JPH03117489A - リボフラビン過剰生産性細菌株 - Google Patents
リボフラビン過剰生産性細菌株Info
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Abstract
め要約のデータは記録されません。
Description
くの微生物によって合成されるが、高等動物によっては
産生されない。リボフラビンはフラビンアデニンジヌク
レオチドおよびフラビンモノヌクレオチドのような炭水
化物の酵素的酸化に要求される補酵素の前駆体であるた
め、基礎的な代謝に必須である。高等動物におけるリボ
フラビン不足は脱毛、皮膚の炎症、視覚劣化、および発
育不全を引き起こす。
または真菌類のIEremotheeiui+ Ash
byiiまたはAshbya gossypiiを用い
た発酵のいずれかによって商業的に生産することができ
る(The MerekIndex、 Windho
lZら編、 Merck & Co、、p、183
.1983)。
に曝すことによって選択されたバチルス・サブチリス(
Bacillus 5ubtilis)の突然変異体か
回収可能な量のりボフラビンを生産することか報告され
ている(米国特許第3.900.368号、Eneiら
、t975)。一般に、プリンおよびリボフラビンの類
似体に曝すことによってリボフラビン生合成の増加を示
す調節解除変異株が選択されるが、これはその突然変異
により微生物が生産増大によってその類似体を拮抗的に
排除できるようになるからである(Matsuiら、A
grie、 Biol、 Chem。46:2003゜
1982) 。リボフラビンを生産するSaechar
omyeescerevisiaeのプリン要求変異株
も報告されている(米国特許第4.794.081号、
Kawaiら、1988)。
696 (1978))は、バチルス・サブチリス(以
下B、サブチリスとする)、リボフラビンオペロン(r
ibオペロン)が7メガダルトン(Md) EcoRI
フラグメントに含まれることを報告している(Chik
indasら、Mo1. Genet、 Mik、Vi
rusol、 No、 2 :20 (1987)にお
いて6.3Mdフラグメントとして後に言及される)。
ンをクローニングしそしてそのプラスミドを含む細菌を
漸増量のアンピシリンに曝すことによって大腸菌(E。
が達成されたことが報告されている。rib増幅の唯一
の証拠は、培地中に存在する緑色蛍光物質か同時に増加
することである。著者は観察された現象を説明するため
にオペロンの実際の増幅以外にも多くの他の可能性を提
起している。
907号(198=1年12月7日公告)は、アザグア
ニンおよびロセオフラビンに曝され、ribオペロンの
コピーを含有するプラスミドで形質転換されたB、サブ
チリス変異株を利用したリボフラビンの生産方法を開示
している。
Virusol、no、7:42 (1984))は
、クローンされたB、サブチリスribフラグメントが
E、コリリボフラビン要求株を相補する能力、またはB
、サブチリスリボフラビン要求株をマーカーレスキュー
する能力をアッセイすることによるB、サブチリスri
bオペロンのマツピングを記述している。E。コリri
b遺伝子の既知の機能に基づいて、B、サブチリスにつ
いて以下のモデルか提案された、すなわちribG (
デアミナーゼをコードする)−ribo (制御エレメ
ント)−ribB (シンセターゼ)−ribF−ri
bA (GTP−シクロヒドロラーゼ)ribT/D
(それぞれレダクターゼおよびイソメラーゼ)=rih
H(シンセターゼ)。
Virusol、 no。
ラビン要求株を相補する能力をアッセイするために、野
生W(ribo”)または構成的(rib0335)オ
ペレーター領域を有するB、サブチリスribオペロン
を含有するプラスミドの使用を記述している。その結果
から、ribオペロンの修正モデルが提案され、それに
よればribOはril)Gを含むすべての構造遺伝子
の−に流にあり、そして仮説上の付加的なオペレーター
かおそら(ribAのすぐ上流に位置する。
Mik、 Virusol、 no。
オペロンか全部で三個のそれぞれ異なったプロモーター
を含有することを報告している(E、コリにおいてのみ
活性な第4の[プロモーターJの他に)。オペロンの一
次プロモーターはribO領域内に存在することが報告
されており、二つの二次プロモーターは、それぞれ、r
ibBとribF遺伝子の間およびribTDとrib
H遺伝子領域内にあることが報告されている。
k、 Virusol、 no。
ペロンを含有する6、3MdDNAフラグメントの制限
酵素地図を提案している。制限酵素EcoR1,PSt
l、 5all、EcoRV、Pvu IIおよびHi
ndllIの部位か示されている。
、 Mik、 Virusol、 no。
ロンのすべての構造遺伝子が2.8Md Bgl ll
−H1ndlIIフラグメントにあり、BglII部位
はオペロンの一次プロモーターと最初の構造遺伝子のリ
ポソーム結合部位との間にあることを報告している。以
下に記すように本出願人らはこのBglII部位が実際
にはribオペロンの最も5′側の読み取り枠内にあり
、したがって上記の2.8Mdフラグメントはすべての
rib構造遺伝子を含むわけではないことを示している
。したかって、Chikindasらの報告とは対照的
に、1.3MdBglIIフラグメントは最初の構造遺
伝子のリポソーム結合部位を含まない。この部位での挿
入はりボフラビンー陰性の表現型を生じる。その結果、
例えば5゛調節領域をもっと強力なプロモーターで置き
換えることによって発現を増加させるために、このBg
1m部位を使ってribオペロンを工学的につくり出す
あらゆる試みは、実際には最初の構造遺伝子の、従って
同様にオペロンの完全性を破壊する。
、 Nauk、 5 5SSR298:997 (
1988))は、−次プロモーターP、および二つのマ
イナープロモーターP2およびP、を含有するB。
P+)rihG−ribB−P2−ribF−ribA
−ribT−ribD−Pa−ribHを開示している
。前記したように1゜3MdBglIIフラグメントが
オペロンの最初の構造遺伝子全部を含有しておりかつこ
の近位のBg111部位が一次調節領域内にマツプされ
るという誤った報告がなされている。
発明はribオペロンおよびその読み取り枠のヌクレオ
チド配列およびribオペロンを含有する絹換え細菌に
関する。詳細には、本発明はそのリボフラビンおよび/
またはプリンの生産か調節解除されるような突然変異を
受けた細菌、および染色体DNA内に挿入され増幅され
たribオペロンコピーを有する細菌に関する。ある実
施態様に於ては、構成的な発現または調節を受けない発
現を起こさせる配列を用いてその制御領域を置き換える
ことによって、ribオペロン自体を調節解除すること
ができる。本発明の細菌、オペロンおよび配列を発酵す
るリボフラビン大量生産に使用することができる。
ラビンおよびプリン生産に関して調節解除され、その染
色体内に増幅されたribオペロンを有するB、サブチ
リスlA382の変異株、RB50::[pRF8]s
。(Adeつを作製する例により説明する。
g/1以上のリボフラビンを生産することができる。
に増加した他の細菌が記述される。
ボフラビン生産に適した条件下培地中で増殖させること
による、リボフラビンの大量生産(10g#?以上)を
特徴とする。第1の観点においては、本発明は、染色体
内に外因的に導入された核酸の少なくともlコピーを包
含する組換え細菌を特徴とする。この核酸は1またはそ
れ以上のリボフラビン生合成タンパク質をコードし、遺
伝することかでき、細菌によって発現され得る。その結
果、そのような配列を欠く細菌に比較して細菌によるリ
ボフラビン生合成が増加する。
lまたはそれ以上の核酸配列を、そのような配列が自然
には起こらない部位で、そして/または、自然には生じ
ないコピー数で含有する細菌を意味する。したがって、
この用語には、正常にはlコピーのみの配列を包含する
部位に、2コピーのヌクレオチド配列、例えば遺伝子ま
たはオペロンか付与された細菌が包含される。それには
また、1またはそれ以」二のヌクレオチド配列コピーが
正常にはその配列を包含しない部位に導入された細菌も
包含される。かかる組換え細菌は標準的な組換えDNA
技法によって作製される。
転換、およびトランスフェクションを包含するなんらか
の標準的な方法によって染色体の外の起源から核酸がそ
の染色体に導入されたことを意味する。それにはまた、
かかる細菌の子孫、例えば始めに作製され、形質転換さ
れまたはトランスフェクションされた細菌の細胞分裂に
よって生じた細菌も包含される。
リン酸からのりボフラビン合成に直接間わるペプチド、
ポリペプチド、またはタンパク質が包含されることを意
味する。これらのタンパク質は、細菌内に天然に存在し
、その細菌内でリボフラビン生合成に関わるタンパク質
と同一であってもよい。あるいはまた、そのタンパク質
の修飾物であってもよく、たとえば、タンパク質の生物
学的活性に有意には影響しない修飾を含むこともできる
。例として、1またはそれ以上のアミノ酸を導入するか
または置換することによって天然型のタンパク質を修飾
することかでき、それは保存的なアミノ酸置換またはタ
ンパク質の非必須領域の除去によるのか好ましい。かか
る修飾は標準的方法により容易に行える。
以、]−の核酸配列を含有する。そしてlまたはそれ以
」二のリボフラビン生合成タンパク質をコードする核酸
か細菌染色体内の少なくとも2箇所の部位に存在する。
をコードする核酸が存在する明確な染色体上の位置を意
味する。例えば、このような核酸はそのようなタンパク
質をコードする遺伝子の天然に存在する部位(すなわち
rib遺伝子座)に存在してもよいし、またはこの位置
から離れた部位に存在してもよい。このような離れた部
位はリボフラビン生産にとって必須ではないタンパク質
をコードする領域のような、組換え細菌に必須ではない
染色体核酸領域から選択されるのか好ましい。
の細胞外酵素をコードする領域か包含される。このよう
な部位での挿入は求める性質や特性を損なわない。リボ
フラビン生産に関する細菌の機能か実質的に影響を受け
ない限り、あらゆる部位か好適である。
複数コピー状態で存在する。そして核酸は染色体内の少
なくとも3箇所の部位で存在する。
の核酸の総コピー数を増加させることができる。フビー
数の増加によりリボフラビン生産量か増加する。
以」二のrib遺伝子(例えば、その不活性化はりポフ
ラビン要求株を生成する)、好ましくは第3図に示され
るヌクレオチド配列から同定できる少なくども5個の異
なったrib遺伝子によりコードされる。少なくとも5
コピーのかかる遺伝子が存在するのが好ましい。rri
b遺伝子」とは、生物内で天然に存在するタンパク質、
またはかかるタンパク質と同様の機能をするタンパク質
をコードする遺伝子または遺伝子の部分を意味し、5−
こでかかるタンパク質は細菌内でのグアノシン三リン酸
のりボフラビンへの生合成的変換に関わっているものを
指す。
ボフラビン生合成タンパク質例えば第4図でORF 1
およびORF 6と同定された遺伝子産物をコードする
核酸を包含する組換え細菌を特徴とし、その少なくとも
一つの発現はその核酸と天然には関連しない転写エレメ
ントによって制御される。
)遺伝子と天然には関連しない転写エレメントによって
制御される1またはそれ以上の「11)遺伝子または転
写単位か包含される。
への核酸の転写を実行させる(すなわち作動させる)あ
らゆる核酸を包含することを意味する。このようなエレ
メントの例にはプロモーターおよびオペレーターか包含
される。かかる転写エレメントはその核酸と天然には関
連かなく、たとえば非相同の転写エレメントであること
ができる。すなわち、それは他の種や属の細菌または他
の生物から単離されてもよい。あるいはまた、転写エレ
メントはその細菌に天然に存在するか今それか転写的に
連結されようとしているrit]遺伝子と通常は関連の
ない工1ノメントであってもよい。
ものは包含されない。
(または少なくとも5個の) rib遺伝子を包含し
、3個のrib遺伝子すべての発現がこれらrib遺伝
子と天然には関連がない転写エレメントによって制御さ
れ、少なくとも2個の転写エレメントか付与され、ri
b遺伝子は組換え細菌の染色体内に付与され、組換え細
菌はリボフラビン遺伝子発現について調節解除され、そ
してその転写エレメントはプロモーターである。たとえ
ば、そのプロモーターは、5POIフアージに関連した
もの、および/またはveg、 amy、および5ae
Q−感受性プロモーター、例えばapr、といった構成
的プロモーター、増殖により調節されるプロモーター、
または誘導しうるプロモーターである。
ステムを持つ細菌(すなわち野生型細菌)で観察される
よりもリボフラビン生産レベルか高いことを意味する。
たは拮抗体に対して耐性を存する細菌か包含され、ここ
で、かかる類似体または拮抗体は例えば8−アザグアニ
ン、ブシコフラニン、デコイニン、8−アザキサンチン
、スルファグアニン、6−チオグアニン、およびメチオ
ニンスルホキシドからなる群および/またはロゼオフラ
ビンのようなりボフラビン類似体から選択できる。調節
解除された好ましい細菌は、以下のプリン類似体または
拮抗体すなわち8−アザグアニンまたはデコイニン、お
よびロゼオフラビンの少な(とも一つに対して耐性であ
る。
遺伝子にそのrib遺伝子と天然には関連がないリポソ
ーム結合部位が包含され、rib遺伝子は染色体内の2
つの部位で存在し、モしてrib遺伝子は染色体内で複
数のコピーで存在する。もっと望ましい実施態様に於て
は、rib遺伝子はバチルス(Bacillus) r
ib遺伝子例えば第4図に示されるORF 3及びOR
F 4であり、転写エレメントORF 3またはORF
5の5′上流域に存在し、そしてrib遺伝子はβ−
リボフラビンシンターゼをコードする遺伝子、0RF2
.0RF3.0RF4.およびORF 5から選択され
、そして細菌はエシェリヒア(Esheriehia)
例えばE、コリ、バチルス例えば、B、サブチリス、り
1ノブシエラ(Klebsiella)、またはコリネ
バクテリウム(Corynebaeterium)種に
属する。
−トのrib遺伝子を包含し、その発現かそのrib遺
伝子とは天然には関連がない転写エレメントによって制
御される核酸を特徴とする。
ルス好ましくはB、サブチリス、またはE、コリあるい
は酵母起源の、■またはそれ以」二の(少なくとも5が
望ましい)リボフラビン生合成タンパク質をコードする
核酸配列を、そして第二に、この核酸配列と天然には関
連かないlまたはそれ以」−の(1または2か望ましい
)転写エレメントを含んでなるベクターに関する。転写
エレメントか」1記のようにすてに特定されたベクター
か望ましい。実施例で詳記するベクター、例えばpRF
50. pRF69. pRF70. pRF71.
