JPS60201256A - 特定のポリヌクレオチド配列の検出方法、検出用試薬系及び試験キツト - Google Patents

特定のポリヌクレオチド配列の検出方法、検出用試薬系及び試験キツト

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JPS60201256A
JPS60201256A JP26009884A JP26009884A JPS60201256A JP S60201256 A JPS60201256 A JP S60201256A JP 26009884 A JP26009884 A JP 26009884A JP 26009884 A JP26009884 A JP 26009884A JP S60201256 A JPS60201256 A JP S60201256A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 皮粟上亘剋朋分亘 本発明は、特定のポリヌクレオチド配列を検出するた吟
の核酸ハイブリッド形成分析法及び試薬系に関する。核
酸ハイブリッド形成分析法の原理は、特定のポリヌクレ
オチド塩基配列を測定し、小離する手段として組換えD
NAの分野の研究者によって開発された。2本鎖形を変
性することによって得られるような1本鎖核酸、例えば
DNA及びRNAは、適切な条件下に、相補性1本鎖核
酸とハイブリッドを形成するか又は組換えられることが
判明した。ある種の容易に検出可能な化学基でそのよう
な相補性プローブ核酸を標識することによって、1本鎖
形の試料核酸を含む試験媒体中の問題のポリヌクレオチ
ド配列の存在を検出することが可能になった。
分析的ハイブリッド形成技術を組換えDNA分野に加え
て、ヒト及び獣医学、農業並びに殊に食品科学の分野で
重要なポリヌクレオチドの検出に適用することができる
。特に、病原体、例えば細菌及びウィルスの検出及び同
定、抗生物質耐性菌のスクリーニング、遺伝病、例えば
鎌型赤血球貧血症及び地中海貧血症の診断の補助及び癌
細胞の検出に前記技術を使用することができる。この技
術の概要並びにその現在及び未来における意義は、バイ
オチクノロシイ(Biotechnology ) (
1983年8月)、471〜478頁に記載されている
従来■吸肛 下記の情報は、本発明に関係あると出願人の考える情報
を開示する目的で示すものである。下記の情報のいずれ
かが本発明に対し先行技術を構成することを、必ずしも
認めるものではなく、また解説するものでもない。
現在の技術水準の核酸ハイブリッド形成分析技術は、一
般に、ハイブリッドを形成した標識プローブ及びハイプ
リントを形成していない標識プローブの分離を含む。こ
の必要な分離工程は、通常、固体担持物質上に試料核酸
又は核酸プローブを固定することによって促進される。
一般に、試料核酸中の問題の特定の塩基配列又は遺伝子
と標識形のプローブ核酸との間でのハイブリッド形成は
、固体担持物質を未ハイブリッド形成プローブを含む残
りの反応混合物から分離し、次いで、固体担持物質上の
標識を検出することによって検出される。
核酸ハイブリッド形成分析を実施するための分析操作を
簡易化する努力が続けられている。これらの努力の第一
の目標は、臨床的実験室で簡便にかり密性で実施しうる
点まで操作の複雑さを軽減することである。分離工程の
必要は、これらの努力の進歩を苛酷に妨げる。分離工程
は、分析的に再現可能に実施するためには相当の熟練を
要し、容易には自動化又は高容量試験に適合されない物
理的操作である。
更に、試料核酸の固定を含む従来法では、二つの重要な
困難に遭遇する。第一に、固定を実施するのに必要な操
作は、一般に、時間を浪費し、臨床的実験室でこの技術
の富用には不所望な別の工程を付加する。第二に、特に
臨床試料の場合に、不均質試料中の蛋白質及び他の物質
が、固定操作を妨害することがある。
試料核酸を固定し、標識プローブを添加する代わりに、
固定されたプローブを使用し、試料核酸をその場で標識
するか、又は2種のプローブ(一方は固定され、他方は
標識されている)を必要とする二重ハイブリッド形成技
術を使用することができる。しかし、前者は、試料核酸
のその場での標識に、臨床技術者に普通とは認められな
い高度の技術的熟練を必要とし、標識率を監視する簡単
で、信頼性のある方法がない(標識媒体が標識反応の抑
制因子を種々の量で含む場合に重要な問題となろうる)
ので、あまり望ましくない。二重ハイブリッド形成技術
は、付加的試薬及び静置工程を必要とするという欠点を
有し、ハイブリッド形成反応の速度は遅く、効率的でな
い。2つのプローブの試料配列との相補性が変動する場
合には、分析の精度も変動することがある。
前記の問題の若干は、固定されたRNAプローブを使用
し、生成する固定されたDNA −RNA又はRNA 
−RNAハイブリッドを標識付き特異的抗−ハイブリッ
ド抗体で検出することによって解決される(1984年
6月1日に出願された米国特許出願616.132号明
細書参照〕。この技術はなお分離工程を必要とし、従っ
て前記の分離工程を必要とするすべてのハイブリッド形
成技術に共通の欠点を有する。
米国特許第3.996.345号、同第4,233,4
02号及び同第4,275,149号明細書には、酵素
対及びエネルギー移動反応を使用する免疫分析法によっ
て抗原を検出する分析法が記載されている。
欧州特許出願箱70,685号明細書は、未ハイブリッ
ド形成プローブからハイブリッド形成プローブを物理的
に分離する必要をなくしたハイブリッド形成分析法を提
案している。問題のポリヌクレオチド配列上の隣接領域
にハイブリッドを形成する一対のプローブを使用し、一
方のプローブを化学発光触媒、例えば酵素ペルオキシダ
ーゼで標識し、他方を化学発光光線に対する吸収剤分子
で標識することが提案されている。触媒及び吸収剤標識
は、ハイブリッドを形成したときに、吸収剤分子へのエ
ネルギー移動によって化学発光の消光が観察されるよう
に、各プローブの隣接末端付近に存在しなければならな
い。このような分析を実施するには、試料核酸にハイブ
リッドを形成したときに、現実にハイブリッド形成を受
ける各標識プo −7’セグメントの親和性に影響する
ことなく、各標識が消光配置に配向されるように2種の
臨界的プローブ試薬を制御可能に合成できなければなら
ない。
光肌勿■斐 ハイブリッド形成プローブに関して、未ハイブリッド形
成プローブに比べて測定可能に異なる検出可能なシグナ
ルを生じる近位反応性の、標識された対を使用すること
に基づいて核酸ハイブリッド形成分析法を工夫した。こ
の方法では、ハイブリッド形成プローブと未ハイブリッ
ド形成プローブとを分離する必要がなく、分析の実施及
び自動化を著しく促進する。更に、分析シグナルは、非
放射性同位元素であり、これにより分析に便利な別の基
準に適合し、放射能に関係しない検出系を使用する。
本発明によれば、試験試料中の特定のポリヌクレオチド
配列は、検出すべき配列と、生成するハイブリッドが2
種の異なる特異結合試薬に対する結合部位を有するよう
に、相補性配列を有する核酸プローブとの間でハイブリ
ッドを形成させることによって検出される。このような
結合試薬の一方は第一の標識を含み、他方は第二の標識
を含み、2種の標識が反応して、2種の標識付き試薬が
同じハイブリッドに結合している場合に、そのように結
合していない場合に比べて、正又は負で、測定可能に異
なる検出可能な応答を生じる。同一のハイブリッドに結
合した場合、2種の標識は相互の近位反応距離内に存在
し、これによりバルク溶液中で3IfIi21tの拡散
可能な標識付き試薬の間で起こるあまり頻繁でない反応
に比べて、2種の標識の間のシグナルに影響する反応を
実質的に増加する。
2種の標識の間の好ましい反応は、連続反応であって、
第一の標識が第一の化学反応に関与して拡散可能な生成
物を生じ、この生成物は第二の標識との第二の化学反応
への関与物質であり、検出可能な生成物を生じる。第−
及び第二の標識が触媒、例えばそれぞれ第−及び第二の
化学反応用の酵素であるのが特に好ましい。例えば、第
一の標識がグルコースオキシダーゼであり、第二の標識
がペルオキシダーゼである場合、グルコースにグルコー
スオキシダーゼを作用させることによって製造される過
酸化水素は、適当な指示薬色素組成物の存在で光学的シ
グナルとして検出可能なペルオキシダーゼ標識へ拡散す
る。別の好ましい標識対は、螢光物質又は発光物質と第
一の標識の光の放出に対する消光物質のように、エネル
ギー移動反応に関係するものである。
使用する特異的結合試薬の性質に関しては、原則として
二つのうち少なくとも一方が未ハイブリッド形成核酸に
比べて、分析中に形成したハイブリッドに対して特異な
部位に結合しなければならない。それというのは、シグ
ナルの発生がそのようなハイブリッドの形成に左右され
なければならないからである。この場合に、このような
特異結合試薬は、分析混合物に存在する1本鎖核酸より
もこのハイブリッドに対して選択的な抗体であるのが好
ましい。以下に詳述するように、種々の第二の結合試薬
を使用することができる。
本発明は、多数の重要な利点を有することを特徴とする
。分離工程を省いたという根本的利点とともに、試料又
はプローブ核酸を固定(一般に使用されるハイブリッド
