JP2011036258A - クラミジア感染の処置および診断のための化合物および方法 - Google Patents

クラミジア感染の処置および診断のための化合物および方法 Download PDF

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Abstract

【課題】 Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ感染の診断および処置のための化合物および方法を提供する。
【解決手段】 提供される化合物としては、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原の少なくとも１つの抗原性部分を含むポリペプチドおよびこのようなポリペプチドをコードするＤＮＡ配列が挙げられる。このようなポリペプチドまたはＤＮＡ配列を含む薬学的組成物およびワクチンもまた、このようなポリペプチドに対する抗体と共に提供される。このようなポリペプチドまたはＤＮＡ配列、および適切な検出試薬を備える、診断キットは、患者および生物学的サンプルにおけるＣｈｌａｍｙｄｉａｌ感染の検出のために使用され得る。
【選択図】 なし

Description

本発明は一般に、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の検出および処置に関する。詳細には、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原を含むポリペプチドに、ならびにＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の血清診断および処置のためのそのようなポリペプチドの使用に関する。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅは、広範な種々の重要なヒト感染および動物感染の原因である、細胞内の細菌性病原体である。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓは、最も一般的な性感染病の原因の一つであり、そして骨盤炎症性疾患（ＰＩＤ）を導き得、そして卵管閉塞および不妊をもたらす。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓはまた、雄性不妊症においても役割を果たし得る。１９９０年に、米国においてＰＩＤを処置する費用は、４０億ドルであると見積もられた。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓによる眼の感染に起因するトラコーマは、世界中の予防可能な失明の主な原因である。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａは、ヒトにおける急性気道感染の主な原因であり、そしてまた、アテローム性動脈硬化の病因において、特に冠状心臓疾患において役割を果たすと考えられる。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａに対する高い力価の抗体を有する個体は、冠状心臓疾患を患う可能性が、セロネガティブ個体の少なくとも２倍であることが示されている。従って、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染は、米国および世界中における重要な健康の問題を構成する。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染はしばしば、無症候性である。例えば、女性がＰＩＤについての医学的注意を要求するときまでは、不可逆的な損傷が既に生じていて、不妊となってい得る。従って、当該分野では、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の予防および処置のための改善されたワクチンおよび薬学的組成物についての必要性が依然として存在する。本発明は、この必要性を満たし、そして関連の他の利点をさらに提供する。
本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の診断および処置のための組成物および方法を提供する。1つの局面では、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原またはこのような抗原の改変体の免疫原性部分を含むポリペプチドを提供する。特定の部分および他の改変体は、免疫原性であり、その結果、この改変体が抗原特異的抗血清と反応する能力は、実質的に減少していない。特定の実施形態では、このポリペプチドは、以下からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１、１５、２１〜２５、４４〜６４、６６〜７６、７９〜８８、１１０〜１１９、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１６９〜１７４、１８１〜１８８、２６３、２６５および２６７〜２９０の配列；（ｂ）上記配列の相補体；ならびに（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列に、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列。特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは、以下に記載される配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質の少なくとも一部を含む：配列番号５〜１４、１７〜２０、２６、２８、３０〜３２、３４、３９〜４３、６５、８９〜１０９、１３８〜１５８、１６７、１６８、２２４〜２６２、２４６、２４７、２５４〜２５６、２９２およびそれらの改変体。
本発明は、上記のポリペプチドまたはその一部（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａタンパク質の少なくとも１５アミノ酸残基をコードする一部）をコードするポリヌクレオチド、このようなポリヌクレオチドを含む発現ベクター、およびこのような発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトした宿主細胞をさらに提供する。
関連する局面では、上記のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、これらのポリヌクレオチド配列の１つ以上を含む組換え発現ベクター、およびこのような発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトした宿主細胞もまた提供される。
別の局面では、本発明は、薬学的組成物およびそのワクチンとして使用するための、生理学的に受容可能なキャリアまたは免疫刺激物質と組み合わせた、本発明のポリペプチドを含む融合タンパク質、あるいは、本発明のポリペプチドおよび公知のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原を含む融合タンパク質、ならびにこのような融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを提供する。
本発明はさらに、以下を含む薬学的組成物を提供する：（ａ）Ｃｈｌａｍｙｄｉａタンパク質に特異的に結合する、ポリクローナルおよびモノクローナルの両方の抗体またはその抗原結合フラグメント；ならびに（ｂ）生理学的に受容可能なキャリア。他の局面では、本発明は、本明細書中に開示される１以上のＣｈｌａｍｙｄｉａポリペプチドまたはこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子、および生理学的に受容可能なキャリアを含む薬学的組成物を提供する。本発明はまた、開示されたポリペプチドのうちの１以上および本明細書中で定義されたような免疫刺激物質を含む、予防または治療の目的のためのワクチンを、このようなポリペプチドをコードする１以上のポリヌクレオチド配列および免疫刺激物質を含むワクチンとともに提供する。
なお別の局面では、患者において防御免疫を誘導するための方法が提供され、この方法は、有効量の１以上の上記の薬学的組成物またはワクチンを患者に投与する工程を含む。
なおさらなる局面では、患者におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の処置方法が提供され、この方法は、この患者由来の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を入手する工程、このＰＢＭＣを本発明のポリペプチド（またはこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド）とともにインキュベートして、インキュベートされたＴ細胞を提供する工程、およびこのインキュベートされたＴ細胞をこの患者に投与する工程を含む。本発明はさらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の処置方法を提供し、この方法は、抗原提示細胞を、本発明のポリペプチド（またはこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド）とともにインキュベートしてインキュベートされた抗原提示細胞を提供する工程、およびこのインキュベートされた抗原提示細胞をこの患者に投与する工程を含む。増殖した細胞は、その患者への投与の前にクローニングされてもよいが、その必要はない。特定の実施形態では、この抗原提示細胞は、以下からなる群より選択される：樹状細胞、マクロファージ、単球、Ｂ細胞および線維芽細胞。本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドとともにインキュベートされたＴ細胞または抗原提示細胞を含む、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の処置のための組成物もまた提供される。関連する局面では、以下を含むワクチンが提供される：（ａ）上記の通りのポリペプチドを発現する抗原提示細胞および（ｂ）免疫刺激物質。
本発明はさらに、他の局面において、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染細胞を生物学的サンプルから除去するための方法を提供し、この方法は、生物学的サンプルを、Ｃｈｌａｍｙｄｉａタンパク質と特異的に反応するＴ細胞と接触させる工程を含み、ここでこの接触させる工程は、このタンパク質を発現する細胞の、このサンプルからの除去を可能にするに十分な条件下および時間で行われる。
関連する局面では、患者においてＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の発症を阻害するための方法が提供され、この方法は、上記の通りに処理した生物学的サンプルを患者に投与する工程を含む。本発明のさらなる局面では、患者におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を検出するための方法および診断キットが提供される。１つの実施形態では、この方法は以下を含む：（ａ）生物学的サンプルを、本明細書中に開示されたポリペプチドまたは融合タンパク質のうちの少なくとも１つと接触させる工程；および（ｂ）このサンプルにおいて、このポリペプチドまたは融合タンパク質に結合する結合因子の存在を検出し、それによってこの生物学的サンプルにおけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を検出する工程。適切な生物学的サンプルとしては、全血、痰、血清、血漿、唾液、脳脊髄液および尿が挙げられる。１つの実施形態では、診断キットは、本明細書中に開示されたポリペプチドまたは融合タンパク質のうちの１以上を、検出試薬と組み合わせて含む。なお別の実施形態では、診断キットは、本発明のポリペプチドと結合する、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体のいずれかを含む。
本発明はまた、以下を含むＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の検出方法を提供する：（ａ）患者から生物学的サンプルを入手する工程；（ｂ）このサンプルを、ポリメラーゼ連鎖反応における少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーと接触させる工程であって、このオリゴヌクレオチドプライマーのうちの少なくとも一方は、本明細書中に開示されたポリヌクレオチド配列と特異的である、工程；および（ｃ）このサンプルにおいて、このオリゴヌクレオチドプライマーの存在下で増幅するポリヌクレオチド配列を検出する工程。１つの実施形態では、このオリゴヌクレオチドプライマーは、本明細書中に開示されるペプチドのポリヌクレオチド配列またはそれにハイブリダイズする配列のうちの少なくとも約１０個の連続したヌクレオチドを含む。
さらなる局面では、本発明は、以下を含む、患者におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の検出方法を提供する：（ａ）生物学的サンプルを患者から入手する工程；（ｂ）このサンプルを、本明細書中に開示されるポリヌクレオチド配列に特異的なオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程；および（ｃ）このサンプルにおいて、このオリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を検出する工程。１つの実施形態では、このオリゴヌクレオチドプローブは、本明細書中に開示されるポリヌクレオチド配列またはそれにハイブリダイズする配列のうちの少なくとも約１５個の連続したヌクレオチドを含む。
本発明のこれらおよび他の局面は、以下の詳細な説明を参照すれば明らかになる。本明細書中に開示される全ての参考文献は、あたかも個々の援用されたかのように、その全体が本明細書中に参考として援用される。
（配列の識別名）
配列番号１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローン１−Ｂ１−６６についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローン４−Ｄ７−２８についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローン３−Ｇ３−１０についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローン１０−Ｃ１０−３１についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５は、１−Ｂ１−６６についての推定アミノ酸配列である。
配列番号６は、４−Ｄ７−２８についての推定アミノ酸配列である。
配列番号７は、３−Ｇ３−１０についての第１の推定アミノ酸配列である。
配列番号８は、３−Ｇ３−１０についての第２の推定アミノ酸配列である。
配列番号９は、３−Ｇ３−１０についての第３の推定アミノ酸配列である。
配列番号１０は、３−Ｇ３−１０についての第４の推定アミノ酸配列である。
配列番号１１は、３−Ｇ３−１０についての第５の推定アミノ酸配列である。
配列番号１２は、１０−Ｃ１０−３１についての推定アミノ酸配列である。
配列番号１３は、合成ペプチド１−Ｂ１−６６／４８−６７のアミノ酸配列である。
配列番号１４は、合成ペプチド１−Ｂ１−６６／５８−７７のアミノ酸配列である。
配列番号１５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｓｅｒｏｖａｒ ＬＧＶ ＩＩクローン２Ｃ７−８についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｓｅｒｏｖａｒ Ｄ由来の第１の推定オープンリーディングフレームについての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｓｅｒｏｖａｒ Ｄ由来の第１の推定オープンリーディングフレームによってコードされる推定アミノ酸配列である。
配列番号１８は、合成ペプチドＣｔＣ７．８−１２のアミノ酸配列である。
配列番号１９は、合成ペプチドＣｔＣ７．８−１３のアミノ酸配列である。
配列番号２０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｓｅｒｏｖａｒ Ｄ由来の第２の推定オープンリーディングフレームによってコードされる推定アミノ酸配列である。
配列番号２１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のクローン４Ｃ９−１８についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来の、Ｌｉｐｏａｍｉｄｅ Ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅに相同な決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来の、仮想タンパク質に相同な決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来の、Ｕｂｉｑｕｉｎｏｎｅ Ｍｅｈｔｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅに相同な決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のクローン４Ｃ９−１８＃２ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳについての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来の４Ｃ９−１８＃２についての推定アミノ酸配列である。
配列番号２７は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株ＴＷＡＲ由来のＣｐ−ＳＷＩＢについての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株ＴＷＡＲ由来のＣｐ−ＳＷＩＢについての推定アミノ酸配列である。
配列番号２９は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株ＴＷＡＲ由来のＣｐ−Ｓ１３についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号３０は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株ＴＷＡＲ由来のＣｐ−Ｓ１３についての推定アミノ酸配列である。
配列番号３１は、ＣｔＣ７．８−１２およびＣｔＣ７．８−１３由来の１０マーのコンセンサスペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号３２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のクローン２Ｃ７−８についての推定アミノ酸配列である。
配列番号３３は、クローン２Ｃ７−８に対する相同性を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｓｅｒｏｖａｒ Ｄ由来のクローンの決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号３４は、配列番号３３の配列によってコードされる推定されたアミノ酸配列である。
配列番号３５は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣ．ｐ．ＳＷＩＢ Ｎｄｅ（５’プライマー）についてのＤＮＡ配列である。
配列番号３６は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣ．ｐ．ＳＷＩＢ ＥｃｏＲＩ（３’プライマー）についてのＤＮＡ配列である。
配列番号３７は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣ．ｐ．Ｓ１３ Ｎｄｅ（５’プライマー）についてのＤＮＡ配列である。
配列番号３８は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣ．ｐ．Ｓ１３ ＥｃｏＲＩ（３’プライマー）についてのＤＮＡ配列である。
配列番号３９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔＳｗｉｂ ５２−６７ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号４０は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣｐＳｗｉｂ ５３−６８ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号４１は、ヒトＳＷＩドメイン由来のＨｕＳｗｉｂ ２８８−３０２ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号４２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのトポイソメラーゼ−ＳＷＩＢ融合体由来のＣｔＳＷＩ−Ｔ ８２２−８３７ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号４３は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａのトポイソメラーゼ−ＳＷＩＢ融合体由来のＣｐＳＷＩ−Ｔ ８２８−８４２ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号４４は、３’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８３．３（ｊｅｎ．ｓｅｑ（１＞５０９）ＣＴＬ２＃１１−３’）についての第１の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号４５は、５’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８３．４（ｊｅｎ．ｓｅｑ（１＞４８１）ＣＴＬ２＃１１−５’）についての第２の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号４６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８４ＣＴＬ２＿１２ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ．ｓｅｑ（（１＞４２７）ＣＴＬ２＃１２）についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号４７は、５’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８５．４（ｊｅｎ．ｓｅｑ（１＞６００）ＣＴＬ２＃１６−５’）についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号４８は、３’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８６．３（ｊｅｎ．ｓｅｑ（１＞６００）ＣＴＬ２＃１８−３’）についての第１の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号４９は、５’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８６．４（ｊｅｎ．ｓｅｑ（１＞６００）ＣＴＬ２＃１８−５’）についての第２の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８８ＣＴＬ２＿２１ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ．ｓｅｑ（１＞４０６）ＣＴＬ２＃２１についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７９０ＣＴＬ２＿２３ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ．ｓｅｑ（１＞６０２）ＣＴＬ２＃２３についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７９１ＣＴＬ２＿２４ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ．ｓｅｑ（１＞１４５）ＣＴＬ２＃２４についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣＴＬ２＃４についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣＴＬ２＃８ｂについての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５５は、リポアミドデヒドロゲナーゼ遺伝子ＣＴ５５７に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンｌ５−Ｇ１−８９についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５６は、チオール特異的抗酸化遺伝子ＣＴ６０３に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１４−Ｈ１−４についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５７は、仮想タンパク質ＣＴ６２２に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１２−Ｇ３−８３についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５８は、リポアミドデヒドロゲナーゼ遺伝子ＣＴ５５７に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１２−Ｂ３−９５についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号５９は、ｄｎａＫ遺伝子ＣＴ３９６に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１１−Ｈ４−２８についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６０は、ＰＧＰ６−Ｄ毒性タンパク質およびＬ１リボソーム遺伝子ＣＴ３１８に対する部分的相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１１−Ｈ３−６８についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６１は、マレイン酸デヒドロゲナーゼ遺伝子ＣＴ３７６およびグリコーゲンデヒドロゲナーゼ遺伝子ＣＴ０４２に対する部分的相同性を共有する、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１１−Ｇ１−３４についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６２は、仮想タンパク質ＣＴ６１０に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１１−Ｇ１０−４６についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６３は、ＯＭＰ２遺伝子ＣＴ４４３に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１１−Ｃ１２−９１についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６４は、ＨＡＤスーパーファミリー遺伝子ＣＴ１０３に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１１−Ａ３−９３についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６５は、チオール特異的抗酸化遺伝子ＣＴ６０３に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１４−Ｈ１−４についての決定されたアミノ酸配列である。
配列番号６６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＃９についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＃７についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＃６についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号６９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＃５についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＃２についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ １１クローンＣｔＬ２＃１についての決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７２は、５’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２３５０９．２ＣｔＬ２＃３−５’についての第１の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７３は、３’末端を示す、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２３５０９．１ＣｔＬ２＃３−３’についての第２の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２２１２１．２ＣｔＬ２＃１０−５’について第１の決定されたＤＮＡ配列であり、５’末端を示す。
配列番号７５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２２１２１．２ＣｔＬ２＃１０−３’について第２の決定されたＤＮＡ配列であり、３’末端を示す。
配列番号７６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９７８７．６ＣｔＬ２＃１９−５’について決定されたＤＮＡ配列であり、５’末端を示す。
配列番号７７は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｐＳ１３−Ｈｉｓについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７８は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｐ＿ＳＳＷＩＢ−Ｈｉｓについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号７９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２３−Ｇ７−６８について決定されたＤＮＡ配列であり、Ｌ１１、Ｌ１０およびＬ１リボソームタンパク質に対する部分的相同性を共有する。
配列番号８０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２２−Ｆ８−９１について決定されたＤＮＡ配列であり、ｐｍｐＣ遺伝子に対する相同性を共有する。
配列番号８１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２１−Ｅ８−９５について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ６１０−ＣＴ６１３遺伝子に対する相同性を共有する。
配列番号８２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９−Ｆ１２−５７について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ８５８およびｒｅｃＡ遺伝子に対する相同性を共有する。
配列番号８３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９−Ｆ１２−５３について決定されたＤＮＡ配列であり、グルタミルｔＲＮＡシンテターゼをコードするＣＴ４４５遺伝子に対する相同性を共有する。
配列番号８４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１９−Ａ５−５４について決定されたＤＮＡ配列であり、潜在プラスミド遺伝子に対する相同性を共有する。
配列番号８５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１７−Ｅ１１−７２について決定されたＤＮＡ配列であり、ＯｐｐＣ＿２およびｐｍｐＤ遺伝子に対する部分的相同性を共有する。
配列番号８６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１７−Ｃ１−７７について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ８５７およびＣＴ８５８オープンリーディングフレームに対する部分的相同性を共有する。
配列番号８７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１５−Ｈ２−７６について決定されたＤＮＡ配列であり、ｐｍｐＤおよびＳｙｓＥ遺伝子ならびにＣＴ０８９ＯＲＦに対する部分的相同性を共有する。
配列番号８８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１５−Ａ３−２６について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ８５８ＯＲＦに対する相同性を共有する。
配列番号８９は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａｅクローンＣｐ＿ＳＷＩＢ−Ｈｉｓについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号９０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＿ＬＰＤＡ＿ＦＬについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号９１は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａｅクローンＣｐＳ１３−Ｈｉｓについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号９２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローンＣｔＬ２＿ＴＳＡ＿ＦＬについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号９３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ４３−６１ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号９４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ４８−６７ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号９５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ５２−７１ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号９６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ５８−７７ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号９７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ６３−８２ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号９８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ５１−６６ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号９９は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣｐ−Ｓｗｉｂ５２−６７ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１００は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣｐ−Ｓｗｉｂ３７−５１ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０１は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ３２−５１ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０２は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ３７−５６ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＣｔ−Ｓｗｉｂ３６−５０ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＣｔ−Ｓ１３ ４６−６５ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＣｔ−Ｓ１３ ６０−８０ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＣｔ−Ｓ１３ １−２０ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＣｔ−Ｓ１３ ４６−６５ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＣｔ−Ｓ１３ ５６−７５ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１０９は、Ｃ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａ由来のＣｔ−Ｓ１３ ５６−７５ペプチドについてのアミノ酸配列である。
