JPWO2020102741A5 - - Google Patents
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Description
本明細書の変数のいずれかの定義での化学基のリストの列挙は、列挙された基のいずれかの単一基又は組合せとしてのその変数の定義を含む。本明細書の変数に対する実施形態の列挙は、いずれかの単一実施形態又はいずれかの他の実施形態若しくはその一部分との組合せとしての実施形態を含む。本明細書の実施形態の列挙は、いずれかの単一実施形態又はいずれかの他の実施形態若しくはその一部分との組合せとして実施形態を含む。
以下に、上記実施形態から把握できる技術思想を付記として記載する。
［付記１］
ポリペプチドの分解プロセス時のデータを得ることと、前記分解プロセス時に前記ポリペプチドの末端に逐次露出されるアミノ酸に対応する前記データの部分を決定するように前記データを解析することと、前記ポリペプチドに相当するアミノ酸配列を出力することと、を含む方法。
［付記２］
前記データが、前記分解プロセス時の前記ポリペプチドの末端のアミノ酸アイデンティティーの指標である、付記１に記載の方法。
［付記３］
前記データが、前記分解プロセス時に前記末端の異なるタイプの末端アミノ酸に結合する１つ以上のアミノ酸認識分子により生成されるシグナルの指標である、付記２に記載の方法。
［付記４］
前記データが前記分解プロセス時に発生する発光シグナルの指標である、付記１に記載の方法。
［付記５］
前記データが前記分解プロセス時に発生する電気シグナルの指標である、付記１に記載の方法。
［付記６］
前記データを解析することが、一連の切断イベントを検出することと、逐次切断イベント間のデータの部分を決定することと、をさらに含む、付記１に記載の方法。
［付記７］
前記データを解析することが、前記個別部分の各々に対してアミノ酸のタイプを決定することをさらに含む、付記１に記載の方法。
［付記８］
前記個別部分の各々がパルスパターンを含み、且つ前記データを解析することが、そのそれぞれのパルスパターンに基づいて１つ以上の前記部分に対してアミノ酸のタイプを決定することをさらに含む、付記１に記載の方法。
［付記９］
前記アミノ酸のタイプを決定することが、前記データが閾値超であるときの部分内の時間量を同定することと、前記部分に対して前記時間量と持続時間とを比較することと、をさらに含む、付記８に記載の方法。
［付記１０］
前記アミノ酸のタイプを決定することが、前記１つ以上の部分の各々に対して少なくとも１つのパルス持続時間を同定することをさらに含む、付記８に記載の方法。
［付記１１］
前記アミノ酸のタイプを決定することが、前記１つ以上の部分の各々に対して少なくとも１つのパルス間持続時間を同定することをさらに含む、付記８に記載の方法。
［付記１２］
前記アミノ酸配列が、前記部分に対応する一連のアミノ酸を含む、付記１に記載の方法。
［付記１３］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１～１２のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記１４］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１～１２のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記１５］
ポリペプチドシーケンシング方法であって、前記方法は、単一ポリペプチド分子と１つ以上の末端アミノ酸認識分子とを接触させることと、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される逐次アミノ酸と、の会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することにより、前記単一ポリペプチド分子をシーケンスすることと、を含む方法。
［付記１６］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される各タイプのアミノ酸との会合が、前記末端に露出される他のタイプのアミノ酸とは異なる前記一連のシグナルパルスの特性パターンを生成する、付記１５に記載の方法。
［付記１７］
前記特性パターンが前記一連のシグナルパルスの一部分を含む、付記１６に記載の方法。
［付記１８］
前記特性パターンのシグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出されるアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、付記１７に記載の方法。
［付記１９］
前記特性パターンの前記シグナルパルスが、前記末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される前記アミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、付記１８に記載の方法。
［付記２０］
前記特性パターンの各シグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他のものから分離される、付記１９に記載の方法。
［付記２１］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸との一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、付記１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
［付記２２］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での１つの二元複合体種の可逆形成を含む、付記２１に記載の方法。
［付記２３］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での異なる二元複合体種の可逆形成を含む、付記２１に記載の方法。
［付記２４］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸及び連続位置のアミノ酸の指標となる、付記１６～２３のいずれか一項に記載の方法。
［付記２５］
前記末端に露出されるアミノ酸及び前記連続位置のアミノ酸が異なるタイプである、付記２４に記載の方法。
［付記２６］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される各タイプの逐次アミノ酸を同定することを含む、付記１５～２５のいずれか一項に記載の方法。
［付記２７］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出されるすべてのタイプの逐次アミノ酸の一部分を同定することを含む、付記１５～２５のいずれか一項に記載の方法。
［付記２８］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される逐次アミノ酸の相対位置を決定することを含む、付記１５～２７のいずれか一項に記載の方法。
［付記２９］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの連続アミノ酸を同定することを含む、付記１５～２８のいずれか一項に記載の方法。
［付記３０］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの非連続アミノ酸を同定することを含む、付記１５～２９のいずれか一項に記載の方法。
［付記３１］
シーケンシングが、天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、又はそれらの修飾変異体として、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記１５～３０のいずれか一項に記載の方法。
［付記３２］
シーケンシングが、荷電、非荷電、極性、非極性、疎水性、芳香族、又はそれらの組合せの側鎖を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記１５～３１のいずれか一項に記載の方法。
［付記３３］
前記側鎖が負荷電又は正荷電である、付記３２に記載の方法。
［付記３４］
シーケンシングが、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリンから選択される１タイプとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記１５～３３のいずれか一項に記載の方法。
［付記３５］
シーケンシングが、翻訳後修飾を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することとを含む、付記１５～３４のいずれか一項に記載の方法。
［付記３６］
前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、付記３５に記載の方法。
［付記３７］
前記一連のシグナルパルスが、光学シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５～３６のいずれか一項に記載の方法。
［付記３８］
前記一連の各シグナルパルスが複数の光子放出イベントを含む、付記３７に記載の方法。
［付記３９］
シーケンシングが、発光寿命、発光輝度、発光強度、発光波長、発光偏光、及び発光量子収率の１つ以上を決定することをさらに含む、付記３８に記載の方法。
［付記４０］
前記一連のシグナルパルスが、電気シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５～３９のいずれか一項に記載の方法。
［付記４１］
前記一連のシグナルパルスが、可逆単一分子結合相互作用に対応する伝導率遷移を含む、付記４０に記載の方法。
［付記４２］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記１５～４１のいずれか一項に記載の方法。
［付記４３］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記４２に記載の方法。
［付記４４］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記４３に記載の方法。
［付記４５］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記４４に記載の方法。
［付記４６］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記４５に記載の方法。
［付記４７］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記４６に記載の方法。
［付記４８］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記４６に記載の方法。
［付記４９］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記４６に記載の方法。
［付記５０］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記４６に記載の方法。
［付記５１］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記４２～５０のいずれか一項に記載の方法。
［付記５２］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記４２に記載の方法。
［付記５３］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記１５～５２のいずれか一項に記載の方法。
［付記５４］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記５３に記載の方法。
［付記５５］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記１５～５４のいずれか一項に記載の方法。
［付記５６］
前記単一ポリペプチド分子が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子が会合する前記末端の遠位にある末端を介して表面に固定される、付記５５に記載の方法。
［付記５７］
前記単一ポリペプチド分子がカルボキシ末端を介して固定される、付記５５に記載の方法。
［付記５８］
前記単一ポリペプチド分子がアミノ末端を介して固定される、付記５５に記載の方法。
［付記５９］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記５５～５８のいずれか一項に記載の方法。
［付記６０］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記５９に記載の方法。
［付記６１］
前記単一ポリペプチド分子が、前記単一ポリペプチド分子の末端から１つ以上のアミノ酸を除去する切断試薬により分解される、付記１５～６０のいずれか一項に記載の方法。
［付記６２］
前記切断試薬と前記末端との会合の指標となるシグナルを検出することをさらに含む、付記６１に記載の方法。
［付記６３］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記６１又は６２に記載の方法。
［付記６４］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記６３に記載の方法。
［付記６５］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記１５～６４のいずれか一項に記載の方法。
［付記６６］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５～６５のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記６７］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５～６５のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記６８］
ポリペプチドのシーケンシング方法であって、前記方法は、反応混合物中の単一ポリペプチド分子と、１つ以上の末端アミノ酸認識分子と切断試薬とを含む組成物と、を接触させることと、前記切断試薬の存在下で前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子の末端との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することであって、前記一連のシグナルパルスが、前記切断試薬による末端アミノ酸切断の結果として経時的に末端に露出される一連のアミノ酸の指標となる、検出することと、を含む方法。
［付記６９］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される各タイプのアミノ酸との会合が、前記末端に露出される他のタイプのアミノ酸とは異なる前記一連のシグナルパルスの特性パターンを生成する、付記６８に記載の方法。
［付記７０］
前記特性パターンが前記一連のシグナルパルスの一部分を含む、付記６９に記載の方法。
［付記７１］
前記特性パターンのシグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出されるアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、付記７０に記載の方法。
［付記７２］
前記特性パターンの前記シグナルパルスが、前記末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される前記アミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、付記７１に記載の方法。
［付記７３］
前記特性パターンの各シグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他のものから分離される、付記７２に記載の方法。
［付記７４］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸との一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、付記６９～７３のいずれか一項に記載の方法。
［付記７５］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での１つの二元複合体種の可逆形成を含む、付記７４に記載の方法。
［付記７６］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での異なる二元複合体種の可逆形成を含む、付記７４に記載の方法。
［付記７７］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸及び連続位置のアミノ酸の指標となる、付記６９～７６のいずれか一項に記載の方法。