形成技術で非特異的結合及び再現性の問題を起こす)す
る必要がない。更に、ハイブリッド形成速度は、固定さ
れたハイブリッド形成可能な対の1本鎖を用いる系に比
べて溶液中で著しく早い。洗浄工程なく、分析を実施し
うろことは付加的利点である。不溶性担持物質を洗浄す
る必要なく、ハイブリッド形成媒体に分析試薬を連続的
に添加することができる。
本発明の重要な特徴は、更に、2本鎖デユーブレックス
(duplex)が第−及び第二の標識付き試薬に対し
て多数の結合部位を含むことができるので、使用する検
出系が特に効率的であることである。その結果、ハイブ
リッド形成プローブ1単位当たり多量の第−及び第二の
標識が相互に反応する立体配置に集成される。RNA 
−DNA又はRNA −RNAハイブリッドに対する抗
体を考慮すると、一方の標識付き抗体はそれぞれ約10
塩基対のハイブリッドに結合することができる。プロー
ブが、例えば塩基500111i1の長さである場合、
40〜50個の抗体が結合することができる。標識付き
結合蛋白質によって認識されるリガンドを塩基5〜20
IIIi1当たり1個のりガントの水準でプローブ中に
導入することができる。低濃度のハイブリッドを検出し
なければならない場合には、ハイブリッド上に多数の結
合部位の存在を有利に使用することができる。
好皿卸田1悲関皿 分析手段としての核酸ハイブリッド形成の使用は、基本
的には、DNAの2本鎖デユープレックス構造に基づく
。2重鎮DNAにおける各鎖のプリン塩基とピリミジン
塩基との間の水素結合は、可逆的に破壊されうる。DN
Aのこの”融解”又はパ変性”から生しるDNAの2種
の相補性1本鎖は会合して(しばしば、再アニール又は
ハイブリッド形成と言われる)、デユープレックス構造
を再形成するであろう。現在では周知のとおり、適切な
条件下で第二の1本鎖核酸に対して充分に相補的な(即
ち第二の1本鎖核酸と″相同な”)塩基配列を含む第一
の1本鎖核酸、即ちDNA又はRN Aを接触させると
、場合によりDNA −DNA、RNA・DNA又はR
NA −RNAハイブリッドを形成する。
プローブ プローブは検出すべき配列と実質的に相補的又は相同な
1本鎖塩基配列を少なくとも1種含む。
しかし、このような塩基配列は一本の連続的ポリヌクレ
オチド断片である必要はなく、非相同配列によって遮断
された2以上の個々の断片から成っていてもよい。これ
らの非相同配列は線状であるか、又は自己相補的で、ヘ
アピンループを形成することができる。更に、プローブ
の相同領域は、非相同配列、例えば相同配列が増殖のた
め挿入されたベクターのDNA又はRNAを含む配列に
よって3′−末端及び5′−末端でフランキング(fl
anking)されていてもよい。いずれにしても、分
析試薬として提供されたプローブは、1以上の点で問題
の試料核酸と検出可能なハイブリッド形成を示すであろ
う。線状又は環状1本鎖ポリヌクレオチドをプローブ沃
素として使用することができ、大部分又は小部分は相補
性ポリヌクレオチド鎮と重複しているが、臨界相同断片
は1本鎖の形で存在し、試料DNA又はRNAとハイブ
リッド形成に利用することができる。一般に、実質的に
1本鎖の形で存在するプローブを使用するのが好ましい
。特定の分析に適当なプローブの調製は、常法で行われ
る。
標識対 本発明の原理によれば、問題のポルヌクレオチド配列の
存在に依存してハイブリッドを形成し、ハイブリッドに
標識付き試薬を結合すると、2種の標識は、それらの反
応によって生じるシグナルがバルク分析媒体に簡単に拡
散する間に遭遇物質(encounter )によって
製造されるものとは測定可能に異なるように一定の距離
内に一緒にもたらされる。種々の反応現象を本発明に適
用することができる。反応は化学的、物理的又は電気的
であるか、或いはこれらの力の組合せであってよい。
ハイブリッドを形成し、形成したハイブリッドに標識付
き試薬を結合させたときに生じる標識の環境(結合され
たハイブリッドの環境と言う)は、少なくとも一つの重
要な点でバルク媒体とは明らかに異なっていなければな
らない。ハイブリッド形成は、バルク相に比べて極在化
したハイブリッド環境を生じる標識の割合を測定するの
で、生じるシグナル応答は、分析媒体中で測定されるべ
き配列の存在に左右される。
2種の標識の好ましい反応は、一方の標識が第一の反応
に関与して拡散可能な媒介生成物を生じ、その媒介生成
物は第二の標識と第二の反応に関与して検出可能の生成
物を生じる2種の化学反応を含む。結合したハイブリッ
ドの微少環境は、バルク溶液より高度に極在化した濃度
の媒介生成物を含み、シグナルを生じる第二の標識の反
応速度を増加する。2種の標識は、それぞれ反応体とし
て又は好ましくは、触媒として反応に関与する。関係す
る触媒反応は、酵素によるものか又は酵素によらないも
のでもよい。
本発明に種々の酵素及び触媒を適用することができ、そ
の選択はこの分野の当業者が自由に選択できるであろう
。第一の反応に有用な酵素は、オキシドレダクターゼ、
特にヌクレオチド類、例えばニコチンアミドアデニンジ
ヌクレオチド(NAD)又はその還元型(NADH)又
はアデノシントリホスフェート(ATP)を補助因子と
して使用する酵素、又は過酸化水素若しくは他の少量の
拡散可能の生成物を生じる酵素である。若干の例を挙げ
れば、アルコールデヒドロゲナーゼ、グリセロールデヒ
ドロゲナーゼ、乳酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒド
ロゲナーゼ、グルコース−6−ボスフェートデヒドロゲ
ナーゼ、グルコースオキシダーゼ及びウリカーゼがある
。他の種類の酵素、例えばヒドロラーゼ、トランスフェ
ラーゼ、リアーゼ及びイソメラーゼを使用することもで
きる。第二の標識が酵素であり、第一の酵素反応の生成
物が第二の酵素に対する基質又は補助因子であって、結
合したハイブリッドの環境において迅速な酵素反応を起
こすのが特に好ましい。例えば、第一の酵素が生成物と
して過酸化水素を生成するオキシドレダクターゼである
場合、第二の酵素はペルオキシダーゼであってよい。有
用な酵素の詳細なリスト及び説明は、米国特許第4.2
33,402号及び同第4,275,149号明細書に
あり、これらを参上として本明細書に含める。他の有用
な系は、第一の標識として、アポ酵素又はプロ酵素に対
する補欠分子団を生成する反応を触媒する酵素を含む。
非酵素触媒は前記のように標識として作用することもで
きる。例えば、米国特許第4,160,645号明細書
参照。
標識間の好ましい反応は、更にエネルギー移動反応であ
る。第一の標識は光放出性物質、例えば螢光物質又は発
光物質であり、前者は照射したときに発光し、後者は化
学反応で発光する。光の放出は、第二の標識によって吸
収されて発光を消光するか又は吸収性標識が螢光物質自
体である場合のように第二の発光を生じる。この作用に
有用な化合物の対合は、米国特許第4,275,149
号及び同第4,318,981号明細書に詳細に記載さ
れている。
若干の好ましい螢光物質/消光物質対は、ナフタリン/
アントラセン、α−ナフチルアミン/ダンシル、トリプ
トファン/ダンシル、ダンシル/フルオレセイン、フル
オレセイン/ローダミン、トリプトファン/フルオレセ
イン、N−(p−(2−ベンズオキサシリル)フェニル
コマレイミド(BPM)/チオクローム、BPM/8−
アニリノ−1−ナフタリンスルボネート(ANS) 、
チオクローム/N−(4−ジメチルアミノ−3,5−ジ
ニトロフェニル)マレイミド(DDPM)及びANS/
DDPMである。好ましい発光物質/消光物質対はルミ
ノールとフルオレセイン、エオシン又はローダミンSで
ある。
本発明の範囲を逸脱することなく、必要に応じて種々に
変性した標識付き試薬を使用することができる。一つの
変形では、一方の標識付き試薬が固相を含み、その固相
に結合物質及び別に標識を結合させる。固相は、反応容
器の壁又は分散された固体、例えばポリアクリルアミド
又はアガロースビードであってよい。また、結合物質を
結合可能なリガンド、例えばハプテン又はビオチンで修
飾し、ハイブリッド形成反応前又は後に標識付き抗−ハ
ブテン抗体又は標識付きアビジンの添加により標識を導
入することができる。従って、標識を直接又は中間成分
を介して間接的に結合物質に結合させうろことが判る。
結合試薬 本発明の重要な点は、プローブと問題のポリヌクレオチ
ド配列との間で、2種の特異結合試薬に対して結合部位
を有するハイブリッドを形成させることである。分析の
原理は、プローブと所望の配列とのハイブリッドを形成
させて、標識が相互の近位反応距離内に来るように2種
の結合試薬に対する各結合部位を一緒にする。2種の標
識付き試薬の少なくとも1種に対して、ハイブリッドに
特異的な結合部位を生じる系を使用することができる。
これにより、標識対の所望の極在化は、ハイブリッドを
形成したときにのみ起こることが確認されるであろう。
標識付き試薬とハイブリッドとの結合は、種々の生物学
的に誘導される物質、特に結合蛋白質、例えば免疫グロ
ブリンの特性であるように、通富、高度に特異的な非共
有結合であろう。種々の結合物質を使用して、1本鎖核
酸、例えば未ハイブリッド形成プローブ及び未ハイブリ
ッド形成試料核酸に対する結合親和性の少ないハイブリ