配列番号１１０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２１−Ｇ１２−６０について決定されたＤＮＡ配列であり、ハイポセティカルタンパク質ＣＴ８７５、ＣＴ２２９およびＣＴ２２８についての部分的オープンリーディングフレームを含む。
配列番号１１１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２２−Ｂ３−５３について決定されたＤＮＡ配列であり、ＧｒｏＥＬのＣＴ１１０ ＯＲＦに対する相同性を共有する。
配列番号１１２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２２−Ａ１−４９について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ６６０およびＣＴ６５９ ＯＲＦに対する部分的相同性を共有する。
配列番号１１３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１７−Ｅ２−９について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ６１１およびＣＴ６１０ ＯＲＦに対する部分的相同性を共有する。
配列番号１１４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１７−Ｃ１０−３１について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ８５８ ＯＲＦに対する部分的相同性を共有する。
配列番号１１５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２１−Ｃ７−６６について決定されたＤＮＡ配列であり、ｄｎａＫ様遺伝子に対する相同性を共有する。
配列番号１１６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン２０−Ｇ３−４５について決定されたＤＮＡ配列であり、ｐｍｐＢ遺伝子ＣＴ４１３の部分を含む。
配列番号１１７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１８−Ｃ５−２について決定されたＤＮＡ配列であり、Ｓ１リボソームタンパク質ＯＲＦに対する相同性を共有する。
配列番号１１８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１７−Ｃ５−１９について決定されたＤＮＡ配列であり、ＣＴ４３１およびＣＴ４３０についてのＯＲＦの部分を含む。
配列番号１１９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１６−Ｄ４−２２について決定されたＤＮＡ配列であり、哺乳動物細胞内の増殖についてのプラスミドのＯＲＦ３およびＯＲＦ４の部分的配列を含む。
配列番号１２０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型ＬＧＶ ＩＩ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１２１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型ＬＧＶ ＩＩ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１２２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｅ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１２３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｅ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１２４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型１Ａ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１２５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型１Ａ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１２６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｇ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１２７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｇ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１２８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｆ１ ＮＩＩ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１２９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｆ１ ＮＩＩ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１３０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ１ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１３１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ１ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１３２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ３ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１３３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ３ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１３４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｂａ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１３５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｂａ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１３６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型ＭＯＰＮ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について決定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１３７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型ＭＯＰＮ Ｃａｐ１遺伝子ＣＴ５２９について推定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１３８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１２４−１３９について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１３９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１３２−１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１３８−１５５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１４６−１６３について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１５４−１７１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１６３−１７８について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１３８−１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１３９−１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１４０−１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１３８−１４６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃１３８−１４５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１４９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃Ｆ１４０−＞Ｉについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃＃Ｓ１３９＞Ｇａについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のＣａｐ１ ＣＴ５２９ ＯＲＦペプチド＃＃Ｓ１３９＞Ｇｂについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２の２１６ａａ ＯＲＦのペプチド＃２Ｃ７．８−６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２の２１６ａａ ＯＲＦのペプチド＃２Ｃ７．８−７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２の２１６ａａ ＯＲＦのペプチド＃２Ｃ７．８−８について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２の２１６ａａ ＯＲＦのペプチド＃２Ｃ７．８−９について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２の２１６ａａ ＯＲＦのペプチド＃２Ｃ７．８−１０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のクローン２Ｃ７．８内の２１６ａａ ＯＲＦの５３アミノ酸残基ペプチドについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２のクローン２Ｃ７．８内のＣＴ５２９ ＯＲＦの５２アミノ酸残基ペプチドについて決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１５９は、全長ＣＴ５２９血液型亜型Ｌ２をクローニングするための５’（正方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６０は、全長ＣＴ５２９血液型亜型Ｌ２をクローニングするための５’（逆方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６１は、Ｌ２およびＭＯＰＮ以外の血液型亜型の全長ＣＴ５２９をクローニングするための５’（正方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６２は、Ｌ２およびＭＯＰＮ以外の血液型亜型の全長ＣＴ５２９をクローニングするための５’（逆方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６３は、全長ＣＴ５２９血液型亜型ＭＯＰＮをクローニングするための５’（正方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６４は、全長ＣＴ５２９血液型亜型ＭＯＰＮをクローニングするための５’（逆方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６５は、ｐＢＩＢ−ＫＳのための５’（正方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６６は、ｐＢＩＢ−ＫＳのための５’（逆方向）プライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１６７は、血液型亜型Ｌ２由来の９マーエピトープペプチドＣａｐ１＃１３９−１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１６８は、血液型亜型Ｄ由来の９マーエピトープペプチドＣａｐ１＃１３９−１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号１６９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＩ遺伝子について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１７０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１７１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１７２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１７３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１７４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＢ遺伝子について決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１７５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＩ遺伝子について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１７６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１７７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１７８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１７９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１８０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＢ遺伝子について推定された全長アミノ酸配列である。
配列番号１８１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＩ遺伝子について決定されたＤＮＡ配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１８２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子について続いて決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号１８３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子について決定されたＤＮＡ配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１８４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子についてのカルボキシ末端を示す第１の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１８５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子についてのアミノ末端を示す第２の決定されたＤＮＡ配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１８６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子についてのカルボキシ末端を示す第１の決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１８７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子についてのアミノ末端を示す第２の決定されたＤＮＡ配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１８８は、Ｒａ１２との融合分子におけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型ＭＯＭＰＳ ｐｍｐ遺伝子を示す決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１８９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＩ遺伝子について推定されたアミノ酸配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１９０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子について続いて推定されたアミノ酸配列である。
配列番号１９１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子について推定されたアミノ酸配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１９２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子についてのカルボキシ末端を示す第１の推定されたアミノ酸配列である。
配列番号１９３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子についてのアミノ末端を示す推定されたアミノ酸配列（シグナル配列を含まない）である。
配列番号１９４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子についてのカルボキシ末端を示す第１の推定されたアミノ酸配列である。
配列番号１９５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子についてのアミノ末端を示す第２の推定されたアミノ酸配列である。
配列番号１９６は、Ｒａ１２との融合分子におけるＣ．ｐｅｎｅｕｍｏｎｉａｅ血液型亜型ＭＯＭＰＳ ｐｍｐ遺伝子を示す推定されたアミノ酸配列である。
配列番号１９７は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１９８は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号１９９は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子をクローニングするための挿入配列について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２００は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０１は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０２は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子をクローニングするための挿入配列について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０３は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０４は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０５は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０６は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０７は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子のアミノ末端部分をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０８は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子のアミノ末端部分をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２０９は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子のカルボキシ末端部分をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１０は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＣ遺伝子のカルボキシ末端部分をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１１は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子のアミノ末端部分をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１２は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子のアミノ末端部分をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１３は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子のカルボキシ末端部分をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１４は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＤ遺伝子のカルボキシ末端部分をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１５は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１６は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１７は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子をクローニングするための挿入配列について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２１８は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＥ遺伝子をクローニングするための挿入配列についてのアミノ酸配列である。
配列番号２１９は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２２０は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２２１は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子をクローニングするための挿入配列についてのアミノ酸配列である。
配列番号２２２は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＩ遺伝子をクローニングするための５’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２２３は、ｐＥＴ１７ｂベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＩ遺伝子をクローニングするための３’オリゴプライマーについて決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２２４は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド１〜２０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２２５は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド６〜２５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２２６は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド１２〜３１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２２７は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド１７〜３６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２２８は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド２２〜４１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２２９は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド２７〜４６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３０は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド４２〜６１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３１は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド４６〜６５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３２は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド５１〜７０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３３は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド５６〜７５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３４は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド６１〜８０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３５は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｓｗｉｂペプチド６６〜８７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１０３〜１２２について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１０８〜１２７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１１３〜１３２について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２３９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１１８〜１３７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１２３〜１４３について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１２８〜１４７について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１３３〜１５２について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１３７〜１５６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１４２〜１６１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１４７〜１６６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１５２〜１７１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１５７〜１７６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１６２〜１８１について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２４９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１６７〜１８６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１７１〜１９０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１７１〜１８６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１７５〜１８６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＯＭＣＢペプチド１７５〜１８６について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５３は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＯＭＣＢペプチド１８５〜１９８について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド９６〜１１５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１０１〜１２０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１０６〜１２５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１１１〜１３０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１１６〜１３５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２５９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１２１〜１４０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２６０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１２６〜１４５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２６１は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１３１〜１５０について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２６２は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＴＳＡペプチド１３６〜１５５について決定されたアミノ酸配列である。
配列番号２６３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＣＴ５２９／Ｃａｐ １遺伝子血液型亜型Ｉについて決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号２６４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＣＴ５２９／Ｃａｐ １遺伝子血液型亜型Ｉについて予測された全長アミノ配列である。
配列番号２６５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＣＴ５２９／Ｃａｐ １遺伝子血液型亜型Ｋについて決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号２６６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＣＴ５２９／Ｃａｐ １遺伝子血液型亜型Ｋについて予測された全長アミノ配列である。
配列番号２６７は、ｓｅｒＤにおけるＤＮＡ関連（ＤＮＡ−ｄｉｒｒｅｃｔｅｄ）ＲＮＡポリメラーゼβサブユニット−ＣＴ３１５のＯＲＦの一部に対する相同性を共有するＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローン１７−Ｇ４−３６について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２６８は、クローン２Ｅ１０におけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＣＴ０１６遺伝子の部分配列について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２６９は、クローン２Ｅ１０におけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｔＲＮＡシンターゼ遺伝子の部分配列について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７０は、クローン２Ｅ１０におけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｃｌｐＸ遺伝子の部分配列について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７１は、５’末端を示すＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−３０について決定された第１のＤＮＡ配列である。
配列番号２７２は、３’末端を示すＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−３０について決定された第２のＤＮＡ配列である。
配列番号２７３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２８について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２７について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２６について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２４について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７７は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２３について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２１について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２７９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１８について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１７について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８１は、５’末端を示すＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１５について決定された第１のＤＮＡ配列である。
配列番号２８２は、３’末端を示すＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１５について決定された第２のＤＮＡ配列である。
配列番号２８３は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１３について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１０について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−８について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８６は、５’末端を示すＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−６について決定された第１のＤＮＡ配列である。
配列番号２８７は、３’末端を示すＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−６について決定された第２のＤＮＡ配列である。
配列番号２８８は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−５について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２８９は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−２について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２９０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓクローンＣｔＬ２ｇａｍ−１について決定されたＤＮＡ配列である。
