KR102108751B1 - 오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침 - Google Patents

오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침 Download PDF

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Abstract

본 발명은 오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침, 상기 탐침을 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 오이 분석용 키트, 및 오이 분석 방법에 관한 것으로, 구체적으로 오이 계통간 유전자형이 다른 총 62,378개의 단일염기다형성 중에서 순도검정 혹은 품종판별 등의 분석에 적합한 50개의 단일염기다형성을 선별한 것이다.
본 발명의 단일염기다형성 탐침을 활용하여 오이 F1 조합을 판별할 수 있고, F1 종자 순도를 검정하여 양친을 통한 교배 여부를 정확히 판단할 수 있으며, 오이 품종을 판별 가능하고, 부가적으로 종묘회사 간에 발생하는 종자 분쟁 시 중재할 수 있는 수단을 제공할 수 있다.

Description

오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침{Single nucleotide polymorphism probes for seed purity determination and identification of varieties in cucumber}
본 발명은 오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침에 관한 것으로, 구체적으로 오이 계통간 유전자형이 다른 총 62,378개의 단일염기다형성 중에서 순도검정 혹은 품종판별 등의 분석에 적합한 50개의 단일염기다형성을 선별한 것이다.
오이는 박과에 속하는 1년생 덩굴식물로 동서양을 막론하고 다양하게 이용되는 채소이다. 오이의 식품적 가치는 맛과 향기에 있어, 독특한 향미과 씹히는 식감 때문에 주로 녹색의 미숙과 상태로 생식하게 된다. 오이 과일의 발육은 온도, 광, 수분, 영양 등의 외적요인이 관여하는데 특히 온도, 광조건의 영향이 크다. 온도가 높고 일조가 좋은 조건에서 발육이 촉진된다. 과일 발육에 미치는 내적요인은 꽃의 소질(씨방 크기), 엽면적, 한 포기당 달린 과일 수(과일상호간의 양분경쟁), 과일의 옥신함량 등에 의해 발육속도는 크게 달라진다. 개화로부터 수확까지 고온기는 8~10일, 저온기는 14~20일이 필요한데 오이 품종에 따라 차이가 있어 자라는 속도 예측이 중요하다. 또한 오이 과일의 발육은 오이 클로스테로바이러스 감염증, 또는 오이 흰가루병과 같은 질병에도 영향을 많이 받는다. 특히 오이 흰가루병은 오이 잎 전체가 흰가루로 뒤덮히고 병든 잎은 고사하는데, 분생포자가 공기전염되어 지속적으로 발생하므로, 오이 흰가루병에 내성이 있는 품종의 연구가 요구되고 있다.
이에 최근들어 이러한 문제를 해소하기 위해 유전적인 정보를 이용하여 오이의 생장 환경을 이롭게 하고자 하는 방법들이 개발되고 있다. 예를 들어, 한국등록특허 제10-1388281호에는 단일 뉴클레오티드 다형 마커를 이용하여 오이 클로스테로바이러스 및 오이 흰가루병균에 대해 내성인 식물체를 선별하는 방법이 개시되어 있고, 한국등록특허 제10-1608576호에는 오이 노균병원체 검출용 단일염기다형성 마커 및 이를 이용한 오이 노균병원체 검출방법이 개시되어 있다. 또한 오이 순도확인 및 품종판별과 관련해서는 한국등록특허 제10-1361730호에 오이의 품종을 식별하기 위한 다형성 마커 기술이 개시되어 있고, 한국등록특허 제10-1174409호에 초위성체 마커를 이용한 오이 품종 식별 기술이 기재되어 있으나, 상기 기술들은 SNP가 아닌 SSR에 기반을 둔 마커이고, 단일마커 분석으로서 대량 분석이 어려우며, 특정 품종에만 적용 가능하다는 단점이 있었다.
따라서 본 발명은 오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침에 관한 것으로, 본 발명은 ① SSR 마커가 아닌 SNP에 기반을 둔 마커이고, ② 단일마커 분석이 아닌, KASP 마커형태로 다수의 샘플에 대한 다수의 마커에 대해 고속대량으로 분석이 가능하며, ③ 개발된 마커를 시판품종뿐만 아니라, SNP 마커 정보를 획득하기 위한 재료인 핵심계통과 시판품종 31품종의 양친 계통에도 적용하여 효용성을 확인한 마커(탐침)세트;라는 특징이 있다. 그러므로 본 발명의 단일염기다형성 탐침을 활용하여 오이 F1 조합을 판별할 수 있고, F1 종자 순도를 검정하여 양친을 통한 교배 여부를 정확히 판단할 수 있으며, 오이 품종을 판별 가능하고, 부가적으로 종묘회사 간에 발생하는 종자 분쟁 시 중재할 수 있는 수단을 제공할 수 있다.
대한민국 등록특허 제10-1388281호 대한민국 등록특허 제10-1608576호 대한민국 등록특허 제10-1361730호 대한민국 등록특허 제10-1174409호
본 발명은 상기와 같은 종래의 기술상의 문제점을 해결하기 위해 안출된 것으로, 오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침에 관한 것이다.
본 발명은 주된 목적은 오이의 침색깔(백, 흑), 내서성(고, 중, 저), 절성성(고, 중, 저), 자화/절(1,2,3,4), 과장, 과색(담록, 녹, 농록, 반백), 및 흰가루병 저항성(유, 무) 등 오이 특성을 판별 가능한 단일염기다형성 탐침을 제공하는 데 있다.
본 발명의 다른 목적은 상기 단일염기다형성 탐침을 이용한 오이 순도검정 방법, 또는 품종판별 방법을 제공하는 데 있다. 보다 구체적으로, 본 발명의 단일염기다형성 탐침을 활용하여 오이 F1 조합을 판별할 수 있고, F1 종자 순도를 검정하여 양친을 통한 교배 여부를 정확히 판단할 수 있으며, 오이 품종을 판별 가능하고, 부가적으로 종묘회사 간에 발생하는 종자 분쟁 시 중재할 수 있는 수단을 제공할 수 있다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
이하, 본원에 기재된 다양한 구체예가 도면을 참조로 기재된다. 하기 설명에서, 본 발명의 완전한 이해를 위해서, 다양한 특이적 상세사항, 예컨대, 특이적 형태, 조성물 및 공정 등이 기재되어 있다. 그러나, 특정의 구체예는 이들 특이적 상세 사항 중 하나 이상 없이, 또는 다른 공지된 방법 및 형태와 함께 실행될 수 있다. 다른 예에서, 공지된 공정 및 제조 기술은 본 발명을 불필요하게 모호하게 하지 않게 하기 위해서, 특정의 상세사항으로 기재되지 않는다. "한 가지 구체예" 또는 "구체예"에 대한 본 명세서 전체를 통한 참조는 구체예와 결부되어 기재된 특별한 특징, 형태, 조성 또는 특성이 본 발명의 하나 이상의 구체예에 포함됨을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전체에 걸친 다양한 위치에서 표현된 "한 가지 구체예에서" 또는 "구체예"의 상황은 반드시 본 발명의 동일한 구체예를 나타내지는 않는다. 추가로, 특별한 특징, 형태, 조성, 또는 특성은 하나 이상의 구체예에서 어떠한 적합한 방법으로 조합될 수 있다.
명세서에서 특별한 정의가 없으면 본 명세서에 사용된 모든 과학적 및 기술적인 용어는 본 발명이 속하는 기술분야에서 당업자에 의하여 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다.
본 발명의 일 구체예에서, 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050으로 구성되는 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 단일염기다형성을 검출하기 위한 오이 분석용 탐침을 제공한다.
상기의 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050은 본 발명의 상세한 설명 중 표 5 내지 표 10으로 정의될 수 있다.
상기의 탐침이란 중합효소연쇄반응용 올리고뉴클레오티드 프라이머, 또는 올리고뉴클레오티드 프로브인 것을 특징으로 하는 것이나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기의 올리고뉴클레오티드 프라이머는 특정 유전자 서열에 대하여 상보적인 짧은 단선의 유전자 서열 즉, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)로 PCR진단, DNA 시퀀싱(sequencing) 등에 이용할 목적으로 합성된 것을 의미한다. DNA 중합효소에 의해 상보적인 유전자 서열이 합성될때 전체 유전자 서열 중에서 프라이머로부터 합성이 시작되는 기시점으로 작용하며, 일반적으로 20∼30 bp(base-pair)의 길이로 합성하여 사용한다. 포스포릴라아제의 작용에 의해 글루코오스-1-인산에서 녹말이 생성될 때의 미량의 녹말이나 글리코겐의 작용, 카텝신 C에 의한 폴리펩티드 합성 반응에서의 올리고펩티드의 작용, 리보뉴클레오티드피로포스포릴라아제에 의한 폴리뉴클레오티드 생성 때의 폴리뉴클레오티드의 작용, 데옥시리보뉴클레오티드피로포스포릴라아제에 의한 폴리데옥시리보뉴클레오티드의 생성 반응에서의 데옥시리보핵산(DNA)의 작용 등을 예로 들 수 있다. 또한 상기의 프로브란 DNA 또는 RNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수개 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 핵산 단편을 의미하며, 라벨링 되어 있어서 특정 DNA 또는 RNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 본 발명의 프로브는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있고, 비오틴, FITC, 로다민, DIG 등으로 표지되거나 방사선 동위원소 등으로 표지될 수 있다.
본 발명의 중합효소연쇄반응용 올리고뉴클레오티드 프라이머, 또는 올리고뉴클레오티드 프로브인 오이 분석용 탐침은 다형성 위치의 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 이루어지는 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 올리고뉴클레오티드인 것이 바람직하고, 본 발명의 서열번호 1 내지 100으로 구성되는 그룹으로부터 선택되는 어느 하나를 포함하는 것이 더욱 바람직하나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한 본 발명의 중합효소연쇄반응용 올리고뉴클레오티드 프라이머, 또는 올리고뉴클레오티드 프로브인 오이 분석용 탐침은 검출 가능한 물질로 표지될 수 있고, 상기의 물질이란 방사선 동위원소, 형광물질, HRP(Horseradish Peroxidase)와 같은 화합물, 또는 항체를 포함한다.
또한 본 발명의 오이 분석용 탐침은 침색깔(백, 흑), 내서성(고, 중, 저), 절성성(고, 중, 저), 자화/절(1,2,3,4), 과장, 과색(담록, 녹, 농록, 반백), 또는 흰가루병 저항성(유, 무)을 포함하는 오이의 다양한 특성을 판별 가능한 것을 특징으로 한다. 상기의 침색깔은 오이 열매 표면의 침(가시)의 색깔을 의미하는 것이고, 상기의 내서성은 더위에 견디는 오이의 성질을 의미하는 것이며, 상기의 절성성은 암수의 성을 결정짓는 오이의 성질을 의미하는 것이다. 오이는 자웅이화 작물로서 단위결과성이 높다. 생태형과 품종에 따라 성표현이 다르지만 성표현(절성성)은 주로 일장과 온도의 영향을 많이 받는다. 외부 조건으로는 단일저온(일장 : 8~10시간, 저온 : 8~15℃) 조건에서 절성성이 높아지는 것으로 알려져 있고, 질소(N) 비료가 과다하게 되면 암꽃이 피는 절위가 높아지고 암꽃의 소질이 나쁘게 된다. 상기의 자화/절은 1절당 발화되는 꽃의 수를 의미하는 것이며, 과장은 오이 열매의 길이, 과색은 오이 열매의 색을 의미한다. 흰가루병 저항성은 오이 흰가루병에 대한 오이 품종의 내성을 의미한다. 오이 흰가루병(Powdery mildew)은 병원균(Sphaerotheca fusca)에 감염되어 발생하는 것으로, 오이 잎 전체가 흰가루로 뒤덮히고 병든 잎은 고사한다. 분생포자가 공기전염되어 지속적으로 발생하므로, 발병 이전에 예방이 더욱 중요하다.
