JP2022512124A - マトリックスメタロプロテアーゼ切断可能なおよびセリンまたはシステインプロテアーゼ切断可能な基質ならびにそれらの使用方法 - Google Patents

マトリックスメタロプロテアーゼ切断可能なおよびセリンまたはシステインプロテアーゼ切断可能な基質ならびにそれらの使用方法 Download PDF

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Abstract

Figure 2022512124000001
本発明は一般に、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)または少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を含むポリペプチド、少なくとも1種のMMPプロテアーゼに対する基質である少なくとも1種のCM1および少なくとも1種のSPプロテアーゼまたは少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも1種のCM2を含むこれらのポリペプチドを含む活性化可能抗体および他のさらに大きな分子、ならびに少なくとも1種のMMPプロテアーゼに対する基質である少なくとも1種のCM1および少なくとも1種のSPプロテアーゼまたは少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも1種のCM2を含むこれらのポリペプチドを製造する方法および種々の治療的、診断的および予防的適用においてそれらを使用する方法に関する。
【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2018年12月6日に出願された米国特許仮出願第62/776,409号および2018年12月11日に出願された米国特許仮出願第62/778,062号の利益を主張する。これらの仮出願のそれぞれの内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
発明の分野
本発明は一般に、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)および/または少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を含むポリペプチド、少なくとも1種のMMPプロテアーゼに対する基質であるCM1および少なくとも1種のSPプロテアーゼおよび/または少なくとも1種のCPプロテアーゼに対する基質であるCM2を少なくとも含むこれらのポリペプチドを含む活性化可能抗体および他のより大きな分子、ならびに少なくとも1種のMMPプロテアーゼに対する基質であるCM1および少なくとも1種のSPプロテアーゼおよび/または少なくとも1種のCPプロテアーゼに対する基質であるCM2を少なくとも含むこれらのポリペプチドの製造方法および種々の治療、診断および予防適用におけるこれらの使用方法に関する。
配列リストの参照
米国特許法施行規則37C.F.R.§1.821に基づいて本明細書と同時にコンピューター可読形式(CFR)で、ファイル名「CYTX-058-PCT_ST25」としてEFS-Web経由で電子申請された「配列表」は、参照により本明細書に組み込まれる。配列表の電子コピーは、2019年11月26日に作成され、ディスクサイズは159キロバイトである。
プロテアーゼは、アミノ酸残基間のペプチド結合を切断することによりタンパク質を分解する酵素である。プロテアーゼは天然において、すべての生物に存在し、単純な分解から高度に制御された経路まで種々の生理的反応に関与している。いくつかのプロテアーゼは、タンパク質内の特定のアミノ酸配列の存在に基づいて、特定のペプチド結合を切断することが知られている。
従って、プロテアーゼに対する新規基質を特定する、および種々の治療、診断および予防適用のためにこれらの基質を使用する必要性が存在する。
本発明の態様では、本明細書で提供されるのは、タンデム基質を含む単離ポリペプチドであり、タンデム基質は少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)、および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)またはシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を含み、CM1は、アミノ酸配列AHGLまたはPRQVを含み、タンデム基質のN末端からC末端への配置は、CM1-CM2またはCM2-CM1である。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドのCM1は、ALAHGLF(配列番号1)、ALAHGL(配列番号52)、LAHGLF(配列番号50)、LAHGL(配列番号53)、およびAHGLF(配列番号51)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドのCM1は、HVPRQV(配列番号8)およびVPRQV(配列番号60)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、連合ペプチドを介して連結されるCM1およびCM2を含む。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドのCM1とCM2は、相互に直接連結される。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CP酵素に対する基質を含むCM2を含み、CP酵素はレグマインである。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるSP酵素に対する基質を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるSP酵素に対する基質、ならびにCP酵素に対する基質を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP2、MMP9、またはMMP14からなる群より選択されるMMP酵素に対する基質を含むCM1を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、SGR、LSGR(配列番号73)、ARG、PRS、TFVH(配列番号141)、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号152)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、SGR、LSGR(配列番号73)、LSGRS(配列番号72)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRSA(配列番号110)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSDNP(配列番号90)、LSGRSDNI(配列番号84)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSANP(配列番号114)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDIH(配列番号100)、およびLSGRSDDH(配列番号104)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、ARGP(配列番号128)、TARG(配列番号125)、およびTARGP(配列番号124)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、APRS(配列番号131)、APRSF(配列番号130)、およびPRSF(配列番号132)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、GLPTFVHL(配列番号135)、GLPTFVH(配列番号136)、GLPTFV(配列番号137)、LPTFVHL(配列番号138)、LPTFVH(配列番号139)、およびLPTFV(配列番号140)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号152)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号152)からなる群より選択されるアミノ酸配列;およびSGR、LSGR(配列番号73)、LSGRS(配列番号72)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRSA(配列番号110)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSDNP(配列番号90)、LSGRSDNI(配列番号84)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSANP(配列番号114)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDIH(配列番号100)、およびLSGRSDDH(配列番号104)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、タンデム基質CM1-CM2のN末端からC末端への配置を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、タンデム基質CM2-CM1のN末端からC末端への配置を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM1の第1の切断可能部分のMMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも80%である切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM1の第1の切断可能部分のMMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも85%である切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM1の第1の切断可能部分のMMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも90%である切断性を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、30%未満の活性化であるCM1の第1の切断可能部分のインビボ安定性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、25%未満の活性化であるCM1の第1の切断可能部分のインビボ安定性を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも30%であるタンデム基質の切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも50%であるタンデム基質の切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも70%であるタンデム基質の切断性を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも15%である、およびマトリプターゼによる少なくとも30%であるタンデム基質の切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも30%である、およびマトリプターゼによる少なくとも30%であるタンデム基質の切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも50%である、およびマトリプターゼによる少なくとも50%であるタンデム基質の切断性を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMP9およびMMP14によるそれぞれ少なくとも70%である、およびマトリプターゼによる少なくとも70%であるタンデム基質の切断性を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、40%未満の活性化のインビボ安定性を有するタンデム基質を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、30%未満の活性化のインビボ安定性を有するタンデム基質を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、25%未満の活性化のインビボ安定性を有するタンデム基質を有する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、20%未満の活性化のインビボ安定性を有するタンデム基質を有する。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号25、26、29、31、32、34、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号27、28、30、33、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号25、29、31、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号26、32、および34からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号27、28、および33からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、配列番号30、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)、および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)またはシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を含む本開示の単離ポリペプチドであり、CM1は、アミノ酸配列AHGLまたはPRQVを含み、タンデム基質のN末端からC末端への配置は、CM1-CM2またはCM2-CM1である。いくつかの実施形態では、MMP、CP、およびSPの少なくとも1種は、組織中で標的と共存する。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scAb、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群から選択されるその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM1に連結されるABを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM1に直接連結されるABを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、連結ペプチドを介してCM1に連結されるABを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM2に連結されるABを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM2に直接連結されるABを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、連結ペプチドを介してCM2に連結されるABを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、CM1またはCM2はABの軽鎖可変領域のN末端に連結される。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、CM1またはCM2はABの重鎖可変領域のN末端に連結される。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、マスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、ABの標的への結合の解離定数よりも高いABへの結合の解離定数を有するMMを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、40アミノ酸長以下のポリペプチドであるMMを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、未切断状態での単離ポリペプチドがN末端からC末端への構造配置:MM-CM1-CM2-ABまたはAB-CM2-CM1-MMを含むように、CM1に連結されるMMを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMとCM1の間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM2とABの間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMとCM1の間に連結ペプチド、およびCM2とABの間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、未切断状態での単離ポリペプチドがN末端からC末端への構造配置:MM-CM2-CM1-ABまたはAB-CM1-CM2-MMを含むように、CM1に連結されるMMを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMとCM2の間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、CM1とABの間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、MMとCM2の間に連結ペプチド、およびCM1とABの間に連結ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、第1の連結ペプチド(LP1)および第2の連結ペプチド(LP2)を含み、単離ポリペプチドは、未切断状態でN末端からC末端への構造配置:MM-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM-LP1-CM2-CM1-LP2-AB、またはAB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM、を有する。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同一ではない。いくつかの実施形態では、LP1とLP2のそれぞれは、長さが約1~20アミノ酸のペプチドである。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、CM1とCM2の間に第3の連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、LP2はABの軽鎖可変領域のN末端に連結される。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、LP2は、ABの重鎖可変領域のN末端に連結される。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、アミノ酸配列が標的の配列と異なり、ABの天然の結合パートナーのアミノ酸配列に対し10%以下同一であるMMを含む。いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、切断状態において標的への結合についてABと干渉も競合もしないMMを含む。
いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、配列番号450~462からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、配列番号450~462からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列、および配列番号400を含む重鎖アミノ酸配列を含む。
本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、活性化状態で、標的に特異的に結合する活性化可能抗体であり、これは、標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)と、ABに結合したマスキング部分(MM)であって、活性化可能抗体が未切断状態にある場合に標的へのABの結合を阻害する、MMと、本明細書で提供されるタンデム基質のいずれか1つによるタンデム基質を含む切断可能部分(CM)とを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABの標的への結合の解離定数よりも高いABへの結合の解離定数を有する、MMを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、40アミノ酸長以下のポリペプチドであるMMを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scAb、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群から選択されるその抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABの標的への結合の解離定数よりも高いABへの結合の解離定数を有する、MMを含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、未切断状態での活性化可能抗体がN末端からC末端への構造配置:MM-CM1-CM2-ABまたはAB-CM2-CM1-MMを含むように、CM1に連結されるMMを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM2とABの間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド、およびCM2とABの間に連結ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、未切断状態での活性化可能抗体がN末端からC末端への構造配置:MM-CM2-CM1-ABまたはAB-CM1-CM2-MMを含むように、CM1に連結されるMMを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM2の間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とABの間に連結ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM2の間に連結ペプチド、およびCM1とABの間に連結ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、CM1またはCM2はABの軽鎖可変領域のN末端に連結される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、CM1またはCM2はABの重鎖可変領域のN末端に連結される。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、第1の連結ペプチド(LP1)および第2の連結ペプチド(LP2)を含み、活性化可能抗体は、未切断状態でN末端からC末端への構造配置:MM-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM-LP1-CM2-CM1-LP2-AB、またはAB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM、を有する。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同一ではない。いくつかの実施形態では、LP1とLP2のそれぞれは、長さが約1~20アミノ酸のペプチドである。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に第3の連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、LP2はABの軽鎖可変領域のN末端に連結される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含むABを含み、LP2はABの重鎖可変領域のN末端に連結される。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、配列番号450~462からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、配列番号450~462からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列、および配列番号400を含む重鎖アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、標的のアミノ酸配列と異なり、ABの天然の結合パートナーのアミノ酸配列に対し10%以下同一であるMMを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、切断状態において標的への結合についてABと干渉も競合もしないMMを含む。
本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、薬剤に接合された活性化可能抗体を含む接合型活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断可能なリンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断不能なリンカーを介してABに接合される。
いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、毒素またはそのフラグメントである薬剤を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、微小管阻害剤である薬剤を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、核酸損傷剤である薬剤を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、ドラスタチンまたはその誘導体、オーリスタチンまたはその誘導体、マイタンシノイドまたはその誘導体、デュオカルマイシンまたはその誘導体、およびカリケアマイシンまたはその誘導体、オーリスタチンEまたはこれらの誘導体、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)、またはDM1およびDM4からなる群より選択されるマイタンシノイドである、薬剤を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、検出可能部分または診断薬である薬剤を含む。
本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体または本開示の接合型活性化可能抗体および担体を含む医薬組成物である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、追加の薬剤を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、治療薬である追加の薬剤を含む。
本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体をコードする単離核酸分子である。いくつかの実施形態では、ベクターは、本開示の単離核酸分子を含む。
本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で細胞を培養することにより、抗体または活性化可能抗体を産生する方法である。本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、活性化状態で標的を結合する活性化可能抗体を製造する方法であって、本開示の活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養すること、および活性化可能抗体を回収することを含む方法である。
本発明の別の態様では、本明細書で提供されるのは、治療有効量の本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体または本開示の接合型活性化可能抗体、または本開示の医薬組成物を、それを必要としている対象に投与することを含む、障害または疾患を治療する、その症状を緩和するまたはその進行を遅らせる方法である。いくつかの実施形態では、障害または疾患は、癌である。いくつかの実施形態では、方法は、追加の薬剤を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、追加の治療薬を対象に投与することを含む。
nu/nuマウスへのそれらの投与後にインビボで切断が観察された、示された本開示の活性化可能抗EGFR抗体のパーセントの例示的結果を示すグラフである。これらの例示的結果は、試験した活性化可能抗体のいくつかが、複数の酵素により切断可能である他の基質よりも高い安定性を示すことを示した。 図2Aおよび図2Bは、示された本開示の抗EGFR活性化可能抗体のEGFRへのインビトロ結合の例示的結果を示すグラフである。これらの例示的結果は、MMP基質が活性化可能抗体のプロドメインのマスキング効率に影響を与えることを示した。 図3Aおよび図3Bは、マウスH292異種移植モデルを用いる、示された本開示の抗EGFR活性化可能抗体のインビボ有効性の例示的結果を示すグラフである。これらの例示的結果は、本開示の特定のMMP基質を有する活性化可能抗体が、この異種移植モデルで、マスクされていない抗EGFRセツキシマブと同等であった有効性を示したことを示した。 マウスH292異種移植モデルへの投与後に腫瘍内組織中で活性化された、示された本開示の活性化可能抗EGFR抗体のパーセントの例示的結果を示すグラフである。 nu/nuマウスへのそれらの投与後にインビボで切断が観察された、本開示の単一MMPまたはタンデム基質を有する、示された本開示の活性化可能抗EGFR抗体のパーセントの例示的結果を示すグラフである。これらの例示的結果は、試験したタンデム基質を有する活性化可能抗体のいくつかが、複数の酵素により切断可能である他の基質よりも高いインビボ安定性を示すことを示した。 マウスH292異種移植モデルを用いる、示された本開示の抗EGFR活性化可能抗体のインビボ有効性の例示的結果を示すグラフである。これらの例示的結果は、本開示の特定のMMP基質を有する活性化可能抗体が、この異種移植モデルで、マスクされていない抗EGFRセツキシマブ抗体と同等であった有効性を示したことを示した。 マウスH292異種移植モデルへの投与後に腫瘍内組織中で活性化された、示された本開示の活性化可能抗EGFR抗体のパーセントの例示的結果を示すグラフである。 示された本開示の抗EGFR活性化可能抗体のEGFRへのインビトロ結合から計算した計算マスキング効率の例示的結果を示すグラフである。これらの例示的結果は、タンデム基質が活性化可能抗体のプロドメインのマスキング効率に影響を与えたことを示した。 ヒト腫瘍組織とのインキュベーション後に活性化された、示された本開示の活性化可能抗EGFR抗体のパーセントの例示的結果を示すグラフである。
本開示は、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)および/または少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を包含するアミノ酸配列を提供する。これらのアミノ酸配列は、本明細書中では、ひとまとめにして、「タンデム基質」と呼ばれる。この用語は、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)のための基質である第1の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)および/または少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)の配向または他の構造配置に関する何らかの要件を示唆することを意図するものではない。したがって、「タンデム基質」という用語は、CM1-CM2またはCM2-CM1のような、N末端からC末端への構造配置を有するCM1-CM2基質を包含する。「タンデム基質」という用語はまた、CM1配列の少なくとも一部がCM2配列の少なくとも一部に重なる基質も包含する。
いくつかの実施形態では、CM2は少なくとも2つの基質を含む。いくつかの実施形態では、CM2は、第1のセリンプロテアーゼに対する基質および第2のセリンプロテアーゼに対する基質を含む。いくつかの実施形態では、CM2は、セリンプロテアーゼに対する基質およびシステインプロテアーゼに対する基質を含む。
本明細書で記載のCM1-CM2基質は、種々の治療、診断および予防適用に有用である。例えば、これらのCM1-CM2基質は、プロドメインを含む、抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含む活性化可能抗体に有用である。プロドメインは、MMの結合が、その標的を結合するABの能力を低減するように、ABの少なくとも1種の抗原またはエピトープ結合ドメインに連結される少なくとも1個のマスキング部分(MM)を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、少なくとも第1のCM(CM1)および第2のCM(CM2)を含む。いくつかの実施形態では、CM1基質配列の少なくとも一部は、CM2配列の少なくとも一部に重なる。いくつかの実施形態では、CM1基質配列とCM2基質配列は、少なくとも1個のアミノ酸残基を共有する。いくつかの実施形態では、CM1基質配列とCM2基質配列は、少なくとも2個のアミノ酸残基を共有する。いくつかの実施形態では、CM1基質配列とCM2基質配列は、少なくとも3個のアミノ酸残基を共有する。いくつかの実施形態では、CM1基質配列とCM2基質配列は、3個以上のアミノ酸残基を共有する。
いくつかの実施形態では、CM1とCM2は、一緒に作動可能に連結される別々のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、CM1とCM2は、一緒に直接連結される別々のポリペプチドである、すなわち、一方の基質のN末端が他方の基質ポリペプチドのC末端に直接連結される。いくつかの実施形態では、CM1のN末端は、CM2のC末端に直接連結される。いくつかの実施形態では、CM2のN末端は、CM1のC末端に直接連結される。
いくつかの実施形態では、CM1とCM2は、少なくとも1個の連結部分を介して一緒に作動可能に連結される別々のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、未切断状態の活性化可能抗体の第1の切断可能部分CM1と第2の切断可能部分CM2は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM-CM1-CM2-AB、AB-CM2-CM1-MM、MM-CM2-CM1-AB、またはAB-CM1-CM2-MM。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)とCM1の間に連結ペプチド(LP’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM2とABの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)およびCM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)、およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM2とマスキング部分(MM)の間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)およびCM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP’’)、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)、およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP’’’)を含む。
いくつかの実施形態では、LP’は、GGである。いくつかの実施形態では、LP’は、GGSGGS(配列番号218)である。
いくつかの実施形態では、CM1は、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である。MMPの例としては、MMP1;MMP2;MMP3;MMP7;MMP8;MMP9;MMP10;MMP11;MMP12;MMP13;MMP14;MMP15;MMP16;MMP17;MMP19;MMP20;MMP23;MMP24;MMP26;およびMMP27が挙げられる。
いくつかの実施形態では、CM1は、MMP2、MMP9、MMP14、MMP1、MMP3、MMP13、MMP17、MMP11、および/またはMMP19に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、MMP2に対する基質である。いくつかの実施形態において、CM1は、MMP9に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、MMP14に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、2種以上のMMPに対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくともMMP9とMMP14に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくともMMP2とMMP9に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくともMMP2とMMP14に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、3種以上のMMPに対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくともMMP2、MMP9、およびMMP14に対する基質である。いくつかの実施形態では、CM1は、同じMMPに対する2種以上の基質を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくとも2種以上のMMP2基質を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくとも2種以上のMMP9基質を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、少なくとも2種以上のMMP14基質を含む。
いくつかの実施形態では、CM1は、MMPに対する基質であり、少なくとも配列ALAHGLF(配列番号1)、DLAHPLL(配列番号2)、AFRHLR(配列番号3)、PHGFFQ(配列番号4)、SVHHLI(配列番号5)、RGPKLYW(配列番号6)、RFPYGVW(配列番号7)、HVPRQV(配列番号8)、SNPFKY(配列番号9)、RFPLKV(配列番号10)、PFHLSR(配列番号11)、STVFHM(配列番号12)、MGPWFM(配列番号13)、RHLAKL(配列番号14)、PLGVRGK(配列番号15)、およびQNQALRIA(配列番号16)を含む。
いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列ALAHGLF(配列番号1)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列DLAHPLL(配列番号2)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列AFRHLR(配列番号3)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列PHGFFQ(配列番号4)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列SVHHLI(配列番号5)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列RGPKLYW(配列番号6)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列RFPYGVW(配列番号7)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列HVPRQV(配列番号8)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列SNPFKY(配列番号9)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列RFPLKV(配列番号10)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列PFHLSR(配列番号11)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列STVFHM(配列番号12)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列MGPWFM(配列番号13)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列RHLAKL(配列番号14)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列PLGVRGK(配列番号15)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列QNQALRIA(配列番号16)を含む。
いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列LAHGLF(配列番号50)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列AHGLF(配列番号51)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列ALAHGL(配列番号52)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列LAHGL(配列番号53)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列AHGL(配列番号54)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列ALAHG(配列番号55)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列LAHG(配列番号56)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列AHGを含む。
いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列VPRQV(配列番号60)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列PRQV(配列番号61)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列HVPRQ(配列番号62)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列VPRQ(配列番号63)を含む。いくつかの実施形態では、CM1は、アミノ酸配列PRQを含む。
いくつかの実施形態では、CM2は、少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)に対する基質である。いくつかの実施形態では、SPは、u型プラスミノーゲン活性化因子(uPA、ウロキナーゼとも呼ばれる)、マトリプターゼ(本明細書中ではMT-SP1またはMTSP1とも呼ばれる)、好中球エラスターゼ(例えば、ヒト好中球エラスターゼ)、およびそれらの組合せから選択される。非限定的例であるが、本明細書で記載のCM2を切断する他のSPの例としては、活性化プロテインC;カテプシンG;キマーゼ;凝固因子プロテアーゼ、例えば、FVIIa、FIXa、FXa、FXIa、FXIIaなど;エラスターゼ;グランザイムB;グアニジノベンゾアターゼ;HtrA1;ラクトフェリン;マラプシン;NS3/4A;PACE4;プラスミン;PSA;tPA;トロンビン;トリプターゼ;II型膜貫通セリンプロテアーゼ(TTSP)、例えば、DESC1、DPP-4、FAP、ヘプシン、マトリプターゼ-2、TMPRSS2、TMPRSS3、および/またはTMPRSS4が挙げられる。
例えば、好適なCM2は、少なくとも1種のセリンプロテアーゼにより切断され、次のアミノ酸配列から選択される少なくとも1つの配列を含み得る:LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRS(配列番号72)、LSGR(配列番号73)、SGRSDN(配列番号74)、SGRSD(配列番号75)、SGRS(配列番号76)、SGR、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSGN(配列番号79)、LSGRSG(配列番号80)、SGRSGNH(配列番号81)、SGRSGN(配列番号82)、SGRSG(配列番号83)、LSGRSDNI(配列番号84)、SGRSDNI(配列番号85)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDY(配列番号87)、SGRSDYH(配列番号88)、SGRSDY(配列番号89)、LSGRSDNP(配列番号90)、SGRSDNP(配列番号91)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDT(配列番号93)、SGRSDTH(配列番号94)、SGRSDT(配列番号95)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDQ(配列番号97)、SGRSDQH(配列番号98)、SGRSDQ(配列番号99)、LSGRSDIH(配列番号100)、LSGRSDI(配列番号101)、SGRSDIH(配列番号102)、SGRSDI(配列番号103)、LSGRSDDH(配列番号104)、LSGRSDD(配列番号105)、SGRSDDH(配列番号106)、SGRSDD(配列番号107)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSA(配列番号110)、SGRSANI(配列番号111)、SGRSAN(配列番号112)、SGRSA(配列番号113)、LSGRSANP(配列番号114)、およびSGRSANP(配列番号115)。
いくつかの実施形態では、好適なCM2は、少なくとも1種のセリンプロテアーゼにより切断され、次のアミノ酸配列から選択される少なくとも1つの配列を含み得る:TARGPSFK(配列番号120)、ARGPSFK(配列番号121)、TARGPSF(配列番号122)、TARGPS(配列番号123)、TARGP(配列番号124)、TARG(配列番号125)、ARGPSF(配列番号126)、ARGPS(配列番号127)、ARGP(配列番号128)、およびARG。
いくつかの実施形態では、好適なCM2は、少なくとも1種のセリンプロテアーゼにより切断され、次のアミノ酸配列から選択される少なくとも1つの配列を含み得る:APRSF(配列番号130)、APRS(配列番号131)、およびPRSF(配列番号132)。
いくつかの実施形態では、好適なCM2は、少なくとも1種のセリンプロテアーゼにより切断され、次のアミノ酸配列から選択される少なくとも1つの配列を含み得る:GLPTFVHL(配列番号135)、GLPTFVH(配列番号136)、GLPTFV(配列番号137)、LPTFVHL(配列番号138)、LPTFVH(配列番号139)、およびLPTFV(配列番号140)。
いくつかの実施形態では、CM2は、少なくとも1種のシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である。いくつかの実施形態では、CPはレグマインである。いくつかの実施形態では、好適なCM2は、少なくとも1種のシステインプロテアーゼにより切断され、次のアミノ酸配列から選択される少なくとも1つの配列を含み得る:AAN、SAN、およびGPTN(配列番号152)。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、TARGPVPRQV(配列番号30)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、HVPRQVAPRSF(配列番号33)、ALAHGLPTFVHL(配列番号34)、GLPTFVHLPRQV(配列番号35)、AANALAHGLF(配列番号36)、GPTNALAHGLF(配列番号37)、ISSGLLSGRSNI(配列番号38)、AVGLLAPPGGLSGRSNI(配列番号39)、ISSGLLSGRSNIGS(配列番号40)、AVGLLAPPGGLSGRSNIGS(配列番号41)、ISSGLLSGRSNIG(配列番号42)、およびAVGLLAPPGGLSGRSNIG(配列番号43)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、未切断状態での活性化可能抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM-CM1-CM2-AB、AB-CM2-CM1-MM、MM-CM2-CM1-AB、またはAB-CM1-CM2-MM。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は第1の連結ペプチド(LP1)と第2の連結ペプチド(LP2)を含み、未切断状態での抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB、またはAB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM。いくつかの実施形態では、LP1とLP2のそれぞれは、長さが約1~20アミノ酸のペプチドである。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同一である必要はない。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)とCM1の間に連結ペプチド(LP1)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMとCM1の間に結合ペプチド(LP1)、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)、およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM2とマスキング部分(MM)の間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)、およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP2)を含む。
いくつかの実施形態では、LP’は、GGである。いくつかの実施形態では、LP’は、GGSGGS(配列番号218)である。
いくつかの実施形態では、LP1またはLP2の少なくとも一方は、(GS)、(GGS)、(GSGGS)(配列番号200)および(GGGS)(配列番号201)(nは少なくとも1の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、LP1またはLP2の少なくとも一方は、GGSG(配列番号202)、GGSGG(配列番号203)、GSGSG(配列番号204)、GSGGG(配列番号205)、GGGSG(配列番号206)、およびGSSSG(配列番号207)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、LP1は、アミノ酸配列GSSGGSGGSGGSG(配列番号208)、GSSGGSGGSGG(配列番号209)、GSSGGSGGSGGS(配列番号210)、GSSGGSGGSGGSGGGS(配列番号211)、GSSGGSGGSG(配列番号212)、GSSGGSGGSGS(配列番号213)、GGGSSGGS(配列番号214)、およびGSSGGSGGSGGSG(配列番号215)を含む。
いくつかの実施形態では、LP2は、アミノ酸配列GSS、GGS、GGGS(配列番号216)、GSSGT(配列番号217)またはGSSG(配列番号218)を含む。いくつかの実施形態では、LP2は、アミノ酸配列GGSを含む。いくつかの実施形態では、LP2は、アミノ酸配列GGGS(配列番号216)を含む。
いくつかの実施形態では、CM1は、MMPに対する基質であり、少なくとも配列ALAHGLF(配列番号1)、DLAHPLL(配列番号2)、AFRHLR(配列番号3)、PHGFFQ(配列番号4)、SVHHLI(配列番号5)、RGPKLYW(配列番号6)、RFPYGVW(配列番号7)、HVPRQV(配列番号8)、SNPFKY(配列番号9)、RFPLKV(配列番号10)、PFHLSR(配列番号11)、STVFHM(配列番号12)、MGPWFM(配列番号13)、RHLAKL(配列番号14)、PLGVRGK(配列番号15)、およびQNQALRIA(配列番号16)を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体は、CM1-CM2基質およびLP2リンカーを含み、CM1-CM2は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、TARGPVPRQV(配列番号30)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、HVPRQVAPRSF(配列番号33)、ALAHGLPTFVHL(配列番号34)、GLPTFVHLPRQV(配列番号35)、AANALAHGLF(配列番号36)、GPTNALAHGLF(配列番号37)、ISSGLLSGRSNI(配列番号38)、およびAVGLLAPPGGLSGRSNI(配列番号39)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、LP2リンカーはGGGS(配列番号216)を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体は、CM1-CM2基質およびLP2リンカーを含み、CM1-CM2は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、TARGPVPRQV(配列番号30)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、HVPRQVAPRSF(配列番号33)、ALAHGLPTFVHL(配列番号34)、GLPTFVHLPRQV(配列番号35)、AANALAHGLF(配列番号36)、GPTNALAHGLF(配列番号37)、ISSGLLSGRSNI(配列番号38)、およびAVGLLAPPGGLSGRSNI(配列番号39)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、LP2リンカーはGGSを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体は、CM1-CM2基質およびLP2リンカーを含み、CM1-CM2およびLP2は、LSGRSALAHGLFGGGS(配列番号226)、ALAHGLFSGRSANGGGS(配列番号227)、HVPRQVLSGRSGGGS(配列番号228)、HVPRQVLSGRSANGGGS(配列番号229)、TARGPALAHGLFGGGS(配列番号230)、TARGPVPRQVGGGS(配列番号231)、APRSALAHGLFGGGS(配列番号232)、ALAHGLFAPRSFGGGS(配列番号233)、HVPRQVAPRSFGGGS(配列番号234)、ALAHGLPTFVHLGGGS(配列番号235)、GLPTFVHLPRQVGGGS(配列番号236)、AANALAHGLFGGGS(配列番号237)、GPTNALAHGLFGGGS(配列番号238)、ISSGLLSGRSNIGGGS(配列番号239)、およびAVGLLAPPGGLSGRSNIGGGS(配列番号240)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドまたは本開示の活性化可能抗体は、CM1-CM2基質およびLP2リンカーを含み、CM1-CM2およびLP2は、LSGRSALAHGLFGGS(配列番号241)、ALAHGLFSGRSANGGS(配列番号242)、HVPRQVLSGRSGGS(配列番号243)、HVPRQVLSGRSANGGS(配列番号244)、TARGPALAHGLFGGS(配列番号245)、TARGPVPRQVGGS(配列番号246)、APRSALAHGLFGGS(配列番号247)、ALAHGLFAPRSFGGS(配列番号248)、HVPRQVAPRSFGGS(配列番号249)、ALAHGLPTFVHLGGS(配列番号250)、GLPTFVHLPRQVGGS(配列番号251)、AANALAHGLFGGS(配列番号252)、GPTNALAHGLFGGS(配列番号253)、ISSGLLSGRSNIGGS(配列番号254)、およびAVGLLAPPGGLSGRSNIGGS(配列番号255)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ABは、標的への結合について、約100nM以下の解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含む。いくつかの実施形態では、ABは完全長の抗体である。いくつかの実施形態では、ABは免疫学的活性フラグメントである。いくつかの実施形態では、ABは抗原結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、ABは、モノクローナル抗体、ドメイン抗体、単鎖、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scab、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、または単一ドメイン軽鎖抗体である。いくつかの実施形態では、このようなABは、マウスの、他のげっ歯類の、キメラの、ヒト化されたまたは完全にヒトの、モノクローナル抗体である。
いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼは、抗体がプロテアーゼに晒されるとき、抗体中のCM1を切断する。いくつかの実施形態では、SPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、SPプロテアーゼは、抗体がプロテアーゼに晒されるとき、抗体中のCM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、CPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、CPプロテアーゼは、抗体がプロテアーゼに晒されるとき、抗体中のCM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼは、抗体がプロテアーゼに晒されるとき、抗体中のCM1-CM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼおよびSPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよびSPプロテアーゼの少なくとも一方は、抗体がプロテアーゼに曝露されるとき、抗体中のCM1-CM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼおよび/またはCPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよび/またはCPプロテアーゼは、抗体がプロテアーゼに曝露されるとき、抗体中のCM1-CM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼおよびCPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよびCPプロテアーゼの少なくとも一方は、抗体がプロテアーゼに曝露されるとき、抗体中のCM1-CM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼおよび/またはCPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよび/またはCPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼは、抗体がプロテアーゼに曝露されるとき、抗体中のCM1-CM2基質を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼおよびCPプロテアーゼおよびSPプロテアーゼは、組織中で標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよびSPプロテアーゼおよびCPプロテアーゼの少なくとも1種は、抗体がプロテアーゼに曝露されるとき、抗体中のCM1-CM2基質を切断する。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列およびCM2基質配列のそれぞれは、独立に、最大15個のアミノ酸長のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば任意の動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば任意の動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM2基質配列は、少なくとも1種のSPおよび/または少なくとも1種のCPに対する基質であり、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば任意の動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM2基質配列は、少なくとも1種のSPおよび/または少なくとも1種のCPに対する基質であり、同じSPおよび/またはCPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM2基質配列は、少なくとも1種のSPおよび/または少なくとも1種のCPに対する基質であり、同じSPおよび/またはCPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM2基質配列は、少なくとも1種のSPおよび/または少なくとも1種のCPに対する基質であり、同じSPおよび/またはCPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば任意の動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM2基質配列は、少なくとも1種のSPおよび/または少なくとも1種のCPに対する基質であり、同じSPおよび/またはCPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM2基質配列は、少なくとも1種のSPおよび/または少なくとも1種のCPに対する基質であり、同じSPおよび/またはCPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号25、26、29、31、32、34、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号27、28、30、33、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号25、29、31、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号26、32、および34からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号27、28、および33からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示のCM1-CM2基質は、配列番号30および35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号25、26、29、31、32、34、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号27、28、30、33、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号25、29、31、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号26、32、および34からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号27、28、および33からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号30および35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、および本明細書で開示の抗EGFR抗体のアミノ酸配列を含む抗EGFR抗体を含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、および配列番号401のアミノ酸配列を含む軽鎖と、配列番号配列番号400のアミノ酸配列を含む重鎖とを有する抗体を含む。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2は、配列番号450~462からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列と、配列番号400の重鎖アミノ酸配列を有する活性化可能抗体に含まれる。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、少なくとも1種のMMPに対するCM1基質を含み、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば、任意の動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば、任意の動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM1基質配列は、少なくとも1種のMMPに対する基質であり、同じMMPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1種のMMPに対する基質であるCM1基質配列は、ALAHGLF(配列番号1)、DLAHPLL(配列番号2)、RGPKLYW(配列番号6)、RFPYGVW(配列番号7)、およびQNQALRIA(配列番号16)からなる群より選択されるポリペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、ALAHGLF(配列番号1)、DLAHPLL(配列番号2)、RGPKLYW(配列番号6)、RFPYGVW(配列番号7)、およびQNQALRIA(配列番号16)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM1基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の単離ポリペプチドは、少なくとも1種のSPプロテアーゼに対する基質であるCM2基質を含み、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば、任意の動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM2基質配列は、少なくとも1種のSPに対する基質であり、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM2基質配列は、少なくとも1種のSPに対する基質であり、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意のヒトポリペプチド配列と実質的に同一でないポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM2基質配列は、少なくとも1種のSPに対する基質であり、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意のポリペプチド配列、例えば任意の動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM2基質配列は、少なくとも1種のSPに対する基質であり、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意の哺乳動物ポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、CM2基質配列は、少なくとも1種のSPに対する基質であり、同じSPプロテアーゼによって天然で切断される任意ヒトポリペプチド配列とせいぜい90%またはそれを越えて同一であるポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1種のSPに対する基質であるCM2基質配列は、APRSF(配列番号130)およびGLPTFVHL(配列番号135)からなる群より選択されるポリペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、APRSF(配列番号130)およびGLPTFVHL(配列番号135)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むCM2基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、配列番号1~16からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む基質、ならびに標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、およびその標的を結合するABの抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減させるマスキング部分(MM)を含む。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2、CM1、またはCM2基質はまた、少なくとも1種の追加のプロテアーゼに対する基質である。
いくつかの実施形態では、少なくとも1種の追加のプロテアーゼは、CM1を切断するMMPプロテアーゼとは異なるMMPプロテアーゼである。いくつかの実施形態では、少なくとも1種の追加プロテアーゼは、MMP1;MMP2;MMP3;MMP7;MMP8;MMP9;MMP10;MMP11;MMP12;MMP13;MMP14;MMP15;MMP16;MMP17;MMP19;MMP20;MMP23;MMP24;MMP26;およびMMP27からなる群から選択されるMMPプロテアーゼである。
いくつかの実施形態では、少なくとも1種の追加のプロテアーゼは、CM2を切断するSPプロテアーゼとは異なるSPプロテアーゼである。いくつかの実施形態では、少なくとも1種の追加SPプロテアーゼは、uPA;マトリプターゼ;活性化プロテインC;カテプシンA;カテプシンG;キマーゼ;凝固因子プロテアーゼ、例えば、FVIIa、FIXa、FXa、FXIa、FXIIaなど;エラスターゼ;グランザイムB;グアニジノベンゾアターゼ;HtrA1;ヒト好中球エラスターゼ;ラクトフェリン;マラプシン;NS3/4A;PACE4;プラスミン;PSA;tPA;トロンビン;トリプターゼ;II型膜貫通セリンプロテアーゼ(TTSP)、例えば、DESC1、DPP-4、FAP、ヘプシン、マトリプターゼ-2、TMPRSS2、TMPRSS3、およびTMPRSS4からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、少なくとも1種の追加のプロテアーゼは、表6に示されるものからなる群より選択される。
Figure 2022512124000002
本開示はまた、少なくとも第1のCM1と第2のCM2を含み、薬剤に接結される抗体を提供する。いくつかの実施形態では、第1のCM1と第2のCM2は、それぞれ15アミノ酸長以下のポリペプチドである。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、接合型活性化可能抗体であり、未切断状態では、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM-CM1-CM2-AB-薬剤、薬剤-AB-CM2-CM1-MM、MM-CM2-CM1-AB-薬剤、または薬剤-AB-CM1-CM2-MM。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、接合型活性化可能抗体であり、未切断状態では、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:薬剤-MM-CM1-CM2-AB、AB-CM2-CM1-MM-薬剤、薬剤-MM-CM2-CM1-AB、またはAB-CM1-CM2-MM-薬剤。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、接合型活性化可能抗体であり、未切断状態では、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:薬剤-MM-CM1-CM2-AB-薬剤、薬剤-AB-CM2-CM1-MM-薬剤、薬剤-MM-CM2-CM1-AB-薬剤、または薬剤-AB-CM1-CM2-MM-薬剤。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、第1の連結ペプチド(LP1)、および第2の連結ペプチド(LP2)を含む接合型活性化可能抗体であり、未切断状態にある抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB-薬剤、薬剤-AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB-薬剤、または薬剤-AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM。いくつかの実施形態では、LP1とLP2のそれぞれは、長さが約1~20アミノ酸のペプチドである。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同一である必要はない。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、第1の連合ペプチド(LP1)、および第2の連結ペプチド(LP2)を含む接合型活性化可能抗体であり、未切断状態にある抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:薬剤-MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM-薬剤、薬剤-MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB、またはAB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM-薬剤。いくつかの実施形態では、LP1とLP2のそれぞれは、約1~20アミノ酸長のペプチドである。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同一である必要はない。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、第1の連結ペプチド(LP1)、および第2の連結ペプチド(LP2)を含む接合型活性化可能抗体であり、未切断状態にある抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:薬剤-MM1-LP1-CM1-CM2-LP2-AB-薬剤、薬剤-AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM-薬剤、薬剤-MM1-LP1-CM2-CM1-LP2-AB-薬剤、または薬剤-AB-LP2-CM1-CM2-LP1-MM-薬剤。いくつかの実施形態では、LP1とLP2のそれぞれは、約1~20アミノ酸長のペプチドである。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同一である必要はない。
いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)とCM1の間に連結ペプチド(LP1)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、CM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、MMとCM1の間に連結ペプチド(LP1)、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)、およびCM2とABの間に連結ペプチド(LP2)を含む。
いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、CM2とマスキング部分(MM)の間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)およびCM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP2)を含む。いくつかの実施形態では、接合型活性化可能抗体は、ABとCM1の間に連結ペプチド(LP1)、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)、およびCM2とMMの間に連結ペプチド(LP2)を含む。
いくつかの実施形態では、LP’は、GGである。いくつかの実施形態では、LP’は、GGSGGS(配列番号218)である。
いくつかの実施形態では、LP1またはLP2の少なくとも一方は、(GS)、(GGS)、(GSGGS)(配列番号381)および(GGGS)(配列番号382)(nは少なくとも1の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、LP1またはLP2の少なくとも一方は、GGSG(配列番号202)、GGSGG(配列番号203)、GSGSG(配列番号204)、GSGGG(配列番号205)、GGGSG(配列番号206)、およびGSSSG(配列番号207)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、LP1は、アミノ酸配列GSSGGSGGSGGSG(配列番号208)、GSSGGSGGSGG(配列番号209)、GSSGGSGGSGGS(配列番号210)、GSSGGSGGSGGSGGGS(配列番号211)、GSSGGSGGSG(配列番号212)、GSSGGSGGSGS(配列番号213)、およびGGGSSGGS(配列番号214)を含む。
いくつかの実施形態では、LP2は、アミノ酸配列GSS、GGS、GGGS(配列番号215)、GSSGT(配列番号216)またはGSSG(配列番号217)を含む。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、抗体に連結されるかまたは別の方法で取り付けられる。例えば、CM1-CM2は、MMPおよび/またはSPおよび/またはCPに晒されたときにCM1-CM2が切断され、薬剤がABから放出されるように、所定の標的を結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)に1種または複数の薬剤を連結するのに使用される。例示的標的としては、限定されないが、表1に示された標的を包含する。例示的ABは、限定されないが、表2に示された抗体を包含する。
いくつかの実施形態では、ABは、標的への結合について、約100nM以下の解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、抗体は、標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを包含する。いくつかの実施形態では、標的を結合する抗体またはその免疫学的活性フラグメントは、モノクローナル抗体、ドメイン抗体、単鎖、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scab、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、または単一ドメイン軽鎖抗体である。いくつかの実施形態では、標的を結合するそのような抗体またはその免疫学的活性フラグメントは、マウスの、他のげっ歯類の、キメラの、ヒト化されたまたは完全にヒトの、モノクローナル抗体である。
いくつかの実施形態では、MMは、標的へのABの解離定数以下であるABへの結合についての解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、MMは、切断状態で標的への結合に関してABと干渉も競合もしない。
いくつかの実施形態では、MMは、2~40アミノ酸長のポリペプチドである。例えば、MMは、最大で約40アミノ酸長のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、MMポリペプチド配列は、ABのいずれの天然の結合パートナーの配列とも異なる。いくつかの実施形態では、MMポリペプチド配列は、ABのいずれかの天然の結合パートナーと50%以下同一である。いくつかの実施形態では、MMポリペプチド配列は、ABのいずれの天然の結合パートナーに対しても、40%、30%、25%、20%、15%、または10%以下同一である。
いくつかの実施形態では、ABまたは活性化可能抗体のABに接合される薬剤は、治療薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は抗腫瘍薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、毒素またはそのフラグメントである。本明細書において使用される場合、毒素フラグメントは、毒性活性を保持するフラグメントである。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断可能リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、少なくとも1種のCM1-CM2基質配列を含むリンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断不能リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は微小管阻害剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DNAアルキル化剤またはDNAインターカレーターなどの核酸損傷剤、または他のDNA損傷剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、表3に列挙される群から選択される薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ドラスタチンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンEまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、メイタンシノイドまたはメイタンシノイド誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DM1またはDM4である。いくつかの実施形態では、薬剤は、デュオカルマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、カリケアマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピン二量体である。
いくつかの実施形態では、薬剤は、抗炎症剤である。
いくつかの実施形態では、抗体および/または活性化可能抗体はまた、検出可能な部分も含む。いくつかの実施形態では、検出可能な部分は、診断薬である。
いくつかの実施形態では、接合型抗体および/または接合型活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、イメージング剤、造影剤、酵素、蛍光標識、発色団、色素、1種または複数の金属イオン、またはリガンドベース標識を含む。いくつかの実施形態では、イメージング剤は、放射性同位体を含む。いくつかの実施形態では、放射性同位体は、インジウムまたはテクネチウムである。いくつかの実施形態では、造影剤は、ヨウ素、ガドリニウムまたは酸化鉄を含む。いくつかの実施形態では、酵素は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼまたはβ-ガラクトシダーゼを含む。いくつかの実施形態では、蛍光標識は、黄色蛍光タンパク質(YFP)、シアン蛍光タンパク質(CFP)、緑色蛍光タンパク質(GFP)、修飾された赤色蛍光タンパク質(mRFP)、赤色蛍光タンパク質tdimer2(RFP tdimer2)、HCRED、またはユーロピウム誘導体を含む。いくつかの実施形態では、発光標識は、N-メチルアクリジウム誘導体を含む。いくつかの実施形態では、標識は、Alexa Fluor(登録商標)標識、例えばAlex Fluor(登録商標)680またはAlexa Fluor(登録商標)750を含む。いくつかの実施形態では、リガンドベースの標識は、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジンまたは1種または複数のハプテンを含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の抗体および/またはABは天然では、1個または複数のジスルフィド結合を含む。いくつかの実施形態では、ABは、1個または複数のジスルフィド結合を含むよう改変され得る。
いくつかの実施形態では、抗体および/または接合型抗体は、単一特異性である。いくつかの実施形態では、抗体および/または接合型抗体は、多重特異性であり、本明細書においては、多重特異性抗体および/または接合型多重特異性抗体とも呼ばれる。いくつかの実施形態では、多重特異性抗体および/または接合型多重特異性抗体は、二重特異性または三重特異性である。いくつかの実施形態では、抗体および/または接合型抗体は、プロ-二重特異的T細胞エンゲージャー(プロ-BITE)分子の一部として処方される。いくつかの実施形態では、抗体および/または接合型抗体は、プロ-キメラ抗原受容体(プロ-CAR)改変T細胞または他の遺伝子改変受容体もしくは他の免疫エフェクター細胞、例えばCAR改変NK細胞などの一部として処方される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、プロ-キメラ抗原受容体(CAR)改変T細の一部として処方される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、プロ-キメラ抗原受容体(CAR)改変NK細胞の一部として処方される。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、単一特異性である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、多重特異性であり、本明細書においては、多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体とも呼ばれる。本明細書において使用される場合、用語、「活性化可能抗体(activatable antibody)」およびそのすべての文法的変形は、特に断らない限り、活性化可能抗体が、本開示の多重特異性活性化可能抗体である実施形態を包含することが意図されるが、これに限定されるものではない。本明細書において使用される場合、用語、「接合型活性化可能抗体(conjugated activatable antibody)」およびそのすべての文法的変形は、特に断らない限り、接合型活性化可能抗体は、本開示の接合型多重特異性活性化可能抗体である実施形態を包含することが意図されるが、これに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体は、二重特異性または三重特異性である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、プロ-二重特異性T細胞エンゲージャー(プロ-BITE)分子の一部として処方される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、プロ-キメラ抗原受容体(プロ-CAR)改変T細胞または他の遺伝子改変受容体の一部として処方される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される抗体、抗体接合体、活性化可能抗体、接合型活性化可能抗体、多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体は、1種または複数の追加の薬剤または追加の薬剤の組合せと共に使用される。好適な追加の薬剤は、例えば、癌などの目的の用途のための現在の医薬品および/または外科療法を含む。例えば、活性化可能抗体、接合型活性化可能抗体、多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体は、追加の化学療法剤または抗悪性腫瘍薬と共に使用できる。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、多重特異性活性化可能抗体である。本明細書において提供される多重特異性活性化可能抗体は、複数の抗原またはエピトープを認識し、かつMMの結合が、その標的を結合する抗原またはエピトープ結合ドメインの能力を低減するように多重特異性抗体の少なくとも1種の抗原またはエピトープ結合ドメインに連結される少なくとも1個のマスキング部分(MM)を含む、多重特異性抗体である。いくつかの実施形態では、MMは、少なくとも1種のMMPプロテアーゼおよび少なくとも1種のSPに対する基質として機能する切断可能部分(CM1-CM2基質)を介して、多重特異性抗体の抗原またはエピトープ結合ドメインに結合される。本明細書で提供される活性化可能な多重特異性抗体は、循環中に安定であり、意図された治療部位および/または診断部位で活性化されるが、正常な、すなわち健康な組織では活性化されず、活性化された場合には、対応する非修飾の多重特異性抗体に少なくとも匹敵する標的への結合を示す。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、上皮成長因子受容体(EGFR)を特異的に結合し、かつVH CDR1配列、VH CDR2配列およびVH CDR3配列の組合せを含む、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を少なくとも含み、VH CDR1配列、VH CDR2配列およびVH CDR3配列の少なくとも1つは、アミノ酸配列NYGVH(配列番号220)を少なくとも含むVH CDR1配列;アミノ酸配列VIWSGGNTDYNTPFTS(配列番号221)を少なくとも含むVH CDR2配列;アミノ酸配列ALTYYDYEFAY(配列番号222)を含むVH CDR3配列;およびそれらの組合せから選択される。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、EGFRを特異的に結合し、かつVL CDR1配列、VL CDR2配列およびVL CDR3配列の組合せを含む、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を少なくとも含み、VL CDR1配列、VL CDR2配列およびVL CDR3配列の少なくとも1つは、アミノ酸配列RASQSIGTNIH(配列番号223)を少なくとも含むVL CDR1配列;アミノ酸配列KYASESIS(配列番号224)を少なくとも含むVL CDR2配列;アミノ酸配列QQNNNWPTT(配列番号225)を含むVL CDR3配列;およびそれらの組合せから選択される。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、EGFRを特異的に結合し、かつVH CDR1配列、VH CDR2配列およびVH CDR3配列の組合せを含む、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を少なくとも含み、VH CDR1配列、VH CDR2配列およびVH CDR3配列の少なくとも1つは、アミノ酸配列NYGVH(配列番号220)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含むVH CDR1配列;アミノ酸配列VIWSGGNTDYNTPFTS(配列番号221)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含むVH CDR2配列;アミノ酸配列ALTYYDYEFAY(配列番号222)に対し、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含むVH CDR3配列;およびそれらの組合せから選択される。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、EGFRを特異的に結合し、かつVL CDR1配列、VL CDR2配列およびVL CDR3配列の組合せを含む、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を少なくとも含み、VL CDR1配列、VL CDR2配列およびVL CDR3配列の少なくとも1つは、アミノ酸配列RASQSIGTNIH(配列番号223)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含むVL CDR1配列;アミノ酸配列KYASESIS(配列番号224)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含むVL CDR2配列;アミノ酸配列QQNNNWPTT(配列番号225)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含むVL CDR3配列;およびそれらの組合せから選択される。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、EGFRを特異的に結合し、かつVH CDR1配列、VH CDR2配列、VH CDR3配列、VL CDR1配列、VL CDR2配列、およびVL CDR3配列の組合せを含む、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を少なくとも含み、VH CDR1配列は、アミノ酸配列NYGVH(配列番号220)を少なくとも含み;VH CDR2配列は、アミノ酸配列VIWSGGNTDYNTPFTS(配列番号221)を少なくとも含み;VH CDR3配列は、アミノ酸配列ALTYYDYEFAY(配列番号222)を含み;VL CDR1配列は、アミノ酸配列RASQSIGTNIH(配列番号223)を少なくとも含み;VL CDR2配列は、アミノ酸配列KYASESIS(配列番号224)を少なくとも含み;VL CDR3配列はアミノ酸配列QQNNNWPTT(配列番号225)を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、EGFRを特異的に結合し、かつVH CDR1配列、VH CDR2配列、VH CDR3配列、VL CDR1配列、VL CDR2配列およびVL CDR3配列の組合せを含む、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を少なくとも含み、VH CDR1配列は、アミノ酸配列NYGVH(配列番号220)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含み;VH CDR2配列は、アミノ酸配列VIWSGGNTDYNTPFTS(配列番号221)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含み;VH CDR3配列は、アミノ酸配列ALTYYDYEFAY(配列番号222)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含み;VL CDR1配列は、アミノ酸配列RASQSIGTNIH(配列番号223)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含み;VL CDR2配列は、アミノ酸配列KYASESIS(配列番号224)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含み;VL CDR3配列は、アミノ酸配列QQNNNWPTT(配列番号225)に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一である配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、配列番号25~43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、および本明細書で開示される抗ジャグド抗体のアミノ酸配列を含む抗ジャグド抗体を含む。いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書で提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、配列番号25~43からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むCM1-CM2基質、および配列番号401のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号400のアミノ酸配列を含む重鎖を有する抗体を含む。
いくつかの実施形態では、本開示の多重特異性活性化可能抗体および/または接合型多重特異性活性化可能抗体を含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、少なくとも配列番号400の重鎖アミノ酸配列および配列番号403~423および450~462からなる群から選択される軽鎖アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体はまた、ABに接合された薬剤も含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、治療薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗腫瘍薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、毒素またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、薬剤は、リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、微小管阻害剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DNAアルキル化剤またはDNAインターカレーターなどの核酸損傷剤、または他のDNA損傷剤である。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能リンカーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、少なくとも1種のCM1-CM2基質配列を含むリンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、表3に列挙される群から選択される薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ドラスタチンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンEまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、メイタンシノイドまたはメイタンシノイド誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DM1またはDM4である。いくつかの実施形態では、薬剤は、デュオカルマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、カリケアマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピン二量体である。
いくつかの実施形態では、薬剤は、抗炎症剤である。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体はまた、検出可能な部分も含む。いくつかの実施形態では、検出可能な部分は、診断薬である。
いくつかの実施形態では、接合型抗体は、検出可能標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能標識は、イメージング剤、造影剤、酵素、蛍光標識、発色団、色素、1種または複数の金属イオン、またはリガンドベース標識を含む。いくつかの実施形態では、イメージング剤は、放射性同位体を含む。いくつかの実施形態では、放射性同位体は、インジウムまたはテクネチウムである。いくつかの実施形態では、造影剤は、ヨウ素、ガドリニウムまたは酸化鉄を含む。いくつかの実施形態では、酵素は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼまたはβ-ガラクトシダーゼを含む。いくつかの実施形態では、蛍光標識は、黄色蛍光タンパク質(YFP)、シアン蛍光タンパク質(CFP)、緑色蛍光タンパク質(GFP)、修飾された赤色蛍光タンパク質(mRFP)、赤色蛍光タンパク質tdimer2(RFP tdimer2)、HCRED、またはユーロピウム誘導体を含む。いくつかの実施形態では、発光標識は、N-メチルアクリジウム誘導体を含む。いくつかの実施形態では、標識は、Alexa Fluor(登録商標)標識、例えば、Alex Fluor(登録商標)680またはAlexa Fluor(登録商標)750を含む。いくつかの実施形態では、リガンドベースの標識は、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジンまたは1種または複数のハプテンを含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体はまた、シグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、スペーサーを介して活性化可能抗体に接合される。いくつかの実施形態では、スペーサーは、シグナルペプチドの非存在下で活性化可能抗体に接合される。いくつかの実施形態では、スペーサーは、活性化可能抗体のMMに直接的に接続される。いくつかの実施形態では、スペーサーは、スペーサー-MM-CM1-CM2基質-ABのN末端からC末端への構造的配置で活性化可能抗体のMMに直接的に接続される。活性化可能抗体のMMのN末端に直接接続されるスペーサーの例は、QGQSGQ(配列番号153)、GQSGQ(配列番号154)、QSGQ(配列番号155)、SGQ、GQ、およびQからなる群から選択されるアミノ酸配列である。いくつかの実施形態では、スペーサーは、少なくともアミノ酸配列QGQSGQ(配列番号153)を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーは、少なくともアミノ酸配列GQSGQ(配列番号154)を包含する。いくつかの実施形態では、スペーサーは、少なくともアミノ酸配列QSGQ(配列番号155)を包含する。いくつかの実施形態では、スペーサーは、少なくともアミノ酸配列SGQを含む。いくつかの実施形態では、スペーサーは、少なくともアミノ酸配列GQを包含する。いくつかの実施形態では、スペーサーは、少なくともアミノ酸配列Qを包含する。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体中のABは天然では、1個または複数のジスルフィド結合を含む。いくつかの実施形態では、ABは、1個または複数のジスルフィド結合を含むよう改変され得る。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、対応する抗体の血清半減期より長い;例えば、活性化可能抗体のpKは、対応する抗体のpKより長い。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、その対応する多抗体の半減期に類似する。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも15日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも12日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも11日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも10日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも9日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも8日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも7日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも6日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも5日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも4日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも3日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも2日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも24時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも20時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも18時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも16時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも14時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも12時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも10時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも8時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも6時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも4時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも3時間である。
本開示はまた、所定の標的を特異的に結合する抗体または抗体フラグメント(AB)を含む活性化可能抗体を含む組成物および方法も提供し、ABは、ABのその標的を結合する能力を低減するマスキング部分(MM)に結合される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体はさらに、少なくとも1種のMMPおよび少なくとも1種のSPに対する基質であるCM1-CM2基質も含む。本明細書に提供される組成物および方法は、活性化可能抗体の活性(例えば、マスキング、活性化または結合活性)を損なうことなく、AB中の1個または複数のシステイン残基への1種または複数の薬剤の付着を可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物および方法では、MM内の1個または複数のジスルフィド結合を減少させる、あるいは妨げることなく、AB中の1個または複数のシステイン残基への1種または複数の薬剤の付着を可能にする。本明細書で提供される組成物および方法は、1種または複数の薬剤、例えば種々の治療、診断および/または予防薬のいずれかに接合される活性化可能抗体を生成し、例えば、いくつかの実施形態では、いずれの薬剤も活性化可能抗体のどのMMにも接合されていない。本明細書で提供される組成物および方法は、MMが、未切断状態で活性化可能抗体のABを効果的にかつ効率的にマスクする能力を保持する、接合型活性化可能抗体を生成する。本明細書で提供される組成物および方法は、活性可能抗体が、CM1-CM2基質を切断できるMMPの存在下で、まだ活性化されている、すなわち切断されている、接合型活性化可能抗体を生成する。
活性化可能抗体は、薬剤に対する少なくとも1つの接合点を有するが、本明細書に提供される方法および組成物においては、すべての可能な接合点が薬剤への接合のために利用できる。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の接合点は、ジスルフィド結合に関与する硫黄原子である。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の接合点は、鎖間ジスルフィド結合に関与する硫黄原子である。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の接合点は、鎖間スルフィド結合に関与する硫黄原子であるが、鎖内ジスルフィド結合に関与する硫黄原子ではない。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の接合点は、システインの硫黄原子または硫黄原子を含む他のアミノ酸残基である。このような残基は、抗体構造中に天然で存在し得るか、または部位特異的変異誘発、化学変換、もしくは非天然アミノ酸の誤取り込みにより抗体に取り込まれ得る。
AB中に1個または複数の鎖間ジスルフィド結合およびMM中に1個または複数の鎖内ジスルフィド結合を有する活性化可能抗体の接合体を調製する方法も提供され、遊離チオールと反応する薬剤が提供される。この方法は一般に、例えばTCEPなどの、還元剤でAA中の鎖間ジスルフィド結合を部分的に還元すること、および遊離チオールと反応する薬物を、部分的に還元された活性化可能抗体に接合することを含む。本明細書において使用される場合、用語「部分的還元」は、多重特異性活性化可能抗体が、還元剤と接触され、すべてのジスルフィド結合より少ない、例えば、すべての可能な結合部位より少ない部位が還元される状況を指す。いくつかの実施形態では、すべての可能な接合部位の99%未満、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%または5%未満が還元される。
いくつかの実施形態では、薬剤、例えば、薬物を還元し、活性化可能抗体に接合し、薬剤の配置における選択性を与える方法が提供される。方法は一般に、活性化可能抗体のマスキング部分または他の非AB部分中のいずれかの接合部位が還元されないように、還元剤により活性化可能抗体を部分的に還元すること、およびAB中の鎖間チオールに薬剤を接合することを含む。接合部位は、薬剤の所望の配置を可能にして接合が所望の部位で生じ得るように選択される。還元剤は、例えば、TCEPである。還元反応条件、例えば、還元剤の活性化可能抗体に対する比、インキュベーションの長さ、インキュベーションの間の温度、還元反応溶液のpH、等は、MMが、未切断状態で活性化可能抗体のABを効果的にかつ効率的にマスクする能力を保持する、接合型活性化可能抗体を生成する条件を特定することにより、決定される。還元剤の活性化可能抗体に対する比は、活性化可能抗体に依存して変化するであろう。いくつかの実施形態では、還元剤の活性化可能抗体に対する比は、約20:1~1:1、約10:1~1:1、約9:1~1:1、約8:1~1:1、約7:1~1:1、約6:1~1:1、約5:1~1:1、約4:1~1:1、約3:1~1:1、約2:1~1:1、約20:1~1:1.5、約10:1~1:1.5、約9:1~1:1.5、約8:1~1:1.5、約7:1~1:1.5、約6:1~1:1.5、約5:1~1:1.5、約4:1~1:1.5、約3:1~1:1.5、約2:1~1:1.5、約1.5:1~1:1.5、または約1:1~1:1.5の範囲であろう。いくつかの実施形態では、比は、約5:1~1:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約5:1~1.5:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約4:1~1:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約4:1~1.5:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約8:1~1:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約2.5:1~1:1の範囲である。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体のAB中の鎖間ジスルフィド結合を還元し、得られる鎖間チオールに、薬剤、例えば、薬物などのチオール含有薬剤を接合して、AB上に薬剤を選択的に配置する方法が提供される。この方法は一般に、ABを還元剤により部分的に還元して、活性化可能抗体においてすべての可能な鎖間チオールを形成することなく、少なくとも2つの鎖間チオールを形成すること、および部分的に還元されたABの鎖間チオールに薬剤を接合することを含む。例えば、活性化可能抗体のABは、還元剤:活性化可能抗体の所望の比率にて、約37℃で約1時間にわたり部分的に還元される。いくつかの実施形態では、還元剤対活性化可能抗体の比は、約20:1~1:1、約10:1~1:1、約9:1~1:1、約8:1~1:1、約7:1~1:1、約6:1~1:1、約5:1~1:1、約4:1~1:1、約3:1~1:1、約2:1~1:1、約20:1~1:1.5、約10:1~1:1.5、約9:1~1:1.5、約8:1~1:1.5、約7:1~1:1.5、約6:1~1:1.5、約5:1~1:1.5、約4:1~1:1.5、約3:1~1:1.5、約2:1~1:1.5、約1.5:1~1:1.5、または約1:1~1:1.5の範囲であろう。いくつかの実施形態では、比は、約5:1~1:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約5:1~1.5:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約4:1~1:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約4:1~1.5:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約8:1~1:1の範囲である。いくつかの実施形態では、比は、約2.5:1~1:1の範囲である。
チオール含有試薬は、例えば、システインまたはN-アセチルシステインであり得る。還元剤は、例えば、TCEPであり得る。いくつかの実施形態では、還元された活性化可能抗体は、結合の前に、例えばカラムクロマトグラフィー、透析または透析濾過を用いて精製されてよい。いくつかの実施形態では、還元された抗体は、部分的還元後および結合前に、精製されない。
本開示はまた、活性化可能抗体中の少なくとも1個の鎖間ジスルフィド結合が、活性化可能抗体中のいずれかの鎖内ジスルフィド結合を乱すことなく、還元剤により還元されている、部分的に還元された活性化可能抗体を提供し、活性化可能抗体は、標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、末切断状態で活性化可能抗体のABの標的への結合を阻害するマスキング部分(MM)、およびABに結合したCM1-CM2基質(少なくとも1種のMMPおよび1種のSPに対する基質として機能するポリペプチドである)を含む。いくつかの実施形態では、MMは、CM1-CM2基質を介してABに結合される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の1個または複数の鎖内ジスルフィド結合は、還元剤により乱されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体内のMMの1個または複数の鎖内ジスルフド結合は、還元剤により乱されない。いくつかの実施形態では、末切断状態での活性化可能抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM。いくつかの実施形態では、還元剤は、TCEPである。
本開示はまた、活性化可能抗体中の少なくとも1個の鎖内ジスルフィド結合が、活性化可能抗体の活性および/または効力を妨害しないで、あるいは損なわないで、還元剤により還元されている、本開示の多重特異性活性化可能抗体を包含するがこれに限定されない、部分的に還元された活性化可能抗体も提供し、活性化可能抗体は、標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、末切断状態で活性化可能抗体のABの標的への結合を阻害するマスキング部分(MM)、およびABに結合されるCM1-CM2基質を含み、CM1-CM2基質は、プロテアーゼに対する基質として機能するポリペプチドである。活性化可能抗体の活性および/または有効性は、非制限的例によれば、マスキング活性、活性化可能抗体の活性化、および/または活性化された活性化可能抗体の結合活性である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の1個または複数の鎖内ジスルフィド結合は、還元剤により乱されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体内のMMの1個または複数の鎖内ジスルフド結合は、還元剤により乱されない。いくつかの実施形態では、末切断状態での活性化可能抗体は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM。いくつかの実施形態では、還元剤は、TCEPである。
本開示はまた、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)ペイロードに連結される活性化可能抗体を含む接合型活性化可能抗体も提供し、活性化可能抗体は、標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、標的への未切断状態での活性化可能抗体のABの結合を阻害するマスキング部分(MM)、およびABに結合されるCM1-CM2基質を含み、CM1-CM2基質は、少なくとも1種のMMPプロテアーゼおよび少なくとも1種のSPプロテアーゼに対する基質として機能するポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、MMAD-接合型活性化可能抗体は、次のような、ABに薬剤を付着するためのいくつかの方法のいずれかを用いて接合され得る:(a)ABの炭水化物部分への付着、または(b)ABのスルフヒドリル基への付着、または(c)ABのアミノ基への付着、または(d)ABのカルボキシレート基への付着。