配列番号２９１は、ＣＴ５２９遺伝子のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅホモログについて決定された全長ＤＮＡ配列である。
配列番号２９２は、ＣＴ５２９遺伝子のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅホモログについて予測された全長アミノ酸配列である。
配列番号２９３は、ＳＫＢワクチンベクターにおけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｐｍｐＧ遺伝子をクローニングするための挿入配列について決定されたＤＮＡ配列である。
図１は、クローン４Ｃ９−１８＃２を発現する標的細胞により活性化されるＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株からのＩＮＦ−γの誘導を示す。 図２は、コザック翻訳開始部位および終止コドンを含むように改変されたレトロウイルスベクターｐＢＩＢ−ＫＳ１，２，３を示す。 図３は、ＣｈｌａｍｙｄｉａペプチドＣｔＣ７．８−１２（配列番号１８）およびＣｔＣ７．８−１３（配列番号１９）でパルスしたＰ８１５細胞のクロム放出アッセイの特異的溶解を示す。 図４は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢタンパク質で免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウスにおける抗体アイソタイプの力価を示す。 図５は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢタンパク質で免疫したＣ３Ｈマウス由来の脾細胞におけるＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞増殖応答を示す。 図６は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来のＳＷＩＢおよびＳ１３の遺伝子を単離するために使用した、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから設計した５’および３’プライマー配列を示す。 図７Ａおよび７Ｂは、クラミジアタンパク質を発現する単球由来の樹状細胞による活性化の際に、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対して交差反応し得るヒト抗ＣｈｌａｍｙｄｉａＴ細胞株（ＴＣＬ−８）からのＩＦＮ−γの誘導を示す。 図８は、Ｔ細胞株ＴＣＬ ８ ＥＢ／ＤＣを用いた、クラミジアのリボソームＳ１３タンパク質におけるＴ細胞エピトープの同定を示す。 図９は、Ｃ．ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅ感染樹状細胞に対して生成されたＣＰ−２１ Ｔ細胞の、組換えＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ−ＳＷＩＢタンパク質に対する増殖性応答を示すが、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢタンパク質に対しては示さなかった。 図１０は、無症候性ドナー由来の初代Ｔ細胞株（ＴＣＴ−１０ ＥＢ）のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的ＳＷＩＢ増殖性応答を示す。 図１１は、抗原特異的Ｔ細胞株（ＴＣＬ−１０ ＥＢ）を用いた、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢにおけるＴ細胞エピトープの同定を示す。
上記のように、本発明は、一般に、クラミジア感染の診断および処置のための組成物および方法に関する。１つの局面において、本発明の組成物は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原の少なくとも１つの免疫原性部分またはその改変体を含むポリペプチドを含む。
特定の実施形態において、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原の免疫原性部分を含むポリペプチドを開示する。ここで、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原は、（ａ）配列番号１、１５、２１〜２５、４４〜６４、６６〜７６、７９〜８８、１１０〜１１９、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１６９〜１７４、１８１〜１８８、２６３、２６５および２６７〜２９０に記載されたヌクレオチド配列、（ｂ）このヌクレオチド配列の相補体、ならびに（ｃ）このような配列の改変体からなる群より選択される配列を含むポリヌクレオチド分子によりコードされるアミノ酸配列を含む。
本明細書中で記載される場合、用語「ポリペプチド」は、任意の長さ（全長タンパク質を含む）のアミノ酸鎖（すなわち、抗原）を含む。ここで、このアミノ酸残基は、共有ペプチド結合により連結されている。従って、本発明の抗原のうちの１つの免疫原性部分を含むポリペプチドは、免疫原性部分全体からなってもよいし、さらなる配列を含んでいてもよい。このさらなる配列は、ネイティブなＣｌａｍｙｄｉａ抗原から誘導されてもよいし、異種でもよく、そしてこのような配列は、免疫原性であり得る（しかし、必要ではない）。
本明細書中で使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドの塩基の一本鎖または二本鎖のポリマーを意味し、そしてＤＮＡおよび対応するＲＮＡ分子（ＨｎＲＮＡおよびｍＲＮＡの分子を含む）、センス鎖およびアンチセンス鎖両方を含み、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡおよび組換えＤＮＡ、ならびに合成ポリヌクレオチドの全体または一部を含む。ＨｎＲＮＡ分子はイントロンを含み、そして一般的に一対一の様式でＤＮＡ分子に対応する。ｍＲＮＡ分子は、イントロンが切り出されたＨｎＲＮＡ分子およびＤＮＡ分子に対応する。ポリヌクレオチドは、遺伝子全体、またはその一部からなり得る。作動可能なアンチセンスポリヌクレオチドは、対応するポリヌクレオチドのフラグメントを含み得、従って、「ポリヌクレオチド」の定義は、このような全ての作動可能なアンチセンスフラグメントを含む。
抗原の「免疫原性部分」は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染個体から得た血清と反応し得る（すなわち、感染個体由来の血清を用いた吸光度読み取り（これは、本明細書に記載の代表的ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、非感染個体由来の血清を用いて得た吸光度を少なくとも３標準偏差上回る）を生成する）部分である。このような免疫原性部分は、一般に、少なくとも約５アミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも１０、そして最も好ましくは少なくとも２０アミノ酸残基を含む。公知の配列の抗原の免疫原性部分を調製および同定するための方法は、当該分野で周知であり、そしてＰａｕｌ，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第３版，Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，第２４３〜２４７頁およびそこに引用されている参考文献に要約されている方法を含む。このような技術としては、抗原特異的抗体、抗血清および/またはＴ細胞株もしくはクローンと反応する能力についてポリペプチドをスクリーニングする技術を含む。本明細書において用いる場合、抗血清および抗体は、抗原に特異的に結合する場合、「抗原特異的」である（すなわち、抗血清および抗体は、ＥＬＩＳＡまたは他のイムノアッセイにおいてそのタンパク質と反応し、そして関連しないタンパク質とは検出可能に反応しない）。このような抗血清および抗体は、本明細書において記載されるように、そして周知の技術を用いて調製され得る。ネイティブなＣｈｌａｍｙｄｉａタンパク質の免疫原性部分は、（例えば、ＥＬＩＳＡおよび/またはＴ細胞反応性アッセイにおいて）全長ポリペプチドの反応性よりも実質的に低いレベルで、このような抗血清および/またはＴ細胞と反応する部分である。このような免疫原性部分は、このようなアッセイにおいて、全長ポリペプチドの反応性と類似かまたはより大きいレベルで反応し得る。このようなスクリーニングは、一般に当業者に周知の方法（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８に記載の方法）を用いて実行され得る。例えば、ポリペプチドは、個体支持体上に固定され得、そして患者の血清と接触されて、固定されたポリペプチドに対する血清内の抗体の結合を可能にする。次いで、非結合血清は、取り出され得、そして例えば、125Ｉ標識プロテインＡを用いて検出した抗体と結合され得る。
本発明により意図される抗原の免疫原性部分の例としては、例えば、配列番号９、１０、１８、１９、３１、３９、９３〜９６、９８、１００〜１０２、１０６、１０８、１３８〜１４０、１５８、１６７、１６８、２４６、２４７および３５４〜２５６において提供されるＴ細胞刺激エピトープが挙げられる。本明細書に記載されるとおり、１つ以上のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原の少なくとも１つの免疫原性部分を含むポリペプチドは、一般に、患者のＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を検出するために、単独かまたは組み合わせて、用いられ得る。
本発明の組成物および方法はまた、上記のポリペプチドおよびポリヌクレオチド分子の改変体を含む。このような改変体としては、本発明の配列の天然に生じる対立遺伝子改変体が挙げられるがこれらに限定されない。特に、改変体は、他のＣｈｌａｍｙｄｉａｅの血清型亜型（例えば、血清型亜型Ｄ、ＥおよびＦ、ならびにいくつかのＬＧＶ血清型亜型（本明細書に記載される、本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチド分子と相同性を共有する））を含む。好ましくは、この血清型相同体は、本明細書に記載される対応するポリペプチド配列に対して９５〜９９％の相同性を示す。
本明細書において用いる場合、ポリペプチドの「改変体」は、保存的置換および／または改変のみにおいて示されたポリペプチドとは異なるポリペプチドであり、従ってこのポリペプチドの抗原性部分は保持されている。好ましい実施形態において、改変ポリペプチドは、５つ以下のアミノ酸の置換、欠失または付加によって、同定された配列とは異なる。このような改変体は、一般に、上記のポリペプチド配列のうちの１つを改変すること、および、例えば、本明細書において記載されている代表的な手順を使用して、改変ポリペプチドの抗原特性を評価することによって、同定され得る。換言すれば、抗原特異的抗血清と反応する改変体の能力は、ネイティブなタンパク質に対して、強化され得るかもしくは不変であり得、またはネイティブなタンパク質に対して、５０％未満および好ましくは２０％未満程度減らされ得る。このような改変体は、一般に、本明細書において記載のように上記のポリペプチド配列のうちの１つを改変すること、および抗原特異的抗体または抗血清との改変ポリペプチドの反応性を評価することよって同定され得る。好ましい改変体は、１つ以上の部分（例えば、Ｎ末端リーダー配列または膜貫通ドメイン）が除去された改変体を含む。他の好ましい改変体は、小さい部分（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）が、成熟タンパクのＮ末端および／またはＣ末端から除去されている改変体を含む。ポリペプチド改変体は、好ましくは、同定されたポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、より好ましくは、少なくとも約９０％そして最も好ましくは少なくとも約９５％の同一性（下記のように決定される場合）を示す。
本明細書において用いる場合、「保存的置換」とは、１つのアミノ酸が、類似の性質を有する別のアミノ酸と置換されている、置換であり、従って、ペプチド化学の当業者は、ポリペプチドの二次構造および疎水性親水性指標の性質が実質的に不変であると予期する。アミノ酸置換は、一般に、残基の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性および／または両親媒性の性質の類似性に基づいて行われ得る。例えば、負に荷電されるアミノ酸としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸が挙げられる；正に荷電したアミノ酸としては、リジンおよびアルギニンが挙げられる；そして、類似の親水性値を有する荷電してない極性のヘッド基を有するアミノ酸としては、以下が挙げられる：ロイシン、イソロイシンおよびバリン；グリシンおよびアラニン；アスパラギンおよびグルタミン；ならびに、セリン、トレオニン、フェニルアラニンおよびチロシン。保存的変化を表し得るアミノ酸の他の群としては、以下が挙げられる：（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈｉｓ；ならびに（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓ。改変体はまた、あるいは非保存的変化を含んでもよい。好ましい実施形態において、改変体ポリペプチドは、５つ以下のアミノ酸の置換、欠失または付加によってネイティブな配列と異なる。改変体はまた（あるいは）、例えば、ポリペプチドの免疫原性、二次構造および疎水性親水性指標の性質に対して最小の影響しか有さないアミノ酸の欠失または付加によって改変され得る。改変体はまた（あるいは）、ポリペプチドの抗原特性、二次構造および疎水性親水性指標性質に対して最小の影響しか有さないアミノ酸の欠失または付加を含む、他の改変を含み得る。例えば、ポリペプチドは、翻訳同時的に（ｃｏ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌｌｙ）または翻訳後的に（ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌｌｙ）タンパクの移動を指向するタンパクのＮ末端における、シグナル配列（またはリーダー配列）に対して複合体化し得る。このポリペプチドはまた、ポリペプチド（例えば、ポリ−Ｈｉｓ）の合成、精製または同定の容易さのために、または、固体支持体へのポリペプチドの結合を強化するために、リンカーまたは他の配列に対して複合体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンのＦｃ領域に対して複合体化され得る。
ポリヌクレオチドの「改変体」とは、コードされたポリペプチドの免疫原性が低下しないように、ネイティブなタンパク質に対して、１つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または付加を有して、列挙されたヌクレオチド配列と異なる配列である。本明細書において記載されるように、コードされたポリペプチドの免疫原性に対する効果は、一般に評価され得る。このような改変は、例えば、Ａｄｅｌｍａｎら（ＤＮＡ、２：１８３、１９８３）によって教示されるように、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変異誘発のような標準的な変異誘発技術を用いて容易に誘導され得る。ヌクレオチド改変体は、以下に議論されたような、天然に存在する対立遺伝子改変体であってもよいし、または天然に存在しない改変体であってもよい。改変体ヌクレオチド配列は、列挙された配列に対して、少なくとも好ましくは約７０％、より好ましくは、少なくとも約８０％および最も好ましくは少なくとも約９０％の同一性（下記のように決定した場合）を示す。
本発明によって提供されるポリペプチドは、実質的に、本明細書中において特に列挙されるポリヌクレオチド配列の１つ以上に対して相同であるポリヌクレオチド配列によって、コードされる改変体を含む。本明細書において用いる場合、「実質的な相同性」とは、適度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るポリヌクレオチド配列をいう。適切な適度にストリンジェントな条件は、以下を含む：５×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中でのプレ洗浄；一晩、５０〜６５℃、５×ＳＳＣでのハイブリダイゼーション、または種間交差相同性の事象の場合には、０．５×ＳＳＣを用いる４５℃でのハイブリダイゼーション；その後の、０．１％ＳＤＳを含有する２×、０．５×および０．２×のＳＳＣのいずれかでの６５℃２０分間の２回の洗浄。このようなハイブリダイズするポリヌクレオチド配列はまた、本発明のポリペプチドと同じポリペプチドをコードする（コドン縮重に起因して）ヌクレオチド配列であることにより、本発明の範囲内である。
２つのヌクレオチド配列またはポリペプチド配列は、この２つの配列中のヌクレオチド配列またはアミノ酸残基の配列が、下記のように最大一致について整列されるときに、同じである場合、「同一である」といわれる。２つの配列間の比較は、代表的に、比較ウインドウにわたって配列を比較することによって実行され、配列類似性の局所領域を同定および、比較する。本明細書において用いられる場合、「比較ウインドウ（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｗｉｎｄｏｗ）」とは、少なくとも約２０の隣接する位置のセグメント（通常約３０〜約７５、４０〜約５０）のセグメントをいう。ここで、配列は、２つの配列が最適に整列されたあと、連続する位置の同数の参照配列と比較され得る。
比較のための配列の最適の整列は、デフォルトパラメータを用いて、バイオインフォマティクスのソフトウェアのＬａｓｅｒｇｅｎｅパッケージソフト（ｓｕｉｔｅ）（ＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）における、Ｍｅｇａｌｉｇｎプログラムを用いて行われ得る。このプログラムは、以下の参考文献に記載されているいくつかの整列スキームを具体化する：Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．（１９７８）Ａ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｈａｎｇｅ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｍａｔｒｉｃｅｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｄｉｓｔａｎｔ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ、Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．編、Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ 第５巻，補遺３，第３４５〜３５８頁；Ｈｅｉｎ Ｊ．（１９９０）Ｕｎｉｆｉｅｄ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓ 第６２６〜６４５頁、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、第１８３巻，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ；Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｄ．Ｇ．およびＳｈａｒｐ，Ｐ．Ｍ．（１９８９）Ｆａｓｔ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ ｏｎ ａ ｍｉｃｒｏｃｏｍｐｕｔｅｒ ＣＡＢＩＯＳ ５：第１５１〜１５３頁；Ｍｙｅｒｓ，Ｅ．Ｗ．およびＭｕｌｌｅｒ Ｗ．（１９８８）Ｏｐｔｉｍａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ ｉｎ ｌｉｎｅａｒ ｓｐａｃｅ ＣＡＢＩＯＳ ４：１１〜１７；Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｅ．Ｄ．（１９７１）Ｃｏｍｂ．Ｔｈｅｏｒ １１：１０５；Ｓａｎｔｏｕ，Ｎ．Ｎｅｓ，Ｍ．（１９８７）Ｔｈｅ ｎｅｉｇｈｂｏｒ ｊｏｉｎｉｎｇ ｍｅｔｈｏｄ．Ａ ｎｅｗ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． Ｅｖｏｌ．４：４０６〜４２５；Ｓｎｅａｔｈ，Ｐ．Ｈ．Ａ．およびＳｏｋａｌ，Ｒ．Ｒ．（１９７３）Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ−ｔｈｅ Ｐｒｉｎｃｉｐｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ；Ｗｉｌｂｕｒ，Ｗ．Ｊ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１９８３）Ｒａｐｉｄ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｓｅａｒｃｈｅｓ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ａｎｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａ ｂａｎｋｓ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．，Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８０：７２６〜７３０。
好ましくは、「配列同一性のパーセンテージ」は、少なくとも２０の位置の比較のウインドウにわたる２つの最適に整列された配列を比較することにより決定される。ここで、比較ウインドウのポリヌクレオチド配列の部分は、２つの配列の最適整列について、参照配列（これは、付加または欠失を含まない）と比較した場合、２０パーセント以下、通常５〜１５パーセントまたは、１０〜１２パーセントの付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。このパーセンテージは、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列で生じる位置の数を決定してマッチした位置の数を得ること、マッチした位置の数を、参照配列（すなわち、ウインドウサイズ）における位置の総数で割ること、および結果に１００を掛けて配列同一性のパーセンテージを得ることにより算出される。
本明細書において列挙されるヌクレオチド配列をコードする遺伝子のアレイはまた、本発明の範囲に含まれる。本明細書において用いる場合、「対立遺伝子」または「対立遺伝子配列」は、核酸配列中の少なくとも１つの変異から生じ得る遺伝子の別の形態である。対立遺伝子は、その構造または機能が変更されていてもされていなくてもよい、変化したｍＲＮＡまたはポリペプチドを生じ得る。任意の所定の遺伝子は、対立遺伝子形態を有さないか、１つ有するか、または多数有し得る。対立遺伝子を生じる共通の変異性変化は、一般にヌクレオチドの天然の欠失、付加または置換だとされる。これらの型の変化のそれぞれは、所定の配列中で１回以上、単独かまたは他と組み合わせて生じ得る。特定の実施形態において、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原（またはこのような抗原の改変体）の少なくとも免疫原性部分を含むポリペプチドを開示する。このポリペプチドは、以下：（ａ）配列番号１〜４、１５、２１〜２５、４４〜６４、６６〜７６および７９〜８８からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列、（ｂ）このようなＤＮＡ配列の相補体、または（ｃ）（ａ）もしくは（ｂ）の配列に実質的に相同であるＤＮＡ配列、によりコードされるアミノ酸配列の１つ以上を含む。以下の実施例において記載するように、本明細書において開示されるいくつかのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染した単核球由来樹状細胞の両方を認識するＴ細胞株を認識する。このことは、それらの抗原がＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにより共有される免疫反応性エピトープを意味し得ることを示す。従ってこの抗原は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ生殖管感染およびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ感染の両方のためにワクチンにおいて働き得る。交差反応性の程度を決定するための、Ｃｈｌａｍｉｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ由来の、これらのＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原のさらなる特徴付けが、実施例６に提供される。さらに、実施例４は、Ｃｈｌａｍｉｄｉａ特異的マウスＣＤ８＋Ｔ細胞株を刺激し得るタンパク質（配列番号１７〜１９および３２）をコードするＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓから単離されたｃＤＮＡフラグメント（配列番号１５、１６および３３）を記載する。
一般に、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原、およびこのような抗原をコードするポリヌクレオチド配列は、任意の種々の手順を用いて調製され得る。例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原をコードするポリヌクレオチド分子は、下記のようにＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株を用いるスクリーニングにより、ＣｈｌａｍｙｄｉａゲノムライブラリーまたはＣｈｌａｍｙｄｉａのｃＤＮＡ発現ライブラリーから単離され得、そして当業者に周知の技術を用いて配列決定され得る。さらに、ポリヌクレオチドは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ関連発現のためのｃＤＮＡのマイクロアレイ（ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ）をスクリーニングすること（すなわち、本明細書において提供される代表的なアッセイを用いて決定した場合、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染細胞においてコントロールより少なくとも２倍大きい発現）によって、以下により詳細に記載したように、同定され得る。このようなスクリーニングは、製造業者の指示に従ってＳｙｎｔｅｎｉマイクロアレイ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を用いて、（そして、本質的にＳｃｈｅｎａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１０６１４〜１０６１９、１９９６およびＨｅｌｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：２１５０〜２１５５，１９９７によって記載のとおり）実施され得る。あるいは、ポリペプチドは、本明細書において記載されるタンパク質を発現する細胞から調製されたｃＤＮＡから増幅され得る。このようなポリヌクレオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を介して増幅され得る。このアプローチのために、配列特異的プライマーは、本明細書において提供される配列に基づいて設計され得、そして購入され得るかまたは合成され得る。
下記のように、抗原は、発現ベクターに抗原をコードするポリヌクレオチド配列を挿入すること、および適切な宿主において抗原を発現することよって組換え的に産生され得る。抗原は、所望の性状（例えば、本明細書において記載のように、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染した個体から得られる血清と反応する能力）について評価され得、そして例えば、従来のエドマン化学を使用して配列決定され得る。ＥｄｍａｎおよびＢｅｒｇ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．８０：１１６〜１３２、１９６７を参照のこと。
抗原をコードするポリヌクレオチド配列はまた、単離された抗原の部分アミノ酸配列に由来する縮重オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチド配列について、適切なＣｈｌａｍｙｄｉａのｃＤＮＡライブラリーまたはゲノムＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることによって得られ得る。このようなスクリーニングにおける使用のための縮重オリゴヌクレオチド配列は、設計され、合成され得、そして、このスクリーニングは、（例えば）Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（およびそこに引用される参考文献）に記載のように、実行され得る。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）もまた、使用され得る。ここでは、当該分野で周知の方法において上記のオリゴヌクレオチドを用いて、ｃＤＮＡライブラリーまたはゲノムライブラリーから核酸プローブを単離し得る。次いで、単離したプローブを用いてライブラリースクリーニングを実施し得る。
増幅した部分は、周知の技術を用いて、適切なライブラリー（例えば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｃＤＮＡライブラリー）から全長遺伝子を単離するために用いられ得る。このような技術の範囲内で、ライブラリー（ｃＤＮＡライブラリー、または、ゲノムライブラリー）を、増幅に適切な１つ以上のポリヌクレオチドプローブまたはプライマーを用いてスクリーニングする。好ましくは、ライブラリーをより大きい分子を含むためようにサイズ選択する。ランダムプライムしたライブラリーはまた、遺伝子の５’領域および上流領域を同定するために好適であり得る。ゲノムライブラリーは、イントロンを得て、５’配列を延長するために好ましい。
ハイブリダイゼーション技術のため、部分配列は、周知の技術を用いて（例えば、ニックトランスレーションまたは32Ｐを用いる末端標識によって）、標識され得る。次いで、変性した細菌コロニー（またはファージプラークを含むクローン）を含有するフィルターと標識したプローブとをハイブリダイゼーションすることにより、細菌ライブラリーまたはバクテリオファージライブラリーをスクリーニングする（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９を参照のこと）。ハイブリダイゼーションコロニーまたはプラークを選択し増殖して、そしてＤＮＡをさらなる分析のために単離する。ｃＤＮＡクローンは、例えば、部分的配列由来のプライマーおよびベクター由来のプライマーを用いるＰＣＲによって、さらなる配列の量を決定するために分析され得る。１つ以上の重複クローンを同定するために、制限地図および部分配列が生成され得る。次いで、一連の欠失クローンを生成する工程を包含し得る、標準的な技術を用いて完全配列が決定され得る。次いで、得られた重複配列は、単一の連続する配列にアセンブリされる。全長ｃＤＮＡ分子は、周知の技術を用いて、適切なフラグメントを連結することによって生成され得る。
あるいは、部分的なｃＤＮＡ配列から全長コード配列を得るための多数の増幅技術が存在する。このような技術の範囲内で、増幅は、一般にＰＣＲを経て実行される。任意の様々な市販のキットが、増幅工程を実行するために用いられ得る。プライマーは、当該分野で周知の技術を用いて設計され得（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５１：２６３，１９８７；Ｅｒｌｉｃｈ編、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）、そして当該分野で周知のソフトウェアもまた使用され得る。プライマーは好ましくは２２〜３０のヌクレオチド長であり、少なくとも５０％のＧＣ含量を有し、そして約６８℃〜７２℃の温度で標的配列にアニーリングする。この増幅された領域は、上記のように配列決定され得、そして重複配列は連続する配列にアセンブリされ得る。
このような増幅技術の１つは、インバースＰＣＲである（Ｔｒｉｇｌｉａら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：８１８６，１９８８を参照のこと）。これは、遺伝子の公知の領域のフラグメントを生成する制限酵素を用いる。次いで、このフラグメントは、分子内連結により環状化され、そして公知の領域に由来する相違するプライマーとともにＰＣＲのための鋳型として用いられる。別のアプローチにおいて、部分配列に隣接した配列は、リンカー配列に対するプライマーおよび周知の領域に特異的なプライマーを用いる増幅によって回復され得る。増幅された配列は、代表的に、同じリンカープライマーおよび公知の領域に特異的な第２のプライマーを用いる２回目の増幅に供される。この手順上の変更（これは公知の配列から反対方向の伸長を始める２つのプライマーを使用する）は、ＷＯ９６／３８５９１に記載されている。さらなる技術は、キャプチャーＰＣＲ（Ｌａｇｅｒｓｔｒｏｍら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌｉｃ．１：１１１−１９、１９９１）およびウォーキングＰＣＲ（Ｐａｒｋｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１９：３０５５〜６０，１９９１）を含む。転写媒介増幅（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）すなわちＴＭＡは、特許番号ＰＣＴ／ＵＳ９１／０３１８４にて記載したように、ＤＮＡ、ｒＲＮＡまたはｍＲＮＡの増幅のために利用され得る別の方法である。この自己触媒的かつ等温の、ＰＣＲに基づかない方法は、２つのプライマーおよび以下の２つの酵素を利用する：ＲＮＡポリメラーゼおよび逆転写酵素。１つのプライマーは、ＲＮＡポリメラーゼのためのプロモーター配列を含む。第１の増幅において、プロモーター−プライマーは、規定の部位で標的ｒＲＮＡにハイブリダイズする。逆転写酵素は、プロモーター−プライマーの３’末端からの伸長によって標的ｒＲＮＡのＤＮＡコピーをつくる。得られる複合体中のＲＮＡは、分解され、そして、第２のプライマーはＤＮＡコピーに結合する。ＤＮＡの新しい鎖は、二本鎖ＤＮＡをつくっている逆転写酵素によってプライマーの末端から合成される。ＲＮＡポリメラーゼは、ＤＮＡ鋳型におけるプロモーター配列を認識して、転写を始める。新しく合成されたＲＮＡアンプリコンの各々は、ＴＭＡプロセスに再び入って、ＲＮＡアンプリコンの指数関数的な増幅を導く複製の新しい回のための鋳型として役立つ。増幅を用いる他の方法はまた、全長ｃＤＮＡ配列を得るために使用され得る。
特定の例において、発現された配列タグ（ＥＳＴ）のデータベース中に提供される配列（例えば、ＧｅｎＢａｎｋから入手可能な配列）の分析により全長ｃＤＮＡ配列を得ることが可能である。重複するＥＳＴの検索は、一般に周知のプログラム（例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ ｓｅａｒｃｈｅｓ）を用いて実行され得、そして、このようなＥＳＴは連続する全長配列を生成するために用いられ得る。全長ｃＤＮＡ配列はまた、ゲノムフラグメントの分析によって得られ得る。
ポリヌクレオチド改変体は、一般に、例えば、固相ホスホルアミダイト化学合成による化学合成を含む、当該分野において公知の任意の方法により調製され得る。ポリヌクレオチド配列における修飾はまた、標準的な変異誘発技術（例えば、オリゴヌクレオチ−定方向部位特異的変異誘発（Ａｄｅｌｍａｎら、ＤＮＡ ２：１８３，１９８３を参照のこと））を用いて導入され得る。あるいは、ＲＮＡ分子は、クラミジアタンパク質をコードするＤＮＡ配列、またはその一部のインビトロまたはインビボでの転写により生成され得る。但し、このＤＮＡは、適切なポリメラーゼＲＮＡプロモーター（例えば、Ｔ７またはＳＰ６）を用いてベクター中に取りこまれる。特定の部分を用いて、本明細書中に記載されるように、コードされるポリペプチドを調製し得る。さらに、あるいは、一部を患者に投与して、その結果コードされるポリペプチドを、（例えば、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）を、クラミジアポリペプチドをコードするｃＤＮＡを用いてトランスフェクトし、そしてトランスフェクトした細胞を患者に投与することにより）インビボで生成させ得る。
コード配列に相補的な配列（すなわち、アンチセンスポリヌクレオチド）の一部はまた、プローブとしてか、または遺伝子発現を調節するために用いられ得る。アンチセンスＲＮＡへと転写され得るｃＤＮＡ構築物をまた、組織の細胞中に導入させて、アンチセンスＲＮＡの産生を容易にし得る。アンチセンスポリヌクレオチドを、本明細書中に記載されるように用いて、クラミジアタンパク質の発現を阻害し得る。アンチセンス技術を用いて、三重鎖形成を介して遺伝子発現を制御し得る。この技術は、ポリメラーゼ、転写因子、または調節分子の結合を十分に開始する二重鎖の能力を損なう（Ｇｅｅら、Ｉｎ Ｈｕｂｅｒ ａｎｄ Ｃａｒｒ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃ Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ，Ｆｕｔｕｒａ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．（Ｍｔ．Ｋｉｓｃｏ，ＮＹ； １９９４）を参照のこと）。あるいは、アンチセンス分子は、遺伝子の制御領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、または転写開始部位）とハイブリダイズし、そして遺伝子の転写をブロックするように設計され得るか；またはリボゾームに対する転写物の結合を阻害することにより、翻訳をブロックするように設計され得る。
