JP7158687B2 - 大腸がんの検出キット又はデバイス及び検出方法 - Google Patents
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Description
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)大腸がんマーカーである、miR-6726-5p、miR-4257、miR-6787-5p、miR-6780b-5p、miR-3131、miR-7108-5p、miR-1343-3p、miR-1247-3p、miR-4651、miR-6757-5p、miR-3679-5p、miR-7641、miR-6746-5p、miR-8072、miR-6741-5p、miR-1908-5p、miR-6857-5p、miR-4746-3p、miR-744-5p、miR-4792、miR-564、miR-6791-5p、miR-6825-5p、miR-6826-5p、miR-4665-3p、miR-4467、miR-3188、miR-6125、miR-6756-5p、miR-1228-3p、miR-8063、miR-8069、miR-6875-5p、miR-3185、miR-4433b-3p、miR-6887-5p、miR-128-1-5p、miR-6724-5p、miR-1914-3p、miR-1225-5p、miR-4419b、miR-7110-5p、miR-187-5p、miR-3184-5p、miR-204-3p、miR-5572、miR-6729-5p、miR-615-5p、miR-6749-5p、miR-6515-3p、miR-3937、miR-6840-3p、miR-6893-5p、miR-4728-5p、miR-6717-5p、miR-7113-3p、miR-4665-5p、miR-642b-3p、miR-7109-5p、miR-6842-5p、miR-4442、miR-4433-3p、miR-4707-5p、miR-6126、miR-4449、miR-4706、miR-1913、miR-602、miR-939-5p、miR-4695-5p、miR-711、miR-6816-5p、miR-4632-5p、miR-6721-5p、miR-7847-3p、miR-6132、miR-887-3p、miR-3679-3p、miR-6784-5p、miR-1249、miR-937-5p、miR-5195-3p、miR-6732-5p、miR-4417、miR-4281、miR-4734、miR-6766-3p、miR-663a、miR-4513、miR-6781-5p、miR-1227-5p、miR-6845-5p、miR-6798-5p、miR-3620-5p、miR-1915-5p、miR-4294、miR-642a-3p、miR-371a-5p、miR-940、miR-4450、miR-4723-5p、miR-1469、miR-6861-5p、miR-7975、miR-6879-5p、miR-6802-5p、miR-1268b、miR-663b、miR-125a-3p、miR-2861、miR-6088、miR-4758-5p、miR-296-3p、miR-6738-5p、miR-671-5p、miR-4454、miR-4516、miR-7845-5p、miR-4741、miR-92b-5p、miR-6795-5p、miR-6805-3p、miR-4725-3p、miR-6782-5p、miR-4688、miR-6850-5p、miR-6777-5p、miR-6785-5p、miR-7106-5p、miR-3663-3p、miR-6131、miR-1915-3p、miR-4532、miR-6820-5p、miR-4689、miR-4638-5p、miR-3656、miR-3621、miR-6769b-5p、miR-149-3p、miR-23b-3p、miR-3135b、miR-6848-5p、miR-6769a-5p、miR-4327、miR-6765-3p、miR-6716-5p、miR-6877-5p、miR-6727-5p、miR-4534、miR-614、miR-1202、miR-575、miR-6870-5p、miR-6722-3p、miR-7977、miR-4649-5p、miR-4675、miR-6075、miR-6779-5p、miR-4271、miR-3196、miR-6803-5p、miR-6789-5p、miR-4648、miR-4508、miR-4749-5p、miR-4505、miR-5698、miR-1199-5p、miR-4763-3p、miR-6836-3p、miR-3195、miR-718、miR-3178、miR-638、miR-4497、miR-6085、miR-6752-5p及びmiR-135a-3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、大腸がんの検出用キット。
135a-3pがhsa-miR-135a-3pである、(1)に記載のキット。
(a)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
(f)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
(k)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(7)又は(8)に記載のキット。
-135a-3pがhsa-miR-135a-3pである、(11)に記載のデバイス。
(a)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバイス。
(f)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(14)又は(15)に記載のデバイス。
(k)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(17)又は(18)に記載のデバイス。
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、DNA、RNAなどの略号による表示は、「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」(日本国特許庁編)及び当技術分野における慣用に従うものとする。
1.大腸がんの標的核酸
本発明の上記定義の大腸がん検出用の核酸プローブ又はプライマーを使用して、大腸がん又は大腸がん細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、大腸がんマーカーとしての主要な標的核酸には、hsa-miR-6726-5p、hsa-miR-4257、hsa-miR-6787-5p、hsa-miR-6780b-5p、hsa-miR-3131、hsa-miR-7108-5p、hsa-miR-1343-3p、hsa-miR-1247-3p、hsa-miR-4651、hsa-miR-6757-5p、hsa-miR-3679-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-4746-3p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-4792、hsa-miR-564、hsa-miR-6791-5p、hsa-miR-6825-5p、hsa-miR-6826-5p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-4467、hsa-miR-3188、hsa-miR-6125、hsa-miR-6756-5p、hsa-miR-1228-3p、hsa-miR-8063、hsa-miR-8069、hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-3185、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-6887-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-1914-3p、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-4419b、hsa-miR-7110-5p、hsa-miR-187-5p、hsa-miR-3184-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-5572、hsa-miR-6729-5p、hsa-miR-615-5p、hsa-miR-6749-5p、hsa-miR-6515-3p、hsa-miR-3937、hsa-miR-6840-3p、hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-4728-5p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-7113-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-642b-3p、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6842-5p、hsa-miR-4442、hsa-miR-4433-3p、hsa-miR-4707-5p