KR100898731B1 - 렙틴 수용체 유전자를 이용한 분자표지인자들 및 그들의용도 - Google Patents

렙틴 수용체 유전자를 이용한 분자표지인자들 및 그들의용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 비만 관련 유전자를 이용한 분자표지인자들 (molecular markers) 및 이를 동물의 품질 관리에 이용하는 용도에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 (promoter) 영역 내의 단일염기다형 (single nucleotide polymorphism; SNPs)의 분자표지인자들 및 이를 돼지의 등 지방, 지방 함량 및 정육량 등을 포함하는 경제 형질들을 판단하는 데 사용하는 용도에 관한 것이다. 본 발명의 분자 표지인자는 기존 표현형가에 의한 종축 선발 방법을 개선하는 표지인자 도움 선발 방법 (marker-assisted selection; MAS) 등에서 중요한 원천 기술로서 종축을 선발하고 육류의 품질을 관리할 뿐만 아니라 친자를 감별하는 데도 효과적으로 사용될 수 있다.
비만 관련 유전자, 렙틴 수용체 유전자의 전사조절 (promoter) 영역, 단일 염기 다형 (SNPs), 표지인자 도움 선발 방법 (MAS), 종축 선발 방법

Description

렙틴 수용체 유전자를 이용한 분자표지인자들 및 그들의 용도 {DNA markers using leptin receptor gene and uses thereof}
도 1 은 본 발명에서 사용한 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 (promoter) 영역에 해당하는 염기 서열을 분석하여 나타낸 것이다.
도 2 는 본 발명의 분자표지인자를 이용하여 중합효소 연쇄반응 - 제한효소 조각 길이 다형분석 (PCR-RFLP)를 제한효소 Bsa I을 사용하여 수행한 결과를 나타낸 것이다.
본 발명은 비만 관련 유전자를 이용한 분자표지인자 (molecular marker) 및 이를 동물의 품질 관리에 이용하는 용도에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 (promoter) 영역 내의 단일염기다형 (single nucleotide polymorphism; 이하,“SNPs”라고 약칭함)의 분자표지인자들 및 이를 돼지의 등 지방, 지방 함량 및 정육량 등을 포함하는 경제 형질들을 판단하는 데 사용하는 용도에 관한 것이다.
우리나라에서 연간 종돈 수입 두수는 점차 증가하여 1997년에는 3,201두, 1999년에는 1,867두, 2000년에는 1,599두, 2001년에는 1,414두에 이르고 있으며, 이에 따라 연간 종돈 구입에 거의 외화 2,474,000 달러가 낭비되고 있다. 따라서, 검정소 검정 우수돈의 유전자 표지를 개발하여 이를 활용하는 검정 기술의 개발이 절실히 필요한 실정이다.
또한, 최근에는 정액인 수입이 97년 264개 비해 2001년 2,964개로 급증되고 있어 국내 검정 우수돈을 국가적 차원에서 활용하는 계획이 매우 긴요하게 요구된다. 구체적으로, 국내에서 검정되는 총 검정돈 수는 연간 4,000두로 이르며 이들 중 선발지수가 270 이상인 검정돈 (약 30두)을 슈퍼돈으로 인정하고 있다. 이러한 검정돈은 두당 300~400만원으로 거래되어 일반돈에 비하여 약 10배 수준의 가격을 유지하고 있으며, 일반인에게 경매 되어 인공수정용 종축으로 이용되고 있다.
이러한 종축을 선발하는데 있어서, 기존의 방법은 단지 표형형가에 근거하여 만들어진 선발지수식을 사용하여 왔다. 그러나 최근에는 분자표지인자를 이용한 변이체의 선발 또는 도태가 단일 유전자에 의하여 조절되는 형질뿐만 아니라 양적 유전좌위에 의해 조절되는 형질에서도 표지인자 도움 선발 (marker-assisted selection; 이하,“MAS”라고 약칭함)이 효과적으로 활용될 수 있는 것이 시뮬레이션을 통해 확인되고 있다. 따라서 통계적으로 유의성이 인정되는 분자표지인자의 개발은 표지인자 도움 선발법 (MAS)에 있어 필수적인 원천기술이 될 수 있다.
