ile Thr Gln
1 5 10 15
Gln Leu Pro Cys Glu
20
<210> 241
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 241
Lys Arg Asp Cys Val Asp Val Ile Ile Thr Gln Gln Leu Pro Cys Glu
1 5 10 15
Ala Glu Phe Val
20
<210> 242
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 242
Asp Val Ile Ile Thr Gln Gln Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg
1 5 10 15
Ser Asp Pro Ala
20
<210> 243
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 243
Thr Gln Gln Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg Ser Asp Pro Ala
1 5 10 15
Thr Thr Pro Thr
20
<210> 244
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 244
Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala
1 5 10 15
Asp Gly Lys Leu
20
<210> 245
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 245
Val Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Val
1 5 10 15
Trp Lys Ile Asp
20
<210> 246
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 246
Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg
1 5 10 15
Leu Gly Gln Gly
20
<210> 247
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 247
Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gln Gly Glu
1 5 10 15
Lys Ser Lys Ile
20
<210> 248
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 248
Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gln Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr
1 5 10 15
Val Trp Val Lys
20
<210> 249
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 249
Arg Leu Gly Gln Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro
1 5 10 15
Leu Lys Glu Gly
20
<210> 250
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 250
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly
1 5 10 15
Cys Cys Phe Thr
20
<210> 251
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 251
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly
1 5 10 15
<210> 252
<211> 12
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 252
Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly
1 5 10
<210> 253
<211> 16
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 253
Gly Asp Lys Cys Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly
1 5 10 15
<210> 254
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 254
Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala
1 5 10 15
Phe Gly Val Leu
20
<210> 255
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 255
Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn
1 5 10 15
Pro Glu Gly Ser
20
<210> 256
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 256
Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu
1 5 10 15
Ala Leu Arg Ala
20
<210> 257
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 257
Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr
1 5 10 15
Phe Leu Ile Asp
20
<210> 258
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 258
Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys
1 5 10 15
His Gly Val Ile
20
<210> 259
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 259
Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg
1 5 10 15
His Ala Val Ile
20
<210> 260
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 260
Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn
1 5 10 15
Asp Leu Pro Leu
20
<210> 261
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 261
Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly
1 5 10 15
Arg Ser Ile Asp
20
<210> 262
<211> 20
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Made in a lab
<400> 262
Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly Arg Ser Ile Asp Glu
1 5 10 15
Glu Leu Arg Ile
20
<210> 263
<211> 897
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(897)
<223> n = A,T,C or G
<400> 263
atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60
acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggagt ggataagact 120
attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180
gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240
actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300
caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360
ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420
atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480
aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540
agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600
gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660
gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720
ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780
gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840
ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897
<210> 264
<211> 298
<212> PRT
<213> Chlamydia
<220>
<221> VARIANT
<222> (1)...(298)
<223> Xaa = Any Amino Acid
<400> 264