본 발명의 다른 구체예에서, 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050으로 구성되는 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 단일염기다형성을 검출하기 위한 오이 분석용 탐침을 포함하는 오이 분석용 조성물을 제공하고, 상기 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050은 본 발명의 상세한 설명 중 표 5 내지 표 10으로 정의되는 오이 분석용 조성물을 제공하며, 상기 분석은 오이의 침색깔(백, 흑), 내서성(고, 중, 저), 절성성(고, 중, 저), 자화/절(1,2,3,4), 과장, 과색(담록, 녹, 농록, 반백), 또는 흰가루병 저항성(유, 무)을 판별하는 것인 오이 분석용 조성물을 제공한다.
본 발명의 또 다른 구체예에서, 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050으로 구성되는 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 단일염기다형성을 검출하기 위한 오이 분석용 탐침을 포함하는 오이 분석용 조성물을 포함하는 오이 분석용 키트를 제공하고, 상기 분석은 오이의 침색깔(백, 흑), 내서성(고, 중, 저), 절성성(고, 중, 저), 자화/절(1,2,3,4), 과장, 과색(담록, 녹, 농록, 반백), 또는 흰가루병 저항성(유, 무)을 판별하는 것인 오이 분석용 키트를 제공하며, 상기 키트는 KASP(kompetitive allele speicific PCR) 탐침세트인 오이 분석용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 구체예에서, (a) 제 1 항의 탐침 세트를 이용하여 품종 또는 계통을 알고 있는 부모 오이의 단일염기다형성의 유전자형을 결정하는 단계;
(b) 제 1 항의 탐침 세트를 이용하여 상기 부모 오이의 자손인지 여부를 확인하고자 하는 오이의 단일염기다형성의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (c) 상기 (a) 단계와 상기 (b) 단계에서 결정된 단일염기다형성의 유전자형을 비교하는 단계를 포함하는, 오이의 순도검정 방법을 제공한다.
본 발명의 또 다른 구체예에서, (a) 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050로 구성되는 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 단일염기다형성을 검출하기 위한 오이 분석용 탐침을 준비하는 단계; 및 (b) 미지의 오이 시료로부터 상기 단일염기다형성 염기를 분석하는 단계;를 포함하는 오이 분석 방법을 제공하고, 상기의 오이 단일염기다형성 CsaSPT001 내지 CsaSPT050은 본 발명의 상세한 설명 중 표 5 내지 표 10으로 정의되는 오이 분석 방법을 제공하며, 상기 탐침은 중합효소연쇄반응용 올리고뉴클레오티드 프라이머, 또는 올리고뉴클레오티드 프로브인 것을 특징으로 하는 오이 분석 방법을 제공하며, 상기 탐침은 서열번호 1 내지 100으로 구성되는 그룹으로부터 선택되는 어느 하나를 포함하는 것인 오이 분석 방법을 제공하며, 상기 분석은 오이의 침색깔(백, 흑), 내서성(고, 중, 저), 절성성(고, 중, 저), 자화/절(1,2,3,4), 과장, 과색(담록, 녹, 농록, 반백), 또는 흰가루병 저항성(유, 무)을 판별하는 것인 오이 분석 방법을 제공한다.
이하 상기 본 발명을 단계별로 상세히 설명한다.
오이 과일의 발육은 온도, 광, 수분, 영양 등의 외적요인 뿐 아니라, 꽃의 소질(씨방 크기), 엽면적, 한 포기당 달린 과일 수(과일상호간의 양분경쟁), 과일의 옥신함량 등 내적요인에 따라서도 크게 달라진다. 따라서 우수한 품질의 오이 과육을 수득할 수 있는 품종의 순도검정 및 품종판별 기술이 요구된다.
본 발명은 오이 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 탐침에 관한 것으로, 오이 계통간 유전자형이 다른 총 62,378개의 단일염기다형성 중에서 순도검정 혹은 품종판별 등의 분석에 적합한 50개의 단일염기다형성을 제공하므로, 본 발명의 단일염기다형성 탐침을 이용하여 오이 F1 조합을 판별할 수 있고, F1 종자 순도를 검정하여 양친을 통한 교배 여부를 정확히 판단할 수 있으며, 오이 품종을 판별 가능하고, 부가적으로 종묘회사 간에 발생하는 종자 분쟁 시 중재할 수 있는 수단을 제공할 수 있을 것으로 기대된다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른, 다양한 형질을 고려하여 선별된 38개의 오이 핵심계통의 구조도이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른, 오이 전사체를 read mapping 결과를 나타낸 것이다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 따른, 오이 핵심 SNP의 선발 과정을 나타낸 것이다.
도 4는 본 발명의 일 실시예에 따른, 오이 371개 SNP와 그 중 50개 순도검정 마커의 위치를 나타낸 물리적지도이다.
도 5는 본 발명의 일 실시예에 따른, KASP 마커 시스템 원리의 모식도이다.
도 6은 본 발명의 일 실시예에 따른, KASP 마커로 분석한 F1 31개 조합과 그 양친 계통의 유전자형 분석 결과(일부결과, B01~B10)이다.
도 7은 본 발명의 일 실시예에 따른, KASP 마커로 분석한 핵심 육성계통 38개의 유전자형 분석 결과이다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것이므로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.
실시예 1. 오이 대표 계통 선정
침색깔(백, 흑), 내서성(고, 중, 저), 절성성(고, 중, 저), 자화/절(1,2,3,4), 과장, 과색(담록, 녹, 농록, 반백), 및 흰가루병 저항성(유, 무)의 원예적 형질(특성)을 고려하여 특성이 중복되지 않는 오이의 핵심 육성계통 38개를 수집하였다. 상기 선별된 육성계통 및 표현형 특징을 표 1에, 이의 구조도를 도 1에 나타내었다.
Figure 112018124232827-pat00001
실시예 2. 오이 대표 계통의 전사체 염기 서열 분석
선발된 오이 계통으로부터 신초(어린잎)를 수집하고, GeneAll Hybrid-RTM 키트(한국)를 사용하여 고순도의 RNA를 분리한 후, Nanodrop을 이용하여 A260/280 값이 1.8 이상이고 농도가 400ng/㎕ 이상인 조건을 확인하였다. 상기 RNA 중 DNA 부분은 제거하여 순수한 RNA 조각을 수득하고, 역전사(reverse transcription)를 이용하여 cDNA 라이브러리를 제작하였다. 제작된 cDNA 조각을 대상으로 Illumina Hiseq 4000을 이용하여 오이 계통별로 시퀀싱(transcriptome resequencing)을 실시한 결과, 평균 35,990,890 reads를 얻었으며 평균 GC 함량은 45%, Q30은 96%임을 확인하였다(해당 수치는 adapter 염기서열을 제거하는 등의 trimming 작업을 완료한 후에 평균을 계산한 데이터임). 이를 표 2에 나타내었다.
Figure 112018124232827-pat00002
상기 오이 전사체의 read mapping은 박과 유전체 데이터베이스(cucurbitgenomics.org) 사이트에 공개된 ChineseLong_v2 reference 데이터(cucurbitgenomics.org/pub/cucurbit/genome/cucumber)를 사용하여 수행하였고, 평균 overall read mapping rate는 92.8%인 것으로 나타났다. 이를 도 2에 나타내었다.
실시예 3. 오이 SNP 선별
계통 간의 품종판별을 위한 SNP는 SAMTools 프로그램을 이용하여 계통 간의 유전자형이 다르게 나타난 것으로 선별하였다.
보다 구체적으로, 실시예 2의 염기 서열 분석 결과로부터 Depth가 10x 이상에 해당되는 유전자형 결과를 선발하고 계통 간 유전자형이 다른 것들을 SNP로 분류하여 총 62,378개의 SNP를 선발하였다. 이로부터 일차로 2종류의 유전자형과 2종류의 대립유전자로 나타나는 58,436개의 SNP를 선별하였고(3종류 이상의 유전자형에 의한 SNP나 3종류 이상의 대립유전자가 관여하는 SNP는 제외함), 이차로 SNP 중 최소한 6계통 이상 구분할 수 있는 경우만 선발하여 51,435개의 SNP를 선별하였으며, 삼차로 SNP 중 두 유전자형의 계통 분리비가 균등하게 나타난 4,985개의 SNP를 선별하였으며(두 개의 유전자형에 대한 분산을 구하여 이 값이 1이 넘으면 제외), 사차로 탐침 디자인을 용이하게 하기 위해 하나의 SNP의 위치로부터 양 옆 60bp 구간에 다른 SNP가 없는 경우를 선발하여 2,462개의 SNP를 선별하였다. 마지막으로 선발된 SNP 중 최대한 순도검정 혹은 품종판별 등의 분석에 적합한 SNP를 발탁하기 위해 PIC(Polymorphism Information Content) 값이 약 0.5에 가까우며 38개의 오이 계통 중 35개 이상에서 공통적으로 확인된 371개의 SNP를 최종적으로 선발하였다. 상기 SNP 필터링 과정과 기준을 표 3, 및 도 3에 나타내었다.
Filtering criteria No. of SNPs remaining No. of fitered SNPs Fitering percentage(%)
Genotype/Allele 58,436 3,942 6.3
Distinguishable species 51,435 7,001 12.0
Segregation ratio 4,985 46,450 90.3
Adjacent SNP 2,462 2,523 50.6
QC/MAB suitable SNP 371 2,091 84.9
SNP 선별 결과, 가장 많은 SNP가 선발된 염색체는 3번 염색체이고, 가장 적은 SNP가 선발된 염색체는 5번 염색체였다. SNP 밀도(SNP density, SNPs/Mb)는 7번 염색체가 2.77로 가장 높았으며, 1번 염색체가 1.63으로 가장 낮았고, 전체 염색체(약 161Mb)에 대한 371개의 SNP의 밀도는 2.3이었다. 상기 선발된 SNP의 염색체(7개) 상의 분포도를 표 4에 나타내었다.
Chromosome SNPs Size(Mbp) SNP density KASP markers
C1 37 22.7 1.63 6
C2 48 20.6 2.33 7
C3 78 39.0 2.00 9
C4 60 22.6 2.65 8
C5 22 10.0 2.21 5
C6 74 27.4 2.70 8
C7 52 18.8 2.77 7
계 371 161.0 2.30 50
※ SNP density = SNP 수 / Chromosome size(Mbp)
상기 표 3의 최종 선별 SNP 371개 중 품종판별 및 순도검정용으로 최소한의 분자마커 개수를 확보하기 위해, 오이 염색체별로 5~9개씩 고르게 선발하여 50개 SNP를 선별하였다. 상기 50개 SNP의 위치와 염기를 표 5에, 오이 371개 SNP와 그 중 50개 순도검정 마커의 위치를 나타낸 물리적지도를 도 4에 나타내었다.
