RU2812912C2 - Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) - Google Patents
Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) Download PDFInfo
- Publication number
- RU2812912C2 RU2812912C2 RU2021121850A RU2021121850A RU2812912C2 RU 2812912 C2 RU2812912 C2 RU 2812912C2 RU 2021121850 A RU2021121850 A RU 2021121850A RU 2021121850 A RU2021121850 A RU 2021121850A RU 2812912 C2 RU2812912 C2 RU 2812912C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- angptl7
- nucleic acid
- position corresponding
- nucleotide sequence
- Prior art date
Links
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 title claims abstract description 50
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 title claims abstract description 40
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title description 32
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title description 28
- 238000011282 treatment Methods 0.000 title description 10
- 101710085823 Angiopoietin-related protein 7 Proteins 0.000 claims abstract description 790
- 102100034598 Angiopoietin-related protein 7 Human genes 0.000 claims abstract description 789
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 668
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 611
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 611
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 148
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims abstract description 91
- 101000924546 Homo sapiens Angiopoietin-related protein 7 Proteins 0.000 claims abstract description 53
- 102000053528 human ANGPTL7 Human genes 0.000 claims abstract description 53
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims abstract description 34
- 208000010412 Glaucoma Diseases 0.000 claims abstract description 32
- 102220338990 rs1481765326 Human genes 0.000 claims abstract description 24
- 102220240629 rs55968949 Human genes 0.000 claims abstract description 24
- 102220383610 c.906C>A Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 102200129548 rs119103287 Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 102200078355 rs139300921 Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 102200078354 rs41307846 Human genes 0.000 claims abstract description 13
- 230000004410 intraocular pressure Effects 0.000 claims abstract description 3
- 230000004406 elevated intraocular pressure Effects 0.000 claims abstract 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 404
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 404
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 304
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 284
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 274
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims description 236
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 234
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 201
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 201
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 201
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 199
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 142
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 140
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 109
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 99
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 71
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 70
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 65
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 42
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 41
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 40
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 34
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 34
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 34
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 34
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 34
- 102220481839 Angiopoietin-related protein 7_Q175H_mutation Human genes 0.000 claims description 31
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 20
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 claims description 20
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 13
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 13
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims description 7
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 7
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 claims description 6
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 claims description 6
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 claims description 5
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical group C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 9
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 579
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 description 77
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 43
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 29
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 28
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 27
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 26
- 210000001508 eye Anatomy 0.000 description 20
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 20
- 239000000047 product Substances 0.000 description 17
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 16
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 15
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 14
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 14
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 13
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 13
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 11
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 11
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 10
- 238000011161 development Methods 0.000 description 10
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 10
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 10
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 10
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 10
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 description 8
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 8
- 210000001585 trabecular meshwork Anatomy 0.000 description 8
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 7
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 6
- 201000011265 borderline glaucoma Diseases 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 6
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 6
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 6
- 108020005065 3' Flanking Region Proteins 0.000 description 5
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 5
- -1 ANGPTL7 Gln175His Proteins 0.000 description 5
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 5
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 5
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 5
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 5
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 5
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- 201000002862 Angle-Closure Glaucoma Diseases 0.000 description 4
- 101150013906 Angptl7 gene Proteins 0.000 description 4
- 206010018325 Congenital glaucomas Diseases 0.000 description 4
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 4
- 206010012565 Developmental glaucoma Diseases 0.000 description 4
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 4
- 206010030348 Open-Angle Glaucoma Diseases 0.000 description 4
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 4
- 108010017070 Zinc Finger Nucleases Proteins 0.000 description 4
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 4
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 4
- UREBDLICKHMUKA-CXSFZGCWSA-N dexamethasone Chemical compound C1CC2=CC(=O)C=C[C@]2(C)[C@]2(F)[C@@H]1[C@@H]1C[C@@H](C)[C@@](C(=O)CO)(O)[C@@]1(C)C[C@@H]2O UREBDLICKHMUKA-CXSFZGCWSA-N 0.000 description 4
- 229960003957 dexamethasone Drugs 0.000 description 4
- 230000005782 double-strand break Effects 0.000 description 4
- 210000001328 optic nerve Anatomy 0.000 description 4
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 4
- 229940122072 Carbonic anhydrase inhibitor Drugs 0.000 description 3
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 3
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 3
- 206010018330 Glaucoma traumatic Diseases 0.000 description 3
- 206010067013 Normal tension glaucoma Diseases 0.000 description 3
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 3
- 239000000695 adrenergic alpha-agonist Substances 0.000 description 3
- 239000002876 beta blocker Substances 0.000 description 3
- 229940097320 beta blocking agent Drugs 0.000 description 3
- 239000003489 carbonate dehydratase inhibitor Substances 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 230000001713 cholinergic effect Effects 0.000 description 3
- 210000004087 cornea Anatomy 0.000 description 3
- 230000004438 eyesight Effects 0.000 description 3
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical group O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 3
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 201000002978 low tension glaucoma Diseases 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 238000010197 meta-analysis Methods 0.000 description 3
- 230000003547 miosis Effects 0.000 description 3
- 201000003142 neovascular glaucoma Diseases 0.000 description 3
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 3
- 201000006366 primary open angle glaucoma Diseases 0.000 description 3
- 150000003180 prostaglandins Chemical class 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 210000003583 retinal pigment epithelium Anatomy 0.000 description 3
- 239000003590 rho kinase inhibitor Substances 0.000 description 3
- 210000003786 sclera Anatomy 0.000 description 3
- 201000005428 steroid-induced glaucoma Diseases 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 3
- 201000006397 traumatic glaucoma Diseases 0.000 description 3
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 3
- TWBNMYSKRDRHAT-RCWTXCDDSA-N (S)-timolol hemihydrate Chemical group O.CC(C)(C)NC[C@H](O)COC1=NSN=C1N1CCOCC1.CC(C)(C)NC[C@H](O)COC1=NSN=C1N1CCOCC1 TWBNMYSKRDRHAT-RCWTXCDDSA-N 0.000 description 2
- WLRMANUAADYWEA-NWASOUNVSA-N (S)-timolol maleate Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O.CC(C)(C)NC[C@H](O)COC1=NSN=C1N1CCOCC1 WLRMANUAADYWEA-NWASOUNVSA-N 0.000 description 2
- FAXWFCTVSHEODL-UHFFFAOYSA-N 2,4-dibromophenol Chemical compound OC1=CC=C(Br)C=C1Br FAXWFCTVSHEODL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XYLJNLCSTIOKRM-UHFFFAOYSA-N Alphagan Chemical compound C1=CC2=NC=CN=C2C(Br)=C1NC1=NCCN1 XYLJNLCSTIOKRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 2
- 201000004569 Blindness Diseases 0.000 description 2
- 238000010453 CRISPR/Cas method Methods 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 108050001049 Extracellular proteins Proteins 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LOVMMUBRQUFEAH-UIEAZXIASA-N Latanoprostene bunod Chemical compound C([C@@H](O)CCC=1C=CC=CC=1)C[C@H]1[C@H](O)C[C@H](O)[C@@H]1C\C=C/CCCC(=O)OCCCCO[N+]([O-])=O LOVMMUBRQUFEAH-UIEAZXIASA-N 0.000 description 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 2
- 101100434904 Mus musculus Angptl7 gene Proteins 0.000 description 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 2
- ZGOOPZVQMLHPFM-UHFFFAOYSA-N PD-146176 Chemical group N1C2=CC=CC=C2C2=C1C1=CC=CC=C1SC2 ZGOOPZVQMLHPFM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 description 2
- 108010043645 Transcription Activator-Like Effector Nucleases Proteins 0.000 description 2
- OURRXQUGYQRVML-AREMUKBSSA-N [4-[(2s)-3-amino-1-(isoquinolin-6-ylamino)-1-oxopropan-2-yl]phenyl]methyl 2,4-dimethylbenzoate Chemical group CC1=CC(C)=CC=C1C(=O)OCC1=CC=C([C@@H](CN)C(=O)NC=2C=C3C=CN=CC3=CC=2)C=C1 OURRXQUGYQRVML-AREMUKBSSA-N 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 210000002159 anterior chamber Anatomy 0.000 description 2
- IEJXVRYNEISIKR-UHFFFAOYSA-N apraclonidine Chemical group ClC1=CC(N)=CC(Cl)=C1NC1=NCCN1 IEJXVRYNEISIKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CHDPSNLJFOQTRK-UHFFFAOYSA-N betaxolol hydrochloride Chemical compound [Cl-].C1=CC(OCC(O)C[NH2+]C(C)C)=CC=C1CCOCC1CC1 CHDPSNLJFOQTRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AQOKCDNYWBIDND-FTOWTWDKSA-N bimatoprost Chemical compound CCNC(=O)CCC\C=C/C[C@H]1[C@@H](O)C[C@@H](O)[C@@H]1\C=C\[C@@H](O)CCC1=CC=CC=C1 AQOKCDNYWBIDND-FTOWTWDKSA-N 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 229960000722 brinzolamide Drugs 0.000 description 2
- HCRKCZRJWPKOAR-JTQLQIEISA-N brinzolamide Chemical compound CCN[C@H]1CN(CCCOC)S(=O)(=O)C2=C1C=C(S(N)(=O)=O)S2 HCRKCZRJWPKOAR-JTQLQIEISA-N 0.000 description 2
- 210000004240 ciliary body Anatomy 0.000 description 2
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 2
- IAVUPMFITXYVAF-XPUUQOCRSA-N dorzolamide Chemical group CCN[C@H]1C[C@H](C)S(=O)(=O)C2=C1C=C(S(N)(=O)=O)S2 IAVUPMFITXYVAF-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 2
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- GGXICVAJURFBLW-CEYXHVGTSA-N latanoprost Chemical compound CC(C)OC(=O)CCC\C=C/C[C@H]1[C@@H](O)C[C@@H](O)[C@@H]1CC[C@@H](O)CCC1=CC=CC=C1 GGXICVAJURFBLW-CEYXHVGTSA-N 0.000 description 2
- HCZKYJDFEPMADG-TXEJJXNPSA-N masoprocol Chemical compound C([C@H](C)[C@H](C)CC=1C=C(O)C(O)=CC=1)C1=CC=C(O)C(O)=C1 HCZKYJDFEPMADG-TXEJJXNPSA-N 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- HCZKYJDFEPMADG-UHFFFAOYSA-N nordihydroguaiaretic acid Chemical compound C=1C=C(O)C(O)=CC=1CC(C)C(C)CC1=CC=C(O)C(O)=C1 HCZKYJDFEPMADG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 2
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 210000003994 retinal ganglion cell Anatomy 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 230000005783 single-strand break Effects 0.000 description 2
- 229910001415 sodium ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- WSNODXPBBALQOF-VEJSHDCNSA-N tafluprost Chemical compound CC(C)OC(=O)CCC\C=C/C[C@H]1[C@@H](O)C[C@@H](O)[C@@H]1\C=C\C(F)(F)COC1=CC=CC=C1 WSNODXPBBALQOF-VEJSHDCNSA-N 0.000 description 2
- MKPLKVHSHYCHOC-AHTXBMBWSA-N travoprost Chemical compound CC(C)OC(=O)CCC\C=C/C[C@H]1[C@@H](O)C[C@@H](O)[C@@H]1\C=C\[C@@H](O)COC1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 MKPLKVHSHYCHOC-AHTXBMBWSA-N 0.000 description 2
- QCHFTSOMWOSFHM-WPRPVWTQSA-N (+)-Pilocarpine Chemical compound C1OC(=O)[C@@H](CC)[C@H]1CC1=CN=CN1C QCHFTSOMWOSFHM-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- VADKRMSMGWJZCF-UHFFFAOYSA-N 2-bromophenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1Br VADKRMSMGWJZCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QZHBYNSSDLTCRG-LREBCSMRSA-N 5-bromo-n-(4,5-dihydro-1h-imidazol-2-yl)quinoxalin-6-amine;(2r,3r)-2,3-dihydroxybutanedioic acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O.C1=CC2=NC=CN=C2C(Br)=C1NC1=NCCN1 QZHBYNSSDLTCRG-LREBCSMRSA-N 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 102000009840 Angiopoietins Human genes 0.000 description 1
- 108010009906 Angiopoietins Proteins 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 238000011746 C57BL/6J (JAX™ mouse strain) Methods 0.000 description 1
- 101150018129 CSF2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150069031 CSN2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000282552 Chlorocebus aethiops Species 0.000 description 1
- 208000003322 Coinfection Diseases 0.000 description 1
- 101150074775 Csf1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000000116 DAPI staining Methods 0.000 description 1
- 108700020911 DNA-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 1
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 244000148064 Enicostema verticillatum Species 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 101000860092 Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) CRISPR-associated endonuclease Cas12a Proteins 0.000 description 1
- 101150106478 GPS1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 101100219625 Mus musculus Casd1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100385413 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) csm-3 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 101100047461 Rattus norvegicus Trpm8 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- QCHFTSOMWOSFHM-UHFFFAOYSA-N SJ000285536 Natural products C1OC(=O)C(CC)C1CC1=CN=CN1C QCHFTSOMWOSFHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 108010073062 Transcription Activator-Like Effectors Proteins 0.000 description 1
- 101710185494 Zinc finger protein Proteins 0.000 description 1
- 102100023597 Zinc finger protein 816 Human genes 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 229940003677 alphagan Drugs 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 229960002610 apraclonidine Drugs 0.000 description 1
- 210000003567 ascitic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 1
- 229960004324 betaxolol Drugs 0.000 description 1
- 229940059222 betimol Drugs 0.000 description 1
- 229940072329 betoptic Drugs 0.000 description 1
- 229960002470 bimatoprost Drugs 0.000 description 1
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000008512 biological response Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 229960003679 brimonidine Drugs 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 101150055766 cat gene Proteins 0.000 description 1
- 210000003161 choroid Anatomy 0.000 description 1
- 230000001886 ciliary effect Effects 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 101150055601 cops2 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- 230000037213 diet Effects 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 229960003933 dorzolamide Drugs 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000004049 epigenetic modification Effects 0.000 description 1
- RAHIHNWEZPLHGV-WEVVVXLNSA-N ethyl (e)-2-cyano-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoate Chemical compound CCOC(=O)C(\C#N)=C\C1=CC=C(O)C(O)=C1 RAHIHNWEZPLHGV-WEVVVXLNSA-N 0.000 description 1
- 230000005713 exacerbation Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000011010 flushing procedure Methods 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 1
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 1
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 229940095437 iopidine Drugs 0.000 description 1
- 229940044339 istalol Drugs 0.000 description 1
- 229960001160 latanoprost Drugs 0.000 description 1
- 229950010607 latanoprostene bunod Drugs 0.000 description 1
- 208000018769 loss of vision Diseases 0.000 description 1
- 231100000864 loss of vision Toxicity 0.000 description 1
- 229940112534 lumigan Drugs 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 229960003951 masoprocol Drugs 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 229950009210 netarsudil Drugs 0.000 description 1
- 238000012758 nuclear staining Methods 0.000 description 1
- 238000001543 one-way ANOVA Methods 0.000 description 1
- 230000003239 periodontal effect Effects 0.000 description 1
- 229960001416 pilocarpine Drugs 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 230000029279 positive regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000002924 silencing RNA Substances 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical group 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 230000002459 sustained effect Effects 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 229960004458 tafluprost Drugs 0.000 description 1
- 229960004605 timolol Drugs 0.000 description 1
- 229940034744 timoptic Drugs 0.000 description 1
- 230000000699 topical effect Effects 0.000 description 1
- 230000037426 transcriptional repression Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- 229960002368 travoprost Drugs 0.000 description 1
- 229940108420 trusopt Drugs 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 230000004393 visual impairment Effects 0.000 description 1
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 1
- 239000012130 whole-cell lysate Substances 0.000 description 1
- 229940002639 xalatan Drugs 0.000 description 1
- 229940018148 zioptan Drugs 0.000 description 1
Images
Abstract
Группа изобретений относится к офтальмологии и генной терапии. Предложен способ лечения пациента с повышенным внутриглазным давлением (ВГД) или глаукомой. Пациенту вводят ингибитор ангиопоэтин-подобного белка 7 (ANGPTL7). При этом пациент не имеет вариантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 человека Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys, или пациент является гетерозиготным по вариантной молекуле нуклеиновой кислоты, кодирующей ANGPTL7 Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. Также предложен способ идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического состояния, в котором определяют наличие или отсутствие вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей ANGPTL7 человека Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. Изобретения позволяют определять пациентов, имеющих повышенный риск развития офтальмологических патологических состояний, которых можно лечить с помощью ингибитора ANGPTL7. 2 н. и 32 з.п. ф-лы, 9 ил., 17 табл., 2 пр.
Description
ССЫЛКА НА ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
Данная заявка включает Перечень последовательностей, поданный в электронной форме в виде текстового файла под названием 18923801602SEQ, созданного 18 января 2020 г. и имеющего размер 111 килобайт. Указанный перечень последовательностей включен в данный документ посредством ссылки.
Область техники изобретения
Данное изобретение в целом относится к лечению пациентов с офтальмологическими патологическими состояниями ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (ANGPTL7), способам выявления субъектов, имеющих повышенный риск развития офтальмологических патологических состояний, способам обнаружения вариантных молекул нуклеиновой кислоты ANGPTL7 и вариантных полипептидов, а также вариантным молекулам нуклеиновой кислоты ANGPTL7 и вариантным полипептидам ANGPTL7.
Уровень техники
Глаукома - это совокупное понятие, включающее нарушения, при которых поражается зрительный нерв глаза и могут привести к частичной потере зрения и слепоте. Существует несколько типов глаукомы, первичной формой которой является открытоугольная глаукома, при которой жидкость внутри глаза накапливается и увеличивает давление внутри глаза (внутриглазное давление; ВГД) до уровня, который может поражать зрительный нерв. При глаукоме с низким или нормальным давлением поражение зрительного нерва и сужение бокового зрения возникают у людей с нормальным глазным давлением. При закрытоугольной глаукоме жидкость в передней части глаза не может стекать должным образом, что может привести к внезапному повышению глазного давления. При врожденной глаукоме дети рождаются с дефектом глаза, который замедляет нормальный отток жидкости. Лечение глаукомы включает медикаментозную терапию, лазерную трабекулопластику и традиционное хирургическое вмешательство. Несмотря на то, что эти методы лечения могут сохранить остаточное зрение, они не улучшают зрение, уже потерянное из-за глаукомы.
ANGPTL7 представляет собой секретируемый гликопротеин, структурно связанный с семейством факторов роста ангиопоэтина. ANGPTL7 содержит С-концевой (фибриноген-подобный) и N-концевой (спиральный) домены. ANGPTL7 преимущественно обнаруживается в стромальном слое роговицы и внеклеточном матриксе трабекулярной сети.
Сущность изобретения
В данном изобретении предлагаются способы лечения пациента с повышенным ВГД, включающие введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7.
В данном изобретении предлагаются способы лечения пациента, имеющего глаукому, включающие введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления способы лечения дополнительно включают обнаружение присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:133; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563, согласно SEQ ID NO:136; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574, согласно SEQ ID NO:137; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает: приведение в контакт молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце с зондом, специфичным для изменения, содержащим обнаруживаемую метку, и обнаружение этой обнаруживаемой метки.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния.
Краткое описание графических материалов
Патент или комплект материалов заявки содержит по меньшей мере один цветной графический материал. Копии этого патента или публикации заявки на патент с цветным графическим материалом(ами) будут предоставлены Ведомством по запросу и после уплаты необходимой пошлины.
На Фиг. 1 приведен манхэттенский график, изображающий ассоциацию редких (NAF < 0,01) вариантов, изменяющих белок (включая те, которые предположительно влияют на сплайсинг), с ВГД у индивидуумов европейского происхождения в метаанализе исследований UKB и GHS. Пороги значимости: 1×10-5 (синяя линия) и 5×10-8 (красная линия).
Фиг. 2A-2F демонстрируют ассоциацию вариантов Gln175His (Фиг. 2A, 2C и 2E) и Arg177* (Фиг. 2B, Фиг. 2D и Фиг. 2F) в ANGPTL7 при ВГД и глаукоме у индивидуумов европейского происхождения; эффект ассоциации с ВГД измеряли в единицах стандартного отклонения; p-значения ассоциации рассчитывали с применением BOLT-LMM с поправкой на возраст, возраст в квадрате, пол, ключевые основные компоненты и, для UKB, набор генотипов и центр оценки (Фиг. 2A и 2B); коробчатые диаграммы, представляющие корреляцию по Гольдману (ВГДg) в Биобанке Великобритании по генотипам (Фиг. 2C и 2D); гетерозиготные и гомозиготные носители Gln175His имели медианное ВГДg 0,8 и 4,1 мм рт. ст., соответственно, по сравнению с не-носителями (Фиг. 2C); у гетерозиготных носителей Arg177 * ВГДg было на 1,4 мм рт. ст. ниже, чем у не-носителей (Фиг. 2D); ассоциация с глаукомой была проведена в четырех сериях для Gln175His и Arg177*. GHS VCRome: Geisinger ~ 60 000 индивидуумов, зарегистрированных с помощью VCRome; IDT GHS: ~ 85 000 индивидуумов, зарегистрированных с помощью IDT; UKB: Биобанк Великобритании; MSSM: Биобанк BioMe Mt. Синайской медицинской школы; MDCS: исследование диеты и рака Мальме (Фиг.. 2E и 2F); AAF=частота альтернативного аллеля.
На Фиг. 3 продемонстрированы миссенс-варианты и варианты с прогнозируемой потерей функции (loss-of-function, pLOF) на уровнях ANGPTL7 и ВГД у индивидуумов европейского происхождения. Графики представляют коррелированные по Гольдману уровни ВГД (среднее значение для обоих глаз) у носителей 1 pLOF и 6 миссенс-вариантов в ANGPTL7, которые расценивались как вредные на основании пяти различных алгоритмов и имели не менее 4 носителей с измерениями ВГД среди около 150 000 индивидуумов в Биобанке Великобритании, для которых были доступны данные о последовательности экзома. Медиана уровня ВГД у носителей всех 34 pLOF и предполагаемых вредных миссенс-вариантов ANGPTL7 (15,11 мм рт. ст.) обозначена красной линией, а медиана ВГД у не-носителей вариантов (15,51 мм рт. ст.) обозначена синей линией. Пурпурные ромбики отмечают медианну уровня ВГД у носителей каждого варианта. Под графиками указаны медиана и межквартильный диапазон ВГД, а также количество носителей, которые являются случаями глаукомы и контролируют каждый вариант.
Фиг. 4A-4E демонстрируют экспрессию ANGPTL7 в тканях глаза у разных видов; уровни экспрессии на основе РНК-секвенирования (измеренные в транскриптах на миллион, TPM) являются самыми высокими в роговице, трабекулярной сети (TM) и склере в глазах человека (Фиг. 4A) и африканской зеленой обезьяны (Фиг. 4B), а также в роговице, TM, склере, зрительном нерве и сосудистой оболочке/RPE у мышей C57BL/6J (Фиг. 4C). Гибридизация in situ (RNAScope) демонстрирует экспрессию ANGPTL7/Angptl7 (красный) в TM, роговице и склере в глазах человека (Фиг.4D) и мыши (Фиг.4E). Окрашивание DAPI (синий) контрастирует с окрашиванием ядер клеток. RPE: пигментный эпителий сетчатки; CB: цилиарное тело; SC: канал Шлемма; CM: цилиарная мышца; AC: передняя камера; TM: трабекулярная сеть; RGC: ганглиозная клетка сетчатки; INL: внутренний ядерный слой; ONL: внешний ядерный слой.
На Фиг. 5 продемонстрированы индуцированные дексаметазоном (DEX) изменения экспрессии гена в трех первичных клеточных линиях трабекулярной сети человека (hTM) из трех независимых глаз человека, измеренные с помощью количественной ПЦР (кПЦР); клетки hTM обрабатывали DEX в течение 72 часов с последующим анализом кПЦР; обработка DEX увеличивала экспрессию ANGPTL7 в двух из трех клеточных линий HTM; Ctrl представляет необработанные клетки, EtOH представляет обработку этанолом; ata представлены как среднее значение ± стандартная ошибка для двух повторов, однофакторный дисперсионный анализ ANOVA, * p=0,01, ** p=0,001, *** p=0,0001.
На Фиг. 6A продемонстрировано, что увеличение уровней mAngptl7 в глазах мышей повышает ВГД. Мышиный белок Angptl7 (mAngptl7) вводили в глаза мыши интравитреальным путем и измеряли ВГД в динамике. После начального падения, ВГД повышалось в глазах, обработанных Angptl7, по сравнению с контрольными глазами. Данные представлены виде среднего ± СОС.
На Фиг. 6В продемонстрировано, что увеличение уровней mAngptl7 в глазах мышей повышает ВГД. Мышиный белок Angptl7 (mAngptl7) вводили в глаза мыши внутрикамерным путем и измеряли ВГД в динамике. После начального падения, ВГД повышалось в глазах, обработанных Angptl7, по сравнению с контрольными глазами. Данные представлены виде среднего ± СОС.
На Фиг. 7A продемонстрирована ассоциация Trp188* в ANGPTL7 с ВГД у индивидуумов африканского происхождения в двух когортах;
На Фиг. 7В продемонстрирована ассоциация Trp188* в ANGPTL7 с глаукомой у индивидуумов африканского происхождения в двух когортах;
На Фиг. 7C продемонстрирован мета-анализ вариантов pLOF, Arg177* от европейцев и Trp188 * от африканцев, в ANGPTL7 для ВГД. Вариант Arg177 * представлен когортами, помеченными как «EUR», которые включают только индивидуумов европейского происхождения. Вариант Trp188* представлен когортами, помеченными как «AFR'», которые включают только индивидуумов африканского происхождения.
На Фиг. 7D продемонстрирован мета-анализ вариантов pLOF, Arg177* от европейцев и Trp188 * от африканцев, в ANGPTL7 для глаукомы. Вариант Arg177 * представлен когортами, помеченными как «EUR», которые включают только индивидуумов европейского происхождения. Вариант Trp188* представлен когортами, помеченными как «AFR'», которые включают только индивидуумов африканского происхождения.
Фиг. 8A и 8B демонстрируют экспрессию двух вариантов ANGPTL7 (Gln175His и Arg177Stop) в лизатах цельных клеток HEK 293; на Фиг. 8C и 8D продемонстрировано резкое уменьшение варианта Gln175His, наблюдаемое в супернатанте клеток, по сравнению с ANGPTL7 дикого типа; на Фиг. 8E продемонстрирован вариант Arg177Stop, который не может секретироваться в супернатанте.
На Фиг. 9A продемонстрирован ОТ-ПЦР-анализ ANGPTL7 дикого типа и вариантов через 48 часов после трансфекции HEK293. Значения экспрессии рассчитывали относительно гена «домашнего хозяйства» GAPDH.
На Фиг. 9В продемонстрирован вестерн-блоттинг, иллюстрирующий уровни внутриклеточного белка ANGPTL7 дикого типа, ANGPTL7 Gln175His и ANGPTL7 Arg177*.
На Фиг. 9С продемонстрирован анализ ИФА, иллюстрирующий уровни внутриклеточного белка ANGPTL7 дикого типа, ANGPTL7 Gln175His и ANGPTL7 Arg177*. Для количественной оценки лизат каждой клетки разводили 1:1000.
На Фиг. 9D продемонстрирован вестерн-блоттинг, иллюстрирующий уровни внеклеточного белка ANGPTL7 дикого типа, ANGPTL7 Gln175His и ANGPTL7 Arg177*. Анализ повторяли в трех независимых биологических повторах.
На Фиг. 9E продемонстрирован анализ ИФА, иллюстрирующий уровни внеклеточного белка ANGPTL7 дикого типа, ANGPTL7 Gln175His и ANGPTL7 Arg177*. Для количественной оценки каждый супернатант разводили 1: 10 000. Вестерн-блоттинг и анализ ИФА повторяли в трех независимых биологических повторах. Технические повторы (n=3) выполняли для анализа ОТ-ПЦР и ИФА.
Подробное описание сущности изобретения
В описании и формуле изобретения применяются различные термины, относящиеся к аспектам настоящего изобретения. Таким терминам следует придавать их обычное значение в данной области техники, если не указано иное. Другие конкретно определенные термины следует толковать в соответствии с определениями, приведенными в данном документе.
Если прямо не указано иное, никоим образом не предусматривается, чтобы какой-либо способ или аспект, изложенные в данном документе, толковались как требующие, чтобы их стадии выполнялись в определенном порядке. Соответственно, если в формуле изобретения или описании способа конкретно не указано, что стадии должны быть ограничены конкретным порядком, никоим образом не предусматривается, что подразумевается порядок, в любом отношении. Это относится к любой возможной не выраженной основе для интерпретации, включая вопросы логики в отношении организации стадий или производственного потока, простого значения, полученного из грамматической организации или пунктуации, или количества или типа аспектов, описанных в данном раскрытии.
В контексте данного документа формы единственного числа включают в себя также формы множественного числа, если из контекста явно не следует иное.
В контексте данного документа термины «субъект» и «пациент» используются взаимозаменяемо. Субъект может включать в себя любое животное, включая млекопитающих. Млекопитающие включают в себя, помимо прочего, сельскохозяйственных животных (таких как, например, лошадь, корова, свинья), домашних животных (таких как, например, собака, кошка), лабораторных животных (таких как, например, мышь, крыса, кролики) и приматов, отличных от человека. В некоторых вариантах осуществления субъектом является человек.
В контексте данного документа термины «нуклеиновая кислота», «молекула нуклеиновой кислоты», «последовательность нуклеиновой кислоты», «полинуклеотид» или «олигонуклеотид» могут включать в себя полимерную форму нуклеотидов любой длины, могут включать в себя ДНК и/или РНК, и могут быть одноцепочечными, двухцепочечными или многоцепочечными. Одна цепь нуклеиновой кислоты также относится к ее комплементарной последовательности.
В контексте данного документа термин «содержащая (-ий)» может быть заменен на «состоящая (-ий) из» или «по существу состоящая (-ий) из» в конкретных вариантах осуществления произвольно.
«Выделенная» молекула нуклеиновой кислоты представляет собой полинуклеотид, который находится в состоянии, отличном от его естественного окружения, например, отдельно от крови и тканей животных. В предпочтительной форме, выделенная молекула нуклеиновой кислоты по существу не содержит других полинуклеотидов, особенно других полинуклеотидов животного происхождения. Предпочтительно получать молекулу нуклеиновой кислоты в высокоочищенной форме, то есть с чистотой более 95%, более предпочтительно с чистотой более 99%. При использовании в данном контексте термин «выделенная (-ый)» не исключает присутствия одной и той же молекулы нуклеиновой кислоты в альтернативных физических формах, таких как димеры или альтернативно фосфорилированные формы, или дериватизированные формы.
Определенные вариации гена ANGPTL7 ассоциированы со сниженным риском развития офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД и глаукома, у субъектов-людей. Например, генетическое изменение, которое изменяет нуклеотид цитозина в положении 4291 в эталонном ANGPTL7 человека (см. SEQ ID NO:1) на тимин или изменяет нуклеотид гуанина в положении 4287 в эталонном ANGPTL7 человека (см. SEQ ID NO:1) на тимин, указывает на то, что у человека с таким изменением может быть сниженный риск развития офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД и глаукома. В целом генетический анализ, описанный в данном документе, демонстрирует, что конкретные варианты гена ANGPTL7 ассоциированы со сниженным риском развития офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД и глаукома. Следовательно, субъектов-людей, которые являются референсными по ANGPTL7, которые имеют повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, такого как повышенное ВГД и глаукома, можно лечить так, чтобы предотвратить офтальмологическое патологическое состояние, уменьшить его симптомы и/или подавить развитие симптомов. Соответственно, в настоящем описании представлены выделенные вариантные молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, вариантные молекулы мРНК и вариантные молекулы кДНК. Соответственно, в данном изобретении предлагаются способы применения идентификации таких вариантов у субъектов для выявления или стратификации риска развития у таких субъектов офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД и глаукома, или для диагностики субъектов как имеющих повышенный риск развития офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД и глаукома, так что субъектов из группы риска или субъектов с активным заболеванием можно лечить соответствующим образом. Соответственно, в настоящем документе предлагаются вариантные молекулы нуклеиновой кислоты с потерей функции ANGPTL7, которые, как обнаружено, ассоциированы со сниженным риском развития офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД и глаукома.
Для целей данного изобретения любой конкретный человек может быть классифицирован как имеющий один из трех генотипов ANGPTL7: i) референсный по ANGPTL7; ii) гетерозиготный по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; или iii) гомозиготный по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Человек определяется в категорию референсного по ANGPTL7, когда у данного человека нет копии вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Человек определяется в категорию гетерозиготного по варианту с предсказанной потерей функции ANGPTL7, когда у данного человека есть единственная копия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК), кодирующую полипептид ANGPTL7, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Человек, имеющий полипептид ANGPTL7 с частичной потерей функции (или прогнозируемой частичной потерей функции), является гипоморфным по ANGPTL7. Вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Trp188Stop, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Lys192Gln, Phe161Ile или Trp188Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln или Phe161Ile. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop или Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Trp188Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Lys192Gln. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Phe161Ile. Человек определяется в категорию гомозиготного по варианту с предсказанной потерей функции ANGPTL7, когда у данного человека есть две копии вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
Для субъектов-людей или пациентов, которые генотипированы или определены как референсные по ANGPTL7, такие субъекты-люди или пациенты имеют повышенный риск развития офтальмологических патологических состояний, таких как повышенное ВГД, преглаукома, глаукома и снижение корнеального гистерезиса. Касательно субъектов-людей или пациентов, которые генотипированы или определены либо как референсные по ANGPTL7, либо как гетерозиготные по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, таких субъектов-людей или пациентов можно лечить с помощью ингибитора ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента, имеющего глаукому, включающие введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления глаукома представляет собой первичную открытоугольную глаукому, закрытоугольную глаукому, глаукому с нормальным давлением, врожденную глаукому, неоваскулярную глаукому, стероид-индуцированную глаукому или глаукому, связанную с травмой глаза.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента с повышенным ВГД, включающие введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления повышенное ВГД представляет собой корнеально компенсированное ВГД (ВГДсс) или ВГД, коррелированное по Гольдману (ВГДg).
В данном изобретении предлагаются способы лечения пациента, имеющего преглаукому, включающие введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента со снижением корнеального гистерезиса, включающие введение указанному пациенту ингибитора ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 содержит антисмысловую молекулу. Примеры антисмысловых молекул включают в себя, помимо прочего, молекулы антисмысловых нуклеиновых кислот, малые интерферирующие РНК (миРНК) и короткие шпилечные РНК (кшРНК). Такие антисмысловые молекулы могут быть сконструированы для нацеливания на любую область мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления антисмысловая РНК, миРНК или кшРНК гибридизуется с последовательностью в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекуле мРНК и снижает экспрессию полипептида ANGPTL7 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 содержит антисмысловую РНК, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулой мРНК и снижает экспрессию полипептида ANGPTL7 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 содержит антисмысловую миРНК, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулой мРНК и снижает экспрессию полипептида ANGPTL7 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 содержит антисмысловую кшРНК, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулой мРНК и снижает экспрессию полипептида ANGPTL7 в клетке субъекта.
В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 содержит нуклеазный агент, который индуцирует один или большее количество надрезов или двухцепочечных разрывов в последовательности (-ях) распознавания или ДНК-связывающем белке, который связывается с последовательностью распознавания, в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Последовательность распознавания может быть расположена в кодирующей области гена ANGPTL7 или в регуляторных областях, которые влияют на экспрессию данного гена. Последовательность распознавания ДНК-связывающего белка или нуклеазного агента может быть расположена в интроне, экзоне, промоторе, энхансере, регуляторной области или любой области, не кодирующей белок. Последовательность распознавания может включать в себя или располагаться вблизи старт-кодона гена ANGPTL7. Например, последовательность распознавания может располагаться от около 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200, 300, 400, 500 или 1000 нуклеотидов стартового кодона. В качестве другого примера, можно применять два или большее количество нуклеазных агентов, каждый из которых нацелен на последовательность распознавания нуклеазы, включающую в себя или расположенную вблизи старт-кодона. В качестве другого примера, можно применять два нуклеазных агента, один - нацеленный на последовательность узнавания нуклеазы, включающую в себя или расположенную вблизи старт-кодона, и один - нацеленный на последовательность распознавания нуклеазы, включающую в себя или расположенную вблизи старт-кодона, при этом расщепление нуклеазными агентами может привести к удалению кодирующей области между двумя последовательностями распознавания нуклеазы. Любой нуклеазный агент, который индуцирует надрез или двухцепочечный разрыв в желаемой последовательности распознавания, может применяться в описанных в данном документе способах и композициях. Любой ДНК-связывающий белок, который связывается с желаемой последовательностью распознавания, может применяться в описанных в данном документе способах и композициях.
Пригодные нуклеазные агенты и ДНК-связывающие белки для применения в данном изобретении включают в себя, помимо прочего, белок «цинковые пальцы» или пару нуклеаз с «цинковыми пальцами» (zinc finger nuclease, ZFN), эффекторный белок, подобный активаторам транскрипции (Transcription Activator-Like Effector, TALE), или эффекторную нуклеазу, подобную активаторам транскрипции (Transcription Activator-Like Effector Nuclease, TALEN), или короткие палиндромные повторы, регулярно расположенные группами (Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats, (CRISPR)/CRISPR-ассоциированные системы (Cas). Длина последовательности распознавания может варьировать и включает в себя, например, последовательности распознавания, которые составляют около 30-36 п. о. для белка «цинковые пальцы» или пары ZFN, около 15-18 п. о. для каждого ZFN, около 36 п. о. для белка TALE или TALEN и около 20 п. о. для гидовой РНК CRISPR/Cas.
В некоторых вариантах осуществления системы CRISPR/Cas могут применяться для модификации молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в клетке. В способах и композициях, описанных в данном документе, могут применяться системы CRISPR-Cas путем использования комплексов CRISPR (содержащих гидовую РНК (гРНК), связанную в комплекс с белком Cas) для сайт-направленного расщепления молекул нуклеиновых кислот ANGPTL7.
Белки Cas обычно содержат по меньшей мере один домен распознавания или связывания РНК, который может взаимодействовать с гРНК. Белки Cas также могут содержать нуклеазные домены (такие как, например, домены ДНКазы или РНКазы), домены связывания ДНК, домены геликазы, домены белок-белковых взаимодействий, домены димеризации и другие домены. Пригодные белки Cas включают в себя, например, белок Cas9 дикого типа и белок Cpf1 дикого типа (например, FnCpf1). Белок Cas может обладать полной активностью расщепления для создания двухцепочечного разрыва в геномной молекуле нуклеиновой кислоты ANGPTL7, или он может представлять собой никазу, которая создает одноцепочечный разрыв в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Дополнительные примеры белков Cas включают в себя, помимо прочего, Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas5e (CasD), Cas6, Cas6e, Cas6f, Cas7, Cas8a1, Cas8a2, Cas8b, Cas8c, Cas9 (Csn1 или Csx12), Cas10, Cas10d, CasF, CasG, CasH, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1 (CasA), Cse2 (CasB), Cse3 (CasE), Cse4 (CasC), Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4 и Cu1966, а также их гомологи или модифицированные версии. Белки Cas также могут быть функционально связаны с гетерологичными полипептидами как слитые белки. Например, белок Cas может быть слит с доменом расщепления, доменом эпигенетической модификации, доменом активации транскрипции или доменом репрессии транскрипции. Белки Cas могут быть предоставлены в любой форме. Например, белок Cas может быть предоставлен в форме белка, такого как белок Cas, объединенный в комплекс с гРНК. Альтернативно, белок Cas может быть предоставлен в виде молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей белок Cas, такой молекулы, как РНК или ДНК.
В некоторых вариантах осуществления целевые генетические модификации молекул геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 могут быть получены путем приведения в контакт клетки с белком Cas и одной или большим количеством гРНК, которые гибридизуются с одной или большим количеством последовательностей распознавания гРНК в целевом геномном локусе в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Например, последовательность распознавания гРНК может быть расположена в области SEQ ID NO:1. В некоторых вариантах осуществления последовательность распознавания гРНК включает или находится рядом с положением, соответствующим положению 4291 согласно SEQ ID NO:1, положению 4287 согласно SEQ ID NO:1, положению 4243 согласно SEQ ID NO:1, положению 4325 согласно SEQ ID NO:1 или положению 4336 согласно SEQ ID NO:1. Например, последовательность распознавания гРНК может располагаться от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:1. Последовательность распознавания гРНК может располагаться от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:1. Последовательность распознавания гРНК может располагаться от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:1. Последовательность распознавания гРНК может располагаться от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4325 согласно EQ ID NO: 1. Последовательность распознавания гРНК может располагаться от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:1. В качестве еще одного примера, последовательность распознавания гРНК может включать или находиться рядом со стартовым кодоном молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или стоп-кодоном молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Например, последовательность распознавания гРНК может располагаться от около 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200, 300, 400, 500 или 1000 нуклеотидов стартового кодона или стоп-кодона.
