JP5717272B2 - ブタの椎骨数を支配するVertnin遺伝子、およびその利用 - Google Patents
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Description
〔1〕 ブタの椎骨数増大型遺伝形質の有無の判定方法であって、ブタの第7染色体上に存在する下記(A)の(1)〜(25)のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、下記(B)の工程によって判定する方法、
(A)
(1)配列番号:1に記載の塩基配列の40位
(2)配列番号:2に記載の塩基配列の207位
(3)配列番号:3に記載の塩基配列の68位
(4)配列番号:4に記載の塩基配列の47位または101位
(5)配列番号:5に記載の塩基配列の81位
(6)配列番号:6に記載の塩基配列の355位
(7)配列番号:7に記載の塩基配列の87位
(8)配列番号:8に記載の塩基配列の42位
(9)配列番号:9に記載の塩基配列の152位または185位
(10)配列番号:10に記載の塩基配列の82位
(11)配列番号:11に記載の塩基配列の95〜385位
(12)配列番号:12に記載の塩基配列の49位
(13)配列番号:13に記載の塩基配列の31位、116位、335位、または421位
(14)配列番号:14に記載の塩基配列の127位
(15)配列番号:15に記載の塩基配列の78位、154位、173位、または187位、217位、320位、433位
(16)配列番号:16に記載の塩基配列の111位
(17)配列番号:17に記載の塩基配列の71位または192位
(18)配列番号:18に記載の塩基配列の80〜82位
(19)配列番号:19に記載の塩基配列の285位または300〜301位
(20)配列番号:20に記載の塩基配列の55位、65位、75位、または150位
(21)配列番号:21に記載の塩基配列の99位または138位
(22)配列番号:22に記載の塩基配列の75位
(23)配列番号:23に記載の塩基配列の217位
(24)配列番号:24に記載の塩基配列の91位
(25)配列番号:25に記載の塩基配列の136位
(B)上記(A)のそれぞれの多型マーカーにおける塩基種が記載された下記〔表1〕の判定表に基づき、椎骨数増大型遺伝形質の有無を判定する工程
〔表1〕
〔2〕 ブタの第7染色体上の、以下の(a)〜(d)のいずれかに記載のマイクロサテライト配列を検出することを特徴とする、ブタの椎骨数増大型遺伝形質の有無の判定方法、
(a)配列番号:26に記載の塩基配列において、180〜195位または196〜216位のマイクロサテライト配列
(b)配列番号:27に記載の塩基配列において、311〜323位、380〜388位、389〜396位、または400〜406位のマイクロサテライト配列
(c)配列番号:28に記載の塩基配列において、393〜413位のマイクロサテライト配列
(d)配列番号:29に記載の塩基配列において、96〜107位または309〜325位のマイクロサテライト配列
〔3〕 ブタの第7染色体上に存在する前記多型マーカーまたはマイクロサテライト配列を含むDNA領域を増幅し、その増幅産物の多型またはマイクロサテライト配列を検出する工程を含む、〔1〕または〔2〕に記載の方法、
〔4〕 ブタの第7染色体上に存在するVertnin遺伝子の発現量を指標とすることを特徴とする、ブタの椎骨数増大型遺伝形質の有無の判定方法、
を、提供する。
(1)配列番号:1に記載の塩基配列の40位
(2)配列番号:2に記載の塩基配列の207位
(3)配列番号:3に記載の塩基配列の68位
(4)配列番号:4に記載の塩基配列の47位または101位
(5)配列番号:5に記載の塩基配列の81位
(6)配列番号:6に記載の塩基配列の355位
(7)配列番号:7に記載の塩基配列の87位
(8)配列番号:8に記載の塩基配列の42位
(9)配列番号:9に記載の塩基配列の152位または185位
(10)配列番号:10に記載の塩基配列の82位
(11)配列番号:11に記載の塩基配列の95〜385位
(12)配列番号:12に記載の塩基配列の49位
(13)配列番号:13に記載の塩基配列の31位、116位、335位、または421位
(14)配列番号:14に記載の塩基配列の127位
(15)配列番号:15に記載の塩基配列の78位、154位、173位、または187位、217位、320位、433位
(16)配列番号:16に記載の塩基配列の111位
(17)配列番号:17に記載の塩基配列の71位または192位
(18)配列番号:18に記載の塩基配列の80〜82位
(19)配列番号:19に記載の塩基配列の285位または300〜301位
(20)配列番号:20に記載の塩基配列の55位、65位、75位、または150位
(21)配列番号:21に記載の塩基配列の99位または138位
(22)配列番号:22に記載の塩基配列の75位
(23)配列番号:23に記載の塩基配列の217位
(24)配列番号:24に記載の塩基配列の91位
(25)配列番号:25に記載の塩基配列の136位
本発明において変異を検出する部位は、好ましくは、上記(1)〜(25)のいずれかに記載の多型マーカーにおける多型部位である。
具体的には、被検ブタにおいて、上記(1)〜(25)の多型マーカーにける多型部位が、上記判定表に記載の「増大型Q」である場合に、被検ブタは椎骨数増大型遺伝形質を有すると判定される。
また、本発明の方法は、被検ブタについて上記(1)〜(25)の多型マーカーにおける多型部位が、上記判定表に記載の「増大型Q」でない場合、あるいは、「野生型wt」である場合に被検ブタは椎骨数増大型遺伝形質を有さないと判定される。
(a)配列番号:26に記載の塩基配列において、180〜195位または196〜216位のマイクロサテライト配列