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gln Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Val Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gln Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gln Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg
65 70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gln Ser Ala Gln Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gln
100 105 110
Lys Thr Gln Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gln Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Xaa Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 265
<211> 897
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(897)
<223> n = A,T,C or G
<400> 265
atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60
acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120
attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180
gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240
actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300
caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360
ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420
atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480
aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540
agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600
gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660
gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720
ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780
gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840
ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897
<210> 266
<211> 298
<212> PRT
<213> Chlamydia
<220>
<221> VARIANT
<222> (1)...(298)
<223> Xaa = Any Amino Acid
<400> 266
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gln Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gln Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gln Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg
65 70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gln Ser Ala Gln Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gln
100 105 110
Lys Thr Gln Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gln Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Xaa Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 267
<211> 680
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 267
tctatatcca tattgatagg aaaaaacgtc gcagaaagat tttagctatg acgtttatcc 60
gagctttagg atattcaaca gatgcagata ttattgaaga gttcttttct gtagaggagc 120
gttccttacg ttcagagaag gattttgtcg cgttagttgg taaagtttta gctgataacg 180
tagttgatgc ggattcttca ttagtttacg ggaaagctgg agagaagcta agtactgcta 240
tgctaaaacg catcttagat acgggagtcc aatctttgaa gattgctgtt ggcgcagatg 300
aaaatcaccc aattattaag atgctcgcaa aagatcctac ggattcttac gaagctgctc 360
ttaaagattt ttatcgcaga ttacgaccag gagagcctgc aactttagct aatgctcgat 420
ccacaattat gcgtttattc ttcgatgcta aacgttataa tttaggccgc gttggacgtt 480
ataaattaaa taaaaaatta ggcttcccat tagacgacga aacattatct caagtgactt 540
tgagaaaaga agatgttatc ggcgcgttga aatatttgat tcgtttgcga atgggcgatg 600
agaagacatc tatcgatgat attgaccatt tggcaaaccg acgagttcgc tctgttggag 660
aactaattca gaatcactgt 680
<210> 268
<211> 359
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 268
cttatgttct ggagaatgtt gcaacaacat attaatcgaa ccagctcctc ctagtaacat 60
agaaaccaag cccttttgag aaaaaacctg tacttcgcat cctttagcca tttgttgaat 120
agctcctaac aaagagctaa ttttttcctc ttccttgttt ttctgaggcg ctgtggactc 180
taaatatagc aagtgctctt ggaacacctc atcaacaatc gcttgtccta gattaggtat 240
agagactgtc tctccatcaa ttaaatggag tttcaaagta atatcccctt ccgtccctcc 300
atcacaagac tctatgaaag ctatctgatt ccatcgagca gaaatgtatg gggaaatac 359
<210> 269
<211> 124
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 269
gatcgaatca attgagggag ctcattaaca agaatagctg cagtttcttt gcgttcttct 60
ggaataacaa gaaataggta atcggtacca ttgatagaac gaacacgaca aatcgcagaa 120
ggtt 124
<210> 270
<211> 219
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 270
gatcctgttg ggcctagtaa taatacgttg gatttcccat aactcacttg tttatcctgc 60
ataagagcac ggatacgctt atagtggtta tagacggcaa ccgaaatcgt ttttttcgcg 120
cgctcttgtc caatgacata agagtcgatg tggcgtttga tttctttagg ggttaacact 180
ctcagacttg ttggagagct tgtggaagat gttgcgatc 219
<210> 271
<211> 511
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(511)
<223> n = A,T,C or G
<400> 271
ggatccgaat tcggcacgag gagaaaatat aggaggttcc akcatcggaa gatctaatag 60
acaaagaggt tttggcatag atggctcctc cttgtacgtt caacgatgat tgggagggat 120
tgttatcgat agcttggttc ccagagaact gacaagtccc gctacattga gagaatgtaa 180
cctgttctcc atagatagct cctcctacta cacctgaata agttggtgtt gctggagatg 240
atggtgcggc tgctgcggct gcttgtaggg aagcagcagc tgcagcaggt gctgaagctg 300
ttgttgcgac tcctgtggat gaggagtttg ctttgttgtt cgagaaagag aagcctgatt 360
tcagattaga aatatttaca gttttagcat gtaagcctcc accttctttc ccaacaaggt 420
tctctgttac agataaggag actagangca tctagtttta aagatttttt acagcagata 480
