JP7330388B2 - Uplc/hrmsに基づくメタボロミクス相対定量分析法 - Google Patents
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Description
異なる研究目的に応じて、メタボロミクスは、4つのレベル:代謝物標的分析、代謝プロファイリング分析、代謝フィンガープリント分析、及びメタボノミクスに分類可能であり、代謝物標的分析及び代謝プロファイリング分析は、ある特定の特性代謝物又はある特定のタイプの特性代謝物を定量検出するために使用され、代謝フィンガープリント分析は、すべての代謝物を定性又は半定量分析するために使用され、メタボノミクスは、すべての代謝物を定量分析するために使用されるが、最終的なレベルはまだ達成されていない。
1)複数の同位体内部標準に基づいて同位体内部標準混合溶液を配合する工程と、
2)メタボロミクスサンプルに基づいて、メタボロミクスサンプルにマッチする相対定量補正サンプルを決定し、相対定量補正サンプルと工程1)の同位体内部標準混合溶液とを用いることにより一連の濃度勾配で相対定量標準曲線補正溶液を配合する工程と、
3)工程2)のメタボロミクスサンプルと工程1)の同位体内部標準混合溶液とを用いることによりメタボロミクスサンプル溶液を配合する工程と、
4)UPLC/HRMSプラットフォームを用いることにより工程3)のメタボロミクスサンプル溶液及び工程2)の一連の濃度勾配の相対定量標準曲線補正溶液の生の質量分析データを収集する工程と、
5)工程4)の生の質量分析データに基づいて一次質量スペクトル転換データ及び二次質量スペクトル転換データを取得し、一次質量スペクトル転換データに基づいてさまざまな一次変数情報を含むデコンボリューション結果を取得する工程と、
6)工程5)の一次質量スペクトル転換データのデコンボリューション結果と二次質量スペクトル転換データとを組み合わせ、単一同位体内部標準の一次変数情報及び二次変数情報を参照して同位体内部標準を同定し、線形当てはめ用の最適同位体内部標準を選択する工程と、
7)工程2)の一連の濃度勾配の相対定量標準曲線補正溶液の濃度と工程5)で取得された一次変数情報とを用いることにより線形当てはめを実施して線形式を取得する工程と、
8)工程7)の線形式に基づいて工程3)のメタボロミクスサンプル溶液の相対定量結果を取得し、一次変数情報の主成分分析及び差次的代謝物分析を完遂する工程と、
9)工程5)の一次質量スペクトル転換データのデコンボリューション結果と二次質量スペクトル転換データとを組み合わせることにより代謝物の同定及び差次的代謝物の同定を完遂する工程と、
を含む、UPLC/HRMSに基づくメタボロミクス相対定量分析法を提供する。
1)本発明の研究概念は、これまでの研究モードとは異なる。最初に高分解能質量分析データから多重反応モニタリングモード(MRM)イオン対を抽出してからそれをトリプル四重極質量分析に移してこのイオン対を定量スキャンする必要はない。本発明の研究概念は、最初に高分解能質量分析データから質量分析の一次変数情報を直接抽出ことと、補正材料として同位体内部標準及びNIST血清サンプルの両方を用いることによりメタボロミクスサンプル中の代謝物の相対濃度値を計算することと、一次分析により一次変数の差次的代謝物を取得することと、二次分析により、代謝物、とりわけ決定された物質組成又は構造を有する差次的代謝物の完全同定表を取得することと、を含む。
2)本発明の分析方法は、2つの質量分析プラットフォーム(四重極質量分析及び高分解能質量分析)の同時使用を必要とせず、1つのプラットフォームのみ(高分解能質量分析)を用いて定性及び定量要件の両方を満たすことが可能であり、低コスト、単純操作、及び広い適用性を有する。
3)本発明の分析方法は、定量結果がより正確になるように且つ各種検査室間の結果が適合可能になるように、補正材料として複数の同位体内部標準及びNIST血清サンプルを同時に使用することにより(キャリブレーション材料はNIST血清サンプルである)、既存のメタボロミクスデータのアイランド化効果の問題を解決する。
4)メタボロミクスサンプルの前処理は、標的代謝物タイプの識別効果を用いずに単純且つ容易に実現されるので、各種タイプの代謝物の定性及び定量研究に好適である。また、
