JPWO2009091045A1 - セリン誘導体の製造方法及びこれに用いるタンパク質 - Google Patents

セリン誘導体の製造方法及びこれに用いるタンパク質 Download PDF

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Abstract

本発明は、簡便な手法によるセリン誘導体およびその光学活性体を生成する新たな方法およびこれに用いられる酵素等を提供することを課題とする。下記(A)及び/又は(B)の酵素活性を有するタンパク質の存在下で、所定のα−アミノ酸と、所定のアルデヒドとを反応させ、所定のセリン誘導体を生成させる。(A)配列番号5に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質(B)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、置換、欠失、挿入、および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列を有し、かつ、前記セリン誘導体を生成する前記反応を触媒する活性を有するタンパク質

Description

本発明は、セリン誘導体の製造方法に関する。また、本発明は、セリン誘導体の製造法に用いる、酵素活性を有するタンパク質に関する。
セリン誘導体、例えばα位に光学活性を有するアミノ酸(β−ヒドロキシ−α−L−アミノ酸、β−ヒドロキシ−α−D−アミノ酸)などのアミノ酸は、医薬品の中間体などとしての利用が期待される物質である。そのため工業的にも有利なセリン誘導体の製造方法について開発が進められている。
酵素を用いたセリン誘導体の製造方法としては、例えば、キサントモナス属の微生物を利用してα−メチル−β−ヒドロキシフェニルアラニンを製造する方法(特許文献1)や、ラルストニア(Ralstonia)属、バリオボラックス(Variovorax)属、ボセア(Bosea)属およびシリシバクター(Silicibacter)属の微生物又はこれに由来するタンパク質を利用して、光学選択的にL−セリン誘導体を製造する方法(特許文献2)などが開示されている。
特開平7−327688号公報 国際公開第2006/123745号パンフレット
上記のように光学活性アミノ酸の製法については様々な手法が研究されている。しかし、光学活性アミノ酸やセリン誘導体の種類は多く、より簡便な手法、またはより効率よく、様々なセリン誘導体を生成する方法が求められている。本発明は、簡便な手法によるセリン誘導体およびその光学活性体を生成する新たな方法およびこれに用いられる酵素等を提供することを課題とする。
本発明者等はセリン誘導体の新たな製法について鋭意研究したところ、α−アミノ酸と所定のアルデヒドとを反応させる系において、その反応を触媒する新たなタンパク質を見出した。さらに、このタンパク質を用いることにより、簡便にセリン誘導体を生成できることが見出された。本発明は係る知見に基づくものであり、下記セリン誘導体の製造方法およびこれに用いる酵素などを提供するものである。
〔1〕 酵素の存在下で、式(I):
Figure 2009091045
(式(I)において、R1は、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
に示されるα−アミノ酸と、式(II):
Figure 2009091045
(式(II)においてR2は、水素、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
に示されるアルデヒドとを反応させ、式(III):
Figure 2009091045
(式(III)におけるR1は、式(I)中のR1と同じであり、式(III)におけるR2は式(II)中のR2と同じ)
に示されるセリン誘導体を生成させるセリン誘導体の製造方法であって、
前記酵素が、下記(A)および(B):
(A)配列番号5に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質、
(B)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、置換、欠失、挿入、および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列を有し、かつ、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する前記反応を触媒する活性を有するタンパク質、
からなる群より選ばれる1種または2種以上のタンパク質である、セリン誘導体の製造方法。
〔2〕 前記(B)のタンパク質が、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第339番目の部位に位置するチロシンが、セリン、ヒスチジンおよびアスパラギンからなる群より選ばれるいずれかの一つのアミノ酸に置換された配列を備えるタンパク質である、上記〔1〕に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔3〕 前記(B)のタンパク質が、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第19番目の部位に位置するアスパラギンがセリンに置換された配列を備えるタンパク質である、上記〔1〕または〔2〕に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔4〕 ロドコッカス(Rhodococcus)属に属する微生物に由来し、式(I)に示されるα−アミノ酸と、式(II)に示されるアルデヒドとから、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質の存在下で、式(I)に示されるα−アミノ酸と、式(II)に示されるアルデヒドとを反応させて式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、セリン誘導体の製造方法。
〔5〕 前記酵素を生産する微生物と、前記式(I)に示されるα−アミノ酸および式(II)に示されるアルデヒドとを混合し、前記式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、上記〔1〕から〔4〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔6〕 前記酵素を生産する微生物を含む培養物と、前記式(I)に示されるα−アミノ酸および前記式(II)に示されるアルデヒドとを混合し、前記式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、上記〔1〕から〔4〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔7〕 前記酵素を生産する微生物の菌体処理物と、前記式(I)に示されるα−アミノ酸および前記式(II)に示されるアルデヒドとを混合し、前記式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、上記〔1〕から〔4〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔8〕 前記式(I)に示されアミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、メチオニン、アラニン、システイン、トリプトファン、イソロイシン、シクロヘキシルアラニン、2−アミノ−n−酪酸、2−アミノ吉草酸、および2−アミノヘキサン酸からなる群より選ばれる1種または2種以上のアミノ酸である、上記〔1〕から〔7〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔9〕 前記式(I)に示されるアミノ酸が、α−フェニルアラニンであり、前記式(III)に示されるセリン誘導体がα−ベンジルセリンである、上記〔1〕から〔7〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔10〕 前記式(I)に示されるアミノ酸が、α−ロイシンであり、前記式(III)に示されるセリン誘導体がα−イソブチルセリンである、上記〔1〕から〔7〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔11〕 前記式(I)に示されるアミノ酸が、α−メチオニンであり、前記式(III)に示されるセリン誘導体がα−メチルチオエチルセリンである、上記〔1〕から〔7〕のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
〔12〕 ロドコッカス(Rhodococcus)属に属する微生物に由来し、式(I)に示されるα−アミノ酸と、式(II)に示されるアルデヒドとから、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質。
〔13〕 式(I)に示されるα−アミノ酸と、式(II)に示されるアルデヒドとから、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有する、下記(A)および(B):
(A)配列番号5に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質、
(B)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、置換、欠失、挿入、および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列を有するタンパク質、
からなる群より選ばれる1種または2種以上のタンパク質。
〔14〕 前記(B)のタンパク質が、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第339番目の部位に位置するチロシンが、セリン、ヒスチジンおよびアスパラギンからなる群より選ばれるいずれかの一つのアミノ酸に置換された配列を備える、上記〔13〕に記載のタンパク質。
〔15〕 前記(B)のタンパク質が、さらに、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第19番目の部位に位置するアスパラギンがセリンに置換された配列を備える、上記〔14〕に記載のタンパク質。
〔16〕 上記〔12〕から〔15〕のいずれか一項に記載のタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
〔17〕 下記(a)および(b)からなる群から選ばれるポリヌクレオチド。
(a)配列番号4に記載の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(b)配列番号4に記載の塩基配列と相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下においてハイブリダイズし、かつ、式(I)のα−アミノ酸と下記式(II)のアルデヒドと反応させて、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
〔18〕 上記〔16〕または〔17〕に記載のポリヌクレオチドで形質転換された細胞。
〔19〕 前記細胞が、エシェリヒア・コリを宿主として形質転換された細胞である、上記〔18〕に記載の細胞。
本発明によれば、様々なセリン誘導体を簡便な反応系によって製造することができる。
図1は、本発明の製造方法で用いられる反応系を示す図である。 図2は、本発明の製造方法で用いられる反応系の一つの実施形態を示す図である。
以下、本発明の実施の形態についてその最良の形態と共に説明する。
なお、以下に挙げる種々の遺伝子工学的な技法については、Molecular Cloning: A Laboratory Manual,3rd edition,Cold Spring Harbor Press(2001年)、新遺伝子工学ハンドブック改訂第4版、村松ら編、羊土社(2003年)など、多くの標準的な実験マニュアルがあり、これらの文献を参考にすることにより当業者であれば実施可能である。本明細書においては、特に断らない限り、配列番号は配列表中の配列番号を示す。また、本明細書において、酵素とは化学反応を触媒する活性を有するタンパク質のことをいう。
本発明のセリン誘導体の製造方法は、酵素を触媒とし、式(I)のα−アミノ酸と、式(II)に示されるアルデヒドとを反応させ、式(III)を生成する反応系が用いられる(図1)。
式(I)におけるR1をより具体的に示すと以下の通りである。
1が炭素数1〜7のアルキル基である場合とは、具体例を示すと、メチル基、エチル基、nプロピル基、イソプロピル基、nブチル基、イソブチル基、secブチル基、tertブチル基、nペンチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、nヘキシル基、イソヘキシル基などが例示される。また、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有するアルキル基の具体例として、シクロヘキシルメチル基などが挙げられる。