cctccaccta tctctgtagc ggagttctca g 511
<210> 272
<211> 598
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 272
ctcttcctct cctcaatcta gttctggagc aactacagtc tccgactcag gagactctag 60
ctctggctca aactcggata cctcaaaaac agttccagtc acagctaaag gcggtgggct 120
ttatactgat aagaatcttt cgattactaa catcacagga attatcgaaa ttgcaaataa 180
caaagcgaca gatgttggag gtggtgctta cgtaaaagga acccttactt gtaaaaactc 240
tcaccgtcta caatttttga aaaactcttc cgataaacaa ggtggaggaa tctacggaga 300
agacaacatc accctatcta atttgacagg gaagactcta ttccaagaga atactgccaa 360
aaaagagggc ggtggactct tcataaaagg tacagataaa gctcttacaa tgacaggact 420
ggatagtttc tgtttaatta ataacacatc agaaaaacat ggtggtggga gcctttgtta 480
ccaaagaaat ctctcagact tacacctctt gatgtggaaa caattccagg aatcacgcct 540
gtacatggtg aaacagtcat tactggcaat aaatctacag gaggtaatgg tggagggc 598
<210> 273
<211> 126
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 273
ggatccgaat tcggcacgag atgagcctta tagtttaaca aaagcttctc acattccttc 60
gatagctttt tattagccgt ttttagcatc ctaatgagat ctcctcgttc gtaacaaata 120
cgagag 126
<210> 274
<211> 264
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 274
ggatccgaat tcggcacgag ctcttttaaa tcttaattac aaaaagacaa attaattcaa 60
tttttcaaaa aagaatttaa acattaattg ttgtaaaaaa acaatattta ttctaaaata 120
ataaccatag ttacggggga atctctttca tggtttattt tagagctcat caacctaggc 180
atacgcctaa aacatttcct ttgaaagttc accattcgtt ctccgataag catcctcaaa 240
ttgctaaagc tatgtggatt acgg 264
<210> 275
<211> 359
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 275
ggatccgaat tcggcacgag ataaaacctg aaccacaaca aagatctaaa acttcttgat 60
tttcagctgc aaattctttt agataaatat caaccatttc ttcagtttca tatcttggaa 120
ttaaaacttg ttctcttaaa ttaattctag tatttaagta ttcaacatag cccattatta 180
attgaattgg ataattttgc cttaataatt cacattcttt ttcagtaatt ttaggttcta 240
aaccgtaccg ctttttttct aaaattaatg tttcttcatt attcatttta taagccactt 300
tcctttattt tttgattttg ttcttctgtt agtaatgctt caataatagt taataattt 359
<210> 276
<211> 357
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 276
aaaacaattg atataatttt ttttttcata acttccagac tcctttctag aaaagtcttt 60
atgggtagta gtgactctaa cgttttttat tattaagacg atccccggag atccttttaa 120
tgatgaaaac ggaaacatcc tttcgccaga aactttagca ctattaaaga atcgttacgg 180
gttagataag cctttattca cccagtatct tatctatttg aaatgtctgc taacactaga 240
tttcggggaa tctcttatct acaaagatcg aaatctcagc attattgctg ccgctcttcc 300
atcttccgct attcttggac ttgaaagctt gtgtttactc gtgccgaatt cggatcc 357
<210> 277
<211> 505
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 277
ggatccgaat tcggcacgag ctcgtgccga ttgcttgctt cagtcacccc atcggtatag 60
agcactaaaa gagactcctc ttcaagaacg agagtgtaag cagggtgagg aggaacttca 120
ggtaaaaatc ctaaggccat accaggatgc gacaggaaag agatatctcc attaggagct 180
cggagacacg ctgggttgtg gccacaagaa tagtattcta gttctcgtgt tgcgtaatga 240
taacaataaa tgcatagtgt tacaaacatc ccagattcag ctgtctgttg atagaagaga 300
gcagctgttt gttgaacggc ttcttgaata gaggagagct cactcaaaaa ggtatgtaac 360
atgtttttca ggaataagga gtaggcgcac gcattgactc ctttcccgga agcatcagca 420
acgattagaa agagtttagc ttggggacct tcgcctataa caaagatatc aaagaaatct 480
cctcctaccg taactgcagg aatat 505
<210> 278
<211> 407
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 278
ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga 60
aagaaaaaca gaaggcattc tccataccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat 120
ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat 180
ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga 240
aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttacg gcccctactc cttcaagtag 300
acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat 360
ccgtatgaga aaataggatt agggaaacaa aacgacagca aaccaca 407
<210> 279
<211> 351
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 279
ctcgtgccgc ttacaggagg cttgtatcct ttaaaataga gtttttctta tgaccccatg 60
tggcgatagg ccgggtctag cgccgatagt agaaatatcg gttggttttt gtccttgagg 120
ggatcgtata ctttttcaaa gtatggtccc cgtatcgatt atctggaggc tcttatgtct 180
ttttttcata ctagaaaata taagcttatc ctcagaggac tcttgtgttt agcaggctgt 240
ttcttaatga acagctgttc ctctagtcga ggaaatcaac ccgctgatga gagcatctat 300
gtcttgtcta tgaatcgcat gatttgtgat tctcgtgccg aattcggatc c 351
<210> 280
<211> 522
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 280
ggatccgaat tcggcacgag cagaggaaaa aggcgatact cctcttgaag atcgtttcac 60
agaagatctt tccgaagtct ctggagaaga ttttcgagga ttgaaaaatt cgttcgatga 120
tgattcttct tctgacgaaa ttctcgatgc gctcacaagt aaattttctg atcccacaat 180
aaaggatcta gctcttgatt atctaattca aatagctccc tctgatggga aacttaagtc 240
cgctctcatt caggcaaagc atcaactgat gagccagaat cctcaggcga ttgttggagg 300
acgcaatgtt ctgttagctt cagaaacctt tgcttccaga gcaaatacat ctccttcatc 360
gcttcgctcc ttatatttcc aagtaacctc atccccctct aattgcgcta atttacatca 420
