RU2017130477A - Молекула субстрата - Google Patents

Молекула субстрата Download PDF

Info

Publication number
RU2017130477A
RU2017130477A RU2017130477A RU2017130477A RU2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A RU 2017130477 A RU2017130477 A RU 2017130477A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
paragraphs
chain
nickel
duplex
Prior art date
Application number
RU2017130477A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2755495C2 (ru
RU2017130477A3 (ru
Inventor
Стивен А. ДЖУДИС
Original Assignee
Инвайролоджикс Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Инвайролоджикс Инк. filed Critical Инвайролоджикс Инк.
Publication of RU2017130477A publication Critical patent/RU2017130477A/ru
Publication of RU2017130477A3 publication Critical patent/RU2017130477A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2755495C2 publication Critical patent/RU2755495C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides
    • C12P19/30—Nucleotides
    • C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6823—Release of bound markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
    • C12Y207/07—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Claims (75)

1. Субстрат для никирования и достройки, включающий дуплекс нуклеиновой кислоты, содержащий:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 5'-концу;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу.
2. Субстрат по п. 1, где первая цепь нуклеиновой кислоты никируется никующей эндонуклеазой.
3. Субстрат по п. 1 или 2, где флуоресцентная детектируемая метка представляет собой FAM, TET, HEX, TAMRA, JOE или ROX.
4. Субстрат по любому из пп. 1-3, где компонент-тушитель представляет собой Iowa Black® RQ (5IabRQ), дабцил, дабсил или краситель Black Hole Quencher.
5. Субстрат по любому из пп. 1-4, где 3'-конец второй нуклеиновой кислоты модифицирован с помощью C3-спейсера, дидезоксинуклеотида, фосфорилирования, красителя, флуорофора, тушителя, спейсера или линкера.
6. Субстрат по любому из пп. 1-5, включающий модифицированный нуклеотид.
7. Субстрат по любому из пп. 1-6, где один или более нуклеотидов первой нуклеотидной цепи в положениях 1 или 2 по направлению к 5'-концу от сайта никирования, и в положении 1 по направлению к 3'-концу от сайта никирования, модифицированы.
8. Субстрат по любому из пп. 1-7, где в первой цепи нуклеиновой кислоты модифицирован один или более нуклеотидов между сайтом узнавания никующей эндонуклеазы и сайтом никирования.
9. Субстрат по любому из пп. 1-8, где субстрат включает модификации в одной или более позициях в пределах сайта узнавания никующей эндонуклеазы.
10. Субстрат по любому из пп. 1-9, где один или более модифицированных нуклеотидов содержат 2'-O-метил, 2'-метоксиэтокси, 2'-флуорогруппу, 2'-гидроксил (РНК), 2'-аллил, 2'-О-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4'-тиогруппу, 4'-CH2-O-2'-мостик, 4'-(CH2)2-O-2'-мостик, 2'-O-(N-метилкарбамат), метилирование, биотинилирование, нуклеотидный аддукт или аналог основания.
11. Субстрат по любому из пп. 1-10, где никующая эндонуклеаза представляет собой Nt.BstNBI, N.Bst9I, N.BstSEI, Nb.BbvCI, Nb.Bpu10I, Nb.BsmI, Nb.BsrDI, Nb.BtsI, Nt.AlwI, Nt.BbvCI, Nt.Bpu10I, Nt.BsmAI, Nt.BspD6I, Nt.BspQI, или Nt.CviPII.
12. Субстрат по любому из пп. 1-11, который имеет длину от примерно 30 п.н. до примерно 2 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 1 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 500 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 200 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 60 п.н., от примерно 35 п.н. до примерно 50 п.н.
13. Субстрат по любому из пп. 1-12, где цепи нуклеиновой кислоты имеют длину от примерно 30 н. до примерно 2000 н., от примерно 100 н. до примерно 1000 н., от примерно 100 н. до примерно 500 н., от примерно 30 н. до примерно 200 н., от примерно 30 н. до примерно 60 н., от примерно 35 н. до примерно 50 н.
14. Субстрат по любому из пп. 1-13, где длина нуклеиновой цепи от сайта никирования до 3'-конца составляет около 25 н., около 35 н., около 40 н. или более.
15. Субстрат по любому из пп. 1-14, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет 10 н., около 15 н., около 20 н. или более.
16. Субстрат по любому из пп. 1-15, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет примерно 10 н., примерно 5 н., примерно 3 н. или менее.