また、R1が炭素数6〜14のアリール基である場合とは、具体例を示すと、フェニル基、トリル基、キシリル基、ビフェニリル基、ナフチル基、アントリル基、フェナントリル基などが例示される。
1が炭素数3〜10のシクロアルキル基である場合とは、具体例を示すと、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基、シクロヘプタニル基、シクロオクタニル基、シクロノナニル基、シクロデカニル基などが例示される。
1が炭素数7〜19のアラルキル基である場合とは、具体例を示すと、ベンジル基、ベンズヒドリル基、フェネチル基、トリチル基などのフェニルアルキル基、シンナミル基、スチリル基、ナフチルアルキル基などが例示される。
1が炭素数2〜11のアルコキシアルキル基である場合とは、具体例を示すと、炭素数1〜10のアルキル基に、メトキシ基、エトキシ基、プロポキシ基、イソプロポキシ基、ブトキシ基、ペンチルオキシ基、フェノキシ基、ヘプトキシ基、オクトキシ基、ノナノキシ基、デカノキシ基、およびウンデコキシ基から選ばれる基が置換されたものが例示される。
1は、上記炭化水素の炭素骨格中にヘテロ原子を含む基であってもよい。ヘテロ原子としては、酸素、窒素、硫黄などが挙げられる。
1が炭素骨格中にヘテロ原子を含む基である一形態には、複素環含有炭化水素基が含まれる。複素環含有炭化水素基とは、環式化合物の環にヘテロ原子を含む環系炭化水素基である。複素環含有炭化水素基としてはヘテロアリール基などが含まれ、芳香族性の有無には限定されず、また単環式であっても多環式であってもよい。複素環含有炭化水素基として具体的には、フリル基、チエニル基、ピリジル基、ピペリジル基、ピペリジノ基、モルホリノ基、インドリル基、イミダゾリル基、さらには、これらの複素環基により置換されたアルキル基等が例示される。
また、R1は、上記に示す基において炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む炭化水素基であってもよい。
さらに、上記R1は、直鎖状であっても分岐を有していてもよい。また、上記Rは炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよい。脂環炭化水素構造としては、シクロプロパン、シクロブタン、シクロペンタン、シクロヘキサンなどの炭素骨格から1個または2個以上の水素基が脱離した置換基構造などが挙げられる。
また、R1は、上記の炭化水素基の一部に、ハロゲン原子、炭素数3までのアルキル基、炭素数3までのアルコキシル基、ケト基(=O)、水酸基(−OH)、チオール基(−SH)、アミノ基(−NH2)、アミド基(−CONH2)、イミノ基(=NH)、ヒドラジノ基(−NHNH2)等から選ばれる1種または2種以上が置換および/または付加されたものであってもよい。
式(I)に示されるα−アミノ酸としては、例えば、それぞれα−型の、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニン、システイン、メチオニン、アスパラギン、グルタミン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リシン、アルギニン、ヒスチジン、2−アミノ−n−酪酸、シクロヘキシルアラニン、2−アミノ吉草酸(ノルバリン)、2−アミノヘキサン酸(ノルロイシン)などが挙げられ、好ましくは、前記式(I)に示されアミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、メチオニン、アラニン、システイン、トリプトファン、イソロイシン、シクロヘキシルアラニン、2−アミノ−n−酪酸、2−アミノ吉草酸、2−アミノヘキサン酸など、より好ましくはフェニルアラニン、ロイシン、メチオニンなどが例示される。
式(II)におけるR2をより具体的に示すと次の通りである。
2は水素であってもよい。
2が炭素数1〜7のアルキル基である場合とは、具体例を示すと、メチル基、エチル基、nプロピル基、イソプロピル基、nブチル基、イソブチル基、secブチル基、tertブチル基、nペンチル基、イソペンチル基、ネオペンチル基、nヘキシル基、イソヘキシル基などが挙げられる。また、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有するアルキル基の具体例として、シクロヘキシルメチル基などが挙げられる。
また、R2が炭素数6〜14のアリール基である場合とは、具体例を示すと、フェニル基、トリル基、キシリル基、ビフェニリル基、ナフチル基、アントリル基、フェナントリル基などが挙げられる。
2が炭素数3〜10のシクロアルキル基である場合とは、具体例を示すと、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基、シクロヘプタニル基、シクロオクタニル基、シクロノナニル基、シクロデカニル基などが挙げられる。
2が炭素数7〜19のアラルキル基である場合とは、具体例を示すと、ベンジル基、ベンズヒドリル基、フェネチル基、トリチル基などのフェニルアルキル基、シンナミル基、スチリル基、並びにナフチルアルキル基などが挙げられる。
2が炭素数2〜11のアルコキシアルキル基である場合とは、具体例を示すと、炭素数1〜10のアルキル基に、メトキシ基、エトキシ基、プロポキシ基、イソプロポキシ基、ブトキシ基、ペンチルオキシ基、フェノキシ基、ヘプトキシ基、オクトキシ基、ノナノキシ基、デカノキシ基、およびウンデコキシ基から選ばれる基が置換されたものなどが挙げられる。
2は、上記炭化水素の炭素骨格中にヘテロ原子を含む基であってもよい。ヘテロ原子としては、酸素、窒素、硫黄などが挙げられる。
2が炭素骨格中にヘテロ原子を含む基である一形態には、複素環含有炭素水素基が含まれる。複素環含有炭化水素基とは、環式化合物の環にヘテロ原子を含む環系炭化水素基である。複素環含有炭化水素基としてはヘテロアリール基などが含まれ、芳香族性の有無には限定されず、また単環式であっても多環式であってもよい。複素環含有炭化水素基として具体的には、フリル基、チエニル基、ピリジル基、ピペリジル基、ピペリジノ基、モルホリノ基、インドリル基、イミダゾリル基、さらには、これらの複素環基により置換されたアルキル基等が含まれる。
また、R2は、上記に示す基において炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む炭化水素基であってもよい。
さらに、上記R2は、直鎖状であっても分岐を有していてもよい。また、上記Rは炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよい。脂環炭化水素構造としては、シクロプロパン、シクロブタン、シクロペンタン、シクロヘキサンなどの炭素骨格から1個または2個以上の水素基が脱離した置換基構造などが挙げられる。
また、R2は、上記の炭化水素基の一部に、ハロゲン原子、炭素数3までのアルキル基、炭素数3までのアルコキシル基、ケト基(=O)、水酸基(−OH)、チオール基(−SH)、アミノ基(−NH2)、アミド基(−CONH2)、イミノ基(=NH)、ヒドラジノ基(−NHNH2)等から選ばれる1種または2種以上が置換および/または付加されたものであってもよい。
式(II)に示される化合物としては、好ましくはホルムアルデヒド及びアセトアルデヒドが例示される。
式(III)におけるR1およびR2はそれぞれ式(I)および式(II)におけるそれらと同じである。
本発明における好ましい一形態としては、例えば図2に示すように、L−α−フェニルアラニンとホルムアルデヒドとを反応させて、α−ベンジル−L−セリンを生成する系などが挙げられる。図2に例示されるように、ホルムアルデヒドを、5,10−メチレンテトラヒドロ葉酸などを介さずに、直接的にL−アミノ酸と反応させてL−セリン誘導体を生成する反応系が用いられている。このように、本発明の製造方法の一形態では、シンプルな反応系でL−セリン誘導体を得ることができる。また、ホルムアルデヒドを用いる場合、少量のホルムアルデヒドを逐次的に反応系に添加していってもよい。ホルムアルデヒドを逐次添加することにより、副産物等の生成を抑制し得る。
本発明における好ましい別の形態としては、例えば、L−ロイシンとホルムアルデヒドとを反応させてα−イソブチル−セリンを生成する系、及びL−メチオニンとホルムアルデヒドとを反応させてα−メチルチオエチル−セリンを生成する系などが挙げられる。
反応温度は、好ましくは10〜60℃、より好ましくは20〜40℃である。また、反応系のpHは、好ましくは4〜10であり、より好ましくは6〜9である。
上記反応終了後の酵素反応液からは、例えば、以下の様にしてセリン誘導体の単離を行うことができる。
酵素反応液のpHを下げ、加熱殺菌と共に、溶存タンパクの凝集を行った後、遠心分離、ろ過、UF(ウルトラフィルトレーション:限外ろ過)等の手段により、除菌・除タンパクを行う。この液中には、無機塩類が含まれるため、晶析時に、これらの析出を回避する為、脱塩を行う。方法は、NF(ナノフィルトレーション:ナノろ過)、電気透析、イオン交換樹脂等何れの方法を用いてもよい。
必要に応じ上記の脱塩処理を行った後、反応液を濃縮していくとL−セリン誘導体の結晶が析出してくるが、性状は微細であり、結晶分離に際し、溶解度が高い故、高回収率が得られない上に、粘性も大きく取り扱いが困難であることが多い。その為、液を必要に応じてある程度予備的に濃縮した後に貧溶媒添加晶析を行うのが好ましい。予備的濃縮は、例えば結晶が析出し始めるまで行ってもよい。ここで添加する貧溶媒としては、水溶性である低級アルコールやアセトンが好適である。貧溶媒晶析の後に、冷却晶析を組み合わせて、晶析率を上げることも可能である。このスラリーを分離し、湿ケーキを乾燥することにより、L−セリン誘導体の結晶を得ることができる。
本発明において、式(II)のアルデヒドと、α−アミノ酸との反応は所定の酵素の存在下において行われる。この反応を触媒し得る酵素としては、例えば、ロドコッカス(Rhodococcus)属に属する微生物から得ることができる。より具体的には、例えば、ロドコッカス エスピー(Rhodococcus sp.)、さらに具体的には、Rhodococcus sp. AJ110611株が挙げられる。Rhodococcus sp. AJ110611株は、下記寄託機関に寄託され、FERM BP−11042の受託番号が付されて受託管理されている菌株である。FERM番号が付与された菌株は、受託番号を参照の上、所定の手続により分譲を受けることができる。
名称:Rhodococcus sp. AJ110611
受託番号:FERM BP−11042
寄託機関:独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センター
寄託機関住所:日本国茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6
上記寄託機関に受託された日:2007年3月29日
なお、上記微生物は、上記受託された日(すなわち、2007年3月29日)時点において受託番号:FERM P−21281の番号が付されて受託されたが、その後、同寄託機関内における移管手続によって、改めて受託番号:FERM BP−11042の番号が付され、引き続き同寄託機関にて受託管理されているものである。
また、Rhodococcus sp. AJ110611株は、上記受託された日(すなわち、2007年3月29日)においては、Rhodococcus percolatus(ロドコッカス ペルコラタス) AJ110611株として受託されたが、その後の再同定の結果、Rhodococcus sp.に属すると分類すべき微生物であることが判明した。そのため、微生物の名称が変更され、現在、Rhodococcus sp. AJ110611株として上記受託機関に保存されている。なお、上記の変更は、名称についての変更のみであり、上記受託された日に受託された微生物自体には変わりはない。
本発明においてセリン誘導体を生成する反応に用いられる酵素としては、より具体的には下記のタンパク質が例示される。
(A)配列番号5に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質(全長アミノ酸残基数:365)
(B)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、置換、欠失、挿入および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列を有し、かつ式(I)のα−アミノ酸と式(II)のアルデヒドと反応させて、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質
上記のタンパク質を用いることにより、セリン誘導体を簡便に生成することができる。
配列番号5に示すアミノ酸を有するタンパク質(A)は、例えば、Rhodococcus sp.(AJ110611株)から単離し得る。タンパク質(A)は下記実施例にて実証されているとおり、広い基質特異性を有している。
