JP7138411B2 - 変異した骨格を有する結合ポリペプチド - Google Patents
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Description
i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q
(配列中、X2、X3、X4、X6、X7、X10、X11、X17、X18、X20、X21、X25およびX28のそれぞれは、独立して任意のアミノ酸残基に相当し;そして
配列中、互いに独立して、
X16は、NおよびTから選択され;
X26は、KおよびSから選択され;
X29X30PX32は、DDPSおよびRQPEから選択され;
X35は、AおよびSから選択され;
X36は、EおよびNから選択され;
X39は、A、CおよびSから選択され;
X45は、E、NおよびSから選択され;
X46は、D、EおよびSから選択されるが、但し、X45がNであるとき、X46はDでなく;
X47は、AおよびSから選択される)および
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも91%の同一性を有するアミノ酸配列、但し、X45がNであるとき、X46はDでない、
から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドが提供される。
A.上に定義された少なくとも1つのポリペプチド;
B.連鎖球菌Gタンパク質の少なくとも1つのアルブミン結合ドメイン、またはその誘導体;および
C.場合により、上記少なくとも1つのアルブミン結合ドメインまたはその誘導体を、上記少なくとも1つのポリペプチドのCまたはN末端に連結するための少なくとも1つの連結部分
を含む。
YAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q AP;および
FNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q AP
[配列中、各Xyは、上に定義されたとおりである(そしてyは、上のi)によって定義されたポリペプチド配列内の残基Xのアミノ酸位置を表す)]
から選択されるアミノ酸配列を含む。
ADNNFNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
ADNKFNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
VDNKFNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
VDAKYAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;および
AEAKYAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
[配列中、Xyは、上に定義されたとおりである(そして、yは、上のi)によって定義されたポリペプチド配列内の残基Xのアミノ酸位置を表す)]
から選択されるアミノ酸配列を含む。
AEAKYAK-[BM]-DDPSQSSELL SEAKKLNDSQ APK
内のアミノ酸配列によって定義された結合特異性を有する元の(original)Z変異体ポリペプチドを修飾して本明細書に開示されたポリペプチドを提供してもよい。
AEAKYAK-[BM]-RQPEQSSELL SEAKKLNDSQ APK
AEAKYAK-[BM]-DDPSQSSELL SEAKKLSESQ APK
AEAKYAK-[BM]-DDPSQSSELL SEAKKLESSQ APK
AEAKYAK-[BM]-DDPSQSSELL SEAKKLSDSQ APK
AEAKYAK-[BM]-DDPSQSSELL SEAKKLNESQ APK
AEAKYAK-[BM]-RQPEQSSELL SEAKKLSESQ APK
AEAKYAK-[BM]-RQPEQSSELL SEAKKLESSQ APK
AEAKYAK-[BM]-RQPEQSSELL SEAKKLSDSQ APK
AEAKYAK-[BM]-RQPEQSSELL SEAKKLNSSQ APK
が提供される。
i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q、
(配列中、X2、X3、X4、X6、X7、X10、X11、X17、X18、X20、X21、X25およびX28のそれぞれは、独立していずれかのアミノ酸残基に相当し;そして配列中、互いに独立して、
X16は、NおよびTから選択され;
X26は、KおよびSから選択され;
X29X30PX32は、DDPSおよびRQPEから選択され;
X35は、AおよびSから選択され;
X36は、EおよびNから選択され;
X39は、A、CおよびSから選択され;
X45は、E、NおよびSから選択され;
X46は、D、EおよびSから選択されるが、但し、X45がNであるとき、X46はDではなく;
X47は、AおよびSから選択される)および
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも91%の同一性を有するアミノ酸配列、但し、X45がNであるとき、X46はDではない、