Последовательности распознавания гРНК в целевом геномном локусе в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 расположены рядом с последовательностью мотива, примыкающего к протоспейсеру (Protospacer Adjacent Motif, PAM), которая представляет собой последовательность ДНК из 2-6 пар оснований, непосредственно следующую за последовательностью ДНК, на которую нацелена нуклеаза Cas9. Каноническим PAM является последовательность 5'-NGG-3', где «N» представляет собой любое нуклеиновое основание, за которым следуют два гуаниновых («G») нуклеиновых основания. гРНК могут транспортировать Cas9 в любую точку генома для редактирования генов, но никакое редактирование не может происходить в каком-либо сайте, кроме того, в котором Cas9 распознает PAM. Кроме того, 5'-NGA-3' может представлять собой высокоэффективный неканонический PAM для клеток человека. Как правило, PAM расположен на расстоянии около 2-6 нуклеотидов ниже (в направлении 3') последовательности ДНК, на которую нацелена гРНК. PAM может фланкировать последовательность распознавания гРНК. В некоторых вариантах осуществления последовательность распознавания гРНК может быть фланкирована PAM на 3'- конце. В некоторых вариантах осуществления последовательность распознавания гРНК может быть фланкирована PAM на 5'- конце. Например, сайт расщепления белков Cas может быть расположен на расстоянии от 1 до 10, от 2 до 5 пар оснований или на три пары оснований выше (в направлении 5') или ниже (в направлении 3') последовательности PAM. В некоторых вариантах осуществления (например, когда применяется Cas9 из S. pyogenes или близкородственный Cas9), последовательность PAM некомплементарной цепи может представлять собой 5'-NGG-3', где N представляет собой любой нуклеотид ДНК и сразу равен 3' последовательности распознавания гРНК некомплементарной цепи целевой ДНК. Таким образом, последовательность PAM комплементарной цепи будет представлять собой 5'-CCN-3', где «N» представляет собой любой ДНК-нуклеотид и расположен непосредственно в положении 5' к последовательности распознавания гРНК комплементарной цепи целевой ДНК.
гРНК представляет собой молекулу РНК, которая связывается с белком Cas и нацеливает белок Cas на определенное место в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Одним из примеров гРНК является гРНК, эффективная для направления фермента Cas связываться с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или расщеплять ее, причем гРНК содержит нацеливающийся на ДНК сегмент, который гибридизуется с последовательностью распознавания гРНК в геномной молекуле нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает или находится рядом с положением, соответствующим положению 4291 согласно SEQ ID NO:1, или которая включает или находится рядом с положением, соответствующим положению 4287 согласно SEQ ID NO:1, или которая включает или находится рядом с положением, соответствующим положению 4243 согласно SEQ ID NO:1, или которая включает положение, соответствующее положению 4,325 согласно SEQ ID NO:1, или находится рядом с ним, или которая включает положение, соответствующее положению 4336 согласно SEQ ID NO:1, или находится рядом с ним. Например, гРНК может быть выбрана так, чтобы она гибридизовалась с последовательностью распознавания гРНК, которая расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500 или 1000 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:1. гРНК также может быть выбрана так, чтобы она гибридизировалась с последовательностью распознавания гРНК, которая расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500, или 1000 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:1. гРНК также может быть выбрана так, чтобы она гибридизировалась с последовательностью распознавания гРНК, которая расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500, или 1000 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:1. гРНК также может быть выбрана так, чтобы она гибридизировалась с последовательностью распознавания гРНК, которая расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500, или 1000 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4325 согласно SEQ ID NO:1. гРНК также может быть выбрана так, чтобы она гибридизировалась с последовательностью распознавания гРНК, которая расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500, или 1000 нуклеотидов в положении, соответствующем положению 4336 согласно SEQ ID NO:1. Другие иллюстративные гРНК содержат нацеливающийся на ДНК сегмент, который гибридизуется с последовательностью распознавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая расположена в области SEQ ID NO:1. Другие иллюстративные гРНК содержат нацеливающийся на ДНК сегмент, который гибридизуется с последовательностью распознавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает или находится рядом с стартовым кодоном или стоп-кодоном. Например, гРНК может быть выбрана так, чтобы она гибридизовалась с последовательностью распознавания gRNA, которая расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500 или 1000 нуклеотидов стартового кодона или расположена от около 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 100, 200, 300, 400, 500 или 1000 нуклеотидов стартового кодона или стоп-кодона. Дизайн и синтез гРНК описаны, например, в публикациях Mali et al., Science, 2013, 339, 823-826; Jinek et al., Science, 2012, 337, 816-821; Hwang et al., Nat. Biotechnol., 2013, 31, 227-229; Jiang et al., Nat. Biotechnol., 2013, 31, 233-239; и Cong et al., Science, 2013, 339, 819-823. Пригодные гРНК могут содержать от около 17 до около 23 нуклеотидов, от около 18 до около 22 нуклеотидов или от около 19 до около 21 нуклеотида. В некоторых вариантах осуществления гРНК могут содержать 20 нуклеотидов.
Примеры пригодных последовательностей распознавания гРНК эталонного гена ANGPTL7 человека указаны в SEQ ID NO:13-131 и 144-165 (см. Таблицы 1-9).
| Таблица 1: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Arg177Stop | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | CTGCAGGGACAGGAACAGGTTGG | 13 |
| + | CAGAGTATCCCCTCTGCTTCAGG | 14 |
| + | GGCTCTGCAGGGACAGGAACAGG | 15 |
| + | GCTTCAGGTGTTCTGTGACATGG | 16 |
| + | TGCAGGGACAGGAACAGGTTGGG | 17 |
| + | TCTACTGGCTCTGCAGGGACAGG | 18 |
| - | CCTTCTACCGGGACTGGAAGCAG | 19 |
| - | CCGTGGGGACTTCTGGCTGGGGA | 20 |
| - | CCGGGACTGGAAGCAGTACAAGC | 21 |
| - | CCTTGTCTCCTTCTACCGGGACT | 22 |
| - | CCACCGGCTCTCCAGACAGCCAA | 23 |
| - | CCGGCTCTCCAGACAGCCAACCC | 24 |
| + | TGGAGACTTCAGGCGGAGGCTGG | 25 |
| + | TGTGACATGGAGACTTCAGGCGG | 26 |
| + | TTCTGTGACATGGAGACTTCAGG | 27 |
| + | GACATGGAGACTTCAGGCGGAGG | 28 |
| - | CCATGACTGGACCAGTGCCACCA | 29 |
| - | CCCGGCTGCGTGTAGAGATGGAG | 30 |
| - | CCGGCTGCGTGTAGAGATGGAGG | 31 |
| - | CCAACCCGGCTGCGTGTAGAGAT | 32 |
| - | CCAGGGGCCCCATGACTGGACCA | 33 |
| - | CCCCATGACTGGACCAGTGCCAC | 34 |
| Таблица 2: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Gln175His | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| - | CTGCTTCCAGTCCCGGTAGAAGG | 35 |
| + | TTGTCTCCTTCTACCGGGACTGG | 36 |
| + | GCGGGAGTGCACACATCTACTGG | 37 |
| + | GGACTGGAAGCAGTACAAGCAGG | 38 |
| + | GACATGGAGACTTCAGGCGGAGG | 28 |
| + | GTGGCCTTGTCTCCTTCTACCGG | 39 |
| + | TGGAGACTTCAGGCGGAGGCTGG | 25 |
| - | TACTCTGGTGAGGGACTTGCAGG | 40 |
| - | ACTCTGGTGAGGGACTTGCAGGG | 41 |
| - | GCTTGTACTGCTTCCAGTCCCGG | 42 |
| - | AGTCCCGGTAGAAGGAGACAAGG | 43 |
| + | CACACATCTACTGGCTCTGCAGG | 44 |
| - | CAAGGCCACTTTTTCGTCTATGG | 45 |
| + | GACTGGAAGCAGTACAAGCAGGG | 46 |
| - | GCAGAGGGGATACTCTGGTGAGG | 47 |
| + | CAGAGTATCCCCTCTGCTTCAGG | 14 |
| + | TTCTGTGACATGGAGACTTCAGG | 27 |
| - | CTCTGGTGAGGGACTTGCAGGGG | 48 |
| - | CAGAGGGGATACTCTGGTGAGGG | 49 |
| - | ACTTTTTCGTCTATGGATGATGG | 50 |
| + | TGGCCTTGTCTCCTTCTACCGGG | 51 |
| + | AAGCAGTACAAGCAGGGCTTTGG | 52 |
| + | GCTTCAGGTGTTCTGTGACATGG | 16 |
| - | CTGAAGCAGAGGGGATACTCTGG | 53 |
| - | TCACAGAACACCTGAAGCAGAGG | 54 |
| + | ACACATCTACTGGCTCTGCAGGG | 55 |
| + | ATCATCCATAGACGAAAAAGTGG | 56 |
| + | TGTGACATGGAGACTTCAGGCGG | 26 |
| + | TCTACTGGCTCTGCAGGGACAGG | 18 |
| Таблица 3: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Arg220His | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | ATGACCGCGTACAACTCCGGGGG | 57 |
| + | CATGACCGCGTACAACTCCGGGG | 58 |
| - | GGCACCCCCGGAGTTGTACGCGG | 59 |
| - | GAGTTGTACGCGGTCATGTGTGG | 60 |
| + | ACATGACCGCGTACAACTCCGGG | 61 |
| + | CACATGACCGCGTACAACTCCGG | 62 |
| - | TTGTACGCGGTCATGTGTGGTGG | 63 |
| + | TTGTCTCCTTCTACCGGGACTGG | 36 |
| - | CTGCTTCCAGTCCCGGTAGAAGG | 35 |
| + | TGGGGAACGAACACATCCACCGG | 64 |
| + | GGACTGGAAGCAGTACAAGCAGG | 38 |
| - | GGTGGCACTGGTCCAGTCATGGG | 65 |
| - | CAGAATAGGAATGGCACCCCCGG | 66 |
| - | GTGGCACTGGTCCAGTCATGGGG | 67 |
| - | GCGGTCATGTGTGGTGGCACTGG | 68 |
| - | TGGTGGCACTGGTCCAGTCATGG | 69 |
| + | GTGGCCTTGTCTCCTTCTACCGG | 39 |
| + | GCAGCATCCGTGGGGACTTCTGG | 70 |
| + | CATCCGTGGGGACTTCTGGCTGG | 71 |
| - | GCTTGTACTGCTTCCAGTCCCGG | 42 |
| - | AGTCCCGGTAGAAGGAGACAAGG | 43 |
| + | GGCTCTCCAGACAGCCAACCCGG | 72 |
| + | ATCCGTGGGGACTTCTGGCTGGG | 73 |
| + | GACTGGAAGCAGTACAAGCAGGG | 46 |
| - | TTGGCTGTCTGGAGAGCCGGTGG | 74 |
| - | TGGTCCAGTCATGGGGCCCCTGG | 75 |
| - | GATTTGTCTTGAATCAGAATAGG | 76 |
| + | AACCCGGCTGCATGTAGAGATGG | 77 |
| - | CTCCATCTCTACATGCAGCCGGG | 78 |
| + | TGGCCTTGTCTCCTTCTACCGGG | 51 |
| + | AAGCAGTACAAGCAGGGCTTTGG | 52 |
| + | TAGAGATGGAGGTAAGCACAAGG | 79 |
| + | TCCGTGGGGACTTCTGGCTGGGG | 80 |
| Таблица 4: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Arg220Cys | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | ATGACCGCGTACAACTCCGGGGG | 57 |
| + | CATGACCGCGTACAACTCCGGGG | 58 |
| - | GGCACCCCCGGAGTTGTACGCGG | 59 |
| - | GAGTTGTACGCGGTCATGTGTGG | 60 |
| + | ACATGACCGCGTACAACTCCGGG | 61 |
| + | CACATGACCGCGTACAACTCCGG | 62 |
| - | TTGTACGCGGTCATGTGTGGTGG | 63 |
| + | TTGTCTCCTTCTACCGGGACTGG | 36 |
| - | CTGCTTCCAGTCCCGGTAGAAGG | 35 |
| + | TGGGGAACGAACACATCCACCGG | 64 |
| + | GGACTGGAAGCAGTACAAGCAGG | 38 |
| - | GGTGGCACTGGTCCAGTCATGGG | 65 |
| - | CAGAATAGGAATGGCACCCCCGG | 66 |
| - | GTGGCACTGGTCCAGTCATGGGG | 67 |
| - | GCGGTCATGTGTGGTGGCACTGG | 68 |
| - | TGGTGGCACTGGTCCAGTCATGG | 69 |
| + | CATCCGTGGGGACTTCTGGCTGG | 71 |
| + | GCAGCATCCGTGGGGACTTCTGG | 70 |
| + | GTGGCCTTGTCTCCTTCTACCGG | 39 |
| - | GCTTGTACTGCTTCCAGTCCCGG | 42 |
| + | GGCTCTCCAGACAGCCAACCCGG | 72 |
| - | AGTCCCGGTAGAAGGAGACAAGG | 43 |
| + | ATCCGTGGGGACTTCTGGCTGGG | 73 |
| + | GACTGGAAGCAGTACAAGCAGGG | 46 |
| - | TGGTCCAGTCATGGGGCCCCTGG | 75 |
| - | TTGGCTGTCTGGAGAGCCGGTGG | 74 |
| - | GATTTGTCTTGAATCAGAATAGG | 76 |
| - | ATCTCTACACACAGCCGGGTTGG | 81 |
| + | AAGCAGTACAAGCAGGGCTTTGG | 52 |
| + | TGGCCTTGTCTCCTTCTACCGGG | 51 |
| + | TAGAGATGGAGGTAAGCACAAGG | 79 |
| + | TCCGTGGGGACTTCTGGCTGGGG | 80 |
| + | AACCCGGCTGTGTGTAGAGATGG | 82 |
| - | CCTCCATCTCTACACACAGCCGG | 83 |
| Таблица 5: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Asn302Lys | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | CAATGGAGTGTACTACCGCCTGG | 84 |
| + | AATGGAGTGTACTACCGCCTGGG | 85 |
| + | TACCTACTCCCTCAAACGGGTGG | 86 |
| - | TTTCATCTCCACCCGTTTGAGGG | 87 |
| + | ACAGTCAACTTACTAGCACTGGG | 88 |
| - | TTTTCATCTCCACCCGTTTGAGG | 89 |
| + | GGGTGAGCACAATAAGCACCTGG | 90 |
| + | ATGGCATCACCTGGTATGGCTGG | 91 |
| - | CTCCACCCGTTTGAGGGAGTAGG | 92 |
| - | GGTGCTTATTGTGCTCACCCAGG | 93 |
| + | CTAACTCCTTACCTGATGTCTGG | 94 |
| + | CACAGTCAACTTACTAGCACTGG | 95 |
| - | CAGTTGTACCAGTAGCCACCTGG | 96 |
| - | GATAGACCAGACATCAGGTAAGG | 97 |
| - | TCAGGTAAGGAGTTAGAGCCAGG | 98 |
| + | GATCTACCTACTCCCTCAAACGG | 99 |
| - | AGATCCATGCCAGCCATACCAGG | 100 |
| - | GCTTATTGTGCTCACCCAGGCGG | 101 |
| - | CATACCAGGTGATGCCATCCAGG | 102 |
| + | ATCTACCTACTCCCTCAAACGGG | 103 |
| - | ACTGTGATAGACCAGACATCAGG | 104 |
| + | TTCTCATGCCAGGTGGCTACTGG | 105 |
| + | CTGGATGGCATCACCTGGTATGG | 106 |
| + | AGCACCTGGATGGCATCACCTGG | 107 |
| + | ATCACCTGGTATGGCTGGCATGG | 108 |
| - | GTAGTACACTCCATTGAGTTTGG | 109 |
| + | GAGCACAATAAGCACCTGGATGG | 110 |
| - | CAGGTAAGGAGTTAGAGCCAGGG | 111 |
| + | CTGGGTCTGTTTCTCATGCCAGG | 112 |
| + | TTTGGTATTCTTTCTGACCCTGG | 113 |
| - | GTCAGAAAGAATACCAAAACCGG | 114 |
| + | GGTCTGTTTCTCATGCCAGGTGG | 115 |
| Таблица 6: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Arg340His | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | CAATGGAGTGTACTACCGCCTGG | 84 |
| + | AATGGAGTGTACTACCGCCTGGG | 85 |
| - | GGCGGTAGTACACTCCATTGAGG | 116 |
| + | TACCTACTCCCTCAAACGGGTGG | 86 |
| - | GTAGTACACTCCATTGAGGTTGG | 117 |
| - | TTTCATCTCCACCCGTTTGAGGG | 87 |
| - | TTTTCATCTCCACCCGTTTGAGG | 89 |
| + | GGGTGAGCACAATAAGCACCTGG | 90 |
| + | ATGGCATCACCTGGTATGGCTGG | 91 |
| - | GGTGCTTATTGTGCTCACCCAGG | 93 |
| - | CTCCACCCGTTTGAGGGAGTAGG | 92 |
| - | GTTTCTGTATCCGTGCTCCACGG | 118 |
| + | AAACTGAGACACGTGGAGACTGG | 119 |
| - | GCTTATTGTGCTCACCCAGGCGG | 101 |
| + | GATCTACCTACTCCCTCAAACGG | 99 |
| - | AGATCCATGCCAGCCATACCAGG | 100 |
| + | GCCTTAAAAGGAGGCTGCCGTGG | 120 |
| - | CATACCAGGTGATGCCATCCAGG | 102 |
| + | ATCTACCTACTCCCTCAAACGGG | 103 |
| + | GACACGTGGAGACTGGATGAGGG | 121 |
| - | TCCACGGCAGCCTCCTTTTAAGG | 122 |
| + | CTGGATGGCATCACCTGGTATGG | 106 |
| + | AGCACCTGGATGGCATCACCTGG | 107 |
| + | ATCACCTGGTATGGCTGGCATGG | 108 |
| + | TGCACAGACTCCAACCTCAATGG | 123 |
| + | GAGCACAATAAGCACCTGGATGG | 110 |
| + | AGACACGTGGAGACTGGATGAGG | 124 |
| + | AGACTTCAAGCCTTAAAAGGAGG | 125 |
| - | TTTAAGGCTTGAAGTCTTCTGGG | 126 |
| - | AAGGCTTGAAGTCTTCTGGGTGG | 127 |
| - | TTTTAAGGCTTGAAGTCTTCTGG | 128 |
| + | GATACAGAAACTGAGACACGTGG | 129 |
| + | AAGGAGGCTGCCGTGGAGCACGG | 130 |
| + | AGAAGACTTCAAGCCTTAAAAGG | 131 |
| Таблица 7: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Phe161Ile | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| - | ACAGAACACCTGAAGCAGAGGGG | 144 |
| - | ACAGAACACCTGAAGCAGAGGGG | 145 |
| - | CACAGAACACCTGAAGCAGAGGG | 146 |
| + | CAGAGTATCCCCTCTGCTTCAGG | 147 |
| - | ACTCTGGTGAGGGACTTGCAGGG | 148 |
| - | TACTCTGGTGAGGGACTTGCAGG | 149 |
| - | GCAGAGGGGATACTCTGGTGAGG | 150 |
| + | GCTTCAGGTGTTCTGTGACATGG | 151 |
| - | CAGAGGGGATACTCTGGTGAGGG | 152 |
| Таблица 8: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Trp188STOP | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | TTGTCTCCTTCTACCGGGACTGG | 153 |
| + | GTGGCCTTGTCTCCTTCTACCGG | 154 |
| + | TGGCCTTGTCTCCTTCTACCGGG | 155 |
| + | GACTGGAAGCAGTACAAGCAGGG | 156 |
| + | GGACTGGAAGCAGTACAAGCAGG | 157 |
| - | CTGCTTCCAGTCCCGGTAGAAGG | 158 |
| - | GCTTGTACTGCTTCCAGTCCCGG | 159 |
| - | AGTCCCGGTAGAAGGAGACAAGG | 160 |
| Таблица 9: Последовательности распознавания гидовых РНК вблизи к вариантному ANGPTL7 Lys192Gln | ||
| Цепь | Последовательность распознавания гидовых РНК | SEQ ID NO. |
| + | GACTGGAAGCAGTACAAGCAGGG | 156 |
| + | GGACTGGAAGCAGTACAAGCAGG | 157 |
| - | GGACTGGAAGCAGTACAAGC | 159 |
| + | AAGCAGTACAAGCAGGGCTTTGG | 161 |
| + | CAGGGCTTTGGCAGCATCCGTGG | 162 |
| + | AGGGCTTTGGCAGCATCCGTGGG | 163 |
| + | GGGCTTTGGCAGCATCCGTGGGG | 164 |
| - | TCCCCAGCCAGAAGTCCCCACGG | 165 |
Белок Cas и гРНК образуют комплекс, и белок Cas расщепляет целевую молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Белок Cas может расщеплять молекулу нуклеиновой кислоты на участке внутри или снаружи последовательности нуклеиновой кислоты, присутствующей в целевой молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, с которой будет связываться ДНК-нацеливающийся сегмент гРНК. Например, образование комплекса CRISPR (содержащего гРНК, гибридизованную с последовательностью распознавания гРНК и объединенную в комплекс с белком Cas) может привести к расщеплению одной или обеих цепей внутри или вблизи (например, в пределах 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50 или более пар оснований) последовательности нуклеиновой кислоты, присутствующей в геномной молекуле нуклеиновой кислоты ANGPTL7, с которой будет связываться нацеливающийся на ДНК сегмент гРНК.
Результатом таких способов могут быть, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, в которой нарушена область SEQ ID NO:1, нарушен старт-кодон, нарушен стоп-кодон или нарушена либо удалена кодирующая последовательность. Необязательно, клетка может быть дополнительно приведена в контакт с одной или большим количеством дополнительных гРНК, которые гибридизуются с дополнительными последовательностями распознавания гРНК в целевом геномном локусе в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. Пyтем приведения клетки в контакт с одной или большим количеством дополнительных гРНК (таких как, например, вторая гРНК, которая гибридизуется со второй последовательностью распознавания гРНК), расщепление белком Cas может создать два или большее количество двухцепочечных разрывов или два или большее количество одноцепочечных разрывов.
В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 представляет собой малую молекулу. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ANGPTL7 представляет собой 6,11-дигидро[1]бензотиопирано[4,3-b]индол (PD146176), 2-бромофенол, 2,4-дибромофенол, 2-(1-тиенил)этил-3,4-дигидроксибензилиденцианоацетат (TEDC), 4,4'-(2,3-диметил-1,4-бутандиил)бис-1,2-бензендиол (нордигидрогваяретовую кислоту) или циннамил-3,4-дигидрокси-a-цианоциннамат (CDC).
В некоторых вариантах осуществления способы лечения дополнительно включают обнаружение присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента. Как применяется по всему тексту данного документа «вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7» представляет собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такую как, например, молекулу нуклеиновой геномной кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ANGPTL7, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Например, вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln или Phe161Ile. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop или Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Trp188Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Lys192Gln. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Phe161Ile.
В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529, согласно SEQ ID NO:5; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525, согласно SEQ ID NO:6; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481, согласно SEQ ID NO:135; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563, согласно SEQ ID NO:136; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574, согласно SEQ ID NO:137; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления, когда пациент является референсным по ANGPTL7, указанному пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы. В некоторых вариантах осуществления, когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, указанному пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда i) путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8; путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9; путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138; путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139; путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В данном изобретении также предлагаются способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, при этом пациент страдает от офтальмологического патологического состояния, способ, включающий следующие этапы: определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140; путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив анализ генотипирования на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; а когда пациент является референсным по ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда путем введения или продолжения введения указанному пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения указанному пациенту ингибитора ANGPTL7; при этом наличие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, указывает на то, что указанный пациент имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
Вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такую как, например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ANGPTL7, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Например, вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop или Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Trp188Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Lys192Gln. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Phe161Ile.
Обнаружение присутствия или отсутствия любой из вариантных молекул нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, описанных в данном документе, в биологическом образце от пациента и/или определение того, имеет ли пациент вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, можно выполнять любым из способов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vitro. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in situ. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vivo.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, молекулы мРНК ANGPTL7 или молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит вариацию (и), которая вызывает потерю функции (частичную или полную) или, как прогнозируется, вызывает потерю функции (частичную или полную). Например, в некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, тогда указанная геномная молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 геномной молекулы нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, тогда указанная геномная молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 геномной молекулы нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 комплементарную нуклеотидную последовательность; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть геномной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную геномную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В любом из этих вариантов осуществления указанная молекула нуклеиновой кислоты может присутствовать в клетке, полученной от субъекта-человека.
В любом из вариантов осуществления, описанных в данном документе, офтальмологическое патологическое состояние представляет собой повышенное ВГД, преглаукому, глаукому или снижение корнеального гистерезиса. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой повышенное ВГД. В некоторых вариантах осуществления повышенное ВГД представляет собой ВГДcc или ВГДg. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой преглаукому. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой глаукому. В некоторых вариантах осуществления глаукома представляет собой первичную открытоугольную глаукому, закрытоугольную глаукому, глаукому с нормальным давлением, врожденную глаукому, неоваскулярную глаукому, стероид-индуцированную глаукому или глаукому, связанную с травмой глаза. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой снижение корнеального гистерезиса.
Касательно субъектов-людей или пациентов, которые генотипированы или определены либо как референсные по ANGPTL7, либо как гетерозиготные по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, таких субъектов-людей или пациентов можно лечить с помощью ингибитора ANGPTL7, как описано в данном документе.
Примеры терапевтических агентов, с помощью которых лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, включают, помимо прочего: простагландин, бета-блокатор, альфа-адренергический агонист, ингибитор карбоангидразы, ингибитор ро-киназы или миотический или холинергический агент.
В некоторых вариантах осуществления терапевтический агент, с помощью которого лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, представляет собой простагландин. В некоторых вариантах осуществления указанный простагландин представляет собой Xalatan® (латанопрост), Travatan Z® (травопрост), Zioptan® (тафлупрост), Lumigan® (биматопрост), или Vyzulta® (латанопростен бунод).
В некоторых вариантах осуществления терапевтический агент, с помощью которого лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, представляет собой бета-блокатор. В некоторых вариантах осуществления указанный бета-блокатор представляет собой Betimol®, Istalol®, или Timoptic® (тимолол) или Betoptic® (бетаксолол).
В некоторых вариантах осуществления терапевтический агент, с помощью которого лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, представляет собой альфа-адренергический агонист. В некоторых вариантах осуществления указанный альфа-адренергический агонист представляет собой Iopidine® (апраклонидин) или Alphagan® или Qoliana® (бримонидин).
В некоторых вариантах осуществления терапевтический агент, с помощью которого лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, представляет собой ингибитор карбоангидразы. В некоторых вариантах осуществления указанный ингибитор карбоангидразы представляет собой Trusopt® (дорзоламид) или Azopt® (бринзоламид).
В некоторых вариантах осуществления терапевтический агент, с помощью которого лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, представляет собой ингибитор ро-киназы. В некоторых вариантах осуществления указанный ингибитор ро-киназы представляет собой Rhopressa® (нетарсудил).
В некоторых вариантах осуществления терапевтический агент, с помощью которого лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, представляет собой миотический или холинергический агент. В некоторых вариантах осуществления указанный миотический или холинергический агент представляет собой Isopto® Carpine (пилокарпин).
В некоторых вариантах осуществления доза терапевтических агентов, с помощью которых лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, может быть уменьшена на около 10%,на около 20%, на около 30%, на около 40%, на около 50%, на около 60%, на около 70%, на около 80% или на около 90% для пациентов или субъектов-людей, которые являются гетерозиготными по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (то есть меньше, чем стандартная доза) по сравнению с пациентами или субъектами-людьми, которые являются референсными по ANGPTL7 (которые могут получать стандартную дозу). В некоторых вариантах осуществления доза терапевтических агентов, с помощью которых лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, может быть уменьшена на около 10%, на около 20%, на около 30%, на около 40% или на около 50%. Кроме того, дозу терапевтических агентов, с помощью которых лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, у пациентов или субъектов-людей, которые являются гетерозиготными по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, можно вводить менее часто по сравнению с пациентами или субъектами-людьми, которые являются референсными по ANGPTL7.
Введение терапевтических агентов, с помощью которых лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, и/или ингибиторов ANGPTL7, можно проводить повторно, например, через одни сутки, двое суток, трое суток, пятеро суток, одну неделю, две недели, три недели, один месяц, пять недель, шесть недель, семь недель, восемь недель, два месяца или три месяца. Повторное введение можно проводить в той же дозе или в другой дозе. Введение можно повторить один раз, два раза, три раза, четыре раза, пять раз, шесть раз, семь раз, восемь раз, девять раз, десять раз или большее число раз. Например, в соответствии с определенными схемами введения доз, пациент может получать терапию в течение продолжительного периода времени, такого как, например, 6 месяцев, 1 год или дольше.
Введение терапевтических агентов, с помощью которых лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, и/или ингибиторов ANGPTL7 можно осуществлять любым подходящим путем, включая следующие, но не ограничиваясь ими: парентерально, внутривенно, перорально, подкожно, внутриартериально, внутричерепно, интратекально, внутрибрюшинно, местно, интраназально или внутримышечно. Фармацевтические композиции для введения предпочтительно являются стерильными и по существу изотоничными, и произведены согласно условиям правил производства и контроля качества лекарственных средств (GMP). Фармацевтические композиции могут быть представлены в единичной лекарственной форме (т. е. дозированной форме для единичного введения). Фармацевтические композиции могут быть составлены с использованием одного или большего количества физиологически и фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей, эксципиентов или вспомогательных веществ. Подходящий лекарственный состав зависит от выбранного пути введения. Термин «фармацевтически приемлемый» означает, что носитель, разбавитель, эксципиент или вспомогательное вещество совместимы с другими ингредиентами лекарственного состава и по существу не являются вредными для их реципиента.
Термины «лечить», «лечат» и «лечение», и «предотвращать», «предотвращение» и «профилактика», используемые в контексте данного документа, относятся к вызыванию желаемого биологического ответа, такого как терапевтический и профилактический эффект, соответственно. В некоторых вариантах осуществления терапевтический эффект включает в себя одно или большее количество из следующих: ослабление/снижение офтальмологического патологического состояния, ослабление/снижение тяжести офтальмологического патологического состояния (такое как, например, ослабление или ингибирование развития офтальмологического патологического состояния), ослабление/снижение симптомов и эффектов, связанных с офтальмологическим патологическим состоянием, задержку появления симптомов и эффектов, связанных с офтальмологическим патологическим состоянием, снижение тяжести симптомов эффектов, связанных с офтальмологическим патологическим состоянием, снижение тяжести острого эпизода, уменьшение количества симптомов и эффектов, связанных с офтальмологическим патологическим состоянием, снижение латентности симптомов и эффектов, связанных с офтальмологическим патологическим состоянием, облегчение симптомов и эффектов, связанных с офтальмологическим патологическим состоянием, ослабление вторичных симптомов, ослабление вторичных инфекций, предотвращение рецидива офтальмологического патологического состояния, уменьшение числа или частоты эпизодов рецидива, повышение латентности между симптоматическими эпизодами, увеличение времени до устойчивого прогрессирования, ускорение ремиссии, индуцирование ремиссии, усиление ремиссии, ускорение выздоровления или повышение эффективности альтернативной терапии, или снижение устойчивости к альтернативной терапии, и/или увеличенное время выживания пораженного животного-хозяина после введения агента или композиции, содержащей указанный агент. Профилактический эффект может включать в себя полное или частичное предотвращение/ингибирование или задержку развития/прогрессирования офтальмологического патологического состояния (например, полное или частичное предотвращение/ингибирование или задержку) и увеличение времени выживания пораженного животного-хозяина после осуществления терапевтического протокола. Лечение офтальмологического патологического состояния включает в себя лечение пациентов, у которых уже диагностирована любая форма офтальмологического патологического состояния на любой клинической стадии или проявлении, задержку начала или развития, или обострения, или ухудшения симптомов или признаков офтальмологического патологического состояния, и/или предотвращение, и/или уменьшение тяжести офтальмологического патологического состояния.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, который содержит положения, соответствующие любым положениям, которые являются С-концом в соответствии с положением 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения наличия полипептида, который содержит положения, соответствующие любым положениям, которые являются С-концом в соответствии с положением 176 согласно SEQ ID NO:11.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 175 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 175 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:12.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 161 согласно SEQ ID NO:141 или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 161 согласно SEQ ID NO:141 или SEQ ID NO:10.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, который содержит положения, соответствующие любым положениям, которые являются С-концом в соответствии с положением 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения наличия полипептида, который содержит положения, соответствующие любым положениям, которые являются С-концом в соответствии с положением 187 согласно SEQ ID NO:142.
В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 192 согласно SEQ ID NO:143 или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 192 согласно SEQ ID NO:143 или SEQ ID NO:10.
В настоящем изобретении также предлагаются способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает: определение или процесс определения в биологическом образце, полученном от субъекта, наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (такой как молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК и/или молекула кДНК), кодирующей полипептид ANGPTL7 человека; при этом: i) когда субъект-человек не имеет молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (то есть субъект-человек генотипически классифицируется как референсный по ANGPTL7), тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния; и ii) когда субъект-человек имеет молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (то есть субъект-человек классифицируется как гетерозиготный по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготный по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7), то у субъекта-человека снижается риск развития офтальмологического патологического состояния. Наличие единственной копии молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 обеспечивает защиту субъекта-человека от развития офтальмологического патологического состояния.
Не намереваясь ограничиваться какой-либо конкретной теорией или механизмом действия, считается, что единственная копия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (то есть гетерозиготность по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7) защищает субъекта-человека от развития офтальмологического патологического состояния, и также считается, что наличие двух копий вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (то есть гомозиготность по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7) может в большей степени защищать субъекта-человека от развития офтальмологического патологического состояния по сравнению субъектом-человеком с единственной копией. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления единственная копия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может не обеспечить полную защиту, но вместо этого может частично или не полностью защищать субъекта-человека от развития офтальмологического патологического состояния. Не желая быть связанным какой-либо конкретной теорией, могут существовать дополнительные факторы или молекулы, участвующие в развитии офтальмологического патологического состояния, которые все еще присутствуют у субъекта-человека, имеющего единственную копию вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, что приводит к неполной защите от развития офтальмологического патологического состояния.
В настоящем изобретении также предлагаются способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает: обнаружение наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента, при этом вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность; при этом: когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния; и когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В настоящем изобретении также предлагаются способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает: обнаружение наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента, при этом вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность; при этом: когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния; и когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В настоящем изобретении также предлагаются способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает: обнаружение наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента, при этом вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность; при этом: когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния; и когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В настоящем изобретении также предлагаются способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает: обнаружение наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента, при этом вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность; при этом: когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния; и когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В настоящем изобретении также предлагаются способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает: обнаружение наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, в биологическом образце от пациента, при этом вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность; при этом: когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния; и когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет пониженный риск развития офтальмологического патологического состояния. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
Вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такую как, например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ANGPTL7, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Например, вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln или Phe161Ile. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop или Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Trp188Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Lys192Gln. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Phe161Ile.
В любом из вариантов осуществления, описанных в данном документе, офтальмологическое патологическое состояние представляет собой повышенное ВГД, преглаукому, глаукому или снижение корнеального гистерезиса. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой повышенное ВГД. В некоторых вариантах осуществления повышенное ВГД представляет собой ВГДcc или ВГДg. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой преглаукому. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой глаукому. В некоторых вариантах осуществления глаукома представляет собой первичную открытоугольную глаукому, закрытоугольную глаукому, глаукому с нормальным давлением, врожденную глаукому, неоваскулярную глаукому, стероид-индуцированную глаукому или глаукому, связанную с травмой глаза. В некоторых вариантах осуществления офтальмологическое патологическое состояние представляет собой снижение корнеального гистерезиса.
Определение или процесс определения в образце, полученном от субъекта, наличия или отсутствия конкретных молекул нуклеиновой кислоты можно выполнить любым из способов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vitro. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in situ. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vivo.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2, тогда указанная геномная молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с i) нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; или iii) нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, тогда указанная геномная молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с i) нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; или iii) нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 геномной молекулы нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности ; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть геномной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную геномную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности геномной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления этап определения включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В любом из этих вариантов осуществления указанная молекула нуклеиновой кислоты может присутствовать в клетке, полученной от субъекта-человека.
В некоторых вариантах осуществления человека дополнительно лечат терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, и/или ингибитором ANGPTL7, как описано в данном документе. Например, когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7 и, следовательно, имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, тогда указанному субъекту-человеку вводят ингибитор ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления такому пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние. В некоторых вариантах осуществления, когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, указанному пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, а также вводят ингибитор ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является референсным по ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В данном изобретении также представлены способы обнаружения наличия вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, молекулы мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 и/или молекулы кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 в биологическом образце от субъекта-человека. Следует понимать, что генные последовательности в пределах популяции и молекулы мРНК, кодируемые такими генами, могут варьировать из-за полиморфизмов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы. Представленные в данном документе последовательности вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, вариантной молекулы мРНК ANGPTL7 и вариантной молекулы кДНК ANGPTL7 являются только иллюстративными последовательностями. Также возможны другие последовательности вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, вариантной молекулы мРНК и вариантной молекулы кДНК.
