JP2023547978A - 切断可能リンカー組成物および方法 - Google Patents

切断可能リンカー組成物および方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2023547978A
JP2023547978A JP2023510318A JP2023510318A JP2023547978A JP 2023547978 A JP2023547978 A JP 2023547978A JP 2023510318 A JP2023510318 A JP 2023510318A JP 2023510318 A JP2023510318 A JP 2023510318A JP 2023547978 A JP2023547978 A JP 2023547978A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
cytokine
isolated polypeptide
polypeptide
receptor
cleavable linker
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2023510318A
Other languages
English (en)
Other versions
JPWO2022035866A5 (ja
Inventor
キャンベル,デイビッド
アール. ディライモンド,トーマス
Original Assignee
ジャナックス セラピューティクス,インク.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ジャナックス セラピューティクス,インク. filed Critical ジャナックス セラピューティクス,インク.
Publication of JP2023547978A publication Critical patent/JP2023547978A/ja
Publication of JPWO2022035866A5 publication Critical patent/JPWO2022035866A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K7/00Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/62Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid
    • A61K47/65Peptidic linkers, binders or spacers, e.g. peptidic enzyme-labile linkers
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6889Conjugates wherein the antibody being the modifying agent and wherein the linker, binder or spacer confers particular properties to the conjugates, e.g. peptidic enzyme-labile linkers or acid-labile linkers, providing for an acid-labile immuno conjugate wherein the drug may be released from its antibody conjugated part in an acidic, e.g. tumoural or environment
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2809Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against the T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2863Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K7/00Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/06Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/48Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/50Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
    • C12N9/64Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue
    • C12N9/6421Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue from mammals
    • C12N9/6489Metalloendopeptidases (3.4.24)
    • C12N9/6491Matrix metalloproteases [MMP's], e.g. interstitial collagenase (3.4.24.7); Stromelysins (3.4.24.17; 3.2.1.22); Matrilysin (3.4.24.23)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/31Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency multispecific
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/90Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • C07K2317/92Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/90Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • C07K2317/94Stability, e.g. half-life, pH, temperature or enzyme-resistance
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • C07K2319/50Fusion polypeptide containing protease site

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

本明細書には、切断可能リンカー、その医薬組成物のほか、核酸、およびそれを製造かつ発見するための方法が提供される。本明細書に記載の切断可能リンカーは、有効性と安全性が向上している。【選択図】図3A