本発明においては、タンパク質(A)と実質的に同一のタンパク質も用い得る。タンパク質(A)と実質的に同じタンパク質として、(B)に示すタンパク質が提供される。アミノ酸残基のタンパク質の立体構造における位置や種類によっても異なるが、「1又は数個」の用語は、アミノ酸残基のタンパク質の立体構造や活性を大きく損なわない範囲を示すものである。「1又は数個」の用語が示す数は、例えば、1〜100個、好ましくは1〜70個、より好ましくは1〜40個、より好ましくは1〜20個、好ましくは1〜10個、さらに好ましくは1〜5個である。ただし、タンパク質(B)のアミノ酸配列において1または数個の置換、欠失、挿入、および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列の場合には、30℃、pH7−8の条件下で、タンパク質(A)の半分程度以上、より好ましくは80%以上、さらに好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上の酵素活性を保持していることが望ましい。
上記タンパク質(B)に示されるようなアミノ酸の変異は、例えば部位特異的変異法によって、本タンパク質をコードする遺伝子の特定の部位のアミノ酸が置換、欠失、挿入、付加などされるように塩基配列を改変することによって得られる。また、上記のような改変された塩基配列を有するポリヌクレオチドは、従来知られている突然変異処理によっても取得され得る。突然変異処理としては、タンパク質(A)をコードするDNAをヒドロキシルアミン等でインビトロ処理する方法、及びタンパク質(A)をコードするDNAを保持するエシェリヒア属細菌を、紫外線照射またはN−メチル−N’−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(NTG)もしくは亜硝酸等の通常人工突然変異に用いられている変異剤によって処理する方法が挙げられる。
また、上記のような塩基の置換、欠失、挿入、および付加等の変異には、微生物の種あるいは菌株による差等、天然に生じる変異も含まれる。上記のような変異を有するDNAを適当な細胞で発現させ、発現産物の本酵素活性を調べることにより、タンパク質(A)と実質的に同一のタンパク質をコードするDNAが得られる。
また、タンパク質(A)とそれぞれ実質的に同一のタンパク質として、アミノ酸配列による相同性が、好ましくは60%以上、より好ましくは70%以上、より好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、さらに好ましくは98%の相同性の配列を有するタンパク質が例示される。なお、本明細書において、アミノ酸配列の相同性の計算は、株式会社ゼネティックスのソフトウェアGENETYX Ver7.0.9を使用し、ORFにコードされるポリペプチド鎖全長をもちいて、Unit Size to Compare=2の設定でMarching countをpercentage計算させた際の数値またはこれと同等の計算手法による数値である。
上記タンパク質(B)としては、例えば、次のような変異型タンパク質が挙げられる。(B1)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、第339番目の部位のチロシンが、セリン、ヒスチジンおよびアスパラギンからなる群より選ばれるいずれかの一つのアミノ酸に置換された配列を備えるタンパク質。
これらの変異型タンパク質は、式(I)のアミノ酸と式(II)アルデヒドとから式(III)のセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性がタンパク質(A)よりも高い。これらの中でも、第339番目の部位のチロシンがセリンに置換されたアミノ酸配列を備える変異型タンパク質は特に上記の活性が高い。なお、アミノ酸配列の置換については、元のアミノ酸の略号/変異部位の番号/置換後のアミノ酸略号の順に表記される場合がある。例えば、第339番目の部位のチロシンがセリンに置換されたアミノ酸配列を備える変異型タンパク質は、「Y339S」のような略号表記によって識別され得る。アミノ酸の略号には、学術的に、一文字略号および三文字略号が認められており、上記は一文字略号による表記である。他の変異型についても同様である。
さらに、他の好ましい変異型タンパク質としては、次のタンパク質(B2)が挙げられる。
(B2)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、第19番目の部位のアスパラギンがセリンに置換された配列を備えるタンパク質。
タンパク質(B2)の変異は、「N19S」と略号表記される。N19Sの変異も、これらの変異型タンパク質は、式(I)のアミノ酸と式(II)アルデヒドとから式(III)のセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性に関与している。
さらに好ましい変異型タンパク質としては、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第339番目のアミノ酸と第19番目のアミノ酸の双方に変異を導入した形態が挙げられる。すなわち、組合せとしては、次の(1)から(3)の組合せが挙げられる。
(1)「Y339S」および「「N19S」
(2)「Y339H」および「「N19S」
(3)「Y339N」および「「N19S」
これらのうちでも「Y339S」および「N19S」の双方の変異が導入されたアミノ酸配列を備えるタンパク質は、式(I)のアミノ酸がアラニンである場合に特に高い酵素活性を示す傾向がある。
本発明は、上記タンパク質(A)をコードするポリヌクレオチドも提供する。コドンの縮重により、1つのアミノ酸配列を規定する塩基配列は複数あり得る。すなわち、本発明のポリヌクレオチドとして、上記タンパク質(A)をコードする塩基配列を有するポリヌクレオチドが含まれる。また、本発明のポリヌクレオチドとして具体的には、配列番号4に記載の塩基配列を有するポリヌクレオチド(a)が挙げられる。
上記ポリヌクレオチド(a)は、タンパク質(A)をコードしており、例えば、Rhodococcus sp. AJ110611株から単離し得る。
さらに、本発明のポリヌクレオチドの他の形態としては、例えば、上記タンパク質(B1)、(B2)およびこれらの変異の組合せによる変異型タンパク質をコードするポリヌクレオチドなどが挙げられる。これらの変異型タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、配列番号4に記載の塩基配列において、対応するアミノ酸の部位の配列をコドン表に従って置換した塩基配列を備える。例えば、「Y339S」の変異が導入されたタンパク質の場合、配列番号4の塩基配列において塩基番号1015〜1017における「tac」の塩基配列を、「tct」などのセリンをコードする塩基配列に置換すればよい。
単離の方法について説明する。配列番号4に記載の塩基配列を有するDNAは、Rhodococcus sp.の染色体DNA、もしくはDNAライブラリーから、PCR(polymerase chain reacion、White,T.J.et al;Trends Genet.,5,185(1989)等参照)またはハイブリダイゼーションによって取得することができる。PCRに用いるプライマーは、例えば本発明の方法における反応を触媒する活性を有する精製タンパク質に基づいて決定された内部アミノ酸配列に基づいて設計することができる。また、配列番号4に記載された塩基配列に基づいてプライマーまたはハイブリダイゼーション用のプローブを設計することもでき、あるいはプローブを使って単離することもできる。PCR用のプライマーとして、コード領域を挟むように、5’非翻訳領域及び3’非翻訳領域に対応する配列を有するプライマーの組み合わせを用いると、本タンパク質のコード領域全長を増幅することができる。
プライマーの合成は、例えば、Applied Biosystems社製DNA合成機 model 380Bを使用し、ホスホアミダイト法を用いて(Tetrahedron Letters(1981),22,1859参照)常法に従って合成できる。PCR反応は、例えばGene Amp PCR System 9600(PERKIN ELMER社製)及びTaKaRa LA PCR in vitro Cloning Kit(タカラバイオ社)などを用い、各メーカーなど供給者により指定された方法に従って行うことができる。
また、上記ポリヌクレオチド(a)と実質的に同一のポリヌクレオチドも本発明のポリヌクレオチドに含まれる。ポリヌクレオチド(a)と実質的に同一のポリヌクレオチドとして、例えば、下記ポリヌクレオチド(b)が挙げられる。
(b)配列番号4に記載の塩基配列と相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下においてハイブリダイズし、かつ、式(I)のα−アミノ酸と式(II)のアルデヒドと反応させて、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチド
ハイブリダイズさせるポリヌクレオチドとしては、例えばプローブを用い得る。それぞれの場合において、プローブは、配列番号4に記載の塩基配列などに基づいて定法により作製することができる。また、プローブを用いてこれとハイブリダイズするポリヌクレオチドをつり上げ、目的とするポリヌクレオチドを単離する方法も、定法に従って行えばよい。例えば、DNAプローブは、プラスミドやファージベクターにクローニングされた塩基配列を増幅し、プローブとして用いたい塩基配列を制限酵素により切り出し、抽出して調製することができる。切り出す箇所は、目的とするDNAに応じて調節することができる。また、一旦、上記のような実質的に同一のポリヌクレオチドが検出された後は、PCR等によって増幅することも定法により可能である。
「ストリンジェントな条件」とは、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいう。この条件を明確に数値化することは困難であるが、一例を示せば、相同性が高いDNA同士、例えば60%以上、好ましくは70%以上、より好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、さらに好ましくは98%の相同性を有するDNA同士がハイブリダイズし、それより相同性が低いDNA同士がハイブリダイズしない条件が挙げられる。なお、塩基配列についての相同性(%)の計算は各遺伝子のORF全体(終止コドンを含む)をもちいて、株式会社ゼネティックスのソフトウェアGENETYX Ver7.0.9を使用し、Unit Size to Compare = 6、pick up location=1の設定でpercentage計算させた数値またはこれと同等の計算手法による数値として表示する。また、他の例として、通常のサザンハイブリダイゼーションの洗いの条件である60℃、1×SSC、0.1%SDS、好ましくは、65℃、0.1×SSC、0.1%SDSに相当する塩濃度でハイブリダイズする条件が挙げられる。このような条件でハイブリダイズする遺伝子の中には途中にストップコドンが発生したものや、活性中心の変異により活性を失ったものも含まれるが、それらについては、市販の発現ベクターにつなぎ、適当な宿主で発現させて、発現産物の酵素活性を後述の方法で測定することによって容易に取り除くことができる。
なお、上記のように上記ポリヌクレオチド(b)の場合には、それぞれ30℃、pH8の条件下で、上記配列番号4の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列を有するタンパク質(A)の半分程度以上の活性、より好ましくは80%以上、さらに好ましくは90%以上の触媒活性を保持していることが望ましい。
本発明において用いられる酵素は、上記のような反応を触媒し得る状態で反応系内に存在すれば、その形態に特に限定はない。すなわち、酵素の存在下で反応を行う際の、反応系内における酵素の具体的な存在形態としては、例えば、酵素を生産する微生物を含む培養物、その培養物から分離された微生物菌体、菌体処理物などが含まれる。微生物を含む培養物とは、微生物を培養して得られる物のことであり、より具体的には、微生物菌体、その微生物の培養に用いた培地および培養された微生物により生成された物質、及びこれらの混合物などのことをいう。また、微生物菌体は洗浄し、洗浄菌体として用いてもよい。また、菌体処理物には、菌体を破砕、溶菌、凍結乾燥したものなどが含まれ、さらに菌体などを処理して回収される無細胞抽出物や粗精製タンパク質、これらをさらに精製した精製タンパク質などが含まれる。精製処理されたタンパク質としては、各種精製法によって得られる部分精製タンパク質等を使用してもよいし、これらを共有結合法、吸着法、包括法等によって固定化した固定化タンパク質を使用してもよい。また、使用する微生物によっては、培養中に一部、溶菌するものもあるので、この場合には培養液上清も酵素含有物として利用できる。
次に本発明のタンパク質の製造方法、並びにこれに用いられる組換え体および形質転換体の作製方法について、上記(A)のタンパク質を一例として説明する。他の変異型タンパク質についても同様に実施可能である。