17. Субстрат по п. 16, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта узнавания никующей эндонуклеазы составляет 4, 3, 2 или 1 н.
18. Субстрат по любому из пп. 1-17, содержащий одну или более пар "флуоресцентная детектируемая метка-компонент-тушитель", ковалентно пришитых к противоположным нуклеотидным цепям и внутри дуплекса.
19. Субстрат по любому из пп. 1-17, где первые и вторые нуклеотидные цепи ковалентно связаны.
20. Способ детекции активности никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции, включающей: а) контакт дуплекса нуклеиновой кислоты с никующей эндонуклеазой, причем дуплекс включает:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 5'-концу;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу;
b) контакт никированного дуплекса с полимеразой в присутствии дНТФ;
c) полимеразную достройку, замещающую участок цепи по направлению к 3'-концу от сайта никирования, который связан с флуоресцентной детектируемой меткой или компонентом-тушителем; и
d) детекцию сигнала от флуоресцентной детектируемой метки, которая отделяется от тушителя, выявляющую активность никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции.
21. Способ амплификации специфического продукта в реакции никующей амплификации, включающий:
a) контакт с целевой молекулой нуклеиновой кислоты в существенно изотермическых условиях с двумя или более праймерами, каждый из которых специфически связывается с целевой молекулой нуклеиновой кислоты, в присутствии дНТФ, никующей эндонуклеазы и дуплекса, включающего:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 5'-концу;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, включающую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу;
b) генерацию ампликонов, включающих по меньшей мере часть указанной целевой молекулы нуклеиновой кислоты;
c) никирование дуплекса и полимеразную достройку, замещающую участок цепи по направлению к 3'-концу от сайта никирования, который связан с флуоресцентной детектируемой меткой или компонентом-тушителем; и
d) детекцию сигнала от флуоресцентной детектируемой метки, которая отделяется от тушителя, выявляющую активность никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции.
22. Способ по п. 21, дополнительно включающий контакт молекулы нуклеиновой кислоты с двумя или более праймерами в присутствии детектируемого полинуклеотидного зонда; и
e) детекцию сигнала, специфического для гибридизации олигонуклеотидного зонда с целевой молекулой нуклеиновой кислоты или ее ампликону, причем сигнал указывает количество целевой молекулы нуклеиновых кислоты, присутствующей в образце, или ее ампликона.
23. Способ по п. 21 или 22, где детекция сигнала от дуплекса используется в качестве положительного контроля.
24. Способ по любому из пп. 21-23, где момент, в который сигнал от дуплекса достигает заданной относительной флуоресценции (ОФЕ), указывает конечную точку наблюдения за реакцией никующей амплификации.
25. Способ по п. 29, где реакция осуществляется в существенно изотермических условиях.
26. Способ по любому из пп. 20-24, где реакция дополнительно включает праймеры, зонд, и/или целевые молекулы нуклеиновой кислоты.
27. Способ по любому из пп. 20-26, где цепи нуклеиновой кислоты имеют последовательности, не связывающиеся с другими молекулами нуклеиновой кислоты, присутствующим в реакции.
28. Способ по любому одному или более из пп. 20-27, где флуоресцентная детектируемая метка на дуплексе нуклеиновой кислоты и флуоресцентная детектируемая метка на зонде различаются.
29. Способ по любому из пп. 20-28, где флуоресцентная детектируемая метка, ковалентно пришитая к первой цепи нуклеиновой кислоты, представляет собой FAM, TET, HEX, TAMRA, JOE или ROX.
30. Способ по любому из пп. 20-29, где компонент-тушитель, ковалентно связанный со второй цепью нуклеиновой кислоты, представляет собой Iowa Black® RQ (5IabRQ), дабцил, дабсил или краситель Black Hole Quencher.
31. Способ по любому из пп. 20-30, где 3'-конец второй нуклеиновой кислоты модифицирован с помощью C3-спейсера, дидезоксинуклеотида, фосфорилирования, красителя, флуорофора, тушителя, спейсера или линкера.
32. Способ по любому из пп. 20-31, где дуплекс нуклеиновой кислоты включает модифицированный нуклеотид.