［付記７８］
前記末端に露出されるアミノ酸及び前記連続位置のアミノ酸が異なるタイプである、付記７７に記載の方法。
［付記７９］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される各タイプの逐次アミノ酸を同定することを含む、付記６８～７８のいずれか一項に記載の方法。
［付記８０］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出されるすべてのタイプの逐次アミノ酸の一部分を同定することを含む、付記６８～７８のいずれか一項に記載の方法。
［付記８１］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される逐次アミノ酸の相対位置を決定することを含む、付記６８～８０のいずれか一項に記載の方法。
［付記８２］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの連続アミノ酸を同定することを含む、付記６８～８１のいずれか一項に記載の方法。
［付記８３］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの非連続アミノ酸を同定することを含む、付記６８～８２のいずれか一項に記載の方法。
［付記８４］
シーケンシングが、天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、又はそれらの修飾変異体として、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記６８～８３のいずれか一項に記載の方法。
［付記８５］
シーケンシングが、荷電、非荷電、極性、非極性、疎水性、芳香族、又はそれらの組合せの側鎖を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記６８～８４のいずれか一項に記載の方法。
［付記８６］
前記側鎖が負荷電又は正荷電である、付記８５に記載の方法。
［付記８７］
シーケンシングが、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリンから選択される１タイプとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記６８～８６のいずれか一項に記載の方法。
［付記８８］
シーケンシングが、翻訳後修飾を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することとを含む、付記６８～８７のいずれか一項に記載の方法。
［付記８９］
前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、付記８８に記載の方法。
［付記９０］
前記一連のシグナルパルスが、光学シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記６８～８９のいずれか一項に記載の方法。
［付記９１］
前記一連の各シグナルパルスが複数の光子放出イベントを含む、付記９０に記載の方法。
［付記９２］
シーケンシングが、発光寿命、発光輝度、発光強度、発光波長、発光分極、及び発光量子収率の１つ以上を決定することをさらに含む、付記９１に記載の方法。
［付記９３］
前記一連のシグナルパルスが、電気シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記６８～９２のいずれか一項に記載の方法。
［付記９４］
前記一連のシグナルパルスが、可逆単一分子結合相互作用に対応する伝導率遷移を含む、付記９３に記載の方法。
［付記９５］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記６８～９４のいずれか一項に記載の方法。
［付記９６］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記９５に記載の方法。
［付記９７］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記９６に記載の方法。
［付記９８］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記９７に記載の方法。
［付記９９］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記９８に記載の方法。
［付記１００］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記９９に記載の方法。
［付記１０１］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記９９に記載の方法。
［付記１０２］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記９９に記載の方法。
［付記１０３］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記９９に記載の方法。
［付記１０４］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記９５～１０３のいずれか一項に記載の方法。
［付記１０５］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記９５に記載の方法。
［付記１０６］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記６８～１０５のいずれか一項に記載の方法。
［付記１０７］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１０６に記載の方法。
［付記１０８］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記６８～１０７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１０９］
前記単一ポリペプチド分子が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子が会合する前記末端の遠位にある末端を介して前記表面に固定される、付記１０８に記載の方法。
［付記１１０］
前記単一ポリペプチド分子がカルボキシ末端を介して固定される、付記１０８に記載の方法。
［付記１１１］
前記単一ポリペプチド分子がアミノ末端を介して固定される、付記１０８に記載の方法。
［付記１１２］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記１０８～１１１のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１３］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記１１２に記載の方法。
［付記１１４］
前記切断試薬と前記末端との会合の指標となるシグナルを検出することをさらに含む、付記６８～１１３のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１５］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記６８～１１４のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１６］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１１５に記載の方法。
［付記１１７］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記６８～１１６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１８］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記６８～１１７のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記１１９］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記６８～１１７のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記１２０］
ポリペプチドシーケンシング方法であって、ａ）単一ポリペプチド分子の末端の第１のアミノ酸を同定することと、ｂ）前記第１のアミノ酸を除去して前記単一ポリペプチド分子の末端に第２のアミノ酸を露出させることと、ｃ）前記単一ポリペプチド分子の末端の前記第２のアミノ酸を同定することと、を含み、（ａ）～（ｃ）が単一反応混合物中で実施される、方法。
［付記１２１］
（ａ）～（ｃ）が逐次行われる、付記１２０に記載の方法。
［付記１２２］
（ｃ）が（ａ）及び（ｂ）の前に行われる、付記１２０に記載の方法。
［付記１２３］
前記単一反応混合物が１つ以上の末端アミノ酸認識分子を含む、付記１２０～１２２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１２４］
前記第１及び第２のアミノ酸が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子の末端との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することにより同定される、付記１２３に記載の方法。
［付記１２５］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記第１のアミノ酸との会合が、前記第２のアミノ酸とは異なる一連のシグナルパルスの特性パターンを生成する、付記１２４に記載の方法。
［付記１２６］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記１２０～１２５のいずれか一項に記載の方法。
［付記１２７］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記１２６に記載の方法。
［付記１２８］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記１２７に記載の方法。
［付記１２９］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記１２８に記載の方法。
［付記１３０］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記１２９に記載の方法。
［付記１３１］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３２］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３３］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３４］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３５］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記１２６～１３４のいずれか一項に記載の方法。
［付記１３６］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記１２６に記載の方法。
［付記１３７］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記１２０～１３６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１３８］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１３７に記載の方法。
［付記１３９］
前記単一反応混合物が、前記単一ポリペプチド分子の末端から１つ以上のアミノ酸を除去する切断試薬を含む、付記１２０～１３８のいずれか一項に記載の方法。
［付記１４０］
前記第１のアミノ酸が前記切断試薬により除去される、付記１３９に記載の方法。
［付記１４１］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記１３９又は１４０に記載の方法。
［付記１４２］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１４１に記載の方法。
［付記１４３］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記１２０～１４２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１４４］
前記単一ポリペプチド分子が、前記第１のアミノ酸が除去される末端の遠位にある末端を介して前記表面に固定される、付記１４３に記載の方法。
［付記１４５］
前記単一ポリペプチド分子がカルボキシ末端を介して固定される、付記１４３に記載の方法。
［付記１４６］
前記単一ポリペプチド分子がアミノ末端を介して固定される、付記１４３に記載の方法。
［付記１４７］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記１４３～１４６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１４８］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記１４７に記載の方法。
［付記１４９］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記１２４～１４８のいずれか一項に記載の方法。
［付記１５０］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１２０～１４９のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記１５１］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１２０～１４９のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記１５２］
ポリペプチドのアミノ酸を同定する方法であって、前記方法は、単一ポリペプチド分子と前記単一ポリペプチド分子に結合する１つ以上のアミノ酸認識分子とを接触させることと、ポリペプチド分解条件下で前記１つ以上のアミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することと、前記一連のシグナルパルスの第１の特性パターンに基づいて前記単一ポリペプチド分子の第１のタイプのアミノ酸を同定することと、を含む方法。
［付記１５３］
前記第１の特性パターンが前記一連のシグナルパルスの少なくとも一部分を含む、付記１５２に記載の方法。
［付記１５４］
前記第１の特性パターンのシグナルパルスが、アミノ酸認識分子と前記第１のタイプのアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、付記１５３に記載の方法。
［付記１５５］
前記第１の特性パターンの前記シグナルパルスが、前記アミノ酸認識分子と前記第１のタイプのアミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、付記１５４に記載の方法。
［付記１５６］
前記第１の特性パターンの各シグナルパルスが、アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他から分離される、付記１５５に記載の方法。
［付記１５７］
前記第１の特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の前記第１のタイプのアミノ酸との一連の可逆アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、付記１５２～１５６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１５８］
前記一連の可逆アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での１つの二元複合体種の可逆形成を含む、付記１５７に記載の方法。
［付記１５９］
前記一連の可逆アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での異なる二元複合体種の可逆形成を含む、付記１５７に記載の方法。
［付記１６０］
前記単一ポリペプチド分子が前記単一ポリペプチド分子の末端位置に前記第１のタイプのアミノ酸を含む、付記１５２～１５９のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６１］
前記第１の特性パターンが、前記末端位置の前記第１のタイプのアミノ酸と連続位置のアミノ酸タイプとの指標となっている、付記１６０に記載の方法。
［付記１６２］