上記(A)のタンパク質を発現する形質転換体は、上記のいずれかの塩基配列を有するポリヌクレオチドを組み込んだ組換えポリヌクレオチドを作製し、これを用いて作製することができる。例えば、配列番号4に示される塩基配列を有するDNAを組み込んだ組換えDNAを作製して適切な宿主に導入することにより、(A)のタンパク質を発現する形質転換体を得ることができる。配列番号4の塩基配列を有するDNAにより特定されるタンパク質を発現させるための宿主としては、例えばエシェリヒア・コリ(Escherichia coli)等のエシェリヒア属細菌、コリネバクテリウム属細菌、及びバチルス・ズブチリス(Bacillus subtilis)をはじめとする種々の原核細胞、サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、ピヒア・スティピティス(Pichia stipitis)、アスペルギルス・オリゼ(Aspergillus oryzae)をはじめとする種々の真核細胞を用いることができる。培養等の取り扱いが簡便で、高価な成分を要せずとも培養できる宿主を用いることにより、セリン誘導体の大量生産をより簡便に、また安価に行うことができる。
配列番号4の塩基配列を有するDNAを宿主に導入するために用いる組換えDNAは、発現させようとする宿主の種類に応じたベクターに、これらのDNAを、DNAがコードするタンパク質が発現可能な形態で挿入することで調製可能である。タンパク質を発現させるためのプロモータとしては、Rhodococcus sp.などに由来する上記酵素をコードする遺伝子固有のプロモータが宿主細胞で機能する場合には、そのプロモータを使用することができる。また、必要に応じて宿主細胞で働く他のプロモータを、配列番号4などのDNAに連結し、そのプロモータ制御下で発現させるようにしてもよい。
組換えDNAを宿主細胞に導入するための形質転換法としては、D.M.Morrisonの方法(Methods in Enzymology 68, 326 (1979))あるいは受容菌細胞を塩化カルシウムで処理してDNAの透過性を増す方法(Mandel,M. and Higa,A.,J.Mol.Biol.,53,159(1970))等が挙げられる。
目的のタンパク質を組換えDNA技術を用いて大量生産する場合、そのタンパク質を生産する形質転換体内でそのタンパク質を会合させたタンパク質の封入体(inclusion body)を形成させる形態も好ましい一実施形態として挙げられる。この発現生産方法の利点は、目的のタンパク質を菌体内に存在するプロテアーゼによる消化から保護する点および目的のタンパク質を菌体破砕に続く遠心分離操作によって簡単に精製できる点等である。タンパク質封入体から活性型タンパク質を得るためには、可溶化および活性再生等の一連の操作が必要であり、直接活性型タンパク質を生産する場合よりも操作が複雑になる。しかし、菌体の生育に影響を及ぼすようなタンパク質を菌体内で大量に生産させる場合は、不活性なタンパク質封入体として菌体内に蓄積させることにより、その影響を抑えることができる。
目的タンパク質を封入体として大量生産させる方法として、強力なプロモータの制御下、目的のタンパク質を単独で発現させる方法の他、大量発現することが知られているタンパク質との融合タンパク質として発現させる方法がある。
形質転換される宿主は、異種遺伝子の発現に通常用いられる株を使用することができるが、大腸菌K12株亜種のエシェリヒア コリ JM109株、DH5α株、HB101株、BL21(DE3)株などから選択することが出来る。形質転換を行う方法、および形質転換体を選別する方法はMolecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd edition, Cold Spring Harbor press (2001/01/15)などにも記載されている。以下、形質転換された大腸菌を作製し、これを用いて所定の酵素を製造する方法を、一例としてより具体的に説明する。
本発明で用いられる触媒活性を有するタンパク質をコードするDNAを発現させるプロモータとしては、通常大腸菌における異種タンパク質生産に用いられるプロモータを使用することができ、例えば、T7プロモータ、lacプロモータ、trpプロモータ、trcプロモータ、tacプロモータ、ラムダファージのPRプロモータ、PLプロモータ、T5プロモータ等の強力なプロモータが挙げられる。また、ベクターとしては、例えば、pUC19、pUC18、pBR322、pHSG299、pHSG298、pHSG399、pHSG398、RSF1010、pACYC177、pACYC184、pMW119、pMW118、pMW219、pMW218、pQE30およびその誘導体等を用いてもよい。他のベクターとしては、ファージDNAのベクターを利用してもよい。さらに、プロモータを含み、挿入DNA配列を発現させることができる発現ベクターを使用してもよい。
本発明で用いられるタンパク質を融合タンパク質封入体として生産させるためには、そのタンパク質の上流あるいは下流に、他のタンパク質、好ましくは親水性であるペプチドをコードする遺伝子を連結して、融合タンパク質遺伝子とする。このような他のタンパク質をコードする遺伝子としては、融合タンパク質の蓄積量を増加させ、変性および再生工程後に融合タンパク質の溶解性を高めるものであればよく、例えば、T7gene 10、β−ガラクトシダーゼ遺伝子、デヒドロ葉酸還元酵素遺伝子、インターフェロンγ遺伝子、インターロイキン−2遺伝子、プロキモシン遺伝子等が候補として挙げられる。
これらの遺伝子とタンパク質をコードする遺伝子とを連結する際には、コドンの読み取りフレームが一致するようにする。適当な制限酵素部位で連結するか、あるいは適当な配列の合成DNAを利用すればよい。
また、生産量を増大させるためには、融合タンパク質遺伝子の下流に転写終結配列であるターミネータを連結することが好ましい場合がある。このターミネータとしては、T7ターミネータ、fdファージターミネータ、T4ターミネータ、テトラサイクリン耐性遺伝子のターミネータ、大腸菌trpA遺伝子のターミネータ等が挙げられる。
触媒活性を有するタンパク質またはその融合タンパク質をコードする遺伝子を大腸菌に導入するためのベクターとしては、いわゆるマルチコピー型のものが好ましく、ColE1由来の複製開始点を有するプラスミド、例えばpUC系のプラスミドやpBR322系のプラスミドあるいはその誘導体が挙げられる。ここで、「誘導体」とは、塩基の置換、欠失、挿入、付加および/または逆位などによってプラスミドに改変を施したものを意味する。なお、ここでいう改変とは、変異剤やUV照射などによる変異処理、あるいは自然変異などによる改変をも含む。
また、形質転換体を選別するために、ベクターがアンピシリン耐性遺伝子等のマーカーを有することが好ましい。このようなプラスミドとして、強力なプロモータを持つ発現ベクターが市販されている(例えば、pUC系(タカラバイオ社製)、pPROK系(クローンテック製)、pKK233−2(クローンテック製)など)。
プロモータ、所定の活性を有する目的タンパク質またはその目的タンパク質と他のタンパク質との融合タンパク質をコードする遺伝子、場合によってはターミネータの順に連結したDNA断片と、ベクターDNAとを連結して組換えDNAを得る。
得られた組換えDNAを用いて大腸菌を形質転換し、この大腸菌を培養すると、所定のタンパク質またはその融合タンパク質が発現生産される。
融合タンパク質として発現させた場合、血液凝固因子Xa、カリクレインなどの、目的タンパク質内に存在しない配列を認識配列とする制限プロテアーゼを用いて目的タンパク質を切り出せるようにしてもよい。
生産培地としては、M9−カザミノ酸培地、LB培地など、大腸菌を培養するために通常用いる培地を用いてもよい。また、培養条件、生産誘導条件は、用いたベクターのマーカー、プロモータ、宿主菌等の種類に応じて適宜選択する。
目的のタンパク質またはこれを含む融合タンパク質を回収するには、以下の方法などがある。目的タンパク質あるいはその融合タンパク質が菌体内に可溶化されていれば、菌体を回収した後、菌体を破砕あるいは溶菌させ、粗酵素液として使用できる。さらに、必要に応じて、通常の沈澱、濾過、カラムクロマトグラフィー等の手法により、目的タンパク質あるいはその融合タンパク質を精製して用いることも可能である。この場合、目的タンパク質あるいは融合タンパク質の抗体を利用した精製法も利用できる。タンパク質封入体が形成される場合には、変性剤でこれを可溶化し、変性剤を透析等により除去して目的タンパク質を得ることができる。
以下、本発明について実施例を示しより詳細に説明するが、本発明は下記実施例に制限されるものではない。なお、下記実施例において用いられているRhodococcus sp. AJ110611株は、上記にて説明したとおり、寄託機関に受託された日(すなわち、2007年3月29日)においては、その名称としてRhodococcus percolatus AJ110611株とされていたが、その後の再同定の結果、Rhodococcus sp.に属すると分類すべき微生物であることが判明した微生物である。
<実施例1>2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性の検出(野生株の活性確認)
Nutrient Broth(Difco社)で調製した寒天培地で、Rhodococcus sp.(AJ110611株)を、30℃、24時間培養した。得られた微生物の菌体を、3mlの0.2% α−ベンジル−DLセリンおよび0.17% Yeast Nitrogen Base w/o amino acid and ammonium sulfate(Difco社)を含む液体培地(pH7.0)に1白金耳接種し、30℃、120往復/分で24時間、振とう培養した。培養後、菌体を遠心分離し、1mlの0.1mMピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)で、菌体を2回洗浄した。洗浄菌体と0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)とを用いて、全量0.3mlの菌体懸濁液を調製した。得られた菌体懸濁液を、4℃にて超音波破砕処理した。超音波処理後に遠心分離(18,000×g、10分)を行って得られる上清を、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)に対して透析し、無細胞抽出液とした。
50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、10mM α−ベンジル−DLセリン、0.1mM ピリドキサールリン酸の組成を有する反応液Aに、0.03mlの無細胞抽出液を添加して全量0.1mlとした反応混合物を、30℃にて、10分間反応させた。10分後、ホルムアルデヒドキット−テストワコー(和光純薬工業)に付属されたアルカリ試液(5N−水酸化カリウム)を0.1ml混和させることで反応を停止した。
以降、キット付帯のマニュアルに従い、ホルムアルデヒドの検出反応を行い、550nmの吸光度を測定した(E11)。対照として、前記反応液Aにおいてα−ベンジル−DLセリンの代わりに水を添加したものを用いて行った反応により得られる反応液の吸光度(E10)を同様に測定した。測定値E11およびE10から、α−ベンジル−DLセリン特異的な吸光度変化(EΔ1=E11−E10)を算出したところ、1.25の値を示した。以上の結果より、Rhodococcus sp.(AJ110611株)から調製された無細胞抽出液について、2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性が確認された。
<実施例2>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼの精製
(1)無細胞抽出液の調製
Nutrient Broth(Difco社)で調製した寒天培地で、Rhodococcus sp.(AJ110611株)を、30℃、24時間培養した。得られた微生物の菌体を、500ml容の坂口フラスコ内の50mlのNutrient Broth液体培地に接種し、25℃、120往復/分で19時間、振とう培養した。500ml容の坂口フラスコ内に、0.2% α−ベンジル−DLセリンおよび0.17% Yeast Nitrogen Base w/o amino acid and ammonium sulfate(Difco社)を含む液体培地(pH7.0)を50mlを注入したものを20本用意し、得られた培養液を0.25mlずつ、各坂口フラスコ内の液体培地に接種した。接種後、25℃、120往復/分で24時間、振とう培養を行った。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)により集菌し、10mlの0.1mMピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液A(pH7.4)で、菌体を2回洗浄した。さらに、0.02mM ピリドキサールリン酸および1mM EDTAを含む25mM リン酸カリウム緩衝液B(pH7.4)で、菌体を2回洗浄し、40mlの菌体懸濁液を調製した。超音波破砕処理により菌体を破砕し、遠心分離(8,000×g、20分)で得られる上清を、さらに超遠心分離(200,000×g、30分)にかけ、リン酸カリウム緩衝液Bを用いて透析し、無細胞抽出液を得た。
(2)陰イオン交換クロマトグラフィー
上記(1)にて得られた無細胞抽出液を、予め0.02mM ピリドキサールリン酸および1mM EDTAを含む25mMリン酸カリウム緩衝液B(pH7.4)で平衡化したQ−Sepharose−HP 16/10カラム(アマシャムバイオサイエンス製)にアプライし、0−1M 塩化ナトリウムの直線的濃度勾配により酵素を溶出した。得られたフラクションを酵素源として実施例1の方法に従って酵素活性を測定したところ、0.3−0.4M 塩化ナトリウム相当の画分に、2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性が検出された。