선진국에서는 이미 종돈 유전적 개량 프로그램 및 우수 종돈 탐색을 위한 DNA 표지인자 등을 개발하고, 육질, 번식 형질, 성장 형질, 유전질병 및 품종 특징에 대한 DNA 표지들을 이용한 종돈의 분자적 육종 방법 등은 실용화 단계에 이르고 있다. 구체적으로, 이들 종돈회사에서 채택하고 상업화 분자 표지인자들로는 HAL, ESR, PRLR, KIT, RBP4, MCIR, MC4, RN, AFABP, HFABP 및 IGF2 와 같은 유전자들이 사용되고 있으며, 실제로 종축 부모들의 각각의 유전자에 대한 유전자형을 분석하여 종돈을 개량하는 데 활용되고 있다. 현재 양돈 산업에서 활용되고 있는 유전자 또는 분자표지인자들의 현황은 표 1에 나타난 바와 같다.
양돈 산업에서 활용하는 유전자 및 분자표지인자들
유전자 및 분자표지인자 연관 형질 및 이용 분야 비 고
친자 감별 - 비 독점적 활용
HAL 육질 비 독점적 활용
ESR, PRLR, RBP4 산자수 독점적 사용 (PIC)
KIT 백모색 독점적 사용 (PIC)
MC1R 적색/흑모색 독점적 사용 (PIC)
MC4R 성장, 비만 독점적 사용 (PIC)
FUT1 부종병 (E. coli F18) 독점적 사용 (PIC/ITH 스위스)
RN 육질 비독점적 사용 (Uppsala, INRA, Kiel)
AFABP, HFABP 근내 지방 비독점적 (IPG)
PRKAG3 육질 독점적 (PIC)
CAST 연도 독점적 (PIC)
IGF2 도체 조성 독점적 사용 (Seghers)
이와 같이 분자표지인자를 이용할 경우 표현형 평가에 의한 선발 효과보다 25 내지 35% 이상 더 정확하게 유전 능력을 평가할 수 있으며, 따라서 종돈의 유전 능력의 개량 량을 획기적으로 늘릴 수 있는 중요한 기술이 될 수 있다.
또한, DNA 수준에서의 정보는 생산자뿐만 아니라 육종가들에게 특정한 주요 변이체를 선발하는데 중요한 정보를 제공해준다. 이러한 DNA 정보는 표지인자 도움 선발 방법에 있어서 양적 형질의 선발에 활용될 수 있다. 이 분자 표지인자는 종축 등의 선발의 정확도를 높이고 성 (sex)에 제한된 형질 선발을 용이하게 하며 육질과 같은 도체 형질에도 널리 활용이 가능하다. 실제로 현재 몇몇 유전자들 및 표지인자들이 양돈 산업에 활용되고 있다.
본 발명자들은 비만의 원인 유전자 중의 하나인 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 (promoter) 영역의 변이가 렙틴 수용체 유전자의 전사에 영향을 미치고 궁극적으로 지방대사 형질에 영향을 미쳐 비만과 같은 효과를 나타내는지에 관하여 연구를 하였다.
이에 본 발명자들은 분자 표지인자를 이용한 종축의 품질 관리방법을 개발하기 위하여 노력을 계속한 결과, 상기 가설 하에서 돼지의 렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역에 대한 변이체를 선발하고 이들로부터 유용한 형질과 연관된 단일염기다형 (SNPs)을 발굴하여 돼지의 표지인자 도움 선발 (MAS) 기법 등에 필요한 다양한 분자표지인자로 개발함으로써 본 발명을 성공적으로 완성하였다.
본 발명은 비만 관련 유전자를 이용하는 분자표지인자들 및 이를 종축의 선발방법 등에 이용하는 용도를 제공하는 것을 목적으로 한다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 비만 관련 유전자를 이용하여 동물의 표현 형질을 평가하는 분자표지인자 (molecular marker)를 제공한다.