、hsa-miR-6126、hsa-miR-4449、hsa-miR-4706、hsa-miR-1913、hsa-miR-602、hsa-miR-939-5p、hsa-miR-4695-5p、hsa-miR-711、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4632-5p、hsa-miR-6721-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6132、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-6784-5p、hsa-miR-1249、hsa-miR-937-5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-6732-5p、hsa-miR-4417、hsa-miR-4281、hsa-miR-4734、hsa-miR-6766-3p、hsa-miR-663a、hsa-miR-4513、hsa-miR-6781-5p、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR-6845-5p、hsa-miR-6798-5p、hsa-miR-3620-5p、hsa-miR-1915-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-940、hsa-miR-4450、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-1469、hsa-miR-6861-5p、hsa-miR-7975、hsa-miR-6879-5p、hsa-miR-6802-5p、hsa-miR-1268b、hsa-miR-663b、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-2861、hsa-miR-6088、hsa-miR-4758-5p、hsa-miR-296-3p、hsa-miR-6738-5p、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-4454、hsa-miR-4516、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-4741、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-6795-5p、hsa-miR-6805-3p、hsa-miR-4725-3p、hsa-miR-6782-5p、hsa-miR-4688、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-6777-5p、hsa-miR-6785-5p、hsa-miR-7106-5p、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-6131、hsa-miR-1915-3p、hsa-miR-4532、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-4689、hsa-miR-4638-5p、hsa-miR-3656、hsa-miR-3621、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-149-3p、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-3135b、hsa-miR-6848-5p、hsa-miR-6769a-5p、hsa-miR-4327、hsa-miR-6765-3p、hsa-miR-6716-5p、hsa-miR-6877-5p、hsa-miR-6727-5p、hsa-miR-4534、hsa-miR-614、hsa-miR-1202、hsa-miR-575、hsa-miR-6870-5p、hsa-miR-6722-3p、hsa-miR-7977、hsa-miR-4649-5p、hsa-miR-4675、hsa-miR-6075、hsa-miR-6779-5p、hsa-miR-4271、hsa-miR-3196、hsa-miR-6803-5p、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-4648、hsa-miR-4508、hsa-miR-4749-5p、hsa-miR-4505、hsa-miR-5698、hsa-miR-1199-5p、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195、hsa-miR-718、hsa-miR-3178、hsa-miR-638、hsa-miR-4497、hsa-miR-6085、hsa-miR-6752-5p及びhsa-miR-135a-3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAを用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の大腸がんマーカー、すなわち、hsa-miR-1231、hsa-miR-1233-5p、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-1225-3p、hsa-miR-92a-2-5p、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-1268a、hsa-miR-128-2-5p及びhsa-miR-24-3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の大腸がんマーカー、すなわち、hsa-miR-4697-5p、hsa-miR-3197、hsa-miR-675-5p、hsa-miR-4486、hsa-miR-7107-5p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-4667-5p、hsa-miR-451a、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-8059、hsa-miR-6813-5p、hsa-miR-4492、hsa-miR-4476及びhsa-miR-6090からなる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。
本発明においては、上記の大腸がんマーカーとしての標的核酸に特異的に結合可能な核酸を、大腸がんを検出又は診断するための核酸、例えば核酸プローブ又はプライマーとして用いることができる。
(a)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
(f)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
(k)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
本発明はまた、大腸がんマーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片、又は誘導体を含みうる。以下、検出用ポリヌクレオチドと称することがある。)の1つ又は複数を含む大腸がん検出用キット又はデバイスを提供する。
miR-6726-5p、miR-4257、miR-6787-5p、miR-6780b-5p、miR-3131、miR-7108-5p、miR-1343-3p、miR-1247-3p、miR-4651、miR-6757-5p、miR-3679-5p、miR-7641、miR-6746-5p、miR-8072、miR-6741-5p、miR-1908-5p、miR-6857-5p、miR-4746-3p、miR-744-5p、miR-4792、miR-564、miR-6791-5p、miR-6825-5p、miR-6826-5p、miR-4665-3p、miR-4467、miR-3188、miR-6125、miR-6756-5p、miR-1228-3p、miR-8063、miR-8069、miR-6875-5p、miR-3185、miR-4433b-3p、miR-6887-5p、miR-128-1-5p、miR-6724-5p、miR-1914-3p、miR-1225-5p、miR-4419b、miR-7110-5p、miR-187-5p、miR-3184-5p、miR-204-3p、miR-5572、miR-6729-5p、miR-615-5p、miR-6749-5p、miR-6515-3p、miR-3937、miR-6840-3p、miR-6893-5p、miR-4728-5p、miR-6717-5p、miR-7113-3p、miR-4665-5p、miR-642b-3p、miR-7109-5p、miR-6842-5p、miR-4442、miR-4433-3p、miR-4707-5p、miR-6126、miR-4449、miR-4706、miR-1913、miR-602、miR-939-5p、miR-4695-5p、miR-711、miR-6816-5p、miR-4632-5p、miR-6721-5p、miR-7847-3p、miR-6132、miR-887-3p、miR-3679-3p、miR-6784-5p、miR-1249、miR-937-5p、miR-