JP2002508386A - 導電性金属含有核酸 - Google Patents
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Abstract
Description
にそのような化合物を生産および使用する方法の分野である。
、光合成および呼吸のような基本的な生物学上のプロセスにおいて、電子移動を
促進する。一般的に、そのような系における電子移動は、ポリマー上で1つの原
子を隣につなぐ道(即ち、分子軌道)に沿って、量子力学上の電子の「トンネリ
ング」の結果として起こると理解されている。
ることが提案されてきた(Dandlikerら、1997年;Hallら、1996年;Arkinら、19
96年)。この提案は、相補的な二重鎖における塩基の重なり合い配置が芳香族窒
素塩基のπ軌道の共役電子を並置し、塩基対の重なり合いに沿った量子力学的上
のトンネリングを促進するという理論に基づいている。幾つかの実験はこの効果
が実在するという見解を支持している、一方、別の実験ではその効果は限られる
か、または存在しないという逆の証拠を与えている。
つの金属インターカレーターとの間で起こるという実験が報告されている(Murp
hyら、1993年)。他方では、DNAヘアピンでの距離依存性電子移動の動力学分
析により、DNAは導電性に乏しく、電子の伝導体としてたんぱく質よりも、幾
分効果的であるに過ぎないことが示されている(Lewisら、1997年、Taubes、199
7年)。
び1998年10月20日にMeadeらに発行された米国特許No.5,591,578;5,705,348;5,77
0,369;5,780,234および5,824,473(本文で、参照文献欄に記載)は、核酸バック
ボーンに沿って電子移動部位で共有結合的に修飾された核酸を開示している。Me
adeらはそのような修飾は、核酸が電子移動を効果的に仲介するために必要であ ることを教示している。
うな導電性は、重なり合った塩基対を伴う安定した二重鎖を必要とすることを示
唆している。核酸、特にDNAへの金属イオンの結合の二重鎖安定性への効果は
、ほぼ40年に亘って亘って、広く研究されてきた。一般的に、主にリン酸バッ
クボーンへ結合するカチオンが二重鎖の立体配置を安定化させるのに対し、塩基
へ結合するカチオンは、二重鎖を変性させる傾向にある。これらの効果は、熱変
性プロファイル(Tm測定)により、容易に実証される。この種の実験は、リン
酸バックボーンと相互作用しやすい、Na+のような殆どの1価のカチオンが二 重鎖を安定化させることを示す。この効果は、1価のカチオン濃度の10倍増加
につき、Tmはおよそ12℃増加する(MarmurおよびDoty、1962年)という所見
に反映される。Ag+は一般的原理の例外であり、窒素塩基に固く結合して二重 鎖を不安定化させ、それゆえ、二重鎖のTmを減少させる(GuayおよびBeaucham
p、1979年)。同様に、多価イオン、特に、ポリアミンは、リン酸バックボーン と相互作用して二重鎖を非常に効果的に安定化させる。
Mn2+、Zn2+、Cd2+、Cu2+を、DNA不安定化の増加させる順で書くこと
ができる(Eichorn、1962年;EichornおよびShin、1968年)。そのスペクトル一
端において、Mg2+はすべての条件でTmを増加させ、その他端では、高濃度の
Cu2+が室温で二重鎖の完全な変性を十分引き起こすであろう(EichornおよびS
hin、1968年)。この一連のカチオンはまた、塩基に結合する2価のカチオンの 能力と相関がある(Hodgson、1977年;SwaminathanおよびSundaralingham、1979
年)。
関係する。以前にZn2+と幾つかの他の2価金属イオンは8を超えるpHで二重
鎖DNAに結合し、立体配置変化を引き起こすことが報告されている(Leeら、1
993年)。得られた亜鉛と結合している構造の予備的な特徴づけによって、それ は2つの平行でない二重鎖を維持するが、正常な「B」DNAとは異なること:
それは臭化エチジウムと結合せず、また化学量論的量のZn2+添加によりA-T およびG-Cの両塩基対のイミノプロトンを失うようにみえ、「B」DNAより も1回転につき含まれる塩基対が約5%少ないことが示された。
、DNAもしくはRNA、または代わりの構造のように、リン酸ジエステルによ
って作られる)によって共有結合された複数の窒素含有芳香族塩基を含む。第一
の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基は、水素結合により第二の核酸鎖の窒素含有芳香
族塩基に結合される。第一および第二の核酸鎖の窒素含有塩基はCM-CNAの 長さに沿って、重なり合い配置において水素結合された塩基対を形成する。水素
結合された塩基対の少なくともいくつか、好ましくはそれぞれが芳香族窒素含有
塩基の1つの窒素原子に配位したキレート化された2価金属カチオンを含む。
-CNAから電子を受け取ることができる電子受容分子である。電子供与分子は フルオレセインのような蛍光分子である。同様に、電子受容分子はローダミンの
ような蛍光分子である。本発明の様々な態様において、幾つかの分子は電子供与
体および電子受容体の両方として作用することが認識されている。
-CNAを製造しないものもあり、本発明は、特定の2価金属カチオンがCM-C
NAを製造する働きをするかどうかを決定するための簡単な分析を提供する。
ロトンと置換えられ、またはグアニンのN1位窒素原子のイミンプロトンと置換
される。
は導電性含金属核酸二重鎖を形成するのに効果な条件下で、2価金属カチオン存
在下において、塩基性状態にさらされる。電子ソースおよび電子シンクは、導電
性含金属核酸二重鎖と電気的に結合され、これはこれまで議論された様々な態様
をとる。
する方法を提供する。第一および第二の鎖が相補的であれば、核酸鎖は、相補的
な鎖をハイブリダイゼーションさせるような条件下で混合され、導電性金属含有
核酸二重鎖を形成するのに効果的な条件下で、2価金属カチオンの存在下におい
て塩基性条件にさらされる。電子ソースは導電性金属含有核酸二重鎖に電気的に
結合される。それから、CM-CNAが形成されたかどうかを決定するために、 電子ソースと導電性金属含有核酸二重鎖間での電子の伝導性が試験される。CM