Биологический образец может быть получен из любой клетки, ткани или биологической жидкости субъекта. Образец может содержать любую клинически значимую ткань, например, образец костного мозга, биопсию опухоли, тонкоигольный аспират, или образец жидкости организма, такой как кровь, зубодесневая жидкость, плазма крови, сыворотка крови, лимфа, асцитическая жидкость, кистозная жидкость или моча. В некоторых случаях образец содержит буккальный соскоб. Образец, применяемый в описанных в данном документе способах, будет варьировать в зависимости от формата анализа, природы способа обнаружения и тканей, клеток или экстрактов, которые применяются в качестве образца. Биологический образец может проходить разную обработку в зависимости от применяемого анализа. Например, когда проводят обнаружение вариантной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, можно применять предварительную обработку с целью выделения или обогащения образца геномной ДНК. В этих целях можно применять множество известных способов. Когда проводят обнаружение уровня любой вариантной мРНК ANGPTL7, можно применять разные методики для обогащения биологического образца мРНК. Можно применять различные способы для обнаружения наличия или уровня молекулы мРНК или наличия конкретного локуса вариантной геномной ДНК.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 человека у субъекта-человека включают в себя анализ биологического образца, полученного от указанного субъекта-человека, для определения того, содержит ли молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, молекула мРНК ANGPTL7, или молекула кДНК ANGPTL7, в биологическом образце одну или большее количество вариаций, которые вызывают потерю функции (частичную или полную), или, как прогнозируется, вызывают потерю функции (частичную или полную). Например, в некоторых вариантах осуществления способы обнаружения человеческой молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 у субъекта-человека включают анализ биологического образца, полученного от субъекта, для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность, или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (такой как, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК и/или молекула кДНК) у субъекта-человека, включают: выполнение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека, который определяет, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, которая кодирует: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 (молекула мРНК), или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 (молекула кДНК). В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит клетку или клеточный лизат. Такие способы могут дополнительно включать, например, получение биологического образца от субъекта, содержащего молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулу мРНК, и, если мРНК, то с необязательной обратной транскрипцией мРНК в кДНК, и выполнение анализа биологического образца, который определяет, что положение молекулы геномной нуклеиновой кислоты, мРНК или кДНК ANGPTL7 кодирует тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, соответственно. Такие анализы могут включать в себя, например, идентифицирование указанных положений конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, молекулы мРНК ANGPTL7 или молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит одну или большее число вариаций, которые вызывают потерю функции (частичную или полную). Например, в некоторых вариантах осуществления указанный анализ включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2, тогда указанная геномная молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 согласно SEQ ID NO:8; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5; или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8. В некоторых вариантах осуществления анализ включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления анализируют только молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления анализируют только мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления анализируют только кДНК ANGPTL7, полученную из мРНК ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или его комплемент; или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или его комплемент; и обнаружение обнаруживаемой метки. Могут применяться методики заменоспецифичной полимеразной цепной реакции для обнаружения мутаций, таких как SNP, в последовательности нуклеиновой кислоты. Могут применяться заменоспецифичные праймеры, поскольку ДНК-полимераза не будет удлинять нуклеотидный продукт при наличии несоответствия с матрицей.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения человеческой молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 у субъекта-человека включают анализ биологического образца, полученного от субъекта, для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, ли комплементарную нуклеотидную последовательность, или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (такой как, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК и/или молекула кДНК) у субъекта-человека, включают: выполнение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека, который определяет, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, которая кодирует: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 (молекула мРНК), или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 (молекула кДНК). В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит клетку или клеточный лизат. Такие способы могут дополнительно включать, например, получение биологического образца от субъекта, содержащего молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулу мРНК, и, если мРНК, то с необязательной обратной транскрипцией мРНК в кДНК, и выполнение анализа биологического образца, который определяет, что положение молекулы геномной нуклеиновой кислоты, мРНК или кДНК ANGPTL7 кодирует тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, соответственно. Такие анализы могут включать в себя, например, идентифицирование указанных положений конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, молекулы мРНК ANGPTL7 или молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит одну или большее число вариаций, которые вызывают потерю функции (частичную или полную). Например, в некоторых вариантах осуществления указанный анализ включают в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, тогда указанная геномная молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 согласно SEQ ID NO:9; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6; или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9. В некоторых вариантах осуществления анализ включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления анализируют только молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления анализируют только мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления анализируют только кДНК ANGPTL7, полученную из мРНК ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или iii) тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки. Могут применяться методики заменоспецифичной полимеразной цепной реакции для обнаружения мутаций, таких как SNP, в последовательности нуклеиновой кислоты. Могут применяться заменоспецифичные праймеры, поскольку ДНК-полимераза не будет удлинять нуклеотидный продукт при наличии несоответствия с матрицей.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения человеческой молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 у субъекта-человека включают анализ биологического образца, полученного от субъекта, для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность, или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (такой как, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК и/или молекула кДНК) у субъекта-человека, включают: выполнение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека, который определяет, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, которая кодирует: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность, ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138. В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит клетку или клеточный лизат. Такие способы могут дополнительно включать, например, получение биологического образца от субъекта, содержащего молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулу мРНК, и, если мРНК, то с необязательной обратной транскрипцией мРНК в кДНК, и выполнение анализа биологического образца, который определяет, что положение молекулы геномной нуклеиновой кислоты, мРНК или кДНК ANGPTL7 кодирует аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, соответственно. Такие анализы могут включать в себя, например, идентифицирование указанных положений конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 геномной молекулы нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 согласно SEQ ID NO:138; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения человеческой молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 у субъекта-человека включают анализ биологического образца, полученного от субъекта, для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность, или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (такой как, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК и/или молекула кДНК) у субъекта-человека, включают: выполнение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека, который определяет, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, которая кодирует: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит клетку или клеточный лизат. Такие способы могут дополнительно включать, например, получение биологического образца от субъекта, содержащего молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулу мРНК, и, если мРНК, то с необязательной обратной транскрипцией мРНК в кДНК, и выполнение анализа биологического образца, который определяет, что положение молекулы геномной нуклеиновой кислоты, мРНК или кДНК ANGPTL7 кодирует аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, соответственно. Такие анализы могут включать в себя, например, идентифицирование указанных положений конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 согласно SEQ ID NO:139; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом часть содержит: i) аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и/или iii) аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения человеческой молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 у субъекта-человека включают анализ биологического образца, полученного от субъекта, для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность, или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 (такой как, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК и/или молекула кДНК) у субъекта-человека, включают: выполнение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека, который определяет, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, которая кодирует: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140. В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит клетку или клеточный лизат. Такие способы могут дополнительно включать, например, получение биологического образца от субъекта, содержащего молекулу геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или молекулу мРНК, и, если мРНК, то с необязательной обратной транскрипцией мРНК в кДНК, и выполнение анализа биологического образца, который определяет, что положение молекулы геномной нуклеиновой кислоты, мРНК или кДНК ANGPTL7 кодирует цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, соответственно. Такие анализы могут включать в себя, например, идентифицирование указанных положений конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления указанный способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя секвенирование по меньшей мере части: i) нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности; ii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или iii) нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце, при этом указанная секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. Когда секвенированная часть геномной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, тогда указанная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную геномную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 мРНК в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, тогда указанная молекула ANGPTL7 мРНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7. Когда секвенированная часть молекулы ANGPTL7 кДНК в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, тогда указанная молекула ANGPTL7 кДНК в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся i) с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7 молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) с частью нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 согласно SEQ ID NO:140; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до: i) положения нуклеотидной последовательности геномной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 мРНК, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) положения нуклеотидной последовательности молекулы ANGPTL7 кДНК, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит: i) цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; ii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137; и/или iii) цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с: i) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; ii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или iii) последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и этап определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК перед этапом амплификации.
В некоторых вариантах осуществления указанный анализ включает в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом указанный заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и проводят обратную транскрипцию указанной мРНК в кДНК до стадии амплификации. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты может присутствовать в клетке, полученной от субъекта-человека.
Вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такую как, например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ANGPTL7, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Например, вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Arg177Stop, Trp188Stop, Lys192Gln или Phe161Ile. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop или Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Gln175His. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Arg177Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Trp188Stop. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Lys192Gln. В некоторых вариантах осуществления вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 кодирует ANGPTL7 Phe161Ile.
В некоторых вариантах осуществления анализ может включать в себя приведение биологического образца в контакт с праймером или зондом, таким как заменоспецифичный праймер или заменоспецифичный зонд, которые специфически гибридизуются с вариантной геномной последовательностью ANGPTL7, вариантной последовательностью мРНК или вариантной последовательностью кДНК, но не с соответствующей референсной последовательностью ANGPTL7 в жестких условиях, и определение того, произошла ли гибридизация.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя секвенирование РНК (РНК-секвенирование). В некоторых вариантах осуществления анализы также включают в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК, например, с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР).
В некоторых вариантах осуществления способы используют зонды и праймеры достаточной нуклеотидной длины для связывания с целевой нуклеотидной последовательностью и, в частности, для обнаружения и/или идентификации полинуклеотида, содержащего молекулу вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, молекулу вариантной мРНК или молекулу вариантной кДНК. Условия гибридизации или условия реакции могут определяться проводящим эксперимент специалистом для достижения данного результата. Эта нуклеотидная длина может быть любой длиной, достаточной для использования в выбранном способе обнаружения, включая любой анализ, описанный или приведенный в качестве примера в данном документе. Такие зонды и праймеры могут специфически гибридизоваться с целевой нуклеотидной последовательностью в условиях гибридизации высокой жесткости. Зонды и праймеры могут быть полностью идентичными последовательности смежных нуклеотидов в пределах целевой нуклеотидной последовательности, хотя с помощью традиционных способов можно конструировать зонды, отличающиеся от целевой нуклеотидной последовательности, но которые сохраняют способность специфическим образом выявлять и/или идентифицировать целевую нуклеотидную последовательность. Соответственно, зонды и праймеры могут быть на около 80%, около 85%, около 90%, около 91%, около 92%, около 93%, около 94%, около 95%, около 96%, около 97%, около 98%, около 99% или на 100% идентичны или комплементарны нуклеотидной последовательности целевой молекулы нуклеиновой кислоты.
В некоторых вариантах осуществления для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК или молекула кДНК) или комплементарная ей молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), или урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 (молекула мРНК), или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 (молекула кДНК), биологический образец может быть подвергнут способу амплификации с использованием пары праймеров, которая включает в себя первый праймер, полученный из 5'-фланкирующей последовательности, прилегающей к тимину в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или урацилу в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или тимину в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, и второй праймер, полученный из 3'-фланкирующей последовательности, прилегающей к тимину в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или урацилу в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или тимину в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, для получения ампликона, который указывает на присутствие SNP в положениях, кодирующих тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8. В некоторых вариантах осуществления указанный ампликон может варьировать в длине от объединенной длины пар праймеров плюс одна пара нуклеотидных оснований до длины любого ампликона, производимого протоколом амплификации ДНК. Это расстояние может находиться в диапазоне от одной пары нуклеотидных оснований до граничного значения реакции амплификации или до около двадцати тысяч пар нуклеотидных оснований. Необязательно, пара праймеров фланкирует область, включающую в себя положения, содержащие тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или урацил положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO 8, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее число нуклеотидов на каждой стороне от положений, содержащих тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8.
В некоторых вариантах осуществления для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК или молекула кДНК) или комплементарная ей молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), или урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 (молекула мРНК), или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 (молекула кДНК), биологический образец может быть подвергнут способу амплификации с использованием пары праймеров, которая включает в себя первый праймер, полученный из 5'-фланкирующей последовательности, прилегающей к тимину в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или урацила в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или тимину в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, и второй праймер, полученный из 3'-фланкирующей последовательности, прилегающей к тимину в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или урацилу в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или тимину в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, для получения ампликона, который указывает на присутствие SNP в положениях, кодирующих тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9. В некоторых вариантах осуществления указанный ампликон может варьировать в длине от объединенной длины пар праймеров плюс одна пара нуклеотидных оснований до длины любого ампликона, производимого протоколом амплификации ДНК. Это расстояние может находиться в диапазоне от одной пары нуклеотидных оснований до граничного значения реакции амплификации или до около двадцати тысяч пар нуклеотидных оснований. Необязательно, пара праймеров фланкирует область, включающую в себя положения, содержащие тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или урацил положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO 9, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее число нуклеотидов на каждой стороне от положений, содержащих тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9.
В некоторых вариантах осуществления для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК или молекула кДНК) или комплементарная ей молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 (молекула мРНК), или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 (молекула кДНК), биологический образец может быть подвергнут способу амплификации с использованием пары праймеров, которая включает в себя первый праймер, полученный из 5'-фланкирующей последовательности, прилегающей к аденину в положении, соответствующем положению 4243 согласно с SEQ ID NO:132, или аденину в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или аденину в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, и второй праймер, полученный из 3'-фланкирующей последовательности, прилегающей к аденину в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132, или аденину в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или аденину в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, для получения ампликона, который указывает на присутствие SNP в положениях, кодирующих аденин в положении, соответствующем положению 4243 согласно SEQ ID NO:132, или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138. В некоторых вариантах осуществления длина ампликона может находиться в диапазоне от комбинированной длины пар праймеров плюс одна пара нуклеотидных оснований до любой длины ампликона, получаемой согласно протоколу ДНК-амплификации. Это расстояние может находиться в диапазоне от одной пары нуклеотидных оснований до граничного значения реакции амплификации или до около двадцати тысяч пар нуклеотидных оснований. Необязательно, пара праймеров фланкирует область, включающую в себя положения, содержащие аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или аденин положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO 138, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее число нуклеотидов на каждой стороне от положений, содержащих аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК или молекула кДНК) или комплементарная ей молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 (молекула мРНК), или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 (молекула кДНК), биологический образец может быть подвергнут способу амплификации с использованием пары праймеров, которая включает в себя первый праймер, полученный из 5'-фланкирующей последовательности, прилегающей к аденину в положении, соответствующем положению 4 325 согласно с SEQ ID NO:133, или аденину в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или аденину в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, и второй праймер, полученный из 3'-фланкирующей последовательности, прилегающей к аденину в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или аденину в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или аденину в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, для получения ампликона, который указывает на присутствие SNP в положениях, кодирующих аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления длина ампликона может находиться в диапазоне от комбинированной длины пар праймеров плюс одна пара нуклеотидных оснований до любой длины ампликона, получаемой согласно протоколу ДНК-амплификации. Это расстояние может находиться в диапазоне от одной пары нуклеотидных оснований до граничного значения реакции амплификации или до около двадцати тысяч пар нуклеотидных оснований. Необязательно, пара праймеров фланкирует область, включающую в себя положения, содержащие аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или аденин положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO 139, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее число нуклеотидов на каждой стороне от положений, содержащих аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139.
В некоторых вариантах осуществления для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК или молекула кДНК) или комплементарная ей молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 (молекула мРНК), или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 (молекула кДНК), биологический образец может быть подвергнут способу амплификации с использованием пары праймеров, которая включает в себя первый праймер, полученный из 5'-фланкирующей последовательности, прилегающей к цитозину в положении, соответствующем положению 4 336 согласно с SEQ ID NO:134, или цитозину в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или цитозину в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, и второй праймер, полученный из 3'-фланкирующей последовательности, прилегающей к цитозину в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или цитозину в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или цитозину в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, для получения ампликона, который указывает на присутствие SNP в положениях, кодирующих цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140. В некоторых вариантах осуществления длина ампликона может находиться в диапазоне от комбинированной длины пар праймеров плюс одна пара нуклеотидных оснований до любой длины ампликона, получаемой согласно протоколу ДНК-амплификации. Это расстояние может находиться в диапазоне от одной пары нуклеотидных оснований до граничного значения реакции амплификации или до около двадцати тысяч пар нуклеотидных оснований. Необязательно, пара праймеров фланкирует область, включающую в себя положения, содержащие цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или цитозин положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO 140, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее число нуклеотидов на каждой стороне от положений, содержащих цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
Пары ПЦР-праймеров могут быть получены из известной последовательности, например, с помощью компьютерных программ, предназначенных для этой цели, таких как инструмент анализа ПЦР-праймеров в Vector NTI, версия 10 (Informax Inc., Бетесда, Мэриленд, США); PrimerSelect (DNASTAR Inc., Медисон, Висконсин, США); и Primer3 (версия 0.4.0©, 1991, Whitehead Institute for Biomedical Research,Кембридж, Массачусетс, США). Кроме того, последовательность можно оценивать визуально и вручную определять праймеры, используя известные руководства.
В данной области техники доступен ряд методик, включая, например, секвенирование нуклеиновых кислот, гибридизацию нуклеиновых кислот и амплификацию нуклеиновых кислот. Иллюстративные примеры методик секвенирования нуклеиновых кислот включают, помимо прочего, секвенирование с терминатором синтеза цепи (по Сэнгеру) и секвенирование с терминатором красителя.
Другие способы включают в себя способы гибридизации нуклеиновых кислот, отличные от секвенирования, включая применение меченных праймеров или зондов, направленных против очищенной ДНК, амплифицированной ДНК и фиксированных клеточных препаратов (флуоресцентная гибридизация in situ (FISH)). В некоторых способах целевую молекулу нуклеиновой кислоты можно амплифицировать до обнаружения или одновременно с ним. Иллюстративные примеры методик амплификации нуклеиновых кислот включают в себя, помимо прочего, полимеразную цепную реакцию (ПЦР), лигазную цепную реакцию (ligase chain reaction, LCR), амплификацию с замещением цепей (strand displacement amplification, SDA) и амплификацию на основании нуклеотидной последовательности (nucleic acid sequence based amplification, NASBA). Другие способы включают в себя, помимо прочего, лигазную цепную реакцию, амплификацию с замещением цепей и термофильную SDA (tSDA).
В методиках гибридизации могут применяться жесткие условия так, чтобы зонд или праймер специфически гибридизовался со своей мишенью. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой последовательностью в выявляемо большей степени, чем с другими, нецелевыми, последовательностями, например, по меньшей мере в 2 раза, по меньшей мере в 3 раза, по меньшей мере в 4 раза или в большее число раз превышая фон, включая превышение фона больше чем в 10 раз. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, по меньшей мере в 2 раза, чем с другими нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, по меньшей мере в 3 раза, чем с другими нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, по меньшей мере в 4 раза, чем с другими нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, чем с другими нуклеотидными последовательностями, по меньшей мере в 10 раз превышая фон. Жесткие условия зависят от последовательности и будут разными в разных обстоятельствах.
Соответствующие условия жесткости, которые стимулируют гибридизацию ДНК, например, 6X хлорид натрия/цитрат натрия (SSC) при температуре около 45°C с последующей промывкой 2X SSC при температуре 50°C, являются известными или же их можно найти в Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6. Как правило, жесткие условия для гибридизации и обнаружения будут таковыми, при которых концентрация соли составляет меньше чем около 1,5 M ионов Na+, как правило, это концентрации ионов Na+ (или других солей) от около 0,01 до около 1,0 M при pH от 7,0 до 8,3, а температура составляет по меньшей мере около 30°C для коротких зондов (например, от 10 до 50 нуклеотидов) и по меньшей мере около 60°C для более длинных зондов (например, больше чем 50 нуклеотидов). Жесткие условия также можно обеспечить путем добавления дестабилизирующих агентов, таких как формамид. Необязательно, буферы для промывки могут содержать от 0,1% до 1% ДСН. Длительность гибридизации в общем случае составляет меньше чем около 24 часов, обычно - от около 4 часов до около 12 часов. Длительность времени промывки будет составлять по меньшей мере тот промежуток времени, который необходим для достижения равновесия.
В данном изобретении также представлены способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ANGPTL7 человека с прогнозируемой потерей функции, включающие в себя проведение анализа образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли полипептид ANGPTL7 в субъекте одну или несколько вариаций, которые приводят к потере функции полипептида (частичной или полной). Например, в некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ANGPTL7 человека с прогнозируемой потерей функции, такого как, например, вариантного полипептида ANGPTL7 Arg177Stop, и включают выполнение анализа образца, полученного от человека для определения, заканчивается ли полипептид ANGPTL7 в указанном образце в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части полипептида, который содержит положения, соответствующие любым положениям, которые являются С-концевыми по отношению к положению 176 согласно SEQ ID NO:11 (такие полипептиды являются эталонными; отсутствие таких положений указывает на то, что полипептид заканчивается по меньшей мере в положении 176 и представляет собой вариантный полипептид ANGPTL7 с прогнозируемой потерей функции). В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения наличия полипептида, который заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, которые гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:2), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:5) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:8). В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с частью молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает положение, соответствующее положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2, или включает положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или SEQ ID NO:8.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ANGPTL7 человека с прогнозируемой потерей функции, такого как, например, вариантного полипептида ANGPTL7 Gln175His, и включают выполнение анализа образца, полученного от человека для определения, заканчивается ли полипептид ANGPTL7 в указанном образце содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 175 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 175 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:12.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, которые гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:3), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:6) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:9). В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с частью молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает положение, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или включает положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или SEQ ID NO:9.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ANGPTL7 человека с прогнозируемой потерей функции, такого как, например, вариантного полипептида ANGPTL7 Phe161Ile, и включают выполнение анализа образца, полученного от человека для определения, заканчивается ли полипептид ANGPTL7 в указанном образце содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 161 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 161 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:141.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, которые гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:132), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:135) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:138). В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с частью молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает положение, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или включает положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ANGPTL7 человека с прогнозируемой потерей функции, такого как, например, вариантного полипептида ANGPTL7 Trp188Stop, и включают выполнение анализа образца, полученного от человека для определения, заканчивается ли полипептид ANGPTL7 в образце в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части полипептида, который содержит положения, соответствующие любым положениям, которые являются С-концевыми по отношению к положению 187 согласно SEQ ID NO:142 (такие полипептиды являются эталонными; отсутствие таких положений указывает на то, что полипептид заканчивается по меньшей мере в положении 187 и представляет собой вариантный полипептид ANGPTL7 с прогнозируемой потерей функции). В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения наличия полипептида, который заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, которые гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:133), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:136) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:139). В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с частью молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает положение, соответствующее положению 4,325 согласно SEQ ID NO:133, или включает положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или SEQ ID NO:139.
Например, в некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ANGPTL7 человека с прогнозируемой потерей функции, такого как, например, вариантного полипептида ANGPTL7 Lys192Gln, и включают выполнение анализа образца, полученного от человека для определения, содержит ли полипептид ANGPTL7 в образце глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 192 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя секвенирование всего полипептида. В некоторых вариантах осуществления этап обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 192 согласно SEQ ID NO:10 или SEQ ID NO:143.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, которые гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:134), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:137) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:140). В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с частью молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которая включает положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или включает положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 11, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 13, по меньшей мере около 14, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 16, по меньшей мере около 17, по меньшей мере около 18, по меньшей мере около 19, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 21, по меньшей мере около 22, по меньшей мере около 23, по меньшей мере около 24, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 55, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 65, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 75, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 85, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 95, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 400, по меньшей мере около 500, по меньшей мере около 600, по меньшей мере около 700, по меньшей мере около 800, по меньшей мере около 900, по меньшей мере около 1000, по меньшей мере около 2000, по меньшей мере около 3000, по меньшей мере около 4000 или по меньшей мере около 5000 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 11, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 13, по меньшей мере около 14, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 16, по меньшей мере около 17, по меньшей мере около 18, по меньшей мере около 19, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 21, по меньшей мере около 22, по меньшей мере около 23, по меньшей мере около 24 или по меньшей мере около 25 нуклеотидов. В предпочтительных вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 18 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 15 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 10 до около 35, от около 10 до около 30, от около 10 до около 25, от около 12 до около 30, от около 12 до около 28, от около 12 до около 24, от около 15 до около 30, от около 15 до около 25, от около 18 до около 30, от около 18 до около 25, от около 18 до около 24 или от около 18 до около 22 нуклеотидов. В предпочтительных вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 18 до около 30 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновой кислоты гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:2), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:5) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:8) в жестких условиях. Такие молекулы нуклеиновых кислот могут использоваться, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, помимо прочего, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа и может использоваться в любом из способов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с по меньшей мере около 15 смежными нуклеотидами молекулы нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% или на 100% идентична молекулам вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:2), молекулам вариантной мРНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:5) и/или молекулам вариантной кДНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:8). В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов, или по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 100 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные заменоспецифичные зонды или заменоспецифичные праймеры содержат по меньшей мере около 15 нуклеотидов, при этом указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит положение, соответствующее: положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновой кислоты гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:3), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:6) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:9) в жестких условиях. Такие молекулы нуклеиновых кислот могут использоваться, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, помимо прочего, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа и может использоваться в любом из способов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с по меньшей мере около 15 смежными нуклеотидами молекулы нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% или на 100% идентична молекулам вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:3), молекулам вариантной мРНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:6) и/или молекулам вариантной кДНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:9). В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов, или по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 100 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные заменоспецифичные зонды или заменоспецифичные праймеры содержат по меньшей мере около 15 нуклеотидов, при этом указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит положение, соответствующее: положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновой кислоты гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:132), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:135) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:138) в жестких условиях. Такие молекулы нуклеиновых кислот могут использоваться, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, помимо прочего, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа и может использоваться в любом из способов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с по меньшей мере около 15 смежными нуклеотидами молекулы нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% или на 100% идентична молекулам вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:132), молекулам вариантной мРНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:135) и/или молекулам вариантной кДНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:138). В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов, или по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 100 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные заменоспецифичные зонды или заменоспецифичные праймеры содержат по меньшей мере около 15 нуклеотидов, при этом указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит положение, соответствующее: положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновой кислоты гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:133), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:136) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:139) в жестких условиях. Такие молекулы нуклеиновых кислот могут использоваться, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, помимо прочего, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа и может использоваться в любом из способов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с по меньшей мере около 15 смежными нуклеотидами молекулы нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% или на 100% идентична молекулам вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:133), молекулам вариантной мРНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:136) и/или молекулам вариантной кДНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:139). В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов, или по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 100 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные заменоспецифичные зонды или заменоспецифичные праймеры содержат по меньшей мере около 15 нуклеотидов, при этом указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит положение, соответствующее: положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновой кислоты гибридизуются с вариантными молекулами геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:134), вариантными молекулами мРНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:137) и/или вариантными молекулами кДНК ANGPTL7 (такими как SEQ ID NO:140) в жестких условиях. Такие молекулы нуклеиновых кислот могут использоваться, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, помимо прочего, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа и может использоваться в любом из способов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с по меньшей мере около 15 смежными нуклеотидами молекулы нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% или на 100% идентична молекулам вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:134), молекулам вариантной мРНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:137) и/или молекулам вариантной кДНК ANGPTL7 (таким как SEQ ID NO:140). В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов, или по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 100 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные заменоспецифичные зонды или заменоспецифичные праймеры содержат по меньшей мере около 15 нуклеотидов, при этом указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная часть содержит положение, соответствующее: положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положение, соответствующее положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность.
В некоторых вариантах осуществления указанные заменоспецифичные зонды и заменоспецифичные праймеры содержат ДНК. В некоторых вариантах осуществления указанные заменоспецифичные зонды и заменоспецифичные праймеры содержат РНК.
В некоторых вариантах осуществления указанные зонды и праймеры, описанные в данном документе (включая заменоспецифичные зонды и заменоспецифичные праймеры), имеют нуклеотидную последовательность, которая специфически гибридизуется с любой из молекул нуклеиновых кислот, описанных в данном документе, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные зонды и праймеры специфически гибридизуются с любой из молекул нуклеиновых кислот, описанных в данном документе, в жестких условиях.
В некоторых вариантах осуществления указанные праймеры, включая заменоспецифичные праймеры, могут использоваться при секвенировании второго поколения или при высокопроизводительном секвенировании. В некоторых случаях указанные праймеры, включая заменоспецифичные праймеры, могут быть модифицированными. В частности, указанные праймеры могут содержать различные модификации, которые используются на разных стадиях, например, массивно-параллельного опознавательного секвенирования (MPSS), полони-секвенирования и 454-пиросеквенирования. Модифицированные праймеры могут использоваться на нескольких стадиях процесса, включая биотинилированные праймеры на стадии клонирования и флуоресцентно меченые праймеры, используемые на стадии загрузки микрогранул и на стадии обнаружения. Полони-секвенирование обычно выполняют с использованием библиотеки парных концевых тегов, в которой длина каждой молекулы матрицы ДНК составляет около 135 п. о. Биотинилированные праймеры используются на стадии загрузки микрогранул и эмульсионной ПЦР. Флуоресцентно меченые вырожденные нонамерные олигонуклеотиды используются на стадии обнаружения. Адаптер может содержать 5'-биотиновую метку для иммобилизации библиотеки ДНК на микрогранулы, покрытые стрептавидином.
Описанные в данном документе зонды и праймеры можно применять для обнаружения вариации C4,291T в вариантной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:2) или вариации C529U в вариантной молекуле мРНК ANGPTL7. (такой как, например, согласно SEQ ID NO:5), или вариации C529T в вариантной молекуле кДНК ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:8). Например, праймеры можно применять для амплификации вариантных молекул геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию C4,291T. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной мРНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию C529U. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной кДНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию C529T.
Описанные в данном документе зонды и праймеры можно применять для обнаружения вариации G4,287T в вариантной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:3) или вариации G525U в вариантной молекуле мРНК ANGPTL7. (такой как, например, согласно SEQ ID NO:6), или вариации G525T в вариантной молекуле кДНК ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:9). Например, праймеры можно применять для амплификации вариантных молекул геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию G4,287T. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной мРНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию G525U. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной кДНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию G525T.
Описанные в данном документе зонды и праймеры можно применять для обнаружения вариации T4,243A в вариантной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:132) или вариации U481A в вариантной молекуле мРНК ANGPTL7. (такой как, например, согласно SEQ ID NO:135), или вариации T481A в вариантной молекуле кДНК ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:138). Например, праймеры можно применять для амплификации вариантных молекул геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию T4,243A. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной мРНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию U481A. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной кДНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию T481A.
Описанные в данном документе зонды и праймеры можно применять для обнаружения вариации G4,325A в вариантной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:133) или вариации G563A в вариантной молекуле мРНК ANGPTL7. (такой как, например, согласно SEQ ID NO:136), или вариации G563A в вариантной молекуле кДНК ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:139). Например, праймеры можно применять для амплификации вариантных молекул геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию G4,325A. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной мРНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию G563A. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной кДНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию G563A.
Описанные в данном документе зонды и праймеры можно применять для обнаружения вариации A4,336C в вариантной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:134) или вариации A574C в вариантной молекуле мРНК ANGPTL7. (такой как, например, согласно SEQ ID NO:137), или вариации A574C в вариантной молекуле кДНК ANGPTL7 (такой как, например, согласно SEQ ID NO:140). Например, праймеры можно применять для амплификации вариантных молекул геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию A4,336C. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной мРНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию A574C. Праймеры также можно применять для амплификации вариантной кДНК ANGPTL7 или ее фрагмента, содержащего вариацию A574C.
В данном изобретении также представлены пары праймеров, содержащие любой из праймеров, описанных выше. Если один из 3'-концов праймера гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 4291 (а не тимином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 4291 (а не цитозином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный тимину в положении, соответствующем положению 4291 в SEQ ID NO:2, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 529 (а не урацилом) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:5) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы мРНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с урацилом в положении, соответствующем положению 529 (а не цитозином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:5) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный урацилу в положении, соответствующем положению 529 в SEQ ID NO:5, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 529 (а не тимином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:8) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы кДНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 529 (а не цитозином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:8) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы кДНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный тимину в положении, соответствующем положению 529 в SEQ ID NO:8, может находиться на 3'-конце указанного праймера.
В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, причем эта часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:2 в части, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы мРНК ANGPTL7, причем эта часть содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой мРНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:5 в части, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы кДНК ANGPTL7, причем эта часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой кДНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:8 в части, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты.
Если один из 3'-концов праймера гибридизуется с гуанином в положении, соответствующем положению 4 287 (а не тимином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:3) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 4 287 (а не гуанином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:3) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный тимину в положении, соответствующем положению 4 287 в SEQ ID NO:3, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с гуанином в положении, соответствующем положению 525 (а не урацилом) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:6) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы мРНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с урацилом в положении, соответствующем положению 525 (а не гуанином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:6) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный урацилу в положении, соответствующем положению 525 в SEQ ID NO:6, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с гуанином в положении, соответствующем положению 525 (а не тимином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:9) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы кДНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 525 (а не гуанином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:9) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы кДНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный тимину в положении, соответствующем положению 525 в SEQ ID NO:9, может находиться на 3'-конце указанного праймера.
В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, причем эта часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:3 в части, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы мРНК ANGPTL7, причем эта часть содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой мРНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:6 в части, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы кДНК ANGPTL7, причем эта часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой кДНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:9 в части, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты.
Если один из 3'-концов праймера гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 4 243 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:132) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 4 243 (а не тимином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:132) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный аденину в положении, соответствующем положению 4243 в соответствии с SEQ ID NO:132, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с урацилом в положении, соответствующем положению 481 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:135) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы мРНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 481 (а не урацилом) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:135) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный аденину в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 481 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:138) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы кДНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 481 (а не тимином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:138) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы кДНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный аденину в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, может находиться на 3'-конце указанного праймера.
В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, причем эта часть содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:132 в части, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы мРНК ANGPTL7, причем эта часть содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой мРНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:135 в части, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы кДНК ANGPTL7, причем эта часть содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой кДНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:138 в части, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты.
Если один из 3'-концов праймера гибридизуется с гуанином в положении, соответствующем положению 4 325 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:133) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 4 325 (а не гуанином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:133) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный аденину в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с гуанином в положении, соответствующем положению 563 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:136) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы мРНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 563 (а не гуанином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:136) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный аденину в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с гуанином в положении, соответствующем положению 563 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:139) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы кДНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 563 (а не гуанином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:139) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы кДНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный аденину в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, может находиться на 3'-конце указанного праймера.
В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, причем эта часть содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:133 в части, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы мРНК ANGPTL7, причем эта часть содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой мРНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:136 в части, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы кДНК ANGPTL7, причем эта часть содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID 139, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой кДНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:139 в части, содержащей аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты.
Если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 4 336 (а не цитозином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:134) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 4 336 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:134) в конкретной молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, тогда присутствие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный цитозину в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 574 (а не цитозином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:137) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы мРНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с цитизином в положении, соответствующем положению 574 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:137) в конкретной молекуле мРНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы мРНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный цитозину в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, может находиться на 3'-конце указанного праймера. Кроме того, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с аденином в положении, соответствующем положению 574 (а не цитозином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:140) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие эталонной молекулы кДНК ANGPTL7. И наоборот, если один из 3'-концов праймера гибридизуется с цитизином в положении, соответствующем положению 574 (а не аденином) (сравнивая SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:140) в конкретной молекуле кДНК ANGPTL7, тогда наличие амплифицированного фрагмента указывало бы на наличие вариантной молекулы кДНК ANGPTL7. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный цитозину в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, может находиться на 3'-конце указанного праймера.
В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, причем эта часть содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:134 в части, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы мРНК ANGPTL7, причем эта часть содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой мРНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:137 в части, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с частью молекулы кДНК ANGPTL7, причем эта часть содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления зонды или праймеры содержат нуклеотидную последовательность, которая гибридизуется с молекулой кДНК ANGPTL7, содержащей SEQ ID NO:140 в части, содержащей цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или которая гибридизуется с комплементом этой молекулы нуклеиновой кислоты.
В контексте данного документа фраза «специфически гибридизуется» означает, что зонд или праймер (такой как, например, заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер) не гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулу референсной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, молекулу референсной мРНК ANGPTL7 и/или молекулу референсной кДНК ANGPTL7.
В некоторых вариантах осуществления зонды (такие как, например, заменоспецифичный зонд) содержат метку. В некоторых вариантах осуществления указанная метка представляет собой флуоресцентную метку, радиоизотопную метку или биотин.
В данном изобретении также представлены подложки, содержащие субстрат, к которому присоединены один или большее число из описанных в данном документе зондов. Твердые подложки представляют собой твердофазные субстраты или подложки, с которыми могут связываться молекулы, такие как любые из описанных в данном документе зондов Твердая подложка имеет форму матрицы. Другой формой твердой подложки является матричный детектор. Матричный детектор представляет собой твердую подложку, с которой были сопряжены различные зонды в виде матрицы, решетки или другой упорядоченной структуры. Формой твердофазного субстрата является микротитровальный планшет, такой как стандартный планшет 96-луночного типа. В некоторых вариантах осуществления можно применять многолуночные стеклянные слайды, которые обычно содержат одну матрицу на лунку.
В данном изобретении также представлены молекулярные комплексы, содержащие или состоящие из любой из молекул нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК) или комплементарных им нуклеотидных последовательностей, описанных в данном документе, и любого из заменоспецифичных праймеров или заменоспецифичных зондов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекулы геномной нуклеиновой кислоты, молекулы мРНК или молекулы кДНК) или комплементарные им нуклеотидные последовательности в указанных молекулярных комплексах являются одноцепочечными. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой любую из молекул геномных нуклеиновых кислот, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой любую из молекул мРНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой любую из молекул кДНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из любой из молекул нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК) или комплементарных им нуклеотидных последовательностей, описанных в данном документе, и любого из заменоспецифичных праймеров, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из любой из молекул нуклеиновой кислоты ANGPTL7 (молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК) или комплементарных им нуклеотидных последовательностей, описанных в данном документе, и любого из заменоспецифичных зондов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит заменоспецифичный зонд и заменоспецифичный праймер, содержащие метку. В некоторых вариантах осуществления указанная метка представляет собой флуоресцентную метку, радиоизотопную метку или биотин. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс дополнительно содержит нечеловеческую полимеразу.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанный полипептид заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:11 и заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:11, и заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:11, и заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:11, и заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:11, и заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:11, и заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11.
В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:11. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:11.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанный полипептид заканчивается в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:12 и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12.
В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:12. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:12.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанный полипептид содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:141 и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141.
В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:141. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:141.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанный полипептид заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:142 и заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:142, и заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:142, и заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:142, и заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:142, и заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:142, и заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142.
В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:142. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:142.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанный полипептид заканчивается в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:143 и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, имеющий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143.
В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:143. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты кодирует полипептид ANGPTL7, содержащий SEQ ID NO:143.
Нуклеотидная последовательность молекулы эталонной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:1. В отношении SEQ ID NO:1, положение 4291 эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой цитозин. В отношении SEQ ID NO:1, положение 4287 эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой гуанин. В отношении SEQ ID NO:1, положение 4 243 эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой тимин. В отношении SEQ ID NO:1, положение 4 325 эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой гуанин. В отношении SEQ ID NO:1, положение 4 336 эталонной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 представляет собой аденин.
Существует вариантная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, в которой цитозин в положении 4291 (относится к эталонной геномной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1) заменен тимином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:2.
Существует другая вариантная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, в которой гуанин в положении 4 287 (относится к эталонной геномной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1) заменен тимином. Нуклеотидная последовательность этой молекула вариантной геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:3.
Существует другая вариантная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, в которой тимин в положении 4 243 (относится к эталонной геномной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1) заменен аденином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:132.
Существует другая вариантная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, в которой гуанин в положении 4 325 (относится к эталонной геномной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1) заменен аденином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:133.
Существует другая вариантная молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, в которой аденин в положении 4 336 (относится к эталонной геномной последовательности, приведенной в SEQ ID NO:1) заменен цитозином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:134.
В настоящем изобретении предлагаются выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 (C4,291T) согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 (C4,291T) согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 (C4,291T) согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон TGA в положениях, соответствующих положениям от 4289 до 4291 согласно SEQ ID NO:2.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:2 и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:2, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:2, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:2, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:2, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:2, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 4289 по 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат SEQ ID NO:2. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты состоят из SEQ ID NO:2.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 (G4,287T) согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 (G4,287T) согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 (G4,287T) согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон CAT в положениях, соответствующих положениям от 4 285 до 4 287 согласно SEQ ID NO:3.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:3 и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:3, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:3, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:3, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:3, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:3, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 4 285 по 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат SEQ ID NO:3. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты состоят из SEQ ID NO:3.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 (T4,243A) согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 (T4,243A) согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 (T4,243A) согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон ATC в положениях, соответствующих положениям от 4 243 до 4 245 согласно SEQ ID NO:132.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:132 и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:132, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:132, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:132, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:132, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:132, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 4 243 по 4 245 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат SEQ ID NO:132. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из SEQ ID NO:132.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 (G4,325A) согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 (G4,325A) согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 (G4,325A) согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон TAG в положениях, соответствующих положениям от 4 324 до 4 326 согласно SEQ ID NO:133.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:133 и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:133, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:133, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:133, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:133, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:133, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 4 324 по 4 326 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат SEQ ID NO:133. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из SEQ ID NO:133.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 (A4,336C) согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 (A4,336C) согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 (A4,336C) согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон CAG в положениях, соответствующих положениям от 4 336 до 4 338 согласно SEQ ID NO:134.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:134 и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:134, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:134, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:134, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:134, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновой кислоты содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:134, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 4 336 по 4 338 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат SEQ ID NO:134. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты состоят из SEQ ID NO:134.
Молекулы геномной нуклеиновой кислоты могут происходить из любого организма. Например, молекулы геномной нуклеиновой кислоты могут быть ортологами из организма человека или ортологами из другого организма, такого как не относящееся к человеку млекопитающее, грызун, мышь или крыса. Понятно, что генные последовательности в рамках популяции могут варьироваться из-за полиморфизмов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы. В приведенных в данном документе примерах представлены просто типовые последовательности. Другие последовательности также возможны.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат меньше, чем вся последовательность геномной ДНК. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат или состоят из по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 400, по меньшей мере около 500, по меньшей мере около 600, по меньшей мере около 700, по меньшей мере около 800, по меньшей мере около 900, по меньшей мере около 1000, по меньшей мере около 2000, по меньшей мере около 3000, по меньшей мере около 4000 или по меньшей мере около 5000 смежных нуклеотидов любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:133 и/или SEQ ID NO:134. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат или состоят из по меньшей мере от около 1000 до около 2000 смежных нуклеотидов любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:132, SEQ ID NO:133 и/или SEQ ID NO:134. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы геномной нуклеиновой кислоты содержат тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или содержат тимин в положении, соответствующем положению 4287 согласно SEQ ID NO:3, или содержат аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134.
Нуклеотидная последовательность эталонной молекулы мРНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:4. Ссылаясь на SEQ ID NO:4, положение 529 эталонной молекулы мРНК ANGPTL7 представляет собой цитозин. В отношении SEQ ID NO:4, положение 525 эталонной молекулы мРНК ANGPTL7 представляет собой гуанин. В отношении SEQ ID NO:4, положение 481 эталонной молекулы мРНК ANGPTL7 представляет собой урацил. В отношении SEQ ID NO:4, положение 563 эталонной молекулы мРНК ANGPTL7 представляет собой гуанин. В отношении SEQ ID NO:4, положение 574 эталонной молекулы мРНК ANGPTL7 представляет собой аденин.
Существует вариантная молекула мРНК ANGPTL7, в которой цитозин в положении 529 (относится к эталонной последовательности мРНК, приведенной в SEQ ID NO:4) заменен урацилом. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной мРНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:5.
Существует другая вариантная молекула мРНК ANGPTL7, в которой гуанин в положении 525 (относится к эталонной последовательности мРНК, приведенной в SEQ ID NO:4) заменен урацилом. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы мРНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:6.
Существует другая вариантная молекула мРНК ANGPTL7, в которой урацил в положении 481 (относится к эталонной последовательности мРНК, приведенной в SEQ ID NO:4) заменен аденином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы мРНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:135.
Существует другая вариантная молекула мРНК ANGPTL7, в которой гуанин в положении 563 (относится к эталонной последовательности мРНК, приведенной в SEQ ID NO:4) заменен аденином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы мРНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:136.