5)伝統的メタボロミクス研究と比較して、本発明の分析方法は、コンピューターアルゴリズムスクリプトに依拠するので、代謝物構造を迅速に同定可能であり、より高い確度を有し、且つ人為的スクリーニングの主観性を回避する。
特に明記されていない限り、本明細書で用いられる「内部標準」という用語は、試験される成分の含有率を計算するために定量分析時に試験サンプルに添加される適切な純品を意味する。
1)複数の同位体内部標準に基づいて同位体内部標準混合溶液を配合する工程と、
2)メタボロミクスサンプルに基づいて、メタボロミクスサンプルにマッチする相対定量補正サンプルを決定し、相対定量補正サンプルと工程1)の同位体内部標準混合溶液とを用いることにより一連の濃度勾配で相対定量標準曲線補正溶液を配合する工程と、
3)工程2)のメタボロミクスサンプルと工程1)の同位体内部標準混合溶液とを用いることによりメタボロミクスサンプル溶液を配合する工程と、
4)UPLC/HRMSプラットフォームを用いることにより工程3)のメタボロミクスサンプル溶液及び工程2)の一連の濃度勾配の相対定量標準曲線補正溶液の生の質量分析データを収集する工程と、
5)工程4)の生の質量分析データに基づいて一次質量スペクトル転換データ及び二次質量スペクトル転換データを取得し、一次質量スペクトル転換データに基づいてさまざまな一次変数情報を含むデコンボリューション結果を取得する工程と、
6)工程5)の一次質量スペクトル転換データのデコンボリューション結果と二次質量スペクトル転換データとを組み合わせ、単一同位体内部標準の一次変数情報及び二次変数情報を参照して同位体内部標準を同定し、線形当てはめ用の最適同位体内部標準を選択する工程と、
7)工程2)の一連の濃度勾配の相対定量標準曲線補正溶液の濃度と工程5)で取得された一次変数情報とを用いることにより線形当てはめを実施して線形式を取得する工程と、
8)工程7)の線形式に基づいて工程3)のメタボロミクスサンプル溶液の相対定量結果を取得し、一次変数情報の主成分分析及び差次的代謝物分析を完遂する工程と、
9)工程5)の一次質量スペクトル転換データのデコンボリューション結果と二次質量スペクトル転換データとを組み合わせることにより代謝物の同定及び差次的代謝物の同定を完遂する工程と、
を含む。
1.1 同位体内部標準混合溶液の調製:
適切量の9種の同位体内部標準、たとえば、D-フルクトース-1-13C(F-13C)、L-バリン-1-13C(Val-13C)、コリンクロライド-トリメチル-d9(コリン-d9)、5’-アデノシン三リン酸-15N5(ATP-15N5)、L-フェニルアラニン-1-13C(Phe-13C)、ウリジン-2-13C(U-2-13C)、ビタミンB3-d4(VB3-d4)L-カルニチン塩酸塩-メチル-d3(L-カルニチンd3)、及びベタイン塩酸塩-トリメチル-d9(ベタイン-d9)を採取し、それぞれ、それに水又はメタノールを添加して1~15mg/mLの濃度の単一同位体内部標準の母溶液を調製し、次いで、それぞれ、適切量の9種の単一同位体内部標準の母溶液の各々を採取し、混合し、それに適切量の水又はメタノールを添加して1~50μg/mLの範囲内の濃度を有する9種の同位体内部標準の同位体内部標準混合溶液を調製した。
合計で7グラジエント(5、10、50、100、200、300、及び500μL)のNIST血清(ロット番号:SRM909c)(すなわち、図1のNIST血清サンプル)をピペットで採取し、それぞれ、タンパク質沈殿のために100μLのセクション1.1で調製された同位体内部標準混合溶液及び3倍体積の-20℃であらかじめフリーズされたメタノールを添加し、混合物を十分に混合した。得られた混合物を12,000rpm及び4℃で10min遠心分離し、次いで、すべての上清を採取し、真空濃縮乾燥機で濃縮し、150μLの-20℃であらかじめフリーズされた80%メタノール/水混合物(v/v)(再構成溶媒として使用される)を残渣に添加し、十分に混合し、次いで、NIST血清標準曲線補正溶液として上清を採取した。
健常者及び脳梗塞患者からの血清メタボロミクスサンプル溶液さらには品質管理サンプル溶液の調製:
