JPWO2021240761A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2021240761A5 JPWO2021240761A5 JP2022527426A JP2022527426A JPWO2021240761A5 JP WO2021240761 A5 JPWO2021240761 A5 JP WO2021240761A5 JP 2022527426 A JP2022527426 A JP 2022527426A JP 2022527426 A JP2022527426 A JP 2022527426A JP WO2021240761 A5 JPWO2021240761 A5 JP WO2021240761A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- dna polymerase
- binding portion
- stranded nucleic
- analyzed
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 58
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 58
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 58
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims 21
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims 21
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 18
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 17
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims 16
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 claims 9
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 claims 9
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 claims 6
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 5
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 claims 4
- 239000012082 adaptor molecule Substances 0.000 claims 3
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims 3
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 claims 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims 2
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims 2
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 claims 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims 1
- 239000010409 thin film Substances 0.000 claims 1
Claims (16)
- 解析対象の核酸を鋳型としてＤＮＡポリメラーゼにより相補鎖を合成し、当該解析対象の核酸の塩基配列を決定する際に使用される核酸分析用組成物であって、上記ＤＮＡポリメラーゼが合成した相補鎖を分解するエキソヌクレアーゼを含む核酸分析用組成物。
- 解析対象の核酸と、当該解析対象の核酸の少なくとも一方端部に対して直接的又は間接的に結合したアダプター分子とを含み、当該アダプター分子により上記エキソヌクレアーゼによる分解を阻害した核酸－アダプター分子複合体を更に含む請求項１記載の核酸分析用組成物。
- 上記アダプター分子は、解析対象の核酸に対して直接的又は間接的に結合する一方端部を有する互いに相補的な塩基配列からなる二本鎖核酸領域と、当該二本鎖核酸領域における上記一方端部と異なる他方端部と連結し、互いに非相補的な塩基配列からなる一対の一本鎖核酸領域と、上記一対の一本鎖核酸領域のうち、一方の一本鎖核酸領域に配設された、上記エキソヌクレアーゼによる核酸分解反応を阻害する分解阻害部とを備えることを特徴とする請求項２記載の核酸分析用組成物。
- 上記一対の一本鎖核酸領域のうち、端部が３’末端である一本鎖核酸領域は、ＤＮＡポリメラーゼが結合しうる分子モータ結合部を備えることを特徴とする請求項３記載の核酸分析用組成物。
- 上記分子モータ結合部を備える一本鎖核酸領域は、当該分子モータ結合部より３’末端側にプライマーがハイブリダイズしうるプライマー結合部を備えることを特徴とする請求項４記載の核酸分析用組成物。
- 上記分子モータ結合部と上記プライマー結合部との間に、上記ＤＮＡポリメラーゼが結合できないスペーサを有することを特徴とする請求項５記載の核酸分析用組成物。
- 上記一対の一本鎖核酸領域のうち、端部が５’末端である一本鎖核酸領域は、ＤＮＡポリメラーゼとの結合力が、核酸との結合力よりも低い分子モータ離脱誘導部を有することを特徴とする請求項３記載の核酸分析用組成物。