いくつかの実施形態では、MMADペイロードは、リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、MMADペイロードは、リンカーを介してAB中のシステインに接合される。いくつかの実施形態では、MMADペイロードは、リンカーを介してAB中のリシンに接合される。いくつかの実施形態では、MMADペイロードは、リンカーを介して、本明細書で開示の残基などの、ABの別の残基に接合される。いくつかの実施形態では、リンカーはチオール含有リンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断不能なリンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは、表5および6に示されるリンカーからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体およびMMADペイロードは、マレイミドカプロイル-バリン-シトルリンリンカーを介して連結される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体およびMMADペイロードは、マレイミドPEG-バリン-シトルリンリンカーを介して連結される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体およびMMADペイロードは、マレイミドカプロイル-バリン-シトルリン-パラ-アミノベンジルオキシカルボニルリンカーを介して連結される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体およびMMADペイロードは、マレイミドPEG-バリン-シトルリン-パラ-アミノベンジルオキシカルボニルリンカーを介して連結される。いくつかの実施形態では、MMADペイロードは、本明細書で開示の部分的還元および接合技術を用いてABに接合される。
本開示はまた、本明細書で提供される1種または複数のCM1-CM2基質配列を含む、ポリペプチドおよび他のより大きな分子も提供する。非限定的例であるが、本明細書で提供されるCM1-CM2基質配列は、プロドラッグ組成物およびその使用方法において有用である。本明細書で提供されるこれらのCM1-CM2基質配列はまた、プローブおよび他の検出薬、およびその使用方法において有用である。例えば、本明細書で提供されるCM1-CM2基質配列は、検出薬、例えば、イメージング剤および/または他の診断薬を生成するために、蛍光クエンチャーおよびその他のクエンチャーと組み合わせて使用され得る。当業者は、本明細書に提供されるCM1-CM2基質配列が、少なくとも1種のMMPおよび少なくとも1種のSPにより切断可能な基質を用いる可能性のある、当該技術分野における任意の組成物および/または方法で有用であることを理解するであろう。
本開示はまた、本明細書に記載される抗体および/または活性化可能抗体をコードする単離核酸分子、およびこれらの単離核酸配列を含むベクターも提供する。本開示は、抗体および/または活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で、このようなベクターを含む細胞を培養することにより、抗体および/または活性化可能抗体を製造する方法を提供する。
本開示は、(a)抗体の発現をもたらす条件下で、抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養することであって、(i)抗体はCM1-CM2基質を含み、(ii)CM1-CM2基質は、マトリックスメタロプロテアーゼおよびセリンプロテアーゼに対する基質として機能するポリペプチドである、培養すること;(b)抗体を回収すること;および(c)1種または複数の追加の薬剤に回収した抗体を接合すること、により、所定の標的を結合する本開示の接合型抗体を製造する方法を提供する。
本開示はまた、(a)活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で、活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養することであって、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、CM1-CM2基質、および標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含み、(i)CM1-CM2基質は、MMPおよびSPに対する基質として機能するポリペプチドであり;(ii)CM1-CM2基質は、未切断状態で、MMが標的へのABの特異的結合を妨害し、かつ切断された状態で、MMが標的へのABの特異的結合を妨害しないか、またはそれと競合しないように、活性化可能抗体中に配置される、培養すること;および(b)活性化可能抗体を回収すること、により、活性化された状態で所定の標的を結合する本開示の活性化可能抗体を製造する方法も提供する。
本開示はまた、(a)活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で、活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養することであって、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、CM1-CM2基質、および標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含み、(i)CM1-CM2基質は、MMPおよびSPおよび/またはCPに対する基質として機能するポリペプチドであり;(ii)CM1-CM2基質は、未切断状態で、MMが標的へのABの特異的結合を妨害し、かつ切断された状態で、MMが標的へのABの特異的結合を妨害しない、またはそれと競合しないように、活性化可能抗体中に配置される、培養すること;(b)活性化可能抗体を回収すること;および(c)1種または複数の追加の薬剤に回収した抗体を接合すること、により、所定の標的を活性化された状態で結合する本開示の接合型活性化可能抗体を製造する方法も提供する。
本開示は、それを必要としている対象に治療的有効量の本明細書に記載される接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を投与することにより、対象において標的関連疾患を予防する、その進行を遅延させる、それを治療する、その症状を軽減する、あるいは改善する方法を提供する。
本開示は、それを必要としている対象に治療的有効量の本明細書に記載される接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を投与することにより、対象において炎症および/または炎症性疾患を予防する、その進行を遅延させる、それを治療する、その症状を軽減する、あるいは改善する方法を提供する。本開示は、それを必要としている対象に治療的有効量の本明細書に記載される接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を投与することにより、対象において癌を予防する、その進行を遅延させる、それを治療する、その症状を軽減する、あるいは改善する方法を提供する。本開示は、それを必要としている対象に治療的有効量の本明細書に記載される接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を投与することにより、対象において自己免疫疾患を予防する、その進行を遅延させる、それを治療する、その症状を軽減する、あるいは改善する方法を提供する。
これらの方法および使用の実施形態のいずれかで使用される接合型活性化抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、いずれの病期であっても投与できる。例えば、そのような接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、早期~転移性のいずれの段階の癌を有する患者にも投与できる。用語の「対象(subject)」および「患者(patient)」は同義的に使用される。
いくつかの実施形態では、対象はヒト、非ヒト霊長類、伴侶動物(例えば、ネコ、イヌ、ウマ)、家畜、作業用動物、または動物園の動物などの、哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象はげっ歯類である。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は伴侶動物である。いくつかの実施形態では、対象は獣医師がケアしている動物である。
接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、およびそれらの治療製剤は、異常な標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を有するか、またはそれらに罹患しやすい対象に投与される。異常な標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を有するか、またはそれらに罹患しやすい対象は、当業界において知られている種々の方法のいずれかを用いて、特定される。例えば、癌または他の腫瘍状態に罹患している対象は、種々の臨床検査および/または実験室試験、例えば、健康状態を評価するための身体検査および血液、尿および/または便分析などのいずれかを用いて特定される。例えば、炎症および/または炎症性障害に罹患している対象を、健康状態を評価するための身体検査および/または体液分析、例えば、血液、尿、および/または便の分析など、様々な臨床検査および/または実験室試験のいずれかを使用して特定する。
異常標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を有する患者への接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体の投与は、種々の実験室または臨床目的のいずれかが達成されると、成功したと見なされる。例えば、異常標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を有する患者への接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体の投与は、疾患または障害に関連する1つまたは複数の症状が軽減されるか、低減されるか、抑制されるか、またはさらに悪化状態に進行しない場合、成功したと見なされる。異常標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を有する患者への接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体の投与は、疾患または障害が寛解するか、またはさらに悪化状態に進行しない場合、成功したと見なされる。
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、1種または複数の追加の薬剤と併せてまたは追加の薬剤と組み合わせて使用される。好適な追加の薬剤は、例えば、癌などの目的の用途のための現在の医薬品および/または外科療法を含む。例えば、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、追加の化学療法剤または抗悪性腫瘍薬と併せて使用できる。
いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、ドセタキセル、パクリタキセル、アブラキサン(すなわち、アルブミン結合パクリタキセル)、ドキソルビシン、オキサリプラチン、カルボプラチン、シスプラチン、イリノテカン、およびゲムシタビンからなる群から選択される化学療法剤などの、化学療法剤である。
いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、チェックポイント阻害剤、キナーゼ阻害剤、腫瘍微小環境中の阻害剤を標的とする薬剤、および/またはT細胞またはNKアゴニストである。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、単独の、または化学療法剤もしくは抗新生物剤などの別の追加の薬剤と組み合わせた放射線療法である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、ワクチン、オンコウィルス、および/またはDC活性化剤、例えば、非限定的な例として、トール様受容体(TLR)アゴニストおよび/またはα-CD40である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、ADCCを介してまたは毒素への直接の接合を介して、腫瘍を死滅させるようにデザインされた腫瘍標的化抗体(例えば、抗体薬物接合体(ADC))である。
いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、CTLA-4、LAG-3、PD-1、PD-1、TIGIT、TIM-3、B7H4、BTLA、およびVistaからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、B-RAFi、MEKi、およびイブルチニブなどのBtk阻害剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、クリゾチニブである。いくつかの実施形態では、腫瘍微小環境阻害剤は、IDO阻害剤、α-CSF1R阻害剤、α-CCR4阻害剤、TGF-β、骨髄由来サプレッサー細胞、またはT-調節細胞からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、アゴニストは、Ox40、GITR、CD137、ICOS、CD27、およびHVEMからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、阻害剤は、CTLA-4阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、LAG-3阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、PD-1阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、PD-1阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、TIGIT阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、TIM-3である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、B7H4阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、Vista阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、B-RAFi阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、MEKi阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、Btk阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、イブルチニブである。いくつかの実施形態では、阻害剤は、クリゾチニブである。いくつかの実施形態では、阻害剤は、IDO阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、α-CSF1R阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、α-CCR4阻害剤である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、TGF-βである。いくつかの実施形態では、阻害剤は、骨髄由来サプレッサー細胞である。いくつかの実施形態では、阻害剤は、T調節細胞である。
いくつかの実施形態では、アゴニストは、Ox40である。いくつかの実施形態では、アゴニストは、GITRである。いくつかの実施形態では、アゴニストは、CD137である。いくつかの実施形態では、アゴニストは、ICOSである。いくつかの実施形態では、アゴニストは、CD27である。いくつかの実施形態では、アゴニストは、HVEMである。
いくつかの実施形態では、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、1種または複数の追加の薬剤、例えば化学療法剤、抗炎症剤、および/または免疫抑制剤と組み合わせて、治療の間および/または治療の後に投与される。いくつかの実施形態では、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、単一の治療組成物に製剤化され、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、同時に投与される。あるいは、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、お互い別々であり、例えばそれぞれは、別の治療組成物に製剤化され、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は同時に投与されるか、または抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、治療レジメンの間に異なった時点で投与される。例えば、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、追加の薬剤の投与の前に投与される、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、追加の薬剤の投与に続いて投与される、または抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、交互に投与される。本明細書に記載されるように、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、単回投与される、または複数回投与される。
いくつかの実施形態では、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、同時投与される。例えば、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、単一の組成物に処方され、または複数の別々の組成物として投与され得る。いくつかの実施形態では、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、順次に投与され、あるいは、抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、治療レジメンの間の異なる時点で投与される。
いくつかの実施形態では、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、1種または複数の追加の薬剤、例えば、非限定例として抗炎症剤、免疫抑制剤、化学療法剤、例えば、アルキル化剤、代謝拮抗剤、抗微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、細胞毒性抗生物質および/またはいずれか他の核酸損傷剤と組合せて、治療の間および/または治療の後に投与される。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、パクリタキセル(例えば、アブラキサン(登録商標))などの、タキサンである。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、ゲムシタビンなどの、抗代謝剤である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、カルボプラチンまたはシスプラチンなどの、白金ベースの化学療法剤などの、アルキル化剤である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、キナーゼ阻害剤、例えば、ソラフェニブまたはエルロチニブなどの、標的薬である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、別の抗体、例えばモノクローナル抗体(例えばベバシズマブ)、二重特異性抗体、または多重特異性抗体などの、標的薬である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、ボルテゾミブまたはカルフィルゾミブなどの、プロテアソーム阻害剤である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、レナリドマイド(lenolidominde)またはIL-2などの、免疫調節薬である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、放射線である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、当業者により標準治療と考えられる薬剤である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、当業者に公知の化学療法剤である。
いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、抗体、別の複合化抗体、別の活性化可能抗体および/または別の接合型活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、第1の接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体と同じ標的に対する抗体、別の接合型抗体、別の活性化可能抗体および/または別の接合型活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、第1の接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体の標的と異なる標的に対する抗体、別の接合型抗体、別の活性化可能抗体および/または別の接合型活性化可能抗体である。
いくつかの実施形態では、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、同時に投与される。例えば、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、単一組成物に配合され、または複数の別々の組成物として投与され得る。いくつかの実施形態では、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および追加の薬剤は、逐次に投与されるか、または抗体および/または接合型抗体および追加の薬剤は、治療レジメンの間の異なる時点で、投与される。例えば、抗体および/または接合型抗体は、追加の薬剤の投与の前に投与され、抗体および/または接合型抗体は、追加の薬剤の投与に続いて投与されるか、または抗体および/または接合型抗体および追加の薬剤は、交互に投与される。本明細書に記載されるように、抗体および/または接合型抗体および追加の薬剤は、単回投与されるまたは複数回投与される。
本開示はまた、種々の診断および/または予防適用での接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体の使用のための方法およびキットも提供する。
本開示による医薬組成物は、本開示の抗体、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および担体を含み得る。これらの医薬組成物は、例えば診断キットなどの、キットに含まれ得る。
接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含む。ABの標的の例示的種類は、細胞表面受容体および分泌結合タンパク質(例えば、成長因子)、可溶性酵素、構造タンパク質(例えば、コラーゲン、フィブロネクチン)などを包含するが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、接合型抗体および/または活性化可能抗体は、細胞外標的、通常は細胞外タンパク質標的、を結合するABを有する。いくつかの実施形態では、接合型抗体および/または活性化可能抗体は、細胞取り込みのためにデザインされ、細胞内で切替え可能である。
非制限的な例として、ABは、表1に列挙される任意の標的のための結合パートナーである。
Figure 2022512124000003
Figure 2022512124000004
非制限的な例として、ABは、表2に列挙される抗体であるか、またはその抗体に由来する。
Figure 2022512124000005
Figure 2022512124000006
本明細書に提供される活性化可能抗体および活性化可能抗体組成物は、標的、例えばヒト標的を特異的に結合する抗体またはその抗体フラグメント(ひとまとめにして、本開示を通してABと呼ばれる)を少なくとも含み、ABはマスキング部分(MM)により修飾される。
いくつかの実施形態では、マスキング部分は、特定の抗体または抗体フラグメントと共に使用するために選択される。例えば、EGFRを結合する抗体と共に使用するための適切なマスキング部分は、配列CISPRG(配列番号165)を含むMMを包含する。非制限的例として、MMは、CISPRGC(配列番号166);CISPRGCG(配列番号167);CISPRGCPDGPYVMY(配列番号168);CISPRGCPDGPYVM(配列番号169)、CISPRGCEPGTYVPT(配列番号170)およびCISPRGCPGQIWHPP(配列番号171)などの配列を含み得る。他の好適なマスキング部分は、非限定例であるが、GSHCLIPINMGAPSC(配列番号172);CISPRGCGGSSASQSGQGSHCLIPINMGAPSC(配列番号173);CNHHYFYTCGCISPRGCPG(配列番号174);ADHVFWGSYGCISPRGCPG(配列番号175);CHHVYWGHCGCISPRGCPG(配列番号176);CPHFTTTSCGCISPRGCPG(配列番号177);CNHHYHYYCGCISPRGCPG(配列番号178);CPHVSFGSCGCISPRGCPG(配列番号179);CPYYTLSYCGCISPRGCPG(配列番号180);CNHVYFGTCGCISPRGCPG(配列番号181);CNHFTLTTCGCISPRGCPG(配列番号182);CHHFTLTTCGCISPRGCPG(配列番号183);YNPCATPMCCISPRGCPG(配列番号184);CNHHYFYTCGCISPRGCG(配列番号185);CNHHYHYYCGCISPRGCG(配列番号186);CNHVYFGTCGCISPRGCG(配列番号187);CHHVYWGHCGCISPRGCG(配列番号188);CPHFTTTSCGCISPRGCG(配列番号189);CNHFTLTTCGCISPRGCG(配列番号190);CHHFTLTTCGCISPRGCG(配列番号191);CPYYTLSYCGCISPRGCG(配列番号192);CPHVSFGSCGCISPRGCG(配列番号193);ADHVFWGSYGCISPRGCG(配列番号194);YNPCATPMCCISPRGCG(配列番号195);CHHVYWGHCGCISPRGCG(配列番号196);C(N/P)H(H/V/F)(Y/T)(F/W/T/L)(Y/G/T/S)(T/S/Y/H)CGCISPRGCG(配列番号197);CISPRGCGQPIPSVK(配列番号198);CISPRGCTQPYHVSR(配列番号199);および/またはCISPRGCNAVSGLGS(配列番号164)などの、国際公開第WO2010/081173号で開示のEGFR特異的マスクのいずれかを含む。
ABがMMにより修飾され、標的の存在下にある場合、ABのその標的への特異的結合は、MMにより修飾されていないABの標的への特異的結合、または親ABの標的への特異的結合に比較して、低減されるか、または抑制される。
標的に対する、MMにより修飾されたABのKは、MMにより修飾されていないAB、または標的に対する親ABのKよりも、少なくとも5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍またはそれを超えて、または5~10、10~100、10~1,000、10~10,000、10~100,000、10~1,000,000、10~10,000,000、100~1,000、100~10,000、100~100,000、100~1,000,000、100~10,000,000、1,000~10,000、1,000~100,000、1,000~1,000,000、1000~10,000,000、10,000~100,000、10,000~1,000,000、10,000~10,000,000、100,000~1,000,000、または100,000~10,000,000倍大きい。逆に、MMにより修飾されたABの標的に対する結合親和性は、MMにより修飾されていないABまたは親ABの標的に対する結合親和性よりも少なくとも2、3、4、5、10、20、25、40、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍またはそれを超えて、または5~10、10~100、10~1,000、10~10,000、10~100,000、10~1,000,000、10~10,000,000、100~1,000、100~10,000、100~100,000、100~1,000,000、100~10,000,000、1,000~10,000、1,000~100,000、1,000~1,000,000、1000~10,000,000、10,000~100,000、10,000~1,000,000、10,000~10,000,000、100,000~1,000,000または100,000~10,000,000倍小さい。
ABに対するMMの解離定数(K)は一般に、標的に対するABのKよりも大きい。ABに対するMMのKは、標的に対するABのKより少なくとも5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、100,000、1,000,000、またはさらには10,000,000倍大きくなり得る。逆に、ABに対するMMの結合親和性は一般に、標的に対するABの結合親和性よりも小さい。ABに対するMMの結合親和性は、標的に対するABの結合親和性より少なくとも5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、100,000、1,000,000、またはさらには10,000,000倍小さくなり得る。
ABがMMで修飾され、標的の存在下にある場合、ABの標的への特異的結合は、MMで修飾されていないABの特異的結合または親ABの標的への特異的結合と比較して、低減または抑制される。MMで修飾されていないABの標的への結合または親ABの標的への結合と比較すると、MMで修飾された場合の標的を結合するABの能力は、インビボまたはインビトロアッセイで測定した場合、少なくとも2時間、4時間、6時間、8時間、12時間、28時間、24時間、30時間、36時間、48時間、60時間、72時間、84時間、もしくは96時間、5日、10日、15日、30日、45日、60日、90日、120日、150日、もしくは180日、または、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月、7ヶ月、8ヶ月、9ヶ月、10ヶ月、11ヶ月、または12ヶ月、またはそれより長い期間にわたり、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、さらには100%低減され得る。
MMは、ABのその標的への結合を阻害する。MMは、ABの抗原結合ドメインを結合し、ABの標的への結合を阻害する。MMは、ABのその標的への結合を立体的に阻害できる。MMは、ABの標的への結合をアロステリックに抑制できる。これらの実施形態においてABがMMに修飾されるかまたはMMに結合され、かつ標的の存在下にある場合、MMにより修飾されていないAB、親AB、またはMMに結合されていないABの標的に対する結合に比べて、インビボまたはインビトロアッセイで測定される場合に少なくとも2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84または96時間、または5、10、15、30、45、60、90、120、150または180日、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12か月またはそれより長い期間にわたり、標的へのABの結合は存在しないか、または実質的に存在しないか、またはわずか0.001%、0.01%、0.1%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%または50%しか、標的へのABの結合は存在しない。
ABがMMに結合されるか、またはMMにより修飾される場合、MMはABのその標的への特異的結合を「マスクする」または低減する、あるいは抑制する。ABがMMに結合されるか、またはMMにより修飾される場合、このような結合または修飾は、ABがその標的に特異的に結合する能力を低下させるか、または抑制する構造変化を引き起こし得る。
MMに結合された、またはMMに修飾されたABは、次の式により表すことができる(アミノ(N)末端領域からカルボキシル(C)末端領域へ順に):
(MM)-(AB)
(AB)-(MM)
(MM)-L-(AB)
(AB)-L-(MM)
式中、MMはマスキング部分であり、ABは抗体またはその抗体フラグメントであり、Lはリンカーである。多くの実施形態では、柔軟性を与えるように、1個または複数のリンカー、例えば、可撓性リンカーを組成物中に挿入することが望ましい場合がある。
特定の実施形態において、MMはABの天然の結合パートナーではない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーを含まないかまたはそのパートナーに対する相同性を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しせいぜい5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%または80%しか、類似していない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%または80%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対し、わずか25%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか50%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか20%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか10%しか同一でない。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、MMにより修飾され、かつまた、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも1個の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を含む、ABを含む。そのような活性化可能抗体は、ABの標的への活性化可能な/切替可能な結合を示す。活性化可能抗体は一般に、マスキング部分(MM)およびCM1-CM2基質により修飾されるかまたはそれに結合される、抗体または抗体フラグメント(AB)を含む。
活性化可能抗体中の要素は、切断された(または比較的活性な)状態でおよび標的の存在下でABは標的を結合し、一方で切断されていない(または相対的に不活性な)状態で標的の存在下では、ABのその標的への特異的結合が低減されるまたは抑制されるように、MMおよびCM1-CM2基質が適切な位置に置かれるように整列される。ABの標的への特異的結合は、MMによるその標的を特異的に結合するABの能力の抑制またはマスキング
により低減され得る。
標的に対する、MMおよびCM1-CM2基質により修飾されたABのKは、MMおよびCM1-CM2基質により修飾されていないAB、または標的に対する親ABのKよりも、少なくとも5、10、20、25、40、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍またはそれを超えて、または5~10、10~100、10~1,000、10~10,000、10~100,000、10~1,000,000、10~10,000,000、100~1,000、100~10,000、100~100,000、100~1,000,000、100~10,000,000、1,000~10,000、1,000~100,000、1,000~1,000,000、1000~10,000,000、10,000~100,000、10,000~1,000,000、10,000~10,000,000、100,000~1,000,000または100,000~10,000,000倍大きい。逆に、MMおよびCM1-CM2基質により修飾されたABの標的に対する結合親和性は、MMおよびCM1-CM2基質により修飾されていないABまたは標的に対する親ABの結合親和性よりも少なくとも2、3、4、5、10、20、25、40、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍またはそれを超えて、または5~10、10~100、10~1,000、10~10,000、10~100,000、10~1,000,000、10~10,000,000、100~1,000、100~10,000、100~100,000、100~1,000,000、100~10,000,000、1,000~10,000、1,000~100,000、1,000~1,000,000、1000~10,000,000、10,000~100,000、10,000~1,000,000、10,000~10,000,000、100,000~1,000,000または100,000~10,000,000倍小さい。
ABがMMおよびCM1-CM2基質により修飾され、かつその標的の存在下にあるが修飾剤(例えば、MMPおよびSP)の存在下にない場合、ABのその標的への特異的結合は、MMおよびCM1-CM2基質により修飾されていないABの特異的結合または親ABの標的への特異的結合に比べて、低減されるかまたは抑制される。親ABの結合、またはMMおよびCM1-CM2基質により修飾されていないABの標的への結合に比較される場合、MMおよびCM1-CM2基質により修飾される場合の標的を結合するABの能力は、インビボまたはインビトロアッセイで測定される場合、少なくとも2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84または96時間、または5、10、15、30、45、60、90、120、150または180日、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12か月またはそれを超える期間にわたり、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%およびさらに100%低減され得る。
本明細書において使用される場合、用語の切断された状態は、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼによるCM1-CM2基質の修飾、すなわち、切断の後の活性化可能抗体の状態を指す。用語、未切断状態または完全に未切断状態は、本明細書において使用される場合、MMPおよび/またはSPによるCM1-CM2基質の切断の非存在下での活性化可能抗体の状態を指す。上で考察されたように、用語「活性化可能抗体(activatable antibody)」は、その切断されていない(天然の)状態およびその切断された状態の両方での活性化可能抗体を指すために本明細書で使用される。その切断状態にある活性化可能抗体はまた、本明細書中で活性化された抗体および/または活性化された活性化可能抗体とも呼ばれる。いくつかの実施形態では、切断された活性化可能抗体は、プロテアーゼによるCM1-CM2基質の切断のために、MMを欠いており、少なくともMMの放出をもたらすことは、当業者に明らかであろう。
活性化可能なまたは切替可能な、とは、活性化可能抗体が、阻害された、マスクされた、または未切断の状態で、標的への結合の第1のレベル(第1のコンホメーション)、および阻害されていない、マスクされていない、および/または切断された状態で、標的への結合の第2のレベル(すなわち、第2のコンホメーション)を示し、標的結合の第2のレベルは、結合の第1のレベルよりも大きいことを意味する。一般的に、活性化可能抗体のABへの標的のアクセスは、CM1-CM2基質を切断できる切断剤の存在下で、そのような切断剤の非存在下の場合よりも高い。従って、活性化可能抗体が未切断の状態にある場合、ABは標的結合から阻害され、標的結合からマスクされ得(すなわち、第1のコンホメーションは、ABが標的を結合できないようなものである)、切断された状態で、ABは抑制されないか、または標的結合に対しマスクされない。
活性化可能抗体のCM1-CM2基質およびABは、ABが所定の標的に対する結合部分であり、CM1-CM2基質がMMPおよびSPに対する基質であるように選択され、MMPおよび/またはSPは、対象の治療部位または診断部位で標的と共局在する。本明細書に開示される活性化可能抗体は、例えば、CM1-CM2基質中の部位をそれぞれ切断できるMMPおよびSPが、非治療部位の組織中(例えば、健康な組織中)よりも、治療部位または診断部位の標的含有組織中で、比較的高いレベルで存在する場合、特に有用である。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、別の方法では、ABがマスクされないかさもなければその標的への結合から阻害される場合に非治療部位でのABの結合から生じる可能性のある、毒性および/または有害な副作用の低減をもたらす。
一般的に、活性化可能抗体は、目的のABを選択することおよび活性化可能抗体の残りを構築することによりデザインでき、その結果、コンホメーション上の制約がある場合、MMはABのマスキング、またはABのその標的への結合の低減を提供する。構造設計基準は、この機能的特徴を与えるように考慮され得る。
阻害されていないコンホメーションに対する阻害されたコンホメーションでの標的結合のための所望のダイナミックレンジの切替可能な表現型を示す活性化可能抗体が、提供される。ダイナミックレンジは通常、(a)第1セットの条件下でのパラメーターの最大検出レベル対(b)第2セットの条件下のそのパラメーターの最小検出値の比、を指す。例えば、活性化可能抗体の場合、ダイナミックレンジは、(a)活性化可能抗体のCM1-CM2基質を切断できるMMPおよびSPの存在下で活性化可能抗体に結合する標的タンパク質の最大検出レベル対(b)プロテアーゼの非存在下で活性化可能抗体に結合する標的タンパク質の最小検出レベル、の比率を指す。活性化可能抗体のダイナミックレンジは、活性化可能抗体切断剤(例えば、酵素)処理の解離定数対複数の活性化可能抗体切断剤処理の解離定数、の比率として計算され得る。活性化可能抗体のダイナミックレンジが大きいほど、活性化可能抗体の切り替え可能な表現型はより良好である。比較的高いダイナミックレンジ値(例えば、1よりも高い値)を有する活性化可能抗体は、活性化可能抗体による標的タンパク質結合が、切断剤(例えば、酵素)の非存在下でよりも活性化可能抗体のCM1-CM2基質を切断できる切断剤の存在下でより高い程度に発生する(例えば、主に発生する)ような、より望ましいスイッチング表現型を示す。
活性化可能抗体は、種々の構造配置で提供され得る。活性化可能抗体についての例示的式が、下記に提供される。AB、MMおよびCM1-CM2基質のN-からC-末端への順が活性化可能抗体内で逆にされ得ることが、特に意図される。CMおよびMMが、例えばCM1-CM2基質がMM内に少なくとも部分的に含まれるように、アミノ酸配列においてオーバーラップしてよいことも、特に意図される。
例えば、活性化可能抗体は、次の式(アミノ(N)末端領域からカルボキシル(C)末端領域へ順に):
(MM)-(CM1-CM2基質)-(AB)
(AB)-(CM1-CM2基質)-(MM)
により表すことができ、式中、MMはマスキング部分であり、CM1-CM2基質は切断可能部分であり、ABは抗体またはそのフラグメントである。先に述べたように、「CM1-CM2基質」という用語は、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である第1の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)の配向または他の構造配置に関するどのような要件を示唆することも意図しない。したがって、「CM1-CM2基質」という用語は、次のようなN末端からC末端への構造配置を有するCM1-CM2基質を包含する:CM1-CM2またはCM2-CM1。「CM1-CM2基質」という用語はまた、CM1配列の少なくとも一部がCM2配列の少なくとも一部に重なる基質も包含する。MMおよびCM1-CM2基質は上記式において別々の成分として示されるが、本明細書において開示されるすべての例示的実施形態(式を含む)では、MMおよびCM1-CM2基質のアミノ酸配列は、CM1-CM2基質がMM内に完全にまたは部分的に含まれるように重なり合い得ることが意図されることにも留意されたい。加えて、上記式は、活性化可能抗体要素に対しN末端またはC末端に配置され得る追加のアミノ酸配列を提供する。
特定の実施形態において、MMはABの天然の結合パートナーではない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーを含まないかまたはそのパートナーに対する相同性を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しせいぜい5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%または80%しか、類似しない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%または80%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか50%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか25%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか20%しか同一でない。いくつかの実施形態では、MMは、ABの任意の天然の結合パートナーに対しわずか10%しか同一でない。
多くの実施形態では、1種または複数のMM-CM1-CM2基質結合、CM1-CM2基質-AB結合、または両方での柔軟性を提供するために、活性化可能抗体構築物中に、1個または複数のリンカー、例えば可撓性リンカーを挿入することが望ましい場合がある。例えば、AB、MMおよび/またはCM1-CM2基質は、所望する柔軟性を提供するための十分な数の残基(例えば、Gly、Ser、Asp、Asn、特にGlyおよびSer、特にGly)を含まない。したがって、このような活性化可能抗体構築物の切替可能な表現型は、可撓性リンカーを提供するために、1個または複数のアミノ酸の導入から利益を得ることができる。さらに、下記のように、活性化可能抗体がコンホメーション上制約された構築物として提供される場合、可撓性リンカーが、切断されていない活性化可能抗体中の環状構造の形成および維持を促進するために、操作可能に導入され得る。
例えば、特定の実施形態において、活性化可能抗体は、次の式(下記式は、N末端からC末端方向に、またはC末端からN末端方向に、アミノ酸配列を表す):
(MM)-LP1-(CM1-CM2基質)-(AB)
(MM)-(CM1-CM2基質)-LP2-(AB)
(MM)-LP1-(CM1-CM2基質)-LP2-(AB)
の1つを含み、式中、MM、CM1-CM2基質、およびABは、上で定義した通りであり;LP1およびLP2はそれぞれ独立に、また、任意選択で存在しまたは非存在であり、少なくとも1個の可撓性アミノ酸(例えば、Gly)を含む、同じまたは異なる可撓性リンカーである。加えて、上記式は、活性化可能抗体要素に対しN末端またはC末端に配置され得る追加のアミノ酸配列を提供する。例としては、限定されないが、標的化部分(例えば、標的組織に存在する細胞の受容体に対するリガンド)および血清半減期を延長する部分(例えば、免疫グロブリン(例えば、IgG)または血清アルブミン(例えば、ヒト血清アルブミン(HAS)などの、血清タンパク質を結合するポリペプチド)が挙げられる。
CM1-CM2基質は、約0.001~1500x10-1-1または少なくとも0.001、0.005、0.01、0.05、0.1、0.5、1、2.5、5、7.5、10、15、20、25、50、75、100、125、150、200、250、500、750、1000、1250または1500x10-1-1の速度で少なくとも1種のMMPにより特異的に切断され、約0.001~1500x10-1-1または少なくとも0.001、0.005、0.01、0.05、0.1、0.5、1、2.5、5、7.5、10、15、20、25、50、75、100、125、150、200、250、500、750、1000、1250または1500x10-1-1の速度で少なくとも1種のSPにより特異的に切断される。
酵素による特異的切断のために、酵素とCM1-CM2基質の間の接触が行われる。MMおよびCM1-CM2基質に結合されたABを含む活性化可能抗体が、標的および十分な酵素活性の存在下にある場合、CM1-CM2基質は切断され得る。十分な酵素活性は、CM1-CM2基質と接触し、切断をもたらす酵素の能力を指してよい。酵素はCM1-CM2基質の近くにあってよいが他の細胞因子または酵素のタンパク質修飾のために切断できないことが、容易に想定される。
本明細書に記載される組成物での使用のために適切なリンカーは一般的に、標的へのABの結合の阻害を促進するために、修飾されたABまたは活性化可能抗体の柔軟性を提供するリンカーである。このようなリンカーは通常、可撓性リンカーと呼ばれる。好適なリンカーは容易に選択でき、好適な異なる長さのいずれか、例えば、4アミノ酸~10アミノ酸、5アミノ酸~9アミノ酸、6アミノ酸~8アミノ酸、または7アミノ酸~8アミノ酸長を含む、1アミノ酸(例えば、Gly)~20アミノ酸、2アミノ酸~15アミノ酸、3アミノ酸~12アミノ酸長であってよく、および1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20アミノ酸長であり得る。
例示的可撓性リンカーは、グリシンポリマー(G)n、グリシン-セリンポリマー(例えば、(GS)n、(GSGGS)n(配列番号381)および(GGGS)n(配列番号382)を含み、式中、nは、少なくとも1の整数である)、グリシン-アラニンポリマー、アラニン-セリンポリマー、および当業界において知られている他の可撓性リンカーを包含する。グリシンおよびグリシン-セリンポリマーは比較的構造化されていないため、成分間の中性テザーとして機能し得る。グリシンは、アラニンよりもはるかに多くのΦ-Ψ空間にアクセスし、より長い側鎖を有する残基よりもはるかに制限が少ない(Scheraga、Rev.Computational Chem.11173-142(1992年)を参照されたい)。例示的な可撓性リンカーとしては、限定されないが、Gly-Gly-Ser-Gly(配列番号202)、Gly-Gly-Ser-Gly-Gly(配列番号203)、Gly-Ser-Gly-Ser-Gly(配列番号204)、Gly-Ser-Gly-Gly-Gly(配列番号205)、Gly-Gly-Gly-Ser-Gly(配列番号206)、Gly-Ser-Ser-Ser-Gly(配列番号207)などが挙げられる。当業者は、活性化可能抗体のデザインがすべてまたは部分的に柔軟であるリンカーを含んでよく、結果的に、そのリンカーは可撓性リンカーおよび所望の多重特異性活性化可能抗体構造を提供するために低い柔軟性の構造を付与する1個または複数の部分を含み得ることを、認識するであろう。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される活性化可能抗体はまた、活性化可能抗体に接合される薬剤も包含する。いくつかの実施形態では、接合型薬剤は、抗炎症剤および/または抗悪性腫瘍薬などの、治療薬である。このような実施形態では、薬剤は、活性化可能抗体の炭水化物部分に接合され、例えば、いくつかの実施形態では、炭水化物部分は、活性化可能抗体内の抗体または抗原結合フラグメントの抗原結合領域の外側に配置される。いくつかの実施形態では、薬剤は、活性化可能抗体内の抗体または抗原結合フラグメントのスルフヒドリル基に接合される。
いくつかの実施形態では、薬剤は、毒素(例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそのフラグメント)、または放射性同位体(すなわち、放射性複合体)などの細胞傷害薬である。
いくつかの実施形態では、薬剤は、例えば、標識または他のマーカーなどの検出可能な部分である。例えば、薬剤は、放射標識アミノ酸、マークされたアビジンによって検出可能な1つまたは複数のビオチニル部分(例えば、蛍光マーカーを含むストレプトアビジンまたは光学的方法もしくは熱量測定法によって検出可能な酵素活性)、1種または複数の放射性同位体もしくは放射性核種、1種または複数の蛍光標識、1種または複数の酵素標識、および/または1種または複数の化学発光剤であるか、またはこれらを含む。いくつかの実施形態では、検出可能な部分は、スペーサー分子により付着される。
本開示はまた、毒素(例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそのフラグメント)、または放射性同位体(すなわち、放射性複合体)などの細胞傷害薬に接合された抗体を含む免疫接合体にも関する。好適な細胞毒性剤としては、例えば、ドラスタチンおよびその誘導体(例えば、オーリスタチンE、AFP、MMAF、MMAE、MMAD、DMAF、DMAE)が挙げられる。例えば、薬剤はモノメチルオーリスタチンE(MMAE)またはモノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、表3に列挙される群から選択される薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ドラスタチンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンEまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、メイタンシノイドまたはメイタンシノイド誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DM1またはDM4である。いくつかの実施形態では、薬剤は、デュオカルマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、カリケアマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピン二量体である。
いくつかの実施形態では、薬剤は、マレイミドカプロイル-バリン-シトルリンリンカーまたはマレイミドPEG-バリン-シトルリンリンカーを使用してABに連結される。いくつかの実施形態では、薬剤は、マレイミドカプロイル-バリン-シトルリンリンカーを使用してABに連結される。いくつかの実施形態では、薬剤は、マレイミドPEG-バリン-シトルリンリンカーを使用してABに連結される。いくつかの実施形態では、薬剤は、マレイミドPEG-バリン-シトルリン-パラ-アミノベンジルオキシカルボニルリンカーを使用してABに連結されたモノメチルオーリスタチンD(MMAD)であり、このリンカーペイロード構築物は、本明細書では「vc-MMAD」と呼ばれる。いくつかの実施形態では、薬剤は、マレイミドPEG-バリン-シトルリン-パラ-アミノベンジルオキシカルボニルリンカーを使用してABに連結されたモノメチルオーリスタチンE(MMAE)であり、このリンカーペイロード構築物は本明細書では「vc-MMAE」と呼ばれる。vc-MMADおよびvc-MMAEの構造は、下に示される:
vc-MMAD:
Figure 2022512124000007

vc-MMAE:
Figure 2022512124000008
使用可能な酵素活性毒素およびそのフラグメントとしては、ジフテリアA鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素A鎖(緑膿菌由来)、リシンA鎖、アブリンA鎖、モデシンA鎖、アルファサルシン、シナアブラギリタンパク質、ジアンチンタンパク質、ヨウシュヤマゴボウタンパク質(PAPI、PAPII、およびPAP-S)、ニガウリ阻害剤、クルシン、クロチン、サボンソウ(saponaria officinalis)阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、およびトリコテシン(trichothecene)が挙げられる。様々な放射性核種が、放射性複合化抗体の産生のために利用可能である。例としては、212Bi、131I、131In、90Y、および186Reが挙げられる。
抗体と細胞毒性剤の接合体は、N-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオール)プロピオネート(SPDP)、イミノチオラン(IT)、イミドエステルの二官能性誘導体(アジピン酸ジメチル・塩酸塩など)、活性エステル(スベリン酸ジスクシンイミジルなど)、アルデヒド(グルタルアルデヒド(glutareldehyde)など)、ビスアジド化合物(ビス(p-アジドベンゾイル)ヘキサンジアミンなど)、ビス-ジアゾニウム誘導体(ビス-(p-ジアゾニウムベンゾイル)-エチレンジアミンなど)、ジイソシアナート(トリエン2,6-ジイソシアナートなど)、およびビス活性フッ素化合物(例えば、1,5-ジフルオロ-2,4-ジニトロベンゼン)などの様々な二官能性タンパク質カップリング剤を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Vitettaら、Science 238:1098(1987年)に記載のとおり作製され得る。14C-標識1-イソチオシアネートベンジル-3-メチルジエチレントリアミン五酢酸(MX-DTPA)は、抗体への放射性核種の接合のための例示的キレート化剤である。(国際公開第WO94/11026号を参照されたい)。
表3は、本明細書に記載の開示で使用され得る例示的な医薬品のいくつかを列挙するが、決して網羅的なリストであることを意味するものではない。
Figure 2022512124000009
Figure 2022512124000010
当業者であれば、多岐にわたる適切な部分が、本開示により得られる抗体に結合されてよいことを理解するであろう(例えば、「Conjugate Vaccines”,Contributions to Microbiology and Immunology,J.M.Cruse and R.E.Lewis,Jr(eds),Carger Press,New York,(1989)(この全内容は参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい)。
結合は、抗体と他の部分がそれぞれの活性を保持する限り、2つの分子を結合するいずれかの化学反応により達成され得る。この連結としては、共有結合、親和性結合、インターカレーション、配位結合、錯体形成など、多くの化学的機序を挙げ得る。しかし、いくつかの実施形態では、結合は、共有結合である。共有結合は、既存の側鎖の直接縮合、または外部架橋分子の取り込みのいずれかにより達成され得る。多くの二価または多価の連結剤は、本開示の抗体などのタンパク質分子を他の分子に結合するのに有用である。例えば、代表的なカップリング剤としては、チオエステル、カルボジイミド、スクシンイミドエステル、ジイソシアネート、グルタルアルデヒド、ジアゾベンゼン、およびヘキサメチレンジアミンなどの有機化合物を挙げることができる。このリストは、当該技術分野において既知の種々のカップリング剤を網羅することを意図するものではなく、むしろ、よりよく使われる代表的カップリング剤の例示である。(Killen and Lindstrom,Jour.Immun.133:1335-2549(1984);Jansen et al.,Immunological Reviews 62:185-216(1982);and Vitetta et al.,Science 238:1098(1987)を参照されたい)。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物および方法に加えて、接合型活性化可能抗体は、活性化可能抗体配列に挿入されるか、他の方法により包含される改変アミノ酸配列を介した部位特異的接合のために改変され得る。これらの改変アミノ酸配列は、接合型活性化可能抗体内の接合型薬剤の制御された配置および/または投薬量を可能にするようにデザインされる。例えば、活性化可能抗体は、反応性チオール基を提供しかつタンパク質の折りたたみおよびアセンブリーに悪影響を与えず、または抗原結合を変えない、軽鎖および重鎖上の位置でのシステイン置換を含むように改変され得る。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、接合のための適切な部位を提供するために、活性化可能抗体内に1個または複数の非天然のアミノ酸残基を含むか、あるいは、導入するように改変され得る。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、その活性化可能抗体配列内に酵素的に活性化可能なペプチド配列を含むか、あるいは、導入するよう改変され得る。