前記末端位置及び前記連続位置のアミノ酸が異なるタイプである、付記１６１に記載の方法。
［付記１６３］
前記単一ポリペプチド分子が、前記単一ポリペプチド分子の内部位置に前記第１のタイプのアミノ酸を含む、付記１５２～１６２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６４］
前記単一ポリペプチド分子が、前記末端位置及び前記単一ポリペプチド分子の非連続内部位置に前記第１のタイプのアミノ酸を含む、付記１６０～１６３のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６５］
前記第１の特性パターンが、前記末端位置の前記第１のタイプのアミノ酸と非連続内部位置のアミノ酸タイプとの指標となる、付記１６４に記載の方法。
［付記１６６］
前記第１の特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の前記第１のタイプのアミノ酸の存在量の指標である、付記１６４又は１６５に記載の方法。
［付記１６７］
同定することが、天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、又はそれらの修飾変異体として前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１６６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６８］
同定することが、荷電、非荷電、極性、非極性、疎水性、芳香族、又はそれらの組合せの側鎖を有するとして、前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１６７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６９］
前記側鎖が負荷電又は正荷電である、付記１６８に記載の方法。
［付記１７０］
同定することが、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリンから選択される１タイプとして、前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１６９のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７１］
同定することが、翻訳後修飾を有するとして前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１７０のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７２］
前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、付記１７１に記載の方法。
［付記１７３］
前記一連のシグナルパルスが、光学シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５２～１７２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７４］
前記一連の各シグナルパルスが複数の光子放出イベントを含む、付記１７３に記載の方法。
［付記１７５］
前記第１のタイプのアミノ酸を同定することが、発光寿命、発光輝度、発光強度、発光波長、発光偏光、及び発光量子収率の１つ以上を決定することをさらに含む、付記１７４に記載の方法。
［付記１７６］
前記一連のシグナルパルスが、電気シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５２～１７５のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７７］
前記第１の特性パターンが、可逆単一分子結合相互作用に対応する伝導率遷移を含む、付記１７６に記載の方法。
［付記１７８］
前記１つ以上のアミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記１５２～１７７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７９］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記１７８に記載の方法。
［付記１８０］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記１７９に記載の方法。
［付記１８１］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記１８０に記載の方法。
［付記１８２］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記１８１に記載の方法。
［付記１８３］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８４］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８５］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８６］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８７］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記１７８～１８６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１８８］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記１７８に記載の方法。
［付記１８９］
前記１つ以上のアミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記１５２～１８８のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９０］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１８９に記載の方法。
［付記１９１］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記１５２～１９０のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９２］
前記単一ポリペプチド分子が、一方の末端を介して前記表面に固定され、且つ前記１つ以上のアミノ酸認識分子が、他方の末端を介して前記単一ポリペプチド分子に結合する、付記１９１に記載の方法。
［付記１９３］
前記単一ポリペプチド分子が、カルボキシ末端を介して固定され、且つ前記１つ以上のアミノ酸認識分子が、アミノ末端で前記単一ポリペプチド分子に結合する、付記１９２に記載の方法。
［付記１９４］
前記単一ポリペプチド分子が、アミノ末端を介して固定され、且つ前記１つ以上のアミノ酸認識分子が、カルボキシ末端で前記単一ポリペプチド分子に結合する、付記１９２に記載の方法。
［付記１９５］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記１９１～１９４のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９６］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記１９５に記載の方法。
［付記１９７］
前記単一ポリペプチド分子の分解を観測することをさらに含む、付記１５２～１９６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９８］
前記分解条件が、前記単一ポリペプチド分子の末端から１つ以上の末端アミノ酸を除去可能な切断試薬の存在下で前記一連のシグナルパルスを検出することを含む、付記１５２～１９７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９９］
前記切断試薬と前記単一ポリペプチド分子との会合の指標となるシグナルパルスの検出をさらに含む、付記１９８に記載の方法。
［付記２００］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記１９８又は１９９に記載の方法。
［付記２０１］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記２００に記載の方法。
［付記２０２］
前記一連のシグナルパルスの第２の特性パターンに基づいて前記単一ポリペプチド分子の第２のタイプのアミノ酸を同定することをさらに含む、付記１９７～２０１のいずれか一項に記載の方法。
［付記２０３］
シグナルパルスの前記第２の特性パターンが前記単一ポリペプチド分子からの前記第１のタイプのアミノ酸の除去の指標となる、付記２０２に記載の方法。
［付記２０４］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記１５２～２０３のいずれか一項に記載の方法。
［付記２０５］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５２～２０４のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記２０６］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５２～２０４のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記２０７］
式（Ｉ）：
Ａ－（Ｙ） ｎ －Ｄ （Ｉ）
（式中、Ａは、少なくとも１つのアミノ酸認識分子を含むアミノ酸結合成分であり、Ｙの各々は、共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するポリマーであり、ｎは、１～１０（両端の値を含む）の整数であり、且つＤは、少なくとも１つの検出可能標識を含む標識成分であり、Ｄは、２００Å未満の直径である）の可溶性アミノ酸認識分子を含む組成物。
［付記２０８］
－（Ｙ） ｎ －が少なくとも２ｎｍの長さである、付記２０７に記載の組成物。
［付記２０９］
－（Ｙ）ｎ－が少なくとも５ｎｍの長さである、付記２０７に記載の組成物。
［付記２１０］
－（Ｙ） ｎ －が少なくとも１０ｎｍの長さである、付記２０７に記載の組成物。
［付記２１１］
Ｙの各々が、独立して、バイオ分子、ポリオール、又はデンドリマーである、付記２０７～２１０のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２１２］
前記バイオ分子が、核酸、ポリペプチド、又は多糖である、付記２１１に記載の組成物。
［付記２１３］
前記可溶性アミノ酸認識分子が、次式：
Ａ－Ｙ １ －（Ｙ） ｍ －Ｄ又はＡ－（Ｙ） ｍ －Ｙ １ －Ｄ
（式中、Ｙ １ は、核酸又はポリペプチドであり、且つｍは、０～１０（両端の値を含む）の整数である）の１つである、付記２０７～２１２のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２１４］
前記核酸が第１のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２１２又は２１３に記載の組成物。
［付記２１５］
前記核酸が、前記第１のオリゴヌクレオチド鎖にハイブリダイズされた第２のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２１４に記載の組成物。
［付記２１６］
前記核酸が、前記第１のオリゴヌクレオチド鎖を介して共有結合性連結を形成する、付記２１４又は２１５に記載の組成物。
［付記２１７］
前記核酸が、前記ハイブリダイズされた第１及び第２のオリゴヌクレオチド鎖を介して非共有結合性連結を形成する、付記２１５に記載の組成物。
［付記２１８］
前記ポリペプチドが１価又は多価タンパク質である、付記２１２～２１７のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２１９］
前記１価又は多価タンパク質が、前記１価又は多価タンパク質のリガンド結合部位に装着されたリガンド部分を介して少なくとも１つの非共有結合性連結を形成する、付記２１８に記載の組成物。
［付記２２０］
Ａ、Ｙ、又はＤがリガンド部分を含む、付記２１９に記載の組成物。
［付記２２１］
前記可溶性アミノ酸認識分子が、次式：
Ａ－（Ｙ） ｍ －Ｙ ２ －Ｄ又はＡ－Ｙ ２ －（Ｙ） ｍ －Ｄ
（式中、Ｙ ２ は、ポリオール又はデンドリマーであり、且つｍは、０～１０（両端の値を含む）の整数である）の１つである、付記２０７～２１２のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２２２］
前記ポリオール又はデンドリマーが、ポリエチレングリコール、テトラエチレングリコール、ポリ（アミドアミン）、ポリ（プロピレンイミン）、ポリ（プロピレンアミン）、カルボシラン、ポリ（Ｌ－リシン）、又はそれらの１つ以上の組合せを含む、付記２２１に記載の組成物。
［付記２２３］
Ａが複数のアミノ酸認識分子を含む、付記２０７～２２２のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２２４］
前記複数の各アミノ酸認識分子がＹ上の異なる装着部位に装着される、付記２２３に記載の組成物。
［付記２２５］
前記複数のアミノ酸認識分子の少なくとも２つがＹ上の単一装着部位に装着される、付記２２３に記載の組成物。
［付記２２６］
前記アミノ酸認識分子が認識タンパク質又は核酸アプタマーである、付記２０７～２２５のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２２７］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記２２６に記載の組成物。
［付記２２８］
前記分解経路タンパク質がＮ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記２２７に記載の組成物。
［付記２２９］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記２２８に記載の組成物。
［付記２３０］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記２２９に記載の組成物。
［付記２３１］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３２］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３３］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３４］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３５］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記２０７～２３４のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２３６］
前記発光標識が少なくとも１つのフルオロフォア色素分子を含む、付記２３５に記載の組成物。
［付記２３７］
Ｄが２０以下のフルオロフォア色素分子を含む、付記２３６に記載の組成物。
［付記２３８］
前記フルオロフォア色素分子の数と前記アミノ酸認識分子の数との比が１：１～２０：１である、付記２３６又は２３７に記載の組成物。
［付記２３９］
前記発光標識が、ドナー標識とアクセプター標識とを含む少なくとも１つのＦＲＥＴペアを含む、付記２３５～２３８のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２４０］
前記ドナー標識と前記アクセプター標識との比が１：１、２：１、３：１、４：１、又は５：１である、付記２３９に記載の組成物。
［付記２４１］
前記アクセプター標識と前記ドナー標識との比が１：１、２：１、３：１、４：１、又は５：１である、付記２３９に記載の組成物。
［付記２４２］
式（ＩＩ）：
Ａ－Ｙ １ －Ｄ（ＩＩ）
（式中、Ａは、少なくとも１つのアミノ酸認識分子を含むアミノ酸結合成分であり、Ｙ １ は、核酸又はポリペプチドであり、Ｄは、少なくとも１つの検出可能標識を含む標識成分であり、ただし、Ｙ １ が核酸であるとき、前記核酸は共有結合性又は非共有結合性連結基を形成し、且つただし、Ｙ １ がポリペプチドであるとき、前記ポリペプチドは、５０×１０ －９ Ｍ未満の解離定数（Ｋ Ｄ ）により特徴付けられる非共有結合性連結基を形成する）のアミノ酸認識分子。
［付記２４３］
－Ｙ １ －が少なくとも２ｎｍの長さである、付記２４２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４４］
－Ｙ １ －が少なくとも５ｎｍの長さである、付記２４２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４５］