pRF78. pRF81および/またはpRF89が
さらに好ましい。
ーによって形質転換された細菌を含んでなる組換え細菌
に関する。このものは上述の転写エレメントを含む前記
核酸配列の少なくとも1コピー、好ましくは多コピーを
染色体内の1またはそれ以上の部位に導入され、そして
該転写エレメントを含む該核酸配列は遺伝性で、その細
菌による発現能を有する。その結果、その細菌によるリ
ボフラビン生合成は該転写エレメントを含む核酸配列を
もたない細菌に比較して増加する。1または2箇所のか
かる部位への導入が望ましい。さらに形質転換される細
菌がりボフラビン遺伝子発現に関してすでに調節解除さ
れているような組換え細菌か好ましい。かかる調節解除
された細菌のうちE、コリまたはバチルス特にB、サブ
チリス株か好圭しく、B、サブチリス株RB50および
RB58か特に好ましい。
方法は1またはそれ以上のリボフラビン生合成タンパク
質をコードする細菌または酵母起源の核酸配列を含んで
なるベクター、または上記で既に特定されたベクターに
より、細菌特に上記で既に特定された細菌を形質転換す
るものである。
配列少なくとも1コピー、望ましくは多コピーが染色体
内の1またはそれ以上、好ましくは1または2箇所の部
位に導入され、そして任意に該転写11ノメントを包含
する該核酸配列は遺伝性で、細菌による発現可能である
。その結果その細菌によるリボフラビン生合成は該転写
ニレメン(・を任意に包含する核酸配列をもたない細菌
と比べて高められる。
成遺伝了・と天然に関連する1またはそれ以上の転写ニ
レメン1へか前記特定の転写ニレメン1−によって置き
換えられたここに特定される細菌にも関する11、−の
ような置換は本発明の記載に基ついて当業者に知られた
方法により行われうる。
とする。その方法には細胞特にここで詳細に言及される
組換え細菌を適当な増殖条件下に増殖させることが包含
される。この適当な増殖条件は、数組換え細菌の増殖の
ための好気的条件か維持されるような様式で増殖培地お
よび/または供給培地の成分の利用可能性を限定するこ
とを特徴とする。このような条件はまた例えば溶存酸素
レベルを約596から3006までの間の濃度に維持す
ることによっても特徴付けることかできる。当業者は、
かかる溶存酸素1、・ベルが数組換え細菌の増殖におよ
び該溶存酸素濃度の測定に用いられる特定の技術的装置
の如何により変化する可能性かあるということを熟知し
ている。嫌気的条件下ではリボフラビン合成は減少する
。いくつかの実施態様に於ては、限定性成分は炭素源、
窒素源、まt、−は細胞か要求する成分(例えば、供給
培地に於て)から選択される。例えば、細胞か例えばメ
チオニン要求株であるならば、増殖培地にはメヂオニン
供!41.ベルか限定される。別の例に於ては、そのよ
うな成分はグルコースまたはカルボン酸、例えばクエン
酸やコハク酸のようなりエン酸回路の酸、またはアミノ
酸であろう。
生産を増加させるためのもう−っの方法を特徴どする3
、この方法に於ては、用いられる細菌株はりボフラビン
生産について調節解除されている4、lまたはイ、第1
以上のリボフラビン生合成タンパク質をコードする核酸
配列の1コピ一以上を−の細菌の染色体DNAに導入す
る。この方法で用いる細菌は前記の・)ちの一つから選
ばれるのが好ましい。本発明はまた、上記で特定された
方法により、これもまた」上記で特定された条件下で得
られた組換え細菌を増殖させることによるリボフラビン
生産力法にも関する。
る核酸の絹換えポリペプチド産物か提供される。一般に
、精製核酸は本質的にribオペロンの全体または・部
分、例えば第3図に示す特定の読みとり枠からなる。か
かる精製核酸は、ブー〉スミド、ファージ、またはコス
ミドのようなベクター内にイ」与されてもよいし、また
は細菌の染色体中に組み込まれてもよい。、二の核酸は
ぞれか天然に連結されている核酸から分離される。例え
ば、全r11〕オペロンをコードする6、 5 kb核
酸を、その6゜51tbDNAか通常存在する部位から
離第1た部位てB7勺ブチリス染色体内に挿入すること
かできる1゜組換えポリペプチドどは、無関係ポリペプ
チドを存しない(すなわち非相同のボリベブヂ」り゛に
巖合し7ていない)生物学的に活性なタンパク質を、e
:味し、天然で生産されるそのポリペプチドと同等の酵
素活性を有する。
い実施態様についての以下の記載および請求の範囲から
明らかであろう。
:1117 (1988)から改変されたリボフラビン
生合成経路を示す。
されるものである(それらはおそら<B、サブチリスに
より生産されるものと同一である):構造lニゲアノシ
ン三リン酸(GTP) ;構造2:2.5−ジアミノ−
6−(リボシルアミノ’) −4(3H) −ピリミジ
ノン−5゛−リン酸;構造3:5−アミノ6−(リボシ
ルアミノ) −2,4(IH,3H)−ピリミジンジオ
ン−5゛−リン酸:構造4:5−アミノ−6−(リボシ
ルアミノ)−2,4(IH,3H) −ピリミジンジオ
ン−5°−リン酸;構造5:6,7−シメチルー8−リ
ビヂ゛ルルマジン;構造6:リボフラビン。指示された
生合成酵素はB。サブチリスによってコードされるもの
(GTPシクロヒドロラーゼ、リボフラビンシンターゼ
のαおよびβザブユニット)であるが、またはB、サブ
チリスによってコードされると提案されたもの(rib
−特異的デアミナーゼ、およびrib−特異的l/ダク
ター・ゼ)である。
ン生合成に関わる部分を包含するプリン生合成経路を図
示する。遺伝子記号(E、コリ命名法)によってその経
路のそれぞれの酵素か明示される。略号は以下の通りで
ある、すなわちPRPP :ホスホリシボシルビロリン
酸;GARニゲリシンアミドリボヌクレオチド; p
ur : GARホルミルト・ランスフェラーゼ;PR
A:ホスホリボシルアミン;purA :アデニロコハ
ク酸シンセターゼ; purB :アデニロコハク酸シ
ンセターゼ、 FGAR:ホルミルグリシンアミドリボ
ヌクレオチド: 5AICAR:アミノイミダゾールス
クシノカルポキザミドリポヌクレオチド; purC:
5AICARシンセターゼ: FCAM 、ホルミル
グリシンアミジンリボヌクレオチド; purD :G
ARシンセターゼ:AIRニアミノイミダゾールリボヌ
クレオチド; purE : AIRカルボキシラーゼ
CAIR:カルボキシアミノイミダブールリポヌクレオ
チド: purF : PRPPアミドl−ランスフェ
ラーゼ;A、ICAR:アミノイミダゾール力ルポキザ
ミドリボヌクレオチド; purl : AICARホ
ルミルトランスフェラーゼ; purJ :イノシンー
リン酸(lλ+P)シクロヒドラーゼ、 FAICAR
:ホルムアミドイミダゾールカルボキザミドリボヌクレ
オチド: purl、 : FGARアミドトランスフ
ェラーゼ+ guaA・グアノシン−リン・酸(GMP
)シンセターゼ: purM : AIRシンセターゼ
: guaB : IMFデヒドロゲナーゼ。
オチド配列および推定アミノ酸配列を示す。
定法により決定された。推定アミノ酸配列はI文字表記
(Lehninger、 Biochcmictry、
2d Ed、。
ew York、 p、72)で示される。
る。上の図は、プラスミドpRF 2に於てクローニン
グされたB、ザブチリスrib遺伝子を含有する10k
b EeoRID N Aフラグメントの制限エンドヌ
クレアーゼ地図である。リボフラビンシンターゼ遺伝r
に特異的な54−量体プローブに対する相同領域を太い
黒線で示す。網掛けの四角はRib”クローン化DNA
を示し、一方細い黒線はpBR322D N Aを表す
。下の図はribオペロンが局在する6、Okbフラグ
メン(・の完全なヌクし・オチド配列に基づく。
いる矢印は転写方向を示す。黒の長方形は推定リポソー
ム結合部位を示す。ありうるσ9プロモーター領域を示
す。試みに同定されたrho−1t依存性転写終止部位
を「ヘアピン」記号で示す。
剰生産株B。サブチリスI?B50の由来を示す。様々
な親株をリボフラビンおよびプリン類似体に曝して適当
な突然変異を選択した。
F2.。
を示す。
フラグメントのライブラリーを用いてE、コリプラスミ
ドベクターに於ける遺伝子ライブラリーを作製した。ク
ローンはりボフラビンシンターゼ遺伝子のβザブユニッ
トに特異的な54−縫体ブローブにハイブリッド形成さ
せることによって選択した。
8 )−6の菌株由来を示す。プラスミドpRF 8
を中間菌株RB52の染色体に組み込み、増殖した。そ
の結果上じた菌株をプリン類似体アザグアニンに曝した
。
必須な領域の同定を示す。図はりボフラビン生合成に必
須の示される領域を含む10khクローン化EcoRI
DNAフラグメントを示す。指示された制限部位に於
ける挿入および欠失によってribオペロンの位置を決
定することができた。すべての制限部位か示されている
わけではない。
ピンループ構造を示す。第3図のヌクレオチド配列に於
ける位置を各構造の下部に示す。Tinoe。
logy 246:40 (1973))に従って決定
されたそれらの形成自由エネルギーも示す。
使用した様々なプラスミド誘導体の構造を示す。
に含まれるr i l)オペロン領域、ならびに発現が
予想される読みとり枠を示す。
線を示す。自四角: RB50 : : [pRF 8
] lao (Ade−)を使用したRBP−14゜
黒四角: RB50::[pRF8 I@。
0::[pRF8 la。
0::[pRF8 la。
を示す。
す。
レオチドを示す。
子にまたは様々なプリン生合成経路にリボフラビン過剰
生産を招来するlまたはそれ以上の突然変異を含有する
宿主細菌株が誘導される。
りリボフラビン生合成経路に於ける調節解除スデップに
よって、リボフラビンが過剰に生産される。別の実施態
様に於ては、かかる突然変異によりリボフラビン生合成
の前駆体が代替代謝経路で用いられるのか阻害されるこ
とによってリボフラビン生産が増加する。
対応物と拮抗するプリンまたはリボフラビンの類似体に
曝すことによって、宿主細菌の遺伝的バックグラウンド
に於ける望ましい突然変異を誘導することかできる。こ
のような暴露を生き残−)だ細菌が、類似体に対応する
真正物質を過剰生産させうる突然変異を有していて、排
除しなければ致死的であるプリンまたはリボフラビン類
似体を拮抗的に排除する。B、サブチリス中に於けるリ
ボフラビン生合成はグアノシン三リン酸から始まる(第
1図、構造l)。グアノシン三リン酸(GTP)は、グ
アノシン−リン酸(GMP)を経由したプリン生合成経
路の産物である(第2図)。好ましい実施態様に於ては
、リボフラビンを過剰生産する宿主菌株を得るのに、細
胞が生産するGTP Jtを増加させ、かつリボフラビ
ン経路の調節を解除するために古典的な遺伝学を用いる
ことができる。
または拮抗体に対して耐性を有する変異株を得ることに
より達成できる。使用できるプリン類似体のいくつかの
例には8−アザグアニン(Ishiiおよび5biio
、 Abrie、Biol、Chem、 36:151
1,1972;Konishiおよび5hiro、 A
grie、 Biol、 Chem、 32:396、
1968)、ブシコフラニンおよびデコイニン(Mat
suiら、Agrie、 Biol、 Chem、
43:1739. 1979:Matsuiら、Ag
ric、 Biol、 Chem、 43:393
. 1979)、8−アザキサンチン、スルファグアニ
ン、6−チオグアニン(Debabov、 V、G、、
The Mo1ecular Biologyof t
he Bacilli第1巻Bacillus 5ub
tilis、 D。
、 New York)中の331−370ページ、1
982)およびその他、および/または拮抗体メチオニ
ンスルフオキシド(Matsuiら、App、 Env
、 Mierobiol、 34:337.1977)
、およびそれらの任意の組合せか包含されるがそれらに
限定されるわけではない。
有する突然変異株を得ることによって調節解除されつる
。利用できるリボフラビン類似体の例はロゼオフラビン
(Matsuiら、Agrie、 Biol。
体アザグアニン、デコイニンおよびロゼオフラビンに対
して耐性とな、った細菌を使用することかできる。これ
らの化合物のそれぞれに対して耐性を有する詳細な突然
変異株を以下に記述する。その細菌を他の類似体に対し
て耐性をなす突然変異を有する細菌も用いることができ
る。上記と同じ類似体に対して耐性となすような種々の
突然変異を有するが、または他の類似体に対する様々な
突然変異と組合せるかまたは組み合せずしてこれらの突
然変異の種々の組合せを有する細菌の利用もまた本発明
の範囲にあると見なされる。
異株を生じない場合は一般には突然変異の頻度を上げる
ために、従って類似体耐性変異株の数を増やすために、
様々な変異原物質を使用することができる。−例として
はエチルメチルスルホネ−1−を使用することができ、
またニトロソグアニジンまたはUV照射を含む他の変異
原物質も使用できるかそれらに限定されるわけではない
。
施態様としてB、サブチリスを含む)、E。
か包含される。ゲノムに挿入すべきクローン化ribオ
ペロンのプロモーター配列を認識できる種が使用に適す
る。標準的な操作(例えば形質転換)によってrib遺
伝子を他の細菌に導入するために、後記のプラスミドを
用いることかできる。
る分光法によるかまたは後記UV先光下の細菌の観察に
より測定できる。
異を生じさせる他に、それらのプリンやリボフラビン生
合成経路に影響を与えることか知られている突然変異を
既に含有する細菌株を利用することができる。例えば本
発明はその菌株に限定されるわけてはないがB、ザブチ
リス株[A382を利用するもので、その菌株は突然変
異pur−60を含有しておりそのせいでアデニン要求
株となっている。この突然変異によりリボフラビン前駆
体イノシン−リン酸(IMP)がりボフラビン生産以外
の代謝経路で利用されるのか遮断されるため、増加量の
Iに(Pをリボフラビン生合成に利用でき、従ってJボ
フラビン生産が増加する。リボフラビン生産を増加させ
る可能性のある利用可能な多くの他の突然変異が存在し
ており、それらにはGuaC3、his、および本発明
の範囲に包含されるその他の変異が包含されるかそれら
に限定されるわけではない。
く第2図参照)、従って利用可能なリボフラビン生合成
前駆体の量を増加させる。
生産に影響を及ぼす好適な変異をマツプする事かできる
。詳細な実施態様に於ては、栄養要求性変異株の相補性
によって、突然変異をマ・ツブする事ができる。
ーンして本発明に使用することができる。
びダラム陰性細菌を包含するがそれらに限定されない種
からの細菌、または酵母細菌は、ribオペロンの分子
クローニングのための核酸源として使用可能である。当
業者に周知の標準的な操作によって、例えば、所望の細
菌細胞から精製された染色体DNAまたはそのフラグメ
ントを遺伝子増幅のために適当なベクターにクローニン
グすることによって調製されたDNAライブラリーから
、ribオペロンを含有するDNAを得ることができる
。 (例として、ManiatiSら、1982. M
olecularCloning、 A Labo
ratory Manual、 Co1d Sp
ringllarbor Laboratory、 C
o1d Spring Harbor、 NewYor
k; Glover、 D、M。(編)、 1982
. DNA Cloning。
Press、 I、td、 、 0xford。
フラグメントが生成し、そのうちのいくつかは所望のr
ibオペロンをコードしていよう。
断できる。あるいはまた、DNAを断片化するためにマ
ンガン存在下でDNAアーゼを使用してもよく、またD
NAを、例えば音波処理により物理的に切断することも
できる。つぎに線状DNAフラグメントを標準的な技術
によって寸法にしたかって分離することかできる。この
技術にはアガロースおよびポリアクリルアミドゲル電気
泳動および密度勾配遠心分離か包含されるがそれらに限
定されるわけではない。
ローニングおよび/または発現ベクターを用いてDNA
ライブラリーを調製する。当業上周知の多数のベクター
−宿主系を使用できる。使用可能なベクターには、プラ
スミドまたは修飾されたウィルスが包含するがそれらに
限定されるわけではない。しかしベクター系は使用する
宿主細胞と適合しなければならない。E。コリに関して
は、かかるベクターにはλ誘導体のようなバクテリオフ
ァージ、pBR322またはpUCプラスミドのような
高コピープラスミド、またはシコ、−トモナス(Pse
udomonas)プラスミドRK2から誘導される低
コピープラスミドが包含されるがそれらに限定されるわ