ッドに対して特異的結合親和性を有する結合試薬を少な
くとも1種牛じることができる。
特に好ましい結合物質は、抗−ハイブリッド結合活性を
有する抗体試薬であり、完全抗体又はその断片、又は品
用の多クローン性又は化クローン性の凝集物又は接合体
であってよい。好ましい抗体試薬は、(i)DNA・R
NA又はRNA −RNAハイブリッド又は(ii )
挿入複合体の結合に対して選択的な試薬である。1本鎖
核酸よりもDNA −RNA又はRNA −RNAハイ
ブリッドに対して選択的な抗体を刺激することは現在知
られており、DNA −DNAハイブリッドの場合には
そのような選択性を生じることは現在不可能であると占
えられている。将来、選択的DNA −DNA抗体が開
発されれば、それらを明らかに本発明に適用することが
できるであろう。プローブがRNAであり、試料核酸が
DNA又はRNAであるか、又はプローブがDNAであ
り、試料がRNAである場合、DNA−RNA又はRN
A−RNAハイブリッドに対する抗体を使用することが
できる。
更に、抗−DNA−RNA又は抗−RNA −RNA試
薬と共に使用されるRNAプローブに関して、プローブ
に含まれるすべてのヌクレオチドがリボヌクレオチド、
即ち2′−ヒドロキシ基を有するりポヌクレオチドであ
るわけではない。使用するRNAプローブの基本的特徴
は、このようなハイブリッドを形成する個々の1本鎖と
分析的に有意義な程度に交差反応しないRNAプローブ
を含むDNA・RNA又はRNA・RNAハイブリッド
に対する抗体を刺激するには充分に非−DNA性質であ
ることである。従って、プローブに含まれるヌクレオチ
ド上の2°−位の1個以上がデオキシ形で存在すること
ができるが、本発明の分析の実施に必要な抗体結合特性
は実質的に保持される。同様に、このような限定された
2゛−デオキシ修飾に加えて又はその代わりに、RNA
プローブはそのリボースホスフェート骨格に沿って他の
2“−修飾又は一般に他の任意の修飾を有するヌクレオ
チドを含んでいてよいが、明々の1本鎖に比べて2本鎖
ハイブリッド形成生成物に対する抗体の特異性を実質的
に妨害しない。
RNAプローブにこのような修飾が存在する場合、抗体
試薬を調製するため使用する免疫原は、実質的に対応す
る修飾を有する鎖と、試料RNAを検出するか、試料D
NAを検出する力〈によって実質的に未修飾のRNA又
はDNAである他方の鎖とを含むのが好ましい。免疫原
における修飾された鎖が、RNAプローブ中の修飾され
た鎖と同一であるのが好ましい。免疫原は、例えばハイ
ブリッドであるポリ (2’ −0−メチルアデニル酸
)・ポリ (2°−デオキシチミジル酸)である。更に
、ポリ (2’−0−エチルイノシン酸)・ポリ(リボ
シチジル酸)も免疫原である。下記のものは、RN A
プローブに含まれいてよい修飾ヌクレオチドの例である
: 2 ’−o−メチルリボヌクレオチド、2−0−エ
チルリボヌクレオチド、21−アジドデオキシリボヌク
レオチド、2′−クロロデオキシリボヌクレオチド、2
′−O−アセチルリボヌクレオチド及びリボヌクレオチ
ド若しくはデオキシリボヌクレオチドのメチルホスホネ
ート若しくはホスホロチオレートである。修飾ヌクレオ
チドは、鋳型からプローブの酵素合成の間に導入の結果
としてRNAプローブ中に現れうる。
例えば、アデノシン5 ’ −0−(1−チオトリホス
フェート)(ATPαS)及びdATPαSは、それぞ
れDNA依存RNAポリメラーゼ及びDNAポリメラー
ゼに対する基質である。また、プローブを製造した後、
化学的修飾を誘導することもできる。例えば、RNAプ
ローブを水性溶剤中で緩和な条件下に酢酸無水物で2°
−0−アセチル化することができる。
RNA −DNAハイブリッドに対して特異的な抗体を
刺激する免疫原は、ホモポリマー又はヘテロポリマーの
ポリヌクレオチドデユープレックスを含んでいてもよい
。可能なホモポリマーデユープレックスのうち、ポリ 
(rA) ・ポリ (dT)が特に好ましい〔北用及び
ストマー(Stollar )(1982) : Mo
1. Immunol、19 ; 413) 、しかし
ながら、一般にヘテロポリマーデユーブレ・ノクスを使
用するのが好ましく、RNAポリメラーゼによるφX1
74ウィルス粒子DNAの転写〔中里(1980)著;
 Biochem、19 : 2835)を含めて製造
することができる。選択したRNA −DNAデユープ
レックスをメチル化蛋白質に吸着させるか又は常用の免
疫原性担持物質、例えばウシ血清アルブミンに結合させ
、所望の宿主動物に注射する〔ストマー(1980) 
、Math、 Enzymol、 70 : 70も参
照〕。RNA −RNAデユープレックスに対する抗体
は、ウィルス、例えばレオウィルス又は殊にサトウキビ
に感染するフィシ(Fiji)病ウィルス由来の2本鎖
RNAに対して調製することができる。更に、ホモポリ
マーデユープレックス、例えばポリ (rl) ・ポリ
 (rC)又は殊にポリ (r^)・ポリ (rU)を
前記のように免疫するために使用することができる。R
NA −DNA及びRNA・RNAハイブリッドに対す
る抗体に関する情報は更に、1984年6月1日に出願
された米国特許出願第616.132号明細書に記載さ
れている。
挿入複合体に対する抗体を、通常、カチオン性蛋白質又
は蛋白質誘導体(例えば、メチル化ウシ血清アルブミン
)とアニオン性挿入物質−核酸複合体との間のイオン性
複合体を含む免疫原に対して製造することができる。理
想的には、挿入物質を2本鎮核酸に共有結合させる。或
いは、挿入物質−核酸接合体を担体蛋白質に共有結合さ
せることもできる。免疫原の核酸部分は、抗体の特異性
が一般に関係する特定の塩基配列←左右されないので、
分析ハイブリッドに見られる特定の対合配列を含むか又
は他の任意の所望の配列を含んでいてもよい。挿入複合
体に対する抗体に関する情報は、更に、1983年12
月12日に出願された米国特許第560.429号明細
書に記載されている。
前記のように、抗体試薬は完全な抗体、抗体断片、多官
能性抗体凝集物又は一般に抗体由来の1個以上の特異結
合部位を含む任意の物質から成る。
完全抗体の形である場合、これは公知の免疫グロブリン
、例えばIgG 、 IgM等の類及び小分類に属する
ことができる。ハイブリッド形成プローブに対する特異
結合親和性を保有するこのような抗体の断片、例えば、
従来Fab、P (ab’ )及びF (ab’ >2
として知られているtgcの断片を使用することもでき
る。更に、免疫グロブリン又はその断片の凝集物、ポリ
マー、誘導体及び接合体を必要に応じて使用することが
できる。
抗体試薬に対する免疫グロブリン源は、任意の利用可能
な方法、例えば音用の抗血清法及び単クローン法で得ら
れる。動物、例えばマウス、ウサギ、モルモット又はヤ
ギを適切な免疫原で免疫することを含む周知の技術によ
って抗血清を得ることができる。また、体細胞ハイブリ
ッド形成技術(一般に、単クローン性抗体と言われるも
のを生じる)によって、適切な免疫原を使用して、免疫
グロブリンを得ることができる。
挿入複合体に対して選択的な抗体試薬を結合試薬の一つ
として使用する場合には、種々の挿入化合物を使用する
ことができる。一般に、挿入化合物は低分子量で、平面
的で、通常、芳香族であるが、しばしば多環式の、通常
、塩基対の間に挿入することによって2重鎮核酸、例え
ばDNA・DNA、DNA−RNA又はRNA・RNA
デユープレックスと結合しうる分子であるのが好ましい
と言うことができる。−次結合のメカニズムは、通常、
非共有結合であり、共有結合は、挿入物質が挿入される
デユーブレックス鎖の一方又は両方上で隣接化学基と共
有結合を形成する反応性又は活性化可能な化学基を有す
る場合に、第二工程として起こる。挿入の結果、隣接塩
基対を正常な分離距離の約2倍に広げ、デユープレック
スの分子長を増加する。更に、挿入物質を適応させるに
は、約12〜36度の二重らせんの巻き戻しが起こらな
ければならない。一般的概要及びそれ以上の情報は、レ
ーマン(Lerman) 、J、 Mo1. Biol
、3 :1 B (1961) ;ブルームフィールド
(Bloomf 1eld)ら、“フィジカル・ケミス
トリイ・オブ・ニュークリイク・アシッド(Physi
cal Chemistry ofNucleic A
c1ds )″、7章429〜476頁、ハーバ−嗜ア
ンドeロウe(Harper and Rowe )、
ニューヨーク(1974) ;ワーリング(Warin
g)ネイヂ+−(Nature) 219 : 132
0 (196B) ; ハートマン(llartman
n)ら、^ngew、 Chem、、ung+、口d。
7 : 693 (1968) ;リパート(Lipp
ard )、^ccts、 Chem、 Res、 1
1:211 (197B) ;ウィルソン(Wilso
n) 、インターカレイション・ケミストリイ(Int
ercalation Chemistry ) (1
9B2) 445;及びベルマン(Bermann )
ら、Ann、 Rev。
Biophys、 Bioeng、 10 : 87 
(1981) i並びに前記米国特許出願第560,4
29号明細書から得ることができる。挿入物質は、例え
ばアクリジン染料、例えばアクリジンオレンジ、フエナ