aatgcttgct tcttactcgc catcagagaa aaccgctgtt atggagtttc tagtgaatgg 480
catggtagca gatttaaaat cggagggccc ttccattcct cc 522
<210> 281
<211> 577
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 281
ggatccgaat tcggcacgag atgcttctat tacaattggt ttggatgcgg aaaaagctta 60
ccagcttatt ctagaaaagt tgggagatca aattcttggt ggaattgctg atactattgt 120
tgatagtaca gtccaagata ttttagacaa aatcacaaca gacccttctc taggtttgtt 180
gaaagctttt aacaactttc caatcactaa taaaattcaa tgcaacgggt tattcactcc 240
caggaacatt gaaactttat taggaggaac tgaaatagga aaattcacag tcacacccaa 300
aagctctggg agcatgttct tagtctcagc agatattatt gcatcaagaa tggaaggcgg 360
cgttgttcta gctttggtac gagaaggtga ttctaagccc tacgcgatta gttatggata 420
ctcatcaggc gttcctaatt tatgtagtct aagaaccaga attattaata caggattgac 480
tccgacaacg tattcattac gtgtaggcgg tttagaaagc ggtgtggtat gggttaatgc 540
cctttctaat ggcaatgata ttttaggaat aacaaat 577
<210> 282
<211> 607
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 282
actmatcttc cccgggctcg agtgcggccg caagcttgtc gacggagctc gatacaaaaa 60
tgtgtgcgtg tgaaccgctt cttcaaaagc ttgtcttaaa agatattgtc tcgcttccgg 120
attagttaca tgtttaaaaa ttgctagaac aatattattc ccaaccaagc tctctgcggt 180
gctgaaaaaa cctaaattca aaagaatgac tcgccgctca tcttcagaaa gacgatccga 240
cttccataat tcgatgtctt tccccatggg gatctctgta gggagccagt tatttgcgca 300
gccattcaaa taatgttccc aagcccattt gtacttaata ggaacaagtt ggttgacatc 360
gacctggttg cagttcacta gacgcttgct atttagatta acgcgtttct gttttccatc 420
taaaatatct gcttgcataa gaaccgttaa ttttattgtt aatttatatg attaattact 480
gacatgcttc acacccttct tccaaagaac agacaggtgc tttcttcgct ctttcaacaa 540
taattcctgc cgaagcagac ttattcttca tccaacgagg ctgaattcct ctcttattaa 600
tatctac 607
<210> 283
<211> 1077
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 283
ggatccgaat tcggcacgag aagttaacga tgacgatttg ttcctttggt agagaaggag 60
caatcgaaac taaatgtgcg agagcatgtg aagactccaa tgcaggaata atcccctcat 120
ttctagtaag caggaaaaaa gctcgtaacg cctcttcatc ggtggctaat gtataaaagg 180
ctcgtcctga ctcatgcatt tcggcatgat ctggcccaac tgaaggataa tctaatccag 240
cggaaatgga gtgagtttgt aatacttgtc catcgtcatc ttgaagaaga tacgaataaa 300
atccgtggaa tactccaggt cgccctgttg caaaacgtgc tgcatgtttt cctgaagaaa 360
tgcccagtcc tcccccttcc actccaatta attggacttt tggattcggg ataaaatgat 420
ggaaaaatcc aatagcgttg gagccacctc cgatacatgc aatcagaata tcaggatctc 480
ttcctgcaac tgcatggatt tgctctttca cttcagcgct tataacagac tgaaaaaatc 540
gaacgatatc gggataaggt aaaggtccta aggccgatcc taagcaatag tgagtaaatg 600
agtgtgttgt tgcccaatct tgtagagctt gattaactgc atctttgagt ccacaagatc 660
cttttgttac agaaacgact tcagcaccta aaaagcgcat tttctctaca tttggtttct 720
gtcgttccac atcttttgct cccatgtata ctacacaatc taatcctaga taagcacacg 780
ctgttgctgt tgctactcca tgttgtcccg cacctgtttc agctacaaca cgtgttttcc 840
caagatattt agcaagcaaa cactgaccaa gagcattatt cagtttatgt gctcctgtat 900
gcaaaagatc ttcgcgttta agaaatactc tagggccatc aatagctcga gcaaaattct 960
taacttcagt cagaggagtt tgtctccccg catagttttt caaaatacaa tctagttcag 1020
ataaaaaact ttgctgagtt ttgagaatct cccattccgc ttttagattc tgtatag 1077
<210> 284
<211> 407
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 284
ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga 60
aagaaaaaca gaaggcattc tccataccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat 120
ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat 180
ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga 240
aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttacg gcccctactc cttcaagtag 300
acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat 360
ccgtatgaga aaataggatt agggaaacaa aacgacagca aaccaca 407
<210> 285
<211> 802
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 285
ggatccgaat tcggcacgag ttagcttaat gtctttgtca tctctaccta catttgcagc 60
taattctaca ggcacaattg gaatcgttaa tttacgtcgc tgcctagaag agtctgctct 120
tgggaaaaaa gaatctgctg aattcgaaaa gatgaaaaac caattctcta acagcatggg 180
gaagatggag gaagaactgt cttctatcta ttccaagctc caagacgacg attacatgga 240
aggtctatcc gagaccgcag ctgccgaatt aagaaaaaaa ttcgaagatc tatctgcaga 300
atacaacaca gctcaagggc agtattacca aatattaaac caaagtaatc tcaagcgcat 360
gcaaaagatt atggaagaag tgaaaaaagc ttctgaaact gtgcgtattc aagaaggctt 420
gtcagtcctt cttaacgaag atattgtctt atctatcgat agttcggcag ataaaaccga 480
tgctgttatt aaagttcttg atgattcttt tcaaaataat taacatgcga agctagccga 540
ggagtgccgt atgtctcaat ccacttattc tcttgaacaa ttagctgatt ttttgaaagt 600
cgagtttcaa ggaaatggag ctactcttct ttccggagtt gaagagatcg aggaagcaaa 660
aacggcacac atcacattct tagataatga aaaatatgct aaacatttaa aatcatcgga 720
agctggcgct atcatcatat ctcgaacaca gtttcaaaaa tatcgagact tgaataaaaa 780
ctttcttatc acttctgagt ct 802
<210> 286
<211> 588
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 286
ggatccgaat tcggcacgag gcaatattta ctcccaacat tacggttcca aataagcgat 60
aaggtcttct aataaggaag ttaatgtaag aggctttttt attgcttttc gtaaggtagt 120