(b)配列番号:27に記載の塩基配列において、311〜323位、380〜388位、389〜396位、または400〜406位のマイクロサテライト配列
(c)配列番号:28に記載の塩基配列において、393〜413位のマイクロサテライト配列
(d)配列番号:29に記載の塩基配列において、96〜107位または309〜325位のマイクロサテライト配列
上記マイクロサテライト配列の詳細を、後述の表6−1〜6−2に記載する。
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
(c)増幅したDNAの塩基配列を決定する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
(c)増幅したDNAを制限酵素により切断する工程
(d)DNA断片をその大きさに応じて分離する工程
(e)検出されたDNA断片の大きさを対照と比較する工程
制限酵素を利用した上記方法の好ましい態様としては、例えば、後述の表8−1〜8−7に記載されたフォワードプライマーおよびリバースプライマーを用いて増幅されるDNA断片を、制限酵素で処理することによって行うPCR-RFLP法が挙げられる。
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
(c)増幅したDNAを一本鎖に解離させる工程
(d)解離させた一本鎖DNAを非変性ゲル上で分離する工程
(e)分離した一本鎖DNAのゲル上での移動度を対照と比較する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
(c)ヌクレオチドプローブが固定された基板を提供する工程
(d)工程(b)のDNAと工程(c)の基板を接触させる工程
(e)該DNAと該基板に固定されたヌクレオチドプローブとのハイブリダイズの強度を検出する工程
(f)工程(e)で検出された強度を対照と比較する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーを含むDNA領域にハイブリダイズするヌクレオチドとハイブリダイゼーションさせる工程
(c)ハイブリッド形成の程度を検出する工程
(d)工程(c)で検出された程度を対照と比較する工程
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
(c)工程(b)で増幅したDNAを質量分析器にかけ、分子量を測定する工程
(d)工程(c)で測定した分子量を対照と比較する工程
PCR-SSPを行う場合、プライマーは3'末端側に検出したい配列(本発明の多型マーカー)がくるように設計することが好ましい。
(a)被検ブタからDNAを調製する工程
(b)本発明の多型マーカーが3'末端側に位置するように設計されたPCR-SSP用プライマーを用いて、当該多型マーカーを含むDNA領域をPCRにて増幅する工程
(c)増幅したDNAを検出する工程
(1)配列番号:1に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、40位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
(2)配列番号:2に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、207位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
(3)配列番号:3に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、68位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
(4)配列番号:4に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、47位または101位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれAまたはGであることを特徴とする遺伝マーカー
(5)配列番号:5に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
(6)配列番号:6に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、355位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
(7)配列番号:7に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、87位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
(8)配列番号:8に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、42位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
(9)配列番号:9に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、152位または185位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれCまたはCであることを特徴とする遺伝マーカー
(10)配列番号:10に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、82位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
(11)配列番号:11に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、95〜385位の多型部位を含むことを特徴とする遺伝マーカー