けではない。バチルスに関しては、かかるベクターには
、/)11 (Deanら、J、Virol、 20:
339゜1976 : Kawamuraら、Gene
5:87. 1979)または△105誘導体(Ii
jimaら、Gene 9:115.1980 ; E
rrington。
615. 1984 : Dhaeseら、Gene
32:181.1984; Errington、 J
、、BacillusMolecular Biolo
gy and Biotechnology Appl
ications。
eh、編(Academic Press。
なバクテリオファージ、 pUBllo (Ehrli
ch、 Proe、 Natl、 Acad。
はpBD64のような高コピープラスミド、またはpE
194誘導体(Gryczan。
y of the Bacilli、 D。
Press、 New York)、 りp。
およびWeisblum、 J。
ような低コピープラスミドか包含されるがそれらに限定
されるわけてはない。組換え分子を形質転換、トランス
フェクシヨン、プロトプラスト形成、感染、エレクトロ
ポレーション、などにより宿主細胞に導入することがで
きる。
えば、hlaniatisら、上記に記載のような)に
よってribオペロンを含有する組換えDNAを含む特
定のクローンの同定を行いうる。例えば、もし一定量の
オペロンまたはそのフラグメンl−が別の細菌源から(
例えばE、コリから)入手でき、かつそれかバチルスの
リボフラビン生合成遺伝子とハイブリッド形成しつるに
充分に相同であるならば、そのDNAを精製および標識
することができ、そして生成したDNAフラグメントの
バンクを標識化プローブに対する核酸ハイブリッド形成
によって選別することかできる(Benton、 W、
およびDavis、 R,,1977、5cience
196:180; Grunstein。
roe、 Natl、 Acad。
また、内因性ribオペロンの読みとり枠を含んでなる
配列、または約lO1好ましくは15またはそれ以上の
ヌクレオチドを含んでなるその配列をハイブリッド形成
プローブとして使用することができる。このようなプロ
ーブは、オペロンがコードしていることか知られている
遺伝子産物の核酸またはアミノ酸配列の一部分(その例
が以下に与えられる)に基づいて合成的に作られつる(
「逆向き遺伝学」)。
きないならば、制限フラグメント(例えば部分的な5a
u3A消化物からの)のクローン化遺伝子ライブラリー
を細菌、特にB、サブチリスまたはE。
クローンはマーカーレスキューまたは既知のrib変異
についての相補性のいずれかによって確認することがで
きる。
、コリプラスミドライブラリーからB、サブチリスのr
ibオペロンを単離して使用することができる。特に、
そして下記のように、B、サブチリスribオペロンは
、B、サブチリスのオペロンがコードすることが知られ
ている遺伝子産物の内部の領域から誘導された放射性標
識合成ヌクレオチドプローブに対するその相同性により
単離できる。β−リボフラビンシンターゼ(Ludwi
gら、J、 Rial。
配列の一部分がかかるプローブの基礎でありうるが、コ
ドン使用の頻度からそれぞれのコドンの3番目のヌク1
ノオチドを推定し、このタンパク質の別の領域、または
ribオペロンに由来する別のタンパク質に基づく同様
のプローブを利用することができ、それらは本発明の範
囲にある。本発明によりさらに、第3図に示すヌクレオ
チド配列から誘導された合成プローブを使用することに
よるスクリーニングか可能となる。
特に他のバチルスまたはE、コリのribオペロンを単
離することかできる。詳細な実施態様に於ては、かかる
クローンは標識化B、サブチリスribオペロンまたは
そのハイブリッド形成可能な部分とのハイブリッド形成
能をアッセイすることによって選択できる。適当なmR
NA調製物から出発してcDNAを調製できることは半
梁上よく知られている。かかるeDNAを本発明により
用いて、適当な細菌をリボフラビン過剰生産用に形質転
換させるためのベクターを調製することもできる。
組換えDNA分子を有する宿主細胞がひとたび同定され
ると、そのDNAを大量に得ることができる。次に、こ
れによってribオペロンが操作できそしてそのヌクレ
オチド配列が当業者によく知られた様々なりローニング
及び配列決定技術を用いて決定できる。
片内に於けるribオペロン及びその遺伝子の位置を決
定し特性決定することかできる。詳細な実施態様に於て
はrib生合成含有領域は、小さなeat(クロラムフ
ェニコールアセチルトランスフェラーゼ)含有制限フラ
グメントをクローン化DNAの数個の異なる制限酵素部
位に挿入しそして適当な宿主(下記参照)に於けるリボ
フラビン生合成の挿入による不活性化についてそれぞれ
の誘導体を検査することにより確認できる。
ハイブリッド形成(Southern、 E、M、、1
975゜J、Mo1. Biol、 98+503−5
17)、ノーザンハイブリッド形成(例えばFreem
anら、1983. Proe、 Natl。
4−4098参照)、制限エンドヌクレアーゼマツピン
グ(Maniatisら、1982゜Mo1ecula
r Cloning A Laboratory
Manual、 ColdSpring Ha
rbor Lahoratory、 Co1d S
pring [(arbor。
るがそれに限定されない方法により分析できる。制限エ
ンドヌクレアーゼマツピングはribオペロンの遺伝子
構造をおおまかに決定するのに用いられうる。制限エン
ドヌクレアーゼ切断により誘導された制限地図はDNA
配列分析によって確認できろ。
うことかできる。それら技法にはMaxamおよびG1
1bertの方法(1980,Meth、 Enzym
ol、65:499−560)、Sangerジデオキ
シ法(Sanger、 F、ら、1977、 Proe
、 Natl、 Ae、ad、 Sei、 U、S、A
、74:5436)、または自動化DNAシークエネー
ター(例えば、Applied Biosystema
、 Foster C1ty、 CA)が包含されるか
それに限定されるわけではない。−例として、B、サブ
チリスribオペロンのDNA配列を第3図に示す。
ぎにそれらにコードされる産物の予想アミノ酸配列にし
たがって、推定読みとり枠(ORF類)を同定すること
ができる。例えば様々なORF類を鋳型として用いて5
−30共役インビトロ転写/翻訳反応を行うことによっ
て、コードされた産物を実際に同定することかできる。
の機能を試験するために、5−30反応産物の機能アッ
セイにおいて活性を試験することができる。
実施例で詳述される本発明の詳細な実施態様に於ては、
」二足方法を用いてB、サブチリスリボフラビン生合成
が5個の生合成遺伝子すなわちリボフラビンシンターゼ
のβサブユニットおよび2゜3.4.及び5と称される
ORF類(第4図参照)を含有する約4.2 khの単
一オペロンによって制御されることを確認した。次に、
ORF類2,3.4゜および′5が、それぞれ分子量約
15kd、 47kd、 26kd。
た。以下に記述するように、ORF 5は、リボフラビ
ン生合成の初期の段階で、脱アミノ化されたピリミジン
のリビチルアミノー結合への還元を触媒するものである
、推定rib特異的デアミナーゼをコードすることが示
された。本発明らのデータはまた、ORF 4がリボフ
ラビンシンターゼのαタブユニットをコードし、ORF
3はGTPシクロヒドロラーゼをコードし、一方OR
F 2はおそら(rib特異的レダクターゼをコードす
ることも示している。
転写ユニットの外側にあることが判明した。ribオペ
ロン転写開始のための最初の部位は、おそらくオペロン
の最初の遺伝子、ORF 5から290bp l流のあ
る見かけのσ6プロモーターであると判定された(第4
図、PI)。B、サブチリスribオペロンのコード領
域、プロモーターおよび転写終止部位を下記の第■表に
示す。
アミノ酸配列、並びに機能的に活性なペプチドをコード
するその部分配列、およびかかる配列と実質的に同じ配
列を包含する。ここで用いられる機能的に活性なペプチ
ドは、リボフラビン生合成を招来する反応を触媒する能
力を持つタンパク質またはペプチドを意味する。機能的
には活性な核酸配列はリボフラビン生合成を調節しうる
配列を意味する。別の配列と実質的に同じ配列とは、そ
の相補的な配列に対してハイブリッド形成できる配列を
意味する。さらに、天然には第2の核酸配列の発現を制
御しない核酸配列とは、第2の配列か単離された細菌に
於て第2の配列の発現を制御しない配列を意味する。
に於て最適に使用するためにその構造を操作することが
可能である。例えば、リボフラビン生産を最大限に高め
るためにribオペロンを遺伝子工学的に作製すること
ができる。
な転写および翻訳エレメントのうちの任意の一つを使用
することができる。組換えDNAまたは合成技法によっ
て作られたプロモーターも挿入配列を転写するために使
用することかできる。
節配列を用いることができる。全ribオペロン、また
はその1遺伝子より多い遺伝子がポリジストロニックメ
ツセージとして発現されることが所望される実施態様に
於ては、原核生物の宿主か必要とされる。真核生物宿主
を使用する実施態様に於ては、発現が所望されるそれぞ
れの遺伝子10RFの上流の組換えDNA中に適当な調
節配列(例えばプロモーター)を置く必要がある。
には、特定の開始シグナルも必要である。
。
ような隣接配列が包含される。翻訳レベルでそのコード
配列をより効率的に発現させるには、与えられたコード
配列のRBSを操作できることに注意すべきである。そ
れ自身の開始コドンおよび隣接する調節配列を含むri
bオペロンの全読みとり枠が適当な発現ベクターに挿入
される場合には、何らそれ以上の翻訳制御シグナルは必
要あるまい。しかしながら、コード配列の一部分のみが
挿入される場合または生来の調節シグナルが宿主細胞に
よって認識されない場合には、開始コドンを含む外因性
翻訳制御シグナルが付与されなければならない。開始コ
ドンはさらに、全挿入物の翻訳を保証するためにタンパ
ク質コード配列と読み枠が一致しなければならない。こ
れらの外因性翻訳制御シグナルおよび開始コドンは天然
および合成両者の様々な起源からなっていることができ
る。
は望ましい特定の方法でその遺伝子産物を修飾しプロセ
シングする宿主細胞株を選択できる。
ザーの存在下で増加させることができる。
ク質の発現を制御することができる。ある実施態様に於
ては、ribオペロンを調節解除しそれによってリボフ
ラビン生産を増加させるために、プロモーターおよび転
写終止/抗転写終止調節配列のようなオペロンの調節領
域を操作するかまたは構成的または増殖により調節され
るプロモーターで置き換えることができる。さらに、発
現されたタンパク質の望ましい修飾およびプロセシング
を保証するために、適当な細胞系列または宿主系を選択
することができる。多くの操作が可能であり、本発明の
範囲内にある。
ihオペロンの 調節配列を除去していくつかのB、サ
ブチリスプロモーターの1またはそれ以上と置き換える
ことができる。かかる構築によりrib生合成遺伝子が
高レベルに発現されよう。この手段は転写ターミネータ
−の末端とオペロン内の最初の遺伝子ORF 5のRB
S配列との間の2O−30bp領域への新たな制限部位
の導入を包含しよう。かかる制限部位は特定部位の突然
変異誘発によるが、またはORF 5の最初の30bp
内にあるもっとも右側のBgl II (Bgl II
−)部位から上流のすべての調節配列を欠失させ(第3
図および第4図参照)、合成オリゴヌクレオチドをこの
部位に挿入することによって導入することができる。こ
の合成ヌクレオチドは(リポソーム結合部位を含む)
0RF5の末端を完了させ、新たな上流の制限部位を
含有するものである。−旦これらの構築かなされると、
新たな制限部位と適合する末端を優するプロモーター含
有制限フラグメントを導入することができ、それにより
新たなプロモーターの制御下でrib遺伝子を発現させ
ることができる。構成的で、かつ増殖により調節される
B。サブチリスプロモーターを用いることができ、それ
らには溶菌バクテリオファージ5POI遺伝子からの強
力なプロモーターvegSarny(アミラーゼ)、お
よびapr(ズブチリシン)が包含されるがそれらに限
定されるわけではない。
調節するために、転写調節活性(例えばプロモーター)
を有するribオペロンDNAフラグメントを用いるこ
とができる。
ばバチルスおよびE、コリを含む細菌中にribオペロ
ンを導入することができる。好ましい実施態様に於ては
、細菌宿主は上記の突然変異宿主の一つである。詳細な
実施態様に於ては、クローン化されたribオペロンを
宿主染色体DNA中に組み込み、そこで宿主ゲノムDN
Aとともに複製し発現させる。最も好ましい実施態様に
於ては、多コピーのribオペロンを宿主染色体DNA
中に組み込み、それによって調節解除された宿主内での
ribオペロン発現を増幅させる。これを実行する一つ
の方法は、下記の実施例の項で詳述するように、eat
含有ribオペロンの染色体挿入に続くそのオペロンの
クロラムフェニコール増幅である。
発現されるある種の他の薬剤耐性遺伝子を使用すること
もできる。
っと大きな増幅を得る試みとして、できる限り小さなり
NAフラグメント」二にribオペロンを含むように、
ribオペロンフラグメントを含有する組み込みベクタ
ーを遺伝子工学的に作製することができる。例えば、ベ
クターDNA配列を欠失させ、および/またはribオ
ペロンの側面にある非必須DNAを欠失させることがで
きる。
ボフラビン無して増殖できる。リボフラビン生産を様々
な方法によって検出および定量できる。好ましい実施態
様に於ては、リボフラビン過剰生産性菌を下記のように
366nmのUV光に曝すと、観察可能な黄色の蛍光を
発し、リボフラビン過剰生産が容易に観察される。例え
ば、本発明の遺伝子工学的に作製されたプラスミドの多
くはE、コリ内で作られる。これらのプラスミドの一部
について、リボフラビンの過剰生産がこの方法により確
認されている。例えば、生産されたりボフラビン量は逆
相高性能液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いて
定量できる。細菌の無細胞」−清をHPLCカラムで後
記のように分画し、254nmでリボフラビンを監視す
ることかできる。標準曲線からの外挿により、リボフラ
ビン濃度をクロマトグラフィーのピーク面積によって測
定できる。
る。例えば、発光波長525nmおよび励起波長450
nmにセットした蛍光光度計で、リボフラビンを含有す
る試料の測定値を読むことができる。
生物学的性質に基づくりボフラビンの検出及び定量に利
用できる。
な「バッチ」発酵器に至るまでの容器内で、当業上知ら
れた方法により(下記参照)増殖させることかできる。
ることによって最小のコストでリボフラビン生産を最大
にするように栄養供給物を操作することができる。
伝子は接種用種菌株に約60μg/mlのクロラムフェ
ニコールを包含させることによって(発酵器内では必ず
しもそうではない)細菌染色体内で高コピー数に維持す
ることかできる。シェマップ(Chemap) 14f
f発酵器を1000rpn+でヘッド圧0.6気圧で用
いることができる。高い細胞濃度を得るためには、例え
ばグルコース、スクロース、クエン酸回路の酸、マルト
ースまたは澱粉のような様々な炭素源、および酵母エキ
ス、コーンステイブリカー、アンモニア、および/また
はタンパク質加水分解物のような様々な窒素源を用いる
ことかできる。しかしながら、リボフラビン生産に好ま
しくない限定(例えば、高すぎる炭素源濃度か原因で起
こる酸素涸渇)を避けるような方法でこれらの培地成分
の部分を添加することか重要である。
者はここでリボフラビンを過剰生産するB、サブチリス
株の生成について記載する。これを行うために古典的な
遺伝学、遺伝子工学及び発酵を用いた。プリン及びリボ
フラビン類似体を使用する選択による古典的遺伝学を用
いてプリン(リボフラビン前駆体)及びリボフラビン生
合成経路を調節解除した。リボフラビン生合成経路の遺
伝f (ribオペロン)をクローン化および遺伝子操
作により作製することによりリボフラビン生産かさらに
高まり、律速性生合成酵素の本質的な高レベルの生産か
できるようになった。
始まる(第1図)。リボフラビンを過剰生産する宿主を
得るために我々は古典的な遺伝学を使用して、細胞か生
産するGTP iを増大させかつリボフラビン経路を調