attgcaaccg cacgcgattg aatgatacgc aagccatttc catcatggaa aagaaccctt 180
ggacaaaaat acaaaggagg ttcactccta accagaaaaa gggagagtta gtttccatgg 240
gttttcctta tatacacccg tttcacacaa ttaggagccg cgtctagtat ttggaataca 300
aattgtcccc aagcgaattt tgttcctgtt tcagggattt ctcctaattg ttctgtcagc 360
catccgccta tggtaacgca attagctgta gtaggaagat caactccaaa caggtcatag 420
aaatcagaaa gctcataggt gcctgcagca ataacaacat tcttgtctga gtgagcgaat 480
tgtttaaaag atgggcgatt atgagctacc tcatcagaga ctattttaaa tagatcattt 540
tgggtaatca atccttctat agacccatat tcatcaatga taatctcg 588
<210> 287
<211> 489
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)...(489)
<223> n = A,T,C or G
<400> 287
agtgcctatt gttttgcagg ctttgtctga tgatagcgat accgtacgtg agattgctgt 60
acaagtagct gttatgtatg gttctagttg cttactgcgc gccgtgggcg atttagcgaa 120
aaatgattct tctattcaag tacgcatcac tgcttatcgt gctgcagccg tgttggagat 180
acaagatctt gtgcctcatt tacgagttgt agtccaaaat acacaattag atggaacgga 240
aagaagagaa gcttggagat ctttatgtgt tcttactcgg cctcatagtg gtgtattaac 300
tggcatagat caagctttaa tgacctgtga gatgttaaag gaatatcctg aaaagtgtac 360
ggaagaacag attcgtacat tattggctgc agatcatcca gaagtgcagg tagctacttt 420
acagatcatt ctgagaggag gtagagtatt ccggtcatct tctataatgg aatcggttct 480
cgtgccgnt 489
<210> 288
<211> 191
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 288
ggatccgaat tcaggatatg ctgttgggtt atcaataaaa agggttttgc cattttttaa 60
gacgactttg tagataacgc taggagctgt agcaataata tcgagatcaa attctctaga 120
gattctctca aagatgattt ctaagtgcag cagtcctaaa aatccacagc ggaacccaaa 180
tccgagagag t 191
<210> 289
<211> 515
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 289
ggatccgaat tcggcacgag gagcgacgtg aaatagtgga atcttcccgt attcttatta 60
cttctgcgtt gccttacgca aatggtcctt tgcattttgg acatattacc ggtgcttatt 120
tgcctgcaga tgtttatgcg cgttttcaga gactacaagg caaagaggtt ttgtatattt 180
gtggttctga tgaatacgga atcgcaatta cccttaatgc agagttggca ggcatggggt 240
atcaagaata tgtcgacatg tatcataagc ttcataaaga taccttcaag aaattgggaa 300
tttctgtaga tttcttttcc agaactacga acgcttatca tcctgctatt gtgcaagatt 360
tctatcgaaa cttgcaggaa cgcggactgg tagagaatca ggtgaccgaa cagctgtatt 420
ctgaggaaga agggaagttt ttagcggacc gttatgttgt aggtacttgt cccaagtgtg 480
ggtttgatcg agctcgagga gatgagtgtc agcag 515
<210> 290
<211> 522
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 290
ggatccgaat tcggcacgag ggaggaatgg aagggccctc cgattktama tctgctacca 60
tgccattcac tagaaactcc ataacagcgg ttttctctga tggcgagtaa gaagcaagca 120
tttgatgtaa attagcgcaa ttagaggggg atgaggttac ttggaaatat aaggagcgaa 180
gcgatgaagg agatgtattt gctctggaag caaaggtttc tgaagctaac agaacattgc 240
gtcctccaac aatcgcctga ggattctggc tcatcagttg atgctttgcc tgaatgagag 300
cggacttaag tttcccatca gagggagcta tttgaattag ataatcaaga gctagatcct 360
ttattgtggg atcagaaaat ttacttgtga gcgcatcgag aatttcgtca gaagaagaat 420
catcatcgaa cgaatttttc aatcctcgaa aatcttctcc agagacttcg gaaagatctt 480
ctgtgaaacg atcttcaaga ggagtatcgc ctttttccyc tg 522
<210> 291
<211> 1002
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 291
atggcgacta acgcaattag atcggcagga agtgcagcaa gtaagatgct gctgccagtt 60
gccaaagaac cagcggctgt cagctccttt gctcagaaag ggatttattg tattcaacaa 120
ttttttacaa accctgggaa taagttagca aagtttgtag gggcaacaaa aagtttagat 180
aaatgcttta agctaagtaa ggcggtttct gactgtgtcg taggatcgct ggaagaggcg 240
ggatgcacag gggacgcatt gacctccgcg agaaacgccc agggtatgtt aaaaacaact 300
cgagaagttg ttgccttagc taatgtgctc aatggagctg ttccatctat cgttaactcg 360
actcagaggt gttaccaata cacacgtcaa gccttcgagt taggaagcaa gacaaaagaa 420
agaaaaacgc ctggggagta tagtaaaatg ctattaactc gaggtgatta cctattggca 480
gcttccaggg aagcttgtac ggcagtcggt gcaacgactt actcagcgac attcggtgtt 540
ttacgtccgt taatgttaat caataaactc acagcaaaac cattcttaga caaagcgact 600
gtaggcaatt ttggcacggc tgttgctgga attatgacca ttaatcatat ggcaggagtt 660
gctggtgctg ttggcggaat cgcattagaa caaaagctgt tcaaacgtgc gaaggaatcc 720
ctatacaatg agagatgtgc cttagaaaac caacaatctc agttgagtgg ggacgtgatt 780
ctaagcgcgg aaagggcatt acgtaaagaa cacgttgcta ctctaaaaag aaatgtttta 840
actcttcttg aaaaagcttt agagttggta gtggatggag tcaaactcat tcctttaccg 900
attacagtgg cttgctccgc tgcaatttct ggagccttga cggcagcatc cgcaggaatt 960
ggcttatata gcatatggca gaaaacaaag tctggcaaat aa 1002
<210> 292
<211> 333
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 292
Met Ala Thr Asn Ala Ile Arg Ser Ala Gly Ser Ala Ala Ser Lys Met
1 5 10 15
Leu Leu Pro Val Ala Lys Glu Pro Ala Ala Val Ser Ser Phe Ala Gln
20 25 30
Lys Gly Ile Tyr Cys Ile Gln Gln Phe Phe Thr Asn Pro Gly Asn Lys
35 40 45
Leu Ala Lys Phe Val Gly Ala Thr Lys Ser Leu Asp Lys Cys Phe Lys
50 55 60
Leu Ser Lys Ala Val Ser Asp Cys Val Val Gly Ser Leu Glu Glu Ala
65 70 75 80
Gly Cys Thr Gly Asp Ala Leu Thr Ser Ala Arg Asn Ala Gln Gly Met
85 90 95
Leu Lys Thr Thr Arg Glu Val Val Ala Leu Ala Asn Val Leu Asn Gly
100 105 110