또한, 본 발명은
(1) 비만 관련 유전자의 특정 좌위 상의 단일염기다형 (SNPs)을 결정하고 ; 및 (2) 상기 분석 결과를 기초로 하여 동물의 표현 형질을 분석하는; 과정으로 이루어진 분자표지인자를 이용한 종축의 선발방법을 제공한다.
이하, 본 발명을 상세히 설명하면 다음과 같다.
본 발명은 비만 관련 유전자를 이용하여 동물의 표현 형질을 평가하는 분자표지인자 (molecular marker)를 제공한다.
상기 비만 관련 유전자는 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 영역 (promoter region)인 것이 바람직하다.
또한, 상기 분자표지인자는 단일염기다형 (single nucleotide polymorphism; SNPs)인 것이 바람직하고, 상기 단일염기다형은 전사개시 염기를 기준으로 -792, -303, -201, -618, -707 또는 -763 중에서 선택된 하나 이상의 좌위 상 변이인 것이 바람직하고, -792 또는 -303 중에서 선택된 하나 이상의 좌위 상 변이인 것은 더욱 바람직하다.
도 1에 기재된 서열을 전사개시 염기를 기준으로 기재된 서열위치를 첨부된 서열번호 3의 위치번호로 변환하면 다음 표 2과 같다.
Figure 112009006402016-pat00003
또한, 상기 동물의 표현 형질은 돼지의 등지방, 지방 함량 및 정육량을 포함하는 것이 바람직하다.
또한, 본 발명은
(1) 비만 관련 유전자의 특정 좌위 상의 단일염기다형 (SNPs)을 결정하고 ; 및 (2) 상기 분석 결과를 기초로 하여 동물의 표현 형질을 분석하는; 과정으로 이루어진 분자표지인자를 이용한 종축의 선발방법을 제공한다.
상기 (1) 과정에서 비만 관련 유전자는 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 영역 (promoter region)인 것이 바람직하고, 상기 단일염기다형 (SNPs)은 전사개시 염기를 기준으로 -792, -303, -201, -618, -707 또는 -763 중에서 선택된 하나 이상의 좌위 상 변이인 것이 바람직하며, -792 또는 -303 중에서 선택된 하나 이상의 좌위 상 변이인 것은 더욱 바람직하다.
또한, 상기 (2) 과정에서 동물의 표현 형질은 돼지의 등지방, 지방 함량 및 정육량을 포함하는 것이 바람직하고, 이외에도 각종 육류의 품질 관리에 널리 응용될 수 있다.
또한, 본 발명은 (1) 비만 관련 유전자의 특정 좌위 상의 단일염기다형 (SNPs)을 결정하고 ; 및 (2) 상기 분석 결과를 기초로 하여 개체를 식별하는; 과정으로 이루어진 분자표지인자를 이용한 개체의 판단방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 (1) 비만 관련 유전자의 특정 좌위 상의 단일염기다형 (SNPs)을 결정하고 ; 및 (2) 상기 분석 결과를 기초로 하여 친자를 감별하는; 과정으로 이루어진 분자표지인자를 이용한 개체의 판단방법을 제공한다.
본 발명의 분자표지인자는 기존 표현형가에 의한 종축 선발 방법을 개선하는 표지인자 도움 선발 방법 (marker-assisted selection; MAS) 등에서 중요한 원천 기술로 널리 사용될 수 있다.
이하, 실시예에 의하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 렙틴 수용체 유전자의 분리 및 확인
본 발명은 렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역을 증폭시키기 위하여, 한 쌍의 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머들 (primer; 정방향: TTCCAGAAACATAAGACACGCG; 역방향: GACCAATTCTAAATTTCAACCAGAGG)를 제작하여 사용하였다. PCR 반응을 위해 PCR 반응 완충용액 (500 mM KCl, 100 mM Tris-Cl (pH 8.2), 15 mM MgCl2, 0.1% 트리톤 X-100) (TaKaRa Co, Japan) 2.5㎕, 2.5 mM dNTPs 2㎕, 10 pmole 프라이머 1㎕, 25 내지 50 ng의 게놈 DNA, 1 U Taq DNA 중합효소 (CoreBio)를 첨가하고 최종 부피가 25㎕되도록 멸균 증류수로 채웠다. PCR 증폭반응은 94℃ 5분간 변성 반응 후 94℃ 30초, 53℃ 30초, 72℃ 1분 10초간을 35회 반복하고, 증폭 후 72℃에서 10분간 마지막 신장 반응을 수행하였다. PCR 이 끝난 후 5㎕ PCR 산물을 1.2%의 아가로스 젤에 전기영동하여 증폭 여부를 확인하였다. 한편 상기 증폭 산물이 렙틴 수용체 유전자에 해당하는지 여부를 알아보기 위하여 유전자의 염기 서열을 결정한 후 DNA 염기서열을 비교한 결과 원하는 렙틴 수용체 유전자인 것을 확인할 수 있었다.