SNP 마커 해당 염색체 SNP위치 SNP염기
CsaSPT001 Chr.1 4385912 A/G
CsaSPT002 Chr.1 5903955 A/C
CsaSPT003 Chr.1 6810619 A/G
CsaSPT004 Chr.1 21366049 T/G
CsaSPT005 Chr.1 21408446 T/C
CsaSPT006 Chr.1 21845944 A/G
CsaSPT007 Chr.2 282138 A/C
CsaSPT008 Chr.2 1165541 T/C
CsaSPT009 Chr.2 1610793 A/G
CsaSPT010 Chr.2 4460459 T/G
CsaSPT011 Chr.2 14525253 A/G
CsaSPT012 Chr.2 18788181 T/C
CsaSPT013 Chr.2 20561070 T/C
CsaSPT014 Chr.3 584237 T/C
CsaSPT015 Chr.3 2327927 T/C
CsaSPT016 Chr.3 4095591 T/C
CsaSPT017 Chr.3 8334172 A/G
CsaSPT018 Chr.3 15988559 T/C
CsaSPT019 Chr.3 28195241 A/G
CsaSPT020 Chr.3 29798410 T/C
CsaSPT021 Chr.3 31011324 A/G
CsaSPT022 Chr.3 33677983 T/C
CsaSPT023 Chr.4 2729111 T/C
CsaSPT024 Chr.4 3069256 A/G
CsaSPT025 Chr.4 8654190 A/G
CsaSPT026 Chr.4 15764533 A/G
CsaSPT027 Chr.4 17191693 T/C
CsaSPT028 Chr.4 21145598 T/C
CsaSPT029 Chr.4 22149419 A/G
CsaSPT030 Chr.4 22556731 A/G
CsaSPT031 Chr.5 2349908 T/C
CsaSPT032 Chr.5 3219085 A/G
CsaSPT033 Chr.5 4230887 T/G
CsaSPT034 Chr.5 4989671 A/G
CsaSPT035 Chr.5 8129872 A/G
CsaSPT036 Chr.6 1406894 A/G
CsaSPT037 Chr.6 1607587 T/G
CsaSPT038 Chr.6 3815947 A/G
CsaSPT039 Chr.6 8859590 A/G
CsaSPT040 Chr.6 16950033 A/G
CsaSPT041 Chr.6 22174935 T/C
CsaSPT042 Chr.6 22246107 A/C
CsaSPT043 Chr.6 25692778 A/G
CsaSPT044 Chr.7 1724000 A/G
CsaSPT045 Chr.7 4575406 A/G
CsaSPT046 Chr.7 4712188 T/C
CsaSPT047 Chr.7 9495723 T/C
CsaSPT048 Chr.7 13513970 A/G
CsaSPT049 Chr.7 16529777 A/G
CsaSPT050 Chr.7 18195273 A/G
선발된 50개 SNP는 SNP 위치에서 upstream 및 downstream 양방향으로 인접한 60bp 염기서열인 인접 염기서열(amplicon sequence) 정보를 바탕으로 KASP(Kompetitive Allele Specific PCR genotyping system) 프로브, 및 형광 탐침을 제작하고, 단시간내 많은 양의 샘플을 분석할 수 있도록 마커 세트로 구성하였다. 상기 50개 SNP 마커세트의 KASP 프로브 서열을 표 6 내지 표 10에 나타내었다.
SNP 마커 해당 염색체 SNP위치 서열번호 프로브 서열(downstream 60bp, upstream 60bp)
CsaSPT001 Chr.1 4385912 1 AAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAGAAAGCTCCTATTCAACTTATGAGCATGTAAAAATGTT A TAATCTGCTTTCATTGTGGCACAGCTCTGCCTCTAGTGATTGAGTTAATGGTTGAAATCA
2 AAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAGAAAGCTCCTATTCAACTTATGAGCATGTAAAAATGTT G TAATCTGCTTTCATTGTGGCACAGCTCTGCCTCTAGTGATTGAGTTAATGGTTGAAATCA
CsaSPT002 Chr.1 5903955 3 CTATGATGCAGTTCATTAAAACCATTTAGTAAGGGCACTGACTCTATTTGACCATCTTTC A TTCTCATTTTCATATCATCATTAAGTTCATAACCTTAGTGTATCACGAGAGGTCATTAAG
4 CTATGATGCAGTTCATTAAAACCATTTAGTAAGGGCACTGACTCTATTTGACCATCTTTC C TTCTCATTTTCATATCATCATTAAGTTCATAACCTTAGTGTATCACGAGAGGTCATTAAG
CsaSPT003 Chr.1 6810619 5 GCCACAAACATATTGGCCATCCACGCAAACCAAATATTCCACTTTCAGAAGAACAATTTA A AAGCCACCACGGAGACGAAGGACGAGGTGAAGGGTCGACTCCTTCTGAATGTTATAATCA
6 GCCACAAACATATTGGCCATCCACGCAAACCAAATATTCCACTTTCAGAAGAACAATTTA G AAGCCACCACGGAGACGAAGGACGAGGTGAAGGGTCGACTCCTTCTGAATGTTATAATCA
CsaSPT004 Chr.1 21366049 7 GAAGATTTGAAATATCAGCAGAAACCGCACAAGGAATTCCCAAATTTGAAAGAGCACCTC T TATGATTCCGCATGGGAAATATAGATGCATGCTTGTTGCTTGAGCTACCTTGTTTTCACC
8 GAAGATTTGAAATATCAGCAGAAACCGCACAAGGAATTCCCAAATTTGAAAGAGCACCTC G TATGATTCCGCATGGGAAATATAGATGCATGCTTGTTGCTTGAGCTACCTTGTTTTCACC
CsaSPT005 Chr.1 21408446 9 TAATCAATGTCATATTACCAAAACAAATACTCACAACGAAATACAAAAAACAAACCATAA T GATTTGTACCAAAAATAAGAGGGCAGCAAACAGGCAAGAGAGAATCAACAAATTCCATCA
10 TAATCAATGTCATATTACCAAAACAAATACTCACAACGAAATACAAAAAACAAACCATAA C GATTTGTACCAAAAATAAGAGGGCAGCAAACAGGCAAGAGAGAATCAACAAATTCCATCA
CsaSPT006 Chr.1 21845944 11 AAAAAAAAAATACAAATACAAATACAAATACAACTAAGAACTTTATTATGTATTAAAAAT A TGTCCTCCGTCGCCGGCGGTAGCAATCTTTAATTGTATTTGGTCACCATCTGAGCTTTTC
12 AAAAAAAAAATACAAATACAAATACAAATACAACTAAGAACTTTATTATGTATTAAAAAT G TGTCCTCCGTCGCCGGCGGTAGCAATCTTTAATTGTATTTGGTCACCATCTGAGCTTTTC
CsaSPT007 Chr.2 282138 13 TTATATGATTCCATATGCTAATTGTTTGAATAAAATTTTGCTTCTTACATTAGGACACAA A ACCTCGCATTAAACCTACCTTAAGAAATGCTCAACACAGTGTGGTAGAAAAGCAAACATC
14 TTATATGATTCCATATGCTAATTGTTTGAATAAAATTTTGCTTCTTACATTAGGACACAA C ACCTCGCATTAAACCTACCTTAAGAAATGCTCAACACAGTGTGGTAGAAAAGCAAACATC
CsaSPT008 Chr.2 1165541 15 ATATTGACAAATATTTTCATCATAGCTCCAAACTAAATAAATCAAGATTGTTGAATTTTT T GCCTTCCCCTACAGTCTCCCGTTGTAGCTATGAGAATACAAAACGATTTAAGCGTAGCAT
16 ATATTGACAAATATTTTCATCATAGCTCCAAACTAAATAAATCAAGATTGTTGAATTTTT C GCCTTCCCCTACAGTCTCCCGTTGTAGCTATGAGAATACAAAACGATTTAAGCGTAGCAT
CsaSPT009 Chr.2 1610793 17 AGCCCTTCATATCTTTAACAGGTTTCAATGGGGAGCTCGAGAAGGACCACTTTGTGATGA A CCCATTAGGAATGTTAAGTTCAAAATTGTTGATGCTAGAATTGCACCTGAGCCACTGCAT
18 AGCCCTTCATATCTTTAACAGGTTTCAATGGGGAGCTCGAGAAGGACCACTTTGTGATGA G CCCATTAGGAATGTTAAGTTCAAAATTGTTGATGCTAGAATTGCACCTGAGCCACTGCAT
CsaSPT010 Chr.2 4460459 19 TCCTGTTCCTGCACCCAAAGAACAATATGGAGTGTCCTAATTCAACACCAGATTCTTTCA T AGCTAACCTTTCCTGCAAATAAAAATTAAAATGTAATAACGGGTTGATTTAATATAGTCT
20 TCCTGTTCCTGCACCCAAAGAACAATATGGAGTGTCCTAATTCAACACCAGATTCTTTCA G AGCTAACCTTTCCTGCAAATAAAAATTAAAATGTAATAACGGGTTGATTTAATATAGTCT
SNP 마커 해당 염색체 SNP위치 서열번호 프로브 서열(downstream 60bp, upstream 60bp)
CsaSPT011 Chr.2 14525253 21 TGGCCAAATAATTAGTTGTGGAGGAGAGAGATATGATAGATGGTAGTATGTTATATTAAC A GTTGAGCCTCTGACTTGAGCTCTTTTGTAGTTACTCTTTCACTACTGGTTTCCACATCAA
22 TGGCCAAATAATTAGTTGTGGAGGAGAGAGATATGATAGATGGTAGTATGTTATATTAAC G GTTGAGCCTCTGACTTGAGCTCTTTTGTAGTTACTCTTTCACTACTGGTTTCCACATCAA
CsaSPT012 Chr.2 18788181 23 AGCAGGGTTGAGGTGGCCACCGGAAATGTGGCCAGTAGAGATCATCACAGCCACAACAAA T GCATGTGCAACTGCTACGGCGAATAAACCGACGAGTGCGTTTGCCAATAATGCATCTAAA
24 AGCAGGGTTGAGGTGGCCACCGGAAATGTGGCCAGTAGAGATCATCACAGCCACAACAAA C GCATGTGCAACTGCTACGGCGAATAAACCGACGAGTGCGTTTGCCAATAATGCATCTAAA
CsaSPT013 Chr.2 20561070 25 TCCATCGTCAGCAAATAACTATGCAAATTTCATTGAATAAACCTGATGTATGAGAGCTTA T TGTGACAGTAACTTTGAGTCACATGCTACTATTTTAATTCTTCCAACATTCTCACTGGAA
26 TCCATCGTCAGCAAATAACTATGCAAATTTCATTGAATAAACCTGATGTATGAGAGCTTA C TGTGACAGTAACTTTGAGTCACATGCTACTATTTTAATTCTTCCAACATTCTCACTGGAA