－Ｙ １ －が少なくとも１０ｎｍの長さである、付記２４２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４６］
前記核酸が第１のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２４２～２４５のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４７］
前記核酸が、前記第１のオリゴヌクレオチド鎖にハイブリダイズされた第２のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２４６に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４８］
Ａが前記第１のオリゴヌクレオチド鎖に装着され、且つＤが前記第２のオリゴヌクレオチド鎖に装着される、付記２４７に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４９］
Ａが前記第１のオリゴヌクレオチド鎖上の第１の装着部位に装着され、且つＤが前記第１のオリゴヌクレオチド鎖上の第２の装着部位に装着される、付記２４６又は２４７に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５０］
前記核酸の各オリゴヌクレオチド鎖が、１５０未満、１００未満、又は５０未満のヌクレオチドを含む、付記２４６～２４９のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５１］
前記ポリペプチドが１価又は多価タンパク質である、付記２４２～２５０のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５２］
前記１価又は多価タンパク質が、前記１価又は多価タンパク質のリガンド結合部位に装着されたリガンド部分を介して少なくとも１つの非共有結合性連結を形成する、付記２５１に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５３］
Ａ及びＤの少なくとも１つがリガンド部分を含む、付記２５２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５４］
前記ポリペプチドはアビジンタンパク質である、付記２４２～２５３のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５５］
前記アビジンタンパク質が、アビジン、ストレプトアビジン、トラプタビジン、タマビジン、ブラダビジン、キセナビジン（ｘｅｎａｖｉｄｉｎ）、又はそれらのホモログ若しくは変異体である、付記２５４に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５６］
前記リガンド部分がビオチン部分である、付記２５２～２５５のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５７］前 記Ｋ Ｄ が、１×１０ －９ Ｍ未満、１×１０ －１０ Ｍ未満、１×１０ －１１ Ｍ未満、又は１×１０ －１２ Ｍ未満である、付記２４２～２５６のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５８］
前記アミノ酸認識分子が、次式：
Ａ－Ｙ １ －（Ｙ） ｎ －Ｄ又はＡ－（Ｙ） ｎ －Ｙ １ －Ｄ
（式中、Ｙの各々は、共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するポリマーであり、且つｎは、１～１０（両端の値を含む）の整数である）の１つである、付記２４２～２５７のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５９］
Ｙの各々が、独立して、バイオ分子、ポリオール、又はデンドリマーである、付記２５８に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６０］
核酸と、前記核酸上の第１の装着部位に装着された少なくとも１つのアミノ酸認識分子と、前記核酸上の第２の装着部位に装着された少なくとも１つの検出可能標識と、を含むアミノ酸認識分子であって、前記核酸が前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子と前記少なくとも１つの検出可能標識との間に共有結合性又は非共有結合性連結基を形成する、アミノ酸認識分子。
［付記２６１］
前記核酸が、第２のオリゴヌクレオチド鎖にハイブリダイズされた第１のオリゴヌクレオチド鎖を含む二本鎖核酸である、付記２６０に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６２］
前記第１の装着部位が前記第１のオリゴヌクレオチド鎖上にあり、且つ前記第２の装着部位が前記第２のオリゴヌクレオチド鎖上にある、付記２６１に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６３］
前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子が、前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子と前記核酸との間に共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するタンパク質を介して前記第１の装着部位に装着される、付記２６０～２６２のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６４］
前記少なくとも１つの検出可能標識が、前記少なくとも１つの検出可能標識と前記核酸との間に共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するタンパク質を介して前記第２の装着部位に装着される、付記２６０～２６３のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６５］
前記第１及び第２の装着部位が、前記核酸上の５～１００のヌクレオチド塩基又はヌクレオチド塩基対により分離される、付記２６０～２６４のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６６］
少なくとも２つのリガンド結合部位を含む多価タンパク質と、前記タンパク質上の第１のリガンド結合部位に結合された第１のリガンド部分を介して前記タンパク質に装着された少なくとも１つのアミノ酸認識分子と、前記タンパク質上の第２のリガンド結合部位に結合された第２のリガンド部分を介して前記タンパク質に装着された少なくとも１つの検出可能標識と、を含むアミノ酸認識分子。
［付記２６７］
前記多価タンパク質が、４つのリガンド結合部位を含むアビジンタンパク質である、付記２６６に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６８］
前記リガンド結合部位がビオチン結合部位であり、且つ前記リガンド部分がビオチン部分である、付記２６６又は２６７に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６９］
前記ビオチン部分の少なくとも１つがビスビオチン部分であり、且つ前記ビスビオチン部分が前記アビジンタンパク質上の２つのビオチン結合部位に結合される、付記２６８に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２７０］
前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子が、前記第１のリガンド部分を含む核酸を介して前記タンパク質に装着される、付記２６６～２６９のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２７１］
前記少なくとも１つの検出可能標識が、前記第２のリガンド部分を含む核酸を介して前記タンパク質に装着される、付記２６６～２７０のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２７２］
ポリペプチドの末端アミノ酸を同定する方法であって、前記方法は、前記ポリペプチドと、前記ポリペプチドの末端の１タイプ以上の末端アミノ酸に選択的に結合する１つ以上の標識アフィニティー試薬と、を接触させることと、前記ポリペプチドと前記１つ以上の標識アフィニティー試薬との相互作用を検出することにより前記ポリペプチドの末端の末端アミノ酸を同定することと、を含む方法。
［付記２７３］
ポリペプチドのアミノ酸配列を決定する方法であって、前記方法は、ｉ．前記ポリペプチドと、前記ポリペプチドの末端の１タイプ以上の末端アミノ酸に選択的に結合する１つ以上の標識アフィニティー試薬と、を接触させることと、ｉｉ．前記ポリペプチドと前記１つ以上の標識アフィニティー試薬との相互作用を検出することにより前記ポリペプチドの末端の末端アミノ酸を同定することと、ｉｉｉ．前記末端アミノ酸を除去することと、ｉｖ．前記ポリペプチドの末端で（ｉ）～（ｉｖ）を１回以上繰り返して前記ポリペプチドのアミノ酸配列を決定することと、を含む方法。
［付記２７４］
前記方法が、ａ．（ｉ）の後且つ（ｉｉ）の前に、前記末端アミノ酸に選択的に結合しない前記１つ以上の標識アフィニティー試薬をいずれも除去することと、及び／又はｂ．（ｉｉ）の後且つ（ｉｉｉ）の前に、前記末端アミノ酸に選択的に結合する前記１つ以上の標識アフィニティー試薬をいずれも除去すること、をさらに含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７５］
（ｉｉｉ）が、前記末端アミノ酸とイソチオシアネートとを接触させることにより前記末端アミノ酸を修飾することと、ａ．前記修飾された末端アミノ酸と、前記修飾された末端アミノ酸に特異的に結合してそれを除去するプロテアーゼと、を接触させることと、又はｂ．前記修飾された末端アミノ酸を除去するのに十分な酸性又は塩基性条件に前記修飾された末端アミノ酸を付すことと、を含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７６］
前記末端アミノ酸を同定することが、ａ．前記１つ以上の標識アフィニティー試薬が結合する前記１つ以上のタイプの末端アミノ酸の１つのタイプであるとして前記末端アミノ酸を同定することと、又はｂ．前記１つ以上の標識アフィニティー試薬が結合する前記１つ以上のタイプの末端アミノ酸以外のタイプであるとして前記末端アミノ酸を同定することと、を含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７７］
前記１つ以上の標識アフィニティー試薬が、１つ以上の標識アプタマー、１つ以上の標識ペプチダーゼ、１つ以上の標識抗体、又はそれらの組合せを含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７８］
前記１つ以上の標識ペプチダーゼが修飾されて切断活性を不活性化するか、又は前記１つ以上の標識ペプチダーゼが（ｉｉｉ）の除去のために切断活性を保持する、付記２７７に記載の方法。
［付記２７９］
混合サンプル中の対象タンパク質を同定する方法であって、前記方法は、混合タンパク質サンプルを切断して複数のポリペプチド断片を生成することと、付記２７３～２７８のいずれか１項に記載の方法で前記複数のポリペプチド断片の少なくとも１つのアミノ酸配列を決定することと、前記アミノ酸配列が対象タンパク質にユニークに同定可能である場合に前記混合サンプル中の対象タンパク質を同定することと、を含む方法。
［付記２８０］
混合サンプル中の対象タンパク質を同定する方法であって、前記方法は、混合タンパク質サンプルを切断して複数のポリペプチド断片を生成することと、前記複数のポリペプチド断片中の１つ以上のタイプのアミノ酸を１つ以上の異なる発光標識で標識することと、前記複数の標識されたポリペプチドの少なくとも１つに対して経時的に発光を測定することと、検出された発光に基づいて前記少なくとも１つの標識ポリペプチドのアミノ酸配列を決定することと、前記アミノ酸配列が対象タンパク質にユニークに同定可能である場合に前記混合サンプル中の対象タンパク質を同定することと、を含む方法。
［付記２８１］
ポリペプチド中の２つ以上のアミノ酸の相対位置を同定する方法であって、前記方法は、ポリペプチドの２つ以上のアミノ酸を１タイプ以上の第１のＦＲＥＴ標識で標識することと、第２のＦＲＥＴ標識で標識された補因子の存在下で前記標識ポリペプチドのトランスロケーション反応からのＦＲＥＴシグナルを検出することと、前記ＦＲＥＴシグナルに基づいて２つ以上のアミノ酸の相対位置を決定することと、を含む方法。
［付記２８２］
分析のためのタンパク質を調製する方法であって、前記方法は、ｉ．タンパク質の遊離カルボン酸基をブロックすることと、ｉｉ．タンパク質を変性することと、ｉｉｉ．タンパク質の遊離チオール基をブロックすることと、ｉｖ．前記タンパク質を消化して遊離Ｃ末端カルボン酸基を含む少なくとも１つのポリペプチド断片を生成することと、ｖ．機能部分を前記遊離Ｃ末端カルボン酸基に化学的にコンジュゲートすることと、を含む方法。
［付記２８３］
分析のためのタンパク質を調製する方法であって、前記方法は、ｉ．タンパク質を変性することと、ｉｉ．タンパク質の遊離チオール基をブロックすることと、ｉｉｉ．前記タンパク質を消化して遊離Ｃ末端カルボン酸基を含む少なくとも１つのポリペプチド断片を生成することと、ｉｖ．遊離Ｃ末端カルボン酸基をブロックしてブロックＣ末端カルボン酸基を含む少なくとも１つのポリペプチド断片を生成することと、ｖ．機能部分を前記ブロックＣ末端カルボン酸基に酵素的にコンジュゲートすることと、を含む方法。
以下に、上記実施形態から把握できる技術思想を付記として記載する。
［付記１］
ポリペプチドの分解プロセス時のデータを得ることと、前記分解プロセス時に前記ポリペプチドの末端に逐次露出されるアミノ酸に対応する前記データの部分を決定するように前記データを解析することと、前記ポリペプチドに相当するアミノ酸配列を出力することと、を含む方法。
［付記２］
前記データが、前記分解プロセス時の前記ポリペプチドの末端のアミノ酸アイデンティティーの指標である、付記１に記載の方法。
［付記３］
前記データが、前記分解プロセス時に前記末端の異なるタイプの末端アミノ酸に結合する１つ以上のアミノ酸認識分子により生成されるシグナルの指標である、付記２に記載の方法。
［付記４］
前記データが前記分解プロセス時に発生する発光シグナルの指標である、付記１に記載の方法。
［付記５］
前記データが前記分解プロセス時に発生する電気シグナルの指標である、付記１に記載の方法。
［付記６］
前記データを解析することが、一連の切断イベントを検出することと、逐次切断イベント間のデータの部分を決定することと、をさらに含む、付記１に記載の方法。
［付記７］
前記データを解析することが、前記個別部分の各々に対してアミノ酸のタイプを決定することをさらに含む、付記１に記載の方法。
［付記８］
前記個別部分の各々がパルスパターンを含み、且つ前記データを解析することが、そのそれぞれのパルスパターンに基づいて１つ以上の前記部分に対してアミノ酸のタイプを決定することをさらに含む、付記１に記載の方法。
［付記９］
前記アミノ酸のタイプを決定することが、前記データが閾値超であるときの部分内の時間量を同定することと、前記部分に対して前記時間量と持続時間とを比較することと、をさらに含む、付記８に記載の方法。
［付記１０］
前記アミノ酸のタイプを決定することが、前記１つ以上の部分の各々に対して少なくとも１つのパルス持続時間を同定することをさらに含む、付記８に記載の方法。
［付記１１］
前記アミノ酸のタイプを決定することが、前記１つ以上の部分の各々に対して少なくとも１つのパルス間持続時間を同定することをさらに含む、付記８に記載の方法。
［付記１２］
前記アミノ酸配列が、前記部分に対応する一連のアミノ酸を含む、付記１に記載の方法。
［付記１３］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１～１２のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記１４］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１～１２のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記１５］
ポリペプチドシーケンシング方法であって、前記方法は、単一ポリペプチド分子と１つ以上の末端アミノ酸認識分子とを接触させることと、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される逐次アミノ酸と、の会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することにより、前記単一ポリペプチド分子をシーケンスすることと、を含む方法。
［付記１６］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される各タイプのアミノ酸との会合が、前記末端に露出される他のタイプのアミノ酸とは異なる前記一連のシグナルパルスの特性パターンを生成する、付記１５に記載の方法。