5195-3p、miR-6732-5p、miR-4417、miR-4281、miR-4734、miR-6766-3p、miR-663a、miR-4513、miR-6781-5p、miR-1227-5p、miR-6845-5p、miR-6798-5p、miR-3620-5p、miR-1915-5p、miR-4294、miR-642a-3p、miR-371a-5p、miR-940、miR-4450、miR-4723-5p、miR-1469、miR-6861-5p、miR-7975、miR-6879-5p、miR-6802-5p、miR-1268b、miR-663b、miR-125a-3p、miR-2861、miR-6088、miR-4758-5p、miR-296-3p、miR-6738-5p、miR-671-5p、miR-4454、miR-4516、miR-7845-5p、miR-4741、miR-92b-5p、miR-6795-5p、miR-6805-3p、miR-4725-3p、miR-6782-5p、miR-4688、miR-6850-5p、miR-6777-5p、miR-6785-5p、miR-7106-5p、miR-3663-3p、miR-6131、miR-1915-3p、miR-4532、miR-6820-5p、miR-4689、miR-4638-5p、miR-3656、miR-3621、miR-6769b-5p、miR-149-3p、miR-23b-3p、miR-3135b、miR-6848-5p、miR-6769a-5p、miR-4327、miR-6765-3p、miR-6716-5p、miR-6877-5p、miR-6727-5p、miR-4534、miR-614、miR-1202、miR-575、miR-6870-5p、miR-6722-3p、miR-7977、miR-4649-5p、miR-4675、miR-6075、miR-6779-5p、miR-4271、miR-3196、miR-6803-5p、miR-6789-5p、miR-4648、miR-4508、miR-4749-5p、miR-4505、miR-5698、miR-1199-5p、miR-4763-3p、miR-6836-3p、miR-3195、miR-718、miR-3178、miR-638、miR-4497、miR-6085、miR-6752-5p及びmiR-135a-3p。
(1)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(3)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号5、45、96、606、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(3)配列番号5、45、57、97、115、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(4)配列番号5、45、57、97、162、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-3196、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(5)配列番号5、45、57、162、607、613(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-3195、hsa-miR-6752-5p)の組み合わせ
(6)配列番号5、45、57、97、607、612(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-3195、hsa-miR-6085)の組み合わせ
(7)配列番号5、13、45、57、606、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(8)配列番号5、45、96、189、606、608(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718)の組み合わせ
(9)配列番号5、45、57、96、189、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(10)配列番号5、24、45、57、96、608(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6826-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-718)の組み合わせ
(11)配列番号5、45、57、162、607、610(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-3195、hsa-miR-638)の組み合わせ
(12)配列番号5、45、57、189、606、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(2)配列番号5、45、57、75、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(3)配列番号5、45、57、75、606、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(4)配列番号5、45、57、77、607、613(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-3195、hsa-miR-6752-5p)の組み合わせ
(5)配列番号5、45、57、97、606、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(6)配列番号5、45、57、75、77、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(7)配列番号5、32、45、57、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-8069、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(8)配列番号5、24、45、57、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6826-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(9)配列番号5、45、57、96、162、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3196、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(10)配列番号5、15、45、75、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(11)配列番号5、32、45、57、162、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-8069、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(12)配列番号38、45、96、606、608、611(マーカー:hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-4497)の組み合わせ
(2)配列番号5、45、57、607、612(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3195、hsa-miR-6085)の組み合わせ
(3)配列番号5、45、57、606、607、608(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-3195、hsa-miR-718)の組み合わせ
(4)配列番号5、13、45、57、75、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(5)配列番号5、45、57、64、75、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-6126、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(6)配列番号5、45、55、57、607、613(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3195、hsa-miR-6752-5p)の組み合わせ
(7)配列番号5、45、55、57、75、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(8)配列番号5、38、45、57、96、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(9)配列番号5、45、57、75、162、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-3196、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(10)配列番号5、45、57、75、162、609(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-3196、hsa-miR-3178)の組み合わせ