CsaSPT014 Chr.3 584237 27 ATGTAGAGATCCTCCTTTTGGCAGGCTGAAACAGCGGCAGTTGAGAGAGAGCGTTTACTT T TGCGGAAAGTCTCTGAACTTCAAGCTAGGTGGGTTTGGTTTTGTAGAATTTTGTTGTGCA
28 ATGTAGAGATCCTCCTTTTGGCAGGCTGAAACAGCGGCAGTTGAGAGAGAGCGTTTACTT C TGCGGAAAGTCTCTGAACTTCAAGCTAGGTGGGTTTGGTTTTGTAGAATTTTGTTGTGCA
CsaSPT015 Chr.3 2327927 29 GAAATGGTTTGCCATGCTTAAAGGGAAAGTGCTTCTCATCTGATCTACTTTTTGCCTTTT T GGCATATTAAAGTTTGTAATCTCTTGCATAGAATATGAAAAATGAATAGAGAAAGAAAAA
30 GAAATGGTTTGCCATGCTTAAAGGGAAAGTGCTTCTCATCTGATCTACTTTTTGCCTTTT C GGCATATTAAAGTTTGTAATCTCTTGCATAGAATATGAAAAATGAATAGAGAAAGAAAAA
CsaSPT016 Chr.3 4095591 31 CATCAAGAAAAGGGGCCAAAATTCCATACATAATAGTCGTCTTAACCACGGAAGAATAGC T GGAACCTCCAGCTTTCAATATTTCGCCCATATTTTTGAGGACCTGTAAATTTCATTCACT
32 CATCAAGAAAAGGGGCCAAAATTCCATACATAATAGTCGTCTTAACCACGGAAGAATAGC C GGAACCTCCAGCTTTCAATATTTCGCCCATATTTTTGAGGACCTGTAAATTTCATTCACT
CsaSPT017 Chr.3 8334172 33 CTTTTGCAACTTGTTGGCAGCCGTTCAACTGTTGTGCCCAGAAGCAGATATCAACTACAG A TTGTTGTTGTTCATTGAGATCGTCAAATCAAGCAAGAAAATTTATGTGCTTTTGTAAAAA
34 CTTTTGCAACTTGTTGGCAGCCGTTCAACTGTTGTGCCCAGAAGCAGATATCAACTACAG G TTGTTGTTGTTCATTGAGATCGTCAAATCAAGCAAGAAAATTTATGTGCTTTTGTAAAAA
CsaSPT018 Chr.3 15988559 35 TTTTTCCATGGAAAGAGGCCCAAGGTACAGAGCCTACGCAGAGCTCAGAGAATCCAAGCT T CGCTTGAGAAACGCCATGTATCGCCACGATGAACACCCGGAGAAGTCCACCCCGCCGCCC
36 TTTTTCCATGGAAAGAGGCCCAAGGTACAGAGCCTACGCAGAGCTCAGAGAATCCAAGCT C CGCTTGAGAAACGCCATGTATCGCCACGATGAACACCCGGAGAAGTCCACCCCGCCGCCC
CsaSPT019 Chr.3 28195241 37 TCTTTGACGATCTTCTTCTCAGCCTTCGGCTTCTTCTCCGCCGAGGAAGGGGTTTTCTCC A CTGGCTTCTTCTCTGCGGGCTTCTTTTCGGCTTTCGTTGGCGCCATTGTTGGAACTCAGA
38 TCTTTGACGATCTTCTTCTCAGCCTTCGGCTTCTTCTCCGCCGAGGAAGGGGTTTTCTCC G CTGGCTTCTTCTCTGCGGGCTTCTTTTCGGCTTTCGTTGGCGCCATTGTTGGAACTCAGA
CsaSPT020 Chr.3 29798410 39 AAACCAGCCTCATATCCGCGGGCTAATTAACAGCTTGGTGAAATCCCAACAACTGCGTAT T CGTGGGAGACACTGTCATGATCTTGAAATCACAGAACTGCAAAAAAAAAAAAAGAAATAA
40 AAACCAGCCTCATATCCGCGGGCTAATTAACAGCTTGGTGAAATCCCAACAACTGCGTAT C CGTGGGAGACACTGTCATGATCTTGAAATCACAGAACTGCAAAAAAAAAAAAAGAAATAA
SNP 마커 해당 염색체 SNP위치 서열번호 프로브 서열(downstream 60bp, upstream 60bp)
CsaSPT021 Chr.3 31011324 41 GGCCTGGGTCTTTGTGTTTCTTTTCTTTCCGCAGCTTTGGTCATCGTTAGTGACTTGAAA A AAAGAAAGGGAAACCCATGGATGCTTCAGAGCGTAGGTATTTGGAGGATGATGATACGTC
42 GGCCTGGGTCTTTGTGTTTCTTTTCTTTCCGCAGCTTTGGTCATCGTTAGTGACTTGAAA G AAAGAAAGGGAAACCCATGGATGCTTCAGAGCGTAGGTATTTGGAGGATGATGATACGTC
CsaSPT022 Chr.3 33677983 43 AGTGAGGTCTCTTTGTTCTTAACAGCACTTTCTGCTATCAGCCTAGACTTAAAGAAGCTA T GGTTTGTTTTATTTACAAACAATTACACATTACAAATAAGAGGAAAAAAGGATTAAGTTC
44 AGTGAGGTCTCTTTGTTCTTAACAGCACTTTCTGCTATCAGCCTAGACTTAAAGAAGCTA C GGTTTGTTTTATTTACAAACAATTACACATTACAAATAAGAGGAAAAAAGGATTAAGTTC
CsaSPT023 Chr.4 2729111 45 ATATCCTTACAACCACCTTGTTCTTCTTTCCTGCAGATAAAAGTAGAACTTTTCCATCAA T AATGTCTACAGCTTCAACCCTTTTACTCTCGGAATCCACTCTACCATTATTCAAATAAAG
46 ATATCCTTACAACCACCTTGTTCTTCTTTCCTGCAGATAAAAGTAGAACTTTTCCATCAA C AATGTCTACAGCTTCAACCCTTTTACTCTCGGAATCCACTCTACCATTATTCAAATAAAG
CsaSPT024 Chr.4 3069256 47 AGCCTTCATCTGAAAGTTTGTATGTTTTACCATGCATGATGTATTCAAACTTATCAGCTA A AGATTTCTTCCCTTCCTGCCAAAAATTAAGTTCATTTGAAGGATATTACCACTAAAATTT
48 AGCCTTCATCTGAAAGTTTGTATGTTTTACCATGCATGATGTATTCAAACTTATCAGCTA G AGATTTCTTCCCTTCCTGCCAAAAATTAAGTTCATTTGAAGGATATTACCACTAAAATTT
CsaSPT025 Chr.4 8654190 49 AGATTGATAACCACTGTTGATCGCATAAGAAATTCCAGCAACAACTCCAACTATGTTGAT A ATTAGGAGAGTAGTTGGGGGAATCAGAAGAGTGGTCCACTTGAACATGTAGAGCTCAGCA
50 AGATTGATAACCACTGTTGATCGCATAAGAAATTCCAGCAACAACTCCAACTATGTTGAT G ATTAGGAGAGTAGTTGGGGGAATCAGAAGAGTGGTCCACTTGAACATGTAGAGCTCAGCA
CsaSPT026 Chr.4 15764533 51 CAAGGTGATCATCGAAGTCCACCACATCTTGCCATTTTTCAGATGATATGAAATCCAACA A GACCACGTTTGCTGAAGGTTCCTTCATCATCAGCTGGCTGCTTCCATCTGATCCAGCCAA
52 CAAGGTGATCATCGAAGTCCACCACATCTTGCCATTTTTCAGATGATATGAAATCCAACA G GACCACGTTTGCTGAAGGTTCCTTCATCATCAGCTGGCTGCTTCCATCTGATCCAGCCAA
CsaSPT027 Chr.4 17191693 53 CCAAAAAGAAAAAATGCAGTCAGAAAAAGTAGCTAGAAACATACCAAAAGCAGAGGCCGA T TAGCACTATCAGTAGCACCAATCCTTTGCATCACAACAGATACCAACTCATCCAAGGTCT
54 CCAAAAAGAAAAAATGCAGTCAGAAAAAGTAGCTAGAAACATACCAAAAGCAGAGGCCGA C TAGCACTATCAGTAGCACCAATCCTTTGCATCACAACAGATACCAACTCATCCAAGGTCT
CsaSPT028 Chr.4 21145598 55 ATTTCTCAGATGTGTTGAGTTTGATTTTATTTATGTATAGTATAGTCTTTATGATTGACG T CGTTTTCAACTGTAGATTAGAATCAATGTAATTTTAGCTTCTGAAATGGTTACTGATTCC
56 ATTTCTCAGATGTGTTGAGTTTGATTTTATTTATGTATAGTATAGTCTTTATGATTGACG C CGTTTTCAACTGTAGATTAGAATCAATGTAATTTTAGCTTCTGAAATGGTTACTGATTCC
CsaSPT029 Chr.4 22149419 57 GATGGAGTTGAAGAGAATATTTGAAGAACTGAAGATCAACTACAATCTTCTGCCTCAAAC A GTTCATCTCTTCCCAGTTGAGGGGCACTGAAAGTCTACACAAAATCTTAAGCTTATGCTT
58 GATGGAGTTGAAGAGAATATTTGAAGAACTGAAGATCAACTACAATCTTCTGCCTCAAAC G GTTCATCTCTTCCCAGTTGAGGGGCACTGAAAGTCTACACAAAATCTTAAGCTTATGCTT
CsaSPT030 Chr.4 22556731 59 AATGATGCACGAACAAACCATACATCCTGGGCCAGAAGGTGAGATGAGATGAGATGAGAA A AGAAGGGAGAAAGGGAATGGAGGGACGAGAAGAATGAGGCGTTAACAGATACAGAGTCTG
60 AATGATGCACGAACAAACCATACATCCTGGGCCAGAAGGTGAGATGAGATGAGATGAGAA G AGAAGGGAGAAAGGGAATGGAGGGACGAGAAGAATGAGGCGTTAACAGATACAGAGTCTG
SNP 마커 해당 염색체 SNP위치 서열번호 프로브 서열(downstream 60bp, upstream 60bp)
CsaSPT031 Chr.5 2349908 61 CCCGTAAACCGGCTCTGCCACCAAGTATTGCTGGTACGACCACTGATTAGCCACAAGCGG T TCCACCATTTCATCAGCTGTGTCTGGATGTTCAAATTGCGATTGCGTTGAAGGCGGCAGA
62 CCCGTAAACCGGCTCTGCCACCAAGTATTGCTGGTACGACCACTGATTAGCCACAAGCGG C TCCACCATTTCATCAGCTGTGTCTGGATGTTCAAATTGCGATTGCGTTGAAGGCGGCAGA
CsaSPT032 Chr.5 3219085 63 ATTTTACTGGGCAAAGTTATAATTGATAGATATGTTGGAATGTATGATTTTGATGATTCA A TTAATCCCTAGGCAGTGGGAATAAAAATGCAAACGATCCACAATTCTTAATTATAGTGCA
64 ATTTTACTGGGCAAAGTTATAATTGATAGATATGTTGGAATGTATGATTTTGATGATTCA G TTAATCCCTAGGCAGTGGGAATAAAAATGCAAACGATCCACAATTCTTAATTATAGTGCA