Существует другая вариантная молекула мРНК ANGPTL7, в которой аденин в положении 574 (относится к эталонной последовательности мРНК, приведенной в SEQ ID NO:4) заменен цитозином. Нуклеотидная последовательность этой вариантной молекулы мРНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:137.
В настоящем изобретении предлагаются выделенные молекулы мРНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон UGA в положениях, соответствующих положениям от 529 до 531 согласно SEQ ID NO:5.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:5 и содержат кодон UGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:5, и содержат кодон UGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:5, и содержат кодон UGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:5, и содержат кодон UGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:5, и содержат кодон UGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:5, и содержат кодон UGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат SEQ ID NO:5. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из SEQ ID NO:5.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы мРНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из нуклеотидной оследовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон CAU в положениях, соответствующих положениям от 523 до 525 согласно SEQ ID NO:6.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:6 и содержат кодон CAU в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:6, и содержат кодон CAU в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:6, и содержат кодон CAU в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:6, и содержат кодон CAU в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:6, и содержат кодон CAU в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:6, и содержат кодон CAU в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат SEQ ID NO:6. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из SEQ ID NO:6.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы мРНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон AUC в положениях, соответствующих положениям от 481 до 483 согласно SEQ ID NO:135.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:135 и содержат кодон AUC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:135, и содержат кодон AUC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:135, и содержат кодон AUC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:135, и содержат кодон AUC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:135, и содержат кодон AUC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:135, и содержат кодон AUC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:135, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК содержат SEQ ID NO:135. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК состоят из SEQ ID NO:135.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы мРНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из нуклеотидной оследовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон UAG в положениях, соответствующих положениям от 562 до 564 согласно SEQ ID NO:136.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:136 и содержат кодон UAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:136, и содержат кодон UAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:136, и содержат кодон UAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:136, и содержат кодон UAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:136, и содержат кодон UAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:136, и содержат кодон UAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК содержат SEQ ID NO:136. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК состоят из SEQ ID NO:136.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы мРНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон CAG в положениях, соответствующих положениям от 574 до 576 согласно SEQ ID NO:137.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:137 и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:137, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:137, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:137, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:137, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:137, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:137, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК содержат SEQ ID NO:137. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК состоят из SEQ ID NO:137.
Молекулы мРНК могут происходить из любого организма. Например, молекулы мРНК могут быть ортологами из организма человека или ортологами из другого организма, такого как не относящееся к человеку млекопитающее, грызун, мышь или крыса. Следует понимать, что последовательности мРНК в пределах популяции могут варьироваться из-за полиморфизмов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы. В приведенных в данном документе примерах представлены просто типовые последовательности. Другие последовательности также возможны.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК содержат меньше, чем вся последовательность мРНК. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 400 или по меньшей мере около 500 смежных нуклеотидов любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:136 и/или SEQ ID NO:137. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы мРНК содержат или состоят из по меньшей мере от около 400 до около 500 смежных нуклеотидов любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:136 и/или SEQ ID NO:137. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы мРНК содержат урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5, или урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6, или аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135, или аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136, или цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137.
Нуклеотидная последовательность эталонной молекулы кДНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:7. Ссылаясь на SEQ ID NO:7, положение 529 эталонной молекулы кДНК ANGPTL7 представляет собой цитозин. В отношении SEQ ID NO:7, положение 525 эталонной молекулы кДНК ANGPTL7 представляет собой гуанин. В отношении SEQ ID NO:7, положение 481 эталонной молекулы кДНК ANGPTL7 представляет собой тимин. В отношении SEQ ID NO:7, положение 563 эталонной молекулы кДНК ANGPTL7 представляет собой гуанин. В отношении SEQ ID NO:7, положение 574 эталонной молекулы кДНК ANGPTL7 представляет собой аденин.
Существует вариантная молекула кДНК ANGPTL7, в которой цитозин в положении 529 (относится к эталонной последовательности кДНК, приведенной в SEQ ID NO:7) заменен тимином. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной кДНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:8.
Существует другая вариантная молекула кДНК ANGPTL7, в которой гуанин в положении 525 (относится к эталонной последовательности кДНК, приведенной в SEQ ID NO:7) заменен тимином. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной кДНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:9.
Существует другая вариантная молекула кДНК ANGPTL7, в которой тимин в положении 481 (относится к эталонной последовательности кДНК, приведенной в SEQ ID NO:7) заменен аденином. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной кДНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:138.
Существует другая вариантная молекула кДНК ANGPTL7, в которой гуанин в положении 563 (относится к эталонной последовательности кДНК, приведенной в SEQ ID NO:7) заменен аденином. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной кДНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:139.
Существует другая вариантная молекула кДНК ANGPTL7, в которой аденин в положении 574 (относится к эталонной последовательности кДНК, приведенной в SEQ ID NO:7) заменен цитозином. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной кДНК ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:140.
В настоящем изобретении предлагаются выделенные молекулы кДНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон TGA в положениях, соответствующих положениям от 529 до 531 согласно SEQ ID NO:8.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:8 и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:8, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:8, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:8, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:8, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:8, и содержат кодон TGA в положениях, соответствующих положениям с 529 по 531 согласно SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат SEQ ID NO:8. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из SEQ ID NO:8.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы кДНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон CAT в положениях, соответствующих положениям от 523 до 525 согласно SEQ ID NO:9.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:9 и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:9, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:9, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:9, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:9, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:9, и содержат кодон CAT в положениях, соответствующих положениям с 523 по 525 согласно SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат SEQ ID NO:9. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из SEQ ID NO:9.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы кДНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон ATC в положениях, соответствующих положениям от 481 до 483 согласно SEQ ID NO:138.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:138 и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:138, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:138, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:138, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:138, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:138, и содержат кодон ATC в положениях, соответствующих положениям с 481 по 483 согласно SEQ ID NO:138, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК содержат SEQ ID NO:138. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК состоят из SEQ ID NO:138.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы кДНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из нуклеотидной оследовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон TAG в положениях, соответствующих положениям от 562 до 564 согласно SEQ ID NO:139.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:139 и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:139, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:139, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:139, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:139, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:139, и содержат кодон TAG в положениях, соответствующих положениям с 562 по 564 согласно SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК содержат SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК состоят из SEQ ID NO:139.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные молекулы кДНК, содержащие или состоящие из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарную нуклеотидную последовательность. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК состоят из нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит кодон CAG в положениях, соответствующих положениям от 574 до 576 согласно SEQ ID NO:140.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична последовательности SEQ ID NO:140 и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 90% идентична последовательности SEQ ID NO:140, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 92% идентична последовательности SEQ ID NO:140, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 94% идентична последовательности SEQ ID NO:140, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 96% идентична последовательности SEQ ID NO:140, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из нуклеотидной последовательности, которая по меньшей мере на около 98% идентична последовательности SEQ ID NO:140, и содержат кодон CAG в положениях, соответствующих положениям с 574 по 576 согласно SEQ ID NO:140, или комплементарной нуклеотидной последовательности. В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК содержат SEQ ID NO:140. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК состоят из SEQ ID NO:140.
Молекулы кДНК могут происходить из любого организма. Например, молекулы кДНК могут быть ортологами из организма человека или ортологами из другого организма, такого как не относящееся к человеку млекопитающее, грызун, мышь или крыса. Следует понимать, что последовательности кДНК в пределах популяции могут варьироваться из-за полиморфизмов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы. В приведенных в данном документе примерах представлены просто типовые последовательности. Другие последовательности также возможны.
В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК содержат меньше, чем вся последовательность кДНК. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 400 или по меньшей мере около 500 смежных нуклеотидов любой одной или большего количества из следующих SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:139 и/или SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы кДНК содержат или состоят из по меньшей мере от около 400 до около 500 смежных нуклеотидов любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:138, SEQ ID NO:139 и/или SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы кДНК содержат тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы кДНК содержат тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы кДНК содержат аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы кДНК содержат аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные молекулы кДНК содержат цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140.
В настоящем изобретении также предлагаются фрагменты любой из выделенных молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из, по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 11, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 13, по меньшей мере около 14, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 16, по меньшей мере около 17, по меньшей мере около 18, по меньшей мере около 19, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 21, по меньшей мере около 22, по меньшей мере около 23, по меньшей мере около 24, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 55, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 65, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 75, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 85, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 95 или по меньшей мере около 100 смежных нуклеотидов любой из молекул нуклеиновой кислоты, описанных в данном документе, или любой комплементарной нуклеотидной последовательности. В этом отношении более длинные фрагменты предпочтительнее более коротких.
В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30 или по меньшей мере около 35 смежных нуклеотидов любой из молекул нуклеиновой кислоты, описанных в данном документе, или любой комплементарной нуклеотидной последовательности. В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из части молекулы нуклеиновой кислоты, которая включает положение, соответствующее положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или включает положение, соответствующее положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или SEQ ID NO:8. В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из части молекулы нуклеиновой кислоты, которая включает положение, соответствующее положению 4287 согласно SEQ ID NO:3, или включает положение, соответствующее положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или SEQ ID NO:9. В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из части молекулы нуклеиновой кислоты, которая включает положение, соответствующее положению 4243 согласно SEQ ID NO:132, или включает положение, соответствующее положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или SEQ ID NO:138. В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из части молекулы нуклеиновой кислоты, которая включает положение, соответствующее положению 4325 согласно SEQ ID NO:133, или включает положение, соответствующее положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или SEQ ID NO:139. В некоторых вариантах осуществления указанные фрагменты содержат или состоят из части молекулы нуклеиновой кислоты, которая включает положение, соответствующее положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или включает положение, соответствующее положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или SEQ ID NO:140. Такие фрагменты можно применять, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, помимо прочего, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа.
В настоящем изобретении также предлагаются функциональные полинуклеотиды, которые могут взаимодействовать с описанными молекулами нуклеиновой кислоты. Функциональные полинуклеотиды представляют собой молекулы нуклеиновых кислот, которые имеют определенную функцию, такую как связывание целевой молекулы или катализ определенной реакции. Примеры функциональных полинуклеотидов включают в себя, помимо прочего, антисмысловые молекулы, аптамеры, рибозимы, молекулы, образующие тройную спираль, и внешние гидовые последовательности. Функциональные полинуклеотиды могут действовать как эффекторы, ингибиторы, модуляторы и стимуляторы определенного вида активности, которым обладает целевая молекула, или же функциональные полинуклеотиды могут обладать видом активности de novo, независимо от любых других молекул.
Описанные в данном документе выделенные молекулы нуклеиновых кислот могут включать в себя РНК, ДНК или как РНК, так и ДНК. Выделенные молекулы нуклеиновых кислот также могут быть связаны или слиты с гетерологичной нуклеотидной последовательностью, такой как вектор, или с гетерологичной меткой. Например, описанные в данном документе выделенные молекулы нуклеиновых кислот могут находиться в векторе или экзогенной донорной последовательности, содержащей выделенную молекулу нуклеиновой кислоты и гетерологичную последовательность нуклеиновой кислоты. Выделенные молекулы нуклеиновых кислот также могут быть связаны или слиты с гетерологичной меткой, такой как флуоресцентная метка.
Указанная метка может быть обнаруживаемой напрямую (такой как, например, флуорофор) или обнаруживаемой опосредовано (такой как, например, гаптен, фермент или гаситель флуорофоров). Такие метки могут обнаруживаться спектроскопическими, фотохимическими, биохимическими, иммунохимическими или химическими средствами. Такие метки включают в себя, например, радиоизотопные метки, пигменты, красители, хромогены, спиновые метки и флуоресцентные метки. Метка также может представлять собой, например, хемилюминесцентное вещество; металлсодержащее вещество; или фермент, где происходит ферментозависимая вторичная генерация сигнала. Термин «метка» может также относиться к «тегу» или гаптену, которые могут избирательно связываться с конъюгированной молекулой таким образом, что данная конъюгированная молекула при последующем добавлении вместе с субстратом используется для генерации обнаруживаемого сигнала. Например, биотин может использоваться в качестве тега вместе с авидином или стрептавидиновым конъюгатом пероксидата хрена (HRP) для связывания с тегом, и исследован с использованием калориметрического субстрата (такого как, например, тетраметилбензидин (TMB)) или флуорогенного субстрата для обнаружения присутствия HRP. Иллюстративные метки, которые можно использовать в качестве тегов для облегчения очистки, включают в себя, помимо прочего, myc, HA, FLAG или 3XFLAG, 6XHis или полигистидин, глутатион-S-трансферазу (glutathione-S-transferase, GST), мальтозосвязывающий белок, эпитопный тег или Fc-часть иммуноглобулина. Многочисленные метки включает в себя, например, частицы, флуорофоры, гаптены, ферменты и их калориметрические, флуорогенные и хемилюминесцентные субстраты, и другие метки.
Описанные в данном документе молекулы нуклеиновых кислот могут содержать, например, нуклеотиды или не встречающиеся в природе нуклеотиды, или модифицированные нуклеотиды, такие как нуклеотидные аналоги или нуклеотидные заместители. Такие нуклеотиды включают в себя нуклеотид, который содержит модифицированные основание, сахар или фосфатную группу, или в структуру которого включен не встречающийся в природе фрагмент. Примеры не встречающихся в природе нуклеотидов включают в себя, помимо прочего, дидезоксинуклеотиды, биотинилированные, аминированные, дезаминированные, алкилированные, бензилированные и флуорофор-меченые нуклеотиды.
Описанные в данном документе молекулы нуклеиновых кислот также могут содержать один или большее число нуклеотидных аналогов или замен. Нуклеотидный аналог представляет собой нуклеотид, который содержит модификацию либо в основании, либо в сахарном или фосфатном фрагментах. Модификации в основном фрагменте включают в себя, помимо прочего, природные и синтетические модификации A, C, G и T/U, а также разные пуриновые или пиримидиновые основания, такие как, например, псевдоуридин, урацил-5-ил, гипоксантин-9-ил (I) и 2-аминоаденин-9-ил. Модифицированные нуклеотидные основания включают в себя следующие, помимо прочих: 5-метилцитозин (5-me-C), 5-гидроксиметилцитозин, ксантин, гипоксантин, 2-аминоаденин, 6-метил и другие алкильные производные аденина и гуанина, 2-пропил и другие алкильные производные аденина и гуанина, 2-тиоурацил, 2-тиотимин и 2-тиоцитозин, 5-галоген- урацил и цитозин, 5-пропинил- урацил и цитозин, 6-азо- урацил, цитозин и тимин, 5-урацил (псевдоурацил), 4-тиоурацил, 8-галоген-, 8-амино-, 8-тиол-, 8-тиоалкил-, 8-гидроксил- и другие 8-замещенные аденины и гуанины, 5-галоген- (такой как, например, 5-бром-), 5-трифторметил- и другие 5-замещенные урацилы и цитозины, 7-метилгуанин, 7-метиладенин, 8-азагуанин, 8-азааденин, 7-деазагуанин, 7-деазааденин, 3-деазагуанин и 3-деазааденин.
Нуклеотидные аналоги также могут содержать модификации сахарного фрагмента. Модификации сахарного фрагмента включают в себя, помимо прочего, природные модификации рибозы и дезоксирибозы, а также синтетические модификации. Модификации сахара включают, помимо прочего, следующие модификации в положении 2': ОН; F; О-, S- или N-алкил; О-, S- или N-алкенил; О-, S- или N-алкинил; или O-алкил-O-алкил, где алкил, алкенил и алкинил могут быть замещенными или незамещенными C1-10алкилом или C2-10алкенилом, а также C2-10алкинилом. Иллюстративные модификации сахара в положении 2' также включают в себя, помимо прочих: -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3, -O(CH2)n-ONH2 и -O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2, где n и m равны от 1 до около 10. Другие модификации в положении 2' включают в себя, помимо прочего, C1-10алкил, замещенный низший алкил, алкарил, аралкил, O-алкарил или O-аралкил, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, гетероциклоалкил, гетероциклоалкарил, аминоалкиламино, полиалкиламино, замещенный силил, РНК-расщепляющую группу, репортерную группу, интеркалятор, группу для улучшения фармакокинетических свойств олигонуклеотида или группу для улучшения фармакодинамических свойств олигонуклеотида и другие заместители, имеющие сходные свойства. Сходные модификации также можно осуществлять в других положениях сахара, в частности, в положении 3' сахара в 3'-концевом нуклеотиде или в 2'-5'-связанных олигонуклеотидах и в положении 5' сахара в 5'-концевом нуклеотиде. Модифицированные сахара также могут включать в себя те, которые содержат модификации в мостиковом кислороде кольца, такие как CH2 и S. Нуклеотидные сахарные аналоги также могут содержать сахарные миметики, такие как циклобутильные фрагменты, на месте пентофуранозного сахара.
Нуклеотидные аналоги также могут быть модифицированы в фосфатном фрагменте. Модифицированные фосфатные фрагменты включают, помимо прочих, те, которые можно модифицировать так, чтобы связь между двумя нуклеотидами содержала тиофосфат, хиральный тиофосфат, дитиофосфат, фосфотриэфир, аминоалкилфосфотриэфир, метил- и другие алкильные фосфонаты, включая 3'-алкиленфосфонат и хиральные фосфонаты, фосфинаты, фосфорамидаты, включая 3'-аминофосфорамидат и аминоалкилфосфорамидаты, тионофосфорамидаты, тионоалкилфосфонаты, тионоалкилфосфотриэфир и боранофосфаты. Эти фосфатные или модифицированные фосфатные связи между двумя нуклеотидами могут быть образованы посредством 3'-5' связи или 2'-5' связи, и данная связь может иметь обращенную полярность, такую как от 3'-5' к 5'-3' или от 2'-5' к 5'-2'. Также включены формы различных солей, смешанных солей и свободных кислот. Заменители нуклеотидов также включают в себя пептидные нуклеиновые кислоты (PNA).
В настоящем изобретении также предлагаются векторы, содержащие одну или большее количество из описанных в данном документе молекул нуклеиновых кислот. В некоторых вариантах осуществления указанные векторы содержат одну или большее количество описанных в данном документе молекул нуклеиновых кислот и гетерологичную нуклеиновую кислоту. Векторы могут быть вирусными или невирусными векторами, способными переносить молекулу нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления вектор представляет собой плазмиду или космиду (такую как, например, кольцевая двухцепочечная ДНК, с которой могут быть лигированы дополнительные сегменты ДНК). В некоторых вариантах реализации вектор представляет собой вирусный вектор, в котором дополнительные сегменты ДНК могут быть лигированы в вирусный геном. Экспрессионные векторы включают, но не ограничиваются этим, плазмиды, космиды, ретровирусы, аденовирусы, аденоассоциированные вирусы (ААВ), вирусы растений, такие как вирус мозаики цветной капусты и вирус табачной мозаики, дрожжевые искусственные хромосомы (YAC), эписомы, полученные из вируса Эпштейна-Барр (ВЭБ), и другие экспрессионные векторы, известные в данной области техники.
Желаемые регуляторные последовательности для экспрессии клеток-хозяев млекопитающих включают в себя, например, вирусные элементы, которые направляют высокие уровни экспрессии белка в клетках млекопитающих, такие как промоторы и/или энхансеры, полученные из ретровирусных LTR, цитомегаловируса (ЦМВ) (такого как, например, промотор/энхансер ЦМВ), вируса обезьяны 40 (SV40) (такого как, например, промотор/энхансер SV40), аденовируса (такого как, например, аденовирусный главный поздний промотор (AdMLP)), полиомы, а также сильные промоторы млекопитающих, такие как промоторы нативного иммуноглобулина и актина. Способы экспрессии полипептидов в бактериальных клетках или грибных клетках (таких как, например, дрожжевых клетках) также хорошо известны. Промотор может быть, например, конститутивно активным промотором, кондициональным промотором, индуцибельным промотором, временно ограниченным промотором (таким как, например, промотором, регулируемым стадией развития) или пространственно ограниченным промотором (таким как, например, клеточноспецифическим или тканеспецифическим промотором).
Процент идентичности (или процент комплементарности) между конкретными участками нуклеотидных последовательностей в молекулах нуклеиновых кислот или аминокислотных последовательностей в полипептидах может быть определен согласно обычной практике с помощью программ BLAST (основные инструменты поиска локального выравнивания) и программ PowerBLAST (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656) или с помощью программы Gap (Wisconsin Sequence Analysis Package, версия 8 для Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Медисон, Висконсин, США), с использованием настроек по умолчанию, в которых используется алгоритм Смита и Уотермана (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482-489). В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В данном изобретении также представлены композиции, содержащие любую одну или большее число из выделенных молекул нуклеиновых кислот, молекул геномных нуклеиновых кислот, молекул мРНК и/или молекул кДНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанная композиция представляет собой фармацевтическую композицию. В некоторых вариантах осуществления указанные композиции содержат носитель и/или вспомогательное вещество. Примеры носителей включают в себя, помимо прочего, микросферы из поли(молочной кислоты) (PLA), микросферы из поли(D, L-молочной-ко-гликолевой кислоты) (PLGA), липосомы, мицеллы, инверсные мицеллы, липидные кохлеаты и липидные микротрубочки. Носитель может содержать забуференный солевой раствор, такой как PBS, HBSS и т. д.
Аминокислотная последовательность эталонного полипептида ANGPTL7 указана в SEQ ID NO:10. В отношении SEQ ID NO:10, эталонный полипептид ANGPTL7 имеет длину 346 аминокислот. В отношении SEQ ID NO:10, положение 175 представляет собой глутамин. В отношении SEQ ID NO:10, положение 177 представляет собой аргинин. В отношении SEQ ID NO:10, положение 161 представляет собой фенилаланин. В отношении SEQ ID NO:10, положение 188 представляет собой триптофан. В отношении SEQ ID NO:10, положение 192 представляет собой лизин.
Существует вариантный полипептид ANGPTL7 (p.Arg177Stop или Arg177Stop), аминокислотная последовательность которого указана в SEQ ID NO:11. В отношении SEQ ID NO:11, вариантный полипептид ANGPTL7 имеет длину 176 аминокислот. В отношении SEQ ID NO:11, положение 177 не существует из-за усечения в положении 176.
Существует другой вариантный полипептид ANGPTL7 (Gln175His или Q175H), аминокислотная последовательность которого указана в SEQ ID NO:12. В отношении SEQ ID NO:12, вариантный полипептид ANGPTL7 имеет длину 346 аминокислот. В отношении SEQ ID NO:12, положение 175 представляет собой гистидин.
Существует другой вариантный полипептид ANGPTL7 (Phe161Ile или F161I), аминокислотная последовательность которого указана в SEQ ID NO:141. В отношении SEQ ID NO:141, вариантный полипептид ANGPTL7 имеет длину 346 аминокислот. В отношении SEQ ID NO:141, положение 161 представляет собой изолейцин.
Существует другой вариантный полипептид ANGPTL7 (p.Trp188Stop или Trp188Stop), аминокислотная последовательность которого указана в SEQ ID NO:142. В отношении SEQ ID NO:142, вариантный полипептид ANGPTL7 имеет длину 187 аминокислот. В отношении SEQ ID NO:142, положение 187 представляет собой аспарагиновую кислоту. Этот вариант является результатом замены гуанина на аденин в положении 563 эталонной молекулы мРНК или молекулы кДНК (см. SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:7, соответственно, для эталонных последовательностей мРНК и кДНК).
Существует другой вариантный полипептид ANGPTL7 (Lys192Gln или K192Q), аминокислотная последовательность которого указана в SEQ ID NO:143. В отношении SEQ ID NO:143, вариантный полипептид ANGPTL7 имеет длину 346 аминокислот. В отношении SEQ ID NO:143, положение 192 представляет собой глутамин.
В настоящем изобретении предлагаются выделенные полипептиды ANGPTL7 человека, имеющие аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:11, с окончанием в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 90% идентичной SEQ ID NO:11, с окончанием в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 92% идентичной SEQ ID NO:11, с окончанием в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 94% идентичной SEQ ID NO:11, с окончанием в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 96% идентичной SEQ ID NO:11, с окончанием в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 98% идентичной SEQ ID NO:11, с окончанием в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11.
В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека содержит SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека состоит из SEQ ID NO:11.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные полипептиды ANGPTL7 человека, имеющие аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 90% идентичной SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 92% идентичной SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 94% идентичной SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 96% идентичной SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 98% идентичной SEQ ID NO:12, и содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12.
В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека включает SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека состоит из SEQ ID NO:12.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные полипептиды ANGPTL7 человека, имеющие аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 90% идентичной SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 92% идентичной SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 94% идентичной SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 96% идентичной SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 98% идентичной SEQ ID NO:141, и содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141.
В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека содержит SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека состоит из SEQ ID NO:141.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные полипептиды ANGPTL7 человека, имеющие аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:142, с окончанием в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 90% идентичной SEQ ID NO:142, с окончанием в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 92% идентичной SEQ ID NO:142, с окончанием в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 94% идентичной SEQ ID NO:142, с окончанием в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 96% идентичной SEQ ID NO:142, с окончанием в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 98% идентичной SEQ ID NO:142, с окончанием в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142.
В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека содержит SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека состоит из SEQ ID NO:142.
В настоящем изобретении также предлагаются выделенные полипептиды ANGPTL7 человека, имеющие аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% идентична SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 90% идентичной SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 92% идентичной SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 94% идентичной SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 96% идентичной SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные полипептиды ANGPTL7 человека имеют аминокислотную последовательность, которая является по меньшей мере на около 98% идентичной SEQ ID NO:143, и содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143.
В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека содержит SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления аминокислотная последовательность выделенного полипептида ANGPTL7 человека состоит из SEQ ID NO:143.
В некоторых вариантах осуществления выделенные полипептиды содержат или состоят из по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 150, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 250, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 350, по меньшей мере около 400, по меньшей мере около 450, по меньшей мере около 500, по меньшей мере около 550 или по меньшей мере около 600 смежных аминокислот любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:142 и/или SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды заканчиваются в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды заканчиваются в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143.
В некоторых вариантах осуществления выделенные полипептиды содержат или состоят из аминокислотной последовательности, которая является по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99%, или на 100% идентичной по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 150, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 250, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 350, по меньшей мере около 400, по меньшей мере около 450, по меньшей мере около 500, по меньшей мере около 550 или по меньшей мере около 600 смежным аминокислотам любой одной или большего количества из следующих SEQ: SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:142 и/или SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды заканчиваются в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды заканчиваются в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143.
В некоторых вариантах осуществления выделенные полипептиды содержат или состоят из аминокислотной последовательности, которая является по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 91%, по меньшей мере на около 92%, по меньшей мере на около 93%, по меньшей мере на около 94%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99%, или на 100% идентичной по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 150, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 250, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 350, по меньшей мере около 400, по меньшей мере около 450, по меньшей мере около 500, по меньшей мере около 550 или по меньшей мере около 600 смежным аминокислотам любой одной или большего количества из следующих SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:141, SEQ ID NO:142 и/или SEQ ID NO:143. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды заканчиваются в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды заканчиваются в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. В некоторых вариантах осуществления эти выделенные полипептиды содержат глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143.
Выделенные полипептиды, описанные в данном документе, могут содержать аминокислотную последовательность встречающегося в природе полипептида ANGPTL7 или могут содержать последовательность, не встречающуюся в природе. В некоторых вариантах осуществления последовательность природного происхождения может отличаться от последовательности неприродного происхождения наличием консервативных аминокислотных замен. Например, последовательность может быть идентичной за исключением консервативных аминокислотных замен.
В некоторых вариантах осуществления выделенные полипептиды содержат неприродные или модифицированные аминокислоты или пептидные аналоги. Например, существуют многочисленные D-аминокислоты или аминокислоты, которые имеют функциональный заместитель, отличный от аминокислот природного происхождения.
В настоящем изобретении также предлагаются молекулы нуклеиновых кислот, кодирующие любые описанные в данном документе полипептиды. Это включает все вырожденные последовательности, связанные с конкретной полипептидной последовательностью (то есть все нуклеиновые кислоты, имеющие последовательность, которая кодирует одну конкретную полипептидную последовательность, а также все нуклеиновые кислоты, включая вырожденные нуклеиновые кислоты, кодирующие описанные варианты и производные белковых последовательностей). Таким образом, хотя каждая конкретная последовательность нуклеиновой кислоты может не быть прописана в данном документе, каждая последовательность по факту охарактеризована и описана в данном документе посредством описанных полипептидных последовательностей.
В настоящем изобретении также предлагаются композиции, содержащие одну или большее количество молекул нуклеиновых кислот и/или один или большее количество полипептидов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные композиции содержат носитель. Примеры носителей включают в себя, помимо прочего, микросферы из поли(молочной кислоты) (PLA), микросферы из поли(D, L-молочной-ко-гликолевой кислоты) (PLAG), липосомы, мицеллы, инверсные мицеллы, липидные кохлеаты и липидные микротрубочки.
В настоящем изобретении также предлагаются способы получения описанных в данном документе полипептидов ANGPTL7 или их фрагментов. Такие полипептиды ANGPTL7 или их фрагменты можно получить любым пригодным способом.
В настоящем изобретении также предлагаются клетки, содержащие одну или большее количество молекул нуклеиновых кислот и/или один или большее количество полипептидов, описанных в данном документе. Указанные клетки могут находиться in vitro, ex vivo или in vivo. Молекулы нуклеиновой кислоты могут быть связаны с промотором и другими регуляторными последовательностями, чтобы они экспрессировались с образованием кодируемого белка.
В некоторых вариантах осуществления указанная клетка представляет собой тотипотентную клетку или плюрипотентную клетку, такую как, например, эмбриональная стволовая (embryonic stem, ES) клетка, такая как ES-клетка грызунов, ES-клетка мыши или ES-клетка крысы. В некоторых вариантах осуществления указанная клетка представляет собой первичную соматическую клетку или клетку, которая не является первичной соматической клеткой. Клетка может быть из любого источника. Например, клетка может быть эукариотической клеткой, животной клеткой, растительной клеткой или грибковой (такой как, например, дрожжевой) клеткой. Такие клетки могут представлять собой клетки рыб или клетки птиц, или такие клетки могут быть клетками млекопитающих, такими как клетки человека, клетки млекопитающих, отличных от человека, клетки грызунов, клетки мыши или клетки крысы. Млекопитающие включают, помимо прочего, людей, приматов, не являющихся людьми, обезьян, высших обезьян, кошек, собак, лошадей, быков, оленей, бизонов, овец, грызунов (таких как, например, мыши, крысы, хомяки, морские свинки), домашний скот (такой как, например, представители видов крупного рогатого скота, такие как коровы, быки и т.д.; представители вида овечьих, такие как овцы, козы и т.д.; а также представители вида свинообразных, такие как свиньи и кабаны). Термин «животное, не являющееся человеком» исключает людей.
Нуклеотидные и аминокислотные последовательности, перечисленные в сопроводительном перечне последовательностей, приведены с использованием стандартных буквенных сокращений для нуклеотидных оснований и трехбуквенного кода для аминокислот. Нуклеотидные последовательности следуют стандартному соглашению о начале с 5' конца последовательности и продвижении вперед (то есть слева направо в каждой строке) до 3' конца. Продемонстрирована только одна цепь каждой нуклеотидной последовательности, но подразумевается, что комплементарная цепь включается посредством любой ссылки на отображаемую цепь. Аминокислотная последовательность следует стандартному соглашению: она начинается с аминоконца последовательности и продолжается вперед (то есть слева направо в каждой строке) к карбокси-концу.
В контексте данного документа фраза «соответствующий» или ее грамматические вариации при использовании в контексте нумерации конкретного нуклеотида или нуклеотидной последовательности или положения относится к нумерации указанной эталонной последовательности, когда конкретный нуклеотид или нуклеотидная последовательность сравнивается с эталонной последовательностью (такой как, например, SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:4 или SEQ ID NO:7). Другими словами, номер остатка (такого как, например, нуклеотид или аминокислота) или положение остатка (такого как, например, нуклеотид или аминокислота) конкретного полимера обозначают относительно эталонной последовательности, а не по фактическому номеру положения остатка в конкретном нуклеотиде или нуклеотидной последовательности. Например, конкретная нуклеотидная последовательность может быть выровнена с эталонной последовательностью путем введения гэпов для оптимизации совпадения остатков между двумя последовательностями. В этих случаях, несмотря на наличие гэпов, нумерация остатка в конкретном нуклеотиде или нуклеотидной последовательности производится относительно эталонной последовательности, с которой он был выровнен.
Например, молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 в соответствии с SEQ ID NO:2, означает, что если указанная нуклеотидная последовательность молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 выровнена с последовательностью SEQ ID NO:2, то указанная последовательность ANGPTL7 имеет остаток тимина в положении, соответствующем положению 4291 по SEQ ID NO:2. То же самое относится к молекулам мРНК, содержащим нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 в соответствии с SEQ ID NO:5, и к молекулам кДНК, содержащим нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 в соответствии с SEQ ID NO:8. Другими словами, эти фразы относятся к молекуле нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид ANGPTL7, при этом молекула геномной нуклеиновой кислоты имеет нуклеотидную последовательность, которая содержит остаток тимина, гомологичный остатку тимина в положении 4291 по SEQ ID NO:2 (или при этом молекула мРНК имеет нуклеотидную последовательность, которая содержит остаток урацила, гомологичный остатку урацила в положении 529 по SEQ ID NO:5, или при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, которая содержит остаток тимина, гомологичный остатку тимина в положении 529 по SEQ ID NO:8). В данном документе такая последовательность также упоминается как «последовательность ANGPTL7 с изменением C4,291T» или «последовательность ANGPTL7 с вариацией C4,291T», что относится к молекулам геномных нуклеиновых кислот (или «последовательность ANGPTL7 с изменением C529U» или «последовательность ANGPTL7 с вариацией C529U», что относится к молекулам мРНК, и «последовательность ANGPTL7 с изменением C529T» или «последовательность ANGPTL7 с вариацией C529T», что относится к молекулам кДНК).
Как описано в данном документе, положение в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7, которое соответствует положению 4291 в соответствии с SEQ ID NO:2, может быть идентифицировано путем выполнения выравнивания последовательностей между нуклеотидной последовательностью конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ANGPTL7 и нуклеотидной последовательностью по SEQ ID NO:2. Существует множество вычислительных алгоритмов, которые можно использовать для выполнения выравнивания последовательностей для идентификации положения нуклеотида, которое соответствует, например, положению 4291 в SEQ ID NO:2. Например, выравнивания последовательностей можно выполнять с помощью алгоритма NCBI BLAST (Altschul et al., Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3389-3402) или программного обеспечения CLUSTALW (Sievers and Higgins, Methods Mol. Biol., 2014, 1079, 105-116). При этом последовательности также можно выравнивать вручную.
В данном изобретении также представлены терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также представлены терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения в лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения в лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 согласно SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:5 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 согласно SEQ ID NO:8 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 176 согласно SEQ ID NO:11. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения в лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 4 287 согласно SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:6 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 согласно SEQ ID NO:9 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит гистидин в положении, соответствующем положению 175 согласно SEQ ID NO:12. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения в лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 243 согласно SEQ ID NO:132, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:135 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 согласно SEQ ID NO:138 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит изолейцин в положении, соответствующем положению 161 согласно SEQ ID NO:141. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения в лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 4 325 согласно SEQ ID NO:133, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:136 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 согласно SEQ ID NO:139 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который заканчивается в положении, соответствующем положению 187 согласно SEQ ID NO:142. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют офтальмологическое патологическое состояние, описанное в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения в лечении офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
В данном изобретении также предлагаются ингибиторы ANGPTL7 для применения при приготовлении лекарственного средства для лечения офтальмологического патологического состояния у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человек имеет: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4 336 согласно SEQ ID NO:134, или комплементарную нуклеотидную последовательность; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:137 или комплементарную нуклеотидную последовательность; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ANGPTL7 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 согласно SEQ ID NO:140 или комплементарную нуклеотидную последовательность, или полипептид ANGPTL7, который содержит глутамин в положении, соответствующем положению 192 согласно SEQ ID NO:143. Ингибиторы ANGPTL7 могут представлять собой любые из ингибиторов ANGPTL7, описанных в данном документе.
Все патентные документы, веб-сайты, другие публикации, учетные номера и т. п., цитируемые выше или ниже, включены в данный документ посредством ссылки в полном объеме и во всех отношениях в той же степени, как если бы для каждого отдельного пункта было специально и отдельно указано его включение посредством ссылки. Если с учетным номером в разное время связаны разные версии последовательности, подразумевается версия, связанная с номером доступа на момент действительной даты подачи данной заявки. Действительная дата подачи означает более раннюю фактическую дату подачи или дату подачи приоритетной заявки, ссылающейся на учетный номер, если это применимо. Аналогично, если разные версии публикации, веб-сайта и т. п. опубликованы в разное время, подразумевается версия, опубликованная ближе всего к действительной дате подачи заявки, если не указано иное. Любой признак, стадия, элемент, вариант осуществления или аспект данного изобретения можно использовать в комбинации в любым другим признаком, стадией, элементом, вариантом осуществления или аспектом, если явно не указано иное. Несмотря на то, что данное изобретение было достаточно подробно описано с помощью иллюстрации и примера в целях ясности и понимания, является очевидным, что определенные изменения и модификации могут быть реализованы в рамках объема прилагаемой формулы изобретения.
Следующие примеры приведены для более подробного описания вариантов осуществления. Они предназначены для иллюстрации, но не ограничения заявляемых вариантов реализации. Следующие примеры приведены для того, чтобы предоставить рядовым специалистам в данной области техники раскрытие и описание создания и оценки соединений, композиций, изделий, устройств и/или способов, описанных в данном документе, и предназначены исключительно для иллюстрации, но не для ограничения объема любых пунктов прилагаемой формулы изобретения. Были предприняты усилия в отношении обеспечения точности чисел (например, количества, температуры и т. д.), но некоторые ошибки и отклонения могут быть приняты во внимание. Если не указано иное, доли представляют собой массовые доли, температура выражена в°C или равна температуре окружающей среды, а давление находится на уровне атмосферного или около него.
Примеры
Пример 1: Анализ секвенирования экзома
Секвенирование и анализ экзома в Центре генетики Regeneron совместно с набором данных экзомов Биобанка Великобритании (UKB) 50K выявили, что вариант с прогнозируемой потерей функции, p.Arg177Stop, в значительной мере ассоциируется со снижением ВГД (Таблица 10). В Таблице 11 продемонстрирована ассоциация шаблона M1, который представляет собой совокупность всех pLOF (≤1% альт. частоты аллелей) в ANGPTL7, с ВГД. Этот результат обосновывает ассоциацию единственного варианта pLOF, продемонстрированную в Таблице 10, поскольку у 27/29 носителей есть вариант p.Arg177Stop, продемонстрированный в Таблице 10.
| Таблица 10 | |||||
| Фенотип | Набор данных | Эффект (CI) sd | Значение P | AAF | N RR/RA/AA |
| ВГДcc | 50k Экзом | -0,40 (-0,78, -0,03) |
3,490E-02 | 0,04% | 33 616 33 589/27/0 |
| ВГДg | 50k Экзом | -0,56 (-0,93, -0,19) |
3,22E-03 | 0,04% | 33 618 33 591/27/0 |
| Таблица 11 | ||||||
| Название | Набор данных | Фенотип | Эффект (CI) sd | Значение P | AAF | N RR/RA/AA |
| M1.1 | 50k Экзом | ВГДcc | -0,38 (-0,74, -0,01) | 4,2E-02 | 0,04% | 33 616 33 587/29/0 |
| 50k Экзом | ВГДg | -0,49 (-0,85, -0,13) | 7,5E-03 | 0,04% | 33 618 33 589/29/0 |
|
Было проведено дополнительное секвенирование и анализ экзома в Центре генетики Regeneron совместно с Geisinger Health System 60k (GHS60k), GHS30k и/или UKB, результаты которых приведены в Таблицах 12-17.