(11)配列番号5、45、57、64、96、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-6126、hsa-miR-4294、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(12)配列番号57、64、96、606、608、611(マーカー:hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-6126、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-4497)の組み合わせ
(2)配列番号5、45、57、96、607(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3195)の組み合わせ
(3)配列番号38、72、96、606、608、611(マーカー:hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-4497)の組み合わせ
(4)配列番号32、38、96、606、608、611(マーカー:hsa-miR-8069、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-4497)の組み合わせ
(5)配列番号38、96、163、606、608、611(マーカー:hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6803-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-4497)の組み合わせ
(6)配列番号64、72、96、162、609、611(マーカー:hsa-miR-6126、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3196、hsa-miR-3178、hsa-miR-4497)の組み合わせ
(7)配列番号38、64、96、163、606、608(マーカー:hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-6126、hsa-miR-4294、hsa-miR-6803-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-718)の組み合わせ
(8)配列番号5、45、57、75、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(9)配列番号5、15、45、57、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(10)配列番号5、41、45、57、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-4419b、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(11)配列番号5、41、45、96、189、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-4419b、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(12)配列番号5、45、75、96、189、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(2)配列番号5、15、45、96、189、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(3)配列番号5、45、96、189、606、613(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-6752-5p)の組み合わせ
(4)配列番号5、45、72、96、189、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4294、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
(5)配列番号5、15、32、45、96、606(マーカー:hsa-miR-3131、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-8069、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-6836-3p)の組み合わせ
本発明はさらに、上記3で説明した本発明のキット又はデバイス(本発明で使用可能な上記の核酸を含む。)を用いて、検体中の、以下の群:miR-6726-5p、miR-4257、miR-6787-5p、miR-6780b-5p、miR-3131、miR-7108-5p、miR-1343-3p、miR-1247-3p、miR-4651、miR-6757-5p、miR-3679-5p、miR-7641、miR-6746-5p、miR-8072、miR-6741-5p、miR-1908-5p、miR-6857-5p、miR-4746-3p、miR-744-5p、miR-4792、miR-564、miR-6791-5p、miR-6825-5p、miR-6826-5p、miR-4665-3p、miR-4467、miR-3188、miR-6125、miR-6756-5p、miR-1228-3p、miR-8063、miR-8069、miR-6875-5p、miR-3185、miR-4433b-3p、miR-6887-5p、miR-128-1-5p、miR-6724-5p、miR-1914-3p、miR-1225-5p、miR-4419b、miR-7110-5p、miR-187-5p、miR-3184-5p、miR-204-3p、miR-5572、miR-6729-5p、miR-615-5p、miR-6749-5p、miR-6515-3p、miR-3937、miR-6840-3p、miR-6893-5p、miR-4728-5p、miR-6717-5p、miR-7113-3p、miR-4665-5p、miR-642b-3p、miR-7109-5p、miR-6842-5p、miR-4442、miR-4433-3p、miR-4707-5p、miR-6126、miR-4449、miR-4706、miR-1913、miR-602、miR-939-5p、miR-4695-5p、miR-711、miR-6816-5p、miR-4632-5p、miR-6721-5p、miR-7847-3p、miR-6132、miR-887-3p、miR-3679-3p、miR-6784-5p、miR-1249、miR-937-5p、miR-5195-3p、miR-6732-5p、miR-4417、miR-4281、miR-4734、miR-6766-3p、miR-663a、miR-4513、miR-6781-5p、miR-1227-5p、miR-6845-5p、miR-6798-5p、miR-3620-5p、miR-1915-5p、miR-4294、miR-642a-3p、miR-371a-5p、miR-940、miR-4450、miR-4723-5p、miR-1469、miR-6861-5p、miR-7975、miR-6879-5p、miR-6802-5p、miR-1268b、miR-663b、miR-125a-3p、miR-2861、miR-6088、miR-4758-5p、miR-296-3p、miR-6738-5p、miR-671-5p、miR-4454、miR-4516、miR-7845-5p、miR-4741、miR-92b-5p、miR-6795-5p、miR-6805-3p、miR-4725-3p、miR-6782-5p、miR-4688、miR-6850-5p、miR-6777-5p、miR-6785-5p、miR-7106-5p、miR-3663-3p、miR-6131、miR-1915-3p、miR-4532、miR-6820-5p、miR-4689、miR-4638-5p、miR-3656、miR-3621、miR-6769b-5p、miR-149-3p、miR-23b-3p、miR-3135b、miR-6848-5p、miR-6769a-5p、miR-4327、miR-6765-3p、miR-6716-5p、miR-6877-5p、miR-6727-5p、miR-4534、miR-614、miR-1202、miR-575、miR-6870-5p、miR-6722-3p、miR-7977、miR-4649-5p、miR-4675、miR-6075、miR-6779-5p、miR-4271、miR-3196、miR-6803-5p、miR-6789-5p、miR-4648、miR-4508、miR-4749-5p、miR-4505、miR-5698、miR-1199-5p、miR-4763-3p、miR-6836-3p、miR-3195、miR-718、miR-3178、miR-638、miR-4497、miR-6085、miR-6752-5p及びmiR-135a-3pから選択される大腸がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群:miR-1231、miR-1233-5p、miR-150-3p、miR-1225-3p、miR-92a-2-5p、miR-423-5p、miR-1268a、miR-128-2-5p及びmiR-24-3pから選択される大腸がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群:miR-4697-5p、miR-3197、miR-675-5p、miR-4486、miR-7107-5p、miR-23a-3p、miR-4667-5p、miR-451a、miR-3940-5p、miR-8059、miR-6813-5p、miR-4492、miR-4476、及びmiR-6090から選択される大腸がん由来の遺伝子の発現量、の1つ以上で表される大腸がん由来の遺伝子の発現量、をin vitroで測定し、さらに、大腸がんの罹患が疑われる被験体と、健常体(非大腸がん患者を含む)とから採取した血液、血清、血漿等の検体について、検体中の上記遺伝子の発現量と、健常体の対照発現量とを用いて、例えば両発現量を比較して、当該検体中の標的核酸の発現量に統計学的に有意に差がある場合、被験体が、大腸がんに罹患していると評価することを含む、大腸がんの検出方法を提供する。