3.1 選択機器:
Thermo Scientific Q-Exactive質量分析計に結合されたThermo Scientific Ultimate3000液体クロマトグラフ。
クロマトグラフィーカラム:Waters ACQUITY UPLC BEH C18クロマトグラフィーカラム(100mm×2.1mm、1.7μm)。
移動相:正イオンモードでは、水中0.1%ギ酸溶液(1mLのギ酸/1Lの溶液)を移動相Aとして使用し、アセトニトリル中0.1%ギ酸溶液(1mLのギ酸/1Lの溶液)を移動相Bとして使用し、負イオンモードでは、水中5mMアンモニウムホルメート溶液(5mMアンモニウムホルメート/1Lの溶液)を移動相Aとして使用し、アセトニトリルを移動相Bとして使用した。
溶出モード:グラジエント溶出を使用し、具体的手順は以下の通りであった:0~1min、2%の移動相A、1~9min、2%~50%の移動相A、9~12min、50%~98%の移動相A、12~13.5min、98%の移動相A、13.5~14min、98%20%の移動相A、14~20min、2%の移動相A。
流量:0.25mL/min。
注入体積:2μL。
カラム温度:40℃。
データ収集法:一次及び二次質量スペクトルデータを同時に取得するために、一次質量分析フルスキャニング及びデータ依存二次質量分析スキャニング(フルMS-ddMS2)モードを決定に使用した。
イオン源:エレクトロスプレーイオン源(ESI)。
スプレー電圧:正イオンモードでは3.5kV及び負イオンモードでは2.5kV。
シースガス圧力:30arb。
補助ガス圧力:10arb。
キャピラリー温度:325℃。
フルスキャニング分解能は70000FWHMであり、質量スペクトルスキャニング範囲はm/z81~1000である。
二次フラグメント化は、30eVの衝突電圧で高エネルギー衝突誘起解離(HCD)を用いて実施され、不必要な二次質量スペクトル情報は、動的に排除された。
4.1 生の質量分析デーの転換:
正及び負イオンモードで、それぞれ、健常者及び脳梗塞患者からの20血清メタボロミクスサンプル溶液、セクション2で調製された4QCサンプル溶液、並びにセクション1.2で調製された7NIST血清標準曲線補正溶液(合計31サンプル溶液)の生の質量分析データを含む*.rawファイルを取得した。正及び負イオンモードで、それぞれ、元のデータファイルをProteoWizardソフトウェア(http://proteowizard.sourceforge.net/を介して入手可能なオープンソースソフトウェア)によるデータ転換に付して、一次質量スペクトル転換データ及び二次質量スペクトル転換データを含む*.mzXMLファイルを形成した。
セクション4.1で形成された正及び負イオンモードの一次質量スペクトル転換データを含む*.mzXMLファイルをbiodeepクラウドプラットフォーム(対応するオープンソースソフトウェア及びスクリプトは、http://www.bioconductor.org/を介してダウンロードすることも可能である)によりデコンボリュートして、正イオンモードの13128一次変数及び負イオンモードの17272一次変数を取得した。そして、一次デコンボリューションの結果として、対応するファイルpeaktable_pos.xlsx及びpeaktable_neg.xlsxを出力した。これらのファイルは両方とも、xc_ms id(一次変数番号)、mz(親イオン質量対電荷比)、rt(保持時間)、強度(ピーク面積)などの一次変数情報を含む。
セクション4.2で出力されたファイルpeaktable_pos.xlsx又はpeaktable_neg.xlsxを、それぞれ、セクション4.1で形成された二次質量スペクトル転換データと組み合わせた。自己開発アルゴリズムを用いて、単一同位体内部標準のrt(保持時間)、mz(親イオン質量対電荷比)、及びms2(二次フラグメント化)を参照し、ヒト血清メタボロミクスサンプル、QCサンプル、及びNIST血清サンプルのmzの誤差範囲が10ppm以内であり、これらのサンプルの保持時間と参照同位体内部標準の保持時間との差値が最小であり、且つ二次フラグメントが正確にマッチ可能であることが保証される。