JPWO2020118109A5

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Publication number: JPWO2020118109A5
Application number: JP2021531891A
Authority: JP
Publication date: 2022-12-28

Claims

少なくとも１種のマトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）に対する基質である少なくとも第１の切断可能部分（ＣＭ１）および／または少なくとも１種のセリンプロテアーゼ（ＳＰ）またはシステインプロテアーゼ（ＣＰ）に対する基質である少なくとも第２の切断可能部分（ＣＭ２）を含む、単離ポリペプチドであって、
前記ＣＭ１が、ＡＬＡＨＧＬＦ（配列番号１）、ＡＬＡＨＧＬ（配列番号５２）、ＬＡＨＧＬＦ（配列番号５０）、ＬＡＨＧＬ（配列番号５３）、およびＡＨＧＬＦ（配列番号５１）またはＰＲＱＶ（配列番号６１）を含む、かつ／または
前記ＣＭ２が、配列番号１３５～１４０のアミノ酸配列を含む、かつ／または
前記基質が、配列番号３８～４３、７０～７２、８２、８５、９７～９９、１０５～１０７、および１１５のいずれかを含む、単離ポリペプチド。
前記ＣＭ１およびＣＭ２を含むタンデム基質を含み、前記タンデム基質のＮ末端からＣ末端への配置が、ＣＭ１－ＣＭ２またはＣＭ２－ＣＭ１である、請求項１に記載の単離ポリペプチド。
ＣＭ１が、ＨＶＰＲＱＶ（配列番号８）およびＶＰＲＱＶ（配列番号６０）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１または２に記載の単離ポリペプチド。
（ａ）前記ＣＭ１およびＣＭ２が、連結ペプチドを介して連結されるか、前記ＣＭ１およびＣＭ２が、互いに直接連結される、
（ｂ）前記ＣＭ２が、ＣＰ酵素に対する基質を含み、かつ前記ＣＰ酵素が、レグマインである、
（ｃ）前記ＣＭ２が、ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるＳＰ酵素に対する基質を含む、
（ｄ）前記ＣＭ２が、
（１）ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるＳＰ酵素に対する基質、および
（２）レグマインであるＣＰ酵素に対する基質を含む、かつ／または
（ｅ）前記ＭＭＰが、ＭＭＰ２、ＭＭＰ９、またはＭＭＰ１４である、請求項１～３のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
（ａ）前記ＣＭ２が、ＳＧＲ、ＬＳＧＲ（配列番号７３）、ＡＲＧ、ＰＲＳ、ＴＦＶＨ（配列番号１４１）、ＡＡＮ、ＳＡＮ、ＬＰＴＦＶ（配列番号１４０）、およびＧＰＴＮ（配列番号１５２）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）前記ＣＭ２が、ＳＧＲ、ＬＳＧＲ（配列番号７３）、ＬＳＧＲＳ（配列番号７２）、ＬＳＧＲＳＤ（配列番号７１）、ＬＳＧＲＳＡ（配列番号１１０）、ＬＳＧＲＳＤＮ（配列番号７０）、ＬＳＧＲＳＡＮ（配列番号１０９）、ＬＳＧＲＳＤＮＨ（配列番号２０）、ＬＳＧＲＳＧＮＨ（配列番号７８）、ＬＳＧＲＳＤＮＰ（配列番号９０）、ＬＳＧＲＳＤＮＩ（配列番号８４）、ＬＳＧＲＳＡＮＩ（配列番号１０８）、ＬＳＧＲＳＡＮＰ（配列番号１１４）、ＬＳＧＲＳＤＹＨ（配列番号８６）、ＬＳＧＲＳＤＴＨ（配列番号９２）、ＬＳＧＲＳＤＱＨ（配列番号９６）、ＬＳＧＲＳＤＩＨ（配列番号１００）、およびＬＳＧＲＳＤＤＨ（配列番号１０４）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）前記ＣＭ２が、ＡＲＧＰ（配列番号１２８）、ＴＡＲＧ（配列番号１２５）、およびＴＡＲＧＰ（配列番号１２４）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）前記ＣＭ２が、ＡＰＲＳＦ（配列番号１３０）、ＡＰＲＳ（配列番号１３１）、およびＰＲＳＦ（配列番号１３２）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）前記ＣＭ２が、ＡＡＮ、ＳＡＮ、およびＧＰＴＮ（配列番号１５０）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）前記ＣＭ２が、ＧＬＰＴＦＶＨＬ（配列番号１３５）、ＧＬＰＴＦＶＨ（配列番号１３６）、ＧＬＰＴＦＶ（配列番号１３７）、ＬＰＴＦＶＨＬ（配列番号１３８）、ＬＰＴＦＶＨ（配列番号１３９）、およびＬＰＴＦＶ（配列番号１４０）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）前記ＣＭ２が、
