JPH07508407A - 分子生物学的診断のための方法およびシステム - Google Patents

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 分子生物学的診断のための方法およびシステム本発明は、分子生物学的診断に関 し、さらに詳しくは、暗号ＤＮＡ配列または相当するＲＮ＾配列における変異ま たは十分に特定された遺伝子現象を分析する新規な方法およびシステムに関する 。

哺乳動物の遺伝子構造は、暗号ＤＮＡ配列（エクソン）と介在配列（イントロン ）に基づいている。暗号配列における障害または変化（変異）は異常な遺伝子産 物、すなわち機能不全および疾患を生じる。今日、４５００を越える疾患が、単 一遺伝子における欠陥によることが知られている。このような欠陥は安定な変異 、すなわち特定の予想可能な位置に常に起こる場合もあり、またその遺伝子中の 多数の異なる予期できない位置の１もしくは２以上に起こる不安定な遺伝子現象 である場合もある。多くの場合、特定の遺伝子疾患の原因は、多数のエキソンの いずれか１つにおける安定もしくは不安定現象であろうと考えられる。個人に関 しての詳細な遺伝子情報は、疾患への罹かりやすさについて予言し、遺伝性疾患 を確認し、疾患の状態を確認し、より効果的な処置の指導に役立つものである。

安定なしたがって予測できる変異の場合には、特定のポリヌクレオチド配列の決 定を可能にする方法を使用できると思われるが、不安定な遺伝子現象の検出には 、問題の１個または２個以上のエクソンについてのＤＮＡ（またはＲＮＡ）配列 決定操作が必要になる。

現在の方法で、幾つかの可能性が考えられる安定および不安定変異の１つによる と思われる遺伝子疾患を決定することは、とくに莫大なピペット操作を必要とし 、いかに労力を要し時間がかかるかは容易に理解されるところである。したがっ て、その再現性はオペレーターの技術に高度に依存することになる。しかも、こ のような遺伝子疾患用の市販テストは今日では数種あるのみで、そのテストの実 行は比較的複雑であることはともかく、その正確度はかなり低いものである。

同時係属中のスエーデン特許出願９２０３３２０−８には、パトリックスーマト リックス型システムを用いる分子遺伝学的反応を行う方法が開示されている。こ の場合、マトリックス部分は通常マイクロタイタープレートであり、バトリック ス部分は複数個の突出部または延長部を有するプレートであって、それぞれがマ イクロタイタープレートの各ウェルに合致する。延長部は固相部として用いられ 、それぞれが溶液から特異的な核酸配列を結合してそれを固相部に固定化して保 持し、延長部のアッセンブリーを別のマイクロタイタープレートに挿入してさら に処理または反応を行わせることができる。このようなシステムは、反応混合物 間の夾雑の危険を少なくして複数個の反応を同時に実施することを可能にする。

このシステムの診断テストにおける使用は一般的には記載されているが、安定な 変異の測定に関してただ一つ特定的な開示があるのみである。

本発明は、一部分上述のスエーデン特許出願９２０３３２０−８の基本的概念に 基づき、分子生物学的診断のための先行技術法の欠点を解消し、また安定および 不安定変異の両者のエクソン特異的な決定を可能にする方法およびシステムの提 供を追究するものである。

すなわち、本発明の目的は、エクソンすなわち暗号ＤＮＡ配列または相当するＲ Ｎ＾Ｎ列配の点突然変異または十分に特定された遺伝子現象の分析のための集積 アッセイフォーマットを提供することにある。

他の目的は、標準化、高い再現性およびオペレーター適合性の慣例操作を可能に する方法およびシステムを提供することにある。

さらに他の目的は、遺伝子疾患にはよらずすなわち安定な変異も不安定な変異も 、極めて高い信頼性（９５％以上）で試験できる、全エクソン−特異的テストの 提供が可能な方法およびシステムを提供することにある。