［付記１７］
前記特性パターンが前記一連のシグナルパルスの一部分を含む、付記１６に記載の方法。
［付記１８］
前記特性パターンのシグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出されるアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、付記１７に記載の方法。
［付記１９］
前記特性パターンの前記シグナルパルスが、前記末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される前記アミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、付記１８に記載の方法。
［付記２０］
前記特性パターンの各シグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他のものから分離される、付記１９に記載の方法。
［付記２１］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸との一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、付記１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
［付記２２］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での１つの二元複合体種の可逆形成を含む、付記２１に記載の方法。
［付記２３］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での異なる二元複合体種の可逆形成を含む、付記２１に記載の方法。
［付記２４］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸及び連続位置のアミノ酸の指標となる、付記１６～２３のいずれか一項に記載の方法。
［付記２５］
前記末端に露出されるアミノ酸及び前記連続位置のアミノ酸が異なるタイプである、付記２４に記載の方法。
［付記２６］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される各タイプの逐次アミノ酸を同定することを含む、付記１５～２５のいずれか一項に記載の方法。
［付記２７］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出されるすべてのタイプの逐次アミノ酸の一部分を同定することを含む、付記１５～２５のいずれか一項に記載の方法。
［付記２８］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される逐次アミノ酸の相対位置を決定することを含む、付記１５～２７のいずれか一項に記載の方法。
［付記２９］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの連続アミノ酸を同定することを含む、付記１５～２８のいずれか一項に記載の方法。
［付記３０］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの非連続アミノ酸を同定することを含む、付記１５～２９のいずれか一項に記載の方法。
［付記３１］
シーケンシングが、天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、又はそれらの修飾変異体として、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記１５～３０のいずれか一項に記載の方法。
［付記３２］
シーケンシングが、荷電、非荷電、極性、非極性、疎水性、芳香族、又はそれらの組合せの側鎖を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記１５～３１のいずれか一項に記載の方法。
［付記３３］
前記側鎖が負荷電又は正荷電である、付記３２に記載の方法。
［付記３４］
シーケンシングが、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリンから選択される１タイプとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記１５～３３のいずれか一項に記載の方法。
［付記３５］
シーケンシングが、翻訳後修飾を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することとを含む、付記１５～３４のいずれか一項に記載の方法。
［付記３６］
前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、付記３５に記載の方法。
［付記３７］
前記一連のシグナルパルスが、光学シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５～３６のいずれか一項に記載の方法。
［付記３８］
前記一連の各シグナルパルスが複数の光子放出イベントを含む、付記３７に記載の方法。
［付記３９］
シーケンシングが、発光寿命、発光輝度、発光強度、発光波長、発光偏光、及び発光量子収率の１つ以上を決定することをさらに含む、付記３８に記載の方法。
［付記４０］
前記一連のシグナルパルスが、電気シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５～３９のいずれか一項に記載の方法。
［付記４１］
前記一連のシグナルパルスが、可逆単一分子結合相互作用に対応する伝導率遷移を含む、付記４０に記載の方法。
［付記４２］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記１５～４１のいずれか一項に記載の方法。
［付記４３］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記４２に記載の方法。
［付記４４］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記４３に記載の方法。
［付記４５］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記４４に記載の方法。
［付記４６］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記４５に記載の方法。
［付記４７］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記４６に記載の方法。
［付記４８］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記４６に記載の方法。
［付記４９］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記４６に記載の方法。
［付記５０］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記４６に記載の方法。
［付記５１］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記４２～５０のいずれか一項に記載の方法。
［付記５２］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記４２に記載の方法。
［付記５３］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記１５～５２のいずれか一項に記載の方法。
［付記５４］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記５３に記載の方法。
［付記５５］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記１５～５４のいずれか一項に記載の方法。
［付記５６］
前記単一ポリペプチド分子が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子が会合する前記末端の遠位にある末端を介して表面に固定される、付記５５に記載の方法。
［付記５７］
前記単一ポリペプチド分子がカルボキシ末端を介して固定される、付記５５に記載の方法。
［付記５８］
前記単一ポリペプチド分子がアミノ末端を介して固定される、付記５５に記載の方法。
［付記５９］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記５５～５８のいずれか一項に記載の方法。
［付記６０］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記５９に記載の方法。
［付記６１］
前記単一ポリペプチド分子が、前記単一ポリペプチド分子の末端から１つ以上のアミノ酸を除去する切断試薬により分解される、付記１５～６０のいずれか一項に記載の方法。
［付記６２］
前記切断試薬と前記末端との会合の指標となるシグナルを検出することをさらに含む、付記６１に記載の方法。
［付記６３］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記６１又は６２に記載の方法。
［付記６４］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記６３に記載の方法。
［付記６５］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記１５～６４のいずれか一項に記載の方法。
［付記６６］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５～６５のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記６７］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５～６５のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記６８］
ポリペプチドのシーケンシング方法であって、前記方法は、反応混合物中の単一ポリペプチド分子と、１つ以上の末端アミノ酸認識分子と切断試薬とを含む組成物と、を接触させることと、前記切断試薬の存在下で前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子の末端との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することであって、前記一連のシグナルパルスが、前記切断試薬による末端アミノ酸切断の結果として経時的に末端に露出される一連のアミノ酸の指標となる、検出することと、を含む方法。
［付記６９］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される各タイプのアミノ酸との会合が、前記末端に露出される他のタイプのアミノ酸とは異なる前記一連のシグナルパルスの特性パターンを生成する、付記６８に記載の方法。
［付記７０］
前記特性パターンが前記一連のシグナルパルスの一部分を含む、付記６９に記載の方法。
［付記７１］
前記特性パターンのシグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出されるアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、付記７０に記載の方法。
［付記７２］
前記特性パターンの前記シグナルパルスが、前記末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される前記アミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、付記７１に記載の方法。
［付記７３］
前記特性パターンの各シグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他のものから分離される、付記７２に記載の方法。
［付記７４］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸との一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、付記６９～７３のいずれか一項に記載の方法。
［付記７５］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での１つの二元複合体種の可逆形成を含む、付記７４に記載の方法。
［付記７６］
前記一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での異なる二元複合体種の可逆形成を含む、付記７４に記載の方法。
［付記７７］
前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸及び連続位置のアミノ酸の指標となる、付記６９～７６のいずれか一項に記載の方法。
［付記７８］
前記末端に露出されるアミノ酸及び前記連続位置のアミノ酸が異なるタイプである、付記７７に記載の方法。
［付記７９］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される各タイプの逐次アミノ酸を同定することを含む、付記６８～７８のいずれか一項に記載の方法。
［付記８０］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出されるすべてのタイプの逐次アミノ酸の一部分を同定することを含む、付記６８～７８のいずれか一項に記載の方法。
［付記８１］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出される逐次アミノ酸の相対位置を決定することを含む、付記６８～８０のいずれか一項に記載の方法。
［付記８２］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの連続アミノ酸を同定することを含む、付記６８～８１のいずれか一項に記載の方法。
［付記８３］
シーケンシングが、前記単一ポリペプチド分子の少なくとも２つの非連続アミノ酸を同定することを含む、付記６８～８２のいずれか一項に記載の方法。
［付記８４］
シーケンシングが、天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、又はそれらの修飾変異体として、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記６８～８３のいずれか一項に記載の方法。
［付記８５］
シーケンシングが、荷電、非荷電、極性、非極性、疎水性、芳香族、又はそれらの組合せの側鎖を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記６８～８４のいずれか一項に記載の方法。
［付記８６］
前記側鎖が負荷電又は正荷電である、付記８５に記載の方法。
［付記８７］
シーケンシングが、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリンから選択される１タイプとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することを含む、付記６８～８６のいずれか一項に記載の方法。
［付記８８］
シーケンシングが、翻訳後修飾を有するものとして、前記末端に露出されるアミノ酸を同定することとを含む、付記６８～８７のいずれか一項に記載の方法。
［付記８９］
前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、付記８８に記載の方法。
［付記９０］
前記一連のシグナルパルスが、光学シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記６８～８９のいずれか一項に記載の方法。
［付記９１］
前記一連の各シグナルパルスが複数の光子放出イベントを含む、付記９０に記載の方法。
［付記９２］
シーケンシングが、発光寿命、発光輝度、発光強度、発光波長、発光分極、及び発光量子収率の１つ以上を決定することをさらに含む、付記９１に記載の方法。
［付記９３］
前記一連のシグナルパルスが、電気シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記６８～９２のいずれか一項に記載の方法。
［付記９４］
前記一連のシグナルパルスが、可逆単一分子結合相互作用に対応する伝導率遷移を含む、付記９３に記載の方法。
［付記９５］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記６８～９４のいずれか一項に記載の方法。
［付記９６］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記９５に記載の方法。
［付記９７］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記９６に記載の方法。