(3)疎水性相互作用クロマトグラフィー
上記(2)で得られた酵素の活性画分を、0.02mM ピリドキサールリン酸および1mM EDTAを含む25mM リン酸カリウム緩衝液B(pH7.4)に透析し、等量の2M 硫酸アンモニウムを含む緩衝液Bと混和した。得られた混和物を、予め1M 硫酸アンモニウムを含む緩衝液Bで平衡化したPhenyl−Sepharose−HP16/10カラム(アマシャムバイオサイエンス社製)にアプライし、1−0M 硫酸アンモニウムの直線的濃度勾配により、酵素を溶出した。得られたフラクションを酵素源として、実施例1の方法に従って酵素活性を測定したところ、0.7−0.6M 硫酸アンモニウム相当の画分に2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性を検出した。
(4)ゲルろ過クロマトグラフィー
上記(3)で得られた酵素の活性画分を濃縮し、予め0.02mM ピリドキサールリン酸、1mM EDTAを含む25mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)で平衡化したSuperdex−200 16/60カラム(アマシャムバイオサイエンス社製)にアプライし、酵素を溶出した。得られたフラクションを酵素源として、実施例1の方法に従って酵素活性を測定したところ、2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性は64−68mlの溶出位置に検出された。
(5)陰イオン交換クロマトグラフィー
上記(4)にて得られた酵素の活性画分を、予め0.02mM ピリドキサールリン酸、1mMEDTAを含む25mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)で平衡化したMonoQ HR5/5カラム(アマシャムバイオサイエンス製)にアプライし、0−0.7M塩化ナトリウムの直線的濃度勾配により酵素を溶出した。得られたフラクションを酵素源として、実施例1の方法に従って酵素活性を測定したところ、0.45−0.55M塩化ナトリウム相当の画分に2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性を検出した。
上記(1)から(5)の工程を経て得られた精製酵素の活性画分は、比活性1.82U/mgであった。また、得られた精製酵素を、SDS−ポリアクリルアミド電気泳動に供し、SimplyBlue SafeStain(Invitrogen社)でゲルを染色させたところ、分子量約40kDaの位置に均一なバンドが検出された。
<実施例3>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのアミノ酸配列の決定および遺伝子クローニング
実施例2で調製した精製酵素100pmol相当を、SDS−ポリアクリルアミド電気泳動後、PVDF膜に転写した。得られたサンプルを島津製作所社製プロテインシーケンサーPPSQ−21Aに供し、N末アミノ酸配列を23アミノ酸残基分決定した(配列番号1)。
次いで、Rhodococcus sp.(AJ110611株)のゲノムDNA5μgをPstI(75U)にて切断した後、TaKaRaLA PCR in vitro Cloning Kit(TaKaRa社製)のマニュアル記載の方法に従って、PstIカセットとライゲートした。ライゲートミックスを鋳型として、カセットプライマーC1とプライマーSEQA(配列番号2)の組み合わせによって、PCR(94℃:30秒、50℃:30秒、72℃:4分、30サイクル)を行った。次いでこのPCR反応液を鋳型として、カセットプライマーC2とプライマーSEQB(配列番号3)を用いて、2回目のPCR(94℃:30秒、50℃:30秒、72℃:4分、30サイクル)行った。増幅が確認された約0.6kb長の断片をpT7Blue Teasy(Novagen社)にライゲートし、増幅断片が挿入されたプラスミドを用いて、Escherichia coli JM109を形質転換した。
約0.6kbの断片について塩基配列を決定したところ、目的タンパク質のN末端アミノ酸配列をコードする塩基配列が見出された。この約0.6kb長の遺伝子断片をプローブとして、染色体DNAを各種制限酵素処理後、サザン解析したとろ、SacI処理した場合に約5kbにポジティブシグナルを確認した。次いで、染色体DNAをSacI処理後、アガロース電気泳動し、約5kb断片を精製し、pUC18のSacIサイトにライゲートした。この反応液をもちいてEscherichia coli JM109を形質転換し、ライブラリーを作製した。上記プローブを用いてコロニーハイブリダイズを行い、ポジティブコロニーを取得し、プラスミドを抽出した。得られたプラスミドをpUCRHMT5Kと命名した。pUCRHMT5Kに挿入されている配列について塩基配列を決定したところ、365アミノ酸をコードするORFが存在した(配列番号4)。
<実施例4>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子のEscherichia coliによる発現(発現菌JM109/pTrp4の作製)
pUCRHMT5Kを鋳型として、プライマーS11F(配列番号6)およびプライマーS12R(配列番号7)を用いて、PCRにより2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子のORF領域1.1kbを増幅した。増幅された断片をNdeI/BamHI処理した後、予めNdeI/BamHI処理したpTrp4ベクター(Journal of Molecular Catalysis B:Enzymatic,2005,32,205−211)とライゲートした。得られたベクターを用いて、Escherichia coli JM109を形質転換し、目的の遺伝子断片を含むプラスミド(pTrp4RHMT)を有する形質転換体を得た。この形質転換体をJM109/pTrp4RHMTと命名した。
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pTrp4RHMT一白金耳分を、3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で16時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗菌し、同緩衝液0.3mLを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。得られた無細胞抽出液について、2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性を測定したところ、0.017U/mgであった。なお、PCR産物を挿入していないpTrp4をJM109に導入した形質転換体;JM109/pTrp4を用い、その他は上記の方法と同様にして得られる無細胞抽出液を用いた場合の活性は、検出限界以下であった。
<実施例5>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子のEscherichia coliによる発現(発現菌JM109/pSFNRHMTの作製)
実施例4で作製したプラスミドpTrp4RHMTをBamHI処理した後、TaKaRa DNA Blunting Kit(TaKaRa社製)のマニュアル記載の方法に従って末端平滑化を行い、続いてNdeI処理することによって2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼをコードする遺伝子を調製した。次にpSFNベクター(国際公開第2006/075486号パンフレット)をPstI処理した後、TaKaRa DNA Blunting Kit(TaKaRa社製)のマニュアル記載の方法に従って末端平滑化を行い、続いてNdeI処理を行った。このベクターと先に調製した遺伝子をライゲートし、Escherichia coli JM109を形質転換し、目的の遺伝子断片を含むプラスミド(pSFNRHMT)を有する形質転換体を得た。この形質転換体をJM109/pSFNRHMTと命名した。
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT一白金耳分を、3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で20時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗浄し、同緩衝液0.3mLを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。得られた無細胞抽出液について、2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ活性を測定したところ、0.014U/mgであった。
<実施例6>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼによるα−ベンジル−L−セリン生成反応−野生株によるBnS合成
10mM ホルムアルデヒド、30mM L−フェニルアラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液に、実施例2で調製した精製酵素溶液を50μl添加し、30℃で30分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物100μlに4mM硫酸銅を100μl加え、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM硫酸銅水溶液(10%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、8.9mMのα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例7>酵素反応で生成するベンジルセリンの立体決定
α−ベンジル−L−セリンを合成するために文献(Angew.Chem.Int.Ed.2004,43,2382−2385)に従い、エチルベンズイミデート塩酸塩939.2mg、L−セリン−tert−ブチルエステル塩酸塩1gを溶解させた塩化メチレン溶液に、トリエチルアミン1.41mlを加え、2.5時間加熱還流した後、室温で19時間撹拌した。反応混合物に塩化メチレン50mlを加え、水20mlで2回洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥した。硫酸マグネシウム除去後溶媒を留去し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル5/1−4/1)にて精製した。溶媒留去後、2−フェニル−2−オキサゾリン−4−カルボン酸tert−ブチルエステルを759mg得た。2−フェニル−2−オキサゾリン−4−カルボン酸tert−ブチルエステルを52.4mg、水酸化カリウム56.1mg、(S,S)−3,4,5−トリフルオロフェニル−NAS ブロミド9.55mg(和光純薬製、コード番号:201−16401)を懸濁させたトルエン溶液にベンジルブロミド0.12mlを加え、0℃にて8時間撹拌した。反応混合物に酢酸エチル20mlを加え、水5mlで2回洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥した。硫酸マグネシウム除去後溶媒を留去し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル8/1−5/1)にて精製した。溶媒留去後、4−ベンジル−2−フェニル−2−オキサゾリン−4−カルボン酸tert−ブチルエステルを51mg得た。CHIRALPAK OD−H(4.6×250mm)によりHPLC分析(移動相:ヘキサン/イソプロピルアルコール=99/1、カラム温度:室温、流速:1ml/分、検出:UV210nm)を行ったところ、光学純度は98.4%e.e.であった。4−ベンジル−2−フェニル−2−オキサゾリン−4−カルボン酸tert−ブチルエステル42mgにエタノール1ml、6N水酸化ナトリウム溶液0.5mlを加え1時間加熱還流した後、6NHCl1mlを加え2時間加熱還流した。pHを中性に調整し、不溶物を除去することでα−ベンジル−L−セリンを含む溶液を得た。
得られたα−ベンジル−L−セリンの溶液を、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM硫酸銅水溶液(10%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、酵素反応で得られるα−ベンジルセリンと同じ保持時間を示すことがわかった。以上の結果から酵素反応で得られるα−ベンジルセリンはα−ベンジル−L−セリンであることがわかった。
<実施例8>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子発現Escherichia coliによるα−ベンジル−L−セリン生成(発現菌JM109/pTrp4RHMTによるBnS合成:CFE)