도 1 은 본 발명에서 사용한 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 (promoter) 영역에 해당하는 염기 서열을 분석하여 나타낸 것이다. 밑줄 친 부분은 엑손 1번에 해당하는 영역으로, CTT 서열을 C가 +1에 해당하는 부위이다.
실시예 2. 단일염기 다형의 선발 및 확인
본 발명은 렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역 내 단일염기 다형 (SNPs)을 선발하기 위하여, PCR 반응을 통해 증폭된 산물 내에 존재하는 단일염기 다형을 PCR 증폭 산물을 유전자 증폭산물 정제 킷트 (PCR purification kit; CoreBio PPHTS-30)를 이용하여 정제하였다. 그 다음 BigDye 터미네이터 버전 3.1 사이클 시퀀싱 키트 (BigDye Terminator ver3.1 Cycle Sequencing Kit; Applied Biosystems)와 ABI 3730XL DNA sequencer (Applied Biosystems)를 이용하여 직접 염기 서열 결정 (direct sequencing)을 수행하였다.
개체별로 결정된 염기 서열은 SeqMan 프로그램을 이용하여 다중서열 배열(Multi-align)을 통하여 DNA 염기서열 내 단일염기 다형을 탐색하였다. 본 연구를 통하여 발굴된 단일염기 다형은 표 3에 나타난 바와 같이 19개의 단일염기 다형이 검출되었다. 19개의 SNPs 좌위에 대하여 대립 유전자의 빈도는 표 3 에서 와 같이 다양하게 나타났으며, 7개 좌위에서는 소수의 대립 유전자의 빈도가 1% 정도인 것으로 측정되어 한쪽으로 치우쳐 있었다.
렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역 내의 단일염기다형 (SNPs)
SNP 위치a 대립 유전자 (1/2) b 대립 유전자 빈도
1 2
-91 A/C 0.55 0.45
-132 G/A 0.99 0.01
-201 G/A 0.99 0.01
-203 C/T 0.62 0.38
-230 A/T 0.99 0.01
-303 T/C 0.90 0.10
-324 A/C 0.91 0.09
-378 A/G 0.99 0.01
-468 C/T 0.90 0.10
-474 A/G 0.99 0.01
-549 G/A 0.99 0.01
-618 C/A 0.99 0.01
-681 C/T 0.91 0.09
-707 A/G 0.91 0.09
-717 C/A 0.79 0.21
-744 C/A 0.68 0.32
-763 C/T 0.78 0.22
-792 C/G 0.71 0.29
-864 G/C 0.62 0.38
실시예 3. 단일염기 다형과 표현 형질과의 연관성 분석
본 발명은 렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역 내에서 발굴된 19개의 단일염기 다형과 형질과의 연관성 분석을 해 본 결과 표 3에서 보는 것과 같이 정육율과 유의적으로 연관된 좌위는 전사개시염기를 기준 (+1)으로 하였을 경우 1% 수준의 고도의 통계적 유의성이 인정된 좌위는 -201, -618, -707 및 -763 이었으며, 5% 수준에서 통계적 유의성이 인정된 좌위는 -303 및 -792이었다. 또한, 등지방 두께와의 유의성이 인정된 좌위는 -792 좌위이었으며, 특히 -792 좌위는 등지방 두께와 정육율에서 유의성이 인정된 표지인자로서 유용한 좌위가 될 것으로 판단되었다. 표 4 및 표 5에 나타난 바와 같이, GG 유전자형이 CC 유전자형에 비하여 등지방이 두꺼웠고 정육율이 떨어지는 것으로 조사되었다. 따라서 종돈을 선발할 때 G 대립유전자를 가진 개체를 선발하지 않는 것이 유리할 것으로 판단되었다.