（１）ＡＡＮ、ＳＡＮ、およびＧＰＴＮ（配列番号１５０）からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに、
（２）ＳＧＲ、ＬＳＧＲ（配列番号７３）、ＬＳＧＲＳ（配列番号７２）、ＬＳＧＲＳＤ（配列番号７１）、ＬＳＧＲＳＡ（配列番号１１０）、ＬＳＧＲＳＤＮ（配列番号７０）、ＬＳＧＲＳＡＮ（配列番号１０９）、ＬＳＧＲＳＤＮＨ（配列番号２０）、ＬＳＧＲＳＧＮＨ（配列番号７８）、ＬＳＧＲＳＤＮＰ（配列番号９０）、ＬＳＧＲＳＤＮＩ（配列番号８４）、ＬＳＧＲＳＡＮＩ（配列番号１０８）、ＬＳＧＲＳＡＮＰ（配列番号１１４）、ＬＳＧＲＳＤＹＨ（配列番号８６）、ＬＳＧＲＳＤＴＨ（配列番号９２）、ＬＳＧＲＳＤＱＨ（配列番号９６）、ＬＳＧＲＳＤＩＨ（配列番号１００）、およびＬＳＧＲＳＤＤＨ（配列番号１０４）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）前記基質が、
（１）配列番号２５～４３からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（２）配列番号２５、２６、２９、３１、３２、３４、３６、および３７からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（３）配列番号２７、２８、３０、３３、および３５からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（４）配列番号２５、２９、３１、３６、および３７からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（５）配列番号２６、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列、
（６）配列番号２７、２８、および３３からなる群より選択されるアミノ酸配列、および
（７）配列番号３０および３５からなる群より選択されるアミノ酸配列、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、または
（ｉ）前記単離ポリペプチドが、前記基質およびＬＰ２リンカーを含み、前記基質およびＬＰ２リンカーが、
（１）配列番号２２６～２４０からなる群から選択されるアミノ酸配列、および
（２）配列番号２４１～２５５からなる群から選択されるアミノ酸配列、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、
請求項１～４のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
前記単離ポリペプチドが、標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント（ＡＢ）を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
（ａ）前記ＭＭＰ、ＣＰ、およびＳＰの少なくとも１つが、前記標的と組織中で共局在化される、
（ｂ）前記その抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）_２フラグメント、ｓｃＦｖ、ｓｃＡｂ、ｄＡｂ、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群より選択される、
（ｃ）前記ＡＢが、
（１）前記ＣＭ１に連結され、任意選択で前記ＡＢが、前記ＣＭ１に直接連結されるか、前記ＡＢが、連結ペプチドを介して前記ＣＭ１に連結される、または
（２）前記ＣＭ２に連結され、任意選択で前記ＡＢが、前記ＣＭ２に直接連結されるか、前記ＡＢが、結合ペプチドを介して前記ＣＭ２に連結される、かつ／または
（ｄ）前記ＡＢが、
（１）抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、かつ前記ＣＭ１または前記ＣＭ２が、前記ＡＢの軽鎖可変領域のＮ末端に連結されるか、または
（２）抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、かつ前記ＣＭ１または前記ＣＭ２が、前記ＡＢの重鎖可変領域のＮ末端に連結される、
請求項６に記載の単離ポリペプチド。
薬剤に接合された請求項１～７のいずれかに記載の単離ポリペプチドを含む接合型ポリペプチド。
活性化状態で、標的に特異的に結合する活性化可能抗体であって、
前記標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント（ＡＢ）、
前記ＡＢに結合されたマスキング部分（ＭＭ）であって、前記活性化可能抗体が未切断状態にある場合に前記標的への前記ＡＢの結合を抑制する、ＭＭ、および