好適なリンカーは、文献に記載されている。(例えば、(Ramakrishnan,S.et al.,Cancer Res.44:201-208(1984)、MBS(M-マレイミドベンゾイル-N-ヒドロキシスクシンイミドエステル)の使用について記載)を参照されたい)。また、オリゴペプチドリンカーを介して抗体に結合されたハロゲン化アセチルヒドラジド誘導体の使用について記載している米国特許第5,030,719号も参照されたい。いくつかの実施形態では、好適なリンカーとしては、(i)EDC(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩;(ii)SMPT(4-スクシンイミジルオキシカルボニル-α-メチル-α-(2-ピリジルジチオ)トルエン)(Pierce Chem.Co.,Cat.(21558G);(iii)SPDP(スクシンイミジル-6[3-(2-ピリジルジチオ)プロピオンアミド]ヘキサノエート(Pierce Chem.Co.,カタログ番号21651G);(iv)スルホ-LC-SPDP(スルホスクシンイミジル6[3-(2-ピリジルジチオ)プロピオンアミド]ヘキサノエート(Pierce Chem.Co.カタログ番号2165-G);および(v)EDCに接合されるスルホ-NHS(N-ヒドロキシスルホスクシンイミド:Pierce Chem.Co.,カタログ番号24510)が挙げられる。追加のリンカーは、SMCC、スルホ-SMCC、SPDBまたはスルホ-SPDBを包含するが、これらに限定されない。
上記のリンカーは、異なる属性を有する成分を含み、そのため異なる物理化学的特性を有する接合体をもたらす。例えば、アルキルカルボキシレートのスルホ-NHSエステルは、芳香族カルボキシレートのスルホ-NHSエステルよりも安定である。NHSエステル含有リンカーは、スルホNHSエステルよりも溶解性が低い。さらに、リンカーSMPTは立体障害のあるジスルフィド結合を含み、安定性が向上した接合体を形成できる。ジスルフィド結合は一般に、ジスルフィド結合がインビトロで切断されるため、他の結合よりも安定性が低く、その結果利用可能な接合体が少ない。スルホ-NHSは、特に、カルボジイミド結合の安定性を強化できる。カルボジイミドカップリング(EDCなど)は、スルホNHSと組み合わせて使用される場合、カルボジイミドカップリング反応単独の場合よりも加水分解に対して耐性の高いエステルを形成する。
いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能である。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断不能である。いくつかの実施形態では、2つ以上のリンカーが存在する。2つ以上のリンカーは、すべて同じである、すなわち切断可能もしくは切断不能である、または2つ以上のリンカーは、異なる、すなわち少なくとも1つが切断可能であり少なくとも1つが切断不能である。
本開示は、薬剤をABに付着させるための次記のいくつかの方法を利用する:(a)ABの炭水化物部分への付着、または(b)ABのスルフヒドリル基への付着、または(c)ABのアミノ基への付着、または(d)ABのカルボキシレート基への付着。本開示では、ABは、少なくとも2つの反応基を有する中間リンカーを介して薬剤に共有的に付着されてよく、1つはABと反応し、もう1つは薬剤と反応する。任意の適合性有機化合物を含み得るリンカーは、AB(または薬剤)との反応がABの反応性および選択性に悪影響を与えないように選択できる。さらに、薬剤へのリンカーの付着は、薬剤の活性を破壊しない。酸化抗体または酸化抗体フラグメントとの反応に好適であるリンカーとしては、一級アミン基、二級アミン基、ヒドラジン基、ヒドラジド基、ヒドロキシルアミン基、フェニルヒドラジン基、セミカルバジド基およびチオセミカルバジド基からなる群から選択されるアミンを含むものが挙げられる。このような反応性官能基は、リンカーの構造の一部として存在するか、またはこのような基を含まないリンカーの適切な化学的修飾により導入され得る。
本開示では、還元されたABへの結合に好適であるリンカーとしては、還元抗体またはフラグメントのスルフヒドリル基と反応できる特定の反応基を有するものが挙げられる。このような反応基としては、限定されないが、反応性ハロアルキル基(例えば、ハロアセチル基など)、p-メルクリベンゾエート基、およびマイケル型付加反応が可能な基(例えば、マレイミドおよびMitra and Lawton、1979年、J.Amer.Chem.Soc.101:3097-3110によって記載された型の基)が挙げられる。
本開示では、酸化Abまたは還元Abのいずれにも付着しない好適なリンカーとしては、Ab中の非改変リシン残基に存在する一級アミノ基と反応できる特定の官能基を有するものが挙げられる。このような反応基としては、限定されないが、NHSカルボン酸または炭酸エステル、スルホNHSカルボン酸または炭酸エステル、4-ニトロフェニルカルボン酸または炭酸エステル、ペンタフルオロフェニルカルボン酸または炭酸エステル、アシルイミダゾール、イソシアネート、およびイソチオシアネートが挙げられる。
本開示では、酸化Abまたは還元Abのいずれにも付着しない好適なリンカーとしては、好適な試薬により活性化されている、Ab中のアスパラギン酸またはグルタミン酸残基に存在するカルボン酸基と反応できる特定の官能基を有するリンカーが挙げられる。好適な活性化試薬としては、追加されたNHSまたはスルホ-NHSの有無にかかわらず、EDC、およびカルボキサミド形成に利用される他の脱水剤が挙げられる。これらの場合、好適なリンカーに存在する官能基としては、一級および二級アミン、ヒドラジン、ヒドロキシルアミン、およびヒドラジドが挙げられる。
薬剤は、リンカーがABに付着される前または後で、リンカーに付着され得る。特定の用途では、リンカーが関連する薬剤を含まない、AB-リンカー中間体を、最初に生成することが望ましい場合がある。特定の用途に応じて、特定の薬剤がリンカーに共有的に付着され得る。いくつかの実施形態では、ABが、MM、CM1-CM2基質および関連するリンカーに、最初に付着され、次に、接合の目的のためにリンカーに付着される。
分枝リンカー:特定の実施形態では、薬剤の付着のための複数の部位を有する分岐リンカーが利用される。複数部位リンカーの場合、ABへの単一の共有結合が、いくつかの部位で薬剤を結合できるABリンカー中間体をもたらす。これらの部位は、アルデヒド基またはスルフヒドリル基、または薬剤が付着できるいずれかの化学部位であり得る。
いくつかの実施形態では、ABの複数の部位での単一部位リンカーの付着により、より高い比活性(またはABに対する薬剤のより高い比率)を達成できる。この複数の部位は、2つの方法のいずれかによってABに導入され得る。第1の方法では、同じAB中に複数のアルデヒド基および/またはスルフヒドリル基を生成させ得る。第2の方法では、ABのアルデヒドまたはスルフヒドリルに、その後のリンカーへの付着のための複数の官能部位を有する「分岐リンカー」を付着させ得る。分岐リンカーまたは複数部位リンカーの官能部位は、アルデヒド基もしくはスルフヒドリル基であってよく、またはリンカーが付着され得るいずれかの化学部位であってよい。さらに高い比活性が、これらの2つの手法を組み合わせること、すなわちABの複数の部位で複数の部位リンカーを結合させることにより、得られる。
切断可能なリンカー:補体系の酵素、例えば、限定されないが、ウロキナーゼ、組織プラスミノーゲン活性化因子、トリプシン、プラスミン、またはタンパク質分解活性を有する別の酵素、による切断を受けやすいペプチドリンカーが、本開示の1つの実施形態で使用され得る。本開示の一方法では、薬剤は、補体による切断を受けやすいリンカーを介して付着される。抗体は、補体を活性化できるクラスから選択される。抗体-薬剤接合体はしたがって、補体カスケードを活性化し、標的部位で薬剤を放出する。本開示の別の方法では、薬剤は、タンパク質分解活性を有する酵素、例えばウロキナーゼ、組織プラスミノーゲン、活性化因子、プラスミンまたはトリプシンによる切断を受けやすいリンカーを介して付着される。これらの切断可能リンカーは、細胞外毒素、例えば、非限定的例によれば、表3に示される細胞外毒性のいずれかを含む、接合型活性化可能抗体において有用である。
切断可能なリンカー配列の非制限的剤が、表4で提供される。
Figure 2022512124000011
加えて、薬剤は、ジスルフィド結合(例えば、システイン分子上でのジスルフィド結合)を介してABに付着され得る。多くの腫瘍は、天然では高レベルのグルタチオン(還元剤)を放出するため、これはジスルフィド結合を還元でき、その後送達部位での薬剤の放出をもたらす。特定の実施形態では、CM1-CM2基質を修飾する還元剤はまた、接合型活性化可能抗体のリンカーを修飾するであろう。
スペーサーおよび切断可能なエレメント:いくつかの実施形態では、薬剤と活性化可能抗体のABとの間隔を最適化するような方法でリンカーを構築することが必要な場合がある。これは、下記の一般的構造:
W-(CH)n-Q
のリンカーの使用により達成され得、式中、
Wは、-NH-CH-または-CH-のいずれかであり、
Qは、アミノ酸、ペプチドであり、および
nは、0~20の整数である。
いくつかの実施形態では、リンカーは、スペーサーエレメントおよび切断可能なエレメントを含み得る。スペーサーエレメントは、切断可能エレメントが切断を担う酵素により接近しやすいように、切断可能エレメントをABのコアから離して位置付けるのに役立つ。上記の特定の分岐リンカーは、スペーサーエレメントとして機能し得る。
この考察の全体を通して、リンカーの薬剤への(またはスペーサーエレメントの切断可能エレメントへの、または切断可能エレメントの薬剤への)付着は、特定の付着様式または反応様式である必要はないことを理解されたい。好適な安定性および生物学的適合性の生成物をもたらすいずれの反応も許容される。
血清補体およびリンカーの選択:本開示の一方法では、薬剤の放出が望まれる場合、補体を活性化できるクラスの抗体であるABが使用される。得られる接合体は、抗原を結合する能力および補体カスケードを活性化する能力の両方を保持する。したがって、本開示のこの実施形態では、薬剤は、切断可能リンカーまたは切断可能エレメントの一端に接続され、リンカー基の他端は、ABの特定の部位に付着される。例えば、薬剤がヒドロキシ基またはアミノ基を有する場合、それは、ペプチド、アミノ酸または他の適切に選択されたリンカーのカルボキシ末端に、それぞれ、エステルまたはアミド結合を介して付着され得る。例えば、このような薬剤は、カルボジイミド反応を介してリンカーペプチドに付着され得る。薬剤がリンカーへの付着に干渉する官能基を含む場合、これらの干渉官能基は、付着の前に封鎖でき、生成物接合体または中間体が作製されると封鎖解除されてよい。リンカーの反対側またはアミノ末端が次いで、直接使用されるか、または補体を活性化できるABへの結合のためのさらなる修飾の後に使用される。
リンカー(またはリンカーのスペーサーエレメント)は、任意の所望の長さであり得、その一端は、活性化可能抗体のABの特定部位に共有的に付着され得る。リンカーまたはスペーサーエレメントの他端は、アミノ酸またはペプチドリンカーに付着され得る。
従って、これらの接合体が補体の存在下で抗原に結合する場合、薬剤をリンカーに付着するアミドまたはエステル結合が切断され、その活性型での薬剤の放出をもたらす。これらの接合体は、対象に投与されると、標的部位での薬剤の送達または放出を達成し、限定されないが、表3に提示されるように、医薬品、抗生物質、代謝拮抗剤、抗増殖剤などのインビボ送達のために特に効果的である。
補体活性化を伴わない放出用リンカー:標的化送達のさらに別の用途では、補体カスケードの活性化が最終的に標的細胞を溶解するため、補体活性化のない薬剤の放出が望ましい。したがって、この手法は、薬剤の送達および放出が、標的細胞を死滅させることなく達成される必要がある場合に有用である。これは、標的細胞へのホルモン、酵素、コルチコステロイド、神経伝達物質、遺伝子または酵素などの細胞メディエーターの送達が望まれる場合のゴールである。これらの接合体は、血清プロテアーゼによる切断を多少受けやすいリンカーを介して補体を活性化できないABに薬剤を付着させることにより、調製され得る。この接合体が個体に投与されると、抗原抗体複合体が急速に形成されるのに対し、薬剤の切断はゆっくりと起こり、その結果、標的部位で化合物が放出される。
生化学的架橋剤:いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、特定の生化学的架橋剤を用いて、1種または複数の治療薬に接合され得る。架橋剤は、2つの異なる分子の官能基を結び付ける分子架橋を形成する。2つの異なるタンパク質を段階的様式で連結するために、ヘテロ二官能性架橋剤を使用して、望ましくないホモポリマー形成を排除できる。
リソソームプロテアーゼにより切断可能なペプチジルリンカー、例えばVal-Cit、Val-Alaまたは他のジペプチドも有用である。さらに、リソソームの低pH環境において切断可能な、酸に不安定なリンカー、例えば、ビス-シアリルエーテルが使用され得る。他の好適なリンカーとしては、カテプシンに不安定な基質、特に酸性pHで最適な機能を示す基質が挙げられる。
例示的ヘテロ-二官能性架橋剤が表5で示される。
Figure 2022512124000012
切断不能なリンカーまたは直接付着:本開示のいくつかの実施形態では、接合体は、薬剤が標的に送達されるが放出されないようにデザインされ得る。これは、薬剤を直接、または切断不能なリンカーを介してABに付着させることにより達成され得る。
これらの切断不能リンカーとしては、アミノ酸、ペプチド、D-アミノ酸、または本明細書に記載の方法により、後でABへの付着に利用できる官能基を含むように修飾され得る他の有機化合物を挙げ得る。このような有機リンカーのための一般式は式:
W-(CH)n-Q
であり得、式中、
Wは、-NH-CH-または-CH-のいずれかであり、
Qは、アミノ酸、ペプチドであり、および
nは、0~20の整数である。
切断不能な接合体:いくつかの実施形態では、化合物は、補体を活性化しないABに付着され得る。補体を活性化できないABを使用する場合、この付着は、活性化された補体による切断を受けやすいリンカーを用いて、または活性化された補体による切断を受けにくいリンカーを使用して達成され得る。
本明細書に開示される抗体は、免疫リポソームとしても配合できる。抗体を含むリポソームは、Epstein et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,82:3688(1985);Hwang et al.,Proc.Natl Acad.Sci.USA,77:4030(1980);および米国特許第4,485,045号および同第4,544,545号に記載のものなどの当該分野で既知の方法により調製される。循環時間が延長されたリポソームは、米国特許第5,013,556号に開示されている。
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、およびPEG誘導体化ホスファチジルエタノールアミン(PEG-PE)を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発法によって生成され得る。リポソームは、所定の孔径のフィルターを通して押し出されて、所望の直径のリポソームを与える。本開示の抗体のFab’フラグメントは、ジスルフィド交換反応によりMartin et al.,J.Biol.Chem.,257:286-288(1982)に記載されるようにリポソームに接合され得る。
定義:
別に定めのない限り、本開示に関連して使用される科学技術用語は、当業者により通常、理解される意味を有するものとする。「a」実体または「an」実体という用語は、その実体の1つまたは複数を指す。例えば、化合物は、1種または複数の化合物を指す。したがって、「a」、「an」、「1つまたは複数」、および「少なくとも1つ」という用語は同義的に使用され得る。さらに、文脈により別義が要求されない限り、単数用語は複数を含むものとし、複数用語は単数を含むものとする。一般的に、本明細書に記載される細胞および組織培養、分子生物学、およびタンパク質およびオリゴ-またはポリヌクレオチド化学およびハイブリダイゼーションに関連しておよびそれらの技術に関連して使用される命名法は、当業界においてよく知られており、通常使用されるものである。組換えDNA、オリゴヌクレオチド合成、組織培養および形質転換(例えば、電気穿孔、リポフェクションなど)には標準的な手法が用いられる。酵素反応および精製技術は、製造業者の仕様に従って、または当核技術分野において通常に達成されるようにして、または本明細書に記載されるようにして、実施される。前述の技術および手順は、一般に、当技術分野で周知の従来の方法に従って、本明細書全体を通して引用され、考察されている様々な一般的およびより具体的な参考文献に記載されている通りに実施される。例えば、Sambrook et al.Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989))を参照されたい。本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、および医薬品化学(medicinal and pharmaceutical chemistry)に関連して利用される命名法、ならびにこれらの実験室の手順および技術は、当技術分野で周知であり、一般的に使用されるものである。化学合成、化学分析、医薬製剤、製剤化および送達、および患者の治療のための標準的な技術が用いられる。
本開示により使用される場合、下記の用語は、特にことわらない限り、下記の意味を有することが理解されよう。
本明細書において使用される場合、用語「抗体」は、免疫グロブリン分子、および免疫グロブリン(Ig)分子の免疫学的活性部分、すなわち抗原を特異的に結合する(抗原と免疫反応する)抗原結合部位を含む分子を指す。「特異的に結合する」または「免疫反応する」または「免疫特異的に結合する」は、抗体が所望の抗原の1個または複数の抗原決定基と反応し、他のポリペプチドと反応しないか、またははるかに低い親和性(K>10-6)で結合することを意味する。抗体としては、限定されないが、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ドメイン抗体、単鎖、Fab、およびF(ab’)フラグメント、scFv、およびFab発現ライブラリーが挙げられる。
基本的な抗体構造単位は、四量体を含むことが既知である。各四量体は、ポリペプチド鎖の2つの同一の対で構成され、各対は1つの「軽」鎖(約25kDa)および1つの「重」鎖(約50~70kDa)を有する。各鎖のアミノ末端部分は、抗原認識に主に関与する約100~110のまたはそれを超えるアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシル末端部分は、エフェクター機能に主に関与する不変領域を定義する。一般的に、ヒトから得られる抗体分子は、クラスIgG、IgM、IgA、IgEおよびIgDのいずれかに関し、それらは分子に存在する重鎖の性質により相互に異なる。特定のクラスは、IgG、IgGなどの、サブクラスも同様に有する。さらに、ヒトにおいては、軽鎖は、κ鎖またはλ鎖であり得る。
用語「モノクローナル抗体」(mAb)または「モノクローナル抗体組成物」は、本明細書において使用される場合、ユニーク軽鎖遺伝子生成物およびユニーク重鎖遺伝子生成物からなる抗体分子の1つの分子種のみを含む抗体分子集団を指す。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域(CDR)は、集団のすべての分子で同一である。MAbは、それに対する固有の結合親和性により特徴付けられる抗原の特定のエピトープと免疫反応できる抗原結合部位を含む。
「抗原結合部位」または「結合部分」という用語は、抗原結合に関与する免疫グロブリン分子の部分を指す。抗原結合部位は、重(「H」)および軽(「L」)鎖のN末端可変(「V」)領域のアミノ酸残基によって形成される。「超可変領域」と称される重鎖および軽鎖のV領域内の3つの高度に異なるストレッチは、「フレームワーク領域」または「FR」として知られる、より保存された隣接ストレッチ間に挿入される。したがって、用語「FR」は、免疫グロブリンの超可変領域間で、およびそれに隣接して、天然で認められるアミノ酸配列を指す。抗体分子においては、軽鎖の3つの超可変領域および重鎖の3つの超可変領域が、立体空間でお互いに対して配置されて抗原-結合表面を形成する。抗原結合表面は、結合される抗原の三次元表面に相補的であり、重鎖および軽鎖のそれぞれの3つの超可変領域は、「相補性決定領域」または「CDR」と称される。各ドメインへのアミノ酸の割り当ては、Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institutes of Health, Bethesda、Md.(1987年および1991年))、またはChothia&Lesk J.Mol.Biol.196:901-917(1987年)、Chothiaら、Nature 342:878-883(1989年)の定義に従う。
本明細書において使用される場合、用語「エピトープ」は、免疫グロブリン、scFvまたはT細胞受容体に特異的結合できる任意のタンパク質決定因子を包含する。「エピトープ」という用語は、免疫グロブリンまたはT細胞受容体に特異的に結合できるあらゆるタンパク質決定基を含む。エピトープ決定因子は通常、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的活性表面基から成り、通常、特異的立体構造特性、および特異的電荷特性を有する。例えば、抗体は、ポリペプチドのN末端ペプチドまたはC末端ペプチドに対して産生され得る。抗体は、解離定数が1μm以下、いくつかの実施形態では、100nM以下、いくつかの実施形態では、10nM以下の場合、抗原を特異的に結合すると言われる。
本明細書において使用される場合、用語「特異的結合(specific binding)」、「免疫学的結合(immunological binding)」および「免疫学的結合性質(immunological binding properties)」は、免疫グロブリン分子と、それに対し免疫グロブリンが特異的である抗原との間で生じるタイプの非共有結合相互作用を指す。免疫学的結合相互作用の強度または親和性は、相互作用の解離定数(K)で表すことができ、より小さいKはより高い親和性を示す。選択されたポリペプチドの免疫学的結合特性は、当該分野で周知の方法を使用して定量化できる。このような方法の1つは、抗原結合部位/抗原複合体の形成および解離の速度を測定することを伴い、これらの速度は、複合体パートナーの濃度、相互作用の親和性、および両方向の速度に等しく影響を与える幾何学的パラメーターに依存する。従って、「オン速度定数」(Kon)および「オフ速度定数」(Koff)の両方は、濃度、および会合および解離の実際の速度の計算により決定され得る。(Nature 361:186-87(1993)を参照されたい)。Koff/Konの比率は、親和性に関係のないすべてのパラメーターを解除でき、かつ解離定数Kと等しい(概説としては、Daviesら(1990年)Annual Rev Biochem 59:439-473を参照されたい)。本開示の抗体は、放射性リガンド結合アッセイまたは当業者に既知の類似のアッセイなどのアッセイによって測定した場合、結合定数(K)が1μM以下、いくつかの実施形態では100nM以下、いくつかの実施形態では10nM以下、いくつかの実施形態では100pM以下~約1pMである場合、標的に特異的に結合すると言われる。
用語の「単離ポリヌクレオチド」は、本明細書において使用される場合、ゲノム、cDNAまたは合成起源、またはそれらのいくつかの組合せのポリヌクレオチドを意味し、その起源により、「単離ポリヌクレオチド」は、(1)その「単離ポリヌクレオチド」が天然で見出される、ポリヌクレオチドのすべてまたは一部と結合していない、(2)それが天然において連結されないポリヌクレオチドに操作可能的に連結されている、または(3)大きな配列の一部として天然に存在しない。本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に示される重鎖免疫グロブリン分子をコードする核酸分子、および本明細書に示される軽鎖免疫グロブリン分子をコードする核酸分子を含む。
本明細書で言及される「単離タンパク質」という用語は、cDNA、組換えRNA、または合成起源またはそれらのいくつかの組み合わせのタンパク質を意味し、その起源または誘導源により、「単離されたタンパク質」は、(1)天然で認められるタンパク質と結合していない、(2)同じ供給源の他のタンパク質を含まない、例えばマウスタンパク質を含まない、(3)異なる種からの細胞によって発現される、または(4)天然で生じない。
「ポリペプチド」という用語は、本明細書では、ポリペプチド配列の天然のタンパク質、フラグメント、または類似体を指す総称として使用される。従って、天然タンパク質フラグメントおよび類似体は、ポリペプチド属の種である。本開示のポリペプチドは、本明細書に示される重鎖免疫グロブリン分子、および本明細書に示される軽鎖免疫グロブリン分子、並びに、軽鎖免疫グロブリン分子、例えばカッパ軽鎖免疫グロブリンと共に、重鎖免疫グロブリン分子を含む組合せにより形成される抗体分子を含み、逆もまた同様であり、それらのフラグメントおよび類似体も含む。
本明細書において目的物に適用される「天然に生じる」という用語は、目的物を天然で見つけることができることを指す。例えば、天然の供給源から単離できおよび実験室その他において人によって意図的に改変されていない生物(ウィルスなど)中に存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、天然に生じる。
本明細書で使用される「作動可能に連結された」という用語は、そのように記述された構成要素の位置を指し、それらを意図された様式で機能させることができる関係にあることを指す。コード配列に「作動可能に連結された」制御配列は、コード配列の発現が制御配列に適合する条件下で達成されるように連結される。
用語「制御配列」は、本明細書において使用される場合、それらが連結されるコード配列の発現およびプロセッシングに影響を及ぼすのに必要とされる、ポリヌクレオチド配列を指す。このような制御配列の性質は、原核生物における宿主生物に依存し、このような制御配列は一般に、プロモーター、リボソーム結合部位、および真核生物内の転写終結配列を含み、一般的に、このような制御配列は、プロモーターおよび転写終結配列を含む。「制御配列」という用語は、少なくとも、その存在が発現およびプロセッシングに必須であるすべての成分を含むことを意図しており、その存在が有益である追加の成分、例えばリーダー配列および融合パートナー配列も含んでよい。本明細書で言及される「ポリヌクレオチド」という用語は、少なくとも10塩基長のヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチド、またはいずれかのタイプのヌクレオチドの修飾された形態を意味する。この用語は、一本鎖および二本鎖の形態のDNAを含む。
本明細書で言及されるオリゴヌクレオチドという用語は、天然に生じるヌクレオチド、および天然に生じるオリゴヌクレオチドの連結および天然に生じないオリゴヌクレオチドの連結によって共に連結される修飾ヌクレオチドが挙げられる。オリゴヌクレオチドは、200個またはそれよりも少ない長さの塩基を通常含むポリヌクレオチドサブセットである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、長さが10~60塩基であり、いくつかの実施形態では、長さが12、13、14、15、16、17、18、19、または20~40塩基である。オリゴヌクレオチドは通常、例えば、プローブ用に、一本鎖であるが、オリゴヌクレオチドは、例えば、遺伝子変異体の構築での使用のために、二本鎖であり得る。本開示のオリゴヌクレオチドは、センスまたはアンチセンスのいずれかのオリゴヌクレオチドである。
本明細書で言及される「天然に生じるヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。本明細書で言及される「修飾ヌクレオチド」という用語は、修飾または置換された糖基などを有するヌクレオチドを含む。本明細書で言及される用語「オリゴヌクレオチド連結」は、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレルロエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニラデート、ホスホロンミデートなどのオリゴヌクレオチド連結を含む。例えば、LaPlanche et al.Nucl.Acids Res.14:9081(1986);Stec et al.J.Am.Chem.Soc.106:6077(1984),Stein et al.Nucl.Acids Res.16:3209(1988),Zon et al.Anti Cancer Drug Design 6:539(1991);Zon et al.Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach,pp.87-108(F.Eckstein,Ed.,Oxford University Press,Oxford England(1991));Stec et al.U.S.Patent No.5,151,510;Uhlmann and Peyman Chemical Reviews 90:543(1990)を参照されたい。オリゴヌクレオチドは、所望により、検出のための標識を含んでよい。
本明細書において使用される場合、20種の従来のアミノ酸およびそれらの略語は、慣用的用法に従う。Immunology-A Synthesis(第2版、E.S.Golub and D.R.Gren、編、Sinauer Associates、Sunderland Mass.(1991年))を参照されたい。20個の従来のアミノ酸、α-、α-二置換アミノ酸、N-アルキルアミノ酸、乳酸、および他の従来のものではないアミノ酸などの非天然アミノ酸の立体異性体(例えば、D-アミノ酸)も、本開示のポリペプチドの好適な成分であり得る。従来のものではないアミノ酸の例として、以下が挙げられる:4ヒドロキシプロリン、γ-カルボキシグルタミン酸、ε-N,N,N-トリメチルリシン、ε-N-アセチルリシン、O-ホスホセリン、N-アセチルセリン、N-ホルミルメチオニン、3-メチルヒスチジン、5-ヒドロキシリシン、σ-N-メチルアルギニン、および他の類似のアミノ酸およびイミノ酸(例えば、4-ヒドロキシプロリン)。本明細書において使用されるポリペプチド表記では、標準の使用法および規則に準拠して、左方向はアミノ末端方向であり、右方向はカルボキシ末端方向である。
同様に、特に明記しない限り、一本鎖ポリヌクレオチド配列の左端は5’末端であり、二本鎖ポリヌクレオチド配列の左方向は5’方向と呼ばれる。新生RNA転写産物の5’方向から3’方向への付加は、転写方向配列と称され、RNAと同じ配列を有しかつRNA転写産物の5’末端に対し5’であるDNA鎖上の配列領域は、「上流配列」と称され、RNAと同じ配列を有しかつRNA転写産物の3’末端に対し3’であるDNA鎖の配列領域は、「下流配列」と呼ばれる。
ポリペプチドに適用される場合、「実質的に同一である」という用語は、2つのペプチド配列が、デフォルトのギャップ加重を使用するプログラムGAPまたはBESTFITなどにより最適に整列された場合、少なくとも80%の配列同一性、いくつかの実施形態では、少なくとも90%の配列同一性、いくつかの実施形態では、少なくとも95%の配列同一性、いくつかの実施形態では、少なくとも99%の配列同一性を共有することを意味する。
いくつかの実施形態では、同一でない残基位置は、保存性アミノ酸置換により異なる。
本明細書で考察されるように、抗体または免疫グロブリン分子におけるアミノ酸配列のわずかな変化は、本開示に包含されるものと考えられ、アミノ酸配列における変化が、少なくとも75%、いくつかの実施形態では少なくとも80%、90%、95%、およびいくつかの実施形態では99%を維持することを条件とする。特に、保存的アミノ酸置換が意図される。保存性置換は、それらの側鎖に関連するアミノ酸ファミリー内で生じるものである。遺伝的にコードされたアミノ酸は、通常次のファミリーに分類される:(1)酸性アミノ酸はアスパラギン酸、グルタミン酸である、(2)塩基性アミノ酸はリシン、アルギニン、ヒスチジンである、(3)非極性アミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファンである、および(4)非荷電極性アミノ酸は、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシンである。親水性アミノ酸は、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸塩、グルタミン、グルタミン酸塩、ヒスチジン、リシン、セリン、およびトレオニンを含む。疎水性アミノ酸は、アラニン、システイン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、トリプトファン、チロシンおよびバリンを包含する。アミノ酸の他のファミリーは、次のものを包含する:(i)脂肪族-ヒドロキシファミリーである、セリンおよびトレオニン;(ii)アミド含有ファミリーである、アスパラギンおよびグルタミン;(iii)脂肪族ファミリーである、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシン;および(iv)芳香族ファミリーである、フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシン。例えば、イソロイシンまたはバリンによるロイシン、グルタミン酸塩によるアスパラギン酸塩、セリンによるトレオニンの単独置換、または構造的に関連したアミノ酸によるアミノ酸の同様の置換は、特に置換がフレームワーク部位内のアミノ酸を含まない場合、得られる分子の結合または特性に大きな影響を有しないと予測することが合理的である。アミノ酸変化が機能的ペプチドをもたらすかどうかは、ポリペプチド誘導体の比活性をアッセイすることにより、容易に決定され得る。アッセイは、本明細書において詳細に記載される。抗体または免疫グロブリン分子のフラグメントまたは類似体は、当業者により容易に調製され得る。フラグメントまたは類似体の適切なアミノおよびカルボキシ末端は、機能的ドメインの境界近くで発生する。構造および機能ドメインは、公的または独自の配列データベースと、ヌクレオチドおよび/またはアミノ酸配列とを比較することにより、特定できる。いくつかの実施形態では、コンピューター化された比較方法が、既知構造および/または機能の他のタンパク質で発生する配列モチーフまたは予測されるタンパク質コンホメーションドメインを特定するために使用される。既知の三次元構造に折り畳まれるタンパク質配列を特定する方法は、既知である。Bowie et al.Science 253:164(1991)。したがって、前述の例は、当業者が、本開示に従って構造的ドメインおよび機能的ドメインを決定するために使用できる配列モチーフおよび構造コンホメーションを認識できることを示す。
好適なアミノ酸置換は、(1)タンパク質分解に対する感受性を低下させる、(2)酸化に対する感受性を低下させる、(3)タンパク質複合体を形成するための結合親和性を変化させる、(4)結合親和性を変化させる、および(5)このような類似体の他の物理化学的特性または機能的特性を付与するか変更する、置換である。類似体としては、天然に生じるペプチド配列以外の配列の様々なムテインを挙げることができる。例えば、単一または複数のアミノ酸置換(例えば、保存的アミノ酸置換)は、天然に生じる配列(例えば、分子間接触を形成するドメイン外のポリペプチドの部分)において行われ得る。保存的アミノ酸置換は、親配列の構造的特徴を実質的に変化させてはならない(例えば、置換アミノ酸は、親配列に生じるらせんを破壊する傾向があってはならず、または親配列を特徴付ける他のタイプの二次構造を破損させる傾向があってはならない)。当該分野で認められているポリペプチドの二次および三次構造の例は、Proteins,Structures and Molecular Principles(Creighton,Ed.,W.H.Freeman and Company,New York(1984));Introduction to Protein Structure(C.Branden and J.Tooze,eds.,Garland Publishing,New York,N.Y.(1991));およびThornton et al.Nature 354:105(1991)に記載されている。
本明細書で使用される用語「ポリペプチドフラグメント」は、例えば、完全長のcDNA配列から導き出される天然に生じる配列において、アミノ末端および/またはカルボキシ末端の欠失、および/または1つまたは複数の内部欠失を有するが、残りのアミノ酸配列が対応する位置と同一である、ポリペプチドを指す。フラグメントは典型的には、少なくとも5、6、8または10個の長さのアミノ酸、例えば、いくつかの実施形態では、少なくとも14個の長さのアミノ酸、いくつかの実施形態では、少なくとも20個の長さのアミノ酸、通常、少なくとも50個の長さのアミノ酸、およびいくつかの実施形態では、70個の長さのアミノ酸である。本明細書で使用される用語「類似体」は、推定されるアミノ酸配列の一部分に対し実質的な同一性を有し、かつ好適な結合条件下で標的に対する特異的結合を有する、少なくとも25個のアミノ酸のセグメントから構成されるポリペプチドを指す。通常、ポリペプチド類似体は、天然に生じる配列に関して保存的アミノ酸置換(または付加または欠失)を含む。類似体は通常、少なくとも20個の長さのアミノ酸、例えば、いくつかの実施形態では、少なくとも50個またはそれ以上の長さのアミノ酸であり、しばしば、完全な長さの天然に生じるポリペプチドと同じ長さであり得る。
用語の「薬剤」は、本明細書では、化学化合物、化学化合物の混合物、生体巨大分子、または生体材料からの抽出物を示すために使用される。
本明細書で使用する「標識」または「標識された」という用語は、例えば、マークされたアビジン(例えば、光学的方法または熱量測定法により検出できる蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン)により検出できるビオチニル部分のポリペプチドへの放射標識されたアミノ酸の組み込みまたは付着による、検出可能なマーカーの組み込みを指す。特定の状況では、標識またはマーカーも治療薬であり得る。ポリペプチドおよび糖タンパク質を標識する様々な方法は、当技術分野において既知であり、使用され得る。ポリペプチドの標識の例としては、これらに限定されないが、放射性同位元素または放射性核種(例えば、H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I)、蛍光標識(例えば、FITC、ローダミン、ランタニド蛍光体)、酵素標識(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、p-ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ)、化学発光、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ(例えば、ロイシンジッパーペア配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ)が挙げられる。いくつかの実施形態では、標識は、潜在的な立体障害を減少させるために、様々な長さのスペーサーアームにより付着される。本明細書において使用される用語「医薬品または薬物(pharmaceutical agent or drug)」は、患者に正しく投与される場合に所望の治療効果を誘導できる化合物または組成物を指す。
本明細書の他の化学用語は、The McGraw-Hill Dictionary of Chemical Terms(Parker,S.,Ed.,McGraw-Hill,San Francisco(1985))に例示される当技術分野における従来の用法に従って使用される。
本明細書で使用される「実質的に純粋な」は、対象種が、存在する優勢な種であることを意味し(すなわち、モル基準で、それは組成物中の他の個々のいかなる種よりも豊富である)、いくつかの実施形態では、実質的に精製された画分は、対象種が、存在するすべての巨大分子種の少なくとも約50パーセント(モル基準)を構成する組成物である。
一般的に、実質的に純粋な組成物は、組成物の存在するすべての高分子種の約80%より多く、いくつかの実施形態では、約85%、90%、95%および99%より多くを構成するであろう。いくつかの実施形態では、目的種は、本質的に均質に精製され(組成物中の汚染種は、従来の検出法によっては検出され得ない)、組成物は単一の高分子種から本質的に成る。
用語「患者」は、ヒトおよび獣医学的対象を含む。
本開示の活性化可能抗体は、所定の標的、例えば、ヒト標的タンパク質を、特異的に結合する。本明細書に記載される活性化可能抗体と同じエピトープに結合する活性化可能抗体もまた、本開示に包含される。
当業者は、モノクローナル抗体(例えば、マウスモノクローナルまたはヒト化抗体)が、本明細書に記載される方法で使用されるモノクローナル抗体と同じ特異性を有するかどうかを、前者が後者の標的への結合を妨げるかどうかを確かめることにより、過度の実験を行わないで、決定することが可能であることを理解するであろう。試験されるモノクローナル抗体が、本開示のモノクローナル抗体による結合の低下により示されるように、本開示のモノクローナル抗体と競合する場合、これらの2種のモノクローナル抗体は、同じかまたは密接に関連するエピトープに結合する。モノクローナル抗体が本開示のモノクローナル抗体の特異性を有するかどうかを決定するための方法は、標的と共に本開示のモノクローナル抗体をプレインキュベートし、次に、試験されるモノクローナル抗体を添加して、試験されるモノクローナル抗体が標的に結合するその能力を阻害されるかどうかを決定することである。試験されるモノクローナル抗体が阻害される場合、ほぼ確実に、それは本開示のモノクローナル抗体と同じか、または機能的に同等のエピトープ特異性を有する。
多重特異性活性化可能抗体
本開示はまた、多重特異性活性化可能抗体を提供する。本明細書において提供される多重特異性活性化可能抗体は、複数の抗原またはエピトープを認識し、かつMMの結合が抗原またはエピトープ結合ドメインのその標的に結合する能力を低減するように多重特異性抗体の少なくとも1種の抗原またはエピトープ結合ドメインに連結される少なくとも1個のマスキング部分(MM)を含む、多重特異性抗体である。いくつかの実施形態では、MMは、少なくとも1種のMMPプロテアーゼおよび少なくとも1種のSPに対する基質として機能する切断可能部分(CM1-CM2基質)を介して、多重特異性抗体の抗原またはエピトープ結合ドメインに結合される。本明細書で提供される活性化可能な多重特異性抗体は、循環中で安定であり、意図された治療部位および/または診断部位で活性化されるが、正常な、すなわち健康な組織では活性化されず、活性化された場合には、対応する非修飾の多重特異性抗体に少なくとも匹敵する標的への結合を示す。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、免疫エフェクター細胞をエンゲージするようにデザインされ、また本明細書において免疫エフェクターエンゲージング多重特異性活性化可能抗体と呼ばれる。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、白血球をエンゲージするようデザインされ、また白血病エンゲージング多重特異性活性化可能抗体として本明細書において言及される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、T細胞をエンゲージするようデザインされ、またT細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体として本明細書において言及される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、白血球上の、例えばT細胞上の、ナチュラルキラー(NK)細胞上の、骨髄単核細胞上の、マクロファージ上の、および/または別の免疫エフェクター細胞上の表面抗原をエンゲージする。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は白血球である。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞はT細胞である。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞はNK細胞である。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は、骨髄単核細胞などの単核細胞である。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、複数の標的および/または複数のエピトープに結合するか、あるいは、それと反応するようにデザインされ、また多抗原標的化活性化可能抗体として本明細書において言及される。本明細書で使用される場合、用語「標的」および「抗原」は、同義的に使用される。
いくつかの実施形態では、本開示の免疫エフェクター細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、標的化抗体またはその抗原結合フラグメント、および免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分を含み、標的化抗体またはその抗原結合フラグメント、および/または免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分の少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1の免疫エフェクター細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低下させるようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1の免疫エフェクター細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、非免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体は、癌標的化抗体である。いくつかの実施形態では、非免疫細胞エフェクター抗体は、IgGである。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体は、scFvである。いくつかの実施形態では、標的化抗体(例えば、非免疫細胞エフェクター抗体)は、IgGであり、免疫エフェクター細胞エンゲージング抗体は、scFvである。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は、白血球である。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は、T細胞である。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は、NK細胞である。いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞は、骨髄単核細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示のT細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、標的化抗体またはその抗原結合フラグメント、およびT細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分を含み、標的化抗体またはその抗原結合フラグメント、および/またはT細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分の少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1のT細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減させるようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む、第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1のT細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体または抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的に結合するAB2の能力を低減するようにマスキング成分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメント、およびT細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分を含み、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメント、および/またはT細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分の少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1のT細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減させるようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的に結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1のT細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体または抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング成分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメント、およびT細胞エンゲージングscFvを含み、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメント、および/またはT細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合部分の少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1のT細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減させるようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング抗体またはその抗原結合フラグメントは、第1のT細胞エンゲージング標的を結合する第1の抗体またはその抗原フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合が第1の標的を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体または抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング成分(MM2)に付着される。
免疫エフェクターエンゲージング多重特異性活性化可能抗体のいくつかの実施形態では、1種の抗原は典型的には、腫瘍細胞、または疾患に関連する他の細胞型の表面上に存在する抗原、例えば、表1に列挙されるに任意の標的、例えば、限定されないが、EGFR、erbB2、EpCAM、ジャグド、PD-L1、B7H3またはCD71(トランスフェリン受容体)であり、別の抗原は典型的には、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、骨髄単核細胞、マクロファージ、および/または他の免疫エフェクター細胞の表面上に存在する刺激または抑制性受容体、例えば、限定されないが、B7-H4、BTLA、CD3、CD4、CD8、CD16a、CD25、CD27、CD28、CD32、CD56、CD137、CTLA-4、GITR、HVEM、ICOS、LAG3、NKG2D、OX40、PD-1、TIGIT、TIM3、またはVISTAである。いくつかの実施形態では、抗原は、T細胞またはNK細胞の表面に存在する刺激性受容体である。このような刺激性受容体の例としては、限定されないが、CD3、CD27、CD28、CD137(4-1BBとも称される)、GITR、HVEM、ICOS、NKG2D、およびOX40が挙げられる。いくつかの実施形態では、抗原は、T細胞の表面に存在する抑制性受容体である。このような抑制性受容体の例としては、限定されないが、BTLA、CTLA-4、LAG3、PD-1、TIGIT、TIM3、およびNK発現KIRが挙げられる。T細胞表面抗原に対して特異性を提供する抗体ドメインはまた、T細胞受容体、NK細胞受容体、マクロファージ受容体および/または他の免疫エフェクター細胞受容体、例えば、限定されないが、B7-1、B7-2、B7H3、PD-L1、PD-L2またはTNFSF9に結合するリガンドまたはリガンドドメインにより置換され得る。
本開示の一実施形態は、癌微小環境において活性化できる、かつ抗体、例えば腫瘍標的およびアゴニスト抗体に対するIgGまたはscFv、例えば、活性化されたT細胞またはNK細胞の表面上で発現される共刺激受容体に対するIgGまたはscFvを含む、多重特異性活性化可能抗体であり、癌標的抗体および/またはアゴニスト抗体の少なくとも1つはマスクされる。共刺激受容体の例としては、CD27、CD137、GITR、HVEM、NKG2DおよびOX40が挙げられるが、これらに限定されない。この実施形態において、多重特異性活性化可能抗体は、腫瘍関連プロテーゼにより活性化されると、腫瘍依存様式でT細胞またはNK細胞発現共刺激受容体を効果的に架橋し活性化して、任意の腫瘍抗原に応答するT細胞の活性を、それらの内因性T細胞抗原またはNK-活性化受容体を介して増強するであろう。これらのT細胞またはNK細胞共刺激受容体の活性化依存的性質は、それらの抗原特異性に無関係に全てのT細胞を活性化することなく、活性化された多重特異性活性化可能抗体の活性を腫瘍特異性T細胞に向けて集中させる。一実施形態では、多重特異性活性化可能抗体の少なくとも共刺激受容体抗体はマスクされて、多重特異性活性化可能抗体中の腫瘍標的特異的抗体により認識される抗原も発現する組織中に存在し得る、自己反応性T細胞の活性化を防止するが、しかしその活性は、共受容体エンゲージメントの欠如により制限される。
本開示の一実施形態は、T細胞過剰刺激により特徴づけられる疾患、例えば、限定されないが、自己免疫疾患または炎症性疾患の微小環境において活性化できる多重特異性活性化可能抗体である。このような多重特異性活性化可能抗体は、抗体、例えば自己免疫または炎症性疾患においてT細胞により標的化される組織中で発現される表面抗原を含む標的に対するIgGまたはscFv、および抗体、例えばT細胞またはNK細胞の表面上で発現される抑制性受容体に対するIgGまたはscFvを含み、疾患組織標的抗体および/またはT細胞抑制性受容体抗体の少なくとも1つはマスクされる。抑制性受容体の例は、限定されないが、次のものを包含する:BTLA、CTLA-4、LAG3、PD-1、TIGIT、TIM3およびNK発現KIR。自己免疫疾患においてT細胞により標的化される組織抗原の例としては、限定されないが、次のものが挙げられる:多発生硬化症におけるミエリンまたは神経細胞上に発現される表面抗原、または1型糖尿病において膵島細胞上に発現される表面抗原。この実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、自己免疫攻撃または炎症下で組織に局在化すると、活性化されT細胞またはNK細胞抑制性受容体を共エンゲージして、それらの内因性TCRまたは活性化受容体を介し任意の疾患組織標的化抗原に応答する自己反応性T細胞の活性を抑制する。一実施形態では、少なくとも1種または複数の抗体がマスクされて、標的抗原がまた発現され得る非疾患組織における所望のT細胞応答の抑制を防ぐ。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、抗CD3イプシロン(CD3ε、またCD3eおよびCD3としても本明細書において言及される)scFvおよび標的化抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、抗CD3ε scFvおよび/または標的化抗体またはその抗原結合フラグメントの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、CD3ε scFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、CD3ε scFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、抗CD3ε scFvおよび癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、抗-CD3ε scFvおよび/または癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、CD3ε scFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、抗抗抗抗CD3ε scFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、抗CD3ε scFvおよび癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、抗CD3ε scFvおよび/または癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、CD3ε scFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、CD3ε scFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態においてT細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、OKT3由来の抗CD3イプシロン(CD3ε)scFvを含み、標的抗体またはその抗原結合フラグメントおよび/またはOKT3 scFvまたはOKT3-由来のscFvの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvは、CD3εに結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvは、CD3εに結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvおよび癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvおよび/または癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、癌標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvおよび癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvおよび/または癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、OKT3 scFvまたはOKT3由来のscFvは、CD3εを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCD3εを結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、癌標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の癌関連標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の癌関連標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、抗CTLA-4 scFvを含み、標的抗体またはその抗原結合フラグメントおよび/または抗CTLA-4 scFvの少なくとも1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、抗CTLA-4 scFvは、CTLA-4を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCTLA-4を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、抗CTLA-4 scFvは、CTLA-4を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCTLA-4を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、標的化抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体は、抗CTLA-4 scFv、および標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、抗CTLA-4 scFvおよび/または標的IgG抗体またはその抗原結合部分の少なく1つはマスクされる。いくつかの実施形態では、抗CTLA-4 scFvは、CTLA-4に結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCTLA-4を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着される。いくつかの実施形態では、標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的に結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。いくつかの実施形態では、抗CTLA-4 scFvは、CTLA-4を結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)を含み、AB1は、MM1の結合がCTLA-4を結合するAB1の能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に付着され、標的化IgG抗体またはその抗原結合フラグメントは、第2の標的を結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を含む第2の抗体またはそのフラグメントを含み、AB2は、MM2の結合が第2の標的を結合するAB2の能力を低減するようにマスキング部分(MM2)に付着される。
