JP7033547B2 - 酸性アルファ-グルコシダーゼ遺伝子に関連する疾患を処置するためのアンチセンスオリゴマーおよびそれを用いる方法 - Google Patents

酸性アルファ-グルコシダーゼ遺伝子に関連する疾患を処置するためのアンチセンスオリゴマーおよびそれを用いる方法 Download PDF

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Description

本開示は、II型糖原病(GSD-II)(ポンペ病、II型糖原貯蔵症、酸性マルターゼ欠損(AMD)、酸性アルファ-グルコシダーゼ欠損、およびリソソームアルファ-グルコシダーゼ欠損としてもまた公知である)のための処置としてのエクソンの組入れを誘導するためのアンチセンスオリゴマーならびに関連の組成物および方法に関し、より具体的には、エクソン2の組入れを誘導し、これにより、GAA遺伝子によりコードされる、酵素的に活性の酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)タンパク質のレベルを回復させることに関する。
代替的スプライシングは、単一の遺伝子から複数のタンパク質を産生することにより、ヒトゲノムのコード潜在力を増大させる。不適切な代替的スプライシングはまた、ヒト疾患数の増大とも関連する。
GSD-IIとは、酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)と呼ばれる酵素の欠損により引き起こされる、遺伝性の常染色体劣性リソソーム蓄積症である。体内のGAAの役割は、グリコーゲンを分解することである。GAA活性レベルの低減またはGAA活性レベルの非存在は、心臓、骨格筋(呼吸に関与するものを含む)、肝臓、および神経系を含む罹患組織におけるグリコーゲンの蓄積をもたらす。このグリコーゲンの蓄積は、GSD-IIを伴う個体において、進行性の筋力低下および呼吸不全を引き起こすと考えられる。GSD-IIは、乳児、幼児、または成人において生じる可能性があり、予後は、症状の発症時および重症度に従い変動する。臨床的に、GSD-IIは、重度(乳児型)から軽度遅発型の成体形態の範囲の、重症度の広範にわたる連続スペクトルと共に症状発現しうる。患者は最終的に、呼吸不全のために死ぬ。疾患の重症度と、残留酸性アルファ-グルコシダーゼ活性との間には、良好な相関が見られ、活性は、遅発型では、正常の10~20%であり、疾患の早発形態では、2%未満である。世界中で、約5,000~10,000人の人々が、GSD-IIに罹患していると推定されている。
疾患の成人発症形態と関連する、最も一般的な変異は、IVS1-13T>Gである。成人発症型GSD-II患者のうちの3分の2を超える患者において見出されるこの変異は、ヘテロ接合性個体において、選択的利点を付与しうるか、または非常に古い変異である。この変異を伴う成人発症型GSD-II個体の、広範な人種的多様性は、共通のファウンダーに対する反証となっている。
GAA遺伝子は、20kbほどにわたる、20のエクソンからなる。3.4kbのmRNAは、分子量を約105kDとするタンパク質をコードする。IVS1-13T>G変異は、AUG開始コドンを含有する、エクソン2(577塩基)の喪失をもたらす。
GSD-IIのための処置は、薬物処置戦略、食事操作、および骨髄移植を伴ったが、成功ははかばかしくなかった。近年、酵素置換療法(ERT)は、GSD-II患者に、新たな希望をもたらした。例えば、組換えGAAタンパク質薬であるMyozyme(登録商標)は、2006年に、米国および欧州の両方で、GSD-II病を伴う患者における使用のための承認を受けた。Myozyme(登録商標)は、リソソームへと送達するために、GAAタンパク質の表面上の、マンノース-6-リン酸(M6P)に依存する。
大半がRNAの下方調節のために使用されるアンチセンス技術は近年、スプライシング過程を変更するように適応してきた。多くの遺伝子の一次遺伝子転写物(プレmRNA)のプロセシングは、イントロンの除去と、エクソンの精密なスプライシングとを伴い、これにより、ドナースプライス部位が、アクセプタースプライス部位へと接続される。スプライシングとは、ドナースプライス部位とアクセプタースプライス部位との協調的な認識と、正のエクソンスプライスエンハンサー(主に、エクソン内に配置されている)と、負のスプライスモチーフ(スプライスサイレンサーは、主に、イントロン内に配置されている)との均衡による分岐点(アクセプタースプライス部位の上流)とを伴う精密な過程である。
GAAプレmRNAのスプライシングを変更しうる、有効な薬剤は、GSD-IIの改善された処置に、治療的に有用である可能性が高い。
一態様では、本開示は、10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドを特徴とする。修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNA内の標的領域(例えば、GAAのイントロン1内、例えば配列番号1内の標的領域など)と相補的なターゲティング配列を含み、ここで、標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、この少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、この少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、標的領域の内部にある。ターゲティング領域とターゲティング配列の間の相互作用は、そうでなければ100%相補性でありうるが、より低い閾値の相補性(例えば、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)も含みうる。標的領域は、配列番号2または配列番号3のうちの少なくとも1つを含みうる。任意選択で、標的領域は、配列番号4を含みうる。任意選択で、標的領域は、配列番号5を含みうる。修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ターゲティング配列が標的領域に結合すると、GAA mRNA内のエクソン2の保持を促進しうる。標的領域は、ターゲティング配列と比較して1~3個のさらなるヌクレオ塩基を含みうる。しかし、3つよりも多くのさらなるヌクレオ塩基も標的領域内に存在しうる。さらに、さらなるヌクレオ塩基は、標的領域に沿って互いと分離されていてよい。修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドは、酵素活性試験に従い、配列番号1内の標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも2倍のGAAの酵素活性を誘導しうる。修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドは、酵素活性試験に従い、配列番号1内の標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも3倍または少なくとも4倍のGAAの酵素活性を誘導しうる。
別の態様では、本開示は、式(I):
Figure 0007033547000001
のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000002
の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(R、およびRから選択され、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
Figure 0007033547000003
から選択され、式中、
は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
mは、1~5の整数であり、
11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
の各出現は、
-N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
式(II):
Figure 0007033547000004
の部分[式中、
15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
qは、1~5の整数であり;
各R17は、Hおよびメチルから選択される];および
式(III):
Figure 0007033547000005
の部分[式中、
19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
rは、1~5の整数である]から選択され、
20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
から独立に選択され;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
Figure 0007033547000006
の部分から選択され、式中、
23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
sは、1~5の整数であり;
Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000007
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
Gは、1回の出現で存在するか、または存在しない]
を特徴とする。
ある特定の実施形態では、各Rは、-N(CHである。一部の実施形態では、R基の約50~90%がジメチルアミノ(すなわち、-N(CH)である。ある特定の実施形態では、R基の約66%がジメチルアミノである。
一部の非限定的な実施形態では、ターゲティング配列は、表2A~2Cの配列から選択され、式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される。一部の非限定的な実施形態では、各Rは、-N(CHであり、ターゲティング配列は、表2A~2Cの配列から選択され、式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される。
本開示の一部の実施形態では、Rは、
Figure 0007033547000008
から選択することができる。
ある特定の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000009
から選択され、Yは、存在するごとに、Oである。一部の実施形態では、Rは、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000010
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000011
を有し、Yは、存在するごとに、Oである。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000012
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、RはHである。
別の態様では、本開示は、式(VII):
Figure 0007033547000013
のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩
[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000014
から選択され、
各Rは、-N(Rであり、各Rは独立に、C~Cアルキルであり;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000015
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
ここで、Tは、
Figure 0007033547000016
である、またはRはGである]
を特徴とする。
一部の実施形態では、例えば式(I)および(IV)のアンチセンスオリゴマーの一部の実施形態を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列、本明細書で記載される配列、および以下の配列から選択される:
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];ならびに
III.
a)Zが23である配列番号76(GCC AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC X);
b)Zが23である配列番号77(CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC C);
c)Zが23である配列番号78(GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX CCA G);
d)Zが23である配列番号79(AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC AGC A);
e)Zが23である配列番号80(ACX CAC GGG GCX CXC AAA GCA GCX C);
f)Zが23である配列番号81(GGCXCXCAAAGCAGCXCXGAGACAX);
g)Zが18である配列番号82(GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
h)Zが18である配列番号83(GAG AGG GCC AGA AGG AAG GG);
i)Zが18である配列番号84(XXX GCC AXG XXA CCC AGG CX);
j)Zが18である配列番号85(GCG CAC CCX CXG CCC XGG CC);および
k)Zが23である配列番号86(GGC CCX GGX CXG CXG GCX CCC XGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]。
ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、および59からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、および34~36からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82のうちのいずれか1つにおけるXの各出現は、Tである。
例えば式(I)および(IV)のアンチセンスオリゴマーの一部の実施形態を含めた一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的である。一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトGAA遺伝子のエクソン2またはイントロン2内の標的領域と相補的である。例えば式(I)および(IV)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた種々の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的であり、標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、標的領域の内部にある。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、本明細書の表2A~2Cに示されている配列番号13~86から選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、表2Aおよび2Bから選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。さらに、および本明細書の表2A~2C(または表2Bおよび2C)に概略が示されている配列に関しては、ある特定の実施形態では、100%の相補性を有する配列を選択し、1または複数のヌクレオ塩基を除去し(あるいは、1または複数のヌクレオ塩基が失われるように合成し)、したがって、得られる配列は、その天然の標的領域内の相補物と比べて1または複数のヌクレオ塩基が失われている。1または複数のヌクレオ塩基が除去された位置を除いて、残りの位置は100%相補的であることが意図されている。しかし、相補性のレベルの低下が存在し得ることは本発明の範囲内に入る。
一部の実施形態では、配列番号13~86の少なくとも1つのXはTである。一部の実施形態では、配列番号13~86の少なくとも1つのXはUである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはTである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはUである。
以下の詳細な説明および添付の図面を参照すれば、本開示のこれらおよび他の態様が明らかとなる。本明細書で開示される全ての参考文献は、各々が個別に組み込まれたと仮定した場合と同様に、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的なターゲティング配列を含む10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記標的領域が前記ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記標的領域の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目2)
前記標的領域が、配列番号2または配列番号3のうちの少なくとも1つを含む、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目3)
前記標的領域が、配列番号2を含む、項目2に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目4)
前記標的領域が、配列番号3を含む、項目2に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目5)
前記ターゲティング配列が前記標的領域に結合すると、GAA mRNA内のエクソン2の保持を促進する、項目1から4までのいずれか一項に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目6)
前記標的領域が、前記ターゲティング配列と比較してさらなるヌクレオ塩基を1~3個含む、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目7)
酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも2倍のGAAの酵素活性を誘導する、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目8)
酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも3倍または少なくとも4倍のGAAの酵素活性を誘導する、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目9)
前記ターゲティング配列が、配列番号13~58のうちのいずれか1つから選択される、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目10)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、33~38、45、46、および87~123のうちのいずれか1つから選択される、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目11)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、または34~36のうちのいずれか1つから選択される、項目1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
(項目12)
式(I):
Figure 0007033547000017

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
各Yは、Oおよび-NR から独立に選択され、各R は、H、C ~C アルキル、アラルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR C(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR C(=NH)NH 、およびGから独立に選択され、R は、HおよびC ~C アルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000018

の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(R 、およびR から選択され、各R は、HおよびC ~C アルキルから独立に選択され、
は、OH、-N(R )CH C(O)NH 、および式:
Figure 0007033547000019

の部分から選択され、式中、
は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
10 は、G、-C(O)-R 11 OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 12 C(=NH)NH 、および-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 12 C(=NH)NH から選択され、式中、
mは、1~5の整数であり、
11 は、式-(O-アルキル) -を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
y個のアルキル基の各々は、C ~C アルキルから独立に選択され;
12 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
の各出現は、
-N(R 13 [式中、各R 13 は、HおよびC ~C アルキルから独立に選択される];
式(II):
Figure 0007033547000020

の部分[式中、
15 は、H、G、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 18 C(=NH)NH 、および-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 18 C(=NH)NH から選択され、
18 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
qは、1~5の整数であり;
各R 17 は、Hおよびメチルから独立に選択される];および
式(III):
Figure 0007033547000021

の部分[式中、
19 は、H、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 22 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NHC(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 22 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NH およびG[式中、
22 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
rは、1~5の整数である]から選択され、
20 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;または
19 およびR 20 は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
から独立に選択され;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)-R 23 、-C(O)(CH NR 24 C(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 24 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NHC(=NH)NH 、および式:
Figure 0007033547000022

の部分から選択され、式中、
23 は、式-(O-アルキル) -OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C ~C アルキルから独立に選択され;
24 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
sは、1~5の整数であり;
Lは、-C(O)(CH C(O)-および-C(O)(CH (CH C(O)-から選択され;
各R 25 は、式-(CH OC(O)N(R 26 を有し、式中、各R 26 は、式-(CH NHC(=NH)NH を有し、
Gは、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NHC(O)(CH NH-CPP、-C(O)CH NH-CPP、および:
Figure 0007033547000023

[式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
Gは、1回の出現で存在していてもよいし、または存在せず、前記ターゲティング配列は、
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
からなる群から選択される]。
(項目13)
各R が-N(CH である、項目12に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目14)
が、
Figure 0007033547000024

から選択される、項目12に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目15)
Tが、
Figure 0007033547000025

から選択され、Yが、存在するごとに、Oである、項目12から14までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目16)
が、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、項目15に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目17)
Tが、
Figure 0007033547000026

から選択され、Yが、存在するごとに、Oであり、R がGである、項目12から14までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目18)
Tが、式:
Figure 0007033547000027

を有し、Yが、存在するごとに、Oであり、各R が-N(CH であり、R がGである、項目12から14までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目19)
前記CPPが、式:
Figure 0007033547000028

[式中、R は、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目12から18までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目20)
がアセチルである、項目19に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目21)
前記CPPが、配列番号6~12のうちのいずれか1つに描示されている配列を含む、項目12から18までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目22)
Tが、式:
Figure 0007033547000029

を有し、Yが、存在するごとに、Oであり、各R が-N(CH であり、R がHである、項目12に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目23)
Xが、存在するごとに、Tである、項目12から22までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目24)
式(VII):
Figure 0007033547000030

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩
[式中、各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000031

から選択され、
各R は、-N(R であり、式中、各R は独立に、C ~C アルキルであり;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、
Gは、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NHC(O)(CH NH-CPP、-C(O)CH NH-CPP、および:
Figure 0007033547000032

[式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり;
Tは、
Figure 0007033547000033

であるか、またはR はGであり
前記ターゲティング配列は、
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];または
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
からなる群から選択される]。
(項目25)
Tが、式:
Figure 0007033547000034

を有し、R が、Gである、項目24に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目26)
の少なくとも1つの出現が、-N(CH である、項目24に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目27)
の各出現が、-N(CH である、項目24から26までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目28)
Gが、式:
Figure 0007033547000035

[式中、R は、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目24から27までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目29)
がアセチルである、項目28に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目30)
前記CPPが、式:
Figure 0007033547000036

[式中、R は、H、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目24から29までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目31)
がアセチルである、項目30に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目32)
Xが、存在するごとに、Tである、項目24から30までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目33)
式(XX):
Figure 0007033547000037

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
I.
a)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
r)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
s)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
t)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
u)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
v)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
w)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
x)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
y)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
z)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
aa)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
bb)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
cc)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
dd)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ee)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ff)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
gg)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
hh)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ii)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
jj)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
kk)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ll)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
mm)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
nn)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
oo)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
pp)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
qq)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
rr)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ss)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;もしくは、
tt)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;または
II.
a)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;もしくは、
q)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され、
は、Hまたはアセチルである]。
(項目34)
Xが、存在するごとに、Tである、項目33に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目35)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、34~36、または59のうちのいずれか1つから選択され、Xが、存在するごとに、Tである、項目12から34までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目36)
式(XXII a)~(XXII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、Xは、存在するごとに、
Figure 0007033547000038

から独立に選択される]。
(項目37)
各XがTである、項目36に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目38)
式(XXIII a)~(XXIII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩。
(項目39)
(a)薬学的に許容される担体と、(b)ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的なターゲティング配列を含む10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記標的領域が前記ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記標的領域の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドとを含む医薬組成物。
(項目40)
前記標的領域が、配列番号2または配列番号3のうちの少なくとも1つを含む、項目39に記載の医薬組成物。
(項目41)
前記標的領域が、配列番号2を含む、項目40に記載の医薬組成物。
(項目42)
前記標的領域が、配列番号3を含む、項目40に記載の医薬組成物。
(項目43)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、前記ターゲティング配列が前記標的領域に結合するとGAA mRNA内のエクソン2の保持を促進する、項目39から42までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目44)
前記標的領域が、前記ターゲティング配列と比較してさらなるヌクレオ塩基を1~3個含む、項目39に記載の医薬組成物。
(項目45)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも2倍のGAAの酵素活性を誘導する、項目39に記載の医薬組成物。
(項目46)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも3倍または少なくとも4倍のGAAの酵素活性を誘導する、項目39に記載の医薬組成物。
(項目47)
前記ターゲティング配列が、配列番号13~58のうちのいずれか1つから選択される、項目39に記載の医薬組成物。
(項目48)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、33~38、45、46、および87~123のうちのいずれか1つから選択される、項目39に記載の医薬組成物。
(項目49)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、または34~36のうちのいずれか1つから選択される、項目39に記載の医薬組成物。
(項目50)
(a)薬学的に許容される担体と、(b)式(I):
Figure 0007033547000039

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩とを含む医薬組成物[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
各Yは、Oおよび-NR から独立に選択され、各R は、H、C ~C アルキル、アラルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR C(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR C(=NH)NH 、およびGから独立に選択され、R は、HおよびC ~C アルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000040

の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(R 、およびR から選択され、各R は、HおよびC ~C アルキルから独立に選択され、
は、OH、-N(R )CH C(O)NH 、および式:
Figure 0007033547000041

から選択され、式中、
は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
10 は、G、-C(O)-R 11 OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 12 C(=NH)NH 、および-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 12 C(=NH)NH から選択され、式中、
mは、1~5の整数であり、
11 は、式-(O-アルキル) -を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
前記y個のアルキル基の各々は、C ~C アルキルから独立に選択され;
12 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
の各出現は、
-N(R 13 [式中、各R 13 は、HおよびC ~C アルキルから独立に選択される];
式(II):
Figure 0007033547000042

の部分[式中、
15 は、H、G、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 18 C(=NH)NH 、および-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 18 C(=NH)NH から選択され、
18 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
qは、1~5の整数であり;
各R 17 は、Hおよびメチルから選択される];および
式(III):
Figure 0007033547000043

の部分[式中、
19 は、H、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 22 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NHC(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 22 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NH およびG[式中、
22 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
rは、1~5の整数である]から選択され、
20 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;または
19 およびR 20 は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
から独立に選択され;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)-R 23 、-C(O)(CH NR 24 C(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 24 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NHC(=NH)NH 、および式:
Figure 0007033547000044

の部分から選択され、式中、
23 は、式-(O-アルキル) -OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C ~C アルキルから独立に選択され;
24 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
sは、1~5の整数であり;
Lは、-C(O)(CH C(O)-および-C(O)(CH (CH C(O)-から選択され;
各R 25 は、式-(CH OC(O)N(R 26 を有し、式中、各R 26 は、式-(CH NHC(=NH)NH を有し、
Gは、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NHC(O)(CH NH-CPP、-C(O)CH NH-CPP、および:
Figure 0007033547000045

[式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
Gは、1回の出現で存在していてもよいし、または存在せず、前記ターゲティング配列は、
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
からなる群から選択される]。
(項目51)
各R が-N(CH である、項目50に記載の医薬組成物。
(項目52)
が、
Figure 0007033547000046

Figure 0007033547000047

から選択される、項目50に記載の医薬組成物。
(項目53)
Tが、
Figure 0007033547000048

から選択され、Yが、存在するごとに、Oである、項目50から52までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目54)
が、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、項目53に記載の医薬組成物。
(項目55)
Tが、
Figure 0007033547000049

から選択され、Yが、存在するごとに、Oであり、R がGである、項目50から52までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
(項目56)
Tが、式:
Figure 0007033547000050

を有し、Yが、存在するごとに、Oであり、各R が-N(CH であり、R がGである、項目50から52までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目57)
前記CPPが、式:
Figure 0007033547000051

[式中、R は、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目50から56までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目58)
がアセチルである、項目57に記載の医薬組成物。
(項目59)
前記CPPが、配列番号6~12のうちのいずれか1つに描示されている配列を含む、項目50から58までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目60)
Tが、式:
Figure 0007033547000052

を有し、Yが、存在するごとに、Oであり、各R が-N(CH であり、R がHである、項目50に記載の医薬組成物。
(項目61)
Xが、存在するごとに、Tである、項目50から60までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目62)
(a)薬学的に許容される担体と、(b)式(VII):
Figure 0007033547000053

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩とを含む医薬組成物
[式中、各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000054

から選択され;
各R は、-N(R であり、各R は独立に、C ~C アルキルであり;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、
Gは、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NHC(O)(CH NH-CPP、-C(O)CH NH-CPP、および:
Figure 0007033547000055

[式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり;
ここで、Tは、
Figure 0007033547000056

であるか、またはR はGであり、
前記ターゲティング配列は、
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];または
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
からなる群から選択される]。
(項目63)
Tが、式:
Figure 0007033547000057

を有し、R が、Gである、項目62に記載の医薬組成物。
(項目64)
の少なくとも1つの出現が、-N(CH である、項目62に記載の医薬組成物。
(項目65)
の各出現が、-N(CH である、項目62から64までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目66)
Gが、式:
Figure 0007033547000058

[式中、R は、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目62から65までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目67)
がアセチルである、項目66に記載の医薬組成物。
(項目68)
前記CPPが、式:
Figure 0007033547000059

[式中、R は、H、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目62から66までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目69)
がアセチルである、項目68に記載の医薬組成物。
(項目70)
Xが、存在するごとに、Tである、項目62から69までのいずれか一項に医薬組成物。
(項目71)
(a)薬学的に許容される担体と、(b)式(XX):
Figure 0007033547000060

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩とを含む医薬組成物[式中、
I.
a)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
r)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
s)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
t)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
u)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
v)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
w)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
x)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
y)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
z)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
aa)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
bb)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
cc)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
dd)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ee)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ff)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
gg)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
hh)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ii)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
jj)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
kk)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ll)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
mm)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
nn)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
oo)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
pp)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
qq)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
rr)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ss)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;もしくは、
tt)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;または
II.
a)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;もしくは、
q)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され、
は、Hまたはアセチルである]。
(項目72)
Xが、存在するごとに、Tである、項目71に記載の医薬組成物。
(項目73)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、34~36、または59のうちのいずれか1つから選択され、Xが、存在するごとに、Tである、項目39から72までのいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目74)
(a)薬学的に許容される担体と、(b)式(XXII a)~(XXII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩とを含む医薬組成物[式中、Xは、存在するごとに、
Figure 0007033547000061

から独立に選択される]。
(項目75)
各XがTである、項目74に記載の医薬組成物。
(項目76)
(a)薬学的に許容される担体と、(b)式(XXIII a)~(XXIII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩とを含む医薬組成物。
(項目77)
それを必要とする対象におけるII型糖原病を処置する方法であって、前記対象に、有効量の、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的なターゲティング配列を含む10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与することにより、前記対象を処置するステップを含み、前記標的領域が前記ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記標的領域の内部にある、方法。
(項目78)
前記標的領域が、配列番号2または配列番号3のうちの少なくとも1つを含む、項目77に記載の方法。
(項目79)
前記標的領域が、配列番号2を含む、項目78に記載の方法。
(項目80)
前記標的領域が、配列番号3を含む、項目78に記載の方法。
(項目81)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、前記ターゲティング配列が前記標的領域に結合するとGAA mRNA内のエクソン2の保持を促進する、項目77から80までのいずれか一項に記載の方法。
(項目82)
前記標的領域が、前記ターゲティング配列と比較してさらなるヌクレオ塩基を1~3個含む、項目77に記載の方法。
(項目83)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも2倍のGAAの酵素活性を誘導する、項目77に記載の方法。
(項目84)
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも3倍または少なくとも4倍のGAAの酵素活性を誘導する、項目77に記載の方法。
(項目85)
前記ターゲティング配列が、配列番号13~58のうちのいずれか1つから選択される、項目77に記載の方法。
(項目86)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、33~38、45、46、および87~123のうちのいずれか1つから選択される、項目77に記載の方法。
(項目87)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、または34~36のうちのいずれか1つから選択される、項目77に記載の方法。
(項目88)
それを必要とする対象におけるII型糖原病を処置する方法であって、前記対象に、有効量の、式(I):
Figure 0007033547000062