- 解析対象の核酸と、ＤＮＡポリメラーゼと、ＤＮＡポリメラーゼの基質となるヌクレオチドと、エキソヌクレアーゼとを含む溶液にて解析対象の核酸の相補鎖をＤＮＡポリメラーゼにより合成し、上記ＤＮＡポリメラーゼよる一塩基毎の合成に対応して一塩基の配列を決定する工程と、
ＤＮＡポリメラーゼにより合成された相補鎖をエキソヌクレアーゼにより分解する工程と、
を含む核酸分析方法。 - 上記配列を決定する工程では、ナノポアを有する薄膜を介して対向した第１の液槽と第２の液槽のうち、第１の液槽内にて上記ＤＮＡポリメラーゼが上記解析対象の核酸の相補鎖を合成することで、上記解析対象の核酸を上記第２の液槽から上記第１の液槽の方向に上記ナノポアを介して移動させ、上記解析対象の核酸の移動の際に生ずる信号を測定し、
上記分解する工程では、相補鎖が形成された解析対象の核酸を第１の液槽から第２の液槽方向に移動させることで、相補鎖を一本鎖とし、一本鎖となった相補鎖を第１の液槽においてエキソヌクレアーゼにより分解することを特徴とする請求項８記載の核酸分析方法。 - 上記配列を決定する工程の前に、上記解析対象の核酸の少なくとも一方端部に対して直接的又は間接的にアダプター分子を結合した核酸－アダプター分子複合体を調製する工程を含み、上記アダプター分子によって上記エキソヌクレアーゼによる解析対象の核酸の分解を阻害していることを特徴とする請求項９記載の核酸分析方法。
- 上記アダプター分子は、解析対象の核酸に対して直接的又は間接的に結合する一方端部を有する互いに相補的な塩基配列からなる二本鎖核酸領域と、当該二本鎖核酸領域における上記一方端部と異なる他方端部と連結し、互いに非相補的な塩基配列からなる一対の一本鎖核酸領域と、上記一対の一本鎖核酸領域のうち、一方の一本鎖核酸領域に配設された、上記エキソヌクレアーゼによる核酸分解反応を阻害する分解阻害部とを備え、
上記一対の一本鎖核酸領域のうち、上記分解阻害部を配設していない一本鎖核酸領域が上記ナノポアを介して上記第２の液槽に導入されることを特徴とする請求項１０記載の核酸分析方法。 - 上記一対の一本鎖核酸領域のうち、端部が３’末端である一本鎖核酸領域は、ＤＮＡポリメラーゼが結合しうる分子モータ結合部を備え、当該分子モータ結合部に結合したＤＮＡポリメラーゼが相補鎖を合成することを特徴とする請求項１１記載の核酸分析方法。
- 上記分子モータ結合部を備える一本鎖核酸領域は、上記分子モータ結合部より３’末端側にプライマーがハイブリダイズしうるプライマー結合部を備え、上記分子モータ結合部に結合したＤＮＡポリメラーゼが上記プライマー結合部にハイブリダイズしたプライマーから相補鎖を合成することを特徴とする請求項１２記載の核酸分析方法。
- 上記分子モータ結合部を備える一本鎖核酸領域は、上記分子モータ結合部より３’末端側にプライマーがハイブリダイズしうるプライマー結合部と当該分子モータ結合部との組を複数有し、
分子モータ結合部に結合したＤＮＡポリメラーゼのうちナノポアに最も近いＤＮＡポリメラーゼが、上記プライマー結合部にハイブリダイズしたプライマーから相補鎖を合成することで、上記核酸－アダプター分子複合体を上記第２の液槽から上記第１の液槽に向かって移動させ、その後、相補鎖を有する上記核酸－アダプター分子複合体を上記第１の液槽から上記第２の液槽に向かって移動させることで当該相補鎖を引き剥がし、再びナノポアに最も近い上記ＤＮＡポリメラーゼが相補鎖を合成することで、上記核酸－アダプター分子複合体を上記第２の液槽から上記第１の液槽に向かって移動させることを繰り返し、引き剥がされた相補鎖を上記第１の液槽において上記エキソヌクレアーゼが分解することを特徴とする請求項１２記載の核酸分析方法。 - 上記分子モータ結合部と上記プライマー結合部との間に、上記ＤＮＡポリメラーゼが結合できないスペーサを有することを特徴とする請求項１３又は１４記載の核酸分析方法。
- 上記一対の一本鎖核酸領域のうち、端部が５’末端である一本鎖核酸領域は、ＤＮＡポリメラーゼとの結合力が、核酸との結合力よりも低い分子モータ離脱誘導部を有し、
上記ＤＮＡポリメラーゼが、上記プライマー結合部にハイブリダイズしたプライマーから相補鎖を合成することで、上記核酸－アダプター分子複合体を上記第２の液槽から上記第１の液槽に向かって移動させ、上記核酸－アダプター分子複合体における分子モータ離脱誘導部で当該ＤＮＡポリメラーゼが乖離することを特徴とする請求項１３又は１４記載の核酸分析方法。
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PCT/JP2020/021273 WO2021240761A1 (ja) | 2020-05-29 | 2020-05-29 | 核酸分析用組成物、核酸分析方法及び核酸分析装置 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPWO2021240761A1 JPWO2021240761A1 (ja) | 2021-12-02 |
| JPWO2021240761A5 true JPWO2021240761A5 (ja) | 2023-01-27 |
Family
ID=78723253
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2022527426A Pending JPWO2021240761A1 (ja) | 2020-05-29 | 2020-05-29 |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20230175056A1 (ja) |
| JP (1) | JPWO2021240761A1 (ja) |