いくつかの実施形態では、多重抗原標的化抗体および/または多重抗原標的化活性化可能抗体は、第1の標的および/または第1のエピトープを結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント、および第2の標的および/または第2のエピトープを結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメントを少なくとも含む。いくつかの実施形態では、多重抗原標的化抗体および/または多重抗原標的化活性化可能抗体は、複数の異なる標的を結合する。いくつかの実施形態では、多重抗原標的化抗体および/または多重抗原標的化活性化可能抗体は、同じ標的上の複数の異なるエピトープを結合する。いくつかの実施形態では、多重抗原標的化抗体および/または多重抗原標的化活性化可能抗体は、複数の異なる標的と同じ標的上の複数の異なるエピトープの組合せを結合する。
いくつかの実施形態では、IgGを含む多重特異性活性化可能抗体は、マスクされたIgG可能ドメインを有する。いくつかの実施形態では、scFvを含む多重特異性活性化可能抗体は、マスクされたscFvドメインを有する。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、IgG可変ドメインおよびscFvドメインの両方を有し、IgG可変ドメインの少なくとも1つは、マスキング部分に結合される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、IgG可変ドメインおよびscFvドメインの両方を有し、scFvドメインの少なくとも1つはマスキング部分に結合される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、IgG可変ドメインおよびscFvドメインの両方を有し、IgG可変ドメインの少なくとも1つは、マスキング部分に結合され、scFvドメインの少なくとも1つは、マスキング部分に結合される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、IgG可変ドメインおよびscFvドメインの両方を有し、IgG可変ドメインおよびscFvドメインの個々は、それ自体のマスキング部分に結合される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体の1個の抗体ドメインは、標的抗原に対する特異性を有し、別の抗体ドメインは、T細胞表面抗原に対する特異性を有する。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体の1個の抗体ドメインは、標的抗原に対する特異性を有し、別の抗体ドメインは、別の標的抗原に対する特異性を有する。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体の1個の抗体ドメインは、標的抗原のエピトープに対する特異性を有し、別の抗体ドメインは、標的抗原の別のエピトープに対する特異性を有する。
多重特異性活性化可能抗体において、scFvは、IgG活性化可能抗体の重鎖のカルボキシル末端に、IgG活性化可能抗体の軽鎖のカルボキシル末端に、またはIgG活性化可能抗体の重鎖および軽鎖の両方のカルボキシル末端に融合されてよい。多重特異性活性化可能抗体において、scFvは、IgG活性化可能抗体の重鎖のアミノ末端に、IgG活性化可能抗体の軽鎖のアミノ末端に、またはIgG活性化可能抗体の重鎖および軽鎖の両方のアミノ末端に融合されてよい。多重特異性活性化可能抗体において、scFvは、IgG活性化可能抗体の1つまたは複数のカルボキシル末端および1つまたは複数のアミノ末端の任意の組み合わせに融合されてよい。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質に連結されるマスキング部分(MM)は、IgGの抗原結合ドメインに付着され、そのドメインをマスクする。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質に連結されるマスキング部分(MM)は、少なくとも1個のscFvの抗原結合ドメインに付着され、そのドメインをマスクする。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質に連結されるマスキング部分(MM)は、IgGの抗原結合ドメインに付着され、そのドメインをマスクし、CM1-CM2基質に連結されるマスキング部分(MM)は、少なくとも1個のscFvの抗原結合ドメインに付着され、そのドメインをマスクする。
本開示は、限定されないが、以下のものを含む多重特異性活性化可能抗体構造の例を提供する:(VL-CL):(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VH-L3-VL-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM);(VL-CL):(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VL-L3-VH-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM);(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-CL):(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VH-L3-VL;(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-CL):(VH-CH1-CH2-CH3-L4-VL-L3-VH;(VL-CL):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-CL):(VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-CL):(VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VL-L3-VH-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(VH-CH1-CH2-CH3);(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-L3-VH-L4-VL-CL):(VH-CH1-CH2-CH3);(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VH-L3-VL-L4-VL-CL):(VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VL-L3-VH-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VL-L3-VH-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL:(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL*):(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VH*-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VL-L3-VH:(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VL-L3-VH:(MM-LP1-CM1-CM2基質-LP2-VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VH-L3-VL-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3);(VL-CL-L4-VL-L3-VH-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(VL-L3-VH-L4-VH-CH1-CH2-CH3);または(VL-CL-L4-VL-L3-VH-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM):(VH-L3-VL-L4-VH-CH1-CH2-CH3)。式中、VLおよびVHは、IgGに含まれる第1の特異性の軽鎖および重鎖可変ドメインであり;VLおよびVHは、scFvに含まれる第2の特異性の可変ドメインであり;LP1は、マスキング部分(MM)およびCM1-CM2基質をつなぐリンカーペプチドであり;LP2は、CM1-CM2基質および抗体をつなぐリンカーペプチドであり;L3は、scFvの可変ドメインをつなぐリンカーペプチドであり;L4は、第1の特異性の抗体を、第2の特異性の抗体につなぐリンカーペプチドであり;CLは、軽鎖定常ドメインドメインであり;CH1、CH2、CH3は、重鎖定常ドメインである。第1および第2の特異性は、いずれかの抗原またはエピトープに対するものであり得る。
T細胞エンゲージング多重特異性活性化可能抗体のいくつかの実施形態では、1種の抗原は典型的には、腫瘍細胞または疾患に関連する他の細胞型の表面上に存在する抗原、例えば表1に列挙されるいずれかの標的(これらに限定されない)、例えば、限定されないが、EGFR、erbB2、EpCAM、ジャグド、PD-L1、B7H3またはCD71(トランスフェリン受容体)であり、別の抗原は典型的には、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、骨髄単核細胞、マクロファージおよび/または他の免疫エフェクター細胞の表面上に存在する刺激性(本明細書においては、活性化とも呼ばれる)または抑制性受容体、例えば、限定されないが、B7-H4、BTLA、CD3、CD4、CD8、CD16a、CD25、CD27、CD28、CD32、CD56、CD137(または、TNFRSF9とも呼ばれる)、CTLA-4、GITR、HVEM、ICOS、LAG3、NKG2D、OX40、PD-1、TIGIT、TIM3、またはVISTAである。T細胞表面抗原に対して特異性を提供する抗体ドメインはまた、T細胞受容体、NK細胞受容体、マクロファージ受容体および/または他の免疫エフェクター細胞受容体、例えば、限定されないが、B7-1、B7-2、B7H3、PD-L1、PD-L2またはTNFSF9に結合するリガンドまたはリガンドドメインにより置換され得る。多重抗原標的化活性化可能抗原のいくつかの実施形態では、1種の抗原は、表1に列挙される標的群から選択され、別の抗原は、表1に列挙される標的群から選択される。
いくつかの実施形態では、標的化抗体は、抗EGFR抗体である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、EGFRへの結合に対し特異的である、C225v5である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、EGFRへの結合に対し特異的である、C225である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、EGFRへの結合に対し特異的である、C225v4である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、EGFRへの結合に対し特異的である、C225v6である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、抗ジャグド抗体である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、ヒトおよびマウスジャグド1およびジャグド2への結合に対し特異的である、4D11である。いくつかの実施形態では、標的化抗体は、ヒトおよびマウスジャグド1およびジャグド2への結合に対し特異的である、4D11v2である。
いくつかの実施形態では、標的化抗体は、活性化可能抗体の形態であり得る。いくつかの実施形態では、scFvは、Pro-scFvの形態であり得る(例えば、WO2009/025846号、WO2010/081173号を参照されたい)。
いくつかの実施形態では、scFvは、CD3εへの結合に特異的であり、CD3εを結合する抗体またはそのフラグメント、例えば、CH2527、FN18、H2C、OKT3、2C11、UCHT1またはV9であるか、またはそれ由来である。いくつかの実施形態では、scFvは、CTLA-4(本明細書ではCTLAおよびCTLA4とも呼ばれる)の結合に特異的である。
いくつかの実施形態では、抗CTLA-4 scFvは、次のアミノ酸配列を含む:
GGGSGGGGSGSGGGSGGGGSGGGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPLTFGGGTKVEIKRSGGSTITSYNVYYTKLSSSGTQVQLVQTGGGVVQPGRSLRLSCAASGSTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCATNSLYWYFDLWGRGTLVTVSSAS(配列番号347)
いくつかの実施形態では、抗CTLA-4 scFvは、配列番号347のアミノ酸配列に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれを超えて同一であるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗CD3ε scFvは、次のアミノ酸配列を含む:
GGGSGGGGSGSGGGSGGGGSGGGQVQLQQSGAELARPGASVKMSCKASGYTFTRYTMHWVKQRPGQGLEWIGYINPSRGYTNYNQKFKDKATLTTDKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARYYDDHYCLDYWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSQIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMNWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPAHFRGSGSGTSYSLTISGMEAEDAATYYCQQWSSNPFTFGSGTKLEINR(配列番号349)
いくつかの実施形態では、抗CD3ε scFvは、配列番号349のアミノ酸配列に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%またはそれを超えて同一であるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、scFvは、1個または複数のT細胞、1個または複数のNK細胞、および/または1個または複数のマクロファージの結合に特異的である。いくつかの実施形態では、scFvは、B7-H4、BTLA、CD3、CD4、CD8、CD16a、CD25、CD27、CD28、CD32、CD56、CD137、CTLA-4、GITR、HVEM、ICOS、LAG3、NKG2D、OX40、PD-1、TIGIT、TIM3、またはVISTAからなる群から選択される標的の結合に特異的である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体はまた、ABに接合された薬剤も含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、治療薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗腫瘍薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、毒素またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、薬剤は、リンカーを介して多重特異性活性化可能抗体に接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断可能リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、少なくとも1種のCM1-CM2基質配列を含むリンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断不能リンカーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、微小管阻害剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DNAアルキル化剤またはDNAインターカレーターなどの核酸損傷剤、または他のDNA損傷剤である。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能リンカーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、表4に列挙される群から選択される薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ドラスタチンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンEまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、メイタンシノイドまたはメイタンシノイド誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DM1またはDM4である。いくつかの実施形態では、薬剤は、デュオカルマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、カリケアマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピン二量体である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体はまた、検出可能な部分も含む。いくつかの実施形態では、検出可能な部分は、診断薬である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は天然では、1個または複数のジスルフィド結合を含む。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、1個または複数のジスルフィド結合を含むように改変できる。
本開示はまた、本明細書に記載される多重特異性活性化可能抗体をコードする単離核酸分子、およびこれらの単離核酸配列を含むベクターを提供する。本開示は、活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で細胞を培養することにより多重特異性抗体を製造する方法を提供し、細胞は、このような核酸分子を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、このようなベクターを含む。
本開示はまた、(a)多重特異性活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を、多重特異性活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で培養すること、および(b)多重特異性活性化可能抗体を回収すること、により本開示の多重特異性活性化可能抗体を製造する方法も提供する。
本開示はまた、第1の標的または第1のエピトープを特異的に結合する第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)、および第2の標的または第2のエピトープを結合する第2の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB2)を少なくとも含む多重特異性抗体および/または多重特異性活性化可能抗体組成物も提供し、少なくともAB1は、そのMM1の結合がAB1のその標的を結合する能力を低減するようにマスキング部分(MM1)に結合されるか、またはさもなければ取り付けられる。いくつかの実施形態では、MM1は、MMPおよびSPに対するCM1-CM2基質を介してAB1に結合され、MMPおよびSPの少なくとも1つは、対象における治療部位または診断部位でAB1の標的と共局在する。本明細書において提供される多重特異性活性化可能抗体は、循環中で安定であり、治療および/または診断の意図される部位で活性化されるが、しかし正常な、すなわち健康な組織中では活性化されず、活性化される場合、その対応する修飾されていない多重特異性抗体に少なくとも匹敵する、AB1の標的への結合を示す。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、MM1とCM1-CM2基質の間に連結ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、CM1-CM2基質とAB1の間に連結ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、第1の連結ペプチド(LP1)および第2の連結ペプチド(LP2)を含み、多重特異性活性化可能抗体の少なくとも一部が、未切断状態で次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM1-LP1-CM1-CM2基質-LP2-AB1またはAB1-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM1。いくつかの実施形態では、2個の連結ペプチドは、相互に同じである必要はない。
いくつかの実施形態では、LP1またはLP2の少なくとも1つは、(GS)、(GGS)、(GSGGS)(配列番号381)および(GGGS)(配列番号382)(nは少なくとも1の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、LP1またはLP2の少なくとも1つは、GGSG(配列番号383)、GGSGG(配列番号384)、GSGSG(配列番号385)、GSGGG(配列番号386)、GGGSG(配列番号387)、およびGSSSG(配列番号388)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、CM1とCM2の間に連結ペプチド(LP’)を含む。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、第1の連結ペプチド(LP1)、第2の連結ペプチド(LP2)、およびCM1とCM2の間の連結ペプチド(LP’)を含み、多重特異性活性化可能抗体の少なくとも一部が、未切断状態で次のようなN末端からC末端への構造配置を有する:MM1-LP1-CM1-CM2基質-LP2-AB1またはAB1-LP2-CM1-CM2基質-LP1-MM1。いくつかの実施形態では、連結ペプチドは、互いに同一である必要はない。
いくつかの実施形態では、LP’は、GGである。いくつかの実施形態では、LP’は、GGSGGS(配列番号218)である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、第1の標的または第1のエピトープを特異的に結合する、第1の抗体またはその抗原結合フラグメント(AB1)、および第2の標的または第2のエピトープを特異的に結合する、第2の抗体またはその抗体結合フラグメント(AB2)を少なくとも含む。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各ABは、モノクローナル抗体、ドメイン、抗体、一本鎖、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scAb,dAb、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群から独立に選択される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各ABは、げっ歯類の(例えば、マウスまたはラットの)、キメラの、ヒト化されたまたは完全にヒトの、モノクローナル抗体である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各ABは、その対応する標的またはエピトープへの結合について、約100nMまたはそれ未満の解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、MM1は、ABのその対応する標的またはエピトープへの結合の解離定数よりも高い、その対応するABへの結合についての解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、MM1は、ABのその対応する標的またはエピトープへの結合の解離定数以下の、その対応するABへの結合の解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、MM1は、多重特異性活性化可能抗体が切断された状態である場合、その対応する標的またはエピトープに結合に関し、その対応するABを妨害しないか、またはそれと競合しない。
いくつかの実施形態では、MM1は、約2~40アミノ酸長のポリペプチドである。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、40アミノ酸長以下のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、MM1は、その対応するABの標的の配列とは異なるポリペプチド配列を有する。
いくつかの実施形態では、MM1は、その対応するABの任意の天然結合パートナーに対し50%以下同一であるポリペプチド配列を有する。いくつかの実施形態では、MM1は、その対応するABの任意の天然結合パートナーに対し25%以下同一であるポリペプチド配列を有する。いくつかの実施形態では、MM1は、その対応するABの任意の天然結合パートナーに対し10%以下同一であるポリペプチド配列を有する。
いくつかの実施形態では、MM1の結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合されない場合のABのKよりも少なくとも20倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、MM1の結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合されない場合のABのKよりも少なくとも40倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、MM1の結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合されない場合のABのKよりも少なくとも100倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、MM1の結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合されない場合のABのKよりも少なくとも1000倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、MM1の結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMM1に結合されない場合のABのKよりも少なくとも10,000倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、MM1は、本明細書で開示のMMから選択されるアミノ酸配列である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、その多重特異性活性化可能抗体が未切断状態にある場合にAB2のその標的への結合を阻害する第2のマスキング部分(MM2)、およびAB2に結合される追加の切断可能部分(CM’)を少なくとも含み、CM’は、CM1-CM2基質または第2のプロテアーゼに対する基質として機能するポリペプチドのいずれかである。いくつかの実施形態では、CM’は、15アミノ酸長以下のポリペプチドである。いくつかの実施形態では、CM’は、CM1-CM2基質であり、CM1-CM2基質中のCM1とCM2のそれぞれは独立に、15アミノ酸長以下のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼ、SPプロテアーゼ、および/または第2のプロテアーゼは、組織中で第2の標的またはエピトープと共局在し、MMPプロテアーゼ、SPプロテアーゼ、および/または第2のプロテアーゼは、多重特異性活性化可能抗体がMMPプロテアーゼ、SPプロテアーゼ、および/または第2のプロテアーゼに暴露されると多重特異性活性化可能抗体中のCM’を切断する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼ、SPプロテアーゼ、および/または第2のプロテアーゼは、組織中で第1の標的またはエピトープおよび第2の標的またはエピトープと共局在する。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼ、SPプロテアーゼ、および/または第2のプロテアーゼは、同じMMPプロテアーゼおよび同じSPプロテアーゼである。いくつかの実施形態では、MMPプロテアーゼ、SPプロテアーゼ、および/または第2のプロテアーゼは、同じMMPプロテアーゼではなく、同じSPプロテアーゼではない。いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質およびCM’は、同じMMPプロテアーゼおよび同じSPプロテアーゼに対する異なる基質である。いくつかの実施形態では、CM’を切断するプロテアーゼは、表6に示されるものからなる群から選択されるプロテアーゼである。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MM、例えば、MM1および少なくともMM2は、その対応する標的またはエピトープに対するABの解離定数よりも大きい、その対応するABへの結合の解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、その対応する標的またはエピトープに対するABの解離定数以下である、その対応するABに対する結合の解離定数を有する。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、多重特異性活性化可能抗体が切断された状態にある場合、対応する標的またはエピトープに結合に関し、その対応するABを妨げないか、またはそれと競合しない。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、約2~40アミノ酸長のポリペプチドである。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、40アミノ酸長以下のポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、対応するABの標的の配列とは異なるポリペプチド配列を有する。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、その対応するABの任意の天然の結合パートナーに対し50%以下同一であるポリペプチド配列を有する。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、その対応するABの任意の天然の結合パートナーに対し25%以下の同一であるポリペプチド配列を有する。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体中の各MMは、その対応するABの任意の天然の結合パートナーに対し10%以下同一であるポリペプチド配列を有する。
いくつかの実施形態では、各MMの結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMMに結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMMに結合されない場合のABのKよりも少なくとも20倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、各MMの結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMMに結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMMに結合されない場合のABのKよりも少なくとも40倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、各MMの結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMMに結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMMに結合されない場合のABのKよりも少なくとも100倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、各MMの結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMMに結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMMに結合されない場合のABのKよりも少なくとも1000倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、各MMの結合は、その対応する標的またはエピトープに対するMMに結合される場合にABの解離定数(K)がその対応する標的またはエピトープに対するMMに結合されない場合のABのKよりも少なくとも10,000倍大きいように、その対応するABがその標的またはエピトープを結合する能力を低減する。
いくつかの実施形態では、各MMは、本明細書に開示されるMMから選択されるアミノ酸配列である。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質配列を切断するプロテアーゼは、組織中で多重特異性活性化可能抗体中のAB1の標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼ、すなわち、MMPプロテアーゼおよびSPプロテアーゼの少なくとも一つは、多重特異性活性化可能抗体がそのプロテアーゼに暴露されると多重特異性活性化可能抗体中のCM1-CM2基質を切断する。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、複数のCM1-CM2基質配列を含み、少なくとも1個のCM1-CM2基質配列を切断するMMPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼは、組織中で多重特異性活性化可能抗体中のAB領域の少なくとも1個の領域の標的と共局在し、MMPプロテアーゼおよび/またはSPプロテアーゼは、多重特異性活性化可能抗体がプロテアーゼに暴露されると多重特異性活性化可能抗体中のCM1-CM2基質を切断する。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも2倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも3倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態で、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも4倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減され、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも5倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも10倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態で、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも20倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも40倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも50倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも100倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
いくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、未切断状態では、AB領域の1個の領域の標的への多重特異性活性化可能抗体の結合が低減されて、その標的に結合する修飾されていないABの解離定数よりも少なくとも200倍大きい解離定数で起こるように、一方で切断された状態では、ABがその標的を結合するように、多重特異性活性化可能抗体中に配置される。
本開示はまた、標的を特異的に結合する第1の抗体または抗体フラグメント(AB1)、および第2の抗体または抗体フラグメント(AB2)を少なくとも含む多重特異性活性化可能抗体を包含する組成物および方法も提供し、少なくとも多重特異性活性化可能抗体中の第1のABは、AB1のその標的を結合する能力を低減するマスキング部分(MM1)に結合される。いくつかの実施形態では、各ABは、各標的に対するその対応するABの能力を低減するMMに結合される。例えば、多重特異性活性化可能抗体の実施形態では、AB1は、AB1のその標的を結合する能力を低減する第1のマスキング部分(MM1)に結合され、AB2は、AB2のその標的を結合する能力を低減する第2のマスキング部分(MM2)に結合される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は複数のAB領域を含み、そのような実施形態では、活性化可能抗体の各ABについて、AB1は、その標的を結合するAB1の能力を低減する第1のマスキング部分(MM1)に結合され、AB2は、その標的を結合するAB2の能力を低減する第2マスキング部分(MM2)に結合され、AB3は、その標的を結合するAB3の能力を低減する第3マスキング部分(MM3)に結合される、等々である。
いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、MMPプロテアーゼおよびSPプロテアーゼに対する基質である少なくとも1個のCM1-CM2基質をさらに含み、CM1-CM2基質はMMをABに連結する。例えば、いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、標的を特異的に結合する第1の抗体または抗体フラグメント(AB1)および第2の抗体または抗体フラグメント(AB2)を少なくとも含み、多重特異性活性化可能抗体中の少なくとも第1のABは、AB1のその標的を結合する能力を低減するマスキング部分(MM1)に、第1のCM1-CM2基質を介して結合される。いくつかの多重特異性活性化可能抗体の実施形態では、AB1は、第1のCM1-CM2基質を介してMM1に結合され、AB2は、AB2のその標的を結合する能力を低減する第2のマスキング部分(MM2)に、第2のCM1-CM2基質を介して結合される。いくつかの実施形態では、多重特異性活性化可能抗体は、2個以上のAB領域を含み;これらの実施形態のいくつかでは、AB1は、第1のCM1-CM2基質を介してMM1に結合され、AB2は、第2のCM1-CM2基質を介してMM2に結合され、AB3は、第3のCM1-CM2基質を介してAB3のその標的を結合する能力を低減する第3のマスキング部分(MM3)に結合される、等々であり、多重特異性活性化可能抗体中の各ABについて同様である。
非結合性立体部分または非結合性立体部分の結合パートナーを有する活性化可能抗体
本開示はまた、非結合性立体部分(NB)、または非結合性立体部分に対する結合パートナー(BP)を含む活性化可能抗体を提供し、BPは、活性化可能抗体にNBを動員するか、あるいは、引き付ける。本明細書に提供される活性化可能抗体は、例えば、非結合性立体部分(NB)、CM1-CM2基質および標的に結合する抗体または抗体フラグメント(AB)を含む、活性化可能抗体;非結合性立体部分に対する結合パートナー(BP)、CM1-CM2基質およびABを含む、活性化可能抗体;およびそれに対しNBが動員されているBP、CM1-CM2基質、および標的を結合するABを含む、活性化可能抗体を包含する。NBが活性化可能抗体のCM1-CM2基質およびABに共有的に連結されるかまたは活性化可能抗体のCM1-CM2基質およびABに共有的に連結されるBPとの相互作用により結合される、活性化可能抗体は、「NB含有活性化可能抗体」として、本明細書で言及される。活性化可能または切替可能は、活性化可能抗体が、阻害された、マスクされた、または未切断の状態にある場合の標的への結合の第1のレベル(第1のコンホメーション)、および阻害されていない、マスクされていない、および/または切断された状態にある場合の標的への結合の第2のレベル(すなわち、第2のコンホメーション、すなわち活性化された抗体)を示すことを意味し、ここで標的結合の第2のレベルは、結合の第1のレベルよりも大きい。活性化可能抗体組成物は、従来の抗体療法に比べて、高められた生物学的利用能およびより良好な生体分布を示すことができる。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、ABがマスクされていないかさもなければ非治療部位および/または非診断部位への結合を阻害されていないならばこのような部位での結合から生じるはずの毒性および/または有害な副作用の低減をもたらす。
一実施形態では、活性化可能抗体は、非結合性立体部分(NB);CM1-CM2基質;および標的に特異的に結合する少なくとも抗体または抗体フラグメント(AB)を含み、NBは、ABに特異的に結合しないポリペプチドであり;CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含むポリペプチドであり;CM1-CM2基質は、未切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害し、切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害しないように配置され;NBは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を阻害しない。本明細書および全体を通して使用される場合、用語、ポリペプチドは、より大きなポリペプチド、完全長タンパク質およびこれらのフラグメントを含む、少なくとも2つのアミノ酸残基を含む任意のポリペプチドを指し、用語のポリペプチドは、単鎖ポリペプチドに制限されず、複数ユニット、例えば多鎖ポリペプチドを包含してよい。ポリペプチドが、より短い長さのもの、例えば、合計50アミノ酸長未満のものである場合、用語のペプチドおよびポリペプチドは、本明細書においては、交換可能的に使用され、ポリペプチドが、より長いもの、例えば、50アミノ酸長またはそれを越えるものである場合、用語、ポリペプチドおよびタンパク質は、本明細書において、交換可能に使用される。
一実施形態では、活性化可能抗体は、非結合性立体部分(NB);CM1-CM2基質;および標的に特異的に結合する抗体または抗体フラグメント(AB)を含み、(i)NBは、ABに特異的に結合しないポリペプチドを含み;(ii)CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含む、最大50アミノ酸長のポリペプチドであり;(iii)CM1-CM2基質は、未切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害し、切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害しないように配置され;(iv)NBは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を阻害しない。例えば、CM1-CM2基質のCM1基質配列およびCM2基質配列のそれぞれは独立に、最大15アミノ酸長を有する。
一実施形態では、活性化可能抗体は、非結合性立体部分(NB);CM1-CM2基質;および標的に特異的に結合する抗体または抗体フラグメント(AB)を含み、(i)NBは、ABに特異的に結合しないポリペプチドであり;(ii)CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含むポリペプチドであり;(iii)CM1-CM2基質は、未切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害し、切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害しないように配置され;(iv)NBは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を阻害せず;(v)多重特異的活性化可能抗体は、未切断状態では、次のようにN末端からC末端側に構造配置を有する:NB-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-NB。
一実施形態では、活性化可能抗体は、非結合性立体部分(NB);CM1-CM2基質;および標的に特異的に結合する抗体または抗体フラグメント(AB)を含み、(i)NBは、ABに特異的に結合しないポリペプチドであり;(ii)CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含むポリペプチドであり;(iii)CM1-CM2基質は、未切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害し、切断状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害しないように配置され;未切断の活性化可能抗体中のNBは、切断されたABのその標的を結合する能力に比べて、ABのその標的を結合する能力を、少なくとも50%、例えば少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも100%低減し;(iv)NBは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を阻害しない。ABのその標的を結合する能力の低減は、例えば、本明細書に記載されるようなアッセイ、またはインビトロ標的置換アッセイ、例えば国際公開第WO2009/025846号および国際公開第WO2010/081173号に記載されるアッセイを用いて、決定される。
一実施形態では、活性化可能抗体は、非結合性立体部分(NB)に対する結合パートナー(BP);CM1-CM2基質;および標的に特異的に結合する抗体または抗体フラグメント(AB)を含み、BPは、NBに暴露されると、そのNBに結合するポリペプチドであり;NBは、ABに特異的に結合しないポリペプチドであり;CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含むポリペプチドであり;CM1-CM2基質は、NBの存在下で未切断の状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害し、切断された状態では、NBがその標的へのABの結合を妨害せずかつBPがその標的へのABの結合を妨害しないように配置され;NBおよびBPは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を阻害しない。この実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体のBPは、任意選択で、NBに結合される。一実施形態では、NBは、インビボで活性化可能抗体のBPにより動員される。
これらの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体は、組成物として処方される。いくつかのこれらの実施形態では、組成物はまた、NBも含み、NBは、BP、CM1-CM2基質およびABを含む活性化可能抗体と共処方される。この実施形態のいくつかの例では、BPは、アルブミン結合ペプチド、フィブリノーゲン結合ペプチド、フィブロネクチン結合ペプチド、ヘモグロビン結合ペプチド、トランスフェリン結合ペプチド、免疫グロブリンドメイン結合ペプチドおよび他の血清タンパク質結合ペプチドからなる群から選択される。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、NBは、可溶性の球状タンパク質である。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、NBは、血流中で循環するタンパク質である。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、NBは、アルブミン、フィブリノーゲン、フィブロネクチン、ヘモグロビン、トランスフェリン、免疫グロブリンドメインおよび他の血清タンパク質からなる群から選択される。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、CM1-CM2基質は、プロテアーゼに対する基質(S)を含むポリペプチドである。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、プロテアーゼは、組織において、その標的と共局在し、プロテアーゼは、活性化可能抗体がプロテアーゼに暴露されると活性化可能抗体中のCM1-CM2基質を切断する。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、CM1-CM2基質は、50アミノ酸長のポリペプチドである。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、CM1-CM2基質は、最大15アミノ酸長、例えば3アミノ酸長、4アミノ酸長、5アミノ酸長、6アミノ酸長、7アミノ酸長、8アミノ酸長、9アミノ酸長、10アミノ酸長、11アミノ酸長、12アミノ酸長、13アミノ酸長、14アミノ酸長、または15アミノ酸長を有する基質(S)を含む、ポリペプチドである。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体は、未切断状態で次のようにN末端からC末端側に構造配置を有する:NB-CM1-CM2基質-AB、AB-CM1-CM2基質-NB、BP-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-BP。活性化可能抗体がBPを含み、かつ活性化可能抗体がその対応するNBの存在下にある実施形態において、活性化可能抗体は、未切断状態で次のようにN末端からC末端側に構造配置を有する;NB:BP-CM1-CM2-AB、NB:BP-CM2-CM1-AB、AB-CM1-CM2-BP:NBまたはAB-CM2-CM1-BP:NB、「:」は、NBとBPの間の相互作用、例えば、結合を表す。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体は、所定の標的を特異的に結合し、モノクローナル抗体、ドメイン抗体、単鎖、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scab、dAb、単一のドメイン重鎖抗体、および単一のドメイン軽鎖抗体である、抗体またはその抗原結合抗体を包含する。いくつかの実施形態では、その標的を結合する、このような抗体またはその免疫学的活性フラグメントは、マウスの、他のげっ歯類の、キメラの、ヒト化された、または完全にヒトの、モノクローナル抗体である。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体は、本明細書に提供されるアミノ酸配列を含む可変重鎖領域および本明細書に提供されるアミノ酸配列を含む可変軽鎖領域の組合せを含む。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、本明細書に提供されるアミノ酸配列に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれを超えて同一であるアミノ酸配列を含む可変重鎖領域および本明細書に提供されるアミノ酸配列に対し少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、またはそれを超えて同一であるアミノ酸配列を含む可変軽鎖領域の組合せを含む。
これらの活性化可能抗体実施形態のいずれかのいくつかの例では、活性化可能抗体はまた、ABに接合される薬剤も含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、治療薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗腫瘍薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、毒素またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、薬剤は、リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断不能なリンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、表3に列挙される群から選択される薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、微小管阻害剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DNAアルキル化剤またはDNAインターカレーターなどの核酸損傷剤、または他のDNA損傷剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ドラスタチンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンEまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、メイタンシノイドまたはメイタンシノイド誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DM1またはDM4である。いくつかの実施形態では、薬剤は、デュオカルマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、カリケアマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピン二量体である。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体はまた、検出可能な部分も含む。いくつかの実施形態では、検出可能な部分は、診断薬である。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体はまた、スペーサーも含む。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体はまた、シグナルペプチドも含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、スペーサーを介して活性化可能抗体に接合される。これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、スペーサーは、活性化可能抗体のMMに直接に接続される。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、対応する抗体の血清半減期より長い;例えば、活性化可能抗体のpKは、対応する抗体のpKより長い。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、その対応する多抗体の半減期に類似する。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも15日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも12日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも11日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも10日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも9日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも8日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも7日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも6日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも5日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも4日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも3日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも2日である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも24時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも20時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも18時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも16時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも14時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも12時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも10時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも8時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも6時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも4時間である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体の血清半減期は、生物に投与される場合、少なくとも3時間である。