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2020年8月11日出願の米国仮特許出願第63/064,268号に基づく利益を主張し、当該出願は参照により本明細書に援用される。
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出されその全体を参照により本明細書に援用される配列表を含んでいる。当該ASCIIコピーは、2021年8月5日作製、名称52426_720_601_SL.txtであり、サイズは58,325バイトである。
本明細書中の特定の実施形態では、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドが開示される。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、プロテアーゼにより切断可能である。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗原結合性ドメインは、切断可能リンカーに対するC末端である。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、サイトカイン受容体に結合するサイトカインまたはサイトカインフラグメントをさらに含む。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、切断可能リンカーに対するC末端である。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、式I:A-L-Pによる配置で、標的抗原に結合する抗原結合性ドメインに、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインもしくはサイトカインフラグメントにペプチドを接続し、式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインもしくはサイトカインフラグメントを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは、N末端で切断可能リンカーに接続され、Aは、C末端で切断可能リンカーに接続される。いくつかの実施形態では、Pは、C末端で切断可能リンカーに接続され、Aは、N末端で切断可能リンカーに接続される。いくつかの実施形態では、Pは、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原またはサイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは環状ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは半減期延長部分にさらに連結される。いくつかの実施形態では、半減期延長部分は単一ドメイン抗体である。いくつかの実施形態では、単一ドメイン抗体は10Gを含む。いくつかの実施形態では、Aは、抗体、一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の可変ドメイン(VHH)、Fab、Fab’、Fab軽鎖ポリペプチド、またはFab重鎖ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、標的抗原は腫瘍抗原を含む。いくつかの実施形態では、Aは、Fab軽鎖ポリペプチドまたはFab重鎖ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Aは、上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、標的抗原はエフェクター細胞抗原を含む。いくつかの実施形態では、AはscFvを含む。いくつかの実施形態では、scFvは、抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Aはサイトカインを含む。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、野生型サイトカインである。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、サイトカインの突然変異タンパク質である。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、インターフェロン受容体またはインターロイキン受容体である。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-4受容体、IL-6受容体、IL-7受容体、IL-10受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、IL-21受容体、またはTGF-β受容体を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGFβを含む。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインもしくは第2のサイトカインフラグメントを含む第2の単離ポリペプチドと複合体を形成する。いくつかの実施形態では、第2の単離ポリペプチドは、式II:A-L-Pによる配置にあり、式中、Aは第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を阻害するか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントの結合を阻害する第2のペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む。いくつかの実施形態では、Pは、N末端で第2の切断可能リンカーに接続され、Aは、C末端で第2の切断可能リンカーに接続される。いくつかの実施形態では、Pは、C末端で第2の切断可能リンカーに接続され、Aは、N末端で第2の切断可能リンカーに接続される。いくつかの実施形態では、Pは、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原または第2のサイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、Pは、環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは環状ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Aは、抗体、一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の可変ドメイン(VHH)、Fab、Fab’、Fab軽鎖ポリペプチド、またはFab重鎖ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第2の標的抗原は腫瘍抗原を含む。いくつかの実施形態では、Aは、Fab軽鎖ポリペプチドまたはFab重鎖ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Aは、上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、第2の標的抗原はエフェクター細胞抗原を含む。いくつかの実施形態では、AはscFvを含む。いくつかの実施形態では、scFvは、抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、Aは第2のサイトカインを含む。いくつかの実施形態では、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントは、野生型サイトカインである。いくつかの実施形態では、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントは、サイトカインの突然変異タンパク質である。いくつかの実施形態では、第2のサイトカイン受容体は、インターフェロン受容体またはインターロイキン受容体である。いくつかの実施形態では、第2のサイトカイン受容体は、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-4受容体、IL-6受容体、IL-7受容体、IL-10受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、IL-21受容体、またはTGF-β受容体を含む。いくつかの実施形態では、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントは、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む。いくつかの実施形態では、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントは、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGFβを含む。
本明細書には、上記実施形態のいずれかによる切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物が開示される。
本明細書には、上記実施形態のいずれかによる切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。
本明細書には、上記実施形態による単離された組換え核酸分子を含むベクターが開示される。
本明細書には、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを産生する方法であって、ポリペプチドの発現を生じさせる条件下で、上記実施形態のベクターを含む細胞を培養する工程を含む方法が開示される。
本明細書には、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを製造する方法であって、(a)ポリペプチドの発現を生じさせる条件下で上記実施形態の単離された組換え核酸分子を含む細胞を培養する工程と、(b)ポリペプチドを単離する工程とを含む方法が開示される。
本開示の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲で具体的に記載される。本開示の特徴と利点は、本開示の原理が利用される例示的実施形態を説明する以下の詳細な説明、および添付図面を参照することで、より良く理解されるであろう。
EGFRマスキングを含むポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5の結合を例示する図である。 腫瘍プロテアーゼMTSP1による切断後のポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5の結合を例示する図である。 CD3εマスキングを含むポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5の結合を例示する図である。 腫瘍プロテアーゼMTSP1による切断後のポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5の結合を例示する図である。 ポリペプチド複合体PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6のEGFR-ビオチンへの結合を、ELISAにより測定したものを例示する図である。 CD3ε-ビオチンへの結合を、ELISAにより測定したものを例示する図である。 ポリペプチド複合体PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6における腫瘍標的細胞HCT116に対する細胞毒性を例示する図である。 ポリペプチド複合体PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6における腫瘍標的細胞HCT116に対する細胞毒性を例示する図である。 ポリペプチド複合体PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6における腫瘍標的細胞HCT116に対する細胞毒性を例示する図である。 ポリペプチド複合体PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6における腫瘍標的細胞HCT116に対する細胞毒性を例示する図である。 ポリペプチド複合体PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6における腫瘍標的細胞HCT116に対する細胞毒性を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチドPC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5の薬物動態を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチドPC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5の薬物動態を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチドPC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5の薬物動態を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチドPC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5の薬物動態を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5のサイトカイン放出を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5のサイトカイン放出を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5のサイトカイン放出を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-7、PC-4、およびPC-5のサイトカイン放出を例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5のAST値とALT値のグラフを例示する図である。 カニクイザルにおけるポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5のAST値とALT値のグラフを例示する図である。
抗体、T細胞受容体(TCR)、サイトカイン治療薬などタンパク質による治療薬は、種々の疾患および障害に対して有効であると証明されている。あらゆる治療法と同様、健康な組織におけるタンパク質による治療薬のオフターゲット効果を最小限に抑えつつ、疾患組織におけるタンパク質による治療薬の活性を維持する必要がある。このような戦略の1つは、タンパク質による治療薬の不活性形態を作り出すことであり、このとき、タンパク質による治療薬に必要な結合部位がタンパク質による治療薬に関連するペプチドで遮断されることで、健康な組織における場合にタンパク質による治療薬がその同族受容体もしくは標的抗原に結合するかまたは相互作用するのを防止する。所望の疾患状態の微小環境でタンパク質による治療薬を活性化するべく、ペプチドは、疾患状態の微小環境に特異的なプロテアーゼにより切断可能なリンカーを用いて、タンパク質による治療薬に連結される。後にペプチドは、疾患状態の微小環境にあるときにタンパク質による治療薬から放出される。
したがって、本明細書には、健康な組織でのタンパク質による治療薬のオフターゲット効果を縮小しつつ疾患組織でのタンパク質による治療薬の活性を維持するのに使用される、タンパク質による治療薬の様々な形式に適用できる切断可能リンカーが開示される。本明細書に開示される切断可能リンカーには所望の特性があり、例えば、対照リンカーと比較して、腫瘍プロテアーゼによるタンパク質分解速度上昇や、腫瘍プロテアーゼの拡張パネルにより切断可能でありながら同等の安全性プロファイルも有していることが挙げられるが、これらに限定されない。
特定の定義
本明細書で使用される用語は、具体的事例のみ説明することを目的とし、限定を意図したものではない。本明細書で使用するとき、単数形「a」、「an」、および「the」は、前後関係から明らかでない限り、同様に複数形も含むことが意図される。さらに、「含むこと(including)」、「含む(includes)」、「有すること(having)」、「有する(has)」、「有する(with)」、またはその変形といった用語は、詳細な説明および/または特許請求の範囲のいずれかで使用される限り、「含むこと(comprising)」という用語と同様に含まれることが意図される。
「約(about)」または「およそ(approximately)」という用語は、当業者が判定した特定の値において許容可能な誤差範囲内にあることを意味し、値の測定または判定の仕方、例えば、測定システムの限界に部分的に依存することになる。例えば、「約」は、所与の値で実施されるごとに、1または1より多くの標準偏差内にあること意味し得る。特定の値が本出願および特許請求の範囲に記載されている場合、別段明記されていない限り、「約」という用語は、特定の値における許容可能な誤差範囲を意味するものと仮定されたい。
「フラグメント」は、本明細書で使用するとき、全長に満たないアミノ酸配列を含むペプチドまたはポリペプチドを示す。
「ペプチド」、「P」、または「P」は、本明細書で使用するとき、50未満のアミノ酸のアミノ酸配列を示しており、具体的には、サイトカインリガンド結合性ドメイン、そのフラグメント、もしくは突然変異タンパク質、サイトカイン受容体、そのフラグメント、もしくは突然変異タンパク質、および、サイトカインに結合するか同系サイトカイン受容体に結合するいずれかの抗体または抗体結合性フラグメント(例えば、単一ドメイン抗体、Fab、scFv)を除く。
本明細書中のいくつかの実施形態では、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドが開示される。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)からなる。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号3、4、5、および6からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、配列番号3(ISSGLLSGRSDAG)のリンカー1、配列番号4(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)のリンカー2、配列番号5(SPLGLSGRSDAG)のリンカー3、または配列番号6(LSGRSDAGSPLGLAG)リンカー4のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチド、または、リンカー1、リンカー2、リンカー3、またはリンカー4のアミノ酸配列に対して1、2、または3つのアミノ酸置換、付加、もしくは欠失を有する切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドである。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー1のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー1のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー1のアミノ酸配列に対して1つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー1のアミノ酸配列に対して2つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー1のアミノ酸配列に対して3つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー2のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー2のアミノ酸配列に対して1つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー2のアミノ酸配列に対して2つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー2のアミノ酸配列に対して3つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー3のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー3のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー3のアミノ酸配列に対して1つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー3のアミノ酸配列に対して2つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー3のアミノ酸配列に対して3つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー4のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー4のアミノ酸配列からなる。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー4のアミノ酸配列に対して1つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー4のアミノ酸配列に対して2つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、リンカー4のアミノ酸配列に対して3つのアミノ酸置換、付加、または欠失を有する。
いくつかの実施形態では、アミノ酸置換、付加、または欠失は、本明細書に記載のいずれかのタンパク質のアミノ酸配列に対し少なくとも75%同一、例えば、77%、80%、82%、85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一であるアミノ酸配列をもたらす。いくつかの実施形態では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一般的なアミノ酸のうち、例えば、「保存的アミノ酸置換」は、(1)グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン、(2)フェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファン、(3)セリンおよびトレオニン、(4)アスパルテートおよびグルタメート、(5)グルタミンおよびアスパラギン、ならびに(6)リシン、アルギニン、およびヒスチジンのそれぞれの中のアミノ酸間での置換により例示される。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、修飾アミノ酸もしくは非天然アミノ酸、または修飾非天然アミノ酸、あるいはそれらの組合せを含む。いくつかの実施形態では、修飾アミノ酸または修飾非天然アミノ酸は、翻訳後修飾を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、アセチル化、アクリル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドもしくはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質もしくは脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマカルボシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などタンパク質へのアミノ酸の転移RNA媒介型付加、ユビキチン化を含むが、これらに限定されない修飾を含む。修飾は、ペプチド骨格を含む切断可能なリンカーまたはアミノ酸側鎖に対してあらゆる場所で行われる。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、プロテアーゼにより切断可能である。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、健康な組織、または疾患状態の微小環境でない微小環境でのレベルと比較して、疾患状態の微小環境において高レベルで存在する。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、または、メタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、およびMMP14からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼはMMP2を含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼはMMP7を含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼはMMP9を含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼはMMP13を含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、およびヘプシンからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼはマトリプターゼを含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼはウロキナーゼを含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼはヘプシンを含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、種々のプロテアーゼにより切断される。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、または20より多くの異なるプロテアーゼにより切断される。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも5倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも8倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも10倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも15倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも20倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも25倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも30倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも40倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも50倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも60倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも70倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも75倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも80倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも90倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも100倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのタンパク質分解速度と比較して、タンパク質分解速度が少なくとも120倍上昇している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、プロテアーゼにより切断される。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも5倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも8倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも10倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも15倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも20倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも25倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも30倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも40倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも50倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも60倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも70倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも75倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも80倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも90倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも100倍向上している。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、切断可能リンカー配列を有さないリンカーでのヒト血清中の安定性と比較して、ヒト血清中の安定性が少なくとも120倍向上している。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドは、同じアミノ酸配列のものではあるが配列番号2のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと比較して、タンパク質分解速度が上昇している。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドは、同じアミノ酸配列のものではあるが配列番号2のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと比較して、血清安定性が向上しているか同等である。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドは、同じアミノ酸配列のものではあるが配列番号2のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと比較して、in vitroでの腫瘍細胞死滅が向上しているか同等である。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドは、同じアミノ酸配列のものではあるが配列番号2のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと比較して、カニクイザルにおける薬物動態パラメータが向上しているか同等である。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドは、同じアミノ酸配列のものではあるが配列番号2のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと比較して、カニクイザルにおける肝毒性値が向上しているか同等である。
いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗原結合性ドメインは、切断可能リンカーに対するC末端である。いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、サイトカイン受容体に結合するサイトカインまたはサイトカインフラグメントをさらに含む。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、切断可能リンカーに対するC末端である。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、式I:
-L-P
(式I)
による配置で、標的抗原に結合する抗原結合性ドメインに、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインにペプチドを接続させ、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは、N末端で切断可能リンカーに接続され、Aは、C末端で切断可能リンカーに接続される。いくつかの実施形態では、Pは、C末端で切断可能リンカーに接続され、Aは、N末端で切断可能リンカーに接続される。
いくつかの実施形態では、単離ポリペプチドは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含む第2の単離ポリペプチドと複合体を形成する。いくつかの実施形態では、第2の単離ポリペプチドは、式II:
-L-P
(式II)
による配置にあり、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、Pは、N末端で第2の切断可能リンカーに接続され、Aは、C末端で第2の切断可能リンカーに接続される。いくつかの実施形態では、Pは、C末端で第2の切断可能リンカーに接続され、Aは、N末端で第2の切断可能リンカーに接続される。
いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、第2の切断可能リンカーは、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む。
いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも8のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも10のアミノ酸であるが、長さが50以下のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも10のアミノ酸であるが、長さが30以下のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも18のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも26のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも30のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも40のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、長さが少なくとも50のアミノ酸である。
ペプチド(PまたはP
いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体結合部位またはその付近でAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、抗原結合部位またはその付近でAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、Lがプロテアーゼにより切断されてPを標的抗原またはサイトカイン受容体に曝露すると、Aと結合を解除されるようになる。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。いくつかの実施形態では、Pは、非立体的遮断(non-steric blocking)により標的抗原またはサイトカイン受容体へのAの結合を損なわせる。いくつかの実施形態では、Pは、共有結合相互作用により標的抗原またはサイトカイン受容体へのAの結合を損なわせる。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン、サイトカイン結合性フラグメント、サイトカイン突然変異タンパク質、またはそれらのサイトカインの同族受容体の組合せではない。いくつかの実施形態では、Aは、サイトカイン受容体に結合する抗体またはそのフラグメントではない。
いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Pは、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体結合部位またはその付近でAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、抗原結合部位またはその付近でAに結合される。いくつかの実施形態では、Pは、Lがプロテアーゼにより切断されてPを標的抗原またはサイトカイン受容体に曝露すると、Aと結合を解除されるようになる。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。いくつかの実施形態では、Pは、非立体的遮断により標的抗原またはサイトカイン受容体へのAの結合を損なわせる。いくつかの実施形態では、Pは、共有結合相互作用により標的抗原またはサイトカイン受容体へのAの結合を損なわせる。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン、サイトカイン結合性フラグメント、サイトカイン突然変異タンパク質、またはそれらのサイトカインの同族受容体の組合せではない。いくつかの実施形態では、Aは、サイトカイン受容体に結合する抗体またはそのフラグメントではない。
いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し70%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し75%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し80%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し85%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し90%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し95%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し98%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、標的抗原に対し99%未満の配列相同性を有する。
いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し75%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し80%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し85%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し90%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し95%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し98%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、サイトカイン受容体に対し99%未満の配列相同性を有する。
いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し70%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し75%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し80%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し85%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し90%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し95%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し98%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2の標的抗原に対し99%未満の配列相同性を有する。
いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し75%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し80%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し85%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し90%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し95%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し98%未満の配列相同性を有する。いくつかの実施形態では、Pは、第2のサイトカイン受容体に対し99%未満の配列相同性を有する。
いくつかの実施形態では、PまたはPは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはサイトカインもしくはサイトカイン受容体に結合する抗体もしくはそのフラグメントに対し50%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはサイトカインもしくはサイトカイン受容体に結合する抗体もしくはそのフラグメントに対し40%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはサイトカインもしくはサイトカイン受容体に結合する抗体もしくはそのフラグメントに対し30%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはサイトカインもしくはサイトカイン受容体に結合する抗体もしくはそのフラグメントに対し20%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、サイトカイン、サイトカイン受容体、またはサイトカインもしくはサイトカイン受容体に結合する抗体もしくはそのフラグメントに対し10%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、ランダムアミノ酸配列を含有するペプチドライブラリから同定される。
いくつかの実施形態では、PまたはPは、標的抗原に対し50%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、標的抗原に対し40%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、標的抗原に対し30%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、標的抗原に対し20%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、標的抗原に対し10%未満の配列相同性を共有するデノボアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、ランダムアミノ酸配列を含有するペプチドライブラリから同定される。
いくつかの実施形態では、PまたはPは、長さが少なくとも5のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、長さが少なくとも6のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、少なくとも2つのシステインアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、環状ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、直鎖ペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、PまたはPは、修飾アミノ酸もしくは非天然アミノ酸、または修飾非天然アミノ酸、あるいはそれらの組合せを含む。いくつかの実施形態では、修飾アミノ酸または修飾非天然アミノ酸は、翻訳後修飾を含む。いくつかの実施形態では、PまたはPは、アセチル化、アクリル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドもしくはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質もしくは脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマカルボシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などタンパク質へのアミノ酸の転移RNA媒介型付加、ユビキチン化を含むが、これらに限定されない修飾を含む。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、および末端を含むPまたはPに対してあらゆる場所で行われる。
いくつかの実施形態では、PまたはPは、アルブミンまたはアルブミンフラグメントを含まない。いくつかの実施形態では、PまたはPは、アルブミン結合ドメインを含まない。
とA
いくつかの実施形態では、AまたはAは、抗原認識分子である。いくつかの実施形態では、抗原認識分子は、抗体または抗体フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、一本鎖可変フラグメント、単一ドメイン抗体、Fab、Fab’を含む。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、または可変ドメイン(VHH)を含む。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、一本鎖可変フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、ヒト化またはヒトである。
いくつかの実施形態では、AまたはAは、Fabである。いくつかの実施形態では、Fabは、(a)Fab軽鎖ポリペプチドおよび(b)Fab重鎖ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、LまたはLは、Fab軽鎖ポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、LまたはLは、Fab重鎖ポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、LまたはLは、Fab軽鎖ポリペプチドのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、LまたはLは、Fab重鎖ポリペプチドのC末端に結合される。
いくつかの実施形態では、AまたはAは、一本鎖可変フラグメント(scFv)である。いくつかの実施形態では、LまたはLは、scFvのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、LまたはLは、scFvのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、scFvは、軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、LまたはLは、一本鎖可変フラグメント(scFv)の軽鎖可変ドメインのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、LまたはLは、一本鎖可変フラグメント(scFv)の重鎖可変ドメインのN末端に結合される。
いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、分化クラスタ3(cluster of differentiation 3:CD3)結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗体フラグメントは、分化クラスタ3イプシロン(CD3ε)結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、標的抗原はEGFRを含む。いくつかの実施形態では、標的抗原はCD3を含む。いくつかの実施形態では、標的抗原はCD3εを含む。
いくつかの実施形態では、AまたはAは、エフェクター細胞上でTCR-CD3複合体の一部であるポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、標的抗原は抗CD3エフェクター細胞抗原である。いくつかの実施形態では、TCR-CD3複合体の一部であるポリペプチドは、ヒトCD3εである。いくつかの実施形態では、AまたはAは、抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、AまたはAは、CD3発現細胞上でのCD3に対する結合のKが1μM以下である抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、AまたはAは、それぞれヒトCD3に特異的に結合可能である可変軽鎖および可変重鎖を含む。いくつかの実施形態では、AまたはAは、ムロモナブ-CD3(OKT3)、オテリキシズマブ(TRX4)、テプリズマブ(MGA031)、ビジリズマブ(Nuvion)、SP34、X35、VIT3、BMA030(BW264/56)、CLB-T3/3、CRIS7、YTH12.5、F111-409、CLB-T3.4.2、TR-66、WT32、SPv-T3b、11D8、XIII-141、XIII-46、XIII-87、12F6、T3/RW2-8C8、T3/RW2-4B6、OKT3D、M-T301、SMC2、F101.01、UCHT-1、WT-31、15865、15865v12、15865v16、および15865v19からなる群から選択される相補性決定領域(CDR)を含む。
いくつかの実施形態では、AまたはAは、可溶性T細胞受容体(TCR)である。天然のTCRは、主要組織適合遺伝子複合体分子(MHC)に結合される抗原を認識するT細胞の表面上に発現される膜貫通受容体である。天然のTCRはヘテロ二量体であり、ジスルフィド結合を介して連結されるαポリペプチド鎖およびβポリペプチド鎖を含む。αポリペプチド鎖とβポリペプチド鎖は、例えば2個のCD3εポリペプチド、1個のCD3γポリペプチド、1個のCD3δポリペプチド、および2個のCD3ζポリペプチドを含む付属タンパク質との複合体の一部として発現される。TCRが標的抗原およびMHCと係合すると、T細胞は活性化され、関連する酵素、共受容体、アダプタ分子、および活性化または放出された転写因子が媒介する一連のシグナル伝達イベントが生じる。
天然のTCRでは、αポリペプチド鎖およびβポリペプチド鎖は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを含む。各細胞外ドメインは、可変領域(V)、結合領域(J)、および定常領域(C)を含む。定常領域は膜貫通ドメインに対するN末端であり、膜貫通ドメインは細胞質ドメインに対するN末端である。αポリペプチド鎖とβポリペプチド鎖両方の可変領域は、3つの超可変または相補性決定領域(CDR)を含む。βポリペプチド鎖は、通常可変領域と結合領域との間に短い多様性領域を含有する。3つのCDRはフレームワーク配列に埋め込まれており、1つのCDRはCDR3という名の超可変領域である。α鎖可変領域(Vα)およびβ鎖可変領域(Vβ)は、それらのフレームワーク配列、CDR1およびCDR2配列、ならびに部分的に定義されたCDR3配列により区別されるいくつかの種類の領域である。
TCRは、International Immunogenetics(IMGT)のTCR命名法を用いて記述される。IMGT命名法でVαは、固有の「TRAV」番号により参照される。同様に、Vβは固有の「TRBV」番号により参照される。対応する結合領域と定常領域は、α結合領域および定常領域ではそれぞれTRAJとTRACと称され、β結合領域および定常領域ではそれぞれTRBJとTRBCと称される。IMGT命名法により定義される配列は当該技術分野で公知であり、オンラインのIMGT公開データベース内にある。
いくつかの実施形態では、可溶性TCRは、TCRα細胞外ドメインまたはそのフラグメントの可変領域、およびTCRβ細胞外ドメインまたはそのフラグメントの可変領域を含む、一本鎖TCRである。いくつかの実施形態では、可溶性TCRは、TCRα細胞外ドメインを含むαTCRポリペプチド、およびTCRβ細胞外ドメインを含むβTCRポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、可溶性TCRは、TCRα細胞外ドメインまたはそのフラグメントの可変領域、およびTCRβ細胞外ドメインまたはそのフラグメントの可変領域を含む、一本鎖TCRである。いくつかの実施形態では、可溶性TCRは、TCRα細胞外ドメインを含むαTCRポリペプチド、およびTCRβ細胞外ドメインを含むβTCRポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Lは、αTCRポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、βTCRポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、Aは、αTCRポリペプチドのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、Aは、αTCRポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、Aは、βTCRポリペプチドのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、Aは、βTCRポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、αTCRポリペプチドのN末端に結合され、Αは、βTCRポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、αTCRポリペプチドのN末端に結合され、Αは、βTCRポリペプチドのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、αTCRポリペプチドのN末端に結合され、Αは、αTCRポリペプチドのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、βTCRポリペプチドのN末端に結合され、Αは、αTCRポリペプチドのN末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、βTCRポリペプチドのN末端に結合され、Αは、βTCRポリペプチドのC末端に結合される。いくつかの実施形態では、Lは、βTCRポリペプチドのN末端に結合され、Αは、αTCRポリペプチドのC末端に結合される。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも5倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも8倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも10倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも20倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも25倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも30倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも40倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも50倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも60倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも70倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも75倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも80倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも90倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも100倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも120倍弱い。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも5倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも8倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも10倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも20倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも25倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも30倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも40倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも50倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも60倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも70倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも75倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも80倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも90倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも100倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体の標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性と比較して、標的抗原または第2の標的抗原に対する結合親和性が少なくとも120倍弱い。いくつかの実施形態では、LまたはLは、プロテアーゼにより切断される。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。
いくつかの実施形態では、AまたはAは、サイトカインまたはサイトカインフラグメントである。いくつかの実施形態では、AまたはAは、サイトカインまたはサイトカインフラグメントの突然変異タンパク質である。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、サイトカインまたはサイトカインフラグメントの突然変異タンパク質である。
サイトカインは、様々な生物学的経路での細胞間シグナル伝達に関与する、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカイン、アディポカイン、間葉成長因子、腫瘍壊死因子を含む多様な小ペプチド群である。サイトカインは、免疫応答および炎症応答で特に重要である。シグナル伝達は、リガンド結合における細胞外ドメインとシグナル伝達を可能にする細胞内ドメインとを含む膜貫通受容体である、対応するサイトカイン受容体によるサイトカインの認識に続いて生じる。