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の大腸がん(細胞)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
miR-6752-5pがhsa-miR-6752-5pであり、及び、miR-135a-3pがhsa-miR-135a-3pである。
(a)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~171及び606~614のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
(f)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
(k)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである。
(a)被験体の検体から調製されたRNA又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド(cDNA)を、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと結合させるステップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成されたcDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーションによって、あるいは、上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT-PCRによって測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、大腸がん(由来の遺伝子の発現)の存在又は不存在を評価するステップ、
を含むことができる。
(a)大腸がん患者由来の大腸がん由来遺伝子を含む組織及び/又は健常体由来の大腸がん由来遺伝子を含まない組織であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1~3、5及び6の判別式を作成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定し、(b)で作成した判別式に測定値を代入して、得られた結果に基づいて検体が大腸がん由来の標的遺伝子を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較し評価する、ステップ、
を含むことができる。ここで、式1~3、5及び6の式中のxは説明変数であり、上記2節に記載したポリヌクレオチド類から選択されるポリヌクレオチド又はその断片等を測定することによって得られる値を含み、具体的には本発明の大腸がん患者と健常体を判別するための説明変数は、例えば下記の(1)~(3)より選択される遺伝子発現量である。
(2)配列番号172~180のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される大腸がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(3)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される大腸がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
<大腸がん患者と健常体の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た健常体100人と大腸がん以外の原発がんが認められていない大腸がん患者34人(ステージIが15例、ステージIIAが6例、ステージIIIAが4例、ステージIIIBが6例、ステージIIICが2例、ステージIVが1例)からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た健常体50人と大腸がん以外の原発がんが認められていない大腸がん患者16人(ステージIが3例、ステージIIAが4例、ステージIIBが1例、ステージIIIBが2例、ステージIIICが2例、ステージIVが4例)からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、テスト検体群とした。
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と大腸がん患者50人の合計200人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D-Gene(登録商標)RNA extraction reagent from liquid sample kit(東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコールに従ってtotal RNAを得た。
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と大腸がん患者50人の合計200人の血清から得たtotal RNAに対して、3D-Gene(登録商標)miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定めるプロトコール(ver2.20)に基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチップとして、miRBase release 20に登録されているmiRNAの中で、2,555種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D-Gene(登録商標) Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件で、total RNA中のmiRNAとDNAチップ上のプローブとのハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D-Gene(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D-Gene(登録商標)Extraction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を、底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値は各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値で置換した。その結果、大腸がん患者50人の血清及び健常体150人の血清に対する、網羅的なmiRNAの遺伝子発現量を得た。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及び統計解析は、R言語3.0.2(R Development Core Team(2013).R:A language and environment for statistical computing.R Foundation for Statistical Computing,URL http://www.R-project.org/)及びMASSパッケージ7.3-30(Venables,W.N.&Ripley,B.D.(2002)Modern Applied Statistics with S.Fourth Edition.Springer,New York.ISBN 0-387-95457-0)を用いて実施した。
<大腸がん以外のがんの検体の採取>
インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない、膵臓がん患者69人、胆道がん患者66人、胃がん患者30人、食道がん患者33人、肝がん患者32人、及び膵胆道良性疾患患者15人からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の大腸がん患者34人と健常体103人と合わせて学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない、膵臓がん患者30人、胆道がん患者33人、胃がん患者20人、食道がん患者17人、肝がん患者20人、及び膵胆道良性疾患患者6人からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の大腸以外の臓器にがんが認められていない大腸がん患者16人、健常体47人と合わせてテスト検体群とした。以降の操作は参考例1と同様に行った。