節解除した。B、サブチリスにおけるプリン過剰生産は
アザグアニンやデコイニンのようなプリン類似体及びメ
チオニンスルホキシドのような他の拮抗体に耐性を有す
る突然変異体を得ることにより達成できる(例えば、l
5hi i及び5hiio、 Agrie、Biol、
Chem。36(9) :1511−1522゜197
2 HMatsuiら、Agrie、 Biol、 C
hem。43(8) :17391744、1979)
。リボフラビン経路はりボフラビン類似体ロゼオフラビ
ンに耐性である突然変異体を得ることにより調節解除で
きる(Matsuiら、Agrie。
8.1982) 、ロゼオフラビン耐性株は予め突然変
異誘発させそして幾つかのプリン類似体に耐性である株
から選択された。
生成に使用される方法が記載される。
gma Chemical Co、、St、 Loui
s MO)により500μg/ynlの濃度で効果的に
殺され、そして、耐性を有する突然変異体は自然発生的
に106分の1以下の頻度で現われる。30ug/ml
のエチルメチルスルポネ−1−(EMS : Sigm
a)がアザグアニン耐性(Ag’)突然変異の頻度を増
大させるための変異原物質として使用された。突然変異
誘発は標準操作(Jliller。
o1ecular Genetics。
boratory、 Co1d Springll
arbor、 New York)によりB、サブチリ
ス株168からの細胞に対して実施した。50011g
/mlのアザグアニンを含有する最小培地(Sloma
、 J、Bact、170:5557、1988)に4
X10@個の突然変異誘発された細胞を塗布し、単一の
コロニーを再画線すると、35個のAg′コロニーか生
成した。1つの突然変異体RB11(1〜g”−11)
をRB50の作製に用いた。
の頻度で自然発生的に、又は105分の1の頻度でEM
S突然変異誘発の後100μg/mlのデコイニン(L
li)john Co。、Kalamazoo、 MI
)を含有する最小培地に細胞を塗布することにより得ら
れた。RBIIのDe’突然変異体は上述のようにして
EMSによる突然変異誘発により得られた。、1つのD
c’コロニであるRB15 (Ag’−11,Dc’−
15)を用いてRB50を作製した。
−誘発突然変異からこれを分離するためにそして、Ag
′及びDe’突然変異が単一の座によるものであること
を証明するために、異なった株のバックグランドに転移
させた。リボフラビン前駆体イノシン−燐酸(IMF)
からの“炭素流れ(carbonflow)“の一部は
又アデニンヌクレオチド生合成に使用されるので、突然
変異pur−60を介してアデノシン−燐酸(AMP)
経路が遮断され、より多くの炭素物質をIMFからリボ
フラビンのグアニンヌクし7オチド前駆体に流れるよう
にさせる宿主株か選択された(第2図’) 、 B、サ
ブチリス株lA382(his H2゜trp C2,
pur−60)がコンピテントにされ(Slomaら、
J、Bact、 170:5557 (1988))
そして、Ag゛/De’突然変異体R突然変異体調B1
5全DNAを用いて形質転換された(Gryezanら
、J、Baet、 134:318(1978)の方法
による)。Trp”(hリブトファン)復帰細胞コロニ
ーを選択し、それらの3.3 % (10/300)は
Dc「であり、2.3 % (7/300)がAg’で
あった。この結果は予期しないものではなかった。なぜ
なら、“会合(corgress 1on)” (第2
の連結されてないマーカーの形質転換)ゆえに多数のT
rp“コロニーはまたデコイニン又はアザグアニンに耐
性でもあるはずだからである。
t−60,Dc゛15)、1つのAg’コロニーRB4
0 (his t(2,pur−60゜Dc゛−11)
、及び1つのDc’/Ag’コロニー(これは旧S+で
もあることが判明した) 、RB39 ([)ur−6
0゜Ag’−11,De’−15)をすべて選択してさ
らに研究した。
オニンスルホキシド(MS 二If)u+g/m(!、
Sigma)を使用する選択により、EMSでの突然
変異誘発が必要でない程十分に高頻度で現われる自然発
生的な突然変異体が生じた。Ag’/Dc’変異体RB
39をMS 10μg/mlを含有する最小培地上に画
線した。耐性コロニーが得られ、単一の耐性コロニーを
得るために再び画線した。1つの株RB46(put−
60,Ag′−11,Dc’−15,MS゛−46)を
選択してさらに研究した。
濾過剰生産であるように思われるが、それらのいずれも
平板培地上で検出可能なレベルのリボフラビンを生産し
なかった。リボフラビン生合成経路を調節解除するため
には、リボフラビン類似体はロゼオフラビン(Toro
nto Re5earch Chemical)に対す
る耐性に関して選択する条件が決定された。最大の殺細
胞は最小培地又は完全培地において10011g/ml
のロゼオフラビンで生じた。濃度を増大しても付加的な
殺細胞は起こらなかった。ロゼオフラビン耐性への突然
変異(RoF’)はEMS又は他の化学薬品による突然
変異誘発が必要でない程十分に高い率(約5 X 10
−’)で自然発生的に生じた。
40及びRB46の各々から約1000個のRoF’コ
ロニーが得られた。これらの株すべてからのRoF’突
然変異体は長波長の紫外線(366nm)に曝露させた
場合最小培地のプレート上で低Iノベルの蛍光を示し、
このことはいくらかのリボフラビンの生成を示している
。RB46゜RB46Y (pur−60,Ag’−1
1,De’−15,MS’−46,RoF’−46)か
ら得られたRob’コロニーの1つは最小培地上で増殖
させると、1(PLCで測定して(既述) 14■/p
のリボフラビンを生成した。
46のみがRoF・コロニーが選択された場合に有意に
異なった表現型を生成した。RB39又はRB46のい
ずれかのRoF’コロニーの約0.5%〜1.096が
強い蛍光の黄色いコロニーを生成した。これらのコロニ
ーについて、RB39から生じたRBSI(pur−6
0,Ag゛11、 De’−15,RoF’−51)、
及びRB46から生じたRB50(pur−60,Ag
’−11,Dc’−15,MS’−46,RoF’−5
0)がHPLCにより測定して比較的高レベルのリボフ
ラビン生産に関連する安定な蛍光−黄色の表現型を生成
した。最小培地で増殖させるどRB50とRBSIの双
方とも他のRoF’株よりも高レベルのリボフラビン、
すなわちそれぞれ、約40mg/i?及び30■/lを
上清中に生成した。RB50の系統を第5図に示す。
ロニーはRBSIのような非−MS’株で得ることがで
きるので、一般にこの突然変異はより高い生産をする表
現型には存意には寄与しないかもしれないと思われる。
からの)又はDe’−15(RB36からの)突然変異
のみを含有する株には見出せなかったので、他の突然変
異であるAgr及びDe’(RB39中のAg’−11
及びDe’−15)の両方が高レベルのリボフラビン生
産に必要であると思われる。
達成するためのもう一つの恐らくは重要な突然変異はg
uaC3であり、これはGMPはIMFに戻る変換を阻
止する(第2図を参照)。リボフラビンを過剰生産する
guaC3を含有する株を作製するためには、コンピテ
ントなり、サブチリス株62121細胞(guaC3,
trpc2. metc7)(Endoら、J、 Ba
Ct。
換しそしてデコイニン100μg/lnlを含有するブ
1ノートにでDe’を選択した。数予測のDe’コロニ
ーが生成した。
、リボフラビン過剰生産表現型(UV蛍光に基づく)を
示すもの1個が見出され、これはRoF’であった。
metC7゜Dc’〜15. RoJ”−50)と称し
、以後の研究のために保存した。
る突然変異体もまたプリン代謝で変えられることが報告
されているので、リボフラビン過剰生産株に及ぼすその
作用を調べるためにかかる突然変異体をアッセイした。
1■/−1又はスルファグアニジン2 mg/ml(S
igma)は、野生型B、ザブチリスを効果的に殺すこ
とか判定された。アザグアニン耐性リボフラビン過剰生
産株RB50 : : [pRF81、。及びRB53
::[[)RF8 L。(下記参照)はすてにアザギザ
ンチン耐性であることが判明している。
チンー耐性突然変異は前に記載されているが、この場合
Ag’−11及びAg ’−53突然変異はアザギサン
チン耐性をも伝達すると思われる。
C分析 B、サブチリス培養物中にお1ノるリボフラビンの蓄積
を逆相HPLCにより定量した。リボフラビン標準物(
Sigma Chemical Co、、 ST Lo
uis、 MO)又は被験株の細胞不含上清を、1%酢
酸アンモニウム(1)86.0)で平衡化した4、 6
mm X 250mm Vydae C+ aカラム
上で分別した。注入すると、カラムはメタノールの直線
グラジェントで展開し、254nmてリボフラビンに関
して監視した。真正のりボフラビン(即ちリボフラビン
“標準物“)は、グラジェントの中央点で溶出する。
ペロンを含有する制限フラグメントを単離するための一
般的な方法は、リボフラビンシンターゼのβザブユニッ
トに関する公開されているアミノ酸配列から部分的に誘
導されたDNA配列(1,udwigら1.1Bio1
. Chem、 262:1016. 1987)
である合成オリゴヌク1ノオチドプローブとのノ1イブ
リッド形成により、B、サブチリスDNAのパミニE、
コリプラスミドライブラリーを選別することであった。
mer)”オリゴヌクレオチドプローブが、Ludwi
gら(J、 Biol。
により配列決定された240個アミノ酸リボフラビンシ
ンターゼタンパク質のアミノ酸84−102に基づいて
このスクリーニングに使用された。プローブ中の各コド
ンの第3番目のヌクレオチドは、例えばシーンバンク(
GenBank@)(1,os Alamos Nat
、 l、ab、 I、os Alamos、 NM)か
ら入手しうる幾つかの配列に基づき、最も高頻度に使用
されるB、サブチリスコドンについてなされた判断にし
たかって選択された。このプローブは次の配列から成っ
ていた: 5’ −GGAGCTACAACACATTATGAT
TATGTTTGCAATGAAGCTGCTAAAG
GAATTGCT−3 このプローブの特異性を試験するために、32P標識5
4m゛体DNAを野生型及び突然変異体B、ザブチリス
株から単離されたEcoRI消化染色体DNA(Sou
thern、 J、 Mo1. BioL、 98:5
03.1975)を含有するナイロンフィルターにハイ
ブリダイズさせた。このプローブはEeoRI消化B。
10kbフラグメントに強力にハイブリダイズし、この
ことはrib含有フラグメントの予測された寸法と良好
に一致する(Osinaら、FEBS、 Lett。
たフラグメントはプローブを2個の突然変異株、RB4
6(pur−60,Ag’−11,De’−15゜MS
’−46)及びRB50(put−60,Ag’−11
,De゛−15,MS’46、 RoF’−50)、こ
のうち後者はリボフラビン過剰生産体である、にハイブ
リッド形成させた場合に検出された。これらのハイブリ
ッド形成実験をHindIII切断染色体DNAを用い
て反復すると、プローブが約1.8kbのより小さな単
一のフラグメントを同定した。この後者の結果はクロー
ン化されたDNA内におけるrib生合成オペロンの一
般的位置を決定するのに有用であった。
の911kb EcoRIフラグメントの”ミニ“遺伝
子ライブラリーを、シュードモナス(Pseudomo
nas) 1ノブリコンRK2に由来する低コピーベク
ターであるpRK290を使用して調製した(Ditt
aら、Plasmid 13:149、1985)。B
、サブチリス(rib” met−)DNAのEcoR
Iフラグメンl−(9−11kb)をスクロース(10
〜40?6)レートゾーン遠心法により単離した。
腸アルカリポスフ了ターゼ(CIAP)で脱燐酸化した
IEeoRI=切断111RK290 (0,26μg
)にLOμg/mlの全DNA濃度において結合させた
。約10ngの連結されたDNAをE、コリDH5(F
−、endAl、 hsdRll[ri=−。
eeAl、 gyrA96゜relAl)に形質転換
して、DNAの18g当り7.7×104の頻度でテト
ラサイクリン耐性(Te’)コロニーを生じた。9−1
1kb挿入DNAを含有する形質転換体のフラクション
を決定するために、幾つかのTe’形質転換体からプラ
スミドミニ溶解物を調製し、そしてそれらのDNAを制
限酵素消化により分析した。約40%のTe’形質転換
体が、EeoRIにより生成された9 −11kbの挿
入物1個を含有することが見出された。
ゼ遺伝子に特異的な22p標識54量体プローブを用い
て選別した。1個のコロニーが陽性のシグナルを生じた
。pRF 1と命名されたプラスミドDNAをこのクロ
ーンから単離し、そしてリボフラビン欠乏突然変異ri
b−2を含有するB、サブチリス1A210中に形質転
換してRib’原栄養性コロニーを選択することにより
、Rib”−マーカーレスキュー奪還活性について検査
した。pRF 1はlA210を高頻度てRib+原栄
養性に形質転換した。無作為に選ばれたTc’形質転換
体からのプラスミドDNAはこのマーカーを奪還できな
かった。
1kbの2個のHcoRIフラグメント挿入物を含有す
ることが明らかになった。いずれのフラグメントかri
bオペロンを含有するかを判定するために、EcoRI
消化pRF 1を32P標識54量体リボフラビンシン
ターゼプローブを用いて調べた。その結果は10kbの
小さい方のフラグメントのみがこのプローブと交差反応
することが示された。さらに、10kbEcoRIフラ
グメントをpBR322のEeoRI部位へ再クローン
化すると、組み換えプラスミドpRF 2及び[]RF
3が生成し、2つのありうる挿入方向を示した。
のrib−2突然変異を原栄養株に戻すことが判明した
。
生合成が調節解除されているB、サブチリスRoF’突
然変異体の1つである。約80%のRoF’突然変異が
ribo座においてribオペロン内に存することが報
告されている(Stepanovら、Genet 1k
a(USSR)13:490.1977) 、野生型の
ribオペロンと同様に、RB50中のrib遺伝子も
9−10kb EeoRIフラグメント上に含まれてい
た。従ってこのフラグメントはクローニングベクターと
してpBR322を用い、第6図に概要か示されるプロ
トコールを使用してクローンした。RB50からのサイ
ズ選択された9 −1ikbEeoRIフラグメント(
0,1μg)は前記のようにして調製し、22μg/m
lの全DNA濃度でBeoRI切断、脱燐酸化pBR3
22D N A (0,34μg)の末端の2倍過剰に
連結した。約9ngの連結DNAをE、コリDt(5に
形質転換すると、3.5X 10’/μg DNAの頻
度でアンピシリン耐性(Ap’)コロニーを生じた。
スミドDNAを制限酵素分析すると、5o96が9−1
1kb EeoR1挿入物を有するプラスミドを含有す
ることか判った。約1140個のAp゛ コロニーをコ
ロニーハイブリッド形成によりリボフラビンシンターゼ
遺伝子に特異的なllp標識54量体プローブを用いて
選別した。6個のコロニーが陽性のシグナルを生じた。
ドpRF 6とpRF 7が制限酵素分析によりそれぞ
れpRF 2及びpRF 3と同じ方向の挿入物を含有
することが確認された。加えて、両方のプラスミド共高
頻度でrib−2突然変異をマーカーレスキューするこ
とができた。
ようにして、B、サブチリスの野生型の株及びRoF’
突然変異体の両方のribオペロンを同一の10kb
EeoRIフラグメントとして、E、コリのレプリコン
pBR322のEeoRI部位にクローン化した。これ
ら組み換えプラスミドの誘導体形成の概要を第6図に示
す。ribオペロンを含有する10kb EeoR[フ
ラグメントを多コピーでB、サブチリスに導入しそして
、リボフラビン生産を一層増大させるために、B、サブ
チリス染色体に組み込み可能なプラスミドベクターを作
製した。組み込まれたDNAはクロラムフェニコールの
高濃度で増殖するコロニーを選択することにより増幅さ
せた。
で選択可能な薬剤を耐性遺伝子クロラムフェニコールア
セチルトランスフェラーゼを、それぞれ野生型またはR
oF’B、サブチリス株からの1okbフラグメントを
有するpBR322ベクターであるpRF2及びpRF
6に導入した。プラスミドpRF 2とpRF 6を
pBR322配列内で特異的にプラスミドを切断するB
amHIで消化し、そしてCIAPで脱燐酸した。切断