Ассоциация миссенс-варианта (p.Gln175His) в ANGPTL7 с глаукомой в расчетном наборе данных в GHS60k, GHS30k и UKB, а также метаанализ трех когорт приведены в Таблице 12. Направление эффекта (снижение ВГД) p.Gln175His совпадает с направлением эффекта варианта pLOF p.Arg177Stop, приведенного в Таблицах 10 и 11, предполагая, что изменение Gln175His снижает функцию ANGPTL7.
| Таблица 12 | ||||
| Фенотип | Набор данных | OR (95% CI) | Значение P | AAF |
| Глаукома | META | 0,734 (0,632, 0,853) | 5.59E-05 | 0,0069 |
| Глаукома | UKB_расчетн_EUR | 0,688 (0,574, 0,825) | 5,35E-05 | 0,0076 |
| Глаукома | GHS_GSA_расчетн_EUR | 0,612 (0.288, 1,302) | 2,02E-01 | 0,0021 |
| Глаукома | GHS_Omni_расчетн_EUR | 0,959 (0,681, 1,349) | 8,09E-01 | 0,0028 |
| Таблица 12 (продолж.) | ||||
| Фенотип | Набор данных | Направление | Nслуч RR|RA|AA | Nконтр RR|RA|AA |
| Глаукома | META | --- | 14 493 14 373|120|0 |
528 025 520 720|7274|31 |
| Глаукома | UKB_расчетн_EUR | - | 8 624 8 537|87|0 |
452 880 445 957|6 892|31 |
| Глаукома | GHS_GSA_расчетн_EUR | - | 975 971|4|0 |
26 065 25 955|110|0 |
| Глаукома | GHS_Omni_расчетн_EUR | - | 4 894 4 865|29|0 |
49 080 48 808|272|0 |
Ассоциация миссенс-варианта (p.Gln175His) с ВГДg в расчетном наборе данных в GHS60k, GHS30k и UKB, а также метаанализ трех когорт приведены в Таблице 13.
| Таблица 13 | |||
| Фенотип | Набор данных | Эффект (95% CI) | Значение P |
| ВГДg | META | -0,221 (-0,269, -0,173) | 1,16E-19 |
| ВГДg | UKB_расчетн_EUR | -0,234 (-0,284, -0,184) | 6,40E-20 |
| ВГДg | GHS_GSA_расчетн_EUR | -0,249 (-0,6, 0,102) | 0,16 |
| ВГДg | GHS_Omni_расчетн_EUR | -0,061 (-0,233, 0,111) | 0,48 |
| Таблица 13 (продолж.) | ||||
| Фенотип | Набор данных | AAF | Направление | N RR|RA|AA |
| ВГДg | META | 0,0069 | --- | 111 548 110019|1523|6 |
| ВГДg | UKB_расчетн_EUR | 0,0077 | - | 92 484 91 073|1 405|6 |
| ВГДg | GHS_GSA_расчетн_EUR | 0,0025 | - | 4 135 4 114|21|0 |
| ВГДg | GHS_Omni_расчетн_EUR | 0,0032 | - | 14 929 14 832|97|0 |
Ассоциация миссенс-варианта (p.Gln175His) с ВГДg в наборе данных экзома в GHS60k, GHS30k и UKB, а также метаанализ трех когорт приведены в Таблице 14.
| Таблица 14 | |||
| Фенотип | Набор данных | Эффект (95% CI) | Значение P |
| ВГДg | META | -0,143 (-0,213, -0,073) | 6.77E-05 |
| ВГДg | UKB_50K_Экзом_EUR | -0,156 (-0,24, -0,072) | 2,70E-04 |
| ВГДg | GHS_IDT_Экзом_EUR | -0,24 (-0,53, 0,051) | 1,10E-01 |
| ВГДg | GHS_VCRome_Экзом_EUR | -0,081 (-0,224, 0,062) | 2,70E-01 |
| Таблица 14 (продолж.) | ||||
| Фенотип | Набор данных | AAF | Направление | N RR|RA|AA |
| ВГДg | META | 0,0073 | --- | 52 925 52 159|762|4 |
| ВГДg | UKB_50K_Экзом_EUR | 0,0079 | - | 33 618 33 088|526|4 |
| ВГДg | GHS_IDT_Экзом_EUR | 0,0055 | - | 4 187 4 141|46|0 |
| ВГДg | GHS_VCRome_Экзом_EUR | 0,0063 | - | 15 120 14 930|190|0 |
Ассоциация миссенс-варианта (p.Gln175His) с глаукомой в наборе данных экзома в GHS60k, GHS30k и UKB, а также метаанализ трех когорт приведены в Таблице 15.
| Таблица 15 | ||||
| Фенотип | Набор данных | OR (95% CI) | Значение P | AAF |
| Глаукома | META | 0,822 (0,655, 1,032) | 9,16E-02 | 0,0063 |
| Глаукома | UKB_50K_Экзом_EUR | 0,726 (0,436, 1,209) | 2,19E-01 | 0,0077 |
| Глаукома | GHS_IDT_Экзом_EUR | 0,745 (0,388, 1,431) | 3,77E-01 | 0,0050 |
| Глаукома | GHS_VCRome_Экзом_EUR | 0,875 (0,651, 1,176) | 3,76E-01 | 0,0057 |
| Таблица 15 (продолж.) | ||||
| Фенотип | Набор данных | Направление | Nслуч RR|RA|AA | Nконтр RR|RA|AA |
| Глаукома | META | --- | 6 967 6 899|67|1 | 121 924 120 377|1 539|8 |
| Глаукома | UKB_50K_Экзом_EUR | - | 1 021 1 010|11|0 | 45 766 45 060|702|4 |
| Глаукома | GHS_IDT_Экзом_EUR | - | 984 977|7|0 | 26 402 26 137|262|3 |
| Глаукома | GHS_VCRome_Экзом_EUR | - | 4 962 4 912|49|1 | 49 756 49 180|575|1 |
Ассоциация шаблона M1.1 (варианты pLOF ≤1% AAF) в ANGPTL7 с ВГДg в нагрузочном тесте продемонстрирована в Таблице 16.
| Таблица 16 | ||||
| Фенотип | Набор данных | Эффект (95% CI) | Значение P | AAF |
| ВГДg | META | -0,512 (-0,827, -0,197) | 1.46E-03 | 0,00039 |
| ВГДg | UKB_50K_Экзом_EUR | -0,49 (-0,85, -0,131) | 7,50E-03 | 0,00043 |
| ВГДg | GHS_IDT_Экзом_EUR | Н/д | Н/д | Н/д |
| ВГДg | GHS_VCRome_Экзом_EUR | -0,582 (-1,236, 0,072) | 8,10E-02 | 0,00030 |
| Таблица 16 (продолж.) | |||
| Фенотип | Набор данных | Направление | N RR|RA|AA |
| ВГДg | META | -?- | 48 738 48 700|38|0 |
| ВГДg | UKB_50K_Экзом_EUR | - | 33 618 33 589|29|0 |
| ВГДg | GHS_IDT_Экзом_EUR | Н/д | Н/д |
| ВГДg | GHS_VCRome_Экзом_EUR | - | 15 120 15 111|9|0 |
Ассоциация миссенс-варианта (p.Gln175His) с ВГДcc в наборах данных экзома и генотипированных/расчетных данных в UKB приведена в Таблице H.
| Таблица 17 | |||
| Фенотип | Набор данных | Эффект (95% CI) | Значение P |
| ВГДcc | UKB_50K_Экзом_EUR | -0,13 (-0,214, -0,045) | 2.6E-02 |
| ВГДcc | UKB_расчетн_EUR | -0,179 (-0,23, -0,128) | 5.4E-12 |
| Таблица 17 (продолж.) | |||
| Фенотип | Набор данных | AAF | N RR|RA|AA |
| ВГДcc | UKB_50K_Экзом_EUR | 0,0079 | 33 616 33 087|525|4 |
| ВГДcc | UKB_расчетн_EUR | 0,0077 | 92 629 91 217|1 406|6 |
Пример 2: Генетические и функциональные исследования идентифицируют ANGPTL7 как терапевтическую мишень при лечении глаукомы
Дизайн и участники исследования
Были проведены ассоциативные тесты с использованием данных из 5 когорт. Указанные когорты включали: 1) Биобанк Великобритании (UKB) представляет собой крупное проспективное исследование, в которое за 4 года было набрано более 500000 индивидуумов в возрасте от 40 до 69 лет, и собраны обширные данные об их образе жизни, окружающей среде, анамнезе болезни, физикальных показателях, а также образцы ДНК. Для общегеномного исследования ассоциаций, проведенного для всей когорты UKB, в анализ ВГД были включены 92 672 индивидуума европейского и 4 179 индивидуумов африканского происхождения с данными измерений ВГД. В анализ ассоциации глаукомы были включены 8 639 клинических случаев и 453 746 контрольных случаев от индивидуумов европейского происхождения и 371 клинический случай и 9 361 контрольный случай от индивидуумов африканского происхождения. Для общеэкзомного исследования ассоциаций, проведенного с участием около 150 000 участников UKB, которые были секвенированы, в анализ ВГД были включены 47 096 индивидуумов европейского и 1743 индивидуума африканского происхождения. 2) Популяция исследования DiscovEHR (GHS), состоящая в общей сложности из около 145000 секвенированных индивидуумов из MyCode Community Health Initiative of Geisinger, из которых были включены 29 395 индивидуумов с измерениями ВГД и без диагностированной глаукомы, 8 154 клинических случая глаукомы и 116 557 контрольных случаев. 3) Исследование диеты и рака Мальме (MDCS), базирующееся в Швеции, включало около 29 000 участников, привлеченных для изучения влияния диеты на рак. Было включено 1708 клинических случаев глаукомы и 26 222 контрольных случаев из MDCS. 4) Персонализированная медицинская когорта BioMe (MSSM) Mount Sinai представляет собой когорту, связанную с электронными медицинскими картами (EHR), состоящую из около 31 000 участников разного происхождения, характеризующихся широким спектром биомедицинских характеристик. Для анализа глаукомы использовали данные 424 клинических случаев и 8774 контрольных случаев индивидуумов европейского происхождения и данные 1349 клинических случаев и 11258 контрольных случаев индивидуумов африканского происхождения. 5) Первичное исследование генетики открытоугольной глаукомы у афроамериканцев (POAAGG) представляет собой пятилетний популяционный проект, в котором участвуют самоидентифицированные индивидуумы африканского происхождения в возрасте 35 лет и старше, набранные в Scheie Eye Institute в Пенсильванском университете и его исследовательских филиалах в Филадельфии. Для анализа ассоциации ВГД в POAAGG были включены 3097 индивидуумов с измерениями ВГД, у которых также не диагностировали POAG, а в анализ ассоциации лаукомы были включены 2474 клинических случаев POAG и 4092 контрольных случаев.
Определения фенотипа
ВГД в UKB измеряли в каждом глазу с помощью анализатора Ocular Response Analyzer (ORA, Reichert Corp., Буффало, Нью-Йорк). Участники исключались из этого теста, если они сообщали, что перенесли операцию на глазах в предшествующие 4 недели или у них была инфекция глаз. ORA рассчитывает две формы ВГД: ВГД, коррелированное по Гольдману (ВГДg), и корнеально компенсированное ВГД (ВГДсс). ВГДg наиболее близко соответствует ВГД, измеренному аппланационным тонометром Гольдмана, который был золотым стандартом для измерения ВГД, в то время как ВГДcc обеспечивает измерение ВГД, которое регулируется для устранения влияния биомеханики роговицы. В этом исследовании основное внимание уделялось ВГДg, так как это измерение было наиболее сопоставимо с измерениями ВГД в других когортах, и в данном документе ВГДg будет называться ВГД. Для ассоциативного анализа ВГД были исключены следующие индивидуумы: 1) с диагнозом глаукома (N=1932), 2) с показателями ВГД, которые составляют более чем на 5 стандартных отклонений от среднего значения, и 3) с разницей более чем 10-мм рт. ст. между обоими глазами. Для каждого индивидуума был разработан средний показатель ВГД между двумя глазами. Значение ВГД только одного глаза использовали в случаях, когда измерения ВГД для обоих глаз не были доступны. Что касается UKB, среднее значение ВГД между левым и правым глазом для GHS (учитывали последнее измерение ВГД в EHR) и POAAGG анализировали с применением тех же исключений и критериев, описанных выше.
Для определения случаев глаукомы в UKB на основе МКБ требовался один первичный диагноз или ≥2 вторичных диагнозов по МКБ 10-H40 в записях статистической службы о эпизодах состояния здоровья (Health Episode Statistics, HES), требующих стационарного лечения. Для определения случая глаукомы на основе МКБ в GHS, MDCS и MSSM требовался стационарный диагноз или ≥ 2 амбулаторных диагнозов МКБ 10-H40 в EHR. Исключение на основе МКБ предусматривало ≥1 первичных или ≥2 вторичных диагнозов в диапазоне кодов (H40-H42). Контрольные случаи глаукомы на основе МКБ были определены у индивидуумов, случаи которых не были зарегистрированы как клинические или не были исключены.
Для UKB, случаи глаукомы на основе МКХ и самосообщения объединяли в определении случая, когда индивидуумы считались как имеющие случаи глаукомы, если они: определяли «глаукому» из списка проблем со зрением или нарушений в анкете на устройстве с сенсорным экраном или заявляли, что у них была глаукома в устном интервью, или были случаи глаукомы по МКБ 10 H40. Нормальный контрольный случай глаукомы в UKB определяли у индивидуумов, которые не сообщали о глаукоме с помощью устройства с сенсорным экраном или в устном интервью, и были определены как контрольные случаи для глаукомы на основе МКБ, как описано выше (Van Hout, 2019, BioRxiv. https at “//doi.org/10.1101/572347”).
Подробное описание критериев, применяемых для определения случаев глаукомы в POAAGG, приведено в другом документе (Charlson, Ophthalmology, 2015, 122, 711-20). Вкратце, случаи POAG определялись как наличие открытого иридокорнеального угла и характерных глаукомных поражений зрительного нерва в одном или обоих глазах, характерных дефектов поля зрения и исключения всех вторичных причин глаукомы. Контрольных индивидуумов в POAAGG определяли как субъектов старше 35 лет, без миопии высокой степени (более -8,00 диоптрий) или пресбиопии (+8,00 диоптрий), без семейного анамнеза POAG, аномального поля зрения, ВГД более 21 мм рт. ст., истончений нейроретинального кольца, экскавации, узурации или дефектов слоя нервных волокон, асимметрии зрительных нервов или с отношением диаметров экскавации и диска зрительного нерва между глазами более 0,2. Дополнительные контрольные индивидуумы для POAAGG были идентифицированы из Penn Medicine Biobank как индивидуумы без диагноза глаукомы по МКБ 9.
Приготовления образцов, секвенирование и генотипирование
Приготовления образцов и секвенирование всего экзома для UKB, GHS, MDCS, MSSM и POAAGG выполняли, как описано (Dewey, Science, 2016, 354, 6319; and Van Hout, 2019, BioRxiv. https на “//doi.org/10.1101/572347”). Подробная информация об извлечении ДНК и генотипировании для участников Биобанка Великобритании описана в Bycroft (Bycroft, Nature, 2019, 562, 203-209).
Статистический анализ
Статистический анализ включал описание нагрузочного теста, анализ редких вариантов и методы метаанализа.
Культура клеток трабекулярной сети (trabecular meshwork, TM) человека и лечение дексаметазоном
Клетки TM человека были получали из лаборатории Stamer в Университете Дьюка, Северная Каролина, и характеризовали с помощью ранее разработанной методологии. Клетки TM человека культивировали и поддерживали в среде Игла в модификации Дульбекко (DMEM) (Invitrogen-Gibco Life Technologies, Гранд-Айленд, Нью-Йорк, США), с добавлением 10% фетальной бычьей сыворотки (FBS; Atlas Biologicals, Форт-Коллинз, Колорадо, США), пенициллина (100 единиц/мл), стрептомицина (0,1 мг/мл) и L-глутамина (0,292 мг/мл) (Thermo Fisher Scientific, Рокфорд, Иллинойс, США). Клетки TM человека культивировали на шестилуночных планшетах до конфлюэнтности, а затем обрабатывали контролем носителя (0,1% этанол) или дексаметазоном (DEX, 100 нМ) в течение еще 72 часов.
Измерения ВГД
ВГД измеряли под анестезией изофлураном, как описано ранее. Для измерения ВГД мышей анестезировали перед измерением ВГД обоих глаз с помощью рикошетного тонометра TonoLab (Colonial Medical Supply, Франкония, Нью-Хэмпшир). Измерения ВГД для обоих глаз выполняли за 3-5 минут. ВГД в каждом глазу измеряли перед началом инъекций Angptl7 и каждый день после этого в течение шести дней.
Интравитреальная инъекция белка ANGPTL7
Применяли иглу 33-го размера со стеклянным микрошприцем (объем 5 мкл; Hamilton Company). Глаз смещали вперед, иглу вводили через экваториальную склеру и вводили в камеру стекловидного тела под углом примерно 45 градусов, стараясь не касаться задней части хрусталика или сетчатки. Белок ANGPTL7 (№ по каталогу 4960-AN-025; R&D Systems, Миннеаполис, Миннесота) или PBS (1 мкл) вводили в стекловидное тело в течение 1 минуты. Затем иглу оставляли на месте еще на 45 секунд (для облегчения перемешивания), после чего ее быстро извлекали. В день 0 выполняли только одну инъекция.
Внутрикамерная инъекция белка ANGPTL7
Применяли иглу 33-го размера со стеклянным микрошприцем (объем 5 мкл; Hamilton Company). До и во время инъекции мышей анестезировали изофлураном (2,5%), содержащим кислород (0,8 л/мин). Для местной анестезии в оба глаза вводили от одной до двух капель 0,5% пропаракаина HC1 (Akorn, Inc.). Каждый глаз смещали вперед, и иглу вводили через роговицу непосредственно над лимбальной областью в переднюю камеру под углом, параллельным роговице, стараясь не касаться радужной оболочки, эпителия передней капсулы хрусталика или эндотелия роговицы. Медленно вводили до 1 мкл белка ANGPTL7 (№ по каталогу 4960-AN-025; R&D Systems, Миннеаполис, Миннесота) или PBS (в течение 30 секунд). Затем иглу извлекали. Процедуру выполняли на обоих глазах каждого животного. В день 0 выполняли только одну инъекция.
Гибридизация in situ с помощью RNAScope
Характер экспрессии гена, специфичного для кластера отдельных клеток ТМ, в человеческом донорном глазу определяли гибридизацией in situ с помощью RNAScope® в соответствии со спецификациями производителя (Advanced Cell Diagnostics). Вкратце, фиксированные 10% NBF и залитые в парафин участки экскавации от человека-донора разрезали на срезы от 5 до 10 мкм и помещали на предметные стекла SUPERFROST® Plus. Для RNAScope, предметные стекла запекали на подогревателе для предметных стекол в течение 1 часа при 60°C и депарафинизировали в течение 20 минут. Затем срезы тканей подвергали 10-минутной обработке перекисью водорода Pretreat 1-RNAScope при комнатной температуре, с последующим кипячением при 90°C в течение 20 минут по программе Pretreat с 2-целевым извлечением в устройстве для обработки паром Oster (IHC World, LLC, модель 5709) и 30 минутной обработкой протеазой по программе Pretreat 3-RNAScope с обработкой при 40°C в печи HybEZ. Затем срезы тканей инкубировали с ДНКазой I в течение 10 минут при 40°C для уменьшения потенциального фона от связывания зондов с геномной ДНК. Затем срезы тканей пять раз промывали водой, гибридизовали с зондами RNAScope в течение 2 часов при 40 °C, а оставшуюся часть протокола анализа производителя выполняли от Amplified 1 до Amplified 6. Слайды промывали дважды (по две минуты каждый при комнатной температуре) промывочным буфером RNAScope. Сигнал регистрировали путем инкубации с красным рабочим раствором (соотношение красного B и красного A 1:60) при комнатной температуре в течение 10 минут в отсутствие света с последующей промывкой слайдов в воде несколько раз и просмотром под микроскопом. В некоторых экспериментах флуоресцентные сигналы визуализировали и фиксировали с помощью микроскопа Nikon Eclipse Ti-E с открытым полем.
Культура клеток.
Клеточную линию HEK293 культивировали в среде DMEM (4,5 г/л D-глюкозы, (+) L-глутамин, (-) фосфат натрия, (-) пируват натрия с добавлением 10% FBS и 1% пенициллин-стрептомицин-глутамина (BRAND) при 37°C во влажной атмосфере при 5% CO2.
Трансфекция.
За день до трансфекции клетки HEK293 высевали в OptiMEM с добавлением 10% FBS. Через 24 часа клетки трансфицировали FuGENE 6 и 10 мкг pcДНК 3.1 (+), кодирующей следующие белки: ANGPTL7 дикого типа, Gln175His и Arg177*. Через 24 часа среду заменяли на 2% FBS OptiMEM. На следующий день клетки собирали в буфере RIPA с добавлением ингибиторов протеаз и фосфатаз (BRAND) или реагента TRIzol (Invitrogen) для анализа белков и РНК, соответственно. Супернатанты переносили в пробирку Эппендорфа и сразу же мгновенно замораживали для последующего анализа белков.
Экстракция РНК и анализ Taqman.
Суммарную РНК экстрагировали с применение реагента TRIzol (Invitrogen) и набора RNeasy (Qiagen) в соответствии с инструкциями производителя и обрабатывали ДНКазой I, не содержащей РНКаз (Promega). кДНК синтезировали с применением набора для синтеза кДНК Superscript VILO (Invitrogen). Анализ Taqman выполняли с применением TaqMan Fast Advanced Master Mix (Applied Biosystems) в QuantStudio 6 Flex (Applied Biosystems) и имеющихся в продаже праймеров и зондов для ANGPTL7 (Hs00221727 - Applied Biosystem) и GAPDH (Hs02786624_g1 - Applied Biosystem).
Вестерн-блоттинг.
Вестерн-блоттинг выполняли с применением кроличьих поликлональных антител против ANGPTL7 при разведении 1:1000 (10396-1-AP ProteinTech) с помощью стандартных процедур.
Анализ ИФА.
ANGPTL7 количественно определяли с помощью ИФА в соответствии с инструкциями производителя (LS-F50425 Life Sciences). Лизаты клеток разбавляли 1: 1000. Супернатанты разбавляли 1: 10 000. Планшет для ИФА считывали при 450 нм с помощью планшет-ридера SpectraMax M4 (Molecular Devices).
Результаты
Варианты кодирования в ANGPTL7 ассоциированы с ВГД и глаукомой
Влияние редких вариаций кодирования на ВГД было изучено в двух больших когортах, Биобанк Великобритании (UKB) и Geisinger DiscovEHR (GHS) (Фиг. 1), на 120145 индивидуумах европейского происхождения после исключения случаев с диагнозом глаукома. Для изучения ассоциации с ВГД был проанализирован 1368641 вариант, изменяющий белок (включая варианты сплайсинга) с частотой минорных аллелей (MAF) < 1%. Два редких варианта кодирования были значимо ассоциированы (значение p < 5E-08) со снижением ВГД (Фиг. 1): миссенс-вариант (p.Pro191Arg; MAF=около 1,0%) у потомка гена sevenless 2 (SOS2), ассоциировался со снижением ВГД. (бета-аллельный = -0,11 стандартное отклонение (SD); p-значение=3,39E-08) и миссенс-вариант (p.Gln175His, MAF=около 0,7%) ангиопоэтин-подобного белка 7 (ANGPTL7) также ассоциировался со снижением ВГД (бета-аллельный = -0.21 SD, p-значение=3,2E-19, Фиг. 2A).
Также наблюдали подпороговую ассоциацию редкого, прогнозируемого варианта с потерей функции (pLOF) (Arg177*, AAF=около 0,03%) в ANGPTL7 со снижением ВГД (бетааллельный=-0,31 SD, p-значение=4,0E-03, Фиг. 2B). Гетерозиготные и гомозиготные носители Gln175His в ANGPTL7 характеризуются снижением медианного ВГД на 5,1% (0,8 мм рт.ст.) и 26,5% (4,1 мм рт.ст.) соответственно (Фиг. 2С), а вариант Arg177* вызывал снижение медианного ВГД на 9% (1,4 мм рт. ст.) у гетерозиготных носителей (Фиг. 2D). Чтобы понять биологическое значение снижения ВГД, исследовали влияние вариантов ANGPTL7 на риск глаукомы в UKB, GHS и двух дополнительных сериях, собранных в Школе медицины «Маунт-Синай» (MSSM, n=31 203) и Мальме (MDCS, n=29 483). Мета-анализ этих когорт продемонстрировал значительное снижение риска глаукомы у носителей Gln175His (отношение шансов (ORаллельный) = 0,74, p-значение=1,9E-05, Фиг. 2E) и подпороговое, но последовательное снижение риска у носителей более редкого варианта Arg177* (ORаллельный=0,79, p-значение=3,6E-01, Фиг. 2F). Взятые вместе, ассоциации миссенс-вариантов и вариантов pLOF в ANGPTL7 со сниженным ВГД и сниженным риском глаукомы подтверждают гипотезу о том, что потеря или снижение функции ANGPTL7 приводит к снижению ВГД и защите от глаукомы.
Были проведены тесты на генную нагрузку, чтобы оценить, оказывают ли ультраредкие варианты в ANGPTL7 совокупное влияние на ВГД. Исследовали ассоциацию между ВГД и набором из 30 pLOF и миссенс-вариантов, вредность которых была спрогнозирована с помощью пяти алгоритмов, за исключением Gln175His и Arg177*. Нагрузочный тест продемонстрировал субпороговую ассоциацию со сниженным ВГД (бета = -0,31, p-значение=8,40E-03), предполагая, что дополнительные варианты в ANGPTL7 могут обеспечить защиту от глаукомы за счет снижения ВГД. Однако при существующих размерах выборки эти ассоциации не достигают статистической значимости. На Фиг. 3 продемонстрировано распределение ВГД у носителей Gln175His, Arg177* и других ультра-редких вариантов с по меньшей мере 4 носителями.
Варианты ANGPTL7 у индивидуумов африканского происхождения
Также была проанализирована ассоциация между ВГД (и глаукомой) и вариантами ANGPTL7 у индивидуумов африканского происхождения в UKB, MSSM и Первичном исследованием генетики открытоугольной глаукомы у афроамериканцев (Primary Open Angle African American Glaucoma Genetics, POAAGG). Был идентифицирован вариант pLOF (Trp188*) в ANGPTL7, более распространенный у индивидуумов африканского происхождения (MAF=около 0,27%) по сравнению с европейцами (MAF=около 0,0013%), который имеет тенденцию к снижению ВГД (бетааллельный = -0,13, p-значение=5,3E-01; Фиг. 7A) и снижению риска глаукомы (ORаллельный= 0,71, p-значение=9,9E-02; Фиг. 7B) в метаанализе двух когорт). Метаанализ, включающий варианты pLOF как Arg177*, так и Trp188*, снизил значение p для ассоциации с глаукомой с 1,9E-01 (только Arg177*) и 9,8E-02 (только Trp188*) до 6,9E-02 (Фиг. 7D). Аналогичные результаты были получены в отношении ВГД (Фиг. 7C).
Экспрессия ANGPTL7 в тканях глаза у разных видов
Чтобы идентифицировать экспрессию ANGPTL7 в тканях глаза у разных видов, создавали профили транскриптомов из разных частей глаза. Высокая экспрессия ANGPTL7 наблюдалась в роговице, трабекулярной сети (TM) и склере в глазах человека и африканской зеленой обезьяны (Фиг. 4A и 4B). Высокая экспрессия Angptl7 также наблюдалась в роговице, TM, склере, зрительном нерве и сосудистой оболочке/RPE в глазах мышей C57BL/6J (Фиг. 4C). Гибридизация in situ на глазах человека-донора и мыши с применением зондов RNAScope для человеческого ANGPTL7 и мышиного Angptl7 продемонстрировала экспрессию ANGPTL7/Angptl7 в TM, строме роговицы и склере (Фиг. 4D и 4E).
Изменения экспрессии генов в ТМ-клетках человека при лечении дексаметазоном
Известно, что лечение дексаметазоном (DEX) приводит ко многим биохимическим изменениям на уровне экспрессии генов в TM, включая активацию ANGPTL7. Для того, чтобы дополнительно охарактеризовать эти полученные ранее результаты, количественную ПЦР (кПЦР) проводили на трех первичных клеточных линиях TM человека из трех независимых глаз человека, обработанных носителем (0,1% этанол) или DEX (100 нМ) в течение 72 часов. Анализ кПЦР выявил повышенную экспрессию ANGPTL7 в двух из трех глаз (Фиг. 5), что свидетельствует о некоторой степени вариабельности DEX-индуцированной активации ANGTPL7, что согласуется с наблюдаемыми вариациями в ответ на лечение стероидами в общей популяции.
Angptl7 повышает ВГД в глазах мышей
Предыдущие исследования продемонстрировали, что сверхэкспрессия ANGPTL7 в клетках TM приводит к изменениям отложения и реорганизации внеклеточного матрикса (Comes et al., Genes to Cells: Devoted to Molecular & Cellular Mechanisms, 2011, 16, 243-259; and Kuchtey, Invest. Ophthalmol. & Visual Sci., 2008, 49, 3438-48) и что уровень ANGPTL7 повышается в водянистой влаге у пациентов с глаукомой (Kuchtey, Invest. Ophthalmol. & Visual Sci., 2008, 49, 3438-48), однако роль ANGPTL7 в регуляции ВГД не ясна. Для того, чтобы исследовать роль ANGPTL7 в регуляции ВГД, белок ANGPTL7 вводили мышам интравитреальным и внутрикамерным путями и измеряли ВГД с течением времени. Интравитреальная инъекция белка ANGPTL7 у мышей приводила к начальному падению ВГД, а затем, начиная со дня 4, к повышению ВГД на 4-5 мм рт.ст. (22-25% по сравнению с исходным уровнем), которое продолжалось до конца эксперимента на день 7 (Фиг. 6А) Точно так же внутрикамерная инъекция белка ANGPTL7 мышам приводила к начальному падению и последующему повышению (на 2-5 мм рт. ст.) ВГД, начиная со дня 3 и до конца эксперимента на день 7 (Фиг. 6B). У мышей, которым вводили носитель, не наблюдалось увеличения ВГД ни при одном способе введения.
Экзогенная экспрессия ANGPTL7 Gln175His и Arg177Stop в лизатах цельных клеток HEK 293
Проводили исследования, чтобы продемонстрировать экспрессию двух вариантов ANGPTL7 (Gln175His и Arg177Stop) в лизатах цельных клеток HEK 293 (Фиг. 8A и 8B) В супернатанте клеток наблюдалось резкое уменьшение количества варианта Gln175His по сравнению с ANGPTL7 дикого типа (Фиг. 8C и Фиг. 8D). Кроме того, было проведено исследование, чтобы определить, способен ли вариант Arg177Stop секретироваться в супернатанте (Фиг. 8E). Экзогенная экспрессия ANGPTL7 дикого типа и варианта Gln175His в HEK293 продемонстрировала сравнимый уровень внутриклеточного белка, но при этом резкое снижение уровня секретируемого Gln175His по сравнению с ANGPTL7 дикого типа. Экспрессия Arg177Stop в клетках HEK293 продемонстрировала снижение уровня внутриклеточного белка. Вариант Arg177Stop не секретировался.
Анализ экспрессии ANGPTL7 Gln175His и ANGPTL7 Arg177* в клеточной линии HEK293
Были проведены эксперименты in vitro для оценки экспрессии и секреции двух вариантов ANGPTL7 (Gln175His и Arg177Stop), которые были идентифицированы в анализах генетической ассоциации в клетках HEK293T. Плазмиды, несущие либо кодирующую область «дикого типа» (немутантную) ANGPTL7, либо варианты, которые приводят к мутантным формам Gln175His и Arg177Stop, вводили в HEK293T. Измеряли уровни мРНК каждого дикого типа, Gln175His и Arg177Stop ANGPTL7, и при этом было обнаружено, что уровни мРНК Gln175His и Arg177Stop были снижены по сравнению с мРНК дикого типа (Фиг. 9A). Лизат цельных клеток (Фиг. 9B) и супернатант клеток (Фиг. 9D) зондировали поликлональным антителом против ANGPTL7 для определения уровней ANGPTL7 дикого типа и двух мутантных белков. Анализ ИФА выполняли для количественной оценки уровней каждого белка в лизате цельных клеток (Фиг. 9C) и супернатанте (Фиг. 9E). Эти результаты демонстрируют, что уровни белков Gln175His и Arg177Stop дикого типа существенно не различаются во всем клеточном лизате (Фиг. 9B и 9C), однако наблюдается резкое снижение количества Gln175His и Arg177Stop в супернатанте клеток. по сравнению с белком дикого типа (Фиг. 9D и 9E). Эти данные указывают на то, что мутации Gln175His и Arg177Stop вызывают неэффективную секрецию ANGPTL7 в этой системе in vitro, и согласуются с генетической гипотезой о том, что потеря или снижение функции ANGPTL7 приводит к снижению внутриглазного давления и защите от глаукомы.
В этом исследовании продемонстрированы генетические и функциональные доказательства, подчеркивающие ингибирование ANGPTL7 как потенциальную стратегию терапии глаукомы. Посредством анализа генетических ассоциаций у европейцев был идентифицирован редкий, миссенс-вариант Gln175His (rs28991009) в ANGPTL7, который ассоциировался со снижением ВГД и снижением риска глаукомы. Также был идентифицирован вариант pLOF в ANGPTL7, Arg177* (rs143435072), который также ассоциировался со снижением ВГД, что позволяет предположить, что носители Gln175His защищены от глаукомы за счет потери или снижения активности ANGPTL7. В соответствии с этой гипотезой несколько ультраредких вариантов ANGPTL7 были ассоциированы в совокупности со снижением ВГД, а дополнительный вариант pLOF ANGPTL7, Trp188*, был обогащен у индивидуумов африканского происхождения, которые также продемонстрировали тенденцию к защите от глаукомы. Взятые в совокупности, генетические данные убедительно указывают на причинную связь между подавлением ANGPTL7 и защитой от глаукомы. Секвенирование РНК и данные гибридизации in situ в тканях глаза у мышей, людей и африканских зеленых обезьян продемонстрировали самую сильную экспрессию ANGPTL7 в роговице и трабекулярной сети.
Разнообразные модификации описанного объекта изобретения, в дополнение к описанным в данном документе, будут очевидны для специалистов в данной области техники из вышеизложенного описания. Такие модификации также входят в объем прилагаемой формулы изобретения. Каждая ссылка (включая, но не ограничиваясь ими, статьи в научных журналах, патенты США и других стран, публикации патентных заявок, публикации международных патентных заявок, учетные номера в генных банках и т.п.), указанная в данной заявке, включена в данный документ посредством ссылки в полном объеме и для всех целей.
--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> РИДЖЕНЕРОН ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК.