<学習検体群の検体を用いた遺伝子マーカーの選定とテスト検体群の検体を用いた単独の遺伝子マーカーの大腸がん判別性能の評価方法>
本実施例では、学習検体群から大腸がんを健常体と判別するための遺伝子マーカーを選定し、学習検体群とは独立したテスト検体群の検体において選定した遺伝子マーカーについてそれぞれ単独での大腸がん判別性能を評価する方法を検討した。
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる大腸がん判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを組合せて大腸がん判別性能を評価する方法を検討した。具体的には、実施例1において選択された配列番号1~180で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのうち、新規に見出された配列番号1~171で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのいずれかの発現量測定値を少なくとも1つ以上含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせ16,074通りについてフィッシャーの判別分析を行い、大腸がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した。
<全検体を用いた場合の遺伝子マーカーの選定と獲られた遺伝子マーカーの大腸がん判別性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1及び実施例2で用いた学習検体群及びテスト検体群の検体を統合し全検体を用いて、遺伝子マーカーの選定、及びその大腸がん判別性能評価を行った。
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組み合わせによる大腸がん特異的な判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを使用して、参考例2に記載した検体群の学習検体群を対象とし、実施例1に記載の方法と同様の方法で、大腸がん患者と健康体、膵臓がん患者、胆道がん患者、胃がん患者、食道がん患者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者からなる対照群との血清中のmiRNAの遺伝子発現量の比較を行い、診断用遺伝子を選択した。その結果選択された、配列番号606~614で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを更に組合せて大腸がん特異的な判別性能を評価する方法を検討した。
<既存血中腫瘍マーカーの大腸がん判別性能>
上記の参考例で得た学習検体群とテスト検体群について、既存の腫瘍マーカーCEAの血中濃度を測定した。これらの腫瘍マーカーは、原則、非特許文献4に記載される基準値(CEAは5ng/mL)よりも血中濃度が高いとがんの疑いがあるとされる。従って、各検体毎にCEAの血中濃度が基準値を超えているか否かを確認し、その結果が大腸がん患者をがんと判定しているか見定め、学習検体群及びテスト検体群における各既存マーカーの感度を算出した。この結果を表5-1、5-2に示した。CEAの感度は学習検体群において26.5%、テスト検体群においては43.8%しかなく、大腸がんの検出には有用でないことが分かった(表5-1、5-2)。
本明細書で引用した全ての刊行物、特許および特許出願をそのまま参考として本明細書にとり入れるものとする。
Claims (14)
- 大腸がんマーカーであるmiR-6726-5pのポリヌクレオチド又はその前駆体と特異的に結合可能な核酸プローブ、及び/又は該ポリヌクレオチド又はその前駆体を特異的に認識し増幅するプライマーを含む、大腸がんの検出用デバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて被験体が大腸がんに罹患していること、又は大腸がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含む、大腸がんの検出を補助する方法。
- miR-6726-5pがhsa-miR-6726-5pである、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)~(d)のいずれかに示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、請求項1又は2に記載の方法:
(a)配列番号1で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、
(b)配列番号1で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、及び
(d)配列番号1で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド。 - 前記デバイスが、別の大腸がんマーカーである、miR-4257、miR-6787-5p、miR-6780b-5p、miR-3131、miR-7108-5p、miR-1343-3p、miR-1247-3p、miR-4651、miR-6757-5p、miR-3679-5p、miR-7641、miR-6746-5p、miR-8072、miR-6741-5p、miR-1908-5p、miR-6857-5p、miR-4746-3p、miR-744-5p、miR-4792、miR-564、miR-6791-5p、miR-6825-5p、miR-6826-5p、miR-4665-3p、miR-4467、miR-3188、miR-6125、miR-6756-5p、miR-1228-3p、miR-8063、miR-8069、miR-6875-5p、miR-3185、miR-4433b-3p、miR-6887-5p、miR-128-1-5p、miR-6724-5p、miR-1914-3p、miR-1225-5p、miR-4419b、miR-7110-5p、miR-187-5p、miR-3184-5p、miR-204-3p、miR-5572、miR-6729-5p、miR-615-5p、miR-6749-5p、miR-6515-3p、miR-3937、miR-6840-3p、miR-6893-5p、miR-4728-5p、miR-6717-5p、miR-7113-3p、miR-4665-5p、miR-642b-3p、miR-7109-5p、miR-6842-5p、miR-4442、miR-4433-3p、miR-4707-5p、miR-6126、miR-4449、miR-4706、miR-1913、miR-602、miR-939-5p、miR-4695-5p、miR-711、miR-6816-5p、miR-4632-5p、miR-6721-5p、miR-7847-3p、miR-6132、miR-887-3p、miR-3679-3p、miR-6784-5p、miR-1249、miR-937-5p、miR-5195-3p、miR-6732-5p、miR-4417、miR-4281、miR-4734、miR-6766-3p、miR-663a、miR-4513、miR-6781-5p、miR-1227-5p、miR-6845-5p、miR-6798-5p、miR-3620-5p、miR-1915-5p、miR-4294、miR-642a-3p、miR-371a-5p、miR-940、miR-4450、miR-4723-5p、miR-1469、miR-6861-5p、miR-7975、miR-6879-5p、miR-6802-5p、miR-1268b、miR-663b、miR-125a-3p、miR-2861、miR-6088、miR-4758-5p、miR-296-3p、miR-6738-5p、miR-671-5p、miR-4454、miR-4516、miR-7845-5p、miR-4741、miR-92b-5p、miR-6795-5p、miR-6805-3p、miR-4725-3p、miR-6782-5p、miR-4688、miR-6850-5p、miR-6777-5p、miR-6785-5p、miR-7106-5p、miR-3663-3p、miR-6131、miR-1915-3p、miR-4532、miR-6820-5p、miR-4689、miR-4638-5p、miR-3656、miR-3621、miR-6769b-5p、miR-149-3p、miR-23b-3p、miR-3135b、miR-6848-5p、miR-6769a-5p、miR-4327、miR-6765-3p、miR-6716-5p、miR-6877-5p、miR-6727-5p、miR-4534、miR-614、miR-1202、miR-575、miR-6870-5p、miR-6722-3p、miR-7977、miR-4649-5p、miR-4675、miR-6075、miR-6779-5p、miR-4271、miR-3196、miR-6803-5p、miR-6789-5p、miR-4648、miR-4508、miR-4749-5p、miR-4505、miR-5698、miR-1199-5p、miR-4763-3p、miR-6836-3p、miR-3195、miR-718、miR-3178、miR-638、miR-4497、miR-6085、miR-6752-5p、miR-135a-3p、miR-1231、miR-1233-5p、miR-150-3p、miR-1225-3p、miR-92a-2-5p、miR-423-5p、miR-1268a、miR-128-2-5p及びmiR-24-3pからなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチド又はその前駆体と特異的に結合可能な核酸プローブ、及び/又は該ポリヌクレオチド又はその前駆体を特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