サイトカインの多様性はサイトカイン受容体の対応する多様性を伴い、一本鎖またはサブユニットまたは二量体/多量体ドメインを含むことができる。サイトカイン受容体として、インターロイキン受容体により例示されるI型サイトカイン受容体、およびインターフェロン受容体により例示されるII型サイトカイン受容体が挙げられ、ともにサイトカイン受容体相同ドメイン(CHD)を含む。I型サイトカイン受容体のCHDは共通のアミノ酸モチーフ(WSXWS(配列番号27))を共有しているが、II型サイトカイン受容体はこのモチーフを欠いている。サイトカイン受容体は、αサブユニット、βサブユニット、γサブユニット、またはそれらの二量体もしくは三量体の組合せを含むことができる。一例では、IL-2に対する高親和性受容体は、IL-2Rαサブユニット、IL-2Rβサブユニット、およびIL-2Rγサブユニットを含み、IL-2に対する中間親和性受容体は、IL-2RβサブユニットおよびIL-2Rγサブユニットのみを含み、IL-2に対する低親和性受容体は、IL-2Rαサブユニットのみを含む。
いくつかの実施形態では、サイトカインは、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカイン、アディポカイン、成長因子、または腫瘍壊死因子である。いくつかの実施形態では、インターフェロン(IFN)は、IFNα、IFNβ、IFNγ、またはそれらのフラグメントである。いくつかの実施形態では、インターロイキン(IL)は、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、またはそれらのフラグメントである。いくつかの実施形態では、成長因子は、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、サイトカインはTGF-βである。
いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、種々の野生型サイトカインである。いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、野生型サイトカインの突然変異体である。いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、野生型サイトカインと比べて1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、または50より多くのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、野生型サイトカインと比べて多くとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、または50より多くのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、自然に生じないサイトカインである。いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、自然に生じるサイトカインと比べて少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、または50より多くのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン突然変異タンパク質は、自然に生じるサイトカインと比べて多くとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、または50より多くのアミノ酸置換を含む。
いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、サイトカイン受容体に結合する。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカイン、アディポカイン、成長因子、または腫瘍壊死因子に対する受容体である。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、I型サイトカイン受容体またはII型サイトカイン受容体である。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、二量体または三量体である。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、αサブユニット、βサブユニット、γサブユニット、またはそれらのあらゆる組合せを含む。例えば、いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、αサブユニット、βサブユニット、およびγサブユニットを含む。別の例では、いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、βサブユニットおよびγサブユニットを含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、αサブユニットおよびβサブユニットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも5倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも8倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも10倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも20倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも25倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも30倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも40倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも50倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも60倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも70倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも75倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも80倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも90倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも100倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも120倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、PもしくはPまたはLもしくはLを有していないポリペプチドまたはポリペプチド複合体の一形態のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも150倍弱い。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGF-βを含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-7受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、またはIL-21受容体を含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、IL-2受容体、IL-12受容体、IL-6受容体、IL-4受容体、IL-10受容体、またはTGF-β受容体を含む。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも5倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも8倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも10倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも15倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも20倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも25倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも30倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも40倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも50倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも60倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも70倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも75倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも80倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも90倍弱い。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、LまたはLが切断されているポリペプチドまたはポリペプチド複合体のサイトカイン受容体に対する結合親和性と比較して、サイトカイン受容体に対する結合親和性が少なくとも100倍弱い。いくつかの実施形態では、サイトカインまたはサイトカインフラグメントは、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン受容体は、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-7受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、またはIL-21受容体を含む。いくつかの実施形態では、LまたはLは、プロテアーゼにより切断される。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは腫瘍特異的プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、プロテアーゼは、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む。いくつかの実施形態では、マトリックスメタロプロテアーゼは、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む。いくつかの実施形態では、セリンプロテアーゼは、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む。
半減期延長部分
いくつかの実施形態では、Pは半減期延長部分にさらに連結される。いくつかの実施形態では、Pは、式Ia:
-L-P-L-H
(式Ia)
による配置で半減期延長部分に連結され、
式中、Hは半減期延長部分であり、LはHをPに接続するリンカーである。いくつかの実施形態では、Lは切断不能リンカーである。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、Aが標的抗原に結合するのを防止しない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、Aに対する結合親和性を有していない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、標的抗原に対する結合親和性を有していない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、Aを標的抗原から保護しない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、Aに直接連結しない。
いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、Aがサイトカイン受容体に結合するのを防止しない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、サイトカインまたはサイトカイン受容体に対する結合親和性を有していない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントをサイトカイン受容体から保護しない。いくつかの実施形態では、半減期延長部分(H)は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントに直接連結しない。
いくつかの実施形態では、Hは、反復配列モチーフを有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Hは、高秩序二次構造を有するアミノ酸配列を含む。「高度秩序二次構造」とは、本文脈で使用するとき、Hのアミノ酸残基の少なくとも約50%、約70%、約80%、または約90%が、 分光測色法(例えば、「far-UV」スペクトル領域(190~250nm)での円偏光二色分光法、ならびにChou-FasmanアルゴリズムやGarnier-Osguthorpe-Robson(「GOR」)アルゴリズムなどのコンピュータプログラムまたはアルゴリズムによる)を含むがこれに限定されない手段で測定したときに二次構造に寄与することを意味する。
いくつかの実施形態では、Hはポリマーを含む。いくつかの実施形態では、ポリマーはポリエチレングリコール(PEG)である。いくつかの実施形態では、Hはアルブミンを含む。いくつかの実施形態では、HはFcドメインを含む。いくつかの実施形態では、アルブミンは血清アルブミンである。いくつかの実施形態では、アルブミンはヒト血清アルブミンである。いくつかの実施形態では、Hは、ポリペプチド、リガンド、または小分子を含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチド、リガンド、または小分子は、血清タンパク質もしくはそのフラグメント、循環免疫グロブリンもしくはそのフラグメント、またはCD35/CR1に結合する。いくつかの実施形態では、血清タンパク質は、チロキシン結合タンパク質、トランスサイレチン、1-酸糖タンパク質、トランスフェリン、トランスフェリン受容体もしくはそのトランスフェリン結合部分、フィブリノゲン、またはアルブミンを含む。いくつかの実施形態では、循環免疫グロブリン分子は、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、slgA、IgM、またはIgDを含む。いくつかの実施形態では、血清タンパク質はアルブミンである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、単一ドメイン抗体、一本鎖可変フラグメント、またはFabを含む。いくつかの実施形態では、抗体は単一ドメイン抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、アルブミンに結合する単一ドメイン抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト血清アルブミンに結合する単一ドメイン抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト抗体またはヒト化抗体である。いくつかの実施形態では、単一ドメイン抗体は、645gH1gL1、645dsgH5gL4、23-13-A01-sc02、A10m3、またはそれらのフラグメント、DOM7r-31、DOM7h-11-15、Alb-1、Alb-8、Alb-23、10G、10GE、およびSA21からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、Hは単一ドメイン抗体を含む。いくつかの実施形態では、Hは、アルブミンに結合する単一ドメイン抗体を含む。いくつかの実施形態では、Hは、ヒト血清アルブミンに結合する単一ドメイン抗体を含む。
いくつかの実施形態では、Hは、修飾アミノ酸もしくは非天然アミノ酸、または修飾非天然アミノ酸、あるいはそれらの組合せを含む。いくつかの実施形態では、修飾アミノ酸または修飾非天然アミノ酸は、翻訳後修飾を含む。いくつかの実施形態では、Hは、アセチル化、アクリル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドもしくはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質もしくは脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマカルボシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などタンパク質へのアミノ酸の転移RNA媒介型付加、ユビキチン化を含むが、これらに限定されない修飾を含む。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、および末端を含むHに対してあらゆる場所で行われる。
ポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードするポリヌクレオチド
本明細書中のいくつかの実施形態では、本明細書に開示されるポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、切断可能リンカーを含むポリペプチドをコードする単離された組換え核酸分子が開示される。
本明細書中のいくつかの実施形態では、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。
いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む。いくつかの実施形態では、切断可能リンカーは、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む。
本明細書中のいくつかの実施形態では、リンカー1(ISSGLLSGRSDAG)(配列番号3)、リンカー2(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)(配列番号4)、リンカー3(SPLGLSGRSDAG)(配列番号5)、またはリンカー4(LSGRSDAGSPLGLAG)(配列番号6)のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチド、または、リンカー1、リンカー2、リンカー3、またはリンカー4のアミノ酸配列に対して1、2、または3つのアミノ酸置換、付加、もしくは欠失を有する切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、リンカー1のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)(配列番号3)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、リンカー2のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)(配列番号4)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、リンカー3のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)(配列番号5)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、リンカー4のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)(配列番号6)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、アミノ酸配列LSGRSDAG(配列番号1)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子が開示される。
本明細書中のいくつかの実施形態では、式I:
-L-P
(式I)
によるポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む。本明細書中のいくつかの実施形態では、式I:
-L-P
(式I)
を含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む。本明細書中のいくつかの実施形態では、式I:
-L-P
(式I)
によるポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインであり、Lは切断可能リンカーであり、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドである。本明細書中のいくつかの実施形態では、式I:
-L-P
(式I)
を含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインであり、Lは切断可能リンカーであり、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドである。
本明細書中のいくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、単離ポリペプチドが、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含む第2の単離ポリペプチドと複合体を形成する、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体が開示される。本明細書中のいくつかの実施形態では、式II:
-L-P
(式II)
によるポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドを含む。本明細書中のいくつかの実施形態では、式II:
-L-P
(式II)
を含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドを含む。本明細書中のいくつかの実施形態では、式II:
-L-P
(式II)
によるポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインであり、Lは第2の切断可能リンカーであり、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドである。本明細書中のいくつかの実施形態では、式II:
-L-P
(式II)
を含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体をコードする、単離された組換え核酸分子が開示され、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインであり、Lは第2の切断可能リンカーであり、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドである。
医薬組成物
本明細書中のいくつかの実施形態では、(a)本明細書に開示されるポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物が開示される。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)リンカー1(ISSGLLSGRSDAG)(配列番号3)、リンカー2(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)(配列番号4)、リンカー3(SPLGLSGRSDAG)(配列番号5)、もしくはリンカー4(LSGRSDAGSPLGLAG)(配列番号6)のアミノ酸配列による切断可能リンカーを含むポリペプチドもしくはポリペプチド複合体、または、リンカー1、リンカー2、リンカー3、もしくはリンカー4のアミノ酸配列に対して1、2、もしくは3つのアミノ酸置換、付加、もしくは欠失を有する切断可能リンカーを含むポリペプチドもしくポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)リンカー1のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)(配列番号3)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)リンカー2のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)(配列番号4)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)リンカー3のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)(配列番号5)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)リンカー4のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)(配列番号6)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)アミノ酸配列LSGRSDAG(配列番号1)による切断可能リンカーを含むポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式I:
-L-P
(式I)
による単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式I:
-L-P
(式I)
を含む単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式I:
-L-P
(式I)
による単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインであり、Lは切断可能リンカーであり、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドである、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式I:
-L-P
(式I)
を含む単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインであり、Lは切断可能リンカーであり、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドである、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
本明細書中のいくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、単離ポリペプチドが、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含む第2の単離ポリペプチドと複合体を形成する、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体が開示される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式II:
-L-P
(式II)
による単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドを含む、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式II:
-L-P
(式II)
を含む単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドを含む、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式II:
-L-P
(式II)
による単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインであり、Lは第2の切断可能リンカーであり、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドである、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、(a)式II:
-L-P
(式II)
を含む単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体であって、
式中、Aは、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインであり、Lは第2の切断可能リンカーであり、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインの結合を損なわせる第2のペプチドである、単離ポリペプチドまたはポリペプチド複合体と、(b)薬学的に許容可能な賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、検出可能ラベル、治療剤、または薬物動態修飾部分(pharmacokinetic modifying moiety)をさらに含む。いくつかの実施形態では、検出可能ラベルは、蛍光ラベル、放射性ラベル、酵素、核酸プローブ、または造影剤を含む。
対象への投与において、本明細書に開示されるポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、1つまたは複数の薬学的に許容可能な担体または賦形剤と一体的に医薬組成物に入れて提供される場合もある。「薬学的に許容可能な担体」という用語には、成分の生体活性の有効性を妨げず投与対象である患者に対し有毒ではないいずれかの担体が含まれるが、これらに限定されない。好適な医薬担体の例は当該技術分野で周知であり、リン酸緩衝生理食塩水、水、油/水乳剤などの乳剤、種々の種類の湿潤剤、滅菌溶液などが挙げられる。このような担体は従来の方法により製剤化可能であり、好適な用量で対象に投与できる。好ましくは、医薬組成物は無菌である。これらの組成物は、保存料、乳化剤、分散剤などの補助剤をさらに含有する場合もある。微生物作用の防止は、様々な抗菌剤および抗真菌剤を含めることにより確実となる場合もある。