されたDNAをeat遺伝子を含有する1、3kb B
amHIフラグメントに連結しくYoungmanら、
Plasmid 12:1−9.1984)、連結され
たDNAを次にE、コリDH5細胞に形質転換した(I
Ianahand、 J、 Mo1. Biol。
’形質転換体かクロラムフェニコール耐性(Cm’ )
であった。単離されたプラスミドを制限分析すると(M
aniatisら)、Cm’コロニーからのプラスミド
DNAは1.3kbフラグメントを含有することか確認
された。野生型リボフラビンフラグメントにおよびea
t遺伝子を含有するプラスミドをpRF 4と称した。
を含有するプラスミドはpRF 8と呼ばれた(RoF
’変異はのちにribオペロンの外にあることが示され
たので、これらのプラスミドは恐らく同一である。)プ
ラスミドpRF 4とpRF 8を4つの異なったB、
サブチリス株に形質転換した。リボフラビン過剰生産体
RB50 (Ag’−11,De’−15,MS’−4
6,RoF’−50)。
MS’−46,)、 RB50親lA382.及びl5
75は共通の実験室株である。
又はpRF8で形質転換した。これらの同一のプラスミ
ドをプロトプラストの形質転換によりRB46及びRB
50に導入した(Chang及びCohen、 Mo1
. Gen、 Genet168:111−115.1
979)。これらの4種の株のそれぞれに組み込まれた
pRF 4又はpRF8DNAは比較的に高いクロラム
フェニコール濃度で増殖するコロニーを選択することに
よって増幅された。6株において、6Oag/rnlま
でのクロラムフェニコール中で増殖するコロニーを得る
ことかできた。
50からのDNAで形質転換することにより生成させた
RB52 (guaC3,trpC2,metC7,D
e’−15、RoF’50)をコンピテントとなし、p
RF 8で形質転換した。生じた多くのCm’コロニー
の1つにおいて組み込まれたプラスミドを901Jg/
mj’のクロラムフェニコールを使用して増幅した。生
成した細胞RB52::[pRF8]s。を対数増殖期
中期まで増殖させ、500μgem(!のアザグアニン
を含有する最小培地上に塗布した。約20個のAg゛
コロニーが生成した。かかるコロニーの一つかより強い
蛍光を生じるように見えた。この株、RB52 :二[
+)RF8]9゜の系統を第7図に示す。
ラビン過剰生産 pRF 4またはpRF 8を含有するRB50はリボ
フラビン過剰生産表現型(黄色かつ1.1V−蛍光性コ
ロニー)を示した。RB50の野生型株又は親株中のr
ib″′DNAの増幅では黄色またはU■−蛍光性コロ
ニを生じなかったが、このことはりボフラビンの過剰生
産を起こすにはRoF’突然変異(リボフラビンの生合
成を調節解除するもの)が野生型DNAの染色体増幅に
とって必要であることを示している。
(Ballco)中の25m1のりボフラビン最小培地
(R44M、第1表)中で実施して組み込まれ増幅され
たribオペロンを含有するRB50からのリボフラビ
ンの生産を測定した。
ーブ処理後、滅菌20%溶液として添加)発酵は菌株R
B46. RB50および3Oag/7のクロラムフェ
ニコール(RB50 : : [pRF 4 ] s。
50::[pRF4 ]+io)に対する耐性を選択す
ることにより増幅されたpRF 4を含有するRB50
を用いて行った。24及び48時間で上清試料を取り出
して逆相HPLCによりリボフラビン含量を測定した。
4 ] a。は0、3g/ lのリボフラビンを、そ
してRB50 : : [pRF 4 ] *。
これはRB46およびRB50のようなrib増幅がな
い株により生産された量より有意に多かった。
RB50 24 0.02
RB50::[pRF4 lso 24
0. IRB50 : : [pRF 4 ] s
。 24 0.4RB・16
48 0.07RB50
48 0.05RB50 : :
[pRF 4 ] 3゜ 480.3RB50 :
: [pRF 4 ] =。 43 0
.7本リボフラビンはHPI、Cアッセイを使用して測
定した。
ずるリボフラビン生産の劇的な増加は、クローン化DN
Aによりコードされる情taがリボフラビン生合成にと
って律速的であることを示している。
ン過剰生産表現型にとって決定的に重要であると思われ
る。突然変異を同定しそして場合により異なる株バック
グラウンドに移動させるには、B、サブチリス染色体上
のRoF’−50突然変異の位置を地図にすることが必
要であった。pRF 4と[)RF 8は全ての株バッ
クグラウンドにおいて非常に類似したリボフラビン生産
レベルを生ずるので、RoF’−50突然変異かクロー
ン化10kb EeoRI rib含有フラグメント上
に位置することはありえないように思われた。よりあり
そうなのは、RoF’−50突然変異かB。
プされることか報告されているリプレッサー突然変異で
ある(恐ら< ribCにおける)非連結リプレッサー
型突然変異であることである(Cbernikら、Gc
netika (USSR) 15:1569.197
9)。Rob’−50変異体かりボフラビンオペロンに
連結されているかまたは連結されていないかを判定する
ために、コンピテントなり3サブチリスlA210(r
ib−2)細胞をRB50DNAで形質転換し、rib
”を選択した。数予測のrib+クローンが生成し、2
00個のコロニーを100μg/rnIのロゼオフラビ
ンを含有するトリプトース血液寒天ベース上に貼付した
。RoF ’コロニは生成せず、コロニーのいずれもリ
ボフラビン過剰生産性表現型を示さなかった。そのこと
によりRoF’−50突然変異がribオペロン中に存
在しないことが確認された。
ib=含有10kb EeoRIフラグメントの制限地
図を含有する。Xbal、 BglIl、 5stL
Hpal及びNcoIに対する制限酵素部位は挿入DN
Aに対して特有であり、一方5ail及びPstlは挿
入物中で一度そしてベクター中で一度切断される。挿入
物はいかなるBamHl、 Xho[またはNhe I
制限部位も含まない。
。
ローブは約1.8 kbの旧ndllIフラグメントと
ハイブリッド形成し、このことはribオペロンか5a
lI及び最も左のBgl II (Bgl II L
)部位を囲む一般領域にも存在しなければならないこと
を示唆している。
いeat含有含有制限フラグメント用いてpRF 2の
rib”クローン化DNAフラグメント中における挿入
および欠失を行った。E、コリプラスミドpEcclが
E。コリおよびB、サブチリスの両方にクロラムフェニ
コール耐性を付与するeat遺伝子を担持する制限フラ
グメントの主要源として用いられた。
か除かれたpMIIIOI (Youngmanら、P
lasmid12、1−9.1984)の誘導体である
このプラスミドは、M13mp7の“ポリリンカー”に
より側面を挟まれた1、 3 kb cat含有含有フ
ラグメント台有しており、それゆえSmal、 Beo
Rl、 5ailまたはBam旧のいずれかの末端を有
するeat力セッ1−を生成しつる。cat遺伝子を含
有するSst[又はXva I−末端フラグメントを生
成させるために、pEcc 1の1.3 kb eat
含汀BamHIフラグメントを単離し、末端をHind
1mリンカ−で修飾し、そしてこの修飾されたフラグメ
ントをplc2ORのポリリンカー領域内にあるHin
dIII部位にクローン化してプラスミドpEec 4
を生成させた。
作製され、次いでDNA形質転換によりB7ザブチリス
のrib染色染色体柱された。これは、クローン化され
たDNA挿入物の外側で切断する制限酵素によりプラス
ミドを直線状となし、この切断DNAでコンピテントな
り、サブチリス株lA382又はPY79 (βゞ、
ribゝ)細胞を形質転換しモしてCm’を選択するこ
とにより行われた。pRB322レプリコンはB、サブ
チリス内で複製できずそしてcat遺伝子はrib+座
に相同の配列により両側で結合されているので、eat
含有挿入又は欠失のみか二重交叉組み換え事象により染
色体に挿入することができ、Cm’形質転換体を生成す
る。挿入又は欠失がリボフラビン合成を不活化したかど
うかを判定するために、Cm’コロニーをリボフラビン
(Rib表現型)の存在下または非存右下最小培地寒天
プレート上での増殖を評価した。
eat−含有制限フラグメントをpRF 2のXbal
、 5stI及びBgllIに対する個々の制限部位に
連結するが、一対のBglTI又はNeo I部位間に
挿入(2,Okb BgIIIフラグメントまたは0゜
8kb Neolフラグメントのいずれかを除去する欠
失を生ずる)するかまたはrib−特異的DNAプロー
ブにハイブリッド形成する約1゜8kb HindII
Iフラグメントの1個のHaellI及びEeoRV部
位に挿入した。その結果を、第■表に示す。
に関して、挿入cat遺伝子の転写方向を示す。
trpC2,pur−60、his H2)またはPY
79 (SPβ’、ribつ第8図及び第■表中に要約
されているように、5alt、 どちらかのBgll
I、又は“最も右” Sst[(Sstl* )部位へ
の挿入、又は2.OkbBgllIフラグメントの欠失
のすべてによりリボフラビンを生産できないCm’コロ
ニー(Rib−)か生成し、このことはribオペロン
がクローン化DNA内の中心に位置していることを示す
。重要なことは、0.8kbNcoIフラグメントの除
去は明らかにリボフラビン生産(Rib−)に何らの影
響も及ぼさず、このことはrib遺伝子クラスターの一
方の末端が最も左の”NC0I(NCOIL)部位の左
に存在することを示唆している。ribオペロンの他の
末端は当初約1.8kbflindI[Iフラグメント
内にあると判定された、というのはフラグメント内の2
つの部位EeoRVおよび11aellIての挿入、こ
のフラグメントと離れた部位Xba Iおよび5stL
、での挿入すべてがリボフラビンを生産するCm’コロ
ニーを生成したからである。
挿入突然変異誘発に基づいて、全ribオペロンを5s
tlt及びNCoIL部位が境界にある6、Okb領域
内に位置か決定した。
6.Okb領域をSangerらのジデオキシ法(P1
70C。
5463.1977)により配列決定した。手短にいえ
ば、特異的な制限フラグメントをM13にサブクローン
するが、一連の重複欠失を起こさせるためにT4 DN
Aポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性を用いるか(
Daleら、Plasmid 13:31.1985)
、又は音波処理された制限フラグメントからの無作為フ
ラグメントをM13中に“ショット−ガン“クローン化
することにより、配列決定のためのM13クローンを調
製した。い(つかの場合には、隣接フラグメントの制限
部位接合部を横断するヌクレオチド配列もブライマーエ
クステンション配列決定法により決定された。約550
0hpを両ストランドで配列決定し、ダラム陽性細菌リ
ポソーム結合部位、グラム陽性プロモーター及びrho
−非依存性転写終止部位を有する典型的な読みとり枠に
似た配列が分析された。
れた(第3図): 0RF2(124アミノ酸)、リボ
フラビンシンターゼのβザブユニットをコードする遺伝
子(154アミノ酸)、 0RF3(398アミノ酸)
。
ミノ酸)及びORF 6 (105アミノ酸)。各0R
F6に先行して熱安定性計算値はΔG=16〜−−22
kca11モルの範囲内にある強いバチルスリポソーム
結合部位(RBS)が存在し、これらすべては同じ転写
方向に配向されていた。加えて、ORF 5のコード領
域内には第2のRBS部位及びATG開始コドンが確認
され、恐らく248アミノ酸の比較的小さいタンパク質
をコードしている。しかしながら、インビトロ5−30
共役転写/翻訳反応(下記参照)に基づけば、ORF
5はわずかに361個アミノ酸タンパク質をコードして
いると思われる。終りに、タンパク質の最後の170個
のアミノ酸をコードしており、反対方向に配向している
もう一つのコード領域ORF 1の一部分も確認された
。
成は5個の遺伝子を含有する単一のオペロンにより制御
される。5個の遺伝子とはβ−リボフラビンシンターゼ
遺伝子、ORF 2、ORF 3、ORF 4及びOR
F 5でありこのうちの少なくとも4個すなわちβ−リ
ボフラビンシンターゼ遺伝子、ORF 3、ORF 4
及びORF 5は明白に生合成酵素をコードしており、
残りの1コードすなわちORF 2は恐らく生合成酵素
をコードしている。
部位と重なっており、これら部位へのeat含有制限フ
ラグメントの挿入によりB、ザブチリスにお+するリボ
フラビン生産が不活化される(第4図及び第8図)。
はcat含有制限フラグメンI・の挿入によりrib”
B、サブチリス株中でのリボフラビンの生産の不活化か
起こらず(第■表及び第8図)、または調節解除された
Rob’ B。ザブチリス株RB52におけるリボフラ
ビン生産の低下も起こらなかった。
り、そこではcat含有制限フラグメントの挿入によっ
てrib+B、ザブチリス株中におけるリボフラビン生
産の不活化が起こらなかった(第■表及び第8図)。し
かしながらかかる挿入により、調節解除されたRoF’
B。サブチリス株RB52中におけるリボフラビン生
産を検出しうる程度に減少させ、これは突然変異した(
IIRF 2遺伝子産物がリボフラビン生産部分的に不
活化したことを示している。
を形成しつる2個のDNA配列がORF 1ど0RF2
の間、及びORF 5とORF 6の間のシストロン間
ギャップ内で確認された(第4及び9図)。0RF5と
ORF 6との間の構造を除去するとリボフラビンの発
現が高まる。この構造は1aeZ−融合構築物にリボフ
ラビン感受性を付与する。従って、これらはプロモータ
ーの −末端上流でそれらか融合した場合に相手である
任意の他の遺伝子にかかる感受性を付与するのに使用す
ることかできる。
型(vegetative form)により認識され
るプロモーターに似たDNA配列TTGCGT−(17
bl))−TATAATがORF 5から約290bp
上流で、ORF 5と同じ転写方向に配列していること
が確認された(第4図)。このプロモーター(P+、
1.1 kb BgllINeo I制限フラグメン
ト上)をプロモーターのないE、)リ 1acZ遺伝子
(P+−1aeZ)に転写融合させると、プロモーター
が第■表に示されるように、遺伝子と同じ転写方向に配
向している場合にのみ、rib” B、サブチリス株(
62121)においてリボフラビンにより調節されたβ
−ガラクトシダーゼ活性の発現、及びrib” 、 R
oF’ B、サブチリス株(RB52)において高レベ
ルの構成的(非調節)β−ガラクトシダーゼ活性の発現
を示した。ブライマーエクステンション分析により開始
部位か確認された。転写分析及びノーザン分析によれば
4.2kbのポリジストロニックRNAか全ribオペ
ロンを包含することが示された。
4.2RB52 (P、−1aeZ ’ )
31 3862121(PI−1acZ
” ) <O,l <0
.162121 <
0.1 <0.1Pl と1acZは
同じ方向に配向されている。
ORF 5、ORF 4、ORF 3、β−リボフラビ
ンシンターゼ遺伝子及びORF 2の転写にとって主要
なプロモーターである。
TACTATはB、サブチリスRNAポリメラーゼのσ
A(栄養型)により認識されるプロモーターに類似して
おり、このものはORF 4の −末端内で、ORF
3から約295bp上流においてORF 3と同一の転
写方向に配向していることが確認された(第4図)。
上にこのプロモーター配列を含有するE、コリプラスミ
ドをキャンベル型組み換えによりB、サブチリス内に組
み込むと、B、サブチリス中におけるリボフラビン生産
か不活化されず、この結果はこの第2の配列(P2)は
プロモーター活性を有しており従って(σAPIプロモ
ーターに加えて) 0RF3、βサブユニツトリボフ
ラビンシンターゼ遺伝子及びORF 2の転写を実際に
制御しうろことを示している。LaeZ融合およびノー
ザン分析により、このプロモーターの存在が確認された
。
)により認識されるプロモーターに恐らく類似している
第三のDNA配列TTGAAT−(18bp)−TAA
AAAがリボフラビンシンターゼ遺伝子のβザブユニッ
トとORF 2の間のシストロン間領域で、ORF 2
の約83bp上流で同じ転写方向に配向して存在するこ
とが確認された(第4図)。このσ4プロモーターP、
もP、およびP、に加え、ORF 2の転写を制御しう
る。
転写/翻訳分析によれば、ORF 2、ORF 3、O