から選択されるアミノ酸配列を含む。
et al (1997) Nature Biotechnology 15:772-777、およびWO2009/080811に一般的な用語で記載されており、そして13箇所の異なる標的結合位置をランダムに変え、その後、ファージディスプレイまたは遺伝子型-表現型カップリングに基づく他の選択システムにおいて興味の結合剤を選択することにより、さまざまな標的分子に対して共通のZドメイン骨格に基づく結合分子を選択するために適用することに成功している。本明細書に開示された集団は、先行技術の集団と比較して、特に安定性に関して改善された性質を示すポリペプチド変異体の集団である。ランダム化されたポリペプチドの集団(または、ライブラリー)から単離されたZ変異体の例としては、EGFレセプター(WO2007/065635に開示された)に対する、HER2受容体(WO2009/080810に開示された)に対する、HER3受容体(WO2010/056124に開示された)に対する、IGF1受容体(WO2009/019117に開示された)に対する、PDGF受容体β(WO2009/077175に開示された)に対する、ABD(WO2014/064237に開示された)に対する、新生児Fc受容体(FcRn)(PCT/EP2014/055299に開示された)に対する、そして炭酸脱水酵素IX(WO2014/096163に開示された)に対する親和性を有するZ変異体が含まれる。
(a)第3の態様によるポリペプチドの集団を準備するステップと;
(b)標的と、その標的に対する親和性を有する少なくとも1つの所望のポリペプチドとの間の特異的相互作用が可能となる条件下でポリペプチドの集団を所定の標的と接触させるステップと;
(c)上記特異的相互作用に基づいて、ポリペプチドの残りの集団から少なくとも1つの所望のポリペプチドを選択するステップと
を含む方法が提供される。
・第6の態様による選択方法を用いて、ポリペプチドの集団から、上記所望のポリペプチドおよびそれをコードしているポリヌクレオチドを選択するステップと;
・こうして分離された所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと
を含む方法が提供される。
・第7の態様による単離方法を用いて、上記所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと;
・ポリヌクレオチドを配列決定して、上記所望のポリペプチドのアミノ酸配列を推論することによって確定するステップと
を含む方法が提供される。ポリヌクレオチドの配列決定は、当業者によく知られた標準的な方法に従って行ってもよい。
(a)第3の態様によるポリペプチドの集団のそれぞれのメンバーを個々の担体またはビーズ上で合成するステップと;
(b)ポリペプチドと所定の標的との相互作用に基づいて担体またはビーズを選択または富化するステップと;
(c)タンパク質特性評価方法論によってポリペプチドを特定するステップと
を含む方法が提供される。
・第6の態様による選択方法または第9の態様による選択および特定方法を用いて所望のポリペプチドを選択および特定するステップと;
・上記所望のポリペプチドを産生するステップと
を含む方法が提供される。
(a1)第7の態様による単離方法を用いて、上記所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと;または
(a2)第9の態様による選択および特定方法を用いて、特定されたポリペプチドを逆翻訳するステップと;
(b)こうして単離されたポリヌクレオチドを発現させて上記所望のポリペプチドを産生するステップと
を含み、その際、ステップ(b)をステップ(a1)またはステップ(a2)の後に実施する方法が提供される。
PSI0242(配列番号:1)で表したC5結合Z変異体を、25mM NaP/125mM NaCl pH7.0中で調製し、37℃で2週間の加速安定性研究にかけた。SDS-PAGEおよび逆相HPLC(RPC)によって、安定性試験後の新たな変異体の出現により安定性を測定した。両分析では、初期サンプルおよび安定性研究にかけたものを並行して実施した。SDS-PAGEでは、タンパク質7.5μgを各ウェルに装填した。RPCは、Agilent 1100 HPLCにおいて、水中の0.1%トリフルオロ酢酸(TFA)からなる移動相A、および0.1%TFA/45%MeOH/45%イソプロピルアミン(IPA)/10%水からなる移動相Bを用いて実施した。
修飾されたC5結合ポリペプチドおよび化合物を本質的にWO2013/126006に記載されたとおり合成し、そして精製した。