請求項１～７のいずれか１項に記載の基質を含む切断可能部分、
を含む、活性化可能抗体。
（ａ）前記ＭＭが、前記標的への結合についての前記ＡＢの解離定数よりも大きい前記ＡＢへの結合についての解離定数を有する、
（ｂ）前記ＭＭが、４０アミノ酸長以下のポリペプチドである、かつ／または
（ｃ）前記その抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）_２フラグメント、ｓｃＦｖ、ｓｃＡｂ、ｄＡｂ、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群より選択される、請求項９に記載の活性化可能抗体。
前記ＭＭが、
（ａ）未切断状態での前記活性化可能抗体が次のようなＮ末端からＣ末端への構造的配置：ＭＭ－ＣＭ１－ＣＭ２－ＡＢまたはＡＢ－ＣＭ２－ＣＭ１－ＭＭを含むように前記ＣＭ１に連結され、任意選択で
（１）前記活性化可能抗体が、前記ＭＭと前記ＣＭ１の間または前記ＣＭ２と前記ＡＢの間に連結ペプチドを含むか、
（２）前記活性化可能抗体が、前記ＭＭと前記ＣＭ１の間および前記ＣＭ２と前記ＡＢの間に連結ペプチドを含む、または
（ｂ）未切断状態での前記活性化可能抗体が次のようなＮ末端からＣ末端への構造的配置：ＭＭ－ＣＭ２－ＣＭ１－ＡＢまたはＡＢ－ＣＭ１－ＣＭ２－ＭＭを含むように前記ＣＭ２に連結され、任意選択で
（１）前記活性化可能抗体が、前記ＭＭと前記ＣＭ２の間または前記ＣＭ１と前記ＡＢの間に連結ペプチドを含むか、または
（２）前記活性化可能抗体が、前記ＭＭと前記ＣＭ２の間および前記ＣＭ１と前記ＡＢの間に連結ペプチドを含み、
任意選択で、
（１）前記ＡＢが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、かつ
前記ＣＭ１または前記ＣＭ２が、前記ＡＢの軽鎖可変領域のＮ末端に連結されるか、または
（２）前記ＡＢが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、かつ
前記ＣＭ１または前記ＣＭ２が、前記ＡＢの重鎖可変領域のＮ末端に連結される、
請求項９または１０に記載の活性化可能抗体。
前記活性化可能抗体が、第１の連結ペプチド（ＬＰ１）および第２の連結ペプチド（ＬＰ２）を含み、かつ前記活性化可能抗体が、未切断状態でＮ末端からＣ末端への構造的配置：ＭＭ－ＬＰ１－ＣＭ１－ＣＭ２－ＬＰ２－ＡＢ、ＡＢ－ＬＰ２－ＣＭ２－ＣＭ１－ＬＰ１－ＭＭ、ＭＭ－ＬＰ１－ＣＭ２－ＣＭ１－ＬＰ２－ＡＢ、またはＡＢ－ＬＰ２－ＣＭ１－ＣＭ２－ＬＰ１－ＭＭを有し、
任意選択で、
（ａ）前記２種の連結ペプチドが、互いに同一ではない、
（ｂ）各ＬＰ１およびＬＰ２が、約１～２０アミノ酸長のペプチドである、
（ｃ）前記活性化可能抗体が、ＣＭ１とＣＭ２の間に第３の連結ペプチド（ＬＰ’）を含む、
（ｄ）ＬＰ１またはＬＰ２が、ＧＧＳＧ（配列番号２０２）、ＧＧＳＧＧ（配列番号２０３）、ＧＳＧＳＧ（配列番号２０４）、ＧＳＧＧＧ（配列番号２０５）、ＧＧＧＳＧ（配列番号２０６）、およびＧＳＳＳＧ（配列番号２０７）のアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＬＰ１が、アミノ酸配列ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧ（配列番号２０８）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧ（配列番号２０９）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳ（配列番号２１０）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＧＧＳ（配列番号２１１）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧ（配列番号２１２）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＳ（配列番号２１３）、ＧＧＧＳＳＧＧＳ（配列番号２１４）、およびＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧ（配列番号２１５）を含む、
（ｆ）ＬＰ２が、アミノ酸配列ＧＳＳ、ＧＧＳ、ＧＧＧＳ（配列番号２１６）、ＧＳＳＧＴ（配列番号２１７）またはＧＳＳＧ（配列番号２１８）を含む、
（ｇ）ＬＰ１が、アミノ酸配列ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧ（配列番号２０８）またはＧＧＧＳＳＧＧＳ（配列番号２１４）を含み、かつＬＰ２が、アミノ酸配列ＧＧＳまたはＧＧＧＳ（配列番号２１６）を含む、