SNP (-792)의 유전자형에 따른 경제형질의 통계량 (최소제곱평균 ± 표준오차)
관측수 경제형질 유 전 자 형
CC CG GG
N = 315 N = 250 N = 57
일당 증체량 (g) 1116.36± 5.27 1121.34± 5.89 1123.11± 11.92
사료 효율 2.25± 0.01 2.24± 0.01 2.26± 0.02
등지방 두께 (cm) 1.30± 0.01a 1.32± 0.01ab 1.37± 0.02b
정육율 (%) 57.38± 0.16a 57.12± 0.18a 56.32± 0.35b
a, b (P<0.05)
렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역 내 SNPs 과 형질별 평균 및 표준편차와 제한효소에 대한 유의성 검정 결과
형 질 평균± 표준편차 Probability
-91 -132 -201 -203 -230 -303 -324 -378 -468 -474
등지방 (cM) 54.83 ± 4.34 0.56 (363) 0.91 (363) 0.57 (342) 0.77 (342) 0.45 (338) 0.60 (338) 0.45 (337) 0.81 (336) 0.43 (335) 0.22 (329)
사료효율 2.25 ± 0.14 0.33 (363) 0.99 (363) 0.78 (342) 0.61 (342) 0.76 (338) 0.81 (338) 0.09 (337) 0.47 (336) 0.96 (335) 0.97 (329)
일당 증체량 (g) 1119.18 ± 86.99 0.33 (363) 0.85 (363) 0.54 (342) 0.25 (342) 0.40 (338) 0.90 (338) 0.07 (337) 0.94 (336) 0.65 (335) 0.63 (329)
정육율 (%) 57.16 ± 2.60 0.66 (363) 0.15 (363) 0.31 (342) 0.01 ** (342) 0.18 (338) 0.02 * (338) 0.92 (337) 0.26 (336) 0.08 (335) 0.89 (329)
렙틴 수용체 유전자의 전사조절 영역 내 SNPs 과 형질별 평균 및 표준편차와 제한효소에 대한 유의성 검정 결과
형 질 평균± 표준편차 Probability
-549 -618 -681 -707 -717 -744 -763 -792 -864
등지방 (cM) 54.83± 4.34 0.66 (331) 0.23 (333) 0.47 (333) 0.28 (327) 0.98 (321) 0.29 (271) 0.82 (525) 0.02 * (544) 0.92 (544)
사료효율 2.25± 0.14 0.96 (331) 0.98 (333) 0.79 (333) 0.72 (327) 0.84 (321) 0.51 (271) 0.42 (525) 0.47 (544) 0.34 (544)
일당 증체량 (g) 1119.18± 8 6.99 0.98 (331) 0.61 (333) 0.96 (333) 0.98 (327) 0.36 (321) 0.99 (271) 0.25 (525) 0.76 (544) 0.13 (544)
정육율 (%) 57.16± 2.60 0.25 (331) 0.92 (333) 0.01 ** (333) 0.01 ** (327) 0.07 (321) 0.90 (271) 0.00 ** (525) 0.02 * (544) 0.49 (544)
( )는 관측수
실시예 4. 단일염기 다형 (-792 SNP )에 대한 중합효소 연쇄반응 - 제한효소 조각길이 다형분석 ( PCR - RFLP )
본 발명은 증폭된 1203 bp의 PCR 증폭산물에 대한 RFLP 분석에 활용 가능한 제한효소로는 Bsa I, Bsm AI, Ban IIBsp 1286I 등이 선발되었다. 한편 제한효소 Bsa I으로 절단하였을 경우 AA형은 1,203bp 단일 밴드, BB형은 834 bp 및 360 bp 크기에서 두 개의 밴드가 만들어졌고 AB형은 1,203 bp, 843 bp 및 360 bp 크기에서 세 개의 밴드로 나타나는 것으로 확인되었다 (도 2 참조).