ントリジン類、例えばエチジウム、フェナジン類、フロ
クマリン類、フェノチアジン類及びキノリン類である。
挿入複合体は、ハイブリッドを形成すると、挿入複合体
が形成するように、挿入物質を化学的に結合して有する
相補性1重鎮領域で修飾されたプローブを使用すること
によってハイブリッド形成の間に分析媒体中で形成され
る。このような結合を達成するため、本質的に任意の便
利な方法を使用することができる。通常、反応性、好ま
しくは光反応性挿入物質を用いて挿入を行い、次いで結
合反応を行うことによって結合が形成される。特に有用
な方法はアジド挿入物質に関係する。長波長紫外線又は
可視光線に曝すと、反応性ナイトレンが容易に発生する
。アリールアジドのナイトレンは転位生成物よりも挿入
反応生成物を優先する〔ホワイト (White ) 
ら、Methods in Enzymol。
46 : 644 (1977)参照〕。代表的アジド
挿入物質は3−アジドアクリジン、9−アジドアクリジ
ン、エチジウムモノアジド、エチジウムジアジド、エチ
ジウムダイマーアジド〔旧tchellら、JAC31
04: 4265 (19B2) ) 、4−アジド−
7−クロロキノリン及び2−アジドフルオレンである。
他の有用な光反応可能な挿入物質は、ピリミジン基を有
する(2+2)環状付加物を形成するフロクマリンであ
る。アルキル化剤、例えばビス−クロロエチルアミン類
及びエポキシド類又はアジリジン類、例えばアフラトキ
シン類、多環式炭化水素エポキシド、マイトマイシン及
びノルフィリンAを使用することもできる。次いで、挿
入物質修飾デユープレックスを修飾して、修飾1本鎮プ
ローブを生成する。
前記の操作を反復すると、少なくとも1種の結合試薬は
前記の型を有していなければならないが、所望の効果を
達成するため、ハイブリッドと他の核酸(プローブ及び
試料材料を含めて)のを区別する必要はないので、他の
結合試薬については大きい選択範囲がある。従って、第
二の結合試薬が前記の試薬に使用されるのと同一である
場合には、もちろん、第二の標識で標識することにより
分析試薬としては究極的に異なることを除い゛ζ前記の
試薬に使用するのと同−又は異なる結合試薬であフてよ
い。両方の結合試薬のための挿入複合体の結合に対して
選択的な抗体試薬を使用する場合には、通富、可溶性化
合物として添加するのとは反対に、プローブに化学的に
結合した挿入物質を有するように修飾されたプローブを
使用するのが好ましい。
また、第二の結合試薬はプローブを結合する任意の物質
であってよい。従って、これは核酸に非特異的に結合す
る抗体試薬、例えば抗−DNA・DNAであってよい。
別の実施態様では、特異結合リガンド部分を含むプロー
ブをこのようなりガント部分に対する結合相手である非
特異結合試薬と共に使用する。このような場合には、リ
ガンド部分/結合相手対を、ハプテン/抗体、抗原/抗
体、ビオチン/アビジン、レクチン/多糖類、ホルモン
/受容体蛋白質等のような公知物質から選択することが
できる。この点については、英国特許第2,019,4
08号明細書、欧州特許出願第63,879号及び同第
97,373号明細書並びにPCT公開出願第83−1
459号及び83−2286号公報を参照する。
結合したハイブリッドの臨界的微少環境が試料/プロー
ブニ重鎖のハイブリッド形成相補性領域の一部分又は全
体において作られるのが一般に好ましいが、原則として
、このような微少環境はそのような相補性領域及びフラ
ンキング(f lanking)領域の境界でも起こり
うる。このことは、前記のような結合試薬を使用して起
こりうる。更に、非特異的結合試薬としてプローブの2
本鎮フランキング領域上の結合部位に対する結合物質を
使用することができる。このような結合部位/結合相手
対は、例えばプロモーター配列(例えば、1ac−プロ
モーター、trp−プロモーター及びバタテリオファー
ジと会合したプロモーター)/ポリメラーゼ;lacオ
ペレーター/Iac リプレッサー蛋白質;及び抗原性
ヌクレオチド及び配列(例えばZ−DNA及び微量ヌク
レオチド、例えば5−ハロデオキシウリジン)/これに
対する抗体である。
次に、図面及び実施例に基づいて、本発明の分析法の若
干の実施態様を説明する。
第1図に示した方法は、問題の試料配列がRNAである
か、又は試料配列がDNAであり、プローブがRNAで
ある場合に、RNA又はDNAである未修飾ポリヌクレ
オチドプローブを使用したものである。結合試薬は、場
合によりRNA −DNA又はRNA・RNAハイブリ
ッドに対して選択的な同−又は異なる抗体試薬(^b)
である。一方の抗体試薬はグルコースオキシダーゼ(C
OD)で標識され、他方はペルオキシダーゼ(P OD
)で標識されている。グルコース及び過酸化水素に対す
る発色指示薬の存在で、発色の速度は惹起するハイブリ
ッド形成の程度に左右される。結合したハイブリッドに
おいては、グルコースオキシダーゼ及びペルオキシダー
ゼは、距離aの範囲にもたらされて、ペルオキシダーゼ
に対して過酸化水素の拡散が速いため発色速度が増加す
る。バルク媒体において、過酸化水素は、著しく異なる
速度で現れる発色を起こすためには、平均して距fii
tbだけ拡散しなければならない。場合により、カタラ
ーゼは、バンクグラウンドの色形成を減少させるために
結合したハイブリッドの微少環境から拡散して出る過酸
化水素をすべて有効に破壊するのに充分な濃度でバルク
溶液中に含まれていてもよい。
ビオチン(Bio )を代表的リガンドとして選択して
、リガンド修飾プローブの使用を第2図に示す。この場
合、COD標識結合試薬は、場合によりRNA −DN
A又はRNA・RNAに対する抗体であり、他方の結合
試薬はPOD標識アビジン(Av)である。方法Aの場
合と同様に発色を読み取る。
第3図に示した方法では、プローブは、方法Bにおける
ようなビオチン及び化学的に結合する挿入物質(1)で
二重に修飾されている。■を含む挿入複合体に対する抗
体を螢光物質(F)で標識し、アビジンを消光物質(Q
)で標識する。螢光物質及び消光物質標識は、第一の波
長の光で照射(hv+ )されると、放射されたエネル
ギー(hv2)が消光物質に吸収され、検出されなくな
るように、結合ハイブリッドにおけるエネルギー移動距
離aに来る。他方、バルク熔液中の螢光物質標識抗体は
、平均して、消光物質からbの距離にとどまり(有効に
エネルギー移動を起こすほど充分には近くない)、螢光
が観察される。検出されるhv2光の量は、惹起するハ
イブリッド形成の量に逆比例する。
反応混合物 分析すべき試験試料は、問題となる任意の媒体であって
よく、通常、医学、獣医学、環境、栄養又は工業上重要
な液体試料である。尿、血液(血清又は血漿)、羊水、
乳、脳を髄液、唾液、排泄物、肺アスピレー) (as
pirates ) 、喉スワブ(swab) 、生殖
器スワブ及び浸出物、直腸スワブ並びに鼻咽頭アスピレ
ートを含めて、ヒト及び動物の標本及び体液を特に、本
発明方法により分析することができる。試験すべき患者
又は他の源から得られる試験試料が、例えば細胞に含ま
れるような2重鎮核酸を主として含む場合、試料を処理
して核酸を変性し、必要に応じてまず、細胞から核酸を
放出させる。核酸の変性は、沸騰水中での加熱又はアル
カリ処理(例えば0.IN水酸化ナトリウム)によって
達成するのが好ましく、この処理を必要に応じ、同時に
細胞を溶解するため使用することができる。また、核酸
の放出は、例えば機械的破壊(凍結/解凍、研磨、音波
処理)、物理/化学的破壊〔洗浄剤、例えばトライトン
(Triton) 、ツイーン(Tween ) 、ド
デシル硫酸ナトリウム、アルカリ処理、浸透圧シヨツク
又は熱〕、又は酵素溶解(リゾチーム、プロテイナーゼ
K、ペプシン)によって得られる。生じる試験媒体は本
発明のハイブリッド形成法により分析することのできる
1本鎖の形で核酸を含む。これらの状況下で、RNA 
−DNAハイブリ、ノドを標識付き抗体試薬を用いて検
出する場合、試料中のmRNA及びrRNAを常法で、
例えばアルカリ条件、例えば試料中の核酸を変性するた
め使用するのと同じ条件で処理することによって、結合
反応に関与しないようにすることができる。
公知のように、分析には種々のハイブリッド形成条件を
使用することができる。代表的には、ハイブリッド形成
は、温度をわずかに高めて、例えば約35〜75℃で、
通常的65℃で、pH約6〜8の緩衝剤を含む、適切な
イオン濃度を有する溶液(例えばlX5SC=0.15
M塩化ナトリウム及び0.015Mクエン酸ナトリウム
の場合5XSS C,pH7、0)中で進行する。低い
ハイブリッド形成温度が望ましい場合、水素結合試薬、
例えばジメチルスルホキシド及びホルムアミドが含まれ
ていてもよい。ハイブリッドを形成させるのに必要な試
料鎖とプローブ鎮との間の相補性の程度は、条件の厳密
さに左右される。厳密さを決定するファクターは公知で
ある。
通席、ハイブリッド形成のため選択される温度条件は、
形成されるハイブリッドへの抗−へイブリッド試薬の結
合及び標識応答の検出とは矛盾するであろう。従って、
抗−ハイブリッド結合工程及び標識検出工程は、ハイブ
リッド形成工程の完了後に行う。反応混合物を通常、約
り℃〜約40℃の範囲の温度にし、結合及び検出工程を