RF 4およびORF 5すべてがそれぞれの配列から
予想される大きさのタンパク質を実際にコードしている
ことが確認された。
工程のうちの3つが、予測されたアミノ酸配列又はその
産物の分子量をGenBank■又は既知のタンパク質
寸法を使用して、公開されたタンパク質の配列と比較す
ることにより特定のコード領域に割り当てられた。
コードされる推定タンパク質はりボフラビンシンターゼ
酵素のβ−ザブユニットの公開された154個のアミノ
酸配列(Ludwigら、J、 Biol、 Chem
。
。唯1個のアミノ酸の相異が認められた。グリシンに変
えてリジンが残基65で存在していた。この酵素は5−
アミノ−6−リボシルアミノー2,4(IH,3H)−
ピリミジンジオン−−ホスフェート(第1図、それぞれ
構造5および4)及び3.4−ジヒドロキシブタノン−
4−ホスフェートからの6.7−シメチルー8−リビチ
ルルマジンの生成を触媒することが報告されている。
ージT* (Malayら、J、Biol、 Chen
v。258:8290、 1983)によりコードされ
る188個のアミノ酸タンパク質であるデオキシシチジ
レートデアミナーゼの間で、88アミノ酸重複の39%
の同一性が確認された。この結果に基づけば、0RF5
は2.5−ジアミノ−6−(リボシルアミノ)−4(3
1()−ピリミジノン−5−ホスフェ−1・からの5−
アミノ−6−(リボシルアミノ)−2.4 (IH,3
)1)−ピリミジンジオン−−ホスフェートの形成を触
媒するrib特異的デアミナーゼをコードしている可能
性が最も大きい(第1図、それぞれ構造3および2)。
された分子量はりボフラビンシンターゼのα−ザブユニ
ットの分子量と良く一致した(23,000 Da:B
aeherら、J、Biol、 Chem。255:6
32. 1980)。この結果に基づけば、ORF 4
は生合成経路の最終工程二6.7−シメチルー8−リビ
チルルマジンのリボフラビン(第1図、それぞれ構造5
及び6)および5−アミノ−6−リビチルアミノ2゜4
(l)1.3H)−ピリミジンジオンへの不均化を
触媒するりボフラビンシンターゼα−ザブユニットをコ
ードする。
F類の位置をオペロン中のrib突然変異の物理的地図
に整列させることにより一時的にコード領域に割り当て
られた(Morozovら、Mol、 Genet。
1984))。欠陥GTPシクロヒドロラーゼに関する
突然変異が0.5kbHindI[フラグメントにマツ
プされることが報告された。ORF 3はこの制限フラ
グメントを包含するので、我々はORF 3がGTPか
らの2.5−ジ−ミノ−6−(リボシルアミノ) −4
(3H) −ピリミジノン−−ホスフェートの生産を触
媒する酵素機能を少なくとも部分的にコードすると結論
した(第1図、それぞれ構造2及びl)。
成遺伝子は約1.8kb Hindl[フラグメント内
に完全に包まれることが報告された。このフラグメント
はわずか2個の完全なコード領域すなわちリボフラビン
シンターゼ遺伝子のβ−サブユニット及び0RF2Lか
含有していないので、ORF 2は5−アミノ−6−(
リボシルアミノ)−2,4(IH,3H)−ピリミジン
ジオン−−ホスフェートからの5−アミノ−6−(リビ
チルアミノ) −2,4(IH,3H)−ビリミジオン
ーーホスフェートの生成を触媒するレダクターゼをコー
ドすると推測する(第1図、構造4および3)。
AP、プロモーターの下流でかつオペロンの最初のコー
ド領域ORF 5のすぐ上流でオペロンの見かけのリー
ダー領域中に見出された(第4図及び第9図)。この機
能する可能性のあるターミネータ−構造は転写終止/抗
転写メカニズムによりribオペロンの調節に関与しつ
る。
領域がORF 3の0.7kb Sal I−Bgl
II制限フラグメント上に存在する。
特異的ORF類がタンパク質をコードするか否かを確認
する1つの方法は、鋳型としてpRF 2およびその種
々の誘導体を使用して、5−30インビトロ共役転写/
翻訳反応において、クローン化DNAから合成されたタ
ンパク質の寸法と数を[可視化する」ことである。5−
30フラクシヨンキツト(New England N
uelesr :製造業者の説明書に従って使用)が、
その強力なリポソーム結合部位の存在ゆえに特にB、ザ
ブチリス遺伝子を翻訳するのに効率的である。
kbEcoR(フラグメントを使用して、5つの推定r
ib特異的タンパク質すなわちβリボフラビンシンター
ゼ、14.7キロダルトン(kd) (Ludwigら
1.J、Biol。
RF2.13.6kd:0RF3.43.7kd; 0
RF4.23kd、および0RF5゜39、7kdから
のタンパク質を検出できると予測した。
とも18゜7kd)によりコードされる少なくとも2個
の他のタンパク質、ならびに10kbクローン化DNA
フラグメントの配列未決定領域中に存在する遺伝子によ
りコードされる任意の付加的なタンパク質が検出される
ことも予想した。さらに、blaおよびcat抗生物質
耐性遺伝子産物を含むベクター関連タンパク質も予想さ
れた(tet遺伝子は5−30反応においては強く発現
さねない)。
2kdおよび18kd)及び他のベクター関連タンパク
質を別にして、6個の主要な[S−標識タンパク質全部
か検出され、これらはpRF 2又はpRF 4を用い
る5−30反応の15%〜SDSポリアクリルアミドゲ
ルにおいて、47kd、 44kd、 38kd、 2
6kd、 20kdおよび15kdの分子量を有してい
た。これらのタンパク質産物を相当するrib−特異的
ORF類に割り当てるために、10kb EcoRIク
ローン化DNAの種々の利用しうる欠失誘導体、eat
−挿入誘導体およびサブクローン化フラグメントを使用
して5−30反応を反復した(第10図)。その結果を
第7表に示す。
pRF4 + pRF21 pRF5 pRF29 pRF12 RF1O pRF38 pRF24/pRF20 pRF23 +++ +−++ + + + + + + これらの結果に基づき、タンノくり質産物は0RF3(
47kd); 0RF5 (44kd) ; 0RF
4 (26kd) :および0RF2(15ダルトン)
に割当てられ、分子量は予測された寸法とよく一致した
。
ーゼ遺伝子に割り当てることはこれ以外のORF類に割
当てることにより簡単ではなかった。
コードされるタンパク質の予測される寸法に近接した1
5kdタンパク質が生成されたので、最初はこのタンパ
ク質バンドは実際には2種のタンパク質種を含有するも
のと考えられた。しかしながら、プラスミドpRF38
の0RF2中にeatを挿入するとこのタンパク質バン
ドが完全に除去され、はるかに小さい6kdタンパク質
で置き代わり、この寸法は先端が切られたORF 2の
予測寸法とよく一致している。これらの結果に基づけば
、前記15kdタンパク質はORF 2によってのみ生
成されると思われる。
反応のゲルで可視化されないかは明らかでない。しかし
ながら全体的に見れば、これらの結果により5個の山特
異的なコーディング領域すなわち0RP5.0RP4.
0RF3.0RF2およびβリボフラビンシンターゼ遺
伝子の存在が確認された。
ていると思われるが、ORF 6に関しては何の産物も
確認されなかった。
および生合成経路の調節が焼入かの研究者により観察さ
れている。B、サブチリスのトリプトファン生合成経路
ヌクレオチド配列(Hennem等:Gene 34:
169.1984)および新たなプリンヌクレオチド経
路(EbboleおよびZaIkin、 J、Biol
、 Chem。
ンに連結していない遺伝子によりコードされうるリプレ
ッサータンパク質を含む新規転写終止/抗転写終止メカ
ニズムによりポリシストロンメツセージとして転写され
少なくとも部分的に調節される房状の、重複する遺伝子
を含有する(ZalkinおよびBbbole、 J、
Biol、Chem、 263:1595.1988)
。rib生合成遺伝子ならびに調節遺伝子の構成はB、
サブチリスtrpおよびput経路のそれと非常に類似
していることを見出したので、ribオペロンが少なく
とも部分的には同様の様式で調節される可能性があると
推定した。
徴には下記のことが包含される(Shimotsu等、
J、Baeteriol、 166:461.1986
) 、すなわち、(i)オペロンの第1番目の遺伝子に
先行する長いリーダー配列の存在; (ii)一方の構
造がrho−非依存性転写ターミネータ−として作用し
そして他方が[抗ターミネータ−J (rho−非依存
性転写ターミネータ−形成阻止)として作用する相互に
排他的なRNA幹ループを形成しつるポテンシャルを有
する2またはそれ以上の重複2回回転軸対称の、RNA
リーダー中における存在; (iii)経路の最終産物
により活性化されたリプレッサータンパク質が、抑制条
件下に、新生mRNAに抗ターミネータ−の形成を阻止
する部位で結合し、かくして転写を終止させるターミネ
ータ−が形成されること; (iv)抑制解除的条件下
では、不活性化されたリプレッサーの結合が予め排除さ
れて、抗ターミネータ−の形成を来し、オペロンのコー
ド領域に至る読み通し転写を惹起する。
のありそうな部位はオペロン中の第1番目の遺伝子から
約290bp上流に位置するσAプロモーターP、であ
る。RNAリーダー配列を予め分析すると、このものは
転写終止/抗転写終止モデルによる調節に必要な構造部
分の全部でなくとも大部分を含有することが示された。
転写ターミネータ−に似たチミジンの糸がORF 5の
約50bp上流に確認された。この配列はΔG−26k
ca11モルでヘアピンを形成する能力がある(第9図
)。さらに加えて、−13〜−16kca11モルの範
囲のΔGを有するいくつかの幹ループ構造の可能性のあ
るものが抗ターミネーター配列としての適性を有しうる
rib −リーダー内に存在していた。
開始の最初の部位に加え、いくつかの生合成経路中にオ
ペロンの内部領域に位置する二次的なプロモータ一部位
が存在する。rib遺伝子座内に第2のプロモータ一部
位が存在する可能性は先のribオペロンのR−ループ
へテロ21重鎮研究によっても示唆されており(Osi
na等、FEBS Letters196:75−78
.1986)、この研究ではmRNA合成開始にとって
2またはそれ以上の部位が示されている。ribオペロ
ンのシストロン間のギャップを先に分析したがかかる二
次的プロモータ一部位は検出されなかった。しかしなが
ら、この分析をオペロン内の全配列に拡大したら、5a
il制限部位のすぐ下流で、ORF 4の 末端内にも
う一つのっσ1プロモーターP、が確認された(第4図
参照)。すなわちORF 2、ORF 3、およびリボ
フラビンシンターゼのためのβ−サブユニットの発現も
この第2のプロモーターの制御下にある可能性がある。
2のすぐ上流で確認された。それゆえORF 2はま
た恐らくこの付加的なプロモーターの制御下にもある。
配列上にある推定コード領域、プロモーターおよび転写
終止部位の位置を第■表に示す。
ター、および転写終止部位 bp番号6 コード領域 ORF 6 364−67
80RF 5 1101−21830RF 4
2197−28410RF 3 2
859−4052ORF 2 4665−
50360RF 1 5567−5057
’σ1プロモーター P、 771−7
99P 2 2528−2556Ps
4545−4574第3図参照 コード領域が反対方向に配向 実施例8 改変されたribオペロンを含有するベクターの作製ヌ
クレオチド配列における調節領域および読み取り枠を初
めて明解に記述するものである上記B。
、リボフラビン産生の収率を増大させるのに有用な新ベ
クターを作製できる。リボフラビン生合成に要する特定
の遺伝子の位置に関する知見、転写制御領域の位置に関
する知見、およびこれら遺伝子中における他の関連領域
(例えばRBS)により、作製すべきかかる領域を変え
ることができる。かかる操作の数例を以下に掲げる。
RF 8 ]の作製に用いられる組み込みベクターはr
ibオペロンを含むl0kb 8coRIフラグメント
を含有する。
と考えられるので、より小さいDNAフラグメント上に
ribオペロンを含有する新組み込みベクターヲ作製し
た(1)RF40)。このクローンの寸法がより小さい
のでrib遺伝子をより大きく増巾でき、リボフラビン
の収率がより高くなる。
Neolフラグメントがcat遺伝子で置換されたプ
ラスミドpRF36からpRF40を作製した。このr
ibオペロンは6.5kb Xba[−EcoRI フ
ラグメント上に含有されている。このフラグメントを単
離しそしてXba IおよびEcoRIで消化されたp
lJc19 (Yanisch−Perron等、Ge
ne 33.103.1985; New Engla
nd Biolabs、Boston。
ch Laboratories。
た。この連結されたDNAをDH5αE、コリ中に形質
転換しそして40μg/d X−galおよび50μg
/!のアンピシリンを含有するLBプレートに塗布した
。白色コロニーから調製されたミニ調製DNAを分析す
るとpRF39が前記6.5kb Xbal−EeoR
I7ラグメントを含有することが示された。
、次にeat遺伝子を含有する1、 6 kb Bco
RIフラグメントに連結した。この連結されたDNAを
次にDH5αE、コリに形質転換し、LB+IQμg/
ml!クロラムフェニコール上に塗布して適切なコロニ
ーを選択した。2つのコロニーがクロラムフェニコール
耐性であった。これらコロニーがら調製されたミニ調製
DNAを分析するとeat遺伝子の存在が確認された。
)。
ドの作製 前記したとおり、リボフラビンオペロンのプロモーター
およびオペレーター領域を、リボフラビン生合成遺伝子
を構造的に発現させつるプロモーターで置換することが
有用である。次にかがる構築物を含有するプラスミドを
用いてリボフラビン生産レベルの高まった細菌菌株を生
成させることができる。少数例を以下に示すが本発明は
それらに限定されるものではない。
ーおよび調節領域を除去して5POIプロモーターで置
き換えた。ORF 3の初めにある1130位のBal
II部位を利用した。オリゴヌクレオチドを合成しくR
B 5およびRB6、第18図参照)これらがBall
I部位の 側にある1058位までのDNA配列(OR
F 5の初めの数個のアミノ酸およびSD配列)を再生
成した。オペロンの −末端の再構成は任意の提案され
たDNA調節構造物(第13図)の前で停止した。それ
らの 末端ではオリゴヌクレオチドはBamHI、N5
il、およびEeoRI制限部位を有していて、それに
より種々のプロモーターをribオペロンの 側に置く
ことができる。 ribオペロン中に種々の制限部位が
あるゆえにこの新プロモーターを有するオペロンは以下
のとおり数段階で作製する必要があった。
pRF36(第13図)から単離した。このフラグメン
トを2個のオリゴヌクレオチドおよびEeoR[−3a
t I−消化p[Jc19と連結した。次にこの連結さ
れた混合物をE。コリDH5α細胞中に形質転換しそし
て5μg/mlアンピシリンおよび40μg/yd X
−galを含有するLB上に塗布シタ。Ap・白色コロ
ニーからミニ調製物を調製した。所望の構造を有するプ
ラスミドの一つがpRF46(第13図)である。
k11フラグメントを単離した。次にこのフラグメン)
−pNH202の400bp EeoRI−Bam旧フ
ラグメント (SPOI−15プロモーター含有するp
Uc 8およびPero、 、1゜Mol。
び5ailおよびEeoRI切断pUc19と連結]ッ
た。この連結されたDNAを次にDH5αE。コリに形
質転換し、これをLB+アンピシリン十X−gal上に
塗布した。白色コロニからミニ調製物DNAを調製した
。 pRF48が所望の構造を有していた(第13図)
。
.8kbフラグメントを単離した。このフラグメントを
pRF 2からの4.Okb Xbal−3ailフラ
グメンI□ (rihオペロンの残分を含有)およびX
baI、 EcoR1切断1)[JC19と連結した。
転換してこれをL B+アンピシリン+X−gal 、
J二に塗布した。白色コロニーからミニ調製物DNAを
調製した。pRF49が所望の構造を有しており、そし
てこのプラスミドを含有する培養物から得られる上清は
黄色であってこのことはリボフラビンが産生されている
ことを示している(第13図)。
eat遺伝子をpRF49中に設置するには、このプラ
スミドをXba Iで消化しそしてpEee 4からの
1、3 kb eat含有Xba Iフラグメントに連
結した。連結されたDNAをE7コリDH5細胞中に形
質転換した。数百例のAp′ コロニーが生成し、これ