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
各Yは、Oおよび-NR から独立に選択され、各R は、H、C ~C アルキル、アラルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR C(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR C(=NH)NH 、およびGから独立に選択され、R は、HおよびC ~C アルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000063

の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(R 、およびR から選択され、各R は、HおよびC ~C アルキルから独立に選択され、
は、OH、-N(R )CH C(O)NH 、および式:
Figure 0007033547000064

から選択され、式中、
は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
10 は、G、-C(O)-R 11 OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 12 C(=NH)NH 、および-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 12 C(=NH)NH から選択され、式中、
mは、1~5の整数であり、
11 は、式-(O-アルキル) -を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
前記y個のアルキル基の各々は、C ~C アルキルから独立に選択され;
12 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
の各出現は、
-N(R 13 [式中、各R 13 は、HおよびC ~C アルキルから独立に選択される];
式(II):
Figure 0007033547000065

の部分[式中、
15 は、H、G、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 18 C(=NH)NH 、および-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 18 C(=NH)NH から選択され、
18 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
qは、1~5の整数であり;
各R 17 は、Hおよびメチルから選択される];および
式(III):
Figure 0007033547000066

の部分[式中、
19 は、H、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)(CH NR 22 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NHC(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 22 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NH およびG[式中、
22 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
rは、1~5の整数である]から選択され、
20 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;または
19 およびR 20 は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
から独立に選択され;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C ~C アルキル、-C(=NH)NH 、-C(O)-R 23 、-C(O)(CH NR 24 C(=NH)NH 、-C(O)(CH NHC(O)(CH NR 24 C(=NH)NH 、-C(O)CH(NH )(CH NHC(=NH)NH 、および式:
Figure 0007033547000067

の部分から選択され、式中、
23 は、式-(O-アルキル) -OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C ~C アルキルから独立に選択され;
24 は、HおよびC ~C アルキルから選択され;
sは、1~5の整数であり;
Lは、-C(O)(CH C(O)-および-C(O)(CH (CH C(O)-から選択され;
各R 25 は、式-(CH OC(O)N(R 26 を有し、式中、各R 26 は、式-(CH NHC(=NH)NH を有し、
Gは、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NHC(O)(CH NH-CPP、-C(O)CH NH-CPP、および:
Figure 0007033547000068

[式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
Gは、1回の出現で存在していてもよいし、または存在せず、前記ターゲティング配列は、
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
からなる群から選択される]
を投与することにより、前記対象を処置するステップを含む方法。
(項目89)
各R が-N(CH である、項目88に記載の方法。
(項目90)
が、
Figure 0007033547000069

Figure 0007033547000070

から選択される、項目88に記載の方法。
(項目91)
Tが、
Figure 0007033547000071

から選択され、Yが、存在するごとに、Oである、項目88から90までのいずれか一項に記載の方法。
(項目92)
が、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、項目91に記載の方法。
(項目93)
Tが、
Figure 0007033547000072

から選択され、Yが、存在するごとに、Oであり、R がGである、項目88から92までのいずれか一項に記載の方法。
(項目94)
Tが、式:
Figure 0007033547000073

を有し、Yが、存在するごとに、Oであり、各R が-N(CH であり、R がGである、項目88から92までのいずれか一項に記載の方法。
(項目95)
前記CPPが、式:
Figure 0007033547000074

[式中、R は、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目88から94までのいずれか一項に記載の方法。
(項目96)
がアセチルである、項目95に記載の方法。
(項目97)
前記CPPが、配列番号6~12のうちのいずれか1つに描示されている配列を含む、項目88から96までのいずれか一項に記載の方法。
(項目98)
Tが、式:
Figure 0007033547000075

を有し、Yが、存在するごとに、Oであり、各R が-N(CH であり、R がHである、項目88に記載の方法。
(項目99)
Xが、存在するごとに、Tである、項目88から98までのいずれか一項に記載の方法。
(項目100)
それを必要とする対象におけるII型糖原病を処置する方法であって、前記対象に、有効量の、式(VII):
Figure 0007033547000076

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩
[式中、各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000077

から選択され、
各R は、-N(R であり、各R は独立に、C ~C アルキルである;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、
Gは、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NH-CPP、-C(O)(CH NHC(O)(CH NH-CPP、-C(O)CH NH-CPP、および:
Figure 0007033547000078

[式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
ここで、Tは、
Figure 0007033547000079

であるか、またはR はGであり、
前記ターゲティング配列は、
I.
a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];または
II.
a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
からなる群から選択される]
を投与することにより、前記対象を処置するステップを含む方法。
(項目101)
Tが、式:
Figure 0007033547000080

を有し、R が、Gである、項目100に記載の方法。
(項目102)
の少なくとも1つの出現が、-N(CH である、項目100に記載の方法。
(項目103)
の各出現が、-N(CH である、項目100から102までのいずれか一項に記載の方法。
(項目104)
Gが、式:
Figure 0007033547000081

[式中、R は、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目100から103までのいずれか一項に記載の方法。
(項目105)
がアセチルである、項目104に記載の方法。
(項目106)
前記CPPが、式:
Figure 0007033547000082

[式中、R は、H、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]
を有する、項目100から104までのいずれか一項に記載の方法。
(項目107)
がアセチルである、項目100に記載の方法。
(項目108)
Xが、存在するごとに、Tである、項目100から107までのいずれか一項に記載の方法。
(項目109)
それを必要とする対象におけるII型糖原病を処置する方法であって、前記対象に、有効量の、式(XX):
Figure 0007033547000083

のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
I.
a)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
r)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
s)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
t)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
u)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
v)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
w)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
x)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
y)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
z)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
aa)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
bb)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
cc)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
dd)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ee)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ff)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
gg)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
hh)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ii)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
jj)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
kk)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ll)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
mm)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
nn)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
oo)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
pp)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
qq)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
rr)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ss)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;もしくは、
tt)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;または
II.
a)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;もしくは、
q)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され、
は、Hまたはアセチルである]
を投与することにより、前記対象を処置するステップを含む方法。
(項目110)
Xが、存在するごとに、Tである、項目109に記載の方法。
(項目111)
前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、34~36、または59のうちのいずれか1つから選択され、Xが、存在するごとに、Tである、項目88から110までのいずれか一項に記載の方法。
(項目112)
それを必要とする対象におけるII型糖原病を処置する方法であって、前記対象に、有効量の、式(XXII a)~(XXII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、Xは、存在するごとに、
Figure 0007033547000084