Ala Val Pro Ser Ile Val Asn Ser Thr Gln Arg Cys Tyr Gln Tyr Thr
115 120 125
Arg Gln Ala Phe Glu Leu Gly Ser Lys Thr Lys Glu Arg Lys Thr Pro
130 135 140
Gly Glu Tyr Ser Lys Met Leu Leu Thr Arg Gly Asp Tyr Leu Leu Ala
145 150 155 160
Ala Ser Arg Glu Ala Cys Thr Ala Val Gly Ala Thr Thr Tyr Ser Ala
165 170 175
Thr Phe Gly Val Leu Arg Pro Leu Met Leu Ile Asn Lys Leu Thr Ala
180 185 190
Lys Pro Phe Leu Asp Lys Ala Thr Val Gly Asn Phe Gly Thr Ala Val
195 200 205
Ala Gly Ile Met Thr Ile Asn His Met Ala Gly Val Ala Gly Ala Val
210 215 220
Gly Gly Ile Ala Leu Glu Gln Lys Leu Phe Lys Arg Ala Lys Glu Ser
225 230 235 240
Leu Tyr Asn Glu Arg Cys Ala Leu Glu Asn Gln Gln Ser Gln Leu Ser
245 250 255
Gly Asp Val Ile Leu Ser Ala Glu Arg Ala Leu Arg Lys Glu His Val
260 265 270
Ala Thr Leu Lys Arg Asn Val Leu Thr Leu Leu Glu Lys Ala Leu Glu
275 280 285
Leu Val Val Asp Gly Val Lys Leu Ile Pro Leu Pro Ile Thr Val Ala
290 295 300
Cys Ser Ala Ala Ile Ser Gly Ala Leu Thr Ala Ala Ser Ala Gly Ile
305 310 315 320
Gly Leu Tyr Ser Ile Trp Gln Lys Thr Lys Ser Gly Lys
325 330
<210> 293
<211> 7
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 293
tgcaatc 7
<210> 294
<211> 196
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 294
Thr Met Gly Ser Leu Val Gly Arg Gln Ala Pro Asp Phe Ser Gly Lys
5 10 15
Ala Val Val Cys Gly Glu Glu Lys Glu Ile Ser Leu Ala Asp Phe Arg
20 25 30
Gly Lys Tyr Val Val Leu Phe Phe Tyr Pro Lys Asp Phe Thr Tyr Val
35 40 45
Cys Pro Thr Glu Leu His Ala Phe Gln Asp Arg Leu Val Asp Phe Glu
50 55 60
Glu His Gly Ala Val Val Leu Gly Cys Ser Val Asp Asp Ile Glu Thr
65 70 75 80
His Ser Arg Trp Leu Thr Val Ala Arg Asp Ala Gly Gly Ile Glu Gly
85 90 95
Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala
100 105 110
Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe
115 120 125
Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu
130 135 140
Pro Leu Gly Arg Ser Ile Asp Glu Glu Leu Arg Ile Leu Asp Ser Leu
145 150 155 160
Ile Phe Phe Glu Asn His Gly Met Val Cys Pro Ala Asn Trp Arg Ser
165 170 175
Gly Glu Arg Gly Met Val Pro Ser Glu Glu Gly Leu Lys Glu Tyr Phe
180 185 190
Gln Thr Met Asp
195
<210> 295
<211> 181
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 295
Lys Gly Gly Lys Met Ser Thr Thr Ile Ser Gly Asp Ala Ser Ser Leu
5 10 15
Pro Leu Pro Thr Ala Ser Cys Val Glu Thr Lys Ser Thr Ser Ser Ser
20 25 30
Thr Lys Gly Asn Thr Cys Ser Lys Ile Leu Asp Ile Ala Leu Ala Ile
35 40 45
Val Gly Ala Leu Val Val Val Ala Gly Val Leu Ala Leu Val Leu Cys
50 55 60
Ala Ser Asn Val Ile Phe Thr Val Ile Gly Ile Pro Ala Leu Ile Ile
65 70 75 80
Gly Ser Ala Cys Val Gly Ala Gly Ile Ser Arg Leu Met Tyr Arg Ser
85 90 95
Ser Tyr Ala Ser Leu Glu Ala Lys Asn Val Leu Ala Glu Gln Arg Leu
100 105 110
Arg Asn Leu Ser Glu Glu Lys Asp Ala Leu Ala Ser Val Ser Phe Ile
115 120 125
Asn Lys Met Phe Leu Arg Gly Leu Thr Asp Asp Leu Gln Ala Leu Glu
130 135 140
Ala Lys Val Met Glu Phe Glu Ile Asp Cys Leu Asp Arg Leu Glu Lys
145 150 155 160
Asn Glu Gln Ala Leu Leu Ser Asp Val Arg Leu Val Leu Ser Ser Tyr
165 170 175
Thr Arg Trp Leu Asp
180
<210> 296
<211> 124
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 296
Ile Tyr Glu Val Met Asn Met Asp Leu Glu Thr Arg Arg Ser Phe Ala
5 10 15
Val Gln Gln Gly His Tyr Gln Asp Pro Arg Ala Ser Asp Tyr Asp Leu
20 25 30
Pro Arg Ala Ser Asp Tyr Asp Leu Pro Arg Ser Pro Tyr Pro Thr Pro
35 40 45
Pro Leu Pro Ser Arg Tyr Gln Leu Gln Asn Met Asp Val Glu Ala Gly
50 55 60
Phe Arg Glu Ala Val Tyr Ala Ser Phe Val Ala Gly Met Tyr Asn Tyr
65 70 75 80
Val Val Thr Gln Pro Gln Glu Arg Ile Pro Asn Ser Gln Gln Val Glu
85 90 95
Gly Ile Leu Arg Asp Met Leu Thr Asn Gly Ser Gln Thr Phe Ser Asn
100 105 110
Leu Met Gln Arg Trp Asp Arg Glu Val Asp Arg Glu
115 120
<210> 297
<211> 488
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 297
Lys Gly Ser Leu Pro Ile Leu Gly Pro Phe Leu Asn Gly Lys Met Gly
5 10 15
Phe Trp Arg Thr Ser Ile Met Lys Met Asn Arg Ile Trp Leu Leu Leu
20 25 30
Leu Thr Phe Ser Ser Ala Ile His Ser Pro Val Arg Gly Glu Ser Leu
35 40 45
Val Cys Lys Asn Ala Leu Gln Asp Leu Ser Phe Leu Glu His Leu Leu
50 55 60
Gln Val Lys Tyr Ala Pro Lys Thr Trp Lys Glu Gln Tyr Leu Gly Trp
65 70 75 80
Asp Leu Val Gln Ser Ser Val Ser Ala Gln Gln Lys Leu Arg Thr Gln
85 90 95
Glu Asn Pro Ser Thr Ser Phe Cys Gln Gln Val Leu Ala Asp Phe Ile
100 105 110
Gly Gly Leu Asn Asp Phe His Ala Gly Val Thr Phe Phe Ala Ile Glu
115 120 125
Ser Ala Tyr Leu Pro Tyr Thr Val Gln Lys Ser Ser Asp Gly Arg Phe
130 135 140
Tyr Phe Val Asp Ile Met Thr Phe Ser Ser Glu Ile Arg Val Gly Asp
145 150 155 160
Glu Leu Leu Glu Val Asp Gly Ala Pro Val Gln Asp Val Leu Ala Thr
165 170 175
Leu Tyr Gly Ser Asn His Lys Gly Thr Ala Ala Glu Glu Ser Ala Ala
180 185 190
Leu Arg Thr Leu Phe Ser Arg Met Ala Ser Leu Gly His Lys Val Pro
195 200 205