CsaSPT033 Chr.5 4230887 65 AAAACATGGTAAAAATCTTGCATTCCCACAACCTTCACAAACAGACCCAGCTTTGATTTT T GGTAACCCTTCAAGTAATTCCCCTAAAACTCCTTCTTCTACCATTTTCAATACCTTTTCT
66 AAAACATGGTAAAAATCTTGCATTCCCACAACCTTCACAAACAGACCCAGCTTTGATTTT G GGTAACCCTTCAAGTAATTCCCCTAAAACTCCTTCTTCTACCATTTTCAATACCTTTTCT
CsaSPT034 Chr.5 4989671 67 AGTATTTTTTATACGAGTATAGCTTCCAGAATATCCATTCCTTTCCTCAATCCTCTATCA A TGACTCTCTGGTAGCCTGTGTCCAAATAGAAAACAAGTAAAAAAATATAATTAGAAAAAA
68 AGTATTTTTTATACGAGTATAGCTTCCAGAATATCCATTCCTTTCCTCAATCCTCTATCA G TGACTCTCTGGTAGCCTGTGTCCAAATAGAAAACAAGTAAAAAAATATAATTAGAAAAAA
CsaSPT035 Chr.5 8129872 69 GTTTTTTTTTCCTTCTAGAATCTTCTTTGTTTTTACCAAGTTTGTAAAGTCAGCTTAACT A ATGGAGAAAATATCATCAAAATGTCTCCCACCATATGGCTCTTTAGTCTCATTTCCCAGA
70 GTTTTTTTTTCCTTCTAGAATCTTCTTTGTTTTTACCAAGTTTGTAAAGTCAGCTTAACT G ATGGAGAAAATATCATCAAAATGTCTCCCACCATATGGCTCTTTAGTCTCATTTCCCAGA
CsaSPT036 Chr.6 1406894 71 GGTTGGATCATTCCGAAGTGGCAGGACAGTAAAAGGACGGAGGATGCCTCCTATCTGCAA A GAGGTATTTGCTTTCAAGCCTACTTTTCATCTTCAATAAGTTAACTTTCAAATTGTTGAA
72 GGTTGGATCATTCCGAAGTGGCAGGACAGTAAAAGGACGGAGGATGCCTCCTATCTGCAA G GAGGTATTTGCTTTCAAGCCTACTTTTCATCTTCAATAAGTTAACTTTCAAATTGTTGAA
CsaSPT037 Chr.6 1607587 73 TCGAACAAACCGGATTCTTCTTCGCCGAGTGACCTGTGTTGAATCCCTTTTGTAGAGATT T GTAATAAGAAACCAAACTGGATTCATCCCAATTCTTCTTGGCCTTCTGATGGACATCTGA
74 TCGAACAAACCGGATTCTTCTTCGCCGAGTGACCTGTGTTGAATCCCTTTTGTAGAGATT G GTAATAAGAAACCAAACTGGATTCATCCCAATTCTTCTTGGCCTTCTGATGGACATCTGA
CsaSPT038 Chr.6 3815947 75 TGCAGAGTAAATGACAAAGATAAGAACGATGTGTATGACATAGGAGCCATTTTATTGGAA A TCATCTTGGGAAGACAAATCACATCCCAAAACGAAGTTCATGTTTCAAGAGATCTTGTAA
76 TGCAGAGTAAATGACAAAGATAAGAACGATGTGTATGACATAGGAGCCATTTTATTGGAA G TCATCTTGGGAAGACAAATCACATCCCAAAACGAAGTTCATGTTTCAAGAGATCTTGTAA
CsaSPT039 Chr.6 8859590 77 AAGTGGCAACAATTCTTTGACTGAGTCTCAGCGAGTGATAAACCCTAATCCTGCTGCAAA A TCTGTAACGTTTGCTGAAGTAAAAGAAAAGAATCAAACATTGCCTCCATCTACCAATCAG
78 AAGTGGCAACAATTCTTTGACTGAGTCTCAGCGAGTGATAAACCCTAATCCTGCTGCAAA G TCTGTAACGTTTGCTGAAGTAAAAGAAAAGAATCAAACATTGCCTCCATCTACCAATCAG
CsaSPT040 Chr.6 16950033 79 CTCCATTCAGCTGGGTTGAGCAGTTCTAAAAATCGTTATTTGGTGGGAGAGAAGTTGAGC A ATGCTGATGGTTCATGAAGTGTATTCTGGTAAAGGATCGGATGTAGTTTGTAATTTAGGT
80 CTCCATTCAGCTGGGTTGAGCAGTTCTAAAAATCGTTATTTGGTGGGAGAGAAGTTGAGC G ATGCTGATGGTTCATGAAGTGTATTCTGGTAAAGGATCGGATGTAGTTTGTAATTTAGGT
SNP 마커 해당 염색체 SNP위치 서열번호 프로브 서열(downstream 60bp, upstream 60bp)
CsaSPT041 Chr.6 22174935 81 AAAGACTCTAAATCACAGCTTTGGTCAACGATGCTCACTTGATGGTTTATAGTTTACACT T TTCCCGATGACTGTAAAGATGTGTAGTTAATTCAAAATACATTAATAATTCATCGCAAGC
82 AAAGACTCTAAATCACAGCTTTGGTCAACGATGCTCACTTGATGGTTTATAGTTTACACT C TTCCCGATGACTGTAAAGATGTGTAGTTAATTCAAAATACATTAATAATTCATCGCAAGC
CsaSPT042 Chr.6 22246107 83 CCTTAATATTTGCCGTAAATGCATGCCAGATTCCTGAAGGTCTGGAAATTTGCATCCTTG A TGATTATGTTTTACGCAGATGAGGAGGGCTTTGAAAAATGGCACATTTTAGATTTATACT
84 CCTTAATATTTGCCGTAAATGCATGCCAGATTCCTGAAGGTCTGGAAATTTGCATCCTTG C TGATTATGTTTTACGCAGATGAGGAGGGCTTTGAAAAATGGCACATTTTAGATTTATACT
CsaSPT043 Chr.6 25692778 85 CAAGAACATTGAAATTCATAAGAAAGGATTTATTCTCATTGCAGATGAAGCAAAAACACT A AAATAGATCACAAGATCCCAGAATTTACACACTACGACATGATCGTAATTCGTAACCAAG
86 CAAGAACATTGAAATTCATAAGAAAGGATTTATTCTCATTGCAGATGAAGCAAAAACACT G AAATAGATCACAAGATCCCAGAATTTACACACTACGACATGATCGTAATTCGTAACCAAG
CsaSPT44 Chr.7 1724000 87 CATATTTCTGACCTTATCTTTGCAGGCAAGTGGATCAATGGATTTGGATGTGACGTCGCC A AAACAACTCAACCGTAGAGTATTTTTGAAACAGTTGGCAGTAGACTTGTGCACTAGTGAA
88 CATATTTCTGACCTTATCTTTGCAGGCAAGTGGATCAATGGATTTGGATGTGACGTCGCC G AAACAACTCAACCGTAGAGTATTTTTGAAACAGTTGGCAGTAGACTTGTGCACTAGTGAA
CsaSPT045 Chr.7 4575406 89 AATGATAAAACTCTCAGACAGGTAAAAGTTCTAGGTAAAGCAGCACCTTAGATGAGAGAG A GCATATTGAAGATGCCATTGCCTGCATAACATCAACAGCTGAACCCACAGCATCTTTCAG
90 AATGATAAAACTCTCAGACAGGTAAAAGTTCTAGGTAAAGCAGCACCTTAGATGAGAGAG G GCATATTGAAGATGCCATTGCCTGCATAACATCAACAGCTGAACCCACAGCATCTTTCAG
CsaSPT046 Chr.7 4712188 91 GAACAACTTTTTCTAACTTTCATATTTGCAGGCTTCTGCAAACACTATTCTCTCTCATTT T CTGGGGCTCGTTTTCTCCTTAGAGCTACTCCGCTCAGTGACATTACCTGCTACAGATAGT
92 GAACAACTTTTTCTAACTTTCATATTTGCAGGCTTCTGCAAACACTATTCTCTCTCATTT C CTGGGGCTCGTTTTCTCCTTAGAGCTACTCCGCTCAGTGACATTACCTGCTACAGATAGT
CsaSPT047 Chr.7 9495723 93 CCCCATCTTTGGCCTTTTATTGGCATCCAAATCAATGCAGCGTAGACAAACAAGCAACAC T CTCTTTAGAGTTCTAGGAGAGGGTGGAATCTCAATCAATGGATCTACTACCTCTTCACCA
94 CCCCATCTTTGGCCTTTTATTGGCATCCAAATCAATGCAGCGTAGACAAACAAGCAACAC C CTCTTTAGAGTTCTAGGAGAGGGTGGAATCTCAATCAATGGATCTACTACCTCTTCACCA
CsaSPT048 Chr.7 13513970 95 ACACAATTATCCTACTTGAATCCTTATTGGTTGTTGGAATTAAATCGTTAAAGACCGAGG A TTGGGAACTTTCATTGCATTTGTGTGGACGATGTCAGAGTAGAAACGTCAAATAAAGTGG
96 ACACAATTATCCTACTTGAATCCTTATTGGTTGTTGGAATTAAATCGTTAAAGACCGAGG G TTGGGAACTTTCATTGCATTTGTGTGGACGATGTCAGAGTAGAAACGTCAAATAAAGTGG
CsaSPT049 Chr.7 16529777 97 CTATAGTATCTTTAACATATTTACCGTGGCTGATGGACTATTATTTTACAAGAAAGGTAA A TAATGGAGCATAAAGAGACAGGATGCCAAGCTCCTCCAGAAGCTCCCAAACTTTGTGCAA
98 CTATAGTATCTTTAACATATTTACCGTGGCTGATGGACTATTATTTTACAAGAAAGGTAA G TAATGGAGCATAAAGAGACAGGATGCCAAGCTCCTCCAGAAGCTCCCAAACTTTGTGCAA
CsaSPT050 Chr.7 18195273 99 CACGGTGGGAGATGAGTTCTTTGCCCCACCAAGAATGCCTGTAGCCTTTACCCAAGTCTC A AGGTGTTTGTCCCACGTGTATTGTCTCATGAAATCGATGATTCCGATAACCAGTTCGTGT
100 CACGGTGGGAGATGAGTTCTTTGCCCCACCAAGAATGCCTGTAGCCTTTACCCAAGTCTC G AGGTGTTTGTCCCACGTGTATTGTCTCATGAAATCGATGATTCCGATAACCAGTTCGTGT
실시예 3. SNP 마커 활용한 오이 품종판별 및 F 1 종자 순도검정
오이의 품종판별 및 F1 종자 순도검정을 실시하기 위해서 31개의 F1 조합과 해당 조합의 양친 계통을 수집하였고, genomic DNA 추출 및 정량한 후, LGC사의 Douglas scientific 고속대용량 마커분석 기기를 활용하여 수집한 핵심 육성계통 38개와 F1 31개 조합과 그 양친 계통에 대한 유전자형 분석을 진행하였다.
분석 결과, 상기 표 5의 50개 SNP 마커 중 47개의 SNP 마커로 38개 다양한 오이계통을 모두 판별할 수 있는 것으로 나타났으며, 또한 49개의 마커로 31개 F1 품종과 그에 대한 31개의 양친조합(모/부)의 유전자형을 확인할 수 있었다. 상기 결과를 표 11과 표 12, 및 도 5 내지 7에 나타내었다.
