JP4776037B2 - 遺伝情報によりブタ筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法 - Google Patents
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Description
〔1〕 ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法であって、ブタTubby遺伝子のエクソンの塩基配列を解析し、得られる解析結果とブタの筋肉中脂肪蓄積能力との関係を評価することを特徴とする方法、
〔2〕 ブタTubby遺伝子の第5エクソン上の多型部位の遺伝子型を決定することを特徴とする、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法、
〔3〕 ブタTubby遺伝子のエクソン上の多型部位であって、配列番号:1に記載の塩基配列の55番目の塩基に相当する多型部位の遺伝子型を決定することを特徴とする、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法、
〔4〕 前記遺伝子型が、A/Aである場合に被検ブタの筋肉中脂肪蓄積能力が高脂肪型であるものと判定し、G/Gである場合に筋肉中脂肪蓄積能力が低脂肪型であるものと判定する、〔3〕に記載の方法、
〔5〕 ブタTubby遺伝子によってコードされるタンパク質上の部位であって、配列番号:2に記載のアミノ酸配列の19番目のアミノ酸に相当する部位のアミノ酸種を決定することを特徴とする、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法、
〔6〕 前記アミノ酸種が、メチオニンである場合に被検ブタの筋肉中脂肪蓄積能力が高脂肪型であるものと判定し、バリンである場合に筋肉中脂肪蓄積能力が低脂肪型であるものと判定する、〔5〕に記載の方法、
〔7〕 前記筋肉中脂肪蓄積能力が、目視による筋肉中への脂肪交雑程度評価により推定されるものである〔1〕〜〔6〕のいずれかに記載の方法、
〔8〕 前記筋肉中脂肪蓄積能力が、理化学分析による筋肉中脂肪量測定により推定されるものである〔1〕〜〔6〕のいずれかに記載の方法、
〔9〕 配列番号:1に記載の塩基配列の少なくとも15〜100の連続塩基からなるポリヌクレオチドであって、該配列番号:1の55番目の塩基に相当する多型部位を含みかつ、該多型部位における塩基種がAまたはGであるポリヌクレオチド、またはその相補鎖、
〔10〕 ブタTubby遺伝子の全部もしくは一部の配列からなるDNAであって、配列番号:1に記載の塩基配列の55番目の塩基に相当する多型部位を含むDNAを増幅するためのプライマー、
〔11〕 〔9〕に記載のポリヌクレオチド、または〔10〕に記載のプライマーを含んでなる、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力の評価用試薬、
〔12〕 ブタTubby遺伝子の全部もしくは一部の配列からなるDNAであって、配列番号:1に記載の塩基配列の55番目の塩基に相当する多型部位を含みかつ、該多型部位における塩基種がAまたはGであるDNAを含む遺伝マーカー、
を、提供するものである。
本発明は、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法(本明細書において単に「本発明の方法」と記載する場合あり)を提供する。本発明の方法の好ましい態様としては、ブタTubby遺伝子のエクソンの塩基配列を解析し、得られる解析結果とブタの筋肉中脂肪蓄積能力との関係を評価することを特徴とする方法である。
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)ブタTubby遺伝子の第5エクソンの塩基配列(配列番号:1)の55番目の部位を含むDNA領域を増幅する工程
(c)増幅したDNAの塩基配列を決定する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)ブタTubby遺伝子の第5エクソンの塩基配列(配列番号:1)の55番目の部位を含むDNA領域を増幅する工程
(c)増幅したDNAを一本鎖に解離させる工程
(d)解離させた一本鎖DNAを非変性ゲル上で分離する工程
(e)分離した一本鎖DNAのゲル上での移動度を対照と比較する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)ブタTubby遺伝子の第5エクソンの塩基配列(配列番号:1)の55番目の部位を含むDNA領域を増幅する工程
(c)ヌクレオチドプローブが固定された基板を提供する工程
(d)工程(b)のDNAと工程(c)の基板を接触させる工程
(e)該DNAと該基板に固定されたヌクレオチドプローブとのハイブリダイズの強度を検出する工程
(f)工程(e)で検出された強度を対照と比較する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)ブタTubby遺伝子の第5エクソンの塩基配列(配列番号:1)の55番目の部位を含むDNA領域にハイブリダイズするヌクレオチドとハイブリダイゼーションさせる工程
(c)ハイブリッド形成の程度を検出する工程
(d)工程(c)で検出された程度を対照と比較する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)ブタTubby遺伝子の第5エクソンの塩基配列(配列番号:1)の55番目の部位を含むDNA領域を増幅する工程
(c)工程(b)で増幅したDNAを質量分析器にかけ、分子量を測定する工程
(d)工程(c)で測定した分子量を対照と比較する工程
(a)被検ブタからタンパク質試料を調製する工程
(b)該タンパク質試料に含まれる、ブタTubby遺伝子の第5エクソンの塩基配列(配列番号:1)の55番目の部位がA(アデニン)またはG(グアニン)である塩基配列によってコードされるブタTubbyタンパク質の量を測定する工程
ブタTubby遺伝子のエクソン部分の配列は、ヒトTubby遺伝子の塩基配列情報から複数プライマーを設計し、ブタcDNAライブラリーを用からPCR産物を得て、シーケンスを行い、ヒトTubby遺伝子の塩基配列情報と比較することにより求めた。なお、イントロン部分の配列はプライマーウォーキング法により求めた。
Claims (6)
- ブタTubby遺伝子のエクソン上の多型部位であって、配列番号:1に記載の塩基配列の55番目の塩基に相当する多型部位の遺伝子型を決定することを特徴とする、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法。
- 前記遺伝子型が、A/Aである場合に被検ブタの筋肉中脂肪蓄積能力が高脂肪型であるものと判定し、G/Gである場合に筋肉中脂肪蓄積能力が低脂肪型であるものと判定する、請求項1に記載の方法。
- ブタTubby遺伝子によってコードされるタンパク質上の部位であって、配列番号:2に記載のアミノ酸配列の19番目のアミノ酸に相当する部位のアミノ酸種を決定することを特徴とする、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力を評価する方法。
- 前記アミノ酸種が、メチオニンである場合に被検ブタの筋肉中脂肪蓄積能力が高脂肪型であるものと判定し、バリンである場合に筋肉中脂肪蓄積能力が低脂肪型であるものと判定する、請求項3に記載の方法。
- 下記(a)に記載のポリヌクレオチド、または下記(b)に記載のプライマーを含んでなる、ブタの筋肉中脂肪蓄積能力の評価用試薬。
(a) 配列番号:1に記載の塩基配列の少なくとも20〜100の連続塩基からなるポリヌクレオチドであって、該配列番号:1の55番目の塩基に相当する多型部位を含みかつ、該多型部位における塩基種がAまたはGであるポリヌクレオチド、またはその相補鎖
(b) ブタTubby遺伝子上の配列番号:1に記載の塩基配列の55番目の塩基に相当する多型部位を含むDNAを増幅するためのプライマーであって、配列番号:3に記載の塩基配列もしくはその相補鎖と65℃、5×SSC及び0.1%SDSのストリンジェントな条件でハイブリダイズし、かつ、17〜30ヌクレオチド長のDNA配列からなるプライマー - 配列番号:3に記載の塩基配列の一部の配列からなる20〜500 bpのDNAであって、配列番号:1に記載の塩基配列の55番目の塩基に相当する多型部位を含みかつ、該多型部位における塩基種がAであるDNAからなる遺伝マーカー。
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