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pTrp4RHMT一白金耳分を、3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で16時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗菌し、同緩衝液0.3mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。得られた無細胞抽出液を、10mMホルムアルデヒド、30mM L−フェニルアラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液に30μl添加し、30℃で30分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物100μlに4mM硫酸銅を100μl加えた。
得られた溶液100μlに水100μlを加え、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM硫酸銅(10%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果5.2mMのα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。なお、PCR産物を挿入していないpTrp4をJM109に導入した形質転換体;JM109/pTrp4を用い、その他は上記と同様の方法で得られる無細胞抽出液を用いた場合の活性は、検出限界以下であった。
<実施例9>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子発現Escherichia coliによるα−ベンジル−L−セリン生成(発現菌JM109/pSFNRHMTによるBnS合成:CFE)
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT一白金耳分を3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で17時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗菌し、同緩衝液0.3mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。得られた無細胞抽出液を10mM ホルムアルデヒド、30mM L−フェニルアラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液に30μl添加し、30℃で1時間反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物100μlに4mM 硫酸銅を100μl加え、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(10%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、7.8mMのα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例10>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子発現Escherichia coliによるα−ベンジル−L−セリン生成(発現菌pSFNRHMTによるBnS合成:cell)
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT一白金耳分を、3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で16.5時間培養を行った。得られた菌体を、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に2.5ml接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた培養液10mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、10mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。この菌体懸濁液1mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−フェニルアラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で10分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM 硫酸銅を100μl加え、菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(10% イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、6.2mMのα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例11>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子発現Escherichia coliによるα−イソブチル−セリン生成(発現菌pSFNRHMTによるiBuS合成:cell)
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT一白金耳分を、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で一晩振とう培養した。得られた培養液10mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、10mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。この菌体懸濁液1mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−ロイシン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で30分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM硫酸銅を100μl加え、菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM硫酸銅水溶液(5%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、0.6mMのα−イソブチル−セリンの生成が確認された。
<参考例>α−メチルチオエチル−セリンの合成
文献(J.Peptide Sci.2001,7,619−625)に従い、DL−メチオニン10gに水20ml、6N NaOH11.5mlを加え溶解した。pHを10.5−11.5に維持しながら、ベンゾイルクロリド8.6mlを加え、室温で2時間撹拌した。得られた反応混合物をろ過後、ジエチルエーテルで洗浄し、濃塩酸を徐々に加え、pHを1に調整し、結晶を析出させた。結晶をろ過し、水で洗浄後、減圧下乾燥し、N−ベンゾイルメチオニンを16.2g得た。得られたN−ベンゾイルメチオニン4.9gに無水酢酸24mlを加え、100℃で4時間加熱した後、溶液を室温まで冷却し、溶媒を留去した。残留物にトルエン24mlを加え、溶媒留去することを2回繰り返した。残留物をピリジン2.5mlに溶解させ、35% ホルムアルデヒド溶液10mlを加え室温で17時間撹拌した。得られた反応混合物に水40mlを加えた後、酢酸エチル40mlで抽出し、水、飽和食塩水で洗浄後、硫酸マグネシウムで乾燥した。硫酸マグネシウム除去後溶媒を留去し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(ヘキサン/酢酸エチル4/1−1/1)にて精製した。溶媒留去後、5−ベンゾイルアミノ−5−メチルチオエチル−4−オキソ−1,3−ジオキサンを2.56g得た。得られた5−ベンゾイルアミノ−5−メチルチオエチル−4−オキソ−1,3−ジオキサン1.06gに、6N塩酸7.5mlを加え、7時間加熱還流した。反応溶液をろ過後、溶媒を留去した。残留物に水5mlを加え、イオン交換樹脂(アンバーライト120)を用いて精製した。溶媒留去後、得られた結晶を水/エタノールから再結晶し、減圧下乾燥することにより、α−メチルチオエチル−セリンを129mg得た。この化合物のNMRを測定したところ、文献記載値とほぼ一致した。
<実施例12>Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ遺伝子発現Escherichia coliによるα−メチルチオエチル−セリン生成−発現菌pSFNRHMTによるHmMet合成:cell
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT一白金耳分を、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で一晩振とう培養した。得られた培養液10mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、10mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。この菌体懸濁液1mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−メチオニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で30分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM硫酸銅を100μl加え、菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(2%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、2.8mMのα−メチルチオエチル−セリンの生成が確認された。
<実施例13>変異株Y339S、Y339H、Y339Nの作製
変異型2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを構築するために実施例5で作成したpSFNRHMTをPCRを用いる部位特異的突然変異誘発法の鋳型として使用した。Y339Sの変異はストラタジーン(Stratagene)社(アメリカ)の「クイックチェンジ部位特異的突然変異誘発キット(Quik change Site−Directed Mutagenesis Kit)」を使用し、製造元のプロトコールに従って、Y339S変異型酵素に対応するプライマーY339SF(配列番号8)およびプライマーY339SR(配列番号9)を用いて導入した。同様に変異型酵素に対応するプライマーY339HF(配列番号10)およびプライマーY339HR(配列番号11)を用いてY339Hの変異をプライマーY339NF(配列番号12)およびプライマーY339NR(配列番号13)を用いてY339Nの変異を導入した。PCR反応の生成物を用いてEscherichia coli JM109を形質転換し、目的の遺伝子断片を含むプラスミドを有する形質転換体を得た。この形質転換体をそれぞれJM109/pSFNRHMT−Y339S、JM109/pSFNRHMT−Y339H、JM109/pSFNRHMT−Y339Nと命名した。
<実施例14>変異株Y339S、Y339H、Y339Nの反応
実施例13で作成したJM109/pSFNRHMT−Y339S、JM109/pSFNRHMT−Y339H、JM109/pSFNRHMT−Y339Nをそれぞれ3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で終夜培養を行った。得られた菌体を遠心分離(18,000×g、10分、4℃)にて集菌した後、0.1mMピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗浄し、同緩衝液0.3mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、10mM α−ベンジル−DLセリン、0.1mM ピリドキサールリン酸の組成を有する反応液に、0.02mlの無細胞抽出液を添加して全量0.06mlとした反応混合物を、30℃にて、10分間反応させた。10分後、ホルムアルデヒドキット−テストワコー(和光純薬工業)に付属されたアルカリ試液(5N−水酸化カリウム)を0.06ml混和させることで反応を停止した。以降、キット付帯のマニュアルに従い、ホルムアルデヒドの検出反応を行い、550nmの吸光度を測定し、生成したホルムアルデヒド量を求め活性を算出した。結果を表1に示す。
Figure 2009091045
<実施例15>変異株Y339S−N19Sの作製