<120> ЛЕЧЕНИЕ ОФТАЛЬМОЛОГИЧЕСКИХ ПАТОЛОГИЧЕСКИХ СОСТОЯНИЙ ИНГИБИТОРАМИ
АНГИОПОЭТИН-ПОДОБНОГО БЕЛКА 7 (ANGPTL7)
<130> 189238.01602 (3152) (10512WO-01)
<150> 62/909,573
<151> 2019-10-02
<150> 62/902,683
<151> 2019-09-19
<150> 62/880,609
<151> 2019-07-30
<150> 62/795,665
<151> 2019-01-23
<160> 165
<170> PatentIn версия 3.5
<210> 1
<211> 6641
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 1
cttgtggagc attcgggctt ggaaggaaag ctataggcta cccattcagc tcccctgtca 60
gagactcaag ctttgagaaa ggctagcaaa gagcaaggaa agagagaaaa caacaaagtg 120
gcgaggccct cagagtgaaa gcgtaaggtt cagtcagcct gctgcagctt tgcagacctc 180
agctgggcat ctccagactc ccctgaagga agagccttcc tcacccaaac ccacaaaaga 240
tgctgaaaaa gcctctctca gctgtgacct ggctctgcat tttcatcgtg gcctttgtca 300
gccacccagc gtggctgcag aagctctcta agcacaagac accagcacag ccacagctca 360
aagcggccaa ctgctgtgag gaggtgaagg agctcaaggc ccaagttgcc aaccttagca 420
gcctgctgag tgaactgaac aagaagcagg agagggactg ggtcagcgtg gtcatgcagg 480
tgatggagct ggagagcaac agcaagcgca tggagtcgcg gctcacagat gctgagagca 540
agtactccga gatgaacaac caaattgaca tcatgcagct gcaggcagca cagacggtca 600
ctcagacctc cgcaggtaag gagaccagtc ccctgaggga gcgtggagtg cctccccatc 660
tacagcactg cttctacata tcctggtcat cagaaccact actggggcct cttttgtggg 720
tacactttcc ctttagtaaa ggcttatgca gtatttcctt tgacttctaa tgctatgtaa 780
gtttacctaa caccttcacg ggtctctttt atccacacag tgtttcagcc taccatcttg 840
gagtgctgag atactacatg gtttgcccaa agtcacccag caagtcttag aagcagggtt 900
caagtcttcc tgattggtgt agctctgcta cttcctcacc aagagctgac aggctatatc 960
tcaagaaatt ccaaggaagc accaaactgt aacagctgtt cctctggaag caaagttttg 1020
ccagaaacag ttctctggtg ttcctaagat ttaccaggaa tgagcattaa tggaattttg 1080
tgtcctctct ctgtaaacgt aactcttctc attggctcag agttaagtgt agagacacat 1140
aaccatgtga agagtccctt tgtgttcagg aaggatgcgg ctccttaagg ttcctcaatt 1200
gtgatacgtc tatttttttc catggtctta aatgaatttc tccgaataca ggatttttta 1260
aatgcaatgc tgaaatatag acttaatagg ccaaaaataa gataaattta atctttcttt 1320
tgcaaaataa cttttatttc tggttagctc agctcaggtg ggccaacatg aatttacggt 1380
ttagagataa aaatttggtt ttctgaaatt atcaggaaaa tattagttgt aaggagcata 1440
tcctatagac atgtcatttc ttgctgatat aaaaaccatt ggtcccatta taaactacat 1500
gaagaacaaa gacatgatca gcttctactg actaagtcaa tggttaacct cagctcaaat 1560
taagaaaaag ttttaacatg aaaccaagct tgaaaattct gttacctgaa ccaacatgta 1620
tcaatcactt tctaagcatg gacttccggg ccctcagttt gggattagaa aggtattctc 1680
aggccatttt ccagacaagt gagtcctgat ttggtctgtg agatgaaacc agacatgcgg 1740
aagaccaggc cagacagagg aatctgaccg tgccacttcc tgctcatcca aacaggaggc 1800
tttctcacca tcctgcaagg aggttcttgg ggtcaagtgc agctctccca ccaggtctct 1860
tgctcttctt gcccaggaca tcattcctta tttttcttct ctatgaccaa gtgctcagtt 1920
acccttatat tctataagta ggtagtccct tagaggaagc agtaagttgg tgctttcacc 1980
actaagacga aatgaagaat agtgatggcg aaggcacacg tactctacct ccctttccca 2040
aggtgctctg caagagaacc tatgtgcctc agacaactcc catctgccat cttggtgctc 2100
ctctctaagg tcccagtgca gtggtcacca agaaaagcac cccgagacat agcaggcagg 2160
aagcttctct tggatagtaa gggccgcagt ctctgaatcc tatcagaaaa ggctgtctct 2220
tccactatgc tctttgatat ttagaataca gagcttaaat cctgcataaa gtagcagctc 2280
catggcccta gagtaaaaaa actggccagt ctgatgctct catttcattg ttttaacaaa 2340
acttctggga ggaaggcctc aaaggttctt ctgagtgttt tgaggtgcta gctggatgga 2400
aggggaaaat atgtgataat aaaatctatc tcccttaatt atggtctcag gtggcagtag 2460
ccaccatctc tgaacaacaa caaaaacaac caaccaggaa acatcaacaa aaccagactc 2520
tatgagatat tcacgactga tttgttatag tggcggctgt ctaagaagtc tgaatctatc 2580
tgacaggagt atctgttacg tggccctcat acactgtaac atttctagaa ttcatggccc 2640
agctatagca gaataattta tttcagagtt aacctgaaac cacctgttgg aacgtcccac 2700
taatgctatc caggtgaagg gcttccctac ccctctgctc caccgctagt aaagccaaaa 2760
tacaccccct ctggatctcc ccatatccac ctctcccaaa tgcagacact gatgggtaat 2820
taacaccact gagaatccca gggtagaaat aaaggctcag tctctaaaca ctcaactcag 2880
atggagccac tgggtctaaa tgctcaccct gtggtttgtt ctcttgtaga tgccatctac 2940
gactgctctt ccctctacca gaagaactac cgcatctctg gagtgtataa gcttcctcct 3000
gatgacttcc tgggcagccc tgaactggag gtgaggtcat tacagtcact ggccatgccc 3060
taatacctgt ccttcacccc ctcaagggga ctacaacaac agggccattc acagtttaaa 3120
gaaaggaaaa ttcggctggg cgcagtggct cacacctgta atcccagcac tatgggaggc 3180
cgaggcaggt ggatcacttc aggtcaggag tttaagacca gcctggccaa catggtgaaa 3240
ccctgtctct actaaaaata caaaaaaatt agccaggcat ggtggtgggc acctgtaatc 3300
cctgctacac aggaggattg cttgaactca ggaggcagag gttgcagtga gccgagatca 3360
cgccactgca ctataatctg ggagacaaag tgagactcca tttcaattaa aaaaaaaaaa 3420
aaaaaaaagg aaaactcaaa cacaagcaaa cacaccaaac accacagagc tatgcaaaca 3480
ctcagtttat gccctgcact ccaaacccag gcatctgttt ggccccttca aatcattatc 3540
agtcaaacaa caagccttct aacatagatc agatcattct tataaccacc acataactta 3600
gtttaaatct cttgccatgt cctagaacag ctattccttg ggggaggaga aaagaaaaca 3660
cgaaggcagc atcaaattat ctggattttc acccaggcat ggtggctcac acctgtaatc 3720
ccaagttttt tgggaggtga ggtgggcgga acaatcacct gaggtcagga ctttgagacc 3780
agcctggcca acatgctgaa acccagtctc tactaaaaat acaaaaatta gcccagtgtg 3840
gtgacaggca ctctggtccc agctactagg aaggcaggag aatcactgga actcaggagg 3900
tggaggttgc agtgagccga gattgcacca ctgtactcta gcctgggcaa caagagtgaa 3960
attctgcttc aaaaaaaaaa aaagtatctg gatttttccc tccaagcttc atgtgcactc 4020
acccccgggc ccaatttgca tcgttcttcc agagcaatgc accacccacc ccagctcacc 4080
agcagtgggg cagcatcact gcccgagtga gccagtgtga ctgcgggagt gcacacatct 4140
actggctctg cagggacagg aacaggttgg gaagcctgcc ctcttgctcc tgccttctgc 4200
ccctgcaagt ccctcaccag agtatcccct ctgcttcagg tgttctgtga catggagact 4260
tcaggcggag gctggaccat catccagaga cgaaaaagtg gccttgtctc cttctaccgg 4320
gactggaagc agtacaagca gggctttggc agcatccgtg gggacttctg gctggggaac 4380
gaacacatcc accggctctc cagacagcca acccggctgc gtgtagagat ggaggtaagc 4440
acaaggccag gggccccatg actggaccag tgccaccaca catgaccgcg tacaactccg 4500
ggggtgccat tcctattctg attcaagaca aatctgtata ttcattgtga tggttttcct 4560
gcaagttgta atggagttga ggaaaaatag gtatttttcc tttctgcaac ccccccaacc 4620
ccccgacaaa agtggggctg caggtgggac aggaagaggc cagacccagg ccagagtaga 4680
gcaaattcaa cagtcagctg tgccgaacac tagtctctgc tctggccgag catgaggtcc 4740
tttaggtgca aatcttactg atactgtttg gggacccttg ctgaaggtct gaaagcactc 4800
actatatcct catgtttctc ttacagcagc tctgtgtggg attcagcaaa aacatagctg 4860
caccttataa gcaggaaagt gaggaatata gaaagagaga ctaatcaagg ccatatggtg 4920
aatcaggaaa gaagttcgag ccttgttttc tgattcccag gttaacacag taaactggag 4980
gtaaacaagt aataaagtct tattagattc acacctataa aaagatgttt ggctatggga 5040
ctgtcaggag agaaggggta tagagacagc atgaaatgga gcctgctgca ctttctttaa 5100
ggctctgctc ctcctgacag gactgggagg gcaacctgcg ctacgctgag tatagccact 5160
ttgttttggg caatgaactc aacagctatc gcctcttcct ggggaactac actggcaatg 5220
tggggaacga cgccctccag tatcataaca acacagcctt cagcaccaag gacaaggaca 5280
atgacaactg cttggacaag tgtgcacagc tccgcaaagg tgagatttgg ggggaccgga 5340
aaggagaagt tcaggtacaa gctcataatc ccacttgagg agaaagagtg aattataact 5400
gtacagttga tattccggtt ttggtattct ttctgaccct ggctctaact ccttacctga 5460
tgtctggtct atcacagtca acttactagc actgggtctg tttctcatgc caggtggcta 5520
ctggtacaac tgctgcacag actccaacct caatggagtg tactaccgcc tgggtgagca 5580
caataagcac ctggatggca tcacctggta tggctggcat ggatctacct actccctcaa 5640
acgggtggag atgaaaatcc gcccagaaga cttcaagcct taaaaggagg ctgccgtgga 5700
gcacggatac agaaactgag acacgtggag actggatgag ggcagatgag gacaggaaga 5760
gagtgttaga aagggtagga ctgagaaaca gcctataatc tccaaagaaa gaataagtct 5820
ccaaggagca caaaaaaatc atatgtacca aggatgttac agtaaacagg atgaactatt 5880
taaacccact gggtcctgcc acatccttct caaggtggta gactgagtgg ggtctctctg 5940
cccaagatcc ctgacatagc agtagcttgt cttttccaca tgatttgtct gtgaaagaaa 6000
ataattttga gatcgtttta tctattttct ctacggctta ggctatgtga gggcaaaaca 6060
caaatccctt tgctaaaaag aaccatatta ttttgattct caaaggatag gcctttgagt 6120
gttagagaaa ggagtgaagg aggcaggtgg gaaatggtat ttctattttt aaatccagtg 6180
aaattatctt gagtctacac attattttta aaacacaaaa attgttcggc tggaactgac 6240
ccaggctgga cttgcgggga ggaaactcca gggcactgca tctggcgatc agactctgag 6300
cactgcccct gctcgccttg gtcatgtaca gcactgaaag gaatgaagca ccagcaggag 6360
gtggacagag tctctcatgg atgccggcac aaaactgcct taaaatattc atagttaata 6420
caggtatatc tatttttatt tactttgtaa gaaacaagct caaggagctt ccttttaaat 6480
tttgtctgta ggaaatggtt gaaaactgaa ggtagatggt gttatagtta ataataaatg 6540
ctgtaaataa gcatctcact ttgtaaaaat aaaatattgt ggttttgttt taaacattca 6600
acgtttcttt tccttctaca ataaacactt tcaaaatgtg a 6641
<210> 2
<211> 6641
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 2
cttgtggagc attcgggctt ggaaggaaag ctataggcta cccattcagc tcccctgtca 60
gagactcaag ctttgagaaa ggctagcaaa gagcaaggaa agagagaaaa caacaaagtg 120
gcgaggccct cagagtgaaa gcgtaaggtt cagtcagcct gctgcagctt tgcagacctc 180
agctgggcat ctccagactc ccctgaagga agagccttcc tcacccaaac ccacaaaaga 240
tgctgaaaaa gcctctctca gctgtgacct ggctctgcat tttcatcgtg gcctttgtca 300
gccacccagc gtggctgcag aagctctcta agcacaagac accagcacag ccacagctca 360
aagcggccaa ctgctgtgag gaggtgaagg agctcaaggc ccaagttgcc aaccttagca 420
gcctgctgag tgaactgaac aagaagcagg agagggactg ggtcagcgtg gtcatgcagg 480
tgatggagct ggagagcaac agcaagcgca tggagtcgcg gctcacagat gctgagagca 540
agtactccga gatgaacaac caaattgaca tcatgcagct gcaggcagca cagacggtca 600
ctcagacctc cgcaggtaag gagaccagtc ccctgaggga gcgtggagtg cctccccatc 660
tacagcactg cttctacata tcctggtcat cagaaccact actggggcct cttttgtggg 720
tacactttcc ctttagtaaa ggcttatgca gtatttcctt tgacttctaa tgctatgtaa 780
gtttacctaa caccttcacg ggtctctttt atccacacag tgtttcagcc taccatcttg 840
gagtgctgag atactacatg gtttgcccaa agtcacccag caagtcttag aagcagggtt 900
caagtcttcc tgattggtgt agctctgcta cttcctcacc aagagctgac aggctatatc 960
tcaagaaatt ccaaggaagc accaaactgt aacagctgtt cctctggaag caaagttttg 1020
ccagaaacag ttctctggtg ttcctaagat ttaccaggaa tgagcattaa tggaattttg 1080
tgtcctctct ctgtaaacgt aactcttctc attggctcag agttaagtgt agagacacat 1140
aaccatgtga agagtccctt tgtgttcagg aaggatgcgg ctccttaagg ttcctcaatt 1200
gtgatacgtc tatttttttc catggtctta aatgaatttc tccgaataca ggatttttta 1260
aatgcaatgc tgaaatatag acttaatagg ccaaaaataa gataaattta atctttcttt 1320
tgcaaaataa cttttatttc tggttagctc agctcaggtg ggccaacatg aatttacggt 1380
ttagagataa aaatttggtt ttctgaaatt atcaggaaaa tattagttgt aaggagcata 1440
tcctatagac atgtcatttc ttgctgatat aaaaaccatt ggtcccatta taaactacat 1500
gaagaacaaa gacatgatca gcttctactg actaagtcaa tggttaacct cagctcaaat 1560
taagaaaaag ttttaacatg aaaccaagct tgaaaattct gttacctgaa ccaacatgta 1620
tcaatcactt tctaagcatg gacttccggg ccctcagttt gggattagaa aggtattctc 1680
aggccatttt ccagacaagt gagtcctgat ttggtctgtg agatgaaacc agacatgcgg 1740
aagaccaggc cagacagagg aatctgaccg tgccacttcc tgctcatcca aacaggaggc 1800
tttctcacca tcctgcaagg aggttcttgg ggtcaagtgc agctctccca ccaggtctct 1860
tgctcttctt gcccaggaca tcattcctta tttttcttct ctatgaccaa gtgctcagtt 1920
acccttatat tctataagta ggtagtccct tagaggaagc agtaagttgg tgctttcacc 1980
actaagacga aatgaagaat agtgatggcg aaggcacacg tactctacct ccctttccca 2040
aggtgctctg caagagaacc tatgtgcctc agacaactcc catctgccat cttggtgctc 2100
ctctctaagg tcccagtgca gtggtcacca agaaaagcac cccgagacat agcaggcagg 2160
aagcttctct tggatagtaa gggccgcagt ctctgaatcc tatcagaaaa ggctgtctct 2220
tccactatgc tctttgatat ttagaataca gagcttaaat cctgcataaa gtagcagctc 2280
catggcccta gagtaaaaaa actggccagt ctgatgctct catttcattg ttttaacaaa 2340
acttctggga ggaaggcctc aaaggttctt ctgagtgttt tgaggtgcta gctggatgga 2400
aggggaaaat atgtgataat aaaatctatc tcccttaatt atggtctcag gtggcagtag 2460
ccaccatctc tgaacaacaa caaaaacaac caaccaggaa acatcaacaa aaccagactc 2520
tatgagatat tcacgactga tttgttatag tggcggctgt ctaagaagtc tgaatctatc 2580
tgacaggagt atctgttacg tggccctcat acactgtaac atttctagaa ttcatggccc 2640
agctatagca gaataattta tttcagagtt aacctgaaac cacctgttgg aacgtcccac 2700
taatgctatc caggtgaagg gcttccctac ccctctgctc caccgctagt aaagccaaaa 2760
tacaccccct ctggatctcc ccatatccac ctctcccaaa tgcagacact gatgggtaat 2820
taacaccact gagaatccca gggtagaaat aaaggctcag tctctaaaca ctcaactcag 2880
atggagccac tgggtctaaa tgctcaccct gtggtttgtt ctcttgtaga tgccatctac 2940
gactgctctt ccctctacca gaagaactac cgcatctctg gagtgtataa gcttcctcct 3000
gatgacttcc tgggcagccc tgaactggag gtgaggtcat tacagtcact ggccatgccc 3060
taatacctgt ccttcacccc ctcaagggga ctacaacaac agggccattc acagtttaaa 3120
gaaaggaaaa ttcggctggg cgcagtggct cacacctgta atcccagcac tatgggaggc 3180
cgaggcaggt ggatcacttc aggtcaggag tttaagacca gcctggccaa catggtgaaa 3240
ccctgtctct actaaaaata caaaaaaatt agccaggcat ggtggtgggc acctgtaatc 3300
cctgctacac aggaggattg cttgaactca ggaggcagag gttgcagtga gccgagatca 3360
cgccactgca ctataatctg ggagacaaag tgagactcca tttcaattaa aaaaaaaaaa 3420
aaaaaaaagg aaaactcaaa cacaagcaaa cacaccaaac accacagagc tatgcaaaca 3480
ctcagtttat gccctgcact ccaaacccag gcatctgttt ggccccttca aatcattatc 3540
agtcaaacaa caagccttct aacatagatc agatcattct tataaccacc acataactta 3600
gtttaaatct cttgccatgt cctagaacag ctattccttg ggggaggaga aaagaaaaca 3660
cgaaggcagc atcaaattat ctggattttc acccaggcat ggtggctcac acctgtaatc 3720
ccaagttttt tgggaggtga ggtgggcgga acaatcacct gaggtcagga ctttgagacc 3780
agcctggcca acatgctgaa acccagtctc tactaaaaat acaaaaatta gcccagtgtg 3840
gtgacaggca ctctggtccc agctactagg aaggcaggag aatcactgga actcaggagg 3900
tggaggttgc agtgagccga gattgcacca ctgtactcta gcctgggcaa caagagtgaa 3960
attctgcttc aaaaaaaaaa aaagtatctg gatttttccc tccaagcttc atgtgcactc 4020
acccccgggc ccaatttgca tcgttcttcc agagcaatgc accacccacc ccagctcacc 4080
agcagtgggg cagcatcact gcccgagtga gccagtgtga ctgcgggagt gcacacatct 4140
actggctctg cagggacagg aacaggttgg gaagcctgcc ctcttgctcc tgccttctgc 4200
ccctgcaagt ccctcaccag agtatcccct ctgcttcagg tgttctgtga catggagact 4260
tcaggcggag gctggaccat catccagaga tgaaaaagtg gccttgtctc cttctaccgg 4320
gactggaagc agtacaagca gggctttggc agcatccgtg gggacttctg gctggggaac 4380
gaacacatcc accggctctc cagacagcca acccggctgc gtgtagagat ggaggtaagc 4440
acaaggccag gggccccatg actggaccag tgccaccaca catgaccgcg tacaactccg 4500
ggggtgccat tcctattctg attcaagaca aatctgtata ttcattgtga tggttttcct 4560
gcaagttgta atggagttga ggaaaaatag gtatttttcc tttctgcaac ccccccaacc 4620
ccccgacaaa agtggggctg caggtgggac aggaagaggc cagacccagg ccagagtaga 4680
gcaaattcaa cagtcagctg tgccgaacac tagtctctgc tctggccgag catgaggtcc 4740
tttaggtgca aatcttactg atactgtttg gggacccttg ctgaaggtct gaaagcactc 4800
actatatcct catgtttctc ttacagcagc tctgtgtggg attcagcaaa aacatagctg 4860
caccttataa gcaggaaagt gaggaatata gaaagagaga ctaatcaagg ccatatggtg 4920
aatcaggaaa gaagttcgag ccttgttttc tgattcccag gttaacacag taaactggag 4980
gtaaacaagt aataaagtct tattagattc acacctataa aaagatgttt ggctatggga 5040
ctgtcaggag agaaggggta tagagacagc atgaaatgga gcctgctgca ctttctttaa 5100
ggctctgctc ctcctgacag gactgggagg gcaacctgcg ctacgctgag tatagccact 5160
ttgttttggg caatgaactc aacagctatc gcctcttcct ggggaactac actggcaatg 5220
tggggaacga cgccctccag tatcataaca acacagcctt cagcaccaag gacaaggaca 5280
atgacaactg cttggacaag tgtgcacagc tccgcaaagg tgagatttgg ggggaccgga 5340
aaggagaagt tcaggtacaa gctcataatc ccacttgagg agaaagagtg aattataact 5400
gtacagttga tattccggtt ttggtattct ttctgaccct ggctctaact ccttacctga 5460
tgtctggtct atcacagtca acttactagc actgggtctg tttctcatgc caggtggcta 5520
ctggtacaac tgctgcacag actccaacct caatggagtg tactaccgcc tgggtgagca 5580
caataagcac ctggatggca tcacctggta tggctggcat ggatctacct actccctcaa 5640
acgggtggag atgaaaatcc gcccagaaga cttcaagcct taaaaggagg ctgccgtgga 5700
gcacggatac agaaactgag acacgtggag actggatgag ggcagatgag gacaggaaga 5760
gagtgttaga aagggtagga ctgagaaaca gcctataatc tccaaagaaa gaataagtct 5820
ccaaggagca caaaaaaatc atatgtacca aggatgttac agtaaacagg atgaactatt 5880
taaacccact gggtcctgcc acatccttct caaggtggta gactgagtgg ggtctctctg 5940
cccaagatcc ctgacatagc agtagcttgt cttttccaca tgatttgtct gtgaaagaaa 6000
ataattttga gatcgtttta tctattttct ctacggctta ggctatgtga gggcaaaaca 6060
caaatccctt tgctaaaaag aaccatatta ttttgattct caaaggatag gcctttgagt 6120
gttagagaaa ggagtgaagg aggcaggtgg gaaatggtat ttctattttt aaatccagtg 6180
aaattatctt gagtctacac attattttta aaacacaaaa attgttcggc tggaactgac 6240
ccaggctgga cttgcgggga ggaaactcca gggcactgca tctggcgatc agactctgag 6300
cactgcccct gctcgccttg gtcatgtaca gcactgaaag gaatgaagca ccagcaggag 6360
gtggacagag tctctcatgg atgccggcac aaaactgcct taaaatattc atagttaata 6420
caggtatatc tatttttatt tactttgtaa gaaacaagct caaggagctt ccttttaaat 6480
tttgtctgta ggaaatggtt gaaaactgaa ggtagatggt gttatagtta ataataaatg 6540
ctgtaaataa gcatctcact ttgtaaaaat aaaatattgt ggttttgttt taaacattca 6600
acgtttcttt tccttctaca ataaacactt tcaaaatgtg a 6641
<210> 3
<211> 6641
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 3
cttgtggagc attcgggctt ggaaggaaag ctataggcta cccattcagc tcccctgtca 60
gagactcaag ctttgagaaa ggctagcaaa gagcaaggaa agagagaaaa caacaaagtg 120
gcgaggccct cagagtgaaa gcgtaaggtt cagtcagcct gctgcagctt tgcagacctc 180
agctgggcat ctccagactc ccctgaagga agagccttcc tcacccaaac ccacaaaaga 240
tgctgaaaaa gcctctctca gctgtgacct ggctctgcat tttcatcgtg gcctttgtca 300
gccacccagc gtggctgcag aagctctcta agcacaagac accagcacag ccacagctca 360
aagcggccaa ctgctgtgag gaggtgaagg agctcaaggc ccaagttgcc aaccttagca 420
gcctgctgag tgaactgaac aagaagcagg agagggactg ggtcagcgtg gtcatgcagg 480
tgatggagct ggagagcaac agcaagcgca tggagtcgcg gctcacagat gctgagagca 540
agtactccga gatgaacaac caaattgaca tcatgcagct gcaggcagca cagacggtca 600
ctcagacctc cgcaggtaag gagaccagtc ccctgaggga gcgtggagtg cctccccatc 660
tacagcactg cttctacata tcctggtcat cagaaccact actggggcct cttttgtggg 720
tacactttcc ctttagtaaa ggcttatgca gtatttcctt tgacttctaa tgctatgtaa 780
gtttacctaa caccttcacg ggtctctttt atccacacag tgtttcagcc taccatcttg 840
gagtgctgag atactacatg gtttgcccaa agtcacccag caagtcttag aagcagggtt 900
caagtcttcc tgattggtgt agctctgcta cttcctcacc aagagctgac aggctatatc 960
tcaagaaatt ccaaggaagc accaaactgt aacagctgtt cctctggaag caaagttttg 1020
ccagaaacag ttctctggtg ttcctaagat ttaccaggaa tgagcattaa tggaattttg 1080
tgtcctctct ctgtaaacgt aactcttctc attggctcag agttaagtgt agagacacat 1140
aaccatgtga agagtccctt tgtgttcagg aaggatgcgg ctccttaagg ttcctcaatt 1200
gtgatacgtc tatttttttc catggtctta aatgaatttc tccgaataca ggatttttta 1260
aatgcaatgc tgaaatatag acttaatagg ccaaaaataa gataaattta atctttcttt 1320
tgcaaaataa cttttatttc tggttagctc agctcaggtg ggccaacatg aatttacggt 1380
ttagagataa aaatttggtt ttctgaaatt atcaggaaaa tattagttgt aaggagcata 1440
tcctatagac atgtcatttc ttgctgatat aaaaaccatt ggtcccatta taaactacat 1500
gaagaacaaa gacatgatca gcttctactg actaagtcaa tggttaacct cagctcaaat 1560
taagaaaaag ttttaacatg aaaccaagct tgaaaattct gttacctgaa ccaacatgta 1620
tcaatcactt tctaagcatg gacttccggg ccctcagttt gggattagaa aggtattctc 1680
aggccatttt ccagacaagt gagtcctgat ttggtctgtg agatgaaacc agacatgcgg 1740
aagaccaggc cagacagagg aatctgaccg tgccacttcc tgctcatcca aacaggaggc 1800
tttctcacca tcctgcaagg aggttcttgg ggtcaagtgc agctctccca ccaggtctct 1860
tgctcttctt gcccaggaca tcattcctta tttttcttct ctatgaccaa gtgctcagtt 1920
acccttatat tctataagta ggtagtccct tagaggaagc agtaagttgg tgctttcacc 1980
actaagacga aatgaagaat agtgatggcg aaggcacacg tactctacct ccctttccca 2040
aggtgctctg caagagaacc tatgtgcctc agacaactcc catctgccat cttggtgctc 2100
ctctctaagg tcccagtgca gtggtcacca agaaaagcac cccgagacat agcaggcagg 2160
aagcttctct tggatagtaa gggccgcagt ctctgaatcc tatcagaaaa ggctgtctct 2220
tccactatgc tctttgatat ttagaataca gagcttaaat cctgcataaa gtagcagctc 2280
catggcccta gagtaaaaaa actggccagt ctgatgctct catttcattg ttttaacaaa 2340
acttctggga ggaaggcctc aaaggttctt ctgagtgttt tgaggtgcta gctggatgga 2400
aggggaaaat atgtgataat aaaatctatc tcccttaatt atggtctcag gtggcagtag 2460
ccaccatctc tgaacaacaa caaaaacaac caaccaggaa acatcaacaa aaccagactc 2520
tatgagatat tcacgactga tttgttatag tggcggctgt ctaagaagtc tgaatctatc 2580
tgacaggagt atctgttacg tggccctcat acactgtaac atttctagaa ttcatggccc 2640
agctatagca gaataattta tttcagagtt aacctgaaac cacctgttgg aacgtcccac 2700
taatgctatc caggtgaagg gcttccctac ccctctgctc caccgctagt aaagccaaaa 2760
tacaccccct ctggatctcc ccatatccac ctctcccaaa tgcagacact gatgggtaat 2820
taacaccact gagaatccca gggtagaaat aaaggctcag tctctaaaca ctcaactcag 2880
atggagccac tgggtctaaa tgctcaccct gtggtttgtt ctcttgtaga tgccatctac 2940
gactgctctt ccctctacca gaagaactac cgcatctctg gagtgtataa gcttcctcct 3000
gatgacttcc tgggcagccc tgaactggag gtgaggtcat tacagtcact ggccatgccc 3060
taatacctgt ccttcacccc ctcaagggga ctacaacaac agggccattc acagtttaaa 3120
gaaaggaaaa ttcggctggg cgcagtggct cacacctgta atcccagcac tatgggaggc 3180
cgaggcaggt ggatcacttc aggtcaggag tttaagacca gcctggccaa catggtgaaa 3240
ccctgtctct actaaaaata caaaaaaatt agccaggcat ggtggtgggc acctgtaatc 3300
cctgctacac aggaggattg cttgaactca ggaggcagag gttgcagtga gccgagatca 3360
cgccactgca ctataatctg ggagacaaag tgagactcca tttcaattaa aaaaaaaaaa 3420
aaaaaaaagg aaaactcaaa cacaagcaaa cacaccaaac accacagagc tatgcaaaca 3480
ctcagtttat gccctgcact ccaaacccag gcatctgttt ggccccttca aatcattatc 3540
agtcaaacaa caagccttct aacatagatc agatcattct tataaccacc acataactta 3600
gtttaaatct cttgccatgt cctagaacag ctattccttg ggggaggaga aaagaaaaca 3660
cgaaggcagc atcaaattat ctggattttc acccaggcat ggtggctcac acctgtaatc 3720
ccaagttttt tgggaggtga ggtgggcgga acaatcacct gaggtcagga ctttgagacc 3780
agcctggcca acatgctgaa acccagtctc tactaaaaat acaaaaatta gcccagtgtg 3840
gtgacaggca ctctggtccc agctactagg aaggcaggag aatcactgga actcaggagg 3900
tggaggttgc agtgagccga gattgcacca ctgtactcta gcctgggcaa caagagtgaa 3960
attctgcttc aaaaaaaaaa aaagtatctg gatttttccc tccaagcttc atgtgcactc 4020
acccccgggc ccaatttgca tcgttcttcc agagcaatgc accacccacc ccagctcacc 4080
agcagtgggg cagcatcact gcccgagtga gccagtgtga ctgcgggagt gcacacatct 4140
actggctctg cagggacagg aacaggttgg gaagcctgcc ctcttgctcc tgccttctgc 4200
ccctgcaagt ccctcaccag agtatcccct ctgcttcagg tgttctgtga catggagact 4260
tcaggcggag gctggaccat catccataga cgaaaaagtg gccttgtctc cttctaccgg 4320
gactggaagc agtacaagca gggctttggc agcatccgtg gggacttctg gctggggaac 4380
gaacacatcc accggctctc cagacagcca acccggctgc gtgtagagat ggaggtaagc 4440
acaaggccag gggccccatg actggaccag tgccaccaca catgaccgcg tacaactccg 4500
ggggtgccat tcctattctg attcaagaca aatctgtata ttcattgtga tggttttcct 4560
gcaagttgta atggagttga ggaaaaatag gtatttttcc tttctgcaac ccccccaacc 4620
ccccgacaaa agtggggctg caggtgggac aggaagaggc cagacccagg ccagagtaga 4680
gcaaattcaa cagtcagctg tgccgaacac tagtctctgc tctggccgag catgaggtcc 4740
tttaggtgca aatcttactg atactgtttg gggacccttg ctgaaggtct gaaagcactc 4800
actatatcct catgtttctc ttacagcagc tctgtgtggg attcagcaaa aacatagctg 4860
caccttataa gcaggaaagt gaggaatata gaaagagaga ctaatcaagg ccatatggtg 4920
aatcaggaaa gaagttcgag ccttgttttc tgattcccag gttaacacag taaactggag 4980
gtaaacaagt aataaagtct tattagattc acacctataa aaagatgttt ggctatggga 5040
ctgtcaggag agaaggggta tagagacagc atgaaatgga gcctgctgca ctttctttaa 5100
ggctctgctc ctcctgacag gactgggagg gcaacctgcg ctacgctgag tatagccact 5160
ttgttttggg caatgaactc aacagctatc gcctcttcct ggggaactac actggcaatg 5220
tggggaacga cgccctccag tatcataaca acacagcctt cagcaccaag gacaaggaca 5280
atgacaactg cttggacaag tgtgcacagc tccgcaaagg tgagatttgg ggggaccgga 5340
aaggagaagt tcaggtacaa gctcataatc ccacttgagg agaaagagtg aattataact 5400
gtacagttga tattccggtt ttggtattct ttctgaccct ggctctaact ccttacctga 5460
tgtctggtct atcacagtca acttactagc actgggtctg tttctcatgc caggtggcta 5520
ctggtacaac tgctgcacag actccaacct caatggagtg tactaccgcc tgggtgagca 5580
caataagcac ctggatggca tcacctggta tggctggcat ggatctacct actccctcaa 5640
acgggtggag atgaaaatcc gcccagaaga cttcaagcct taaaaggagg ctgccgtgga 5700
gcacggatac agaaactgag acacgtggag actggatgag ggcagatgag gacaggaaga 5760
gagtgttaga aagggtagga ctgagaaaca gcctataatc tccaaagaaa gaataagtct 5820
ccaaggagca caaaaaaatc atatgtacca aggatgttac agtaaacagg atgaactatt 5880
taaacccact gggtcctgcc acatccttct caaggtggta gactgagtgg ggtctctctg 5940
cccaagatcc ctgacatagc agtagcttgt cttttccaca tgatttgtct gtgaaagaaa 6000
ataattttga gatcgtttta tctattttct ctacggctta ggctatgtga gggcaaaaca 6060
caaatccctt tgctaaaaag aaccatatta ttttgattct caaaggatag gcctttgagt 6120
gttagagaaa ggagtgaagg aggcaggtgg gaaatggtat ttctattttt aaatccagtg 6180
aaattatctt gagtctacac attattttta aaacacaaaa attgttcggc tggaactgac 6240
ccaggctgga cttgcgggga ggaaactcca gggcactgca tctggcgatc agactctgag 6300
cactgcccct gctcgccttg gtcatgtaca gcactgaaag gaatgaagca ccagcaggag 6360
gtggacagag tctctcatgg atgccggcac aaaactgcct taaaatattc atagttaata 6420
caggtatatc tatttttatt tactttgtaa gaaacaagct caaggagctt ccttttaaat 6480
tttgtctgta ggaaatggtt gaaaactgaa ggtagatggt gttatagtta ataataaatg 6540
ctgtaaataa gcatctcact ttgtaaaaat aaaatattgt ggttttgttt taaacattca 6600
acgtttcttt tccttctaca ataaacactt tcaaaatgtg a 6641
<210> 4
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 4
augcugaaaa agccucucuc agcugugacc uggcucugca uuuucaucgu ggccuuuguc 60
agccacccag cguggcugca gaagcucucu aagcacaaga caccagcaca gccacagcuc 120
aaagcggcca acugcuguga ggaggugaag gagcucaagg cccaaguugc caaccuuagc 180
agccugcuga gugaacugaa caagaagcag gagagggacu gggucagcgu ggucaugcag 240
gugauggagc uggagagcaa cagcaagcgc auggagucgc ggcucacaga ugcugagagc 300
aaguacuccg agaugaacaa ccaaauugac aucaugcagc ugcaggcagc acagacgguc 360
acucagaccu ccgcagaugc caucuacgac ugcucuuccc ucuaccagaa gaacuaccgc 420
aucucuggag uguauaagcu uccuccugau gacuuccugg gcagcccuga acuggaggug 480
uucugugaca uggagacuuc aggcggaggc uggaccauca uccagagacg aaaaaguggc 540
cuugucuccu ucuaccggga cuggaagcag uacaagcagg gcuuuggcag cauccguggg 600
gacuucuggc uggggaacga acacauccac cggcucucca gacagccaac ccggcugcgu 660
guagagaugg aggacuggga gggcaaccug cgcuacgcug aguauagcca cuuuguuuug 720
ggcaaugaac ucaacagcua ucgccucuuc cuggggaacu acacuggcaa uguggggaac 780
gacgcccucc aguaucauaa caacacagcc uucagcacca aggacaagga caaugacaac 840
ugcuuggaca agugugcaca gcuccgcaaa gguggcuacu gguacaacug cugcacagac 900
uccaaccuca auggagugua cuaccgccug ggugagcaca auaagcaccu ggauggcauc 960
accugguaug gcuggcaugg aucuaccuac ucccucaaac ggguggagau gaaaauccgc 1020
ccagaagacu ucaagccuua a 1041
<210> 5
<211> 531
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 5
augcugaaaa agccucucuc agcugugacc uggcucugca uuuucaucgu ggccuuuguc 60
agccacccag cguggcugca gaagcucucu aagcacaaga caccagcaca gccacagcuc 120
aaagcggcca acugcuguga ggaggugaag gagcucaagg cccaaguugc caaccuuagc 180
agccugcuga gugaacugaa caagaagcag gagagggacu gggucagcgu ggucaugcag 240
gugauggagc uggagagcaa cagcaagcgc auggagucgc ggcucacaga ugcugagagc 300
aaguacuccg agaugaacaa ccaaauugac aucaugcagc ugcaggcagc acagacgguc 360
acucagaccu ccgcagaugc caucuacgac ugcucuuccc ucuaccagaa gaacuaccgc 420
aucucuggag uguauaagcu uccuccugau gacuuccugg gcagcccuga acuggaggug 480
uucugugaca uggagacuuc aggcggaggc uggaccauca uccagagaug a 531
<210> 6
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 6
augcugaaaa agccucucuc agcugugacc uggcucugca uuuucaucgu ggccuuuguc 60
agccacccag cguggcugca gaagcucucu aagcacaaga caccagcaca gccacagcuc 120
aaagcggcca acugcuguga ggaggugaag gagcucaagg cccaaguugc caaccuuagc 180
agccugcuga gugaacugaa caagaagcag gagagggacu gggucagcgu ggucaugcag 240
gugauggagc uggagagcaa cagcaagcgc auggagucgc ggcucacaga ugcugagagc 300
aaguacuccg agaugaacaa ccaaauugac aucaugcagc ugcaggcagc acagacgguc 360
acucagaccu ccgcagaugc caucuacgac ugcucuuccc ucuaccagaa gaacuaccgc 420
aucucuggag uguauaagcu uccuccugau gacuuccugg gcagcccuga acuggaggug 480
uucugugaca uggagacuuc aggcggaggc uggaccauca uccauagacg aaaaaguggc 540
cuugucuccu ucuaccggga cuggaagcag uacaagcagg gcuuuggcag cauccguggg 600
gacuucuggc uggggaacga acacauccac cggcucucca gacagccaac ccggcugcgu 660
guagagaugg aggacuggga gggcaaccug cgcuacgcug aguauagcca cuuuguuuug 720
ggcaaugaac ucaacagcua ucgccucuuc cuggggaacu acacuggcaa uguggggaac 780
gacgcccucc aguaucauaa caacacagcc uucagcacca aggacaagga caaugacaac 840
ugcuuggaca agugugcaca gcuccgcaaa gguggcuacu gguacaacug cugcacagac 900
uccaaccuca auggagugua cuaccgccug ggugagcaca auaagcaccu ggauggcauc 960
accugguaug gcuggcaugg aucuaccuac ucccucaaac ggguggagau gaaaauccgc 1020
ccagaagacu ucaagccuua a 1041
<210> 7
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 7
atgctgaaaa agcctctctc agctgtgacc tggctctgca ttttcatcgt ggcctttgtc 60
agccacccag cgtggctgca gaagctctct aagcacaaga caccagcaca gccacagctc 120
aaagcggcca actgctgtga ggaggtgaag gagctcaagg cccaagttgc caaccttagc 180
agcctgctga gtgaactgaa caagaagcag gagagggact gggtcagcgt ggtcatgcag 240
gtgatggagc tggagagcaa cagcaagcgc atggagtcgc ggctcacaga tgctgagagc 300
aagtactccg agatgaacaa ccaaattgac atcatgcagc tgcaggcagc acagacggtc 360
actcagacct ccgcagatgc catctacgac tgctcttccc tctaccagaa gaactaccgc 420
atctctggag tgtataagct tcctcctgat gacttcctgg gcagccctga actggaggtg 480
ttctgtgaca tggagacttc aggcggaggc tggaccatca tccagagacg aaaaagtggc 540
cttgtctcct tctaccggga ctggaagcag tacaagcagg gctttggcag catccgtggg 600
gacttctggc tggggaacga acacatccac cggctctcca gacagccaac ccggctgcgt 660
gtagagatgg aggactggga gggcaacctg cgctacgctg agtatagcca ctttgttttg 720
ggcaatgaac tcaacagcta tcgcctcttc ctggggaact acactggcaa tgtggggaac 780
gacgccctcc agtatcataa caacacagcc ttcagcacca aggacaagga caatgacaac 840
tgcttggaca agtgtgcaca gctccgcaaa ggtggctact ggtacaactg ctgcacagac 900
tccaacctca atggagtgta ctaccgcctg ggtgagcaca ataagcacct ggatggcatc 960
acctggtatg gctggcatgg atctacctac tccctcaaac gggtggagat gaaaatccgc 1020
ccagaagact tcaagcctta a 1041
<210> 8
<211> 531
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 8
atgctgaaaa agcctctctc agctgtgacc tggctctgca ttttcatcgt ggcctttgtc 60
agccacccag cgtggctgca gaagctctct aagcacaaga caccagcaca gccacagctc 120
aaagcggcca actgctgtga ggaggtgaag gagctcaagg cccaagttgc caaccttagc 180
agcctgctga gtgaactgaa caagaagcag gagagggact gggtcagcgt ggtcatgcag 240
gtgatggagc tggagagcaa cagcaagcgc atggagtcgc ggctcacaga tgctgagagc 300
aagtactccg agatgaacaa ccaaattgac atcatgcagc tgcaggcagc acagacggtc 360
actcagacct ccgcagatgc catctacgac tgctcttccc tctaccagaa gaactaccgc 420
atctctggag tgtataagct tcctcctgat gacttcctgg gcagccctga actggaggtg 480
ttctgtgaca tggagacttc aggcggaggc tggaccatca tccagagatg a 531
<210> 9
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 9
atgctgaaaa agcctctctc agctgtgacc tggctctgca ttttcatcgt ggcctttgtc 60
agccacccag cgtggctgca gaagctctct aagcacaaga caccagcaca gccacagctc 120
aaagcggcca actgctgtga ggaggtgaag gagctcaagg cccaagttgc caaccttagc 180
agcctgctga gtgaactgaa caagaagcag gagagggact gggtcagcgt ggtcatgcag 240
gtgatggagc tggagagcaa cagcaagcgc atggagtcgc ggctcacaga tgctgagagc 300
aagtactccg agatgaacaa ccaaattgac atcatgcagc tgcaggcagc acagacggtc 360
actcagacct ccgcagatgc catctacgac tgctcttccc tctaccagaa gaactaccgc 420
atctctggag tgtataagct tcctcctgat gacttcctgg gcagccctga actggaggtg 480
ttctgtgaca tggagacttc aggcggaggc tggaccatca tccatagacg aaaaagtggc 540
cttgtctcct tctaccggga ctggaagcag tacaagcagg gctttggcag catccgtggg 600
gacttctggc tggggaacga acacatccac cggctctcca gacagccaac ccggctgcgt 660
gtagagatgg aggactggga gggcaacctg cgctacgctg agtatagcca ctttgttttg 720
ggcaatgaac tcaacagcta tcgcctcttc ctggggaact acactggcaa tgtggggaac 780
gacgccctcc agtatcataa caacacagcc ttcagcacca aggacaagga caatgacaac 840
tgcttggaca agtgtgcaca gctccgcaaa ggtggctact ggtacaactg ctgcacagac 900
tccaacctca atggagtgta ctaccgcctg ggtgagcaca ataagcacct ggatggcatc 960
acctggtatg gctggcatgg atctacctac tccctcaaac gggtggagat gaaaatccgc 1020
ccagaagact tcaagcctta a 1041
<210> 10
<211> 346
<212> БЕЛОК
<213> Homo sapiens
<400> 10
Met Leu Lys Lys Pro Leu Ser Ala Val Thr Trp Leu Cys Ile Phe Ile
1 5 10 15
Val Ala Phe Val Ser His Pro Ala Trp Leu Gln Lys Leu Ser Lys His
20 25 30
Lys Thr Pro Ala Gln Pro Gln Leu Lys Ala Ala Asn Cys Cys Glu Glu
35 40 45
Val Lys Glu Leu Lys Ala Gln Val Ala Asn Leu Ser Ser Leu Leu Ser
50 55 60
Glu Leu Asn Lys Lys Gln Glu Arg Asp Trp Val Ser Val Val Met Gln
65 70 75 80
Val Met Glu Leu Glu Ser Asn Ser Lys Arg Met Glu Ser Arg Leu Thr
85 90 95
Asp Ala Glu Ser Lys Tyr Ser Glu Met Asn Asn Gln Ile Asp Ile Met
100 105 110
Gln Leu Gln Ala Ala Gln Thr Val Thr Gln Thr Ser Ala Asp Ala Ile
115 120 125
Tyr Asp Cys Ser Ser Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Arg Ile Ser Gly Val
130 135 140
Tyr Lys Leu Pro Pro Asp Asp Phe Leu Gly Ser Pro Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Phe Cys Asp Met Glu Thr Ser Gly Gly Gly Trp Thr Ile Ile Gln Arg
165 170 175
Arg Lys Ser Gly Leu Val Ser Phe Tyr Arg Asp Trp Lys Gln Tyr Lys
180 185 190
Gln Gly Phe Gly Ser Ile Arg Gly Asp Phe Trp Leu Gly Asn Glu His
195 200 205
Ile His Arg Leu Ser Arg Gln Pro Thr Arg Leu Arg Val Glu Met Glu
210 215 220
Asp Trp Glu Gly Asn Leu Arg Tyr Ala Glu Tyr Ser His Phe Val Leu
225 230 235 240
Gly Asn Glu Leu Asn Ser Tyr Arg Leu Phe Leu Gly Asn Tyr Thr Gly
245 250 255
Asn Val Gly Asn Asp Ala Leu Gln Tyr His Asn Asn Thr Ala Phe Ser
260 265 270
Thr Lys Asp Lys Asp Asn Asp Asn Cys Leu Asp Lys Cys Ala Gln Leu
275 280 285
Arg Lys Gly Gly Tyr Trp Tyr Asn Cys Cys Thr Asp Ser Asn Leu Asn
290 295 300
Gly Val Tyr Tyr Arg Leu Gly Glu His Asn Lys His Leu Asp Gly Ile
305 310 315 320
Thr Trp Tyr Gly Trp His Gly Ser Thr Tyr Ser Leu Lys Arg Val Glu
325 330 335
Met Lys Ile Arg Pro Glu Asp Phe Lys Pro
340 345
<210> 11
<211> 176
<212> БЕЛОК
<213> Homo sapiens
<400> 11
Met Leu Lys Lys Pro Leu Ser Ala Val Thr Trp Leu Cys Ile Phe Ile
1 5 10 15
Val Ala Phe Val Ser His Pro Ala Trp Leu Gln Lys Leu Ser Lys His
20 25 30
Lys Thr Pro Ala Gln Pro Gln Leu Lys Ala Ala Asn Cys Cys Glu Glu
35 40 45
Val Lys Glu Leu Lys Ala Gln Val Ala Asn Leu Ser Ser Leu Leu Ser
50 55 60
Glu Leu Asn Lys Lys Gln Glu Arg Asp Trp Val Ser Val Val Met Gln
65 70 75 80
Val Met Glu Leu Glu Ser Asn Ser Lys Arg Met Glu Ser Arg Leu Thr
85 90 95
Asp Ala Glu Ser Lys Tyr Ser Glu Met Asn Asn Gln Ile Asp Ile Met
100 105 110
Gln Leu Gln Ala Ala Gln Thr Val Thr Gln Thr Ser Ala Asp Ala Ile
115 120 125
Tyr Asp Cys Ser Ser Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Arg Ile Ser Gly Val
130 135 140
Tyr Lys Leu Pro Pro Asp Asp Phe Leu Gly Ser Pro Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Phe Cys Asp Met Glu Thr Ser Gly Gly Gly Trp Thr Ile Ile Gln Arg
165 170 175
<210> 12
<211> 346
<212> БЕЛОК
<213> Homo sapiens
<400> 12
Met Leu Lys Lys Pro Leu Ser Ala Val Thr Trp Leu Cys Ile Phe Ile
1 5 10 15
Val Ala Phe Val Ser His Pro Ala Trp Leu Gln Lys Leu Ser Lys His
20 25 30
Lys Thr Pro Ala Gln Pro Gln Leu Lys Ala Ala Asn Cys Cys Glu Glu
35 40 45
Val Lys Glu Leu Lys Ala Gln Val Ala Asn Leu Ser Ser Leu Leu Ser
50 55 60
Glu Leu Asn Lys Lys Gln Glu Arg Asp Trp Val Ser Val Val Met Gln
65 70 75 80
Val Met Glu Leu Glu Ser Asn Ser Lys Arg Met Glu Ser Arg Leu Thr
85 90 95
Asp Ala Glu Ser Lys Tyr Ser Glu Met Asn Asn Gln Ile Asp Ile Met
100 105 110
Gln Leu Gln Ala Ala Gln Thr Val Thr Gln Thr Ser Ala Asp Ala Ile
115 120 125
Tyr Asp Cys Ser Ser Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Arg Ile Ser Gly Val
130 135 140
Tyr Lys Leu Pro Pro Asp Asp Phe Leu Gly Ser Pro Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Phe Cys Asp Met Glu Thr Ser Gly Gly Gly Trp Thr Ile Ile His Arg
165 170 175
Arg Lys Ser Gly Leu Val Ser Phe Tyr Arg Asp Trp Lys Gln Tyr Lys
180 185 190
Gln Gly Phe Gly Ser Ile Arg Gly Asp Phe Trp Leu Gly Asn Glu His
195 200 205
Ile His Arg Leu Ser Arg Gln Pro Thr Arg Leu Arg Val Glu Met Glu
210 215 220
Asp Trp Glu Gly Asn Leu Arg Tyr Ala Glu Tyr Ser His Phe Val Leu
225 230 235 240
Gly Asn Glu Leu Asn Ser Tyr Arg Leu Phe Leu Gly Asn Tyr Thr Gly
245 250 255
Asn Val Gly Asn Asp Ala Leu Gln Tyr His Asn Asn Thr Ala Phe Ser
260 265 270
Thr Lys Asp Lys Asp Asn Asp Asn Cys Leu Asp Lys Cys Ala Gln Leu
275 280 285
Arg Lys Gly Gly Tyr Trp Tyr Asn Cys Cys Thr Asp Ser Asn Leu Asn
290 295 300
Gly Val Tyr Tyr Arg Leu Gly Glu His Asn Lys His Leu Asp Gly Ile
305 310 315 320
Thr Trp Tyr Gly Trp His Gly Ser Thr Tyr Ser Leu Lys Arg Val Glu
325 330 335
Met Lys Ile Arg Pro Glu Asp Phe Lys Pro
340 345
<210> 13
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 13
ctgcagggac aggaacaggt tgg 23