Ser Gly Arg Thr Thr Leu Lys Ile Arg Arg Pro Phe Gly Thr Thr Arg
210 215 220
Glu Val Arg Val Lys Trp Arg Tyr Val Pro Glu Gly Val Gly Asp Leu
225 230 235 240
Ala Thr Ile Ala Pro Ser Ile Arg Ala Pro Gln Leu Gln Lys Ser Met
245 250 255
Arg Ser Phe Phe Pro Lys Lys Asp Asp Ala Phe His Arg Ser Ser Ser
260 265 270
Leu Phe Tyr Ser Pro Met Val Pro His Phe Trp Ala Glu Leu Arg Asn
275 280 285
His Tyr Ala Thr Ser Gly Leu Lys Ser Gly Tyr Asn Ile Gly Ser Thr
290 295 300
Asp Gly Phe Leu Pro Val Ile Gly Pro Val Ile Trp Glu Ser Glu Gly
305 310 315 320
Leu Phe Arg Ala Tyr Ile Ser Ser Val Thr Asp Gly Asp Gly Lys Ser
325 330 335
His Lys Val Gly Phe Leu Arg Ile Pro Thr Tyr Ser Trp Gln Asp Met
340 345 350
Glu Asp Phe Asp Pro Ser Gly Pro Pro Pro Trp Glu Glu Phe Ala Lys
355 360 365
Ile Ile Gln Val Phe Ser Ser Asn Thr Glu Ala Leu Ile Ile Asp Gln
370 375 380
Thr Asn Asn Pro Gly Gly Ser Val Leu Tyr Leu Tyr Ala Leu Leu Ser
385 390 395 400
Met Leu Thr Asp Arg Pro Leu Glu Leu Pro Lys His Arg Met Ile Leu
405 410 415
Thr Gln Asp Glu Val Val Asp Ala Leu Asp Trp Leu Thr Leu Leu Glu
420 425 430
Asn Val Asp Thr Asn Val Glu Ser Arg Leu Ala Leu Gly Asp Asn Met
435 440 445
Glu Gly Tyr Thr Val Asp Leu Gln Val Ala Glu Tyr Leu Lys Ser Phe
450 455 460
Gly Arg Gln Val Leu Asn Cys Trp Ser Lys Gly Asp Ile Glu Leu Ser
465 470 475 480
Thr Pro Ile Pro Leu Phe Gly Phe
485
<210> 298
<211> 140
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 298
Arg Ile Asp Ile Ser Ser Val Thr Phe Phe Ile Gly Ile Leu Leu Ala
5 10 15
Val Asn Ala Leu Thr Tyr Ser His Val Leu Arg Asp Leu Ser Val Ser
20 25 30
Met Asp Ala Leu Phe Ser Arg Asn Thr Leu Ala Val Leu Leu Gly Leu
35 40 45
Val Ser Ser Val Leu Asp Asn Val Pro Leu Val Ala Ala Thr Ile Gly
50 55 60
Met Tyr Asp Leu Pro Met Asn Asp Pro Leu Trp Lys Leu Ile Ala Tyr
65 70 75 80
Thr Ala Gly Thr Gly Gly Ser Ile Leu Ile Ile Gly Ser Ala Ala Gly
85 90 95
Val Ala Tyr Met Gly Met Glu Lys Val Ser Phe Gly Trp Tyr Val Lys
100 105 110
His Ala Ser Trp Ile Ala Leu Ala Ser Tyr Phe Gly Gly Leu Ala Val
115 120 125
Tyr Phe Leu Met Glu Asn Cys Val Asn Leu Phe Val
130 135 140
<210> 299
<211> 361
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 299
His Gln Glu Ile Ala Asp Ser Pro Leu Val Lys Lys Ala Glu Glu Gln
5 10 15
Ile Asn Gln Ala Gln Gln Asp Ile Gln Thr Ile Thr Pro Ser Gly Leu
20 25 30
Asp Ile Pro Ile Val Gly Pro Ser Gly Ser Ala Ala Ser Ala Gly Ser
35 40 45
Ala Ala Gly Ala Leu Lys Ser Ser Asn Asn Ser Gly Arg Ile Ser Leu
50 55 60
Leu Leu Asp Asp Val Asp Asn Glu Met Ala Ala Ile Ala Met Gln Gly
65 70 75 80
Phe Arg Ser Met Ile Glu Gln Phe Asn Val Asn Asn Pro Ala Thr Ala
85 90 95
Lys Glu Leu Gln Ala Met Glu Ala Gln Leu Thr Ala Met Ser Asp Gln
100 105 110
Leu Val Gly Ala Asp Gly Glu Leu Pro Ala Glu Ile Gln Ala Ile Lys
115 120 125
Asp Ala Leu Ala Gln Ala Leu Lys Gln Pro Ser Ala Asp Gly Leu Ala
130 135 140
Thr Ala Met Gly Gln Val Ala Phe Ala Ala Ala Lys Val Gly Gly Gly
145 150 155 160
Ser Ala Gly Thr Ala Gly Thr Val Gln Met Asn Val Lys Gln Leu Tyr
165 170 175
Lys Thr Ala Phe Ser Ser Thr Ser Ser Ser Ser Tyr Ala Ala Ala Leu
180 185 190
Ser Asp Gly Tyr Ser Ala Tyr Lys Thr Leu Asn Ser Leu Tyr Ser Glu
195 200 205
Ser Arg Ser Gly Val Gln Ser Ala Ile Ser Gln Thr Ala Asn Pro Ala
210 215 220
Leu Ser Arg Ser Val Ser Arg Ser Gly Ile Glu Ser Gln Gly Arg Ser
225 230 235 240
Ala Asp Ala Ser Gln Arg Ala Ala Glu Thr Ile Val Arg Asp Ser Gln
245 250 255
Thr Leu Gly Asp Val Tyr Ser Arg Leu Gln Val Leu Asp Ser Leu Met
260 265 270
Ser Thr Ile Val Ser Asn Pro Gln Ala Asn Gln Glu Glu Ile Met Gln
275 280 285
Lys Leu Thr Ala Ser Ile Ser Lys Ala Pro Gln Phe Gly Tyr Pro Ala
290 295 300
Val Gln Asn Ser Val Asp Ser Leu Gln Lys Phe Ala Ala Gln Leu Glu
305 310 315 320
Arg Glu Phe Val Asp Gly Glu Arg Ser Leu Ala Glu Ser Gln Glu Asn
325 330 335
Ala Phe Arg Lys Gln Pro Ala Phe Ile Gln Gln Val Leu Val Asn Ile
340 345 350
Ala Ser Leu Phe Ser Gly Tyr Leu Ser
355 360
<210> 300
<211> 207
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 300
Ser Ser Lys Ile Val Ser Leu Cys Glu Gly Ala Val Ala Asp Ala Arg
5 10 15
Met Cys Lys Ala Glu Leu Ile Lys Lys Glu Ala Asp Ala Tyr Leu Phe
20 25 30
Cys Glu Lys Ser Gly Ile Tyr Leu Thr Lys Lys Glu Gly Ile Leu Ile
35 40 45
Pro Ser Ala Gly Ile Asp Glu Ser Asn Thr Asp Gln Pro Phe Val Leu
50 55 60
Tyr Pro Lys Asp Ile Leu Gly Ser Cys Asn Arg Ile Gly Glu Trp Leu
65 70 75 80
Arg Asn Tyr Phe Arg Val Lys Glu Leu Gly Val Ile Ile Thr Asp Ser
85 90 95
His Thr Thr Pro Met Arg Arg Gly Val Leu Gly Ile Gly Leu Cys Trp
100 105 110
Tyr Gly Phe Ser Pro Leu His Asn Tyr Ile Gly Ser Leu Asp Cys Phe
115 120 125
Gly Arg Pro Leu Gln Met Thr Gln Ser Asn Leu Val Asp Ala Leu Ala
130 135 140
Val Ala Ala Val Val Cys Met Gly Glu Gly Asn Glu Gln Thr Pro Leu
145 150 155 160
Ala Val Ile Glu Gln Ala Pro Asn Met Val Tyr His Ser Tyr Pro Thr