らコロニーをLB+1oμg/ynlクロラムフェニコ
ールを含有するプレートに貼付した。約10%のコロニ
がクロラムフェニコールプレート上で増殖し、このこと
はeat遺伝子の存在を示している。cat含有プラス
ミドの1つをpRF50と呼ぶ(第14図)。
置を示す。さらにリボフラビン産生を増大させるために
は一0RF 3をORF 4の間のP、のあとにプロモ
ーターを設置することも有用であることを見出した。か
かる構築例を以下に示す。
5POI−15プロモーターの1コピーを設置するため
にORF 4−0RF 3接合点に隣接した制限部位を
用いた。2767位のClal部位はORF 4の末端
に位置しておりそしてribオペロン中で特有である。
892位のDra[部位である。オリゴヌクレオチドを
合成し、このものが前記叶aI部位からORF 3の開
始点を通る配列を再形成しそしてORF 3の始点の前
に特有のBam旧部位を形成した(リンカ−P2−Aお
よびP2B、第18図)。もう−組のオリゴヌク1ノオ
チドはClar部位からORF 4の末端を通る配列を
再形成し、その位置にEeoR1部位を形成した(リン
カ−P2−C■およびP2−D II、第18図)。次
(こEeoRI−Bam旧フラグメント上に位置する5
POI−15プロモーター・を前記オリゴヌクレオチド
により形成されたBamHIおよびEeoRI部位の間
に入れた。オペロン全体は次のようにしてこの付加的な
5POI−15プロモーターと結合させた。
分を含有する750bp Sail−Bgl IIフラ
グメントをpIC2OR巾にサブクローンした(Mar
sh等、Gene 32.481485、1984)。
glIIで消化して予測された270bp Dral−
8glllフラグメントを単離した。このフラグメント
およびリンカ−P2−AおよびP2−Bを5alIおよ
びBglII切断plc20Rに連結した。これらリン
カ−によりORF 3の 末端の」二流にBamHIお
よび5alI部位が設置された。(この5alI部位は
BatπおよびBamH1部位が適合性でありかつ後程
除去されるので便宜上選択された。)連結物をlコリD
H5α細胞中に形質転換した。I、B培地十Ampおよ
びX−galに鼓布すると白色コロニーが生成した。p
RF 58が所望の構造を存していた。pRF58から
の330bp Ba1lI−3ailフラグメントをp
RF58から単離しそしてpRF36(第12図)から
のribオペロンの 末端を含有する3、 3 kbB
atII−XbaIフラグメントおよびXha Iと5
alIで切断したpUc19と連結した。この連結され
たDNAを次にE、コリDH5α細胞中に形質転換する
と白色コロニーが生成した。pRF62(第15図)が
所望の構造を有していた。便宜上、3.6kb Bam
H[−XbaIフラグメントをpRF62から単離して
BamHI−。
)にザブクローンした。今やこのプラスミドはORF
3に先行する遺伝子工学的に作製されたBam[部位を
存するr i bオペロンの3゜6kb −末端を含
有していた。
−半分の前に5POI−15プロモーターを設置するた
めに、pRF64をEeoR[およびBamHIで消化
してこれを5POI−15プロモーターを含有する40
0bpEeoRl−Ba、mHIフラグメントに連結し
た。この連結されたDNAをE、コリDH5m胸中に形
質転換してミニ調製物DNAを調製した。pRF65が
所望の構造を有していた。
モーターの上流にClaI部位を設置してORP 4の
末端を再構築した。SPO1−15プロモーターを含有
すpNH202からのEcoRI−Bam旧フラグメン
トをリンカ−P2−CIIおよびP2−DII、および
BamHI とC1arで消化したl)CI2ORと連
結した。連結されたDNAを次にE。コリDI(5α細
胞中に形質転換した。白色コロニーが生成しそしてミニ
ll製物を分析するとpRF63が所望の構造を有する
ことが示された。このpRF63から470bp C1
ai−Bal!l旧フラグメントを単離して、5POI
−15プロモーターおよびribオペロンの 末端を含
有するpRF49からの2 kb BeoRI−C1a
Iフラグメントおよび5POIプロモーターおよびオペ
ロンの 末端を含有しEeoRIおよびBatoHKで
消化されたpRF64(第15ffl)に連結した。こ
の連結されたDNAを次に日、コリDH5α細胞中に形
質転換した。ミニ調製物DNAを調製した。pRF66
が所望の構造を有していた。さらに、pRF66を含有
するE、コリはLB培地+アンピシリンプレート上で少
量のリボフラビンを生成し、このことによりオペロンが
なお完全であることが確認された。
のXba [部位に連結することであった。生成するプ
ラスミドpRF69(第16図)はcat遺伝子をri
bオペロンと同じ方向で含有していた。
1P、のあとの5POI−15プロモーターを有する完
全なオペロンを含有するプラスミドを作製するためには
、pRF64の6.3 kb EeoR[−Baga!
([フラグメント、pRF36(7)2゜75kb E
eoRI−C1aIフラグメント、およびpRF63の
470bp C1an−Bam旧フラグメントを連結し
てE。コリD115α細胞中に形質転換した。Ap・コ
ロニーの約5096が黄色であり、このことはりボフラ
ビン産生を示している。ミニ調製物DNAを黄色コロニ
ーから調製すると9RF68が所望の構造を有していた
(第16図)。先に論議したようにeat遺伝子をpR
F68のXba 1部位で加えてpRF71 (第16
図)を生成させた。このプラスミドはeat遺伝子をr
ibオペロンと同じ方向で含有していた。
て、存在するDNA配列を予め除去することなくリボフ
ラビンオペロン内に1個またはそれ以上のプロモーター
を導入できる例を以下に示す。
止部位の間に位置する3 0 b p非必須領域内に挿
入された5P01−15プロモーターlコピー、5PO
I−15プロモーターのありうる転写妨害を阻止するだ
めの不活性化されたrib P+プロモーター、活性な
rib P、プロモーター rib生合成酵素をコード
する5個の構造遺伝子、およびリボフラビンオペロンの
末端から下流にある、約1.5 kb側面DNAヌク1
/オチド配列、を含有する原型を改良したオペロンをp
RF78(第14図)中に構築した。
ーター領域および側面の領域を含有するフラグメントで
ある、pRF 2の1.7kh Neon−PstIフ
ラグメントをはじめにE、コリバクテリオファージベク
ターM13(United 5tates Bioei
emieal Catalog。
iolabs、 Massachusetts。
サブクローンした。組換えファージの−っであるMl、
7を回収してプロモーター領域を標準的DNA配列分析
にかけると、rib P+プロモーターの一10領域に
そのプロモーターを不活性化する可能性のある自然発生
的突然変異であるTAからCTへの変化が見出された。
を挟まれた制限酵素部位の絹み合せ−EeoRI−3m
aI−Bam旧−を含有する合成的に生成させた55+
)l)DNAオリゴマー(第17図)に了ニーリングさ
せた。標準的な特定部位の突然変異誘発(SDM)プロ
トコールを用いて2本11 D N A分子を合成した
。これらDNA分子を13.−rり宿主TG−1(Am
ersham Corp、、 [1linois、 U
SA)中にトランスフェクションにより導入して組換え
ファージプラークを生成させた。標準的なりNA配列分
析により測定すると1つの組換えファージが所望の改変
されたDNA配列を含有することが判明した。
P+領域および周囲配列から750bp離れた一対の特
有のN5il制限酵素部位を用いてオペロンのrib構
造遺伝子中に再結合させた。ファージ組換え体の2本鎖
DNA分子を調製し、N5ilで消化し、750bpフ
ラグメントを単離し、そしてこのフラグメントをpRF
39△R1(野生firibオペロンを含有するpRF
3f)から導かれたプラスミド、第12図)の脱りん酸
化8.7kb N5ilフラグメントに連結した。この
連結されたDNA分子を形質転換によりE、コリDI(
5α細胞に導入し、アンピシリン耐性を選択して所望の
組換えプラスミドpRF75を含有するAp′コロニー
を回収した。
せを用いて消化し、切断DNAを精製400bp Be
oRI−BarnHISPOI−15含有制限フラグメ
ントに連結し、そして連結されたDNAをE。コリDH
5α細胞に形質転換により導入し、アンピシリン耐性を
選択することにより5POI−15プロモーターをri
b P、の上流に挿入した。1つのAp′コロニーが所
u (7) SPOl−15改変ribオペロンを含有
する組換えプラスミドpRF77を含有することが判明
した。次に1,6kb xbar制限フラグメント上の
クロラムフェニコール耐性遺伝子catを特有のXba
1部位でpRF77中に導入j7てプラスミドpRF
78(第14図)を生成させた。
rib P、プロモーター、および/またはribコー
ド領域ORF 3およびORF 4の間のシストロン間
領域内でrib P2から下流に導入された5POI−
15プロモーターの第2のコピーを含有させた。例えば
、野生型rib P+プロモーターを含有する組換えフ
T−ジを用いて前記と同じ操作により、活性ribP、
プロモーターを有するpRF7B(第14図)中に改変
ribオペロンの誘導体を含有するプラスミドpRF8
8を作製した。他の実施例においては、プラスミドpR
F78およびpRF88両者のDNAの7. Okb
Bgl IIフラグメントをとり出してpRF66の2
゜4kb Ba1IIフラグメントに挿入してそれぞれ
プラスミドpRF81およびpRF89(第14図)を
生成させることにより、存在する改変ribオペロン含
有プラスミドI)RF78およびpRF88中にrib
P、の下流に位置する5PO1−15プロモーターの
第2のコピーを挿入した。
を用いるのが重要である。かかる菌株はリボフラビンを
生成させるための発酵がより安価である。この目的に、
改変されたribオペロンを増1−1t、たものを含有
するアデニン復帰細胞を作製した。これら復帰細胞はp
ur−60の真の復帰細胞ではなくむしろアデニン要求
を抑制する他の部位での突然変異を含有するものである
可能性がある。
いリボフラビンを産生ずる。かかる作製物の例を以下に
記載する。
. pRF69. pRF71、 pRF78. pR
F81. pRF88およびI)RF89をそれぞれR
B50 (a ROF’調節解除されたB6サブチリス
株)中に形質転換してフロラj、フェニコール耐性(C
m’)について選択した。各菌株について耐性コロニを
選択した。細菌を10μg/mlアデノシン含有RMM
Iブロス中で増殖させそして培養物の試料を最小寒天プ
レートに塗布することにより各菌株のAde”復帰細胞
を単離した。各Ade+菌株から1コロニーずつ選択し
、そして最高60μg/mlまでの漸増量のクロラムフ
ェニコールの存在下に増殖しうるコロニーを選択するこ
とによりベクターDNAを増巾さぜた。
ribオペロンを増巾さぜることは高力価リボフラビン
を得るのに重要である。染色体内のribオペロンのD
NAコピー数がリボフラビン産生を限定しないように保
証することも重要である。
ロンのコピーをB。ザブチリス染色体中の1個所を、−
える部位に組み込み増巾させることにより達成でき、リ
ボフラビン収率をさらに増大させることができる。以下
に第2の部位の組み込みを如何にして行うか例示する。
込みにeat遺伝子を利用している。rib遺伝子を第
2の部位に挿入するには、その第2の部位で用いるため
の異なる抗生物質耐性遺伝子を有することか好ましい。
tel)を用いることができ(PerkinsおよびY
oungman、 J、Baeteriol、、155
:607−615.1983)、かかるtet遺伝子は
当業者にはよく知られており、かかる人物は容易に入手
しつる。
図)は改変されたribオペロンバージョンを含有して
おり、このプラスミドをXbalで切断してtet遺伝
子を含有する2、4Xba[フラグメントに連結できる
。
含有しており、pRF85と呼ばれる。
伝子が組み込まれている菌株はその部位でのpRF85
の組み込みを行うのに必要である。かかる部位の一つは
重要でない非必須細胞外プロテアーゼバチロベブチダー
ゼFをコードするbpr遺伝子である。hpr遺伝子を
含有するし、コリプラスミドpKT2゜(Sloma等
、J、Baeteriol、、I72:1470−14
77、 1990)をBeoRVで消化した。このEe
oRV部位はbprのコード領域中にある。次にDNA
をブラント末端化したtet遺伝子含有2.4 kb
EeoRIフラグメントに連結した。生成するプラスミ
ド(bprのECoRV部位にtet遺伝子を含を)を
pKT2−tetと呼ぶ。このDNAをEcoRIを用
いて直線状となし、次にリボフラビン合成に関して調節
解除された菌株であるRB52中に形質転換した。 t
rt”コロニーが生成し、かかるコロニーの一つをRB
54と呼ぶ。bprで組み込まれたtet遺伝子はpR
F85の組み込みに関し相同配列として作用しよう。
テトラサイクリン耐性遺伝子を含有する第2の染色体部
位で確実に挿入させるには、pRF85に含有されるも
のと等しい本来のりボフラビンオペロンならびに側面D
NAを含有する領域をインビトロ法によりRB54の染
色体から欠失させた。要約すれば、これはNco Iと
Xba I制限部位間のクローン化リボフラビンオペロ
ンおよび側面領域が除去され、代りにB、サブチリス中
で発現されるクロラムフェニコール耐性遺伝子eatで
置換された口。コリ組換えプラスミドをはじめに生成さ
せることからなる。次にこのプラスミドを用いて、直線
化したプラスミド分子でRB54を形質転換しクロラム
フェニコール耐性(Cm’)細菌を選択することにより
染包体リボフラビンオペロンを欠失させた。野生型ri
b遺伝子をeat遺伝子を含有する欠失コピーで置き換
える組換え事象(マーカー置換)によりCm’細菌が生
成する。
いて、インビトロ生成されたりボフラビンオペロン欠失
を存するE、コリプラスミドを生成させた。
の特有のXba 1部位(一方の部位は欠失された0、
8 kb NeoIフラグメントの次のribオペロ
ンの末端の上流に位置しそして第2の部位はそのオペロ
ンの末端から約1.6 kbT流に位置する)により挟
まれておりモしてeat遺伝子がこの領域の外側に挿入
されているpRF 2から誘導される。pRF34をX
ba Iで消化しそして切断DNA分子を希DNA濃度
の下に連結することにより、リボフラビンオペロンを含
有する7、2kb領域が除去されそして実質的にcat
遺伝子により置換されている組換えプラスミドpRF8
2が回収された。プラスミドpRF82を制限酵素消化
により直線状となしそして切断DNAを用い、DNA形
質転換、Cm’細菌の選択によりマーカー置換させてp
RF54の染色体リボフラビンオペロンを除去した。C
m’ コロニーをリボフラビン栄養要求性に関して選択
しそしてRib’−Cm’ コロニーの一つRB55を
回収してさらに調査した。
Rib+に関して選択した。Rib”形質転換体の一つ
を選択してRB58と称した。この菌株はプラスミドお
よび染色体中のtet ’遺伝子間の相同組換えにより
bprで組み込まれたribオペロンを有する。RB5
8からの染色体DNAを調製し、これを用いてRB50
::[pRF691を形質転換し、tet・に関して選
択することができる。そこでこれら耐性コロニーはri
bオペロンの部位およびbprで組み込まれた改変され
たribオペロンを有していよう。ribで組み込まれ
たribオペロンは前記したように漸増量のクロラムフ
ェニコールの存在下で増殖するコロニーを選択すること
により増巾されようし、またribオペロンの第2のコ
ピーは漸増量のテトラザイクリン上で増殖するコロニー
を選択することにJ:り増巾されよう。
たバッチ発酵によりChemap 14ffi容器中で
実施し、リボフラビン含量をHPLCにより測定した。
素が律速性であるので、増巾されたrib遺伝子は発酵
器中にでなく接種用の種に60ug/rnlのクロラム
フェニコールを含有されることにより高いコピー数に保
持された。
培養物を60μg/mlのクロラムフェニコール(CA
M)を含有するトリプトース血液寒天ベース(Tryp
tose Blood AgarBase (TBAB
Difco))中で増殖させた。コロニーi;t:6
0μg/mlのCAMを含有するリボフラビン最小培地
(RMM:グルタミン酸ナトリウム2.0g/ I!