［付記９８］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記９７に記載の方法。
［付記９９］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記９８に記載の方法。
［付記１００］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記９９に記載の方法。
［付記１０１］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記９９に記載の方法。
［付記１０２］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記９９に記載の方法。
［付記１０３］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記９９に記載の方法。
［付記１０４］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記９５～１０３のいずれか一項に記載の方法。
［付記１０５］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記９５に記載の方法。
［付記１０６］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記６８～１０５のいずれか一項に記載の方法。
［付記１０７］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１０６に記載の方法。
［付記１０８］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記６８～１０７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１０９］
前記単一ポリペプチド分子が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子が会合する前記末端の遠位にある末端を介して前記表面に固定される、付記１０８に記載の方法。
［付記１１０］
前記単一ポリペプチド分子がカルボキシ末端を介して固定される、付記１０８に記載の方法。
［付記１１１］
前記単一ポリペプチド分子がアミノ末端を介して固定される、付記１０８に記載の方法。
［付記１１２］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記１０８～１１１のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１３］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記１１２に記載の方法。
［付記１１４］
前記切断試薬と前記末端との会合の指標となるシグナルを検出することをさらに含む、付記６８～１１３のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１５］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記６８～１１４のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１６］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１１５に記載の方法。
［付記１１７］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記６８～１１６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１１８］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記６８～１１７のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記１１９］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記６８～１１７のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記１２０］
ポリペプチドシーケンシング方法であって、ａ）単一ポリペプチド分子の末端の第１のアミノ酸を同定することと、ｂ）前記第１のアミノ酸を除去して前記単一ポリペプチド分子の末端に第２のアミノ酸を露出させることと、ｃ）前記単一ポリペプチド分子の末端の前記第２のアミノ酸を同定することと、を含み、（ａ）～（ｃ）が単一反応混合物中で実施される、方法。
［付記１２１］
（ａ）～（ｃ）が逐次行われる、付記１２０に記載の方法。
［付記１２２］
（ｃ）が（ａ）及び（ｂ）の前に行われる、付記１２０に記載の方法。
［付記１２３］
前記単一反応混合物が１つ以上の末端アミノ酸認識分子を含む、付記１２０～１２２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１２４］
前記第１及び第２のアミノ酸が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子の末端との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することにより同定される、付記１２３に記載の方法。
［付記１２５］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記第１のアミノ酸との会合が、前記第２のアミノ酸とは異なる一連のシグナルパルスの特性パターンを生成する、付記１２４に記載の方法。
［付記１２６］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記１２０～１２５のいずれか一項に記載の方法。
［付記１２７］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記１２６に記載の方法。
［付記１２８］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記１２７に記載の方法。
［付記１２９］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記１２８に記載の方法。
［付記１３０］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記１２９に記載の方法。
［付記１３１］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３２］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３３］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３４］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記１３０に記載の方法。
［付記１３５］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記１２６～１３４のいずれか一項に記載の方法。
［付記１３６］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記１２６に記載の方法。
［付記１３７］
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記１２０～１３６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１３８］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１３７に記載の方法。
［付記１３９］
前記単一反応混合物が、前記単一ポリペプチド分子の末端から１つ以上のアミノ酸を除去する切断試薬を含む、付記１２０～１３８のいずれか一項に記載の方法。
［付記１４０］
前記第１のアミノ酸が前記切断試薬により除去される、付記１３９に記載の方法。
［付記１４１］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記１３９又は１４０に記載の方法。
［付記１４２］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１４１に記載の方法。
［付記１４３］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記１２０～１４２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１４４］
前記単一ポリペプチド分子が、前記第１のアミノ酸が除去される末端の遠位にある末端を介して前記表面に固定される、付記１４３に記載の方法。
［付記１４５］
前記単一ポリペプチド分子がカルボキシ末端を介して固定される、付記１４３に記載の方法。
［付記１４６］
前記単一ポリペプチド分子がアミノ末端を介して固定される、付記１４３に記載の方法。
［付記１４７］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記１４３～１４６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１４８］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記１４７に記載の方法。
［付記１４９］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記１２４～１４８のいずれか一項に記載の方法。
［付記１５０］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１２０～１４９のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記１５１］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１２０～１４９のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記１５２］
ポリペプチドのアミノ酸を同定する方法であって、前記方法は、単一ポリペプチド分子と前記単一ポリペプチド分子に結合する１つ以上のアミノ酸認識分子とを接触させることと、ポリペプチド分解条件下で前記１つ以上のアミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することと、前記一連のシグナルパルスの第１の特性パターンに基づいて前記単一ポリペプチド分子の第１のタイプのアミノ酸を同定することと、を含む方法。
［付記１５３］
前記第１の特性パターンが前記一連のシグナルパルスの少なくとも一部分を含む、付記１５２に記載の方法。
［付記１５４］
前記第１の特性パターンのシグナルパルスが、アミノ酸認識分子と前記第１のタイプのアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、付記１５３に記載の方法。
［付記１５５］
前記第１の特性パターンの前記シグナルパルスが、前記アミノ酸認識分子と前記第１のタイプのアミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、付記１５４に記載の方法。
［付記１５６］
前記第１の特性パターンの各シグナルパルスが、アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他から分離される、付記１５５に記載の方法。
［付記１５７］
前記第１の特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の前記第１のタイプのアミノ酸との一連の可逆アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、付記１５２～１５６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１５８］
前記一連の可逆アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での１つの二元複合体種の可逆形成を含む、付記１５７に記載の方法。
［付記１５９］
前記一連の可逆アミノ酸認識分子結合相互作用が、前記単一ポリペプチド分子の末端での異なる二元複合体種の可逆形成を含む、付記１５７に記載の方法。
［付記１６０］
前記単一ポリペプチド分子が前記単一ポリペプチド分子の末端位置に前記第１のタイプのアミノ酸を含む、付記１５２～１５９のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６１］
前記第１の特性パターンが、前記末端位置の前記第１のタイプのアミノ酸と連続位置のアミノ酸タイプとの指標となっている、付記１６０に記載の方法。
［付記１６２］
前記末端位置及び前記連続位置のアミノ酸が異なるタイプである、付記１６１に記載の方法。
［付記１６３］
前記単一ポリペプチド分子が、前記単一ポリペプチド分子の内部位置に前記第１のタイプのアミノ酸を含む、付記１５２～１６２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６４］
前記単一ポリペプチド分子が、前記末端位置及び前記単一ポリペプチド分子の非連続内部位置に前記第１のタイプのアミノ酸を含む、付記１６０～１６３のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６５］
前記第１の特性パターンが、前記末端位置の前記第１のタイプのアミノ酸と非連続内部位置のアミノ酸タイプとの指標となる、付記１６４に記載の方法。
［付記１６６］
前記第１の特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の前記第１のタイプのアミノ酸の存在量の指標である、付記１６４又は１６５に記載の方法。
［付記１６７］
同定することが、天然に存在するアミノ酸、非天然アミノ酸、又はそれらの修飾変異体として前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１６６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６８］
同定することが、荷電、非荷電、極性、非極性、疎水性、芳香族、又はそれらの組合せの側鎖を有するとして、前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１６７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１６９］
前記側鎖が負荷電又は正荷電である、付記１６８に記載の方法。
［付記１７０］
同定することが、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリンから選択される１タイプとして、前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１６９のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７１］
同定することが、翻訳後修飾を有するとして前記第１のタイプのアミノ酸を同定することを含む、付記１５２～１７０のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７２］
前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、付記１７１に記載の方法。
［付記１７３］
前記一連のシグナルパルスが、光学シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５２～１７２のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７４］
前記一連の各シグナルパルスが複数の光子放出イベントを含む、付記１７３に記載の方法。
［付記１７５］
前記第１のタイプのアミノ酸を同定することが、発光寿命、発光輝度、発光強度、発光波長、発光偏光、及び発光量子収率の１つ以上を決定することをさらに含む、付記１７４に記載の方法。
［付記１７６］
前記一連のシグナルパルスが、電気シグナルの大きさの一連の変化を経時的に含む、付記１５２～１７５のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７７］
前記第１の特性パターンが、可逆単一分子結合相互作用に対応する伝導率遷移を含む、付記１７６に記載の方法。
［付記１７８］
前記１つ以上のアミノ酸認識分子の各々が認識タンパク質又は認識核酸を含む、付記１５２～１７７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１７９］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記１７８に記載の方法。
［付記１８０］
