RU2021121850A - Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) - Google Patents

Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) Download PDF

Info

Publication number
RU2021121850A
RU2021121850A RU2021121850A RU2021121850A RU2021121850A RU 2021121850 A RU2021121850 A RU 2021121850A RU 2021121850 A RU2021121850 A RU 2021121850A RU 2021121850 A RU2021121850 A RU 2021121850A RU 2021121850 A RU2021121850 A RU 2021121850A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
seq
angptl7
position corresponding
nucleotide sequence
nucleic acid
Prior art date
Application number
RU2021121850A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2812912C2 (ru
Inventor
Кавита ПРАВЕЕН
Клаудиа ШУРМАНН
Лорен ГУРСКИ
Таня Теслович ДОСТАЛ
Гонсало АБЕКАСИС
Арис БАРАС
Джованни КОППОЛА
Original Assignee
Ридженерон Фармасьютикалз, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ридженерон Фармасьютикалз, Инк. filed Critical Ридженерон Фармасьютикалз, Инк.
Publication of RU2021121850A publication Critical patent/RU2021121850A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2812912C2 publication Critical patent/RU2812912C2/ru

Links

Claims (90)

1. Способ лечения пациента с повышенным ВГД, включающий введение указанному пациенту ингибитора ангиопоэтин-подобного белка 7 (ANGPTL7).
2. Способ лечения пациента с глаукомой, включающий введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7.
3. Способ по п.1 или 2, где ингибитор ANGPTL7 содержит антисмысловую молекулу нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которая гибридизуется с мРНК ANGPTL7.
4. Способ по п.1 или 2, где ингибитор ANGPTL7 содержит белок Cas и гидовую РНК (гРНК), которая гибридизуется с последовательностью распознавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7.
5. Способ по п.4, где белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
6. Способ по п.4 или 5, где последовательность распознавания гРНК содержит или находится рядом с положением, соответствующим: положению 4291 согласно SEQ ID NO:1, положению 4287 согласно SEQ ID NO:1, положению 4243 согласно SEQ. ID NO: 1, положению 4325 согласно SEQ ID NO:1 или положению 4336 согласно SEQ ID NO:1.
7. Способ по любому из пп.4-6, где последовательность распознавания гРНК расположена на расстоянии от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов от положения, соответствующего: положению 4291 согласно SEQ ID NO:1, положению 4287 согласно SEQ ID NO:1, положению 4243 согласно SEQ ID NO:1, положению 4325 согласно SEQ ID NO:1, или положению 4336 согласно SEQ ID NO:1.
8. Способ по любому из пп.4-7, где последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до 6 нуклеотидов ниже (в направлении 3’) последовательности распознавания гРНК.
9. Способ по любому из пп.4-8, где гРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
10. Способ по любому из пп.4-8, где последовательность распознавания гРНК содержит нуклеотидную последовательность согласно любой одной из SEQ ID NO:13-131 и 144-165.
11. Способ по любому из пп.1-10, дополнительно включающий обнаружение присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента.
12. Способ по п.11, где, если пациент является эталонным по ANGPTL7, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы.
13. Способ по п.11, где, если пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы.
14. Способ по любому из пп.11-13, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys.
15. Способ по любому из пп.11-13, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile или Arg177Stop.
16. Способ по п.15, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
17. Способ по п.15, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
18. Способ по п.15, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
19. Способ по п.15, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
20. Способ по п.15, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
21. Способ по любому из пп.11-20, где этап обнаружения выполняют in vitro.
22. Способ по любому из пп.11-16 и 21, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
23. Способ по любому из пп.11-15, 17 и 21, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
24. Способ по любому из пп.11-15, 18 и 21, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
25. Способ по любому из пп.11-15, 19 и 21, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
26. Способ по любому из пп.11-15, 20 и 21, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
27. Способ по любому из пп.11-16, 21 и 22, где этап обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; молекулы мРНК ANGPTL7, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
28. Способ по любому из пп.11-15, 17, 21 и 23, где этап обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 4287 согласно SEQ ID NO:3; молекулы мРНК ANGPTL7, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
29. Способ по любому из пп.11-15, 18, 21 и 24, где этап обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
30. Способ по любому из пп.11-15, 19, 21 и 25, где этап обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
31. Способ по любому из пп.11-15, 20, 21 и 26, где этап обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
32. Способ по любому из пп.22-31, где этап обнаружения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
33. Способ по любому из пп.11-16, 21, 22, 27 и 32, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
34. Способ по любому из пп.11-15, 17, 21, 23, 28 и 32, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и/или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
35. Способ по любому из пп.11-15, 18, 21, 24, 29 и 32, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
36. Способ по любому из пп.11-15, 19, 21, 25, 30 и 32, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
37. Способ по любому из пп.11-15, 20, 21, 26, 31 и 32, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
38. Способ по любому из пп.33-37, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и эта мРНК подвергается обратной транскрипции в кДНК перед этапом амплификации.
39. Способ по любому из пп.11-16 и 21, где этап обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и обнаружение обнаруживаемой метки.
40. Способ по любому из пп.11-15, 17 и 21, где этап обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и обнаружение обнаруживаемой метки.
41. Способ по любому из пп.11-15, 18 и 21, где этап обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и обнаружение обнаруживаемой метки.
42. Способ по любому из пп.11-15, 19 и 21, где этап обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и обнаружение обнаруживаемой метки.
43. Способ по любому из пп.11-15, 20 и 21, где этап обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и обнаружение обнаруживаемой метки.
44. Способ лечения пациента с помощью терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом указанный пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, и указанный способ включает следующие этапы:
определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ангиопоэтин-подобного белка 7 (ANGPTL7), кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, путем:
получения или взятия готового биологического образца от пациента; и
выполнения или использования выполненного генотипирования биологического образца для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и
когда пациент является эталонным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения пациенту ингибитора ANGPTL7; а также
когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения пациенту ингибитора ANGPTL7;
при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния.