도 2 는 본 발명의 분자표지인자를 이용하여 중합효소 연쇄반응 - 제한효소 조각 길이 다형분석 (PCR-RFLP)를 제한효소 Bsa I을 사용하여 수행한 결과를 나타낸 것이다. 레인 1 및 레인 2는 AA 형을; 레인 3 및 레인 4는 AB 형을; 그리고 레인 5 및 레인 6은 BB형을 나타낸다.
이와 같이, 통계적으로 유의성이 인정되는 상기 분자표지인자들은 표지인자 도움 선발법 (MAS)에 필수적인 원천기술로서, 상기 연구에서 확인된 등지방 두께 및 정육율과 연관된 SNPs 는 종돈의 선발에 활용 가능한 기술인 것을 판단되었다.
상술한 바와 같이, 본 발명은 렙틴 수용체 유전자 (leptin receptor gene)의 전사조절 영역 내의 단일 염기 다형 (single nucleotide polymorphism; SNPs)의 분자표지인자들 및 이를 돼지의 등 지방, 지방 함량 및 정육량 등을 포함하는 경제 형질 등을 판단하는 데 사용하는 용도들에 관한 것으로서, 본 발명의 분자 표지인자는 기존 표현형가에 의한 종축 선발 방법을 개선하는 표지인자 도움 선발 방법 (marker-assisted selection; MAS) 등에서 중요한 원천 기술로서 육류의 품질을 관리할 뿐만 아니라 친자를 감별하는 데도 효과적으로 사용될 수 있다. 또한 종축을 정확하게 선발하고 종축의 유전 능력의 개량을 극대화할 수 있어 국내에서 우수 종돈을 육성하는 것이 가능해지며, 매년 외국으로부터 수입되는 종돈의 수를 감축시켜 해외 악성 전염병의 국내 전파 방지 및 외화 유출을 감소시키는데 기여할 수 있다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> DNA markers using leptin receptor gene and uses thereof <160> 3 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> leptin forward primer <400> 1 ttccagaaac ataagacacg cg 22 <210> 2 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> leptin reverse primer <400> 2 gaccaattct aaatttcaac cagagg 26 <210> 3 <211> 1202 <212> DNA <213> Sus sp. <400> 3 tccacccaga ttaattttca tgtagtgaac ggaatcccta atatgagata attaaaaaag 60 actggtacat caagtcttta gtgtttcatt acaaatctaa gcccaatatg ttaaaattat 120 attaccacta gaatttatga tacagtagaa caaataatct tattcataat atatttcagg 180 agttcccatc gtggtgcagc ggaaacaaat ccgactagga accatgaggt cgcgggttcc 240 atccctggcc tcactcagcg ggttaaggac ccggcgttgc cctgagctgt gatataggtt 300 gcagatgtgg ctcggatctg gcattgctgt ggctgtggtg taggccagca gctgtagctc 360 tgaggagasc cctagcctgg gaacctccat atgccaccag tgtggcccta aaaagccaaa 420 aaaaaaaaaa gctaaaaaaa atcttattga ttatatattt caaattgcgt aaaattcact 480 ggaaagtttc tctgaagtca tccctctcat ctgcatatat gaagtcatca gattttccct 540 tagattattg ataactcacc aatgggaatg ttacctcatt ggcaagtgaa cagggggttt 600 cggaaagcat gttggaaaat ttcctcctct ttatttgaaa tcagtaggca gtttcattac 660 ctataccata atcatttggc tttgtggatc atagtaaaga taaaggcttt aggaaacaag 720 agaagtttaa ggactgagga caaaaaataa agactgtaaa actaataatg ctaggtcagc 780 tgtacatatt tcgttaacct cgtgagtact tctgtttagg taaaaatcca gtctcaccct 840 gtgatgcctg tcctggtttg tcatgtcata aaggaacatt gacagttttt gactaagcca 900 tgtatgaaaa ataacttata ttttaactaa gtaaaatagc attgcatgaa atgaatctgc 960 aacttacatt gttaccttaa tgtgaaatgc tgatattgat ccagagtatt acagaggatt 1020 aacatttgaa gaattattaa ttgtagtctt tttccttata tattttccac agacagctta 1080 tatatatgtc aatttttttt ttatgtgtgt gtatttgttt tagatttact ctttttctgg 1140 tgtacttctc tgaagtaaga tgatttgtca aaaattctgt gtggttttgt tacattgggg 1200 ta 1202