から独立に選択される]
を投与することにより、前記対象を処置するステップを含む方法。
(項目113)
各XがTである、項目112に記載の方法。
(項目114)
それを必要とする対象におけるII型糖原病を処置する方法であって、前記対象に、有効量の、式(XXIII a)~(XXIII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩を投与することにより、前記対象を処置するステップを含む方法。
図1および2は、スクリーニングの間に種々のPMO化合物に関して見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。「N」とは、各研究で評定される多連の数を指す。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。個々の化合物は、5μMおよび0.2μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図1および2は、スクリーニングの間に種々のPMO化合物に関して見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。「N」とは、各研究で評定される多連の数を指す。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。個々の化合物は、5μMおよび0.2μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図3および4は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1μM、0.2μMおよび0.4μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図3および4は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1μM、0.2μMおよび0.4μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図5~8は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1μM、0.2μMおよび0.04μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図5~8は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1μM、0.2μMおよび0.04μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図5~8は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1μM、0.2μMおよび0.04μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図5~8は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1μM、0.2μMおよび0.04μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。 図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。 図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図9~14は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、0.5μMおよび0.16μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図15aおよび15bは、種々のPPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。 図15aおよび15bは、種々のPPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図16は、種々のPMO化合物について見出された酵素アッセイの用量反応関係を描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。
図17および18は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。「N=9」は、各研究で評定される多連の数を指す。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図17および18は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。「N=9」は、各研究で評定される多連の数を指す。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図19は、種々のPPMO化合物についてのEC50(μM単位)を描示するデータ要約表を示す図である。
図20~22は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図20~22は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図20~22は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図23は、種々のPPMO化合物についてのEC50(μM単位)を描示するデータ要約表を示す図である。
図24~26は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図24~26は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
図24~26は、種々のPPMO化合物について見出されたGAAの酵素活性(酵素アッセイ)について描示する棒グラフを示す図である。Y軸は、GAAの酵素活性の、非処置対照と比べた増大の倍数を表す。個々の化合物は、5μM、1.6μM、および0.5μMで投与した。水平方向の破線は、非処置細胞内のGAA活性のレベルを意味する。データ要約表は、EC50をμM単位で示す。
I.定義
そうでないことが規定されない限りにおいて、本明細書で使用される、全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書で記載される方法および材料と同様または同等な、任意の方法および材料を、本開示の主題の実施または試験において使用しうるが、好ましい方法および材料について記載する。本開示の目的で、下記では、以下の用語について規定する。
本明細書では、冠詞の「1つの(a)」および「1つの(an)」を、冠詞の文法的対象物の1つまたは1つを超える対象物(すなわち、少なくとも1つの対象物)を指すのに使用する。例を目的として述べると、「ある要素」とは、1つの要素または1つを超える要素を意味する。
「約」とは、基準の数量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、または長さに対して、30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1%ほど変動する、数量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
「コード配列」とは、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与する、任意の核酸配列を意味する。これに対して、「非コード配列」という用語は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに直接寄与しない、任意の核酸配列を指す。
本開示を通して、文脈によりそうでないことが要請されない限り、「~を含む」、「~を含む」、および「~を含むこと」という語は、言明されるステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の包含を含意するが、他の任意のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の除外は含意しないことが理解されるであろう。
「~からなること」とは、「~からなること」という語句に後続するあらゆる語句を含み、かつ、これに限定されることを意味する。したがって、「~からなること」という語句は、列挙される要素が要請されるかまたは必須であり、他の要素は存在しえないことを指し示す。「~から本質的になること」とは、この語句の後に列挙される任意の要素を含み、かつ、列挙される要素について、本開示で指定される活性または作用に干渉または寄与しない、他の要素に限定されることを意味する。したがって、「~から本質的になること」という語句は、列挙される要素が要請されるかまたは必須であるが、他の要素は任意選択であり、それらが列挙される要素の活性または作用に、実質的に影響を及ぼすのかどうかに応じて、存在してもよく、存在しなくてもよいことを示す。
本明細書で使用される「~を細胞と接触させること」、「~を導入すること」、または「~を送達すること」という用語は、本開示のオリゴマーの、細胞への、当技術分野で慣例的な方法、例えば、トランスフェクション(例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、ポリエチレンイミン)、電気穿孔(例えば、ヌクレオフェクション)、マイクロインジェクション)による送達を含む。
本明細書で使用される「アルキル」という用語は、直鎖状(すなわち、非分枝状または非環式)、分枝状、環式、または多環式非芳香族の炭化水素基であって、任意選択で、1または複数の官能基により置換された炭化水素基を含むことを意図する。そうでないことが指定されない限りにおいて、「アルキル」基は、1~8個の炭素原子を含有し、好ましくは、1~6個の炭素原子を含有する。C~Cアルキルとは、Cアルキル基、Cアルキル基、Cアルキル基、Cアルキル基、Cアルキル基、およびCアルキル基を含むことを意図する。低級アルキルとは、1~6個の炭素原子を含有するアルキル基を指す。アルキルの例は、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、シクロブチル、ペンチル、イソペンチル、tert-ペンチル、シクロペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、シクロヘキシルなどを含むがこれらに限定されない。アルキルは、置換アルキルの場合もあり、非置換アルキルの場合もある。例示的な置換アルキル基は、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、2-フルオロエチル、3-フルオロプロピル、ヒドロキシメチル、2-ヒドロキシエチル、3-ヒドロキシプロピル、ベンジル、置換ベンジル、フェネチル、置換フェネチルなどを含むがこれらに限定されない。
本明細書で使用される「アルコキシ」という用語は、アルキルのサブセットであって、上記で規定した、表示の数の炭素を伴うアルキル基が、酸素架橋を介して接合しているサブセットを意味する。例えば、「アルコキシ」とは、直鎖状立体配置、分枝状立体配置、環式立体配置である、1~8個の炭素原子を含有する-O-アルキル基を指す。「アルコキシ」の例は、メトキシ、エトキシ、n-プロポキシ、i-プロポキシ、t-ブトキシ、n-ブトキシ、s-ペントキシなどを含むがこれらに限定されない。
本明細書で使用される用語であって、単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ」、または「アリールオキシアルキル」における通り、より大型の部分の一部として使用される「アリール」という用語は、フェニル、1-ナフチル、2-ナフチル、1-アントラシル、および2-アントラシルなど、6~14個の環原子を有する芳香環基を指す。「アリール」環は、1または複数の置換基を含有しうる。「アリール」という用語は、「アリール環」という用語と互換的に使用することができる。「アリール」はまた、芳香環を1または複数の環へと縮合させた、縮合多環式芳香環系も含む。有用なアリール環基の非限定的な例は、フェニル、ヒドロキシフェニル、ハロフェニル、アルコキシフェニル、ジアルコキシフェニル、トリアルコキシフェニル、アルキレンジオキシフェニル、ナフチル、フェナントリル、アントリル、フェナントロなどのほか、1-ナフチル、2-ナフチル、1-アントラシル、および2-アントラシルを含む。本明細書で使用される「アリール」という用語の範囲内にはまた、芳香環を1または複数の非芳香環へと縮合させた基であって、ラジカルまたは接合点が芳香環上にある、インダニル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロナフチルなどにおける基も含まれる。
「アシル」という用語は、C(O)R基(式中、Rは、上記で規定したH、アルキル、またはアリールを意味する)を意味する。アシル基の例は、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、フェニルアセチル、および類似の基を含む。
本明細書で使用される「同族化合物」という用語は、同じ化学基の逐次的付加により規則的に異なる化合物を意味する。例えば、化合物の同族化合物は、1または複数の-CH-基、アミノ酸残基、ヌクレオチド、またはヌクレオチド類似体の付加により異なりうる。
「細胞透過性ペプチド」(CPP)または「細胞取込みを増強するペプチド部分」という用語は、互換的に使用され、「輸送ペプチド」、「担体ペプチド」、または「ペプチド導入ドメイン」ともまた呼ばれる、カチオン性細胞透過性ペプチドを指す。本明細書で示されるペプチドは、全身投与されると、所与の細胞培養物集団の細胞のうちの約30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、もしくは100%、または少なくともほぼこれらの比率の細胞内の細胞透過を誘導し、in vivoにおいて、複数の組織内の高分子のトランスロケーションを可能とする能力を有する。一部の実施形態では、CPPは、式-[(C(O)CHR’NH)]R’’[式中、R’は、天然に存在するアミノ酸、またはその1炭素同族化合物もしくは2炭素同族化合物の側鎖であり、R’’は、水素またはアシルから選択され、mは、最大で50の整数である]を有する。CPPはまた、式-[(C(O)CHR’NH)]R[式中、R’は、天然に存在するアミノ酸、またはその1炭素相同体もしくは2炭素相同体の側鎖であり、Rは、水素、アシル、ベンゾイル、またはステアロイルから選択される]を有しうる。任意の構造のCPPを、アンチセンスオリゴマーの3’末端または5’末端に、例えば、-C(O)(CHNH-、-C(O)(CHNH-、-C(O)(CHNH-C(O)(CHNH-、または-C(O)CHNH-などの「リンカー」を介して連結することができる。当技術分野では、さらなるCPPも周知であり、例えば、参照によりその全体において組み込まれる、米国出願第2010/0016215号において開示されている。他の実施形態では、mは、1~50から選択される整数であり、ここで、mが1である場合、部分は、単一のアミノ酸またはその誘導体である。
本明細書で使用される「アミノ酸」とは、一級アミノ基、カルボン酸基、側鎖、および水素原子が接合している炭素原子からなる化合物を指す。例えば、「アミノ酸」という用語は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アスパラギン、グルタミン、リシン、およびアルギニンを含むがこれらに限定されない。加えて、本明細書で使用される「アミノ酸」はまた、エステル、およびアミド、および塩など、アミノ酸の誘導体のほか、活性形態へと代謝されると薬理学的特性を有する誘導体を含む、他の誘導体も含む。したがって、「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸を含むことが理解される。
本明細書で使用される「電子対」とは、他の原子と結合しないかまたは共有されていない、電子の原子価対を指す。
本明細書で使用される「相同性」とは、同一なアミノ酸、または保存的置換を構成するアミノ酸の百分率数を指す。相同性は、GAPなどの配列比較プログラムを使用して決定することができる(Deverauxら、1984年、Nucleic Acids Research、12巻、387~395頁)。このようにして、本明細書で引例される配列と、類似の長さまたは実質的に異なる長さの配列を、アラインメントへのギャップの挿入により比較することができ、このようなギャップを、例えば、GAPにより使用される比較アルゴリズムにより決定する。
「単離された」とは、その天然の状態では通常それに随伴する成分を、実質的または本質的に含まない材料を意味する。例えば、本明細書で使用される「単離ポリヌクレオチド」、「単離オリゴヌクレオチド」、または「単離オリゴマー」とは、天然に存在する状態ではそれを挟む配列から精製されるかまたは取り出されたポリヌクレオチド、例えば、ゲノム内の断片に隣接する配列から取り出されたDNA断片を指す場合がある。細胞に関する場合の、「~を単離すること」という用語は、細胞(例えば、線維芽細胞、リンパ芽球)の、供給源となる被験体(例えば、ポリヌクレオチドリピート病を伴う被験体)からの精製を指す。mRNAまたはタンパク質の文脈では、「~を単離すること」とは、mRNAまたはタンパク質の、供給源、例えば、細胞からの回収を指す。
「~をモジュレートする」という用語は、1または複数の定量化可能なパラメータを、任意選択で、規定された量および/または統計学的に有意な量だけ、「増大」または「減少」させることを含む。「~を増大させる」もしくは「~を増大させること」、「~を増強する」もしくは「~を増強すること」、または「~を刺激する」もしくは「~を刺激すること」とは一般に、1または複数のアンチセンス化合物または組成物が、細胞または被験体において、アンチセンス化合物を伴わずに引き起こされる応答、または対照化合物により引き起こされる応答と比べて、より大きな生理学的応答(すなわち、下流における効果)をもたらすかまたは引き起こす能力を指す。当業者には、関与性の生理学的応答または細胞応答(in vivoまたはin vitroにおける)が明らかであり、GAAをコードするプレmRNA内の、エクソン2の組入れの増大、または細胞、組織、もしくはそれを必要とする被験体における、機能的なGAA酵素の発現の増大を含みうる。量の「増大」または「増強」とは、典型的には、「統計学的に有意な」量の「増大」または「増強」であり、アンチセンス化合物を伴わずに(薬剤なしで)もたらされる量、または対照化合物によりもたらされる量の、1.1、1.2、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40、50倍、またはこれを超える倍数(例えば、500、1000倍)であって、全ての整数ならびにそれらの間にあり1より大きい小数(decimal point)(例えば、1.5、1.6、1.7、1.8)を含む倍数の増大を含みうる。「~を低減する」または「~を阻害する」という用語は一般に、1または複数のアンチセンス化合物または組成物が、本明細書で記載される疾患または状態の症状など、関与性の生理学的応答または細胞応答であって、診断技術分野で慣例的な技法に従い、測定される応答「を減少させる」能力に関する場合がある。当業者には、関与性の生理学的応答または細胞応答(in vivoまたはin vitroにおける)が明らかであり、ポンペ病など、糖原病の症状または病態の軽減、例えば、1または複数の組織におけるグリコーゲンの蓄積の減少を含みうる。応答の「減少」は、アンチセンス化合物を伴わずにもたらされる応答、または対照組成物によりもたらされる応答と比較して「統計学的に有意」であることが可能であり、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%の減少であって、間の全ての整数を含む比率の減少を含みうる。
本明細書で使用される「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」、または「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の直鎖状配列であって、ヌクレオ塩基が、ワトソン-クリック塩基対合により、RNA内の標的配列とハイブリダイズして、標的配列内で、オリゴマー:RNAヘテロ二重鎖を形成することを可能とする直鎖状配列を指す。「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド」「アンチセンスオリゴマー」、「オリゴマー」、および「化合物」という用語は、オリゴマーを指すように、互換的に使用することができる。環式サブユニットは、リボースまたは別の五炭糖に基づく場合もあり、ある特定の実施形態では、モルホリノ基に基づく場合もある(下記のモルホリノオリゴマーについての記載を参照されたい)。当技術分野で公知の、他のアンチセンス剤の中でまた、ペプチド核酸(PNA)、ロックト核酸(LNA)、トリシクロDNAオリゴマー、トリシクロホスホロチオエートオリゴマー、および2’-O-メチルオリゴマーも想定される。
(i)修飾骨格構造、例えば、天然に存在するオリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドにおいて見出される標準的なホスホジエステル連結以外の骨格、ならびに/または(ii)修飾糖部分、例えば、リボース部分もしくはデオキシリボース部分ではないモルホリノ部分を有するオリゴマーを含む、天然に存在しないオリゴマーまたは「オリゴヌクレオチド類似体」も含まれる。オリゴマー類似体は、ワトソン-クリック塩基対合による、標準的なポリヌクレオチド塩基への水素結合が可能な塩基を支持するが、この場合、類似体骨格は、塩基を、オリゴマー類似体分子と、標準的なポリヌクレオチド(例えば、一本鎖RNAまたは一本鎖DNA)内の塩基との間で、配列特異的に、このような水素結合を許容する形で提示する。好ましい類似体は、実質的に非荷電のリン含有骨格を有する類似体である。
「ヌクレアーゼ耐性」オリゴマーとは、その骨格が、非ハイブリダイズ形態でも、ハイブリダイズ形態でも、ヌクレアーゼによる切断であって、体内の、一般的な、細胞外ヌクレアーゼおよび細胞内ヌクレアーゼによる(例えば、3’-エクソヌクレアーゼなどのエクソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、RNアーゼHによる)切断に対して実質的に耐性であるオリゴマーを指す;すなわち、オリゴマーは、オリゴマーが曝露される、体内の正常なヌクレアーゼ条件下で、ヌクレアーゼによる切断を、ほとんどまたは全く示さない。「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二重鎖」とは、ヘテロ二重鎖が、細胞内ヌクレアーゼおよび細胞外ヌクレアーゼによる、in vivoにおける分解であって、二本鎖RNA/RNA複合体または二本鎖RNA/DNA複合体を切り離すことが可能な分解に対して、実質的に耐性となるように、アンチセンスオリゴマーの、その相補的な標的への結合により形成されるヘテロ二重鎖を指す。「ヘテロ二重鎖」とは、アンチセンスオリゴマーと、標的RNAの相補的部分との二重鎖を指す。
本明細書で使用される「ヌクレオ塩基」(Nu)、「塩基対合部分」、または「塩基」は、天然のDNAまたはRNA(ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン)のほか、天然に存在するプリンおよびピリミジンの類似体であって、結合アフィニティーなど、改善された特性を、オリゴマーへと付与する類似体において見出される、プリン塩基またはピリミジン塩基を指すように、互換的に使用される。例示的な類似体は、ヒポキサンチン(ヌクレオシドであるイノシンの塩基成分);2,6-ジアミノプリン;5-メチルシトシン;C5-プロピニル修飾ピリミジン;9-(アミノエトキシ)フェノキサジン(Gクランプ)などを含む。
塩基対合部分のさらなる例は、それらのそれぞれのアミノ基を、アシル保護基で保護した、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、グアニン、およびヒポキサンチン、2-フルオロウラシル、2-フルオロシトシン、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、2,6-ジアミノプリン、アザシトシン、シュードイソシトシンおよびシュードウラシルなどのピリミジン類似体、ならびに8-置換プリン、8-置換キサンチン、または8-置換ヒポキサンチン(後者の2つは、天然の分解産物である)など、他の修飾ヌクレオ塩基を含むがこれらに限定されない。ChiuおよびRana、RNA、2003年、9巻、1034~1048頁、Limbachら、Nucleic Acids Research、1994年、22巻、2183~2196頁;ならびにRevankarおよびRao、Comprehensive Natural Products Chemistry、7巻、313頁において開示されている修飾ヌクレオ塩基もまた想定される。
塩基対合部分のさらなる例は、1または複数のベンゼン環を付加したサイズ拡大型ヌクレオ塩基を含むがこれらに限定されない。Glen Researchのカタログ(www.glenresearch.com);Krueger ATら、Acc. Chem. Res.、2007年、40巻、141~150頁;Kool, ET、Acc.
Chem. Res.、2002年、35巻、936~943頁;Benner S.A.ら、Nat. Rev. Genet.、2005年、6巻、553~543頁;Romesberg, F.E.ら、Curr. Opin. Chem. Biol.、2003年、7巻、723~733頁;Hirao, I.、Curr. Opin. Chem. Biol.、2006年、10巻、622~627頁において記載されている核塩基置換(nucleic base replacement)も、本明細書で記載されるオリゴマーの合成に有用であると想定される。サイズ拡大型ヌクレオ塩基の例を、下記:
Figure 0007033547000085
に示す。
リボース、糖類似体、またはモルホリノへと共有結合的に連結されたヌクレオ塩基は、ヌクレオシドを含む。「ヌクレオチド」は、1つのリン酸基と併せたヌクレオシドから構成される。リン酸基は、隣接するヌクレオチドを、互いと共有結合的に連結して、オリゴマーを形成する。
オリゴマーが、Tmが、40℃または45℃を実質的に超え、好ましくは、少なくとも50℃であり、典型的には、60℃~80℃またはこれを超える生理学的条件下で、標的とハイブリダイズする場合に、オリゴマーは、標的ポリヌクレオチドと、「特異的にハイブリダイズする」。このようなハイブリダイゼーションは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に対応することが好ましい。所与のイオン強度およびpHにおいて、Tmは、標的配列のうちの50%が、相補的なポリヌクレオチドとハイブリダイズする温度である。このようなハイブリダイゼーションは、アンチセンスオリゴマーの、標的配列への「ほぼ(near)」または「実質的な」相補性に対してのほか、正確な相補性に対しても生じうる。
本明細書で使用される場合、「十分な長さ」は、GAAイントロン1、GAAエクソン2、またはGAAイントロン2の領域内、または前出のうちのいずれかにわたる領域内の8つ~40など、および15~40の連続ヌクレオ塩基など、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも26、少なくとも27、少なくとも28、少なくとも29、または少なくとも30またはこれを超える連続ヌクレオ塩基と相補的な、アンチセンスオリゴマーまたはそのターゲティング配列を指す。十分な長さのアンチセンスオリゴマーは、突然変異体RNA内のGAAプレmRNAリピートの領域と特異的にハイブリダイズすることが可能な、少なくとも最小数のヌクレオチドを有する。好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、8~30ヌクレオチドの長さである。より好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、9~27ヌクレオチドの長さである。なおより好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、15~40ヌクレオチドの長さである。
「配列同一性」という用語は、または例えば本明細書で使用される「~と50%同一な配列」も含めて、配列が、ヌクレオチド対ヌクレオチドベースまたはアミノ酸対アミノ酸ベースで、比較ウィンドウにわたり同一である程度を指す。したがって、「配列同一性の百分率」は、2つの最適にアラインメントされた配列を、比較ウィンドウにわたり比較し、両方の配列内で、同一な核酸塩基(例えば、A、T、C、G、I)または同一なアミノ酸残基(例えば、Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gln、Cys、およびMet)が生じる位置の数を決定して、マッチさせた位置の数をもたらし、マッチさせた位置の数を、比較ウィンドウ内の位置の総数(すなわち、ウィンドウサイズ)で除し、結果に100を乗じて、配列同一性の百分率をもたらすことにより計算することができる。比較ウィンドウをアラインメントするための、配列の最適なアラインメントは、コンピュータへのアルゴリズム(Wisconsin Genetics Software Package Release 7.0、Genetics Computer Group、575 Science Drive Madison、Wis.、USAにおける、GAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA)の実装により行うこともでき、精査と、選択される多様な方法のうちのいずれかにより生成される、最良のアラインメント(すなわち、比較ウィンドウにわたり最高の相同性百分率を結果としてもたらすアラインメント)とにより行うこともできる。また、例えば、Altschulら、Nucl. Acids Res.、25巻:3389頁、1997年により開示されている通り、BLASTファミリーのプログラムも参照することができる。
「被験体」または「それを必要とする被験体」は、ヒト被験体などの哺乳動物被験体を含む。例示的な哺乳動物被験体は、GSD-II(またはポンペ病)を有するか、またはこれを有する危険性がある。本明細書で使用される「GSD-II」という用語は、罹患個体におけるGAAタンパク質の過小発現を特徴とすることが多い、ヒト常染色体劣性疾患である、II型糖原病(GSD-IIまたはポンペ病)を指す。ある特定の実施形態では、被験体は、1または複数の組織、例えば、心臓組織、骨格筋組織、肝臓組織、および神経系組織におけるGAAタンパク質の発現および/または活性が低減されている。一部の実施形態では、被験体は、1または複数の組織、例えば、心臓組織、骨格筋組織、肝臓組織、および神経系組織におけるグリコーゲンの蓄積を増大させている。具体的な実施形態では、被験体は、IVS1-13T>G変異または機能的なGAAタンパク質の発現の低減をもたらす、他の変異を有する(例えば、Zampieriら、European J. Human Genetics、19巻:422~431頁、2011年を参照されたい)。
本明細書で使用される場合、「標的」という用語は、RNA領域を指し、具体的には、GAA遺伝子により同定される領域を指す。特定の実施形態では、標的は、GAAをコードするプレmRNAのイントロン1(例えば、配列番号1)内の領域であって、エクソン2の封入を促進するシグナルの抑制の一因となる領域である。別の実施形態では、標的領域は、GAAエクソン2のmRNAの領域である。さらなる実施形態では、標的は、GAAをコードするプレmRNAのイントロン1のうちの1または複数の不連続の小領域を含む。これらの小領域としては、これだけに限定されないが、配列番号2および配列番号3によって定義される配列が挙げられる。
「標的配列」という用語は、オリゴマー類似体がそれに対して方向づけられる標的RNAの部分、すなわち、オリゴマー類似体が、相補配列のワトソン-クリック塩基対合によりハイブリダイズする配列を指す。
「ターゲティング配列」という用語は、オリゴマー内またはオリゴマー類似体内の配列であって、RNAゲノム内の「標的配列」と相補的な(加えて、実質的に相補的な配列も意味する)配列のことである。アンチセンスオリゴマーの全配列が、標的配列と相補的な場合もあり、アンチセンスオリゴマーの一部分だけが、標的配列と相補的な場合もある。例えば、20~30塩基を有するオリゴマー内の、約6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、または29の塩基は、標的領域と相補的なターゲティング配列でありうる。ターゲティング配列は、オリゴマー内の連続塩基から形成されることが典型的であるが、代替的に、例えば、オリゴマーの反対側の末端から一体とされると、標的配列にわたる配列を構成する非連続配列から形成される場合もある。
「ターゲティング配列」は、標的配列に対して、「ほぼ」または「実質的な」相補性を有しうるが、本開示の目的でなおも機能する、すなわち、なおも「相補的」である。好ましくは、本開示で使用されるオリゴマー類似体化合物は、10ヌクレオチドのうち、標的配列に対して、最大で1つのミスマッチを有し、好ましくは、20ヌクレオチドのうち、最大で1つのミスマッチを有する。代替的に、使用されるアンチセンスオリゴマーは、本明細書で指示される例示的なターゲティング配列に対して、少なくとも90%の配列相同性を有し、好ましくは、少なくとも95%の配列相同性を有する。
本明細書で使用される「TEG」または「トリエチレングリコールテール」という用語は、例えば、その3’末端または5’末端において、オリゴヌクレオチドへとコンジュゲートさせたトリエチレングリコール部分を指す。例えば、一部の実施形態では、「TEG」は、例えば、式(I)、(VI)、または(VII)の化合物のTが、式:
Figure 0007033547000086
を有するTEGを含む。
本明細書で使用される「~を定量化すること」、「定量化」という用語、または他の類縁の語は、核酸、ポリヌクレオチド、オリゴマー、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の、数量、質量、または単位容量中の濃度を決定することを指す。
本明細書で使用される被験体(例えば、ヒトなどの哺乳動物)または細胞の「処置」とは、個体または細胞の自然の経過を変更しようとする試みにおいて使用される、任意の種類の介入である。処置は、医薬組成物の投与を含むがこれらに限定されず、予防的に実施することもでき、病理学的事象の開始または病因作用物質との接触に後続して実施することもできる。また、処置される疾患もしくは状態の進行速度の低減、この疾患もしくは状態の発症の遅延、またはその発症の重症度の軽減に指向され得る「予防的」処置も含まれる。「処置」または「予防」とは、必ずしも、疾患もしくは状態、またはこれらの関連する症状の、完全な根絶、治癒、または防止を指し示すものではない。
II.GAAのスプライスモジュレーションのための配列
ある特定の実施形態は、細胞内の、エクソン2を含有するGAAをコードするmRNAのレベルを、エクソン2を欠失させたGAA mRNAと比べて増強するための方法であって、細胞内の、エクソン2を含有するGAA mRNAのレベルを、エクソン2を欠失させたGAA mRNAと比べて増強するように、細胞を、GAA遺伝子内の領域と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性のアンチセンスオリゴマーと接触させるステップを含む方法に関する。一部の実施形態では、細胞は、被験体に存在し、方法は、アンチセンスオリゴマーを、被験体に投与するステップを含む。
アンチセンスオリゴマーは、mRNAの翻訳をブロックまたは阻害もしくはモジュレートするか、またはプレmRNAのスプライスプロセシングを阻害もしくはモジュレートするか、またはターゲティングされたmRNAの分解を誘導するようにデザインすることができ、それがハイブリダイズする標的配列「へと方向づけられた」またはこれ「に対してターゲティングされた」ということができる。ある特定の実施形態では、標的配列は、あらかじめプロセシングされたmRNAの3’スプライス部位もしくは5’スプライス部位、分岐点、またはスプライシングの調節に関与する他の配列を含む領域を含む。標的配列は、エクソン内の場合もあり、イントロン内の場合もあり、イントロン/エクソン接合部にわたる場合もある。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的RNA(例えば、プレmRNA)の領域を、有効な形でブロックするのに十分な、標的RNA(すなわち、スプライス部位の選択がモジュレートされるRNA)に対する配列相補性を有する。例示的な実施形態では、GAAプレmRNAのこのようなブロックは、天然のタンパク質への結合部位であって、そうしなければスプライシングをモジュレートする結合部位を遮蔽し、かつ/またはターゲティングされたRNAの構造を変更することにより、スプライシングをモジュレートするのに用いられる。一部の実施形態では、標的RNAは、標的プレmRNA(例えば、GAA遺伝子のプレmRNA)である。
標的RNAのスプライシングをモジュレートするのに十分な、標的RNA配列に対する配列相補性を有するアンチセンスオリゴマーとは、アンチセンス剤が、天然のタンパク質への結合部位であって、そうしなければスプライシングをモジュレートする結合部位の遮蔽を誘発し、かつ/またはターゲティングされたRNAの三次元構造を変更するのに十分な配列を有することを意味する。同様に、標的RNAのスプライシングをモジュレートするのに十分な、標的RNA配列に対する配列相補性を有するオリゴマー試薬とは、オリゴマー試薬が、天然のタンパク質への結合部位であって、そうしなければスプライシングをモジュレートする結合部位の遮蔽を誘発し、かつ/またはターゲティングされたRNAの三次元構造を変更するのに十分な配列を有することを意味する。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、十分な長さおよびヒトGAAプレmRNAのイントロン1内、ヒトGAAプレmRNAのエクソン2内、またはヒトGAAプレmRNAのイントロン2内の配列に対する相補性を有する。また、ヒトGAAプレmRNAのイントロン1/エクソン2にわたる領域、またはヒトGAAプレmRNAのエクソン2/イントロン2にわたる領域と相補的なアンチセンスオリゴマーも含まれる。ヒトGAA遺伝子のイントロン1配列(配列番号1)、エクソン2配列(配列番号4)、およびイントロン2配列(配列番号5)を、下記の表1(配列番号1の3’末端の近傍の、強調されたT/Gは、上記で記載したIVS1-13T>G変異であり;この位置におけるヌクレオチドは、TまたはGである)に示す。
Figure 0007033547000087
Figure 0007033547000088
Figure 0007033547000089
ある特定の実施形態では、アンチセンスターゲティング配列を、表1に列挙された標的配列のうちの1または複数の領域とハイブリダイズするようにデザインする。選択されたアンチセンスターゲティング配列は、短くする、例えば、約12塩基とすることもでき、長くする、例えば、約40塩基とすることもでき、配列が、標的配列とのハイブリダイゼーション時に、スプライスモジュレーションを果たすのに十分に相補的である限りにおいて、少数のミスマッチを含み、任意選択で、RNAと共に、Tmが45℃またはこれを超える、ヘテロ二重鎖を形成する。
ある特定の実施形態では、標的配列と、アンチセンスターゲティング配列との相補性の程度は、安定的な二重鎖を形成するのに十分である。アンチセンスオリゴマーの、標的RNA配列との相補性の領域は、8~11塩基という短い領域でありうるが、12~15塩基またはこれを超える領域であることが可能であり、例えば、これらの範囲の間の全ての整数を含む、10~40塩基、12~30塩基、12~25塩基、15~25塩基、12~20塩基、または15~20塩基でありうる。約14~15塩基のアンチセンスオリゴマーは一般に、固有の相補配列を有するのに十分長い。ある特定の実施形態では、本明細書で論じられる、必須の結合Tmを達成するのに、最短の長さの相補塩基が要請されうる。
ある特定の実施形態では、40塩基という長いオリゴマーが、適する場合があり、少なくとも最小の数の塩基、例えば、10~12塩基が、標的配列と相補的である。一部の実施形態では、細胞内の、促進されるかまたは能動的な取込みは、約30塩基未満のオリゴマー長で最適化される。本明細書でさらに記載されるPMOオリゴマーでは、結合安定性と、取込みとの最適の均衡は一般に、18~25塩基の長さで生じる。本開示には、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40塩基からなるアンチセンスオリゴマー(例えば、PMO、PMO-X、PNA、LNA、2’-OMe)であって、少なくとも約6つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40の連続塩基または非連続塩基が、表1の標的配列(例えば、配列番号1~5、配列番号1/4または配列番号4/5にわたる配列)と相補的なアンチセンスオリゴマーが含まれる。
アンチセンスオリゴマーは、ヒトGAA遺伝子のプレmRNA配列のイントロン1内、エクソン2内、もしくはイントロン2内の配列もしくは領域またはこれらと隣接する配列もしくは領域と十分に相補的な塩基配列を含むことが典型的である。ある特定の実施形態では、オリゴマーは、配列番号2および配列番号3と相補的である。アンチセンスオリゴマーは、GAAプレmRNAの異常なスプライシングを、有効にモジュレートし、これにより、活性のGAAタンパク質の発現を増大させることが可能なことが理想的である。この要件は、任意選択で、オリゴマー化合物が、哺乳動物細胞により能動的に取り込まれ、取り込まれると標的mRNAと共に、任意選択で、Tmが、約40℃または45℃を超える、安定的な二重鎖(またはヘテロ二本鎖)を形成する能力を有する場合に満たされる。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、オリゴマーと標的配列との間に形成されるヘテロ二重鎖が、細胞ヌクレアーゼの作用、およびin vivoにおいて生じうる、他の様態の分解に抗するのに十分に安定である限りにおいて、標的配列と100%相補的な場合もあり、例えば、改変体を擁するように、ミスマッチを含む場合もある。よって、ある特定のオリゴマーは、オリゴマーと、標的配列との間の、約70%または少なくとも約70%の配列相補性、例えば、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の配列相補性を意味する、実質的な相補性を有しうる。本明細書では、ヌクレアーゼによる切断を受けにくいオリゴマー骨格について論じる。ミスマッチは、存在する場合、中央部より、ハイブリッド二重鎖の末端領域に向かって、より不安定化しにくくなることが典型的である。許容されるミスマッチの数は、よく理解されている、二重鎖安定性の原理に従い、オリゴマーの長さ、二重鎖内のG:C塩基対の百分率、および二重鎖内のミスマッチの位置に依存するであろう。このようなアンチセンスオリゴマーは必ずしも、v標的配列と100%相補的ではないが、標的プレRNAのスプライシングをモジュレートするように、標的配列に、安定的かつ特異的に結合するのに有効である。
オリゴマーと、標的配列との間で形成される二重鎖の安定性は、結合Tmと、二重鎖の、細胞酵素による切断の受けやすさとの関数である。相補配列であるRNAとの関連における、オリゴマーのTmは、Hamesら、「Nucleic Acid Hybridization」、IRL Press、1985年、107~108頁により記載されている方法、またはMiyada C. G.およびWallace R. B.、1987年、「Oligomer Hybridization Techniques」、Methods Enzymol.、154巻、94~107頁において記載されている方法など、従来の方法により測定することができる。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、相補配列であるRNAとの関連における結合Tmであって、体温を超え、好ましくは、約45℃または50℃を超えるTmを有しうる。60~80℃またはこれを超える範囲のTmもまた含まれる。周知の原理に従い、相補性ベースのRNAハイブリッド体との関連における、オリゴマーのTmは、二重鎖内のC:G対合塩基の比を増大させ、かつ/またはヘテロ二重鎖の長さ(塩基対単位の)を増大させることにより、上昇させることができる。同時に、細胞取込みを最適化させる目的では、オリゴマーのサイズを制限することも有利でありうる。この理由で、25塩基またはこれ未満の長さで、高Tm(45~50℃またはこれを超える)を示す化合物が一般に、高Tm値に対して、25塩基を超える長さを要請する化合物より好ましい。
表2A、2B、および2Cは、ヒトGAA遺伝子のプレmRNA配列と相補的な、例示的なターゲティング配列を示す(5’-3’の配向性で)。
Figure 0007033547000090
Figure 0007033547000091
Figure 0007033547000092
Figure 0007033547000093
Figure 0007033547000094
こうして、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表2A~2Cにおける配列あるいはその変異体または連続部分もしくは非連続部分を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる。例えば、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表2A~2Cに概略が示されている配列番号のいずれかのうちの約6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、もしくは27の連続ヌクレオチドもしくは非連続ヌクレオチド、または少なくともほぼこれらの数の連続ヌクレオチドもしくは非連続ヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。非連続部分については、介在ヌクレオチドを欠失させることができる。変異体のさらなる例は、表2A~Cに概略が示されている配列番号のいずれかの全長にわたる、約70%または少なくとも約70%配列同一性または相同性、例えば、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%配列同一性または相同性を有するオリゴマーを含む。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるアンチセンスオリゴマーまたは化合物のうちのいずれも、GAAプレmRNA内のISSエレメントおよび/またはESSエレメントを抑制する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるターゲティング配列を伴うアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、GAAプレmRNA内のISSエレメントおよび/またはESSエレメントを抑制する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるターゲティング配列を伴うアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、本明細書で記載される例または方法のうちの少なくとも1つに従い、成熟GAA mRNA内のエクソン2の保持を、任意選択で、対照と比べて、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、または65%またはこれを超えて増大させるか、増強するか、または促進する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるターゲティング配列を伴うアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、本明細書で記載される例または方法のうちの少なくとも1つに従い、細胞内のGAAタンパク質の発現を、任意選択で、対照と比べて、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、または65%またはこれを超えて増大させるか、増強するか、または促進する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、本明細書で記載される例または方法のうちの少なくとも1つに従い、細胞内のGAAの酵素活性を、任意選択で、対照と比べて、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、または65%またはそれを超えて増大させるか、増強するか、または促進する。本明細書で例示される通り、細胞(例えば、線維芽細胞)は、IVS1-13T>G突然変異を有する患者から得ることができる。
一部の実施形態では、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表2B(または表2C)に詳述されている配列あるいはその変異体または連続部分もしくは非連続部分を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる。例えば、ある特定のアンチセンスオリゴマーは、表2Bまたは2Cに概略が示されている配列番号のいずれかのうちの約6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、もしくは27の連続ヌクレオチドもしくは非連続ヌクレオチド、または少なくともほぼこれらの数の連続ヌクレオチドもしくは非連続ヌクレオチドを含む。非連続部分については、介在ヌクレオチドを欠失させることができる。変異体のさらなる例は、表2Bまたは2Cに概略が示されている配列番号のいずれかの全長にわたる、約70%または少なくとも約70%配列同一性または相同性、例えば、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%配列同一性または相同性を有するオリゴマーを含む。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるターゲティング配列を伴うアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、GAAプレmRNA内のISSエレメントおよび/またはESSエレメントを抑制する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるターゲティング配列を伴うアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、本明細書で記載される例または方法のうちの少なくとも1つに従い、成熟GAA mRNA内のエクソン2の保持を、任意選択で、対照と比べて、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、または65%またはこれを超えて増大させるか、増強するか、または促進する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるターゲティング配列を伴うアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、本明細書で記載される例または方法のうちの少なくとも1つに従い、細胞内のGAAタンパク質の発現を、任意選択で、対照と比べて、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、または65%またはこれを超えて増大させるか、増強するか、または促進する。一部の実施形態では、このような変異体配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になるアンチセンスオリゴマーまたは化合物は、本明細書で記載される例または方法のうちの少なくとも1つに従い、細胞内のGAAの酵素活性を、任意選択で、対照と比べて、少なくとも約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、または65%またはこれを超えて増大させるか、増強するか、または促進する。本明細書で例示される通り、細胞(例えば、線維芽細胞)は、IVS1-13T>G突然変異を有する患者から得ることができる。