さらに他の目的は、基本的にピペット操作を含まないエクソン−特異的テストの ための方法およびシステムを提供することにある。

」二連の目的は、請求の範囲にその特徴が特定された方法およびシステムによっ て達成される。

本発明を以下に、添付の図面を参照しながら、さらに詳細に説明する。唯一の図 面、図１は、本発明によるエクソン特異的遺伝子テストのシステムを示す模式図 である。

図に例示したシステムは、現在用いられている遺伝子増幅方法のいずれかにより 直接増幅するだめの再現可能な品質のゲノムＤＮ＾またはＲＮＡブレバレージョ ンを得るにあたり、血液（白血球）または組織からの標的細胞を処理する処理ユ ニット１からなる。１０９２１０２３０３に記載されたユニットを適当なタイプ の処理ユニットの例として挙げることができる。これには、上部の処理マイクロ タイタープレートと下部レソーバープレ−１−が互いの頂部に配置され、液体は 」二部プレーｌ−から下部プレートへ気体圧力の適用によって圧入される。

例示したシステムはさらに、エクソン、もつと正確には、問題の遺伝子欠陥に関 して分析するための特定の関心ＤＮ＾またはＲＮ＾フラグメント（簡略にするた め、本明細書では以下エクソンと呼ぶ）を増幅するための増幅ユニｙ１２からな る。このようなユニットは市販されていて、ここにさらに説明する必要はないも のである。特定のＤＮＡまたはＲＮ＾フラグメントは、所望により既知のイント ロン特異的配列を用いて特定することもできる。このような場合には、問題の核 酸フラグメントは一方または両方の末端にイントロンのヌクレオチドをもってい てもよい。

本発明のシステムの基本的な要素は、基板部４とそれから櫛状に突出した、例示 の場合には８個の、延長部またはビン５のセットからなる、ビン部またはストリ ップ３である。ビン５は、所望の診断を特定するエクソンに結合できる特定の配 列決定プライマーを支持している。ビンの必要数は、以下にさらに詳述するよう に、分析する特定のエクソンに依存することになる。ビンに関してのさらに詳細 な記述は、前述のスエーデン特許出願９２０３３２０−８を参照できる。

「ビン」の語は広い意味で理解すべきであり、意図された目的を遂行する任意の 種類の突出部または延長部を意味する。

好ましくは、ビンストリップ３は集めて横に並べ、所望により、ビン５の２以上 の列からなるストリップ集合体が形成されるように、すなわち複数個のピンスト リップ３を同時に操作できるように適用される。

それぞれのビン部もしくはストリップ３に対して、ピンストリップ３のビン５に 相当する複数個のウェル７からなる、相当する対応したウェル部もしくはストリ ップ６を設ける。それぞれの遺伝子疾Ｗには特定のセットのビン５およびウェル ７が必要になる。

安定なしたがって予測可能な遺伝子変化を含有するエクソンに対しては、ウェル ７は特定のエクソンの完全分析を行うのに必要なすべての試薬を含有することに なる。ウェルストリンプロは、図中に点線で示したようにマイクロタイタープレ ートフォーマットに組立てて適用されるのが好ましい。

不安定なしたがって予測できない遺伝子変化を含有するエクソンに対しては、ウ ェル７は、たとえばサンが−（ジデオキシ配列決定）型の完全配列決定反応に必 要な成分を含有することになる。

ウェル中の試薬は、たとえばＥＰ−＾−２９８６６９に開示されているように、 乾燥型で予め分配されていることが好ましい。試薬は凍結乾燥型とすることもで きるが、試薬混合物を、ガラス状物形成物質の存在下に、たとえばＵＳ−＾−５ ，０９８，８９３に記載されているＦｉｃｏｌｌ’物ような糖コポリマーあるい はＵＳ−＾−４，８９１，３１’ｌに記載されているようにトレハロースを用い て、ガラス化状態に脱水することが好ましい。

最後に、このシステムは、それぞれビンおよびウエルストリ、ツブ３および６を 用いた反応で同定されたエクソンの検出用に、それぞれ検出手段９および１０か らなる。

安定な変異を含有するエクソンの検出の場合には、検出手段９は、取り込まれた マーカーを検出できる手段、たとえば図中に示唆されているように、取り込まれ た蛍光マーカーを測定するための慣用の蛍光計等とすることができる。