内部標準物質Val-13C、コリン-d9、Phe-13C、L-カルニチンd3、及びベタイン-d9を含む5種の同位体内部標準を正イオンモードで同定し、F-13C、Val-13C、Phe-13C、U-2-13C、及びVB3-d4を含む5種の同位体内部標準を負イオンモードで同定した。それに対応して、IS xc_ms id(同位体内部標準一次変数番号)、IS_name(同位体内部標準名)、IS mz(同位体内部標準親イオン質量対電荷比)、rt(同位体内部標準保持時間)、強度(NIST血清サンプルに含有される同位体内部標準ピーク面積)などの一次変数情報を含むIS.xlsxファイルを出力した。
セクション4.2で取得されたNIST血清標準曲線補正溶液中の代謝物のピーク面積を昇順にランク付けし、100μLのNIST血清の濃度はPであり、5、10、50、100、200、300、及び500μLのNIST血清の対応する濃度は、それぞれ、0.05P、0.1P、0.5P、P、2P、3P、及び、5Pであり、濃度順を線形当てはめ用の濃度点として使用した。次いで、NIST血清標準曲線補正溶液中の代謝物のピーク面積と、各好ましい同位体内部標準のピーク面積と、の比の線形当てはめを、以上に挙げた7濃度点により行い、線形式及び相関係数rを計算し、最大相関係数rを有する且つ第2に0.05P~5Pの範囲内に一次変数濃度を有する同位体内部標準物質が好ましいものであった。正イオンモードでは、0.80超の相関係数rを有する8558一次変数が存在し、負イオンモードでは、0.80超の相関係数rを有する5151一次変数が存在する。
セクション4.2で取得されたメタボロミクスサンプル溶液中の代謝物のピーク面積と、NIST血清標準曲線補正溶液中の好ましい同位体内部標準のピーク面積と、の比をセクション4.4で取得された線形式に代入して、メタボロミクスサンプル中の代謝物の相対定量濃度(Pを濃度単位として)を含むファイルbiodeepProfiler_pos.xlsx又はbiodeepProfiler_neg.xlsxを取得した。
それぞれ、セクション4.5で取得されたファイルbiodeepProfiler_pos.xlsx又はbiodeepProfiler_neg.xlsxに対してデータ適応(UV)変換処理を選択して、正及び負イオンモードで基準ピークイオン(BPI)クロマトグラム(図2及び図3に示される通り)及び主成分分析スコアプロット(図4及び図5に示される通り)を取得し、多変量統計分析で、p値≦0.05及びVIP≧1のスクリーニング閾値を選択して、具体的メタボロミクスサンプルに対して代謝物一次変数の差分析を実施した。好ましくは、品質管理サンプルは、規格化のためにも使用可能である。
セクション4.2で取得されたデコンボリュート一次変数と、セクション4.1で形成された二次質量スペクトル転換データと、を組み合わせて代謝物同定を実施し、それにより、代謝物同定結果を含むbiodeepMSMS_union.xlsxファイルを取得し、正イオンモード及び負イオンモードの代謝物をプールして合計304種の代謝物を得る。
セクション4.7でスクリーニングされた代謝物と、セクション4.6で取得された一次変数差次的代謝物の分析結果と、をインテグレートし、決定物質構造を有する合計33種の差次的代謝物を取得した。
メタボロミクス相対定量分析結果と標的絶対定量分析結果とを比較するために、コリン、ベタイン、L-カルニチン、及びクレアチニンを含む4種のコリンアナログを代謝物として使用した。
5.1.1 標的絶対定量分析のためのサンプルの調製:
標的絶対定量分析のためのサンプルと、メタボロミクス相対定量分析のためのサンプルと、を一致させた。メタボロミクスサンプルの調製では、それぞれ、もう1つのサンプルをパラレルに調製した。サンプルは、10名の健常者及び10名の脳梗塞患者の血清サンプル、7NIST血清サンプル、及び4QCサンプルを含み、サンプル調製プロセスは、セクション1及びセクション2と同一であった。
5.1.2.1 選択機器:
AB4000質量分析計に結合されたWaters ACQUITY UPLC液体クロマトグラフ。
クロマトグラフィーカラム:ACQUITY UPLC(登録商標)BEH HILICクロマトグラフィーカラム(100mm×2.1mm、1.7μm)。