(12)配列番号:12に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、49位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
(13)配列番号:13に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、31位、116位、335位、または421位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれA、T、C、またはTであることを特徴とする遺伝マーカー
(14)配列番号:14に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、127位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
(15)配列番号:15に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位、154位、173位、187位、217位、320位、または433位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれ欠失変異(Aの欠失変異)、A、A、G、G、C、またはTであることを特徴とする遺伝マーカー
(16)配列番号:16に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、111位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
(17)配列番号:17に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、71位または192位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれTまたはCであることを特徴とする遺伝マーカー
(18)配列番号:18に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、80〜82位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAAAであることを特徴とする遺伝マーカー
(19)配列番号:19に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、285位または300〜301位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれTまたはGAであることを特徴とする遺伝マーカー
(20)配列番号:20に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、55位、65位、75位、または150位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がそれぞれT、T、G、またはGであることを特徴とする遺伝マーカー
(21)配列番号:21に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、99位または138位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCまたはGであることを特徴とする遺伝マーカー
(22)配列番号:22に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、75位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
(23)配列番号:23に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、217位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
(24)配列番号:24に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、91位の多型部位を含み、かつ該多型部位が欠失変異(Cの欠失変異)であることを特徴とする遺伝マーカー
(25)配列番号:25に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、136位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
(1) 徳島県大ヨークシャー種系統豚(AY)の種豚のQTL型の判定
徳島県大ヨークシャー種系統豚(AY)は、1987年に雄10頭、雌65頭を導入し、以後7世代にわたって閉鎖群で育種された。その間の雄、雌の数は8〜11、および28〜36である。その後、雄9頭、雌35頭で維持された。大ヨークシャー種の種雄豚9頭、種雌豚6頭について、それぞれの子豚(18頭から167頭)の椎骨数を測定し、マイクロサテライトマーカーを用いて半きょうだい解析を行った。QTLはマイクロサテライトマーカーSW252をピークとして検出されており(図2)、その近傍のSW263、S0115とともに種豚と子豚すべてをタイピングし、種豚の2本の染色体上のどちらのQTL領域が子豚に伝達されたかを判別した。各種豚について、2つのQTL領域がそれぞれ伝達された子豚グループ間の椎骨数の平均値の差をt検定により検討し、有意な差が見られた場合は種豚のQTLがヘテロ型であるとした。差が見られなかった場合にはZ検定(Nezer C. 2003 Genetics 165: 277-285)により、Z<-2.0においてホモ型であると判定した。その際、椎骨数増大効果はこれまでのF2実験家系の解析における平均値0.43を用いた。またホモ型種豚の子豚の椎骨数を、ヘテロ型種豚の椎骨数増大型対立遺伝子(Q)および野生型対立遺伝子(wt)が伝達した子豚(Q;371頭、wt;383頭)の椎骨数と多重検定(Steel検定)し、Q/Q型またはwt/wt型を判定した(図4)。その結果、9頭においてQ/wtのヘテロ型であると示された。6頭についてはホモ型であり、5頭がQQ型、1頭がwt/wtであることが示された(図4)。