-CNAはこれまでに議論されたように、様々な態様をとる。
を提供し、ここで、重なり合った芳香族窒素含有塩基対の少なくともいくつかは
、2価金属カチオンとキレート化する。そのような態様において、金属含有核酸
二重鎖は、電子供与体から電子を受け取る電子受容体として作用する。本発明の
この側面でのある態様において、DNA二重鎖のイミンプロトンは、Zn2+、C
o2+、またはNi2+で置換される。例えば、金属含有DNA二重鎖は、共有結合
により、それぞれフルオレセインまたはローダミンのような電子供与体分子また
は電子シンクに電気的に結合される。
与える。核酸二重鎖は、核酸の芳香族窒素塩基によって、2価金属イオンがキレ
ート化するように、十分な濃度の適切な2価金属イオン存在下において、十分な
塩基で処理される。そのような処理は、塩基対の芳香族窒素含有塩基の窒素原子
へ配位した2価金属カチオンを含む修飾された二重鎖を生産するのに十分な時間
で実行される。
は、2価金属イオン(0.1mMZn2+、0.2mMCo2+、または0.2mMNi2+)を含む pH 8.5以上の溶液に、DNAをさらすことを具備する。M−DNAを形成する
のに必要な条件は、用いられる金属イオンまたはイオン種、および核酸の種類に
依存して様々である。この技術分野の当業者は、適切な条件を決定するために、
pH、核酸濃度、金属イオン濃度および核酸濃度に対する金属イオン濃度比のよ
うなパラメーターを変化させて、決まりきった実験が行われるということを認識
している。幾つかの態様においては、8以上のpHが要求され、適した金属イオ ンに対する核酸比は、約1:1.5から約1:2.0である。
、電子供与分子および受容分子はそれぞれ、電子ソースおよび電子シンクとして
作用する。いずれかの態様において、電子供与体および電子受容体は溶液中にあ
り、CM−CNAと一時的に相互作用するか、または、電極のような固体担体の
形態にある。
として働く。例えば、CM−CNAの固定列は、1996年にLockhartら(“752特 許”本文で、参照文献欄に記載)に発行された米国特許No.5,556,752の記載に従
って調製される。そのような固定列は、そこに記載されるようにして用いられ、
ハイブリダイゼーションを検出するために、必要に応じて修飾される。本発明に
従えば、固定プローブへの目的とする核酸のハイブリダイゼーションの工程に続
いて、またはこれと同時に、ここで記載されるように、2価金属カチオンの存在
下の塩基性条件下で、得られた二重鎖をMC−CNAへ変換する工程が行われる
。これもまた「752特許」に記載されるように、得られたMC−CNA二重鎖の 導電性が固定相の表面で検出できるように、「752特許」に記載されるように、 そのような系に電子供与体および受容体を与えてもよい。そのような系は、本発
明の一側面である導電体としてのMC−CNAの使用を含むことが認識されるで
あろう。
えば、本発明の方法を用いて、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を使用して、標
的とする塩基配列の増幅が分析される。そのような分析の一側面において、1つ
のPCRプライマーが電子供与部位に供給され、他のPCRプライマーが電子受
容部位に供給される。本発明のこの側面に従い、PCR増幅サイクルに続いて、
反応混合液は、CM−CNAの形成を促進する2価金属カチオンの存在下で、塩
基性条件にさらされる。もし、PCR増幅がうまくいけばCM−CNAが形成さ
れ、ここで議論されるように、電子供与体および受容体の間の特徴的な導電性の
結果として検出されるであろう。増幅が失敗であれば、プライマー上の電子移動
部位は電気的に結合されないまま残るであろう。幾つかの態様において、この方
法は、増幅サイクルに続いて、PCR反応混合液からPCRプライマーを離す必
要なく増幅の検出ができる点で有利である。本発明のこの側面に従えば、CM−
CNAを形成する2価金属カチオンの存在下において増幅反応混合液を塩基性条
件にさらす指示書とともに、電子供与体および電子受容体を有するPCRプライ
マーを具備したキットが提供され得る。そのような適切な指示書を伴うキットは
、ここで議論される本発明の他の側面に関しても提供され得る。
功した連結反応はCM-CNA形成により検出される。そのような系においては 、連結される核酸二重鎖の1つが電子供給部位に供給され、一方、連結される他
の核酸二重鎖が電子受容部位に供給される。連結反応およびこれに続くMC−C
NAの形成は電気的に電子移動部位と結合し、適切な条件下で成功した連結反応
を示すシグナルを生じる。連結されるべき核酸に電子供与体および電子受容体を
結合し、CM−CNAを形成するための2価金属カチオン存在下で塩基性条件下
に連結反応混合液をさらす説明書をとともに、電子供与体ラベルおよび電子受容
体ラベルを具備した、そのような反応のためのキットが提供され得る。
件が適合される。本発明の一側面において、M−DNAは十分な量のZn2+、C
o2+、またはNi2+(ある態様において、好ましくは核酸濃度が約0.1mM未満の 濃度であるとすれば、約0.1mM)の存在下で、8以上のpHで形成される。そのよ
うな態様において、Mg2+またはCa2+は、M−DNAを生成するようには働か
ない(Leeら、1993年)。広範な種類の細菌性DNAおよび合成DNAは、これ らの条件下で、M−DNAへと不均化する。幾つかの態様においては、M−DN
A形成過程は、pHの低下、および/またはEDTAの添加により、反転される
。幾つかの態様において、Ni−M−DNAは、約7を超えるpHで「B」DN Aへ変換されるためにEDTAを必要とする。幾つかの態様においては、ポリ[d
(AT)]はそのような条件下で、M−DNAへ変換しない。B−DNAと異なり、 エチジウムはM−DNAのある態様に結合せず、この特性は、M−DNAの形成
をモニターするのに用いる素早く敏感な“エチジウム蛍光分析”(Leeら、1993 年)の基礎を形成する。
知られるように、切断や接着のようなDNA操作および様々な構造(2、3の手
段での結合のような)の自己アッセンブリーのため有用な技術が、塩基配列を形
成しているM−DNAとともに用いられる(LilleyおよびClegg、1993年;Seema