変異型2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼを構築するために実施例13で作成したpSFNRHMT−Y339SをPCRを用いる部位特異的突然変異誘発法の鋳型として使用した。変異はストラタジーン(Stratagene)社(アメリカ)の「クイックチェンジ部位特異的突然変異誘発キット(Quik change Site−Directed Mutagenesis Kit)」を使用し、製造元のプロトコールに従って、変異型酵素に対応するプライマーN19SF(配列番号14)およびプライマーN19SR(配列番号15)を用いて導入した。PCR反応の生成物を用いてEscherichia coli JM109を形質転換し、目的の遺伝子断片を含むプラスミドを有する形質転換体を得た。この形質転換体をJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sと命名した。作成したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で終夜培養を行った。得られた菌体を遠心分離(18,000×g、10分、4℃)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗浄し、同緩衝液0.3mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、10mM α−ベンジル−DLセリン、0.1mM ピリドキサールリン酸の組成を有する反応液に、0.005mlの無細胞抽出液を添加して全量0.06mlとした反応混合物を、30℃にて、5分間反応させた。5分後、ホルムアルデヒドキット−テストワコー(和光純薬工業)に付属されたアルカリ試液(5N−水酸化カリウム)を0.06ml混和させることで反応を停止した。以降、キット付帯のマニュアルに従い、ホルムアルデヒドの検出反応を行い、550nmの吸光度を測定し、生成したホルムアルデヒド量を求め活性を算出した。結果を表2に示す。
Figure 2009091045
<実施例16>JM109/pSFNRHMT−Y339Sを用いたBnSの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S一白金耳分を、3mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で16.5時間培養を行った。得られた菌体を、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に2.5ml接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた培養液10mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、10mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。この菌体懸濁液0.2mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−フェニルアラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で10分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM 硫酸銅を100μl加え、菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(10% イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、定量的なα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例17>JM109/pSFNRHMT−Y339Sを用いたiBuSの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S一白金耳分を、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で一晩振とう培養した。得られた培養液10mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、10mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。この菌体懸濁液1mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−ロイシン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で30分反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM硫酸銅を100μl加え、菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(5%イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、4.6mMのα−イソブチル−セリンの生成が確認された。
<実施例18>JM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを用いたBnSの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSF
NRHMT−Y339S−N19Sを350mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃で17時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、50mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、反応溶液に加えた(30mM L−フェニルアラニン、45mM ホルムアルデヒド、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、200ml)。30℃で5時間撹拌した後、反応混合物20μlに4mM 硫酸銅を100μl、水80μlを加え菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(10% イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、28.2mMのα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例19>JM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを用いたBnSの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSF
NRHMT−Y339S−N19Sを700mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃で17時間培養を行った。培養液を2つ(350ml)にわけ、それぞれを遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、50mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄した。洗浄後、350ml分の菌体を反応溶液に加えた(60mM L−フェニルアラニン、90mM ホルムアルデヒド、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、200ml)。30℃で6.5時間撹拌したところで350ml分の菌体を加えさらに15時間撹拌した。反応終了後、反応混合物20μlに4mM 硫酸銅を100μl、水80μlを加え菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(10% イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、57.6mMのα−ベンジル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例20>α−ベンジル−L−セリンの精製
実施例18で得られた反応混合物から遠心分離(8,000×g、10分)により簡単に除菌を行った。得られた溶液に硫酸を加え、pHを3に調整し、50℃にて2時間溶存タンパクの加熱凝集を行った。これを0.2μmのMFにてろ過を行った。この溶液を強酸性カチオン交換樹脂(アルドリッチ製 アンバーライトIR120)40mlを充填したカラムにフィードし、α−ベンジル−L−セリンを吸着させた。樹脂量の2.5倍の水を貫流して洗浄した後、1M アンモニア水を用いて溶離させ、10mlごとに集めた。得られたフラクションの2番目から10番目までを減圧下濃縮を行い、アンモニアを概ね除去した。得られた結晶を減圧下50℃にて一晩乾燥することにより、1.57g(93wt%)のα−ベンジル−L−セリンの結晶を得た。
<実施例21>α−ベンジル−L−セリンの精製
実施例20と同様に強酸性カチオン交換樹脂(アルドリッチ製 アンバーライトIR120)の精製で得られた184mgのα−ベンジル−L−セリンを含む粗結晶841mg(22wt%)を約5mlの水に溶解し、この溶液を合成吸着剤(三菱化学製 SP207)17mlを充填したカラムにフィードし、水で溶出させた。α−ベンジル−L−セリンを含むフラクションを集め、減圧下濃縮を行い、減圧下50℃にて一晩乾燥することにより、174mg(97wt%)のα−ベンジル−L−セリンの結晶を得た。この結晶の旋光度を測定したところ[α]20 =+16.8(C 0.79、HO)であり文献記載値と一致を示した。文献値[α]20 =+16.4(C 0.81、HO)(Synlett 1997、253.)
<実施例22>α−メチルチオエチル−L−セリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを750mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃で17時間培養を行った。遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、50mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、反応溶液に加えた(60mM L−メチオニン、90mM ホルムアルデヒド、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、200ml)。30℃で23時間撹拌後、反応混合物20μlに4mM 硫酸銅を100μl、水80μlを加え菌体を遠心分離(18,000×g、5分)後、SumichiralOA−5000(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:2mM 硫酸銅水溶液(2% イソプロピルアルコール)、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、46mMのα−メチルチオエチル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例23>α−メチルチオエチル−L−セリンの精製
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを750mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃で17時間培養を行った。培養液を2つ(350ml+400ml)にわけ、それぞれを遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、50mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄した。洗浄後、350ml分の菌体を反応溶液に加えた(60mM L−メチオニン、90mM ホルムアルデヒド、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)、200ml)。30℃で4時間撹拌し、400ml分の菌体を加えさらに18時間撹拌し、残存量に合わせて菌体とホルムアルデヒドを加えた。反応混合物から遠心分離(8,000×g、10分)により簡単に除菌を行った。得られた溶液に硫酸を加え、pHを2.5に調整し、50℃にて1時間溶存タンパクの加熱凝集を行った。不溶物を遠心分離(8,000×g、10分)により除去し、0.45μmのMFにてろ過を行った。この溶液を強酸性カチオン交換樹脂(アルドリッチ製 アンバーライトIR120)40mlを充填したカラムにフィードし、α−メチルチオエチル−L−セリンを吸着させた。樹脂量の2.5倍の水を貫流して洗浄した後、1M アンモニア水を用いて溶離させ、10mlごとに集めた。得られたフラクションの2番目から10番目までを減圧下濃縮を行い、アンモニアを概ね除去した。得られた結晶を減圧下50℃にて一晩乾燥することにより、1.40g(98wt%)のα−メチルチオエチル−L−セリンの結晶を得た。この結晶の旋光度を測定したところ[α]20 =−21.7(C 1、5N HCl)であり文献記載値と一致を示した。文献値[α]20 =−10.5(C 1、5N HCl)(J.Peptide Sci.2001、7、619.)