ヒト血清アルブミンを、アミンカップリングによってアミン反応性第二世代(Amine Reactive 2nd generation)(AR2G)ディップアンドリードバイオセンサ(Dip and Read Biosensors)(ポールライフサイエンシズ(Pall Life sciences)(ForteBio)Cat # 18-5092)に固定した。リードバッファー(read buffer)(HBS-EPバッファー[10mM HEPES pH7.4、150mM NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性剤P20]、GEヘルスケア(GE Healthcare)、カタログ番号BR100188)中のPSI0242(配列番号:1;1μM)および修飾されたC5結合化合物(1μM)を、それぞれHSAと共に別々のセンサ上に120秒間装填し、続いてリードバッファー中で60秒間のベースライン記録後、リードバッファー中0.79nMから25nMの範囲の濃度でヒトC5(クイデル(Quidel)、カタログ番号A403))にかけ、各濃度の間に再生サイクルおよびベースライン記録した。センサの再生条件は、10mMグリシン、pH2(30秒で3回のパルスおよび60秒間のランニングバッファー(running buffer))であった。それぞれのスペクトログラムは、アルブミン結合ドメイン(配列番号:2)を含有するがC5結合能力のない類似の構築物のそれに対して基準値を減算した。ForteBio Analysis 7.1(Pall Life sciences(ForteBio)動態ソフトウェア)を用いて、ラングミュア1:1モデルに従ってデータを分析した。
化学合成されたPSI0400(配列番号:22)をバッヘムAG(BACHEM AG)に注文した。ポリペプチドの安定性を実施例2と同じ方法論に従って試験した。安定性試験の結果を表3に示す。
ビアコアT200(Biacore T200)機器(GEヘルスケア(GE Healthcare))を用いて、C5結合化合物PSI0242(配列番号:1)、PSI0340(配列番号:10)、PSI0378(配列番号:13)およびPSI0410(配列番号:23)ならびにヒトC5に関するC5結合ポリペプチドPSI0400(配列番号:22)の結合親和性を分析した。ヒトC5(クイデル(Quidel)、カタログ番号A403)を、製造元のプロトコールに従ってアミンカップリング化学を用いてCM5センサチップ(900RU)に結合させた。hC5を10mM酢酸NaバッファーpH5(GEヘルスケア)中7.5μg/mlの濃度で注射することによってカップリングを実施した。参照細胞は、同じ試薬で処理したが、ヒトC5を注射しなかった。固定されたhC5に対するC5ポリペプチドおよび化合物の結合を単一のサイクル動態方法で研究し、ここでは、5つの濃度、典型的にHBS-EPバッファー中25、12.5、6.25、3.12および1.56nMのサンプルを、注射間で再生することなく同じサイクルで、25℃で30μl/分の流速で順々に注射した。バルク屈折率(bulk refractive index)変化を補正するため参照セルからのデータを減算した。ほとんどの場合、センサーグラムがダブルブランクとなるように、対照としてHBS-EPの注射も含んだ。表面をHBS-EPバッファーで再生した。速度定数は、ビアコアT200(Biacore T200)評価ソフトウェアバージョン1.0のラングミュア1:1検体モデルを用いてセンサーグラムから算出した。得られた相互作用のKD値を表5に示す。
古典的補体経路機能ならびにC5結合化合物PSI0378(配列番号:13)およびPSI0410(配列番号:23)、およびC5結合ポリペプチドPSI0400(配列番号:22)によるその阻害の研究のため、アルセバー液中の新たなヒツジ全血(スウェーデン国立獣医研究所(Swedish National Veterinary Institute))からヒツジ赤血球を調製した。その後、赤血球をウサギ抗ヒツジ赤血球抗血清(シグマ)で処理して抗体感作ヒツジ赤血球(EA)とした。過程全体を無菌条件下で実施した。他のすべての試薬は、商業的供給源のものであった。
アルブミンに対するC5結合化合物の親和性の評価のため、コーティング(ノボザイム(Novozymes))として組換えヒトアルブミンならびにアフィボディAB(一次)およびダコサイトメーション(DakoCytomation)(検出)から商業的に入手可能な抗体を使用してヒトアルブミンELISAを用いた。PSI0242(配列番号:1)から調製され、かつC5結合ポリペプチドおよび連鎖球菌Gタンパク質のアルブミン結合ドメインを含む方法標準をサンプルの定量に用いた。
37℃で2週間の安定性試験においてPSI0242と比較して改善された安定性を示したC5結合変異体およびポリペプチド(実施例2)を、37℃でより長い3ヵ月の安定性試験にかけた。安定性試験およびRPCによる分析の設定は実施例2に記載されたとおりであった。クロマトグラムの主要ピークを測定し、対応する総タンパク質含量のパーセンテージを算出することによって安定性の評価を行った。実施例2のデータは、解釈をより容易にするため下の表8に含まれる。
種々の標的に対して特異性を有する骨格修飾されたポリペプチドの生成:本明細書に記載された新たな骨格を含むポリペプチド変異体は、種々の標的に対する特異性を有するZ変異体ポリペプチドを取り上げ、骨格内の選択された位置で部位特異的突然変異誘発を実施することによって生成される。別法として、分子全体の化学合成によって、またはZ変異体ポリペプチドの結合モチーフを新たな骨格に移植するための、当業者に知られている他の分子生物学的方法を用いることによって新たな分子を作ってもよい。