第7染色体の椎骨数QTLの95%信頼区間はQTL express (Seaton G. 2002 Bioinformatics 18: 339-340)を用いて解析した結果、マイクロサテライトマーカーSW263とSW632にはさまれた83 cMから88 cMまでの領域となった(図5)。次にこの領域に新規マイクロサテライトマーカーを開発するため、まずヒトゲノム上の遺伝子配列を用いて相同性検索を行い、相同性のあるブタ配列(主にEST配列)を得た。これらについてPCRプライマーを作製し、PCRを用いたスクリーニングシステムにより得られたBACクローン(Suzuki K. 2000 Anim. Genet. 31: 8-12)からマイクロサテライト配列を単離した。単離したマイクロサテライト配列は、SGSC(International Swine Genome Sequecing Consortium、http://piggenome.org/)によって進行中のブタゲノムドラフト配列と比較し、それらマイクロサテライト配列を有するBACクローンのブタゲノム上の位置をFPC(Finger Print Contig)地図により確認した。39の遺伝子に由来する55個のマイクロサテライトマーカーの開発について表5−1〜5−2(第7染色体上の椎骨数QTL領域に開発したマイクロサテライトマーカー)、図6に示した。
大ヨークシャー種種豚およびそれらの子豚について上記のマイクロサテライトマーカーのジェノタイピングを行い、種豚におけるハプロタイプを決定した。種豚間においてハプロタイプの比較を行い共通祖先由来(同祖)のゲノム領域、それらの染色体上での組み換え位置を解析した。大ヨークシャー種種豚の各染色体上のマイクロサテライトマーカーのハプロタイプと、QTLの対立遺伝子(Qまたはwt)との関連性を解析した結果、SJ7106、SJ7101、J7008の範囲においてのみ、椎骨数増大型対立遺伝子Q、野生型対立遺伝子wtが座位する両方の染色体に、共通ハプロタイプ(同祖ゲノム領域)が存在しなかった(図7)。よって候補領域はその外側のマイクロサテライトマーカーSJ7088とSJ7040との間の領域となった。
SGSCにより解読が行われた5つのBACクローン、CH242-31K14、CH242-238O9、CH242-92H3、CH242-154M12、CH242-313I6の塩基配列を用い(図8A)、QTL近傍領域の遺伝子地図を作成した(図8B)。またCH242-92H3、CH242-154M12の塩基配列を用い、新規マイクロサテライト配列を検索し、SJ7099、SJ7103、SJ7107、SJ7113、SJ7114、SJ7121、SJ7126、SJ7136、SJ7139の9つのマイクロサテライトマーカーを開発した。
上記徳島県大ヨークシャー種系統豚(AY)の種豚を用い、新規マイクロサテライトマーカーSJ7099、SJ7103、SJ7107、SJ7113、SJ7114、SJ7121、SJ7126、SJ7136、SJ7139を加えて解析した結果、同祖ゲノム領域を示す共通ハプロタイプが、椎骨数増大型対立遺伝子Qおよび野生型対立遺伝子wtが座位する両方の染色体に存在しない領域はSJ7121からSJ7008の間であり、また椎骨数増大型Qにおいてハプロタイプが保存された領域はSJ7121からSJ7103の範囲であった(図9)。
9つのF2実験家系の親世代ブタについて、椎骨数QTLの遺伝子型が決定され(表2)、既報(Mikawa S. 2005 J Anim. Sci. 83: 2247)において公開されている。徳島県大ヨークシャー種系統豚により絞り込まれたQTL領域近傍のマイクロサテライトマーカーを用いて、F2実験家系親世代ブタについてもハプロタイプ解析を行い、QTLと一致する領域を検索した。その結果、大ヨークシャー種系統豚において椎骨数増大型対立遺伝子Qに関連して見られたハプロタイプは、F2実験家系の親世代ブタにおいても検出され、F2実験家系親世代ブタにおいて、椎骨数増大型対立遺伝子Qが座位する染色体において保存された範囲は、SJ7088からSJ7114であった(図9)。徳島県大ヨークシャー種系統豚(AY)とF2実験家系親世代ブタの両方の解析をあわせると共通する領域はSJ7121からSJ7114となり、その外側のマーカー、SJ7126からSJ7099にQTL領域を絞り込むことに成功した(表6−1〜6−2(マイクロサテライト配列情報))。これらのマイクロサテライトマーカーからなるハプロタイプにより椎骨数QTL型を判定することが可能である。
椎骨数QTL近傍領域の多型検索を行い、NV101、NV102、orf45-i2、orf45-i4、ALDH6A1-i11、LIN52-i4、LIN52-i5、LIN52-e6、NV103、ABCD4-i15、NV038、NV032、NV004、NV015、NV090、NV025、NV035、NV062、NV067、NV071、NV106、NV108、NV109、NV111、NPC2-i2、ISCA2-i3の多型部位を検出した(図10)。これらについて、と場より無作為に選抜した199頭の肉豚(ランドレース種、大ヨークシャー種、およびデュロック種の交雑豚)のDNAを用いてジェノタイピングを行い、Haploview 4.0 (Barrett et al. 2005 Bioinformatics 21: 263-265)により、ハプロタイプブロックを解析した。その結果、ABCD4-i15からNV067までの、約60 kbが同一ハプロタイプブロックとなった(図10)。このハプロタイプブロックのメジャーなハプロタイプは2種類であり、徳島県大ヨークシャー種系統豚(AY)での、椎骨数増大型対立遺伝子Qおよび野生型対立遺伝子wtにおけるハプロタイプに一致した。また肉豚の椎骨数との関連性はABCD4遺伝子の下流に位置する多型(NV004、NV015、NV090、NV025、NV035、NV062)が周辺の多型部位よりも高いことが確認された(図10)。これらの多型はSJ7126からSJ7099の間に位置する(図8C)。と場サンプルでの遺伝子型による椎骨数増大に対する相加効果は0.53であり、これまでに認められていた効果にほぼ等しかった(表7(と場サンプル(西洋品種)における椎骨数の分布))。また椎骨数増大型対立遺伝子の頻度は、55.5%であった。