医薬組成物は、(所望の投与方法に応じて)いずれかの好適な形態にあってよい。医薬組成物は単位剤形で提供され、密封容器に入れて提供され、およびキットの一部として提供されてもよい。このようなキットには使用説明書が含まれる場合もある。上述の単位剤形が複数含まれる場合もある。
医薬組成物は、非経口(例えば、皮下、筋肉内、または静脈内)経路を含むあらゆる適切な経路による投与に適合させられる場合もある。このような組成物は、薬学の分野で公知の方法により、例えば、滅菌条件下で有効成分を担体または賦形剤と混合することによって調製される場合がある。
本開示の物質の投与量は、処置対象である疾患または障害、処置対象である個体の年齢や状態などに依存して広範囲間で変動する可能性があり、最終的には使用される適切な投与量を医師が決定することになる。
表1では、本明細書に記載の構築物のアミノ酸配列を提供する。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、表1に明記される配列を含む。いくつかの実施形態では、配列は、配列番号1、2、4、5、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25に対して少なくともまたは約70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、配列は、配列番号1、2、4、5、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25に対して少なくともまたは約95%の相同性を含む。いくつかの実施形態では、配列は、配列番号1、2、4、5、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25に対して少なくともまたは約97%の相同性を含む。いくつかの実施形態では、配列は、配列番号1、2、4、5、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25に対して少なくともまたは約99%の相同性を含む。いくつかの実施形態では、配列は、配列番号1、2、4、5、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25に対して少なくともまたは約100%の相同性を含む。いくつかの例では、配列は、配列番号1、2、4、5、7、8、9、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25の、少なくともまたは約10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、または400を超えるアミノ酸を有する部分を少なくとも含む。
参照ポリペプチド配列に関する配列同一性率(%)は、配列をアライメントし、必要な場合にギャップを導入することにより最大の配列同一性率を達成したが、いずれの保存的置換も配列同一性の一部として認めなかった後に、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の割合である。アミノ酸配列同一性率を求める目的のアライメントは、公知の様々な方法で、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGN、Megalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に利用可能なコンピュータソフトウェアを用いて達成できる。比較される配列の全長にわたり最大のアライメントを達成するために必要なアルゴリズムを含む、配列をアライメントするのに適切なパラメータの判定が可能である。しかし、本明細書中の目的では、アミノ酸配列同一性%の値は、配列比較コンピュータプログラムALIGN-2を用いて生成される。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムは、著者Genentech,Inc.であり、ソースコードは、ワシントンD.C.,20559の米国著作権局にユーザ文書とともに提出されており、米国著作権登録第TXU510087号の下で登録されている。ALIGN-2プログラムはカリフォルニア州サウスサンフランシスコGenentech,Inc.から公的に入手可能か、またはソースコードからコンパイルされる場合がある。ALIGN-2プログラムは、digital UNIX(登録商標)V4.0Dを含むUNIX(登録商標)オペレーティングシステムで使用するためにコンパイルする必要がある。すべての配列比較パラメータはALIGN-2プログラムにより設定され、変更はない。
ALIGN-2がアミノ酸配列の比較に利用される状況で、所与のアミノ酸配列Aの、所与のアミノ酸Bに対する(to,with,or against)アミノ酸配列同一性率(あるいは、所与のアミノ酸配列Bに対する特定のアミノ酸配列同一性%を有するか含んでいる所与のアミノ酸配列Aという句とすることができる)は、100×分数X/Yとして算出され、式中、Xは、プログラムのAとBのアライメントにおける配列アライメントプログラムALIGN-2によって同一の一致としてスコア付けされたアミノ酸残基の数であり、Yは、Bのアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Aの長さはアミノ酸配列Bの長さに等しく、Bに対するAのアミノ酸配列同一性%は、Aに対するBのアミノ酸配列同一性%に等しくないことを認識されたい。別段の言及のない限り、本明細書で使用するアミノ酸配列同一性%の値は全て、ALIGN-2コンピュータプログラムを用いて直前の段落に記載するように取得される。
切断可能リンカーを含むポリペプチドの産生
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド(例えば、抗体およびその結合性フラグメント)は、当該技術分野で公知であってポリペプチド(例えば、抗体)の合成に有用とされるあらゆる方法、具体的には、化学合成または組換え発現により産生され、好ましくは組換え発現技法により産生される。
いくつかの例では、抗体またはその結合性フラグメントは組換えにより発現され、抗体またはその結合性フラグメントをコードする核酸は、化学合成されたオリゴヌクレオチド(例えば、Kutmeierらによる1994年のBioTechniques17:242に記載するもの)から組み立てられ、このオリゴヌクレオチドは、抗体をコードする配列の複数部分を含有する重複オリゴヌクレオチドの合成、それらオリゴヌクレオチドのアニーリングとライゲーション、ならびにライゲーションされたオリゴヌクレオチドのPCR増幅に関与する。
代替的に、抗体をコードする核酸分子は、任意選択で好適なソース(例えば、抗体cDNAライブラリ、または免疫グロブリンを発現するいずれかの組織もしくは細胞から生成したcDNAライブラリ)から、配列の3’末端と5’末端にハイブリダイズ可能な合成プライマーを用いたPCR増幅、または、特定の遺伝子配列に特異的なオリゴヌクレオチドプローブを用いたクローニングにより生成される。
いくつかの実施形態では、抗体またはその抗原結合性フラグメントは、任意選択で動物を免疫化することにより生成されることでポリクローナル抗体を生成し、またはより好ましくは、例えばKohlerとMilstein(1975,Nature 256:495-497)に記載されるように、もしくはKozborら(1983,Immunology Today 4:72)かColeら(1985 in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,Inc.,pp.77-96)に記載されるように、モノクローナル抗体を生成することにより生成される。代替的に、抗体の少なくともFab部分をコードするクローンが、特異的抗原を結合するFabフラグメントのクローンに対しFab発現ライブラリ(例えば、Huseらによる1989年のScience 246:1275-1281に記載のもの)をスクリーニングすることにより、または抗体ライブラリをスクリーニングすることにより、任意選択で取得される(例えば、Clacksonらによる1991年のNature 352:624、Haneらによる1997年のProc.Natl.Acad.Sci.USA 94:4937を参照)。
いくつかの実施形態では、適切な抗原特異性を持つマウス抗体分子からの抗体とともに、適切な生体活性を持つヒト抗体分子からの遺伝子をスプライシングすることにより「キメラ抗体」を産生するために開発された技法(Morrisonらによる1984年のProc.Natl.Acad.Sci.81:851-855、Neubergerらによる1984年のNature 312:604-608、Takedaらによる1985年のNature 314:452-454)が使用される。キメラ抗体は、マウスモノクローナル抗体およびヒト免疫グロブリン定常領域に由来する可変領域を有するものなど、様々な部分が様々な動物種に由来する分子である。
いくつかの実施形態では、一本鎖抗体の産生について記述された技法(米国特許第4,694,778号、Birdによる1988年のScience 242:423-42、Hustonによる1988年のProc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883、およびWardによる1989年のNature 334:544-54)が、一本鎖抗体を産生するのに適している。一本鎖抗体は、Fv領域の重鎖フラグメントと軽鎖フラグメントとをアミノ酸架橋を介し連結することにより形成され、一本鎖ポリペプチドが生じる。大腸菌中の機能性Fvフラグメントを組み立てるための技法も任意選択で使用される(Skerraらによる1988年のScience 242:1038-1041)。
いくつかの実施形態では、抗体のヌクレオチド配列を含む発現ベクター、または抗体のヌクレオチド配列は、従来技法(例えば、電気穿孔法、リポソームトランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿)により宿主細胞へと導入され、その後導入された細胞は従来技法により培養されて抗体が産生される。特定の実施形態では、抗体の発現は、構成的、誘導性、または組織特異的プロモータにより調節される。
いくつかの実施形態では、種々の宿主発現ベクター系を利用して、本明細書に記載の抗体またはその結合性フラグメントが発現される。かかる宿主発現系は、抗体のコーディング配列を産生して精製するビヒクルを表すだけでなく、適切なヌクレオチドコーディング配列で形質転換されるかトランスフェクトされると抗体またはその結合性フラグメントをin situで発現する細胞も表す。これらには、抗体またはその結合性フラグメントのコーディング配列を含有する組換えバクテリオファージDNA、プラスミドDNA、もしくはコスミドDNA発現ベクターで形質転換された細菌(例えば、大腸菌や枯草菌);抗体またはその結合性フラグメントのコーディング配列を含有する組換え酵母菌発現ベクターで形質転換された酵母菌(例えば、Saccharomyces Pichia);抗体またはその結合性フラグメントのコーディング配列を含有する組換えウイルス発現ベクター(例えば、バキュロウイルス)に感染した昆虫細胞系;抗体またはその結合性フラグメントのコーディング配列を含有する組換えウイルス発現ベクター(例えば、カリフラワーモザイクウイルス(CaMV)やタバコモザイクウイルス(TMV))もしくは組換えプラスミド発現ベクター(例えば、Tiプラスミド)に感染した植物細胞系;または哺乳動物細胞ゲノム(例えば、メタロチオネインプロモータ)もしくは哺乳動物ウイルス(例えば、アデノウィルス後期プロモータ、ワクシニアウイルス7.5Kプロモータ)に由来するプロモータを含有する組換え発現構築物を持つ哺乳動物細胞系(例えば、COS、CHO、BH、293、293T、3T3細胞)などの微生物が挙げられるが、このようなものに限定されない。
組換えタンパク質の長期で高収率の産生には、安定した発現が好ましい。いくつかの例では、抗体を安定して発現する細胞株は、任意選択で操作される。複製ウイルス起源を含有する発現ベクターを用いるというよりは、宿主細胞は、適切な発現制御要素(例えば、プロモータ、エンハンサ、配列、転写ターミネータ、ポリアデニル化部位など)により制御されるDNA、および選択可能なマーカで形質転換される。外来DNAを導入後、操作された細胞は濃縮培地中で1~2日間成長されて、選択的培地に切り替えられる。組換えプラスミド中の選択可能マーカは選択に対する耐性を付与し、細胞が安定してプラスミドをそれらの染色体に一体化し、クローニングされて細胞株へと拡張される病巣を生じさせるように成長するのを可能にする。この方法は、抗体またはその結合性フラグメントを発現する細胞株を操作するのに使用するのが都合の良い可能性がある。
いくつかの例では、多くの選択システムが使用され、限定されないが、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(Wiglerらによる1977年のCell 11:223)、ヒポキサンチンーグアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(SzybalskaとSzybalskiによる192,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 48:202)、およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(Lowyらによる1980年のCell 22:817)の遺伝子が、それぞれtk細胞、hgprt細胞、またはaprt細胞で利用される。また、代謝拮抗薬耐性が、以下の遺伝子に対する選択の基礎として使用される:メトトレキサートに対する耐性を与えるdhfr(Wiglerらによる1980年のProc.Natl.Acad.Sci.USA 77:357;O’Hareらによる1981年のProc.Natl.Acad.Sci.USA 78:1527)、ミコフェノール酸に対する耐性を与えるgpt(MulliganとBergによる1981年のProc.Natl.Acad.Sci.USA 78:2072)、アミノグリコシドG-418に対する耐性を与えるneo(Clinical Pharmacy 12:488-505;WuとWuによる1991年のBiotherapy 3:87-95;Tolstoshevによる1993年のAnn.Rev.Pharmacol.Toxicol.32:573-596;Mulliganによる1993年のScience 260:926-932;およびMorganとAndersonによる1993年のAnn.Rev.Biochem.62:191-217;May 1993,TIB TECH 11(5):155-215)、ならびにヒグロマイシンに対する耐性を与えるhygro(Santerreらによる1984年のGene 30:147)。使用され得る組換えDNA技法の分野で公知の方法は、Ausubelら(編、1993年のCurrent Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,NY;Krieglerによる1990年のGene Transfer and Expression,A Laboratory Manual,Stockton Press,NY;およびDracopoliら(編)による1994年のCurrent Protocols in Human Genetics,John Wiley & Sons,NY.の12章と13章;Colberre-Garapinらによる1981年のJ.Mol.Biol.150:1)に記載されている。
いくつかの例では、抗体の発現レベルは、ベクター増幅により上昇する(検討のため、BebbingtonとHentschelによるthe use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA cloning,Vol.3.(Academic Press,New York,1987)を参照)。抗体を発現するベクター系のマーカが増幅可能であると、宿主細胞の培養中に存在する阻害剤のレベルが上昇することで、マーカ遺伝子のコピー数が増加することになる。増幅した領域は抗体の塩基配列と関連付けられるので、抗体の産生も増加することになる(Crouseらによる1983年のMol.Cell Biol.3:257)。
場合により、抗体の精製における当該技術分野で公知のあらゆる方法が、例えばクロマトグラフィー(例えば、イオン交換、親和性、具体的にはタンパク質Aの後の特異的抗原に対する親和性、およびサイジングカラムクロマトグラフィー)、遠心分離、差動的溶解性(differential solubility)、またはその他あらゆるタンパク質精製の標準技法により使用される。
発現ベクター
いくつかの実施形態では、ベクターは、真核生物源または原核生物源のいずれかに由来するあらゆる好適なベクターを含む。場合により、ベクターは、細菌源(例えば、大腸菌)、昆虫源、酵母菌源(例えば、Pichia pastoris)、藻類源、または哺乳動物源から得られる。例示的な細菌ベクターとして、pACYC177、pASK75、pBADベクターシリーズ、pBADMベクターシリーズ、pETベクターシリーズ、pETMベクターシリーズ、pGEXベクターシリーズ、pHAT、pHAT2、pMal-c2、pMal-p2、pQEベクターシリーズ、pRSET A、pRSET B、pRSET C、pTrcHis2シリーズ、pZA31-Luc、pZE21-MCS-1、pFLAG ATS、pFLAG CTS、pFLAG MAC、pFLAG Shift-12c、pTAC-MAT-1、pFLAG CTC、またはpTAC-MAT-2が挙げられる。
例示的な昆虫ベクターとして、pFastBac1、pFastBac DUAL、pFastBac ET、pFastBac HTa、pFastBac HTb、pFastBac HTc、pFastBac M30a、pFastBact M30b、pFastBac、M30c、pVL1392、pVL1393、pVL1393 M10、pVL1393 M11、pVL1393 M12、pPolh-FLAG1やpPolh-MAT 2などのFLAGベクター、またはpPolh-MAT1やpPolh-MAT2などのMATベクターが挙げられる。
場合により、酵母菌ベクターとして、Gateway(登録商標)pDEST(商標)14ベクター、Gateway(登録商標)pDEST(商標)15ベクター、Gateway(登録商標)pDEST(商標)17ベクター、Gateway(登録商標)pDEST(商標)24ベクター、Gateway(登録商標)pYES-DEST52ベクター、pBAD-DEST49 Gateway(登録商標)デスティネーションベクター、pAO815 Pichiaベクター、pFLD1 Pichi pastorisベクター、pGAPZA,B,&C Pichia pastorisベクター、pPIC3.5K Pichiaベクター、pPIC6 A,B,&C Pichiaベクター、pPIC9K Pichiaベクター、pTEF1/Zeo、pYES2酵母菌ベクター、pYES2/CT酵母菌ベクター、pYES2/NT A,B,&C酵母菌ベクター、またはpYES3/CT酵母菌ベクターが挙げられる。
例示的な藻類ベクターには、pChlamy-4ベクターやMCSベクターが挙げられる。
哺乳動物ベクターの例には、一過性発現ベクターや安定発現ベクターが挙げられる。哺乳動物一過性発現ベクターには、pRK5、p3xFLAG-CMV 8、pFLAG-Myc-CMV 19、pFLAG-Myc-CMV 23、pFLAG-CMV 2、pFLAG-CMV 6a,b,c、pFLAG-CMV 5.1、pFLAG-CMV 5a,b,c、p3xFLAG-CMV 7.1、pFLAG-CMV 20、p3xFLAG-Myc-CMV 24、pCMV-FLAG-MAT1、pCMV-FLAG-MAT2、pBICEP-CMV 3、またはpBICEP-CMV 4が挙げられ得る。哺乳動物安定発現ベクターには、pFLAG-CMV 3、p3xFLAG-CMV 9、p3xFLAG-CMV 13、pFLAG-Myc-CMV 21、p3xFLAG-Myc-CMV 25、pFLAG-CMV 4、p3xFLAG-CMV 10、p3xFLAG-CMV 14、pFLAG-Myc-CMV 22、p3xFLAG-Myc-CMV 26、pBICEP-CMV 1、またはpBICEP-CMV 2が挙げられ得る。
いくつかの例では、無細胞系は、細胞からの細胞質成分および/または核成分の混合物であり、in vitroでの核酸合成に使用される。場合により、無細胞系は、原核細胞成分または真核細胞成分のいずれかを利用する。時に核酸合成は、例えば、ショウジョウバエ細胞、アフリカツメガエル卵、またはHeLa細胞に基づく無細胞系で得られる。例示的な無細胞系として、E.coli S30 Extract系、E.coli T7 S30系、またはPURExpress(登録商標)が挙げられるが、これらに限定されない。
宿主細胞
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、天然由来細胞または遺伝子修飾細胞などのいずれかの好適な細胞を含む。いくつかの例では、宿主細胞は産生宿主細胞である。いくつかの例では、宿主細胞は真核生物細胞である。他の例では、宿主細胞は原核生物細胞である。場合により、真核生物細胞には、真菌(例えば、酵母菌細胞)、動物細胞、または植物細胞が挙げられる。場合により、原核生物細胞は細菌細胞である。細菌細胞の例には、グラム陽性菌やグラム陰性菌が挙げられる。時にグラム陰性菌は、嫌気性菌、桿菌、またはその両方である。
いくつかの例では、グラム陽性菌には、放線菌門、ファーミキューテス門、テネリクテス門が挙げられる。場合により、グラム陰性菌には、アクウィフェクス、デイノコッカス-サーマス、フィブロバクテル-クロロビウム/バクテロイデス(FCB群)、フソバクテリウム、ゲンマティモナス、ニトロスピラ、プランクトミケス-ウェルコミクロビウム/クラミジア(PVC群)、プロテオバクテリア、スピロヘータ、またはシネルギステスが挙げられる。他の細菌は、アシドバクテリア、クロロフレキシ、クリシオゲネス、シアノバクテリア、デフェリバクター、Dictyoglomi、サーモデスルフォバクテリア、またはテルモトガであり得る。細菌細胞は、大腸菌、ボツリヌス菌、またはColi bacilliであり得る。
例示的な原核生物宿主細胞には、BL21、Mach1(商標)、D H10B(商標)、TOP10、DH5α、DH10Bac(商標)、OmniMax(商標)、MegaX(商標)、DH12S(商標)、INV110、TOP10F’、InvαF、TOP10/P3、ccdB Survival、PIR1、PIR2、Stbl2(商標)、Stbl3(商標)、またはStbl4(商標)が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの例では、動物細胞は、脊椎動物または無脊椎動物由来の細胞を含む。場合により、動物細胞は、海洋無脊椎動物、魚類、昆虫、両生類、爬虫類、または哺乳動物由来の細胞を含む。場合により、真菌細胞は、ビール酵母菌、パン酵母菌、またはワイン酵母菌などの酵母菌細胞を含む。
真菌には、酵母菌、カビ、糸状菌、担子菌、接合菌などの子嚢菌類が挙げられる。いくつかの例では、酵母菌は子嚢菌門または担子菌門を含む。場合により、子嚢菌門には、サッカロミケス亜門(真性酵母菌、例えば、saccharomyces cerevisiae(パン酵母菌))やタフリナ菌亜門(例えば、Schizosaccharomycetes(分裂酵母菌))が挙げられる。場合により、担子菌門には、ハラタケ亜門(例えば、Tremellomycetes)やサビキン亜門(例えば、Microbotryomycetes)が挙げられる。
例示的な酵母菌または糸状菌としては、例えばサッカロミケス属、シゾサッカロミケス属、カンジダ属、ピキア属、ハンゼヌラ属、クリベロミセス、ジゴサッカロマイセス属、ヤロウイア属、トリコスポロン属、Rhodosporidi属、アスペルギルス属、フザリウム属、またはトリコデルマ属が挙げられる。例示的な酵母菌または糸状菌としては、例えば、サッカロミケス・セレビシエ、シゾサッカロミケス・ポンベ、Candida utilis、Candida boidini、カンジダ・アルビカンス、カンジダ・トロピカリス、Candida stellatoidea、カンジダ・グラブラータ、カンジダ・クルセイ、カンジダ・パラプシローシス、カンジダ・ギリエルモンディ、カンジダ・ヴィスワナーティ、カンジダ・ルシタニエ、ロドトルラ‐ムチラギノーザ、Pichia metanolica、Pichia angusta、ピキア・パストリス、ピキア・アノマラ、ハンセヌラ・ポリモルファ、クルイベロマイセス・ラクティス、チゴサッカロミセス・ルーキシィ、Yarrowia lipolytica、Trichosporon pullulans、Rhodosporidium toru-Aspergillus niger、アスペルギルス・ニデュランス、アワモリコウジカビ(Aspergillus awamori)、ニホンコウジカビ(Aspergillus oryzae)、トリコデルマ・リーゼイ、Yarrowia lipolytica、ブレタノミセス・ブリュッセル、Candida stellata、シゾサッカロミケス・ポンベ、Torulaspora delbrueckii、Zygosaccharomyces bailii、クリプトコッカス・ネオフォルマンス、クリプトコッカス・ガッティ、またはサッカロミケス・ブラウディが挙げられる。
例示的な酵母菌宿主細胞には、GS115、KM71H、SMD1168、SMD1168H、X-33などのピキア・パストリス酵母菌株や、INVSc1などのサッカロミケス・セレビシエ酵母菌株が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの例では、さらなる動物細胞として、軟体動物、節足動物、環形動物、または海綿動物から得た細胞が挙げられる。場合により、さらなる動物細胞は、例えば、霊長類、類人猿、ウマ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコ、またはげっ歯類由来の哺乳動物細胞である。場合により、げっ歯類には、マウス、ラット、ハムスター、スナネズミ、ハムスター、チンチラ、ファンシーラット、またはモルモットが挙げられる。
例示的な哺乳動物宿主細胞として、293A細胞株、293FT細胞株、293F細胞、293H細胞、CHO DG44細胞、CHO-S細胞、CHO-K1細胞、FUT8 KO CHOK1、Expi293F(商標)細胞、Flp-In(商標)T-REx(商標)293細胞株、Flp-In(商標)-293細胞株、Flp-In(商標)-3T3細胞株、Flp-In(商標)-BHK細胞株、Flp-In(商標)-CHO細胞株、Flp-In(商標)-CV-1細胞株、Flp-In(商標)-Jurkat細胞株、FreeStyle(商標)293-F細胞、FreeStyle(商標)CHO-S細胞、GripTite(商標)293MSR細胞株、GS-CHO細胞株、HepaRG(商標)細胞、T-REx(商標)Jurkat細胞株、Per.C6細胞、T-REx(商標)-293細胞株、T-REx(商標)-CHO細胞株、T-REx(商標)-HeLa細胞株が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの例では、哺乳動物宿主細胞は、安定な細胞株であるか、または、目的の遺伝物質をそれ自体のゲノムに組み込んでいるとともに多くの世代の細胞分裂後に遺伝物質の生成物を発現する能力を有する細胞株である。場合により、哺乳動物宿主細胞は、一過性細胞株であるか、または、目的の遺伝物質をそれ自体のゲノムに組み込まないとともに多くの世代の細胞分裂後に遺伝物質の生成物を発現する能力を有していない細胞株である。
例示的な昆虫宿主細胞として、ショウジョウバエS2細胞、Sf9細胞、Sf2 1細胞、High Five(商標)細胞、expresSF+(登録商標)細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの例では、植物細胞には藻類由来の細胞が挙げられる。例示的な昆虫細胞株には、クラミドモナス・ラインハルティイ137cやSynechococcus elongatus PPC7942由来の株が挙げられるが、これらに限定されない。
製造品
本発明の別の態様では、上述した障害の処置、予防、および/または診断に有用な材料を含有する製造品が提供される。製造品は、容器と、容器上にあるか容器に付随するラベルまたは添付文書とを備える。好適な容器には、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、IV溶液バッグなどが挙げられる。容器は、ガラスやプラスチックなどの種々の材料から形成されてよい。容器は、疾病を処置、予防、および/もしくは診断するのにそれ自体でまたは別の組成物と組み合わせて有効である組成物を保持し、滅菌アクセスポートを有する場合もある(例えば、溶液は、皮下注射針が貫通可能なストッパを有する点滴バッグまたはバイアルの場合がある)。組成物中の少なくとも1つの活性剤は、CD3に特異的に結合する第1の抗原結合部位と、腫瘍抗原に特異的に結合する第2の抗原結合部位とを含む二重特異性抗体である。
ラベルまたは添付文書は、組成物が選択対象の疾病を処置するのに使用されることを示す。さらに、製造品は、(a)本発明の二重特異性抗体を含む組成物を含有する第1の容器と、(b)さらなる細胞毒性またはその他の治療剤を含む組成物を含有する第2の容器とを備えていてもよい。この本発明の実施形態における製造品は、組成物が特定の疾病を処置するのに使用され得ることを示す添付文書をさらに備える場合もある。
代替的または付加的に、製造品は、注射用静菌水(BWFI)、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、デキストロース溶液などの薬学的に許容可能な緩衝液を含む第2(または第3)の容器をさらに備える場合もある。さらに、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、およびシリンジを含む、商業上とユーザの観点から望ましい他の材料をさらに備える場合もある。
処置方法
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドは、癌を処置する方法に使用される。いくつかの実施形態では、癌は、EGFRを発現する細胞を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、大腸癌(CRC)、頭頚部の扁平上皮癌(SCCHN)、非小細胞肺癌(NSCLC)、前立腺癌、乳癌、乳癌/直腸癌、頭頚部癌、食道癌、肝臓癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、膀胱癌、腎臓癌、または膵臓癌を処置する方法に使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、EGFR阻害剤による処置に耐性のある対象を処置する方法に使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、KRAS突然変異を有する対象を処置する方法に使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドまたはポリペプチド複合体は、EGFR阻害剤による処置に耐性がありKRAS突然変異を有する対象を処置する方法に使用される。