33. Способ по любому из пп. 20-32, где один или более нуклеотидов первой нуклеотидной цепи в положениях 1 или 2 по направлению к 5'-концу от сайта никирования, и в положении 1 по направлению к 3'-концу от сайта никирования, модифицированы.
34. Способ по любому из пп. 20-33, где в первой цепи нуклеиновой кислоты модифицированы один или более нуклеотидов между сайтом узнавания никующей эндонуклеазы и сайтом никирования.
35. Способ по любому из пп. 20-34, где дуплекс нуклеиновой кислоты включает модификации в одной или более позициях в пределах сайта узнавания никующей эндонуклеазы.
36. Способ по любому из пп. 20-35, где один или более модифицированных нуклеотидов содержат 2'-O-метил, 2'-метоксиэтокси, 2'-флуорогруппу, 2'-гидроксил (РНК), 2'-аллил, 2'-О-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4'-тиогруппу, 4'-CH2-O-2'-мостик, 4'-(CH2)2-O-2'-мостик, 2'-O-(N-метилкарбамат), метилирование, биотинилирование, нуклеотидный аддукт или аналог основания.
37. Способ по любому из пп. 20-36, где никующая эндонуклеаза представляет собой Nt.BstNBI, N.Bst9I, N.BstSEI, Nb.BbvCI, Nb.Bpu10I, Nb.BsmI, Nb.BsrDI, Nb.BtsI, Nt.AlwI, Nt.BbvCI, Nt.Bpu10I, Nt.BsmAI, Nt.BspD6I, Nt.BspQI, или Nt.CviPII.
38. Способ по любому из пп. 20-37, где полимераза представляет собой ДНК-полимеразу I Bst, ДНК-полимеразу Bsu, ДНК-полимеразу I Gst, или ДНК-полимеразу I Gka. В других вариантах осуществления примеры полимераз включают, не ограничиваясь нижеперечисленным, BST (большой фрагмент), ДНК-полимеразу I (E. coli), ДНК-полимеразу I, большой (Klenow-) фрагмент, Klenow-фрагмент (3'-5' exo-), ДНК-полимеразу T4, ДНК-полимеразу T7, ДНК-полимеразу Deep VentR(exo-), ДНК-полимеразу Deep VentR, DyNAzyme, High-Fidelity ДНК-полимеразу, ДНК-полимеразу Therminator, Therminator II, ДНК-полимеразу AmpliTherm, ДНК-полимеразу Taq, ДНК-полимеразу Tth, ДНК-полимеразу Tfl, ДНК-полимеразу Tgo, ДНК-полимеразу SP6, ДНК-полимеразу Tbr или их активные фрагменты.
39. Способ по любому из пп. 20-38, где дуплекс нуклеиновой кислоты имеет длину от примерно 30 п.н. до примерно 2 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 1 т.п.н., от примерно 100 п.н. до примерно 500 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 200 п.н., от примерно 30 п.н. до примерно 60 п.н., от примерно 35 п.н. до примерно 50 п.н.
40. Способ по любому из пп. 20-39, где цепи нуклеиновой кислоты субстрата, или дуплекса, имеют длину от примерно 30 н. до примерно 2000 н., от примерно 100 н. до примерно 1000 н., от примерно 100 н. до примерно 500 н., от примерно 30 н. до примерно 200 н., от примерно 30 н. до примерно 60 н., от примерно 35 н. до примерно 50 н.
41. Способ по любому из пп. 20-40, где длина нуклеиновой цепи от сайта никирования до 3'-конца составляет около 25 н., около 35 н., около 40 н. или более.
42. Способ по любому из пп. 20-41, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет 10 н., около 15 н., около 20 н. или более.
43. Способ по любому из пп. 20-42, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта никирования составляет примерно 10 н., примерно 5 н., примерно 3 н. или менее.
44. Способ по п. 43, где длина нуклеиновой цепи от 5'-конца до сайта узнавания никующей эндонуклеазы составляет 4, 3, 2 или 1 н.
45. Способ по любому из пп. 20-44, где первые и вторые нуклеотидные цепи ковалентно связаны.
46. Способ по любому из пп. 20-45, включающий использование одного или более дуплексов нуклеиновой кислоты, различающихся по своим модификациям.
47. Набор для детекции активности никующей эндонуклеазы и полимеразы в реакции, содержащий субстрат реакций никирования и достройки, включающий дуплекс нуклеиновой кислоты, включающий:
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, содержащую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и компонент-тушитель на 5'-конце;
или
i) первую цепь нуклеиновой кислоты, содержащую сайт узнавания никующей эндонуклеазы и компонент-тушитель, ковалентно пришитый к 3'-концу; и
ii) вторую цепь нуклеиновой кислоты, имеющую последовательность, способную образовывать дуплекс с первой цепью, и флуоресцентную детектируемую метку, ковалентно пришитую к 5'-концу.
RU2017130477A 2015-01-30 2016-01-25 Молекула субстрата RU2755495C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562110237P 2015-01-30 2015-01-30
US62/110,237 2015-01-30
PCT/US2016/014753 WO2016123029A1 (en) 2015-01-30 2016-01-25 Substrate molecule