他方、不安定な変異を含有するエクソン、またさらに数個の安定な変異を含有し ていてもよいエクソンの検出には、遺伝子の精密構造を測定するためのノーケン サ−１０がシステム内に包含される。このようなンーケンサーは、蛍光的に標識 されたフラグメントが電気泳動シーケンシングケル内の特定の点を通り過ぎると きに隣接レーンに発生する／グナルを記録する型の自動化ＤＮＡシーケンサ−で あることが有１１＋である。このようなンーケンサーの例には、ＵＳ−＾−４、 ７０７．２３５に記載され、Ｐｈａｒｍａｃｉａ　ＬＫＢ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏ ｌｏｇｙ　ＡＢ、　Ｕｐｐｓａｌａ。

Ｓｗｅｄｅｎによって市販されている“＾、　ｔ、　Ｆ、ＤＮＡ　５ｅｑｕｅｎ ｃｅｒ”がある。

このシーケンサ−は単一蛍光標識、固定レーザービーム、およびシーケンシング ゲルの全幅に配置された固定検出器を使用するものである。

上述のシステムは分子生物学的試験に以下のように使用することができる。

最初に、ゲノムＤＮ＾またはＲＮ＾ブレパレーンヨンは血液１１（白血球）また は組織１２（生検等で得られる）からの細胞を溶解することによって調製し、処 理ユニット１における処理に適合させてとくに設計されたプレバレージョンプレ ート中に適用される。このユニット中で、ゲルスラリーまたは好ましくはそれ自 体本技術分野で既知のブレパレーノヨンプレートの分離ウェル中の膜を用いて、 精製が行われる。

すなわち、たとえば２４例の１１１１者のサンプルを含有するブレパレーンヨン プレートを処理ユニット１における対応するレシーバ−プレートの頂部に置き、 精製過程に必要な液体たとえば溶解緩衝液および洗浄液を空気圧の適用により一 方のプレートから他方のプレートに移動させると、所望の精製が達成される。こ の結果、市販品を入手できる任意の増幅方法にそのまま使用できるゲノムＤＮ＾ またはＲＮＡブレバレージョンが得られる。

別法として、ゲノムＤＮＡは、１０９　］　１０８３０８に開示されている、細 胞に少なくとも５分間少なくとも１０５℃の温度をかける方法を用いて、細胞か ら放出させることができる。一本鎖ＤＮＡを含む得られたＤＮＡプレバレージョ ンはさらに精製することなくそのまま増幅過程に使用できる。

少な（とも一部の場合、得られたゲノムＤＮ＾またはＲＮ＾ＮＡバレージョンを 特定の切断操作に付し、試験する遺伝子欠陥に関してついで分析する特定のフラ グメントを製造することもできるが、大部分の場合、これらの特定のＤＮＡまた はＲＮＡフラグメントは増幅ユニット２における増幅によって製造することが好 ましい。上述のように、特異的なりＮＡまたはＲＮＡフラグメントは既知のイン トロン特異的配列によって特定することが可能で、この場合、フラグメントはエ クソンヌクレオチドに加えてイントロンヌクレオチドも含有することになる。

増幅は、市販品を入手できる任意の増幅方法の一つ、たとえばポリメラーゼ連鎖 反応（１’ＣＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢ＾）、または自己維持配列複 製（３ＳＲ）に基づくものとすることができる。増幅は、それ自体既知の様式で 、多数の増幅チューブ中で、これに所望のＤＮＡフラグメントを増幅するために 異なるプライマーを添加して行われる。増幅完了後（通常は２０〜３ｏサイクル ）、以下に詳述するようなエクソン特異的遺伝子変化を特定する検出方法の適用 を可能にする十分な量の特定のゲノムＤＮ＾またはＲＮＡフラグメントを含む選 ばれたサンプル材料が得られている。