- miR-4257がhsa-miR-4257であり、miR-6787-5pがhsa-miR-6787-5pであり、miR-6780b-5pがhsa-miR-6780b-5pであり、miR-3131がhsa-miR-3131であり、miR-7108-5pがhsa-miR-7108-5pであり、miR-1343-3pがhsa-miR-1343-3pであり、miR-1247-3pがhsa-miR-1247-3pであり、miR-4651がhsa-miR-4651であり、miR-6757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、miR-3679-5pがhsa-miR-3679-5pであり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-6746-5pがhsa-miR-6746-5pであり、miR-8072がhsa-miR-8072であり、miR-6741-5pがhsa-miR-6741-5pであり、miR-1908-5pがhsa-miR-1908-5pであり、miR-6857-5pがhsa-miR-6857-5pであり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-3pであり、miR-744-5pがhsa-miR-744-5pであり、miR-4792がhsa-miR-4792であり、miR-564がhsa-miR-564であり、miR-6791-5pがhsa-miR-6791-5pであり、miR-6825-5pがhsa-miR-6825-5pであり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR-4665-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-4467がhsa-miR-4467であり、miR-3188がhsa-miR-3188であり、miR-6125がhsa-miR-6125であり、miR-6756-5pがhsa-miR-6756-5pであり、miR-1228-3pがhsa-miR-1228-3pであり、miR-8063がhsa-miR-8063であり、miR-8069がhsa-miR-8069であり、miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5pであり、miR-3185がhsa-miR-3185であり、miR-4433b-3pがhsa-miR-4433b-3pであり、miR-6887-5pがhsa-miR-6887-5pであり、miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-6724-5pがhsa-miR-6724-5pであり、miR-1914-3pがhsa-miR-1914-3pであり、miR-1225-5pがhsa-miR-1225-5pであり、miR-4419bがhsa-miR-4419bであり、miR-7110-5pがhsa-miR-7110-5pであり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-3184-5pがhsa-miR-3184-5pであり、miR-204-3pがhsa-miR-204-3pであり、miR-5572がhsa-miR-5572であり、miR-6729-5pがhsa-miR-6729-5pであり、miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-6749-5pがhsa-miR-6749-5pであり、miR-6515-3pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-6840-3pがhsa-miR-6840-3pであり、miR-6893-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-4728-5pがhsa-miR-4728-5pであり、miR-6717-5pがhsa-miR-6717-5pであり、miR-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、miR-4665-5pがhsa-miR-4665-5pであり、miR-642b-3pがhsa-miR-642b-3pであり、miR-7109-5pがhsa-miR-7109-5pであり、miR-6842-5pがhsa-miR-6842-5pであり、miR-4442がhsa-miR-4442であり、miR-4433-3pがhsa-miR-4433-3pであり、miR-4707-5pがhsa-miR-4707-5pであり、miR-6126がhsa-miR-6126であり、miR-4449がhsa-miR-4449であり、miR-4706がhsa-miR-4706であり、miR-1913がhsa-miR-1913であり、miR-602がhsa-miR-602であり、miR-939-5pがhsa-miR-939-5pであり、miR-4695-5pがhsa-miR-4695-5pであり、miR-711がhsa-miR-711であり、miR-6816-5pがhsa-miR-6816-5pであり、miR-4632-5pがhsa-miR-4632-5pであり、miR-6721-5pがhsa-miR-6721-5pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-7847-3pであり、miR-6132がhsa-miR-6132であり、miR-887-3pがhsa-miR-887-3pであり、miR-3679-3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-6784-5pがhsa-miR-6784-5pであり、miR-1249がhsa-miR-1249であり、miR-937-5pがhsa-miR-937-5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-3pであり、miR-6732-5pがhsa-miR-6732-5pであり、miR-4417がhsa-miR-4417であり、miR-4281がhsa-miR-4281であり、miR-4734がhsa-miR-4734であり、miR-6766-3pがhsa-miR-6766-3pであり、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-4513がhsa-miR-4513であり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-1227-5pがhsa-miR-1227-5pであり、miR-6845-5pがhsa-miR-6845-5pであり、miR-6798-5pがhsa-miR-6798-5pであり、miR-3620-5pがhsa-miR-3620-5pであり、miR-1915-5pがhsa-miR-1915-5pであり、miR-4294がhsa-miR-4294であり、miR-642a-3pがhsa-miR-642a-3pであり、miR-371a-5pがhsa-miR-371a-5pであり、miR-940がhsa-miR-940であり、miR-4450がhsa-miR-4450であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pであり、miR-1469がhsa-miR-1469であり、miR-6861-5pがhsa-miR-6861-5pであり、miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-6879-5pがhsa-miR-6879-5pであり、miR-6802-5pがhsa-miR-6802-5pであり、miR-1268bがhsa-miR-1268bであり、miR-663bがhsa-miR-663bであり、miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-2861がhsa-miR-2861であり、miR-6088がhsa-miR-6088であり、miR-4758-5pがhsa-miR-4758-5pであり、miR-296-3pがhsa-miR-296-3pであり、miR-6738-5pがhsa-miR-6738-5pであり、miR-671-5pがhsa-miR-671-5pであり、miR-4454がhsa-miR-4454であり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-7845-5pがhsa-miR-7845-5pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR-6795-5pがhsa-miR-6795-5pであり、miR-6805-3pがhsa-miR-6805-3pであり、miR-4725-3pがhsa-miR-4725-3pであり、miR-6782-5pがhsa-miR-6782-5pであり、miR-4688がhsa-miR-4688であり、miR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-6777-5pがhsa-miR-6777-5pであり、miR-6785-5pがhsa-miR-6785-5pであり、miR-7106-5pがhsa-miR-7106-5pであり、miR-3663-3pがhsa-miR-3663-3pであり、miR-6131がhsa-miR-6131であり、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり、miR-4532がhsa-miR-4532であり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-5pであり、miR-4689がhsa-miR-4689であり、miR-4638-5pがhsa-miR-4638-5pであり、miR-3656がhsa-miR-3656であり、miR-3621がhsa-miR-3621であり、miR-6769b-5pがhsa-miR-6769b-5pであり、miR-149-3pがhsa-miR-149-3pであり、miR-23b-3pがhsa-miR-23b-3pであり、miR-3135bがhsa-miR-3135bであり、miR-6848-5pがhsa-miR-6848-5pであり、miR-6769a-5pがhsa-miR-6769a-5pであり、miR-4327がhsa-miR-4327であり、miR-6765-3pがhsa-miR-6765-3pであり、miR-6716-5pがhsa-miR-6716-5pであり、miR-6877-5pがhsa-miR-6877-5pであり、miR-6727-5pがhsa-miR-6727-5pであり、miR-4534がhsa-miR-4534であり、miR-614がhsa-miR-614であり、miR-1202がhsa-miR-1202であり、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-6870-5pがhsa-miR-6870-5pであり、miR-6722-3pがhsa-miR-6722-3pであり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、miR-4649-5pがhsa-miR-4649-5pであり、miR-4675がhsa-miR-4675であり、miR-6075がhsa-miR-6075であり、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5pであり、miR-4271がhsa-miR-4271であり、miR-3196がhsa-miR-3196であり、miR-6803-5pがhsa-miR-6803-5pであり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR-4648がhsa-miR-4648であり、miR-4508がhsa-miR-4508であり、miR-4749-5pがhsa-miR-4749-5pであり、miR-4505がhsa-miR-4505であり、miR-5698がhsa-miR-5698であり、miR-1199-5pがhsa-miR-1199-5pであり、miR-4763-3pがhsa-miR-4763-3pであり、miR-6836-3pがhsa-miR-6836-3pであり、miR-3195がhsa-miR-3195であり、miR-718がhsa-miR-718であり、miR-3178がhsa-miR-3178であり、miR-638がhsa-miR-638であり、
miR-4497がhsa-miR-4497であり、miR-6085がhsa-miR-6085であり、miR-6752-5pがhsa-miR-6752-5pであり、及び、miR-135a-3pがhsa-miR-135a-3pであり、miR-1231がhsa-miR-1231であり、miR-1233-5pがhsa-miR-1233-5pであり、miR-150-3pがhsa-miR-150-3pであり、miR-1225-3pがhsa-miR-1225-3pであり、miR-92a-2-5pがhsa-miR-92a-2-5pであり、miR-423-5pがhsa-miR-423-5pであり、miR-1268aがhsa-miR-1268aであり、miR-128-2-5pがhsa-miR-128-2-5pであり、及び、miR-24-3pがhsa-miR-24-3pである、請求項4に記載の方法。 - 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(f)~(i)のいずれかに示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、請求項4又は5に記載の方法:
(f)配列番号2~171、606~614、及び172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、
(g)配列番号2~171、606~614、及び172~180のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号2~171、606~614、及び172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、及び
(i)配列番号2~171、606~614、及び172~180のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド。 - 前記デバイスが、別の大腸がんマーカーである、miR-4697-5p、miR-3197、miR-675-5p、miR-4486、miR-7107-5p、miR-23a-3p、miR-4667-5p、miR-451a、miR-3940-5p、miR-8059、miR-6813-5p、miR-4492、miR-4476及びmiR-6090からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチド又はその前駆体と特異的に結合可能な核酸プローブ、及び/又は該ポリヌクレオチド又はその前駆体を特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の方法。
- miR-4697-5pがhsa-miR-4697-5pであり、miR-3197がhsa-miR-3197であり、miR-675-5pがhsa-miR-675-5pであり、miR-4486がhsa-miR-4486であり、miR-7107-5pがhsa-miR-7107-5pであり、miR-23a-3pがhsa-miR-23a-3pであり、miR-4667-5pがhsa-miR-4667-5pであり、miR-451aがhsa-miR-451aであり、miR-3940-5pがhsa-miR-3940-5pであり、miR-8059がhsa-miR-8059であり、miR-6813-5pがhsa-miR-6813-5pであり、miR-4492がhsa-miR-4492であり、miR-4476がhsa-miR-4476であり、及び、miR-6090がhsa-miR-6090である、請求項7に記載の方法。
- 前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(k)~(n)のいずれかに示すポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択される、請求項7又は8に記載の方法:
(k)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、
(l)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、及び
(n)配列番号181~194のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド。 - 前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、請求項1~9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、請求項10に記載の方法。
- 前記デバイスが、チップ又はアレイである、請求項1~11のいずれか1項に記載の方法。
- 前記被験体が、ヒトである、請求項1~12のいずれか1項に記載の方法。
- 前記検体が、血液、血清又は血漿である、請求項1~13のいずれか1項に記載の方法。
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