本開示はまた、これらの活性化可能抗体のいずれかをコードする単離核酸分子、およびこれらの単離核酸配列を含むベクターも提供する。本開示は、活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で細胞を培養することにより活性化可能抗体を製造する方法を提供し、細胞は、このような核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、このようなベクターを含む。
標的に対するNB含有活性化可能抗体の解離例数(K)は、ABがNBまたはNB:BPと結合されない場合、標的に対するABのKよりも大きい。標的に対するNB含有活性化可能抗体の解離定数(K)は、標的に対する親ABのKよりも大きい。例えば、標的に対するNB~含有活性化可能抗体のKは、ABがNBまたはNB:BPと結合されない場合、ABのK、または標的に対する親ABのKよりも、少なくとも、5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍またはそれ超倍、または5~10、10~100、10~1,000、10~10,000、10~100,000、10~1,000,000、10~10,000,000、100~1,000、100~10,000、100~100,000、100~1,000,000、100~10,000,000、1,000~10,000、1,000~100,000、1,000~1,000,000、1000~10,000,000、10,000~100,000、10,000~1,000,000、10,000~10,000,000、100,000~1,000,000または100,000~10,000,000倍大きい。逆に、標的に対するNB含有活性化可能抗体の結合親和性は、ABがNBまたはNB:BPと結合されない場合、ABの結合親和性よりも小さく、または標的に対する親ABの結合親和性よりも小さい。例えば、標的に対するNB含有活性化可能抗体の結合親和性は、ABがNBまたはNB:BPと結合されない場合、ABの結合親和性、または標的に対する親ABの結合親和性よりも、少なくとも5、10、25、50、100、250、500、1,000、2,500、5,000、10,000、50,000、100,000、500,000、1,000,000、5,000,000、10,000,000、50,000,000倍またはそれを超える倍、または5~10、10~100、10~1,000、10~10,000、10~100,000、10~1,000,000、10~10,000,000、100~1,000、100~10,000、100~100,000、100~1,000,000、100~10,000,000、1,000~10,000、1,000~100,000、1,000~1,000,000、1000~10,000,000、10,000~100,000、10,000~1,000,000、10,000~10,000,000、100,000~1,000,000または100,000~10,000,000倍小さい。
NB含有活性化可能抗体が、その標的の存在下にある場合、ABのその標的に対する特異的結合は、ABがNBまたはNB:BPと結合されない場合、ABの特異的結合に比べて、低減されるか、または抑制される。NB含有活性化可能抗体が、その標的の存在下にある場合、ABのその標的に対する特異的結合は、親ABのその標的への特異的結合に比べて、低減されるか、または抑制される。NBまたはNB:BPと結合されないABの結合、または親ABのその標的への結合に比較される場合、その標的を結合するNB含有活性化可能抗体の能力は、例えば、インビトロおよび/またはインビボで測定される場合、少なくとも2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84または96時間、または5、10、15、30、45、60、90、120、150または180日、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12か月またはそれを超える期間にわたり、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%およびさらに100%低減され得る。
NB含有活性化可能抗体が、その標的の存在下にあるが、しかし修飾剤(例えば、プロテアーゼまたは他の酵素)の存在下ではない場合、ABのその標的に対する特異的結合は、ABがNBまたはNB:BPと結合されない場合、ABの特異的結合に比べて、低減されるか、または抑制される。NB含有活性化可能抗体が、その標的の存在下にあるが、しかし修飾剤(例えば、プロテアーゼ、他の酵素、還元剤または光)の存在下ではない場合、ABのその標的に対する特異的結合は、親ABのその標的への特異的結合に比べて、低減されるか、または抑制される。NBまたはNB:BPと結合されないABの結合、または親ABのその標的への結合に比較される場合、その標的を結合するNB含有活性化可能抗体の能力は、例えば、インビトロおよび/またはインビボで測定される場合、少なくとも2、4、6、8、12、28、24、30、36、48、60、72、84または 96時間、または5、10、15、30、45、60、90、120、150または180日、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12か月またはそれを超える期間にわたり、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%およびさらには100%低減され得る。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体はまた、活性化可能抗体接合体を生成するために、ABに接合される薬剤も含む。活性化可能抗体接合体のいくつかの実施形態では、薬剤は、治療薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、診断薬である。いくつかの実施形態では、薬剤は、検出可能マーカーである。活性化可能抗体接合体のいくつかの実施形態では、薬剤は、抗腫瘍剤である。活性化可能抗体接合体のいくつかの実施形態では、薬剤は、毒素またはそのフラグメントである。活性化可能抗体接合体のいくつかの実施形態では、薬剤は、リンカーを介してABに接合される。活性化可能抗体複合体のいくつかの実施形態では、リンカーは、切断可能リンカーである。いくつかの実施形態では、薬剤は、切断不能リンカーを介してABに接合される。いくつかの実施形態では、薬剤は、微小管阻害剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DNAアルキル化剤またはDNAインターカレーターなどの核酸損傷剤、または他のDNA損傷剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、表3に列挙される群から選択される薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ドラスタチンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、オーリスタチンEまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である。いくつかの実施形態では、薬剤は、メイタンシノイドまたはメイタンシノイド誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、DM1またはDM4である。いくつかの実施形態では、薬剤は、デュオカルマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、カリケアマイシンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピンである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ピロロベンゾジアゼピン二量体である。
これらのいずれかの活性化可能抗体実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体は、二重標的結合活性化可能抗体である。そのような二重標的結合活性化可能抗体は、同じまたは異なる標的を結合できる2個のAbを含む。特定の実施形態では、二重標的化活性化可能抗体は、二重特特異的抗体またはそのフラグメントを含む。
二重標的結合活性化可能抗体は、活性化可能抗体のABに結合できる1つまたは両標的と共に標的組織において共存する切断剤により切断できるCM1-CM2基質を有するようにデザインされる。同じまたは異なる標的に対する複数のABを有する二重標的結合活性化可能抗体は、複数のCM1-CM2基質を有するようにデザインされ得、第1のCM1-CM2基質は、第1の標的組織において切断剤により切断でき、第2のCM1-CM2基質は、第2の標的組織において切断剤により切断でき、活性化可能抗体のABに結合する1個または複数の標的を有する。一実施形態では、第1のおよび第2の標的組織は、例えば、生物における異なる部位で、空間的に分離される。一実施形態では、第1のおよび第2の標的組織は、一時的に分離された同じ組織であり、例えば2つの異なる時点で同じ組織であり、例えば、第1の時点は、組織が初期段階の腫瘍である場合であり、第2の時点は、組織が後期段階の腫瘍である場合である。
本開示はまた、本明細書に記載される活性化可能抗体をコードする核酸分子を提供する。本開示はまた、これらの核酸を含むベクターも提供する。本明細書に記載される活性化可能抗体は、活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で細胞を培養することにより産生され、細胞は、これらの核酸分子またはベクターを含む。
本開示はまた、活性化可能抗体を製造する方法も提供する。一実施形態では、方法は、(a)活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養するステップであって、活性化可能抗体は、(i)非結合性立体部分(NB);(ii)CM1-CM2基質;および(iii)標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含み、(1)NBは、ABに特異的に結合せず;(2)CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含むポリペプチドであり;(3)CM1-CM2基質は、未切断状態では、NBがABの標的への結合を妨害し、切断状態では、NBがABの標的への結合を妨害しないように配置され;(4)NBは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を抑制しない、ステップ、および(b)活性化可能抗体を回収するステップ、を含む。
別の実施形態において、方法は、(a)活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養するステップであって、活性化可能抗体は、(i)非結合性立体部分(NB)に対する結合パートナー(BP);(ii)CM1-CM2基質;および(iii)標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含み、(1)NBは、ABに特異的に結合せず;(2)CM1-CM2基質は、酵素に対する基質(S)を含むポリペプチドであり;(3)CM1-CM2基質は、未切断状態およびNBの存在下では、NBがABの標的への結合を妨害し、切断状態では、NBがABの標的への結合を妨害せずかつBPがABの標的への結合を妨害しないように配置され;(4)NBおよびBPは、酵素によるCM1-CM2基質の切断を阻害しない、ステップ;および(b)活性化可能抗体を回収するステップ、を含む。この実施形態のいくつかの例では、活性化可能抗体のBPは、NBに結合される。
活性化可能抗体および接合型活性化可能抗体の使用
本開示による治療物質の投与は、好適な担体、賦形剤、および改善された運搬、送達、耐性などをもたらすために製剤に組み込まれる他の薬剤と共に投与されることは理解されよう。多数の適切な配合物を、すべての薬剤師に既知の処方書、Remington’s Pharmaceutical Sciences(15th ed,Mack Publishing Company,Easton,PA(1975))、特にその中の第87章(Blaug、Seymour)で見つけることができる。これらの配合物としては、例えば、粉末、ペースト、軟膏、ゼリー、ワックス、油、脂質、脂質(カチオン性またはアニオン性)含有ベシクル(リポフェクチン(商標)など)、DNA複合体、無水吸収ペースト、水中油型および油中水型乳剤、カーボワックス乳剤(様々な分子量のポリエチレングリコール)、半固体ゲル、およびカーボワックス含有半固体混合物が挙げられる。前述の混合物はいずれも、配合物中の有効成分が配合によって不活化されずかつ配合物が投与経路に生理学的に適合しており許容可能であるという条件で、本開示による治療および治療法に適切であり得る。Baldrick P.“Pharmaceutical excipient development:the need for preclinical guidance.” Regul.Toxicol Pharmacol.32(2):210-8(2000),Wang W.“Lyophilization and development of solid protein pharmaceuticals.” Int.J.Pharm.203(1-2):1-60(2000),Charman WN “Lipids,lipophilic drugs,and oral drug delivery-some emerging concepts.” J Pharm Sci.89(8):967-78(2000),Powell et al.“Compendium of excipients for parenteral formulations” PDA J Pharm Sci Technol.52:238-311(1998)および薬剤師に公知である配合物、賦形剤、および担体に関連する追加情報のためのそれらの中の引用物も参照されたい。
接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を含む、本開示の治療製剤は、異常標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を予防し、治療し、あるいは、改善するために使用される。例えば、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を含む、本開示の治療製剤は、炎症、炎症性障害、自己免疫疾患および/または癌または他の腫瘍状態を治療するか、あるいは、改善するために使用される。いくつかの実施形態では、癌は、標的が発現される固形腫瘍または血液系腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、標的が発現される固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、癌は、標的が発現される血液系腫瘍である。いくつかの実施形態では、標的は実質(例えば、癌において、多くの場合、器官または組織の機能を実行する器官または組織の一部分)で発現される。いくつかの実施形態では、標的は、細胞、組織、または器官で発現される。いくつかの実施形態では、標的は、間質(すなわち、細胞、組織、または器官の結合支持フレームワーク)で発現される。いくつかの実施形態では、標的は、骨芽細胞で発現される。いくつかの実施形態では、標的は、内皮(血管系)で発現される。いくつかの実施形態では、標的は、癌幹細胞で発現される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体が接合される薬剤は、微小管阻害剤である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体が接合される薬剤は、核酸損傷剤である。
予防、改善または治療の有効性は、例えば、異常な標的発現および/または活性などの、標的発現および/または活性に関連する疾患または障害を診断または治療するための任意の既知の方法に関連して決定される。対象の生存を延長させること、あるいは、対象における標的発現および/または活性、例えば、異常標的発現および/または活性に関連する疾患または障害の進行を遅延させることは、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体が、臨床的有益性を付与することを示す。
接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、医薬組成物の形で投与できる。このような組成物の調製に関わる原則および考慮事項、ならびに成分の選択におけるガイダンスは、例えば、以下により提供される;Remington :The Science And Practice Of Pharmacy 19th ed.(Alfonso R.Gennaro,et al.,editors)Mack Pub.Co.,Easton,Pa.:1995;Drug Absorption Enhancement:Concepts,Possibilities,Limitations,And Trends,Harwood Academic Publishers,Langhorne,Pa.,1994;およびPeptide And Protein Drug Delivery(Advances In Parenteral Sciences,Vol.4),1991,M.Dekker,New York。
抗体フラグメントが使用されるいくつかの実施形態では、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最小のフラグメントが、選択される。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク質配列を結合する能力を保持するようにペプチド分子をデザインできる。このようなペプチドは、化学的に合成され得、および/または組換えDNA技術により産生され得る。(例えば、Marasco et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:7889-7893(1993)を参照されたい)。製剤はまた、治療される特定の適応症のために必要な複数の活性化合物、例えば、いくつかの実施形態では、お互いに悪影響を与えない相補的活性を有するそれらの化合物も含んでよい。いくつかの実施形態では、または追加で、組成物は、例えば細胞傷害剤、サイトカイン、化学療法剤、または成長抑制剤などの、その機能を向上させる薬剤を含んでよい。このような分子は、意図する目的に有効な量で組み合わされて好適に存在する。
活性成分はまた、例えば、コアセルベーション技術によりまたは界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えば、コロイド薬物送達系(例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、およびナノカプセル)またはマクロエマルジョン中で、それぞれヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ(メチルメタクリレート)マイクロカプセル内に封入されてよい。
インビボ投与に用いられる製剤は、無菌でなければならない。これは、滅菌ろ過膜を介するろ過により容易に実現される。
徐放性調製物が、調製されてよい。徐放性製剤の好適な例としては、抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは、成形品、例えばフィルム、またはマイクロカプセルの形態である。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル(例えばポリ(2-ヒドロキシエチルメタクリレート)、またはポリ(ビニルアルコール))、ポリラクチド(米国特許第3,773,919号)、L-グルタミン酸およびγ-エチルL-グルタミメートの共重合体、非分解性エチレンビニル酢酸塩、分解性の乳酸-グリコール酸共重合体、例えば、LUPRON DEPOT(商標)(乳酸-グリコール酸共重合体および酢酸ロイプロリドからなる注射可能なマイクロスフェア)、およびポリD-(-)-3-ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン酢酸ビニルおよび乳酸-グリコール酸などのポリマーは、100日間を越える長期間にわたる分子の放出が可能であるが、特定のヒドロゲルは、より短い時間でタンパク質を放出する。
いくつかの実施形態では、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、検出可能標識を含む。完全な抗体またはそのフラグメント(例えば、Fab、scFv、またはF(ab))が、使用される。プローブまたは抗体に関する「標識された」という用語は、プローブまたは抗体へ検出可能な物質をカップリングすること(すなわち、物理的結合)によるプローブまたは抗体の直接標識、および直接標識された別の試薬との反応性によるプローブまたは抗体の間接標識を包含することを意図している。間接標識の例としては、蛍光標識二次抗体を使用した一次抗体の検出、および蛍光標識ストレプトアビジンで検出できるようなビオチンを用いたDNAプローブの末端標識が挙げられる。「生体試料」という用語は、対象から単離された組織、細胞、および体液、ならびに対象内に存在する組織、細胞、および体液を含むことを意図している。「生体試料」という用語の用法に含まれるのは、したがって、血液と、血清、血漿、またはリンパ液などの血液の一画分または成分である。すなわち、本開示の検出方法を使用して、インビトロおよびインビボの生体試料中の検体mRNA、タンパク質、またはゲノムDNAを検出できる。例えば、分析物mRNAを検出するためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイツハイブリダイゼーションが挙げられる。検体タンパク質を検出するためのインビトロ技術としては、酵素結合免疫吸着検定法(ELISA)、ウェスタンブロット、免疫沈降、免疫化学染色、および免疫蛍光法が挙げられる。検体ゲノムDNAを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。イムノアッセイを実施するための手順は、例えば、ELISA:Theory and Practice:Methods in Molecular Biology”,Vol.42,J.R.Crowther(Ed.)Human Press,Totowa,NJ,1995;“Immunoassay”,E.Diamandis and T.Christopoulus,Academic Press,Inc.,San Diego,CA,1996;および“Practice and Theory of Enzyme Immunoassays”,P.Tijssen,Elsevier Science Publishers,Amsterdam,1985、に記載されている。さらに、分析物タンパク質を検出するためのインビボ技術としては、標識された抗分析物タンパク質抗体を対象に導入することが挙げられる。例えば、抗体は、放射性マーカーで標識でき、対象中のその放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像処理技術により検出できる。
本開示の接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体はまた、種々の診断および予防製剤においても有用である。一実施形態では、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、1種または複数の前述の障害を発症する危険性がある患者に投与される。前述の障害の1種または複数に対する患者または器官の素因は、遺伝子型、血清学的または生化学的マーカーを使用して決定できる。
いくつかの実施形態では、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、1種または複数の前述の障害に関連する臨床適応症を有するものとして診断されたヒト個人に投与される。診断に基づいて、接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、臨床適応症の影響を軽減するか、または回復するために投与される。
本開示の接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体はまた、患者試料中の標的の検出において有用であり、従って、診断薬としても有用である。例えば、本開示の抗体および/または活性化可能抗体、およびその接合型バージョンは、患者試料中の標的レベルを検出するために、インビトロアッセイ、例えば、ELISAで使用される。
一実施形態では、本開示の接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、固体支持体(例えば、マイクロタイタープレートのウェル)上に固定される。固定された接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、試験試料中に存在し得る任意の標的のための捕捉抗体として機能する。固定された抗体と患者試料の接触の前に、固体支持体は、分析物の非特異的吸着を防ぐために、乳タンパク質またはアルブミンなどのブロッキング剤により洗浄および処理される。
その後ウェルを、抗原を含んでいることが疑われる試験試料、または標準量の抗原を含む溶液で処理する。このような試料は、例えば、病状を示すと見なされる循環抗原レベルを有することが疑われる対象からの血清試料である。試験試料または標準物質を洗い流した後、固体支持体は、検出可能に標識された第2の抗体で処理される。標識された第2の抗体は、検出抗体として機能する。検出可能な標識のレベルが、測定され、試験試料中の標的抗原の濃度が、標準試料から作成された検量線との比較により決定される。
インビトロ診断アッセイにおいて、本開示の抗体およびその接合型バージョンを用いて得られる結果を基づき、標的抗原の発現レベルに基づいて患者の疾患を病期分類できることが理解されよう。所定の疾患について、血液試料を、疾患の進行の様々な段階にある、および/または疾患の治療的処置での様々な時点にあると診断された対象から採取する。進行または治療の各段階に対し統計的に有意な結果を与える試料の集団を用いて、各段階の特徴と見なされ得る抗原の濃度範囲が特定される。
接合型抗体、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体はまた、診断および/またはイメージング方法において使用され得る。いくつかの実施形態では、このような方法は、インビトロ法である。いくつかの実施形態では、このような方法は、インビボ法である。いくつかの実施形態では、このような方法は、インサイツ法である。いくつかの実施形態では、このような方法は、エクスビボ法である。例えば、酵素的に切断できるCM1-CM2基質を有する活性化可能抗体を、CM1-CM2基質を切断できる酵素の存在または非存在を検出するために使用できる。このような活性化可能抗体は、診断において使用でき、診断は、所定の宿主生物の所定の細胞または組織中の活性化された抗体(すなわち、活性化可能抗体の切断に起因する抗体)の蓄積の測定による酵素活性(または、いくつかの実施形態では、高められた還元電位の環境、例えば、ジスルフィド結合の還元を提供できる環境)のインビボ検出(例えば、定性的または定量的)を含み得る。活性化された抗体のそのような蓄積は、組織が酵素活性(またはCM1-CM2基質の性質に依存して、高められた還元電位)を発現するのみならず、組織が、活性化抗体が結合する標的も発現することを示す。
例えば、CM1-CM2基質は、腫瘍の部位で、ウィルスまたは細菌感染の部位で、生物学的に閉じ込められた部位(例えば、膿瘍、器官、等)などの部位で見出されるマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)およびセリンプロテアーゼ(SP)に対する基質であるよう選択できる。ABは、標的抗原を結合するものであり得る。本明細書に開示の方法、または適切な場合には当業者に周知である方法を使用して、検出可能な標識(例えば、蛍光標識または放射性標識または放射性トレーサー)を、ABまたは抗体および/または活性化可能抗体の他の領域に接合し得る。好適な検出可能な標識は、上記のスクリーニング方法と関連して考察されており、追加の特定の例を以下に示す。その活性が目的の疾患組織において高められているMMPと共に、疾患状態のタンパク質またはペプチドに特異的なABを用いて、活性化可能抗体は、CM1-CM2基質特異的酵素が疾患組織中にて検出レベルで存在しないか、またはよりも低いレベルで存在するか、または不活性である(例えば、チモーゲン形で、または阻害剤との複合体形で)組織に比較して、疾患組織への高められた結合速度を示す。小タンパク質およびペプチドは腎濾過システムにより血液から急速に排出されるため、かつCM1-CM2基質に対し特異的な酵素は、検出レベルで存在しない(または非疾患組織においては低レベルで存在するか、または不活性コンホメーションで存在する)ので、疾患組織中の活性化された抗体の蓄積は、非疾患組織と比較して増強される。
別の例では、活性化可能抗体は、試料中の切断剤の存在または非存在を検出するために使用できる。例えば、活性化可能抗体が酵素による切断を受けやすいCM1-CM2基質を含む場合、活性化可能抗体は、試料中の酵素の存在を検出するために(定性的にまたは定量的に)使用できる。別の例では、活性化可能抗体が還元剤による切断を受けやすいCM1-CM2基質を含む場合、活性化可能抗体は、試料中の還元状態の存在を検出するために(定性的または定量的に)使用できる。これらの方法での分析を促進するために、活性化可能抗体は、検出可能に標識でき、支持体(例えば、固体支持体、例えばスライドまたはビーズ)に結合されてよい。検出可能な標識は、活性化可能抗体の切断後に放出されない部分上に配置でき、例えば、検出可能な標識は、消光蛍光標識、または切断が生じるまで、検出できない他の標識であり得る。アッセイは例えば、固定された、検出可能に標識された活性化可能抗体を、酵素および/または還元剤を含むことが疑われる試料と、切断が生じるのに十分な時間、接触させた後、過剰の試料および混入物質を除去するために洗浄することにより実施できる。試料における切断(例えば、酵素または還元剤による)の存在または非存在が次に、試料との接触の前に、活性化可能抗体の検出可能シグナルの変化、例えば、試料中の切断剤による活性化可能抗体の切断による検出可能シグナルの存在および/または増大により評価される。
このような検出方法はまた、切断されると活性化可能抗体の少なくとも1種のABに結合できる標的の存在または非存在の検出を提供するよう適合させ得る。したがって、アッセイは、切断剤の存在または非存在、および目的の標的の存在または非存在を評価するように適合させることができる。切断剤の存在または非存在は、上記のような活性化可能抗体の検出可能レベルの存在および/または増大により検出でき、標的の存在または非存在は、標的-AB複合体の検出により、例えば、検出可能に標識された抗標的抗体の使用により検出できる。
活性化可能抗体はまた、例えば、プロテアーゼ切断による活性化可能抗体の活性化の検証のためのインサイツイメージング、および特定の標的への結合においても有用である。インサイツ画像処理は、細胞培養物または組織切片などの生体試料におけるタンパク質分解活性および標的の局在化を可能にする技術である。この技術を使用して、検出可能な標識(例えば、蛍光標識)の存在に基づき、所定の標的への結合およびタンパク質分解活性の両方を確認できる。
これらの技術は、疾患部位(例えば、腫瘍組織)または健康組織由来の任意の凍結細胞または組織で有用である。これらの技術は、新しい細胞または組織試料でも有用である。
これらの技術において、活性化可能抗体は、検出可能な標識により標識される。検出可能な標識は、蛍光色素(例えば、発蛍光団、フルオレセインイソチオシアネート(FITC)、ローダミンイソチオシアネート(TRITC)、Alexa Fluor(登録商標)標識)、近赤外(NIR)色素(例えば、Qdot(登録商標)ナノ結晶)、コロイド金属、ハプテン、放射性マーカー、ビオチンおよびストレプトアビジンなどの増幅試薬、または酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ)であり得る。
標識された活性化可能抗体と共にインキュベートされた試料における標識の検出は、試料が標的を含み、かつ活性化可能抗体のCM1-CM2基質に対し特異的であるマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)および1種のセリンプロテアーゼ(SP)を含むことを示す。いくつかの実施形態では、MMPの存在は、広範囲のプロテアーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載されるものを用いて、および/またはプロテアーゼに対し特異的である薬剤、例えば、プロテアーゼマトリプターゼ(MT-SP1)に対し特異的であり、マトリプターゼのタンパク質分解活性を阻害する、抗体、例えば、A11を用いることにより、確認され得る;例えば、2010年11月11日に公開の国際公開第WO2010/129609号を参照されたい。広範囲のプロテアーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載されるものを使用する、および/またはより選択的な阻害剤を用いることによる同じ手法が、プロテアーゼ、または活性化可能抗体のCM1-CM2基質に対し特異的なMMPおよびSPを特定するために使用できる。いくつかの実施形態では、標的の存在は、その標的に特異的な薬剤、例えば、別の抗体を使用して確認でき、または、検出可能な標識を、標識されていない標的と競合させることができる。いくつかの実施形態では、標識されていない活性化可能抗体は、標識された二次抗体またはより複雑な検出システムによる検出で、使用され得る。
類似する技術は、インビボイメージングのためにも有用であり、対象、例えば、人を含む哺乳動物における蛍光シグナルの検出は、疾患部位が標的を含み、かつ活性化可能抗体のCM1-CM2基質に対し特異的であるMMPおよびSPを含むことを示す。
これらの技術はまた、活性化可能抗体中のプロテアーゼ特異的CM1-CM2基質に基づく種々の細胞、組織および生物におけるプロテアーゼ活性の検出、特定または特徴づけのための、キットにおいておよび/または試薬としても有用である。
本開示は、種々の診断および/または予防適用において抗体および/または活性化可能抗体を使用する方法を提供する。例えば、本開示は、(i)対象または試料を活性化可能抗体と接触させることであって、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および目的の標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断の、非活性化状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、ABの天然の結合パートナーの修飾形ではなく;(b)未切断の、非活性化状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断され、活性化された状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合しない、接触させること;および(ii)対象または試料における活性化された活性化可能抗体のレベルを測定することであって、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤および標的が対象または試料に存在することを示し、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルの非存在は、切断剤、標的または切断剤および標的の両方が対象または試料に存在せず、および/または十分には存在しないことを示す、測定すること、により対象または試料中の目的の切断剤および標的の存在または非存在を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルを測定することは、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
本開示はまた、(i)対象または試料を活性化可能抗体と、目的の標的、例えば、標的の存在下で接触させることであって、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および目的の標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断の、非活性化状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、ABの天然の結合パートナーの修飾形ではなく;(b)未切断の、非活性化状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断され、活性化された状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合しない、接触させること;および(ii)対象または試料における活性化された活性化可能抗体のレベルを測定することであって、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤が対象または試料に存在することを示し、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルの非存在は、切断剤が対象または試料に存在せず、および/または十分には存在しないことを示す、測定すること、により対象または試料中の切断剤の存在または非存在を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルを測定することは、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
本開示はまた、対象または試料中の切断剤および標的の存在または非存在を検出する方法における使用のためのキットを提供し、キットは、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および目的の標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含む活性化可能抗体を少なくとも含み、活性化可能抗体は、未切断の、非活性化状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、ABの天然の結合パートナーの修飾形ではなく;(b)未切断の、非活性化状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断され、活性化された状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合せず、(ii)対象または試料における活性化された活性化可能抗体のレベルを測定することであって、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤が対象または試料に存在することを示し、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルの非存在は、切断剤が対象または試料に存在しない、および/または十分には存在しないことを示す、測定すること。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルの測定は、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
本開示は、(i)対象または試料を活性化可能抗体と接触させることであって、活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および標的および検出可能標識を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断の、非活性化状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、ABの天然の結合パートナーの修飾形ではなく;未切断の、非活性化状態では、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断された、活性化された状態で、MMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合せず;検出可能標識は、CM1-CM2基質の切断後に放出される活性化可能抗体の一部の上に配置される、接触させること;および(ii)対象または試料における活性化された活性化可能抗体のレベルを測定することであって、対象または試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤および標的が対象または試料に存在することを示し、対象または試料における検出可能標識の検出レベルの非存在は、切断剤が対象または試料に存在しないことを示す、測定すること、により対象または試料中の切断剤および目的の標的の存在または非存在を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルの測定は、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
本開示はまた、対象または試料中の切断剤および標的の存在または非存在を検出する方法における使用のためのキットを提供し、キットは、対象または生物学的試料を接触させることにおける使用のための、本明細書に記載される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体(例えば、治療薬が接合される活性化可能抗体)、および対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体のレベルを検出するための手段を少なくとも含み、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤および標的が対象または生物学的試料に存在することを示し、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の検出レベルの非存在は、切断剤、標的または切断剤および標的の両方が対象または生物学的試料に存在せず、および/または十分には存在せず、そのため活性化可能抗体の標的結合および/またはプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料において検出され得ないことを示す。
本開示は、(i)対象または生物学的試料を、活性化可能抗体と、標的の存在下で接触させること、および(ii)対象または生物学的試料における活性化された活性化可能抗体のレベルを測定すること、により対象または試料中の切断剤の存在または非存在を検出するための方法を提供し、対象または生物学的試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤が対象または生物学的試料に存在することを示し、対象または生物学的試料における検出可能標識の検出レベルの非存在は、切断剤が対象または生物学的試料に検出可能なレベルで存在せず、そのため活性化可能抗体のプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料中で検出され得ないことを示す。このような活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断の(すなわち、非活性化の)状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、(b)未切断状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断された(すなわち、活性化された)状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合しない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、マスキング部分に付着される。いくつかの実施形態では、検出可能標識は、プロテアーゼ切断部位のN末端側の切断可能部分に付着される。いくつかの実施形態では、ABの単一の抗原結合部位は、マスクされる。本開示の抗体が少なくとも2つの抗原結合部位を有するいくつかの実施形態では、少なくとも1つの抗原結合部位はマスクされ、少なくとも1つの抗原結合部位はマスクされない。いくつかの実施形態では、すべての抗原結合部位はマスクされる。いくつかの実施形態では、測定するステップは、検出可能な標識を含む二次試薬の使用を含む。
本開示はまた、対象または試料中の切断剤および標的の存在または非存在を検出する方法における使用のためのキットを提供し、キットは、対象または生物学的試料を活性化可能抗体と標的の存在下で接触させること、および対象または生体試料中の活性化された活性化可能抗体レベルを測定することにおける使用のための本明細書で記載の活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を少なくとも含み、対象または生物学的試料における活性化された活性化可能抗体の検出レベルは、切断剤が対象または生物学的試料中に存在することを示し、対象または生物学的試料中の検出可能標識の検出レベルの非存在は、切断剤が対象または生物学的試料に検出可能なレベルで存在せず、そのため活性化可能抗体のプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料中で検出できないことを示唆する。このような活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断(すなわち、非活性化)状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、(b)未切断状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断された(すなわち、活性化された)状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合しない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、検出可能な標識はマスキング部分に付着される。いくつかの実施形態では、検出可能標識は、プロテアーゼ切断部位のN末端側の切断可能部分に付着される。いくつかの実施形態では、ABの単一の抗原結合部位は、マスクされる。本開示の抗体が少なくとも2つの抗原結合部位を有するいくつかの実施形態では、少なくとも1つの抗原結合部位はマスクされ、少なくとも1つの抗原結合部位はマスクされない。いくつかの実施形態では、すべての抗原結合部位はマスクされる。いくつかの実施形態では、測定するステップは、検出可能な標識を含む二次試薬の使用を含む。
本開示はまた、対象または試料中の切断剤の存在または非存在を検出する方法における使用のためのキットを提供し、キットは、対象または生物学的試料を接触させることにおける使用のための、本明細書に記載される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体のレベルを検出するための手段を少なくとも含み、活性化可能抗体は、CM1-CM2基質の切断に続いて放出される活性化可能抗体の部分上に配置された検出可能な標識を含み、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の検出可能なレベルは、切断剤が対象または生物学的試料中に存在せず、および/または十分に存在せず、そのため活性化可能抗体の標的結合および/またはプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料で検出できないことを示し、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の検出レベルの非存在は、切断剤が検出可能なレベルで、対象または生物学的試料中に存在しないことを示す。
本開示は、(i)対象または生物学的試料と活性化可能抗体を接触させることであって、活性化可能抗体は、CM1-CM2基質の切断に続いて放出される活性化可能抗体の部分上に配置される検出可能な標識を含む、接触させること、および(ii)対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体のレベルを測定することであって、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の検出可能レベルは、切断剤、標的、または切断剤および標的の両方が対象または生物学的試料中に存在せず、および/または十分には存在せず、そのため活性化可能抗体の標的結合および/またはプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料で検出できないことを示し、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の低下した検出可能レベルは、切断剤および標的が対象または生物学的試料中に存在することを示す、測定すること、により対象または試料中の切断剤および標的の存在または非存在を検出する方法を提供する。検出可能な標識の低下されたレベルは、例えば、約5%、約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、および/または約100%の低下である。このような活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断の(すなわち、非活性化の)状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、(b)未切断状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断された(すなわち、活性化された)状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合しない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルの測定は、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
本開示はまた、対象または試料中の切断剤および標的の存在または非存在を検出する方法における使用のためのキットを提供し、キットは、対象または生物学的試料を接触させることにおける使用のための、本明細書に記載される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体のレベルを検出するための手段を少なくとも含み、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の検出可能レベルは、切断剤、標的、または切断剤および標的の両方が対象または生物学的試料中に存在せず、および/または十分には存在せず、そのため活性化可能抗体の標的結合および/またはプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料中で検出できないことを示し、対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体の低下された検出可能レベルは、切断剤および標的が対象または生物学的試料に存在することを示す。低下された検出可能な標識のレベルは、例えば、約5%、約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、および/または約100%の低下である。
本開示はまた、(i)対象または生物学的試料を活性化可能抗体と接触させることであって、活性化可能抗体は、CM1-CM2基質の切断に続いて放出される活性化可能抗体の部分の上に配置される検出可能標識を含む、接触させること、および(ii)対象または生物学的試料中の検出可能抗体のレベルを測定することであって、対象または生物学的試料中の検出可能抗体の検出可能レベルは、切断剤が対象または生物学的試料中に存在せず、および/または十分には存在せず、そのため活性化可能抗体のプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料中で検出できないことを示し、対象または生物学的試料中の検出可能抗体の低下された検出可能レベルは、切断剤が対象または生物学的試料に存在することを示す、測定すること、により対象または試料中の切断剤の存在または非存在を検出する方法を提供する。低下された検出可能な標識のレベルは、例えば、約5%、約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、および/または約100%の低下である。このような活性化可能抗体は、マスキング部分(MM)、切断剤により切断されるCM1-CM2基質、および標的を特異的に結合する抗原結合ドメインまたはそのフラグメント(AB)を含み、活性化可能抗体は、未切断の(すなわち、非活性化の)状態では、次のような、N末端からC末端への構造配置を有し;MM-CM1-CM2基質-ABまたはAB-CM1-CM2基質-MM;(a)MMは、標的へのABの結合を阻害するペプチドであり、MMは、ABの天然に存在する結合パートナーのアミノ酸配列を有さず、(b)未切断状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害し、および切断された(すなわち、活性化された)状態では、活性化可能抗体のMMは、標的へのABの特異的結合を妨害せず、またはそれと競合しない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルの測定は、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
本開示はまた、対象または試料中の目的の切断剤の存在または非存在を検出する方法における使用のためのキットを提供し、キットは、対象または生物学的試料を接触させることにおける使用のための、本明細書に記載される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体、および対象または生物学的試料中の活性化された活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体のレベルを検出するための手段を少なくとも含み、活性化可能抗体は、CM1-CM2基質の切断に続いて放出される活性化可能抗体の部分の上に配置される検出可能標識を含み、対象または生物学的試料中の検出可能抗体の検出可能レベルは、切断剤、標的、または切断剤および標的の両方が対象または生物学的試料に存在せず、および/または十分には存在せず、そのため活性化可能抗体の標的結合および/またはプロテアーゼ切断が対象または生物学的試料に検出され得ないことを示し、対象または生物学的試料における活性化された、活性化可能抗体の低下された検出可能レベルは、切断剤および標的が対象または生物学的試料に存在することを示す。検出可能な標識の低下されたレベルは、例えば、約5%、約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、および/または約100%の低下である。
これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、活性化できる活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、検出可能な標識としては、イメージング剤、造影剤、酵素、蛍光標識、発色団、色素、1種または複数の金属イオン、またはリガンドベースの標識が挙げられる。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、イメージング剤は、放射性同位元素を含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、放射性同位元素は、インジウムまたはテクネチウムである。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、造影剤は、ヨウ素、ガドリニウムまたは酸化鉄を含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、酵素は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはβ-ガラクトシダーゼを含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、蛍光標識は、黄色蛍光タンパク質(YFP)、シアン蛍光タンパク質(CFP)、緑色蛍光タンパク質(GFP)、修飾赤色蛍光タンパク質(mRFP)、赤色蛍光タンパク質tdimer2(RFP tdimer2)、HCRED、またはユーロピウム誘導体を含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、発光標識は、N-メチルアクリジウム誘導体を含む。これらの方法のいくつかの実施形態では、標識は、Alex Fluor(登録商標)680またはAlexa Fluor(登録商標)750などのAlexa Fluor(登録商標)標識を含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、リガンドベースの標識は、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジンまたは1つまたは複数のハプテンを含む。
これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、対象は、哺乳動物である。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、非ヒト霊長類、伴侶動物(ネコ、イヌ、ウマなど)、家畜、作業用動物、動物園動物などの非ヒト哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象は、げっ歯類である。
これらの方法のいくつかの実施形態では、方法は、インビボ法である。これらの方法のいくつかの実施形態では、方法は、インサイツ法である。これらの方法のいくつかの実施形態では、方法は、エクスビボ法である。これらの方法のいくつかの実施形態では、方法は、インビトロ法である。
いくつかの実施形態では、インサイツイメージングおよび/またはインビボイメージングは、治療する患者を特定するための方法において有用である。例えば、インサイツイメージングでは、活性化可能抗体は、患者試料をスクリーンするために使用されて、適切な位置で、例えば、腫瘍部位で、適切なプロテアーゼおよび標的を有するそれらの患者を特定する。