本発明の好ましい実施形態が本明細書中で示されるとともに記述されてきたが、かかる実施形態はほんの一例として提供されることは当業者に明白であろう。現在、多数の変形、変更、および置換えが、本発明から逸脱することなく当業者に想到されるであろう。本明細書に記載の本発明の実施形態に対する種々の代替物が本発明の実施に使用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内にある方法と構造、およびそれらの等価物がそれによりカバーされることが意図される。
実施形態
実施形態1は、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを含む。
実施形態2は、切断可能リンカーが、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む、実施形態1に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態3は、切断可能リンカーが、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、実施形態1から2のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態4は、切断可能リンカーが、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、実施形態1から3のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態5は、切断可能リンカーが、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む、実施形態1から4のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態6は、切断可能リンカーが、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む、実施形態1から5のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態7は、切断可能リンカーがプロテアーゼにより切断可能である、実施形態1から6のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態8は、プロテアーゼが腫瘍特異的プロテアーゼを含む、実施形態7に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態9は、プロテアーゼが、マトリックスメタロプロテイナーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む、実施形態7から8のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態10は、マトリックスメタロプロテアーゼが、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む、実施形態9に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態11は、セリンプロテアーゼが、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはへプシンを含む、実施形態9に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態12は、標的抗原に結合する抗原結合ドメインをさらに含む、実施形態1から11のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態13は、抗原結合性ドメインが、切断可能リンカーに対するC末端である、実施形態12に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態14は、サイトカイン受容体に結合するサイトカインまたはサイトカインフラグメントをさらに含む、実施形態1から11のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態15は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、切断可能リンカーに対するC末端である、実施形態14に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態16は、切断可能リンカーが、式I:A-L-Pによる配置で、標的抗原に結合する抗原結合性ドメインに、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインもしくはサイトカインフラグメントにペプチドを接続し、式中、Aは、標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインもしくはサイトカインフラグメントを含み、Lは切断可能リンカーを含み、Pは、標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、またはサイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む、実施形態1から15のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態17は、PがN末端で切断可能リンカーに接続され、AがC末端で切断可能リンカーに接続される、実施形態16に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態18は、PがC末端で切断可能リンカーに接続され、AがN末端で切断可能リンカーに接続される、実施形態16に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態19は、Pが、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される、実施形態16から18のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態20は、Pが、標的抗原またはサイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する、実施形態16から19のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態21は、Pが、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態16から20のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態22は、Pが、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態16から21のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態23は、Pが、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態16から22のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態24は、Pが、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態16から23のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態25は、Pが環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む、実施形態16から24のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態26は、Pが環状ペプチドを含む、実施形態16から25のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態27は、Pが半減期延長部分にさらに連結される、実施形態16から26のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態28は、半減期延長部分が単一ドメイン抗体である、実施形態27に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態29は、単一ドメイン抗体が10Gを含む、実施形態28に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態30は、Aが、抗体、一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の可変ドメイン(VHH)、Fab、Fab’、Fab軽鎖ポリペプチド、またはFab重鎖ポリペプチドを含む、実施形態16から29のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態31は、標的抗原が腫瘍抗原を含む、実施形態16から30のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態32は、AがFab軽鎖ポリペプチドまたはFab重鎖ポリペプチドを含む、実施形態30から31のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態33は、Aが上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む、実施形態16から32のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態34は、標的抗原がエフェクター細胞抗原を含む、実施形態16から30のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態35は、Aがscfvを含む、実施形態34に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態36は、scFvが抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む、実施形態35に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態37は、Aがサイトカインを含む、実施形態16から29のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態38は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントが野生型サイトカインである、実施形態37に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態38は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、サイトカインの突然変異タンパク質である、実施形態37に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態40は、サイトカイン受容体がインターフェロン受容体またはインターロイキン受容体である、実施形態37から39のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態41は、サイトカイン受容体が、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-4受容体、IL-6受容体、IL-7受容体、IL-10受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、IL-21受容体、またはTGF-β受容体を含む、実施形態37から40のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態42は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む、実施形態37から41のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態43は、サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGFβを含む、実施形態37から42のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態44は、第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインもしくは第2のサイトカインフラグメントを含む第2の単離ポリペプチドと複合体を形成する、実施形態1から43のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態45は、第2の単離ポリペプチドが、式II:A-L-Pによる配置にあり、式中、Aは第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への第2の抗原結合性ドメインの結合を阻害するか、または第2のサイトカイン受容体への第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントの結合を阻害する第2のペプチドを含む、実施形態44に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態46は、第2の切断可能リンカーが、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)を含む、実施形態45に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態47は、第2の切断可能リンカーが、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む、実施形態45から46のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態48は、第2の切断可能リンカーが、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、実施形態45から47のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態49は、第2の切断可能リンカーが、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、実施形態45から48のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態50は、第2の切断可能リンカーが、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む、実施形態45から49のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態51は、第2の切断可能リンカーが、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む、実施形態45から50のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態52は、PがN末端で第2の切断可能リンカーに接続され、AがC末端で第2の切断可能リンカーに接続される、実施形態45から51のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態53は、PがC末端で第2の切断可能リンカーに接続され、AがN末端で第2の切断可能リンカーに接続される、実施形態45から51のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態54は、Pが、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される、実施形態45から53のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態55は、Pが、第2の標的抗原または第2のサイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する、実施形態45から54のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態56は、Pが、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態45から55のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態57は、Pが、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態45から56のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態58は、Pが、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態45から57のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態59は、Pが、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、実施形態45から56のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態60は、Pが環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む、実施形態45から59のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態61は、Pが環状ペプチドを含む、実施形態45から60のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態62は、Aが、抗体、一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の可変ドメイン(VHH)、Fab、Fab’、Fab軽鎖ポリペプチド、またはFab重鎖ポリペプチドを含む、実施形態45から61のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態63は、第2の標的抗原が腫瘍抗原を含む、実施形態45から62のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態64は、AがFab軽鎖ポリペプチドまたはFab重鎖ポリペプチドを含む、実施形態62に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態65は、Aが上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む、実施形態45から64のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態66は、第2の標的抗原がエフェクター細胞抗原を含む、実施形態45から62のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態67は、Aがscfvを含む、実施形態62に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態68は、scFvが抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む、実施形態66から67のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態69は、Aが第2のサイトカインを含む、実施形態45から61のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態70は、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが野生型サイトカインである、実施形態69に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態71は、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが、サイトカインの突然変異タンパク質である、実施形態69に記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態72は、第2のサイトカイン受容体がインターフェロン受容体またはインターロイキン受容体である、実施形態69から71のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態73は、第2のサイトカイン受容体が、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-4受容体、IL-6受容体、IL-7受容体、IL-10受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、IL-21受容体、またはTGF-β受容体を含む、実施形態69から72のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態74は、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む、実施形態69から73のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態75は、第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGFβを含む、実施形態69から74のいずれか1つに記載の単離ポリペプチドを含む。
実施形態76は、上記実施形態のいずれか1つに記載の切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物を含む。
実施形態77は、上記実施形態のいずれか1つに記載の切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子を含む。
実施形態78は、実施形態77に記載の単離された組換え核酸分子を含むベクターを含む。
実施形態79は、上記実施形態のいずれか1つに記載の切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを産生する方法であって、ポリペプチドの発現を生じさせる条件下で、実施形態78に記載のベクターを含む細胞を培養する工程を含む方法を含む。
実施形態80は、切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを製造する方法であって、(a)ポリペプチドの発現を生じさせる条件下で実施形態77に記載の単離された組換え核酸分子を含む細胞を培養する工程と、(b)ポリペプチドを単離する工程とを含む方法を含む。
実施例1.タンパク質分解速度と血清安定性
ポリペプチド複合体を、腫瘍および血清プロテアーゼ活性について評価した。
簡潔に説明すると、様々な腫瘍プロテアーゼにより認識される切断可能リンカーを用いてポリペプチド複合体へと遺伝的に融合したペプチドマスクを含む、ポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5を生成した。ポリペプチド複合体を様々な腫瘍プロテアーゼに曝露した。切断速度は、ポリペプチド複合体をMMP2、MMP7、MMP9、MMP13、MMP14、uPa、MTSP1、およびヘプシンに曝露したときに判定した。見かけの切断速度と相対的血清安定性に関するデータは表2~4に見られる。
データより、血清タンパク質分解活性が血液より高いことが認められる。またデータより、切断可能リンカー配列がヒト血清中の安定性を維持しながらタンパク質分解速度を上昇させたことも認められる。
実施例2.切断可能リンカーと同等のマスキングの確認
ポリペプチド複合体をEGFRおよびCD3ε結合について評価した。
簡潔に説明すると、EGFRマスキングを含むポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5の結合を判定した。図1Aに見られるように、EGFRマスキングは、様々なポリペプチド複合体に対する結合を遮断する。腫瘍プロテアーゼMTSP1による切断後、ポリペプチド複合体は結合可能となる(図1B)。
EGFR結合シフトの詳細は表5~8に見られる。
ポリペプチド複合体をさらにCD3ε結合について評価した。簡潔に説明すると、CD3εマスキングを含むポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5の結合を判定した。図2Aに見られるように、このマスクは、様々なポリペプチド複合体に対する結合を遮断する。腫瘍プロテアーゼMTSP1による切断後、ポリペプチド複合体は結合可能となる(図2B)。
CD3ε結合シフトの詳細は表9~12に見られる。
ポリペプチド複合体の結合を、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を用いて評価した。ビオチン化ペプチドをニュートラアビジン被覆プレート上で捕捉した。結合したポリペプチド複合体を検出するために二次抗体を使用した。マスクを含み、かつマスク切断後のPC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6に関するデータは図3A~図3Bに見られ、EC50結合データを表13~14に要約する。
実施例3.切断可能リンカーと同等のT細胞シフトの確認
次にポリペプチド複合体を、機能的なin vitro腫瘍細胞死滅および関連するT細胞活性化試験で評価した。
簡潔に説明すると、HCT116細胞を、96ウェルの組織培養処理済平底プレート上に蒔き、一晩かけて付着させた。翌日、培養培地と接着していない細胞を除去し、示された濃度で滴定されたポリペプチド複合体を含む新鮮な培地と交換した。PC-2、PC-3、PC-4、PC-5、PC-1、およびPC-6のデータは、図14、表15~16に見られる。
実施例4.In vivoでのカニクイザルPK比較
ポリペプチド複合体をカニクイザルの薬物動態と安全性について評価した。
カニクイザル
若いオスのナイーブカニクイザルを対にして群ごとに収容し、身体に固有のタトゥーを入れて識別した。動物をすべて、試験開始前の3日間、収容条件に順応させた。開始前に、すべての動物が試験獣医師による身体検査を受けた。試験獣医師の見識において健康であり、その他の点で基準を満たしている動物のみを試験に登録した。食事は投与前に一晩控えた。Purina5049を、動物の大きさに適した量で毎日与えた。自動給水装置により水道水を自由に飲めるようにした。
薬物動態
ポリペプチド複合体PC-1、PC-2、PC-3、PC-4、およびPC-5のポリペプチド複合体薬物動態を、オスのナイーブカニクイザルで2~3kgに秤量して判定した。簡潔に説明すると、収容された2群のサルを投与群ごとに使用し、投与前に周囲に順応させた。投薬と出血の前、ケタミンHCL10~20mg/kg IMで動物を鎮静させた。濃縮被験物質を滅菌リン酸緩衝生理食塩水で希釈し、kgでの動物の質量に対する量を動物に投与した。各被験物質の用量を1mL/kgの投与量として静脈内投与した。投与において、左肢と右肢をクリップで止めてアルコールで調製した(prepped)。伏在静脈を確認し、標準カテーテルを配してIVボーラス注入を行った(左肢または右肢のいずれかに)。被験物質投与溶液をシリンジによりカテーテルに流し入れ(attached)、シリンジを手で圧迫することでボーラス注入を行った。
採血において、ケタミンを用いて動物を鎮静させ、大腿三角筋を調製し、22Gの1.5インチ針、バキュテナーシース、および採取管を用いて大腿静脈から採血を行った。静脈穿刺後、止血を成し遂げるまで静脈を手で圧迫し続けた。採血は動物の体重に基づき行われ、IACUCが明記するAGI最大出血量を超えなかった。血液をEDTA管に採取し、血漿へと処理した。血液試料を冷やして3000xgで10分間遠心分離し、血漿から細胞を分離した。血漿の上清を採取し、解析前に冷凍保存した。
カニクイザル血漿試料中のポリペプチド複合体濃度をELISAで判定した。簡潔に説明すると、抗hisタグ捕捉抗体をELISAプレート上で直接被覆させた。カニクイザル血清中のポリペプチド複合体の標準希釈物を使用して、動物PK試験試料を比較可能な検量線を生成した。標準試料と試験試料をプレートに添加し、一晩冷却してインキュベートした。試験試料の様々な希釈物をいくつか使用して、シグナルが標準曲線の適切なダイナミックレンジ内にたどり着いたことを確認した。プレートを洗浄し、抗ヒトHRP検出抗体で短時間インキュベートした。標準ELISA技法を用いてプレートを洗浄し、発達させ、停止させた。公知のポリペプチド複合体濃度に対する450nmでの吸光度をプロットする標準曲線を使用し、マウスPK血漿試料ごとの明らかでない被験物質濃度を算出した。ポリペプチド複合体濃度を時間に対してプロットし、標準の二段階分布と除去薬物動態モデルに適合させた。カニクイザルから得たポリペプチド複合体PC-1、PC-7、PC-4、およびPC-5において算出した薬物動態とパラメータを、図5A~5D、表17~20に示す。
これらのデータより、切断可能リンカーを含むポリペプチド複合体はカニクイザルで血清半減期を延ばしたことが認められる。
実施例5.In vivoでのカニクイザルのサイトカイン放出
カニクイザルのサイトカイン放出を測定した。
処置後の血漿に存在するサイトカインを、BD Biosciences製の非ヒト霊長類Th1/Th2 cytometric bead arrayのアッセイキット(カタログ番号557800)を製造業者の指示に従い用いて測定した。データを図6A~図6D、表21に示す。
実施例6.In vivoでのカニクイザルの肝ALT/AST
ALT/AST値を測定した。図7Aと図7B、および表22に見られるように、ポリペプチド複合体はカニクイザルで肝毒性を防止した。
本発明の好ましい実施形態が本明細書中で示されるとともに記述されてきたが、かかる実施形態はほんの一例として提供されることは当業者に明白であろう。現在、多数の変形、変更、および置換えが、本発明から逸脱することなく当業者に想到されるであろう。本明細書に記載の本発明の実施形態に対する種々の代替物が本発明の実施に使用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内にある方法と構造、およびそれらの等価物がそれによりカバーされることが意図される。