多様な態様では、ヒトGAAプレmRNAのうちの標的領域と相補的な(例えば、少なくとも80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、または100%相補的な)ターゲティング配列であって、任意選択で、表2A~2Cのうちのいずれか1つに明示されたターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーまたは化合物が提供される。別の態様では、本明細書で記載される変異体ターゲティング配列のうちのいずれかなどの変異体ターゲティング配列であって、表2A~2Cのうちのいずれか1つに明示されたターゲティング配列のうちの1または複数と相補的な(例えば、80%~100%相補的な)ヒトプレmRNAのうちの標的領域に結合する変異体ターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーまたは化合物が提供される。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーまたは化合物は、ヒトGAAプレmRNA(例えば、配列番号1、2、もしくは3のいずれか、または配列番号1/4もしくは配列番号4/5により規定されるGAAプレmRNAスプライス接合部にわたる配列)のうちの、少なくとも10(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40)の連続塩基を含む標的配列に結合する。一部の実施形態では、標的配列は、表2A~2Cのうちのいずれか1つに明示されたターゲティング配列のうちのうちの1または複数と相補的(例えば、少なくとも80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、または100%相補的)である。一部の実施形態では、標的配列は、表2A~2Cのうちのいずれか1つに明示されたターゲティング配列のうちの1または複数のうちの、少なくとも10(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、または28)の連続塩基と相補的(例えば、少なくとも80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、または100%相補的)である。一部の実施形態では、標的配列は、本明細書の表のうちの1または複数に明示されたアニーリング部位(例えば、GAA-IVS1.SA.(-189,-165))により規定される。
アンチセンスオリゴマーおよびその改変体の活性は、当技術分野における慣例的な技法に従いアッセイすることができる。例えば、サーベイされるRNAおよびタンパク質のスプライス形態および発現レベルを、転写される核酸またはタンパク質のスプライス形態および/または発現を検出するための、多種多様な周知の方法のうちのいずれかにより評価することができる。このような方法の非限定的な例は、RNAのスプライシング形態についてのRT-PCRに続く、PCR産物のサイズによる分離、核酸ハイブリダイゼーション法、例えば、ノーザンブロット、ならびに/または核酸アレイ;核酸増幅法;タンパク質を検出するための免疫学的方法;タンパク質精製法;およびタンパク質機能アッセイまたはタンパク質活性アッセイの使用を含む。
RNA発現レベルは、mRNA/cDNA(すなわち、転写されるポリヌクレオチド)を、細胞、組織、または生物体から調製し、mRNA/cDNAを、アッセイされる核酸またはその断片の相補体である基準ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせることにより評価することができる。cDNAは、任意選択で、相補的ポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションの前に、様々なポリメラーゼ連鎖反応またはin vitroにおける転写法のうちのいずれかを使用して増幅することもできるが;増幅しないことが好ましい。1または複数の転写物の発現はまた、転写物の発現レベルについて評価する、定量的PCRを使用して検出することもできる。
III.アンチセンスオリゴマー化学
A.一般的特徴
本開示のある特定のアンチセンスオリゴマーは、イントロンのスプライスサイレンサーエレメントまたはエクソンのスプライスサイレンサーエレメントと特異的にハイブリダイズする。一部のアンチセンスオリゴマーは、表2A~2Cに明示されたターゲティング配列、表2A~2Cにおけるターゲティング配列のうちの、少なくとも10連続ヌクレオチドの断片、または表2A~2Cにおけるターゲティング配列に対する、少なくとも80%の配列同一性を有する改変体を含む。特異的なアンチセンスオリゴマーは、表2A~2Cに明示されたターゲティング配列からなるか、またはこれらから本質的になる。一部の実施形態では、オリゴマーは、ヌクレアーゼ耐性である。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)、ペプチド核酸(PNA)、ロックド核酸(LNA)、ホスホロチオエートオリゴマー、トリシクロDNAオリゴマー、トリシクロホスホロチオエートオリゴマー、2’O-Me修飾オリゴマー、または前出の任意の組合せ、およびヒト酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAイントロン1(配列番号1)内[配列番号2および配列番号3により識別される部分を含む]、イントロン2(配列番号5)内、またはエクソン2(配列番号4)内の領域と相補的なターゲティング配列から選択される、非天然の化学的骨格を含む。例えば、一部の実施形態では、ターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]から選択される。さらに、例えば、ターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドは、表4A~4Cに明示されたターゲティング配列を有する。
本開示のアンチセンスオリゴマーは一般に、各々が、例えば、上記で論じたターゲティング配列を、一緒になって形成するかまたは含むヌクレオ塩基を保有する、複数のヌクレオチドサブユニットを含む。したがって、一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約10~約40サブユニット、より好ましくは、約10~30サブユニットの長さの範囲であり、典型的には、15~25サブユニットの長さの範囲である。例えば、本開示のアンチセンス化合物は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、もしくは40サブユニットの長さ、または10サブユニット~40サブユニット、10サブユニット~30サブユニット、14サブユニット~25サブユニット、15サブユニット~30サブユニット、17サブユニット~30サブユニット、17サブユニット~27サブユニット、10サブユニット~27サブユニット、10サブユニット~25サブユニット、および10サブユニット~20サブユニットの範囲でありうる。ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約10~約40または約5~約30ヌクレオチドの長さである。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約14~約25または約17~約27ヌクレオチドの長さである。
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、完全修飾骨格を含むことが可能であり、例えば、骨格の100%が修飾されている(例えば、25merのアンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される骨格修飾の任意の組合せで修飾されたその全骨格を含む)。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、その骨格の約100%~2.5%が修飾されたものを含みうる。多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、その骨格のうちの約99%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、または2.5%、およびその間の反復(iteration)の%が、修飾されたものを含みうる。他の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、本明細書で記載される骨格修飾の任意の組合せを含みうる。
多様な実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマーおよびホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)、ホスホロチオエート修飾オリゴマー、2’O-メチル修飾オリゴマー、ペプチド核酸(PNA)、ロックト核酸(LNA)、ホスホロチオエートオリゴマー、2’O-MOE修飾オリゴマー、2’-フルオロ修飾オリゴマー、2’O,4’C-エチレン架橋核酸(ENA)、トリシクロDNA、トリシクロDNAホスホロチオエートヌクレオチド、2’-O-[2-(N-メチルカルバモイル)エチル]修飾オリゴマー、モルホリノオリゴマー、ペプチドコンジュゲートホスホルアミデートモルホリノオリゴマー(PPMO)、(i)モルホリノ環の窒素原子への共有結合、および(ii)(1,4-ピペラジン)-1-イル置換基もしくは置換(1,4-ピペラジン)-1-イルへの第2の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMOplus)、および(i)モルホリノ環の窒素原子への共有結合、および(ii)4-アミノピペリジン-1-イル(すなわち、APN)もしくは4-アミノピペリジン-1-イルの誘導体(PMO-X)の化学の環窒素への第2の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーを含みうるか、これらからなりうるか、またはこれらから本質的になることが可能であり、前出のうちのいずれかの組合せを含む。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーの骨格は、実質的に非荷電であり、任意選択で、細胞膜を横切る、能動的な輸送または促進された輸送のための基質として認識される。一部の実施形態では、全てのヌクレオシド間連結は、非荷電である。オリゴマーが、標的RNAと共に、安定的な二重鎖を形成する能力はまた、標的との関連における、アンチセンスオリゴマーの相補性の長さおよび程度、G:C塩基マッチの、A:T塩基マッチに対する比、および任意のミスマッチ塩基の位置を含む、骨格の他の特色にも関する。アンチセンスオリゴマーが、細胞性ヌクレアーゼに抵抗する能力は、薬剤の存続および細胞質への最終的な送達を促進しうる。例示的なアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列を、表2A、2B、および2Cに列挙する。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、生理学的pHで正に荷電しているか、またはカチオン性である、少なくとも1つのヌクレオシド間連結を有する。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約5.5~約12の間のpKaを呈示する、少なくとも1つのヌクレオシド間連結を有する。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、もしくは10のヌクレオシド間連結、少なくともほぼこれらの数のヌクレオシド間連結、またはほぼこれらの数を超えないヌクレオシド間連結であって、約4.5~約12の間のpKaを呈示するヌクレオシド間連結を含有する。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、もしくは100%のヌクレオシド間連結、または少なくともほぼこれらの比率のヌクレオシド間連結であって、約4.5~約12の間のpKaを呈示するヌクレオシド間連結を含有する。任意選択で、アンチセンスオリゴマーは、塩基性の窒素と、アルキル基、アリール基、またはアラルキル基との両方を伴う、少なくとも1つのヌクレオシド間連結を有する。特定の実施形態では、1または複数のカチオン性ヌクレオシド間連結は、4-アミノピペリジン-1-イル(APN)基またはその誘導体を含む。いかなる単一の理論にも束縛されずに述べると、オリゴマー内の、1または複数のカチオン性連結(例えば、APN基またはAPN誘導体)の存在は、標的ヌクレオチド内の、負に荷電したホスフェートへの結合を容易とすることが考えられる。こうして、変異体RNAと、カチオン性連結を含有するオリゴマーとの間のヘテロ二重鎖の形成は、イオン性引力およびワトソン-クリック塩基対合の両方により一体に保持されうる。
一部の実施形態では、カチオン性連結の数は、少なくとも2つであり、かつ全ヌクレオシド間連結の約半分を超えず、例えば、約1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20のカチオン性連結、またはほぼこれらを超えないカチオン性連結である。一部の実施形態では、しかし、ヌクレオシド間連結のうちの、最大で全ては、カチオン性連結であり、例えば、全ヌクレオシド間連結のうちの約1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、もしくは40、または少なくともほぼこれらの数は、カチオン性連結である。具体的な実施形態では、約19~20サブユニットのオリゴマーは、2つ~10、例えば、4~8つのカチオン性連結と、残りの非荷電連結とを有しうる。他の具体的な実施形態では、14~15サブユニットのオリゴマーは、2~7つ、例えば、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、または7つのカチオン性連結と、残りの非荷電連結とを有しうる。こうして、オリゴマー内のカチオン性連結の総数は、約1~10~15~20~30またはこれを超えて(間の全ての整数を含む)変動することが可能であり、オリゴマー全体にわたり散在しうる。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、10の非荷電連結ごとに約4つ~5つまたは4つもしくは5つなど、2つ~5つまたは2つ、3つ、4つ、もしくは5つの非荷電連結ごとに約1つのカチオン性連結または最大で約1つのカチオン性連結を有しうる。
ある特定の実施形態は、約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のカチオン性連結を含有するアンチセンスオリゴマーを含む。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の最適な改善は、骨格連結のうちの約25%がカチオン性である場合に見ることができる。ある特定の実施形態では、増強は、少数のカチオン性連結、例えば、10~20%のカチオン性連結に関して、またはカチオン性連結の数が、約60%など、50~80%の範囲内にある場合に見ることができる。
一部の実施形態では、カチオン性連結を、骨格に沿って散在させる。このようなオリゴマーは任意選択で、少なくとも2つの連続非荷電連結を含有する;すなわち、オリゴマーは任意選択で、その全長に沿って、厳密に交互のパターンを有さない。具体的な場合では、各1つまたは2つのカチオン性連結は、骨格に沿って、少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つの非荷電連結により隔てられる。
また、カチオン性連結のブロックと、非荷電連結のブロックとを有するオリゴマーも含まれる。例えば、中央の非荷電連結のブロックが、カチオン性連結のブロックに挟まれる場合もあり、この逆の場合もある。一部の実施形態では、オリゴマーは、ほぼ等長の5’領域、3’領域、および中央領域を有し、中央領域内のカチオン性連結の百分率は、カチオン性連結の総数のうちの、約50%、60%、70%、または80%を超える。
ある特定のアンチセンスオリゴマーでは、カチオン性連結のバルク(例えば、カチオン性連結のうちの70、75%、80%、90%)は、「中央領域」の骨格連結、例えば、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、または15の真ん中の連結に近接して分布する。例えば、16、17、18、19、20、21、22、23、または24merのオリゴマーは、全カチオン性連結のうちの、少なくとも50%、60%、70%、または80%を、8つ、9つ、10、11、または12の真ん中の連結へと局在化させている。
B.骨格化学の特色
アンチセンスオリゴマーは、様々なアンチセンス化学を使用しうる。オリゴマー化学の例は、限定なしに述べると、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマーおよびホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)、ホスホロチオエート修飾オリゴマー、2’O-メチル修飾オリゴマー、ペプチド核酸(PNA)、ロックト核酸(LNA)、ホスホロチオエートオリゴマー、2’O-MOE修飾オリゴマー、2’-フルオロ修飾オリゴマー、2’O,4’C-エチレン架橋核酸(ENA)、トリシクロDNA、トリシクロDNAホスホロチオエートヌクレオチド、2’-O-[2-(N-メチルカルバモイル)エチル]修飾オリゴマー、モルホリノオリゴマー、ペプチドコンジュゲートホスホルアミデートモルホリノオリゴマー(PPMO)、(i)モルホリノ環の窒素原子への共有結合、および(ii)(1,4-ピペラジン)-1-イル置換基もしくは置換(1,4-ピペラジン)-1-イルへの第2の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMOplus)、および(i)モルホリノ環の窒素原子への共有結合、および(ii)4-アミノピペリジン-1-イル(すなわち、APN)もしくは4-アミノピペリジン-1-イルの誘導体(PMO-X)の化学の環窒素への第2の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーを含み、前出のうちのいずれかの組合せを含む。一般に、PNA化学およびLNA化学は、PMOおよび2’O-Me修飾オリゴマーと比べた、それらの比較的高度な標的結合強度のために、短いターゲティング配列を活用しうる。ホスホロチオエート化学と、2’O-Me修飾化学とを組み合わせて、2’O-Me-ホスホロチオエート骨格を作出することができる。例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、PCT公開第WO/2013/112053号および同第WO/2009/008725号を参照されたい。
場合によって、PMOなどのアンチセンスオリゴマーを、細胞透過性ペプチド(CPP)へとコンジュゲートさせて、細胞内送達を容易とすることができる。ペプチドコンジュゲートPMOは、PPMOと呼ばれ、ある特定の実施形態は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、PCT公開第WO/2012/150960号において記載されているPPMOを含む。一部の実施形態では、例えば、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーの3’末端へとコンジュゲートさせるか、または連結した、アルギニンに富むペプチド配列を使用することができる。ある特定の実施形態では、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーの5’末端へとコンジュゲートさせるか、または連結した、アルギニンに富むペプチド配列を使用することができる。
1.ペプチド核酸(PNA)
ペプチド核酸(PNA)とは、骨格が、デオキシリボース骨格と構造的に同形である、DNAの類似体であって、ピリミジン塩基またはプリン塩基を接合させた、N-(2-アミノエチル)グリシン単位からなる類似体である。天然のピリミジン塩基およびプリン塩基を含有するPNAは、ワトソン-クリック塩基対合則に従う相補的オリゴマーとハイブリダイズし、塩基対認識の点で、DNAを模倣する(Egholm、Buchardtら、1993年)。PNAの骨格は、ホスホジエステル結合ではなく、ペプチド結合により形成されることから、アンチセンス適用(下記の構造を参照されたい)に良好に適する。骨格が非荷電である結果として、通常を超える熱安定性を呈示する、PNA/DNAまたはPNA/RNA二重鎖がもたらされる。PNAは、ヌクレアーゼによっても、プロテアーゼによっても認識されない。PNAの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000095
に描示する。
天然構造に対する大幅な構造的変化にもかかわらず、PNAは、ヘリックス形態での、DNAまたはRNAへの配列特異的結合が可能である。PNAの特徴は、相補的なDNAまたはRNAに対する高結合アフィニティー、単一塩基ミスマッチにより引き起こされる不安定化効果、ヌクレアーゼおよびプロテアーゼに対する耐性、塩濃度に依存しない、DNAまたはRNAとのハイブリダイゼーション、およびホモプリンDNAとの三重鎖形成を含む。PANAGENE(商標)は、その特許権のあるBts PNA単量体(Bts;ベンゾチアゾール-2-スルホニル基)と、特許権のあるオリゴマー化工程とを開発している。Bts PNA単量体を使用する、PNAのオリゴマー化は、脱保護、カップリング、およびキャッピングの反復的サイクルから構成される。PNAは、当技術分野で公知の任意の技法を使用して、合成により作製することができる。例えば、米国特許第6,969,766号、同第7,211,668号、同第7,022,851号、同第7,125,994号、同第7,145,006号、および同第7,179,896号を参照されたい。PNAの調製についてはまた、米国特許第5,539,082号;同第5,714,331号;および同第5,719,262号も参照されたい。PNA化合物についてのさらなる教示は、Nielsenら、Science、254巻:1497~1500頁、1991年においても見出すことができる。前出の各々は、参照によりその全体において組み込まれる。
2.ロックト核酸(LNA)
アンチセンスオリゴマー化合物はまた、「ロックト核酸」サブユニット(LNA)も含有しうる。「LNA」とは、架橋核酸(BNA)と呼ばれる修飾のクラスのメンバーである。BNAは、リボース環のコンフォメーションを、C30-エンド(ノーザン)糖パッカー(sugar pucker)にロックする共有結合的連結を特徴とする。LNAでは、架橋は、2’-O位と4’-C位との間のメチレンから構成される。LNAは、骨格の事前組織化(preorganization)および塩基スタッキングを増強して、ハイブリダイゼーションおよび熱安定性を増大させる。
LNAの構造は、例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Wengelら、Chemical Communications(1998年)、455巻;Tetrahedron(1998年)、54巻:3607頁、およびAccounts of Chem. Research(1999年)、32巻:301頁;Obikaら、Tetrahedron Letters(1997年)、38巻:8735頁;(1998年)、39巻:5401頁、ならびにBioorganic Medicinal Chemistry(2008年)、16巻:9230頁において見出すことができる。LNAの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000096
に描示する。
本開示の化合物には、1または複数のLNAを組み込むことができ、場合によって、化合物を、LNAから完全に構成することもできる。個別のLNAヌクレオシドサブユニットの合成およびオリゴマーへのそれらの組込みのための方法については、例えば、それらの各々が参照によりその全体において組み込まれる、米国特許第7,572,582号、同第7,569,575号、同第7,084,125号、同第7,060,809号、同第7,053,207号、同第7,034,133号、同第6,794,499号、および同第6,670,461号において記載されている。典型的なサブユニット間リンカーは、ホスホジエステル部分およびホスホロチオエート部分を含み、代替的に、リン非含有リンカーを使用することもできる。さらなる実施形態は、LNA含有化合物を含み、各LNAサブユニットは、DNAサブユニットで隔てられている。ある特定の化合物は、交互のLNAサブユニットおよびDNAサブユニットから構成され、サブユニット間リンカーは、ホスホロチオエートである。
2’O,4’C-エチレン架橋核酸(ENA)は、BNAのクラスの別のメンバーである。非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000097
に描示する。
ENAオリゴマーおよびそれらの調製については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Obikaら、Tetrahedron Ltt、38巻(50号):8735頁において記載されている。本開示の化合物には、1または複数のENAサブユニットを組み込むことができる。
3.ホスホロチオエート
「ホスホロチオエート」(またはS-オリゴ)とは、正常DNAの改変体であって、非架橋酸素のうちの1つを、硫黄で置きかえた改変体である。ホスホロチオエートの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000098
に描示する。
ヌクレオチド間結合の硫黄化(sulfurization)は、5’-3’および3’-5’DNA POL 1エクソヌクレアーゼ、ヌクレアーゼS1およびP1、RNアーゼ、血清ヌクレアーゼ、ならびにヘビ毒ホスホジエステラーゼを含む、エンドヌクレアーゼおよびエクソヌクレアーゼの作用を低減する。ホスホロチオエートは、2つの主要な経路:ホスホン酸水素上の炭素ジスルフィド内の硫黄元素の溶解作用、または亜リン酸トリエステルを、テトラエチルチウラムジスルフィド(TETD)もしくは3H-1,2-ベンゾジチオール(bensodithiol)-3-オン1,1-ジオキシド(BDTD)で硫黄化する方法(例えば、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Iyerら、J. Org. Chem.55巻、4693~4699頁、1990年を参照されたい)により作製する。後者の方法は、大半の有機溶媒中の硫黄元素の不溶性および炭素ジスルフィドの毒性の問題を回避する。TETD法およびBDTD法はまた、高純度のホスホロチオエートももたらす。
4.トリシクロDNAおよびトリシクロホスホロチオエートヌクレオチド
トリシクロDNA(tc-DNA)は、各ヌクレオチドを、シクロプロパン環の導入により修飾して、骨格のコンフォメーション可撓性を制約し、ねじれ角γの骨格形状を最適化した、拘束DNA類似体のクラスである。ホモ塩基性のアデニン含有tc-DNAおよびチミン含有tc-DNAは、相補的なRNAと共に、極めて安定的なA-T塩基対を形成する。トリシクロDNAおよびそれらの合成については、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、国際特許出願公開第WO2010/115993号において記載されている。本開示の化合物には、1または複数のトリシクロ(tricycle)DNAヌクレオチドを組み込むことができ、場合によって、化合物は、トリシクロDNAヌクレオチドから完全に構成されうる。
トリシクロホスホロチオエートヌクレオチドとは、ホスホロチオエートサブユニット間連結を伴うトリシクロDNAヌクレオチドである。トリシクロホスホロチオエートヌクレオチドおよびそれらの合成については、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、国際特許出願公開第WO2013/053928号において記載されている。本開示の化合物には、1または複数のトリシクロDNAヌクレオチドを組み込むことができ、場合によって、化合物は、トリシクロDNAヌクレオチドから完全に構成されうる。トリシクロDNA/トリシクロホスホロチオエートヌクレオチドの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000099
に描示する。
5.2’O-メチルオリゴマー、2’O-MOEオリゴマー、および2’-Fオリゴマー
「2’O-Meオリゴマー」分子は、リボース分子の2’-OH残基におけるメチル基を保有する。2’-O-Me-RNAは、DNAと同じ(または類似の)挙動を示すが、ヌクレアーゼによる分解に対して保護されている。2’-O-Me-RNAはまた、さらなる安定化のために、ホスホチオエートオリゴマー(PTO)と組み合わせることもできる。2’O-Meオリゴマー(ホスホジエステルまたはホスホチオエート)は、当技術分野における慣例的な技法(例えば、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Yooら、Nucleic Acids Res.、32巻:2008~16頁、2004年を参照されたい)に従い、合成することができる。2’O-Meオリゴマーの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000100
に描示する。
2’O-Meオリゴマーはまた、ホスホロチオエート連結(2’O-Meホスホロチオエートオリゴマー)も含みうる。2’O-Meオリゴマーなどの2’O-メトキシエチルオリゴマー(2’-O MOE)は、リボース分子の2’-OH残基におけるメトキシエチル基を保有し、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、Martinら、Helv. Chim. Acta、78巻、486~504頁、1995年において論じられている。2’O-MOEヌクレオチドの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000101
に描示する。
前出のアルキル化2’OHリボース誘導体と対照的に、2’-フルオロオリゴマーは、2’位において、2’OHの代わりにフルオロラジカルを有する。2’-Fオリゴマーの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000102
に描示する。
2’-フルオロオリゴマーについては、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、WO2004/043977においてさらに記載されている。本開示の化合物には、1または複数の2’O-メチルサブユニット、2’O-MOEサブユニット、および2’-Fサブユニットを組み込むことができ、本明細書で記載されるサブユニット間連結のうちのいずれかを活用することができる。場合によって、本開示の化合物は、2’O-メチルサブユニット、2’O-MOEサブユニット、または2’-Fサブユニットから完全に構成しうるであろう。本開示の化合物についての一実施形態は、2’O-メチルサブユニットから完全に構成される。
6.2’-O-[2-(N-メチルカルバモイル)エチル]オリゴヌクレオチド(MCE)
MCEは、本開示の化合物中で有用な、2’O修飾リボヌクレオシドの別の例である。この例では、2’OHを、2-(N-メチルカルバモイル)エチル部分へと誘導体化して、ヌクレアーゼ耐性を増大させる。MCEオリゴマーの非限定的な例を、下記:
Figure 0007033547000103
に描示する。
MCEおよびそれらの合成については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Yamadaら、J. Org. Chem.、76巻(9号):3042~53頁において記載されている。本開示の化合物には、1または複数のMCEサブユニットを組み込むことができる。
7.立体特異的オリゴマー
立体特異的オリゴマーは、各亜リン酸含有連結の立体化学が、実質的に純粋な単一のオリゴマーが生成されるように合成の方法によって固定されたものである。立体特異的オリゴマーの非限定的な例を下に描示する:
Figure 0007033547000104
上記の例では、オリゴマーの各亜リン酸は同じ立体化学を有する。さらなる例として、上記のオリゴマーが挙げられる。例えば、LNA、ENA、トリシクロDNA、MCE、2’O-メチル、2’O-MOE、2’-F、およびモルホリノに基づくオリゴマーは、例えば、ホスホロチオエート、リン酸ジエステル、ホスホルアミデート、ホスホロジアミデートなどの立体特異的な亜リン酸含有ヌクレオシド間連結、または他の亜リン酸含有ヌクレオシド間連結を用いて調製することができる。このようなオリゴマーの調製における使用のための立体特異的オリゴマー、調製方法、キラル制御合成、キラルデザイン、およびキラル助剤は、例えば、参照によりその各々の全体において本明細書に組み込まれるWO2015107425、WO2015108048、WO2015108046、WO2015108047、WO2012039448、WO2010064146、WO2011034072、WO2014010250、WO2014012081、WO20130127858、およびWO2011005761に詳述されている。
8.モルホリノベースのオリゴマー
モルホリノベースのオリゴマーとは、ヌクレオ塩基を支持するモルホリノサブユニットを含むオリゴマーを指し、リボースの代わりに、モルホリン環を含有する。例示的なヌクレオシド間連結は、例えば、1つのモルホリノサブユニットのモルホリン環窒素を、隣接するモルホリノサブユニットの4’環外炭素に接合する、ホスホルアミデートヌクレオシド間連結またはホスホロジアミデートヌクレオシド間連結を含む。各モルホリノサブユニットは、塩基特異的水素結合により、オリゴヌクレオチド内の塩基に結合するのに有効な、プリンまたはピリミジンのヌクレオ塩基を含む。
モルホリノベースのオリゴマー(アンチセンスオリゴマーを含む)については、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第5,698,685号;同第5,217,866号;同第5,142,047号;同第5,034,506号;同第5,166,315号;同第5,185,444号;同第5,521,063号;同第5,506,337号;ならびに係属中の米国特許出願第12/271,036号;同第12/271,040号;およびPCT公開第WO/2009/064471号および同第WO/2012/043730号;ならびにSummertonら、1997年、「Antisense and Nucleic Acid Drug Development」、7巻、187~195頁において詳述されている。オリゴマー構造内で、リン酸基は一般に、オリゴマーの「ヌクレオシド間連結」を形成する基として言及される。RNAおよびDNAの天然に存在するヌクレオシド間連結は、3’-5’ホスホジエステル連結である。「ホスホルアミデート」基が、3つの接合酸素原子と、1つの接合窒素原子とを有するリンを含むのに対し、「ホスホロジアミデート」基は、2つの接合酸素原子と、2つの接合窒素原子とを有するリンを含む。本明細書で記載されるモルホリノベースのオリゴマーの非荷電サブユニット間連結またはカチオン性サブユニット間連結では、1つの窒素は常に、骨格鎖に対してペンダントであるものである。ホスホロジアミデート連結における第2の窒素は、モルホリン環構造内の環窒素であることが典型的である。
「PMO-X」とは、(i)モルホリン環の窒素原子への共有結合、および(ii)4-アミノピペリジン-1-イル(すなわち、APN)または4-アミノピペリジン-1-イルの誘導体の環窒素への第2の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノベースのオリゴマーを指す。例示的なPMO-Xオリゴマーについては、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、PCT出願第PCT/US2011/38459号およびPCT公開第WO2013/074834号において開示されている。PMO-Xは、リン原子を、モルホリノ基、および4-アミノピペリジン-1-イル(すなわち、APN)の環窒素へと連結する、少なくとも1つのヌクレオシド間連結を含む、PMO-Xオリゴマーを指す、「PMO-apn」または「APN」を含む。具体的な実施形態では、表2A、2B、または2Cに明示されたターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つのAPNを含有する連結またはAPN誘導体を含有する連結を含む。多様な実施形態は、モルホリノベースのオリゴマーであって、約10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%の、APN/APN誘導体を含有する連結を有し、残りの連結(100%未満である場合)が、非荷電連結であり、例えば、全ヌクレオシド間連結のうちの約1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40、または少なくともほぼこれらの数が、APN/APN誘導体を含有する連結であるオリゴマーを含む。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式(I):
Figure 0007033547000105
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000106
の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(R、およびRから選択され、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
Figure 0007033547000107
の部分から選択され、式中、
は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
mは、1~5の整数であり、
11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
の各出現は、
-N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
式(II):
Figure 0007033547000108
の部分[式中、
15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
qは、1~5の整数であり;
各R17は、Hおよびメチルから独立に選択される];および
式(III):
Figure 0007033547000109
の部分[式中、
19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
rは、1~5の整数である]から選択され、
20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
から独立に選択され;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
Figure 0007033547000110
の部分から選択され、式中、
23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
sは、1~5の整数であり;
Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000111
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
Gは、1回の出現で存在するか、または存在しない]
である。
一部の実施形態では、Rは、式:
Figure 0007033547000112
[式中、Lは、-C(O)(CHC(O)-または-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され、
各R25は、式-(CHOC(O)N(R26[式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有する]を有する]
の部分である。このような部分については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第7,935,816号においてさらに記載されている。
ある特定の実施形態では、Rは、下記:
Figure 0007033547000113
で描示されるいずれかの部分を含みうる。
ある特定の実施形態では、各Rは、-N(CHである。一部の実施形態では、R基の約50~90%は、ジメチルアミノ(すなわち、-N(CH)である。ある特定の実施形態では、R基の約66%は、ジメチルアミノである。
一部の非限定的な実施形態では、ターゲティング配列は、表2A~2Cの配列から選択され、式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される。一部の非限定的な実施形態では、各Rは、-N(CHであり、ターゲティング配列は、表2A~2Cの配列から選択され、式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される。
本開示の一部の実施形態では、Rは、
Figure 0007033547000114
から選択することができる。
一部の実施形態では、少なくとも1つのRは、
Figure 0007033547000115
である。
ある特定の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000116
から選択され、Yは、存在するごとに、Oである。一部の実施形態では、Rは、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
種々の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000117
から選択され、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。
一部の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000118
を有し、Rは、式
Figure 0007033547000119
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。
ある特定の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000120
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。一部の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000121
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、Rは、Gである。
ある特定の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000122
を有し、Yは、存在するごとに、Oである。一部の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000123
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000124
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、RはHである。
一部の実施形態では、Rは、H、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
種々の実施形態では、Rは、HまたはGから選択される。特定の実施形態では、Rは、Gである。一部の実施形態では、Rは、Hまたはアシルである。一部の実施形態では、各Rは、-N(CHである。一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
一部の実施形態では、Gは、式
Figure 0007033547000125
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式
Figure 0007033547000126
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
別の態様では、アンチセンスオリゴマーは、式(Ia)
Figure 0007033547000127
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、約13~約38の整数であり;
各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000128
の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(RおよびRから選択され、
各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
Figure 0007033547000129
から選択され、式中、
は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
mは、1~5の整数であり、
11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
の各出現は、
-N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
式(II):
Figure 0007033547000130
の部分[式中、
15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
qは、1~5の整数であり;
各R17は、Hおよびメチルから選択される];および
式(III):
Figure 0007033547000131
の部分[式中、
19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
rは、1~5の整数である]から選択され、
20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
から独立に選択され;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
Figure 0007033547000132
の部分から選択され、式中、
23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
sは、1~5の整数であり;
Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
Gは、式-C(O)CHNH-CPP[式中、CPPは、式:
Figure 0007033547000133
[式中、Rは、Hまたはアシルである]を有する]を含む、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
Gは、1回の出現で存在するか、または存在しない]
である。
ある特定の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000134
から選択され、Yは、存在するごとに、Oである。一部の実施形態では、Rは、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
種々の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000135
から選択され、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。
一部の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000136
を有し、Rは、式
Figure 0007033547000137
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。
ある特定の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000138
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、Rは、Gである。一部の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000139
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、Rは、Gである。
ある特定の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000140
を有し、Yは、存在するごとに、Oである。一部の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000141
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、Tは、式
Figure 0007033547000142
を有し、Yは、存在するごとに、Oであり、各Rは、-N(CHであり、RはHである。
一部の実施形態では、Rは、H、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
多様な実施形態では、Rは、HまたはGから選択される。特定の実施形態では、Rは、Gである。一部の実施形態では、Rは、Hまたはアシルである。一部の実施形態では、各Rは、-N(CHである。一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