nおよびKallenbach、1994年)。さらに、CM−CNAへの塩基配列特異的なた んぱく質の結合が、M−DNAの導電性を妨害するいくつかの態様において、見
せかけの電気スイッチや抵抗器のように操作される。
ける特別な塩基配列を検出する方法を与える。本発明のそのような側面において
、図6に示したように、分析される核酸(野生型または突然変異体として示され
る)は、フルオレセイン(“F”で示される)のような電子供与体でラベルした
一方のプライマーおよびローダミン(“R”と示される)のような電子受容体で
ラベルした他方のプライマーを用いて、PCRにより、増幅される。増幅に続い
て、増幅された塩基配列の性質に応じて、核酸は増幅された塩基配列を切断し、
または、切断しない制限酵素で処理される。例えば、制限酵素は、ある遺伝子の
1つの対立遺伝子のみ切断し、他の対立遺伝子または非野生型塩基配列は切断さ
れない(図6に示してある。ここで、XとYは突然変異塩基対を表す。)。制限
酵素処理に続いて、増幅した塩基配列はCM−CNA形成に適した条件にさらさ
れ、例えば、増幅されたDNA二重鎖はM−DNAへ変換される。それから、サ
ンプルの蛍光が測定される。もし図6の突然変異遺伝子のように、増幅された二
重鎖がプライマー間の領域に広がっているのであれば、それから、増幅された核
酸の蛍光がCM−CNAに沿った電子移動によって抑制されるであろう。もし、
他方で、図6の野生型遺伝子のように、増幅された二重鎖が制限酵素により切断
されるならば、電子供与体の蛍光は抑制されないであろう。常染色体性劣性突然
変異を伴う個体からのサンプルの分析の場合にそうであるように、塩基配列の半
分がCM−CNAを形成し、半分が形成しないサンプルは中間的である。本発明
のこの側面に従った塩基配列分析は自動様式で行われる。例えば、一つの側面に
おいて、この方法は、電気泳動または他のより多くの時間を消費する工程の必要
とせずに、比較的に短い時間で特定のサンプルに関する多量の情報を得るために
、同時にそのような反応を実行するための多くの反応ウエルを用い、それぞれの
ウエルには、別々のプライマーまたは別々の制限酵素のような別々の試薬が含め
られ。
るためのセンサーを与える。本発明のこの側面でにおける一つの態様において、
図7に示すように、CM−CNAを形成することができる核酸二重鎖が、電子シ
ンクおよびフェロセンのような電子供与体との間に結合され、核酸はCM−CN
Aの形成を容易にする条件下で、サンプルにさらされ、核酸への結合部位が核酸
の伝導性の変化によって検出される。例えば、DNA結合性分子は、そのような
条件下で、M−DNAをB−DNAに逆変換し、それによって、核酸へ結合した
蛍光性電子供体のCM−CNAを媒介された消光を妨害または減少させる。ある
態様において、核酸は、図7の金電極10のような電極(例えば、Braunら、Natur
e,391:775-778、1998年に記載されるように、本文で参照文献欄に記載、)に結 合され、次いで、電極はサンプルにさらされる間にCM−CNAの導電性を測定
するために用いられる。いくつかの態様においては、例えば、そのような伝導導
電性測定はサイクリックボルタンメトリー(図7にCVとして、示される)を活
用する。CM−CNAの導電性における様々な検出を含むそのような分析は、本
発明の様々な態様において、核酸と、小分子、三重鎖形成オリゴヌクレオチドお
よびDNA結合性たんぱく質のような広範囲の他の部位との間の相互作用を検出
するために用いられる。
、1998年6月23日、1998年7月14日および1998年10月20日に、発行された、Meade らの米国特許No.5,591,578;5,705,348;5,770,369;5,780,234および5,824,473( 本文で、参照文献欄に記載、)に記載されるように、MC−CNAの導電性は、
電子移動部位をもった核酸の修飾により高められる。
発明に従えば、電子ソースは、原子または分子導電体のような、電子を供給する
ことができる何れかの化合物または物質である。同様に、電子シンク(または受
容体)とは、電子を受け取ることができるような何れかの化合物または混合物で
ある。核酸二重鎖は、核酸分子のハイブリダイゼーションした鎖を具備する。核
酸の一本鎖は、バックボーンにより共有結合された、少なくとも2つのヌクレオ
チドを具備する。バックボーンは、DNAまたはRNAにおけるように、多量体
のホスホジエステル結合から成る。或いは、他のバックボーン構造は金属イオン
とキレートし、電子を伝導することができる重なり合い配置において芳香族窒素
含有塩基を適切に配列するのに効果的である。例えば、ホスホラミド、ホスホロ
チオエイト、ホスホロジチオエイト、O−メチルホスホロアミダイトまたはペプ
チド核酸結合はそのようなバックボーンを形成するのに効果的である。同様に、
本発明に従って、バックボーンの他の構成要素は様々であり、デオキシリボース
部位、リボース部位、またはそれらの組み合わせを含んでいてもよい。もし、R
NAが用いられるならば、この技術分野での当業者は、条件が、RNAが塩基性
溶液で不安定であるという事実を相殺するように条件を適合させなければならず
、RNAのCM−CNAの変換がRNAの加水分解を回避する修飾された反応条
件を要求するということを認識するであろう。本発明の一側面において、窒素含
有芳香族塩基は、自然のままのDNAおよびRNAに存在するアデニン、チミン
、シトシン、グアニンまたはウラシルが好ましい。しかしながら、この技術分野
における当業者は、代わりの窒素含有芳香族塩基を利用してもよく、それらは導
電性金属含有核酸二重鎖を生産するために2価金属イオンとキレート化すること
ができ、芳香族窒素含有塩基の窒素原子に配位され、重なり合うのが好ましいこ
とを理解するであろう。本発明の分子構造におけるこれらの多様性に従って、代
わりの2価金属イオンを利用してもよく、これもまた導電性金属含有核酸二重鎖
形成における本発明の分子の他の置換基に関与するそのようなイオンの能力に依
存する。この出願は、第3者が本発明の分子構造の機能的代用および多様性をル
ーチンに認識できるように、そのような二重鎖の創製についても分析を詳述する
。従って、本発明の様々な態様がここで例示されるが、他の応用や変更を本発明
の範囲内で行ってもよい。以下の実施例は、本発明の代替可能な態様の例示にす