C01 C02 C03 C04 C05 C06 C07 C08 C09 C10 C11 C12 C13 C14 C15 C16 C17 C18 C19
CsaSPT001 AA AA AA AA AA GG GG AA AA GG GG GG AA GG GG GG GG GG AA
CsaSPT002 CC AA CC CC CC AA AA CC AA AA CC AA AA AA AA AA CC CC CC
CsaSPT003 GG GG GG AA AA GG GG GG GG GG AA GG AA AA GG GG AA AA AA
CsaSPT004 GG GG GG TT TT GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG TT TT TT
CsaSPT005 TT TT CC CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC CC CC
CsaSPT006 AA AA GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG
CsaSPT007 CC CC CC AA AA AA AA AA CC AA CC AA CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT008 TT TT TT TT TT TT CC TT CC CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT009 AA AA AA GG GG GG GG GG AA AA GG GG AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT010 GG TT TT GG GG GG GG GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT011 AA GG AA GG GG AA AA GG AA AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG
CsaSPT012 CC CC CC CC CC TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT CC
CsaSPT013 TT TT TT CC CC TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT TT CC CC CC
CsaSPT014 TT TT TT CC CC CC CC TT CC CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT015 CC CC CC TT TT TT TT CC TT TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT016 CC CC TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT CC
CsaSPT017 AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG AA AA AA
CsaSPT018 TT TT CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT CC CC CC
CsaSPT019 AA GG GG AA AA AA AA AA AA AA GG GG AA AA AA GG GG AA AA
CsaSPT020 TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT CC CC CC TT TT CC TT TT TT
CsaSPT021 AA AA AA GG GG AA AA AA AA AA AA AA GG AA GG AA GG GG GG
CsaSPT022 CC CC CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC TT CC CC CC TT TT TT
CsaSPT023 TT TT TT CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC CC CC
CsaSPT024 GG AA GG AA AA GG GG GG GG GG AA AA GG GG GG GG AA AA AA
CsaSPT025 AA AA AA GG GG GG GG AA GG GG GG GG GG GG GG GG AA AA GG
CsaSPT026 GG GG GG AA AA AA AA GG AA AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG
CsaSPT027 CC TT CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT TT TT
CsaSPT028 TT CC CC CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT CC CC CC
CsaSPT029 AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG AA AA AA
CsaSPT030 GG AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG AA AA AA
CsaSPT031 CC CC CC TT TT CC CC CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC TT TT
CsaSPT032 AA AA AA GG GG AA GG AA AA AA GG GG GG AA AA AA AA GG GG
CsaSPT033 GG GG GG TT TT GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG TT TT TT
CsaSPT034 AA AA AA AA AA AA AA GG AA AA GG AA AA AA AA AA GG GG GG
CsaSPT035 GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT036 AA AA AA AA AA AA GG AA AA AA GG GG GG GG GG AA GG GG GG
CsaSPT037 TT TT TT TT TT TT GG TT TT TT GG GG GG GG GG TT GG GG GG
CsaSPT038 AA GG AA GG GG AA AA AA AA AA AA AA GG AA AA AA GG GG GG
CsaSPT039 GG GG GG GG GG AA AA GG AA AA AA AA AA AA AA AA GG AA AA
CsaSPT040 AA GG AA GG GG GG AA AA AA GG AA GG AA AA AA AA GG AA AA
CsaSPT041 TT TT TT CC CC TT TT CC TT TT TT TT CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT042 AA CC AA CC CC AA AA AA AA AA AA AA CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT043 GG AA GG AA AA GG GG AA GG GG GG GG GG AA AA AA GG AA AA
CsaSPT044 GG GG GG GG GG AA AA GG AA AA GG AA AA AA AA AA AA GG GG
CsaSPT045 GG GG GG AA AA GG GG AA GG GG AA GG AA GG GG GG AA AA AA
CsaSPT046 CC CC CC TT TT CC CC TT CC CC TT CC TT CC CC CC TT TT TT
CsaSPT047 CC CC TT TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT TT TT
CsaSPT048 GG GG GG AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG AA AA AA
CsaSPT049 AA AA AA GG GG AA GG AA GG AA GG AA GG AA AA GG GG GG GG
CsaSPT050 AA AA GG AA AA AA GG GG GG AA GG GG GG GG AA GG AA AA AA
C20 C21 C22 C23 C24 C25 C26 C27 C28 C29 C30 C31 C32 C33 C34 C35 C36 C37 C38
CsaSPT001 GG GG GG GG GG GG AA GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT002 AA AA AA AA CC CC AA CC CC CC AA AA AA AA CC AA CC CC CC
CsaSPT003 GG GG GG GG GG GG AA GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT004 TT TT TT GG TT GG GG GG GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT005 CC CC CC TT CC TT TT TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT006 GG GG GG AA AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT007 AA AA CC CC CC CC CC CC CC AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT008 TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT009 GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT010 GG GG TT TT TT TT GG TT TT GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT011 GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT012 TT TT TT TT TT TT CC TT TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT013 CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC TT TT TT TT TT TT CC TT CC
CsaSPT014 TT TT CC CC CC CC TT CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT015 CC CC TT TT TT TT CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT016 TT TT CC TT CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT017 AA AA AA GG AA AA AA GG GG AA AA AA AA AA GG AA GG GG GG
CsaSPT018 CC CC TT TT CC TT CC CC CC TT CC CC CC CC CC CC CC CC TT
CsaSPT019 GG GG AA AA GG AA GG AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT020 CC CC TT TT TT CC CC TT TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT021 AA AA GG GG GG GG AA GG GG GG AA AA GG GG GG GG AA AA AA
CsaSPT022 TT TT TT TT TT TT TT TT CC TT CC CC TT TT CC TT CC CC CC
CsaSPT023 CC CC CC TT CC TT CC TT TT TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT024 AA AA AA AA GG GG AA GG GG GG GG AA AA GG GG GG AA AA AA
CsaSPT025 AA AA GG GG AA GG AA GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT026 GG GG AA AA AA AA GG AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT027 TT TT CC CC TT CC TT CC CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT028 CC CC TT TT TT TT CC TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
CsaSPT029 AA AA GG GG GG GG GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT030 AA AA GG GG GG GG GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT031 TT TT TT TT TT TT CC TT CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT CC
CsaSPT032 GG GG AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT033 TT TT GG TT GG GG TT GG GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT034 GG GG GG GG AA AA GG AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT035 GG GG GG GG AA AA AA GG GG AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT036 GG GG GG GG GG GG AA GG GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT037 GG GG GG GG GG GG TT GG GG GG TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT038 AA AA AA AA AA AA GG AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT039 AA AA AA AA GG AA GG AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT040 AA AA AA AA AA GG GG AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT041 CC CC CC CC CC TT TT CC CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT042 CC CC CC CC CC CC AA CC CC CC AA AA AA AA AA AA AA CC AA
CsaSPT043 AG AG GG GG GG GG AG GG GG AG AG AG AG GG AG AG AG AG AG
CsaSPT044 GG GG AA AA AA AA AA AA AA AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG
CsaSPT045 AA AA AG AG AG AG AA AG AG AG AA AA AA AA AA AA AA AA AA
CsaSPT046 TT TT CC CC CC CC CC CC CC CC TT TT TT TT TC TT TT TT TT
CsaSPT047 TT TT CC CC CC TT CC CC CC CC TT TT TT TT TT TT TT TT TT
CsaSPT048 AA AA AA AA AA GG AA GG GG GG AA AA AA AA AG AA AA AA AA
CsaSPT049 GG GG GG GG AA AA AA AA AA GG GG GG AA AA AG AA GG GG GG
CsaSPT050 AA AA AG AG AG AG AG AG AA AG AG AA AG AA AG AA AA AA AA
상기와 같은 결과를 통해 본 발명에서 제시한 SNP를 이용하여 오이 F1 종자의 순도검정, 및 품종판별을 효율적으로 수행할 수 있다는 것을 알 수 있다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Single nucleotide polymorphism probe for purity determination or breed identification of cucumber <130> 02 <160> 100 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 1 aaaaaagaaa aaagaaaaaa aagaaagctc ctattcaact tatgagcatg taaaaatgtt 60 ataatctgct ttcattgtgg cacagctctg cctctagtga ttgagttaat ggttgaaatc 120 a 121 <210> 2 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 2 aaaaaagaaa aaagaaaaaa aagaaagctc ctattcaact tatgagcatg taaaaatgtt 60 gtaatctgct ttcattgtgg cacagctctg cctctagtga ttgagttaat ggttgaaatc 120 a 121 <210> 3 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 3 ctatgatgca gttcattaaa accatttagt aagggcactg actctatttg accatctttc 60 attctcattt tcatatcatc attaagttca taaccttagt gtatcacgag aggtcattaa 120 g 121 <210> 4 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 4 ctatgatgca gttcattaaa accatttagt aagggcactg actctatttg accatctttc 60 cttctcattt tcatatcatc attaagttca taaccttagt gtatcacgag aggtcattaa 120 g 121 <210> 5 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 5 gccacaaaca tattggccat ccacgcaaac caaatattcc actttcagaa gaacaattta 60 aaagccacca cggagacgaa ggacgaggtg aagggtcgac tccttctgaa tgttataatc 120 a 121 <210> 6 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 6 gccacaaaca tattggccat ccacgcaaac caaatattcc actttcagaa gaacaattta 60 gaagccacca cggagacgaa ggacgaggtg aagggtcgac tccttctgaa tgttataatc 120 a 121 <210> 7 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 7 gaagatttga aatatcagca gaaaccgcac aaggaattcc caaatttgaa agagcacctc 60 ttatgattcc gcatgggaaa tatagatgca tgcttgttgc ttgagctacc ttgttttcac 120 c 121 <210> 8 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 8 gaagatttga aatatcagca gaaaccgcac aaggaattcc caaatttgaa agagcacctc 60 gtatgattcc gcatgggaaa tatagatgca tgcttgttgc ttgagctacc ttgttttcac 120 c 121 <210> 9 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 9 taatcaatgt catattacca aaacaaatac tcacaacgaa atacaaaaaa caaaccataa 60 tgatttgtac caaaaataag agggcagcaa acaggcaaga gagaatcaac aaattccatc 