実施する。塩及び/又はボルムアミド濃度が充分に高く
て抗体結合反応を著しく妨害する場合には、抗体試薬の
添加前にハイブリッド形成混合物を希釈するのが望まし
い。
試薬系 本発明は、更に試薬系、即ぢ、所望の分析法を実施する
のに必要な必須成分をすべて含む試薬組成物又は手段を
提供するものである。試薬系は、工業的に包装された形
で、試薬が相溶性である場合には組成物又は混合物とし
て、試験具構造、或いは更に普通には試験キット、例え
ば必要な試薬を保持し、通常、分析を実施するための指
示文書を含む1111以上の容器、装置等の組合せ包装
物としセ提供される。本発明の試薬系は、本明細書に記
載する種々のハイブリッド形成法を実施するためのすべ
ての構造体及び組成物を含む。
すべての場合、試薬系は(1)本明細書に記載する核酸
プローブ並びに(2)第−及び第二の標識付き結合試薬
を含む。試薬系の試験キットは、更に、補助的化学薬品
、例えばハイブリッド形成溶液の成分及び試験試料中の
2重鎮核酸を1重鎮形に変換しうる変性剤を含んでいて
よい。試料から1重鎮核酸を放出させるため試料を処理
するため、化学的熔解剤及び変性剤、例えばアルカリを
含むのが好ましい。
次に、実施例に基づいて本発明を詳述するが、本発明は
これに限定されるものではない。
実施例l RNA −DNAハイブリッドに対する標識付き抗体で
監視する細菌RNAのハイブリッド形成分析A、ステユ
アート(5tuart)らの方法((1981)PNA
S 7B 、3751)によって、1(NA −DNA
ハイブリッドに対する単クローン性抗体を産生せしめる
。抗体は、ニューシャーシー州ピスカタウェイのファル
マシア・ファイン・ケミカルス(Phar+++aci
a FineChemicals )から入手しうる蛋
白質Aセファロース(Sepharose )上での親
和性クロマトグラフィーによって腹水から単離する。
蛋白質Aセファロース1ml当たり腹水的Lmlをカラ
ムに施し、カラムをpus、oの50mMとシン緩衝液
、0.15 M NaC1で280nmでの流出液の吸
光度が0.05未満になるまで洗浄する。結合した抗体
をpua、oの0.1 Mグリシン緩衝液で熔離し、2
80nmで吸光度を測定することによって抗体を検出す
る。抗体プールをpH8,5のIMビシン緩衝液の添加
によりpH5,0以上に調節する。
抗体を、ブレイクスリー(Blakeslee )及び
バインス(Baines) (1976) J、 Im
munol、 Meth。
13 : 305の方法によって5− (4,6−シク
ロロトリアジンー2−イル)−アミノフルオレセイン(
DTAF)(オレゴン州ジャンクション・シイティのモ
レキュラー・ブローブス社(MolecularPro
bes、 Inc、) )で軽く標識する。硼酸塩緩衝
液361μl中にDTAFを1.44マイクロモル含む
溶液を0.014mM抗体2.4mlに添加し、25℃
で1時間反応させる。反応混合物をlX25cI11の
バイオゲル(Biogel) P−60G (カリフォ
ルニア州すソチモンドのバイオランド・ラボラトリイズ
(Biol?ad Laboratories ) )
上で、溶離剤としてp117.0の0.1M燐酸ナトリ
ウム緩衝液、0.IMNaClを用いてクロマトグラフ
ィーする。1mlのフラクションの280 nmでの吸
光度を監視し、第一のピークを含むフラクションを集め
る。DTAF/蛋白質のモル比を、ザ(The )及び
フエルトカンプ(Pel tkamp)著(1970)
 、イムノミシイ([mmunology) 1B、8
65の方法で測定する。
N−スクシンイミジル3−(2−ピリジルジチオ)プロ
ピオネートと反応させ、その後、ジチオスレイトールで
緩和に還元することによって抗体中にkR’dチオール
基を導入する〔カールソン(Carlson )ら(1
978)著、Biochem、 J、 173.723
〕。
B、グルコースオキシダーゼ抗体接合体を下記のように
して製造する。グルコースオキシダーゼ〔イリノイ州ネ
イパービルのマイルス・サイエンティフィック(Mil
es 5cientific)から入手〕に〔古式ら、
(1979) Eur、 J、 Biochem、 1
01.395(1979) )に記載されているように
N−(4−カルボキシシクロヘキシルメチル)−マレイ
ミドのN−ヒドロキシスクシンイミドエステル(SMC
C)との反応社よりマレイミド基を導入する。このグル
コースオキシダーゼを直ちに、2倍モル過剰の前記のチ
オール誘導体化抗体と混合する。古式らの反応条件及び
精製方法に従う。精製した接合体の酵素含有量を、酵素
活性の測定によって測定し、抗体含有量を、ザ及びフェ
ルトカンプの前掲文献に記載されているDTAF含有量
の測定によって測定する。
C6西洋わさびペルオキシダーゼをSMCCと反応させ
、石川ら(1983)著、J、 Immunoassa
y 4.209の方法によってチオール誘導体化抗体に
結合させる。
D、大腸菌(E、 coli )からの16s リポソ
ームRNAに関する遺伝子からの565塩基対断片をp
BR322ベクターの!I i n t m部位の間で
クローニングした(Brosius (1978) P
roc、 Nat’1. Acad。
Sci、 75 : 4801) 。1lintl[[
制限酵素エンドヌクレアーゼで消化することによって断
片を摘出する。
E、1ml当たり細菌10’個以上を含む尿標本を強化
培養液中に入れて3倍に希釈し、細胞集団が1ml当た
り約109個に達するまで35°Cで培rした。培養液
の既知量を試験管に移して1試験管当たり細菌105〜
10日にする。試験管を10分間、10.000Xgで
遠心分離し、上澄液を捨てる。p117の10mM)リ
ス塩酸塩緩衝液、0、1 M NaC1及び5mMエチ
レンジアミン四酢酸酢酸中白リゾチーム〔ミズーリ州セ
ントルイスのシグマ・ケミカル社(Sigma Che
mical Co、) 10■を試験管1個に20μβ
づつ入れて細胞を溶解させる。15分後、ホルムアミド
60%と0.16M燐酸ナトリウム緩衝液40%から成
る溶液80μm2 、 pH6、5,1,44M Na
Cl及び0.1%(W/V)ドデシル硫酸ナトリウムを
加える。
pH6,5の0.2M燐酸ナトリウム緩ih液中の、D
部に記載したDNAプローブを沸騰水浴中で5分間、変
性し、氷上で冷却する。各試験管に20μj! (80
ng DNA)を加え、55℃で18時間静置する。次
に、500μlのペルオキシダーゼ標識抗体及びグルコ
ースオキシダーゼ標識抗体を各試験管に加え、室温で2
時間放置する。これらの酵素接合体の濃度を予備実験で
最適にし、ハックグラウンド比に対して最適のシグナル
を生じるようにする。
下記の基質試薬を製造し、3時間以内に使用する: 0
. I M燐酸ナトリウム、pH6,5,0,1%ウシ
血清アルブミン、20mM3.5−ジクロロ−2−ヒド
ロキシベンゼンスルホネート、0.1Mグルコース、1
ml当たり0.01単位のカタラーゼ及び0.2mM4
−アミノアンチピリン。1mlの基質試薬を各試験管に
加え、37℃で30分静置する。
510nmでの吸光度を記録する。1試験管当たりの細
菌の数が増加するのにしたがって、リポソームRNA 
−DNAハイブリッドの量が増加し、その結果、吸光度
が増加するであろう。
実施例2 ビオチニル化DNAプローブを使用して細菌リポソーム
RNAを検出するハイブリッド形成分析A、ビオチン−
11−dUTP及びストレプトアビジン−西洋わさびペ
ルオキシダーゼ接合体は、ニューヨーク州ニューコーク
のEnzo Biochem、+ Inc。
から入手しうる。
B、リポソームRNAに関する565塩基対プローブを
ランガー(Langer)ら著、(1981) Pro
c。
Nat’ 1. Acad、 Sci、+78 : 6
633の方法によってビオチン−11−dtlTPで標
識する。
C0実施例1、E部に記載したようにして細菌を処理す
る。溶解物をホルムアミド60%とpH6,5のO,1
6M燐酸ナトリウム緩衝液40%から成る溶液80 p
 II、 1.44M NaC1及び0.1%(W/■
)ドデシル硫酸ナトリウムと混合する。ビオチニル化し
たDNAプローブを沸騰水浴中で5分間変性し、氷上で
冷却する。プローブを0.2 M燐酸ナトリウム緩衝液
(all 6.5 )中に入れ、80ngのプローブを
含む液20μlを各抽出液に加え、65℃で18時間静
置する。500μlのペルオキシダーゼ標識ストレプト
アビジン及びRNA・DNAハイブリッドに対するグル
コースオキシダーゼ標識抗体を各試験管に加え、室温で
2時間放置する。これらの酵素接合体の濃度を予備実験
で最適にしてバンクグラウンドに対して最高のシグナル
比を生じるようにする。
実施例1、D部に記載した基質試薬1mlの添加により
酵素反応を開始させる。これらの反応を37℃で30分
進行させ、次いで510nmでの吸光度を記録する。1
試験管当たりの細菌数が増加するに従って、吸光度が増
加するであろう。
実施例3 臭化エチジウムを挿入したプローブを使用する細菌リポ
ソームRNAのハイブリッド形成分析A、子牛胸腺DN
A (シグマ・ケミカル社)をプロナーゼで処理して蛋
白質汚染物を消化し、エタノール中で沈澱さセル。DN
AをpH8,(1)20mMトリス塩酸塩緩衝剤、0.