コード配列の一部、または相補的な配列の一部はまた、遺伝子発現を検出するためのプローブまたはプライマーとして設計され得る。プローブは、種々のレポーター群（例えば、放射性ヌクレオチドおよび酵素）を用いて標識され得、そして好ましくは、少なくとも１０ヌクレオチドの長さであり、より好ましくは、少なくとも２０ヌクレオチドの長さであり、そしてなおより好ましくは、少なくとも３０ヌクレオチドの長さである。上記のようなプライマーは、好ましくは２２〜３０ヌクレオチドの長さである。
任意のポリヌクレオチドを、さらに修飾して、インビボでの安定性を増加させ得る。可能な修飾としては、以下を含むが、それらに限定されない：５’末端および／または３’末端での隣接配列の付加；骨格におけるリン酸ジエステル結合よりむしろホスホロチオエートまたは２’Ｏ−メチルの使用；および／または非伝統的塩基（例えば、イノシン、キューオシンおよびワイブトシン、ならびにアセチル−、メチル−、チオ−、ならびにアデニン、シトシン、グアニン、チミン、およびウリジンの他の修飾形態）の含有。
本明細書中に記載されるようなヌクレオチド配列は、確立された組換えＤＮＡ技術を用いて、種々の他のヌクレオチド配列に連結され得る。例えば、ポリヌクレオチドは、種々のクローニングベクター（プラスミド、ファージミド、λファージ誘導体、およびコスミドを含む）のいずれかにクローニングされ得る。特定の目的のベクターとしては、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクター、および配列決定ベクターが挙げられる。一般に、ベクターは、少なくとも１つの生物において機能的な複製起点、都合の良い制限エンドヌクレアーゼ部位、および一つ以上の選択可能なマーカーを含む。他の要素は、所望の使用に依存し、そして当業者に明らかである。
約１００未満のアミノ酸、および一般に約５０未満のアミノ酸を有する合成ポリペプチドは、当該分野で周知の技術を用いて生成され得る。例えば、このようなポリペプチドは、市販の固相技術（例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成法）のいずれかを用いて合成され得る。ここでアミノ酸は、伸長しているアミノ酸鎖に連続的に添加される。Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｊ Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６，１９６３を参照のこと。ポリペプチドの自動合成のための装置は、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡのような供給業者から市販されており、そして製造業者の指示書に従って操作され得る。
上記のように、クラミジア抗原の免疫原性部分は、周知の技術（例えば、Ｐａｕｌ、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第３版、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２４３−２４７頁およびそこに引用される参考文献に要約される技術）を用いて調製され、そして同定され得る。このような技術は、免疫原性特性に関してネイティブな抗原のポリペプチド部分をスクリーニングすることを含む。本明細書中に記載される例示的なＥＬＩＳＡは、一般に、これらのスクリーニングに用いられる。ポリペプチドの免疫原性部分は、このような例示的アッセイにおいて、全長抗原により生成されるシグナルに実質的に類似する、このようなアッセイにおけるシグナルを生成する部分である。換言すれば、クラミジア抗原の免疫原性部分は、本明細書中に記載されるように、モデルＥＬＩＳＡにおいて全長抗原により誘導されるシグナルの、少なくとも約２０％、そして好ましくは約１００％を生成する。
クラミジア抗原の一部および他の改変体は、合成手段または組換え手段により生成され得る。ネイティブ抗原の改変体は、一般に、標準的な変異誘発技術（例えば、オリゴヌクレオチド−定方向部位特異的変異誘発）を用いて調製され得る。ポリペプチド配列の部分はまた、標準的な技術を用いて取り出され得、短縮型ポリペプチドの調製を可能にする。
ネイティブの抗原の一部および／または改変体を含む組換えポリペプチドは、当業者に周知の種々の技術を用いてポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列から容易に調製され得る。例えば、培養培地中に組換えタンパク質を分泌する適切な宿主／ベクター系由来の上清は、市販のフィルターを用いて初めに濃縮され得る。濃縮の後、濃縮物は、適切な精製マトリクス（例えば、アフィニティーマトリクスまたはイオン交換樹脂）にアプライされ得る。最終的に、１つ以上の逆相ＨＰＬＣ工程を用いて、組換えタンパク質をさらに精製し得る。
当業者に公知の種々の発現ベクターのいずれかを用いて、本明細書中に記載されるような組換えポリペプチドを発現し得る。発現は、組換えポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子を含む発現ベクターを用いて形質転換またはトランスフェクトされた任意の適切な宿主細胞において達成される。適切な宿主細胞としては、原核生物細胞、酵母および高等真核生物細胞が挙げられる。好ましくは、用いられる宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母、または哺乳動物細胞株（例えば、ＣＯＳまたはＣＨＯ）である。この様式で発現されるＤＮＡ配列は、天然に存在する抗原、天然に存在する抗原の一部、またはそれらの他の改変体をコードし得る。
一般に、調製の方法にかかわらず、本明細書中に開示されるポリペプチドは、単離され、実質的に純粋な形態で調製される。好ましくは、ポリペプチドは、少なくとも約８０％純粋、より好ましくは、少なくとも約９０％純粋、そして最も好ましくは約９９％純粋である。
特定の実施形態では、ポリペプチドは、本明細書中に記載されるような複数のポリペプチドを含む融合タンパク質か、または本明細書中に記載されるような少なくとも１つのポリペプチドおよび公知のクラミジアタンパク質のような無関係の配列を含む融合タンパク質であり得る。融合パートナーは、例えば、Ｔヘルパーエピトープ（免疫学的融合パートナー）、好ましくは、ヒトにより認識されるＴヘルパーエピトープの提供を補助し得るか、ネイティブな組換えタンパク質よりも高い収量でのタンパク質（発現エンハンサー）の発現を補助し得る。特定の好ましい融合パートナーは、免疫学的融合パートナーおよび発現増強融合パートナーの両方である。他の融合パートナーは、タンパク質の溶解性を増加させるか、またはタンパク質を所望の細胞内区画に標的化し得るように選択される。なおさらなる融合パートナーとしては、アフィニティータグが挙げられる。アフィニティータグは、タンパク質の精製を容易にする。本発明の融合パートナーをコードするＤＮＡ配列は、例えば、第１および第２のポリペプチドをコードする別個のＤＮＡ配列を適切な発現ベクター中に構築するための公知の組換えＤＮＡ技術を用いて構築され得る。第１のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の３’末端は、ペプチドリンカーの有り無しで、第２のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’末端に連結され、その結果、配列のリーディングフレームは、第１または第２のポリペプチドの両方の生物学的活性を保持する単一の融合タンパク質への２つのＤＮＡ配列のｍＲＮＡ翻訳を可能にする同じ相にある。
ペプチドリンカー配列を用いて、各々のポリペプチドが、その二次構造および三次構造に折りたたまれることを保証するのに十分な距離で、第１および第２のポリペプチドを引き離し得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該分野で周知の標準的な技術を用いて融合タンパク質へと取りこまれる。適切なペプチドリンカー配列は、以下の要素に基づいて選択され得る：（１）可撓性の伸張した立体配座に適合するそれらの能力；（２）第１および第２のポリペプチド上の機能的エピトープと相互作用し得る二次構造に適合するそれらの無能力；および（３）ポリペプチドの機能的エピトープと反応し得る疎水性残基または荷電残基の欠如。好ましいペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ残基、Ａｓｎ残基およびＳｅｒ残基を含む。他の中性に近いアミノ酸（例えば、ＴｈｒおよびＡｌａ）はまた、リンカー配列に用いられ得る。リンカーとして有用に用いられ得るアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａら，Ｇｅｎｅ ４０：３９−４６，１９８５；Ｍｕｒｐｈｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：８２５８−８５６２，１９８６；米国特許第４，９３５，２３３号、および同第４，７５１，１８０号に開示される配列が挙げられる。リンカー配列は、１〜約５０のアミノ酸の長さであり得る。ペプチドリンカー配列の使用の代替として（所望される場合に）、第１および第２のポリペプチドにおける非必須Ｎ末端アミノ酸領域を（存在する場合に）利用して、機能的ドメインを引き離しかつ立体障害を防ぎ得る。
連結したＤＮＡ配列は、適切な転写調節因子または翻訳調節因子に作動可能に連結される。ＤＮＡの発現の原因である調節因子は、第１のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’側にのみ配置される。同様に、翻訳を終結するために必要とされる停止コドン、および転写終結シグナルは、第２のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の３’側にのみ存在する。
融合タンパク質はまた、無関係の免疫原性タンパク質と共に本発明のポリペプチドを含むように提供される。好ましくは、免疫原性タンパク質は、リコール（ｒｅｃａｌｌ）応答を誘発し得る。このようなタンパク質の例としては、テタヌスタンパク質、結核タンパク質、および肝炎タンパク質が挙げられる（例えば、Ｓｔｏｕｔｅら、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３６：８６９１，１９９７を参照のこと）。
好ましい実施形態において、免疫学的融合パートナーは、プロテインＤ（グラム陰性細菌ＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓインフルエンザＢ（ＷＯ ９１／１８９２６）の表面タンパク質）に由来する。好ましくは、プロテインＤ誘導体は、タンパク質（例えば、はじめのＮ末端１００〜１１０アミノ酸）の約１／３を含み、そしてプロテインＤ誘導体は脂質化され得る。特定の好ましい実施形態において、リポプロテインＤ融合パートナーのはじめの１０９残基は、Ｎ末端上に含まれて、さらなる外因性Ｔ細胞エピトープを有するポリペプチドを提供し、かつＥ．ｃｏｌｉにおける発現レベルを増加する（従って、発現エンハンサーとして機能する）。脂質テイルは、抗原提示細胞に対する抗原の最適な提示を保証する。他の融合パートナーとしては、インフルエンザウイルス、ＮＳ１（赤血球凝集素）由来の非構造タンパク質が挙げられる。代表的には、Ｎ末端の８１アミノ酸を用いるが、Ｔヘルパーエピトープを含む異なるフラグメントが、用いられ得る。
別の実施形態では、免疫学的融合パートナーは、ＬＹＴＡとして知られているタンパク質であるか、その一部（好ましくは、Ｃ末端部分）である。ＬＹＴＡは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する。Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、アミダーゼＬＹＴＡとして知られている、Ｎ−アセチル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（ＬｙｔＡ遺伝子によりコードされる；Ｇｅｎｅ ４３：２６５−２９２，１９８６）を合成する。ＬＹＴＡは、ペプチドグリカン骨格における特定の結合を特異的に分解する自己溶解素である。ＬＹＴＡタンパク質のＣ末端ドメインは、コリンまたはＤＥＡＥのようないくつかのコリンアナログに対する親和性の原因である。この特性は、融合タンパク質の発現に有用であるプラスミドを発現するＥ．ｃｏｌｉ Ｃ−ＬＹＴＡの開発のために開発された。アミノ末端にＣ−ＬＹＴＡフラグメントを含むハイブリッドタンパク質の精製は、記載されている（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７９５−７９８，１９９２を参照のこと）。好ましい実施形態において、ＬＹＴＡの反復部分は、融合タンパク質に取りこまれ得る。反復部分は、残基１７８で開始するＣ末端領域において見出される。特に好ましい反復部分は、残基１８８〜３０５に取り込まれる。さらに、融合タンパク質Ｒａ１２は、本発明のポリヌクレオチドに連結されて、タンパク質発現を容易にし得る。
別の局面では、本発明は、１つ以上の上記のポリペプチドまたは融合タンパク質（またはこのようなポリペプチドまたは融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド）を用いるための方法を提供して、患者におけるクラミジア感染に対する防御免疫を誘導する。本明細書中で用いられる場合「患者」とは、任意の温血動物、好ましくはヒトのことをいう。患者は、疾患に罹患していてもよいし、検出可能な疾患および／または感染がなくてもよい。換言すれば、防御免疫は、クラミジア感染を予防または処置するために誘導され得る。
この局面において、ポリペプチド、融合タンパク質、またはポリヌクレオチド分子は、一般に、薬学的組成物またはワクチン中に存在する。薬学的組成物は、１つ以上のポリペプチド（これらの各々は、１つ以上の上記配列（またはその改変体）を含み得る）、および生理学的に受容可能なキャリアを含み得る。ワクチンは、１つ以上の上記ポリペプチドおよび免疫賦形剤（例えば、アジュバントまたはリポソーム）（この中にポリペプチドが取り込まれる）を含み得る。このような薬学的組成物およびワクチンはまた、クラミジア抗原（組み合わせたポリペプチド中に組み込まれるか、または別々のポリペプチド内に存在する）を、含み得る。
あるいは、ワクチンは上記のような１つ以上のポリペプチドまたは融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含み得、その結果、ポリペプチドは、インサイチュで生成される。このようなワクチンにおいて、ポリヌクレオチドは、当業者に公知の種々の送達系のいずれかの中に存在し得る。この送達系としては、核酸発現系、細菌発現系、およびウイルス発現系が挙げられる。適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なポリヌクレオチド配列（例えば、適切なプロモーターおよび停止シグナル）を含む。細菌送達系は、その細胞表面上のポリペプチドの免疫原性部分を発現する細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅｒｒｉｎ）の投与を含む。好ましい実施形態では，ポリヌクレオチドは、ウイルス発現系（例えば、ワクチンまたは他のポックスウイルス、レトロウイルス、あるいはアデノウイルス）を用いて導入され得る。これらのウイルス発現系は、非病原性（欠損）ウイルスを用いて導入され得る。このような発現系にポリヌクレオチドを組み込むための技術は、当業者に周知である。ポリヌクレオチドはまた、例えば、Ｕｌｍｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１７４５−１７４９，１９９３およびＣｏｈｅｎによる総説、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６９１−１６９２，１９９３に記載されるような「裸の」プラスミドベクターとして投与され得る。このようなベクターにＤＮＡを組み込むための技術は、当業者に公知である。レトロウイルスベクターは、さらに、選択可能なマーカーについての遺伝子（形質導入した細胞の同定または選択を補助し得る）および／または標的部分（例えば、特定の標的細胞上のレセプターに対するリガンドをコードする遺伝子）を移入するか、または取り込んで、ベクターに標的特異性を与え得る。標的化はまた、抗体を用いて、当業者に公知の方法により達成され得る。
治療目的のための他の処方としては、コロイド分散系（例えば、巨大分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ）、ならびに水中油懸濁液、ミセル、混合ミセル、およびリポソームを含む、脂質ベースの系が挙げられる。インビトロおよびインビボでの送達ビヒクルとしての使用のための、好ましいコロイド分散系は、リポソーム（すなわち、人工膜小胞）である。裸のポリヌクレオチドの取りこみは、生分解性ビーズ内および／または上にポリヌクレオチドを取り込むことにより増加され得る。生分解性ビーズは、細胞中へ有効に輸送される。このような系の調製および使用は、当該分野で周知である。
関連する局面において、上記のようなポリヌクレオチドのワクチンは、本発明のポリペプチドまたは公知のクラミジア抗原のいずれかと、同時にもしくは連続して投与され得る。例えば、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの投与（「裸」または上記のような送達系においてのいずれかで）に続いて、ワクチンの防御免疫効果を増強するために抗原が投与され得る。
本明細書中に開示されるポリペプチドおよびポリヌクレオチドはまた、クラミジア感染の処置のために養子免疫治療において用いられ得る。養子免疫治療は、能動的または受動的免疫治療のいずれかに広範に分類され得る。能動的免疫治療において、処置は、免疫応答改変剤（ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ−ｍｏｄｉｆｙｉｎｇ ａｇｅｎｔ）（例えば、ワクチン、細菌アジュバント、および／またはサイトカイン）の投与を用いる内因性宿主免疫系のインビボ刺激に依存する。
受動的免疫治療において、処置は、確立された免疫反応性（ｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ）（例えば、エフェクター細胞または抗体）用いる生物学的薬剤の送達に関し、これは、抗クラミジア効果を直接的または間接的に媒介し得、そしてインタクトな宿主免疫系に依存する必要がない。エフェクター細胞の例としては、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ−リンパ球、ＣＤ４＋ Ｔ−ヘルパー）、キラー細胞（例えば、ナチュラルキラー細胞、リンホカイン−活性化キラー細胞）、Ｂ細胞、または開示される抗原を発現する抗原提示細胞（例えば、樹状細胞およびマクロファージ）が挙げられる。本明細書中に開示されるポリペプチドはまた、受動性免疫治療のために、抗体または抗イディオタイプ抗体を生成するために用いられ得る。
養子免疫治療のために十分な数のＴ細胞を産生する主な方法は、インビトロで免疫Ｔ細胞を増殖させることである。単一の抗原特異的Ｔ細胞を、インビボでの抗原認識の保持を伴って数十億の数まで増殖するための培養条件は、当該分野で周知である。これらのインビトロ培養条件は、代表的には、しばしばサイトカイン（例えば、ＩＬ−２）、および非分裂支持細胞の存在下で、抗原による断続的刺激を利用する。上記のように、本明細書中に記載される免疫反応性ポリペプチドを用いて、免疫治療のために十分な数の細胞を生成するために、抗原特異的Ｔ細胞培養物を迅速に増殖し得る。詳細には、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）、マクロファージ、単球、線維芽細胞、またはＢ細胞は、免疫反応性ポリペプチドを用いてパルスされ得るか、あるいはポリヌクレオチド配列は、当該分野で周知の種々の標準的な技術を用いて、抗原提示細胞中に導入され得る。例えば、抗原提示細胞は、ポリヌクレオチド配列を用いてトランスフェクトまたは形質導入され得、ここでこの配列は、発現を増大させるのに適切なプロモーター領域を含み、そして組換えウイルスまたは他の発現系の一部として発現され得る。いくつかのウイルスベクター（ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、およびアデノウイルスを含む）を用いて、抗原提示細胞を形質導入され；また抗原提示細胞は、種々の手段（遺伝子銃技術、脂質媒介送達、エレクトロポレーション、浸透圧衝撃、および粒子送達機構を含む）により、本明細書中に開示されるポリヌクレオチド配列を用いてトランスフェクトされて、当業者により決定されるような有効かつ受容可能な発現レベルを生じ得る。治療において効果的である培養されたＴ細胞について、培養されたＴ細胞は、広範に増殖および分布すること、ならびにインビボで長い期間、生存することが可能でなければならない。研究は、培養したＴ細胞が、ＩＬ−２を補充した抗原を用いる刺激を繰り返すことにより、インビボで増殖すること、およびかなりの数が長い期間生存することを誘導し得ることを実証した（例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒ，Ｍ．ら、「Ｔｈｅｒａｐｙ Ｗｉｔｈ Ｃｕｌｔｕｒｅｄ Ｔ Ｃｅｌｌｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ Ｒｅｖｉｓｉｔｅｄ」、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ，１５７：１７７，１９９７を参照のこと）。
本明細書中に開示されるポリペプチドをまた用いて、クラミジア反応性Ｔ細胞を生成および／または単離し得る。次いで、クラミジア反応性Ｔ細胞は、患者に投与され得る。１つの技術において、抗原特異的Ｔ細胞株は、開示されるポリペプチドの免疫原性部分に対応する短いペプチドを用いてインビボで免疫により生成され得る。得られた抗原特異的ＣＤ８＋またはＣＤ４＋ Ｔ細胞クローンは、患者から単離され得、標準的な組織培養技術を用いて増殖され得、そして患者に戻され得る。
あるいは、ポリペプチドの免疫原性部分に対応するペプチドを用いて、例えば、Ｃｈａｎｇら、（Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｏｎｃｏｌ．Ｈｅｍａｔｏｌ．，２２（３），２１３，１９９６）に記載されるように、引き続いて、患者に移され得る抗原特異的Ｔ細胞を提供するために自己Ｔ細胞の選択的インビトロ刺激および増殖により、クラミジア反応性Ｔ細胞サブセットを生成する。免疫系の細胞（例えば、Ｔ細胞）は、市販の細胞分離システム（例えば、ＩｓｏｌｅｘTM Ｓｙｓｔｅｍ、Ｎｅｘｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡから入手可能）を用いて、患者の末梢血から単離され得る。分離された細胞は、送達ビヒクル（例えば、ミクロスフェア）内に含まれる１つ以上の免疫反応性ポリペプチドで刺激されて、抗原特異的Ｔ細胞を提供する。次いで、抗原特異的Ｔ細胞の集団は、標準的な技術を用いて増殖され、そして細胞は、患者に再び投与される。
他の実施形態において、本明細書中に開示されるポリペプチドに特異的なＴ細胞および／または抗体レセプターは、クローニングされ、増殖され、そして養子免疫治療に用いるための他のベクターまたはエフェクター細胞に移される。詳細には、Ｔ細胞は、適切な遺伝子を用いてトランスフェクトされて、細胞外認識エレメントとして、クラミジア特異的モノクローナル抗体由来の可変ドメインを発現し得、そしてＴ細胞レセプターシグナル伝達鎖に結合され得、Ｔ細胞の活性化、特異的溶解、およびサイトカイン放出を生じる。これは、Ｔ細胞を、その特異性を、ＭＨＣ非依存様式で再指向させ得る。例えば、Ｅｓｈｈａｒ，Ｚ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ，４５（３−４）：１３１−６，１９９７およびＨｗｕ，Ｐ．ら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，５５（１５）：３３６９−７３，１９９５を参照のこと。別の実施形態としては、Ｃｏｌｅ，ＤＪら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，５５（４）：７４８−５２，１９９５のように、クラミジア抗原特異的αおよびβＴ細胞レセプター鎖の、別のＴ細胞へのトランスフェクションが挙げられ得る。
さらなる実施形態では、同系または自系の樹状細胞を、本明細書中に開示されるポリペプチドの少なくとも免疫原性部分に対応するペプチドを用いて適用（ｐｕｌｓｅ）し得る。生じる抗原特異的樹状細胞は、患者に移入されるか、またはＴ細胞を刺激して抗原特異的Ｔ細胞（これが、次いで、患者に投与され得る）を提供するために使用されるかのいずれかであり得る。抗原特異的Ｔ細胞を生成するためのペプチド適用した樹状細胞の使用、およびマウスモデルにおいて疾患を根絶するためのこのような抗原特異的Ｔ細胞の引き続く使用は、Ｃｈｅｅｖｅｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ １５７：１７７、１９９７により実証された。さらに、開示されたポリヌクレオチドを発現するベクターは、患者から採取された幹細胞中に導入され得、そして同じ患者に自系移植片を戻すために、インビトロでクローン的に増殖され得る。
特定の局面では、本明細書中に開示されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、Ｔ細胞および/または結合因子を、薬学的組成物または免疫原性組成物（すなわち、ワクチン）中に組み込み得る。薬学的組成物は、１つ以上のこのような化合物および生理的に受容可能なキャリアを含む。ワクチンは、１つ以上のこのような化合物および免疫刺激物質を含み得る。免疫刺激物質は、外因性の抗原に対する免疫応答を増強または強化する任意の物質であり得る。免疫刺激物質の例としては、アジュバント、生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリ乳酸ガラクチド（ｐｏｌｙｌａｃｔｉｃ ｇａｌａｃｔｉｄｅ）およびリポソーム（この中に、化合物を取り込む；例えば、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、米国特許第４，２３５，８７７号を参照のこと）が挙げられる。ワクチン調製物は、一般的に、例えば、Ｍ．Ｆ．ＰｏｗｅｌｌおよびＭ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ編、「Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ（ｔｈｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｐｐｒｏａｃｈ）」、Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ（ＮＹ、１９９５）に記載される。本発明の範囲内にある薬学的組成物およびワクチンはまた、生物学的に活性または不活性であり得る他の化合物を含み得る。例えば、他のＣｈｌａｍｙｄｉａｌ抗原の１つ以上の免疫原性部分は、組成物またはワクチンにおいて、融合ポリペプチドに組み込まれてかまたは個々の化合物としてのいずれかで存在し得る。
薬学的組成物またはワクチンは、上記のような１つ以上のポリペプチドをコードするＤＮＡを含み得、その結果、そのポリペプチドはインサイチュで生成される。上記のように、ＤＮＡは、当業者に公知の種々の任意の送達系（核酸発現系、細菌性発現系、およびウイルス性発現系を含む）において存在し得る。多数の遺伝子技術が当該分野において周知である（例えば、Ｒｏｌｌａｎｄ、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｔｈｅｒａｐ．Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ １５：１４３−１９８、１９９８およびその中で引用される参考文献により記載される技術）。適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なＤＮＡ配列を含む（例えば、適切なプロモーターおよび終結シグナル）。細菌性送達系は、細胞表面上でポリペプチドの免疫原性部分を発現するかまたはそのようなエピトープを分泌する細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅｒｒｉｎ）の投与を含む。好ましい実施形態では、ウイルス性発現系（例えば、ワクシニアもしくは他のポックスウイルス、レトロウイルス、またはアデノウイルス）を使用してＤＮＡを導入し得る。このウイルス発現系は、非病原性（欠損性）複製コンピテントなウイルスの使用を含み得る。適切な系は、例えば、以下において開示される：Ｆｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：３１７−３２１、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５６９：８６−１０３、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ｖａｃｃｉｎｅ ８：１７−２１、１９９０；米国特許第４，６０３，１１２号、同第４，７６９，３３０号、および同第５，０１７，４８７号；ＷＯ ８９／０１９７３；米国特許第４，７７７，１２７号；ＧＢ ２，２００，６５１；ＥＰ ０，３４５，２４２；ＷＯ ９１／０２８０５；Ｂｅｒｋｎｅｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６１６−６２７、１９８８；Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：４３１−４３４、１９９１；Ｋｏｌｌｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：２１５−２１９、１９９４；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：１１４９８−１１５０２、１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ ８８：２８３８−２８４８、１９９３；およびＧｕｚｍａｎら、Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３：１２０２−１２０７、１９９３。このような発現系にＤＮＡを組み込む技術は、当業者に周知である。ＤＮＡはまた、例えば、Ｕｌｍｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１７４５−１７４９、１９９３において記載され、そしてＣｏｈｅｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６９１−１６９２、１９９３によって概説されるように、「裸」であり得る。裸のＤＮＡの取り込みは、生分解性ビーズ（これは、細胞に効率的に輸送される）上にＤＮＡをコーティングすることによって増加され得る。
当業者に公知の任意の適切なキャリアが、本発明の薬学的組成物において使用され得るが、キャリアの型は、投与の様式に依存して変化する。本発明の組成物は、任意の適切な投与の様式（例えば、局所的投与、経口投与、経鼻投与、静脈内投与、頭蓋内投与、腹腔内投与、皮下投与、または筋内投与を含む）について処方され得る。非経口投与（例えば、皮下注射）については、キャリアは、好ましくは、水、生理食塩水、アルコール、脂肪、ろう、または緩衝液を含む。経口投与については、任意の上記のキャリアまたは固体キャリア（例えば、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリン、タルク、セルロース、グルコース、スクロース、および炭酸マグネシウム）を使用し得る。生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリラクテートポリグリコレート）もまた、本発明の薬学的組成物のためのキャリアとして使用され得る。適切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号および同第５，０７５，１０９号に開示される。
このような組成物はまた、以下を含み得る：緩衝液（中性の緩衝化生理食塩水またはリン酸緩衝化生理食塩水）、炭水化物（例えば、グルコース、マンノース、スクロース、またはデキストラン）、マンニトール、タンパク質、ポリペプチド、またはアミノ酸（例えば、グリシン）、抗酸化薬、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡまたはグルタチオン）、アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）、および／または誘導体。あるいは、本発明の組成物は、凍結乾燥物（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚａｔｅ）として処方され得る。化合物はまた、周知技術を使用して、リポソーム内にカプセル化され得る。
任意の種々の免疫刺激物質が、本発明のワクチンにおいて使用され得る。例えば、アジュバントが含められ得る。大半のアジュバントは、迅速な異化作用から抗原を保護するために設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまたは鉱油）、および免疫応答の刺激物質（例えば、リピドＡ、Ｂｏｒｔａｄｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ由来のタンパク質）を含む。適切なアジュバントは、例えば、フロイントの不完全アジュバントおよび完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩ）；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．、Ｒａｈｗａｙ、ＮＪ）；アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）またはリン酸アルミニウム）；カルシウム、鉄、または亜鉛の塩；アシル化チロシンの不溶性懸濁液；アシル化糖；カチオン的またはアニオン的に誘導体化されたポリサッカリド；ポリフォスファゼン（ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｚｅｎｅ）；生分解性ミクロスフェア；モノホスホリルリピドＡおよびクイルＡ（ｑｕｉｌ Ａ）のように市販されている。ＧＭ−ＣＳＦまたはインターロイキン−２、インターロイキン−７、もしくはインターロイキン−１２のようなサイトカインもまた、アジュバントとして使用され得る。
本明細書中に提供されるワクチンでは、選択状況下で、アジュバント組成物は、優勢にＴｈ１型またはＴｈ２型の免疫応答を誘導するように設計され得る。高レベルのＴｈ１型サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦα、ＩＬ−２およびＩＬ−１２）は、投与された抗原に対する細胞媒介性免疫応答の誘導に有利な傾向がある。対照的に、高レベルのＴｈ２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０）は、体液性免疫応答の誘導に有利な傾向がある。本明細書中に提供されるようなワクチンの適用後、患者は、Ｔｈ１型応答およびＴｈ２型応答を含む免疫応答を支持する。応答が優勢にＴｈ１型である好ましい実施形態では、Ｔｈ１型サイトカインのレベルは、Ｔｈ２型サイトカインのレベルよりも高い程度に増加する。これらのサイトカインのレベルは、標準的アッセイを使用して容易に評価され得る。サイトカインのファミリーの概説については、ＭｏｓｍａｎｎおよびＣｏｆｆｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：１４５−１７３、１９８９を参照のこと。
優勢にＴｈ１型応答を誘発する際の使用のために好ましいアジュバントとしては、例えば、モノホスホリルリピドＡ（好ましくは、３−デ−Ｏ−アシル化モノホスホルリピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）とアルミニウム塩との組み合わせが挙げられる。ＭＰＬアジュバントは、Ｒｉｂｉ ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｃ．（Ｈａｍｉｌｔｏｎ、ＭＴ）から入手可能である（米国特許第４，４３６，７２７号；同第４，８７７，６１１号；同第４，８６６，０３４号；および同第４，９１２，０９４号を参照のこと）。ＣｐＧを含有するオリゴヌクレオチド（ここで、ＣｐＧジヌクレオチドはメチル化されていない）もまた、優勢にＴｈ１応答を誘導する。このようなオリゴヌクレオチドは周知であり、そして例えば、ＷＯ ９６／０２５５５に記載されている。別の好ましいアジュバントはサポニン（好ましくは、ＱＳ２１）であり、これは単独または他のアジュバントと組み合わせて使用され得る。例えば、増強される系としては、モノホスホルリピドＡとサポニン誘導体の組み合わせ（例えば、ＷＯ ９４／００１５３に記載のようなＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬの組み合わせ）、またはＷＯ ９６／３３７３９に記載のような、反応原性の低い組成物（ここでは、ＱＳ２１は、コレステロールでクエンチされる）が挙げられる。他の好ましい処方物は、水中油エマルジョンおよびトコフェロールが挙げられる。水中油エマルジョン中にＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬおよびトコフェロールを含有する特定の強力なアジュバント処方物が、ＷＯ ９５／１７２１０中に記載される。本明細書中に提供されるいずれのワクチンも、抗原、免疫応答エンハンサー、および適切なキャリアまたは賦形剤の組み合わせを生じる周知の方法を使用して調製され得る。
本明細書中に記載される組成物は、投与後に化合物の緩徐な放出をもたらす徐放処方物（すなわち、カプセル、スポンジ、またはゲル（ポリサッカリドから構成される）などのような処方物）の部分として投与され得る。このような処方物は、一般的に、周知技術を使用して調製され得、そして、例えば、経口、直腸、もしくは皮下移植によってか、または所望される標的部位での移植によって投与され得る。徐放処方物は、キャリアマトリクス中に分散されたポリペプチド、ポリヌクレオチドもしくは抗体を含み得るか、および／または速度制御する膜によって取り囲まれたリザーバ中に含まれ得る。このような処方物における使用のためのキャリアは生体適合性であり、そしてまた生分解性でもあり得る；好ましくは、処方物は、比較的一定レベルの活性成分放出を提供する。徐放処方物中に含まれる活性化合物の量は、移植の部位、放出の速度および予期される持続期間、ならびに処置または予防される状態の性質に依存する。