Claims (80)

  1. 配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)による切断可能リンカーを含む単離ポリペプチド。
  2. 前記切断可能リンカーが、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  3. 前記切断可能リンカーが、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  4. 前記切断可能リンカーが、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  5. 前記切断可能リンカーが、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  6. 前記切断可能リンカーが、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  7. 前記切断可能リンカーがプロテアーゼにより切断可能である、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  8. 前記プロテアーゼが腫瘍特異的プロテアーゼを含む、請求項7に記載の単離ポリペプチド。
  9. 前記プロテアーゼが、マトリックスメタロプロテアーゼ(MMP)またはセリンプロテアーゼを含む、請求項7に記載の単離ポリペプチド。
  10. 前記マトリックスメタロプロテアーゼが、MMP2、MMP7、MMP9、MMP13、またはMMP14を含む、請求項9に記載の単離ポリペプチド。
  11. 前記セリンプロテアーゼが、マトリプターゼ、ウロキナーゼ、またはヘプシンを含む、請求項9に記載の単離ポリペプチド。
  12. 標的抗原に結合する抗原結合性ドメインをさらに含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  13. 前記抗原結合性ドメインが、前記切断可能リンカーに対するC末端である、請求項12に記載の単離ポリペプチド。
  14. サイトカイン受容体に結合するサイトカインまたはサイトカインフラグメントをさらに含む、請求項12に記載の単離ポリペプチド。
  15. 前記サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、前記切断可能リンカーに対するC末端である、請求項14に記載の単離ポリペプチド。
  16. 前記切断可能リンカーが、式I:A-L-Pによる配置で、標的抗原に結合する抗原結合性ドメインに、またはサイトカイン受容体に結合するサイトカインもしくはサイトカインフラグメントにペプチドを接続し、式中、Aは、前記標的抗原に結合する抗原結合性ドメイン、または前記サイトカイン受容体に結合するサイトカインもしくはサイトカインフラグメントを含み、Lは前記切断可能リンカーを含み、Pは、前記標的抗原への抗原結合性ドメインの結合を損なわせるか、または前記サイトカイン受容体へのサイトカインの結合を損なわせるペプチドを含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
  17. がN末端で前記切断可能リンカーに接続され、AがC末端で前記切断可能リンカーに接続される、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  18. がC末端で前記切断可能リンカーに接続され、AがN末端で前記切断可能リンカーに接続される、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  19. が、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  20. が、前記標的抗原または前記サイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  21. が、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  22. が、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  23. が、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項22に記載の単離ポリペプチド。
  24. が、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  25. が、環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  26. が環状ペプチドを含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  27. が半減期延長部分にさらに連結される、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  28. 前記半減期延長部分が単一ドメイン抗体である、請求項27に記載の単離ポリペプチド。
  29. 前記単一ドメイン抗体が10Gを含む、請求項28に記載の単離ポリペプチド。
  30. が、抗体、一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の可変ドメイン(VHH)、Fab、Fab’、Fab軽鎖ポリペプチド、またはFab重鎖ポリペプチドを含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  31. 前記標的抗原が腫瘍抗原を含む、請求項30に記載の単離ポリペプチド。
  32. が、前記Fab軽鎖ポリペプチドまたは前記Fab重鎖ポリペプチドを含む、請求項31に記載の単離ポリペプチド。
  33. が上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む、請求項30に記載の単離ポリペプチド。
  34. 前記標的抗原がエフェクター細胞抗原を含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  35. が前記scFvを含む、請求項34に記載の単離ポリペプチド。
  36. 前記scFvが抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む、請求項35に記載の単離ポリペプチド。
  37. が前記サイトカインを含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  38. 前記サイトカインまたはサイトカインフラグメントが野生型サイトカインである、請求項37に記載の単離ポリペプチド。
  39. 前記サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、前記サイトカインの突然変異タンパク質である、請求項37に記載の単離ポリペプチド。
  40. 前記サイトカイン受容体が、インターフェロン受容体またはインターロイキン受容体である、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  41. 前記サイトカイン受容体が、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-4受容体、IL-6受容体、IL-7受容体、IL-10受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、IL-21受容体、またはTGF-β受容体を含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  42. 前記サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  43. 前記サイトカインまたはサイトカインフラグメントが、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGFβを含む、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  44. 第2の抗原結合性ドメインまたは第2のサイトカインもしくは第2のサイトカインフラグメントを含む第2の単離ポリペプチドと複合体を形成する、請求項16に記載の単離ポリペプチド。
  45. 前記第2の単離ポリペプチドが、式II:A-L-Pによる配置にあり、式中、Aは前記第2の抗原結合性ドメインまたは前記第2のサイトカインを含み、Lは第2の切断可能リンカーを含み、Pは、第2の標的抗原への前記第2の抗原結合性ドメインの結合を阻害するか、または第2のサイトカイン受容体への前記第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントの結合を阻害する第2のペプチドを含む、請求項44に記載の単離ポリペプチド。
  46. 前記第2の切断可能リンカーが、配列番号1のアミノ酸配列(LSGRSDAG)を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  47. 前記第2の切断可能リンカーが、配列番号3のアミノ酸配列(ISSGLLSGRSDAG)を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  48. 前記第2の切断可能リンカーが、配列番号26のアミノ酸配列(AGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  49. 前記第2の切断可能リンカーが、配列番号4のアミノ酸配列(AAGLLAPPGGLSGRSDAG)を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  50. 前記第2の切断可能リンカーが、配列番号5のアミノ酸配列(SPLGLSGRSDAG)を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  51. 前記第2の切断可能リンカーが、配列番号6のアミノ酸配列(LSGRSDAGSPLGLAG)を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  52. がN末端で前記第2の切断可能リンカーに接続され、AがC末端で前記第2の切断可能リンカーに接続される、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  53. がC末端で前記第2の切断可能リンカーに接続され、AがN末端で前記第2の切断可能リンカーに接続される、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  54. が、イオン相互作用、静電相互作用、疎水性相互作用、Pi-スタッキング相互作用、およびH結合相互作用、またはそれらの組合せを介してAに結合される、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  55. が、前記第2の標的抗原または前記第2のサイトカイン受容体に対し70%未満の配列相同性を有する、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  56. が、長さが少なくとも10のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  57. が、長さが少なくとも10のアミノ酸および長さが20以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  58. が、長さが少なくとも16のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項57に記載の単離ポリペプチド。
  59. が、長さが40以下のアミノ酸のペプチド配列を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  60. が、環状ペプチドまたは直鎖ペプチドを含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  61. が環状ペプチドを含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  62. が、抗体、一本鎖可変フラグメント(scFv)、重鎖可変ドメイン(VHドメイン)、軽鎖可変ドメイン(VLドメイン)、ラクダ科由来単一ドメイン抗体の可変ドメイン(VHH)、Fab、Fab’、Fab軽鎖ポリペプチド、またはFab重鎖ポリペプチドを含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  63. 前記第2の標的抗原が腫瘍抗原を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  64. が、前記Fab軽鎖ポリペプチドまたは前記Fab重鎖ポリペプチドを含む、請求項62に記載の単離ポリペプチド。
  65. が上皮成長因子受容体(EGFR)結合ドメインを含む、請求項62に記載の単離ポリペプチド。
  66. 前記第2の標的抗原がエフェクター細胞抗原を含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  67. が前記scFvを含む、請求項62に記載の単離ポリペプチド。
  68. 前記scFvが抗CD3e一本鎖可変フラグメントを含む、請求項67に記載の単離ポリペプチド。
  69. が前記第2のサイトカインを含む、請求項45に記載の単離ポリペプチド。
  70. 前記第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが野生型サイトカインである、請求項69に記載の単離ポリペプチド。
  71. 前記第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが、前記サイトカインの突然変異タンパク質である、請求項69に記載の単離ポリペプチド。
  72. 前記第2のサイトカイン受容体が、インターフェロン受容体またはインターロイキン受容体である、請求項69に記載の単離ポリペプチド。
  73. 前記第2のサイトカイン受容体が、インターフェロン受容体、GM-CSF受容体、IL-2受容体、IL-4受容体、IL-6受容体、IL-7受容体、IL-10受容体、IL-12受容体、IL-15受容体、IL-21受容体、またはTGF-β受容体を含む、請求項72に記載の単離ポリペプチド。
  74. 前記第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが、インターフェロン、GM-CSF、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、またはIL-21を含む、請求項72に記載の単離ポリペプチド。
  75. 前記第2のサイトカインまたは第2のサイトカインフラグメントが、IL-2、IL-12、IL-6、IL-4、IL-10、またはTGFβを含む、請求項72に記載の単離ポリペプチド。
  76. 請求項1に記載の切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドと薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物。
  77. 請求項1に記載の切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドをコードする、単離された組換え核酸分子。
  78. 請求項77に記載の単離された組換え核酸分子を含むベクター。
  79. 切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを産生する方法であって、ポリペプチドの発現を生じさせる条件下で、請求項78に記載のベクターを含む細胞を培養する工程を含む方法。
  80. 切断可能リンカーを含む単離ポリペプチドを製造する方法であって、(a)ポリペプチドの発現を生じさせる条件下で請求項77に記載の単離された組換え核酸分子を含む細胞を培養する工程と、(b)ポリペプチドを単離する工程とを含む方法。
JP2023510318A 2020-08-11 2021-08-10 切断可能リンカー組成物および方法 Pending JP2023547978A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202063064268P 2020-08-11 2020-08-11
US63/064,268 2020-08-11
PCT/US2021/045395 WO2022035866A1 (en) 2020-08-11 2021-08-10 Cleavable linker compositions and methods