ぎず、その範囲において包括的なものではなく、また限定的なものでもない。
およびローダミン(電子受容体)を伴ったDNAの20塩基対の二重鎖を調製する
ことによって研究された。そのような結合方法は、以下で参照する、1995年、Ke
ssler、およびHauglandに開示されている。フルオレセインおよびローダミンは 異なる波長で蛍光を示し、そのため、電子供与体の蛍光と電子受容体の蛍光と区
別することができる。B−DNAを与える条件(EDTA存在下、約8.0未満の pH)下、フルオレセイン電子供与体の蛍光は部分的に抑制され、ローダミンの
蛍光は部分的に強められる。これは、いくつかの異なった研究(Cheung,H.C.199
1年、およびClegg,R.M.、1992年)でよく証明されている直通の空間電子移動( フォルスター(Forster)共鳴エネルギー移動またはFRET)の例と思われる。 FRETの抑制は分子に沿った双極子−双極子相互作用(電子伝導性ではない)
によると理解され、非常に距離依存的である(6乗の関係で、分子間距離に伴っ
て、減少させる効果:1/r6);20塩基対二重鎖のために測定される25% の抑制の値はこの二重鎖の長さの予想されるFRET作用に従っている(Clegg 、1992年)。図3aに示したように、長い間、光にさらされることによるいくら
かの損失はあるものの、蛍光強度はpH 9で相対的に安定である。
Aの形成の知られた割合を反映する(Leeら、1993年)。4,000秒後、過剰のED
TA(2mM)の添加によるB−DNAの再形成で、抑制が素早く逆転した。これら の結果は表1に要約されている。
Aについてこれまで記載された効果と同様に、光にさらすことによる強度におい
て小さな減少のみ示される(図3a)。同様に、1つがフルオレセインでラベル
され、もう一方がローダミンでラベルされた2つの二重鎖の混合物は、B−DN
AまたはM−DNAのどちらかと同様に最小の抑制を示す。(表1参照) フルオレセインの蛍光寿命を測定するために、一方の末端にフルオレセインを
、他方の末端にローダミンを有する20量体オリゴヌクレオチドへ結合し、フルオ
レセインはレーザー光のピコ秒のパルスのレーザー光で照射され、それから、励
起したフルオレセインの蛍光の減衰が数ナノ秒間続く。普通は(B−DNAの場
合のように)、減衰のt1/2は約3ナノ秒である。これまで記載されたように、 M−DNAのZn2+型への変換では、t1/2は約0.3ナノ秒まで下がる。この非常
に速い減衰は、M−DNAによる電子伝導性と矛盾しない。
150Åを超える長さ)の長い二重鎖で研究された。この54量体はまた、塩基配列 の中央にD−部位結合性たんぱく質の認識する部位を含む(Roeslerら、1992年 )。図3bに示したように、54量体における金属イオン非存在下において、抑制
は見られず、これは、FRETがないために発蛍光団がよく分離されているため
であるかもしれない。しかしながら、M−DNA形成に適切な条件下(1mM Zn2 + 、pH 9において)、Zn2+の添加で、蛍光強度は素早く初期値の25%まで下がり
、54量体の長さを制圧する効果的な導電性を表している。 D−部位結合性たんぱく質の存在下においては、M−DNA形成に適した条件
下で、54量体の蛍光強度はかろうじてゆっくりと下がった。しかしながら、エチ
ジウム蛍光分析(Leeら、1993年)から判断すると、大多数の54量体DNAは、 M−DNA(エチジウムを結合しない)の形成の状態にある。これは、D−部位
結合性たんぱく質が54量体M−DNA二重鎖に沿って電子が流れるのを妨害して
いることを表している。対照基準のように、D−部位結合性たんぱく質は、20量
体(これは、D−部位結合塩基配列をもたない:表1参照)の抑制には効果がな
い。3000秒においてD−部位結合性たんぱく質:54量体M−DNA複合体へプロ
テアーゼを添加することにより、たんぱく質は切断され、蛍光強度は下がり始め
、最後には初期蛍光強度値の最小25%にまで達した。この実験は、CM−CNA
および導電性二重鎖を崩壊することができるDNA−結合性たんぱく質を具備す
る生物反応的電気的スイッチの単なる一例である。そのようなスイッチはまた、
2つの互換性のある状態、導電性および非導電性を有する、電子記憶原理に類似
している。
は20mM トリス pH 8.0で行われた。他の条件は、以下に示す通りであった:20℃
において、10mM NaCl、および適切な場合には1mM Zn2+または0.2mM Co2 + または0.2mM Ni2+または2mM ETDA。490nmで励起し、520nmで光放出が測 定された。蛍光強度は、Zn2+の存在下または非存在下のどちらかにおけるFl-2
0量体二重鎖の蛍光強度について正規化され、3,000秒後に測定された。
られるような標準的な結合方法および概念を用いて、フルオレセイン(Fl)または
ローダミン(Rh)で5’ラベルされた。フルオレセイン20量体は以下の通りであっ た:配列番号1:Fl-5’-d(GTCACGATGGCCCAGTAGTT)。ローダミン20量体は以下の 通りであった:配列番号2:Rh-5’-d(AACTACTGGGCCATCGTGAC)。同様のラベルさ れていない塩基配列が、Fl-20量体二重鎖を生産するために用いられた。Fl-54量
体は以下の通りであった:配列番号3:Fl-5’-d(GCTATGATCCAAAGGCCGGCCCCTTACG TCAGAG GCGAGCCTCCAGGTCCAGCT)(D−部位にはアンダーラインを引いた)。Rh-54量
体は以下の通りであった:配列番号4:Rh-5’-d(AGCTGGACCTGGAGGCTCGCCTCTGACG
TAAGGGGCCGGCCTTTGGATCATAGC)。同様のラベルされていない塩基配列が、Fl-54量
体二重鎖を生産するために用いられた。
酸二重鎖へ変換する方法を表している。フルオレセイン上で励起された電子は、
ローダミンに向かってM−DNAを下って素早く伝導され、M−DNAに沿った
素早い効果的な電子移動を表している。M−DNAのCo2+およびNi2+異性体
は、ローダミン受容体非存在下でさえ、95%を超えるほどのフルオレセイン抑制
を示す(表1)。これは、M−DNAはそれ自身が電子受容体として作用できる
ことを示す。
ける移動度は、B−DNAの移動度よりもほんのわずかに小さい(M−DNAを