<210> 14
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 14
cagagtatcc cctctgcttc agg 23
<210> 15
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> GGCTCTGCAGGGACAGGAACAGG
<400> 15
ggctctgcag ggacaggaac agg 23
<210> 16
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 16
gcttcaggtg ttctgtgaca tgg 23
<210> 17
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 17
tgcagggaca ggaacaggtt ggg 23
<210> 18
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 18
tctactggct ctgcagggac agg 23
<210> 19
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 19
ccttctaccg ggactggaag cag 23
<210> 20
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 20
ccgtggggac ttctggctgg gga 23
<210> 21
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 21
ccgggactgg aagcagtaca agc 23
<210> 22
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 22
ccttgtctcc ttctaccggg act 23
<210> 23
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 23
ccaccggctc tccagacagc caa 23
<210> 24
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 24
ccggctctcc agacagccaa ccc 23
<210> 25
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 25
tggagacttc aggcggaggc tgg 23
<210> 26
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 26
tgtgacatgg agacttcagg cgg 23
<210> 27
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 27
ttctgtgaca tggagacttc agg 23
<210> 28
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 28
gacatggaga cttcaggcgg agg 23
<210> 29
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 29
ccatgactgg accagtgcca cca 23
<210> 30
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 30
cccggctgcg tgtagagatg gag 23
<210> 31
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 31
ccggctgcgt gtagagatgg agg 23
<210> 32
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 32
ccaacccggc tgcgtgtaga gat 23
<210> 33
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 33
ccaggggccc catgactgga cca 23
<210> 34
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 34
ccccatgact ggaccagtgc cac 23
<210> 35
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 35
ctgcttccag tcccggtaga agg 23
<210> 36
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 36
ttgtctcctt ctaccgggac tgg 23
<210> 37
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 37
gcgggagtgc acacatctac tgg 23
<210> 38
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 38
ggactggaag cagtacaagc agg 23
<210> 39
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 39
gtggccttgt ctccttctac cgg 23
<210> 40
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 40
tactctggtg agggacttgc agg 23
<210> 41
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 41
actctggtga gggacttgca ggg 23
<210> 42
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 42
gcttgtactg cttccagtcc cgg 23
<210> 43
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 43
agtcccggta gaaggagaca agg 23
<210> 44
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 44
cacacatcta ctggctctgc agg 23
<210> 45
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 45
caaggccact ttttcgtcta tgg 23
<210> 46
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 46
gactggaagc agtacaagca ggg 23
<210> 47
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 47
gcagagggga tactctggtg agg 23
<210> 48
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 48
ctctggtgag ggacttgcag ggg 23
<210> 49
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 49
cagaggggat actctggtga ggg 23
<210> 50
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 50
actttttcgt ctatggatga tgg 23
<210> 51
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 51
tggccttgtc tccttctacc ggg 23
<210> 52
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 52
aagcagtaca agcagggctt tgg 23
<210> 53
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 53
ctgaagcaga ggggatactc tgg 23
<210> 54
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 54
tcacagaaca cctgaagcag agg 23
<210> 55
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 55
acacatctac tggctctgca ggg 23
<210> 56
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 56
atcatccata gacgaaaaag tgg 23
<210> 57
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 57
atgaccgcgt acaactccgg ggg 23
<210> 58
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 58
catgaccgcg tacaactccg ggg 23
<210> 59
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 59
ggcacccccg gagttgtacg cgg 23
<210> 60
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 60
gagttgtacg cggtcatgtg tgg 23
<210> 61
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 61
acatgaccgc gtacaactcc ggg 23
<210> 62
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 62
cacatgaccg cgtacaactc cgg 23
<210> 63
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 63
ttgtacgcgg tcatgtgtgg tgg 23
<210> 64
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 64
tggggaacga acacatccac cgg 23
<210> 65
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 65
ggtggcactg gtccagtcat ggg 23
<210> 66
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 66
cagaatagga atggcacccc cgg 23
<210> 67
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 67
gtggcactgg tccagtcatg ggg 23
<210> 68
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 68
gcggtcatgt gtggtggcac tgg 23
<210> 69
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 69
tggtggcact ggtccagtca tgg 23
<210> 70
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 70
gcagcatccg tggggacttc tgg 23
<210> 71
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 71
catccgtggg gacttctggc tgg 23
<210> 72
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 72
ggctctccag acagccaacc cgg 23
<210> 73
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 73
atccgtgggg acttctggct ggg 23
<210> 74
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 74
ttggctgtct ggagagccgg tgg 23
<210> 75
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 75
tggtccagtc atggggcccc tgg 23
<210> 76
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 76
gatttgtctt gaatcagaat agg 23
<210> 77
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 77
aacccggctg catgtagaga tgg 23
<210> 78
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 78
ctccatctct acatgcagcc ggg 23
<210> 79
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 79
tagagatgga ggtaagcaca agg 23
<210> 80
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 80
tccgtgggga cttctggctg ggg 23
<210> 81
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 81
atctctacac acagccgggt tgg 23
<210> 82
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 82
aacccggctg tgtgtagaga tgg 23
<210> 83
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 83
cctccatctc tacacacagc cgg 23
<210> 84
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 84
caatggagtg tactaccgcc tgg 23
<210> 85
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 85
aatggagtgt actaccgcct ggg 23
<210> 86
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 86
tacctactcc ctcaaacggg tgg 23
<210> 87
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 87
tttcatctcc acccgtttga ggg 23
<210> 88
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 88
acagtcaact tactagcact ggg 23
<210> 89
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 89
ttttcatctc cacccgtttg agg 23
<210> 90
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 90
gggtgagcac aataagcacc tgg 23
<210> 91
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 91
atggcatcac ctggtatggc tgg 23
<210> 92
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 92
ctccacccgt ttgagggagt agg 23
<210> 93
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 93
ggtgcttatt gtgctcaccc agg 23
<210> 94
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 94
ctaactcctt acctgatgtc tgg 23
<210> 95
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 95
cacagtcaac ttactagcac tgg 23
<210> 96
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 96
cagttgtacc agtagccacc tgg 23
<210> 97
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 97
gatagaccag acatcaggta agg 23
<210> 98
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 98
tcaggtaagg agttagagcc agg 23
<210> 99
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 99
gatctaccta ctccctcaaa cgg 23
<210> 100
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 100
agatccatgc cagccatacc agg 23
<210> 101
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 101
gcttattgtg ctcacccagg cgg 23
<210> 102
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 102
cataccaggt gatgccatcc agg 23
<210> 103
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 103
atctacctac tccctcaaac ggg 23
<210> 104
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 104
actgtgatag accagacatc agg 23
<210> 105
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 105
ttctcatgcc aggtggctac tgg 23
<210> 106
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 106
ctggatggca tcacctggta tgg 23
<210> 107
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 107
agcacctgga tggcatcacc tgg 23
<210> 108
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 108
atcacctggt atggctggca tgg 23
<210> 109
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 109
gtagtacact ccattgagtt tgg 23
<210> 110
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 110
gagcacaata agcacctgga tgg 23
<210> 111
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 111
caggtaagga gttagagcca ggg 23
<210> 112
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 112
ctgggtctgt ttctcatgcc agg 23
<210> 113
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 113
tttggtattc tttctgaccc tgg 23
<210> 114
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 114
gtcagaaaga ataccaaaac cgg 23
<210> 115
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 115
ggtctgtttc tcatgccagg tgg 23
<210> 116
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 116
ggcggtagta cactccattg agg 23
<210> 117
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 117
gtagtacact ccattgaggt tgg 23
<210> 118
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 118
gtttctgtat ccgtgctcca cgg 23
<210> 119
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 119
aaactgagac acgtggagac tgg 23
<210> 120
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 120
gccttaaaag gaggctgccg tgg 23
<210> 121
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 121
gacacgtgga gactggatga ggg 23
<210> 122
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 122
tccacggcag cctcctttta agg 23
<210> 123
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 123
tgcacagact ccaacctcaa tgg 23
<210> 124
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 124
agacacgtgg agactggatg agg 23
<210> 125
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 125
agacttcaag ccttaaaagg agg 23
<210> 126
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 126
tttaaggctt gaagtcttct ggg 23
<210> 127
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 127
aaggcttgaa gtcttctggg tgg 23
<210> 128
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 128
ttttaaggct tgaagtcttc tgg 23
<210> 129
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 129
gatacagaaa ctgagacacg tgg 23
<210> 130
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 130
aaggaggctg ccgtggagca cgg 23
<210> 131
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 131
agaagacttc aagccttaaa agg 23
<210> 132
<211> 6641
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 132
cttgtggagc attcgggctt ggaaggaaag ctataggcta cccattcagc tcccctgtca 60
gagactcaag ctttgagaaa ggctagcaaa gagcaaggaa agagagaaaa caacaaagtg 120
gcgaggccct cagagtgaaa gcgtaaggtt cagtcagcct gctgcagctt tgcagacctc 180
agctgggcat ctccagactc ccctgaagga agagccttcc tcacccaaac ccacaaaaga 240
tgctgaaaaa gcctctctca gctgtgacct ggctctgcat tttcatcgtg gcctttgtca 300
gccacccagc gtggctgcag aagctctcta agcacaagac accagcacag ccacagctca 360
aagcggccaa ctgctgtgag gaggtgaagg agctcaaggc ccaagttgcc aaccttagca 420
gcctgctgag tgaactgaac aagaagcagg agagggactg ggtcagcgtg gtcatgcagg 480
tgatggagct ggagagcaac agcaagcgca tggagtcgcg gctcacagat gctgagagca 540
agtactccga gatgaacaac caaattgaca tcatgcagct gcaggcagca cagacggtca 600
ctcagacctc cgcaggtaag gagaccagtc ccctgaggga gcgtggagtg cctccccatc 660
tacagcactg cttctacata tcctggtcat cagaaccact actggggcct cttttgtggg 720
tacactttcc ctttagtaaa ggcttatgca gtatttcctt tgacttctaa tgctatgtaa 780
gtttacctaa caccttcacg ggtctctttt atccacacag tgtttcagcc taccatcttg 840
gagtgctgag atactacatg gtttgcccaa agtcacccag caagtcttag aagcagggtt 900
caagtcttcc tgattggtgt agctctgcta cttcctcacc aagagctgac aggctatatc 960
tcaagaaatt ccaaggaagc accaaactgt aacagctgtt cctctggaag caaagttttg 1020
ccagaaacag ttctctggtg ttcctaagat ttaccaggaa tgagcattaa tggaattttg 1080
tgtcctctct ctgtaaacgt aactcttctc attggctcag agttaagtgt agagacacat 1140
aaccatgtga agagtccctt tgtgttcagg aaggatgcgg ctccttaagg ttcctcaatt 1200
gtgatacgtc tatttttttc catggtctta aatgaatttc tccgaataca ggatttttta 1260
aatgcaatgc tgaaatatag acttaatagg ccaaaaataa gataaattta atctttcttt 1320
tgcaaaataa cttttatttc tggttagctc agctcaggtg ggccaacatg aatttacggt 1380
ttagagataa aaatttggtt ttctgaaatt atcaggaaaa tattagttgt aaggagcata 1440
tcctatagac atgtcatttc ttgctgatat aaaaaccatt ggtcccatta taaactacat 1500
gaagaacaaa gacatgatca gcttctactg actaagtcaa tggttaacct cagctcaaat 1560
taagaaaaag ttttaacatg aaaccaagct tgaaaattct gttacctgaa ccaacatgta 1620
tcaatcactt tctaagcatg gacttccggg ccctcagttt gggattagaa aggtattctc 1680
aggccatttt ccagacaagt gagtcctgat ttggtctgtg agatgaaacc agacatgcgg 1740
aagaccaggc cagacagagg aatctgaccg tgccacttcc tgctcatcca aacaggaggc 1800
tttctcacca tcctgcaagg aggttcttgg ggtcaagtgc agctctccca ccaggtctct 1860
tgctcttctt gcccaggaca tcattcctta tttttcttct ctatgaccaa gtgctcagtt 1920
acccttatat tctataagta ggtagtccct tagaggaagc agtaagttgg tgctttcacc 1980
actaagacga aatgaagaat agtgatggcg aaggcacacg tactctacct ccctttccca 2040
aggtgctctg caagagaacc tatgtgcctc agacaactcc catctgccat cttggtgctc 2100
ctctctaagg tcccagtgca gtggtcacca agaaaagcac cccgagacat agcaggcagg 2160
aagcttctct tggatagtaa gggccgcagt ctctgaatcc tatcagaaaa ggctgtctct 2220
tccactatgc tctttgatat ttagaataca gagcttaaat cctgcataaa gtagcagctc 2280
catggcccta gagtaaaaaa actggccagt ctgatgctct catttcattg ttttaacaaa 2340
acttctggga ggaaggcctc aaaggttctt ctgagtgttt tgaggtgcta gctggatgga 2400
aggggaaaat atgtgataat aaaatctatc tcccttaatt atggtctcag gtggcagtag 2460
ccaccatctc tgaacaacaa caaaaacaac caaccaggaa acatcaacaa aaccagactc 2520
tatgagatat tcacgactga tttgttatag tggcggctgt ctaagaagtc tgaatctatc 2580
tgacaggagt atctgttacg tggccctcat acactgtaac atttctagaa ttcatggccc 2640
agctatagca gaataattta tttcagagtt aacctgaaac cacctgttgg aacgtcccac 2700
taatgctatc caggtgaagg gcttccctac ccctctgctc caccgctagt aaagccaaaa 2760
tacaccccct ctggatctcc ccatatccac ctctcccaaa tgcagacact gatgggtaat 2820
taacaccact gagaatccca gggtagaaat aaaggctcag tctctaaaca ctcaactcag 2880
atggagccac tgggtctaaa tgctcaccct gtggtttgtt ctcttgtaga tgccatctac 2940
gactgctctt ccctctacca gaagaactac cgcatctctg gagtgtataa gcttcctcct 3000
gatgacttcc tgggcagccc tgaactggag gtgaggtcat tacagtcact ggccatgccc 3060
taatacctgt ccttcacccc ctcaagggga ctacaacaac agggccattc acagtttaaa 3120
gaaaggaaaa ttcggctggg cgcagtggct cacacctgta atcccagcac tatgggaggc 3180
cgaggcaggt ggatcacttc aggtcaggag tttaagacca gcctggccaa catggtgaaa 3240
ccctgtctct actaaaaata caaaaaaatt agccaggcat ggtggtgggc acctgtaatc 3300
cctgctacac aggaggattg cttgaactca ggaggcagag gttgcagtga gccgagatca 3360
cgccactgca ctataatctg ggagacaaag tgagactcca tttcaattaa aaaaaaaaaa 3420
aaaaaaaagg aaaactcaaa cacaagcaaa cacaccaaac accacagagc tatgcaaaca 3480
ctcagtttat gccctgcact ccaaacccag gcatctgttt ggccccttca aatcattatc 3540
agtcaaacaa caagccttct aacatagatc agatcattct tataaccacc acataactta 3600
gtttaaatct cttgccatgt cctagaacag ctattccttg ggggaggaga aaagaaaaca 3660
cgaaggcagc atcaaattat ctggattttc acccaggcat ggtggctcac acctgtaatc 3720
ccaagttttt tgggaggtga ggtgggcgga acaatcacct gaggtcagga ctttgagacc 3780
agcctggcca acatgctgaa acccagtctc tactaaaaat acaaaaatta gcccagtgtg 3840
gtgacaggca ctctggtccc agctactagg aaggcaggag aatcactgga actcaggagg 3900
tggaggttgc agtgagccga gattgcacca ctgtactcta gcctgggcaa caagagtgaa 3960
attctgcttc aaaaaaaaaa aaagtatctg gatttttccc tccaagcttc atgtgcactc 4020
acccccgggc ccaatttgca tcgttcttcc agagcaatgc accacccacc ccagctcacc 4080
agcagtgggg cagcatcact gcccgagtga gccagtgtga ctgcgggagt gcacacatct 4140
actggctctg cagggacagg aacaggttgg gaagcctgcc ctcttgctcc tgccttctgc 4200
ccctgcaagt ccctcaccag agtatcccct ctgcttcagg tgatctgtga catggagact 4260
tcaggcggag gctggaccat catccagaga cgaaaaagtg gccttgtctc cttctaccgg 4320
gactggaagc agtacaagca gggctttggc agcatccgtg gggacttctg gctggggaac 4380
gaacacatcc accggctctc cagacagcca acccggctgc gtgtagagat ggaggtaagc 4440
acaaggccag gggccccatg actggaccag tgccaccaca catgaccgcg tacaactccg 4500
ggggtgccat tcctattctg attcaagaca aatctgtata ttcattgtga tggttttcct 4560
gcaagttgta atggagttga ggaaaaatag gtatttttcc tttctgcaac ccccccaacc 4620
ccccgacaaa agtggggctg caggtgggac aggaagaggc cagacccagg ccagagtaga 4680
gcaaattcaa cagtcagctg tgccgaacac tagtctctgc tctggccgag catgaggtcc 4740
tttaggtgca aatcttactg atactgtttg gggacccttg ctgaaggtct gaaagcactc 4800
actatatcct catgtttctc ttacagcagc tctgtgtggg attcagcaaa aacatagctg 4860
caccttataa gcaggaaagt gaggaatata gaaagagaga ctaatcaagg ccatatggtg 4920
aatcaggaaa gaagttcgag ccttgttttc tgattcccag gttaacacag taaactggag 4980
gtaaacaagt aataaagtct tattagattc acacctataa aaagatgttt ggctatggga 5040
ctgtcaggag agaaggggta tagagacagc atgaaatgga gcctgctgca ctttctttaa 5100
ggctctgctc ctcctgacag gactgggagg gcaacctgcg ctacgctgag tatagccact 5160
ttgttttggg caatgaactc aacagctatc gcctcttcct ggggaactac actggcaatg 5220
tggggaacga cgccctccag tatcataaca acacagcctt cagcaccaag gacaaggaca 5280
atgacaactg cttggacaag tgtgcacagc tccgcaaagg tgagatttgg ggggaccgga 5340
aaggagaagt tcaggtacaa gctcataatc ccacttgagg agaaagagtg aattataact 5400
gtacagttga tattccggtt ttggtattct ttctgaccct ggctctaact ccttacctga 5460
tgtctggtct atcacagtca acttactagc actgggtctg tttctcatgc caggtggcta 5520
ctggtacaac tgctgcacag actccaacct caatggagtg tactaccgcc tgggtgagca 5580
caataagcac ctggatggca tcacctggta tggctggcat ggatctacct actccctcaa 5640
acgggtggag atgaaaatcc gcccagaaga cttcaagcct taaaaggagg ctgccgtgga 5700
gcacggatac agaaactgag acacgtggag actggatgag ggcagatgag gacaggaaga 5760
gagtgttaga aagggtagga ctgagaaaca gcctataatc tccaaagaaa gaataagtct 5820
ccaaggagca caaaaaaatc atatgtacca aggatgttac agtaaacagg atgaactatt 5880
taaacccact gggtcctgcc acatccttct caaggtggta gactgagtgg ggtctctctg 5940
cccaagatcc ctgacatagc agtagcttgt cttttccaca tgatttgtct gtgaaagaaa 6000
ataattttga gatcgtttta tctattttct ctacggctta ggctatgtga gggcaaaaca 6060
caaatccctt tgctaaaaag aaccatatta ttttgattct caaaggatag gcctttgagt 6120
gttagagaaa ggagtgaagg aggcaggtgg gaaatggtat ttctattttt aaatccagtg 6180
aaattatctt gagtctacac attattttta aaacacaaaa attgttcggc tggaactgac 6240
ccaggctgga cttgcgggga ggaaactcca gggcactgca tctggcgatc agactctgag 6300
cactgcccct gctcgccttg gtcatgtaca gcactgaaag gaatgaagca ccagcaggag 6360
gtggacagag tctctcatgg atgccggcac aaaactgcct taaaatattc atagttaata 6420
caggtatatc tatttttatt tactttgtaa gaaacaagct caaggagctt ccttttaaat 6480
tttgtctgta ggaaatggtt gaaaactgaa ggtagatggt gttatagtta ataataaatg 6540
ctgtaaataa gcatctcact ttgtaaaaat aaaatattgt ggttttgttt taaacattca 6600
acgtttcttt tccttctaca ataaacactt tcaaaatgtg a 6641
<210> 133
<211> 6641
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 133
cttgtggagc attcgggctt ggaaggaaag ctataggcta cccattcagc tcccctgtca 60
gagactcaag ctttgagaaa ggctagcaaa gagcaaggaa agagagaaaa caacaaagtg 120
gcgaggccct cagagtgaaa gcgtaaggtt cagtcagcct gctgcagctt tgcagacctc 180
agctgggcat ctccagactc ccctgaagga agagccttcc tcacccaaac ccacaaaaga 240
tgctgaaaaa gcctctctca gctgtgacct ggctctgcat tttcatcgtg gcctttgtca 300
gccacccagc gtggctgcag aagctctcta agcacaagac accagcacag ccacagctca 360
aagcggccaa ctgctgtgag gaggtgaagg agctcaaggc ccaagttgcc aaccttagca 420
gcctgctgag tgaactgaac aagaagcagg agagggactg ggtcagcgtg gtcatgcagg 480
tgatggagct ggagagcaac agcaagcgca tggagtcgcg gctcacagat gctgagagca 540
agtactccga gatgaacaac caaattgaca tcatgcagct gcaggcagca cagacggtca 600
ctcagacctc cgcaggtaag gagaccagtc ccctgaggga gcgtggagtg cctccccatc 660
tacagcactg cttctacata tcctggtcat cagaaccact actggggcct cttttgtggg 720
tacactttcc ctttagtaaa ggcttatgca gtatttcctt tgacttctaa tgctatgtaa 780
gtttacctaa caccttcacg ggtctctttt atccacacag tgtttcagcc taccatcttg 840
gagtgctgag atactacatg gtttgcccaa agtcacccag caagtcttag aagcagggtt 900
caagtcttcc tgattggtgt agctctgcta cttcctcacc aagagctgac aggctatatc 960
tcaagaaatt ccaaggaagc accaaactgt aacagctgtt cctctggaag caaagttttg 1020
ccagaaacag ttctctggtg ttcctaagat ttaccaggaa tgagcattaa tggaattttg 1080
tgtcctctct ctgtaaacgt aactcttctc attggctcag agttaagtgt agagacacat 1140
aaccatgtga agagtccctt tgtgttcagg aaggatgcgg ctccttaagg ttcctcaatt 1200
gtgatacgtc tatttttttc catggtctta aatgaatttc tccgaataca ggatttttta 1260
aatgcaatgc tgaaatatag acttaatagg ccaaaaataa gataaattta atctttcttt 1320
tgcaaaataa cttttatttc tggttagctc agctcaggtg ggccaacatg aatttacggt 1380
ttagagataa aaatttggtt ttctgaaatt atcaggaaaa tattagttgt aaggagcata 1440
tcctatagac atgtcatttc ttgctgatat aaaaaccatt ggtcccatta taaactacat 1500
gaagaacaaa gacatgatca gcttctactg actaagtcaa tggttaacct cagctcaaat 1560
taagaaaaag ttttaacatg aaaccaagct tgaaaattct gttacctgaa ccaacatgta 1620
tcaatcactt tctaagcatg gacttccggg ccctcagttt gggattagaa aggtattctc 1680
aggccatttt ccagacaagt gagtcctgat ttggtctgtg agatgaaacc agacatgcgg 1740
aagaccaggc cagacagagg aatctgaccg tgccacttcc tgctcatcca aacaggaggc 1800
tttctcacca tcctgcaagg aggttcttgg ggtcaagtgc agctctccca ccaggtctct 1860
tgctcttctt gcccaggaca tcattcctta tttttcttct ctatgaccaa gtgctcagtt 1920
acccttatat tctataagta ggtagtccct tagaggaagc agtaagttgg tgctttcacc 1980
actaagacga aatgaagaat agtgatggcg aaggcacacg tactctacct ccctttccca 2040
aggtgctctg caagagaacc tatgtgcctc agacaactcc catctgccat cttggtgctc 2100
ctctctaagg tcccagtgca gtggtcacca agaaaagcac cccgagacat agcaggcagg 2160
aagcttctct tggatagtaa gggccgcagt ctctgaatcc tatcagaaaa ggctgtctct 2220
tccactatgc tctttgatat ttagaataca gagcttaaat cctgcataaa gtagcagctc 2280
catggcccta gagtaaaaaa actggccagt ctgatgctct catttcattg ttttaacaaa 2340
acttctggga ggaaggcctc aaaggttctt ctgagtgttt tgaggtgcta gctggatgga 2400
aggggaaaat atgtgataat aaaatctatc tcccttaatt atggtctcag gtggcagtag 2460
ccaccatctc tgaacaacaa caaaaacaac caaccaggaa acatcaacaa aaccagactc 2520
tatgagatat tcacgactga tttgttatag tggcggctgt ctaagaagtc tgaatctatc 2580
tgacaggagt atctgttacg tggccctcat acactgtaac atttctagaa ttcatggccc 2640
agctatagca gaataattta tttcagagtt aacctgaaac cacctgttgg aacgtcccac 2700
taatgctatc caggtgaagg gcttccctac ccctctgctc caccgctagt aaagccaaaa 2760
tacaccccct ctggatctcc ccatatccac ctctcccaaa tgcagacact gatgggtaat 2820
taacaccact gagaatccca gggtagaaat aaaggctcag tctctaaaca ctcaactcag 2880
atggagccac tgggtctaaa tgctcaccct gtggtttgtt ctcttgtaga tgccatctac 2940
gactgctctt ccctctacca gaagaactac cgcatctctg gagtgtataa gcttcctcct 3000
gatgacttcc tgggcagccc tgaactggag gtgaggtcat tacagtcact ggccatgccc 3060
taatacctgt ccttcacccc ctcaagggga ctacaacaac agggccattc acagtttaaa 3120
gaaaggaaaa ttcggctggg cgcagtggct cacacctgta atcccagcac tatgggaggc 3180
cgaggcaggt ggatcacttc aggtcaggag tttaagacca gcctggccaa catggtgaaa 3240
ccctgtctct actaaaaata caaaaaaatt agccaggcat ggtggtgggc acctgtaatc 3300
cctgctacac aggaggattg cttgaactca ggaggcagag gttgcagtga gccgagatca 3360
cgccactgca ctataatctg ggagacaaag tgagactcca tttcaattaa aaaaaaaaaa 3420
aaaaaaaagg aaaactcaaa cacaagcaaa cacaccaaac accacagagc tatgcaaaca 3480
ctcagtttat gccctgcact ccaaacccag gcatctgttt ggccccttca aatcattatc 3540
agtcaaacaa caagccttct aacatagatc agatcattct tataaccacc acataactta 3600
gtttaaatct cttgccatgt cctagaacag ctattccttg ggggaggaga aaagaaaaca 3660
cgaaggcagc atcaaattat ctggattttc acccaggcat ggtggctcac acctgtaatc 3720
ccaagttttt tgggaggtga ggtgggcgga acaatcacct gaggtcagga ctttgagacc 3780
agcctggcca acatgctgaa acccagtctc tactaaaaat acaaaaatta gcccagtgtg 3840
gtgacaggca ctctggtccc agctactagg aaggcaggag aatcactgga actcaggagg 3900
tggaggttgc agtgagccga gattgcacca ctgtactcta gcctgggcaa caagagtgaa 3960
attctgcttc aaaaaaaaaa aaagtatctg gatttttccc tccaagcttc atgtgcactc 4020
acccccgggc ccaatttgca tcgttcttcc agagcaatgc accacccacc ccagctcacc 4080
agcagtgggg cagcatcact gcccgagtga gccagtgtga ctgcgggagt gcacacatct 4140
actggctctg cagggacagg aacaggttgg gaagcctgcc ctcttgctcc tgccttctgc 4200
ccctgcaagt ccctcaccag agtatcccct ctgcttcagg tgttctgtga catggagact 4260
tcaggcggag gctggaccat catccagaga cgaaaaagtg gccttgtctc cttctaccgg 4320
gactagaagc agtacaagca gggctttggc agcatccgtg gggacttctg gctggggaac 4380
gaacacatcc accggctctc cagacagcca acccggctgc gtgtagagat ggaggtaagc 4440
acaaggccag gggccccatg actggaccag tgccaccaca catgaccgcg tacaactccg 4500
ggggtgccat tcctattctg attcaagaca aatctgtata ttcattgtga tggttttcct 4560
gcaagttgta atggagttga ggaaaaatag gtatttttcc tttctgcaac ccccccaacc 4620
ccccgacaaa agtggggctg caggtgggac aggaagaggc cagacccagg ccagagtaga 4680
gcaaattcaa cagtcagctg tgccgaacac tagtctctgc tctggccgag catgaggtcc 4740
tttaggtgca aatcttactg atactgtttg gggacccttg ctgaaggtct gaaagcactc 4800
actatatcct catgtttctc ttacagcagc tctgtgtggg attcagcaaa aacatagctg 4860
caccttataa gcaggaaagt gaggaatata gaaagagaga ctaatcaagg ccatatggtg 4920
aatcaggaaa gaagttcgag ccttgttttc tgattcccag gttaacacag taaactggag 4980
gtaaacaagt aataaagtct tattagattc acacctataa aaagatgttt ggctatggga 5040
ctgtcaggag agaaggggta tagagacagc atgaaatgga gcctgctgca ctttctttaa 5100
ggctctgctc ctcctgacag gactgggagg gcaacctgcg ctacgctgag tatagccact 5160
ttgttttggg caatgaactc aacagctatc gcctcttcct ggggaactac actggcaatg 5220
tggggaacga cgccctccag tatcataaca acacagcctt cagcaccaag gacaaggaca 5280
atgacaactg cttggacaag tgtgcacagc tccgcaaagg tgagatttgg ggggaccgga 5340
aaggagaagt tcaggtacaa gctcataatc ccacttgagg agaaagagtg aattataact 5400
gtacagttga tattccggtt ttggtattct ttctgaccct ggctctaact ccttacctga 5460
tgtctggtct atcacagtca acttactagc actgggtctg tttctcatgc caggtggcta 5520
ctggtacaac tgctgcacag actccaacct caatggagtg tactaccgcc tgggtgagca 5580
caataagcac ctggatggca tcacctggta tggctggcat ggatctacct actccctcaa 5640
acgggtggag atgaaaatcc gcccagaaga cttcaagcct taaaaggagg ctgccgtgga 5700
gcacggatac agaaactgag acacgtggag actggatgag ggcagatgag gacaggaaga 5760
gagtgttaga aagggtagga ctgagaaaca gcctataatc tccaaagaaa gaataagtct 5820
ccaaggagca caaaaaaatc atatgtacca aggatgttac agtaaacagg atgaactatt 5880
taaacccact gggtcctgcc acatccttct caaggtggta gactgagtgg ggtctctctg 5940
cccaagatcc ctgacatagc agtagcttgt cttttccaca tgatttgtct gtgaaagaaa 6000
ataattttga gatcgtttta tctattttct ctacggctta ggctatgtga gggcaaaaca 6060
caaatccctt tgctaaaaag aaccatatta ttttgattct caaaggatag gcctttgagt 6120
gttagagaaa ggagtgaagg aggcaggtgg gaaatggtat ttctattttt aaatccagtg 6180
aaattatctt gagtctacac attattttta aaacacaaaa attgttcggc tggaactgac 6240
ccaggctgga cttgcgggga ggaaactcca gggcactgca tctggcgatc agactctgag 6300
cactgcccct gctcgccttg gtcatgtaca gcactgaaag gaatgaagca ccagcaggag 6360
gtggacagag tctctcatgg atgccggcac aaaactgcct taaaatattc atagttaata 6420
caggtatatc tatttttatt tactttgtaa gaaacaagct caaggagctt ccttttaaat 6480
tttgtctgta ggaaatggtt gaaaactgaa ggtagatggt gttatagtta ataataaatg 6540
ctgtaaataa gcatctcact ttgtaaaaat aaaatattgt ggttttgttt taaacattca 6600
acgtttcttt tccttctaca ataaacactt tcaaaatgtg a 6641
<210> 134
<211> 6641
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 134
cttgtggagc attcgggctt ggaaggaaag ctataggcta cccattcagc tcccctgtca 60
gagactcaag ctttgagaaa ggctagcaaa gagcaaggaa agagagaaaa caacaaagtg 120
gcgaggccct cagagtgaaa gcgtaaggtt cagtcagcct gctgcagctt tgcagacctc 180
agctgggcat ctccagactc ccctgaagga agagccttcc tcacccaaac ccacaaaaga 240
tgctgaaaaa gcctctctca gctgtgacct ggctctgcat tttcatcgtg gcctttgtca 300
gccacccagc gtggctgcag aagctctcta agcacaagac accagcacag ccacagctca 360
aagcggccaa ctgctgtgag gaggtgaagg agctcaaggc ccaagttgcc aaccttagca 420
gcctgctgag tgaactgaac aagaagcagg agagggactg ggtcagcgtg gtcatgcagg 480
tgatggagct ggagagcaac agcaagcgca tggagtcgcg gctcacagat gctgagagca 540
agtactccga gatgaacaac caaattgaca tcatgcagct gcaggcagca cagacggtca 600
ctcagacctc cgcaggtaag gagaccagtc ccctgaggga gcgtggagtg cctccccatc 660
tacagcactg cttctacata tcctggtcat cagaaccact actggggcct cttttgtggg 720
tacactttcc ctttagtaaa ggcttatgca gtatttcctt tgacttctaa tgctatgtaa 780
gtttacctaa caccttcacg ggtctctttt atccacacag tgtttcagcc taccatcttg 840
gagtgctgag atactacatg gtttgcccaa agtcacccag caagtcttag aagcagggtt 900
caagtcttcc tgattggtgt agctctgcta cttcctcacc aagagctgac aggctatatc 960
tcaagaaatt ccaaggaagc accaaactgt aacagctgtt cctctggaag caaagttttg 1020
ccagaaacag ttctctggtg ttcctaagat ttaccaggaa tgagcattaa tggaattttg 1080
tgtcctctct ctgtaaacgt aactcttctc attggctcag agttaagtgt agagacacat 1140
aaccatgtga agagtccctt tgtgttcagg aaggatgcgg ctccttaagg ttcctcaatt 1200
gtgatacgtc tatttttttc catggtctta aatgaatttc tccgaataca ggatttttta 1260
aatgcaatgc tgaaatatag acttaatagg ccaaaaataa gataaattta atctttcttt 1320
tgcaaaataa cttttatttc tggttagctc agctcaggtg ggccaacatg aatttacggt 1380
ttagagataa aaatttggtt ttctgaaatt atcaggaaaa tattagttgt aaggagcata 1440
tcctatagac atgtcatttc ttgctgatat aaaaaccatt ggtcccatta taaactacat 1500
gaagaacaaa gacatgatca gcttctactg actaagtcaa tggttaacct cagctcaaat 1560
taagaaaaag ttttaacatg aaaccaagct tgaaaattct gttacctgaa ccaacatgta 1620
tcaatcactt tctaagcatg gacttccggg ccctcagttt gggattagaa aggtattctc 1680
aggccatttt ccagacaagt gagtcctgat ttggtctgtg agatgaaacc agacatgcgg 1740
aagaccaggc cagacagagg aatctgaccg tgccacttcc tgctcatcca aacaggaggc 1800
tttctcacca tcctgcaagg aggttcttgg ggtcaagtgc agctctccca ccaggtctct 1860
tgctcttctt gcccaggaca tcattcctta tttttcttct ctatgaccaa gtgctcagtt 1920
acccttatat tctataagta ggtagtccct tagaggaagc agtaagttgg tgctttcacc 1980
actaagacga aatgaagaat agtgatggcg aaggcacacg tactctacct ccctttccca 2040
aggtgctctg caagagaacc tatgtgcctc agacaactcc catctgccat cttggtgctc 2100
ctctctaagg tcccagtgca gtggtcacca agaaaagcac cccgagacat agcaggcagg 2160
aagcttctct tggatagtaa gggccgcagt ctctgaatcc tatcagaaaa ggctgtctct 2220
tccactatgc tctttgatat ttagaataca gagcttaaat cctgcataaa gtagcagctc 2280
catggcccta gagtaaaaaa actggccagt ctgatgctct catttcattg ttttaacaaa 2340
acttctggga ggaaggcctc aaaggttctt ctgagtgttt tgaggtgcta gctggatgga 2400
aggggaaaat atgtgataat aaaatctatc tcccttaatt atggtctcag gtggcagtag 2460
ccaccatctc tgaacaacaa caaaaacaac caaccaggaa acatcaacaa aaccagactc 2520
tatgagatat tcacgactga tttgttatag tggcggctgt ctaagaagtc tgaatctatc 2580
tgacaggagt atctgttacg tggccctcat acactgtaac atttctagaa ttcatggccc 2640
agctatagca gaataattta tttcagagtt aacctgaaac cacctgttgg aacgtcccac 2700
taatgctatc caggtgaagg gcttccctac ccctctgctc caccgctagt aaagccaaaa 2760
tacaccccct ctggatctcc ccatatccac ctctcccaaa tgcagacact gatgggtaat 2820
taacaccact gagaatccca gggtagaaat aaaggctcag tctctaaaca ctcaactcag 2880
atggagccac tgggtctaaa tgctcaccct gtggtttgtt ctcttgtaga tgccatctac 2940
gactgctctt ccctctacca gaagaactac cgcatctctg gagtgtataa gcttcctcct 3000
gatgacttcc tgggcagccc tgaactggag gtgaggtcat tacagtcact ggccatgccc 3060
taatacctgt ccttcacccc ctcaagggga ctacaacaac agggccattc acagtttaaa 3120
gaaaggaaaa ttcggctggg cgcagtggct cacacctgta atcccagcac tatgggaggc 3180
cgaggcaggt ggatcacttc aggtcaggag tttaagacca gcctggccaa catggtgaaa 3240
ccctgtctct actaaaaata caaaaaaatt agccaggcat ggtggtgggc acctgtaatc 3300
cctgctacac aggaggattg cttgaactca ggaggcagag gttgcagtga gccgagatca 3360
cgccactgca ctataatctg ggagacaaag tgagactcca tttcaattaa aaaaaaaaaa 3420
aaaaaaaagg aaaactcaaa cacaagcaaa cacaccaaac accacagagc tatgcaaaca 3480
ctcagtttat gccctgcact ccaaacccag gcatctgttt ggccccttca aatcattatc 3540
agtcaaacaa caagccttct aacatagatc agatcattct tataaccacc acataactta 3600
gtttaaatct cttgccatgt cctagaacag ctattccttg ggggaggaga aaagaaaaca 3660
cgaaggcagc atcaaattat ctggattttc acccaggcat ggtggctcac acctgtaatc 3720
ccaagttttt tgggaggtga ggtgggcgga acaatcacct gaggtcagga ctttgagacc 3780
agcctggcca acatgctgaa acccagtctc tactaaaaat acaaaaatta gcccagtgtg 3840
gtgacaggca ctctggtccc agctactagg aaggcaggag aatcactgga actcaggagg 3900
tggaggttgc agtgagccga gattgcacca ctgtactcta gcctgggcaa caagagtgaa 3960
attctgcttc aaaaaaaaaa aaagtatctg gatttttccc tccaagcttc atgtgcactc 4020
acccccgggc ccaatttgca tcgttcttcc agagcaatgc accacccacc ccagctcacc 4080
agcagtgggg cagcatcact gcccgagtga gccagtgtga ctgcgggagt gcacacatct 4140
actggctctg cagggacagg aacaggttgg gaagcctgcc ctcttgctcc tgccttctgc 4200
ccctgcaagt ccctcaccag agtatcccct ctgcttcagg tgttctgtga catggagact 4260
tcaggcggag gctggaccat catccagaga cgaaaaagtg gccttgtctc cttctaccgg 4320
gactggaagc agtaccagca gggctttggc agcatccgtg gggacttctg gctggggaac 4380
gaacacatcc accggctctc cagacagcca acccggctgc gtgtagagat ggaggtaagc 4440
acaaggccag gggccccatg actggaccag tgccaccaca catgaccgcg tacaactccg 4500
ggggtgccat tcctattctg attcaagaca aatctgtata ttcattgtga tggttttcct 4560
gcaagttgta atggagttga ggaaaaatag gtatttttcc tttctgcaac ccccccaacc 4620
ccccgacaaa agtggggctg caggtgggac aggaagaggc cagacccagg ccagagtaga 4680
gcaaattcaa cagtcagctg tgccgaacac tagtctctgc tctggccgag catgaggtcc 4740
tttaggtgca aatcttactg atactgtttg gggacccttg ctgaaggtct gaaagcactc 4800
actatatcct catgtttctc ttacagcagc tctgtgtggg attcagcaaa aacatagctg 4860
caccttataa gcaggaaagt gaggaatata gaaagagaga ctaatcaagg ccatatggtg 4920
aatcaggaaa gaagttcgag ccttgttttc tgattcccag gttaacacag taaactggag 4980
gtaaacaagt aataaagtct tattagattc acacctataa aaagatgttt ggctatggga 5040
ctgtcaggag agaaggggta tagagacagc atgaaatgga gcctgctgca ctttctttaa 5100
ggctctgctc ctcctgacag gactgggagg gcaacctgcg ctacgctgag tatagccact 5160
ttgttttggg caatgaactc aacagctatc gcctcttcct ggggaactac actggcaatg 5220
tggggaacga cgccctccag tatcataaca acacagcctt cagcaccaag gacaaggaca 5280
atgacaactg cttggacaag tgtgcacagc tccgcaaagg tgagatttgg ggggaccgga 5340
aaggagaagt tcaggtacaa gctcataatc ccacttgagg agaaagagtg aattataact 5400
gtacagttga tattccggtt ttggtattct ttctgaccct ggctctaact ccttacctga 5460
tgtctggtct atcacagtca acttactagc actgggtctg tttctcatgc caggtggcta 5520
ctggtacaac tgctgcacag actccaacct caatggagtg tactaccgcc tgggtgagca 5580
caataagcac ctggatggca tcacctggta tggctggcat ggatctacct actccctcaa 5640
acgggtggag atgaaaatcc gcccagaaga cttcaagcct taaaaggagg ctgccgtgga 5700
gcacggatac agaaactgag acacgtggag actggatgag ggcagatgag gacaggaaga 5760
gagtgttaga aagggtagga ctgagaaaca gcctataatc tccaaagaaa gaataagtct 5820
ccaaggagca caaaaaaatc atatgtacca aggatgttac agtaaacagg atgaactatt 5880
taaacccact gggtcctgcc acatccttct caaggtggta gactgagtgg ggtctctctg 5940
cccaagatcc ctgacatagc agtagcttgt cttttccaca tgatttgtct gtgaaagaaa 6000
ataattttga gatcgtttta tctattttct ctacggctta ggctatgtga gggcaaaaca 6060
caaatccctt tgctaaaaag aaccatatta ttttgattct caaaggatag gcctttgagt 6120
gttagagaaa ggagtgaagg aggcaggtgg gaaatggtat ttctattttt aaatccagtg 6180
aaattatctt gagtctacac attattttta aaacacaaaa attgttcggc tggaactgac 6240
ccaggctgga cttgcgggga ggaaactcca gggcactgca tctggcgatc agactctgag 6300
cactgcccct gctcgccttg gtcatgtaca gcactgaaag gaatgaagca ccagcaggag 6360
gtggacagag tctctcatgg atgccggcac aaaactgcct taaaatattc atagttaata 6420
caggtatatc tatttttatt tactttgtaa gaaacaagct caaggagctt ccttttaaat 6480
tttgtctgta ggaaatggtt gaaaactgaa ggtagatggt gttatagtta ataataaatg 6540
ctgtaaataa gcatctcact ttgtaaaaat aaaatattgt ggttttgttt taaacattca 6600
acgtttcttt tccttctaca ataaacactt tcaaaatgtg a 6641
<210> 135