本明細書に記載された新たな骨格を含むポリペプチド変異体は、種々の標的に対する特異性を有するZ変異体ポリペプチドを取り上げ、骨格内の選択された位置で部位特異的突然変異誘発を実施することによって生成した。ヒト上皮増殖因子受容体2(HER2)を標的とするポリペプチド変異体Z02891(配列番号:27);血小板由来増殖因子受容体ベータ(PDGF-Rβ)を標的とするポリペプチド変異体Z15805(配列番号:30);新生児Fc受容体(FcRn)を標的とするポリペプチド変異体Z10103(配列番号:33);および炭酸脱水酵素IX(CAIX)を標的とするポリペプチド変異体Z09782(配列番号:36)中の骨格位置のアミノ酸置換は、表9に明記されている。
融解温度(Tm)を決定し、かつアミノ酸置換の結果として本発明のポリペプチドの二次構造における潜在的変化を評価するために円偏光二色性(CD)分析を実施した。精製されたHis6タグ付けされたZ変異体をPBS中で0.5mg/mlまで希釈した。希釈された各Z変異体に関して、250~195nmのCDスペクトルを20℃で記録した。Tmを決定するために可変温度測定(VTM)を実施した。VTMでは、5℃/分の温度勾配で温度を20℃から90℃まで上昇させながら、吸光度を221nmで測定した。VTM後、250~195nmでの第2のCDスペクトルを20℃で記録した。CD測定は、1mmの光路長を有するセルを用いてジャスコ(Jasco)J-810分光偏光計(ジャスコスカンジナビアAB(Jasco Scandinavia AB))において実施した。
実施例10に記載したように作製されたそれぞれの新たなポリペプチドについて、その安定性を、元のポリペプチドの安定性と比較した。PBS pH7.4中で調製されたポリペプチドを1mg/mlに希釈し、200μlのアリコートを37℃で2週間インキュベートした。安定性試験の前および後に採取されたサンプルは、10%Bis-Tris NuPAGEゲル(インビトロゲン)を用いて、タンパク質5μgを各ウェルに装填してSDS-PAGEによって分析した。得られたクーマシーブルー染色ゲルを図8に示す。高められた温度でインキュベーション後、新たな変異体の出現によって安定性を評価し、変異した変異体を、それぞれの元のポリペプチドと比較した。
実施例12で改善された安定性を示す一組のポリペプチドを、骨格における改変の導入後だけでなく安定性試験にかけた後、すなわち37℃で2週間インキュベートした後のそれらの標的に対する結合能力の保存に関してさらに評価した。比較速度定数(konおよびkoff)および親和性(KD)は、ビアコア2000(Biacore 2000)機器を用いて決定した。標的タンパク質ヒトHER2-Fc(R&Dシステムズ(R&D Systems)、カタログ番号1129-ER-050)、ヒトPDGF-Rβ(R&Dシステムズ(R&D Systems)、カタログ番号385-PR-100/CF)、ヒトFcRn(Biorbyt、カタログ番号orb84388)およびヒトCAIX(R&Dシステムズ(R&D Systems)、カタログ番号2188-CA)を、それぞれCM5チップ(GEヘルスケア(GE Healthcare))のカルボキシル化デキストラン層表面上に固定した。固定化は、製造元のプロトコールに従ってアミンカップリング化学を用い、かつランニングバッファーとしてHBS-EPを用いて実施した。チップ上の1つのフローセル表面を活性化し、そして検体注射におけるブランクとして使用するため不活性化した。それぞれの表面上の標的タンパク質の固定化レベルは、HER2に関して約850RU、PDGF-Rβに関して2200RU、FcRnに関して750、そしてCAIXに関して580RUであった。
1.ポリペプチドであって、
i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q
(配列中、X2、X3、X4、X6、X7、X10、X11、X17、X18、X20、X21、X25およびX28のそれぞれは、独立して任意のアミノ酸残基に相当し;そして
配列中、互いに独立して、
X16は、NおよびTから選択され;
X26は、KおよびSから選択され;
X29X30PX32は、DDPSおよびRQPEから選択され;
X35は、AおよびSから選択され;
X36は、EおよびNから選択され;
X39は、A、CおよびSから選択され;
X45は、E、NおよびSから選択され;
X46は、D、EおよびSから選択されるが、但し、X45がNであるとき、X46はDでなく;
X47は、AおよびSから選択される)および
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも91%の同一性を有するアミノ酸配列、但し、X45がNであるとき、X46はDでない、
から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
2.X16がTである、項目1に記載のポリペプチド。
3.X26がKである、項目1または2に記載のポリペプチド。
4.X29X30PX32がDDPSである、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
5.X29X30PX32がRQPEである、項目1~3のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
6.X35がSである、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