45. Способ по п.44, где пациент является эталонным по ANGPTL7, и пациенту вводят или продолжают вводить терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и вводят ингибитор ANGPTL7.
46. Способ по п.44, где пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, и пациенту вводят или продолжают вводить терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и вводят ингибитор ANGPTL7.
47. Способ по любому из пп.44-46, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys.
48. Способ по любому из пп.44-46, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln или Phe161Ile.
49. Способ по любому из пп.44-48, где молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
50. Способ по любому из пп.44-48, где молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
51. Способ по любому из пп.44-48, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
52. Способ по любому из пп.44-48, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
53. Способ по любому из пп.44-48, где молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
54. Способ по любому из пп.44-49, где анализ генотипирования включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7, полученной из молекулы мРНК, в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
55. Способ по любому из пп.44-48 и 50, где анализ генотипирования включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7, полученной из молекулы мРНК, в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
56. Способ по любому из пп.44-48 и 51, где анализ генотипирования включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135; или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7, полученной из молекулы мРНК, в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
57. Способ по любому из пп.44-48 и 52, где анализ генотипирования включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7, полученной из молекулы мРНК, в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
58. Способ по любому из пп.44-48 и 53, где анализ генотипирования включает секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140; при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
59. Способ по любому из пп.44-49 и 54, где анализ генотипирования включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; молекулы мРНК ANGPTL7, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или молекулы кДНК ANGPTL7, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
60. Способ по любому из пп.44-48, 50 и 55, где анализ генотипирования включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; молекулы мРНК ANGPTL7, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или молекулы кДНК ANGPTL7, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
61. Способ по любому из пп.44-48, 51 и 56, где анализ генотипирования включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
62. Способ по любому из пп.44-48, 52 и 57, где анализ генотипирования включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; или положения нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
63. Способ по любому из пп.44-48, 53 и 58, где анализ генотипирования включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4336 согласно SEQ ID NO:134; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
64. Способ по любому из пп.59-63, где этап обнаружения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
65. Способ по любому из пп.44-49, 54, 59 и 64, где анализ генотипирования включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
66. Способ по любому из пп.44-48, 50, 55, 60 и 64, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
67. Способ по любому из пп.44-48, 51, 56, 61 и 64, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132 или комплементарную нуклеотидную последовательность; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132 или комплементарную нуклеотидную последовательность; аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
68. Способ по любому из пп.44-48, 52, 57, 62 и 64, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133 или комплементарную нуклеотидную последовательность; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133 или комплементарную нуклеотидную последовательность; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
69. Способ по любому из пп.44-48, 53, 58, 63 и 64, где этап обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134 или комплементарную нуклеотидную последовательность; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134 или комплементарную нуклеотидную последовательность; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
70. Способ по любому из пп.65-69, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и эта мРНК подвергается обратной транскрипции в кДНК перед этапом амплификации.
71. Способ по любому из пп.44-49, где анализ генотипирования включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 комплементарную нуклеотидную последовательность; и обнаружение обнаруживаемой метки.
72. Способ по любому из пп.44-48 и 50, где анализ генотипирования включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3 или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность; и обнаружение обнаруживаемой метки.
73. Способ по любому из пп.44-48 и 51, где анализ генотипирования включает последовательность нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащую: аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; урацил в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и обнаружение обнаруживаемой метки.
74. Способ по любому из пп.44-48 и 52, где анализ генотипирования включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и обнаружение обнаруживаемой метки.
75. Способ по любому из пп.44-48 и 53, где анализ генотипирования включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и обнаружение обнаруживаемой метки.
76. Способ по любому одному из пп. 44-75, где молекула нуклеиновой кислоты присутствует в клетке, полученной от субъекта-человека.
77. Способ по любому из пп.44-76, где ингибитор ANGPTL7 включает молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК ANGPTL7.
78. Способ по любому из пп.44-76, где ингибитор ANGPTL7 включает белок Cas и гидовую РНК (гРНК), которая гибридизуется с последовательностью распознавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7.
79. Способ по п.78, где белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
80. Способ по п.77 или п. 79, где последовательность распознавания гРНК содержит или находится рядом с положением, соответствующим: положению 4291 согласно SEQ ID NO:1, положению 4287 согласно SEQ ID NO:1, положению 4243 согласно SEQ. ID NO: 1, положению 4325 согласно SEQ ID NO:1 или положению 4336 согласно SEQ ID NO:1.
81. Способ по любому из пп.78-80, где последовательность распознавания гРНК расположена на расстоянии от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов от положения, соответствующего: положению 4291 согласно SEQ ID NO:1, положению 4287 согласно SEQ ID NO:1, положению 4243 согласно SEQ ID NO:1, положению 4325 согласно SEQ ID NO:1, или положению 4336 согласно SEQ ID NO:1.
82. Способ по любому из пп.78-81, где последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до 6 нуклеотидов ниже (в направлении 3’) последовательности распознавания гРНК.
83. Способ по любому из пп.78-82, где гРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
84. Способ по любому из пп.78-83, где последовательность распознавания гРНК содержит нуклеотидную последовательность согласно любой одной из SEQ ID NO:13-131 и 144-165.
RU2021121850A 2019-01-23 2020-01-21 Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) RU2812912C2 (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US62/795,665 2019-01-23
US62/880,609 2019-07-30
US62/902,683 2019-09-19
US62/909,573 2019-10-02