任意の種々の送達ビヒクルが、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染した細胞を標的化する抗原特異的な免疫応答の産生を容易にするために、薬学的組成物およびワクチンにおいて使用され得る。送達ビヒクルは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、単球、および効率的なＡＰＣとなるように操作され得る他の細胞）を含む。このような細胞は、抗原を提示する能力を増加させるために、Ｔ細胞応答の活性化および／または維持を改善するために、抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ効果自体を有するように、および／または受け手（すなわち、整合したＨＬＡハプロタイプ）と免疫学的に適合性であるように、遺伝的に改変され得るが、必要ではない。ＡＰＣは、一般的に、任意の種々の生物学的液体および器官から単離され得、そして自系、同種異系、同系または異種の細胞であり得る。
本発明の特定の好ましい実施形態は、抗原提示細胞として、樹状細胞またはその前駆体を使用する。樹状細胞は、非常に強力なＡＰＣであり（ＢａｎｃｈｅｒｅａｕおよびＳｔｅｉｎｍａｎ、Ｎａｔｕｒｅ ３９２：２４５−２５１、１９９８）、そして予防的または治療的な免疫を誘発するための生理的アジュバントとして有効であることが示された（ＴｉｍｍｅｒｍａｎおよびＬｅｖｙ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５０：５０７−５２９、１９９９を参照のこと）。一般的に、樹状細胞は、その典型的な形状（インサイチュで星状、インビトロで可視的な顕著な細胞質突起（樹状突起）を有する）、高い効率で抗原を取りこみ、プロセスし、そして提示するその能力、そして未処理のＴ細胞応答を活性化するその能力に基づいて同定され得る。樹状細胞は、当然のことながら、インビボまたはエキソビボでは樹状細胞において一般に見出されない特定の細胞表面レセプターまたはリガンドを発現するように操作され得、そしてこのように改変された樹状細胞が、本発明によって意図される。樹状細胞に対する代替物として、分泌小胞抗原を負荷した樹状細胞（エキソソーム（ｅｘｏｓｏｍｅ）と呼ばれる）を、ワクチンにおいて使用し得る（Ｚｉｔｖｏｇｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．４：５９４−６００、１９９８を参照のこと）。
樹状細胞および前駆体は、末梢血、骨髄、リンパ節、脾臓、皮膚、臍帯血、または任意の他の適切な組織もしくは液体から獲得され得る。例えば、樹状細胞は、末梢血から回収された単球の培養物に対して、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１３および／またはＴＮＦαのようなサイトカインの組み合わせを添加することによって、エキソビボで分化され得る。あるいは、末梢血、臍帯血、または骨髄から回収されたＣＤ３４陽性細胞は、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＴＮＦα、ＣＤ４０リガンド、ＬＰＳ、ｆｌｔ３リガンドおよび／または樹状細胞の分化、成熟、および増殖を誘導する他の化合物の組み合わせを、培養培地に添加することによって、樹状細胞に分化され得る。
樹状細胞は、都合よく、「未成熟」および「成熟」細胞として分類分けされる。これは、２つの十分に特徴付けられた表現型の間を識別するための単純な方法を与える。しかし、この命名法は、分化の全ての可能な中間ステージを排除すると解釈されるべきではない。未成熟樹状細胞は、抗原の取り込みおよびプロセシングについての高い能力（これは、Ｆｃγレセプターおよびマンノースレセプターの高発現と相関する）を有するＡＰＣとして、特徴付けられる。成熟表現型は、代表的に、これらのマーカーのより低い発現（しかし、クラスＩおよびクラスＩＩ ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）、ならびに同時刺激分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、および４−１ＢＢ）のような、Ｔ細胞活性化を担う細胞表面分子の高発現）によって特徴付けられる。
ＡＰＣは、一般的に、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌタンパク質（または、その部分もしくは他の改変体）をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得、その結果、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌポリペプチド、またはその免疫原性部分が、その細胞表面において発現される。このようなトランスフェクションは、エキソビボで生じ得、次いで、このようなトランスフェクトされた細胞を含む組成物またはワクチンが、本明細書中に記載のような治療目的のために使用され得る。あるいは、樹状細胞または他の抗原提示細胞を標的化する遺伝子送達ビヒクルが患者に投与され得、インビボで生じるトランスフェクションを生じさせる。樹状細胞のインビボおよびエキソビボでのトランスフェクションなどは、一般的に、当該分野において公知の任意の方法（例えば、ＷＯ ９７／２４４４７に記載される方法、またはＭａｈｖｉら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ７５：４５６−４６０、１９９７に記載される遺伝子銃アプローチ）を使用して実施され得る。樹状細胞の抗原負荷は、Ｃｈｌａｍｉｄｉａｌのポリペプチド、ＤＮＡ（裸またはプラスミドベクター中）もしくはＲＮＡと共に；または、抗原を発現する組換え細菌もしくはウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘、アデノウイルス、またはレンチウイルスのベクター）と共に、樹状細胞または前駆細胞をインキュベートすることによって、達成され得る。負荷の前に、ポリペプチドは、Ｔ細胞補助（例えば、キャリア分子）を提供する、免疫学的パートナーと共有結合的に結合体化され得る。あるいは、樹状細胞に、個々にかまたはポリペプチドの存在下で、結合体化されていない免疫学的パートナーを適用し得る。
薬学的組成物およびワクチンの投与の経路および頻度、ならびに投薬量は、個体間で変動する。一般的に、薬学的組成物およびワクチンは、注射（例えば、皮内、筋内、静脈内、または皮下）、鼻腔内（例えば、吸入）、または経口によって投与され得る。１〜３の用量が、１〜３６週間投与され得る。好ましくは、３〜４ヶ月の間隔で、３用量が投与され、そしてブースターワクチン接種が、その後定期的に与えられ得る。代替のプロトコールが、個々の患者に適切であり得る。適切な用量は、上記のように投与される場合に、少なくとも１〜２年間患者をＣｈｌａｍｙｄｉａｌ感染から防御するに十分に、免疫した患者において免疫応答を惹起し得るポリペプチドまたはＤＮＡの量である。一般的に、１用量中に存在する（または、１用量中のＤＮＡによってインサイチュで産生される）ポリペプチドの量は、宿主１ｋｇあたり約１ｐｇ〜約１００ｍｇ、代表的には、約１０ｐｇ〜約１ｍｇ、そして好ましくは約１００ｐｇ〜約１μｇの範囲である。適切な用量サイズは、患者のサイズに伴って変化するが、代表的には、約０．１ｍＬ〜約５ｍＬの範囲である。
当業者に公知の任意の適切なキャリアが、本発明の薬学的組成物において使用され得るが、キャリアの型は投与の様式に依存して変化する。非経口投与（例えば、皮下注射）について、キャリアは、好ましくは、水、生理食塩水、アルコール、脂肪、ろう、または緩衝液を含む。経口投与について、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリン、タルク、セルロース、グルコース、スクロース、および炭酸マグネシウムのような、任意の上記のキャリアまたは固体キャリアが使用され得る。生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリ乳酸ガラクチド）もまた、本発明の薬学的組成物のキャリアとして使用され得る。適切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号および同第５，０７５，１０９号に開示される。
一般的に、適切な投薬量および処置レジメンは、治療的および／または予防的利点を提供するに十分な量で活性化合物を提供する。このような応答は、処置されていない患者と比較して、処置された患者において改善された臨床的結果を確証することによって、モニターされ得る。Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌタンパク質に対する既存の免疫応答の増加は、一般的に改善された臨床的結果と相関する。このような免疫応答は、一般的に、標準的な増殖アッセイ、細胞傷害性アッセイ、またはサイトカインアッセイを使用して評価され得、これらは、処置前および処置後の患者から得られるサンプルを用いて実施され得る。
別の局面では、本発明は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ感染を診断するために、上記されるポリペプチドを使用する方法を提供する。この局面では、方法は、１つ以上の上記のポリペプチドを単独または組み合わせのいずれかで使用して、生物学的サンプルにおけるＣｈｌａｍｙｄｉａｌ感染を検出するために提供される。明確さのために、用語「ポリペプチド」は、本発明の診断方法の特定の実施形態を記載する場合に使用される。しかし、本発明の融合タンパク質がまた、このような方法において使用され得ることは、当業者に明らかである。
本明細書中で使用される場合、「生物学的サンプル」は、患者から得られる任意の抗体を含有するサンプルである。好ましくは、サンプルは、全血、痰、血清、血漿、唾液、脳脊髄液または尿である。より好ましくは、サンプルは、患者から得られる血液サンプル、血清サンプル、または血漿サンプルである。ポリペプチドは、以下に記載されるように、予め決定されたカットオフ値と相対的な、サンプル中のポリペプチドに対する抗体の存在または非存在を決定するためのアッセイにおいて用いられる。このような抗体の存在は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原に対する以前の感作を示し、これは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染の指標であり得る。
１つより多いポリペプチドが使用される実施形態では、使用されるポリペプチドは、好ましくは、補完的である（すなわち、１つの成分ポリペプチドが、別の成分ポリペプチドによって感染が検出されないサンプルにおいて、感染を検出する傾向にある）。補完的ポリペプチドは、各ポリペプチドを個々に使用して、Ｃｈｌａｍｙｄｉａに感染したことが既知の一連の患者から得られた血清サンプルを評価することによって同定され得る。いずれのサンプルが、各ポリペプチドと（以下に記載のように）陽性かを試験し決定した後、大半またはすべての試験したサンプルにおいて感染を検出し得る２つ以上のポリペプチドの組み合わせが処方され得る。
サンプル中で抗体を検出するために１つ以上のポリペプチドを使用するための、種々のアッセイ様式が当業者に周知である。例えば、ＨａｗｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８（これを、本明細書中で参考として援用する）を参照のこと。好ましい実施形態では、アッセイは、サンプル由来の抗体に結合し、そしてそれを取り除くために、固体支持体上に固定されたポリペプチドの使用を含む。次いで、結合した抗体を、レポーター基を含む検出試薬を用いて検出し得る。適切な検出試薬は、レポーター基で標識された、抗体／ポリペプチド複合体および遊離ポリペプチドに結合する抗体を含む（すなわち、半競合的アッセイにおいて）。あるいは、競合的アッセイが利用され得、ここではポリペプチドに結合する抗体をレポーター基で標識し、そして抗原とサンプルとのインキュベーションの後、固定された抗原に結合させる。サンプルの成分がポリペプチドへの標識化抗体の結合を阻害する程度は、固定されたポリペプチドとのサンプルの反応性の指標である。
固体支持体は、当業者に公知の、抗原が付着され得る任意の固体物質であり得る。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレート中の試験ウェル、またはニトロセルロースもしくは他の適切な膜であり得る。あるいは、支持体は、ビーズまたはディスク（例えば、ガラス、繊維ガラス、ラテックス、またはプラスチック材料（例えば、ポリスチレンまたは塩化ビニル））であり得る。支持体はまた、磁気粒子または光ファイバーセンサー（ｆｉｂｅｒ ｏｐｔｉｃ ｓｅｎｓｏｒ）（例えば、米国特許第５，３５９，６８１号に開示されたもの）であり得る。
ポリペプチドは、当業者に公知の種々の技術を使用して、固体支持体に結合され得る。本発明の状況において、用語「結合した（された）」は、非共有結合性会合（例えば、吸着）および共有結合性連結（これは、支持体上での抗原と官能基との間の直接的な結合であり得るか、または架橋剤による結合であり得る）の両方をいう。マイクロタイタープレート中のウェルまたは膜への吸着による結合が好ましい。このような場合、吸着は、適切な緩衝液中で適切な量の時間、ポリペプチドを固体支持体と接触させることにより達成され得る。接触時間は、温度に伴って変動するが、代表的に、約１時間と１日との間である。一般的に、プラスチックマイクロタイタープレート（例えば、ポリスチレンまたは塩化ビニル）のウェルを、約１０ｎｇ〜約１μｇの範囲（そして好ましくは、約１００ｎｇ）の量のポリペプチドと接触させることは、十分な量の抗原を結合するに十分である。
固体支持体へのポリペプチドの共有結合は、一般的に、最初にその支持体を二官能性試薬と反応させることによって達成され得る。その二官能性試薬は、支持体と官能基（例えば、ポリペプチド上のヒドロキシル基またはアミノ基）の両方と反応する。例えば、そのポリペプチドは、ベンゾキノンを使用することにより、または支持体上のアルデヒド基の、ポリペプチド上のアミンと活性水素との縮合によって、適切なポリマー被覆を有する支持体に結合され得る（例えば、Ｐｉｅｃｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃａｔａｌｏｇ ａｎｄ Ｈａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、Ａ１２〜Ａ１３を参照のこと）。
特定の実施形態において、アッセイは、固相酵素免疫検定法である。このアッセイは、固体支持体（一般的には、マイクロタイタープレートのウェル）上に固定化されたポリペプチド抗原を、サンプルと最初に接触させることによって行い得、その結果、サンプル中のポリペプチドに対する抗体は、固定されたポリペプチドに結合することが可能になる。次いで、未結合のサンプルが固定化されたポリペプチド複合体から取り除かれ、そして固定化されたポリペプチド複合体に結合し得る検出試薬が添加される。次いで、固体支持体に結合したまま残っている検出試薬の量が、特定の検出試薬に対して適切な方法を使用して決定される。
より具体的には、上記のように、一旦ポリペプチドが支持体に固定化されるならば、支持体上の残っているタンパク質結合部位は、代表的にはブロックされる。当業者に公知である任意の適切なブロッキング試薬（例えば、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはＴｗｅｅｎ２０TM（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））が利用され得る。次いで、固定化されたポリペプチドを、サンプルとともにインキュベートし、そして抗体が抗原と結合可能にする。サンプルを、インキュベーションに先立って、適切な希釈剤（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈し得る。一般的には、適切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、ＨＧＥ−感染したサンプル中の抗体の存在を検出するに十分な時間の期間である。好ましくは、接触時間は、結合した抗体と未結合の抗体との間の平衡において達成される少なくとも９５％である結合のレベルを達成するのに十分である。当業者は、平衡を達成するのに十分な時間が、時間の期間に渡って発生する結合のレベルをアッセイすることによって容易に決定され得ることを理解する。室温において、約３０分間のインキュベーション時間が、一般的に十分である。
次いで、未結合のサンプルを、適切な緩衝液（例えば、０．１％ Ｔｗｅｅｎ２０TMを含有するＰＢＳ）で支持体を洗浄することによって取り除く。次いで、検出試薬を固体支持体に添加する。適切な検出試薬は、固定化された抗体−ポリペプチド複合体に結合し、そして当業者に公知の種々の手段のいずれかによって検出され得る任意の化合物である。好ましくは、検出試薬は、レポーター基と結合体化された結合剤（例えば、プロテインＡ、プロテインＧ、免疫グロブリン、レクチン、または遊離の抗原）を含む。好ましいレポーター基は、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ）、基質、補因子、インヒビター、色素、放射性核種、発行基、蛍光基、およびビオチンを含む。レポーター基への結合剤の結合体化は、当業者に公知の標準的な方法を用いて達成され得る。種々のレポーター基に結合体化された一般的な結合剤はまた、多くの商業的な供給源（例えば、Ｚｙｍｅｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡおよびＰｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）から購入し得る。
次いで、検出試薬を、結合抗体を検出するのに十分な長さの時間、固定化された抗体−ポリペプチド複合体とともにインキュベートする。適切な時間の長さは、一般的に、製造業者の指示書から、または時間の期間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって決定され得る。次いで、未結合の検出試薬を除去し、そしてレポーター基を用いて結合した検出試薬を検出する。レポーター基を検出するために利用される方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性活性基については、シンチレーション計数またはオートラジオグラフィー法が一般的には適切である。分光学的方法は、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビオチンは、異なるレポーター基（一般的には、放射活性基もしくは蛍光基または酵素）と結合したアビジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般的に、基質の添加によって検出され得（一般的には、特定の時間の期間）、続いて反応生成物の分光学的分析または他の分析を行う。
サンプル中の抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗体の存在または非存在を決定するために、固体支持体に結合したまま残っているレポーター基からの検出されたシグナルは、一般的に、所定のカットオフ値に対応するシグナルに匹敵する。１つの好ましい実施形態において、カットオフ値は、固定化された抗原が非感染患者由来のサンプルとともにインキュベートされる場合に得られる平均のシグナルである。一般的に、上記の所定のカットオフ値よりも上の３つの標準偏差であるシグナルを生成するサンプルは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染について陽性であるとみなされる。代替的な好ましい実施形態において、カットオフ値は、Ｓａｃｋｅｔｔら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｂａｓｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｂｒｏｗｎ ａｎｄ Ｃｏ．，１９８５、１０６〜１０７頁の方法に従って、Ｒｅｃｅｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｏｒ Ｃｕｒｖｅを使用して決定される。手短に言えば、この実施形態において、カットオフ値は、真の陽性の割合（すなわち、感受性）の対、および診断試験の結果についての各々の可能なカットオフ値に対応する擬陽性の割合（１００％特異性）のプロットから決定され得る。上部の左側の端に最も近接するプロット上のカットオフ値（すなわち、最も大きい領域を取り囲む値）は、最も正確はカットオフ値であり、そしてこの方法によって決定されたカットオフ値よりも高いシグナルを産生するサンプルが陽性であるとみなされる。あるいは、カットオフ値は、プロットに沿って左にシフトして、擬陽性の割合を最小化し得るか、または右にシフトして、偽陰性の割合を最小化し得る。一般的に、この方法によって決定されるカットオフ値よりも高いシグナルを産生するサンプルは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ感染について陽性であるとみなされる。
関連する実施形態において、アッセイは、迅速フロースルーまたはストリップ試験形式で実行され、ここで抗原は、メンブレン（例えば、ニトロセルロース）上に固定化される。フロースルー試験において、サンプル中の抗体は、サンプルがメンブレンを通過する際に固定化されたポリペプチドに結合する。次いで、検出試薬（例えば、プロテインＡ−コロイド金）は、検出試薬を含む溶液がメンブレンを通して流れるにつれて、抗体−ポリペプチド複合体に結合する。次いで、結合した検出試薬の検出が上記のように行われ得る。ストリップ試験形式において、ポリペプチドが結合するメンブレンの一方の端は、サンプルを含有する溶液中に浸漬される。サンプルは、検出試薬を含む領域を通してメンブレンに沿って移動し、そして固定化されたポリペプチドまで移動する。ポリペプチドでの検出試薬の濃度は、サンプル中の抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗体の存在を示す。代表的には、その部位での検出試薬の濃度は、視覚的に読みとれ得るような、線のようなパターンを生成する。このようなパターンの非存在は、ネガティブな結果を示す。一般的に、メンブレン上に固定化されたポリペプチドの量は、生物学的サンプルが、上記のように、ＥＬＡＳＡにおいてポジティブシグナルを生成するのに十分なレベルの抗体を含有する場合に、視覚的に識別可能なパターンを生成するように選択される。好ましくは、メンブレン上に固定化されたポリペプチドの量は、約２５ｎｇ〜約１μｇ、そしてより好ましくは、約５０ｎｇ〜約５００ｎｇの範囲である。このような試験は、代表的には、非常に少量（例えば、１滴）の患者の血清または血液で行われ得る。
当然、本発明のポリペプチドを伴う使用のために適切な多数の他のアッセイプロトコルが存在する。上記の記載は、例示のみを意図する。このような方法において有用に使用され得る代替的なアッセイプロトコルの１つの例は、ウェスタンブロットであり、ここで生物学的サンプル中に存在するタンパク質はゲル中で分離され、その後結合剤に曝される。このような技術は、当業者に周知である。
本発明はさらに、Ｃｈｌａｍｙｄｉａタンパク質に特異的に結合する抗体およびその抗体フラグメントのような因子を提供する。本明細書中で使用される場合、抗体またはその抗原結合フラグメントは、検出可能なレベルでＣｈｌａｍｙｄｉａｌタンパク質と反応し、かつ同様の条件下で関連しないタンパク質と検出可能に反応しない場合（例えば、ＥＬＩＳＡ中で）に、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌタンパク質に「特異的に結合する」。本明細書中で使用される場合、「結合する」とは、複合体が形成されるように２つの別々の分子間の非共有的結合をいう。結合する能力は、例えば、複合体の形成についての結合定数を決定することによって評価され得る。結合定数は、複合体の濃度が成分濃度の積で割られた場合に得られる値である。一般的に、複合体形成についての結合定数が、約１０3Ｌ／ｍｏｌを超える場合に、２つの成分は、本発明の文脈において「結合する」といわれる。結合定数は、当該分野で周知の方法を使用して決定され得る。
結合剤はさらに、本明細書中で提供される代表的なアッセイを使用して、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を有する患者とＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を有さない患者との間を区別し得る。言い換えれば、Ｃｈｌａｍｙｄｉａタンパク質に結合する抗体または他の結合剤は、疾患を有する少なくとも約２０％の患者においてＣｈｌａｍｙｄｉａ感染の存在を示すシグナルを産生し、そして感染を有さない少なくとも約９０％の個体において疾患の非存在を示す陰性のシグナルを産生する。結合剤がこの要件を満たすか否かを決定するために、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染を有する患者およびＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を有さない患者（標準的な臨床試験を用いて決定される）由来の生物学的サンプル（例えば、血液、血清、痰、尿、および／または組織生検）を、結合剤に結合するポリペプチドの存在について、本明細書中で記載されるようにアッセイし得る。統計学的に有意な数の、疾患を有するサンプルおよび疾患を有さないサンプルがアッセイされるべきであることは明らかである。各結合剤は、上記の判断基準を満たすべきである；しかし、当業者は、結合剤が、感度を改善するために組み合わせて使用され得ることを理解する。
上記の要件を満たす任意の薬剤は結合剤であり得る。例えば、結合剤は、ペプチド成分を含むかまたは含まない、リボソーム、ＲＮＡ分子、またはポリペプチドであり得る。好ましい実施形態において、結合剤は、抗体またはその抗原結合フラグメントである。抗体は、当業者に公知の種々の技術のいずれかによって調製され得る。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般的に、抗体は、組換え抗体の産生を可能にするために、細胞培養技術（本明細書中で記載されるようなモノクローナル抗体の生成を含む）によって、または適切な細菌細胞宿主または哺乳動物細胞宿主への抗体遺伝子のトランスフェクションを介して生成され得る。１つの技術において、ポリペプチドを含む免疫原は、最初に、広範な種々の哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、またはヤギ）のいずれかに注入される。この段階において、本発明のポリペプチドは、改変することなく免疫原として働き得る。あるいは、特に比較的短いポリペプチドについて、卓越した免疫応答は、ポリペプチドがキャリアタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニン）と結合される場合に誘発され得る。免疫原は、好ましくは、１回以上のブースター免疫を組み込む所定のスケジュールに従って動物宿主に注入され、そして動物を定期的に採血する。次いで、ポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体を、このような血清から、例えば、適切な固体支持体に結合させたポリペプチドを使用するアフィニティークロマトグラフィーによって精製し得る。
目的の抗原性ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体は、例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１１−５１９、１９７６の技術およびそれに対する改良を使用して、調製され得る。手短に言えば、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドとの反応性）を有する抗体を産生し得る不死化細胞株の調製を含む。このような細胞株は、例えば、上記のように免疫化された動物から得られた脾臓細胞から生成され得る。次いで、脾臓細胞を、例えば、ミエローマ細胞融合パートナー（好ましくは免疫化された動物と同系であるもの）との融合によって不死化する。種々の融合技術が利用され得る。例えば、脾臓細胞およびミエローマ細胞は、非イオン性界面活性剤とともに数分間混合し得、次いでハイブリッド細胞の増殖を支持するが、ミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上で低密度でプレーティングし得る。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン）選択を使用する。十分な時間（通常１〜２週間）の後、ハイブリッドのコロニーを観察する。単一のコロニーを選択し、そしてそれらの培養上清をポリペプチドに対する結合活性について試験する。高い反応性および特異性を有するハイブリドーマが好ましい。
モノクローナル抗体を、増殖しているハイブリドーマコロニーの上清から単離し得る。さらに、種々の技術（例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）の腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注入）が、収量を増大させるために利用され得る。次いで、モノクローナル抗体を、腹水または血液から収集し得る。夾雑物を、通常の技術（例えば、クロマトグラフィー、ゲルろ過、沈殿、および抽出）によって抗体から除去し得る。本発明のポリペプチドを、例えば、アフィニティークロマトグラフィー工程における精製工程において使用し得る。
特定の実施形態において、抗体の抗原結合フラグメントの使用が好ましい。このようなフラグメントは、標準的な技術を使用して調製され得るＦａｂフラグメントを含む。手短には、免疫グロブリンを、プロテインＡビーズカラム上のアフィニティークロマトグラフィー（ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８）によってウサギ血清から精製し得、そしてパパインによって消化して、ＦａｂフラグメントおよびＦｃフラグメントを産生し得る。ＦａｂフラグメントおよびＦｃフラグメントは、プロテインＡビーズカラム上のアフィニティークロマトグラフィーによって分離され得る。
本発明のモノクローナル抗体は、１つ以上の治療薬剤に結合され得る。この点において適切な薬剤は、放射性核種、分化誘導剤、薬物、毒素、およびその誘導体を含む。好ましい放射性核種には、90Ｙ、123Ｉ、125Ｉ、131Ｉ、186Ｒｅ、211Ａｔ、および212Ｂｉが含まれる。好ましい薬物には、メトトレキセート、ならびにピリミジンアナログおよびプリンアナログが含まれる。好ましい分化誘導剤には、ホルボールエステルおよび酪酸が含まれる。好ましい毒素には、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ体外毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ毒素、およびアメリカヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質が含まれる。
治療剤は、直接的または間接的に（例えば、リンカー基を介して）適切なモノクローナル抗体とカップリング（例えば、共有結合によって）され得る。薬剤と抗体との直接的な反応は、各々が互いに反応し得る置換基を有する場合に可能である。例えば、一方の求核基（例えば、アミノ基またはスルフヒドリル基）は、もう一方の無水物もしくは酸ハロゲン化物のようなカルボニル含有基と、または良好な遊離基（例えば、ハロゲン化物）を含むアルキル基と反応し得る。
あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とをカップリングさせることが所望され得る。リンカー基は、結合の可能性の妨害を回避するために抗体を薬剤から隔てるためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤または抗体上の置換基の化学的反応性を増加させるために働き得、従ってカップリング効率を増大させる。化学的な反応性の増大はまた、薬剤または薬剤上の官能基の使用を容易にし得る（さもなければ可能ではない）。
種々の二官能性または多官能性試薬、ホモ官能性とヘテロ官能性との両方（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬのカタログ中に記載されるもの）が、リンカー基として使用され得る。カップリングは、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基、または酸化された炭水化物基を通してもたらされ得た。このような方法論を記載する多数の参考文献（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特許第４，６７１，９５８号）が存在する。
本発明の免疫結合体の抗体部分がないときに治療剤がより強力である場合、細胞中への内部移行の間に、またはその際に切断可能なリンカー基を使用することが所望であり得る。多数の異なる切断可能なリンカー基が記載されてきた。これらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出についての機構は、ジスルフィド結合の還元（例えば、Ｓｐｉｔｌｅｒらへの米国特許第４，４８９，７１０号）、感光性結合の照射（例えば、Ｓｅｎｔｅｒらへの米国特許第４，６２５，０１４号）、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解（例えば、Ｋｏｈｎらへの米国特許第４，６３８，０４５号）、血清補体媒介性加水分解（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらへの米国特許第４，６７１，９５８号）、および酸によって触媒される加水分解（例えば、Ｂｌａｔｔｌｅｒらへの米国特許第４，５６９，７８９号）による切断を含む。
１つより多い薬剤を抗体にカップリングさせることが所望され得る。１つの実施形態において、複数の薬剤の分子が１つの抗体分子にカップリングされる。別の実施形態において、１つより多い薬剤の型が１つの抗体にカップリングされ得る。特定の実施形態に関わらず、１つより多い薬剤を有する免疫結合体は、種々の方法で調製され得る。例えば、１つより多い薬剤が、抗体分子に直接的にカップリング抗体分子に直接的にカップリングされ得るか、または付着のための複数の部位を提供するリンカーが使用され得る。あるいは、キャリアが使用され得る。
キャリアは、種々の方法（直接的にまたはリンカー基を介するかのいずれかの共有結合を含む）で薬剤を保有し得る。適切なキャリアには、アルブミンのようなタンパク質（例えば、Ｋａｔｏらへの米国特許第４，５０７，２３４号）、ペプチド、およびアミノデキストランのようなポリサッカリド（例えば、Ｓｈｉｈらへの米国特許第４，６９９，７８４号）を含み得る。キャリアはまた、例えばリポソームベシクル内に、非共有結合によって、またはカプセル化によって、薬剤を保有し得る（例えば、米国特許第４，４２９，００８号および同第４，８７３、０８８号）。放射性核種に特異的なキャリアは、放射性ハロゲン化された低分子およびキレート化合物を含み得る。例えば、米国特許第４，７３５，７９２号は、代表的な放射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する。放射性核種キレートは、金属、または金属酸化物、放射性核種の結合のためのドナー原子として窒素原子および硫黄原子を含むキレート化合物から形成され得る。例えば、Ｄａｖｉｓｏｎらへの米国特許第４，６７３，５６２号は、代表的なキレート化合物およびそれらの合成を開示する。
抗体および免疫結合体についての投与の種々の経路が使用され得る。代表的には、投与は、静脈内、筋肉内、皮下、または適切な方法による組織特異的領域においてである。抗体／免疫結合体の正確な用量は、使用される抗体、抗原密度、および抗体のクリアランスの速度に依存して変化することは明白である。
抗体は、上記に詳述されたアッセイおよび当業者に周知の他の技術と同様なアッセイを使用する、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原の存在を検出するための診断試験において使用され得、それによって患者においてＣｈｌａｍｙｄｉａ感染を検出するための方法を提供する。
本発明の診断試薬はまた、１つ以上の上記のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列、または１つ以上のその部分を含み得る。例えば、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーは、生物学的サンプル由来のＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的ｃＤＮＡを増幅するためのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイにおいて利用され得、ここで、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーが、本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に特異的である。次いで、増幅されたｃＤＮＡの存在が、当該分野で周知の技術（例えば、ゲル電気泳動）を使用して検出される。同様に、本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に特異的なオリゴヌクレオチドプローブは、生物学的サンプル中の本発明のポリペプチドの存在を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイにおいて使用され得る。
本明細書中で使用される場合、用語「ＤＮＡ分子に特異的なオリゴヌクレオチドプライマー／プローブ」とは、問題のＤＮＡ分子に少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約９０％、およびより好ましくは少なくとも約９５％の同一性を有するオリゴヌクレオチド配列を意味する。本発明の診断方法において有用に利用され得るオリゴヌクレオチドプライマーおよび／またはプローブは、好ましくは少なくとも約１０〜４０ヌクレオチドを有する。好ましい実施形態において、オリゴヌクレオチドプライマーは、本明細書中に開示される１つのポリペプチドをコードする連続する少なくとも約１０ヌクレオチドのＤＮＡ分子を含む。好ましくは、本発明の診断方法において使用するためのオリゴヌクレオチドプローブは、本明細書中で開示される１つのポリペプチドをコードする連続する少なくとも約１５の連続するオリゴヌクレオチドのＤＮＡ分子を含む。ＰＣＲに基づくアッセイとハイブリダイゼーションアッセイとの両方についての技術は、当該分野において周知である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、同書；Ｅｈｒｌｉｃｈ、同書を参照のこと）。従って、プライマーまたはプローブは、生物学的サンプル中のＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的配列を検出するために使用され得る。上記のオリゴヌクレオチド配列を含むＤＮＡプローブまたはＤＮＡプライマーは、単独でまたは互いに組み合わせて使用され得る。