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017130477A true RU2017130477A (ru) 2019-02-28
RU2017130477A3 RU2017130477A3 (ru) 2019-08-07
RU2755495C2 RU2755495C2 (ru) 2021-09-16

Family

ID=56544204

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017130477A RU2755495C2 (ru) 2015-01-30 2016-01-25 Молекула субстрата

Country Status (10)

Country Link
US (2) US10570441B2 (ru)
EP (1) EP3250715B1 (ru)
JP (1) JP7004570B2 (ru)
CN (1) CN107532206B (ru)
AR (1) AR103576A1 (ru)
BR (1) BR112017016350A2 (ru)
CA (1) CA2975328A1 (ru)
MX (1) MX2017009833A (ru)
RU (1) RU2755495C2 (ru)
WO (1) WO2016123029A1 (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107532206B (zh) 2015-01-30 2022-08-05 一龙公司 底物分子
EP4219746A3 (en) * 2016-09-02 2023-10-18 New England Biolabs, Inc. Analysis of chromatin using a nicking enzyme
WO2020003917A1 (ja) * 2018-06-29 2020-01-02 富士フイルム株式会社 欠陥表示装置及び方法

Family Cites Families (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6090555A (en) 1997-12-11 2000-07-18 Affymetrix, Inc. Scanned image alignment systems and methods
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US5795716A (en) 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
US5733729A (en) 1995-09-14 1998-03-31 Affymetrix, Inc. Computer-aided probability base calling for arrays of nucleic acid probes on chips
US6586806B1 (en) 1997-06-20 2003-07-01 Cypress Semiconductor Corporation Method and structure for a single-sided non-self-aligned transistor
US6188783B1 (en) 1997-07-25 2001-02-13 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
CA2299625A1 (en) 1997-08-15 1999-02-25 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection utilizing clustering analysis
JP3565025B2 (ja) 1998-07-07 2004-09-15 日産自動車株式会社 治具交換装置および治具交換方法
US6185561B1 (en) 1998-09-17 2001-02-06 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing and expression data mining database
US20020183936A1 (en) 2001-01-24 2002-12-05 Affymetrix, Inc. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
WO2003008624A2 (en) 2001-07-15 2003-01-30 Keck Graduate Institute Nucleic acid amplification using nicking agents
US6585606B2 (en) 2001-07-16 2003-07-01 Thomas S. Penrose Golf club accessory
DE60324810D1 (de) 2002-09-20 2009-01-02 New England Biolabs Inc HELICASE-ABHuNGIGE AMPLIFIKATION VON NUKLEINSUREN
US9012142B2 (en) 2005-02-15 2015-04-21 Georgetown University Sequence-specific detection of nucleotide sequences
CN100489112C (zh) * 2006-03-10 2009-05-20 杭州优思达生物技术有限公司 切口酶扩增靶核酸序列的方法及用于扩增靶核酸序列的试剂盒及其应用
US9689031B2 (en) 2007-07-14 2017-06-27 Ionian Technologies, Inc. Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids
WO2010107946A2 (en) * 2009-03-18 2010-09-23 Sequenom, Inc. Use of thermostable endonucleases for generating reporter molecules
WO2010120853A2 (en) 2009-04-16 2010-10-21 Padma Arunachalam Methods and compositions to detect and differentiate small rnas in rna maturation pathway
CA2810856C (en) * 2010-08-13 2022-05-17 Envirologix Inc. Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample
CN103987846B (zh) 2011-09-20 2018-06-05 苏州瑞博生物技术有限公司 一种双链核酸及其在核糖核酸酶检测中的应用和试剂盒
UA116205C2 (uk) 2012-04-09 2018-02-26 Енвіролоджикс Інк. Спосіб кількісного визначення послідовності нуклеїнової кислоти в зразку
US20160024563A1 (en) 2013-04-05 2016-01-28 Qiagen Gmbh Method for performing a melting curve analysis
CN107532206B (zh) 2015-01-30 2022-08-05 一龙公司 底物分子