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2023547978A true JP2023547978A (ja) 2023-11-15
JPWO2022035866A5 JPWO2022035866A5 (ja) 2024-08-07

Family

ID=80223911

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2023510318A Pending JP2023547978A (ja) 2020-08-11 2021-08-10 切断可能リンカー組成物および方法

Country Status (9)

Country Link
US (2) US11512113B2 (ja)
EP (1) EP4196488A4 (ja)
JP (1) JP2023547978A (ja)
KR (1) KR20230080399A (ja)
CN (1) CN116348597A (ja)
AU (1) AU2021326469A1 (ja)
CA (1) CA3187754A1 (ja)
MX (1) MX2023001788A (ja)
WO (1) WO2022035866A1 (ja)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20230080399A (ko) 2020-08-11 2023-06-07 재눅스 테라퓨틱스 인크. 절단 가능한 링커 조성물 및 방법
MX2023006817A (es) 2020-12-09 2023-08-14 Janux Therapeutics Inc Composiciones y metodos relacionados con anticuerpos activados por tumores dirigidos a psma y antigenos de celulas efectoras.
US20240116997A1 (en) 2022-02-23 2024-04-11 Bright Peak Therapeutics Ag Activatable il-18 polypeptides
WO2024150174A1 (en) 2023-01-11 2024-07-18 Bright Peak Therapeutics Ag Conditionally activated immunocytokines and methods of use
WO2024150175A1 (en) 2023-01-11 2024-07-18 Bright Peak Therapeutics Ag Conditionally activated proteins and methods of use

Family Cites Families (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4694778A (en) 1984-05-04 1987-09-22 Anicon, Inc. Chemical vapor deposition wafer boat
US20010031264A1 (en) 1996-01-25 2001-10-18 Andrew Segal Vaccine compositions and methods of modulating immune responses
KR20090021298A (ko) 2006-06-14 2009-03-02 임클론 시스템즈 인코포레이티드 항-egfr 항체의 동결건조 제제
WO2008119567A2 (en) 2007-04-03 2008-10-09 Micromet Ag Cross-species-specific cd3-epsilon binding domain
CN102482347B (zh) 2009-01-12 2017-04-26 希托马克斯医疗有限责任公司 修饰抗体组合物及其制备和使用方法
RU2713121C2 (ru) * 2012-04-27 2020-02-03 Сайтомкс Терапьютикс, Инк. Активируемые антитела, которые связываются с рецептором эпидермального фактора роста, и способы их применения
JP6571527B2 (ja) 2012-11-21 2019-09-04 ウーハン ワイゼットワイ バイオファルマ カンパニー リミテッドWuhan Yzy Biopharma Co., Ltd. 二重特異性抗体
IL302642A (en) 2014-01-31 2023-07-01 Cytomx Therapeutics Inc Polypeptide substrates that activate matriptase and U-plasminogen and other cleavable groups, preparations containing them and their uses
CN107108738A (zh) 2014-07-25 2017-08-29 西托姆克斯治疗公司 抗cd3抗体、可活化抗cd3抗体、多特异性抗cd3抗体、多特异性可活化抗cd3抗体及其使用方法
KR20170083095A (ko) 2014-11-11 2017-07-17 아뮤닉스 오퍼레이팅 인코포레이티드 표적화된 xten 접합체 조성물 및 이의 제조 방법
MA41374A (fr) 2015-01-20 2017-11-28 Cytomx Therapeutics Inc Substrats clivables par métalloprotéase matricielle et clivables par sérine protéase et procédés d'utilisation de ceux-ci
BR112017023862A2 (pt) 2015-05-04 2018-07-17 Cytomx Therapeutics Inc anticorpos anti-cd71, anticorpos anti-cd71 ativáveis, e métodos de uso destes
TWI744247B (zh) 2015-08-28 2021-11-01 美商亞穆尼克斯製藥公司 嵌合多肽組合體以及其製備及使用方法
SG11201810327XA (en) 2016-05-20 2018-12-28 Harpoon Therapeutics Inc Single domain serum albumin binding protein
WO2018085555A1 (en) 2016-11-03 2018-05-11 Bristol-Myers Squibb Company Activatable anti-ctla-4 antibodies and uses thereof
JP7438106B2 (ja) 2017-10-14 2024-02-26 シートムエックス セラピューティクス,インコーポレイテッド 抗体、活性化可能抗体、二重特異性抗体、および二重特異性活性化可能抗体ならびにその使用方法
US20210020264A1 (en) 2018-03-20 2021-01-21 Cytomx Therapeutics, Inc. Systems and methods for quantitative pharmacological modeling of activatable antibody species in mammalian subjects
WO2019222282A1 (en) * 2018-05-14 2019-11-21 Harpoon Therapeutics, Inc. Conditionally activated binding protein comprising a sterically occluded target binding domain
BR112021005907A2 (pt) 2018-09-27 2021-08-10 Xilio Development, Inc. citocinas mascaradas, ácido nucleico, vetor, célula hospedeira, métodos para produzir uma citocina mascarada, para tratar ou prevenir uma doença neoplásica e para tratar ou prevenir uma doença inflamatória ou autoimune neoplásica, composição, composição farmacêutica e kit
US12049505B2 (en) * 2018-12-06 2024-07-30 Cytomx Therapeutics, Inc. Matrix metalloprotease-cleavable and serine or cysteine protease-cleavable substrates and methods of use thereof
JP2022535924A (ja) 2019-06-06 2022-08-10 ジャナックス セラピューティクス,インク. 腫瘍活性化t細胞エンゲージャーに関する組成物および方法
BR112021026089A2 (pt) 2019-06-26 2022-03-22 Amunix Pharmaceuticals Inc Fragmentos de ligação ao antígeno de cd3 e composições compreendendo os mesmos
KR20230080399A (ko) * 2020-08-11 2023-06-07 재눅스 테라퓨틱스 인크. 절단 가능한 링커 조성물 및 방법

Also Published As

Publication number Publication date
WO2022035866A1 (en) 2022-02-17
EP4196488A4 (en) 2024-08-07
KR20230080399A (ko) 2023-06-07
CA3187754A1 (en) 2022-02-17
US20220048949A1 (en) 2022-02-17
MX2023001788A (es) 2023-04-26
AU2021326469A1 (en) 2023-04-06
US20230147782A1 (en) 2023-05-11
CN116348597A (zh) 2023-06-27
EP4196488A1 (en) 2023-06-21
US11512113B2 (en) 2022-11-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2023547978A (ja) 切断可能リンカー組成物および方法
CN105017429B (zh) 多聚体il-15可溶性融合分子与其制造与使用方法
JP6709003B2 (ja) 5t4及びcd3に対する3つの結合ドメインを含む融合タンパク質
CN111094341A (zh) 在可变域和恒定域之间的肘区中具有功能域的抗体
CN111630067B (zh) 针对muc17和cd3的双特异性抗体构建体
US20230348618A1 (en) Compositions and methods related to tumor activated antibodies targeting psma and effector cell antigens
KR20230136913A (ko) Cd28 및 pd-l1을 표적화하기 위한 다중특이적 항체 및 그의 사용 방법
KR20230156897A (ko) 반감기 연장 조성물 및 방법
TW202237653A (zh) 與經腫瘤活化之靶定trop2及效應細胞抗原之抗體相關之組合物及方法
JP2024500335A (ja) 抗cd3結合ドメインのためのペプチド組成物および方法
US20240252669A1 (en) Compositions and methods related to tumor activated antibodies targeting egfr and effector cell antigens
CN117642156A (zh) 涉及靶向egfr和效应细胞抗原的肿瘤活化抗体的组合物和方法
CN117042801A (zh) 涉及靶向trop2和效应细胞抗原的肿瘤活化抗体的组合物和方法
CN117042792A (zh) 涉及靶向psma和效应细胞抗原的肿瘤活化抗体的组合物和方法
CN117616137A (zh) 靶向egfr和cd3的抗体及其用途
CN117279947A (zh) 用于在增殖性疾病中使用的靶向cd20和cd22的抗原结合分子

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20230627

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20240730

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20240730

A871 Explanation of circumstances concerning accelerated examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A871

Effective date: 20240813

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20240909