例えば式(I)および(Ia)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的である。例えば式(I)および(Ia)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた種々の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的であり、標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、標的領域の内部にある。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、本明細書の表2A~2Cに示されている配列番号13~86から選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、表2Aおよび2Bから選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。さらに、および本明細書の表2A~2C(または表2Bおよび2C)に概略が示されている配列に関しては、ある特定の実施形態では、100%の相補性を有する配列を選択し、1または複数のヌクレオ塩基を除去し(あるいは、1または複数のヌクレオ塩基が失われるように合成し)、したがって、得られる配列は、その天然の標的領域内の相補物と比べて1または複数のヌクレオ塩基が失われている。1または複数のヌクレオ塩基が除去された位置を除いて、残りの位置は100%相補的であることが意図されている。しかし、相補性のレベルの低下が存在し得ることは本発明の範囲内に入る。
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式(IVa):
Figure 0007033547000143
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、OHと、式:
Figure 0007033547000144
の部分とから選択され、式中、
Aは、-OH、-N(R、およびR[式中、
各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
は、電子対およびHから選択される]から選択され、
は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
Figure 0007033547000145
から選択され、式中、
は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
10は、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NH[式中、
mは、1~5の整数であり、
11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
の各出現は独立に、-N(R1314[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される]であり、R14は、電子対およびHから選択され;
は、H、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、およびC~Cアルキルから選択される]
である。
ある特定の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000146
から選択され、Yは、存在するごとに、Oである。一部の実施形態では、Rは、H、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
種々の実施形態では、Tは、
Figure 0007033547000147
から選択される。
一部の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000148
を有し、Rは、式:
Figure 0007033547000149
を有する。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000150
を有する。
一部の実施形態では、Rは、H、トリチル、またはアシルである。一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。一部の実施形態では、各Rは、-N(CHである。
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式(IVb):
Figure 0007033547000151
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、式:
Figure 0007033547000152
[式中、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択される]
の部分から選択され;
の各出現は、独立に、-N(Rであり、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され;
は、H、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、およびC~Cアルキルから選択される]
である。
種々の実施形態では、Rは、Hまたはアシルから選択される。一部の実施形態では、RはHである。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000153
を有し、Rは、水素である。
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式(IVc):
Figure 0007033547000154
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
各Yは、Oであり;
各Rは、
Figure 0007033547000155
[式中、少なくとも1つのRは、-N(CHである]
からなる群から独立に選択される]
である。
一部の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号4~30、133~255、または296~342から選択される[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]。一部の実施形態では、各Rは、-N(CHである。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式(V):
Figure 0007033547000156
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数である]
である。
例えば式(IVa)、(IVb)、(IVc)および(V)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的である。例えば式(IVa)、(IVb)、(IVc)および(V)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた種々の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的であり、標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、標的領域の内部にある。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、本明細書の表2A~2Cに示されている配列番号13~配列番号86から選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、表2A~2Cから選択される配列を含む。さらに、および本明細書の表2A~2C(または表2Bおよび2C)に概略が示されている配列に関しては、ある特定の実施形態では、100%の相補性を有する配列を選択し、1または複数のヌクレオ塩基を除去し(あるいは、1または複数のヌクレオ塩基が失われるように合成し)、したがって、得られる配列は、その天然の標的領域内の相補物と比べて1または複数のヌクレオ塩基が失われている。1または複数のヌクレオ塩基が除去された位置を除いて、残りの位置は100%相補的であることが意図されている。しかし、相補性のレベルの低下が存在し得ることは本発明の範囲内に入る。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式(VI):
Figure 0007033547000157
の化合物または薬学的に許容されるその塩
[式中、各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000158
から選択され、
各Rは、
Figure 0007033547000159
からなる群から独立に選択され、
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000160
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
ここで、Tは、
Figure 0007033547000161
であるか、またはRはGである]
である。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000162
を有し、Rは、Gである。ある特定の実施形態では、Rの少なくとも1つの存在は、-N(CHである。一部の実施形態では、Rは、存在するごとに、-N(CHである。一部の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000163
を有する。
ある特定の実施形態では、Rの少なくとも1つの存在は、-N(CHである。一部の実施形態では、Rは、存在するごとに、-N(CHである。
一部の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000164
を有し、
はGであり、Rは、存在するごとに、-N(CHである。
ある特定の実施形態では、Rは、H、アセチル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、Tは、式:
Figure 0007033547000165
を有する。種々の実施形態では、Rは、アセチルである。ある特定の実施形態では、Rの少なくとも1つの存在は、-N(CHである。一部の実施形態では、Rは、存在するごとに、-N(CHである。
種々の実施形態では、Rは、H、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
ある特定の実施形態では、Rは、アセチルであり、Tは、式:
Figure 0007033547000166
を有し、Rは、存在するごとに、-N(CHである。
一部の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000167
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
一部の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000168
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式(VII):
Figure 0007033547000169
の化合物または薬学的に許容されるその塩
[式中、各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000170
から選択され、
各Rは、-N(Rであり、各Rは独立に、C~Cアルキルであり;
は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000171
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
ここで、Tは、
Figure 0007033547000172
であるか、またはRはGである]
である。
一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
ある特定の実施形態では、Tは、式:
Figure 0007033547000173
を有し、Rは、Gである。一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
種々の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000174
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000175
[式中、Rは、H、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式(VIIa):
Figure 0007033547000176
の化合物または薬学的に許容されるその塩
[式中、各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Tは、
Figure 0007033547000177
から選択され;
の各出現は、-N(Rであり、各Rは独立に、C~Cアルキルであり;
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000178
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分である]
である。
一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
一部の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000179
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
種々の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHであり、Gは、式:
Figure 0007033547000180
を有し、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000181
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。種々の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHであり、CPPは、式:
Figure 0007033547000182
を有し、Rは、アセチルである。
多様な態様では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、式(VIIb):
Figure 0007033547000183
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
の各出現は、-N(Rであり、各Rは独立に、C~Cアルキルであり;
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000184
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分である]
を含む。
一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
一部の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000185
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
種々の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHであり、Gは、式:
Figure 0007033547000186
を有し、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000187
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。種々の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHであり、CPPは、式:
Figure 0007033547000188
を有し、Rは、アセチルである。
多様な態様では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、式(VIIc):
Figure 0007033547000189
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000190
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分である]
を含む。
一部の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000191
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
種々の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000192
を有し、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000193
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。種々の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000194
を有し、Rは、アセチルである。
多様な態様では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式(VIId):
Figure 0007033547000195
の化合物
[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
の各出現は、-N(Rであり、各Rは独立に、C~Cアルキルであり;
は、H、トリチル、4-メトキシトリチル、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され;
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000196
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分である]
である。
一部の実施形態では、Rの少なくとも1つの出現は、-N(CHである。ある特定の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHである。
一部の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000197
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
種々の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHであり、Gは、式:
Figure 0007033547000198
を有し、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000199
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。種々の実施形態では、Rの各出現は、-N(CHであり、CPPは、式:
Figure 0007033547000200
を有し、Rは、アセチルである。
多様な態様では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、式(VIIe):
Figure 0007033547000201
の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
Zは、8~38の整数であり;
は、H、トリチル、4-メトキシトリチル、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され;
Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
Figure 0007033547000202
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分である]
を含む。
一部の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000203
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
種々の実施形態では、Gは、式:
Figure 0007033547000204
を有し、Rは、アセチルである。
ある特定の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000205
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]を有する。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。種々の実施形態では、CPPは、式:
Figure 0007033547000206
を有し、Rは、アセチルである。
例えば式(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)および(VIII)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的である。例えば式(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)および(VIII)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた種々の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的であり、標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、標的領域の内部にある。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13~配列番号86(例えば、配列番号13~58または59~75)から選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、表2A~2Cから選択される配列を含む。さらに、および本明細書の表2A~2Cに概略が示されている配列に関しては、ある特定の実施形態では、100%の相補性を有する配列を選択し、1または複数のヌクレオ塩基を除去し(あるいは、1または複数のヌクレオ塩基が失われるように合成し)、したがって、得られる配列は、その天然の標的領域内の相補物と比べて1または複数のヌクレオ塩基が失われている。1または複数のヌクレオ塩基が除去された位置を除いて、残りの位置は100%相補的であることが意図されている。しかし、相補性のレベルの低下が存在し得ることは本発明の範囲内に入る。
本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、または組成物のいずれかの一部の実施形態では、Zは、8~28、15~38、15~28、8~25、15~25、10~38、10~25、12~38、12~25、14~38、または14~25の整数である。本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、または組成物のいずれかの一部の実施形態では、Zは、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、または38である。本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、または組成物のいずれかの一部の実施形態では、Zは、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、または28である。本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、または組成物のいずれかの一部の実施形態では、Zは、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、8~28の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、15~38の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、15~28の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、8~25の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、15~25の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、10~38の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、10~25の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、12~38の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、12~25の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、14~38の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、14~25の整数である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37または38である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、または28である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Zは、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25である。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーの各Nuは、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン、2,6-ジアミノプリン、5-メチルシトシン、C5-プロピニル修飾ピリミジン、および9-(アミノエトキシ)フェノキサジンからなる群から独立に選択される。
一部の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、ヒト酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAの、イントロン1(配列番号1)内、イントロン2(配列番号60)内、またはエクソン2(配列番号61)内の標的領域の、10またはこれを超える連続ヌクレオチドと相補的である。ある特定の実施形態では、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)の化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、本明細書に記載される表2A~2Cの配列から選択される配列を含むか、本明細書で記載される表2A~2Cから選択される配列の少なくとも12の連続ヌクレオチドの断片であるか、または、本明細書で記載される表2A~2Cから選択される配列(式中、Xは、参照される表に応じて適用可能なウラシル(U)またはチミン(T)から選択される)に対する、少なくとも90%の配列同一性を有する変異体である。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。
本開示に従って使用することができる、さらなるアンチセンスオリゴマー/化学反応は、それらの内容が参照により本明細書に組み込まれる、以下の特許および特許公報:PCT公開第WO/2007/002390号;同第WO/2010/120820号;および同第WO/2010/148249号;米国特許第7,838,657号;および米国特許出願第2011/0269820号に記載されているアンチセンスオリゴマー/化学反応を含む。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野で公知であり、本明細書で引用されている参考文献においてに記載された方法を使用する、段階的な固相合成によって調製することができる。
C.CPP、およびPMOの、アルギニンに富むペプチドコンジュゲート(PPMO)
ある特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞透過性ペプチド(本明細書では「CPP」と称される)とコンジュゲートする。一部の実施形態では、CPPは、アルギニンに富むペプチドである。「アルギニンに富む」という用語は、少なくとも2つであり、および好ましくは2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、または8つのアルギニン残基であって、各々が、任意選択で、1または複数の、非帯電の疎水性残基により隔てられ、任意選択で、約6~14アミノ酸の残基を含有するアルギニン残基を有するCPPを指す。下で説明する通り、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、同様に1または複数のアミノ酸であってよく、また、同様にそのアミノ末端において、H、アシル、ベンゾイル、またはステアロイルから選択される置換基Rによりキャップ形成されていることが好ましいリンカーを通じて、アンチセンスオリゴヌクレオチドの3’末端および/または5’末端に連結していることが好ましい。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
下記の表において見られる通り、本発明で使用するためのCPPの非限定的な例は、(RXR)-R、R-(FFR)-R、-B-X-(RXR)-R、-B-X-R-(FFR)-R、-GLY-R-(FFR)-R、-GLY-R-Rおよび-R-Rを含み、ここで、RはH、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、Rはアルギニンであり、Xは6-アミノヘキサン酸であり、Bはβ-アラニンであり、Fはフェニルアラニンであり、GLY(またはG)はグリシンである。CPPの「R」は、6つのアルギニン残基がアミド結合により連結した(および単一の置換基、例えばRではない)ペプチドを指すものとする。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
例示的なCPPを表2D(配列番号6~12)に提示する。
Figure 0007033547000207
CPP、それらの合成、およびオリゴマーとコンジュゲートする方法は、その開示全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2012/0289457号および国際特許出願公開第WO2004/097017号、同第WO2009/005793号、および同第WO2012/150960号にさらに記載されている。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、CPPとリンカーの組合せと定義される置換基「G」を含む。リンカーにより、CPPがCPPのカルボキシ末端においてオリゴヌクレオチドの3’末端および/または5’末端と架橋する。種々の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、オリゴマーの3’末端に連結した1つだけのCPPを含みうる。他の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、オリゴマーの5’末端に連結した1つだけのCPPを含みうる。
G内のリンカーは、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、または5つのアミノ酸を含みうる。
特定の実施形態では、Gは、
-C(O)(CHNH-CPP;
-C(O)(CHNH-CPP;
-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP;
-C(O)CHNH-CPP、および式:
Figure 0007033547000208
[式中、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
から選択される。
種々の実施形態では、CPPは、上で定義され、表2Dにおいて見られる、アルギニンに富むペプチドである。ある特定の実施形態では、アルギニンに富むCPPは、-R-R、(すなわち、6つのアルギニン残基;配列番号12)であり、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。Rは、アセチルである。種々の実施形態では、CPPは、配列番号6、7、または12から選択され、リンカーは、上記の群から選択される。一部の実施形態では、CPPは配列番号12であり、リンカーはGlyである。
ある特定の実施形態では、Gは、本開示のアンチセンスオリゴマーに、オリゴマーの5’末端および/または3’末端において共有結合した-C(O)CHNH-R-Rであり、Rは、Rのアミノ末端にキャップ形成するためのH、アシル、ベンゾイル、またはステアロイルである。Rは、アセチルである。これらの非限定的な例では、CPPは、-R-Rであり、リンカーは、-C(O)CHNH-(すなわち、GLY)である。このG=-C(O)CHNH-R-Rの特定の例は、以下の構造によっても例示される:
Figure 0007033547000209
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]。一部の実施形態では、Gは、配列番号3~6から選択される。ある特定の実施形態では、Gは、配列番号6である。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
種々の実施形態では、CPPは-R-Rであり、次式:
Figure 0007033547000210
[式中、Rは、H、アシル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される]としても例示される。ある特定の実施形態では、CPPは、配列番号XXである。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
一部の実施形態では、CPPは、-(RXR)-Rであり、次式:
Figure 0007033547000211
としても例示される。
種々の実施形態では、CPPは、-R-(FFR)-Raであり、次式:
Figure 0007033547000212
としても例示される。
種々の実施形態では、Gは、
-C(O)(CHNH-CPP;
-C(O)(CHNH-CPP;
-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP;
-C(O)CHNH-CPP、および式:
Figure 0007033547000213
から選択され、ここで、CPPは、CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合しており、また、CPPは、
Figure 0007033547000214
、(-R-(FFR)-R)、
Figure 0007033547000215
、(-(RXR)-R)、または
Figure 0007033547000216
、(-R-R)から選択される。一部の実施形態では、Rは、アセチルである。
一部の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、
Figure 0007033547000217
から選択される式(VIII)の化合物または薬学的に許容される前出のいずれかの塩[式中、
各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するプリンまたはピリミジン塩基対合部分であり;
Zは、8~38の整数であり;
は、H、アセチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され;
は、H、アセチル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、および4-メトキシトリチルから選択される]
である。
例えば式(VIII)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた一部の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的である。
例えば式(VIII)のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含めた種々の実施形態では、ターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的であり、標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基は標的領域の内部にある。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13~配列番号86(例えば、配列番号13~58または59~75のうちのいずれか1つ)から選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、表2A~2Cから選択される配列を含む。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、表2Aおよび2Bから選択される配列を含む。さらに、および本明細書において表2A~2Cに概略が示されている配列に関して、ある特定の実施形態では、100%の相補性を有する配列を選択し、1または複数のヌクレオ塩基を除去し(あるいは、1または複数のヌクレオ塩基が失われるように合成し)したがって、得られる配列は、その天然の標的領域内の相補物と比べて1または複数のヌクレオ塩基が失われている。1または複数のヌクレオ塩基が除去された位置を除いて、残りの位置は100%相補的であることが意図されている。しかし、相補性のレベルの低下が存在し得ることは本発明の範囲内に入る。
例えば、式(I)、(Ia)、(IVa)、(IVb)、(IVc)、(V)、(VI)、(VII)、(VIIa)、(VIIb)、(VIIc)、(VIId)、(VIIe)、および(VIII)のアンチセンスオリゴマーの一部の実施形態を含めた一部の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列、本明細書で記載される配列、および以下の配列から選択される:
I.
uu)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
vv)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
ww)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
xx)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
yy)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
zz)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
aaa)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
bbb)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
ccc)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
ddd)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
eee)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
fff)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
ggg)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
hhh)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
iii)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
jjj)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
kkk)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
lll)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
mmm)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
nnn)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
ooo)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
ppp)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
qqq)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
rrr)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
sss)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
ttt)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
uuu)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
vvv)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
www)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
xxx)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
yyy)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
zzz)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
aaaa)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
bbbb)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
cccc)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
dddd)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
eeee)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
ffff)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
gggg)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
hhhh)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
iiii)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
jjjj)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
kkkk)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
llll)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
mmmm)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
nnnn)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];
II.
r)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
s)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
t)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
u)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
v)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
w)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
x)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
y)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
z)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
aa)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
bb)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
cc)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
dd)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
ee)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
ff)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
gg)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
hh)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];ならびに
III.
l)Zが23である配列番号76(GCC AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC X);
m)Zが23である配列番号77(CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC C);
n)Zが23である配列番号78(GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX CCA G);
o)Zが23である配列番号79(AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC AGC A);
p)Zが23である配列番号80(ACX CAC GGG GCX CXC AAA GCA GCX C);
q)Zが23である配列番号81(GGCXCXCAAAGCAGCXCXGAGACAX);
r)Zが18である配列番号82(GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
s)Zが18である配列番号83(GAG AGG GCC AGA AGG AAG GG);
t)Zが18である配列番号84(XXX GCC AXG XXA CCC AGG CX);
u)Zが18である配列番号85(GCG CAC CCX CXG CCC XGG CC);および
v)Zが23である配列番号86(GGC CCX GGX CXG CXG GCX CCC XGC X)
[式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]。
ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、および59からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、および34~36からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82のうちのいずれか1つにおけるXの各出現は、Tである。
一部の実施形態では、式(I)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(Ia)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(IVa)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(IVb)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(IVc)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(V)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VI)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VII)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VIIa)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VIIb)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VIIc)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VIId)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VIIe)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。一部の実施形態では、式(VIII)のアンチセンスオリゴマー化合物のターゲティング配列は、表2A~2Cに概略が示されている配列から選択される。
一部の実施形態では、表2A~2Cに概略が示されている配列の少なくとも1つのXはTである。一部の実施形態では、表2A~2Cに概略が示されている配列の少なくとも1つのXはUである。一部の実施形態では、表2A~2Cに概略が示されている配列の各XはTである。一部の実施形態では、表2A~2Cに概略が示されている配列の各XはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはUである。
さらに、一部の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式(XX):
Figure 0007033547000218