増幅操作の実施を単純化するために、必要な増幅試薬、たとえばプライマー、ヌ クレオチド、酵素および緩衝液はプラスチックストリップの一端上に安定化して （たとえば、尿中の糖の検出に用いられる慣用型のように）添加してもよい。

次の工程では、試験されるエクソン特異的な遺伝子変化の高い再現性での検出に 必要な特異的な反応が実施される。これは、ピペットを用いない操作を可能にす る上述のビンストリップ３を使用して行われる。すなわち、選ばれた遺伝子疾患 に特定のピンストリップ３とウェルストリップ６のセットが提供される。例とし て、問題の遺伝子疾患が１つのエクソンにおける不安定な（したがって予測でき ない）変化と、たとえば２つのエクソン中の安定な点突然変異であると仮定する 。この場合、２つのピンストリップ３が使用され、１つは安定な変異の検出用、 １つは不安定な変異の検出用とすることができる。いずれの場合も、ピンストリ ップ３の個々のピン５は、選ばれたエクソンに結合できるエクソン特異的プライ マーを支持している。したがって、これらのエクソンは、相当する増幅チューブ 中にピン３を導入することによって、増幅されたゲノムＤＮ＾またはＲＮ＾ＮＡ バレージョンから釣り上げられる。

エクソン中の安定な変異を検出するためのビンストリップ３上のピン５の必要数 は、検出のために選択された特定の方法に依存する。

一般的には、１エクソンあたり１または２個のピン５で十分であり、大抵の場合 １個しか使用されない。しかしながら、とくに安定な変異では、また不安定な変 異であっても、さらに以下に述べるように、実際には、数個のエクソンに１本の ピンを用いることも可能である。

たとえば、８個のピン５を含有する例示したピンストリップ３は、８個までの異 なるエクソンを結合させるかまたは８例までの異なる患者からの１つのエクソン を結合させるために準備される。したがって、仮定した２つの安定な変異の場合 には、１つのピンストリップ３を、所望により、４例の異なる患者のサンプルの 同時試験に使用できる。

ついで、それぞれ１個もしくは２個以上のエクソンが結合したピン５を、ウェル ストリップ６中の、必要な試薬が予め分配され安定化されている相当するウェル ７に浸漬することによって、所望の検出反応が開始される。

安定な変異の検出には検出可能なマーカーたとえば蛍光原または発色原の導入か らなる幾つかの異なる方法が使用できる。このような一つの方法はＷ０９０１０ ９４５５に記載されている。これは、（１）ピンに結合したエクソンを、その変 異含有部分に相補性のオリゴヌクレオチドブライマーで処理し、結合したプライ マーを延長生成物が検出要素および分離要素を包含するように延長させ、延長生 成物を、延長生成物中に取り込まれなかった検出可能要素を含まない分画に分離 し、この分画を、そのγｒ在がエクソン中の変異の存在を指示する検出可能な要 素（たとえば蛍光マーカー）について検定することからなる方法である。この方 法はミニ配列決定法として特徴づけることができる。

他の方法にはＵＳ−Ａ−４，９９８，６＋７に記載されているオリゴヌクレオチ ドリゲーンヨンアソセイ（ＯＬ＾）がある。この方法では、一方のセグメントは 可能性のある変異を連結末端に有し、すぐ隣接したセグメントにアニーリングす るように選ばれた２つのオリゴヌクレオチドプローブが、共有結合する可能性に ついて検討するものである。プローブの一方は分離要素を有し、他方は検出可能 な要素（たとえば蛍光マーカー）を有する。共有結合するためには正しい塩基対 合が必要で、変異のみが正しい塩基対合を可能にするのであれば、分離されたセ グメント中におけるマーカーの存在は変異を指示することになる。

安定な変異を検出するための上述の方法は、幾つかのエクソンに対して一つの同 じピンの使用を可能にすることを理解すべきである。

すなわち、ピンは、相当する数だけのマーカーたとえば５個の異なる蛍光原を用 いれば、たとえば５個までの異なるエクソンを支持させることができる。したが って、ストリップあたりの可能なエクソン数は利用できる異なる識別可能なマー カーの数に依存する。