2 M NaClに溶解させる。
臭化エチジウムの光反応性誘導体、即ぢ8−アジドエチ
ジウムをグレイブス(Graves)ら(1977)著
、Biochim、 Biophys、 Actas 
479 : 98の方法で製造する。DNAの塩基対的
1mM及び8−アジドエチジウム0.5mMを含む溶液
を製造する。この溶液を20〜30℃に保持した水浴中
に浸漬したガラス反応容器中で攪拌し、150ワツトの
スポットライトから10〜20cmのところで60分間
光分解する。光分解に続いて、水を飽和したn−ブタノ
ールで抽出することにより非共有結合エチジウム誘導体
を除去する。DNAに結合したエチジウムの量を、光分
解したエチジウムアジドに関するE = 4 X 10
3M−’cm−”の吸光係数、DNAに結合した光分解
エチジウムに関するA と八 との関係(A = (A
 X3.4) −0,0113及び標識する所定のDN
AのDNA塩基対の濃度に関するE −1,32X 1
0’ M−”cm−1を使用して算出する。
B、メチル化サイログロブリンの製造 ウシサイログロブリン(シグマ社”)100■を無水メ
タノール10Il+1及びメタノール中の2.55M1
IC1400μlと混合する。この混合物を回転ミキサ
ーで室温で5日間攪拌する。沈澱を遠心分離により集め
、メタノールで2回、エタノールで2回洗浄する。次に
真空下に一夜乾燥する。乾燥粉末的82■が得られる。
C,DNA−エチジウム複合体をストラー(Stoll
er ) (1980)著、メソソヅ・イン・エンツモ
ロジ4 (Methods in Enzymolog
y ) 70 : 70に記載されているようにメチル
化サイログロブリンと混合することによって免疫原を製
造する。フロインドアジュバント中の免疫原をマウス1
匹当たり20〜50μgを注射し、最初の免疫処置後2
週間に始めて毎週ブースター注射をする。エリザ(EL
IS^)操作によって抗体力価を測定し、ハイブリドー
マを製造し、標準操作によって抗体をスクリーニングす
る〔ガルフル(Galfre)及びミルスタイン(Mi
lstein)著(1981) Meth、 Enzy
mol。
、73:1;ボイリア(Poirier )ら(19B
2) ?、Proc、 Nat’1. Acad、 S
ci、 、79 : 6443) 、10以上の会合定
数を有するDNA−エチジウム複合体を結合するが、1
本鎮若しくは2本鎖DNA又はエチジウム基単独を結合
しない抗体の選択操作を企画した。
RNA −DNAハイブリッドに対する抗体に関して、
実施例1、A部に記載したようにして抗体を腹水から単
離する。この抗体をDTAFで軽く標識し、グルコース
オキシダーゼに結合させる。
D、 pKK 115プラスミドから565塩基対断片
をM13 mp9 (メソシング(Messing )
及びビーリア(Vieria)著(1982) Gen
e 19.269 ;マサチュセソツ州ビバーリイの二
ニー・イングランド・バイオラプス(New Engl
and Biolabs )から市販)の旧nd111
部位にクローニングする。断片を2つの方向で挿入し、
リポソームRNAに対して相補的なウィルス粒子DNA
とのクローンを更に研究のため選択する。
メリーランド州ガイサースブルクのベテスダ・リサーチ
・ラボラトリイス(Bethesda Re5earc
hLaboratories)から入手しうる大腸菌(
E、 coli )JM103 (ΔIac、 pro
) thi 、 str^、5upE、、end^、5
bcB15、hsdR4、F’traD36、pro^
B % 1aclq %ZΔM15〕中で修飾M13 
mp9を増殖させる。ファージをポリエチレングリコー
ルで沈澱させて培養液から単離し、ウィルス粒子DNA
をフェノール/クロロホルム抽出(マニアティス(Ma
niatis)ら著(1982) 、モレキュラー・ク
ローニング・ア・ラボラトリイ・マニュアル、コールド
・スプリング°ハーバ−(Molecular Clo
ning+ A Laboratory Manual
+ Co1d Spring l1arbor) )に
よって精製する。
オリゴヌクレオチドプライマー(CACAATTCCA
CACAAC、ニュー・イングラントンバイオラプスか
ら入手)は、挿入されたリポソームRNAプローブの5
’−OH部位で、M13 mp9ベクターに対して相補
性である。このプライマーを使用して大腸菌DNAポリ
メラーゼ〔レナウ(Klenow)断片〕によって、デ
オキシヌクレオチドトリホスフェートの一定量の存在で
M 13配列の複製を開始する。挿入されたリポソーム
RNAプローブが1本鎖のままであり、ハイブリッド形
成に利用されうる〔ヒュ(Hu)及びメソシング(Me
ssing )著(1982) Gene17 : 2
71 )程度に限定される。
この修飾M13プローブを8−アジドエチジウムと混合
し、光分解し、前記のA部に記載したようにして精製す
る。
E、実施例1、A部に記載したようにして細胞を調製し
、溶解する。溶解物を実施例1、E部に記載したホルム
アミドハイブリッド形成溶液80μlと混合する。エチ
ジウム−プローブ複合体(100ngDNA)(D部>
 20tt12を抽出物に添加し、65℃で18時間培
養し、RNA −DNAに対するペルオキシド標識抗体
及びエチジウムDNA複合体に対するグルコースオキシ
ダーゼ標識抗体500μlを各試験管に加える。混合物
を室温で2時間放置する。
この培養時間の終わりに、1.0mlの基質試薬(実施
例1、E部)を加え、37℃で30分間培養する。■試
験管当たりの細菌数が増加するに従って、吸光度は増加
するであろう。
実施例4 螢光物質−消光物質対で監視するサイトメガロウィルス
(Cytomegalovirus )に対するハイブ
リッド形成分析 A、サイトメガロウィルスゲノムの1500塩基対断片
をM13+np8ベクター中にクローニングする。
挿入された断片の相補的複製物をビオチニル化ヌクレオ
チドトリホスフェートの存在でDNAポリメラーゼを用
いて試験管内で合成してビオチニル化プローブを得る。
このプローブを更に、挿入複合体としてエチジウム基の
共有結合によって修飾する。
サイトメガロウィルスDNAのEcoRI消化物を調製
し、断片をプラスミドpAcYc184 (タマシロ(
Tamashiro ) ら著(1982) J、 V
irology 42 F547〕中にクローニングす
る。大腸菌HBIOI RecA−中でプラスミドを増
殖させ、タマシロの文献に記載されているEcoRI 
e断片をプローブの調製ニ使用する。EcoRI制限酵
素で消化することによってプラスミドから断片を除去し
、M13 mp8ベクターにニュー・イングランド・バ
イオラプス)のEcoR1部位中にクローニングし、こ
れを大腸菌k12JM101宿土中で増殖させる。ウィ
ルスをポリエチレングリコールで沈澱させて培養液から
単離し、DNAをフェノール/クロロホルム抽出により
精製する。
DNAを、EcoRI e挿入体の3’−OH末端付近
のM13 mp8配列の領域に対して相補的な配列GT
AAA八CGACGGCCAGT にニュー・イングラ
ンド・バイオラプス)を有する17塩基プライマーでア
ニールする。10mM MgChを含むpH8,0の2
0mM)リス塩酸塩緩衝液中のDNAをモル過剰のプラ
イマーと混合し、55℃で45分静置する〔バンキーア
(Bankier )及びバレル(Barrell )
著(1983) 、テクニクス・イン・ニュークリック
・アシッド・バイオラプストリイ(Technique
s in Nucleic Ac1d Biochem
istry )、アイルランドのエルスビイア(Els
evier) )。次に、反応混合物をdATP、 d
CTP、 dGTP及びBlo−11−dυTP (E
nzo Biochemから入手)中で15mMにし、
最後に、DNAポリメラーゼIのレナウ断片を添加する
。この反応混合物を25℃で予備実験で決定した時間だ
け静置する。これらの実験で、試料を種々の時間に反応
混合物から採取し、アルカリアガロースゲル中で電気泳
動する〔マニアティスらの前掲文献〕。目的は、1Ec
oRI e挿入体を介して延びるビオチン標識プローブ
を生じる反応条件を見つけることである。この操作では
、長さの若干具なるビオチン標識DNAを生じるであろ
う。
しかし、この目的で、EcoRI e挿入体を越えてM
13配列中に標AQli D N Aを延長することも
できる。
次の工程は、挿入複合体としてのビオチン標識DNAに
エチジウム基を共有結合させることである。これは、グ
レイプスらの前掲文献の方法により製造した8−アジド
エチジウムでDNAを光分解させることによって達成さ
れる。ビオチン標識DNAをフェノール/クロロボルム