移動相:アセトニトリルを移動相Aとして使用し、水中0.1%ギ酸溶液及び水中10mMアンモニウムホルメート溶液(それぞれ、1mLのギ酸/1L溶液及び10mMアンモニウムホルメート/1L溶液)を移動相Bとして使用した。
溶出モード:グラジエント溶出を使用し、具体的手順は以下の通りであった:0~1min、80%の移動相A、1~2min、80%~70%の移動相A、2~2.5min、70%の移動相A、2.5~3min、70%~50%の移動相A、3~3.5min、50%の移動相A、3.5~4min、50%~80%の移動相A、4~6min、80%の移動相A。
流量:0.40mL/min。
注入体積:5μL。
カラム温度:40℃。
データ収集法:スキャニング及びデータ収集のために、多重反応モニタリング(MRM)を使用した。
イオン源:エレクトロスプレーイオン源(ESI)。
スプレー電圧:正イオンモードで5.0kV。
イオン源温度:500℃。
衝突ガス:6psi。
カーテンガス:30psi。
アトマイジングガス及び補助ガス:50psi。
定量分析に使用されたイオン対は、それぞれ、コリン(104.075>44.9)、ベタイン(118.080>41.9)、L-カルニチン(162.023>59.9)、及びクレアチニン(114.025>86.1)であり、同位体内部標準コレクション用のイオン対は、それぞれ、コリン-d9(113.030>69.0)、ベタイン-d9(127.064>68.0)、及びL-カルニチン-d3(165.105>103.1)であり、クレアチニンに対応する内部標準は、L-カルニチン-d3であった。
自己開発アルゴリズムを用いることにより、10名の健常者及び10名の脳梗塞患者の血清サンプル、7NIST血清サンプル、及び4QCサンプル中のコリン、ベタイン、L-カルニチン、クレアチニン、コリンd9、ベタイン-d9、及びL-カルニチン-d3のピーク面積値を導出した。NIST血清サンプル濃度0.05P、0.1P、0.5P、P、2P、3P、及び5Pを独立変数グラジエント濃度点として使用し、NIST血清サンプル中のコリン、ベタイン、L-カルニチン、クレアチニンのピーク面積と、対応する同位体内部標準のピーク面積と、の比を従属変数として使用し、独立変数及び従属変数の線形当てはめを行って線形式及び相関係数rを取得した。メタボロミクスサンプル中のコリン、ベタイン、L-カルニチン、及びクレアチニンのピーク面積と、対応する同位体内部標準のピーク面積と、の比を線形式に代入してメタボロミクスサンプル中の代謝物の絶対定量濃度を計算した。
5.2.1 メタボロミクス相対定量分析では、研究目的としてすべての代謝物を取り上げた。4種の代謝物コリン、ベタイン、L-カルニチン、及びクレアチニンの相対定量分析結果を取得するために、セクション4.5及びセクション4.7で取得された結果をインテグレーション分析に付してこれらの4種の代謝物の相対定量濃度を取得した。
Claims (10)
- 下記工程:
1)複数の同位体内部標準に基づいて同位体内部標準混合溶液を配合する工程と、
2)メタボロミクスサンプルに基づいて、前記メタボロミクスサンプルにマッチする相対定量補正サンプルを決定し、前記相対定量補正サンプルと工程1)の前記同位体内部標準混合溶液とを用いることにより一連の濃度勾配で相対定量標準曲線補正溶液を配合する工程と、
3)工程2)の前記メタボロミクスサンプルと工程1)の前記同位体内部標準混合溶液とを用いることにより、メタボロミクスサンプル溶液を配合する工程と、
4)UPLC/HRMSを用いることにより、工程3)の前記メタボロミクスサンプル溶液及び工程2)の一連の濃度勾配の前記相対定量標準曲線補正溶液の生の質量分析データを収集する工程と、
5)工程4)の前記生の質量分析データに基づいて一次質量スペクトル転換データ及び二次質量スペクトル転換データを取得し、前記一次質量スペクトル転換データに基づいてさまざまな一次変数情報を含むデコンボリューション結果を取得する工程と、
6)工程5)の前記一次質量スペクトル転換データのデコンボリューション結果と前記二次質量スペクトル転換データとを組み合わせ、単一同位体内部標準の一次変数情報及び二次変数情報を参照して前記同位体内部標準を同定し、線形当てはめ用の最適同位体内部標準を選択する工程と、