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2024102379A Division RU2024102379A (ru) 2019-01-23 2020-01-21 Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7)

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2021121850A true RU2021121850A (ru) 2023-01-24
RU2812912C2 RU2812912C2 (ru) 2024-02-05

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Crouse et al. Analysis of the mouse dhfr promoter region: existence of a divergently transcribed gene
JP2010510769A (ja) 食道癌の診断ならびに患者の生存の予後および改善のための方法および組成物
US10761088B2 (en) Method for identifying histone tail proteolysis
US20220042113A1 (en) METHODS OF MEASURING C19MC miRNA IN A POST-NATAL TISSUE AND USES THEREOF
CN107083433B (zh) lncRNA在肝癌诊疗中的应用
CN106701900B (zh) 长链非编码rna herc2p3基因及其在胃癌中的用途
CN106434982B (zh) 缺血性脑卒中相关的分子标记物及其应用
CN110467663A (zh) Rspo3基因在母猪卵巢颗粒细胞中的应用
CN107326067B (zh) 一种非酒精性脂肪肝的miRNA标记物
CN111172290B (zh) 肝细胞癌诊断和治疗的miRNA
CN113699152A (zh) Slc35e2b基因敲除小鼠动物模型的构建方法和应用
RU2021121850A (ru) Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7)
JPWO2020154268A5 (ru)
RU2021122161A (ru) Лечение респираторных нарушений с помощью ингибиторов арахидонат 15-липоксигеназы (alox15)
RU2023131494A (ru) Лечение цереброваскулярного заболевания с помощью агентов - белков-гомологов 3 нейрогенного локуса notch (notch3)
RU2021129890A (ru) Лечение гипергликемии с помощью ингибиторов члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ (slc39a5)
US7316900B2 (en) Methylated nucleotide regulation of gene expression
CN116889627A (zh) 用固醇调节元件结合转录因子1(srebf1)抑制剂治疗脂质水平升高
CN113699234B (zh) 长链非编码RNA Linc01605在作为胃癌诊断性试剂盒及靶向药物开发中的应用
RU2024102379A (ru) Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7)
CN112961918B (zh) lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用
US20080003681A1 (en) Methods for altering cellular susceptibility to infection
RU2024103001A (ru) Лечение варикоза агонистами компонента 1 механочувствительного ионного канала семейства piezo (piezo1)
CN108300763A (zh) 一种筛选miR-101-3P靶基因的方法
CN107604065B (zh) 一种肝癌miRNA标记物