7.X36がEである、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
8.X39がSである、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
9.X45がEおよびSから選択される、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
10.X45がEである、項目9に記載のポリペプチド。
11.X45がSである、項目9に記載のポリペプチド。
12.X46がEおよびSから選択される、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
13.X46がEである、項目12に記載のポリペプチド。
14.X46がSである、項目12に記載のポリペプチド。
15.X46がDである、項目12に記載のポリペプチド。
16.X45がNであるとき、X46はDまたはEではない、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
17.X45X46がEE、ES、SEおよびSSから選択される、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
18.X45X46がESおよびSEから選択される、項目17に記載のポリペプチド。19.X45X46がESである、項目18に記載のポリペプチド。
20.X45X46がSEである、項目18に記載のポリペプチド。
21.X45X46がSDである、項目18に記載のポリペプチド。
22.X47がSである、上記項目のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
23.さらなるアミノ酸残基を含む、項目1~22のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
24.上記ポリペプチドのC末端でさらなるアミノ酸残基を含む、項目23に記載のポリペプチド。
25.上記ポリペプチドのC末端のさらなるアミノ酸残基がAPを含む、項目24に記載のポリペプチド。
26.上記ポリペプチドのN末端でさらなるアミノ酸残基を含む、項目23に記載のポリペプチド。
27.上記ポリペプチドのN末端でさらなるアミノ酸残基は、AEAKYAKを含む、項目26に記載のポリペプチド。
28.ポリペプチドの結合、産生、精製、安定化、カップリングまたは検出の目的で、上記さらなるアミノ酸残基が付加される、項目23~27のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
29.上記さらなるアミノ酸残基が1つまたはそれ以上のポリペプチドドメインを構成する、項目23~28のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
30.上記1つまたはそれ以上のポリペプチドドメインが、結合機能、酵素機能、金属イオンキレート化機能および蛍光機能またはそれらの混合の群から選択された機能を有する、項目29に記載のポリペプチド。
31.項目1~28のいずれか1項目に記載のポリペプチドであって、
YAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q AP;および
FNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q AP
(配列中、各Xyは、項目1~22のいずれか1項目に定義されたとおりである)
から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
32.項目31に記載のポリペプチドであって、
ADNNFNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
ADNKFNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
VDNKFNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
VDAKYAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;および
AEAKYAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q APK;
(配列中、各Xyは、項目1~22のいずれか1項目に定義されたとおりである)
から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
33.上記標的が、ABD、HER2、TNFα、EGFR、IGF1R、IgG、PDGFRβ、HER3、C5、FcRn、CAIX、アミロイドβ、CD4、IL8、IL6およびインスリンからなる群から場合により選択される、所定の標的に対する親和性を有する、項目1~32のいずれか1項目に記載のポリペプチド。
34.項目1~33のいずれか1項目に記載のポリペプチドを一部分として含む融合ポリペプチド。
35.標識をさらに含む、項目1~34のいずれか1項目に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチド。