生産するために、本発明に従った処理は、DNAの濃縮または集合を引き起こす
にはおよばないことを示す)。NMR研究は、T(pKa 9.9)およびG(pKa 9.4) のイミノプロトンがM−DNA中に存在しないことを示し、イミノプロトンはこ
のM−DNA2価金属カチオンにより置換されていることを意味している。M−
DNA形成を通じてのプロトン放出はこの現象を示している。図1に示すように
、M−DNAは約0.7mM NiCl2で形成され始める(エチジウム蛍光分析で判 断されるように)。プロトンの付随した放出が見られ、それによりKOHがpH 8
.5に維持するために加えらる。1.8mM NiCl2でM−DNA形成はほとんど完 了し、複合体は沈殿し始める。これは、M−DNA形成を通じて、塩基対ごとに
Ni2+原子について1つのプロトンが放出されることを示唆している。M−DN
AのZn2+およびCo2+異性体はまた、その形成の際にプロトンを放出し、複合
体の沈殿はNi2+よりも低い濃度の2価金属イオンでおこる。これらの結果は、
塩基対のTのN3位およびGのN1位に配位している金属イオンと矛盾がない。
ル化される。このモデルは、本発明の一側面に関係する実験結果を反映しており
、本発明をそのような推定構造に限定するものではない。モデルは、本発明の決
まりきった変化を実行する際、やはり第3者に役立つ。この推定構造において、
A−TおよびG−C塩基対は同形であり、それは、安定な二重鎖核酸構造の一般
的な特徴である(Paleck、1991年)。Watson-Crick塩基対と比べて、2Åのイミ
ノ N−金属結合での金属イオンの挿入(SwaminathanおよびSundralingham、197
9年;DeMeeester、1973年;McGallおよびTaylor、1973年)は、これはマイナー な溝を広げるために塩基を20°〜30°回転させることを必要とする。1つの水素
結合は両方の塩基対に保持され、金属イオンの除去に際して二重鎖を変性するこ
となく正常なB−DNAの素早い再形成を容易にすることができる。金属イオン
の配位の幾何学は、いくつかの態様において、第4のリガンドを提供し、溶媒を
伴ったゆがんだ四角い平面である。M−DNAのCo2+およびNi2+異性体のU
V−Visスペクトルは、それぞれ、20および60 mol-1cm-1のεで明らかなピー
クを有し、これは、この幾何学と一致する観測(Lever、1988年)である。この M−DNA二重鎖の推定モデルにおいて、金属イオンは、らせん構造内に埋没し
、d−π結合が金属イオン上下の芳香族塩基との間で生じる。推定モデル二重鎖
は、顕著でないCDスペクトルと一致して、B型の二重鎖類のゆがんだメンバー
と考えられる。平均的に、モデルの金属−金属距離は4Åである。
在下での、時間の関数として、残留している二重鎖M−DNAの量を分析するこ
とにより確証された。DNAの量はエチジウム蛍光分析(M−DNAがすばやく
B−DNAに反転する条件下、すなわち、分析の目的でエチジウムがDNAと結
合することができるように、EDTA存在下のpH 8で)により分析した。この消
化は、37℃、10mM トリス塩酸、pH 7.4、5mM MgCl2、1mM NiCl2、1mg/m
lゼラチン、および0.2g/ml DNaseIで行われた。M−DNAのNi2+型は 、消化緩衝液に加える前に、pH 9で分析のために再形成され、B−DNAは直接
消化緩衝液へ加えられた。図はB−DNAが、約10分のうちに消化されるのに対
して、M−DNAはヌクレアーゼ消化に対して耐性であることを示している。こ
の結果はまた、M−DNAのNi2+型が生理的なpHで安定であり、DNA免疫
感作(ここで、DNAワクチンは抗原たんぱく質を発現する)またはアンチセン
ス適用(ここで、注射されたM−DNAは遺伝子の発現を抑制する)のような、
イン ビボでの生理的応答を仲介するためのNi−M−DNAの使用を容易にす ることを示している。
ある合成または修飾された核酸は、ある条件下において、抗体応答を創出するこ
とができる(BraunおよびLee、1988年)。
ルブミン(Me-BSA)存在および非存在で、ニッケル含有M−DNA10μgを用いて1
0日置きに3回免疫感作された。最初の注射は完全フロイントアジュバンドと共 に、次の注射は不完全フロイントと共に行った。最後の注射から3日間後、血液
を尾から絞り取り、その血清を本技術分野で知られる方法(BraunおよびLee、19
88年)を用いて、SPIRA分析により、ポリ塩化ビニル板を覆ったニッケルM
−DNAを用いて、M−DNA抗体の存在について試験した。
で免疫感作されたマウスは、約1:1000希釈以下において、M−DNAへの抗体力
価を示すことを表している。免疫感作されてないマウスの対照基準血清は、M−
DNAの抗体を有さない。免疫反応を引き出すM−DNAの能力は、M−DNA
がヌクレアーゼ耐性であるという見解と一致している(BraunおよびLee、1988年
参照)。従って、幾つかの態様において、M−DNAは、例えば、それぞれ、19
97年10月21日、1998年9月8日および1998年11月3日に、Carsonらに発行された米 国特許No.5,679,647、5,804,566または5,830,877で開示される方法において、寄
主に免疫を与えるために役立つ(本文で、参照文献欄に記載)。
ぞれ、添加後、エチジウム蛍光分析(Leeら、1993年)によってM−DNAの形 成を評価するために、10μlを取り出した(右軸)。1.1mMの仔ウシ胸腺DNAの
塩基対を用いて、10mL容量中で実験を行った。DNAを水で透析し、30ゲージ
の針で5回、剪断変形させた。矢印(a)はM−DNA形成が開始する推定点を
示している。この遅れの部分はDNA濃度に比例し(データは示していない)、
最初にらせんの外側に金属イオンが結合することによるかもしれない。矢印(b
)はH+ 1.1mMが放出される点を示し、この点を超えて、M−DNAの沈殿が観 察された。
およびZn2+とその配位している基との相互作用が点線で示されている。
蛍光を示す図。(20量体および54量体塩基配列に関しては、表1参照)(a)20
量体二重鎖におけるZn2+の効果。(i)Zn2+非存在下でのFl-20量体二重鎖;(i