（ｈ）前記ＡＢが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、かつ前記ＬＰ２が、前記ＡＢの軽鎖可変領域のＮ末端に連結される、かつ／または
（ｉ）前記ＡＢが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、かつ前記ＬＰ２が、前記ＡＢの重鎖可変領域のＮ末端に連結される、
請求項９～１１のいずれか１項に記載の活性化可能抗体。
（ａ）前記ＭＭのアミノ酸配列が、前記標的の配列と異なりかつ前記ＡＢの天然の結合パートナーのアミノ酸配列に対し１０％以下同一である、
（ｂ）前記ＭＭが、切断状態での前記標的への結合について前記ＡＢに干渉しないまたはそれと競合しない、かつ／または
（ｃ）前記活性化可能抗体が、配列番号４５０～４６２からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列、および配列番号４００を含む重鎖アミノ酸配列を含む、請求項９～１２のいずれか１項に記載の活性化可能抗体。
薬剤に接合されている請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体を含む、接合型活性化可能抗体であって、
任意選択で、
（ａ）前記薬剤が、リンカーを介して前記ＡＢに接合されている、
（ｂ）前記リンカーが、切断可能なリンカーである、
（ｃ）前記リンカーが、切断不能なリンカーである、
（ｄ）前記薬剤が、
（１）毒素またはそのフラグメントである、
（２）微小管阻害剤である、
（３）核酸損傷剤である、
（４）ドラスタチンまたはその誘導体、オーリスタチンまたはその誘導体、マイタンシノイドまたはその誘導体、デュオカルマイシンまたはその誘導体、およびカリケアマイシンまたはその誘導体からなる群より選択される、
（５）オーリスタチンＥまたはその誘導体である、
（６）モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）である、
（７）モノメチルオーリスタチンＤ（ＭＭＡＤ）である、
（８）ＤＭ１およびＤＭ４からなる群より選択されるマイタンシノイドである、または
（９）検出可能な部分であり、任意選択で前記検出可能な部分が診断薬である、
接合型活性化可能抗体。
請求項１～７のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド、請求項８に記載の接合型ポリペプチド、請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体、または請求項１４に記載の接合型活性化可能抗体、および
担体、
を含む、医薬組成物であって、
任意選択で追加の薬剤を含み、任意選択で前記追加の薬剤が治療薬である、医薬組成物。
請求項１～６のいずれか１項に記載の単離ポリペプチドまたは請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体をコードする単離核酸分子。
請求項１６に記載の単離核酸分子を含むベクター。
方法であって、
（ａ）請求項１～７のいずれか１項に記載の単離ポリペプチドまたは請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で細胞を培養することにより抗体または活性化可能抗体を製造する方法であって、前記細胞が、請求項１６に記載の核酸分子を含む、方法、または
（ｂ）活性化状態で、標的を結合する活性化可能抗体を製造する方法であって、
（１）請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養すること、および
（２）前記活性化可能抗体を回収すること、を含む方法。
障害または疾患を治療する、その症状を緩和する、またはその進行を遅らせるための医薬の製造における、請求項１～７のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド、請求項８に記載の接合型ポリペプチド、請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体、請求項１４に記載の接合型活性化可能抗体、または請求項１５に記載の医薬組成物の使用であって、任意選択で前記障害または疾患が、癌である、使用。
前記医薬の製造における、
（ａ）請求項１～７のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド、請求項８に記載の接合型ポリペプチド、請求項９～１３のいずれか１項に記載の活性化可能抗体、請求項１４に記載の接合型活性化可能抗体、または請求項１５に記載の医薬組成物、および
（ｂ）追加の薬剤
の使用を含み、任意選択で前記追加の薬剤が、治療薬である、請求項１９に記載の使用。