いくつかの実施形態では、インサイツイメージングは、本開示の活性化可能抗体による治療のために適切な患者集団を特定するか、あるいは、さらに絞り込むために使用される。例えば、標的、および試験される活性化可能抗体中のCM1-CM2基質において基質を切断するプロテアーゼの両方について陽性である患者(例えば、疾患部位で活性化された抗体を蓄積する)は、このようなCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定される。同様に、これらの方法を用いて試験される、標的、および活性化可能抗体中のCM1-CM2基質において基質を切断するプロテアーゼのいずれかまたは両方について陰性である患者は、別の形の治療のための適切な候補として特定され得る。いくつかの実施形態では、第1の活性化可能抗体に関して陰性であるこのような患者は、治療のための適切な活性化可能抗体(例えば、疾患の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体)が特定されるまで、異なるCM1-CM2基質を含む他の活性化可能抗体により試験され得る。いくつかの実施形態では、患者は次に、陽性である患者のための治療的有効量の接合型活性化可能抗体を投与される。
いくつかの実施形態では、インビボイメージングは、本開示の活性化可能抗体による治療のために適切な患者集団を特定するか、あるいは、さらに絞り込むために使用される。例えば、標的、および試験される活性化可能抗体中のCM1-CM2基質中の基質を切断するプロテアーゼの両方について陽性である患者(例えば、疾患部位で活性化された抗体を蓄積する)は、このようなCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定される。同様に、陰性である患者は、別の形の治療のための適切な候補として特定され得る。いくつかの実施形態では、第1の活性化可能抗体に関して陰性であるこのような患者は、治療のための適切な活性化可能抗体(例えば、疾患の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体)が特定されるまで、異なるCM1-CM2基質を含む他の活性化可能抗体により試験され得る。いくつかの実施形態では、患者は次に、陽性である患者のための治療的有効量の接合型活性化可能抗体を投与される。
方法およびキットのいくつかの実施形態では、方法またはキットは、本開示の活性化可能抗体による治療に好適する患者集団を特定するか、あるいは、さらに絞り込むために使用される。例えば、標的、およびこれらの方法により試験される活性化可能抗体中のCM1-CM2基質中の基質を切断するプロテアーゼの両方について陽性である患者は、このようなCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定される。同様に、これらの方法を用いて試験される、標的、および活性化可能抗体中のCM1-CM2基質中の基質を切断するプロテアーゼの両者について陰性である患者は、別の形の治療のための適切な候補として特定され得る。いくつかの実施形態では、このような患者は、治療のための適切な活性化可能抗体(例えば、疾患の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体)が特定されるまで、他の活性化可能抗体により試験され得る。いくつかの実施形態では、標的のいずれかについて陰性である患者は、このようなCM1-CM2基質を含むこのような活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定される。いくつかの実施形態では、標的のいずれか(例えば、標的)について陰性である患者は、このようなCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体による治療のための適切な候補ではない。いくつかの実施形態では、このような患者は、治療のための適切な活性化可能抗体(例えば、疾患の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体)が特定されるまで、他の活性化可能抗体により試験され得る。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、治療薬が接合される活性化可能抗体である。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、薬剤に接合されない。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、ABに配置される。いくつかの実施形態では、対象または試料中の活性化可能抗体のレベルの測定は、活性化された抗体に特異的に結合する二次試薬を用いて達成され、試薬は、検出可能な標識を含む。いくつかの実施形態では、二次試薬は、検出可能な標識を含む抗体である。
いくつかの実施形態では、方法またはキットは、本開示の抗標的活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体(例えば、治療薬が接合される活性化可能抗体)による治療、続いて、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を、それを必要としている対象に投与することによる治療のために適切な患者集団を特定するか、あるいは、絞り込むために使用される。例えば、標的、およびこれらの方法により試験される活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体のCM1-CM2基質を切断するプロテアーゼの両方について陽性である患者は、このようなCM1-CM2基質を含む、このような抗体および/またはこのような接合型活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定され、患者は次に、治療的有効量の試験された活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を投与される。同様に、これらの方法を用いて試験される、標的、および活性化可能抗体中のCM1-CM2基質中の基質を切断するプロテアーゼのいずれかまたは両方について陰性である患者は、別の形の治療のための適切な候補として特定され得る。いくつかの実施形態では、このような患者は、治療のための適切な抗体および/または接合型活性化可能抗体(例えば、患者の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体)が特定されるまで、他の抗体および/または接合型活性化可能抗体により試験され得る。いくつかの実施形態では、患者は次に、患者が陽性であると試験された、治療的有効量の活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体を投与される。
これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、MMは、約4~40アミノ酸長を有するペプチドである。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、リンカーペプチドを含み、リンカーペプチドは、MMとCM1-CM2基質の間に配置される。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、リンカーペプチドを含み、リンカーペプチドは、ABとCM1-CM2基質の間に配置される。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、第1のリンカーペプチド(LP1)および第2のリンカーペプチド(LP2)を含み、第1のリンカーペプチドは、MMとCM1-CM2基質の間に配置され、第2のリンカーペプチドは、ABとCM1-CM2基質の間に配置される。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、LP1およびLP2の各々は、約1~20アミノ酸長のペプチドであり、LP1およびLP2の各々は、同じリンカーである必要はない。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、LP1およびLP2の一方または両方は、グリシン-セリンポリマーを含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、LP1およびLP2の少なくとも一方は、(GS)n、(GSGGS)n(配列番号381)および(GGGS)n(配列番号382)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、nは、少なくとも1の整数である。これらの方法およびキットのいくついくつかの実施形態では、LP1およびLP2の少なくとも一方は、式(GGS)n(式中、nは少なくとも1の整数である)を有するアミノ酸配列を含む。これらの方法およびキットのいくついくつかの実施形態では、LP1およびLP2の少なくとも一方は、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む;Gly-Gly-Ser-Gly(配列番号383)、Gly-Gly-Ser-Gly-Gly(配列番号384)、Gly-Ser-Gly-Ser-Gly(配列番号385)、Gly-Ser-Gly-Gly-Gly(配列番号386)、Gly-Gly-Gly-Ser-Gly(配列番号387)、およびGly-Ser-Ser-Ser-Gly(配列番号388)。
これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、ABは、本明細書で提示される交差反応性抗体配列から選択される抗体または抗体フラグメント配列を含む。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、ABは、Fabフラグメント、scFvまたは単鎖抗体(scAb)を含む。
これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、切断剤は、標的と対象または試料中で共局在するプロテアーゼであり、CM1-CM2基質は、プロテアーゼに対する基質として機能するペプチドであり、プロテアーゼは、活性化可能抗体がそのプロテアーゼに暴露されると活性化可能抗体中のCM1-CM2基質を切断する。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、CM1-CM2基質のCM1基質配列およびCM2基質配列のそれぞれは独立に、最大15アミノ酸長のポリペプチドである。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、ABのN末端に結合される。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、ABのC末端に結合される。これらの方法およびキットのいくつかの実施形態では、CM1-CM2基質は、ABのVL鎖のN末端に結合される。
本開示の活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、診断用および予防用製剤に使用される。いくつかの実施形態では、活性化可能抗体は、前述の炎症、炎症性障害、癌または他の障害の1種または複数の発症の危険のある患者に投与される。
前述の障害の1種または複数に対する患者または器官の素因は、遺伝子型、血清学的または生化学的マーカーを使用して決定できる。
いくつかの実施形態では、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、1種または複数の前述の障害に関連する臨床兆候を有すると診断されたヒト個体に投与される。診断に基づいて、活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、臨床兆候の影響を軽減するかまたは回復するために投与される。
本開示の活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体はまた、患者試料中の標的の検出においても有用であり、従って、診断薬として有用である。例えば、本開示の活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体は、患者試料中の標的レベルを検出するために、インビトロアッセイ、例えばELISAにおいて使用される。
一実施形態では、本開示の活性化可能抗体は、固体支持体(例えば、マイクロタイタープレートのウェル)上に固定される。固定された活性化可能抗体は、試験試料中に存在する可能性のある任意の標的のための捕捉抗体としての役割をする。固定された抗体を患者試料と接触させる前に、固体支持体は、分析物の非特異的吸着を防ぐために、洗浄されかつ乳タンパク質またはアルブミンなどのブロッキング剤により処理される。
その後ウェルを、抗原を含むことが疑われる試験試料、または標準量の抗原を含む溶液で処理する。このような試料は、例えば、病状の特徴と見なされる循環抗原のレベルを有することが疑われる対象からの血清試料である。試験試料または標準物質を洗い流した後、固体支持体は、検出可能に標識された第2の抗体で処理される。標識された第2の抗体は、検出抗体として機能する。検出可能な標識のレベルが、測定され、試験試料中の標的抗原の濃度が、標準試料から作成された検量線との比較により決定される。
インビトロ診断アッセイで本開示の抗体を用いて得られた結果に基づいて、標的抗原の発現レベルに基づき患者における疾患を病期分類できることが、理解されよう。所定の疾患について、血液試料を、疾患の進行の様々な段階にある、および/または疾患の治療的処置での様々な時点にあると診断された対象から採取する。進行または治療の各段階に対し統計的に有意な結果を与える試料の集団を用いて、各段階の特徴と見なされ得る抗原の濃度範囲が、特定される。
活性化可能抗体および/または接合型活性化可能抗体はまた、診断および/またはイメージング方法において使用され得る。いくつかの実施形態では、このような方法は、インビトロ法である。いくつかの実施形態では、このような方法は、インビボ法である。いくつかの実施形態では、このような方法は、インサイツ法である。いくつかの実施形態では、このような方法は、エクスビボ法である。例えば、酵素的に切断可能なCM1-CM2基質を有する活性化可能抗体を、CM1-CM2基質を切断できる酵素の存在または非存在を検出するために使用できる。このような活性化可能抗体は、所定の宿主生物の所定の細胞または組織中の活性化された抗体(すなわち、活性化可能抗体の切断に起因する抗体)の蓄積の測定による酵素活性(または、いくつかの実施形態では、高められた還元電位の環境、例えば、ジスルフィド結合の還元を提供できる環境)のインビボ検出(例えば、定性的または定量的)を含み得る診断で使用できる。活性化された抗体のそのような蓄積は、組織が酵素活性(またはCM1-CM2基質の性質に依存して、高められた還元電位)を発現するのみならず、組織が、活性化抗体が結合する標的を発現することも示す。
例えば、CM1-CM2基質は、腫瘍の部位で、ウィルスまたは細菌感染の部位で、生物学的に閉じ込められた部位(例えば、膿瘍、器官等において)などの部位で見出されるプロテアーゼに対するプロテアーゼ基質であるように選択できる。ABは、標的抗原を結合するものであり得る。当業者によく知られている方法を使用して、検出可能な標識(例えば、蛍光標識または放射性標識または放射性トレーサー)を、ABまたは活性化可能抗体の他の領域に接合することができる。好適な検出可能な標識は、上記のスクリーニング方法に関連して考察されており、追加の特定の例を、以下に示す。その活性が目的の疾患組織において高められているプロテアーゼと共に、疾患状態のタンパク質またはペプチドに特異的なABを用いることにより、活性化可能抗体は、CM1-CM2基質特異的酵素が検出可能なレベルで存在しないかまたは疾患組織中より低いレベルで存在するか、または不活性である(例えば、チモーゲンの形態で、または阻害剤との複合体で)組織に比べて、疾患組織に対する高められた結合速度を示す。小タンパク質およびペプチドは腎濾過システムにより血液から急速に排出されるため、およびCM1-CM2基質に対し特異的な酵素は検出レベルで存在しない(または非疾患組織においては低レベルで存在するか、または不活性コンホメーションで存在する)ので、疾患組織中の活性化された抗体の蓄積は、非疾患組織と比較して増強される。
別の例では、活性化可能抗体は、試料中の切断剤の存在または非存在を検出するために使用できる。例えば、活性化可能抗体が酵素による切断を受けやすいCM1-CM2基質を含む場合、活性化可能抗体を、試料中の酵素の存在を検出するために(定性的にまたは定量的に)使用できる。別の例では、活性化可能抗体が還元剤による切断を受けやすいCM1-CM2基質を含む場合、活性化可能抗体を、試料中の還元状態の存在を検出するために(定性的または定量的に)使用できる。これらの方法での分析を促進するために、活性化可能抗体は、検出可能に標識されてよく、支持体(例えば、固体支持体、例えばスライドまたはビーズ)に結合されてよい。検出可能標識は、活性化可能抗体の切断後に放出されない部分の上に配置でき、例えば、検出可能標識は、消光蛍光標識、または切断が生じるまで検出できない他の標識であり得る。アッセイは例えば、固定され、検出可能的に標識された活性化可能抗体を、酵素および/または還元剤を含むことが疑われる試料と、切断が生じるのに十分な時間にわたり接触させること、次いで過剰の試料および混入物質を除去するために洗浄することにより実施できる。試料中の切断(例えば、酵素または還元剤による)の存在または非存在が次に、試料との接触の前の活性化可能抗体の検出可能シグナルの変化、例えば、試料中の切断剤による活性化可能抗体の切断による検出可能シグナルの存在および/または増大、により評価される。
このような検出方法は、切断されると活性化可能抗体のABを結合できる標的の存在または非存在の検出を提供するようにも適合され得る。したがって、アッセイは、切断剤の存在または非存在、および目的の標的の存在または非存在を評価するように適合されてよい。切断剤の存在または非存在は、上記のような活性化可能抗体の検出可能レベルの存在および/または増大により検出でき、標的の存在または非存在は、標的-AB複合体の検出により、例えば、検出可能に標識された抗標的抗体の使用により、検出できる。
活性化可能抗体はまた、例えば、プロテアーゼ切断による、活性化可能抗体の活性化、および特定の標的への結合の検証のためのインサイツイメージングにおいても有用である。インサイツ画像処理は、細胞培養物または組織切片などの生体試料中におけるタンパク質分解活性および標的の局在化を可能にする、技術である。この技術を使用して、検出可能な標識(例えば、蛍光標識)の存在に基づき所定の標的への結合およびタンパク質分解活性の両方を、確認できる。
これらの技術は、疾患部位(例えば、腫瘍組織)または健康組織由来の任意の凍結細胞または組織で有用である。これらの技術は、新しい細胞または組織試料でも有用である。
これらの技術では、活性化可能抗体は、検出可能標識により標識される。検出可能な標識は、蛍光色素(フルオレセインイソチオシアネート(FITC)、ローダミンイソチオシアネート(TRITC)、近赤外(NIR)色素(例えば、Qdot(登録商標)ナノ結晶)、コロイド金属、ハプテン、放射性マーカー、ビオチンおよびストレプトアビジンなどの増幅試薬、または酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ)であり得る。
標識された活性化可能抗体と共にインキュベートされた試料中の標識の検出は、試料が標的を含みかつ活性化可能抗体のCM1-CM2基質に対し特異的であるプロテアーゼを含むことを示唆する。いくつかの実施形態では、プロテアーゼの存在は、広範囲のプロテアーゼ阻害剤、例えば本明細書に記載されるものを用いて、および/またはプロテアーゼに対し特異的である薬剤、例えば、プロテアーゼマトリプターゼ(MT-SP1)に対し特異的であり、マトリプターゼのタンパク質分解活性を阻害する、抗体、例えば、A11を用いて、確認できる;例えば、2010年11月11日に公開の国際公開第WO2010/129609号を参照されたい。広範囲のプロテアーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載されるものを使用する、および/またはより選択的阻害剤を用いる同じ手法が、活性化可能抗体のCM1-CM2基質に対し特異的なプロテアーゼ、またはプロテアーゼの種類を特定するために使用され得る。いくつかの実施形態では、標的の存在は、その標的に特異的な薬剤、例えば、別の抗体を使用して確認でき、または、検出可能な標識を、標識されていない標的と競合させることができる。いくつかの実施形態では、標識されていない活性化可能抗体を、標識された二次抗体またはより複雑な検出システムによる検出でに使用し得る。
類似の技術は、インビボイメージングにも有用であり、対象、例えば、ヒトを含む哺乳動物における蛍光シグナルの検出は、疾患部位が標的を含み、かつ活性化可能抗体のCM1-CM2基質に対し特異的であるプロテアーゼを含むことを示す。
これらの技術はまた、活性化可能抗体中のプロテアーゼ特異的CM1-CM2基質に基づく、種々の細胞、組織および生物におけるプロテアーゼ活性の検出、特定または特徴づけのための、キットにおいておよび/または試薬としても有用である。
いくつかの実施形態では、インサイツイメージングおよび/またはインビボイメージングは、治療する患者を特定するための方法において有用である。例えば、インサイツイメージングでは、活性化可能抗体は、適切な位置で、例えば、腫瘍部位で、適切なプロテアーゼおよび標的を有するそれらの患者を特定するために患者試料をスクリーンするために使用される。
いくつかの実施形態では、インサイツイメージングは、本開示の活性化可能抗体による治療のために適切な患者集団を特定するか、あるいはさらに絞り込むために使用される。例えば、標的、および試験される活性化可能抗体中の切断可能部分(CM1-CM2基質)において基質を切断するプロテアーゼの両方について陽性である患者(例えば、疾患部位で、活性化された抗体を蓄積する)は、そのようなCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定される。同様に、これらの方法を用いて試験される、標的、および活性化可能抗体中のCM1-CM2基質において基質を切断するプロテアーゼのいずれかまたは両方について陰性である患者は、別の形の治療のための適切な候補として特定され得る(すなわち、試験された活性化可能抗体による治療には好適でない)。いくつかの実施形態では、第1の活性化可能抗体に関して陰性であるそのような患者は、治療のための適切な活性化可能抗体(例えば、疾患の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体)が特定されるまで、異なるCMを含む他の活性化可能抗体により試験され得る。
いくつかの実施形態では、インビボイメージングは、本開示の活性化可能抗体による治療のために適切な患者集団を特定するか、あるいはさらに絞り込むために使用される。例えば、標的、および試験される活性化可能抗体中の切断可能部分(CM1-CM2基質)において基質を切断するプロテアーゼの両方について陽性である患者(例えば、疾患部位で、活性化された抗体を蓄積する)は、そのようなCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体による治療のための適切な候補として特定される。同様に、陰性である患者は、別の形の治療のための適切な候補として特定され得る(すなわち、試験された活性化可能抗体による治療に好適でない)。いくつかの実施形態では、第1の活性化可能抗体に関して陰性であるそのような患者は、治療のための適切な活性化可能抗体(例えば、疾患の部位で患者により切断されるCM1-CM2基質を含む活性化可能抗体)が特定されるまで、異なるCMを含む他の活性化可能抗体により試験され得る。
医薬組成物
本開示の複合化抗体、活性化可能抗体、および/または接合型活性化可能抗体(本明細書において「活性化合物」とも称する)、およびその誘導体、フラグメント、類似体および相同体は、投与のために適切な医薬組成物中に組込まれ得る。このような組成物は、典型的には、接合型抗体、活性化可能抗体、および/または接合型活性化可能抗体および薬学的に許容可能な担体を含む。本明細書で使用される「薬学的に許容可能な担体」という用語は、薬学的投与に適合する任意のすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むことが意図される。好適な担体は、本分野の標準的な参考テキストである、Remington’s Pharmaceutical Sciencesの最新版に記載され、この文献は、参照により本明細書に組み込まれる。このような担体または希釈剤の好適な例としては、限定されないが、水、生理食塩水、リンゲル液、デキストロース溶液、および5%ヒト血清アルブミンが挙げられる。リポソームおよび不揮発性油などの非水性ビークルも使用され得る。薬学的に活性な物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野において周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除いて、組成物中でのこれらの使用が意図される。補助的な活性化合物も組成物中に組み込まれてよい。
本開示の医薬組成物は、その意図された投与経路に適合するように処方される。投与経路の例としては、非経口、例えば静脈内、皮内、皮下、経口(例えば、吸入)、経皮(すなわち局所)、経粘膜、および直腸投与が挙げられる。非経口、皮内、もしくは皮下適用に使用される溶液または懸濁液としては、次の成分:注射用の水、食塩水溶液、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、もしくは他の合成溶媒のような無菌希釈剤、ベンジルアルコールもしくはメチルパラベンのような抗菌剤、アスコルビン酸もしくは亜硫酸水素ナトリウムのような酸化防止剤、エチレンジアミン四酢酸(EDTA)のようなキレート化剤、アセテート、シトレート、もしくはホスフェートのような緩衝剤、ならびに、塩化ナトリウムもしくはデキストロースのような張度調節用の薬剤を挙げることができる。pHは、塩酸または水酸化ナトリウムなどの酸または塩基により調節できる。非経口用調製剤は、ガラスもしくはプラスチック製のアンプル、使い捨て注射器、または反復投与用バイアル瓶に封入できる。
注射用途に適した医薬組成物としては、無菌水溶液(水溶性の場合)または分散液、および無菌の注射可能溶液もしくは分散液の即時調製用の無菌粉末が挙げられる。静脈内投与の場合、好適な担体としては、生理食塩水、静菌水、クレモフォアEL(商標)(BASF、Parsippany、N.J.)またはリン酸緩衝生理食塩水(PBS)が挙げられる。すべての場合において、組成物は無菌でなければならず、注射が容易にできる程度に流動性である必要がある。それは、製造および貯蔵条件下で安定でなければならず、細菌及び菌類のような微生物の汚染作用に対し保護されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど)、ならびにこれらの適切な混合物を含有する、溶媒または分散媒であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用、分散液の場合は必要な粒径の維持、および界面活性剤の使用により維持できる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどにより達成できる。いくつかの実施形態では、等張剤、例えば、糖、ポリアルコール、例えば、マンニトール、ソルビトール、塩化ナトリウムを組成物に含めることが望ましい。注射可能な組成物の長期吸収は、組成物中に、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含めることにより生じさせ得る。
滅菌注射液は、必要な量の活性化合物を、必要に応じて上記で列挙した成分の1種または組み合わせと共に適切な溶媒中に組み込み、その後ろ過滅菌することにより調製できる。一般に、分散液は、活性化合物を、基本的な分散媒および上記に列挙したもの由来の必要な他の成分を含む滅菌ビークルに組み込むことにより調製される。無菌の注射可能な溶液を調製するための無菌粉末の場合、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、活性成分の粉末および以前に滅菌ろ過した溶液から任意の追加の所望の成分が得られる。
経口組成物は一般に、不活性希釈剤または食用の担体を含む。それらは、ゼラチンカプセルに封入でき、または加圧して錠剤にできる。治療用経口投与では、活性化合物を、賦形剤とともに組み込むことができ、錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用できる。経口組成物はまた、うがい薬としての使用のために流体担体を用いて調製でき、その際、流体担体中の化合物は、経口適用され、うがいをして吐き出されるかまたは飲み込まれる。薬学的に適合性のある結合剤、および/または補助物質を、組成物の一部として含めることができる。錠剤、丸薬、カプセル、トローチ剤などは、微結晶セルロース、トラガカントガム、もしくはゼラチンなどの結合剤、デンプンもしくはラクトースなどの賦形剤、アルギン酸、プリモゲル、もしくはコーンスターチのような崩壊剤、ステアリン酸マグネシウムもしくはステロートなど滑沢剤、コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤、スクロースもしくはサッカリンなどの甘味剤、または、ペパーミント、サリチル酸メチル、もしくはオレンジフレーバのような香味料のいずれかの成分または化合物を含み得る。
吸入による投与の場合、化合物は、好適な噴射剤、例えば、二酸化炭素などのガスを含む加圧容器またはディスペンサーからのエアロゾルスプレー、またはネブライザーの形態で送達される。
全身投与はまた、経粘膜または経皮的手段によることもできる。経粘膜または経皮的投与の場合、通過すべきバリアに適した浸透剤が、配合物中で使用される。このような浸透剤は通常、当技術分野において既知であり、例えば、経粘膜投与のために、浄化剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体を含む。経粘膜投与は、鼻内噴霧または坐剤の使用により達成され得る。経皮的投与の場合、活性化合物は、当該技術分野において一般に知られているように、軟膏、膏薬、ゲル、またはクリームに処方される。
化合物は、坐剤(例えば、ココアバターおよび他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を用いて)または直腸送達用の停留かん腸剤の形態でも調製され得る。
一実施形態では、活性化合物は、インプラントおよびマイクロカプセル化デリバリーシステムを含む、制御放出製剤などの、化合物が身体から急速に排泄されるのを防ぐ担体とともに調製される。エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性、生体適合性ポリマーを、使用できる。このような製剤の調製方法は、当業者には自明である。材料は、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals,Incから商業的に入手することもできる。リポソーム懸濁液(ウィルス抗原に対するモノクローナル抗体を用いて感染細胞を標的とするリポソームを含む)も、薬学的に許容される担体として使用できる。これらは、例えば、米国特許第4,522,811号に記載の、当業者に既知の方法に従って調製され得る。
投与を容易にするために、また投薬量を一様にするために、経口または非経口組成物を投与単位剤形に処方することが特に有利である。本明細書で使用される投与単位剤形は、治療すべき被験体にとって1回投薬量として適した物理的に別個の単位を指し、各単位は、必要な医薬担体と関連して所望の治療効果を生み出すように計算された、所定の量の活性化合物を含有する。本開示の投与単位剤形の仕様は、活性化合物の固有の特性および得られる特定の治療効果、ならびに個体の治療のためにこのような活性化合物を配合する技術上の固有の制約によって決定され、また、それらに直接依存する。
医薬組成物は、投与のための指示書と共に容器、パック、またはディスペンサーに含められてよい。
本発明は、以下の実施例でさらに説明され、これらは、特許請求の範囲に記載される本発明の範囲を限定するものではない。
実施例
実施例1:活性化可能抗体およびマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)切断可能基質
本明細書で提供される試験は、本開示の例示的マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質および本開示のMMP基質を含む例示的活性化可能抗体について記載する。
例示的活性化可能抗体を、それぞれ1つが、表1に記載のMMP基質の1種を含むように構築した。配列を表2に記載した本開示の例示的活性化可能抗体は、上皮成長因子受容体(EGFR)に特異的に結合するマウス/ヒトキメラモノクローナル抗体をベースにした抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含む。例示的活性化可能抗体はまた、ABの軽鎖のN末端に結合されたプロドメインを含む。各プロドメインは、マスキング部分(MM)および切断可能部分(CM)を含み、CMは、表1の少なくとも1つのMMP基質配列を含む。
Figure 2022512124000013
表2:活性化可能抗体配列
抗EGFR活性化可能抗体(c225v5)重鎖(アミノ酸配列)(配列番号400)
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抗EGFR活性化可能抗体軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号399)
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抗EGFR活性化可能抗体軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号401)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-NSUB)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号402)
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抗EGFR活性化可能抗体軽鎖(c225v5-3954-4001SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号403)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4001LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号404)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4002SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号405)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4003SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号406)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4004LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号407)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4005SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号408)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4006SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号409)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4006LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号410)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4007SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号411)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4008SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号412)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4008LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号413)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4009SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号414)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4010SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号415)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4011SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号416)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4012SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号417)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4013SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号418)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4013LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号419)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4014SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号420)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4015SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号421)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4015LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号422)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-4016)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号423)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-2011LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号480)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-3011LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号481)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-1001SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号482)
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抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-1001LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号483)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGSSGGSGGSGGSGISSGLLSSGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-1004SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号484)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSAVGLLAPPGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-1004LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号485)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGSSGGSGGSGGSGPAVGLLAPPGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-1005SL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号486)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSGPSHLVLTGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-1005LL)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号487)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGSSGGSGGSGGSGGPSHLVLTGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
実施例2:MMP切断可能基質を有する活性化可能抗体のインビトロ安定性
本明細書で提供される試験は、本開示のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む活性化可能抗体のインビトロ安定性を評価する。
本開示の活性化可能抗体の安定性を、組換えMMP9または組換えMMP14マトリックスメタロプロテアーゼの存在下で測定した。各活性化可能抗体(100μg/mL)を、50mMの示した組換えプロテアーゼと共に37℃で24時間インキュベートし、切断された活性化可能抗体の画分を、それぞれのプロテアーゼ酵素についてキャピラリー電気泳動法により測定した。このインビトロ試験の結果を、表3にまとめる。
これらの例示的結果は、本開示の基質が、MMP9またはMMP14による広範な切断性を示したことを示す。これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも85%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)、DLAHPLL(配列番号2)、またはRGPKLYW(配列番号6)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも90%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
Figure 2022512124000014
実施例3:MMP切断可能基質を有する活性化可能抗体のインビボ安定性
本明細書で提供される試験は、本開示のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む活性化可能抗体のインビボ安定性を評価する。
これらの例示的試験は、1回分の活性化可能抗体をマウスに投与し、その後、ウェスタンブロットで血漿中の切断が観察された活性化可能抗体の画分をウェスタンブロットにより測定することにより、本開示のMMP基質を含む活性化可能抗体の安定性を測定した。安定性を、基質、例えば、少なくとも1種のMMP基質および少なくともセリンプロテアーゼ基質を含む2011(ISSGLLSGRSDNP、配列番号21)、および3011(AVGLLAPPGGLSGRSDNP、配列番号22)または少なくとも1種のMMP基質を含む基質1001(ISSGLLSS、配列番号17)を有する他の既知の活性化可能抗体と比較した。
この試験では、約7~8週齢のnu/nuマウスの腹腔内に、12.5mg/kgの投与量で示した試験品を投与した。投与の7日後に、終末血を心臓穿刺により収集し、収集後1時間以内に血漿へと処理した。収集した試料を、リン酸塩緩衝生理食塩水中で1:100に希釈し、変性させ、A110UKヤギ抗ヒトIgG抗体(American Qualex)および抗ヤギ二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を用いるWESウェスタンブロットプロトコル(Protein Simple)を用いて分析した。切断された活性化可能抗体の画分を、切断された活性化可能抗体に対応するより高い移動度のポリペプチドの画分を定量化することにより決定した。これらの例示的アッセイの結果を、表4および図1にまとめる。
Figure 2022512124000015
これらの例示的結果は、本開示のMMP基質を含む特定の活性化可能抗体が、セリンプロテアーゼおよびMMP基質の両方を有する活性化可能抗体より高いインビボ安定性を示すことを明らかにした。
これらの例示的結果はまた、インビボ安定性インビボ安定性が30%活性化未満である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)またはRGPKLYW(配列番号6)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、インビボ安定性インビボ安定性が25%活性化未満である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)またはRGPKLYW(配列番号6)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
実施例4:MMP切断可能基質を有する活性化可能抗体のマスキング効率
本明細書で提供される試験は、本開示のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む活性化可能抗体のインビトロマスキング効率を評価する。
これらの試験では、固相結合アッセイ(ELISA)を使用して、本開示のMMP基質を含む抗EGFR活性化可能抗体の組換えEGFRに対する結合親和性を実証した。図2Aおよび2Bに示すように、本開示の示した基質を有する活性化可能抗体のEGFRに対する結合親和性を、測定し、c225v5親抗体と比較した。マスキング効率を、既知の基質、例えば、少なくとも1種のMMP基質および少なくともセリンプロテアーゼ基質を含む2001(ISSGLLSGRSDNH、配列番号23)または少なくとも1種のMMP基質を含む基質1001(ISSGLLSS、配列番号17)、1004(AVGLLAPP、配列番号18)、および1005(GPSHLVLT、配列番号19)を有する、他の活性化可能抗体と比較した。これらの例示的結果の要約を、表5および図2Aおよび2Bに示す。
これらの例示的結果は、MMP基質が活性化可能抗体のマスキング部分のマスキング効率に影響を与え、いくつかの事例では、活性化可能抗体のプロドメイン中のマスキング部分の見かけのマスキング効率が次第に増加することを示した。
これらの例示的結果はまた、マスキング効率が70より大きい、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)、RGPKLYW(配列番号6)、またはRFPYGVW(配列番号7)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、マスキング効率が160より大きい、一群の基質も示す。これらの例示的結果はまた、マスキング効率が160~350である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)またはRFPYGVW(配列番号7)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
Figure 2022512124000016
実施例5:抗EGFR活性化可能抗体のインビボ有効性
本明細書で提供される試験は、マウスH292(ヒト肺癌細胞株)異種移植モデルを用いて、本開示のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む活性化可能抗体のインビボ有効性を評価する。
これらの試験では、6~8週齢の雌nu/nuマウス中のH292(ヒト肺癌由来細胞株)皮下異種移植腫瘍を、180~260mmの平均体積に増殖させた。H292細胞株は、抗EGFR抗体セツキシマブに応答する。マウスを次に、各7匹のマウスの群に無作為化し、各群に対し、示した試験品の10mg/kgを1日目に、腹腔内に投与した。平均腫瘍体積±SEMを、図3Aに示すように、試験品投与後のそれぞれの時点に対しプロットした。図3Bは、示した基質またはセツキシマブまたは免疫グロブリン(IVIG)対照を含む活性化抗体で治療した各マウスについての、28日目の絶対腫瘍体積の分布を示す。有効性を、既知の基質、例えば、少なくとも1種のMMP基質を含む1001(ISSGLLSS)、1004(AVGLLAPP)、および1005(GPSHLVLT)を有する活性化可能抗体、または非切断性グリシン-セリンリンカー(NSUB)を有する活性化可能抗体で測定した。
図3Aおよび3Bに示すように、本開示のMMP基質を有する特定の活性化可能抗体は、プロドメインを欠くセツキシマブと同等のインビボ有効性を示した。
実施例6:抗EGFR活性化可能抗体のインビボ腫瘍内活性化
本明細書で提供される試験は、マウスH292(ヒト肺癌細胞株)異種移植モデルに投与後の本開示のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む活性化可能抗体のインビボ腫瘍内活性化を評価する。
これらの試験では、6~8週齢の雌nu/nuマウス中のH292(ヒト肺癌由来細胞株)皮下異種移植腫瘍を、180~260mmの平均体積に増殖させた。H292細胞株は、抗EGFR抗体セツキシマブに応答する。マウスを次に、各7匹のマウスの群に無作為化し、各群に対し、示した試験品の10mg/kgを1日目に腹腔内に投与した。各マウスを、示した基質を有する、またはセツキシマブまたは免疫グロブリン(IVIG)対照を有する活性化抗体で治療した。有効性を、既知の基質、例えば、少なくとも1種のMMP基質を含む1001(ISSGLLSS、配列番号17)、1004(AVGLLAPP、配列番号18)、および1005(GPSHLVLT、配列番号19)を有する活性化可能抗体、または非切断性グリシン-セリンリンカー(NSUB)を有する活性化可能抗体で測定した。
腫瘍および血漿を、投与の4日後のマウスから収集した。腫瘍組織を、HALTプロテアーゼ阻害剤カクテル(Thermo Fisher)およびEDTA含有免疫沈降緩衝液(Pierce)で溶解し、さらにBarocycler(Pressure Bioscience)を用いて溶解した。試料を、A110UKヤギ抗ヒトIgG抗体(American Qualex)および抗ヤギ二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を用いるWESウェスタンブロットプロトコル(Protein Simple)を用いて分析した。切断された活性化可能抗体の画分を、切断された活性化可能抗体に対応するより高い移動度のポリペプチドの画分を定量化することにより決定した。これらの例示的アッセイの結果を、表6および図4にまとめる。
本開示のMMP基質を有する特定の活性化可能抗体の性質の要約を、表6に示す。実施例3、表4からの示した試験品のインビボ安定性を、比較として提示する。これらの例示的結果は、MMP基質4001が、MMP9およびMMP14の両方による切断性を含む、望ましい特性を実証したことを示す。いくつかの基質はまた、他の参照MMP基質(1001および1004)より高い相対的安定性を示した。
これらの例示的結果はまた、インビボ非腫瘍安定性および/または腫瘍内安定性が30%活性化未満である、一群の基質も示す。これらの例示的結果はまた、インビボ非腫瘍安定性および/または腫瘍内安定性が20%~30%活性化である、一群の基質も示す。これらの例示的結果はまた、インビボ非腫瘍安定性および/または腫瘍内安定性が22%~27%活性化である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、ALAHGLF(配列番号1)、RGPKLYW(配列番号6)、またはRFPYGVW(配列番号7)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
Figure 2022512124000017
実施例7:活性化可能抗体およびタンデム切断可能基質
本明細書で提供される試験は、本開示のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質により切断可能な少なくとも1種の基質およびセリンプロテアーゼにより切断可能な少なくとも1種の基質を含む、本開示の例示的タンデム基質について記載する。
例示的活性化可能抗体を、それぞれ1つが表7に記載のタンデム基質の1種を含むように構築した。配列が表7に記載される本開示の例示的活性化可能抗体は、上皮成長因子受容体(EGFR)に特異的に結合するマウス/ヒトキメラモノクローナル抗体をベースにした抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)を含む。例示的活性化可能抗体はまた、ABの軽鎖のN末端に結合したプロドメインを含む。各プロドメインは、マスキング部分(MM)および切断可能部分(CM)を含み、CMは、表7の少なくとも1種のタンデム基質配列を含む。
Figure 2022512124000018

表7:活性化可能抗体配列
抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5001)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号450)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSLSGRSALAHGLFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5002)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号451)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSALAHGLFSGRSANGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5003)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号452)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSHVPRQVLSGRSGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5004)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号453)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSHVPRQVLSGRSANGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5005)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号454)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSTARGPALAHGLFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5006)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号455)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSTARGPVPRQVGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5007)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号456)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSAPRSALAHGLFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5008)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号457)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSALAHGLFAPRSFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5009)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号458)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSHVPRQVAPRSFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5010)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号459)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSALAHGLPTFVHLGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5011)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号460)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSGLPTFVHLPRQVGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5012)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号461)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSAANALAHGLFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-5013)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号462)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSGPTNALAHGLFGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-2001)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号488)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSISSGLLSGRSDNHGSSGTQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-2001TT)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号489)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSISSGLLSGRSDNHGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

抗EGFR活性化可能抗体(c225v5-3954-3001)軽鎖(アミノ酸配列)(配列番号490)