以下の実施例は、例示の目的で提供され、限定の目的で提供されるのではない。
（実施例１）
（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原をコードするＤＮＡ配列の単離）
本発明のＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原を、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩのゲノムＤＮＡライブラリーの発現クローニングによって、本質的にＳａｎｄｅｒｓｏｎら（Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９９５、１８２：１７５１〜１７５７）に記載されるように単離し、そして免疫反応性Ｔ細胞株においてＰＢＭＣ増殖およびＩＦＮ−γを誘導することを示した。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株を、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩの基本小体によるクラミジア生殖管感染の既往症のない正常なドナー由来のＰＢＭＣを刺激することによって生成した。このＴ細胞株（ＴＣＬ−８といわれる）は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａの両方に感染した単球由来の樹状細胞の認識することが見出された。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩの無作為に剪断したゲノムライブラリーを、λＺＡＰ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）において構築し、そしてこの増幅されたライブラリーを、３０クローン／ウェルの密度で、９６ウェルマイクロタイタープレートにプレートした。細菌を、２ｍＭ ＩＰＴＧの存在下で組換えタンパク質を発現するように、３時間誘導し、次いで、ペレットにして、そして２００μｌのＲＰＭＩ １０％ＦＢＳ中に再懸濁した。１０μｌの誘導された細菌懸濁液を、自己単球由来の樹状細胞を含む９６ウェルプレートに移した。２時間のインキュベーションの後に、樹状細胞を洗浄して、フリーのＥ．ｃｏｌｉを除去し、そしてＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞を添加した。陽性Ｅ．ｃｏｌｉプールを、このプールに応答するＩＦＮ−γ産生およびＴ細胞の増殖を決定することにより同定した。
４つの陽性プールを同定した。これを破壊して、４つの純粋なクローン（１−Ｂ１−６６、４−Ｄ７−２８、３−Ｇ３−１０および１０−Ｃ１０−３１といわれる）を、それぞれ、４８１ｂｐ、１８３ｂｐ、１１０ｂｐおよび１４００ｂｐのインサートの大きさで得た。１−Ｂ１−６６、４−Ｄ７−２８、３−Ｇ３−１０および１０−Ｃ１０−３１について決定されたＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号１〜４に提供する。クローン１−Ｂ１−６６は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓゲノムのおよその領域５３６６９０（ＮＣＢＩ Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓデータベース）にある。クローン１−Ｂ１−６６内には、以前に同定された９ｋＤａタンパク質（Ｓｔｅｐｈｅｎｓら、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＥ００１３２０）をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）（ヌクレオチド１１５−３７５）が同定されており、この配列を、配列番号５に提供する。クローン４−Ｄ７−２８は、同じＯＲＦのより小さな領域である（１−Ｂ１−６６のアミノ酸２２〜８２）。クローン３−Ｇ３−１０は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓゲノムのおよその領域７４５５９にある。このインサートを、このゲノムのその配向に関してアンチセンスの配向においてクローニングする。クローン１０−Ｃ１０−３１は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のＳ１３リボソームタンパク質について以前に公開された配列に対応するオープンリーディングフレームを含む（Ｇｕ，Ｌ．ら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、１７７：２５９４〜２６０１、１９９５）。４−Ｄ７−２８および１０−Ｃ１０−３１についての推定タンパク質配列を、それぞれ、配列番号６および１２に提供する。３−Ｇ３−１０についての推定タンパク質配列を、配列番号７〜１１に提供する。
関連する一連のスクリーニング研究において、さらなるＴ細胞株を使用して、上記のＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩのゲノムＤＮＡライブラリーをスクリーニングした。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株（ＴＣＴ−１）は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩの基本小体に感染した自己単球由来の樹状細胞を有する患者のＰＢＭＣを刺激することによってクラミジア生殖管を患う患者に由来した。１２５６ｂｐのインサートを含む、１つのクローンである４Ｃ９−１８（配列番号２１）は、標準的な増殖アッセイによって測定されるように、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株ＴＣＴ−１からの特異的免疫応答を誘発した。その後の分析により、このクローンは、以下の３つの既知の配列を含むことが明らかにされた：配列番号２２において開示される、リポアミドデヒドロゲナーゼ（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＥ００１３２６）；配列番号２３において開示される、ハイポセティカルタンパク質ＣＴ４２９（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＥ００１３１６）；および配列番号２４において開示される、ユビキノンメチルトランスフェラーゼＣＴ４２８（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＥ００１３１６）のオープンリーディングフレームの一部。
クローン４Ｃ９−１８（配列番号２１）に関するさらなる研究において、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（ＬＧＶ ＩＩ）由来のリポアミドデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列（配列番号２２）を、配列番号９０に開示されるクローンＣｔＬ２−ＬＰＤＡ−ＦＬ中に発現させた。
Ｔ細胞刺激エピトープを含むオープンリーディングフレームをさらに特徴付けるために、６×ヒスチジンタグをアミノ末端にコードするｃＤＮＡ配列を有するクローン４Ｃ９−１８のヌクレオチド１〜６９５を含むｃＤＮＡフラグメントを、ｐＥＴ１７ｂベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）のＮｄｅＩ／ＥｃｏＲＩ部位にサブクローニングし（クローン４Ｃ９−１８♯２ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳ（配列番号２５、配列番号２６に提供される対応するアミノ酸配列を有する）、そしてＥ．ｃｏｌｉ中に形質転換した。２ｍＭ ＩＰＴＧでの３時間の、形質転換されたＥ．ｃｏｌｉの選択的誘導は、標準的なクマシー染色したＳＤＳ−ＰＡＧＥにより確証されるように、クローン４Ｃ９−１８♯２ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳから２６ｋＤａのタンパク質の発現を生じた。クローン４Ｃ９−１８♯２ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳによりコードされるタンパク質の免疫原性を決定するために、２６ｋＤａのタンパク質を発現するＥ．ｃｏｌｉを、１×１０4の単球由来の樹状細胞上で力価測定し、そして２時間インキュベートした。樹状細胞培養物を、洗浄し、そして２．５×１０4のＴ細胞（ＴＣＴ−１）を、添加して、そしてさらに７２時間インキュベートさせて、その時点で、培養物上清におけるＩＦＮ−γのレベルを、ＥＬＩＳＡにより決定した。図１に示されるように、Ｔ細胞株ＴＣＴ−１は、ＩＦＮ−ｇにより測定されるように、誘導した培養物に応答することが見出され、これは、リポアミドデヒドロゲナーゼ配列に対するＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞応答を示す。同様に、クローン４Ｃ９−１８♯２ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳによりコードされるタンパク質は、標準的な増殖アッセイによりＴＣＴ−１ Ｔ細胞株を刺激することが示された。
上記のＣＤ４＋ Ｔ細胞発現クローニング技術を使用して、さらなるＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原を同定するその後の研究は、さらなるクローンを生じた。ＴＣＴ−１およびＴＣＬ−８ Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株、ならびにＴＣＰ−２１ Ｔ細胞株を利用して、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶＩＩゲノムライブラリーをスクリーニングした。ＴＣＰ−２１ Ｔ細胞株は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅに対する液性免疫応答を有する患者に由来した。ＴＣＴ−１細胞株は、３７の陽性プールを同定し、ＴＣＴ−３細胞株は、４１の陽性プールを同定し、そしてＴＣＰ−２１細胞株は、２つの陽性プールを同定した。以下のクローンは、これらの陽性プールのうちの１０個に由来した。ＴＣＰ−２１細胞株により同定される、クローン１１−Ａ３−９３（配列番号６４）は、ＨＡＤスーパーファミリーに対する相同性を共有する１３３０ｂｐのゲノムフラグメントである（ＣＴ１０３）。同じクローンにおける第２のインサートは、相補鎖上に存在するｆａｂＩ遺伝子（ＣＴ１０４）と相同性を共有する。ＴＣＰ−２１細胞株を使用して同定された、クローン１１−Ｃ１２−９１（配列番号６３）は、ＯＭＰ２遺伝子（ＣＴ４４３）の一部である２６９ｂｐインサートを有し、そしてＣ．ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅの６０ｋＤａのシステインに富む外膜タンパク質と相同性を共有する。
ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１１−Ｇ１０−４６（配列番号６２）は、ハイポセティカルタンパク質ＣＴ６１０に対して相同性を共有する６８８ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１１−Ｇ１−３４（配列番号６１）は、１２１５ｂｐのインサートの大きさを有する、２つの部分的なオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を有する。一方のＯＲＦは、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ遺伝子（ＣＴ３７６）に対して相同性を共有し、そして他方のＯＲＦは、グリコーゲンヒドロラーゼ遺伝子（ＣＴ０４２）に対して相同性を共有する。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１１−Ｈ３−６８（配列番号６０）は、全体のインサートの大きさが１１８０ｂｐである、２つのＯＲＦを有する。一方の部分的なＯＲＦは、プラスミドによりコードされるＰＧＰ６−Ｄビルレンスタンパク質をコードし、一方、第２のＯＲＦは、Ｌ１リボソーム遺伝子（ＣＴ３１８）に対する完全なＯＲＦである。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定される、クローン１１−Ｈ４−２８（配列番号５９）は、５５２ｂｐのインサートの大きさを有し、そしてｄｎａＫ遺伝子（ＣＴ３９６）に対するＯＲＦの一部である。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定される、クローン１２−Ｂ３−９５（配列番号５８）は、４６３ｂｐのインサートの大きさを有し、そしてリポアミドデヒドロゲナーゼ遺伝子（ＣＴ５５７）のＯＲＦの一部である。クローン１５−Ｇ１−８９および１２−Ｂ３−９５は同一であり（それぞれ、配列番号５５および５８）、ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定され、４６３ｂｐのインサートの大きさを有し、そしてリポアミドデヒドロゲナーゼ遺伝子（ＣＴ５５７）のＯＲＦの一部である。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定される、クローン１２−Ｇ３−８３（配列番号５７）は、１５３７ｂｐのインサートの大きさを有し、そしてハイポセティカルタンパク質ＣＴ６２２のＯＲＦの一部である。
ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定される、クローン２３−Ｇ７−６８（配列番号７９）は、９５０ｂｐのインサートを含み、そしてＬ１１リボソームＯＲＦの小さな部分、Ｌ１リボソームタンパク質のＯＲＦ全体、およびＬ１０リボソームタンパク質のＯＲＦの一部を含む。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定された、クローン２２−Ｆ８−９１（配列番号８０）は、このクローンの相補鎖上のｐｍｐＣ ＯＲＦの一部を含む３９５ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン２１−Ｅ８−９５（配列番号８１）は、ＣＴ６１３ ＯＲＦの一部、ＣＴ６１２の完全ＯＲＦ、ＣＴ６１１の完全ＯＲＦおよびＣＴ６１０のＯＲＦの一部を含む、２，０８５ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１９−Ｆ１２−５３（配列番号８２）は、ＣＴ８５８ ＯＲＦの部分およびｒｅｃＡ ＯＲＦの小さな部分を含む、４０５ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１９−Ｆ１２−５３（配列番号８３）は、グルタミルｔＲＮＡシンテターゼをコードするＣＴ４５５のＯＲＦの一部である、３７９ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１９−Ａ５−５４（配列番号８４）は、潜在性プラスミドのＯＲＦ３（このクローンの相補鎖）の一部である７１５ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定された、クローン１７−Ｅ１１−７２（配列番号８５）は、Ｏｐｐ ２およびｐｍｐＤのＯＲＦの一部である、４７６ｂｐのインサートを含む。このクローンのｐｍｐＤ領域は、クローン１５−Ｈ２−７６のｐｍｐＤ領域に含まれる。ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１７−Ｃ１−７７（配列番号８６）は、ＣＴ８５７ ＯＲＦの一部、およびＣＴ８５８ ＯＲＦの一部である、１５５１ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定された、クローン１５−Ｈ２−７６（配列番号８７）は、ｐｍｐＤ ＯＲＦの大きな部分、ＣＴ０８９ ＯＲＦの一部、およびＳｙｃＥのＯＲＦの一部を含む、３，０３１ｂｐのインサートを含む。クローン１５−Ａ３−２６（配列番号８８）は、ＣＴ８５８のＯＲＦの一部を含む９７６ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−１０細胞株を使用して同定された、クローン１７−Ｇ４−３６（配列番号２６７）は、プラスミド中にβ-ｇａｌをインフレーム（ｉｎ ｆｒａｍｅ）で含み、そしてＤＮＡ指向性ＲＮＡポリメラーゼβサブユニット（ＳｅｒＤにおけるＣＴ３１５）のＯＲＦの一部に対して相同性を共有する、６８０ｂｐのインサートを含む。
上記のいくつかのクローンは、種々の多型性膜タンパク質に対して相同性を共有する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのゲノム配列は、ｐｍｐといわれる、９つの多型性膜タンパク質遺伝子のファミリーを含む。これらの遺伝子は、ｐｍｐＡ、ｐｍｐＢ、ｐｍｐＣ、ｐｍｐＤ、ｐｍｐＥ、ｐｍｐＦ、ｐｍｐＧ、ｐｍｐＨ、およびｐｍｐＩと命名される。これらの遺伝子から発現されるタンパク質は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染に応答する防御免疫応答の生成において生物学的関連性があると考えられている。特に、ｐｍｐＣ、ｐｍｐＤ、ｐｍｐＥおよびｐｍｐＩは、推定シグナルペプチドを含み、このことは、それらが外膜タンパク質であること、従って、潜在的な免疫学的標的であることを示唆する。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ血液型亜型配列に基づいて、プライマー対を、ｐｍｐＣ、ｐｍｐＤ、ｐｍｐＥ、ｐｍｐＧ、ｐｍｐＨおよびｐｍｐＩの全長フラグメントをＰＣＲ増幅するために設計した。得られたフラグメントを、ＤＮＡワクチンベクターＪＡ４３０３またはＪＡＬ（これは、改変したリンカーを有するＪＡ４３０３である）（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、Ｌｏｎｄｏｎ、Ｅｎｇｌａｎｄ）中にサブクローニングした。
詳細には、ｐｍｐＣを、それぞれ、配列番号１９７および１９８において提供される、以下：
Figure 2011036258
 を使用して、ＪＡＬベクター中にサブクローニングした。当該分野で周知の条件下でのこの遺伝子のＰＣＲ増幅、およびＪＡＬベクターの５’ＡＳＣＩ／３’ ＭｌｕＩ部位中への連結を、Ｋｏｚａｋ様配列を作製するためにＡＴＧの上流に短いヌクレオチド配列ＧＣＡＡＴＣ（配列番号１９９）を挿入することによって完了した。得られた発現ベクターは、ハイポセティカルシグナル配列を含む５３２５個のヌクレオチド（配列番号１７３）を含む全長ｐｍｐＣ遺伝子（これは、１８７ｋＤのタンパク質（配列番号１７９）をコードする）を含んだ。ｐｍｐＤ遺伝子を、以下のオリゴ：
Figure 2011036258
 を使用して、この遺伝子をＰＣＲ増幅した後に、ＪＡ４３０３ワクチンベクター中にサブクローニングした。この遺伝子を、当該分野において周知の標準的な技術を使用して、ＪＡ４３０４ワクチンベクターの５’平滑化ＨＩＩＩ／３’ＭｌｕＩ部位中に連結した。ＣＡＡＴＣ（配列番号２０２）を、ＡＴＧの上流に挿入して、Ｋｏｚａｋ様配列を作製した。このクローンは、Ｋｏｚａｋ様配列の最後のグリシンと同様に、ＨｉｎｄＩＩＩ部位の最後のトレオニンが平滑手順に起因して欠けているという点で独特である。インサートの４５９３ヌクレオチドフラグメント（配列番号１７２）は、ハイポセティカルシグナル配列を含むｐｍｐＤの全長遺伝子（これは、１６１ｋＤのタンパク質（配列番号１７８）をコードする）である。ｐｍｐＥを、以下：
Figure 2011036258
 を使用して、ＪＡ４３０４ベクター中にサブクローニングした。ＰＣＲ増幅の後に、この遺伝子を、ＪＡ４３０４の５’平滑化ＨＩＩＩ／３’ ＭｌｕＩ部位中に連結した。これを容易にするために、短いヌクレオチド配列であるＴＧＣＡＡＴＣ（配列番号２９３）を、Ｋｏｚａｋ様配列を作製し、かつＨｉｎｄＩＩＩ部位を再構成するために、開始コドンの上流に付加した。このインサートは、ハイポセティカルシグナル配列を含む全長ｐｍｐＥ遺伝子（配列番号１７１）である。ｐｍｐＥ遺伝子は、１０５ｋＤのタンパク質（配列番号１７７）をコードする。ｐｍｐＧ遺伝子を、以下：
Figure 2011036258
 を使用して、ＰＣＲ増幅し、そしてＪＡ４３０４ベクター中にサブクローニングした。同様のクローニングストラテジーは、ｐｍｐＩ遺伝子およびｐｍｐＫ遺伝子についても従った。さらに、プライマー対を、ｐｍｐ遺伝子の全長フラグメントまたは重複フラグメントをＰＣＲ増幅するために設計し、次いで、これは、ｐＥＴ１７ｂベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）中でのタンパク質発現のためにサブクローニングし、そして発現、およびＮｏｖａｇｅｎによるヒスチジン−ニッケルクロマトグラフィー方法論を利用するその後の精製のためにＥ．ｃｏｌｉ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳ中にトランスフェクトした。以下に記載されるような、組換えタンパク質をコードするいくつかの遺伝子は、このタンパク質の発現を容易にするためにネイティブなシグナル配列を欠く。ｐｍｐＣの全長タンパク質の発現を、２つの重複フラグメント（アミノ酸末端およびカルボキシ末端を示す）の発現を通して達成した。シグナル配列を欠くｐｍｐＣアミノ末端部分（配列番号１８７、配列番号１９５に提供される対応するアミノ酸配列を有する）のサブクローニングは、このベクターの５’ＮｄｅＩ／３’ＫＰＮクローニング部位に、以下：
Figure 2011036258
 を使用した。この遺伝子のカルボキシ末端部分であるｐｍｐＣカルボキシ末端フラグメント（配列番号１８６、配列番号１９４に提供される対応するアミノ酸配列を有する）を、以下のプライマー：
Figure 2011036258
 を使用して、発現ベクターの５’ＮｈｅＩ／３’ＫＰＮクローニング部位中にサブクローニングした。ｐｍｐＤもまた、２つの重複タンパク質として発現させた。シグナル配列を欠くｐｍｐＤアミノ酸末端部分（配列番号１８５、配列番号１９３に提供される対応するアミノ酸配列を有する）は、ｐＥＴ１７ｂの開始コドンを含み、そして８０ｋＤのタンパク質として発現する。タンパク質の発現および精製の目的のために、６個のヒスチジンのタグを開始コドンに続けて、そしてこの遺伝子の２８番目のアミノ酸（ヌクレオチド８４）に融合させる。ベクターの５’ＮｄｅＩ／３’ＫＰＮクローニング部位中にスプライスするために、以下のプライマーを使用した：
Figure 2011036258
 。ｐｍｐＤカルボキシ末端部分（配列番号１８４）を、９２ｋＤａのタンパク質（配列番号１９２）として発現させた。発現およびその後の精製のために、さらなるメチオニン、アラニンおよびセリン（これは、ｐＥＴ１７ｂベクター由来の開始コドンおよび最初の２つのアミノ酸を示す）を、含ませた。メチオニン、アラニン、およびセリンの下流の６個のヒスチジンのタグを、この遺伝子の６９１番目のアミノ酸（ヌクレオチド２０７３）に融合させる。以下：
Figure 2011036258
 を使用して、インサートを、発現ベクターの５’ＮｈｅＩ／３’ＫＰＮクローニング部位中にサブクローニングした。ｐｍｐＥを、１０６ｋＤのタンパク質（配列番号１８３、配列番号１９１に提供される対応するアミノ酸配列を有すＲ）として発現させた。ｐｍｐＥインサートはまた、ネイティブなシグナル配列を欠く。当該分野において周知の条件下での遺伝子のＰＣＲ増幅を、以下のオリゴプライマー：
Figure 2011036258
 を使用して行い、そして増幅されたインサートをｋＪＡ４３０４の５’ＢａｍＨＩ／３’ＥｃｏＲＩ部位中に連結した。配列番号２１７に提供される、短いヌクレオチド配列を、Ｋｏｚａｋ様配列を作製し、かつＨｉｎｄＩＩＩ部位を再構成するために、開始コドンの上流に挿入した。発現されたタンパク質は、ｐＥＴ１７ｂ発現ベクター由来の開始コドンおよび下流の２１個のアミノ酸（すなわち、ＭＡＳＭＴＧＧＱＱＭＧＲＤＳＳＬＶＰＳＳＤＰ（配列番号２１８））を含む。さらに、６個のヒスチジンのタグを、上記の配列の上流に含ませ、そしてこの遺伝子の２８番目のアミノ酸（ヌクレオチド８４）（これは、ハイポセティカルシグナルペプチドを除去する）に融合する。配列番号１９１に提供される対応するアミノ酸を有する配列番号１８３に提供される配列は、これらのさらなる配列を含まない。ｐｍｐＧ遺伝子（配列番号１８２、配列番号１９０に提供される対応するアミノ酸配列を有する）を、以下のオリゴプライマー：
Figure 2011036258
 を使用して当該分野において周知の条件下でＰＣＲ増幅し、そして発現ベクターの５’ＫＰＮ／３’ＮｏｔＩクローニング部位中に連結した。発現されたタンパク質は、アミノ末端にさらなるアミノ酸配列（すなわち、ＭＡＳＭＴＧＧＱＱＮＧＲＤＳＳＬＶＰＨＨＨＨＨＨ（配列番号２２１））を含み、これは、ｐＥＴ１７ｂ発現ベクター由来の開始コドンおよびさらなる配列を含む。ｐｍｐＩ遺伝子（配列番号１８１、配列番号１８９に提供される対応するアミノ酸配列を有する）を、以下のオリゴプライマー：
Figure 2011036258
 を使用して、当該分野において周知の条件下でＰＣＲ増幅し、そして発現ベクターに５’ＮｈｅＩ／３’ＳｐｅＩクローニング部位において連結した。９５ｋＤの発現したタンパク質は、このタンパク質のアミノ末端に、ｐＥＴ１７ｂベクターに由来する、開始コドンとさらなるアラニンおよびセリンとを含む。さらに、６個のヒスチジンのタグを、この遺伝子の２１番目のアミノ酸に融合させる。これは、ハイポセティカルシグナルペプチドを除去する。
ＴＣＴ−３細胞株を使用して同定された、クローン１４Ｈ１−４（配列番号５６）は、ＴＳＡ遺伝子（チオール特異的抗酸化剤−ＣＴ６０３）の完全なＯＲＦを含む（ＣＴ６０３ ＯＲＦは、Ｃ．ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅ由来のＣＰｎ０７７８のホモログである）。クローン１４−Ｈ１−４におけるＴＳＡオープンリーディングフレームを、発現したタンパク質がさらなるメチオニンおよび６×ヒスチジンタグ（アミノ末端）を有するように増幅した。増幅されたインサートを、ｐＥＴ１７ｂベクターのＮｄｅ／ＥｃｏＲＩ部位中にサブクローニングした。ＩＰＴＧによるこのクローンの誘導の際に、２２．６ｋＤａのタンパク質を、Ｎｉ−ＮＴＡアガロースアフィニティークロマトグラフィーによって精製した。ＴＳＡ遺伝子をコードするクローン１４−Ｈ１−４の１９５個のアミノ酸のＯＲＦについて決定されたアミノ酸配列を、配列番号６５に提供する。さらなる分析により、ＴＳＡ遺伝子の全長クローン（ＣＴＬ２−ＴＳＡ−ＦＬといわれる）が生成された。これは、配列番号９２に提供される全長アミノ酸配列を有する。
さらなる研究により、上記のようにＴＣＴ−１およびＴＣＴ−３ Ｔ細胞株により同定される１０個のさらなるクローンが生成された。ＴＣＴ−１株により同定されたクローンは、１６−Ｄ４−２２、１７−Ｃ５−１９、１８−Ｃ５−２、２０−Ｇ３−４５および２１−Ｃ７−６６であり；ＴＣＴ−３細胞株により同定されるクローンは、１７−Ｃ１０−３１、１７−Ｅ２−９、２２−Ａ１−４９および２２−Ｂ３−５３である。クローン２１−Ｇ１２−６０は、ＴＣＴ−１細胞株およびＴＣＴ−３細胞株の両方によって認識された。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定された、クローン１６−Ｄ４−２２（配列番号１１９）は、２つの遺伝子（哺乳動物細胞内での増殖のためのＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓプラスミドのオープンリーディングフレーム３（ＯＲＦ３）およびＯＲＦ４の一部）を含む９５３ｂｐのインサートを含む。クローン１７−Ｃ５−１９（配列番号１１８）は、ｃｌｐ＿１プロテアーゼをコードする、ＤＴ４３１のＯＲＦの一部、およびＣＴ４３０（ジアミノピメレート（ｄｉａｍｉｎｏｐｉｍｅｌａｔｅ）エピメラーゼ）のＯＲＦの一部を含む、９５１ｂｐのインサートを含む。クローン１８−Ｃ５−２（配列番号１１７）は、ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定された４４６ｂｐのインサートを有する、Ｓ１リボソームタンパク質のＯＲＦの一部である。ＴＣＴ−１細胞株を使用して同定された、クローン２０−Ｇ３−４５（配列番号１１６）は、ｐｍｐＢ遺伝子（ＣＴ４１３）の一部である４３７ｂｐのインサートを含む。ＴＣＴ−１株により同定された、クローン２１−Ｃ７−６６（配列番号１１５）は、ｄｎａＫ様タンパク質の一部をコードする、９９５ｂｐのインサートを含む。このクローンのインサートは、ｄｎａＫ遺伝子ＣＴ３９６の一部であることが示された、ＴＣＴ−３クローン１１−Ｈ４−２８（配列番号５９）のインサートと重複しない。ＴＣＴ−３細胞株により同定された、クローン１７−Ｃ１０−３１（配列番号１１４）は、９７６ｂｐのインサートを含む。このクローンは、ＣＴ８５８のＯＲＦの一部（ＩＲＢＰドメインおよびＤＨＲドメインを含むプロテアーゼ）を含む。クローン１７−Ｅ２−９（配列番号１１３）は、２つの遺伝子（ＣＴ６１１およびＣＴ６１０）のＯＲＦの一部を含み、これは、１１４ｂｐのインサートに及ぶ。ＴＣＴ−３株を使用して同定された、クローン２２−Ａ１−４９（配列番号１１２）もまた、６９８ｂｐのインサート中に２つの遺伝子を含む。ＣＴ６６０（ＤＮＡジャイレース（ｇｙｒＡ ２）のＯＲＦの一部は、頂鎖（ｔｏｐ ｓｔｒａｎｄ）上に存在し、ここでハイポセティカルタンパク質ＣＴ６５９の完全ＯＲＦは、相補鎖上に存在する。ＴＣＴ−１株により同定された、クローン２２−Ｂ３−５３（配列番号１１１）は、ＧｒｏＥＬ（ＣＴ１１０）のＯＲＦの一部をコードする２６７ｂｐのインサートを有する。ＴＣＴ−１細胞株およびＴＣＴ−３細胞株の両方によって同定された、クローン２１−Ｇ１２−６０（配列番号１１０）は、ハイポセティカルタンパク質ＣＴ８７５、ＣＴ２２９およびＣＴ２２８の部分的ＯＲＦを含む１４６１ｂｐのインサートを含む。
さらなるＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原を、いくつかのＣｈｌａｍｙｄｉａ感染個体からプールした血清を用いてＬａｍｂｄａ Ｓｃｒｅｅｎ−１ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）中のＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（ＬＧＶ ＩＩ 血清型亜型）のゲノム発現ライブラリーを、当該分野において周知の技術を用いてスクリーニングすることによって得た。引き続き、免疫反応性クローンを同定し、そしてＣｈｌａｍｙｄｉａ遺伝子を含む挿入物を配列決定した：ＣＴＬ２＃１（配列番号７１）；ＣＴＬ２＃２（配列番号７０）；ＣＴＬ２＃３−５’（配列番号７２、５’末端を示す、最初に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃３−３’（配列番号７３、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃４（配列番号５３）；ＣＴＬ２＃５（配列番号６９）；ＣＴＬ２＃６（配列番号６８）；ＣＴＬ２＃７（配列番号６７）；ＣＴＬ２＃８ｂ（配列番号５４）；ＣＴＬ２＃９（配列番号６６）；ＣＴＬ２＃１０−５’（配列番号７４、５’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃１０−３’（配列番号７５、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃１１−５’（配列番号４５、５’末端を示す、最初に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃１１−３’（配列番号４４、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃１２（配列番号４６）；ＣＴＬ２＃１６−５’（配列番号４７）；ＣＴＬ２＃１８−５’（配列番号４９、５’末端を示す、最初に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃１８−３’（配列番号４８、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃１９−５’（配列番号７６、５’末端を示す、決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２＃２１（配列番号５０）；ＣＴＬ２＃２３（配列番号５１）；およびＣＴＬ２＃２４（配列番号５２）。
さらなるＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原を、血清学的発現クローニングによって同定した。これらの研究で、上記のように、いくつかのＣｈｌａｍｙｄｉａ感染個体からプールした血清を用いたが、ＩｇＡ抗体およびＩｇＭ抗体を、二次抗体としてＩｇＧに加えて用いた。クローンを、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌ感染に対する早期免疫応答（すなわち、粘膜体液性免疫応答）によって認識される抗体の増強した検出を、この方法によってスクリーニングした。引き続く免疫応答性クローンを、特徴付け、そしてＣｈｌａｍｙｄｉａ遺伝子を含む挿入物を、配列決定した：ＣＴＬ２ｇａｍ−１（配列番号２９０）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２（配列番号２８９）；ＣＴＬ２ｇａｍ−５（配列番号２８８）；ＣＴＬ２ｇａｍ−６−３’（配列番号２８７、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２ｇａｍ−６−５’（配列番号２８６、５’末端を示す、最初に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２ｇａｍ−８（配列番号２８５）；ＣＴＬ２ｇａｍ−１０（配列番号２８４）；ＣＴＬ２ｇａｍ−１３（配列番号２８３）；ＣＴＬ２ｇａｍ−１５−３’（配列番号２８２、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２ｇａｍ−１５−５’（配列番号２８１、５’末端を示す、最初に決定されたゲノム配列）；ＣＴＬ２ｇａｍ−１７（配列番号２８０）；ＣＴＬ２ｇａｍ−１８（配列番号２７９）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２１（配列番号２７８）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２３（配列番号２７７）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２４（配列番号２７６）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２６（配列番号２７５）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２７（配列番号２７４）；ＣＴＬ２ｇａｍ−２８（配列番号２７３）；ＣＴＬ２ｇａｍ−３０−３’（配列番号２７２、３’末端を示す、二番目に決定されたゲノム配列）；およびＣＴＬ２ｇａｍ−３０−５’（配列番号２７１、５’末端を示す、最初に決定されたゲノム配列）。
（実施例２）
（Ｃｈｌａｍｉｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原によるＴ細胞増殖およびインターフェロン−γ産生の誘導）
組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原のＴ細胞増殖およびインターフェロン−γ産生を誘導する能力を、以下のように決定する。
タンパク質をＩＰＴＧで誘導し、そしてＮｉ−ＮＴＡアガロースアフィニティクロマトグラフィー（Ｗｅｂｂら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １５７：５０３４〜５０４１、１９９６）によって精製した。次いで、精製したポリヌクレオチドを、ＰＢＭＣ調製物においてＴ細胞増殖を誘導する能力についてスクリーニングする。Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ親株由来のＰＢＭＣ、およびそのＴ細胞がＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原に応答して増殖することが公知である正常なドナー由来のＰＢＭＣを、１０％のプールしたヒト血清および５０μｇ／ｍｌのゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ １６４０を含む培地中で培養する。精製したポリペプチドを、０．５〜１０μｇ／ｍＬの濃度で２連で加える。２００μｌ容量の９６ウェル丸底プレート中で６日間の培養後に、下記のようにＩＦＮ−γレベルを決定するために５０μｌの培地を各ウェルから除去する。次いで、プレートを、さらに１８時間、１μＣｉ／ウェルのトリチウム化チミジンで標識し、収集し、そしてトリチウムの取りこみをガスシンチレーションカウンターを用いて決定した。両方の複製物において、培地単独中で培養される細胞において観察される増殖よりも３倍高い増殖を生じる画分を、陽性と見なす。
ＩＦＮ−γを酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）を用いて測定する。ＥＬＩＳＡプレートを、ＰＢＳ中のヒトＩＦＮ−γに対するマウスモノクローナル抗体（ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）で、室温で４時間コートする。次いで、ウェルを５％（Ｗ／Ｖ）脱脂乾燥ミルクを含有するＰＢＳで、室温で１時間ブロックする。プレートをＰＢＳ／０．２％ ＴＷＥＥＮ−２０で６回洗浄し、そして、ＥＬＩＳＡプレート中で培養培地に１：２に希釈したサンプルを、室温で一晩インキュベートする。プレートを再度洗浄し、そしてＰＢＳ／１０％正常ヤギ血清中に１：３０００に希釈したポリクローナルウサギ抗ヒトＩＦＮ−γ血清を、各ウェルに添加する。次いで、プレートを室温で２時間インキュベートし、洗浄し、そして西洋ワサビペルオキシダーゼ結合抗ウサギＩｇＧ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏ．，Ｓｔ，Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）を、ＰＢＳ／５％脱脂乾燥ミルク中に１：２０００希釈で添加する。室温でのさらなる２時間のインキュベートの後、プレートを洗浄し、そしてＴＭＢ基質を添加する。反応を２０分後に１Ｎ 硫酸で停止する。参照波長として５７０ｎｍを用いて、吸光度を４５０ｎｍで決定する。両方の複製物に生じる画分が、培地単独で培養した細胞由来の平均ＯＤより２倍高いＯＤプラス３標準偏差を示すことを、陽性と見なす。
