JPWO2020154268A5

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Publication number: JPWO2020154268A5
Application number: JP2021543226A
Authority: JP
Publication date: 2023-01-30

Claims

患者の増大したＩＯＰまたは緑内障を治療するための医薬組成物であって、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）阻害剤を有効成分として含む医薬組成物。
前記ＡＮＧＰＴＬ７阻害剤は、ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡにハイブリダイズする、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項１に記載の医薬組成物。
前記ＡＮＧＰＴＬ７阻害剤は、Ｃａｓタンパク質と、ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とを含む、請求項１に記載の医薬組成物。
前記Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項３に記載の医薬組成物。
前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従った４，２９１位、配列番号１に従った４，２８７位、配列番号１に従った４，２４３位、配列番号１に従った４，３２５位、もしくは配列番号１に従った４，３３６位に対応する位置を包含するかまたはそれに近接する、請求項３または請求項４に記載の医薬組成物。
前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従った４，２９１位、配列番号１に従った４，２８７位、配列番号１に従った４，２４３位、配列番号１に従った４，３２５位、または配列番号１に従った４，３３６位に対応する位置の、約１０００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、４５ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、３５ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、もしくは５ヌクレオチドから位置する、請求項３～５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～６ヌクレオチド下流にある、請求項３～６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
前記ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項３～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１３～１３１及び配列番号１４４～１６５のうちのいずれか１つに記載のヌクレオチド配列を含む、請求項３～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
患者の眼疾患を発症するリスクを同定する方法であって、
前記患者が、ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする、アンジオポエチン様７（ＡＮＧＰＴＬ７）の予測される機能喪失型変異体核酸分子を有するかどうかを決定することを、
前記患者から取得済みの生体試料を用意することと、
前記患者が、前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために、前記生体試料でジェノタイピングアッセイを実施するかまたは実施済みであることとによって行う、決定ステップ、を含み、
前記ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする、前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子を有する遺伝子型の存在は、前記患者が、前記眼疾患を発症するリスクが低下していることを示す、前記方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７のＧｌｎ１７５Ｈｉｓ、Ａｒｇ１７７Ｓｔｏｐ、Ｔｒｐ１８８Ｓｔｏｐ、Ｌｙｓ１９２Ｇｌｎ、Ｐｈｅ１６１Ｉｌｅ、Ａｒｇ３４０Ｈｉｓ、Ａｒｇ２２０Ｈｉｓ、Ａｓｎ３０２Ｌｙｓ、またはＡｒｇ２２０Ｃｙｓをコードする核酸分子である、請求項１０に記載の方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７のＧｌｎ１７５Ｈｉｓ、Ａｒｇ１７７Ｓｔｏｐ、Ｔｒｐ１８８Ｓｔｏｐ、Ｌｙｓ１９２Ｇｌｎ、Ｐｈｅ１６１Ｉｌｅをコードする核酸分子である、請求項１０に記載の方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であるか、配列番号５に従った５２９位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であるか、または配列番号８に従った５２９位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であるか、配列番号６に従った５２５位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であるか、または配列番号９に従った５２５位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置にアデニンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であるか、配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であるか、または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置にアデニンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であるか、配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であるか、または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
前記ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体核酸分子は、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であるか、配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であるか、または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有する、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること；
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号５に従った５２９位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること；または
前記生体試料の、ｍＲＮＡ分子から生成される前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号８に従った５２９位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること、
を含み、ここで、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置にチミンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号５に従った５２９位に対応する位置にウラシルを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号８に従った５２９位に対応する位置にチミンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１３のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること；
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号６に従った５２５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること；または
前記生体試料の、ｍＲＮＡ分子から生成される前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号９に従った５２５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること、
を含み、ここで、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置にチミンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号６に従った５２５位に対応する位置にウラシルを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号９に従った５２５位に対応する位置にチミンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２、及び１４のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置を含む、前記配列決定すること；
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置を含む、前記配列決定すること；または
前記生体試料の、ｍＲＮＡ分子から生成される前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置を含む、前記配列決定すること、
を含み、ここで、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置にアデニンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２、及び１５のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること；
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること；または
前記生体試料の、ｍＲＮＡ分子から生成される前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置、もしくはその相補体を含む、前記配列決定すること、
を含み、ここで、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置にアデニンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２、及び１６のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置を含む、前記配列決定すること；
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置を含む、前記配列決定すること；または
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された部分が、配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置を含む、前記配列決定すること、
を含み、ここで、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置にシトシンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ゲノム核酸分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｍＲＮＡ分子であり、
前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含んでいれば、その場合は、前記生体試料の前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子は、ＡＮＧＰＴＬ７の予測される機能喪失型変異体ｃＤＮＡ分子である、請求項１０～１２、及び１７のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；配列番号５に従った５２９位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；または配列番号８に従った５２９位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分、にハイブリダイズするプライマーと、前記生体試料とを接触させること、
ｂ）前記プライマーを、少なくとも、配列番号２に従った４，２９１位に対応する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；配列番号５に従った５２９位に対応する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；または配列番号８に従った５２９位に対応する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を通って伸長させること、及び
ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置にチミンを含むかどうか、配列番号５に従った５２９位に対応する位置にウラシルを含むかどうか、または配列番号８に従った５２９位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定すること、
を含む、請求項１０～１３、及び１８のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；配列番号６に従った５２５位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；または配列番号９に従った５２５位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分、にハイブリダイズするプライマーと、前記生体試料とを接触させること、
ｂ）前記プライマーを、少なくとも、配列番号３に従った４，２８７位に対応する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；配列番号６に従った５２５位に対応する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；または配列番号９に従った５２５位に対応する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を通って伸長させること、及び
ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置にチミンを含むかどうか、配列番号６に従った５２５位に対応する位置にウラシルを含むかどうか、または配列番号９に従った５２５位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定すること、
を含む、請求項１０～１２、１４、及び１９のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分、にハイブリダイズするプライマーと、前記生体試料とを接触させること、
ｂ）前記プライマーを、少なくとも、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を通って伸長させること、
ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置にアデニンを含むかどうか、配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含むかどうか、または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含むかどうかを決定すること、
を含む、請求項１０～１２、１５、及び２０のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分、にハイブリダイズするプライマーと、前記生体試料とを接触させること、
ｂ）前記プライマーを、少なくとも、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の前記位置を通って伸長させること、
ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置にアデニンを含むかどうか、配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含むかどうか、または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含むかどうかを決定すること、
を含む、請求項１０～１２、１６、及び２１のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分；または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の、前記ヌクレオチド配列の一部分、にハイブリダイズするプライマーと、前記生体試料とを接触させること、
ｂ）前記プライマーを、少なくとも、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置；または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置に近接する前記ＡＮＧＰＴＬ７ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を通って伸長させること、
ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置にシトシンを含むかどうか、配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含むかどうか、または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定すること、
を含む、請求項１０～１２、１７、及び２２のいずれか一項に記載の方法。
前記検出ステップは、前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項２３～２７のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）前記ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅させることであって、前記部分が、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置におけるチミン、もしくはその相補体；配列番号５に従った５２９位に対応する位置におけるウラシル、もしくはその相補体；または配列番号８に従った５２９位に対応する位置におけるチミン、もしくはその相補体を含む、前記増幅させること、
ｂ）前記増幅核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
ｃ）前記標識核酸分子と、変化特異的プローブを含む支持体とを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号５に従った５２９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号８に従った５２９位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
ｄ）前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１３、１８、２３、及び２８のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）前記ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅させることであって、前記部分が、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置におけるチミン、もしくはその相補体；配列番号６に従った５２５位に対応する位置におけるウラシル、もしくはその相補体；または配列番号９に従った５２５位に対応する位置におけるチミン、もしくはその相補体を含む、前記増幅させること、
ｂ）前記増幅核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
ｃ）前記標識核酸分子と、変化特異的プローブを含む支持体とを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号６に従った５２５位に対応する位置にウラシルもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号９に従った５２５位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
ｄ）前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、１４、１９、２４、及び２８のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）前記ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅させることであって、前記部分が、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置におけるアデニン、もしくはその相補体；配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置におけるアデニン、もしくはその相補体；または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置におけるアデニン、もしくはその相補体を含む、前記増幅させること、
ｂ）前記増幅核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
ｃ）前記標識核酸分子と、変化特異的プローブを含む支持体とを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
ｄ）前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、１５、２０、２５、及び２８のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）前記ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅させることであって、前記部分が、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置におけるアデニン、もしくはその相補体；配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置におけるアデニン、もしくはその相補体；または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置におけるアデニン、もしくはその相補体を含む、前記増幅させること、
ｂ）前記増幅核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
ｃ）前記標識核酸分子と、変化特異的プローブを含む支持体とを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
ｄ）前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、１６、２１、２６、及び２８のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
ａ）前記ヒトＡＮＧＰＴＬ７ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅させることであって、前記部分が、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置におけるシトシン、もしくはその相補体；配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置におけるシトシン、もしくはその相補体；または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置におけるシトシン、もしくはその相補体を含む、前記増幅させること、
ｂ）前記増幅核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
ｃ）前記標識核酸分子と、変化特異的プローブを含む支持体とを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
ｄ）前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、１７、２２、２７、及び２８のいずれか一項に記載の方法。
前記試料の前記核酸分子はｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは、前記増幅ステップの前にｃＤＮＡに逆転写される、請求項２９～３３のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記核酸分子と、検出可能な標識を含む変化特異的プローブとを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号２に従った４，２９１位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記ヌクレオチド配列；配列番号５に従った５２９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記ヌクレオチド配列；または配列番号８に従った５２９位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記ヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１３のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記核酸分子と、検出可能な標識を含む変化特異的プローブとを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号３に従った４，２８７位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記ヌクレオチド配列；配列番号６に従った５２５位に対応する位置にウラシルもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記ヌクレオチド配列；または配列番号９に従った５２５位に対応する位置にチミンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記ヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、及び１４のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、配列番号１３２に従った４，２４３位に対応する位置にアデニン、もしくはその相補体を含むか、配列番号１３５に従った４８１位に対応する位置にアデニン、もしくはその相補体を含むか、または配列番号１３８に従った４８１位に対応する位置にアデニンを含む、前記増幅核酸分子の前記核酸配列、及び
前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、及び１５のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記核酸分子と、検出可能な標識を含む変化特異的プローブとを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１３３に従った４，３２５位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号１３６に従った５６３位に対応する位置にアデニンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号１３９に従った５６３位に対応する位置にアデニンを含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、及び１６のいずれか一項に記載の方法。
前記ジェノタイピングアッセイは、
前記生体試料の前記核酸分子と、検出可能な標識を含む変化特異的プローブとを接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１３４に従った４，３３６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；配列番号１３７に従った５７４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補体を含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列；または配列番号１４０に従った５７４位に対応する位置にシトシンを含む前記増幅核酸分子の前記核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
前記検出可能な標識を検出すること、
を含む、請求項１０～１２、及び１７のいずれか一項に記載の方法。
前記核酸分子は、前記ヒト対象から取得された細胞内に存在する、請求項１０～３９のいずれか一項に記載の方法。