で抽出し、エタノールで沈澱させる。これを0.2 M
 NaC1を含むpH8,0の20mM1−リス塩酸塩
緩衝液中に熔解させてDNA約50μg/mlを作り、
8−アジドエチジウムで0.5mMにする。混合物を1
50ワツトのスポットライトから10〜20cmのとこ
ろで1時間光分解させる。混合物をこの期間の間、ガラ
ス水浴中に浸漬したガラス反応容器中で混合物を攪拌す
る。浴を20〜30℃の反応温度に保持する。
次に、非共有結合8−アジドエチジウム及び光分解副生
成物を水を飽和したn−ブタノールで連続抽出すること
によって除去する。DNAをエタノールで沈澱させ、ト
リス緩衝液に溶解させる。
共有結合したエチジウムを実施例3、A部に記載したよ
うにして分光光度系で測定する。
8−アジドエチジウムは、はとんど専ら、挿入複合体が
形成しうる2本鎖領域で、DNAに共有結合する。目的
は、塩基対10〜50当たり1個のエチジウム基を共有
結合することである。光分解反応は1時間でほとんど完
了するので、反応時間を現象するか、又は8−アジドエ
チジウム濃度を低下することによって挿入を減少させる
ことができる。新しい8−アジドエチジウムを用いて光
分解を繰り返すことにより挿入を増加することができる
最終工程は、M13 mp8鋳型からビオチン標識プロ
ーブ/エチジウム修飾プローブを分離する工程である。
標識プローブは、M13 mp8鋳型より実質的に小さ
く、アルカリアガロースゲル電気泳動(マニアティスら
の前掲文献)によって単離することができる。プローブ
を含むゲルをアガロースゲル平板から切断し、マニアテ
ィスの文献に記載されているようにして、電気溶離によ
って回収する。
B、エチジウム−DNA挿入複合体に対するフルオレセ
イン標識抗体 実施例3、B部に記載されたエチジウム−DNA複合体
に対する単クローン性抗体をpH9,0の0、1 M硼
酸ナトリウム緩衝液中で透析し、抗体5■を含む0.5
mlを硼酸塩緩衝液中のl0mM 5(4,6−シクロ
ロトリアジンー2−イル)−アミノフルオレセイン(オ
レゴン州ジャンクション・シティのモレキュラー・ブロ
ーブス社)0.5mlと混合する。混合物を室温で7時
間放置し、次いでpH8,0の0. I M Fリス塩
酸塩緩衝液中でバイオゲルP60G (バイオランド・
ラボラトリーズ)のIX 26 cmのカラム上でクロ
マトグラフィー処理する。1.0mlのフラクションの
280nmでの吸光度を測定し、第一の溶離ピークから
のフラクションを集める。フルオレセイン/蛋白質比を
ザ・アンド・フェルトカンプ(1970) I+u+u
nology : 18 :865の方法によって分光
光度系で測定する。
C,4,5−ジメトキシ−6−カルボキシフルオレセイ
ンで標識したストレプトアビジンの製造41.5′−ジ
メトキシ−6−カルボキシフルオレセインのN−ヒドロ
キシスクシンイミドエステルをカーナ(Khanna)
及びウルマン(Ullman)著、Anal、 Bio
chem、 108 : 156の方法によって合成す
る。(この合成法では、実際には5−及び6−カルボキ
シフルオレセインの混合物を生じる)。
ストレプトマイセス・アビジニ(Streptomyc
esavidini)から単離されたストレプトアビジ
ン〔ホフマン(Hoffman )ら著(1980) 
、Proc。
Nat’1.^cad、 Sci、77 : 4666
)を免疫グロブリンを標識するためカーナ及びウルマン
によって記載された方法により41,5°−ジメトキシ
−6−カルボキシフルオレセインのN−ヒドロキシスク
シンイミドエステルで標識する。
D、尿中のサイトメガロウィルスのハイブリッド形成分
析 この方法は尿からウィルスを単離するため遠心分離を使
用し、ウィルスDNAを溶液中でビオチン標識プローブ
/エチジウム修飾プローブを用いてハイブリッド化する
。次いで標識アビジン及びエチジウム−DNA挿入複合
体に対する抗体を、形成したハイブリッドに結合させ、
フルオレセインを使用して存在するハイブリッドの量を
測定する。
尿からソルバへ〆(Sorvall ) GLC−3遠
心分411JQで300Orpmで5分遠心分離するこ
とにより細胞物質及び粒状物質を除去する。上澄液をポ
リアロマ−(polyallomer )超遠心分離管
中に入れ、ベックマン(Becka+an ) Ti5
0ロータで25.OOOrpmで75分運転する。ペレ
ットを0.1 M NaOHに熔解し、37℃で30分
静置する。
1、8 M NaC1,0,1%ドデシル硫酸ナトリウ
ム(W/V)及び1mM EDTAを含むpo6.oの
0.2M燐酸ナトリウム緩衝液150μβを添加する。
次に、ビオチン標識プローブ/エチジウム修飾プローブ
(50■)20μlを添加し、ハイブリッド形成混合物
を65°Cで10時間静置する。
ハイブリッド形成反応後、標識付きアビジン及びエチジ
ウム−DNA挿入複合体に対する抗体を含むpH8,2
の0. I M Fリス塩酸塩緩衝液650μβを添加
する。この試薬中の標識付き蛋白質の濃度を予備実験で
最適にしてフルオレセイン消光二バンクグラウンド比を
最大にする。蛋白質結合反応を室温で1時間進行させる
次いで、吸光については495nmの光、発光について
は519nmの光を使用して反応混合物の螢光を記録す
る。並行して、サイトメガロウィルスを含まないことの
分かっている尿を用いて対照分析を行う。この対照分析
で得られる螢光シグナルはウィルスを含む試料のそれよ
り高く、従って螢光シグナルは、ウィルス濃度が低下す
るに従って増加するであろう。
本発明の詳細な説明し、具体例で示した。本発明の思想
及び範囲から逸脱することなく、前記の他に、本発明の
多数の変化変更をなしうろことは明らかである。
【図面の簡単な説明】
第1図〜第3図は本発明の好ましい実施方法の説明図で
ある。 図面の浄書(内容に変更なし) FIG、1 力旧ド也: 1、−材輿賊料禎欧 (S) 2.7七°リヌクレオテドフ・ローフ′(P) 3、酵1孫蛾抗体 FIG、 2 2、ヒ゛チオン杉ト膚デネ°リヌクレオナド70十3、
青壽素オ皺Q&イネヌグ酵素オ京自へアヒ”シンFIG
、 3 2.押入?!J嘆/”−オテンータテ擢甲デローフ゛3
、エキ;しぞ−オタ−h−#q#)i;1−z−°オ歌
熾アレシン手続補正書(方式) %式% 1、事件の表示 昭和59年特許願第260098号 2、発明の名称 3、補正をする者 事件との関係 特許出願人 氏名 マイルス・ラボラトリーズ・インコーホレーテッ
ド4、代理人

Claims (39)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)1重鎮核酸を含む試験試料中の特定のポリヌクレ
    オチド配列を検出するため、 (a)試料中の検出すべき特定のポリヌクレオチド配列
    と検出すべき配列に対して実質的に相補性の1本鎮塩基
    配列を少なくとも1種含む核酸プローブとの間で、2種
    の特異結合試薬に対して結合部位を有するハイブリッド
    を形成し、 (b)形成されたハイブリッドを、一方が第一の標識を
    含み、他方が第二の標識を含む2種の特異結合試薬と接
    触させ、第一の標識と第二の標識とを反応させて2種の
    標識付き試薬が同一のハイブリッドに結合したときに、
    2種の標識付き試薬がそのように結合されていない場合
    に比べて測定可能に異なる検出可能な応答を生じさせ、
    (C)検出可能の応答を試料中の検出すべき配列の存在
    の函数として測定する工程 から成ることを特徴とする特定のポリヌクレオチド配列
    の検出方法。
  2. (2)第一の標識が第一の化学反応に関与し、その反応
    で第二の化学反応における関与物質である拡散可能な生
    成物を生じ、第二の標識との第二の化学反応で検出可能
    な応答を生ずる生成物を生ずる特許請求の範囲第1項記
    載の方法。
  3. (3)第−及び第二の標識がそれぞれ、第−及び第二の
    化学反応の触媒である特許請求の範囲第2項記載の方法
  4. (4)第−及び第二の標識が酵素である特許請求の範囲
    第3項記載の方法。
  5. (5)第一の標識がグルコースオキシダーゼであり、第
    二の標識がペルオキシダーゼである特許請求の範囲第4
    項記載の方法。
  6. (6)第−及び第二の標識がエネルギー移動反応に関与
    する特許請求の範囲第1項記載の方法。
  7. (7)第一の標識が螢光物質又は発光物質であり、第二
    の標識が消光物質である特許請求の範囲第6項記載の方
    法。
  8. (8)ハイブリッド上の前記結合部位の少なくとも1個
    が実質的にこのようなハイブリッドのハイブリッド形成