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 135
augcugaaaa agccucucuc agcugugacc uggcucugca uuuucaucgu ggccuuuguc 60
agccacccag cguggcugca gaagcucucu aagcacaaga caccagcaca gccacagcuc 120
aaagcggcca acugcuguga ggaggugaag gagcucaagg cccaaguugc caaccuuagc 180
agccugcuga gugaacugaa caagaagcag gagagggacu gggucagcgu ggucaugcag 240
gugauggagc uggagagcaa cagcaagcgc auggagucgc ggcucacaga ugcugagagc 300
aaguacuccg agaugaacaa ccaaauugac aucaugcagc ugcaggcagc acagacgguc 360
acucagaccu ccgcagaugc caucuacgac ugcucuuccc ucuaccagaa gaacuaccgc 420
aucucuggag uguauaagcu uccuccugau gacuuccugg gcagcccuga acuggaggug 480
aucugugaca uggagacuuc aggcggaggc uggaccauca uccagagacg aaaaaguggc 540
cuugucuccu ucuaccggga cuggaagcag uacaagcagg gcuuuggcag cauccguggg 600
gacuucuggc uggggaacga acacauccac cggcucucca gacagccaac ccggcugcgu 660
guagagaugg aggacuggga gggcaaccug cgcuacgcug aguauagcca cuuuguuuug 720
ggcaaugaac ucaacagcua ucgccucuuc cuggggaacu acacuggcaa uguggggaac 780
gacgcccucc aguaucauaa caacacagcc uucagcacca aggacaagga caaugacaac 840
ugcuuggaca agugugcaca gcuccgcaaa gguggcuacu gguacaacug cugcacagac 900
uccaaccuca auggagugua cuaccgccug ggugagcaca auaagcaccu ggauggcauc 960
accugguaug gcuggcaugg aucuaccuac ucccucaaac ggguggagau gaaaauccgc 1020
ccagaagacu ucaagccuua a 1041
<210> 136
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 136
augcugaaaa agccucucuc agcugugacc uggcucugca uuuucaucgu ggccuuuguc 60
agccacccag cguggcugca gaagcucucu aagcacaaga caccagcaca gccacagcuc 120
aaagcggcca acugcuguga ggaggugaag gagcucaagg cccaaguugc caaccuuagc 180
agccugcuga gugaacugaa caagaagcag gagagggacu gggucagcgu ggucaugcag 240
gugauggagc uggagagcaa cagcaagcgc auggagucgc ggcucacaga ugcugagagc 300
aaguacuccg agaugaacaa ccaaauugac aucaugcagc ugcaggcagc acagacgguc 360
acucagaccu ccgcagaugc caucuacgac ugcucuuccc ucuaccagaa gaacuaccgc 420
aucucuggag uguauaagcu uccuccugau gacuuccugg gcagcccuga acuggaggug 480
uucugugaca uggagacuuc aggcggaggc uggaccauca uccagagacg aaaaaguggc 540
cuugucuccu ucuaccggga cuagaagcag uacaagcagg gcuuuggcag cauccguggg 600
gacuucuggc uggggaacga acacauccac cggcucucca gacagccaac ccggcugcgu 660
guagagaugg aggacuggga gggcaaccug cgcuacgcug aguauagcca cuuuguuuug 720
ggcaaugaac ucaacagcua ucgccucuuc cuggggaacu acacuggcaa uguggggaac 780
gacgcccucc aguaucauaa caacacagcc uucagcacca aggacaagga caaugacaac 840
ugcuuggaca agugugcaca gcuccgcaaa gguggcuacu gguacaacug cugcacagac 900
uccaaccuca auggagugua cuaccgccug ggugagcaca auaagcaccu ggauggcauc 960
accugguaug gcuggcaugg aucuaccuac ucccucaaac ggguggagau gaaaauccgc 1020
ccagaagacu ucaagccuua a 1041
<210> 137
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 137
augcugaaaa agccucucuc agcugugacc uggcucugca uuuucaucgu ggccuuuguc 60
agccacccag cguggcugca gaagcucucu aagcacaaga caccagcaca gccacagcuc 120
aaagcggcca acugcuguga ggaggugaag gagcucaagg cccaaguugc caaccuuagc 180
agccugcuga gugaacugaa caagaagcag gagagggacu gggucagcgu ggucaugcag 240
gugauggagc uggagagcaa cagcaagcgc auggagucgc ggcucacaga ugcugagagc 300
aaguacuccg agaugaacaa ccaaauugac aucaugcagc ugcaggcagc acagacgguc 360
acucagaccu ccgcagaugc caucuacgac ugcucuuccc ucuaccagaa gaacuaccgc 420
aucucuggag uguauaagcu uccuccugau gacuuccugg gcagcccuga acuggaggug 480
uucugugaca uggagacuuc aggcggaggc uggaccauca uccagagacg aaaaaguggc 540
cuugucuccu ucuaccggga cuggaagcag uaccagcagg gcuuuggcag cauccguggg 600
gacuucuggc uggggaacga acacauccac cggcucucca gacagccaac ccggcugcgu 660
guagagaugg aggacuggga gggcaaccug cgcuacgcug aguauagcca cuuuguuuug 720
ggcaaugaac ucaacagcua ucgccucuuc cuggggaacu acacuggcaa uguggggaac 780
gacgcccucc aguaucauaa caacacagcc uucagcacca aggacaagga caaugacaac 840
ugcuuggaca agugugcaca gcuccgcaaa gguggcuacu gguacaacug cugcacagac 900
uccaaccuca auggagugua cuaccgccug ggugagcaca auaagcaccu ggauggcauc 960
accugguaug gcuggcaugg aucuaccuac ucccucaaac ggguggagau gaaaauccgc 1020
ccagaagacu ucaagccuua a 1041
<210> 138
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 138
atgctgaaaa agcctctctc agctgtgacc tggctctgca ttttcatcgt ggcctttgtc 60
agccacccag cgtggctgca gaagctctct aagcacaaga caccagcaca gccacagctc 120
aaagcggcca actgctgtga ggaggtgaag gagctcaagg cccaagttgc caaccttagc 180
agcctgctga gtgaactgaa caagaagcag gagagggact gggtcagcgt ggtcatgcag 240
gtgatggagc tggagagcaa cagcaagcgc atggagtcgc ggctcacaga tgctgagagc 300
aagtactccg agatgaacaa ccaaattgac atcatgcagc tgcaggcagc acagacggtc 360
actcagacct ccgcagatgc catctacgac tgctcttccc tctaccagaa gaactaccgc 420
atctctggag tgtataagct tcctcctgat gacttcctgg gcagccctga actggaggtg 480
atctgtgaca tggagacttc aggcggaggc tggaccatca tccagagacg aaaaagtggc 540
cttgtctcct tctaccggga ctggaagcag tacaagcagg gctttggcag catccgtggg 600
gacttctggc tggggaacga acacatccac cggctctcca gacagccaac ccggctgcgt 660
gtagagatgg aggactggga gggcaacctg cgctacgctg agtatagcca ctttgttttg 720
ggcaatgaac tcaacagcta tcgcctcttc ctggggaact acactggcaa tgtggggaac 780
gacgccctcc agtatcataa caacacagcc ttcagcacca aggacaagga caatgacaac 840
tgcttggaca agtgtgcaca gctccgcaaa ggtggctact ggtacaactg ctgcacagac 900
tccaacctca atggagtgta ctaccgcctg ggtgagcaca ataagcacct ggatggcatc 960
acctggtatg gctggcatgg atctacctac tccctcaaac gggtggagat gaaaatccgc 1020
ccagaagact tcaagcctta a 1041
<210> 139
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 139
atgctgaaaa agcctctctc agctgtgacc tggctctgca ttttcatcgt ggcctttgtc 60
agccacccag cgtggctgca gaagctctct aagcacaaga caccagcaca gccacagctc 120
aaagcggcca actgctgtga ggaggtgaag gagctcaagg cccaagttgc caaccttagc 180
agcctgctga gtgaactgaa caagaagcag gagagggact gggtcagcgt ggtcatgcag 240
gtgatggagc tggagagcaa cagcaagcgc atggagtcgc ggctcacaga tgctgagagc 300
aagtactccg agatgaacaa ccaaattgac atcatgcagc tgcaggcagc acagacggtc 360
actcagacct ccgcagatgc catctacgac tgctcttccc tctaccagaa gaactaccgc 420
atctctggag tgtataagct tcctcctgat gacttcctgg gcagccctga actggaggtg 480
ttctgtgaca tggagacttc aggcggaggc tggaccatca tccagagacg aaaaagtggc 540
cttgtctcct tctaccggga ctagaagcag tacaagcagg gctttggcag catccgtggg 600
gacttctggc tggggaacga acacatccac cggctctcca gacagccaac ccggctgcgt 660
gtagagatgg aggactggga gggcaacctg cgctacgctg agtatagcca ctttgttttg 720
ggcaatgaac tcaacagcta tcgcctcttc ctggggaact acactggcaa tgtggggaac 780
gacgccctcc agtatcataa caacacagcc ttcagcacca aggacaagga caatgacaac 840
tgcttggaca agtgtgcaca gctccgcaaa ggtggctact ggtacaactg ctgcacagac 900
tccaacctca atggagtgta ctaccgcctg ggtgagcaca ataagcacct ggatggcatc 960
acctggtatg gctggcatgg atctacctac tccctcaaac gggtggagat gaaaatccgc 1020
ccagaagact tcaagcctta a 1041
<210> 140
<211> 1041
<212> ДНК
<213> Homo sapiens
<400> 140
atgctgaaaa agcctctctc agctgtgacc tggctctgca ttttcatcgt ggcctttgtc 60
agccacccag cgtggctgca gaagctctct aagcacaaga caccagcaca gccacagctc 120
aaagcggcca actgctgtga ggaggtgaag gagctcaagg cccaagttgc caaccttagc 180
agcctgctga gtgaactgaa caagaagcag gagagggact gggtcagcgt ggtcatgcag 240
gtgatggagc tggagagcaa cagcaagcgc atggagtcgc ggctcacaga tgctgagagc 300
aagtactccg agatgaacaa ccaaattgac atcatgcagc tgcaggcagc acagacggtc 360
actcagacct ccgcagatgc catctacgac tgctcttccc tctaccagaa gaactaccgc 420
atctctggag tgtataagct tcctcctgat gacttcctgg gcagccctga actggaggtg 480
ttctgtgaca tggagacttc aggcggaggc tggaccatca tccagagacg aaaaagtggc 540
cttgtctcct tctaccggga ctggaagcag taccagcagg gctttggcag catccgtggg 600
gacttctggc tggggaacga acacatccac cggctctcca gacagccaac ccggctgcgt 660
gtagagatgg aggactggga gggcaacctg cgctacgctg agtatagcca ctttgttttg 720
ggcaatgaac tcaacagcta tcgcctcttc ctggggaact acactggcaa tgtggggaac 780
gacgccctcc agtatcataa caacacagcc ttcagcacca aggacaagga caatgacaac 840
tgcttggaca agtgtgcaca gctccgcaaa ggtggctact ggtacaactg ctgcacagac 900
tccaacctca atggagtgta ctaccgcctg ggtgagcaca ataagcacct ggatggcatc 960
acctggtatg gctggcatgg atctacctac tccctcaaac gggtggagat gaaaatccgc 1020
ccagaagact tcaagcctta a 1041
<210> 141
<211> 346
<212> БЕЛОК
<213> Homo sapiens
<400> 141
Met Leu Lys Lys Pro Leu Ser Ala Val Thr Trp Leu Cys Ile Phe Ile
1 5 10 15
Val Ala Phe Val Ser His Pro Ala Trp Leu Gln Lys Leu Ser Lys His
20 25 30
Lys Thr Pro Ala Gln Pro Gln Leu Lys Ala Ala Asn Cys Cys Glu Glu
35 40 45
Val Lys Glu Leu Lys Ala Gln Val Ala Asn Leu Ser Ser Leu Leu Ser
50 55 60
Glu Leu Asn Lys Lys Gln Glu Arg Asp Trp Val Ser Val Val Met Gln
65 70 75 80
Val Met Glu Leu Glu Ser Asn Ser Lys Arg Met Glu Ser Arg Leu Thr
85 90 95
Asp Ala Glu Ser Lys Tyr Ser Glu Met Asn Asn Gln Ile Asp Ile Met
100 105 110
Gln Leu Gln Ala Ala Gln Thr Val Thr Gln Thr Ser Ala Asp Ala Ile
115 120 125
Tyr Asp Cys Ser Ser Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Arg Ile Ser Gly Val
130 135 140
Tyr Lys Leu Pro Pro Asp Asp Phe Leu Gly Ser Pro Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Ile Cys Asp Met Glu Thr Ser Gly Gly Gly Trp Thr Ile Ile Gln Arg
165 170 175
Arg Lys Ser Gly Leu Val Ser Phe Tyr Arg Asp Trp Lys Gln Tyr Lys
180 185 190
Gln Gly Phe Gly Ser Ile Arg Gly Asp Phe Trp Leu Gly Asn Glu His
195 200 205
Ile His Arg Leu Ser Arg Gln Pro Thr Arg Leu Arg Val Glu Met Glu
210 215 220
Asp Trp Glu Gly Asn Leu Arg Tyr Ala Glu Tyr Ser His Phe Val Leu
225 230 235 240
Gly Asn Glu Leu Asn Ser Tyr Arg Leu Phe Leu Gly Asn Tyr Thr Gly
245 250 255
Asn Val Gly Asn Asp Ala Leu Gln Tyr His Asn Asn Thr Ala Phe Ser
260 265 270
Thr Lys Asp Lys Asp Asn Asp Asn Cys Leu Asp Lys Cys Ala Gln Leu
275 280 285
Arg Lys Gly Gly Tyr Trp Tyr Asn Cys Cys Thr Asp Ser Asn Leu Asn
290 295 300
Gly Val Tyr Tyr Arg Leu Gly Glu His Asn Lys His Leu Asp Gly Ile
305 310 315 320
Thr Trp Tyr Gly Trp His Gly Ser Thr Tyr Ser Leu Lys Arg Val Glu
325 330 335
Met Lys Ile Arg Pro Glu Asp Phe Lys Pro
340 345
<210> 142
<211> 187
<212> БЕЛОК
<213> Homo sapiens
<400> 142
Met Leu Lys Lys Pro Leu Ser Ala Val Thr Trp Leu Cys Ile Phe Ile
1 5 10 15
Val Ala Phe Val Ser His Pro Ala Trp Leu Gln Lys Leu Ser Lys His
20 25 30
Lys Thr Pro Ala Gln Pro Gln Leu Lys Ala Ala Asn Cys Cys Glu Glu
35 40 45
Val Lys Glu Leu Lys Ala Gln Val Ala Asn Leu Ser Ser Leu Leu Ser
50 55 60
Glu Leu Asn Lys Lys Gln Glu Arg Asp Trp Val Ser Val Val Met Gln
65 70 75 80
Val Met Glu Leu Glu Ser Asn Ser Lys Arg Met Glu Ser Arg Leu Thr
85 90 95
Asp Ala Glu Ser Lys Tyr Ser Glu Met Asn Asn Gln Ile Asp Ile Met
100 105 110
Gln Leu Gln Ala Ala Gln Thr Val Thr Gln Thr Ser Ala Asp Ala Ile
115 120 125
Tyr Asp Cys Ser Ser Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Arg Ile Ser Gly Val
130 135 140
Tyr Lys Leu Pro Pro Asp Asp Phe Leu Gly Ser Pro Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Phe Cys Asp Met Glu Thr Ser Gly Gly Gly Trp Thr Ile Ile Gln Arg
165 170 175
Arg Lys Ser Gly Leu Val Ser Phe Tyr Arg Asp
180 185
<210> 143
<211> 346
<212> БЕЛОК
<213> Homo sapiens
<400> 143
Met Leu Lys Lys Pro Leu Ser Ala Val Thr Trp Leu Cys Ile Phe Ile
1 5 10 15
Val Ala Phe Val Ser His Pro Ala Trp Leu Gln Lys Leu Ser Lys His
20 25 30
Lys Thr Pro Ala Gln Pro Gln Leu Lys Ala Ala Asn Cys Cys Glu Glu
35 40 45
Val Lys Glu Leu Lys Ala Gln Val Ala Asn Leu Ser Ser Leu Leu Ser
50 55 60
Glu Leu Asn Lys Lys Gln Glu Arg Asp Trp Val Ser Val Val Met Gln
65 70 75 80
Val Met Glu Leu Glu Ser Asn Ser Lys Arg Met Glu Ser Arg Leu Thr
85 90 95
Asp Ala Glu Ser Lys Tyr Ser Glu Met Asn Asn Gln Ile Asp Ile Met
100 105 110
Gln Leu Gln Ala Ala Gln Thr Val Thr Gln Thr Ser Ala Asp Ala Ile
115 120 125
Tyr Asp Cys Ser Ser Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Arg Ile Ser Gly Val
130 135 140
Tyr Lys Leu Pro Pro Asp Asp Phe Leu Gly Ser Pro Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Phe Cys Asp Met Glu Thr Ser Gly Gly Gly Trp Thr Ile Ile Gln Arg
165 170 175
Arg Lys Ser Gly Leu Val Ser Phe Tyr Arg Asp Trp Lys Gln Tyr Gln
180 185 190
Gln Gly Phe Gly Ser Ile Arg Gly Asp Phe Trp Leu Gly Asn Glu His
195 200 205
Ile His Arg Leu Ser Arg Gln Pro Thr Arg Leu Arg Val Glu Met Glu
210 215 220
Asp Trp Glu Gly Asn Leu Arg Tyr Ala Glu Tyr Ser His Phe Val Leu
225 230 235 240
Gly Asn Glu Leu Asn Ser Tyr Arg Leu Phe Leu Gly Asn Tyr Thr Gly
245 250 255
Asn Val Gly Asn Asp Ala Leu Gln Tyr His Asn Asn Thr Ala Phe Ser
260 265 270
Thr Lys Asp Lys Asp Asn Asp Asn Cys Leu Asp Lys Cys Ala Gln Leu
275 280 285
Arg Lys Gly Gly Tyr Trp Tyr Asn Cys Cys Thr Asp Ser Asn Leu Asn
290 295 300
Gly Val Tyr Tyr Arg Leu Gly Glu His Asn Lys His Leu Asp Gly Ile
305 310 315 320
Thr Trp Tyr Gly Trp His Gly Ser Thr Tyr Ser Leu Lys Arg Val Glu
325 330 335
Met Lys Ile Arg Pro Glu Asp Phe Lys Pro
340 345
<210> 144
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 144
acagaacacc tgaagcagag ggg 23
<210> 145
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 145
acagaacacc tgaagcagag ggg 23
<210> 146
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 146
cacagaacac ctgaagcaga ggg 23
<210> 147
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 147
cagagtatcc cctctgcttc agg 23
<210> 148
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 148
actctggtga gggacttgca ggg 23
<210> 149
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 149
tactctggtg agggacttgc agg 23
<210> 150
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 150
gcagagggga tactctggtg agg 23
<210> 151
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 151
gcttcaggtg ttctgtgaca tgg 23
<210> 152
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 152
cagaggggat actctggtga ggg 23
<210> 153
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 153
ttgtctcctt ctaccgggac tgg 23
<210> 154
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 154
gtggccttgt ctccttctac cgg 23
<210> 155
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 155
tggccttgtc tccttctacc ggg 23
<210> 156
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 156
gactggaagc agtacaagca ggg 23
<210> 157
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 157
ggactggaag cagtacaagc agg 23
<210> 158
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 158
ctgcttccag tcccggtaga agg 23
<210> 159
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 159
gcttgtactg cttccagtcc cgg 23
<210> 160
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 160
agtcccggta gaaggagaca agg 23
<210> 161
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 161
aagcagtaca agcagggctt tgg 23
<210> 162
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 162
cagggctttg gcagcatccg tgg 23
<210> 163
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 163
agggctttgg cagcatccgt ggg 23
<210> 164
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 164
gggctttggc agcatccgtg ggg 23
<210> 165
<211> 23
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность распознавания направляющей РНК
<400> 165
tccccagcca gaagtcccca cgg 23
<---
Claims (216)
1. Способ лечения пациента с повышенным внутриглазным давлением (ВГД) или глаукомой, включающий введение указанному пациенту ингибитора ангиопоэтин-подобного белка 7 (ANGPTL7), при этом пациент не имеет вариантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 человека Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys, или пациент является гетерозиготным по вариантной молекуле нуклеиновой кислоты, кодирующей ANGPTL7 Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys, где ингибитор ANGPTL7 содержит антисмысловую молекулу нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которая гибридизуется в жестких условиях с по меньшей мере 15 смежными нуклеотидами мРНК ANGPTL7 и снижает экспрессию белка ANGPTL7.
2. Способ п.1, дополнительно включающий обнаружение присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид ANGPTL7 Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys, в биологическом образце от пациента.
3. Способ по п.2, где, если пациент является референсным по ANGPTL7 и не имеет копии вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, пациенту вводят второй терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве стандартной дозы.
4. Способ по п.2, где, если пациент является гетерозиготным по вариантной молекуле нуклеиновой кислоты, пациенту вводят второй терапевтический агент, который лечит или ингибирует офтальмологическое патологическое состояние, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы.
5. Способ по любому из пп.2-4, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ANGPTL7 Gln175His, Trp188Stop, Lys192Gln, Phe161Ile или Arg177Stop.
6. Способ по п.5, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой:
молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4291 SEQ ID NO:2,
молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:5, или
молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:8.
7. Способ по п.5, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой:
молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 4287 SEQ ID NO:3,
молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:6, или
молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:9.
8. Способ по п.5, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой:
молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4243 SEQ ID NO:132,
молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:135, или
молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:138.
9. Способ по п.5, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой:
молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 4325 SEQ ID NO:133,
молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:136, или
молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:139.
10. Способ по п.5, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой:
молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 4336 SEQ ID NO:134,
молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:137, или
молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:140.
11. Способ по любому из пп.2-10, где этап обнаружения выполняют in vitro.
12. Способ по п.6 или 11, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части:
нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4291 SEQ ID NO:2, или комплементарной нуклеотидной последовательности;
нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 SEQ ID NO:5, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или
нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 529 SEQ ID NO:8, или комплементарной нуклеотидной последовательности;
при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4291 SEQ ID NO:2, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7;
когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:5, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и
когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:8, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
13. Способ по п.7 или 11, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части:
нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4287 SEQ ID NO:3, или комплементарной нуклеотидной последовательности;
нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 SEQ ID NO:6, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или
нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 525 SEQ ID NO:9, или комплементарной нуклеотидной последовательности;
при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 4287 SEQ ID NO:3, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7;
когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:6, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и
когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:9, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
14. Способ по п.8 или 11, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части:
нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4243 SEQ ID NO:132;
нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 SEQ ID NO:135; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 481 SEQ ID NO:138;
при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4243 SEQ ID NO:132, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7;
когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:135, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и
когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:138, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
15. Способ по п.9 или 11, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части:
нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4325 SEQ ID NO:133, или комплементарной нуклеотидной последовательности;
нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 SEQ ID NO:136, или комплементарной нуклеотидной последовательности; и/или
нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 563 SEQ ID NO:139, или комплементарной нуклеотидной последовательности;
при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 4325 SEQ ID NO:133, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7;
когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:136, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и
когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:139, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
16. Способ по п.10 или 11, где этап обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части:
нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 4336 SEQ ID NO:134;
нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 SEQ ID NO:137; и/или
нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 574 SEQ ID NO:140;
при этом: когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 4336 SEQ ID NO:134, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой молекулу геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7;
когда секвенированная часть молекулы мРНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:137, тогда молекула мРНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу мРНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7; и
когда секвенированная часть молекулы кДНК ANGPTL7 в биологическом образце содержит цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:140, тогда молекула кДНК ANGPTL7 в биологическом образце представляет собой вариантную молекулу кДНК с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7.
17. Способ по п.11 или 12, где этап обнаружения включает:
а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4291 SEQ ID NO:2;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 SEQ ID NO:5; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 529 SEQ ID NO:8;
b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 4291 SEQ ID NO:2;
молекулы мРНК ANGPTL7, соответствующего положению 529 SEQ ID NO:5; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, соответствующего положению 529 SEQ ID NO:8; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера:
тимин в положении, соответствующем положению 4291 SEQ ID NO:2;
урацил в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:5; и/или
тимин в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:8.
18. Способ по п.11 или 13, где этап обнаружения включает:
а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4287 SEQ ID NO:3;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 SEQ ID NO:6; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 525 SEQ ID NO:9;
b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 4287 SEQ ID NO:3;
молекулы мРНК ANGPTL7, соответствующего положению 525 SEQ ID NO:6; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, соответствующего положению 525 SEQ ID NO:9; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера:
тимин в положении, соответствующем положению 4287 SEQ ID NO:3;
урацил в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:6; и/или
тимин в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:9.
19. Способ по п.11 или 14, где этап обнаружения включает:
а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4243 SEQ ID NO:132;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 SEQ ID NO:135; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 SEQ ID NO:138;
b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4243 SEQ ID NO:132;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 SEQ ID NO:135; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 481 SEQ ID NO:138; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера:
аденин в положении, соответствующем положению 4243 SEQ ID NO:132;
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:135; и/или
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:138.
20. Способ по п.11 или 15, где этап обнаружения включает:
а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4325 SEQ ID NO:133;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 SEQ ID NO:136; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 SEQ ID NO:139;
b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4325 SEQ ID NO:133;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 SEQ ID NO:136; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 563 SEQ ID NO:139; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера:
аденин в положении, соответствующем положению 4325 SEQ ID NO:133;
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:136; и/или
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:139.
21. Способ по п.11 или 16, где этап обнаружения включает:
а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4336 SEQ ID NO:134;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 SEQ ID NO:137; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 SEQ ID NO:140;
b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ANGPTL7:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 4336 SEQ ID NO:134;
молекулы мРНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 SEQ ID NO:137; и/или
молекулы кДНК ANGPTL7, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 574 SEQ ID NO:140; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера:
цитозин в положении, соответствующем положению 4336 SEQ ID NO:134;
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:137; и/или
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:140.
22. Способ по любому из пп.12-21, где этап обнаружения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
23. Способ по любому из пп.6, 11, 12, 17 или 22, где этап обнаружения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит:
тимин в положении, соответствующем положению 4291 SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
урацил в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
тимин в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
тимин в положении, соответствующем положению 4291 SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
урацил в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
тимин в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
24. Способ по любому из пп.7, 11, 13, 18 или 22, где этап обнаружения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит:
тимин в положении, соответствующем положению 4287 SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
урацил в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
тимин в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
тимин в положении, соответствующем положению 4287 SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
урацил в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и/или
тимин в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
25. Способ по любому из пп.8, 11, 14, 19 или 22, где этап обнаружения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит:
аденин в положении, соответствующем положению 4 243 SEQ ID NO:132;
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:135; и/или
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:138;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
аденин в положении, соответствующем положению 4243 SEQ ID NO:132;
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:138; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
26. Способ по любому из пп.9, 11, 15, 20 или 22, где этап обнаружения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит:
аденин в положении, соответствующем положению 4325 SEQ ID NO:133;
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:136; и/или
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:139;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
аденин в положении, соответствующем положению 4325 SEQ ID NO:133;
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:139; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
27. Способ по любому из пп.10, 11, 16, 21 или 22, где этап обнаружения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ANGPTL7 человека, при этом амплифицированная часть содержит:
цитозин в положении, соответствующем положению 4336 SEQ ID NO:134;
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:137; или
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:140;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
цитозин в положении, соответствующем положению 4336 SEQ ID NO:134;
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:140; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
28. Способ по любому из пп.23-27, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и эта мРНК подвергается обратной транскрипции в кДНК перед этапом амплификации.
29. Способ по п.6 или 11, где этап обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
тимин в положении, соответствующем положению 4291 SEQ ID NO:2, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
урацил в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:5, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
тимин в положении, соответствующем положению 529 SEQ ID NO:8, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
30. Способ по любому из пп.7 или 11, где этап обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
тимин в положении, соответствующем положению 4287 SEQ ID NO:3, или комплементарную нуклеотидную последовательность;
урацил в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:6, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
тимин в положении, соответствующем положению 525 SEQ ID NO:9, или комплементарную нуклеотидную последовательность; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
31. Способ по любому из пп.8 или 11, где этап обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
аденин в положении, соответствующем положению 4243 SEQ ID NO:132;
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:135, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
аденин в положении, соответствующем положению 481 SEQ ID NO:138; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
32. Способ по п.9 или 11, где этап обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
аденин в положении, соответствующем положению 4325 SEQ ID NO:133;
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:136, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
аденин в положении, соответствующем положению 563 SEQ ID NO:139; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
33. Способ по любому из пп.10 и 11, где этап обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей:
цитозин в положении, соответствующем положению 4336 SEQ ID NO:134;
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:137, или комплементарную нуклеотидную последовательность; или
цитозин в положении, соответствующем положению 574 SEQ ID NO:140; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
34. Способ идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния, при этом указанный способ включает:
определение в биологическом образце, полученном от субъекта, наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, кодирующей ANGPTL7 человека Arg177stop, Trp188stop, Lys192Gln, Phe161Ile, Arg340His, Arg220His, Asn302Lys или Arg220Cys, при этом
когда субъект-человек является референсным по ANGPTL7 и не имеет молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития офтальмологического патологического состояния;
когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ANGPTL7, то субъект-человек имеет сниженный риск развития офтальмологического патологического состояния.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US62/795,665 | 2019-01-23 | ||
| US62/880,609 | 2019-07-30 | ||
| US62/902,683 | 2019-09-19 | ||
| US62/909,573 | 2019-10-02 |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2024102379A Division RU2024102379A (ru) | 2019-01-23 | 2020-01-21 | Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2021121850A RU2021121850A (ru) | 2023-01-24 |
| RU2812912C2 true RU2812912C2 (ru) | 2024-02-05 |
Family
ID=
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2014167529A1 (en) * | 2013-04-10 | 2014-10-16 | Institut De Cardiologie De Montreal | Methods and compositions for preventing and treating atherosclerosis |
| RU2634391C2 (ru) * | 2012-02-15 | 2017-10-26 | Кьюрвак Аг | Нуклеиновая кислота, содержащая или кодирующая структуру "стебель-петля" гистонов и последовательность поли(а) или сигнал полиаденилирования, для повышения экспрессии кодируемого терапевтического белка |
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2634391C2 (ru) * | 2012-02-15 | 2017-10-26 | Кьюрвак Аг | Нуклеиновая кислота, содержащая или кодирующая структуру "стебель-петля" гистонов и последовательность поли(а) или сигнал полиаденилирования, для повышения экспрессии кодируемого терапевтического белка |
| WO2014167529A1 (en) * | 2013-04-10 | 2014-10-16 | Institut De Cardiologie De Montreal | Methods and compositions for preventing and treating atherosclerosis |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| COMES N. et al. Evidence for a role of angiopoietin-like 7 (ANGPTL7) in extracellular matrix formation of the human trabecular meshwork: implications for glaucoma: ANGPTL7 in the human trabecular meshwork, GENES TO CELLS, 2010, v.16, no.2, p.243-259. BUIE L. K. et al. Angiopoietin-like 7 (ANGPTL7) Modulates DEX Induction and Fibronectin (FN1) Fibrils Formation in the Human Trabecular Meshwork (HTM) - ARVO Annual Meeting Abstract, INVESTIGATIVE OPHTHALMOLOGY & VISUAL SCIENCE, 2011, v.52, no.14, p.4622. TOYONO T. et al. Angiopoietin-Like 7 Is an Anti-Angiogenic Protein Required to Prevent Vascularization of the Cornea. PLoS ONE, 2015, v.10, no.1, p/1-13, doi:10.1371/journal.pone.0116838. DeBOEVER C. et al. Bayesian model comparison for rare variant association studies of multiple phenotypes, bioRxiv, 14 April 2018, Найдено в Интернет [31.03.2022]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/257162v5.full.pdf. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11512309B2 (en) | Treatment of ophthalmic conditions with angiopoietin-like 7 (ANGPTL7) inhibitors | |
| US20220411870A1 (en) | Treatment Of Obesity With G-Protein Coupled Receptor 75 (GPR75) Inhibitors | |
| US20220089664A1 (en) | Treatment Of Ophthalmic Conditions With Angiopoietin-Like 7 (ANGPTL7) Inhibitors | |
| RU2812912C2 (ru) | Лечение офтальмологических патологических состояний ингибиторами ангиопоэтин-подобного белка 7 (angptl7) | |
| US11845989B2 (en) | Treatment of ophthalmic conditions with angiopoietin-like 7 (ANGPTL7) inhibitors | |
| US11820982B2 (en) | Treatment of ophthalmic conditions with son of Sevenless 2 (SOS2) inhibitors | |
| US20230099109A1 (en) | Treatment Of Glaucoma With Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor 12 (ARHGEF12) Inhibitors | |
| US11674177B2 (en) | Kelch domain containing 7B (KLHDC7B) variants and uses thereof | |
| US11713461B2 (en) | Treatment of decreased bone mineral density with zinc and ring finger 3 (ZNRF3) inhibitors | |
| KR20230148819A (ko) | 글루코코르티코이드 및 안지오포이에틴-유사 7 (angptl7) 억제제를 이용한 염증의 치료 | |
| CA3230302A1 (en) | Reticulocalbin-3 (rcn3) variants and treatment of asthma with interleukin-4 receptor alpha (il4r) antagonists | |
| CN116997653A (zh) | 用糖皮质激素和血管生成素样7(angptl7)抑制剂治疗炎症 |