7)工程2)の一連の濃度勾配の前記相対定量標準曲線補正溶液の濃度と工程5)で取得された前記一次変数情報とを用いることにより線形当てはめを実施して、線形式を取得する工程と、
8)工程7)の前記線形式に基づいて工程3)の前記メタボロミクスサンプル溶液の相対定量結果を取得し、前記一次変数情報の主成分分析及び差次的代謝物分析を完遂する工程と、
9)工程5)の前記一次質量スペクトル転換データのデコンボリューション結果と前記二次質量スペクトル転換データとを組み合わせることにより代謝物の同定及び差次的代謝物の同定を完遂する工程と、
を含む、UPLC/HRMSに基づくメタボロミクス相対定量分析法。 - 工程1)の前記同位体内部標準混合溶液が、下記方法:
最初に適切量の複数の同位体内部標準を採取し、それぞれ、それに溶媒を添加して所与の濃度の単一同位体内部標準の母溶液を配合することと、次いで、それぞれ、適切量の単一同位体内部標準の前記母溶液の各々を採取し、それらを混合し、溶媒を添加して、同位体内部標準混合溶液を取得することと、
により配合される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。 - 工程2)の前記メタボロミクスサンプルが血清又は血漿サンプルであり、前記相対定量補正サンプルがNIST血清である、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。
- 工程2)の一連の濃度勾配の前記相対定量標準曲線補正溶液が、下記方法:
一連の体積の前記相対定量補正サンプルを採取し、それぞれ、それに同位体内部標準及びタンパク質沈殿試薬を添加し、混合し、混合物を遠心分離することと、上清を採取し、それを濃縮することと、残渣に再構成溶媒を添加し、それを混合することと、一連の濃度勾配の前記相対定量標準曲線補正溶液を取得するために上清を採取することと、
により配合される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。 - 工程3)の前記メタボロミクスサンプル溶液が、下記方法:
メタボロミクスサンプルを採取し、それぞれ、それに同位体内部標準及びタンパク質沈殿試薬を添加し、混合し、混合物を遠心分離することと、上清を採取し、それを濃縮することと、残渣に再構成溶媒を添加し、それを混合することと、前記メタボロミクスサンプル溶液を取得するために上清を採取することと、
により配合される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。 - 工程5)の前記一次質量スペクトル転換データ及び前記二次質量スペクトル転換データが、データ転換を利用して取得され、前記データ転換が、ソフトウェア又はアルゴリズムプラットフォームにより完遂される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。
- 工程5)の前記デコンボリューション結果が、デコンボリューションを利用して取得され、前記デコンボリューションが、ソフトウェア又はアルゴリズムプラットフォームにより完遂される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。
- 工程6)の前記同位体内部標準の同定及び前記最適同位体内部標準の選択が、自己開発アルゴリズムにより完遂される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。
- 工程8)の前記主成分分析が自己適応変換により完遂され、
工程8)の前記差次的代謝物分析が多変量統計分析により完遂される、
請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。 - 工程9)の前記代謝物の同定及び前記差次的代謝物の同定が、ソフトウェア又はアルゴリズムプラットフォームにより完遂される、請求項1に記載のメタボロミクス相対定量分析法。
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