Claims (10)

  1. 서열번호 3의 1069 번째 위치가 A 에서 C 로 변화되거나, 1028번째 위치가 G 에서 A로 또는, 959번째 위치가 G 에서 A로 또는, 957번째 위치가 C 에서 T로 또는, 930번째 위치가 A 에서 T로 또는, 857번째 위치가 T 에서 C로 또는,836번째 위치가 A 에서 C로 또는, 782번째 위치가 A 에서 G로 또는, 692번째 위치가 C 에서 T로 또는, 686번째 위치가 A 에서 G로 또는, 611번째 위치가 G 에서 A로 또는, 542번째 위치가 C 에서 A로 또는, 479번째 위치가 C 에서 T로 또는, 453번째 위치가 A 에서 G로 또는, 416번째 위치가 C 에서 A로 또는, 397번째 위치가 C 에서 T로 또는, 368 번째 위치가 C 에서 G로 또는, 296번째 위치가 G 에서 C로 변화되어 만들어지는 서열들로 이루어진 그룹에서 선택되는 하나 이상의 유전자 서열인 것을 특징으로 하는 돼지형질평가 분자표지인자 (molecular marker).
  2. 제 1 항의 분자 표지 인자를 이용한 돼지의 형질 평가 방법.
  3. 제 2 항에 있어서,
    렙틴 수용체 유전자의 전사 조절 영역을 유전자를 증폭하는 단계; 및
    상기 증폭된 분자 표지 인자의 염기 서열을 결정하여, 제 1 항의 분자 표지 인자 어느 하나 이상의 존재 여부를 확인하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 돼지 개체의 형질 평가 방법.
  4. 제 3 항에 있어서,
    상기 방법이 제한 효소에 의해 상기 증폭된 유전자의 분해 산물을 분석하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 돼지 개체의 형질 평가 방법.
  5. 제 3 항에 있어서,
    상기 돼지 개체의 형질이 돼지의 등지방 두께, 사료 효율, 일당증체량 및 정육율로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 하나의 형질인 것을 특징으로 하는 돼지 개체의 형질 평가 방법.
  6. 제 5 항에 있어서, 상기 분자 표지 인자중 서열번호 368 번째 위치가 C 에서 G로 변경된 분자 표지 인자인 것을 특징으로 하는 시험 돼지의 정육율 평가 방법.
  7. 제 5 항에 있어서, 상기 분자 표지 인자중 서열번호 368 번째 위치가 C 에서 G로 변경된 분자 표지 인자인 것을 특징으로 하는 시험 돼지의 등지방 두께 평가 방법.
  8. 제 6 항의 방법을 이용한 돼지 종축의 선발방법.
  9. 제 7 항의 방법을 이용한 돼지 종축의 선발방법.
  10. 돼지의 정육율 및 등지방 두께를 평가 하기 위한 서열 번호 3의 368 번째 위치가 C 에서 G로 변경된 분자표지인자.
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CN104342435A (zh) * 2014-07-23 2015-02-11 湖南农业大学 猪背膘厚相关slc13a5基因的分子克隆及应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6458531B1 (en) 1996-10-09 2002-10-01 Iowa State University Research Foundation Leptin receptor gene as a genetic marker for leanness in pigs

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6458531B1 (en) 1996-10-09 2002-10-01 Iowa State University Research Foundation Leptin receptor gene as a genetic marker for leanness in pigs

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Obesity 14(2):183-187 (2006.2)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
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CN104342435A (zh) * 2014-07-23 2015-02-11 湖南农业大学 猪背膘厚相关slc13a5基因的分子克隆及应用
CN104342435B (zh) * 2014-07-23 2017-10-20 湖南农业大学 猪背膘厚相关slc13a5基因的分子克隆及应用

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