i)Zn2+存在下でのFl-20量体二重鎖;(iii)Zn2+非存在下でのFl-20量体二重 鎖-Rh;(iv)Zn2+存在下でのFl-20量体二重鎖-Rh;(v) M−DNAの形成後、 EDTAを添加、(b)54量体二重鎖におけるZn2+の効果。(i)Zn2+存在下 でのD−部位結合性たんぱく質(1μg/ml)(その部位は、54量体二重鎖の中心に 位置する)を伴うFl-54量体二重鎖重鎖-Rh;(ii)3,000秒後、プロテアーゼK(50
μg/ml)を添加;(iii)Zn2+存在下でのFl-54量体-Rh二重鎖。実験は、10mM N aClおよび適切な場合には1mM Zn2+存在下において、20℃において20mM N aBO3緩衝液、pH9.0中で行われた。蛍光強度は、Zn2+非存在下または存在下
のどちらかにおけるFl-20量体二重鎖の蛍光強度について正規化された。
重鎖DNAの量をエチジウム蛍光分析で分析した(M−DNAがすばやくB−D
NAに反転する条件下:pH8.0、0.1mM EDTA、DNAにエチジウムが結合す ることができるように)。消化は10mM トリス−塩酸、pH 7.4、5mM MgCl2、
1mM NiCl2、1mg/ml ゼラチン、および0.2g/ml DNaseI中、37℃で行
われた。M−DNAのNi2+型は、消化緩衝液にそれを加える前に、pH 9で分析
のために再形成され、B−DNAは消化緩衝液に直接加えられた。図は、B−D
NAが約10分間のうちに消化される対して、M−DNAがヌクレアーゼ消化に対
して耐性であることを示している。この結果はまた、M−DNAのNi2+型は生
理的なpHで安定であり、DNA免疫感作(ここで、DNA「ワクチン」は抗原た
んぱく質を発現する)またはアンチセンス適用(ここで、注射されたM−DNA
は相補的な遺伝子の発現を抑制する)のような、イン ビボでの生理的応答を仲 介するためのNi2+−M−DNAの使用を容易にすることを示している。
アルブミン(Me-BSA)存在下および非存在下で、ニッケル含有M−DNA 10μg
を用いて10日置きに3回免疫感作された。最初の注射は完全フロイントアジュ
バントとともに、次の注射は不完全フロイントアジュバントとともに行った。最
後の注射から3日間後、血液を尾から絞り取り、その血清を本技術分野で知られ
る方法(BraunおよびLee、1988年)を用いて、SPIRA分析により、ポリ塩化ビ
ニル板を覆ったニッケルM−DNAを用いて、M−DNA抗体の存在について試
験した。
セインとして「F」で示される電子供与体および図でローダミンとして「R」で
示される電子受容体との間で形成されるM−DNA二重鎖における導電性の存在
または非存在に基づいて、制限酵素により切断されやすいある塩基配列は、され
にくい別の塩基配列と区別される。
を示す図説。ここで、DNA結合剤の非存在および存在下の両方で、サイクリッ
クボルタメントリーによりCM−CNAの導電性について、測定が行われた。
Claims (58)
- 【請求項1】 導電性金属含有核酸二重鎖に電気的に結合した電子ソースを
具備する電子伝導体であって、前記導電性金属含有核酸は第一および第二の核酸
鎖を具備し、これら第一および第二の核酸鎖はバックボーンにより共有結合され
た複数の窒素含有芳香族塩基を具備し、前記第一の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基
は前記第二の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基に水素結合により結合され、前記第一
および第二の核酸鎖上の窒素含有芳香族塩基は、前記導電性金属含有核酸二重鎖
の長さに沿って、重なり合い配置において水素結合された塩基対を形成し、該水
素結合された塩基対は、芳香族窒素含有芳香族塩基の1つにおいて窒素原子に配
位したキレート化された2価金属カチオンを具備する電子伝導体。 - 【請求項2】 請求項1に記載の電子伝導体であって、さらに、前記導電性
金属含有核酸二重鎖に電気的に結合した電子シンクを具備する電子伝導体。 - 【請求項3】 請求項1または2に記載の電子伝導体であって、前記電子ソ
ースが、前記導電性金属含有核酸二重鎖へ電子を与えることができる電子供与分
子である電子伝導体。 - 【請求項4】 請求項2または3に記載の電子伝導体であって、前記電子シ
ンクが、前記導電性金属含有核酸二重鎖から電子を受け取ることができる電子受
容分子である電子伝導体。 - 【請求項5】 請求項3に記載の電子伝導体であって、前記電子供与分子が
蛍光分子である電子伝導体。 - 【請求項6】 請求項4に記載の電子伝導体であって、前記電子受容分子が
蛍光分子である電子伝導体。 - 【請求項7】 請求項5に記載の電子伝導体であって、前記電子供与分子が
フルオレセインである電子伝導体。 - 【請求項8】 請求項6に記載の電子伝導体であって、前記電子受容分子が
ローダミンである電子伝導体。 - 【請求項9】 請求項1〜8の何れか1項に記載の電子伝導体であって、前
記第一および第二の核酸鎖がデオキシリボ核酸であり、前記窒素含有芳香族塩基
はアデニン、チミン、グアニンおよびシトシンから成る郡から選択される電子伝
導体。 - 【請求項10】 請求項1〜9の何れか1項に記載の電子伝導体であって、
前記2価金属カチオンがZn2+、Co2+およびNi2+から成る郡から選択される
電子伝導体。 - 【請求項11】 請求項1〜10の何れか1項に記載の電子伝導体であって
、前記2価金属カチオンが、前記窒素含有芳香族塩基のイミンプロトンと置換さ
れ、前記窒素含有芳香族塩基はチミンおよびグアニンから成る郡から選択される
電子伝導体。 - 【請求項12】 請求項1〜11の何れか1項に記載の電子伝導体であって
、前記窒素含有芳香族塩基の少なくとも1つがN3窒素原子を有するチミンであ
り、前記2価金属カチオンが該N3窒素原子によって配位される電子伝導体。 - 【請求項13】 請求項1〜12の何れか1項に記載の電子伝導体であって
、前記窒素含有芳香族塩基の少なくとも1つがN1窒素原子を有するグアニンで
あり、前記2価金属カチオンが該N1窒素原子によって配位される電子伝導体。 - 【請求項14】 導電性金属含有核酸二重鎖を調製する方法であって、 a)第一および第二の核酸鎖を具備する核酸二重鎖を供給する工程であって、前
記第一および第二の核酸鎖はバックボーンに共有結合された複数の窒素含有芳香
族塩基を具備し、前記第一の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基は前記第二の核酸鎖の
窒素含有芳香族塩基に水素結合的に結合され、前記第一および第二の核酸鎖の窒
素含有芳香族塩基は、核酸二重鎖の長さに沿って、重なり合い配置において水素
結合された塩基対を形成している工程と、 b)前記導電性金属含有核酸二重鎖を形成するのに効果的な条件下で、2価金属
カチオンの存在下において、塩基性溶液に核酸二重鎖をさらす工程であって、前
記導電性金属含有核酸二重鎖の水素結合された塩基対は、芳香族窒素含有芳香族
塩基の1つにおいて窒素原子に配位したキレート化された2価金属カチオンを具
備する工程と、 c)前記導電性金属含有核酸二重鎖に電気的に結合した電子ソースを供給する工
程とを具備する方法。 - 【請求項15】 請求項14に記載の方法であって、さらに、前記導電性金
属含有核酸二重鎖に電気的に結合した電子シンクを与える工程を具備した方法。 - 【請求項16】 請求項14または15に記載の方法であって、前記核酸二
重鎖がアデニン、チミン、グアニンおよびシトシンから成る郡から選択される窒
素含有芳香族塩基を具備するデオキシリボ核酸である方法。 - 【請求項17】 請求項14、15または16に記載の方法であって、前記
導電性金属含有核酸二重鎖を形成するのに効果的な条件が、前記核酸二重鎖にお
ける窒素含有芳香族塩基のイミンプロトンを前記2価金属カチオンに置換するの
に効果的である方法。 - 【請求項18】 請求項14〜17の何れか1項に記載の方法であって、前
記2価金属カチオンが、Zn2+、Co2+およびNi2+から成る郡から選択される
方法。 - 【請求項19】 請求項14〜18の何れか1項に記載の方法であって、前
記塩基性溶液がpH 8.5またはそれを超える方法。 - 【請求項20】 請求項14〜19の何れか1項に記載の方法であって、前
記電子ソースが前記導電性金属含有核酸二重鎖に電子を与えることができる電子
供与分子である方法。 - 【請求項21】 請求項15〜20の何れか1項に記載の方法であって、前
記電子シンクが前記導電性金属含有核酸二重鎖から電子を受け取ることができる
電子受容分子である方法。 - 【請求項22】 請求項20に記載の方法であって、前記電子供与分子が蛍
光分子である方法。 - 【請求項23】 請求項21に記載の方法であって、前記電子受容分子が蛍
光分子である方法。 - 【請求項24】 請求項20に記載の方法であって、前記電子供与分子がフ
ルオレセインである方法。 - 【請求項25】 請求項22に記載の方法であって、前記電子受容分子がロ
ーダミンである方法。 - 【請求項26】 導電性金属含有核酸二重鎖の形成を検出する方法であって
、 a)第一の核酸鎖を準備する工程と、 b)第二の核酸鎖を準備する工程と、 c)相補的な核酸鎖をハイブリダイゼーションさせる条件下で、前記第一の核酸
鎖を前記第二の核酸鎖と混合する工程と、 d)前記第一および第二の核酸鎖が相補的であるならば、導電性金属含有核酸二
重鎖の形成に適した条件下で、2価金属カチオンの存在下において、塩基性溶液
に前記第一および第二の核酸鎖をさらす工程と、 e)前記導電性核酸二重鎖に電気的に結合された電子ソースを供給する工程と、 f)前記電子ソースからの電子の伝導性を分析する工程とを具備する方法。 - 【請求項27】 請求項26に記載の方法であって、前記導電性金属含有核
酸二重鎖に電気的に結合した電子シンクを供給することを具備する方法。 - 【請求項28】 請求項26または27に記載の方法であって、前記第一お
よび第二の核酸鎖がアデニン、チミン、グアニンおよびシトシンから成る郡から
選択される窒素含有芳香族塩基を具備するデオキシリボ核酸である方法。 - 【請求項29】 請求項26、27または28に記載の方法であって、前記
2価金属カチオンが、Zn2+、Co2+およびNi2+から成る郡から選択される方
法。 - 【請求項30】 請求項26〜29の何れか1項に記載の方法であって、前
記塩基性溶液がpH 8.5またはそれを超える方法。 - 【請求項31】 請求項26〜29の何れか1項に記載の方法であって、前
記電子ソースが前記導電性金属含有核酸二重鎖に電子を供給することができる電
子供与分子である方法。 - 【請求項32】 請求項27〜31の何れか1項に記載の方法であって、前
記電子シンクが前記導電性金属含有核酸二重鎖から電子を受け取ることができる
電子受容分子である方法。 - 【請求項33】 請求項31に記載の方法であって、前記電子供与分子が蛍
光分子である方法。 - 【請求項34】 請求項32に記載の方法であって、前記電子受容分子が蛍
光分子である方法。 - 【請求項35】 請求項33に記載の方法であって、前記電子供与分子がフ
ルオレセインである方法。 - 【請求項36】 請求項34に記載の方法であって、前記電子受容分子がロ
ーダミンである方法。 - 【請求項37】 請求項26〜36の何れか1項に記載の方法であって、前
記導電性金属含有核酸二重鎖形成に適した条件が、前記核酸二重鎖における窒素
含有芳香族塩基のイミンプロトンを前記2価金属カチオンに置換するのに効果的
である方法。 - 【請求項38】 請求項27〜37の何れか1項に記載の方法であって、前
記電子ソースが第一の核酸鎖への共有結合により、前記導電性金属含有核酸二重
鎖に電気的に結合し、前記電子シンクが第二の核酸鎖への共有結合により、前記
導電性金属含有核酸二重鎖に電気的に結合する方法。 - 【請求項39】 請求項14〜25の何れか1項に記載の方法により調製さ
れる導電性金属含有核酸二重鎖。 - 【請求項40】 電子を運搬するための導電性金属含有核酸二重鎖の使用で
あって、前記導電性金属含有核酸二重鎖は、第一の核酸鎖および第二の核酸鎖を
具備し、これら第一および第二の核酸鎖はバックボーンに共有結合された複数の
窒素含有芳香族塩基を具備し、前記第一の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基は、前記
第二の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基に水素結合により結合し、前記第一および第