165 170 175
Ser Arg Glu Glu Tyr Cys Ser Leu Arg Ile Asp Glu Thr Glu Asp Leu
180 185 190
Tyr Gly Pro Phe Leu Gln Ala Val Thr Trp Ser Gln Glu Lys Lys
195 200 205
<210> 301
<211> 183
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 301
Ile Pro Pro Ala Pro Arg Gly His Pro Gln Ile Glu Val Thr Phe Asp
5 10 15
Ile Asp Ala Asn Gly Ile Leu His Val Ser Ala Lys Asp Ala Ala Ser
20 25 30
Gly Arg Glu Gln Lys Ile Arg Ile Glu Ala Ser Ser Gly Leu Lys Glu
35 40 45
Asp Glu Ile Gln Gln Met Ile Arg Asp Ala Glu Leu His Lys Glu Glu
50 55 60
Asp Lys Gln Arg Lys Glu Ala Ser Asp Val Lys Asn Glu Ala Asp Gly
65 70 75 80
Met Ile Phe Arg Ala Glu Lys Ala Val Lys Asp Tyr His Asp Lys Ile
85 90 95
Pro Ala Glu Leu Val Lys Glu Ile Glu Glu His Ile Glu Lys Val Arg
100 105 110
Gln Ala Ile Lys Glu Asp Ala Ser Thr Thr Ala Ile Lys Ala Ala Ser
115 120 125
Asp Glu Leu Ser Thr Arg Met Gln Lys Ile Gly Glu Ala Met Gln Ala
130 135 140
Gln Ser Ala Ser Ala Ala Ala Ser Ser Ala Ala Asn Ala Gln Gly Gly
145 150 155 160
Pro Asn Ile Asn Ser Glu Asp Leu Lys Lys His Ser Phe Ser Thr Arg
165 170 175
Pro Pro Ala Gly Gly Ser Ala
180
<210> 302
<211> 232
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 302
Met Thr Lys His Gly Lys Arg Ile Arg Gly Ile Gln Glu Thr Tyr Asp
5 10 15
Leu Ala Lys Ser Tyr Ser Leu Gly Glu Ala Ile Asp Ile Leu Lys Gln
20 25 30
Cys Pro Thr Val Arg Phe Asp Gln Thr Val Asp Val Ser Val Lys Leu
35 40 45
Gly Ile Asp Pro Arg Lys Ser Asp Gln Gln Ile Arg Gly Ser Val Ser
50 55 60
Leu Pro His Gly Thr Gly Lys Val Leu Arg Ile Leu Val Phe Ala Ala
65 70 75 80
Gly Asp Lys Ala Ala Glu Ala Ile Glu Ala Gly Ala Asp Phe Val Gly
85 90 95
Ser Asp Asp Leu Val Glu Lys Ile Lys Gly Gly Trp Val Asp Phe Asp
100 105 110
Val Ala Val Ala Thr Pro Asp Met Met Arg Glu Val Gly Lys Leu Gly
115 120 125
Lys Val Leu Gly Pro Arg Asn Leu Met Pro Thr Pro Lys Ala Gly Thr
130 135 140
Val Thr Thr Asp Val Val Lys Thr Ile Ala Glu Leu Arg Lys Gly Lys
145 150 155 160
Ile Glu Phe Lys Ala Asp Arg Ala Gly Val Cys Asn Val Gly Val Ala
165 170 175
Lys Leu Ser Phe Asp Ser Ala Gln Ile Lys Glu Asn Val Glu Ala Leu
180 185 190
Cys Ala Ala Leu Val Lys Ala Lys Pro Ala Thr Ala Lys Gly Gln Tyr
195 200 205
Leu Val Asn Phe Thr Ile Ser Ser Thr Met Gly Pro Gly Val Thr Val
210 215 220
Asp Thr Arg Glu Leu Ile Ala Leu
225 230
<210> 303
<211> 238
<212> PRT
<213> chlamydia
<400> 303
Ile Asn Ser Lys Leu Glu Thr Lys Asn Leu Ile Tyr Leu Lys Leu Lys
5 10 15
Ile Lys Lys Ser Phe Lys Met Gly Asn Ser Gly Phe Tyr Leu Tyr Asn
20 25 30
Thr Gln Asn Cys Val Phe Ala Asp Asn Ile Lys Val Gly Gln Met Thr
35 40 45
Glu Pro Leu Lys Asp Gln Gln Ile Ile Leu Gly Thr Thr Ser Thr Pro
50 55 60
Val Ala Ala Lys Met Thr Ala Ser Asp Gly Ile Ser Leu Thr Val Ser
65 70 75 80
Asn Asn Pro Ser Thr Asn Ala Ser Ile Thr Ile Gly Leu Asp Ala Glu
85 90 95
Lys Ala Tyr Gln Leu Ile Leu Glu Lys Leu Gly Asp Gln Ile Leu Gly
100 105 110
Gly Ile Ala Asp Thr Ile Val Asp Ser Thr Val Gln Asp Ile Leu Asp
115 120 125
Lys Ile Thr Thr Asp Pro Ser Leu Gly Leu Leu Lys Ala Phe Asn Asn
130 135 140
Phe Pro Ile Thr Asn Lys Ile Gln Cys Asn Gly Leu Phe Thr Pro Arg
145 150 155 160
Asn Ile Glu Thr Leu Leu Gly Gly Thr Glu Ile Gly Lys Phe Thr Val
165 170 175
Thr Pro Lys Ser Ser Gly Ser Met Phe Leu Val Ser Ala Asp Ile Ile
180 185 190
Ala Ser Arg Met Glu Gly Gly Val Val Leu Ala Leu Val Arg Glu Gly
195 200 205
Asp Ser Lys Pro Tyr Ala Ile Ser Tyr Gly Tyr Ser Ser Gly Val Pro
210 215 220
Asn Leu Cys Ser Leu Arg Thr Arg Ile Ile Asn Thr Gly Leu
225 230 235
Claims (12)
- (a) (i) 서열 114에 따른 아미노산 서열을 갖는 항원,
(ii) 서열 114에 따른 아미노산 서열의 다른 클라미디아 혈청형으로부터의 천연 발생 상동체, 또는
(iii) 상기 (i) 또는 (ii)의 항원의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드; 또는
(b) 상기 (a)의 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 클라미디아 감염의 진단, 치료 또는 예방에 사용하기 위한 조성물. - 제1항에 있어서,
(i) 서열 114에 따른 아미노산 서열을 갖는 항원 또는
(ii) 상기 (i)의 항원의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 포함하는 조성물. - 제2항에 있어서, 서열 114에 따른 아미노산 서열을 갖는 항원을 포함하는 폴리펩타이드를 포함하는 조성물.
- 제2항에 있어서, 서열 114에 따른 아미노산 서열을 갖는 항원의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 포함하는 조성물.
- 제4항에 있어서, 면역원성 부분의 길이가 20개 이상의 아미노산인 조성물.
- 제1항에 있어서,
(i) 서열 114에 따른 아미노산 서열을 갖는 항원 또는
(ii) 상기 (i)의 항원의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 조성물. - 제1항에 있어서, 상기 (a)의 폴리펩타이드가 공지된 클라미디아 항원을 추가로 포함하는 융합 단백질인 조성물.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 따른 조성물 및 생리학적으로 허용되는 담체를 포함하는, 클라미디아 감염의 진단, 치료 또는 예방에 사용하기 위한 약제학적 조성물.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 조성물 및 면역자극제를 포함하는 백신.
- 제9항에 있어서, 면역자극제가 애주번트인 백신.
- 제9항에 있어서, 애주번트가 QS21과 3D-MPL의 배합물을 포함하는 백신.
- (i) 서열 114에 따른 아미노산 서열을 갖는 항원,
(ii) 서열 114에 따른 아미노산 서열의 다른 클라미디아 혈청형으로부터의 천연 발생 상동체, 또는
(iii) 상기 (i) 또는 (ii)의 항원의 면역원성 부분을 포함하는 폴리펩타이드를 포함하는, 클라미디아 감염을 검출하기 위한 진단 키트.
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