上記の方法論を用いて、組換え１Ｂ１−６６タンパク質（配列番号５）および配列番号５のアミノ酸残基４８−６７（配列番号１３；１−Ｂ１−６６／４８−６７と称する）およびアミノ酸残基５８−７７（配列番号１４；１−Ｂ１−６６／５８−７７と称する）にそれぞれ対応する２つの合成ペプチドが、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩのゲノムライブラリーをスクリーニングするために用いたＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株において、増殖応答およびＩＦＮ−γ産生を誘導することを見出した。
さらなる研究は、リボソームＳ１３タンパク質中のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的Ｔ細胞エピトープを同定した。当該分野において周知の、標準エピトープマッピング技術を使用して、リボソームＳ１３タンパク質（ｒＳ１３）中の２つのＴ細胞エピトープを、ドナーＣＬ−８（Ｔ細胞株ＴＣＬ−８ ＥＢ／ＤＣ）由来のＣｈｌａｍｉｄｉａ特異的Ｔ細胞株で同定した。図８は、第一のペプチド、ｒＳ１３ １−２０（配列番号１０６）が、対応するＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ配列と１００％同一であることを示し、このことは組換えＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ｒＳ１３およびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ−ｒＳ１３に対するＴ細胞株の交差反応性を説明する。第二のペプチドｒＳ１３ ５６−７５（配列番号１０８）に対する応答は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ特異的であり、このことは、この健常な無症候性ドナーにおけるｒＳ１３応答がＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する曝露によって誘発されたが、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する曝露、または他の任意の微生物感染によっては誘発されなかったことを示す。
実施例１に記載されるように、ＴＣＰ−２１細胞株を用いて同定されたクローン１１−Ｃ１２−９１（配列番号６３）は、ＯＭＰ２遺伝子（ＣＴ４４３）の一部であり、かつＯＭＣＢと称されるＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの６０ｋＤａシステインリッチ外膜タンパク質と相同性を有する２６９ｂｐの挿入物を有する。反応性エピトープをさらに決定するために、エピトープマッピングを一連の重複ペプチドおよび以前に記載された免疫アッセイを用いて実施した。簡単には、増殖応答を、１×１０4の単球由来樹状細胞の存在下で、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の非感染性基本小体、またはＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓもしくはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＯＭＣＢタンパク質のタンパク質配列由来のペプチドのいずれか（０．１μｇ／ｍｌ）を用いて、２．５×１０4ＴＣＰ−２１ Ｔ細胞を刺激することによって決定した。ＴＣＰ−２１ Ｔ細胞は、エピトープＣＴ−ＯＭＣＢ ＃１６７−１８６、ＣＴ−ＯＭＣＢ ＃１７１−１９０、ＣＴ−ＯＭＣＢ ＃１７１−１８６、および、あまり重要でないがＣＴ−ＯＭＣＢ ＃１７５−１８６（それぞれ、配列番号２４９〜２５２）に応答した。特に、ＴＣＰ−２１ Ｔ細胞株はまた、相同なＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅペプチドＣＰ−ＯＭＣＢ ＃１７１−１８６（配列番号２５３）に対する増殖応答を示し、このペプチドに対する応答は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓペプチドに対する応答に等しいか、またはそれよりも高い。２位でのアミノ酸置換（すなわち、ＧｌｕからＡｓｐ）および４位でのアミノ酸置換（すなわち、ＳｅｒからＣｙｓ）は、Ｔ細胞の増殖応答を変えず、したがって、このエピトープがＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓとＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅとの間の交差反応性エピトープであることを示した。
上記のエピトープをさらに決定するために、さらなるＴ細胞株であるＴＣＴ−３を、エピトープマッピング実験に用いた。免疫アッセイを、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ由来のペプチドのみを試験したことを除いて、上記のように実施した。Ｔ細胞は、２つのペプチド（ＣＴ−ＯＭＣＢ ＃１５２−１７１およびＣＴ−ＯＭＣＢ ＃１５７−１７６（それぞれ、配列番号２４６および２４７））に増殖応答を与え、それにより、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのシステインリッチ外膜タンパク質中にさらなる免疫原性エピトープを決定した。
クローン１４Ｈ１−４（配列番号５６、配列番号９２に提供される全長アミノ酸配列に対応する）を、以前に記載されたＣＤ４ Ｔ細胞発現クローニング系中のＴＣＴ−３細胞株を用いて同定し、そして、ＴＳＡと称されるチオール特異的抗酸化物遺伝子（ＣＴ６０３）に関する完全ＯＲＦを含むことを示した。エピトープマッピング免疫アッセイを、上記のように実施し、エピトープをさらに規定した。ＴＣＴ−３ Ｔ細胞株は、重複エピトープＣＴ−ＴＳＡ ＃９６−１１５、ＣＴ−ＴＳＡ ＃１０１−１２０およびＣＴ−ＴＳＡ ＃１０６−１２５（それぞれ、配列番号２５４〜２５６）に対する強力な増殖性応答を示し、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血清型亜型ＬＧＶ ＩＩのチオール特異的抗酸化物遺伝子中に免疫応答性のエピトープを示した。
（実施例３）
（合成ペプチドの調製）
ポリペプチドを、ＨＰＴＵ（Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウム ヘキサフルオロホスフェート）活性を有するＦＭＯＣ化学を用いる、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ ９０５０ ペプチド合成器で合成し得る。Ｇｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列を、ペプチドのアミノ末端に接続し、ペプチドの結合法または標識法を提供し得る。固体支持相からのペプチドの切断を、以下の切断混合物を用いて実施し得る：トリフルオロ酢酸：エタンジチオール：チオアニソール：水：フェノール（４０：１：２：２：３）。２時間の切断の後、ペプチドを冷メチル−ｔ−ブチルエーテルで沈殿し得る。次いで、ペプチドペレットを、０．１％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）含有水に溶解し、そしてＣ１８逆相ＨＰＬＣによる精製の前に凍結乾燥し得る。水（０．１％のＴＦＡを含有）中０〜６０％のアセトニトリル勾配（０．１％のＴＦＡを含有）を用いて、ペプチドを溶出し得る。純粋画分の凍結乾燥後、ペプチドをエレクトロスプレー質量分析を用いて、およびアミノ酸分析によって特徴付け得る。
（実施例４）
（レトロウイルス発現ベクター系および部分配列免疫学的解析を用いるＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原をコードするＤＮＡ配列の単離および特徴付け）
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩのゲノムライブラリーを、ＢａｍＨＩ、ＢｇｌＩＩ、ＢｓｔＹｉおよびＭｂｏＩの制限酵素を用いる制限消化によって構築した。続いて、制限消化フラグメントを、レトロウイルスベクターｐＢＩＢ−ＫＳ１，２，３のＢａｍＨＩ部位に連結した。このベクターセットを改変して、図２に示すような、短いＤＮＡゲノムフラグメント由来のタンパク質を発現し得るためのＫｏｓａｋ翻訳開始部位および停止コドンを含めた。８０クローンのＤＮＡプールを調製し、そして、Ｐｅａｒ，Ｗ．Ｓ．、Ｓｃｏｔｔ，Ｍ．Ｌ．およびＮｏｌａｎ，Ｇ．Ｐ．、Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｉｇｈ Ｔｉｔｒｅ，Ｈｅｌｐｅｒ−ｆｒｅｅ ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ ｂｙ Ｔｒａｎｓｉｅｎｔ Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ：Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、ＮＪ、４１−５７頁に記載のように、レトロウイルスパッケージング株Ｐｈｏｅｎｉｘ−Ａｍｐｈｏにトランスフェクトした。次いで、レトロウイルス形態のＣｈｌａｍｕｄｉａライブラリーを、Ｈ２−Ｌｄ発現Ｐ８１５細胞に導入し、次いで、この細胞を、抗原特異的Ｔ細胞株を刺激するための標的細胞として用いた。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的、マウスＨ２d制限ＣＤ８＋Ｔ細胞株を、Ｓｔａｒｎｂａｃｈ，Ｍ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５３：５１８３、１９９４に記載のように、照射したＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染Ｊ７７４細胞および照射した同系脾臓細胞を用いる反復回の刺激によって培養中で拡大させた。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株を用いて、レトロウイルス形質導入Ｐ８１５細胞によって発現される上記のＣｈｌａｍｙｄｉａゲノムライブラリーをスクリーニングした。陽性ＤＮＡプールを、Ｅｌｉｓｐｏｔ分析（Ｌａｌｖａｎｉら、Ｊ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍｅｄｃｉｎｅ １８６：８５９−８６５、１９９７を参照のこと）を用いるＩＦＮ−γ産生の検出によって同定した。
２つの陽性プール（２Ｃ７および２Ｅ１０と称する）を、ＩＦＮ−γ Ｅｌｉｓｐｏｔ分析によって同定した。プール２Ｃ７由来のＰ８１５細胞の安定した形質導入物を、制限希釈によってクローニングし、個々のクローンを、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的ＣＴＬ株からＩＦＮ−γ産生を誘発するこれらの能力に基づいて選択した。このスクリーニングプロセスから、４つの陽性クローン（２Ｃ７−８、２Ｃ７−９、２Ｃ７−１９および２Ｃ７−２１と称する）を選択した。同様に、陽性プール２Ｅ１０をさらにスクリーニングし、３つの挿入物を含むさらなる陽性クローンを生じた。この３つの挿入物は、ＣＴ０１６、ｔＲＮＡシンターゼおよびｃｌｐＸの遺伝子（それぞれ、配列番号２６８〜２７０）のフラグメントである。
これら４つの陽性２Ｃ７．８クローン由来のトランスジェニックＤＮＡを、ｐＢＩＢ−ＫＳ特異的プライマーを用いてＰＣＲ増幅し、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ＤＮＡ挿入物を特異的に増幅した。増幅された挿入物をゲル精製し、そして配列決定した。１つの免疫応答性クローンである２Ｃ７−８（配列番号１５、配列番号３２に提供される推定アミノ酸を有する）は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ，血清型亜型Ｄ（ＮＣＢＩ，ＢＬＡＳＴＮ検索；配列番号３３、配列番号３４に提供される推定アミノ酸を有する）のヌクレオチド５９７３０４−５９７１４５に相同性を有する１６０ｂｐのフラグメントである。クローン２Ｃ７−８の配列は、すぐ上に記載された高い相同性の領域由来の、推定のオープンリーディングフレーム内にマップする。そして、特に、２９８アミノ酸フラグメント（配列番号１６、配列番号１７に提供される推定アミノ酸配列を有する）からなる、これらの推定オープンリーディングフレームの１つは、免疫学的活性を示すことが実証された。
血清型亜型Ｌ２由来の２９８アミノ酸フラグメント（ＣＴ５２９および／またはＣａｐ１遺伝子と称される）の全長クローニングを、５’−ｔｔｔｔｇａａｇｃａｇｇｔａｇｇｔｇａａｔａｔｇ（順方向）（配列番号１５９）プライマーおよび５’−ｔｔａａｇａａａｔｔｔａａａａａａｔｃｃｃｔｔａ（逆向き）（配列番号１６０）プライマーを用いて、テンプレートとして精製Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ Ｌ２ゲノムＤＮＡを用いて、ＰＣＲ増幅によって得た。このＰＣＲ産物をゲル精製し、配列決定のためにｐＣＲＢｌｕｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）にクローニングした。次いで、ｐＢＩＢ−ＫＳの誘導体ｐＢＩＢ−ＫＭＳのＥｃｏＲＩ部位に、発現のためにサブクローニングした。ＣＴ５２９のＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅホモログを、配列番号２９２に提供される対応するアミノ酸配列を有する配列番号２９１に提供する。
種々のＣＴ５２９血清型亜型をコードする全長ＤＮＡを、１０5ＩＦＵを含有する細菌溶解物からＰＣＲによって（本質的に、Ｄｅｎａｍｕｒ，Ｅ．、Ｃ．Ｓａｙａｄａ、Ａ．Ｓｏｕｒｉａｕ、Ｊ．Ｏｒｆｉｌａ、Ａ．ＲｏｄｏｌａｋｉｓおよびＪ．Ｅｌｉｏｎ、１９９１ Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ。１３７：２５２５に記載されるように）増幅した。以下の血清型亜型を、記載されるように増幅した：Ｂａ（配列番号１３４、配列番号１３５に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｅ（ＢＯＵＲ）およびＥ（ＭＴＷ４４７）（配列番号１２２、配列番号１２３に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｆ（ＮＩ１）（配列番号１２８、配列番号１２９に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｇ（配列番号１２６、配列番号１２７に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｉａ（配列番号１２４、配列番号１２５に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｌ１（配列番号１３０、配列番号１３１に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｌ３（配列番号１３２、配列番号１３３に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｉ（配列番号２６３、配列番号２６４に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；Ｋ（配列番号２６５、配列番号２６６に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）；およびＭｏＰｎ（配列番号１３６、配列番号１３７に提供される対応する推定アミノ酸配列を有する）。ＰＣＲ反応を、Ａｄｖａｎｔａｇｅ Ｇｅｎｏｍｉｃ ＰＣＲ Ｋｉｔ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を用いて、血清型亜型Ｌ２ ＤＮＡ（ＯＲＦの外部）に特異的なプライマーを用いて、実施した。プライマー配列は、５’−ｔｔｔｔｇａａｇｃａｇｇｔａｇｇｔｇａａｔａｔｇ（順方向、配列番号１６３）および５’−ｔｔｔａｃａａｔａａｇａａａａｇｃｔａａｇｃａｃｔｔｔｇｔ（逆方向、配列番号１６４）を要求するＭｏＰｎを除いて、５’−ｇｇｔａｔａａｔａｔｃｔｃｔｃｔａａａｔｔｔｔｇ（順方向、配列番号１６１）および５’−ａｇａｔａａａａａａｇｇｃｔｇｔｔｔｃ’（逆方向、配列番号１６２）であった。ＰＣＲ増幅されたＤＮＡを、ＱＩＡｑｕｉｃｋ ＰＣＲ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を用いて精製し、そして配列決定のためにｐＣＲ２．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）にクローニングした。
免疫反応性のクローンのＰＣＲ増幅された挿入物由来のＤＮＡの配列決定を、自動配列決定器（ＡＢＩ３７７）で、ｐＢＩＢ−ＫＳ特異的順方向プライマーである５’−ｃｃｔｔａｃａｃａｇｔｃｃｔｇｃｔｇａｃ（配列番号１６５）および逆方向プライマーである３’−ｇｔｔｔｃｃｇｇｇｃｃｃｔｃａｃａｔｔｇ（配列番号１６６）の両方を用いて行った。ＣＴ５２９血清型亜型Ｌ２をコードするＤＮＡをクローニングしたＰＣＲＢｌｕｎｔ、およびＣＴ５２９血清型亜型Ｂａ、Ｅ（ＢＯＵＲ）、Ｅ（ＭＴＷ４４７）、Ｆ（ＮＩ１）、Ｇ、Ｉａ、Ｋ、Ｌ１、Ｌ３およびＭｏＰｎをコードするＤＮＡをクローニングしたｐＣＲ２．１を、Ｔ７プロモータープライマーおよび一般的なＭ１３順方向プライマーもしくはＭ１３逆方向プライマーを用いて、配列決定した。
これら２つの推定オープンリーディングフレーム（配列番号１６および２０）が、関連する免疫学的機能を有するタンパク質をコードするか否かを決定するために、２つのオープンリーディングフレームの長さにわたる重複ペプチド（１７〜２０アミノ酸長）を、実施例３に記載されるように合成した。標準クロム放出アッセイを利用して、ペプチド標識されたＨ２d制限標的細胞のパーセント特異的溶解を決定した。このアッセイにおいて、Ｐ８１５細胞（Ｈ２d）のアリコートを、３７℃で１時間、１００μＣｉの51Ｃｒを用いて、１μｇ／ｍｌの示されたペプチドの存在下または非存在下において標識した。このインキュベート後、標識Ｐ８１５細胞を洗浄し、過剰な51Ｃｒおよびペプチドを除き、続いて、１，０００細胞／ウェルの濃度でマイクロカルチャー（ｍｉｃｒｏｃｕｌｔｕｔｅ）プレートに二連でプレートした。エフェクターＣＴＬ（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的ＣＤ８ Ｔ細胞）を、示されたエフェクター：標的の比で加えた。４時間のインキュベートの後、上清を回収し、51Ｃｒの上清への放出についてガンマカウンターで計測した。２９８アミノ酸オープンリーディングフレーム由来の２つの重複ペプチドは、ＣＴＬ株を特異的に刺激した。配列番号１３８−１５６に示されるペプチドを合成し、ＣＴ５２９（Ｃａｐ１遺伝子）についての血清型亜型Ｄ オープンリーディングフレームのＬ２ホモログおよび２１６アミノ酸オープンリーディングフレームの翻訳を示す。図３に示されるように、ＣｔＣ７．８−１２（Ｃａｐ１＃１３２−１４７としてもまた称される配列番号１８、配列番号１３９）およびＣｔＣ７．８−１３（Ｃａｐ１＃１３８−１５５としてもまた称される配列番号１９、配列番号１４０）は、エフェクター：標的の比が１０：１で、それぞれ３８％パーセント特異的溶解から５２％パーセント特異的溶解を誘導し得る。特に、これら２つのペプチド間の重複は、予想されるＨ２d（ＫdおよびＬd）結合ペプチドを含んだ。１０アミノ酸のペプチドを合成して、この重複配列（配列番号３１）に対応させ、そしてｅｌｉｓｐｏｔアッセイによって抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ＣＴＬ株から強力な免疫応答を産生することを見出した。特に、もっとも新しいＧｅｎｂａｎｋデータベースの検索は、これまでにこの遺伝子に関する何のタンパク質も記載されていないことを明らかにした。従って、２Ｃ７−８（配列番号１５）をコードする推定オープンリーディングフレームは、ＭＨＣ−Ｉ制限様式において、抗原特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞を刺激し得るＣｈｌａｍｙｄｉａ由来の抗原を含む遺伝子を規定し、このことは、この抗原がＣｈｌａｍｙｄｉａに対するワクチンを発達させるのに用い得ることを実証した。
これらの結果を確認するため、およびそのエピトープをさらにマッピングするために、短縮されたペプチド（配列番号１３８〜１５６）を作製し、そしてＩＦＮ−ｇ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいてＴ細胞による認識について試験した。Ｓｅｒ１３９（Ｃａｐ１＃１４０〜１４７、配列番号１４６）またはＬｅｕ１４７（Ｃａｐ１＃１３８〜１４６、配列番号１４７）のいずれかの短縮がＴ細胞認識を排除する。これらの結果は、９マーペプチドＣａｐ１＃１３９−１４７（ＳＦＩＧＧＩＴＹＬ、配列番号１４５）が、Ｃｈｌａｍｉｄｉａ特異的なＴ細胞によって認識される最小エピトープであることを示す。
Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ（配列番号１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７および１３９）の選択された血液型亜型からのＣａｐ（ＣＴ５２９）の配列アラインメントは、提案されたエピトープの２位において１つのアミノ酸の差違が見出されることを示す。この相同な血液型亜型Ｄは、ＳＩＧＧＩＴＹＬ（配列番号１６８）である。ＳＦＩＧＧＩＴＹＬおよびＳＩＩＧＧＩＴＹＬがＣｈｌａｍｙｄｉａ特異的なＴ細胞による認識について細胞を標識する能力を比較した。各ペプチドの連続希釈物を、上記のように、Ｐ８１５細胞とともにインキュベートし、そして51Ｃｒ放出アッセイにおけるＴ細胞による認識について試験した。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的なＴ細胞は、血液型亜型Ｌ２ペプチドを最小濃度１ｎＭで、そして血液型亜型Ｄペプチドを最小濃度１０ｎＭで認識する。
さらなる研究によって、Ｃａ＃１３９−１４７特異的Ｔ細胞クローンがＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに感染した細胞を認識することが示された。Ｃａｐ１139-147がＣｈｌａｍｙｄｉａに感染した細胞の表面に提示されているか否かを確認するために、Ｂａｌｂ−３Ｔ３（Ｈ−２d）細胞を試験して、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２に感染させ、そしてこれらの細胞が、Ｃａｐ＃１３９−１４７エピトープ（配列番号１４５）に対して特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞クローンによって認識されるか否かを決定した。Ｃａｐ１＃１３９−１４７エピトープに対して特異的なＴ細胞クローンを、Ｔ細胞６９株の限界希釈を行うことによって得た。このＴ細胞クローンは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａに感染した細胞を特異的に認識した。これらの実験において、標的細胞は、Ｃ．ｔｒａｃｈｍａｔｉｓに感染したＢａｌｂ／３Ｔ３細胞（陽性コントロール）または感染していないＢａｌｂ／３Ｔ３細胞であり、これらは、それぞれ４５％および３６％および３０％が、３０：１、１０：１および３：１のエフェクター対標的の比で特異的な溶解を示した。あるいは、Ｃａｐ＃１３９−１４７エピトープ（配列番号１４５）でコーティングしたＰ８１５細胞、または処置されていないＰ８１５細胞は、それぞれ、８３％、７５％および５８％が、エフェクター対標的の比で３０：１、１０：１および３：１での特異的な溶解を示した（すべての場合において陰性コントロールは、５％未満の溶解を有した）。このデータは、このエピトープが感染の間に提示されることを示唆する。
インビボ研究によって、Ｃａｐ１＃１３９−１４７エピトープ特異的なＴ細胞がＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのマウス感染の間にプライム刺激されることが示される。Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓでの感染が、Ｃａｐ１＃１３９−１４７エピトープ特異的なＴ細胞応答をプライム刺激するか否かを決定するために、マウスに腹腔内投与で、１０8ＩＦＵのｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２を感染させた。感染後２週間で、このマウスを屠殺し、そして脾細胞を、Ｃａｐ１＃１３９−１４７エピトープペプチドでパルス刺激した照射した同系脾細胞に対して刺激した。５日間の刺激の後、その培養物を、標準的な51Ｃｒ放出アッセイにおいて使用して、Ｃａｐ１＃１３９−１４７エピトープ特異的なＴ細胞がその培養物に存在するか否かを決定した。具体的には、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｌ２で免疫したマウス、またはＰＢＳを注射したコントロールマウスからの脾細胞は、Ｃａｐ１＃１３９−１４７ペプチドコーティングした同系脾細胞およびＣａｐ１＃１３９−１４７エピトープを特異的に認識し得るＣＤ８＋Ｔ細胞とともに５日間培養した後に、それぞれ、７３％、６０％および３２％が、３０：１、１０：１および３：１のエフェクター対標的の比で特異的な溶解を与えた。このコントロールマウスは、３０：１のエフェクター対標的比でおよそ１０％の溶解％を有し、そしてＥ：Ｔ比率を下げると安定して減少した。標的細胞は、Ｃａｐ１＃１３９−１４７ペプチドコーティングされたＰ８１５細胞または処置されていない細胞であった。これらのデータは、Ｃａｐ１＃１３９−１４７ペプチド特異的なＴ細胞がＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓによるマウス感染の間に初回刺激されることを示唆する。
（実施例５：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原で免疫されたマウスにおける抗体応答およびＴ細胞応答の生成）
免疫原性研究を行って、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅアジュバントを用いて処方された、精製されたＳＷＩＢタンパク質もしくはＳ１３タンパク質のいずれか、またはＳＷＩＢもしくはＳ１３に関するＤＮＡ配列を含むｐｃＤＮＡ−３発現ベクターでのＤＮＡベースの免疫を用いて免疫されたマウスにおける抗体およびＣＤ４＋Ｔ細胞応答を決定した。ＳＷＩＢはまた、クローン１−Ｂ１−６６（配列番号１、対応するアミノ酸配列は配列番号５において提供される）とも称され、そしてＳ１３リボソームタンパク質はまた、クローン１０−Ｃ１０−３１（配列番号４、対応するアミノ酸配列は、配列番号１２に提供される）とも称される。第一の実験において、３匹のＣ５７ＢＬ／６マウスの群を２回免疫し、そして抗体およびＣＤ４＋Ｔ細胞応答についてモニタリングした。ＤＮＡ免疫を尾の根元で皮内で行い、そしてポリペプチド免疫を皮下経路で投与した。免疫されたマウスからの脾細胞の標準的な3Ｈ取り込みアッセイの結果は、精製された組換えＳＷＩＢポリペプチド（配列番号５）で免疫した群からの強力な増殖応答を示す。以前に記載されるようなサイトカイン誘導アッセイによるさらなる分析によって、ＳＷＩＢポリペプチドにより免疫された群が測定可能なＩＦＮ−γおよびＩＬ−４の応答を生成したことが実証された。ＳＷＩＢポリペプチドで免疫した実験群における優性な抗体アイソタイプ応答を決定するための、続いてのＥＬＩＳＡベースのアッセイを行った。図４は、ＳＷＩＢ免疫された群が主にＩｇＧ１である体液性応答を与えたことを例示する。
第二の実験において、Ｃ３Ｈマウスを、３回、３週間の間隔で、ＰＢＳもしくはＭｏｎｔａｎｉｄｅのいずれかにおいて処方された１０μｇの精製されたＳＷＩＢタンパク質（これはまた、クローン１−Ｂ１−６６、配列番号５とも呼ばれる）で免疫し、そして第三回の免疫の２週間後に採取した。ＳＷＩＢタンパク質に対して指向される抗体力価を、当該分野で周知の標準的なＥＬＩＳＡベースの技術によって決定し、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅアジュバントで処方したＳＷＩＢタンパク質が強力な体液性免疫応答を誘導したことを実証した。Ｔ細胞増殖性応答を、ＸＴＴベースのアッセイによって決定した（Ｓｃｕｄｉｅｒｏら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９８８、４８：４８２７）。図５に示されるように、ＳＷＩＢポリペプチドおよびＭｏｎｔａｎｉｄｅで免疫したマウス由来の脾細胞は、抗原特異的な増殖性応答を惹起した。さらに、免疫された動物からの脾細胞が可溶性の組換えＳＷＩＢポリペプチドに応答してＩＦＮ−γを分泌する能力を、以前に記載されるようなサイトカイン誘導アッセイを用いて決定した。Ｍｏｎｔａｎｉｄｅアジュバントを用いて処方したＳＷＩＢポリペプチドで免疫した群におけるすべての動物由来の脾細胞は、ＳＷＩＢ Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原への曝露に応答してＩＦＮ−γを分泌し、これは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的な免疫応答を実証した。
さらなる実験において、Ｃ３Ｈマウスを、３回別個の時点で、尾の根元で、ＳＢＡＳ２アジュバント（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、Ｌｏｎｄｏｎ、Ｅｎｇｌａｎｄ）を用いて処方された、精製された１０μｇのＳＷＩＢタンパク質もしくはＳ１３タンパク質（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、ＳＷＩＢタンパク質、クローン１−Ｂ１−６６、配列番号５、およびＳ１３タンパク質、クローン１０−Ｃ１０−３１、配列番号４）で免疫した。抗原特異的な抗体力価を、ＥＬＩＳＡによって測定し、両方のポリペプチドが、１×１０-4〜１×１０-5の力価の範囲の強力なＩｇＧ応答を誘導したことを示した。この応答のＩｇＧ１およびＩｇＧ２の成分は、ほぼ等価量で存在した。免疫されたマウスから単離された脾細胞に対する標準的な3Ｈ取り込みアッセイによって決定された、抗原特異的なＴ細胞増殖応答は、ＳＷＩＢに対してかなり強力であり（陰性コントロールよりも５０、０００ｃｐｍ高い）、そしてｓ１３についてはさらに強力であった（陰性コントロールよりも１００、０００ｃｐｍ高い）。このＩＦＮγ産生を、増殖中の培養物からの上清から、標準的なＥＬＩＳＡ技術によりアッセイした。Ｓ１３タンパク質でのその培養物のインビトロ再刺激は、高レベルのＩＦＮ−γ産生を誘導し、これは、陰性コントロールについての２ｎｇ／ｍｌに対して、およそ２５ｎｇ／ｍｌであった。ＳＷＩＢタンパク質での再刺激はまた、ＩＦＮγを誘導したが、より少ない程度であった。
関連する実験において、Ｃ３Ｈマウスを、３回別個の時点で、１０μｇのコレラ毒素と混合した、１０μｇの精製されたＳＷＩＢもしくはＳ１３タンパク質（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、ＳＷＩＢタンパク質、クローン１−Ｂ１−６６、配列番号５、およびＳ１３タンパク質、クローン１０−Ｃ１０−３１、配列番号４）で免疫した。粘膜免疫を、鼻腔内接種を通じてであった。抗原特異的抗体応答を標準的なＥＬＩＳＡ技術によって決定した。抗原特異的なＩｇＧ抗体は、ＳＷＩＢ免疫されたマウスの血液中に存在し、その力価は、１×１０-3〜１０-4の範囲であったが、Ｓ１３免疫した動物では検出不可能であった。ＩＦＮγ産生によって測定された単離された脾細胞からの抗原特異的なＴ細胞応答は、全身免疫についてすぐ上記したようなものに類似の結果を与えた。
動物研究を行って、ＣＴ５２９血液型亜型ＬＧＶＩＩ ＣＴＬエピトープ（ＣＴ５２９ １０マーコンセンサスペプチド（ＣＳＦＩＧＧＩＴＹＬ、配列番号３１））（これは、Ｈ２−Ｋｄ制限されたＣＴＬエピトープとして同定された）によって規定された）の免疫原性を決定した。ＢＡＬＢ／ｃマウス（１群あたり３匹のマウス）を、３回、種々のアジュバントと合わせた２５μｇのペプチドで免疫した。このペプチドを、ＳＫＢ Ａｄｊｕｖａｎｔ Ｓｙｓｔｅｍ ＳＢＡＳ−２’’、ＳＢＡＳ−７（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、Ｌｏｎｄｏｎ、Ｅｎｇｌａｎｄ）、またはＭｏｎｔａｎｉｄｅのいずれかの中で尾の根元で全身投与した。このペプチドをまた、１０μｇのコレラ毒素（ＣＴ）と混合して鼻腔内投与した。未刺激のマウスをコントロールとして使用した。３回目の免疫後４週間で、脾細胞を、３つの異なるエフェクター対ＬＰＳ刺激比（１×１０6細胞／ｍｌで６、１．５および０．４）で１０μｇ／ｍｌのＣＴ５２９ １０マーコンセンサスペプチドを用いてパルス刺激したＬＰＳ刺激（ｂｌａｓｔ）で再刺激した。２回の再刺激後、エフェクター細胞を、ペプチドパルス刺激されたＰ８１５細胞を溶解するその能力について、標準的なクロム放出アッセイを用いて試験した。鶏卵オボアルブミンからの無関連のペプチドを陰性コントロールとして用いた。その結果は、有意な免疫応答が、ＣＴ５２９ １０マーコンセンサスペプチドに対して惹起され、そしてペプチドパルス刺激された標的を溶解し得る抗原特異的Ｔ細胞がそのペプチドでの免疫に応答して惹起されたことを実証した。具体的には、抗原特異的溶解活性は、ＳＢＡＳ−７およびＣＴでアジュバント補助された群において見出されたが、ＭｏｎｔａｎｉｄｅおよびＳＢＡＳ−２’’では、ＣＴＬエピトープ免疫をアジュバント補助しなかった。
（実施例６：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｙｍｏｎｉａｅ遺伝子の発現および特徴付け）
ヒトＴ細胞株ＴＣＬ−８（実施例１に記載される）は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａに感染した単球由来の樹状細胞を認識する。このことは、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａが交叉反応性のＴ細胞エピトープをコードし得ることを示唆する。Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩクローン１Ｂ１−６６（これはまた、ＳＷＩＢ（配列番号１）と呼ばれる）およびクローン１０Ｃ１０−３１（これはまた、Ｓ１３リボゾームタンパク質（配列番号４）とも呼ばれる）に相同なＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ遺伝子を単離するために、ＨｅＬａ２２９細胞を、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株ＴＷＡＲ（ＣＤＣ／ＣＷＬ−０２９）に感染させた。３日間のインキュベーション後、このＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ感染させたＨｅＬａ細胞を採取し、洗浄し、そして２００μｌの水に再懸濁し、そして２０分間沸騰水中で加熱した。１０μｌの破壊された細胞懸濁物をＰＣＲテンプレートとして用いた。
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ特異的なプライマーをクローン１Ｂ１−６６およびクローン１０Ｃ１０−３１について設計し、その結果、５’末端が、挿入された６×ヒスチジンタグおよびＮｄｅＩ部位を有し、そして３’末端が、包含された終止コドンおよびＢａｍＨＩ部位を有した（図６）。ＰＣＲ産物を、当該分野において周知の標準的な技術によって増幅し、そして配列決定した。Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ特異的なＰＣＲ産物を発現ベクターｐＥＴ１７Ｂ（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）中にクローニングし、そして発現およびＮｏｖａｇｅｎによって提供されるヒスチジン−ニッケルクロマトグラフィー方法論を利用した続きの精製のために、Ｅ．ｃｏｌｉ ＢＬ２１ ｐＬｙｓＳへと移入した。従って、Ｃ．ｐｎｅｒｕｍｏｎｉａからの２つのタンパク質が生成された：１０−１１ｋＤａのタンパク質（ＣｐＳＷＩＢ（配列番号２７）と呼ばれる）および６×Ｈｉｓタグを有する配列番号７８（これは、それぞれ、配列番号２８に提供される対応するアミノ酸配列を有する）、ＣｐＳ１３と呼ばれる１５ｋＤａタンパク質（配列番号２９、および配列番号７７（６×Ｈｉｓタグを有する）、これらは、それぞれ配列番号３０および９１において提供される対応するアミノ酸配列を有する）。
（実施例７：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原による、Ｔ細胞増殖およびインターフェロンγ産生の誘導）
組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原がＴ細胞増殖およびインターフェロンγ産生を誘導する能力を以下のように決定した。
タンパク質を、ＩＰＴＧにより誘導し、そしてＮｉ−ＮＴＡアガロースアフィニティークロマトグラフィーによって精製する（Ｗｅｂｂら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １５７：５０３４−５０４１、１９９６）。次いで、この精製されたポリペプチドを、Ｔ細胞増殖をＰＢＭＳ調製物中で誘導する能力についてスクリーニングする。Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ患者からのＰＢＭＣおよびそのＴ細胞がＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原に応答して増殖することが公知の正常ドナーからのＰＢＭＣを、１０％のプールされたヒト血清および５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０を含む培地中で培養する。精製されたポリペプチドを、二連で、０．５〜１０μｇ／ｍＬの濃度で添加する。容量２００μＬの容量中、９６ウェルの丸底プレート中での６日間の培養後、５０μＬの培地を各ウェルから、以下に記載するように、ＩＦＮ−γレベルの決定のために取り出した。