| WO (1) | WO2021240761A1 (ja) |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP5646987B2 (ja) * | 2007-04-04 | 2014-12-24 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | ナノポアを使用するための組成物、デバイス、システム、及び方法 |
| US9116118B2 (en) * | 2012-06-08 | 2015-08-25 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Modified base detection with nanopore sequencing |
| EP2886663A1 (en) * | 2013-12-19 | 2015-06-24 | Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Nanopore sequencing using replicative polymerases and helicases |
| JP2020031557A (ja) * | 2018-08-28 | 2020-03-05 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 生体分子分析装置 |
-
2020
- 2020-05-29 WO PCT/JP2020/021273 patent/WO2021240761A1/ja active Application Filing
- 2020-05-29 US US17/924,018 patent/US20230175056A1/en active Pending
- 2020-05-29 JP JP2022527426A patent/JPWO2021240761A1/ja active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US10760123B2 (en) | Sequential sequencing | |
| RU2400538C2 (ru) | Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется | |
| US7790391B2 (en) | Methods of equalizing representation levels of nucleic acid targets | |
| KR102398479B1 (ko) | 카피수 보존 rna 분석 방법 | |
| JP2003526344A (ja) | 加ピロリン酸分解活性化重合（ｐａｐ）：アリル−特異的増幅および核酸配列決定への適応 | |
| CA2639819A1 (en) | Selective terminal tagging of nucleic acids | |
| WO1990003444A1 (en) | Methods for generating single stranded dna by the polymerase chain reaction | |
| JP2010519896A5 (ja) | ||
| JP7334154B2 (ja) | 非対称ｐｃｒ法 | |
| JP2007530026A (ja) | 核酸配列決定 | |
| CN101575639B (zh) | 可二次验证碱基信息的dna测序方法 | |
| US20220267848A1 (en) | Detection and quantification of rare variants with low-depth sequencing via selective allele enrichment or depletion | |
| JP2008500034A5 (ja) | ||
| JP6837073B2 (ja) | プライマー伸長中のプライマー−プライマー相互作用の排除 | |
| KR102343373B1 (ko) | miRNA 동시 다중 검출 방법 및 이를 이용한 miRNA 검출용 키트 | |
| JPWO2021240761A5 (ja) | ||
| RU2017130477A (ru) | Молекула субстрата | |
| US20220356520A1 (en) | Method of digital multiplex detection and/or quantification of biomolecules and use thereof | |
| EP1874957A1 (en) | Method for amplification | |
| TWI570242B (zh) | 用於基因型鑑定晶片之雙重等位基因特異性聚合酶鏈鎖反應的方法 | |
| JP4455168B2 (ja) | Ｄｎａ増幅方法 | |
| RU2021132736A (ru) | Способ получения однонуклеотидных молекулярных маркеров для определения вероятного этногеографического происхождения человека методом мультиплексной амплификации для работы с образцами деградированной ДНК | |
| Ni et al. | Selective gene amplification for high-throughput sequencing | |
| WO2004022743A1 (ja) | 多型配列部位を有する核酸の識別方法 | |
| Walsh et al. | SNP detection for cytochrome P450 alleles by target-assembled tandem oligonucleotide systems based on exciplexes |