SJ7126からSJ7099の間には機能解明された遺伝子はなく、ヒトにおいてLOC55237、マウスではLOC432677と名付けられたhypothetical proteinをコードする遺伝子座が存在した。ブタにおいてもこの領域の転写産物を単離し、それをコードする遺伝子をVertnin (VRTN)と命名し、椎骨数を支配する遺伝子とした(図8C)。VRTN遺伝子は2つのエキソンからなり(図8C)、698アミノ酸をコードする。また相同性検索の結果、類似した遺伝子は存在しなかった。VRTN遺伝子のcDNA配列および該遺伝子によってコードされるアミノ酸配列をそれぞれ配列番号:88、89に示す。
VRTN遺伝子を含むSJ7126からSJ7099までの領域について、徳島県大ヨークシャー種系統豚の種豚についてPRE1配列等の繰り返し配列を除いたすべての領域で多型解析を行った結果、図8Cおよび表8−1〜8−7(SNP等配列情報)に示した42個の多型がQTL型と一致した。42個の多型パターンは表9(ブタVRTN遺伝子のハプロタイプ型)に示した。この中ではNV064が非同義置換であり、野生型がGAC(Asp)であるのに対し、増大型ではGGC(Gly)に置換している。
VRTN遺伝子のプロモーター領域にQTLと一致する多型が存在することから、対立遺伝子間での発現様式の差異がQTLの原因であることも考えられる。そこでブタVRTN遺伝子の椎骨数増大型対立遺伝子と野生型対立遺伝子のプロモーター領域を、ルシフェラーゼをレポーター遺伝子とするプラスミドに連結し、CGR8細胞、P19細胞を用いて、プロモーター活性を比較したが、有意な差は認められなかった。CGR8細胞はマウスES細胞、P19細胞はマウス胚性腫瘍細胞であり、ともに内因性のマウスVRTN遺伝子を発現している。
Claims (4)
- ブタの椎骨数増大型遺伝形質の有無の判定方法であって、ブタの第7染色体上に存在する下記(A)の(1)〜(25)のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、下記(B)の工程によって判定する方法。
(A)
(1)配列番号:1に記載の塩基配列の40位
(2)配列番号:2に記載の塩基配列の207位
(3)配列番号:3に記載の塩基配列の68位
(4)配列番号:4に記載の塩基配列の47位または101位
(5)配列番号:5に記載の塩基配列の81位
(6)配列番号:6に記載の塩基配列の355位
(7)配列番号:7に記載の塩基配列の87位
(8)配列番号:8に記載の塩基配列の42位
(9)配列番号:9に記載の塩基配列の152位または185位
(10)配列番号:10に記載の塩基配列の82位
(11)配列番号:11に記載の塩基配列の95〜385位
(12)配列番号:12に記載の塩基配列の49位
(13)配列番号:13に記載の塩基配列の31位、116位、335位、または421位
(14)配列番号:14に記載の塩基配列の127位
(15)配列番号:15に記載の塩基配列の78位、154位、173位、または187位、217位、320位、433位
(16)配列番号:16に記載の塩基配列の111位
(17)配列番号:17に記載の塩基配列の71位または192位
(18)配列番号:18に記載の塩基配列の80〜82位
(19)配列番号:19に記載の塩基配列の285位または300〜301位
(20)配列番号:20に記載の塩基配列の55位、65位、75位、または150位
(21)配列番号:21に記載の塩基配列の99位または138位
(22)配列番号:22に記載の塩基配列の75位
(23)配列番号:23に記載の塩基配列の217位
(24)配列番号:24に記載の塩基配列の91位
(25)配列番号:25に記載の塩基配列の136位
(B)上記(A)のそれぞれの多型マーカーにおける塩基種が記載された下記〔表1〕の判定表に基づき、椎骨数増大型遺伝形質の有無を判定する工程
〔表1〕
- ブタの第7染色体上の、以下の(a)〜(d)のいずれかに記載のマイクロサテライト配列を検出することを特徴とする、ブタの椎骨数増大型遺伝形質の有無の判定方法。
(a)配列番号:26に記載の塩基配列において、180〜195位または196〜216位のマイクロサテライト配列
(b)配列番号:27に記載の塩基配列において、311〜323位、380〜388位、389〜396位、または400〜406位のマイクロサテライト配列
(c)配列番号:28に記載の塩基配列において、393〜413位のマイクロサテライト配列
(d)配列番号:29に記載の塩基配列において、96〜107位または309〜325位のマイクロサテライト配列 - ブタの第7染色体上に存在する前記多型マーカーまたはマイクロサテライト配列を含むDNA領域を増幅し、その増幅産物の多型またはマイクロサテライト配列を検出する工程を含む、請求項1または2に記載の方法。
- ブタの第7染色体上に存在するVertnin遺伝子の発現量を指標とすることを特徴とする、ブタの椎骨数増大型遺伝形質の有無の判定方法。
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