、 カザミノ酸(Dirco)0.2g/ l 、酵
母エキス(Dirco)0.2g/ (! 。
g/C(NH4)2S042、 Og/ 1 、 ク
エン酸す1−リウム1.Og/CMg5O,・7H,0
0,2g#、アデノシン0.05g/ I? 、 グ
ルコース15、0g/ (!含有、p[47,0) 2
5−を含有する300ydバツフルフラスコに移した。
盪することによりインキュベートシた。8時間後、滅菌
グリセリンを最終濃度1596となるまで加えそして1
mlずつ一80°Cで貯蔵した。
9]の凍結バイアルを37°Cで解凍しそして60μg
7mlのCAMを有するRMM 2!5mlを含有する
300mj?バッフルフラスコに移して25Orpmお
よび37℃で振盪した。
ファーフラスコ中の発酵培地(上記第■表参照)300
mlを接種した。このフラスコは15%グルコースおよ
び30%マルトースの混合物90m1を添加した発酵培
地300−を含有した。クロラムフェニコールを最終濃
度60μg/meとなるまで加えた。2直径軌道を有す
る振盪器」二37°Cで200rpn+で12時間イン
キュベーションしたのち、かかるフラスコの内容物を1
1?発酵容器中の発酵培地71に移した。
つき連続的に監視した。排ガスを四極(quadrap
ole”。
の発生(CUR)および酸素のとり込み速度を記録した
。
。当初の炭水化物は増殖4時間後にRB50:[I)R
F8]、。を含有する発酵物から消費されつくしてpH
1,WおよびCER低下を来した。この時点で、炭水化
物の供給を開始しそしてDO,か6時間で限界となるま
で対数増殖か再開された。炭水化物の供給速度をコンビ
コーター制御して残る発酵期間全体を通してDO,をl
O〜2096飽和に維持した。
ン産生低下を招来する。酸素l・ランスファーの限定に
より対数増殖の持続時間、最終的な細胞密度およびリボ
フラビン生成速度か決定される。酸素l・ランスファー
速度を高めるためには、Chema[)発酵器をヘッド
圧0.6気圧で1100Orpで操作した。
の培地に比較してリボフラビン産生が高まった(第xi
図、白色: RBF−14、第■表)。しかしながらそ
の価格か高いので、より安価な無機成分て置きかえるこ
とにより酵母エキスの量を系統的に減少させた。pH制
御における水酸化すトリウムに代えて水酸化アンモニラ
l、を用いると供給物中の酵母エキスを減少でき、細胞
マスおよびリボフラビン力価の両方が増大した(第11
図、黒用、RBF−22、第■表)。発酵時間も低下し
7た1、さらに、他の発酵においては酵母エキスを供給
物から完全に排除してアンモニウム塩と燐酸塩の絹み合
せ物により置き代えるとさらにリボフラビン生成が高ま
りかつ工程時間が短縮された(第11図、白丸、RBF
−23、第■表)。
60突然変異ゆえにアデニン要求性である。リボフラビ
ン前駆体lλIP(第2図)を生成する経路に関与する
早期の生合成酵素の阻害を最小限に抑えるために、その
菌株か要求するアデノシンの最低量を測定する実験を行
−)と、RB50::(pRF8]ao(および一般に
、ぞ11らの染色体内に増[1]されたribオペロン
を有するR850株)はそのアデノシン要求が不安定で
あることか判明し、そして原栄養性復帰細胞(Ade”
)かかなり高頻度で生成された。振盪フラスコでは1.
Ade”復帰細胞は少くともRB50 : : [1)
RF8 ] a o親と同じ程度に増殖しそしてリボフ
ラビンを生成すると思われる。発酵器中で評価すると、
復帰細胞1?B50 : : [pRF8]5o(Ad
e”)は培地処方にアデノシンを必要としなかった。よ
り重要なことは、この復帰細胞はその親株より速かに増
殖して2504多いリボフラビンをより短い時間で生成
した。5.4g/ 1リボフラビン力価か119時間で
生成された(第11図、黒丸: RBF29:第■表)
。その上、付加的な発酵においてはf(y Soy T
か当初充填物または培地から除去されてコーンステイー
プリカーで置き代えると、48時間内のりボフラビン生
成かさらに6.3g/βまて増大した(RBF−42、
第■表)。
れたりボフラビンオベロンDNAを含有する細菌菌株を
用いることにより、さらにそれ以上のりボフラビン産生
の任意な増大か例証された。
ン計上型リボフラビンオペロンを含有する菌株RB50
: : El)RF40]@ 0 (Adeつは48
時間で7.4g/ i!のりポフラビンを生成した。さ
らに、rib P、プロモーターおよび調節領域か構造
性の5POI−15プロモーターで置き換えられている
転写的に改変されたribオペロンを含有する菌株RB
50::[1)RP50]6o(Adeつは48時間で
9゜Og#のリボフラビンを生成した。これらの結果は
調節領域の除去によるかおよび/またはより強力で構造
性の外因性プロモーターの導入によってリボフラビンオ
ペロンを改変させるとりボフラビン力価か高められるこ
とを示している。
eking−Piretモデルを用いて分析した。すべ
ての場合に、特異的な生産性は指数増殖期の終りから発
酵の終りまで低下した。また、リボフラビン生産は用い
られた発酵条件下で増殖と関連していることは明白であ
った。
ことにより増大させうることを見出した。
条件を用いることにより前記した条件に比較して増大さ
せることができる。
ッチ培地6.65 Fおよび細菌(RB50 : :[
pRF50]goAdeつ接種物0.351である。酸
素レベルはChemapポーラログラフイー溶解酸素電
極を用いて監視する。溶解酸素レベルは供給培地をコン
ピューター調節により添加して15%±5%に維持する
。添加された全供給量は48〜56時間で約360!で
ある。発酵pHは6.5±0.1(IN HgSO4お
よびNH,ガス使用)に維持され、発酵器圧力は0.6
バールに、そして空気流は毎分10.51に維持される
。これらの条件下においてRB50::[1)RF50
]5o(Ade”)株は48時間で11.0g/ (2
のリボフラビンを生成し、このことは先の発酵条件に比
較して約20%の生産改善を示す。終りに、1個はri
b P、および調節配列に置き代るもの、そして第2の
ものはORF 3および0RF4の間に挿入されたもの
である2個の5POi 15プロモーターを含有する。
菌菌株RB50 : :[pRF69]s。(Adeつ
を用いるとさらにリボフラビン生産か増大することか示
された。この菌株は48時間で13.0〜14.0g/
lそして56時間で15g/12のリボフラビンを生
成し、このことは2個の強力な外国性プロモーターを用
いるリボフラビンオペロンの転写増大によりリボフラビ
ン生産レベルが高まることを示している。
90年6月6日付でアメリカンタイプカルチャーコレク
シ3ンに寄託された受託番号ATCC68338を交付
された。
、ブタベスト条約に基づき、1990年5月30日付で
アメリカンタイプカルチャーコレクシ3ンに寄託され受
託番号ATCC68332が交付された。
ファーはArneriean Type Cu1tur
e Co11ection (アメリカンタイプカル
チャーコレクション)にブタベスト条約に基づき199
0年5月30日付で寄託された受託番号ATCC683
33を交付された。又、B、サブチリス株RB58も同
様にアメリカンタイプカルチャーコレクションにブタベ
スト条約に基づき1990年5月30日付で寄託され受
託番号ATCC55053を交付された。
許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブタベス
ト条約の下にThe Agricultural Re
5earchCulture Co11ection(
NRRL)、 Peoria、 l1linoisに
1989年5月23日に寄託され受託番号818502
を有する。
サブチリスまたはE、コリに由来する請求項1項記載の
ベクター (2)前記核酸配列が少なくとも5個のリボフラビン生
合成タンパク質を特徴とする請求項1または前記(1)
記載のベクター (3)1個または2個のかかる転写エレメントを含有す
る請求項1または前記(1)ないしく2)のいずれかに
記載のベクター (4)前記転写エレメントがプロモーターである請求項
(1)ないしく3)のいずれかに記載のベクター。
からの遺伝子と天然に関連するプロモーターveg、
anyおよびaprと天然に関連するプロモーター、お
よび5aeQの遺伝子産物により活性化される他の転写
調節エレメントから選択されるプロモーターである前記
(5)記載のベクター(6) pRF50. pRF
69. pRF70. pRF71. pRF78.
pRF81゜またはpRF89である前記(5)記載の
ベクター(7)前記転写エレメントを含む前記核酸配列
が前記のような部位に複数のコピーで存在する請求項3
記載の組換え細菌。
内の1またはそれ以上の部位に導入されている請求項3
または前記(7)記載の組換え細菌。
解除されている請求項2または前記(力ないしく8)記
載の組換え細菌。
チリス株である請求項2または前記(7)ないしく9)
のいずれかに記載の組換え細菌。
である前記α0)項記載の組換え細菌。
関して好気的条件が維持されるような様式で増殖培地の
成分の利用可能性を限定することを特徴とする請求項4
記載の方法。
菌に必要な成分から選択される前記Q2記載の方法。
記載の方法。
を限定することを包含する前記aカ記〔の方法。
記(Is記載の方法。
ヌクレオチド配列および推定アミノ酸配列を示す。 第4図はrib遺伝子クラスターの構造を示す。 第5図はバチルス・サブチリスRB50の菌株由来を示
す。 第6図はribオペロン含有組換えプラスミドpRF1
、pRF2、pRF 3、pRF 6およびpRF 7
の作製を示す。 第7図はバチルス・サブチリスRB53 : : [p
RF 819゜の菌株由来を示す。 第8図はリボフラビン生合成に必須な領域を含むDNA
フラグメントを示す。 第9図はrho−非依存性転写終止部位のへ了ビンルー
プ構造を示す。 第10図は5−30インビトロ共役転写/翻訳反応に用
いられる様々なプラスミド誘導体の構造を示す。 第11図はリボフラビン生産曲線の比較を示す。 第12図はpRF40の作製を示す。 第13図はpRF50の作製を示す。 第14図は種々のベクターの構造を示す。 第15図は種々のベクターの構造を示す。 第16図は種々のベクターの構造を示す。 第17図はプラスミド作製に使用される55−量体を示
す。 第18図はベクター作製に用いられる様々なオリゴヌク
レオチドを示す。 出願人 エフ、ホフマンーラ ロシュ 代理人 弁理士 平 木 祐 輔 アーゲー [’RFP [’RA A(A只 AICAR AIR i 、 0 1 彎 − 旨 ゛【 0
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1、第一に、1種またはそれ以上のリボフラビン生合成
タンパク質をコードする細菌または酵母起源の核酸配列
、そして第二に、この核酸配列と天然には関連がない1
種またはそれ以上の転写エレメントを含有するベクター
。 2、1個またはそれ以上のリボフラビン生合成タンパク
質をコードしておりそして遺伝性かつ細菌による発現が
可能な核酸配列の少なくとも1コピーを、その細菌によ
るリボフラビン生合成がかかる核酸配列を有しない細菌
に比較して増大するような様式で染色体内の1つまたは
それ以上の部位に外から導入されて含有する組換え細菌
。 3、前記転写エレメントを含む前記核酸配列の少なくと
も1コピーが、細菌によるリボフラビン生合成が該転写
エレメントを含むかかる核酸配列を有しない細菌に比較
して増大するような様式で染色体内の1つまたはそれ以
上の部位に導入されており、そして該転写エレメントを
含む該核酸配列が遺伝性かつ細菌による発現可能である
、請求項1記載のベクターにより形質転換された細菌か
らなる組換え細菌。 4、請求項2または3記載の組換え細菌を適当な増殖条
件下に増殖させることを特徴とするリボフラビンの製法
。 5、請求項4記載の方法により生成されたリボフラビン
。
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