前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記１７９に記載の方法。
［付記１８１］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記１８０に記載の方法。
［付記１８２］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記１８１に記載の方法。
［付記１８３］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８４］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８５］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８６］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記１８２に記載の方法。
［付記１８７］
前記認識タンパク質が合成タンパク質又は組換えタンパク質である、付記１７８～１８６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１８８］
前記認識核酸が核酸アプタマーである、付記１７８に記載の方法。
［付記１８９］
前記１つ以上のアミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含む、付記１５２～１８８のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９０］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記１８９に記載の方法。
［付記１９１］
前記単一ポリペプチド分子が表面に固定される、付記１５２～１９０のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９２］
前記単一ポリペプチド分子が、一方の末端を介して前記表面に固定され、且つ前記１つ以上のアミノ酸認識分子が、他方の末端を介して前記単一ポリペプチド分子に結合する、付記１９１に記載の方法。
［付記１９３］
前記単一ポリペプチド分子が、カルボキシ末端を介して固定され、且つ前記１つ以上のアミノ酸認識分子が、アミノ末端で前記単一ポリペプチド分子に結合する、付記１９２に記載の方法。
［付記１９４］
前記単一ポリペプチド分子が、アミノ末端を介して固定され、且つ前記１つ以上のアミノ酸認識分子が、カルボキシ末端で前記単一ポリペプチド分子に結合する、付記１９２に記載の方法。
［付記１９５］
前記単一ポリペプチド分子がリンカーを介して前記表面に固定される、付記１９１～１９４のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９６］
前記リンカーがバイオ分子を含み、任意選択的に前記バイオ分子がオリゴヌクレオチドである、付記１９５に記載の方法。
［付記１９７］
前記単一ポリペプチド分子の分解を観測することをさらに含む、付記１５２～１９６のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９８］
前記分解条件が、前記単一ポリペプチド分子の末端から１つ以上の末端アミノ酸を除去可能な切断試薬の存在下で前記一連のシグナルパルスを検出することを含む、付記１５２～１９７のいずれか一項に記載の方法。
［付記１９９］
前記切断試薬と前記単一ポリペプチド分子との会合の指標となるシグナルパルスの検出をさらに含む、付記１９８に記載の方法。
［付記２００］
前記切断試薬が検出可能標識を含む、付記１９８又は１９９に記載の方法。
［付記２０１］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記２００に記載の方法。
［付記２０２］
前記一連のシグナルパルスの第２の特性パターンに基づいて前記単一ポリペプチド分子の第２のタイプのアミノ酸を同定することをさらに含む、付記１９７～２０１のいずれか一項に記載の方法。
［付記２０３］
シグナルパルスの前記第２の特性パターンが前記単一ポリペプチド分子からの前記第１のタイプのアミノ酸の除去の指標となる、付記２０２に記載の方法。
［付記２０４］
前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、付記１５２～２０３のいずれか一項に記載の方法。
［付記２０５］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５２～２０４のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
［付記２０６］
少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに付記１５２～２０４のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
［付記２０７］
式（Ｉ）：
Ａ－（Ｙ） ｎ －Ｄ （Ｉ）
（式中、Ａは、少なくとも１つのアミノ酸認識分子を含むアミノ酸結合成分であり、Ｙの各々は、共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するポリマーであり、ｎは、１～１０（両端の値を含む）の整数であり、且つＤは、少なくとも１つの検出可能標識を含む標識成分であり、Ｄは、２００Å未満の直径である）の可溶性アミノ酸認識分子を含む組成物。
［付記２０８］
－（Ｙ） ｎ －が少なくとも２ｎｍの長さである、付記２０７に記載の組成物。
［付記２０９］
－（Ｙ）ｎ－が少なくとも５ｎｍの長さである、付記２０７に記載の組成物。
［付記２１０］
－（Ｙ） ｎ －が少なくとも１０ｎｍの長さである、付記２０７に記載の組成物。
［付記２１１］
Ｙの各々が、独立して、バイオ分子、ポリオール、又はデンドリマーである、付記２０７～２１０のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２１２］
前記バイオ分子が、核酸、ポリペプチド、又は多糖である、付記２１１に記載の組成物。
［付記２１３］
前記可溶性アミノ酸認識分子が、次式：
Ａ－Ｙ １ －（Ｙ） ｍ －Ｄ又はＡ－（Ｙ） ｍ －Ｙ １ －Ｄ
（式中、Ｙ １ は、核酸又はポリペプチドであり、且つｍは、０～１０（両端の値を含む）の整数である）の１つである、付記２０７～２１２のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２１４］
前記核酸が第１のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２１２又は２１３に記載の組成物。
［付記２１５］
前記核酸が、前記第１のオリゴヌクレオチド鎖にハイブリダイズされた第２のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２１４に記載の組成物。
［付記２１６］
前記核酸が、前記第１のオリゴヌクレオチド鎖を介して共有結合性連結を形成する、付記２１４又は２１５に記載の組成物。
［付記２１７］
前記核酸が、前記ハイブリダイズされた第１及び第２のオリゴヌクレオチド鎖を介して非共有結合性連結を形成する、付記２１５に記載の組成物。
［付記２１８］
前記ポリペプチドが１価又は多価タンパク質である、付記２１２～２１７のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２１９］
前記１価又は多価タンパク質が、前記１価又は多価タンパク質のリガンド結合部位に装着されたリガンド部分を介して少なくとも１つの非共有結合性連結を形成する、付記２１８に記載の組成物。
［付記２２０］
Ａ、Ｙ、又はＤがリガンド部分を含む、付記２１９に記載の組成物。
［付記２２１］
前記可溶性アミノ酸認識分子が、次式：
Ａ－（Ｙ） ｍ －Ｙ ２ －Ｄ又はＡ－Ｙ ２ －（Ｙ） ｍ －Ｄ
（式中、Ｙ ２ は、ポリオール又はデンドリマーであり、且つｍは、０～１０（両端の値を含む）の整数である）の１つである、付記２０７～２１２のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２２２］
前記ポリオール又はデンドリマーが、ポリエチレングリコール、テトラエチレングリコール、ポリ（アミドアミン）、ポリ（プロピレンイミン）、ポリ（プロピレンアミン）、カルボシラン、ポリ（Ｌ－リシン）、又はそれらの１つ以上の組合せを含む、付記２２１に記載の組成物。
［付記２２３］
Ａが複数のアミノ酸認識分子を含む、付記２０７～２２２のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２２４］
前記複数の各アミノ酸認識分子がＹ上の異なる装着部位に装着される、付記２２３に記載の組成物。
［付記２２５］
前記複数のアミノ酸認識分子の少なくとも２つがＹ上の単一装着部位に装着される、付記２２３に記載の組成物。
［付記２２６］
前記アミノ酸認識分子が認識タンパク質又は核酸アプタマーである、付記２０７～２２５のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２２７］
前記認識タンパク質が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片である、付記２２６に記載の組成物。
［付記２２８］
前記分解経路タンパク質がＮ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体である、付記２２７に記載の組成物。
［付記２２９］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ａｒｇ／Ｎ末端則経路タンパク質、Ａｃ／Ｎ末端則経路タンパク質、又はＰｒｏ／Ｎ末端則経路タンパク質である、付記２２８に記載の組成物。
［付記２３０］
前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、付記２２９に記載の組成物。
［付記２３１］
前記Ｇｉｄタンパク質が、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）又はその相同種由来のＧｉｄ４又はＧｉｄ１０である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３２］
前記ＵＢＲボックスタンパク質が、ヒト、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又はそれらの相同種由来のＵＢＲ１又はＵＢＲ２である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３３］
前記ｐ６２タンパク質が、ヒト、ラット、又はそれらの相同種由来のｐ６２である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３４］
前記ＣｌｐＳタンパク質が、Ａ．ツミファシエンス（Ａ．ｔｕｍｉｆａｃｉｅｎｓ）、Ｃ．クレセンタス（Ｃ．ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）、Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、Ｐ．ファルシパルム（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、Ｔ．エロンガタス（ｅｌｏｎｇａｔｕｓ）、又はそれらの相同種由来のＣｌｐＳ１又はＣｌｐＳ２である、付記２３０に記載の組成物。
［付記２３５］
前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、付記２０７～２３４のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２３６］
前記発光標識が少なくとも１つのフルオロフォア色素分子を含む、付記２３５に記載の組成物。
［付記２３７］
Ｄが２０以下のフルオロフォア色素分子を含む、付記２３６に記載の組成物。
［付記２３８］
前記フルオロフォア色素分子の数と前記アミノ酸認識分子の数との比が１：１～２０：１である、付記２３６又は２３７に記載の組成物。
［付記２３９］
前記発光標識が、ドナー標識とアクセプター標識とを含む少なくとも１つのＦＲＥＴペアを含む、付記２３５～２３８のいずれか一項に記載の組成物。
［付記２４０］
前記ドナー標識と前記アクセプター標識との比が１：１、２：１、３：１、４：１、又は５：１である、付記２３９に記載の組成物。
［付記２４１］
前記アクセプター標識と前記ドナー標識との比が１：１、２：１、３：１、４：１、又は５：１である、付記２３９に記載の組成物。
［付記２４２］
式（ＩＩ）：
Ａ－Ｙ １ －Ｄ（ＩＩ）
（式中、Ａは、少なくとも１つのアミノ酸認識分子を含むアミノ酸結合成分であり、Ｙ １ は、核酸又はポリペプチドであり、Ｄは、少なくとも１つの検出可能標識を含む標識成分であり、ただし、Ｙ １ が核酸であるとき、前記核酸は共有結合性又は非共有結合性連結基を形成し、且つただし、Ｙ １ がポリペプチドであるとき、前記ポリペプチドは、５０×１０ －９ Ｍ未満の解離定数（Ｋ Ｄ ）により特徴付けられる非共有結合性連結基を形成する）のアミノ酸認識分子。
［付記２４３］
－Ｙ １ －が少なくとも２ｎｍの長さである、付記２４２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４４］
－Ｙ １ －が少なくとも５ｎｍの長さである、付記２４２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４５］
－Ｙ １ －が少なくとも１０ｎｍの長さである、付記２４２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４６］
前記核酸が第１のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２４２～２４５のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４７］
前記核酸が、前記第１のオリゴヌクレオチド鎖にハイブリダイズされた第２のオリゴヌクレオチド鎖を含む、付記２４６に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４８］
Ａが前記第１のオリゴヌクレオチド鎖に装着され、且つＤが前記第２のオリゴヌクレオチド鎖に装着される、付記２４７に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２４９］
Ａが前記第１のオリゴヌクレオチド鎖上の第１の装着部位に装着され、且つＤが前記第１のオリゴヌクレオチド鎖上の第２の装着部位に装着される、付記２４６又は２４７に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５０］
前記核酸の各オリゴヌクレオチド鎖が、１５０未満、１００未満、又は５０未満のヌクレオチドを含む、付記２４６～２４９のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５１］
前記ポリペプチドが１価又は多価タンパク質である、付記２４２～２５０のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５２］
前記１価又は多価タンパク質が、前記１価又は多価タンパク質のリガンド結合部位に装着されたリガンド部分を介して少なくとも１つの非共有結合性連結を形成する、付記２５１に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５３］
Ａ及びＤの少なくとも１つがリガンド部分を含む、付記２５２に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５４］
前記ポリペプチドはアビジンタンパク質である、付記２４２～２５３のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５５］
前記アビジンタンパク質が、アビジン、ストレプトアビジン、トラプタビジン、タマビジン、ブラダビジン、キセナビジン（ｘｅｎａｖｉｄｉｎ）、又はそれらのホモログ若しくは変異体である、付記２５４に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５６］
前記リガンド部分がビオチン部分である、付記２５２～２５５のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５７］前 記Ｋ Ｄ が、１×１０ －９ Ｍ未満、１×１０ －１０ Ｍ未満、１×１０ －１１ Ｍ未満、又は１×１０ －１２ Ｍ未満である、付記２４２～２５６のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５８］
前記アミノ酸認識分子が、次式：
Ａ－Ｙ １ －（Ｙ） ｎ －Ｄ又はＡ－（Ｙ） ｎ －Ｙ １ －Ｄ