36.治療剤をさらに含む、項目1~35のいずれか1項目に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチド。
37.検出試薬、補足試薬または分離試薬としての、項目1~36のいずれか1項目に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチドの使用。
38.治療に使用するための、項目1から36のいずれか1項目に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチド。
39.診断剤として使用するための、項目1~36のいずれか1項目に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチド。
40.項目1~34のいずれか1項目に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド。
41.共通の骨格に基づくポリペプチド変異体の集団であって、集団中のそれぞれのポリペプチドが、
i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q
(配列中、X2、X3、X4、X6、X7、X10、X11、X17、X18、X20、X21、X25およびX28のそれぞれは、独立して任意のアミノ酸残基に相当し;そして
配列中、互いに独立して、
X16は、NおよびTから選択され;
X26は、KおよびSから選択され;
X29X30PX32は、DDPSおよびRQPEから選択され;
X35は、AおよびSから選択され;
X36は、EおよびNから選択され;
X39は、A、CおよびSから選択され;
X45は、E、NおよびSから選択され;
X46は、D、EおよびSから選択されるが、但し、X45がNであるとき、X46はDでなく;
X47は、AおよびSから選択される)および
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも91%の同一性を有するアミノ酸配列、但し、X45がNであるとき、X46はDでない、
から選択されるアミノ酸配列を含む集団。
42.少なくとも1×104個の独特なポリペプチド分子を含む、項目41に記載の集団。
43.少なくとも1×106個の独特なポリペプチド分子を含む、項目42に記載の集団。
44.少なくとも1×108個の独特なポリペプチド分子を含む、項目43に記載の集団。
45.少なくとも1×1010個の独特なポリペプチド分子を含む、項目44に記載の集団。
46.少なくとも1×1012個の独特なポリペプチド分子を含む、項目45に記載の集団。
47.少なくとも1×1014個の独特なポリペプチド分子を含む、項目46に記載の集団。
48.ポリヌクレオチドの集団であって、そのそれぞれのメンバーが、項目41~47のいずれか1項目に記載のポリペプチドの集団のメンバーをコードすることを特徴とする集団。
49.項目41~47のいずれか1項目に記載のポリペプチド集団と、項目48に記載のポリヌクレオチド集団との組合せであって、ポリペプチドの上記集団のそれぞれのメンバーが、遺伝子型-表現型カップリング手段を介してそのメンバーをコードしているポリヌクレオチドと物理的にまたは空間的に関連している組合せ。
50.上記遺伝子型-表現型カップリング手段がファージディスプレイシステムを含む、項目49に記載の組合せ。
51.上記遺伝子型-表現型カップリング手段が細胞表面選択ディスプレイシステムを含む、項目49に記載の組合せ。
52.上記細胞表面ディスプレイシステムが原核細胞を含む、項目51に記載の組合せ。53.上記原核細胞がグラム陽性細胞である、項目52に記載の組合せ。
54.上記細胞表面ディスプレイシステムが真核細胞を含む、項目51に記載の組合せ。55.上記真核生物細胞が酵母細胞である、項目54に記載の組合せ。
56.上記遺伝子型-表現型カップリング手段が無細胞ディスプレイシステムを含む、項目49に記載の組合せ。
57.上記無細胞ディスプレイシステムがリボソームディスプレイシステムを含む、項目56に記載の組合せ。
58.上記無細胞ディスプレイシステムがインビトロ区画化ディスプレイシステムを含む、項目56に記載の組合せ。
59.上記無細胞ディスプレイシステムがシスディスプレイ用のシステムを含む、項目56に記載の組合せ。
60.無細胞ディスプレイシステムがミクロビーズディスプレイシステムを含む、項目56に記載の組合せ。
61.上記遺伝子型-表現型カップリング手段が非ディスプレイシステムを含む、項目49に記載の組合せ。
62.上記非ディスプレイシステムがタンパク質-フラグメント相補性アッセイである、項目61に記載の組合せ。
63.ポリペプチドの集団から所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを選択する方法であって、
(a)項目41~47のいずれか1項目に記載のポリペプチドの集団を準備するステップと;
(b)標的と、その標的に対する親和性を有する少なくとも1つの所望のポリペプチドとの間の特異的相互作用が可能となる条件下でポリペプチドの集団を所定の標的と接触させるステップと;
(c)上記特異的相互作用に基づいて、ポリペプチドの残りの集団から少なくとも1つの所望のポリペプチドを選択するステップと