不安定な変化の場合には、問題のエクソンについて完全な配列決定が必要である 。ＤＮＡ鎖の両者を配列決定しなければならない場合には、８個全部のピン５を 同じエクソンに、ヌクレオチドおよび鎖あたり１個のピンを、用いなければなら ない。しかしながら、１本の鎖のみの配列決定で十分の場合もあり、このような 場合には、エクソンあたり４個のピンが必要になる。これは、１つのピンストリ ップで、２つのエクソンがまたは２例の患者のサンプルからの同じエクソンが試 験できることを意味する。しかしながら、安定な変異について上述したのと同様 に、数種の異なるマーカーを用いて、２つ以上のエクソンに対して１個のピンを 使用することも可能である。

もちろん、既に上述したように、数個の安定な変異を含むエクソンの場合には、 エクソンの配列決定も好ましい。

サンガーによる配列決定（ジデオキシ配列決定）は、たとえばピンを、相当する ウェルストリップの、必要な予め分配された試薬（たとえば、ＴＴ　ＤＮＡポリ メラーゼ、ヌクレオチド、ヌクレオチド類縁体、緩衝液）を含むウェルに浸漬し て、それ自体既知の様式で実施することができる。

所望により、上述のように２個以上のピンストリップ３を組合わせ、相当するウ エルス］・リップ６も同様にして、集積させて使用することもできる。この場合 には、数個のエクソンの試験の同時実施および／または数例の患者のサンプルの 同時実施が可能になる。

ついで、上述のようにして行われた反応によって同定されたエクソンの最終的な 検出が行われる。

安定な変異の場合には、各ウェルストリップ６のウェル７内の相当する反応混合 物を、慣用方法により、蛍光計９で分析する。上述のミニ配列決定の場合には、 結果はサンプル中に取り込まれた異なる塩基の定量になる。この取り込みは配列 特異的であるから、検出される変化に関して患者がホモ接合であるかへテロ接合 であるかを容易に決定することができる。

一方、不安定な変異の場合には、相当する１個または２個以上のウェルストリッ プ３のウェル７の反応内容物はエクソンのＤＮＡまたはＲＮ＾配列の決定のため にシーケンサ−ＩＯへ適用される。すなわち、結果はエクソンの精密構造の決定 であり、したがって、検出すべき複雑な遺伝子変化の詳細の正確な決定が可能に なる。