の化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
I.
a)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
r)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
s)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
t)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
u)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
v)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
w)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
x)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
y)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
z)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
aa)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
bb)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
cc)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
dd)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ee)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ff)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
gg)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
hh)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ii)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
jj)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
kk)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ll)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
mm)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
nn)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
oo)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
pp)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
qq)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
rr)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ss)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
tt)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;
II.
a)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;ならびに
III.
a)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号76(GCC AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号77(CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号78(GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX CCA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号79(AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号80(ACX CAC GGG GCX CXC AAA GCA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号81(GGCXCXCAAAGCAGCXCXGAGACAX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号82(GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号83(GAG AGG GCC AGA AGG AAG GG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号84(XXX GCC AXG XXA CCC AGG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号85(GCG CAC CCX CXG CCC XGG CC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;および
k)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号86(GGC CCX GGX CXG CXG GCX CCC XGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり、式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;Rは、Hまたはアセチルである]である。
一部の実施形態では、配列番号13~86の少なくとも1つのXはTである。一部の実施形態では、配列番号13~86の少なくとも1つのXはUである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはTである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはUである。
ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の少なくとも1つのXはTである。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の少なくとも1つのXはUである。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の各XはTである。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の各XはUである。
例えば式(XX)のアンチセンスオリゴマーを含めた本開示のアンチセンスオリゴマーの一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式(XXI):
Figure 0007033547000219