を含む方法。
64.ステップ(a)が、項目48に記載のポリヌクレオチドの集団を準備し、上記ポリヌクレオチドの集団を発現させて上記ポリペプチドの集団を得る準備ステップを含む、項目63に記載の方法。
65.上記ポリペプチドの集団のそれぞれのメンバーが、遺伝子型-表現型カップリング手段を介してそのメンバーをコードしているポリヌクレオチドと物理的にまたは空間的に関連している、項目64に記載の方法。
66.上記遺伝子型-表現型カップリング手段が項目50~62のいずれか1項目に定義されたとおりである、項目65に記載の方法。
67.所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離する方法であって、
・項目63に記載の方法を用いて、ポリペプチドの集団から、上記所望のポリペプチドおよびそれをコードしているポリヌクレオチドを選択するステップと;
・こうして分離された所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと
を含む方法。
68.所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを特定する方法であって、
・項目67に記載の方法を用いて、上記所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと;
・ポリヌクレオチドを配列決定して、上記所望のポリペプチドのアミノ酸配列を推論することによって確定するステップと
を含む方法。
69.ポリペプチドの集団から所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを選択および特定する方法であって、
(a)項目41~47のいずれか1項目に記載のポリペプチドの集団のそれぞれのメンバーを個々の担体またはビーズ上で合成するステップと;
(b)ポリペプチドと所定の標的との相互作用に基づいて担体またはビーズを選択または富化するステップと;
(c)タンパク質特性評価方法論によってポリペプチドを特定するステップと
を含む方法。
70.所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを産生する方法であって、
・項目68に記載の方法を用いて所望のポリペプチドを選択および特定するか、
または項目69および70のいずれか1項目に記載の方法を用いて所望のポリペプチドを選択および特定するステップと;
・上記所望のポリペプチドを産生するステップと
を含む方法。
72.上記産生が、所望のポリペプチドのデノボ化学合成を用いて実施される、項目71に記載の方法。
73.上記産生が、所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドの組換え発現を用いて実施される、項目71に記載の方法。
74.所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを産生する方法であって、
(a1)項目68に記載の方法を用いて、上記所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと;または
(a2)項目69および70のいずれか1項目に記載の第9の態様による選択および特定方法を用いて、特定されたポリペプチドを逆翻訳するステップと;
(b)こうして単離されたポリヌクレオチドを発現させて上記所望のポリペプチドを産生するステップと
を含む方法。
Claims (16)
- i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q
(配列中、X2、X3、X4、X 6 、X7、X10、X11、X17、X18、X20、X21、X25およびX28のそれぞれは、独立して任意のアミノ酸残基に相当し;そして
配列中、互いに独立して、
X16は、NおよびTから選択され;
X26は、KおよびSから選択され;
X29X30PX32は、DDPSおよびRQPEから選択され;
X35は、AおよびSから選択され;
X36は、EおよびNから選択され;
X39は、A、CおよびSから選択され;
X45X46は、SE、ESまたはSDであり;
X47は、AおよびSから選択される)および
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも91%の同一性を有するアミノ酸配列、但し、X45X46はSE、ESまたはSDである、
から選択されるアミノ酸配列を含み、かつ、
当該選択されたアミノ酸配列とX 45 X 46 がNDである点でのみ相異するアミノ酸配列を含むポリペプチドよりも安定であるポリペプチドであって、
但し、ヒト補体成分5に結合することができ、かつX10がDでX20がWであるポリペプチドは除外される、ポリペプチド。 - X45X46がSEまたはSDである、請求項1に記載のポリペプチド。
- X45X46がESである、請求項1に記載のポリペプチド。
- X45X46がSEである、請求項2に記載のポリペプチド。
- 請求項1~4のいずれか1項に記載のポリペプチドであって、
YAK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AF