QGQSGQCISPRGCPDGPYVMYGGGSSGGSAVGLLAPPGGLSGRSDNHGGGSQILLTQSPVILSVSPGERVSFSCRASQSIGTNIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVESEDIADYYCQQNNNWPTTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
実施例8:タンデム基質を有する活性化可能抗体のインビトロ安定性
本明細書で提供される試験は、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質により切断可能な少なくとも1種の基質およびセリンプロテアーゼにより切断可能な少なくとも1種の基質を含む、本開示の例示的タンデム基質を含む活性化可能抗体のインビトロ安定性を評価する。
本開示の活性化可能抗体の安定性を、示した組換えプロテアーゼ(マトリプターゼ、レグマイン、好中球エラスターゼ、MMP2、MMP9、およびMMP14)の存在下で測定した。各活性化可能抗体(250nM / 38.5μg/mL)を、10mMの示したプロテアーゼと共に37℃で24時間インキュベートし、切断された活性化可能抗体の画分を、それぞれのプロテアーゼ酵素についてキャピラリー電気泳動法により測定した。試料を、A110UKヤギ抗ヒトIgG抗体(American Qualex)および抗ヤギ二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を用いるWESウェスタンブロットプロトコル(Protein Simple)を用いて分析した。切断された活性化可能抗体の画分を、切断された活性化可能抗体に対応するより高い移動度のポリペプチドの画分を定量化することにより特定した。このインビトロ試験の例示的結果を、表8Aにまとめる。
加えて、示したプロテアーゼ酵素を用いて本開示の示した基質の切断性動力学(すなわち、Kcat/Km(M-1-1))を測定するための例示的試験を実施した。このインビトロ試験の例示的結果を、表8Aにまとめる。
これらの例示的結果は、本開示の基質が、示されたプロテアーゼによる広範な切断性を示したことを示す。
これらの例示的結果は、本開示のタンデム基質がマトリプターゼ、MMP9、MMP14、レグマイン、および/または好中球エラスターゼ酵素による広範な切断性を示したことを示す。これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも30%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも50%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも70%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)またはAPRSALAHGLF(配列番号31)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも15%でありマトリプターゼの切断性が少なくとも50%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、APRSALAHGLF(配列番号31)、またはALAHGLFAPRSF(配列番号32)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも15%であり好中球エラスターゼの切断性が少なくとも30%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも30%であり好中球エラスターゼの切断性が少なくとも30%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも50%であり好中球エラスターゼの切断性が少なくとも50%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
これらの例示的結果はまた、MMP9およびMMP14の切断性が両方とも少なくとも70%であり好中球エラスターゼの切断性が少なくとも70%である、一群の基質も示す。いくつかの実施形態では、このような基質は、LSGRSALAHGLF(配列番号25)またはAPRSALAHGLF(配列番号31)のアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドを含み得る。
Figure 2022512124000019

Figure 2022512124000020
実施例9:タンデム基質を有する抗EGFR活性化可能抗体のインビボ有効性
本明細書で提供される試験は、マウスH292(ヒト肺癌細胞株)異種移植モデルを用いて、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)基質および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ基質を含む本開示の活性化可能抗体のインビボ有効性を評価する。
これらの試験では、6~8週齢の雌nu/nuマウス中のH292(ヒト肺癌由来細胞株)皮下異種移植腫瘍を、180~260mmの平均体積に増殖させた。H292細胞株は、抗EGFR抗体セツキシマブに応答する。マウスを次に、各7匹のマウス群に無作為化し、各群に対し、示した試験品の12.5mg/kgを1日目に腹腔内に投与した。平均腫瘍体積±SEMを、図6に示すように、試験品投与後のそれぞれの時点に対しプロットした。各マウスを、示した基質、またはセツキシマブまたは免疫グロブリン(IVIG)対照を有する活性化抗体で治療した。有効性を、既知の基質、例えば、2001(ISSGLLSGRSDNH)および3001(AVGLLAPPGGLSGRSDNH)を有する活性化可能抗体を用いて測定した。
インビボ安定性アッセイに加えて、腫瘍内アッセイを、図7に示すように示した活性化可能抗体を用いて実施した。腫瘍および血漿を、投与の4日後のマウスから収集した。腫瘍組織を、HALTプロテアーゼ阻害剤カクテル(Thermo Fisher)およびEDTA含有免疫沈降緩衝液(Pierce)で溶解し、さらにBarocycler(Pressure Bioscience)を用いて溶解した。試料を、A110UKヤギ抗ヒトIgG抗体(American Qualex)および抗ヤギ二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を用いるWESウェスタンブロットプロトコル(Protein Simple)を用いて分析した。切断された活性化可能抗体の画分を、切断された活性化可能抗体に対応するより高い移動度のポリペプチドの画分を定量化することにより特定した。これらの例示的アッセイの結果を、図7にまとめる。
図6に示すように、本開示のタンデムMMP基質およびセリンプロテアーゼ基質を有する特定の活性化可能抗体は、プロドメインを欠くセツキシマブと同等のインビボ有効性を示した。
実施例10:タンデム基質を有する活性化可能抗体のマスキング効率
本明細書で提供される試験は、タンデムマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)およびセリンプロテアーゼ基質を含む本開示の活性化可能抗体のインビトロマスキング効率を評価する。
これらの試験では、固相結合アッセイ(ELISA)を使用して、本開示のMMP基質を含む、抗EGFR活性化可能抗体の組換えEGFRに対する結合親和性を実証した。本開示の示された基質を有する活性化可能抗体のEGFRに対する結合親和性を、測定し、c225v5親抗体と比較した。これらの例示的結果の要約を、表9および図8に示す。
これらの例示的結果は、タンデム基質が活性化可能抗体のマスキング部分の見かけマスキング効率を高めることにより効果を有したことを示した。
Figure 2022512124000021
実施例11:タンデム基質を有する活性化可能抗体のインビボ安定性
本明細書で提供される試験は、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)により切断可能な少なくとも1種の基質およびセリンおよび/またはシステインプロテアーゼにより切断可能な少なくとも1種の基質を含む、本開示の例示的タンデム基質を含む活性化可能抗体のインビボ安定性を評価する。
これらの例示的試験は、1回分の活性化可能抗体をマウスに投与すること、その後、血漿中の切断が観察された活性化可能抗体の画分をウェスタンブロットにより測定することにより、本開示のMMP基質を含む活性化可能抗体の安定性を測定した。安定性を、基質、例えば、少なくとも1種のMMP基質および少なくともセリンプロテアーゼ基質を含む2001(ISSGLLSGRSDNH)、および3001(AVGLLAPPGGLSGRSDNH)を有する、他の既知の活性化可能抗体と比較した。
この試験では、約7~8週齢のnu/nuマウスの腹腔内に、12.5mg/kgの投与量で示した試験品を投与した。投与の7日後に、終末血を、心臓穿刺により終末血を収集し、収集後1時間以内に血漿へと処理した。収集した試料を、リン酸塩緩衝生理食塩水中で1:100に希釈し、変性させて、A110UKヤギ抗ヒトIgG抗体(American Qualex)および抗ヤギ二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を用いるWESウェスタンブロットプロトコル(Protein Simple)を用いて分析した。切断された活性化可能抗体の画分を、切断された活性化可能抗体に対応するより高い移動度のポリペプチドの画分を定量化することにより特定した。これらの例示的アッセイの結果を、表10にまとめる。
これらの例示的結果は、本開示のタンデム基質を含む特定の活性化可能抗体が、セリンプロテアーゼおよびMMP基質の両方を有する活性化可能抗体より高いインビボ安定性を示したことを明らかにした。
Figure 2022512124000022
実施例12:抗EGFR活性化可能抗体のインビボ腫瘍組織活性化
本明細書で提供される試験は、ヒト腫瘍溶解物により、本開示のタンデム基質を含む活性化可能抗体のインビトロ活性化を評価する。
これらの試験では、ヒト腫瘍組織(頭頸部癌または膵臓癌)を、図9に示される基質を有する抗EGFR活性化可能抗体と共にインキュベートした。例示的結果は、5007基質(APRSALAHGLF;配列番号31)を有する活性化可能抗体が、タンデム基質2001(ISSGLLSGRSDNH;配列番号23)または3001(AVGLLAPPGGLSGRSDNH;配列番号24)を有する活性化可能抗体に比べて、より高いレベルの活性化を示すことを明らかにした。
さらなる試験では、本発明の5007タンデム基質(APRSALAHGLF;配列番号31)を有する活性化可能抗体の類似の活性化試験を、ガラルジン(galardin)、EDTA、アプロチニン、またはシベレスタットから選択されるクラス特異的プロテアーゼ阻害剤を用いて頭頸部腫瘍組織または膵臓腫瘍組織で実施した。試験は、広域性のセリンプロテアーゼ阻害剤であるアプロチニンが活性化の量を5%以下に低下させたことを示した。比較すると、他の3種の阻害剤による処理は、非阻害剤対照試験と同等のレベルの活性化を示した。これらの例示的結果は、この活性化がMMP阻害剤(ガラルジン、EDTA)または好中球エラスターゼ阻害剤(シベレスタット)により阻害されないことを示した。
他の実施形態
本発明をその詳細な説明と共に記載してきたが、前出の説明は、添付の特許請求の範囲によって定められる本発明の範囲を例示することを意図しており、限定することを意図するものではない。他の態様、利点、および変形は、下記の範囲内に入る。

Claims (159)

  1. タンデム基質を含む単離ポリペプチドであって、前記タンデム基質が、少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)に対する基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)および少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)またはシステインプロテアーゼ(CP)に対する基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)を含み、CM1が、アミノ酸配列AHGL(配列番号54)またはPRQV(配列番号61)を含み、前記タンデム基質のN末端からC末端への配置が、CM1-CM2またはCM2-CM1である、単離ポリペプチド。
  2. CM1が、ALAHGLF(配列番号1)、ALAHGL(配列番号52)、LAHGLF(配列番号50)、LAHGL(配列番号53)、およびAHGLF(配列番号51)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  3. CM1が、HVPRQV(配列番号8)およびVPRQV(配列番号60)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  4. CM1およびCM2が、連結ペプチドを介して連結される、請求項1~3のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  5. CM1とCM2が、互いに直接連結される、請求項1~3のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  6. 前記CM2が、CP酵素に対する基質を含み、かつ前記CP酵素が、レグマインである、請求項1~5のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  7. 前記CM2が、ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるSP酵素に対する基質を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  8. CM2が、ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるSP酵素に対する基質、およびCP酵素に対する基質を含み、かつ前記CP酵素が、レグマインである、請求項1~7のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  9. 前記MMPが、MMP2、MMP9、またはMMP14である、請求項1~8のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  10. CM2が、SGR、LSGR(配列番号73)、ARG、PRS、TFVH(配列番号141)、AAN、SAN、LPTFV(配列番号140)、およびGPTN(配列番号152)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~9のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  11. CM2が、SGR、LSGR(配列番号73)、LSGRS(配列番号72)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRSA(配列番号110)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSDNP(配列番号90)、LSGRSDNI(配列番号84)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSANP(配列番号114)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDIH(配列番号100)、およびLSGRSDDH(配列番号104)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  12. CM2が、ARGP(配列番号128)、TARG(配列番号125)、およびTARGP(配列番号124)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  13. CM2が、APRSF(配列番号130)、APRS(配列番号131)、およびPRSF(配列番号132)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  14. CM2が、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号150)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  15. CM2が、GLPTFVHL(配列番号135)、GLPTFVH(配列番号136)、GLPTFV(配列番号137)、LPTFVHL(配列番号138)、LPTFVH(配列番号139)、およびLPTFV(配列番号140)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  16. CM2が、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号150)からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに、SGR、LSGR(配列番号73)、LSGRS(配列番号72)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRSA(配列番号110)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSDNP(配列番号90)、LSGRSDNI(配列番号84)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSANP(配列番号114)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDIH(配列番号100)、およびLSGRSDDH(配列番号104)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  17. 前記タンデム基質のN末端からC末端への配置が、CM1-CM2である、請求項1~16のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  18. 前記タンデム基質のN末端からC末端への配置が、CM2-CM1である、請求項1~16のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  19. 前記タンデム基質が、
    (a)配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (b)配列番号25、26、29、31、32、34、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (c)配列番号27、28、30、33、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (d)配列番号25、29、31、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (e)配列番号26、32、および34からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (f)配列番号27、28、および33からなる群より選択されるアミノ酸配列、および
    (g)配列番号30および35からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~18のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  20. 単離ポリペプチドであって、
    標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、
    少なくとも1種のマトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)のための基質である少なくとも第1の切断可能部分(CM1)、および
    少なくとも1種のセリンプロテアーゼ(SP)またはシステインプロテアーゼ(CP)のための基質である少なくとも第2の切断可能部分(CM2)、を含み、
    CM1が、アミノ酸配列AHGL(配列番号54)またはPRQV(配列番号61)を含み、および
    前記タンデム基質のN末端からC末端への配置が、CM1-CM2またはCM2-CMである、単離ポリペプチド。
  21. CM1が、ALAHGLF(配列番号1)、ALAHGL(配列番号52)、LAHGLF(配列番号50)、LAHGL(配列番号53)、およびAHGLF(配列番号51)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20に記載の単離ポリペプチド。
  22. CM1が、HVPRQV(配列番号8)およびVPRQV(配列番号60)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20に記載の単離ポリペプチド。
  23. CM1およびCM2が、連結ペプチドを介して連結される、請求項20~22のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  24. CM1とCM2が、互いに直接連結される、請求項20~22のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  25. 前記CM2が、CP酵素に対する基質を含み、かつ前記CP酵素が、レグマインである、請求項20~24のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  26. 前記CM2が、ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるSP酵素に対する基質を含む、請求項20~25のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  27. CM2が、
    ウロキナーゼ、マトリプターゼ、および好中球エラスターゼからなる群より選択されるSP酵素に対する基質、および
    CP酵素に対する基質を含み、かつ前記CP酵素が、レグマインである、請求項20~26のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  28. 前記MMPが、MMP2、MMP9、またはMMP14である、請求項20~27のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  29. CM2が、SGR、LSGR(配列番号73)、ARG、PRS、TFVH(配列番号141)、LPTFV(配列番号140)、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号152)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~28のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  30. CM2が、SGR、LSGR(配列番号73)、LSGRS(配列番号72)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRSA(配列番号110)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSDNP(配列番号90)、LSGRSDNI(配列番号84)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSANP(配列番号114)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDIH(配列番号100)、およびLSGRSDDH(配列番号104)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  31. CM2が、ARGP(配列番号128)、TARG(配列番号125)、およびTARGP(配列番号124)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  32. CM2が、APRSF(配列番号130)、APRS(配列番号131)、およびPRSF(配列番号132)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  33. CM2が、GLPTFVHL(配列番号135)、GLPTFVH(配列番号136)、GLPTFV(配列番号137)、LPTFVHL(配列番号138)、LPTFVH(配列番号139)、およびLPTFV(配列番号140)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  34. CM2が、AAN、SAN、およびGPTN(配列番号150)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  35. CM2が、
    AAN、SAN、およびGPTN(配列番号150)からなる群より選択されるアミノ酸配列、および
    SGR、LSGR(配列番号73)、LSGRS(配列番号72)、LSGRSD(配列番号71)、LSGRSA(配列番号110)、LSGRSDN(配列番号70)、LSGRSAN(配列番号109)、LSGRSDNH(配列番号20)、LSGRSGNH(配列番号78)、LSGRSDNP(配列番号90)、LSGRSDNI(配列番号84)、LSGRSANI(配列番号108)、LSGRSANP(配列番号114)、LSGRSDYH(配列番号86)、LSGRSDTH(配列番号92)、LSGRSDQH(配列番号96)、LSGRSDIH(配列番号100)、およびLSGRSDDH(配列番号104)からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    を含む、請求項20~29のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  36. 前記タンデム基質のN末端からC末端への配置が、CM1-CM2である、請求項20~35のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  37. 前記タンデム基質のN末端からC末端への配置が、CM2-CM1である、請求項20~35のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  38. 前記タンデム基質が、
    (a)配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (b)配列番号25、26、29、31、32、34、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (c)配列番号27、28、30、33、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (d)配列番号25、29、31、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (e)配列番号26、32、および34からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (f)配列番号27、28、および33からなる群より選択されるアミノ酸配列、および
    (g)配列番号30および35からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項20~37のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  39. 前記MMP、前記CP、およびSPの少なくとも1つが、前記標的と組織中で共局在化される、請求項20~38のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  40. 前記その抗原結合フラグメントが、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scAb、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群より選択される、請求項20~39のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  41. 前記ABが、前記CM1に連結される、請求項20~40のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  42. 前記ABが、前記CM1に直接連結される、請求項41に記載の単離ポリペプチド。
  43. 前記ABが、連結ペプチドを介してCM1に連結される、請求項41に記載の単離ポリペプチド。
  44. 前記ABが、前記CM2に連結される、請求項20~40のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  45. 前記ABが、CM2に直接連結される、請求項44に記載の単離ポリペプチド。
  46. 前記ABが、結合ペプチドを介してCM2に連結される、請求項44に記載の単離ポリペプチド。
  47. 前記ABが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記CM1または前記CM2が、前記ABの軽鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項20~46のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  48. 前記ABが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記CM1または前記CM2が、前記ABの重鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項20~46のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  49. 前記単離ポリペプチドが、マスキング部分(MM)を含む、請求項20~48のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  50. 前記MMが、前記標的への結合についての前記ABの解離定数よりも大きい前記ABへの結合についての解離定数を有する、請求項49に記載の単離ポリペプチド。
  51. 前記MMが、40アミノ酸長さ以下のポリペプチドである、請求項49または50に記載の単離ポリペプチド。
  52. 前記MMが、未切断状態での前記単離ポリペプチドが次のようなN末端からC末端への構造的配置:MM-CM1-CM2-ABまたはAB-CM2-CM1-MMを含むように前記CM1に連結される、請求項49~51のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  53. 前記単離ポリペプチドが、前記MMと前記CM1の間に連結ペプチドを含む、請求項52に記載の単離ポリペプチド。
  54. 前記単離ポリペプチドが、CM2とABの間に連結ペプチドを含む、請求項52に記載の単離ポリペプチド。
  55. 前記単離ポリペプチドが、
    前記MMと前記CM1の間に連結ペプチド、および
    前記CM2と前記ABの間に連結ペプチド、
    を含む、請求項52に記載の単離ポリペプチド。
  56. 前記MMが、未切断状態での前記単離ポリペプチドが次のようなN末端からC末端への構造的配置:MM-CM2-CM1-ABまたはAB-CM1-CM2-MMを含むようにCM2に連結される、請求項49~51のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  57. 前記単離ポリペプチドが、前記MMと前記CM2の間に連結ペプチドを含む、請求項56に記載の単離ポリペプチド。
  58. 前記単離ポリペプチドが、CM1とABの間に連結ペプチドを含む、請求項56に記載の単離ポリペプチド。
  59. 前記単離ポリペプチドが、
    前記MMと前記CM2の間に連結ペプチド、および
    前記CM1と前記ABの間に連結ペプチド、
    を含む、請求項56に記載の単離ポリペプチド。
  60. 前記ABが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記CM1または前記CM2が、前記ABの軽鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項49~59のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  61. 前記ABが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記CM1または前記CM2が、前記ABの重鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項49~59のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  62. 前記単離ポリペプチドが、第1の連結ペプチド(LP1)および第2の連結ペプチド(LP2)を含み、かつ前記単離ポリペプチドが、未切断状態で次のようなN末端からC末端への構造的配置:MM-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM-LP1-CM2-CM1-LP2-AB、またはAB-LP2-CM1-CM2-LP1-MMを有する、請求項49~51のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  63. 前記2つの連結ペプチドが、互いに同一ではない、請求項62に記載の単離ポリペプチド。
  64. LP1およびLP2の各々が、約1~20アミノ酸長のペプチドである、請求項62または63に記載の単離ポリペプチド。
  65. 前記単離ポリペプチドが、CM1とCM2の間に第3の連結ペプチド(LP’)を含む、請求項62~64のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  66. LP1またはLP2が、GGSG(配列番号202)、GGSGG(配列番号203)、GSGSG(配列番号204)、GSGGG(配列番号205)、GGGSG(配列番号206)、およびGSSSG(配列番号207)のアミノ酸配列を含む、請求項62~65のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  67. LP1が、アミノ酸配列GSSGGSGGSGGSG(配列番号208)、GSSGGSGGSGG(配列番号209)、GSSGGSGGSGGS(配列番号210)、GSSGGSGGSGGSGGGS(配列番号211)、GSSGGSGGSG(配列番号212)、GSSGGSGGSGS(配列番号213)、GGGSSGGS(配列番号214)、およびGSSGGSGGSGGSG(配列番号215)を含む、請求項62~66のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  68. LP2が、アミノ酸配列GSS、GGS、GGGS(配列番号216)、GSSGT(配列番号217)またはGSSG(配列番号218)を含む、請求項62~67のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  69. LP1が、アミノ酸配列GSSGGSGGSGGSG(配列番号208)またはGGGSSGGS(配列番号214)を含みおよびLP2が、アミノ酸配列GGSまたはGGGS(配列番号216)を含む、請求項62~68のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  70. 前記ABが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記LP2が、前記ABの軽鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項62~69のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  71. 前記ABが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記LP2が、前記ABの重鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項49~59のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  72. 前記MMのアミノ酸配列が、前記標的の配列と異なりかつ前記ABの天然の結合パートナーのアミノ酸配列に対し10%以下同一である、請求項49~71のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  73. 前記MMが、切断状態で前記標的への結合について前記ABに干渉しないまたはそれと競合しない、請求項49~72のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  74. 薬剤に接合された請求項19~73のいずれかに記載の単離ポリペプチドを含む接合型ポリペプチド。
  75. 活性化状態で、標的に特異的に結合する活性化可能抗体であって、
    前記標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、
    前記ABに結合されたマスキング部分(MM)であって、前記活性化可能抗体が未切断状態にある場合に前記標的への前記ABの結合を抑制する、MM、および
    請求項1~19のいずれか1項に記載のタンデム基質を含む切断可能部分(CM1-CM2)、
    を含む、活性化可能抗体。
  76. 活性化状態で、標的に特異的に結合する活性化可能抗体であって、
    前記標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント(AB)、
    前記ABに結合されたマスキング部分(MM)であって、前記活性化可能抗体が未切断状態にある場合に前記標的への前記ABの結合を抑制する、MM、および
    (a)配列番号25~43からなる群より選択されるアミノ酸配列、

    (b)配列番号25、26、29、31、32、34、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (c)配列番号27、28、30、33、および35からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (d)配列番号25、29、31、36、および37からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (e)配列番号26、32、および34からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    (f)配列番号27、28、および33からなる群より選択されるアミノ酸配列、および
    (g)配列番号30および35からなる群より選択されるアミノ酸配列、
    からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンデム基質を含む切断可能部分(CM1-CM2)
    を含む、活性化可能抗体。
  77. 前記MMが、前記標的への結合についての前記ABの解離定数よりも大きい前記ABへの結合についての解離定数を有する、請求項75または76に記載の活性化可能抗体。
  78. 前記MMが、40アミノ酸長以下のポリペプチドである、請求項75~77のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  79. 前記その抗原結合フラグメントが、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、scAb、dAb、単一ドメイン重鎖抗体、および単一ドメイン軽鎖抗体からなる群より選択される、請求項75~78のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  80. 前記MMが、未切断状態での前記活性化可能抗体が次のようなN末端からC末端への構造的配置:MM-CM1-CM2-ABまたはAB-CM2-CM1-MMを含むように前記CM1に連結される、請求項75~79のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  81. 前記活性化可能抗体が、前記MMと前記CM1の間に連結ペプチドを含む、請求項80に記載の活性化可能抗体。
  82. 前記活性化可能抗体が、CM2と前記ABの間に連結ペプチドを含む、請求項80に記載の活性化可能抗体。
  83. 前記活性化可能抗体が、
    前記MMと前記CM1の間に連結ペプチド、および
    前記CM2と前記ABの間に連結ペプチド、
    を含む、請求項80に記載の活性化可能抗体。
  84. 前記MMが、未切断状態での前記活性化可能抗体が次のようなN末端からC末端への構造的配置:MM-CM2-CM1-ABまたはAB-CM1-CM2-MMを含むようにCM2に連結される、請求項75~79のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  85. 前記単離ポリペプチドが、前記MMと前記CM2の間に連結ペプチドを含む、請求項84に記載の活性化可能抗体。
  86. 前記単離ポリペプチドが、CM1と前記ABの間に連結ペプチドを含む、請求項84に記載の活性化可能抗体。
  87. 前記活性化可能抗体が、
    前記MMと前記CM2の間に連結ペプチド、および
    前記CM1と前記ABの間に連結ペプチド、
    を含む、請求項86に記載の活性化可能抗体。
  88. 前記ABが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記CM1または前記CM2が、前記ABの軽鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項75~87のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  89. 前記ABが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記CM1または前記CM2が、前記ABの重鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項75~87のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  90. 前記活性化可能抗体が、第1の連結ペプチド(LP1)および第2の連結ペプチド(LP2)を含み、かつ前記活性化可能抗体が、未切断状態でN末端からC末端への構造的配置:MM-LP1-CM1-CM2-LP2-AB、AB-LP2-CM2-CM1-LP1-MM、MM-LP1-CM2-CM1-LP2-AB、またはAB-LP2-CM1-CM2-LP1-MMを有する、請求項75~79のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  91. 前記2種の連結ペプチドが、互いに同一ではない、請求項90に記載の活性化可能抗体。
  92. 各LP1およびLP2が、約1~20アミノ酸長のペプチドである、請求項90または91に記載の活性化可能抗体。
  93. 前記活性化可能抗体が、CM1とCM2の間に第3の連結ペプチド(LP’)を含む、請求項90~92のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  94. LP1またはLP2が、GGSG(配列番号202)、GGSGG(配列番号203)、GSGSG(配列番号204)、GSGGG(配列番号205)、GGGSG(配列番号206)、およびGSSSG(配列番号207)のアミノ酸配列を含む、請求項90~93のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  95. LP1が、アミノ酸配列GSSGGSGGSGGSG(配列番号208)、GSSGGSGGSGG(配列番号209)、GSSGGSGGSGGS(配列番号210)、GSSGGSGGSGGSGGGS(配列番号211)、GSSGGSGGSG(配列番号212)、GSSGGSGGSGS(配列番号213)、GGGSSGGS(配列番号214)、およびGSSGGSGGSGGSG(配列番号215)を含む、請求項90~94のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  96. LP2が、アミノ酸配列GSS、GGS、GGGS(配列番号216)、GSSGT(配列番号217)またはGSSG(配列番号218)を含む、請求項90~95のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  97. LP1が、アミノ酸配列GSSGGSGGSGGSG(配列番号208)またはGGGSSGGS(配列番号214)を含みおよびLP2が、アミノ酸配列GGSまたはGGGS(配列番号216)を含む、請求項90~96のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  98. 前記ABが、抗体の軽鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記LP2が、前記ABの軽鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項90~97のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  99. 前記ABが、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合フラグメントを含み、および
    前記LP2が、前記ABの重鎖可変領域のN末端に連結される、
    請求項90~97のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  100. 前記MMのアミノ酸配列が、前記標的の配列と異なりかつ前記ABの天然の結合パートナーのアミノ酸配列に対し10%以下同一である、請求項75~99のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  101. 前記MMが、切断状態での前記標的への結合について前記ABに干渉しないまたはそれと競合しない、請求項75~100のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  102. 前記活性化可能抗体が、配列番号450~462からなる群より選択される軽鎖アミノ酸配列、および配列番号400を含む重鎖アミノ酸配列を含む、請求項75~101のいずれか1項に記載の活性化可能抗体。
  103. 薬剤に接合される請求項75~102のいずれか1項に記載の活性化可能抗体を含む複合化活性化可能抗体。
  104. 前記薬剤が、リンカーを介して前記ABに接合される、請求項103に記載の複合化活性化可能抗体。
  105. 前記リンカーが、切断可能なリンカーである、請求項104に記載の複合化活性化可能抗体。
  106. 前記リンカーが、切断不能なリンカーである、請求項104に記載の複合化活性化可能抗体。
  107. 前記薬剤が、毒素またはそのフラグメントである、請求項103~106のいずれか1項に記載の複合化活性化可能抗体。
  108. 前記薬剤が、微小管阻害剤である、請求項103~106のいずれか1項に記載の複合化活性化可能抗体。
  109. 前記薬剤が、核酸損傷剤である、請求項103~106のいずれか1項に記載の複合化活性化可能抗体。
  110. 前記薬剤が、ドラスタチンまたはその誘導体、オーリスタチンまたはその誘導体、マイタンシノイドまたはその誘導体、デュオカルマイシンまたはその誘導体、およびカリケアマイシンまたはその誘導体からなる群より選択される、請求項109に記載の複合化活性化可能抗体。
  111. 前記薬剤が、オーリスタチンEまたはその誘導体である、請求項110に記載の複合化活性化可能抗体。
  112. 前記薬剤が、モノメチルオーリスタチンE(MMAE)である、請求項110に記載の複合化活性化可能抗体。
  113. 前記薬剤が、モノメチルオーリスタチンD(MMAD)である、請求項110に記載の複合化活性化可能抗体。
  114. 前記薬剤が、DM1およびDM4からなる群より選択されるマイタンシノイドである、請求項110に記載の複合化活性化可能抗体。
  115. 前記薬剤が、検出可能な部分である、請求項103~106のいずれか1項に記載の複合化活性化可能抗体。
  116. 前記検出可能な部分が、診断薬である、請求項115に記載の複合化活性化可能抗体。
  117. 医薬組成物であって、
    請求項20~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチドまたは請求項75~102のいずれか1項に記載の活性化可能抗体または請求項103~116のいずれか1項に記載の接合型活性化可能抗体、および
    担体、
    を含む、医薬粗製物。
  118. 追加の薬剤を含む請求項117に記載の医薬組成物。
  119. 前記追加の薬剤が、治療薬である、請求項118に記載の医薬組成物。
  120. 請求項20~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチドまたは請求項75~102のいずれか1項に記載の活性化可能抗体をコードする単離核酸分子。
  121. 請求項120に記載の単離核酸分子を含むベクター。
  122. 請求項20~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチドまたは請求項75~102にいずれか1項に記載の活性化可能抗体の発現をもたらす条件下で細胞を培養することにより抗体または活性化可能抗体を製造する方法であって、前記細胞が、請求項120に記載の核酸分子を含む、方法。
  123. 活性化状態で、標的を結合する活性化可能抗体を製造する方法であって、
    (a)請求項75~102のいずれか1項に記載の活性化可能抗体をコードする核酸構築物を含む細胞を培養すること、および
    (b)前記活性化可能抗体を回収すること、
    を含む方法。
  124. 障害または疾患を治療する、その症状を緩和する、またはその進行を遅らせる方法であって、請求項20~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチドまたは請求項75~102のいずれか1項に記載の活性化可能抗体または請求項103~116のいずれか1項に記載の複合化活性化可能抗体または請求項117~119のいずれか1項に記載の医薬組成物の治療有効量をそれを必要としている対象に投与することを含む、方法。
  125. 前記障害または疾患が、癌である、請求項124に記載の方法。
  126. 追加の薬剤を前記対象に投与することを含む、請求項124または請求項125に記載の方法。
  127. 前記追加の薬剤が、治療薬である、請求項126に記載の方法。
  128. MMP9およびMMP14による前記第1の切断可能部分CM1の切断性が、それぞれ少なくとも80%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  129. MMP9およびMMP14による前記第1の切断可能部分CM1の切断性が、それぞれ少なくとも85%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  130. MMP9およびMMP14による前記第1の切断可能部分CM1の切断性が、それぞれ少なくとも90%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  131. 前記単離ポリペプチドが、ALAHGLF(配列番号1)、DLAHPLL(配列番号2)、またはRGPKLYW(配列番号6)のアミノ酸配列を含む、請求項128~130のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  132. 前記単離ポリペプチドが、ALAHGLF(配列番号1)およびDLAHPLL(配列番号2)のアミノ酸配列を含む、請求項128~130のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  133. 前記単離ポリペプチドが、ALAHGLF(配列番号1)のアミノ酸配列を含む、請求項128~130のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  134. 前記第1の切断可能部分CM1のインビボ安定性が、30%未満の活性化である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  135. 前記第1の切断可能部分CM1のインビボ安定性が、25%未満の活性化である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  136. 前記単離ポリペプチドが、ALAHGLF(配列番号1)またはRGPKLYW(配列番号6)のアミノ酸配列を含む、請求項134または請求項135に記載の単離ポリペプチド。
  137. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも30%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  138. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも50%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  139. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも70%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  140. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項137~139のいずれかに記載の単離ポリペプチド。
  141. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項137~139のいずれかに記載の単離ポリペプチド。
  142. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)またはAPRSALAHGLF(配列番号31)のアミノ酸配列を含む、請求項137~139のいずれかに記載の単離ポリペプチド。
  143. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも15%でありかつマトリプターゼによる前記タンデム基質の切断性が、少なくとも50%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  144. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、APRSALAHGLF(配列番号31)、またはALAHGLFAPRSF(配列番号32)のアミノ酸配列を含む、請求項143に記載の単離ポリペプチド。
  145. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも15%でありかつ好中球エラスターゼによる前記タンデム基質の切断性が、少なくとも30%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  146. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも30%でありかつ好中球エラスターゼによる前記タンデム基質の切断性が、少なくとも30%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  147. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも50%でありかつ好中球エラスターゼによる前記タンデム基質の切断性が、少なくとも50%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  148. MMP9およびMMP14による前記タンデム基質の切断性が、それぞれ少なくとも70%でありかつ好中球エラスターゼによる前記タンデム基質の切断性が、少なくとも70%である、請求項1~73のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  149. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、HVPRQVLSGRS(配列番号27)、HVPRQVLSGRSAN(配列番号28)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項145~148のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  150. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、ALAHGLFSGRSAN(配列番号26)、TARGPALAHGLF(配列番号29)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項145~148のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  151. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLFAPRSF(配列番号32)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項145~148のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  152. 前記単離ポリペプチドが、LSGRSALAHGLF(配列番号25)またはAPRSALAHGLF(配列番号31)のアミノ酸配列を含む、請求項145~148のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  153. 前記インビボ安定性が、40%未満の活性化である、請求項137~152のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  154. 前記インビボ安定性が、30%未満の活性化である、請求項137~152のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  155. 前記インビボ安定性が、25%未満の活性化である、請求項137~152のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  156. 前記インビボ安定性が、20%未満の活性化である、請求項137~152のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  157. 前記単離ポリペプチドが、TARGPALAHGLF(配列番号29)、TARGPVPRQV(配列番号30)、APRSALAHGLF(配列番号31)、ALAHGLPTFVHL(配列番号34)、GLPTFVHLPRQV(配列番号35)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項153~156のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  158. 前記単離ポリペプチドが、ALAHGLPTFVHL(配列番号34)、GLPTFVHLPRQV(配列番号35)、AANALAHGLF(配列番号36)、またはGPTNALAHGLF(配列番号37)のアミノ酸配列を含む、請求項153~156のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
  159. 前記単離ポリペプチドが、ALAHGLPTFVHL(配列番号34)のアミノ酸配列を含む、請求項153~156のいずれか1項に記載の単離ポリペプチド。
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