[式中、
I.
a)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
r)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
s)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
t)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
u)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
v)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
w)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
x)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
y)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
z)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
aa)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
bb)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
cc)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
dd)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ee)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ff)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
gg)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
hh)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ii)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
jj)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
kk)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ll)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
mm)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
nn)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
oo)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
pp)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
qq)各Nuは、一緒になって、Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
rr)各Nuは、一緒になって、Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
ss)各Nuは、一緒になって、Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
tt)各Nuは、一緒になって、Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;
II.
a)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
b)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
c)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
d)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
e)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
f)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
g)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
h)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
i)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
j)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
k)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
l)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され;ならびに
III.
l)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号76(GCC AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
m)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号77(CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
n)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号78(GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX CCA G)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
o)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号79(AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC AGC A)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
p)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号80(ACX CAC GGG GCX CXC AAA GCA GCX C)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
q)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号81(GGCXCXCAAAGCAGCXCXGAGACAX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
r)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号82(GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
s)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号83(GAG AGG GCC AGA AGG AAG GG)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
t)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号84(XXX GCC AXG XXA CCC AGG CX)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;
u)各Nuは、一緒になって、Zが18である配列番号85(GCG CAC CCX CXG CCC XGG CC)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり;および
v)各Nuは、一緒になって、Zが23である配列番号86(GGC CCX GGX CXG CXG GCX CCC XGC X)のターゲティング配列(5’-3’)を形成するヌクレオ塩基であり、式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択され、Rは、Hまたはアセチルである]
を有しうるまたは薬学的に許容されるその塩でありうる。
一部の実施形態では、配列番号13~86の少なくとも1つのXはTである。一部の実施形態では、配列番号13~86の少なくとも1つのXはUである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはTである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはTである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の少なくとも1つのXはUである。種々の実施形態では、ターゲティング配列の各XはUである。
ある特定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号13、27~29、34~36、59、および82からなる群から選択される。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の少なくとも1つのXはTである。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の少なくとも1つのXはUである。一部の実施形態では、配列番号13~86の各XはTである。一部の実施形態では、配列番号13、27~29、34~36、59、および82の各XはUである。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、
Figure 0007033547000220
Figure 0007033547000221
Figure 0007033547000222
Figure 0007033547000223
Figure 0007033547000224
Figure 0007033547000225
Figure 0007033547000226
Figure 0007033547000227
Figure 0007033547000228
[式中、Xは、存在するごとに、
Figure 0007033547000229
から独立に選択される]
から選択される式(XXII)の化合物、または薬学的に許容されるその塩である。一部の実施形態では、各XはTである。他の実施形態では、各XはUである。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII a)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII a)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII a)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII a)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII b)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII b)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII b)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII b)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII c)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII c)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII c)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII c)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII d)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII d)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII d)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII d)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII e)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII e)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII e)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII e)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII f)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII f)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII f)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII f)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII g)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII g)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII g)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII g)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII h)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII h)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII h)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII h)である[式中、各XはTである]。
一部の実施形態では、式(XXII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXII i)である[式中、少なくとも1つのXはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII i)である[式中、少なくとも1つのXはTである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII i)である[式中、各XはUである]。一部の実施形態では、式(XXII)の化合物は、式(XXII i)である[式中、各XはTである]。
例えば式(XXII)のアンチセンスオリゴマーを含めた本開示のアンチセンスオリゴマーの一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、
Figure 0007033547000230
Figure 0007033547000231
Figure 0007033547000232
Figure 0007033547000233
Figure 0007033547000234
Figure 0007033547000235
Figure 0007033547000236
Figure 0007033547000237
Figure 0007033547000238
から選択される式(XXIII)の化合物、または薬学的に許容されるその塩である。
一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII a)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII b)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII c)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII d)を有する。一部の実施形態では、式(XX)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII e)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII f)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII g)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII h)を有する。一部の実施形態では、式(XXIII)のアンチセンスオリゴマーは、式(XXIII i)を有する。
別の態様では、本開示は、式(XXII a)~(XXII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、Xは、存在するごとに、
Figure 0007033547000239
から独立に選択される]を特徴とする。一部の実施形態では、各Xは、Tである。
別の態様では、本開示は、式(XXIII a)~(XXIII i)のうちのいずれか1つのアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩を特徴とする。
D.塩基性窒素ヌクレオシド間リンカーを伴うPMO-Xの調製
モルホリノサブユニット、修飾サブユニット間連結、およびこれらを含むオリゴマーは、例えば、参照によりそれらの全体において組み込まれる、米国特許第5,185,444号、および同第7,943,762号において記載されている通りに調製することができる。モルホリノサブユニットは、以下の一般的な反応スキームI:
Figure 0007033547000240
に従い調製することができる。
反応スキーム1[式中、Bは、塩基対合部分を表し、PGは、保護基を表す]を参照すると、モルホリノサブユニットは、示される通り、対応するリボヌクレオシド(1)から調製することができる。モルホリノサブユニット(2)は、任意選択で、適切な保護基前駆体、例えば、トリチルクロリドを伴う反応により保護することができる。下記でより詳細に記載される通り、3’保護基は一般に、固体オリゴマー合成時に除去する。塩基対合部分は、固相オリゴマー合成に適するように保護することができる。適切な保護基は、アデニンおよびシトシンのためのベンゾイル、グアニンのためのフェニルアセチル、およびヒポキサンチンのためのピバロイルオキシメチルを含む(I)。ピバロイルオキシメチル基は、ヒポキサンチン複素環塩基のN1位へと導入することができる。非保護のヒポキサンチンサブユニットも使用しうるが、塩基を保護する場合の活性化反応の収率は、はるかに優れている。他の適切な保護基は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、同時係属中の米国出願第12/271,040号において開示されている保護基を含む。
活性化リン化合物4を伴う3の反応は、所望の連結部分5を有するモルホリノサブユニットを結果としてもたらす。構造4の化合物は、任意の数の、当業者に公知の方法を使用して調製することができる。例えば、このような化合物は、対応するアミンと、オキシ塩化リン(phosphorous oxychloride)との反応により調製することができる。この点で、アミン出発材料は、当技術分野で公知の任意の方法、例えば、実施例および米国特許第7,943,762号において記載されている方法を使用して調製することができる。
構造5の化合物は、サブユニット間連結を含むオリゴマーを調製するための固相自動式オリゴマー合成において使用することができる。このような方法は、当技術分野で周知である。略述すると、構造5の化合物は、固体支持体へのリンカーを含有するように、5’末端において修飾することができる。例えば、化合物5は、L11およびL15を含むリンカーにより、固体支持体へと連結することができる。
修飾モルホリノサブユニットおよびモルホリノオリゴマーの調製については、実施例においてより詳細に記載する。本明細書で記載される方法、当技術分野で公知であり、かつ/または参照により本明細書で記載される方法を使用して、任意の数の修飾連結を含有するモルホリノオリゴマーを調製することができる。実施例ではまた、既に記載されている(例えば、PCT公開第WO2008036127号を参照されたい)通りに調製された、モルホリノオリゴマーの全般的な修飾についても記載する。
「保護基」という用語は、化合物の一部または全部の反応性部分をブロックし、保護基を除去するまで、このような部分が、化学反応に参与することを防止する化学的部分、例えば、T.W. Greene、P.G.M. Wuts、「Protective Groups in Organic Synthesis」、3版、John Wiley & Sons(1999年)において列挙および記載されている部分を指す。異なる保護基を使用する場合、各(異なる)保護基が、異なる手段により除去可能であることは、有利でありうる。完全に非対応の反応条件下で切断される保護基は、このような保護基の示差的な除去を可能とする。例えば、保護基は、酸、塩基、および加水分解により除去することができる。トリチル、ジメトキシトリチル、アセタール、およびtert-ブチルジメチルシリルなどの基は、酸不安定性であり、加水分解により除去可能なCbz基、および塩基不安定性のFmoc基で保護されるアミノ基の存在下で、カルボキシ反応性部分およびヒドロキシ反応性部分を保護するのに使用することができる。カルボン酸部分は、限定なしに述べると、メチルまたはエチルなどの塩基不安定性基でブロックすることができ、ヒドロキシ反応性部分は、tert-ブチルカルバメートなどの酸不安定性基、または酸安定性であり、かつ、塩基安定性であるが、加水分解により除去可能なカルバメートでブロックされるアミンの存在下では、アセチルなどの塩基不安定性基でブロックすることができる。
カルボン酸反応性部分およびヒドロキシル反応性部分はまた、ベンジル基など、加水分解により除去可能な保護基でブロックしうるのに対し、アミン基は、Fmocなどの塩基不安定性基でブロックすることができる。式(I)の化合物を合成するのに、特に有用なアミン保護基は、トリフルオロアセトアミドである。カルボン酸反応性部分が、2,4-ジメトキシベンジルなど、酸化により除去可能な保護基(protective group)でブロックしうるのに対し、共存するアミノ基は、フルオリド不安定性シリルカルバメートでブロックすることができる。
アリルブロッキング基は、酸保護基および塩基保護基の存在下において、前者が、安定であり、その後、金属またはパイ-酸触媒により除去されうるので、有用である。例えば、アリルでブロックされたカルボン酸は、酸不安定性t-ブチルカルバメートまたは塩基不安定性アセテートアミン保護基の存在下で、パラジウム(0)触媒反応により脱保護することができる。保護基のさらに別の形態は、化合物または中間体が接合しうる樹脂である。残基が樹脂に接合する限りにおいて、その官能基は、ブロックされており、反応することができない。樹脂から放出されると、官能基は、反応に利用可能である。
典型的なブロッキング/保護基は、当技術分野で公知であり、以下の部分:
Figure 0007033547000241
を含むがこれらに限定されない。
そうでないことが注記されない限りにおいて、全ての化学物質は、Sigma-Aldrich-Flukaから得た。ベンゾイルアデノシン、ベンゾイルシチジン、およびフェニルアセチルグアノシンは、Carbosynth Limited、UKから得た。
本明細書で記載される、さらなる連結修飾を含有する、PMO、PMO+、PPMO、およびPMO-Xの合成は、当技術分野で公知であり、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、係属中の米国出願第12/271,036号および同第12/271,040号ならびにPCT公開第WO/2009/064471号において記載された方法を使用して行った。
3’トリチル修飾を伴うPMOは、脱トリチル化ステップを省くことを除き、本質的に、PCT公開第WO/2009/064471号において記載されている通りに合成する。
IV.製剤
本開示の化合物はまた、取込み、分布、および/または吸収を支援するために、例えば、リポソーム、受容体にターゲティングされた分子、経口製剤、直腸製剤、局所製剤、または他の製剤として、他の分子、分子構造、または化合物の混合物と混合するか、これらと共に封入するか、コンジュゲートさせるか、またはこれらと他の形で会合させることもできる。このような取込み支援製剤、分布支援製剤、および/または吸収支援製剤の調製について教示する、代表的な米国特許は、それらの各々が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第5,108,921号;同第5,354,844号;同第5,416,016号;同第5,459,127号;同第5,521,291号;同第5,543,158号;同第5,547,932号;同第5,583,020号;同第5,591,721号;同第4,426,330号;同第4,534,899号;同第5,013,556号;同第5,108,921号;同第5,213,804号;同第5,227,170号;同第5,264,221号;同第5,356,633号;同第5,395,619号;同第5,416,016号;同第5,417,978号;同第5,462,854号;同第5,469,854号;同第5,512,295号;同第5,527,528号;同第5,534,259号;同第5,543,152号;同第5,556,948号;同第5,580,575号;および同第5,595,756号を含むがこれらに限定されない。
本開示のアンチセンス化合物は、任意の薬学的に許容される塩、エステル、もしくはこのようなエステルの塩、またはヒトを含む動物へと投与されると、生物学的に活性の代謝物もしくはその残余物をもたらす(直接的または間接的に)ことが可能な、他の任意の化合物を包含する。したがって、例えば、本開示はまた、本開示の化合物のプロドラッグおよび薬学的に許容される塩、このようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、および他の生物学的同等物へも導かれる。
「プロドラッグ」という用語は、内因性酵素または他の化学物質および/もしくは条件の作用により、体内またはその細胞内で活性形態(すなわち、薬物)へと転換される、不活性形態で調製された治療剤を指し示す。特に、本開示のオリゴマーのプロドラッグバージョンは、1993年12月9日に公開された、GosselinらによるWO93/24510またはImbachらによる、WO94/26764および米国特許第5,770,713号において開示されている方法に従い、SATE[(S-アセチル-2-チオエチル)ホスフェート]誘導体として調製される。
「薬学的に許容される塩」という用語は、本開示の化合物の、生理学的かつ薬学的に許容される塩:すなわち、親化合物の望ましい生物学的活性を保持し、望ましくない毒性効果をこれに付与しない塩を指す。オリゴマーについては、薬学的に許容される塩およびそれらの使用の例については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。
本開示はまた、本開示のアンチセンス化合物を含む医薬組成物および製剤も含む。本開示の医薬組成物は、局所処置が望ましいのか、全身処置が望ましいのか、および処置される領域に応じて、多数の方式で投与することができる。投与は、局所投与(眼投与および膣送達および直腸送達を含む粘膜への投与を含む)、肺投与、例えば、噴霧器による投与を含む、散剤またはエアゾールによる吸入または送気による投与;気管内投与、鼻腔内投与、表皮投与および経皮投与、経口投与、または非経口投与でありうる。非経口投与は、静脈内注射もしくは静脈内注入、動脈内注射もしくは動脈内注入、皮下注射もしくは皮下注入、腹腔内注射もしくは腹腔内注入、または筋内注射もしくは筋内注入;あるいは頭蓋内投与、例えば、髄腔内投与または脳室内投与を含む。少なくとも1つの2’-O-メトキシエチル修飾を伴うオリゴマーは、経口投与に特に有用であると考えられる。局所投与のための医薬組成物および製剤は、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、ドロップ、坐剤、スプレー、液剤(liquid)、および散剤を含みうる。従来の医薬担体、水性、粉末、または油性の基剤、増粘剤などが、必要であるかまたは望ましい場合がある。コーティングされたコンドーム、手袋などもまた、有用でありうる。
単位剤形で提示されると好都合でありうる本開示の医薬製剤は、製薬業界で周知の従来の技法に従い調製することができる。このような技法は、有効成分を、医薬担体または賦形剤と会合させるステップを含む。一般に、製剤は、有効成分を、液体担体もしくは微細に分割された固体担体、またはこれらの両方と、均一かつ十分に会合させ、次いで、必要な場合、生成物を成形することにより調製する。
本開示の組成物は、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、軟質ゲル、坐剤、および浣腸剤(enema)などであるがこれらに限定されない、多くの可能な剤形のうちのいずれかへと製剤化することができる。本開示の組成物はまた、水性媒体中、非水性媒体中、または混合媒体中の懸濁物としても製剤化することができる。水性懸濁物は、懸濁物の粘性を増大させる物質であって、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、および/またはデキストランを含む物質をさらに含有しうる。懸濁物はまた、安定化剤も含有しうる。
本開示の医薬組成物は、溶液、エマルジョン、泡沫、およびリポソームを含有する製剤を含むがこれらに限定されない。本開示の医薬組成物および製剤は、1または複数の浸透増強剤、担体、賦形剤、または他の活性成分もしくは不活性成分を含みうる。
エマルジョンは、通常0.1μmの直径を超える液滴の形態で、別の液体中に分散させた1つの液体による不均質系であることが典型的である。エマルジョンは、分散相に加えたさらなる成分と、水相中、油相中の溶液、または分離相としてのそれ自体として存在しうる活性薬物とを含有しうる。マイクロエマルジョンは、本開示の実施形態として含まれる。当技術分野では、エマルジョンおよびそれらの使用が周知であり、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。
本開示の製剤は、リポソーム製剤を含む。本開示で使用される「リポソーム」という用語は、1または複数の球状の二重層内に配置された、両親媒性脂質から構成される小胞を意味する。リポソームとは、親油性材料から形成された膜と、送達される組成物を含有する水性の内部とを有する、単層または多重層の小胞である。カチオン性リポソームは、正に荷電したリポソームであり、負に荷電したDNA分子と相互作用して、安定的な複合体を形成すると考えられる。pH感受性であるか、または負に荷電したリポソームは、DNAと複合体化するのではなく、DNAを捕獲すると考えられる。カチオン性リポソームおよび非カチオン性リポソームのいずれも、DNAを、細胞へと送達するのに使用されている。
リポソームはまた、本明細書で使用される用語であって、1または複数の特殊化された脂質を含むリポソームを指す、「立体安定化」リポソームも含み、この脂質は、リポソームへと組み込まれると、このような特殊化された脂質を欠くリポソームと比べて、循環寿命の増強を結果としてもたらす。立体安定化リポソームの例は、リポソームの小胞形成脂質部分の一部が、1もしくは複数の糖脂質を含むか、またはリポソームの小胞形成脂質部分の一部を、ポリエチレングリコール(PEG)部分など、1もしくは複数の親水性ポリマーで誘導体化した立体安定化リポソームである。リポソームおよびそれらの使用については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。
本開示の医薬製剤および医薬組成物はまた、界面活性剤も含みうる。当技術分野では、薬物製品中、製剤中、およびエマルジョン中の界面活性剤の使用が周知である。界面活性剤およびそれらの使用については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。
一部の実施形態では、本開示は、多様な浸透増強剤を使用して、核酸、特に、オリゴマーの効率的な送達を行う。細胞膜を横切る非親油性薬物の拡散の支援に加えて、浸透増強剤はまた、親油性薬物の透過性も増強する。浸透増強剤は、5つの大きな類別、すなわち、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート化剤、および非キレート化非界面活性剤のうちの1つに属するものとして分類することができる。浸透増強剤およびそれらの使用については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。
当業者は、製剤が、それらの意図される使用、すなわち、投与経路に従い、慣例的にデザインされることを認識するであろう。
局所投与のための製剤は、本開示のオリゴマーを、脂質、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート化剤、および界面活性剤など、局所送達剤と混合した製剤を含む。脂質およびリポソームは、中性(例えば、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミンDOPE、ジミリストイルホスファチジルコリンDMPC、ジステアロイルホスファチジルコリン)、陰性(例えば、ジミリストイルホスファチジルグリセロールDMPG)、およびカチオン性(例えば、ジオレオイルテトラメチルアミノプロピルDOTAPおよびジオレオイルホスファチジルエタノールアミンDOTMA)を含む。
局所投与または他の投与のために、本開示のオリゴマーを、リポソーム内に封入することもでき、リポソーム、特に、カチオン性リポソームとの複合体を形成することもできる。代替的に、オリゴマーは、脂質、特に、カチオン性脂質と複合体化させることもできる。脂肪酸およびエステル、薬学的に許容されるそれらの塩、ならびにそれらの使用については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。局所製剤については、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、1999年5月20日に出願された、米国特許出願第09/315,298号において詳細に記載されている。
経口投与のための組成物および製剤は、粉末または顆粒、マイクロ粒子、ナノ粒子、水中または非水性媒体中の懸濁物または溶液、カプセル、ゲルカプセル、小袋(sachet)、錠剤またはミニ錠剤(minitablet)を含む。増粘剤、矯味矯臭剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤、または結合剤が望ましい場合がある。経口製剤は、本開示のオリゴマーを、1または複数の浸透増強剤、界面活性剤、およびキレート剤と共に投与する経口製剤である。界面活性剤は、脂肪酸および/またはそのエステルもしくは塩、胆汁酸および/またはその塩を含む。胆汁酸/塩および脂肪酸ならびにそれらの使用については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。一部の実施形態では、本開示は、浸透増強剤の組合せ、例えば、胆汁酸/塩と組み合わせた脂肪酸/塩を提示する。例示的な組合せは、ラウリン酸、カプリン酸、およびUDCAのナトリウム塩である。さらなる浸透増強剤は、ポリオキシエチレン-9-ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン-20-セチルエーテルを含む。本開示のオリゴマーは、経口送達することもでき、噴霧乾燥粒子を含む顆粒形態で送達することもでき、マイクロ粒子またはナノ粒子を形成するように複合体化させることもできる。オリゴマー複合体化剤およびそれらの使用については、その全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。オリゴマーのための経口製剤およびそれらの調製については、それらの各々が参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国出願第09/108,673号(1998年7月1日に出願された)、同第09/315,298号(1999年5月20日に出願された)、および同第10/071,822号(2002年2月8日に出願された)において詳細に記載されている。
非経口投与、髄腔内投与、または脳室内投与のための組成物および製剤は、浸透増強剤、担体化合物、および他の薬学的に許容される担体または賦形剤などであるがこれらに限定されない、緩衝液、希釈剤および他の適切な添加剤もまた含有しうる、滅菌水溶液を含みうる。
ある特定の本開示の実施形態は、1または複数のオリゴマー化合物と、アンチセンス以外の機構により機能する、1または複数の他の化学療法剤とを含有する医薬組成物を提供する。このような化学療法剤の例は、ダウノルビシン、ダウノマイシン、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、エソルビシン、ブレオマイシン、マホスファミド、イホスファミド、シトシン・アラビノシド、ビス-クロロエチルニトロソウレア、ブスルファン、マイトマイシンC、アクチノマイシンD、ミトラマイシン、プレドニゾン、ヒドロキシプロゲステロン、テストステロン、タモキシフェン、ダカルバジン、プロカルバジン、ヘキサメチルメラミン、ペンタメチルメラミン、ミトキサントロン、アムサクリン、クロランブシル、メチルシクロヘキシルニトロソウレア、窒素マスタード、メルファラン、シクロホスファミド、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、シタラビン、5-アザシチジン、ヒドロキシウレア、デオキシコホルマイシン、4-ヒドロキシペルオキシシクロホスホルアミド、5-フルオロウラシル(5-FU)、5-フルオロデオキシウリジン(5-FUdR)、メトトレキサート(MTX)、コルヒチン、タキソール、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド(VP-16)、トリメトレキサート、イリノテカン、トポテカン、ゲムシタビン、テニポシド、シスプラチン、およびジエチルスチルベストロール(DES)などのがん化学療法薬を含むがこれらに限定されない。本開示の化合物と共に使用する場合、このような化学療法剤は、個別に(例えば、5-FUおよびオリゴマー)使用することもでき、逐次的に(例えば、ある期間にわたる5-FUおよびオリゴマーに続く、MTXおよびオリゴマー)使用することもでき、1または複数の他のこのような化学療法剤と組み合わせて(例えば、5-FU、MTX、およびオリゴマー、または5-FU、放射線治療、およびオリゴマー)使用することもできる。非ステロイド系抗炎症薬およびコルチコステロイドを含むがこれらに限定されない抗炎症薬、ならびにリバビリン(ribivirin)、ビダラビン、アシクロビル、およびガンシクロビルを含むがこれらに限定されない抗ウイルス薬もまた、本開示の組成物中で組み合わせることができる。アンチセンス化合物および他の非アンチセンス薬の組合せもまた、本開示の範囲内にある。2つまたはこれを超える組合せ化合物を、併せて使用することもでき、逐次的に使用することもできる。
別の関連する実施形態では、本開示の組成物は、第1の核酸へとターゲティングされた、1または複数のアンチセンス化合物、特にオリゴマーと、第2の核酸標的へとターゲティングされた、1または複数のさらなるアンチセンス化合物とを含有しうる。代替的に、本開示の組成物は、同じ核酸標的の異なる領域へとターゲティングされた、2つまたはこれを超えるアンチセンス化合物を含有しうる。当技術分野では、アンチセンス化合物の多数の例が公知である。2つまたはこれを超える組合せ化合物を、併せて使用することもでき、逐次的に使用することもできる。
V.使用方法
ある特定の実施形態は、治療目的(例えば、GSD-IIを伴う被験体を処置する目的)で、本開示のアンチセンスオリゴマーを使用して、エクソン2を含有するGAA mRNAおよび/またはタンパク質の発現を増大させる方法に関する。したがって、一部の実施形態では、本開示は、GSD-IIに罹患しているか、またはGSD-IIを発症する危険性がある個体を処置する方法であって、有効量の本開示のアンチセンスオリゴマーを、被験体に投与するステップを含む方法を提示する。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNA内の領域と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性のヌクレオチド配列を含み、ここで、アンチセンスオリゴマーの、領域への結合は、被験体の細胞内および/または組織内の、エクソン2を含有するGAA mRNAのレベルを上昇させる。例示的なアンチセンスターゲティング配列を、本明細書の表2A~2Cに示す。
また、II型糖原病(GSD-II;ポンペ病)を処置するための医薬の調製における使用のためのアンチセンスオリゴマーであって、酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNA内の領域と特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性のヌクレオチド配列を含み、アンチセンスオリゴマーの、領域への結合が、エクソン2を含有するGAA mRNAのレベルを上昇させるアンチセンスオリゴマーも含まれる。
GSD-IIを処置する方法、またはGSD-IIを処置するための医薬についての一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマー化合物は、
ホスホルアミデートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)、ペプチド核酸(PNA)、ロックト核酸(LNA)、ホスホロチオエートオリゴマー、トリシクロDNAオリゴマー、トリシクロホスホロチオエートオリゴマー、2’O-Me修飾オリゴマー、または前出の任意の組合せから選択される、非天然の化学的骨格と;
ヒト酸性アルファ-グルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内、イントロン2(配列番号60)内、またはエクソン2(配列番号61)内の領域と相補的なターゲティング配列と
を含む。
上記で言及した通り、「GSD-II」とは、罹患個体におけるGAAタンパク質の過小発現を特徴とすることが多い、ヒト常染色体劣性疾患である、II型糖原病(GSD-IIまたはポンペ病)を指す。乳児型GSD-IIを有する被験体、およびGSD-IIの遅発形態を有する被験体が含まれる。
ある特定の実施形態では、被験体は、心臓組織、骨格筋組織、肝臓組織、および神経系組織を含む、1または複数の組織におけるGAAタンパク質の発現および/または活性が低減されている(例えば、健常被験体または早期の時点と比べて)。一部の実施形態では、被験体は、心臓組織、骨格筋組織、肝臓組織、および神経系組織を含む、1または複数の組織におけるグリコーゲンの蓄積を増大させている(例えば、健常被験体または早期の時点と比べて)。具体的な実施形態では、被験体は、おそらく、機能的なGAAタンパク質の発現の低減をもたらす、他の変異と組み合わせた、少なくとも1つのIVS1-13T>G変異(c.336-13T>Gともまた称する)を有する。GSD-IIにおいて使用される分子遺伝学的検査についての概要を、下記の表3に示す。
Figure 0007033547000242
ある特定の実施形態は、本明細書で記載されるように、細胞、組織、および/または被験体におけるエクソン2を含有するGAA mRNAまたはタンパク質の発現を増大させる方法に関する。場合によって、エクソン2を含有するGAA mRNAまたはタンパク質を、アンチセンスオリゴマーを伴わない対照、例えば、対照細胞/被験体、対照組成物、処置の非存在、および/または早期の時点と比べて、約5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、もしくは100%、または少なくともほぼこれらの比率だけ増大させる。また、健常対照のレベルと比べた、含有するGAA mRNAまたはタンパク質の発現を維持する方法も含まれる。
一部の実施形態は、本明細書で記載されるように、細胞、組織、および/または被験体における機能的/活性なGAAタンパク質の発現を増大させる方法に関する。ある特定の場合には、機能的/活性なGAAタンパク質のレベルを、アンチセンスオリゴマーを伴わない対照、例えば、対照細胞/被験体、対照組成物、処置の非存在、および/または早期の時点と比べて、約5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、もしくは100%、または少なくともほぼこれらの比率だけ増大させる。また、健常対照のレベルと比べた、機能的/活性なGAAタンパク質の発現を維持する方法も含まれる。
特定の実施形態は、本明細書で記載されるように、1または複数の細胞、組織、および/または被験体におけるグリコーゲンの蓄積を低減する方法に関する。ある特定の場合には、グリコーゲンの蓄積を、アンチセンスオリゴマーを伴わない対照、例えば、対照細胞/被験体、対照組成物、処置の非存在、および/または早期の時点と比べて、約5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、もしくは100%、または少なくともほぼこれらの比率だけ低減する。また、細胞、組織、および/または被験体における、正常であるかまたは他の形で健常なグリコーゲンレベル(例えば、無症状性のレベルまたはGSD-IIの症状の低減と関連するレベル)を維持する方法も含まれる。
また、それを必要とする被験体において、GSD-IIの1または複数の症状を低減する方法も含まれる。特定の例は、心肥大、低血圧症(hypotonia)、心筋症、左室流出路閉塞、呼吸逼迫、運動遅滞(motor delay)/筋力低下(muscle weakness)、および摂食困難/成長障害など、乳児型GSD-IIの症状を含む。さらなる例は、筋力低下(例えば、進行性の筋力低下を含む骨格筋力低下)、咳機能障害(impaired cough)、再発性胸部感染症(recurrent chest infection)、低血圧症、運動発達遅滞(delayed motor milestone)、嚥下および咀嚼の困難、および肺活量の低減または呼吸不全など、遅発型GSD-IIの症状を含む。
本開示のアンチセンスオリゴマーを被験体に投与して、GSD-IIを処置する(予防的または治療的に)ことができる。このような処置と共に、ゲノム薬理学(すなわち、個体の遺伝子型と、外来化合物または薬物へのその個体の応答との関係についての研究)について考慮することができる。治療剤の代謝の差違は、薬理学的な活性薬物の用量と血中濃度との関係を変更することにより、重度の毒性または治療の失敗をもたらしうる。
こうして、医師または臨床医は、治療剤を投与すべきなのかどうかの決定においてのほか、治療剤による処置の投与量および/または治療レジメンの調整においても関与性のゲノム薬理学研究において得られる知見の適用について考慮することができる。
アンチセンスオリゴマーの、標的核酸への有効な送達は、処置の1つの側面である。アンチセンスオリゴマーの送達経路は、経口経路および非経口経路を含む、多様な全身経路、例えば、静脈内送達、皮下送達、腹腔内送達、および筋内送達のほか、吸入送達、経皮送達、および局所送達を含むがこれらに限定されない。適切な経路は、当業者が、処置下にある被験体の状態に適切な経路として決定することができる。血管循環または血管外循環の、血液またはリンパ系、および脳脊髄液は、RNAを導入しうる、一部の非限定的な部位である。直接的なCNS送達を使用することができ、例えば、脳室内投与または髄腔内投与を、投与経路として使用することができる。
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、被験体に、筋内注射(IM)により投与する、すなわち、アンチセンスオリゴマーを、筋内投与または筋内送達する。筋内注射部位の非限定的な例は、腕部の三角筋、脚部の外側広筋、および腰部の腹側臀筋(ventrogluteal muscle)、および臀部の背側臀筋(dorsogluteal muscle)を含む。具体的な実施形態では、PMO、PMO-X、またはPPMOを、IMにより投与する。
ある特定の実施形態では、それを必要とする被験体は、中枢神経系組織内の、グリコーゲンの蓄積を有する。例は、中枢神経系病態が、GSD-IIにおける呼吸欠乏に寄与する場合(例えば、DeRuisseauら、PNAS USA.、106巻:9419~24頁、2009年を参照されたい)を含む。したがって、例えば、被験体が、CNSの罹患を伴うGSD-IIを有する場合、本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーを、被験体の神経系へと、当技術分野で認知された任意の方法により送達することができる。例えば、本開示のアンチセンスオリゴマーの末梢血注射を使用して、前記試薬を、拡散手段および/または能動的手段を介して、末梢ニューロンへと送達することができる。代替的に、アンチセンスオリゴマーは、血液脳関門(BBB)の横断を促進して、前記試薬の、中枢神経系(CNS)の神経細胞への送達を達成するように修飾することもできる。アンチセンスオリゴマー技術および送達戦略における、近年の具体的な進歩により、アンチセンスオリゴマーの、神経障害のための使用の範囲が広がっている(例えば、Forte, A.ら、2005年、Curr. Drug Targets、6巻:21~29頁;Jaeger, L. B.およびW. A. Banks、2005年、Methods Mol. Med.、106巻:237~251頁;Vinogradov, S. V.ら、2004年、Bioconjug. Chem.、5巻:50~60頁を参照されたい;前出は、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる)。例えば、本開示のアンチセンスオリゴマーは、ペプチド核酸(PNA)化合物として作出することができる。PNA試薬は各々、BBBを横断することが同定されている(Jaeger, L. B.およびW. A. Banks、2005年、Methods Mol. Med.、106巻:237~251頁)。被験体の、例えば、血管作用性薬剤による処置もまた、BBBを横切る輸送を促進することが記載されている(同上)。本開示のアンチセンスオリゴマーの、BBBを横切って能動的に輸送される薬剤への係留もまた、送達機構として使用することができる。イオヘキソールなどの造影剤と併せたアンチセンス剤の投与(例えば、別個に、共時的に、同じ製剤内で)もまた、参照によりその全体において組み込まれる、PCT公開第WO/2013/086207号において記載される通り、BBBを横切る送達を容易としうる。
ある特定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、経皮的な方法により(例えば、このようなアンチセンスオリゴマーを、任意選択で、リポソームへとパッケージングする、アンチセンスオリゴマーの、例えば、エマルジョンへの組込みを介して)送達することができる。送達のこのような経皮的な方法およびエマルジョン/リポソーム媒介型の方法は、アンチセンスオリゴマーの送達について、当技術分野、例えば、その内容が、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,965,025号において記載されている。
本明細書で記載されるアンチセンスオリゴマーはまた、植込み可能なデバイスを介して送達することもできる。このようなデバイスのデザインは、当技術分野で認知された工程であって、例えば、その内容が、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる、米国特許第6,969,400号において記載されている、例えば、合成インプラントデザインを伴う工程である。
当技術分野で認知された技法(例えば、トランスフェクション、電気穿孔、融合、リポソーム、コロイド状ポリマー性粒子、およびウイルスベクターおよび非ウイルスベクターのほか、当技術分野で公知の他の手段)を使用して、アンチセンスオリゴマーを、細胞へと導入することができる。選択される送達法は、少なくとも、オリゴマー化学、処置される細胞、および細胞の場所に依存し、そして当業者には明らかであろう。例えば、局在化は、表面上にリポソームを方向づける特異的なマーカーを伴うリポソーム、標的細胞を含有する組織への直接的な注射、特異的な受容体媒介型の取込みなどにより達成することができる。
当技術分野で公知の通り、アンチセンスオリゴマーは、例えば、リポソーム媒介型の取込み、脂質コンジュゲート、ポリリシン媒介型の取込み、ナノ粒子媒介型の取込み、および受容体媒介型のエンドサイトーシスのほか、マイクロインジェクション、透過化(例えば、ストレプトリジンOによる透過化、アニオン性ペプチドによる透過化)、電気穿孔、およびエンドサイトーシス以外の多様な非侵襲性送達法であって、当技術分野で公知の送達法など、エンドサイトーシス以外のさらなる送達方式(参照によりその全体において組み込まれる、DokkaおよびRojanasakul、Advanced Drug Delivery Reviews、44巻、35~49頁を参照されたい)を伴う方法を使用して送達することができる。
アンチセンスオリゴマーは、生理学的および/または薬学的に許容される、任意の好都合なビヒクルまたは担体により投与することができる。このような組成物は、薬学的に許容される、様々な標準的担体であって、当業者により使用される担体のうちのいずれかを含みうる。例は、食塩水、リン酸緩衝食塩水(PBS)、水、水性エタノール、油/水エマルジョンまたはトリグリセリドエマルジョンなどのエマルジョン、錠剤、およびカプセルを含むがこれらに限定されない。生理学的に許容される適切な担体の選出は、選び出される投与方式に応じて変動するであろう。「薬学的に許容される担体」は、薬学的投与に適合性の担体など、任意で全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤を含むことを意図する。当技術分野では、薬学的に活性な物質のための、このような媒体および薬剤の使用が周知である。任意の従来の媒体または薬剤が、活性化合物に不適合性である場合を除き、組成物中のその使用が想定される。補充の活性化合物もまた、組成物へと組み込むことができる。
本開示の化合物(例えば、アンチセンスオリゴマー)は一般に、遊離酸または遊離塩基として活用することができる。代替的に、本開示の化合物は、酸付加塩または塩基付加塩の形態で使用することもできる。本開示の遊離アミノ化合物の酸付加塩は、当技術分野で周知の方法により調製することができ、有機酸および無機酸から形成することができる。適切な有機酸は、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、グルコン酸、乳酸、マンデル酸、ケイ皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、およびベンゼンスルホン酸を含む。
適切な無機酸は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、および硝酸を含む。塩基付加塩は、カルボン酸アニオンと共に形成される塩を含み、さらに、アルカリ金属およびアルカリ土類金属(例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウム、およびカルシウム)から選択されるもののほか、アンモニウムイオンおよびその置換誘導体(例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、2-ヒドロキシエチルアンモニウムなど)などの、有機カチオンおよび無機カチオンと共に形成される塩を含む。こうして、「薬学的に許容される塩」という用語は、任意で全ての許容される塩形態を包含することを意図する。
加えて、本開示の文脈にはまた、プロドラッグも含まれる。プロドラッグとは、このようなプロドラッグを、患者へと投与すると、in vivoにおいて、化合物を放出する、共有結合した任意の担体である。プロドラッグは一般に、慣例的な操作により、またはin vivoにおいて、修飾が切断されて、親化合物をもたらすように、官能基を修飾することにより調製する。プロドラッグは、例えば、本開示の化合物であって、ヒドロキシ基、アミン基、またはスルフヒドリル基を、患者へと投与されると、切断されて、ヒドロキシ基、アミン基、またはスルフヒドリル基を形成する任意の基に結合させた化合物を含む。こうして、プロドラッグの代表例は、本開示のアンチセンスオリゴマーのアルコール官能基およびアミン官能基の、酢酸誘導体、ギ酸誘導体、および安息香酸誘導体を含む(がこれらに限定されない)。さらに、カルボン酸(-COOH)の場合は、メチルエステル、エチルエステルなどのエステルも使用することができる。
場合によって、リポソームを使用して、アンチセンスオリゴマーの、細胞への取込みを容易とすることもできる(例えば、Williams, S.A.、Leukemia、10巻(12号):1980~1989頁、1996年;Lappalainenら、Antiviral Res.、23巻:119頁、1994年;Uhlmannら、「antisense oligomers: a new therapeutic principle」、Chemical Reviews、90巻、4号、25 544~584頁、1990年;Gregoriadis, G.、14章、「Liposomes, Drug Carriers in Biology and Medicine」、287~341頁、Academic Press、1979年を参照されたい)。例えば、WO93/01286において記載されている通り、ヒドロゲルもまた、アンチセンスオリゴマーを投与するためのビヒクルとして使用することができる。代替的に、オリゴマーは、マイクロスフェアまたはマイクロ粒子により投与することもできる(例えば、Wu, G.Y.およびWu, C.H.、J. Biol. Chem.、262巻:4429~4432頁、30 1987年を参照されたい)。代替的に、米国特許第6,245,747号において記載されている通り、アンチセンスオリゴマーと複合体化させたガス充填マイクロバブルの使用によっても、標的組織への送達を増強することができる。持続放出組成物もまた、使用することができる。これらは、フィルムまたはマイクロカプセルなどの成形品の形態にある半透性ポリマーマトリクスを含みうる。
一実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、リソソーム蓄積症の症状を呈示する哺乳動物被験体、例えば、ヒトまたは家畜へと、適切な医薬担体により投与する。方法についての一態様では、被験体は、ヒト被験体、例えば、GSD-II(ポンペ病)を有すると診断された患者である。好ましい一実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、薬学的に許容される担体中に含有され、経口送達される。別の好ましい実施形態では、オリゴマーは、薬学的に許容される担体中に含有され、静脈内(i.v.)送達される。
一実施形態では、アンチセンス化合物を、少なくとも200~400nMのアンチセンスオリゴマーのピーク血中濃度を結果としてもたらすのに有効な量および様式で投与する。一般に、約1~2週間にわたり、定期的な間隔で、1または複数の用量のアンチセンスオリゴマーが投与されることが典型的である。経口投与に好ましい用量は、70kg当たりのオリゴマー約1~1000mgである。場合によって、患者1人当たりのオリゴマー1000mgを超える用量が必要でありうる。i.v.投与では、好ましい用量は、70kg当たりのオリゴマー約0.5~1000mgである。アンチセンスオリゴマーは、短期間にわたり、定期的な間隔で、例えば、2週間またはこれ未満にわたり、毎日投与することができる。しかし、場合によって、オリゴマーを、より長期間にわたり、間欠的に投与する。投与は、抗生剤または他の治療的処置の投与が後続する場合もあり、これらと共時的な場合もある。処置レジメンは、処置下の被験体についての、イムノアッセイ、他の生化学的検査および生理学的精査の結果に基づき指し示される通りに、調整することができる(用量、頻度、経路など)。
本開示のアンチセンスオリゴマーを使用する、in vivoにおける有効な処置レジメンは、持続期間、用量、頻度、および投与経路のほか、処置下の被験体の状態(すなわち、限局感染または全身感染に応答した投与と対比した予防的投与)に従い変化させることができる。したがって、このようなin vivoにおける治療は、最適な治療転帰を達成するために、処置下にある特定の種類の障害に適切な検査によるモニタリング、および用量または処置レジメンにおける対応する調整を要請することが多いであろう。
処置は、例えば、当技術分野で公知の、疾患についての一般的な指標によりモニタリングすることができる。in vivoにおいて投与される、本開示のアンチセンスオリゴマーの効能は、アンチセンスオリゴマーの投与前、投与時、および投与後に、被験体から採取される生物学的試料(組織、血液、尿など)により決定することができる。このような試料についてのアッセイは、(1)当業者に公知の手順、例えば、電気泳動によるゲル移動度アッセイを使用して、標的配列および非標的配列とのヘテロ二重鎖形成の存在または非存在についてモニタリングすること;(2)RT-PCR、ノーザンブロット法、ELISA、またはウェスタンブロット法などの標準的技法により決定される、基準の正常mRNAまたは正常タンパク質と比較して、変異体mRNAの量をモニタリングすることを含む。
一部の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、哺乳動物細胞により、能動的に取り込まれる。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、本明細書で記載される輸送部分(例えば、輸送ペプチドまたはCPP)へとコンジュゲートさせて、このような取込みを容易とすることができる。
VI.投薬
治療用組成物の製剤化およびそれらのその後における投与(投薬)は、当業者の技術の範囲内にあると考えられる。投薬は、処置される疾患状態の重症度および応答性に依存し、処置の過程は、数日間から数カ月間にわたり持続するか、または治癒がなされるか、もしくは疾患状態の減殺が達成されるまで持続する。最適の投薬スケジュールは、患者の体内の薬物蓄積の測定値から計算することができる。当業者は、最適投与量、投薬法、および反復速度を容易に決定することができる。最適の投与量は、個々のオリゴマーの相対的効力に応じて変動させることができ、一般に、in vitroおよびin vivoの動物モデルにおいて有効であることが見出されているEC50に基づき推定することができる。一般に、投与量は、体重1kg当たり0.01μg~100gであり、毎日、毎週、毎月、もしくは毎年1回もしくは複数回にわたり、なおまたは2~20年間ごとに1回施すことができる。当業者は、体液中または組織内の、薬物の測定された滞留時間および濃度に基づき、投薬の反復速度を、容易に推定することができる。処置が成功した後、患者に、疾患状態の再発を防止する維持療法であって、オリゴマーを、体重1kg当たり0.01μg~100gの範囲の維持用量で、毎日1回または複数回~20年ごとに1回投与する維持療法を受けさせることが望ましい場合がある。
その実施形態のうちのいくつかに従い、本開示について具体的に記載してきたが、以下の実施例は、本開示を例示することだけに資するものであり、これを限定することを意図するものではない。本出願で列挙される、参考文献、特許、特許出願、GenBank受託番号などの各々は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる。
VII.実施例
(実施例1)
アンチセンスターゲティング配列のデザイン
アンチセンスオリゴマーのターゲティング配列を、ヒトGAA遺伝子内のIVS1-13T>G変異と関連する、治療用スプライス切換え適用のためにデザインした。本実施例では、スプライス切換えオリゴマーにより、イントロンスプライスサイレンサーエレメントおよびエクソンスプライスサイレンサーエレメント(それぞれ、ISSおよびESSエレメント)を抑制し、これにより、成熟GAA mRNA内のエクソン2の保持を促進することが期待される。次いで、正常または正常に近いGAA発現の回復は、機能的な酵素を合成し、これにより、GSD-II患者へと臨床的利益をもたらすことを可能とするであろう。
こうして、GAA遺伝子のエクソン2内またはそのフランキングイントロン内のいずれかのスプライスサイレンサーエレメントを遮蔽するように、ある特定のアンチセンスターゲティング配列をデザインした。潜在的なサイレンサーエレメントの標的の非限定的な例は、hnRNPA1モチーフ(TAGGGA)、Tra2-βモチーフ、および9G8モチーフを含む。適切なアンチセンス標的配列をもたらしうる長距離相互作用を同定するために、イントロン1および2(それぞれ、IVS1およびIVS2)のmRNAについての、コンピュータによる(in silico)二次構造解析(mFold)も使用した。この解析から得られるアンチセンスターゲティング配列を本明細書の表2A~2Cに示す。
表2A~2Cに明示されたターゲッティング配列を含む例示的なオリゴマーをPMOおよび/またはPPMO(アルギニンに富むCPPなどのCPPとコンジュゲートしたオリゴマー)として調製した。下記の通り、下記の実施例2にも記載されているヌクレオフェクションプロトコールを使用してこれらのアンチセンスオリゴマーをGSD-II患者由来の線維芽細胞に導入した。
(実施例2)
材料および方法
GSD-II細胞。患者由来の線維芽細胞またはGSD-IIを伴う個体に由来するリンパ球(Coriell細胞系であるGM00443およびGM11661)を、標準的なプロトコールに従い、10%FBSを伴うイーグルMEM中で培養した。細胞を、実験の前に約3~5日間にわたり継代培養し、トランスフェクション時またはヌクレオフェクション時に約80%コンフルエントにした。
GM00443線維芽細胞は、30歳の男性に由来する。成体形態であり;20歳代で発症しており;GAAのmRNA、抗体により検出されるGAAタンパク質のサイズおよび量は正常であるが、正常な酸性アルファ-1,4グルコシダーゼ活性の9~26%しかなく;CCRにおける継代3代目であり;ドナー被験体が、GAA遺伝子のイントロン1のアクセプター部位の-13位におけるT>Gトランスバージョンであって、第1のコードエクソン[エクソン2(IVS1-13T>G)]を欠失させた、代替的なスプライシング転写物を結果としてもたらすトランスバージョンを保有する1つの対立遺伝子により、ヘテロ接合性である。
GM11661線維芽細胞は、38歳の男性に由来する。肝機能検査が異常であり;身体活動の際に、時折、筋肉硬直が生じ;午前中に頭痛がし;脂肪分の多い食物に対して非忍容性であり;腹部に嚢胞があり;線維芽細胞およびWBCの酸性アルファ-1,4グルコシダーゼ活性が欠損し;ドナー被験体が、複合ヘテロ接合性であり:対立遺伝子1が、GAA遺伝子のイントロン1のアクセプター部位の-13位におけるT>Gトランスバージョン(IVS1-13T>G)を保有し;結果として得られる代替的なスプライシング転写物が、開始コドンを含有するエクソン2の、インフレームの欠失を有し;対立遺伝子2が、エクソン18の欠失を保有する。
ヌクレオフェクションプロトコール;アンチセンスPMO/PPMO(アルギニンに富むペプチドへとコンジュゲートさせたPMO)を、ヌクレアーゼ非含有水(DEPCで処置されていない)中に、1~2mMのストック溶液として調製し、ここから、ヌクレオフェクションに適切な希釈液を作る。GSD-II細胞を、トリプシン処理し、カウントし、90gで、10分間にわたり遠心分離し、ウェル1つ当たりの細胞1~5×10個を、ヌクレオフェクション用のSolution P2(Lonza)中に再懸濁させる。次いで、アンチセンスPMO溶液および細胞を、Nucleocuvette 16ウェルストリップの各ウェルへと添加し、プログラムEN-100でパルス処理する。細胞を、室温で、10分間にわたりインキュベートし、二連の12ウェルプレートへと移す。製造元の推奨プロトコールに従い、GE Illustra 96 Spinキットを使用して処置された細胞から、48時間後に、全RNAを単離する。回収されたRNAを、解析の前に、-80℃で保管する。
GAAのRT-PCR:エクソン2を含有するmRNAをPCRで検出するために、プライマー配列を、エクソン1(フォワード)から、エクソン3(リバース)へと選択する。エクソン1~3にわたるRT-PCRにより、およそ1177塩基の全長アンプリコンを作出する。完全なアンプリコン(約1177塩基)と、エクソン2(エクソン2は、約578塩基である)を失っている約600塩基の転写物とのサイズの差違は、短い産物の実質的に優先的な増幅がなされることを意味する。これは、全長転写物またはエクソン2を含有する転写物のスプライシングを誘導するアンチセンスオリゴマーの効能についてのアッセイにおける、高いベンチマークを設定するであろう。
GAA対立遺伝子を増幅するのに、SuperScript III One-Step RT-PCRシステム(Invitrogen)を使用して、逆転写酵素PCRを実施する。ヌクレオフェクトされた細胞から単離された、400ngの全RNAを逆転写し、遺伝子特異的プライマーで増幅する。
One-Stepキットにより提供される増幅溶液に、Cy5で標識されたdCTP(GE)を補充して、蛍光によるバンドの可視化を可能とする。消化された試料を、プレキャストされた、10%のアクリルアミド/TBEゲル(Invitrogen)上で泳動させ、633nmの励起レーザーと、プラテン表面に焦点面を伴う、670nmのBP 30吸収フィルターとを使用するTyphoon Trio(GE)上で可視化する。ゲルを、ImageQuant(GE)で解析して、バンドの強度を決定する。エクソン2を含有する全てのバンドの強度を併せて加え、組入れ解析における、全エクソン2転写物レベルを表す。
代替的に、エクソン組入れ%を決定するために、PCR増幅産物(Cy5で標識されたdCTPを補充しない)を、Caliper LabChip GXバイオアナライザーまたはAgilent 2200 Tape Station上で解析する。
GAA酵素アッセイおよびタンパク質Simple Wes:形質転換されていない、患者由来の線維芽細胞(GM00443)に、Lonza製のP3ヌクレオフェクター溶液中に多様な濃度のPMOをヌクレオフェクトし、5%のCOと共に、37℃で、6日間にわたりインキュベートした。細胞を、Hank’s Balanced Salt Solution(HBSS)で2回洗浄し、緩衝されていないHOで溶解させ、3回凍結/融解させ、次いで、1000rpmで1分間にわたり振とうした。Bio-Rad DC(商標)Assay Kitを使用して、全タンパク質濃度を定量化した。酵素アッセイのために、細胞溶解物を、0.2Mの酢酸緩衝液(pH3.9または6.5)中に、1.4mMの4-メチルウンベリフェリルα-D-グルコピラノシドと共に組み合わせ、37℃で、3時間にわたりインキュベートし、次いで、蛍光を、360nm励起および460nm放出で読み取った。4-メチルウンベリフェロンを使用して、検量線を作成した。
ProteinSimple(登録商標)Wes(商標)システム(12~230kDaのMaster Kit)を使用して、GAAタンパク質についてのウェスタンブロットを実施した。Abcam製のウサギ抗GAA抗体[クローンEPR4716(2)]を、1:100に希釈し、1:5に希釈されたSanta Cruz Biotechnology製のマウス抗GAPDH[クローン6c5]と共に二重化させた。ProteinSimple(登録商標)製のマウス二次抗体およびウサギ二次抗体を、二重化のために、1:1に組み合わせた。ProteinSimple(登録商標)Compassソフトウェアを使用して、GAAを、GAAの全ての形態について、曲線下面積として定量化し、GAPDHに照らして正規化する。
(実施例3)
アンチセンスPMOおよびPPMOの調製
ヒトGAAプレmRNA(例えば、ヒトGAAプレmRNAのイントロン1)をターゲティングするようにデザインされたアンチセンスPMOを本明細書で記載される通り合成し、GSD-II患者由来の線維芽細胞を処置するのに使用した。
Figure 0007033547000243
Figure 0007033547000244
Figure 0007033547000245
Figure 0007033547000246
Figure 0007033547000247
Figure 0007033547000248
(実施例4)
アンチセンスオリゴマーは、GSD-II患者由来の線維芽細胞内の酸性アルファ-グルコシダーゼの発現レベルの上昇を誘導する
上記のアンチセンスPMOおよびPPMOを、ヌクレオフェクション(例えば、上記の材料および方法を参照されたい)によりGM00443細胞またはGM11661細胞に送達した。5%CO、37℃で6日間インキュベートした後、細胞を溶解させ、溶解物中のGAA活性、またはGAAタンパク質の発現を上記のイムノアッセイによって測定した。一般に、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドで処置された細胞内のGAA酵素のタンパク質発現は、非処置細胞内のGAA発現レベルより高かった(以下の特定の実験結果を参照されたい)。これらの結果は、本開示のオリゴヌクレオチドが、GSD-II患者由来の線維芽細胞内のGAA酵素のタンパク質発現レベルの上昇を誘導することを指し示す。いかなる理論または作用機構にも束縛されずに述べると、本明細書で記載される実験結果との関連で、本発明者らは、本開示のオリゴマーが、ISSエレメントおよび/またはESSエレメントを抑制し、これにより、成熟GAA mRNA内のエクソン2の保持を促進すると考える。
以下の実験において詳述されている通り、一連の変異体PPMOおよびPMOオリゴヌクレオチドを、ポンペ病の患者由来の細胞中のGAA酵素の発現および/または活性を増大させるそれらの能力について評定した。変異体オリゴヌクレオチドのターゲティング配列は、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的であり、ここで、標的領域は、ターゲティング配列と比較して1つ、2つ、3つ、または4つのさらなるヌクレオ塩基を含み、これらのさらなるヌクレオ塩基はシトシンであり、また、1つ、2つ、3つ、または4つのさらなるヌクレオ塩基は、ターゲティング配列内に対応する相補的なヌクレオ塩基を有さない(したがって、「-G」(グアニン)、「-2G」、「-3G」、または「-4G」アノテーション)。さらなるヌクレオ塩基は、標的領域の内部にある。驚いたことに、これらの変異体オリゴヌクレオチドの多くが、対応する非変異体ターゲティング配列を有するオリゴヌクレオチドと同じまたは同様の活性を有することが発見された(例えば、図10bおよび16を参照されたい)。一部の例では、変異体ターゲティング配列を有するオリゴヌクレオチドは、対応する非変異体ターゲティング配列を有するオリゴヌクレオチドと比較して、患者細胞内のGAAの酵素活性の増大時に、より活性であった(例えば、図16を参照されたい)。例えば、図16に示される通り、GAAと100%相補的なターゲティング配列を伴うオリゴヌクレオチド(非変異体)と比較してG残基が1つ少ない変異体ターゲティング配列を有する、2つの異なるオリゴヌクレオチドは、ポンペ病患者由来の線維芽細胞内のGAAの増大時に、より活性であった(図16)。
実験1
選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞内、複数の用量(5μM、および0.2μM)で評定した。ヌクレオフェクトされた細胞の、6日間にわたるインキュベーションの後、溶解物を、上記の通り調製し、溶解物中のGAAの酵素活性を測定した。図1および2に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験2
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1μM、0.2μM、および0.4μM)で評定した。図3および4に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験3
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1μM、0.2μM、および0.04μM)で評定した。図5~8に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験4
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図9に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験5
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図10aに示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験6
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図10bに示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験7
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図11および12に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験8
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図13aに示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験9
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図13bに示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験10
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図14に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験11
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図15aに示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験12
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、0.5μM、および0.16μM)で評定した。図15bに示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験13
別の実験では、選択されたオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、5μMの単一用量で評定した。図16に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。
実験14
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図17に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.042~0.836にわたった。
実験15
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図18に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.086~0.414にわたった。
実験16
図19は、GM00443細胞およびGM11661細胞の両方において評定した、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドについての、3回の実験、N=9について平均したEC50(μM)値を要約した表を提示する。
実験17
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図20に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.149~0.896にわたった。
実験18
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図21に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.100~0.550にわたった。
実験19
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM00443細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図22に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.025~0.675にわたった。
実験20
図23は、GM00443細胞およびGM11661細胞の両方において評定した、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドについての、全てのアッセイ、N=9について平均したEC50(μM)値を要約した表を提示する。
実験21
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図24に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.144~0.630にわたった。
実験22
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図25に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.128~0.763にわたった。
実験23
別の実験では、選択されたPPMOオリゴヌクレオチドを、GM11661細胞中、複数の用量(5μM、1.6μM、および0.5μM)で評定した。図26に示される通り、全ての被験濃度におけるこれらの化合物の各々で処置された細胞の溶解物は、非処置細胞に由来する溶解物中のGAAの酵素活性レベルと比較して、GAAの酵素活性の上昇を呈示した。さらに、EC50(μM)は、0.002~0.218にわたった。