次いで、このプレートを１μＣｉ／ウェルのトリチウム標識チミジンでさらに１８時間パルス刺激し、採取し、そしてトリチウム取り込みを、ガスシンチレーションカウンタを用いて決定した。二連両方で、培地単独において培養された細胞において観察される増殖よりも３倍多い増殖をもたらした画分を陽性とみなす。
ＩＦＮ−γを、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて測定した。ＥＬＩＳＡプレートを、ＰＢＳ中のヒトＩＦＮ−γに対して指向されるマウスモノクローナル抗体（ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）で室温で４時間コーティングした。次いで、ウェルを５％（Ｗ／Ｖ）の脱脂乾燥乳を含むＰＢＳを用いて、室温で１時間ブロッキングする。このプレートを、ＰＢＳ／０．２％ ＴＷＥＥＮ−２０中で６回洗浄し、そしてＥＬＩＳＡプレート中の培養培地中で１：２に希釈したサンプルを、室温で一晩インキュベートする。このプレートを再び洗浄し、そしてＰＢＳ／１０％正常ヤギ血清中で１：３０００に希釈したポリクローナルウサギ抗ヒトＩＦＮ−γ血清を各ウェルに添加する。次いで、このプレートを室温で２時間インキュベートし、洗浄し、そして西洋ワサビペルオキシダーゼ連結抗ウサギＩｇＧ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）を、ＰＢＳ／５％脱脂乾燥乳中に１：２０００希釈で添加した。さらに２時間の室温でのインキュベーション後、そのプレートを洗浄し、そしてＴＭＢ基質を添加する。この反応を、２０分後、１Ｎ硫酸を用いて終結させる。光学密度を５７０ｎｍを参照波長として用いて４５０ｎｍで測定する。二連両方で、培地単独で培養された細胞からの平均ＯＤおよび３標準偏差より２倍大きなＯＤを与えることを生じる画分を陽性とみなす。
Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａに対して交叉反応し得るヒト抗Ｃｈｌａｍｙｄｉａ Ｔ細胞株（ＴＣＬ−８）を用いて、上記実施例において記載される発現されたタンパク質（すなわち、ＣｐＳＷＩＢ、配列番号２７、および６×Ｈｉｓタグを有する配列番号７８（これらはそれぞれ、配列番号２８において提供される対応するアミノ酸配列を有する）、ならびにＣｐＳ１３と呼ばれる１５ｋＤａタンパク質（配列番号２９）、および６×Ｈｉｓタグを有する配列番号７７（これらは、それぞれ、配列番号３０および９１に提供される対応するアミノ酸配列を有する））が、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの両方に共通するＴ細胞エピトープを有するか否かを決定した。手短には、Ｃｈｌａｍｙｄｉａのタンパク質を発現するＥ．ｃｏｌｉを、１×１０4単球由来の樹状細胞に対して滴定した。２時間後、この樹状細胞培養物を洗浄し、そして２．５×１０4Ｔ細胞（ＴＣＬ−８）を添加し、そしてさらに７２時間インキュベートさせた。次いで、その培養上清中のＩＮＦ−γの量を、ＥＬＩＳＡによって決定した。図７Ａおよび７Ｂにおいて示すように、ＴＣＬ−８ Ｔ細胞株は、ＩＦＮ−γの抗原特異的誘導によって実証されるように、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａの両方由来のＳ１３リボソームタンパク質を特異的に認識したが、他方で、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓからのＳＷＩＢタンパク質のみがそのＴ細胞株によって認識された。これらの結果を確認するために、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢのＴ細胞エピトープを、一連の重複するペプチドおよびＴ細胞株ＴＣＬ−８を用いてパルス刺激した標的細胞を用いてエピトープマッピングすることによって同定した。３Ｈチミジン取り込みアッセイは、そのペプチド（Ｃ．ｔ．ＳＷＩＢと称される、配列番号３８の５２−６７）がＴＣＬ−８株の最も強力な増殖を与えたことを実証した。Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ配列のＳＷＩＢ（配列番号４０）、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ のトポイソメラーゼ−ＳＷＩＢ融合物（配列番号４３）およびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ （配列番号４２）、ならびにヒトＳＷＩドメイン（配列番号４１）に対応する相同ペプチドを合成し、そして上記アッセイにおいて試験した。Ｔ細胞株ＴＣＬ−８は、配列番号３９のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓペプチドのみを認識し、そして対応するＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅペプチド（配列番号４０）も、上記の他の対応するポリペプチド（配列番号４１〜４３）をも認識しなかった。
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的なＴ細胞株を、それぞれＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓまたはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染させた単球由来の樹状細胞のいずれかを用いてドナーＰＢＭＣを刺激することによって、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する陽性血清力価を有するドナーＣＰ−２１から生成した。Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対して生成されたＴ細胞は、組換えＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢに対して応答したが、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ＳＷＩＢには応答せず、他方で、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して生成されたＴ細胞株は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓにもＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢにもいずれにも応答しなかった（図９を参照のこと）。ドナーＣＰ−２１の、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢ特異的な免疫応答は、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を確認し、そしてインビボのＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の間のＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢ特異的なＴ細胞の惹起を示唆する。
Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ−ＳＷＩＢに対するＴ細胞応答のエピトープマッピングは、Ｃｐ−ＳＷＩＢ特異的なＴ細胞が重複するペプチドＣｐ−ＳＷＩＢ３２−５１（配列番号１０１）およびＣｐ−ＳＷＩＢ３７−５６（配列番号１０２）に応答したことを示し、このことは、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢ特異的Ｔ細胞エピトープＣｐ−ＳＷＩＢ３７−５１（配列番号１００）を示す。
さらなる実験において、Ｔ細胞株を、ドナーＣＰ１（これもまた、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型亜型ドナー）から、それぞれＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅからの非感染性基本小体（ｅｌｅｍｅｎｔａｒｙ ｂｏｄｙ）を用いてＰＢＭＣを刺激することによって、生成した。特に、増殖性応答を、１×１０4単球由来樹状細胞ならびにＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の非感染性基本小体または組換えＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓもしくはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのいずれかのＳＷＩＢタンパク質の存在下で２．５×１０4のＴ細胞を刺激することによって決定した。ＳＷＩＢに対するＴ細胞応答は、ＣＰ−２１からのＴ細胞株を用いて得られたデータに対して、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ＳＷＩＢではなくＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢがＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ Ｔ細胞株による応答を惹起するという点において類似した。さらに、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ Ｔ細胞株は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢにもＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＳＷＩＢにもいずれに応答しても増殖しなかったが、この株は、ＣＴおよびＣＰの両方の基本小体に応答して増殖した。実施例１に記載されるように、クローン１１−Ｃ２１−９１（配列番号６３）（ＴＣＰ−２１細胞株を用いて同定された）は、２６９ｂｐのインサートを有する。このインサートは、ＯＭＰ２遺伝子（ＣＴ４４３）の一部であり、そしてＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの６０ｋＤａシステインリッチの外膜タンパク質（ＯＭＣＢと呼ばれる）と相同性を共有する。反応性エピトープをさらに規定するために、エピトープマッピングを、一連の重複するポリペプチドおよび以前に記載される免疫アッセイを用いて行った。手短には、増殖性応答を、１×１０4単球由来の樹状細胞の存在下で、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｒｕｍｏｎｉａｅに由来する非感染性基本小体、またはＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓもしくはＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＯＭＢＣタンパク質のタンパク質配列に由来するペプチド（０．１μｇ／ｍｌ）のいずれかを用いて、２．５×１０4のＴＣＰ−２１Ｔ細胞を刺激することによって決定した。ＴＣＰ−２１ Ｔ細胞は、エピトープＣＴ−ＯＭＣＢ＃１６７−１８６、ＣＴ−ＯＭＣＢ＃１７１−１９０、ＣＴ−ＯＭＣＢ＃１７１−１８６に対して応答し、そしてＣＴ−ＯＭＣＢ＃１７５−１８６に対してはより少ない程度で応答した（それぞれ、配列番号２４９−２５２）。顕著なことに、このＴＣＰ−２１のＴ細胞株はまた、相同なＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅペプチドＣＰ−ＯＭＣＢ＃１７１−１８６（配列番号２５３）に対して増殖性の応答を与え、この応答は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓペプチドに対する応答に等しいかまたはそれを超えた。２位でのアミノ酸置換（すなわち、ＧｌｕについてＡｓｐ）および４位でのアミノ酸置換（すなわち、ＳｅｒについてのＣｙｓ）は、Ｔ細胞の増殖性応答を変更せず、そして従ってこのエピトープがＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓとＣ．ｐｎｅｕｍｏｉｎｉａｅとの間の交叉反応性エピトープであることを実証した。
(実施例８：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原に対するヒトＰＢＭＣおよびＴ細胞株の免疫応答）
本明細書において提供される実施例は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに感染し、そしてＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染を制御する防禦性免疫応答を生成した一般的な集団の中に健常ドナーの集団が存在することを示唆する。これらのドナーは、臨床的には無症状のままであり、そしてＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して血清陰性のままであった。ＣＤ４発現クローニングによって同定された、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原に対する正常なドナーの免疫応答を特徴付けるために、１２の健常ドナーから得たＰＢＭＣを、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ＳＷＩＢ、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢおよびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−Ｓ１３、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−Ｓ１３を含む組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ抗原のパネルに対して試験した。このデータを、以下の表Ｉにまとめる。すべてのドナーが、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して血清陰性であったが、６／１２がＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉｅに対して陽性力価を有した。陽性応答の４倍を超える刺激指数を用いて、１１／１２の被験体が、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓの基本小体に応答し、そして１２／１２がＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉｅの基本小体に応答した。１つのドナーＡＤ １０４が、組換えＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−Ｓ１３タンパク質に応答したが、組換えＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−Ｓ１３タンパク質には応答しなかった。このことは、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的な応答であることを示す。１２のドナーのうち３つがＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ＳＷＩＢを有したが、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢ特異的な応答を有さず、このことは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染を確認した。Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−Ｓ１３およびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−Ｓ１３は、８／１２のドナーにおいて応答を惹起し、このことは、クラミジア感染を示唆する。これらのデータは、ＳＷＩＢおよびＳ１３が正常な研究被験体のＰＢＭＣにおいて、Ｔ細胞応答を惹起する能力を実証する。
Figure 2011036258
 ＣＴ＝Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ；ＣＰ＝Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ；ＥＢ＝Ｃｈｌａｍｙｄｉａ基本小体；Ｓｗｉｂ＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ Ｓｗｉｂタンパク質；Ｓ１３＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ Ｓ１３タンパク質；ｌｐｄＡ＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ ｌｐｄＡタンパク質；ＴＳＡ＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ ＴＳＡタンパク質。値は、標準増殖アッセイからの結果を示す。増殖応答を、それぞれの組換え抗原または基本小体（ＥＢ）とともにプレインキュベートした１×１０4の単球由来樹状細胞を用いて３×１０5のＰＢＭＣを刺激することによって決定した。アッセイを、最後の１８時間、3Ｈチミジンパルスを用いて、６日後に収集した。
Figure 2011036258
第１の一連の実験において、Ｔ細胞株を、以前に記載されたようなＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＬＧＶ ＩＩ基本小体を用いてＴ細胞を刺激することによって、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対する生殖器曝露（ｇｅｎｉｔａｌ ｅｘｐｏｓｕｒｅ）歴を有する、健常な女性個体（ＣＴ−１０）から作成した。この研究被験体を、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して曝露したが、この被験体は、セロコンバーションを起こさず、そして臨床的症状を現さなかった。このことは、ドナーＣＴ−１０がＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対して防御免疫応答を発達させたかもしれないことを示唆する。図１０に示されるように、ドナーＣＴ−１０由来の初代Ｃｈｌａｍｙｄｉａ特異的Ｔ細胞株は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ＳＷＩＢに応答したが、しかし、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢ組換えタンパク質には応答しなかった。このことは、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓに対するＣＴ−１０の曝露を確証する。Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−ＳＷＩＢに対するＴ細胞応答のエピトープマッピングは、図１１に示されるように、このドナーが、Ｔ細胞株ＴＣＬ−８と同じエピトープＣｔ−ＳＷＩＢ ５２−６７（配列番号３９）に応答したことを示した。
さらなるＴ細胞株を、種々のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者について上記のように作製した。患者の臨床プロフィールならびに種々のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉｅの基本小体および組換えタンパク質に対する増殖応答の要約を、表ＩＩに要約する。
Figure 2011036258
 ＮＧＵ＝非淋菌性尿道炎；ＢＶ＝細菌性腟炎；ＣＴ＝Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ；ＣＰ＝Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ；ＥＢ＝Ｃｈｌａｍｙｄｉａ基本小体；Ｓｗｉｂ＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ Ｓｗｉｂタンパク質；Ｓ１３＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ Ｓ１３タンパク質；ｌｐｄＡ＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ ｌｐｄＡタンパク質；ＴＳＡ＝組換えＣｈｌａｍｙｄｉａ ＴＳＡタンパク質。値は、標準増殖アッセイからの結果を示す。増殖応答を、それぞれの組換え抗原または基本小体（ＥＢ）とともにプレインキュベートした１×１０4の単球由来樹状細胞を用いて３×１０5のＰＢＭＣを刺激することによって決定した。アッセイを、最後の１８時間、3Ｈチミジンパルスを用いて、６日後に得た。
Figure 2011036258
表ＩおよびＩＩに要約されるような、無症候性（上記に規定される通り）研究被験体およびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者のパネルを使用して、この２つの群由来のＰＢＭＣの免疫応答の総合的な研究を行った。簡潔には、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ患者由来のＰＢＭＣならびに正常ドナー由来のＰＭＢＣを、１０％のプールされたヒト血清および５０μｇ／ｍｌゲンタマイシンを補充したＲＰＭＩ １６４０を含有する培地中で培養する。精製したポリペプチド、組換えｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原のパネル（Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ−、Ｃ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−ＳＷＩＢおよびＳ１３を含む）、ならびにＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｌｐｄＡおよびＴＳＡを、０．５〜１０μｇ／ｍＬの濃度で二連に添加する。２００μｌの容量での９６ウェル丸底プレートでの６日間の培養後、以下に記載されるように、５０μｌの培地を、ＩＦＮ−γレベルの決定のために各ウェルから取り出す。次いで、このプレートを、１μＣｉ／ウェルのトリチウム化チミジンを用いてさらに１８時間パルスし、収集し、そしてトリチウム取り込みを、気体シンチレーションカウンターを使用して決定する。両方の複製物において、培地単独で培養した細胞において観察される増殖よりも３倍多い増殖を生じる画分は、陽性であるとみなされる。
組換えＣｈｌａｍｙｄｉａｅ抗原に対する増殖応答は、無症候性ドナーおよびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者の大部分が、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ Ｓ１３抗原を認識し（８／１２）、そしてＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者の大部分が、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ Ｓ１３抗原を認識し（８／１２）、４／１２の無症候性ドナーもまた、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ Ｓ１３抗原を認識することを、示した。また、１２人のＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者のうち６人、および１２人の無症候性ドナーのうちの４人は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓのｌｐｄＡ抗原に対する増殖応答を与えた。これらの結果は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ Ｓ１３抗原、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ Ｓｗｉｂ抗原およびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ｌｐｄＡ抗原が、無症候性ドナーによって認識されることを示し、これらの抗原が、Ｃｈｌａｍｙｄｉａに対する曝露の間に認識され、そして免疫応答がそれらに対して惹起されたことを示す。このことは、これらの抗原が、ヒト宿主において防御免疫を付与する際に役割を果たし得ることを意味する。さらに、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓおよびＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ Ｓ１３抗原は、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者の間で等しく十分に認識され、それゆえに、Ｓ１３タンパク質においてＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓとＣ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａとの間で共有されるエピトープが存在し得ることを示す。表ＩＩＩは、これらの研究の結果を要約する。
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一連の研究を、無症候性ドナーおよびＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者から作製された短期（ｓｈｏｒｔ ｔｅｒｍ）Ｔ細胞株に対する細胞性免疫応答を決定するために開始した。細胞性免疫応答を、実施例７に記載されるように、標準的な増殖アッセイおよびＩＦＮ−γによって測定した。詳細には、抗原の大部分は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原を発現する単一のＥ．ｃｏｌｉクローンの形態であったが、いくつかの組換えタンパク質もまた、このアッセイにおいて使用された。この単一のＥ．ｃｏｌｉクローンを、１×１０4単球由来樹状細胞上で力価滴定（ｔｉｔｅｒ）し、そして２時間後、この培養物を洗浄し、そして２．５×１０4Ｔ細胞を添加した。組換えタンパク質を使用するアッセイを、以前に記載されるように実施した。増殖を、最後の１８時間、標準的3Ｈチミジンパルスを用いて、４日後に決定した。ＩＦＮ−γの誘導を、上記のように、標準的ＥＬＩＳＡアッセイを使用して４日後に収集した培養上清から決定した。この結果は、試験されたＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ抗原すべて（Ｃ．Ｔ．Ｓｗｉｂを除いて）が、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者由来の１つ以上の異なるＴ細胞株から増殖応答を惹起したことを示す。さらに、増殖応答は、以下のＣｈｌａｍｙｄｉａ遺伝子：ＣＴ６２２、ｇｒｏＥＬ、ｐｍｐＤ、ＣＴ６１０およびｒＳ１３、について、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ患者および無症候性ドナーの両方から惹起された。
１２Ｇ３−８３クローンはまた、ＣＴ６２２に加えて、ＣＴ７３４およびＣＴ７６４に対する配列を含み、従って、これらの遺伝子配列はまた、免疫反応性エピトープを有し得る。同様に、クローン２１Ｇ１２−６０は、ＣＴ８７５に加えて、ハイポセティカルタンパク質遺伝子ＣＴ２２９およびＣＴ２２８に対する配列を含み；そして１５Ｈ２−７６はまた、ＣＴ８１２およびＣＴ０８８からの配列を含み、そしてｓｙｃＥ遺伝子に対する相同性を共有する。クローン１１Ｈ３−６１はまた、ＰＧＰ６−Ｄビルレンスタンパク質に対する相同性を共有する配列を含む。
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（実施例９）
（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原を使用する防御研究）
防御研究を、マウスにおいて、ｃｈｌａｍｙｄｉａ抗原を用いる免疫がｃｈｌａｍｙｄｉａ接種から生じる生殖管疾患に対して影響を及ぼし得るか否かを決定するために実施した。２つのモデルを利用した：Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉ（ＭＴＷ４４７）の株を含むヒト分離菌を使用する膣内接種のモデル、およびＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、血液型亜型Ｆ（株ＮＩ１）として同定されたヒト単離菌を含む子宮内接種のモデル。両方の株は、上部生殖管（ｕｐｐｅｒ ｇｅｎｉｔａｌ ｔｒａｃｔ）において炎症を誘導し、この炎症は、女性においてＣｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓによって引き起こされる子宮内膜炎および卵管炎に類似する。第１の実験において、Ｃ３Ｈマウス（１群あたり４匹のマウス）を、Ｃ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢ ＤＮＡ（配列番号１、配列番号５において提供される対応するアミノ酸配列を有する）を含有する１００μｇのｐｃＤＮＡ−３発現ベクターを用いて３回免疫した。接種を、全身性免疫のために尾の基部（ｂａｓｅ）で行った。最後の免疫の２週間後、動物を、プロゲステロン処置し、そして膣を介してかまたは子宮への接種物の注射によってのいずれかで感染させた。感染の２週間後、このマウスを屠殺し、そして生殖管を切り出し、染色し、そして組織病理学について試験した。炎症レベルをスコア付けした（非常に軽度な＋から、非常に重篤な＋＋＋＋＋まで）。各々単一の卵管／卵巣に帰するスコアを合計し、そして試験された器官の数で除算して、その群についての炎症の平均スコアを得た。子宮接種のモデルにおいて、空のベクターを受ける免疫した陰性コントロール動物は、ＤＮＡで免疫した群についての２．６２とは対照的に、６．１２の卵巣／卵管平均炎症スコアをともなう一貫した炎症を示した。膣接種および感染の上昇のモデルにおいて、免疫した陰性コントロールマウスは、ＤＮＡで免疫した群についての５．００に対して、８．３７の卵巣／卵管平均炎症スコアを有した。また、後者のモデルにおいて、ワクチン接種したマウスは、管の閉塞の徴候を示さなかったが、一方、ワクチン接種した陰性コントロール群は、卵管の管腔において炎症性細胞を有した。
第２の実験において、Ｃ３Ｈマウス（１群あたり４匹のマウス）を、ポリラクチドｃｏ−グリコリドマイクロスフェア（ＰＬＧ）でカプセル化されたＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ ＳＷＩＢ ＤＮＡ（配列番号１、配列番号５において提供される対応するアミノ酸配列を有する）を含有する５０μｇのｐｃＤＮＡ−３発現ベクターを用いて３回免疫し；免疫を、腹腔内で行った。最後の免疫の２週間後、動物を、プロゲステロン処置し、そして膣におけるＣ．ｐｓｉｔｔａｃｉの接種によって感染させた。感染の２週間後、マウスを屠殺し、そして生殖管を切り出し、染色し、そして組織病理学について試験した。炎症レベルを、以前に記載されるようにスコア付けした。各々単一の卵管／卵巣に帰するスコアを合計し、そして試験された器官の数で除算して、その群についての炎症の平均を得た。
ＰＬＧでカプセル化した空のベクターを受ける、免疫した陰性コントロール動物は、ＰＬＧでカプセル化したＤＮＡで免疫した群についての５．７１に対して、７．２８の卵巣／卵管平均炎症スコアをともなう一貫した炎症を示した。腹膜における炎症は、コントロールについての３．７５に対して、ワクチン接種した群について１．７５であった。
第３の実験において、Ｃ３Ｈマウス（１群あたり４匹）を、コレラ毒素（ＣＴ）と混合した１０μｇの精製組換えタンパク質（ＳＷＩＢ（配列番号１、配列番号５において提供される対応するアミノ酸配列を有する）またはＳ１３（配列番号４、配列番号１２において提供される対応するアミノ酸配列を有する）のいずれか）を用いて３回免疫し；その調製物を、２０μＬ容量で麻酔の際に鼻内投与した。最後の免疫の２週間後、動物を、プロゲステロン処置し、そしてＣ．ｐｓｉｔｔａｃｉの膣への接種によるかまたは子宮におけるＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ血液型亜型Ｆの注射によるかのいずれかで感染させた。感染の２週間後、このマウスを屠殺し、そして生殖管を切り出し、染色し、そして組織病理学について試験した。炎症の程度を、上記のようにスコア付けした。各々単一の卵管／卵巣に帰するスコアを合計し、そして試験された器官の数で除算して、その群についての炎症の平均スコアを得た。子宮接種のモデルにおいて、コレラ毒素単独を受ける、免疫した陰性コントロール動物は、ｓ１３およびコレラ毒素で免疫した群についての５．００、ならびにＳＷＩＢおよびコレラ毒素で免疫した群についての１．００に対して、４．２５（分析した２匹のマウスのみ；他の２匹は死んだ）の卵巣／卵管平均炎症スコアを示した。未処置の感染動物は、７の卵巣／卵管平均炎症スコアを有した。膣接種および感染の上昇のモデルにおいて、免疫した陰性コントロールマウスは、ｓ１３およびコレラ毒素で免疫した群についての６．７５、ならびにＳＷＩＢおよびコレラ毒素で免疫した群についての５．３７に対して、７．３７の卵巣／卵管平均炎症スコアを有した。未処置の感染動物は、８の卵巣／卵管平均炎症スコアを有した。
上記の３つの実験は、ＳＷＩＢ特異的防御が得られ得ることを示唆する。この防御効果は、相同感染のモデルにおいて、より顕著であるが、しかしＣ．ｐｓｉｔｔａｃｉを用いる異種チャレンジ感染における場合においてなお存在する。
本発明は、理解を明確にする目的で、例示および実施例によって幾分詳細に記載されているが、変更および改変は、本発明の範囲から逸脱することなく実施され得、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲の範囲によってのみ限定されることが意図される。
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Claims (17)

  1. (i) 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４によってコードされる配列に対して少なくとも90％の同一性を有するアミノ酸配列、又は
    (ii) 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４によってコードされるアミノ酸配列の免疫原性フラグメント、
    を含む単離されたポリペプチドを含む組成物。
  2. 生理学的に受容可能なキャリアと、配列番号８２、８６、８８又は１１４によってコードされる配列に対して少なくとも90％の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドとを含む、請求項１記載の組成物。
  3. 単離されたポリペプチドが配列番号８２、８６、８８又は１１４によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項２記載の組成物。
  4. 単離されたポリペプチドが配列番号８２、８６、８８又は１１４によってコードされるアミノ酸配列から成る、請求項３記載の組成物。
  5. 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４の配列又はこれらに対して少なくとも90％の同一性を有するこれらの改変体を含む単離されたポリヌクレオチドを含む組成物。
  6. 単離されたポリヌクレオチドが配列番号８２、８６、８８又は１１４の配列を含む、請求項５記載の組成物。
  7. 単離されたポリヌクレオチドが配列番号８２、８６、８８又は１１４の配列から成る、請求項６記載の組成物。
  8. 組成物が、生理学的に受容可能なキャリアを含む薬学的組成物である、請求項１〜７のいずれか１項記載の組成物。
  9. 組成物が、免疫刺激物質を含むワクチン組成物である、請求項１〜７のいずれか１項記載の組成物。
  10. 生理学的に受容可能なキャリアと、請求項１〜４のいずれか１項に規定のポリペプチドを含む融合タンパク質とを含む薬学的組成物。
  11. 免疫刺激物質と、請求項１〜４のいずれか１項に規定のポリペプチドを含む融合タンパク質とを含むワクチン組成物。
  12. 免疫刺激物質がアジュバントである、請求項９又は１１記載のワクチン組成物。
  13. 患者における防御免疫誘導において使用するための請求項８又は１０記載の薬学的組成物。
  14. 患者における防御免疫誘導において使用するための請求項９、１１及び１２のいずれか１項記載のワクチン組成物。
  15. Chlamydia trachomatis感染の処置又は予防のための、
    (i) 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４によってコードされる配列に対して少なくとも90％の同一性を有するアミノ酸配列、又は
    (ii) 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４によってコードされるアミノ酸配列の免疫原性フラグメント、
    を含むポリペプチド。
  16. Chlamydia trachomatis感染の処置又は予防のための、
    (i) 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４によってコードされる配列に対して少なくとも90％の同一性を有するアミノ酸配列、又は
    (ii) 配列番号８２、８６、８８若しくは１１４によってコードされるアミノ酸配列の免疫原性フラグメント、
    を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
  17. Chlamydia trachomatis感染の処置又は予防のための請求項１〜４のいずれか１項に規定のポリペプチドを含む融合タンパク質。
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