<実施例24>α−メチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mMピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)30mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液50mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−アラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−メチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例25>α−カルバモイルメチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)30mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液50mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−アスパラギン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−カルバモイルメチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例26>α−チオメチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mMピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)30mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液50mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−システイン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−チオメチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例27>α−インドールメチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)30mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液50mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−トリプトファン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−インドールメチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例28>α−sec−ブチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)30mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液50mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−イソロイシン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−sec−ブチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例29>α−p−ヒドロシキ−ベンジルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを50mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃で18時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離にて集菌した後、50mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗菌し、同緩衝液5mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(8,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。得られた無細胞抽出液を1mML チロシン、3mM ホルムアルデヒド、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液に53.3μl添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−p−ヒドロシキ−ベンジルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例30>α−シクロヘキシルメチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃で17時間培養を行った。得られた菌体を遠心分離にて集菌した後、50mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて洗菌し、同緩衝液5mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(8,000×g、10分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。得られた無細胞抽出液を12.5mM シクロヘキシルアラニン、3mM ホルムアルデヒド、0.1mM ピリドキサールリン酸、50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液に59μl添加し、30℃で30分間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−シクロヘキシルメチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例31>JM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを用いたメチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃、120往復/分で16時間培養を行った。得られた培養液の10mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、10mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。この菌体懸濁液1mlから遠心分離(18,000×g、10分)により集菌した菌体に、30mM ホルムアルデヒド、30mM L−アラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM硫酸銅を100μl加え、菌体を遠心分離(18,000×g、5分)した。得られた溶液の100μlに水100μlを加えSumichiralOA−6100(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:0.5mM硫酸銅水溶液、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、3.4mMのα−メチル−L−セリンの生成が確認された。
<実施例32>α−エチルセリン合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた培養液の10mlから菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)10mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM S−2−アミノ−n−酪酸、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−エチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例33>α−プロピルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた培養液の10mlから菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)10mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−ノルバリン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−プロピルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例34>α−ブチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むLB培地に接種し、37℃、120往復/分で17時間培養した。得られた培養液の10mlから菌体を遠心分離(8,000×g、10分)にて集菌した後、0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)10mlを用いて洗菌し、同じ緩衝液10mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液2mlから遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により集菌した菌体に、10mM ホルムアルデヒド、30mM L−ノルロイシン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)からなる溶液100μlを添加し、30℃で1時間反応した。反応終了後、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)により得られる上澄み液のESI−MS分析を行ったところ、α−ブチルセリンの分子イオンピークが観測された。
<実施例35>JM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sの無細胞抽出液を用いたメチルセリンの合成
100mg/lのアンピシリンを含むLB寒天培地で一晩培養したJM109/pSFNRHMT−Y339S−N19Sを、500ml容の坂口フラスコ内の50mlの100mg/lのアンピシリンを含むTB培地(12g/l トリプトン、24g/l 酵母エキス、2.3g/l リン酸二水素カリウム、12.5g/l リン酸水素二カリウム、4g/l グリセロール)に接種し、37℃、120往復/分で16時間培養を行った。得られた培養液の40mlから遠心分離(8,000×g、10分)により集菌した後、40mlの0.1mM ピリドキサールリン酸を含む50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)を用いて菌体を洗浄し、同じ緩衝液4mlを用いて菌体懸濁液を調製した。菌体懸濁液を超音波破砕処理して菌体を破砕し、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)を行い、得られる上澄み液を無細胞抽出液とした。30mM ホルムアルデヒド、30mM L−アラニン、0.1mM ピリドキサールリン酸、および50mM リン酸カリウム緩衝液(pH7.4)の組成を有する反応液に、0.034mlの無細胞抽出液を添加して全量0.1mlとした反応混合物を、30℃にて、1時間反応させた。なお、ホルムアルデヒドはナカライテスク株式会社製の特級ホルムアルデヒド液[コード番号:16223−55]を用いた。反応終了後、反応混合物に4mM 硫酸銅を100μl加え、遠心分離(18,000×g、5分、4℃)した。得られた溶液の100μlに水100μlを加えSumichiralOA−6100(住化分析センター)によりHPLC分析を行った(移動相:0.5mM硫酸銅水溶液、カラム温度:30℃、流速:1ml/分、検出:UV230nm)。その結果、19.5mMのα−メチル−L−セリンの生成が確認された。
本発明はアミノ酸の製法に係る産業において有用である。本発明は、各種のセリン誘導体、光学活性アミノ酸の製造に寄与し、例えば医薬中間体などの製法として利用されることが期待される。
配列番号1:Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのN末端アミノ酸配列
配列番号2:プライマーSEQA
配列番号3:プライマーSEQB
配列番号4:Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼをコードする核酸配列(ORF)
配列番号5:Rhodococcus sp.(AJ110611株)由来2−ベンジルセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼのアミノ酸配列
配列番号6:プライマーS11F
配列番号7:プライマーS12R
配列番号8:プライマーY339SF
配列番号9:プライマーY339SR
配列番号10:プライマーY339HF
配列番号11:プライマーY339HR
配列番号12:プライマーY339NF
配列番号13:プライマーY339NR
配列番号14:プライマーN19SF
配列番号15:プライマーN19SR

Claims (19)

  1. 酵素の存在下で、式(I):
    Figure 2009091045
    (式(I)において、R1は、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるα−アミノ酸と、式(II):
    Figure 2009091045
    (式(II)においてR2は、水素、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるアルデヒドとを反応させ、式(III):
    Figure 2009091045
    (式(III)におけるR1は、式(I)中のR1と同じであり、式(III)におけるR2は式(II)中のR2と同じ)
    に示されるセリン誘導体を生成させるセリン誘導体の製造方法であって、
    前記酵素が、下記(A)および(B):
    (A)配列番号5に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質、
    (B)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、置換、欠失、挿入、および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列を有し、かつ、式(III)に示されるセリン誘導体を生成する前記反応を触媒する活性を有するタンパク質、
    からなる群より選ばれる1種または2種以上のタンパク質である、セリン誘導体の製造方法。
  2. 前記(B)のタンパク質が、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第339番目の部位に位置するチロシンが、セリン、ヒスチジンおよびアスパラギンからなる群より選ばれるいずれか1つのアミノ酸に置換された配列を備えるタンパク質である、請求項1に記載のセリン誘導体の製造方法。
  3. 前記(B)のタンパク質が、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第19番目の部位に位置するアスパラギンがセリンに置換された配列を備えるタンパク質である、請求項1または2に記載のセリン誘導体の製造方法。
  4. ロドコッカス(Rhodococcus)属に属する微生物に由来し、式(I):
    Figure 2009091045
    (式(I)において、R1は、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるα−アミノ酸と、式(II):
    Figure 2009091045

    (式(II)においてR2は、水素、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるアルデヒドとから、式(III):
    Figure 2009091045

    (式(III)におけるR1は、式(I)中のR1と同じであり、式(III)におけるR2は式(II)中のR2と同じ)
    に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質の存在下で、式(I)に示されるα−アミノ酸と、式(II)に示されるアルデヒドとを反応させて式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、セリン誘導体の製造方法。
  5. 前記酵素を生産する微生物と、前記式(I)に示されるα−アミノ酸および式(II)に示されるアルデヒドとを混合し、前記式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、請求項1から4のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  6. 前記酵素を生産する微生物を含む培養物と、前記式(I)に示されるα−アミノ酸および前記式(II)に示されるアルデヒドとを混合し、前記式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、請求項1から4のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  7. 前記酵素を生産する微生物の菌体処理物と、前記式(I)に示されるα−アミノ酸および前記式(II)に示されるアルデヒドとを混合し、前記式(III)に示されるセリン誘導体を生成せしめる、請求項1から4のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  8. 前記式(I)に示されアミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、メチオニン、アラニン、システイン、トリプトファン、イソロイシン、シクロヘキシルアラニン、2−アミノ−n−酪酸、2−アミノ吉草酸、および2−アミノヘキサン酸からなる群より選ばれる1種または2種以上のアミノ酸である、請求項1から7のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  9. 前記式(I)に示されるアミノ酸が、α−フェニルアラニンであり、前記式(III)に示されるセリン誘導体がα−ベンジルセリンである、請求項1から7のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  10. 前記式(I)に示されるアミノ酸が、α−ロイシンであり、前記式(III)に示されるセリン誘導体がα−イソブチルセリンである、請求項1から7のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  11. 前記式(I)に示されるアミノ酸が、α−メチオニンであり、前記式(III)に示されるセリン誘導体がα−メチルチオエチルセリンである、請求項1から7のいずれか一項に記載のセリン誘導体の製造方法。
  12. ロドコッカス(Rhodococcus)属に属する微生物に由来し、式(I):
    Figure 2009091045
    (式(I)において、R1は、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるα−アミノ酸と、式(II):
    Figure 2009091045
    (式(II)においてR2は、水素、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるアルデヒドとから、式(III):
    Figure 2009091045
    (式(III)におけるR1は、式(I)中のR1と同じであり、式(III)におけるR2は式(II)中のR2と同じ)
    に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質。
  13. 式(I):
    Figure 2009091045
    (式(I)において、R1は、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるα−アミノ酸と、式(II):
    Figure 2009091045
    (式(II)においてR2は、水素、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    に示されるアルデヒドとから、式(III):
    Figure 2009091045
    (式(III)におけるR1は、式(I)中のR1と同じであり、式(III)におけるR2は式(II)中のR2と同じ)
    に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有する、下記(A)および(B):
    (A)配列番号5に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質、
    (B)配列番号5に記載のアミノ酸配列において、置換、欠失、挿入、および付加からなる群より選ばれる1または数個のアミノ酸の変異を含むアミノ酸配列を有するタンパク質、
    からなる群より選ばれる1種または2種以上のタンパク質。
  14. 前記(B)のタンパク質が、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第339番目の部位に位置するチロシンが、セリン、ヒスチジンおよびアスパラギンからなる群より選ばれるいずれかの一つのアミノ酸に置換された配列を備える、請求項13に記載のタンパク質。
  15. 前記(B)のタンパク質が、さらに、配列番号5に記載のアミノ酸配列において第19番目の部位に位置するアスパラギンがセリンに置換された配列を備える、請求項14に記載のタンパク質。
  16. 請求項12から15のいずれか一項に記載のタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
  17. 下記(a)および(b)からなる群から選ばれるポリヌクレオチド。
    (a)配列番号4に記載の塩基配列を有するポリヌクレオチド
    (b)配列番号4に記載の塩基配列と相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下においてハイブリダイズし、かつ、式(I):
    Figure 2009091045
    (式(I)において、R1は、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    のα−アミノ酸と下記式(II):
    Figure 2009091045
    (式(II)においてR2は、水素、炭素数1〜7のアルキル基、炭素数6〜14のアリール基、炭素数3〜10のシクロアルキル基、炭素数7〜19のアラルキル基、炭素数2〜11のアルコキシアルキル基、これらの炭素骨格中にヘテロ原子を含む基、およびこれらの炭素骨格中に炭素−炭素不飽和結合を含む基からなる群より選ばれ、これらの基は直鎖であっても分岐していてもよく、炭素骨格中に脂環炭化水素構造を有していてもよく、さらに置換基を有していてもよい)
    のアルデヒドと反応させて、式(III):
    Figure 2009091045
    (式(III)におけるR1は、式(I)中のR1と同じであり、式(III)におけるR2は式(II)中のR2と同じ)
    に示されるセリン誘導体を生成する反応を触媒する活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
  18. 請求項16または17に記載のポリヌクレオチドで形質転換された細胞。
  19. 前記細胞が、エシェリヒア・コリを宿主として形質転換された細胞である、請求項18に記載の細胞。
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