二の核酸鎖上の窒素含有芳香族塩基は、前記導電性金属含有核酸二重鎖の長さに
沿って、重なり合い配列において水素結合された塩基対を形成し、該水素結合さ
れた塩基対は、芳香族窒素含有芳香族塩基の1つにおいて、窒素原子と配位した
キレート化された2価金属カチオンを具備する使用。 - 【請求項41】 請求項40に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記導電性金属含有核酸はデオキシリボ核酸を具備する使用。 - 【請求項42】 請求項40または41に記載の導電性金属含有核酸二重鎖
の使用であって、前記窒素含有芳香族塩基がアデニン、チミン、グアニンおよび
シトシンから成る郡から選択される使用。 - 【請求項43】 請求項40〜42の何れか1項に記載の導電性金属含有核
酸二重鎖の使用であって、前記2価金属カチオンが、Zn2+、Co2+およびNi 2+ から成る郡から選択される使用。 - 【請求項44】 請求項40〜43の何れか1項に記載の導電性金属含有核
酸二重鎖の使用であって、さらに、前記導電性金属含有核酸が、前記導電性核酸
二重鎖に電気的に結合した電子ソースを具備する使用。 - 【請求項45】 請求項40〜44の何れか1項に記載の導電性金属含有核
酸二重鎖の使用であって、さらに、前記導電性金属含有核酸が、前記導電性金属
含有核酸二重鎖に電気的に結合した電子シンクを具備する使用。 - 【請求項46】 請求項44に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記電子ソースが、前記導電性金属含有核酸二重鎖に電子を供給すること
ができる電子供給分子である使用。 - 【請求項47】 請求項45に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記電子シンクが、前記導電性金属含有核酸二重鎖から電子を受け取るこ
とができる電子受容分子である使用。 - 【請求項48】 請求項46に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記電子供給分子が蛍光分子である使用。 - 【請求項49】 請求項47に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記電子受容分子が蛍光分子である使用。 - 【請求項50】 請求項48に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記電子供給分子がフルオレセインである使用。 - 【請求項51】 請求項49に記載の導電性金属含有核酸二重鎖の使用であ
って、前記電子受容分子がローダミンである使用。 - 【請求項52】 請求項40〜51の何れか1項に記載の導電性金属含有核
酸二重鎖の使用であって、前記2価金属カチオンが前記窒素含有芳香族塩基のイ
ミンプロトンと置換される使用。 - 【請求項53】 請求項40〜51の何れか1項に記載の導電性金属含有核
酸二重鎖の使用であって、前記芳香族窒素含有芳香族塩基の少なくとも1つがN
3窒素原子を有するチミンであり、前記2価金属カチオンが該N3窒素原子によ
って配位される電子伝導体。 - 【請求項54】 請求項40〜51の何れか1項に記載の導電性金属含有核
酸二重鎖の使用であって、前記芳香族窒素含有芳香族塩基の少なくとも1つがN
1窒素原子を有するグアニンであり、前記2価金属カチオンが該N1窒素原子に
よって配位される電子伝導体。 - 【請求項55】 動物における抗体を増加させるための導電性金属含有核酸
二重鎖の使用であって、前記導電性金属含有核酸二重鎖は、第一の核酸鎖および
第二の核酸鎖を具備し、これら第一および第二の核酸鎖はバックボーンに共有結
合された複数の窒素含有芳香族塩基を具備し、前記第一の核酸鎖の窒素含有芳香
族塩基は、前記第二の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基に水素結合により結合し、前
記第一および第二の核酸鎖上の窒素含有芳香族塩基は、前記導電性金属含有核酸
二重鎖の長さに沿って、重なり合い配置において水素結合された塩基対を形成し
、該水素結合された塩基対は、芳香族窒素含有芳香族塩基の1つにおいて、窒素
原子と配位したキレート化された2価金属カチオンを具備する使用。 - 【請求項56】 導電性金属含有核酸二重鎖への抗体であって、前記導電性
金属含有核酸二重鎖は、第一の核酸鎖および第二の核酸鎖を具備し、これら第一
および第二の核酸鎖はバックボーンに共有結合された複数の窒素含有芳香族塩基
を具備し、前記第一の核酸鎖の窒素含有芳香族塩基は、前記第二の核酸鎖の窒素
含有芳香族塩基に水素結合により結合し、前記第一および第二の核酸鎖上の窒素
含有芳香族塩基は、前記導電性性金属含有核酸二重鎖の長さに沿って、重なり合
い配置において水素結合された塩基対を形成し、該水素結合された塩基対は、芳
香族窒素含有芳香族塩基の1つにおいて、窒素原子と配位したキレート化された
2価金属カチオンを具備する抗体。 - 【請求項57】 核酸領域の増幅を検出する方法であって、 a)前記核酸領域の第一の末端へハイブリゼーションしうる第一の増幅プライマ
ーを準備する工程と、 b)前記核酸領域の第二の末端へハイブリゼーションしうる第二の増幅プライマ
ーを準備する工程と、 c)前記核酸領域を増幅させるために前記第一および第二の増幅プライマー間で
核酸領域のポリメラーゼ鎖反応による増幅を行うための条件を提供する工程と、 d)導電性金属含有核酸二重鎖形成に適した条件下において、前記2価金属カチ
オンの存在下で、増幅された核酸領域を塩基性溶液にさらす工程と、 e)導電金属含有核酸二重鎖に電気的に結合された電子ソースを提供する工程と
、 f)前記電子ソースからの電子の伝導性を分析する工程とを具備する方法。 - 【請求項58】 請求項57に記載の核酸領域の増幅を検出する方法であっ
て、さらに、前記核酸領域が制限酵素に認識される部位を含んでいるときには、
増幅された核酸を制限酵素による核酸領域の消化に適した条件にさらすことによ
って、制限酵素に対する感受性について核酸領域を試験する工程とを具備する方
法。
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