最終診断は、実施した２種類の分析の結果を総合して（得られることになる。

上述の操作による試験の実施に関してのさらに詳細な例を以下に１、処理ユニッ ト１内のプレバレージョンプレートのウェル内（膜上）に、血液く１ｍｌを適用 する。

２、ユニットの蓋を閉じ、膜を通して液体を圧入する。血液細胞は膜上に残る。

３、ウェルあたり約３ｍｌの洗浄緩衝液を加え、液体を膜を通して圧入する。こ の工程で赤血球は洗い流され、膜上に白血球が残る。

４、約１１１Ｉの溶解緩衝液を加え、室温でインキュベートする。

５、蓋を閉じて、膜を通して液体を圧入する。ゲノムＤＮＡプレバレージョンは 膜上に残る。

６．１〜３厘ｌの洗浄緩衝液を加え、圧をかけて膜を通過させる。

７、ＤＮＡを最少量の水に溶解する。

８．１反応容量を増幅チューブに移し、増幅ユニット２における処理に付す。

増幅 １、増幅試薬を、安定化全統合フォーマット（たとえば一端に試薬を付着させた ディツプスティク）としてまたは部分成分として、添加する。

２．２０〜３０反応サイクルに相当するインキュベーションを行う。

１、使用する全てのウェル７に水２０ｕｌを加える。

２、増幅工程後に得られたままの増幅チューブ中にエクソン特異的ピンストリッ プ３を浸漬し、５分間インキュベートする（アニーリング）。

３、ピンストリップ３を持上げ、洗浄浴に浸漬し、１０秒間待って取り出す。

４、速やかに振り動かして、過剰の液体を振り落す。

５、洗浄したピンストリップ３を反応特異的ウェルストリップ６中に浸漬する。

６　室温で５〜１０分間インキュベートする（延長）。

７　工程３および４を反復する。

８　蛍光計９で蛍光を測定する。

ｂ）不安定な変異 １、使用する全てのウェル７に水２０ｔｒｌを加える。

２、増幅反応液をピペットで４個のチューブ中に等容量ずつ（約２０μｐ）加え る。

３、増幅工程後に得られたままの増幅チューブ中にエクソン特異的ピンストリッ プ３を浸漬し、５分間インキュベートする（アニーリング）。

４　ピンストリップ３を持上げ、洗浄浴に浸漬し、１０秒間待って取り出す。

５　速やかに振り動かして、過剰の液体を振り落す。

６、洗浄したピンストリップ３を反応特異的ウェルストリップ６中に浸漬する。

７　室温で５〜１０分間インキュベートする（延長）。

８　工程４および５を反復する。

９　停止液に移し、変性させる。

１０、１１Ｎ八ソーケンサーに適用して、配列を検出する。

本発明はもちろん、上述の特定の実施態様および図面に示した実施態様によって 限定されるものではなく、熟練者には自明な多くの修飾および改変が、以下の請 求の範囲に特定された本発明の概念の範囲から逸脱することなく可能であろう。

先に引用した特許出願および特許はすべて、参考として本明細書に導入する。

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Claims (1)