（式中、Ｙの各々は、共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するポリマーであり、且つｎは、１～１０（両端の値を含む）の整数である）の１つである、付記２４２～２５７のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２５９］
Ｙの各々が、独立して、バイオ分子、ポリオール、又はデンドリマーである、付記２５８に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６０］
核酸と、前記核酸上の第１の装着部位に装着された少なくとも１つのアミノ酸認識分子と、前記核酸上の第２の装着部位に装着された少なくとも１つの検出可能標識と、を含むアミノ酸認識分子であって、前記核酸が前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子と前記少なくとも１つの検出可能標識との間に共有結合性又は非共有結合性連結基を形成する、アミノ酸認識分子。
［付記２６１］
前記核酸が、第２のオリゴヌクレオチド鎖にハイブリダイズされた第１のオリゴヌクレオチド鎖を含む二本鎖核酸である、付記２６０に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６２］
前記第１の装着部位が前記第１のオリゴヌクレオチド鎖上にあり、且つ前記第２の装着部位が前記第２のオリゴヌクレオチド鎖上にある、付記２６１に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６３］
前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子が、前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子と前記核酸との間に共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するタンパク質を介して前記第１の装着部位に装着される、付記２６０～２６２のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６４］
前記少なくとも１つの検出可能標識が、前記少なくとも１つの検出可能標識と前記核酸との間に共有結合性又は非共有結合性連結基を形成するタンパク質を介して前記第２の装着部位に装着される、付記２６０～２６３のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６５］
前記第１及び第２の装着部位が、前記核酸上の５～１００のヌクレオチド塩基又はヌクレオチド塩基対により分離される、付記２６０～２６４のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６６］
少なくとも２つのリガンド結合部位を含む多価タンパク質と、前記タンパク質上の第１のリガンド結合部位に結合された第１のリガンド部分を介して前記タンパク質に装着された少なくとも１つのアミノ酸認識分子と、前記タンパク質上の第２のリガンド結合部位に結合された第２のリガンド部分を介して前記タンパク質に装着された少なくとも１つの検出可能標識と、を含むアミノ酸認識分子。
［付記２６７］
前記多価タンパク質が、４つのリガンド結合部位を含むアビジンタンパク質である、付記２６６に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６８］
前記リガンド結合部位がビオチン結合部位であり、且つ前記リガンド部分がビオチン部分である、付記２６６又は２６７に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２６９］
前記ビオチン部分の少なくとも１つがビスビオチン部分であり、且つ前記ビスビオチン部分が前記アビジンタンパク質上の２つのビオチン結合部位に結合される、付記２６８に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２７０］
前記少なくとも１つのアミノ酸認識分子が、前記第１のリガンド部分を含む核酸を介して前記タンパク質に装着される、付記２６６～２６９のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２７１］
前記少なくとも１つの検出可能標識が、前記第２のリガンド部分を含む核酸を介して前記タンパク質に装着される、付記２６６～２７０のいずれか一項に記載のアミノ酸認識分子。
［付記２７２］
ポリペプチドの末端アミノ酸を同定する方法であって、前記方法は、前記ポリペプチドと、前記ポリペプチドの末端の１タイプ以上の末端アミノ酸に選択的に結合する１つ以上の標識アフィニティー試薬と、を接触させることと、前記ポリペプチドと前記１つ以上の標識アフィニティー試薬との相互作用を検出することにより前記ポリペプチドの末端の末端アミノ酸を同定することと、を含む方法。
［付記２７３］
ポリペプチドのアミノ酸配列を決定する方法であって、前記方法は、ｉ．前記ポリペプチドと、前記ポリペプチドの末端の１タイプ以上の末端アミノ酸に選択的に結合する１つ以上の標識アフィニティー試薬と、を接触させることと、ｉｉ．前記ポリペプチドと前記１つ以上の標識アフィニティー試薬との相互作用を検出することにより前記ポリペプチドの末端の末端アミノ酸を同定することと、ｉｉｉ．前記末端アミノ酸を除去することと、ｉｖ．前記ポリペプチドの末端で（ｉ）～（ｉｖ）を１回以上繰り返して前記ポリペプチドのアミノ酸配列を決定することと、を含む方法。
［付記２７４］
前記方法が、ａ．（ｉ）の後且つ（ｉｉ）の前に、前記末端アミノ酸に選択的に結合しない前記１つ以上の標識アフィニティー試薬をいずれも除去することと、及び／又はｂ．（ｉｉ）の後且つ（ｉｉｉ）の前に、前記末端アミノ酸に選択的に結合する前記１つ以上の標識アフィニティー試薬をいずれも除去すること、をさらに含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７５］
（ｉｉｉ）が、前記末端アミノ酸とイソチオシアネートとを接触させることにより前記末端アミノ酸を修飾することと、ａ．前記修飾された末端アミノ酸と、前記修飾された末端アミノ酸に特異的に結合してそれを除去するプロテアーゼと、を接触させることと、又はｂ．前記修飾された末端アミノ酸を除去するのに十分な酸性又は塩基性条件に前記修飾された末端アミノ酸を付すことと、を含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７６］
前記末端アミノ酸を同定することが、ａ．前記１つ以上の標識アフィニティー試薬が結合する前記１つ以上のタイプの末端アミノ酸の１つのタイプであるとして前記末端アミノ酸を同定することと、又はｂ．前記１つ以上の標識アフィニティー試薬が結合する前記１つ以上のタイプの末端アミノ酸以外のタイプであるとして前記末端アミノ酸を同定することと、を含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７７］
前記１つ以上の標識アフィニティー試薬が、１つ以上の標識アプタマー、１つ以上の標識ペプチダーゼ、１つ以上の標識抗体、又はそれらの組合せを含む、付記２７３に記載の方法。
［付記２７８］
前記１つ以上の標識ペプチダーゼが修飾されて切断活性を不活性化するか、又は前記１つ以上の標識ペプチダーゼが（ｉｉｉ）の除去のために切断活性を保持する、付記２７７に記載の方法。
［付記２７９］
混合サンプル中の対象タンパク質を同定する方法であって、前記方法は、混合タンパク質サンプルを切断して複数のポリペプチド断片を生成することと、付記２７３～２７８のいずれか１項に記載の方法で前記複数のポリペプチド断片の少なくとも１つのアミノ酸配列を決定することと、前記アミノ酸配列が対象タンパク質にユニークに同定可能である場合に前記混合サンプル中の対象タンパク質を同定することと、を含む方法。
［付記２８０］
混合サンプル中の対象タンパク質を同定する方法であって、前記方法は、混合タンパク質サンプルを切断して複数のポリペプチド断片を生成することと、前記複数のポリペプチド断片中の１つ以上のタイプのアミノ酸を１つ以上の異なる発光標識で標識することと、前記複数の標識されたポリペプチドの少なくとも１つに対して経時的に発光を測定することと、検出された発光に基づいて前記少なくとも１つの標識ポリペプチドのアミノ酸配列を決定することと、前記アミノ酸配列が対象タンパク質にユニークに同定可能である場合に前記混合サンプル中の対象タンパク質を同定することと、を含む方法。
［付記２８１］
ポリペプチド中の２つ以上のアミノ酸の相対位置を同定する方法であって、前記方法は、ポリペプチドの２つ以上のアミノ酸を１タイプ以上の第１のＦＲＥＴ標識で標識することと、第２のＦＲＥＴ標識で標識された補因子の存在下で前記標識ポリペプチドのトランスロケーション反応からのＦＲＥＴシグナルを検出することと、前記ＦＲＥＴシグナルに基づいて２つ以上のアミノ酸の相対位置を決定することと、を含む方法。
［付記２８２］
分析のためのタンパク質を調製する方法であって、前記方法は、ｉ．タンパク質の遊離カルボン酸基をブロックすることと、ｉｉ．タンパク質を変性することと、ｉｉｉ．タンパク質の遊離チオール基をブロックすることと、ｉｖ．前記タンパク質を消化して遊離Ｃ末端カルボン酸基を含む少なくとも１つのポリペプチド断片を生成することと、ｖ．機能部分を前記遊離Ｃ末端カルボン酸基に化学的にコンジュゲートすることと、を含む方法。
［付記２８３］
分析のためのタンパク質を調製する方法であって、前記方法は、ｉ．タンパク質を変性することと、ｉｉ．タンパク質の遊離チオール基をブロックすることと、ｉｉｉ．前記タンパク質を消化して遊離Ｃ末端カルボン酸基を含む少なくとも１つのポリペプチド断片を生成することと、ｉｖ．遊離Ｃ末端カルボン酸基をブロックしてブロックＣ末端カルボン酸基を含む少なくとも１つのポリペプチド断片を生成することと、ｖ．機能部分を前記ブロックＣ末端カルボン酸基に酵素的にコンジュゲートすることと、を含む方法。
Claims (20)
- ポリペプチドのシーケンシング方法であって、前記方法は、
反応混合物中の単一ポリペプチド分子と、１つ以上の末端アミノ酸認識分子と切断試薬とを含む組成物と、を接触させることと、
前記切断試薬の存在下で前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子の末端との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することであって、前記一連のシグナルパルスが、前記切断試薬による末端アミノ酸切断の結果として経時的に末端に露出される一連のアミノ酸の指標となる、検出することと、
を含む方法。 - 前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される各タイプのアミノ酸との会合が、前記末端に露出される他のタイプのアミノ酸とは異なる前記一連のシグナルパルスの特性パターンを生成し、必要に応じて前記特性パターンが前記一連のシグナルパルスの一部分を含む、請求項１に記載の方法。
- 前記特性パターンのシグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出されるアミノ酸との間の個別会合イベントに対応する、請求項２に記載の方法。
- 前記特性パターンの前記シグナルパルスが、前記末端アミノ酸認識分子と前記末端に露出される前記アミノ酸との間の結合の解離速度に特有なパルス持続時間を含む、請求項３に記載の方法。
- 前記特性パターンの各シグナルパルスが、末端アミノ酸認識分子結合の会合速度に特有なパルス間持続時間により他のものから分離される、請求項４に記載の方法。
- 前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸との一連の可逆末端アミノ酸認識分子結合相互作用に対応する、請求項２～５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記特性パターンが、前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される前記アミノ酸及び連続位置のアミノ酸の指標となる、請求項２～６のいずれか一項に記載の方法。
- シーケンシングが、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチドの末端に露出されるすべてのタイプの逐次アミノ酸の一部分を同定することを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
- シーケンシングが、アミノ酸が翻訳後修飾を含むことを同定することを含み、必要に応じて前記アミノ酸は前記翻訳後修飾を含む側鎖を有する、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
- 前記翻訳後修飾が、アセチル化、ＡＤＰリボシル化、カスパーゼ切断、シトルリン化、ホルミル化、Ｎ連結グリコシル化、Ｏ連結グリコシル化、ヒドロキシル化、メチル化、ミリストイル化、ＮＥＤＤ化、ニトロ化、酸化、パルミトイル化、リン酸化、プレニル化、Ｓ－ニトロシル化、硫酸化、ＳＵＭＯ化及びユビキチン化から選択される、請求項９に記載の方法。
- 前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が、分解経路タンパク質、ペプチダーゼ、抗体、アミノトランスフェラーゼ、ｔＲＮＡシンテターゼ、若しくはＳＨ２ドメイン含有タンパク質、又はそれらの断片を含み、必要に応じて前記分解経路タンパク質が、Ｎ末端則経路タンパク質又はその突然変異体若しくは変異体であり、さらに必要に応じて前記Ｎ末端則経路タンパク質が、Ｇｉｄタンパク質、ＵＢＲボックスタンパク質若しくはそのＵＢＲボックスドメイン含有断片、ｐ６２タンパク質若しくはそのＺＺドメイン含有断片、又はＣｌｐＳタンパク質である、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
- 前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子の各々が検出可能標識を含み、必要に応じて前記検出可能標識が発光標識又は伝導率標識である、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記単一ポリペプチド分子が表面に固定され、必要に応じて前記単一ポリペプチド分子が、前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子が会合する前記末端の遠位にある末端を介して前記表面に固定される、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
- 前記一連のシグナルパルスが一連のリアルタイムシグナルパルスである、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
- ポリペプチドの分解プロセス時のデータを得ることと、
前記分解プロセス時に前記ポリペプチドの末端に逐次露出されるアミノ酸に対応するデータの部分を決定するように前記データを解析することと、
前記ポリペプチドに相当するアミノ酸配列を出力することと、
を含む方法。 - ポリペプチドシーケンシング方法であって、前記方法は、
単一ポリペプチド分子と１つ以上の末端アミノ酸認識分子とを接触させることと、
前記１つ以上の末端アミノ酸認識分子と、前記単一ポリペプチドが分解されている間に前記単一ポリペプチド分子の末端に露出される逐次アミノ酸と、の会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することにより、前記単一ポリペプチド分子をシーケンスすることと、
を含む方法。 - ポリペプチドシーケンシング方法であって、前記方法は、
ａ）単一ポリペプチド分子の末端の第１のアミノ酸を同定することと、
ｂ）前記第１のアミノ酸を除去して前記単一ポリペプチド分子の末端に第２のアミノ酸を露出させることと、
ｃ）前記単一ポリペプチド分子の末端の前記第２のアミノ酸を同定することと、
を含み、
（ａ）～（ｃ）が単一反応混合物中で実施される、方法。 - ポリペプチドのアミノ酸を同定する方法であって、前記方法は、
単一ポリペプチド分子と前記単一ポリペプチド分子に結合する１つ以上のアミノ酸認識分子とを接触させることと、
ポリペプチド分解条件下で前記１つ以上のアミノ酸認識分子と前記単一ポリペプチド分子との会合の指標となる一連のシグナルパルスを検出することと、
前記一連のシグナルパルスの第１の特性パターンに基づいて前記単一ポリペプチド分子の第１のタイプのアミノ酸を同定することと、
を含む方法。 - 少なくとも１つのハードウェアプロセッサーと、
前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体と、
を含むシステム。 - 少なくとも１つのハードウェアプロセッサーによる実行時に前記少なくとも１つのハードウェアプロセッサーに請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法を実施させるプロセッサー実行可能命令を記憶する少なくとも１つの非一時コンピュータ可読記憶媒体。
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