Claims (42)

  1. ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的なターゲティング配列を含む10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記標的領域が前記ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記標的領域の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、式(I):
    Figure 0007033547000249
    のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩である、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド[式中、
    各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
    Zは、8~38の整数であり;
    各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
    Tは、OHと、式:
    Figure 0007033547000250
    の部分とから選択され、式中、
    Aは、-OH、-N(R、およびRから選択され、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
    は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
    Figure 0007033547000251
    の部分から選択され、式中、
    は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
    mは、1~5の整数であり、
    11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
    y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    の各出現は、
    -N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
    式(II):
    Figure 0007033547000252
    の部分[式中、
    15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
    18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    qは、1~5の整数であり;
    各R17は、Hおよびメチルから独立に選択される];および
    式(III):
    Figure 0007033547000253
    の部分[式中、
    19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
    22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    rは、1~5の整数である]から選択され、
    20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
    19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
    から独立に選択され;
    は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
    Figure 0007033547000254
    の部分から選択され、式中、
    23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    sは、1~5の整数であり;
    Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
    各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
    Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
    Figure 0007033547000255
    [式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
    から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
    Gは、1回の出現で存在するか、または存在しない]。
  2. 前記標的領域が、配列番号2または配列番号3のうちの少なくとも1つを含む、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  3. 前記ターゲティング配列が前記標的領域に結合すると、GAA mRNA内のエクソン2の保持を促進する、請求項1または2に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  4. 前記標的領域が、前記ターゲティング配列と比較してさらなるヌクレオ塩基を1~3個含む、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  5. 酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも2倍または少なくとも3倍または少なくとも4倍のGAAの酵素活性を誘導する、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  6. 前記ターゲティング配列が、配列番号13~58のうちのいずれか1つから選択される、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  7. 前記ターゲティング配列が、配列番号13、33~38、45、46、および87~123のうちのいずれか1つから選択される、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  8. 前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、または34~36のうちのいずれか1つから選択される、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  9. 式(I):
    Figure 0007033547000256
    のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩[式中、
    各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
    Zは、8~38の整数であり;
    各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
    Tは、OHと、式:
    Figure 0007033547000257
    の部分とから選択され、式中、
    Aは、-OH、-N(R、およびRから選択され、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
    は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
    Figure 0007033547000258
    の部分から選択され、式中、
    は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
    mは、1~5の整数であり、
    11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
    y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    の各出現は、
    -N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
    式(II):
    Figure 0007033547000259
    の部分[式中、
    15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
    18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    qは、1~5の整数であり;
    各R17は、Hおよびメチルから独立に選択される];および
    式(III):
    Figure 0007033547000260
    の部分[式中、
    19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
    22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    rは、1~5の整数である]から選択され、
    20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
    19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
    から独立に選択され;
    は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
    Figure 0007033547000261
    の部分から選択され、式中、
    23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    sは、1~5の整数であり;
    Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
    各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
    Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
    Figure 0007033547000262
    [式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
    から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
    Gは、1回の出現で存在するか、または存在せず、前記ターゲティング配列は、
    I.
    a)Zが22である配列番号13(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
    b)Zが22である配列番号14(GCC AGA AGG AAG GC GAG AAA AGC X);
    c)Zが22である配列番号15(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC);
    d)Zが22である配列番号16(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC);
    e)Zが22である配列番号17(AGA AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA);
    f)Zが22である配列番号18(GAA GGA AGG CGA GAA AAG CXC CAG);
    g)Zが22である配列番号19(AAG GAA GGC GAG AAA AGC XCC AGC);
    h)Zが22である配列番号20(AGG AAG GCG AGA AAA GCX CCA GCA);
    i)Zが21である配列番号21(CGG CXC XCA AAG CAG CXC XGA GA);
    j)Zが21である配列番号22(ACG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AG);
    k)Zが21である配列番号23(CAC GGC XCX CAA AGC AGC XCX GA);
    l)Zが21である配列番号24(XCA CGG CXC XCA AAG CAG CXC XG);
    m)Zが21である配列番号25(CXC ACG GCX CXC AAA GCA GCX CX);
    n)Zが21である配列番号26(ACX CAC GGC XCX CAA AGC AGC XC);
    o)Zが21である配列番号27(GCG GCA CXC ACG GCX CXC AAA GC);
    p)Zが21である配列番号28(GGC GGC ACX CAC GGC XCX CAA AG);
    q)Zが21である配列番号29(CGG CAC XCA CGG CXC XCA AAG CA);
    r)Zが21である配列番号30(GCA CXC ACG GCX CXC AAA GCA GC);
    s)Zが21である配列番号31(GGC ACX CAC GGC XCX CAA AGC AG);
    t)Zが21である配列番号32(CAC XCA CGG CXC XCA AAG CAG CX);
    u)Zが21である配列番号33(GCC AGA AGG AAG GCG AGA AAA GC);
    v)Zが20である配列番号34(CCA GAA GGA AGG CGA GAA AAG C);
    w)Zが19である配列番号35(CAG AAG GAA GGC GAG AAA AGC);
    x)Zが21である配列番号36(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA AG);
    y)Zが20である配列番号37(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA A);
    z)Zが19である配列番号38(GGC CAG AAG GAA GGC GAG AAA);
    aa)Zが21である配列番号39(CGG CAC XCA CGGC XCX CAA AGC A);
    bb)Zが21である配列番号40(GCG GCA CXC ACGG CXC XCA AAG C);
    cc)Zが21である配列番号41(GGC GGC ACX CAC G GCX CXC AAA G);
    dd)Zが22である配列番号42(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGC);
    ee)Zが21である配列番号43(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GC);
    ff)Zが20である配列番号44(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA C);
    gg)Zが21である配列番号45(GGC CAG AAG GAA GCG AGA AAA GC);
    hh)Zが20である配列番号46(GGC CAG AAG GAA CGA GAA AAG C);
    ii)Zが21である配列番号47(AGG AAG CGA GAA AAG CXC CAG CA);
    jj)Zが20である配列番号48(AGG AAC GAG AAA AGC XCC AGC A);
    kk)Zが22である配列番号49(CGG GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
    ll)Zが20である配列番号50(CGC XCX CAA AGC AGC XCX GAG A);
    mm)Zが19である配列番号51(CCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA);
    nn)Zが22である配列番号52(GGC GGC ACX CAC GGG CXC XCA AAG);
    oo)Zが20である配列番号53(GGC GGC ACX CAC GCX CXC AAA G);
    pp)Zが19である配列番号54(GGC GGC ACX CAC CXC XCA AAG);
    qq)Zが22である配列番号55(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGC);
    rr)Zが21である配列番号56(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GC);
    ss)Zが20である配列番号57(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG C);および
    tt)Zが19である配列番号58(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACC);
    [式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される];
    II.
    a)Zが23である配列番号59(GGC CAG AAG GAA GGG CGA GAA AAG C);
    b)Zが23である配列番号60(CCA GAA GGA AGG GCG AGA AAA GCX C);
    c)Zが23である配列番号61(AAG GAA GGG CGA GAA AAG CXC CAG C);
    d)Zが23である配列番号62(GCG GGA GGG GCG GCA CXC ACG GGG C);
    e)Zが23である配列番号63(XGG GGA GAG GGC CAG AAG GAA GGG C);
    f)Zが23である配列番号64(AGA AGG AAG GGC GAG AAA AGC XCC A);
    g)Zが23である配列番号65(GCX CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX C);
    h)Zが23である配列番号66(CXC XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC A);
    i)Zが23である配列番号67(XCX CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA A);
    j)Zが23である配列番号68(CXC AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA C);
    k)Zが23である配列番号69(XCA AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC C);
    l)Zが23である配列番号70(CAA AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC G);
    m)Zが23である配列番号71(AAA GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG C);
    n)Zが23である配列番号72(AAG CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC G);
    o)Zが23である配列番号73(AGC AGC XCX GAG ACA XCA ACC GCG G);
    p)Zが23である配列番号74(GCA GCX CXG AGA CAX CAA CCG CGG C);および
    q)Zが23である配列番号75(CAG CXC XGA GAC AXC AAC CGC GGC X)
    [式中、Xは、ウラシル(U)またはチミン(T)から選択される]
    からなる群から選択される]。
  10. 各Rが-N(CHである、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  11. が、
    Figure 0007033547000263
    から選択される、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  12. Tが、
    Figure 0007033547000264
    から選択され、Yが、存在するごとに、Oである、請求項9から11までのいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  13. II型糖原病を処置するための医薬の製造における、10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、前記修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的なターゲティング配列を含み、前記標的領域が前記ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記標的領域の内部にあり、前記修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが、式(I):
    Figure 0007033547000265
    のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩である、使用[式中、
    各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
    Zは、8~38の整数であり;
    各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
    Tは、OHと、式:
    Figure 0007033547000266
    の部分とから選択され、式中、
    Aは、-OH、-N(R、およびRから選択され、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
    は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
    Figure 0007033547000267
    の部分から選択され、式中、
    は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
    mは、1~5の整数であり、
    11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
    y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    の各出現は、
    -N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
    式(II):
    Figure 0007033547000268
    の部分[式中、
    15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
    18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    qは、1~5の整数であり;
    各R17は、Hおよびメチルから独立に選択される];および
    式(III):
    Figure 0007033547000269
    の部分[式中、
    19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
    22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    rは、1~5の整数である]から選択され、
    20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
    19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
    から独立に選択され;
    は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
    Figure 0007033547000270
    の部分から選択され、式中、
    23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    sは、1~5の整数であり;
    Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
    各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
    Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
    Figure 0007033547000271
    [式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
    から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
    Gは、1回の出現で存在するか、または存在しない]。
  14. 前記標的領域が、配列番号2または配列番号3のうちの少なくとも1つを含む、請求項13に記載の使用。
  15. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、前記ターゲティング配列が前記標的領域に結合するとGAA mRNA内のエクソン2の保持を促進する、請求項13または14に記載の使用。
  16. 前記標的領域が、前記ターゲティング配列と比較してさらなるヌクレオ塩基を1~3個含む、請求項13に記載の使用。
  17. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、酵素活性試験に従い、配列番号1内の前記標的領域と完全に相補的である第2のアンチセンスオリゴヌクレオチドと比較して少なくとも2倍または少なくとも3倍または少なくとも4倍のGAAの酵素活性を誘導する、請求項13に記載の使用。
  18. 前記ターゲティング配列が、配列番号13~58のうちのいずれか1つから選択される、請求項13に記載の使用。
  19. 前記ターゲティング配列が、配列番号13、33~38、45、46、および87~123のうちのいずれか1つから選択される、請求項13に記載の使用。
  20. 前記ターゲティング配列が、配列番号13、27~29、または34~36のうちのいずれか1つから選択される、請求項13に記載の使用。
  21. II型糖原病を処置するための、10~40ヌクレオ塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、前記修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ヒトアルファグルコシダーゼ(GAA)遺伝子のプレmRNAのイントロン1(配列番号1)内の標的領域と相補的なターゲティング配列を含み、前記標的領域が前記ターゲティング配列と比較して少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基を含み、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記ターゲティング配列内に相補的なヌクレオ塩基を有さず、前記少なくとも1つのさらなるヌクレオ塩基が前記標的領域の内部にあり、前記修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが、式(I):
    Figure 0007033547000272
    のアンチセンスオリゴマー化合物または薬学的に許容されるその塩である、組成物[式中、
    各Nuは、一緒になってターゲティング配列を形成するヌクレオ塩基であり;
    Zは、8~38の整数であり;
    各Yは、Oおよび-NRから独立に選択され、各Rは、H、C~Cアルキル、アラルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNRC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNRC(=NH)NH、およびGから独立に選択され、Rは、HおよびC~Cアルキルから選択され、nは、1~5の整数であり;
    Tは、OHと、式:
    Figure 0007033547000273
    の部分とから選択され、式中、
    Aは、-OH、-N(R、およびRから選択され、各Rは、HおよびC~Cアルキルから独立に選択され、
    は、OH、-N(R)CHC(O)NH、および式:
    Figure 0007033547000274
    の部分から選択され、式中、
    は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    10は、G、-C(O)-R11OH、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR12C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR12C(=NH)NHから選択され、式中、
    mは、1~5の整数であり、
    11は、式-(O-アルキル)-を有し、式中、yは、3~10の整数であり、
    y個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    12は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    の各出現は、
    -N(R13[式中、各R13は、HおよびC~Cアルキルから独立に選択される];
    式(II):
    Figure 0007033547000275
    の部分[式中、
    15は、H、G、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR18C(=NH)NH、および-C(O)(CHNHC(O)(CHNR18C(=NH)NHから選択され、
    18は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    qは、1~5の整数であり;
    各R17は、Hおよびメチルから独立に選択される];および
    式(III):
    Figure 0007033547000276
    の部分[式中、
    19は、H、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR22C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHおよびG[式中、
    22は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    rは、1~5の整数である]から選択され、
    20は、HおよびC~Cアルキルから選択され;または
    19およびR20は、それらと接合している窒素原子と一緒になって5~7環原子を有し、任意選択で酸素、窒素、および硫黄から選択されるさらなるヘテロ原子を含有する、複素環またはヘテロアリール環を形成する]
    から独立に選択され;
    は、H、G、アシル、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、C~Cアルキル、-C(=NH)NH、-C(O)-R23、-C(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)(CHNHC(O)(CHNR24C(=NH)NH、-C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、および式:
    Figure 0007033547000277
    の部分から選択され、式中、
    23は、式-(O-アルキル)-OHを有し、式中、vは、3~10の整数であり、前記v個のアルキル基の各々は、C~Cアルキルから独立に選択され;
    24は、HおよびC~Cアルキルから選択され;
    sは、1~5の整数であり;
    Lは、-C(O)(CHC(O)-および-C(O)(CH(CHC(O)-から選択され;
    各R25は、式-(CHOC(O)N(R26を有し、式中、各R26は、式-(CHNHC(=NH)NHを有し、
    Gは、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNH-CPP、-C(O)(CHNHC(O)(CHNH-CPP、-C(O)CHNH-CPP、および:
    Figure 0007033547000278
    [式中、前記CPPは、前記CPPのカルボキシ末端において、アミド結合により、リンカー部分に接合している]
    から選択される、細胞透過性ペプチド(「CPP」)およびリンカー部分であり、
    Gは、1回の出現で存在するか、または存在しない]。
  22. 前記ターゲティング配列が配列番号33~38のうちいずれか1つから選択される、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  23. 前記ターゲティング配列が配列番号33である、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  24. 前記ターゲティング配列が配列番号34である、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  25. 前記ターゲティング配列が配列番号35である、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  26. 前記ターゲティング配列が配列番号36である、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  27. 前記ターゲティング配列が配列番号37である、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  28. 前記ターゲティング配列が配列番号38である、請求項1に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  29. 前記ターゲティング配列が配列番号33~38のうちいずれか1つから選択される、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  30. 前記ターゲティング配列が配列番号33である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  31. 前記ターゲティング配列が配列番号34である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  32. 前記ターゲティング配列が配列番号35である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  33. 前記ターゲティング配列が配列番号36である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  34. 前記ターゲティング配列が配列番号37である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  35. 前記ターゲティング配列が配列番号38である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴマー化合物。
  36. 前記ターゲティング配列が配列番号33~38のうちいずれか1つから選択される、請求項13に記載の使用。
  37. 前記ターゲティング配列が配列番号33である、請求項13に記載の使用。
  38. 前記ターゲティング配列が配列番号34である、請求項13に記載の使用。
  39. 前記ターゲティング配列が配列番号35である、請求項13に記載の使用。
  40. 前記ターゲティング配列が配列番号36である、請求項13に記載の使用。
  41. 前記ターゲティング配列が配列番号37である、請求項13に記載の使用。
  42. 前記ターゲティング配列が配列番号38である、請求項13に記載の使用。
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