1. 【特許請求の範囲】 １．遺伝子材料の分子生物学的分析方法において、ａ）ゲノムＤＮＡまたはＲＮ Ａプレパレーションを準帯する工程、ｂ）上記ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡプレパ レーションを、変異の存在を試験する所望のＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントを 含有するように処理する工程、 ｃ）各固相部は特定のＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントとハイプリダイズ可能な オリゴヌクレオチドプライマーを支持している、相互に連携した固相部（５）の 第一のセット少なくとも１個を、処理された上述のＤＮＡまたはＲＮＡプレパレ ーションと接触させてそれからの安定な変異を含む特定のＤＮＡまたはＲＮＡフ ラグメントを各固相部に結合させる工程、および／またはｄ）各固相部は特定の ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントとハイプリダイズ可能なオリゴヌクレオチドプ ライマーを支持している、相互に連携した固相部（５）の第二のセット少なくと も１個を、処理された上述のＤＮＡまたはＲＮＡプレパレーションと接触させて 、それからの不安定な変異および任意に数個の安定な変異を含む特定のＤＮＡま たはＲＮＡフラグメントを各固相部に結合させる工程、ｅ）上記第一のセットの 固相部（５）を、対応する相互に連携した容器（７）の第一のセットに導入し、 この場合、支持されたＤＮＡまたはＲＭフラグメント中に変異がある場合には、 取り込まれたマーカーを含有する反応生成物を産生させる反応混合物が各容器中 に含まれている工程、および／またはｆ）上記第二のセットの固相部（５）を、 対応する相互に連携した受器（７）の第二のセットに導入し、この場合、上記容 器には配列決定反応を実施するための反応混合物が含まれている工程、ｇ）上記 第一のセットの容器の内容物を分析して、安定な変異を指示するマーカーの存在 を決定する工程、ｈ）上記第二のセットの容器の内容物を分析して、ＤＮＡまた はＲＮＡフラグメントの配列を決定する工程、ならびにｉ）工程ｇ）およびｈ） における分析結果を基礎にして上記ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡ材料の遺伝子状態 を決定する、各工程からなる方法。 ２．上記第一のセットにおける少なくとも１個の固相部（５）は、安定な変異を 含むと考えられる各ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントに対して用いられる請求項 １の方法。 ３．上記第二のセットにおける４〜８個の固相部（５）は、不安定な変異を含む と考えられる各ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントに対して用いられる請求項１の 方法。 ４．安定な変異を含むと考えられる２種もしくはそれ以上の特定のＤＮＡまたは ＲＮＡフラグメントに対して１個の固相部（５）および／または不安定な変異を 含むと考えられる２種もしくはそれ以上の特定のＤＮＡまたはＲＮＡフラグメン トに対して１個の固相部（５）が用いられる請求項１の方法。 ５．上記第一のセットにおける固相部（５）の数および容器（７）の数はそれぞ れ８である請求項１〜４のいずれかの方法。 ６．上記第二のセットにおける固相部（５）の数および容器（７）の数はそれぞ れ８である請求項１〜５のいずれかの方法。 ７．工程ｂ）は増幅反応からなる請求項１〜６のいずれかの方法。 ８．遺伝子材料の分子生物学的分析のためのシステムにおいて、ｉ）各回相部は 安定な変異を含有する特定のサンプルＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントとハイプ リダイズ可能なオリゴヌクレオチドプライマーを支持している、相互に連携した 固相部（５）の第一のセット少なくとも１個、および ｉｉ）上記の少なくとも１個の第一のセットの固相部と対応し、特定の安定な変 異を含むＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントの存在下に、取り込まれたマーカーを 含有する反応生成物を産化できる乾燥反応混合物が予め分配されて含まれている 相互に連携した容器（７）の少なくとも１個の第一のセット、および／または、 ｉｉｉ）各固相部は不安定な変異および任意に数個の安定な変異を含む特定のサ ンプルＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントとハイプリダイズ可能なオリゴヌクレオ チドプライマーを支持している、相互に連携した固相部（５）の第二のセット少 なくとも１個、およびｉｖ）上記の少なくとも１個の第二のセットの固相部に対 応して、ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントの存在下に配列決定反応を実施できる 予め分配された乾燥反応混合物を含有する、相互に連携した容器（７）の第二の セット少なくとも１個、からなるシステム。 ９．上記の相互に連携した固相部（５）のおよび相互に連携した容器（７）の第 一および第二のセットはそれぞれ８個の固相部および容器の列を含有する請求項 ８のシステム。 １０．上記固相部の第一のセットは、安定な変異を含む各特異的ＤＮＡまたはＲ ＮＡフラグメントに対して少なくとも１個の固相部からなる請求項８または９の システム。 ｌｌ．上記同格部（５）の第二のセットは、不安定な変異および数個の安定な変 異を含む各特異的ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントに対して少なくとも１個の固 相部からなる請求項８、９または１０のシステム。 １２．上記固相部（５）の第一のセットは、安定な変異を含む２種もしくはそれ 以上の特異的ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントに対して単一の固相部（５）、お よび／または上記固相部（５）の第二のセットは、不安定な変異を含む２種もし くはそれ以上の特異的ＤＮＡまたはＲＮＡフラグメントに対して単一の固相部（ ５）からなる請求項８〜１１のいずれかのシステム。 １３．上記の相互に連携した固相部（５）の節一および第二のセットは２個また はそれ以上の第一および／または第二のセットを一緒にアッセンブリーに配置し て適用される請求項８〜１２のいずれかのシステム。 １４．上記の相互に連携した容器（７）の第一および第二のセットは２個または それ以上の第一および／または第二のセットを一緒にアッセンブリーに配置して 適用される請求項８〜１３のいずれかのシステム。 １５．上記の相互に連携した固相部の第一および第二のセットはストリップ部（ ３）によって支持されたピン（５）からなる請求項８〜１４のいずれかのシステ ム。 １６．上記の相互に連携した容器の第一および第二のセットはそれぞれ、ストリ ップ部（６）におけるマイクロタイター型のウエル（７）である請求項８〜１５ のいずれかのシステム。 １７．さらに蛍光原または発色原検出手段（９）、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列決定 手段（１０）、および任意にＤＮＡまたはＲＮＡ増幅手段（２）からなる請求項 ８〜１６のいずれかのシステム。