120 a 121 <210> 10 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 10 taatcaatgt catattacca aaacaaatac tcacaacgaa atacaaaaaa caaaccataa 60 cgatttgtac caaaaataag agggcagcaa acaggcaaga gagaatcaac aaattccatc 120 a 121 <210> 11 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 11 aaaaaaaaaa tacaaataca aatacaaata caactaagaa ctttattatg tattaaaaat 60 atgtcctccg tcgccggcgg tagcaatctt taattgtatt tggtcaccat ctgagctttt 120 c 121 <210> 12 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 12 aaaaaaaaaa tacaaataca aatacaaata caactaagaa ctttattatg tattaaaaat 60 gtgtcctccg tcgccggcgg tagcaatctt taattgtatt tggtcaccat ctgagctttt 120 c 121 <210> 13 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 13 ttatatgatt ccatatgcta attgtttgaa taaaattttg cttcttacat taggacacaa 60 aacctcgcat taaacctacc ttaagaaatg ctcaacacag tgtggtagaa aagcaaacat 120 c 121 <210> 14 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 14 ttatatgatt ccatatgcta attgtttgaa taaaattttg cttcttacat taggacacaa 60 cacctcgcat taaacctacc ttaagaaatg ctcaacacag tgtggtagaa aagcaaacat 120 c 121 <210> 15 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 15 atattgacaa atattttcat catagctcca aactaaataa atcaagattg ttgaattttt 60 tgccttcccc tacagtctcc cgttgtagct atgagaatac aaaacgattt aagcgtagca 120 t 121 <210> 16 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 16 atattgacaa atattttcat catagctcca aactaaataa atcaagattg ttgaattttt 60 cgccttcccc tacagtctcc cgttgtagct atgagaatac aaaacgattt aagcgtagca 120 t 121 <210> 17 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 17 agcccttcat atctttaaca ggtttcaatg gggagctcga gaaggaccac tttgtgatga 60 acccattagg aatgttaagt tcaaaattgt tgatgctaga attgcacctg agccactgca 120 t 121 <210> 18 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 18 agcccttcat atctttaaca ggtttcaatg gggagctcga gaaggaccac tttgtgatga 60 gcccattagg aatgttaagt tcaaaattgt tgatgctaga attgcacctg agccactgca 120 t 121 <210> 19 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 19 tcctgttcct gcacccaaag aacaatatgg agtgtcctaa ttcaacacca gattctttca 60 tagctaacct ttcctgcaaa taaaaattaa aatgtaataa cgggttgatt taatatagtc 120 t 121 <210> 20 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 20 tcctgttcct gcacccaaag aacaatatgg agtgtcctaa ttcaacacca gattctttca 60 gagctaacct ttcctgcaaa taaaaattaa aatgtaataa cgggttgatt taatatagtc 120 t 121 <210> 21 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 21 tggccaaata attagttgtg gaggagagag atatgataga tggtagtatg ttatattaac 60 agttgagcct ctgacttgag ctcttttgta gttactcttt cactactggt ttccacatca 120 a 121 <210> 22 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 22 tggccaaata attagttgtg gaggagagag atatgataga tggtagtatg ttatattaac 60 ggttgagcct ctgacttgag ctcttttgta gttactcttt cactactggt ttccacatca 120 a 121 <210> 23 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 23 agcagggttg aggtggccac cggaaatgtg gccagtagag atcatcacag ccacaacaaa 60 tgcatgtgca actgctacgg cgaataaacc gacgagtgcg tttgccaata atgcatctaa 120 a 121 <210> 24 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 24 agcagggttg aggtggccac cggaaatgtg gccagtagag atcatcacag ccacaacaaa 60 cgcatgtgca actgctacgg cgaataaacc gacgagtgcg tttgccaata atgcatctaa 120 a 121 <210> 25 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 25 tccatcgtca gcaaataact atgcaaattt cattgaataa acctgatgta tgagagctta 60 ttgtgacagt aactttgagt cacatgctac tattttaatt cttccaacat tctcactgga 120 a 121 <210> 26 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 26 tccatcgtca gcaaataact atgcaaattt cattgaataa acctgatgta tgagagctta 60 ctgtgacagt aactttgagt cacatgctac tattttaatt cttccaacat tctcactgga 120 a 121 <210> 27 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 27 atgtagagat cctccttttg gcaggctgaa acagcggcag ttgagagaga gcgtttactt 60 ttgcggaaag tctctgaact tcaagctagg tgggtttggt tttgtagaat tttgttgtgc 120 a 121 <210> 28 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 28 atgtagagat cctccttttg gcaggctgaa acagcggcag ttgagagaga gcgtttactt 60 ctgcggaaag tctctgaact tcaagctagg tgggtttggt tttgtagaat tttgttgtgc 120 a 121 <210> 29 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 29 gaaatggttt gccatgctta aagggaaagt gcttctcatc tgatctactt tttgcctttt 60 tggcatatta aagtttgtaa tctcttgcat agaatatgaa aaatgaatag agaaagaaaa 120 a 121 <210> 30 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 30 gaaatggttt gccatgctta aagggaaagt gcttctcatc tgatctactt tttgcctttt 60 cggcatatta aagtttgtaa tctcttgcat agaatatgaa aaatgaatag agaaagaaaa 120 a 121 <210> 31 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 31 catcaagaaa aggggccaaa attccataca taatagtcgt cttaaccacg gaagaatagc 60 tggaacctcc agctttcaat atttcgccca tatttttgag gacctgtaaa tttcattcac 120 t 121 <210> 32 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 32 catcaagaaa aggggccaaa attccataca taatagtcgt cttaaccacg gaagaatagc 60 cggaacctcc agctttcaat atttcgccca tatttttgag gacctgtaaa tttcattcac 120 t 121 <210> 33 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 33 cttttgcaac ttgttggcag ccgttcaact gttgtgccca gaagcagata tcaactacag 60 attgttgttg ttcattgaga tcgtcaaatc aagcaagaaa atttatgtgc ttttgtaaaa 120 a 121 <210> 34 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 34 cttttgcaac ttgttggcag ccgttcaact gttgtgccca gaagcagata tcaactacag 60 gttgttgttg ttcattgaga tcgtcaaatc aagcaagaaa atttatgtgc ttttgtaaaa 120 a 121 <210> 35 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 35 tttttccatg gaaagaggcc caaggtacag agcctacgca gagctcagag aatccaagct 60 tcgcttgaga aacgccatgt atcgccacga tgaacacccg gagaagtcca ccccgccgcc 120 c 121 <210> 36 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 36 tttttccatg gaaagaggcc caaggtacag agcctacgca gagctcagag aatccaagct 60 ccgcttgaga aacgccatgt atcgccacga tgaacacccg gagaagtcca ccccgccgcc 120 c 121 <210> 37 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 37 tctttgacga tcttcttctc agccttcggc ttcttctccg ccgaggaagg ggttttctcc 60 actggcttct tctctgcggg cttcttttcg gctttcgttg gcgccattgt tggaactcag 120 a 121 <210> 38 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 38 tctttgacga tcttcttctc agccttcggc ttcttctccg ccgaggaagg ggttttctcc 60 gctggcttct tctctgcggg cttcttttcg gctttcgttg gcgccattgt tggaactcag 120 a 121 <210> 39 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 39 aaaccagcct catatccgcg ggctaattaa cagcttggtg aaatcccaac aactgcgtat 60 tcgtgggaga cactgtcatg atcttgaaat cacagaactg caaaaaaaaa aaaagaaata 120 a 121 <210> 40 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 40 aaaccagcct catatccgcg ggctaattaa cagcttggtg aaatcccaac aactgcgtat 60 ccgtgggaga cactgtcatg atcttgaaat cacagaactg caaaaaaaaa aaaagaaata 120 a 121 <210> 41 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 41 ggcctgggtc tttgtgtttc ttttctttcc gcagctttgg tcatcgttag tgacttgaaa 60 aaaagaaagg gaaacccatg gatgcttcag agcgtaggta tttggaggat gatgatacgt 120 c 121 <210> 42 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 42 ggcctgggtc tttgtgtttc ttttctttcc gcagctttgg tcatcgttag tgacttgaaa 60 gaaagaaagg gaaacccatg gatgcttcag agcgtaggta tttggaggat gatgatacgt 120 c 121 <210> 43 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 43 agtgaggtct ctttgttctt aacagcactt tctgctatca gcctagactt aaagaagcta 60 tggtttgttt tatttacaaa caattacaca ttacaaataa gaggaaaaaa ggattaagtt 120 c 121 <210> 44 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 44 agtgaggtct ctttgttctt aacagcactt tctgctatca gcctagactt aaagaagcta 60 cggtttgttt tatttacaaa caattacaca ttacaaataa gaggaaaaaa ggattaagtt 120 c 121 <210> 45 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 45 atatccttac aaccaccttg ttcttctttc ctgcagataa aagtagaact tttccatcaa 60 taatgtctac agcttcaacc cttttactct cggaatccac tctaccatta ttcaaataaa 120 g 121 <210> 46 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 46 atatccttac aaccaccttg ttcttctttc ctgcagataa aagtagaact tttccatcaa 60 caatgtctac agcttcaacc cttttactct cggaatccac tctaccatta ttcaaataaa 120 g 121 <210> 47 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 47 agccttcatc tgaaagtttg tatgttttac catgcatgat gtattcaaac ttatcagcta 60 aagatttctt cccttcctgc caaaaattaa gttcatttga aggatattac cactaaaatt 120 t 121 <210> 48 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 48 agccttcatc tgaaagtttg tatgttttac catgcatgat gtattcaaac ttatcagcta 60 gagatttctt cccttcctgc caaaaattaa gttcatttga aggatattac cactaaaatt 120 t 121 <210> 49 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 49 agattgataa ccactgttga tcgcataaga aattccagca acaactccaa ctatgttgat 60 aattaggaga gtagttgggg gaatcagaag agtggtccac ttgaacatgt agagctcagc 120 a 121 <210> 50 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 50 agattgataa ccactgttga tcgcataaga aattccagca acaactccaa ctatgttgat 60 gattaggaga gtagttgggg gaatcagaag agtggtccac ttgaacatgt agagctcagc 120 a 121 <210> 51 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 51 caaggtgatc atcgaagtcc accacatctt gccatttttc agatgatatg aaatccaaca 60 agaccacgtt tgctgaaggt tccttcatca tcagctggct gcttccatct gatccagcca 120 a 121 <210> 52 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 52 caaggtgatc atcgaagtcc accacatctt gccatttttc agatgatatg aaatccaaca 60 ggaccacgtt tgctgaaggt tccttcatca tcagctggct gcttccatct gatccagcca 120 a 121 <210> 53 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 53 ccaaaaagaa aaaatgcagt cagaaaaagt agctagaaac ataccaaaag cagaggccga 60 ttagcactat cagtagcacc aatcctttgc atcacaacag ataccaactc atccaaggtc 120 t 121 <210> 54 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 54 ccaaaaagaa aaaatgcagt cagaaaaagt agctagaaac ataccaaaag cagaggccga 60 ctagcactat cagtagcacc aatcctttgc atcacaacag ataccaactc atccaaggtc 120 t 121 <210> 55 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 55 atttctcaga tgtgttgagt ttgattttat ttatgtatag tatagtcttt atgattgacg 60 tcgttttcaa ctgtagatta gaatcaatgt aattttagct tctgaaatgg ttactgattc 120 c 121 <210> 56 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 56 atttctcaga tgtgttgagt ttgattttat ttatgtatag tatagtcttt atgattgacg 60 ccgttttcaa ctgtagatta gaatcaatgt aattttagct tctgaaatgg ttactgattc 120 c 121 <210> 57 