    領域にのみ存在する特許請求の範囲第1項記載の方法。
  9. (9)特異結合試薬の1種が抗体試薬である特許請求の
    範囲第1項記載の方法。
  10. (10)抗体試薬が、プローブ及び検出すべき配列の一
    方がDNAであり、他方がRNAであるDNA −RN
    Aハイブリッドの結合に対して選択的であるか、又はプ
    ローブと検出すべき配列の両方がRNAであるRNA 
    −RNAハイブリッドの結合に対して選択的であるもの
    である特許請求の範囲第9項記載の方法。
  11. (11)他の特異結合試薬が同一の抗体試薬を含む特許
    請求の範囲第10項記載の方法。
  12. (12)核酸プローブが特異結合リガンド部分を含み、
    他方の特異結合試薬がこのようなリガンド部分に対する
    結合相手である特許請求の範囲第10項記載の方法。
  13. (13)核酸プローブが蛋白質に対する結合部位を有す
    る2本鎖部分を含み、他方の特異結合試薬がそのような
    蛋白質である特許請求の範囲第10項記載の方法。
  14. (14)2本鎖プローブ部分が挿入複合体を含み、他方
    の特異結合試薬がその複合体に対して選択的な抗体であ
    る特許請求の範囲第13項記載の方法。
  15. (15)抗体試薬が挿入複合体の結合に対して選択的な
    ものであり、分析中に形成したデユーブレックス(du
    plexes)が挿入複合体の形で結合した核酸挿入物
    質を含む特許請求の範囲第9項記載の方法。
  16. (16)プローブが1重鎮相補性領域において化学的に
    結合された核酸挿入物質を含み、検出すべき配列とハイ
    ブリッドを形成すると、生ずるノ\イブリッドに前記の
    挿入複合体が形成する特許請求の範囲第15項記載の方
    法。
  17. (17)他方の特異結合試薬が同一の抗体試薬を含む特
    許請求の範囲第16項記載の方法。
  18. (18)核酸プローブが特異結合リガンド部分を含み、
    他方の特異結合試薬がそのようなりガント部分に対する
    結合相手である特許請求の範囲第16項記載の方法。
  19. (19)核酸プローブが蛋白質に対する結合部位を有す
    る2本鎖部分を含み、他方の特異結合試薬がそのような
    蛋白質である特許請求の範囲第16項記載の方法。
  20. (20)試験試料が、そこに存在する核酸を放出及び変
    性する条件にさらされた生物学的試料を含む特許請求の
    範囲第1項記載の方法。
  21. (21)試験試料中の特定のポリヌクレオチド配列を検
    出する試薬系において、 (a)検出すべき配列に対して実質的に相補性の1本鎮
    塩基配列を少なくとも1種含む核酸プローブ、及び (b)試料中の検出すべき配列とプローブとの間で形成
    したハイブリッドに結合しうる第−及び第二の特異結合
    試薬からなり、該結合試薬がそれぞれ、第−及び第二の
    標識を含み、これらの標識は相互に反応して、2種の標
    識付き試薬が共に同一のハイブリッドに結合したときに
    、2種の標識付き試薬がそのように結合していない場合
    に比べて測定可能に異なる検出可能な応答を生じること
    を特徴とする特定のポリヌクレオチド配列の検出用試薬
    系。
  22. (22)第一の標識が第一の化学反応に関与し、その反
    応で第二の化学反応における関与物質である拡散可能な
    生成物を生じ、第二の標識との第二の化学反応で検出可
    能な応答を生ずる生成物を生ずる特許請求の範囲第21
    項記載の試薬系。
  23. (23)第−及び第二の標識がそれぞれ、第−及び第二
    の化学反応の触媒である特許請求の範囲第22項記載の
    試薬系。
  24. (24)第−及び第二の標識が酵素である特許請求の範
    囲第23項記載の試薬系。
  25. (25)第一の標識がグルコースオキシダーゼであり、
    第二の標識がペルオキシダーゼである特許請求の範囲第
    24項記載の試薬系。
  26. (26)第−及び第二の標識がエネルギー移動反応に関
    与する特許請求の範囲第21項記載の試薬系。
  27. (27)第一の標識が螢光物質又は発光物質であり、第
    二の標識が消光物質である特許請求の範囲第26項記載
    の試薬系。
  28. (28)試験試料中の2本鎖核酸を1重鎮形に変換しう
    る変性剤を付加的に含む特許請求の範囲第21項記載の
    試薬系。
  29. (29)試験試料中の特定のポリヌクレオチド配列を検
    出する試験キットにおいて、 (a)検出すべき配列に対して実質的に相補性の1本鎮
    塩基配列を少なくとも1種含む核酸プローブ、 (b)プローブ及び検出ずべき配列の一方がDNAであ
    り、他方がRNAであるDNA −RNAハイプリント
    の結合に対して選択的であるか、又はプローブ及び検出
    すべき配列の両方がRNAであるRNA −RNAハイ
    ブリッドの結合に対して選択的である抗体試薬である第
    一の特異結合試薬及び (C)プローブと検出すべき配列との間で形成されるハ
    イブリッドに結合しうる第二の特異結合試薬 から成り、そのような結合試薬がそれぞれ第−及び第二
    の標識を含み、これらの標識は相互に反応して、2種の
    標識付き試薬が共に同一のハイブリッドに結合し、それ
    によって標識が相互の近位反応距離に位置するときに、
    2種の標識付き試薬がそのように結合していない場合に
    比べて測定可能に異なる検出可能な応答を生じることを
    特徴とする特定のポリヌクレオチド配列の検出用試験キ
    ット。
  30. (30)第二の特異結合試薬が第一の特異結合試薬と同
    じ抗体試薬を含む特許請求の範囲第29項記載の試験キ
    ット。
  31. (31)核酸プローブが特異結合リガンド部分を含み、
    第二の特異結合試薬がこのようなリガンド部分に対する
    結合相手である特許請求の範囲第29項記載の試験キッ
    ト。
  32. (32)核酸プローブが蛋白質に対する結合部位を有す
    る2本鎖部分を含み、第二の特異結合試薬がそのような
    蛋白質である特許請求の範囲第29項記載の試験キット
  33. (33)2本鎮プローブ部分が挿入複合体を含み、第二
    の特異結合試薬がこれに対して選択的な抗体である特許
    請求の範囲第32項記載の試験キット。
  34. (34)試験試料中の2本鎖核酸を1本鎖の形に変換し
    うる変性剤をイ1加的に含む特許請求の範囲第29項記
    載の試験キット。
  35. (35)試験試料中の特定のポリヌクレオチド配列を検
    出する試験キットにおいて、 (a)検出すべき配列に対して実質的に相補性の1本鎖
    塩基配列を少なくとも1種含み、1本鎖相補性領域で化
    学的に結合した核酸挿入物質を含み、検出すべき配列と
    ハイブリッドを形成させると、生じるハイブリッドに挿
    入複合体を形成する核酸プローブ、 (b)前記挿入複合体の結合に対して選択的な抗体であ
    る第一の特異結合試薬及び (C)プローブと検出すべき配列との間で形成されるハ
    イブリッドに結合しうる第二の特異結合試から成り、そ
    のような結合試薬がそれぞれ第−及び第二の標識を含み
    、これらの標識は相互に反応して、2種の標識付き試薬
    が共に同一のハイブリッドに結合し、それによって標識
    が相互の近位反応距離に位置するときに、2種の標識付
    き試薬がそのように結合していない場合に比べて測定回
    fiヒに異なる検出可能な応答を生じることを特徴とす
    る特定のポリヌクレオチド配列の検出用試験キット。
  36. (36)他方の特異結合試薬が同一の抗体試薬である特
    許請求の範囲第35項記載の試験キット。
  37. (37)核酸プローブが特異結合リガンド部分を含み、
    他方の特異結合試薬がこのようなリガンド部分に対する
    結合相手である特許請求の範囲第35項記載の試験キッ
    ト。
  38. (38)核酸プローブが蛋白質に対する結合部位を有す
    る2本鎖部分を含み、他方の特異結合試薬がそのような
    蛋白質である特許請求の範囲第35項記載の試験キット
  39. (39)試験試料中の2本鎖核酸を1本鎖の形に変換し
    うる変性剤を付加的に含む特許請求の範囲第35項記載
    の試験キット。
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