IX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q AP;および
FNK EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AF
IX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q AP
(配列中、各Xyは、請求項1~4のいずれか1項に定義されたとおりである)
から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドであり、
但し、ヒト補体成分5に結合することができ、かつX10がDでX20がWであるポリペプチドは除外される、ポリペプチド。 - 請求項1~5のいずれか1項に記載のポリペプチドを一部分として含む融合ポリペプチド。
- 請求項1~6のいずれか1項に記載のポリペプチドまたは融合ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド。
- 共通の骨格に基づくポリペプチド変異体の集団であって、集団中のそれぞれのポリペプチドが、
i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LX28X29X30 PX32QSX35X36LLX39E AKKLX45X46X47Q
(配列中、X2、X3、X4、X 6 、X7、X10、X11、X17、X18、X20、X21、X25およびX28のそれぞれは、独立して任意のアミノ酸残基に相当し;そして
配列中、互いに独立して、
X16は、NおよびTから選択され;
X26は、KおよびSから選択され;
X29X30PX32は、DDPSおよびRQPEから選択され;
X35は、AおよびSから選択され;
X36は、EおよびNから選択され;
X39は、A、CおよびSから選択され;
X45X46は、SE、ESまたはSDであり;
X47は、AおよびSから選択される)および
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも91%の同一性を有するアミノ酸配列、但し、X45X46はSE、ESまたはSDである、
から選択されるアミノ酸配列を含む集団。 - 少なくとも1×104個の独特なポリペプチド分子を含む、請求項8に記載の集団。
- ポリヌクレオチドの集団であって、そのそれぞれのメンバーが、請求項8~9のいずれか1項に記載のポリペプチドの集団のメンバーをコードすることを特徴とする集団。
- 請求項8~9のいずれか1項に記載のポリペプチド集団と、請求項10に記載のポリヌクレオチド集団との組合せであって、ポリペプチドの前記集団のそれぞれのメンバーが、遺伝子型-表現型カップリング手段を介してそのメンバーをコードしているポリヌクレオチドと物理的にまたは空間的に関連している組合せ。
- 前記遺伝子型-表現型カップリング手段がファージディスプレイシステムを含む、請求項11に記載の組合せ。
- ポリペプチドの集団から所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを選択
する方法であって、
(a)請求項8~9のいずれか1項に記載のポリペプチドの集団を準備するステップと;
(b)標的と、該標的に対する親和性を有する少なくとも1つの所望のポリペプチドとの間の特異的相互作用が可能となる条件下でポリペプチドの集団を該所定の標的と接触させるステップと;
(c)前記特異的相互作用に基づいて、ポリペプチドの残りの集団から少なくとも1つの所望のポリペプチドを選択するステップと
を含む方法。 - 所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離する方法であって、
・請求項13に記載の方法を用いて、ポリペプチドの集団から、前記所望のポリペプチドおよびそれをコードしているポリヌクレオチドを選択するステップと;
・こうして分離された所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと
を含む方法。 - 所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを特定する方法であって、
・請求項14に記載の方法を用いて、前記所望のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを単離するステップと;
・ポリヌクレオチドを配列決定して、前記所望のポリペプチドのアミノ酸配列を推論することによって確定するステップと
を含む方法。 - ポリペプチドの集団から所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを選択および特定する方法であって、
(a)請求項8~9のいずれか1項に記載のポリペプチドの集団のそれぞれのメンバーを個々の担体またはビーズ上で合成するステップと;
(b)ポリペプチドと所定の標的との相互作用に基づいて担体またはビーズを選択または富化するステップと;
(c)タンパク質特性評価方法論によってポリペプチドを特定するステップと
を含む方法。
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