Also Published As

Publication number Publication date
RU2755495C2 (ru) 2021-09-16
JP2018503390A (ja) 2018-02-08
CA2975328A1 (en) 2016-08-04
AR103576A1 (es) 2017-05-17
US20180037940A1 (en) 2018-02-08
RU2017130477A3 (ru) 2019-08-07
JP7004570B2 (ja) 2022-02-10
US11220708B2 (en) 2022-01-11
MX2017009833A (es) 2017-11-02
US20200157612A1 (en) 2020-05-21
EP3250715A4 (en) 2018-10-24
EP3250715A1 (en) 2017-12-06
CN107532206B (zh) 2022-08-05
WO2016123029A1 (en) 2016-08-04
CN107532206A (zh) 2018-01-02
BR112017016350A2 (pt) 2018-03-27
US10570441B2 (en) 2020-02-25
EP3250715B1 (en) 2024-10-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2400538C2 (ru) Олигонуклеотид с двойственной специфичностью и способы, в которых он используется
Okamoto ECHO probes: a concept of fluorescence control for practical nucleic acid sensing
ES2940071T3 (es) Componentes y procedimientos de amplificación isotérmica
KR101875662B1 (ko) 등온 핵산 증폭을 위한 리포터 염료, 퀀처가 포함되는 등온 기반 이중 기능성 올리고뉴클레오타이드 및 이를 이용한 핵산 증폭과 측정 방법
CA2790153C (en) Thd primer target detection
JP2015156872A5 (ru)
JP7245126B2 (ja) 標的核酸を検出する方法
JP6906504B2 (ja) 短いホモポリマー反復の改良された検出
JP2013509871A5 (ru)
KR20130094324A (ko) 이중-표지 고정화 프로브를 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
US20170107549A1 (en) Accelerated isothermal amplification of dna
RU2017130477A (ru) Молекула субстрата
WO2015063154A1 (en) Blocking primers in multiplex pcr based assays
JP2021509814A5 (ru)
JP5647936B2 (ja) 修飾ヌクレオチド及びこれを用いたリアルタイムポリメラーゼ反応
US20220356520A1 (en) Method of digital multiplex detection and/or quantification of biomolecules and use thereof
KR20110048734A (ko) 5―미스매치 프로브 타겟 검출
EP3022318B1 (en) Modified primers for nucleic acid amplification and detection
JP2014516545A5 (ru)
EP3976821A1 (en) Digital biomolecules detection and/or quantification using isothermal amplification
CA3239066A1 (en) Improved isothermal amplification
JPWO2021240761A5 (ru)
WO2011141741A1 (en) Sequence detection assay
WO2023023673A3 (en) Compositions and methods for multiplex detection of mirna and other polynucelotides
CN116334185A (zh) 一种基于PER-Cas12a的核酸检测试剂盒