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 57 gatggagttg aagagaatat ttgaagaact gaagatcaac tacaatcttc tgcctcaaac 60 agttcatctc ttcccagttg aggggcactg aaagtctaca caaaatctta agcttatgct 120 t 121 <210> 58 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 58 gatggagttg aagagaatat ttgaagaact gaagatcaac tacaatcttc tgcctcaaac 60 ggttcatctc ttcccagttg aggggcactg aaagtctaca caaaatctta agcttatgct 120 t 121 <210> 59 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 59 aatgatgcac gaacaaacca tacatcctgg gccagaaggt gagatgagat gagatgagaa 60 aagaagggag aaagggaatg gagggacgag aagaatgagg cgttaacaga tacagagtct 120 g 121 <210> 60 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 60 aatgatgcac gaacaaacca tacatcctgg gccagaaggt gagatgagat gagatgagaa 60 gagaagggag aaagggaatg gagggacgag aagaatgagg cgttaacaga tacagagtct 120 g 121 <210> 61 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 61 cccgtaaacc ggctctgcca ccaagtattg ctggtacgac cactgattag ccacaagcgg 60 ttccaccatt tcatcagctg tgtctggatg ttcaaattgc gattgcgttg aaggcggcag 120 a 121 <210> 62 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 62 cccgtaaacc ggctctgcca ccaagtattg ctggtacgac cactgattag ccacaagcgg 60 ctccaccatt tcatcagctg tgtctggatg ttcaaattgc gattgcgttg aaggcggcag 120 a 121 <210> 63 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 63 attttactgg gcaaagttat aattgataga tatgttggaa tgtatgattt tgatgattca 60 attaatccct aggcagtggg aataaaaatg caaacgatcc acaattctta attatagtgc 120 a 121 <210> 64 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 64 attttactgg gcaaagttat aattgataga tatgttggaa tgtatgattt tgatgattca 60 gttaatccct aggcagtggg aataaaaatg caaacgatcc acaattctta attatagtgc 120 a 121 <210> 65 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 65 aaaacatggt aaaaatcttg cattcccaca accttcacaa acagacccag ctttgatttt 60 tggtaaccct tcaagtaatt cccctaaaac tccttcttct accattttca ataccttttc 120 t 121 <210> 66 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 66 aaaacatggt aaaaatcttg cattcccaca accttcacaa acagacccag ctttgatttt 60 gggtaaccct tcaagtaatt cccctaaaac tccttcttct accattttca ataccttttc 120 t 121 <210> 67 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 67 agtatttttt atacgagtat agcttccaga atatccattc ctttcctcaa tcctctatca 60 atgactctct ggtagcctgt gtccaaatag aaaacaagta aaaaaatata attagaaaaa 120 a 121 <210> 68 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 68 agtatttttt atacgagtat agcttccaga atatccattc ctttcctcaa tcctctatca 60 gtgactctct ggtagcctgt gtccaaatag aaaacaagta aaaaaatata attagaaaaa 120 a 121 <210> 69 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 69 gttttttttt ccttctagaa tcttctttgt ttttaccaag tttgtaaagt cagcttaact 60 aatggagaaa atatcatcaa aatgtctccc accatatggc tctttagtct catttcccag 120 a 121 <210> 70 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 70 gttttttttt ccttctagaa tcttctttgt ttttaccaag tttgtaaagt cagcttaact 60 gatggagaaa atatcatcaa aatgtctccc accatatggc tctttagtct catttcccag 120 a 121 <210> 71 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 71 ggttggatca ttccgaagtg gcaggacagt aaaaggacgg aggatgcctc ctatctgcaa 60 agaggtattt gctttcaagc ctacttttca tcttcaataa gttaactttc aaattgttga 120 a 121 <210> 72 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 72 ggttggatca ttccgaagtg gcaggacagt aaaaggacgg aggatgcctc ctatctgcaa 60 ggaggtattt gctttcaagc ctacttttca tcttcaataa gttaactttc aaattgttga 120 a 121 <210> 73 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 73 tcgaacaaac cggattcttc ttcgccgagt gacctgtgtt gaatcccttt tgtagagatt 60 tgtaataaga aaccaaactg gattcatccc aattcttctt ggccttctga tggacatctg 120 a 121 <210> 74 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 74 tcgaacaaac cggattcttc ttcgccgagt gacctgtgtt gaatcccttt tgtagagatt 60 ggtaataaga aaccaaactg gattcatccc aattcttctt ggccttctga tggacatctg 120 a 121 <210> 75 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 75 tgcagagtaa atgacaaaga taagaacgat gtgtatgaca taggagccat tttattggaa 60 atcatcttgg gaagacaaat cacatcccaa aacgaagttc atgtttcaag agatcttgta 120 a 121 <210> 76 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 76 tgcagagtaa atgacaaaga taagaacgat gtgtatgaca taggagccat tttattggaa 60 gtcatcttgg gaagacaaat cacatcccaa aacgaagttc atgtttcaag agatcttgta 120 a 121 <210> 77 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 77 aagtggcaac aattctttga ctgagtctca gcgagtgata aaccctaatc ctgctgcaaa 60 atctgtaacg tttgctgaag taaaagaaaa gaatcaaaca ttgcctccat ctaccaatca 120 g 121 <210> 78 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 78 aagtggcaac aattctttga ctgagtctca gcgagtgata aaccctaatc ctgctgcaaa 60 gtctgtaacg tttgctgaag taaaagaaaa gaatcaaaca ttgcctccat ctaccaatca 120 g 121 <210> 79 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 79 ctccattcag ctgggttgag cagttctaaa aatcgttatt tggtgggaga gaagttgagc 60 aatgctgatg gttcatgaag tgtattctgg taaaggatcg gatgtagttt gtaatttagg 120 t 121 <210> 80 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 80 ctccattcag ctgggttgag cagttctaaa aatcgttatt tggtgggaga gaagttgagc 60 gatgctgatg gttcatgaag tgtattctgg taaaggatcg gatgtagttt gtaatttagg 120 t 121 <210> 81 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 81 aaagactcta aatcacagct ttggtcaacg atgctcactt gatggtttat agtttacact 60 tttcccgatg actgtaaaga tgtgtagtta attcaaaata cattaataat tcatcgcaag 120 c 121 <210> 82 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 82 aaagactcta aatcacagct ttggtcaacg atgctcactt gatggtttat agtttacact 60 cttcccgatg actgtaaaga tgtgtagtta attcaaaata cattaataat tcatcgcaag 120 c 121 <210> 83 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 83 ccttaatatt tgccgtaaat gcatgccaga ttcctgaagg tctggaaatt tgcatccttg 60 atgattatgt tttacgcaga tgaggagggc tttgaaaaat ggcacatttt agatttatac 120 t 121 <210> 84 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 84 ccttaatatt tgccgtaaat gcatgccaga ttcctgaagg tctggaaatt tgcatccttg 60 ctgattatgt tttacgcaga tgaggagggc tttgaaaaat ggcacatttt agatttatac 120 t 121 <210> 85 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 85 caagaacatt gaaattcata agaaaggatt tattctcatt gcagatgaag caaaaacact 60 aaaatagatc acaagatccc agaatttaca cactacgaca tgatcgtaat tcgtaaccaa 120 g 121 <210> 86 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 86 caagaacatt gaaattcata agaaaggatt tattctcatt gcagatgaag caaaaacact 60 gaaatagatc acaagatccc agaatttaca cactacgaca tgatcgtaat tcgtaaccaa 120 g 121 <210> 87 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 87 catatttctg accttatctt tgcaggcaag tggatcaatg gatttggatg tgacgtcgcc 60 aaaacaactc aaccgtagag tatttttgaa acagttggca gtagacttgt gcactagtga 120 a 121 <210> 88 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 88 catatttctg accttatctt tgcaggcaag tggatcaatg gatttggatg tgacgtcgcc 60 gaaacaactc aaccgtagag tatttttgaa acagttggca gtagacttgt gcactagtga 120 a 121 <210> 89 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 89 aatgataaaa ctctcagaca ggtaaaagtt ctaggtaaag cagcacctta gatgagagag 60 agcatattga agatgccatt gcctgcataa catcaacagc tgaacccaca gcatctttca 120 g 121 <210> 90 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 90 aatgataaaa ctctcagaca ggtaaaagtt ctaggtaaag cagcacctta gatgagagag 60 ggcatattga agatgccatt gcctgcataa catcaacagc tgaacccaca gcatctttca 120 g 121 <210> 91 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 91 gaacaacttt ttctaacttt catatttgca ggcttctgca aacactattc tctctcattt 60 tctggggctc gttttctcct tagagctact ccgctcagtg acattacctg ctacagatag 120 t 121 <210> 92 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 92 gaacaacttt ttctaacttt catatttgca ggcttctgca aacactattc tctctcattt 60 cctggggctc gttttctcct tagagctact ccgctcagtg acattacctg ctacagatag 120 t 121 <210> 93 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 93 ccccatcttt ggccttttat tggcatccaa atcaatgcag cgtagacaaa caagcaacac 60 tctctttaga gttctaggag agggtggaat ctcaatcaat ggatctacta cctcttcacc 120 a 121 <210> 94 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 94 ccccatcttt ggccttttat tggcatccaa atcaatgcag cgtagacaaa caagcaacac 60 cctctttaga gttctaggag agggtggaat ctcaatcaat ggatctacta cctcttcacc 120 a 121 <210> 95 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 95 acacaattat cctacttgaa tccttattgg ttgttggaat taaatcgtta aagaccgagg 60 attgggaact ttcattgcat ttgtgtggac gatgtcagag tagaaacgtc aaataaagtg 120 g 121 <210> 96 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 96 acacaattat cctacttgaa tccttattgg ttgttggaat taaatcgtta aagaccgagg 60 gttgggaact ttcattgcat ttgtgtggac gatgtcagag tagaaacgtc aaataaagtg 120 g 121 <210> 97 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 97 ctatagtatc tttaacatat ttaccgtggc tgatggacta ttattttaca agaaaggtaa 60 ataatggagc ataaagagac aggatgccaa gctcctccag aagctcccaa actttgtgca 120 a 121 <210> 98 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 98 ctatagtatc tttaacatat ttaccgtggc tgatggacta ttattttaca agaaaggtaa 60 gtaatggagc ataaagagac aggatgccaa gctcctccag aagctcccaa actttgtgca 120 a 121 <210> 99 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 99 cacggtggga gatgagttct ttgccccacc aagaatgcct gtagccttta cccaagtctc 60 aaggtgtttg tcccacgtgt attgtctcat gaaatcgatg attccgataa ccagttcgtg 120 t 121 <210> 100 <211> 121 <212> DNA <213> Cucumis sativus <400> 100 cacggtggga gatgagttct ttgccccacc aagaatgcct gtagccttta cccaagtctc 60 gaggtgtttg tcccacgtgt attgtctcat gaaatcgatg attccgataa ccagttcgtg 120 t 121

Claims (15)

  1. 서열번호 1 내지 100의 탐침을 포함하는,
    오이의 품종 및 순도 검정용 탐침 세트.
  2. 삭제
  3. 삭제
  4. 삭제
  5. 제 1항에 있어서,
    상기 탐침은 검출 가능한 물질로 표지되어 있는 것을 특징으로 하는,
    탐침 세트.
  6. 삭제
  7. 제 1항의 탐침 세트를 포함하는,
    오이의 품종 및 순도 검정용 조성물.
  8. 삭제
  9. 제 7항의 조성물을 포함하는,
    오이의 품종 및 순도 검정용 키트.
  10. 삭제
  11. 제 9항에 있어서,
    상기 키트는 KASP(kompetitive allele speicific PCR)의 탐침을 위한 것인,
    오이의 품종 및 순도 검정용 키트.
  12. (a) 제 1 항의 탐침 세트를 이용하여 품종 또는 계통을 알고 있는 부모 오이의 단일염기다형성의 유전자형을 결정하는 단계;
    (b) 제 1 항의 탐침 세트를 이용하여 상기 부모 오이의 자손인지 여부를 확인하고자 하는 오이의 단일염기다형성의 유전자형을 결정하는 단계; 및
    (c) 상기 (a) 단계와 상기 (b) 단계에서 결정된 단일염기다형성의 유전자형을 비교하는 단계를 포함하는,
    오이의 순도검정 방법.
  13. 삭제
  14. 삭제
  15. 삭제
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